Генетическая дифференциация внутрипородных линий уток по данным рестрикционного анализа митохондриальной ДНК и RAPD-маркерам

Ганиева, Ильнура Нурисламовна

Бесплатный автореферат и диссертация по сельскому хозяйству на тему
Генетическая дифференциация внутрипородных линий уток по данным рестрикционного анализа митохондриальной ДНК и RAPD-маркерам
ВАК РФ 06.02.01, Разведение, селекция, генетика и воспроизводство сельскохозяйственных животных

Автореферат диссертации по теме "Генетическая дифференциация внутрипородных линий уток по данным рестрикционного анализа митохондриальной ДНК и RAPD-маркерам"

□03054925

На правах рукописи

Ганиева Ильнура Нурисламовна

ГЕНЕТИЧЕСКАЯ ДИФФЕРЕНЦИАЦИЯ ВНУТРИПО-РОДНЫХ ЛИНИЙ УТОК ПО ДАННЫМ РЕСТРИКЦИОН-НОГО АНАЛИЗА МИТОХОНДРИАЛЬНОЙ ДНК И ЫАРБ-

МАРКЕРАМ

06.02.01 - разведение, селекция, генетика и воспроизводство сельскохозяйственных животных

АВТОРЕФЕРАТ диссертации на соискание ученой степени кандидата сельскохозяйственных наук

Уфа-2007

003054925

Работа выполнена на кафедре разведения сельскохозяйственных животных ФГОУ ВПО «Башкирский государственный аграрный университет»

Научный руководитель: кандидат биологических наук, доцент

Долматова Ирина Юрьевна

Официальные оппоненты: доктор сельскохозяйственных наук,

профессор Мударисов Ринат Мансафович

г»

кандидат сельскохозяйственных наук Зайнуллин Рим Мингазетдинович

Ведущая организация: ФГОУ ВПО «Чувашская государственная

сельскохозяйственная академия»

Защита состоится «30» марта 2007 г. в 1200 часов на заседании диссертационного совета Д 220.003.03 при ФГОУ ВПО «Башкирский государственный аграрный университет» по адресу: 450001, г.Уфа, ул. 50 лет Октября, 34 (ауд. 341/2)

С диссертацией можно ознакомиться в библиотеке ФГОУ ВПО «Башкирский государственный аграрный университет»

Автореферат разослан «28» февраля 2007 г.

Ученый секретарь диссертационного совета, доктор сельскохозяйственных наук,

профессор ( Гиниятуллин

1 ОБЩАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА РАБОТЫ

Актуальность работы. В современном птицеводстве при линейном разведении в условиях изолированного содержания и постоянного длительного давления направленного отбора, который ведется одновременно по целому комплексу признаку продуктивности, происходит непрерывное изменение генетической структуры линии, что в конечном итоге приводит к генетической дифференциации исходной родительской группы и формированию новых породных групп (Ф. Айала, 1988; В.И. Глазко, Р.В. Облап, Г.В. Глазко, 1997).

Исследователи уделяют немалое внимание вопросам дифференциации популяций, в основе которой лежит динамика генных частот (Ю.П. Алтухов, 1996; С.П. Князев и др., 2004).

Для оценки генетической структуры и генетической дифференциации популяций в настоящее время широко используется изучение полиморфных локусов. При этом целесообразно использовать гипервариабельные локус-специфические последовательности ДНК ядерного и митохондриального геномов, поскольку они являются более информативными маркерами по сравнению с иммуно-биохимическими (Э.К. Хуснутдинова, 1997).

В настоящее время возможности использования полиморфных маркеров ДНК продемонстрированы на значительном количестве природных и сельскохозяйственных популяций (М.И. Мельникова, 1995; И.В. Чуркина, 2000; А.Г. Олейник, 2002; Е.З. Кочиева, 2002; С.К. Семенова, 2002; Т.С. Голованова, 2003; И.В. Куликова, 2003; Н.В. Гордеева, 2004).

Полиморфизм ядерного и митохондриального генома уток совершенно не исследован, тогда как промышленные популяции являются прекрасным объектом для изучения процессов генетической дифференциации, которая происходит в ходе селекционного процесса. Благоварский ГУП ППЗ выполняет функции селекционно-генетического центра по утководству в России и является уникальным в этом плане. Менее чем за 10 лет созданы высокопродуктивный кросс Благоварский, а также Башкирская цветная порода уток, что является наглядным примером генетической дифференциации исходной родительской группы уток на различные по фенотипу и продуктивным качест- ® вам (а следовательно по генотипу) внутрипородные группы.

Изучение полиморфных локусов ДНК сразу двух геномов: ядерного и митохондриального значительно увеличивает глубину исследования генетических процессов в сельскохозяйственных популяциях, приводящих к их генетической дифференциации.

Выше изложенное обосновывает своевременность и актуальность настоящего исследования.

Работа выполнена в рамках и при частичной финансовой поддержке гранта Российского фонда фундаментальных исследований (РФФИ) - Аги-дель (№ проекта 05-04-97940).

Цель и задачи работы. Изучение генетической структуры внутрипо-родных линий уток по данным о полиморфизме ядерного и митохондриаль-ного геномов и количественная оценка произошедшей в ходе селекции их генетической дифференциации.

Задачи исследования:

1. Провести изучение ЯАРВ-полиморфизма генома 10 внутрипород-ных линий уток с несколькими универсальными праймерами;

2. Изучить полиморфизм длин рестрикционных фрагментов в участке митохондриальной ДНК, кодирующем вторую субъединицу НАДН-дегидрогеназы (N02) у различных пород (пекинских и мускусных) и внутри-породных линий уток;

3. Провести количественную оценку степени межлинейной генетической дифференциации пекинских уток;

4. Провести количественную оценку степени расхождения новых линейных групп с исходными родительскими группами;

5. Провести сравнительный анализ генного разнообразия линий уток по данным полиморфизма ДНК двух геномов - ядерного и митохондриально-го.

Научная новизна работы. В нескольких поколениях 10 внутрипо-родных линий уток пекинской и мускусной породы впервые проведен:

-ЯАРО-анализ генома с использованием нескольких универсальных праймеров;

-ПДРФ-анализ митохондриального генома в участке, кодирующем вторую субъединицу НАДН-дегидрогеназы (N0 2).

На основе анализа полиморфизма ДНК ядерного и митохондриального геномов, определена степень генетической близости и филогенетические взаимоотношения исследованных линий уток. Проведен сравнительный анализ уровней генетической дифференциации исследованных линий уток по ядерному и митохондриальному геномам и выявлена близость уровней дифференциации этих двух типов генома.

Впервые дана количественная оценка степени генного и митотипиче-ского разнообразия внутрипородных линий уток по данным ДНК-маркеров ядерного и митохондриального геномов.

Научно-практическая значимость. Молекулярно-генетическое изучение промышленных популяций птиц имеет важное теоретическое и практическое значение, поскольку результаты его послужат основой для рассмотрения молекулярно-генетических механизмов дифференциации популяций в процессе селекционной работы по выведению новых пород и внутрипородных линий.

В общем, плане популяционно-генетических исследований определение частот генотипов и аллелей ДНК-локусов в линейных субпопуляциях уток является новой информацией для характеристики гено-

фонда уток вообще и их зональной (ГУП ППЗ Благоварской) популяции в частности.

Совокупность полученных принципиально новых сведений о динамике генетической структуры внутрипородных линий уток под действием отбора являются платформой для оценки степени генетической дифференциации селекционируемых групп животных и птиц. Результаты исследований вошли в методические рекомендации «Использование биохимических и молекулярно-генетических маркеров для оценки генетического разнообразия уток» (Сергиев-Посад - Уфа, 2006).

Апробация работы. Основные положения и результаты исследований были доложены и обсуждены в период 2002 - 2006 г.г. на Второй конференции Московского общества генетиков им. Вавилова (Москва, 2003), Республиканской научно-практической конференции молодых ученых и аспирантов БГАУ (Уфа, 2003), Международной научно-практической конференции молодых ученых, аспирантов и студентов «Молодежная наука и АПК: проблемы и перспективы» (Уфа, 2005)

Публикации. По результатам проведенных исследований опубликовано 5 статей, в том числе 1 статья в журнале «Вестник Башкирского университета» и 1 статья в журнале «Птицеводство».

Структура и объем работы. Диссертационная работа включает введение, обзор литературы, материалы и методы, главу результатов и обсуждения, выводы, экономическое обоснование результатов, предложения производству, библиографию. Работа содержит 111 страниц машинописного текста, 21 таблицу, 30 рисунков. Библиография включает 144 наименования.

2 МАТЕРИАЛ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ

Порядок проведения эксперимента, объекты и методы исследований представлены на рисунке 1.

Объектами исследования служили утки пекинской и мускусной породы, разводимые на ГУП ППЗ Благоварская (Башкортостан), которые состоят из следующих внутрипородных линий: 1) М1 и М2 - соответственно отцов- С) екая и материнская линии пекинских уток, кросс Медео; 2) Б1 и Б2 - соответственно отцовская и материнская линии кросса Благоварский, отселек-ционированные на основе линий М1 и М2 кросса Медео, выведенных на Казахской зональной опытной станции; 3) БЦ1 и БЦ2 - линии уток Башкирской цветной породы; 4) Ю1 и ЮЗ - отцовские линии мускусных уток; 5) Ю2 и Ю4 - материнские линии мускусных уток.

От каждой из описанных линий брали в среднем по 20 - 30 образцов

крови. Кровь для выделения ДНК брали из подкрыловой вены. В качестве консерванта использовали стерильный раствор глюгицира. ДНК выделяли по стандартному методу с использованием лизиса клеток крови 10%-ным

SDS в присутствии протеиназы К и депротеинизадию фенол-хлороформом и последующим осаждением этанолом, как описано Мэтью (1984). Образцы ДНК хранились в виде водного раствора при -20° С. Тотальную ДНК использовали для изучения полиморфных локусов ДНК как ядерного, так и мито-хондриального геномов.

Метод полимеразной цепной реакции синтеза ДНК (ПЦР) для выявления RAPD-полиморфизма

Для выявления RAPD-полиморфизма для амплификации использовались праймеры: П1 (1510) AGTCAGCCAC; П2 (1509) TGCCTAGCTG;IT3 (1512) GAGGGTGGCGGTTCT; П4 (1513) CCGGCCTTAC; П5(НМ13) СА-СААТТССАСАСААС; П6 (RM13) AACAGCTATGACCATG.

Исходную смесь для полимеразной цепной реакции готовили в объеме 25 мкл, содержащем 60 мМтрис-HCI (рН 7,5), 10 мМ ((Nl^hSO,,) 2804, 0,1% твин-20, ЮОмМ каждого из четырех dNTP 0,1 мкМ праймера, 20 - 25 нг геномной ДНК, 1 ед. Tag-полимеразы. Сверху наслаивали 20 мкл легкого минерального масла. Полимеразную цепную реакцию проводили в амплифика-торе «Терцик» (Россия) в течение 30 циклов: 94°С - 1 мин.; 43°С - 1 мин.; 72°С -1 мин.

