Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему

Кристаллизация и исследование структуры фактора терминации трансляции RF1 и фактора рециклинга рибосом RRF из Thermus thermophilus

ВАК РФ 03.00.03, Молекулярная биология

Содержание диссертации, кандидата биологических наук, Тин, Ульяна Феликсовна

ВВЕДЕНИЕ.

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

ФАКТОРЫ ТЕРМИНАЦИИ ТРАНСЛЯЦИИ И РЕЦИКЛИНГА РИБОСОМ

Глава 1. Белковые факторы терминации.

1. Фактора теминации первого и второго класса у прокариот и эукариот.

2. Исследования структуры факторов терминации I класса.

2.1. Сайт узнавания стоп-кодона.

2.2. Сайт связывания факторов I класса с фактором П класса.

2.3. Гидролиз пептидил-тРНК.

3. Связывание факторов терминации на рибосоме.

4. Структура эукариотического фактора терминации еЯЛ.

Глава 2. Фактор рециклинга рибосом ЯШ7.

ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ.

Материалы и методы.

1. Материалы.

2. Приборы.

3. Методы.

3.1. Вьщеление фактора терминации йЮ7 1.

3.2. Протеолиз фактора терминации ИЛЛ.

3.3. Анализ продуктов протеолитического гидролиза йКР1.

3.3.1. Определение 1Ч-концевой последовательности фрагментов

3.3.2. Определение точного молекулярного веса фрагментов ЛИП.

3.4. Выделение фрагментов «т211, «ЯП231, «ЯП

3.5. Вьщеление фактора рециклинга рибосом Ш1КР.

3.6. Гель-электрофорез белков в полиакриламидном геле с БЭБ.

3.7. Кристаллизация белков.

3.7.1. Выращивание крупных кристаллов «ЯН292.

3.7.2. Выращивание крупных кристаллов МИЛТ и получение тяжелоатомных производных этих кристаллов.

РЕЗУЛЬТАТЫ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ

Глава 1. Выделение и исследование фактора терминации тТИегтт ШешорИНш.

1. Выделение фактора терминации ЯП Т. 1кегторЫ1из

2. Кристаллизация интактного фактора терминации йИЕ 1.

3.1. Протеолиз фактора терминации йКБ.

3.2. Выделение фрагментов фактора терминации ЦМ7.

3.3. Кристаллизация фрагментов фактора терминации ИШ^Т.

Глава 2. Выделение, кристаллизация и исследование структуры фактора рециклинга рибосом Ш^Е ТИегтш IИегторИИш.

1. Выделение фактора ТлкегторИИиз.

2. Кристаллизация фактора

3. Исследование структуры фактора йИШ7.

ВЫВОДЫ.

Введение Диссертация по биологии, на тему "Кристаллизация и исследование структуры фактора терминации трансляции RF1 и фактора рециклинга рибосом RRF из Thermus thermophilus"

Изучение механизма биосинтеза белка является одной из важнейших задач молекулярной биологии. Для детального понимания механизма работы белоксинтезирующего аппарата клетки необходимо знание структурной организации его компонентов. Единственный метод, позволяющий определить структуру крупных биополимеров с атомарным разрешением, это метод рентгеноструктурного анализа. В настоящее время наиболее перспективными для рентгенографических исследований являются белки и нуклеиновые кислоты из термофильных микроорганизмов, т.к. они обладают повышенной стабильностью и легче кристаллизуются, чем гомологичные им молекулы из мезофильных бактерий. Однако даже такие стабильные белки не всегда удается закристаллизовать. Для проведения экспериментов по кристаллизации необходимы препаративные количества гомогенного нативного белка высокой степени чистоты. Структурные и динамическкие свойства молекул белка также в значительной степени влияют на их склонность к кристаллизации.

