Молекулярно-эпидемиологическое исследование норовирусной инфекции у детей раннего возраста Новосибирска

Боднев, Сергей Александрович

Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему
Молекулярно-эпидемиологическое исследование норовирусной инфекции у детей раннего возраста Новосибирска
ВАК РФ 03.00.06, Вирусология

Автореферат диссертации по теме "Молекулярно-эпидемиологическое исследование норовирусной инфекции у детей раннего возраста Новосибирска"

10-2 902

На правах рукописи

Боднев Сергей Александрович

Молекулярно-эпидемиологическое исследование норовируснон инфекции у детей раннего возраста Новосибирска

03.00.06 - вирусология

АВТОРЕФЕРАТ

диссертации на соискание учёной степени кандидата медицинских наук

Кольцово - 2009

Работа выполнена в Федеральном государственном учреждении науки «Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор» Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека Минздравсоцразвития Российской Федерации.

Научный руководитель:

доктор биологических наук Тикунова Нина Викторовна

Офиг(иапьные оппоненты:

доктор медицинских наук, профессор Васюнин Александр Васильевич

доктор биологических наук, профессор Локтев Валерий Борисович

Ведущая организация:

ФГУН Государственный НИИ стандартизации и контроля медицинских биологических препаратов им. Л.А. Тарасевича Роспотребнадзора, Москва

Защита состоится 29 декабря 2009 г. в в> часов на заседании диссертационного совета Д 208.020.01 при ФГУН «Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор» по адресу: ФГУН ГНЦ ВБ «Вектор» Роспотребнадзора, Кольцово Новосибирской области, 630559, тел. (383)-336-74-28.

С диссертацией можно ознакомиться в библиотеке ФГУН ГНЦ ВБ «Вектор» Автореферат разослан <&Л» ноября 2009 г.

Учёный секретарь

диссертационного совета

Карпенко Л.И.

Актуальность проблемы. Острые кишечные инфекции (ОКИ) являются одной из важных проблем современного здравоохранения во всем мире. В течение длительного времени возникновение кишечных инфекций связывали с употреблением загрязненной воды и продуктов питания, и ОКИ считались проблемой развивающихся стран, в которых источники водоснабжения и пищевые продукты могли стать причиной масштабных вспышек кишечных инфекций (Parashar U. D. et al., 2003; Bresee J. et'al., 2004). Однако, несмотря на постоянное улучшение качества питьевой воды и продуктов питания, а также строгий санитарно-эпидемиологический контроль за объектами окружающей среды, и в экономически развитых странах проблема кишечных инфекций стоит достаточно остро (Marvin H. et al., 2009). Как в России, так и в США случаи заболевания кишечными инфекциями занимают одно из ведущих мест среди инфекционных заболеваний, уступая по распространенности лишь инфекциям респираторного тракта.

ОКИ проявляются в виде острых гастроэнтеритов, основными симптомами которых, как правило, являются тошнота, рвота, диарея, сопровождающиеся обезвоживанием. Эти симптомы наиболее тяжело переносятся детьми раннего возраста, у которых вследствие незрелости системы гомеостаза наиболее часто возникают угрожающие жизни состояния. По данным ВОЗ, около 700 миллионов случаев ОКИ регистрируется в мире ежегодно у детей младше 5 лет. Смертность, ассоциированная с гастроэнтеритами, составляет 5-7 миллионов человек ежегодно.

В связи с развитием и усовершенствованием средств диагностики спектр известных патогенов - возбудителей ОКИ постоянно расширяется, и в настоящее время значительную часть из них составляют вирусные патогены: ротавирусы групп А, В, С, астровирусы серотипов 1-8, аденовирусы типов 40, 41, норовирусы и саповирусы, входящие в семейство капицивирусов, энтеровирусы и другие (Koopmans M. et al., 2004; Carter M. J. et al., 2005). Наименее изученными из них являются калицивирусы. Это связано с трудностями культивирования этих вирусов (Duizer Е. et al, 2004), а также с отсутствием адекватной модели заболевания на животных. Тем не менее, благодаря развитию и усовершенствованию молекулярно-биологических методов диагностики достигнуты значительные успехи в изучении патогенеза и эпидемиологии капицивирусной инфекции.

В России показатели заболеваемости от ОКИ ниже, чем в развитых странах. Вероятно, это объясняется недостаточной диагностикой и

регистрацией этой инфекции. По данным Федерального Центра Госсанэпиднадзора, в 2007-2008 гг. в РФ официально регистрировалось более 650 тыс. случаев ОКИ в год. При этом этиология кишечных заболеваний была установлена только у 28 % пациентов, из них более половины являлись детьми до 14 лет (http://www.fcgsen.ru). Санитарно-эпидемиологический контроль над норовирусной инфекцией вследствие ограниченности средств диагностики в России не проводится.

Среди существующих прямых методов выявления вирусных возбудителей ОКИ наиболее перспективным является подход с использованием полимеразной цепной реакции. Учитывая, что систематические исследования этиологической значимости норовирусов, вызывающих ОКИ, а также их генотипическая характеристика на территории Западной Сибири не проводились, целью данной работы являлась оценка этиологической значимости норовирусов первой и второй геногруппы у детей раннего возраста и исследование молекулярно-генетического разнообразия циркулирующих изолятов норовирусов в г. Новосибирске.

Цель работы - изучить особенности норовирусной инфекции у детей до 3-х лет, госпитализированных с диагнозом ОКИ, и исследовать молекулярно-генетическое разнообразие выявленных изолятов норовирусов.

Основные задачи исследования:

- оценить этиологическую значимость норовирусов I и II геногрупп в структуре ОКИ у детей до 3-х лет;

- исследовать сезонные особенности норовирусной инфекции и возрастное распределение больных этой инфекцией;

- провести анализ клинических особенностей норовирусной инфекции у детей раннего возраста;

- определить нуклеотидные последовательности кДНК региона Б геномов выявленных норовирусов, соответствующих поверхностному субдомену Р2 белка капсида;

- провести филогенетический анализ полученных нуклеотидных и соответствующих аминокислотных последовательностей норовирусов второй геногруппы.

Научная новизна исследования. Впервые проведено многолетнее комплексное молекулярно-эпидемиологическое исследование норовирусной инфекции у детей раннего возраста Новосибирска. Показан вклад норовирусов в этиологическую структуру ОКИ, представлены данные о распространенности сочетанной инфекции норовирусно-вирусной и норовирусно-бактериальной этиологии.

Впервые ¡проведено исследование генетического разнообразия изолятов норовирусов, выявленных в Новосибирске; продемонстрирована циркуляция норовирусов первой и второй геногрупп, установлено, что норовирусы первой геногруппы являются редкой этиологической причиной ОКИ у детей раннего возраста в Новосибирске. Оценена значимость различных генетических

вариантов норовирусов второй геногруппы в структуре ОКИ у детей раннего возраста. Впервые определены и зарегистрированы в базе данных ¿епВапк (НСВ1, США) нуклеотидные последовательности региона Б геномов норовирусов, выявленных в Новосибирске.

Практическая значимость работы.

Проведенное исследование распространенности норовирусной инфекции показало значимость норовирусов в заболеваемости ОКИ и позволило определить этиологическую причину в случаях, раннее относившихся к кишечным инфекциям неустановленной этиологии (КИНЭ).

Мониторинг норовирусной инфекции в течение трех лет позволил выявить подъем заболеваемости ОКИ норовирусной этиологии с декабря 2006 г. по март 2007 г. и расшифровать этиологию заболевания более чем в 50% случаев госпитализаций с диагнозом ОКИ в этот период.

Результаты проведенных исследований могут быть использованы при разработке методических рекомендаций для практикующих врачей и эпидемиологов по контролю и профилактике норовирусной инфекции, а также внедрению современных методов диагностики ОКИ норовирусной этиологии.

Результаты изучения генетического спектра норовирусов второй геногруппы могут быть использованы при создании диагностических тест-систем для экспресс-диагностики этих патогенов, а также для разработки вакцинных препаратов.

Положения, выносимые на защиту.

1. Частота встречаемости норовирусной инфекции у детей раннего возраста Новосибирска, госпитализированных с диагнозом ОКИ, составила 17,3 %.

2. В 38,4 % образцов, содержащих норовирусы, одновременно регистрировалось присутствие других энтеропатогенов вирусной или бактериальной природы.

3. Зарегистрирован значительный подъем заболеваемости норовирусной инфекцией в январе-марте 2007 г., однако выраженной сезонности норовирусной инфекции в Новосибирске в 2005-2008 гг. выявлено не было.

4. Норовирусная инфекция в целом характеризовалась менее острым началом и более легким течением по сравнению с ротавирусной инфекцией.

5. Норовирусы первой геногруппы являлись редкой этиологической причиной острых кишечных инфекций у детей раннего возраста г. Новосибирска -1,8 %. *

6. На территории Новосибирской области доминировали норовирусы второй геногруппы; преобладали изоляты 3-го и 4-го генотипов норовирусов этой геногруппы.

Апробация работы и публикации.

2005; III Российская научная конференция «Проблемы инфекционной патологии в регионах Сибири, Дальнего Востока и Крайнего Севера», Новосибирск, 2006; 7th Internaitonal Rotavirus Symposium, Lisbon, Portugal, 2006; 3rd International Conference «Basic Science for Medicine», Novosibirsk, Russia, 2007; 4th Inernational Conference on Vaccines for Enteric Diseses - VED 2007, Lisbon, Portugal, 2007; 26th Annual Meeting of the European Society for Paediatric Infectious Diseases (ESPID), Graz, Austria, 2008. По материалам диссертации опубликованы пять статей.

Структура и объём диссертации.

Диссертация выполнена на 133 страницах машинописного текста и состоит из введения, обзора литературы, главы "Материалы и методы", главы "Результаты и обсуждение", заключения, выводов и списка литературы. Работа иллюстрирована 20 рисунками, включает 8 таблиц и 2 приложения. Библиография включает 260 работ: 11 отечественных авторов и 249 -зарубежных.

РЕЗУЛЬТАТЫ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ

Несмотря на то, что норовирусы, как показывают зарубежные исследования, являются важным этиологическим фактором развития кишечных -инфекций у детей раннего возраста, в России данные о распространенности ОКИ норовирусной этиологии очень ограничены. Основные показатели заболеваемости кишечными инфекциями в РФ приводятся I для ОКИ бактериальной и ротавирусной этиологии (http://www.fcgsen.ru/). Отчасти это объясняется сложностью диагностики для определения норовирусной инфекции, однако благодаря современным молекулярно-биологическим методам детекции этого заболевания, включая ОТ-ПЦР, становится возможным получить большое количество информации, касающееся эпидемиологии норовирусов в России.

Оценка встречаемости норовирусной инфекции у детей в Новосибирске. На первом этапе исследования необходимо было оценить встречаемость норовирусов у детей с диагнозом ОКИ в Новосибирске. В качестве образцов были использованы фекалии детей, госпитализированных в ДГКБ №3 с диагнозом ОКИ, Было исследовано 200 проб от пациентов, госпитализированных с февраля по апрель 2004 г. Следует отметить, что в этот период в Новосибирске наблюдался подъем заболеваемости кишечными инфекциями. Образцы фекалий тестировали на наличие норовирусов первой и второй геногрупп. Кроме того, все исследованные образцы были проверены на присутствие других вирусных и бактериальных возбудителей ОКИ (ротавирусы I группы А, астровирусы, шигеллы, сальмонеллы, кампююбактерии) с использованием ОТ-ПЦР и ПЦР-тест-систем.

Исследование показало, что из 200 исследованных проб фекалий от детей, госпитализированных с диагнозом ОКИ, 27 образцов (13,5 %) содержали норовирусы первой и второй геногрупп. При этом норовирусы первой геногруппы имели меньшее распространение по сравнению с норовирусами второй геногруппы (выявлялись в 2 и 25 образцах фекалий

соответственно). В целом, патогены вирусной этиологии (норовирусы, ротавирусы и астровирусы) были выявлены более чем в половине исследованных образцов (57,5 %, 115/200). Преобладали ротавирусы (45 % проб, 90/200), при этом 7 образцов фекалий (3,5 %) содержали как норовирусы, так и ротавирусы.

Абсолютное большинство изолятов норовирусов первого и второго генотипа (93 %, 25/27) было обнаружено в пробах от детей до полутора лет жизни, при этом данная возрастная группа составляла 91,5 % из всех обследованных детей раннего возраста (табл. 4). Старшие дети госпитализировались значительно реже, однако в пробах у таких детей норовирусы выявлялись с большей частотой, чем у младших.

Таким образом, данное исследование впервые продемонстрировало фаю-циркуляции норовирусов на территории Новосибирской области. При этом при госпитализациях, связанных со спорадическими случаями инфекции, норовирусы первой и второй геногрупп выявлялись в 13,5 % проб фекалий, в том числе в сочетании с другими патогенами. Для проведения анализа эпидемических особенностей ОКИ норовирусной этиологии и изучения генетического разнообразия норовирусов, циркулирующих в данном регионе, были исследованы клинические образцы фекалий детей, госпитализированных в МУЗ ДГКБ №3 Новосибирска с 1-го марта 2005 г. по 30-е июня 2008 г.

Норовирусная инфекция у детей раннего возраста Новосибирска с 2005 по 2008 гг. Всего было исследовано 3496 образцов фекалий детей в возрасте до трех лет, госпитализированных с диагнозом ОКИ. Образцы фекалий собирали при поступлении пациентов, данные из истории болезни вносились в специально разработанную карту пациента, отражающую основные клинические и лабораторные показатели, а затем в электронную базу данных. На базе ФГУН ГНЦ ВБ Вектор проводилось комплексное ПЦР-тестирование всех поступивших фекальных проб на наличие вирусных (норовирусы первой и второй геногруппы, ротавирусы группы А, астровирусы) и бактериальных энтеропатогенов {Salmonella spp., Shigella spp., энтероинвазивные E. сой (Б1ЕС), Campylobacter термофильной группы). Анализ данных проводился в пределах эпидемиологических периодов, равных по продолжительности календарным годам и длящимся ежегодно с 1 июля по 30 июня включительно. Анализ этиологической структуры кишечных инфекций был выполнен с учетом данных диагностической лаборатории МУЗ ДГКБ №3, в которой исследование проводили микробиологическим посевом на Salmonella spp., Shigella spp., энтеропатогенные E. coli и условно-патогенные микроорганизмы.

В исследование также была также включена группа сравнения, сформированная из 118 детей, госпитализированных в это же медицинское учреждение и не имевших клинических признаков кишечной инфекции. Ежегодное число обследованных детей с симптомами ОКИ, число пациентов группы сопоставлениия, а также общее количество пациентов представлено в табл.1.

Таблица 1

Число госпитализированных детей в течение 2005-2008 гг.

