Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему
Молекулярный анализ регуляторных элементов в геноме дрозофилы: энхансеров, инсуляторов и пограничных последовательностей форум-доменов
ВАК РФ 03.01.03, Молекулярная биология
Автореферат диссертации по теме "Молекулярный анализ регуляторных элементов в геноме дрозофилы: энхансеров, инсуляторов и пограничных последовательностей форум-доменов"
Моисеева Евгения Дмитриевна
МОЛЕКУЛЯРНЫЙ АНАЛИЗ РЕГУЛЯТОРНЫХ ЭЛЕМЕНТОВ В ГЕНОМЕ ДРОЗОФИЛЫ: ЭНХАНСЕРОВ, ИНСУЛЯТОРОВ И ПОГРАНИЧНЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ ФОРУМ-ДОМЕНОВ
(03.01.03- молекулярная биология)
АВТОРЕФЕРАТ
диссертации на соискание ученой степени кандидата биологических наук
1 /»ДПР 7011
МОСКВА-20 И
4843845
Работа выполнена в Лаборатории организации генома Учреждения Российской академии наук Института молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН
Научный руководитель: доктор биологических наук, профессор
Чуриков Н.А.
Официальные оппоненты: доктор биологических наук
Зацепина О.Г.
кандидат биологических наук Тиллиб C.B.
Ведущая организация: Учреждение Российской академии наук Институт
биологии развития им. Н.К. Кольцова РАН
Защита состоится «_»_2011 г. в_часов на заседании
Диссертационного совета Д. 002. 235. 01 в Институте молекулярной биологии им. В. А. Энгельгардта РАН по адресу 119991, г. Москва, ул. Вавилова, 32
С диссертацией можно ознакомиться в библиотеке Института молекулярной биологии им. В. А. Энгельгардта РАН
Автореферат разослан «_»_
2011 г.
Ученый секретарь диссертационного совета, кандидат химических наук
Крнцын
Общая характеристика работы
Актуальность проблемы. Регуляция экспрессии генов эукариот в разных органах и тканях и на разных стадиях развития является сложным процессом. На уровне транскрипции она может осуществляться с помощью различных дистантно действующих регуляторных элементов. Основными известными типами таких элементов являются энхансеры, усиливающие транскрипцию с регулируемых ими промоторов, инсуляторы, препятствующие активации энхансером не своего промотора, а также препятствующие распространению репрессированного хроматина, и сайленсеры, иначе называемые областями PRE/TRE (Polycomb/Trithorax Response Elements), обеспечивающие установление и поддержание активного или репрессированного транскрипционного состояния регулируемых ими генов.
В сложных генетических локусах различные дистантно действующие регуляторные элементы расположены в ряде случаев на больших расстояниях друг от друга и способны взаимодействовать между собой, обеспечивая тот или иной паттерн экспрессии отдельных генов или генных кластеров (Bulger and Groudme, 2010). Со времени открытия энхансеров одним из важнейших остаётся вопрос о том, каким образом энхансер способен регулировать работу промотора, расположенного иногда на значительном расстоянии от него. Также до конца невыяснена и природа блокирования активности энхансеров с помощью инсуляторов. Недавно было показано, что энхансер способен вызывать синтез некодирующих РНК в обоих направлениях (Tchurikov et al., 2009; Kim et al., 2010), a инсулятор прерывает или ингибирует этот синтез (Zhu et al., 2007; Tchurikov et al., 2009). Данные о способности энхансера инициировать транскрипцию с обеих сторон вокруг него заставляют предполагать, что при этом происходят изменения, характерные для протекания транскрипции: например, в структуре хроматина, модификациях гистонов, связывании компонентов транскрибирующего РНК-полимеразного комплекса вдоль всей регулируемой области. Имеющиеся в настоящее время данные большей частью относятся к трансгенным конструкциям, испытывающим влияние регуляторных последовательностей генома в местах инсерции, поэтому исследование молекулярных механизмов работы регуляторных элементов в транзиентно экспрессирующихся генетических конструкциях, не подвергающихся подобному влиянию, представляет большой интерес. В данной работе исследовали влияние энхансера мобильного элемента copia и инсулятора gypsy на модификации гистонов и связывание компонентов транскрипционного комплекса, а также на плотность упаковки хроматина в транзиентно экспрессирующихся в культуральных клетках дрозофилы репортёрных генетических конструкциях, полученных ранее (Tchurikov et al., 2009).
К настоящему времени считается доказанным, что эукариотический геном состоит из структурно-функциональных доменов длиной 50-200 т.п.н., содержащих различные гены или большие генетические локусы, которые координированно подвергаются сайленсингу или активации. Впервые они были открыты в 1992 году при анализе ДНК в пульс-форезных гелях и названы форум-доменами (Tchurikov and Ponomarenko, 1992). В 2004 году стало ясно, что на их границах расположены места связывания белка SuUR (Tchurikov et al., 2004), часто локализованного совместно с белками группы Polycomb (Pindyurin et al., 2007). Поэтому исследование возможных функциональных свойств последовательностей, расположенных на границах форум-доменов, необходимо для понимания природы этих районов. Объектами данной работы являлись две, полученные ранее (Tchurikov and Ponomarenko, 1992; Tchurikov et al., 1998), пограничные области форум-доменов из дисков 70С и 84D генома дрозофилы, на примере которых были исследованы возможные регуляторные свойства таких областей, а также проведён анализ некоторых модификаций гистонов, встречающихся в этих областях.
Цели и задачи исследования. Целью данной работы было исследование молекулярных механизмов работы регуляторных элементов генома дрозофилы: энхансеров, инсуляторов и концевых последовательностей форум-доменов.
В работе были поставлены следующие задачи:
1. Исследовать методом хроматин-иммунопреципитации связывание РНК-полимеразы II, ТАТА-связывающего белка (ТВР) и уровень ацетилирования гистона НЗ в областях, прилегающих к энхансеру мобильного элемента copia, и в районе самого энхансера, а также влияние инсулятора gypsy на эти эффекты энхансера в репортёрных генетических конструкциях.
2. Изучить влияние энхансера мобильного элемента copia и инсулятора gypsy на плотность упаковки хроматина в различных областях генетических конструкций, анализируя доступность этих областей для ДНКазы I.
3. Изучить функциональные свойства пограничных областей форум-доменов на примере пограничных областей форум-доменов из дисков 70С и 84D с помощью репортёрных генетических конструкций.
4. Изучить методом хроматин-иммунопреципитации присутствие в областях пограничных последовательностей форум-доменов из дисков 70С и 84D следующих модифицированных форм гистонов: НЗК4теЗ, характерного для областей активно транскрибирующегося хроматина, а также НЗК9теЗ, НЗК27теЗ и Н4К20теЗ, характерных для репрессированного состояния хроматина.
Научная новизна результатов исследования. В ходе работы впервые было проведено исследование структуры хроматина в трансфецированных генетических конструкциях, содержащих энхансер и инсулятор, которые, в отличие от трансгенных конструкций, не подвергаются воздействию регуляторных последовательностей генома в местах инсерций. Было обнаружено, что в репортёрных генетических конструкциях с обеих сторон от энхансера мобильного элемента copia происходит связывание РНК-полимеразы II, ТВР и возрастание уровня ацетилирования гистона НЗ, а инсулятор gypsy ингибирует эти процессы. Кроме того, данный энхансер в исследованных генетических конструкциях вызывает появление открытых структур хроматина, доступных для ДНКазы I, а инсулятор gypsy приводит к «закрыванию» хроматина.
В данной работе также было проведено функциональное исследование пограничных районов форум-доменов с помощью репортёрных генетических конструкций. Было обнаружено, что элемент 70С в одной ориентации проявляет свойства сайленсера, а в другой - активатора, тогда как фрагмент 84D проявляет свойства сайленсера в обеих ориентациях.
Научно-практическая ценность. Полученные в работе данные о влиянии энхансера и инсулятора на структуры хроматина расширяют наши знания о молекулярных механизмах работы этих элементов. Данные о функциональных свойствах пограничных областей форум-доменов 70С и 84D важны для дальнейших исследований в этой области. Полученные данные могут использоваться и для целей практики при создании генетических конструкций, предназначенных для генотерапии.
Апробация работы. Основные результаты работы были представлены на Съезде генетиков и селекционеров, посвящённом 200-летию со дня рождения Ч. Дарвина и V съезде ВОГИС (Москва, 2009); на конференции «Ломоносов-2009» (Москва, 2009); на XX Международном генетическом конгрессе «Genetics - understanding living systems» (Берлин, Германия, 2008); на международной конференции 33rd FEBS Congress & 11th IUBMB Conference «Biochemistry of Cell Regulation» (Афины, Греция, 2008); на 11-й международной конференции молодых учёных «Биология - наука XXI века» (Пущино, 2007).
Публикации. По материалам работы опубликовано 6 статей и 5 тезисов научных сообщений.
Структура диссертации. Материал диссертации изложен на 100 страницах, содержит 26 рисунков. Список цитированной литературы включает 247 ссылок. Диссертация включает в себя следующие разделы: «Общая характеристика работы», «Обзор
литературы», «Материалы и методы», «Результаты», «Обсуждение», «Выводы», «Список литературы».
Материалы и методы
Для хроматин-нммунопреципитации и анализа доступности хроматина для ДНКазы I использовали конструкции h, e-h и e-g-h (рис. 1), полученные ранее (Кретова и Чуриков, 2005; Tchurikov et al., 2009). Конструкция h была получена ранее на основе вектора pGL3 -Enhancer (Promega, AC U47297) и содержала ген люциферазы светлячка под контролем промотора гена Hsp70 и область З'-концевого созревания РНК из гена актина 5С (3' act 5С). Конструкция e-h была получена на основе h и содержала четыре копии энхансера мобильного элемента copia (288..431, AC Ml 1240) в прямой ориентации, встроенные по сайту ВатШ. Конструкция e-g-h была получена при встраивании в конструкцию e-h инсулятора мобильного элемента gypsy (647..1077, AC М12927) по сайту КргА в обратной ориентации, так как эффект инсулятора gypsy не зависит от его ориентации (Tchurikov et al., 2009).
Для функционального анализа фрагменты 70С и 84D клонировали в базовую конструкцию h (рис. 2, конструкция 1), полученную ранее (Кретова и Чуриков, 2005) и содержащую ген люциферазы светлячка под контролем промотора Hsp70 и область 3' act 5С. Для этого фрагменты 70С (6..1755, AC U90540), 84D (2283..3173, AC U89926) и bxd (218816..219392, U31961) нарабатывали с помощью PCR на геномной ДНК D. melanogaster используя праймеры, содержащие искусственные сайты: ЕсоШ в случае 70С, Xhol в случае 84D, Fiel в случае bxd. PCR-продукты обрабатывали соответствующими рестриктазами, в случае 70С и 84D выступающие 5'-концы при клонировании достраивали с помощью фрагмента Клёнова ехо(+) (Fermentas, Литва), и встраивали по сайтам Нра\ (1902, AC U47297), или в случае bxd - Fseí (1761, AC U47297), в базовую конструкцию. В результате были получены конструкции h-70C, h-70C, h-84D, h-84D, h-bxd, h-bxd (рис. 2, конструкции 2-7).
Конструкции e-h-84D и e-h-84D (рис. 2, конструкции 9-10) были получены на основе конструкции e-h (рис. 2, конструкция 8). Фрагмент 84D (2283..3173, AC U89926) нарабатывали с помощью PCR на геномной ДНК D. melanogaster используя праймеры, содержащие искусственные сайты Xhol, PCR-продукты обрабатывали рестриктазой Xhol, выступающие 5'-концы при клонировании достраивали с помощью фрагмента Клёнова ехо(+) (Fermentas, Литва) и встраивали по сайту Hpal в конструкцию e-h.
Для нормализации эффективности трансфекции в каждой точке использовали полученную ранее (Кретова и Чуриков, 2005) на основе вектора pRL-null (Promega, AC
AF025844) контрольную конструкцию, содержащую ген люциферазы коралла Renilla под контролем промотора Hsp70 и область З'-act 5С. Для увеличения интенсивности сигнала в данную конструкцию встраивали по сайту Нра\ фрагмент, соответствующий энхансеру мобильного элемента copia. Данный фрагмент получали рестрикцией по сайтам ВатШ плазмидной конструкции e-h (рис. 2, конструкция 8) и последующей элюцией фрагмента величиной 145 п.н. из агарозного геля, выступающие 5'-концы при клонировании достраивали с помощью фрагмента Клёнова ехо(+) (Fermentas, Литва) и встраивали по сайту Нра\ (1396, АС AF025844). Полученная конструкция e-h-Reniila (рис. 2, конструкция 11) содержала одиночный фрагмент энхансера мобильного элемента copia в обратной ориентации.