В Институте белка РАН работа по выделению, кристаллизации и структурным исследованиям компонентов аппарата трансляции из грамотрицательной экстремально термофильной эубактерии Ткегтш ^егторИИия ведется уже более 20 лет. В сотрудничестве с рядом кристаллографических групп были определены пространственные структуры ряда рибосомных белков и их комплексов с РНК. Также была решена пространственная структура одного из важнейших компонентов белоксинтезирующей системы, фактора элонгации ЕР-О из ТИегтт МегторкИш. Данная диссертация посвящена разработке методов выделения, кристаллизации и исследованию структуры фактора терминации ИЛ и фактора рециклинга рибосом Ш^Г из Т. МегторИИш.

В процессе работы нами была разработана методика выделения препаративных количеств фактора терминации ЙЕ! Т. {ИегторИНаз из штамма-суперпродуцента Е. coli. Проведен поиск условий кристаллизации интактного фактора. Получены и проанализированы крупные протеолитические фрагменты фактора RF1 и показано, что N-концевая область молекулы более стабильна к гидролизу, в отличие от С-концевой области. Наработаны препаративные количества каждого из фрагментов и проведены эксперименты по кристаллизации. Были получены кристаллы наиболее крупного фрагмента и проведены предварительные кристаллографические исследования.

Так же в ходе работы была разработана методика выделения препаративных количеств фактора рециклинга рибосом RRF Т. thermophilus из клеток штамма-суперпродуцента E.coli. Проведен поиск условий кристаллизации фактора RRF и получены кристаллы, пригодные для рентгеноструктурного анализа и отражающие рентгеновские лучи с разрешением 2.6 Ä. Кристаллы были использованы для определения структуры фактора. Анализ структуры совместно с экспериментами по мутагенезу показал наличие функционально важной внутримолекулярной подвижности фактора, влияющей на уровень его активности.

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

ФАКТОРЫ ТЕРМИНАЦИИ ТРАНСЛЯЦИИ И РЕЦИКЛИНГА РИБОСОМ.

Заключение Диссертация по теме "Молекулярная биология", Тин, Ульяна Феликсовна

выводы

1. Разработана методика выделения фактора терминации RF1 Thermus thermophilus из штамма-суперпродуцента.

2. Найдены условия для проведения ограниченого протеолиза RF1 Т. thermophilus и получены его крупные стабильные фрагменты. Фрагменты проанализированы и показано, что N-концевая область молекулы устойчива к протеолизу, в отличие от С-концевой области.

3. Наработаны препаративные количества каждого из стабильных фрагментов и проверена возможность их кристаллизации. Показано, что фрагменты белка RF1 Т. thermophilus, имеющие обрыв полипептидной цепи в позициях 211 и 231, теряют способность к кристаллизации из-за не полностью сформированного С-концевого домена.

4. Получены крупные кристаллы RF1 Т. thermophilus, укороченного на 62 аминокислотных остатка с С-конца. Проведены предварительные кристаллографические исследования.

5. Разработана методика выделения фактора рециклинга рибосом RRF Thermus thermophilus из штамма-суперпродуцента. Получены кристаллы этого белка, пригодные для рентгеноструктурного анализа, что позволило определить структуру данного фактора с разрешением 2.6Ä.

6. Проведено сравнение структуры фактора RRF Т. thermophilus со структурой гомологичного фактора из Termotoga maritima. Выявлена междоменная подвижность в молекуле фактора, которая обусловлена гибкостью междоменной перемычки. Сопоставление структурных данных с данными экспериментов по мутагенезу показало, что междоменная подвижность важна для функционирования RRF.

Библиография Диссертация по биологии, кандидата биологических наук, Тин, Ульяна Феликсовна, Пущино

1. jEvarsson A., Brazhnikov E., GarberM., Zheltonosova J., Chirgadze Y., Al-Karadaghi S., Svensson L.A., Liljas A. 1994. Three-dimensional structure of the ribosomal translocase: elongation factor G from Thermis thermophilus. EMBOJ. 13,3669-3677.

2. Andjelkovic N., Zolnierowicz S., Van Hoof C., Goris J., Hemmings B.A. 1996. The catalytic subunit of the protein phosphatase 2 A associates with the translation termination factor eRF 1. EMBO J15, 7156-7167.

