Персистенция Mycoplasma hominis у человека

Баранова, Наталья Борисовна

Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему
Персистенция Mycoplasma hominis у человека
ВАК РФ 03.02.03, Микробиология

Автореферат диссертации по теме "Персистенция Mycoplasma hominis у человека"

На правах рукописи

БАРАНОВА Наталья Борисовна

ПЕРСИСТЕНЦИЯ MYCOPLASMA HOMINIS У ЧЕЛОВЕКА: ВОСПРИИМЧИВОСТЬ К МИКОПЛАЗМЕННОЙ ИНФЕКЦИИ И ОТВЕТНЫЕ РЕАКЦИИ МИКОПЛАЗМЫ НА СТРЕССОРЫ

03.02.03 - микробиология

АВТОРЕФЕРАТ диссертации на соискание ученой степени кандидата биологических наук

2 1 OKI ?gig

Казань-2010

004611279

Работа выполнена в лаборатории молекулярных основ патогенеза Учреждения Российской академии наук Казанского института биохимии и биофизики Казанского научного центра РАН

Научный руководитель: доктор биологических наук, профессор

Чернова Ольга Александровна

Официальные оппоненты: доктор медицинских наук, профессор

Поздеев Оскар Кимович (Казанский государственный медицинский университет, г. Казань)

кандидат биологических наук, доцент Гимадутдинов Олег Александрович (ФГАОУВПО «Казанский (Приволжский) Федеральный университет», г. Казань)

Ведущая организация: ФГУН «Казанский научно-

исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии», г. Казань.

Защита состоится «28» октября 2010 года в «1300» часов на заседании диссертационного совета Д 212.081.08 при ФГАОУВПО «Казанский (Приволжский) федеральный университет» по адресу: 420008, г. Казань, ул. Кремлевская, д. 18, главное здание, ауд. 211.

С диссертацией можно ознакомиться в научной библиотеке им. Н.И.Лобачевского Казанского университета.

Автореферат разослан « » сентября 2010 г.

Ученый секретарь диссертационного совета, доктор биологических наук, профессор

- Абрамова З.И.

Актуальность проблемы. Выяснение механизмов, определяющих персистенцию Mycoplasma hominis - одной из наиболее распространенных микоплазм, ассоциированной с социально-значимыми заболеваниями человека, являющейся также контаминантом клеточных культур, используемых в биотехнологии для производства вирусных вакцин, представляет значительный интерес как с точки зрения фундаментальных исследований, так и практических разработок, связанных с определением молекулярно-генетических основ формирования системы «паразит-хозяин» и способов ее контроля [Борхсениус и др., 2002; Waites et al., 2005].

В организме человека М. hominis способна вызывать развитие как урогенитальных, так и экстрагенитальных острых и хронических, локальных и системных инфекций аппаратного и инаппаршшюго типов. Урогенитальные микоплазменные инфекции могут обусловливать осложнения беременности, патологию и гибель плода [Прозоровский и др., 1995; Поздеев, 2004; Razin, Herrmann, 2002; Waites eí о/., 2005; Egawa eí a/., 2007]. Контроль микоплазменной инфекции представляет серьезную проблему, решение которой связывают с успехами изучения молекулярных основ адаптации микоплазмы к стрессорным воздействиям и восприимчивости индивидов к персистенции Л/, hominis [Борхсениус и др., 2002; Razin, 2006].

Факторы, обусловливающие персистенцию патогенных бактерий у млекопитающих и человека, в значительной мере определяются особенностями биологии инфекционного агента и организма-хозяина [Прозоровский и др., 1995; Lysnyansky et al., 2001а; Wise et al., 2006]. Гены иммунного ответа организма-хозяина, а также иммунодоминантных и стресс-индуцированных белков инфекционного агента имеют при этом существенное значение [Yogev et al., 2002; Rhen et al., 2003; Razin, 2006; Hamsten et al., 2008]. Показано, что восприимчивость к персистенции ряда патогенных микроорганизмов у человека может быть связана с наличием у индивидов определенных генотипов инфекционных агентов, а также полиморфных локусов генов ключевых иммуномодуляторов про- и противовоспалительных реакций - 1L-1 (IL-1B-5110Т, 1L-1B+39540T, 1L-1RN(VNTR)) и 11-10 (1L-10-1082G>A) [Rad et al., 2004; Mege et al., 2006]. Изменения экспрессии генома, морфологии, ультраструктуры, пролиферации и вирулентности бактерий в ответ на воздействие стрессоров обусловливают адаптацию микроорганизмов к неблагоприятным условиям среды (НУС) и их персистенцию [Головлев, 1998; Чернов и др., 2007,2008а, 2009, 2010; Muela et al, 2008; Madsen et al., 2006a, 2006b; Schafer et al., 2007; Folmsbee et ai, 2010]. Результаты комплексных исследований генов иммунного ответа организма-хозяина, а также иммунодоминантных и стресс-индуцированных белков инфекционного агента могут использоваться для определения механизмов выживания патогенов в различных условиях среды (РУС) и способов контроля их персистенции, а также разработки региональных программ и индивидуальных схем лечения заболеваний, ассоциированных с персистенцией микроорганизмов. Однако данные о

проведении соответствующих исследований в отношении М. hominis отсутствуют.

Цель данной работы - выявление факторов восприимчивости к микоплазменной инфекции и особенностей ответных реакций клеток М. hominis PG37 на стрессорные воздействия.

Основные задачи исследования:

1. Протестировать клинический материал на наличие М. hominis с помощью ПЦР и определить частоту встречаемости миконлазмы у индивидов с отягощенным акушерским анамнезом (жители г. Казани).

2. Определить варианты IL-1 (/L-1B-5UOT, IL-1B+3954C>T, IL-1RN(VNTR)) и IL-10 (IL-10-1082G>A) у инфицированных и не инфицированных М. hominis индивидов и провести анализ распределения частоты их встречаемости в обследуемых группах.

3. Определить нуклеотидные последовательности vaa-гена у клинических изолятов М. hominis и выяснить особенности вариабельности гена, кодирующего фактор вирулентности микоплазмы - цитоадгезин Vaa.

4. Провести сравнительный анализ морфологии, ультраструктуры и пролиферации клеток М. hominis PG37, образующихся в различных условиях среды -оптимальных и стрессовых.

5. Провести сравнительный анализ метрических параметров ДНК, а также матричных свойств молекулы в отношении амплификации нуклеотидных последовательностей генов у клеток М. hominis PG37, образующихся в различных условиях среды.

6. Провести сравнительный анализ токсигенности М. hominis PG37 при культивировании микоплазмы в различных условиях среды.

7. Провести сравнительный протеомный анализ клеток М. hominis PG37, образующихся в различных условиях среды.

Научная новизна. Впервые проведены комплексные исследования факторов, определяющих персистенцщо М. hominis у человека. С помощью ПЦР определены встречаемость М. hominis у пациентов с отягощенным акушерским анамнезом (ОАА), особенности распределения генотипов полиморфных дакусов генов ключевых цитокинов у инфицированных и не инфицированных микоплазмой индивидов -жителей г. Казани, а также вариабельности у клинических изолятов М. hominis vaa-гена, кодирующего фактор вирулентности микоплазмы - цитоадгезин Vaa.

Впервые выявлены молекулярно-генетические маркеры предрасположенности к инфицированию М. hominis. Установлено, что аллель IL-1B+3954*C и генотипы IL-1В+3954*С/*С и IL-10-!082*G/*G повышают риск персисгенции М. hominis, а генотипы IL-1B-5!I*T/*T / IL-1RN*I/*J и IL-1B+3954*C/*T / ПАШ*1/*2 снижают вероятность микоплазменной инфекции. В нуклеотидных последовательностях vaa-гена, кодирующих сайты адгезии и иммунозначимую зону белка, установлен гипервариабельный участок.

Впервые показано, что в результате длительного пребывания М. hominis PG37 в

стрессовых условиях происходит переход бактерии в некультивируемое состояние (НС); в культуре микоплазмы достоверно возрастает количество ультрамикроформ (УМФ) - сферических, окруженных мембраной наноструктур (диаметр < 0,2 мкм).

Впервые установлено, что М. hominis PG37 обладает генотоксичностью, проявление которой в стрессовых условиях имеет особенности. Показано, что клетки М. hominis PG37, образующиеся при длительном культивировании в стрессовых условиях, и их культуральная жидкость не оказывают ДНК-повреждающего действия на клетки тестерного штамма Escherichia coli PQ37.

Впервые выполнен сравнительный протеомный анализ клеток М. hominis PG37, образующихся в РУС, и идентифицированы 53 белка, участвующих в ответных реакциях микоплазмы на действия стрессоров (ТШ, СДС).

Научно-практическая значимость. Полученные данные вносят вклад в понимание адаптации М. hominis PG37 к стрессовым условиям, представления о молекулярно-генетических аспектах персистенции микоплазмы у человека и их региональных особенностях.

В работе выявлены генетические маркеры предрасположенности индивидов (жители г. Казани) к персистенции М. hominis - бактерии, ассоциированной с заболеваниями репродуктивной системы человека, а также являющейся контаминантом клеточных культур, использующихся, в том числе в биотехнологии для производства вирусных вакцин, и предложен диагностический зонд, позволяющий не только идентифицировать различные штаммы М. hominis, но и выявлять экспресс-методом ПЦР культивируемые и некультивируемые формы бактерии.

Идентифицированные в результате протеомного анализа стресс-реактивные белки М. hominis PG37 могут быть использованы для определения молекулярно-генетических механизмов адаптации микоплазмы к стрессовым условиям, а также способов контроля микоплазменной инфекции.

Полученные результаты могут найти применение в медицине для разработки дифференцированных программ, индивидуальных схем лечения и профилактики заболеваний, ассоциированных с М. hominis.

Данные работы могут быть использованы также в курсах лекций по микробиологии, молекулярной генетике, иммунологии инфекционных процессов и молекулярной медицине в ВУЗах.

положения диссертации базируются на результатах собственных исследований автора. Синтез праймеров, секвенирование нуклеотидных последовательностей, двумерный электрофорез и идентификацию полииептидов проводили в ФГУ «НИИ физико-химической медицины» ФМБА России (г. Москва); оценку токсических и генотоксических свойств клеток М. hominis PG37, а также наноскопию молекул ДНК проводили в КФУ (биолого-почвенный факультет, кафедра микробиологии; физический факультет, кафедра оптики и нанофотоники) (г. Казань). Выражаю искреннюю благодарность сотрудникам ФГУ «НИИ физико-химической медицины» ФМБА России - д.б.н., проф. В.М. Говоруну, к.х.н. Т.А. Акопиан, М.А. Роговой, к.б.н. М.В. Серебряковой, В.А. Карпову и сотрудникам КФУ - д.б.н., проф. О.Н. Ильинской, K.6.H. Н.И. Акберовой, к.ф.-м.н. O.A. Коноваловой, к.б.н. А.Б. Маргулис за- предоставленную возможность проведения совместных работ и помощь в экспериментах.

Положения, выносимые на защиту:

1. Аллель 1L-1B+3954*C, а также генотипы IL-1 В+3954*С/*С и IL-10-1082*G/*G повышают риск персистенции М. hominis, а генотипы IL-1B-511*Т/*Т / IL-1RN*1/*1 и IL-1В+3954*С/*Т / ¡L-lRN*l/*2 снижают вероятность микоплазменной инфекции.

2. Клинические изоляты М. hominis вариабельны по первичной структуре и модульной организации гена, кодирующего цитоадгезин Vaa. Нуклеотидные последовательности vaa-reiia у клинических изолятов микоплазмы содержат гипервариабсльный участок, ассоциированный с иммунозначимой зоной белка.

3. Условия культивирования М. hominis PG37 влияют на пролиферацию культуры, а также морфологию, ультраструкгуру клеток микоплазмы и соотношение клеточных морфотипов в популяции бактерии.

4. М. hominis PG37 обладает генотоксичностью, проявление которой в стрессовых условиях имеет особенности.

5. Различные виды стрессоров индуцируют у М. hominis PG37 изменение экспрессии как специфичных, так общих белков.

Апробация работы:

Основные результаты диссертационной работы были представлены на Всероссийской научно-практической конференции «Медицинская микробиология -XXI век» (Саратов, 2004); 10-й Международной Пущинской школе-конференции молодых ученых «Биология - наука XXI века» (Пущино, 2006); Итоговой научной конференции КИББ КазНЦ РАН (Казань, 2007); Всероссийской научно-практической конференции «Молодые ученые в медицине» (Казань, 2007); Всероссийской конференции с международным участием «Фундаментальные аспекты исследования симбиотических систем» (Саратов, 2007); 11-й Международной Пущинской школе-конференции молодых ученых «Биология - наука XXI века» (Пущино, 2007); IV съезде Российского общества биохимиков и молекулярных биологов (Новосибирск, 2008), II Международной научно-практической конференции «Постгсномная эра в биологии и проблемы в биотехнологии» (Казань, 2008), XIV Международной

конференции «Ферменты микроорганизмов в биотехнологии и медицине» (Казань, 2009), Российской конференции «Актуальные проблемы современной биохимии и молекулярной биологии» (Казань, 2010).

Публикации. По теме диссертации опубликовано 15 научных работ, в том числе 4 статьи в журналах, рекомендуемых ВАК.

Структура и объем диссертации. Диссертация изложена на 193 страницах машинописного текста и состоит из введения, обзора литературы, описания материалов и методов исследований, результатов собственных исследований и их обсуждения, заключения, выводов, списка использованной литературы, а также приложения. В работе представлено 12 таблиц и 41 рисунок. Список цитируемой литературы содержит 363 источника, из них 93 - в отечественных изданиях.

СОДЕРЖАНИЕ РАБОТЫ

1. Материалы и методы исследований

Клинический материал (соскобы эпителиальных клеток из цервикального канала и уретры) был получен из клиники кафедры акушерства и гинекологии Казанской медицинской академии (г. Казань, Россия); образцы ДНК (299 индивидов; 149 женщин (27,77±7,51) и 150 мужчин (30,01±8,42)) - из акушерско-гинекологического центра ООО «Здоровье семьи» (г. Казань, Россия); образцы ДНК (79 индивидов) - из анонимного кабинета Республиканского клинического кожно-венерологического диспансера Министерства здравоохранения Республики Татарстан (г. Казань, Россия). Штамм Mycoplasma hominis PG37 был любезно предоставлен профессором И.В. Раковской из коллекции микроорганизмов Института эпидемиологии и микробиологии им. Н.Ф. Гамалеи (РАМН, Москва).

Культивирование М. hominis PG37 проводили на искусственных питательных средах как описано в [Freundt et ai., 1979], с модификациями. Исследовались ответные реакции М. hominis PG37 на основные стрессоры, воздействие которых микоплазма претерпевает в связи с особенностями условий ее обитания - окислительный стресс (ОС) и тепловой шок (ТШ), а также совокупное действие стрессоров (СДС) -изменение температуры среды и ограничение субстрата. Инкубацию клеток М. hominis PG37 (поздняя log-фаза) с перекисью водорода (ОС) проводили в присутствии 5 мкМ и 500 мкМ Н202 [Hallamaa et ai, 2008]. ТШ для клеток М. hominis PG37 проводили в условиях повышения температуры до +42°С [Борхсениус и др., 2008]. Культивирование клеток в условиях СДС проводили в соответствии с алгоритмом индукции НС у М. gallisepticum S6, разработанным ранее сотрудниками лаборатории молекулярных основ патогенеза КИББ КазНЦ РАН [Чернов и др., 2008а], связанным (в случае М. hominis) с исключением из среды свободного аргинина. Клетки культуры М. hominis PG37, выращенной в оптимальных условиях -на полноценной питательной среде Эдварда (ППСЭ) при +37°С, составили контрольные образцы, а клетки микоплазмы, подвергшиеся воздействию неблагоприятных факторов (ОС, ТШ, СДС), - опытные.

Численность колонисобразующих единиц (КОЕ) М. hominis PG37 определяли высевом бактериальной суспензии в соответствующих разведениях на 0,4% агаризованные питательные среды [Пименова и др., 1983].

Трансмиссивную электронную микроскопию клеток микоплазмы проводили по Cole [1983]. Ультратонкие срезы получали на микротоме LKB-Ш (Швеция). Образцы просматривали на электронном микроскопе JEM-1200EX (Япония).

Атомно-силовую микроскопию ДНК М. hominis PG37 проводили по Braga, Ricci [2004]. Исследование образцов ДНК проводили на атомно-силовом микроскопе Solver Р47Н («НТ-МДТ», Россия). Для обработки данных использовали программу Nova 1.0.26 RC1 (разработчик - «НТ-МДТ», Россия).

Определение токсичности и генотоксичности клеток М. hominis PG37 и их культуральной жидкости проводили по Quillardet et al. [1982].

Выделение ДНК из клинических образцов и клеток микоплазм осуществляли с помощью метода фенольной экстракции [Маниатис и др., 1984], а также коммерческого набора «ДНК-экспресс» («Литех», Россия), согласно инструкции фирмы-изготовителя. Дополнительно препараты ДНК обрабатывали РНКазой («Serva», ФРГ) и протеиназой К («Хеликон», Россия).

Детекцию клинических образцов на наличие ДНК М. hominis, Ureaplasma urealyticum, Chlamydia trachomatis и Trichomonas vaginalis проводили с использованием коммерческих наборов реагентов НПФ «Литех» (Россия), согласно инструкции фирмы-изготовителя.

Направленную амплификацию нуклеотидных последовательностей генов М. hominis PG37 посредством ПЦР проводили с использованием праймеров, сконструированных на основе последовательности уш-гена, согласно Boesen et al. [1998], а также генов clnaК, gyrA, gyrB, parE, parC, tuf, arcA, rrlA, rrlB микоплазмы. Олигонуклеогиды синтезировали в НПФ «Литех» (Россия). Рестрикцию vaa-ампликонов М. hominis проводили с использованием рестриктаз НтвХ и Hindlll («Fermentas», Литва). Анализ ПЦР-продуктов и их рестрикции осуществляли с помощью электрофоретического разделения фрагментов ДНК в 2% агарозном геле («Хеликон», Россия) с последующим окрашиванием бромистым этидием (10 мг/мл).

Определение генотипов полиморфных локусов генов IL-1 и IL-10 осуществляли методом ПЦР по El-Omar et al. [2000], Garcia-Gonzalez et al. [2003] и Karhukorpi [2005]. Рестрикцию ампликонов 1L-1B-511C>T и IL-]B+3954C>T проводили no Garcia-Gonzalez et al. [2003], с использованием специфичных эндонуклеаз Aval и Taql соответственно.

Ссквснированис фрагментов ДИК осуществляли с помощью автоматического секвенатора АВ1 3130 («Applied Biosystems», США), согласно инструкции изготовителя.

Анализ нуклеотидных и аминокислотных последовательностей проводили с использованием пакета программ Informax Vector NTI Suite 9. Расчет размеров ампликонов и рестрикционных фрагментов проводили с помощью программы DNASIS (v. 3.0). Поиск доменов проводили в BLAST

[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Blast.cgi/], SwissProt [http://cn.expasy.org/], Pfam [http://wwv.sanger.ac.uk/Software/Pfam/], PROSITE scan [http://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_prosite.html/], InterProScan [http://www.ebi.ac.uk/Tools/ inlerProScan/J, SMART [http://smart.embl-heidelberg.de/], PROSITE [http://cn.expasy.org/prosite/], FINGERPRINTScan [http://www.bioinf.manchester.ac.uk/ fmgerPRINTScan/]. Для предсказания и анализа вторичной структуры белков Vaa применяли программные средства NPSA (Network Protein Sequence Analysis, http://npsa-pbil.ibcp.fr) с использованием методов SOPM (Self-Optimized Prediction Method) и Coiled-coil prediction [Geouijon, Deléage, 1994; Lupas et al, 1991], а также данные Boesen et al. [2001]. Расчет а-спиралей (h), ß-структур (e) и суперспиралей (с) проводили при значениях window - 14,21 и 28.