а)
Нра\ BamYW
Крп\
~w I hsp
НрсЛ enh {copia) Kpn I r
¡ !
hsp
Нра I ! enh (copia) g |fJ W1
♦
h
hsp
lue Fire fly 3 ' act-5C
■Hj— e-h
lue Fire fly 3' act-5C
h|— e-g-h
6)
Люминесценция * 10J, отн. сл.
И е-И е-д-И
Рис. 1. а) генетические конструкции, использованные в экспериментах по хроматин-иммунопреципитации и для анализа доступности хроматина для ДНКазы I; б) результаты трансфекции данных генетических конструкций в культуральные клетки 8сЬпе!ёег-2.
Функциональную активность исследуемых фрагментов определяли по их влиянию на экспрессию репортёрного гена люциферазы светлячка. Данные конструкции (рис. 2) использовали для котрансфекции клеток 8сЬпе1ёег-2. Трансфекцию и измерение люминесценции проводили с использованием реактивов фирмы «Promega», как описано ранее (Кретова и Чуриков, 2005). Нормализацию данных по количеству ДНК вели, анализируя с помощью программы ОиаткуОпе (ВюЯаё) ЙаотН1-рестрикты ДНК конструкций, фракционированные в 0,8 % агарозном геле.
BamHl Kpnl Luciferase Fire fly Hpal
-1_L-L^j——_I
1 Q 2250 5064 5 ~_3'-"ct 5C 1S02 ^
2 С
BamHl KpnI Luciferase Fire fly
J-JJ-Th-
2250 5064 5
hsp 3'-aWct5C h"70C
BamHl ^ Luciferase№^/ ^ ^
3 h-70C
BamHl ^ biciferas^ti^y
4 2250 з--|15с ^ h-84^
5C
SamHI Kpnl Luciferase Fire fiy A 84D
-1-LL-C И I
2250 5064 5 ~ *
hsp 3-St5c ч , h-84D
К
BamHl Kpnl Luciferase fire fly
J-
9c;n Rflfi/I R O.
2250 5064 5 hsp 3-It5C h"bXd
BamHl Kpnl Luciferase fire fly . bxd
7 2250 5064 5 ¿¡p 3'-act5C 1 h-bxd
enh Kpnl Luciferase Fire fly Hpa\ ^
^--Я-1 1 ~ I-1
8 Г 50645 hsp 3'-It5C 19
enh
enh Kpnl Luciferase Fire fly 64D
5064 5
hsp
e-h
e-h-84D
enh Kpnl Luciferase fire fly
—ll<2 I
5064 5 hsp 3'-St
e-h-84D <—
Baj"HI ^ Luciferase Renilla _enh
11 сШ9 3320 h? з15С 1 ^ e-h-Renilla
Рис. 2. Генетические конструкции, использованные в экспериментах по котрансфекции.
Хроматин-иммунопреципитация. Связывание РНК-полимеразы II и ТВР, а также наличие ацетилированного гистона НЗ в областях вокруг энхансера определяли с помощью хроматин-иммунопреципитации с антителами к РНК-полимеразе II («АЬсат»), к ТВР («АЬсат»), к НЗК9Ас и НЗК14Ас («Upstate»). Клетки Schneider-2 из расчёта 0,5х106 клеток на иммунопреципитацию трансфецировали /^wl-рестриктами конструкций h, e-h или e-g-h по описанному ранее протоколу (Кретова и Чуриков, 2005), используя реактивы фирмы «Promega». Хроматин-иммунопреципитацию проводили, применяя набор
реактивов «One day ChIP kit» фирмы «Diagenode». Полученную ДНК анализировали в количественной PCR. Полученные в результате амплификации продукты размером около 300 п.н. фракционировали в 2 % агарозных гелях и анализировали с помощью программы QuantityOne (BioRad). Обогащение определяли как процент от количества ДНК, внесённой в иммунопреципитацию. Для этого в PCR использовали 10% исходного хроматина.
Для анализа состояния хроматина районов пограничных областей форум-доменов 70С и 84D in vivo использовали хроматин-иммунопреципитацию с антителами к НЗК9шеЗ, НЗК27шеЗ, Н4К20шеЗ («Upstate») и H3K4me3 («Diagenode»). В данной работе использовали культуральные клетки дрозофилы Schneider-2 из расчёта 1х106 клеток на иммунопреципитацию. Хроматин-иммунопреципитацию проводили, как описано выше.
Анализ доступности хроматина для ДНКазы I. Клетки Schneider-2 в количестве 5х10б трансфецировали //pal-рестриктами конструкций h, e-h или e-g-h по описанному ранее протоколу (Кретова и Чуриков, 2005). Через 72 ч после трансфекции пробы, соответствующие каждой из конструкций, использовали для выделения ядер. Для этого осадок клеток ресуспедировали в 250 мкл буфера RSB (10 niM Tris-HCl, pH 7,6; 10 mM NaCl; 3 шМ MgCh) с добавлением ингибиторов протеиназ («Roche») и инкубировали при 4°С в течение 30 мин, затем клетки лизировали, интенсивно ресуспендируя. Ядра осаждали центрифугированием при 10 тыс. об./мин при 4°С в центрифуге 5415R (Eppendorf) в течение 10 мин и ресуспендировали в 125 мкл буфера DDB (60 rnM KCl; 15 mM NaCl; 15 mM Tris-HCl, pH 7,4; 3 mM MgCl2; 0,05 тМ СаС12; 0,5 mM DTT; 0,25 M сахарозы) (Cartwright et al., 1999) с добавлением ингибиторов протеиназ («Roche»). К аликвотам 20 мкл суспезии ядер добавляли 0, 10, 100, 500 или 2500 нг ДНКазы I («Boehringer») и инкубировали при 37°С в течение 20 мин. Реакцию останавливали добавлением 2 мкл раствора (100 rnM ЭДТА, 1% SDS). Далее из ядер выделяли ДНК фенольным методом, как описано ранее (Cartwright et al., 1999). Полученные препараты ДНК фракционировали в 2% агарозных гелях, блотировали на мембрану Hybond-N+ («Amersham Biosciences»), гибридизовали с 32Р-пробами и проводили количественный анализ с помощью фосфоимиджера.
Рис. 3. (На следующей странице) а) Районы конструкций h, e-h и e-g-h, которые анализировали в экспериментах по перевариванию ДНКазой I. Нумерация дана по исходному вектору pGL3-Enhancer, «Promega», AC U47297; нумерация в круглых скобках - по вектору pCaSpeR-hs/act, AC U6073 (находится в обратной ориентации по отношению к последовательности исходного вектора); в квадратных скобках - по последовательности мобильного элемента copia, AC Х04456. б) Подробно показан район промотора гена Hsp70 в исследуемых конструкциях.
2223
2292
ПрЛ епИ 2352 2625 |2250Н^атН1
район 6
I-1 I-
348 п.н.|_|
район епЬ 143 п.н.
б)
1929 2237
район 5 2819 п.н.
(1262)
Крп\
4 (1344)
5064
1ис Бке Ау
КргЛ Ярп\ /£/1(1174)
район 1 365 п.н.
4'^Ч(1344)
район 1ис 2486 п.н.
Нра\
Обозначения:
|-1 - фрагменты, образующиеся после рестрикции
конструкций по ВатШ, Крп1, Нра\ и
■■■ - районы, использованные для получения 3'Р-зондов к исследуемым областям
I I - районы, в которых анализировали
связывание РНК-полимеразы II, ТВР и уровень ацетилирования гистонов
Результаты
Исследование влияния эихапсера мобильного элемента copia и инсулятора gypsy на структуру хроматина генетических конструкций
Анализ связывания РНК-полнмеразы II, ТВР и уровня ацетнлирования гистона НЗ в областях, прилегающих к энхансеру, и в районе энханссра. Для исследования влияния энхансера мобильного элемента copia и инсулятора gypsy на структуру хроматина были выбраны изученные ранее конструкции h, e-h и e-g-h, содержащие данные энхансер и инсулятор (рис. 1а). Ранее было показано, что в областях вокруг энхансера в конструкции e-h инициируется синтез энхансер-специфических РНК, который ингибируется инсулятором в конструкции e-g-h (Tchurikov et al., 2009). Эти данные позволяют предполагать, что энхансер способен вызывать связывание компонентов транскрипционного комплекса, а инсулятор ингибирует это связывание. Для проверки этого предположения был проведён анализ связывания таких компонентов активного хроматина, как РНК-полимераза II, ТВР, а также уровня ацетилирования гистона НЗ в областях, прилегающих к энхансеру - районах 6 и 5, и в районе самого энхансера - районе enh (рис. За).
Как видно из рис. 4, энхансер мобильного элемента copia в конструкции e-h вызывает связывание РНК-полимеразы II и ТВР в районах 5 и 6. Также наблюдается возрастание степени ацетилирования гистона НЗ - метки активного хроматина - в прилегающих к энхансеру областях. Инсулятор gypsy в конструкции e-g-h ингибирует связывание РНК-полимеразы II и ТВР в этих районах и способствует уменьшению ацетилирования гистона НЗ, что согласуется с его ролью в ингибировании синтеза энхансер-специфических РНК (Tchurikov et al., 2009).
Анализ связывания РНК-полимеразы II, ТВР и уровня ацетилирования гистона НЗ в районе enh в конструкции e-h показал, что уровень этих компонентов падает по сравнению с прилегающими к энхансеру областями (рис. 5а). Это согласуется с более ранними данными, в соответствии с которыми основные старты транскрипции энхансерных РНК приходятся на районы, расположенные вокруг энхансера мобильного элемента copia (Федосеева и др., 2010). Кроме того, как видно из рис. 56, инсулятор gypsy в конструкции e-g-h приводит к ингибированшо связывания РНК-полимеразы II, ТВР и уменьшению уровня ацетилирования гистона НЗ в районе enh.
а)
район 6
До А" О
б)
район 5
* i v
polll
район 6
TBI'
i
a
НЗКЭАс H3K14AC
>
A
Nf.
polir
район 5
IBP
i
H3K9Ac H3K14AC
"S- »
0 A
Рис. 4. Результаты хроматин-иммунопреципитации РНК-полимеразы II, ТВР и НЗК9Ас, НЗК14Ас в областях, прилегающих к энхансеру: в районе 6 (а) и в районе 5 (б). Обозначения: Хр - исходный хроматин, внесённый в иммунопреципитацию; роШ - РНК-полимераза II; ТВР - ТАТА-связывающий белок; НЗК9Ас, НЗК14Ас - ацетилированный гистон НЗ; К - отрицательный контроль («иммунопреципитация» без добавления антител).
Энхаисер мобильного элемента copia вызывает появление открытой структуры хроматина, а инсулятор gypsy приводит к «закрыванию» хроматина. Для анализа влияния энхансера мобильного элемента copia и инсулятора gypsy на структуру хроматина оценивали доступность хроматина исследуемых конструкций, линеаризованных по Нра\, для ДНКазы I, используя зонды к районам 1 и 6 (рис. 6). Как видно из рис. 6, добавление энхансера приводит к значительному увеличению доступности для ДНКазы I хроматина конструкции e-h, тогда как хроматин конструкции h практически недоступен для фермента. Присутствие инсулятора gypsy в конструкции e-g-h приводит к частичному «закрыванию» хроматина, который более доступен для ДНКазы I, чем хроматин конструкции h.
а)
е-Ь:
район 6 район епЬ район 5
О « ^
Г
-
роШ
Й
е-Ь
ТВР
Т
НЗК9АС НЗКИАс
В
<0 ^ ь <о ъ
Й* Л А А
Л # #
б)
X <
£ ,
район еп11
-V4 О ^
роШ
т
° А
район епИ
ТВР
Ь
НЗК9Ас НЗК14АС
т
а
5»
ь л
4 Л
Рис. 5. Результаты хроматин-иммунопреципитации РНК-полимеразы II, ТВР и НЗК9Ас, НЗКИАс: а) в районе энхансера и в прилегающих к нему областях в конструкции е-Ь; б) в районе энхансера в конструкциях е-Ь и е-§-}]. Обозначения, как на рис. 4. ""
Различия между доступностью хроматина одних и тех же конструкций при использовании различных зондов связаны с тем, что при фракционировании в 2% геле не происходит полного разделения ДНК конструкций в области фрагментов ДНК больше 3 т.п.н., поэтому полученные данные позволяют судить о большей или меньшей доступности для ДНКазы I различных районов конструкций. Так, например, как видно из рис. 6, район 1 содержит открытый хроматин уже в конструкции Ь, тогда как район б в конструкции Ь практически недоступен действию фермента в данной области концентраций ДНКазы I.
