Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему

Структурно-функциональное картирование белков цитохром Р450-содержащих монооксигеназных систем

ВАК РФ 03.00.04, Биохимия

Содержание диссертации, доктора биологических наук, Колесанова, Екатерина Федоровна

1. Введение

2. Обзор литературы

2.1. Поверхность белковых молекул и ее свойства

2.2. Антигенные свойства белков и условия их реализации

2.2.1. Общая характеристика В-эпитопов, или антигенных детерминант

2.2.1.1. Классификация В-эпитопов

2.2.1.2. Особенности структуры и физико-химические свойства В-эпитопов

2.2.2. Т-эпитопы

2.2.3. Молекулярные основы иммунологического распознавания 29 2.2.3.1 .Структура антигенсвязывающих участков (паратопов) антител

2.2.3.2. Репертуар антигенсвязывающих участков антител

2.2.3.3. Кинетические и термодинамические характеристики взаимодействия белковых и пептидных антигенов с антителами

2.2.3.4. Основные структурные характеристики комплексов антиген-антитело

2.2.3.5. Механизм взаимодействия антигена с антителом

2.2.4. Механизм формирования антителозависимого иммунного ответа

2.2.4.1.Селекция лимфоцитов

2.2.4.2. Превращение В-лимфоцитов в плазматические клетки

2.2.4.3. Структурно-функциональная взаимозависимость В- и Т-эпитопов. Явление иммунодоминантности

2.2.4.4. Роль адъюванта в формировании иммунного ответа

2.2.5. Практическое использование сведений о структуре В-эпитопов белков

2.3. Структура и свойства поверхностей межбелковых контактов

2.4. Методы картирования участков белок-белкового узнавания

2.4.1. Прямое исследование структуры белковых комплексов

2.4.2. Расчетные методы (молекулярное моделирование и предсказание)

2.4.3. Экспериментальные методы картирования участков белок-белкового узнавания

2.4.3.1. Использование мутантных белков

2.4.3.2. Метод химических модификаций

2.4.3.3. Метод ограниченного протеолиза с последующим масс-спектрометрическим анализом

2.4.3.4. Обмен атомов водорода

2.4.3.5. Использование экспрессионных библиотек

2.4.3.6. Метод пептидного сканирования

2.4.3.7. Использование фаговых и синтетических пептидных библиотек случайного состава

2.4.3.8. Использование антипептидных антител 77 2.5. Общая характеристика монооксигеназных систем и их компонентов

2.5.1. Состав и функции монооксигеназной системы

2.5.2. Цитохромы Р

2.5.2.1.Надсемейство цитохромов Р

2.5.2.2. Структурно-функциональные исследования цитохромов Р

2.5.2.3. Каталитический цикл цитохромов Р

2.5.2.4. Конформационные изменения в молекулах цитохромов Р450, 92 денатурация и рефолдинг

2.5.2.5. Цитохром Р

2.5.2.6. Цитохромы Р450 эндоплазматического ретикулума (микросомальные)

2.5.3. Иммунологические исследования цитохромов Р

2.5.4. Белок-белковые взаимодействия в монооксигеназных системах

2.5.4.1. МОС бактерии Pseudomonasputida

2.5.4.2. МОС эндоплазматического ретикулума

2.5.4.3. Молекулярные механизмы взаимодействия компонентов МОС эндоплазматического ретикулума 122 3. Материалы и методы

3.1. Материалы

3.1.1. Реагенты для синтеза пептидов

3.1.2. Растворители

3.1.3. Препараты белков

3.1.4. Среды и расходные материалы для хроматографии, обессоливания и иммунодиф фузии

3.1.5. Прочие реактивы

3.1.6. Расходные материалы для синтеза пептидов и ELISA

3.2. Оборудование

3.3. Методы

3.3.1. Параллельный синтез неотщепляемых пептидов на иглах

3.3.2. Аминокислотный анализ пептидов, синтезированных на иглах

3.3.3. Получение препаратов ano-CYPl01 и-CYP2B

3.3.4. Иммунизация животных и получение антисывороток

3.3.5. Получение препаратов IgG и IgY

3.3.6. Определение титра антител против белков с помощью иммуноферментного сорбционного анализа (ELISA)

3.3.7. Тестирование антисыворотки к цитохромам Р450 1А2 и 2В4 методом двойной иммунодиффузии по Ухтерлони

3.3.8. Иммуноферментный сорбционный анализ (ELISA) пептидов на иглах

3.3.9. Выявление пептидных фрагментов, ответственных за взаимодействие с белками - компонентами монооксигеназных систем

3.4. Статистическая обработка результатов

3.4.1. Обработка результатов ELISA

3.4.2. Статистический анализ эффективности предсказательных методов

3.5. Программное обеспечение 152 4. Результаты и их обсуждение

4.1. Синтез пептидов на иглах и их характеристика

4.1.1. Синтез пептидов на иглах

4.1.2. Контроль качества синтезированных пептидов

4.2. Антигенное картирование цитохрома Р

4.2.1. Антигенная карта холо-Р

4.2.2. Соотношение антигенной карты холо-цитохрома Р450 101 и пространственной структуры молекулы

4.2.3. Антигенная карта апо-цитохрома Р

4.2.4. Сравнение суммарных антигенных карт холо- и ano-CYPl

4.2.5. Роль отдельных аминокислотных остатков иммунодоминантного линейного эпитопа цитохрома Р450 101 312LKKGDQ317 в распознавании специфическими антителами

4.2.6. Обобщение результатов антигенного картирования цитохрома Р

4.3. Антигенное картирование коротких электронпереносящих белков - редокс-партнеров цитохромов Р

4.3.1. Антигенное картирование цитозольного домена цитохрома Ь

4.3.2. Антигенное картирование путидаредоксина

4.3.3. Обобщение результатов антигенного картирования цитохрома Ь5 и путидаредоксина

4.4. Антигенное картирование микросомальных цитохромов Р

4.4.1. Антигенное картирование цитохрома Р450 1А2 кролика

4.4.2. Антигенное картирование холо-цитохрома Р450 2В4 кролика

4.4.3. Антигенное картирование апо-цитохрома Р450 2В

4.4.4. Антигенное картирование полноразмерного и укороченного цитохрома Р450 52A3 из Candida maltosa

4.4.5. Обобщение результатов антигенного картирования микросомальных цитохромов Р450 1А2, 2В4 и 52АЗ

4.5. Пептидное сканирование в оценке возможных перекрестных реакций между белками надсемейства цитохромов Р

4.6. Сравнение предсказанных и экспериментально определенных антигенных карт цитохромов Р

4.7. Картирование участков белок-белковых взаимодействий в белках микросомальной и бактериальной монооксигеназных систем

4.7.1. Определение линейных участков связывания цитохрома Р450 в молекулах цитохрома Ь5 и NADPH-зависимой цитохром Р450-редуктазы

4.7.2. Поиск линейных участков взаимодействия с цитохромом Р450 101 в молекуле путидаредоксина

Введение Диссертация по биологии, на тему "Структурно-функциональное картирование белков цитохром Р450-содержащих монооксигеназных систем"

Укладка полипептидной цепи в ходе формирования третичной структуры нативного белка приводит к тому, что ряд групп атомов аминокислотных остатков оказываются на поверхности белковой глобулы в контакте с молекулами растворителя. Эти группы атомов образуют поверхность молекулы белка, являющуюся носителем многих его характеристических и функциональных свойств; они формируют участки взаимодействия с лигандами или рецепторами, с другими белками и клеточными структурами, в ферментах - вход в активный центр и учас тки связывания кофакторов, то есть отвечают за процессы молекулярного узнавания. Любое изменение конформации белка приводит к нарушению существовавшей ранее поверхности его молекулы и, соответственно, к изменению ее функциональных свойств. Таким образом, изучение структуры и свойств поверхности белковых молекул и их изменений является одним из важнейших направлений исследования механизмов функционирования белков.

Одними из функционально важных областей, по определению располагающихся на поверхности белковых молекул, являются антигенные детерминанты - участки, на которые вырабатываются при иммунном ответе и с которыми связываются специфические антитела. Локализация антигенных детерминант на поверхности предопределила использование картирования их для анализа топографии белковых молекул, а антител соответствующей специфичности - как инструментов выявления структурно-функциональных взаимосвязей. Появление нового высокоэффективного метода определения В-эпитопов - пептидного сканирования (Geysen et al., 1984) -породило надежды у части исследователей на быстрое решение проблемы полного или частичного картирования поверхности белковых молекул с помощью антигенного картирования, а также на разработку высокоточного метода предсказания линейных антигенных участков на основе анализа большого массива получаемых данных. Однако с другой стороны прозвучали весьма скептические замечания. Во-первых, о том, что выявляемые с помощью пептидного сканирования линейные В-эпитопы представляют собой так называемые "дефолдоны", то есть частично развернутые, потерявшие нативную структуру участки молекул белков, которые не могут коррелировать с поверхностно расположенными областями молекул (Laver et al., 1990). Антитела, связывающиеся с этими участками, вырабатываются против денатурированных форм вводимого белка-антигена или его фрагментов, образующихся из нативного антигена при иммунизации и в ходе формирования иммунного ответа. Во-вторых, специфичность иммунного ответа на чужеродный белок зависит от индивидуальных особенностей иммунизируемого организма. Это означает, что результаты антигенного картирования будут изменяться при переходе от одного препарата гипериммунных антител к другому. Поскольку механизм реализации индивидуальных особенностей иммунного ответа у животных до сих пор до конца не выяснен, набор выявляемых методом пептидного сканирования В-эпитопов при использовании какого-либо одного препарата антител может быть до определенной степени случайным. Имевшиеся данные о линейных антигенных детерминантах ряда белков, полученные методом пептидного сканирования, не позволяли ни подтвердить, ни опровергнуть ни одну из крайних точек зрения. В то же время возможность использования антигенного картирования для локализации расположенных на поверхности участков белковых молекул представлялась весьма заманчивой, поскольку далеко не все белки можно исследовать методами рентгеноструктурной кристаллографии и ЯМР-спектроскопии и напрямую получить информацию о структуре поверхности их молекул. Таким образом, возникла насущная необходимость дать окончательный ответ на вопрос о характере выявляемых методом пептидного сканирования В-эпитопов и прояснить возможности использования антигенного картирования для анализа поверхности белковых молекул.

Объектами исследования, проводимого в настоящей работе, являются микросомальные цитохромы Р450 1А2, 2В4, 52АЗ и бактериальный Р450 101, а также их редокс-партнеры цитохром Ь5 (цитозольный домен) и путидаредоксин. Цитохромы Р450 входят в состав большого суперсемейства гемсодержащих ферментов, включающих 1182 гена, 800 выделенных белков. Эти белки присутствуют у всех аэробных организмов, и как компоненты мультиферментных монооксигеназных систем играют в живых системах существенную роль в окислении большого количества как физиологических веществ, так и ксенобиотиков. Микросомальные цитохромы Р450 являются интегральными мембранными белками, легко агрегирующими в растворе, и потому определение их трехмерной структуры методами рентгеноструктурной кристаллографии и ЯМР не представляется возможным. Учитывая то, что у всех цитохромов Р450 одинаковый тип фолда, для многих мембранных Р450 получены модели пространственных структур на основе сходства с бактериальными цитохромами, главным образом Р450 101 и 102 (BMP), третичная структура которых известна. Однако сходство а.к. последовательностей бактериальных и микросомальных цитохромов Р450 очень невелико, что не позволяет гарантировать высокую точность моделирования, особенно поверхностей молекул, на которых находятся участки, отсутствующие в бактериальных Р450 и которые не имеют плотной упаковки полипептидной цепи, в отличие от внутренней части глобулы. Все вышеперечисленное делает разработку косвенных методов определения пространственной структуры цитохромов Р450 крайне актуальной. Поскольку третичная структура цитохрома Р450 101 из Pseudomonas putida хорошо исследована, этот белок логично было бы использовать как модель для разработки и оценки эффективности таких методов.

Кроме того, цитохромы Р450 представляют собой удобную модель для изучения процессов частичной денатурации белков, поскольку удаление гема из их молекул приводит к образованию апо-форм, имеющих несколько иную конформацию, чем холо-белки (Pfeil et al., 1993; Uvarov et al., 1989). Легкость получения и относительная стабильность апо-цитохромов Р450 делает их подходящими объектами для сопоставления антигенных карт нативных и частично денатурированных белков и для решения вопроса о конформационной специфичности линейных антигенных детерминант, определяемых с помощью пептидного сканирования.

Структурно-функциональное картирование поверхности белковых молекул, однако, не исчерпывается В-эпитопным картированием. В белках монооксигеназных систем на поверхности молекул располагаются такие функционально важные области, как участки взаимодействия с редокс-партнерами. Несмотря на интенсивные исследования, данные о структуре этих сайтов неполны и весьма противоречивы. Поскольку взаимодействие антиген-антитело является частным случаем белок-белкового узнавания, для поиска участков белок-белкового взаимодействия иной функциональной значимости логично было бы использовать такие же подходы, как и для выявления антигенных детерминант, в частности, пептидное сканирование. Однако к началу данной работы методики применения пептидного сканирования для картирования участков белок-белкового узнавания, отличных от В- и Т-эпитопов, не были разработаны. Так как имевшиеся сведения об участках взаимодействия с редокс-партнерами в цитохромах Р450 свидетельствовали об их конформационно зависимой структуре, использование метода пептидного сканирования в данном случае представлялось бесперспективным. Однако были основания полагать, что в цитохроме Ь5 и в NADPH-зависимой цитохром Р450-редуктазе (флавопротеине, ФП) участки узнавания цитохромов Р450 могли быть смоделированы линейными олигопептидами (Davydov et al., 1992). Это предопределило использование метода пептидного сканирования для поиска в цитохроме Ь5 и в ФП участков, ответственных за взаимодействие с Р450, после разработки методики определения связавшегося Р450.

Таким образом, настоящее исследование направлено на решение актуальной проблемы структурно-функционального картирования белков цитохром Р450-зависимых монооксигеназных систем и посвящено выявлению антигенных и ответственных за белок-белковое узнавание участков цитохромов Р450 и их редокс-партнеров, а также оценке эффективности метода пептидного сканирования и В-эпитопного картирования в исследовании топографии поверхностей белковых молекул.

Цель исследования состояла в определении взаимосвязи между линейными антигенными детерминантами, выявленными с помощью метода пептидного сканирования, и элементами пространственной структуры молекул и осуществлении структурно-функционального картирования ряда белков - компонентов цитохром Р450-содержащих монооксигеназных систем.

Задачи исследования. 1. С помощью пептидного сканирования с использованием технологии многоигольного пептидного синтеза определить линейные В-эпитопы цитохромов Р450 1А2, 2В4, 52АЗ, 101, цитозольного фрагмента цитохрома Ь5 и путидаредоксина.

2. Выяснить степень зависимости линейных антигенных карт белков, полученных методом пептидного сканирования, от индивидуальных особенностей иммунного ответа путем использования препаратов гипериммунных антител от разных особей и видов животных.

3. На примере белков, третичная структура которых известна (цитохром Р450 101, цитозольный домен цитохрома Ь5, путидаредоксин), сопоставить локализацию найденных с помощью пептидного сканирования линейных В-эпитопов и элементов пространственной структуры белковых молекул.

4. Выяснить, существует ли зависимость линейных антигенных карт цитохромов Р450 от конформационного состояния белковых молекул путем сопоставления карт холо- и апо-белков.

5. Методом пептидного сканирования локализовать участки, ответственные за взаимодействие цитохрома Ь5, ФП и путидаредоксина с цитохромами Р450.

Научная новизна работы. В работе впервые определены линейные антигенные детерминанты цитохромов Р450 1А2, 2В4, 52АЗ, 101, путидаредоксина и цитозольного фрагмента цитохрома Ь5.

Использование препаратов антител от нескольких особей различных видов животных показало зависимость антигенных карт, полученных методом пептидного сканирования, от индивидуальных особенностей иммунной системы организма-хозяина. В то же время были выявлены иммунодоминантные линейные В-эпитопы, распознаваемые большинством иммунизированных животных.

На примере цитохрома Р450 101, третичная структура которого известна, было показано, что иммунодоминантные В-эпитопы достоверно коррелируют с поверхностными областями молекулы, тогда как для других линейных антигенных детерминант такой корреляции не обнаружено.

Впервые показано, что набор линейных антигенных детерминант для холо- и апо-белков различен, что указывает на зависимость линейных антигенных карт от конформации белковых молекул. Для цитохрома Р450 101 путем сопоставления антигенных карт холо- и апо-белка найдены участки, изменяющие свою конформацию при удалении гема. Впервые продемонстрирована и подтверждена анализом трехмерной структуры конформационная зависимость линейной антигенной детерминанты в цитохроме Р450 101. Эти результаты опровергают точку зрения на непрерывные В-эпитопы только как на «дефолдоны».

Таким образом, впервые показана возможность использования линейного В-эпитопного картирования для сравнительной топографии поверхностей белковых молекул, в частности, для сопоставления структур различных стабильных конформеров одного и того же белка.

В то же время на примере нескольких белков одного надсемейства показана большая важность антигенного картирования методом пептидного сканирования для изучения и сопоставления антигенных характеристик белков, выявления иммунодоминантных участков, группоспецифических и индивидуальных для каждого белка линейных В-эпитопов, оценки возможностей перекрестных иммунных реакций.

С помощью пептидного сканирования были картированы участки цитохрома Ь5, ответственные за узнавание микросомального цитохрома Р450 2В4, для чего была разработана соответствующая методика.

Научно-практическая значимость. Полученные результаты закладывают основу для использования данных линейного антигенного картирования белков при сравнении структуры поверхности различных конформеров одного и того же белка. Сведения о зависимости реализации линейными участками а.к. последовательности антигенных свойств от конформации белковой молекулы доказывают возможность использования найденных с помощью пептидного сканирования В-эпитопных мотивов для получения антипептидных антител против нативных белков. Сравнение антигенных карт холо- и апо-Р450 101 позволяет выбрать мотивы для получения антипептидных антител, предположительно способных селективно связывать ту или иную форму фермента. Данные антигенного картирования укороченной и полноразмерной форм цитохрома Р450 52АЗ позволяют судить о сходстве их пространственных структур.

Найденные линейные антигенно-активные участки микросомальных цитохромов Р450 1А2, 2В4 и 52АЗ, в первую очередь иммунодоминантные, могут быть использованы для получения моно- и группоспецифических антипептидных антител.

Полученные сведения об участках цитохрома Ь5, ответственных за узнавание цитохромов Р450, могут быть использованы в дальнейших исследованиях механизмов белок-белковых взаимодействий в монооксигеназных системах. Разработанная методика выявления таких участков с помощью метода пептидного сканирования может быть использована при картировании других участков белок-белковых взаимодействий в иных многокомпонентных системах.

Полученные результаты антигенного и функционального картирования белков монооксигеназной системы, разработанные принципы использования антигенного картирования в структурно-функциональных исследованиях белков могут найти применение в учебном процессе, например, в программах спецкурсов для студентов медико-биологического факультета Российского государственного медицинского университета, химического и биологического факультетов Московского государственного университета им. М.В. Ломоносова.

Положения, выносимые на защиту. 1. Суммарные линейные антигенные карты белков представляют собой совокупность непрерывных антигенных участков, определенных методом пептидного сканирования, и состоят из антигенных детерминант, распознаваемых лишь отдельными индивидуальными организмами-реципиентами, и «антигенного ядра» (иммунодоминантных участков).

2. Непрерывные В-эпитопы антигенного ядра содержат в среднем не менее 50% доступных для воды аминокислотных остатков и, следовательно, могут служить детерминантами поверхности белковых молекул. Несмотря на возможность моделирования короткими пептидами, эти эпитопы могут быть конформационно зависимыми. Редко выявляемые непрерывные В-эпитопы белка могут представлять собой как результат проявления индивидуальной специфичности иммунной системы, так и результат частичной денатурации белковой молекулы (то есть «дефолдоны»),

3. Результаты линейного антигенного картирования зависят не только от индивидуальных особенностей иммунного ответа организма-реципиента, но и от пространственной структуры белковых молекул.

4. Линейное антигенное картирование может использоваться для оценки пространственной структуры белков, но в ограниченных пределах, главным образом в сравнительном аспекте, например, при выявлении участков, изменяющих свою структуру в результате значительных конформационных переходов.

5. В цитохромах Р450 1А2 и 2В4 выявлены отдельные поверхностно расположенные фрагменты а.к. последовательности, вероятно, совпадающие с изгибами полипептидной цепи или участками с неупорядоченной структурой.

6. В молекулах редокс-партнеров цитохромов Р450 (ФП, путидаредоксине, цитохроме Ь5) сайты связывания Р450 представляют собой прерывистые конформационно формируемые структуры. В микросомальном цитохроме Ь5 фрагментами этого сайта могут быть участки последовательности 35-40 ОЬТКРГ. 49-54 \bREQA, пары остатков глутаминовой кислоты между ними и трансмембранный фрагмент.

Данная работа была выполнена в лаборатории конструирования и синтеза минимальных функционально активных белковых фрагментов Государственного учреждения Научно-исследовательский Институт биомедицинской химии им. В.Н. Ореховича РАМН в соавторстве с О.Г. Гребенщиковой, С.А. Козиным, Ж.Г. Киселарь, С.А. Мошковским, Е.И. Ромашко, А.О. Лемешко, И.Ю. Торопыгиным (НИИ БМХ РАМН), а также И.Ф. Севрюковой и Т.Л. Пулосом (Калифорнийский Университет в Ирвайне, Ирвайн, США), В.-Х. Шунком (Центр молекулярной медицины им. М. Дельбрюка (Берлин, ФРГ) и Г. Уи Бон Оа (Институт физико-химической биологии, Париж, Франция). Отдельные аналитические эксперименты были выполнены С.С. Александровой (лаб. медицинской биотехнологии НИИ БМХ РАМН) и О.Н. Бочаровой (Институт биоорганической химии им. Ю.А. Овчинникова и М.М. Шемякина РАН).

Часть 2. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

Заключение Диссертация по теме "Биохимия", Колесанова, Екатерина Федоровна

6. ВЫВОДЫ

1. Определены непрерывные антигенные детерминанты цитохромов Р450 1А2, 2В4, 52АЗ, 101, путидаредоксина и цитозольного фрагмента цитохрома Ь5, а также апо-форм цитохромов Р450 2В4 и 101.

2. Суммарные линейные антигенные карты цитохромов Р450 содержат как иммунодоминантные участки, антитела к которым образуются у 50% и более иммунизированных животных («антигенное ядро»), так и индивидуальные В-эпитопы, антитела к которым появляются лишь у отдельных особей.

3. Ряд антигенных гексапептидов цитохромов Р450 1А2, 2В4 и 52АЗ найдены в последовательностях других белков семейств СУР1, С¥Р2 и СУР52, соответственно, а также и в некоторых других белках надсемейства Р450. Показана возможность перекрестных иммунных реакций между белками этого надсемейства при единичных аминокислотных заменах внутри антигенных детерминант.

4. Показано, что непрерывные В-эпитопы «антигенного ядра» имеют достоверно более высокое содержание доступных для воды аминокислотных остатков, чем молекула белка в целом и чем В-эпитопы суммарной антигенной карты. Следовательно, только В-эпитопы «антигенного ядра» могут быть использованы как косвенные маркеры поверхности молекулы белка-антигена.

