Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему

Рестриктирующие компоненты системы хозяйской специфичности ДНК бактерий коли-дизентерийной группы

ВАК РФ 03.00.04, Биохимия

Содержание диссертации, кандидата биологических наук, Упорова, Татьяна Марковна

Список принятых сокращений

ВВЕДЕНИЕ.

ГЛАВА I. Обзор литературы.II

1. Биологические, энзимологические и генетические аспекты СХС у прокариот .II

1.1. СХС: обнаружение, свойства, распространение, функции.II

1.2. Номенклатура и классификация ферментов

1.2.1. Ферменты П класса

1.2.2. Изомерия рестриктаз и метилаз

1.2.3. Ферменты I класса

1.2.4. Ферменты Ш класса

1.3. Генетические детерминанты СХС

1.3.1. Хромосомные СХС.

1.3.2. Профаговые СХС

1.3.3. Плазмидные СХС

1.3.4. Распространение R -факторов в сем. Enterobacteriaceae

Введение Диссертация по биологии, на тему "Рестриктирующие компоненты системы хозяйской специфичности ДНК бактерий коли-дизентерийной группы"

Одним из важнейших факторов, оказавших непосредственное влияние на стремительное развитие современной биологии, явилось открытие и изучение феномена СХС. Выделение ферментов рестрикции и модификации, составляющих энзимологическую основу СХС, позволило принципиально изменить методологические подходы к решению многих как фундаментальных, так и практических задач.

С точки зрения фундаментальных исследований, ферменты рестрикции-модификации представляют удобную модель для изучения механизма узнавания белковыми молекулами специфических последовательностей нуклеотидов в ДНК, что является основой большинства важнейших биологических процессов, таких как регуляция экспрессии генетической информации, регуляции действия стероидных гормонов в эукариотах и т.д. Модифицирующие метилазы могут быть использованы для введения естественной биологической метки в молекулы ДНК и создания таким образом молекулярных "зондов" клетки, что необходимо при изучении процессов, происходящих in vivo.

На сегодняшний день из двух составляющих СХС наибольшее практическое применение нашли рестриктазы. Необычайно широко использование рестриктирующих эндонуклеаз в генной инженерии и других областях молекулярной биологии, связанных с определением первичной структуры ДНК, рестрикцийиным анализом, выделением регуляторных областей геномов и индивидуальных генов и созданием гибридных молекул с последующей их экспрессией в гетерологич-ных условиях. Без проводимых на молекулярном уровне исследований микробной клетки невозможно современное развитие медицинской микробиологии, которое имеет своей целью создание биотехнологическими методами искусственных вакцин и других лекарственных средств.

В связи с вышесказанным, задача обнаружения и идентификации новых СХС приобрела большой практический смысл, т.к. новые системы рестрикции-модификации предоставляют исследователям возможность расширить арсенал ферментов, необходимых для осуществления насущных практических задач.

Цель и задачи работы

Объектом данного исследования служили бактерии коли-дизен-терийной группы, содержащие СХС: штамм E.coii ск , содержащий СХС Есо СК, идентифицированную ранее /217/ и штамм Shigella sonnei 47 , в котором СХС Sso 47 была обнаружена нами совместно с М.И.Тедиашвили /19/. Предметом исследования являлась энзимо-логическая основа СХС и, в частности, рестриктирующий компонент этих систем.

Цель работы состояла в биохимической идентификации, выделении, изучении специфичности и свойств ферментов рестрикции из E.coii ок и s.sonnei 47, а также подбор оптимальных условий для их использования в генной инженерии и биотехнологии.

Для достижения поставленной в работе цели необходимо было решить следующие задачи:

1) разработать индивидуальные методы очистки для каждого фермента - рациональные, технологичные и пригодные для передачи в производство;

2) изучить субстратную и сайт-специфичность ферментов рестрикции, испольвуя различные подходы, как то: характер фрагментации тесторных ДНК с построением физической карты ДНК фага Л для ЕЕсо ок и прямое определение нуклеотидной последовательности в сайте узнавания;

3) изучить структуру фрагментов рестрикции и оптимальные условия ферментативной реакции;

4) в случае рестриктирувщего компонента СХС из штамма S.sonnei 47 - изучить возможность выделения рестриктаз(ы) из непатогенного продуцента.

Научная новизна

В настоящей работе впервые проведено детальное биохимическое исследование рестриктирующих компонентов трех новых СХС: Есо ск, Sso ц-7 I и Sso ц-7 и. Для REco ск разработана схема получения особо чистого препарата фермента, пригодного для исследования тонкой структуры ДНК. С помощью полученного препарата ЕЕсо се впервые проведено физическое картирование ДНК фага Л и изучена субстратная специфичность фермента по отношению к тесторным ДНК. На основании полученных результатов показано, что фермент не имеет аналогов и является уникальным по характеру фрагментации тесторных ДНК.

Впервые в дизентерийном штамме идентифицирована рестрикти-рующая активность, которая представлена двумя рестриктазами RSso I и RSso II , соответствующими двум СХС. Использование метода изоэлектрофокусирования на амфолинах при выделении RSso I позволило впервые получить RSso I , а также его изошизомер Есо RI в состоянии, свободном от мелкощепящей, так называемой "штриховой" активности. Выделение в чистом виде рестриктирующей эндонуклеазы RSso и позволило установить, что Sso и характеризуется новой специфичностью гидролиза ДНК, что делает ее отличной от ранее изученных ферментов рестрикции.

Практическая ценность

В результате проведенных исследований разработаны рациональные методы получения трех препаратов специфических эндонук-леаз - Есо СЕ, Sso I и Sso II, пригодных для тонких структурных исследований различных геномов. Из этих ферментов Есо СК и Sso II не описаны в литературе, a Sso I является изошизоме-ром рестриктазы Есо RI . Ферменты Sso I и Есо ЕЕ выделены по новой, разработанной нами схеме; полученные препараты отличаются уникальной чистотой от фирменных препаратов Есо RI , полученных по стандартным схемам.

По материалам наших исследований на способ получения REco СК оформлено МРТУ, на основании которого налажено мелкосерийное производство этого фермента в НИИ вакцин и сывороток им. И.И. Мечникова МЗ СССР.