а)
район 6
О 10 100 500 2500 НГ ДНКазы 1 - 6 г.п.н. -бт.п.н.
- 6 Ï.II.H. ;
.
Е w 6 ч
б)
район 1
h
■ e-h e-g-h
-f
100 500 2500 нгДНКазы!
h
■ e-h e-g-h
2500 нг ДНКазы !
Рис. 6. Анализ доступности хроматина конструкций h, e-h и e-g-h для ДНКазы I, а также нетрансфецированных клеток (К). Показаны результаты блот-гибридизации с 3"Р-пробами, соответствующими району 6 (а) и району 1 (б). Справа представлены графики зависимости относительного количества ДНК каждой из конструкций от количества использованной для переваривания ДНКазы I.
район 6
О 10 100 500 2500 кг ДНКачы I h ** Ш «NkUk т - 348 п.и.
e-h ШШт.т т -ms,i.„.
S =
§ S «-**
ё ч я-!
О 10 100 500 2500 иг ДНКачы 1
e-h MI**
£,60 е-
s2
£ X
ь ч 2'Н
h
e-h
\
N
2500 нг ДНКазы!
V
4L
500 2500 иг ДНКачы I
Рис. 7. Анализ доступности хроматина конструкций Ь, е-Ь и е-^-Ь для ДНКазы I в районе 6 (рис. За), образующемся в результате рестрикции исходных конструкций по Нра\ и ВатН1. Показаны результаты блот-гибридизации с 32Р-пробой, соответствующей району 6. Справа представлены графики зависимости относительного количества ДНК каждой из конструкций от количества использованной для переваривания ДНКазы I.
Анализ доступности для ДНКазы I различных областей конструкций. Для того, чтобы оценить вклад отдельных районов в открытую структуру хроматина, доступную для ДНКазы I, в конструкции e-h и в менее доступную для фермента структуру хроматина в конструкции e-g-h, анализировали доступность для ДНКазы I фрагментов конструкций, образующихся после рестрикции по Нра\, КрпI, Pst\ и ВатШ (рис. 3) - районов 1,5,6, enh и lue. Для этих целей клетки Schneider-2 трансфецировали сначала конструкциями h и e-h, а затем - e-h и e-g-h, так как состояние клеток и эффективность трансфекции при этом сильно отличались, что видно из различий в поведении общей для обеих трансфекций
район 5 1ш< I
0 10 100 500 2500 нг ДНКазы I ^ П «*-«*.#*** *» — 2,8 т.п.н. 8 §«■ \ V
е-Ь IIм-§ * * • * С Я ж-о 20- V * -и И ■ . е-л !
о ю 100 500 гад кг ДНКазы I
——— ~ '"-С 1000 10 100 500 2500 иг ДНКазы I е-Ь т т «*•«• -А — 2,8 т.п.н. 2 1 о я е-г-П - ■ —2,8т.п.н. Е £ «)- £ % °г X М 1 8 • ы Н 20- о ^ . е-И е-д-П А \ о
о ю 100 500 2500 нг ДНКазы I
Рис. 8. Анализ доступности хроматина конструкций Ъ, е-Ь и е^-И для ДНКазы I в районе 5 (рис. За), образующемся в результате рестрикции исходных конструкций по ВатН1 и Крп\. Показаны результаты блот-гибридизации с 32Р-пробой, соответствующей району 5. Справа представлены графики зависимости относительного количества ДНК каждой из конструкций от количества использованной для переваривания ДНКазы I.
район епЬ • е-И
_----- е-д-И
0 10 100 500 2500 нгДНКазы е-в-и ттттш отн. количество ДНК конструкций, % О ё ё £ Ъ 8 1
0 ю к» 500 25«) нгДНКазы!
Рис. 9. Анализ доступности хроматина конструкций Ь, е-Ь и е^-Ь для ДНКазы 1 в районе епИ (рис. За), образующемся в результате рестрикции исходных конструкций по ВатШ. Показаны результаты блот-гибридизации с 32Р-пробой, соответствующей району епЬ. Справа представлены графики зависимости относительного количества ДНК каждой из конструкций от количества использованной для переваривания ДНКазы I.
район lue
О 10 100 500 2500 иг ДНКазы I ]-| ** I» щт«* -2.5 т.п.и.
e-h Щ>Щ Щ Фш - 2,5 -r.il.н.
ш 2
h >s
У. с- (О
С I о =t
г-
"Ч
\
h
e-h
0 10 100 500 2500 иг ДНКазы!
• Ш # т -2-5
e-e-h
. Ьй н 1
ё ч
2500 нгДНКазы 1
■ e-h e-g-h
О 10 100 500 2500 нг ДНКазы I
Рис. 10. Анализ доступности хроматина конструкций h, e-h и e-g-h для ДНКазы 1 в районе lue (рис. За), образующемся в результате рестрикции исходных конструкций по Pst\ и Нра\. Показаны результаты блот-гибридизации с 32Р-пробой, соответствующей району lue. Справа представлены графики зависимости относительного количества ДНК каждой из конструкций от количества использованной для переваривания ДНКазы I.
конструкции e-h (рис. 7-11), то невозможно напрямую сравнивать между собой конструкции h и e-g-h.
Как видно из рис. 7, в конструкции e-h возникает открытая структура хроматина, доступная для ДНКазы 1, в районе 6, расположенном в 5'-области от энхансера, что согласуется как с данными обратной транскрипции (Tchurikov et al., 2009), так и с данными хроматин-иммунопреципитации (рис. 4), согласно которым в этом районе возрастает уровень ацетилирования гистона НЗ, увеличивается количество РНК-полимеразы II и ТВР, а также детектируется синтез энхансер-специфических РНК.
Район 5, в отличие от района 6, имеет более сложную структуру: он включает в себя не только область, прилегающую к энхансеру, но и всю область ДНК между энхансером и
L
район 1
О 10 100 500 2500 нг ДНКазы I
h m m щщ m -36$,,,. e-h mmmmrn -з«,,,
0 10 100 500 2500 нг ДНКазы I
e-h m ш ■ ■•-■ — 365 п.и.
e-g-h ШЁттШт -365"-"'
0 10 100 500 2500 нг ДНКазы I
Рис. 11. Анализ доступности хроматина конструкций h, e-h и e-g-h для ДНКазы I в районе 1 (рис. 36), образующемся в результате рестрикции исходньТх конструкций по Pst\ и Крп\. Показаны результаты блот-гибридизации с 32Р-пробой, соответствующей району 1. Справа представлены графики зависимости относительного количества ДНК каждой из конструкций от количества использованной для переваривания ДНКазы 1.
инсулятором. Данный район также приобретает открытую структуру хроматина при добавлении энхансера мобильного элемента copia в конструкции e-h. При этом при добавлении инсулятора gypsy в конструкции e-g-h почти не происходит «закрывания» хроматина (рис. 8).
Район enh (рис. 9) в конструкции e-h обладает открытой структурой хроматина, доступной для ДНКазы I, а в конструкции e-g-h происходит значительное «закрывание» хроматина в этом районе.
Район lue, содержащий кодирующую часть конструкций, также приобретает открытую структуру хроматина в конструкции e-h, а при добавлении инсулятора gypsy в конструкции e-g-h хроматин этого района «закрывается» (рис. 10), что хорошо согласуется с данными трансфекции (Рис. 1 б).
Район 1 (рис. 36) уже обладает открытой структурой хроматина, доступной для ДНКазы I, в конструкции h, и при добавлении энхансера мобильного элемента copia в конструкции e-h происходит совсем незначительное «открывание» хроматина (рис. 11).
\
h
e-h
sa) 2500 нг ДНКазы I
• e-h О e-g-h
""К
Ч\
. к Е * S ч
При добавлении инсулятора gypsy в конструкции е-д-h, напротив, этот район претерпевает довольно значительное «закрывание» хроматина.
Функциональный анализ пограничных областей форум-доменов
Для функционального анализа последовательностей, расположенных на границах форум-доменов, нами были выбраны форум-домены дисков 70С и 84D в геноме дрозофилы, полученые ранее из препаратов форум-доменов взрослых мух D. melanogaster, названные так в соответствии с их локализацией на политенных хромосомах (Tchurikov et al., 2004). Фрагмент 70С был получен ранее с помощью прыжковой клонотеки (Tchurikov and Ponomarenko, 1992), а фрагмент 84D - методом гибридизации меченных концевых районов форум-доменов с геномной ДНК дрозофилы (Tchurikov et al., 1998).
Оба эти фрагмента расположены в больших межгенных промежутках. Кроме того, это хорошо известные места интеркапярного гетерохроматина. Ранее было показано, что исследуемые фрагменты способны взаимодействовать с белком SuUR in vitro (Tchurikov et al., 2004). Данный белок является маркёром интеркалярного гетерохроматина и часто встречается в местах локализации белков группы Polycomb в хромосомах дрозофилы (Pindyurin et al., 2007).
Компьютерный анализ нуклеотидных последовательностей исследуемых районов с помощью программы «Cister» (http://zlab.bu.edu/~mfrith/cister.shtml) выявил в них наличие характерных для PRE/TRE сайтов связывания белка Pho - белка группы Polycomb, способного напрямую взаимодействовать с ДНК областей PRE/TRE, а также GAGA-фактора и белка Graynyhead (polyT-мотивы). Всё это свидетельствует в пользу наличия функциональных сайленсеров в составе исследуемых фрагментов.
Фрагмент 70С содержит полярный сайленсер. Для функционального анализа фрагмента 70С были использованы конструкции h, h-70C и h-70C (рис. 2, конструкции 13). В качестве контрольного элемента с хорошо изученными свойствами была выбрана область PRE/TRE из локуса bithorax дрозофилы - bxd (рис. 2, конструкции 6-7).
Как видно из результатов трансфекции (рис. 12), фрагмент 70С, как и контрольный сайленсер, проявляет полярные свойства, оба фрагмента в одной из ориентации подавляют экспрессию люциферазы светлячка, а в другой ведут себя как активаторы.
а)
Люминесценция* 10". отн. ед. 2.5-,
б)
Люминесценция"! 0!, отн. ед.
h h-70C h-70C
h h-bxd h-^xd
Рис. 12. Функциональный анализ фрагментов: а) 70С и б) bxd.
Фрагмент 84D содержит неполярный сайленеер. Для функционального анализа фрагмента 84D использовали конструкции h, h-84D, h-84D, e-h, e-h-84D, e-h-84D (рис. 2, конструкции 1, 4-5, 8-10). В данную систему ввели дополнительный регуляторный элемент - энхансер из мобильного элемента copia, который активен в данных культуральных клетках, для изучения взаимодействия с исследуемым районом.
а)
Люминесценция"!О1, отн. ед.
б)
Люминесценция'Ю4, отн. ед. 3,0 т
h h-8?D h-84D
1,00,5-
|-j e-h-84D e-h-84D
Рис. 13. а) Функциональный анализ фрагмента 840; б) анализ влияния энхансера на работу сайленсера 84Э.
Как видно из рис. 13, фрагмент 840 проявляет свойства сайленсера в обеих ориентациях, независимо от внесения в систему активного энхансера. Таким образом,
данный элемент не обладает свойством полярности и действует на регулируемые им гены, независимо от ориентации.
Анализ хроматина областей 70С и 84D. Следующий этап работы состоял в анализе состояния хроматина изучаемых областей in vivo. Для исследования форм гистонов, встречающихся в пограничных областях форум-доменов использовали хроматин-иммунопреципитацию с антителами к НЗК4теЗ, НЗК9теЗ, НЗК27теЗ и Н4К20теЗ. Как видно из рис. 14, районы 70С и 84D, обогащены НЗК27теЗ. Кроме того, район 70С содержит H3K4me3, а район 84D - НЗК9теЗ. В отличие от хорошо изученной последовательности PRE/TRE bxd (Papp and Muller, 2006), исследуемые фрагменты не содержат Н4К20шеЗ.
Обсуждение
Роль энхансера мобильного элемента copia и иисулятора gypsy в изменении структуры хроматина. Данные, полученные в экспериментах по хроматин-иммунопреципитации РНК-полимеразы II, ТВР и ацетилированного гистона НЗ в районах вокруг энхансера в генетических конструкциях, позволяют утверждать, что с обеих сторон от энхансера мобильного элемента copia в конструкции e-h происходят изменения в структуре хроматина. В этих районах увеличивается количество таких компонентов активного хроматина, как РНК-полимераза II и ТВР, которые могут приводить к синтезу энхансер-специфических РНК. Также возрастает уровень ацетилирования гистона НЗ — метки активного хроматина. Инсулятор gypsy в конструкции e-g-h приводит к ингибированию связывания РНК-полимеразы II и ТВР и уменьшению уровня
ацетилирования гистона НЗ в этих же областях, что может свидетельствовать об иигибировании синтеза РНК, а не о его прерывании, как было показано в случае встроенной в геном трансгенной конструкции, содержащей инсулятор HS4 цыплёнка, расположенный между энхансером HS2 и промотором гена е-глобина р-глобинового локуса человека (Zhu et al., 2007).