3. Arkov A.L., Freistroffer D.V., Ehrenberg M., Murgola E.J. 1998. Mutations in RNAs of both ribosomal subunits cause defect in translation termination. EMBOJ. 17, 1507-1514.

4. Arkov A.L., Murgola E.J. 1999. Ribosomal RNAs in translation termination: facts and hypothesis. Biochemistry 64, 1354-1359.

5. Brenner S., Bamett L., Katz E.R., Crick F.H.C. 1967. UGA: A third nonsense triplet in the genetic code. Nature 213, 449-450.

6. Brenner S., Stretton A.O.W., Kaplan S. 1965. Genetic code: The 'nonsense' triplets for chain termination and their suppression. Nature 206, 994-998.

7. Brock S., Szkaradkiewicz K., Sprinzl M. 1998. Initiation factors of protein biosynthesis in bacteria and their structural reletionship to elongation and termination factors. Mol. Microbiol. 29, 409-417.

8. Brock S., Szkaradkiewicz K., Sprinzl M. 1998. Initiation factors of protein biosynthesis in bacteria and their structural relationship to elongation and termination factors. Mol. Microbiol. 29, 409-417.

9. Buckingham R.H., Grentzman G., Kisselev L. 1997. Polypeptide chain release factors. Mol. Microbiol. 24, 449-456.

10. Buckingham R.H., Grentzmann G., Kisselev L.L. 1997. Polypeptide chain release factors. Mol. Microbiol. 24, 449-456.

11. Capecchi M.R., Klein H.A. 1969. Characterization of three proteins involved in polypeptide chain termination. Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 34, 469-477.

12. Caskey C.T. 1977. Peptide chain termination. In Molecular Mechanisms of Protein Biosynthesis (H. Weissbach and S.Pestka, eds.). 443-465. Academic Press, New York.

13. Caskey C.T. 1980. Peptide chain termination. Trends Biochem. Sci. 5, 234237.

14. Caskey T., Skolnick E., Tompkins R., Goldstain J., Milman G. 1969. Peptide chain termination, codon, protein factor, and ribosomal requirements. Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 34,479-488.

15. Crick F.H.C. 1966. Codon-anticodon pairing: the wobble hypothesis. J. Mol. Biol. 19, 548-555.

16. Czworkowski J.,Wang J., Steitz T.A., Moore P.B. 1994. The crystal structure of elongation factor G complexed with GDP, at 2.7 A resolution. EMBO J. 13, 3661-3668.

17. Dahlgren A., Ryden-Aulin M. 2000. A novel mutation in ribosomel protein S4 that affects the function of a nutated RF1. Biochimie 82, 683-691.

18. Davies D.K., Segal D.M. 1971. Protein crystallization: microtechniques involving vapor diffusion. In: Methods in Enzymology, ed. Jacoby W.B. Acad. Press, N.Y., 22, 266-286.

19. Din9bas-Renqvist V., Engstrom A.,Mora L., Heurge-Hamard V., Buckingham R., Ehrenberg M. 2000. A post-translational modification in the GGQ motif of RF2 from Escherichia coli stimulates termination of translation. EMBO J. 19, 6900-6907.

20. Dontsova M., Frolova L., Vassilieva J., Piendl W., Kisselev L., Garber M. 2000.

21. Ebihara K., Nakamura Y. 1999. C-terminal interaction of translational release factors eRFl and eRF3 of fission yeast: G-domain uncoupled binding and the role of conserved amino acids. RNA 5, 739-750.

22. Eggertsson G., Soil P. 1988. Transfer RNA-mediated supression of terniination codons in E.coli. Microbiol. Rev. 52, 354-379.

23. Eurwilaichitr L., Graves F.M., Stansfield I., Tuite M. 1999. The C-terminus of the eRFl defines a fimctionally important domain for translation termination in Schizosaccharomyces cerevisiae. Mol. Microbiol. 32, 485-496.

24. Freistroffer D.V., Pavlov M.Y., MacDougal J., Buckingham R.H., Ehrenberg M. 1997. Release factor RF3 in E.coli accelerates the dissoociation of release factors RF1 and RF2 from the ribosome in a GTP-dependent manner. EMBO J. 16, 4126-4133.