На способ получения REco ск получено авторское свидетельство.

В настоящее время производство REco ск внедрено в НПО "Биохимреактив" в г.Опайне.

Разработан способ получения фермента RSso и из непатогенного продуцента E.coii

Заключение Диссертация по теме "Биохимия", Упорова, Татьяна Марковна

ВЫВОДЫ

1. Впервые обнаружены и изучены ферменты рестрикции у представителя рода шигелл. В штамме Shigella sonnei Ц-7 идентифицированы две рестриктирующие эндонуклеазы RSso I и RSso II и установлено, что синтез обоих ферментов в клетке контролируется плазмидой.

2. Разработаны схемы фракционирования и очистки рестриктаз шигелл - RSso I и RSso II , а также колийных рестриктаз Есо СК и Есо RI , обеспечивающие получение ферментных препаратов особой чистоты, пригодных для всех видов молекулярно-биологических и генно-инженерных работ. На способ получения рестриктазы Есо СК получено авторское свидетельство. Впервые показана возможность отделения рестриктаз Sso I и Есо RI от сопутствующей RI'-активности. Схемы очистки, индивидуальные для каждого фермента, технологичны и удобны для мелкосерийного и крупномасштабного производства.

3. Изучены свойства и специфичность рестриктирующих эндонуклеаз Sso I , Sso II и Есо СК. а) Показано, что ферменты S.sonnei 47 относятся к рест-риктазам П класса, и таким образом,могут быть успешно использованы в генно-инженерных работах. б) На основании рестрикционного анализа ряда тесторных ДНК установлено, что REco ск является новым ферментом, не имеющим аналогов среди описанных в литературе рестриктаз. в) Для ферментов RSso I и RSso и расшифрована структура сайта узнавания прямым определением нуклеотидной последова1 тельности. Показано, что сайт узнавания RSso и 5'. ЦЦНГГ.З1 идентичен сайту узнавания рестриктазы Scr FI. в отличие от последней, фермент Sso и генерирует фрагменты с 5-членными "липкими" концами и представляет собой, таким образом, новый фермент (ложный изошизомер). г) Установлено тождество рестриктаз RSso I и REco RI в отношении сайта узнавания, характера фрагментов рестрикции и присутствия в исходном ферментном препарате сопутствующей RI1 -активности.

4. С целью широкого практического применения рестриктазы Sso II в молекулярной биологии и генной инженерии получен непатогенный продуцент рестриктазы Sso II - E.coli Ч* - r+m+. Выход фермента Sso II из E.coli , его удельная активность и стабильность при хранении не уступают таковым для рестриктазы Sso II ИЗ S.sonnei 4-7.

2.7, Заключение

На основании изложенных выше данных можно с уверенностью сказать, что универсального метода очистки ферментов рестрикции не существует. Перечисленные выше методы являются наиболее распространенными и перспективными при выделении специфических эндонуклеаз. По мере того, как расширяется арсенал средств и способов очистки ферментов рестрикции, разнообразнее и совершеннее становятся приемы работы по их выделению. Каждый автор выбирает, или чаще создает новую индивидуальную схему очистки фермента, исходя из биологических свойств объекта, свойств фермента и тех материальных возможностей, которыми он располагает. На примере наиболее распространенной и хорошо изученной рестриктазы Есо RI, которая используется во всех лабораториях, работающих в области молекулярной биологии, мы продемонстрируем несколько схем очистки этого фермента, чтобы показать, сколь разнообразны могут быть подходы к решению одной конкретной задачи (таблица I),

Библиография Диссертация по биологии, кандидата биологических наук, Упорова, Татьяна Марковна, Москва

1. Аникейчева Н.В., Никольская И.И., Дебов С.С. Некоторые биологические свойства клеток E.coli ск. Бюлл. эксперте,биологии и медицины, 1978, £ 4, с.441-442.

2. Арбер В. Изменчивость, контролируемая хозяином. В кн.: Арбер В. Фаг лямбда. М.: Мир, 1975, с. II2-I28.

3. Богдарина И.Т., Бурьянов Я.И., Баев А.А. Модификация ДНК in vitro ДНК цитозинметилтрансферазами из e.coli С и e.coli mre с 600: повышение устойчивости ДНК бактериофага против системы рестрикции EII. - Докл. АН СССР, 1977, т.233, J5 2, с. 498-501.

4. Брода П. Плазмиды. М.: Мир, 1982 , 218 с.

5. Выделение сайт-специфической эндонуклеазы Есо ri при помощи иммуносорбента. /Ерусланов Б.В., Крамаров В.М., Смоляни-нов В.В. и др. Биооргая. химия, 1980, т.6, Л 9, с.1361-1368.

6. Демидова Г.В., Тынянова В.И. Выявление систем хозяйской специфичности у бактерий возбудителя чумы. В сб.: Структура и функция плазмид: Тез. докл. У-го Всесогозн. сов. по программе "Плазмида". М., 1980, с. 83-84.

7. Идентификация рестриктирующих эндонуклеаз в клетках E.coli СК. /Александрова С.С., Карамов Э.В., Никольская И.И. и др. Докл. АН СССР, 1978, т.243, Л I, с. 234-236.

8. Изучение систем хозяйской специфичности и метилаз ДНК у шигелл. /Никольская И.И., Тедиашвили М.И., Васильева М.Б. и др. Вопр. вирусол., 1978, J5 6, с. 724-731.

9. Использование голубой сефарозы и фенил-сефарозы для очистки рестриктирующей эндонуклеазы R Есо ск. /Упорова Т.М., Хилько С.Н., Никольская И.И. и др. Вопр. мед. химии, 1982, т. 28, ifi 2, с.78-81.

10. Использование методов аффинной хроматографии для очистки специфических эндонуклеаз Есо ri и Bgi ii. /Мирошниченко О.И., Народицкий Б.С., Хилько С.Н. и др. Биохимия, 1982, т.47, вып. 4, с. 686-693.

11. Крамаров В.М., Шзанов А.Л., Смолянинов В.В. Выделение второй сайт-специфической эндонуклеазы из Xanthomonas holcicola и ее характеристика. Биоорган.химия, 1982, т.8, JS 2, с.220-223.

