Молекулярная структура и полиморфизм микросателлитных локусов у однополых и двуполых видов рептилий рода Darevskia

Вергун, Андрей Александрович

Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему
Молекулярная структура и полиморфизм микросателлитных локусов у однополых и двуполых видов рептилий рода Darevskia
ВАК РФ 03.00.04, Биохимия

Автореферат диссертации по теме "Молекулярная структура и полиморфизм микросателлитных локусов у однополых и двуполых видов рептилий рода Darevskia"

003477440

На правах рукописи

ВЕРГУН Андрей Александрович

МОЛЕКУЛЯРНАЯ СТРУКТУРА И ПОЛИМОРФИЗМ МИКРОСАТЕЛЛИТНЫХ ЛОКУСОВ У ОДНОПОЛЫХ И ДВУПОЛЫХ ВИДОВ РЕПТИЛИЙ РОДА 1)АКЕ\^К1А

Специальность 03.00.04 - биохимия

03.00.03 - молекулярная биология

2 4 СЕН 21

АВТОРЕФЕРАТ

диссертации на соискание учёной степени кандидата биологических наук

Москва - 2009

003477440

Работа выполнена на кафедре органической и биологической химии биолого-химического факультета Московского педагогического государственного университета и в лаборатории организации генома Учреждения Российской академии наук «Институт биологии гена РАН».

Научные руководители:

доктор биологических наук, профессор доктор биологических наук, профессор, член-корр. РАН

Севастьянова Галина Андреевна Рысков Алексей Петрович

Официальные оппоненты:

доктор биологических наук

доктор биологических наук, профессор

Топунов Алексей Фёдорович Носиков Валерий Вячеславович

Ведущая организация: Учреждение Российской академии наук «Институт молекулярной биологии им. В. А. Энгельгардта РАН»

Защита состоится «19» октября 2009 г. в / Ч час. мин. на заседании

диссертационного совета Д 212.154.17 при Московском педагогическом государственном университете по адресу: 129164, г. Москва, ул. Кибальчича, д. 6, корп. 3 (учебный корпус № 5), ауд. 506.

С диссертацией можно ознакомиться в библиотеке Московского педагогического государственного университета по адресу: 119992, г. Москва, ГСП - 2, ул. Малая Пироговская, д. 1.

Автореферат разослан «$> сентября 2009 года.

Учёный секретарь /у/1

диссертационного совета /У^^^ Холмогорова Н. В.

ОБЩАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА РАБОТЫ Актуальность проблемы

Гипервариабельные тандемные повторы эукариотических геномов являются универсальной системой молекулярных маркёров, широко используемой в популяционной и эволюционной биологии, геномном маркировании, а также в медико-генетических исследованиях [Jeffreys et al, 1995; Рысков, 1999]. Эти повторы относятся к наиболее нестабильным участкам геномов эукариот, обнаруживая максимально высокие скорости мутаций, известные для генетических локусов [Bois et al., 1998; Ellegren, 2000]. Исследования индивидуальных мини- и микросателлитных локусов показали, что изменения, происходящие в них, по-видимому, весьма разнообразны и зависят от вида живых организмов, типа повторов, аллелей, а также возраста и пола.

Однако до сих пор мало известно о природе генетической нестабильности, аллельной структуре, уровне и природе мутаций мини- и микросателлитных локусов у видов с клональной структурой популяций. Клональные виды (партеногенетические и гиногенетические), система размножения которых исключает рекомбинацию с мужским геномом, являются уникальными объектами для мониторинга генетической изменчивости в локусах с повышенной мутационной активностью [Даревский, 1993; Ryskov, 2008].

Для понимания природы мутационных изменений, происходящих в геномах партеновидов, необходимо выделение и изучение индивидуальных микросателлитсодержащих локусов. Для этого ранее в лаборатории была получена клонотека геномной ДНК партеногенетической ящерицы D. unisexualis и отобраны клоны, содержащие различные типы микросателлитов [Корчагин и др., 2004; Корчагин и др., 2004а].

Цель и задачи исследования

Цель работы - молекулярно-генетическая характеристика микросателлитных локусов в геномах партеногенетических (D. armeniaca, D. dahli, D. rostombekowi) и двуполых (D. valentini, D. mixta, D. portschinskii, D. raddei) видов Кавказских скальных ящериц рода Darevskict (семейство Lacertidae).

Для достижения указанной цели в работе решались следующие задачи:

1. Изучение полиморфизма и структурный анализ локусов Du215, Du281, Du323 и их аллельных вариантов, содержащих (GATA)n, в популяциях партеновидов D. armeniaca, D. dahli, D. rostombekowi.

2. Изучение полиморфизма и структурный анализ аллельных вариантов локусов Du215, Du281, Du323, содержащих (GATA)n, у бисексуальных видов D. valentini, D. mixta, D. portschinskii, D. raddei.

Научная новизна работы

Впервые получены оценки популяционного полиморфизма у партеногенетических видов ящериц рода Darevskia (семейство Lacertidae) по трём микросателлитным локусам (Du215, Du281, Du323). Определена молекулярная структура аллелей трёх микросателлитных локусов (Du215, Du281, Du323) у

партеногенетических и двуполых видов. Установлено наследование выявленных аллельных вариантов от двуполых родительских видов (D. mixta, D. valentini, D. raddei и D. portschinskii), а также выявлены сходные структурные элементы у аллелей изученных локусов D. armeniaca, D. dahli и D. rostombekowi.

Практическое значение работы

Данные о структуре участков ядерного генома могут использоваться для геномного маркирования рептилий, в сравнительной и эволюционной геномике однополых и двуполых видов рептилий, а также для мониторинга генетической изменчивости в локусах с повышенной мутационной активностью. Результаты исследования могут найти применение при решении отдельных проблем биобезопасности и экологии, для охраны однополых видов позвоночных, оценке геномных различий у животных, клонированных лабораторным путём. Результаты могут быть использованы для изучения изменчивости видов и их генетического разнообразия в профильных лабораториях. Материалы могут войти в лекционные курсы для студентов ВУЗов и в методические пособия.

Апробация работы

Материалы диссертации были представлены на следующих конференциях: семинары «Современные проблемы биохимии и молекулярной биологии» кафедры органической и биологической химии МПГУ (Москва, 2006-2009 гг.), Ежегодная межвузовская студенческая конференция МПГУ (Москва, 2006 г.), Международная конференция «Генетика в России и Мире» (Москва, 2006 г.), XVIII, XX, XXI зимние международные молодёжные научные школы «Перспективные направления физико-химической биологии и биотехнологии» (Москва, 2006, 2008, 2009 гг.), 14-й Европейский конгресс по герпетологии (Португалия, 2007 г.), Отчётная конференция по программе «Динамика генофондов» (Москва, 2008 г.).

Публикации

По теме диссертации опубликовано 10 печатных работ, из них 4 статьи и 6 тезисов докладов и материалов конференций.

Объём и структура работы

Диссертация изложена на 143 страницах машинописного текста и состоит из следующих частей: введение, обзор литературы, материалы и методы исследования, результаты, обсуждение результатов, выводы и список литературы. Библиография включает в себя 257 источников. Работа проиллюстрирована 51 рисунком и 24 таблицами.

СОДЕРЖАНИЕ РАБОТЫ

Объекты и методы исследования

В экспериментальной работе исходным материалом была кровь (консервант -0,05 М раствор ЭДТА (рН 8,0)), полученная от взрослых особей партеногенетических (D. armeniaca, D. dahli, D. rostombekowi) и двуполых (D. raddei, D. portschinskii,

D. valentini, D. mixta) видов ящериц рода Darevskia, отловленных на территории Армении, Грузии и Украины,

Исследование проводили следующими методами молекулярной биологии и биохимии нуклеиновых кислот: выделение геномной ДНК из крови, локус-специфическая полимеразная цепная реакция (ПЦР), электрофорез ПЦР-продуктов r агарозном и полиакриламидном гелях (ПААГ), саузерн-гибридизация, элюция ДНК из геля и секвенирование ПЦР-продуктов. Полученные результаты обрабатывали с помощью компьютерных программ пакета DNASTAR [пс. Последовательности ДНК разных особей выравнивали с использованием алгоритма Clustal W программы MegAIign 4.05 из пакета программ DNASTAR Inc.

Результаты и нх обсуждение

Анализ внутривидового полиморфизма партеновидов рода Darevskia по локусам Du2) 5. Du28l и Du323 С помощью локус-специфического ПЦР-анализа, используя пары праймеров, подобранные для локусов Dii2I5, Du2l8 и Du323 D. unisexualis, изучен аллельный полиморфизм ортологичных локусов в популяциях партеновидов D. armeniaca (129особей из 15 популяций), Ddahli (111 особей из шести популяций), D. roslombekuw! (42 особи из четырёх популяций) и у двуполых родительских видов D. mixta. D. valentini, D. portschinskii, D raddei. Аллельные варианты локусов были секвенированы, определены их различия на уровне первичной структуры ДНК и установлено наследование от двуполых родительских видов.

На рисунке I, в качестве примера, представлены результаты по выявлению аллельных вариантов локуса Du281(arm) в популяциях паргеногенетического вида D. armeniaca.

П.О.

Ml 3 5 7 9 II 13 15

250- « <¿ а.2

200— ta* . а4

Рисунок 1 - Электрофорез в 8% неденатурирующем ПААГ продуктов амплификации локуса Du281 (arm) образцов ДНК D. armeniaca из популяций: Артик (1-3), Лчашен (4), Лчап (5), Семеновский перевал (6, 7), Кучак (8-1 I),

Алаверды (i 2, 13),Сотк([4, 15). а!-а4 - аллельные варианты Du281 (arm) I-Du28 l(ai'm)4 локуса Du281(arm). Маркёр молекулярного веса 50 bp Ladder («Fermentas») с шагом 50 п.н.

Оказалось, что практически все исследованные особи трех партеновидов были гетерозиготны по локусам Du215. Du281 и Du323, и в популяциях они представлены несколькими аллельными вариантами, различающимися по электрофоре™ческой

подвижности продуктов амплификации. Исследованные популяции отличались между собой по встречаемости этих аллельных вариантов и их сочетаниям.

В качестве примера, в таблице 1 приведены данные по встречаемости аллельных вариантов изученных микросателлитных локусов в популяциях партеновида £). (1аИИ.

Таблица 1 - Встречаемость аллельных вариантов трёх микросателлитных локусов в популяциях партеновида Р. ¿акН_

Популяция Аллельные варианты микросателлитных локусов*

Би215(с1аЫ0 Би281((1аЫ1) Ои323((МН)

Ваагни аЗ, (14, <15, с16, (17 (11,(12,(13,(14, (16 (12, ёЗ

Дендропарк (11,(12, (13, (16 (11,(14, (15 (П, ¿2, аз

Папанино (13, (15, (16 (И, (14, <16 ¿¡,¿2, аз

Дзорагет (13, (16 ¿1,64 аг, аз

Фиолетово (13, <16 6], ¿4 (П, аз

Шагали (13,(16 (11,(14 (И.аг, аз

*с11—<17 - аллельные варианты микросателлитных локусов Ви215((1аЫ0, Ои281 (скИН) и Ои323(с1аЬН).

Согласно этим данным, наиболее полиморфными являются популяции Ваагни и Дендропарк.

Известно, что однополые ящерицы могут обитать в более засушливых высокогорных районах и в менее приспособленных для обитания условиях, чем двуполые виды. Как правило, это районы с повышенным радиоактивным фоном и довольно высокой сейсмической активностью, где на поверхность возможны небольшие выходы токсичных веществ. Например, было отмечено, что в зонах повышенной сейсмической активности чаще возникают межвидовые гибриды как между двуполыми видами, так и между двуполыми и партеногенетическими видами [Асланян, 2004].

Полученные нами данные по полиморфизму микросателлитных локусов находятся в соответствии с концепцией о существовании корреляции между уровнем сейсмичности района и уровнем морфологической и генетической изменчивости животных и растений. Выявленные нами межпопуляционные различия по встречаемости аллельных вариантов могут объясняться различными экологическими условиями обитания популяций, приводящими к накоплению мутаций в некодирующей области генома.

Наиболее чётко это проявляется на партеногенетическом виде £). с/аИИ: именно более полиморфные популяции (Ваагни, Дендропарк) обитают в зонах с повышенной сейсмичностью. Можно предположить, что повышенная изменчивость в некоторых популяциях изученных партеновидов может быть спровоцирована выбросами химических мутагенов, что характерно для зон с повышенной сейсмичностью, так как известно, что активные сейсмические разломы являются зонами глубинной химии.

Сравнительный анализ структуры аллелей локусов Du215. Du281 и Du323 у партеновидов рода Darevskia и их ортологов у двуполых родительских видов Для изучения молекулярной природы аллельного полиморфизма локусов Du215, Du281 и Du323 в популяциях партеновидов было проведено секвенирование ПЦР-продуктов соответствующих аллельных вариантов.

Аллельные варианты всех трёх микросателлитных локусов отличаются друг от друга точковыми мутациями типа транзиций и трансверсий, расположенными на фиксированных расстояниях от микросателлитного кластера, а также размером и строением микросателлитного кластера. При этом точковые мутации образуют различные сочетания - гаплотипы, характерные для определённых аллелей.

По сочетанию структуры микросателлитного кластера с точковыми заменами, выявленные аллельные варианты можно разделить на несколько групп (таблицы 2-4). Это может говорить о едином происхождении аллелей одной группы.