5. Доказана зависимость результатов линейного антигенного картирования цитохромов Р450 2В4 и 101 не только от индивидуальных особенностей иммунного ответа, но и от конформационного состояния их молекул. Выявлен специфичный для холо-Р450 101 непрерывный конформационно зависимый В-эпитоп. Полученные результаты указывают на применимость антигенного картирования методом пептидного сканирования как косвенного метода сравнения конформаций молекулы одного и того же белка при невозможности использования прямых методов исследования.

297

6. Показано, что сайты узнавания цитохромов Р450 в белках - редокс-партнерах являются прерывистыми и конформационно формируемыми. В цитохроме Ь5 в состав такого сайта могут войти участки 35-40, 49-54, пары остатков Glu между ними и трансмембранный домен. В молекулах NADPH-зависимой цитохром Р450-редуктазы и путидаредоксина непрерывных участков а.к. последовательности, ответственных за взаимодействие с редокс-партнерами, не обнаружено.

7. БЛАГОДАРНОСТИ

Автор благодарит своих коллег, принимавших участие в данной работе: в.н.с., к.б.н. О.Г. Гребенщикову (лаб. конструирования и синтеза минимальных функционально активных белковых фрагментов ГУ НИИ БМХ РАМН), к.б.н. Ж.Г. Киселарь (настоящий адрес - медицинский колледж им. А. Эйнштейна, Еврейский университет, Нью-Йорк, США), к.б.н. С.А. Козина (настоящий адрес - Институт физико-химической биологии, Париж, Франция), н.с., к.б.н. С.А. Мошковского и м.н.с. И.Ю. Торопыгина (в настоящее время - Отдел протеомных исследований ГУ НИИ БМХ РАМН), к.б.н. И.Ф. Севрюкову и проф. T.JI. Пулоса (Калифорнийский Университет в Ирвайне, Ирвайн, США), д-ра Г. Уи Бон Оа (Институт физико-химической биологии, Париж, Франция), д-ра В.-Х. Шунка и д-ра К. Юнг (Центр молекулярной медицины им. М. Дельбрюка (Берлин, ФРГ), студентов Е.И. Ромашко (МГУ им. М.В. Ломоносова, биологический факультет) и А.О. Лемешко (РГМУ, медико-биологический факультет). Автор выражает признательность сотрудникам, выполнившим отдельные аналитические эксперименты и работу по оценке доступности для воды а.к. остатков в белках с известной третичной структурой: в.н.с., к.б.н. С.С. Александровой (лаб.) и B.C. Скворцову (лаб. молекулярно-графического конструирования лекарств ГУ НИИ БМХ РАМН) и О.Н. Бочаровой (Институт биоорганической химии им. Ю.А. Овчинникова и М.М. Шемякина РАН), а также с.н.с., к.б.н. Ü.M. Коену (РГМУ), в.н.с., к.б.н. Д.Р. Давыдову, с.н.с., к.б.н. Г.П. Кузнецовой и Н.Ф. Саменковой (лаб. микросомального окисления ГУ НИИ БМХ РАМН) и зав. лаб. медицинской биотехнологии, д.б.н. H.H. Соколову за предоставление очищенных препаратов ферментов, асп. A.B. Лисице (ГУ НИИ БМХ РАМН) - за помощь в работе с базой данных CPD, д.б.н., проф. A.C. Иванову (зав. лабораторией молекулярно-графического конструирования лекарств), д.б.н. Ю.Д. Иванову (и.о. зав. лаб. биосенсорного анализа) и д.б.н. В.Н. Прозоровскому (зав. лаб. конструирования и синтеза минимальных функционально активных белковых фрагментов ГУ НИИ БМХ РАМН) - за плодотворные дискуссии в ходе выполнения работы. Особая благодарность - академику РАМН А.И. Арчакову, проявлявшему постоянный интерес к данной работе и принявшему в ней деятельное творческое участие.

Работа была поддержана грантами Международного Научного фонда (Фонд Сороса) М100К, РФФИ №98-04-48684, ИНТАС №96-1549, НАТО CRG-974288.

5. ЗАКЛЮЧЕНИЕ

Применение метода пептидного сканирования с использованием множественного синтеза пептидов на иглах позволило выявить и частично охарактеризовать непрерывные антигенные детерминанты ряда белков монооксигеназных систем. Показано, что линейные антигенные карты белков, получаемые с помощью пептидного сканирования с использованием гипериммунных антисывороток от нескольких видов и особей животных, более чем наполовину состоят из набора непрерывных В-эпитопов, антигенность которых определяется индивидуальными особенностями иммунного ответа и, возможно, особенностями поведения и метаболизма белка-антигена в организме-реципиенте. Суммарные антигенные карты достоверно не коррелируют с расположенными на поверхности молекулы участками а.к. последовательности белка (в нашем случае - цитохрома Р450 101), и потому не могут использоваться для картирования поверхностей белковых молекул. Однако из суммарной антигенной карты можно выделить ряд иммунодоминантных антигенных участков, проявляющих иммуногенность у большинства иммунизируемых животных. Эти иммунодоминантные участки в цитохроме Р450 101 имеют достоверно повышенное по сравнению с а.к. последовательностью белка в целом и с суммарной антигенной картой содержание доступных для воды а.к. остатков и, следовательно, могут служить маркерами поверхности молекулы. Исходя из этого было сделано предположение о локализации на поверхности молекул определенных в этой работе иммунодоминантных участков микросомальных цитохромов Р450 1А2 и 2В4, тем более что ряд из них содержал в своем составе выявленные с помощью точечных мутаций остатки, ответственные за взаимодействие с редокс-партнерами. К сожалению, созданные до настоящего времени модели третичных структур микросомальных цитохромов Р450 имеют достаточно высокую степень упаковки внутренней части глобулы молекулы белка, поскольку нацелены в основном на определение и моделирование субстратной специфичности этих ферментов, и не обеспечивают столь же высокого уровня минимизации энергии для групп атомов на поверхности молекул. Это означает, что компьютерные модели не могут служить подтверждением или опровержением сделанных нами предположений о локализации на поверхности тех или иных иммунодоминантных участков микросомальных Р450. Так же трудно оценить и расположение антигенных детерминант относительно поверхностей молекул небольших и конформационно подвижных, с «рыхлой структурой», белков, таких, как цитозольный домен цитохрома

Ь5 и путидаредоксин. В таких белках в принципе большая часть молекулы будет доступной для взаимодействия с антителами и, соответственно, рецепторами В-лимфоцитов, и иммуногенность того или иного участка будет определяться в значительной степени не столько его расположением на поверхности молекулы, сколько особенностями иммунного ответа иммунизируемого животного. Например, в случае с путидаредоксином и цитохромом Ь5, эволюционно удаленный бактериальный белок путидаредоксин при введении курам проявлял более высокую иммуногенность, чем бычий цитохром Ь5, аналог которого есть в организме кур, и антитела против Ь5 имели специфичность в основном к участкам а.к. последовательности, различающимся у куриного и бычьего белков.

Вопрос о том, соответствуют ли непрерывные В-эпитопы, определенные методом пептидного сканирования, антигенным детерминантам нативного белка или так называемым «дефолдонам», был решен нами путем сопоставления антигенных карт холо- и апо-цитохромов Р450: были найдены непрерывные В-эпитопы, встречающиеся в антигенных картах только холо- или только апо-белков. Аффинно очищенные антитела к одному из специфичных для холо-Р450 101 непрерывных В-эпитопов, 312317 ЬККСЮр, значительно более эффективно взаимодействовали с холо-, чем с апо-белком. Исследование влияния а.к. замен на связывание данного В-эпитопа с антителами с последующим анализом трехмерной структуры соответствующего участка в белке показало конформационную зависимость этой линейной антигенной детерминанты. Таким образом, по крайней мере часть выявляемых с помощью пептидного сканирования антителореактивных пептидов соответствует В-эпитопам нативного белка, а отнюдь не В-эпитопам развернутых в результате частичной денатурации или протеолиза участков.

Тем не менее, значительное влияние индивидуальных особенностей иммунного ответа на результаты антигенного картирования методом пептидного сканирования белков ограничивает возможности применения данного подхода для анализа поверхностей белковых молекул. Представляется перспективным использование антигенного картирования методом пептидного сканирования только в качестве косвенного метода сопоставления двух заметно различающихся конформационных форм одного и того же белка при невозможности использования прямых методов анализа. Кроме того, с помощью сравнительного антигенного картирования могли бы быть выявлены конформационно специфичные антигенные детерминанты, пригодные для получения антител, селективно взаимодействующих с различными формами белка.

В целом же антигенное картирование методом пептидного сканирования является высокотехнологичным и эффективным способом выявления непрерывных В-эпитопов белков, тем более что наши результаты показали весьма низкую эффективность предсказательных методов определения непрерывных антигенных детерминант в белках по сравнению с этим экспериментальным подходом. Определение линейных антигенных участков цитохромов Р450, особенно микросомальных, представляет самостоятельную ценность. Во-первых, ранее подобная работа проводилась очень редко и в ограниченном масштабе: речь шла в основном об определении антигенной детерминанты моноклонального антитела против какого-либо Р450, определении участка цитохрома Р450, к которому образуются антитела при аутоиммунных реакциях или о получении антипептидного антитела к какому-либо участку а.к. последовательности (что само по себе не является выявлением антигенной детерминанты белка). Сплошное выявление линейных антигенных детерминант методом пептидного сканирования позволяет оценить иммуногенный потенциал каждого из коротких олигопептидных участков а.к. последовательностей цитохромов Р450 и учитывать эти сведения при получении антипептидных и моноклональных антител к этим белкам. Во-вторых, анализ суммарных антигенных карт белков позволяет выявить В-эпитопы, а.к. последовательности которых содержатся в других родственных и/или даже не родственных белках, и могут быть ответственными за возникновение перекрестных иммунологических реакций. Эта информация также позволит получать антитела, селективно взаимодействующие с индивидуальными белками, или обладающие групповой специфичностью. В-третьих, антигенные карты микросомальных цитохромов Р450 1А2 и 2В4 могут быть использованы как отправной пункт поиска возможных В-эпитопов этих белков, специфично взаимодействующих с аутоантителами, вырабатываемыми при ряде аутоиммунных заболеваний и при реакциях замедленной гиперчувствительности на лекарственные соединения.

Применение пептидного сканирования для выявления линейных участков, ответственных за белок-белковое узнавание в белках - компонентах монооксигеназных систем, нельзя признать полностью удачным из-за того, что в большинстве этих белков такие участки не были выявлены. Исключение составил цитохром Ь5, ряд гексапептидных фрагментов а.к. последовательности которого специфически связывали цитохром Р450 2В4. По-видимому, в белках монооксигеназных систем участки узнавания редокс-партнеров сформированы а.к. остатками, удаленными друг от друга в полипептидной цепи. Тем не менее, нами была разработана методика

Библиография Диссертация по биологии, доктора биологических наук, Колесанова, Екатерина Федоровна, Москва

1. Альтерман М.А., Арчаков А.И., Девиченский В.М., Карякин A.B., Мирсалихова Н.М. Межмембранный перенос белков микросом и К+-АТФ-аза плазматической мембраны. // Биоорг. химия. 1981. - Т.7 - С. 1357-1363.

2. Амброзиус X. Получение антисывороток от разных животных. // В кн.: Иммунологические методы. - Под ред. Х.Фримель. - М.:Медицина, 1987. - С.9-19.

3. Аммосова Т. Н., Упоров И. В., Рубцова М. Ю., Игнатенко О. В., Егоров А. М., Колесанова Е. Ф., Арчаков А. И. Эпитопное картирование пероксидазы хрена (изофермент С). // Биохимия. 1997. - Т. 62. - С. 440-447.

4. Антонов В.К. Химия протеолиза. // М.:Наука, 1983. - С.217-219.

5. Арчаков А.И. Оксигеназы биологических мембран. // М.:Наука, 1983.

6. Арчаков А.И., Карякин A.B., Скулачев В.П. Межмембранный транспорт электронов в отсутствие растворимых переносчиков. // Докл. АН СССР. - 1974. -Т.217. - С.1423-1426.

7. Белкина Н.В., Скворцов B.C., Иванов A.C., Арчаков А.И. Моделирование трехмерной структуры цитохрома Р-450 1А2 и поиск для него новых лигандов. // Вопр. мед. хим. - 1998. - Т.44. - С.464-473.

8. Берзофски Д.А., Берковер А.Д. Взаимодействие антиген-антитело. // В кн.: Иммунология . - Под ред. У. Пола. - Т.З. - М.: Мир, 1989 - С.5-88.

9. Еланц С. Медико-биологическая статистика. // М.: Практика, 1999. - С. 31-44.

10. Гребенщикова О.Г., Алексеева А.Е., Потапкина Т.А., Козин С.А., Дединский И.Р., Прозоровский В.Н. Выявление антигенных детерминант ЛДГ некоторыхбиологических видов с помощью антипептидных антител. // Биохимия. 1994. -Т.59. - С.694-702.

11. Гуляева Л.Ф., Гришанова А.И., Ляхович В.В. Индукция цитохромов Р-4501А и 2В в различных органах крыс под воздействием гексахлорбензола и арохлора 1254.// Биохимия. - 1994.-Т.59.-С. 531-536.

12. Иммуноферментный анализ. // Под ред. Т.Т. Иго и Г. Ленхоффа. М.:Мир, 1988.

13. Канаева И.П., Скоцеляс Е.Д., Кузнецова Т.П., Антонова Г.Н., Бачманова Г.И., Арчаков А.И. Реконструкция мембранной монооксигеназной содержащей цитохром Р-450 системы печени с помощью детергентов в растворе. // Биохимия. - 1985. - Т.50. - С.1382-1388.

14. Карузина И.И., Арчаков А.И. Выделение микросомной фракции печени и характеристика ее окислительных систем. // В кн.: Современные методы в биохимии. - Под ред. В.Н. Ореховича. - М: «Медицина», 1977. - С.49-62.

15. Каруш Ф. Сродство антител: пределы, изменчивость, роль поливалентности. // В кн.: Иммуноглобулины. - Под ред. Г. Литмена и Р. Гуда - М.:Мир, 1981. - С. 121163.

16. Лакин В.Ф.-Биометрия.//М.: Высшая школа, 1989.-С.77-82.

17. Макс Э.А. Иммуноглобулины: молекулярная генетика. // В кн.: Иммунология. -Под ред. У. Пола. - Т.1. - М.:Мир, 1987. - С. 255-306.

18. Максютов А.З., Загребельный С.Н. Антигенные детерминанты белков. Гуморальный иммунный ответ (обзор). // Мол. биол. - 1993. - Т.27. - С.980-991.

19. Мишин В.М., Ляхович В.В. Множественные формы цитохрома Р450. // Новосибирск: Наука, 1985.

20. Мясоедова К.Н. Специфичность самосборки цитохрома Р450 // Биохимия. -1998. - Т.63. - С.1395-1399.

21. Органикум. Т. 2. // М.: Мир, 1979. С.353-377.

22. Остерман Л.А. Исследование биологических макромолекул электрофокусированием, иммуноэлектрофорезом и радиоизотопными методами. // М.: Наука, 1983. - С.124-127.

23. Ричарде Ф., Розенштейн Р., Варга Я., Конигсберг У. Связывающие области антител. // В кн.: Иммуноглобулины. - Под ред. Г. Литмена и Р. Гуда. - М.:Мир, 1981. - С.164-211.

24. Ройт А., Бростофф Дж., Мейл Д. Основы иммунологии. // М.: Мир, 2000. С.

25. Скалчинский О.Б., Еременко С.И., Вайнер Л.М., Ляхович В.В. Влияние цитохрома Р-450 на латеральную диффузию ТФВЗР-цитохром Р-450 редуктаз в фосфолипидных мультислоях. // Биол. мембраны. - 1986 - Т.З. - С. 1005-1010.

26. Третьяков В.Е., Дегтяренко К.Н., Уваров В.Ю., Арчаков А.И., Третьякова Л.З., Вареница А.И. Структурная организация и расположение цитохромов Р450 в мембране. // Мол. биол. - 1989. -Т.23. - С. 1321-1331.

27. Уваров В.Ю., Бачманова Г.И., Арчаков А.И., Мазуров A.B. Влияние холестерина и степени окисленности фосфолипидов на встраивание в липосомы и конформационное состояние цитохромов Ь5 и Р450. // Биоорг. химия. - 1981. -Т.7. - С.621-627.

28. Уваров В.Ю., Вернике Д., Бачманова Г.И., Арчаков А.И. Влияние цитохрома Ь5 на функциональную активность и конформационное состояние цитохрома Р-450.- Биохимия. 1983. - Т. 48. - С.1542-1547.

29. Урбах В.Ю. Статистический анализ в биологических и медицинских исследованиях. // М.: Медицина, 1975. - С.61-65.

30. Усанов С.А., Бендзко П., Пфайль В., Яниг Г.-Р., Рукпауль К. Роль гидрофобного фрагмента цитохрома Ь5 во взаимодействии с цитохромом Р-450. // Биоорг. химия. - 1983. - Т.9. - С.450-461.

31. Фримель X., Хольцхайдт Г. Иммуноферментный анализ. // В кн.: Иммунологические методы. - Под ред. Фримель X. // М.: Медицина, 1987. -С.171-175.

32. Чард Т. Радиоиммунологические методы. // М.: Мир, 1981. - С. 101-102.

33. Шаронов Ю.А. Индуцированные субстратом электронно-конформационные взаимодействия в активном центре восстановленного бактериального цитохрома Р450саш и анализ электронной структуры гема. // Мол. биол. - 1992. - Т.26. -С.1251-1262.

34. Шварц Е.И., Гуляева Л.Ф., Ляхович В.В. Межлинейные различия ферментативной активности CYP2B1 и экспрессии его гена в печени крыс при индукции фенобарбиталом и трифенилдиоксаном. // Вопр. мед. химии. - 1999. -Т.45. - С.30-36.

35. Шульц Г., Ширмер Р. Принципы структурной организации белков. // М.: Мир, 1982.

36. Шумянцева В.В., Авдеенко Ю.Л., Москвитина Т.Л., Булко Т.В., Осипов А.Н., Арчаков А.И. Пероксид-зависимое окисление субстратов полусинтетическим флавоцитохромом 2В4. // Вопр. мед. химии. - 1998. - Т.44. - С.369-375.

37. Agarwal A., Sarkar S., Nazabal C., Balasundaram G., Rao K.V.S. В cell responses to a peptide epitope. I. The cellular basis for restricted recognition. // J. Immunol. - 1996. -V.157. - P.2779-2788.

38. Ahlborg N., Larsson A., Perlmann P., Berzins K. Analysis of a human monoclonal antibody reactive with multiple Plasmodium falciparum antigen repeat sequences using a solid phase affinity assay. // Immunol. Lett. - 1993. - V.37. - P.111-118.

39. Ahn K., Szczesna-Skorupa E., Kemper B. The amino-terminal 29 amino acids of cytochrome P450 2C1 are sufficient for retention in the endoplasmic reticulum. // J. Biol. Chem. - 1993. - V.268. - P.18726-18733.

40. Alexander H., Alexander S., Getzoff E.D., Tainer J.A., Geysen H.M., Lerner R.A. -Altering the antigenicity of proteins. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1992. - V.89. -P.3352-3356.

41. Allen M.J., Jemmerson R., Nail B.T. Rapid refolding of native epitopes on the surface of cytochrome c. // Biochemistry. - 1994. - V.33. - P.3967-3973.

42. Alston K., Robinson R., Park S.S., Gelboin H.V., Friedman F.K. Interactions among cytochromes P-450 in the endoplasmic reticulum. Detection of chemically cross-linked complexes with monoclonal antibodies. //J. Biol. Chem. - 1991. - V.266. - P.735-739.

43. Altschul S., Gish W., Miller W., Myers E., Lipman D. Basic local alignment search tool.//J. Mol. Biol. - 1990,-V.215.-P.403-410.

44. Altschul S.F., Madden T.L., Schaffer A.A., Zhang J.H., Zhang Z., Miller W., Lipman D.J. Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs. //Nucleic Acids Res. - 1997. - V.25. - P.3389-3402.

45. Alzari P.M., Lascombe M.B., Poljak R.J. Three-dimensional structure of antibodies. // Annu. Rev. Immunol. - 1988. -V. 6. - P. 555-580.

46. Amigorena S., Bonnerot C. Role of B-cell and Fc receptors in the selection of T-cell epitopes. // Curr. Opin. Immunol. - 1998. - V.10. - P.88-92.

47. Amit A.G., Mariuzza R.A., Phillips S.E.V., Poljak R.J. Three-dimensional structure of an antigen-antibody complex at 2.8 A resolution. // Science. - 1986. - V.233. - P.747-753.

48. Anderer F.A. Preparation and properties of an artificial antigen immunologically related to tobacco mosaic virus. // Biochim. Biophis. Acta, 1963, 71, pp. 246-248.

49. Anderer F.A., Schlumberger H.D. Properties of different artificial antigens immunologically related to tobacco mosaic virus. // Biochim. Biophis. Acta, 1965, 97, pp. 503-509.

50. Andersson L.A., Johnson A.K., Peterson J.A. Active site analysis of P450 enzymes: comparative magnetic circular dichroism spectroscopy. // Arch. Biochem. Biophys. -1997. - V.345. - P.79-87.

51. Andersson L.A., Peterson J.A. Active-site analysis of ferric P450 enzymes: hydrogenbonding effects on the circular dichroism spectra. // Biochem. Biophys. Res. Commun.- 1995. V.211. - P.389-395.

52. Aoki M., Ishimori K., Fukada H., Takahashi K., Morishima I. Isothermal titration calorimetric studies on the associations of putidaredoxin to NADH-putidaredoxin reductase and P450cam. // Biochim. Biophys. Acta. - 1998a. - V.1384. - P.180-188.

53. Aoki M., Ishimori K., Morishima I. Roles of negatively charged surface residues of putidaredoxin in interactions with redox partners in P450cam monooxygenase system. // Biochim. Biophys. Acta. 1998b. - V. 1386. - P. 157-167.

54. Apletalina E., Appel J., Lamango N.S., Houghten R.A., Lindberg I. Identification of inhibitors of prohormone convertases 1 and 2 using a peptide combinatorial library. // J. Biol. Chem. - 1998. - V.273. - P.26589-26595.

55. Appel J.R., Buencamino J., Houghten R.A., Pinilla C. Exploring antibody polyspecificity using synthetic combinatorial libraries. // Mol. Diversity. - 1996. - V.2.- P. 29-34.

56. Appel J.R., Campbell G.D., Buencamino J., Houghten R.A., Pinilla C. -Characterization of antigen-antibody interactions using single substitution analogs and mixture-based synthetic combinatorial libraries. // J. Peptide Res. 1998. - V.52. — P.346—355.

57. Archakov A.I., Bachmanova G.I. Cytochrome P450 and Active Oxygen. // Taylor & Francis: London-New York-Philadelphia, 1990.

58. Archakov A.I., Borodin E.A., Davydov D.R., Karyakin A.V., Borovyagin V.L. Random distribution of NADPH-specific flavoprotein and cytochrome P-450 in liver microsomes. // Biochem. Biophys. Res. Commun. 1982. -Y.109. - P. 832-840.

59. Archakov A.I., Lisitsa A.V., Gusev S.A., Koymans L., Janssen P. Inventory of cytochrome P450 superfamily. // J. Mol. Model. - 2001. - V.7. - P.140-142.

