Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему

Электронномикроскопическое исследование структуры хроматина разных уровней организации

ВАК РФ 03.00.03, Молекулярная биология

Содержание диссертации, доктора биологических наук, Попенко, Владимир Иванович

ВВЕДЕНИЕ.

ЦЕЛИ И ЗАДАЧИ ИССЛЕДОВАНИЯ II ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

1. ОРГАНИЗАЦИЯ ХРОМАТИНА У ПРОКАРИОТ

2. СТРУКТУРА ХРОМАТИНА И МЕТАФАЗНЫХ ХРОМОСОМ ЭУКАРИОТ.

2Л. Нуклеосомный уровень организации хроматина.

2.1.2. Динамические возможности нукпеосом in vitro.

Температурная денатурация нуклеосом.

Разворачивание нуклеосом под действием мочевины.

Конформационные изменения нуклеосом в растворах с разной ионной силой.

Подвижность ДНК на октамере гистонов в кор-частицах.

2.1.3. HMG-белки и нукпеосомы.

2.1.4. Модифицированные гистоны в составе нуклеосом.

2.1.5. Варианты гистонов в составе нуклеосом.

2.1.6. Структура транскрипционно-активных участков генома.

2.2. 20-30 им фибриллы - наднуклеосомный уровень организации хроматина.

2.2.1. Компактизация нуклеосомных фибрилл в 20-30 нм фибриллы в растворе.

2.2.2. Модели организации 20-30 нм фибрилл.

Соленоидные" модели организации 20-30 нм фибрилл.

Нуклеомерная (супербидная) модель.

Модель "слоеного пирога".

Модели на основе "зиг-заг" структуры нуклеосомных фибрилл.

2.3. Высшие уровни организации хроматина.

2.3.1. Петельно-доменная организация хромосом.

Изучение участков геномной ДНК, связанной с ядерным матриксом) и интерфазным/метафазным скэффолдом (MARs/SARs).

Вырезание петель ДНКтопоизомеразой II ядерного матрикса.

2.3.2. Модели структурной организации метафазных хромосом.

Радиально-петельная модель и иерархия спиралей.

Модель дискретных уровней организации хромосом.

3. ПРОСТРАНСТВЕННАЯ ОРГАНИЗАЦИЯ ХРОМАТИНА В ЯДРЕ. ГИПОТЕЗА "ХРОМОСОМНЫХ ТЕРРИТОРИЙ"

4. МАКРОНУКЛЕУС ИНФУЗОРИЙ КАК МОДЕЛЬ ДЛЯ ИЗУЧЕНИЯ СТРУКТУРЫ ХРОМАТИНА

МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.

РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ

1. СТРУКТУРНАЯ ОРГАНИЗАЦИЯ ТРАНСКРИПЦИОННО-ТРАНСЛЯЦИОННОГО АППАРАТА АРХЕ- И ЭУБАКТЕРИЙ

1.1. Морфология клеток.

1.2. Морфология транскрипционных комплексов рибосомных и нерибосомных генов P.mirabilis и M.halophilus Z7952.

1.3. Структурная организация бактериальной хромосомы.

1.4. Распределение триптофанил-РНК-синтетазы в клетках эубактерий и архебактерий.

2. СТРУКТУРНАЯ ОРГАНИЗАЦИЯ НЕАКТИВНОГО ХРОМАТИНА ЭУКАРИОТ НА УЛЬТРАТОНКИХ СРЕЗАХ И ВЫДЕЛЕННЫХ ПРЕПАРАТАХ.

3. СТРУКТУРА ТРАНСКРИПЦИОННО-АКТИВНОГО ХРОМАТИНА ЭУКАРИОТ

3.1. Рибосомные гены.

3.1.1. Транскрибируемые рибосомные гены на ультратонких срезах ядрышек.

3.1.2. Активность транскрипции ядрышек на различных стадиях созревания ооцитов.

3.1.3. Строение транскрипционных комплексов рибосомных генов.

3.1.4. Структура фибрилл хроматина в транскрибируемых и спейсерных участках.

3.2. Нерибосомные гены.

3.3. Упругие напряжения в транскрибируемом хроматине.

4. СТРУКТУРА МЕТАФАЗНЫХ ХРОМОСОМ

5. СТРУКТУРНАЯ ОРГАНИЗАЦИЯ ХРОМАТИНА МАКРОНУКЛЕУСА ИНФУЗОРИЙ.

5.1. Структура хроматина B.truncatella во время деления.

5.1.1. Макронуклеус клеток B.truncatella перед делением.

5.1.2. Зоны с различной морфологией хроматиновых глыбок в макронуклеусе инфузории B.truncatella.

5.1.3. Стадия конденсации макронуклеуса.

5.1.4. Стадии образования перетяжки, вытягивания макронуклеуса и молодых клеток.

5.2. Динамика формирования фибрилл типа хромонем в макронуклеусе

B.truncatella при переходе к стадии цисты.

5.3. Ассоциация хроматиновых глыбок в структуры более высокого уровня организации in vitro.

5.4. Структурная организация хромомеров макронуклеуса.

5.4.1. Размер ДНК в макронуклеусе B.truncatella.

5.4.2. Размер ДНК, упакованной в хромомерах макронуклеуса.

5.4.3. Визуализация центров организации хроматиновых глыбок.

5.5. Модель структурной организации хроматина макронуклеуса.

5.6. Хроматиновые глыбки макронуклеуса B.truncatella -структурно-функциональные аналоги хромомеров высших эукариот.

5.7. Сравнение динамики декомиактизации хромомеров in vivo и in vitro.

6. ПРОСТРАНСТВЕННАЯ ОРГАНИЗАЦИЯ ХРОМАТИНА В ЯДРЕ. ГИПОТЕЗА "ХРОМОСОМНЫХ ТЕРРИТОРИЙ

Введение Диссертация по биологии, на тему "Электронномикроскопическое исследование структуры хроматина разных уровней организации"

Вопрос о структурной организации хроматина и хромосом тесно связан с такими фундаментальными проблемами современной молекулярной и клеточной биологии, как регуляция экспрессии генома, механизмы передачи генетической информации во время деления, пространственная организация ядра и эукариотической клетки в целом. Поэтому не удивительно, что изучению хроматина и хромосом уделялось и уделяется огромное внимание исследователей. В последние десятилетия достигнуты значительные успехи в изучении упаковки ДНК в нуклеосомных фибриллах. Однако данные о структуре хроматина более высоких уровней организации, а также хромосом очень противоречивы. Соответственно и модели, построенные на этих данных, также зачастую принципиально противоречат друг другу.

Несмотря на противоречивость имеющихся моделей организации хромосом, все современные исследователи сходятся в том, что существуют определенные промежуточные уровни упаковки ДНК в эукариотическом ядре. Исходя из теории о непрерывности существования хромосомы как структурной единицы в жизненном цикле клетки, структурные механизмы, определяющие эти уровни и динамику переходов между ними, должны обеспечивать функционирование хроматина и пространственное распределение его также и в интерфазном ядре.

Цель настоящего исследования - электронномикроскопическое изучение ультраструктуры хроматина разных уровней организации во взаимосвязи с их функциональным состоянием, а также динамических возможностей структурных переходов между фибриллами разных уровней, посредством которых осуществляются сложные и многообразные процессы функционирования генома.

Для процессов транскрипции и репликации особенно важно выяснить механизмы компактизации-декомпактизации фибрилл хроматина низших уровней организации, т.е. нуклеосомных фибрилл и 20-30 нм фибрилл. Поэтому одним из направлений исследований было изучение структуры фибрилл хроматина в активном и неактивном состоянииях а также изучение структурных переходов между фибриллами разных уровней под действием различных агентов in vitro. В ходе этих исследований на ультратонких срезах фиксированных клеток и на выделенных препаратах была изучена структура неактивного хроматина и сопоставлена со структурой в активно транскрибируемых рибосомных и нерибо-сомных генах разных организмов.

Вторым направлением исследований в рамках поставленной научной задачи было изучение структуры генетического аппарата прокариотических клеток. Это связано с рядом обстоятельств. Во-первых, в последние годы выяснилось, что у прокариот существует аппарат, в определенных отношениях сходный с митотическим аппаратом эукариот, обеспечивающий высокую точность распределения генетического материала между дочерними клетками (Wheeler, Shapiro, 1997). Во-вторых, в бактериальных клетках обнаружены гистоноподобные белки, и число таких открытых белков постоянно увеличивается. Высказано предположение о нуклеосомоподобной организации генома бактерий, а также о петельной организации нуклеоида, аналогичной петельно-доменной организации хромосом высших эукариот (Robinow, Kellenberger, 1994). Наконец, в последние два десятилетия было доказано, что архебактерии, к которым относят экстремально галофильные, аце-тотермофильные и метанобразующие бактерии, по ряду молекулярнобиологических свойств существенно ближе к эукариотам, чем к истинным бактериям. В связи с этим в рамках данного исследования была сопоставлена структурная организация активного и неактивного хроматина в архебактериях и эубактериях, а также проведена локализация в них одного из ферментов белоксинтезирующего аппарата клетки - триптофанил-тРНК синтетазы.

Одна из наиболее важных задач данной работы состояла в изучении структуры высших уровней организации хроматина в интерфазном ядре и метафазных хромосомах, к которым относятся макромолекулярные комплексы ДНП более крупные, чем 20-30 нм фибриллы хроматина. В настоящее время у исследователей нет единой точки зрения даже о том, сколько таких уровней существует в эукариотическом ядре: имеющиеся модели метафазных хромосом чрезвычайно противоречивы, а биохимические данные о петельно-доменной организации хроматина, полученные в последние годы, мало что проясняют в вопросе о его трехмерной организации в ядре и расположении фибрилл ДНП в составе метафазных хромосом. Основная часть данных по этому вопросу получена в исследованиях на уровне световой и электронной микроскопии. Однако, изучение интактных метафазных хромосом на ультраструктурном уровне представляет пока нерешенную задачу из-за проблем, связанных с высокой плотностью расположения фибрилл хроматина в хромосоме. Поэтому основная часть данных получена на препаратах хромосом, декомпактизован-ных частично или полностью in vivo на разных стадиях митоза, или in vitro под действием различных агентов.

Современные модели метафазных хромосом можно разделить на две большие группы. Первая группа - это различные сочетания радиально-петельной модели, в которой петли фибрилл хроматина прикреплены к центральному ригидному остову (скэффолду) (Paulson, Laemmli, 1977), и модели иерархии спиралей, согласно которой фибриллы более высоких уровней организации образуются в результате спирализации фибрилл предшествующего уровня (Bak et al., 1977; Rattner, Lin, 1985; Manuelidis, 1990). Вторая хорошо документированная модель, опирающаяся как на данные классической цитологии, так и современные результаты, предусматривает наличие в хромосомах промежуточного уровня компактизации фибрилл - хромонемы, которая, в свою очередь, состоит из дискретных элементов - хромомеров (Данжар, 1950; Sparvoli et ai., 1965; Chentsov et al., 1984; Zatsepina et al., 1983; Cook, 1995). В связи с этим одной из задач настоящего исследования было изучить структуру метафазных хромосом человека и сделать выбор в пользу той или иной модели. Для этой цели нами был использован подход, предусматривающий деком-пактизацию метафазных хромосом без удаления гистонов из их состава и последующее распластывание их на поверхности гипофазы. Полученные нами данные хорошо согласуются с хромомерной моделью организации метафазных хромосом.

Хромомерный уровень организации в настоящее время изучен очень слабо. Это касается как сведений о строении хромомеров, так и о динамических возможностях компактизации хромомеров в хромонему, и наоборот, разворачивание их в фибриллы более низких уровней организации. Изучение этих вопросов представляет значительные сложности, потому что в условиях in vivo хромонемная структура выявляется наиболее отчетливо во время митоза, при естественной деконденеации хромосом (Зацепина и др., 1983, 1985; Тихоненко и др., 1985), а этот период занимает короткий промежуток времени. С другой стороны, декомпактизация хромосом в условиях in vitro под действием разных агентов с определенной степенью вероятности может приводить к повреждению структуры хроматина.