Поскольку партеновиды рода Darevskia возникли в результате межвидовой гибридизации, и практически все особи являются гетерозиготами по трём исследованным локусам, то один аллельный вариант должен перейти от материнского вида, а другой - от отцовского. В связи с этим, был проведён ПЦР-анализ тех же локусов на ДНК родительских видов (данные не приведены). Полученные амплификанты были секвенированы. На рисунке 2, в качестве типичного примера, показаны характерные особенности аллелей локуса Du281(arm) партеновида D. armeniaca от его родительских видов D. mixta и D. valentini. Видно, что аллели с гаплотипом C-G-T наследованы партеновидом от «материнского» вида D. mixta, а аллели с гаплотипом C-G-C - от «отцовского» двуполого вида D. valentini.

О. armeniaca

229 Du281(aim)1 ......С......G...... (GGTA)(GATA)10(GAT)(GATA)(GGTA)2(GAT)(GATA)4..........Т.....

225 Du281(arm)2 ......С......G...... (GGTA)(GATA)9 (GAT)(GATA)(GGTA)2(GAT)(GATA)4..........T.....

187 Du2S1(arm)3 ......С......G...... .... (GATA)9......................................................................С.....

183 Du281(arm)4 ......С......G...... .... (GATA)8......................................................................С.....

D. mixta (l)

221 Du281(mixta)1 ......С......G............(GGTA)(GATA)a(GAT)(GATA)(GGTA)2(GAT)(GATA)4..........T.....

D. valentinUt .)

196 Du281(va!)1 .....T......A.............. (GATA)8 (GAT)(GATA)(TA)(GATA)............................T.....

195 Du281(val)2 .....С......G.............. (GATA),,.....................................................................С.....

187 Du281(vat)3 .....С......G.............. (GATA)9.....................................................................С.....

Рисунок 2 - Сравнение структурных особенностей четырёх аллельных вариантов локуса Du28l(arm) партеновида A armeniaca с нуклеотидными последовательностями аллельных вариантов локусов Du281 (mixta) и Du281(val) у двуполых родительских видов D. mixta и D. valentini. Однонуклеотидные замены выделены красным, зелёным и синим цветами

Аналогичные данные по наследованию аллелей, подтверждающие схемы происхождения партеновидов, были получены по другим локусам для всех исследованных партеновидов и их двуполых родительских видов.

Молекулярная природа аллельного полиморфизма микросателлитных локусов в популяциях однополых (Р. armeniaca, D. dahli и P. rosiombekowi) и двуполых родительских (P. mixta. P. valentini, D. portschinskii и P. raddei) видов рода

Darevskia

Нами получена подробная молекулярно-генетичеекая характеристика трёх микросателлитных локусов (Du215, Du281 и Du323) и их аллельных вариантов у ряда однополых и двуполых видов рода Darevskia, При рассмотрении структурных характеристик аллелей этих локусов у партеногенетических видов (Р. armeniaca, D. dahli и P. rosiombekowi) можно отметить две закономерности:

1) сочетание сходных по структуре микросателлитов с определёнными точковыми мутациями вне кластера;

2) существование сходных по структурным характеристикам аллелей у разных партеновидов. Обе закономерности отражают генетическое родство партеновидов -как результат гибридизации в разных сочетаниях одних и тех же двуполых видов [MacCulloch et а!., 1995].

Сравнительная характеристика аллельных вариантов локуса Du215 и их происхождение у трёх парте ¡нон идо в рода Darevskia На рисунке 3 представлены данные но характеристике аллелей локуса Du2 [ 5 в популяциях ipes партеновидов. Видно, что выявленные аллели различаются по структуре и размеру ми кро сателлит но го кластера и точковыми мутациями в прилежащей к кластеру ДНК. Сочетание точковых мутаций (нуклеотидных замен) вне ми кро сателлита образует гаплотип, специфичный для каждого аллеля партеновидов D. armeniaca, D. dahli и P. rostombekowi. Видно, что гаплотип T-G-C встречается у партеновидов D. armeniaca и D. dahli. Сочетание точковых замен А-С-С является общим у D. dahli и D. rostombekowi. Однако в случае D. rostombekowi это сочетание нельзя считать гаплогипическим маркёром, так как оно является общим для всех выявленных аллельных вариантов и может свидетельствовать только об общем происхождении аллельных вариантов локусов Du215{rost) и Du215(dahli),

^.аяпепйса Группа

Dt^15(aimi1 2Э6 ....... ....Т Ci............<GATXGACAKGAMi,(GACAMGATA)......... (GWO...... А

Du2l5larmi2 2Э2 .....т......-G......■:. .....(GATKGACAKGATA),CGACA),(GATA)....... (GCAA).....4

Du215tarm)3 192 ....... ...A . C....„T . (OATKGATAV............................... ....„„_ с

CL<ЙМ Du215flJeM>l 2SB DuilitiJW)! 313 Oo2t5tfaHf}3 24 '■ -Du215idahH)<i 232 Dti215fdahtil5 232 Du215tfBWrJS 25$ Doi?5ftia»]7 IK ......

D, ibstombetBM

Dtl215(ioittJ 256 - .....A.....С.. С

Dtt215{ntst)2 252 ■ .....A.....С U

f SfruiNJ 250 ........A.....С......Q

Du2«ii°sr!4 2« ................c_....C

Oir2J5iiwft5 227 ........ ....A.....C....,C

.... T . ......<GAT)(GACA)(GATA)„(i;ACA),(CATAI

.. (GAIKGACAKGAIA), ,GACA):ieATAI

.....T......G........(GATKGACAJ(GATA) (GACA) .(GATA!

.....'......G......i ......(GATKGACAXGA7A): JGACA),(GATA)

А С___с .....<GA7J(GA7"A:

(GCAA)..............A

ISCA4.__A

(GCAA)----------A

(GCAA)------A

(GCAA),............„

A , C......C . . iGAT)(GATA),„. (GCAA).. .

.._. A.....С......Г .....(GADfGATAJl.......................................... ______c

....(GAMGATA),,..............................................................................................(GCAA),............в

....(GATHGATA^—..........................................(ОСАМ,, . в

... .(GATKGAfA)........-..................................(GCAA),.. д

....(GATXGATA),____________________________________________(GCAA)----------B

(GAWJAWGATIIGATA),.....................(GCAA)................p

Рисунок 3 - Структурные характеристики аллельных вариантов микросател.читного локуса Эи215 трёх партеновидов рода РагеузШа. Нуклеотидные замены выделены зелёным, красным и синим цветами. Вставка динуклеотида ТТ выделена оранжевым

цветом

Аллель Длина (п.о.) Последовательность микросателлитного кластера (мкс) Фиксированные нуклеотидные замены на флангах Гаплотип (мутации) Гапло-группа

мкс1* -58 -38 -19

Du215(arm)l 236 5' (ОАТ)(САСА)(ОАТА)8(ОАСА)5(ОАТА)(аСАА) 3' Т G С T-G-C 1

Du215(arm)2 232 5' (ОАТ)(ОАСА)(САТА)7(САСА)5(ОАТА)(ОСАА) 3' Т G С T-G-C I

Du215(arm)3 192 5' (САТ)(ОАТА)5 3' А С Т А-С-Т 11

MKCl мкс2 +15

Du281(arm)l 229 5' (СА)2 (GGTA)(GATA),O(GAT)(GATA)(GGTA)2(GAT)(GATA)4 3' Т Т 1

Du281(arm)2 225 5' (САЪ (GGTA)(GATA), (GAT)(GATA)(GGTA)a(GAT)(GATA)4 3' Т Т 1

Du281(arm)3 187 5' (СА), (GATA), 3' С С II

Du281 (arm)4 183 5' (СА)2 (GATA)83' С С II

мкс1 MKC2 мксЗ -23 +39

Du323(arm)l 215 5' (АС)6 (GATA), i (GAT)(GATA)2 (GA)4 3' С Т С-Т I

Du323(ami)2 211 5' (АС)6 (GATA)i0(GAT)(GATA)2 (GA)4 3' с Т С-Т I

Du323(arm)3 184 5' (АС)5 (GATA)(GGT)(GATA)3(GAT)(GATA) (GA)43' А С А-С II

мкс1, мкс2, мксЗ - раздельно расположенные микросателлитные кластеры.

Даны расстояния в н.п. до (-) и после (+) микросателлитного кластера. Гаплогруппы выделены в зависимости от структуры микросателлитного кластера в сочетании с фиксированными точковыми заменами.

мкс1* -58 -38 -19

Ои215(ёаЬН)1 252 5' (ОЛТ)(ОАСА)(ОАТА)10(ОАСА)7(САТЛ)(ССАА) 3' Т в С т-с-с I

Ои215(с!аЬН)2 248 5' (САТ)(ОАСА)(ОАТА), (ОАСА)7(ОАТА)(ОСАА) 3' Т О с т-с-с I

Ои215(ёаЬН)3 244 5' (САТ)(САСА)(САТА)8 (ОАСА)7(САТА)(ОСАА) 3' Т в с т-в-с I

Ои215(ёаЬН)4 232 5' (СЛТ)(СЛСА)(СЛТЛ), (САСА)5(САТА)(ОСАА) 3' Т в с т-с-с I

Ои215(ааЬН)5 232 5' (ОАТ)(ОАТА)п(ССАА)4 3' А С с А-С-С 11

Ои215(ааЬП)6 228 5' (ОАТ)(САТА)ю(ОСАА)4 3' А ' С с А-С-С II

Ои215(с!аЫ07_ 192 5' (ОАТ)(САТА)5 3' А С т А-С-Т III

мкс1 мкс2 +15

Ои281(с1аЫГ)1 225 5'(СА)2 (ССТА)(САТА)9(ОАТ)(САТА)(ССТА)2(САТ)(САТА)43' Т Т I

Би281(ааЬН)2 221 5' (С А)? (С0ТА)(САТА)я(САТ)(0АТАХС10ТА)2(0АТ)(С;АТА)43' т Т I

Ои281(ааЬН)3 199 5' (СА)2 (САТА),2 3' с С 11

Ои281(с!аЫ!)4 195 5' (САЬ (ОАТА)„3- с С II

Ои281(<1аЬН)5 191 5' (СА)2 (ОАТА)ю 3' с С II

Ои281(ааЬН)6 183 5' (СА)2 (САТА)8 3' с С II

мкс1 мкс2 мксЗ -23 +39

Ои323(ааЬП)1 215 5' (АС)6 (ОАТА)п(ОАТ)(САТА)2 (СА)4 3' С т С-Т I

Ои323(с1аЫ02 211 5' (АС)6 (вАТА), о(САТ)(ОАТА)2 (ОА)43- С т с-т I

Ои323(ааЬН)3 184 5' (АС)5 (САТА)(СаТ)(САТА)3(САТ)(САТА) (СА)43' А с А-С II

* мкс1, мкс2, мксЗ — раздельно расположенные микросателлитные кластеры. Даны расстояния в н.п. до (-) и после (+) микросателлитного кластера. Гаплогруппы выделены в зависимости от структуры микросателлитного кластера в сочетании с фиксированными точковыми заменами.

мкс1* -98/99

Би215(го5г)1 256 5' (САТ)(САТА)1о(ОСАА),, 3' — — 1

Ои215(го81)2 252 5' (САТХвАТА), (ССАА)п 3' - — I

Ои215(го803 250 5' (ОАТ)(САТА)9 (ОСАА),О 3' ТТ ТТ 11

Би215(го81)4 248 5' (САТХСАТАЪ (ССАА)ц 3' — — I

Ои215(го505 227 5' (С;АТ)(САТА)4(ОЛТ)(ОАТА)7(С|САА), 3' — — Ш

мкс1 мкс2 -84 -19 +15 +25

Ои281(гоз0! 265 5' (СА), (САТА)2(САСАТ)(САТА)1 |(СЛТ)(ОЛТЛ),2(ТЛ)(ОАТЛ) 3' Т А Т А Т-А-Т-А 1

Ои281(го51)2 261 5' (СА)2 (САТАМСАСАТХОАТА)|0(САТХСАТА)|2(ТАХОАТА)3' Т А Т А Т-А-Т-А I

Ои281(гоз03 253 5' (СА)2 (ОАТА)2(ОАОАТХСАТА)П(САТ)(САТА)9 (ТА)(САТА)3* Т А Т А Т-А-Т-А I

Ои281(го51)4 191 5' (СА)2 (ОАТА)юЗ' С в С в С-С-С-0 II

мкс1 мкс2 мксЗ -23 +39

Ои323(гоз1)1 195 5' (АС)б (ОАТА)6(САТ)(САТА)2 (СА)43' С т С-Т I

Ои323(гоз02 184 5' (АС)4 (САТА)(ООТ)(ОАТА)з(ОАТ)(САТА) (ОА)43' А с А-С II

* мкс1, мкс2, мксЗ — раздельно расположенные микросателлитные кластеры. Даны расстояния в н.п. до (—) и после (+) микросателлитного кластера. Гаплогруппы выделены в зависимости от структуры микросателлитного кластера в сочетании с фиксированными точковыми заменами.

В случае D. rostombekowi, один из аллелей - Du215(rost)3 - отличался от других инсерцией дуплета ТТ на расстоянии 98 нуклеотидов от начала микросателлитного кластера. В случае D. dahli, кроме типичных гаплотипов T-G-C и А-С-С, обнаружен аллель Du215(dahli)7 с гаплотипом А-С-Т, который является мутантным вариантом гаплотипа А-С-С. Интересно, что аллельный вариант с таким же гаплотипом обнаружен у D. armeniaca, в данном случае, было установлено его наследование от двуполого родительского вида D. valentini.

