Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему

Разработка флуоресцентной системы поиска блокаторов потенциал-чувствительных калиевых каналов семейства Kv1

ВАК РФ 03.01.02, Биофизика

Автореферат диссертации по теме "Разработка флуоресцентной системы поиска блокаторов потенциал-чувствительных калиевых каналов семейства Kv1"

На правах рукописи

Кудряшова Ксения Сергеевна

РАЗРАБОТКА ФЛУОРЕСЦЕНТНОЙ СИСТЕМЫ ПОИСКА БЛОКАТОРОВ ПОТЕНЦИАЛ-ЧУВСТВИТЕЛЬНЫХ КАЛИЕВЫХ КАНАЛОВ СЕМЕЙСТВА Ку1

Специальность 03.01.02. - "биофизика"

АВТОРЕФЕРАТ диссертации на соискание ученой степени кандидата биологических наук

005558621

5 ^оЗ 2015

Москва 2015

005558621

Работа выполнена на кафедре биоинженерии Биологического факультета Федерального государственного бюджетного образовательного учреждения высшего образования «Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова»

Научный руководитель: Феофанов Алексей Валерьевич,

доктор биологических наук, заведующий лабораторией оптической микроскопии и спектроскопии биомолекул ИБХ РАН,

профессор кафедры биоинженерии Биологического факультета МГУ имени М.В. Ломоносова

Официальные оппоненты: Сурин Александр Михайлович,

доктор биологических наук, ведущий научный сотрудник,

Федеральное государственное бюджетное учреждение «Научно исследовательский институт общей патологии и патофизиологии» Российской академии медицинских наук, лаборатория патологии ионного транспорта и внутриклеточной сигнализации

Камнев Александр Анатольевич,

доктор химических наук, ведущий научный сотрудник, профессор, Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт биохимии и физиологии растений и микроорганизмов Российской академии наук (офиц. сокращ. -ИБФРМ РАН), лаборатория биохимии

Ведущая организация:

Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт биохимии им. А.Н. Баха Российской академии наук

Защита диссертации состоится «26» февраля 2015 года в _ часов на заседании

диссертационного совета Д 501.001.96 Биологического факультета Московского Государственного университета им. М.В. Ломоносова по адресу: 119234, Москва, Ленинские горы, д. 1, стр.73, аудитория "Новая".

С диссертацией можно ознакомиться в научной библиотеке Московского Государственного университета им. М.В. Ломоносова.

Автореферат разослан «¿2/» ^ -)_ 2014 года.

Ученый секретарь диссертационного совета, доктор биологических наук

М.Г. Страховская

ОБЩАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА РАБОТЫ

Актуальность проблемы. Проблема связи структуры и функции белков и их комплексов имеет множество аспектов. Одним из актуальных направлений современной биофизики является изучение структуры и свойств ионных каналов и их комплексов с блокаторами.

В диссертации рассматриваются потенциал-чувствительные калиевые каналы семейства Kvl - порообразующие транспортные белки, которые регулируют проницаемость мембраны для ионов калия в ответ на изменение мембранного потенциала. Каналы семейства Kvl широко представлены в организме человека и выполняют разнообразные функции, включая поддержание потенциала покоя в невозбудимых клетках, частоту потенциала действия в возбудимых клетках, а также участвуют в кальциевой сигнализации, регуляции объема, секреции, пролиферации и миграции клеток. Неудивительно, что обнаружено множество заболеваний, связанных с нарушениями структуры и нормального функционирования каналов Kvl.

Так, например, канал Kvl.l экспрессируется в клетках центральной нервной системы, мутации канала ассоциированы с нейрональными отклонениями. Канал Kvl.6 присутствует в легочной артерии, а его пониженная экспрессия — один из симптомов легочной гипертензии. Канал Kvl.3 типичен для клеток иммунной системы. Показано, что экспрессия канала Kvl.3 в мембране Т-лимфоцитов возрастает у больных аутоиммунными заболеваниями, астмой, пародонтозом. Блокаторы канала Kvl.3, подавляют Т-клеточную пролиферацию и препятствуют развитию симптомов перечисленных заболеваний. Примечательно, что наблюдаемый положительный эффект не сопровождается нарушениями работы иммунной системы в целом, поскольку мишенью действия блокаторов является только узкая субпопуляция Т-клеток, экспрессирующих канал Kvl.3.

Необходимость совершенствования молекулярных инструментов изучения функционирования и физиологической роли Kvl-каналов в норме и патологии, а также их терапевтическая значимость делают актуальной разработку новых биофизических методов и подходов, обеспечивающих удобный направленный поиск высокоаффинных и селективных модуляторов этих каналов. Традиционно взаимодействие лигандов с ионными каналами исследуют при помощи электрофизиологического (технология patch-clamp) и радиолигандного методов анализа. Электрофизиологический метод по праву считается "золотым стандартом" изучения работы ионных каналов. На основе этого метода созданы высокопроизводительные системы скрининга, по они дороги и имеют ряд ограничений для использования. Радиолигандный метод позволяет выявить и количественно оценить связывание лигандов с различными рецепторами, но требует особых условий работы с радиоактивными материалами. Современная безопасная альтернатива традиционным методам — это флуоресцентные методы анализа.

Информативность флуоресцентных методов изучения каналов семейства Kvl была продемонстрирована с применением методов проточной цитометрии, флуоресцентной микроскопии одиночных молекул и оценки изменения мембранного потенциала с помощью флуоресцентных красителей в планшетном формате. Новые уникальные возможности открывает комбинированное применение современных методов флуоресцентной микроскопии и клеточной биоинженерии, но эти технологии применительно к Kvl-каналам пока практически не разработаны.

1

Цели и задачи работы. Цель работы заключалась в разработке клеточных систем для поиска и изучения лигандов потенциал-чувствительных калиевых каналов семейства Kvl. Для достижения данной цели были поставлены следующие задачи:

1) Разработать на основе флуоресцентной лазерной сканирующей конфокальной микроскопии (JICKM) методику анализа взаимодействий лигандов калиевых каналов Kvl.x с гибридными белками KcsA-Kvl.x в составе мембраны сферопластов E.coli с возможностью измерения констант диссоциации комплексов.

2) Разработать состав клеточных систем для поиска и изучения лигандов каналов Kvl.x (х=1,3,6) и протоколы подготовки их компонентов к измерениям.

3) Охарактеризовать специфичность взаимодействия клеточных систем с известными лигандами каналов Kvl.x (х=1,3,6), измерив константы диссоциации образующихся комплексов.

4) Апробировать разработанные клеточные системы с гибридными белками KcsA-Kvl.x (х=1,3,6) для поиска высокоаффинных пептидных лигандов Kvl-каналов в ядах животных.

5) Провести анализ структурных особенностей, определяющих функционально важную избирательность и высокую аффинность взаимодействия пептидных лигандов с гибридными белками KcsA-Kvl.x (х=1,3,6).

Научная новизна. Разработанные в диссертации методики являются оригинальными, а все результаты исследований получены впервые.

На основе современных биофизических методов анализа и методов биоинженерии разработаны оригинальные клеточные системы для поиска и исследования лигандов каналов Kvl.x (х=1,3,6), а также методики измерения констант комплексообразования этих лигандов.

Установлена роль межмолекулярных взаимодействий с участием конкретных функциональных групп при связывании пептидных лигандов с участком 85-Р-линкера каналов Kvl.x (х=1,3,6).