Выделение, дифференциальное окрашивание флуоресцентными * красителями (CyDye3-DIGE, CyDye5-DIGE), разделение с помощью двумерного электрофореза, а также идентификацию методом масс-спектрометрни белков проводили по Деминой и др. [2009] и Viswanathan et al. [2006]. Белки идентифицировали с использованием программы Mascot Peptide Fingerprint (Matrix Science, Великобритания) и базы данных NCBI (US National Center for Biotechnological Information, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/). Сравнительный анализ белковых спектров выполняли с использованием программы Phorctix 2D Advanced (v. 6.01).

Статистическую обработку данных выполняли с использованием программного обеспечения MS Excel (Microsoft), программы MedCalc (v. 8.1.1.0) и Origin 8.0. Описательная статистика количественных признаков представлена средними и стандартными отклонениями (M±s). Сравнение средних значений проводили по критерию Стыодента. При сравнении частот аллелей, генотипов и комбинаций генотипов обследуемых, а также количества клеток в классах использовали критерий %2 (р) с поправкой Иейтса на непрерывность, а также точный критерий Фишера для сравнения значений меньше 5. Достоверность различий оценивали с помощью 95% доверительного интервала для генерального значения частоты, который вычисляли с помощью точной формулы с использованием /•"-распределения [Животовский, 1991]. Достоверными считали различия прир < 0,05. При множественных сравнениях применяли поправку Бонферрони [Гланц, 1999]. Силу ассоциаций оценивали в значениях показателя отношения шансов (OR), а также рассчитывали его 95%-ный доверительный интервал (95% CI) [Бабич и др. 2005].

2. РЕЗУЛЬТАТЫ II IIX ОБСУЖДЕНИЕ

2.1. Частота встречаемости М. hominis у индивидов с отягощенным акушерским анамнезом

В результате тестирования клинического материала на наличие М. hominis с помощью ПЦР было обнаружено, что слизистые оболочки урогенитального тракта 30,95% индивидов с ОАА (35,55% женщин в группе индивидов, пол которых

документировался) инфицированы М. hominis. У 14,53% инфицированных М. hominis индивидов с ОАЛ были выявлены клинически значимые коинфекции - U. urealyticum (76,47%), С. trachomatis (5.88%), Т. vaginalis (17,65%). 5,13% инфицированных М. hominis индивидов с ОАА являлись носителями одновременно трех инфекционных агентов (А/. hominis+U. urealyticum+C. trachomatis; М. hominis+U. urealyticum+T. vaginalis и M. hominis+C. trachomatis+T. vaginalis).

Полученные нами результаты в отношении частоты встречаемости М. hominis у индивидов с ОАА отличаются от данных, полученных для некоторых этно-геот-рафических групп [Зяблицев и др., 2002; Зоерман, 2007; Doh et al., 2004]. Это может быть связано с региональными особенностями распространения микоплазмы.

2.2. Распределение частоты встречаемости вариантов 4L-1 (/L-1B-5HOT, IL-1B+39S40T и IL-IRN(VNTR)) и 1L-10 (IL-10-1082G>A) у инфицированных и не инфицированных М. hominis индивидов

В результате анализа распределения полиморфных локусов генов цитокинов (IL-1 и IL-10) было обнаружено, что у инфицированных М hominis индивидов достоверно чаще встречаются аллель IL-IB+3954*C (82,0% против 74,1%; х2=4,19; /7=0,041), генотип IL-1B+3954*C/*C (65,0% против 50,8%; х2=4,84; р=0,028), а также генотип IL-10-1082*G/*G (13,9% против 3,8%; tf=5,09; р=0,024) (рис. 1).

Согласно результатам расчетов, носительство аллеля 1L-1B+3954*C, генотипа 11-1В+3954*С/*С, а также генотипа 1L-10-1082*G/*G является фактором риска персистенции М. hominis в организме человека (OR = 1,59, 95% CI = 1,04-2,40; OR = 1,80,95% CI = 1,09-2,96; OR = 4,02; 95% CI = 1,29-12,53 соответственно).

Рис. 1. Распределение аллелей и генотипов полиморфных локусов генов IL-1В+3954С>Т (А) и IL-10-1082G>A (Б) у индивидов, не инфицированных (о) и инфицированных (В) М. hominis.

Статистически значимые различия в обследуемых группах в отношении встречаемости версий генотипов и аллелей IL-1B-5I ¡С>Т, IL-IRN(VNTR) в наших исследованиях не обнаружены (р > 0,05).

У индивидов, не инфицированных М. hominis, достоверно чаще встречаются

комбинации генотипов 1Ь-/В-511 *Т/*Т / К-1 Ш*1/*1 (5,9% против 0,9%; р=0,044), а также Н,-1В+3954*С/*Г /И-1Ят1/*2 (22,8% против 11,8%; х2=4,08; ¿>=0,043) (рис. 2, 3). В отношении ассоциации полиморфных локусов -511С> Т и +3954С>Т гена И-1В статистически значимые различия не обнаружены (р > 0,05).

сс a се/и ccw ecu ccm am era cm cms cms таи ляг тт :: тли

Рис. 2. Распределение комбинаций генотипов по полиморфным локусам генов IL-1B-511С>Т и IL-1RN(VNTR) у индивидов, не инфицированных (□) и инфицированных (И) М. hominis. * -р < 0,05.

1В+3954С>Т и lL-lRN(VNTR) у индивидов, не инфицированных (□) и инфицированных (Ш) М. hominis. * - р < 0,05.

Статистически значимые различия в обследуемых группах одновременно по всем трем исследуемым полиморфным локусам генов IL-1B (-511С>Т и +39540Т) и IL-1RN(VNTR), а также в отношении комбинаций генотипов полиморфных локусов генов IL-1 (IL-IB (-5ИОТ и +39540Т) и IL-1 RN( VNTR)) и 1L-10 (IL-10-1082G>Ä) -антагонистичных (по «активации - ингибиции» иммунного ответа) цитокинов тоже не были выявлены (р > 0.05).

Полученные нами результаты свидетельствуют, что генотипы, определяющие

повышенный уровень секреции провоспалителыюго цитокина IL-1 и высокий уровень секреции противовоспалительного цитокина IL-10, способствуют персистенции М. hominis. Это согласуется с особенностями взаимодействия микоплазм с иммунной системой человека, определяющими персистенцию этих бактерий и связанные с нею сочетанные инфекции [Прозоровский и др., 1995; Поздеев, 2004]. Генотипы полиморфных локусов генов IL-1 и IL-10, обусловливающие повышенный уровень секреции про- и противовоспалительного цитокинов, были выявлены у 60,9% пациентов с сочетанными инфекциями, в том числе у 100,0% индивидов, являющихся носителями одновременно 3-х патогенных микроорганизмов [гл. 2.1].

Вопрос об ассоциации вариантов полиморфных локусов генов цитокинов 1L-1 и IL-10 и инфицирования микогатазмами мало изучен [Орлова и др., 2007; Jermias et al., 1999; Van der Schee et al., 2001]. Ассоциация генотипов ключевых иммуномсдиаторов с инфицированием М. hominis впервые была исследована в нашей работе. Гетерогенность группы инфицированных М. hominis по полиморфным вариантам IL-1 и IL-I0 может свидетельствовать об участии также других (помимо исследованных) факторов в восприимчивости индивидов к персистенции М. hominis.

23. Особенности структуры vaa-гена у клинических изолятов М. hominis

В результате анализа электрофоретического разделения ПЦР-продуктов, образованных при направленной амплификации нуклеотидных последовательностей ша-гена у 12 клинических изолятов микоплазмы, были выявлены 2 типа ампликонов - длиной 1150 н.п.о. и 1480 и.п.о. и установлено, что спектр рестрикционных фрагментов соотвегствующих ампликонов различается.

В результате определения и сравнительного анализа нуклеотидных последовательностей vaa-гена у клинических изолятов М hominis было обнаружено, что первичная структура соответствующего гена имеет высокую степень гомологии (92-99 %) с таковой коллекционных штаммов FBG (Х73834), 4195 (AJ001652) и 132 (AJ001651) микоплазмы. Согласно модульной организации гена, 6 из 12 клинических изолятов соответствуют штамму 132, 5 - FBG, а 1 - 4195.

Клинический изолят 28, как и штамм 4195, имеет уникальную структурную организацию гена Vaa [Boesen et al., 1998]. Нуклеотидная последовательность гена включает модуль VII, обнаруженный ранее в vaa-гене М. hominis штамма 1620, выделенного в США из суставной жидкости больного [Olson et al., 1991], и модуль V, характерный для vaa-гена М. hominis штамма FBG, выделенного в Германии из урогениталыюго тракта индивида [Fcldmann et al., 1992]. Степень гомологии выявленного нами изолята М. hominis 28 и коллекционного штамма 4195 составляет 98%. Выявление изолятов М. hominis с версиями vaa-гена, объединяющими модульный состав, характерный для различных штаммов М. hominis, установленных в разных этно-географических группах, при отсутствии каких-либо дупликаций vaa-гена или его фрагментов в геноме, а также наличие последовательностей для узнавания сайт-специфичсской рекоыбиназы в структуре модулей позволяют

предполагать вовлечение механизма ДНК-трансформации в антигенную вариабельность Vaa.

В V модуле vaa-гена у клинических изолятов, а также коллекционных штаммов М. hominis нами была обнаружена высокая частота значимых нуклеотидных замен (отношение количества нуклеотидных замен, сопровождающихся заменой аминокислоты, к общему количеству нуклеотидных замен в модульной последовательности vaa-гена у разных изолятов микоплазмы составляет 0,67 - 0,70). В нуклеотидной последовательности V модуля был выявлен гипевариабельный участок, ассоциированный с иммунозначимой зоной белка (плотность значимых нуклеотидных замен - 0,33, по сравнению, с 0,00 - 0,17 в остальных районах модуля). Аминокислотные последовательности, соответствующие гипервариабельному участку vaa-гена, ассоциированы с районами суггерспиралей и петель Vaa По данным Boesen et al. [2001], эти последовательности являются мишенями антигенраспознающих рецепторов, обусловливают взаимодействие с мембранами клетки хозяина и, соответственно, являются критичными для преодоления иммунного контроля и персистенции микоплазмы в организме хозяина.

2.4. Особенности морфологии и ультраструктуры клеток М. hominis PG37, образующихся в различных условиях среды

В результате исследования ультратонких срезов клеточных осадков М. hominis PG37 с помощью трансмиссивной электронной микроскопии было обнаружено, что условия культивирования М. hominis PG37 влияют на пролиферацию культуры, а также морфологию, ультраструктуру клеток микоплазмы и соотношение клеточных морфотипов в популяции бактерии (рис. 4).

Рис. 4. Изменение основных модальных -классов клеток в популяции М. hominis PG37 при культивировании микоплазмы в РУС.

I - Контрольная культура;

II - ОС (5 мкМ Н202, 48 ч.);

III - ОС (500 мкМ Н202,20 мин);

IV - ТШ (+42°С, 90 мин);

V - СДС (18 нед.);

VI - СДС (28 нед.).

Популяция контрольной культуры М. hominis PG37, выращенной в оптимальных условиях, представлена в основном «типичными» клетками микоплазмы. Это сферические клетки с умеренно плотной цитоплазмой и размером 0,2 - 0,4 мкм. Помимо «типичных» клеток, в популяции встречаются клетки с повышенной

9080 | 70 60 50 40 30

го ю о

J—

основные классы клеток по размерам (нм)

электронной плотностью и клетки, линейный размер которых превышает 0,4 мкм. В контрольной культуре обнаруживаются также УМФ - сферические, окруженные мембраной наноструктуры (диаметр < 0,2 мкм), которые могут соответствовать как наноклеткам бактерии, так и мембранным везикулам, определяющим у грамположительных и грамотрицательных бактерий секрецию белков, межклеточные взаимодействия и патогенез [Lee et ai, 2009].

При культивировании М. hominis PG37 в стрессовых условиях (ОС - 500 мкМ Н202, 20 мин; ТШ и СДС - 18 нед.) было обнаружено статистически значимое снижение (относительно контроля) количества «типичных» клеток микоплазмы (р < 0,01; р < 0,001). В случае ТШ также было зарегистрировано увеличение количества клеток размером более 0,4 мкм (р < 0,001). В случае ОС (5 мкМ Н202, 48 ч.; 500 мкМ Н^02, 20 мин) и СДС (18 и 28 нед.) в культуре бактерии было установлено возрастание УМФ, однако разница с контролем оказалась статистически значимой (р < 0,01) только в случае СДС (28 нед.) (рис. 4).

Результаты исследований влияния условий культивирования М hominis PG37 на способность микоплазмы к колониеобразованию на агаризованной среде свидетельствуют, что эта бактерия весьма устойчива к ОС (КОЕ/мл - 1,6х107 (5 мкМ Н202, 20 мин), 4,2х108 (500 мкМ Н202, 20 мин) в опытах по сравнению с 5,0х107 и 3,5 х108в контролях соответственно), но чувствительна к ТШ (КОЕ/мл - 4,7 х102 в опыте по сравнению с 3,5 х108 в контроле).

При статическом культивировании в условиях СДС М. hominis PG37 теряет способность к колониеобразованию через 8 суток после переноса с ППСЭ. Однако, по данным электронной микроскопии, ПЦР и протеомного анализа, неповрежденные клетки М. hominis PG37, а также ДНК микоплазмы сохраняются на протяжении всего срока наблюдения за культурой бактерии в НУС, что свидетельствует о переходе бактерии в НС.

Попытки «пробуждения» клеток М. hominis PG37 после длительного культивирования в условиях СДС оказались неэффективными. Известно, что при отмене неблагоприятных условий «пробуждение» бактериальных клеток из НС в пролиферирующее состояние может требовать особых условий в каждом конкретном случае [Головлев, 1998]. Для некоторых бактерий единственным эффективным способом реверсии является пассаж через восприимчивый организм [Романова, Гинцбург, 1998]. Для реверсии клеток AI. hominis PG37 из НС, вызванного статическим культивированием в условиях СДС, вероятно, необходимо присутствие в среде специфичных индукторов, природа которых пока не известна.

2.5. Сравнительный анализ метрических параметров и матричных свойств ДНК клеток М. hominis PG37, образующихся в различных условиях среды

Метрические параметры ДНК клеток микоплазмы, образующихся в РУС, существенно различаются. Длительное культивирование в НУС (СДС) вызывает уменьшение показателей «ширины» (р < 0,05) и «высоты» (р < 0,01) молекулы ДНК М. hominis PG37 (табл. 1).

Табл. 1

Данные АСМ-измерений метрических параметров ДНК (нм) клеток контрольной и опытной культур М. /ю/итц Рй37_

Метрические параметры ДНК* (нм) Контрольная культура Опытная культура

Ширина Высота 2,17±0,347 0,391±0,093 1,92±0,224 0,177±0,059

*Измерения параметров ДНК в выбранной области проводили в 20 повторностях.

Предполагается, что подобный эффект может быть вызван низкомолекулярными соединениями, ассоциированными с ДНК и/или ДНК-связанными белками [Ткаченко и др., 1998; Давыдова и др., 2005; Lyubchenko, Shlyakhtenko, 2009; Chiancone, Ceci, 2010]. В случае длительного пребывания бактерий в НУС устойчивые к фенольной экстракции, но чувствительные к обработке протеиназой К ДНК-связанные белки клеток микроорганизмов могут вызывать эффект обратимой аттенуации ПЦР-сигнапа при использовании матричной ДНК без специальной очистки [Зигангирова и др., 1995]. Различия в спектрах ПЦР-продуктов при амплификации нуклеотидных последовательностей бактериальных клеток, образующихся в РУС, могут приводить к ложным результатам детекции микроорганизмов в тестируемых образцах [Чернов и др., 2009; Chernov et al., 2007].

В результате сравнительного анализа продуктов амплификации генов dnaK, gyrA, gyrB, parE, parC, tuf, arcA, rrlA, rrlB, a также vaa изменения ПЦР-сигналов в отношении соответствующих нуклеотидных последовательностей клеток М. hominis PG37, образующихся в оптимальных и стрессовых (СДС) условиях, не были обнаружены (рис. 5).

1 2 3 4 5 6 M 7 8 9 10 11 12 1 2 3 4 5 M 6 7 8 9 10

н.п.о.

3000-> 1!

500-»-

Рис. 5. Электрофореграммы продуктов амплификации нуклеотидных последовательностей генов М. hominis PG37:

А - dnaK (1, 7), gyrAl (2, 8), gyrB (3, 9), tuf (4, 10), rrlA (5, 11), rrlB (6, 12) при использовании ДНК клеток M. hominis PG37 опытной (СДС) культуры, не обработанной (1-6) и обработанной (7-12) протеиназой К.

Б - arcA (1, 6), gyrA2 (2, 7), рагЕ (3, 8), рагС (4, 9), vaa (5,10) при использовании ДНК клеток М. hominis PG37 опытной (СДС) культуры, не обработанной (1-5) и обработанной (6-10) протеиназой К. M - маркер длины фрагментов.

Особенности структурной организации vaa-гена определяют возможность обнаружения клеток разных штаммов М. hominis с помощью направленной амплификации соответствующих нуклеотидных последовательностей [гл. 2.3], поэтому праймеры для амплификации гена Vaa могут быть эффективным диагностическим зондом для выявления экспресс-методом ПЦР клеток разных штаммов М. hominis, в том числе бактерии в НС (рис. 5).

2.6. Сравнительный анализ токсигенности М. hominis PG37 при культивировании микоплазмы в различных условиях среды

В результате наших исследований было установлено, что М. hominis PG37 обладает способностью оказывать ДНК-повреждающее действие на клетки тестерного штамма Е. coli PQ37. Однако-проявление генотоксичности микоплазмы в стрессовых условиях имеет особенности (рис. 6).

Клетки контрольной культуры М. hominis PG37 (но не их культурапьная жидкость) индуцируют SOS-ответ у тестерного штамма Е. coli PQ37. ТШ индуцирует появление у клеток М hominis PG37 токсических свойств; проявление генотоксического эффекта наблюдается только при 10-кратном разведении начальной концентрации клеток. В случае ОС генотоксичность у клеток микоплазмы не выявляется, но регистрируется у их культуральной жидкости. При длительном культивировании в условиях СДС клетки микоплазмы и их культуральная жидкость генотоксических свойств не проявляют.

Наличие генотоксических эффектов у культуральной среды клеток М hominis PG37, подвергнутых ОС, позволяет предположить секрецию генотоксических метаболитов из клеток микоплазмы в окружающую среду и/или изменения компонентов культуральной среды под действием секретируемых метаболитов клеток бактерии.

Рис. 6. Индукция SOS-ответа у тестерного штамма Е. coli PQ37 клетками М. hominis PG37, образующимися в РУС, а также их культуральной жидкостью.

I - питательная среда;

II - клетки микоплазмы;

III - клетки (разв-е в 10 раз);

IV - культуральная жидкость;

V - положительный контроль; К - контрольная культура; СМ - супермутаген (этилметан-

сульфонат).