25. Frolova L., Le Goff X., Zhouravleva G., Davydova E., Philippe M., Kisselev L. 1996. Eukaryotic polypeptide chain release factor eRF3 is an eRFl- and ribosome-dependent guanosine triphosphatase. RNA. 2,334-341.

26. Frolova L.Y., Merkulova T.I., Kisselev L.L. 2000. Translation termination in eukaryotes: Polypeptide release factor eRFl is composed of functionally and structurally distinct domains. RNA 6, 381-390.

27. Fujiwara T., Ito K., Nakayashiki T., nakamura Y. 1999. Amber mutations in ribosome recycling factors of Escherichia coli and Thermus thermophilus: evidence for C-terminal modulator element. FEBS Lett. 447, 297-302.

28. Fujiwara T., Ito K., Nakayashiki T., Nakamura Y. 2000. Functional maping of ribosomal-contact sites in the ribosome recycling factor: structural view from tRNA mimic. RNA 7, 64-70io

29. Goldstain J.L., Caskey C.T. 1970. Peptide chain termination: effect of protein S on ribosomal binding of release factor. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 67, 537543.

30. Grentzman G., Brechemeyer-Baey D., Heurgue V., Mora L., Buckingham R.H. 1994. Localization and characterization of the gene encoding release factor RF3 in Escherichia coli. Proc.Natl. Acad. Sci. USA. 91, 5848-5852.

31. Grentzmann G., Kelly P.J., Laalami S., Shuda M., Firpo M.A., Cenatiempo Y., Kaji A. 1998. Release factor RF3 GTPase activity acts in disassembly of the ribosome termination complex. RNA. 4,973-983.

32. Gualerzi C., Pon C.L., Kaji A. 1971. Initiation factor dependent release of aminoacyl-tRNAs from complex of 30S ribosomal subunis, synthetic polynucleotide and aminoacyl tRNA. Biochem. Biophys. Res.Commun. A5, 1312-1319.

33. Hirashima A., Kaji A. 1972. Factor-dependent release of ribosomes from messenger RNA-requirement for two heat-stable factors. J. Mol. Biol. 65, 4358

34. Hirashima A., Kaji A. 1973. Role of elongation factor G and a protein factor on the release of ribosome from messenger ribonucleic acid. J. Biol. Chem. 248. 7580-7587.

35. Hubbard S.J., Beynon R.J., Thornton J.M. 1998. Assessment of conformational parameters as predictor of limited proteolytic sites in native protein structure. Prot.Eng. 11, 349-359.

36. Ito К., Ebihara К., Nakamura Y. 1998. The stretch of C-terminal acidic amino acids of translational release factor eRFl is a primary binding site for eRF3 of fission yeast. RNA 4, 958-972.

37. Ito K., Ebihara K., Nakamura У. 1998a. The stretch of C-terminal acidic amino acids of translational release factor eRFl is a primarybinding site for eRF3 of fission yeast. RNA 4, 958-972.

38. Ito K., Nakamura Y. 1997. Cloning and overexpression of polypeptide release factor 1 of Thermus thermophilus. Biochimie 79, 287-292.

39. Ito K., Uno M., Nakamura Y. 1996 Conserved motifs of prokaryotic and eukaiyotic polypeptide chain release factors: tRNA-protein mimicry hypothesis. Proc.Natl. Acad. Sci. USA. 93, 5443-5448.

40. Ito K., Uno M., Nakamura Y. 1998. Single amino acid substitution in prokaryote polypeptide release factor 2 permits to terminate translation at all three stop codon. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95, 8165-8169.

41. Ito K., Uno M., Nakamura Y. 2000. A tripeptide "anticodon" deciphers stop codons in messenger RNA. Nature 403, 680-684.

42. Janosi L, Shimizu I., Kaji A. 1994. Ribosome recycling factor (ribosome releasing factor is essential for bacterial growth. Proc. Natl. Acad. Sci USA 91, 4249-4253.