Группа исследования Период исследования Всего:

03.200506.2005 07.200506.2006 07.200606.2007 07,200706.2008

Дети с ОКИ 306 937 1042 1211 3496

Группа сопоставления 12 38 31 37 118

Всего: 318 975 1073 1248 3614

Значимость норовирусов в этиологической структуре ОКИ. Из 3496 проб фекалий норовирусы первой геногруппы были обнаружены 63 образцах, норовирусы второй геногруппы - в 551, в 12 пробах были обнаружены норовирусы обеих геногрупп (рис. 1). Таким образом, из исследованных 3496 образцов фекалий в 602 (17,3 %) были обнаружены норовирусы, что в целом совпадает с показателями встречаемости норовирусов при спорадических случаях ОКИ, полученными зарубежными исследователями, показанными на уровне 8-18 % (Sdiri-Loulizi К. et al, 2009; Kele В. et al, 2009). Вместе с тем, широкомасштабное эпидемиологическое исследование кишечных инфекций, проведенное в нескольких крупных городах РФ, показало распространенность норовирусов на уровне 8,6%и12%в возрастных группах детей до года и до десяти лет соответственно (Подколзин и др., 2007), что несколько ниже показателей, полученных в нашем исследовании.

Другие Норовирусы

Бактерии Аягровирусы 5,9% 2-4%

Рис. 1. Этиологическая структура ОКИ за исследуемый период.

В целом, вирусные патогены в фекалиях детей с ОКИ встречались гораздо чаще, чем бактериальные. В сумме, норовирусы, астровирусы и

ротавирусы составили 40,3 %, тогда как бактериальные патогены были обнаружены в б % образцов фекалий (как единственный патоген). При этом наибольшее распространение имели ротавирусы, которые были выявлены в большем числе исследованных образцов (34,5 %, учитывая микст-инфекции), чем норовирусы (17,3 %). Полученные данные свидетельствуют о том, что у детей раннего возраста вирусные энтеропатогены в структуре ОКИ имеют гораздо большее этиологическое значение, чем бактериальные.

В довольно значительной части проб от пациентов с ОКИ (42,6 %) с помощью ПЦР ни один из исследуемых патогенов выявлен не был. Как правило, такие случаи инфекции относят к КИНЭ. Основная их часть может быть связана как с наличием пищевых токсикоинфекций и условно-патогенной флоры, так и с наличием недиагностированной соматической патологии, протекавшей с диарейным синдромом различной выраженности, что особенно актуально для детей в перинатальный период (ферментопатии различной этиологии, хронические заболевания толстой кишки и т. д.).

Встречаемость норовирусов в сочетании с другими патогенами. Выявление других возбудителей, помимо норовирусов, в одном образце оказалось достаточно частым явлением при норовирусной инфекции. Только в 63,1 % образцов (380/602), содержащих норовирусы, они были выявлены как единственный патоген. В 36,9 % (222/602) проб, наряду с норовирусами, были обнаружены другие патогены вирусной или бактериальной природы (см. рис. 6). В 26,9% (162/602) норовирусы были обнаружены в ассоциации с другими вирусными агентами в различных их сочетаниях. Наиболее часто микст-инфекция была обусловлена комбинацией двух вирусных патогенов -норовирус-ротавирус (16,8%, 101/602); в сочетании с астровирусами норовирусы выявлялись реже (5,5 %, 33/602). Пробы, содержащие одновременно норовирусы и бактериальные патогены, выявлялись сравнительно редко - 7,3 % (44/602). В 4,8 % (29/602) образцов определялись норовирусы в сочетании с несколькими различными патогенами, причем в виде как вирусно-вирусных, так и вирусно-бактериальных сочетаний.

Пробы, содержащие единственный патоген в виде норовирусов первой или второй геногруппы, были дополнительно проанализированы на наличие условно-патогенной флоры. Было установлено, что 75 проб (12,6 %) от пациентов с подтвержденной норовирусной моноинфекцией содержали условно-патогенную флору, характерную для дисбактериоза, частого признака при кишечных инфекциях (Пайков, 1999). Преимущественно выявлялись бактерии родов Staphylococcus spp., Enterobacter spp., Proteus spp., также являющихся причиной внутрибольничных инфекций.

Объяснение обнаружения нескольких патогенов в одном образце от больного с ОКИ может быть двояким. С одной стороны, после перенесенного заболевания и купирования его клинических проявлений возможно достаточно длительное выделение возбудителя, на фоне которого возникает норовирусная инфекция. Возможен также и другой, менее вероятный для детей раннего возраста вариант, когда имеет место одновременное инфицирование несколькими возбудителями. Как правило, это происходит

при групповой заболеваемости с одним источником инфицирования, содержавшим несколько возбудителей (Подколзин и др., 2007). Вместе с тем, сочетание нескольких патогенов при ОКИ так или иначе может оказывать влияние на механизмы развития заболевания, что требует разработки ранних критериев их диагностики для своевременной этиопатогенетической терапии и уменьшения риска неблагоприятных исходов.

Исследование сезонности норовирусной инфекции. Сравнительное исследование вклада норовирусов в структуру ОКИ, проведенное в пределах обозначенных нами трех условных эпидемиологических периодов, показало различную распространенность ОКИ норовирусной этиологии у обследованных детей в разные годы - от 11 до 24 % (рис. 2).

Рис. 2. Этиологическая структура ОКИ у детей до трех лет в Новосибирске в период с июля 2005 г. по июнь 2008 г. Данные представлены по трем полным эпидемиологическим периодам (первая и вторая геногруппы норовирусов приведены в сумме).

Для установления детальных сезонных особенностей норовирусной инфекции был проведен анализ встречаемости норовирусов с марта 2005 по июнь 2008 гг. (рис. 3). Норовирусы обнаруживались в течение всего периода исследования, однако их выявляемость колебалась в широких пределах - от 3,2 % в сентябре 2006 г. до 50,5 % в январе 2007 г. от всех случаев госпитализации с ОКИ. При этом за весь период исследования в среднем норовирусы бЬши обнаружены в 17,3 % проб фекалий от больных детей.

Считается, что для норовирусной инфекции характерна зимняя сезонность, ¡что было показано на примере стран со сходными климатическими условиями - Канады, Дании, Великобритании, Японии. В Австралии пик норовирусной инфекции приходился также на холодные месяцы года - май-сентябрь (Mounts A. W. et al., 2000). Такая сезонность характерна как для вспышек, так и для спорадических случаев норовирусной инфекции. Однако в нашем, исследовании был отмечен лишь один значительный подъем норовирусной инфекции в декабре 2006 г. - марте 2007 г, когда норовирусы были обнаружены в среднем в 43,9 % исследованных

и Норовирусы м Норовирусы микст пРотавирусы

ш д ругие патогены а ки НЭ

Норовирусы moho ша Норовирусы микст ЕЭ Другая этиология СПКИНЭ Норовирусы, %

Рис. 3. Число случаев ОКИ среди детей до 3-х лет, госпитализированных в МУЗ ДГКБ № 3 г. Новосибирска. Ломаная линия показывает вклад норовирусов в этиологическую структуру ОКИ.

проб с максимумом в январе (50,5 %), чего не наблюдалось в другие эпидемиологические сезоны. Вместе с тем, показатели распространенности норовирусной инфекции в осенне-летний период 2005 г. превысили среднее значение и составили 25,8 %-18,9 % с максимумом в августе (26,8 %), что выше, чем зимой 2006 и 2008 гг.

Следует отметить, что в декабре 2006 года на большей части умеренных широт евразийского материка была зафиксирована аномально высокая среднесуточная температура. Так, в январе 2007 г. показатели среднесуточной температуры на территории Сибирского федерального округа, по данным Гидрометцентра России (http://meieoinfo.ru), являлись самыми высокими за 117 лет наблюдения. Возможно, увеличение встречаемости норовирусной инфекции могло быть связано с данной погодной аномалией.

Таким образом, распространенность норовирусной инфекции в течение всего исследуемого периода не имела четко выраженного сезонного характера. Наблюдался значительный подъем заболеваемостью норовирусной инфекцией в зимний период 2006-2007 гг. с пиком в январе, когда норовирусы были выявлены в 50,5 %. Вместе с тем, в эпидемический сезон 2006-2007 гг. заболеваемость норовирусной инфекцией вышла на первое место по сравнению с другими вирусными кишечными инфекциями.

Анализ возрастных особенностей норовирусной инфекции. Исследуемая в нашей работе группа детей была ограничена возрастом три года. Как правило, такие дети не посещают детские дошкольные учреждения (из 3496 обследованных детей всего 12 посещали ясли или детский сад),

вследствие чего случаи норовирусной инфекции в этой группе носили спорадический характер.

Абсолютное большинство обследованных детей на момент заболевания были в возрасте до полутора лет жизни (94,6 %, 3316/3496). Распространенность норовирусной инфекции среди таких детей составила в среднем 16,7 % (540/3316), что несколько ниже средних значений за весь возрастной период, однако пик заболеваемости у пациентов этой возрастной подгруппы отмечался в возрасте 9-11 месяцев, когда норовирусы обнаруживались в 23,5 % проб фекалий (рис. 4).

Возраст, мае, лет

|ми Норовирусы моно да Норовирусы микст Е23 Остальные с^З КИНЭ —л— норовирусы в

Рис. 4. Распределение пациентов с норовирусной инфекцией по возрастным группам за период с марта 2005г. по июнь 2008 г.

Следует отметить, что возраст 9-11 месяцев характеризуется улучшением двигательных навыков ребенка, что позволяет ему активно передвигаться, доставать окружающие предметы, визуально и тактильно исследовать их. Также в этом возрасте происходит дальнейшее расширение пищевого рациона ребенка, введение новых продуктов и увеличение числа прикормов, что обеспечивает к 1-1,5 годам переход от грудного вскармливания к питанию обычными пищевыми продуктами. Вследствие этого, значительно повышается риск возникновения у ребенка кишечной инфекции, особенно при несоблюдении ухаживающими за ребенком взрослыми правил гигиены и обсеменении окружающих предметов и приготовляемой пищи патогенной микрофлорой. Увеличение количества сочетанных норовирусных проб, отмечаемое у таких детей, а также преобладание этой возрастной группы среди всех госпитализированных пациентов свидетельствует о значимости вышеперечисленных факторов в возникновении ОКИ норовирусной этиологии. Некоторое снижение заболеваемости норовирусной инфекцией у более старших детей, вероятно, связано с возникновением кратковременного протективного иммунитета вследствие перенесенной норовирусной инфекции.

Дети от полутора до трех лет составили 5,1 % (180/3496) от всего количества обследованных, однако в этой возрастной группе в среднем в 19,4 % случаев (35/180) именно норовирусы явились причиной госпитализации.

Внутри этой возрастной группы показатель прогрессивно увеличивался с 17,9 % у детей 18-20 мес. до 27,7 % у детей в возрасте от 2 до 3 лет. Приведенные показатели распространенности норовирусной инфекции в старшей возрастной группе свидетельствуют о том, что у таких детей норовирусные гастроэнтериты протекают более тяжело и чаще требуют госпитализации в специализированные медицинские учреждения.

В группе соопоставления, которая была сформирована из пациентов в возрасте до 3-х месяцев, не имеющих клинических признаков кишечных инфекций, также были выявлены норовирусы (рис. 5). Анализ данных показал недостоверное различие встречаемости норовирусов в группе сопоставления и основной группе пациентов группе - 10,2 % и 8,5 % соответственно. Обращает на себя внимание, что в процентном соотношении норовирусы как единственный патоген в основной группе были выявлены в 6,1 % против 8,5 % в группе сопоставления. Кроме норовирусов в обеих группах были обнаружены и другие патогены (ротавирусы, астровирусы, кампилобактерии, шигеллы, сальмонеллы). Несмотря на это, в' целом в группе сопоставления этиологические факторы ОКИ инфекционной природы были обнаружены в меньшем числе проб (26,3 %), чем в основной группе' (30,1 %).

Рис. 5. Встречаемость норовирусов в образцах фекалий от детей в возрасте до 3-х месяцев в основной группе (с симптомами ОКИ) и группе сопоставления (без симптомов ОКИ).

Приведенные данные могут свидетельствовать о возможности бессимптомного или латентного протекания заболевания, и такие случаи должны рассматриваться как случаи вирусовыделения. Каждый такой случай имеет эпидемиологическое значение, так как может представлять определенный резервуар для циркулирующих норовирусов.

Клинические особенности норовирусной инфекции. В настоящее время патогенетические препараты для лечения кишечных инфекций вирусной этиологии в России широко не применяются; как правило, лечение направлено на компенсирование симптомов кишечного расстройства и

купирование общих симптомов. Однако различие в патогенетических механизмах развития заболевания подразумевает некоторые особенности ОКИ, вызываемых различными вирусными патогенами. Для кишечной инфекции, вызываемой норовирусами, задолго до открытия возбудителя были описаны специфические клинические проявления, так называемые критерии Каплана: инкубационный период 15-50 часов, рвота более чем в половине случаев, диарея, средняя продолжительность симптомов 12-60 часов, высокий уровень заболеваемости, а также образцы стула, отрицательные на бактериальные патогены (Kaplan J. Е. et' al., 1982). Эти признаки были описаны на основании наблюдений за взрослыми больными с норовирусной инфекцией. Однако у пациентов до трех лет в связи с особенностями детского возраста эти признаки могут отличаться. Для выявления особенностей ОКИ норовирусной этиологии у детей раннего возраста был проведен сравнительный анализ 164 случаев ОКИ с лабораторно подтвержденной норовирусной моноинфекцией, а также 597 случаев ОКИ ротавирусной этиологии. В исследование были включены пациенты в возрасте от 3 до 24 мес. Результаты сравнения приведены в табл. 2.

В целом, по ряду клинических показателей обе инфекции не имели значительных различий. В клинической картине ОКИ норовирусной и ротавирусной этиологии ведущим являлся синдром острого гастроэнтерита. Сходными были средняя длительность пребывания в стационаре, число контактов с больными ОКИ, характер поражения кишечника, начало рвоты в первый день, наличие патологических примесей в стуле и т.д.

Вместе с тем, у больных норовирусной инфекцией заболевание характеризовалось менее острым началом и более легким течением, чем при ротавирусной инфекции. Токсикоз первой и второй степени при норовирусной ОКИ был выявлен у меньшего числа пациентов. Проявления эксикоза 1-й и 2-й степени при норовирусной инфекции также были менее выражены. Однако, процент детей с отягощенным алергоанамнезом при норовирусной инфекции был несколько больше, чем при ротавирусной инфекции. Рвота с первого дня болезни отмечалась приблизительно у одинакового числа пациентов, но при норовирусной инфекции рвота сохранялась несколько дольше, чем при ОКИ ротавирусной этиологии. Патологический стул с наличием примесей как при норовирусной, так и при ротавирусной инфекции наблюдался практически у всех пациентов. При этом признаки реактивного панкреатита у пациентов с норовирусной инфекцией обнаруживались чаще, что свидетельствовало о выраженном воспалительном процессе в тонком кишечнике и вовлечении в него поджелудочной железы. В общем анализе крови у 47,0 % пациентов с норовирусной ОКИ отмечался умеренный лейкоцитоз (38,7 % при ротавирусной ОКИ).

