Выделение штаммов вируса гриппа А от диких птиц Чановской озерной системы и изучение молекулярно-генетических, антигенных и патогенных свойств этих штаммов

Разумова, Юлия Владимировна

Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему
Выделение штаммов вируса гриппа А от диких птиц Чановской озерной системы и изучение молекулярно-генетических, антигенных и патогенных свойств этих штаммов
ВАК РФ 03.00.06, Вирусология

Автореферат диссертации по теме "Выделение штаммов вируса гриппа А от диких птиц Чановской озерной системы и изучение молекулярно-генетических, антигенных и патогенных свойств этих штаммов"

На правах рукописи

РаэдилЗэй.

Раз умов а Юлия Владимировна

ВЫДЕЛЕНИЕ ШТАММОВ ВИРУСА ГРИППА А ОТ ДИКИХ ПТИЦ ЧАНОВСКОЙ ОЗЕРНОЙ СИСТЕМЫ И ИЗУЧЕНИЕ МОЛЕКУЛЯРНО-

ГЕНЕТИЧЕСКИХ, АНТИГЕННЫХ И ПАТОГЕННЫХ СВОЙСТВ ЭТИХ ШТАММОВ

03 00 Об - вирусология

АВТОРЕФЕРАТ диссертации на соискание ученой степени кандидата биологических наук

0031В2053

Кольцово - 2007

003162053

Работа выполнена в Федеральном государственном учреждении науки Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор» Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека Минздравсоцразвития России

Научный руководитель

кандидат биологических наук Шестопалов Александр Михайлович

Официальные оппоненты

доктор биологических наук Таранин Александр Владимирович кандидат биологических наук Шишкина Лариса Николаевна

Ведущая организация

Институт экспериментальной ветеринарии Сибири и Дальнего Востока СО РАСХН

Защита состоится !Ь к&РЬЪрЯ 2007 года в Я часов на заседании

диссертационного совета при Государственном научном центре вирусологии и биотехнологии «Вектор» по адресу ФГУН ГНЦ ВБ «Вектор» Роспотребнадзора, Кольцово Новосибирской области, 630559, тел (8-383) 336-74-28

С диссертацией можно ознакомиться в библиотеке ГНЦ ВБ «Вектор Автореферат разослан 9 0)£гп 9 £Гд-9 2007 года

Ученый секретарь диссертационного совета

Малыгин Э Г

ОБЩАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА РАБОТЫ Актуальность исследования. Вирус гриппа А {Ortomyxovindae, Influenzavirus А) был выделен от некоторых видов млекопитающих, включая человека, и от многих видов птиц.

У птиц вирус гриппа А вызывает заболевание, называемое гриппом, тяжесть протекания которого зависит от патогенности конкретного варианта возбудителя. Высокопатогенные варианты вируса способны вызывать 75-100% смертность среди птиц.

Эпизоотии гриппа среди сельскохозяйственных птиц наносят значительный экономический ущерб птицеводству и были неоднократно

зарегистрированы в различных странах мира. Кроме того, начиная с 1997 года регистрируются случаи прямого заражения людей вирусом гриппа А от птиц, нередко - с летальным исходом.

Таким образом, варианты вируса гриппа А, циркулирующие среди птиц, являются как причиной эпизоотий в этой группе хозяев, так и источником опасности для здоровья человека.

Дикие птицы водно-болотной экологической группы являются основным природным резервуаром вируса гриппа А, откуда он проникает в популяции сельскохозяйственных птиц. Миграции птиц способствуют распространению различных вариантов этого вируса на огромные расстояния. Поэтому для контроля над возбудителем необходим мониторинг и изучение вариантов вируса, циркулирующих в популяциях птиц диких биоценозов. Поскольку все известные высокопатогенные для птиц штаммы вируса гриппа А относятся к одному из двух серовариантов: к Н5 или к Н7, особое внимание при проведении мониторинга вируса гриппа в популяциях птиц необходимо уделять выявлению и изучению таких серовариантов. Другим важным аспектом изучения вируса гриппа А является выяснение филогенетических связей штаммов, выделенных от птиц разных регионов, что позволит

изучить пути географического распространения вируса в природном резервуаре.

Чановская озерная система, расположенная на юге Западносибирской равнины, является местом массовых скоплений водно-болотных птиц во время весеннего пролета, гнездования и линьки, что создает предпосылки для занесения в этот район различных вариантов вируса гриппа А.