12. Лопарева Е.Н. Сайт узнавания системы хозяйской специфичности Есо СК. Автореф. Дисс. канд.мед.наук. - М., 1983, ВНИИ медицинской энзимологии АМН СССР.

13. Народицкий Б.С., Хилько С.Н., Лопарев В.Н. Современные методы выделения специфических эндонуклеаз. Вестник АМН СССР, 1981, й 2, с. 26-28.

14. Нетесов С.В., Грачев С.А. Эффективный метод выделения эндонуклеаз рестрикции. Биоорган. химия, 1981, т.7, № 5,с. 790-791.

15. Никольская-Санович И.И. Новые системы хозяйской специфичности ДНК коли-дизентерийной группы бактерий и бактериофагов. Автореф. Дисс. докт. биол. наук. - М., 1981, ВНИИ медицинской энзимологии АМН СССР.

16. Новая сайт-специфическая эндонуклеаза из E.coii Есо RV. /Холмина Г.В., Ребентиш Б.А., Миронов А.А. и др. В сб.: Генетическая инженерия.: Тез. докл. Всесоюзн. конф. по генетической инженерии. Пущино, 1980, с. 15-16.

17. Остерман Л.А. Изоэлектрическое фокусирование. В сб.: Остерман Л.А. Исследование биологических макромолекул электрофокусированием, иммуноэлектрофорезом и радиоизотонными методами. М.: Наука, 1983, с. 3-75.

18. Обнаружение системы хозяйской специфичности у шигелл. /Тедиашвиж М.И., Удорова Т.М., Никольская И.И. и др. Бюлл. эксперим.биологии и медицины, 1980, t.LXXXX , & 9, с.324-325.

19. Определение активности рестриктаз в толуольяых лизатах бактериальных клеток./Соколов Н.Н., Фицнер А.Б., Хорошутияа Э.Б. и др. Бюлл. эксперим. биологии и медицины, 1983, JB печати.

20. Очистка и идентификация рестриктирующей эндонуклеазы Есо СК./Упорова Т.М., Никольская И.И., Рубцова Е.Н. и др.:.,- Вестник АМН СССР, 1981, JS 2, с.21-26.

21. Пятрушите М.П., Янулайтис А.А. Выделение гомогенной рестриктазы Ben I из Bacillus centrosporus и некоторые ее свойства. В сб.: Методы получения и анализа биохимических препаратов.: Тез. докл. 1У Всесоюзн. конф. Рига, 1982, ч.1, с.98-99.

22. Рудченко О.Н., Алешкин Г.И. Мелкие ф-подобные фаги, чувствительные к рестрикции in vivo рестриктазами ВЕсо ее , REco RII. . Докл. АН СССР, 1977, т.236, В 3, с.744-747.

23. Рестрикциояяая эндонуклеаза Taq XL ИЗ Thermus aqua-ticus-. /Грачев С.А., Мамаев С.В., Гуревич А.Т. и др. Биоорган, химия, 1981, т.7, & 4, с.628-630.

24. Сайт-специфическая эндонуклеаза Вше I из Bacillus me-gaterium 216 . /Пачкунов Д.М., Крамаров В.М., Добрица А.П. и др. Биоорган.химия, 1983, т.9, & I, с.127-129.

25. Синтез и экспрессия фрагмента ДНК, кодирующего антигенную детерминанту белка поверхностного антигена вируса гепатита В. /Смирнов В.Д., Сергиенко О.В., Скрипкин Е.А. и др. Биоорган, химия, 1983, т.9, № Ю, с.1388-1394.

26. Таняшин В.И. Рестриктирующие эндонуклеазы. В сб.: Молекулярная биология. Итоги науки и техники, т.12, ч.1. Генетическая инженерия. М., 1979, с.36-99.

27. Тимаков В.Д., Петровская В.Г., Бондаренко В.М. Биологические и генетические характеристики бактерий рода shigella .- М.; Медицина, 1981. 293 с.

28. Тихоненко Т.Й. Минорные основания в вирусных нуклеиновых кислотах и их функциональная роль. В кн.: Гендон Ю.З., По-глазов Б.Ф., Тихоненко Т.И. Нуклеиновые кислоты и белки вирионов. М.: Наука, 1975, с. 1-30.

29. Arber W. ША modification and restriction. Progr. Nucleic Acid Res., 1974, vol.14, p.1-37.37* Arber W., Linn S. DNA modification and restriction. -Ann. Rev. Biochem., 1969, vol.38, p.467-500.

30. Arber V7., Roulland-Dussoix D. Host specificity of DNA produced by E.coii bacteriophage Л . J.Mol.biol., 1962, vol. 5, p. 18-35.

31. Arber W., Water-Willems D. Host specificity of DNA produced by E.coii. The two restriction and modification systems of strain 15T. Mol. and Gen. Genet., 1970, vol.108,p. 203-213.

32. Armstrong K., Bauer W.R. Preferential site-dependent cleavage by restriction endonuclease Pst I. Nucleic Acidis Res., 1982, vol.10, N3, p.993-1007.

33. Arrand J.R., Myers P.A., Roberts R.Y. New specific endonuclease from S.albus G. J.Mol. Biol., 1978, vol.118, N 1, p. 127-132.

34. A general method for the purification of restriction enzymes. /Green P., Heyneker H., Bolivar E. et al., Nucleic Acids Res., 1978, vol. 5, N 7, p.2373-2380.

35. A new sequence-specific endonuclease from Anabaena cylindrica. / de Waard A., Korsuize J., van Severen O.P. et al. Pebs Lett., 1978, vol. 96, N 1, р.Ю6-1Ю.

36. A new sequence-specific endonuclease from Streptococcus durans. / Janulaitis A., Macinkeviciene L., Petrusyte M. et al. Pebs Lett., 1981, vol. 134, N 2, p.172-174.

37. A new site-specific endonuclease from Streptomyces lavendula (Sla I). /Takahashi H., Shimizu M., Saito H. et al. -Gene, 1979, vol. 5, p.9-18.

38. A new site-specific endonuclease from Neisseria cine-rea. /Watson R., Zuker M., Martin S.M. et al. Pebs Lett., 1980, vol. 118, N 1, p.47-50.