60. Arndt K.M., Pelletier J.N., Miiller K.M., Alber T., Michnick S.W., Pliickthun A. A heterodimeric coiled-coil peptide pair selected in vivo from a designed library-versus-library ensemble. // J. Mol. Biol. - 2000. - V.295. - P.627-639.

61. Astrom A., DePierre J. Rat liver microsomal cytochrome P-450: purification, characterization, multiplicity and induction. // Biochim. Biophys. Acta. - 1986. - V.853. -p. 1-27.

62. Atherton E., Sheppard R.C. Solid phase peptide synthesis: a practical approach. // Oxford-New York-Tokyo: IRL Press - Oxford University Press, 1989.

63. Aviram M., Kent U.M., Hollenberg P.F. Microsomal cytochromes P450 catalyze the oxidation of low density lipoprotein. // Atherosclerosis. - 1999. - V.143. - P.253-260.

64. Backes W.L., Batie C.J., Cawley G.F. Interactions among P450 enzymes when combined in reconstituted systems: formation of a 2B4-1A2 complex with a high affinity for NADPH-cytochrome P450 reductase. // Biochemistry. - 1998. V.37. -P.12852-12859.

65. Backes W.L., Sequeira D.J., Cawley G.F., Eyer C.S. Relationship between hydrocarbon structure and induction of P450: effects on protein levels and enzyme activities.//Xenobiotica. - 1993.-V.23.-P. 1353-1366.

66. Bai Y., Englander S.W. Future directions in folding: the multistate nature of protein structure. // Proteins. - 1996. - V.24. - P. 145-151.

67. Bairoch A. PROSITE. A dictionary of protein sites and patterns. // Release 4. EMBL Biocomputing TechnicaL Document. - Universite de Geneva, 1989.

68. Bandiera S.M., Torok S.M., Letcher R.J., Norstrom R.J. Immunoquantitation of cytochromes P4501A and P4502B and comparison with chlorinated hydrocarbon levels in archived polar bear liver samples. // Chemosphere. - 1997. - V.34. - P. 1469-1479.

69. Beaune P.H., Lecoeur S. Immunotoxicology of the liver: adverse reactions to drugs. // J. Hepatol. - 1997. - V.26 (Suppl. 2). - P.37-42

70. Beaune P.H., Lecoeur S., Bourdi M., Gauffre A., Belloc C., Dansette P., Mansuy D. -Anti-cytochrome P450 autoantibodies in drug-induced disease. // Eur. J. Haematol. -1996.-V.57 (suppl.).-P.89-92.

71. Bell L.C., Guengerich F.P. Oxidation kinetics of ethanol by human cytochrome P450 2E1. // J. Biol. Chem. - 1997. - V.272. -P.29643-29651.

72. Belloc C., Gauffre A., Andre C., Beaune P.H. Epitope mapping of human CYP1A2 in dihydralazine-indueed autoimmune hepatitis. // Pharmacogenetics. - 1997. - V.7. -P.181-186.

73. Bendahmane M., Koo M., Karrer E., Beachy R.N. Display of epitopes on the surface of tobacco mosaic virus: impact of charge and isoelectric point of the epitope on virushost interactions. // J. Mol. Biol. - 1999. - V.290. - P.9-20.

74. Benichou S., Inchauspe G. Random fragment libraries using yeast expression plasmid. // Methods Mol.Biol. - 1996. - V.66. - V.241-255.

75. Berman H.M., Westbrook J., Feng Z., Gilliland G., Bhat T.N., Weissig H., Shindyalov I.N., Bourne P.E. The Protein Data Bank. // NAR. - 2000. - V.28. -P.235-242.

76. Bernhardt R., Kraft R., Otto A., Ruckpaul K. Electrostatic interaction between cytochrome P-450 LM2 and NADPH-cytochrome P450 reductase. // Biomed. Biochim. Acta. - 1988. - V.47. - P.581-592.

77. Bernhardt R., Mackower A., Janig G.-R., Ruckpaul K. Selective chemical modification of a functionally linked lysine in cytochrome P-450 LM2. // Biochem. Biophys. Acta. - 1984. - V.785. - P.186-190.

78. Bernhardt R., Ngoc Dao N.T., Stiel M., Schwarze W., Friedrich J., Janig G.-R., Ruckpaul K. Modification of cytochrome P-450 by fluorescein isothiocyanate // Biochem. Biophys. Acta. - 1983. - V.745. - P.140-148.

79. Berzofsky J.A., Buckenmeyer G.K., Hicks G., Gurd F.R.N., Feldmann R.J., Minna J. -Topographic antigenic determinants recognized by monoclonal antibodies to sperm whale myoglobin. // J. Biol. Chem. 1982. - V.257. - P.3189-3198.

80. Berzofsky J.A., Hicks G., Fedorko J., Minna J. Properties of monoclonal antibodies specific for determinants of a protein antigen, myoglobin. // J. Biol. Chem. - 1980. -V.255. - P.l 1188-11191.

81. Bhagwat S.V., Boyd M.R., Ravindranat V. Multiple forms of cytochrome P450 and associated monooxygenase activities in human brain mitochondria. // Biochem. Pharmacol. - 2000. - V.59. - P.573-582.

82. Bhagwat S.V., Boyd M.R., Ravindranat V. Brain mitochondrial cytochromes P-450: xenobiotic metabolism, presence of multiple forms and their selective inducibility. // Arch. Biochem. Biophys. - 1995. - V.320. - P.73-83.

83. Bhagwat S.V., Mullic J., Raz H., Avadhani N.G. Constitutive and inducible cytochromes P450 in rat lung mitochondria: xenobiotic induction, relative abundance, and catalytic properties. // Toxicol. Appl. Pharmacol. - 1999. - V.156. - P.231-240.

84. Birkenmeier G. Targetting the proteinase inhibitor and immune modulatory function of human a2-macroglobulin. // Mod. Asp. Immunobiol. - 2001. - V.2. - P.32-36.

85. Black S.D. Membrane topology of the mammalian P450 cytochromes. // FASEB J. -1992. - V.6. - P.680-685.

86. Black S.D., Coon M.J. P-450 cytochromes: structure and function // Adv. Enzymol. -1987 - V.60. - P.35-81.

87. Black S.D., Martin S.T., Smith C.A. Membrane topology of liver microsomal cytochrome P450 2B4 determined via monoclonal antibodies directed to the halttransfer signal. // Biochemistry. - 1994. - V.33. - P.6945-6951.

88. Bonfils C., Balny C., Maurel P. Direct evidence for electron transfer from ferrous cytochrome b5 to the oxyferrous intermediate of liver microsomal cytochrome P-450 LM2.//J. Biol. Chem.- 1981.-V.256.-P. 9457-9465.

89. Boobis A.R., Edwards R.J., Adams D.A., Davies D.S. Dissecting the function of cytochrome P450. // Br. J. Clin. Pharmacol. - 1996. - V.42. - P.81-89.

90. Bork P., Gibson T.J. Searching motif and profile search. // Meth. Enzymol. - 1996. -V.266. - P. 162-184.

91. Boscott P.E. Grant G.H. Modeling cytochrome P450 14 alpha demethylase (Candida albicans) from P450cam. // J.Mol.Graph. - 1994. - V.12. - P.185-192.

92. Bourdi M., Chen W., Peter R.M., Martin J.L., Buters J.T., Nelson S.D., Pohl L.R. -Human cytochrome P450 2E1 is a major autoantigen associated with halothane hepatitis. // Chem. Res. Toxicol. 1996. - V.9. - P. 1159-1166.

93. Briand J., Julistiono H., Beaune P., Flinois J.P., Dewaziers I., Leroux J.P.- Presence of proteins recognized by antibodies in Euglena gracilis. // Biochim. Biophys. Acta. -1993. V.1203. - P.199-204.

94. Bridges A., Gruenke L., Chang Y.T., Vakser I.A., Loew G., Waskell L. Identification of the binding site on cytochrome P450 2B4 for cytochrome b5 and cytochrome P450 reductase.//J. Biol. Chem. - 1998. - V.273. - P.17036-17049.

95. Briggs S., Price M.R., Tendler S.J.B. Fine specifity of antibody recognition of carcinoma-associated epithelial mucins - antibody binding to synthetic peptide epitopes. //Eur. J. Cancer. - 1993. - V.29A. - P.230-237.

96. Buratti E., Tisminetzky S.G., Scodeller E.S., Baralle F.E. Conformational display of two neutralizing epitopes of HIV-1 gp41 on the Flock House virus capsid protein. // J. Immunol. Methods. - 1996. - V. 197. - P.7-18.

97. Burnie J.P., al-Dughaym A. The application of epitope mapping in the development of a new serological test for Helicobacter pylori infection. // J. Immunol. Methods. - 1996.- V.194. P.85-94.

98. Burton D.R. Human and mouse monoclonal antibodies by repertoire cloning. // Trends BioTechnol. - 1991. - V.9. - P. 169-175.

99. Burton D.R. Phage display. // Immunotechnology. - 1995. - V.l. - P.87-94.

100. Calabro M., Kate J.T., Holloway P.W. Self-association of cytochrome b5 in aqueous solution. Gel filtration and ultracentrifugational studies // J. Biol. Chem. - 1976 - V.251.- P.2113-2118.

101. Causey K.M., Eyer C.S., Baekes W.L. Dual role phospholipid in the reconstitution of cytocrome P-450 LM2-dependent activies. // Mol. Pharm. - 1990. - V.38. - P. 134-142.

102. Cawley G.F., Batie C.J., Backes W.L. Substrate-dependent competition of different P450 isozymes for limiting NADPH-cytochrome P450 reductase. // Biochemistry. -1995. - V.34. - P.1244-1247.

103. Cedar H., Bergman Y. Developmental regulation of immune system gene rearrangement. // Curr. Opin. Immunol. - 1999. - V. 11. - P.64-69.

104. Cenas N., Anusevicius Z., Bironaite D., Bachmanova G.I., Archakov A.I., Ollinger K. -The electron transfer reactions of NADPH: cytochrome P450 reductase with nonphysiological oxidants. // Arch. Biochem. Biophys. 1994. - V.315. - P.400-406.

105. Chalmers M.J., Gaskell S.J. Advances in mass spectrometry for proteome analysis. // Curr. Opin. Biotechnol. - 2000. - V.l 1. -P.384-390.

106. Chang T.Y., Siegel D.L. Genetic and immunological properties of phage-displayed human anti-Rh(D) antibodies: implications for Rh(D) epitope topology. // Blood. -1998. - V.91. - P.3066-3078.

107. Chang Y.T., Loew G.H. Construction and evaluation of a three-dimensional structure of cytochrome P450choP enzyme (CYP105C1). // Protein Eng. 9:755-766, 1996.

108. Chang Y.T., Stiffelman O.B., Loew G.H. Computer modeling of 3D structures of cytochrome P450s. // Biochimie. - 1996. - V.78. - P.771-779.

109. Chang Y.T., Stiffelman O.B., Vakser I.A., Loew G.H., Bridges A., Waskell L. -Construction of a 3D model of cytochrome P450 2B4. // Protein Eng. 1997. - V.10. -P.119-129.

110. Chapman H.A. Endosomal proteolysis and MHC class II function. // Curr. Opin. Immunol. - 1998. - V. 10. - P. 93-102.

111. Chen Y.-H., Dierich M.P. A common epitope on gp41, IFN-a and IFN-y induces protective activity. // Immunol. Today. - 1998. - V.18. - P.586-587.

112. Chi en C.T., Bartel P.L., Sternglanz R., Fields S. The two-hybrid system: a method to identify and clone genes for proteins that interact with a protein of interest. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1991. V.88. - P.9578-9582.

113. Ching W.M., Wang H., Jan B., Dasch G.A. Identification and characterization of epitopes on the 120-kilodalton surface protein antigen of Rickettsia prowazekii with synthetic peptides. // Infect. Immun. - 1996. - V.64. - P.1413-1419.

114. Chothia C., Gelfand I., Kister A. Structural determinants in the sequences of immunoglobulin variable domain. // J. Mol. Biol. - 1998. - V.278. - P.457-479.

115. Chothia C., Lesk A.M. Canonical structures for the hypervariable regions of immunoglobulins. // J. Mol. Biol. - 1987. - V.196. - P.901-917.

116. Chou P.Y., Fasman G.D. Prediction of secondary structures of proteins. // Adv. Enzymol. - 1978. - V.47. - P.45-146.

117. Choudhuri K., Gregorio G.V., Mieli-Vergani G., Vergani D. Immunological cross-reactivity to multiple autoantigens in patients with liver kidney microsomal type 1 autoimmune hepatitis. // Hepatology. - 1998. - V.28. - P.l 177-1181.

118. Clarke J., Itzhaki L.S. Hydrogen exchange and protein folding. // Curr. Opin. Struct. Biol.- 1998.-Y.8. - P.l 12-118.

119. Clemente M.G., Meloni A., Obermayer-Straub P., Frau F., Manns M.P., De Virgiliis S. Two cytochromes P450 are major hepatocellular autoantigens in autoimmune polyglandular syndrome type 1. // Gastroenterology. - 1998. - V.l 14. - P.324-328.

120. Cleveland S.M., Jones T.D., Dimmock N.J. Properties of a neutralizing antibody that recognizes a conformational form of epitope ERDRD in the gp41 C-terminal tail of human immunodeficiency virus type 1. //J. Gen. Virol. - 2000b. - V.81. - P. 12511260.

121. Clowes R.T., Crawford A., Raine A.R.C., Smith B.O., Laue E.D. Improved methods for structural studies of proteins using nuclear magnetic resonance spectroscopy. // Curr. Opin. Biotechnol.- 1995,-V.6.-P.81-88.

122. Colman P.M. Structure of antibody-antigen complexes: implications for immune recognitions. // Adv. Immunol. - 1988. - V. 43. - P. 99-132.

123. Colman P.M., Laver W.G., Varghese J.N., Baker A.T., Tulloch P.A., Air G.M., Webster R.G. Three-dimensional structure of a complex of antibody with influenza-virus neuraminidase. // Nature. - 1987. - V.326. - P.358-363.

124. Contzen J., Jung C. Changes in secondary structure and salt links of cytochrome P-450cam induced by photoreduction: a Fourier transform infrared spectroscopic study. // Biochemistry. - 1999. - V.38. - P.16253-16260.

125. Contzen J., Jung C. Step-scan time-resolved FTIR spectroscopy of cytochrome P-450cam carbon monoxide complex: a salt link involved in the ligand-rebinding process. // Biochemistry. - 1998. - V.37. - P.4317-4324.

126. Coomber D.W., Hawkins N.J., Clark M.A., Ward R.L. Generation of anti-p53 fab fragments from individuals with colorectal cancer using phage display. // J.Immunol. -1999. - V.163. - P.2276-2283.

127. Corpet F., Gouzy J., Kahn D. Recent improvements of the ProDom database of protein domain families. // NAR. - 1999. - V.27. - P.263-269.

128. Cortese R., Felici F., Galfre G., Luzzago A., Monaci P., Nicosia A. Epitope discovery using peptide libraries displayed on phage. // Trends Biotechnol. - 1994. - V.12. -P.262-267.

129. Cox J.P., Tomlinson I.M., Winter G. A directory of human germ-line V kappa segments reveal a strong bias in their usage. // Eur. J. Immunol. - 1994. - V.24. -P.827-836.

130. Crane B.R., Rosenfeld R.J., Arvai A.S., Ghosh D.K., Ghosh S., Tainer J.A., Stuehr D.J., Getzoff E.D. N-terminal domain swapping and metal ion binding in nitric oxide synthase dimerization. // EMBO J. - 1999. - V.18. - P.6271-6281.

131. Cupp-Vickery J., Poulos T.L. Structure of cytochrome P450eryF: an enzyme involved in erythromycin biosynthesis. // Nature Struct. Biol. - 1995. - V.2. - P.144-153.

132. D'Mello F., Partidos C.D., Steward M.W., Howard C.R. Definition of the primary structure of hepatitis B virus (HBV) pre-S hepatocyte binding domain using random peptide libraries. // Virology. - 1997. - V.237. - P.319-326.

133. Dai R., Pincus M.R., Friedman F.K. Molecular modeling of cytochrome P450 2B1: mode of membrane insertion and substrate specificity. // J. Prot. Chem. -1998. - V.17. -P.121-129.

134. Daily H.A., Strittmatter P. Characterization of the interaction of amphipathic cytochrome b5 with stearyl coenzyme A desaturase and NADPH-cytochrome P450 reductase // J.Biol. Chem. - 1980. - V.255. -P.5184-5189.

135. Danchin A. From protein sequence to function. // Curr. Opin. Struct. Biol. - 1999. -V.9. - P.363-367.

136. Daniels D.A., Lane D.P. Phage peptide libraries. // Methods. - 1996. - V.9. - P.494-507.

137. Darst S.A., Robertson C.R., Berzofsky J.A. Adsorption of the protein antigen myoglobin affects the binding of conformation-specific monoclonal antibodies. // Biophys. J. - 1988. - V.53. - P.533-539.

138. Das M.K., Lindstrom J. Epitope mapping of antibodies to acetylcholine receptor "a" subunits using peptides synthesized on polypropylene pegs. // Biochemistry. - 1991. -V.30. - P.2470-2477.

139. Davies D.R., Cohen G.H. Interactions of protein anigens with antibodies. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1996. - V.93. - P.7-12.

140. Davies D.R., Padlan E.A., Sheriff S. Antibody-antigen complexes. // Ann. Rev. Biochem. - 1990. - V. 59. - P.439-473.

141. Davies M.D., Sligar S.G. Genetic variants in the putidaredoxin-cytochrome P-450cam electron-transfer complex: identification of the residue responsible for redox-state-dependent conformers. // Biochemistry. - 1993. - V.31. - P.11383-11389.

142. Davydov D.R., Hui Bon Hoa G., Peterson J.A. Dynamics of protein-bound water in the heme domain of P450BM3 studied by high-pressure spectroscopy: comparison with P450cam and P4502B4. // Biochemistry. - 1999. - V.38. - P.751-761.

143. Davydov D.R., Knyushko T.V. Hoa G.H. High pressure induced inactivation of ferrous cytochrome P-450 LM2 (IIB4) CO complex: evidence for the presence of two conformers in the oligomer. // Biochem. Biophys. Res. Commun. - 1992c. - V.188. -P.216-221.

144. Davydov D.R., Knyushko T.V., Kanaeva I.P., Koen Y.M., Samenkova N.F., Archakov A.I., Hui Bon Hoa G. Interactions of cytochrome P450 2B4 with NADPH-cytochrome P450 reductase studied by fluorescent probe. // Biochimie. - 1996. - V.78. - P.734-743.

145. Davydov, D.R., Petushkova, N.A., Archakov, A.I., and Hoa, G.H. Stabilization of P450 2B4 by its association with P450 1A2 revealed by high-pressure spectroscopy. // Biochem. Biophys. Res. Commun. 2000b. - V.276. - P. 1005-1012.

146. De Lemos-Chiarandini C., Frey A.B., Sabatini D.D., Kreibich G. Determination of the membrane topology of the phenobarbital-inducible rat liver cytochrome P450 isoenzyme PB4 using site-specific antibodies. // J. Cell Biol. - 1987. - V.104. - P.209-219.

147. De Wildt R.M.T., Hoet R.M.A., van Venrooij W.J., Tomlinson I.A., Winter G. -Analysis of heavy and light chain pairings indicates that receptor editing shapes the human antibody repertoire. // J. Mol. Biol. 1999. - Y.285. - P.895-901.

148. De Wolf F., Meloen R.H., Bakker M., Barin F., Goudsmit J. Characterization of human antibody-binding sites on the external envelope of human immunodeficiency virus type 2. // J.Gen.Virol. - 1991. - N.12. - P. 1261 -1267.

149. Degtyarenko K.N., Archakov A.I. Structural classification of the P450 superfamily based on consensus sequence comparison. // Biochem. Mol. Biol. Int. - 1993a. - V.31. - P.1071-1080.

150. Degtyarenko K.N., Archakov A.I. Molecular evolution of P450 superfamily and P450-containing monooxygenase systems. // FEBS Lett. - 1993b. - V.332. - P. 1-8.

151. Deprez E., Di Primo C., Hoa G.H., Douzou P. Efeects of monovalent cations on cytochrome P-450camphor. Evidence for preferential binding of potassium. // FEBS Lett. - 1994a. - V.347. - P.207-210.

152. Deprez E., Gerber N.C., Di Primo C., Douzou P., Sligar S.G., Hui Bon Hoa G. -Electrostatic control of the substrate access shannel in cytochrome P-450cam. // Biochemistry. 1994b. - V.33. - P.14464-14468.

153. Di Primo C., Deprez E., Sligar C.G., Hui Bon Hoa G. Origin of the photoacoustic signal in cytochrome P-450cam: role of the Argl86-Asp251-Lysl78 bifurcated salt bridge. // Biochemistry. - 1997. - V.36. -P.112-118.

154. Di Primo C., Deprez E., Hoa G.H., Douzou P. Antagonistic effects of hydrostatic pressure and osmotic pressure on cytochrome P-450cam spin transition. // Biophys. J. -1995. - V.68. - P.2056-2061.

155. Di Primo C., Sligar C.G., Hui Bon Hoa G., Douzou P. A critical role of protein-bound water in the catalytic cycle of cytochrome P-450 camphor. // FEBS Lett. - 1992. -V.312. - P.252-254.

156. Dobson C.M., Karplus M. The fundamentals of protein folding: bringing together theory and experiment. // Curr. Opin. Struct. Biol. - 1999. - V.9. - P.92-101.

157. Dottavio D. Epitope mapping using phage-displayed peptide libraries. // Methods Mol. Biol. - 1996. - V.66. - P. 181-193.

158. Dower W.J., Cwirla S.E. Epitope mapping using libraries of random peptides displayed on phage. // In: Peptide Antigens. A Practical Approach. - Wisdom G.B., ed. - Oxford University Press: Oxford-New York-Tokyo, 1994. - P. 219—243.

159. Ducancel F., Merienne K., Fromen-Romano C., Tremeau O., Pillet L., Drevet P., ZinnJustin S., Boulain J.-C., Menez A. Mimicry between receptors and antibodies. // J. Biol. Chem. - 1996. - V.49. - P.31345-31353.

160. Durand P., Canard L.l, Mornon J.-P. Visual Blast and Visual FastA: graphic workbenches for interactive analysis of full Blast and FastA outputs under Microsoft Windows 95/NT. // Comput. Appl. Biosci. - 1997. - V.13. - P.407-413.

161. Durley R.C.E., Mathews F.S. Refinement and structural analysis of bovine cytochrome b5 at 1.5 A resolution. //Acta Crystallogr. Sect. D - 1996.- V.52. - P.65-76.

162. Dyson H.J., Lerner R.A., Wright P.E. The physical basis for induction of protein-reactive antibodies. // Ann. Rev. Biophys. Chem. - 1988a. - V.17. - P.305-324.

163. Dyson H.J., Ranee M., Houghten R.A., Wright P.E., Lerner R.A. Folding of immunogenic peptide fragments of protein in water solutions II. The nascent helix. // J. Mol. Biol. - 1988b. - V.201. - P.201-217.

164. Eddleston A.L. Hepatitis C infection and autoimmunity. // J. Hepatol. - 1996. -V.24. -P.55-60.

165. Edwards R.J., Adams D.A., Watts P.S., Davies D.S., Boobis A.R. Development of a comprehensive panel of antibodies against the major xenobiotic metabolising forms of cytochrome P450 in humans. // Biochem. Pharmacol. - 1998. - V.56. - P.377-387.

