Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему

Взаимодействие транспортной РНК с рибосомами Escherichia coli

ВАК РФ 03.00.03, Молекулярная биология

Содержание диссертации, доктора биологических наук, Кириллов, Станислав Викторович

ВВЕДЕНИЕ.

Глава I. РАЗРАБОТКА СИСТЕМЫ КОЛИЧЕСТВЕННОГО ИЗУЧЕНИЯ МАТРИЧН0-ЗАВИСИМ0Г0 ВЗАИМОШСТВИЯ тРНК С

СУЕЧАСТИЦАМИ РИБОСОМ ESCHERICHIA COLI

1.1. Кодон-адтикодоновое взаимодействие тРНК в малой рибосомной субчастице.

1.2. Нерешенные вопросы, матрично-зависимого взаимодействия тРНК с 30S субчастицей.

1.3. Выбор условий для количественных измерений взаимодействия матрицы и тРНК с рибосомами.

1.4. Термодинамика взаимодействия синтетических матриц с 30S субчастицей и 70s рибосомами.

1.4.1. Взаимодействие поли(и ) с рибосомами.

1.4.2. Взаимодействие олигорибонуклеотцдов с рибосомами

1.4.3. Сравнение взаимодействия природных и синтетических матриц.

1.5. Причины инактивации и природа гетерогенности

30S субчастиц in vitro

Введение Диссертация по биологии, на тему "Взаимодействие транспортной РНК с рибосомами Escherichia coli"

Одной из фундаментальных проблем молекулярной биологии является исследование процесса биосинтеза белка в рибосомах. Именно здесь происходит реализация в белковые структуры генетической информации, заключенной в нуклеиновых кислотах. Этот процесс протекает в живой клетке с большой скоростью и высокой степенью надежности, обеспечивающей низкий уровень ошибочного включения аминокислот в белки /I - 3/.

Центральным событием в процессе биосинтеза пептидной связи является взаимодействие транспортной РНК (тРНК), выступающей в качестве переводчика, с информационной, матричной РНК (мРНК) в рибосоме. Весь процесс элонгации пептидной цепи можно представить кад последовательную цепь взаимодействий тРНК в различных функциональных формах (аминоацил-тРНК, пептвдил-тРНК, деацилированная тРНК) с рибосомой при участии ряда белковых факторов и gtp .

Понимание молекулярных механизмов процессов в такой сложной системе невозможно без количественного изучения кинетики и термодинамики взаимодействия основных ее участников, т.е. тРНК, матричной РНК и рибосомы. Однако, до последнего времени количественно кодон-антикодоновое взаимодействие удавалось изучать только в модельных, не содержащих рибосом системах, начиная с взаимодействия комплементарных олигорибонуклеотидов, и кончая взаимодействием комплементарных друг другу антикодонов двух тРНК /4 - 6/.

Ясно, что ни одна модельная система не может полностью заменить исследование непосредственно в рибосомах, тем более, что высокую точность трансляции не удается объяснить на основе простых физико-химических соображений /7/, а множество экспериментальных фактов по рибосомным мутациям доказывает, что рибосома контролирует точность трансляции /8, 9/.

К началу 70-х годов основные этапы и участники биосинтеза пептидной связи в рибосоме были уже установлены, тем не менее молекулярные механизмы таких этапов как селекция, т.е. отбор аминоацил-тРНК (аа-тШК) в соответствии с кодоном матрицы, традслокация пептвдил-тШК и матрицы из А в Р сайт, роль факторов элонгации и gtp оставались малоизученными.

Несмотря на то, что накопился огромный фактический материал по механизму биосинтеза белка (итоги подвел симпозиум в Колд Спринт Харборе в 1969 г. /10/ ), по структуре и функции рибосомы (сборник обзоров выпущен Лабораторией в Колд Спринт Харборе в 1974 г. /II/ ),по структуре и функции тРНК (итоги конференции в Колд Спринт Харборе в 1978 г. /12/ ), изучение взаимодействия тРНК с рибосомами и матрицей еще целое десятилетие оставалось в основном на качественном уровне. В результате, когда в начале 80-х годов в нескольких лабораториях налалось количественное изучение процессов взаимодействия основных компонентов белок-синтезиругощей системы, возникли споры по основным вопросам: о том, что такое сайт для связывания тРНК в рибосоме, сколько этих сайтов, каковы их функции и распределение между субчастицами. Отсвда возникли сомнения в правильности общепринятой двухсайтовой модели рибосомы Уотсона. /13/ (см. дискуссию в tibs /14 - 16/).

В эти же годы были сформулированы различные гипотезы о механизмах усиления селективности кодон-антикодонового взаимодействия в рибосомах /17 - 19/. Все эяш гипотезы оперируют с кинетическими и равновесными константами взаимодействия аа-тРНК с рибосомой, константами скоростей переходных процессов в рибосомных комплексах, связанных с гипотетическими конформационными переходами в тРНК и рибосомах. Однако ни одна из этих констант не была определена в системе с рибосомами, ввиду сложности, многокомпонентности системы, низкой активности рибосом в бесклеточных системах и других специфических трудностей.

Только в более простой системе: тРНК с рибосомой без матрицы, было начато детальное количественное изучение их взаимодействия /20 - 23/.

Целью настоящей работы является разработка количественных подходов к изучению кодон-антикодонового взаимодействия в рибосоме, изучение кинетики и термодинамики взаимодействия тРНК и матрицы со связывающими центрами рибосом, определение количества этих центров и распределения между субчастицами.

К моменту начала работы (1974 г.) в литературе имелось только два сообщения /24, 25/, посвящённых измерению констант матрично-зависимого взаимодействия тРНК с малой 30s субча.стицей рибосом, количественные данные по кодон-зависимо-му связыванию тРНК с 70s рибосомами отсутствовали. Уже в этих пионерских работах с 30s субчастицами было показано, что взаимодействие тРНК с матрицей в рибосоме значительно сильнее, чем в модельных нерибосомных системах, в то же время обнаружились трудности в получении полностью активных и гомогенных рибосомных субчастиц, не ясны были причины гетерогенности образующихся комплексов по стабильности /26/.

Представляемая работа выполнена, с применением синтетических матриц поли (и), поли (С), поли (А), рибосом бактерий Escherichia coli mre боо , образование комплексов наблюдали, в основном, с помощью техники фильтрации через нитро-целлюлозные мембраны.

Одновременно в ряде лабораторий велись разработки с применением других коротких олигорибонуклеотидов и матриц типа (aug )(и ^ и (aug ) (А^ и разных методов регистрации комплексообразования: равновесного диализа, седиментации, флуоресцентной спектроскопии и др.

Необходимо было получить экспериментальные доказательства обратимости процессов комплексообразования тРНК с рибосомами и применимости к ним термодинамического подхода. На первом этапе были измерены термодинамические параметры взаимодействия полиуридиловой кислоты как с 30s субчастицами, так и с 70s рибосомами и определены условия корректного измерения констант взаимодействия тРНК с комплексами [30s субчастица + поли (и )] и [70s рибосома + поли (и )] (Глава I). Затем метод измерения констант ассоциации тРНК с комплексом £*30S субчастица, + поли (и )] и числа мест на нем для связыва,-ния тРНК был использован для совершенствования метода выделения субчастиц. Были выяснены физические причины гетерогенности и инактивации субчастиц при их выделении (Глава I.). В результате были приготовлены 30s субчастицы, способные связывать по две молекулы специфической тРНК и показано, что два сайта 30s субчастицы обладают всеми обычными свойствами А и Р сайтов 70s рибосомы при присоединении 50S субчастицы. Целые 70s рибосомы, приготовленные из таких активных субчастиц, так же были активны не менее, чем на 85-90$ в таких тестах как связывание аа-тРНК или пептидил-тРНК, образование пептидной связи и транслокации (Глава П).

Для надежной идентификации сайтов адсорбции тРНК на 70s рибосомы были использованы функциональные тесты и антибиотики луромицин, тетрациклин, эдеин и канамицин. Были проведены дополнительные исследования механизма действия антибиотиков тетрациклина, канамицина, и эдеина и обосновано их применение в тех или иных условиях для дискриминации сайтов адсорбции тРНК. Все это позволило изучить подробно термодинамические параметры взаимодействия тРНК в ее основных биологических функциональных формах: аа-тРНК, пептидил-тРНК и деацилированная тРНК с А и Р сайтами рибосомы и подтвердить наличие третьего специфического для деацшшрованной тРНК сайта в 70S рибосоме и измерить его термодинамические параметры (Глава Ш).

Сравнение термодинамики взаимодействия тРНК с 30s субчастицами и 70S рибосомами дало возможность установить энергетическое распределение тРНК-связывающих центров рибосомы, оценить вклад каждой субчастицы в организацию разных сайтов (Глава 7).

В процессе работы были обнаружены магний-зависимые кон-формеры тРНК из E.coli , сильно отличающиеся по сродству к рибосоме и изучена термодинамика их взаимопревращений. Взаимодействие тРНК с рибосомой оказалось универсальным и чувствительным методом для обнаружения конформеров у разных тРНК. Ввиду важности конформационного состояния тРНК для взаимодействия с рибосомами изучены конформационные изменения тРНК в растворе при изменении ее функциональной формы.

Методом спиновой метки показано, что в любых функциональных формах тРНК находится в растворе в виде смеси двух конформеров, равновесие между которыми зависит от функциональной формы тРНК (Глава 17).

Рибосомные сайты узнают различные функциональные формы тРНК благодаря изменениям в их структуре, величине заряда молекулы и различному количеству ионов магния, участвующих во взаимодействии тРНК с рибосомой.

С использованием полученных термодинамических данных проведен энергетический анализ цикла элонгации и определены возможные этапы, на которых расходуется энергия макроэрги-ческих соединений в процессе синтеза (Глава У).

Свойства и расположение сайтов для связывания тРНК на рибосоме подтверждают модель элонгирующей рибосомы Уотсона с физически и функционально разделенными донорным и акцепторным сайтами, дополненную третьим сайтом, специфическим для деацилированной тРНК и, вероятно, выполняющим роль выходного сайта (Глава У).

Работа заложила прочный фундамент для дальнейшего развития количественных исследований процесса отбора аа-тРНК в рибосоме, молекулярных механизмов транслокации и роли факторов элонгации в биосинтезе пептидной связи.

Заключение Диссертация по теме "Молекулярная биология", Кириллов, Станислав Викторович

5.6. Выводы к пятой главе.

Анализ измеренных констант ассоциации и свободных энергий связывания тРНК в различных функциональных состояниях с тремя сайтами рибосом позволяет сделать следующие выводы:

1. Сродство аа-тРНК, пептидил-тРНК и деацилированной тРНК к А и Р сайтам рибосомы не определяется продукт-субстратными отношениями Ледера к пептидилтрансферазному центру рибосомы. I

Вклад взаимодействия 3-концевого аминоацильного или пептцдиль-ного остатков в свободную энергию связывания тРНК с сайтами рибосомы не является определяющим. Все три формы тРНК имеют значительно более высокое сродство к Р сайту рибосомы по сравнению с А сайтом, что и определяет направленность процесса транслокации от А к Р сайту и возможность протекания транслокации по диффузионному механизму.

2. Сохранение сильного кодон-антикодонового взаимодействия на Р сайте является необходимым для обеспечения направления традслокации от А к Р сайту.

3. Низкий уровень свободной энергии специфической деацилированной тРНК на Р сайте является препятствием для протекания транслокации по диффузионному механизму. Для спонтанной диссоциации деацилированной тРНК из Р сайта в раствор необходимо повышение уровня свободной энергии деацилированной тРНК на 4-6 ккал/моль, т.е. на величину, совпадающую со свободной энергией кодон-антикодонового взаимодействия пептидил-тРНК на Р сайте.

Таким образом, для удаления деацилированной тРНК из Р сайта необходимо термодинамическое сопряжение с реакцией, идущей с понижением свободной энергии.

4. Термодинамические параметры связывания деацилированной тРНК с Е сайтом рибосомы, определенные нами, коррелируют с концентрацией свободной деацилированной тРНК в клетке и константами ассоциации деацилированной тРНК с соответствующими аа-тРНК лигазами, т.е. соответствуют свойствам выходного сайта рибосомы.

5. Опытами по диссоциации и обмену аа-тРНК из комплексов на А сайте, полученных разными способами (с участием ef-tu и gtp или его аналога gmp-pnp или без них) показано, что гидролиз gtp приводит к закреплению аа-тРНК в А сайте до реакции транспептидации. На основе этого сформулирована гипотеза временного понижения свободной энергии связывания аа-тРНК на А сайте за счет свободной энергии гидролиза ер-т^-зависимого гидролиза gtp , служащего целям отбора комплементарной аа-тРНК.

6. Обнаружение двух функционально активных сайтов на 30s субчастице, выполняющих роль А и Р сайтов целой 70s рибосомы при присоединении 50s субчастицы, окончательно утвердило до-норно-акцепторную модель рибосомы Уотсона с разделенными физически и функционально А и Р сайтами, в отличие от гибридных моделей Пестки-Везе. Наличие третьего, специфического для деацилированной тРНК и, возможно, выполняющего роль выходного сайта, не опровергает, a. подтверждает и дополняет модель рибосомы Уотсона.

7. На основании термодинамических измерений взаимодействия тРНК с Jos субчастицей и 70s рибосомой установлено энергетическое распределение сайтов между субча,стицами рибосомы. Малая субчастща 50s рибосом вносит основной вклад в стандартную свободную энергию ассоциации тРНК с А и Р сайтами 70s рибосомы, третий сайт практически полностью расположен на 50s субчастице.

- 246 -ЗАКЛЮЧЕНИЕ

В течение последних 20 лет интерес к проблеме молекулярных механизмов биосинтеза белка не только не ослабевает, а наоборот, привлекает все большее количество исследователей. Этот интерес обусловлен сочетанием множества проблем, возникающих при работе рибосомы - этого многокомпонентного комплекса, в основе строения и функционирования которого лежат взаимодействия белков с нуклеиновыми кислотами и нуклеиновых кислот друг с другом.

