Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему

Структурно-функциональный анализ CNG-специфического метилирования ДНК эукариот

ВАК РФ 03.00.03, Молекулярная биология

Содержание диссертации, кандидата биологических наук, Шевчук, Тарас Валерьевич

ВВЕДЕНИЕ.

I. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

1. Распределение 5-метилцитозина в различных нуклеотидных последовательностях и областях генома высших эукариот.

1.1. Метилируемые последовательности эукариотических ДНК.

1.2. СрО-островки и их свойства.

2. Структурно-функциональные свойства цитозин(С5)-ДНК-метилтрансфераз.

2.1. Функциональная топография первичной структуры прокариотических цитозин(С5)-ДНК-метилтрансфераз.

2.2. Эукариотические ДНК-метилазы.

2.2.1. ДНК-метилазы млекопитающих.

2.2.2. ДНК-метилазы растений.

2.3. Регуляция экспрессии ДНК-метилазных генов.

3. Функциональная роль специфических типов метилирования ДНК эукариот.

3.1. Первичная функция метилирования ДНК - защита от внутригеномных паразитов.

3.2. СрО-тип метилирования ДНК.

3.2.1. Метилирование и транскрипция генов. Белки, связывающиеся с метилированной ДНК.

3.2.2. Метилирование ДНК, структура хроматина и деацетилирование гистонов.

3.2.3. Метилирование ДНК и геномный импринтинг.

3.2.4. Метилирование ДНК и канцерогенез.

3.2.4.1. Гипометилирование ДНК.

3.2.4.2. Увеличение ДНК-метилтрансферазной активности в опухолевых клетах.

3.2.4.3. Локальное гиперметилирование генома

3.3. Несимметричный тип метилирования ДНК.

3.3.1. Метилирование ДНК и её репликация.

3.3.2. Метилирование ДНК и выключение генетической экспрессии.

3.3.2.1. Животные.

3.3.2.2. Растения. Метилирование трансгенов.

3.3.2.3. Грибы.

II. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.

Материалы и оборудование.

Реактивы, среды и ферментыы.

Методы.

III. РЕЗУЛЬТАТЫ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ.

3.1. Разработка метода определения уровня метилирования цитозина в ДНК в последовательностях CCWGG.

3.2. Влияние гена ДНК-метилтрансферазы EcöRII на фенотип трансгенных опухолевых линий Nicotiana tabacum и уровень метилирования последовательностей CpNpG в их геноме.

3.2.1. Интеграция гена ДНК-метилазы EcoRII в Т-ДНК агробактериальной Ti-плазмиды дикого типа.

3.2.2. Получение трансгенных опухолевых линий Nicotiana tabacum, содержащих ген ДНК-метилазы EcoRII.

3.2.3. Физиолого-биохимическая характеристика трансгенных опухолевых линий Nicotiana tabacum.

3.2.4. Уровень метилирования последовательностей CpNpG в геноме трансгенных опухолевых линий Nicotiana tabacum.

3.3. Метилирование гена кальцитонина человека при лейкозах.

3.3.1. Анализ последовательностей CCGG.

3.3.2. Анализ последовательностей CCWGG.

IV. ВЫВОДЫ.

Введение Диссертация по биологии, на тему "Структурно-функциональный анализ CNG-специфического метилирования ДНК эукариот"

Несмотря на изучение явления энзиматического метилирования ДНК эукариот в течение пятидесяти лет, мы ещё далеки от глубокого понимания роли этой модификации генома. В исследовании энзиматического метилирования ДНК эукариот можно выделить два основных этапа.

На первом этапе с помощью методов определения количественного содержания 5-метилцитозина в суммарной ДНК и её фракциях была установлена видовая, клеточная, тканевая и внутригеномная специфичность метилирования ДНК животных и растений. На этом этапе было также обнаружено связанное с онтогенезом изменение содержания 5-метилцитозина в эукариотическом геноме и изменение метилирования ДНК при канцерогенезе и при воздействии на организм различных физиологических факторов. Следует отметить значительный приоритетный вклад отечественных учёных школы А.Н.Белозерского в исследование метилирования эукариотических геномов на этом этапе (Ванюшин и Белозерский, 1959; Бердышев и др., 1967; Маринова и др., 1969; Vanyushin et al., 1970; Сулимова и др., 1970; Vanyushin et al., 1973а,Ъ; Дрожденюк и др., 1976; Бурцева и др., 1977; Ванюшин и Романенко, 1979; Romanov and Vanyushin, 1981). Эти исследования указывали на функцию метилирования ДНК как регулятора генетической экспрессии. В этот же период был обнаружен CpG-тип метилирования ДНК животных и растений (Sinsheimer, 1954; Sinsheimer, 1955; Shapiro and Chargaff, 1960; Doskocil and Sorm, 1962; Grippo et al., 1968) и CpNpG-тип (N- любой нуклеозид) метилирования ДНК высших растений (Кирнос и др., 1981; Gruenbaum et al., 1981).

Второй этап исследований энзиматического метилирования ДНК эукариот, продолжающийся в настоящее время, связан с революционными достижениями современной биологии в области молекулярного клонирования ДНК, секвенирования ДНК и генетической инженерии. В настоящее время функциональная роль энзиматического метилирования ДНК эукариотических организмов определяется его участием в регуляции транскрипции генов, клеточной дифференцировке и морфогенезе, эпигенетическом контроле геномного импринтинга и. инактивации мобильных генетических элементов. Эти функции установлены как у млекопитающих, так и у высших растений. В последние годы развивается идея о защите эукариотического организма от экспрессии его внутригеномных паразитических элементов как об основной первичной функции энзиматического метилирования ДНК. Нарушение нормальной картины метилирования ДНК сопровождает канцерогенез и генетические заболевания человека. Согласно современным взглядам, метилирование ДНК служит эпигенетической меткой, позволяющей регуляторным факторам транскрипции отличать метилированные последовательности генома от идентичных, но не метилированных последовательностей. Существенные успехи в исследовании метилирования ДНК получены после открытия белков, связывающихся с метилированной ДНК. В настоящее время особое внимание уделено белкам, связывающимся с метилированными СрО-последовательностями ДНК и мобилизующими в эти участки гистоновые деацетилазы, формирующие транскрипционно неактивную структуру хроматина. В структурно-функциональном исследовании энзиматического метилирования эукариотических ДНК существует значительный пробел, связанный с изучением только СрО-тигга этой модификации. Однако у эукариот обнаружен второй симметричный тип метилирования ДНК СрМрО (Ы-любой нуклеозид) и несимметричный тип метилирования СрК Не исключено, что сайт-специфические типы метилирования эукариотических ДНК несут разные функции. Растущее внимание к картине метилирования целого генома эукариотической клетки, на фоне которого развиваются нормальные и нарушенные 3 процессы жизнедеятельности, ставит вопрос о раздельном анализе каждого из этих типов метилирования ДНК. Кроме того, к полученным ранее данным о влиянии Срв-метилирования на экспрессию ряда индивидуальных генов необходим дополнительный анализ метилирования в них последовательностей СрЫрО и Ср1Ч. Исследование различных типов сайт-специфического метилирования ДНК имеет фундаментальное значение для понимания функциональной роли этой модификации эукариотического генома.

Целью настоящей работы были изучение СрЫрО-типа метилирования ДНК высших эукариот в условиях изменения метаболизма и клеточной дифференцировки, а также разработка новых методических приёмов для этого исследования. В число основных экспериментальных задач входили: разработка метода определения уровня метилирования внутреннего цитозина в последовательностях CCWGG (СрМрО-тип) в суммарной ДНК; исследование эффекта переноса гена ДНК-метилтрансферазы ЕсоБШ в клетки растенйй ШсоНапа гаЬасит; анализ метилирования 5'-концевой области гена кальцитонина человека в норме и при лейкозах.

I. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

Заключение Диссертация по теме "Молекулярная биология", Шевчук, Тарас Валерьевич

IV. выводы

1. Разработан энзиматический метод определения уровня метилирования внутреннего цитозина в последовательности CCWGG эукариотических ДНК, соответствующей CpNpG-типу метилирования. Анализ можно проводить двумя способами:

1- с помощью пары ДНК-метилтрансфераз EcoRII и BstNI, имеющих разную "чувствительность" к метилированию последовательности Cm5CWGG

2- с помощью одной ДНК-метилтрансферазы BstNI. Способ основан на свойстве ДНК-метилтрансферазы BstNI метилировать ДНК, содержащую в последовательности CCWGG внутренний цитозин как в немодифицированной форме, так и в форме 5-метилцитозина, с образованием соответственно Ы4-метил- или >Г*,5-диметилцитозина.