43. Janosi L., Нага H., Zhang S., Kaji A. 1996. Ribosome recycling by ribosome recycling factor(RRF) an important but overlooked step of protein biosynthesis. Adv. Biophys. 32, 121-201

44. Janosi L., Mottagui-Tabar S., Isaksson L.A., Sekine Y., Ohtsubo E., Zhang S., Goon S., Nelken S., Shuda M., Kaji A. 1998. Evidance for in vivo ribosome recycling, the fourth step in protein biosynthesis. EMBO J. 17, 1141-1151.

45. Janosi L., Ricker R., Kaji A. 1996. Dual functions of ribosome recycling factor in protein biosynthesis: disassembling the termination complex and preventing translational error. Biochemie 78, 959-969.

46. Kaji A, Teyssier E., Hirokawa G. 1998. Disassembly of post termination complex and reductionof translational error by ribosome recycling factor (RRF) A possible new target for antibacterial agents. Biochem. Biophys. Res.Commun. 250, 1-4

47. Kaji A., Igarashi K., Ishitsuka H. 1969. Interaction of tRNA with ribosomes: Biding and release of tRNA. Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 34, 167177.

48. Karimi R., Pavlov M.Y., Buckingham R.H., Ehrenberg M. 1999. Novel roles for classical factors at the interface between translation termination and initiation. Mol Cell. 3, 601-609.

49. Kastner В., Trotman C.N., Tate W.P. 1990. Localization of the release factor-2 binding site on 70S ribisimes by immuno-electron microscopy. J. Mol. Biol. 212,241-245.

50. Kawazu Y., Ito K., Matsumura K., Nakamura Y. 1995. Comparative characterization of release factor RF-3 genes of Escherichia coli, Salmonella typhimurium, and Dichelobacter nodosus. J.Bacteriology 111, 5547-5553.

51. Kawazu Y., Ito K., Matsumura K., Nakamura Y. 1995. Comparative characterization of release factor RF3 genes of Escherichia coli, Salmonella typhimurium and Dichelobacter nodosus. J. Bacteriol.

52. Kim K.K., Min K., Suh S.W. 2000. Crystal structure of the ribosome recycling factor from Escherichia coli. EMBO J. 10, 2362-2370.

53. Klenk H.P., Clayton R.A., Tomb J.F. et al. 1997. The complete genome sequence of the hyperthermophilic, sulphate-reducing archaeon Archaeoglobus fulgidus. Natire 390, 364-370.

54. Konecki D.S., Aune K.C., Tate W.P., Caskey C.T. 1977. Characterization of reticulocyte release factor. J. Biol. Chem. 252,4514-4520

55. Marina A., Garcia M.A., Albar J.P., Yague J., Lopes De Castro J.A., Vazquez J. 1999. High-sensitivity analysis and sequencing of peptides by quadupole ion trap mass spectrometry. J. Mass Spectrom. 34, 17-27.

56. Matsudaria P. 1987. Sequence from picomole quantities of proteins electroblotted onto polyvinylidene difluoride membranes. J. Biol. Chem. 262, 10035-11003.

57. Merkulova T.I., Frolova L.Y, Lazar M., Camonis J., Kisselev L.L. 1999. C-terminal domains of human translation termination factors'eRFl and eRF3 mediate their in vivo interaction. FEBS Lett. 443, 41-47.

58. Mikuni O., Oto K., Moffat J., Matsumura K., Mccaughan K., Nobucuni T., Tate W. and Nakamura Y. 1994. Identification of the prfC gene, which encodes peptide-chain-release factor 3 of Escherichia coli. Proc.Natl.Acad.Sci.USA 91, 5798-5802.

59. Milman G., Goldstain J., Scolnick E., Caskey T. 1969. Peptide chain termination 3. Stimulation of in vitro termination. Proc.Natl. Acad. Sci. USA. 63,183-190.

60. Moffat J.G., Tate W.P. 1994. A single proteolytic cleavage in realise factor 2 stabilizes ribosome binding and abolish peptidyl-tRNA hydrolysis activity. J. Biol. Chem. 269, 18899-18903.