В районе самого энхансера мобильного элемента copia в конструкции e-h наблюдается значительно меньшее связывание РНК-полимеразы II, ТВР и ацетилирование гистона НЗ, чем в районах прилегающих к энхансеру, что согласуется с более ранними данными, в соответствии с которыми основные старты транскрипции энхансерных РНК приходятся на районы, расположенные вокруг энхансера (Федосеева и др., 2010). Но, тем не менее, и в этом районе наблюдается ингибирование инсулятором gypsy в конструкции e-g-h связывания РНК-полимеразы II, ТВР и уменьшение ацетилирования гистона НЗ.
Кроме того, как показали эксперименты по перевариванию исследуемых репортёрных конструкций ДНКазой I, энхансер мобильного элемента copia в конструкции e-h приводит к появлению открытой структуры хроматина, а инсулятор gypsy вызывает частичное «закрывание» хроматина конструкции e-g-h. Это согласуется с данными по экспрессии репортерного гена люциферазы. Экспрессия данного гена увеличивается до 100 раз в конструкции e-h по сравнению с конструкцией h. Инсулятор уменьшает экспрессию репортерного гена в 2-5 раз в конструкции e-g-h по сравнению с e-h (рис. 16).
Полученные результаты позволяют предполагать, что одной из основных функций энхансера является изменение структуры хроматина, которая, как было недавно показано, может сохраняться даже после удаления самой последовательности энхансера (Chong et al., 2010).
Анализ влияния энхансера мобильного элемента copia на доступность хроматина в различных районах в конструкции e-h показал, что наибольшему влиянию энхансера подвергается кодирующая область, что согласуется с результатами трансфекции (рис. 16), и районы, прилегающие к энхансеру, а также сам энхансер.
Практически не изменяется структура хроматина в районе 1, который в конструкции е-h состоит из части участка ДНК между энхансером мобильного элемента copia и промотром Hsp70, и части промотора, включая старт-сайт (рис.Зб). Данный результат может быть связан с тем, что промотор гена Hsp70 содержит РНК-полимеразу II в состоянии паузы (Wu et al., 2003), и в районе промотора поддерживается открытая структура хроматина даже в отсутствие активации.
Район 5, содержащий большую часть участка ДНК между энхансером мобильного элемента copia и промотором Hsp70 (рис. За), приобретает открытую структуру хроматина
в конструкции e-h. Но так как результаты обратной транскрипции (Tchurikov et al., 2009) и хроматин-иммунопреципитации свидетельствуют о равнозначности районов, прилегающих к энхансеру, то, учитывая разницу в размерах между районами 5 и б, степень «открывания» хроматина несколько меньше, чем можно было бы ожидать. По-видимому, наибольшее действие энхансер мобильного элемента copia оказывает на районы, непосредственно прилегающие к нему, и меньше влияет на область ДНК между энхансером и промотором.
Наибольшее влияние инсулятор gypsy в конструкции e-g-h оказывает на район 1, содержащий как область между инсулятором gypsy и промотором Hsp70, так и часть промотора Hsp70 вместе со старт-сайтом. Это может свидетельствовать как в пользу трекинг-модели, согласно которой инсулятор препятствует прохождению РНК-полимеразного комплекса в область за инсулятором, так и говорить о том, что инсулятор напрямую ингибирует промотор. Кроме того, инсулятор gypsy в конструкции e-g-h способствует значительному уменьшению доступности для ДНКазы I хроматина района enh, что согласуется с данными обратной транскрипции об ингибироваиии синтеза энхансер-специфических РНК инсулятором (Tchurikov et al., 2009).
Район 6 в конструкции e-g-h приобретает более закрытую структуру хроматина, чем в конструкции e-h, при этом степень «закрывания» хроматина в этом районе примерно такая же, как в районе enh. Таким образом, инсулятор gypsy способствует появлению закрытой структуры хроматина как в районе самого энхансера мобильного элемента copia, так и в областях, прилегающих к нему.
Добавление инсулятора gypsy в конструкции e-g-h мало влияет на структуру хроматина района 5, что может свидетельствовать в пользу трекинг-модели, согласно которой инсулятор препятствует прохождению транскрипционного комплекса в области, расположенные за инсулятором, но не ингибирует синтез энхансер-специфических РНК в области ДНК между энхансером и инсулятором.
Таким образом, полученные результаты содержат свидетельства как в пользу трекинг-модели работы инсулятора gypsy, так и в пользу взаимодействия энхансера мобильного элемента copia и/или промотора Hsp70 с инсулятором gypsy.
Роль пограничных областей форум-доменов в регуляции экспрессии генов. Функциональный анализ пограничных областей форум-доменов 70С и 84D позволяет утверждать, что данные районы содержат функционально активные сайленсеры. Хотя наблюдаемые эффекты невелики (в пределах 30-50%), но при использовании t-теста было выявлено, что они статистически значимы при Р<0,01. Кроме того, хорошо изученная последовательность PRE/TRE bxd также оказывала небольшой эффект на экспрессию
репортёрного гена люциферазы в используемой репортёрной системе. Это может быть связано с тем, что клетки Schneider-2 получены из клеток 20-24 ч эмбрионов дрозофилы -предшественников макрофагов, в которых ген Ubx, контролируемый bxd, репрессирован и отсутствуют белковые факторы, необходимые для работы этого регуляторного элемента (Schneider, 1972). Пограничные районы форум-доменов 70С и 84D получены из взрослых мух D. melanogaster и могут также требовать для своей работы тканеспецифичных белковых факторов, которые отсутствуют в клетках Schneider-2.
Исследуемые фрагменты 70С и 84D различаются не только по своим функциональным свойствам, но и по состоянию хроматина в областях генома, соответствующих этим фрагментам. Районы 70С и 84D, обогащены модификацией НЗК27шеЗ, за образование которой ответственны белки группы Polycomb - гистонметилтрансферазы Enhancer of zeste и Polycomblike. Это указывает на возможность связывания комплексов, содержащих данные белки, с исследуемыми областями in vivo. Метка НЗК9шеЗ, отсутствующая в случае 70С, характерна не для всех PRE/TRE (Ringrose et al., 2004). Для изучаемых районов нехарактерна модификация Н4К20шеЗ, встречающаяся, как правило, в областях прицентромерного гетерохроматина и в некоторых областях PRE/TRE (Pesavento et al., 2008). Одновременное присутствие НЗК4шеЗ и НЗК27теЗ в случае 70С характерно для областей бивалентного хроматина, способного к включению и выключению транскрипции на разных стадиях развития, что позволяет отнести данный район к таким областям (Mikkelsen et al., 2007).
Полученные данные убедительно свидетельствуют о функциональной активности исследуемых фрагментов 70С и 84D. Ранее функциональный анализ с помощью системы транзиентно экспрессирующихся репортёрных конструкций другого пограничного района форум-доменов Sau 10 из локуса cut выявил, что данный элемент обладает свойствами неполярного сайленсера, но способен активировать экспрессию репортёрного гена при внесении в систему энхансера из мобильного элемента copia (Сосин и др., 2006). Таким образом, все три изученные к настоящему времени пограничных района форум-доменов отличаются между собой по своим функциональным свойствам. Дальнейшее изучение этих и других пограничных областей форум-доменов позволит сделать выводы о природе этих последовательностей ДНК.
В настоящее время разработан метод PCR-амплификации концевых районов форум-доменов и с помощью метода микроаррей проведён полногеномный анализ пограничных районов форум-доменов в культуральных клетках Schneider-2 (Tchurikov et al., 2011). Выявлены более тысячи таких последовательностей. Полученные в настоящее время
данные подтверждают вывод о существовании различных регуляторных элементов на
границах форум-доменов.
Выводы
1. Установлено, что в конструкции e-h с обеих сторон от энхансера мобильного элемента copia происходит изменение структуры хроматина. В районах, прилегающих к энхансеру, возрастает уровень таких компонентов активного хроматина, как РНК-полимераза II и ТВР (ТАТА-связывающий белок), а также - меток активного хроматина НЗК9Ас и НЗК14Ас. Инсулятор gypsy в конструкции e-g-h приводит к ингибированию связывания РНК-полимеразы II и ТВР и уменьшению уровня ацетилирования гистона НЗ в этих же областях.
2. Энхансер мобильного элемента copia в конструкции e-h вызывает увеличение доступности хроматина для ДНКазы I во всех исследованных районах данной конструкции. Наибольшее влияние он оказывает на область, содержащую репортёрный ген люциферазы, а наименьшее - на область промотора. Район самого энхансера также имеет открытую структуру хроматина, доступную для ДНКазы I. Инсулятор gypsy в конструкции e-g-h приводит к «закрыванию» хроматина. Наибольшее влияние он оказывает на области репортёрного гена, энхансера и промотора.
3. Пограничные районы форум-доменов 70С и 84D содержат сайленсеры различных типов: 70С проявляет полярные свойства, a 84D - неполярные.
4. Пограничные районы форум-доменов 70С и 84D, изученные в данной работе, обогащены модифицированными гистонами, характерными для репрессированного состояния хроматина: район 84D содержит НЗК9шеЗ и H3K27me3, а район 70С содержит НЗК27теЗ и НЗК4теЗ, одновременное присутствие которых встречается в областях бивалентного хроматина.
Список работ, опубликованных по теме диссертации
Статьи
1. Чуриков H.A., Сосин Д.В.. Кретова О.В., Моисеева Е.Д. Функциональный анализ последовательностей LCR из локуса cut дрозофилы. ДАН, 2007, 415 (5): 703-707.
2. Моисеева Е.Д., Кретова О.В., Чуриков H.A. Функциональный анализ пограничных областей форум-доменов. ДАН, 2008, 423 (4): 556-560.
3. Moiseeva E.D., Tchurikov N.A. Functional analysis of the boundary region between forum domains in the band 84D in the Drosophila melanogaster genome. Dros. Inf. Serv., 2008, 91: 69-73.
4. Tchurikov N.A., Kretova O.V., Moiseeva E.D., Sosin D.V. Evidence for RNA synthesis in the intergenic region between enhancer and promoter and its inhibition by insulators in Drosophila melanogaster. Nucleic Acids Research, 2009, 37 (1): 111-122.
5. Сосин Д.В., Моисеева Е.Д., Чуриков H.A. Исследование дистантных взаимодействий LCR из локуса cut Drosophila melanogaster. ДАН, 2010,432 (1): 127-130.
6. Моисеева Е.Д., Чуриков Н.А. Изучение влияния энхансера и инсулятора на структуру хроматина в геноме Drosophila melanogaster. ДАН, 2011, 437 (1): 120-123.
Тезисы конференций
1. Моисеева Е.Д., Чуриков Н.А. Границы форум-доменов содержат PRE/TRE области. Тезисы докладов 11-ой Международной Пущинской школы-конференции молодых учёных «Биология - наука XXI века». Пущино, 2007, с. 100.
2. Moiseeva Е., Kretova О., Tchurikov N. Boundary regions of forum domains in Drosophila chromosomes contain PRE/TRE. FEBS Journal 275 (Suppl. 1), 2008, p. 104.
3. Tchurikov N., Moiseeva E., Sosin D., Kretova O. Silencer from the cut locus in D. melanogaster becomes a strong activator in the presence of active enhancer. XX Int. Congress of Genetics «Genetics - understanding living systems», Berlin, Germany, 2008, p. 127.
4. Моисеева Е.Д. Функциональный анализ двух пограничных областей форум доменов районов 70С и 84D генома D. melanogaster. XVI Международная конференция студентов, аспирантов и молодых учёных «Ломоносов-2009», секция «Биология», 2009, с. 189.
5. Моисеева Е.Д., Чуриков Н.А. Молекулярно-генетический анализ двух пограничных областей форум-доменов районов 70С и 84D генома D. melanogaster. Съезд генетиков и селекционеров, посвящённый 200-летию со дня рождения Ч. Дарвина и V съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, Москва, 2009, часть II, с. 73.