Цель работы - мониторинг и изучение вариантов вируса гриппа А, циркулирующих среди диких птиц Чановской озерной системы.

Задачи работы:

■ выделить изоляты вируса гриппа А от диких птиц, обитающих на территории Чановской озерной системы;

* установить подтип гемагглютинина выделенных изолятов вируса гриппа А;

■ выяснить филогенетические связи между выделенными в настоящей работе изолятами и другими штаммами вируса гриппа А, выделенными от птиц;

■ в случае выделения изолятов вируса гриппа А подтипа Н5 и/или Н7 провести изучение патогенных, генетических и антигенных свойств этих изолятов.

Научная новизна и практическая значимость. Впервые выявлена циркуляция вируса гриппа А среди диких птиц Чановской озерной системы и получены данные о зараженности этих птиц вирусом гриппа А.

От диких птиц, добытых на территории Чановской озерной системы, выделено 12 оригинальных штаммов вируса гриппа А. Эти штаммы депонированы в Коллекцию вирусов при ФГУН ГНЦ ВБ "Вектор" Роспотребнадзора. Один из выделенных штаммов (A/Anas platyrhynchos/Chany Lake/9/2003 (H5N3)) депонирован в Государственную коллекцию вирусов РФ при Институте вирусологии им. Д. И. Ивановского. Выделенные штаммы могут быть

использованы в диагностических целях в качестве антигенов и создания на их основе диагностических сывороток.

Определены нуклеотидные последовательности гена НА всех выделенных в настоящей работе штаммов, а также генов РВ2, РВ1, NP, NA, М и NS штамма A/Anas platyrhynchos/Chany Lake/9/03. Установленные нуклеотидные последовательности гена НА депонированы в электронную международную базу данных GenBank; нуклеотидные

последовательности генов РВ2, РВ1, NP, NA, М, NS штамма А/Anas platyrhynchos/Chany Lake/9/03 приведены в паспорте депонирования этого штамма в Коллекцию вирусов при ФГУН РНЦ ВБ "Вектор".

Впервые определены филогенетические связи между вариантами вируса гриппа А,

циркулировавшими в популяциях диких птиц на территории Чановской системы озер и в популяциях диких птиц других географических регионов.

Полученные в настоящей работе данные о зараженности вирусом гриппа А диких птиц на Чановской озерной системы и данные

филогенетического анализа штаммов вируса гриппа, выделенных от птиц на этой территории, могут быть использованы для прогнозирования

эпизоотической ситуации по гриппу птиц.

Проведено изучение генетических, антигенных и патогенных свойств штамма A/Anas

platyrhynchos/Chany Lake/9/2003.

Положения, выносимые на защиту:

1. Среди диких птиц рода речные утки (Anas) на территории Чановской озерной системы в период с последней декады августа по первую декаду сентября в 2002-2003 гг. циркулировали сероварианты Н2, НЗ, Н4 и H5N3 вируса гриппа А, с преобладанием сероварианта НЗ, причем инфекция вирусом гриппа А в указанный период года охватывала 11% популяции этих птиц в 2002 году и 10% популяции этих птиц - в 2003.

2. Варианты вируса гриппа А, циркулировавшие среди диких уток Чановской озерной системы в 2002-2003 гг., филогенетически близки (по гену гемагглютинина) штаммам вируса гриппа А, циркулировавшим в среди диких уток в Европе и Южной Азии в 1999-2005 гг.

3. Вариант вируса гриппа А серотипа Н5ЫЗ, циркулировавший в 20 03 году среди речных уток Чановской озерной системы имеет следующие характеристики:

a) Ни по одному из генов он не относится к высокопатогенному генотипу 7, серотипа Н5К11 вируса гриппа А, вызвавшему крупные эпизоотии гриппа в странах Юго-Восточной Азии в 2003-2004 гг. и на территории Западной Сибири в 2005 году;

b) по результатам экспериментального заражения вариант является низкопатогенным для птиц (1У1Р = 0.00), что согласуется с предположением о его низкой патогенности, сделанным на основе результатов анализа аминокислотной последовательности гемагглютинина;

c) вариант антигенно близок различным вариантам вируса гриппа А подтипа Н5, циркулировавшим на территории Евразии в 1997- 2004 гг., в том числе и высокопатогенному варианту серотипа Н5Ы1 генотипа Ъ.