2. Получена рекомбинантная агробактериальная Ti-плазмида дикого типа с интегрированным в область Т-ДНК геном ДНК-метилтрансферазы EcoRII (M'EcoRÜ). Этой плазмидой осуществлена генетическая трансформация клеток Nicotiana tabacum.

3. Ген M'EcoRII индуцирует у первичной трансформированной клеточной линии Nicotiana tabacum образование новых морфологических и биохимических фенотипов.

4. Проведен молекулярно-генетический анализ полученных клеточных линий Nicotiana tabacum с геном MeEcoRII. Установлен пониженный уровень метилирования внутреннего цитозина в последовательности CCWGG в ДНК этих клеток по сравнению с ДНК контрольных клеток, что может быть связано с инактивацией одного из генов ДНК-метилтрансфераз табака путём его гомологичной рекомбинации с геном M'EcoRII.

5. Проведен анализ метилирования внутреннего цитозина в последовательностях CCWGG 5'-концевой области гена кальцитонина человека из клеток периферической крови и костного мозга при различных

102 формах лейкозов. Эти последовательности сохраняются неметилированными в норме и при разных формах лейкозов. Таким образом, характерное для развития лейкемий гиперметилирование динуклеотидов СрО в 5'-концевой области гена кальцитонина человека не распространяется на близлежащий кластер последовательностей СрИрО. Можно предположить, что молекулярно-генетические процессы канцерогенеза не связаны с СрКрО-типом метилирования ДНК.

Библиография Диссертация по биологии, кандидата биологических наук, Шевчук, Тарас Валерьевич, Пущино

1. Баранова A.B., Янковский Н.К. Гены-супрессоры опухолевого роста.//Мол.биол. 1998. Т.32. С.206-218

2. Барышев М.М., Бурьянов Я.И., Косых В.Г., Баев A.A. Выделение, очистка и некоторые свойства рестриктазы и метилазы BstNl из Bacillus stearothermophillus II Биохимия. 1989. T.54. С. 1894-1903

3. Башките Е.А., Кирнос М.Д., Кирьянов Г.И., Александрушкина Н.И., Ванюшин Б.Ф. Репликация и метилирование ДНК в клетках суспензионной культуры табака и влияние ауксина.// Биохимия. 1980. Т.45. С.1448-1456

4. Бердышев Т.Д., Коротаев Т.К., Боярских Г.В., Ванюшин Б.Ф. Нуклеотидный состав ДНК и РНК соматических тканей горбуши и его изменение в течение нереста.//Биохимия. 1967. Т.32. С.988-993

5. Бурцева H.H., Азизов Ю.М., Иткин В.З., Ванюшин Б.Ф. Изменение метилирования ДНК лимфоцитов крупного рогатого скота при хроническом лимфолейкозе.//Биохимия. 1977. Т.42. С.1690-1696

6. Бурьянов Я.И., Кирьянов Г.И. Структурно-функциональные основы энзиматического метилирования ДНК. М., 1987. 220с. /Итоги науки и техники. ВИНИТИ; АН СССР. Сер.Мол.биол. Т.23

7. Бурьянов Я.И., Нестеренко В.Ф., Косых В.Г., Баев A.A. Различная молекулярная структура ДНК-метил аз EcoRll и E.coli тгебОО dcmll.I/Дош. АН СССР. 1981. Т.257. С.495-497

8. Ванюшин Б.Ф., Белозерский А.Н. Нуклеотидный состав дезоксирибонуклеиновых кислот высших растений.// Докл.АН СССР. 1959. Т.129. С.944-946

9. Ванюшин Б.Ф., Романенко Е.Б. Изменение метилирования ДНК крыс в онтогенезе и под влиянием гидрокортизона.// Биохимия. 1979. Т.44. С.78-85

10. Власова Т.И., Кирнос М.Д., Демиденко З.Н., Ванюшин Б.Ф. Модуляция фитогормонами in vitro метилирования ядерной пшеничной ДНКцитозиновой ДНК-метилтрансферазой пшеницы.// Биохимия. 1994. Т.59. С.1872-1881

11. Демидкина Н.П., Кирьянов Г.И., Ванюшин Б.Ф. Метилирование вновь синтезируемой ДНК в культуре мышиных фибробластов.// Биохимия. 1979. Т.44. С.1416-1426

12. Дрожденюк А.П., Сулимова Г.Е., Ванюшин Б.Ф. Изменение нуклеотидного состава и молекулярной популяции ДНК пшеницы при прорастании.// Мол.биол. 1976. Т.10. С.1378-1386

13. Кирнос М.Д., Александрушкина Н.И., Ванюшин Б.Ф. 5-метилцитозин в пиримидиновых последовательностях ДНК растений и животных: специфичность метилирования.//Биохимия. 1981. Т.46. С.1458-1474

14. Кирнос М.Д., Ганичева Н.И., Кутуева Л.И., Ванюшин Б.Ф. Нерепликативные синтез и метилирование ДНК в клеточном цикле клеток первого листа этиолированных проростков пшеницы.// Биохимия. 1984b. Т.49. С.1690-1702

15. Кирьянов Г.И., Исаева Л.В., Кирнос М.Д., Ганичева H.H., Ванюшин Б.Ф. Репликативное метилирование ДНК в L-клетках: действие S-изобутиладенозина и циклогексимида и возможное существование двух ДНК-метилаз.//Биохимия. 1982. Т.47. С.153-161

16. Косых В.Г., Глинскайте И.В., Бурьянов Я.И., Баев A.A. Определение локализации генов рестриктазы и метилазы EcoRII на рекомбинантных плазмидах.//Докл.АН СССР. 1982. Т.265. С.727-730

17. Мазин А.Л. О роли энзиматического метилирования регуляторных элементов в контроле активности генов разных групп организмов.// Мол.биол. 1992. Т.26. С.244-262

18. Маринич Д.В., Воробьёв И.А., Смольникова В.В., Холмс Дж., Бабан Д., Шевчук Т.В., Бурьянов Я.И., Мирошников А.И. Гиперметилирование гена кальцитонина человека при лейкозах миелоидногопроисхождения.//Гематол.транфузиол. 1999. Т.44. С.7-10

19. Маринова Е.И., Владыченская Н.С., Антонов А.С. Нуклеотидный состав ДНК некоторых однодольных растений.// Докл. АН СССР. 1969. Т.185. С.945-948.

20. Савельев C.B., Ашапкин В.В., Ванюшин Б.Ф. Рибосомная ДНК гексаплоидной пшеницы: характер метилирования и временная организация репликации в развивающихся проростках.// Мол.биол. 1990. Т.24. С.1042-1056"

21. Сулимова Г.Е., Мазин А.Л., Ванюшин Б.Ф., Белозерский А.Н. Содержание 5-метилцитозина в различных по составу фракциях ДНК выших растений.// Докл.АН СССР. 1970. Т.193. С.1422-1425

22. Aissani В., Bernardi G. CpG islands: features and distribution in the genomes of vertebrates.// Gene. 1991. V.106. P.173-183

23. Allfrey V.G., Faulkner R., Mirsky A.E. Acetylation and methylation of histones and their possible role in the regulation of RNA synthesis.// Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1964. V.51. P.786-794

24. Anderson J.E. Restriction endonucleases and modification methylases.// Curr.Opinion Struct.Biol. 1993. V.3. P.24-30

25. Antequera F., MacLeod D., Bird A. Specific protection of methylated CpGs in mammalian nuclei.// Cell. 1989. V.44. P.535-543

26. Antequera F., Bird A. Unmethylated CpG islands associated with genes in higher plant DNA.// EMBO J. 1988. V.7. P.2295-2299

27. Antequera F., Bird A. Number of CpG islands and genes in human and mouse.//Proc. Natl. Acad. Sci.USA. 1993. V.90. P.l 1995-11999

28. Antequera F., Bird A. CpG islands as genomic footprints of promoters that are associated with replication origins.// Curr.Biol. 1999. V.9. P.R661-R667

29. Antequera F., Bird A. CpG islands//DNA methylation: molecular biology and biological significance. /J.P.Jost, H.P.Saluz (eds.) Basel; Boston; Berlin: Birkhauser Verlag, 1993. P.169-185

30. Antequera F., Boyes J., Bird A. Higth levels of de novo methylation and altered chromatin structure at CpG Hands in cell lines // Cell. 1990.V. 62. P 503514

31. Ashapkin V.V., Antoniv T.T., Vanyushin B.F. Methylation-dependent binding of wheat nuclear proteins to the promoter region of ribosomal RNA genes.//Gene. 1995. V.157. P.273-277

32. Ashapkin V.V., Antoniv T.T., Vanyushin B.F. Multiple nuclear protein binding to 135bp subrepeat element of wheat ribosomal DNA intergenic spacer.// Biochem.Mol.Biol.Int. 1993. V.30. P.755-761

33. Bandaru B., Wyszynski M., Bhagwat A.S. Hpall methyltransferase is mutagenic in Escherichia coli.II J.Bacteriol. 1995. V.177. P.2950-2952

34. Barry C., Faugeron G., Rosignol J.-L. Methylation induced premeiotically in Ascobolus\ coextension with DNA repeat lengths and effect on transcript elongation.//Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 1993. V.90. P.4557-4561

35. Bartolomei M.S., Zemel S., Tilghman S.M.Parental imprinting of the mouse HI9 gene.//Nature. 1991. V.351. P. 153-155

36. Baylin S. B., Hoppener J. W. M., de Bustros A., Steenbergh P. H., Lips C. J. M., Nelkin B. D. DNA methylation patterns of the calcitonin gene in human lung cancers and lymphomas.// Cancer Res. 1986 V. 46. P. 2917-2922.