166. Edwards R.J., Murray B.P., Boobis A.R., Davies D.S. Identification and location of alpha-helices in mammalian cytochromes P450. // Biochemistry. — 1989. - V.28. -P.3762-3770.

167. Edwards R.J., Murray B.P., Singleton A.M., Boobis A.R. Orientation of cytochromes P450 in the endoplasmatic reticulum. // Biochemistry. - 1991a. - V.30. - P.71-76.

168. Edwards R.J., Murray B.P., Singleton A.M., Davies D.S., Boobis A.R. Identification of the epitope of an anti-peptide antibody which binds to CYP1A2 in many species including man. // Biochem. Pharmacol. - 1993b. - V. 46. - P.213-220.

169. Edwards R.J., Singleton A.M., Murray B.P., Boobis A.R., Davies D.S. Identification of a functionally conserved surface region of rat cytochromes P450 1A. // Biochem. J. -1991b. -V.278.-P.749-757.

170. Edwards R.J., Singleton A.M., Murray B.P., Davies D.S., Boobis A.R. Short synthetic peptides exploited for reliable and specific targeting of antibodies to the C-termini of cytochrome P450 enzymes. // Biochem. Pharmacol. - 1995. - V.49. - P.39-47.

171. Edwards R.J., Singleton A.M., Murray B.P., Sesardic D., Rich K.J., Davies D.S., Boobis A.R. An antipeptide antibody targeted to a specific region of rat cytochrome P-4501A2 inhibits enzyme activity. // Biochem. J. - 1990. - V.266. - P.497-504.

172. Eliasson E., Kenna J.G. Cytochrome P450 2E1 is a cell surface autoantigen in halothane hepatitis. // Mol. Pharmacol. - 1996. - V.50. - P.573-582.

173. Eliasson E., Stal P., Oksanen A. Lytton S. Expression of autoantibodies to specific cytochromes P450 in a case of disulfiram hepatitis. // J. Hepatol. - 1998. - V.29. -P.819-825.

174. England P.A., Harford-Cross C.F., Stevenson J.A., Rouch D.A., Wong L.L The oxidation of naphthalene and pyrene by cytochrome P450cam. // FEBS Lett. - 1998. -V.424.-P.271-274.

175. Enjalbal C., Martinez J., Subra G., Combarieu R., Aubagnac J.-L. Time-of-flight secondary ion mass spectrometry of Fmoc-amino acids linked to solid supports through ionic interactions. // Rapid Commun. Mass Spectrom. - 1998. - V.12. - P.1715-1720.

176. Eroshkin A.M., Fomin V.I., Zhilkin P.A., Kulichkov V.A. Protein fragment variability analysis and some principles of protein engineering of vaccines. // Protein Eng. - 1990. - V.3. - P.425-431.

177. Fack F., Hugle-Dorr B., Song D., Queitsch I., Petersen G., Bautz E.K. Epitope mapping by phage display: random versus gene-fragment libraries. // J.Immunol.Methods. - 1997. - V.206. - P.43-52.

178. Fang X., Kobayashi Y., Halpert J.R. Stoichiometry of 7-ethoxycoumarin metabolism by cytochrome P450 2B1 wild-type and five active-site mutants. // FEBS Lett. - 1997. -V.416. - P.77-80.

179. Felici F., Castagnoli L., Musacchio A. Jappelli R., Cesareni G. Selection of antibody ligands from a large library of oligopeptides expressed on a multivalent exposition vector. // J. Mol. Biol. - 1991. - V.222. -P.301-310.

180. Filatov V.L., Katrukha A.G., Bereznikova A.V., Esakova T.V., Bulargina T.V., Kolosova O.V., Severin E.S., Gusev N.B. Epitope mapping of anti-troponin I monoclonal antibodies. // Biochem. Mol. Biol. Int. - 1998. - V.45. - P.l 179-1187.

181. Fisher A.J., Johnson J.E. Ordered duplex RNA controls capsid architecture in an icosahedral animal virus. // Nature. - 1993. - V.361. - P. 176-179.

182. Fourie A.M., Hupp T.R., Lane D.P., Sang B.-C., Barbosa M.S., Sambrook J.F., Gething M.-J. HSP70 binding sites in the tumor suppressor protein p53. // J. Biol. Chem. -1997. - V.272. - P. 19471 -19479.

183. Frank R. Spot-synthesis: an easy technique for the positionally addressable, parallel chemical synthesis on a membrane support. // Tetrahedron. - 1992. - V.48. - P.9217-9232.

184. Frank R., Overwin H. SPOT synthesis. Epitope analysis with arrays of synthetic peptides prepared on cellulose membranes. // Meth. Mol. Biol. - 1996. - V.66. - P.149-169.

185. Fucci L., Oliver C.N., Coon M.J., Stadtman E.R. Inactivation of key metabolic enzymes by mixed-function oxidation reactions: Possible implication in protein turnover and ageing. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1983. - V.80. - P. 1521-1525.

186. Gallet X., Benhabiles N., Lewin M., Brasseur R., Thomas-Soumarmon A. Prediction of the antigenic sites of the cystic fibrosis transmembrane conductance regulator protein by molecular modelling. // Protein Eng. - 1995. - V.8. - P.829-834.

187. Gao B., Esnouf M.P. Elucidation of the core residues of an epitope using membrane-based combinatorial peptide libraries. // J. Biol. Chem. - 1996. - V.271. - P.24634-24638.

188. Gamier J., Osguthorpe D.J., Robson B. Analysis of accuracy and implications of simple methods for predicting the secondary structure of globular proteins. // J. Mol. Biol. - 1978. - V.120. - P.97-120.

189. Gelboin H.V., Krausz K.W., Gonzalez F.J., Yang T.J. Inhibitory monoclonal antibodies to human cytochrome P450 enzymes: a new avenue for drug discovery. // Trends Pharm. Sci. - 1999. - V.20. - P.432-438.

190. Gerber N.C., Horiuchi T., Koga H., Sligar S.G. Identification of 2Fe2S cysteine ligands in putidaredoxin. // Biochim. Biophys. Res. Commun. - 1990. - V.169. -P.1016-1020.

191. Gerber N.C., Sligar S.G. A role for Asp-251 in cytochrome P-450cam oxygen activation. // J. Biol. Chem. - 1994. - V.269. - P.4260-4266.

192. Germain R.N. MHC-dependent antigen processing and peptide presentation: providing ligands for T lymphocyte activation. // Cell. - 1994. - V.76. - P.287-299.

193. Gervot L., Rochat B., Gautier J.C., Bohnenstengel F., Kroemer H., de Berardinis V., Martin H., Beaune P., de Waziers I. Human CYP2B6: expression, inducibility and catalytic activities. // Pharmacogenetics. - 1999. - V.9 - P.295-306.

194. Getzoff E.D., Geysen H.M., Rodda S.J., Alexander H., Tainer J.A., Lerner R.A. -Mechanism of antibody binding to a protein. // Science. 1987. - V.235 - P.1191-1196.

195. Getzoff E.D., Tainer J.A., Lerner R.A., Geysen H.M. The chemistry and mechanism of antibody binding to protein antigens. // Adv. Immunol. - 1988. - V.43. - P. 1-98.

196. Geysen H.M., Meloen R.H., Barteling S.J. Peptide synthesis used to probe viral antigens for epitopes to a resolution of a single aminoacid. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1984, 81,3998-4002.

197. Geysen H.M., Rodda S.J., Mason T.J. A priori delineation of a peptide which mimics a discontinuous antigenic determinant. // Mol. Immunol. - 1986. - V.23. - P.709-715.

198. Geysen H.M., Rodda S.J., Mason T.J., Tribbick G., Schoofs P.G. Strategies for epitope analysis using peptide synthesis. // J. Immunol. Meth. - 1987a. - V.102. -P.259-274.

199. Geysen H.M., Tainer J.A., Rodda S.J., Mason T.J., Alexander H., Getzoff E.D., Lemer R.A. Chemistry of antibody binding to a protein. // Science. - 1987b.- V.235. -P.1184-1190.

200. Geysen H.M., Mason T.J., Rodda S.J. Cognitive features of continuous antigenic determinants. // J. Mol. Recognition - 1988. - V.l. - P.32-41.

201. Gianani R., Sarvetnick N. Viruses, cytokines, antigens, and autoimmunity. // Proc.Natl. Acad.Sci. USA. - 1996. - V.93. - P.2257-2259.

202. Gibas C.J., Subramanian S., McCammon J.A., Braden B.C., Poljak R.J. pH dependence of antibody-lysozyme complexation. // Biochemistry. - 1997. -V.36. -P.15599-15614.

203. Gibson G.G. Cytochrome P-450 spin state: regulation and functional significance. // In: Microsomes and drug oxidations. - Boobis A.R., Caldwell J., De Mattei F., Elcombe C.R., eds. - Taylor & Francis: London-Philadelphia, 1985. - P.33-41.

204. Gilmanshin R., Dyer R.B., Callender R.H. Structural heterogeneity of the various forms of apomyoglobin: implications for protein folding. // Protein Sci. - 1997a. - V.6. - P.2134-2142.

205. Gilmanshin R., Williams S., Callender R.H., Woodruff W.H., Dyer R.B. Fast events in protein folding: relaxation dynamics and structure of the I form of apomyoglobin. // Biochemistry. - 1997b. - V.36. -P.15006-15012.

206. Goeptar A.R., Scheerens H., Vermeulen N.P.E. Oxygen and xenobiotic reductase activities of cytochrome P450. // Crit. Rev. Toxicol. - 1995. - V.25. - P.25-65.

207. Goldberg M.E. Investigating protein conformation, dynamics and folding with monoclonal antibodies. // Trends Biochem. Sci. - 1991. - V.16. - P.358-362.

208. Goldfarb I., Korzekwa K., Krausz K.W., Gonzalez F., Gelboin H.V. Cross-reactivity of thirteen monoclonal antibodies with ten vaccinia cDNA expressed rat, mouse and human cytochrome P450s. // Biochem. Pharmacol. - 1993. - V.46. - P.787-790.

209. Gonzalez F.J., Gelboin H.V. Role of human cytochromes P40 in the metabolic activation of chemical carcinogens and toxins. // Drug Metab. Rev. - 1994. - V.26. -P.165-183.

210. Gotoh O. Substrate recognition sites in cytochrome P450 family 2 (CYP2) proteins inferred from comparative analysis of amino acid and coding nucleotide sequences. // J. Biol. Chem. - 1992. - V.267. - P.83-90.

211. Graham S., Peterson J.A. How similar are P450s and what can their differences teach us? // Arch. Biochem. Biophys. - 1999. - V.369. - P.24-29.

212. Graham-Lorence S., Amarneh B., White R.E., Peterson J.A., Simpson E.R. A three dimensional model of aromatase cytochrome P450. // Protein Sci. - 1995. - V.4. -P.1065-1080.

213. Grass-Masse H., Georges B., Estaquier J., Tranchard-Bunel D., Tartar A., Druilhe P., Auriault C. Convergent peptide libraries, or mixotopes, to elicit or to identify specific immune responses. // Curr. Opin. Immunol. - 1999. - V.l 1. - P.223-228.

214. Grawunder U., West R.B., Lieber M.R. Antigen receptor gene rearrangement. // Curr. Opin. Immunol. - 1998,- V.10. - P.172-180.

215. Gray D., Bergthorsdottir S., van Essen D., Wykes M., Poudrier J., Siepmann K. -Observations on memory B-cell development. // Sem. Immunol. 1997. - V.9. - P.249-254.

216. Gray D., Siepmann K., van Essen D., Poudrier J., Wykes M., Jainandunsing S., Bergthorsdottir S., Dullforce P. B-T lymphocyte interactions in the generation and survival of memory cells. // Immunol. Rev. - 1996. - V.150. - P.45-61.

217. Green N.S., Lin M.M., Scharff M.D. Somatic hypermutation of antibody genes: a hot spot warms up. // Bioessays. - 1998. - V.20. - P.227-234.

218. Griem P., Wulferink M., Sachs B., Gonzalez J.B., Gleichmann E. Allergic and autoimmune reactions to xenobiotics: how do they arise? // Immunol. Today. - 1998. -V.19. - P.133-141.

219. Griffin J.P., Chu R., Harding C.V. Early endosomes and a late endocytic compartment generate different peptide-class II MHC complexes via distinct processing mechanisms. //J. Immunol.- 1997,-V. 158.-P. 1523-1532.

220. Gritsun T.S., Holmes E.G., Gould E.A. Analysis of flavivirus envelope proteins reveals variable domains that reflect their antigenicity and may determine their pathogenesis. //Virus Res. - 1995. - V.35. - P.307-321.

221. Gueguen M., Boniface O., Bernard 0., Clerc F., Cartwright T., Alvarez F. -Identification of the main epitope on human cytochrome P450 IID6 recognized by anti-liver kidney microsome antibody. // J. Autoimmun. 1991. - V.4. - P.607-615.

222. Guengerich F.P. Cytochrome P450 enzymes. // American Scientist. - 1993. - V.81. -P.440-447.

223. Guengerich F.P. Human cytochrome P450 enzymes. // In: Cytochrome P450. - Ortiz de Montellano P.R., ed. - New York:Plenum Press, 1995. - P.473-535.

224. Guengerich F.P., Johnson W.W. Kinetics of ferric cytochrome P450 reduction by NADPH-cytochrome P450 reductase: rapid reduction in the absence of substrate and variations among cytochrome P450 systems. // Biochemistry. - 1997. - V.48. -P.14741-14750.

225. Guengerich F.P., Parikh A. Expression of drug-metabolizing enzymes. // Curr. Opin. Biotechnol. - 1997. - V.8. - P.623-628.

226. Gundlach B.R., Wiesmuller K.H., Junt T., Kienle S., Jung G., Walden P. -Determination of T cell epitopes with random peptide libraries. // J. Immunol. Meth. -1996. V.192. - P.149-155.

227. Halimi H., Dumortier H., Briand J.P., Muller S. Comparison of two different methods using overlapping synthetic peptides for localizing linear B cell epitopes in the U1 snRNP-C autoantigen. // J. Immunol. Methods. - 1996. - V.199. - P.77-85.

228. Haniu M., Armes L.G., Tanaka M., Yasunobu K.T., Shastry B.S., Wagner G.C., Gunsalus I.C. The primary structure of the monoxygenase cytochrome P450cam. // Biochem. Biophys. Res. Commun. - 1982. - V. 105. - P.889—894.

229. Harlow G.R., He Y.A., Halpert J.R. Functional interaction between amino-acid residues 242 and 290 in cytochromes P-450 2B1 and 2B11. // Biochim. Biophys. Acta. -1997. - V.1338. - P.259-266.

230. Hashimoto-Yutsudo C., Imai Y., Sato R. Multiple forms of cytochrome P450 purified from liver microsomes of phénobarbital- and 3-methylcholanthrene-pretreated rabbits. II. Spectral properties. // J. Biochem. - 1980. - V.88. - P. 505-516.

231. Hazemann C.A., Kurumbail R.G., Boddupalli S.S., Peterson J.A., Deisenhofer J. -Structure and function of cytochromes P450: a comparative analysis of three crystal structures. // Structure. 1995. - V.3. - P.41-62.

232. Hazemann C.A., Ravichandran K.G., Peterson J.A., Deisenhofer J. Crystal structure and refinement of P450terp at 2.3 À resolution. // J. Mol. Biol. - 1994. - V.236. -P.1169-1185.

233. Hazzard J.T., Govindaraj S., Poulos T.L., Tollin G. Electron transfer between the FMN and heme domains of cytochrome P450BM-3. // J. Biol. Chem. - 1997. - V.272. -P.7922-7926.

234. He Y.Q., Harlow G.R., Szklarz G.D., Halpert J.R. Structural determinants of progesterone hydroxylation by cytochrome P450 2B5: the role of nonsubstrate recognition site residues. // Arch. Biochem. Biophys. - 1998. - V.350. - P.333-339.

235. He Y., Luo Z., Klekotka P.A., Burnett V.L., Halpert, J.R. Structural determinants of cytochrome P450 2B1 specificity: evidence for five substrate recognition sites. // Biochemistry. - 1994. - V.33. - P.4419-4424.

236. Healy J.I., Goodnow C.C. Positive versus negative signaling by lymphocyte antigen receptors. // Annu. Rev. Immunol. - 1998. - V. 16. - P.645-670.

237. Heinemann F.S., Ozols J. The covalent structure of rabbit phenobarbital-induced cytochrome P450. // J.Biol.Chem. - 1992. - V.257. - P. 14988-14999.

238. Hellinga H.W., Richards F.M. Optimal sequence selection in proteins of known structure by simulated evolution. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1994. - V.91. -P.5803-5807.

239. Hertz M., Kouskoff V., Nakamura T., Nemazee D. V(D)J recombinase induction in splenic B lymphocytes is inhibited by B cell receptor signalling. // Nature. - 1998. -V.394. - P.292-295.

240. Hertz M., Nemazee D. Receptor editing and commitment in B lymphocytes. // Curr. Opin. Immunol. - 1998,-V. 10,-P.208-213.

241. Higgins L., Bennett G.A., Shimoji M., Jones J.P. Evaluation of cytochrome P450 mechanism and kinetics using kinetic deuterium isotope effects. // Biochemistry. - 1998. - V.37. - P.7039-7046.

242. Hildebrandt A., Remmer H., Estabrook R.W. Cytochrome P-450 of liver microsomes -one pigment or many. // Biochem. Biophys. Res. Commun. - 1968. - V.30. - P.607-612.

243. Hildebrandt P., Garda H., Stier A., Bachmanova G.I., Kanaeva I.P. Archakov A.I. -Protein-protein interactions in microsomal cytochrome P-450 isozyme LM2 and their effect on substrate binding. // Eur. J. Biochem. 1989. - V.186. - P.383-388.

244. Hintz M.J., Mock D.M., Peterson L.L., Tuttle K., Peterson J.A. Equilibrium and kinetic studies of the interaction of cytochrome P-450cam and putidaredoxin. // J. Biol. Chem. - 1982. - V.257. - P.14324-14332.

245. Hlavica P. On the function of cytochrome b5 in the cytochrome P450-dependent oxygenase system // Arch. Biochem. Biophys. - 1984. - V.228 - P.600-608.

246. Hlavica P., Kellermann J., Golly I., Lehnerer M. Chemical modification of Tyr34 and Tyrl29 in rabbit liver microsomal cytochrome b5 affects interaction with cytochrome P-450 2B4. // Eur. J. Biochem. - 1994. - V.224. - P. 1039-1046.

247. Hlavica P., Lehnerer M., Eulitz M. Histidine residues in rabbit liver microsomal cytochrome P-450 2B4 control electron transfer from NADPH-cytochrome P-450 reductase and cytochrome b5. // Biochem. J. - 1996. - V.318. - P.857-862.

248. Ho F., Lortan J.E., MacLennan I.C.M., Khan M. Distinct short-lived and long-lived antibody-producing cell population. // Eur. J. Immunol. - 1986. - V.16. - P. 1297-1301.

249. Holmes C.P., Adams C.L., Kochersperger L.M., Mortensen R.B., Aldwin L.A. The use of light-directed combinatorial peptide synthesis in epitope mapping. // Biopolymers. - 1995. - V.37. - P. 199-211.

250. Holt L.J., Enever C., de Wildt R.M.T., Tomlinson I.M. The use of recombinant antibodies in proteomics. // Curr. Opin. Biotechnol. - 2000. - V.l 1. - P.445-449.

251. Honeychurch M.J., Hill A.O., Wong L.L The thermodynamics and kinetics of electron transfer in the cytochrome P450cam enzyme system. // FEBS Lett. - 1999. - V.451. -P.351-353.

252. Honkakoski P., Linnala-Kankkunen A., Usanov S.A., Lang M.A. Highly homologous cytochromes P-450 and b5: a model to study protein-protein interactions in a reconstituted monooxygenase system. //Biochim.Biophys.Acta.- 1992. - V.l99. -P.6-14.

253. Hoogenboom H.R., Griffith A.D., Johnson K., Chiswell D.J., Hudson P., Winter G. -Multi-subunit proteins on the surface of the filamentous phage: methodologies for displaying antibody (Fab) heavy and light chains. // NAR 1991. - V.19. - P.4133-4137.

254. Hopp T.P., Woods K.R. Prediction of protein antigenic determinants from amino acid sequences. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1981. - V.78. - P.3824-3828.

255. Houghten R.A. General method for the rapid solid-phase synthesis of large numbers of peptides: specificity of antigen-antibody interaction at the level of individual amino acids.//Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1985.-V.82. - P.5131-5135.

256. Houghten R.A., Appel J.R., Blondelle S.E., Cuervo J.H., Dooley C.T., Pinilla C. The use of synthetic peptide combinatorial libraries for the identification of bioactive peptides. // Biotechniques. - 1992. - V.13. - P.412-421.

257. Houghten R.A., Pinilla C., Blondelle S.E., Appel J.R., Dooley C.T., Cuervo J.H. -Generation and use of synthetic peptide combinatorial libraries for basic research and drug discovery. //Nature. 1991. - V.354. - P.84-86.

258. Hruby V.J., Ahn J.M., Liao S. Synthesis of oligopeptide and peptidomimetic libraries. // Curr. Opin. Chem. Biol. - 1997. - V.l. - P.l 14-119.

259. Huang X., Yang X., Luit B.J., Koide S. NMR identification of epitopes of Lyme disease antigen OspA to monoclonal antibodies. //J.Mol.Biol- 1998 - V.281. P.61-67.

260. Hubbard J.A., Raleigh D.P., Bonnerjea J.R., Dobson C.M. Identification of the epitopes of calcitonin gene-related peptide (CGRP) for two anti-CGRP monoclonal antibodies by 2D NMR. // Protein Sci. - 1997. - V.6. - P. 1945-1952.

261. Hui Bon Hoa G., Di Primo C., Geze M., Douzou P., Kornblatt J.A., Sligar S.G. The formation of cytochrome P-450 from cytochrome P-420 is promoted by spermine. // Biochemistry. - 1990. - V.29. - P.6810-6815.

262. Imai Y., Sato R. A gel electrophoretically homogeneous preparation of cytochrome P-450 from liver microsomes of phénobarbital pretreated rabbits. // Biochem. Biophys. Res. Commun. - 1974. - V.60. - P.8-14.

263. Ingelman-Sundberg M., Oscarson M., McLellan R.A. Polymorphic human cytochrome P450 enzymes: an opportunity for individualized drug treatment. // Trends Pharmacol. Sci. - 1999. - V.20. - P.342-349.

264. Ioannides C., Parke D.V. The cytochrome P450 I gene family of microsomal hemoproteins and their role in the metabolic activation of chemicals. // Drug Metab. Rev. - 1990,-V.22. -P.l-85.

265. Ivanov Y.D., Kanaeva I.P., Archakov A.I. Optical biosensor study of ternary complex formation in a cytochrome P4502B4 system. // Biochem. Biophys. Res. Commun.2000. V.273. - P.750-752.

266. Janin J., Chothia C.J. The structure of protein-protein recognition sites (microreview). //J. Biol. Chem. - 1990. -V.27. - P. 16027-16030.

267. Jansson I., Shenkman J.B. Substrate influence on interaction between cytochrome P450 and cytochrome b5 in microsomes. // Arch. Biochem. Biophys. - 1996. - V.325. -P.265-269.