Структура самих микросателлитных кластеров локуса Du215 оказалась довольно сложной. Кроме повторов (GATA)n, они содержат повторы (GACA)„, (GCAA)n и несовершенные мономеры GAT. Интересно, что повторы (GACA)n присутствуют в некоторых аллельных вариантах у D. armeniaca и D. dahli, но не были обнаружены у D. rostombekowi. Присутствие GACA-звеньев в геномах этих двух партеновидов объясняется их наследованием от общего родительского вида D. mixta. Исходя из структурных характеристик аллельных вариантов трёх партеновидов, аллели можно объединить в отдельные группы, согласно общим чертам в структуре кластера и точковым заменам. К группе А можно отнести аллели Du215 (arm) 1 -Du215(arm)2 и аллели Du215(dahli) 1-Du215(dahli)4. Аллельные варианты Du215(rost)l-Du215(rost)4 и аллели Du215(dahli)5-Du215(dahli)6 по своим характеристикам составляют группу В, аллели Du215(arm)3 и Du215(dahli)7 -группу С, а аллель Du215(rost)5 - группу D.

Можно предположить, что аллели, обнаруженные у разных видов, но относящиеся к одной группе могут иметь общее происхождение. Как правило, индивидуальные аллели каждого партеновида содержат один из двух специфичных гаплотипов, наследуемых партеновидом от его родительских двуполых видов. Причём, исходя из структурных характеристик аллелей, во многих случаях, можно предположить от какого именно аллельного варианта локуса Du215 родительских видов унаследованы аллельные варианты, обнаруженные у партеновидов. Полученные нами данные показывают, что все аллельные варианты локусов Du215(arm) и Du215(dahli) с гаплотипом T-G-C (группа А) унаследованы партеновидами D. armeniaca и D. dahli от общего «материнского» вида D. mixta.

Аллельный вариант Du215(arm)3 произошёл от аллельного варианта Du215(val)2. Аллельные варианты Du215(dahli)5-Du215(dahli)6 с гаплотипом А-С-С унаследованы от одного из подвидов D. porlschinskii.

В случае D. rostombekowi не было обнаружено гаплотипических маркёров, по которым с точностью можно определить наследование аллельных вариантов от того или другого родительского вида. Однако можно предположить, что аллельные варианты Du215(rost)l-Du215(rost)4, с более простой структурой микросателлитного кластера (GATA-повторы не разделены вставкой GAT), унаследованы от D. portschinskii, a Du215(rost)5 - от одного из подвидов D. raddei. Более того, как было показано, аллели Du215(rost)l-Du215(rost)4 и аллели Du215(dahli)5—Du215(dahli)6 имеют схожие структурные характеристики, по которым их можно отнести в общую группу В.

Сравнительная характеристика аллельных вариантов локуса Du281 и их происхождение у трёх партеновидов рода Darevskia Сравнительные структурные характеристики аллелей локуса Du281 трёх партеновидов представлены на рисунке 4. Аллели Du281 (arm) 1 -Du281 (arm)2 и Du281(dahli)l-Du281(dahli)2 партеновидов D. armertiaca и D. dahli имеют одинаковое сочетание гаплотипических маркёров и их можно объединить в одну группу (группа А). В составе микросателлитных кластеров этих аллелей, помимо GATA-повторов, присутствуют GGTA-повторы и вставки GAT, разделяющие повторы.

P. armentaca Группа

D42S1(atm)1 229 ......С......G....... (GGTA)(GATA)ID(GAT)(GATAXGGTA);(GAT)(GATA)4...... Т......G...... А

Du2S1(atm)2 225 ......С......G....... (GGTA)(GATA), (GATXGATA)(GGTA).(GATXGATA),...... T......G...... A

Du281(»tm)3 187 ......С......G....... ....(GATA),................................................................... С......G...... в

Du281(atm)4 183 ......С......G....... ....(GATA),................................................................... С......G...... в

D. dahU

Du2Sf(dsMl/ 225 ......С......G....... (GGTAXGATAyGATXGATAXGGTAyGATXGATA),........ T......G............A

Du281fd«M)2 221 ......С......G....... (GGTA)(GATA)a(GAT)(GATA)(GGTA)2(GAT)(GATA),........ T......G............A

Du281(da№)3 199 ......С......G....... ....(GATA)„....................................................................С......G............в

Du2SUdMM 195 ......С......G....... ....(GATA),,....................................................................С......G............в

Du2S1idahfi)5 191 ......С......G....... ....(GATA),,....................................................................С......G............В

Du2B1idahii)6 183 ......С......G....... ....(GATA),......................................................................С......G............В

P. mstombekmri

Du281(iostï1 265 ......T.....A....... (GATA),(GAGATXGATA),1(GAT)(GATA),J(TA)(GATA)............T.....A............С

Du2B1(iust)2 261 ......T.....A..............(GATA):(GAGAT)(GATA), 0(GAT)(GATA), 2(TA)(GATA>............T.....A............С

Dl/281(«wM 253 ......T.....A..............(GATA),(GAGATXGATA)„(GATXGATA), (TA)(GATA)..........T.....A............С

D-j231'ios!I4 191 ......С......G............(SATA;, ............................................................................................................................................................С......G............В

Рисунок 4 - Структурные характеристики аллельных вариантов микросателлитного локуса Du281 трёх партеновидов рода Darevskia. Нуклеотидные замены выделены зелёным, красным и синим цветами

Аллельные варианты, обнаруженные у партеновидов D. armertiaca и D. dahli, и относящиеся к группе A (Du281(arm)l-Du281(arm)2, Du281(dahli)l-Du281(dahli)2), унаследованы от общего «материнского» двуполого вида D. mixta. Аллельные варианты группы В (Du281(dahli)3-Du281(dahli)6 и Du281(rost)4), схожие у D. dahli и D. rostombekowi, унаследованы от общего «отцовского» двуполого вида D. portschinskii. Однако в случае D. armertiaca аллели Du281(arm)3-Du281(arm)4, тоже входящие в группу В, унаследованы от D. valentini. Полученные данные могут свидетельствовать о близком родстве видов D. portschinskii и D. valentini, наличии у них общего предка, а также о тесных филогенетических связях между видами рода Darevskia.

Тот факт, что аллельные варианты группы С (Du281(rost)l-Du281(rost)3) были обнаружены только у D. rostombekowi, можно объяснить их наследованием от «материнского» двуполого вида D. raddei, который не является родительским видом для партеновидов D. armeniaca и D. dahli.

Сравнительная характеристика аллельных вариантов локуса Du323 и их происхождение у трёх партеновидов рода Darevskia При анализе нуклеотидных последовательностей выявленных аллельных вариантов локуса Du323 трёх партеновидов D. armeniaca, D. dahli и D. rostombekowi было показано, что помимо отличий, аллели имеют общие структурные

характеристики, согласно которым их можно разделить на две группы: в группу А попадают аллели Du323(arm)l-Du323(arm)2, Du323(dahli)l-Du323(dahli)2 и Du323(rost)l, а в группу В - аллели Du323(arm)3, Du323(dahli)3 и Du323(rost)2, имеющие другие гаплотипические маркёры и более сложный микросателлитный кластер. Интересно, что в этой группе присутствует аллель Du323(rost)2, обнаруженный у D. rostombekowi и отличающийся от всех остальных инсерцией GC-динуклеотида (рис. 5).

Аллельные варианты Du323(dahli)l-Du323(dahli)2 и Du323(rost)l, относящиеся к группе А, унаследованы от общего родительского вида D. portschinskii. Однако в данном случае нельзя точно определить подвид и аллельный вариант, от которого произошло наследование. Согласно своим структурным характеристикам, аллели Du323(arm)l-Du323(arm)2, скорее всего, унаследованы от одного из аллельных вариантов Du323(val)3-Du323(val)4 «отцовского» двуполого вида D. valentini. В случае аллелей, относящихся к группе В, с точностью можно сказать, что аллели Du323(arm)3 и Du323(dahli)3 унаследованы от D. mixta, аллельный вариант Du323(rost)2 - от подвида D. raddei raddei.

Р. агтеп/аса Группа

Du323(atm)1 215 ......(АС)6.........С.... (GATA)„(GAT)(GATA)2............................(GA), ..........Т......А

Du323(atm)2 211 .....(АС)6.........С.....(GATA)10(GAT)(GATA)2............................(GA), ..........Т......А

Du323(arm)3 184 ......(АС)5........Л.....(GATA) (GGT)(GATA)3(GAT)(GATA)......(GA), ..........С......В

P. dahli

Du323(daht01 215 ......(АС)6........С..........(GATA),, (GAT)(GATA)2............................(GA), ..........T......A

Du323(dahli)2 211 ......(AC)6........С..........(GATA)10(GAT)(GATA)2............................(GA), ..........T......A

Du323(dahli)3 184 ......(AC)5.......A..........(GATA) (GGT)(GATA)3(GAT)(GATA)......(GA), ..........С......В

P.rostombekowi

Du323(rost)1 195 ......(AC)6.........С.....(GATA)6 (GAT)(GATA)2...........................(GA), ..........T.....A

Du323(mst)2 184 ......(AC),GC..A.....(GATA) (GGT)(GATA)3(GAT)(GATA).....(GA), ..........С......В

Рисунок 5 - Структурные характеристики аллельных вариантов микросателлитного локуса Du323 трёх партеновидов рода Darevskia. Нуклеотидные замены выделены зелёным и красным цветами. Вставка динуклеотида GC выделена оранжевым цветом

В отличие от локусов Du215 и Du281, при анализе локуса Du323 было выявлено меньшее количество аллельных вариантов и их групп, как у однополых, так и у двуполых видов, что может свидетельствовать о большей консервативности этого локуса у видов рода Darevskia и подтверждает их родство.

Таким образом, нами впервые было показано наличие общих гаплотипических маркёров и характерных нуклеотидных группировок в микросателлитах у разных партеновидов, что подтверждает общность их происхождения и позволяет на молекулярном уровне выявить филогенетические связи между видами рода Darevskia. Полученные данные в дальнейшем позволят оценить степень дивергенции этих видов.

Причины нестабильности и возможные молекулярно-генетические механизмы изменчивости микросателлитных локусов в геномах однополых и двуполых видов

ящериц рода Darevskia

Известно, что изменения, происходящие в микросателлитных локусах, разнообразны и зависят от многих факторов [Ellegren, 2000]. Скорость мутаций в гипервариабельных микросателлитных локусах на 3-4 порядка выше, чем в среднем для структурных генов [Jeffreys et al., 1997]. Механизмы нестабильности микросателлитных локусов в полной мере неизвестны, однако существует ряд гипотез по этому вопросу [Strand et al., 1993; Pearson, Sinden, 1996]. Их нестабильность зависит от целого ряда факторов, главными из которых являются нуклеотидный состав и характеристики геномного окружения [Weissenbach et al., 1992; Weber, Wong, 1993; Jin etal., 1996; Goldstein, Pollok, 1997].

Наиболее часто изменения числа повторов коротких последовательностей связывают с явлением «проскальзывания» нити ДНК, приводящим к образованию шпильки в синтезируемой нити в процессах репликации или репарации. Согласно современным представлениям, мутационные изменения в микросателлитных локусах можно представить как равновесие между точковыми мутациями и ошибками в процессах репликации и репарации ДНК [Strand et al, 1993; Pearson, Sinden, 1996; Gordenin et al., 1997; Bell, Jurka, 1997; Kruglyak et al., 1998; Ellegren, 2000; Сиянова, Миркин, 2001].

В аллельных вариантах всех изученных локусов у партеновидов (D. armeniaca, D. dahli и D. rostombekowi) и родительских двуполых видов (D. mixta, D. valentini, D. portschinskii и D. raddei) установлено наличие делеций/инсерций или транзиций и трансверсий одного и более нуклеотидов в прилежащих к микросателлитному кластеру областях ДНК. Возможно, что подобные нуклеотидные замены встречаются с определённой периодичностью в геномах разных видов ящериц рода Darevskia. Например, наличие точковых замен во фланкирующих областях было показано для двух локусов Du215(uni) и Du281(uni) у D.unisexualis [Корчагин и др., 2004; Корчагин и др., 2004а].

Согласно классификации Вебера [Weber, Wong, 1993], большинство описанных в данной работе аллелей микросателлитных локусов являются сложными, так как в их составе, помимо GATA-повторов, присутствуют и другие повторяющиеся мотивы, в зависимости от аллельного варианта локуса и исследуемого партеновида.

Практически во всех исследованных аллельных вариантах, в зависимости от вида и локуса, были обнаружены несовершенные вставки различного типа. Вставки типа GAT встречались наиболее часто и были обнаружены во всех аллельных вариантах. Сложная структура микросателлитных кластеров свидетельствует о возможности возникновения «несовершенных» повторов в результате мутации -«сдвига рамки считывания» на неполное мономерное звено. Вставки могли появиться или в результате рекомбинационных событий, или в результате мутации микросателлитного звена типа транзиций и трансверсий [Strand et а!., 1993; Pearson, Sinden, 1996; Gordenin et al., 1997].

Для объяснения мутационного поведения микросателлитов предложено несколько основных моделей и ряд их модификаций. Основными из них являются

«Stepwise mutation model» (SMM) («Модель пошаговых мутаций») [Ohta, Kimura, 1973] и модифицированный вариант этой модели - «two-phase mutation model» («двухфазная модель мутации») [Di Rienzo et al., 1994].

Наблюдаемые различия между аллелями микросателлитных локусов у партеновида D. armeniaca Du215(arm)l и Du215(arm)2 локуса Du215(arm) и аллелями Du281(arm)l и Du281(arm)2 микросателлитного локуса Du281(arm), а также аллелей Du323(arm)l и Du323(arm)2 локуса Du323(arm), выражающиеся в изменении размера кластера на одно мономерное звено GATA, соответствуют классической одноступенчатой модели [Ohta, Kimura, 1973; Schlötterer, Tautz, 1992; Weber, Wong, 1993]. Однако изменения в структуре аллеля Du215(arm)3 и аллеля Du323(arm)3 соответствуют модифицированному варианту этой модели [Di Rienzo et al, 1994], согласно которой, некоторые микросателлиты способны к изменению длины повтора более чем на одно мономерное звено (мультиступенчатый характер изменчивости).