Продукты амплификации подвергали электрофорезу в 7,5%-ном поли-акриламидном геле, окрашивали бромистым этидием и выявляли в УФ - свете. В качестве маркера молекулярных масс использовали ДНК фага лямбда, гидролизованную рестриктазой PstI (1501, 5077, 4749, 4507, 2838, 2556, 2459, 1986, 1700,1159,1093, 805, 514, 468, 339).

Изображения гелей фиксировали с помощью видеосистемы «DNA Analyzer» и прилагаемого к ней программного обеспечения «Gel-Imager» и «Gel-Analysis» в версии 1.0.

Методы изучения полиморфизма ДНК митохондриального генома

В митохондриальном геноме изучали полиморфизм длин рестрик-ционных фрагментов в участке, кодирующим вторую субъединицу НАДН -дегидрогиназы (участок ND2). Нуклеотидная последовательность этого участка была получена в базе данных «Genome Data Base» (Internet) и проанализирована при помощи компьютерной программы Lasergene. Участок имеет длину 1057 пн и содержит несколько сайтов рестрикции для эндонук-леаз рестрикции Alu I (AGACT;TCAGA), Dde I (CATNAG;GANTAC), Hae III (GGACC;CCAGG), Hinf I (GAANTC;CTNAAG).

Праймеры были синтезированы фирмой «СибЭнзим» и имели последовательность: HMG-1-a - ACC-CCA-GTC-CTA-GTC-CTC-AGT-CTC; HMG-1-b - CTT-CGG-TTT-AGG-TGG-GTG-TTA-TCC.

Племенное стадо уток ГУЛ ППЗ «Благоварский»

Кросс Мепео Кросс «Благоварский» Порода «Башкир ские цветные» Мускусные

_:------тл-д _1_ Взятиетови из попкоыловой вены, консервирование, транспортировка. Создание банка ИНК.

Пр ов е дение Я АРО -Р С Я-амшшф икации с использованием произвольных праймеров

ПроЕедение полимер евной цепной реакции (ПЦР) участка НБ-2 мгДНК

Реетрикционный анализ полиморФизма митокондриальной ДНК

Ш 13 НМ 1510 1509 1512 1513

14 \ \ \

рестриктаза рестриктаза рестриктаза рестриктаза

А1и I Dde I Нае III НтП

Электрофорез продуктов ЯАРО-амплификации и рестрикции в 7.5% полиакриламидномгеле

Анализ ИАРО-полиморфизма и полиморфизма мгДНК

* ~

Расчёт генетического разнообразия и генетического сходства внутрипородных линий уток

V : ■ ■ ;

Оценка генетической дифференциации внутрипородных линий уток

Рисунок 1. Схема проведения исследований

Исходную смесь для полимеразной цепной реакции готовили в объеме 25 мкл, содержащем 60 мМтрис-HCI (pH 7,5), 10 мМ ((NH4)2S04) 2804, 0,1% твин-20, ЮОмМ каждого из четырех dNTP 0,1 мкМ праймера, 20 — 25 нг геномной ДНК, 1 ед. Tag-полимеразы. Сверху наслаивали 20 мкл легкого минерального масла. Полимеразную цепную реакцию проводили в амплифика-торе «Терцик» (Россия) в течение 30 циклов: 94°С - 1 мин.; 57,7°С - 1 мин.; 72°С -1 мин.

Для рестрикции 8,5 мкл. амплифицированного образца инкубировали в течение 12 часов с 2,5 мкл рестриктазы в соответствующем буфере. Фрагменты рестрикции разделяли в 7,5%-ном полиакриламидном геле, окрашивали бромистым этидием и выявляли в УФ — свете. Изображения гелей фиксировали с помощью видеосистемы «DNA Analyzer» и прилагаемого к ней программного обеспечения «Gel-Imager» и «Gel-Analysis» в версии 1.0.

В качестве маркера молекулярных масс использовали маркеры: PBR322MM (908, 659, 656, 521, 403, 281, 257, 226, 100), pUC19/MspI (501, 489, 404, 331, 242, 190, 147, 111, 110, 67, 34, 26), предоставленные фирмой СибЭнзим.

Методы статистической обработки

При обработке данных по электрофоретическим вариантам RAPD-фрагментов, определялись частоты фрагментов, проводилась статистическая оценка значимости внутрипородных различий аллельных частот и отклонения наблюдаемых распределений генотипов от ожидаемых по закону Харди-Вайнберга (по критерию у_2).

В качестве меры сходства между двумя популяциями использовали показатель, основанный на угловом преобразовании частот. Расчет генетических расстояний производили по формуле Cavalli-Sforza, Edwards и по формуле Нея (М. Ней, 1981).

На основании значений D, методом невзвешенных парногрупповых средних были построены дендрограммы генетического сходства (A.M. Ма-шуров, 1987).

Митотипическое разнообразие (h) рассчитывали согласно методике, предложенной Nei (1987). Показатель h эквивалентен показателю ожидаемой гетерозиготности для диплоидных данных. Он характеризует вероятность различия двух случайно выбранных в популяции гаплотипов.

Для определения уровня полиморфизма митохондриальной ДНК рассчитывали нугслеотидное разнообразие (je) на сайт.

3 РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЙ

3.1 Анализ ПДРФ-ДНК и митотипов участка N0-2 митохондри-ального генома внутрипородных линий уток Благоварского ГУП ППЗ

Полиморфизм митохондриальной ДНК (мтДНК) находит все более широкое применение в популяционно-генетических и микроэволюционных исследованиях благодаря особенностям ее структурной организации: большому размеру (В.В. Гречко, 2002), материнскому типу наследования без рекомбинаций (А.Г. Минченко, 1990). Поэтому анализ полиморфизма мтДНК позволяет во многих случаях получить четкое представление об уровне гетерогенности и генетической дифференциации изучаемых популяций.

При анализе рестрикционного полиморфизма участка N02 митохонд-риального генома уток, проведенного с различными рестриктазами у всех исследованных линий выявляются как общие, так и специфические фрагменты. По каждой рестриктазе рассчитаны коэффициенты генетического сходства и построены дендрограммы. Наиболее объективной представляется характеристика филогенетических отношений, данная на основе усредненных индексов генетического расстояния.

При анализе таблицы усредненных индексов генетического расстояния (таблица 1) можно видеть, что линии БЦ1 и БЦ2 имеют большее генетическое расстояние (0,6498 - 0,691) от мускусных уток (Ю1 - Ю4) нежели от пекинских М1 -М2 и Б1 -Б2 (0,6073-0,657).

Таблица 1. Усредненная оценка генетических расстояний между исследованными линиями пекинских и мускусных уток по рестрикционному полиморфизму участка N02 митохондриального генома

VII Л2 1 12 ЗЦ1 БЦ2 Ю4 ЮЗ Ю2

М1 - ,634 ,6348 ,6345 ),6395 3,6485 3,6685 0,7098 0,6903 0,6638

М2 - 1621 ,6243 0,6503 3,657 0,6748 0,6783 0,6775 0,6555

Б1 - ,612 3,6315 3,6325 0,677 0,683 0,6875 р,6608

Б2 - ),6073 3,657 0,674 0,679 0,673 0,6548

БЦ1 - 3,6138 3,6528 0,6858 0,6578 0,6498

БЦ2 - 0,6578 0,691 0,6713 0,6638

Ю4 - 3,6263 0,5895 0,5993

ЮЗ - 0,601 3,5935

Ю2 - 3,606

Ю1 -

Результаты кластерного анализа, проведенного на основании обобщенных генетических расстояний, представлены на рисунке 2 в виде дендрограммы филогенетического сходства.

-M1

БЦ2 Б1

M 2 ■БЦ1

jHü

1-[jT

Б2 ЮЗ Ю1 Ю4 Ю2

0.6S

0.55

Рисунок 2. Обобщённая дендрограмма филогенетических отношений между исследованными линиями пекинских и мускусных уток по рестрикци-онному полиморфизму участка ND2 мтДНК рестриктазами Нае III, Hinf I,

Alu I и Dde I

Из представленной дендрограммы видно, что все линии мускусных уток расположены близко друг к другу, при этом наиболее генетически сходными оказались линии Ю2 и Ю4 (расстояние между ними составило 0,5895), а также отдельную веточку в «мускусном» кластере образовали линии Ю1 и ЮЗ (расстояние между ними составило 0,5935). В кластере, образованном линиями пекинских уток отдельные веточки образовали линии Б2 - БЦ1 (расстояние между ними составило 0,6073) и М2 и Б1 (расстояние между ними составило 0,621).

Таким образом, на основании проведенных исследований можно сделать вывод о том, что данные о полиморфизме мтДНК адекватно отражают филогенетические взаимоотношения и генетическую дифференциацию изученных внутрипородных линий уток, произошедшую в ходе селекционной работы.

Уровень генетического полиморфизма мтДНК оценивали величиной митотипического и нуклеотидного разнообразия. Каждый из вариантов мтДНК по той или иной рестриктазе обозначался заглавной буквой. Впоследствии мтДНК каждой особи типировались по всем использованным ферментам и составляли таким образом комбинированный митотип каждой особи и линии. Митотипическое разнообразие (h) рассчитывали согласно методике, предложенной Nei (1987). Показатель h эквивалентен показателю ожидаемой гетерозиготности для диплоидных данных. Он характеризует вероятность различия двух случайно выбранных в популяции гаплотипов.

Среди исследованных митохондриальных геномов в изученных линейных субпопуляциях выявлено 15 митотипов мтДНК, которые были получены объединением рестрикционных морф мтДНК каждой особи (рисунок 3).

Рисунок 3, Спектры рестрикиионных фрагментов, полученные при расщеплении ND2 - амлифяциро ванного фрагмента мтДНК внутрипородных линий уток рестриктазами Нае III, Hinf I, Alu I и Dde I. А, В, С, D, Е - варианты расщепления, M - маркёр молекулярных масс

Таблица 2. Частоты митотипов мтДНК в различных линиях уток

Мм Рест- Линия

IV! И рикци-

ТО ей ные Ш М2 Б1 Б2 БЦ1 БЦ2 Ю1 Ю2 ЮЗ Ю4

тип морфы

1 АААА - - - - 0,63 0,66 - -

2 А А AB 0,25 0,10 - - 0,07 - -

3 ААВВ 0,05 . . 0,43 - - - -

4 АВВВ 0,65 0,73 0,66 0,57 - - - -

5 ABBE - » 0,13 - - - - -

6 АВВС - - 0,06 - - - - 0,1 - 5,05

7 АВСС - - - - - - 0,73 0,1 0,72 >,15

В АВСЕ - - 0,15 - - - - - -

9 ABBD >,05 0,10 - - - - - - -

10 А А АС 0,07 - - - 0,07 - - -

11 AAAD - - - 0,31 0,20 - - -

12 AADE а - - 0,06 - - - -

13 ААСС - - - - - 0,07 - 0,28

14 ВВВС » - - - 0,20 0,5 - 3,65

15 ВВСС - - • - - * 0,3 - >Д5

Всего 20 14 15 14 [6 14 14 20 14 20

В таблице 2 представлены частоты митотипов в исследованных линиях уток. Как видно из представленной таблицы, в спектрах гаплотипов пекинских уток не было обнаружено чётких межлинейных различий. Вместе с тем, не выявлено гаплотипов, которые были бы общими для всех изученных линий, хотя рестрикционная морфа А, выявляемая рестриктазой НаеШ встречается во всех линиях, кроме мускусных 102 и Ю4. Наиболее частым гаплоти-пом для четырёх линий - Ml, М2, Б1 и Б2 является гаплотип под номером 4, обозначенный как АВВВ. Этот факт может быть объяснён близкими филогенетическими взаимоотношениями между названными линиями, поскольку линии Б1 (отцовская) и Б2 (материнская) кросса Благоварский были отселек-тированы на основе родительских исходных линий Ml и М2 кросса Медео, и как показывают проведенные исследования RAPD-полиморфизма, генетические расстояния между ними относительно невелики.

