Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему

Выявление генов-онкосупрессоров путем сравнительного анализа областей межвидовой гомологии в районе q14/3 хромосомы 13 человека

ВАК РФ 03.00.15, Генетика

Содержание диссертации, кандидата биологических наук, Макеева, Наталья Вячеславовна

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ СОКРАЩЕНИЙ.

ОГЛАВЛЕНИЕ.

ВВЕДЕНИЕ.

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

1.1 Фундаментальные аспекты сравнительной геномики.

1.1.1. Межгеномная консервативность регуляторных элементов.

1.1.2. Использование методов сравнительной геномики для поиска новых генов человека и животных, а также их отдельных экзонов.

1.1.3. Сравнительный анализ ортологичных генов как инструмент исследования эволюции генома.

1.2. Медицинские аспекты сравнительной геномики.

1.3. Современное состояние исследований района предпологаемого расположения гена супрессора опухолевого роста, повреждаемого при В

ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.

2.1. Экспериментальные методики.

2.1.1. Скринирование клонотеки РАС.

2.1.2. Создание субклонотеки из отдельных фрагментов отобранных клонов РАС.

2.1.3. Рестрикционный анализ ДНК и

Саузерн - блоттинг.

2.1.4. Приготовление радиоактивно меченых

ДНК-зондов.

2.1.5. Гибридизация панелей РАС-клонов.

2.1.6. Нозерн-блоттинг.

2.1.7. Радиоавтография.

2.1.8. ПЦР- анализ.

2.1.9. Выделение плазмидной ДНК, а также

ДНК РАС-клонов из клеток Е. СоН.

2.1.10. Электрофорез фрагментов ДНК в агарозном геле.

2.1.11. Выделение фрагментов ДНК из агарозных гелей.

2.1.12. Клонирование фрагментов ДНК.

2.1.13 Трансформация клеток Е.СоН.

2.1.14. Определение нуклеотидных последовательностей плазмид и ПЦР-продуктов.

2.2. Реагенты и оборудование.

2.2.1. Среды, условия хранения и культивирования бактерий.

2.2.2. Ферментные препараты.

2.2.3. Другие реактивы и расходные материалы.

2.2.4. Фотоматериалы.

2.3. Программы для компьютерного анализа.

ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ.

3.1. Получение клонов, содержащих участки геномной ДНК мыши.

3.2. Субклонирование вставок в отобраных РАС-клонах и определение их нуклеотидной последовательности.

3.3.Сравнительный геномный анализ нуклеотидных последовательностей, гомологичных участков ДНК

Введение Диссертация по биологии, на тему "Выявление генов-онкосупрессоров путем сравнительного анализа областей межвидовой гомологии в районе q14/3 хромосомы 13 человека"

Программа "Геном человека", один из самых грандиозных проектов современности как по поставленным задачам, так и по вложенным средствам, стимулировала развитие эффективных стратегий секвенирования целых геномов и разработку технического обеспечения подобных проектов. Если раньше секвенирование генома какого-либо организма представлялось дорогостоящей и долгосрочной задачей, то сейчас этот, в общем-то, рутинный процесс, является практически полностью автоматизированным и может быть выполнен относительно быстро. Технологии, разработанные в процессе осуществления проекта "Геном Человека", открывают возможность для упрощения секвенирования геномов других высших животных. К настоящему времени полностью определена нуклеотидная последовательность геномов более 800 организмов, в число которых входят многие вирусы и бактерии, дрожжи Saccharomyces cerevisiae (Goffeau A et al., 1996), нематода Caenorhabditis elegans (Abbott A et al., 1998), высшее растение Arabodopsis thaliana (Tabata S et al., 2000; Salanoubat M et al., 2000; Theologis A et al., 2000; The Arabidopsis Genome Initiative, 2000), двукрылое насекомое Drosophila melanogaster (Adams MD et al., 2000), и, наконец, человек Homo sapiens (Venter J. et al., 2001; Lander ES et al., 2001). Продолжается работа по секвенированию геномов -шимпанзе, мыши, крысы, коровы, собаки, пшёницы й многих других организмов. Результаты проекта "Геном Человека" уже оказывают большое влияние на генетические исследования, как на фундаментальные, такие как генетика развития и нейрогенетика, так и на прикладные, в частности, генетику наследственных заболеваний человека. В проспекте о задачах проекта «Геном человека» на 1991 - 1995 годы отмечалось, что «информация, которая будет получена по окончании проекта, станет главным источником для биомедицинских исследований в XXI веке и будет чрезвычайно полезна в медицине» (National Human Genome Research Institute, 1990). Значение образовавшегося за несколько лет огромного массива нуклеотидных последовательностей для поиска новых генов и их дальнейшего функционального изучения трудно переоценить, в настоящее время пока темпы получения новых данных значительно превышают возможности их эффективной обработки.