39. A new site-specific endonuclease Bbe I from Bifidobacterium breve. /Khosaka Т., Sakurai Т., Takahashi H. et al. -Gene, 1982, vol. 17, p.117-122.

40. A rapid procedure for purification of Eco RI endonuclease. /Siimegi J., Breedveld D., Hossenlopp P. et al. Biochem. Biophys. Res. Communs., 1977, vol. 76, N 1, p.78-85.

41. A restriction endonuclease from Staphylococcus aureus. / Sussenbach J.S., Monfoort C.H., Schiphof R. et al. Nicleic Acids Res., 1976, vol. 3, N 11, p.3193-3202.

42. A restriction enzyme from Fusobacterium nucleatum 4H wich recognizes GCNGC. / Leung D.7/., Lui A.C.P., Merilees H. et al. Nucleic Acids Res., 1979, vol. 6, N 1, p. 17-25.

43. A second specific endonuclease from Haemophilus aegyp-tius. / Roberts R.J., Breitmeyer J.B., Tabachnik N.F. et al. -J.Mol.Biol., 1975, vol. 91, p.121-123.

44. Beaty J.S., McLean-Bowen C.A., Brown L.R. Bvu I: a site-specific endonuclease from Bacillus vulgaris. Gene, 1982, vol. 18, p.61-67.

45. Bertani G., Weigle J.J. Host-controlled variations in bacterial viruses. J.Bacteriol., 1953, vol. 65, p.113-121.

46. Bickle T.A., Brack C., Yuan R. ATP-induced conformational changes in the restriction endonuclease from E.coli K12. Proc. Natl. Acad. Sci. (USA), 1978, vol. 75, p.3099-3103.

47. Bickle T.A., Pirrotta V., Imber R. A simple, general procedure for purifying restriction endonucleases. Nucleic Acids Res., 1977, vol. 4, N 8, p.2561-2572.

48. Bingham A.H.A., Darbyshire J. Isolation of two restriction endonucleases from Ghloroflexus aurantiacus (Cau I, Cau II). Gene, 1982, vol. 18, p. 87-91.

49. Bingham A.H.A., Shannon A.F., Atkinson T. The purification of restriction endonuclease Eco EI by precipitation involving polyethylenimine. Febs Lett., 1977, vol. 76, p.250--255.

50. Bishop J.O. A DNA sequence cleaved by restriction endonuclease REco RI in only one strand. J.Mol.Biol., 1979» vol. 128, p.545-559.

51. Boyer H.W. Genetic control of restriction and modification in E.coli. J.Bacterid., 1964, vol. 88, p.1652-1660.

52. Boyer H.W. DNA restriction and modification mechanisms in bacteria. Annu. Rev. Microbiol., 1971, vol. 25, p.153-176.

53. Boyer H.W., Roulland-Dussoix D. A complementation analyses of the restriction and modification of DNA in Escherichia coli. J.Mol. Biol., 1969, vol. 41, p.459-472.

54. Brown F.L., Misich P.R., Majo G. Cae I: an endonuclease isolated from the african green monkey with properties indicating site-specific cleavage of homologous and heterologous mammalian DNA. Nucleic Acids Res., 1978, vol. 5» p.1093-1107.

55. Burdon R.H., Douglas G.T. The influence of subcellular fractions on the enzyme methylation of DNA in ascites cell nuclei. Nucleic Acids Res., 1974, vol. 1, p. 97-103.

56. Binding of human interferons to immobilized Cibacron Blue F3GA: the nature of molecular interaction. /Jankowski W.J., von Muenchhausen W., Sulkowski E.S. et al. Biochemistry, 1976, vol. 15, N 23, p.5182-5187.

57. Chaconas G., Sande J.H. 5!-^2P labaling of RNA and DNA restriction fragments. Methods of Enzymol., 1980, vol. 65, Part I, p. 75-85.

58. Chang S., Cohen S.N. In vivo site-specific genetic recombination promoted by the Eco RI restriction endonuclease. -Proc. Natl. Acad. Sci. (USA), 1977, vol. 74, p. 4811-4815.

59. Ciammango G., Morranzano M., Gerband G. Groups d'incom-patibilit£ de plasmides de resistance de Shigella sonnei. Ann. Microbiol., 1983, vol. 134 A, N1, p.101-107.

60. Clarke C.M., Hartley B.S. Purification, properties and specificity of the restriction endonuclease from Bacillus stearothermophilus• Biochem. J., 1979, vol. 177, p.4-9-62.

61. ClewellD.B., Helinsky D.R. Properties of supercoiled deoxyribonucleic acidprotein relaxation complex and strand specificity of the relaxation event. J.Biochem., 1970, vol.9, p. 4428-4440.

62. Colson A.M., Colson C., Vanpel A. Host-controlled restriction mutants of Salmonella typhimurium. J.Gen.Microbiol., 1969, vol. 58, p. 57-69.

63. Cla I, a new restriction endonuclease from Caryophanon latum L./Mayer H., Grosschedl R., Schiitte H. et al. Nucl. Acids Res., 1981, vol. 9, N19, p. 4вЗЗ-4в45.

64. Construction of biologically functional bacterial plas-mids in vitro. / Cohen S.N., Chang A.C.Y., Boyer H.W. et al. -Proc. Natl. Acad. Sci. (USA), 1973, vol. 70, N11, p.3240-3244.

65. Dana K.Y., Nathans D. Specific cleavage of simian virus 40 DNA by restriction endonuclease of Haemophilus influenzae. Proc. Natl. Acad. Sci. (USA), 1971, vol. 68, p.2913-2917.

66. Dawid J.B., Brown D.D., Reeder R.H. Composition and structure of chromosomal amplified ribosomal DNA's of Xenopus laevis. J.Mol. Biol., 1970, vol. 51, p.341 -360.

67. Duncan C.H., Wilson G.A., Young F.E. Biochemical and genetic properties of site-specific restriction endonucleases in Bacillus globigii. J.Bacteriol., 1978, vol. 134, p.338-344.

68. DNA recognition and cleavage by the Eco PI5 restriction endonuclease. /Hadi S.M., Bachi В., Shepherd J.C.W. et al. -J.Mol. Biol., 1979, vol. 134, p.655-666.