Высказанное мнение подтверждает тот факт, что названный гаплотип не встречается ни в линии БЦ1, ни в линии БЦ2 Башкирской цветной породы уток, хотя эти линии, в свою очередь, также были отселектированы на основе линий Б1 и Б2. Отсутствие гаплотипа АВВВ линиях БЦ 1 и БЦ2 можно объяснить тем, что они были элиминированы в результате случайного генетического дрейфа, обусловленного эффектом родоначальника. В 1993 году в зональной Благоварской популяции уток пекинской породы, которые, как известно, характеризуются белым оперением, были выявлены несколько особей с цветным оперением (4 самца и 5 самок), которые и стали родоначальной группой Башкирской цветной породы.

Митотипы, выявленные у мускусных уток (линии Ю1-Ю4) не встречаются более ни каких других линиях. Это митотипы 6, 7, 13, 14 и 15. В линиях БЦ1 и БЦ2 встречается только 5 митотипов из выявленных 15-ти, причем 2 из них (1 и 12) являются специфическими, только им присущими, а три (митотипы 2, 10 и 11) - общими с пекинскими линиями кроссов Медео (Ml и М2) и Благоварский (Б1 и Б2).

3.2 Оценка генетической дифференциация пекинских и мускусных уток с использованием RAPD-маркеров

RAPD-маркеры (от английского Random Amplified polymorphic DNA) позволяют исследовать геном в целом.

Основным типом полиморфизма для RAPD-маркеров является наличие или отсутствие ампликона (полосы) на электрофореграмме. Ряд авторов в качестве полиморфизма рассматривает также интенсивность проявления (мажорность-минорность) соответствующих ампликонов. (В.И. Глазко, И.М. Дунинидр., 2001)

Подбор праймеров для RAPD-анализа генома различных таксономических групп в каждом конкретном случае должен проводиться строго индивидуально, поскольку получаемая картина амплификации зависит не только и не столько от нуклеотидной последовательности праймеров, сколько от пер-

вичной структуры ДНК изучаемых видов и пород. Так, при изучении геномной вариабельности у диких копытных животных методом ЯАРО-РСЯ с праймером П1 {С.Г, Потапов и др., 1994) не выявлено индивидуальной изменчивости, а только видоспецифическая. Нами же показана индивидуальная (внутрипородная и даже внутрилннейная) изменчивость.

В РАРО-анализе использовали 6 олигонуклеотидных праймеров с числом нуклеотидов от 10 до 16 (см. главу II). Каждый из использованных праймеров инициировал синтез специфического набора фрагментов ДНК, отличающихся один от другого по молекулярному весу и мажорности. Различия между породами и внутрипо родным и линиями по степени генетической изменчивости обнаруживаются даже визуально.

А ' Б

1 2 3 4 5 6 7 М

Рисунок 4. Электрофорез продуктов амплификации ДНК пекинских уток и праймером НМ13 (А-линия М1, Б-линия М2). М - маркер Х/Рб!

Рисунок 5. Электрофорез продуктов амплификации ДНК пекинских уток с праймером НМ13 (А-линия Б]. Б-линия Б2, В-линии БЦ1 и БЦ2). М - маркер

УРз!

На рисунках 4 и 5 представлены электрофореграммы продуктов амплификации ДНК исследованных линий уток с праймером НМ13. Электрофореграммы показывают, что каждая из исследованных линий пекинских уток имеет свои характерные особенности профилей амплификации. Так, число фрагментов, амплифицируемых при помощи этого праймера колеблется от 7 до 14 у линий М1 и М2, и от 3 до 7 у линий Б1 и Б2. Башкирские цветные пекинские утки с различной интенсивностью окраски (линии БЦ1 и

БЦ2) имеют от 4 до 12 ампликонов.

Описанные особенности профилей амплификации нашли свое отражение в матрице генетических расстояний.

Таблица 3. Матрица генетических расстояний исследованных субпопуляций уток ГУП ГППЗ Благоварский, построенная при использовании праймера

НМ13

М1 М2 Б1 Б2 1 2 3 Ю1 Ю2 ЮЗ Ю4

М1 - 0,957 0,792 3,801 3,730 0,768 3,785 0,325 0,485 0,391 3,415

М2 - 3,851 0,806 0,845 0,846 3855 0,386 0,433 0,333 0,325

Б1 - 0,960 0,948 3,903 0,899 0,350 3,420 0,329 0,444

Б2 - 0,893 3,885 0,876 0,477 0,521 0,512 3,427

1 ■ 0,922 3,930 0,399 3,538 3,478 3,656

2 - 0,855 0,428 3,586 3,632 3,542

3 - 0,522 3,638 3,625 3,525

Ю1 - 0,769 0,897 0,793

Ю2 - 0,825 0,801

ЮЗ - 0,785

Ю4 -

Из таблицы 3 можно видеть, что линии Б1 и Б2, отселектированные в направлении большой продуктивности на основе исходных линий М1 и М2, фактически представляют собой обособившуюся, генетически достаточно далеко отошедшую от них субпопуляцию. Интересен тот факт, что линии М1 и М2 ближе друг к другу (коэффициент генетического расстояния 0,957), чем М1 к Б1 (0,792) или М2 к Б2 (0,806). Показатель генетического расстояния линий Б1 и Б2 также очень высок (0,96).

Три группы цветных уток с различной интенсивностью окраски представляют собой практически единую недифференцированную популяцию, субпопуляции которой (1, 2 и 3) генетически равноудалены друг от друга (генетическая дистанция между субпопуляциями 2-3 — 0,855 и между субпопуляциями 1-3 - 0,930). В последующей селекционной работе эта группа стала основной для выведения Башкирской цветной породы уток. Вместе с тем, цветная субпопуляция находится ближе к линиям Б1 и Б2, чем к М1 и М2.

-Ю--1

-юг

- юз -ют

'—Е=5?

'М2 -М1

Рисунок 6, Дендрограмма филогенетических взаимоотношений между исследованными внутр и породны ми субпопуляциями уток, построенная при использовали праймера НМ13

Описанные взаимоотношения изученных субпопуляций более наглядно отражает дендрограмма (рисунок 6), построенная в соответствии с генетическими расстояниями. Для наглядности картины, в данную дендрограмму включены и линии мускусных уток (Ю1, Ю2, ЮЗ, Ю4). Как видно, все исследованные субпопуляции разделились на два отдельных кластера. К одному из них отошли все линии мускусных уток, к другому - все линии пекинских.

Особенно интересной выглядит соподчиненность выборок пекинских линий. На дендрограмме хорошо видно, что линии М1 и М2, Б1 и Б2, а также 3 цветные группы образуют отдельные ветви пекинского кластера. Нас заинтересовал тот факт, что в ходе селекционного процесса произошла более значительная дивергенция линий Б1 и Б2 от исходных линий М1 и М2, чем друг от друга.

Для проверки полученной картины генетического сходства мы провели дополнительное изучение генетической структуры линий Б1, Б2, М1 и М2 с использованием праймера ЯМ 13.

А Б

М ] 2 3 4 5 6 7 8 9 1011 12 123 4 5 М б 7 8 9

Рисунок 7. Электрофорез продуктов амплификации ДНК пекинских уток с прайме-ром Ш13(А): 1-6 -линия Б!, 7-12-линия Б2; (Б): 1-5-линия БЦ2, 6-9-линия БЦ1.

М - маркер

На рисунке 7 представлены профили амплификации, полученные при использовании праймера RM13. Число амплифицированных фрагментов колеблется от 6-14 у линии М2 до 13-23 у линии М1. Число фрагментов у линии Б1 и Б2 составляет соответственно 8-12 и 12-17. У линий БЦ1 и БЦ2 отмечается появление дополнительных фрагментов в зоне ниже маркерной полосы 805 пн.

В целом, линии различаются между собой не только числом, но и заи-морасположением фрагментов, что и отражает матрица генетических расстояний, представленная в таблице 4.

Таблица 4. Матрица генетических расстояний, построенная при использовании праймера RM13

М1 М2 Б1 Б2 БЦ1 БЦ2

М1 - 0,582 0,494 0,683 0,629 0,518

М2 - 0,602 0,656 0,543 0,482

Б1 - 0,783 0,601 0,624

Б2 - 0,678 0,627

БЦ1 - 0,839

БЦ2 -

Как видно из этой таблицы, наименее удаленными друг от друга, а следовательно, более однородными, являются линии БЦ1 и БЦ2 (коэффициент генетического сходства - 0,839), то есть между линиями БЦ1 и БЦ2 генетическое сходство больше, чем между линиями М1-Б1 (0,494) и М2-Б2 (0,656). Но своему абсолютному значению эти цифры несколько отличаются от показателей сходства, полученных при использовании праймера НМ13. Однако при построении дендрограммы (рисунок 8) они дают очень похожую картину соподченности выборок, а именно - линии БЦ1 и БЦ2, Б1 и Б2, М1 и М2, образовали на дендрограмме отдельные ветви.

- М2

-Б2

"Б1

"М1

-БЦ2

-БЦ1

O.S

0.6

0.7

0.0

0.3

Рисунок 8. Дендрограмма филогенетических взаимоотношений между линиями БЦ1, БЦ2, Б1, Б2, М1 и М2, построенная при использовании праймера ЯМ 13

С целью уточнения типа наследования изученных нами КАРЭ-маркеров, который в итоге приводит к достаточно выраженной генетической

дивергенции исходных и «конечных» линий уток, проведено сравнительное изучение спектров амплификации с праймером НМ13 у родителей и их потомков F, в двух семьях. На рисунке 9А представлена семья, в которой удалось проанализировать четырех потомков F| Характерно, что при полной идентичности родительских геномов (дорожки 2 и 3), у всех особей Fj (дорожки 5, 6, 7 и 8), сохранен практически полный набор (за исключением одного) родительских фрагментов, и, кроме того, на уровне маркерного фрагмента размером 805 лн, отмечена дополнительная полоса, а на дорожках 6, 7 и 8 - еше и фрагменты, расположенные чуть выше маркерной полосы размером 514 пи. Образец на дорожке 5 довольно значительно отличается от родительских появлением целых четырех дополнительных фрагментов в области от 46S до 805 он. Во второй семье (рисунок 9Б) проанализировано два потомка линии Б2 из F,, имеющих общего отца и разных матерей. Здесь также можно видеть, что генотипы родителей и детей совпадают далеко не полностью. У детей наблюдается как появление дополнительных фрагментов, так и исчезновение фрагментов, имеющихся у родителей. Наследуются RAPD-маркеры как доминантные признаки, то есть специфичный фрагмент присутствует в случае

1 2 3 4 1 3 5

О-ОгО-П ОгОтО

ó ó ó 6 66

5 6 7 8 2 4

Рисунок 9. Электрофореграмма продуктов амплификации ДНК семей Б1 (А) и Б2 (Б) с праймером НМ13. М - маркер VPsl. Степень родства представлена в

родословной

генотипа АА и Аа, а отсутствует в случае генотипа аа (A.B. Конарев, 1998), Такое наследование, по мнению автора, наблюдается в 95-100%. В то же время при анализе RAPD-продуктов амплификации, обнаружен фрагмент, на-

следуемый по кодоминантному типу (Ю.М. Сиволап и др., 1994, Carlson et. al., 1991).