37. Baylin S.B., Herman J.G., Graff J.R., Vertino P.M., Issa J.-P. Alterations in DNA methylation: a fundamental aspect of neoplasia.// Adv. Cancer Res. 1998. V.72. P.141-196

38. Behrens B., Noyer-Weidner M., Pavlek P., Lauster R., Balganesh T.S., Trautner T.A., Organization of multispecific DNA methyltransferases encoded by temperate Bacillus subtilis phages.// The EMBO J. 1987. V.6. P.l 137-1142

39. Belinsky S.A., Nikula K.J., Baylin S.B., Issa J.P. Increased cytosine DNA-methyltransferase activity is target-cell-specific and an early event in lung cancer.//Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 1996. V.93. P.4045-4050

40. Bernacchia G., Primo A., Giorgetti L., Pitto L., Cella R. Carrot DNA-methyltransferase is encoded by two classes of genes with differing patterns of expression. //Plant J. 1998. V.13. P.317-329

41. Bestor T.H. Methylation meets acetylation.//Nature. 1998. V.393. P.311312

42. Bestor T.H. Activation of mammalian DNA methyltransferase by cleavage of a Zn binding regulatory domain.// EMBO J. 1992. V.ll. P.2611-2617

43. Bestor T.H. DNA methylation: evolution of a bacterial immune function into a regulator of gene expression and genome structure in higher eukaryotes.// Philos.Trans.R.Soc.Lond.B.Biol.Sci. 1990. V.326. P.179-187

44. Bhattacharya S.K., Ramchandani S., Cervoni N., Szyf M. A mammalian protein with specific demethylase activity for mCpG DNA.// Nature. 1999. V.397. P.579-583

45. Bhave M.R., Wilson M.J., Poirer L.A. c-H-ras and c-K-ras gene hypomethylation in the livers and hepatomas of rats fed methyl-deficient amino acid-defined diets.// Carcinogenesis. 1988. V.9. P.343-348

46. Bienz-Tadmor B., Zakut-Houri R., Libresco S., Givol D., Oren M. The 5'-region of the p53 gene: evolutionary conservation and evidence for a negative regulatory element.// EMBO J. 1985. V.4. P.3209-3213

47. Bigey P., Ramchandani S., Theberge J., Araujo F.D., Szyf M. Transcriptional regulation of the human DNA methyltransferase (dnmtl) gene. //Gene. 2000. V.242. P.407-418.

48. Bird A.P., Wolffe A.P. Methylation-induced repression belts, braces and chromatin.//Cell. 1999 V.99. P.451-454

49. Bird A.P., Taggart M.H., Nicholls R.D., Higgs D.R. Nonmethylated CpG-rich islands at the human alpha-globin locus: implications for evolution of the alpha-globin pseudogene.//EMBO J. 1987. V.6. P.999-1004

50. Bird A. Genomic imprinting: imprints of islands.// Curr.Biol. 1993. V.3. P.275-277

51. Bird A.P. CpG-rich islands and the function of DNA methylation.// Nature. 1986. V.321. P.209-213

52. Blow J. J., Laskey R.A. A role for the nuclear envelope in controlling DNA replication within the cell cycle.// Nature. 1988. V.332. P.546-548

53. Bolden A., Ward C., Nalin C., Weissbach A. The primary sequence determines in vitro methylation by mammalian DNA methyltransferases.// Prog.Nucleic Acids Res.Mol.Biol. 1986. V.33. P.231-250

54. Bolden A.H., Nalin C.M., Ward C.A., Poonian M.S. Weissbach A. Primary DNA sequence determines sites of maintenance and de novo methylation by mammalian DNA methyltransferases.// Mol.Cell.Biol. 1985. V.6. P.l 135-1140

55. Bolivar F., Rodriges R.L., Greene P.J., Betlach M.C., Heynecker H.L., Boyer K.W., Crosa J.H., Falkow S. Construction and characterization of new cloning vechicles. II. A multipurpose cloning system.// Gene. 1977. V.2. P.95-113

56. Boyes J., Bird A. Repression of genes by DNA methylation depends upon CpG density and promoter strength: evidance for involvement of a methyl-CpG binding protein.//EMBO J. 1992. V.ll. P.327-333

57. Braunstein M., Sobel R.E., Allis C.D., Turner B.M., Broach J.R., Efficient transcription silencing in Saccharomyces cerevisiae requires a heterochromatin histone acetylation pattern.// Mol.Cell.Biol. 1996. V.16. P.4349-4356

58. Brenton J.D., Viville S., Surani M.A. Genomic imprinting and cancer.// Cancer Surv. 1995. V.25. P.161-171

59. Broad P.M., Symes A.J., Thakker R.V., Craig R.K. Structure and methylation of the human calcitonin/alpha-CGRP gene.//Nucleic Acid Res. 1989. V.17. P.6999-7011.

60. Buryanov Ya.I., Bogdarina I.G., Bayev A.A. Site specificity and chromatographic properties of E.coli K-12 and EcoRXl DNA-cytosine methylases.// FEBS Lett. 1978. V.88. P.251-254.

61. Buryanov Ya.I., Zakharchenko N.S., Shevchuk T.V., Bogdarina I.G. Effect of the M-iicoRII methyltransferase-encoding gene on the phenotype of Nicotiana tabacum transgenic cells.// Gene. 1995. V.157. P.283-287.

62. Buryanov Ya.I., Zinoviev V.V., Gorbunov Yu.A., Tuzikov F.V., Rechkunova N.I., Malygin E.G., Bayev A.A., Interaction of the Eco Dam methyltransferase with synthetic oligodeoxyribonucleotides.//Gene. 1988. V.74. P.67-69

63. Buryanov Ya.I., Zinoviev V.V., Vienozhinskis M.T., Malygin E.G., Nesterenko V.F., Popov S.G. Gorbunov Yu.A. Does the DNA methylase Eco dam pair nucleotide sequences to form site-specific duplexes?// FEBS Lett. 1984. V.168. P.166-168

64. Buschhausen G., Graessmann M., Graessmann A. Inhibition of herpes simplex thymidine kinase gene expression by DNA methylation is an inderect effect.//Nucleic Acids Res. 1985. V.13. P.5503-5513

65. Buschhausen G., Witting B., Graessmann M., Graessmann A. Chromatin structure is required to block transcription of the methylated herpes simplex virus thymidine kinase gene.// Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 1987. V.84. P. 11771181

66. Cambareri E.B., Jensen B.C., Schabtach E., Selker E.U. Repeat-induced G-C to A-T mutations in Neurospora.il Science. 1989. V.244. P.1571-1575

67. Cameron E.E., Bachman K., Myôhânen S., Herman J.G., Baylin S.B. Synergy of demethylation and histone deacetylase inhibition in the re-expression of genes silenced in cancer.//Nature Genet. 1999. V.21. P.103-107

68. Carotti D., Palitti F., Lavia P., Strom R. In vitro methylation of CpG island.// Nucleic Acids Res. 1989. V.17. P. 9219-9229

69. Chen Z., Pikaard C.S. Epigenetic silencing of RNA polymerase I transcription: a role for DNA methylation histone modification in nuclear dominance.// Genes Dev. 1997. V.ll. P.2124-2136

70. Cheng X. DNA modification by methyltransferases.//Curr.Opin.Struct.Biol, 1995a. V.5. P.4-10

71. Cheng X. Structure and function of DNA methyltransferases.// Annu. Rev. Biophys. Bimol. Struct. 1995b. V.24. P.293-318

