Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему

Зависимость интенсивности транскрипции генов класса III от дополнительного фосфорилирования РНК-полимеразы III и физиологического состояния клетки

ВАК РФ 03.00.04, Биохимия

Содержание диссертации, кандидата биологических наук, Никитина, Татьяна Вячеславовна

Содержание.

Условные сокращения.

1. . Введение.

2. Обзор литературы.

2.1. Эукариотические РНК-полимеразы.

2.2. Строение эукариотических РНК-полимераз.

2.3. Строение РНК-полимеразы III.

2.4. Промоторы генов класса III.*.

2.5. Базальные транскрипционные факторы РНК-полимеразы III.

2.5.1. Базальный тарнскрипцнонный фактор TFIIIA.

2.5.2. Базальный тарнскрипцнонный фактор TFIIIB.

2.5.3. Базальный тарнскрипцнонный фактор TFIIIC.

2.5.4. Базальный тарнскрипцнонный фактор SNAPc.

2.6. Сборка преиниционного комплекса (ПИК) РНК-полимеразы III.

2.7. Холофермент РНК-полимеразы III.

2.8. Цикл транскрипции РНК-полимеразы III.

2.9. Регуляция транскрипции.

2.9.1. Влияние структуры хроматина и метилирования ДНК на транскрипцию.

2.9.2. Регуляция транскрипции в зависимости от фазы клеточного цикла.

2.9.3. Регуляция транскрипции при трансформации клеток.

2.9.4. Регуляция транскрипции в ответ на действие ростовых факторов.

2.9.5. Регуляция транскрипции в соответствии со скоростью роста клетки.

2.9.6. Регуляция транскрипции при апогттозе.

2.10. Регуляция транскрипции генов класса III.

2.10.1. Влияние структуры хроматина и метилирования ДНК на транскрипцию генов класса III.

2.10.2. Регуляция транскрипции генов класса III в зависимости от фазы клеточного цикла.

2.10.3. Регуляция транскрипции генов класса III при трансформации клеток.

2.10.3.1. Супрессор опухолей р53.

2.10.3.2. Онкобелок с-Мус.

2.10.3.3. Репрессор транскрипции Drl

2.10.3.4. Репрессор транскрипции Mafl р.

2.10.4. Регуляция транскрипции генов класса III в зависимости от действия ростовых факторов и скорости роста клетки.

2.10.4.1. Протеинкиназа СК11.

2.10.4.2. Митоген-активируемые протеинкиназы ERK1/2.

2.10.4.3. TOR-сигнальный путь.

2.10.5. Регуляция скоординированного синтеза рРНК и тРНК.

2.10.6. Регуляция транскрипции генов класса III при апоптозе.

2.10.7. Регуляция активности базальных транскрипционных факторов TFIIIA и

TFIIIC и РНК-полимеразы III.

3. Материалы и методы.

3.1. Растворы и ионообменные смолы.

3.2. Работа с культурой клеток эпидермоидной карциномы человека А431.

3.3. Получение ядер из плаценты человека.

3.4. Получение ядер и цитоплазмы из клеток эпидермоидной карциномы человека А431.

3.5. Выделение и очистка РНК-полимеразы III из ядер плаценты человека с использованием хроматографии на ДЕАЕ-сефадексе А-25 и фосфоцеллюлозе PI 1 и ультрацентрифугирования в градиенте плотности глицерина.

3.5.1. Выделение тотальной РНК-полимеразной активности.

3.5.2. Фракционирование субформ РНК-полимеразы III на колонке ДЕАЕсефадекс А-25.

3.5.3. Фракционирование на колонке фосфоцеллюлозы PI 1.

3.5.4. Ультрацентрифугирование в градиенте плотности глицерина.

3.5.5. Определение РНК-полимеразной активности.

3.5.6. Диск-электрофорез РНК-полимеразы III плаценты человека в присутствии SDS.

3.6. Выделение и очистка РНК-полимеразы III из ядер плаценты человека и ядер клеток эпидермоидной карциномы человека А431 с использованием хроматографии на гепарине и ДЕАЕ-сефадексе А-25 и ультрацентрифугирования в градиенте плотности глицерина.

3.6.1. Получение ядерного экстракта.

3.6.2. Разделение ядерного экстракта аффинной хроматографией на колонке

Heparin Hyper DM.

3.6.3. Разделение РНК-полимераз I и 111 ионообменной хроматографией на колонке ДЕАЕ-сефадекс А-25.

3.6.4. Ультрацентрифугирование субформ РНК-полимеразы Ш в градиенте плотности глицерина.

3.6.5. Определение транскрипционной активности РНК-полимеразы III.

3.7. Получение фракций ядерного экстракта S-100, содержащих базальные транскрипционные факторы РНК-полимеразы III - TFIIIB и TFIIIC.

3.8. Плазмида pCRTM2.1 со вставкой AT, содержащей последовательность Alu-повтора

3.9. Трансформация клеток Е. coli плазмидой pCRTM2.1 со вставкой AT и выделение плазмиды.

3.10. Проверка корректности транскрипции, осуществляемой РНКполимеразой III плаценты человека in vitro.

3.11. Фосфорилирование РНК-полимеразы III плаценты человека ассоциированной протеинкиназной активностью.

3.12. Фосфорилирование РНК-полимеразы III из клеток А431 с использованием цитоплазмы клеток А

3.13. Дефосфорилирование РНК-полимеразы III плаценты человека щелочной фосфатазой.

3.14. Изучение влияния фосфорилирования и дефосфорилирования РНК-полимеразы III плаценты человека на интенсивность транскрипции in vitro

3.14.1. Транскрипция in vitro с участием фосфорилированной и дефосфорилированной РНК-полимеразы III плаценты человека.

3.14.2. Анализ РНК-транскриптов в 6% ПААГ с 7 M мочевиной.

3.15. Поиск потенциальных сайтов фосфорилирования и гликозилирования в составе субъединиц РНК-полимеразы III человека.

3.16. Проточная цитофлуориметрия клеток А431 с использованием иодида пропидия.

3.17. Изучение фрагментации ДНК в клетках А431 при апоптозе.

3.18. Выделение тотальной РНК из клеток А431.

3.19. Исследование содержания 5S рРНК и TPHK¡Me,l в тотальной РНК клеток

А431 двухэтапным методом RT-PCR в реальном времени.

3.19.1. Обратная транскрипция.

3.19.2. PCR в реальном времени с использованием флуоресцентного красителя

SYBR Green I.

4. Результаты.

4.1. Выделение и очистка РНК-полимеразы III из ядер плаценты человека с использованием хроматографии на ДЕАЕ-сефадексе А-25 и фосфоцеллюлозе PI 1 и ультрацентрифугирования в градиенте плотности глицерина.

4.1.1. Фракционирование РНК-полимеразы III из ядер плаценты человека ДЕАЕ-сефадексе А-25 и фосфоцеллюлозе PI 1.

4.1.2. Ультрацентрифугирование РНК-полимеразы III в градиенте плотности глицерина.

4.1.3. Полипептидный состав препаратов РНК-полимеразы III плаценты человека.

4.2. Фосфорилирование субформ РНК-полимеразы III плаценты человека - Ша и III6, полученных с использованием хроматографии на ДЕАЕ-сефадексе А-25 и фосфоцеллюлозе PI 1 и ультрацентрифугирования в градиенте плотности глицерина, ассоциированной протеинкиназной активностью.

4.3. Выделение и очистка РНК-полимеразы III из ядер плаценты человека с использованием хроматографии на гепарине Heparin Hyper D M и ДЕАЕ-сефадексе А-25 и ультрацентрифугирования в градиенте плотности глицерина.

4.3.1. Фракционирование РНК-полимеразы III из ядер плаценты человека на гепарине Heparin Hyper DM.

4.3.2. Очистка РНК-полимеразы III из ядер плаценты человека фракционированием на ДЕАЕ-сефадексе А-25.

4.3.3. Ультрацентрифугирование РНК-полимеразы III в градиенте плотности глицерина.

4.4. Фосфорилирование субформ РНК-полимеразы III плаценты человека - Ша и Шб, полученных с использованием хроматографии на гепарине Heparin Hyper D M и ДЕАЕ-сефадексе А-25 и ультрацентрифугирования в градиенте плотности глицерина, ассоциированной протеинкиназной активностью.

4.5. Изучение кинетики фосфорилирования РНК-полимеразы Illa из ядер плаценты человека ассоциированной протеинкиназной активностью.

4.6. Изучение кинетики фосфорилирования РНК-полимеразы III6 из ядер плаценты человека ассоциированной протеинкиназной активностью.