Первый забор крови производился в 1996 году, второй - спустя 2 года, в 1998. За этот период произошло две смены поколений, то есть если поколение 1996 года условно обозначать как Fb то следующее исследование проведено с поколением F2 .У Башкирской цветной породы уток забор крови производили в 2002 году.

Достаточно высокий уровень изменений RAPD-спектров в F2 по сравнению с F) отражает произошедшие за два поколения изменения в первичной структуре ДНК. Насколько глубока произошедшая дивергенция, можно судить по оценкам генетических расстояний, представленных в таблице 5. Из таблицы видно, что между линиями Ml и M1(F2) (коэффициент сходства -0,724) и М2 - M2(F2) (коэффициент сходства - 0,776) произошла дивергенция и между линиями Б1 - B1(F2) и Б2 - B2(F2) (коэффициенты сходства соответственно 0,751 и 0,771).

На дендрограмме, демонстрирующей филогенетические взаимоотношения исследуемых линий, можно видеть, что линии кросса Медео и кросса Благоварский, и породы Башкирских цветных составляют отдельные кластеры, что отражает произошедшую между ними дивергенцию.

-Ei

-б1-б2 -Хеки _Белог . m2(f2)

-m1(f2)

-мг

-Ml -бц2 -бц1 -b2(f2)

-b1(f2)

"б2

-Б1

0.6

0.7

0.8

0.9

Рисунок 10. Дендрограмма филогенетических взаимоотношений между различными поколениями исследованных линий пекинских уток

Отдельная ветвь на дендрограмме образована из уток с окраской оперения типа хаки и белогрудых, к которой примыкает выборка из гибридной (Б1*Б2) популяции уток. Данное расположение можно объяснить тем, что пробы крови у цветных уток были взяты через 3 года после выявления их в кроссе Благоварский, то есть в период начала формирования

Таблица 5.Коэффециенты генетического сходства пекинских уток двух поколений

М1 М2 Б1 Б2 Хш Белог Гибр БЦ1 БЦ2 М№) ВД) Б1М

М1 0,895 0,739 0,736 0^83 0,736 0,734 0,614 0,619 0,724 0,729 0,694 0,76

М2 - 0,782 0,736 0,601 0,742 0,719 0,627 0,663 0,714 0,776 0,705 0,801

Б1 - 0,884 0,684 0,738 0,642 0,731 0,781 0,714 0,724 0,751 0,823

Б2 - . 0,641 0,672 0,614 0,763 0,781 0,727 0,685 0,719 0,771

Хаст - 0,794 0,724 0,63 0,646 0,631 0,621 0,687 0,62

Белог - 0,772 0,651 0,654 0,613 0,624 0,697 0,712

Гнбр - 0,544 0,529 0,618 0,552 0,565 0,597

БЦ1 - 0,848 0,681 0,613 0,732 0,703

БЦ2 - 0,667 0,648 0,784 0,764

МЦИ,) - 0,769 0,671 0,684

год - 0,702 0,686

Б1(Р:) - 0,826

БВД -

новой породы, когда производился близкий инбридинг. Пробы крови у линий БЦ1 и БЦ2 были взяты уже у хорошо сформировавшейся породы в 2004 году.

Таким образом, наши исследования показали, что величины генетических расстояний, рассчитанные на основе К АРБ-маркеров, достаточно тонко и объективно отражают даже небольшие изменения генетической структуры внутрипородных линий пекинских уток в ходе преобразования исходных родительских форм.

3.3 Оценка генетической дифференциации и степени генного разнообразия зональной популяции уток Благоварского ГУЛ ППЗ по данным полиморфных маркеров ядерного (НАРБ) и митохондриального геномов

При анализе ПДРФ-полиморфизма N02 участка митохондриального генома, показано, что использование разных рестриктаз также выявляет различный уровень полиморфизма. Поэтому, чтобы выяснить, насколько совпадают оценки генетического сходства, полученные при исследовании участка N02 митохондриального генома различными рестриктазами, мы рассчитали коэффициент корреляции между ними. Из таблицы 6 видно, что все оценки генетического сходства, полученные при ПДРФ-анализе участка N02 митохондриального генома уток различными рестриктазами имеют между собою положительную корреляцию, величина которой колеблется от 0,118 до 0,689. Ни в одном случае не отмечено отрицательной корреляции.

Таблица 6. Коэффициенты корреляции между оценками генетического сходства внутрипородных линий уток, полученных при ПДРФ-анализе участка N02 митохондриального генома различными рестриктазами

А1и I Ос1е1 Нае III НтП

А1и I 1 0,689 0,151 0,436

Ос1е1 1 0,153 0,118

Нае III 1 0,142

НтП 1

Также высокую корреляцию (г = 0,76) между собой имеют оценки генетического сходства линий уток, которые получены с использованием ЛАРО-маркеров и ПДРФ-анализа ДНК митохондриального генома. Это указывает на правомерность использования обоих групп маркеров для оценки генного разнообразия внутрипородных линий уток.

В таблице 7 представлены оценки митотипического, нуклеотидного и генного разнообразия в исследованных линиях уток.

Таблица 7. Оценки митотипического разнообразия в исследованных

линиях уток

Линии уток Митотипическое разнообразие Нуклеотидное разнообразие Генное разнообразие RAPD

М1 0,536 0,0025 0,368

М2 0,476 0,0024 0,472

Б1 0,559 0,0110 0,394

Б2 0,528 0,01398 0,422

БЦ1 0,537 0,0037 0,251

БЦ2 0,554 0,0073 0,336

Ю1 0,455 0,0113 0,377

Ю2 0,674 0,0079 0,455

ЮЗ 0,434 0,0102 0,237

Ю4 0,558 0,0039 0,505

Митотипическое разнообразие геномов всех исследованных линиях уток находится приблизительно на одинаковом уровне и колеблется от 0,434 (линия ЮЗ) до 0,674 (линия Ю2). Следует отметить, что в процессе селекционной работы по выведению новых кроссов уток, митотипическое разнообразие геномов несколько возросло. Так, в исходных линиях М1 и М2 кросса Медео, величина митотипического разнообразия составила 0,46 - 0,47, в линиях Б1 и Б2 - 0,53 и 0,58 соответственно. В линиях БЦ1 и БЦ2 показатель митотипического разнообразия составляет 0,54 и 0,55, то есть остался на том же уровне.

Корреляционный анализ между оценками генного разнообразия, полученными по митохондриальному и ядерному геному, показал их соответствие друг другу. Коэффициент корреляции составляет 0,401.

Следовательно, обе группы маркеров имеют сходную диагностическую ценность при оценке дифференциации внутрипородных линий уток и оценке уровня их генетического разнообразия и установления генетического сходства, отражающего их родственные связи и происхождение.

3.4 Экономическое обоснование результатов исследований

Проведенные исследования генного разнообразия с использованием ДНК-маркеров показали, что у всех исследованных линий уток оно находится на оптимальном уровне. Для его поддержания рекомендуется использовать стабилизирующий отбор. Экономическая эффективность использования стабилизирующего отбора в утководстве основана на том, что у особей относящихся к модальному классу по живой массе, яйценоскость выше по сравнению с остальной популяцией на 2,3 и 3,4 штук яиц у кросса Благоварский и

на 7,6 и 2,6 у Башкирской цветной породы уток. В связи с этим, прибыль за проданные племенные яйца увеличится на 0,57 и 0,85 рублей на одну голову у линий Б1- Б2 Благоварского кросса и на 1,9 и 0,65 рублей соответственно для одной головы линий БЦ1-БЦ2 Башкирской цветной породы уток. Если проводить реализацию не племенных яиц, а утят, то с учетом процента опло-дотворяемости и вывода, а также цены реализации за одного утенка, при отборе уток по живой массе в пределах ± 0,25а от середины модального класса можно получить увеличение прибыли с одной головы утки-несушки от 28,7 до 106,4 рублей.

Выводы

1. Впервые для 10 внутрипородных линий мускусных и пекинских уток получена молекулярно-генетическая информация о полиморфизме ДНК ядерного (ЯДРО) и митохондриального геномов (участок N1)2), что представляет новую информацию об эволюции геномов под действием отбора.

2. При изучении ЯАРО-полиморфизма генома уток показано, что прай-мер НМ13 является достаточно информативным не только для выявления межпородной и межлинейной дифференциации уток, но также способен выявлять даже небольшие изменения первичных последовательностей ДНК, происходящих в ряду родители - дети.

3. При проведении ПДРФ-анализа участка N02 митохондриального генома уток показано, что различные рестриктазы выявляют разный уровень генетического полиморфизма, что однако не сказывается на оценке генетических расстояний между исследованными линиями уток.

3.1 Корреляция между генетическими расстояниями, рассчитанными по данным ПДРФ-анализа участка Ж>2 мтДНК, проведенного с разными рестриктазами является положительной (г = 0,142 - 0,689).

3.2 Оценки митотипического разнообразия варьируют в пределах 0,434 -0,554.

4. Генетические расстояния между исследованными линиями уток, полученные на основе ЯАРО-полиморфизма ядерного генома и ПДРФ-полиморфизма участка N02 митохондриального генома и последующий кластерный анализ позволили построить схему филогенетических взаимоотношений между ними, дать количественную оценку степени расхождения новых линейных групп с исходными родительскими группами, а также оценить степень межлинейной генетической дифференциации пекинских уток.

Наибольшим генетическим сходством между собой обладают мускусные линии Ю1 - Ю4, что на всех дендрограммах объединяет их в отдельный кластер.

Линии БЦ1 и БЦ2 Башкирской цветной породы уток по своей генетической структуре обнаруживают большее сходство с линиями Б1 и Б2 Благоварского кросса, нежели с остальными. , 5. Оценки внутрилинейного генного разнообразия изученных кроссов уток, полученные по данным КАРБ-полиморфизма ядерного генома и ПДРФ-полиморфизма участка N132 митохондриального генома соответствуют друг другу. Коэффициент корреляции между ними составляет 0,401.

Показано, что генное разнообразие не снижается в ходе селекционного процесса.