69. DNA sequencing analysis: a general simple and rapid method for sequencing large oligodeoxyribonucleotide fragments by mapping. / Jay E., Bambara R., Padmana>bhan R. et al. -ITucl. Acids Res., 1974, IT 1, p. 331-353.

70. DNA-sequence of structure genes for Eco RI ША restriction and modification enzymes. /Newman A.K., Rubin R.A., Kim S.H. et al. J.Biol. Chem., 1981, vol. 256, IT 5, p. 2131-2139.

71. Eskin В., Linn S. The deoxyribonucleic acid modification and restriction enzyme of E. coli В. II. Purification su-bunit structure and catalytic properties of the restriction endonuclease. J.Biol. Chem., 1972, vol. 247, p. 6183-6190.

72. Eco RI* activity: enzyme modification or activation of accompanyning endonuclease. /Tichonenko T.I., Karamov E.V., Zavizion B.A. et al. Gene, 1978, vol. 4, p. 195-212.

73. R factors. /Watanabe Т., Takano Т., Arai T. et al. J. Bacte-riol., 1966, vol. 92, p. 477-486.

74. Ferritti L., Sgaramella V. Temperature dependence of the joining by T4 DNA ligase of termini produced by type II restriction endonucleases. Nucl. Acids Res., 1981, vol. 9, N 1, p. 85-89.

75. Fredricq P., Betz-Berean M., Nicolle P. Typage des sonche d1 Escherichia coli gastroenferite infantile par recherche de leurs propertetes colicinogenes. C.R.Soc.Biol., 1956, vol. 150, p. 2059-2042.

76. Gelinas R.E., Mayer P.A., Roberts R.J. Two sequence-specific endonucleases from Moraxella bovis. J.Mol. Biol.,1977, vol. 114-, p.169-180.

77. George J., Chirikjian J.G. Biospecific fractionation matricks for sequence specific endonuclease. Nucl. Acids Res.,1978, vol. 5, N 7, p.2223-2232.

78. George J., Chirikjian J.G. Sequence-specific endonuclease Bam HI: relaxaition of sequence recognition. Proc. Natl. Acad. Sci. (USA)1,9vol. 79, p.24-32-24-36.

79. George J., Blakesley R.W., Chirikjian J.G. Sequence-specific endonuclease Bam HI. Effection hydrophobic reagentson sequence recognition and catalyses. J.Biol. Chem., vol.255, p. 6521-6524-.

80. Glover S.W. Functional analysis of host-specificity mutants in E.coii. Genet. Res., 1970, vol. 15, p. 237-24-5.

81. Goff S.P., Rambach A. Sst I: a restriction endonuclease from Streptomyces sp. Stanford. Gene, 1978, vol. 13, p. 347-352.

82. Goppelt M. Restriktionsendonuclease Eco RI. Spezifitat ihrer wechselwirkung mit oligonucleotiden. Diss. Dokt.Natur-' wiss. Fak. Math. Naturwiss. Univ.Hannover, 1979 ii, Ю1 s., i II

83. Gratia A. Des relations numereux entre bacterie lyso-gen et particules de bacteriophage. Ann. Inst. Pasteur, 1936,vol. 57, p. 652-657.

84. Gromkova R., Goodgal S.H. Action of Haemophilus endo-deoxyribonuclease on biologically active deoxyribonucleic acid. J.Bacteriol., 1972, vol. 109, p. 987.

85. Guinee P.A.M., Willems H.M. Restriction and modification of phage Ф7 and lambda by R-factors. Ant. van Leuwen., 1963, vol. 33, p. 397-406.

86. Hadi S.M., Yuau R. ATP hydrolysis by restriction endonuclease from E.coii E. Nature New Biol., 1972, vol. 240,1. N 97, p. 42.

87. Hadi S.M., Yuan R. Complementation in vitro by mutant restriction enzymes from E.coii K. J.Biol. Chem., 1974-,vol. 24-9, p. 4-580-4-586.

88. Hadi S.M., Bickle T.A., Yuan R. The role of S-adeno-sylmethionine in the cleavage of deoxyribonucleic acid by the restriction endonuclease from E.coii K. J.Biol. Chem., 1975, vol. 250, p.4-159-4-164-.

89. Half or d S.E., Johnson N.P., Grinsted J. The reactions of the Eco RI and other restriction endonucleases. Biochem. J., 1979, vol. 179, p.353-365.

90. Hattmann S. Plasmid-controlled variation in the content of methylated basis in bacteriophage lambda deoxyribonucleic acid. J."Virol., 1972, vol. 10, p. 356-361.

91. Heininger К., Horz W., Zachau H.G. Specificity of cleavage by a restriction nuclease from Bacillus subtilis. -Gene, 1977, vol. 1, N 5-6, p. 291-303.

92. Hinsch В., Kula M.-R. Physical and Kinetic properties of the site specificendonuclease Bam HI from Bacillus amylo-liquefaciens. Nucl. Acids Res., 1980, vol. 8, p. 623-633.

93. Hinsch В., Mayer H., Kula M.-R. Binding of non-substrate nucleotides to a restriction endonuclease: a model for the interaction of Bam HI with its recognition sequence. -Nucl. Acids Res., 1980, vol. 8, p.254-7-2539.

94. Holmes R.K., Barksdale L. Comparative studies with tox+ and tox"" corynebacteriophages. J.of Virology, 1970, vol. 5, N 6, p. 783-794.

95. Hughes S.G., Murray K. The nucleotide sequence recognized by endonucleases Ava I and Ava II from Anabaena variabilis. -Biochem. J., 1980, vol. 185, p.65-73.

96. Hughes S.G., Bruce Т., Murray K. The isolation and characterization of a sequence-specific endonuclease from Anabaena subcylindric a. Biochem. J., 1980, vol. 185, P« 59-63.

97. Host-controlled restriction and modification enzymes of Escherichia coli B. Fed. Proc., 1974, vol. 33, N 5, p.1128--1134.

98. Host-dependent modification of bacteriophage T7 and SMase negative T3 derivatives affecting their adsorptionability. / Kriiger D., Hansen S., Schorder C. et al. Mol. Gen. Genet., 1977, vol. 153, p.107-110.