Работа in vitro с максимально упрощенной бесклеточной системой с постепенным усложнением и выяснением роли вводимых компонентов - обычный путь работы с такими сложными системами.

Взаимодействие трех главных участников: рибосомы, матрицы и аа-тРНК позволяет вести упрощенный синтез пептидов и, именно, на многоточечное многоцентровое взаимодействие этих главных компонентов обращено наибольшее внимание. Целый арсенал различных методов направлен на выяснение и изучение взаимодействующих групп этих компонентов, на состав и топографию рибосомных белков, составлягацих основные сайты на рибосоме для связывания матрицы и аа-тРНК.

Основные этапы биосинтеза белка в рибосоме установлены более 20 лет назад и до последнего времени не подвергались сомнению. Однако количественное изучение на молекулярном уровне отдельных этапов трансляции в последние годы, с использованием различных методов и подходов, привело к серьезным разногласиям по вопросам количества сайтов в рибосоме для связывания тРНК, механизму транслокации и общей схемы происходящих при элонгации событий в рибосоме.

Возникшая в 1982 г. на страницах "Trends in Biochemical Sciences"/14-16/ дискуссия об определении активности рибосом, количестве сайтов на рибосоме для связывания тРНК, о "физио-логичности" условий при работе с рибосомами и соответствии современных данных о третьем сайте для тРНК на рибосоме двух-сайтовой модели транслирукщей рибосомы Уотсона /13/, продолжается еще и сегодня /146,183,374,375/. Главную роль в возникновении этих спорных вопросов сыграло количественное изучение взаимодействия транспортной РНК с рибосомами.

В каждом цикле элонгации тРНК в трёх функциональных формах: аминоацил-тРНК, пептидил-тРНК и деацилированной тРНК взаимодействует с рибосомой, и каждый такой цикл можно представить как последовательное взаимодействие различных форм тРНК с сайтами рибосомы и переходы между ними. Такой подход к исследованию процесса биосинтеза пептидной связи состоит в изучении кинетических и термодинамических параметров образования комплексов трёх форм тРНК с рибосомными сайтами в различных состояниях, в том числе и необычных комбинаций не встречающихся in vivoKaK, например, адсорбция двух молекул пептидил-тРНК на одну рибосому. Именно такая задача являлась главной целью данной работы. Этот подход представляет определенный интерес, так как позволяет анализировать роль рибосомных субчастиц и кодон-антикодонового взаимодействия на различных этапах цикла элонгации, причин, вызывающих переходы тРНК между сайтами. В конечном итоге изучение комплексообразования тРНК с рибосомой тесно смыкается с проблемой селекции амино-ацил-тРНК в рибосоме, надёжностью трансляции, с энергетикой элонгации и ролью факторов элонгации, и биоэнергетикой в более широком плане /308/.

Несмотря на то, что систематические измерения термодинамических параметров взаимодействия разных функциональных форм тРНК с рибосомами проведены пока только для взаимодействия тРНК без участия факторов элонгации, уже можно сделать несколько интересных заключений, затрагивающих непосредственно механизм транслокации, роль конформационных превращений тРНК, общую схему ситеза пептидной связи и соответствие экспериментальных данных моделям транслирующей рибосомы.

Связывание тРНК с рибосомой происходит в результате взаимодействия многих различных групп обоих партнеров, т.е. по сути это многоточечные, многоцентровые взаимодействия. Благодаря этому, константы ассоциации, энергии взаимодействия тРНК с рибосомой достигают значительных величин, несмотря на то, что отдельные контакты - это относительно слабые взаимодействия.

Спецификой таких многоточечных взаимодействий является возможность последовательной реализации контактов и частичного изменения их в процессе функционирования комплекса, возмож -ность перекрывания контактов и взаимовлияния друг на друга при адсорбции более одного лиганда /тРНК/ на рибосому.

В силу этой специфики нам представляется удобным для названия некоторой области на рибосоме, т.е. совокупности контактов для взаимодействия тРНК, имеющей определенный функциональный смысл, называть сайтом для связывания тРНК, а термины "центр" или"участок" применять для обозначения частей сайта: одного или нескольких контактов, точек взаимодействия с тРНК, принадлежащих данному сайту.

Сейчас, когда началось интенсивное изучение структуры сайтов, участвующих в их организации белков и групп рибосомных РНК, их расположения в рибосомах, функционального или операционного определения сайта уже недостаточно, очень важно провести различие между физически различными сайтами в рибосоме и различными физическими состояниями одного и того же сайта. Неопределенность или недоговоренность между исследователями, что считать отдельным сайтом, а что - некоторым состоянием уже известного сайта, приводит не только к терминологической путанице, но и к противоречиям уже по сути дела в вопросах устройства и функционирования рибосомы в процессе трансляции (см. дискуссию в /I4-I6/J.

Как различить, когда на рибосоме некоторая совокупность контактов составляет два сайта для тРНК, или один, но с двумя разными состояниями (два физически разных состояния . тРНК в одном и том же сайте] ? На первый взгляд не вызывает сомнения такой критерий: если можно связать с рибосомой одновременно только одну молекулу тРНК, то в рибосоме существует один сайт, если две молекулы тРНК, то два сайта и т.д. И, таким образом, максимальное число молекул тРНК, которое может быть связано с рибосомой в какой-то момент цикла элонгации одновременно, равно числу сайтов в рибосоме. При этом сайты могут быть одинаковыми или разными, неперекрывающимися или перекрывающимися, независимыми или зависимыми, с положительной или отрицательной кооперативностью и т.д.

Однако можно представить такой случай, когда этот критерий становится трудно применять. Возьмем такую крайнюю ситуацию, когда совокупность "п" разных точек взаимодействия для тРНК на рибосоме можно разделить на две неперекрывающиеся группы п." и /п "п./ так» что при связывании одной молекулы тРНК

1 «L с любой из этих двух групп, " пу или / П - п±/ невозможно связывание второй молекулы тРНК с оставшейся группой, т.е. /п-п±/, или "ni", соответственно. Как надо рассматривать такую ситуацию? Считать совокупность "п " одним сайтом с двумя разными состояниями, или двумя раздельными сайтами, так как нет ни одного совпадающего контакта при связывании тРНК с этими двумя группами?

Нам представляется правильным, что и в этом случае нужно следовать тому же самому критерию и считать это одним сайтом с двумя разными состояниями. Нужно иметь в виду ещё то обстоятельство, что в рибосоме тРШ в процессе функционирования должна пройти последовательно все сайты и их состояния в рибосоме. Поэтому трудно представить себе функциональную значимость такого абсолютного запрета на сорбцию второй молекулы тРНК в последовательно реализуемые состояния в разбираемом гипотетическом случае.

Можно было бы следовать другой крайности - считать всякое изменение в числе или силе контактов между тРНК и рибосомой новым сайтом. Но тогда придется принять, что число сайтов в рибосоме может быть намного больше функционально различимых состояний тРНК в рибосоме. Так, все три функциональные формы тРНК имеют разное сродство к Р сайту /106,114,115,125,127/ и, кроме того, могут быть связаны на Р сайте с матрицей и без неё, т.е. с участием кодон-антикодонового взаимодействия или без него /21, 106,114,115,125,127/. Если следовать логике последнего определения, то надо считать шесть вышеупомянутых состояний тРНК на Р сайте отдельными сайтами и, следовательно, присвоить им новые имена. Но для Р сайта так никто не делает, а вот ситуация на А сайте именно такова.

Состояние А сайта с аминоацил-тРНК, связанной в комплексе с EF-TU и нераоцепляемым аналогом GTP; GMP-PNP Лэйк /188/ назвал R сайтом (от recognition), а состояние А сайта со специфической деацилированной тРНК Абдурашидова и др./343/ назвали В сайтом (от stringent) /345/.

В соответствии с нашим определением сайта R и s сайты относятся не к категории отдельных сайтов, а представляют собой разные физические состояния А сайта. Действительно, никому и никогда не удавалось связать аа-тРНК одновременно с R и А . сайтами, например. Уже по определению Лэйка /188/ R и А сайты имеют одно и тоже кодон-антикодоновое взаимодействие, без которого связывание не наблюдается на А сайте, и, значит, эти сайты взаимоисключающие, т.е. являются разными состояниями одного и того же сайта.

Таким образом, из трёх "претендентов" на дополнительные к Р и А сайты: R, s и Е, упоминавшихся в дискуссии между Принсом и Гэретом с Райнбергером и Нирхаусом /14-16/, только Е сайт удовлетворяет критерию физически отдельного сайта.

Перед нами стояла задача получения термодинамических параметров взаимодействия тРНК в разных функциональных формах со всеми сайтами рибосомы. Некоторые из этих взаимодействий никогда не реализуются в природе in vivo, как, например, связывание аа-тРНК с Р сайтом, или связывание двух пептидил-тРНК одновременно с А и Р сайтами рибосомы. Тем не менее, сравнение параметров таких необычных состояний с природными чрезвычайно полезно для понимания физики взаимодействия, роли разных частей тРНК и рибосомы во взаимодействии.

Исследование взаимодействия тРНК с рибосомой было начато с разработки наиболее простой системы, ассоциации тРНК с 30S субчастицей в присутствии матрицы поли(и). Эта простота оказалась только кажущейся. Несмотря на то, что первые измерения констант такого взаимодействия были известны в литературе ранее /24-26/, потребовались значительные усилия для повышения активности субчастиц в связывании, устранения гетерогенности комплексов 30Sсубчастиц с матрицей поли(и) и с тРНК, для получения доказательств обратимости взаимодействия.

В результате этой работы к 1975 г. мы имели 30S субчастицы с уровнем связывания I молекула тРНК на субчастицу в пре7 парате с константой ассоциации, изменяющейся от 2*10 до о т

10 М~ , в зависимости от способа их получения.

К этому времени, благодаря работе Харди /44/, стало ясно, что физическая и функциональная гетерогенность 30S субчастиц in vitro не имеет глубокого смысла и вызвана их повреждением в процессе выделения из клетки. Мы использовали разработанную систему измерения взаимодействия тРНК с комплекcom^OS субчастица + поли (и)]для выяснения и устранения физических причин гетерогенности 30S субчастиц.

Было обнаружено два типа инактивации 30S субчастиц при их выделении. Обратимый тип инактивации субчастиц связан с диссоциацией и потерей рибосомных белков из субчастиц при высоких концентрациях одновалентных катионов при низких концентрациях иона магния, усугубляемый применением больших центробежных полей для разделения субчастиц и других причин, усиливающих диссоциацию и отмывку рибосомных белков.

При этом типе инактивации число активных рибосом не изменялось, уменьшалась только константа ассоциации специфической тРНК. Константа ассоциации тРНК полностью восстанавливалась при добавлении к субчастицам отмытых белков или выделенных рибосомных белков.

При низких . концентрациях одновалентного катиона происходила необратимая потеря способности связывать тРНК по матрице у значительной части субчастиц в результате необратимых конформационных изменений. Итогом этих работ явилось получение действительно активных 30 S субчастиц, способных связывать по поли(и) две молекулы фенилаланиновой тРНК в любой функциональной форме, причем, с различными константами ассоциации для разных форм тРНК.

Были получены прямые функциональные доказательства, что кодон-зависимые сайты 30S субчастицы выполняют функции обычных А и Р сайтов 70S рибосомы при присоединении 50S субчастиц /глава II/.

Измерение кинетических и термодинамических параметров связывания тРНК с обоими сайтами показало, что Р сайт 30S субчастицы имеет и кинетическое и термодинамическое преимущество в связывании тРНК во всех функциональных формах. Взаимодействие с Р сайтом носит сложный характер, первоначальный комплекс претерпевает затем конформационные изменения с выделением энергии, большей энергии активации адсорбции.

Кроме наших данных о взаимодействии тРНК на 30s субчастице в литературе в последние годы появились два сообщения из лаборатории Уленбека /347,348/ о связывании тРНК и антико-доновых стеблей тРНИ^116 (дрожжей) с комплексом [50s сУб" частица + поли(и^. В этих работах 30S субчастицы связывали только одну молекулу тРНКР11е в присутствии поли (и ), т.е. препараты субчастиц были на уровне наших препаратов 1975 г. и имели примерно такие же по величине константы ассоциации тРНК. Сами авторы, цитируя наши работы, сознают, что не приняли должных усилий для повышения активности субчастиц /348/. Фактически они получали субчастицы в инактивирующих условиях с низкой ионной силой (60 мМ NH^Cl при I мМ Mg2+ ).

Интересно то, что константы ассоциации целой тРНКР11е и антикодонового стебля TPHKPile оказались примерно равными, т.е. основную часть энергии взаимодействия тРНК давали анти-кодоновые стержень и петля. Наш препараты jos субчастиц 1975 г. не различали по сродству разные функциональные состояния тРНК, в то время как более нативные частицы различают все состояния тРНК как на А, так и на Р сайтах, т.е. на более на-тивных субчастицах, кроме взаимодействия антикодонового стержня, реализуются взаимодействия и других частей молекулы тРНК (глава П).

Эти авторы также отмечают более сложный, чем простое бимолекулярное равновесие, характер взаимодействия антикодоно-вых стеблей с 30S субчастицей /348/.

Количественные данные о взаимодействии природных матриц, а также и высокомолекулярных синтетических, с рибосомами в литературе отсутствуют. Чтобы восполнить этот пробел, мы изучили подробно термодинамику взаимодействия поли (и ) как с 30S субчастицами, так и с 70S рибосомами. Помимо всего, это дало нам возможность правильно выбирать условия корректного измерения независимой константы ассоциации тРНК с комплексом

Свободные энергии взаимодействия поли(и) с рибосомами оказались весьма значительной величины, порядка -(10-14) ккал/моль. Термодинамические параметры взаимодействия поли( и) с 30S субчастицами и 70s рибосомами оказались одинаковыми, то есть 50S субчастица не принимает никакого участия во вза,-имодействии с синтетической матрицей (глава I).