Предложения производству

По данным генетического полиморфизма митохондриальной и ядерной ДНК показано, что в результате селекции линии Б1 и Б2 Благоварского кросса, произошла значительная дивергенция их геномной ДНК от исходных линий М1 и М2 кросса Медео. Коэффициент генетического сходства линий Б1 и Б2 составляет 0,783. Коэффициент сходства между линиями М1 - Б1 составляет 0,494, а между линиями М2 - Б2 - 0,656.

Поскольку степень гетерозиса во многом зависит от степени генетических различий скрещиваемых особей предлагаем:

1.Для получения большого эффекта гетерозиса, для усиления сочетаемости признаков продуктивности получать гибридное потомство от скрещивания линий М1хБ2 и Б1хМ2, которые, как показали наши исследования, различаются между собой в большей степени, чем отцовская линия Б1 и материнская линия Б2.

2. В дальнейшем селекционном процессе использовать молекулярно-генетические маркеры для мониторинга генетического разнообразия линий.

Список работ, опубликованных по теме диссертации

1. Долматова И.Ю. Определение генетического сходства линий уток при помощи молекулярно-генетических маркеров /И.Ю. Долматова, М.М. Гильванов, И.Н. Булатова //Материалы П-ой конференции Московского об-ва генетиков им.Вавилова «Актуальные проблемы генетики».-Москва, 2003.- С.338-340.

2. Булатова И.Н. Изучение методом ПЦР-анапиза межпородных различий ядерного и митохондриального генома /И.Н. Булатова, Т.В. Кононенко // Материалы республиканской научно-практической конференции молодых ученых и аспирантов БГАУ,- Уфа, 2003.- С.115-116.

3.Булатова И.Н. Генетическая дифференциация внутрипородных линий уток по данным рестрикционного анализа митохондриальной ДНК

Рисунок 3. Спектры рестрикционных фрагментов, полученные при расщеплении ND2 — амлифнциро ванного фрагмента мтДНК в ну тр инородных линий уток рестриктазами Нае Ш, Hinf 1, Alu I и Dde L А, В, С, D, Е - варианты расщепления, M - маркёр молекулярных масс

Таблица 2. Частоты митотипов мтДНК в различных линиях уток

Ми то тип Рест- Линия

рикци-онные морфы ■л\ М2 Б1 Б2 6Ц1 БЦ2 КМ Ю2 ЮЗ Ю4

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 АААА АААВ А AB В ABB В ABBE AB ВС ABC С АВСЕ ABBD АААС AAAD AADE ААСС ВВВС ВВСС 0,25 0,05 0,65 ),05 O.JO 0,73 0,10 0,07 0,66 0,13 0,06 0,15 0,43 0,57 0,63 0,31 0,06 0,66 0,07 0,07 0,20 0,73 0,07 0,20 0,1 0,1 0,5 0,3 0,72 0,28 >,05 >,15 3,65 ),J5

Всего 20 14 15 14 16 14 14 20 14 20

/И.Н. Булатова, И.Ю. Долматова, Р.Ф. Латыпов //Материалы Международной научно-практ. конференции молодых ученых, аспирантов и студентов «Молодежная наука и АПК: проблемы и перспективы».-Уфа, 2005.-С.35-37.

4. Долматова ИЛО. Корреляция селекционируемых признаков у башкирских цветных уток /ИЛО. Долматова, P.P. Гадиев, И.Н. Га-ниева, Т.В. Кононенко, P.A. Хафизова //Птицеводство.-2005.-№12.-С.18-20.

5. Долматова И.Ю. Генетическая дифференциация внутрипородных линий уток по данным рестрикционного анализа митохондрналь-ной ДНК / ИЛО. Долматова, И.Н. Ганиева //Вестник Башкирского университета.-2006.-№3.-С.62-65.

Подписано в печать 26.02 2007 года. Бумага типографская Тираж 100 экз. Заказ № 169

Издательство Башкирского государственного аграрного университета. Типография Башкирского государственного аграрного университета. Адрес издательства и типографии: 450001, г.Уфа, ул. 50 лет Октября, 34.

Содержание диссертации, кандидата сельскохозяйственных наук, Ганиева, Ильнура Нурисламовна

ВВЕДЕНИЕ.

1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

1.1 Характеристика продуктивных качеств пород и внутрипородных линий уток.

1.2 Генетическая дифференциация популяций как основа формирования новых внутрипородных групп.

1.3 Методы молекулярной генетики в изучении генетической дифференциации популяций.

1.3.1 Типы молекулярных маркеров.

1.3.2 Полиморфизм митохондриальной ДНК.

1.3.3 RAPD-полиморфизм и возможности его использования в оценке генетической дивергенции.

2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.

2.1 Материал исследования.

2.2 Метод полимеразной цепной реакции синтеза ДНК (ПЦР) для выявления RAPD-полиморфизма.

2.3 Методы изучения полиморфизма ДНК митохондриального генома.

2.4 Методы статистической обработки.

3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ.

3.1 Анализ ПДРФ-ДНК и митотипов участка ND-2 митохондриального генома внутрипородных линий уток Благоварского ГУП ППЗ.

3.2 Оценка генетической дифференциации пекинских и мускусных уток с использованием RAPD-маркеров.

3.2.1 Межпородная дифференциация.

3.2.2 Внутрипородная межлинейная дифференциация пекинских уток.

3.3 Оценка генетической дифференциации и степени генного разнообразия зональной популяции уток Благоварского ГУП ППЗ по данным полиморфных маркеров ядерного (RAPD) и митохондриального геномов.

3.4 Оценка возможности использования стабилизирующего отбора для повышения продуктивных качеств уток.

3.5 Экономическое обоснование результатов исследований.

ВЫВОДЫ.

ПРЕДЛОЖЕНИЯ ПРОИЗВОДСТВУ.

Введение Диссертация по сельскому хозяйству, на тему "Генетическая дифференциация внутрипородных линий уток по данным рестрикционного анализа митохондриальной ДНК и RAPD-маркерам"

Актуальность работы. В современном птицеводстве при линейном разведении в условиях изолированного содержания и постоянного длительного давления направленного отбора, который ведется одновременно по целому комплексу признаку продуктивности, происходит непрерывное изменение генетической структуры линии, что в конечном итоге приводит к генетической дифференциации исходной родительской группы и формированию новых породных групп (В.И. Глазко, Р.В. Облап, Г.В. Глазко, 1997; Ф. Айала, 1988).

Для оценки генетической структуры и генетической дифференциации популяций в настоящее время широко используется изучение полиморфных локусов. При этом целесообразно использовать гипервариабельные локусспецифические последовательности ДНК ядерного и митохондриального геномов, поскольку они являются более информативными маркерами по сравнению с иммуно-биохимическими (Э.К. Хуснутдинова, 1997).

В настоящее время возможности использования полимофных маркеров ДНК продемонстрированы на значительном количестве природных и сельскохозяйственных популяций (С.А. Булат, 1992; И.В. Чуркина, 1995; С.К. Семенова, 1996; Г.ДРябова и др., 1995; А.В. Городная,1997; Е.Д. Рысков, 1999; И.В. Чуркина, 2000; В.Н. Поздняков и др., 2000; Вл. А. Брыков, 2001; Е.З. Кочиева, 2002;Т.С. Голованова, 2003; Г.Г. Хрисанфова и др., 2004).

Полиморфизм ядерного и митохондриального генома уток совершенно не исследован, тогда как промышленные популяции являются прекрасным объектом для изучения процессов генетической дифференциации, которая происходит в ходе селекционного процесса. Благоварский ГУП ППЗ выполняет функции селекционно-генетического центра по утководству в России и является уникальным в этом плане. Менее чем за 10 лет созданы высокопродуктивный кросс Благоварский, а также Башкирская цветная порода уток, что является наглядным примером генетической дифференциации исходной родительской группы уток на различные по фенотипу и продуктивным качествам (а следовательно по генотипу) внутрипородные группы.

Выше изложенное обосновывает своевременность и актуальность настоящего исследования.

Работа выполнена в рамках и при частичной финансовой поддержке гранта Российского фонда фундаментальных исследований (РФФИ) -Агидель (№ проекта 05-04-97940).

Цель и задачи работы. Изучение генетической структуры внутрипородных линий уток по данным о полиморфизме ядерного и митохондриального геномов и количественная оценка произошедшей в ходе селекции их генетической дифференциации.

Задачи исследования:

1. Провести изучение RAPD-полиморфизма генома 10 внутрипородных линий уток с несколькими универсальными праймерами;

2. Изучить полиморфизм длин рестрикционного фрагмента в участке митохондриального ДНК, кодирующем вторую субъединицу НАДН-дегидрогеназы (ND2) у различных пород (пекинских и мускусных) и внутрипородных линий уток;

3. Провести количественную оценку степени межлинейной генетической дифференциации пекинских уток;

5. Провести сравнительный анализ генного разнообразия линий уток по данным полиморфизма ДНК двух геномов - ядерного и митохондриального.

Научная новизна работы. В нескольких поколениях 10 внутри породных линий уток пекинской и мускусной породы впервые проведен:

- RAPD-анализ генома с использованием нескольких универсальных праймеров;

- ПДРФ-анализ митохондриального генома в участке, кодирующем вторую субъединицу НАДН-дегидрогеназы (ND 2).

Впервые дана количественная оценка степени генного и митотипического разнообразия внутрипородных линий уток по данным ДНК-маркеров ядерного и митохондриального геномов.

В общем плане популяционно-генетических исследований определение частот генотипов и аллелей ДНК-локусов в линейных субпопуляциях уток является новой информацией для характеристики генофонда уток вообще и их зональной (ГУП ППЗ Благоварской) популяции в частности.

Публикации. По результатам проведенных исследований опубликовано 5 научных трудов, в том числе 1 статья в журнале «Вестник Башкирского университета» и 1 статья в журнале «Птицеводство».

Структура и объем работы. Диссертационная работа включает введение, обзор литературы, материалы и методы, главу результатов и обсуждения, выводы, предложения производству, библиографию. Работа содержит 111 страниц машинописного текста, 21 таблицу, 30 рисунков. Библиография включает 144 наименования.

Заключение Диссертация по теме "Разведение, селекция, генетика и воспроизводство сельскохозяйственных животных", Ганиева, Ильнура Нурисламовна

выводы

1. Впервые для 10 внутрипородных линий мускусных и пекинских уток получена молекулярно-генетическая информация о полиморфизме ДНК ядерного (RAPD) и митохондриального геномов (участок ND2), что представляет новую информацию об эволюции геномов под действием отбора.

2. При изучении RAPD-полиморфизма генома уток показано, что праймер НМ13 является достаточно информативным не только для выявления межпородной и межлинейной дифференциации уток, но также способен выявлять даже небольшие изменения первичных последовательностей ДНК, происходящих в ряду родители - дети.

3. При проведении ПДРФ-анализе участка ND2 митохондриального генома уток показано, что различные рестриктазы выявляют разный уровень генетического полиморфизма, что однако не сказывается на оценке генетических расстояний между исследованными линиями уток.