99. Isolation and characterization of two sequence-specific endonucleases from Anabaena variabilis. /Murray K.H., Hughes S.G., Brown J.S. et al. Biochem. J., 1976, vol. 159, p.317-322.125» lida s. et al. Персон, сообщение, цит. ПО Yuan ,1981.

100. Kaiser A.D., Hoghess D.S. The transformation of Escherichia coli with deoxyribonucleic acid, isolated from bacteriophage Я dg. J.Mol. Biol., 1960, vol. 2, N 2, p. 329-415.

101. Kauc L., Piekarowic A. Purification and properties of a new restriction endonuclease from Haemophilus influenzae Re. Eur. J. Biochem., 1978, vol. 92, p. 417-426.

102. Kelley Т., Smith H.O. A restriction enzyme from Haemophilus influenzae. II. Base sequence of the recognition site. -J.Mol. Biol., 1970, vol. 51, p. 393-410.

103. Kimball M., Linn S. The release of oligonucleotides by E.coii В restriction endonuclease. Biochem. Biophys. Res. Comm., 1976, vol. 68, p.585-590.

104. Kunkel L., Silberklang M., McCarthy B. A third restriction endonuclease from Xanthomonas malvacearum. J.Mol.Biol.,1979, vol. 132, p. 133-139.

105. Kinetic studies of the cleavage of adenovirus ША by restriction endonuclease Eco RI./Forsblom N., Rigler P., Ehren-berg M. et al. Nucl. Acids Res., 1976, vol. 3, p.3255-3269.

106. Lacks S.A. Purification and properties of the complementary endonucleases Dpn I and Dpn II. Methods in Enzymol.,1980, vol. 65, p. 138-146.

107. Laemmli U.K. Cleavage of structural proteins during the assembly of the heard of bacteriophage T4. Nature, 1970, vol. 227, p. 680.

108. Lautenberger J.A., Linn S. The deoxyribonucleic modification and restriction enzymes of E.coii В. I. Purification, subunit structure and catalitic properties of the modification methylase. J. Biol. Chem., 1972, vol. 247, p.6176-6186.

109. Lederberg S. Genetics of host-controlled modification of DNA in E.coii. J.Bacteriol., 1966, vol. 91, p.125-132.

110. Lee J.H., Chirikjian J.G. Sequence-specific endonuclease Bgl I. Modification of lysine and arginine residues of the homogenous enzyme. J.Biol. Chem., 1979, vol. 254, N 15,p. 6838-6841.

111. Linn S.E., Arber W. Host specifity of DNA produced by Escherichia coli. In vitro restriction of phage fd replicative form. Proc. Natl. Acad. Sci. (USA), 1968, vol. 59, p.1300--1306.

112. Luria S.E. Host induced modification of bacteriophage viruses. Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol., vol. 18,1953, p. 237-244.

113. Luria S., Human M. A nonheriditary host-induced variation of bacterial viruses. J.Bacteriol., 1952, vol. 64, p.557--569.

114. Maniatis Т., Eritsch E.F., Sambrook J. Restriction endonucleases. Inj Molecular cloning. A Laboratory Manual, 1982, Cold Spring Harbor, p. 97-107.

115. Mann M.B., Rao R.N., Smith H.O. Cloning of restriction and modification genes in E.coli: the Hha II system from H.hae-molyticus. Gene, 1978, vol. 3, p. 97-112.

116. May M.S., Hattman S. Deoxyribonucleic acid-cytosine methylation by host- and plasmid-controlled enzymes. J.Bacteriol., 1975, vol. 122, p.129-138.

117. May M.S., Hattman S. Analysis of bacteriophage deoxyribonucleic acid sequence methylated by host- and R-factor-controlled enzymes. J.Bacteriol., 1975, vol. 123, p. 768-770.

118. Mayer H. Optimization of the Eco Ri'activity of Eco RI endonuclease. Pebs Lett., 1978, vol. 90, N 2, p. 341-344.

119. Mayer H., Reichenbach H. Restriction endonucleases: general survey procedure and survey of gliding bacteria. -J.Bacteriol., 1978, vol. 136, p. 708-713.

120. Maxam A.M., Gilbert W. Sequencing end-labeled DNA with base-specific chemical cleavages. Methods in Enzymol., 1980 , vol. 65, p. 499-560.

121. Maxwell A., Halford S.E. The Sal GI restriction endonuclease. Purification and properties. Biochem. J., 1982, vol. 203, p.77-84.

122. McOonnell D.J., Searcy D.G., Sutcliff J. A restriction enzyme Tha I from the thermophilic mycoplasma Thermoplasma aci-dophilum. Nucl. Acids Res., 1978, vol. 5, N 6, p. 1729-1739.

123. Mertz J.E., Davis R.VI, Cleavage of DNA by RI restriction endonuclease generates cohesive ends. Proc. Natl. Acad. Sci. (USA), 1972, vol. 69, p.3370-3374.

124. Meselson M., Yuan R. DNA restriction enzyme from Escherichia coli. Nature, 1968, vol. 217, p. 1110-1114 .

125. Meselson M., Yuan R., Heywood Y. Restriction and modification of DNA. Annu. Rev. Biochem., 1972, vol. 41, p. 447-475.

126. Miller J. Experiments in Molecular genetic. Cold Spring Harbor Laboratory, 1972.

127. Modrich P. Structure and mechanizms of DNA restriction and modification enzymes. Quarterly Rev. of Biophysics, 1979, vol. 12, N 3, P.315-369.

128. Modrich P., Zabel D. Eco RI endonuclease: physical and catalitic properties of the homogenous enzyme. J. Biol. Chem., 1976, vol. 251, N 19, p.5866-5873.

129. Multiple step in DNA recognition by restriction endonuclease from E.coli K. / Yuan R., Bickle T.A., Ebbers W. et al. Nature, 1975, vol. 256, p. 556-560.

130. Nath K. Effect of sulfhydryl group inhibitors on restriction endonuclease activities. Arch. Biochem. and Bio-phys., 1981, vol. 212, N 2, p. 611-617.