2.7. Сравнительный протеомный анализ клеток М. hominis PG37, образующихся в различных условиях среды

В результате сравнительного протеомного анализа клеток М. hominis PG37, образующихся в различных условиях среды (контроль, "ГШ и СДС), нами были выявлены и идентифицированы 9 дифференциально экспрессированных белков в случае Till и 53 - в случае СДС (рис. 7А, Б, табл. 2).

Наиболее существенные изменения уровня экспрессии белков наблюдались в случае длительного культивирования в стрессовых условиях (СДС). Для большинства стресс-реактивных белков (36 из 53; 67,92%) при этом было обнаружено понижение уровня экспрессии (24; 45,28%) вплоть до нерегистрируемости сигнала (12; 22,64%); у 10 белков (18,87%) регистрировалось повышение уровня экспрессии, а экспрессия 7 белков (13,21%), наблюдаемая в опыте,*отсутствовала в контроле.

Распределение белков по функциональным категориям (COG):

J - трансляция; К - транскрипция; D -контроль клеточного цикла; О -посгрансляционная модификация, обмен ' белков, шапероны; С - энергообразованме; j G - транспорт и метаболизм углеводов; Е - I транспорт и метаболизм аминокислот; F -транспорт и метаболизм нуклеотидов; «-» -не классифицированы.

Рис. 7. Количественные изменения экспрессии растворимой фракции белков М. hominis PG37 в стрессовых условиях - СДС (А) и TILI (Б).

Таблица 2

Идентифицированные белки М. hominis PG37, экспрессия которых была выявлена при культивировании микоплазмы только в определенных условиях среды

№

Функциональная категория (NCBI)'

Название белка

№NCBI Score2 перекры- Мг(Да)/р13 тня

Дифферен-циальность экспрессии4 ТШ СДС

J J J J J К D О С G

E E F F P

R S

Аспартил-тРНК-синтггаза (/\spRS) Фактор элонгации б (ЕР-С)*

Треонил-тРНК-синтетаза

СПиВД)

Фгкгор элонгации Ти (Ти©)*

Фактор элонгации Ти (ТиВ)*

Фактор антатерминации транскрипции (К^С) Белок клеточного деления

Белок теплового шока (ЭпаК)*

Ацетапшназа (АСК)

Глицеральдегид-3-

фосфат-дегидрогеназа

(ОАРБН)*

Аминопегггндаза С

(РерС)

ХАА-Рго щшептадаза

(Рер<5)*

Дезоксирибозофосфат-альдолаза (ОеоС) Уридилаткиназа (11МРК) АТФ-связывающий белок импорта кобальта (СЫ01)

Консервативный гипотетический белок (МНО_ЗЗЮ) Гипотетический белок (МНС)_0960) Гипотетический белок (Ьр)«

Гипотетический белок (Ьр)»

gi|269114962 164 27 65700/6,42 2,45 к

gi"1269114921 131 22 77934/5,38 - о

gi]269114879 262 39 68215/7,25 1,72 к

gi|269114826 1*69 36 43569/5,75 - О

gi!269114826 236 55 43569/5,75 - О

gi|269115174 184 56 22578/6,02 Н.И. К

gi|18542434 191 40740/4,73 ltH. К

gi|13431502 147 25 80998/5,82 - О

gi|269l 15159 254 54 45101/6,39 Н.И. К

gi|6523351 167 63 29019/5,35 Н.И. К

gi|269114809 109 30 51544/5,41 - О

giJ269114986 141 36 39209/5,27 - О

gi|269115108 212 62 24252/6,75 ни. К

gi|269115235 193 56 27046/5,87 н.и. К

gi|269114971 201 43 29765/5,83 Н.И. К

gi|269115106 160 31 36031/6,05 н. и. К

gi ]269114870 81 47 11360/4,58 - О

gi|20152569 100 40 34998/5,55 н.и. К

gi|20l52569 201 54 34998/5,55 ни. К

Примечание: 'Р - транспорт и метаболизм неорганических ионов; R - предсказана только общая функция; S - функция не известна, остальные те же, что и для рис. 7. Достоверность поиска белков (score) в базе данных NCBI с использованием программы Mascot [http://www.matrixscience.com], где предел отсечения составлял 83 (р < 0,05). 'Теоретическая молекулярная масса белка в кДа и р[ согласно базе данных. "'Цифры (жирный или обычный шрифт) обозначают кратность изменения экспрессии белка (увеличение или уменьшение соответственно); К - обнаруживается в контроле, но отсутствует в опыте; О -обнаруживается в опыте, но отсутствует в контроле; «н.и.» - нет изменений в экспрессии между контролем и опытом; «-» - белок не обнаружен ни в контроле, ни в опыте. *Изоформы белков.

Выявленные различия экспрессии белков у клеток контрольной и опытных культур М. hominis PG37 могут быть связаны с особенностями их синтеза, протеолиза, а также распределения их в субклеточных структурах бактерии и секреции в различных условиях среды [Berrier et al., 2000; Wilkins et al., 2003; Muela et al., 2008; Kühner et al., 2009; Lee et al., 2009].

44 из 53 идентифицированных нами белков, дифференциально экспрессированных у М. hominis PG37, оказались специфичными стресс-реактивными белками микоплазмы для условий СДС, а 9 (AspRS, ThrRS, TrxA, AtpD, LDH, Cel, Prs и 2 изоформы консервативного гипотетического белка (МНО_0720)) - общими стресс-реактивными белками М. hominis PG37, модуляция уровня экспрессии которых была установлена как при ТШ, так и СДС. Однако сходный характер модуляции был выявлен только для 4-х белков (AtpD, LDH, Cel и Prs).

Особенный интерес из 4 общих стресс-реактивных белков представляет Cel (целлюлаза), увеличение уровня экспрессии которой было зарегистрировано как при ТШ, так и СДС. В урогенитальном тракте человека присутствуют бактерии, тоже обладающие соответствующей ферментативной активностью [Garland et al., 1987]. Показано, что повышение в среде ферментативной активности целлюлазы может обусловливать увеличение количества лактобацилл - основного фактора эубиоза генитального тракта, обеспечивающего его защитные функции. Наблюдаемое нами повышение экспрессии соответствующего фермента у М. hominis PG37 в стрессовых условиях - при ТШ и СДС, вероятно, связано с наличием в микробиоценозах общих сигнальных систем, обеспечивающих адаптацию бактерий и соответствующих микроэкосисгем к НУС.

Выявленные нами сгресс-реактивные белки М. hominis PG37 и их гены могут быть мишенями для определения механизмов адаптации микоплазмы к РУС и способов контроля микоплазменной инфекции.

. ЗАКЛЮЧЕНИЕ

Большой объем экспериментальных и теоретических данных, полученных в последнее время в разных лабораториях мира, существенно расширил представления о биологии и патогенности М. hominis - микоплазмы, инфицирующей человека и являющейся контаминантом клеточных культур. Однако факторы, определяющие преодоление защитных систем организма человека и выживание в НУС этой микоплазмы, размер генома которой (665 445 н.п.о) приближается к рекордно малому среди геномов, известных для бактерий (580 076 н.п.о. у М. genitalium), способных к самостоятельному воспроизведению, пока не ясны. Исследования адаптации этой микоплазмы к стрессорам немногочисленны и до недавнего времени были в основном связаны с определением молекулярных основ реорганизации поверхностных липопротеинов микоплазмы, определяющих адгезию и ускользание бактерий от иммунного контроля. Определение в 2009 году полной нуклеотидной последовательности генома М. hominis PG21 [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/]

обеспечило принципиально новые возможности для исследования молекулярно-генетических механизмов выживания микоплазмы в стрессовых условиях.

В нашей работе впервые в результате комплексных исследований факторов, определяющих персистенцию М. hominis, были выявлены молекулярно-генетические маркеры восприимчивости и устойчивости к персистенции микоплазмы; представлены варианты у клинических изолягов М. hominis гена, кодирующего иммунодоминантный белок - цитоадгезин Vaa, и показано, что для нуклеотидных последовательностей vaa-reна, кодирующих иммунозначимую зону белка, характерна гипервариабельность. Гипервариабельносгь соответствующего участка vaa-гена, может определять специфичную ассоциацию инфекционного агента и хозяина, способствующую персистенции бактерии.

Полученные нами результаты подтверждают предположения, что встречаемость М. hominis у пациентов с репродуктивной патологией, а также ассоциация генотипов полиморфных локусов генов цитокинов IL-1 (IL-1B-51IC>T, IL-1B+3954C>T, IL-IRN{VNTR)) и IL-10 (IL-I0-1082G>A) с персистенцией микоплазмы в разных регионах различаются. Эти данные определяют необходимость дифференцированного подхода при разработке схем лечения и профилактики микоплазменной инфекций.

В нашей работе также впервые представлены данные о морфологических, ультраструктурных, токсигенных и молекулярно-генетичсских особенностях изменений клеток М. hominis PG37 в РУС и идентифицированы стресс-реактивные белки микоплазмы.

Результаты наших исследований свидетельствуют, что воздействия стрессоров индуцируют специфичную реорганизацию клеточной и молекулярной биологии микоплазмы. Наличие у М. hominis PG37 механизмов для смены программ жизни в РУС определяет необходимость поиска новых подходов для исследования взаимодействия этой микоплазмы с организмом хозяина и способов контроля микоплазменной инфекции. Выявленные нами стресс-реактивные белки М. hominis PG37 и их гены могут быть мишенями для определения механизмов адаптации микоплазмы к РУС и способов контроля микоплазменной инфекции. Вместе с тем, очевидно, что разработка эффективных способов подавления микоплазменной инфекции у человека потребует реализации крупномасштабных исследовательских проектов по субпротеомному анализу М. hominis, ассоциированному с мембраной и УМФ бактерии, а также транскриптомно-протеомному профилированию клеток микоплазмы и человека при их взаимодействии.

ВЫВОДЫ

1. Слизистые оболочки урогенитального тракта 30,95% пациентов с отягощенным акушерским анамнезом инфицированы М. hominis. У 14,53% инфицированных микоплазмой присутствуют коинфекции - U. urealyticum (76,47%), С. trachomatis (5,88%), Т. vaginalis (17,65%).

2. Восприимчивость к М. hominis связана с наличием у индивидов определенных вариантов полиморфных локусов генов ключевых иммуномедиатороя

про- и противовоспалительных реакций - IL-I и IL-10. У носителей аллели 1L-1В+3954*С, а также генотипов IL-1B+3954*C/*C и IL-10-1082*G/*G повышен риск персистенции М. hominis, а у носителей генотипов IL-1B-511*Т/*Т / IL-1RN*!/*! и IL-1В±3954*С/*Т/IL-lRN*l/*2 вероятность микоплазменной инфекции снижена.

3. Клинические изоляты М. hominis вариабельны по первичной структуре и модульной организации гена, кодирующего цитоадгезин Vaa - фактор вирулентности микоплазмы. Нуклеотидная последовательность vaa- гена содержит гипервариабельный участок, ассоциированный с иммунозначимой зоной белка.

4. В культуре М. hominis PG37, помимо «типичных» клеток микоплазмы, присутствуют ультрамикроформы - сферические, окруженные мембраной наноструктуры (диаметр < 0,2 мкм). Длительное пребывание М. hominis PG37 в стрессовых условиях приводит к увеличению количества ультрамикроформ и переходу бактерии в некультивируемое состояние.

5. Длительное пребывание клеток М. hominis PG37 в стрессовых условиях приводит к изменению метрических показателей ДНК микоплазмы, но не вызывает изменения матричных свойств молекулы в отношении амплификации генов dnaK, gyrA, gyrB, parE, parC, tuf, arcA, rrlA, rrlB, а также vaa. Праймеры для амплификации vaa-гсна могут быть эффективным диагностическим зондом для обнаружения экспресс-методом ПЦР клеток разных штаммов М. hominis, в том числе бактерии в некультивируемом состоянии.

6. М. hominis PG37 обладает генотоксичностыо, проявление которой в стрессовых условиях имеет особенности. Образующиеся при оптимальных условиях клетки М. hominis PG37 (но не их культуральная жидкость) индуцируют SOS-ответ у тестерного штамма Escherichia coli PQ37; ТШ обусловливает появление у клеток также токсических свойств, а ОС - подавление генотоксичности у клеток микоплазмы и проявление ДНК-повреждающего действия у их культуральной жидкости. Культура клеток микоплазмы в некультивируемом состоянии генотоксических свойств не проявляет.

7. Различные виды стрессоров индуцируют у М. hominis PG37 изменение экспрессии как специфичных, так общих белков. 44 из 53 идентифицированных стресс-реактивных белков М. hominis PG37 являются специфичными для СДС, а 9 белков (AspRS, ThrRS, TrxA, AtpD, LDH, Cel, Prs и 2 изоформы консервативного гипотетического белка (МН0 0720)) проявляют изменение экспрессии в условиях ТШ и СДС. Идентифицированные стресс-реактивные белки участвуют в процессах трансляции, транскрипции, посттрансляционной модификации, регуляции клеточного цикла, энергообразовании, транспорте и метаболизме углеводов, аминокислот, нуклеотидов, неорганических ионов, а также вирулентности.

Список работ, опубликованных по теме диссертации

1. Горшков, О.В. Генетический полиморфизм микоплазм: вариабельности генов цитоадгезинов у клинических изолятов Mycoplasma hominis / O.B. Горшков, В.М. Чернов, O.A. Чернова, Н.Б. Баранова и др. // ДАН. - 2005. - Т. 404, N 2. - С. 1-4.

2. Chernov, V.M. Variability of the vaa cytoadhesin genes in clinical isolates of Mycoplasma hominis / V.M. Chernov, O.V. Gorshkov, O.A. Chernova, N.B. Baranova el al. //NEW Microbiol. - 2005. - Vol. 28. - P. 373-376.

3. Чернова, O.A. Распределение частот аллелей и генотипов полиморфных локусов IL-1B, IL-1RN и 1L-10 у человека при персистенции микоплазм (Mycoplasma hominis) / O.A. Чернова, Н.Б. Баранова, Н.И. Акберова и др. // Цитокины и воспаление. - 2008. - Т. 7, N 4. - С. 11-14.

4. Chernov, V.M. Genotoxic effects of mycoplasma cells (A. laidlawii PG8, M. gallisepticum S6, M. hominis PG37) formed in different growth conditions / V.M. Chernov, O.A. Chernova, A.B. Margulis, A.A. Mouzykantov, N.B. Baranova et al. // Am. Eurasian J. Agric. Environ Sei. - 2009. - Vol. 6, N 1. - P. 104-107.

5. Trushin, M.V. Atomic force microscopy analysis of DNA extracted from the vegetative cells and the viable, but nonculturable, cells of two mycoplasmas (Acholeplasma laidlawii PG8 and Mycoplasma hominis PG37) / M.V. Trushin, V.M. Chernov, O.V. Gorshkov, N.B. Baranova, O.A. Chernova II Scientific World JOURNAL. - 2010. - Vol. 10.-P. 894-900.

6. Горшков, O.B. Полиморфизм Mycoplasma hominis: особенности структуры и вариабельности генов цитоадгезинов Vaa клинических изолятов / О.В. Горшков, O.A. Чернова, Н.Б. Баранова и др. // «Медицинская микробиология - XXI век» Всероссийская научно-практическая конференция / Под ред. В.В. Кутыревам. -Саратов,2004.-С. 68-69.

7. Баранова, Н.Б. Полиморфизм генов семейства IL-1 при персистенции микоплазм у человека / Н.Б. Баранова, A.A. Музыкантов, О.В. Горшков // «Биология -наука XXI века» 10-ая Путинская школа-конференция молодых ученых, посвященная 50-летию Путинского научного центра РАН. Сб. тез. - Пущино: Изд-во Пущинского научного центра, 2006. - С. 66.

8. Баранова, Н.Б. Персистенция микоплазм у человека: полиморфизм генов адгезии (vaa) Mycoplasma hominis и цитокинов (IL-1, IL-I0) у носителей микоплазмы / Н.Б. Баранова, A.A. Музыкантов, Г.Ф. Шаймарданова, О.В. Горшков // «Молодые ученые в медицине» XII Всероссийская научно-практическая конференция с международным участием, носвященная 150-летию со дня рождения В.М. Бехтерева: Тез. докл. - Казань: Отечество, 2007. - С. 275-276.

9. Баранова, Н.Б. Молекулярные основы персистенции микоплазм у человека: гены vaa у клинических изолятов Mycoplasma hominis и IL (1, 10) у носителей микоплазмы / Н.Б. Баранова, A.A. Музыкантов, Г.Ф. Шаймарданова, О.В. Горшков // «Фундаментальные аспекты исследования симбиотических систем». Всероссийская

конференция с международным участием: Тез. докл. - Саратов, 2007. - С. 35.

10. Баранова, Н.Б. Особенности вариабельности генов уаа у клинических изолятов Mycoplasma hominis и IL (1, 10) у носителей микоплазмы / Н.Б. Баранова, A.A. Музыкантов, Г.Ф. Шаймарданова, О.В. Горшков // «Биология - наука XXI века» 11-ая Международная Путинская школа-конференция молодых ученых. Сб. тез. -Пущино: Изд-во Пущинского научного центра, 2007. - С. 69-70.

Н.Чернов, В.М. Адаптация микоплазм к неблагоприятным условиям роста связана с превращением вегетативных форм клеток в наноформы / В.М. Чернов, O.A. Чернова, О.В. Горшков, Г.Ф. Шаймарданова, A.A. Музыкантов, Н.Б. Баранова и др. // IV съезд Российского общества биохимиков и молекулярных биологов. Сб. тез. -Новосибирск: Арта, 2008. - С. 144.

12. Пельникевич, А.Д. Изменение вирулентных свойств микоплазм при адаптации к стрессорам / А.Д. Пельникевич, A.A. Музыкантов, Н.Б. Баранова и др. // «Постгеномная эра в биологии и проблемы в биотехнологии» II Международная научно-практическая конференция. Сб. тез. - Казань, 2008. - С. 102-103.

13. Baranova, N.B. Moleular-genetic factors for persistence of mycoplasmas (M. hominis) in humans / N.B. Baranova, O.V. Gorshkov, G.F. Shaymardanova et al. // Abstracts of 14th International conference «Microbial enzymes in biotechnology and medicine». - Kazan, 2009. - P. 96-97.

14. Gorshkov, O.V. Mycoplasma hominis strain 28 variable adherence associated protein iyad) gene, partial cds. ACCESSION GU056039 / O.V. Gorshkov, N.B. Baranova, O.A. Chernova, V.M. Chernov // Режим доступа: http://wwvv.ncbi.nlm.nih.gOv/nuccore/GU056039.l, свободный. - Проверено 20.09.2010.

15. Баранова, Н.Б. Ответные реакции Mycoplasma hominis PG37 на стрессоры: морфология, ультраструктура и экспрессия белков клеток микоплазм / Н.Б. Баранова, М.В. Трушин // «Актуальные проблемы современной биохимии и молекулярной биологии» Российская школа молодых ученых. Тез. докл. - Казань: Изд-во КФУ, 2010.-С. 13.