В литературе ранее высказывались предположения о том, что структурно-функциональными аналогами хромомеров высших эукариот могут служить глыбки (или тельца) хроматина, наблюдаемые в макронуклеусах инфузорий, и тем самым хроматин макронуклеуса инфузорий мог бы быть удобным модельным объектом для изучения хро-момерного уровня. Поэтому одной из задач настоящей диссертации было доказать, что хроматиновые тельца макронуклеуса действительно соответствуют хромомерам высших

10 эукариот. Используя макронуклеус инфузории Вигеапа 1гипса1е11а как модельную систему, мы изучили структуру хромомеров и динамические возможности этого уровня организации хроматина, а именно: динамику компактизадии хромомеров в структуры более высокого уровня организации - хромонемы, и, напротив, декомпактизации хромомеров в фибриллы низших уровней организации.

Полученные данные сопоставлены с моделями пространственной организации хроматина в ядре и на основании полученных данных предложена модель организации хроматина макронуклеуса.

Цель и задачи исследования.

Цель данного исследования - электронномикроскопическое изучение ультраструктуры хроматина разных уровней организации во взаимосвязи с их функциональным состоянием, а также динамических возможностей структурных переходов между фибриллами разных уровней во время его функционирования. Конкретные задачи работы состояли в следующем:

1. Изучить структуру неактивного хроматина на ультратонких срезах фиксированных клеток и на выделенных препаратах и сопоставить со структурой в активно транскрибируемых рибосомных и нерибосомных генах разных организмов.

2. Сравнить структурную организацию активного и неактивного хроматина в архебак-териях и эубактериях.

3. Изучить структуру высших уровней организации хроматина (т.е. макромолекуляр-ных комплексов ДНП более крупных, чем 20-30 нм фибриллы хроматина) в интерфазном ядре и метафазных хромосомах.

4. Изучить структуру хроматина макронуклеуса инфузорий на разных стадиях клеточного цикла и проверить гипотезу о том, что хроматиновые глыбки макронуклеуса являются аналогами хромомеров высших эукариот.

5. Используя макронуклеус инфузории В. Ципса1е11а как модельную систему, изучить динамические возможности этого уровня организации хроматина, а именно: динамику компактизации хромомеров в структуры более высокого уровня организации - хромо-немы, и, напротив, декомпактизации хромомеров в фибриллы низших уровней организации. На основании полученных данных уточнить имеющиеся модели эукариоти-ческой хромосомы и предложить модель организации хроматина макронуклеуса.

6. Сопоставить полученные данные с моделями пространственной организации хроматина в ядре.

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

В живых клетках ДНК находится в виде сложного комплекса с белками, РНК и некоторыми другими молекулами, который обозначают терминами хроматин, дезоксирибо-нуклеопротеид (ДНП), нуклеогистон. Хотя исторически термин "хроматин" был введен для обозначения компонента ядер эукариот, окрашиваемого основными красителями, в настоящее время он стал общеупотребительным и для прокариотических клеток. Изменения структуры хроматина тесно связаны с изменениями его химического состава, с модификацией белков хроматина и с функциональным состоянием клетки.

Заключение Диссертация по теме "Молекулярная биология", Попенко, Владимир Иванович

ВЫВОДЫ

1. Структура неактивного хроматина (тимуса теленка, инфузорий В.1гипса1е!1а, О паяиШт и др.) изучена на ультратонких срезах фиксированных клеток и на выделенных препаратах и сопоставлена со структурой в активно транскрибируемых рибосомных и нери-босомных генах разных организмов (ооциты МТоБвШв, миелобласты цыплят и др.). а) Неактивный хроматин из интерфазных клеток высших эукариот как на ультратонких срезах, так и на выделенных препаратах, имеет вид 20-30 нм фибрилл, состоящих из глобул-нуклеомеров. При инкубации в растворах с низкой ионной силой или в присутствии хелатирующих агентов они разворачиваются в нуклеосомные нити, причем этот переход является обратимым. Выявлены различия в действии моно- и бивалентных катионов на структуру хроматина. б) В хроматине, содержащем активные рибосомные гены, спейсерные участки имеют нуклеосомное строение, в то время как в транскрибируемых участках осевая фибрилла хроматина находится в развернутом, ненуклеосомном состоянии. Сделан вывод о наличии стадии разворачивания нуклеосомной структуры транскрибируемого участка рибосомных генов, предшествующей транскрипции. В нерибосомных генах осевая фибрилла хроматина имеет нуклеосомное строение в участках с низкой плотностью расположения РНК-полимераз и, напротив, при высокой активности транскрипции находится в развернутом состоянии. Показано, что торзионно напряженные транскрипционно - активные минихромосомы БУ40 имеют гладкое, ненуклеосомное строение.

2. Сопоставлена структурная организация активного и неактивного хроматина в архе-бактериях и эубактериях.

Показано, что по структуре неактивного хроматина, а также морфологии транскрибируемых рибосомных и нерибосомных генов клетки архебактерий М.Ьа1орЫ1ш 27982 и эубактерий Р.гтгаЫНБ и Е.соН практически одинаковы. Проведено сравнение распределения триптофанил-тРНК синтетазы в клетках архе- и эубактерий. Установлено, что в обоих типах клеток основная часть молекул триптофанил-тРНК синтетаз локализована на границе нуклеоид/цитоплазма и в цитоплазме, что показывает сходство пространственной организации их геномов. Таким образом, хотя по ряду молекулярнобиологических свойств архебак-терии существенно ближе к эукариотам, чем к эубактериям, реализация этих свойств происходит в рамках одинаковой для всех прокариот структурной организации генома.

3. Изучена структура метафазных хромосом человека. Для этой цели использован подход, предусматривающий декомпактизацию метафазных хромосом в присутствии фор-мамида без удаления гистонов из их состава и последующее распластывание их на поверхности гипофазы. Полученные данные хорошо согласуются с хромомерной моделью организации хромосомы, предполагающей наличие в составе хромосомы множественных центров белковых сшивок, скрепляющих петли фибрилл хроматина.

4. Изучена структура неактивного хроматина макронуклеуса инфузории ВЛгипса1е11а на разных стадиях деления и в процессе перехода в состояние покоя (инцистирование). Им-муноцитохимически исследовано распределение РНК-содержащих структур в клетке на этих стадиях и сопоставлена активность макронуклеуса со структурной организацией хроматина.

Доказано, что хроматиновые тельца неактивного хроматина, обнаруживаемые в макронуклеусе инфузорий, обладают всеми свойствами хромомеров высших эукариот. Они имеют размер 100-200 нм, декомпактизуются в условиях с низкой ионной силой с образованием петель нуклеосомных фибрилл, имеют центральную внутреннюю структуру, к которым прикрепляются эти петли, и способны формировать хромонемные тяжи.

5. Используя макронуклеус инфузории Вигьапа 1гипса1е11а как модельную систему, изучены динамические возможности этого уровня организации хроматина.

215 а) Исследована динамика образования хромонемоподобных фибрилл в выделенном хроматине макронуклеуса B.truncatella in vitro, а также in vivo в процессе инцистирования. Установлено, что in vivo процесс компактизации нуклеосомных фибрилл в хромомеры происходит в несколько стадий, а именно: (i) компактизация нуклеосом в нуклеомеры; (ii) ком-пактизация нуклеомерных фибрилл в хромомеры и увеличение размеров последних; (iii) сближение хромомеров и образование хромонем. б) Изучены различия динамики декомпактизации хромомеров in vivo и in vitro. Полученные данные показывают, что деконденсация хромомеров in vivo происходит в основном за счет быстрой дезагрегации "организующих центров", а не путем постепенной декомпактизации, как в растворах с низкой ионной силой.

6. Результаты проведенных ультраструктурных и иммуноцитохимических исследований свидетельствуют о компартментализованной организации как ядер высших эукариот, так и макронуклеусов инфузорий, и поддерживают гипотезу "хромосомных территорий".

7. Полученные в работе данные соответствуют модели дискретных уровней организации метафазной хромосомы. Предложена модель организации хроматина макронуклеуса инфузорий.

216

В заключение я хотел бы поблагодарить мою жену и детей за терпение, поддержку и понимание.

Я благодарен Анне Сергеевне Тихоненко, которая была научным руководителем моей кандидатской диссертации и долгое время возглавляла Лабораторию электронно-микроскопических исследований биополимеров и макромолекулярных структур клетки, где была выполнена эта работа, за постоянный интерес и поддержку в работе.

Я глубоко признателен Геннадию Вениаминовичу Сердюкову, благодаря которому на протяжении всего времени моей работы в Институте молекулярной биологии была обеспечена бесперебойная работа электронных микроскопов и электровакуумной техники.

Я хотел бы выразить свою благодарность сотрудникам нашей Лаборатории Наталии Евгеньевне Черни и Юлии Львовне Ивановой, с которыми меня связывают годы совместной научной работы и в сотрудничестве с которыми были получены многие из представленных в данной работе результатов.

Я хочу поблагодарить всех сотрудников Лаборатории электронной микроскопии, которые оказывали мне помощь и поддержку в разные годы: М.Г.Яковлеву, Е.Г.Новикову, Н.Н.Беляеву, М.И.Москвина-Тарханова, Ю.Ю.Венгерова, Л.П.Мартынкину, О.Г.Леонову.

Хочу также поблагодарить всех моих многочисленных друзей и коллег, в соавторстве с которыми были написаны статьи, легшими в основу данной работы.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

Наличие иерархии уровней структурной организации хроматина в эукариотических клетках дает дополнительные возможности для регуляции работы генома на структурном уровне по сравнению с клетками прокариот.

Как отмечалось выше, среди разнообразных моделей хромосом можно выделить 2 принципиально разные группы. Первая - радиально-петельная модель, в которой спирально компактизованные петли фибрилл хроматина прикреплены к центральному ригидному остову (скэффолду) хромосомы. Вторая - модель, предполагающая наличие нескольких дискретных уровней организации хроматина в ядре (нуклеосомы-нуклеомеры-хромомеры-хромонемы). Наши данные показывают, что дискретная модель значительно лучше описьюает ультраструктуру хроматина, наблюдаемого в клеточном ядре как низших, так и высших эукариот. Данные по изучению структуры метафазных хромосом показывают, что в метафазной хромосоме есть не единая осевая ригидная структура (скэффолд), а имеются множественные центры организации в виде рыхлой сети, что соответствяет модели дискретных уровней.

Особо следует остановиться на вопросе о существовании хромомерного уровня организации хроматина. Идея о существовании хромомеров была высказана еще Вильсоном (Wilson 1928). Работы Зацепиной, Полякова и Ченцова (Зацепина и др. 1983, 1985; Chentsov et al., 1984) на ядрах высших эукариот показали, что хромомеры могут являться таким же универсальным уровнем организации хроматина, как нуклеосомы и 20-30 нм фибриллы. Эти идеи были поддержаны и рядом других исследователей (Тихоненко и др. 1985, Глазков 1988, Cook, 1995).

Одной из проблем, которая препятствует изучению хромомерной организации хроматина, является отсутствие объектов, в которых такие структуры присутствуют в большом количестве в интерфазном ядре. Это может быть связано с высокой динамической подвижностью хромомеров, с разной продолжительностью фаз клеточного цикла (Тихоненко и др., 1985). Нам удалось показать, что удобным объектом для исследования хромомерного уровня могут быть макронуклеусы инфузорий. Хроматиновые глыбки (или тельца хроматина), обнаруживаемые в макронуклеусе инфузорий, обладают всеми характерными чертами хромомеров в хромосомах высших эукариот. Таким образом, принцип хромомерной организации может осуществляться не только в клетках с очень длинной хромосомной ДНК, но и в макронуклеусах с размером ДНК до нескольких сотен тысяч пар нуклеотидов. Компартментализованная организация макронуклеуса ВЛгипса1е11а свидетельствует о том, что хромомерная организация может иметь важное значение для организации "хромосомных территорий" в эукариотических ядрах.