Корреляция между генетическими расстояниями, рассчитанными по данным ПДРФ-анализа участка ND2 мтДНК, проведенного с разными рестриктазами является положительной (г = 0,142 - 0,689).

Оценки митотипического разнообразия варьируют в пределах 0,434 -0,554.

4. Генетические расстояния между исследованными линиями уток, полученные на основе RAPD-полиморфизма ядерного генома и ПДРФ-полиморфизма участка ND2 митохондриального генома и последующий кластерный анализ позволили построить схему филогенетических взаимоотношений между ними:

• Наибольшим генетическим сходством между собой обладают мускусные линии Ю1 - Ю4, что на всех дендрограммах объединяет их в отдельный кластер.

• Линии БЦ1 и БЦ2 Башкирской цветной породы уток по своей генетической структуре обнаруживают большее сходство с линиями Б1 и Б2 Благоварского кросса, нежели с остальными.

5. Оценки внутрилинейного генного разнообразия изученных кроссов уток, полученные по данным RAPD-полиморфизма ядерного генома и ПДРФ-полиморфизма участка ND2 митохондриального генома соответствуют друг другу. Коэффициент корреляции между ними составляет 0,401.

Показано, что генное разнообразие не снижается в ходе селекционного процесса.

ПРЕДЛОЖЕНИЯ ПРОИЗВОДСТВУ

По данным генетического полиморфизма митохондриальной и ядерной ДНК показано, что в результате селекции линии Б1 и Б2 Благоварского кросса, произошла значительная дивергенция их геномной ДНК от исходных линий Ml и М2 кросса Медео. Коэффициент генетического сходства линий Б1 и Б2 составляет 0,783. Коэффициент сходства между линиями Ml - Б1 составляет 0,494, а между линиями М2 - Б2 - 0,656.

Поскольку степень гетерозиса во многом зависит от степени генетических различий скрещиваемых особей мы предлагает:

1. Для получения большого эффекта гетерозиса, для усиления сочетаемости признаков продуктивности получать гибридное потомство от скрещивания линий М1хБ2 и Б1хМ2, которые, как показали наши исследования, различаются между собой в большей степени, чем отцовская линия Б1 и материнская линия Б2.

Библиография Диссертация по сельскому хозяйству, кандидата сельскохозяйственных наук, Ганиева, Ильнура Нурисламовна, Уфа

1. Айала Ф. Современная генетика: В 3 т /Ф.Айала, Дж. Кайгер: Пер. с англ. - М.: Мир, 1988. - Т 3. - 368 с.

2. Алтухов Ю.П. Вклад А.С. Серебровского В генетику популяций /Ю.П. Алтухов //Генетика. 1992. - Т. 28, № 1. - С. 8 -19.

3. Алтухов Ю.П. Внутривидовое генетическое разнообразие: мониторинг и принципы сохранения /Ю.П.Алтухов //Генетика.- 1995.- Т.31, №10.-С.1333-1357.

4. Алтухов Ю.П. Генетические процессы в популяциях /Ю.П. Алтухов. -М.: ИКЦ "Академкнига", 2003. 431 с.

5. Алтухов Ю.П. Связь аллозимной гетерозиготности с жизнеспособностью и скоростью роста горбуши /Ю.П.Алтухов, Е.А. Салменкова, Ю.Ф.Картавцев //Цитология и генетика.-1991.- Т.25, №1.-С.47-57.

6. Андрияшева М.А., Локшина А.Б. Метод повышения уровня гетерозиготности популяций сиговых рыб при искусственном воспроизводстве //Молекулярные механизмы генетических процессов./ М.А. Андрияшева, А.Б. Локшина. М.: Наука, 1977. С.199-249.

7. Антонов А.С. Основы геносистематики растений /А.С. Антонов. М.: МАИК "Наука /Интерпериодика", 2000.- 134 с.

8. Балмышева Н.П. Генетическая изменчивость гена цитохрома b митохондриальной ДНК соболя магаданской популяции /Н.П. Балмышева, ЛИ. Соловенчук //Генетика. -1999. -Т. 35, № 9. -С. 1252-1257.

9. Бондаренко Ю.В. Эффективность модального отбора в популяциях птиц /Ю.В. Бондаренко, В.П. Коваленко, П.И. Кутнюк //Науч.-технич. бюл. Укр. НИИ птицеводства. 1979. - №7. - С.3-7.

10. БрыковВл.А. Сравнение митохондриальной ДНК у двух видов терпугов и их гибридов (CEM.Hexagrammidae; Pisces) из залива Петра Великого (Японское море) /Вл. А. Брыков, А.В. Подленских //Генетика. 2001. -Т. 37, №12. - С.1663-1666.

11. Булат С.А. Полиморфизм дрожжеподобного гриба Aureobasidium Pullulans (De Вагу) выявляемый в полимеразной цепной реакции с универсальными праймерами: состояние дивергенции вида /С.А. Булат, Н.В. Мироненко //Генетика. 1992. - Т. 28, № 4. - С. 19-29.

12. Введение в ДНК-технологии /В.И. Глазко, И.М. Дунин, Г.В. Глазко, JI.A. Калашникова. -М.: ФГНУ "Росинформагротех", 2001. -436с.

13. Влияние ряда факторов на уровень изменчивости митохондриальной ДНК в популяциях горбуши /Вл.А. Брыков, Н.Е. Полякова, А.А. Скурихина, АД Кухневский//Генетика.-1998.-Т. 34, № 6.-С. 810-815.

14. Гадиев P.P. Резервы промышленного птицеводства России /P.P. Гадиев. Сергиев - Посад - Уфа: Изд-во БГАУ, 2002. - 325 с.

15. Генетическая дифференциация евразийского подвида мягкой пшеницы по данным RAPD-анализа /П.П. Стрельченко, О.П. Митрофанова, Л.Л. Малышев и др. //Аграрная Россия. 2002. - №3. - С. 11-23.

16. Генетическая дифференциация полевок методом таксопринтного анализа и ПЦР со случайными праймерами /С.Г. Потапов, В.Н. Орлов, Ю.М. Ковальская и др. //Генетика. 1999. - Т. 35, № 4. - С. 484-492.

17. Геномная дактилоскопия кур с использованием в качестве зонда ТГ -обобщенной минисателитной ДНК /И.В. Чуркина, А.А. Сазонов, С.В.

18. Черепанов, А.Ф. Смирнов //Сельскохозяйственная биология. 1995. - № 2.-С. 53 -55.

19. Генетическая изменчивость Trichinella spiralis Oven и Tr. pseudospiralis Garkavi выявляемая методом ПЦР со случайными праймерами /С.К. Семенова, Г.Г. Хрисанфова, A.M. Асатрян и др. //Генетика. 1998. - Т. 34,№4.-С. 528-534.

20. Глазко В.И. Дифференциация домашней лошади и лошади Пржевальского по различным последовательностям ДНК /В.И. Глазко, Л.Б. Зеленая //Генетика. 1998. - Т. 34, № 7. - С. 996-999.

21. Глазко В.И. Закономерности внутрипородной генетической дифференциации крупного рогатого скота под влиянием абиотических и биотических факторов /В.И. Глазко, Р.В. Облап, Г.В. Глазко //Доклады Россельхозакадемии.- 1997. № 1. - С. 10-12.

22. Глазко В.И. Современные направления использования ДНК-технологий / В.И.Глазко, Н.Н.Доманский, А.А.Созинов //Цитология и генетика.-1998.-Т.32, №5.-С.80-93.

23. Глазко В.И. Совремнные направления использования ДНК-технологий растений и животных /В.И. Глазко, В.А. Малиенко //Тезисы докладов II международной научной конференции «Биотехнология в растениеводстве, животноводстве и ветеринарии. М.: 2000. - С. 178.

24. Гордеева Н.В. Акклиматизация горбуши Oncorhynchus gorbuscha (Walbaum) на европейском севере: данные рестрикционного анализа мтДНК /Н.В. Гордеева, Е.А. Салменкова, Ю.П. Алтухов //Генетика. -2004.- Т. 40, №3.-С. 393-400.

25. Горюнов Н.А. Разведение и выращивание уток /Н.А. Горюнов. М.: Россельхозиздат, 1981. - 52 с.

26. Гречко В.В. Молекулярные маркеры ДНК в изучении филогении и систематике /В.В. Гречко //Генетика. -2002.-Т.38,№8.-С. 1013-1033.

27. Городная А. В. Полиморфизм некоторых генетико-биохимических систем у кур /А.В. Городная, И.Г. Моисеева, В.И. Глазко //Доклады Россельхозакадемии. 1997. - № 2. - С. 31 - 33.

28. ДНК технологии оценки сельскохозяйственных животных /Л.А. Калашникова, И.М. Дунин, В.И. Глазко и другие. - Московская область, Лесные Поляны: Изд-во ВНИИплем, 1999. - 148 с.

29. ДНК-типирование дальневосточных видов рода Iris L. С помощью метода RAPD-PCR /Ю.Н. Журавлев, М.М. Козыренко, Е.В. Арюнова и др. //Генетика. 1998. - Т. 34, № 3. - С. 368-372.

30. Дорохов Д.Б. Быстрая технология RAPD-анализа генотипов лука /Д.Б. Дорохова, М.Н. Лаптева //Сельскохозяйственная биология. 1997. - № 5. -С. 22-32.

31. Дрейф генов как фактор дифференциации внутри породных популяций свиней /С.П. Князев, С.В. Никитин, М.А. Савина и другие //Доклады Россельхозакадемии. 2004. - № 2. - С.35-38.

32. Дунин И.М. Порода и породообразование /И.М. Дунин, С.К. Охапкин. -М.: Изд-во ВНИИплем, 1999.- 47 с.

33. Дымань Т.Н. Полиморфизм белков, RAPD-PCR и ISSP-PCR-маркеров у некоторых видов Ungulata /Т.Н. Дымань, Н.И. Ясинецкая, В.И. Глазко // Сельскохозяйственная биология. 2000. - № 6. - С. 29-38.

34. Евграфов О.В. Генетическая археология: новый подход к исследованию генетической истории популяций /О.В. Евграфов //Доклады академии наук. 1994. - Т. 338, № 6. - С. 822 - 826.

35. Животовский Л.А. Показатель внутрипопуляционного разнообразия /Л.А. Животовский //Общая биология. 1980. - Т.41, № 6. - С. 828-836.

36. Животовский J1.A. Популяционная биометрия /Л.А.Животовский.- М.: Наука, 1991.-256с.

37. Изменчивость митохондриальной ДНК у серебряного карася (Carassius auratus gibelio) в водоемах Дального Востока /Вл. А. Брыков, Н.Е. Полякова, Л.А. Скурихина и другие //Генетика. 2002. - Т. 38, № 10. -С. 1387-1392.

38. Исследование метода ПНР для контроля чистопородности пчелосемей Apis mellifera mellifera L. В условиях Южного Урала /Ю.М. Никоноров, Г.В. Бельковская, А. В. Поскряков и др. //Генетика. 1998. - Т. 34, №11. -С. 1574-1577.