Заказ № 32-А/03/2011 Подписано в печать 05.03.2011 Тираж 100 экз. Усл. п.л. 1,2
А, ООО "Цифровичок", тел. (495) 649-83-30
www.cfr.ru; е-таП: info@cfr.ru
Содержание диссертации, кандидата биологических наук, Моисеева, Евгения Дмитриевна
Список сокращений.
Общая характеристика работы.
Актуальность проблемы.
Цели и задачи исследования.
Научная новизна результатов исследования.
Научно-практическая ценность.
Апробация работы.
Обзор литературы.
Заключение Диссертация по теме "Молекулярная биология", Моисеева, Евгения Дмитриевна
Выводы
1. Установлено, что в конструкции e-h с обеих сторон от энхансера мобильного элемента copia происходит изменение структуры хроматина. В районах, прилегающих к энхансеру, возрастает уровень таких компонентов активного хроматина, как РНК-полимераза II и ТВР (ТАТА-связывающий белок), а также - меток активного хроматина НЗК9Ас и НЗК14Ас. Инсулятор gypsy в конструкции e-g-h приводит к ингибированию связывания РНК-полимеразы II и ТВР и уменьшению уровня ацетилирования гистона НЗ в этих же областях.
2. Энхансер мобильного элемента copia в конструкции e-h вызывает увеличение доступности хроматина для ДНКазы I во всех исследованных районах данной конструкции. Наибольшее влияние он оказывает на область, содержащую репортёрный ген люциферазы, а наименьшее — на область промотора. Район самого энхансера также имеет открытую структуру хроматина, доступную для ДНКазы I. Инсулятор gypsy в конструкции e-g-h приводит к «закрыванию» хроматина. Наибольшее влияние он оказывает на области репортёрного гена, энхансера и промотора.
3. Пограничные районы форум-доменов 70С и 84D содержат сайленсеры различных типов: 70С проявляет полярные свойства, a 84D — неполярные.
4. Пограничные районы форум-доменов 70С и 84D, изученные в. данной работе, обогащены модифицированными гистонами, характерными для репрессированного состояния хроматина: район 84D содержит НЗК9шеЗ и H3K27me3, а район 70С содержит НЗК27теЗ и НЗК4теЗ, одновременное присутствие которых встречается в областях бивалентного хроматина.
Библиография Диссертация по биологии, кандидата биологических наук, Моисеева, Евгения Дмитриевна, Москва
1. Akbari O.S., Bae Е., Johnsen Н., Villaluz A., Wong D., Drewell R.A. (2008) A novel promoter-tethering element regulates enhancer-driven gene expression! at the bithorax complex in the Drosophila embryo. Development 135 (1): 123-131.
2. Aronow B.J., Ebert G.A., Valerius M.T., Potter S.S., Wiginton D.A., Witte D.P., Hutton J.J., (1995) Dissecting a locus control region: facilitation of enhancer function by extended enhancer-flanking sequences. Mol. Cell. Biol. 15 (2): 1123-1135.
3. Avramova Z., Tikhonov A. (1999) Are scs and scs' 'neutral' chromatin domain boundaries of the locus? Trends Genet. 15: 138-139.
4. Belotserkovskaya R., Oh S., Bondarenko V.A:, Orphanides G., Studitsky V.M., Reinberg D. (2003) FACT facilitates transcription-dependent nucleosome alteration. Science 301 (5636): 1090-1093.
5. Belozerov V.E., Majumder P., Shen P., Cai H.N. (2003) A novel boundary element may facilitate independent gene regulation in the Antennapedia complex of Drosophila. EMBO J. 22 (12): 3113-3121'.
6. Blanton J., Gaszner M., Schedl P. (2003) Protein:protein interactions and the pairing of boundary elements in vivo. Genes Dev. 17 (5): 664-675.
7. Blastya'k A., Mishra R.K., Karch F., Gyurkovics H. (2006) Efficient and specific targeting of Polycomb group proteins requires cooperative interaction between Grainyhead and Pleiohomeotic. Mol. Cell. Biol. 26 (4): 1434-1444.
8. Bortvin A., Winston F. (1996) Evidence that Spt6p controls chromatin structure by a direct interaction with histones. Science 272 (5267): 1473-1476:
9. Boyer L.A., Plath K., Zeitlinger J., Brambrink Т., Medeiros L.A., Lee T.I., Levine S.S., Wernig M-., Tajonar A., Ray M.K., Bell G.W., Otte A.P., Vidal M., Gifford D.K., Young
10. R.A., Jaenisch R. (2006) Polycomb complexes repress developmental regulators in murine embryonic stem cells. Nature 441 (7091): 349-353.
11. Bracken A.P., Dietrich N., Pasini D., Hansen K.H., Helin K. (2006) Genome-wide mapping of Polycomb target genes unravels their roles in cell fate transitions. Genes Dev. 20 (9): 1123-1136.
12. Breiling A., Turner B.M., Bianchi M.E., Orlando V. (2001) General transcription factors bind promoters repressed by Polycomb group proteins. Nature 412 (6847): 651-655.
13. Brown J.L., Fritsch C., Mueller J., Kassis J.A. (2003) The Drosophila pho-like gene encodes a YY1-related DNA binding protein that is redundant with pleiohomeotic in homeotic gene silencing. Development 130 (2): 285-294.
14. Brown J.L., Grau D.J., DeVido S.K., Kassis J.A. An Spl/KLF binding site is important for the activity of a Polycomb group response element from the Drosophila engrailed gene. (2005) Nucleic Acids Res. 33 (16): 5181-5189.
15. Brown J.L., Mucci D., Whiteley M., Dirksen M.L., Kassis J.A. (1998) The Drosophila Polycomb group gene pleiohomeotic encodes a DNA binding protein with homology to the transcription factor YY1. Mol. Cell 1 (7): 1057-1064.
16. Bulger M., Groudine M. (2010) Enhancers: The abundance and function of regulatory sequences beyond promoters. Developmental Biology 339 (2): 250-257
17. Burke T.W., Kadonaga J.T. (1996) Drosophila TFIID binds to a conserved downstream basal promoter element that is present in many TATA-box-deflcient promoters. Genes Dev. 10 (6): 711-724.
18. Bushey A.M., Dorman E.R., Corces V.G. (2008) Chromatin insulators: regulatory mechanisms and epigenetic inheritance. Mol. Cell 32 (1): 1-9.
19. Bushey A.M., Ramos E., Corces V.G. (2009) Three subclasses of a Drosophila insulator show distinct and cell type-specific genomic distributions. Genes Dev. 23 (11): 1338-1350.
20. Bushnell D.A., Westover K.D., Davis R.E., Kornberg R.D. (2004) Structural basis of transcription: an RNA polymerase II TFIIB cocrystal at 4.5 A. Science 303 (5660): 983988.
21. Byrd K., Corces V.G. (2003) Visualization of chromatin domains created by the gypsy insulator of Drosophila. J. Cell Biol. 162 (4): 565-574.
22. Calhoun V.C., Stathopoulos A., Levine M. (2002) Promoter-proximal tethering elements regulate enhancer-promoter specificity in the Drosophila Antennapedia complex. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99 (14): 9243-9247.
23. Cao R., Tsukada Y., Zhang Y. (2005) Role of Bmi-1 and RinglA in H2A ubiquitylation and Hox gene silencing. Mol. Cell 20 (6): 845-854.
24. Cao R., Zhang Y. (2004) SUZ12 is required for both the histone methyltransferase activity and the silencing function of the EED-EZH2 complex. Mol. Cell 15 (1): 57-67.
25. Capelson M., Corces V.G. (2005) The ubiquitin ligase dTopors directs the nuclear organization of a chromatin insulator. Mol Cell. 20 (1): 105-116.
26. Capelson M., Corces V.G. (2006) SUMO conjugation attenuates the activity of the gypsy chromatin insulator. EMBO J. 25 (9): 1906-1914.
27. Caretti G., Di Padova M., Micales B., Lyons G. E., Sartorelli V. (2004) The Polycomb Ezh2 methyltransferase regulates muscle gene expression and skeletal muscle differentiation. Genes Dev. 18 (21): 2627-2638.
28. Cartwright I.L., Cryderman D.E., Gilmour D.S., Pile L.A., Wallrath L.L., Weber J.A., Elgin S.C. (1999) Analysis of Drosophila chromatin structure in vivo. Methods Enzymol. 304: 462-496.
29. Casamassimi A., Napoli C. (2007) Meditor complexes and eukaryotic transcription regulation: an overview. Biochimie 89 (12): 1439-1446.
30. Casares F., Bender W., Merriam J., Sanchez-Herrero E. (1997) Interactions^ of Drosophila Ultrabithorax regulatory regions with native and foreign promoters. Genetics 145 (1): 123137.
31. Chen X., Hiller M., Sancak Y., Fuller M.T. (2005) Tissue-specific TAFs counteract Polycomb to turn on terminal differentiation. Science. 310 (5749): 869-872.
32. Cheng Y., Buffone M.G., Kouadio M., Goodheart M., Page D.C., Gerton G.L., Davidson I., Wang P.J. (2007) Abnormal sperm in mice lacking the Taf71 gene. Mol Cell Biol. 27 (7): 2582-2589.
33. Chong M.M., Simpson N., Ciofani M., Chen G., Collins A., Littman D.R. (2010) Epigenetic propagation of CD4 expression is established by the Cd4 proximal enhancer in helper T cells. Genes Dev. 24 (7): 659-669.
34. Chopra V.S., Hong J.W., Levine M. (2009) Regulation of Hox gene activity by transcriptional elongation in Drosophila. Curr. Biol. 19 (8): 688-693.
35. Clayton A.L., Rose S., Barratt M.J., Mahadevan L.C. (2000) Phosphoacetylation of histone H3 on c-fos- and c-jwi-associated nucleosomes upon gene activation. EMBO J. 19 (14): 3714-3726.
36. Conaway J.W., Conaway R.C. (1999) Transcription elongation and human disease. Annu. Rev. Biochem. 68: 301-319.
37. Corey L.L., Weirich C.S., Benjamin I.J., Kingston R.E. (2003) Localized recruitment of a chromatin remodeling activity by an activator in vivo drives transcriptional elongation. Genes Dev. 17(11): 1392-1401.
38. Cramer P. (2004) RNA polymerase II structure: from core to functional complexes. Curr. Opin. Genet. Dev. 14 (2): 218-226
39. Dean A. (2006) On a chromosome far, far away: LCRs and gene expression. Trends in Genetics 22 (1): 38-45.
40. Deato M.D., Tjian R. (2007) Switching of the core transcription machinery during myogenesis. Genes Dev. 21 (17): 2137-2149.
41. Dekker J., Rippe K., Dekker M., Kleckner N. (2002) Capturing chromosome conformation. Science 295 (5558): 1306-1311.
42. Dickson J., Gowher H., Strogantsev R., Gaszner MI, Hair A., Felsenfeld G., West A.G. (2010) VEZF1 elements mediate protection from DNA methylation. PLoS Genet. 6(1): el000804
43. Dejardin J., Rappailles A., Cuvier O., Grimaud C., Decoville M., Locker D., Cavalli G. (2005) Recruitment of Drosophila Polycomb group proteins to chromatin by DSP1. Nature 434 (7032): 533-538.
44. Dellino G.I., Schwartz Y.B., Farkas G., McCabe D., Elgin S.C., Pirrotta V. (2004) Polycomb silencing blocks transcription initiation. Mol. Cell 13 (6): 887-893.
45. Dillon S.C., Zhang, X., Trievel R.C., Cheng X. (2005) The SET-domain protein superfamily: protein lysine methyltransferases. Genome Biol. 6 (8): 227.
46. Dion M.F., Altschuler S.J., Wu L.F., Rando O.J. (2005) Genomic characterization reveals a simple histone H4 acetylation code. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 102 (15): 5501-5506.
47. Dorsett D. (1999) Distant liaisons: long-range enhancer-promoter interactions in Drosophila. Curr. Opin. Genet. Dev. 9 (5): 505-514.
48. Dorsett D. (2009) Cohesin, gene expression and development: lessons from Drosophila. Chromosome Res. 17 (2): 185-200.
49. Douziech M., Coin F., Chipoulet J.M., Arai Y.s Ohkuma Y., Egly J.-M., Coulombe B. (2000) Mechanism of promoter melting by the xeroderma pigmentosum complementation group B
50. Helicase of transcription'factor IIH revealed by protein-DNA photo-cross-linking. Mol. Cell BioL 20 (21): 8168-8177.
51. Dover Ji, . Schneider J., Tawiah-Boateng M.A., Wood A., Dean K., Johnston M;, Shilatifard A. (2002) Methylation of histone 113 by COMPASS requires ubiquitination.of histone H2B by Rad6. J. Biol. Chem. 277 (32): 28368-28371.