61. Moffat J.G., Timms K.M., Trotman C.N.A., Tate W.P. 1991. Interaction of the release factors with Escherichia coli ribosome: structurally and functionally-important domains- Biochimie 73, 1113-1120.

62. Moine H., Dahlberg A.E. 1994. Mutations in helix 34 of Escherichis coli 16S ribosomal RNA have multiple effects on ribosome function and synthesis. J. Mol. Biol. 243, 402-412.

63. Munishkin A., Wool I.G. 1997. The ribosom in pieces: Binding of elongation factor EF-G to oligoribonucleotides that mimic the sarcin/ricin and thiostrepton dimains of 23S ribosomal RNA. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 94,12280-12284.

64. Murgola E.J., Arkov A.L., Chernyaeva N.S., Hedenstierna K.G.F., Pagel F.T. 2000. rRNA functional sites and structures for peptide chain termination. In: Garrett R.A., Douthwaite S.R., Liljas A., Matheson A T., Moore P.B., Noller

65. H.F. (Eds.), The Ribosome: Structure, Function, Antibiotics, and Cellular Interactions, AMS Press, Washington, D.C., 509-518.

66. Nakamura Y., Ito K. 1998. How proteins reads the stop codon and terminates translation. Genes Cells 3,263-278.

67. Nakamura Y., Ito K., Ehremberg M. 2000. Mimicry grasps reality in translation termination. Cell 349-352

68. Nakamura Y., Ito K., Isaksson L.A. 1996. Emergining understanding of translation termination. Cell 87, 147-150.

69. Nakamura Y., Ito K., Matsumura K., Kawazu Y., Ebihana K. 1995. Regulation of translational termination: conserved structural motifs in bacterial and eukariotic polypeptide release factors. Biochem.Cell Biol. 73, 1113-1122.

70. Nissen P., Kjeldgaard M., Nyborg J. 2000. Macromolecular mimicry. EMBO J, A, 489-495.

71. Nissen P., Kjeldgaard M., Thirup S., Polekhina G., Reshetnikova L., Clark B.F.C. and Nyborg J. 1995. Crystal structure of the ternary complex of Phe-tRNA-Phe , elongation factor Tu, and a GTP analogue. Science 270, 14641472.

72. Ohnishi M., Janosi L., Shuda M., Matsumoto H., Hayashi T., Terawaki Y., Kaji A. 1999. Molecular cloning, sequencing, purification and characterization of Pseudomonas aeruginosa ribosome recycling factor, RRF. J. Bacteriol. 181, 1281-1291.

73. Paushkin S.V., Kushnirov V.V., Smirnov V.N., Ter-Avanesyan M.D. 1997. Interaction between yeast Sup45p (eRFl) and Sup35p (eRF3) polypeptide chain release factors: Implications for prion-dependent regulation. Mol. Cell Biol. 17, 2798-2805.

74. Pavlov M.Yu., Freistroffer D., MacDougall J., Buckingham R.H., Ehrenberg M. 1997. Fast recycling of Escherichia coli ribosomes requires both ribosome recycling factor (RRF) and release factor RF3. EMBO J. 16, 4134-4141.

75. Pel H.J., Moffat J.G., Ito K„ Nakamura Y„ Tate W.P. 1998. Escherichia coli release factor 3: resolving the paradox of a typical G protein structure and atypical function with guanine nucleotides. RNA 4, 47-54.

76. Qin J., Herring C.J., Zhang X. 1998. De novo peptide sequencing in an ion1 Qtrap mass spectrometer with O labeling. Rapid Commun. Mass Spectrom. 12, 209-216.

77. Rolland N., .1999. Plant ribosome recycling factor homologue is achloroplastic protein and is bactericidal in Escherichia coli carrying temperature-sensitive ribosome recycling factor. Proc. Natl. Acad. Sei USA 96,^5464^5469.

78. Ryoji M., Berland R., Kaji A. 1981a. Reinitiation of translation from the triplet next to the amber termination codon in the absence of ribosome-releasing factor. Proc. Nail. Acad Sci USA 78, 5973-5977.