Различия между аллельными вариантами трёх микросателлитных локусов D. dahli также связаны с изменением количества повторов в микросателлитном кластере и могут объясняться эффектом «проскальзывания» ДНК-полимеразы в процессе репликации [Schlötterer, Tautz, 1992; Weber, Wong, 1993; Di Rienzo et al, 1994; Wells, 1996; Bzymek, Lovett, 2001]. Причём, в большинстве аллелей локусов Du215(dahli), Du281(dahli) и Du323(dahli) происходит последовательный сдвиг на одно мономерное GATA-звено. Однако в аллеле Du215(dahli)7, относительно остальных аллелей, происходит сдвиг сразу на три мономерных GATA-звена, а в аллеле Du323(dahli)3 обнаружена делеция семи GATA-звеньев. Интересно, что мутационные изменения касались не только GATA-кластера.

Изменения, связанные с числом мономерных звеньев, были выявлены и в микросателлитных кластерах аллелей локусов Du215(rost), Du281(rost) и Du323(rost) партеновида D. rostombekowi. Как и в предыдущих случаях, большинство изменений касаются размеров микросателлитного кластера и соответствуют одноступенчатой модели мутационной изменчивости [Ohta, Kimura, 1973; Schlötterer, Tautz, 1992; Weber, Wong, 1993] или ее модифицированному варианту [Di Rienzo et al, 1994]. Наиболее сложные изменения, по-видимому, также связанные с нарушениями в процессах репликации и рекомбинации [Wells, 1996; Bzymek, Lovett, 2001], происходили в микросателлитных кластерах аллельных вариантов локуса Du281(rost). Аллельные варианты Du281(rost)l и Du281(rost)3 отличались от аллелей Du281(rost)2 и Du281(rost)4 на одно мономерное GATA-звено до GAT-вставки, помимо этого, в аллеле Du281(rost)3 происходила делеция трёх GATA-звеньев после вставки GAT. В аллельном варианте Du281(rost)4 было обнаружено исчезновение целого участка, включающего не только GATA-повторы, разделенные вставками GAT и ТА, а также GAGAT-мотива в начале кластера. Различия аллелей локуса Du323(rost) связаны с изменением количества GATA- и АС-звеньев, характером распределения вставок (GGT, GAT) и инсерцией дуплета GC в аллеле Du323(rost)2.

В целом, полученные данные дают новую информацию о происхождении аллельного разнообразия гибридных геномов партеновидов и свидетельствуют о существовании в геномах партеногенетических ящериц генетически нестабильных локусов, мутации в которых могут вносить определённый вклад в геномное и клональное разнообразие однополых популяций.

выводы

1. С помощью локус-специфической ПЦР обнаружены аллельные варианты трёх микросателлитных локусов (Du215, Du281, Du323) в геномах партеногенетических видов D. armeniaca, D. dahli и D. rostombekowi. Показано, что популяции этих видов различаются по встречаемости выявленных аллельных вариантов исследованных локусов.

2. Впервые определена молекулярная структура аллельных вариантов локусов Du215, Du281 и Du323 у однополых видов D. armeniaca, D. dahli и D. rostombekowi, а также их ортологов у двуполых родительских видов D. valentini, D. mixta, D. portschinskii и D. raddei. Установлено, что аллели различаются по структуре и размеру микросателлитного кластера, а также фиксированным точковым мутациям в прилежащих ДНК.

3. Данные по гаплотипическому маркированию аллелей изученных партеновидов соответствуют схемам их происхождения от двуполых родительских видов.

4. Выявлены сходные структурные элементы (гаплотипические маркёры и нуклеотидные мотивы в микросателлитах) у аллелей изученных локусов D. armeniaca, D. dahli и D. rostombekowi. Это свидетельствует об общности происхождения и генетическом родстве изученных партеновидов, позволяет на новом уровне изучать межвидовую изменчивость микросателлитных локусов и филогенетические связи у представителей рода Darevskia.

СПИСОК ПЕЧАТНЫХ РАБОТ, ОПУБЛИКОВАННЫХ ПО ТЕМЕ ДИССЕРТАЦИИ

Статьи в изданиях, рецензируемых ВАК РФ:

1. Вергун A.A., Малышева Д.Н., Токарская О.Н., Севастьянова Г.А., Даревский И.С., Рысков А.П. Нуклеотидные последовательности аллельных вариантов микросателлитного локуса Du215 (arm) у партеновида Darevskia armeniaca (Lacertidae) II Генетика. - 2007. - Т. 43. -№ 2. - С. 170-175. (0,7 пл., доля авторского участия - 50%);

2. Вергун A.A., Маркелова Е.С., Мартиросян И.А. Молекулярно-генетическая характеристика локуса Du323, содержащего различные типы микросателлитов, у партеногенетического вида ящериц Darevskia dahli (Lacertidae) II Доклады Академии Наук. - 2007. - Т. 416. -№ 5. - С. 690-692. (0,3 пл., доля авторского участия - 90%);

3. Вергун A.A., Малышева Д.Н., Мартиросян И.А., Токарская О.Н., Рысков А.П. Молекулярно-генетическая характеристика аллельных вариантов микросателлитных локусов партеногенетических кавказских скальных ящериц Darevskia armeniaca (Lacertidae) II Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. - 2008. - Т. 2. - № 4. - С. 30-36. (0,8 пл., доля авторского участия - 60%);

4. Вергун A.A., Рысков А.П., Мартиросян И.А., Малышева Д.Н., Бадаева Т.Н., Токарская О.Н., Васецкий Н.С., Корчагин В.И. Молекулярная структура аллельных вариантов микросателлитных локусов Du281 и Du47 у представителей однополых н двуполых видов

ящериц рода Darevskia II Известия РАН. Серия биологическая. - 2009. -№ 2. - С. 201-208. (0,9 пл., доля авторского участия не разделена).

Статьи в сборниках научных трудов и материалы конференций:

5. Вергун A.A., Токарская О.Н., Малышева Д.Н., Севастьянова Г.А. Молекулярно-генетическая характеристика микросателлитных последовательностей в геноме партеногенетического вида ящериц Darevskia armeniaca (сем. Lacertidae) II Тезисы XVIII Зимней международной молодёжной научной школы «Перспективные направления физико-химической биологии и биотехнологии». - Москва, 07-10 февраля 2006 г. -С. 58. (0,05 п.л., доля авторского участия - 80%);

6. Вергун A.A., Малышева Д.Н., Мартиросян И.А. Внутривидовая дифференциация партеногенетической ящерицы Darevskia rostombekovi (сем. Lacertidae) по данным анализа ядерного и митохондриального генома // Материалы Международной конференции «Генетика в России и Мире», посвященной 40-летию Института общей генетики им. Н. И. Вавилова РАН. -Москва, 28 июня-2 июля 2006 г. - С. 117. (0,06 п.л., доля авторского участия -70%);

7. Vergun A.A., Malysheva D.N., Martirosyan I.A., Korchagin V.l., Tokarskaya O.N. &. Ryskov A.P. Genetic variation in parthenogenetic Caucasian rock lizards of genus Darevskia II 14th European Congress of Herpetology. - Porto, Portugal. -19-23 September 2007. - P. 99. (0,1 п.л., доля авторского участия - 50%);

8. Вергун A.A., Маркелова Е.С., Малышева Д.Н., Севастьянова Г.А. Молекулярно-генетическая характеристика локуса Du281 в популяциях партеногенетических видов Д armeniaca и D. dahli (род Darevskia, сем. Lacertidae) // Тезисы XX Зимней международной молодёжной научной школы «Перспективные направления физико-химической биологии и биотехнологии». - Москва, 11-15 февраля 2008 г. - С. 89. (0,05 п.л., доля авторского участия - 65%);

9. Вергун A.A., Рысков А.П., Семёнова С.К, Куприянова Н.С., Токарская О.Н., Хрисанфова Г.Г., Васильев В.А., Мартиросян И.А., Корчагин В.И., Малышева Д.Н., Воронов A.C., Бадаева Т.Н., Омельченко A.B. Популяционно-генетическая дифференциация однополых и двуполых видов животных методами геномного фингерпринтинга и генной инженерии // Тезисы Отчётной конференции по программе «Динамика генофондов». - Москва, 19 декабря 2008 г. - С. 67-70. (0,5 п.л., доля авторского участия не разделена);

10.Вергун A.A., Малышева Д.Н., Мартиросян И.А., Севастьянова Г.А. Молекулярно-генетическая характеристика микросателлитных локусов (Du215, Du281, Du323) у однополых и двуполых родительских видов ящериц рода Darevskia (сем. Lacertidae) // Тезисы XXI Зимней международной молодёжной научной школы «Перспективные направления физико-химической биологии и биотехнологии». - Москва, 9-11 февраля 2009 г. - С. 16. (0,05 п.л., доля авторского участия - 80%).

Заказ № 38-а/09/09 Подписано в печать 07.09.2009 Тираж 150 экз. Усл. п.л. 1

ООО "Цифровичок", тел. (495) 649-83-30; (495) 778-22-20 ')) www. cfr. ru ; e-mail: info@cfr. ru

Содержание диссертации, кандидата биологических наук, Вергун, Андрей Александрович

Принятые сокращения и аббревиатуры.

ВВЕДЕНИЕ.

1 ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

1.1 Системы размножения и особенности однополых видов позвоночных.

1.1.1 Общая характеристика однополых позвоночных.

1.1.2 Системы однополого размножения.

1.1.3 Клональное разнообразие однополых видов позвоночных.

1.2 Партеногенетические виды Кавказских скальных ящериц рода ОагеуяИа (семейство Ьасегйёае).

1.2.1 Сетчатое видообразование Кавказских скальных ящериц рода ВагеуьЫа.

1.2.2 Характеристика вида Оагегякга агтетаса.

1.2.3 Характеристика вида ЭагеуяИа йакИ.

1.2.4 Характеристика вида ВагеУяИа гоя№тЬеком>1.

1.3 Структура и особенности микросателлитных повторов эукариотических геномов.

1.3.1 Структурная организация мини- и микросателлитов.

1.3.2 Распространение и возможные функции микросателлитов.

1.3.3 Неканонические структуры ДНК, образуемые микросателлитами.

1.3.4 Возникновение и эволюция микросателлитов.

1.4 Механизмы возникновения мутаций в микросателлитных ДНК.

1.4.1 Молекулярные механизмы нестабильности микросателлитных последовательностей.

1.4.2 Модели мутационной изменчивости микросателлитов.

1.4.3 Частота микросателлитных мутаций и факторы, влияющие на нее.

1.5 Использование микросателлитных ДНК в качестве геномных маркеров.

1.5.1 Мультилокусный ДНК-фингерпринтинг.

1.5.2 Монолокусный анализ микросателлитсодержащих ло кусов (локус-специфическая ПЦР).

2 МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.

2.1 Биологический материал.

2.2 Выделение геномной ДНК.

2.3 Постановка локус-специфической полимеразной цепной реакции.

2.3.1 Подбор праймеров.

2.3.2 Полимеразная цепная реакция.

2.3.3 Электрофоретическое фракционирование ПЦР-фрагментов ДНК в агарозном геле.

2.4 Саузерн-гибридизация.

2.4.1 Перенос ПЦР-продуктов ДНК па нейлоновую мембрану «Hybond N+».

2.4.2 Приготовление меченых зондов.

2.4.3 Молекулярная гибридизация.

2.4.4 Радиоавтография.

2.5 Электрофорез ДНК в полиакриламидном геле (ПААГ).

2.5.1 Приготовление 8% ПААГ.

2.5.2 Подготовка стекол.

2.5.3 Вертикальный электрофорез.

2.6 Элюция ДНК из геля и секвенирование ДНК.

2.6.1 Элюция ДНК из агарозного геля на DEAE ватман.

2.6.2 Элюция ДНК из полиакриламидного геля.

2.6.3 Секвенирование ПЦР-продуктов.

2.6.4 Компьютерный анализ нуклеотидных последовательностей.

3 РЕЗУЛЬТАТЫ.

3.1 Изучение структурной организации и полиморфизма микросателлитсодержащих локусов у D. armeniaca и двуполых родительских видов D. mixta и D. valentini.

3.1.1 Анализ внутривидового полиморфизма D, armeniaca по локусам Du215(arm), Du281(arm) и Du323(arm).

3.1.2 Сравнительный анализ структуры аллелей локусов Du215(arm), Du281(arm) и Du323(arm) у партеногенетического вида D. armeniaca и их ортологов у двуполых родительских видов D. mixta и D. valentini.

3.2 Изучение структурной организации и полиморфизма микросателлитсодержащих локусов у D. dahli и двуполых родительских видов D. portschinskii и D. mixta.

3.2.1 Анализ внутривидового полиморфизма D. dahli по локусам Du215(dahli), Du281 (dahli) и Du323(dahli).

3.2.2 Сравнительный анализ структуры аллелей локусов Du215(dahli), Du281(dahli) и Du323(dahli) у партеногенетического вида D. dahli и их ортологов у двуполых родительских видов D. portschinskii и D. mixta.

3.3 Изучение структурной организации и полиморфизма микросателлитсодержащих локусов у D. rostombekowi и двуполых родительских видов D. portschinskii и D. raddei.

3.3.1 Анализ внутривидового полиморфизма D. rostombekowi по локусам Du215(rost), Du281(rost) и Du323(rost).

3.3.2 Сравнительный анализ структуры аллелей локусов Du215(rost), Du281(rost) и Du323(rost) у партеногенетического вида D. rostombekowi и их ортологов у двуполых родительских видов D portschinskii и D. raddei.

4 ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ.

4.1 Молекулярная природа аллельного полиморфизма микросателлитных локусов в популяциях однополых (D. armeniaca, D. dahli и D. rostombekowi) и двуполых родительских {D. mixta, D. valentini, D. portschinskii и D. raddei) видов рода Darevskia.