4.7. Изучение кинетики дефосфорилирования РНК-полимеразы Illa из ядер плаценты человека щелочной фосфатазой.

4.8. Изучение способности протеинкиназной активности, ассоциированной с РНК-полимеразой III плаценты человека, использовать GTP в качестве источника фосфатной группы.

4.9. Ингибиторный анализ протеинкиназной активности, ассоциированной с РНК-полимеразой III плаценты человека.

4.10. Проверка корректности транскрипции, осуществляемой РНКполимеразой III плаценты человека in vitro.

4.11. Влияние фосфорилирования РНК-полимеразы Illa и III6 плаценты человека на интенсивность транскрипции in vitro.

4.12. Влияние дефосфорилирования РНК-полимеразы Ша и II1G плаценты человека на интенсивность транскрипции in vitro.

4.13. Выделение и очистка РНК-полимеразы III из клеток эпидермоидной карциномы человека А431 с использованием хроматографии на гепарине и ДЕАЕ-сефадексе А-25 и ультрацентрифугирования в градиенте плотности глицерина.

4.13.1. Выделение РНК-полимеразы III из клеток A43I фракционированием на гепарине Heparin Hyper DM.

4.13.2. Очистка PHK-полимераз III из клеток А431 на ДЕАЕ-сефадексе А-25.

4.13.3. Ультрацентрифугирование РНК-полимеразы III из клеток А431 в градиенте плотности глицерина.

4.14. С субформами РНК-полимеразы III из клеток А431 - Ша и Шб, не соочищается протеинкиназная активность.

4.15. В цитоплазме клеток А431 присутствует протеинкиназная активность, фосфорилирующая РНК-полимеразу Ша из клеток А431 in vitro.

4.16. Компьютерный поиск потенциальных сайтов фосфорилирования и гликозилирования в составе субъединиц РНК-полимеразы III человека

4.17. Исследование физиологического состояния клеток эпидермоидной карциномы человека А431 при воздействии ЭФР в низких и высоких концентрациях.

4.17.1. Проточная цитофлуориметрия с использованием иодида пропидия клеток А431, подвергнутых бессывороточному голоданию и воздействию ЭФР в низких и высоких концентрациях.

4.17.2. Исследование характера фрагментации ДНК при воздействии на клетки А431 ЭФР в высокой концентрации.

4.18. Оптимизация условий для эффективного анализа содержания 5S рРНК и тРНК в клетках А431 методом RT-PCR в реальном времени.

4.19. Исследование содержания 5S рРНК в клетках А431, находящихся в различных физиологических состояниях.

4.20. Исследование содержания tPHKím"1 в клетках А431, находящихся в различных физиологических состояниях.

5. Обсуждение.

6. Выводы.;.

7. Благодарности.

Введение Диссертация по биологии, на тему "Зависимость интенсивности транскрипции генов класса III от дополнительного фосфорилирования РНК-полимеразы III и физиологического состояния клетки"

Актуальность проблемы

Изучение механизмов, лежащих в основе регуляции активности ДНК-зависимой РНК-полимеразы III, транскрибирующей гены большинства малых стабильных нетранслируемых РНК (гены класса III), является актуальной проблемой, так как в последние годы появляется все больше данных, свидетельствующих о значительной роли подобных РНК в таких важных процессах в клетке, как рост, пролиферация и дифференцировка (White, 1998; Brown е.а., 2000; Felton-Edkins е.а., 2003а). Показано, что содержание РНК-продуктов генов класса III, - 5S рРНК, тРНК, Alu-PHK, мяРНК и других, изменяется в зависимости от скорости роста клетки (Powers, Walter, 1999; Schultz, 1999) и стадии клеточного цикла, при опухолевой трансформации, вирусной инфекции (Brown е.а., 2000; Felton-Edkins е.а., 2003а) и тепловом шоке (Chu е.а., 1995). Однако до сих пор не известны тонкие механизмы, лежащие в основе контроля содержания этих РНК в клетке в ответ на различные воздействия. Очевидно, одним из важнейших путей изменения количества продуктов генов класса III является регуляция транскрипционной активности РНК-полимеразы III. Имеющиеся в литературе данные позволяют предположить, что в этой регуляции могут участвовать протеинкиназы и протеинфосфатазы. Так, было выяснено, что на уровень транскрипции генов класса III влияют протеинкиназы p34cdc2 (Westmark е.а., 1998), CKJï (Hockman, Schultz, 1996; Ghavidel, Schultz. 2001; Johnston e.a., 2002), МАР-киназы ERK1 и ERK2 (Felton-Edkins e.a., 2003b), TOR-киназа (Schultz, 1999) и протеинкиназа С (Li e.a., 2000). В то же время, механизм действия этих киназ па транскрипционную машину РНК-полимеразы III в большинстве случаев остаётся невыясненным. С другой стороны, известно, что фосфорилированию подвергаются некоторые субъединицы РНК-полимеразы III, в том числе субъединицы, общие для РНК-полимераз1 и III и для всех трех РНК-полимераз (Bell е.а., 1977; Kayukawa е.а. 1999), а также базальные транскрипционные факторы TFIIIA, TFIIIB и TFIIIC (Hoeffler е.а., 1988; Shen е.а., 1996; White, 1998; Westmark е.а., 2002). Однако роль этих модификаций, а во многих случаях и протеинкиназы, их осуществляющие, не известны. Недостаточно изучено также изменение содержания индивидуальных видов малых стабильных РНК-продуктов генов класса III в тотальной РНК при изменении «программы» развития клетки, например, при переходе клетки от медленной к активной пролиферации или к запрограммированной клеточной гибели (апоптозу). Существуют лишь данные, позволяющие предположить, что активация экспрессии генов класса III может вызывать опухолевую трансформацию клеток (Brown е.а., 2000). Мы полагаем, что изменение активности РНК-полимеразы III является важным механизмом, регулирующим не только переход клетки в трансформированное состояние, но и другие важнейшие процессы, такие как скорость роста и пролиферации клетки, а также ее переход к апоптозу. Для подтверждения этого предположения необходимо исследование корреляции содержания продуктов генов класса III и физиологического состояния клетки.

Цели и задачи исследования

Целью нашей работы явилось изучение влияния фосфорилирования и дефосфорилирования РНК-полимеразы III на интенсивность транскрипции in vitro с использованием в качестве матрицы Alu-повтора, содержащего промотор и терминатор генов класса III, а также исследование зависимости содержания продуктов разных генов класса III - 5S рРНК и TPHKiMetl, от физиологического состояния клетки (медленная и активная пролиферация и апоптоз). Для достижения этой цели решались следующие задачи:

1. получение препаратов транскрипционно активной РНК-полимеразы III из ядер плаценты человека и клеток эпидермоидной карциномы человека А431 и исследование наличия в составе этих препаратов протеинкиназной и протеинфосфатазной активностей;

2. определение принадлежности протеинкиназы, ассоциированной с РНК-полимеразой III плаценты человека, к одному из известных семейств протеинкиназ;

3. оценка интенсивности транскрипции, осуществляемой РНК-полимеразой III в фосфорилированной, нефосфорилированной и дефосфорилированной форме на специфичной Alu-матрице, содержащей промотор и терминаторы генов класса III;

4. выявление в составе субъединиц РНК-полимеразы III человека потенциальных сайтов фосфорилирования и реципрокного фосфорилирования и гликозилирования (сайты «инь-янь») с помощью компьютерного анализа;

5. исследование изменения доли различных продуктов генов класса III - 5S рРНК и TPHKiMetl, в тотальной РНК клеток эпидермоидной карциномы человека А431, находящихся в различных физиологических состояниях: медленной и активной пролиферации и апоптоза.

Основные положения, выносимые на защиту

1. В ядрах клеток плаценты человека и клеток эпидермоидной карциномы человека А431 существуют две субформы РНК-полимеразы III - Illa и Шб, различающиеся по уровню транскрипционной активности in vitro.

2. РНК-полимераза Illa из ядер клеток плаценты человека ассоциирована с протеинкиназной активностью, а РНК-полимераза Шб - с протеинкиназной и протеинфосфатазной активностями.

3. Протеинкиназа, ассоциированная с РНК-полимеразой III из ядер клеток плаценты человека, принадлежит к семейству инозитол-3-фосфат-киназ (Р13-киназ).

4. Фосфорилирование и дефосфорилирование РНК-полимераз Illa и Шб из ядер клеток плаценты человека влияет на интенсивность транскрипции in vitro.