72. Cheng X., Kumar S., Posfai J., Pflugrath J.W., Roberts R.J. Crystal structure of the Hhal DNA methyltransferase complexed with S-adenosyl-L-methionin.// Cell. 1993. V.74. P.299-307

73. Chernov A.V., Vollmayr P., Walter J., Trautner T.A. Masc2, a C5-DNA-methyltransferase from As cob o lus immersus with similarity to methyltransferase of higer organisms.// Biol.Chem. 1997. V.378. P.1467-1473

74. Choi Y.-C., Chae C.-B. Demethylation of somatic and testis specific histone H2A and H2B genes in F9 embrionic carcinoma cells.// Mol. Cell. Biol. 1993. V.13. P.5538-5548

75. Christman J.K., Sheikhnejad G., Dizik M., Abileah S., Wainfan E. Reversibility of changes in nucleic acid methylation and gene expressioninduced in rat liver by severe dietary methyl deficiency.// Carcinogenesis. 1993. V.14. P.551-557

76. Christman J.K., Sheikhnejad G., Marasco C.J., Sufrin J.R. 5-methyl-2'-deoxycytidine in single-stranded DNA can act in cis to single de novo DNA methylation.// Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 1995. V.92. P.7347-7351

77. Chuang L.S., Ian H.I., Koh T.W., Ng H.H., Xu G., Li B.F. Human DNA-(cytosine-5)methyltransferase-PCNA complex as a target for p21WAFl.// Science. 1997. V.277. P.1996-2000

78. Clark S.J., Harrison J., Frommer M. CpNpG methylation in mammalian cells.//Nature Genet. 1995. V.10. P.20-28

79. Comb M., Goodman H.M. CpG methylation inhibits proenkephalin gene expression and binding of the transcription factor AP-2.// Nucleic Acids Res. 1990. V.18. P.3975-3982

80. Cooper D.N., Taggart M.H., Bird A.P. Unmethylated domains' in vertebrate DNA.// Nucleic Acids Res. 1983. V. 11 P.647-658

81. Cross S., Meehan R., Nan X., Bird A. A component of the transcriptional repressor MeCPl shares a motif with DNA methyltransferase and HRX proteins.// Nature Genet. 1997. V.16. P.256-259

82. Cumaraswamy G., Lennon G., Trask B.J., Celano B.J., Baylin S.B. Isolation and characterization of the cDNA encoding human DNA methyltransferase.//Nucleic Acids Res. 1992. V.20. P.2287-2291

83. Czank A., Hauselmann R., Page A.W., Leonhardt H., Bestor T.H., Schaffner W., Hergersberg M. Expression in mammalian cells of a cloned gene encoding murine DNA methyltransferase.// Gene. 1991. V.109. P.259-263

84. De Bustros A., Nelkin B. D., Siverman A. L., Ehrlich G., Poiesz B., Baylin S. B. The short arm of chromosome 11 is a "hotspot" for hypermethylation in human neoplasm.// Proc. Natl. Acad. Sei. USA. 1988. V. 85. P. 5693-5697.

85. De Carvalho F., Gheysen G., Kushnir S., Van Montagu., Inze D., Castresana C. Suppression of ß-l,3-glucanase transgene expression in homozygous plants.// EMBO J. 1992. V.ll. P.2595-2602

86. De Marzo A.M., Marchi V.L., Yang E.S., Veeraswamy R., Lin X., Nelson W.G. Abnormal regulation of DNA methyltransferase expression during colorectal carcinogenesis.//Cancer Res. 1999. V.59. P.3855-3860

87. Deng J., Szyf M. Multiple isoforms of DNA methyltransferase are encoded by vertebrate cytosine DNA methyltransferase gene.//J.Biol.Chem. 1998. V.273. P.22869-22872

88. Doerfler W. The fate of the DNA of adenovirus type 12 in baby hamster kidney cells.//Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 1968. V.60. P.636-643

89. Dosköcil J., Sorm F. Distribution of 5-methylcytosine in pyrimidine sequences of deoxyribonucleic acids.// Biochim.Biophys.Acta. 1962. V.55. P.953-959

90. Draper J., Scott R., Armitage Ph., Waiden R. Plant genetic transformation and gene expression.//A laboratory manual/ J.Draper, R.Scott, Ph.Armitage (eds). London: Blackwell Sei. Publ, 1988. 355 p.

91. Eads C.A., Danenberg K.D., Kawakami K., Saltz L.B., Danenberg P.V., Laird P.W. CpG island hypermethylation in human colorectal tumors is not associated with DNA methyltransferase overexpession.//Cancer Res. 1999. V.59. P.2302-2306

92. Feinberg A.P., Vogelstein B. Hypomethylation distinguishes genes of some human cancers from their normal counterparts.//Nature. 1983. V.301. P.89-92

93. Finnegan E.J., Dennis E.S. Isolation and identification by sequence homology of a putative cytosine methyltransferase from Arabidopsis thaliana.ll Nucleic Acids Res. 1993. V.21. P.2383-2388

94. Finnegan E.J., Genger R.K., Peacock W.J., Dennis E.S. DNA methylation in plants.// Annu.Rev.Plant Physiol.Plant Mol.Biol. 1998. V.49. P.223-247

95. Finnegan E.J., Peacock W.J., Dennis E.S. Reduced DNA methylation in Arabidopsis thaliana results in abnormal plant development.// Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 1996. V.93. P.8449-8454

96. Fire A. RNA-triggered gene silencing.// Trends Genet. 1999. V.15. P.358363

97. Flavell R.B., CDell M., Thompson W.F. Regulation of cytosine methylation in ribosomal DNA and nucleolus organizer expression in wheat.// J.Mol.Biol. 1988. V.204. P.523-534

98. Foss H.M., Roberts C.J., Claeys K.M., Selker E.U. Abnormal chromosome behaviour in Neurospora mutants defective in DNA methylation.// Science. 1993. V.262. P.1737-1741

99. Frank D., Keshet I., Sham M., Levinc A., Razin A., Cedar H. Demethylation of CpG islands in embryonic cells.// Nature. 1994. V.351. P.239-241

100. Friedman S., Ansari N. Binding of the EcoRII Methyltransferase to 5-fluorocytosine-containing DNA. Isolation of Bound Protein.// Nucleic Acids Res. 1992. V. 21. V.3241-3248

101. Fuks F., Burgers W.A., Brehm A., Hughes-Davies L., Konzarides T. DNA methyltransferase Dnmtl associates with histone deacetylase activity.// Nature Genet. 2000. V.24. P.88-91

102. Gama-Sosa M.A., Slagel V.A., Trewyn R.W., Oxenhandler R., Kuo K.C., Gehrke C.W., Ehrlich M. The 5-methylcytosine content of DNA from human tumors.//Nucleic Acids Res. 1983. V.ll. P.6883-6894

103. Gardiner-Garden M., Frommer M. CpG islands in vertebrate genomes.// J.Mol.Biol. 1987. V.196. P.261-282

104. Gaudet F., Talbot D., Leonhardt H., Jaenisch R. A short DNA methyltransferase isoform restores methylation in vivo.// J.Biol.Chem. 1998. V.273. P.32725-32729

105. Giordano M., Mattachini M.E., Cella R., Pedrali-Noy G. Purification and properties of a novel DNA methyltransferase from cultured rice cells.//Biochem.Biophys.Res.Commun. 1991. V.177. P.711-719

106. Glickman J.F., Pavlovich J.G., Reich N.O. Peptide mapping of the murine DNA methyltransferase reveals a major phosphorylation site and the start of translation.// J.Biol.Chem. 1997. V.272. P.17851-17867

107. Goyon C., Barry C., Gregoire A., Faugeron G., Rossignol J.-L. Methylaion of DNA repeats of decreasing sizes in Ascobolus immersus.H Mol.Cell.Biol. 1996. V.16. P.3054-3065

108. Goyon C., Faugeron G. Targeted transformation of Ascobolus immersus and de novo methylation of the resulting duplicated DNA sequences.// Mol.Cell.Biol. 1989. V.9. P.2818-2827

109. Goyon C., Nogueira T.I.V., Faugeron G. Perpetuation of cytosine methylation in Ascobolus immersus implies a novel type of maintenance methylase.//J.Mol.Biol. 1994. V.240. P.42-51

110. Graesmann A., Graesmann M. DNA methylation, chromatin structure and regulation of Herpes simplex virus tk gene expression.// Gene. 1988. V.74. P.135-137

111. Grippo P., Iaccarino M., Parisi E., Scarano E. Methylation of DNA in developing sea urchin embryos.//J.Mol.Biol. 1968. V.36. P.195-208

112. Gruenbaum Y., Naveh-Many T., Cedar H., Razin A. Sequence specificity of methylation in higher plant DNA.// Nature. 1981. V.292. P.860-862

113. Grunstein M. Histone acetylation in chromatin structure and transcription.//Nature. 1997. V.389. P.349-352

114. Guschibauer W., The DNA and S-adenosylmethionine-binding regions of EcoDam and related methyltransferases.// Gene. 1988. V.74. P.211-214

115. Hakkarainen M., Wahlfors J., Mydhanen S., Hiltunen M.O., Eskelinen M., Johansson R., Janne J. Hypermethylation of calcitonin gene regulatory sequences in human breast cancer as revealed by genomic sequencing.//Int.J.Cancer. 1996. V.69. P.471-474.