79. Ryoji M., Karpen J.W., Kaji A. 1981b. Further characterization of ribosome releasing factor and evidence that it prevents ribosomes from reading through a termination codon. J. Biol. Chem. 256, 5798-5801.

80. Saarma U., Remme J., Ehrenberg M., Bilgin N. 1997. An A to U transversion at position 1067 of 23 S rRNAfrom Escherichis coli impairs EF-Tu and EF-G Function. J.Mol.Biol. 272, 327-335.

81. Scolnick E., Tompkins R., Caskey T., Nirenberg M. 1968. Release factors differing in specificity for terminator codons. Proc.Natl. Acad. Sci. USA. 61, 768-774.

82. Selmer M., Al-Karadaghi S., Hirokawa G.,Kaji A., Liljas A. 1999. Crystal structure of Thermotoga maritima ribosome recycling factor: a tRNA mimic. Science 286, 2349-2352.

83. Song H„ Mugnier P., Das A.K., Webb H.M., Evans D.R., Tuite M.F., Hemmings B.A., Barford D. 2000. The crystal structure of humen eukaryotic release factor eRFl Mechanism of stop codon recognition and peptidyl-tRNA hydrolisis. Cell 100, 311-321.

84. Stansfield I, Tuite M. 1994. Polypeptide chain termination in Saccharomyces cerevisiae. Cerr. Genet. 25, 385-395.177, 5547-5553.

85. Studier F.W., Rosenberg A.H., Dunn J.J., Dubendorff J.W. 1990. Use of T7 RNA polymerase to direct expression of cloned genes. Methods Enzymot. 185,60-89.

86. Tate W., Greuer B., Brimacombe R. 1990a. Codon recognition in polypeptide chain termination: site directed crosslinking of termination codon to Eschirichia coli release factor 2. Nucl. Acids Res. 18, 6537-6544.

87. Tate W.P., Brown C.M. 1992. Translation termination: "Stop" for protein synthesis or "pause" for regulation of gene expression. Biochemistry 31, 2443-2450.

88. Tate W.P., Caskey C.T. 1990. Termination of protein synthesis. In: Speding G, ed. Ribosomes and protein synthesis. A practical approach. Oxford: IRL Press. 81-100.

89. Tuite M.F. 2000. Yeas prions and their prion-forming domain. Cell 4, 289292.

90. Wang W., Czaplinski K., Rao Y., Peltz S.W. 2001. The role of Upf proteins in modulating the translation read-through of nonsese-containing transcrypts. EMBO J. 4, 880-890.

91. Wilson D.N., Guevermont D., Tate W.P. 2000. The ribosomal binding and peptidyl-tRNA hydrolysis functions of Escherichia coli release factor 2 are linked through residue 246. RNA 6, 1704-1713.

92. Wilson K.S., Noller H.F. 1998. Mapping the position of translational ¡elongation factor EF-G in the ribosome by directed hydroxyl radical probing. Cell 92, 131-139.

93. Zhang S., Ryden-Aulin M., Kirsebom L.A., Isaksson L.A. 1994. Genetic implication for an interaction between release factor one and ribosomel L7/L12 in vivo. J. Mol. Biol. 242, 614-618.

94. Zhouravleva G., Frolova L., Le Goff X., Le Guellec R., Inge-Vechtomov S., Kisselev L., Philippe M. 1995. Termination of translation in eukaryotes is governed by two interacting polypeptide chain release factors, eRFl and eRF3. EMBO J. 14, 4065-4072.

95. Zimmermann R.A. 1996. The decoding domain, in: Zimmermann R A., Dahlberg A.E. (Eds.). Ribosomal RNA: Structure, Evolution, Processing, and Function in Protein Biosynthesis, CRC Press, Boca Raton, 277-309.

96. Спирин A.C. 1986. Структура рибосомы и биосинтез белка. М.: Высшая школа.1. БЛАГОДАРНОСТИ

97. Благодарю Карасеву Маргариту Владимировну и Одинокову Елизовету Григорьевну за техническую помощь; Волынкину Людмилу Петровну за помощь в оформлении работы.