Список сокращений и условных обозначений

ДНК - дезоксирибонуклеиновая кислота

КОЕ - колониеобразующие единицы

мкм - микрометр

н.п.о - нуклеотидные пары оснований

нм - нанометр

НС - некультивируемое состояние

НУС - неблагоприятные условия среды

ОАА - отягощенный акушерский анамнез

ОС - окислительный стресс

ППСЭ - полноценная питательная среда Эдварда

ПЦР - полимеразная цепная реакция

РУС - различные условия среды

СДС - совокупное действие стрессоров

ТШ - тепловой шок

УМФ - ультрамикроформы

IL-1B-511C>T - полиморфизм гена IL-IB, обусловленный IL-IB+3954C>T однонуклеотидными заменами в положении -511

и +3954 соответственно IL-10-1082G>A — полиморфизм гена IL-10, обусловленный однонуклеотидными замензми в положении -1082 IL-IRN(VNTR) - полиморфизм гена IL-1RN, обусловленный изменениями числа копий повторяющихся последовательностей Vaa - вариабельный антиген, участвующий в адгезии

(variable adherence-associated antigen)

Отзывы на автореферат просьба отправлять по адресу 420008, Казань, ул. Кремлевская, д. 18, ФГАОУВПО «Казанский (Приволжский) федеральный университет», отдел аттестации научно-педагогических кадров, ученому секретарю З.И. Абрамовой.

Подписано в печать 24.09.10г. Форм. бум. 60x80 1/16. Печ. л. 1,5.

Тираж 100. Заказ № 416. Отпечатано с готового оригинал - макета в ООО «Вестфалика» г. Казань, ул. Б. Красная, 67. Тел.: 236-62-72

Содержание диссертации, кандидата биологических наук, Баранова, Наталья Борисовна

СПИСОК ПРИНЯТЫХ СОКРАЩЕНИЙ.

ВВЕДЕНИЕ.

Глава 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

1.1. Молекулярная и клеточная биология микоплазм.

1.1.1. Современные представления о таксономии и филогении микоплазм.

1.1.2. Особенности морфологии и ультраструктуры микоплазм.

1.1.3. Геном микоплазм и особенности структурной организации генетического материала Mycoplasma hominis PG21.

1.1.4. Концепция «минимальной» клетки и постгеномые исследования микоплазм.

1.2. Феноменология микоплазменных инфекции у человека.

1.2.1. Взаимодействие микоплазм с иммунной системой человека.

112.1.1. Цитоадгезия и генетически опосредованная антигенная вариабельность микоплазм Mycoplasma hominis.

1.2.1.2. Прямое и опосредованное воздействие микоплазм на иммуноциты: хромосомные аберрации и анергия иммунекомпетентных клеток.

1.2.1.3. Провоспалительные и противовоспалительные цитокины и полиморфизм генов ключевых иммуномедиаторов (IL-1, IL-10).

1.2.2. Клинические и биохимические аспекты персистенции микоплазм: особенности инфекций, вызываемых Mycoplasma hominis.

1.3. Адаптация микоплазм к неблагоприятным условиям среды и контроль микоплазменных инфекций.

ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ.

Глава 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.

2.1. Культивирование М. hominis на искусственных питательных средах.

2.2. Определение численности колониеобразующих единиц М. hominis PG37.

2.3. Трансмиссивная электронная микроскопия препаратов.

2.4. Атомно-силовая микроскопия ДНК.

2.5. Оценка токсичных и генотоксичных эффектов клеток М. hominis PG37.

2.6. Выделение и очистка ДНК.

2.6.1. Выделение ДНК из клинического материала с помощью коммерческих наборов.

2.6.2. Выделение ДНК из клеток микоплазмы, культивируемых in vitro.

2.6.3. Выделение ДНК из препаратов цельной крови.

2.7. Амплификация нуклеотидных последовательностей генов полимеразной цепной реакцией.

2.8. Рестрикционный анализ ампликонов.

2.9. Электрофоретическое разделение фрагментов ДНК в агарозном геле.

2.10. Выделение, дифференциальная окраска и разделение белков с помощью двумерного электрофореза.

2.11. Идентификация белков М. hominis PG37 с помощью MALDI TOF/TOF MS.

2.12. Определение нуклеотидных последовательностей ДНК

М. hominis PG37.

2.13. Анализ нуклеотидных и аминокислотных последовательностей in silico.

2.14. Статистическая обработка полученных данных.

Глава 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ.

3.1. Частота встречаемости М. hominis у индивидов с отягощенным акушерским анамнезом.

3.2. Распределение частоты встречаемости вариантов IL-1 (IL-1B-5110Т, IL-JB+3954C>TkIL-1RN(VNTR)) и IL-10 (IL-10-1082G>A) у инфицированных и не инфицированных М. hominis индивидов.

3.3. Особенности структуры vaa-тош. у клинических изолятов

М. hominis.

3.3.1. Сравнительный анализ структуры vaa-rena. у клинических изолятов М. hominis с помощью ПЦР и ПДРФ.

3.3.2. Сравнительный анализ нуклеотидных последовательностей vaa-гена у клинических изолятов М. hominis.

3.4. Особенности морфологии и ультраструктуры клеток М. hominis

PG37, образующихся в различных условиях среды.

3.5. Сравнительный анализ метрических параметров и матричных свойств ДНК клеток М. hominis PG37, образующихся в различных условиях среды.

3.6. Сравнительный анализ токсигенности М. hominis PG37 при культивировании микоплазмы в различных условиях среды.

3.7. Сравнительный протеомный анализ клеток М. hominis PG37, образующихся в различных условиях среды.

Введение Диссертация по биологии, на тему "Персистенция Mycoplasma hominis у человека"

Выяснение механизмов, определяющих персистенцию

Mycoplasma hominis — одной из наиболее распространенных микоплазм, ассоциированной с социально-значимыми заболеваниями человека, являющейся также контаминантом клеточных культур, используемых в биотехнологии для производства вирусных вакцин, — представляет значительный интерес как с точки зрения фундаментальных исследований, так и практических разработок, связанных с определением молекулярно-генетических основ формирования системы «паразит-хозяин» и способов ее контроля [Борхсениус и др., 2002; Waites et al., 2005].

В организме человека М. hominis способна вызывать развитие как урогенитальных, так и экстрагенитальных острых и хронических, локальных и системных инфекций аппарантного и инаппарантного типов. Урогенитальные микоплазменные инфекции могут обусловливать осложнения беременности, патологию и гибель плода [Прозоровский и др, 1995; Поздеев, 2004; Razin, Herrmann; 2002; Waites et al., 2005; Egawa et al., 2007]. Контроль микоплазменной инфекции представляет серьезную проблему, решение которой связывают с успехами изучения молекулярных основ адаптации микоплазмы к стрессорным воздействиям и восприимчивости индивидов к персистенции М. hominis [Борхсениус и др., 2002; Razin, 2006].

Факторы, обусловливающие персистенцию патогенных бактерий у млекопитающих и человека, в значительной мере определяются особенностями биологии инфекционного) агента и организма-хозяина [Прозоровский и др., 1995; Lysnyansky et al., 2001а; Wise et al., 2006]. Гены иммунного ответа организма-хозяина, а также иммунодоминантных и стресс-индуцированных белков инфекционного агента имеют при этом существенное значение [Yogev et al., 2002; Rhen et al., 2003; Razin, 2006; Hamsten et al., 2008]. Показано, что восприимчивость к персистенции ряда патогенных микроорганизмов у человека может быть связана с наличием у индивидов определенных генотипов инфекционных агентов, а также полиморфных локусов генов ключевых иммуномодуляторов про- и противовоспалительных реакций — IL-1 (IL-1B-511С>Т, IL-1B+3954C>T, IL-1RN(VNTR)) и IL-10 (IL-10-1082G>А) [Rad et al., 2004; Mege et al., 2006]. Изменения экспрессии генома, морфологии, ультраструктуры, пролиферации и вирулентности бактерий в ответ на воздействие стрессоров обусловливают адаптацию микроорганизмов к неблагоприятным условиям среды (НУС) и их персистенцию [Головлев, 1998; Чернов и др., 2007, 2008а, 2009, 2010; Muela et al, 2008; Madsen et al., 2006a, 2006b; Schafer et al., 2007; Folmsbee et al, 2010]. Результаты комплексных исследований генов иммунного ответа организма-хозяина, а также иммунодоминантных и стресс-индуцированных белков инфекционного агента могут использоваться для определения механизмов выживания патогенов в различных условиях среды (РУС) и способов контроля их персистенции, а также разработки региональных программ и индивидуальных схем? лечения заболеваний, ассоциированных с персистенцией микроорганизмов. Однако данные о проведении соответствующих исследований в отношении М. hominis отсутствуют.

Цель данной работы- — выявление факторов восприимчивости к микоплазменной- инфекции и особенностей ответных реакций- клеток М. hominis PG37 на стрессорные воздействия.

Основные задачи исследования:

1. Протестировать клинический материал на наличие М. hominis с помощью ПЦР и определить частоту встречаемости микоплазмы у индивидов с отягощенным акушерским анамнезом (жители г. Казани).

2. Определить варианты IL-1 (IL-1B-5HOT, IL-1B+3954C>T, IL-1RN(VNTR)) и IL-10 (IL-10-1082G>Ä) у инфицированных и не инфицированных М. hominis индивидов и провести анализ распределения частоты их встречаемости в обследуемых группах.

4. Провести сравнительный анализ морфологии, ультраструктуры и пролиферации клеток М. hominis PG37, образующихся в различных условиях среды — оптимальных и стрессовых.

7. Провести сравнительный протеомный анализ клеток М. hominis PG37, образующихся в различных условиях среды.

Научная новизна. Впервые проведены комплексные исследования факторов, определяющих персистенцию М. hominis у человека. С помощью ПЦР определены- встречаемость М. hominis у пациентов с отягощенным акушерским анамнезом (ОАА), особенности распределения генотипов полиморфных локусов генов ключевых цитокинов у инфицированных и не инфицированных микоплазмой индивидов - жителей г. Казани, а также вариабельности у клинических изолятов М. hominis vaa-гена, кодирующего фактор вирулентности микоплазмы — цитоадгезин Vaa.

Впервые выявлены молекулярно-генетические маркеры предрасположенности к инфицированию М. hominis. Установлено, что аллель IL-1B+3954*C и. генотипы IL-1B+3954*C/*C и IL-10-1082*G/*G повышают риск персистенции М. hominis, а генотипы IL-1B-511*Т/*Т/IL-1RN*1/*1 и IL-1В+3954*С/*Т / IL-lRN*l/*2 снижают вероятность микоплазменной инфекции. В нуклеотидных последовательностях vaa-гена, кодирующих сайты адгезии и иммунозначимую зону белка, установлен гипервариабельный участок.

Впервые показано, что в результате длительного пребывания М. hominis

PG37 в стрессовых условиях происходит переход бактерии в некультивируемое состояние (НС); в культуре микоплазмы достоверно возрастает количество ультрамикроформ (УМФ) - сферических, окруженных мембраной наноструктур (диаметр < 0,2 мкм).

Впервые установлено, что М. hominis PG37 обладает генотоксичностью, проявление которой в стрессовых условиях имеет особенности. Показано, что клетки М. hominis PG37, образующиеся при длительном культивировании в стрессовых условиях, и их культуральная жидкость не оказывают ДНК-повреждающего действия в отношении тестерного штамма Escherichia coli PQ37.

Научно-практическая значимость. Полученные данные вносят вклад в понимание адаптации М. hominis PG37 к РУС, представления о молекулярно-генетических аспектах персистенции микоплазмы у человека и их региональных особенностях.

В работе выявлены генетические маркеры предрасположенности индивидов (жители г. Казани) к персистенции М. hominis — бактерии, ассоциированной с заболеваниями репродуктивной системы человека, а также являющейся контаминантом клеточных культур, использующихся, в том числе в биотехнологии для производства вирусных вакцин, и предложен диагностический зонд, позволяющий не только идентифицировать различные штаммы М. hominis, но и выявлять экспресс-методом ПЦР культивируемые и некультивируемые формы бактерии.

Связь работы с научными программами и собственный вклад автора в исследование. Работа проводилась в соответствии с планом научных исследований КИББ КазНЦ РАН по теме «Взаимодействие микоплазм и эукариот: молекулярно-генетические основы образования некультивируемых форм бактерий и формирования- системы «паразит-хозяин»» (№ гос. per. 01200901965)- при финансовой поддержке РФФИ (проект № 01-04-49008); фонда НИОКР РТ (№= 03-3.10-163/2002-2004); Государственных' контрактов № 35-405/06 на выполнение научно-исследовательских работ, а также № 02.740.1Г.0391* в рамках ФЦП>«Научные и научно-педагогические7 кадры инновационной' России» на 2009-2013 гг. Научные положения диссертации базируются на результатах собственных исследований автора. Синтез праймеров, секвенирование нуклеотидных последовательностей, двумерный, электрофорез- и идентификацию полипептидов проводили в ФГУ «НИИ физико-химической медицины» ФМБА России (г. Москва); оценку токсических и генотоксических свойств клеток М. hominis PG37, а. также наноскопию молекул ДНК проводили- в КФУ (биолого-почвенный факультет, кафедра микробиологии; физический факультет, кафедра оптики и нанофотоники)* (г. Казань).- Выражаю искреннюю благодарность сотрудникам ФГУ «НИИ- физико-химической медицины» ФМБА России - д.б.н., проф. В:М. Говоруну, к.х.н. Т.А. Акопиан, М.А. Роговой, к.б.н. М.В. Серебряковой, В.А. Карпову и сотрудникам КФУ -д.б.н., проф. О.Н. Ильинской, к.б.н. Н.И. Акберовой, к.ф.-м.н. O.A. Коноваловой, к.б.н. А.Б. Маргулис за предоставленную возможность проведения совместных работ и помощь в экспериментах.

Положения, выносимые на защиту:

1. Аллель IL-1B+3954*C, а также генотипы IL-1B+3954*C/*C и IL-10-1082*G/*G повышают риск персистенции М. hominis, а генотипы IL-1B-511*Т/*Т / IL-1RN*!/*! и IL-1B+3954*C/*T / IL-IRN*l/*2 снижают вероятность микоплазменной инфекции.

2. Клинические изоляты М. hominis вариабельны по первичной структуре и модульной организации гена, кодирующего цитоадгезин Vaa. Нуклеотидные последовательности vaa-гена у клинических изолятов микоплазмы содержат гипервариабельный участок, ассоциированный с иммунозначимой зоной белка.

3. Условия культивирования М. hominis PG37 влияют на пролиферацию культуры, а также морфологию, ультраструктуру клеток микоплазмы и соотношение клеточных морфотипов в популяции бактерии.

4. М. hominis PG37 обладает генотоксичностью, проявление которой в стрессовых условиях имеет особенности.

5. Различные виды стрессоров индуцируют у М. hominis PG37 изменение экспрессии как специфичных, так общих белков.

Апробация работы:

Основные результаты диссертационной работы были представлены на Всероссийской научно-практической конференции «Медицинская микробиология - XXI век» (Саратов, 2004); 10-й Международной Пущинской школе-конференции молодых ученых «Биология - наука XXI века» (Пущино, 2006); Итоговой научной конференции КИББ КазНЦ РАН (Казань, 2007); Всероссийской научно-практической конференции «Молодые ученые в медицине» (Казань, 2007); Всероссийской конференции с международным участием «Фундаментальные аспекты исследования симбиотических систем» (Саратов, 2007); 11-й Международной Пущинской школе-конференции молодых ученых «Биология - наука XXI века» (Пущино, 2007); IV съезде Российского общества биохимиков и молекулярных биологов (Новосибирск,

2008), II Международной научно-практической конференции «Постгеномная эра в биологии и проблемы в биотехнологии» (Казань, 2008), XIV Международной конференции «Ферменты микроорганизмов в биотехнологии и медицине» (Казань, 2009), Российской конференции «Актуальные проблемы современной биохимии и молекулярной биологии» (Казань, 2010).

Заключение Диссертация по теме "Микробиология", Баранова, Наталья Борисовна

ВЫВОДЫ

2. Восприимчивость к М. hominis связана с наличием у индивидов определенных вариантов полиморфных локусов генов ключевых иммуномедиаторов про- и противовоспалительных реакций - IL-1 и IL-10. У носителей аллели IL-1B+3954*C, а также генотипов IL-1B+3954*C/*C и IL-10-1082*G/*G повышен риск персистенции М. hominis, а у носителей генотипов IL-1В-511 *Т/*Т / IL-1RN*1/*1 и / IL-IRN*l/*2 вероятность микоплазменной инфекции снижена.

3. Клинические изоляты М. hominis вариабельны, по первичной структуре и модульной организации гена, кодирующего цитоадгезин Vaa -фактор вирулентности микоплазмы. Нуклеотидная последовательность vaa-гена содержит гипервариабельный участок, ассоциированный, с иммунозначимой зоной белка.

4. В культуре М. hominis PG37, помимо «типичных» клеток микоплазмы, присутствуют ультрамикроформы — сферические, окруженные мембраной наноструктуры (диаметр < 0,2 мкм). Длительное пребывание М. hominis PG37 в стрессовых условиях приводит к увеличению количества ультрамикроформ и переходу бактерии в некультивируемое состояние.

5. Длительное пребывание- клеток М. hominis PG37 в стрессовых условиях приводит к изменению метрических показателей ДНК микоплазмы, но не вызывает изменения матричных свойств молекулы в отношении амплификации генов dnaK, gyrA, gyrB, parE, parC, tuf, arcA, rrlA, rrlB, а также vaa. Праймеры для амплификации vaa-гена могут быть эффективным диагностическим зондом- для обнаружения экспресс-методом ПЦР клеток разных штаммов М. hominis, в том числе бактерии в некультивируемом

СОСТОЯНИИ.

6. М. hominis PG37 обладает генотоксичностью, проявление которой в стрессовых условиях имеет особенности. Образующиеся при оптимальных условиях клетки М. hominis PG37 (но не их культуральная жидкость) индуцируют SOS-ответ у тестерного штамма Escherichia coli PQ37; ТШ обусловливает появление у клеток также токсических свойств, а ОС - подавление генотоксичности у клеток микоплазмы и проявление ДНК-повреждающего действия у их культуральной жидкости. Культура клеток микоплазмы в некультивируемом состоянии генотоксических свойств не проявляет.

7. Различные виды стрессоров индуцируют у М. hominis PG37 изменение экспрессии как специфичных, так общих белков. 44 из 53 идентифицированных стресс-реактивных белков М. hominis PG37 являются специфичными для СДС, а 9 белков (AspRS, ThrRS, TrxA, AtpD, LDH, Cel, Prs и 2 изоформы консервативного гипотетического белка (МНО0720)) проявляют изменение экспрессии в условиях ТШ и СДС. Идентифицированные стресс-реактивные белки участвуют в процессах трансляции, транскрипции, посттрансляционной модификации, регуляции клеточного цикла, энергообразовании, транспорте и метаболизме углеводов, аминокислот, нуклеотидов, неорганических ионов, а также вирулентности.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

Большой объем экспериментальных и теоретических данных, полученных в последнее время в разных лабораториях мира, существенно расширил представления о биологии и патогенности М. hominis — микоплазмы, инфицирующей человека и являющейся контаминантом клеточных культур. Однако факторы, определяющие преодоление защитных систем организма человека и выживание в НУС этой микоплазмы, размер генома которой (665 445 н.п.о.) приближается к рекордно малому среди геномов, известных для бактерий (580 076 н.п.о. у М. genitalium), способных к самостоятельному воспроизведению, пока не ясны. Исследования адаптации этой микоплазмы к стрессорам немногочисленны и до недавнего времени были в основном связаны с определением молекулярных основ реорганизации поверхностных липопротеинов микоплазмы, определяющих адгезию и ускользание бактерий от иммунного контроля. Определение в 2009 году полной нуклеотидной последовательности генома М. hominis [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/] обеспечило принципиально новые возможности для исследования молекулярно-генетических механизмов выживания микоплазмы в стрессовых условиях.