116. Hamilton A.J., Baulcombe D.C. A species of small antisense RNA in posttanscriptional gene silencing in plants.// Science. 1999. V.286. P.950-952

117. Han.M., Grunstein M. Nucleosome loss activates yeast downstream promoters in vivo.// Cell. 1988. V.55. P.l 137-1145

118. Hata K., Sakaki Y. Identification of critical CpG sites for repression of LI transcription by DNA methylation.// Gene. 1997. V.189. P.227-234

119. Hatada J., Hayashizaki Y., Hirotsune S., Komatsubara H., Mukai T. A genomic scaning method for higher organisms using restriction sites as landmarks.// Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 1991. V.88. P.9523-9527

120. Hattman S., Cousens L. Location of the region controlling host specificity (hs II) with respect to drug resistance markers on fi"R factor N3.// J.Bacteriol. 1972. V.112. P.1428-1430

121. Hendrich B., Bird A. Identification and characterization of a famaly of mammalian methyl-CpG binding proteins.// Mol.Cell Biol. 1998. V.18. P.6538-6547

122. Hererra-Estrella L., De Block M., Messens E., Heraalsteens J.-P., Van Montagu M., Schell J. Chimeric genes as dominant selectable markers in plant cells.//EMBO J. 1983. V.2. P.987-995.

123. Heslop-Harrison J.S. Gene expression and parental dominance in hybrid plants.//Development. 1990. Suppl. P.21-28

124. Jacobsen S.E., Meyerowitz E.M. Hypermethylated SUPERMAN epigenetic alleles inArabidopsis./I Science. 1997. V.277. P.l 100-1103

125. Jacobsen S.E., Sakai H., Finnegan E.J., Cao X., Meyerowitz E.M. Ectopic hypermethylation of flower-specific genes in Arabidopsis.il Curr.Biol. 2000. V.10. P.179-186

126. Jaenisch R. DNA methylation and imprinting: why bother?// Trends Genet. 1997. V.13. P.323-329

127. James S.J., Pogribny I.P., Miller B.J., Pogribna M. Refeeding the contrrol diet during tumor promotion increases frequency of liver tumors and metastases in folate/methyl deficient rats.//Proc.Am.Assoc.Cancer.Res. 1997. V.38. P.711

128. Jeanpierre M., Turleau C., Aurias A., Prieur M., Ledeist F., Fischer A., Viegas-Pequignot E. An embryonic-like methylation pattern of classical satellite DNA is observed in ISF syndrome.// Hum.Mol.Genet. 1993. V.2. P.731-735

129. Jeddeloh J.A., Stokes T.L., Richards E.J. Maintenance of genomic methylation requires a SWI2/SNF2-like protein.// Nature Genet. 1999. V.22. P.94-97

130. Jones P. A. The DNA methylation paradox. // Trends Genet. 1999. V.15. P.34-37

131. Jones P.L., Veenstra G.J.C, Wade P.A., Vermaak D., Kass S.U., Landsberger N., Strouboulis J., Wolffe A.P. Methylated DNA and MeCP2 recruit histone deacetylase to repress transcription.//Nature Genet. 1998. V. 19. P.187-191

132. Kakutani T. Jeddeloh J.A., Flowers S.K., Munakata K., Richards E.J. Developmental abnormalities and epimutations associated with DNA hypomethylation mutations.// Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 1996. V.93. P. 1240612411.

133. Kass S.U., Landsberger N., Wolff A.P. DNA methylation directs a time-dependent repression of transcription initiation.// Curr.Biol. 1997. V.7. P.157-165

134. Kautainien T. L., Jones P. A. DNA methyltransferase levels in tumorigenic and non-tumorigenic cells in culture.//J.Biol.Chem. 1986. V.261. P.1594-1598.

135. Kazazian H.H., Jr, Moran J.V. The impact of LI retrotransposons on the human genome.//Nature Genet. 1998. V.19. P. 19-24

136. Kingston R.E., Bunker C.A., Imbalzano A.N. Repression and activation by multiprotein complexes that alter chromatin structure.// Genes Dev. 1996. V.10. P.905-920

137. Klimasauskas S., Kumar S., Roberts R.J., Cheng X Hhal methyltransferase flips its target base out of DNA helix.// Cell. 1994. V.76. P.357-369

138. Klimasauskas S., Timinskas A., Menkevicius S., Butkiene D., Butkus V., Janulaitis A. Sequence motifs characteristic of DNA cytosine-N4. Methyltransferases: similarity to adenine and cytosine-C5 DNA-Methylases.// Nucleic Acids Res. 1989. V.17. P9823-9832

139. Knezetic J.A., Luse D.S., The presence of nucleosomes on a DNA template prevents initiation by RNA polymerase II in vitro.// Cell. 1986. V:45. P.95- 104;

140. Knudson A.G. Mutation and cancer: statistical study of retinoblastoma.// Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 1971. V.68. P.820-823

141. Kochanek S., Renz D., Doerfler W. DNA methylation in the Alu sequences of diploid and haploid primary human cells.//EMBO J. 1993. V.12. P.l 141-1151

142. Koi M., Johnson L.A., Kalikin L.M., Little P.F., Nakamura Y., Feinberg A.P. Tumor cell growfh arrest caused by subchromosomal transferable DNA fragments from chromosome 11.//Science. 1993. V.260. P.361-364.

143. Kornberg R.D., Lorch Y. Tventy-five years of the nucleosome, fundamental particle of the eukayote chromosome.//Cell. 1999. V.98. P.285-294

144. E., Beard C., Forster A.C., Bestor T.H., Jaenisch R. DNA methylation, genomic imprinting, and mammalian development.// Cold Spring Harbor Sympos.Quant.Biol. 1993. V.58. P.297-305

145. MacLeod D., Ali R.R., Bird A.P. An alternative promoter in the mouse major histocompatibility complex class II I-A|3 gene: implications for the origin ofCpG islands.//Mol.Cell Biol. 1998. V.18. P.4433-4443

146. MacLeod A.R., Rouleau J., Szyf M. Regulation of DNA methylation by the Ras signaling pathway.//J.Biol.Chem. 1995. V.270. P.l 1327-11337

147. MacLeod A.R., Szyf M. Expression of an antisense to the DNA methyltransferase mRNA induces DNA demethylation and inhibits tumorigenesis.//J.Biol.Chem. 1995. V.270. P.8037-8043

148. MacLeod D., Charlton J., Mullins J., Bird A.P. Spl sites in the mouse aprt gene promoter are required to prevent methylation of the CpG island.// Genes Dev. 1994. V.8. P.2282-2292

149. Malagnac F., Gregoire A.,. Goyon C., Rossignol J.-L., Faugeron G. Masc2, a gene from Ascobolus encoding a protein with a DNA-methyltransferase activity in vitro is dispensable for in vivo methylation.// Mol.Microbiol. 1999. V.31. P.331-338

150. Malinen T., Palotie A., Pakkala S., Peltonen L., Ruutu T., Jansson S.E. Acceleration of chronic myeloid leukemia correlates with calcitonin gene hypermethylation.// Blood. 1991. V.77. P.2435-2440.

151. Margot J.B., Aguirre-Arteta A.M., Di Giacco B.V., Pradhan S., Roberts R.J., Cardoso M.C., Leonhardt H. Structure and function of the mouse DNA methyltransferase gene: Dnmtl shows a tripartite structure.// J.Mol.Biol. V.297. P.293-300

152. Marmur J. A procedure for the isolation of deoxyribonucleic acid from micro-organisms.//J.Mol.Biol. 1961. V.3. P.208 218.