5. Содержание РНК-продуктов различных генов класса iii — 5S рРНК и tPHKímc11, в клетках эпидермоидной карциномы человека А431 зависит от физиологического состояния клетки (медленная и активная пролиферация и апоптоз).

Научная новизна

Впервые показано, что в клетках плаценты человека и эпидермоидной карциномы человека А431 содержатся две субформы ДНК-зависимой РНК-полимеразы III, обозначенные Illa и III6, различающиеся по уровню транскрипционной активности in vitro.

Впервые выявлено, что с обеими субформами РНК-полимеразы III плаценты человека ассоциирована протеинкиназная активность, фосфорилирующая 7 субъединиц в составе обеих субформ полимеразы и дополнительно 2 субъединицы в составе препарата РНК-полимеразы Illa и 1 субъединицу в составе препарата РНК-полимеразы Шб. Эта протеинкиназа, по-видимому, принадлежит к семейству инозитол-3-фосфат-киназ (PI3-киназ). Также показано, что фосфорилирование РНК-полимеразы III ассоциированной протеинкиназой и дефосфорилирование экзогенной щелочной фосфатазой влияет на интенсивность транскрипции in vitro на специфичной Alu-матрице. С субформой III6 ассоциирована не только протеинкиназная, но и протеинфосфатазная активность.

Впервые проведен анализ содержания РНК-продуктов генов класса III (5S рРНК и тРНЮМе,1) методом RT-PCR в реальном времени, позволяющим наиболее точно определить долю индивидуальной РНК в тотальной РНК клетки. Показано, что содержание 5S рРНК и TPHKiMe,l в клетках эпидермоидной карциномы человека А431 зависит от физиологического состояния клетки (медленная и активная пролиферация и апоптоз).

Теоретическое и практическое значение работы

Результаты, полученные в данном исследовании, вносят вклад в понимание механизмов регуляции транскрипции генов класса III, роли в этом процессе посттрансляционных модификаций белков. Понимание механизмов регуляции активности РНК-полимеразы III необходимо для выяснения роли, которую играют в клетке гены класса III и их продукты, так как функция многих малых стабильных нетранслируемых РНК до сих пор не известна. Представленные в диссертации данные о корреляции содержания продуктов генов класса III и физиологического состояния клетки служат подтверждением предположения о том, что регуляция активности РНК-полимеразы III является важным механизмом, вызывающим изменение скорости роста и пролиферации клетки, а также переход клетки к апоптозу.

Материалы диссертации используются в курсах лекций для бакалавров и магистров биолого-почвенного факультета СПбГУ.

2. Обзор литературы

Заключение Диссертация по теме "Биохимия", Никитина, Татьяна Вячеславовна

6. Выводы

1. Из ядер плаценты человека и клеток эпидермоидной карциномы человека А431 выделены две субформы ДНК-зависимой РНК-полимеразы III, названные Ша и Шб, которые корректно транскрибируют специфичную Alu-матрицу in vitro и различаются при фракционировании на ДЕАЕ-сефадексе А-25 и по плавучей плотности в градиенте концентрации глицерина. Субформа Шб является минорной формой РНК-полимеразы III, и при транскрипции в системе in vitro на Alu-матрице обнаруживает более высокую удельную активность, по сравнению с субформой Illa.

2. С обеими субформами РНК-полимеразы III плаценты человека-Illa и III6, ассоциирована протеинкиназа, фосфор ил ирующая 7 полипептидов в составе препаратов обеих субформ, и дополнительно 2 полипептида с составе препарата РНК-полимеразы Illa и один - в составе препарата РНК-полимеразы Шб. Препарат субформы III6 обладает также протеинфосфатазной активностью.

3. Методом ингибиторного анализа показано, что протеинкиназа, ассоциированная с РНК-полимеразой III плаценты человека, относится к семейству инозитол-фосфат-3 (PI3)-киназ, поскольку ее активность подавляется 200 нМ вортманнином, специфичным ингибитором этого семейства, и не подавляется 60 и 150 мкМ DRB, ингибитором киназы CKII, и 2 мкМ хелеритрином, ингибитором протеинкиназы С. Ассоциированная протеинкиназа может эффективно использовать в качестве субстрата не только АТР, но и GTP.

4. Фосфорилирование РНК-полимеразы Illa ассоциированной протеинкиназой в присутствии ДНК-матрицы вызывает усиление транскрипции Alu-матрицы in vitro. Фосфорилирование РНК-полимеразы Шб до ее взаимодействия с ДНК-матрицей приводит к снижению уровня транскрипции. Дефосфорилирование препаратов РНК-полимераз Illa и Шб экзогенной щелочной фосфатазой до взаимодействия полимеразы с ДНК-матрицей снижает уровень транскрипции Alu-матрицы in vitro.

5. Компьютерный анализ первичной последовательности субъединиц РНК-полимеразы III человека выявил в их составе не только потенциальные сайты фосфорилирования по остаткам серина, треонина и тирозина, но и сайты реципрокного гликозилирования и фосфорилирования по остаткам серина и треонина (сайты «инь-янь»).

Методом RT-PCR в реальном времени показано, что содержание РНК-продуктов различных генов класса III по-разному изменяется в зависимости от физиологического состояния клетки. Доля 5S рРНК в тотальной РНК клеток эпидермоидной карциномы человека А431 практически не изменяется при переходе клеток от медленной к активной пролиферации, но повышается примерно в 2,5 раза в апоптотических клетках. Доля же TPHKiMetl в тотальной РНК возрастает примерно в 1,5-2 раза в активно пролиферирующих клетках и остаётся такой же высокой в апоптотических клетках.

7. Благодарности

Автор с чувством глубокой признательности благодарит всех, кто помогал в проведении исследований, лежащих в основе данной диссертации, и особенно: заведующего лабораторией биохимических основ репродукции клетки Института цитологии РАН проф. В.И. Воробьева, ст.н.с., к.б.н. В.М. Седову и всех сотрудников лаборатории - за помощь в проведении исследований; заведующего лабораторией анатомии Медицинской школы Университета Тампере (Финляндия) доктора Пентги Туохимаа и сотрудницу этой лаборатории Н.Ю. Назарову — за помощь в проведении исследования содержания РНК методом ЯТ-РСЯ в реальном времени.

Работа была поддержана грантами Федеральной целевой программы «Интеграция» (проекты АО 144 и Б0030), грантами РФФИ 01-04-49307, 02-04-06778 и 03-04-06117, грантами для молодых ученых Администрации Санкт-Петербурга, грантом для аспирантов фонда Сороса и стипендией Президента РФ.

Библиография Диссертация по биологии, кандидата биологических наук, Никитина, Татьяна Вячеславовна, Санкт-Петербург

1. Маниатис Т., Фрич Э., Сэмбрук Дж. Методы генетической инженерии. Молекулярное клонирование. М.: Мир, 1984. - 480 С.

2. Никитина Т. В., Назарова Н. Ю., Тищенко JI. И., Туохимаа П., Седова В. М. Изучение уровня экспрессии in vivo малых стабильных РНК методом RT-PCR в реальном времени. // Сборник материалов конференции «Актуальные проблемы генетики». 2003В. Т. 2. С. 170.

3. Никитина Т.В. Фосфорилирование РНК-полимеразы III плаценты человека активирует транскрипцию специфичной Alu-матрицы in vitro. // Материалы Международной конференции студентов и аспирантов по фундаментальным наукам «Ломоносов».2001а. С. 29-30.

4. Никитина Т.В., Назарова Н.Ю., Тищенко Л.И., Туохимаа П., Седова В.М. Изучение уровня малых стабильных нетранслируемых РНК в клетках А431. // Материалы 7ой Пущинской школы-конференции молодых ученых «Биология — наука 21ш века». 20036. С. 357.

5. Никитина Т.В., Перова A.A., Гудзик К.А., Медведева Н.Д., Тищенко Л.И., Седова В.М. Фосфорилирование по тирозину ДНК-зависимой РНК-полимеразы III человека. // Цитология. 2002b. Т. 44 (№9). С. 896-897.

6. Никитина Т.В., Тищенко Л.И., Седова В.М. Фосфорилирование-дефосфорилирование холоэнзима РНК-полимеразы III модификации, регулирующие уровень транскрипции in vitro. И Цитология. 2002а. Т. 44 (№ 3). С. 277-284.

7. Никитина Т.В., Тищенко Л.И.* Седова В.М. Функциональная роль фосфорилирования РНК-полимеразы III. // Третий съезд биохимического общества Российской академии наук. 20026. С. 409.