При переходе к измерениям на 70s рибосомах мы столкнулись с рядом дополнительных трудностей, главными из которых оказались: гетерогенность комплексов, вызванная наличием магний-зависимых конформеров у Phe -тРНК и AcPhe -тРНК с сильно отличающимся сродством к рибосомам; неопределенность в количестве сайтов на рибосоме и способах их идентификации; обра,-зование пептидной связи при адсорбции двух аминоацилирован-ных тРНК на рибосому одновременно.

Мы использовали большие различия в сродстве к рибосоме у конформеров Phe -тРНК для изучения термодинамики их взаимопревращений. Полученные режимы отжигов аа-тРНК и пептидил-тРНК и учет неактивной в связывании с рибосомой части препаратов, являются необходимыми условиями количественного изучения взаимодействия тРНК с рибосомами, так как тРНК во всех функциональных состояниях, как установлено нами, всегда находится в растворе в равновесной смеси 2-х конформаций (глава 17).

Только после дополнительного уточнения механизма действия антибиотиков тетрациклина, эдеина и канамицина нам удалось провести надежную идентификацию сайтов адсорбции тРНК и провести детальные измерения термодинамических параметров взаимодействия 3-х функциональных форм тРНК с А и Р сайтами рибосомы, а для деацилированной тРНК дополнительно с Е сайтом (глава Ш).

Главные результаты этих измерений состоят в том, что впервые удалось получить количественные данные о кодон-анти-кодоновом взаимодействии как на А, так и на Р сайтах рибосомы. Установлен порядок относительного сродства всех состояний тРНК к А и Р сайтам рибосомы, отличный от предполагаемого ранее. Показано, что Р сайт 70S рибосомы, так же как и jos субчастицы, имеет кинетическое и термодинамическое преимущество ко всем функциональным состояниям тРНК по сравнению с А сайтом. Это обеспечивает термодинамическую основу процесса транслокации. При этом деацилированная тРНК имеет самое высокое сродство к Р сайту, а пептидил-тРНК наименьшее, что противоречит продукт-субстратным отношениям Ледера (главы Ш и У).

Сравнение термодинамических параметров связывания тРНК на J0S субчастицах и 70S рибосомах показало, что joscy6частица дает основной вклад в свободную энергию связывания тРНК на А и Р сайтах 70S рибосомы. С термодинамической, а значит, и физической точки зрения оба эти сайта для связыва ния тРНК расположены на jos субчастице. Взаимодействие 3-концевого остатка тРНК с пептидилтрансферазным центром 50S субчастицы дает незначительный вклад в свободную энергию связывания. Субчастица 50s увеличивает сродство тРНК к рибосоме благодаря вовлечению дополнительных ионов магния во взаимодействие тРНК на 70s рибосоме по сравнению с jos субчастицей. Наоборот, 3-й дополнительный сайт, существование которого мы подтвердили, расположен практически полностью на 50 S субчастице.

В бактериальной рибосоме 3-й дополнительный сайт Е был одновременно обнаружен Саминским и др. /117, 123/, и Рейнбер-гером и др. /118, 119/ в 1980 г. Однако, Саминский с сотр. /123/ показали, что 3-й сайт не зависит от матрицы, а Рейн-бергер и др. /118, 119/ могли наблюдать его только в присутствии поли(и). Кроме того, Рейнбергер и др. /119/ определили, что сродство деацилированной тРНКр31е к Р и Е сайтам одинаково.

Мы измерили сродство деацилированной тРНК к Р и Е сайтам. Константа ассоциации деацилированной тРНК с Е сайтом практически не зависела от присутствия поли(и) и была на 3-4 порядка величины ниже, чем с Р сайтом. Такое большое расхождение результатов мы объясняем тем, что Рейнбергер и др. /119/ допустили типичную ошибку в обработке зависимости Скэтчарда /349, 350/. Кроме этого, при низких концентрациях тРНК, где хорошо видно сильное связывание с Р сайтом, у них вообще отсутствуют экспериментальные точки на зависимости Скэтчарда. Экспериментальными ошибками объясняется и провозглашаемый Рейнбергером и др. /119/ принцип "эксклюзии" в связывании пептидил-тРНК с рибосомой (глава Ш).

Для всех форм тРНК и сайтов рибосомы, в том числе и для AcPhe -тРНК, мы нашли, что зависимость константы связывания от концентрации Mg2+ шлеет видД1е Ка/ Д lg^Mg2+] = п , где п - число ионов магния, участвующих во взаимодействии. Оно различное для каждого случая, изменяется от I до 8.

Параллельно с нашими измерениями на 70S рибосомах подобные измерения проведены в лаборатории Гассена с использованием матрицы ( AUG) ( и) /72, 121, 122, 181/. Константы ассоциации тРНК в системе с поли(I/), найденные нами, оказались на 2-3 порядка величины выше. Мы объясняем это расхождение применением, во-первых, коротких матриц, не закрепленных с /

5-конца и не имеющих необходимую конфигурацию для кодон-анти-кодонового взаимодействия, и, во-вторых, низким методическим уровнем проведенных в лаборатории Гассена измерений. Большинство констант ассоциации получены ими по одной точке (одной концентрации тРНК) на изотерме Лэнгмюра методом аналитического ультрацентрифугирования, при этом не сделаны поправки на долю активной в связывании тРНК, которая даже не была определена.

Анализ полученных термодинамических параметров ассоциации различных состояний тРНК с рибосомными сайтами показал, что возможен диффузионный (за счет флуктуаций энергии теплового движения) механизм транслокации в рибосоме. Единственным препятствием для спонтанной транслокации является слишком низкий уровень свободной энергии деацилированной тРНК на Р сайте, для удаления которой необходимо термодинамическое сопряжение. Наиболее вероятной сопряженной реакцией в этом случае является гцдролиз пептидил-тРНК при транспептидации.

При изучении механизма действия тетрациклина и прямыми опытами по измерению адсорбции и диссоциации (ef~tu +gtp )-зависимого связывания аа-тРНК на А сайт до образования пептидной связи показано, что процесс взаимодействия с А сайтом сложный, многоступенчатый и включает в себя закрепление аа-тРНК в результате гидролиза gtp (глава У).

Установленная нами на основе проведенных измерений энергетическая структура сайтов в значительной мере изменяет широко принятое представление о распределении сайтов для связывания тРНК мужду субчастицами рибосомы (глава У).

Новая схема, работы рибосомы с кодон-антикодоновым взаимодействием тРНК на 3-х сайтах, предложенная Нирхаусом /328/, неверна. По нашим данным примерно одинаково сильное кодон-антикодоновое взаимодействие имеется на А и Р сайтах, и отсутствует (или почти отсутствует) на Е сайте. Обнаружение третьего сайта для связывания тРНК в рибосоме, со свойствами, во всех отношениях удовлетворяющими функции выходного сайта, не опровергает, по нашему мнению, а подтверждает и дополняет модель рибосомы Уотсона с двумя физически и функционально разделенными сайтами, в отличие от моделей Везе-Пестки с гибридными сайтами. Доказательство нами наличия в 30s субчастице двух физически разных сайтов с функциями А и Р сайтов полностью исключает возможность существования рибосомы с гибридными сайтами.

Изложенные в диссертации результаты являются итогом завершения одного из этапов в выполнении нами широкой программы количественного изучения взаимодействия тРНК с рибосомами, механизма кодон-антикодонового взаимодействия, процесса транслокации.

Вместе с тем, разработанные нами системы и методики количественной оценки взаимодействия тРНК с рибосомами и полученные результаты являются основой для постановки и решения целого ряда, новых проблем.

В данной работе мы охарактеризовали далеко не все состояния тРНК в рибосоме, практически не затронуты вопросы возможного взаимодействия тРНК на разных сайтах, конформационных изменений тРНК в рибосоме в процессе синтеза. Решение этих вопросов требует постановки специальных экспериментов и уже начато нами.

Одна из ближайших и перспективных задач: сравнение термодинамики и кинетики ассоциации с А сайтом аа-тРНК с комплементарными и частично комплементарными антикодонами, т.е. прямое , экспериментальное изучение процессов селекции аа-тРНК в рибосоме, роли EF-Tu и GTP в этом процессе.

Методы замены оснований в антикодоне тРНК, разработанные в последнее время /351/, в сочетании с количественным подходом, разработанным нами, открывает широкие перспективы в изучении механизма кодон-антикодонового взаимодействия в рибосомах.

Другая важная проблема, ждущая своего решения: термодинамика взаимодействия фактора элонгации G и GTP с рибосомой, содержащей разные лиганды в А и Р сайтах. Вопрос может быть изучен количественно с помощью нерасщепляемых аналогов 6ТР> дакщих стабильные комплексы с фактором элонгации G и рибосомой. Изучение этого вопроса даст интересную информацию об энергетике транслокации и о влиянии А-сайтовых лигандов на стабильность претранслокационного комплекса.

- 261 -основные вывода

I. Впервые измерены кинетические и термодинамические параметры взаимодействия трёх функциональных форм тРНК (Phe -тРНК, AcPhe -тРНК и тРНК Phe) с 30S субчастицами и 70s рибосомами, запрограммированными поли(П) 5 в широком интервале значений концентрации ионов магния. В результате: а). Впервые получены прямые количественные данные о наличии кодон-антикодонового взаимодействия тРНК как на А, так и на Р сайте 70s рибосом. б). Установлен порядок относительного сродства функциональных форм тРНК к сайтам рибосомы, отличный от ранее принятого на основе качественных данных. Все формы тРНК имеют более высокое сродство к Р сайту по сравнению с А сайтом. в). Подтверждено наличие третьего сайта для связывания деацилированной тРНК в рибосоме, практически независящего от матрицы и имеющего сродство к деацилированной тРНК на 3-4 порядка величины ниже, чем Р сайт. Показано, что третий сайт вносит в 70S рибосому 50S субчастица. Малая 30S субчастица вносит основной вклад в стандартную свободную энергию ассоциации тРНК с А и Р сайтами 70S рибосомы. г ). Стехиометрия связывания функциональных форм тРНК не изменяется при изменении концентрации ионов магния ( по две молекулы Phe -тРНК или AcPhe -тРНК, или три молекулы деацилированной тРНК ). Соблюдается линейная зависимость: Alg к /Д lg [ms2^= п, где п изменяется от I до 8 в зависимости от формы тРНК, сайта связывания и наличия матрицы в рибосоме.

2. Изучены причины инактивации 30s субчастиц in vitro и впервые получены 30S субчастицы, сохранившие способность связывать по матрице поли(и) две молекулы фенилаланиновой тРНК. Показано, что два сайта 30S субчастицы выполняют обычные функции А и Р сайтов 70s рибосомы при присоединении 50S субчастиц.

3. Измерены термодинамические параметры взаимодействия поли(и) с 30S субчастицами и 70S рибосомами. Найдено, что 50S субчастица не принимает участия во взаимодействии с по-ли(и).

4. Обнаружены магний-зависимые конформеры Phe -тРНК из E.coli отличающиеся по константе ассоциации с Р сайтом 70S рибосомы на 4 порядка величины в присутствии матрицы и на два порядка без матрицы. Изучена кинетика и термодинамика их взаимопревращений.

5. Термодинамика взаимодействия Phe -тРНК, AcPhe -тРНК

Phe и деацилированной тРНК с рибосомами обнаружила различия в их конформациях, а методом спинового мечения тРНК в 8 положение показано, что в растворе тРНК независимо от её функциональной формы находится всегда в виде смеси 2-х конформеров, равновесие между которыми изменяется при аминоацилирова-нии или пептидилировании.

6. Обнаружение двух функционально активных сайтов на 30s субчастице и термодинамические данные по связыванию тРНК с двумя различающимися по сродству к тРНК и функционально сайтами 70S рибосомы окончательно утвердили донорно-акцепторную модель рибосомы Уотсона с разделенными А и Р сайтами, в отличие от гибридной модели Пестки-Везе. Наличие третьего сайта в рибосоме, специфического для связывания деацилированной тРНК, матрично-независимого, со значительно меньшим сродством по сравнению с Р сайтом, и вероятно, выполняющего функцию выходного сайта, не опровергает, а подтверждает и дополняет модель рибосомы Уотсона.

В заключение мне хотелось бы отметить постоянный интерес, внимание, поддержку и помощь в развитии данного направления ныне покойного профессора Семена Ефимовича Бреслера.

Выражаю искреннюю признательность Саминскому Е.М. за критические замечания и советы, приношу благодарность моим коллегам по работе:-Семенкову Ю.П., Махно В.И., Одинцову В.Б., Катунину В.И., Пешину Н.Н., Макарову Е.М., Жученко О.П., Махно Т.Н., Клементьеву А.Ф., Клеопиной Н.В. за участие в проведении совместных экспериментов.

Благодарю сотрудников сектора органического синтеза: Бондарева Г.Н., Исаеву-Иванову Л.С., Грачева С.А. и сотрудников сектора радиоспектроскопии: Фомичева В.Н., Исаева-Иванова В,В. и Клейнера А.Р. за участие в проведении совместных экспериментов.

Библиография Диссертация по биологии, доктора биологических наук, Кириллов, Станислав Викторович, Ленинград

1. Loftfield R.B, The frequency of errors in protein biosynthesis. -Bio chem. J. 1963, 82, 82-92.

2. Loftfield R.B., Vanderjagt D. The frequency of errors in protein biosynthesis.-Biochem.J. 1972, 128. I353-I356.

3. Edelman P., Gallant J. Mistranslation in E.coli.-Cell,1977,10, 131-137.

4. Jaskunas S.R., Cantor C.R., Tinoco I.Jr. Association of complementary oligoribonucleotides in aqueous solution.-Biochemistry, 1968, 2, 3164-3178.