В нашей работе впервые в результате комплексных исследований факторов, определяющих персистенцию М. hominis, были выявлены молекулярно-генетические маркеры восприимчивости и устойчивости к персистенции микоплазмы и показано, что степень деструктивных процессов у инфицированных М. hominis индивидов может быть связана с особенностями генотипов ключевых цитокинов (IL-1 и IL-10); представлены варианты у клинических изолятов М. hominis гена, кодирующего иммунодоминантный белок - цитоадгезин Vaa, и показано, что для нуклеотидных последовательностей vaa-гена, кодирующих иммунозначимую зону белка, характерна гипервариабельность. Гипервариабельность соответствующего участка vaa-гена, может определять специфичную г ассоциацию инфекционного агента и хозяина, способствующую персистенции бактерии.

Полученные нами результаты подтверждают предположения, что встречаемость М. hominis у пациентов с репродуктивной патологией, а также ассоциация генотипов полиморфных локусов генов цитокинов IL-1 (.IL-1B-5 ПОТ, IL-1B+39540T, IL-1RN(VNTR)) и IL-10 (IL-10-1082G>A) с персистенцией микоплазмы в разных регионах различаются. Эти данные определяют необходимость дифференцированного подхода при разработке схем лечения и профилактики микоплазменной инфекций.

В нашей работе также впервые представлены данные о морфологических, ультраструктурных, токсигенных и молекулярно-генетических особенностях изменений клеток М. hominis PG37 в РУС и идентифицированы стресс-реактивные белки микоплазмы.

Результаты наших исследований свидетельствуют, что воздействия стрессоров индуцируют специфичную- реорганизацию клеточной и молекулярной биологии микоплазмы. Наличие у М. hominis PG37 механизмов для смены программы жизни в стрессовых условиях определяет необходимость поиска новых подходов для исследования взаимодействия этой микоплазмы с организмом хозяина и способов контроля микоплазменной инфекции.

Выявленные нами стресс-реактивные белки М. hominis PG37 и их гены могут быть мишенями для определения механизмов адаптации микоплазмы к условиям среды и способов контроля микоплазменной инфекции. Вместе с тем, очевидно, что разработка эффективных способов подавления микоплазменной инфекции у человека потребует реализации крупномасштабных исследовательских проектов по субпротеомномному анализу М. hominis, ассоциированному с мембраной и УМФ бактерии, а также транскриптомно-протеомному профилированию клеток микоплазмы и человека при их взаимодействии.

Библиография Диссертация по биологии, кандидата биологических наук, Баранова, Наталья Борисовна, Казань

1. Александрова, Н.М. Цитотоксическая активность мелитина, экспрессируемого рекомбинантными векторами в клетках Acholeplasma laidlawii и Mycoplasma hominis / Н.М. Александрова, М.П. Бевова, В.М. Говорун // Генетика. 2001. - Т. 37. - С. 46-53.

2. Антонов, А.С. Геномика и геносистематика / А.С. Антонов // Природа. -1999.-N6.-С. 19-26.

3. Арефьева, Н.А. Продукция цитокинов у больных риносинуситом при лечении циклофероном / Н.А. Арефьева, Л.Ф. Азнабаева, А. Л. Коваленко // Лечащий врач. 2000. - N 4. - С. 25-28.

4. Арлеевский, И.П. Микоплазменные инфекции и инфаркт миокарда / И.П. Арлеевский, О.А. Чернова, Л.А. Танеева и др. // Российский кардиологический журнал. 2003. - N 4. - С. 17-23.

5. Байцур, М.В. Уреаплазменная инфекция / М.В. Байцур, А'.Н. Екимов // Кремлевская медицина. Клинический вестник. — 2000. — N 3: — С. 5-1 Г.

6. Бактериальный вагиноз: Пособие для врачей / Л.В. Кудрявцева, Е.Н. Ильина, В.М. Говорун и др. М., 2001. - 56 с.

7. Бактериальный вагиноз: Пособие для врачей. / Под ред. В.М. Говоруна. 5-е изд.-М., 2009.-56 с.

8. Белова, Л.А. Биохимия процессов воспаления и поражения сосудов.

9. Роль нейтрофилов / JI.A. Белова // Биохимия. — 1997. — Т. 62. — С. 659-668.

10. Божедомов, В.А. Роль Mycoplasma hominis в мужском бесплодии / В.А. Божедомов, JI.3. Файзуллин, М.А. Николаева и др. // Проблемы репродукции. -2004.-N2.-С. 81-86.

11. Бонарцев, П.Д. Ультраструктурное и ультрацитохимическое исследование иммунокомпетентных клеток периферической крови женщин с привычным невынашиванием беременности / П.Д. Бонарцев, Е.М. Демидова // Акуш. и гин. 1987. -N 10.- С. 15-17.

12. Борхсениус, С.Н. Белок теплового шока а-кристаллинового типа из микоплазмы (Acholeplasma laidlawii) / С.Н. Борхсениус, И.Е. Вишняков, Е.В. Буданцева и др. // Цитология. 2008. - Т. 50, N 7. - С. 613-618.

13. Борхсениус, С.Н. Микоплазмы: молекулярная и клеточная биология, взаимодействие с иммунной системой млекопитающих, патогенность, диагностика / С.Н. Борхсениус, О.А. Чернова, В.М. Чернов, М.С. Вонский. -СПб.: Наука, 2002.-319 с.

14. Вайнштейн, М.Б. О наннобактериях / М.Б. Вайнштейн, Е.Б. Кудряшова // Микробиология. 2000. - Т. 69, N 2. - С. 163-174.

15. Вонский, М.С. Экспрессия белков теплового шока у микоплазм / М.С. Вонский, Г.В. Аствацатурянц, С.Н. Борхсениус // ДАН. 1993. - Т. 331, N 3. -С. 112-115.

16. Воробьева, Л.И. Антимутагенное действие бактерий против мутагенеза, индуцируемого 4-нитро-хинолин-1-оксидом (4-НХО) у Salmonella typhimurium ТА100 / Л.И. Воробьева, Т.А. Чердынцева, С.Л. Абилев // Микробиология. 1993. - Т. 62, N 2. - С. 232-237.

17. Галактионов, В.Г. Иммунологический словарь: Учеб. пособие для студ. высш. учеб. заведений / В.Г. Галактионов. — М.: Академия, 2005. — 160 с.

18. Гамалей, И.А. Перекись водорода как сигнальная молекула / И.А. Гамалей, И.В. Клюбин // Цитология. 1996. - Т. 38, N 12. - С. 1233-1247.

19. Гилинский, М.А. Асимметричный диметиларгинин: метаболизм, аргининовый парадокс, патофизиология / М.А. Гилинский // Успехи физиологических наук. 2007. - Т. 38, N 3. - С. 21-39.

20. Глазер, В.М. Гомологичная генетическая рекомбинация / В.М. Глазер // Соросовский образовательный журнал. — 1998. — N 7. — С. 13-21.

21. Гланц, С. Медико-биологическая статистика: Пер. с англ. / С. Гланц / Под ред. Н.И. Бузикашвили, Д.В. Самойлова. М.: Практика, 1999. - 460 с.

22. Головлев, E.JI. Введение в биологию стационарной фазы бактерий: механизм общего ответа на стрессы / E.JI. Головлев // Микробиология. -1999.-Т. 68, N5.-С. 623-631.

23. Головлев, E.JI. Другое состояние неспорулирующих бактерий / Е.Л. Головлев // Микробиология. 1998. - Т. 67, N 6. - С. 725-735.

24. Головлев, E.JI. Реакция бактериальных клеток на- холодовой шок на уровне динамики хромосомы, транскрипции и трансляции./ E.JI. Головлев // Микробиология. 2003. - Т. 72, N 1. - С. 5-13.

25. Гринстейн, Б. Наглядная биохимия / Б. Гринстейн, А. Гринстейн. — М.: ГЭОТАР Медицина, 2000. 119 с.

26. Гущин, А.Е. Роль точечных мутаций в генах топоизомеразы IV и ДНК-гиразы в формировании резистентности Mycoplasma hominis к фторхинолонам: Дис. канд. биол. наук / А.Е. Гущин. М., 1999. - 102 с.

27. Давыдова, O.K. О механизмах взаимодействия ДНК с химическими аналогами микробных аутоиндукторов анабиоза / O.K. Давыдова, Д.Г. Дерябин, А.Н. Никиян, Г.И. Эль-Регистан // Микробиология. 2005. - Т. 76, N3,- С. 306-312.

28. Демина, И.А. Протеом бактерии Mycoplasma gallisepticum / И.А. Демина, М.В. Серебрякова, В.Г. Ладыгина и др. // Биохимия. 2009. - Т. 74. - С. 205215.

29. Елисеева, И.В. О роли латентных, трудно культивируемых и некультивируемых персистентных бактерий в патологии человека / И.В. Елисеева, Е.М. Бабич, Ю.Л. Волянский и др. // Анналы Мечниковского Института. -2006.-N 1.-С. 12-46.

30. Животовский, Л.А. Популяционная биометрия / Л.А. Животовский. М.: Наука, 1991.-271 с.

31. Жуланова, Е.Ю. Диагностика микоплазменных заражений с помощью направленной амплификации / Е.Ю. Жуланова, М.С. Вонский, В.В. Лисин и др. // Молекуляр. генетика, микробиол. вирусол. 1993. - Т. 2. - С. 9-13.

32. Зефирова, Т.П. Клинические аспекты функционального состояния миометрия беременных женщин с хронической урогенитальной инфекцией / Т.П. Зефирова // Медицинский альманах. 2008. - N 5. - С. 45-48.

33. Зефирова, Т.П. Прогнозирование аномалий родовой деятельности у беременных с хронической урогенитальной инфекцией / Т.П. Зефирова, Л.И. Мальцева // Рос. вестн. акуш-ген. 2007. - Т. 2. - С. 21-26.

34. Зигангирова, H.A. Избирательное ингибирование амплификации ДНК у неадгезивных культур Mycoplasma pneumoniae / H.A. Зигангирова, C.B. Соловьева, И.В. Раковская и др. // Генетика. 1995. - Т. 31, N 8. - С. 10591064.

35. Зоерман, В.М. Усовершенствование лабораторной диагностики урогенитальной хламидийной инфекции: Автореф. дис. . канд. мед. наук: 03.00.07 / В.М. Зоерман. Пермь, 2007. - 30 с.

36. Зубаиров, Д.М. Молекулярные основы свертывания крови и тромбообразования / Д.М. Зубаиров. Казань: Фэн, 2000. - 364 с.

37. Зяблицев, C.B. Распространенность заболеваний, передающихся половым путем, у различных групп населения г. Донецка и области / C.B. Зяблицев, В.Я. Уманский, В.В. Новосельская // Вестник гигиены и эпидемиологии. 2002. - T. 6, N 2. - С. 135-139.

38. Ильинская, О.Н. Влияние аутоиндукторов анабиоза бактерий на геном микробной клетки / О.Н. Ильинская, А.И. Колпаков, П.В. Зеленихин и др. // Микробиология. 2002. - Т. 71, N 2. - С. 194-199.

39. Ильинская, О.Н. Краткосрочные тест-системы для определения генотоксичности. Методическое руководство / О.Н. Ильинская, А.Б. Маргулис. Казань: Изд-во КГУ, 2005. - 31 с.

40. Кольман, Я. Наглядная биохимия. 2-е изд.: Пер. с нем. / Я. Кольман, К.-Г. Рем. М.: Мир, 2004. 469 с.

41. Коромыслов, Г.Ф. Микоплазмы в патологии животных / Г.Ф. Коромыслов, Я. Месарош, JI. Штипкович и др. М.: Агропромиздат, 1987. -256 с.

42. Кузьмина, C.B. Малигнизация нормальных клеток в условиях длительного культивирования in vitro / C.B. Кузьмина. — M., 1983. — 228 с.

43. Ли, Ю.З. Сравнительное изучение белкового состава клеток патогенной (штамм 232) и авирулентной (штамм J) форм Mycoplasma hyopneumoniae / Ю.З. Ли, Й.П. Хо, Ш.Т. Чен и др. // Биохимия. 2009. - Т. 74. - С. 264-271.

44. Лущак, В.И. Окислительный стресс и механизмы защиты от него у бактерий / В.И. Лущак // Биохимия. 2001. Т. 66. - С. 592-609.

45. Льюин, Б. Гены: Пер. с англ. / Б. Льюин. -М.: Мир, 1987. 544 с.

46. Мальцева, Л.И. Механизмы развития осложнений беременности и перинатальных повреждений плода при микоплазменной инфекции у женщин: Дис. . докт. мед. наук: 14.00.01. / Л.И. Мальцева. Казань, 1996. -264 с.

47. Мальцева, Л.И. Микоплазменная инфекция в акушерской и перинатальной патологии / Л.И. Мальцева, Т.П. Зефирова^ Л.А. Лобова и др. //Казанский медицинский журнал. 2005. - Т. 86, N 2.- С. 131-135.

48. Маниатис, Т. Методы генетической инженерии. Молекулярное клонирование / Т. Маниатис, Э. Фрич, Дж. Сэмбрук. — М.: Мир,, 1984. 480 с.

49. Меныцикова, Е.В. Окислительный стресс при воспалении / Е.В. Меньшикова, Н;К. Зенков // Успехи соврем, биологии. 1997. - Т. 117. - С. 155-171.

50. Момыналиев, К.Т. Механизмы генетической нестабильности молликут (микоплазм) / К.Т. Момыналиев, В.М. Говорун // Генетика. — 2001. Т. 37, N 9,-С. 1173-1187.

51. Музыкантов,' A.A. Адаптация микоплазм (Mycoplasma gallisepticum S6) к неблагоприятным условиям роста: Дис. . канд. биол. наук: 03.00.04; 03.00.07. / A.A. Музыкантов. Казань, 2008. - 164 с.

52. Нетрусов, А.И. Микробиология / А.И. Негрусов, И.Б. Котова: М.: Академия, 2006. - 352 с.

53. Николаев, Ю.А. Внеклеточные факторы; адаптации бактерий' к неблагоприятным условиям среды / IO.A. Николаев // Прикл. биохимия и микробиология. 20041- Т. 40,; N 4: - С. 387-397.

54. Падейская, E.H. Антимикробные препараты группы фторхинолонов в клинической практике / E.H. Падейская, В.П. Яковлев. М., 1998. - 205 с.

55. Перт, С. Дж. Основы культивирования микроорганизмов и клеток / С. Дж. Перт. М.: Мир, 1978. - 332 с.

56. Пименова, М.Н. Руководство к практическим занятиям по микробиологии: Практическое пособие / М.Н. Пименова, H.H. Гречушкина,

57. Л.Г. Азова и др. / Под ред. H.G. Егорова. 2-е изд. -М;: Изд-во Моск. ун-та, 1983.-215 с.

58. Поздеев, O.K. Медицинская.микробиология / O.K. Поздеев / Под ред.

59. B.И. Покровского. М.: ГЭОТАР-МЕД, 2004. - 768 с.

60. Показатели деятельности дерматовенерологической службы Республики Татарстан за 2007-2008 г. -Казань, 2009.- 27 с.

61. Прозоровский; С.В. Медицинская микоплазмология / G.B. Прозоровский; И.В. Раковская, Ю.В. Вульфович. М.: Медицина, 1995. - 288 с:.; •

62. Ройт, А. Иммунология / А. Роит, Дж. Бростофф, Д.М. Мейл. М.: Мир, 2000.-582 с.

63. Романова, Ю.М. Цитокины — возможные активаторы роста патогенных бактерий / Ю.М! Романова, А.Л: Гинцбург // Вестник РАМН. 2000. - N 1.1. C. 13-18.

64. Скрипаль, И^Г. Микоплазмы. Микроорганизмы возбудители болезней растений / И.Г.Скрипаль / Под ред. В.И. Билая. - Киев: Наук. Думка, 1988. — С. 326-372.

65. Скрипаль, И.Г. Ультраструктура растительных, микоплазм- и их взаимодействие с клетками специфичных и неспецифичных хозяев / И.Г. Скрипаль, А.НЮнищенко, И.П. Алексеенко и др. // Микробиол. журн. — 1978. -Т. 40, N 1. -С. 58-63.

66. Соколенко, A.B. Некультивируемые формы бактерий: распространение в природе,, индукторы некультивируемого: состояния и. реверсии / A.B. Соколенко // Соврем, наукоемкие технологии. 2006. - N 2. - С. 11-15.

67. Тимаков, В.Д. I,-формы бактерий и; семейство Mycoplasmataceae в патологии / В.Д. Тимаков, Г.Я. Каган. М., 1973. - 329 с.

68. Ткаченко, А.Г. Обмен пугресцина и калия между клеткой и средой как фактор адаптации Escherichia coli к гиперосмотическому шоку / А.Г. Ткаченко, О.Я. Салахетдинова, М.Р. Пшеничнов // Микробиология. — 1997. Т. 66, N 3. С. 329-334.

69. Фрейдин, М.Б. Полиморфизм генов интерлейкинов и их рецепторов: популяционная распространенность и связь с атопической бронхиальной астмой / М.Б. Фрейдин,- В.П. Пузырев, Л.М. Огородова и др. // Генетика. -2002.-Т. 38, N 12.-G. 1710-1718.

70. Фрейдлин, И.С. Цитокины и межклеточные контакты в противоинфекционной защите организма / И.С. Фрейдлин // Соросовский образовательный журнал. 1996.-N 7. - С. 19-22.

71. Фридлянская, И.И. Обнаружение капсулы у микоплазмы Acholeplasma laidlawii / И.И. Фридлянская, А.М. Ишов, Ф.М. Летучая и др. // ДАН. 1994. - Т. 334, N 3. -С. 375-377.

72. Хмель, И.А. Регуляция экспрессии, бактериальных; генов; в отсутствие активного роста клеток / И.А. Хмель // Генетика. — 2005. Т. 41, N 9. — С. 1183-1202.

73. Хочачка, П. Биохимическая адаптация: Пер. с англ. / II. Хочачка, Дж. Сомеро. М.: Мир;. 1988. — 568 с:

74. Чернов, В.М. Адаптация Mycoplasma gallisepticum S6 к неблагоприятным условиям роста: изменение морфологических и физиологических свойств / В.М. Чернов, O.A. Чернова, О.В. Горшков и др. // Микробиология. 20086. - Т. 77, N 6. - С.777-781.

75. Чернов, В.М. Адаптация микоплазм к биогенным и абиогенным стрессорам: наннотрансформация и мини-тела Acholeplasma laidlawii / В.М. Чернов, Ю.В. Гоголев, Н.Е. Мухаметшина и др. // ДАН. 2004. - Т. 396, N 3. -С. 417-420.

76. Чернов, В.М; Адаптация микоплазм к неблагоприятным условиям роста: нанотрансформация и фитопатогенность Acholeplasma laidlawii PG8 / В.М.

77. Чернов, Н.Е. Мухаметшина, Ю.В. Гоголев и др. // ДАН. 2007. - Т. 413, N 2. -С. 271-275.

78. Чернов, В.М. Адаптация микоплазм к неблагоприятным условиям роста: морфология, ультраструктура и экспрессия генома клеток Mycoplasma gallisepticum S6 / В.М. Чернов, В.М. Говорун, И.А. Демина // ДАН. 2008а. -Т. 421, N5.-С. 701-704.

79. Чернов, В.М. Адаптивные реакции микоплазм in vitro: «жизнеспособные, но некультивируемые формы» и наноклетки Acholeplasma laidlawii / В.М. Чернов, Н.Е. Мухаметшина, Ю.В. Гоголев, и др. // Микробиология. 2005. - Т. 75, N 4. - С. 498-504.