Характер вскармливания пациентов различался при норовирусной и ротавирусной ;инфекции. Если ранний отказ от грудного вскармливания был характерен для обеих инфекций практически в одинаковом проценте случаев, то число детей на искусственном вскармливании при ротавирусной инфекции было значительно больше, чем при норовирусной инфекции. Детей,

Таблица 2

Частота встречаемости клинических проявлений при ОКИ норовирусной и " ротавирусной этиологии

Показатели Норовирусы (п=164) Ротавгфусы (п=597)

абс. % абс. %

Обращение в первые 3 дня заболевания 127 77,4±3,3 459 76,9*1,7

Обращение после 3-го дня заболевания 37 22,6±3,3 138 23,1±1,7

Грудное вскармливание 40 24,4±3,4 116 19,4±1,б

Ранний отказ от груди (до 3-х мес.) 56 34,1±3,7 191 32,0±1,9

Искусственное вскармливание 17 4,3±2,3* 129 21,6±1,7*

Смешанное вскармливание 6 3,7±1,5 8 1,3±0,5

Длительность госпитализации 9,6±4,7 9,6±3,6

Неблагоприятный преморбидный фон 70 42,7±3,9 231 38,7±2,0

Отягощенный аллегоанамнез 24 14,6±2,8 54 9,0±132

Контакт с больными ОКИ 13 7,9±2,1 26 4,3*0,8

Острое начало в первый день 73 44,5±3,9 503 84,3±1,5

Катаральные симптомы 60 36,6±3,8* 284 47,6±2,0*

Лихорадка (всего) 121 73,8±3,4* 579 97,0±0,7*

Субфебрильная 85 51,8±3,9* 191 32,0±1,9*

Фебрильная 37 22,6±3,3* 226 37,9±2,0*

Гипертермия 15 9,1±2,3* 108 18,0±1,б*

Токсикоз 1 степени 75 45,7±3,9* 378 63,3±2,0*

2 степени 2 1,2±0,9 16 2,7±0,7

Эксикоз 1 степени 66 40,2±3,8* 344 57,6±2,0*

2 степени 3 1,8±1,0* 33 5,5±0,9*

Рвота с 1-го дня болезни 117 71,3±3,5 417 69,8±1,9

Длительность рвоты 3,3±2,3 2,9±1,8

Поражение кишечника: Острый энтерит 13 7,9±2Д 42 7,0±1,0

Острый энтероколит 9 5,5±1,8 14 2,3±0,6

Острый гастроэнтероколит 19 11,6±2,5 99 16,6±1,5

Острый гастроэнтерит 114 69,5±3,4 437 73,2±1,8

Острый гастрит 1 0,6±0,6 1 0,2±0,2

Патологические примеси 163 99,4±0,6 596 99,8±0,1

Из них слизь 110 67,т,6 417 69,8±1,9

Реактивный панкреатит 57 34,8±3,7 161 27,0±1,8

Лейкоцитоз 77 47,0±3,9 231 38,7±2,0

Увеличение СОЭ 15 9,1*2,2 74 12,4±1,3

Примечание: * - различия в сравниваемых группах статистически достоверны (р<0,05).

находившихся на момент заболевания на грудном вскармливании, было больше при норовирусной инфекции.

Таким образом, проведенный сравнительный анализ показал, что у больных норовирусной инфекцией заболевание характеризовалось менее острым началом и более легким течением, чем при ротавирусной инфекции. Данные симптомы не носили выраженного специфического характера, поэтому для верификации диагноза «норовирусная инфекция» необходимо применение специфических лабораторных методов диагностики.

Генотипирование и филогенетический анализ изолятов норовирусов. Молекулярно-эпидемиологические исследования, проводимые в различных странах, показали, что норовирусы человека являются достаточно генетически вариабельным патогеном, хотя в целом их геном относительно стабилен. В нашем многолетнем исследовании было показано, что наибольшее распространение среди детей до трех лет г. Новосибирска имеют норовирусы второй геногруппы. Их распространенность значительно превышала таковую у норовирусов первой геногруппы, составляя 91,5% из выявленных норовирусов обеих геногрупп, что явилось основанием для молекулярно-генетического исследования норовирусов именно второй геногруппы как наиболее распространенного варианта патогена.

В качестве участка генома для секвенирования и генотипирования выделенных изолятов был выбран регион D, нуклеотидная последовательность которого соответствует выступающему над поверхностью капсида домену Р, связанному с такой биологической функцией, как проникновение вируса в клетку и его вирулентность (позиция 6453-6665 относительно прототипного штамма Lordsdale virus,

Hu/NLV/Lordsdale/1993/UK) (Tan M. et al., 2003). Следует отметить, что последовательность региона D хорошо коррелирует с серотипами норовирусов (Ando Т. et al., 2000; Koopmans М. et al., 2001).

Для определения последовательности региона D были взяты 78 изолятов норовирусов второй геногруппы, выявленные у пациентов с подтвержденной норовирусной моноинфекцией. Каждой полученной нуклеотидной последовательности присваивалась криптограмма согласно принятым международным правилам. Полученные нуклеотидные последовательности использовались для построения филогенетических деревьев и последующего анализа. Филогенетические деревья строились на основании множественного нуклеотидного выравнивания. Выравнивание проводилось для генотипов GIL3 и GII.4 отдельно. На основе этого нуклеотидные последовательности были объединены в группе на основе идентичности нуклеотидных последовательностей.

При филогенетическом анализе в качестве сравнения были взяты прототипные последовательности норовирусов из электронной базы GenBank, представляющие собой основные генотипы норовирусов человека второй геногруппы, а также последовательности штаммов, наиболее сходных с группами исследованных нами изолятов (рис. 6).

Филогенетический анализ показал, что популяция норовирусов второй геногруппы, обнаруженных у детей г. Новосибирска, обладает гетерогенностью. Все нуклеотидные последовательности исследованных изолятов разделились на неоднородные группы и относились к двум генотипам: 64 последовательности - к генотипу 4 (GII.4) и 14 последовательностей - к генотипу 3 (GII.3). Другие генотипы в Новосибирске в нашем исследовании не встретились.

Доминирование генотипа GII.4 характерно не только для нашего региона. Как показывают многочисленные молекулярно-эпидемиологические исследования, в мире наиболее распространен генотип GII.4 (White Р. А. et al., 2002; Dingle К. Е., 2004). При этом имеется тенденция к глобальному распространению новых вариантов возбудителя. Так, например, группа наиболее изученных вариантов внутри генотипа GII.4, обозначаемых как US95/96, явилась причиной 55% вспышек ОКИ, в США в 1995-1996 гг. (Fankhauser R. L. et al., 1998; Bull R. A. et al., 2006).

Изоляты данной группы были обнаружены в Бразилии, Канаде, Китае, Германии, Нидерландах и Австралии (Noel J. S. et al., 1999). В Австралии в течение 1997-2000 гг. этот вариант возбудителя был выявлен в 86% вспышек ОКИ, что превысило показатели распространенности в США в 1996 г. В 2002 г. сходный вариант норовирусов геногруппы GII.4 явился причиной 86% вспышек ОКИ в Германии, Нидерландах и Великобритании (Lopman В. et al., 2004). В нашем исследовании представителем группы изолятов US95/96 соответствовал прототипный штамм Hu/NLV/Grimsby/1995/UK. В Японии в период 2004-2005 гг. наибольшее распространение среди детей раннего возраста также имели норовирусы GII.4. Было установлено, что варианты возбудителя GII.4, циркулировавшие с 2004 г. по 2005 г., относились к другому кластеру (подгруппе) по сравнению с изолятами, выявленными в 2002-2004 гг. (Phan Т. G. et al., 2006). Молекулярно-эпидемиолощческое исследование вспышек норовирусной инфекции в Болгарии в 2001-2007 гг. также продемонстрировало выраженный генетический дрейф популяции норовирусов в течение всего исследуемого периода (Reuter G. et al., 2007). Сходная тенденция была обнаружена и в нашем исследовании. Изоляты норовирусов, выявленные в различные эпидемиологические периоды, формировали на филогенетическом дереве отдельные подгруппы. Так, в 20052006 гг. наибольшее распространение имели норовирусы GII.4, последовательности региона D которых были сходны с таковой референс-изолята Hu/GII.4/RotterdamP5D51/2005/NL и Hu/GGII.4/Liempde048/2004/NL. Кроме того, в этот же эпидемиологический период был выявлен изолят -GII.4/383/07.2005, последовательность региона D которого была сходна с таковой референс-изолята Hu/NLV/Oxford/B2S16/2002/UK. Этот изолят' формировал отдельную ветвь.

-О 011.4/1985/03.2007 О ЗИ.4/2862/012008 в (24) ЗИ.4/1770/015007 -в (2) вМ/ЗЗ!5/042008 -О БИ.4/2083/042007 гО 611.4/1830/012007 |рО 311,4/2369/08.2007

(4) 014/2629/11.2007 О 01.4/3175/03,2008

(3) 0114/1862/02.2007 10 011.4/1 925/02.2007 -О ЗН.4/2980/022008 В (2) 314/1918/02.2007 НиЛ31М/Нокка1с(о 1/20в6«Р вМ Ни/Ы1Л//впт5Ьу/1995/иК вИЛ

^ОвП.4/1744/01.2007 3 611.4/2184/05.2007 О 014/1843/02,2007 • (2) 01.4/345/07.2005 Ни/в1Н/Гоуата4/20060Р ©1.4 ,О 311.4/1735/122006 I—О 31.4/1792/012007 НиЛ311.4/Койвк)атР3021/2006М. 314 > (2) 3114/3255/032008 - Ни/Ыи>//Ох1огс1/В2316/2002ЛЖ 0Н.4

-О 311.4/383/072005 •

г- О «1.4/1764/01.2007 мЮ 011.4/2085/04.2007 Hu/GGIU/Uempde048/2G04/NL И1.4 Ни/31|.4/КаПегаатР5051/2005М. ©1.4 ] О 311.4/416/082005 О 311.4/1416/082006 ¡О ЗП.4/164/052005 I—О 311.4/1218/042006 О 014/290/062005 -О ЗВ.4/23/03.2005 .О 614/317/072005 4-О 311.4/625/092005 I—О в».4/1475/092006 1-0 ОИ.4/16/032005

Ни/МЮТогогЙо 24/1991/СА вК.З и/ГЛЛ//Мех|со/1989/МХ ЗЯ.З м,0 ЗК.3/890/032006

О 311.3/891/042006 Ни/311.3/КоНег()атР500/2005/М1. ЗП.З ни/ыцу/виьигд/гвд/гоошЕ вп.з О ЗН.З/1916/022007 (2)311.3/3501/06/2008 I (2) 313/3086/022008 ЗИ.3/2835/122007

(2) ЗК.3/3045/022006 О ЗН.3/3202/032008

(3)313/2842/122007 О 311.3/3489/062008

0.05

Рис. 6. Филогенетическое дерево, построенное методом ближайших соседей на основе выровненных нукпеотидных последовательностей кДНК региона Э, соответствующего поверхностному домену Р капсида норовирусов (бутстреп-индекс с 1000 реплик). Темными точками и числом в скобках отмечены сходные последовательности; светлыми точками отмечены уникальные последовательности; в скобках указано количество идентичных последовательностей.

Однако уже в конце 2006 г. и в 2007 г. и, в меньшей степени, в 2008 гг. доминировала другая многочисленная группа изолятов, последовательности региона Б которых были сходны с таковой референс-изолята Ни/ИЬУ/ОптБЬу/! 995/1Ж. В 2008 г. появилась группа, состоящая из 2-х изолятов - 011.4/3255/03.2008 и 011.4/3287/04.2008. Проведение дальнейшего исследования изолятов норовирусов, выявленных после 06.2008, позволило бы определить, насколько подобные изоляты распространены в нашем регионе.

Известно, что в Японии и на Тайване вторым по встречаемости является третий генотип второй геногруппы (ОИ.З) (\*/и Р. Т. е! а1., 2005; РЬап Т. в. ег а1., 2006). В нашем регионе в исследуемый период вторым по встречаемости являлся третий генотип второй геногруппы норовирусов (011.3). Впервые изоляты, принадлежащие к этому генотипу были зарегистрированы в 2006 г. (011.3/890/03.2006 и 011.3/891/04.2006). Основную ветвь изолятов генотипа ОИ.З сформировали изоляты, выявленные с декабря 2007 г. по июнь 2008 г.

Таким образом, для норовирусов в определенный период установлена генетическая неоднородность изолятов с формированием одной-двух крупных ветвей и нескольких мелких. При этом наблюдалось изменение спектра генотипов циркулирующих изолятов норовирусов с течением времени. Так, период 2005-2007 гг. был характерен преобладанием генетически неоднородного генотипа ОН .4. Однако, с четвертого квартала 2007 г. и в 2008 г. наряду с генотипом 4 было отмечено увеличение количества норовирусов ОИ.З, количество которых в пробах от детей возросло с декабря 2007 г.

Так как в качестве участка генома для секвенирования и генотипирования выделенных изолятов был выбран регион Б, нуклеотидная последовательность которого соответствует выступающему над поверхностью капсида домену Р, был проведен филогенетический анализ аминокислотных последовательностей данного домена у исследованных нами изолятов (рис. 7). Анализ показал, что аминокислотные последовательности формировали несколько близких групп в каждом генотипе. Наиболее крупная группа, состоящая из 55 изолятов, включая 4 прототипных штамма, сформирована из изолятов, обнаруженных в 2007-2008 гг.

На отдельной ветви находятся два изолята, 011.4/164/05.2005 (ребенок в возрасте 7 месяцев без особенностей заболевания) и 011.4/1218/04.2006 (ребенок в возрасте 2 недель, находящийся на грудном вскармливании), обнаруженные в единичном случае. Восемь сгруппированных аминокислотных последовательностей соответствуют изолятам, выявленным в 2005-2006 гг., и практически совпадают по составу с группой, сформированной по нуклеотидным последовательностям.

100

НиЛЗП-4/Тоуата4/2006^Р ОН.4

-О 011.4/1985/03.2007

Ни/Ы1Л//вптзЬу/1995/иК ОН.4 Ни/ЫЬУ/Охй^ВгБ 16/2002/1Ж 6Н.4

-О 011.4/1792/01.2007

• (50) 611.4/345/07.2005 Ни/аи/КоПегёатРЗОгшООб/М!. 011.4

-ЬЛЛШШпдеп 259/2001/ОЕ ОН.4

Ни/С11-4/Нокка1ск}1/2006/иР СП 4

-О 011.4/1764/01.2007

-О 011.4/1843/02.2007

— О СП.4/2093/04.2007 Ни/вй Н.4/иетрс(е048/2004/М1. ОН.4 Ни/СП.4/НоНвгйатР5051/2005/Ы1_ СН.4 • (8) 011.4/16/03.2005 о 011.4/164/05.2005

ев!-О 011.4/1218704.2006

НиМ1Л//Мех!со/1989/МХ вИ.З О 011.3/2835/12.2007 Ни/Ы1Л//ВКЬигд/289/2001/ОЕ вН.З Ни/Ы1Л//Тогоп1о 24/1991/СА вИ.З • (11)011.3/2842/12 2007 Ни/е11.3/ЯоиегйатР500/2005/Ы1. вИЗ -• (2) 011.3/890/03.2006

Рис. 7. Филогенетическое дерево, построенное методом ближайших соседей на основе выровненных аминокислотных последовательностей поверхностного домена Р капсида норовирусов (бутстреп-индекс с 1000 реплик). Темными точками и числом в скобках отмечены сходные последовательности; светлыми точками отмечены уникальные последовательности; в скобках указано количество идентичных последовательностей.