Структура макромолекул часто рассматривается как характеристика, подчиненная функции. В то же время сами структурные механизмы могут оказывать существенное влияние на функционирование генома. Мы видели, что процесс транскрипции генов тесно связан со структурными перестройками хроматина на нуклеосомном и нуклеомерном уровнях. Отсутствие нуклеосомной структуры в транскрибируемых участках рибосомных генов, в участках, предшествующих зоне транскрипции, а также возможность кооперативного разворачивания нуклеосом на протяженных участках хромосомной фибриллы представляют собой структурные механизмы, непосредственно влияющие на транскрипцию отдельных генов. В то же время имеются данные о том, что высшие уровни организации хроматина могут являться механизмом, посредством которого активируются или дезактивируются большие группы генов и тем самым происходит регуляция на уровне фенотипа клеток (МапиеНШв 1990, Сгетег е! а1., 1993). Компартментализованная организация хроматина в ядре , повидимому, поддерживается и тесно связана со

212 структурами ядерного матрикса. Таким образом получается стройная взаимосвязанная система иерархии дискретных уровней организации хроматина и структуры ядра в целом.

Библиография Диссертация по биологии, доктора биологических наук, Попенко, Владимир Иванович, Москва

1. Бавыкин С.Г. Динамика структуры хроматина // Итоги науки и техники. Молекулярная биология. 1988. Т.26. С. 5-121

2. Берестень, С.Ф., Т.А. Заргарова, C.B. Костров, О.О. Фаворова: Моноклональные антитела к триптофанил тРНК синтетазе. // Мол. Биол. 18, 1407-1411 (1984).

3. Берестень, С.Ф., В.В. Филоненко, О.О. Фаворова: Иммунохимическое изучение триптофанил-тРНК синтетаз // Биохимия 56, 1155 1189 (1991).

4. Борхсениус О Н., Беляева H.H., Осипов Д.В. Структура хроматина соматического ядра инфузории Spirostomum ambiguum //Цитология. 1988. Т.ЗО. С.762-769.

5. Борхсениус С.Н., Сергеева Г.И. Характеристика ДНК вегетативных особей инфузории Bursaria truncatella // Цитология. 1979. Т.21. С.327-333.

6. Босток К., Самнер Э. Хромосома эукариотической клетки//М. Мир. 1981 .С. 598.

7. Бохински Р. Современные воззрения в биохимии. 1987. С. 11. М: Мир

8. Воробьев В. И. Наднуклеосомная организация хроматина // Молекулярные и клеточные аспекты биотехнологии. Л., 1986. С. 18 38.

9. Георгиев Г. П., Бакаев В. В. 1978. Три уровня структурной организации хромосом у эука-риот. Молек. биоп. 12, 6 : 1205 1230.

10. Георгиев Г.П. Гены высших организмов и их экспрессия//М. Наука. 1989. С. 254.

11. Георгиев Г.П., Ченцов Ю.С. О структуре клеточного ядра. Экспериментальное электронно-микроскопическое исследование клеточных ядер//Докл. АН СССР. 1960. Т. 132. С. 199-202.

12. Глазков М.В. Петельно-доменная организация генов в эукариотических хромосомах // Молекуляр. биология. 1995. Т. 29. С. 965-982.

13. Глазков M.B. Структурно-функциональная организация ДНК в интерфазном ядре. Структурный аспект//Молекуляр. биология. 1988. Т. 22. С. 16-30.

14. Глазков М.В. Структурно-функциональная организация ДНК в интерфазном ядре. Функциональный аспект // Молекуляр. биология. 1988. Т. 22. С. 303-322.

15. Данжар П. 1950. Цитология растений и общая цитология. М., ИЛ. С.488.

16. Джербашьян А.Р., Вашакидзе Р.П., Карпов В.Л., Колчинский A.M., Мирзабеков А.Д. Градиентная конденсация хроматина в рибосомных генах Drosophila melanogaster // Молек. биология. 1988. Т. 22. С. 231-241.

17. Жимулев И.Ф. Политенные хромосомы//Новосибирск. Наука. 1992. 480с.

18. Жимулев И.Ф. Хромомерная организация политенных хромосом // Новосибирск. ВО "Наука". 1994. С. 565.

19. Захаров А. Ф. Хромосомы человека. М.: Медицина, 1977. 190 с.

20. Зацепина О.В., Поляков В.Ю., Лозовская Е.Р., Ченцов Ю.С. Изучение структуры хромомеров и дисков политенных хромосом Drosophila vírilis в условиях искусственной деконденсации//Цитология. 1983. Т. 25. С. 735-739.

21. Зацепина О.В., Поляков В.Ю., Ченцов Ю.С. Различия в структурной организации G- и R-сегментов, выявляемые в процессе дифференциальной деконденсации хромосом//Цитология. 1985, Т. 27. С. 865-871.

22. Зацепина О.В., Поляков В.Ю., Ченцов Ю.С. Электронно-микроскопическое изучение хромонемы и хромомеров в митотических и интерфазных хромосомах//Цитология. 1983. Т. 25. С. 123-129.

23. Збарский И.Б. Организация клеточного ядра//М. Медицина. 1988. 367 с.

24. Збарский И.Б., Георгиев Г.П. Новые данные по фракционированию клеточных ядер печени крысы и химическому составу ядерных структур //Биохимия. 1959. Т. 24. С. 192-199.

25. Збарский И.Б., Кузьмина С.Н. Скелетные структуры клеточного ядра // М. Наука. 1991. С. 246.

26. Зеленин М. Г., Поляков В. Ю., Ченцов Ю. С. Индукция обратимой дифференциальной деконденсации митотических хромосом с помощью гипотонических растворов. //ДАН СССР. 1979. V. 247. 960-962.

27. Киреев И. И., Зацепина О. В., Поляков В. 10., Ченцов Ю. С. Ультраструктура митотических хромосом клеток СПЭВ при их обратимой искусственной деконденсации in vivo //Цитология. 1988. Т. 30. С. 926 -932.

28. Кирьянов Г. И , Смирнова Т. А., Поляков В. Ю. Нуклеомерная организация хроматина//Биохимия. 1981. V. 46. Р. 1923 1937.

29. Лукашенко Н.П., Рыбакова З.И. Структура и функция геномов простейших. 1991. М. :"Наука".С. 127.

30. Москвин-Тарханов М.М., Черни Н.Е., Тихоненко A.C. Дифференциальное контрастирование нуклеиновых кислот на ультратонких срезах вольфраматом натрия//Молекуляр. биология. 1987. Т. 21. С. 472-477.

31. Онищенко Г.Е., Ченцов Ю.С. Гранулярный слой периферического хроматина интерфазного ядра. I. Ультраструктура // Цитология. 1974а. Т. 16. С. 675-678.

32. Онищенко Г.Е., Ченцов Ю.С. Гранулярный слой периферического хроматина интерфазного ядра. 2. Цитохимические особенности и свойства//Цитология. 19746. Т. 16. С. 931-936.

33. Осипов Д.В. Проблемы гетероморфизма ядер у одноклеточных организмов. Л.:Наука, 1981. 167 с.

34. Пешков М.А. Биология и морфология Bursaria truncatella O.F.Mull, и ее ядерный аппарат во время деления // Русск.архив протистол. 1929. Т. 8, N 1-2. С. 1-16.

35. Преображенская О.В., Карпов В.Л., Нагорская Т.В., Мирзабеков А.Д. Структура хроматина, активного в транскрипции . Молекуляр. биология. 1984. Т. 18. С. 8-20.

36. Прусов А Н., Поляков В.Ю., Зацепина О.В., Файс Д., Ченцов Ю.С. Выделение розеточно-подобных структур из частично депротеинизи-рованного хроматина гепатоцитов крысы//Цитология. 1985. Т. 27. С. 1026-1030.

37. Прусов А.Н., Файс Д., Поляков В.Ю. Исследование периферических гранул хроматина анкоросом // Биохимия. 1989. Т. 54. С. 1838-1846.

38. Прусс Д.В., Эбралидзе К.К., Мирзабеков А.Д. Характер взаимодействия гистона Н5 с ДНК сущес твенно меняется на различных стадиях конденсации хроматина // Молекуляр. биология. 1988. Т. 22. С. 1108-1118.

39. Разин C.B., Кекелидзе М.Н., Луканидин Е.М. Пространственная организация репликонов в эукариотическом ядре: прикрепление участков начала репликации к ядерному скелету//Мол. биология. 1986. Т. 20. С. 387-395.

40. Разин C.B., Яровая О.В. Ассоциация транскрипционно-активной фракции ДНК с ядерным скелетом нарушается при инкубации ядер в растворах с низкой ионной силой//Мол. биология. 1986. Т. 20. С. 646-655.

41. Райков И.Б. Ядерная дифференцировка и гетероморфизм ядер у простейших // Цитология. 1992. Т. 4, N 7. С. 3-16.

42. Райков И.Б. Ядерный геном простейших // Организация генома. М: Наука. 1989. С.110-154

43. Райков И.Б. Ядро простейших. Л.: Наука, 1978. С. 327.

44. Сергеева Г.И. О структуре хроматина макронуклеуса инфузории Bursaria truncatella//Цитология. 1977. Т. 19, N 10. С. 1146-1154.

45. Сергеева Г.И. О функционировании макронуклеуса Bursaria truncatella во время кон югации // Кариология и генетика простейших. Л.: Наука. 1976. С. 159-168.

46. Сергеева Г.И., Бобылева H.H. Визуализация в электронном микроскопе локальной политении в полиплоидных соматических ядрах инфузории Bursaria ovata beers 1952 // Докл.АН СССР. 1989. Т. 30. С. 1239-1242.

47. Сергеева Г.И., Бобылева H.H. Образование кристаллоподобных структур в хроматине соматического ядра у инфузорий рода Bursaria при переходе клеток в состояние длительного покоя // Цитология. 1988. Т. 30, N 11. С. 1291-1300.

48. Сергеева Г.И., Ливолан Ф., Консейкао М.Да., Самошкин A.A., Большакова H.H., Райков И.Б. Инфузории рода Bursaria в состоянии криптобиоза // Цитология. 1995. Т. 37. С. 1189-1206.

49. Терентьев A.A., Костюк Г.В., Бойков П.Я. Ассоциация гена с-тус с ядерным матриксом в процессе его активации // Биохимия. 1998а. Т.63. С. 533-536.

50. Терентьев A.A., Костюк Г.В., Бойков П.Я. Изменения структуры нуклеосомных фибрилл при активации протоонкогенов //Биохимия. 19986. Т. 63. С. 149-154.

51. Френкель М.А. Тонкое строение цист покоя инфузории Colpoda steini // Цитология. 1987. Т. 29, N 2. С. 131-136.

52. Френкель М.А. Ядрышковый аппарат при инцистировании инфузории Tillina magna//Цитология. 1989. Т. 31, N 5. С. 594-596.

53. Хаапала О. Хромосомная ось // Современные достижения молекулярной биологии хромосом и клеток. Алма-Ата: Наука. 1989. С. 135-163.

54. Хаусман К. Протозоология. М: Мир, 1988. 334с.

55. Ченцов Ю.С. Общая цитология. Издательство МГУ. 1995. С.384.

56. Ченцов Ю.С., Поляков В.Ю. Ультраструктура клеточного ядра. М.: Наука. 1974. С. 175.

57. Яровая О.В., Разин С.В. Новые подходы к изучению структурно-функциональной организации эукариотического генома // Молекуляр.биология. 1998. Т.32. С.43-53.

58. Яровая О.В., Разин С.В., Хэнкок Р. Расщепление геномной ДНК по границам топологических доменов топоизомеразой II ядерного матрикса // Генетика. 1994. Т. 30. С. 25-32.

59. Aaronson И. P., Woo Е. Organization in the cell nucleus: divalent cations modulate the distribution of condensed and diffuse chromatin // J. Cell Biol. 1981. Vol. 90. P. 181186.