268. Jansson I., Tamburini F.P., Favreau L.Y., Shenkman J.B. The interaction of cytochrome b5 with four cytochrome P-450 enzymes from the untreated rat. // Drug Metab. Dispos. - 1985. - V.13. - P.453-458.

269. Jean P., Pothier J., Dansette P.M., Mansuy D., Viari A. Automated multiple analysis of protein structures: application to homology modeling of cytochromes P450. // Proteins. - 1997. - V.28. - P.388-404.

270. Jemmerson R. Antigenicity and native structure of globular proteins: low frequency of peptide reactive antibodies. //Proc. Natl. Acad. Sci. USA.- 1987. - V.84. - P.9180-9184.

271. Jemmerson R., Paterson Y. Mapping epitopes on a protein antigen by the proteolysis of antigen-antibody complexes. // Science. - 1986. - V.232. - P.1001-1004.

272. Jesaitis A.J., Gizachew D., Dratz E.A., Siemsen D.W., Stone K.C., Burritt J.B. Actin surface structure revealed by antibody imprints: evaluation of phage-display analysis of anti-actin antibodies. // Protein Sci. -1999. - V.8. - P.760-770.

273. Jespers L., Jenne S., Lasters I., Collen D. Epitope mapping by negative selection of randomized antigen libraries displayed on filamentous phage. // J.Mol.Biol. - 1997. -V.269. - P.704-718.

274. Ji H., Zhang W., Zhou Y., Zhang M., Zhu J., Song Y., Lu, J. A three-dimensional model of lanosterol 14alpha-demethylase of Candida albicans and its interaction with azole antifungals. // J. Med. Chem. - 2000. - V.43. - P.2493-2505.

275. Jin L., Wells J.A. Dissecting the energetics of an antibody-antigen interface by alanine shaving and molecular grafting. // Protein Sci. - 1994. - V.3. - P.2351-2357.

276. John G.H., Hasler J.A., He Y.A., Halpert J.R. Escherichia coli expression and characterization of cytochromes P450 2B11, 2B1, and 2B5. // Arch. Biochem. Biophys. - 1994.-V.314.-P.367-375.

277. Johne B. Epitope mapping by surface plasmon resonance in the BIAcore. // Mol. Biotechnol. - 1998. - V.9. - P.65-71.

278. Jones E.Y. MHC class I and class II structures. // Curr. Opin. Immunol. - 1997. - V.9. -P. 75-79.

279. Jones S., Thornton J.M. Principles of protein-protein interactions. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA.- 1996,- V.93.-P.13-20.

280. Joys T.M., Schodel F. Epitope mapping of the d flagellar antigen of Salmonella muenchen. // Infect. Immun. - 1991. - V.59. - P.3330-3332.

281. Jung C., Hui Bon Hoa G., Schroeder K.-L., Simon M., Doucet J.P. Substrate analogue induced changes of the CO-stretching mode in the cytochrome P450cam-carbon monoxide complex. // Biochemistry. - 1992. - V. 31. - P.12855-12862.

282. Kaergel E., Aoyama Y., Schunck W.H., Mueller H.G., Yoshida Y. Comparative study on cytochrome P-450 of yeasts using specific antibodies to cytochromes P-450alk and P-450(14DM). // Yeast. - 1990. - V.6. - P.61-67.

283. Kam-Morgan L.N.W., Smith-Gill S.J., Taylor M.G., Zhang L., Wilson A.C., Kirsch J.F. High-resolution mapping of the HyHEL-10 epitope of chicken lysozyme by site-directed mutagenesis. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1993. - V.90. - P.3958-3962.

284. Kamtekar S., Schiffer J.M., Xiong H., Babik J.M., Hecht M.H. Protein desing by binary patterning of polar and nonpolar amino acids. // Science. - 1993. - V.262. -P.1680-1685.

285. Kanamura S., Watanabe J. Cell biology of cytochrome P-450 in the liver. // Int. Rev. Cytol. - 2000. - V.198. - V. 109-152.

286. Karimova G., Pidoux J., Ullmann A., Ladant D. A bacterial two-hybrid system based on a reconstituted signal transduction pathway. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1998. -V.95. - P.5752-5756.

287. Karlsson R., Michaelsson A., Mansson L. Kinetic analysis of monoclonal antibody-antigen interactions with a new biosensor-based analytical system. // J. Immunol. Meth. - 1991. - V.145. - P.229-240.

288. Karplus P.A., Shulz G.E. Prediction of chain flexibility in proteins. // Naturwissenschaften. - 1985. - V.72. - P. 212-213.

289. Karuzina I.I., Archakov A.I. The oxidative inactivation of cytochrome P450 in monooxygenase reaction. // Free Radic. Biol. Med. - 1994. - V.16. - P.73-97.

290. Katagiri M., Ganguli B.N., Gunsalus I.C. A soluble cytochrome P-450 functional in methylene hydroxylation. // J. Biol. Chem. - 1968. - V.243. - P.3543-3546.

291. Kelsoe G. The germinal center: a crucible for lymphocyte selection. // Sem. Immunol.- 1996. V.8. - P.179-184.

292. Kennedy R.C., Henkel R.D., Pauletti D., Allan J.S., Lee T.H., Essex M„ Dreesman G.R.- Antiserum to a synthetic peptide recognizes the HTLV-III envelope glycoprotein. // Science. 1986. - V.231. - P. 1556-1559.

293. Khudyakov Yu.E., Khudyakova N.S., Jue D.L., Lambert S.B., Fang S., Fields H.A. -Linear B-cell epitopes of the NS3-NS4-NS5 proteins of the hepatitis C virus as modeled with synthetic peptides. // Virology. 1995. - V.206. - P.666-672.

294. Kini R.M., Evans H.J. Prediction of potential protein-protein interaction sites from amino acid sequence. Identification of a fibrin polymerization site. // FEBS Lett.1996.-V. 385,-P.81-86.

295. Kiselar J.G., Downard K.M. Direct identification of protein epitopes by mass spectrometry without immobilization of antibody and isolation of antibody-peptide complexes. // Anal. Chem. - 1999a. - V.71. - P.1792-1801.

296. Kiselar J.G., Downard K.M. -Antigenic surveillance of the influenza virus by mass spectrometry. // Biochemistry. 1999b. - V.38. - P. 14185-14191.

297. Kleinfeld A.M., Lukacovic M.F. Energy eransfer study of cytochrome b5 using antroxy fatty acid membrane probes. // Biochemistry. - 1985 - V.24. - P. 1883-1890.

298. Klinman N.R. The cellular origins of memory B cells. // Sem. Immunol. - 1997.1997. V.9.-P.241-247.

299. Knapp J.A., Dignam H.W., Strobel H.W. NADPH-cytochrome P-450 reductase: circular dichroism and physical properties // J.Biol. Chem. - 1977. - V.252. - P.437-443.

300. Knegtel R.M.A., Kuntz I.D., Oshiro C.M. — Molecular docking to ensembles of protein structures. // J. Mol. Biol. 1997. - Y.266. - P.424-440.

301. Kobayashi K., Iwamoto T., Honda K. Spectral intermediate in the reaction of ferrous cytochrome P450cam with superoxide anion. // Biochem. Biophys. Res. Commun. -1994. -V.201. -P.1348-1355.

302. Kobayashi Y., Fang X., Szklarz G.D., Halpert J.R. Probing the active site of cytochrome P450 2B1: metabolism of 7-alkoxycoumarins by the wild type and five site-directed mutants. // Biochemistry. - 1998. - V.37. - P.6679-6688.

303. Kohli E., Maurice L., Bourgeois C., Bour J.B., Pothier P. Epitope mapping of the major inner capsid protein of group A rotavirus using peptide synthesis. // Virology. -1993. - V.194. -P.110-116.

304. Kolaskar A.S., Kulkarni-Kale U. Sequence alignment approach to pick up conformationally similar protein fragments. // J. Mol. Biol. - 1992. - V.223. - P. 10531061.

305. Kolaskar A.S., Kulkarni-Kale U. Prediction of three-dimensional structure and mapping of conformational epitopes of envelope glycoprotein of Japanese encephalitis virus. // Virology. - 1999. - V.261. - P.31-42.

306. Kolaskar A.S., Tongaonkar P.C. A semi-empirical method for prediction of antigenic determinants on protein antigens. // FEBS Lett. - 1990. - V.276. - P. 172-174.

307. Komar A.A., Kommer A., Krasheninnikov I.A., Spirin A.S. Cotranslational folding of globin. // J. Biol. Chem. - 1997. - V.272. - P. 10646-10651.

308. Kominami B., Hara H., Ogishima T., Takemori S. Interaction between cytochrome-P450 (P-450 c21) and NADPH-cytochrome P-450 reductase from adrenocortical microsomes in a reconstituted system. // J. Biol. Chem. - 1984. - V.259. - P.2991-2999.

309. Konig S., Beterams G., Nassal M. Mapping of homologous interaction sites in the hepatitis B virus core protein. // J.Virol. - 1998. - V.72. - P.4997-5005.

310. Korzekwa K.R., Jones J.P. Predicting the cytochrome P450 mediated metabolism of xenobiotics. // Pharmacogenetics. - 1993. V. 3. - P. 1-18.

311. Koshland D.E., Nemethy G., Filmer D. Comparison of experimental binding data and theoretical models in proteins containing subunits. // Biochemistry. - 1966. - V.5. -P.365-385.

312. Koster H.S.D., Amons R., Benckhuijsen W.E., Feijbrief M., Schellekens G.A., Drijfihout J.W. The use of dedicated peptide libraries permits the discovery of high affinity binding peptides. // J. Immunol. Methods. - 1995. - V.187. - P. 179-185.

313. Koymans L., Donne-op den Kelder G.M., Koppelete J.M., Vermeulen H.P.E. -Cytochromes P450: their active-site structure and mechanism of oxidation. // Drug Metab. Reviews. 1993. - V.25. - P.325-387.

314. Krchnak V., Mach O., Maly A. Computer prediction of potential immunogenic determinants from protein amino acid sequence. // Anal. Biochem. - 1987. - V.165. -P .200-207.

315. Krylov D., Mikhailenko I., Vinson C. A thermodynamic scale for leucine zipper stability and dimerization specificity: e and g interhelical interactions. // EMBO J. -1994. - V,13. -P.2849-2861.

316. Kudo T., Takaya N., Park S.Y., Shiro Y., Shoun H. A positively charged cluster formed in the heme-distal pocket of cytochrome P450nor is essential for interaction with NADH. // J. Biol. Chem. - 2000. - V.276. - P.5020-5026.

317. Kuntz I.D. Protein folding. // J. Amer. Chem. Soc. - 1972. - V.94. - P.4009-4018.

318. Kuwabara I., Maruyama H., Mikawa Y.G., Zuberi R.I. Liu, F.T., Maruyama I.N. -Efficient epitope mapping by bacteriophage lambda surface display. // Nature Biotechnol. 1997. - V.15. - P.74-78.

319. Kwong P.D., Wyatt R., Robinson J., Sweet R.W.„ Sodroski J., Hendrickson W.A. -Structure of an HIV gpl20 envelope glycoprotein in complex with the CD4 receptor and a neutralizing human antibody. // Nature. 1998. - V.393. - P.648-659.

320. Kyte J., Doolittle R.F. A simple method for displaying the hydropathic character of a protein. //J. Mol. Biol. - 1982. - V.157. -P.105-132.

321. Lab FAQS. Roche Molecular Biochemicals: Mannheim, 1999. - P. 80.

322. Lamb M.L., Jorgensen W.L. Computational approaches to molecular recognition. // Curr. Opin. Chem. Biol. - 1997. - V.l. -P.449-457.

323. Last A.M., Robinson C.V. Protein folding and interactions revealed by mass spectrometry.//Curr. Opin. Chem. Biol. - 1999. - V.3. - P.564-570.

324. Laune D., Pau B., Granier C. Peptide models of immunological recognition: paratope dissection by multiple peptide synthesis. // Clin. Chem. Lab. Med. - 1998. - V.36. -P.367-371.

325. Laver W.G., Air G.M., Webster R.G., Smith-Gill S.J. Epitopes on protein antigens: misconceptions and realities. // Cell. - 1990. - V.61. - P.553-556.

326. Lazar G.A., Handel T.M. Hydrophobic core packing and protein design. // Curr. Opin. Chem. Biol. - 1998. - V.2. - P.675-679.

327. Lebesgue D., Wallukat G., Mijares A., Granier C., Argibay J., Hoebeke J. An agonistlike monoclonal antibody against the human beta2-adrenoceptor. // Eur.I.Pharmacol. -1998. - Y.348. - P. 123-133.

328. Lecoeur S., Andre C., Beaune P.H. Tienilic acid-induced autoimmune hepatitis: anti-liver and-kidney microsomal type 2 autoantibodies recognize a three-site conformational epitope on cytochrome P4502C9. // Mol. Pharmacol. - 1996. - V.50. -P.326-333.

329. Lee B., Richards F.M. The interpretation of protein structures: estimation of static accessibility.// J. Mol. Biol. - 1971. - Y.55. - P.379-400.

330. Leeder J.S., Gaedigk A., Lu X., Cook V.A. Epitope mapping studies with human anti-cytochrome P450 3A antibodies. // Mol. Pharmacol. 1996. - V.49. - P.234-243.

331. Leeder J.S., Lu X., Timsit Y., Gaedigk A. Non-monooxygenase cytochromes P450 as potential human autoantigens in anticonvulsant hypersensitivity reactions. // Pharmacogenetics. - 1998. - V.8. - P.211-225.

332. Leeder J.S., Riley R.J., Cook V.A., Spielberg S.P. Human anti-cytochrome P450 antibodies in aromatic anticonvulsant-induced hypersensitivity reactions. // J. Pharmacol. Exp. Ther. - 1992. - V.263. -P.360-367.

333. Legrain P., Jestin J.-L., Schachter V. From the analysis of protein complexes to proteome-wide linkage maps. // Curr. Opin. Biotechnol. - 2000. - V.l 1. - P.402-407.

334. LeLean J.E., Moon N., Dunham W.R;, Coon M.J. EPR spectrometry of cytochrome P450 2B4: effects of mutations and substrate binding. // Biochem. Biophys. Res. Commun. - 2000. - V.276. - P.762-766.

335. Lenstra J.A., Kusters J.G., Zeijst B.A.M.V.D. Mapping of viral epitopes with prokaryotic expression products. // Arch. Virol. - 1990. - V.l 10. - P. 1-24.

336. Lescar J., Pelligrini M., Souchon H., Tello D., Poljak R.J., Peterson N., Greene M„ Alzari P.M. Crystal strycture of a cross-reaction complex between Fab F9.13.7 and guinea pig lysozyme. //J. Biol. Chem. - 1995. - V.270. - P.18067-18076.

337. Lewis D.F. Three-dimensional models of human and other mammalian microsomal P450s constructed from an alignment with P450102 (P450bm3). // Xenobiotica. - 1995.- V.25. P.333-366.

338. Lewis D.F., Lake B.G. Molecular modelling of CYP1A subfamily members based on an alignment with CYP102: rationalization of CYP1A substrate specificity in terms of active site amino acid residues. // Xenobiotica. -1996. - V.26. - P.723-753.

339. Lewis D.F., Lake B.G. Molecular modelling of mammalian CYP2B isoforms and their interaction with substrates, inhibitors and redox partners. // Xenobiotica. - 1997. - V.27.- P.443-478.

340. Li H., Darwish K., Poulos T.L. Characterization of recombinant B. megaterium cytochrome P-450bm-3 and its two fumctional domains. // J. Biol. Chem. - 1991. -V.266. -P.11909-11914.

341. Li H., Poulos T.L. The structure of the cytochrome P450BM-3 haem domain complexed with the fatty acid substrate, palmitoleic acid. // Nature Struct. Biol. - 1997.- V.4. P.140-146.

342. Li H., Poulos T.L. Fatty acid metabolism, conformational change, and electron transfer in cytochrome P-450bm-3- // Biochim. Biophys. Acta. - 1999. - V. 1441. -P.141-149.

343. Li H.C., Kupfer D. Mechanism of induction of rat hepatic CYP2B and 3A by the pesticide methoxychlor. // J .Biochem. Mol. Toxicol. - 1998. - Y.12. - P.315-323.

344. Lipscomb J.D., Sligar S.G., Namtvedt M.J., Gunsalus I.C. Autoxidation and hydroxylation reactions of oxygenated cytochrome P-450cam. // J. Biol. Chem. - 1976.- V.251. P.l 116-1124.

345. Liu J., He Y.A., Halpert J.R. Role of residue 480 in substrate specificity of cytochrome P450 2B5 and 2B11. // Arch. Biochem. Biophys. - 1996. - V.327. -P.167-173.

346. Liu Y.-J., Banchereau J. Regulation of B-cell commitment to plasma cells or to memory cells. // Sem. Immunol. - 1997. - V.9. - P.235-240./

347. Lo K.K., Wong L.L , Hill H.A. Surface-modified mutants of cytochrome P450cam: enzymatic properties and electrochemistry. // FEBS Lett. - 1999. - V.451. - P.342-346.

348. Loeper J., Descatoire V., Maurice M., Beaune P., Belghiti J., Feldmann G., Larrey D., Pessayre D. Presence of functional cytochrome P-450 on isolated rat hepatocyte plasma membrane. // Hepatology. - 1990. - V.l 1. - P.850-858.

349. Loida P.J., Sligar S.G. Engineering cytochrome P-450cam to increase the stereospecificity and coupling of aliphatic hydroxylation. // Protein Eng. - 1993. - V.6.- P.207-212.

350. Lomonossoff G.P., Johnson J.E. Use of macromolecular assemblies as expression systems for peptides and synthetic vaccines. // Curr. Opin. Struct. Biol. - 1996. - V.6. -P. 176-182.

351. Loomans E.E., Nijholt L.J., Cremers A.J., Paulij W.P., Schielen W.J. Epitope mapping and serodiagnosis using Ata- and (Lys)7-peptides. // Biochem. Biophys. Acta.- 1998.-V.1379.-P.273-281.

352. Lou Y.H., McElveen M.F., Garza K.M., Tung K.S. Rapid induction of autoantibodies by endogenous ovarian antigens and activated T cells: implication in autoimmune disease pathogenesis and B cell tolerance. // J. Immunol. - 1996. - V.l56. - P.3535— 3540.

353. Lu A.Y.H., West S.B., Vore M., Ryan D„ Levin W. Role of cytochrome b5 in hydroxylation by a reconstituted cytochrome P-450-containing system. // J. Biol. Chem.- 1974. V.249. - P.6701-6709.

354. Lyon J.A., Carter J.M., Thomas A.W., Chulay J.D. Merozoite surface protein-1 epitopes recognized by antibodies that inhibit Plasmodium falciparum merozoite dispersal. // Mol. Biochem. Parasitol. - 1997. - V.90. - P.223-234.

355. Lyons T.A., Ratnaswamy G., Pochapsky T.C. Redox-dependent dynamics of putidaredoxin characterized by amide proton exchange. // Protein Sci. - 1996. - V.5. -P.627-639.

356. Lytton S.D., Helander A., Zhang-Gouillon Z.Q., Stokkeland K„ Bordone R., Arico S., Albano E., French S.W., Ingelman-Sundberg M. Autoantibodies against cytochromes P-4502E1 and P-4503A in alcoholics. // Mol. Pharmacol. - 1999. - V.55. - P.223-233.

357. Lyubarskaya Y.V., Dunayevskiy Y.M., Vouros P., Karger B.L. Microscale epitope mapping by affinity capillary electrophoresis-mass spectrometry. // Anal.Chem. - 1997.- V.69.-P.3008-3014.

358. Macht M., Fiedler W., Kurzinger K., Przybylski M. Mass spectrometric mapping of protein epitope structures of myocardial infarct markers myoglobin and troponin T. // Biochemistry. - 1996. - V.35. - P. 15633-15639.

359. MacLennan I.C.M., Casamayor-Palleja M., Toellner K.-M., Gulbranson-Judge A., Gordon J. Memory B-cell clones and the diversity of their members. // Sem. Immunol.- 1997. V.9. - P.229-234.

360. Maeji N.J., Bray A.M., Valerio R.M., Wang W. Larger scale multipin peptide synthesis.//PeptRes. - 1995. - V.8. - P.33-38.

361. Maenaka K., Jones E.Y. MHC superfamily structure and the immune system. // Curr. Opin. Struct. Biol. - 1999. - V. 9. - P. 745-753.

362. Maksyutov A.Z., Zagrebelnaya E.S. ADEPT: a computer program for prediction of protein antigenic determinants. // Comput. Appl. Biosci. - 1993. - V.9. - P.291-297.

363. Malmqvist M. Epitope mapping by label-free biomolecular interaction analysis. // Methods. - 1996. - V.9. - P.525-532.

364. Manns M.P., Griffin K.J., Sullivan ,K.F., Johnson E.F. LKM-1 autoantibodies recognize a short linear sequence in P450IID6, a cytochrome P-450 monooxygenase. // J. Clin. Invest. - 1991. - V.88. - P.1370-1378.

365. Manns M.P., Johnson E.F., Griffin K.J., Tan E.M., Sullivan K.F. Major antigen of liver kidney microsomal autoantibodies in idiopathic autoimmune hepatitis is cytochrome P450dbl. // J. Clin. Invest.- 1989. -V. 159. - P.542-547.

366. Manns M., Obermayer-Straub P. Cytochromes P450 and uridine triphosphate-glucuronosyltransferases: model autoantigens to study drug-induced, virus-induced, and autoimmune liver disease. // Hepatology. - 1997a. - V.26. - P. 1054-1066.

367. Manns M.P., Obermayer-Straub P. Viral induction of autoimmunity: mechanisms and examples in hepatology. // J. Viral Hepat. - 1997b.- V.4 (Suppl 2). - P.42-47.

368. Margulies D.H. Interactions of TCRs with MHC-peptide complexes: a quantitative basis for mechanistic models. // Curr. Opin. Immunol. - 1997. - V. 9. - P. 390-395.

369. Martin E.L., Rensdomiano S., Schatz P.J., Hamm H.E. Potent peptide analogues of a G protein receptor-binding region obtained with a combinatorial library. // J. Biol. Chem. - 1996. -V.271. -P.361-366.

370. Martinis S.A., Blanke S.R., Hager L.P., Sligar S.G., Hoa G.H., Rux J.J., Dawson J.H. -Probing the heme iron coordination structure of pressure-induced cytochrome P420cam. // Biochemistry. 1996. - V.35. - P. 14530-14536.

371. Matsusue K., Ariyoshi N., Oguri K., Koga N., Yoshimura H. Role of cytochrome b5 in the oxidative metabolism of polychlorinated biphenyls catalyzed by cytochrome P450. // Xenobiotica. - 1996. - V.26. - P.405-414.

372. Mattioli S., Imberti L., Stellini R., Primi D. Mimicry of the immunodominant conformation-dependent antigenic site of hepatitis A virus by motifs selected from synthetic peptide libraries. // J. Virol. - 1995. - V. 69. - P. 5294-5299.

373. Mauk M.R., Mauk A.G., Weber P.C., Matthew J.B. Electrostatic analysis of the interaction of cytochrome c with native and dimethyl ester heme substituted cytochrome b5. //Biochemistry. 1986. - V.25. - P.7085-7091.