153. Martienssen R.A., Richards E.J. DNA methylation in eukaryotes//Curr.Opinion Genet.Dev. 1995. V.5. P.234-242.

154. Matzke M., Matzke A.J.M. Genomic imprinting in plants: parental effects and iratts-inactivation phenomena. Annu.Rev.Plant Physiol.Plant Mol.Biol. 1993. V.44. P.53-76

155. Matzke M.A., Matzke A.J.M., Primig M., Traousky J. Reversible methylation and inactivation of marker genes in sequentially transformed tobacco plants.//EMBO J. 1989. V.8. P.643-649

156. McCormick F. Signalling networks that cause cancer.//Trends Cell Biol. 1999. V.9. P.M53-M60122

157. McDonald J.F., Transposable elements, gene silencing and macroevolution.//Trends Ecol. Evolut. 1998. V.13. P.94-95

158. Meehan R.R., Lewis J.D., McKay S., Kleiner E.L., Bird A.P. Identification of a mammalian protein that binds specifically to DNA containing methylated CpGs.// Cell. 1989. V.58. P.499-507

159. Mertineit C., Yoder J.A., Taketo T., Laird D.W., Trasler J.M., Bestor T.H. Sex-specific exons control DNA methyltransferase in mammalian germ cells.//Development. 1998. V.125. P.889-897

160. Mette M., van der Wïnden J., Matzke M.A., Matzke A.J.M. Production ofaberrant promoter transcripts contributes to methylation and silencing of unlinked homologous promoters in trans.// EMBO J. 1999. V.18. P.241-248

161. Meyer P., Heidmann I., Niedenhof I. Differences in DNA-methylation are associated with a paramutation phenomenon in transgenic petunia.// Plant J. 1993. V.4. P.89-100

162. Meyer P., Niedenhof I., ten Lohuis M. Evidence for cytosine methylation of non-symmetrical sequences in transgenic Petunia hybrida./l EMBO J. 1994. V.13. P.2084-2088

163. Mi S., Roberts R.J. The DNA binding affinity of Hhal methylase is increased by a single amino acid substutuion in the catalytic center.// Nucleic Acids Res. 1993. V.21. P.2459-2464

164. Miyamura Y., Ohtsu H., Niwa O., Kurishita A., Watanabe H., SadoT., Ono T. Comparison of the age-and tumor-associated changes in the c-myc gene methylation in mouse liver.// Gerontology. 1993. V.39. P.3-10

165. Murashige T., Skoog F, A revised medium for rapid growth and bioassays with tobacco tissue cultures// Plant Physiol. 1962. V.15. P.473-497

166. Nakano Y., Steward N., Sekine M., Kusano T., Sano H. A tobacco NtMET cDNA encoding a DNA methyltransferase: molecular characterization and abnormal phenotypes of transgenic tobacco plants.// Plant Cell.Physiol. 2000. V.41. P.448-457

167. Nan X., Meehan R.R., Bird A. Dissection of the methyl-CpG-binding domain from the chromosomal protein MeCP2.// Nucleic Acids Res. 1993. V.21. P.4886-4892

168. Nan X., Ng H.-H., Johnson C.A., Laherty C.D., Turner B.M., Eisenman R.N., Bird A. Transcriptional repression by the methyl-CpG-binding protein MeCP2 involves a histone deacetylase complex.// Nature. 1998. V.393. P.386-389

169. Nan X., Campoy F., Bird A. MeCP2 is a transcriptional repressor with abundant binding sites in genomic chromatin.// Cell. 1997. V.88. P.471-481

170. Nan X., Tate P., Li E., Bird A. DNA methylation specifies chrmosomal localization of MeCP2.// Mol.Cell.Biol. 1996. V.16. P.414-421

171. Napoli C., Lemieux C., Jorgensen R. Introduction of a chimeric chalcone synthase gene into petunia results in reversible co-suppression of homologous genes in ira«5.//Plant Cell. 1990. V.2. P.279-289;

172. Nelkin B. D., Przepiorka D., Burke P. J., Thomas E. D., Baylin S. B. Abnormal methylation of the calcitonin gene marks progression of chronic myelogenous leukemia.//Blood. 1991. V.77. P.2431-2434.

173. Neumann B., Kubicka P., Barlow D.P. Characteristics of imprinted genes.// Nature.Genet. 1995. V.9. P. 12-13

174. Ng H.-H., Zhang Yi., Hendrich B., Johnson C.A., Turner B.M., Erdjument-Bromage H., Tempst P , Reinberg D., Bird A. MBD2 is a transcriptional repressor belonging to the MeCPl histone deacetylase complex.// Nature Genet. 1999. V.23. P.58-61

175. Nick H., Bowen B., Ferl R.J., Gilbert W. Detection of cytosine methylation in the maize alcohol dehydrogenase gene by the genomic sequencing.//Nature. 1986. V.319. P.243-246

176. Noyer-Weinder M., Trutner T.A. Methylation of DNA in procaryotes.// DNA methylation: molecular biology and biological significance./ J.P.Jost, H.P.Saluz (eds) Basel; Boston; Berlin: Birhauser Verlag, 1993. P.39-108

177. Okano M., Bell D.W., Haber D.A., Li E. DNA methyltransferases Dnmt3a and Dnmt3b are essential for de novo methylation and mammalian development.// Cell. 1999. V.99. P.247-257

178. Okano M., Xie S., Li E. Cloning and characterization of a family of novel mammalian DNA (cytosine-5) methyltransferases.// Nature Genet. 1998b. V.19. P.219-220

179. Okano M., Xie S., Li E. Dnmt2 is not required for de novo and maintenance methylation of viral DNA in embryonic stem cells.// Nucleic Acids Res. 1998a. V.26. P.2536-2540

180. Paranjape S.M., Kamakaka R.T., Kadonaga J.T. Role of chromatin structure in the regulation of transcription by RNA polymerase II.// Annu. Rev. Biochem. 1994.V.63. P.265-297

181. Pazin M.J., Kadonaga J.T. SWI2/SNF2 and related proteins: ATP-driven motors that disrupt protein-DNA interaction?// Cell. 1997a. V.88. P.737-740

182. Pazin M.J., Kadonaga J.T. What's up and down with histone deacetylation and transcription?// Cell. 1997b. V.89. P.325-328

183. Pedone P.V., Pikaart M.J., Cerrato F., Vernucci M., Ungaro P., Bruni C.B., Riccio A. Role of histone acetylation and DNA methylation in the maintenance of the imprinted expression of the HI9 and Igf2 genes.// FEBS Lett. 1999. V.458. P.45-50

184. Pogribny I.P., Pogribna M., Chrristman J.K., James S.J. Single-site methylation within the p53 promoter region reduces gene expression in areporter gene construct: possible in vivo relevance during tumorgenesis.//Cancer Res. 2000. V.60. P.588-594

185. Pogribny L.P., Miller B.J., James S.J. Alterations in hepatic p53 gene methylation patterns during tumor progression with folate/methyl deficiency in the rat.// Cancer Lett. 1997. V.l 15. P.31-38

186. Pradhan S., Cummings M., Roberts R.J., Adams R.L.P. Isolation, characterization and baculovirus-mediated expression of the cDNA encoding cytosine DNA methyltransferase from Pisum sativum.// Nucleic Acids Res. 1998. V.26. P.1214-1222

187. Ramchandani S., MacLeod A.R., Pinard M., von Hofe E., Szyf M. Inhibition of tumorigenesis by a cytosine-DNA methyltransferase, antisense oligodeoxynucleotide.// Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 1997. V.94. P.684-689

188. Ramsahoye B.H., Biniskiewicz D, Lyko F., Clark V., Bird A.P., Jaenish R. Non-CpG mrthylation is prevalent in embryonic stem cells and may be mediated by DNA methyltransferase 3a.// Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 2000. V.97. P.5237-5242

189. Ratcliff F., Harrison B.D., Baulcombe D.C. A similarity between viral defense and gene silencing in plants.// Science. 1997. V.276. P. 1558-1560

190. Razin A., Cedar H. DNA methylation and genomic imprinting.// Cell. 1994. V.77. P.473-476

191. Reik W. Genomic imprinting and genetic disorders in man.// Trends Genet. 1989. V.5. P.331-336

192. Reik W., Walter J. Imprinting mechanisms in mammals.// Curr.Opinion Genet.Dev. 1998. V.8. P.154-164

193. Reik W., Collick A., Norris M.L., Barton S.C., Surani M.A. Genomic imprinting determines methylation of parental alleles in transgenic mice.// Nature. 1987. V.328. P.248-254

194. Rhounim L., Gregoire A., Salama S., Faugeron G. Clustering of multiple trsnsgene integrations in highly-unstable Ascobolus immersus transformants.// Curr.Genet. 1994. V.26. P.344-351