Существует два основных способа выявления генов и касающейся их информации по нуклеотидной последовательности геномов. Первый заключается в применении программ, позволяющих по имеющейся геномной последовательности предсказывать экзон-интронные границы, расположение кодирующих областей и регуляторных элементов. Такие программы используют информацию об аналогичных последовательностях, находящихся в составе уже изученных генов (Uberbacher et al., 1996). Результаты анализа в этом случае, как правило, неоднозначны, и часто являются ложноположительными (Burset and Guigo, 1996). Кроме того, пока не удается преодолеть ряд трудностей, связанных с созданием алгоритма для предсказания некоторых элементов генома, регулирующих экспрессию генов и определяющих особенности каждого хромосомноголокуса (Bucher,

1999).

Второй способ анализа протяженных нуклеотидных последовательностей стал возможен после создания общедоступной базы данных dbEST (Hillier et al., 1996). Этот способ сводится к сопоставлению отдельных участков геномной последовательности с имеющимися в базе данных экспрессирующимися последовательностями (EST), что позволяет достаточно точно локализовать гены и идентифицировать составляющие их экзоны. Применяемые вместе, оба способа позволяют достичь довольно высокой разрешающей способности и выявить в составе заданной последовательности большинство генов. Тем не менее, недостаточная представленность низкоэкспрессирующихся генов в базе данных dbEST, часто обнаруживаемые факты отклонений функционирующих регуляторных последовательностей от консенсусных и возможность существования еще не описанных регуляторных элементов требуют разработки дополнительных подходов для эффективного определения экзон-интронной структуры генов и выявления регуляторных последовательностей в составе протяженных участков генома.

Одним из таких подходов, ставшим в последнее время очень популярным (а главное - возможным), является сравнение геномных сиквенсов разных видов. Последовательности, имеющие важную биологическую функцию, как правило, консервативны, поэтому распознавание у эволюционно-далеких видов участков с высокой степенью гомологии равносильно прямому указанию на существование в их составе генов и других функционально-значимых последовательностей в геноме. Справедливость этого утверждения была неоднократно доказана при сравнении гомологичных областей Mus musculus и Homo sapiens (подробный обзор этих работ - см. ниже), Drosopila sp. (Myers et al., 1997) и Caenorhabditis sp. (The C.elegans consortium, 1999), а также, no крайней мере отчасти, при сравнении геномов Homo sapiens и Fugu rubripes (Tunnicife et al., 2000).

Результаты программы «Геном человека» облегчает применение и других подходов. Благодаря им стал чрезвычайно облегченным переход от анализа генетического сцепления к идентификации генов, ответственных за то или иное заболевание человека. В настоящее время программа «Геном человека» позволила выявить более чем 1,4 млн. однонуклеотидных полиморфизмов (SNP) по данным Международного Консорциума (International Human Genome Sequencing Consortium, 2001), a no данным Celera Genomics - более 2,1 млн. (Venter, J. С. et al., 2001) Известно, что более 93% генов содержат хотя бы один такой полиморфный сайт, а 98% генов находятся в пределах 5 т. п. н. от ближайшего SNP.