60. Adachi Y., Kas E., Laemmli U.K. Preferential, cooperative binding of DNA topoisomerase II to scaffold-associated regions // EMBO J. 1989. V. 8. P. 3997-4006.

61. Adachi Y., Luke M., Laemmli U.K. Chromosome assembly in vitro: topoisomerase II is required for condensation//Cell. 1991. V. 64. P. 137-148.

62. Adolph K. W., Cheng S.M., Paulson J.R., Laemmli U.K. Isolation of a protein scaffold from mitotic HeLa cell chromosomes // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1977. V. 74. P.4937-4941.

63. Alegra P., Sterner R., Clayton D.F., Allfrey V.C. Improved visualization of chromosome topology//J. Mol. Biol. 1987. V.196. P.379-388.

64. Allis C.D., Chicoine L.G., Richman R., Schulman I.G. Deposition-rerlated histone acetylation in micronuclei of conjugating Tetrahymena II Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1985. V.82. P.8048-8052.

65. Altschuler M.I., Yao M.C. Macronuclear DNA of Tetrahymena thermophila exists as defined subchromosomal-sized molecules //Nucl. Acids Res. 1985. V. 13. C. 5817-5831.

66. Ammermann D. Chromatin diminution and chromosome elimination: mechanisms and adaptive significance. 1985. In: Evolutyion of Genome Size (Ed.T.Cavalier-Smith). J.Wiley&sons, London.P.427-442.

67. Ammermann D. The contribution of hypotrichous ciliates to our understanding of molecular biology and evolution of ciliates //Zool. Sci. 1990. V. 7., P. 13-22.

68. Anderson H.J., Roberge M. DNA topoisomerase II: a review of its involvement in chromosome structure, DNA replication, transcription and mitosis // Cell Biol. Intern. Reports. 1992. V. 16. P. 717-724.

69. Ausio J., Seger D., Eisenberg H. Effect of temperature, particle and NaCl concentrations, and crosslinking of histone H3 sulfhydryl groups // J. Mol. Biol. 1984. V.176. P.77-104.

70. Bak A.L., Zeuthen J., Crick F.H.C. Higher-oreder structure of human mitotic chromosomes//Proc.NatlAcad.Sci.USA. 1976. V.74. P. 1595-1599.

71. Bak P., Bak A., Zeuthen J. 1979. Characterization of human chromosomal unit fibers. // Chromosoma, 73 : 301-315.

72. Bavykin S.G., Undritsov I.M., Usachenko S.I., Strokov A.A., Bogdanov Yu. F., Mirzabekov A.D.The primary organization of nucleosomal core particles from actively dividing cells of liley//FEBS Lett. 1988. Y.228. P. 149-152.

73. Beermann S., Meyer G.F. Chromatin rings as products of chromatin diminution in Cyclops // Chromosoma. 1980. V.77. P.277-283.

74. Beers C.D. Excystment in the ciliate Bursaria truncatella // Biol.Bull. 1948. V.94. P.86-98.

75. Beers C.D. Observations on the ciliate Bursaria ovata n.sp. // J.Elisha Mitchell Sci.Soc. 1952. V.68. C. 184-190

76. Belmont A. S., Sedat J. W., Agard D. A. A three-dimensional approach to mitotic chromosome structure: evidenso for a complex hierarchical organization // J. Cell Biol. 1987. Vol. 105. P. 77-92.

77. Bendayan M. and Puvion E. (1984): Ultrastructural localization of nucleic acids through several cytochemical techniques on osmium-fixed tissues// J.Histochem.Cytochem., 32, 1185-1191.

78. Bendayan M. Electron microscopical localization of nucleic acids by means of nuclease-gold complexes//Histochem.J. 1981. V.13. C.699-710.

79. Bendayan M. Ultrastructural localization of nucleic acids by the use of enzyme-gold complexes //J.Histochem.Cytochem. 1981. V.29. C.531-541.

80. Berrios M., Osheroff N., Fisher P.A. In situ localization of DNA topoisomerase II, a major polypeptide component of the Drosophila nuclear matrix fraction // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1985. V.82. P. 4142-4146.

81. Blackburn E. H. Structure and function of telomeres // Nature. 1991. Vol. 350. P 569573.

82. Bohrmann B., Haider M., Kellenberger E. Concentration evaluation of chromatin in unstained resin-embedded sections by means of low-dose ratio-contrast imaging in STEM //Ultramicroscopy. 1993. V. 49. P. 235-251.

83. Bottini F. and Roos V.P. (1992): Nucleic acids cytochemistry of the nucleus and microtubule-organizing centers in Dictyostelium discoideum// Europ. J.Protistol., 28, 184-197.

84. Boulikas T. Chromatin domains and prediction of MAR sequences // Intern. Rev. Cytology. 1995. V. 162A. P. 279-388.

85. Boveri T. Die Blastomerenkerne von Ascaris megalocephala und die Theorie der Chromosomenindividualitet//Arch. Zellforsehung. 1909. V. 3. 181-212.

86. Bowers B., Korn E.D. The fine structure of Acantamoeba castellanii. I. The Trophozoite //J.CellBiol. 1968. T.39. 95-111.

87. Bradbury E.M. Inglis R.J., Matthews H.R. Control of cell division by very lisine rich histone (Fl) phosphorylation//Nature. 1974. V. 247. P. 257-261.

88. Bresnik E.H., Bustin M., Marsaud V., Richard-Foy H., Hager G.L. The transcripionally active MMTV promoter is depleted of histone HI // Nucl. Acids. Res. 1992. V. 20. P. 273-278.

89. Burkholder G. D. Silver staining of histono-depleted metaphase chromosomes // Exp. Cell Res. 1983. Vol. 147. P. 287-296.

90. Burkholder G. D., Duczek L. L. The effect of chromosome banding techniques on the proteins of isolated chromosomes. // Chromosoma, 1982, vol. 87, p. 425-435.

91. Bussers J.C. Structure et composition du kyste de resistance de 4 protozoaires cilies // Protistologica. 1976. V.12. P.87-100.

92. Camerini-Otero R.D., Felsenfeld G. Supereoiling energyand nucleosome formation: the role of the arginine-rich histone kernel // Nucl. Acids Res. 1977. V.4. P. 1159-1181.

93. Carlemalm E., Garavito R.M. and Villinger W. (1982): Resin development for electron microscopy and analysis of embedding at low temperature// J.Microsc., 126,123-143 .

94. Chau M.F., Orias E. An improved method to obtain high molecular weight DNA from purified micro- and macro-nuclei of Tetrahymena thermophila // J.Eucaryot.Microbiol. 1996. V.43. P. 198-202.

95. Chentsov Yu.S., Kiryanov G.I., Polyakov V.Yu. Levels of structural organization of chromosomes // In: Physico-Chemical Biology Reviews (ed. Skulachev V.P.) 1984. Y. 4. P. 283-333.

96. Cockerill P.N., Garrard W.T. Chromosomal loop anchorage sites appear to be evolutionarily conserved//FEBS Lett. 1986a. V. 204. P. 5-7.

97. Cockerill P.N., Garrard W.T. Chromosomal loop anchorage of the kappa immunoglobulin gene occurs next to the enhancer in a region containing topoisomerase II sites // Cell. 19866. V. 44. P. 273-282.

98. Cockerill P.N., Yuen M.-H., Garrard W.T. The enhancer of the immunoglobulin heavy chain locus is flanked by presumptive chromosomal loop anchorage elements // J. Biol. Chem. 1987. V. 262. P. 5394-5397.

99. Comings D. E. Mammalian chromosome structure. // Chromosomes Today, 1977, vol. 6, p. 19-26.

100. Comings D. E. Mechanism of chromosome banding and implication for chromosome structure. // Ann. Rev. Genet., 1978, vol. 12, p. 25-46.

101. Comings D. E., Okada T. A. 1976. Nuclear proteins. III. The fibrillar nature of nuclear matrix//Exper. Cell Res., 103 : 341-360.

102. Cook P. A general method for isolating intact nuclear DNA // EMBO J. 1984. V. 3. P. 1837-1842.

103. Cook P.R. A chromomeric model for nuclear and chromosome structure // J. Cell Sei. 1995. V. 108. P. 2927-2935.

104. Cook P.R., Brazell I.A. Supercoils in human DNA // J. Cell Sei. 1975. V. 19. P. 261279.

105. Craig S. Goodchild D.J. Post-embedding immunolabeling. Some effect of tissue preparation on the antigenicity of plant proteins // Eur. J. Cell Biol. 1982. V. 28. P. 251256.

106. Cremer T., Baumann H., Nakanishi H., Cremer C Correlation between interphase and metaphase chromosome arrangements as studied by laser-UV-microbeam experiments // Chromosomes today. 1984. V. 8. P. 203-208.

107. Cremer T., Lichter P., Borden J., Ward D.C., Manuelidis L. Detection of chromosome aberrations in metaphase and interphase tumor cells by in situ hybridization using chromosome specific library probes // Hum. Genet. 1988. V. 80. P. 235-247.

108. Cummings D.J. Studies on macronuclear DNA from Paramecium aurelia // Chromosoma. 1975. V. 53. P. 191-208.

109. Czarnota G.J., Ottensmeyer F.P. Chromatin substructure: structural states and conformational transitions of the nucleosome // Electron microscopy 1994. Proc. 13th Int.Congr.Electron Microscopy. V.3A. P.441-442.

110. Dallai R., Luporini P., Miceli C. Macronuclear inclusions in the ciliated protozoon Euplotes // Trans.Amer.Microsc.Soc. 1985. V.104. P.64-69.

111. Daskal Y., Mace M. L., Wray J. R. W., Busch H. Use of direct current sputtering for improved visualization of chromosome topology by scanning electron microscopy // Exp. Cell Res. 1976. Vol. 100. P. 204 212.

112. Davis R., Simon M., Davidson N. Electron microscope heteroduplex methods for mapping regions of base sequence homology in nucleic acids //Methods Enzymol. 1971. V.21. P.413-426.

113. De Murcia G., Mazen A., Erard M., Pouyet J., Champagne M. // Nucl. Acids Res. 1980. V.8. P.767-779,

114. Defer N, Kitzis A., Kruh J., Brahms S., Brahms J. Effect on nonhistone proteins on thermal transition of chromatin and of DNA // Nucl. Acids Res. 1977. V.4. P.2293-2306.

115. Dieterich A.E., Axel R., Cantor C.R. Salt induced structural changes of nucleosome core particles //J. Mol. Biol. 1979. V.129. P.587-602.

116. Dimitrov S., Makarov V., Apostoiova T., Pashev I. Structure of hyperacetylated chromatin: light scattering and flow linear dichroism study // FEBS Lett. 1986. V.197. P.217-220.

117. Dingman C.W., Sporn M.B. Isolation and characterization of nuclear complexes of deoxyribonucleic acid, ribonucleic acid and protein from embrionic and adult tissues of the chiken //J.Biol.Chem. 1964. V.239. P. 3483-3492.

118. Du Praw E. J. 1965. Macromolecular organization of nuclei and chromosomes: a folded fibre model based on whole-mount electron microscopy. // Nature, 206 : 338 343.

119. Durrenberger,M., M.-A.Bjornsti, T.Uetz, J.Hobot, E.Kellenberger: Intracellular location of the histonelike protein HU in Eschericia coli. // J.Bacteriol. 170, 4757-4768 (1988).

120. Earnshaw W.C. Large scale chromosome structure and organization.Current Opinion in Structural Biology 1991, 1:237-244

121. Earnshaw W.C., Heck M.M.S. Cell Biology of topoisomerase II. In: Cancer Cells 1988, vol.6, eds. Kelly T„ Stillman B., Cold Spring Harbor Press, 279-288.

122. Elgin S.C.R. Anatomy of hypersensitive sites // Nature. 1984. V. 309. P. 213-214.

123. Elgin S.C.R. The formation and function of Dnase I hypersensitive sites in the process of gene activation//J. Biol. Chem. 1988. V. 263. P. 19259-19262.