Клеточные системы были применены для поиска новых Kvl-лигандов в цельных ядах животных. В ядах змей 3 видов впервые установлено присутствие компонентов, способных связываться с поровой частью каналов Kvl.l и Kvl.3. В яде скорпиона Н. laoticus впервые найден хетлаксин, пептидный лиганд Kvl.3 канала с активностью в наномолярном диапазоне концентраций. В яде скорпиона В. eupeits обнаружено 6 новых блокаторов каналов Kvl в дополнение к 3 опубликованным ранее в литературе. Впервые дана количественная оценка функциональной активности ряда новых токсинов.

Практическая значимость. Разработанные методы анализа и клеточные системы могут быть использованы в различных биофизических исследовательских лабораториях и фармакологических компаниях для поиска и изучения свойств лигандов эукариотических калиевых каналов семейства Kvl. Они являются простой и удобной альтернативой более трудоемкому методу patch-clamp и небезопасному методу радиолигандного анализа. В комбинации с планшетными технологиями и автоматизированным анализом разработанные клеточные системы применимы для высокопроизводительного скрининга соединений.

Новые клеточные системы активно используются на практике в исследованиях компонентов ядов животных, проводимых лабораторией нейрорецепторов и нейрорегуляторов ИБХ РАН и лабораторией молекулярной токсинологии ИБХ РАН.

Высокоспецифичные лиганды Ку1-каналов, обнаруженные с помощью разработанных клеточных систем, могут быть использованы как новые молекулярные инструменты исследования функциональной роли каналов Ку1.х, структурно-функциональных особенностей блокаторов этих каналов, а также, как компоненты библиотеки лигандов при разработке лекарственных средств для лечения ряда аутоиммунных заболеваний.

Апробация работы. Результаты работы были представлены на I международной научно-практической конференции «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине» (Москва, 2010); научной конференции по биоорганической химии и биотехнологии "X чтения памяти академика Юрия Анатольевича Овчинникова" (Москва-Пущино, 2011); IV Съезде биофизиков России (Нижний Новгород, 2012); VI Российском симпозиуме «Белки и пептиды» (Уфа, 2013); 38-ом Конгрессе Федерации европейских биохимических обществ (Санкт-Петербург, 2013); 9-ом Европейском биофизическом конгрессе (Лиссабон, Португалия, 2013); международной конференции по биоорганической химии, биотехнологии и бионанотехнологии, посвященной 55-летию Института биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова Российской академии наук и 80-летию со дня рождения академика Ю.А. Овчинникова (Москва, 2014).

Публикации. По материалам диссертации опубликовано 10 печатных работ, включая 3 статьи в рецензируемых научных журналах.

Структура и объем диссертации. Диссертация состоит из введения, трех глав и заключения. Список цитированной литературы содержит 210 наименований. Работа изложена на 142 страницах и содержит 8 таблиц и 38 рисунков.

ОСНОВНОЕ СОДЕРЖАНИЕ РАБОТЫ

В первой главе представлен обзор литературы, посвященный трем основным темам: 1) особенностям строения и функционирования каналов семейства Ку1; 2) характеристикам основных групп блокаторов каналов (пептидной и не пептидной природы); 3) биофизическим методам поиска и исследования новых блокаторов.

В обзоре литературы показано, что несмотря на успехи в развитии биофизических методов изучения лигандов мембранных белков и, в частности, ионных каналов, поиск новых блокаторов Ку1-каналов и анализ лиганд-рецепторных взаимодействий остается сложной научной задачей. Актуальность этой задачи определяется участием каналов Ку1 в патогенезе целого ряда аутоиммунных, метаболических и нейрофизиологических заболеваний.

Из анализа литературы следует, что модуляторы работы каналов присутствуют в различных природных субстанциях растительного и животного происхождения, а также могут быть синтезированы искусственным путем. Наиболее активными и высокоспецифичными лигандами каналов Ку1 являются лиганды пептидной природы,

и в настоящее время их рассматривают в качестве потенциальных терапевтических средств нового поколения.

Во второй главе перечислены применявшиеся в работе реактивы, описаны составы растворов, приведены протоколы подготовки образцов к измерениям.

Клонирование и экспрессия гибридных белков KcsA-Kvl.x (х=1,3,6)

Плазмидные ДНК, содержащие гены белков KcsA-Kvl.x (х=1,3,6), были получены к.б.н. О.В. Некрасовой (группа нанобиоинженерии ИБХ РАН). Для определения оптимальных условий экспрессии гибридных белков в штамме Е. coli BL21(DE3) варьировали параметры: состав культуральной среды, концентрацию индуктора (ИПТГ), температуру и время выращивания. Уровень экспрессии белка детектировали путем разделения белков клеточного лизата электрофорезом в денатурирующем 13,5% полиакриламидном геле (ДСН-ПААГ) по методу Лэммли.

Приготовление сферопластов из клеток Е. coli

Клетки Е. coli обрабатывали раствором лизоцима (10 мкг/мл) в буфере 10 мМ Трис-HCl, pH 8, 0,5 M сахарозы в течение 7 мин, разбавляли в 2 раза буфером 10 мМ Трис-HCl, pH 8, 0,6 мМ ЭДТА, инкубировали еще 15-17 мин и добавляли MgCl2 (10 мМ).

Подготовка образцов для измерения констант диссоциации комплексов лигандов с KcsA-Kvl.x (х=1,3,6) в составе мембраны сферопластов

Суспензию сферопластов разбавляли в буфере состава 50 мМ Трис-HCl, pH 7,5, 0,25 M сахароза, 0,3 мМ ЭДТА, 4 мМ KCl, 50 мМ NaCl, 10 мМ MgCl2, 0,1% БСА и инкубировали с исследуемыми компонентами 1 ч при 20-23°С. Клетки осаждали центрифугированием на стеклянное дно специальных микро-кювет и переносили под микроскоп для анализа.

При измерении константы связывания гибридных белков с R-AgTx2 сферопласты инкубировали с возрастающей концентраций R-AgTx2. При измерении кажущихся констант диссоциации (Кар) немеченых лигандов сферопласты инкубировали с фиксированной концентрацией R-AgTx2 и возрастающей концентрацией лигандов.

Методика поиска лигандов каналов Kvl.x в ядах животных

Сферопласты смешивали с R-AgTx2 и растворенными в воде навесками ядов (или их фракций) и анализировали способность компонентов ядов конкурировать с R-AgTx2 за связывание с KcsA-Kvl.x (х=1,3,6). В качестве положительного контроля использовали конкурентное вытеснение R-AgTx2 из комплексов с KcsA-Kvl.x немеченными Kvl-лигандами AgTx2 или OSK1. В качестве отрицательного контроля вместо ядов или их компонентов к сферопластам добавляли эквивалентное количество воды.

Цельные яды 19 видов пауков, 6 видов скорпионов и секрет жабы были предоставлены для исследований коллегами из Лаборатории нейрорецепторов и нейрорегуляторов ИБХ РАН.