Апробация работы и публикации. Материалы диссертации были представлены на следующих конференциях:

• Международная научная конференция

«Современные вопросы эпизоотологии»,

Краснообск, - 2004 г.;

•Всероссийской конференция «Сибирская

зоологическая конференция», Новосибирск, 2004.;

•Международная научно-практическая конференция «Болезни диких животных», Покров, - 2004;

•Пятая межрегиональная нйучно-практическая конференция с международным участием «Актуальные проблемы здоровья населения Сибири: гигиенические и эпидемиологические аспекты», Омск, - 2004.

По материалам диссертации опубликовано три статьи, из которых две - в рецензируемом научном журнале. Во всех статьях соискатель является первым автором.

Структура и объем диссертации. Диссертация изложена на 140 страницах машинописного текста, включает 10 таблиц и 21 рисунок, состоит из введения, обзора литературы, описания материалов и методов, раздела «Результаты и обсуждение», заключения, выводов и списка использованных источников (219 наименований, в том числе 211 -на английском языке).

ОСНОВНОЕ СОДЕРЖАНИЕ РАБОТЫ Выделение штаммов вируса гриппа А от диких птиц Чановской озерной системы.

От птиц различных видов, добытых в период с последней декады августа по первую декаду сентября 2002 и 2003 гг. на территории Чановской озерной системы были собраны клоакальные мазки (табл. 1).

Выделение вируса гриппа А из собранного от птиц материала проводили на куриных эмбрионах путем проведения трех последовательных пассажей. После каждого пассажа проводили тестирование аллантоисной жидкости (а.ж.) в реакции РГА. Образцы а.ж. с гемагглютинирующей активностью тестировались на наличие в них вируса гриппа А методом ОТ-ПЦР с использованием праймеров, специфичных к консевативным генам вируса гриппа A. [Lee et al., 2001; WHO, 2002]. В результате обследования всех собранных проб, было выделено 11 изолятов вируса гриппа А.

Таблица 1. Виды и количество птиц, от которых взяты клоакальные мазки.

Вид птиц Количество особей данного вида,

от которых взяты мазки

2002 2003 суммарно за

год год два года

Красноголовый нырок (Aythya ferina) 0 9 9

Кряква (Anas platyrhynehos) 8 37 45

Луток (Mergus albellus) 0 1 1

Лысуха обыкновенная (Fúlica atra) 23 24 47

Речная крачка (Sterna hirondo) 2 0 2

Свиязь (Anas penelope) 0 1 1

Серая утка (Anas streperá) 2 9 11

Серая цапля (Ardea cinerea) 4 0 4

Серый журавль (Grus grus) 0 1 1

Чайка-хохотунья (Larus cachinnans) 1 0 1

Черная крачка (Chlidonias nigra) 1 0 1

Чирок-свистунок (Anas crecca) 19 1 20

Чирок-трескунок (Anas querquedula) 13 6 18

Чомга (Podiceps cristatus) 5 0 5

Шилохвость (Anas acuta) 1 3 4

Широконоска (Anas clypeata) 2 5 7

16 видов Итого—> 178 особей

Установление подтипа гемагглютинина (НА) выделенных изолятов проводили методом ОТ-ПДР с использованием подтип специфичных праймеров [Lee et al., 2001] с последующим секвенированием полученных в ПЦР ампликонов.

В результате у 10 изолятов подтип НА был определен однозначно и один изолят представлял собой смесь подтипов. Выделенные изоляты депонированы как штаммы в Коллекции вирусов при ФГУН ГНЦ ВБ "Вектор"; установленные нуклеотидные последовательности гена НА каждого из этих штаммов депонированы в GenBank (табл. 2).

Таблица 2. Данные о штаммах, выделенных от птиц, добытых на территории Чановской системы озер.