374. Mayhew M.P., Reipa V., Holden M.J., Vilker V.L. Improving the cytochrome P450 enzyme system for electrode-driven biocatalysis of styrene epoxydation. // Biotechnol. Prog. - 2000. - V.16. - P.610-616.

375. Mayne L., Paterson Y., Cerasoli D., Englander S.W. Effect of antibody binding on protein motions studied by hydrogen-exchange labeling and two-dimensional NMR. // Biochemistry. - 1992. - V.31. -P.10678-10685.

376. McCall A.M., Amoroso A.R., Sautes C., Marks J.D., Weiner L.M. Characterization of anti-mouse Fc gamma RII single-chain Fv fragments derived from human phage display libraries. // Immunotechnology. - 1998. - V.4. - P.71 -87.

377. McConnell S.J., Kendall M.L., Reilly T.M., Hoess R.H. Constrained peptide libraries as a tool for finding mimotopes. // Gene. - 1994. - V. 151. - P. 115-118.

378. McCoy A.J., Chandana Epa V., Colman P.M. Electrostatic complementarity at protein/protein interfaces. H J. Mol. Biol. - 1997. - V.268. - P.570-584.

379. McDowell R.S., Gadek T.R. Structural studies of potent constrained RGD peptides. // J.Am. Chem. Soc. - 1992. - V.l 14. - P.9245-9253.

380. McKeating J.A., Gow J., Goudsmit J. Characterisation of HIV-neutralization escape mitants. // AIDS. - 1989. - V.3. - P.777-784.

381. McHeyzer-Williams M.G. Immune response decisions at the single cell level. // Sem. Immunol. - 1997. - V.9. - P.219-227.

382. Middeldorp J.M., Meloen R.H. Epitope-mapping on the Epstein-Barr virus major capsid protein using systematic synthesis of overlapping oligopeptides. // J.Virol. Methods. - 1988.-V.21.-P. 147-159.

383. Miksys S., Hoffmann E., Tyndale R.F. Regional and cellular induction of nicotine-metabolizing CYP2B1 in rat brain by chronic nicotine treatment. // Biochem. Pharmacol. - 2000. -V.59. -P. 1501-1511.

384. Milich D.R. Synthetic T and B cell recognition sites: implications for vaccine development. // Adv. Immunol. - 1989. - V.45. - P. 195-282.

385. Miller J.P., Herbette L.G., White R.E. X-ray diffraction analysis of cytochrome P450 2B4 reconstituted into liposomes. // Biochemistry. - 1996. - V.35. - P.1466-1474.

386. Miranker A.D. Protein complexes and analysis of their assembly by mass spectrometry. // Curr. Opin. Struct. Biol. - 2000. - V.10. - P.601-606.

387. Miwa G.T., West S.B., Huang M.T., Lu A.Y.H. Studies on the association of cytochrome P-450 and NADPH-cytochrome c reductase during catalysis in reconstituted hydroxylation system. // J. Biol. Chem. - 1979. - V.254. - P.5695-5700.

388. Modi S., Paine M.J., Sutcliffe M.J., Lian L.Y., Primrose W.U., Wolf C.R. Roberts G.C.K. A model for human cytochrome P-450 2D6 based on homology modeling and NMR studies of substrate binding. // Biochemistry. - 1996. - V.35. - P.4540-4550.

389. Moiseeva E.V., Kramnik I.B., Slatinova O.V. No title // Mouse News Letter.- 1989.-V.85.- P.10.

390. Molina F., Laune D., Gougat C., Pau B., Granier C. Improved performances of spot multiple peptide synthesis. // Pept. Res. - 1996. - V.9. - P. 151-155.

391. Mondino A., Khoruts A., Jenkins M.K. The anatomy of T-cell activation and tolerance.// Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1996. - V.93. - P.2245—2252.

392. Moola Z.B., Scawen M.D., Atkinson T., Nicholls D.J. Erwinia chrysanthemi L-asparaginase: epitope mapping and production of antigenically modified enzymes. // Biochem. J. - 1994. - V.302. - P.921-927.

393. Morgan E.T., Coon M.J. Effects of cytochrome b5 on cytochrome P-450-catalyzed reactions. Studies with manganese-substituted cytochrome b5. // Drug Metab. Dispos. -1984. - V.12. - P.358-364.

394. Morgenstern B., Freeh K., Dress A., Werner T. DIALIGN: Finding local similarities by multiple sequence alignment. // Comp. Appl. Biosci. - 1998. - V.14. -P.290-294.

395. Mouro C., Bondon A., Simonneaux G., Jung C. 1H-NMR study of diamagnetic cytochrome P450cam: assignment of heme resonances and substrate dependance of one cysteinate beta proton. // FEBS Lett. - 1997a. - V.414. - P.203-208.

396. Mouro C., Jung C., Bondon A., Simonneaux G. Comparative Fourier transform infrared studies of the secondary sructure and the CO heme ligand environment in cytochrome P-450cam and cytochrome P-420cam. // Biochemistry. - 1997b. - V.36. -P.8125-8134.

397. Mueller E., Loida P.J. , Sligar S.G. Twenty-five years of P450cam research. // In: Cytochrome P450: Structure, Mechanism, and Biochemistry. -Ortiz de Montellano P.R., ed. - Plenum Press:New York, 1995. - P.83-124.

398. Muller S., Plaue S., Samama J.P., Valette M., Briand J.P., Van Regenmortel M.H.V. -Antigenic properties and protective capacity of a cyclic peptide corresponding to site A of influenza virus haemagglutinin // Vaccine. 1990. - V.8. - P.308-314.

399. Munson M., Balasubramanian S., Fleming K., Nagi A.D., O'Brien R., Sturtevan J.M., Regan L. What makes a protein a protein? Hydrophobic core designs that specify stability and structural properties. // Protein Sci. - 1996. - V.5. - P.1584-1593.

400. Muratori L., Lenzi M., Ma Y., Cataleta M., Mieli-Vergani G., Vergani D., Bianchi F.B. Heterogeneity of liver/kidney microsomal antibody type 1 in autoimmune hepatitis and hepatitis C virus related liver disease. // Gut. - 1995. - V.37. - P.406-412.

401. Murphy K.P., Freire E., Paterson Y. Configurational effects in antibody-antigen interactions studied by microcalorimetry. // Proteins. - 1995. - V.21. - P.83-90.

402. Murray B.P., Edwards R.J., Davies D.S., Boobis A.R. Conservation of a functionally important surface region between two, families of the cytochrome P-450 superfamily // Biochem. J. - 1993a. - V.292. - P.309-310.

403. Muskett F.W., Kelly G.P., Whitford D. The solution structure of bovine ferricytochrome b5 determined using heteronuclear NMR methods. // J. Mol. Biol. -1996. - V.258. - P.172-189.

404. Myasoedova K.N., Berndt P. Cytochrome P-450LM2 oligomers in proteoliposomes. // FEBS Lett. - 1990. - V.275. - P.235-238.

405. Myasoedova K.N., Tsuprun Y.L. Cytochrome P-450: hexameric structure of the purified LM4 form. // FEBS Lett. - 1993. - V.325. - P.251-254.

406. Myers M.J., Liu G., Miller H., Gelboin H.V., Robinson R.C., Friedman F.K. Synthetic peptide antigens elicit monoclonal and polyclonal antibodies to cytochrome P450 1A2. // Biochem. Biophys. Res. Commun. - 1990. - V.169. - P. 171-176.

407. Nadler S.G., Strobel H.W. Role of electrostatic interactions in the reaction of NADPH-cytochrome P-450 reductase with cytochromes P-450. // Arch. Biochem. Biophys. - 1988. - V.261. - P.418-429.

408. Nadler S.G., Strobel H.W. Identification andcharacterization of a NADPH-cytochrome P450 reductase derived peptide involved in binding to cytochrome P450. // Arch. Biochem. Biophys. 1991. V.290. - P^77-284.

409. Nakamura A, Yamamoto Y, Tasaki T, Sugimoto C, Masuda M, Kazusaka A, Fujita S. -Anti-peptide antibodies to the P4502D subfamily in rat, dog and man. // Xenobiotica. -1995. V.25. - P.l 103-1109.

410. Nakra P. Manivel V., Vishwakarnia R.A., Rao K.V. B cell responses to a peptide epitope. X. Epitope selection in a primary response is thermodynamically regulated. // J. Immunol. - 2000. - V.164. - P.5615-5625.

411. Narhi L.O., Fulco A.J. Characterization of a catalytically self-sufficient 119,000-Dalton cytochrome P-450 monooxygenase induced by barbiturates in Bacillus megaterium. II J. Biol. Chem. - 1986. - V.261. - P.7160-7169.

412. Nelson D.R. Cytochrome P450 and the individuality of species. // Arch. Biochem. Biophys. - 1999. - V.369. - P.l-10.

413. Nelson D.R., Strobel H.W. On the membrane topology of vertebrate cytochrome P450 proteins // J. Biol. Chem. - 1988. - V.263 - P.6038-6050.

414. Nelson D.R., Strobel H.W. Secondary structure prediction of 52 membrane-bound cytochromes P450 shows a strong structural similarity to P450cam. // Biochemistry. -1989.-V.28.-P. 656-660.

415. Nelson D.R., Koymans L., Kamataki T., Stegeman J.J., Feyereisen R., Gunsalus D.J., Nebert D.W. P450 superfamily: Update on new sequences, gene mapping, accession numbers and nomenclature. // Pharmacogenetics. - 1996. - V.6. - P. 1-42.

416. Ngui J.S., Bandiera S.M. Induction of hepatic CYP2B is a more sensitive indicator of exposure to aroclor 1260 than CYP1A in male rats. // Toxicol. Appl. Pharmacol. - 1999. - V.161. - P.160-170.

417. Nishioka M., Morshed S.A., Kono K., et al. Frequency and significance of antibodies to P450IID6 protein in Japanese patients with chronic hepatitis C. // J. Hepatol. - 1997.- \.26. P.992-1000.

418. Nisimoto Y. Localization of cytochrome c binding domain on NADPH-cytochrome P450. reductase.//J.Biol. Chem. - 1986. - V.261 - P.14232-14239.

419. Nisimoto Y., Otsuka-Murakami H. Cytochrome b5, cytochrome c and cytochrome P-450 interaction with NADPH-cytochrome P-450 reductase in phospholipid vesicles. // Biochemistry. - 1988. - V.27. - P.5869-5876.

420. Nissim A., Hoogenboom H.R., Tomlinson I.M., Flynn G., Midgley C., Lane D., Winter G. Antibody fragments from a "single pot' phage display library as immunochemical reagents. // EMBO J. - 1994. - V.13. -P.692-698.

421. Nolting B., Jung C., Snatzke G. Multichannel circular dichroism investigations of the structural stability of bacterial cytochrome P450. // Biochim. Biophys. Acta. - 1992. -V.l 100. - P.171-176.

422. Noshiro M., Ullrich V., Omura T. Cytochrome b5 as electron donor for oxy-cytochrome P-450. // Eur. J. Biochem. - 1981. - V.l 16. - P.521-526.

423. Novotny J., Bruccoleri R.E., Saul F.A. On the attribution of binding energy in antigen-antibody complexes McPC 603, D1.3 and HyHEL-5. // Biochemistry. - 1989. - V.28. -P.4735-4742.

424. Novotny J., Haber E. Static accessibility model of protein antigenicity: the case of scorpion neurotoxin. // Biochemistry. - 1986. - V.25. - P.6748-6754.

425. Novotny J., Handschmacher M., Haber E. Protein antigenicity: a static surface property. // Immunol. Today. - 1987. - V.8. - P.26-31.

426. Ogiwara A., Uchiyama I., Seto Y., Kanehisa M. Construction of a dictionary of sequence motifs that characterize groups of related proteins. // Prot. Eng. -1992. - V.5.- P.479-488.

427. Ohkuma M., Zimmer T., Iida T., Schunck W.H., Ohta A., Takagi M. Isozyme function of n-alkane-inducible cytochromes P450 in Candida maltosa revealed by sequential gene disruption. // J. Biol. Chem. - 1998. - V.273. - P.3948-3953.

428. Oinonen T., Mode A., Lobie P.E., Lindros K.O. Zonation of cytochrome P450 enzyme expression in rat liver. Isozyme-specific regulation by pituitary dependent hormones. // Biochem. Pharmacol. - 1996. - 51. - P.1379-1387.

429. Omata Y., Robinson R.C., Gelboin H.V., Pincus M.R., Friedman F.K. Specificity of the cytochrome P-450 interaction with cytochrome b5. // FEBS Lett. - 1994a - V.346. -p. 241-245.

430. Omura T., Sato Y. The carbon monoxide-binding pigment of liver microsomes. I. Evidence for its hemoprotein nature. II, J. Biol. Chem. - 1964. - V.239. - P.2370-2378.

431. Omura T., Takesue S. A new metod for simultaneous purification of cytochrome b5 and NADH-cytochrome b5 reductase from rat liver microsomes. // J.Biochem. - 1970. -V.67. - P.249-257.

432. Oprea T.I., Hummer G., Garcia A.E. Identification of a functional water channel in cytochrome P450 enzymes. // Proc. Natl. Acad. Sci. - 1997. - V.94. - P.2133-2138.

433. Otey C.A., Vasquez G.B., Burridge K., Erickson B.W. Mapping of the alpha-actinin binding site within the beta 1 integrin cytoplasmic domain. // J. Biol. Chem. - 1993. -V.268.-P.21193-21197.

434. Ozaki S., Berzofsky J.A. Antibody conjugates mimic specific B cell presentation of antigen: relationship between T and B cell specificity // J. Immunol. - 1987. - V.138. -P.4133-4142.

435. Padlan E.A., Silverton E.W., Sheriff S., Cohen G.H., Smith-Gill S.J., Davies D.R. -Structure of an antibody-antigen complex: crystal structure of the HyHEL-10 Fab-lysozyme complex. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1989. - V.86. - P.5938-5942.

436. Paine M.J.I., Gilham D., Roberts G.C.K., Wolf C.R. Functional high level expression of cytochrome P450 2D6 using baculoviral expression systems. // Arch. Biochem. Biophys. - 1996. - V.328. - P.143-150.

437. Panchanathan V., Naidu B.R., Devi S., Di Pasquale A., Mason T., Pang T. -Immunogenic epitopes of Salmonella typhi GroEL heat shock protein reactive with both monoclonal antibody and patients sera. // Immunol.Lett. 1998. - V.62. - V. 105-109.

438. Parez N., Herzog D., Jacqz-Aigrain E., Homberg J.C., Alvarez F. Study of the B cell response to cytochrome P450IID6 in sera from chronic hepatitis C patients. // Clin. Exp. Immunol. - 1996. - V. 106. - P.336-343.

439. Parikh A., Gillam E.M.J., Guengerich F.P. Drug metabolism by Escherichia coli expressing human cytochromes P450. // Nature Biotechnol. - 1997. - V.15. - P.784-788.

440. Parimoo B., Thomas P.E. Epitope mapping of rat cytochrome P450 2B1 using glutathione S-transferase-2Bl fusion constructs. // Arch.Biochem.Biophys.- 2000. -V.380. - P.117-125.

441. Parkinson A., Thomas P.E., Ryan D.E., Gorsky L.D., Shively J.E., Sayer J.M., Jerina D.M., Levin W. Mechanism of inactivation of rat liver microsomal cytochrome P450c by 2-bromo-4'-nitroacetophenone. // J. Biol. Chem. 1986. - V.261. - P.11487-11495.

442. Parmley S.F., Smith G.P. Filamentous fusion phage cloning vectors for the study of epitopes and design of vaccines. // Adv. Exp. Med. Biol. - 1989. - Y.251. - P.215— 218.

443. Parry N. Fox G., Rowlands D., Brown F., Fry E., Acharya R., Logan D., Stuart D. -Structural and serological evidence for a novel mechanism of antigenic variation in foot-and-mouth disease virus. // Nature. 1990. - V.347. - P.569-572.

444. Patterson J.B., Scheiflinger F., Manchester M., Yilma T., Oldstone M.B. Structural and functional studies of the measles virus hemagglutinin: identification of a novel site required for CD46 interaction. // Virology. - 1999. - V.256. - P.142-151.

445. Pauls J.D., Edworthy S.M., Fritzler M.J. Epitope mapping of histone 5 (H5) with systemic lupus erythematosus, procainamide-induced lupus and hydralazine-induced lupus sera. // Mol.Immunol. - 1993. V.30. - P.709-719.

446. Pearson W.R., Lipman D.J. Improved tools for biological comparison. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1988. - V.85. - P.2444-2448.

447. Pelanda R., Schwers S., Sonoda E., Torres R.M., Nemazee D., Rajewsky K. Receptor editing in a transgenic mouse model: site, efficiency, and role in B cell tolerance and antibody diversification. // Immunity. - 1997. - V.7. - P.765-775.

448. Pellequer J.L., Westhof E., Van Regenmortel M.H.V. Predicting location of continuous epitopes in proteins from their primary structures. // Methods Enzymol. -1991. - V.203 - P.176-201.

449. Pellequer J.L., Westhof E. PREDITOP: A program for antigenicity prediction. // J. Mol. Graphics. - 1993. - V.l 1. - P.204-210.

450. Pellequer J.L., Westhof E., Van Regenmortel M. H.V. Epitope predictions from the primary structure of proteins. // In: Peptide Antigens. A Practical Approach. - G. B. Wisdom, ed. - Oxford University Press:Oxford-New York-Tokyo, 1994. - P. 7-23.

451. Pereboeva L.A., Pereboev A.V., Morris G.E. Identification of antigenic sites on three hepatitis C virus proteins using phage-displayed peptide libraries. // J.Med.Virol. -1998. - V.56. - P.105-111.

452. Perham R.N., Terry T.D., Willis A.E., Greenwood J., di Marzo Veronese F., Appella E.- Engineering a peptide epitope display system on filamentous bacteriophage. // FEMS Microbiol. Rev. 1995. - V. 17. - V.25-31.

453. Petersen G., Song D., Hugle-Dorr B., Oldenburg I., Bautz E.K. Mapping of linear epitopes recognized by monoclonal antibodies with gene-fragment phage display libraries. // Mol.Gen.Genet. - 1995. - V.249. - P.425-431.

454. Peterson P., Uibo R., Krohn K.J.E. Adrenal autoimmunity: results and developments. // Trends Endocrinol. Metab. - 2000. - V.l 1. - P.285-290.

455. Pfeil W., Nolting B.O., Jung C. Apocytochrome P450cam is a native protein with some intermediate-like properties. // Biochemistry. - 1993. - V.32. - P.8856-8862.

456. Philpot R.M., Gasser R., Negishi M. Primary structures of multiple forms of cytochrome P-450 isozyme 2 derived from rabbit pulmonary and hepatic cDNAs. // Mol. Pharmacol. - 1988. - V.32. - P.22-30.

457. Pieters J. MHC class II restricted antigen presentation. // Curr. Opin. Immunol. -1997.-V. 9.-P. 89-96.

458. Pikuleva I.A., Lapko A.G., Chashchin V.L. Functional reconstitution of cytochrome P450scc with hemin activated with Woodward's reagent K // J. Biol. Chem. - 1992. -V.267. - P.1438-1442.

459. Pinilla C., Appel J.R., Blondelle S.E.,' Dooley C.T., Eichler J., Ostresh J.M., Houghten R.A. Versatility of positional scanning synthetic libraries for the identification of individual compounds. // Drug Dev. Res. - 1994. - V.33. - P.133-145.

460. Pinilla C., Appel J.R., Campbell G.D., Buencamino J., Benkirane N., Muller S., Greenspa, N.S. All-D peptides recognized by an anti-carbohydrate antibody identified from a positional scanning library. // J; Mol. Biol. - 1998. - V.283. - P.1013-1025.

461. Pinilla C., Appel J.R., Houghten R.A. Functional importance of amino acid residues making up peptide antigenic determinants. // Mol. Immunol. - 1993. - V.30. - P.577-585.

462. Pinilla C., Appel J.R., Houghten R.A. Tea bag synthesis of positional scanning synthetic combinatorial libraries and their use for mapping antigenic determinants. // Methods Mol.Biol. - 1996. - V.66. - P. 171-179.

463. Pinilla C., Chendra S., Appel J.R., Houghten R.A. Elucidation of monoclonal antibody polyspecificity using synthetic combinatorial library. // Pept. Res. - 1995. -V.8. -P.250-257.

464. Pinilla C., Martin R., Gran B., Appel J.R., Boggiano C., Wilson D.B., Houghten R.A. -Exploring immunological specificity using synthetic peptide combinatorial libraries. // Curr. Opin. Immunol. 1999. - V. 11. - P. 193-202.

465. Pinto R.M., Gonzalez-Dankaart J.F., Sanchez G., Guix S., Gomara M.J., Garcia M., Haro I., Bosch A. Enhancement of the immunogenicity of a synthetic peptide bearing a VP3 epitope of hepatitis A virus. // FEBS Lett. - 1998. - V.438. - P.106-110.

466. Pizzi E., Cortese R., Tramontano A. Mapping epitopes on protein surfaces. // Biopolymers. - 1995. - V.36. - P.675-680.

467. Pochapsky T.C., Lyons T.A., Kazanis C., Arakaki T., Ratnaswamy G. A structure-based model for cytochrome P450cam-putidaredoxin interaction. // Biochimie. - 1996. -V.78. - P.723-733.

468. Pochapsky T.C., Jain N.U., Kuti M., Lyons T.A., Heymont J. A refined model for the solution structure of oxidized putidaredoxin. // Biochemistry. - 1999. - V.38. - P.4681-4690.

469. Poljak R.J., Amzel L.M., Avey H.P., Chen B.L., Phizaekerley R.P., Saul F. Three-dimensional structure of the Fab' fragment of a human immunoglobulin at 2.8-A resolution. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1973. - V.70. - P.3305-3310.

470. Pompon D., Coon M.J. On the mechanism of activation of cytochrome P450: Oxidation and reduction of the ferrous dioxygen complex of liver microsomal cytochrome P450 by cytochrome b5 //J.Biol. Chem. - 1984. - V.259. - P.15377-15385.

471. Porzig H., Philipson K.D. Epitope mapping using random fragment expression libraries in lambda phages. // Methods Mol.Biol. - 1996. - V.66. - P.257-268.

472. Poulos T.L. Approaches to crystallizing P450s. // Methods Enzymol. - 1996. - V.272. - P.358-368.

473. Poulos T.L., Cupp-Vickery J., Li H. Structural studies on prokaryotic cytochromes P450. // In: Cytochrome P450: Structure, Mechanism, and Biochemistry. -Ortiz de Montellano P.R., ed. - Plenum Press:New York, 1995. - P.124-150.

474. Poulos T.L., Finzel B.C., Howard A.J. Crystal structure of substrate-free Pseudomonas putida cytochrome P450. // Biochemistry. - 1986. - V.25. - P.5314-5322.

475. Poulos T.L., Finzel B.C., Howard A.J. High-resolution crystal structure of cytochrome P450cam. // J. Mol. Biol. - 1987. - V.19. - P.687-700.

476. Prasad S., Mazumdar S., Mitra S. Binding of camphor to Pseudomonas putida cytochrome P450(cam): steady-state and picosecond time-resolved fluorescence studies. // FEBS Lett. - 2000. - V.477. - P. 157-160.

477. Prezzi C., Nuzzo M., Meola A., Delmastro P., Galfre G., Cortese R., Nicosia A., Monaci P. Selection of antigenic and immunogenic mimics of hepatitis C virus using sera from patients. // J. Immunol. - 1996. - V.156. - P.4504-4513.