5. Uhlenbeck O.C., Bailer J., Doty P. Complementary oligonucleotide binding to the anticodon loop of fMet-transfer RNA.-Nature, 1970, 22^, 508-510.

6. Grosjean H.J., De Henau S., Crothers D.M. On the physical basis for ambiguity in genetic coding interactions.-Proc. Nat.Acad.Sci.U.S.A. 1978, 610-615.

7. Pauling L. The probability of errors in the process of synthesis of protein molecules.-IniFestschrift Arthur Stoll. Ed.A.G.Вirkhauer, Basel, 1958, p.597-602.

8. Gorini Le, Jacoby G.A., Breckenridge L. Ribosomal ambiguity.-Cold Spring Harbor Symp.Quant.Biol. 1966, 657-663.

9. Gorini L. Streptomycin and misreading of the genetic code.-Ins Ribosomes. Eds. M.Nomura, A.Tissieres, P.Lenguel. Cold S.pring Harbor Laboratory, New York, 1974, 79I-8O3.

10. The Mechanism of Protein Synthesis. Cold Spring Harbor Symp.Quant.Biol.V.34, Cold Spring Harbor,1969,

11. Ribosomes. Eds. M.Nomura, A.Tissieres, P.Lenguel. Cold Spring Harbor Laboratory, New York. 1974,-984 p.

12. Transfer RNA* Structure, Properties, and Recognition.- 285

13. Eds. P.R.Schimmel, D.Soll, J.N.Abelson. Cold Spring Harbor Laboratory, New York, I978.-356 p.

14. Watson J.D. The synthesis of protein upon ribosomes.-Bull. Soc.Chim.Biol.,1964, 46, 1399-1425.

15. Prince J.В., Garrett R.A. tRNA binding to ribosomes two sites or more?- Trends in Biochemical Sci. 1982, 2,79.

16. Nierhaus K.H., Rheinberger H.-J.-Trends in Biochemical Sci. 1982, 2, 280.

17. Prince J.В., Garrett R.A.-Trends in Biochemical Sci. 1982, 2» 28o.

18. Hopfield J.J. Kinetic proofreading. A new mechanism for reducing errors in biosynthesis processes requiring high specificity.-Pro c.Nat .Acad.Sci.U.S. A. 1974, 21» 4135-4139.

19. Ninio J. Evaluation of some molecular parameters of translation in vivo.-J.Mol.Biol. 1974, 84» 297-313.

20. Kurland C., Rigler K., Ehrenberg M., Blomberg C. Allosteric mechanism for codon-dependent tRNA selection on ribosomes.-Proc.Nat.Acad.Sci.U.S.A. 1975, 2£, 4248-4251.

21. Grajevskaja R.A., Saminsky E.M., Bresler S.E. Interactionof transfer RNA with ribosomes in the absence of messenger,-Biochem.Biophys.Res.Communs, 1972, 46, II06-III2.

22. Grajevskaja R.A., Saminsky E.M., Bresler S.E. Effect of tRNA aminoacylation on its interaction with ribosome in the absence of messenger.-Biochem.Biophys.Res.Communs, 1972, 49, 635-640.

23. Grajevskaja R.A., Odinzov V.B., Saminsky E.M., Bresler S.E. Interaction of transfer RNA with the 30S subunits of ribosomes in the absence of messenger.-FEBS Lett. 1973,.22,

24. Бреслер C.E., Граевская P.А., Иванов Ю.В., Саминский Е.М.

25. Изучение взаимодействия транспортной РНК с 50S субчастицами рибосом Escherichia coli^отсутствие матриц.

26. Молекулярная биология, 1976, 10, 777-784.

27. Rappaport H.R. Binding of N-acyl derivatives of phenylalanyl-tRNA to the 30S ribosomal subunit.-Arch.Biochem.Biophys. 1972, 797-801.

28. Белицина H.B., Глухова M.A., Спирин А.С. Действие различных физических и химических факторов на специфическое кодон-за-висимое связывание аминоацил-тРНК с изолированной 30s рибо-сомной субчастицей.-Докл. АН СССР, 1974, 216, 925-928.

29. Suzuka I., Kaji H., Kaji A. Binding of specific sRNA to 30S subunits comparison and the binding to 70S ribosomes.-Bio-chem.Biophys.Res.Communs, 1965, 21, I87-I95#

30. Kaji H., Suzuka I., Kaji A. Binding of specific soluble ribonucleic acid to ribosomes. Binding of soluble ribonucleic acid to the template 30S subunits complex.-J.Biol.Chem. 1966, 241, 1251-1256.

31. Pestka S., Nirenberg M.J. Regulatory mechanisms and protein synthesis. X.Codon recognition on 30S ribosomes.-J.Mol.Biol. 1966, 21, I45-I7I.

32. Zamir A., Miskin R., Elson D.J. Inactivation and reactivation of ribosomal subunits. Aminoacyl-tRNA binding activityof the 30S subunit of Escherichia coli.-J.Mol.Biol. 1971» 60, 5^7-364.- 287

33. Kurland C.G. The requirement sf or specific sRNA binding by ribosomes.-J.Mol.Biol. 1966, 18, 90-108.

34. Kaji A., Igarashi K.,Ishitsuka H, Interaction of tRNA with ribosomes binding and release of tRNA. -Cold.Spring Harbor Symp.Quant.Biol. I969, ^4, 167-172.

35. Igarashi K., Kaji A. Relationship between sites I, 2 and acceptor, donor sites for the binding of aminoacyl-tRNA to ribosomes. Eur.J.Biochem. 1970, 14, 41-46.

36. Weissbach H., Redfield В., Ymasaki E., Brot N. Interaction of Phe-tRNA-Tu» GTP with ribosomal subunits.-Arch.Biochem. Biophys. 1972, 142, 560-562.

37. Thach S.S., Thach R,E. Translocation of messenger RNA and "accomodation" of fMet-tRNA.-Proc.Nat.Acad.Sci.U.S.A. 1971, 68, I79I-I795.

38. Dubnoff J.S., Maitra U.J. Characterization of the ribosome -dependent guanosine triphosphatase activity of polypeptide chain Initiation Factor IF2.-J.Biol.Chem. 1972, 24Z, 28762883.

39. Golini F., Thach R.E. An investigation of the decoding of triplets adjacent to AUG during initiation.-Biochem.Biophys. Res.Communs, 1972, 4Z, I3I4-I32I.

40. Pongs 0. Transfer RNA function in protein synthesis; ribosome (A-sites and P-sites) and mRNA interactions.-In: Transг- 288 fer ША. Ed. S.Altman , MIT Press, 1978, 78-104.

41. Ginzburg J., Miskin R., Zamir A. N-ethyl maleimide as a probe for the study of functional sites and conformation of JOS ribosomal subunits.-J.Mol.Biol. 1973, 22» 481-494.

42. Hardy S.J.S.,Kurland C.G.,Voynov P.,More G. The ribosomal proteins of E.coli. I. Purification of the 30S proteins. -Biochemistry, 1969, 8, 2829-2905.

43. Kurland C.G.,Voynov P.,Hardy S.J.S.,Randall L. Physical and functional heterogeneity of E.coli ribosomes.-Cold Spring Harbor Symp.Quant.Biol. 1969, j>4, 17-24.

44. Hardy S. The stoichiometry of the ribosomal proteins of Escherichia coli.-Mol.Gen.Genet. 1975, 140, 253-274.

45. Kirillov S.V., Makhno V.I., Semenkov Yu.P. The mechanism of codon-anticodon interaction in ribosomes. Quantitative study of соdon-dependent binding of tRNA to the 30S ribosomal subunits of Escherichia coli.-Eur.J.Biochem. 1978, 82» 297-304.

46. Takanami M., Okamoto T. Interaction of ribosomes and synthetic polyribonucleotides.-J.Mol.Biol. 1963, 2, 323-333.

47. Okamoto Т., Takanami M. Interaction of ribosomes and some synthetic polyribonucleotides.-Biochim.Biophys.Acta, 1963,325.329.

48. Edsall J., Wyman J. Some general aspects of molecular interactions. -Biophys.Chem. 1958, I, 591-662.

49. Gefter M.L.,Russel R.L. Role of modification in tyrosinetransfer ША: a modifiedtion base affecting ribosome binding.-J.Mol.Biol. 1969, 32» 145-157.

50. Kirillov S.V., Makhno V.I., Odinzov V.B.,Semenkov Yu.P. The mechanism of codon-anticodon interaction in ribosomes. Heterogeneity of tRNA complexes with 70S ribosomes of Esche- 289 richia coli.-Eur.J.Biochem. 1978, 8<2, 305- 313.

51. Бреслер C.E., Власов Г.П., Кириллов С.В., Семенков Ю.П., Махно В.И. Неферментативное специфическое кодон-зависимое связывание тРНК с изолированной 30s рибосомной субъединицей. Измерение констант диссоциации комплекса.- Докл.АН СССР, 1975, 220, 719-722.

52. Кириллов С.В.,Махно В.И.,Семенков Ю.П. Влияние молекулярного поли(и) и присутствия рибосомного белка si на стабильность ком> плекса тРНК с малой субчастицей рибосом.-Докл.АН СССР, 1976, 229, 488-491.

53. Кириллов С.В.,Катунин В.И., Махно В.И., Семенков Ю.П. Количественное изучение взаимодействия полиуридиловой кислоты с 30S субчастицами рибосом Ewcoli,-Moлек.биол.1979,13,690-697.j>4. Katunin V.I., Semenkov Y u.P., Makhno V.I., Kirillov S.V.

54. Comparative study of the interaction of polyuridilic acid with 30S subunits and 70S ribosomes of Escherichia coli.-Nucleic Acids Res. 1980, 8, 403-421.

55. Takanami M., Zubay G. An estimation of the size of the ri-bosomal site for messenger RNA binding. -Proc.Nat.Acad.Sci. U.S.A. 1964, ^I, 834-839.

56. Takanami M., Yan Y. The release of polypeptide chains from ribosomes in cell-free amino acid-incorporating systems by specific combinations of bases in synthetic polyribonucleotides.-Proc.Nat .Acad.Sci.U.S.A. 1965, 5ft, 1450-1454.

57. Steitz J.A., Bryen R.A. Two ribosome binding sites from the gene 0.3 messenger RNA of bacteriophage T7.-J.Mol.Biol.1977, 114, 527-543.

58. Van Duin J., Kurland C. Functional heterogeneity of the 30S ribosomal subunits of E.coli.-Mol.Gen.Genet. 1970, 102, 169-175.

59. Linde R., Quoc Khanh N., Lipecky R., Gassen H.G. On the function on the ribosomal protein SI in the elongation cycle of bacterial protein synthesis.-Eur.J.Biochem. 1979, 93«565-572.

60. Fiser Т., Scheit K., Stoffler G., Kuechler E. Protein of the mRNA binding site of the Escherichia coli ribosomes.-FEBS Lett. 1975, j?6, 226-229.

61. Cantrell M., Craven G.K. Chemical inactivation of Escherichia coli 30S ribosomes with maleic anhydride: identification of protein involved in polyuridilic acid binding.-J.Mol.Biol. 1977, 115, 389-402.

62. Chang Chu, Craven G.R. Identification of the amino acid functional groups responsible for 30-S ribosome recognition of messenger RNA.-Eur.J.Biochem. 1978, 88, 165-173.

63. Устав М.Б., Виллемс Л.Э. Активные центры рибосомы Escherichia coli .Итоги науки и техники. Серия "Биологическая химия, ВИНИТИ, Москва, 1981, 15, II6-I73.

64. Hernandes F., Lopez-Hives A., Pintor-Toro J.A., Vazques D., Palacian E. Implication of arginyl residues in mRNA binding to ribosomes.-Eur.J.Biochem. 1980, 108, I37-I4I.

65. Record M.T.,Jr., Lohman T.M., de Haseth P.L. Ion effects on ligand-nucleic acid interactions.-J. Mol '.Biol. 1976, 107, 145-178.

66. Record M.T.Jr., de Haseth P.L., Lohman T.M. Interaction of monovalent and divalent cation.Effects on the lac repressor interaction.-Biochemistry, 1977, 16, 4791-4796.

67. Moore P.B. Polynucleotide attachment to ribosomes.-J.Mol. Biol. 1966, 18, 8-20.

68. Wagner R., Gassen H.G. On the covalent binding of mRNA models to the part of the I6S RNA which is located in the- 291 mRNA binding site of the JOS ribosome.-Biochem.Biophys.Res. Communs, 1975, 65, 519-529.

69. Moller A., Schwarz U., Lipecky R., Gassen H.G. Effective binding of oligonucleotides to the anticodon of tRNA without stimulation of tRNA binding to the 30S ribosomes.-FEBS Lett. 1978, 82, 263-266.

70. Schmitt M., Kyriatsoulis A., Gassen H.G. The context theory as applied to the decoding of the initiator tRNA^e^ by Escherichia coli ribosomes.-Eur.J.Biochem. 1982, 125. 389-394.

71. Holschuh K., Riesner D., Gassen H.G. Steps of mRNA translocation in protein biosynthesis.-Nature, 1981, 29675-677.

72. Konig C., Wells В., Cantor C. A fluorescent derivative of ribosomal protein SI8 which permits direct observation of messenger RNA binding.-J.Biol.Chem. 1979, 14, 6667-6672.

73. Van Duin J., Kurland C., Dondon J., Grunberg-Manago M., Bran-lant E., Ebel J.P. New aspects of the IF-3-ribosome interaction.-FEBS Lett. 1976, 62, III-II4.

74. Steitz J.A. Interactions during polypeptides chain initiation. In: Ribosomes.Structure, Function, and Genetics. Eds. G.Cham-bliss, G.R.Craven, J.Davies, K.Davis, L.Kahan, M.Nomura. University Park Press, Baltimore, I980.-p.479-495.