Норовирусы геногруппы вН.З являются более однородной. Изолят 011.3/2835/12.2007 был выявлен у пациента 3 месяцев, госпитализированного без выраженных клинических проявлений заболевания, с субфебрильной температурой и однократной рвотой. Возможно, что данный вариант возбудителя характеризуется сглаженным или бессимптомным протеканием заболевания, в результате чего подобные случаи заболевании остаются незарегистрированными.

В период с декабря 2006 по март 2007 нами был зафиксирован значительный подъем встречаемости норовирусов в пробах от детей с симптомами ОКИ, которая превысила 50%. Следует подчеркнуть, что каждый

случай рассматривался как спорадический в связи с тем, что пациенты относились к категории неорганизованных детей и не посещали детские дошкольные учреждения, поэтому дополнительно был проведен филогенетический анализ нуклеотидных и соответствующих

аминокислотных последовательностей 30 изолятов норовирусов, выявленных с 11.2006 по 03.2007 (рис. 8).

89|0 в И.4/1735/12.2006

-О 011.4/1792/01.2007 I НиК31М/Тоуата4/200в/^ ОН.4 |0 011.4/1744/01.2007 -О 6114/1843/02.2007 I Ни/С11-4/НоккаШо1/2006Л1Р СИ.4 | Ни/МШСпт5Ьу/1в95/иК вИ.4 -О 011.4/1894/02.2007 ■ Ни/0|1.4/Р*оНе«1атР3021/2006/М1. ОН.4

ОН 4/1918/02.2007 (2) ез,® 011.4/1862/02.2007 (3)

Т-О 011.4/1925/02.2007 ; —• 011.4/1985/03.2007 • 011.4/1770/01.2007 (15)

1-0 ОН.4/1830/01.2007 • Ни/Ы1Л//ахЙ)гс1/В2816/2002ЛЖ в||.4 -(Ч1Л//ОИНпяел 259/200ШЕ ОН.4

- О GI1.4/1764/01.2007

- Hu/GII.4/RatterdamP5D51/2005/NL Gll.4

- Hu/GGII.4/Uempde048/2004/NL Glf.4 77j—■ HU/NLV/Toronto 24/1991/CA GII.3

"1 Hu/NLV/Mexioo/1989/MX OII.3 -O Gll.3/1916/02.2007 Hu/GII.3/RoUerdamP5DO/2005/NL. GII.3 Hu/NLWBKburg/289/2001/DE GII.3

Рис. 8. Филогенетическое дерево, построенное методом ближайших соседей на основе выровненных нуклеотидных последовательностей кДНК региона Б, соответствующего поверхностному домену Р капсида норовирусов (бутстреп-индекс с 1000 реплик). Изоляты выделены в период подъема заболеваемости норовирусной инфекцией. Темными точками и числом в скобках отмечены сходные последовательности; светлыми точками отмечены уникальные последовательности; в скобках указано количество идентичных последовательностей

Подавляющее большинство изолятов относились к генотипу ОН.4, лишь один изолят принадлежал к генотипу ОИ.З. Данный изолят был получен от ребенка в возрасте 7 месяцев, не имеющего каких-либо особенностей протекания норовирусной инфекции. Из оставшихся 29-ти изолятов 27 относились к одной подгруппе внутри генотипа ОН.4, что было показано близкой идентичностью как нуклеотидных, так и аминокислотных

последовательностей. Прототипный штамм Ни/011.4/КойегёатР3051/2006/ЫЬ находится наиболее удаленно от крупной ветки, так как он близок к изолятам, выделенным в более ранний период. Таким образом, большинство исследованных изолятов норовирусов принадлежали к одной группе.

Данные наблюдения позволили предположить, что в конце 2006 года в нашем регионе появился новый вариант норовирусов генотипа 011.4, который получил преимущество вследствие отсутствия к нему иммунитета у жителей Новосибирска. Кроме того, полученные результаты могли свидетельствовать о вспышке норовирусной инфекции, возникшей в этот период среди детей раннего возраста.

Таким образом, в Новосибирске были выявлены норовирусы второй геногруппы, принадлежащие к двум генотипам - вИ.З и СП.4. В период с декабря по февраль 2007 г. был зафиксирован существенный подъем норовирусной инфекции среди детей раннего возраста. При этом выявляемость норовирусов превысила 50%, и подавляющее большинство исследованных образцов, выделенных от пациентов в этот период, имели высокую степень гомологии нуклеотидных и аминокислотных последовательностей.

выводы

1. Впервые показано, что в структуре острых кишечных инфекций у детей до трех лет, госпитализированных в специализированную клинику Новосибирска, норовирусы являлись второй по значимости этиологической причиной и были выявлены в 17,3% клинических образцов.

2. Норовирусная моноинфекция была выявлена в 63,1 % образцов, содержащих норовирусы, в 36,9 % образцов норовирусы были обнаружены совместно с другими патогенами: с бактериальными энтеропатогенами - в 7,1 % проб, с ротавирусами - в 18,8 % проб, с астровирусами - в 5,5 % проб, с несколькими патогенами одновременно - в 4,8 % проб.

3. В период с декабря 2006 г. по март 2007 г. норовирусы определялись более чем в половине исследованных проб, что превышало распространенность в этот период традиционно превалирующей ротавирусной инфекции; однако, выраженной сезонности за весь период исследования отмечено не было.

4. Наибольшее число случаев норовирусной инфекции было зафиксировано у детей в возрасте от 3 месяцев до полутора лет жизни; пик заболеваемости отмечался в возрасте 9-11 месяцев, когда норовирусы обнаруживались в 23,5 % проб.

5. Установлено, что у больных норовирусной инфекцией заболевание характеризуется менее острым началом и более легким течением, чем при ротавирусной инфекции.

6. Впервые показано генетическое различие циркулирующих изолятов норовирусов, выделенных от детей до трех лет с симптомами ОКИ; в период исследования в нашем регионе доминировали норовирусы геногруппы GII (91,5 %), представленные генотипами GII.3 и GII.4, причем большее распространение имел вариант GII.4.

7. Группирование норовирусов в кластеры зависело от времени выделения изолятов, наблюдалось изменение с течением времени генетической принадлежности преобладающих вариантов изолятов норовирусов.

Список статей, опубликованных по теме диссертации:

1. Боднев С.А, Малеев В.В, Жираковская Е.В, Никифорова Н.А., Корсакова Т.Г., Тикунов А.Ю., Нетесов С.В., Тикунова Н.В. Этиологическая значимость ротавирусов, норовирусов и астровирусов в структуре острых кишечных инфекций у детей раннего возраста Новосибирска в период сезонного подъема заболеваемости // Инфекционные болезни.-2008 - 6(1) - С. 61-64.

2. Боднев С.А., Тикунов А.Ю., Жираковская Е.В., Юн Т.Э., Тикунова Н.В. Распространенность норовирусов среди детей раннего возраста в г. Новосибирске в 2007 г. // Сибирский мед. Журнал. - 2008. - Т. 82. - С. 81-83.

3. Тикунов А.Ю., Жираковская Е.В., Боднев С.А., Юн Т.Э., Тикунова Н.В. Исследование астровирусной инфекции у детей раннего возраста в г. Новосибирске в 2006 г. // Сибирский медицинский журнал. - 2008. - Т. 82. - С. 133-136.

4. Жираковская Е.В., Малеев В.В., Клемешева В.В., Боднев С.А., Корсакова Т.Г., Тикунов А.Ю., Юн Т.Э., Никифорова Н.А., Нетесов С.В., Тикунова Н.В. Ротавирусы у детей раннего возраста в г. Новосибирске в 2005-2007 гг.: выявление и генотипирование // ЖМЭИ. - 2008. - №4 - С. 15-18.

5. Жираковская Е.В., Тикунов А .К)., Боднев С.А., Дроздов И.Г., Индикова И.Н., Горбунов М.А., Тикунова Н.В. Оценка новой ПЦР тест-системы «Амплисенс Rotavirus/Norovirus/Astrovirus-FEP» с гибридизационно-флуоресцентной детекцией по «конечной точке» // Биопрепараты. - 2008. -№2.-С. 15-18.

Доклады и тезисы конференций:

• Bodnev S., Tikunov A., Zhirakovskaya Е., Yun Т., Tikunova N. Sporadic cases of norovirus infection among young children in Novosibirsk, Russia, 2005-2007. 26th Annual Meeting of the European Society for Paediatric Infectious Diseases (ESPID), 13-17 May 2008, Graz, Austria, p.196.

• Tikunova N., Zhirakovskaya E,, Bodnev S., Tikunov A., Yun T. Diarrhea etiology in the children's hospital infectious department in Novosibirsk, Russia. 26th Annual Meeting of the European Society for Paediatric Infectious Diseases (ESPID), 13-17 May 2008, Graz, Austria, p.212.

• Tikunov A., Bodnev S., Zhirakovskaya E., Yun Т., Tikunova N. Molecular epidemiology of human astrovirus infections among young children in Novosibirsk, Russia, 2005-2007. 26th Annual Meeting of the European Society for Paediatric Infectious Diseases (ESPID), 13-17 May 2008, Graz, Austria, p.212.

Zhirakovskaya E., Bodnev S., Tikunov A.,Gorbunova M., Tikunova N. Epidemiological profile of rotavirus infection in Western Siberia, Russia, July 2003-December 2007: diversity of group A rotavirus genotypes. 26th Annual Meeting of the European Society for Paediatric Infectious Diseases (ESPID), 1317 May 2008, Graz, Austria, p.402.

• Yun Т., Zhirakovskaya E., Tikunov A., Bodnev S., Tikunova N. Detection and identification of bacterial pathogens by polymerase chain reaction and

conventional techniques in childhood acute gastroenteritis in Novosibirsk, 20052007. 26th Annual Meeting of the European Society for Paediatric Infectious Diseases (ESPID), 13-17 May 2008, Graz, Austria, p.214.

• Tikunova N., Zhirakovskaya E., Bodnev S.} Yun Т., Tikunov A., Korsakova Т., Klemesheva V., Nikiforova N. Molecular epidemiology of gastroviruses circulating in Novosibirsk, and their genotyping. 3rd International Conference "Basic Science for Medicine", 2-8 September 2007, Novosibirsk, Russia.

« Zhirakovskaya E., Bodnev S., Yun Т., Korsakova Т., Klemesheva V., Nikiforova N., Tikunova N. Changing distribution of group A human rotavirus genotypes circulating in Novosibirsk, Russia. 4th International Conference "Vaccines for Enteric Disease - VED 2007", 25-27 April 2007, Lisbon, Portugal.

« Tikunova N., Zhirakovskaya E., Bodnev S., Tikunov A., Yun Т., Korsakova Т., Klemesheva V., Nikiforova N. Surveillance of human rotavirus circulating among young children in Novosibirsk, Russia. 4th International Conference "Vaccines for Enteric Disease - VED 2007", 25-27 April 2007, Lisbon, Portugal.

• С.А.Боднев, Е.В.Жираковская, Н.А.Никифорова, Т.Э.Юн, А.Ю.Тикунов, Т.Г.Корсакова, В.В.Клемешева, Н.В.Тикунова. Норовирусы как этиологическая причина острых вирусных гастроэнтеритов у детей раннего возраста г. Новосибирска в 2005-2006 гг. III Российская научная конференция «Проблемы инфекционной патологии в регионах Сибири, Дальнего Востока и Крайнего Севера», 27-29 сентября 2006, Новосибирск.

® Н.В.Тикунова, Е.В.Жираковская, С.А.Боднев, Т.Э.Юн, Н.А.Никифорова, Т.Г.Корсакова, В.В.Клемешева, А.Ю.Тикунов, С.В. Нетесов. Этиологические особенности острых кишечных инфекций у детей раннего возраста в г. Новосибирске. III Российская научная конференция «Проблемы инфекционной патологии в регионах Сибири, Дальнего Востока и Крайнего Севера», 27-29 сентября 2006, Новосибирск.

• А.Ю.Тикунов, Е.В.Жираковская, С.А.Боднев, Н. А .Никифорова, Т.Э.Юн, Т.Г.Корсакова, В.В.Клемешева, НЛЗ.Тикунова. Исследование роли астровирусов в этиологии острых кишечных инфекций у детей раннего возраста в г. Новосибирске. III Российская научная конференция «Проблемы инфекционной патологии в регионах Сибири, Дальнего Востока и Крайнего Севера», 27-29 сентября 2006, Новосибирск.

« Е.В.Жираковская, С.А.Боднев, Н.А.Никифорова, Т.Э.Юн, А.Ю.Тикунов, Т.Г.Корсакова, В.В.Клемешева, Н.В.Тикунова. Ротавирусная инфекция у детей раннего возраста в г. Новосибирске в 2005-2006 гг.: оценка этиологической значимости и генотипирование циркулирующих изолятов. III Российская научная конференция «Проблемы инфекционной патологии в регионах Сибири, Дальнего Востока и Крайнего Севера», 27-29 сентября 2006, Новосибирск.

• Жираковская Е.В., Тикунова Н.В., Боднев С.А., Корсакова Т.Г., Клемешева_ В.В., Никифорова Н.А., Нетесов С.В. Сравнительная оценка эффективности различных тест-систем для диагностики ротавирусной инфекции у детей

г. Новосибирска. Генодиагностика инфекционных болезней, 25-27 октября 2005 г, Новосибирская обл.

» Тикунова Н.В., Боднев С.А., Жираковская Е.В., Клемешева В.В., Корсакова Т.Г., Никифорова H.A., Тикунов А.Ю., Нетесов C.B. Особенности этиологической структуры острых вирусных гастроэнтеритов у детей раннего возраста г. Новосибирска. Генодиагностика инфекционных болезней, 25-27 октября 2005 г, Новосибирская обл.

Боднев Сергей Александрович

Молекулярно-эпидемиологимеское исследование норовнрусной инфекции у детей раннего возраста Новосибирска

Автореф. дисс. на соискание учёной степени кандидата медицинских наук. Подписано в печать 24.11.2009. Заказ № 119. Формат 60x84/16. Усл. печ. л. 1. Тираж 100 экз. Отпечатано в типографии Института катализа СО РАН 630090 Новосибирск, пр. Академика Лаврентьева, 5

2009257938

Содержание диссертации, кандидата медицинских наук, Боднев, Сергей Александрович

ВВЕДЕНИЕ.

1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

1.1. Норовирусная инфекция.

1.1.1. История открытия норовирусов.

1.1.2. Патогенез норовирусиой инфекции.

1.1.3. Клиническая картина норовирусиой инфекции.

1.1.4. Осложнения норовирусиой инфекции.

1.1.5. Лечение норовирусиой инфекции.

1.2. Структурная организация норовирусов.

1.2.1. Морфология вирионов норовирусов.

1.2.2. Организация генома норовирусов.

1.2.3. Свойства и функции неструктурных белков норовирусов.

1.2.4. Структура и вариабельность главного белка капсида.

1.3. Классификация калицивирусов.

1.4. Эпидемиология норовирусиой инфекции.

1.4.1. Методы и подходы для детекции норовирусов.

1.4.2. Генотипирование норовирусов.

1.4.3. Преобладающие генетические варианты норовирусов.

1.4.4. Пути и механизмы передачи норовирусов.

1.4.5. Распространенность норовирусиой инфекции.

1.4.6. Вспышечная и спорадическая заболеваемость.