131. Nathans D., Smith H.O. Restriction endonucleases in the analyses and restructuring of DNA molecules. Ann. Rev. Biochem., 1975, vol. 44, p. 273-293.

132. Nover properties of a rectriction endonuclease isolated from Haemophilus parahaemolyticus. Proc. Natl. Acad. Sci. (USA), 1976, vol. 73, N 2, p.293-297.

133. Oclioa J.L. Hydrophobic (interaction) chromatography. Biochemie, 1978, vol. 60, p.1-15.

134. On the mechanizm of the development of multiple drug-resistance clones of Shigella. /Akiba T., Koyame K., Ishiki J. et al. Japan, J.Microbiol., 1960, vol. p. 219.

135. Paigen K., Weinfeld H. Cooperative infection by host-modified lambda phage. Virology, 1963, vol. 19, N 4, p.565--572.

136. Petruska Y., Horn D. Sequence-specific responses of restriction endonucleases to bromdeoxyuridin substitution in mammalian DNA. Nucl. Acids Res., 1983, vol. 11, N 8, p.2495-25Ю.

137. Piekarowicz A. Hine I is an isoshizomer of Hinf III restriction endonuclease. J.Mol. Biol., 1982, vol. 157, N 2, p. 373-381.

138. Pirrotta V., Bickle T.A. General purification schemes for restriction endonucleases. Methods in Enzymol., 1980, vol. 65, part I, p. 89-95.

139. Pugatsch Т., Weber H. A thermostable, sequence-specific restriction endonuclease from Bacillus stearothermophilus: Bst PI. Nucl. Acids Res., 1979, vol. 7, N 6, p.1429-1444.

140. Protein measurement with the folin phenol reagent. / /Lowry O.H., Resenbrough N.G., Parr A.L. et al. J.Biol.Chem., 1951, vol. 193, N1, p.265-268.

141. Ravetch J.V., Horiuchi K., Zinder N.D. Nucleotide sequence of the recognition site for the restriction-modification enzyme of Escherichia coli B. Proc. Natl. Acad. Sci. (USA), 1978, vol. 75, p. 2266-2270.

142. Reddy V.B., Thimappaya В., Dhar R. et al. The genome of simian virus 40. Science, 1978, vol. 200, p. 494-502.

143. Reizer J., Yuan R. Purification and properties of the P15 specific restriction endonuclease from E.coii. J.Biol. Chem., 1977, vol. 252, p.451-456.

144. Roberts R.J. Restriction endonucleases. CRC Crit. Rev. Biochem., 1976, vol. 11, p.123-164.

145. Roberts R.J. Restriction and modification enzymes and their recognition sequences. Nucl. Acids Res., 1982, vol. 10, N 5, г 117-r 144.

146. Roberts R.J. Restriction and modification enzymes and their recognition sequence. Nucl. Acids Res., 1983» vol. 11,1. N 1, r135-r166.

147. Rosner J.L. Modification deficient mutants of bacteriophage PI. I. Rectriction by Et cryptic lysogens. Virology, 1973, vol. 52, p.213-222.

148. Roulland-Duss oix D., Arber W. Host specificity of DNA produced by E.coli. II. Control over acceptance of DNA from infection by phage Л . J.Mol.Biol., 1962, vol. 5, p.37-49.

149. Roulland-Dussoix D., Boyer H.W. The Escherichia coli В restriction endonuclease. Biochem. Biochys. Acta, 1969, v.195, p. 219-229.

150. Rubin R.A., Modrich P. Purification and properties of Eco RI endonuclease. Methods in Enzymol., 1980, vol.65, p.96--104.

151. Rapid DNA isolation for enzymatic and hybridization analysis. /Davis R.W., Thomas M., Cameron J. et al. Methods in Enzymol., 1980, vol. 65, p.404-411.

152. Recognition site of Escherichia coli В restriction enzyme on 0XSBI and simian virus 40 DNA: an interrupted sequence. /Lautenberger J.A., Kan N.C., Lackey D. et al. Proc. Natl. Acad. Sci. (USA), 1978, vol. 75, p. 2271-2275.

153. Restriction and. modification of a self-complementary octanucleotide containing the Eco RI substrate. / Green P., Poonian M., Nussbaum A. et al., J. Mol. Biol., 1975, vol.99 , p. 237-261.

154. Restriction endonuclease В and f1 heteroduplex DNA./ Vovis G.P., Horiuchi K., Hartman N.E. et al. Nature New Biol., 1973, vol. 246, p. 13-16.

155. Restriction endonuclease Еса I from Enterobacter cloacae. /Hobom G., Schwarz E., Melzer M. et al. Nucl. Acids. Res., 1981, vol. 9, N 19, p.4823-4832.

156. Sain В., Murray N.E. The hsd (Host specificity) genes of E.coii K12. Mol.Gen.Genet., 1980, vol. 180, p.35-46.

157. Sato S., Hatchinson C.A.III, Harris J.I. A thermostable sequence-specific endonuclease from Thermus aquaticus.- Proc. Natl. Acad. Sci. (USA), 1977, vol. 74, N 2, p.542-546.

158. Schlagman S., Hattman S. Mutants of the N-3 factor conditionally defective in hsp II modification and deoxyribonucleic acid cytosine methylase activity. J.Bacteriol., 1974, vol. 120, p.234-239.

159. Schlagman S., Hattman S. Molecular cloning of a functional dam+ gene coding for phage T4 DNA adenine methylase. -Gene, 1983, vol. 22, N 2, p.139-156.

160. Schleif R. Assaing of organizms for the presence of restriction endonucleases. Methods in Enzymol., 1980, vol.65, part I, p.19-23.

161. Shaltiel S., Er-El Z. Hydrophobic chromathography use for purification of glycogen synthetase. Proc.Nucl. Acids Res. (USA), 1973, vol. 70, N 3, p. 778-781.

162. Sharp P.A., Sugden В., Sambroot J. Detection of two restriction endonuclease activities in Haemophilus parainfluenzae using analitical agarose-ethidiumbromide electrophoresis.- Biochemistry, 1973, vol. 12, p.3055-3066.

163. Shater K.P., Wilde L.C. Restriction of a Bacteriophage of Streptomyces albus G involving endonuclease Sal I. J.of Bacterid., 1976, vol. 128, N 2, p.644-650.