75. Stormo G.D., Schneider T.D., Gold L.M. Characterization of translational initiation sites in E.coli.-Nucleic Acids Res.- 292 -1982, 10, 2971-2996.

76. Stormo G.D., Schneider T.D., Gold L.M., Ehrenflucht A. Use of the "Perception" algorithm to distinguish translational initiation sites in E.coli.-Nucleic Acids Res. 1982, 10, 2997-3011.

77. Shine J., Dalgarno L. The 3'-terminal sequence of Escherichia coli I6S ribosomal RNA. Complementary to nonsence triplets and ribosomal binding sites.-Proс.Nat.Acad.Sci.U.S.A. 1974, 21, I342-1346.

78. Rich A. How transfer RNA may move inside the ribosome.-In; Ribosomes. Eds. M.Nomura, A.Tissieres, P.Lenguel, Cold Spring Harbor Laboratory, New York. 1974, p.871-884.

79. Steitz J,A., Jakes K. How ribosomes select initiator region in mRNAt base pair formation between the 3'-terminus of I6S rRNA and mRNA during initiation of protein synthesis in Escherichia coli.-Proс.Nat.Acad.Sci.U.S.A. 1975, 2£» 4734-4738.

80. Steitz J.A., Steege D.A. Characterization of mRNA-tRNA complexes implicated in the initiation of protein biosynthesis.-J.Mol.Biol. 1977, 114» 545-558.

81. Castles J.J., Singer M.F. Degradation of poly(U) by ribonuc-lease. II. Protection by ribosomes.-J.Mol.Biol.1969, 40,1-17.

82. Ivanov Yu.P., Grajevskaja R.A., Saminsky E.M. Quantitative study of the interaction of formylmethionyl-tRNAfMe^ with ribosomes of Escherichia coli.-Eur.J.Biochem.1980.106.449-456.

83. Семенков Ю.Л., Махно В.И., Кириллов С.В. Выделение и изучение некоторых свойств высокоактивных 30s и 50S субчастиц рибосом Escherichia coli. Молекулярная биология, 1976, 10,754-763.

84. Бреслер С.Е., Кириллов С.В., Пешин Н.Н.,Махно В.И.,Семенков Ю, Инактивация 30S субчастиц рибосом в центробежном поле ультрацентрифуги. -Докл. АН СССР, 1977, 236, 467-470.

85. Кириллов С.В., Махно В.й., Пешин Н.Н., Семенков Ю.П. Природа гетерогенности зоэрибосомных субчастиц in vitro.

86. Влияние больших центробежных полей при выделении 30S суб частиц на их способность к кодон-зависимому связыванию тРНК. Молекулярная биология, 1978, 12, 602-611.

87. Пешин Н.Н., Кириллов С.В. Природа гетерогенности 30s рибосомных субчастиц in vitro .II. Два типа инактивации 30s субчастиц рибосом е. coli. -Молекулярная биология, 1979,13, 752-760.

88. Tissieres A., Watson J.D., Schlessinger D., and Holling-worth B.R.

89. Ribonucleic particles from Escherichia coli. J# Mol. Biol. 1959, I, 221-233.

90. Lam M.K.T., Ghangchien L.M., Graven G.R. Evidence that Escherichia coli 30S ribosomal subunit populations are con-formationally heterogeneous.-J.Mol.Biol. 1979, 128,561-575.

91. Dobitchin P.D., Kirillov S.V., Noskin V.A., Peshin N.N.

92. Correlation between biological activity of 30S subunits of Escherichia coli ribosomes and their conformation changes revealed by optical mixing spectroscopy.-Biophys.Chem. 1983, 17, 165-169.

93. Kirillov S.V., Makhno V.I., Semenkov Yu.P. Mechanism of co-don-anticodon interactions in ribosomes. Direct functional evidence that isolated 30S subunits contain two codon-specific binding sites for transfer RNA.-Nucleic Acids Res. 1980, 8, 183-196.

94. Fanning Т., Cantrell M., Ting Shih C.Y., Craven G. Evidence that proteins SI, SII and S2I directly participate in the binding of transfer RNA to the 30S ribosome.-Nucleic Acids res. 1978, 933-950.

95. White J., Cantor C. Role of magnesium in the binding of tetracycline to Escherichia coli ribosomes.-J.Mol.Biol. 1971» j?8,397-415.

96. Стрельцов С.А., Куханова M.K., Гурский Г.В., Краевский А.А., Белявская И.В., Викторова Л.С., Требоганов А.Д., Готтих Б.П. Связывание окситетрациклина с рибосомами Escherichia coli.

97. Молекулярная биология, 1975, 9, 910-921.

98. Suzuka I., Kaji Н., Kaji A. Binding of specific sRNA to 30Sribosomal subunits: effect of 50S ribosomal subunits.-Proc. Nat .Acad.Sci.U.S.A. 1966, , 1483-1490.

99. Sarkar S., Thach R. Inhibition of formylmethionyl-transfer RNA binding to ribosomes by tetracycline.-Proc.Nat.Acad.Sci. U.S.A. 1968, 60, 1479-1486.

100. Vazquez D. Inhibitors of protein biosynthesis.-Molecular Biology, Biochemistry and Biophysics, 1979» ^0» 1-280.

101. Nierhaus K.H., Wittmann H.G. Ribosomal function and its inhibition by antibiotics in procaryotes.-Naturwissenschaften, 1980, 62, 234-350.

102. Woese C. Molecular mechanism of translation: a reciprocating mechanism.-Nature, 1970, 226, 817-820.

103. Woese C. The rotating ribosome: a gross mechanical model for translation.-J*Theor.Biol. 1973, 203-204.

104. Pestka S. Transfer ribonucleic acid-ribosome complexes. XIX. Effect of antibiotics on peptidyl puromycin synthesis- 295 on polyribosomes from Escherichia coli.-J.Biol.Chem. 1972, 14, 4669-4678.

105. Odinzov V.B., Kirillov S.V. Interaction of N-aсetyl-phenyl1. Phealanyl-tRNA with 70S ribosomes of Escherichia coli.-Nucleic Acids Res. 1978, 3871-3879.

106. Johnson A., Fairclough R., Cantor C. Some approaches for the study of ribosome-tRNA interactions.-In: Nucleic Acids -Protein Recognition.Ed. H.J.Vogel. Academic Press, New York, 1977,p.469-490.

107. Kuechler E., Ofengand J. Affinity labeling of tRNA binding sites on ribosomes.-In: Transfer RNA: Structure, Properties, and Recognition. Eds. P.R.Schimmel, D.Soll, J.N.Abelson. Cold Spring Harbor Laboratory, New York. 1979, p.413-444.

108. Ofengand J. The topography of tRNA binding sites on the ribosome«,-In: Ribosomes. Structure, Function and Genetics.- 296

109. Eds. G.Chambliss, G.E.Craven, J.Davies, K.Davis, L.Kahan, M.Nomura. University Park Press, Baltimore. 1980, p.497-529.

110. Dube S.K., Rudland P.S., Clark B.F.C., Marcker K.A.

111. A structural requirements for соdon-antiсоdon interaction on the ribosome.-Cold Spring Harbor Symp.Quant.Biol. 1969, 34, I6I-I66.

112. Cantor C. Transfer ENA ribosome interaction.-In; Transfer ENA: Structure, Properties, and Eecognition. Eds. P.Schim-mel, D.Soll, J.Abelson. Cold Spring Harbor Laboratory, New York. 1979, P.361-39I.

113. Eobertson J.M., Kahan M., Wintermeyer W., Zachau H.G.1. Phe1.teractions of yeast tENA with ribosomes from yeast and Escherichia coli.-Eur.J.Biochem. 1977, Z£, II7-I25.

114. Schrier M.N., Noll H. Conformational changes in ribosomes during protein synthesis.-Proc.Nat.Acad.Sci.U.S.A. 1981, 68, 805-809.

115. Fairclough K.H., Cantor C.E. Fluorescence studies of the1. Phebinding of a yeast tENA derivative to Escherichia coli ribosomes.-J.Mol.Biol. 1979, 122, 557-573.

116. Peters M., Yarus M# Transfer ENA selection at the riboso-mal A and P sites.-J.Mol.Biol. 1979, 124, 471-491.

117. Wintermeyer W,, Eobertson J.M., Weidner H., Zachau H.G.-In; Transfer RNA: Structure, Properties, and Recognition. Eds. P.E.Schimmel, D.Soll, J.N.Abelson. Cold Spring Harbor Laboratory, New York. 1979, p.445-457.

118. Rheinberger H.-J., Sternbach H., Nierhaus K.H. Three tRNA binding sites on Escherichia coli ribosomes.-Proc.Nat.Acad. Sci.U.S.A. 1981, 28, 5310-5314.

119. Schmitt M., Moller A., Riesner D., Gassen H.G. Binding of tRNA to Escherichia coli ribosomes as measured by velocity sedimentation.-Eur.J.Biochem. 1981, 119« 61-66.

120. Schmitt M., Neugebauer U., Bergmann C., Gassen H.G., Riesner D. Binding of tRNA in different functional states to Escherichia coli ribosomes as measured by velocity sedimentation.-Eur. J.Biochem. 1982, 122, 525-529.

121. Grajevskaja R.A., Ivanov Yu.V'., Saminsky E.M. 70S ribosomes of Escherichia coli have an additional site for deacylated tRNA binding.-Eur.J.Biochem. 1982, 128,47-52.

122. Wintermeyer W., Robertson J.M. Transient kinetics of transfer ribonucleic acid binding to the ribosomal A and P sites: observation of a common intermediate complex.-Biochemistry, 1982, 21, 2246-2252.

123. Kirillov S.V., Kemkhadze K.Sh., Makarov E.M., Makhno V.I., Odinzov V.B., Semenkov Tu.P. Mechanism of codon-anticodon interaction in ribosomes. Codon-anticodon interaction of aminoacyl-tRNA at the ribosomal donor site.-FEBS Lett. 1980, 120, 221-224.

124. Kirillov S.V., Katunin V.I., SemenkovY~u.P.Mechanism of codon-anticodon interaction in ribosomes. Comparative study1. Phpof interaction of Phe-tRNA and N-acetyl-Phe-tRNA v/ith the donor site of Escherichia coli ribosomes.-FEBS Lett. 1981, 125. 15-19.

125. Noll М., Нарке В., Schrier М.Н., Noll Н. Structural dynamics of bacterial ribosomes. I. Characterization of vacantcouples and their relation to complexed ribosomes.-J.Mol. Biol. 1975, 25, 281- 294.

126. Нарке В., Noll H. Structural dynamics of bacterial ribosomes. IV. Classification of ribosomes by subunit interaction.-J. Mol.Biol. 1976, I05, 97-109.

127. Noll M., Noll H. Structural dynamics of bacterial ribosomes. III. Quantitative conversion of vacant ribosome couples into an initiation complex withRl7 RNA as messenger.-J. Mol.Biol. 1974, 20, 237-251.

128. Staehelin Т., Maglott D. Preparation of E.coli ribosomal subunits active in polypeptide synthesis.-In: Methods in Enzymology. Academic Press, New York. 1971»v.XX, part C, p.44-9-455.

129. Ganoza M.C., Sullivan P., Cunnigham C., Hader P., Kofoid E.C. Neilson T. Effect of bases contiguous to AUG on translation initiation.-J.Biol.Chem. 1982, 8228-8232.

130. Белицина H.B., Гиршович А.С., Спирин А.С. Трансляция поли-нуклеотидной матрицы на твердом носителе.-Докл.АН СССР, 1973, 210, 224-227.

131. Belitsina N.V., Girshovich A.S., and Spirin A.S.-In: Ribosomes and RNA Metabolism. Slovak Academy of Sciences, Bratislava. 1973,P. 273-283.

132. Nirenberg M., Leder P. RNA codewords and protein synthesis. The effect of trinucleotides upon the binding of sRNA to ribosomes.-Science, 1964, 145. 1399-1407.

133. Gale E.F., Cundliffe E., ,> Reynolds P.E., Waring M.J., Richmond M.H.-In: The Biochemical Basis of Antibiotic Action. Willey-Interscience: New York, 1972.-512 pp.

134. Gottesman M. Reaction of ribosome bound peptidyl transfer ribonucleic acid with aminoacyl transfer ribonucleic acid or puromycin.-J.Biol.Chem. 1967, 242, 5564-5571.

135. Yarmolinsky M.B., de la Haba G.L. Inhibition by puromycinof amino acid incorporation into protein.-Proc.Nat.Acad.Sci. U.S.A. 1959, 45, I72I-I729•

136. Panet A., de Groot N., Lapidot Y. Substrate specificity of E.coli peptidyltransferase.-Eur.J.Biochem. 1970, 15, 222-225.- 300

137. Schwartz I., Gordon E., Ofengand J. Photoaffinity labeling of the ribosomal A site with S-(P-azidophenacyl)valyl-tBNA. -Biochemistry,1975, 14, 2907-2914.

138. Tanaka S., Igarashi K., Kaji A. Studies on the action of tetracycline and puromycin.-J.Biol.Chem. 1972, 245, 45-50.

139. Kirillov S.V., Semenkov Yu.P. Non-exclusion principle of1. Phe

140. AcPhe-tKNA interaction with the donor and acceptor sites of Escherichia coli ribosomes.-FEBS Lett. 1982, 148. 235-238.

141. Semenkov Ifa.P., Makarov E.M., Makhno V.I., Kirillov S.V.

142. Kinetic aspects of tetracycline action on the acceptor (A) site of Escherichia coli ribosomes.-FEBS Lett. 1982, 144. 125-129.148. de Groot N., Panet Т., Lapidot Y. The binding of purified1. Php

143. Phe- tBNA and peptidyl-tHNA to Escherichia coli ribosomes.-Eur. J.Biochem. 1971, £2, 523-527.

144. Watanabe S. Interaction of siomycin with the acceptor site of Escherichia coli ribosomes.-J, Mol.Biol. 1972, 6443-457.