1.4.7. Норовирусы как антропозоонозная инфекция.

1.4.8. Сезонность норовирусиой инфекцин.

1.4.9. Возрастные особенности норовирусиой инфекции.

1.4.10. Исследование норовирусов в РФ.

2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.

2.1. Общая характеристика исследования.

2.2. Материалы.

2.3. Методы.

2.3.1 Формирование базы данных.

2.3.2. Забор материала.

2.3.3. Получение осветленного экстракта фекалий.

2.3.5. Синтез комплементарной ДНК.

2.3.7. Электрофоретический анализ образцов.

2.3.8. Элюция фрагментов ДНК из агарозного геля.

2.3.9. Определение нуклсотидных последовательностей.

2.3.10 Филогенетический анализ.

3. РЕЗУЛЬТАТЫ.

3.1. Оценка встречаемости норовирусиой инфекции у детей в Новосибирске.

3.2. Норовирусная инфекция у детей раннего возраста Новосибирска с 2005 по 2008 ггбО

3.2.1. Организация исследования.

3.2.2. Значимость норовирусов в этиологической структуре ОКИ.

3.2.3 Встречаемость норовирусов в сочетании с другими патогенами.

3.2.4. Исследование сезонности норовирусиой инфекции.

3.2.5. Анализ возрастных особенностей норовирусиой инфекции.

3.2.6. Клинические особенности норовирусиой инфекции.

3.2.7 Генотипирование и филогенетический анализ изолятов норовирусов.

Введение Диссертация по биологии, на тему "Молекулярно-эпидемиологическое исследование норовирусной инфекции у детей раннего возраста Новосибирска"

Острые кишечные инфекции (ОКИ) являются одной из важных проблем современного здравоохранения во всем мире. В течение длительного времени возникновение кишечных инфекций связывали с употреблением загрязненной воды и продуктов питания, и ОКИ считались проблемой развивающихся стран, в которых источники водоснабжения и пищевые продукты могут стать причиной масштабных вспышек кишечных инфекций (Parashar U. D. et al., 2003; Steele A. D. et al., 2003; Bresee J. et al., 2004). Однако, несмотря на постоянное улучшение качества питьевой воды и продуктов питания, а также строгий санитарно-эпидемиологический контроль за объектами окружающей среды, и в экономически развитых странах проблема кишечных инфекций стоит достаточно остро (de Wit М.А. et al., 2007; Marvin H. et al., 2009). Как в России, так и в США случаи заболевания кишечными инфекциями занимают одно из ведущих мест среди инфекционных заболеваний, уступая по распространенности лишь инфекциям респираторного тракта.

В связи с развитием и усовершенствованием средств диагностики спектр известных патогенов - возбудителей ОКИ постоянно расширяется, и в настоящее время значительную часть из них составляют вирусные патогены: ротавирусы групп А, В, С, астровирусы серотипов 1-8, аденовирусы типов 40, 41, норовирусы и саповирусы, входящие в семейство калицивирусов, энтеровирусы и другие (Atmar R. L. et al., 2001; Maltezou H. С. et al., 2001; Koopmans M. et al., 2002; Koopmans M. et al., 2004; Carter M. J. et al., 2005). Наименее изученными из них являются калицивирусы. Это связано со значительными трудностями культивирования этих вирусов (Duizer Е. et al., 2004), а также с отсутствием адекватной модели заболевания на животных. Тем не менее, благодаря развитию и усовершенствованию молекулярно-биологических методов диагностики достигнуты значительные успехи в изучении патогенеза и эпидемиологии калицивирусной инфекции.

Семейство Caliciviridae состоит их четырех родов, патогенными для человека являются представители родов Norovirus и Sapovirus, при этом наиболее часто в клинических образцах от больных выявляются норовирусы. Их распространенность при спорадической заболеваемости составляет 10-15 % от всех случаев ОКИ (Buesa J. et al., 2002; Bon F. et al., 2005), однако норовирусы играют важную роль в возникновении вспышек этого заболевания. Так, 60-85 % вспышек гастроэнтеритов в США, Европе и Японии ассоциированы с норовирусами (Fankhauser R. L. et al., 2002; Lopman В. et al., 2003; de Wit M. A. et al., 2007). С 1997 no 2000 гг. из 233 вспышек кишечных инфекций, зарегистрированных в CDC (США, Атланта), в 86 % (201 вспышка) выявлялись норовирусы (Fankhauser R. L. et al., 2002). Описаны также вспышки ОКИ, вызванные и другими представителями семейства калицивирусов -саповирусами (Phan Т. G. et al., 2006).

В России показатели заболеваемости от ОКИ ниже, чем в развитых странах. Вероятно, это объясняется недостаточной диагностикой и регистрацией этой инфекции. По данным Федерального Центра Госсанэпиднадзора, в 2007-2008 гг. в РФ официально регистрировалось более 650 тыс. случаев ОКИ в год. При этом этиология кишечных заболеваний была установлена только у 28 % пациентов, из них более половины являлись детьми до 14 лет (http://www.fcgsen.ru). Санитарно-эпидемиологический контроль над норовирусной инфекцией вследствие ограниченности средств диагностики в России не проводится.

Основные задачи исследования:

- оценить этиологическую значимость норовирусов I и II геногрупп в структуре ОКИ у детей до 3-х лет;

- провести анализ клинических особенностей норовирусной инфекции у детей раннего возраста;

- определить нуклеотидные последовательности кДНК региона О геномов выявленных норовирусов, соответствующих поверхностному субдомену Р2 белка капсида;

Впервые проведено исследование генетического разнообразия изолятов норовирусов, выявленных в Новосибирске; продемонстрирована циркуляция норовирусов первой и второй геногрупп, установлено, что норовирусы первой геногруппы являются редкой этиологической причиной ОКИ у детей раннего возраста в Новосибирске. Оценена значимость различных генетических вариантов норовирусов второй геногруппы в структуре ОКИ у детей раннего возраста. Впервые определены и зарегистрированы в базе данных ОепВапк (ЪТСВ1, США) нуклеотидные последовательности региона Э геномов норовирусов, выявленных в Новосибирске.

Практическая значимость работы.

V Положения, выносимые на защиту.

5. Норовирусы первой геногруппы являлись редкой этиологической причиной острых кишечных инфекций у детей раннего возраста г. Новосибирска-1,8 %.

Апробация работы и публикации.

Результаты работы представлены на 2-х российских и 4-х международных конференциях: V Российская научно-практическая конференция «Генодиагностика инфекционных болезней», Новосибирск, 2005; III Российская научная конференция «Проблемы инфекционной патологии в регионах Сибири, Дальнего Востока и Крайнего Севера», Новосибирск, 2006; 7th Internaitonal Rotavirus Symposium, Lisbon, Portugal, 2006; 3rd International Conference «Basic Science for Medicine», Novosibirsk, Russia, 2007; 4th

Inernational Conference on Vaccines for Enteric Diseses - VED 2007, Lisbon, Portugal, 2007; 26th Annual Meeting of the European Society for Paediatric Infectious Diseases (ESPID), Graz, Austria, 2008. По материалам диссертации опубликованы пять статей.

Вклад автора

Диссертационная работа была выполнена в лаборатории разработки средств экстренной профилактики ФГУН ГНЦ ВБ «Вектор» Роспотребнадзора в рамках выполнения проекта МНТЦ №2935.

Выделение препаратов РНК/ДНК и комплексная ПЦР-диагностика вирусных (ротавирусы, астровирусы) и бактериальных {Salmonella spp., Shigella spp., Campylobacter) патогенов проводилось автором совместно с Е.В. Жираковской, А.Ю. Тикуновым и Т.Э. Юн. ПЦР-диагностика норовирусной инфекции проводилась лично автором.

Бактериологический посев на Salmonella spp., Shigella spp. и условно-патогенную флору проводился сотрудниками микробиологической лаборатории МУЗ ДГКБ №3.

Эпидемиологический анализ норовирусной инфекции у детей раннего возраста, а также генотипирование выявленных изолятов норовирусов выполнено автором лично. Секвенирование фрагментов генов норовирусов проводилось автором совместно с к.б.н. Е.В. Жираковской. Филогенетический анализ генетической вариабельности изолятов норовирусов проводился автором лично.

Структура и объём диссертации.

Диссертация выполнена на 133 страницах машинописного текста и состоит из введения, обзора литературы, главы "Материалы и методы", главы "Результаты и обсуждение", заключения, выводов и списка литературы. Работа иллюстрирована 20 рисунками, включает 8 таблиц и 2 приложения. Библиография включает 260 работ: 11 - отечественных авторов и 249 -зарубежных.

Заключение Диссертация по теме "Вирусология", Боднев, Сергей Александрович

выводы

6. Впервые показано генетическое различие циркулирующих изолятов норовирусов, выделенных от детей до трех лет с симптомами ОКИ: в период исследования в нашем регионе доминировали норовирусы геногруппы GII (91,5 %), представленные генотипами GII.3 и GII.4, причем большее распространение имел вариант GII.4.

БЛАГОДАРНОСТИ

Автор выражает глубокую признательность и благодарность научному руководителю, доктору биологических наук Тикуновой Нине Викторовне за помощь и поддержку в написании диссертации, а также рецензентам, доктору медицинских наук Малковой Елене Михайловне и кандидату биологических наук Петровой Ирине Дмитриевне за глубокий и всесторонний анализ диссертационного исследования и сделанные ими ценные замечания.

Автор выражает искреннюю благодарность коллегам Жираковской Елене Владимировне, Тикунову Артему Юрьевичу, Юн Татьяне Эверестовне, Денисовой Наталье Тимофеевне, Сафоновой Наталье Сергеевне за всестороннюю помощь в организации исследования и плодотворное сотрудничество, а также врачам МУЗ ДГКБ №3 Новосибирска Никифоровой Наталье Алексеевне, Корсаковой Татьяне Георгиевне и Клемешевой Вере Владимировне за помощь в организации данного исследования.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

В нашем многолетнем исследовании впервые было показано, что норовирусы являются важной этиологической причиной спорадических случаев ОКИ у детей раннего возраста г. Новосибирска. Наибольшее распространение имели норовирусы второй геногруппы, доля которых составила 91,5 % от всех выявленных норовирусов. В целом, за весь период исследования норовирусы были обнаружены в 17,3 % проб (602/3496), в 10,9 % всех исследованных нами образцов фекалий норовирусы были выявлены как единственный патоген (381/3496). В 6,4 % (231/3496) проб, наряду с норовирусами, были обнаружены другие патогены вирусной или бактериальной природы. При этом наиболее часто наблюдались сочетанные пробы с ротавирусами (18,8 %), астровирусами (5,5 %), бактериальными энетропатогенами (7,1 %), а также сочетание двух и более возбудителей ОКИ (4 %). Норовирусные микст-инфекции выявлялись с различной частотой в различное время года с набольшим числом таких выявленных проб в холодные месяцы года.

В целом, для норовирусной инфекции не была характерна выраженная зимняя сезонность. Случаи норовирусной инфекции регистрировались в течение всего трехлетнего периода исследования, при этом в различные годы эпидемические показатели несколько различались. Однако в период с декабря 2006 г. по март 2007 г. норовирусы определялись более чем в половине исследованных проб, что оказалось выше, чем распространенность в этот период традиционно превалирующей ротавирусной инфекции.

Возрастными особенностями норовирусной инфекции являлась ее значительная распространенность среди детей в возрасте до полутора лет жизни, при этом пик заболеваемости у пациентов этой возрастной подгруппы отмечался в возрасте 9-11 месяцев, когда норовирусы обнаруживались в 23,5 % проб фекалий. Исследование также показало, что у детей до трех месяцев в группе сопоставления норовирусы встречались в меньшем количестве проб по сравнению с группой детей до 3-месяцев, госпитализированных с диагнозом кишечная инфекция, что может свидетельствовать о возможности бессимптомного протекания заболевания у детей данной возрастной группы и, возможно, у более старших.

Клиническая картина норовирусной ОКИ характеризовалась сочетанием гастроинтестинальных нарушений и интоксикационного синдрома. Однако, в целом, ОКИ норовирусной этиологии протекало в более легкой форме, чем ротавирусная инфекция. При этом для норовирусной инфекции было характерно более длительное сохранение рвоты и более частые нарушения системы ЖКТ в виде реактивного панкреатита. У части пациентов наблюдались катаральные явления, без сопутствующих клинических проявлений инфекции верхних дыхательных путей, что также было характерно и для ротавирусной инфекции.

Молекулярно-биологическое исследование выявленных изолятов норовирусов показало, что вся циркулирующая популяция разделяется на отдельные генотипы и группы внутри генотипов. Основное количество норовирусов относилось к генотипу 011.4, описанному ранее как источник масштабных вспышек кишечных инфекций во всем мире. Кроме того, в нашем регионе была зарегистрирована циркуляция генотипа вЮ. Проведенное исследование продемонстрировало изменение спектра генотипов циркулирующих изолятов норовирусов с течением времени.

Таким образом, в данном исследовании впервые была показана значимость норовирусов в структуре острых кишечных инфекций у детей раннего возраста г. Новосибирска и проведена молекулярно-генетическая характеризация циркулирующих вариантов этого возбудителя.

Библиография Диссертация по биологии, кандидата медицинских наук, Боднев, Сергей Александрович, Кольцово

1. Васильев Б.Я., Васильева Р.И., Лобзин Ю.В. Острые кишечные заболевания : Ротавирусы и ротавирусная инфекция. // СПб.: Лань. 2000 -268 с.

2. Гудков В.Г., Коржев М.О., Виринская A.C. Современные проблемы инфекционной патологии человека. // Материалы II научно-практической конференции/ 2001. - С. 217-222.

3. Дудникова Э.В. Современные взгляды на кишечный дисбактериоз у детей. // Южно-Российский медицинский журнал. 2002. - №2. - С. 28-34.

4. Жираковская Е.В., Никифорова H.A., Корсакова Т.Г. Ротавирусная инфекция у детей раннего возраста в Новосибирске. Генотипирование циркулирующих изолятов. // Эпидемиология и инфекционные болезни. -2007.- № 3 С. 36-45.

5. Лагир Г.М., Горегляд Н.С., Булдык Е.А. Диагностика и лечение острых кишечных инфекций у детей в условиях поликлиники. // Методические рекомендации. 2000. - Москва: Мн.: МГМИ. - С. 41.

6. Мухина, A.A., Шипулин, Г.А., Боковой А.Г. Первый опыт изучения калицивирусной инфекции у детей в Москве. // Вопросы вирусологии. -2002.-№6-С. 28-34.

7. Пайков В.Л. Современные представления о кишечном дисбактериозе. // Сборник лекций и научных работ "Практические вопросы детской гастрорэнтерологии Санкт-Петербурга". С.-П. - 1999. - С. 133-138.

8. Подколзин А.Т., Фенске Е. Б., Абрамычева Н. Ю. Сезонность и возрастная структура заболеваемости острыми кишечными инфекциями на территории РФ. // Терапевтический архив. 2007. - Т. 79 - №11 - С. 10-16.

9. Тимченко В.М. Инфекционные болезни у детей : Учеб. для педиатр, фак. мед. вузов. // СПб.: СпецЛит 2001. - 559 с.

10. Учайкин В.Ф. Руководство по инфекционным болезням у детей : Учеб. пособие для студентов мед. вузов. // М.: ГЭОТАР Медицина 1998. - С. 540.