124. Elgin S.C.R., Weintraub H. Chromosomal proteins and chromatin structure // Ann.Rev.Biochem. 1975. V.44. P.725-774.

125. Elliott A.M., Kennedy J.R., Bak I.J. Macronuclear events in synchronously dividing Tetrahymena pyriformis // Journ.Cell Biol. 1962. T. 12. C. 515-531.

126. Engelhardt P., Plageus U., Zbarsky I.B., Filatova L.S. Granules 25-30 nm in diameter a base constituent of the nuclear matrix, chromosome scaffolds and nuclear envelope // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1982. V. 22. P. 6937-6940.

127. Felsenfeld G. Chromatin//Nature. 1978. V.271. P. 115-122.

128. Felsenfeld G. Chromatin unfolds // Cell. 1996. V. 86. P. 13-19.

129. Felsenfeld G., McGhee J.D. Chromatin architecture // Cell. 1986. V.44. P.375-377.

130. Filipski J., Leblane J., Youdal T., Siskorska M., Walker P.R. Periodicity of DNA folding in higher order chromatin structures // EMBO J. 1990. V. 9. P. 1319-1327.

131. Filonenko, V.V., A.D. Wolfson, O.A. Wartanyan, S.F. Beresten: Monoclonal antibodies to the components of the high-molecular mass aminoacyl tRNA synthetase complex. // Biomed. Sei. 1991. V.2.P.289-292.

132. Finch J.T., Brown R.S., Rhodes D., Richmond T., Bushton B., Lutter L.C., Klug A. X-ray diffraction study of a new crystal form of the nucleosome core showing higher resolution //J. Mol. Biol. 1981. V.145. P.757-769.

133. Finch J.T., Klug A. Solenoidal model for superstructure in chromatin // Proc. Natl. Acad. Sei. U.S.A. 1976. V. 73. P. 1897-1901.

134. Findly C., Gall J.G. Free ribosomal RNA genesin Paramecium are tandemly repeated // Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 1978. V. 75. P. 3312-3316.

135. Foe V.E., Wilkinson L.E., Laird C.D. Comparative organization of active transcription units in Oncopeltus fasciatus // Cell. 1976. V.9. P. 131-146.

136. Foissner W. (ed.) Catalogue faunae austriae. Stamm: Ciliophora // Vlg.Osterreich Akad.Wissenschft. 1988. pp. 1-150, Wien .

137. Fox D.P., Hill B.F., Chapman G.B. Nuclear fine structure during development in Heliophrya sp (Ciliophora: Suctoria) // Trans.Amer.Microsc.Soc. 1992. V.lll. P. 128142.

138. Franke W.W., Scheer U., Spring H., Trendelenburg M.F., Zentgraf H. Organization of nucleolar chromatin // The cell Nucleus. 1979. V. 7. P. 49-95.

139. FrensG.: Controlled nucleation for the regulation of the particle size in monodisperse gold suspensions. //Nature Phys. Science. 241, 20-22 (1973).

140. Gasser S., Laemmli U. K. Glimps at chromosomal order // Trends Genet. 1987. Vol. 3. P. 16 32.

141. Gasser S.M., Amati B.B., Cardenas M.E., Hofman J.F.-X. Studies on scaffold attachment sites and their relation to genome functions // Int. Rev. Cytology. 1989. V. 119. P. 57-96.

142. Gasser S.M., Laemmli U.K. A glimpse at chromosomal order // Trends in Genetics. 1987. V. 3. P. 16-22.

143. Gasser S.M., Laemmli U.K. Cohabitation of scaffold binding regions with upstream /enhancer elements of three developmentally regulated genes of D. melanogaster // Cell. 19866. V. 46. P. 521-530.

144. Gasser S.M., Laemmli U.K. The organization of chromatin loops: Characterization of a scaffold attachment site // EMBO J. 1986a. V. 5. P. 511-518.

145. Gasser S.M., Laroche T., Falquet J., Boy de la Tour E., Laemmli U.K. Metaphase chromosome structure. Involvement of topoisomerase II // J. Mol. Biol. 1986. V. 188. P. 613-629.

146. Gerace L., Burke B. Functional organization of the nuclear envelope // Annu. Rev. Cell Biol. 1988. V. 4. P. 335-374.

147. Germond .I.E., Hirt B., Oudet P., Gross-Bellard M., Chambon P. Folding of the DNA double-helix in chromatin-like structures from simian virus 40 // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1975. V. 72. P. 1843-1847.

148. Getzenberg R.H., Pienta K.J., Ward W.S., Coffey D.S. Nuclear structure and the three-dimentional organization of DNA // J. Cell. Biochem. 1991. V. 47. P. 289-299.

149. Glaser P., Sharpe M.E., Raether B., Perego M., Ohlsen K., Errington J. Dinamic, mitotic-like behavior of a bacterial protein required for accurate chromosome partitioning//Genes.Dev. 1997. V. 11. P. 1160-1168.

150. Gorovsky M. Genome organization and reorganization in Tetrahymena // Ann.Rev.Genet. 1980. V.14. P.203-239.

151. Gorovsky M.A., Glover C., Johmann C.A., Keevert J.B., Mathis D.J., Samuelson M. Histones and chromatin structure in Tetrahymena macro- and micronuclei. // Cold Spring Harb.Symp.Quant.Biol. 1978,42:493-503

152. Grimes G.W. Differentiation during encystment and excystment in Oxytricha fallax // J. Protozool. 1973. T. 20. C. 92-104.

153. Gross D.S., Garrard W.T. Nuclease hypersensitive sites in chromatin // Annu. Rev. Biochem. 1988. V. 57. P. 159-197.

154. Grunstein M. Histone function in ranscription // Annu. Rev. Cell Biol. 1990. V. 6. P. 643-678.

155. Gutierrez J.C., Martin-Gonzales A.,Matsusaka T. Towards a generalized model of encystment (cryptobiosis) in ciliates: a review and hypothesis // BioSystems. 1991. V.24. P. 17-24.

156. Haapala O. Strucural concepts of chromosome axis. Chromosome scaffold and core within coiled mitotic chromatids // Hereditas. 1985. V.103. N.l. P.23-31.

157. Hadjiolov A.A. The nucleolus and ribosome biogenesis // Cell Biol. Monogr. 1985. V. 12, Springer, Wien-New York.

158. Hadlaczky G., Sumner A.T., Ross A. Protein-depleted chromomes.2. Experiments concerning the reality of chromosome scaffolds // Chromosoma. 19816. V. 81. P. 557567.

159. Hadlaczky G., Sumner A.T., Ross A. Protein-depleted chromosomes. 1. Structure of isolated protein-depleted chromosomes//Chromosoma. 1981a. V. 81. P. 537-555.

160. Hager G., Smith C., Svaren J., Horz W. Initiation of expression: remodelling genes // Chromatin structure and gene expression (ed. S.C.R.Elgin). 1995. IRL Press: Oxford. P. 89-103.

161. Hancock R. Topological organization of interphase DNA: the nuclear matrix and other skeletal structures //Biol.Cell. 1982. V. 4. P. 105-122.

162. Haraus G., Ottensmeyer F.P. Structural states and conformational transitions of the nucleosome // Science. 1984. V.226. P.936-940.

163. Hardison R.C., Zeitler D.P., Murphy J.M., Chalkley R. Histone neighbors in nuclei and extended chromatin //Cell. 1977. V.12. P.417-427.

164. Harington R.E. Urea-induced structural changes in chromatin obtained by sedimentation//Nucl. Acids Res. 1977. V.4. P.3821-3828.

165. Hayat M.A., Mancarella D.A. Nucleoid proteins // Micron. 1995. V. 26 P. 461-480.

166. Heslop-Harrison J.S., Bennett M.D. Nuclear architecture in plants // Trends Genet. 1990. V. 6. P. 401-405.

167. Hewish D.R., Burgoine L.A. Chromatin substructure. The digestion of chromatin DNA at.regulaply spaced sites by a nuclear deoxyribonuclease // BBRC. 1973. V. 52. P. 504510.

168. Hirano T., Mitchison T.J. A heterodimeric coiled-coil protein required for mitotic chromosome condensation in vitro // Cell. 1994. V. 79. P. 449-458.

169. Hirano T., Mitchison T.J. Topoisomerase II does not play a scaffol ding role in the organization of mitotic chromosomes assembled in Xenopus egg extracts // J.Cell Biol. 1993. V. 120. P. 601-612.

170. Hochstrasser ML, Sedat J.W. Three-dimentional organization of Drosophila melanogaster interphase nuclei. I. Tissue-specific aspects of polythene nuclear architecture//J. Cell Biol. 1987. V. 104. P. 1455-1470.

171. Hoffman D.C., Anderson R.C., DuBois M.L., Prescott D.M. Macronuclear gene-sized molecules ofhypotrichs //Nucl. Acids Res. 1995. V. 23. P. 1279-1283.

172. Hofman J.F.-X., Laroche T., Brand A.H., Gasser S.M. RAP-1 factor is ne-cessary for DNA loop formation in vitro at the silent mating type locus HML // Cell. 1989. V. 57. P. 725-737.

173. Hogan M.E., Hayes B., Wang N.C., Austin R.H. Ion-induced DNA structure changes in nucleosomes //Biochemistry. 1986. V.25. P.5070-5082.

174. Homberger H., Koller Th. The integrity of the histone DNA-complex in chromatin fibres is not necessary for the maintenance of the shape of mitotic chromosomes // Chromosoma. 1988. V.96. P. 197-204.

175. Horisberger M. Colloidal gold: a cytochemical marker for light and fluorescent microscopy and for transmission and scanning microscopy // Scanning Electron microscopy. 1981. V. 11. P. 9-31

176. Horowitz R.A., Agard D.A., Sedat J.W., Woodcock C.L. The three-dimensional architecture of chromatin in situ: electron tomography reveals fibers composed of a continuously variable zig-zag nucleosomal ribbon // J. Cell Biol. 1994. V. 125. P. 1-10.

177. Hozak P., Cook P.R., Schoefer C., Mosgoeller W., Wachtler F. Site of transcription of ribosomal RNA and intra-nucleolar structure in HeLa cells // J. Cell Sci. 1994. V. 107. P. 639-648.

178. Hozak P., Hassan A.B., Jackson D.A., Cook P.R. Visualization of replication factories attached to a nucleoskeleton // Cell. 1993. V. 73. P. 361-373.

179. Hozier J., Renz M., Nehls P. The chromatin fiber: evidence for an ordered superstructure of nucleosomes // Chromosoma. 1977. V.62. P.301-317.

180. Hufschmid J.-D. Etude de l'appareil nucléaire du Cilié heterotriche Climacostomum virens // Rev.Suisse Zool. 1983. V.90. P.817-828.

181. Igo-Kemenes T., Zachau H. G. 1978. Domains in chromatin structure.// Cold Spring Harbors Sympos. QuantitBiol., 42 : 109 118.

182. Ivanchenko M., Avramova Z. Interaction of MAR-sequences with nuclear matrix proteins // J. Cell. Biochem. 1992. V. 50. P. 190-200.

183. Izaurralde E., Mirkovitch J., LaemmliU.K. Interaction of DNA with nuclear scaffolds in vitro //J. Mol. Biol. 1988. V. 200. P. 111-125.

184. Jackson D.A., Cook P R. Transcription occur at a nucleoskeleton // EMBO J. 1985. V. 4. P. 919-925.

185. Jackson D.A., Dickinson P., Cook P.R. The size of chromatin loops in HeLa cells // EMBO J. 1990. V. 9. P. 567-571.

186. Jackson D.A., McCready S.J., Cook P.R. RNAis synthesised at the nuclear cage /'/ Nature (Lond.) 1981. V.292. P. 552-555.

187. Jang Y.J., Stollar B.D. Ultraviolet cross-linking of helical oligonucleotides to two monoclonal MRL-lpr/lpr anti-DNA antibodies. Variations in H and L chain binding to DNA // J. Immunol. 1990. V. 145. P. 3353-3359.