145. Rahaminoff H«, Baksht E., Lapidot Y., de Groot N. The binding of Phe-tRNAPhe and Gly2Phe-tBNAPlie to reticulocyte ribosomal peptidyl site by a mechanism not involving translocation.-FEBS Lett. 1972, 22, 249-251.

146. Modolell J., Vazquez D. The inhibition of ribosomal translocation by viomycin.-Eur,J,Biochem. 1977, 81, 491-497.- 301

147. Semenkov ju.P., Katunin V.I.,Makarov E.M., Kirillov S.V.

148. Obrig Т., Irvin J., Culp W., Hardesty B. Inhibition of peptide initiation on reticulocyte ribosomes by edeine.- Eur. J.Biochem. 1971, 21, 32-41.

149. Weissbach H., Kurilo-Borowska Z,, Szer W. Effect of edeine on aminoacyl-tRNA binding to ribosomes.-Arch.Biochem.Biophys. 1971, 146, 356-358.

150. Eisinger J. Complex formation between transfer RNA's with complementary anticodons.-Biochem.Biophys.Res.Communs, 1971, i±2» 854-861.

151. Grosjean H., Soil D.G., Crothers D.M. Studies of the complex between transfer RNA*в with complementary bases. I. Origins of enhanced affinity between complementary triplets. -J.Mol.Biol. 1976, 10^, 499-519.

152. Krayevsky A.A., Kukhanova M.K. The peptidyltransferase center of ribosomes.-In: Progress in Nucleic Acids Res. and Mol.Biol. Academic Press. 1979, 22» I-5I.

153. Robertson J.M., Wintermeyer W. Effect of translocation on- 302

154. Topology and conformation of anticodon and D loops of tRNAPhe.-J.Mol.Biol. 1981, 151, 57-59.

155. Paulsen H., Robertson J.M., Wintermeyer W. Effect of ribo1. Phesome binding and translocation on the anticodon of tRNA as studied by wybutine fluorescence.-Nucleic Acids Res. 1982, 10, 2651-2663.

156. Watson J.D. Involvement of RNA in the synthesis of protein. The ordered., interaction of three classes of RNA controlsthe assembly of amino acids into proteins.-Science, 1963, 140, 17-26.

157. Roufa D.J., Skogerson L.E., Leder P. Translocation of phage QjJ mRNA: a test of the two-site model for ribosomal function. -Nature, 1970, 222, 567-570.

158. Levin J.G. Codon-specific binding of deacylated transfer ribonucleic acid to ribosomes.-J.Biol.Chem. 1970, 245, 3195-3202.

159. Cannon M., Krug R,, Gilbert W. The binding of sRNA by Escherichia coli ribosomes.-J.Mol.Biol. 1963, 2» 366-378.

160. Gilbert W. Polypeptide synthesis in Escherichia coli. II. The polypeptide chain and sRNA.-J.Mol.Biol. 1963, 6, 389-403.

161. Cannon M. The ribosomal subunit site for peptidyl-transfer-ribonucleic acid.-Biochem.J. 1967, 104, 934-946.

162. Kuechler E., Rich A. Position of the initiator and peptidylsites in the E.coli ribosomes.-Nature, 1970, 22^, 920-924.- 303

163. Pongs 0., Stoffler G., Lanca E. The codon binding site of the Escherichia coli ribosome as studied with a chemically reactive AUG analog.-J*-Mol.Biol. 1975, 22, 301-315.

164. Pongs 0., Peterson H.U., Grunberg-Manago M., Lanca £,, Bald R., Stoffler G. Crosslinking of chemically reactive A-U-G analogs to ribosomal proteins within initiation complexes.-J.Mol.Biol. 1979, 124, 329-345.

165. Wurmbach P., Nierhaus K.H. Codon-anticodon interaction at the ribosomal P (peptidyl-tRNA) site.-Proc.Nat.Acad.Sci.

166. U.S.A. 1979, 26, 2143-2147.

167. Ofengand J., Liou R. Correct codon-anticodon base pairing at the 5f-anticodon position blocks covalent cross-linking between transfer ribonucleic acid and I6S RNA at the ribosomal P site.-Biochemistry, 1981, 20, 552-559.

168. Crick F.H.C. Codon-anticodon pairings The wobble hypothesis. -J.Mol.Biol. 1966, 12, 548-555.

169. Lagerkvist U. Two out of three an alternative method of codon reading.-Proc.Nat.Acad.Sci. U.S.A. 1978, 25, I759-1762.

170. Matzke A.J.M., Barta A., Kuechler E. Photo-induced cross-linking between phenylalanine transfer RNA and messenger RNA on the Escherichia coli ribosome.-Eur.J.Biochem. 1980, 112, 169-178.

171. Matzke A.J.M., Barta A., Kuechler E. Mechanism of translocation: relative arrangement of tRNA and mRNA on the ribosome.-Proc.Nat .Acad.Sci. U.S.A. 1980 , 22 , 5H0-5XI4.

172. Wettstein P.O., Noll H. Binding of transfer ribonucleic acid to ribosomes engaged in protein synthesis: number and properties of ribosomal binding sites.-J.Mol.Biol. 1965, II,35.53.- 304

173. Lill R., Robrtson J.M., Wintermeyer W. Equilibrium of tRNA ribosome complex formation.- In: Poster Abstracts of

174. EMBO Annual Symp., Ribosome Structure and. Function, 1981.

175. Holschuh K., Gassen H.H. Mechanism of translocation. Binding equilibria between the ribosome, mRNA analogues, and cognate tRNA's.-J.Biol.Chem. 1982, 2^2, 1987-1992.

176. Szer W., Kurilo-Borowska Z. Interaction of edeine with bacterial ribosomal subunits. Selective inhibition of amino-acyl-tRNA binding sites.-Biochim.Biophys.Acta, 1972, 259i 357-368.

177. Kirillov S.V., Makarov E.M., Semenkov Ги.P. Quantitative study of interaction of deacylated tRNA with Escherichia coli ribosomes. Role of 50S subunits in formation of the E site.-FEBS Lett. 1983, I2Z, 91-94.

178. Fairclough R.H., Cantor C.R. The distance between the anti-codon loops of two tRNAs bound to the 70S Escherichia coli ribosome.-J.Mol.Biol. 1979, 122, 575-586.

179. Fairclough R.H., Cantor C.R. An energy transfer equilibrium between two identical copies of a ribosome-bound fluorescent transfer RNA analogues: implications for the possible structure of codon-anticodon complexes.-J.Mol.Biol. 1979, 132, 587-601.

180. Fuller W., Hodgson A. Conformation of the anticodon loop on tRNA.-Nature,1967, 212, 817-821.

181. Philipps G.R. Protein synthesis on reticulocyte ribosomes. II. The binding of peptidyl-sRNA to ribosomes.-J.Mol.Biol.1966, 15, 587-599.

182. Cannon M., Mirza M.A., Anderson M.L.M. Association of nascent polypeptide with 30S ribosomal subunits.-Biochem.J. 1973, 126, 859-863.

183. Monro R.E., Staehelin Т., Celma M.L., Vazquez D. The peptidyl transferase activity of ribosomes.-Cold Spring Harbor Symp.Quant.Biol. 1969, 357-368.

184. Cantor C.R., Fairclough R.H. Structural aspects of codon-anticodon interaction on the Escherichia coli ribosome.-In;

185. Biomolecular Structure: Conformation, Function and Evolution. Ed. R.Srinivasan, Pergamon Press. 1978, 2, p.,A53-460.

186. Belitsina N.V., Tnalina G.Zh., Spirin A.S. Template-free ribosomal synthesis of polylysine from lysyl-tRNA.-FEBS Lett. 1981, Г*>1, 289-292.- зов

187. Ofengand J., Chen C.M. Inactivation of T factor guano-sine triphosphate recognition and ribosome - binding ability by terminal oxidation - reduction of yeast phenylalanine transfer ribonucleic acid.-J.Biol.Chem. 1972, 247, 2046-2058.

188. Hussain U., Ofengand J. Terminal oxidation reduction of yeast phenylalanine tRNA prevents donor and acceptor function at the peptidyl transferase center.-Biochem.Biophys. Res.Communs, 1973, j?0, H43-H5I.

189. Chinalli G., Sprinzl M., Parmeggiani A., Cramer P. Participation in protein biosynthesis of transfer ribonucleic acids bearing altered 31-terminal ribosyl residues.-Biochemistry, 1974, 12, +ool-3010.

190. Gavrilova L.P., Perminova I.N., Spirin A.S. Elongation factor Tu can reduce translation errors in poly(U)-directed cell-free systems.-J.Mol.Biol. 198I, 14^, 69-78.

191. Blomberg C., Ehrenberg M., Kurland C.G. Free-energy dissipation constraints on the accuracy of enzymatic selection.-Quarterly reviews of Biophysics, 1980, JE2, 231-254.

192. Jelenc P.C., Kurland C.G. Nucleoside triphosphate regeneration decrease's the frequency of translation errors.-Pr-oc.

193. Nat.Acad.Sci.U.S.A. 1979, Z§, 3174-3178.

194. Knorre D.G. Stepwise tRNA recognition mechanism and its kinetic consequeces.-FEBS Lett. 1975, 50-53.

195. Thompson B.C., Dix D.B., Gerson R.B., Karim M.M. Effect of2+

196. Mg concentration, polyamines, streptomycin, and mutations in ribosomal proteins on the accuracy of the two-step selection of aminoacyl-tRNAs in protein biosynthesis.-J.Biol. Chem. 1981, 2 56,6676-6681.

197. Ninio J. Kinetic amplification on enzyme discrimination.-Bio-chimie(Paris),1975, ^Z, 587-595.

198. Thompson R.C., Stone P.M. Proofreading of the codon-anti-codon interaction on ribosomes.-Proc,Nat.Acad.Sci.U.S.A. 1977, 2&> 198-202.

199. Yates J.L. Role of ribosomal protein SI2 in discrimination of aminoacyl-tRNA.-J.Biol.Chem. 1979, 2^4, II550-H554.

200. Thompson R.C., Dix D.B., Gerson R.B., Karim A.M. A GTPase reaction accompanying the rejection of Leu-tRNA2 by UUU-programmed ribosomes. Proofreading of the codon-anticodon interaction by ribosomes.-J.Biol.Chem. 1981, 256, 81-86.

201. Yamane Y., Miller D.L., Hopfield J.J. Interaction of Elongation Factor T^ with the amino acyl-transfer ribonucleic acid dimer Phe-tRNA Glu-tRNA.-Biochemistry, 1981, 20, 449-452.

202. Мацука Г.Х. Транспортные рибонуклеиновые кислоты. Наукова думка, Киев, 1976, с. 90.

203. Crothers D.M., Cole Р.Е. Conformational changes of tRNA.-In: Transfer RNA. Ed. S.Altman, MIT Press. 1978,p.196-247.

204. Potts R.U., Wang C.C,, Fritzinger D.C., Ford N.C.Jr., Fournier M.J. Effect of aminoacylation and solution conditions on the structure of tRNA.-In: Transfer RNA: Structure,

205. Properties, and Recognition. Eds. P.R.Schimmel, D.Soll,

206. J.N.Abelson, Cold Spring Harbor Laboratory, New York,1979, p.207-220.

207. Crothers D.M. Physical studies of tRNA in solution.-In: Transfer RNA: Structure, Properties, and Recognition. Eds. P.R.Schimmel, D.Soll, J.N.Abelson, Cold Spring Harbor Laboratory, New York. 1979, p.163-176.

208. Clark B.F.C. Structure of tRNA during protein synthesis.-In: Ribosomes: Structure, Function, and Genetics. Eds. G.Chamb-liss, G.R.Craven, J.Davies, K.Davis, L.Kahan, M.Nomura, University Park Press, Baltimore. 1980, p.413-444.

209. Jack A. Ladner J.E., Klug A. Crystallographic refinement of yeast phenylalanine transfer RNA at 2.5 & resolution.-J.Mol.Biol. 1976, 108, 619-649.

210. QuigleyG.J., Wang A.H.J., Seeman N.C., Suddath F.L., Rich A., Sussman J.L., Kim S.H. Hydrogen bonding in yeast phenylalanine transfer RNA.-Proc.Nat.Acad.Sci.U.S.A. 1975, £2, 48664870.1. Php

211. Kim S.H. Crystal structure of yeast tRNA : its correlation to the solution structure and functional implications. -In: Transfer RNA. Ed. S.Altman,MIT Press. 1978, p.248-293.

212. Clark B.F.C. General features and implications of primary, secondary, and tertiary structure.-In: Transfer RNA. Ed. S. Altman, MIT Press. 1978, p.14-47.- 309

213. Erdmann V.A., Lorenz S., Sprinzl M., Wagner R.T. T and У of loop IV in tRNA are essential for stringent factor dependent synthesis of pppGpp and ppGpp.-In: Control of Ribosome Synthesis.Alfred Benzon Symp.IX, Nunksgaard. 1976, p.427-436.

214. Lake J.A. Ribosome structure and functional sites.-In: Ribosomes: Structure, Function, and Genetics. Eds. G.Chambliss, G.R.Craven, J.Davies, K.Davis, L.Kahan, M.Nomura. University Park Press, Baltimore. 1980, p.207-236.

215. Kurland C.G. On the accuracy of elongation.-In: Ribosomes: Structure, Function, and Genetics. Eds. G.Chambliss, G.R. Craven, J.Davies, K.Davis, L.Kahan, M.Nomura. University Park Press, Baltimore. 1980, p.597-614.

216. Fresco J.R., Adams A., Accione R., Henley D., Lindahl T. Tertiary structure in transfer RNA.-Cold Spring Harbor Symp. Quant.Biol. 1966, 21, 527-537.