478. Price M.R., Beyzavi K. Preparative immunoaffinity technique. // In: Peptide Antigens. A Practical Approach. - Wisdom G.B., ed. - Oxford University Press: Oxford-New York-Tokyo, 1994. - P.117-137.

479. Raag R., Li H., Jones B.C., Poulos T.L. Inhibitor induced conformational change in cytochome P-450cam. // Biochemistry. - 1993. - V.32. - P.4571-4578.

480. Raag R., Poulos T.L. The structural basis for substrate-induced changes in redox potential and spin equilibrium in cytochrome P-450cam. // Biochemistry. - 1989. -V.28.-P.917-922.

481. Raddrizzani L., Hammer J. Epitope scanning using virtual matrix-based algorithms. // Brief. Bioinform. - 2000. - V.l. - P. 179-189.

482. Rajewsky R. Clonal selection and learning in the antibody system. // Nature. - 1996. -V.381. - P.751-758.

483. Rammensee H.-G., Bachmann J., Emmerich N.P.N., Bachor O.A., Stevanovic S. SYFPEITHI: database for MHC ligands and peptide motifs // Immunogenetics. 1999.-V.50.- P.213-219.

484. Rattan K., Shanker R., Khanna P., Atkins W.M. Stress survival of a genetically engineered Pseudomonas in soil slurries: cytochrome P-450cam-catalyzed dehalogenation of chlorinated hydrocarbons. // // Biotechnol. Prog. - 1999. - V.15. -P.958-962.

485. Ravichandran K.G., Boddupalli S.S., Hasemann C.A., Peterson J.A., Deisenhofer J. -Crystal structure of hemoprotein domain of P450 BM-3, a prototype for microsomal P450's. // Science. 1993. - V.261. - P.731-736.

486. Rees A.R., Searle S.J., Henry A.H., Whitelegg N., Pedersen J. Antibody binding sites: structure and prediction. // In: Protein structure and prediction. -Sternberg M.J.E., ed. -IRL Press: Oxford-New York-Tokyo, 1996. - P. 141-172.

487. Reineke U., Sabat R., Volk H.D., Schneider-Mergener J. Mapping of the interleukin-10/interleukin-10 receptor combining site. // Protein Sci. - 1998. - V.7. - P.951-960.

488. Reipa V., Holden M.J., Mayhew M.P., Vilker V.L. Temperature dependence of the formal reduction potential of putidaredoxin. // Biochim. Biophys. Acta. - 2000. -V.1459. - P.1-9.

489. Remy J.J., Couture L., Pantel J., Haertle Т., Rabesona H., Bozon V., Pajot-Augy E., Robert P., Troalen F., Salesse R., Bidart J.M. Mapping of HCG-receptor complexes. // Mol. Cell. Endocrinol. - 1996. - V.125. -P.79-91.

490. Rey F.A., Heinz F.X., Mandl C., Kunz C., Harrison S.C. The envelope glycoprotein from tick-borne encephalitis virus at 2 A resolution. // Nature. - 1995. - V.375. - P.291-298.

491. Richards F.M., Lim W.A. An analysis of packing in the protein folding problem. // Q. Rev. Biophys. - 1994. - V.26. - P.423-498.

492. Rini J.M., Schulze-Gahmen U., Wilson I.A. Structural evidence for induced fit as a mechanism for antibody-antigen recognition. // Science. - 1992. - V.255. - P.959-965.

493. Rini J.M., Stanfield R.L., Stura E.A., Salinas P.A., Profy A.T., Wilson I.A. Crystal structure of an HIV-1 neutralizing antibody 50.1 in complex with its V3 loop peptide antigen // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1993. - V.90. - P.6325-6329.

494. Ripoll D.R. Conformational study of a peptide epitope shows large preferences for p-tum conformations. // Int. J. Pept. Prot. Res. - 1992. - V.40. - P.575-581.

495. Rodda S.J., Maeji N.J., Tribbick G. Epitope mapping using multipin peptide synthesis. // Methods Mol.Biol. - 1996a. -V.66. - P.137-147.

496. Rodda S.J., Tribbick G. Antibody-defined epitope mapping using the Multipin method of peptide synthesis. // Methods. - 1996b. - V.9. - P.473-481.

497. Roitberg A.E., Holden M.J., Mayhew M.P., Kurnikov I.V., Beratan D.N., Vilker V.L. -Binding and electron transfer between putidaredoxin and cytochrome P450cam. Theory and experiments. // J. Am. Chem. Soc. 1998. - V.120. - P.8927-8932.

498. Roome P.W., Peterson J.A. The oxidation of reduced putidaredoxin reductase by oxidized putidaredoxin. // Arch. Biochem. Biophys. - 1988. - V.266. - P.41-50.

499. Roome P.W., Philley J.C., Peterson J.A. Purification and properties of putidaredoxin reductase. // J. Biol. Chem. - 1983. - V.258. - P.2593-2598.

500. Roos H., Karlsson R., Nishans H., Persson A. Thermodynamic analysis of protein interactions with biosensor technology. // J. Mol.Recognit. - 1998. - V.l 1. - P.204-210.

501. Rossi F., Charlton C.A., Blau H.M. Monitoring protein-protein interactions in intact eukaryotic cells by beta-galactosidase complementation. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1997.-V.94.-P.8405-8410.

502. Ryan D.E., Thomas P.E., Levin W., Maines S.L., Bandiera S., Reik L. Monoclonal antibodies of differentianting spécificités as probes of cytochrome P450h (2C11). // Arch. Biochem. Biophys. - 1993. - V.301. - P.282-293.

503. Saito N.G., Paterson Y. Nuclear magnetic resonance spectroscopy for the study of B-cell epitopes. // Methods. - 1996. - V.9. -P.516-524.

504. Sari N., Holden M.J., Mayhew M.P., Vilker V.L., Coxon B. Comparison of backbone dynamics of oxidized and reduced putidaredoxin by 15N NMR relaxation meassurements. // Biochemistry. - 1999. - V.38. - P.9862-9871.

505. Sato R., Imai Y., Taniguchi H. Reaction mechanism of liver microsomal cytochrome P450 as studied by reconstituted techniques. // In: The induction of drug metabolism. -Estabrook R.W., ed. Springer Verlag: Stuttgart- New York, 1979. - P. 213-224.

506. Sato T., Sakaguchi M., Mihara K., Omura T. The amino-terminal structures that determine topological orientation of cytochrome P-450 in microsomal membrane. // EMBO J. - 1990. - V.9. - P.2391-2397.

507. Saul F.A., Poljak R.J. Structural patterns at residue positions 9, 18, 67 and 82 in the VH framework regions of human and murine immunoglobulins. // J. Mol. Biol. - 1993. - V.230.-P. 15-20.

508. Sblattero D., Bradbury A. Exploiting recombination in single bacteria to make large phage antibody libraries. // Nature Biotechnol. - 2000. - V.l 8. - P.75-80.

509. Scheller U., Juretzek T., Schunck W.H. Generation of the cytosolic domain of microsomal P450 52A3 after high-level expression in Saccharomyces cerevisiae. // Methods Enzymol. - 1996a. - V.272. - P.65-75.

510. Scheller U., Kraft R., Schosder K.L., Schunck W.-H. Generation of the soluble and functional cytosolic domain of microsomal cytochrome P450 52A3. // J. Biol. Chem. — 1994. - V.269. - P.12779-12783.

511. Scheller U., Zimmer T., Becher D., Schauer F., Schunck W.H. Oxygenation cascade in conversion of n-alkanes to alpha,omega-dioic acids catalyzed by cytochrome P450 52A3. // J. Biol. Chem. - 1998. - V.273. - P.32528-32534.

512. Scheller U., Zimmer T., Kargel E., Schunck W.H. Characterization of the n-alkane and fatty acid hydroxylating cytochrome P450 forms 52A3 and 52A4. // Arch. Biochem. Biophys. - 1996b. - V.328. - P.245-254.

513. Schlichting I., Berendzen J., Chu K., Stock A.M., Maves S., Benson D.E., Sweet R.M., Ringe D., Petsko G.A., Sligar S.G. The catalytic pathway of cytochrome P450cam at atomic resolution. // Science. - 2000. - V.287. - P.1615-1622.

514. Schneider A., Schmalix W.A., Seruguri V., de Groene E.M., Horbach G.J., Kleingeist

515. Schoofs P.G., Geysen H.M., Jackson D.C., Brown L.E., Tang X.-L., White D.O. -Epitopes of an influenza viral peptide recognized by antibody at single amino acid resolution. // J. Immunol. -1988. V.140. - P.611-615.

516. Schulze H., Hoa G.H., Jung C. Mobility of nonbornane-type substrates and water accessibility in cytochrome P-450cam. // Biochim. Biophys. Acta. - 1997. - V.1338. -P.77-92.

517. Schulze H., Ristau O., Jung C. The carbon monoxide stretching modes in camphor-bound cytochrome P-450cam. The effect of solvent conditions, temperature, and pressure. // Eur. J. Biochem. - 1994. - V.224. - P.1047-1055.

518. Schulze J., Lehnerer M., Lewis D.F., Hlavica P. Amino acid residue 250 has a functional role in the assembly of rabbit liver microsomal cytochrome P450 2B4. // Biochem. Mol. Biol. Int. - 1998. - V.44. -P.l 147-1155.

519. Schulze-Gahmen U., Klenk H.D., Beyreuther K. Immunogenicity of loop-structured short synthetic peptides mimicking the antigenic site A of influenza virus haemagglutinin. // Eur. J. Biochem. - 1986. - V.159. - P.283-289.

520. Schulze-Gahmen U., Rini J.M., Wilson I.A. Detailed analysis of the free and bound conformations of an antibody. X- ray structures of Fab 17/9 and three different Fab-peptide complexes. // J. Mol. Biol. - 1993. - V.234. - P. 1098-1118.

521. Schunck W.H., Vogel F., Gross B., Kargel E., Mauersberger S., Kopke K., Gengnagel

522. Schunemann V., Jung C., Trautweig A.X., Mandon D., Weiss R. Intermediates in the reaction of substrate-free cytochrome P450cam with peroxy acetic acid. // FEBS Lett. -2000. - V.479. - P.149-154.

523. Schwab C., Twardek A., Lo T.P., Brayer G.D., Bossard H.R. Mapping antibody binding sites on cytochrome c with synthethic peptides: Are the results representative of the antigenic structure of proteins? // Protein Sci. - 1993. - V.2. - P.175-182.

524. Schwartz D., Pirrwitz J., Ruckpaul K., Coon M.I. Mobility and clusterlike organisation of liposomal cytochrome P-450 LM2: Saturation transfer EPR studies. // Acta Biol. Med. Ger. - 1982. - V.41. - P.425-430.

525. Scott J.K., Smith G.P. Searching for peptide ligands with an epitope library. // Science. - 1990. - V.249. - P.386-390.

526. Sela M. Antigenicity: Some molecular aspects. // Science. - 1969. - V.166. - P. 13651374.

527. Sevrioukova I.F., Li H., Zhang H., Peterson J.A., Poulos T.L. Structure of a cytochrome P450-redox partner electron-transfer complex. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1999. - V.96. - P.1863-1868.

528. Sevrioukova I.F., Truan G., Peterson J.A. Reconstitution of the fatty acid hydroxylase activity of cytochrome P450BM-3 utilizing its functional domains. // Arch. Biochem. Biophys. - 1997. - V.340. - P.231-238.

529. Sevrukova I.F., Kanaeva I.P., Koen Y.M., Samenkova N.F., Bachmanova G.I., Archakov A.I. Catalytic activity of cytochrome P4501A2 in reconstituted system with Emulgen 913. // Arch. Biochem. Biophys. - 1994. - V.311. - P.133-143.

530. Shank-Retzlaff M.L., Raner G.M., Coon M.J., Sligar S.G. Membrane topology of cytochrome P450 2B4 in Langmuir-Blodgett monolayers. // Arch. Biochem. Biophys. -1998. - V.359. - P.82-88.

531. Shen L., Lang M.L., Wade W.F. The ins and outs of getting in: structures and signals that enhance BCR or Fc receptor-mediated antigen presentation. // Immunopharmacology. - 2000. - V.49. - P.227-240.

532. Shen S.J., Strobel H.W. Role of lysine and arginine residues of cytochrome P450 in the interaction between cytochrome-P4502Bl and NADPH-cytochrome P450 reductase. // Arch. Biochem. Biophys. - 1993. - V.304. - P.257-265.

533. Shen S., Strobel H.W. Probing the putative cytochrome P450- and cytochrome c-binding sites on NADPH-cytochrome P450 reductase by anti-peptide antibodies.// Biochemistry. - 1994. - V.33. - P.8807-8812.

534. Shen S., Strobel H.W. Functional assessment of specific amino acid residues of cytochrome P4501A1 using anti-peptide antibodies. // Arch. Biochem. Biophys. - 1995. - V.320. - P.162-169.

535. Sheriff S., Silverton E.W. Padlan E.A., Cohen G.H., Smith-Gill S.J., Finzel B.C., Davies D.R. Three-dimensional structure of an antibody-antigen complex. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1987. - V.84 - P.8075-8079.

536. Shimada H., Nagano S., Ariga Y., Unno M., Egawa T., Hishiki T., Ishimura Y., Masuya F., Obata T., Hori H. Putidaredoxin-cytochrome P450cam interaction. // J. Biol. Chem. - 1999. - V.274. - P.9363-9369.

537. Shimizu T., Hirano K., Takahashi M., Hatano M. Site-directed mutagenesis of rat liver cytochrome P450 axial ligand and heme incorporation. // Biochemistry. - 1988. - V.27. -P. 4138-4141.

538. Shimizu T., Sadeque A.J., Sadeque G.N., Hatano M., Fujii-Kuriyama Y. Ligand binding studies of engineered cytochrome P-450d wild type, proximal mutants, and distal mutants. // Biochemistry. - 1991a. - V.30 - P.1490-1496.

539. Shimizu T., Tateishi T., Hatano M., Fujii-Kriyama Y. Probing the role of lysines and arginines in the catalytic function of cytochrome P450d by site-directed mutagenesis. // J. Biol. Chem. - 1991. - V.266. - P.3372-3375.

540. Shimizu Y.K., Hijikata M., Iwamoto A. Alter A.J., Purcell R.H., Yoshikura H. -Neutralizing antibodies against hepatitis C virus and the emergence of neutralization escape mutant viruses. // J. Virol. 1994. - V.68. - P.1494-1500.

541. Shoham M. Crystal structure of an anticholera toxin peptide complex at 2.3 A. // J. Mol. Biol. - 1993. - V.232. - P.l 169-1175.

542. Shoichet B.K., Kuntz I.D. Protein docking and complementarity. // J. Mol. Biol. -1991. - V.221. - P.327-346.

543. Shumyantseva V.V., Bulko T.V., Bachmann T.T., Bilitewski U., Schmid R.D., Archakov, A.I. Electrochemical reduction of flavocytochromes 2B4 and 1A2 and their catalytic activity. // Arch. Biochem. Biophys. - 2000. - V.377. - P.43-48.

544. Shumyantseva V.V., Kuznetsova G.P., Uvarov V.Y., Archakov, A.I. Membrane topology of N-terminal residues of cytochromes P-450 2B4 and 1A2. // Biochem. Mol. Biol. Int. - 1994. - V.34. - P.183-190.

545. Shumyantseva V.V., Uvarov V.Y., Byakova O.E., Archakov, A.I. Semisynthetic flavocytochromes based on cytochrome P450 2B4: reductase and oxygenase activities. // Arch. Biochem. Biophys. - 1998. - V.354. - P.133-138.

546. Shumyantseva V.V., Uvarov V.Y., Byakova O.E., Archakov A.I. Reductase and oxygenase activities of semisynthetic flavocytochromes based on cytochrome P450 2B4. // Biochem. Mol. Biol. Int. - 1996. - V.38. - P.829-838.

547. Sibbesen O., De Voss J.J., Ortiz de Montellano P.R. Putidaredoxin reductase-putidaredoxin-cytochrome P450cam triple fusion protein. Construction of a self-sufficient Escherichia coli catalytic system. // J. Biol. Chem. - 1996. - V.271. -P.22462-22469.

548. Simonsen O., Kjeldsen K., Heron I. Duration of immunity to diphtheria and tetanus and effect of revaccination 25-30 years after primary vaccination. // Lancet. - 1984. -V.2. - P.1240-1242.

549. Sindhu R.K., Mitsuhashi M., Kikkawa Y. Induction of cytochrome P-450 1A2 by oxidized tryptophan in Hepa lc7 Cells. // J.Pharmacol. Exp. Ther. - 2000. - Y.292. -P.1008-1014.

550. Skvortsov V.S., BelkinaN.V., Ivanov A.S. Cytochrome P450 52A3: modelling of 3D structure and surface mutations. // Mol. Simulation. - 2000. - V.24. - P.369-378.

551. Slifka M. K., Ahmed R. Long-lived plasma cells: a mechanism for maintaining persistent antibody production. // Curr. Opin. Immunol. - 1998. - V.10. - P.252-258.

552. Sligar S.G. Coupling of spin, substrate, and redox equilibria in cytochrome P-450. // Biochemistry. - 1976. -V. 15. - P.5399-5406.

553. Sligar S.G., Gunsalus I.C. A thermodynamic model of regulation: modulation of redox equilibria in camphor monoxygenase. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1976. - V.73. -P.1078-1082.

554. Sligar S.G., Debrunner P.G., Lipscomb J.D., Gunsalus I.C. A role of the putidaredoxin COOH-terminus in P-450cam (cytochrome m) hydroxylations. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1974. - V.71. - P.3906-3910.

555. Slootstra J.W., Puijk W.C., Ligtvoet G.J., Kuperus D., Schaaper W.M., Meloen R.H. -Screening of a small set of random peptides: a nest strategy to identify synthetic peptides that mimic epitopes. // J. Mol. Recognit. 1997. - V.10. - P.217-224.

556. Smith G.P., Petrenko V.A., Matthews L.J. Cross-linked filamentous phage as an affinity matrix. // J. Immunol. Meth. - 1998. - V.215. - P. 151 -161.

557. Smith D.A., van de Waterbeemd H. Pharmacokinetics and metabolism in early drug discovery. // Curr. Opin. Chem. Biol. - 1999. - V.3. - P.373-378.

558. Sonnier M., Cresteil T. Delayed ontogenesis of CYP1A2 in the human liver. // Eur. J. Biochem. - 1998. - V.251. - P.893-898.

559. Spangler B.D. Binding to native proteins by antipeptide monoclonal antibodies. // J. Immunol. - 1991.- V.146. - P.1591-1595.

560. Spatz L., Strittmatter P. A form of cytochrome b5 that contains an additional hydrophobic sequence of 40 amino acid residues. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1971. -V.68.-P. 1042-1046.

561. Sparbier K., Walden P. T-cell receptor specificity and mimotopes. // Curr. Opin. Immunol. - 1999. - V.ll.-P. 214-218.

562. Stanfield R.L., Fieser T.M., Lerner R.A., Wilson I.A. Crystal structures of an antibody to a peptide and its complex with peptide antigen at 2.8 A. // Science. - 1990. - V. 237. -P. 712-719.

563. Stanfield R.L., Takimoto-Kamimura M., Rini J.M., Profy A.T., Wilson I.A. Major antigen-induced domain rearrangements in an antibody. // Structure. - 1993. - V.l. -P.83-93.

564. Stayton P.S., Poulos T.L., Sligar S.G. Putidaredoxin competitively inhibits cytochrome b5-cytochrome P-450cam association: A proposed molecular model for a cytochrome P-450cam electron-transfer complex. // Biochemistry. - 1989. - V.28. -P.8201-8205.

565. Stayton P.S., Sligar S.G. Structural microheterogeneity of a tryptophan residue required for efficient biological electron transfer between putidaredoxin and cytochrome P450cam. // Biochemistry. - 1991. - V.30. - P. 1845-1851.

566. Stephen C.W., Helminen P., Lane D.P. Characterisation of epitopes on human p53 using phage-displayed peptide libraries: insights into antibody-peptide interactions. // J. Mol. Biol. - 1995. - V.248. - P.58-78.

567. Stern L.J., Jardetsky T.S., Gorga J.C., Urban R.G., Strominger J.L., Wiley D.C. -Crystal structure of the human class II MHC protein HLA-DR1 complexed with an influenza virus peptide. //Nature. 1994.-V. 368. - P. 215-221.

568. Stern S. Predicting antigenic sites on proteins. // Trends Biotechnol. - 1991. - V.9. -P.163-169.

569. Steward M.W., Stanley C.M., Obeid O.E. A mimotope from a solid-phase peptide library induces a measles virus-neutralizing and protective antibody response. // J Virol. - 1995.-V. 69.-P. 7668-7673.

570. Stigler R.-D., Hoffmann B., Abagyan R., Schneider-Mergener J. Soft docking an L and a D peptide to an anticholera toxin antibody using internal coordinate mechanics. // Structure. - 1999. - V.7. - P.663-670.

571. Stites W.E. Protein-protein interactions: interface structure, binding thermodynamics, and mutational analysis. // Chem. Rev. - 1997. - V. 97. - P. 1233-1250.

572. Storch E.M., Daggett V. Molecular dynamics simulation of cytochrome b5: implications for protein-protein recognition. // Biochemistry. - 1995. - V.34. - P.9682-9693.

573. Stresser D.M., Kupfer D. Monospecific antipeptide antibody to cytochrome P-450 2B6. // Drug Metab. Dispos. - 1999. - V.27. - P.517-525.

574. Strittmatter P., Rogers M.J. Apparent dependence of interactions between cytochrome b5 and cytochrome b5 reductase upon translational diffusion dimyristoyllecitine liposomes. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1975. - V.72. - P.2658-2661.

575. Strobel H.W., Dignam J.D., Gum J.D. NADPH-cytochrome P-450 reductase and its role in the mixed function oxidase reactions // Pharmacol. Ther. A. - 1980. - V.8. -P.525-537.

576. Subramanian N., Adiga P.R. Mapping the common antigenic determinants in avidin and streptavidin. // Biochem. Mol. Biol. Int. - 1997. - V.43. - P.375-382.

577. Subramanian N., Adiga P.R. Identification and mapping of linear antigenic determinants of chicken riboflavin carrier protein. // Biochim. Biphys. Acta. - 1998. -V.1429. - P.74-82.

578. Sumi K., Nishioka T., Oda J. Similarity graphing and enzyme-reaction database: methods to detect sequence regions of importance for recognition of chemical structures. // Protein Eng. - 1991. - V.4. - P.413-420.

579. Sun Y.L., Xie Y., Wang Y.H., Xiao G.T., Huang Z.X. The influence of Glu44 and Glu56 of cytochrome b5 on the protein structure and interaction with cytochrome c. // Prot. Eng. - 1996,- V.9.-P.555-558.

580. Szklarz G.D., Halpert J.R. Molecular modeling of cytochrome P450 3A4. // J. Comput. Aided Mol. Des. - 1997a. - 11. - P.265-272.

581. Szklarz G.D., Halpert J.R. Use of homology modeling in conjunction with site-directed mutagenesis for analysis of structure-function relationships of mammalian cytochromes P450. // Life Sci. - 1997b. - V.61. - P.2507-2520.

582. Szklarz G.D., Ornstein R.L., Halpert J.R. Application of 3-dimensional homology modeling of cytochrome P450 2B1 for interpretation of site-directed mutagenesis results. // J. Biomol. Struct. Dyn. - 1994. - Y.12. - P.61-78.