188. Jupe E.R., Sinden R.R., Cartwright I.L. Stably maintained microdomain of localized unrestrained supercoiling at a Drosophila heat shock gene locus // EMBO J. 1993. V. 12. P. 1067-1075.

189. Kandler O. Cell wall structure and their phylogenetic implications // Zbl. Bakt. Hyg., I. Abt. Orig. C. 1982. V.3. 149-160.

190. Kas E., Chasm L.A. Anchorage of the Chinese hamster dihydrofolate reductase to the nuclear scaffold occur in on intragenic region // J. Mol. Biol. 1987. V. 198. P. 677-692.

191. Katzen A.L., Cann G.M., Blackburn E.H. Sequence-specific fragmentation of macronuclear DNA in a holotrichous ciliate // Cell. 1981. V. 24. P. 313-320.

192. Kawakami H. Ultrastructural study of an endosymbiotic alga and its host ciliate Stenter niger // J.Protozool. 1984. V.31.P.247-253.

193. Kellenberger E. Functional consequences of improved structural information on bacterial nucleoids//Res. Microbiol. 1991. V. 142. P. 229-238.

194. Kirk K.E., Blackburn E.H. An unusual sequence arrangement in the telomeres of the germ-line micronucleus in Tetrahymena termophila // Genes Dev. 1995. V.9. P.59-71.

195. Kiryanov G. 1., Manamshjan T. A., Polyakov V. Yu. Fais D., Chentsov Yu. S. 1976. Levels of granular organization of chromatin fibers.// FEBS-Lett., 67:323 327.

196. Kiryanov G., Smirnova T.A., Polyakov V.Yu. Nucleomeric organization of chromatin // Eur. J. Biochem. 1982. V.124. P.331-338.

197. Kisselev L.L., Wolfson A.D. Aminoacyl-tRNA synthetases from higher eukaryotes // Progr. Nucl. Acids Res. Mol. Biol. 1994. V.48. P.82-142.

198. Klobutcher L.A., Prescott D.M. The special case of the hypotrichs. In: Molecular Biology of Ciliated Protozoa (Ed.J.G.Gall). 1986. Academic Press, Orlando. P. 111-154.

199. Konig H., Stetter K.O. Studies on archaebacterial S-layers // // System. Appl. Microbiol. 1986. V. 7. P. 300-309

200. Kornberg R.D. Structure of chromatin//Ann. Rev. Biochem. 1977. V.46. P.931-954.

201. Krajewski W.A. Alterations in the internucleosomal DNA helical twist in chromatin of human erythroieukemia cells in vivo influences the chromatin higher-order folding // FEBS Lett. 1995. V. 361. P. 149-152.

202. Kraut H., Lipps H.J., Prescott D.M. The genome of hypotriehous ciliates // Int. Rev Cytol. 1986. V. 99. P. 1-28.

203. Kunze B., Cleffmann G. Gene concentration varies in the macronucleus of Tetrahymena // Eur J.Protistol. 1991. V.27. P. 141-147.

204. Kuo M. T. Comparison of chromosomal structures isolated under different conditions. Exp. Cell Res., 1982, vol. 138, p. 221 229,

205. Labhart P., Koller T. Involment of higher order chromatin structures in metaphase-chromosome organization. // Cell, 1982, vol. 30, p. 115 121.

206. Laemmli U.K., Cheng S.M., Adolph K.W., Paulson J.R., Brown J.A., Baumbach W.R. Metaphase chromosome structure: the role of nonhistone proteins. Cold Spring Harb.Symp.Quant.Biol. 1978, 42:351-360

207. Laemmli U.K., Kas E., Poljak L., Adachi Y. Scaffold-associated regions: cis-acting determinants of chromatin structural loops and functional domains // Current Opinion Genet, and Develop. 1992. V. 2. P. 275-285.

208. Lagarkova M.A., Svetlova E., Giacca M., Falaschi A., Razin S.V. DNA loop anchorage region colocalizes with the replication origin located downstream to the human gene encoding laminB2//J. Cell. Biochem. 1998. V. 69. P. 13-18.

209. Lake J.A., Henderson E., Clark M.W., Oakes M. Eocytes: a new ribosome structure indicates a kingdom with a close relationship to eukaryotes // Proc. Natl. Acad. Sci. USA (Wash). 1984. V. 81. P. 3786-3790

210. Lambowitz A., Perlman P.S. Involvement of aminoacyl-tRNA synthetases and other proteins in group I and group II intron splicing // TIBS. 1990. V.15. P. 440-444.

211. Langmore J.P., Paulson J.R. Low angle X-ray diffraction studies of chromatin structure in vivo and in isolated nuclei and metaphase chromosomes // J. Cell Biol. 1983. V.96. P.1120-1131.

212. Larson D.D., Umthun A.R., Shaiu W.L. Copy number control in the Tetrahymena macronuclear genome // J.Protozool. 1991. V.38. P.258-263.

213. Laughlin T. J., Wilkinson-Singley E., Olins D. E., Olins A. L. Stereo electron microscope studies of mitotic chromosomes from Chinese hamster ovary cells // Eur. J. Cell Biol. 1982. Vol. 27. P. 170 J 76.

214. Lawrence J., Chan D.C.F., Piette L.H. Conformation state of DNA in chromatin subunits. Circular dichroism, melting and ethidium bromide binding analysis // Nucl. Acids Res. 1976. V.3. P.2879-2893.

215. Lebkowski J.S., Laemmli U.K. Non-histone and long-range organization of HeLa interphase DNA//J. Mol. Biol. 19826. V. 156. P. 325-344.

216. Lee D.Y., Hayes J.J., Pruss D., Wolffe A.P. A positive role for histone acetylation in transcription factor access to nucleosomal DNA // Cell. 1993. V. 72. P. 73-84.

217. Leipe D.D. and Hausmann K. The nuclear apparatus of the ditransversal ciliate Homalozoon vermiculare (Ciliophora, Rhabdophora) during interphase and division. I. The macronucleus // J.Protozool. 1992. V.39 P.27-39.

218. Levinger L., Varshavsky A. Selective arrangement of ubiquitinated and D1 protein containing nucleosomes within the Drosophila genome // Cell. 1982. V.28. P.375-385.

219. Levy B., Connor W., Dixon G.H. A subset of trout testis nucleosomes enriched in transcribed DNA sequences contains high mobility group proteins as major structural component //J. Biol. Chem. 1979. V. 254. P. 609-620.

220. Levy-Wilson B., Watson D., Dixon G.H. Multi-acetylated forms of H4 are found in a putative transcriptionally competent chromatin fraction from trout testis // Nucl. Acids Res. 1979. V.6. P.259-272.

221. Lewit-Bentley A. Crystal structureof the nucleosome core particle at 16 A resolutionBentley et al., J.Mol.Biol. 1984. V.176. P.55-75

222. Libertini L.J., Small E.W. Reversibility of the lw-salt transition of chromatin core particles//Nucl. Acids Res. 1987. Y.15. P.6655-6664.

223. Libertini L.J., Small E.W. Effects of pH on low-salt transition of chromatin core particles//Biochemistry. 1982. V.21. P.3327-3334.

224. Lichter P., Cremer T., Borden J., Manuelidis L., Ward D C. Delineation of individual human chromosomes in metaphase and interphase cells by in situ suppression hybridization using recombinant DNA libraries // Hum. Genet. 1988. V. 80. P. 224-234.

225. Lilley D.M.J., Pardon J.F. Active chromatin structure // Ann. rev. Genet. 1979. V. 13. P. 197-233.

226. Lima-de-Faria A. 1975. The relation between chromomeres replicons, operons, transcription units, genes, viruses and palindromes. // Hereditas, 81 249 284.

227. Lin M. and Prescott D.M. Fine structure of the macronuclei and micronuclei in five hypotrichs // Arch. Protistenkd. 1986. V.131. P.33-43.

228. Lipps H.J., Gruissem W., Prescott D.M. Higher order DNA structure in macronuclear chromatin of the hipotrichous ciliate Oxytricha nova // Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 1982. V.79. P.2495-2499.

229. Loidl P., Grobner P. Postsynthetic acetylation of histones during cell cycle: a general function for the displacement of histones during chromatin rearrangements // Nucl. Acids Res. 1987. V.15. P.8351-8366.

230. Luchnik A.N., Bakayev V.V., Yugai A.A., Zbarsky I B., Georgiev G.P. DNAse I hypersensitive minichromosomes of SV40 possess an elastic torsional strain in DNA // Nucl. Acids. Res. 1985. V. 13. P. 1135-1149.

231. Luchnik A.N., Bakayev V.V., Zbarsky I.B., Georgiev G.P. Elastic torsion strain in DNA within a fraction of SV40 minichromosomes: relation to transcriptionally active chromatin//EMBO J., 1982. V. l.P. 1353-1358.

232. Luderus M.E.E., de Graaf A., Mattia E., den Blaauwen J.L., Grande M.A., de Jong L., van Driel R. Binding of matrix attachment regions to lamin B1 // Cell. 1992. V. 70. P. 949-959.

233. Manton I The spiral structure of chromosomes // Biol. Rev. 1950. V. 25. P. 486-508.

234. Manuelidis L. Individual chromosome domains revealed by in situ hybridization // Hum. Genet. 1985. V. 71. P. 288-301.

235. Manuelidis L., A view of interphase chromosomes // Science. 1990. V. 250. P. 15331540.

236. Manuelidis L., Borden J. // Chromosoma. 1988. V. 96. P. 397-411.

237. Marsden M. P. F., Laemmli U. K. Metaphase chromosome structure: evidence for a radial loop model. // Cell. 1979. V. 17. P. 849-858.

238. Mathis D.J., Kindelis A., Spadafora C. HMG proteins (1+2) form beaded structures when complexed with closed circular DNA // Nucl. Acids Res. 1980. V. 8. P. 25772590.

239. Matsui S., Weinfeld H., Sandberg A. Quantitative conservation of chromatin-bound RNA polymerases I and II in mitosis: implication for chromosome structure // J. Cell Biol. 1979. V. 80. P. 451-464.

240. McArdle E.W., Bergquist B.L., Ehret C.F. Structural changes in Tetrahymena rostrata during induced encystment // J. Protozool. 1980. T. 27. C. 388-397.

241. McCready S.J., Akrigg A., Cook P.R. Electron microscopy of intact nuclear DNA from human cells // J. Cell Sci. 1979. V. 39. P. 53-62.

242. McDowall A.W., Smith J.M., Dubochet J. Cryo-electron microscopy of vitrified chromosomes in situ // EMBO J. 1986. V. 5. P. 1395-1398.

243. McGhee J.D., Felsenfeld G. The number of charge-charge interactions stabilizing the ends of nucleosome DNA //Nucl. Acids Res. 1980. V.8. P.2751-2769.

244. McGhee J.D., Nickol J.M., Felsenfeld G., Rau D.C. Histone hyperacetylation has little effect on the higher order folding of chromatin // Nucl. Acids Res. 1983. V.ll. P.4065-4075.

245. McGhee J.D., Wood W.I., Dolan M., Engel J.D., Felsenfeld G. A 200 base pair region at the 5' end of the chiken adult B-globin gene is accesssible to nuclease digestion // Cell. 1981. V. 27. P. 45-55.

246. McKnight S.L., Bustin M., Miller O.L.Jr. Electron microscopic analysis of chromosome metabolism in the D. melanogaster embryo // Cold Spring Harb. Symp. Quant. Biol. 1978. V.42. P.741-754.

247. Meyer G.F., Lipps H.J. Chromatin elimination in the hypotrichous ciliate Stylonichia mytilus // Chromosoma. 1980. V.77. P.285-297.

248. Miller O.L., Bakken A.N. Morphological studies of transcription // Acta Endocrinol. (Suppl.). 1972. V. 168. P. 155-177.

249. Mirkovitch J., Mirault M.E., Laemmli U.K. Organization of the higher-order chromatin loop: specific DNA attachment sites on nuclear scaffold // Cell. 1984. V. 39. P. 223-232.