39. Использование полиморфных маркеров ДНК для дифференциации пород кур различного происхождения /С.К. Семенова, А.Л. Филенко, В.А. Васильев и др. //Генетика. 1996. - Т. 32, № 6. - С. 795-803.

40. Кайданов Л.З. Генетика популяций /Л.З. Кайданов. М.: Высшая школа, 1996.-320 с.

41. Кимура М. Молекулярная эволюция: теория нейтральности /М.Кимура.-М.: Мир, 1985.-397с.

42. Кол Н.В. Полиморфизм митохондриальной ДНК в тувинской популяции северного оленя (Rangifer tarandus L) /Н.В. Кол, А.Л. Королев, И.А. Захаров //Генетика. 2006. - Т. 42, № 1. - С. 110-112.

43. Конарев А.В. Использование молекулярных маркеров в работе с генетическими ресурсами растений /А.В. Конарев // Сельскохозяйственная биология. 1998. - № 5. - С. 3-25.

44. Кочиш И.И. Птицеводство /И.И. Кочиш, М.Г. Петраш, С.Б. Смирнов. -М.: КолосС, 2004.-407 с.

45. Кочиш И.И. Селекция в птицеводстве /И.И. Кочиш.-М.: Колос, 1992.-272с.

46. Крюков Н.П. К филогенетическим отношениям врановых птиц (Aves Corvidae) по данным частичного секвенирования гена цитохрома b митохондриальной ДНК /Н.П. Крюков, С. Одати //Генетика. 2000. - Т. 36, №9.-С. 1262-1263.

47. Крюков Н.П. Филогеография черной, серой и болыиеклювой ворон по данным частичного секвенирования гена цитохрома b митохондриальной ДНК /Н.П. Крюков, X. Сузуки //Генетика. 2000. - Т. 36, №8.-С. 1111-1118.

48. Куликова И.В. RAPD-PCR анализ генетического разнообразия маньчжурского фазана /И.В. Куликова, Г.Н. Челомина, Ю.Н. Журавлев //Генетика. 2002. - Т. 38, № 6. - С. 836-841.

49. Куликова И.В. Низкая генетическая дифференциация и тесные эволюционные связи между Anas platurhunchos и Anas poecilorhuncha: данные RAPD-PCR анализа /И,В. Куликова, Г.Н. Челомина, Ю.Н. Журавлев //Генетика. -2003. -Т. 39, № 10.-С. 1353-1362.

50. Левонтин Р. Генетические основы эволюции /Р.Левонтин. М.: Мир, 1978.-351с.

51. Лэсли Д. Генетические основы селекции животных /Д.Лэсли. М.: Колос, 1982.-390с.

52. Маниатис Р. Методы генной инженерии. Молекулярное клонирование. /Р.Маниатис. М.: Колос, 1989. - 247с.

53. Машуров A.M. Генетические маркеры в селекции животных /A.M. Машуров. М.: Наука, 1980. - 320 с.

54. Машуров A.M., Черкашенко В.И. Учитывать генетические дистанции между породами при селекции /A.M. Машуров, В.И.Черкашенко //Животноводство. 1987. - № 2. - С. 21-23.

55. Межжерин С.В. Сравнительный анализ аллозимной изменчивости позвоночных животных /С.В.Межжерин //Журнал общей биологии.-1992.-Т.63, № 4.-С.549-555.

56. Мельникова М.И. Исследование полиморфизма и дивергенции геномной ДНК на видовом и популяционном уровнях /М.И.Мельникова, В.В.Гречко, Б.М.Медников //Генетика.- 1995.- Т.31, № 8.-С.1120-1131.

57. Минченко А.Г. Митохондриальный геном /А.Г. Минченко, Н.А. Дудырева. Новосибирск: Наука. Сибирское отделение, 1990. - 194 с.

58. Митохондриальный геном и митохондриальные болезни человека / Р.И.Сукерник, О.А. Дербенева, Е.Б. Стариковская и другие //Генетика. -2002. Т.38, № 2. - С. 161-170.

59. Мокроусов И.В. Внутривидовая дифференциация штаммов Aureobasidium Spp. Методом полимеразной цепной реакции с универсальными праймерами /И.В. Мокроусов //Генетика. 1995. - Т. 31, № 7.-С. 915-919.

60. Мокроусов И.В. Различение биологических видов гриба Aureobasidium Pullulans (De Вагу) методом полимеразной цепной реакции с универсальными праймерами /И.В. Мокроусов, С.А. Булат //Генетика. -1992. Т. 28, №4.-С.31-38.

61. Молдожанов К.А. Методы и приёмы племенной работы по совершенствованию продуктивных качеств уток Д: Автореф. докт. дисс.-с.50 лет /К.А. Молдожанов; Каз.ССр,1998,46 с.

62. Ней М. Вопросы общей генетики: генетические расстояния и молекулярная таксономия /М.Ней. -М.: Наука, 1981. 120с.

63. О возможности использования стабилизирующего отбора в популяциях птиц /В.Г. Горин, Г.Я. Копыловская, C.JI. Меерсон, Б.О. Коновалов // Птицеводство. 1978. - №11. - С. 28-31.

64. Олейник А.Г. Дивергенция мальмы Salvelinus malma в азиатской части Северной Пацифики по данным PCR RFLP - анализа митохондриальной ДНК /А.Г. Олейник, JI.A. Скурихина, Вл.А. Брыков //Генетика.-2002.-Т. 38, № 10.-С. 1393-1401.

65. Олейник А.Г. Дивергенция митохондриальной ДНК двух подвидов мальмы Salvelinus Malma (Salmonidae: Pisces) /А.Г. Олейник, JI.A. Скурихина, Вл.А. Брыков и другие //Доклады академии наук. 2001. - Т. 376, №6.-С. 844-846.

66. Олейник А.Г. Дифференциация мальмы Salvelinus malma и гольца таранца Salvelinus taranetzi по данным PCR-RFLP-анализа митохондриальной ДНК /А.Г. Олейник, JI.A. Скурихина, Вл.А. Брыков // Генетика. 2004. - Т. 40, № 3. - С. 386-392.

67. Олейник А.Г. Молекулярная филогения лососевых рыб: соответствие результатов анализа ядерной и митохондриальной ДНК /А.Г. Олейник //Генетика. 1997. - Т. 33, № 2. - С. 229-235.

68. От научного обоснования к новой стратегии в семеноводстве овощных,бахчевых культур и кормовых корнеплодов /М. Кодзоев, А. Березкин, А. Гундаев, И. Ермоленко //Междунар. с.-х. журнал. 2001. - №4. - С.53-57.

69. Пенионжкевич Э.К. Разведение и племенное дело в птицеводстве /Э.К.Пенионжкевич, К.В.Злочевская, А.В.Шахов.- М.: Высшая школа, 1989.-388с.

70. Перчук И.Н. Изучение видового разнообразия овса с использованием RAPD-анализа /И.Н. Перчук, И.Г. Лоскутов, К. Окуно //Аграрная Россия. 2002. - №3. - С.41-44.

71. Подстрешный О.П. Эффектившсть модального видбору в лшях курей / О.П. Подстрешный //Птгинвницво.-1981. Вип.32. - С.23-26.

72. Поздняков В.Н. Молекулярно-генетическне подходы в изучении генетического полиморфизма различных пород пчел /В.Н. Поздняков, А.Б. Абрамова, О.С. Чудинов и другие //Сельскохозяйственная биология. -2000.-№4.-С. 56-60.

73. Поляничкин А.А. Популяционная генетика в птицеводстве /А.А. Поляничкин. М.: Колос, 1980. - 107 с.

74. Потапов С.Г. Молекулярно-генетическое маркирование геномов представителей рода Phodorus /С.Г.Потапов, В.А.Васильев, О.П.Самарина, А.П.Рысков //Генетика,- 1994.- Т.ЗО, № 5.-С.615-621.

75. Проблемы теории молекулярной эволюции /В.А. Ратнер, А.А. Жарких, Н.А. Колчанов. Новосибирск: Наука, 1985. - 263 с.

76. Радченко О.А. Генетическая дифференциация северной и южной мальмы по данным рестрикционного анализа митохондриальной ДНК /О.А. Радченко //Генетика. 2002. - Т.38, № 4. - С. 521-528.

77. RAPD анализ сомаклональной и межсортовой изменчивости гороха /З.Г. Кокабаев, В.К. Боброва, К.М. Вальехо-Роман и др. //Общая биология. - 1997.-Т. 355,№ 1.-С. 134-136.

78. RAPD-фиргерпринтинг леща (Abramis brama L.), плотвы (Rutilus rutilus L.) и гибридов первого поколения лещ х плотва и плотва х лещ /Г.Г. Хрисанфова, Р.И. Луданный, Ю.В. Слынькои и другие //Генетика. -2004. Т.40, № 10. - С. 1432-1436.

79. Рекомендации по разведению и использованию башкирской цветной породы уток /Т.Ф. Саитбаталов, К.А. Молдажанов, Я.С. Ройтер и другие. -Языково, 2002.-39 с.

80. Романова Л.В. Анализ ДНК штаммов Brucella sp. С помощью полимеразной цепной реакции с использованием универсальных праймеров /Л.В. Романова, Б.Н. Мишанькин //Биотехнология. -1994. № 4.-С. 8-9.

81. Романова Л.В. Полимеразная цепная реакция: генотипический скрининг штаммов Francisella tularensis с использованием неспецифических праймеров /Л.В. Романова, Б.Н. Мишанькин, И.Ю. Сучков //Биотехнология. 1993. - № 6. - С. 8-9.

82. Рысков Е.Д. Мультилокусный ДНК-фингерпринтинг в генетико-популяционных исследованиях биоразнообразия /Е.Д. Рысков //Молекулярная биология. 1999. - Т.ЗЗ, № 6. - С. 997-1011.

83. Рябинина Н.Л. Полиморфизм ДНК популяций ящериц семейства Lacertidae, определяемый методом RAPD /Н.Л. Рябинина, В.В. Гречко, И.С. Даревский //Генетика. 1998. - Т. 34, № 12. - С. 1661-1667.

84. Рябова Г.Д. Исследование связи между аллозимной изменчивостью и некоторыми компонентами приспособленности у севрюги /Г.Д.Рябова, М.В.Офицеров, Е.И.Шишанова //Генетика.- 1995.-Т.31,№12.-С.1679-1692.

85. Саитбаталов Т.Ф. Птицеводство Республики Башкортостан в цифрах и фактах /Т.Ф. Саитбаталов. М.: Загорск, 2000. - 152 с.

86. Саитбаталов Т.Ф. Утководство в Республике Башкортостан /Т.Ф. Саитбаталов. Уфа: Гил ем, 1997. - 264 с.

87. Семенова С.К. Анализ генетической изменчивости печеночного сосальщика с помощью ПЦР со случайными праймерами /С.К.Семенова, Е.А.Романова, И.И.Бенедиктов, А.П.Рысков //Генетика.- 1995.- Т31, № 2.-С273-275.

88. Семенова С.К. Генетический полиморфизм русских, европейских и азиатских пород кур, выявляемый с помощью ДНК и белковых маркеров /С.К. Семенова, И.Г. Моисеева, В.А. Васильев и другие //Генетика. -2002. Т. 38, № 9. - С. 1304-1308.