583. Tahtinen M., Gombert F., Hyytinen E.-R., Jung G., Ranki A., Krohn K.J.E. Fine specificity of the B-cell epitopes recognized in HIV-1 NEF by human sera. // Virology.- 1992.-V.187.-P.156-164.

584. Tahtinen M., Ranki A., Valle S.L., Ovod V., Krohn K. B-cell epitopes in HIV-1 Tat and Rev proteins colocalize with T-cell epitopes and with functional domains. // Biomed. Pharmacother. - 1997. - V.51. - P.480-487.

585. Tainer J.A., Getzoff E.D., Alexander H., Hougten R.A., Olson A.J., Lerner R.A., Hendrickson W.A. The reactivity of antipeptide antibodies is a function of the atomic mobility of sites in a protein. // Nature. - 1984. - V. 312. - P.127-134.

586. Tainer J.A., Getzoff E.D., Paterson Y., Olson A. J., Lerner R.A. The atomic mobility in protein antigenicity.// Annu. Rev. Immunol. - 1985. - V.3 - P.501-535.

587. Tam J.P. Immunization with peptide-carrier complexes: traditional and multiple-antigen peptide systems. // In: Peptide Antigens. A Practical Approach. - Wisdom G.B., ed. - Oxford University Press: Oxford-New York-Tokyo, 1994. - P.83-115.

588. Tamburini P.P., Schenkman J.B. Purification of homogenity and enzymological characterization of a functional covalent complex composed of cytochrome P-450 isozyme 2 and b5 from rabbit liver. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1987. - V.84. -P.11-15.

589. Tamburini P.P., Schenkman J.B., MacFarguhar S. Evidence of binary complex formations between cytochrome P-450, cytochrome b5 and NADPH-cytochrome P-450 reductase of hepatic microsomes. // Biochem. Biophys. Res. Commun. - 1986. - V.134.- P.519-526.

590. Tamburini P.P., Schenkman J.B., White R.E. Chemical characterization of proteinprotein interactions between cytochrome P-450 and cytochrome b5. // J. Biol. Chem. -1985. - V.260. - P.4007-4015.

591. Tan X., Ratnam M., Huang S., Smith P.L., Freisheim J.H. Mapping the antigenic epitopes of human dihydrofolate reductase by systematic synthesis of peptides on solid supports. // J. Biol. Chem. - 1990. - V.265. - P.8022—8026.

592. Tang Y.M., Chen G.F., Thompson P.A., Lin D.X., Lang N.P., Kadlubar F.F. -Development of an antipeptide antibody that binds to the C-terminal region of human CYP1B1. // Drug Metab. Dispos. 1999. - V.27. - P.274-280.

593. Tarlinton D. Germinal centers: form and function. // Curr. Opin. Immunol. - 1998. V.10. - P.245-251.

594. Taylor M.G., Rajpal A., Kirsch J.F. Kinetic epitope mapping of the chicken lysozyme HyHEL-10 Fab complex: delineation of docking trajectories. // Protein.Sci. - 1998. -V.7. - P.1857-1867.

595. Teichmann S.A., Chothia C., Gerstein M. Advances in structural genomics. // Curr. Opin. Struct. Biol. - 1999. - V.9. -P.390-399.

596. Tenette-Souaille C., Smith J.C. Structural modeling of the complex between an acetylcholine receptor-mimicking antibody and its snake toxin antigen. // Proteins. -1998 - V.30. - P.249-263.

597. Thomas A.A.M., Woortmeyer R.J., Pujk W.C., Barteling S.J. Antigenic sites on foot-and-mouth disease virus type A10. J. Virol., 1988, 62, 2782-2789.

598. Thornton J.M., Edwards M.S., Taylor W.R., Barlow D.J. Location of "continuous" antigenic determinants in the protruding regions of proteins. // EMBO J. - 1986. - V.5. - P.409-413.

599. Tomlinson I.M., Walter G.,Marks J.D., Llevelyn M.B., Winter G. The repertoire of human germline VH sequences reveals about 50 groups of VH segments with different hypervariable loops. // J. Mol. Biol. - 1992. - V.227. - P.776-798.

600. Torrens I., Reyes O., Ojalvo A.G., Seralena A., Chinea G., Cruz L.J., de la Fuente J. -Mapping of the antigenic regions of streptokinase in humans after streptokinase therapy. // Biochem. Biophys. Res. Commun. 1999. - V.259. - P. 162-168.

601. Tretiakov V.E., Degtyarenko K.N., Uvarov V.Yu., Archakov A.I. -. Secondary structure and membrane topology of cytochrome P450s. // Arch. Biochem. Biophys. 1989. -V.275. - P.429-439.

602. Triantafyllou В., Tribbick G., Maeji N.J., Geysen H.M. Use of the multipin peptide synthesis technique for the generation of antipeptide sera. // Cell. Biophys. - 1992. -V.21. - P.33-52.

603. Tsai C.J., Lin S.L.,Wolfson H.J., Nussinov R.J. A dataset of protein-protein interfaces generated with a sequence-order-independent comparison technique. // J. Mol. Biol. -1996. - V.260. - P.604-620.

604. Tsai C.J., Lin S.L.,Wolfson H.J., Nussinov R.J. Studies of protein-protein interfaces: a statistical analysis of the hydrophobic effect. // Protein Sci. - 1997. - V.6. - P.53-64.

605. Tsang P., Mu X., Wu G., Durd, P.J. NMR study and comparison of the antigenic properties of a peptide recognized by two HIV-1 neutralizing antibodies. // J. Mol. Recognit. - 1997. - V.10. - P.256-261.

606. Tulip W.R., Varghese J.N., Laver W.G., Webster R.G., Colman P.M. Refined crystal structure of the influenza virus N9 neuraminidase-NC41 Fab complex. // J. Mol. Biol. -1992. - V.227. - P.122-148.

607. Turbyfill K.R., Mertz J.A., Mallett C.P., Oaks E.V. Identification of epitope and surface-exposed domains of Shigella flexneri invasion plasmid antigen D (IpaD). // Infect. Immun. - 1998. - V.66. - P. 1999-2006.

608. Turko I.B., Adamovich T.B., Kirillova N.M., Usanov S.A., Chashchin V.L. Cross-linking studies of the cholesterol hydroxylation systems from bovine adrenocortical mitochondria. // Biochim. Biophys. Acta. - 1989. - V.996. - P.37-42.

609. Unger B.P., Gunsalus I.C., Sligar S.G. Nucleotide sequence of the Pseudomonas putida cytochrome P-450cam gene and its expression in Escherichia coli. // J. Biol. Chem. - 1986. - V.261. - P.l 158-1165.

610. Unno M., Christian J.F., Benson D.E., Gerber N.C., Sligar S.C., Champion P.M. -Resonance Raman investigations of cytochrome P450cam complexed with putidaredoxin. // J. Am. Chem. Soc. 1997. - V.l 19. - P.6614-6620.

611. Unno M., Shimada H., Toba Y., Makino R., Ishimura Y. Role of Argll2 of cytochrome P450cam in the electron transfer from reduced putidaredoxin. Analyses with site-directed mutants. // J. Biol. Chem. - 1996. - V.271. - P. 17869—17874.

612. Uvarov V.Yu., Sotnichenko A.I., Vodovozova E.L., Molotkovsky J.G., Kolesanova E.F., Lyulkin Yu.A., Stier A., Krueger V., Archakov A.I. Determination of membrane-bound fragments of cytochrome P4502B4. // Eur. J. Biochem. - 1994. - V.222. - P.483-489.

613. Uvarov V.Yu., Tretiakov V.E., Archakov A.I.- Heme maintains catalytically active structure of cytochrome P450. // FEBS Letters. 1989. - V.260. - P.309-312.

614. Uvarov V.Yu., Tretiakov V.E., Archakov A.I Identification of the transmembrane fragment of cytochrome P450 LM2. // Phys. Chem. Biol. Med. - 1993. - V.l. - P.27-31.

615. Valero M.-L., Camarero J.A., Haack T., Mateu M.G., Domingo E., Giralt E., Andreu D. Native-like cyclic peptide models of a viral antigenic site: a balance between rigidity and flexibility. // J. Mol. Recognition. - 2000. - V.l3. - P.5-13.

616. Valle M., Munoz M., Kremer L., Valpuesta J.M., Martinez A. C. Carrascosa J.L., Albar J.P. Selection of antibody probes to correlate protein sequence domains with their structural distribution. // Protein.Sci. - 1999,- V.8. - P.883-889.

617. Van de Water J., Deininger S.O., Macht ML, Przybylski M., Gershwin M.E. Detection of molecular determinants and epitope mapping using MALDI-TOF mass spectrometry. // Clin. Immunol. Immunopathol. - 1997. - V.85. - P.229-235.

618. Van Der Wuurst De Vries A.R., Logtenberg T. A phage antibody identifying an 80-kDa membrane glycoprotein exclusively expressed on a subpopulation of activated B cells and hairy cell leukemia B cells. // Eur. J. Immunol. - 1999. - V.29. - P. 38983907.

619. Van Regenmortel M.H.V. Antigenic cross-reactivity between proteins and peptides: new insights and applications. // Trends Biochem. Sci. - 1987. - V. 12. - P. 237-241.

620. Van Regenmortel M.H.V. Structural and functional approaches to the study of protein antigenicity. // Immunol. Today. - 1989. - V. 10. - P. 266-272.

621. Van Regenmortel M.H.V. From absolute to exquisite specificity. Reflections on the fuzzy nature of species, specificity and antigenic sites. // J. Immunol. Meth. - 1998. -V. 216. - P. 37-48.

622. Van Regenmortel M.H., Altschuh D., Chatellier J., Christensen L., Rauffer-Bruyere N., Richalet-Secordel P., Witz J., Zeder-Lutz G. Measurement of antigen-antibody interactions with biosensors. // J. Mol. Recognit. - 1998. - V. 11. - P.163-167.

623. Van Regenmortel M.H.V., Muller C. Synthetic peptides as antigens. // Elsevier: Amsterdam-Lausanne-New York- Oxford-Shannon-Singapore-Tokyo, 1999.

624. Velu N.K., Karande A.A., Adiga P.R. Refolding of riboflavin carrier protein as probed by biochemical and immunochemical parameters. // Biochim. Biophys. Acta. -1996.-V.1293.-P.231-236.

625. Verdaguer N., Mateu M.G., Bravo J., Domingo E., Fita I. Induced pocket to accommodate the cell attachment Arg-Gly-Asp motif in a neutralizing antibody against foot-and-mouth-disease virus. // J. Mol. Biol. - 1996. - V.256. - P.364-376.

626. Vergeres G., Winterhalter K.H., Richter C. Identification of the membrane anchor of microsomal rat liver cytochrome P450. // Biochemistry. - 1989. - Y.28. - P. 3650-3655.

627. Vidakovic M., Sligar S.G., Li H., Poulos T.L. Understanding the role of the essential Asp251 in cytochrome P450cam using site-directed mutagenesis, crystallography, and kinetic solvent isotope effect. // Biochemistry. - 1998. - V.37. - P.9211-9219.

628. Vijayakumar S., Salerno J.C. Molecular modeling of the 3-D structure of cytochrome P-450scc. //Biochim.Biophys.Acta. - 1992. - V. 1160. -P.281-286.

629. Vogel F., Gengnagel C., Kargel E., Muller H.G., Schunck W.H. Immunocytochemical localization of alkane-inducible cytochrome P-450 and its NADPH-dependent reductase in the yeast Candida maltosa. // Eur. J. Cell Biol. - 1992. - Y.57. - P.285-291.

630. Von Wachenfeldt C., Richardson T.H., Cosme J., Johnson E.F. Microsomal P450 2C3 is expressed as a soluble dimer in Escherichia coli following modifications of its N-terminus. // Arch. Biochem. Biophys. - 1997. - V.339. - P.107-114.

631. Voznesensky A.I., Schenkman J.B. The cytochrome P450 2B4-NADPH cytochrome P450 reductase electron transfer complex is not formed by charge-pairing. // J. Biol. Chem. - 1992. - V.267. - P. 14669-14676.

632. Wagner G.C., Perez M., Toscano W.A., Gunsalus I.C. Apoprotein formation and heme reconstitution of cytochrome P-450cam. // J. Biol. Chem. -1992. - V.256. -P.6262-6265.

633. Wakasugi K., Ishimori K., Morishima I. NMR studies of recombinant P450cam mutants. // Biochimie. - 1996. - V.78. - P.763-770.

634. Walker C.H. Avian forms of cytochrome P450. // Comp. Biochem. Physiol. C. - 1998. - V.121. - P.65-72.

635. Walker J. and Banting G. Production of phage-display antibodies for epitope mapping. // Methods Mol. Biol. - 1996. - V.66. - P.391-405.

636. Walsh M.E., Kyritsis P., Eady N.A., Hill H.A., Wong L.L. Catalytic reductive dehalogenation of hexachloroethane by molecular variants of cytochrome P450cam (CYP101). // Eur. J. Biochem. - 2000. - V.267. - P.5815-5820.

637. Walter G. Production and use of antibodies against synthetic peptides. // J. Immunol. Meth. - 1986. - V.88. - P. 149-161.

638. Wang J.-G., Jansen R.W., Brown -E.A., Lemon S.M. Immunogenic domains of Hepatitis delta virus antigen: peptide mapping of epitopes recognized by human and woodchuck antibodies. // J. Virol. - 1990. - V. 64. - P. 1108-1116.

639. Wang R.W., Newton D.J., Liu N.Y., Shou M., Rushmore T., Lu, A.Y. Inhibitory anti-CYP3A4 peptide antibody: mapping of inhibitory epitope and specificity toward other CYP3A isoforms. // Drug Metab. Dispos. - 1999. -V.27. - P.167-172.

640. Wang Z., Carney W.P., Laursen R.A. Epitopic characterization of the human wildtype and mutant ras proteins using membrane-bound peptides. // J. Pept. Res. - 1997. -V. 50. - P.483-492.

641. Wardlaw S.A., Nikula K.J., Kracko D.A., Finch G.L., Thornton-Manning J.R., Dahl A.R. Effect of cigarette smoke on CYP1A1, CYP1A2 and CYP2B1/2 of nasal mucosae in F344 rats. //Carcinogenesis. - 1998. - V.19. - P.655-662.

642. Weetman A.P. Autoantigens in Addison's disease and associated syndromes. // Clin. Exp. Immunol. - 1997. - V.107. - P.227-229.

643. Welling G.W., Weijer W.J., Van der Zee R., Welling-Wester S. Prediction of sequential antigenic regions in proteins. //FEBS Lett. - 1985. - V.188 - P.215-218.

644. Westhof E., Altschuh D., Moras D., Bloomer A.C., Mondragon A., Klug A., Van Regenmortel M.H.V. Correlation between segmental mobility and the location of antigenic determinants in proteins. // Nature. - 1984. - V. 311. - P. 123-126.

645. Westlake A.C., Hartford-Cross C.F., Donovan J., Wong L.L. Mutations of glutamate-84 at the putative potassium-binding site affect camphor binding and oxidation by cytochrome P450cam. // Eur. J. Biochem. - 1999. - V.265. - P.929-935.

646. Williams P.A., Cosme J., Sridhar V., Johnson E.F., McRee D.E. Microsomal cytochrome P450 2C5: comparison to microbial P450s and unique features. // J. Inorg. Biochem. - 2000. - V.81. - P. 183-189.

647. Williams R.C., Jr., Malone C.C., Kolaskar A.S., Kulkarni-Kale U. Antigenic determinants reacting with rheumatoid factor: epitopes with different primary sequences share similar conformation. // Mol. Immunol. - 1997. - V.34. - P.543-556.

648. Williams S.C., Badley R.A., Davis P.J., Puijk W.C., Meloen R.H. Identification of epitopes within beta lactoglobulin recognised by polyclonal antibodies using phage display and PEPSCAN. // J.Immunol.Methods. - 1998. - V. 213. - P. 1-17.

649. Williams S.C., Frippiat J.P., Tomlinson I.M., Ignatovich O., Lefranc M.P., Winter G. -Sequence and evolution of the human germline V-lambda repertoire. // J. Mol. Biol. -1996. V.264. - P.220-232.

650. Wilson I.A., Niman H.L., Houghten R.A., Vherenson A.R., Connolly M.L., Lerner R.A.- The structure of an antigenic determinant in a protein. // Cell. 1984. - V.37. - P.767-778.

651. Wilson I.A., Rini J.M., Fremont D.H., Fieser G.G., Stura E.A. X-ray crystallographic analysis of free and antigen-complexed Fab fragments to investigate structural basis of immune recognition. // Methods Enzymol. - 1991. -V. 203. - P. 153-176.

652. Wilson I.A., Stanfield R.I. Antibody-antigen interactions. // Curr. Opin. Struct. Biol.- 1993.-V.3.-P. 113-118.

653. Wilson I.A., Ghiara J.B., Stanfield R.I. Structure of anti-peptide antibody complexes. // In: 55th Forum in Immunology. - 1994. - P. 73-78.

654. Winkler J.R. Electron tunneling pathways in proteins. // Curr. Opin. Chem. Biol. -2000. - V.4. - P.192-198.

655. Wisdom B.G. Peptide antigens and anti-peptide antibodies. // In: Peptide Antigens. A Practical Approach. - Wisdom G.B., ed. - Oxford University Press: Oxford-New York-Tokyo, 1994-P. 1-3.

656. Wolf C.R., Smith C.A., Forman D. Metabolic polymorphisms in carcinogen metabolising enzymes and cancer susceptibility. // Br. Med. Bull. - 1994. - V.50. -P.718-731.

657. Wong L.-L. Cytochrome P450 monooxygenases. // Curr. Opin. Chem. Biol. - 1998. -V.2. - P.263-268.

658. Worley K.C., Wiese B.A., Smith R.F. BEAUTY: An enhanced BLAST-based search tool that integrates multiple biological information resourses into sequence similarity search results. // Genome Res. - 1995. - Y.5. - P. 173-184.

659. Worthington J., Morgan K. Epitope mapping using synthetic peptides.// In: Peptide Antigens. A Practical Approach. - Wisdom G.B., ed. - Oxford University Press: Oxford-New York-Tokyo, 1994 - P. 181-217.

660. Wu F.F., Vergeres G., Waskell L. Kinetics of the reduction of cytochrome b5 with mutations in its membrane- binding domain. // Arch. Biochem. Biophys. - 1994 - V.308. - P.380-386.

661. Xavier K.A., Shick K.A., Smith-Gill S.J., Wilson R.C. Involvement of water molecules in the association of monoclonal antibody HyHEL-5 with bobwhite quail lysozyme. // Biophys. J. - 1997. - V.73. - P.2116-2125.

662. Yamamoto A.M., Cresteil D., Boniface O., Clerc FF, Alvarez F. Identification and analysis of cytochrome P450 II D6 antigenic site recognized by anti-liver-kidney microsome type-1 antibodies (LKM1). // Eur J. Immunol. -1993. - V.23. - P.1105-1111.

663. Yanagita K., Sagami I., Shimizu T. Distal site and surface mutations of cytochrome P450 1A2 markedly enhance dehalogenation of chlorinated hydrocarbons. // Arch. Biochem. Biophys. - 1997. - V.346. - P.269-276.

664. Yano J., Koo L.S., Schuller D.J., Ortiz De Montellano P.R., Poulos T.L. Crystal structure of a thermophilic cytochrome P450 from the archaeon Sulfolobus solfataricus. //J. Biol. Chem.-2000,-V.275.-P.31086-31092.

665. Yasukochi T., Okada O., Hara T., Sagara Y., Sekimizu K., Horiuchi T. Putative functions of phenylalanine-350 of Pseudomonas putida cytochrome P-450cam. // Biochim. Biophys. Acta. - 1994. - V.1204. - P.84-90.

666. Yoshikawa K., Noguti T., Tsujimura M., Koga H., Yasukoshi T., Horiuchi T., Go M. -Hydrogen bond network of cytochrome P450cam: A network connecting the heme group with helix K. // Biochim. Biophys. Acta. 1992. - V.l 122. - P.41-44.

667. Yoshioka S., Takahashi S., Ishimori K., Morishima I. Roles of the axial push effect in cytochrome P450cam studied with the site-directed mutagenesis at the heme proximal site. // J. Inorg. Biochem. - 2000. - V.81. - P. 141 -151.

668. Yu L., Gaskell S.J., Brookman J.L. Epitope mapping of monoclonal antibodies by mass spectrometry: identification of protein antigens in complex biological systems. // J. Am. Soc. Mass Spectrom. - 1998. - V.9. - P.208-215.

669. Yun C.H., Ahn T., Guengerich F.P. Conformational change and activation of cytochrome P450 2B1 induced by salt and phospholipid. // Arch. Biochem. Biophys. -1998. - V.356. - P.229-238.

670. Yun C.H., Ahn T., Guengerich P.P. Yamazaki H., Shimada T. Phospholipase D activity of cytochrome P450 in human liver endoplasmic reticulum. // Arch. Biochem. Biophys. - 1999.-V.367. - P.81-88.

671. Zeder-Lutz G., Zuber E., Witz J., Van Regenmortel M.H.V. Thermodynamic analysis of antigen-antibody binding using biosensor measurements at different temperatures. // Anal. Biochem. - 1997. - V.246. - P. 128-132.

672. Zhang R., Durkin J., Windsor W.T., McNemar C., Ramanathan L., Le H.V. Probing the substrate specificity of hepatitis C virus NS3 serine protease by using synthetic peptides. // J.Virol.1997. - V.71. -P.6208-6213.

673. Zhao Y.M., Muir T.W., Kent S.B.H., Tischer E., Scardina J.M., Chait B.T. Mapping protein-protein interactions by affinity-directed mass spectrometry. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1996. - V.93. - P.4020-4024.

674. Zimmer T., Ohkuma M., Ohta A., Takagi M., Schunck W.H. The CYP52 multigene family of Candida maltosa encodes functionally diverse n-alkane-inducible cytochromes P450. // Biochem. Biophys. Res. Commun. - 1996. - V.224. - P.784-789.

675. Zimmer T., Scheller U., Takagi M., Schunck W.H. Mutual conversion of fatty-acid substrate specificity by a single amino-acid exchange at position 527 in P-450Cm2 and P-450Alk3A. // Eur. J. Biochem. - 1998b. - V.256. - P.398-403.377

676. Zinn-Justin S., Roumestand C., Drevet P., Menez A., Torna F. Mapping of two "neutralizing" epitopes of a snake curaremimetic toxin by proton nuclear magnetic resonance spectroscopy. // Biochemistry. - 1993. - V.32. - P.6884-6891.

677. Zutshi R., Brickner M., Chmielewski J. Inhibiting the assembly of protein-protein interfaces. // Curr. Opin. Chem. Biol. - 1998. - V.2. - P.62-66.

678. Zutshi R., Franciskovich J., Shultz M., Schweitzer B., Bishop P., Wilson M., Chmielewski J. Targeting the dimerization interface of HIV-1 protease: inhibition with crosslinked interfacial peptides. //J. Am. Chem. Soc. - 1997. - V.119. - P.4841-.4845.

679. Zvelebil M.J., Wolf C.R., Sternberg M.J. A predicted three-dimensional structure ofhuman cytochrome P450: implications for substrate specificity. // Protein Eng. 1991. -V.4. - P.271-282.