250. Mirkovitch J., Gasser S.M., Laemmli U.K. Scaffold attachment of DNA loops in metaphase chromosomes //J. Mol. Biol. 1988. V. 200. P. 101-109.

251. Mirkovitch J., Gasser S.M.,Laemmli U.K. Scaffold attachment of DNA loops in metaphase chromosomes//J. Mol. Biol. 1986. V. 190. P. 255-258.

252. Mirzabekov A.D. Nucleosome structure and its dynamic transitions // Quart. Rev. Biophys. 1980. V.13. P.255-295.

253. Mogenson M.M., Butler R.D. Cytological studies of Trychophria rotunda (Hentschel) // J.Protozool. 1984. V.31.P.101-111.

254. Mougey E.B., O'Reilly M.O., Osheim Y„ Miller O.L.Jr., Beyer A., Sollner-Webb B. The terminal balls characteristic of eukaryotic rRNA transcription units in chromatin spreads are rRNA processing complexes // Gen. Dev. 1993. V. 7. 1609-1619.

255. Mpoke S,, Wolfe J. DNA digestion and chromatin condensation during nuclear death in Tetrahymena // Exp.Cell Res. 1996. V.225. P.357-365.

256. Murti K.G. Electron-microscopic observations on the macronuclear development of Stylonychia mytilus and Tetrahymena pyrifomiis (Ciliophora-Protozoa) // J.Cell Sci. 1973. V.13. P. 479-509.

257. Murti K.G., Prescott D.M. Replication forms of the gene-sized DNA molecules of hypotrichous ciliates // Molec. Cell. Biol. 1983. V. 3. P. 1562-1566.

258. Nacheva G.A., Guschin D.Y., Preobrazhenskaya O.V., Karpov V.L., Ebralidze K.K., Mirzabekov A.D. Change in the pattern of histone binding to DNA upon transcriptional activation//Cell. 1989. V. 58. P. 27-36.

259. Nolta K.V., Steck T.L. Isolation and initial characterization of the bipartite contractile vacuole complex from Dictyostelium discoideum // J.Biol.Chem. 1994. V.269. C.2225-2233

260. Ohnuki Y. Structure of chromosomes. I. Morphological studies of the spiral structure of human somatic chromosomes // Chromosoma. 1968. V. 25. P. 402-428.

261. Okada T. A., Comings D. E. Higher order structure of chromosomes. // Chromosoma, 1979, vol. 72, p. 114.

262. Okada T., Comings D. E. A search for protein cores in chromosomes: is the scaffold an artifact? // Amer. J. Hum. Genet, 1980. Vol. 32. P. 814 832.

263. Olins A.L., Cacheiro L.H., Herrmann A.L., Dhar M.S., Olins D.E. Inaccessibility of the Euplotes telomere binding protein // Chromosoma. 1993. V. 102. P.700-711.

264. Olins A.L., Olins D.E. Identification of 10 nm non-chromatin filaments of Euplotes eurystomus//Chromosoma. 1990. V.99.P.205-211.

265. Olins A.L., Olins D.E. Spheroidal chromatin units ( nu-bodies) // Science. 1974. V.183. P.330-332.

266. Oudet P., Gross-Bellard M., Chambon P. Electron microscopic and biochemical evidence that chromatin structure is a repeating unit // Cell. 1975. V.4. P. 281-300.

267. Oudet P., Spadafora C., Chambon P. Structure of the SV-40 minichromosome and electron microscopic evidence for reversible transitions of the minichromosome structure //Cold SpringHarb. Symp. Quant. Biol. 1978. V.42. P.301-312.

268. Ouzounis C.A., Kyrpides N.C. Parallel origins of the nucleosome core and eukaryotic transcription from Archaea // J. Mol. Evol. 1996. V. 42. P. 234-239.

269. Owen-Hughes T.A., Workman J.L. Experimental analysis of chromatin function in transcription control // Crit. Rev. Eukaryotic Gene Expression. 1994. V. 4. P. 403-441.

270. Palacios G., Martin-Gonzalez A., Guttierrez J.C. Macronuclear DNA demethylation is involved in the encystment process of the ciliate Colpoda inflata // Cell Biol. Int. 1994. V.18. P.223-228.

271. Pardon J.F., Wilkins M.H.F. A super-coil model for nucleohistone // J. Mol. Biol. 1972. V.68. P.l 15-124.

272. Paulson J.R., Laemmli U.K. The structure of histone-depleted metaphase chromosomes //Cell. 1977. V. 12. P. 817-828.

273. Pederson D.S., Thomas F., Simpson R.T. Chromatin structure and gene transcription // Ann. Rev. Cell Biol. 1986. V.2. P. 117-147.

274. Pederson D.S., Yao M.C., Kimmel A.R., Gorovsky M.A. Sequence organization within and flanking clusters of 5S ribosomal RNA genes in Tetrahymena // Nucl.Acids Res. 1984. V.12. P.3003-3022.

275. Pennell R.I. and Bell P.R. (1985): The use of gold-labelled ribonuclease as a probe for RNA in nuclear bodies and cytoplasmic inclusions in plant cells// Europ. J.Cell Biol., 38, 181-184.

276. Pettijohn D.E. Histone-like proteins and bacterial chromosome structure // J. Biol. Chem. 1988. V.263. P. 12793-12796.

277. Phan H.L., Forney J., Blackburn E.H. Analysis of Paramecium macronuclear DNA using pulsed gel electrophoresis // J.Protozool.1989. V.36. C.402-408.

278. Phi-Van L., Stratling W.H. The matrix attachment regions of the chi cken lysozyme gene co-map with the boundaries of the chromatin domain // EMBO J. 1988. V. 7. P. 655-664.

279. Phi-Van L.,Stratling W.H.Association of DNA with nuclear matrix // Prog. Mol. Subcell. Biol. 1990. V. 11. P. 1-11.

280. Pienta K.J., Coffey D.S. A structural analysis of the role of the nuclear matrix and DNA loops in the organization of the nucleus and chromosome // J.Cell. Sei. Suppll. 1984. V.l. P. 123-135.

281. Poirier G.G., de Murcia G., Jongstra-Bilen J., Niedergang C., Mandel P. Poly(ADP-rribosyla)ation of polynucleosomes causes relaxation of chromatin structure // Proc. Natl. Acad. Sei. USA. 1982. V.79. P.3423-3427.

282. Poljak L., Kas E. Resolving the role of topoisomerase II in chromatin structure and function // Trends Cell Biol. 1995. V. 5. 348-354.

283. Poljanski Yu. I. Geschlechtsprozesse bei Bursaria truncatella O.F.M. // Arch.Protistenkd. 1934. V.81. P.420-546.

284. Prescott D.M. Cutting, splicing, reordering, and elimination of DNA sequencesin hypotrichous ciliates //BioEssays. 1992. V.14. P.317-324.

285. Prescott D.M. The C-value paradox and genes in ciliates protozoa // Modern Cell Biology. 1983. V. 2. P. 329-352.

286. Prescott D.M. The DNA of ciliated protozoa // Microbiol.Reviews. 1994. V.58. P.233-267.

287. Price C.M., Scopp R., Krueger J., Williams D. DNA recognition and binding by the Euplotes telomere protein//Biochemistry. 1992. V.31. P. 10835-10843.

288. Prior C.P., Cantor C.R., Johnson E.M., Littau V.C., Allfrey V.G. Reversible changes in nucleosome structure and histone H3 accessibility in transcriptionally active and inactive states of rDN A chromatin //Cell. 1983. V.34. P.1033-1042.

289. Putney S.D., Schimmel P. An aminoacyl-tRNA synthetase binds to a specific DNA sequence and regulates its gene transcription // Nature. 1981. V. 291. P. 632-635.

290. Rabl C. Uber Zeitteilung//Morphol. Jahrbuch. 1885. V. 10. P.214-247.

291. Raikov I.B. Structure and genetic organization of the polyploid macronucleus of ciliates: a comparative review// ActaProtozool. 1995. T.34. C. 151-171

292. Raikov I.B. The Protozoan Nucleus. Morphology and Evolution (Cell Biol. Monogr.). Springer Verlag. Wien - New York. 1982. T.9. C. 1-174

293. Rattner J. B., Lin C. C. Radial loops and helical coils coexist in metaphase chromosomes // Cell. 1985. Vol. 42. P. 291 296.

294. Reeves R. Transcriptionally active chromatin // Biochem. Biophys. Acta. 1984. V. 782. P. 343-393.

295. Renz M. Heterogeneity of the chromosome fiber // Nucl. Acids Res. 1979. V.6. P.2761-1767.

296. Renz M., Nehls P., Hozier J. Involvement of histone HI in the organization of the chromosome fiber //Proc. Natl. Acad. Sei. USA. 1977. V.74. P. 1879-1883.

297. Riger R., Michaellis A. Green M. A 1968. A glossary of genetics and cytogenetics. // Berlin Heidelberg N. Y., Springi Verlag.

298. Ris H, Korenberg J. Chromosome structure and levels of chromosome organization // Cell biology. New York: Acad. Press, 1979. Vol. 2. P. 268 361.

299. Ris H., Kubai D.E. Chromosome structure // Ann. Rev. Genet. 1970. V. 4. P. 263-294.

300. Roberge M., Gasser S.M. DNA loops: structural and functional properties of scaffold // Mol. Microbiol. 1992. V. 6. P. 419-423.

301. Robinow C., Kellenberger E. The bacterial nucleoid revisited I I Microbiol. Rev. 1994. V. 58. P. 211-232.

302. Romig H., Fackelmayer F.O., Renz A., Ramsperger U., Richter A. Characterization of SAF-A, a novel nuclear DNA binding protein from HeLa cells with high affinity for nuclear matrix/scaffold attachment DNA elements // EMBO J. 1992. V. 11. P. 3431-3440.

303. Rosenberg N.L., Smith R.M., Rill R.L. The action of chymotrypsin on nucleosome cores //J. Biol. Chem. 1986. V.261. P.12375-12383.

304. Roth, J.: Post embedding cytochemistry with gold - labelled reagents: a review. J. Microsc. (Oxf) 143, 125-137 (1986).

305. Roth,J., D.J.Taatjes, M.J.Warhol: Prevention of non-specific interactions of gold -labeled reagents on tissue sections. // Histochemistry 92,47-56 (1989).

306. Roth,J.: The colloidal gold marker system for light and electron microscopic cytochemistry. // Techniques in Immunocytochemistry 2,218-284 (1983).

307. Ruthmann A. and Heckmann K. Rormwechsel und Struktur des Makronukleus von Bursaria truncatella //Arch.Protistenkd. 1961. V.105. P.313-340.

308. Ruthmann A. Autoradiographische und mikrophotometrische Untersuchungen zur DNSSynthese im Makronukleus von Bursaria truncatella // Arch.Protistenkd. 1964. V.107. P.l 17-130.

309. Ruthmann A., Kuck A. Formation of the cyst wall of the ciliate Colpoda steinii // J. Protozool. 1985. T. 32. C. 677-682.

310. Saavedra R.A., Huberman J.A. Both DNA topoisomerases I and II relax 2 mkm plasmid DNA in living yeast cells // Cell. 1986. V.45. P.65-70.

311. Saitoh Y., Laemmli U.K. Metaphase chromosome structure: bands arise from a differential folding path of the highly AT-rich scaffold // Cell. 1994. V.76. P.609-622.

312. Samuel C., Mackie J., Sommerville J. Macronuclear chromatin organization in Paramecium primaurelia //Chromosoma. 1981. V.83. P.481-492.

313. Sandeen G., Wood W.I., Felsenfeld G. // Nucl. Acids Res. 1980. V.8. P.3757-3778.

314. Schlessinger F.B., Dattagupta N., Crothers D.M. Unfolding of 175-base-pair nucleosomes// Biochemistry. 1982. V. 21. P. 664-669.

315. Schray B., Knippers R. Binding of human glutamyl-tRNA synthetase to a specific site of its mRNA//Nucl. Acids. Res. 1991. V. 19. P.5307-5312.