80. Чернов, В.М. Ответные реакции клеток Acholeplasma laidlawii PG8 на холодовой шок и окислительный стресс: протеомный, анализ и стресс-реактивные белки*микоплазмы / В.М. Чернов, O.A. Чернова, Е.С. Медведева и др. // ДАН. 2010. - Т. 432. - С. 126-131.

81. Чернов, В.М. Феноменология микоплазменных инфекций растений / В.М. Чернов, O.A. Чернова, И.А. Тарчевский // Физиол. раст. — 1996. Т. 43, N 5. - С.721-728.

82. Чернова, O.A. Биохимические аспекты патогенеза при персистенции микоплазм у человека: Дис. . докт. биол. наук: 03.00.04. / O.A. Чернова. -М., 1997.-238 с.

83. Чернова, О.А. Хромосомные аберрации, индуцированные микоплазменными инфекциями в лимфоцитах периферической крови человека / О.А. Чернова, Е.Н. Волкова, В.М. Чернов // Генетика. — 1996. — Т. 6.-С. 754-763.

84. Шлегель, Г. Общая микробиология: Пер. с нем. / Г. Шлегель. М.: Мир, 1987.-567 с.

85. Эпидемиология и профилактика инфекций, передаваемых преимущественно половым путем (ШИШ), и чесотки: Информационный бюллетень / Под ред. Л.П. Зуевой СПб., 2004. - 36 с.

86. Юдин, И.П. Современные подходы к оценке жизнеспособности бактерии с акцентом на феномене некультурабельности / И.П. Юдин // Annals of Mechnicov Institute. 2007. - N 3. - P. 8-16.

87. Яковлев, С.В. Клиническая химиотерапия бактериальных инфекций / С.В. Яковлев. М., 1997. - 255 с.

88. Alonso, J.C. Purification and properties of the RecR protein from Bacillus subtilis 168 / J.C. Alonso, A.C. Stiege, B. Dobrinski, R. Lurz // J. Biol. Chem. -1993.-Vol. 268.-P. 1424-1429.

89. Ayora, S. Bacillus subtilis RecU protein cleaves Holliday junctions and anneals single-stranded DNA / S. Ayora, B. Carrasco, E. Doncel et al. // PNAS. -2004.-Vol. 101.-P. 2452-2457.

90. Baczynska, A. Development of real-time PCR for detection! of Mycoplasma hominis / A. Baczynska, H.F. Svenstrup, J. Fedder et al. // BMC Microbiol. -2004.-Vol. 4:35.

91. Baczynska, A. Morphology of human Fallopian tubes after infection with Mycoplasma genitalium and Mycoplasma hominis — in vitro organ culture study / A. Baczynska, P. Funch, J. Fedder et al. // Hum. Reprod. 2007. - Vol. 22. - P. 968-979.

92. Baczynska, A. The use of enzyme-linked immunosorbent assay for detectionof Mycoplasma hominis antibodies in infertile women serum samples / A. Baczynska, H.F. Svenstrup, J. Fedder et al. // Hum. Reprod. — 2005. — Vol. 20. — P. 1277-1285.

93. Bai, X. AY-WB Phytoplasma secretes a protein that targets plant cell nuclei / X. Bai, V.R. Correa, T.Y. Toruno et al. // Mol. Plant-Microbe Interact. 2009. -Vol. 22.- P: 18-30.

94. Barile; M.F. Immunization against mycoplasma infections / M.F. Barile // In: The mycoplasmas / M.F.Barile, Sh. Razin (eds). Orlando. 1985. - Vol. 4. - P. 452-492.

95. Bebear, C.M: Alterations in topoisomerase IV and DNA gyrase in quinolone-resistant mutants of Mycoplasma hominis obtained in vitro / C.M. Bebear, H. Renaudin, A. Charron et al. // Antimicrob. Agents Chemother. — 1997. Vol. 42. -P. 2304-2311.

96. Bendtzen, K. Immune hormones (cytokines): pathogenic role in autoimmune rheumatic and endocrine diseases / K. Bendtzen // Autoimmunity. — 1989. Vol. 2. -P. 177-189.

97. Bergey's Manual of Systematic Bacteriology / G.M. Garrity et al. (eds). -NY.: Springer-Verlag, 2004, 2nd edition. 401 p.

98. Bidwell, J. Cytokine gene polymorphism in human disease: on-line databases / J, Bidwell, L. Keen, G. Gallagher et al. II Genes Immun. 1999. - Vol. 1. -P. 319.

99. Bidwell, J. Cytokine gene polymorphism in human disease: on-line databases, Supplement 1 / J. Bidwell, L. Keen, G. Gallagher et al. // Genes Immun: — 2001. — Vol. 2.-P. 61-70.

100. Blanchard, A. Sexyally transmitted mycoplasmas in humans / A. Blanchard; L.D. Olson, M.F. Barile // In: Molecular and cell biology of sexually transmitted* dieseases /D: Wright, L. Archard (eds). 1992.-P. 55-85.

101. Blum; PI. Silver staining of proteins in Polyacrylamide gels / I I. Blum, M. Beier, I I.J. Gross // Electrophoresis. 1987. - Vol. 8. - P. 93-99.

102. Boesen,- T. Molecular design of Mycoplasma hominis Vaa adhesin / T. Boesen, N. Fedosova, M. Kjeldgaard et al. II Protein Science. — 2001. -Voh 10. -P. 2577-2586.

103. Boesen,, T. The Mycoplasma hominis vaa .gene displays s mosaic gene structure / T. Boesen, J. Emmersen,.E.T. Jensen et all // Mol. Microbiol. — 1998. -Vol. 29.-P. 97-110.

104. Boesen, T. The vaa locus of Mycoplasma hominis contains a divergent genetic islet encoding a putative membrane; protein / T. Boesen,. J. Emmersen; A. Baczynska et al.//BMC Microbiol-- 2004v -Vol. 4:37. . "

105. Boorstein, W.R. Molecular evolution; of the HSP70 multigene. family// W.R. Boorstein, T. Ziegelhoffer, E.A. Craig // X: Mol; Evol. 1994.-Vol. 38.-P; 1-17.

106. Bragä; P.C. Atomic force microscopy: biomedical methods and applications./ P.C. Braga, D; Ricci. Totowa: Iiumana Press, 20041- 394 p.

107. Brown, D:R. Revised minimal^^standards; for^¡description:of new species of the class Mollicutes (division Tenericutes) / D.R. Brown, R.F. Whitcomb, J.M. Bradbury // Int. J. Syst. Bacteriol. 2007. - Vol. 57. - P. 2703-2719.

108. Brunner, H. Chemotherapy of mycoplasmas / H. Brunner, G. Laber // In: The Mycoplasmas. Oplando, 1985. - Vol. 4. - P. 403-451.

109. Bustard, K. The sequences of heat shock protein 40 (DnaJ) homologs provide evidence for a close evolutionary relationship between the Deinococcus thermos group and cyanobacteria / K. Bustard, R.S. Gupta // J. Mol. Evol. 1997. - Vol. 45.-P. 193-205.

110. Cecchini, K.R. Transcriptional responses of Mycoplasma gallisepticum strains

111. R in association with eukaryotic cells / K.R. Cecchini, T.S. Gorton, S J. Geary // J. Bacteriol. 2007. - Vol. 189. - P. 5803-5807.

112. Chassard, C. Interaction between H2-producing and non-H2-producing cellulolytic bacteria from the human colon / C. Chassard, B. Gaillard-Martinie, A. Bernalier-Donadille // FEMS Microbiol. Lett. 2005. - Vol. 242. - P. 339-344.

113. Chena, S.Y. Morphological changes of Vibrio parahaemolyticus under cold-and starvation-stresses / S.Y. Chena, W.N. Janeb, Y.S. Chena, H.C. Wong // Int. J: Food Microbiol. 2009. - Vol. 129.-P. 157-165.V

114. Chiancone, E. Role of Dps (DNA-binding proteins from- starved cells) aggregation on DNA / E. Chiancone, P. Ceci // Front. Biosci. 2010: — Vol. 15. -P. 122-131. ;

115. Christiansen, G. Genetic variation in natural populations / G. Christiansen // In Mycoplasmas: molecular, biology andi pathogenesis / J. Maniloff et al. (eds). Washington: ASM; 1992. P. 561-574.

116. Cole, R.M. Transmission electron microscopy. Basic techniques / R.M. Cole // In: Methods in Mycoplasmology / Sh. Razin, J.G. Tully (eds). NY.: Academic Press, 1983. Vol. 1. - P. 43-50.

117. Cordwell; S.J. Proteome analysis of Spiroplasma melliferum (A56) and protein characterisation across species boundaries / S.J. Cordwell, D.J. Basseal, I. Humpheiy-Smitlr// Electrophoresis. 1997^ - Vol. 18; - P; 1335-1346.

118. Deckers-Hebesreit; G; The; F0 comp lex of the proton-translocating F-type ATFase of Escherichia coli / G. Deckers-Hebesreit, K., Altendorf// J. Exp. Biol: -1992.-Vol. 172.-P. 451-459.

119. Dessi, D. Mycoplasma hominis and Trichomonas vaginalis: a unique case of symbiotic relationship between two obligate human; parasites / D. Dessi, P. Rappelli, N. Diaz et al. // Frontiers in Bioscience. 2006. - Vol. 11. - P. 20282034:

120. Di Giovine, F.S. Single base polymorphism at -511 in the human interleukin-1 beta gene (IL1 beta) / F.S. Di Giovine, E. Takhsh, A.I. Blakemore, G.D. Duff// Hum. Mol. Gen. 1992. - Vol. 1. - P. 450.

121. Díaz-García, F.J. Mycoplasma hominis attaches to and locates intracellularly in human spermatozoa / F.J. Díaz-García, A.P. Herrera-Mendoza, S. Giono-Cerezo, F.M. Guerra-Infante // Hum. Reprod. 2006. - Vol. 21. - P. 1591-1598.

122. Dinarello, C.A. Biologic basis for interleukin-1 in disease / C.A. Dinarello // Blood. 1996. - Vol. 87. - P. 2095-2147.

123. Dowds, B.C.A. Regulation of the oxidative stress response by the hpr gene in Bacillus subtilis / B.C.A. Dowds, J.A. Hoch // J1 Gen. Microbiol. 1991. - Vol. 137. - P. 1121-1125.

124. Duncan, S. Luminescence-based detection of activity of starved and viable but nonculturable bacteria / S. Duncan, L.A. Glover, K. Killham, J.I. Prosser // Appl. Environ. Microbiol. 1994. - Vol. 60. - P. 1308-1616.

125. Dvorakova, H. Detection of mycoplasma contamination in cell cultures and bovine sera / H. Dvorakova, L. Valicek, M. Reichelova // Vet. Med. Czech.2005.-Vol. 6.-P. 262-268.

126. Dybvig, K. Genome of Mycoplasma arthritidis / K. Dybvig, C. Zuhua, P. Lao et al. // Infect. Immun. 2008. - Vol. 76. - P. 4000-4008.

127. Dybvig, K. Molecular biology of mycoplasmas / K. Dybvig, L. Voelker // Annu. Rev. Microbiol. 1996. - Vol. 50. - P. 25-27.

128. Edward, D.G. Recommendations on nomenclature of the order Mycoplasmatales / D.G. Edward, E.A. Freundt, R.M. Chanock // Science. 1967. - Vol. 155. -P. 1964-1966.

129. Egawa, T. Ureaplasma urealyticum and Mycoplasma hominis presence in umbilical cord is associated with pathogenesis of funisitis / T. Egawa, I. Morioka, T. Morisawa et al. // Kobe J. Med. Sei. 2007. - Vol. 53. - P. 241-249.

130. Eisen, J.A. The RecA protein as a model molecule for molecular systematic studies of bacteria: comparison of trees of RecAs and 16S rRNAs from the same species / J.A. Eisen // J. Mol. Evol. 1995. - Vol. 41. - P. 1105-1123.

131. El-Omar, E.M. Interleukin-1 polymorphisms associated with increased risk of gastric cancer / E.M. El-Omar, M. Carrington, W. H. Chow et al. // Nature. 2000. -Vol. 404.-P. 398-402.

132. Erova, T.E. Cold shock exoribonuclease R (VacB) is involved in Aeromonas hydrophila pathogenesis / T.E. Erova, V.G. Kosykh, A.A. Fadl et al. // J. Bacteriol. 2008, - Vol. 190. - P. 3467-3474.

133. Eskdale, J. Mapping of the human IL-10 gene and further characterization of the* 5' flanking sequence / J. Eskdale, D. Kube, H. Tesch, G. Gallagher // Immunogenet. 1997. - Vol. 46. - P. 120-128.

134. Falah, M. Phylogenetic analysis of mycoplasmas based on Hsp70 sequences: Cloning of the dnaK (hsp70) gene region of Mycoplasma capricolum / M. Falah, R.S. Gupta // Int. J. Syst. Bacteriol. 1997. - Vol. 47. - P. 38-45.

135. Fehri, L.F. Resistance to antimicrobial peptides and stress response in Mycoplasma pulmonis / L.F. Fehri, P. Sirand-Pugnet, G. Gourgues et al. // Antimicrob. Agents Chemother. 2005. - Vol. 49. - P. 4154-4165.

136. Feldmann, R.C. Decreased metabolism and viability of Mycoplasma hominis induced by monoclonal antibody-mediated agglutination / R.C. Feldmann, B. Henrich, V. Kolb-Bachofen, U. Hadding // Infect. Immun. 1992. - Vol. 60. - P. 166-174.

137. Ferrer-Navarro, M. Proteome of the bacterium Mycoplasma penetrans / M. Ferrer-Navarro, A. Gomez, O. Yanes et al. // J. Proteome Res. 2006. - Vol. 5. -P. 688-694'.

138. Folmsbee, M. Nutritional effects of culture media on mycoplasma cell size and removal by filtration / M. Folmsbee, G. Howard, M. McAlister // Biologicals. 2010. - Vol. 38. - P. 214-217.

139. Fox, G.E. The phylogeny of prokaryotes / G.E. Fox, E. Stackebrandt, R.B. Hespell et al. // Science. 1980. - Vol. 209. - P. 457-463.

140. Fräser, C.M. The minimal gene complement of Mycoplasma genitalium / C.M. Fräser, J.D. Gocayne, O. White et al. // Science. 1995. - Vol. 270. - P. 397403.

141. Freundt, E.A. Indentification of mycoplasmas / E.A. Freundt, H. Erno, R.M. Lemcke // In: Methods in microbiology / T. Norris, J.R. Bergan (eds.). London: Academic Press, Inc., 1979. Vol. 13. - P. 377-434.

142. Freundt, E.A. The classification of the pleuropneumonia group of organisms (Borrelomycetales) / E.A. Freundt // Intern. Bull. Bacteriol. Nomencl. Taxon. -1955.-Vol. 5.-P. 67-78.

143. Furuta, T. Interleukin lß polymorphisms increase risk of hypochlorhydria and atrophic gastritis and reduce risk of duodenal^ulcer recurrence in Japan. / T. Furuta, E.M. El-Omar, F. Xiao et al. // Gastroenterology. 2002. - Vol. 123. - P. 92-105.

144. Garcia-Gonzalez, M.A. Association of interleukin 1 gene family polymorphisms with duodenal" ulcer disease / M.A. Garcia-Gonzalez, A. Lanas, P.H.M. Savelkouhet al. // Clin. Exp. Immunol. 2003. - Vol. 134. - P. 525-531.

145. Garland, S.M. Absence of significant cellulase activity in microbial flora of the female genital tract / S.M. Garland, Y-C. Tsai, M.I. Kendrick, E.H. Kass // Infect. Immun. 1987. - Vol. 55. - P. 414-419.

146. Geourjon, C. SORM: a self-optimized method for protein secondary structure prediction / C. Geourjon, G. Deleage // Protein Eng. 1994. - Vol. 7. - P. 157164.

147. Gibson, A.W. Novel single nucleotide polymorphisms in the distal IL-10 promoter affect IL-10 production' and enhance the risk of systemic lupus erythematosus / A.W. Gibson, J.C. Edberg, J. Wu et al. // J. Immun. 2001. - Vol. 166.-P. 3915-3922.

148. Glass, J.I. Essential genes of a minimal bacterium / J.I. Glass, N. Assad-Garcia, N. Alperovich et al. // Proc. Natl. Acad. Sei. USA. 2006. - Vol. 103. - P. 425-430.

149. Glass, J.I. The complete sequence of the mucosal pathogen Ureaplasma urealyticum / J.I. Glass, E.J. Lefkowitz, J.S. Glass // Nature. 2000. - Vol. 407. -P. 757-762.

150. Goldsmith, M. Plasmid-encoded MucB protein is a DNA polymerase (pol RI) specialized for lesion bypass in the presence of MucA', RecA, and SSB / M. Goldsmith, L. Sarov-Blat, Z. Livneh- // PNAS. 2000. - Vol. 97. - P. 1122711231.

151. Golshani, M. Detection of Chlamydia trachomatis, Mycoplasma hominis and! Ureaplasma» urealyticum by multiplex PGR' in semen sample of infertile men / M. Golshani, G. Eslami, S.M. Ghobadloo et al. // Iranian J. Publ. Health. 2007. -Vol. 36.-P. 50-57.

152. Güell, M: Transcriptome complexity in a genome-reduced bacterium / M. Güell, V. van Noort, E. Yus et al. // Science. 2009. - Vol. 326. - P. 1268-1271.

153. Gupta, R.S. HSP70 phylogeny and the relationship between archaebacteria, eubacteria, and eukaryotes /R.S. Gupta, G.B. Golding, B. Singh // J. Mol. Evol. -1994. Vol. 39. - P. 537-540.

154. Halliwell, B. Hydrogen peroxide in human body / B. Halliwell, M.V. Clement, L.H. Long // FEBS Lett. 2000. - Vol. 486. - P. 10-13.

155. Hamsten, C. Expression and immunogenicity of six putative variable surfaceproteins in Mycoplasma mycoides subsp. mycoides SC / C. Hamsten, J. Westberg, G. Bölske et al. // Microbiology. 2008. - Vol. 154. - P. 539-549.

156. Han, M.J. The Escherichia coli proteome: past, present, and future prospects / M.J. Han, S.Y. Lee // Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2006. - Vol. 70. - P. 362-469.

157. Hausmann, C.D. Aminoacyl-tRNA synthetase complexes: molecular multitasking revealed / C.D. Hausmann, M. Ibba // FEMS Microbiol. Rev. 2008. -Vol. 32.-P. 705-721.

158. Heim, S. The viable but nonculturable state and starvation are different stress responses of Enterococcus faecalis, as determined by proteome analysis / S. Heim, M. Del Mar Lleo, B. Bonato et al. // J. Bacteriol. 2002. - Vol. 184. - P. 67396745.

159. Helminen, M.E. Susceptibility to primary Epstein-Barr virus infection is associated with interleukin-10 gene promoter polymorphism / M.E. Helminen, S.Kilpinen, M.Vitra, M. Hurme // J. Infect. Dis. 2001. - Vol. 184. - P. 777-780.

160. Henrich, B: Repetitive elements of the Mycoplasma hominis adhesin p50 can be differentiated by monoclonal antibodies / B. Henrich, A. Kitzerow, R.-C. Feldmann et al. // Infect. Immun. 1996. - Vol. 64. - P. 4027-4034.

161. Henrich, B. Truncation as a novel form of variation of the p50 gene in Mycoplasma hominis / B. Henrich, K. Lang, A. Kitzerow et al // Microbiology. — 1998. Vol. 144. - P. 2979-2985.