Яд скорпиона Heterometrus laotiens и змей 7 видов были предоставлены д.х.н. Ю.Б. Уткиным (лаборатория молекулярной токсинологии ИБХ РАН)

Измерения методом конфокальной микроскопии и анализ данных

Изображения зон образца размером 146x146 мкм получали с использованием лазерного сканирующего конфокального микроскопа LSM710 МЕТА (Zeiss, Германия) и 63-кратного масляно-иммерсионного объектива a Plan-Apochromat с числовой апертурой 1,46. Полученные флуоресцентные изображения обрабатывали при помощи программы ImageJ (National Intsitute of Health, США). Определяли среднюю по площади клетки интенсивность флуоресценции, которая пропорциональна количеству R-AgTx2 в комплексах с гибридными белками на поверхности сферопластов. С использованием выборки данных, полученных не менее, чем от 120 клеток, для каждого измерения с учетом нормировки на мощность лазера рассчитывали среднюю интенсивность флуоресценции R-AgTx2 на мембране клеток 1ср и стандартное отклонение этого значения.

Третья глава содержит изложение и обсуждение результатов исследования.

Схема работы клеточных систем для поиска и изучения блокаторов Kvl-каналов включает следующие основные этапы (рис. 1): (1) экспрессию гибридных белков KcsA-Kvl.x (х=1,3,6) в составе мембраны бактерий Е. coli; (2) приготовление сферопластов из клеток Е. coli путем удаления клеточной стенки без повреждения мембраны; (3) измерение концентрационной зависимости связывания флуоресцентно-меченного лиганда R-AgTx2 с гибридными белками KcsA-Kvl.x (х=1,3,6) на поверхности сферопластов с целью определения констант диссоциации комплексов R-AgTx2 с KcsA-Kvl.x (х=1,3,6); (4) измерение концентрационной зависимости конкурентного связывания флуоресцентно-меченного лиганда R-AgTx2 и исследуемого соединения с гибридными белками KcsA-Kvl.x (х=1,3,6) на поверхности сферопластов с целью подтверждения способности данного соединения связываться с K.csA-Kvl.x и определения аффинности этих взаимодействий.

плазмида

Е. coli

10 -9 -8 -7 Ig [меченный лиганд]

Связывание меченного лиганда

Конкурентное связывание меченного

и немеченного лигандов к

§ 300т

10 -8 -6 1д [немеченный лиганд]

Рис. 1. Общая схема методики анализа взаимодействий лигандов каналов Ку1.х (х=1,3,6) с гибридными белками Кс8А-Ку1.х (х=1,3,6) в составе мембраны сферопластов на примере белка Кс$А-Ку1.3.

Разрабатываемые клеточные системы включают в себя: (1) компоненты системы (клетки, экспрессирующие KcsA-Kvl.x (х=1,3,6), раствор для приготовления сферопластов, буфер для проведения измерений, флуоресцентно-меченный лиганд); (2) протоколы приготовления сферопластов, подготовки клеток к измерениям и проведения измерений; (3) методику измерения и анализа взаимодействий лигандов с KcsA-Kvl.x (х=1,3,6) в составе клеточной мембраны.

1. Разработка флуоресцентной методики измерения и анализа взаимодействия лигандов с гибридными белками KcsA-Kvl.x (х=1,3,6) на поверхности мембраны сферопластов

Детекция образования комплексов между лигандами и гибридными белками на поверхности сферопластов осуществлялась при помощи метода JICKM. Разработка флуоресцентной методики включала: (1) подбор условий регистрации сигнала от флуоресцентно-меченного лиганда при его связывании с гибридными белками на поверхности сферопластов; (2) создание протокола анализа получаемых изображений для определения количественных характеристик связывания немеченных лигандов по методу конкурентного ингибирования.

1.1. Подбор условии детекции взаимодействия R-AgTx2 с гибридными белками KcsA-Kvl.x (х=1,3,6) в составе мембраны сферопластов методом JICKM

В качестве флуоресцентно-меченного лиганда в работе использовали агитоксин-2 (AgTx2), меченный 5(6)-карбокситетраметилродамином (R-AgTx2). AgTx2 -высокоаффинный блокатор каналов Kvl из яда скорпиона L. quinquestriatus, который связывается с поровой частью канала с наружной стороны мембраны (в соотношении 1:1) и блокирует ионный ток.

В работе показано, что R-AgTx2 эффективно связывается с гибридными белками KcsA-Kvl.x (х=1,3,6) на поверхности сферопластов. При связывании R-AgTx2 с гибридными белками происходит локальное увеличение концентрации R-AgTx2, которое выражается в появлении флуоресценции на поверхности сферопластов (рис. 1). Поверхностная флуоресценция и округлая форма клетки свидетельствуют об интактности мембраны сферопластов и являются контрольным индикатором корректной процедуры их приготовления. При правильной подготовке клеток к измерениям более 96% сферопластов, наблюдаемых в проходящем свете, интенсивно связывают на своей поверхности R-AgTx2. Детектируемого связывания R-AgTx2 со сферопластами, полученными из нетрансформированных клеток Е. coli, а также из клеток, продуцирующих канал KcsA, не являющийся мишенью действия AgTx2, не обнаружено.

При насыщении связывания распределение сферопластов по интенсивности сигнала флуоресценции R-AgTx2, связанного с гибридными белками на мембране, подчиняется нормальному распределению. Следовательно, популяции сферопластов являются однородными по уровню экспрессии белков KcsA-Kvl.x (х=1,3,6) на мембране и средняя по выборке клеток интенсивность флуоресценции R-AgTx2 на мембране клеток 1ср пропорциональна среднему количеству комплексов R-AgTx2 с гибридным белком на мембране сферопластов.

Установлено, что интенсивность флуоресценции R-AgTx2 (!ср) в условиях насыщения связывания при одинаковых условиях инкубации и регистрации изображений убывает в ряду KcsA-Kvl.3>KcsA-Kvl.l>KcsA-Kvl.6. Величина 1ср

6

отражает количество доступных для связывания гибридных белков на мембране. Представленность гибридных белков на мембране в целом согласуется с общим уровнем экспрессии KcsA-Kvl.x (х=1,3,6) в тотальном клеточном лизате, но эффективность встраивания этих белков в мембрану (доля экспрессированного белка, встроившегося в мембрану клеток) заметно снижается в том же ряду: KcsA-Kvl,3»KcsA-Kvl.l>KcsA-Kvl.6. Этот результат отражает необходимость не только оптимизации общего уровня экспрессии целевых мембранных белков в клетках Е. coli, но и тщательного подбора условий, усиливающих встраивание этих белков в мембрану.

1.2. Разработка методики измерения констант диссоциации комплексов лигандов с гибридными белками KcsA-Kvl.x (х=1,3,6)

На первом этапе работы была разработана методика количественной оценки связывания R-AgTx2 с гибридными белками в составе мембраны сферопластов на примере гибридного белка K.csA-Kvl.3.

Для оценки константы диссоциации (KJ) комплексов R-AgTx2 и KcsA-Kvl.3 были измерены зависимости насыщения связывания R-AgTx2 при различных концентрациях сферопластов (и соответственно K.csA-Kvl.3). Результаты представлены в виде зависимости 1ср от концентрации R-AgTx2 (рис. 2а).

(а) (б)

Рис. 2. Зависимости насыщения связывания R-AgT\2 с гибридными белками KcsA-Kvl.3 при различной концентрации сферопластов (а), а также с KcsA-Kvl.l и KcsA-Kvl.6 (б). На вставке приведены результаты, полученные в диапазоне низких концентраций R-AgTx2 (0-1,5 нМ) (а).

Установлено, что экспериментально измеренные зависимости с высокой точностью могут быть описаны в приближении одного центра связывания функцией Хилла при помощи алгоритма нелинейной регрессии по формуле:

MM) = 0Uv* [ЦУ{К„+[Ц) (1),

где /„ах - значение параметра 1ср при насыщении связывания, [L] - концентрация R-AgTx2, Kd - концентрация R-AgTx2, при которой интенсивность сигнала 1ср составляет 50% от Imax.