52. Drissen R., Palstra R.J., Gillemans N., Splinter E., Grosveld F., Philipsen S., dc Laat W. (2004) The active spatial organization of the beta-globin locus requires the transcription factor EKLF. Genes Dev. 18 (20): 2485-2490.
53. Dynlacht B.D., Hoey T., Tjian R. (1991) Isolation of coactivators associated with the TATA-binding protein that mediate transcriptional activation. Cell 66 (3): 563-576.
54. Ellis J;, Talbot D., Dillon N., Grosveld F. (1993). Synthetic human beta-globin 5'HS2 constructs function as locus control'regions only in multicopy transgene concatemers. EMBO J. 12 (1): 127-134'.
55. Emanuel R;, Kaneko S., Manley J.L. (2006) Terminating the transcript: breaking up is hard to do. Genes Dev. 20 (9): 1050-1056.
56. Forrester. W.G., van Genderen C., Jenuwein T., Grosschedl R. (1994) Dependence ozt enhancer-mediated transcription of the immunoglobulin mu gene; on nuclear mat attachment regions.Science 265 (5176): 1221-1225.
57. Francis N.J. (2009) Mechanisms of epigenetic inheritance: copying of polycomb repressed chromatin. Cell Cycle 8 (21): 3513-3518.
58. Francis N.J., Follmer N.E., Simon M.D., Aghia G., Butler J.D. (2009) Polycomb proteins remain bound to chromatin and DNA during DNA replication in vitro. Cell. 137 (1): 110122.
59. Francis N.J., Kingston R.E., Woodcock C.L. (2004) Chromatin compaction by a Polycomb group protein complex. Science 306 (5701): 1574-1577.
60. Francis N.J., Saurin A.J., Shao Z., Kingston R.E. (2001) Reconstitution of a functional core Polycomb repressive complex. Mol. Cell 8 (3): 545-556.
61. Freiman R.N., Albright S.R., Zheng S., Liang H.E., Sha W.C., Hammer R.E., Tijan R. (2001) Requirement of tissue-selective TBP-associated factor TAFII105 in ovarian development. Science 293 (5537): 2084-2087.
62. Garriga J., Grana X. (2004) Cellular control of gene expression by T-type cyclin/CDK9 complexes. Gene 337: 15-23.
63. Gaszner M., Felsenfeld G. (2006) Insulators: exploiting transcriptional and epigenetic mechanisms. Nat. Rev. Genet. 7 (9):703-713.
64. Gearhart M.D., Corcoran C.M., Wamsta J.A., Bardwell V.J. (2006) Polycomb group and SCF ubiquitin ligases are found in a novel BCOR complex that is recruited to BCL6 targets. Mol. Cell. Biol. 26 (18): 6880-6889.*
65. Geles K.G., Freiman R.N., Liu W.L., Zheng S., Voronina E., Tjian R. (2006) Cell-type-selective induction of c-jun by TAF4b directs ovarian-specific transcription networks. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 103 (8): 2594-2599.
66. Gerasimova T.I., Byrd K., Corces V.G. (2000) A chromatin insulator determines the nuclear localization of DNA. Mol. Cell 6 (5): 1025-1035.
67. Gerasimova T.I., Corces V.G. (1998). Polycomb and trithorax group proteins mediate the function of a chromatin insulator. Cell 92 (4): 511-521.
68. Gerasimova T.I., Lei E.P., Bushey A.M., Corces V.G. (2007) Coordinated control of dCTCF and gypsy chromatin insulators in Drosophila. Mol. Cell 28 (5): 761-772.
69. Geyer P.K. (1997) The role of insulator elements in defining domains of gene expression. Curr. Opin. Genet. Dev. 7 (2): 242-248.
70. Geyer P.K., Corces V.G. (1992) DNA position-specific repression of transcription by a Drosophila zinc finger protein. Genes Dev. 6 (10): 1865-1873.
71. Ghosh D., Gerasimova T.I., Corces V.G. (2001) Interactions between the Su(Hw) and Mod(mdg4) proteins required for gypsy insulator function. EMBO J. 20 (10): 2518-2527.
72. Giardina C., Perez-Riba M., Lis J.T. (1992) Promoter melting and TFIID complexes on Drosophila genes in vivo. Genes Dev. 6 (11): 2190-2200.
73. Gnatt A.L., Cramer P., Fu J., Bushnell D.A., Romberg R.D. (2001) Structural basis of transcription: an RNA polymerase II elongation complex at 3.3 A resolution. Science 292 (5523): 1844-1846.
74. Hampsey M., Reinberg D. (2003) Tails of intrigue: phosphorylation of RNA polymerase II mediates histone methylation. Cell 113 (4): 429-432.
75. Hart C.M., Cuvier O., Laemmli U.K. (1999) Evidence for an antagonistic relationship between the boundary element-associated factor BEAF and the transcription factor DREF. Chromosoma 108 (6): 375-383.
76. Hartzog G.A., Wada T., Handa H., Winston F. (1998) Evidence that Spt4, Spt5, and Spt6 control transcription elongation by RNA polymerase II in Saccharomyces cerevisiae. Genes Dev. 12 (3): 357-369.
77. Heintzman N.D., Hon G.C., Hawkins R.D., Kheradpour P., Stark A., Harp L.F., Ye Z., Lee L.K., Stuart R.K., Ching C.W., Ching K.A., Antosiewicz-Bourget J.E., Liu H., Zhang X.,
78. Green R.D., Lobanenkov V.V., Stewart R., Thomson J.A., Crawford G.E., Kellis M., Ren B.2009) Histone modifications at human enhancers reflect global cell type-specific gene expression. Nature 459 (7243): 108-112.
79. Hirose Y., Manley J.L. (2000) RNA polymerase II and the integration of nuclear events. Genes Dev. 14(12): 1415-1429.
80. Holohan E.E., Kwong C., Adryan B., Bartkuhn M., Herold M., Renkawitz R., Russell S., White R. (2007) CTCF genomic binding sites in Drosophila and the organisation of the bithorax complex. PLoS Genet. 3 (7): el 12.
81. Holstege F.C., Fiedler U., Timmers H.T. (1997) Three transitions in the RNA polymerase II transcription complex during initiation. EMBO J. 16 (24): 7468-7480.
82. Horikoshi M., Bertuccioli C., Takada R., Wang J., Yamamoto T., Roeder R.G. (1992) Transcription factor TFIID induces DNA bending upon binding to the TATA element. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89 (3): 1060-1064.
83. Horikoshi N., Maguire K., Kralli A., Maldonado E., Reinberg D., Weinmann R. (1991) Direct interaction between adenovirus El A protein and the TATA box binding transcription factor IID. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 88 (12): 5124-5128.
84. Huang S., Li X., Yusufzai T.M., Qiu Y., Felsenfeld G. (2007) USF1 recruits histone modification complexes and is critical for maintenance of a chromatin barrier. Mol. Cell. Biol. 27(22): 7991-8002.
85. Huang D.-H., Chang Y.-L., Yang C.-C., Pan I.-C., King B. (2002) Pipsqueak encodes a factor essential for sequence-specific targeting of a Polycomb group protein complex. Mol. Cell. Biol. 22 (17): 6261-6271.
86. Iborra F.J., Pombo A., Jackson D.A., Cook P.R. (1996) Active RNA polymerases are localized within discrete transcription "factories" in human nuclei. J. Cell Sci. 109 (6): 14271436.
87. Ishihara K., Oshimura M., Nakao M. (2006) CTCF-dependent chromatin insulator is linked to epigenetic remodeling. Mol. Cell 23 (5): 733-742.
88. Isogai Y., Takada S., Tjian R., Keles S. (2007) Novel TRF1/BRF target genes revealed by genome-wide analysis of Drosophila Pol III transcription. EMBO J. 26 (1): 79-89.
89. Juven-Gershon T., Kadonaga J.T. (2010) Regulation of gene expression via core promoter and the basal transcriptional machinery. Dev. Biol. 339 (2): 225-229.
90. Kaplan C.D., Laprade L., Winston F. (2003) Transcription elongation factors repress transcription initiation from cryptic sites. Science 301 (5636): 1096-1099.
91. Kellum R., Schedl P. (1991) A position-effect assay for boundaries of higher order chromosomal domains. Cell 64 (5): 941-950.
92. Kennison J.A., Tamkun J.W. (1988) Dosage-dependent modifiers of Polycomb and' Antennapedia mutations in Drosophila. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85 (21): 8136-8140.
93. Khorasanizadeh S. (2004) The nucleosome: from genomic organization to genomic regulation. Cell 116 (2): 259-272.
94. Kim T.H., Barrera L.O., Zheng M., Qu C., Singer M.A., Richmond T.A., Wu Y., Green R.D., Ren B. (2005) A high-resolution map of active promoters in the human genome. Nature 436 (7052): 876-880.
95. KimY.J., Bjorklund S., Li Y., Sayre M.H., Kornberg R.D. (1994) A multiprotein complex of transcriptional activation and its interaction with the C-terminal repeat of RNA polymerase II. Cell 77 (4): 599-608.
96. Kingsley C., Winoto A. (1992). Cloning of GT box-binding proteins: a novel Spl multigene family regulating T-cell receptor gene expression. Mol. Cell. Biol. 12 (10): 42514261.
97. Kirmizis A., Bartley S.M., Kuzmichev A., Margueron R., Reinberg D., Green R., Farnham P.J. (2004) Silencing of human polycomb target genes is associated with methylation of histone H3 Lys 27. Genes Dev. 18 (13): 1592-1605.
98. Klymenko T., Papp B., Fischle W., Kocher T., Schelder M., Fritsch C., Wild B., Wilm M., Muller J. (2006) A Polycomb group protein complex with sequence-specific DNA-binding and selective methyl-lysine-binding activities. Genes Dev. 20 (9): 1110-1122.
99. Kolasinska-Zwierz P., Down T., Latorre I., Liu T., Liu X.S., Ahringer J. (2009) Differential chromatin marking of introns and expressed exons by H3K36me3. Nat Genet. 41 (3): 376-381.
100. Kozma G., Bender W., Sipos L. (2008) Replacement of a Drosophila Polycomb response element core, and in situ analysis of its DNA motifs. Mol. Genet. Genomics 279 (6): 595603.
101. Kristjuhan A., Walker J., Suka N., Grunstein M., Roberts D., Cairns B.R., Svejstrup J.Q. (2002) Transcriptional inhibition of genes with severe histone H3 hypoacetylation in the coding region. Mol. Cell 10 (4): 925-933
102. Ku M., Koche R.P., Rheinbay E., Mendenhall E.M., Endoh M., Mikkelsen T.S., Presser
103. A., Nusbaum C., Xie X., Chi A.S., Adli M., Kasif S., Ptaszek L.M., Cowan C.A., Lander E.S., Koseki H., Bernstein B.E. (2008) Genomewide analysis of PRC 1 and PRC2 occupancy identifies two classes of bivalent domains. PLoS Genet. 4 (10): el000242.
104. Kugel J.F., Goodrich J. A. (2000) A kinetic model for the early steps of RNA synthesis by human RNA polymerase II. J. Biol. Chem. 275 (51): 40483-40491.
105. Kuzmichev A., Jenuwein T., Tempst P., Reinberg D. (2004) Different EZH2-containing complexes target methylation of histone HI or nucleosomal histone H3. Mol. Cell 14 (2): 183-193.
106. Lagarou A., Mohd-Sarip A., Moshkin Y.M., Chalkley G.E., Bezstarosti K., Demmers J.A., Verrijzer C.P. (2008) dKDM2 couples histone H2A ubiquitylation to histone H3 demethylation during Polycomb group silencing. Genes Dev. 22 (20): 2799-2810.
107. Lagrange T., Kapanidis A.N., Tang H., Reinberg D., Ebrigh R.H. (1998) New core promoter element in RNA polymerase II-dependent transcription: sequencespecific DNA binding by transcription factor IIB. Genes Dev. 12 (1): 34-44.
108. Lanzuolo C., Roure V., Dekker J., Bantignies F., Orlando V. (2007) Polycomb response elements mediate the formation of chromosome higher-order structures in the bithorax complex. Nat. Cell. Biol. 9 (10): 1167-1174.
109. Lee T.I., Jenner R.G., Boyer L.A., Guenther M.G., Levine S.S., Kumar R.M., Chevalier
110. Lee M.G., Villa R., Trojer P., Norman J., Yan K.P., Reinberg D., Di Croce L., Shiekhattar R. (2007) Demethylation of H3K27 regulates polycomb recruitment and H2A ubiquitination. Science 318 (5849): 447-450.