217. Lindahl Т., Adams A., Fresco J.R. Renaturation of transfer ribonucleic acids through site binding of magnesium.-Proc. Nat.Acad.Sci.U.S.A. 1966, 55, 951- 958.

218. Sueoka N., Kano-Sueoka Т., Gartlan W.T. Modification of sRNA and regulation of protein synthesis.-Cold Spring Harbor Symp.Quant.Biol. 1966, 21, 571-580.

219. Ishida Т., Sueoka N. The use of conformational changes to purify tryptophan tRNA from E.coli.-Biochim.Biophys.Acta,1970, 2J2, 209-2И.

220. Webb P., Fresco J.R. Tritium exchange studies of transfer RNA in native and denatured conformations.-J.Mol.Biol. 1973, 24, 387-402.

221. Uhlenbeck O.C., Chirijian J.G., Fresco J.R. Oligonucleotide binding to the native and denatured conformers of yeast transfer RNALeu.-J.Mol.Biol. 1974, 8$, 495-504.

222. Chang S.H. High resolution NMR study of yeast tRNAg®^.-Nucleic Acids Res. 1974, I, I53I-I538.

223. Kearns K.R., Wong I.P., Hawkins E.R., Chang S.H. Model for the secondary structure of the denatured conformer of yeast tRNA^fu- Nature, 1974, 24Z, 541-543.

224. Rodorf B.F., Kearns D.R., Hawkins E.R., Chang S.H. High-resolution NMR study of yeast tRNAQ^ and the native and denatured conformers of yeast tRNA^Q.-Biopolymers, 1976,15» 325-366.

225. Hawkins E.R., Chang S.H., Mattice W.L. Kinetics of the rena-turation of tRNA^eu from yeast.-Biopolymers, 1977, 16, 1557-1566.

226. Ishida Т., Sueoka N. Rearrangement of the secondary structure of tryptophan sRNA of Escherichia coli.-Proc.Nat.Acad. Sci.U.S.A. 1967, 58, 1080-1087.

227. Ishida Т., Sueoka N. Effect of ambient conditions on conformation of tryptophan transfer RNA.-J.Biol.Chem. 1968, 243, 5329-5336.

228. Ishida Т., Sueoka N. Elimination of magnesium ions as an absolutely requirement for the native conformation of tryptophan transfer RNA.-J.Mol.Biol. 1968, 3I3-3I6.

229. Gartland W.T., Sueoka N. Coding properties of two confor- 311 illations of tryptophanyl-tENA in E.coli .-J.Mol .Biol. 1969, 44, 403-413.

230. Bina-Stein M., Stein A. Allosteric interpretation of Mg2+ binding to the denaturable Escherichia coli tENA^"1"11.-Biochemistry, 1976, 15, 3912-3917.

231. Bina-Stein M., Crothers D.M., Hilbers C.W., Schulman E.G. Physical studies of denatured tENA^111 from E.coli .-Proc. Nat.Acad.Sci.U.S.A. 1976, 221 2216-2220.

232. Eisinger J., Gross N. Conformers, dimers, and anticodon complexes of tENA^CE.coli) .-Biochemistry, 1975, 14, 40314041.

233. Fritzinger D.C., Pournier J.M. Carbodiimide modification analysis of aminoacylated yeast phenylalanine tENA: evidence for change in the apex region.-Nucleic Acids Ees. 1982, 10, 2419-2437.

234. Eeid B.E. Synthetase tENA recognition.-In: Nucleic Acid-Protein Eecognition, Ed. H.J.Vogel, Academic Press, New York. 1977, P.375-390.

235. Исаев-Иванов B.B., Лавров B.B., Фомичев B.H. Безмодуляционный метод регистрации сигналов ЭПР.-Докл.АН СССР,1976,229,70-72

236. Анисимов Г.К., Завацкий Е.И., Исаев-Иванов В.В., Лавров В.В., Фомичев В.Н. Метод точной регистрации формы линии сигналов

237. ЭПР.-Журн.Техн.Физ., 1981, 51, 985-987.

238. Bondarev G.jre, Isaev-Ivanov 1,1., Isaeva-Ivanova L.S.,

239. Kirillov S.V., Kleiner A.K., Lepekhin A.F., Odinzov V.B.,

240. Fomichev V.N. Studyof conformational states of Escherichia Phecoli tENA in solution by a modulation-free ESE-spectro-meter.-Nucleic Acids Ees. 1982, 10, III3-II26.

241. Берштейн И.Я,, Каминский Ю.Л. Спектрофотометрический анализ в органической химии. Москва: Химия, 1975.-352-362 с.

242. Kastrup R., Schmitt P.G. "^H Nuclear magnetic resonance of modified bases of valine transfer ribonucleic acid (Escherichia coli). A direct monitor of sequential thermal' unfolding. -Bio chemistry, 1975, 14, 3612-3618.

243. Urbanke C., Maas G, A novel conformational change of the anticodon region of tRNAPhe (yeast) .-Nucleic Acids Res.1978, J2, I55I-I560.

244. Дудич H.B., Тимофеев В.П., Волькенштейн M.B., Мишарин А.Ю. Измерение времени вращательной корреляции макромолекул методом ЭПР в случае ковалентно связанной спин-метки. Моекулярная биология, 1977, П, 685-693.

245. Freed T.N., Fraenkel G.R. Theory of line widths in electron spin resonance spectra.-J.Chem.Phys. 1963, 326-348.

246. Исаев-Иванов В.В., Исаева-Иванова Jl.С., Клейнер А.Р., Одинцов В.Б., Сидоров О.Ю., Фомичев В.Н. Спектральное разделение конформационных состояний на спин-меченой тРНКPile из Escherichia coli. -Молекулярная биология,1982,17,362-372.

247. Caron М., Dugas Н. Specific spin-labeling of transfer ribonucleic acid molecules.-Nucleic Acids Res. 1976» 2> 19-34.

248. Caron M., Dugas H. A spin label study of the thermal unfolding of secondary and tertiary structure in E.coli transfer ENAs.-Nucleic Acids Res. 1976, 2, 35-47.

249. Cohn M., Danchin A., Grunberg-Manago M. Proton magnetic relaxation studies of manganous complexes of transfer RNA and related compounds.-J.Mol.Biol. 1969, 22, 199-217.

250. Ninio J., Luzzati V., Yaniv M. Comparative small-angle X-ray scattering studies on unacylated, acylated and cross-linked Escherichia coli transfer RNAjai-J.Mol.Biol. 1972,21, 217-229.

251. Potts R.O., Ford N.E.Jr., Fournier M.J., Changes in the solution structure of yeast phenylalanine tRNA associated with aminoacylation and Mg41 binding.-Biochemistry, 1981,20, 1653-1659.

252. Богатырева С.А., Трифонов Э.Н., Спирин А.С. Зависимость бесклеточной системы синтеза полифенилаланина от соотношения двувалентных и одновалентных катионов.-Докл.АН СССР, 1970, 195, 213-216.

253. Спирин А.С., Софронов М.Ю., Сабо Б. Диссоциация 70s монорибосом Escherichia coli при понижении концентрации ионов магния в среде.-Молекулярная биология,1970, 4, 618-626.

254. Сабо Б., Спирин А.С. Диссоциация 70s монорибосом Escherichia coli в зависимости от ионной силы, рН и температуры. Молекулярная биология, 1970, 4, 628-631.

255. Белицина Н.В., Розенблат В.А., Спирин А.С.

256. Действие различных катионов на стабильность ассоциации рибосомных субчастиц. Молекулярная биология, 1971, 5, 898- 907.

257. Spirin A.S., Sabo В., Kovalenko V.A. Dependence of dissociation-association of uncharged ribosomes of Escherichia coli on the Mg concentration, ionic strength, pH and temperature. -FEBS Lett. 1971,15, 197-200.

258. Ivell R., Sander G., Parmeggiani A. Modulation by monovalent and divalent cations of the guanosine-5'-triphosphatase activity dependent on elongation factor Tu.-Biochemistry, 1981, 20, 6852-6859.

259. Miller D.L. Elongation factors EF-Tu and EF-G interact at related sites on the ribosome.-Proc.Nat.Acad.Sci.U.S.A. 1972, 62, 752-755.

260. Gavrilova L.P., Kostiashkina O.E., Koteliansky V.E., Rut-kevich N.M., Spirin A.S. Factor-free ("Non-enzymic") and factor-dependent systems of translation of polyuridilic acid by Escherichia coli ribosomes.-J.Mol.Biol. 1976, 101, 537-552.

261. Кахниашвили Д.Г., Спирин А.С. Зависимость бесфакторной и фактор-промотирующих систем трансляции от температуры. -Докл.АН СССР, 1977, 234, 958-963.

262. Miller D.L., Weissbach Н. Factors involved in the transfer of aminoacyl-tRNA to the ribosome.-In: Molecular Mechanisms of Protein Biosynthesis. Eds. H.Weissbach, S.Pestka, Academic Press, New York. 1977, p.324-373.

263. Spirin A.S. Energetics of the ribosome.-Progress in Nucleic Acids Res. 1978, 21, 39-62.

264. Haenni A.L., Lucas-Lenard J. Stepwise synthesis of tripep-tide.-Proc.Nat.Acad.Sci.U.S.A. 1968, 61, 1363-1369.

265. Scoultchi A., Ono Y., Waterson J., Lenguel P. Peptide chain elongation: interaction for the binding of an aminoacyl transfer ribonucleic acid to the messenger ribosome complex. -Bio chemistry, 1970, % 508-514.

266. Spirin A.S. Ribosomal translocation facts and models. I983.-Pushchino, 41 c. (Preprint of Protein Research Institute of Academy of Sciences of the USSR).

267. Jencks W.P. Handbook of Biochemistry.Selected data for molecular biology.Ed. N.A.Sober.The Chemical Rubber Co. 2nded. 1970,J-I85.- 316

268. Nishizuka Y., Lipmaim F. The interrelationship between gu-anosine triphosphatase and amino acid polymerization.-Arch. Biochem.Biophys. 1966, 116, 344-351.

269. Jencks W.P., Cordes S., Carriuolo J. The free energy of thiol ester hydrolysis.-J.Biol.Chem. I960, £22, 3608-3614.

270. Уотсон Д. Молекулярная биология гена. 3е изд. Мир, Москва, 1978, C.II2-II3.

271. Pestka S. Studies on the formation of transfer ribonucleic acid-ribosome complexes. III. The formation of peptide bonds by ribosomes in the absence of supernatant enzymes.-J.Biol. Chem. 1968, 242, 2810-2820.

272. Гаврилова Л.П., Смолянинов B.B. I. Синтез полифенилаланинав рибосомах Escherichia coli без участия гуанозин-51 -трифосфата и белковых факторов трансляции.-Молекулярная биол.1971,5883.891.

273. Inoue-Yokosawa N., Ishikawa С., Kaziro Y. The role of gua-nosine triphosphate in translocation reaction catalyzed by elongation factor G.-J.Biol.Chem. 1974, 24$, 4321-4323.

274. Belitsina N.V., Glukhova M.A., Spirin A.S. Translocation in ribosomes by attachment-detachment of elongation factor G without GTP cleavage; evidence from a column-bound ribosome system.-FEBS Lett. 1975, 35-38.

275. Modolell J., Girbes Т., Vazquez D. Ribosomal translocation promoted by guanylylimido diphosphate and guanylyl-methy-lene diphosphonate.-FEBS Lett. 1975, 60, IO9-II3.

276. Girbes Т., Vazquez D., Modolell J. Polypeptide chain elongation promoted by guanyl-5'-yl imidodiphosphate.-Eur.J. Biochem. 1976, 62, 257-265.

277. Belitsina N.V., Glukhova M.A., Spirin A.S. Stepwise elongation factor G promoted elongation of polypeptides on the- 317 ribosome without GTP cleavage.-J.Mol.Biol. 1976, 108, 609613.

278. Kaziro Y. The role of guanosine 5*-triphosphate in polypeptide chain elongation.-Biochim.Biophys.Acta, 1978, 505, 95-127.

279. Gouy M., Grantham R. Polypeptide elongation and tRNA cycling in E.coli: a dynamic approach.-FEBS Lett. 1980, 115, 151-155.

280. Bartmann P., Hanke Т., Holler E. A rapid kinetic investigation of the cataly tic reaction. L-phenylalanine: tRNA ligase of Escherichia coli KIO.-Biochemistry, 1975, 14, 4777-4786.

281. Bartmann P., Hanke Т., Hammer-Raber E., Holler E. Equilib1. Pherium analysis of L-Phe-tRNA complexes with L-phenylala-nyl transfer ribonucleic acid synthetase of Escherichia coli KIO.-Biochemistry, 1974, Ij>, 4177-4179.

282. Rychlik I., Cerna J. Peptidyl transferase-involvement of histidine in substrate binding and peptide bond formation.-Biochem.Intern. I98O, I, 193-200.

283. Thompson K., Dix D.B. Accuracy of protein biosynthesis. A kinetic study of the reaction of poly(U)-programmed ribosomes with a leucyl-tRNA*Elongation Factor T • GTP complex.-J.Biol.Chem. 1982, 2^2, 6677-6682.

284. Richter D., Erdmann V.A., Sprinzl M. Specific recognition of GTYC loop (loopIV) of tRNA by 50S ribosomal subunits from E.coli.-Nature New.Biol. 1973, 246, 132-135.

285. Erdmann V.A., Sprinzl M., Pongs 0. The involvement of 5S RNA in the binding of tRNA to ribosomes.-Biochem.Biophys.Res. Communs, 1973, 54, 942-948.

286. Schwarz M., Luhrmann R., Gassen H.G. On the mRNA inducedconformational change of aminoacyl-tRNA exposing the TY'CG sequence for binding to the 30S subunit.-Biochem.Biophys. Res.Communs, 1974, 807-814.