8. Седова В.М., Никитина Т.В., Тищенко Л.И. Взаимосвязь фосфорилирования РНК-полимеразы III плаценты человека и интенсивности транскрипции in vitro. // XIII

9. Всероссийский симпозиум «Структура и функции клеточного ядра». Цитология. 2000. Т. 42 (№ 3). С. 306.

10. Седова В.М., Тищенко Л.И., Арбузова Е.Г. Гетерогенность РНК-полимеразы III плаценты человека и ее фосфорилирование. // Тезисы докладов и сообщений 12 Симпозиума «Структура и функция клеточного ядра». Санкт-Петербург. 1996. С. 39.

11. Седова В.М., Тищенко Л.И., Арбузова Е.Г., Никитина Т.В. Фосфорилирование in vitro РНК-полимеразы III плаценты человека. // Второй съезд биохимического общества Российской академии наук. 1997. С. 93-94.

12. Тищенко Л.И., Никитина Т.В., Седова В.М. Фосфорилирование РНК-полимеразы III ядерными протеинкиназами. // Сб. «Нервная система; Вып. 37». 2002. С. 242-252.

13. Ahmed К., Gerber D.A., Cochet С. Joining the cell survival squad: an emerging role for protein kinase CK2. //Trends Cell Biol. 2002. V. 12. P. 226-230.

14. Andrau J.C., Sentenac A., Werner M. Mutagenesis of yeast TFIIIB70 reveals C-terminal residues critical for interaction with TBP and C34. // J. Mol. Biol. 1999. V. 288. P. 511520.

15. Asturias F.J., Craighead J.L. RNA polymerase II initiation. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2003. V. 100. P. 6893-6895.

16. Baker R.E., Camier S., Sentenac A., Hall B.D.Gene size differentially affects the binding of yeast transcription factor tau to two intragenic regions. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1987. V. 84. P. 8768-8772.

17. Bannister A.J., Miska E.A. Regulation of gene xpression by transcription factor acetylation. // • Cell. Mol. Life Sci. 2000. V. 57. P. 1184-1192.

18. Barnes D.W. Epidermal growth factor inhibits growth of A431 human epidermoid carcinoma in serum-free cell culture. // J. Cell Biol. 1982. V. 93. P. 1-4.

19. Bell G.I., Valenzuela P., Rutter W.J. Phosphorylation of yeast DNA-dependent RNA polymerases in vivo and in vitro. // J. Biol. Chem. 1977. V. 252. P. 3082-3091.

20. Berk A.J. Activation of RNA pollymerase II transcription. // Curr. Opin. Cell Biol. 1999. V. 11. P. 330-335.

21. Bertram P.G., Choi J.H., Carvalho J., Chan T.-F., Ai W., Zheng X.F.S. Convergence of TOR-nitrogen and Snfl-glucose signaling pathways onto Gln3. // Mol. Cell. Biol. 2002. V. 22. P. 1246-1252.

22. Besser D., Gotz F., Schulze-Forster K., Wagner H., Kroger H., Simon D. DNA methylation inhibits transcription by RNA polymerase III of a tRNA gene, but not of a 5S rRNA gene. // FEBS Lett. 1990. V. 269. P. 358-362.

23. Bjerregaard В., Wrezycki C., Philimonenko V.V., Hozak P., Laurincik J., Niemann H., Motlik J., Maddox-Hyttel P. Regulation of ribosomal RNA synthesis during the final phases of porcine oocyte growth. // Biol. Reprod. 2003. 10.1095/bioreprod. 103.020941.

24. Blom N., Gammeltoft S., Brunak S. Sequence and structure-based prediction of eukaryotic protein phosphorylation sites. // J. Mol. Biol. 1999. V. 294. P. 1351-1362.

25. Boguta M., Czerska K., Zoladek T. Mutation in a new gene MAF1 affects tRNA suppressor efficiency in Saccharomyces cerevisiae. // Gene. 1997. V. 185. P. 291-296.

26. Bollen M., Beullens M Signaling by protein phosphatases in the nucleus. // Trends Cell Biol. 2002. V. 12. P. 138-145.

27. Braun B.R., Kassavetis G.A., Geiduschek E.P. Bending of the Saccharomyces cerevisiae 5S rRNA gene in transcription factor complexes. // J. Biol. Chem. 1992. V. 267. P. 2256222569.

28. Breeden L.L. Periodic transcription: a cycle within a cycle. // Curr. Biol. 2003. V. 13. P. R31-R38.

29. Briand J.-F., Navarro F.f Gadal O., Thuriaux P. Cross talk between tRNA and rRNA synthesis in Saccharomyces cerevisiae. // Mol.Cell. Biol. 2001. V. 21. P. 189-195.

30. Brivanlou A.H., Darnell J.E. Signal transduction and the control of gene expression. // Science. 2002. V. 295. P. 813-818.

31. Brooks C.L., Gu W. Ubiquitination, phosphorylation and acetylation: the molecular basis for p53 regulation. // Curr. Opin. Cell Biol. 2003. V. 15. P. 164-171.

32. Brow D.A., Guthrie C. Transcription of a yeast U6 snRNA gene requires a polymerase III promoter element in a novel position. // Genes Dev. 1990. V. 4. P. 1345-1356.

33. Brown T.R., Scott P.H., Stein T., Winter A.G., White R.J. RNA polymerase III transcription: its control by tumor suppressors and its deregulation by transforming agents. // Gene Expr. 2000. V. 9. P. 15-28.

34. Bumol A.F., Margottin F., Huet J., Almouzni G., Prioleau M.N., Mechali M., Sentenac A. TFIIIC relieves repression of U6 snRNA transcription by chromatin. // Nature. 1993. V. 362. P. 475-477.

35. Bustin S.A. Absolute quantification of mRNA using real-time reverse transcription polymerase chain reaction assays. // J. Mol. End. 2000. V. 25. P. 169-193.

36. Cairns C.A., White R.J. p53 is a general repressor of RNA polymerase III transcription. // EMBO J. 1998. V. 17. P. 3112-3123.

37. Cans C., Mangano R., Barila D., Neubauer G., Superti-Furga G. Nuclear tyrosine phsphorylation: the beginning of the map. // Biochem. Pharmac. 2000. V. 60. P. 12031215.

38. Carbon P., Krol A. Transcription of the Xenopus laevis selenocysteine tRNA gene: a system that combines an internal B box and upstream element also found in U6 snRNA genes. // The EMBO J. 1991. V. 10. P. 599-606.

39. Carbon P., Murgo S., Ebel J.-P., Krol A., Tebb G., Mattaj I.W. A common octamer motif binding protein is involved in the transcription of U6 snRNA by RNA polymerase III and U2 snRNA by RNA polymerase II. // Cell. 1987. V. 51. P. 71-79.

40. Carpenter G. Nuclear localization and possible function of receptor tyrosine kinases. // Curr. Opin. Cell Biol. 2003. V. 15. P. 143-148.

41. Chedin S., Riva M., Schultz P., Sentenac A., Carles C. The RNA cleavage activity of RNA polymerase III is mediated by an essential TFIIS-like subunit and is important for transcription termination. // Genes Dev. 1998. V. 12. P. 3857-3871.

42. Chesnokov I., Chu W.M., Botchan M.R., Schmid C.W. p53 inhibits RNA polymerase Ill-directed transcription in a promoter-dependent manner. // Mol. Cell. Biol. 1996. V. 16. P. 7084-7088.

43. Cheung W.L., Ajiro K„ Samejima K., Kloc M., Cheung P., Mizzen C.A., Beeser A., Etkin L.D., Chemoff J., Earnshaw W.C., Allis C.D. Apoptotic phosphorylation of histone H2B is mediated by mammalian sterile twenty kinase. // Cell. 2003. V. 113. P. 507-517.

44. Chin Y.E., Kitagawa M., Kuida K., Flavell R.A., Fu X.-Y. Activation of the STAT signaling pathway can cause expression of caspase 1 and apoptosis. // Mol. Cell. Biol. 1997. V. 17. P. 5328-5337.

45. Chu W. M., Liu W. M„ Schmid C. W. RNA polymerase III promoter and terminator elements affect Alu RNA expression. // Nucleic Acids Res. 1995. V. 23. P. 1750-1757.

46. Cisek L. J., Corden J. L. Phosphorylation of RNA polymerase by the murine homologue of the cell-cycle control protein cdc2. // Nature. 1989. V. 339. P. 679-694.