11. Шадрин С.А. Дисбактериоз кишечника у детей. // Методические рекомендации. Краснодар. - 1999 - С. 36.

12. Norovirus activity United States, 2002. - MMWR Morb Mortal Wkly Rep -2003.-V. 52 (3)-P. 41-5.

13. Norovirus activity-United States, 2006-2007. MMWR Morb Mortal Wkly Rep- 2007. V. 56 (33) - P. 842-6.

14. Adler J.L., Zickl R. // Winter vomiting disease. J Infect Dis - 1969. - V. 119 (6)-P. 668-73.

15. Ando Т., Noel J.S., Fankhauser R.L. // Genetic classification of "Norwalk-like viruses. J Infect Dis - 2000. - V. 181 Suppl 2- P. S336-48.

16. Atmar R.L., Estes M.K. // Diagnosis of noncultivatable gastroenteritis viruses, the human caliciviruses. Clin Microbiol Rev - 2001. - V. 14 (1) - P. 15-37.

17. Batten C.A., Clarke I.N., Kempster S.L., Oliver S.L., Bridger J.C., Lambden P.R. // Characterization of a cross-reactive linear epitope in human genogroup Iand bovine genogroup III norovirus capsid proteins. Virology - 2006. - V. 356 (1-2)-P. 179-87.

18. Bereciartu A., Bok K., Gomez J. // Identification of viral agents causing gastroenteritis among children in Buenos Aires, Argentina. J Clin Virol - 2002.- V. 25 (2)-P. 197-203.

19. Berg D.E., Kohn M.A., Farley T.A., McFarland L.M. // Multi-state outbreaks of acute gastroenteritis traced to fecal-contaminated oysters harvested in Louisiana.- J Infect Dis 2000. - V. 181 Suppl 2- P. S381-6.

20. Bertolotti-Ciarlet A., White L.J., Chen R., Prasad B.V., Estes M.K. // Structural requirements for the assembly of Norwalk virus-like particles. J Virol - 2002. -V. 76 (8) - P. 4044-55.

21. Blacklow N., Dolin R., Fedson D. // Acute infectious nonbacterial gastroenteritis: etiology and pathogenesis. Ann Intern Med - 1972. - V. 76 (6) -P. 993-1008.

22. Boniotti B., Wirblich C., Sibilia M., Meyers G., Thiel H.J., Rossi C. // Identification and characterization of a 3C-like protease from rabbit hemorrhagic disease virus, a calicivirus. J Virol - 1994. - V. 68 (10) - P. 6487-95.

23. Bridger J.C., Hall G.A., Brown J.F. // Characterization of a calici-like virus (Newbury agent) found in association with astrovirus in bovine diarrhea. Infect Immun - 1984. - V. 43 (1) - P. 133-8.

24. Bull R.A., Tu E.T., Mclver C.J., Rawlinson W.D., White P.A. // Emergence of a new norovirus genotype II.4 variant associated with global outbreaks of gastroenteritis. J Clin Microbiol - 2006. - V. 44 (2) - P. 327-33.

25. Burroughs J.N., Brown F. // Presence of a covalently linked protein on calicivirus RNA. J Gen Virol - 1978. - V. 41 (2) - P. 443-6.

26. Butot S., Putallaz T., Sanchez G. // Procedure for rapid concentration and detection of enteric viruses from berries and vegetables. Appl Environ Microbiol - 2007. - V. 73 (1) - P. 186-92.

27. Canizares M.C., Nicholson L., Lomonossoff G.P. // Use of viral vectors for vaccine production in plants. Immunol Cell Biol - 2005. - V. 83 (3) - P. 263-70.

28. Carter MJ. // Enterically infecting viruses: pathogenicity, transmission and significance for food and waterborne infection. J Appl Microbiol - 2005. - V. 98 (6)-P. 1354-80.

29. Caul E.O. // Small round structured viruses: airborne transmission and hospital control. Lancet - 1994. - V. 343 (8908) - P. 1240-2.

30. Caul E.O. // Viral gastroenteritis: small round structured viruses, caliciviruses and astroviruses. Part I. The clinical and diagnostic perspective. J Clin Pathol -1996.- V. 49 (11)-P. 874-80.

31. Chadwick P.R., McCann R. // Transmission of a small round structured virus by vomiting during a hospital outbreak of gastroenteritis. J Hosp Infect - 1994. -V. 26 (4)-P. 251-9.

32. Chakravarty S., Hutson A.M., Estes M.K., Prasad B.V. // Evolutionary trace residues in noroviruses: importance in receptor binding, antigenicity, virion assembly, and strain diversity. J Virol - 2005. - V. 79 (1) - P. 554-68.

33. Clarke I.N., Lambden P.R. // The molecular biology of caliciviruses. J Gen Virol - 1997. - V. 78 ( Pt 2)- P. 291-301.

34. Curtis V. // Talking dirty: how to save a million lives. Int J Environ Health Res - 2003. - V. 13 Suppl 1- P. S73-9.

35. Daughenbaugh K.F., Fraser C.S., Hershey J.W., Hardy M.E. // The genome-linked protein VPg of the Norwalk virus binds eIF3, suggesting its role in translation initiation complex recruitment. Embo J - 2003. - V. 22 (11) - P. 2852-9.

36. Dedman D., Laurichesse H., Caul E.O., Wall P.G. // Surveillance of small round structured virus (SRSV) infection in England and Wales, 1990-5. Epidemiol Infect - 1998. - V. 121 (1) - P. 139-49.

37. Dey S.K., Nguyen T.A., Phan T.G., Nishio O., Salim A.F., Rahman M., Yagyu F., Okitsu S., Ushijima H. // Molecular and epidemiological trend of norovirus associated gastroenteritis in Dhaka City, Bangladesh. J Clin Virol - 2007. - V. 40(3)-P. 218-23.

38. Dingle K.E. // Mutation in a Lordsdale norovirus epidemic strain as a potential indicator of transmission routes. J Clin Microbiol - 2004. - V. 42(9) - P.3950-7.

39. Dolin R., Blacklow N.R., DuPont H., Buscho R.F., Wyatt R.G., Kasel J.A., Hornick R., Chanock R.M. // Biological properties of Norwalk agent of acute infectious nonbacterial gastroenteritis. Proc Soc Exp Biol Med - 1972. - V. 140 (2) - P. 578-83.

40. Doultree J.C., Druce J.D., Birch C.J., Bowden D.S., Marshall J.A. // Inactivation of feline calicivirus, a Norwalk virus surrogate. J Hosp Infect - 1999. - V. 41 (1)-P. 51-7.

41. Duizer E., Schwab K.J., Neill F.H., Atmar R.L., Koopmans M.P., Estes M.K. // Laboratory efforts to cultivate noroviruses. J Gen Virol - 2004. - V. 85 (Pt 1) -P. 79-87.

42. Ehresmann D.W., Schaffer F.L. // RNA synthesized in calicivirus-infected cells is atypical of picornaviruses. J Virol - 1977. - V. 22 (2) - P. 572-6.

43. Estes M.K., Ball J.M., Guerrero R.A., Opekun A.R., Gilger M.A., Pacheco S.S., Graham D.Y. // Norwalk virus vaccines: challenges and progress. J Infect Dis -2000. - V. 181 Suppl 2- P. S367-73.

44. Ettayebi K., Hardy M.E. // Norwalk virus nonstructural protein p48 forms a complex with the SNARE regulator VAP-A and prevents cell surface expression of vesicular stomatitis vims G protein. J Virol - 2003. - V. 7 (21) - P. 11790-7.

45. Evans H.S., Madden P., Douglas C., Adak G.K., O'Brien S.J., Djuretic T., Wall P.G., Stanwell-Smith R. // General outbreaks of infectious intestinal disease in England and Wales: 1995 and 1996. Commun Dis Public Health - 1998. - V. 13.-P. 165-71.

46. Fankhauser R.L., Noel J.S., Monroe S.S., Ando T., Glass R.I. // Molecular epidemiology of "Norwalk-like viruses" in outbreaks of gastroenteritis in the United States. J Infect Dis - 1998. - V. 178 (6) - P. 1571-8.

47. Foley B., O'Mahony J., Morgan S.M., Hill C., Morgan J.G. // Detection of sporadic cases of Norwalk-like virus (NLV) and astrovirus infection in a single Irish hospital from 1996 to 1998. J Clin Virol - 2000. - V. 17 (2) - P. 109-17.

48. Fukuda S., Talcao S., Kuwayama M., Shimazu Y., Miyazaki K. // Rapid detection of norovirus from fecal specimens by real-time reverse transcriptionloop-mediated isothermal amplification assay. J Clin Microbiol - 2006. - V. 444.-P. 1376-81.

49. Gehrke C., Steinmann J., Goroncy-Bermes P. // Inactivation of feline calicivirus, a surrogate of norovirus (formerly Norwalk-like viruses), by different types of alcohol in vitro and in vivo. J Hosp Infect - 2004. - V. 56 (1) - P. 49-55.

50. Glass P.J., White L.J., Ball J.M., Leparc-Goffart I., Hardy M.E., Estes M.K. // Norwalk virus open reading frame 3 encodes a minor structural protein. J Virol - 2000. - V. 74 (14) - P. 6581-91.

51. Glass R.I., Bresee J., Jiang B., Gentsch J., Ando T., Fankhauser R., Noel J., Parashar U., Rosen B., Monroe S.S. // Gastroenteritis viruses: an overview. -Novartis Found Symp 2001. - V. 238 - P. 5-19; discussion 19-25.

52. Gonin P., Couillard M., d'Halewyn M.A. // Genetic diversity and molecular epidemiology of Norwalk-like viruses. J Infect Dis - 2000. - V. 182 (3) - P. 691-7.

53. Gray J J., Green J., Cunliffe C., Gallimore C., Lee J.V., Neal K., Brown D.W. // Mixed genogroup SRSV infections among a party of canoeists exposed to contaminated recreational water. J Med Virol - 1997. - V. 52 (4) - P. 425-9.

54. Green J., Gallimore C.I., Norcott J.P., Lewis D., Brown D.W. // Broadly reactive reverse transcriptase polymerase chain reaction for the diagnosis of SRSV-associated gastroenteritis. J Med Virol - 1995. - V. 47 (4) - P. 392-8.

55. Green J., Norcott J.P., Lewis D., Arnold C., Brown D.W. // Norwalk-like viruses: demonstration of genomic diversity by polymerase chain reaction. J Clin Microbiol - 1993. - V. 31 (11) - P. 3007-12.

56. Green J., Vinje J., Gallimore C.I., Koopmans M., Hale A., Brown D.W., Clegg J.C., Chamberlain J. // Capsid protein diversity among Norwalk-like viruses. -Virus Genes 2000. - V. 20 (3) - P. 227-36.

57. Green K.Y., Ando T., Balayan M.S., Berke T., Clarke I.N., Estes M.K., Matson D.O., Nakata S., Neill J.D., Studdert M.J., Thiel HJ. // Taxonomy of the caliciviruses. J Infect Dis - 2000. - V. 181 Suppl 2- P. S322-30.

58. Greenberg H.B., Valdesuso J.R., Kalica A.R., Wyatt R.G., McAuliffe V.J., Kapikian A.Z., Chanock R.M. // Proteins of Norwalk virus. J Virol - 1981. -V. 37 (3) - P. 994-9.

59. Guntapong R., Hansman G.S., Oka T., Ogawa S., Kageyama T., Pongsuwanna Y., Katayama K. // Norovirus and sapovirus infections in Thailand. Jpn J Infect Dis - 2004. - V. 57 (6) - P. 276-8.

60. Hafliger D., Hubner P., Luthy J. // Outbreak of viral gastroenteritis due to sewage-contaminated drinking water. Int J Food Microbiol - 2000. - V. 54 (1-2)-P. 123-6.

61. Hale A., Mattick K., Lewis D., Estes M., Jiang X., Green J., Eglin R., Brown D. // Distinct epidemiological patterns of Norwalk-like virus infection. J Med Virol - 2000. - V. 62 (1) - P. 99-103.

62. Hale A.D., Tanaka T.N., Kitamoto N., Ciarlet M., Jiang X., Takeda N., Brown D.W., Estes M.K. // Identification of an epitope common to genogroup 1 "norwalk-like viruses". J Clin Microbiol - 2000. - V. 38 (4) - P. 1656-60.

63. Hardy M.E. // Noro virus protein structure and function. FEMS Microbiol Lett -2005.-V. 253 (1)-P. 1-8.

64. Hardy M.E., Kramer S.F., Treanor J.J., Estes M.K. // Human calicivirus genogroup II capsid sequence diversity revealed by analyses of the prototype Snow Mountain agent. Arch Virol - 1997. - V. 142 (7) - P. 1469-79.

65. Hardy M.E., Tanaka T.N., Kitamoto N., White L.J., Ball J.M., Jiang X., Estes M.K. // Antigenic mapping of the recombinant Norwalk virus capsid protein using monoclonal antibodies. Virology - 1996. - V. 217 (1) - P. 252-61.

66. Hardy M.E., White L.J., Ball J.M., Estes M.K. // Specific proteolytic cleavage of recombinant Norwalk virus capsid protein. J Virol - 1995. - V. 69 (3) - P. 1693-8.

67. Hedberg C.W., Osterholm M.T. // Outbreaks of food-borne and waterborne viral gastroenteritis. Clin Microbiol Rev - 1993. - V. 6 (3) - P. 199-210.

68. Hedlund K.O., Rubilar-Abreu E., Svensson L. // Epidemiology of calicivirus infections in Sweden, 1994-1998. J Infect Dis - 2000. - V. 181 Suppl 2- P. S275-80.

69. Herrmann J.E., Nowak N.A., Blacklow N.R. // Detection of Norwalk virus in stools by enzyme immunoassay. J Med Virol - 1985. - V. 17 (2) - P. 127-33.

70. Hoorfar J., Malorny B., Abdulmawjood A., Cook N., Wagner M., Fach P. // Practical considerations in design of internal amplification controls for diagnostic PCR assays. J Clin Microbiol - 2004. - V. 42 (5) - P. 1863-8.

71. Hudson J.B., Sharma M., Petric M. // Inactivation of Norovirus by ozone gas in conditions relevant to healthcare. J Hosp Infect - 2007. - V. 66 (1) - P. 40-5.

72. Hutson A.M., Atmar R.L., Estes M.K. // Norovirus disease: changing epidemiology and host susceptibility factors. Trends Microbiol - 2004. - V. 12 (6) - P. 279-87.

73. Hutson A.M., Atmar R.L., Graham D.Y., Estes M.K. // Norwalk virus infection and disease is associated with ABO histo-blood group type. J Infect Dis - 2002. -V. 185 (9)-P. 1335-7.

74. Hutson A.M., Atmar R.L., Marcus D.M., Estes M.K. // Norwalk virus-like particle hemagglutination by binding to h histo-blood group antigens. J Virol -2003.-V. 77 (1)-P. 405-15.

75. Ike A.C., Brockmann S.O., Hartelt K., Marschang R.E., Contzen M., Oehme R.M. // Molecular epidemiology of norovirus in outbreaks of gastroenteritis in southwest Germany from 2001 to 2004. J Clin Microbiol - 2006. - V. 44 (4) -P. 1262-7.