В среднем, по данным Celera, один SNP приходится на участок длиной 1250 п. н. Выявленные полиморфные участки этого типа позволяют проводить картирование генов с невиданной точностью и тут же находить их последовательность в геноме. Также найдено очень большое количество коротких тандемных повторов (STR), относящихся к мини- и микросателлитам, которые давно уже используются как очень удобные маркеры благодаря вариациям количества копий в повторах. В среднем, один STR приходится на 2000 п. н. генома. Полученные данные дают современным исследователям ряд существенных преимуществ, одним из которых является повышение точности позиционного клонирования. Выявленный участок ДНК легко может быть проанализирован на наличие генов с использованием доступной последовательности генома. Это облегчает выбор генов-кандидатов и дальнейший анализ этих генов на наличие в них сцепленных с болезнью мутаций. Кроме того, полногеномный анализ полиморфных участков уже выявил, что геном человека состоит из протяженных монотонных гаплотипов, имеющих малую степень вариации, во всяком случае, такой вывод можно сделать на основании современного состояния данных. В связи с этим активно обсуждается возможность создания диагностикумов на основе сцепления наследственных болезней с целыми гаплотипами, а не с генами. Такой подход позволит облегчить генетической диагностику предрасположенности к заболеванию и снизить стоимость диагностики.

Плотные генетические карты человеческого, мышиного и крысиного геномов, включающие в себя инофрмацию о кодирующих белки генах, микросателлитных маркерах и SNP-маркерах были дополнены скрупулезным сравнительным анализом генов-гомологов у указанных организмов и других видов млекопитающих. Сравнительный генетический подход расширяет возможности использования этих карт для нахождения новых генов и для прослеживания эволюционных событий, приведших к установлению современной организации генома современных млекопитающих. (O'Brien et al., 1999)

Заключение Диссертация по теме "Генетика", Макеева, Наталья Вячеславовна

выводы.

1. Проведено клонирование и определение нуклотидной последовательности участков генома мыши, соответствующих минимальному участку генома человека, утрачиваемому у больных B-клеточным хроническим лимфолейкозом (8170 н.п.), кодирующему экзону гена RFP2 человека (2735 н.п.) и CpG-островку человека 9Е4.3 (4532 н.п.).

2. Геном мыши содержит ортолог гена RFP2 человека. Степень консервативности нуклеотидных последовательностей кодирующих участков этих генов составляет 89%. У обоих видов ген RFP2 кодирует белок, содержащий 407 аминокислотных остатков и кодирующий домен RBCC. В тканях мыши ген RFP2 экспрессируется во всех тканях в виде мРНК изоформ размером 1.4 т.п.н., 4.4 т.п.н, 7 т.п.н.

3. Геном мыши не содержит последовательностей, гомологичных гену DLEU1 человека. Данное утверждение подтверждено в независимых экспериментах по Норзерн-гибридизации и скринингу полногеномной клонотеки РАС, а также по данным анализа нуклеотидной последовательности генома мыши.

4. Геном мыши содержит ортолог гена DLEU2 человека. Для данного гена и у мыши, и у человека характерно наличие миожрстпеттттт.тх мРИТС изоформ, образующихся r результате альтернативного сплайсинга и использования альтернативных промоторов. Ни у одного из сравниваемых видов ни в одной из изоформ мРНК гена DLEU2 не содержится протяженных открытых рамок считывания. В тканях мыши ортолог гена

БЬЕШ экспрессируется во всех тканях в виде двух основных транскриптов размером 1.2 и 1.4 т.н.п.

5. С помощью сравнительного геномного анализа последовательности СрО-островка человека 9Е4.3 и ортологичной последовательности мыши выявлен новый альтернативный экзон 1В, входящий в часть транскриптов гена БЬЕШ человека и ортолога этого гена у мыши.

6. Обнаружен феномен наличия мышь-специфических и человек-специфических экзонов в генах-ортологах БЬЕШ у человека и мыши. Экзоны 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 и 10 гена БЬЕШ являются человек-специфическими, а экзоны 1С, ЗА и ЗВ -мышь-специфическими.