Применимость формулы (1) для описания экспериментальных данных означает, что взаимодействие между R-AgTx2 и KcsA-Kvl.3 может быть описано выражением:

к„

£ + К ¿Я

(2)

и

к„=т - [ижт - шу{щ

(3).

где [Ц и [¿6] концентрации добавленного и связавшегося Я-А§Тх2, [Л] и [Лй] концентрации добавленного и связавшегося КсбА-КуО соответственно, [ЬЯ] концентрация образовавшихся комплексов.

Выражение (3) может быть преобразовано в (1) при соблюдении условия, что [¿]»[Л] и [1Л]/[Л]=/д,(ТЛР//„т-. Как было показано ранее на один сферопласт приходится порядка 105 копий КсяА-КуЬЗ. Таким образом, условия эксперимента, при котором [Ц варьирует в диапазоне 0,25-10 нМ, а концентрация [Л] равна 0,08, 0,12 или 0,17 нМ не противоречат условию [¿] » [Л]. Совпадение измеренных зависимостей (рис. 2а) при разных концентрациях сферопластов (500-1000 кл/мкл) подтверждает, что титрование проводилось при [¿] » [/?] и поэтому не зависело от [Л].

Важно отметить, что даже при высокой плотности гибридных белков КсвА-КуЬЗ на мембране сферопластов не наблюдается эффекта кооперативности связывания (положительного или отрицательного), что говорит о том, что образование комплексов не влияет на способность соседних гибридных белков связывать лиганды.

В результате проведенных экспериментов была определена константа диссоциации (К^) комплексов Я-А§Тх2 и КсвА-КуГЗ равная 1,4±0,2 нМ. Были 1 измерены зависимости насыщения связывания Я-А§Тх2 с гибридными белками Кс$А-Ку1.х (х=1,6) и аппроксимированы согласно протоколу, разработанному на примере ■ КсзА-Ку1.3 (рис. 26). Значения К« для комплексов R-AgTx2 с КсзА-Ку1.1 и К.с8А-Ку1.6 составили соответственно 3,4±0,9 нМ и 4,7±1,9 нМ.

На втором этапе была разработана методика оценки аффинности немеченных Кл'1-лигандов при измерениях методом конкурентного ингибирования связывания. Были измерены зависимости конкурентного связывания AgTx2 и R-AgTx2 с | гибридными белками К.С5А-Ку1.х (х=1,3,б) (рис. 3).

|д 1С]

I

Рис. 3. Концентрационные зависимости вытеснения R-AgTx2 из комплексов с гибридными белками Кс«А-Ку1.х (х=1,3,6) немеченным лигандом А£Тх2. Концентрация Я^Тх2 - 9,1 нМ (Кс8А-Ку1.1), 4,9 нМ (КсэА-Ку1.3) и 5,5 нМ (Кс8А-К\'1.6). 1С] - концентрация AgTx2, М.

ЗООп

КСЭА-КУ1 .1 А КсзА-КУ1 .3 ■л- КсбА-КУ! .6

0-1-.-.-.-.

-12 -10 -8 -6 -4

8

!

Для определения концентрации AgTx2, которая приводит к вытеснению 50% R-AgTx2 из комплексов с гибридными белками (1Сщ) экспериментальные данные аппроксимировали в приближении одного центра связывания с помощью алгоритма нелинейной регрессии по формуле:

/,^=/т/(1 + 10(lg[c!4s,c'")) (4),

где С - концентрация добавленного лиганда, а /„ численно равна !ip при [С]=0.

Для расчета кажущейся константы диссоциации (Кпр) конкурирующих (немеченых) лигандов использовали уравнение Ченга-Прусова:

Кар = 1С}0/( 1 + [L'yKJ) (5),

где 1С ¡о- концентрация исследуемого лиганда, которая приводит к вытеснению 50% R-AgTx2 из комплексов с KcsA-Kvl.3, [£*] - равновесная концентрация свободного R-AgTx2, которая при выполнении условия [£,,]«[£ ] принимается равной концентрации добавленного R-AgTx2 ([£]).

По сравнению с флуоресцентпо-меченными аналогом AgTx2 связывается с гибридными белками KcsA-Kvl.x (х=3,6) лучше соответственно в 6,7 и 3,9 раз, а с KcsA-Kvl.l хуже в 1,3 раза; сродство к поровой части каналов убывает в ряду KcsA-Kvl.3>KcsA-Kvl.6>KcsA-Kvl.l. Отличия аффинности R-AgTx2 к KcsA-Kvl.x (х=1,3,6) по сравнению с AgTx2 объясняются влиянием введенной флуоресцентной метки.

2. Разработка состава и оптимизация свойств компонентов клеточных систем. Разработка протоколов подготовки компонентов к измерениям

Разработанный метод флуоресцентного анализа взаимодействия лигандов калиевых каналов Kvl с гибридными белками в составе мембраны сферопластов был использован при создании бактериальных клеточных систем поиска и изучения лигандов Kvl-каналов. Преимуществами клеточных систем на основе сферопластов являются: простота культивирования бактериальных клеток, высокая скорость и эффективность наработки целевого белка, отсутствие необходимости выделения рецептора и за счет этого сохранение его нативной структурной организации в мембране.

2.1. Оптимизация экспрессии гибридных белков KcsA-Kvl.x (х=1,3,6) в составе мембраны Е. coli

В основе разрабатываемых клеточных систем лежит высокоэффективная экспрессия в мембране бактерий Е. coli гибридных белков KcsA-Kvl.x (х=1,3,6). Впервые гибридные белки KcsA-Kvl.x (х=1-6) были получены группой немецких ученых в 2000 году путем встраивания участка внеклеточной петли S5-S6 калиевых каналов человека Kvl.x (х=1-6) в гомологичный участок бактериального канала KcsA. Участок S5-S6 поровой петли калиевых каналов принимает активное участие в связывании пептидных блокаторов и отвечает за избирательность взаимодействия пептид-канал. Показано, что гибридные белки сохраняют способность связывать поровые блокаторы Kvl-каналов в составе мицелл детергента. В нашей работе мы использовали гибридные белки для создания методами бионнженерин бактериальных

9

линий клеток, экспрессирующих эти белки в плазматической мембране в тетрамерной форме, способной связывать лиганды Ку1-каналов. Схема конструирования гибридных конструкций и первичная последовательность пересаженных участков эукариотических каналов Ку1.х (х=1,3,6) приведены на рис. 4.

KcsA AERGAPGAQLITYPRALWWSVETATTVGYGDLYP

KcsA-Kv1.1 AEAEEAESHFSSIPDALWWSVETATTVGYGDLYP KcsA-Kv1.3 AEADDPTSGFSSIPDALWWSVETATTVGYGDLYP \ KcsA-Kv1.3 AEADDDDSLFPSIPDALWWSVETATTVGYGDLYP ^

внеклеточное пространство

цитозопь

II

TU

Рис. 4. Схема переноса участка Р-петли калиевых каналов человека Kvl.x (1,3,6) в гомологичный участок бактериального канала KcsA. Приведены аминокислотные последовательности участка Р-петли каналов KcsA и гибридных белков KcsA-Kvl.x (х=1,3,6). Серым цветом выделена аминокислотная последовательность пересаженного участка, который является сайтом связывания лигандов эукариотических каналов Kvl.x (х=1,3,6).