195. Rhounim L., Rossignol J.-L., Faugeron G. Epimutation of repeated genes in Ascobolus immersus.il EMBO J. 1992. V.l 1. P.4451-4457

196. Rideout W.M. HI, Coetzee G.A., Olumi A.F., Jones P.A. 5-methylcytosine as an endogenous mutagen in the human LDL receptor and p53 genes.//Science. 1990. V.249. P.1288-1290

197. Riggs A.D., Pfeifer G.P. X-chromosome inactivation and cell memory.// Trends Genet. 1992. V.8. P.169-174.

198. Ritter M., de Kant E., Huhn D., Neubauer A. Detection of DNA methylation in the calcitonin gene in human leukemias using differential polymerase chain reaction.//Leukemia. 1995. V.9. P.915-921

199. Romanov G.A., Vanyushin B.F. Methylation of reiterated sequences in mammalian DNAs. Effects of the tissue type, age, malignancy and hormonal induction.//Biochim.Biophys.Acta. 1981. V.653. P.204-218

200. Rossignol J.-L., Faugeron G. Gene inactivation triggered by recognition between DNA repeats.//Experientia. 1994. V.50. P.307-317

201. Rouleau J., MacLeod A.R., Szyf M. Regulation of the DNA methyltransferase by the Ras-APl signaling pathway.// J.Biol.Chem. 1995. V.270. P.1595-1601

202. Salomon R., Kaye A.M. Methylation of mouse DNA in vivo: di- and tripyrimidine sequences containing 5-methylcytosine.// Biochim.Biophys.Acta. 1970. V.204. P.340-351

203. Sambrook J., Fritsch E.F., Maniatis T. Molecular cloning : a laboratory manual. New York: Cold Spring Harbour Press, 1989. 545p.

204. Sapienza C., Peterson A., Rossant J., Balling R. Degree of methylation of transgenes is dependent on gamete of origin.//Nature. 1987. V.328. P.251-254

205. Schluckebier G., O'Gara M., Saenger W., Cheng X. Universal catalytic domain structure of AdoMet-dependent methyltransferases.// J.Mol.Biol. 1995. V247. P. 16-20

206. Schmitt F., Oakeley E.J., Jost J.P. Antibiotic induce genome-wide hypermethylation in cultured Nicotiana tabacum plants.// J.Biol.Chem. 1997. V.272. P. 1534-1540

207. Schmutte C., Jones P.A. Involvement of DNA methylation in human carcinogenesis.// Biol. Chem. 1998. V.379. P.377-388

208. Selker E. Premeiotic instability and repeated sequences in Neurospors crassa.ll Annu.Rev.Genet. 1990. V.24. P.579-613

209. Selker E.U., Cambareri E.B., Jensen B.C., Haack K.R. Rearrangement of duplicated DNA in specialized eels of Neurospora.il Cell. 1987. V.51. P.741-752

210. Selker E.U., Fritz D.Y., Singer M.J. Dense nonsymmetrical DNA methylation resulting from repeat-induced point mutation in Neurospora.il Science. 1993. V.262. P.1724-1728

211. Selker E.U., Stevens J.N DNA methylation at asymmetric sites is associated with numerous transition mutations.// Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 1985. V.82. P.8114-8118

212. Selker E.U.Epigenetic phenomena in filamentous fungi: useful paradigms or repeat-induced confusion?// Trends Genet. 1997. V.13. P.296-301

213. Shapiro H.S., Chargaff E. Studies on the nucleotide arrangement in deoxyribonucleic acid IV. Patterns of nucleotide sequence in the deoxyribonucleic acid of rye germ and its fractions.// Biochim.Biophys.Acta. 1960. V.39. P.68-82

214. Shemer R., Birger Y., Riggs A.D., Razin A. Structure of the imprinted mouse Snrpn gene and establishment of its parental-specific methylation pattern.//Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 1997. V.94. P.10267-10272

215. Shen J.-C., Rideout W.M., III, Jones P. High frequency mutagenesis by a DNA methyltransferase.// Cell. 1992. V.71. P.1073-1080

216. Shen J.-C., Zingg J.-M., Yang A.S., Schmutte C., Jones P.A. A mutant Hpall methyltransferase functions as a mutator enzyme.// Nucleic Acids Res. 1995. V.23. P.4275-4282

217. Simon D., Stuhlmann H., Jahner D., Wagner H., Werner E., Jaenisch R. Retrovirus genomes methylated by mammalian but not bacterial methylase are non-infectious.//Nature. 1983. V.304. P.275-277

218. Sinsheimer R.L. The action of pancreatic deoxyribonuclease I. Isolation of mono- and dinucleotides.//J.Biol.Chem. 1954. V.208. P.445-459

219. Sinsheimer R.L. The action of pancreatic deoxyribonuclease II. Isomeric dinucleotides.//J.Biol.Chem. 1955. V.215. P.579-583

220. Slack A., Cervoni N., Pinard M., Szyf M. Feedback regulation of DNA methyltransferase gene expression by methylation.//Eur.J.Biochem. 1999. V.264. P.191-199

221. Smit A.F. The origin of interspersed repeats in the human genome.//Curr.Opin.Genet.Dev. 1996. V.6. P.743-748

222. Smith S.S., Kan J.L.C., Baker D.J., Kaplan B.E., Dembek P. Recognition of unusual DNA structures by human DNA (cytosine-5)methyltransferase.// J.Mol.Biol. 1991. V.217. P.39-51

223. Smith S.S., Kaplan B.E., Sowers L.C., Newman E.M. Mechanism of human methyl-directed DNA methyltransferase and the fidelity of cytosine methylation.// Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 1992. V.89. P.4744-4748

224. Sneider T.W. The 5r-cytosine in CCGG is methylated in two eucaryotic DNAs and Mspl is sensitive to methylation at this site.// Nucleic Acids Res. 1980. V.8. P.3829-3840

225. Southern E. Detection of specific sequences among DNA fragments separated by gel electrophoresis.//J.Mol.Biol. 1975. V.98. P.503-512

226. Spencer V.A., Davie J.R. Role of covalent modifications of histones in regulating gene expression.// Gene. 1999. V.240. P. 1-12

227. Stöger R., Kubicka P., Lin C.G., KafriT., Razin A., Cedar H., Barlow D.P. Maternal-specific methylation of the imprinted mouse Igf2r locus identifies the expressed locus as carrying the imprinting signal.// Cell. 1993. V.73. P.61-71

228. Struhl K. Histone acetylation and transcriptional regulatory mechanisms.// Genes Dev. 1998. V.12. p.599-606

229. Szyf M., Rouleau J., Theberge J., Bozovic V. Induction of myogenic differentiation by an expression vector encoding the DNA methyltransferase cDNA sequence in the antisense orientation.// J.Biol.Chem. 1992. V.267. P.12831-12836

230. Tasheva E.S., Roufa D.J. A mammalian origin of bidirectional DNA replication within the transcribed sequences of the Chinese hamster RPS14 locus.//Mol.Cell.Biol. 1994a. V.14. P.5628-5635

231. Tasheva E.S., Roufa D.J. Densely methylated DNA islands in mammalian chromosomal replication origins.//Mol.Cell.Biol. 1994b. V.14. P.5636-5644

232. Tasheva E.S., Roufa D.J. Deoxycytidine methylation and the origin of spontaneous transition mutations in mammalian cells.// Somat.Cell Mol.Genet. 1993. V.19. P.275-283

233. Tate P., Skarnes W., Bird A. The methyl-CpG binding protein MeCP2 is essential for embryonic development in the mouse.// Nature Genet. 1996. V.12. P.1469-1475

234. Tazi J., Bird A. Alternative chromatin structure at CpG islands.// Cell. 1990. V.60. P.909-920

235. Thayer R.E., Singer M.F., Fanning T.G. Undermethylation of specific LINE-1 sequences in human cells producing a LINE-1-encoded protein.//Gene. 1993. V.133. P.273-277

236. Theiss G, Schleicher R., Schimpff-Weil R., Follmann H. DNA methylation in wheat. Eur.J.Biochem. 1987. V.167. P.89-96

237. Tollefsbol T.O., Hutchinson C.A., HI. Mammalian DNA(cytosine-5)-methyltransferase expressed in Escherichia coli, purified and characterized.// J.Biol.Chem. 1995. V.270. P. 18543-18550

238. Tollefsbol T.O., Hutchinson C.A., III. Control of methylation spreading in synthetic DNA sequences by the murine DNA methyltransferase.// J.Mol.Biol. 1997. V.269. P.494-504

239. Tornaletti S., Pfeifer G.P. Complete and tissue-independent methylation of CpG sites in the p53 gene: implications for mutations in human cancers.//Oncogene. 1995. V.10. P.1493-1499