7. С помощью сравнительного геномного анализа проведена оценка экспрессирующихся последовательностей КРР2, БЬЕШ и БЬЕШ, являющихся кандидатами на роль гена-супрессора опухолевого роста, утрачиваемого у пациентов с В-ХЛЛ. Сделан вывод о том, что из трех анализированных генов-кандидатов дальнейшая концентрация усилий должна быть направлена на исследование гена КРР2

ГЛАВА 4. ЗАКЛЮЧЕНИЕ.

В результате данной работы мы клонировали три протяженных участка геномной ДНК мыши, синтенных трем участкам района ql4.3 хромосомы 13 человека и определили их нуклеотидную последовательность. Пары нуклеотидных последовательностей мыши и человека, соответствующие участкам RFP2, 9Е4.3, а также участку, содержащему первые два экзона гена DLEU2 были подвергнуты анализу с помощью программ семейства BLAST и DBA. Кроме того, был проведен сравнительный анализ паттерна экспрессии генов DLEU1, DLEU2 и RFP2 у мыши и человека. Использование сравнительно-геномного подхода позволило оценить степень консервативности генов-кандидатов DLEU1, DLEU2 и RFP2, подтвердить отсутствие протяженных открытых рамок считывания в генах DLEU1 и DLEU2, а также сделать вывод о целесообразности дальнейшего изучения каждого из этих генов в качестве кандидатов на роль супрессора опухолевого роста, утрачиваемого у больных В-клеточным хроническим лимфолейкозом.

Поскольку последовательность DLEU1 не является консервативной (отсутствует в геноме мыши), а последовательность DLEU2 экспрессируется в виде множества альтернативных изоформ мРНК, имеющих лишь некоторую часть общих экзонов у человека и мыши и не содержит при этом пи в одной из мРНК изоформ протяженных открытых рамок считывания, стоит сделать вывод, что дальнейшая концентрация усилий должна быть направлена на исследование гена RPP2, отличающегося высокой консервативностью и кодирующего белок размером 407 аминокислотных остатков.

Библиография Диссертация по биологии, кандидата биологических наук, Макеева, Наталья Вячеславовна, Москва

1. Abbott A, Abu-Threideh J, Ahrens C, Alexander E, Ali J, et al. Genome Sequence of the Nematode Caenorhabditis elegans. A Platform for Investigating Biology. // Science 1998 Vol. 282 - P. 2012-2018.

2. Adams MD, Celniker SE, Holt RA, Evans CA, Gocayne JD, Amanatides PG, et al. The genome sequence of Drosophila melanogaster.// Science. 2000 Vol. 287 - P. 2185-95.

3. Baranova AV, Lobashev AV, Ivanov DV, Krukovskaya LL, Yankovsky NK, Kozlov AP. In silico screening for tumour-specific expressed sequences in human genome. // FEBS Lett, 2001 Vol. 508-P. 143-8.

4. Barlow C, Hirotsune S, Paylor R, Liyanage M, Eckhaus M, Collins F, Shiloh Y, Crawley JN, Ried T, Tagle D, Wynshaw-Boris A. Atm-deficient mice: a paradigm of ataxia telangiectasia. // Cell, 1996-Vol. 86-P. 159-171.

5. Batzoglou S., Pachter L., Mesirov J., Berger B., Lander E. Human and mouse gene structure: comparative analysis and application to exon prediction. // Genome Research, 2000 Vol.10 - P. 950-958.

6. Bezieau S., Devilder M-C., Rondeau G., Cadoret E., Moisan J-P., Moreau I. Assignment of 48 ESTs to chromosome 13 band ql4.3 and expression pattern for ESTs located in the core region deleted in B-CLL. // Genomics, 1998 Vol.52 - P.369-373.

7. Bouyge-Moreau I., Rondeau G., Avet-Loiseau H et al. Construction of a 780-kb PAC, BAC, and cosmid contig encompassing the minimal critical deletion involved in B cell chronic lymphocytic leukemia at 13ql4.3 // Genomics. 1997. -Vol. 46.-P. 183-190.