111. Lewis E.B. (1978) A gene complex controlling segmentation in Drosophila. Nature 276 (5688): 565-570.
112. Li Q., Harju S., Peterson K.R. (1999). Locus control regions: coming of age at a decade plus. Trends Genet. 15 (10): 403-408.
113. Lim C.Y., Santoso B., Boulay T., Dong E., Ohler U., Kadonaga J.T. (2004) The MTE, a new core promoter element for transcription by RNA polymerase II. Genes Dev. 18 (13):1606-1617.
114. Ling J., Ainol L., Zhang L., Yu X., Pi W., Tuan D. (2004) HS2 enhancer function is blocked by a transcriptional terminator inserted between the enhancer and the promoter. J. Biol. Chem. 279 (49): 51704-51713.
115. Liu C.L., Kaplan T., Kim M., Buratowski S., Schreiber S.L., Friedman N., Rando O.J. (2005) Single-nucleosome mapping of histone modifications in S. cerevisiae. PLoS Biol. 3 (10): e328
116. Lusser A., Kadonaga J.T. (2003) Chromatin remodeling by ATP-dependent molecular machines. Bioessays 25 (12): 1192-1200.
117. Maeda R.K., Karch F. (2006). The ABC of the BX-C: the bithorax complex explained. Development 133 (8): 1413-1422.
118. Majovski R.C., Khaperskyy D.A., Ghazy M.A., Ponticelli A.S. (2005) A functional role for the switch 2 region of yeast RNA polymerase II in transcription start site utilization and abortive initiation. J. Biol. Chem. 280 (41): 34917-34923.
119. Margueron R., Li G., Sarma K., Blais A., Zavadil J., Woodcock C.L., Dynlacht B.D., Reinberg D. (2008) Ezhl and Ezh2 maintain repressive chromatin through different mechanisms. Mol. Cell 32 (4): 503-518.
120. Margulies E.H., Cooper G.M., Asimenos G., Thomas D.J., Dewey C.N., Siepel A., Birney E., Keefe D., Schwartz A.S., Hou M., Taylor J., Nikolaev S., Montoya-Burgos J.I., Loytynoja A., Whelan S., Pardi F., Massingham T., Brown J.B., Bickel P., Holmes I.,
121. Martinez-Laborda A., Gonzalez-Reyes A., Morata G. Trans regulation in the Ultrabithorax gene of Drosophila: alternations in the promoter enhance transvection. (1992) EMBO J. 11 (10): 3645-3652.
122. Mason- P.B., Struhl K. (2003) The FACT complex travels with elongating RNA polymerase II and is important for the fidelity of transcriptional initiation in vivo. Mol. Cell. Biol. 23 (22): 8323-8333.
123. Maston G.A., Evans S.K., Green M.R. (2006) Transcriptional regulatory elements in the human genome. Annu. Rev. Genomics Hum. Genet. 7: 29-59.
124. Max T., Sogaard M., Svejstrup J.Q. (2007) Hyperphosphorylation of the C-terminal repeat domain of RNA polymerase II facilitates dissociation of its complex with mediator. J. Biol. Chem. 282 (19): 14113-14120.
125. Melnikova L., Juge F., Gruzdeva N., Mazur A., Cavalli G., Georgiev P. (2004) Interaction between the GAGA factor and Mod(mdg4) proteins promotes insulator bypass in Drosophila. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101 (41): 14806-14811.
126. Misteli T., Spector D.L. (1999) RNA polymerase II targets pre-mRNA splicing factors to transcription sites in vivo. Mol. Cell 3 (6): 697-705.
127. Mittler G., Kremmer E., Timmers H.T., Meisterernst M. (2001) Novel critical role of a human Mediator complex for basal RNA polymerase II transcription. EMBO Rep. 2 (9): 808-813.
128. Morcillo P., Rosen C., Baylies M.K., Dorsett D. (1997) Chip, a widely expressed chromosomal protein required for segmentation and activity of a remote wing margin enhancer in Drosophila. Genes Dev. 11 (20): 2729-2740.
129. Morillon A., Karabetsou N., O'Sullivan J., Kent N., Proudfoot.N., Mellor J. (2003) Iswl chromatin remodeling ATPase coordinates transcription elongation and termination.by RNA polymerase II. Cell 115 (4): 425-435.
130. Morris J.R., Chen J.R., Geyer P.K., Wu C.T. (1998) Two models of transvection: enhancer actionw/ram- and bypass of a chromatin insulator in cis. Proc. Natl. Acad: Sci. USA 95 (18): 10740-10745.
131. Mujtaba S.,. Manzur K.L., Gurnon J.R.', Kang Ml, van Etten J.L., Zhou M.M; (2008) Epigenetic transcriptional repression of cellular genes by a viral SET proteins Nature Cell5 Biol. 10 (9): 1114-1122.
132. Nekrasov M., Klymenko T., Fraterman S., Papp Bi, Oktaba K., Kocher T., Cohen A.,
133. Ng;H.H., Robert F., Young R.A., Struhl K. (2003) Targeted recruitment of Setl histone methylase by elongating Pol II provides a localized mark and memory of recent transcriptional activity. Mol. Cell 11 (3): 709-719.
134. Nowak S.J., Pai C.Y., Corces V.G. (2003) Protein phosphatase 2A activity affects histone H3 phosphorylation and transcription in Drosophila melanogaster. Mol. Cell. Biol. 23 (17): 6129-6138:
135. Ohkuma Y., Roeder R.G. (1994) Regulation of TFIIH ATPase and kinase activities by TFIIE during active initiation complex formation. Nature 368 (6467): 160-163.
136. Oki M., Kamakaka R.T. (2005) Barrier function at HMR. Mol. Cell 19 (5): 707-716.
137. Oktaba K., Gutiérrez L., Gagneur J., Girardot C., Sengupta A.K., Furlong E.E., Müller J. (2008) Dynamic regulation by Polycomb group protein complexes controls pattern formation and the cell cycle in Drosophila. Dev. Cell 15 (6): 877-889.
138. Osborne C.S., Chakalova L., Brown K.E., Carter D., Horton A., Debrand E., Goyenechea B., Mitchell J.A., Lopes S., Reik W., Fraser P. (2004) Active genes dynamically colocalize to shared sites of ongoing transcription. Nat. Genet. 36 (10): 1065-1071.
139. Palstra R.J., Tolhuis B., Splinter E., Nijmeijer R., Grosveld F., de Laat W. (2003) The beta-globin nuclear compartment in development and erythroid differentiation. Nat. Genet. 35 (2): 190-194.
140. Papp B., Müller J. (2006) Histone trimethylation and the maintenance of transcriptional ON and OFF states by trxG and PcG proteins. Genes Dev. 20 (15): 2041-2054.
141. Pasini D., Hansen K.H., Christensen J., Agger K., Cloos P.A., Helin-K. (2008) Coordinated regulation of transcriptional repression by the RBP2 H3K4 demethylase and Polycomb-repressive complex 2. Genes Dev. 22 (10): 1345-1355.
142. Pesavento J.J., Yang H., Kelleher N.L., Mizzen C.A. (2008) Certain« and progressive methylation of histone H4 at lysine 20 during the cell cycle. Mol. Cel. Biol. 28 (1): 468-486.
143. Petruk S., Sedkov Y., Riley K.M., Hodgson J., Schweisguth F., Hirose S., Jaynes J.B., Brock H.W., Mazo A. (2006) Transcription of bxd noncoding RNAs promoted by Trithorax represses Ubx in cis by transcriptional interference. Cell 127 (6): 1209-1221.
144. Pokholok D.K., Harbison C.T., Levine S., Cole M., Hannett N.M., Lee T.I., Bell G.W., Walker K., Rolfe P.A., Herbolsheimer E., Zeitlinger J., Lewitter F., Gifford D.K., Young
145. R.A. (2005) Genome-wide map of nucleosome aeetylation and methylation in yeast. Cell 122 (4): 517-527.
146. Price D.H. (2000) P-TEFb, a; cyclin-dependent kinase controlling elongation by RNA polymerase II. Mol. Gell: Biol. 20 (8): 2629-2634.
147. RaabiJiR., Kamakaka RtT. (2010) Insulators and promoters: closerthan we think. Nature Rev. Genet. 11 (6): 439-446.
148. Ranish J. A., Yudkovsky N., Hahn S. (1999) Intermediates in formation and activity of the RNA polymerase II preinitiation complex: holoenzyme recruitment and a postrecruitment role for the TATA box and TFIIB. Genes Dev. 13 (1): 49-63.
149. Rasmussen E.B., Lis J.T. (1993) In vivo transcriptional pausing and cap formation; on three Drosophila heat shock genes. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90 (17): 7923-7927
150. Rea S., Eisenhaber F., O'Carroll D., Strahl B.D., Sun Z.W., Schmid M., Opravil S., Mechtler K., Ponting C.P., Allis G.D:, Jenuwein T. (2000) Regulation of chromatin structure by sitespecific histone H3 methyltransferases; Nature 406 (6796): 593-599;
151. Roeder R.G. (1991) The complexities of eukaryotic transcription initiation: regulation of preinitiation complex assembly. Trends Biochem. Sci. 16 (11): 402-408.
152. Roeder R.G. (1996) The role of general initiation factors in transcription by RNA polymerase II. Trends Biol. Sci. 21 (9): 327-335.
153. Roseman R.R., Pirrotta V., Geyer P.K. (1993) The su(Hw) protein insulates expression of the Drosophila melanogaster white gene from chromosomal position-effects. EMBO J. 122.: 435-442.
154. Ruthenburg A.J., Allis C.D., Wysocka J. (2007) Methylation of lysine 4 on histone.H3: intricacy of writing and reading a single epigenetic mark. Mol. Cell 25 (1): 15-30. .
155. Sanchez-Eisner T., Gou D., Kremmer E., Sauer F. (2006) Noncoding RNAs of trithorax response elements recruit Drosophila Ashl to Ultrabithorax. Science 311 (5764): 11181123.
156. Sarma K., Margueron R., Ivanov A., Pirrotta V., Reinberg D. (2008) Ezh2 requires PHF1 to efficiently catalyze H3 lysine 27 trimethylation in vivo. Mol. Cell. Biol. 28 (8): 2718-2731.
157. Saunders A., Core L.J., Lis J.T. (2006) Breaking barriers to transcription elongation. Nat. Rev. Mol. Cell. Biol. 7 (8): 557-567.
158. Saunders A., Werner J., Andrulis E.D., Nakayama T., Hirose S., Reinberg D., Lis J.T. (2003) Tracking FACT and the RNA polymerase II elongation complex through chromatin in vivo. Science 301 (5636): 1094-1096.
159. Saurin A.J., Shao Z., Erdjument-Bromage H., Tempst P., Kingston R.E. (2001) A Drosophila Polycomb group complex includes Zeste and dTAFII proteins. Nature 412 (6847): 655-660.
160. Sawado T., Halow J., Bender M.A., Groudine M. (2003) The beta-globin locus control region (LCR) functions primarily by enhancing the transition from transcription initiation to elongation. Genes Dev. 17 (8): 1009-1018.
161. Schneider, I. (1972). Cell lines derived from late embryonic stages of Drosophila melanogaster. J. Embryol. Exp. Morph. 27: 363-365.
162. Schneider R., Bannister A.J., Myers F.A., Thorne A.W., Crane-Robinson C., Kouzarides T. (2004) Histone H3 lysine 4 methylation patterns in higher eukaryotic genes. Nature Cell Biol. 6 (1): 73-77.
163. Schoeftner S., Sengupta A.K., Kubicek S., Mechtler K., Spahn L., Koseki H., Jenuwein T., Wutz A. (2006) Recruitment of PRC1 function at the initiation of X inactivation independent of PRC2 and silencing. EMBO J. 25 (13): 3110-3122.
164. Schuettengruber B., Chourrout D., Vervoort M., Leblanc B., Cavalli G. (2007) Genome regulation by Polycomb and Trithorax proteins. Cell 128 (4): 735-745.
165. Schuettengruber B., Ganapathi M., Leblanc B., Portoso M., Jaschek R., Tolhuis B., van Lohuizen M., Tanay A., Cavalli G. (2009) Functional anatomy of Polycomb and Trithorax chromatin landscapes in Drosophila embryos. PLoS Biol. 7 (1): el3.
166. Schwartz Y.B., Kahn T.G., Nix D.A., Li X.Y., Bourgon R., Biggin M., Pirrotta V. (2006) Genome-wide analysis of Polycomb targets in Drosophila melanogaster. Nature Genet. 38 (6): 700-705.
167. Schwartz Y.B., Pirrotta V. (2007) Polycomb silencing mechanisms and the management of genomic programmes. Nature Rev. Genet. 8 (1): 9-22.