47. Clarke E.M., Peterson C.L., Brainard A.V., Riggs D.L. Regulation of the RNA polymerase I and III transcription systems in response to growth conditions. // J. Biol. Chem. 1996. V. 271. P. 22189-22195.

48. Comer F.I., Hart G.W. O-glycosylation of nuclear and cytosolic proteins. // J. Biol. Chem. 2000.1. V. 275. P. 29179-29182.

49. Chem. 1981. V. 256. P. 3332-3339. Davie J.K., Dent S.Y.R. Transcriptional control: an activating role for arginine methylation. //

50. Curr. Biol. 2002. V. 12. P. R59-R61. Dean N., Berk A.J. Ordering promoter binding of class III transcription factors TFIIIC1 and

51. Dignam J.D., Lebovitz R.M., Roeder R.G. Accurate transcription initiation by RNA polymerase1. in a soluble extract from isolated mammalian nuclei. // Nucleic Acids Res. 1983. V. 11. P. 1475-1477.

52. Dumay H., Rubbi L., Sentenac A„ Marek C. Interaction between yeast RNA polymerase III and transcription factor TFIIIC via ABClOalpha and taul31 subunits. // J. Biol. Chem. 1999. V. 274. P. 33462-33468.

53. Dyson N. The regulation of E2F by pRB-family proteins. // Genes Dev. 1998. V. 12. P. 22452262.

54. Englander E.W., Wolffe A.P., Howard B.H. Nucleosome interactions with a human Alu element. Transcriptional repression and effects of template methylation. // J. Biol. Chem. 1993. V. 268. P. 19565-19573.

55. Fischle W., Wang Y., Allis C.D. Histone and chromatin cross-talk. // Curr. Opin. Cell Biol.2003. V. 15. P. 172-183.

56. Fong W.F., Leung C.-H., Lam W., Wong N.-S., Cheng S.-H. Epidermal growth factor induces Gadd45 (growth arrest and DNA damage inducible protein) expression in A431 cells. // Biochem. et Biophys. Acta. 2001. V. 1517. P. 250-256.

57. Francis M.A., Rajbhandaty U.L. Expression and function of a human initiator tRNA gene in the yeast Saccharomyces cerevisiae. // Mol. Cell. Biol. 1990. V. 10. P. 4486-4494.

58. Gabriellsen O.S., Sentenac A. RNA pollymerase III (C) and its transcription factors. // Trends Biochem. Sci. 1991. V. 16. P. 412-416.

59. Geiduschec E. P., Kassavetis G.A. The RNA polymerase III transcription apparatus. // J. Mol. ■ Biol. 2001. V. 310. P. 1-26.

60. Geiduschec E. P., Tocchini-Valentini G. P. Transcription by RNA polymerase III. // Annu. Rev. Biochem. 1988. V. 57. P. 873-914.

61. Gerlach V.L., Whitehall S.K., Geiduschek E.P., Brow D.A. TFIIIB placement on a yeast U6 RNA gene in vivo is directed primarily by TFIIIC rather than by sequence-specific DNA contacts.//Mol Cell.Biol. 1995. V. 15. P. 1455-1466.

62. Ghavidel A., Schultz M.C. TATA binding protein-associated CK2 transduces DNA damage signals to the RNA polymerase III transcriptional machinery. // Cell. 2001. V. 106. P. 575-584.

63. Ghavidel A., Hockman D. J., Schultz M. C. A review of progress towards elucidating the role of protein kinase CK2 in polymerase III transcription: regulation of the TATA binding protein.//Mol. Cel. Biochem. 1999. V. 191. P. 143-148.

64. Giard D.J., Aaronson S.A., Todaro G.J., Arnstein P., Kersey J.H., Dosik H., Parks W.P. In vitro tr cultivation of human tumors: establishment of cell lines derived from a series of solidtumors.//J. Natl. Cancer Inst. 1973. V. 51. P. 1417-1423.

65. Gokal P.K., Cavanaugh A.H., Thompson E.A. The effect of cycloheximide upon transcription of rRNA, 5S rRNA, and tRNA genes. //J. Biol. Chem. 1986. V. 261. P. 2536-2541.

66. Gold M.O., Rice A.P. Targeting of CDK8 to a promoter-proximal RNA element demonstrates catalysis-dependent activation of gene expression. // Nucleic Acids Res. 1998. V. 26. P. 3784-3788.

67. Gomez-Roman N. Grandori C., Eisenman R.N., White R.J. Direct activation of RNA polymerase III transcription by c-Myc. //Nature. 2003. V. 421. P. 290-294.

68. Goodier J.L., Maraia R.J. Terminator-specific recycling of a Bl-Alu transcription complex by RNA polymerase III is mediated by the RNA terminus-binding protein La. // J. Biol. Chem. 1998. V. 273. P. 26110-26116.

69. Gottesfeld J. M., Wolf V. J., DangT., Forbes D. J., Hartl P. Mitotic repression of RNA polymerase III transcription in vitro mediated by phosphorylation of a TFIIIB component. // Science. 1994. V. 263. P. 81-84.

70. Gottlieb E., Steitz J.A. The RNA binding protein La influences both the accuracy and the efficiency of RNA polymerase III transcription in vitro. // EMBO J. 1989. V. 8. P. 841850.

71. Grandori C., Cowley S.M., James L.P., Eisenman R.N. The Myc/Max/Mad network and the • transcriptional control of cell behavior. // Cell Dev. Biol. 2000. V. 16. P. 653-660.

72. Grove A., Kassavetis G.A., Johnson T.E., Geiduschek E.P. The RNA polymerase Ill-recruiting factor TFIIIB induces a DNA bend between the TATA box and the transcriptional start site. // J. Mol. Biol. 1999. V. 285. P. 1429-1440.

73. Grummtl. Regulation of mammalian ribosomal gene transcription by RNA polymerase I. // Prog. Nucleic Acids. Res. Mol. Biol. 1999. V. 62. P. 109-154.

74. Gulli L.F., Palmer K.C., Chen Y.Q., Reddy K.B. Epidermal growth factor-induced apoptosis in A431 cells can be reversed by reducing the tyrosine kinase activity. // Cell Growth Differ. 1996. V. 7. P. 173-178.

75. Hall B.D., Clarkson S.G., Tocchini-Valentini G. Transcription initiation of eucaryotic transfer RNA genes. // Cell. 1982. V. 29. P. 3-5.

76. Hampsey M., Reinberg D. Tails of intrigue: phosphorylation of RNA polymerase II mediates histone methylation. // Cell. 2003. V. 113. P. 429-432.

77. Hannan R. D., Hempel W. M., Cavanaygh A., Arino T., Dimitrov S. I., Moss T., Rothblum L. Affinity purification of mammalian RNA polymerase I. Identification of an associated kinase. // J. Biol. Chem. 1998. V. 273. P. 1257-1267.

78. Hazzalin C.A., Mahadevan L.C. MAPK-regulated transcription: a continuously variable gene switch? // Mol Cell.Biol. 2002. V. 3. P. 30-40.

79. Henry R.W., Ma B., Sadowski C.L., Kobayashi R., Hernandez N. Cloning and characterization of SNAP50, a subunit of the snRNA-activating protein complex SNAPc. // EMBO J.1996. V. 15. P. 7129-7136.

80. Hirsch J., Martelo O.J. Phosphorylation of rat liver ribonucleic acid polymerase I by nuclear protein kinases.//J. Biol. Chem. 1976, V. 251. P. 5408-5413.

81. Hockman D. J., Schultz M. C. Casein kinase II is required for efficient transcription by RNA polymerase III. // Mol Cell.Biol. 1996. V. 16. P. 892-898.

82. Hoeffler W.K., Kovelman R., Roeder R.G. Activation of transcription factor IIIC by the adenovirus E1A protein. // Cell. 1988. V. 53. P. 907-920.

83. Holmberg C.I., Tran S.E.F., Eriksson J.E., Sistonen L. Multisite phosphorylation provides sophisticated regulation of transcription factors. // Trends Biol. Sci. 2002. V. 27. P. 619627.

84. Houge G., Robaye B., Eikhom T.S., Golstein J., Mellgren G., Gjertsen B.T., Lanotte M., Doskeland S.O. Fine mapping of 28S rRNA sites specifically cleaved in cells undergoing apoptosis. // Mol. Cell. Biol. 1995. V. 15. P. 2051-2062.

85. Hu P., Wu S., Hernandez N. A minimal RNA polymerase III transcription system from human cells reveals positive and negative regulatory roles for CK2. // Mol. Cell. 2003. V. 12. P. 699-709.