Для экспрессии гибридных белков KcsA-Kvl.x (х=1,3,6) полученные гены клонировали в вектор рЕТ28а и трансформировали культуру клеток Е. coli штамма BL21(DE3). Проведен отбор клонов с максимальным уровнем экспрессии целевых белков. Отбор клонов выполняли на основе анализа уровня биосинтеза гибридного белка методом денатурирующего электрофореза в полиакриламидном геле. Дополнительно для этих клонов контролировали встраивание гибридных белков в мембрану клеток по способности связывать R-AgTx2. Для этого из бактериальных клеток готовили сферопласты. Процедура включала стадии обработки исходных клеток ЭДТА и лизоцимом. Однородность приготовленных сферопластов оценивали методами оптической микроскопии. Протокол приготовления сферопластов был разработан ранее для клеток, экспрессирующих KcsA-Kvl.3. Проведенные исследования подтвердили эффективность этого протокола для клеток, экспрессирующих KcsA-Kvl.x (х=1, 6)

На основе отобранных клонов были получены штаммы продуценты со стабильным уровнем биосинтеза гибридных белков KcsA-Kvl.x (х=1,3,6) и высокой представленностью этих белков на мембране клеток, а также определены оптимальные условия выращивания штаммов.

2.2. Изучение влияния компонентов буфера на результаты измерений связывания лигандов с гибридными белками Kvl.x (х=1,3,6)

Взаимодействия лигандов с ионными каналами модулируется множеством факторов. Мы изучили влияние компонентов клеточного буфера на связывание R-AgTx2 с гибридными белками KcsA-Kvl.x (х=1,3,6) на поверхности сферопластов.

300

1

Т

* КСБА-КУМ КСЭА-КУ1 .3 КсэА-КУ1.6

300п

7

I >

^ 100

о

Ч 200

0

. 200

100

0

0 50 100 150 200 250 300 №С|, мМ

О 2 4 6 8 10

КС1, мМ

50 100 150 200

(а)

(б)

Рис. 5. Связывание R-AgTx2 с гибридными белками КсэА-КуЬЗ при разной концентрации (а) и КС1 (б) в буфере. Измерения выполнены в условиях

насыщения связывания Я-А§Тх2 с гибридными белками. Состав буфера: 50 мМ Трис-НС1, рН 7,5, 0,25 М сахароза, 0,3 мМ ЭДТА, 50 мМ N30, 4 мМ КС1, 10 мМ М^СЬ, 0,1% БСА.

Показано, что повышение концентрации ЫаС1 в буфере ведет к монотонному снижению максимального числа комплексов, которые могут быть образованы между Я-AgTx2 и гибридными белками (рис. 5а). Эта зависимость, связанная с повышением общей ионной силы раствора, наиболее заметно проявляется в случае гибридного белка КсзА-Ку1.1 и менее существенна в случае КсзА-Ку1.3 и Кс8А-Ку1.6.

Обнаружено, что зависимость сигнала флуоресценции R-AgTx2 от концентрации КО в буфере имеет колоколообразный характер с максимумом при 4 мМ (рис. 56). Мы предполагаем, что ионы калия в среде необходимы для поддержании нормальной структурной организации порового участка каналов. Присутствие небольшой концентрации ионов калия (< 4 мМ) увеличивает связывание R-AgTx2. в то время как высокие концентрации КО (> 25 мМ) оказывают негативный эффект, повышая ионную силу.

Установлено, что ионная сила буфера оказывает влияние не только на максимальное число комплексов между Я-^Тх2 и гибридными белками КсбА-КуЬх (х=1,6), но также и на константу диссоциации R-AgTx2 (рис. 6). Аффинность R-AgTx2 к гибридным белкам КсвА-КуГх (х=1,6) при возрастании ионной силы буфера снижается соответственно в 2,3 и 1,6 раза. Аффинность R-AgTx2 к гибридному белку Кс8А-Ку1.3 не меняется. Это свидетельствует о значительной роли электростатических взаимодействий в процессе связывания блокаторов с каналами Ку1.1 и Ку1.6.

300

100

• низкосолевой буфер высокосолевой буфер

(а)

KcsA-Kv1.6

5 200

100

10 20 30 40 50 60 R-AgTx2, нМ

(б)

0 10 20 30 R-AgTx2, нМ

(В)

Рис. 6. Связывание R-AgTx2 с гибридными белками KcsA-KvI.l (а), KcsA-Kvl.3 (б), KcsA-Kvl.6 (в) в буферах разного состава. Высокосолевой буфер: 50 мМ Трис-HCl, pH 7,5, 0,25 М сахароза, 0,3 мМ ЭДТА, 50 мМ NaCl, 4 мМ KCl, 10 мМ MgCl2, 0,1% БСА. Низкосолевой буфер: 20 мМ Трис-HCl, pH 7,5, 0,25 М сахароза, 0,3 мМ ЭДТА, 4 мМ KCl, 10 мМ MgCl2, 0,1% БСА.

В работе также показано, что присутствие высокой концентрации сахарозы (0,10,5 М) и ионов магния (5-10 мМ MgCb) в буфере стабилизирует сферопласты, препятствуя их агрегации, но не влияет на сигнал флуоресценции R-AgTx2.

3. Характеристика специфичности взаимодействия клеточных систем с известными лигандами Kvl-каналов

Разработанные клеточные системы были охарактеризованы по специфичности связывания лигандов каналов Kvl.x (х=1,3,6). Был исследован набор известных лигандов Kvl каналов, включающий низкомолекулярные соединения тетраэтиламмоний (ТЭА) и 4-аминопиридин (4-АП), а также высокоаффинные пептидные блокаторы из ядов скорпионов AgTx2, КТХ и OSKI. Обнаружено, что КТХ, AgTx2 и OSK1 конкурируют с R-AgTx2 за связывание с KcsA-Kvl.x (х=1,3,6) в наномолярном диапазоне концентраций, ТЭА — в милимолярном диапазоне, а 4-АП не влияет на образование комплексов между R-AgTx2 и KcsA-Kvl.x (х=1,3,6) даже при высоких концентрациях (50 мМ) (рис. 7).

4-АП не конкурирует с R-AgTx2 за связывание с внеклеточным участком линкера S5-S6 гибридных белков KcsA-Kvl.x (х=1,3,6), поскольку область связывания этой молекулы расположена с внутриклеточной стороны поры канала. Для ТЭА существует два сайта связывания, расположенных на внешней и внутренней стороне порового отверстия Kvl-каналов. Поскольку области связывания R-AgTx2 и ТЭА частично перекрываются, разработанные клеточные системы с гибридными белками KcsA-Kvl.x (х=1,3,6) подходят для обнаружения ТЭА и измерения его аффинности к внешнему сайту связывания.

1д [С] |д [С]

(а) (б)

|д[С]

(в)

Рис. 7. Вытеснение Я-А£Тх2 КуЬлигандами из комплексов с гибридными белками КсвА-КуЫ (а), КсэА-Кла.З (б) и Кс«А-Ку1.6 (б). [С] - концентрация лигандов, М.

Аффинность пептидных блокаторов 08К1 и КТХ к гибридному белку КсзА-Ку1.3 соотносится с опубликованными значениями для канала Ку1.3. Аффинность всех протестированных лигандов, за исключением ТЭА, при связывании с КсвА-КуЫ была равна или ниже аффинности к КсбА-КуГЗ, что также соответствует опубликованным данным. Полученные результаты подтверждают, что в отношении гибридных белков КсзА-Ку1.х (х=1,3) в составе мембраны сферопластов сохраняется профиль специфичности связывания лигандов, характерный для каналов Ку1.х (х=1,3).