76. Isakbaeva E.T., Widdowson M.A., Beard R.S., Bulens S.N., Mullins J., Monroe S.S., Bresee J., Sassano P., Cramer E.H., Glass R.I. // Norovirus transmission on cruise ship. Emerg Infect Dis - 2005. - V. 11 (1) - P. 154-8.

77. Jiang X., Matson D.O., Ruiz-Palacios G.M., Hu J., Treanor J., Pickering L.K. // Expression, self-assembly, and antigenicity of a snow mountain agent-like calicivirus capsid protein. J Clin Microbiol - 1995. - V. 33 (6) - P. 1452-5.

78. Jiang X., Wang J., Graham D.Y., Estes M.K. // Detection of Norwalk virus in stool by polymerase chain reaction. J Clin Microbiol - 1992. - V. 30 (10) - P. 2529-34.

79. Jiang X., Wang M., Graham D.Y., Estes M.K. // Expression, self-assembly, and antigenicity of the Norwalk virus capsid protein. J Virol - 1992. - V. 66 (11) -P. 6527-32.

80. Kanerva M., Maunula L., Lappalainen M., Mannonen L., von Bonsdorff C.H., Anttila V.J. // Prolonged norovirus outbreak in a Finnish tertiary care hospital caused by GII.4-2006b subvariants. J Hosp Infect - 2009. - V. 71 (3) - P. 20613.

81. Kapikian A.Z. // Overview of viral gastroenteritis. Arch Virol Suppl - 1996. -V. 12-P. 7-19.

82. Kapikian A.Z., Wyatt R.G., Dolin R., Thornhill T.S., Kalica A.R., Chanock R.M. // Visualization by immune electron microscopy of a 27-nm particle associated with acute infectious nonbacterial gastroenteritis. J Virol - 1972. -V. 10 (5)-P. 1075-81.

83. Kaplan J.E., Feldman R., Campbell D.S., Lookabaugh C., Gary G.W. // The frequency of a Norwalk-like pattern of illness in outbreaks of acute gastroenteritis. Am J Public Health - 1982. - V. 72 (12) - P. 1329-32.

84. Karst S.M., Wobus C.E., Lay M., Davidson J., Virgin H.W.t. // STAT1-dependent innate immunity to a Norwalk-like virus. Science - 2003. - V.299 (5612)-P. 1575-8.

85. Kele B., Abrok M.P., Deak J. // Sporadic norovirus infections among hospitalized and non-hospitalized 0-3-year-old infants. Scand J Infect Dis -2009.- V. 41 (1)-P. 67-9.

86. Kim H.Y., Kwak I.S., Hwang I.G., Ko G. // Optimization of methods for detecting norovirus on various fruit. J Virol Methods - 2008. - V. 153 (2) - P. 104-10.

87. Kirkwood C.D., Bishop R.F. // Molecular detection of human calicivirus in young children hospitalized with acute gastroenteritis in Melbourne, Australia, during 1999. J Clin Microbiol - 2001. - V. 39 (7) - P. 2722-4.

88. Kojima S., Kageyama T., Fukushi S., Hoshino F.B., Shinohara M., Uchida K., Natori K., Takeda N., Katayama K. // Genogroup-specific PCR primers for detection of Norwalk-like viruses. J Virol Methods - 2002. - V. 100 (1-2) - P. 107-14.

89. Koonin E.V., Dolja V.V. // Evolution and taxonomy of positive-strand RNA viruses: implications of comparative analysis of amino acid sequences. Crit Rev Biochem Mol Biol - 1993. - V. 28 (5) - P. 375-430.

90. Koopmans M., Duizer E. // Foodborne viruses: an emerging problem. Int J Food Microbiol - 2004. - V. 90 (1) - P. 23-41.

91. Koopmans M., Vennema H., Heersma H., van Strien E., van Duynhoven Y., Brown D., Reacher M., Lopman B. // Early identification of common-source foodborne virus outbreaks in Europe. Emerg Infect Dis - 2003. - V.9 (9) - P. 1136-42.

92. Koopmans M., Vinje J., Duizer E., de Wit M., van Duijnhoven Y. // Molecular epidemiology of human enteric caliciviruses in The Netherlands. Novartis Found Symp - 2001. - V.238 - P. 197-214; discussion 214-8.

93. Koopmans M., von Bonsdorff C.H., Vinje J., de Medici D., Monroe S. // Foodborne viruses. FEMS Microbiol Rev - 2002. - V. 26 (2) - P. 187-205.

94. Kostela J., Ayers M., Nishikawa J., Mclntyre L., Petric M., Tellier R. // Amplification by long RT-PCR of near full-length norovirus genomes. J Virol Methods - 2008. - V. 149 (2) - P. 226-30.

95. Kuhn R.J., Tada H., Ypma-Wong M.F., Semler B.L., Wimmer E. // Mutational analysis of the genome-linked protein VPg of poliovirus. J Virol - 1988. - V. 62 (11)-P. 4207-15.

96. Lambden P.R., Caul E.O., Ashley C.R., Clarke I.N. // Sequence and genome organization of a human small round-structured (Norwalk-like) virus. Science -1993. - V. 259 (5094) - P. 516-9.

97. Lamothe G.T., Putallaz T., Joosten H., Marugg J.D. // Reverse transcription-PCR analysis of bottled and natural mineral waters for the presence of noroviruses. Appl Environ Microbiol - 2003. - V.69 (11) - P. 6541-9.

98. Le Guyader F.S., Mittelholzer C., Haugarreau L., Hedlund K.O., Alsterlund R., Pommepuy M., Svensson L. // Detection of noroviruses in raspberries associated with a gastroenteritis outbreak. Int J Food Microbiol - 2004. - V. 97 (2) - P. 179-86.

99. Le Pendu J., Ruvoen-Clouet N., Kindberg E., Svensson L. // Mendelian resistance to human norovirus infections. Semin Immunol - 2006. - V. 18 (6) -P. 375-86.

100. LeBaron C.W., Furutan N.P., Lew J.F., Allen J.R., Gouvea V., Moe C., Monroe S.S. // Viral agents of gastroenteritis. Public health importance and outbreak management. MMWR Recomm Rep - 1990. - V. 39 (RR-5) - P. 1-24.

101. Lewis D. // Norwalk agent and other small-round structured viruses in the U.K. -J Infect -1991. V. 23 (2) - P. 220-2.

102. Lindesmith L., Moe C., Marionneau S., Ruvoen N., Jiang X., Lindblad L., Stewart P., LePendu J., Baric R. // Human susceptibility and resistance to Norwalk virus infection. Nat Med - 2003. - V. 9 (5) - P. 548-53.

103. Liu B.L., Lambden P.R., Gunther H., Otto P., Elschner M., Clarke I.N. // Molecular characterization of a bovine enteric calicivirus: relationship to the Norwalk-like viruses. J Virol - 1999. - V. 73 (1) - P. 819-25.

104. Lochridge V.P., Jutila K.L., Graff J.W., Hardy M.E. // Epitopes in the P2 domain of norovirus VP1 recognized by monoclonal antibodies that block cell interactions. J Gen Virol - 2005. - V. 86 (Pt 10) - P. 2799-806.

105. Lodder W.J., Vinje J., van De Heide R., de Roda Husman A.M., Leenen E.J., Koopmans M.P. // Molecular detection of Norwalk-like caliciviruses in sewage. Appl Environ Microbiol - 1999. - V. 65 (12) - P. 5624-7.

106. Logan C., O'Leary J.J., O'Sullivan N. // Real-time reverse transcription PCR detection of norovirus, sapo virus and astro virus as causative agents of acute viral gastroenteritis. J Virol Methods - 2007. - V. 146 (1-2) - P. 36-44.

107. Lopman B.A., Adalc G.K., Reacher M.H., Brown D.W. // Two epidemiologic patterns of norovirus outbreaks: surveillance in England and wales, 1992-2000. -Emerg Infect Dis 2003. - V. 9 (1) - P. 71-7.

108. Lopman B.A., Reacher M.H., Van Duijnhoven Y., Hanon F.X., Brown D., Koopmans M. // Viral gastroenteritis outbreaks in Europe, 1995-2000. Emerg Infect Dis - 2003. - V. 9 (1) - P. 90-6.

109. Machin A., Martin Alonso J.M., Parra F. // Identification of the amino acid residue involved in rabbit hemorrhagic disease virus VPg uridylylation. J Biol Chem - 2001. - V. 276 (30) - P. 27787-92.

110. Maltezou H.C., Zafiropoulou A., Mavrikou M., Bozavoutoglou E., Liapi G., Foustoukou M., Kafetzis D.A. // Acute diarrhoea in children treated in an outpatient setting in Athens, Greece. J Infect - 2001. - V. 43 (2) - P. 122-7.

111. Maniloff J. // Identification and classification of viruses that have not been propagated. Arch Virol - 1995. - V. 140 (8) - P. 1515-20.

112. Mao Y., Zhu C., Boedeker E.C. // Foodborne enteric infections. Curr Opin Gastroenterol - 2003. - V. 19 (1) - P. 11-22.

113. Marcos L.A., DuPont H.L. // Advances in defining etiology and new therapeutic approaches in acute diarrhea. J Infect - 2007. - V. 55 (5) - P. 385-93.

114. Marie-Cardine A., Gourlain K., Mouterde O., Castignolles N., Hellot M.F., Mallet E., Buffet-Janvresse C. // Epidemiology of acute viral gastroenteritis in children hospitalized in Rouen, France. Clin Infect Dis - 2002. - V. 34 (9) - P. 1170-8.

115. Marshall J.A., Dimitriadis A., Wright P.J. // Molecular and epidemiological features of norovirus-associated gastroenteritis outbreaks in Victoria, Australia in 2001. J Med Virol - 2005. - V. 75 (2) - P. 321-31.

116. Martin Alonso J.M., Casais R., Boga J.A., Parra F. // Processing of rabbit hemorrhagic disease virus polyprotein. J Virol - 1996. - V. 70 (2) - P. 1261-5.

117. Marvin H.J.P., Kleter, G.A., Prandini, A., Dekkers, S., Bolton D.J. // Early identification systems for emerging foodborne hazards. Food and Chemical Toxicology - 2009. - V. 47 (5) - P. 915-926.

118. Maunula L., Von Bonsdorff C.H. // Norovirus genotypes causing gastroenteritis outbreaks in Finland 1998-2002. J Clin Virol - 2005. - V. 34 (3) - P. 186-94.

119. Mead P.S., Slutsker L., Dietz V., McCaig L.F., Bresee J.S., Shapiro C., Griffin P.M., Tauxe R.V. // Food-related illness and death in the United States. Emerg Infect Dis - 1999. - V. 5 (5) - P. 607-25.

120. Meeroff J.C., Schreiber D.S., Trier J.S., Blacklow N.R. // Abnormal gastric motor function in viral gastroenteritis. Ann Intern Med - 1980. - V. 92 (3) - P. 370-3.

121. Mohamed N., Belak S., Hedlund K.O., Blomberg J. // Experience from the development of a diagnostic single tube real-time PCR for human caliciviruses, Norovirus genogroups I and II. J Virol Methods - 2006. - V. 132 (1-2) - P. 6976.

122. Moreno-Espinosa S., Farkas T., Jiang X. // Human caliciviruses and pediatric gastroenteritis. Semin Pediatr Infect Dis - 2004. - V. 15 (4) - P. 237-45.

123. Mounts A.W., Ando T., Koopmans M., Bresee J.S., Noel J., Glass R.I. // Cold weather seasonality of gastroenteritis associated with Norwalk-like viruses. J Infect Dis - 2000. - V. 181 Suppl 2- P. S284-7.

124. Mulholland E.K. // Global control of rotavirus disease. Adv Exp Med Biol -2004.- V. 549-P. 161-8.

125. Murray C.J., Lopez A.D. // Mortality by cause for eight regions of the world: Global Burden of Disease Study. Lancet - 1997. - V. 349 (9061) - P. 1269-76.

126. Nayak A., Goodfellow I.G., Belsham G.J. // Factors required for the Uridylylation of the foot-and-mouth disease virus 3B1, 3B2, and 3B3 peptides by the RNA-dependent RNA polymerase (3Dpol) in vitro. J Virol - 2005. - V. 79 (12) - P. 7698-706.

127. Neill J.D. // Nucleotide sequence of a region of the feline calicivirus genome which encodes picornavirus-like RNA-dependent RNA polymerase, cysteine protease and 2C polypeptides. Virus Res - 1990. - V.17 (3) - P. 145-60.

128. Neill J.D., Mengeling W.L. // Further characterization of the virus-specific RNAs in feline calicivirus infected cells. Virus Res - 1988. - V. 11 (1) - P. 5972.

129. Noel J.S., Fankhauser R.L., Ando T., Monroe S.S., Glass R.I. // Identification of a distinct common strain of "Norwalk-like viruses" having a global distribution. J Infect Dis - 1999. - V. 179 (6) - P. 1334-44.

130. Okada M., Ogawa T., Kaiho I., Shinozaki K. // Genetic analysis of noroviruses in Chiba Prefecture, Japan, between 1999 and 2004. J Clin Microbiol - 2005. -V. 43 (9)-P. 4391-401.

131. Oliver S.L., Asobayire E., Dastjerdi A.M., Bridger J.C. // Genomic characterization of the unclassified bovine enteric virus Newbury agent-1 (Newbury 1) endorses a new genus in the family Caliciviridae. Virology - 2006. - V. 350 (1)-P. 240-50.

132. Pang X.L., Honma S., Nakata S., Vesikari T. // Human caliciviruses in acute gastroenteritis of young children in the community. J Infect Dis - 2000. - V. 181 Suppl 2- P. S288-94.

133. Pang X.L., Joensuu J., Vesikari T. // Human calicivirus-associated sporadic gastroenteritis in Finnish children less than two years of age followed prospectively during a rotavirus vaccine trial. Pediatr Infect Dis J - 1999. - V. 18 (5)-P. 420-6.

134. Pang X.L., Preiksaitis J.K., Lee B. // Multiplex real time RT-PCR for the detection and quantitation of norovirus genogroups I and II in patients with acute gastroenteritis. J Clin Virol - 2005. - V. 33 (2) - P. 168-71.

135. Papaventsis D.C., Dove W., Cunliffe N.A., Nakagomi O., Combe P., Grosjean P., Hart C.A. // Norovirus infection in children with acute gastroenteritis, Madagascar, 2004-2005. Emerg Infect Dis - 2007. - V. 13 (6) - P. 908-11.

136. Parashar U.D., Hummelman E.G., Bresee J.S., Miller M.A., Glass R.I. // Global illness and deaths caused by rotavirus disease in children. Emerg Infect Dis -2003. - V. 9 (5) - P. 565-72.

137. Park S.I., Jeong C., Kim H.H., Park S.H., Park S.J., Hyun B.H., Yang D.K., Kim S.K., Kang M.I., Cho K.O. // Molecular epidemiology of bovine noroviruses in South Korea. Vet Microbiol - 2007. - V. 124 (1-2) - P. 125-33.

138. Park Y., Cho Y.H., Jee Y., Ko G. // Immunomagnetic separation combined with real-time reverse transcriptase PCR assays for detection of norovirus in contaminated food. Appl Environ Microbiol - 2008. - V. 74 (13) - P. 4226-30.