86. Hu P., Wu S., Sun Y., Yuan C.C., Kobayashi R., Myers M.P., Hernandez N. Characterization of human RNA polymerase III identifies orthologues for Saccharomyces cerevisiea RNA polymerase III subunits. // Mol. Cell. Biol. 2002. V. 22. P. 8044-8055.

87. Huang Y., Maraia R. J. Comparison of the RNA polymerase III transcription machinery in Schizosaccharomyces pombe, Saccharomyces cerevisiaeand human. // Nucleic Acids Res. 2001. V. 29. P. 2675-2690.

88. Huet J., Manadu N., Dieci G., Peyroche G., Conesa C., Lefebvre O., Ruet A., Riva M., Sentenac A. RNA polymerase III and class III transcription factors from Saccharomyces cerevisiae. // Methods Enzymol. 1996. V. 273. P. 249-267.

89. Jahn D., Wingender E., Seifart K.H. Transcription complexes for various class III genes differ in parameters of formation and stability towards salt. // J. Mol. Biol. 1987. V. 193. P. 303313.

90. James C.B.L., Carter T.H. Activation of protein kinase C inhibits adenovirus VA gene transcription in vitro. // J. Gen. Virol. 1992. V. 73. P. 3133-3139.

91. Jensen R.C., Wang Y., Hardin S.B., Stumph W.E. The proximal sequence element (PSE) plays a major role in establishing the RNA polymerase specificity of Drosophila U-snRNA genes // Nucleic Acids Res. 1998. V.26. P. 616-622.

92. Joazeiro C.A., Kassavetis G.A., Geiduschek E.P. Alternative outcomes in assembly of promoter complexes: the roles of TBP and a flexible linker in placing TFIIIB on tRNA genes. // Genes Dev. 1996. V. 10. P. 725-739.

93. Johnson L.N., O'Reilly M. Control by phosphorylation. // Curr. Opin. Struct. Biol. 1996. V.6. P. 762-769.

94. Johnston I.M., Allison S.J., Morton J.P., Schramm L., Scott P.H., White R.J. CK2 forms a stable complex with TFIIIB and activates RNA polymerase III transcription in human cells. // Mol. Cell. Biol. 2002. V. 22. P. 3757-3768.

95. Juttermann R., Hosokawa K., Kochanek S., Doerfler W. Adenovirus type 2 VAI RNA transcription by polymerase III is blocked by sequence-specific methylation. // J. Virol. 1991. V. 65. P. 1735-1742.

96. Kandolf H. The HI A histone variant is an in vivo repressor of oocyte-type 5S gene transcription in Xenopus laevis embryos. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1994. V. 91. P. 7257-7261.

97. Kassavetis G.A., Braun B.R., Nguyen L.H., Geiduschek E.P. S. cerevisiae TFIIIB is the transcription initiation factor proper of RNA polymerase III, while TFIIIA and TFIIIC are assembly factors. // Cell. 1990. V. 60. P. 235-245.

98. Kassavetis G.A., Kumar A„ Letts G.A., Geiduschek E.P. A post-recruitment function for the RNA polymerase III transcription-initiation factor IIIB. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA.1998. V. 95. P. 9196-9201.

99. Kassavetis G.A., Riggs D.L., Negri R., Nguyen L.H., Geiduschek E.P. Transcription factor IIIB generates extended DNA interactions in RNA polymerase III transcription complexes on tRNA genes. //Mol Cell.Biol. 1989. V. 9. P. 2551-2566.

100. Kayukawa K., Makino Y., Yogosawa S., Tamura T. A serine residue in the N-terminal acidic region of rat RPB6, one of the common subunits of RNA polymerases, is exclusively phosphorylated by casein kinase II in vitro. // Gene. 1999. V. 234. P. 139-147.

101. Kief D.R., Warner J.R. Coordinate control of syntheses of ribosomal ribonucleic acid and ribosomal proteins during nutritional shift-up in Saccharomyces cerevisiae. // Mol. Cell. Biol. 1981. V. l.P. 1007-1015.

102. Kovelman R., Roeder R. G. Purification and characterization of two forms of human transcription factor IIIC. // J Biol Chem. 1992. V. 267. P. 24446-24456.

103. Kraus V.B., Inostroza J.A., Yeung K., Reinberg D., Nevins J.R. Interaction of the Drl inhibitory factor with TATA binding protein is disrupted by adenovirus El A. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1994. V. 91. P. 6279-6282.

104. Kruppa M., Moir R.D., Kolodrubetz D., Willis I.M. Nhp6, an HMG1 protein, functions in SNR6 transcription by RNA polymerase III in S. cerevisiae. // Mol. Cell. 2001. V. 7. P. 309318.

105. Mahajan P. Modulation of transcription of rRNA genes by rapamycin. // Int. J. Immunopharmacol. 1994. V. 16. P. 711-721.

106. Mann C„ Micouin J,Y„ Chiannilkulchai N„ Treich I„ Buhler J,M„ Sentenac A. RPC53 encodes a subunit of Saccharomyces cerevisiae RNA polymerase C (III) whose inactivation leads • to a predominantly G1 arrest. // Mol Cell.Biol. 1992. V. 12. P. 4314-4326.

107. Manning G., Whyte D.B., Martinez R., Hunter T., Sudarsanam S. The protein kinase complement of the human genome. // Science. 2002. V. 298. P. 1912-1918.

108. Maraia R.J. Transcription termination factor La is also an initiation factor for RNA polymerase III. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1996. V. 93. P. 3383-3387.

109. Martinez E. Multi-protein complexes in eukaryotic gene transcription. // Plant Mol. Biol. 2002. V. 50. P. 925-947.

110. McCulloch V., Hardin P., Peng W., Ruppert J.M., Lobo-Ruppert S.M. Alternatively spliced hBRF variants function at different RNA polymerase III promoters. // EMBO J. 2000. V. 19. P. 4134-4143.

111. Meissner W., Thomae R., Seifart K.H. The activity of transcription factor IIIC1 is impaired during differentiation of F9 cells. // J. Biol. Chem. 2002. V. 277. P. 7148-7156.

112. Mullapudi S.R., Ali-Osman F., Shou J., Srivenugopal K.S. DNA repair protein 06-alkylguanine-DNA alkyltransferase is phosphorylated by two distinct and novel protein kinases in human brain tumour cells. // Biochem J. 2000. V. 351. P. 393-402.

113. Miller J., McLachlan A.D., Klug A. Repetitive zinc-binding domains in the protein transcriptionfactor IIIA from Xenopus oocytes. // EMBO J. 1985. V. 4. P. 1609-1614.

114. Mital R., Kobayashi R., Hernandez N. RNA polymerase III transcription from the human U6 and *• adenovirus type 2 VAI promoters has different requirements for human BRF, a subunit of human TFIIIB. // Mol Cell.Biol. 1996. V. 16. P. 7031-7042.

115. Mitchell M.T., Hobson G.M., Benfield P.A. TATA box-mediated polymerase III transcription in vitro. U J. Biol. Chem. 1992. V. 267. P. 1995-2005.

116. Mittal V., Hernandez N. Role for the amino-terminal region of human TBP in U6 snRNA transcription. // Science. 1997. V. 275. P. 1136-1140.

117. Mittal V., Ma B., Hernandez N. SNAP(c): a core promoter factor with a built-in DNA-binding damper that is deactivated by the Oct-1 POU domain. // Genes Dev. 1999. V. 13. P. 1807-1821.

118. Murphy S., Di Liegro C., Melli M. The in vitro transcription of the 7S K RNA gene by RNA polymerase III is dependent only on the presence of an upstream promoter. // Cell. 1987. V. 51. P. 81-87.

119. Nadano D., Sato T.-A. Caspase-3-dependent and -independent degradation of 28S ribosomal RNA may be involved in the inhibition of protein synthesis during apoptosis initiated by death receptor engagement. // J. Biol. Chem. 2000. V. 275. P. 13967-13973.

120. Nolte R.T., Conlin R.M., Harrison S.C., Brown R.S. Differing roles for zinc fingers in DNArecognition: structure of a six-finger transcription factor IIIA complex. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1998. V. 5. P. 2938-2943.

121. Oelgeschlager T. Regulation of RNA polymerase II activity by CTD phosphorylation and cell cycle control. //J. Cell. Physiol. 2002. V. 190. P. 160-169.

122. Oettel S., Hartel F., Kober I., Iben S., Seifart K.H. Human transcription factors IIIC2 , IIIC1 and a novel component IIIC0 fulfil different aspects of DNA binding to various pol III genes. // Nucleic Acids Res. 1997. V. 25. P. 2440-2447.