89. Сиволап Ю.М. Генетический полиморфизм ячменя, выявленный ПЦР с произвольными праймерами /Ю.М. Сиволап //Генетика. 1995. - Т.31, № 10.-С. 1358-1364.

90. Сиволап Ю.М. Использование продуктов полимеразной цепной реакции для картирования генома ячменя (Hordeum Vulgare L.) /Ю.М. Сиволап, Р.Н. Календарь, В.П. Нецветаев //Генетика. 1997. - Т. 33, № 1.-С. 53-60.

91. Сиволап Ю.М. Исследования генетического полиморфизма злаковых растений при помощи ПНР с произвольными праймерами /Ю.М.Сиволап, Р.Н.Календарь, С.В.Чеботарь //Цитология и генетика.1994.- Т.28, № 6.-С.54-61.

92. Сиволап Ю.М. RAPD-анализ молекулярно-генетического полиморфизма подсолничника /Ю.М.Сиволап, А.Е. Солоденко, В.В.Бурлов //Генетика. -1998. Т. 34, № 2. - С. 266-271.

93. Скулин В.А. Исследование генетической дивергенции нерестовых стад байкайльской желтокрылки Cottocomephorus Grewingki (Dybowski) с помощью рестрикционного анализа мтДНК /В.А. Скулин //Генетика.1995. Т. 31, № 1.-С. 111-117.

94. Спиридонова JI.H. Генетическое разнообразие черной и большеклювой ворон по данным RAPD-PCR-анализа /Л.Н.Спиридонова, Г.Н. Челомина, А.П. Крюкова //Генетика. 2003. - Т. 39, № 11. - С. 1516-1526.

95. Стакан Г.А. Использование оценки генетической дистанции на ранних этапах породообразовательного процесса /Г.А. Стакан, В.И. Глазко //Доклады ВАСХНИЛ.- 1978. № 11. - С.25-28.

96. Ю2.Суходолец В.В. Биологический прогресс и природа генетических рекомбинаций /В.В.Суходолец.- М.: Наука, 1995.- 156 с.

97. Тульская О.Л. Низкий уровень изменчивости митохондриальной ДНК в популяциях каланов Камчатки и Командорских островов /О.Л. Тульская, М.В. Деренко, Б.А. Малярчук//Генетика. 1999.-Т. 35, № 1.-С. 17-21.

98. Характеристика линий яичных кур при модальном отборе по живой массе в 5-месячном возрасте /В.П. Коваленко, Н.Ф. Косенко,О.П. Подстрешный и др. //Науч.-технич. бюл. Укр. НИИ птицеводства. 1980. - №9. - С.3-6.

99. Ю5.Хавкин Э.Е. Молекулярные маркеры в растениеводстве /Э.Е.Хавкин //Селькохозяйственная биология.-1997.-№ 5.-С.З-20.

100. Юб.Хворов В.В. Популяционно-генетический полиморфизм башкирской породы лошадей: Автореф. дис. к-та биол.наук /В.В. Хворов; СПб. -Пушкин, 2001.-20с.

101. Ю7.Хуснутдинова Э.К. Молекулярно-генетическая характеристика популяции башкир и других народов Волго-Уральского рениона: Автореф. дис. .доктора биол.наук /Э.К. Хуснутдинова; М., 1997. 48с.

102. Ю8.Хуснутдинова Э.К. Молекулярная этногенетика народов Волго-Уральского региона /Э.К.Хуснутдинова. Уфа: Гилем, 1999.-237с.

103. Хуснутдинова Э.К Рестрикционный полиморфизм главной некодирующей области митохондриальной ДНК в популяциях Волго-Уральского региона /Э.К.Хуснутдинова, И.М. Хидиятова, Т.В. Викторова, Р.И. Фатхлисламова //Генетика. 1998. - № 10. - С. 17-19.

104. ПО.Чуркина И.В. Полиморфные ДНК-маркеры у линий кур, подвергшихся длительной разнонаправленной селекции /И.В.Чуркина, В.Б.Дмитриев, М.Г.Смарагдов, И.А.Колесник, А.Ф.Смирнов //Тезисы докладов 2-го съезда ВС)ГиС.-2000.-Т.2.-С.66.

105. Шмальгаузен И.И. Факторы эволюции: Теория стабилизирующего отбора /И.И. Шмальгаузен. М.: Наука, 1969. - 451 с.

106. Aagaard J.E., Krutovsky K.V., Strauss S.H. RAPDs and allozymes exhibit similar levels of diversity and differentiation among populations and races of Douglas-fir// Heredity. 1998. Vol. 81. P. 69-78.

107. Ann Oakenfull E. A survey of eguid mitochondrial DNA: Implications for the evolution, genetic diversity and conservation of Eguus /Е. Ann Oakenfull, N. Lim Han, A. Ryder Oliver//Cjnserv. Genet. -2000. 1, № 4. -C. 341-355.

108. Avise J.C. Molecular markers, natural history and evolution. N. Y.: Chapman and Hall.- 1994.-511 p.

109. Avise J.C. Phylogeography: The history and formation of species. Cambridge, MA: Harvard Univ. press. 2000.- 447 p.

110. Bardin M. Rapid analysis of bulked genomic DNA samples /М. Bardin, S. Comincini, C. Bandi, G. Gandini, G Damiani //Anim. Genet. 1994. - 25, Suppl.n2. - C. 29.

111. Bernatchez L., Wilson C.C. Comparative phylogeography of nearctic fishes // Mol. Ecol. 1998. - Vol. 7. - P. 431-452.

112. Billington N., Hebert P.D.H. Mitochondrial DNA diversity of fishes and its implications for introductions //Can. J. Fish. Aguat. Sci. 1991. - Vol. 48 suppl. l.-P. 80-94.

113. Cann R. L., Stoneking M., Wilson A. C. Mitochondrial DNA and human evolution //Nature. 1987. - Vol. 325. - P. 31-36.

114. Carlson J.E. Segregation of random amllified DNA-markers in F1 progeny of conifers /J.E.Carlson, L.K.Tulseram et.al. //Theor. Appl. Genetics.-199l.-V. 83.-P.l 94-200.

115. Cavalli-Sforza L.L. Phylogenetic analysis: Models and estimation procedures /L.L.Cavalli-Sforza, A. W.F.Edwards //Amer.J.Hum.Genet.-1967.-V.l 9.-P.233-357.

116. Excoffier L., Smouse P.E., Quattro J.M. Analyses of molecular variance inferred from metric distances among DNA haplotypes: application to human mitochondrial DNA restriction data //Genetics.-1992.-Vol. 131.-P.479491.

117. Felsenstein J. PHYLIP (Phylogeny inference package), version 3.4. 1992. Department of Genetics, SK-50. Wash. Univ., Seattle. WA. 1993.

118. Ferris S.D., Berg W.J. The utility of mitochondrial DNA in fish genetics and management //Population genetics and fishery management /Eds N. Ryman, F. Utter. Seattle; L.: Univ. Wash, press, 1987. P. 277-301.

119. Fontaine P. M., Dodson J.J., Bernatchez L., Slettan A.A genetic test of metapopulation structure in Atlantic salmon (Salmo salar) using microsatellites //Can. J. Fish. Aguat. Sci. 1997. - Vol. 54. - P. 2434-2442.

120. Glazko Valerii. The comparatioc analysis of enzyme and RAPD-PCR polymorphisms in some domestic and wild ungulate species /Glazko Valerii //Absr. Euro-Amer. Mammal Congr., Santiago de Compostek-1998.-C.352.

121. Harrison R.G. Animal mitochondrial DNA as a genetic marker in population and evolutionary biology //Trends Ecol. Evol. 1989. - Vol. 4. - P. 6-11.

122. Jayasankar P. Analysis of RAPD polymorphisms in Rastselliger kanagirta off India /Р. Jayasankar, K. Dharmalingam// Naga. -1997.-20, № ЗА-C. 52-56.

123. Kocher Т.О., Thomas W. K., Meyer A. et al. Dynamics of mitochondrial DNA evolution in animals: amplification and seguencing with conserved primers //Proc. Nat. Acad. Sci. US. 1989. - Vol. 86. - P. 6196-6200.

124. Krutovskii K.V., Vollmer S.S., Sorensen F.C. et al. RAPD genome map of Douglas-fir//J.Heredity. 1998. Vol. 89.-P. 197-205.

125. Lear T.L. Phylogenetic studies of Eguids using RAPD markers /T.L. Lear, E. Bailey, E.G. Cothran //Anim. Genet. 1994. - 25, Suppl.n2. - C. 34.

126. McElroy D., Moran P., Bermingham E., Kornfield J. RFLP: The restriction enzyme analysis package, Version 4.0. Orono, ME: Maine Univ. 1991.

127. Mueller U.G., Wolfenbarger L.L. AFLP genotyping and fingerprinting // Trends Ecol. Evol. 1999. Vol. 14. P. 389-394.

128. Moultrie F. Compromise essential to success in breeding //Poultry Intern. 1984. Mar. P. 82-83.

129. Nei M. Genetic distance between populations //Amer. Naturalist. 1972. V. 106. P.283-292.

130. Nei M. Molecular evolutionary genetics. N.Y.: Columbia Univ. press, 1987.-512p.

131. Schierwater B. Arbitrarily amplified DNA in systematics and phylogenetics //Electrophoresis. 1995. V. 16. P. 1643-1647.

132. Schmid C.W. Does SINE evolution preclude Alu function? //Nucl. Acids Res.1998. V. 26. P. 4541-4550.

133. Sheldon F.E., Jones C.E., McCracken K.G. Relative pattern and rates of evolution in heron nuclear and mitochondrial DNA //Mol. Biol. Evol. 2000. V. 17. P. 437-450.

134. Szalanski Allen L. DNA variation within and among wild Turkey (Meleagris gallopavo) subspecies /L. Szalanski Allen, E. Church Kevin, W. Oates David, Bischof Richard, O. Powers Thomas //Trans. Nebr. Acad. Sci. 2000. - 26. -C. 47-53.

135. Wallis G.P. Do animal mitochondrial genomes recombine? Trends Ecol. Evol.1999. V. 14. P. 209-210.

136. Williams J.G.K., Hanafey M.K., Rafalski J.A., Tingey S.V. Genetic analysis using random amplified polymorphic DNA markers: Methods in Enzymology //Recombinant DNA. San Diego: Academic press, 1993. Vol. 218. -P. 704-740.

Информация о работе

Ганиева, Ильнура Нурисламовна
кандидата сельскохозяйственных наук
Уфа, 2007
ВАК 06.02.01

Диссертация

Генетическая дифференциация внутрипородных линий уток по данным рестрикционного анализа митохондриальной ДНК и RAPD-маркерам - тема диссертации по сельскому хозяйству, скачайте бесплатно

Автореферат

Генетическая дифференциация внутрипородных линий уток по данным рестрикционного анализа митохондриальной ДНК и RAPD-маркерам - тема автореферата по сельскому хозяйству, скачайте бесплатно автореферат диссертации

Похожие работы