139. Parker S., Cubitt D., Jiang J.X., Estes M. // Efficacy of a recombinant Norwalk virus protein enzyme immunoassay for the diagnosis of infections with Norwalk virus and other human "candidate" caliciviruses. J Med Virol - 1993. - V. 41 (3)-P. 179-84.

140. Paul A.V., Peters J., Mugavero J., Yin J., van Boom J.H., Wimmer E. // Biochemical and genetic studies of the VPg uridylylation reaction catalyzed by the RNA polymerase of poliovirus. J Virol - 2003. - V. 77 (2) - P. 891-904.

141. Pfister T., Wimmer E. // Polypeptide p41 of a Norwalk-like virus is a nucleic acid-independent nucleoside triphosphatase. J Virol - 2001. - V. 75 (4) - P. 1611-9.

142. Phan T.G., Kaneshi K., Ueda Y., Nakaya S., Nishimura S., Yamamoto A., Sugita K., Takanashi S., Okitsu S., Ushijima H. // Genetic heterogeneity, evolution, and recombination in noroviruses. J Med Virol - 2007. - V. 79 (9) -P. 1388-400.

143. Phan T.G., Trinh Q.D., Yagyu F., Sugita K., Okitsu S., Muller W.E., Ushijima H. // Outbreak of sapovirus infection among infants and children with acute gastroenteritis in Osaka City, Japan during 2004-2005. J Med Virol - 2006. -V. 78 (6) - P. 839-46.

144. Phan T.G., Yagyu F., Kozlov V., Kozlov A., Okitsu S., Muller W.E., Ushijima H. // Viral gastroenteritis and genetic characterization of recombinant norovirus circulating in Eastern Russia. Clin Lab - 2006. - V. 52 (5-6) - P. 247-53.

145. Prasad B.V., Hardy M.E., Dokland T., Bella J., Rossmann M.G., Estes M.K. // X-ray crystallographic structure of the Norwalk virus capsid. Science - 1999. -V. 286 (5438)-P. 287-90.

146. Prasad B.V., Rothnagel R., Jiang X., Estes M.K. // Three-dimensional structure of baculovirus-expressed Norwalk virus capsids. J Virol - 1994. - V. 68 (8) -P. 5117-25.

147. Pringle C.R. // The universal system of virus taxonomy of the International Committee on Virus Taxonomy (ICTV), including new proposals ratified since publication of the Sixth ICTV Report in 1995. Arch Virol - 1998. - V. 143 (1) -P. 203-10.

148. Qiao H., Nilsson M., Abreu E.R., Hedlund K.O., Johansen K., Zaori G., Svensson L. // Viral diarrhea in children in Beijing, China. J Med Virol - 1999.- V. 57 (4) P. 390-6.

149. Reuter G., Biro H., Szucs G. // Enteric caliciviruses in domestic pigs in Hungary.- Arch Virol 2007. - V. 152 (3) - P. 611-4.

150. Reuter G., Pankovics P., Szucs G. // Genetic drift of norovirus genotype GII-4 in seven consecutive epidemic seasons in Hungary. J Clin Virol - 2008. - V. 42 (2)-P. 135-40.

151. Reuter G., Vennema H., Koopmans M., Szucs G. // Epidemic spread of recombinant noroviruses with four capsid types in Hungary. J Clin Virol -2006.-V. 35(1)-P. 84-8.

152. Rockx B., De Wit M., Vennema H., Vinje J., De Bruin E., Van Duynhoven Y., Koopmans M. // Natural history of human calicivirus infection: a prospective cohort study. Clin Infect Dis - 2002. - V. 35 (3) - P. 246-53.

153. Rohayem J., Munch J., Rethwilm A. // Evidence of recombination in the norovirus capsid gene. J Virol - 2005. - V. 79 (8) - P. 4977-90.

154. Rohayem J., Robel I., Jager K., Scheffler U., Rudolph W. // Protein-primed and de novo initiation of RNA synthesis by norovirus 3Dpol. J Virol - 2006. - V. 80 (14) - P. 7060-9.

155. Rolfe K.J., Parmar S., Mururi D., Wreghitt T.G., Jalal H., Zhang H., Curran M.D. // An internally controlled, one-step, real-time RT-PCR assay for norovirus detection and genogrouping. J Clin Virol - 2007. - V. 39 (4) - P. 318-21.

156. Roman E., Negredo A., Dalton R.M., Wilhelmi I., Sanchez-Fauquier A. // Molecular detection of human calicivirus among Spanish children with acute gastroenteritis. J Clin Microbiol - 2002. - V. 40 (10) - P. 3857-9.

157. Sakai Y., Nakata S., Honma S., Tatsumi M., Numata-Kinoshita K., Chiba S. // Clinical severity of Norwalk virus and Sapporo virus gastroenteritis in children in Hokkaido, Japan. Pediatr Infect Dis J - 2001. - V. 20 (9) - P. 849-53.

158. Sanchez-Fauquier A., Wilhelmi I., Roman E., Colomina J., Montero V., Negredo A. // Surveillance of human calicivirus in Spain. Emerg Infect Dis -2005.-V. 11 (8)-P. 1327-9.

159. Schaub S.A., Oshiro R.K. // Public health concerns about caliciviruses as waterborne contaminants. J Infect Dis - 2000. - V. 181 Suppl 2- P. S374-80.

160. Schreiber D.S., Blacklow N.R., Trier J.S. // The mucosal lesion of the proximal small intestine in acute infectious nonbacterial gastroenteritis. N Engl J Med1973.- V. 288 (25)-P. 1318-23.

161. Schreiber D.S., Blacklow N.R., Trier J.S. // The small intestinal lesion induced by Hawaii agent acute infectious nonbacterial gastroenteritis. J Infect Dis1974.- V. 129 (6)-P. 705-8.

162. Seah E.L., Gunesekere I.C., Marshall J.A., Wright P.J. // Variation in ORF3 of genogroup 2 Norwalk-like viruses. Arch Virol - 1999. - V. 144(5) - P. 1007-14.

163. Seymour I.J., Appleton H. // Foodborne viruses and fresh produce. J Appl Microbiol - 2001. - V. 91 (5) - P. 759-73.

164. Shin G.A., Sobsey M.D. // Reduction of Norwalk virus, poliovirus 1, and bacteriophage MS2 by ozone disinfection of water. Appl Environ Microbiol -2003.- V. 69 (7)-P. 3975-8.

165. Siebenga J.J., Vennema H., Renckens B., de Bruin E., van der Veer B., Siezen R.J., Koopmans M. // Epochal evolution of GGII.4 norovirus capsid proteins from 1995 to 2006. J Virol - 2007. - V. 81 (18) - P. 9932-41.

166. Sinclair M.I., Hellard M.E., Wolfe R., Mitakakis T.Z., Leder K., Fairley C.K. // Pathogens causing community gastroenteritis in Australia. J Gastroenterol Hepatol - 2005. - V. 20 (11) - P. 1685-90.

167. Steele A.D., Ivanoff B. // Rotavirus strains circulating in Africa during 19961999: emergence of G9 strains and P6. strains. Vaccine - 2003. - V. 21 (5-6) -P. 361-7.

168. Sugieda M., Nagaoka H., Kakishima Y., Ohshita T., Nakamura S., Nakajima S. // Detection of Norwalk-like virus genes in the caecum contents of pigs. Arch Virol - 1998.-V. 143 (6)-P. 1215-21.

169. Sugieda M., Nakajima K., Nakajima S. // Outbreaks of Norwalk-like virus-associated gastroenteritis traced to shellfish: coexistence of two genotypes in one specimen. Epidemiol Infect - 1996. - V. 116 (3) - P. 339-46.

170. Tacket C.O. // Plant-based vaccines against diarrheal diseases. Trans Am Clin Climatol Assoc - 2007. - V. 118 - P. 79-87.

171. Tan M., Hegde R.S., Jiang X. // The P domain of norovirus capsid protein forms dimer and binds to histo-blood group antigen receptors. J Virol - 2004. - V. 78 (12) - P. 6233-42.

172. Tan M., Huang P., Meller J., Zhong W., Farkas T., Jiang X. // Mutations within the P2 domain of norovirus capsid affect binding to human histo-blood group antigens: evidence for a binding pocket. J Virol - 2003. - V. 77 (23) - P. 12562-71.

173. Thapar N., Sanderson I.R. // Diarrhoea in children: an interface between developing and developed countries. Lancet - 2004. - V. 363(9409) - P. 641-53.

174. Thornton A.C., Jennings-Conklin K.S., McCormick M.I. // Noroviruses: agents in outbreaks of acute gastroenteritis. Disaster Manag Response - 2004. - V. 2 (1)-P. 4-9.

175. Torner N., Dominguez A., Ruiz L., Martinez A., Bartolome R., Buesa J., Ferrer M.D., Catalan Viral Gastroenteritis Study G. // Acute gastroenteritis outbreaks in

176. Catalonia, Spain: norovirus versus Salmonella. Scand J Gastroenterol - 2008. -V. 43 (5) - P. 567-73.

177. Tsang O.T., Wong A.T., Chow C.B., Yung R.W., Lim W.W., Liu S.H. // Clinical characteristics of nosocomial norovirus outbreaks in Hong Kong. J Hosp Infect - 2008. - V. 69 (2) - P. 135-40.

178. Tseng F.C., Leon J.S., MacCormack J.N., Maillard J.M., Moe C.L. // Molecular epidemiology of norovirus gastroenteritis outbreaks in North Carolina, United States: 1995-2000. J Med Virol - 2007. - V. 79 (1) - P. 84-91.

179. Turcios R.M., Widdowson M.A., Sulka A.C., Mead P.S., Glass R.I. // Réévaluation of epidemiological criteria for identifying outbreaks of acute gastroenteritis due to norovirus: United States, 1998-2000. Clin Infect Dis -2006. - V. 42 (7) - P. 964-9.

180. Vinje J., Altena S.A., Koopmans M.P. // The incidence and genetic variability of small round-structured viruses in outbreaks of gastroenteritis in The Netherlands. J Infect Dis - 1997. - V. 176 (5) - P. 1374-8.

181. Vinje J., Green J., Lewis D.C., Gallimore C.I., Brown D.W., Koopmans M.P. // Genetic polymorphism across regions of the three open reading frames of "Norwalk-like viruses". Arch Virol - 2000. - V. 145 (2) - P. 223-41.

182. Vinje J., Hamidjaja R.A., Sobsey M.D. // Development and application of a capsid VP1 (region D) based reverse transcription PCR assay for genotyping of genogroup I and II noroviruses. J Virol Methods - 2004. - V. 116 (2) - P. 10917.

183. Vinje J., Koopmans M.P. // Molecular detection and epidemiology of small round-structured viruses in outbreaks of gastroenteritis in the Netherlands. J Infect Dis - 1996. - V. 174 (3) - P. 610-5.

184. Vinje J., Koopmans M.P. // Simultaneous detection and genotyping of "Norwalk-like viruses" by oligonucleotide array in a reverse line blot hybridization format. J Clin Microbiol - 2000. - V. 38 (7) - P. 2595-601.

185. Wang J., Jiang X., Madore H.P., Gray J., Desselberger U., Ando T., Seto Y., Oishi I., Lew J.F., Green K.Y., et al. // Sequence diversity of small, round-structured viruses in the Norwalk virus group. J Virol - 1994. - V. 68 (9) - P. 5982-90.

186. Wang Q.H., Han M.G., Cheetham S., Souza M., Funk J.A., Saif L.J. // Porcine noroviruses related to human noroviruses. Emerg Infect Dis - 2005. - V. 11 (12)-P. 1874-81.

187. Waters A., Coughlan S., Hall W.W. // Characterisation of a novel recombination event in the norovirus polymerase gene. Virology - 2007. - V. 363 (1) - P. 11-4.

188. White L.J., Ball J.M., Hardy M.E., Tanaka T.N., Kitamoto N., Estes M.K. // Attachment and entry of recombinant Norwalk virus capsids to cultured human and animal cell lines. J Virol - 1996. - V. 70 (10) - P. 6589-97.

189. White P.A., Hansman G.S., Li A., Dable J., Isaacs M., Ferson M., Mclver C.J., Rawlinson W.D. // Norwalk-like virus 95/96-US strain is a major cause of gastroenteritis outbreaks in Australia. J Med Virol - 2002. - V. 68 (1) - P. 1138.

190. Widerlite L., Trier J.S., Blacklow N.R., Schreiber D.S. // Structure of the gastric mucosa in acute infectious bacterial gastroenteritis. Gastroenterology - 1975. -V. 68 (3) - P. 425-30.

191. Wilhelmi I., Roman E., Sanchez-Fauquier A. // Viruses causing gastroenteritis. -Clin Microbiol Infect 2003. - V. 9 (4) - P. 247-62.

192. Wolf S., Williamson W., Hewitt J., Lin S., Rivera-Aban M., Ball A., Scholes P., Savill M., Greening G.E. // Molecular detection of norovirus in sheep and pigs in New Zealand farms. Vet Microbiol - 2008.

193. Wolfaardt M., Taylor M.B., Booysen H.F., Engelbrecht L., Grabow W.O., Jiang X. // Incidence of human calicivirus and rotavirus infection in patients with gastroenteritis in South Africa. J Med Virol - 1997. - V. 51 (4) - P. 290-6.

194. Woode G.N., Bridger J.C. // Isolation of small viruses resembling astroviruses and caliciviruses from acute enteritis of calves. J Med Microbiol - 1978. - V. 11 (4)-P. 441-52.

195. Wright P.J., Gunesekere I.C., Doultree J.C., Marshall J.A. // Small round-structured (Norwalk-like) viruses and classical human caliciviruses in southeastern Australia, 1980-1996. J Med Virol - 1998. - V. 55 (4) - P. 312-20.

196. Wu F.T., Oka T., Katayama K., Wu H.S., Donald Jiang D.S., Miyamura T., Takeda N., Hansman G.S. // Genetic diversity of noroviruses in Taiwan between November 2004 and March 2005. Arch Virol - 2006. - V. 151 (7) - P. 1319-27.

197. Xi J.N., Graham D.Y., Wang K.N., Estes M.K. // Norwalk virus genome cloning and characterization. Science - 1990. - V. 250 (4987) - P. 1580-3.

198. Xu J., Yang Y., Sun J., Ding Y. // Molecular epidemiology of norovirus infection among children with acute gastroenteritis in Shanghai, China, 2001-2005.-J Med Virol-2009. V. 81 (10)-P. 1826-30.

199. Zahorsky J. // Hyperemesis hiemis or thewinter vomiting disease. Arch Pediatr - 1929.-V. 46-P. 391-395.

200. Zheng D.P., Ando T., Fankhauser R.L., Beard R.S., Glass R.I., Monroe S.S. // Norovirus classification and proposed strain nomenclature. Virology - 2006. -V. 346 (2)-P. 312-23.

Информация о работе

Боднев, Сергей Александрович
кандидата медицинских наук
Кольцово, 2009
ВАК 03.00.06

Диссертация

Молекулярно-эпидемиологическое исследование норовирусной инфекции у детей раннего возраста Новосибирска - тема диссертации по биологии, скачайте бесплатно

Автореферат

Похожие работы