168. Schweinsberg S., Hagstrom K., Gohl D., Schedl P., Kumar R.P., Mishra R., Karch F. (2004) The enhancer-blocking activity of the Fab-7 boundary from the Drosophila bithorctx complex requires GAGA-factor-binding sites. Genetics. 168 (3): 1371-1384.
169. Sikorski T.W., Buratowski S. (2009) The basal initiation machinery: beyond the general transcription factors. Curr. Opin. Cell. Biol. 21 (3): 344-351.
170. Simon J.A., Kingston R.E. (2009) Mechanisms of Polycomb gene silencing: knowns and unknowns. Nat. Rev. Mol. Cell. Biol. 10 (10): 697-708.
171. Sing A., Pannell D., Karaiskakis A., Sturgeon K., Djabali M., Ellis J., Lipshitz H.D., Cordes S.P. (2009) A vertebrate Polycomb response element governs segmentation of the posterior hindbrain. Cell 138 (5): 885-897.
172. Smale S.T., Baltimore D. (1989) The "initiator" as a transcription control element. Cell. 57 (1): 103-113.
173. Squazzo S.L., O'Geen H., Komashko V.M., Krig S.R., Jin V.X., Jang S.W., Margueron R., Reinberg D., Green R., Farnham P.J. (2006) Suzl2 binds to silenced regions of the genome in a cell-type-specific manner. Genome Res. 16, 890-900.
174. Stringer K.F., Ingles C.J., Grenblatt J. (1990) Direct and selective binding of an acidic transcriptional activation domain to the TATA-box factor TFIID. Nature 345 (6278):783-786.
175. Struhl G. (1981) A gene product required for correct initiation of segmental determination in Drosophila. Nature 293 (5827): 36-41.
176. Strutt H., Cavalli GT., Paro R. (1997) Co-localization of Polycomb protein and GAGA factor on regulatory elements responsible for the maintenance of homeotic gene expression. EMBO J. 16 (12): 3621-3632.
177. Svejstrup J. Q. (2004) The RNA polymerase II transcription cycle: cycling through chromatin. Biochim. Biophys. Acta 1677 (1-3): 64-73.
178. Takahashi K., Yamanaka S. (2006). Induction of pluripotent stem cells from mouse embryonic and adult fibroblast cultures by defined factors. Cell 126 (4): 663-676.
179. Tchurikov N.A., Kretova O.V., Sosin D.V., Zykov I.A., Zhimulev I.F., Kravatsky Y.V. (2011) Genome-wide profiling of forum domains in Drosophila melanogaster. Nucleic Acids Res. doi: 10.1093/nar/gkql353.
180. Tchurikov N.A., Krasnov A.N., Ponomarenko N.A., Golova Y.B., Chernov B.K. (1998) Forum domain in Drosophila melanogaster cut locus possesses looped domains inside. Nucleic Acids Res. 26 (13): 3221-3227.
181. Tchurikov N.A., Kretova O.V., Chernov B.K., Golova Y.B., Zhimulev I.F., Zykov I.A. (2004) SuUR protein binds to the boundary regions separating forum domains in Drosophila melanogaster. J. Biol. Ghem. 279 (12): 11705-11710.
182. Tchurikov N.A., Kretova O.V., Moiseeva E.D., Sosin-D.V. (2009) Evidence for RNA synthesis in the intergenic region between enhancer and promoter and its inhibition by insulators in Drosophila melanogaster. Nucleic Acids Res. 37 (1): 111-122.
183. Tchurikov N.A., Ponomarenko N.A. (1992) Detection of DNA domains in Drosophila, human, and plant chromosomes possessing mainly 50- to 150-kilobase stretches of DNA. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89: 6751-6755.
184. Tolhuis B., Palstra R.J., Splinter E., Grosveld F., de Laat W. (2002) Looping and interaction between hypersensitive sites in the active beta-globin locus. Mol. Cell 10 (6): 1453-1465
185. Tolhuis B., de Wit E., Muijrers I., Teunissen H., Talhout W., van Steensel B., van Lohuizen M. (2006) Genome-wide profiling of PRC1 and PRC2 Polycomb chromatin binding in Drosophila melanogaster. Nature Genet. 38 (6): 694-699.
186. Tuan D., Kong S., Hu K. (1992) Transcription of the hypersensitive site HS2 enhancer in erythroid cells. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89 (23): 11219-11223.
187. Yoon Y.S., Jeong S., Rong Q., Park K.Y., Chung J.H., Pfeif H19ICR insulator. Mol. Cell. Biol. 27 (9): 3499-3510.
188. Yusufzai T.M., Felsenfeld G. (2004) The 5'-HS4 chicker CTCF-dependent nuclear matrix-associated element. Proc. Natl 8620-8624.
189. Yusufzai T.M., Tagami H., Nakatani Y., Felsenfeld G. (200' to subnuclear sites, suggesting shared insulator mechanisms acri 291-298.
190. Zhao H., Dean A. (2004) An insulator blocks spreading interferes with RNA polymerase II transfer between an enhanc Res. 32(16): 4903-4919.
191. Zhao J., Herrera-Diaz J., Gross D.S. (2005) Domain-wide activated heat shock factor occurs independently of Swi/Snf and polymerase II density. Mol. Cell. Biol. 25 (20): 8985-8999.
192. Zhao J., Sun B.K., Erwin J.A., Song J.J., Lee J.T. (2008) P0I3 short repeat RNA to the mouse X chromosome. Science 322 (59t
193. Zhang Z., Gilmour D.S. (2006) Pcfll' is a termination dismantles the elongation complex by bridging the CTD of nascent transcript. Mol. Cell 21 (1): 65-74.
194. Zhou W., Zhu P., Wang J., Pascuab G., Ohgi K.A., Lozac M.G. (2008) Histone H2A monoubiquitination represses! trans polymerase II transcriptional elongation. Mol. Cell 29 (1): 69-80
195. Zhu X., Ling J., Zhang L., Pi W., Wu M., Tuan D. (2007 transcription mechanism of long-range enhancer function. Nucle 5544.
196. Кретова O.B., Чуриков H.A. (2005) О возможности ретроэлемента дрозофилы суффикса - от родственного до элемента. ДАН 403 (6): 824-828.
197. Сосин Д.В., Кретова О.В., Чуриков Н.А. (2006) Изучен! района (LCR) локуса cut дрозофилы с помощью ре экспрессирующих люциферазу. ДАН 409 (6): 832-836.
198. Федосеева Д.М., Кретова О.В., Чуриков Н.А. (2010) М< индуцированной энхансером в клетках дрозофилы, с генетические конструкции. ДАН 435 (6): 831-836.
199. Valenzuela L., Kamakaka R.T. (2006) Chromatin insulators. Annu. Rev. Genet. 40: 107-138.
200. Veitia R.A. (2008) One thousand and one ways of making functionally similar transcriptional enhancers. BioEssays 30 (11-12): 1052-1057.
201. Vernimmen D., De Gobbi M., Sloane-Stanley J.A., Wood W.G., Higgs D.R: (2007) Long-range chromosomal interactions regulate the timing of the transition between poised and active gene expression. EMBO J. 26 (8): 2041-2051.
202. Walter J., Dever C.A., and Biggin M.D. (1994). Two homeo domain proteins bind with similar specificity to a wide range of DNA sites in Drosophila embryos. Genes Dev. 8 (14): 1678-1692.
203. Wang L., Brown J.L., Cao R., Zhang Y., Kassis J.A., Jones R.S. (2004) Hierarchical recruitment of polycomb group silencing complexes. Mol. Cell 14 (5): 637-646.
204. Wang W., Carey M., Gralla J.D. (1992) Polymerase II promoter activation: closed complex formation and ATP-driven start site opening. Science 255 (5043): 450-453.
205. West A.G., Huang S., Gaszner M., Litt M. D., Felsenfeld G. (2004)-Recruitment of histone modifications by USF proteins at a vertebrate barrier element. Mol. Cell 16 (3): 453-463.
206. Westover K.D., Bushnell D.A., Kornberg, R.D. (2004) Structural basis of transcription: separation of RNA from DNA by RNA polymerase II. Science 303 (5660): 1014-1016.
207. Wu C.H., Yamaguchi Y., Benjamin L.R., Horvat-Gordon M., Washinsky J., Enerly E., Larsson J., Lambertsson A., Handa H., Gilmour D. (2003) NELF and DSIF cause promoter proximal pausing on the hsp70 promoter in Drosophila. Genes Dev. 17(11): 1402-1414.
208. Xiao T„ Kao C.F., Krogan N.J., Sun Z.W., Greenblatt J.F., Osley M.A., Strahl B.D. (2005) Histone H2B ubiquitylation is associated with elongating RNA polymerase II. Mol. Cell. Biol. 25 (2): 637-651.
209. Xu M., Cook P.R. (2008) Similar active genes cluster in specialized transcription factories. J. Cell Biol. 181 (4): 615-623.
210. Yoon Y.S., Jeong S., Rong Q., Park K.Y., Chung J.H., Pfeifer K. (2007) Analysis of the H19ICR insulator. Mol. Cell. Biol. 27 (9): 3499-3510.
211. Yusufzai T.M., Felsenfeld G. (2004) The 5-HS4 chicken beta-globin insulator is a CTCF-dependent nuclear matrix-associated element. Proc. Natl. Acad: Sci. USA 101 (23): 8620-8624.
212. Yusufzai T.M., Tagami H., Nakatani Y., Felsenfeld G. (2004) CTCF tethers an insulator to subnuclear sites, suggesting shared insulator mechanisms across species. Mol Cell 13 (2):
213. Zhao H., Dean A. (2004) An insulator blocks spreading of histone acetylation and interferes with RNA polymerase II transfer between an enhancer and gene. Nucleic Acids Res. 32 (16): 4903-4919.
214. Zhao J., Herrera-Diaz J., Gross D.S. (2005) Domain-wide displacement of histones by activated heat shock factor occurs independently of Swi/Snf and is not correlated with RNA polymerase II density. Mol. Cell. Biol. 25 (20): 8985-8999:
215. Zhao J., Sun B.K., Erwin J.A., Song J.J., Lee J.T. (2008) Polycomb proteins targeted by a short repeat RNA to the mouse X chromosome. Science 322 (5902): 750-756.
216. Zhang Z., Gilmour D.S. (2006) Pcfll is a termination factor in Drosophila that dismantles the elongation complex by bridging the CTD of RNA polymerase II to the nascent transcript. Mol. Cell 21 (1): 65-74'.
217. Zhou W., Zhu P., Wang J., Pascual- G., Ohgi K.A., Lozach J., Glass C.K., Rosenfeld M.G. (2008) Histone H2A monoubiquitination' represses transcription by inhibiting RNA polymerase II transcriptional'elongation: Mol. Cell 29 (1): 69-80:
218. Zhu X., Ling J., Zhang L., Pi W., Wu M., Tuan D. (2007) A facilitated tracking and, transcription mechanism of long-range enhancer function. Nucleic Acids Res. 35 (16): 5532
219. Кретова O.B., Чуриков H.A. (2005) О возможности происхождения короткого ретроэлемента дрозофилы суффикса - от родственного длинного ретроэлемента - F элемента. ДАН 403 (6): 824-828.
220. Сосин.Д.В., Кретова О.В., Чуриков H.A. (2006) Изучение локусконтролирующего района (LCR) локуса cut дрозофилы с помощью репортёрных конструкций, экспрессирующих люциферазу. ДАН 409 (6): 832-836.
221. Федосеева Д.М., Кретова О.В., Чуриков H.A. (2010) Молекулярный анализ РНК, индуцированной энхансером в клетках дрозофилы, содержащих репортёрные генетические конструкции. ДАН 435 (6): 831-836.291.298.5544.
-
Моисеева, Евгения Дмитриевна
-
кандидата биологических наук
-
Москва, 2011
-
ВАК 03.01.03
- Особенности функциональных взаимодействий SCS- и SCS'-инсуляторов, а также промоторов соседних коэкспрессирующихся генов дрозофилы
- Анализ энхансерных РНК, инсуляторных белков и модификаций хроматина в генетических конструкциях, трансфецированных в клетки дрозофилы
- Роль белков Su(Hw) и Mod(mdg4)- компонентов инсулятора, в регуляции экспрессии генов Achaete-Scute комплекса у Drosophila melanogaster
- Новые свойства Su(Hw) инсулятора: влияние на Flp зависимую рекомбинацию, транспозиции P-элемента и промотор гена yellow у Drosophila melanogaster
- Механизм действия Su(Hw) инсулятора Drosophila melanogaster