162. Herrmann, R. Genome structure and organization / R. Herrmann // In: Mycoplasmas: molecular biology and pathogenesis / J. Maniloff et al. (eds). Washington: ASM, 1992. P. 157-168.

163. Himmelreich, R. Comparative analysis of the genomes of the bacteria Mycoplasma pneumoniae and Mycoplasma genitalium / R. Himmelreich, H. Plagens, H. Hilbert et al. //Nucleic Acids Res. 1997. - Vol. 25. -P. 701-712.

164. Himmelreich, R. Complete sequence analysis of the genome of the bacterium Mycoplasma pneumoniae / R. Himmelreich, H. Hilbert, H. Plagens et al. // Nucleic Acids Res. 1996. - Vol. 24. - P. 4420-4449.

165. Hjelle, J.T. Endotoxin and nanobacteria in polycystic kidney disease / J.T. Hjelle, M.A. Miller-Hjelle, I.R. Poxton et al. // Kidney Int. 2000. - Vol. 57. - P. 2360-2374.

166. Hollegaard, M.V. Cytokine gene polymorphism in human disease: on-line databases, Supplement 3 / M.V. Hollegaard, J.L. Bidwell // Genes Immun. 2006. -P. 1-8.

167. Höper, D. Salt stress adaptation of Bacillus subtilis: a physiological proteomics approach / D. Höper, J. Bernhardt, M. Hecker // Proteomics. 2006. -Vol. 6.-P. 1550-1562.

168. Hopfe, M. OppA, the ecto-ATPase of Mycoplasma hominis induces ATP release and cell death in HeLa cells / M. Hopfe, B. Henrich // BMC Microbiol. -2008.-Vol. 8:55.

169. Hopfe, M. OppA, the substrate-binding subunit of the oligopeptide permease, is the major ecto-ATPase of Mycoplasma hominis / M. Hopfe, B. Henrich // J. Microbiol. 2004. - Vol. 186.-P. 1021-1028.

170. Howard, C.J. Serological comparison and hemoagglutinating activity of Mycoplasma dispar / C.J. Howard, R.N. Gourlay, J. Collins // J. Hyg. (Cambridge). 1974. - Vol. 73. - P. 457-466.

171. Howell, W.M. Cytokine gene polymorphism, cancer subsceptibility, and prognosis / W.M. Howell, M.J. Rose-Zerilli // J. Nutr. 2007. - Vol. 137. - P. 194S-199S.

172. Hu, J. The Xanthomonas oryzae pv. oryzae eglXoB endoglucanase gene is required for virulence to rice / J. Hu,W. Qian, C. He // FEMS Microbiol. Lett. -2007. Vol. 269. - P. 273-279.

173. Jaffe, J.D: The complete genome and proteome of Mycoplasma mobile / I.D. Jaffe,N. Stange-Thomann, G. Smith et al. // Genome Res. 2004. - Vol. 14. - P; 1447-1461.

174. Jeremias, J: Relationship; between Ureaplasma urealyticum vaginal colonization and< polymorphism in the interleukin-1 receptor antagonist gene / J. Jeremias, P. Giraldo, S. Durrant et al. //J. Infect. Dis. 1999. - Vol. 180. - P: 912914.

175. Jin, P. Polymorphism in clinical immunology . — From HLA typing to immunogenetic profiling / P. Jin; E. Wang// J. Transl. Med. 2003; - VoL 1:8.

176. Kahane, I. Pathogenic mycoplasmas cause oxidative stress ins host cells / I.Kahane // The VI Intern. Congr. of the IOM. Birmingham (Alabama), 1986. P. 70.

177. Kahane, L Synthesis andJ turnover of membrane protein; and lipid in Mycoplasma laidlawii / I. Kahane, Sh. Razin // Biochim. biophys. acta. 1969: -Vol. 183.-P. 79-89. \

178. Kajander, E.O. Nanobacteria: An alternative mechanism for pathogenic intra-and extracellular calcification and stone formation / E.O; Kaj ander, N. Qifi^ioglu // Proc. Nath Acad. Sei. USA. 1998.-Vol. 95. - P: 8274-8279;.

179. Kamla, V. Phylogeny based on elongation factor Tu reflects the phenotypic leatures of mycoplasma better than that based on 16S rRNA / V. Kamlä; B. Henrich, U. I-Iadding // Gene. 1996. - Vol. 171. - P. 83-87.

180. Kaprelyants, A.S. Dormancy in non-sporulating bacteria / Ä.S. Kaprelyants,

181. J.C. Gottschal, D.B. Kell // FEMS Microbiol. Rev. 1993. - Vol. 140. - P. 271286.

182. Karhukorpi, J. The search for links between immunogenetic factors and recurrent miscarriage: Academic Dissertation / J. Karhukorpi; University of Oulo. Oulo, 2005. - 75 p.

183. Kasper, D.L. Bacterial capsules. Old dogmas and new tricks / D.L. Kasper // J. Infect. Dis. 1986. - Vol. 153. - P. 407-415.

184. Kaushik, D.K. Developing antibacterial vaccines in genomics and proteomics era / D.K. Kaushik, D. Sehgal // Scand. J. Immunol. 2008. - Vol. 67. - P. 544552.

185. Kim, K.S. Use of rpoB sequences for phylogenetic study of Mycoplasma species / K.S. Kim, K.S. Ko, M.W. Chang et al. // FEMS Microbiol. Lett. 2003. -Vol. 226.-P. 299-305.

186. Koonin, E.V. Horizontal gene transfer in prokaryotes: quantification and classification / E.V. Koonin, K.S. Makarova, L. Aravind // Annu. Rev. Microbiol. -2001. -Vol. 55.-P. 709-742.

187. Kube, M. The linear, chromosome of the plant-pathogenic Mycoplasma Candidatus Phytoplasma mali / M. Kube, B. Schneider, H. Kühl et al. // BMC Genomics. 2008. - Vol. 9:306.

188. Kühner, S. Proteome organization in a genome-reduced bacterium / S. Kühner, V. Van Noort, M.J. Betts et al. // Science. 2009. - Vol. 326. - P. 12351240.

189. Madsen, M.L. Transcriptional profiling of Mycoplasma hyopneumoniae during heat shock using microarrays / M.L. Madsen, D. Nettleton, E:L. Thacker et al. // Infect. Immun. 2006a; - Vol. 74. - P. 160-166.

190. Madsen, M.L. Transcriptional profiling of Mycoplasma hyopneumoniae during iron depletion using microarrays / M.L. Madsen, D. Nettleton, E.L. Thacker, F.G. Minion // Microbiology. 2006b. - Vol. 152. - P: 937-944.

191. Madsen, M.L. Transcriptome changes in Mycoplasma hyopneumoniae during infection / M.L. Madsen, S. Puttamrcddy, E.L. Thacker et al. // Infect. Immun. -2008. Vol. 76. - P. 658-663.

192. Maeda; H. Paradigm shift in microbal pathogenesis: an alternative to: thetVi

193. Koch-Pasteur paradigm on the new; millennium / 11: Maeda // Abst. 13 Int. Gong, of IOMl-Fukuoka, Japan, 2000: P: 35:

194. Manilöff, J: Evolution of wall-less prokariotes / J. Maniloff // Annu. Rev. Microbiol. 1983.- Vol. 37.-P. 477-499*;

195. Maniloff, J. Phylogeny of Mycoplasmas / J. Maniloff// In: Mycoplasmas: molecular biology and pathogenesis / J. Maniloff, R.N. McElhaney, L. Finch; J.B. Baseman (eds). Washington: ASM, 1992. -P: 549-560:

196. Maniloff, Jl. Reconstructing the timing: and; selective events of mycoplasma evolution / J. Maniloff // Abst. 13,h Int. Cong, of IOM. Fukuoka, Japan, 2000: P. 65.

197. Marini, H; Mycoplasma hominis wound infection after a vascular allograft / H. Marini, V. Merle, N. Frebourg et al: // J. Infect. 2008. - Vol. 57. - P. 272-274.

198. Markham, P.F. Expression of two members of the pMGA gene family of Mycoplasma gallisepticum oscillates and is influenced by pMGA-specific antibodies / P.F. Markham, M.D. Glew, G.F. Browning et al. // Infect. Immun.1998. Vol. 66. - P. 2845-2853.

199. Masalma, M.A. The expansion of the microbiological spectrum of brain abscesses with use of multiple 16S ribosomal DNA sequencing / M.A. Masalma, F. Armougom, W. M. Scheid et al. // Clin. Infect. Dis. 2009. - Vol. 48. - P. 1169-1178.

200. Mashburn-Warren, L.M. Special delivery: vesicle trafficking in prokaryotes / L.M. Mashburn-Warren, M. Whiteley // Mol. Microbiol. 2006. - Vol. 61. - P. 839-846.

201. McAuliffe, L. 16S rDNA PCR and denaturing gradient gel electrophoresis; a single generic test for detecting and differentiating Mycoplasma species / L. McAuliffe, R.J. Ellis, J.R: Lawes et al. // J. Medical Microbiol. 2005. - Vol. 54. -P. 731-739.

202. McElhaney, R.N. Membrane structure/ R.N. McElhaney // In: Mycoplasmas, molecular biology and pathogenesis / J. Maniloff, R.N. McElhaney, L. Finch, J.B. Baseman (eds). Washington: ASM, 1992. - P. 113-155.

203. McGarrity, G.J. Cytogenetic effects of mycoplasmal infection of cell cultures / G.J. McGarrity, V. Vanaman, J. Sarama // In Vitro. 1984. - Vol. 20. - P. 1-19.

204. Mege, JL. The two faces of interleukin 10 in human infectious diseases / JL. Mege, S. Meghari, A. Honstettre et al. // Lancet Infect. Dis. 2006. - Vol. 6. - P. 557-569.

205. Mersch-Sundermann, V. Genotoxicity of nitrated polycyclic aromatic hydrocarbons and related structures on Escherichia coli PQ37 (SOS-chromotest) / V. Mersch-Sundermann, S. Kern, F. Wintermann // Environ. Molec. Mutagen. -1991'.-Vol. 18.-P. 41-50.

206. Methods in mycoplasmology / J.G. Tully, Sh. Razin (eds). NY., 1983. -Vol. 1. 504 p.;-Vol. 2. 440 p.

207. Michalik, S. Proteolysis during long-term glucose starvation in Staphylococcus aureus COL / S. Michalik, M. Liebeke, D. Zühlke et al. // Proteomics. 2009. - Vol. 9. - P. 4468-4477.

208. Minion, F.C. The genome sequence of Mycoplasma hyopneumoniae strain232, the agent of swine mycoplasmosis / F.C. Minion, F. Chris, E.J. Lefkowitz et al. // J. Bacteriol. -2004. Vol. 186. - P. 7123-7133.

209. Miranda, C. Isolation of Mycoplasma hominis from extragenital cultures / C. Miranda, E. Camacho, G. Reina et al. //■ Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. -2005. Vol. 24. - P. 334-337.

210. M0ller, B.R. Serological, evidence that chlamydiae and mycoplasmas are involved in infertility of women / B.R. M0ller, D. Taylor-Robinson, P.M. Furr et al. //J. Reprod. Fertil. 1985. - Vol. 73. - P. 237-240.

211. Muela, A. Changes in Escherichia coli outer membrane subproteome under environmental conditions inducing the viable but nonculturable state / A. Muela, C. Seco, E. Camafeita // FEMS Microbiol. Ecol. 2008. - Vol. 64. - P. 28-36.

212. Munday, P.E. The prevalence of Ureaplasma urealyticum and Mycoplasma hominis in the cervix and anal canal of women / P.E. Munday, P.M. Furr, D: Taylor-Robinson // J. Infect. 1981. - Vol. 3. - P. 253-257.

213. Murillo; L.S. Interleukin-1B (IL-1B) and interleukin-1 receptor antagonist (IL-1RN) gene polymorphisms are not associated with tubal pathology and

214. Chlamydia trachomatis-velated tubal factor subfertility /L.S. Murillo, J.A. Land, J.i

215. Pleijster et al. // Hum. Reprod. 2003. - Vol. 18. - P. 2309-2314.

216. Musatovova, O. Transcriptional heat shock response in the smallest known self-replicating cell, Mycoplasma genitalium / O. Musatovova, S. Dhandayuthapani, JIB. Baseman // J. Bacteriol. 2006. - Vol. 188. - P! 28452855.

217. Mushegian, A.R. A minimal gene set for cellular life derived1 by comparison of complete bacterial genomes / A.R. Mushegian, E.V. Koonin // Proc. Nat. Acad. Sei. USA. 1996. - Vol. 93. - P. 10268-10273.

218. Nilsson, A.C. Polymerase chain reaction is superior to serology for the diagnosis of acute Mycoplasma pneumonia infection and reveals a high rate of persistent infection / A.C. Nilsson, P. Bjorkman, K. Persson // BMC Microbiol. -2008.-Vol. 8:93.

219. Nishigawa, H. A plasmid fronva non-insect-transmissible line of a phytoplasma lacks two open reading frames that exist in the plasmid from the wild-type line / H. Nishigawa, K. Oshima, S. Kakizawa et al. // Gene. 2002. - Vol. 298. - P. 195-201.

220. Ohkubo, S. The ribosomal protein gene cluster of Mycoplasma capricolum / S. Ohkubo, A. Muto, Y. Kawauchi et al. // Mol. Gen. Genet. 1987. - Vol. 210. -P. 314-322.

221. Ohmori, H. The Y-family of DNA polymerases / H. Ohmori, E.C. Friedberg, R.P. Fuchs et al. //Mol. Cell. 2001. - Vol. 8. - P. 7-8.

222. Ohniwa, R.L. Dynamic state of DNA topology is essential for genome condensation in bacteria / R.L. Ohniwa, K. Morikawa, J. Kim et al. // EMBO J. -2006. Vol. 25. - P. 5591-5602.

223. Oliver, J.D. The viable but nonculturable state in bacteria / J.D. Oliver // J. Microbiol. 2005. - Vol. 43. - P. 93-100.

224. Olson, L.D. Monoclonal antibodies to surface antigens of a pathogenic Mycoplasma hominis strain / L.D. Olson, S.W. Shane, A.A. Karpas // Infect. Immun. 1991.-Vol. 59.-P. 1683-1689.

225. Oshima, K. Phylogenetic relationships among mycoplasmas based on the whole genomic information / K. Oshima, H. Nishida // J. Mol. Evol. 2007. - Vol. 65.-P. 249-258.

226. Ozawa, K. Evidence for the presence of an F-type ATP synthase involved in sulfate respiration in Desulfovibrio vulgaris / K. Ozawa, T. Meikari, K. Motohashi et al. // J. Bacteriol. 2000. - Vol. 182. - P. 2200-2206.

227. Pastural, M. Mycoplasma hominis infection- in renal transplantation / M. Pastural, V. Audard, M.-P. Bralet et al. //Nephrol'. Dial. Transplant. 2002. - Vol. 17.-P. 495-496.

228. Pereyre, S. Life on arginine for Mycoplasma hominis: clues from its minimal genome and comparison with other human urogenital mycoplasmas / S. Pereyre, P. Sirand-Pugnet, L. Beven et al. // PLoS Genetics. 2009. - Vol. 5(10).

229. Pericone, C.D. Inhibitory and bactericidal effects of Streptococcus pneumoniae on other inhabitants of the upper respiratory tract / C.D. Pericone, K.

230. Overweg, P.W.M. Hermans, J.N. Weiser // Infect. Immun. 2000. - Vol. 68. - P. 3990-3997.

231. Pociot, F. A TaqI polymorphism in the human interleukin-1 beta (IL-1 beta) gene correlates with IL-1 beta secretion in vitro / F. Pociot, J. M0lving, L. Wogensen et al. // Eur. J. Clin. Invest. 1992. - Vol. 22. - P. 396-402.

232. Pollack, J.D: Comparative metabolism of Mesoplasma, Entomoplasma, Mycoplasma, and Acholeplasma / J.D. Pollack, M.V. Williams, J. Banzon et al. // Int. J. Syst. Bacteriol. 1996. - Vol. 46. - P. 885-890.

233. Pollack, J.D. The metabolic pathways of Acholepalsma and Mycoplasma: an overiew / J.D! Pollack,.V.V. Tryon, K.D. Basemann // Yale J: Biol. Med. 1983. -Vol. 56.-P. 709-716:

234. Potasman, I. Isolation of Ureaplasma urealyticum and Mycoplasma hominis from public toilet bowls / L Potasman, A. Oren, I. Srugo // Infect. Control Hosp. Epidemiol. 1999. - Vol. 20. - P. 66-68:

235. Quillardet, P. SOS-chromotest, a direct assay of a SOS-function in Escherichia coli K12 to measure genotoxity / P: Quillardet, O. Huisman, R.D: Ari, M. Hofnung // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1982. - Vol-. 79. - P. 5971-5975:

236. Quillardet, P. The screening, diagnosis and evaluation of genotoxic agents with batteries of bacterial tests / P. Quillardet, M. Hofnung // Mutat. Res. 1988. -Vol. 205.-P. 107-118.

237. Rad, R. Cytokine gene polymorphisms influence mucosal cytokine expression, gastric inflammation, and host specific colonization during Helicobacter pylori infection / R. Rad, A. Dossumbekova, B. Neu et al. // Gut. -2004. Vol. 53. -P. 1082-1089.

238. Rawadi, G. Advances in PCR-based detection of mycoplasmas contaminating cell cultures / G. Rawadi, O. Dussurget // Genome Res. 1995. - Vol. 4. - P. 199208.

239. Razin, Sh. Highlights of mycoplasma research — An historical perspective / Sh. Razin, L. Hayflick//Biological. -2010. Vol. 38. - P. 183-190.

240. Razin, Sh. Isolation and characterization of mycoplasma membranes / Sh. Razin // In: The mycoplasmas / J.G. Tully, R.F. Whitcomb (eds). NY.: Academic Press, 1979. - Vol. 2. - P. 213-229.

241. Razin, Sh. Molecular biology and genetics of mycoplasmas (Mollicutes) / Sh. Razin // Microbiol. Rev. 1985. - Vol. 49. - P. 419-455.

242. Razin, Sh. Molecular biology and pathogeneity of mycoplasmas / Sh. Razin, O. Yogev, Y. Naot // Microbiol. Mol. Biol. Rev. 1998. - Vol. 62. - P. 10941156.

243. Razin, Sh. Molecular Biology and Pathogenicity of Mycoplasmas / Sh. Razin, R. Herrmann. — NY.: Kluwer Academic / Plenum Publishers, 2002. 572 p.

244. Razin, Sh. The Genus Mycoplasma and Related Genera (Class Mollicutes) / Sh. Razin // Prokaryotes. 2006. - Vol. 4. - P. 836-904.

245. Regula, J.T. Towards a two-dimensional proteome map of Mycoplasma pneumoniae / J.T. Regula, B. Ueberle, G. Boguth et al. // Electrophoresis. — 2000. -Vol. 21.-P. 3765-3780.

246. Rensing, S.A. The SecY protein» family: comparative analysis and phylogenetic relationships / S.A. Rensing, U.G. Maier // Mol. Phylogenet. 1994. -Vol.3.-P. 187-191.

247. Repine, J.E. Hydrogene peroxide kills Staphylococcus aures by reacting with staphylococcal iron to form hydroxyl radical / J.E. Repine, R.B. Fox, E.M. Berger // J. Biol. Chem. 1981. - Vol. 256. - P. 7094-7096.