316. Searcy D.G., Stein D.B., Searcy K.B. A mycoplasma-likearchaebacterium possibly related to the nucleus and cytoplasm of eukaryotic cells // Ann. N. Y. Acad. Sci. 1981. V. 361. P. 312-324.

317. Searcy D.G., Stein D.B. Nucleoprotein subunit structure in an unusual prokaryotic organism. Thermoplasma acidophilum//Biochim. Biophys. Acta. 1980. V. 609. P. 180195

318. Seligy V., Poon N.H. Isolation and physical characterization of a stable core particle // Nucl. Acids Res. 1978. V.5. P.2233-2252.

319. Sergeeva G.I., BobylevaN.N. Polynemic structures in the differentiated macronucleus of the ciliate Bursaria ovata Beers 1952 // Acta Protozool. 1995. V. 35. P. 115-124.

320. Serra J. A. 1947. Contribution to a physiological interpretation of mitos and meiosis. II. The prophasic appearing of the spiralization. // Portugaliae acta biol 2 : 45 90.

321. Sharpe M.E., Errington J. Postseptational chromosome partitioning in bacteria // Proc. Natl.Acad.Sci. USA. 1995. V. 92. P. 8630-8634.

322. Shick V.V., Belyavsky A.V., Bavykin S.G., Mirzabekov A.D. Primary organization of the nucleosome core particles. Sequental arrangement of histones along DNA // J. Mol. Biol. 1980. V. 139. P.491-517.

323. Shimizu ML, Miyake M., Kanke F., Matsumoto U., Shindo H. Characterization of the binding of HU and IHF, homologous histone-like proteins of Escherichia coli, to curved and uncurved DNA //Biochim.Biophys.Acta. 1995. V. 1264(3). P. 330-336.

324. Shippen D.E., Blackburn E.H., Price C.M. DNA bound by the Oxytricha telomere protein is accessible to telomerase and other DNA polymerases // Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 1994. V.91. P.405-409.

325. Simpson R.T. Structure of chromatin containing extensively acetylated H3 and H4 // Cell. 1978. V.13. P.691-699.

326. Sivaram, P., M. P. Deutscher: Existence of two forms of rat liver arginil tRNA synthetase suggests channeling of amino- acyl-tRNA for protein synthesis. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1990. V. 87. P. 3665-3669 (1990).

327. Slot, J. W. and Geuze, H. J.: A new method of preparing gold probes for multiply -labelling cytochemistry. Eur. J. Cell. Biol. 38, 87-93 (1985).

328. Slot, J. W. and Geuze, H. J.: Sizing of protein A-colloidal gold probes for immunoelectron microscopy. // J. Cell Biol. 90, 533-536 (1981).

329. Sparvoli E., Oay H., Kaufmann B. P. 1965. Number and pattern of association of Tradescantia. //Chromosoma, 16 :415 435.

330. Sperry A O., Blasquez V.C., Garrard W.T. Dysfunction of chromosomal loop attachment sites: illegitimate recombination linked to matrix asso-ciation regions and topoisomerase II//Proc. Natl. Acad. Sci.USA. 1989. V. 86. P. 5497-5501.

331. Stack S.M., Brown D.B., Dewey W.C. Visualization of interphase chromosomes // J. Cell Sei. 1977. V. 26. P. 281-307.

332. Steger D.J., Workman J.L. Remodeling chromatin strustures for transcription: what happens to the histones? // BioEssays. 1996. V.18. P. 875-884.

333. Steinbruck G. Recent advances in the study of ciliated genes // Eur.J.Protistol. 1990. V.26. P.2-14.

334. Strasburger E. Die stofflichen Grundlagen der Vererbung im organischen Reich. 1905. Gustav Fischer, Jena, Germany.

335. Stratling, W.H., Muller V., Zentgraf H. The higher order repeat structure of chromatin is built up of globular particles containing eight nucleosomes // Exp. Cell Res. 1978. V. 117. P. 301-311.

336. Stubblefield E. The structure of mammalian chromosomes // Int. Rev. Cytol. 1973. Vol. 35. P. 160.

337. Subirana J.A., Munoz-Guerra S., Aymami J., Radermacher M., Frank J. The layered organization of nucleosomes in 30 nm fibers // Chromosoma. 1985. V.91. P.377-390.

338. Svaren J., Chalkley R. The structure and the assembly of active chromatin // Trends Genet. 1990. V. 6. P. 52-56.

339. Svaren J., Horz W. Regulation of gene expression by nucleosomes // Curr. Opin. Genet Dev. 1996. V. 6. P. 164-170.

340. Swanson C.P. Meiotic coiling in Tradescantia // Bot. Gaz. 1942. V. 103. P. 457-474.

341. Sykes R.C., Lin D., Hwang S.J., Framson P.E., Chinault A.C. Yeast ARS function and nuclear matrix association coincide in a short sequence from the human HPRT locus // Mol. Gen. Genet. 1988. V. 212. P. 301-309.

342. Thoma F., Koller Th., Klug A. Involment of histone HI in the organization of the nucleosome and of the salt dependent superstructure of chromatin. // J. Cell Biol. 1979. V. 83. P. 403427.

343. Trask B. Fluorescence in situ hybridization: Applications in cytogenetics and gene mapping// Trends Genet. 1991. V. 7. 149-154.

344. Traub P., Shoeman R.L. Intermediate filament and related proteins: potential activators of nucleosomes during transcription initiation and elongation? // BioEssays. 1994. V. 16. P. 349-355.

345. Trendelenburg F., Gurdon J.B. Transcription of cloned Xenopus ribosomal genes visualized after injection into oocyte nuclei //Nature. 1978. V. 276. P. 292-294.

346. Tschurikov N.A., Ponomarenko N.A. Detection of DNA domains in Drosophila, human, and plant chromosomes posessing mainly 50 to 150 kilobase stretches of DNA // Proc. Natl.Acad.Sci. USA. 1992. V.89. P.6751-6755.

347. Uberbacher E.C., Harp J.M., Wilkinson-Singley E., Bunick G.J. Shape analysis of the histone octamer in solution // Science. 1986. V.232. P. 1247-1249.

348. Visser A.E., Eils R., Jauch A., Little G., Bakker P.J.M., Cremer T., Aten J.A. Spatial distributions of early and late replicating chromatin in interphase chromosome territories//Exp. Cell res. 1998. V. 243. P. 398-407.

349. Vogel F., Schroeder T.M. The internal order of the interphase nucleus // Humangenetik. 1974. V. 25. P. 265-279.

350. Walker G.K., Maugel T.K., Goode D. Encystment and excystment in hypotrich ciliates. I. Gastrostyla steinii. //Protistologica 1980. T. 16. C. 511-524.

351. Wang J., Hogan M., Austin R.H. DNA motions in the nucleosome core particle // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1982. V.79. P.5896-5900.

352. Watanabe M., Kinjo Y., Shigeno M. Observation of human chromosomes by atomic force microscopy in comparison with electron microscopy // Electron microscopy 1994. Proc. 13th Int.Congr.Electron Microscopy. V.3A. P.445-446.

353. Weintraub H., Groudine M. Chromosomal subunits in active genes have an altered conformation//Science. 1976. V. 193. P. 848-856.

354. Weisbrod S., Groudine M., Weintraub H. Interaction of HMG14 and HMG 17 with actively transcribed genes // Cell. 1980. V.19. P.289-301.

355. Weisbrod S., Wintraub H. Isolation of actively transcribed nucleosomes using immobilized HMG 14 and HMG 17 and an analysis of alpha-globin chromatin // Cell. 1981. V. 23. P. 391-400.

356. Weischet W.O., Tatchell K., Van Holde K.E., Klump H. Thermal denaturation of nucleosomal core particles // Nucl. Acids Res. 1978. V.5. P.139-160.

357. Wheeler R.T., Shapiro L. Bacterial chromosome segregation: is there a mitotic apparatus? // Cell. 1997. V. 88. P. 577-579.

358. Widom J., Klug A. Structure of the 300 A chromatin filament: X-ray diffraction from oriented samples//Cell. 1985. V.43. P.207-213.

359. Woese C.R., Olsen G.J., Archaebacterial phylogeny: perspectives on the urkingdoms // System. Appl. Microbiol. 1986. V. 7. P. 161-177.

360. Woese C.R., Wolfe R.S. (eds.). The Bacteria, vol.8: Archaebacteria. New York, Acad. Press. 1985.

361. Wolfe J. Structural aspects of amitosis: a light and electron microscope study of the isolated macronuclei of Paramecium aurelia and Tetrahymena pyriformis // Chromosoma. 1967. V. 23. P. 59-79.

362. Wolfe J. Structural aspects of amitosis: a light and electron microscope study of the isolated macronuclei of Paramecium aurelia and Tetrahymena pyriformis // Chromosoma. 1967. V.23. P.59-79.

363. Wolff S. L., Martin P. G. 1968. The ultrasti cture and strandedness of chromosomes from two species of Vicia. Exper. Cell Re 50:140 150.

364. Woodcock C.L.F., Frado L.-L.Y. Ultrastructure of chromatin subunits during unfolding. Histone depletion and reconstitution // Cold Spring Harb. Symp. Quant. Biol. 1977. V.42. P.43-55.

365. Worcel A. Molecular architecture of the chromosome fiber // Cold Spring Harb. Symp. Quant. Biol. 1978. V.42. P.313-324.

366. Worcel A., Benyajati C. Higher order coiling of DNA in chromatin // Cell. 1977. V.12. P.83-100.

367. Worcel A., Strogartz S., Riley D. Structure of chromatin and the linking number of DNA //Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1982. V.78. P. 1461-1465.

368. Wu H.-M., Dattagupta N, Hogan M., Crothers D.M. Structural changes of nucleosomes in low-salt concentrations //Biochemistry. 1979. V.18. P.3960-3965.

369. Wu L.J., Lewis P.J., Allmansberger R., Hauser P.M., Errington J. A conjugation-like mechanism for prespore chromosome partitioning during sporulation in Bacillus subtilis //Gens. Dev. 1995. V. 9. P. 1316-1326.

370. Wu R., Kohn K.W., Bonner W.M. Structural changes of nucleosomes in low-salt concentrations//J. Biol. Chem. 1981. V.256. P.5916-5920.

371. Yao M.C., Gorovsky M.A. Comparison of the sequences of macro- and micronuclear DNA of Tetrahymena pyriformis // Chromosoma. 1974. V. 48. P. 1-16

372. Yokoyama E., Doi K., Kimura M., Ogata S. Detection of the single-stranded DNA of Streptomyces plasmid pSAl.l and a binding histone-like protein // FEMS Microbiol. Lett. 1996. V.138. P.197-200.

373. Zachau H.G., Igo-Kemenez T. Face to phase with nucleosomes // Cell. 1981. V. 24. P. 597-598.

374. Zatsepina O. V., Polyakov V. Yu., Chenfsov Yu. S. Differential decondensation of mitotic chromosome; during hypotonic treatment of living cells as a possible cause of G-banding. an ullrasiructural study. Chromosoma. 1989. Vol. 98. P. 109116.

375. Zatsepina O.V., Polyakov V.Yu. and Chentsov Yu.S. Chromonema and chromomeres. Structural units of mitotic and interphase chromosomes //Chromosoma. 1983. V.88. P.91-97.

376. Zayetz V.W., Bavykin S.G., Karpov V.L., Mirzabekov A.D. Stability of the primary organization of nucleosome core particles upon some conformational transitions // Nucl. Acids Res. 1982. V.9. P. 1053-1068.

377. Zelenin M. G., Zacharov A. F., Zatsepina 0. V., Polyakov V. Yu., Chentsov Yu. S. Reversible differential decondensation of unfixed chromosomes induced by change in calcium ion concentration ol the medium // Chromosoma. 1982. Vol. 84. P. 929 936.

378. Zentgraf H., Franke W.W. Differences of supranucleosomal organization in different9kinds of chromatin: cell-type specific globular subunits '