В отличие от каналов Ку1.1 и Ку1.3 профиль специфичности лигандов канала Ку 1.6 исследован мало. Существуют данные об аффинности ТЭА и AgTx2 к Ку1.6. Наличие аффинности токсинов скорпионов ОБКЛ и КТХ к поровому участку канала Ку1.6 была продемонстрирована в данной работе впервые.

4. Анализ структурных особенностей взаимодействия пептидов AgTx2, КТХ и 08К1 с гибридными белками КсэА-КуЬх (х=1,3,6).

Гибридные белки КсбА-КуГх (х=1,3,6), различающиеся всего по шести аминокислотным остаткам в участке 35-Р-линкера, но сохраняющие профиль специфичности связывания лигандов каналов Ку1.х (х=1,3,6) человека, - удобный инструмент для изучения структурных особенностей, определяющих функционально

важную избирательность высокоаффинного взаимодействия пептидных лигандов с поровой частью каналов Ку1.х (х=1,3,6).

Значительное совпадение профилей специфичности связывания пептидных лигандов с белками Ку1.х (х=1,3,6) и соответствующими гибридными белками Кл4.х (х=1,3,6) доказывает важную роль гибкого 85-Р-линкера этих белков во взаимодействии с поровыми блокаторами Ку1.х-каналов. При этом способность гибридных белков связывать токсины группы а-КТхЗ (AgTx2, КТХ, 05К1) в значительной мере определяется аминокислотными остатками 064 и Б61, которые отсутствуют у исходного бактериального канала КсвА. Мы предполагаем, что аффинитет к а-КТхЗ-токсинам модулируется у КсвА-КуЕх (х=1,3,6) заменами в положении 58. Объемные боковые цепи 58-го аминокислотного остатка снижают аффинность КсэА-КуЕх к а-КТхЗ-токсинам в ряду КсвА-КуКЗ (058) > КсбА-КуМ (Н58)>КсзА-Ку1.6(Ь58).

В работе проведен анализ элементов структуры, которые могут определять избирательность взаимодействия пептидных блокаторов группы а-КТхЗ с гибридными белками. Общая структура а-КТхЗ токсинов включает короткую а-спираль, связанную двумя дисульфидными связями с двумя антипараллельными р-листами ((32 и РЗ), а также расположенную на Ы-концевом участке токсина область Р-структуры (01), соединенную третьей дисульфидной связью с рЗ-листом. Анализ показал, что р2-лист пептидов важен для высокоаффинного связывания, но консервативен по аминокислотному составу и поэтому не влияет на избирательность взаимодействия с КсвА-КуЬх (х=1,3,6). Более высокая аффинность к КсвА-КлТ.х (х=1,3,6) пептида ОБК1 по сравнению с AgTx2 и КТХ может быть объяснена присутствием нетипичных для группы а-КТхЗ аминокислотных остатков: Я12, Е16 и К20, которые локализованы в а-спиральном домене пептида.

5. Поиск высокоаффинных пептидных лигандов Ку1-каналов в ядах животных при помощи разработанных клеточных систем

С помощью разработанных в данной работе систем осуществлен поиск активных лигандов поровой части каналов Ку1.х (х=1,3,6) в составе цельных ядов пауков (19 видов), скорпионов (7 видов), змей (7 видов) и секрета жабы (1 вид).

Фактором, затрудняющим использование разработанных систем при тестировании цельных ядов животных, является присутствие в их составе мембрано-литических компонентов. Как было продемонстрировано на примере мембрано-литического пептида из яда пчелы мелиттина, повреждение мембраны приводит к перераспределению сигнала R-AgTx2, который теперь обнаруживается по всему объему клетки, что затрудняет анализ (рис. 8). Однако, только яды двух видов пауков и двух видов змей вызывали существенный лизис мембраны, остальные яды не вызывали видимого повреждения структуры сферопластов в концентрациях, выбранных для исследования Ку1 -лигандов.

(а) (б) (в)

Рис. 8. Типичные конфокальные флуоресцентные изображения связывания R-AgTx2 (5 нМ) с гибридным белком KcsA-Kvl.3 на поверхности сферопластов Е.соЧ при добавлении в реакционную смесь 10 мкМ мелиттина (а), цельного яда Thanatus sp. (98 мг/л) (б), без добавления (в). Метка масштаба 10 мкм.

В результате проведенной работы обнаружено, что секрет жабы, а также все протестированные яды пауков не содержат компонентов, способных конкурировать с R-AgTx2 за связывание с гибридными белками KcsA-Kvl.x (х=1,3,6). Все протестированные яды скорпионов (В. arenicola. A. amoreuxi, L. quinquestriaüts quinquestriatus, M. martensii Karsch, H. laoticus, M. eupeus, O. scrobiculosus),a также яды змей 4 видов (D. angusticeps, В. multicinctus, V. nikolskii, W. aegyptia) обладали активностью хотя бы к одному из гибридных белков KcsA-Kvl.x (х=1,3,6).

5.1. Анализ констант связывания токсинов из ядов змей

Способность вытеснять R-AgTx2 из комплексов хотя бы с одним из гибридных белков KcsA-Kvl.x (х=1,3,6) показали яды змей 4 видов (D. angusticeps. В. multicinctus, V. nikolskii, W. aegyptia). При этом обнаружена избирательность действия ядов змей на каналы семейства Kvl.

Активность яда D. angusticeps и В. multicinctus на каналах Kvl.l и Kvl.3, выявленная в нашей работе, объясняется присутствием в составе ядов дендротоксинов (6-DTX, a-DTX, DaEl/DaE2), ß-бунгаротоксина или других неописанных ранее Kvl-блокаторов. Присутствие блокаторов Kvl-каналов в составе ядов змей V. nikolskii и W. aegyptia обнаружено нами впервые. Планируется продолжение исследований этих ядов для выделения и идентификации индивидуальных активных компонентов с целью получения новых высокоафинных блокаторов каналов Kvl человека для научных исследований и прикладного использования в фармакологии.

Разработанные клеточные системы подходят для поиска лигандов в составе ядов змей, а проблемы, связанные с присутствием в составе ядов активных фосфолипаз, во многих случаях могут быть успешно преодолены, что было показано в данной работе.

5.2. Анализ констант связывания токсинов из яда скорпиона H. laotiens

Одним из ядов скорпионов, показавшим способность вытеснять R-AgTx2 из центров связывания с гибридными белками KcsA-Kvl.x (х=1,3) был яд скорпиона Н. laoticus. Данный яд обладает сравнительно невысокой токсичностью, но проявляет противоболевую и противовоспалительную активность. Эти свойства свидетельствуют

15

о возможном наличии в его составе соединений, воздействующих на иммунную систему. Сотрудники лаборатории молекулярной токсинологии ИБХ РАН совместно с вьетнамскими коллегами провели серию экспериментов по идентификации в составе яда H. laotiens таких соединений, используя в качестве теста биологической активности токсичность для мышей.