4.1.1 Сравнительная характеристика аллельных вариантов локуса Du215 и их происхождение у трех партеновидов рода Darevskia.

4.1.2 Сравнительная характеристика аллельных вариантов локуса Du281 и их происхождение у грех партеновидов рода Darevskia.

4.1.3 Сравнительная характеристика аллельных вариантов локуса Du323 и их происхождение у трех партеновидов рода Darevskia.

4.2 Причины нестабильности и возможные молекулярно-генетические механизмы изменчивости микросателлитных локусов в геномах однополых и двуполых видов ящериц рода Darevskia.

4.3 Причины клонального разнообразия и анализ встречаемости аллельных вариантов микросателлитных локусов Du215, Du281 и Du323 в популяциях партеногенетических видов ящериц D. armeniaca, D. dahli и D. rostombekowi

4.3.1 Анализ встречаемости аллельных вариантов микросателлитных локусов Du215, Du281 и Du323 в популяциях партеновида D. armeniaca.

4.3.2 Анализ встречаемости аллельных вариантов микросателлитных локусов Du215, Du281 и Du323 в популяциях партеновида D. dahli.

4.3.3 Анализ встречаемости аллельных вариантов микросателлитных локусов Du215, Du281 и Du323 в популяциях партеновида D. rostombekowi.

4.3.4 Экологические и географические факторы, влияющие на встречаемость аллельных вариантов микросателлитных локусов Du215, Du281 и Du323 в популяциях партеновидов рода Darevskia.

5 ВЫВОДЫ.

Введение Диссертация по биологии, на тему "Молекулярная структура и полиморфизм микросателлитных локусов у однополых и двуполых видов рептилий рода Darevskia"

Актуальность проблемы

Гипервариабельные тандемные последовательности эукариотических геномов являются универсальной системой молекулярных маркеров, широко используемой в популяционной и эволюционной биологии, геномном маркировании, а также в медико-генетических исследованиях [Jeffreys et al., 1995; Рысков, 1999]. Эти повторы (мини- и микросателлиты) относятся к наиболее нестабильным участкам геномов эукариот, обнаруживая максимально высокие скорости мутаций, известные для генетических локусов [Bois et al., 1998; Ellegren, 2000]. Исследования индивидуальных мини- и микросателлитных локусов показали, что изменения, происходящие в них, по-видимому, весьма разнообразны и зависят от вида живых организмов, типа повторов, аллелей, а также возраста и пола. Возросший интерес к ним появился после обнаружения взаимосвязи между так называемыми динамическими мутациями и патогенезом некоторых неврологических наследственных болезней [Wang, Griffin et al., 1995; Wells, 1996], a также многих других генетических заболеваний, в том числе, вызывающих нарушение клеточного цикла и образование опухолевых клеток [Bertoni et al., 1999]. В связи с этим, проблема генезиса мини- и микросателлитных локусов, интенсивно изучается на человеке [Xu et al., 2000] и других двуполых видах [Neff, Gross, 2001].

Однако до сих пор мало известно о природе генетической нестабильности, аллельной структуре, уровне и природе мутаций гипервариабельных мини- и микросателлитных локусов у видов с клональной структурой популяций. С другой стороны, именно клональные виды (партеногенетические и гиногенетические), система размножения которых исключает рекомбинацию с мужским геномом, являются уникальными объектами для мониторинга генетической изменчивости в локусах с повышенной мутационной активностью [Даревский, 1993; Ryskov, 2008]. Изучение процессов изменчивости мини- и микросателлитов на однополых видах, используемых в качестве модельных систем, может внести значительный вклад в понимание природы механизмов нестабильности и эволюции гипервариабельных повторов ДНК.

Ранее с помощью различных методов анализа геномов у партеногенетических видов скальных ящериц Кавказа D. dahli, D. armeniaca, D. unisexualis [Кан и др., 1998; Рысков и др., 2000; Токарская а др., 2000; Tokarskaya et al., 2001] и D.rostombekowi

Мартиросян и др., 2002; Малышева и др., 2006] была выявлена популяционная неоднородность клонально размножающихся видов рода Darevskia*.

Согласно современным представлениям, все партеногенетические виды рода Darevskia появились на Кавказе в постледниковую эпоху и являются молодыми видами, теоретически имеющими равные шансы для возникновения новых клонов [Moritz et al., 1992; Darevsky, 1993]. В связи с этим, одной из центральных проблем в изучении однополых видов позвоночных является определение генетической и клопальной изменчивости. Возможными источниками изменчивости и клонального разнообразия в популяциях однополых позвоночных могут быть происхождение клонов от разных особей-основателей и мутации, возникающие в процессе эволюции однополых видов [Parker, 1979; Moritz et al., 1989; Moritz et al., 1992]. Размер ареала, возраст вида и другие факторы в разной степени могут определять степень его генетического разнообразия [Parker et al., 1989].

Мутации в микросателлитных локусах, по-видимому, имеют достаточно сложную природу. Помимо классических представлений о микросателлитных мутациях, обусловленных эффектом проскальзывания ДНК-полимеразы и/или ошибками при комплементарном взаимодействии одноцепочных ДНК, приводящих к изменению числа мономерных звеньев микросателлитных повторов, известны и другие механизмы, включающие, например, высокую частоту инсерций и делеций, а также многочисленные точковые мутации во фланкирующих микросателлитных областях ДНК [Ellegren, 2000; Ellegren, 2004].

Следует отметить, что данные об изменчивости микросателлитных локусов у клональных видов позвоночных в мировой литературе практически отсутствуют. Для понимания природы мутационных изменений, происходящих в геномах партеновидов, необходимо выделение и изучение индивидуальных микросателлитсодержащих локусов. Для этого ранее в лаборатории была получена клонотека геномной ДНК партеногенетической ящерицы D. unisexualis и отобраны клоны, содержащие различные типы микросателлитов [Корчагин и др., 2004; Корчагин и др., 2004а]. Секвенирование нуклеотидных последовательностей некоторых из них подтвердило наличие в них достаточно протяженных микросателлитных кластеров. Компьютерный анализ первичных последовательностей этих клонов позволил подобрать несколько пар праймеров для локус-специфического ПЦР-анализа клонов D. unisexualis.

В настоящее время все Кавказские виды группы «Lacerta saxícola» выделены в новый таксон Darevskia gen. nov. [Arribas, 1999].

Целью настоящей работы является молекулярно-генетическая характеристика микросателлитных локусов в геномах партеногенетических (Z). armeniaca, D. dahli, D. rostombefcowi) и двуполых (D. valentini, D. mixta, D. portschinskii, D. raddei) видов Кавказских скальных ящериц рода Darevskia (семейство Lacertidae).

Для достижения этой цели были поставлены следующие задачи:

1 ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

Заключение Диссертация по теме "Биохимия", Вергун, Андрей Александрович

5 ВЫВОДЫ

1. С помощью локус-специфической ПЦР обнаружены аллельные варианты трех микросателлитных локусов (Du215, Du281, Du323) в геномах партеногенетических видов D. armeniaca, D. dahli и D. rostombekowi. Показано, что популяции этих видов различаются по встречаемости выявленных аллельных вариантов исследованных локусов.

4. Выявлены сходные структурные элементы (гаплотипические маркеры и нуклеотидные мотивы в микросателлитах) у аллелей изученных локусов D. armeniaca, D. dahli и D. rostombekowi. Это свидетельствует об общности происхождения и генетическом родстве изученных партеновидов, позволяет на новом уровне изучать межвидовую изменчивость микросателлитных локусов и филогенетические связи у представителей рода Darevskia.

Библиография Диссертация по биологии, кандидата биологических наук, Вергун, Андрей Александрович, Москва

1. Асланян А. В. Эколого-фаунистический анализ ящериц Армении : автореф. дие. / А. В. Асланян. Национальная Академия Наук Республики Армения, Институт Зоологии, Ереван, 2004. - 25 с.

2. Астауров Б. Л., Демин Ю. С. Партеногенез у птиц // Онтогенез. 1972. -Т. 3. -№ 2. - С. 123-141.

3. Гилберт С. Биология развития / С. Гилберт. М. : Мир, 1993. - Т. 1. — 228 с.

4. Гречко В. В. Молекулярные маркеры ДНК в изучении филогении и систематики // Генетика. 2002. - Т. 38. - № 8. - С. 1013-1033.

5. Гречко В. В., Рябинин Д. М., Федорова Л. В., Федоров А. Н., Даревский И. С., Рысков А. П. Таксонопринтный анализ ДНК некоторых видов ящериц семейства Lacertidae // Молекулярная биология. — 1993. Т. 27. - С. 1404-1414.

6. Давоян А. Г., Асланян А. В., Мартиросян И. А., Даниелян Ф. Д. Изучение дискретных вариаций фолидоза головы и генетического полиморфизма Darevskia dahli из некоторых популяций северной Армении // Вестник МАНЭБ. — 2006. — Т. 11. № 8. — С. 67-71.

7. Даревский И. С. Естественный партеногенез у некоторых подвидов скальных ящериц Lacerta saxícola Eversmann II Доклады Академии Наук СССР. — 1958. Т. 122. — С. 730-732.

8. Даревский И. С. Эволюция и экология партеногенетического размножения у пресмыкающихся / И. С. Даревский // Современные проблемы теории эволюции : сб. науч. тр. М. : Наука, 1993. - С. 89-109.

9. Даревский И. С., Щербак Н. Н. Акклиматизация партеногенетических ящериц на Украине // Природа. 1968. - № 5. - С. 93-94.

10. Животовский JI. А. Микросателлитная изменчивость в популяциях человека и методы её изучения // Вестник ВОГиС. 2006. - Т. 10. — № 1. — С. 74-96.

11. Инге-Вечтомов С. Г. Генетика с основами селекции / С. Г. Ипге-Вечтомов. — М. : Высшая школа, 1989. 591 с.

12. Конюхов Б. В., Платонов Е. С. Геномный импринтинг у млекопитающих // Генетика. 2001. - Т. 37. - № 1. - С. 5-17.

13. Коул Чарльз Дж. Однополые ящерицы // В мире науки. 1984. - № 3. — С. 50-57.

14. Куприянова JI. А. Добавочные хромосомы ящериц Mabuya aurata septemtaeniata II Цитология. 1974. - Т. 16. - № 12. - С. 1519-1521.

15. Ляпунова Е. А., Ахвердян М. Р., Воронцов Н. Н. Робертсоповский веер изменчивости хромосом у субальпийских полевок Кавказа (Pitymys, Microtinae, Rodentia) // Доклады Академии Наук СССР. 1988. - Т. 298. - № 2. - С. 480-483.

16. Малышева Д. Н., Токарская О. Н., Даниелян Ф. Д., чл.-корр. Даревский И. С., чл.-корр. Рысков А. П. Обнаружение микросателлитных мутаций у партеногепетических ящериц Darevskia armeniaca II Доклады Академии Наук. 2005. - Т. 400. — № 2. -С.265-268.

17. Маниатис Т., Фрич Э., Сэмбрук Дж. Методы генетической инженерии «Молекулярное клонирование» М. : Мир, 1984. - 499 с.

18. Мартиросян И. А., Корчагин В. И., Токарская О. Н., Даревский И. С., Рысков А. П. Обнаружение ретроэлемента Bov-B LINE у партеногенетических и бисексуальных видов ящериц рода Darevskia (Lacertidae) // Генетика. 2006. - Т. 42. -№ 7. - С. 963-967.

19. Потапов С. Г., Васильев В. А., Самарина О. П. Молекулярно-генетическос маркирование геномов представителей рода Phodopus II Генетика. — 1994. — Т. 30. — № 5. — С. 615-621.

20. Потапов С. Г., Рысков А. П. Анализ вариабельности повторяющихся элементов генома грызунов на таксономическом уровне // Генетика. 1993. - Т. 29. -№ 5. - с. 859-862.

21. Потапов С. Г., Токарская О. Н., Семенова С. К., Данилкин А. А., Марков Г. Г., Рысков А. П. Диагностические возможности мультилокусных маркеров ДНК в систематике диких копытных животных // Генетика. 1997. — Т. 33. — № 7. — С. 961-966.

22. Ротт Н. Н., Терская Е. Р. Диплоидный андрогенез // Методы биологии развития : сб. М., 1974. - 277 с.

23. Рудых И. А., Гречко В. В., Крамеров Д. А., Даревекий И. С. Распространение HindIII-повтора в геномах кавказских ящериц рода Lacería отражает их филогенетическое родство // Доклады РАН. 1999. - Т. 367. - С. 563-566.

24. Рысков А. П. Геномная дактилоскопия / А. П. Рысков // в сб. : Информ. бюлл. «Геном человека» / ВИНИТИ. М., 1990. - С. 3.

25. Рысков А. П. Мультилокусный ДНК-фингерпринтинг в генетико-популяционных исследованиях биоразнообразия // Молекулярная биология. 1999. — Т. 33,-№6.-С. 997-1011.

26. Рябинина Н. Л., Гречко В. В., Даревекий И. С. Полиморфизм ДНК популяций ящериц семейства Lacertidae, определяемые методом RAPD // Генетика. — 1998.-Т. 34.-№ 11.-С. 1661-1667.

27. Семенова С. К., Филенко А. Л., Васильев В. А. Использование полиморфных маркеров ДНК для дифференциации пород кур различного происхождения // Генетика. -1996. Т. 32. - № 6. - С. 266-273.

28. Сингер М., Берг П. Гены и Геномы / М. Сингер. — М. : Высшая школа, 1998. Т. 2. - 373 с.

29. Сиянова Е. Ю., Миркин С. М. Экспансия тринуклеотидных повторов // Молекулярная биология. 2001. - Т. 35. - № 2. - С. 208-223.