248. Rhen, M. The basis of persistent bacterial infections / M. Rhen, S. Eriksson,

249. M. Clements et al. // Trends Microbiol. 2003. - Vol. 11. - P. 80-86.

250. Rice, K.C. Molecular control of bacterial death and lysis / K.C. Rice, K.W. Bayles // Microbiology and Molecular Biology Reviews. — 2008. Vol. 72. - P. 85-109.

251. Rivera, A. Cell cultures contaminations by mycoplasmas / A. Rivera, E. Rivera, S. Giono et al. // Afr. J. Microbiol. Res. 2009. - Vol. 3. - P. 637-640.

252. Roberts, S.R. Characterization of Mycoplasma gallisepticum infection in captive house finches {Carpodacus mexicanus) in 1998' / S.R. Roberts, P.M. Nolan, G.E. Hill // Avian Dis. 2001. - Vol. 45. - P. 70-75:

253. Robertson, J.A. Human ureaplasmas show deverse size by pulsed-field gel electrophoresis / J.A. Robertson, L.E. Pyle, G.W. Stemke, L.R. Finch // Nucleic Acids Res. -1990.-Vol. 18.-P. 1451-1455.

254. Rocha, E.P.C. Analisys of long repeats in bacterial genomes reveals alternative evolutionary mechanisms in Bacillus subtilis and other competent prokaryotes / E.P.C. Rocha, A. Danchin, A. Viari // Мок Biol. Evol. 1999. - Vol. 16.-P. 1219-1230.

255. Rocha, E.P.C. Genomic repeats, genome plasticity and the dynamics of Mycoplasma evolution / E.P.C. Rocha, A. Blanchard // Nucleic Acids Res. 2002. -Vol. 30.-P. 2031-2042.

256. Rogers, M.J. Construction of the mycoplasma evolutionary tree from 5S rRNA sequence data / M.J. Rogers, J. Simmons, R.T. Walker et al. // Proc. Nat. Acad. Sci. USA. 1985. - Vol. 82. - P. 1160-1164.

257. Rohwer, F. The phage proteomic tree: a genome-based1 taxonomy for phage / F. Rohwer, R. Edwards // J. Bacteriol. 2002. - Vol. 184. - P. 4529-4535.

258. Rosenbuch; R.F., Minion, C. // In: Mycoplasmas: molecular biology and pathogenesis / J. Maniloff, R.N. McElhaney, L. Finch, J.B. Baseman (eds). Washington: ASM, 1992. P. 73-78.

259. Ross, J.D.C. Mycoplasma genitalium as a sexually transmitted' infection: implications for screening, testing, and treatment / J.D.C. Ross, J.S. Jensen // Sex. Transm. Infect. 2006. - Vol. 82. - P. 269-271.

260. Rottem, S. Beware of mycoplasmas / S. Rottem, M. Barile // Trends BiotechnoL- 1993.-Vol. 11.-P. 143-151.

261. Rottem, S. Interaction of mycoplasma with host cells / S. Rottem // Physiol. Rev.-2003.-Vol. 83.-P. 417-432.

262. Rottem, S. Invasion of mycoplasmas into and- fusion with host cells / S. Rottem // In: Molecular Biology and Pathogenicity of Mycoplasmas / Sh. Razin, R. Herrmann (eds). NY.: Kluwer Academic / Plenum Publishers, 2002. — P. 391401.

263. Rys, P. Preventing false positives: quantitative evaluation of three protocols for inactivation of polymerase chain reaction amplification products / P. Rys, D.H. Persing//J. Clinic. Microbiol. 1993. - Vol. 31. - P. 2356-2360.

264. Sachidanandham, R. Monitoring of active but non-culturable bacterial cells by flow cytometry / R. Sachidanandham, K.Y. Gin, C.L. Poh // BiotechnoL Bioeng. 2005. - Vol. 89. - P. 24-31.

265. Sachse, K. Epitope mapping of immunogenic and adhesive structures in repetitive domains of Mycoplasma bovis variable surface lipoproteins / K. Sachse, J.H. Helbig, I. Lysnyansky et al. // Infect. Immun. 2000. - Vol. 68. - P. 680-687.

266. Salari, M.H. The rate of Chlamydia trachomatis, Mycoplasma hominis and Ureaplasma urealyticum in females with habitual abortion and its comparison with control group / M.H. Salari, N. Badami // Acta Medica Iranica. 2002. - Vol. 40. - P. 79-82.

267. Salyers, A.A. Laminarinase (ß-Glucanase) activity in Bacteroides from the human colon / A.A. Salyers, J.K. Palmer, T.D. Wilkins // Appl. Environ. Microbiol. 1977.-Vol. 3.-P. 1118-1124.

268. Sanei, B. Experimental infection of chickens and turkeys with Mycoplasma gallisepticum reference strain S6 and North Carolina field isolate RAPD type B / B. Sanei, H.J. Barnes, J.P. Vaillancourt, D.H. Leye // Avian Dis. 2007. - Vol. 51. -P. 106-111.

269. Santtila, S. Presence of the IL-IRA allele 2(IL1RN*2) is associated with enhanced IL-lbeta production in vitro / S. Santtila, K. Savinainen, M. Hurme //

270. Scand. J. Immunol. 1998. - Vol. 47. - P. 195-198.

271. Schafer, E.R. Global transcriptional analysis of Mycoplasma hyopneumoniae following exposure to hydrogen peroxide / E.R. Schafer, M.J. Oneal, M.L. Madsen, F.C. Minion // Microbiology. 2007. - Vol. 153. - P. 3785-3790.

272. Schrauzer, G.N. Selenomethionine: a review of its nutritional significance, metabolism and toxicity / G.N. Schrauzer // J. Nutrition. 2000. - Vol. 130. - P. 1653-1656.

273. Sirand-Pugnet, P. Being pathogenic, plastic, and sexual while living with a nearly minimal bacterial genome / P. Sirand-Pugnet, C. Lartigue, M. Marenda et al. // PLoS Genet. 2007. - Vol. 3. - P. 0744-0758.

274. Skamrov, A. Gene re-arrangement and fusion in Mycoplasma gallisepticum thyA-nrdFEI locus / A. Skamrov, E. Feoktistova, M. Goldman, R. Beabealashvilli //FEMS Microbiol. Lett. -2001. Vol. 200. - P. 31-35.

275. Sladelc, T.L. Mycoplasma restriction: identification of a new type of restriction specificity for DNA containing 5-methylcytosine / T.L. Sladek, J.A. Nowak, J. Maniloff// J. Bacteriol. 1986. - Vol. 165. - P. 219-225.

276. Smirnova, G.V. The role of antioxidant systems in the cold stress response of Escherichia coli / G.V. Smirnova, O.N. Zakirova, O.N. Oktyabrskii // Microbiology. 2001. - Vol. 70. - P. 55-60.

277. Sriramulu, D.D. Small heat shock proteins produced by Pseudomonas aeruginosa clonal variants isolated from diverse niches / D.D. Sriramulu // Proteomics Insights. 2009. - Vol. 2. - P. 39-47.

278. Steinkasserer, A. The human IL-1 receptor antagonist gene (IL1RN) maps to chromosome 2ql4-q21, in the region of the IL-1 alpha and IL-1 beta loci / A. Steinkasserer, N.K. Spurr, S. Cox et al. // Genomics. 1992. - Vol. 13. - P. 654657.

279. Subramaniam, S. Species identification of Mycoplasma bovis and Mycoplasma agalactiae based on the uvrC genes by PCR / S. Subramaniam, D. Bergonier, F. Poumarat et al. // Molec. Cell. Probes. 1998. - Vol. 12. - P. 161169.

280. Tam, T.L. Proteome signatures for stress and starvation in Bacillus subtilis as revealed by a 2-D gel image color coding approach / L.T. Tam, H. Antelmann, C. Eymann et al. // Proteomics. 2006. - Vol. 6. - P. 4565-4585.

281. Taylor-Robinson, D. Update on sexually transmitted mycoplasmas / D. Taylor-Robinson, P.M. Furr // Lancet. 1998. - Vol. 351. - P. 12-15.

282. Topanurak, S. Proteomics viewed on stress response of thermophilic bacterium* Bacillus stearothermophilus TLS33 / S. Topanurak, S. Sinchaikul, S. Phutrakul et-al. // Proteomics. 2005. - Vol. 5. - P. 3722-3730.

283. Touati, A. Evaluation of five commercial real-time PCR assays for detection of Mycoplasma pneumoniae in respiratory tract specimens / A. Touati, A. Benard, A. Ben Hassen et al. // J. Clin. Micrbiol. 2009. - Vol. 47. - P. 2269-2271.

284. Townsend, R. Morphology and ultrastructure of helical and nonhelical strains of Spiroplasma citri / R. Townsend, J. Burgess, K.A. Plaskitt // J. Bacteriol. -1980.-Vol. 142.-P. 973-981.

285. Turner, D.M. An investigation of polymorphism in the interleukin-10 genejpromoter / D.M. Turner, D.M. Williams', D. Sankaran et al. // Eur. J. Immunogenet. -1997.-Vol. 24.-P. 1-8.

286. Ueberle, B. The proteome of the bacterium Mycoplasma pneumoniae: comparing predicted open reading frames to identified gene products / B. Ueberle, R. Frank, R. Herrmann // Proteomics. 2002. - Vol. 2. - P. 754-764.

287. Van Belkum, A. Short-sequence DNA repeats in procaryotic genomes / A. Van Belkum, S. Scherer, L. Van Alphen, H. Verbrugh // Microbiol. Mol; Biol. Rev. 1998. - Vol. 62.- P. 275-293.

288. VanBogelen, R.A. Differential induction of heat shock, SOS, and oxidation stress regulons and accumulation of nucleotides in Escherichia coli / R.A. VanBogelen, P.M. Kelley, F.C. Neidhardt // J. Bacteriol. 1987. - Vol. 169. - P. 26-32.

289. Vancini, R:G. Trichomonas vaginalis, harboring: Mycoplasma* hominis increases cytopathologenicity in vitro / R:G. Vancini- A. Pereira-Neves, R. Borojevic, M. Benchimol // Eur. J. Clin: Microbiol: Infect. Dis. 2008; - Vol: 27. - P. 259-269.

290. VanDemark, P.J. Evidence for, a: tricarboxylic acid? cycle in Mycoplasma hominis J P.J: VanDemark, P:F. Smith?// J; Bacteriol: 1964: - Vol. 88, - P. 16021607.

291. Vasilieva, S. SOS-chromotest methodology for fundamental,genetic research / S. Vasilieva.// Res. Microbioll- 2002. VolL 153: - Bi 435-4401

292. Veilleux, C. Detection of mycoplasma infection by PCR / C. Veilleux, S. Razin, L.H. May //In: Molecular and diagnostic procedures on mycoplasmology / J.G. Tally, S. Razin (eds). NY., 1996. - Vol. 2. - P. 431-438.

293. Vervloet, L.Ä. Infection by Mycoplasma pneumoniae and Its importance as an etiological agent in childhood community-acquired pneumonias / L.A. Vervloet, C. Marguet, P.A.M. Camargos II BJID. 2007. - Vol. 11. - Pi 507-514.177 .

294. Viale, A.M. Evolutionary relationships among eubacterial groups as . inferred from GroEL (shaperoniri) sequence comparisons / A.M. Viale, A.K. Arakaki, F.C. Soncini, R.G. Ferreyra // Int. J. Syst. Bacteriol. 1994. - Vol. 44. - P. 527-533 .

295. Viswanathan, S. Two-dimensional, difference- gel electrophoresis / S. Viswanathan, Mi Unlii, J.S. Minden //Nat. Protoc. 2006.- Vol. 1. - P. 13511358.

296. Voelker, L.L. Association of lysogenic bacteriophage M A V1 with; virulence of Mycoplasma arthritidis /L.L. Voelker, K.E. Weaver, L.J. Ehlc, L.R. Washburn // Infect. Immun. 1995. - Vol. 63. - P. 4016-4023.

297. Waites, K.B. Mycoplasmas, and Ureaplasmas as neonatal pathogens / K.B' Waites, B: Katz, R L. Schelonka // Clim Biol. Rev. 2005: Vol. 18. P: 757789. •• '■.■"'.'■.■■.'.

298. Warner, J.M. Randomly amplified polymorphic DNA analysis of clinical;andt environmental isolates of Vibrio vulnificus,and other Vibrio species / J.M. Warner, J.D. Oliver // Appl. Envir. Microbiol. 1999. - Vol: 65. - P. 1141-1144.

299. Wasinger, V.C. Progress with gene-product mapping of the Mollicutes: Mycoplasma genitalium / V.G. Wasinger, S.J. Gordwell, A. Gerpa-Poljafeetrak II Electrophoresis. 1995. - Vol. 16. - P. 1090-1094.

300. Wasinger, V.C. The: proteome of Mycoplasma genitalium. Chaps-soluble component / V.C. Wasinger, J!D. Pollack, L Hùmphery-Smith // Eur. JtBiochem. -2000. Vol. 267. - P. 1571-1582.

301. Watson, S.P. Characterization of the starvation-survival response: of Staphylococcus aureus / S .P. Watson^ M.O. Clements, S J. Foster // J. Bacteriol. — 1998.-Vol. 180.-P. 1750-1758.

302. Weiner 3rd, J. Transcription profiles of the bacterium: Mycoplasma pneumoniae grown at differènt temperatures / J. Weiner 3rd, C.-U. Zimmerman,

303. H.W.H. Göhlmann, R. Herrmann // Nucleic Acids Res. 2003. - Vol. 31. - P. 6306-6320.

304. Weisburg, W.C. A phylogenetic analysis of the mycoplasmas: basis for their classification / W.C.Weisburg, J.G. Tully, D.L. Rose et al. // J. Bacteriol. 1989. -Vol. 171.-P. 6455-6467.

305. Wen, Z.T. Trigger factor in Streptococcus mutans is involved in stress tolerance, competence development, and biofilm formation / Z.T. Wen, P. Suntharaligham, D.G. Cvitkovitch, R.A. Burne //Infect. Immun. 2005. - Vol. 73. -P. 219-225.

306. Westberg, J. The genome sequence of Mycoplasma mycoides subsp. mycoides SC type strain PG1T, the causative agent of contagious bovine pleuropneumonia (CBPP) / J. Westberg, A. Persson, A. Holmberg et al. // Genome Res. 2004. -Vol. 14.-P. 221-227.

307. Wilkins, J.C. Effect of acidic pH on expression of surface-associated proteins of Streptococcus oralis / J.C. Wilkins, D. Beighton, K.A. Homer // Appl. Environ. Microbiol. 2003. - Vol. 69. - P. 5290-5296.

308. Williams, M. A Mollicute DNA purification (Mycoplasma)- repair enzyme: and characterization uracil-DNA of glycosylase / M. Williams, J.D. Pollack // J. Bacteriol. 1990. - Vol. 172 - P. 2979-2985.

309. Mycoplasma capricolum subsp. capricolum of the Mycoplasma mycoides phylogenetic cluster / K.S. Wise, M.F. Foecking, K. Röske et al. // J. Bacteriol. -2006.-Vol. 188.-P. 4926-4941.

310. Woese, C.R. Phylogenetic analysis of the mycoplasmas / C.R. Woese, J.

311. Maniloff, L.B: Zoblen // Proc. Nat. Acad. Sei. USA. 1980. - Vol. 77. - P. 494498.

312. Wood, N.C. In situ hybridization of interleukin-1 in CD 14-positive cells in rheumatoid arthritis / N.C. Wood, E. Dickens, J.A. Symons // Clin. Immunol. Immunopathol. 1992. - Vol. 62. - P. 295-300.

313. Wu, H.J. Discovery of virulence factors of pathogenic bacteria / H.J. Wu, A.H. Wang, M.P. Jennings // Curr. Opin. Chem. Biol. 2008. - Vol. 12. - P. 93101.

314. Xiao, J.C. Simbiosis of Mycoplasma hominis in Trichomonas vaginalis may link metronidazole resistance in vitro / J.C. Xiao, L.F. Xie, S.L. Fang et al. // Parasitol. Res. 2006. - Vol. 100.-P. 123-130.

315. Yamao, F. UGA is read as tryptophan in Mycoplasma capricolum / F. Yamao, A. Muto, Y. Kawauchi et al. // Proc. Nat. Acad. Sei. USA. 1985. - Vol. 82. - P. 2306-2309.

316. Yogev, D. Genetic mechanisms of surface variation / D. Yogev, G.F. Browning, K.S. Wise // In: Molecular Biology and Pathogenicity of Mycoplasmas / S. Razin, R. Herrmann (eds). NY.: Kluwer Academic / Plenum Publishers, 2002.-P. 417-443.

317. Young, C.C. Elongation factor Tu is methylated in. response to nutrient deprivation in Escherichia coli / C.C. Young, R.W. Bernlohr // J. Bacteriol. -1991.-Vol. 173.-P. 3096-3100.

318. Yuan, C. Proteomic study of Mycoplasma suis using the gel-based shotgun strategy / C. Yuan, X. Yang, Z. Yang et al. // Vet. Microbiol. 2010. - Vol. 142. -P. 303-308.

319. Yus, E. Impact of genome reductionon bacterial metabolism and its regulation / E.Yus, T. Maier, K. Michalodimitrakis et al. // Science. 2009. - Vol. 326. - P. 1263-1268.

320. Zambon, C-F. Pro- and anti-inflammatory cytokines gene polymorphisms and Helicobacter pylori infection: interactions influence outcome / C-F. Zambon, D. Basso, F. Navaglia et al. // Cytokine. -2005. Vol. 29. - P. 141-152.

321. Zdrodowska-Stefanow, B. Ureaplasma urealyticum and Mycoplasma hominis infection in women with urogenital diseases / B. Zdrodowska-Stefanow, WM.

322. Klosowska, I. Ostaszewska-Puchalska // Advances in Medical Sciences. 2006. -Vol. 51.-P. 250-253.

323. Zeller, T. Thioredoxins in bacteria: functions in oxidative stress response and regulation of thioredoxin genes / T. Zeller, G. Klug // Naturwissenschaften. 2006. -Vol. 93.-P. 259-266.

324. Zhang, Q. Localized reversible frameshift mutation in a adhesin gene confers a phase-variable adherence phenotype in mycoplasma / Q. Zhang, K.S. Wise // Mol. Microbiol. 1997. - Vol. 25. - P. 856-859.

325. Zhang, Q. Molecular basis of size and antigenic variation of a Mycoplasma hominis adhesin encoded by divergent vaa genes / Q. Zhang, K.S. Wise // Infect. Immun. 1996. - Vol. 64. - P. 2737-2744.

326. Zheng, X. Isolation of Mycoplasma hominis from a brain abscess / X. Zheng, D.A. Olson, J.G. Tully et al. // J. Clinic. Microbiol. 1997. - Vol. 35. - P. 992994.

327. Zimmerman, C-U.R. Transcriptome analysis of Mycoplasma pneumoniae subtypes Ml29 and FH during hydrogen peroxide induced oxidative stress / C-UR. Zimmerman, R. Herrmann // Abst. 16th Int. Cong, of IOM. Cambridge, UK, 2006.-P. 99.

328. Zou, N. DNA replication, repair and stress response / N. Zou, K. Dybvig // In: Molecular Biology and Pathogenicity of Mycoplasmas / Sh. Razin, R. Herrmann (eds). NY.: Kluwer Academic / Plenum Publishers, 2002. - P. 303-321.

Информация о работе

Баранова, Наталья Борисовна
кандидата биологических наук
Казань, 2010
ВАК 03.02.03

Диссертация

Персистенция Mycoplasma hominis у человека - тема диссертации по биологии, скачайте бесплатно

Автореферат

Похожие работы