Цельный яд скорпиона и очищенные соединения, показавшие целевую активность на мышах, были подвергнуты анализу при помощи разработанных в данной работе клеточных систем поиска лигандов каналов Kvl.x (х=1,3). Нами было обнаружено, что яд скорпиона H. laoticus конкурирует с R-AgTx2 за связывание с поровой частью каналов Kvl.x (х=1,3). Дальнейший анализ очищенных фракций яда выявил, что среди фракций с токсичностью на мышах только одна способна вытеснять R-AgTx2 из комплексов с KcsA-Kvl.x (х=1,3) и, следовательно, содержащийся в ней полипептид является блокатором поровой части каналов Kvl.x (х=1,3). Этот пептид с молекулярной массой 3669,2 Да получил название хетлаксин (hetlaxin от HETerometrus LAoticus toXIN).

Была определена эффективность взаимодействия нового токсина с поровой частью каналов Kvl.l и Kvl.3. Установлено, что хетлаксин связывается с обоими каналами, а величина Кар для каналов Kvl.l и Kvl.3 составляет соответственно 0,8±0,3 мкМ и 59±6 нМ.

Таким образом, впервые из яда скорпиона H. laoticus выделен токсин, обладающий сродством к Kvl.3 в наномолярном диапазоне. Обнаружение этого блокатора подтверждает предположение, что иммуномодулирующий эффект яда Н. laoticus опосредован воздействием через канал Kvl.3, локализованный в клетках иммунной системы человека.

5.3. Анализ констант связывания токсинов из яда скорпиона О. scrobiculosus

Известно, что в яде скорпиона О. scrobiculosus содержится два высокоаффинных лиганда каналов семейства Kvl: OSK1 - блокатор каналов Kvl.l-Kvl.3 и OSK2 — специфический блокатор канала Kvl.2. Мы провели комплексное исследование яда скорпиона О. scrobiculosus на предмет обнаружения новых поровых блокаторов каналов Kvl.l и Kvl.3. Целью исследования также было изучение возможности использования разработанных клеточных систем для поиска лигандов на разных этапах фракционирования ядов.

Цельный яд О. scrobiculosus был разделен на 4 фракции при помощи гель-фильтрации нашими коллегами из Лаборатории нейрорецепторов и нейрорегуляторов ИБХ РАН. Фракции III и IV показали способность конкурировать с R-AgTx2 за связывание с KcsA-Kvl.x (х=1,3). Далее фракции III и IV были разделены при помощи обращенно-фазовой высокоэффективной жидкостной хроматографии (ОФ-ВЭЖХ) соответственно на 43 и 19 субфракций нашими коллегами из Лаборатории нейрорецепторов и нейрорегуляторов ИБХ РАН. Каждая субфракция содержала один основной компонент и не более двух минорных, как было подтверждено при помощи MALDI масс-спектрометрии и аналитической хроматографии. В результате детального анализа субфракций яда с использованием разработанных клеточных систем тестирования удалось показать, что активность фракций III и IV объясняется присутствием одного и тот же индивидуального компонента. Измеренные молекулярные массы компонента исходного и алкилированного по восстановленным SH-группам пептида составили 4205,2 и 4842,0 кДа, что говорит о присутствии 6

16

цистеиновых остатков. Этот активный пептид был описан ранее и имеет название OSK1.

Таким образом, мы применили разработанные в данной работе системы поиска лигандов каналов Kvl.x (х=1,3) для исследования яда скорпиона О. scrobiculosns. Проведение тестирования после каждого этапа разделения яда позволило избежать фракционирования заведомо неактивных фракций, что в конечном итоге значительно сократило объемы работы. Единственный обнаруженный специфический поровый лиганд каналов Kvl.x (х=1,3) в яде О. scrobiculosns — это уже описанный ранее пептид OSK1.

5.4. Анализ констант связывания токсинов из яда скорпиона М. eupeus

Яд скорпиона М. eupeus показал способность вытеснять R-AgTx2 из комплексов с KcsA-Kvl.x (х=1,3,6), поэтому мы провели дальнейший анализ его компонентов. На первом этапе фракционирования яд М. eupeus был разделен на фракции I-III при помощи гель-фильтрации нашими коллегами из Лаборатории нейрорецепторов и нейрорегуляторов ИБХ РАН. Все три фракции были изучены нами по их способности связываться с гибридными белками KcsA-Kvl.x (х=1,3,6). Целевая активность обнаружена во фракции II. Отсутствие активности в двух других фракциях I и III означало, что в них не содержится высокоаффинных поровых блокаторов каналов Kvl.x (х=1,3,6), либо их массовая доля минимальна.

Для выявления компонентов, ответственных за активность фракции II, данная фракция была разделена при помощи ОФ-ВЭЖХ на 40 субфракций нашими коллегами из Лаборатории нейрорецепторов и нейрорегуляторов ИБХ РАН. Среди 40 субфракций способность вытеснять R-AgTx2 из комплексов с KcsA-Kvl.x (х=1,3) показали несколько субфракций, которые были разделены на индивидуальные соединения и повторно проанализированы при помощи разработанных клеточных систем KcsA-Kvl.x (х=1,3). В результате, из яда М. eupeus было выделено 9 активных компонентов блокаторов каналов Kvl.

Согласно опубликованным данным в яде М. eupeus до настоящего момента было известно три токсина группы а-КТХ, способных связываться с каналами Kvl: MeuKTx-1, MeuKTx-З и МеиТхЗВ. Благодаря комбинации разработанных в данной работе клеточных систем поиска лигандов Kvl-каналов, а также методов ОФ-ВЭЖХ и масс-спектрометрии, нам удалось найти все три известных лиганда, а также идентифицировать 6 новых токсинов.

Для пептида МеиКТХ-1, выделенного в достаточных количествах из яда М. eupeus, мы исследовали аффинность к поровой части каналов Kvl.l и Kvl.3. Было исследовано конкурентное связывание R-AgTx2 и МеиКТХ-1 с KcsA-Kvl.x (х=1,3) и определены константы Кар. Полученные значения констант Кар (МеиКТХ-1) для KcsA-Kvl.l и KcsA-Kvl.3 составили соответственно 180±30 нМ и 22±3 нМ. Наномолярная аффинность МеиКТХ-1 к каналу Kvl.3 и многократное снижение аффинности к каналу Kvl.l согласуются с данными, полученными ранее методом patch-clamp (/Сдо для Kvl.3 = 2,36 нМ).

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

В результате проведенных исследований были созданы новые клеточные системы для поиска и исследования взаимодействий блокаторов с калиевыми потенциал-чувствительными каналами семейства Ку1. Создание этих систем было поддержано разработкой специализированных биофизических методик на основе флуоресцентной конфокальной микроскопии и оригинальных алгоритмов обработки данных. Флуоресцентный метод значительно безопаснее и проще более традиционного радиолигандного анализа. Он универсален и, в перспективе, может быть легко адаптирован для автоматизированных измерений с применением проточного цитометра или планшетного флуориметра.

Одно из назначений клеточных систем — поиск новых блокаторов каналов Ку1 в составе многокомпонентных смесей и выяснения связи структура-активность в системе пептидный токсин-калиевый канал. На примере ядов скорпионов, продемонстрировано, что клеточные системы обеспечивают быстрое и прицельное обнаружение новых высокоаффинных пептидных лигандов Ку1-каналов в ядах животных.

Исследования показали, что гибридные белки КсбА-КуЬх в составе бактериальных клеточных систем связывают лиганды каналов Ку1.х человека с характерными для них константами взаимодействия и, таким образом, являются новым инструментом для изучения структурных основ высокоаффинного взаимодействия поровых блокаторов с ионными каналами Ку1.х и их термодинамических аспектов. Возможность сравнительного анализа комплексообразования различных по структуре лигандов с близкородственными каналами Ку1.х (х=1,3,6) расширяет применимость клеточных систем для исследования структурных детерминант, обеспечивающих избирательность лиганд-рецепторных взаимодействий калиевых каналов.