30. Струнников В. А., Лежко С. С., Степанова Н. Л. Клонирование тутового шелкопряда// Генетика. 1983. - Т. 19. - № 1. - С. 82-89.

31. Тетушкин Е. Я. Молекулярная палеогенетика приматов // Генетика. 1997. — Т. 33. — № 3. - С. 293-307.

32. Чобану Д. Г., Гречко В. В., Даревский И. С. Молекулярная эволюция сателлитной ДНК Clsat ящериц рода Darevskia (Sauria: Lacertidae): корреляция с видовым разнообразием // Генетика. 2003. - Т. 39. - № 11. - С. 1527-1541.

33. Aharoni A., Baran N., Manor Н. Characterization of a multi-subunit human protein which selectively binds single stranded d(GA)n and d(GT)n sequence repeats in DNA // Nucleic Acids Research. 1993. - V. 21. - P. 5221-5228.

34. Aissani В., Bernardi G. CpG-islands: features and distribution in the genome of vertebrates // Gene. 1991. - V. 106. - P. 173-183.

35. Albaneze V., Biguet N. F., Kiefer H., Bayard E., Mallet J., Meloni R. Quantitative effects on gene silencing by allelic variation in a tetranucleotide micosatellite // Human Molecular Genetics. 2001. - V. 10. - P. 1785-1792.

36. Altenburger W., Horz W., Zachau H. G. Comparative analysis of three guinea pig satellite DNA's by restriction nucleases // European Journal of Biochemistry. — 1977. — V. 73. — N. 2. P. 393-400.

37. Alves G., Seuanez H. M., Fanning T. A clade of a new world primates with distinctive alphoid satellite DNAs // Molecular Phylogenetics and Evolution. 1997. - V. 9. -P. 220-224.

38. Andreassen R., Egeland Т., Olaisen B. Mutation rate in the hypervariable VNTR g3 (D7S22) is affected by allelic length and a flenking DNA sequence polymorphism near the repeat array // American Journal of Human Genetics. — 1996. — V. 59. P. 360-387.

39. Arcot S. S., Wang Z., Weber J. L., Deininger P. L., Batzer M. A. Alu repeats: a source for the genesis of primate microsatellites // Genomics. 1995. - V. 29. — P. 136-144.

40. Arnold E. N., Arribas O., Carranza S. Systematics of the Palaearctic and Oriental lizard tribe Lacertini (Squamata: Lacertidae: Lacertinae), with descriptions of eight new genera // Zootaxa. 2007. - V. 1430. - P. 1-86.

41. Bachtrog D., Wegs S., Zangerl B., Brem C., Schlotterer C. Distribution of dinucleotide microsatellites in the Drosophila melanogaster genome // Molecular Biology Evolution. 1999. - Y. 16. - P. 602-610.

42. Barton S. C., Surani M. A., Norris M. L. Role of paternal and maternal genomes in mouse development //Nature. 1984. - V. 311. - N. 5984. - P. 374-376.

43. Bell G. I., Jurka J. The length distribution of perfect dimmer repetitive DNA is consistent with its evolution by an unbiased single-step mutation process // Journal of Molecular Evolution. 1997. - V. 44. - P. 414-421.

44. Bernardi G. J. Compositional patterns, in Nuclear Genome of cold-blooded vertebrates // Journal of Molecular Evolution. 1990. - V. 31. - P. 265-281.

45. Bernardi G. J. Compositional properties of nuclear genes from cold-blooded vertebrates // Journal of Molecular Evolution. 1991. - V. 33. - P. 57-67.

46. Bertoni F., Codegoni A. M., Furlan D., Tibiletti M. G., Capella C., Broggini M. CIIK1 frameshift mutations in genetically unstable colorectal and endometrial cancers // Genes Chromosomes Cancer. 1999. - V. 26. - P. 176-180.

47. Bichara M., Schumacher S., Fuchs R. Genetic instability within monotonous runs, of CpG sequences in Escherichia coli II Genetics. 1995. - V. 140. - P. 997-907.

48. Biet E., Sun J., Dutreix M. Conserved sequence preference in DNA binding among recombination proteins: an effect of ssDNA secondary structure // Nucleic Acids Research. — 1999.-V. 27.-P. 596-600.

49. Bois P., Willianson J., Brown J., Dubrov Y. E., Jeffreys A. J. A novel unstable mouse VNTR family expanded from SINE B1 elements // Genomics. 1998. - V. 49. — P. 122-128.

50. Bowcock A. M., Linares A. R., Tomfhorde J., Minch E., Kidd J. P., Cavalli-Sforza L. L. High resolution of human evolutionary trees with polymorphic microsatellites // Nature. 1994. - V. 368. - P. 455-457.

51. Brinkmann B., Klintschar M., Neuhuber F., Hiihne J., Rolf B. Mutation rate at human microsatellites: influence of the structure and and length of the tandem repeat // American Journal of Human Genetics. 1998. - V. 62. - P. 1408-1415.

52. Brohede J., Ellegren H. Microsatellite evolution: polarity of substitutions within repeats and neutrality of flanking sequences // The Royal Society. 1999. - V. 266. -P. 825-833.

53. Brookfield J. E. Y. Genome sequencing: the ripping yarn of the frozen genome // Current Biology. 2003. - V. 13. - P. 552-553.

54. Brown S. D., Dover G. A. Conservation of segmental variants of satellite DNA of Mus musculus in a related species: Mus spretus I I Nature. 1980. - V. 285. - N. 5759. -P. 47-49.

55. Bzymek M., Lovett S. T. Instsbility of repetitive DNA sequences: The role of replication in multiple mechanisms // Proceedings of the National Academy of Sciences. — 2001.-V. 98.-P. 8319-8325.

56. Capriglione T. Satellite DNA and phylogeny of Lacertid lizards // Scientia Herpetologica. 1995. - V. 60. - N. 13. - P. 68-70.

57. Capriglione T. Repetitive DNA as a tool to study the phylogeny of cold-blooded vertebrates // Chromosomes Today. 2000. - V. 13. - P. 183-194.

58. Capriglione T., DeSanto M. G., Odierna G., Olmo E. Analphoid-like satellite DNA sequence is present in the genome of a lacertid lizards // Journal of Molecular Evolution. -1998.-V. 46. P. 240-244.

59. Capriglione T., Olmo E., Odierna G., Smith D. I., Miller O. J. Genome composition and tandemly repetitive sequence at some centromers in the lizard Podarcis s. sicula Raf// Genetica. 1989. - V. 79. - P. 85-91.

60. Chakraborty R., Kimmel M., Stivers D. N., Davidson J., Deka R. Relative mutation rates at di-, tri- and tetrariucleotide microsatellite loci // Proceedings of National Academy of Sciences USA. 1997. - V. 94. - P. 1041-1046.

61. Chambers G. K., MacAvoy E. S. Microsatellites: consensus and controversy // Comparative Biochemical Physiology. 2000. - V. 126. - P. 455-476.

62. Chapman D., Shivji M., Louis E., Sommer J., Fletche H., Prodo P. Virgin birth in a hammerhead shark // Biology Letters doi:10. 1098/rsbl. 2007. 0189 Published online.

63. Charlesworth B., Sniegowski P., Stephan W. The evolutionary dynamics of repetitive DNA in eukaryotes //Nature. 1994. - V. 371. - P. 215-220.

64. Cole C. J., Townsend C. R. Parthenogenetic species of reptiles / Reinboth R., Springer-Verlad E. D. // In: Intersexuality in the Animal Kindom. — Berlin, 1975. P. 340-355.

65. Cole C. J., Townsend C. R. Parthenogenetic lizards as vertebrate systems // Journal of Experimental Zoology Supplement. 1990. - V. 4. - P. 174—176.

66. Colson I., Goldstein D. B. Evidence for complex mutations at microsatellite loci in Drosophila // Genetics. 1999. - V. 152. - P. 617-627.

67. Constanzo G., De Muiro, Salina G., Negri R. Attraction phasing and neighbour effects of histone octameron curved DNA // Journal of Molecular Biology. 1990. - V. 216. -P. 363-374.

68. Csink A. K., Henikoff S. Something from nothing: the evolution and utility of satellite repeats // Trends in Genetics. 1998. - V. 14. - P. 200-204.

69. Darevsky I. S. Systematics and ecology of rock lizards (Lacerta saxicola Eversmann) in Armenia in Russian. // Zool. sb. AN Armenia SSR. 1957. - V. 10. - P. 27-57.

70. Darevsky I. S. Evolution and Ecology of parthenogenesis in reptiles // In: Current Research of biology of amphibians and reptiles. — Oxford, Ohio, 1993. P. 209-257.

71. Darevsky I. S., Kupriyanova L. A. Two new all-female lizard species of the genus Leiolepis Cuvier, 1829 from Thailand and Vietnam (Squamata: Sauria: Uromastycinae) // Herpetozoa. 1993. - V. 6. - N. 1-2. - P. 3-20.

72. Darevsky I. S., Kupriyanova L. A., Uzzel T. Parthenogenesis in Reptieles // Biology of the Reptilia. 1985. - V. 15. - P. 412-526.

73. Dawley R. M. An introduction to unisexual vertebrates / Eds: Dawley R. M., Bogart J. P. // In: Evolution and ecology of unisexual vertebrates. Bull New York State Museum. - Albany, New York, 1989. - V. 466. - P. 1-8.

74. Di Rienzo A., Peterson A. C., Garza J. C., Valdes A. M., Slatkin M. Mutational processes of simple sequence repeat loci in human populations // Proceedings of National Academy of Sciences USA. 1994. -V. 91. - P. 3166-3170.

75. Diehl S. R., Ziegle J., Buck G. A., Reynolds T. R., Weber J. L. Automaited genotyping of human DNA polymorphisms // American Journal of Human Genetics. 1990. -V. 47.-P. 177.

76. Djian P. Evolution of simple repeats in DNA and their relation to human disease // Cell. 1998. - V. 94. - P. 155-160.

77. Dover G. A., Brown S., Coen E., Dallas J., Strachan T., Trick M. The dynamics of genome evolution and species differentiation / Eds: Dover G. A., Flavel R. B. // Genome evolution. L. : Acad. Press, 1982. - P. 351-367.

78. Eichler E. E. Repetitive conundrums of centromere structure and function // Human Molecular Genetics. 1999. - V. 8. - P. 151-155.

79. Elder J. F., Schlosser I. J. Extreme clonal uniformity of Phoxinus eos/neogaeus gynogens among variable habitats in northern Minnesota beaver ponds // Proceedings of the National Academy of Sciences USA. 1995. - V. 92. - P. 5001-5005.

80. Elizur A., Dennis E. S., Peacock W. J. Satellite DNA sequences in the red kangaroo (Macropus rufus) II Journal of Biological Sciences. 1982. - V. 35. — N. 3. — P. 313-325.

81. Ellegren H. Microsatellite mutations in the germline: implication for evolutionary inference // Trends in genetics. 2000. - V. 16. - N. 12. - P. 551-558.

82. Ellegren H. Microsatellites: simple sequences with complex evolution // Genetics. 2004. - V. 5. - P. 435-445.

83. Ellegren H., Lindgren G., Primmer C. R., Mtaller A. P. Fitness loss and germline mutations in barn swallows breeding in Chernobyl //Nature. 1997. - V. 389. - P. 593-596.

84. Engeler B., Reyer H. U. Choosy females and indiscriminative males: mate choice in mixed populations of sexual and hybridogenetic water frogs (Rana lessonae, Rana esculenta) II Behavioral Ecology. 2001. - V. 12. - P. 600-606.

85. Epplen J. T. On simple repeated GATA/GACA sequences in animal genomes: critical reappraisal // Journal of Heredity. 1988. - V. 7. - P. 409-417.

86. Epstein L. M., Gall J. G. Self-cleaving transcripts of satellite DNA from the newt // Cell. 1987. - V. 48. - N. 3. - P. 535-543.

87. Fanning T. G., Modi W. S., Wayne R. K., O'Brien S. J. Evolution of heterochromatin-associated satellite DNA loci in felids and canids (Carnivora) // Cytogenetics and Cell Genetics. 1988. -V. 48. -N. 4. - P. 214-219.

88. Fanning T. G., Singer M. F. LINE-1: a mammalian transposable element // Biochimica et Biophysica Acta (Bioenergetics). 1987. - V. 910. - N. 3. - P. 203-212.

89. Field D., Wills C. Long, polymorphic microsatellite in simple organisms // Proceedings of Royal Society of London Biological Sciences. 1996. - V. 263. - P. 209-215.

90. Fry K., Salser W. Nucleotide sequences of HS-alpha satellite DNA from kangaroo rat Dipodomys ordii and characterization of similar sequences in other rodents // Cell. 1977. — V. 12.-N. 4.-P. 1069-1084.

91. Fu J., MacCulloch R. D., Murphy R. W. The parthenogenetic Rock Lizard Lacerta unisexualis: An Example of Limited Genetic Polymorphism // Journal of Molecular Evolution. 1998. -V. 46. - P. 127-130.

92. Fu J., MacCulloch R. D., Murphy R. W., Darevsky I. S. Clonal variation in the Caucasian rock lizard Lacerta armeniaca and its origin // Amphibia-Reptilia. 2000. - V. 21. -N. l.-P. 83-89.

93. Fu J., MacCulloch R. D., Murphy R. W., Darevsky I. S. Divergence of the cytohrome b gene in the Lacerta raddei complex and its parthenogenetic daughter species: Evidence for recent multiple origins // Copeia. 2000a. - V. 2. - P. 432-440.

94. Gardner M. G., Bull C. M., Cooper S. J. B., Duffield G. A. Microsatellite mutations in litters of the Australian lizard Egernia stokesii II Journal of Molecular Biology. — 2000.-V. 13.-P. 551-560.