8. Brown A. G., Ross F. M., Dunne E. M. et al. Evidence for a new tumour suppressor locus (DBM) in human B-cell neoplasia telomeric to the retinoblastoma gene. // Nature Genet., 1993 Vol. 3. - P. 67-72.

9. Bullrich F., Rasio D., Kitada S., Syarostik P., Kipps T., Keating M., Albitar M., Reed J., Croce C. ATM mutations in B-Cell chronic lymphocytic leukemia. // Cancer Research, 1999 Vol. 59 -P. 24-27.

10. Carim-Todd L, Escarceller M, Estivill X, Sumoy L. Identification and characterization of UBXD1, a novel UBX domain-containing gene on human chromosome 19pl3, and its mouse ortholog. //-TWhim Riophys Artq^Oni -Vr.1 1 51 7 P

11. Carver E., Stubbs L. Zooming in on the human-mouse comparative map: genome coservatioin re-examined on a highresolution scale. // Genome Research, 1997 Vol.7 - P. 11231137.

12. Castresana J. Genes on human chromosome 19 show extreme divergence from the mouse orthologs and a high GC content. // Nucleic Acids Res, 2002 Vol. 30 - P. 1751-6.

13. Chalhoub N., Benachenhou N., Vacher J. Physical and trabscriptional map of the mouse chromosome 10 proximal region syntenic to human 6ql6-q21. //Mammalian Genome, 2001 Vol. 12-887-892.

14. Chiang EF, Yan YL, Tong SK, Hsiao PH, Guiguen Y, Postlethwait J, Chung BC. Characterization of duplicated zebrafish cypl9 genes. // J Exp Zool, 2001 Vol. 290 - P. 709-14.

15. Chureau C., Prissette M., Bourdet A., Barbe V., Cattolico L., Jones L., Eggen A., Avner P., Duret L. Comparative sequence analysis of the x-inactivation center region in mouse, human, and bovine. // Genome Research 2002 - Vol. 12 - P. 894-908.

16. Devilder M. C., Francois S., Bosic C. et al. Deletion cartography around the D13S25 locus in B-cell chronic lymphocytic leukemiaand accurate mapping of the involved tumor supressor gene. !L Cancer Res. 1995 - Vol. 55. - P. 1355-1357.

17. Doerfler W, Schubbert R, Heller H, Kammer C, Hilger-Eversheim K, Knoblauch M, Remus R. Integration of foreign DNA and its consequences in mammalian systems. // Trends Biotechnol, 1997 -Vol. 15-P. 297-301.

18. Dubchak I, Brudno M, Loots GG, Pachter L, Mayor C, Rubin EM, Frazer KA. Active conservation of noncoding sequences revealed by three-way species comparisons. // Genome Res, 2000 Vol. 10 -P. 1304-6.

19. Dubchak I, Pachter L. The computational challenges of applying comparative-based computational methods o whole genomes. // Brief Bioinform, 2002 Vol. 3 - P. 18-22.

20. Ehrlich J., Sankoff D., Nadeau JH. Synteny conservation and chromosome rearrangements during mammalian evolution. // Genetics, 1997- Vol. 147 P. 289-96.

21. Erdel M, Theurl M, Meyer M, Duba HC, Utermann G, Werner-Felmayer G.High-resolution mapping of the human 4q21 and the mouse 5E3 SCYB chemokine cluster by fiber-fluorescence in situ hybridization. //Immunogenetics, 2001 Vol. 53 - P. 611-5.

22. Fitchett M., Griffiths M. J., Oscier D. G. et al. Chromosome abnormalities involving band 13ql4 in hematologic malignancies. // Cancer Genet. Cytogenet, 1987 Vol. 24 - P. 143-150.