164. Shinomiya Т., Sato S. A site specific endonuclease from Thermus thermophilus 111, Tth 111. Nucl. Acids Res., 1980, vol. 8, N 1, p.43-56.

165. Shortle D. A genetic system for analysis of staphylococcal nuclease. Gene, 1983, vol. 22, N 2-3, p.181-189.

166. Smith L.A., Chirikjian J.G. Purification and characterization of the sequence specific endonuclease Bam HI. -J.Biol. Chem., 1979, vol. 254, N4, p.1003-1006.

167. Smith H.O., Nathans D. A suggested nomenclature for bacterial host modification and restriction systems and their enzymes. J.Mol.Biol., 1973, vol. 81, p.419-423.

168. Smith H.O., Wilcox K.W. A restriction enzyme from Haemophilus influenzae. I. Purification and general properties. J.Mol.Biol., 1970, vol. 51, p.379-391.

169. Smith D.L., Blattner P.R., Davies J. The isolation and partial characterization of a new restriction endonuclease from Providencia stuartii. Nucl. Acids Res., 1976, vol.3,1. N 2, p.343-353.

170. Sutcliff J.G. Complete nucleotide sequence of the Escherichia coli plasmid pBR 322. In: "Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol.", 1979, vol. 43, p.77-90.

171. ScrFI: a new sequence-specific endonuclease from Streptococcus cremoris./ Fitzgerald G.F., Daly C., Brown L. -Nucl. Acids Res., 1982, vol. 10, N 24, p. 8171-8179.

172. Site specific endonuclease from Fusobacterium nuclea-tum. /Lui A.C.P., Mc Bride B.C., Vovis G.F. et al. Nucl. Acids Res., 1979, vol. 6, N 1, p.1-15.

173. Specificity of substrate recognition by the Eco RI restriction endonuclease./Polisky В., Greene P., Garfin D.E. et al. Proc. Natl.Acad. Sci. (USA), 1975, vol.72, р.ЗЗЮ--3314.

174. Studies on inheritance of drug resistance between Shigella strains and Escherichia coli strains./Ochiai K., Yamanaka T., Kimura E. et al. Nippon Iji Shimpo, 1959, N1861, p. 54-46.

175. Studies on the nature of plasmids arising from conjugation in the human gastrointestinal tract./Anderson J.D., Ingram L.G., Richmond M.H. et al. J.Med.Micro, 1973, vol.6,p. 475-486.

176. Takano Т., Watanabe Т., Fukasawa T. Mechanism for host-controlled restriction of bacteriophage A by R-factors in Escherichia coli E12. Virology, 1968, vol. 34, p.290-302.

177. Thomas M., Davis R.W. Studies on the cleavage of bacteriophage lambda DNA with Eco RI restriction endonuclease. -J.Mol.Biol., 1975, vol. 91, p.315-328.

178. The enzymatic methylation of RITA and DNA. V. Bacteriophage T3 induced S-adenosylmethionine cleavage./Jefter M., Hausman R., Gold M. et al. - J.Biol.Chem., 1966, vol.241,p. 1995-2006.

179. The host specificity system in Escherichia coli CK cells./Nikolskaya I.I., Lopatina N.G., Chaplygina N.M. et al.--Mol. Cell.Biochem., 1976, vol. 13, p.79-87.

180. Two identical subunits of the Eco RI restriction endonuclease co-operate in the binding and cleavage of the palindromic substrate./ Alves I., Pingoud A., Langowski J. et al. Eur. J.Biochem., 1982, vol. 124, p.139-142.

181. The interaction of the Eco RI restriction endonuclease with its substrate./ Goppelt M., Pingoud A., Maass G. et al. Eur. J. Biochem., 1980, vol. 104, p.101-108.

182. The location of the genes for host controlled modification and restriction in E.coli./ Colson C., Glover S.W., Symmonds N. et al. Genetica, 1965, vol. 52, p.1043-1050.

183. Two new restriction endonucleases from Proteus vulgaris. /Gingeras T.R., Greenough L., Shildkraut I. et al. Nucl. Acids Res., 1981, vol. 9, N 18, p.4525-4536.

184. The nucleotide sequence recognized by the Escherichia coli K12 restriction and modification enzymes. /Kan N.C., Lau-tenberger J.A., Edgell M.H. et al. J.Mol.Biol., 1979, vol.130, p, 191-209.

185. Waalwijk C., Flavell R.A. Msp I, an isoshizomer of Нра II which cleaves both unmethylated and methylated Hpa II sites. Nucl. Acids Res., 1978, vol. 5, N 9, p.3231-3236.

186. Wilson G.A., Young F.E. Isolation of a sequence-specific endonuclease (Bam HI) from Bacillus amyloliquefaciens H. -J.Mol.Biol., 1975, vol. 97, p. 123-125.

187. Wilson G.A., Young F.E. Purification and properties of the Bam HI endonuclease.- Methods in Enzymol., 1980, vol. 65, p. 147-153.

188. Woodbury C.P., Hagenbuchle 0., Von Hippel P.H. DNA site recognition and reduced specificity of the Eco RI endonuclease. J.Biol.Chem., 1980, vol. 255, p. 11534-11546.

189. Wu R., King C.T., Jay E. A new sequence-specific endonuclease from Streptococcus faecalis. Gene, 1978, vol. 4,p. 329-336.

190. Yoshikawa M., Akiba T. Studies on transferable drug resistance in bacteria. IV. Suppression of plaque formation of phages by the resistance factor. Japan J.Microbiol., 1962, vol. 6, p.121-132.

191. Yoshimori R. A genetic and biochemical analysis of the restriction and modification of DNA by resistance transfer factors. PhD thesis. Univ.Calif., San Francisco, 1971, 73 p.p.

192. Yoshimori R., Roulland-Dussoix D., Boyer H. R factor-controlled restriction and modification of deoxyribonucleicacid: restriction mutants. J.Bacteriol., 1972, vol.112, p. 1275-1279.

193. Yuan R. Structure and mechanism of multifunctional restriction endonucleases. Ann. Rev. Biochem., 1981, vol. 50, p. 285-315.