287. Hopfield J.J. The energy relay; A proofreading scheme based on dynamic cooperativity and lacking all characteristic symptoms of kinetic proofreading in DNA replication and protein synthesis.-Proc.Nat.Acad.Sci.USA, 1980, 22» 5248-5252.

288. Cabanas M.J., Modolell J. Nonenzymatic translocation and spontaneous release of noncognate peptidyl transfer ribonucleic acid from Escherichia coli ribosomes.-Biochemistry, 1980, 12, 5411-5416.

289. Pace В., Mathews E.A., Johnson K.D., Cantor C.R., Pace N.K. Conserved 5S rRNA complement to tRNA is not required for protein synthesis.-Proc.Nat.Acad.Sci.U.S.A.1982, 22,36-40.

290. Крэбтри Б.,Тейлор Jl. Термодинамика и обмен веществ.-В кн:Би~ охишческая термодинамика .Ред .М.Дкоунс, Мир ,М .1981 f с .373-427

291. Webb M.R., Eccleston J.F. The stereochemical course of the ribosome-dependent GTPase reaction of elongation factor G from Escherichia coli.-J.Biol.Chem. 1981, 2^6, 7734-7737.

292. Eccleston J.F., Webb M.K. Characterization of the GTPase reaction of Elongation Factor T . Determination of the stereochemical course in the presence of antibiotic x5io8.-J. Biol.Chem. 1982, 2^Z, 5046-5049.

293. Chetverin А.В., Spirin A.S. Bioenergetics and protein synthesis.-Bio chim.Biophys. Acta, 1982, 68^, 153-179.

294. Noll H., Staehelin Т., Wettstein F.O. Ribosomal aggregates engaged in protein synthesis: ergosome breakdown and messenger ribonucleic acid transport.-Nature, 1963, 198, 632638.

295. Gupta S.L., Waterson J., Sopori M.L.,Weissman S.M.,Lenguel P. Movement ribosome along the messenger ribonuc- 319 leic acid during protein synthesis.-Biochemistry, 1971, 10, 44Ю-4421.

296. JII. Keller E.B., Zamecnik P.O. The effect of guanosine diphosphate and triphosphate on the incorporation of labeled amino acids into proteins.-J.Biol.Chem. 1956, 221, 45-49.

297. Nathans D., von Ehrenstein J., Monro R., Lipmann F. Protein synthesis from aminoacyl-soluble ribonucleic acid.-Federat. Proc. 1962, 21, 127-133.

298. Allende J.E., Monro R., Lipmann F. Resolution of the E.coli aminoacyl sRNA transfer factor into two complementary fractions. -Proс .Nat .Acad.Sci .U.S.A. 1964, I2II-I2I6.

299. Conway T.W., Lipmann F. Characterization of a ribosome-bo-und guanosine triphosphatase in Escherichia coli extracts.-Proc.Nat.Acad.Sci.U.S.A. 1964, ^2, 1462-1469.

300. Спирин А.С. О механизме работы рибосомы.Гипотеза смыкания-размыкания субчастиц.-Докл.АН СССР,1968, 179, 1467-1470.

301. Bretscher M.S. Traslocation in protein synthesis: a hybrid structure model.-Nature, 1968, 218, 675-677.

302. Spirin A.S. A model of the functioning ribosome: locking and unlocking of the ribosome subparticles.-Cold Spring Harbor Symp.Quant.Biol. 1969, J4, 197-207.

303. Kaziro Y. The role of guanosine triphosphates in polypeptide elongation reaction in Escherichia coli.-In: Organization of Energy Transducing Membranes. Eds. M.Nakao, L.Packer. University of Tokyo Press. 1973, 187-200.

304. Hill T.L. A proposed common allosteric mechanism for active transport, muscle contraction, and ribosomal translocation. -Proc.Nat.Acad.Sci.U.S.A. 1969, 64, 267-274.

305. Hardesty В., Culp W., McKahan W. The sequence of reaction- 320 leading to the synthesis of a peptide bond on reticulocyte ribosomes.-Cold Spring Harbor Symp.Quant.Biol. 1969, 34, 331-334.

306. Arlinghaus R.J., Shaeffer J., Schweet R. Mechanism of peptide bond formation in polypeptide synthesis.-Proc.Fat.Acad. Sci.U.S.A. 1964, Jjl, 1291-1299.

307. Ravel J.M. Demonstration of guanosine triphosphate-depen-dent enzymatic binding of aminoacyl-ribonucleic acid to Escherichia coli ribosomes.-Proc.Fat.Acad.Sci.U.S.A. 1967, 32, I8II-I8I6.

308. Kaji A., Kaji H. Specific interaction of soluble RNA with polyribonucleic acid induced polysomes.-Biochem.Biophys. Res.Communs, 1963, 12, 186-192.

309. Pestka S. Studies on the formation of transfer ribonucleic acid-ribosome complexes. VI. Oligopeptide synthesis and translocation on ribosomes in the presence of soluble transfer factors.-J.Biol.Chem. 1969, 244, 1533-1539.

310. Gavrilova L.P., Spirin A.S. Stimulation of "non-enzymic" translocation in ribosomes by p-chloromercuribenzoate.-FEBS Lett. 1971, 12, 324-326.

311. Leder P. The elongation reaction in protein synthesis.-Adv.Prot.Chem. 1973, 22, 213-242.

312. Бреслер C.E., Граевская P.A., Иванов Ю.В.,Кириллов С.В., Махно В.И.,Саминский Е.М.,Семенков Ю.П. Силы, связывающие тРНКс рибосомами.-В кн.: Тезисы Iго Советско-американского симпозиума по структуре и функции нуклеиновых кислот.Киев, 1975.

313. Nierhaus К.Н. Structure, assembly and function of ribosomes. -Current Topics in Microbiol. Immunology, 1982, 22, 81-155.

314. Panet A., de Groot N., Lapidot Y. Substrate specificity of- 321

315. Escherichia coli peptidyl-transferase.-Eur.J.Biochem. 1970, 15, 222-225.

316. Thompson R.C., Dix D.B. Single turnover kinetic studies of guanosine triphosphate hydrolysis and peptide formation in the Elongation Factor T^ dependent binding of aminoacyl-tRNA to Escherichia coli ribosomes.-J.Biol.Chem. 1980, 255» IIO88-IIO9O.

317. Harris R., Pestka S. Studies on the formation of transfer ribonucleic acid-ribosome complexes. XXIV. Effect of antibiotics on binding of aminoacyl-oligonucleotides to ribosomes.-J.Biol.Chem. 1973, 248, II68-II74.

318. Bourd S., Victorova L.S., Kukhanova M.K. On substrate'specificity of the donor site of the Escherichia coli ribosomal peptidyl transferase center.-FEBS Lett. 1982, 142, 96-100.

319. Holshuh K., Gassen H.G. mRNA translocation in protein synthesis: association constants related to the translocation process.-FEBS Lett. 1980, 110, 169-172.

320. Holshuh K., Schnerwitzki D., Schmitt M., Gassen H.G, The peptidyl-substituent within peptidyl-tRNA increases the stability of tRNA-mRNA association.-FEBS Lett.1982,142, 125-128.- 322

321. Pestka S. Translocation, aminoacyl-oligonucleotides, and antibiotic action,-Gold Spring Harbor Symp.Quant.Biol. 1969}395.410.

322. Белицина H.B., Гаврилова JI.П., Спирин А.С. Зависимость стадий рабочего цикла бесфакторной (неэнзиматической) трансляции от концентрации магния.-Докл.АН СССР,1975,224,I205-1208.

323. Belitsina N.V., Spirin A.S. Ribosomal translocation assayed by the u&trix bound polyuridylic acid column technique. Effect of different magnesium concentrations.-Eur.J.Biochem. 1979, 94, 315-320.

324. Abdurashidova G.G., Turchinsky M.F., Budowsky E.I . Ribosomal proteins contacting with deacylated tRNA in the S-site of the translating ribosome.-FEBS Lett. 1981, 122, 59-61.

325. Kruse T.A., Siboska G.E., Clark B.F.C. Photosensitized crosslinking of tRNA to the P- A- and R-sites of Escherichia coli ribosomes.-Biochimie, 1980, 64, 279-284.

326. Haseltin W.A., Block R. Synthesis of guanosine tetra- and penta phosphate requires the presence of a codon-specific, uncharged tRNA in the acceptor site of ribosomes.-Proc.Nat. Acad.Sci.U.S.A. 1973, 7£, 1564-1568.

327. Шакулов Р.С., Клячко Е.В. Нетрансляционная функция рибосом. -В кн.: Итоги науки и техники, серия Биологическая химия,т.18.Структура и функция рибосом.II.M,ВИНИТИ.1983,сЛ94-237.

328. Uhlenbeck О.С., Lowary Р.Т., Wittenberg W.L. Role of the1. Pheconstant uridine in binding of yeast tRNA anticodon arm to 30S ribosomes.-Nucleic Acids Res.1982, 10, 3341-3352.

329. Rose S.J. Ill, Lowary P.L., Uhlenbeck O.C. Binding of1. Pheyeast tRNA anticodon arm to Escherichia coli 30S ribosomes.-J .Mol.Biol. 1983, 162, I03-II7.

330. Njrfrby J.G., Ottolenghi P., Jensen J. Scatchard plot; common misinterpretation of binding experiments.-Anal.Biochem, 1980, 102, 318-320.

331. Weder H.G., Schildknecht Q., Lutz R.A.,Kisselring P. Determination of binding parameters from Scatchard plots. Theoretical and practical considerations.-Eur.J.Biochem. 1974, 42, 475-481.

332. Bruce A.G., Uhlenbeck O.C. Enzymatic replacement of the anticodon of yeast phenylalanine transfer ribonucleic acid.-Biochemistry, 1982, 21, 855-861.

333. Gillam I.C., Tener Q.M. The use of BD-cellulose in separation of transfer RNAs.-Methods Enzymol.1971, v.XX,Part C, 55-70.

334. Eikenberry E.P., Bickle T.A., Trout R.R., Price C.N. Separation of large quantities of ribosomal subunits by zonal ultracentrifugations.-Eur.J.Biochem.1970, .12, II3-H6.

335. Zubay Q. The isolation and fractionation of soluble ribonucleic acid.-J.Mol.Biol. 1962, 4, 347-356.

336. Cherayil J.D., Hampel A., Bock R.M. Rapid microscale assay for sRNA.-Methods in Enzamol. 1968, I2B, 166.357» Rappaport S., Lapidot Y. The chemical preparation of acetyl-amino асу 1 -tRNA.- Methods Enzymol., V.XXIX, part E, 685-693.

337. Chen C.M., Ofengand J. Inactivation of the Tu GTP recognition site in aminoacyl-tRNA by chemical modification of the tRNA.- Biochem.Biophys.Res.Communs 1970, 41, I9O-I98.

338. Arai K., Kawakita M., Kaziro Y. Studies on polypeptide elongation factors from E.coli.-J.Biol.Chem. 1972, 247, 70297037.

339. Laemmli U.K., Farve M. Maturation of the head of bacteriophage T4. I.DNA packing events.-J.Mol.Biol. 1973, 80, 575599.

340. Janic В., Sommer R. Polarography of polynucleotides.IV.Effect of the molecular weight of poly(U) on its adsorption at a charged surface.-Biopolymers, 1973, 12, 2803-2822.

341. Van .Duin J., van Knippenberg P.H. Functional heterogeneity of the 30S ribosomal subunit of E.coli. Requirement of protein SI for translation.-J.Mol.Biol. 1974, 84, I85-I95.

342. Weber K., Osborn M, The reliability of molecular weight determinations by dodecyl sulfate-poly-acrylamide gel electrophoresis. -J.Biol.Chem. 1969, 244, 4406-4412.

343. Hardy S.J.S., Kurland C.G., Voynov P., Mora G. The ribosomal proteins of Escherichia coli. I. Purification of the 3OS ribosomal proteins.-Biochemistry, 1969, 8, 2897-2905.

344. Scheffner W,, Weissman C. A rapid, sensitive, and specificmethod for the determination of protein in dilute solution.- 325

345. Anal. Biochem. 1973, 36, 502-508.

346. Arai K., Kawakita M., Kaziro Y. Studies on the polypeptide elongation factors from E.coli.-J.Biochem. 1974, £6, 293306.

347. Gordon J. A stepwise reaction yielding a complex between a supernatant fraction from E.coli, guanosine 5'-triphosphate, and aminoacyl-sRNA.-Proc.Nat.Acad.Sci.U.S.A. 1968, 32, 179183.

348. Shorey R.L., Ravel J.M., Garner C.W., Shive W. Formation and properties of the aminoacyl transfer ribonucleic acid-guanosine triphosphate-protein complex.-J.Biol.Chem. 1969, 244, 4555-4564.

349. Smolarsky M., Tal M. Novel method for measuring polyuridylic acid binding to ribosomes.-Biochim.Biophys.Acta, 1970, 199« 447-452.

350. Гамильтон К.Л., Макконел Г.М. Спиновые метки.- Успехи химии, 1970, XXXIX, 3, 541-542.

351. Фрид Д. Теория спектров ЭПР нитроксильных радикалов в области их медленного вращения.-В кн.: Метод спиновых меток. Теория и применение. Ред. Л.М. Верлинер, М. 1979, с.84-155,

352. Исаев-Иванов В.В., Фомичев В.Н. Балансный резонатор для ЭПР исследований. Приб.Техн.Зкспер.1976, 3, 172-173.

353. Статистические методы в экспериментальной физике.

354. Ред. А.А.Топкин. М.: Атомиздат. 1976, с.319-325.

355. Rheinberger Н-J.,Schilling S.,Nierhaus К.Н. The ribosomalelongation cycle: tRNA binding, translocation and tRNA release.-Eur.J.Biochem. 1983, 134, 421-428.

356. Spirin A.S. Testing the classical two-tRNA-site model for the ribosomal elongation cycle.-FEBS Lett.1984,165.280-284.