23. Force A, Lynch M, Pickett FB, Amores A, Yan YL, Postlethwaitmutations. // Genetics, 1999 Vol. 151 - P. 1531-45.

24. Fuchs S, Resch K, Thiel C, Ulbrich M, Platzer M, Jockusch H, Schmitt-John T. Comparative transcription map of the wobbler critical region on mouse chromosome 11 and the homologousregion on human chromosome 2pl3-14. // BMC Genet, 2002 -Vol. 3 P. 14.

25. Gill RW, Sanseau P. Rapid in silico cloning of genes using expressed sequence tags (ESTs). // Biotechnol Annu Rev, 2000 -Vol. 5 P.25-44.

26. Goffeau A, Barrell BG, Bussey H, Davis RW, Dujon B, Feldmann H, Galibert F, Hoheisel JD, Jacq C, Johnston M, Louis EJ, Mewes HW, Murakami Y, Philippsen P, Tettelin H, Oliver SG. Life with 6000 genes.// Science 1996 Vol. 274 - P. 563-7.

27. Greene-Till R, Zhao Y, Hardies SC. Gene flow of unique sequences between Mus musculus domesticus and Mus spretus. // Mamm Genome ,2000 Vol. 11 - P. 225-30.

28. Gregory SG, Sekhon M, Schein J, Zhao S, Osoegawa K, Scott CE,

29. Jang W., Hua A., Spilson S., Miller W., Roe B., Meisler M. Comparative sequence of human and mouse BAC clones from the mnd2 region of chromosme 2pl3. // Genome Research, 19991. Vol. 9 -P. 53-64,

30. Juliusson G., Oscier D., Gahrton G. Cytogenetic findings and survival in B-cell chronic lymphocytic leukemia. Second IWCCLL compiliation of data on 662 patients. // Leukemia Lymphoma, 1991 Suppl. 21-25.

31. Juliusson G., Oscier D., Fitchett M., Ross, F. M. et al. Prognostic subgroups in B-cell chronic lymphocytic leukemia defined by specific chromosome abnormalities. // New Eng. J. Med., 1990 V. 323 - P. 720 - 724.

32. Katoh M. Molecular cloning and expression of mouse Wntl4, and structural comparison between mouse Wntl4-Wnt3a gene cluster and human WNT14-WNT3A gene cluster. // Int J Mol Med, 2002 -Vol. 9-P.221-7.

33. Katon M. Molecular cloning and expression of mouse Wntl4, and structural comparison between mouse Wntl4-Wnt3a gene cluster and human WNT14-WNT3A gene cluster. // Int J Mol Med, 2002 -Vol.9-P.221-7.

34. Kozlov AP. Gene competition and the possible evolutionary role of tumours. // Med Hypotheses, 1996 Vol. 46- P. 81-4.

35. Laverdiere M, Beaudoin J, Lavigueur A. Species-specific regulation of alternative splicing in the C-terminal region of the p53 tumor suppressor gene. // Nucleic Acids Res , 2000 Vol. 281. P-,4489-97,-—

36. Li F.P. Epidemiology of chronic leucemias. In: Wiernik P.H., Canellos G.P., Kyle R.A., Schiffer C.A., eds. Neoplastic diseases of the blood. 2nd edition. // New York: Churchhill, Livingstone, 1991.

37. Liu Y., Corcoran M., Rasool O., Ivanova G., Ibbotson E., Grander

38. D., Iyengar A., Baranova A., Kashuba V., Merup M., Wu X., Gardiner A., Mullenbach R., Poltaraus A., Hultstrom A.L., Julisson G., Chapman R., Tiller M., Gahrton G., Yankovsky N., Zabarovsky

39. E., Einhorn S., Oscier D. Cloning of two candidate tumor suppressor genes within a 10 kb region on chromosome 13ql4, frequently deleted in chronic lymphocytic leukemia. // Oncogene, 1997 Vol. 15 - P. 2463-2473.

40. Liu Y., Grander D., Soderhall S. et al. Retinoblastoma gene deletions in B-cell chronic lymphocytic leukemia. // Genes Chrom. Cancer, 1992 Vol. 4. - P. 250-256.