ВЫВОДЫ

1) На основе биофизических представлений о связи пространственной структуры и функции белков и белковых комплексов с использованием биоинженерных подходов разработаны бактериальные клеточные системы, обеспечивающие поиск и изучение высокоаффинных лигандов к потенциал-чувствительным калиевым каналам Ку1.х (х=1,3,6).

2) С использованием разработанных клеточных систем обнаружены 7 новых высокоаффинных пептидных лигандов каналов Ку1.х (х=1,3) в ядах скорпионов.

3) Показано, что близкородственные пептидные лиганды каналов Ку1.х (х=1,3,6) с точечными различиями в области ¡31 -листа и а-спирального домена связываются с разработанными клеточными системами с характерными для них константами диссоциации в наномолярном диапазоне концентраций.

4) Определены ключевые структурные детерминанты, модулирующие аффинность и избирательность связывания пептидных лигандов с гибридными биоинженерными конструкциями КсвА-КуЬх (х=1,3,6), которые соответствуют природным каналам.

СПИСОК РАБОТ, ОПУБЛИКОВАННЫХ ПО ТЕМЕ ДИССЕРТАЦИИ

Статьи в журналах, включенных в перечень ВАК:

Л Kudrvashova K.S., Nekrasova O.V., Kuzmenkov A.I., Vassilevski A.A., Ignatova A.A., Korolkova Y.V., Grishin E.V., Kirpichnikov M.P., Feofanov A.V. Fluorescent system based on bacterial expression of hybrid KcsA channels designed for Kvl .3 ligand screening and study// Anal Bioanal Chem., 2013, 405(7):2379-2389.

2) Х.Н.Ань, В.Д.М. Хоанг, K.C. Кудряшова. О.В. Некрасова, А.В. Феофанов, Т.В.Андреева, В.И. Цетлин, Ю.Н. Уткин. Новый токсин хетлаксин из яда скорпиона Heterometrus laoticus взаимодействует с потенциал-зависимым калиевым каналом Kvl.3// Доклады Академии наук, 2013, 449 (5):606-609.

3) Hoang AN, Vo HD, Vo NP, Kudrvashova KS. Nekrasova OV, Feofanov AV, Kirpichnikov MP, Andreeva TV, Serebryakova MV, Tsetlin VI, Utkin YN. Vietnamese Heterometrus laoticus scorpion venom: Evidence for analgesic and anti-inflammatory activity and isolation of new polypeptide toxin acting on Kvl.3 potassium channel// Toxicon, 2014, 77:40-48.

Тезисы конференций:

1) Некрасова О.В., Кудряшова К.С.. Игнатова А.А., Королькова Ю.В., Феофанов А.В. Анализ взаимодействия лигандов с гибридным калиевым каналом KcsA-Kvl.3 в составе мембраны бактерий. I международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине», 17-19 ноября 2010, г. Москва: материалы конф./[гл.ред.- Уйба В.В.]. -М.:Парк-медиа, 2010, С.180

2) Кудряшова К.С.. Кузьменков А.И., Василевский А.А., Некрасова О.В., Феофанов А.В. Новая система поиска лигандов калиевого канала Kvl.3. Научная конференция по биоорганической химии и биотехнологии "X чтения памяти академика Юрия Анатольевича Овчинникова" 14 — 17 ноября 2011 г. Москва-Пущино, Сборник тезисов Т.1, С. 37.

31 Кудряшова К.С.. Некрасова О.В., Кузьменков А.И., Василевский А.А., Ю.В. Королькова, Феофанов А.В., Гришин Е.В., Кирпичников М.П. Новая флуоресцентная система для поиска блокаторов калиевых каналов Kvl.l и Kvl.3. IV Съезд биофизиков России. Симпозиум IV «Новые тенденции и методы в биофизике»: Материалы докладов/[отв.ред,- Рубин А.Б.]. — Нижний Новгород, ННГУ им. Н.И. Лобачевского, 2012, Т.4, С.53.

4) Некрасова О.В., Кудряшова К.С.. Василевский А.А., Королькова Ю.В., Кузьменков А.И., Уткин Ю.Н., Гришин Е.В., Феофанов А.В., Кирпичников М.П. Новая биоинженерная система для поиска и изучения пептидных блокаторов калиевых каналов Kvl.3 и Kvl.l. VI Российский симпозиум «Белки и пептиды»: Материалы симпозиума. - Уфа: ИСЭИ УНЦ РАН, 2013, С. 121. ISBN 978-5-904122-71-3.

5) Kudrvashova K.S.. Nekrasova O.V., Kuzmenkov A.I., Vassilevski A.A., Feofanov A.V. A novel fluorescence system for potassium channel Kvl.l and Kvl.3 ligand screening. "9thEBSA European Biophysics Congress", 13-17 July 2013, Lisbon, Portugal. Eur. Biophys. J., 42 (suppl 1):81.

6) Nekrasova O.V., Kudrvashova K.S.. Vassilevski A.A., Kuzmenkov A.I., Korolkova Y.V., Grishin E.V., Kirpichnikov M.P., Feofanov A.V. Functional expression of ligand-

19

binding domains of eukaryotic proteins in E.coli membrane: exercises with Kvl.3 channel. "FEBS Congress 2013", 6-11 June 2013, St. Petersburg, Russia. FEBS J. 2013, v. 280 (suppl. 1), p. 610.

7) Кудряшова K.C.. Некрасова O.B., Ю.В. Королькова, Феофанов А.В. Исследование блокаторов каналов Kvl с применением новых биоинженерных клеточных систем. Международная конференция по биоорганической химии, биотехнологии и бионанотехнологии, посвященная 55-летию Института биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова Российской академии наук и 80-летию со дня рождения академика Ю.А. Овчинникова (Москва, 15-1? сентября 2014 г.), Acta Naturae, специальный выпуск, с. 32.

ИСПОЛЬЗОВАННЫЕ СОКРАЩЕНИЯ

ТЭА — тетраэтиламмоний 4-АП — 4-аминопиридин БТХ - дендротоксин

MgTx - маргатоксин из яда скорпиона СеШгиго1с1е.ч тт^агИаПт ОБКЛ - токсин из скорпиона ОпкосЫгт ъсгоЫсиЬхт КТХ - калиотоксин из скорпиона Аш1госП)ти таигматст таиг&атсш AgTx2 - агитоксин 2 из скорпиона Ьешгт диищиеяМШш

R-AgTx2 - агитоксин 2, флуорецентно-меченный 5 (6) карбокситетраметил-родамином ОФ ВЭЖХ - обращенно-фазовая выскоэффективная жидкостная хроматография ИПТГ - изопропил-р-О-тиогапактопиранозид БС А — бычий сывороточный альбумин Ка — константа диссоциации лигандов

Кар - кажущаяся константа диссоциации для конкурирующих (немеченных) лигандов

Подписано в печать 23.12.2014г.

Усл.пл. - 1.0 Заказ № 24425 Тираж: 100 экз.

Копицентр «ЧЕРТЕЖ.ру» ИНН 7701723201 107023, Москва, ул.Б.Семеновская 11, стр.12 (495) 542-7389 www.chertez.ru