123. Oren M. Decision making by p53: life, death and cancer. Ell Death Differ. 2003. V. 10. P. 431.; 432.

124. Ory S., Zhou M., Conrads T.P., Veenstra T.D., Morrison D.K. Protein phosphatase 2A positively regulates Ras signaling by dephosphorylating KSR1 and Raf-1 on critical 14-3-3 binding sites. // Curr. Biol. 2003. V. 13. P. 1356-1364.

125. Park K.-Y., Pfeifer K. Epigenetic interplay. //Nature. 2003. V. 34. P. 126-128.

126. Paule M.R., White R.J. Transcription by RNA polymerases I and III. // Nucleic Acids Res. 2000. V. 28. P. 1283-1298.

127. Pelham H.R., Brown D.D. A specific transcription factor that can bind either the 5S RNA gene or 5S RNA. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1980. V. 77. P. 4170-4174.

128. Pfafil M.W. A new mathematical model for relative quantification in real-time RT-PCR. // Nucl. Acids Res. 2001. V. 29. P. 2002-2007.

129. Pieler T., Hamm J., Roeder R.G. The 5S gene internal control region is composed of three distinct sequence elements, organized as two functional domains with variable spacing. // Cell. 1987. V. 48. P. 91-100.

130. Pinna L.A. Protein kinase CK2.// Int. J. Biochem. Cell Biol. 1997. V. 29. P. 551-554.

131. Pluta K., Lefebvre O., Martin N.C., Smagowicz W.J., Stanford D.R., Ellis S.R., Hopper A.K., • Sentenac A., Boguta M. Maflp, a negative effector of RNA polymerase III in Saccharomyces cerevisiae. // Mol. Cell. Biol. 2001. V. 21. P. 5031-5040.

132. Powers T., Walter P. Regulation of ribosome biogenesis by the rapamycin-sensitive TOR-signaling pathway in Saccharomyces cerevisiae. // Mol. Biol. Cell. 1999. V. 10. P. 9871000.

133. Ramanathan Y., Rajpara S. M., Reza S. M., Lees E., Shuman S., Mathews M. B., Pe'ery T. Three RNA polymerase II carboxyl-terminal domain kinases display distinct substrate preferences. //J Biol Chem. 2001. V. 276. P. 10913-10920.

134. Real-time PCR vs. traditional PCR. Tutorial. Applied Biosystems internal publication. • http://www.appliedbiosystems.com/support/tutorials/pdf/rtpcrvstradpcr.pdf

135. Rezgui S.S., Honore S., Rognoni J.-B., Martin P.-M., Penel C. Up-regulation of a2pi integrin cell-surface expression protects A431 cells from epidermal growth factor-induced apoptosis. // Int. J. Cancer. 2000. V. 87. P. 360-367.

136. Riedl T., Egly J. M. Phosphorylation in transcription: the CTD and more. // Gene Expr. 2000. V. 9. P. 3-13.

137. Roberts D.N., Stewart A.J., Huff J.T., Cairns B.R. The RNA polymerase III transcriptome revealed by genome-wide localization and activity-occupancy relations. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2003. V. 100. P. 14695-14700.

138. Roeder RG, Rutter WJ. Multiple forms of DNA-dependent RNA polymerase in eukaryotic organisms.//Nature. 1969 Oct 18;224(216):234-7.

139. Russanova V.R., Driscoll C.T., Howard B.H. Adenovirus type 2 preferentially stimulates polymerase III transcription of Alu'elements by relieving repression: a potential role for chromatin. //Mol Cell.Biol. 1995. V. 15. P. 4282-4290.

140. Schenk P.W., Snaar-Jagalska B.E. Signal perception and transduction: the role of protein . kinases. // Biochem. Biophys. Acta. 1999. V. 1449. P. 1-24.

141. Schmelzle T., Hall M. N. TOR, a central controller of cell growth. // Cell. 2000. V. 103. P. 253262.

142. Schramm L., Hernandez N, Recruitment of RNA polymerase III to its target promoters. // Genes Dev. 2002. V. 16. P. 2593-2620.

143. Schramm L., Pendergrast P.S., Sun Y., Hernandez N. Different human TFIIIB activities direct RNA polymerase III transcription from TATA-containing and TATA-less promoters. // Genes Dev. 2000. V. 14. P. 2650-2663.

144. Schreiber S.L., Bernstein B.E. Signaling network model of chromatin. // Cell. 2002. V. 111. P. 771-778.

145. Schuhmacher M., Staege M.S., Pajic A., Polack A., Weidle U.H., Bornkamm G.W., Eick D., Kohlhuber F. Control of cell growth by c-Myc in the absence of cell division. // Curr. Biol. 1999. V. 9. P. 1255-1258.

146. Schultz M.C. Target of rapamycin (TOR) signaling coordinates tRNA and 5S rRNA gene transcription with growth rate in yeast. // Gene Ther. Mol. Biol. 1999. V. 4. P. 339-348.

147. Schultz P., Marzouki N., Marck C., Ruet A., Oudet P., Sentenac A. The two DNA-binding domains of yeast transcription factor tau as observed by scanning transmission electron ' microscopy. // EMBO J. 1989. V. 8. P. 3815-3824.

148. Schwartz Z.B., Sklar V.E.F., Jaehning J.A., Weinmann R., Roeder R.G. Isolation and partial characterization of the multiple forms of DNA dependent ribonucleic acid polymerase in the mouse myeloma, MOPC 315. //J. Biol. Chem. 1974. V. 249. P. 5889-5897.

149. Scott P.H., Cairns C.A., Sutcliffe J.E., Alzuherri H.M., McLees A., Winter A.G., White R.J. Regulation of RNA polymerase 111 transcription during cell cycle entry. // J. Biol. Chem. 2001. V. 276. P. 1005-1014.

150. Sedova W.M., Nikitina T.V., Tishchenko L.I. The phosphorylation of the human placenta nuclei RNA polymerase III in vitro. // The Wilhelm Bernhard Workshop. 15th International Workshop on the Cell Nucleus. Canada. 1998. P. 108.

151. Segall J., Matsui T., Roeder R.G. Multiple factors are required for the accurate transcription of purified genes by RNA polymerase III. // J. Biol. Chem. 1980. V. 255. P. 11986-11991.

152. Sentenac A. Eukaryotic RNA polymerases. // CRC Critical Rev. Biochem. 1985. V. 18. P. 31* 89.

153. Serizawa H„ Conaway R.C., Conaway J.W. A carboxyl-terminal-domain kinase associated with RNA polymerase II transcription factor from rat liver. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1992. V. 89. P.7 476-7480.

154. Shen Y., Igo M., Yalamanchili P., Berk A.J., Dasgupta A. DNA binding domain and subunit interactions of transcription factor IIIC revealed by dissection with poliovirus 3C protease.//Mol. Cell. Biol. 1996. V. 16. P. 4163-4171.

155. Sherr C.J., McCormick F. The RB and p53 pathways in cancer. // Cancer Cell. 2002. V. 2. P. 103-112.

156. Simmen K.A., Mattaj I.W. Complex requirements for RNA polymerase III transcription of the Xenopus U6 promoter. //Nucleic Acids Res. 1990. V. 18. P. 5649-5657.

157. Smith G. C., Jackson S. P. The DNA-dependent protein kinase. // Genes Dev. 1999. V. 13. P. 916-934.

158. Stacey D.W. Cyclin D1 serves as a cell cycle regulatory switch in actively proliferating cells. // Curr. Opin. Cell Biol. 2003. V. 15. P. 158-163.

159. Stefano J.E. Purified lupus antigen La recognizes an oligouridylate stretch common to the 3' termini of RNA polymerase III transcripts. // Cell. 1984. V. 36. P. 145-154.

160. Studitsky V.M., Kassavetis G.A., Geiduschek E.P., Felsenfeld G. Mechanism of transcription through the nucleosome by eukaryotic RNA polymerase. // Science. 1997. V. 278. P. 1960-1963.

161. Sun Z.W., Allis C.D. Ubiquitination of histone H2B regulates H3 methylation and gene silencing in yeast. // Nature. 2002. V. 418. P. 104-108.

162. Svejstrup J.Q. Histones Face the FACT. // Science. 2003. V. 301. P. 1053-1054.

163. Takada S., Lis J.T., Zhou S., Tjian R. A TRFlrBRF complex directs Drosophila RNA polymerase III transcription. // Cell. 2000. V. 101. P. 459-469.