240. Toth M., Müller U., Doerfler W. Establishment of de novo DNA methylation patterns. Transcription factor binding and deoxycytidine methylation at CpG and non-CpG sequences in an integrated adenovirus promoter.//J.Mol.Biol. 1990. V.214. P.673-683

241. Tsukiyama T., Wu C. Chromatin remodeling and transcription.// Curr. Opinion Genet. Dev. 1997. V.7. P.182-191

242. Tuck S.P., Crawford L. Characterization of the human p53 gene promoter.// Mol.Cell.Biol. 1989. V.9. P.2163-2172

243. Tweedie S., Charlton J., Clark V., Bird A. Methylation of genomes and genes at the invertebrate-vertebrate boundary.//Mol. Cell. Biol. 1997. V.17. P.1469-1465

244. Tyler J.K., Kadonaga J.T. The "dark side" of chromatine remodeling: repressive effects on transcription.// Cell. 1999. V.99. P.443- 446

245. Ueda H., Ullrich S.J., Gangemi J.D., Kappel C.A., Ngo L., Feitelson M.A., Jay G. Functional inactivation but not structural mutation of p53 causes liver cancer.//Nature Genet. 1995. V.9. P.41-47

246. Van der Krol A.R., Mur L.A., Beld M., Mol J.N.M., Stuitje A.R. Flavonoid genes in petunia: addition of a limited number of gene copies may lead to a suppression of gene expression.//Plant Cell. 1990. V.2. P.291-299

247. Van Larebeke N., Engler N., Holsters M., Van den Elsaker S, Zaenen I., Shilperoort R.A., Shell J. Large plasmid in Agrobacterium tumefaciens essential for crown-gall inducing ability.// Nature. 1974. V.252. P. 169-175

248. Vanyushin B.F., Kirnos M.D. DNA methylation in plants.// Gene. 1988. V.74. P.117-121

249. Vanyushin B.F., Lopatina N.G., Wise C.K., Fullerton F.R., Poirier L.A. Butylated hydroxytoluene modulates DNA methylation in rats.// Eur.J.Biochem. 1998. V.256. P.518-527

250. Vanyushin B.F., Mazin A.L., Vasilyev V.K., Belozersky A.N. The content of 5-methylcytosine in animal DNA: the species and tissue specificity.// Biochim.Biophys.Acta. 1973a. V.299. P.397-403

251. Vanyushin B.F., Nemirovsky I.E., Klemenko V.V., Vasylyev V.K., Belozersky A.N. The 5-methylcytosine in DNA of rats. Tissue and age specificity and the changes induced by hydrocortisone and other agents.// Gerontología. 1973b. V. 19. P. 138-152

252. Vanyushin B.F., Tkacheva S.G., Belozersky A.N. Rare bases in animal DNA.//Nature. 1970. V.225. P.948-949

253. Vaucheret H., Beclin C., Elmayan T., Fenerbach F., Godon C., Morel J.-B., Mourrain P., Palauqui J.-C., Vernettes S. Transgene-induced gene silencing in plants.// Plant J. 1998. V.16. P.651-659

254. Venkatachalam S., Shi Y.P., Jones S.N., Bradley A., Pinkel D., Donehower L.A. Retention of wild-type p53 in tumors from p53 heterozygous mice: reduction of p53 dosage can promote cancer formation.// EMBO J. 1998. V.17. P.4657-4667

255. Vertino P.M., Yen R.C., Gao J., Baylin S.B. De novo methylation of CpG island sequences in human fibroblast overexpressing DNA (cytosine-5-)-methyltransferase.// Mol.Cell Biol. 1996. V.16. P.4555-4565

256. Vlasova T.I., Demidenko Z.N., Kirnos M.D., Vanyushin B.F. In vitro DNA methylation by wheat nuclear cytosine DNA methyltransferase: effect of phytohormones.//Gene. 1995. V.157. P.279-281

257. Wade P.A., Gegonne A., Jones P.L., Ballestar E., Aubry F., Wolffe A.P. Mi-2 complex couples DNA methylation to chromatin remodelling and histone deacetylation.//Nature Genet. 1999. V.23. P.62-66

258. Wainfan E., Poirier L.A. Methyl groups in carcinogenesis: effect of DNA methylation and gene expression.// Cancer Res. 1992. V.52. P.2071s-2077s

259. Wakefield M.J., Keohane A.M., Turner B.M., Graves J.A.M. Histone underacetylation is an ancient component of mammalian X-chromosome inactivation.// Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 1997. V.94. P.9665-9668

260. Wassenegger M., Heimes S., Riedel., Sänger H.L. RNA-directed de novo methylation of genomic sequences in plants.// Cell. 1994. V.76. P.567-576

261. Waterhause P.M., Graham M.W, Wang M.-B. Virus resistance and gene silencing in plants can be induced by simultaneous expression of sense and antisense RNA.//Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 1998. V.95. P.13959-139641. Bf-p .133

262. Wicki R., Franz C., Scholl F.A., Heizmann C.W., Schäfer B.W. Repression of the candidate tumor suppressor gene S100A2 in breast cancer is mediated by site specific hypermethylation.// Cell Calcium. 1997. V.22. P.243-254

263. Wilke K., Rauhut E., Nouer-Weidner M., Lauster R., Pawlek B. Sequential order of target-recognition domains in multispecific DNA methyltransferases.// EMBO J. 1988. V.7. P.2601-2609

264. Wood W.B. Host specificity of DNA produced by E.coli: bacterial mutations affecting the restriction and modification of DNA.// J.Mol.Biol. 1966. V16. P.118-133

265. Woodcock D.M., Crowther P.J., Diver W.P. The majority of methylated deoxycytidines in human DNA are not in the CpG dinucleotide.// Biochem.Biophys.Res.Commun. 1987. V.145. P.888-894

266. Wu J., Herman J.G., Wilson G., Lee R.Y., Yen R.W., Mabry M., de Bustros A., Nelkin B.D., Baylin S.B. Expression of procaryotic Hhal DNA methyltransferase is transforming and lethal to NIH3T3 cells.// Cancer Res. 1996. V.56. P.616-622

267. Wu J., Issa J.-P., Herman J., Bassett D.E.Ir., Nelkin B.D., Baulin S.B. Expression of an exogenous eukaryotic DNA methyltransferase gene induced transformation of NIH3T3 cells.//Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 1993. V.90. P.8891-8895

268. Wutz A., Smrzka O.W., Schweifer N., Schellander K., Wagner E.F., Barlow D.P. Imprinted expression of the Igf2r gene depends on an intronic CpG island.// Nature. 1997. V.389. P.745-749

269. Xie S., Wang Z., Okano M., Nogami M., Li Y., He W.W., Okumura K., Li E. Cloning, expression and chromosome locations of the human DNMT3 gene family.// Gene. 1999. V.236. P.87-95

270. Yang A.S., Shen J.-C., Zingg J.-M., Mi S., Jones P.A. Hhal and Hpall DNA methyltrasferases bind DNA mismatches, methylate uracil and block DNA repair.//Nucleic Acids Res. 1995. V.23. P. 1380-1387

271. Yoder J.A., Bestor T.H. A candidate mammalian DNA methyltransferase related to pmtlp of fission yeast.//Hum.Mol.Genet. 1998. V.7. P.279-284

272. Yoder J.A., Walsh C.P., Bestor T.H. Cytosine methylation and the ecology of intragenomic parasites.//Trends Genet. 1997. V.13. P.335-340

273. Yoshida M., Horiniuchis S., Beppu T. Trichostatin A and trapoxin: Novel chemical probes for the role of histone acetylation in chromatin structure and function.// BioEssays. 1995. V.17. P.423-430

274. Zhang Y., LeRoy G., Seeling H.P., Lane W.S., Reinberg D. The dermatomyositis-specific autoantigen Mi2 is a component of a complex containing histone deacetylase and nucleosome remodeling activities.// Cell. 1998. V.95. P.279-289135

275. Zimermann C., Guhl E., Graessmann A. Mouse DNA methyltransferase (MTase) deletion mutants that retain the catalytic domain display neither de novo nor maintenance methylation activity in vivo J I Biol.Chem. 1997. V.378. P.393-4051361. БЛАГОДАРНОСТИ

276. Выражаю глубокую признательность моему научному руководителю Ярославу Ивановичу Бурьянову за помощь в проведении этой работы, внимательное отношение и ценные советы.

277. Благодарю Наталью Сергеевну Захарченко, Ирину Германовну Богдарину и Дмитрия Викторовича Маринича за сотрудничество и помощь в работе.