95. Gardner M. G., Otewell K., Adams M. Isolation of microsatellites in parthenogenetic lizard Menetia greyii (Scintidae) and their utility in sexual species of the Menetia greyii complex // Molecular Ecology Notes. 2004. - V. 4. - N. 2. - P. 219-221.

96. Goldstein D. B., Pollock D. D. Launching microsatellites: a review of mutation processes and methods of phylogenetic inference // Journal of Heredity. 1997. - V. 88. -P.335-342.

97. Goodier J. L., Davidson W. S. Characterization of novel minisatellite repeat loci in Atlantic salmon (Saimo salar) and their phylogenetic distribution // Journal of Molecular Evolution. 1998. - V. 46. - P. 245"-255.

98. Gordenin D. A., Kunkel T. A., Resnick M. A. Repeat expansion all in a flap? // Nature Genetics. - 1997. - V. 16. - P. 24-33.

99. Grady D. L., Ratliff R. L., McCanlies E. C., Meyne J., Moyzis R. C. Highly conserved repetitive DNA sequences are present at human centromeres // Proceedings of National Academy of Sciences USA. 1992. - V. 89. - P. 1695-1699.

100. Groot T. V. M., Bruins E., Breeuwer J. A. J. Molecular genetic evidence for parthenogenesis in the Burmese python, Python molurus bivittatus II Heredity. 2003. — V. 90.-N. 2.-P. 130-135.

101. Hancock J. M. Simple sequences in a minimal genome // Nature genetics. — 1996.-V. 14.-P. 14-15.

102. Harrington R. W. Oviparous hermaphroditic fish with internal fertilization // Science. 1961. - V. 134. - P. 1749-1750.

103. Heale S. M., Petes T. D. The stabilization of repetitive tracks of DNA by variant repeats requires a functional DNA mismatch repair system // Cell. 1995. - V. 83. -P. 539-545.

104. Hedrick P. W. Highly variable loci and their interpretation in evolution and -conservation//Evolution. 1999. -V. 53. -N. 2. - P. 313-318.

105. Himmelreich R., Hilbert IL, Plagens H., Pirkl E., Li B. C., Herrmann R. Complete sequence analysis of the genome of the bacterium Mycoplasma pneumoniae II Nucleic Acids Research. 1996. - V. 24. - P. 4420-4449.

106. I-Iorz W., Altenburger W. Nucleotide sequence of mouse satellite DNA // Nucleic Acids Research. 1981. -V. 9. -N. 3. - P. 683-696.

107. Hubbs C. L. Hybridization between fish species in nature // Systema Zoology. — 1955.-V. 4.-P. 1-20.

108. Hubbs C., Drewry G., Warburton B. Occurrence and Morphology of a Phenotypic Male of a Gynogenetic Fish II Science. 1959. - V. 129. - N. 3357. - P. 1227-1229.

109. International Human Genome Sequencing Consortium. Initial sequencing and analyses of human genome //Nature. 2001. - V. 409. - P. 860-921.

110. Ivanov S. V., Potapov V. A., Filipenko E. A., Romashchenko A. G. Species-specific features of the distribution of restriction sites in Bsp-repeats of Canidae genome // Genetika. 1991. - V. 27. -N. 6. - P. 964-972.

111. Janzen M. A., Buoen L. B., Zhao F., Louis C. F. Characterization of a swine chromosome-specific centromeric higher-order repeat // Mammal Genome. 1999. - V. 10. -P. 579-584.

112. Jeffreys A. J., Allen M. J., Armour J. A., Collick A., Dubrov Y., Fretwell N., Guram T., Jobling M., May C. A., Neil D. L., Neumann R. Mutation processes at human minisatellites // Electrophoresis. 1995. - V. 16. - P. 1577-1585.

113. Jeffreys A. J., Wilson V., Tein S. L. Ilypervariable minisatellite regions in human DNA //Nature. 1985. - V. 314. - P. 67-73.

114. Jin L., Macaubas C., Hallmayer J., Kimura A., Mignot E. Mutation rate varies among alleles at a microsatellite locus: Phylogenetic evidence // Proceedings of the National Academy of Sciences USA. 1996. - V. 93. - P. 15285-15288.

115. Jones K. W., Singh L. Conserved repeated DNA sequences in vertebrate sex chromosomes // American Journal of Human Genetics. 1981. - V. 58. - P. 46-53.

116. J0rgensen A. L., Laursen H. B., Jones C., Bak A. L. Evolutionarily different alphoid repeat DNA on homologous chromosomes in human and chimpanzee // Proceedings of the National Academy of Sciences USA. 1992. - V. 89. - N. 8. - P. 3310-3314.

117. Katti M. V., Ranjekar P. K., Gupta V. S. Differential distribution of simple sequence repeats in eukaryotic genome sequences // Molecular Biology Evolution. 2001. -V. 18.-P. 1161-1167.

118. Kayser M., Roewer L., Hedman M., Henke L., Henke J., Brauer S., Kriiger C., Krawczak M., Nagy M., Dobosz T., Szibor R., de Knijff P., Stoneking M., Sajantila A.

119. Characteristic and frequency of germline mutations at microsatellite loci from the human Y chromosome, as revealed by direct observations in father/son pairs // American Journal of Human Genetics. 2000. - V. 66. - P. 1580-1588.

120. Kelly R. G. Similar origins of two mouse minisatellites within transposon-like LTRs // Genomics. 1994. - V. 24. - P. 509-515.

121. Kimura M., Crow J. F. The number of alleles that can be maintained in a finite population // Genetics. 1964. - V. 49. - P. 725-738.

122. King L. M., Cummings M. P. Satellite DNA repeat sequence variation is low in three species of burying beetles in the genus Nicrophorus (Coleoptera: Silphidae) // Molecular Biology and Evolution. 1997. — V. 14. -N. 11.-P. 1088-1095.

123. Klesert T. R„ Otten A. D., Bird T. D., Tapscott S. J. Trinucleotide repeat expansion at the myotonic dystrophy locus reduces expression of DMAHP // Nature Genetics. — 1997.-V. 16.-P. 402-406.

124. Kono T. Genomic imprinting is a barrier to parthenogenesis in mammals // Cytogenetical Genome Research. 2006. - V. 113. - N. 1-4. - P. 31-35.

125. Kono T., Obata Y., Wu Q., Niwa K., Ono Y., Yamamoto Y., Park E. S., Seo J. S., Ogawa H. Birth of parthenogenetic mice that can develop to adulthood // Nature. 2004. -V. 428. - P. 860-864.

126. Korchagin V. I., Badaeva T. N., Tokarskaya O. N., Martirosyan I. A. Molecular characterization of allelic variants of (GATA)n microsatellite loci in parthenogenetic lizards Darevskia unisexualis (Lacertidae) // Gene. 2007. - V. 392. - P. 126-133.

127. Koreth J., O'leary J. J., McGee J. O. D. Microsatellites and PCR genomic analysis // Journal of Pathology. 1996. - V. 178. - P. 239-248.

128. Kornberg A., Bertsch L. L., Jackson J. F., Korana H. G. Enzymatic synthesis ofdeoxyribonucleic acid. Oligonucleotides as templates and the mechanism of their replication //i

129. Proceedings of the National Academy of Sciences USA. 1964. - V. 51. - P. 315-323.

130. La Rota. Nonrandom distribution and frequencies of genomic and EST-derived microsatellite markers in rice wheat and barley // BMC Genomics. — 2005. — V. 6. P. 23—35.

131. Lafyatis R., Denhez F., Williams T., Sporn M., Roberts A. Sequence specific protein binding to and activation of the TGF-beta3 promoter through a repeated TCCC motif // Nucleic Acids Research. 1991. - V. 19. - P. 6419-6425.

132. Laughlin T. F., Lubinski B. A., Park E. H., Taylor D. S., Turner B. J. Clonal stability and mutation in the self-fertilizing hermaphroditic fish, Rivulus marmoratus II Journal of Heredity. 1995. - V. 86. - N. 5. - P. 399-402.

133. Laursen H. B., Jorgensen A. L., Jones C., Bak A. L. Higher rate of evolution of X chromosome alpha-repeat DNA in human than in the great apes // Journal of European Molecular Biology Organization. 1992. - V. 11. - N. 7. - P. 2367-2372.

134. Li Q., Hisatsune T., Kijima A. Induction of haploid androgenesis in Pacific oyster by UV irradiation // Marine Biotechnology (New York). 2004. - V. 6. - N. 3. - P. 291-297.

135. Lima N. R. W., Koback C. J., Vrijenhoek R. C. Evolution of sexual mimicry in sperm-dependent clonal forms of Poeciliopsis (Pisces: Poeciliidae) // Journal of Evolutionary Biology. 1996. -V. 9. - P. 185-203.

136. Liu L., Dybvig K., Panangala V. S., van Santen V. L., French C. T. GAA trinucleotide repeat region regulates M9/pMGA gene expression in Mycoplasma gallisepticum II Infection and Immunity. 2000. - V. 68. - P. 871-876.

137. Lloyd M. A., Filds M. J., Thorgaard G. H. Bkm minisatellite sequences are not sex associated but reveal DNA fingerprint polymorphisms in rainbow trout // Genome. 1989. -V. 32.-P. 865-868.

138. Lorite P., Garcia M. F., Palomeque T. Satellite DNA in the ant Messor structor (Hymenoptera, Formicidae) // Genome. 1999. - V. 42. -N. 5. - P. 881-886.

139. MacCulloch R. D., Murphy R. W., Kupriyanova L. A., Darevsky I. S. Clonal variation in the parthenogenetic rock lizard Lacerta armeniaca II Genome. 1995. - V. 38. — P. 1057-1060.

140. MacCulloch R. D., Murphy R. W., Kupriyanova L. A., Darevsky I. S. The Caucasian rock lizard Lacerta rostombekovv. a monoclonal parthenogenetic vertebrate // Biochemical Systematics and Ecology. 1997. - V. 25. -N. 1. — P. 33-37.

141. Macgregor H. C., Uzzell T. M. Gynogenesis in salamanders related to Ambystoma jeffersonianum II Science. 1964. - V. 143. - N. 3. - P. 1043-1045.

142. Mahtani M. M., Willard H. F. A polymorphic X-linked tetranucleotide repeat locus displaying a high rate of new mutation: implications for mechanisms of mutation at short tandem repeat loci // Human Molecular Genetics. 1993. - V. 2. - P. 431-437.

143. Mathew C. G. P. The isolation of high molecular weight eukaryotic DNA / Ed: Walker J. M. // In: Methods in Molecular Biology. N. Y. : Humana press, 1984. - V. 2. -P. 31-34.

144. McGrath J., Solter D. Completion of mouse embryogenesis requires both the maternal and paternal genomes // Cell. 1984. - V. 37. - N. 1. - P. 179-183.

145. Melody S. Zoogeography of Parthenogenetic Whiptail Lizards (Cnemidophorus lemniscatus) in the Guianas: Evidence from Skin Grafts, Karyotypes, and Erythrocyte Areas // Journal of Biogeography. 1985. - V. 12. - N. 1. - P. 49-56.

146. Metzgar D., Bytof J., Wills C. Selection against frameshift mutations limits microsatellite expansion in coding DNA // Genome Research. 2000. — V. 10. - P. 72-80.

147. Miklos G. L. G. Localized highly repetitive DNA sequences in vertebrate and invertebrate genome / Ed: Mclntyre J. R. // In: Molecular Evolutionary Genetics. N. Y. : Plenum press, 1985. - P. 241-349.

148. Modi W. S., Gallagher D. S., Womack J. E. Evolutionary histories of highly repeated DNA families among the Artiodactyla (Mammalia) // Journal of Molecular Evolution. — 1996.-V. 42.-P. 337-349.

149. Monckton D. G., Coolbaugh M. I., Ashizawa K. T., Siciliano M. J., Caskey C. T. Hypermutable myotonic dystrophy CTG repeats in transgenic mice // Nature Genetics. 1997. — V. 15.-P. 193-196.

150. Montagnon D., Crovella S., Rumplcr Y. Comparison of highly repeated DNA sequences in some Lemuridae and taxonomic implications // Cytogenetics and Cell Genetics. — 1993.-V. 63.-N. 2.-P. 131-134.

151. Moore W. S. Evolutionary ecology of unisexual fishes / Ed: Turner B. J. // In: evolutionary Genetics of fishes. Plenum press New York, 1984. — P. 329—398.

152. Moritz C., Donnelan S., Adams M., Baverstock P. R. The origin and evolution of parthenogenesis in Heteronotia binoei (Gekkonidae): extensive genotypic diversity among parthenogens // Evolution. 1989. - V. 43. - P. 994-1003.

153. Moritz C., Uzzel T., Spolsky C., Hotz H., Darevsky I. S., Kupriyanova L. A., Danielyan F. The maternal ancestry and approximate age of parthenogenetic species of Caucasian rock lizards (.Lacerta: Lacertidae) // Genetica. 1992. - V. 87. — P. 53-62. .

154. Murphy R. W., Darevsky I. S., MacCulloch R. D. Old age, multiple formations or genetic plasticity? Clonal diversity in the uniparental Caucasian rock lizard Lacerta dahli 11 Genetica. 1997. - V. 101.-P. 125-130.

155. Murphy R. W., Robert W. The correct spelling of the Latinized name for Rostombekov's rock lizard // Amphibia-Reptilia. 1999. - V. 20. - N. 2. - P. 225-226.

156. Nadir E., Hargalit H., Gallily T., Ben-Sasson S. A. Microsatellite spreading in the human genome: Evolutionary mechanisms and structural implications // Proceedings of the National Academy of Sciences USA. 1996. - V. 93. - P. 6470-6475.

157. Neff B., Gross M. Microsatellite evolution in vertebrates: inference from AC dinucleotidc repeats//Evolution.-2001.-V. 55.-N. 9.-P. 1717-1733.