164. Tan Q„ Prysak M.H., Woychik N.A. Loss of the Rpb4/Rpb7 subcomplex in a mutant form of the Rpb6 subunit shared by RNA polymerases I, II, and III. // Mol Cell.Biol. 2003. V. 23. P. 3329-3338.

165. Teichmann M., Seifart K.H. Physical separation of two different forms of human TFIIIB active in the transcription of the U6 or the VAI gene in vitro. // EMBO J. 1995. V. 14. P. 59745983.

166. Telford J.L., Kressmann A., Roski R.A., Grosschedl R., Muller F., Clarkson S.G., Birnsteil M.L. Delimination of a promoter for RNA polymerase III by means of a functional test. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1979. V. 76. P. 2590-2594.

167. Trivedi A., Young L.S., Ouyang C., Johnson D.L., Sprague K.U. A TATA element is required ^ for tRNA promoter activity and confers TATA-binding protein responsiveness in

168. Drosophila Schneider-2 cells. // J. Biol. Chem. 1999. V. 274. P. 11369-11375.

169. Tsang C.K., Bertram P.G., Ai W., Drean R., Zheng X.F.S. Chromatin-mediated regulation of nucleolar structure and RNA pol I localization by TOR. // EMBO J. 2003. V. 22. P. 6045-6056.

170. Tupler R., Perini G., Green M.R. Expressing the human genome. // Nature. 2001. V. 409. P. 832833.

171. Vermeulen K., Bememan Z.N., Van Bockstaele D.R. Cell cycle and apoptosis. // Cell Prolif. 2003b. V.36. P. 165-175.

172. Vermeulen K., Van Bockstaele D.R., Bememan Z.N. The cell cycle: a review of regulation, deregulation and therapeutic targets in cancer // Cell Prolif. 2003a. V. 36. P. 131-149.

173. Virshup D. M. Protein phosphatase 2A: a panoply of enzymes. // Curr. Opin. Cell Biol. 2000. V. 12. P. 180-185.

174. Vosseller K., Wells L., Hart G.W. Nucleoplasmic O-glycosylation: O-GlcNAc and functional proteomics. // Biochimie. 2001. V. 83. P. 575-581. .

175. Waibel G., Filipowicz W. RNA polymerase specificity of transcription of Arabidopsis U snRNA <f genes determined by promoter element spacing. // Nature. 1990. V. 346. P. 199-202.

176. Wang Z., Bai L., Hsieh Y.J., Roeder R.G. Nuclear factor 1 (NF1) affects accurate termination and multiple-round transcription by human RNA polymerase III. // EMBO J. 2000.• V. 19. P. 6823-6832.

177. Wang Z., Luo T., Roeder R.G. Identification of an autonomously initiating RNA polymerase III holoenzyme containing a novel factor that is selectively inactivated during protein synthesis inhibition. // Genes Dev. 1997. V. 11. P. 2371-2382.

178. Wang Z., Roeder R.G. DNA topoisomerase I and PC4 can interact with human TFIIIC to promote both accurate termination and transcription reinitiation by RNA polymerase III. // Mol. Cell. 1998. V. 1. P. 749-757.

179. Wang Z., Roeder R.G. TFIIIC 1 acts through a downstream region to stabilize TFIIIC2 binding to RNA polymerase III promoters. //Mol Cell.Biol. 1996. V. 16. P. 6841-6850.

180. Wang Z., Roeder R.G. Three human RNA polymerase Ill-specific subunits form a subcomplex with a selective function in specific transcription initiation. // Genes Dev. 1997. V. 11. P. 1315-1326.

181. Warburg O., Christian W. Isolierung und Kristallisation des G?rungsferments Enolase. // Biochem. Z. 1941. V. 310. P. 384-421.

182. Warner J.R. The economics of ribosome biosynthesis in yeast. // Trends Biol. Sci. 1999. V. 24.1. P. 437-440.

183. Weiner M„ Chaussivert N., Willis I.M., Sentenac A. Interaction between a complex of RNA polymerase III subunits and the 70-kDa component of transcription factor IIIB. // J. Biol. Chem. 1993. V. 268. P. 20721-20724.

184. Weser S., Riemann J., Seifart K.H., Meissner W. Assembly and isolation of intermediate steps of transcription complexes formed on the human 5S rRNA gene. // Nucleic Acids Res. 2003. V. 31? P. 240-2416. .

185. Westmark C.J., Ghose R., Huber P.W. Inhibition of RNA polymerase III transcription by a ribosome-associated kinase activity // Nucleic Acids Res. 1998. V. 26. P. 4758-4764.

186. Westmark C.J., Ghose R., Huber P.W. Phosphorylation of Xenopus transcription factor IIIA by an oocyte protein kinase CK2. // Biochem. J. 2002. V. 362. P. 375-382.

187. White R.J. Transcription factor IIIB:an important determinant of biosynthetic capacity that is targeted by tumour supressors and transforming proteins. // Int. J. Oncol. 1998. V. 12. P. 741-748.

188. White R.J., Gottlieb T.M., Downes C.S., Jackson S.P. Cell cycle regulation of RNA polymerase III transcription. // Mol. Cell. Biol. 1995. V. 15. P. 6653-6662.

189. White R.J., Khoo B.C., Inostroza J.A., Reinberg D., Jackson S.P. Differential regulation of RNA polymerases I, II, and III by the TBP-binding repressor Drl. // Science. 1994. V. 266. P. 448-450.

190. White R. J., Trouche D., Martin K., Jackson S. P., Kouzarides T. Repression of RNA polymerase '• III transcription by the retinoblastoma protein. // Nature (London). 1996. V. 382. P. 8890.

191. Whitmarsh A.J., Davis R.J. Regulation of transcription factor function by phosphorylation. // Cell. Mol. Life Sci. 2000. V. 57. P. 1172-1183.

192. Wingender E., Jahn D., Seifart K.H. Association of RNA polymerase III with transcription factors in the absence of DNA. // J. Biol. Chem. 1986. V. 261. P. 1409-1413.

193. Winter A.G., Sourvinos G., Allison S.J., Tosh K., Scott P.H., Spandidos D.A., White R.J. RNA polymerase III transcription factor TFIIIC2 is overexpressed in ovarian tumors. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2000. V. 97. P. 12619-12624.

194. Wong M.W., Henry R.W., Ma B., Kobayashi R., Klages N. Matthias P., Strubin M., Hernandez N. The large subunit of basal transcription factor SNAPc is a Myb domain protein that interacts with Oct-1. // Mol Cell.Biol. 1998. V. 18. P. 368-377.

195. Wray W., Wu P. Silver staining of proteins in polyacrylamide gele. // Analyt. Biochem. 1981. V. 118. P. 197-203.

196. Yeo M., Lin P.S., Dahmus M.E., Gill G.N. A novel RNA polymerase II C-terminal domainphosphatase that preferentially dephosphorylates serine 5. // J. Biol. Chem. 2003. V.

197. Yoshinaga S.K., Boulanger P.A., Berk A.J.Resolution of human transcription factor TFIIIC into two functional components. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1987. V. 84. P. 3585-3589.

198. Yoshinaga S.K., L'Etoile N.D., Berk A.J. Purification and characterization of transcription factor IIIC2. // J. Biol. Chem. 1989. V. 264. P. 10726-10731.

199. Zaragoza D., Ghavidel A., Heitman J., Schultz M. C. Rapamycin induces the Go program of transcriptional repression in yeast by interfering with the TOR signalling pathway. // Mol Cell.Biol. 1998. V. 18. P. 4463-4470.

200. Zhang G., Campbell E.A., Minakhin L., Richter C., Severinov K., Darst S.A. Crystal structure of Thermus aquaticus core RNA polymerase at 3.3 A resolution. // Cell. 1999. V. 98. P.811-824.

201. Zhang X., Shu L., Hosoi H., Murti K.C., Houghton P.J. Predominant nuclear localization of mammalian target of rapamycin in normal and malignant cells in culture. // J. Biol. Chem. 2002. V. 277. P. 28127-28134.

202. Zhao X., Pendergrast P.S., Hernandez N. A positioned nucleosome on the human U6 promoter allows recruitment of SNAPc by the Oct-1 POU domain. // Mol. Cell. 2001. V. 7. P. 539549.

203. Zhu L., Skoultchi A. I. Coordinating cell proliferation and differentiation. // Curr. Opin. Genes Dev. 2001. V. 11. P. 91-97.

204. Zolnierowicz S. Type 2A protein phosphatase, the complex regulator of numerous signaling pathways // Biochem. Pharmacol. 2000. V. 60. P. 1225-1235.