41. Liu Y., Hermanson M., Grander D. et al 13q deletions in lymphoicd malignancies. // Blood, 1995 Vol. 86 - P. 1911-1915.

42. Liu Y., Szekely L., Grander D. et al. Chronic lymphocytic leukemia cells with allelic deletions at 13ql4 commonly have one intact RBI gene: Evidence for a role of an adjacent locus. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1993 -Vol. 90 P. 8697-8701.

43. Loots GG, Ovcharenko I, Pachter L, Dubchak I, Rubin EM. rVista for comparative sequence-based discovery of functional transcription factor binding sites. // Genome Res, 2002 12 - P. 832-9.

44. Mallon A., Platzer M., Bate R., Gloeckner G., Botcherby M., Nordsiek G., Strivens M., Kioschins P., Dangel A., Cunningham D., Straw R., Weston P., Gilbert M., Fernando s., Goodall K.,

45. Maniatis T, Fritsch E.E., Sambrook J. Molecular cloning. A laboratory manual. // Cold Spring Harbor Laboratory, 1982.

46. Mayor C, Brudno M, Schwartz JR, Poliakov A, Rubin EM, Frazer KA, Pachter LS, Dubchak I. VISTA : visualizing global DNA sequence alignments of arbitrary length. // Bioinformatics, 2000 -Vol. 16-P. 1046-7.

47. McClintock JM, Carlson R, Mann DM, Prince VE. Consequences of Hox gene duplication in the vertebrates: an investigation of the zebrafish Hox paralogue group 1 genes. // Development, 2001 -Vol. 128-P. 2471-84.

48. Mighell AJ, Smith NR, Robinson PA, Markham AF. Vertebrate pseudogenes. // FEBS Lett, 2000 Vol. 468 - P. 109-14.

49. Oeltjen J., Malley T., Muzny D., Miller W., Gibbs R., Belmont J. Large-scale comparative sequence analysis of the human and murine bruton's tyrosine kinase loci reveals conserved regulatory domains. // Genome Research, 1997 Vol. 7 - P. 315-329.

50. Pletcher MT, Wiltshire T, Cabin DE, Villanueva M, Reeves RH. Use of comparative physical and sequence mapping to annotate mouse chromosome 16 and human chromosome 21. // Genomics, 2001 Vol. 74-P. 45-54.

51. Qian J, Luscombe NM, Gerstein M. Protein family and fold occurrence in genomes: power-law behaviour and evolutionary model.//J Mol Biol, 2001 Vol. 313-P. 673-81.73vRelleiibeiger-G,Kfe

52. Hameister H. ZOO-FISH analysis: cat and human karyotypes closely resemble the putative ancestral mammalian karyotype. // Chromosome Res, 1995 Vol. 3 - P.79-86.

53. Robinson-Rechavi M, Marchand O, Escriva H, Bardet PL, Zelus D, Hughes S, Laudet V. Euteleost fish genomes are characterizedby expansion of gene families.// Genome Res, 2001 Vol. 11 - P. 781-8.

54. Rouquier S., Stubbs L., Gaillard-Sanchez I., Giorgi D. Sequence and chromosomal localization of the mouse ortholog of the human olfactory receptor gene 912-93. // Mammalian Genome, 1999 -Vol. 10-P. 1172-1174.

55. Salanoubat M, Lemcke K, Rieger M, Ansorge W, Unseld M, Fartmann B, Valle G, Blocker H, et al. Sequence and analysis of chromosome 3 of the plant Arabidopsis thaliana.// Nature. 2000 -Vol. 408-P. 820-2.

56. Sanchez M, Queralt R, Bruguera M, Rodes J, Oliva R. Cloning, sequencing and characterization of the rat hereditaryhemochromatosis promoter: comparison of the human, mouse and rat HFE promoter regions. // Gene, 1998 Vol. 225 - P. 77-87.