158. Odierna G., Capriglione T., Caputo V., Olmo E. Chromosome G-banding comparison among some mediterranean lacertid lizards / Eds: Valakos E. D., Böhme W., Perez-Mellado V., Maragou P., Bonn // Lacertid of the mediterranean region. 1993. - P. 51-59.

159. Ohta T., Kimura M. The model of mutation appropriate to calculate the number of electrophoretically detectable alleles in a genetic population // Genetics Research. 1973. -V. 22. - P. 201-204.

160. Oliver J. H. Introduction to the Symposium on Parthenogenesis // American Zoologist. 1971.-V. 11.-N. 2.-P. 241-243.

161. Olmo E. Genome Variations in the transition from Amphibians to Reptiles // Journal of Molecular Evolution. 1991. - V. 33. - P. 68-75.

162. Olmo E., Odierna G., Capriglione T. The karyology of mediterranean Lacertidae lizards / Eds: Valakos E. D., Böhme W., Perez-Mellado V., Maragou P., Athens, Bonn, Alicante // Lacertid of the mediterranean region. 1993. - P. 61-84.

163. Olsen M. W. Performance record of a parthenogenetic turkey male // Science. — 1960.-V. 132.-N. 3440.-P. 1661.

164. Orti G., Pearse D. E., Avise J. C. Phylogenetic assessment of length variation at microsatellite locus // Proceedings of the National Academy of Sciences USA. 1997. -V. 94.-P. 10745-10749.

165. Parker E. D. Phenotypic consequences of parthenogenesis in Cnemidophorus lizards. Invariability in parthenogenetic and sexual populations // Evolution. 1979. - V. 33. — P.1150-1166.

166. Pearson C. E., Sinden R. R. Alternative structures in duplex DNA formed within the trinucleotide repeats of the myotonic dystrophy and fragile X loci // Biochemistry. — 1996. — V. 35.-P. 5041-5053.

167. Plohl M., Mistrovic N., Bruvo B., Ugarkovic D. Similarity of structural features and evolution of satellite DNAs from Palorus subdepressus (Coleoptera) and related species // Journal of Molecular Evolution. 1998. - V. 46. - P. 234-239.

168. Porter K. R. Androgenetic development of the egg of Rana pipiens // Biological Bulletin. 1939. - V. 77. - P. 233-257.

169. Purdom C. E. Genetics and fish breeding / Chapman, Hall. // In: Fish and Fisheries Series. United Kingdom, London, 1993. - № 8. - P. 291.

170. Radic M. Z., Lundgren K., Hamkalo B. A. Curvature of mouse satellite DNA and condensation of heterochromatin // Cell. 1987. - V. 50. - N. 7. - P. 1101-1108.

171. Reik W., Collick A., Norris L., Surani M. A. Genomic imprinting determines methylation of a female mule and jack donkey // Journal of Heredity. 1987. - V. 76. — P. 248-251.

172. Rise M. L., Frankel W. N., Coffin J. M., Seyfried T. N. Genes for epilepsy mapped in the mouse // Science. 1991. - V. 253. - N. 5020. - P. 669-673.

173. Romanova L. Y., Deriagin G. V., Mashkova T. D. Evidence for selection in evolution of alpha satellite DNA. The central role of CENP-B/pJa binding region // Journal of Molecular Biology. 1996. - V. 261. - P. 334-340.

174. Rossi M. S., Reig O. A., Zorzopulos J. Evidence for rolling-circle replication in a major satellite DNA from the South American rodents of the genus Ctenomys II Journal of Molecular Evolution. 1990. - Y. 7. - N. 4. - P. 340-350.

175. Savic I., Soldatovic B. Distribution range and evolution of chromosomal forms in the Spalacidae of the Balkan Peninsula and bordering regions // Journal of Biogeography. -1979.-V. 6.-P. 363-374.

176. Schafer R. The conceptualisation of clinical facts // The International Journal of Psychoanalysis. 1994. - Y. 5-6. - P. 1023-1030.

177. Schafer R., Zischler H., Epplen J. T. (CAC)s, a very informative oligonucleotide probe for DNA fingerprinting //Nucleic Acids Research. 1988. -V. 16. -N. 11. - P. 5196.

178. Schlótterer C., Tautz D. Slippage synthesis of simple sequence DNA // Nucleic Acids Research. 1992. - V. 20. - P. 211-215.

179. Schultz J. R. Gynogenesis and Triploidy in the Viviparous Fish Poeciliopsis II Science. 1967. -V. 157. -N. 3796.-P. 1564-1567.

180. Schultz J. R. Hybridization, unisexuality and polyploidy in the teliost Poeciliopsis (Poeciliidae) and other vertebrates // American Naturalist. 1969. - Y. 103. - N. 934. -P. 605-619.

181. Shimoda N., Knapik E. W., Ziniti J., Sim C., Yamada E., Kaplan S., Jackson D., de Sauvage F., Jacob H., Fishman M. C. Zebrafish genetic map with 2000 microsatellite markers // Genomics. 1999. - V. 58. - P. 219-232.

182. Solter D. Differential imprinting and expression of maternal and paternal genomes // Annual Review of Genetics. 1988. - V. 22. - P. 127-146.

183. Southern E. Gel electrophoresis of restriction fragments // Methods in Enzymology. 1975. - Y. 69. - P. 152.

184. Spruell P., Thorgaard G. H. Sine sequences detect DNA fingerprints in salmonid fishes // Heredity. 1996. - V. 17. - P. 317-324.

185. Strand M., Prolla T. A., Liskay R. M., Petes T. D. Destabilization of tracts of simple repetitive DNA in yeast by mutations affecting DNA mismatch repair // Nature. — 1993.-V. 365. -P. 274-276.

186. Subramanian S., Mishra R. K., Singh L. Genome-wide analysis of microsatellite repeats in humans: their abundance and density in specific genomic regions // Genome Biology. 2003. - V. 4. - N. 2. - P. 13.

187. Surani M. A. N., Barton S. C., Norris L. M. Development of reconstituted mouse eggs suggests imprinting of the genome in gametogenesis // Nature. 1984. - V. 308. — P. 548-550.

188. Templeton A. R., Clark A. G., Weiss K. M., Nickerson D. A., Boerwinkle E., Sing C. F. Recombinational and mutational hot spots within the human lipoprotein lipase gene // American Journal of Human Genetics. 2000. - V. 66. - P. 69-83.

189. Thein S. L., Hesketh C., Wallace R. B. Human genetic disease a practical approach / Ed: Davies K. E. // In: Human Genetic Disease: A Practical Approach. - IRL Press, Oxford, 1986.-P. 33-50.

190. Toth G., Gaspan Z., Jurka J. Mierosatellites in different eukaryotic genomes survey and analysis // Genome Research. 2000. - V. 10. - P. 967-981.

191. Townsend D. S., Stewart M. M., Pough F. H., Brussard P. F. Internal fertilization in an oviparous frog (Eleutherodactylus coqui) II Science. 1981. - V. 212. - P. 469-471.

192. Treco D., Arnheim N. The evolutionary conserved repetitive sequence d(TG/AC)n promotes reciprocal exchange and generates unusual recombinant tetrads during yeast meiosis // Molecular and Cellular Biology. 1986. - V. 6. - P. 3934-3947.

193. Trifonov E. N. Tuning function of tandemly repeating sequences: a molecular device for fast adaptation // Proceedings of the International Conference on genomics and evolution. Costa Rica, 1999. - P. 74.

194. Turner B. J., Elder J. F., Laughlin T. H., Davis W. P. Genetic variation in clonal vertebrates detected by simple sequence DNA fingerprinting // Proceedings of the National Academy of Sciences USA. 1990. - V. 87. - P. 5653-5657.

195. Urquhart A., Kimpton C. P., Downes T. J., Gill P. Variation in short tandem repeat sequences a survey of twelve microsatellite loci for use as forensic identification markers // International Journal of Legal Medccine. - 1994. - V. 107. - P. 13-20.

196. Uzzell T. M. Meiosis mechanisms of naturally occurring unisexual vertebrates // . American Nature. 1970. - V. 104. - P. 433-445.

197. Varley J. M., Macgregor H. C., Barnett L. Characterisation of a short, highly repeated and centromerically localised DNA sequence in crested and marbled newts of the genus Triturus II Chromosoma. 1990. - V. 100. - N. 1. - P. 15-31.

198. Vorlickova M., Kejenovska I., Kovanda J., Kyrp J. Dimerization of the guanine-adenine repeat strands of DNA //Nucleic Acids Research. 1999. - V. 27. - P. 581-586.

199. Vrijenhoek R. C., Schultz R. J. Evolution of a trihybrid unisexual fish (Poeciliopsis, Poecilidae) II Evolution. 1974. - V. 28. - P. 306-319.

200. Wahls W. P., Moore P. D. Homologous recombination enhancement conferred by the Z-DNA motif d(TG)3o is abrogated by simian virus 40 T antigen binding to adjacent DNA sequences // Molecular and Cellular Biology. 1990. - V. 10. - P. 794-800.

201. Trifonov E. N. Tuning function of tandemly repeating sequences: a molecular device for fast adaptation // Proceedings of the International Conference on genomics and evolution. Costa Rica, 1999. - P. 74.

202. Turner B. J., Elder J. F., Laughlin T. H., Davis W. P. Genetic variation in clonal vertebrates detected by simple sequence DNA fingerprinting // Proceedings of the National Academy of Sciences USA. 1990. - V. 87. - P. 5653-5657.

203. Urquhart A., Kimpton C. P., Downes T. J., Gill P. Variation in short tandem repeat sequences a survey of twelve microsatellite loci for use as forensic identification markers // International Journal of Legal Medecine. - 1994. - V. 107. - P. 13-20.

204. Uzzell T. M. Meiosis mechanisms of naturally occurring unisexual vertebrates // American Nature. 1970. - V. 104. - P. 433-445.

205. Varley J. M., Macgregor H. C., Barnett L. Characterisation of a short, highly repeated and centromerically localised DNA sequence in crested and marbled newts of the genus Triturus// Chromosoma. 1990. -V. 100. -N. 1. - P. 15-31.

206. Vorlickova M., Kejenovská I., Kovanda J., Kyrp J. Dimerization of the guanine-adenine repeat strands of DNA //Nucleic Acids Research. 1999. - V. 27. - P. 581-586.

207. Vrijenhoek R. C., Schultz R. J. Evolution of a trihybrid unisexual fish (Poeciliopsis, Poecilidae) // Evolution. 1974. - V. 28. - P. 306-319.

208. Wahls W. P., Moore P. D. Homologous recombination enhancement conferred by the Z-DNA motif d(TG)3o is abrogated by simian virus 40 T antigen binding to adjacent DNA sequences // Molecular and Cellular Biology. 1990. - V. 10. - P. 794-800.

209. Wahrman J., Goitein R., Nevo E. Mole rat Spalax: evolutionary significance of chromosome variation // Science. 1969. - V. 164. - N. 875. - P. 82-84.

210. Wang Y. H., Griffin J. Expanded CTG repeats triplet blocks from myotonic dystrophy gene create the strongest known natural nucleosome positioning elements // Genomics. 1995. - V. 25. - P. 570-573.

211. Watts P. C., Buley K. R„ Sanderson S., Boardman W., Ciofi C., Gibson R. Parthenogenesis in Comodo dragons //Nature. 2006. - V. 444. - P. 1021-1022.

212. Weber J. L., Wong C. Mutation of human short tandem repeats // Human Molecular Genetic. 1993. - V. 2. - P. 1123-1128.

213. Weissenbach J., Gyapay G., Dib C., Vignal A., Morissette J., Millasseau P., Vaysseix G., Lathrop M. A second-generation linkage map of the human genome // Nature. — 1992.-V. 359.-P. 794-801.

214. Wells R. D. Molecular basis of genetic instability of triplet repeats // Journal of Biological Chemistry. 1996. - V. 271. - N. 6. - P. 2875-2878.

215. Wierdl M., Dominska M., Petes T. D. Microsatellite instability in yeast: dependence on length of the microsatellite // Genetics. 1997. - V. 146. - P. 769-779.

216. Wilmhoff C. D., Csepeggi C. E., Petren K. Characterization of dinucleotide microsatellite markers in parthenogenetic mourning gecko (Lepidodactylus lugubris) // Molecular Ecology. 2003. - V. 3. - P. 400-402.

217. Witney F. R., Furano A. V. Highly repeated DNA families in the rat // Journal of Biological Chemistry. 1984.-V. 259.-N. 16.-P. 10481-10492.

218. Wolfgang S., Cho S. Possible role of natural selection in the formation of Tanden-Repetitive noncoding DNA // Genetics. 1994. - V. 136. - P. 333-341.

219. Wyman A., White R. A highly polymorphic locus in human DNA // Proceedings of the National Academy of Sciences USA. 1980. - V. 77. - P. 6474.

220. Xu X., Peng M., Fang Z. The direction of microsatellite mutations is dependent upon allele length // Nature Genetics. 2000. - V. 24. - P. 396-399.

221. Zhivotovsky L. A., Rosenberg N. A., Feldman M. W. Features of evolution and expansion of modern humans, inferred from genomewide microsatellite markers // The American Journal of Human Genetics. 2003. - V. 72. - N. 5. - P. 1171-1186.

222. Я благодарен Ректорату ГОУ ВПО «Московский педагогический государственный университет» за предоставленную возможность обучения в очной основной аспирантуре и возможность выполнить Диссертационную работу.

223. Особенно я благодарен своим родителям и своей семье.

Информация о работе

Вергун, Андрей Александрович
кандидата биологических наук
Москва, 2009
ВАК 03.00.04

Диссертация

Молекулярная структура и полиморфизм микросателлитных локусов у однополых и двуполых видов рептилий рода Darevskia - тема диссертации по биологии, скачайте бесплатно

Автореферат

Похожие работы