57. Schutte B., Mitros J., Bartlett J., Walters J., Hong Peng J., Welsh M., Casavant T., McCray P. Discovery of five conserved (3-defensin gene clusters using a computational search strategy. // PNAS, 2002 -Vol. 99 P. 2129-2133.

58. Skamene E, Schurr E, Gros P. Infection genomics: Nrampl as a major determinant of natural resistance to intracellular infections. // Annu Rev Med, 1998 Vol. 49 - P. 275-87.

59. Stilgenbauer S., Leupolt E., Ohl S. et al. Heterogeneity of deletions involving RB-land the D13S25 locus in B-cell chronic lymphocytic leukemia revealed by fluorescence in situ hybridization. // Cancer Res, 1995 Vol. 55 - P. 3475-3477.

60. Tabata S, Kaneko T, Nakamura Y, Kotani H, Kato T, Asamizu E, Miyajima N, Sasamoto S, et al. Sequence and analysis of chromosome 5 of the plant Arabidopsis thaliana.// Nature. 2000 -Vol. 408 P. 823-6.

61. The Arabidopsis Genome Initiative. Analysis of the genome sequence of the flowering plant Arabidopsis thaliana.// Nature 2000 Vol. 408-P. 796-815.

62. Theologis A, Ecker JR, Palm CJ, Federspiel NA, Kaul S, White O, Alonso J, Altafi H, Araujo R, et al. Sequence and analysis of chromosome 1 of the plant Arabidopsis thaliana.// Nature. 2000 -Vol. 408-P. 816-20.

63. Weaks RL, Ramsoondar JJ, Gallagher DS Jr, Nogues C, Piedrahita JA. Isolation, characterization and chromosomal localization of the porcine ciliary neurotrophic factor (CNTF) gene. // Anim Genet, 1997-Vol. 28-P. 354-7.

64. Weiss A., McDonough D., Wertman B., Acakpo-Satchivi L., Montgomery K., Kucherlapati R., Leinwand L., Krauter K. Organization of human and mouse skeletal myosin heavy chain gene clusters is highly conserved. // PNAS, 1999 Vol. 96. - P. 2958-2963.

65. Wiehe T, Guigo R, Miller W. Genome sequence comparisons: hurdles in the fast lane to functional genomics. // Brief Bioinform, 2000-Vol. 1, P.381-8.

66. Wiehe T., Guigo R., Miller W. Genome sequence comparisons: hurdles in the fast lane to functional genomics. // Brief Bioinform, 2000 Vol. 1-P. 381-8.

67. Wilson MD, Ruttan CG, Koop BF, Glickman BW. ERCC1: a comparative genomic perspective. // Environ Mol Mutagen, 2001 -Vol. 38 -P.209-15.

68. Wilson MD, Ruttan CC, Koop BF, Glickman BW. ERCC1: a comparative genomic perspective. // Environ Mol Mutagen, 2001 -Vol. 38-P. 209-15.

69. Windle JJ, Albert DM, O'Brien JM, Marcus DM, Disteche CM, Bernards R, Mellon PL. Retinoblastoma in transgenic mice. // Nature, 1990 Vol. 343 - P. 665-669.

70. Wu Q., Zhang T., Cheng J-F., Kim Y., Crimwood J., Schmutz J., Dickson M., Nooana J., Zhang M., Myers R., Maniatis T. Comparative DNA sequence analysis of mouse and human protocadherin gene clusters. // Genome Reseach, 2001 Vol. 11 -P. 389-404.

71. Young JM, Friedman C, Williams EM, Ross JA, Tonnes-Priddy L, Trask J. Different evolutionary processes shaped the mouse and human olfactory receptor gene families. // Hum Mol Genet, 2002 -Vol. 11 P. 535-46.

72. Yung Y., Yang Z., Blanchong C., Miller W. The human and mouse MHC class III region: a parade of 21 genes at the centromeric segment. // Immunology today, 2000 P. 1664-9.

73. Zhang X, Firestein S. The olfactory receptor gene superfamily of the mouse. // Nat Neurosci, 2002 Vol. 5 - P. 12433.