Название штамма Подтип № нп гена НА в GeneBank Вид птицы, от которой выделен штамм Год сбора мазка

A/Common teal/Chany/Nl/02 H3 AY596799 Чирок-свистунок 2002

A/Common teal/Chany/N2/02 H3 AY596800 Чирок-свистунок 2002

A/Common teal/Chany/N5/02 H4 AY596803 Чирок-свистунок 2002

A/Common teal/Chany/N6/02 H4 AY596804 Чирок-свистунок 2002

A/Garganey/Chany/N3/02*** H3 AY596801 Чирок-трескунок 2002

A/Garganey/Chany/N4/02* * * H4 AY596802

A/Anas platyrhynchos/Chany Lake/7/03 H2 DQ006283 Кряква 2003

A/Anas platyrhynchos/Chany Lake/8/03 H2 DQ006282 Кряква 2003

A/Anas platyrhynchos/Chany Lake/9/03** H5N3* DQ007623 Кряква 2003

A/Anas platyrhynchos/Chany Lake/10/03 H3 DQ006284 Кряква 2003

A/Anas platyrhynchos/Chany Lake/11/03 H3 DQ006285 Кряква 2003

A/Anas platyrhynchos/Chany Lake/12/03 H3 DQ007622 Кряква 2003

* подтип нейраминидазы был установлен методом ОТ-ПЦР с использованием подтипспецифичных праймеров [Hoffmann et al, 2001] и последуещим севенированием полученного в ПЦР ампликона **штамм депонирован в Государственную Коллекцию вирусов РФ при Институте вирусологии им ДИ Ивановского (удостоверение № 2366/1), установленная нуклеотидная последовательность гена NA этого штамма приведена в паспорте депонирования штамма в Коллекцию вирусов при ФГУН ГНЦ ВБ "Вектор"

♦♦♦депонирована смесь штаммов, выделенных от одной особи птицы

Далее был проведен расчет уровня зараженности диких птиц Чановской озерной системы вирусом гриппа А. Поскольку количество обследованных особей тех видов, от которых были выделены штаммы вируса небольшое и составляет за два года 45, 20 и 18 особей для видов кряква, чирок-свисиунок и чирок-трескунок, соответственно (см. табл. 1 и 2), возникла необходимость объединить

виды птиц, от которых был выделен вирус, в одну группу. Для поиска такой группы была определена принадлежность всех обследованных видов птиц к различным таксономическим (отряд, семейство, род) и экологическим (водные, околоводные) группам. Самой узкой группой (по количеству видов), включающей виды, от которых был выделен вирус, является род речные утки (Anas). Поэтому в качестве результата, показывающего уровень зараженности диких птиц, обитающих на территории Чановской озерной системы, вирусом гриппа А, был выбран показатель доли особей обследованных птиц рода речные утки, от которых выделен вирус гриппа. Он составил 11% (5 из 45) в 2002 году и 10% (6 из 62) - в 2003 г

Сопоставление результатов проведенного мониторинга с данными аналогичных исследований показало, что характер циркуляции вируса гриппа А среди диких уток Чановской озерной системы сходен с таковым для диких уток Северной Америки по таким параметрам как: разнообразие и встречаемость различных подтипов вируса, а также уровнем зараженности птиц (для сезона года, в котором был проведен мониторинг). Однако, поскольку максимальная доля популяции диких уток, инфицированных вирусом гриппа А приходится на период перед началом их осенней миграции и может достигать 30%, а в настоящем исследовании обследование этих птиц было проведено за месяц до начала их валового отлета, выявленный нами уровень зараженности этих птиц вероятно ниже максимально возможного для данной территории.

Филогенетический анализ выделенных штаммов вируса гриппа А.

Проведен филогенетический анализ (по гену НА) выделенных штаммов с целью определения наиболее филогенетически близких к ним. В анализе были использованы установленные в работе и доступные в GenBank нуклеотидные последовательности

штаммов вируса гриппа А, выделенных от птиц. Отбор последовательностей проводили таким образом, чтобы в анализ были включены штаммы, выделенные в различных географических регионах мира и в различные годы.

Филогенетически близкими к выделенным в работе штаммам считали штаммы, входящие вместе с ними в одну наименьшую кладу, в узле которой индекс бутстреп-поддержки был не менее 70.

Филогенетический анализ штаммов подтипа Н2 включал два выделенных в данной работе штамма (см. табл. 2), а также штаммы, выделенные от птиц Северной Америки, Южной Азии, Дальнего Востока и Европы в период с 1963 по 2004 гг. (рис. 1).

Как видно из рис. 1, выделенные нами штаммы наиболее филогенетически близки штаммам, изолированным от диких уток в Южной Азии (в Японии) в 2001 году [Liu et al., 2004] и в Европе (в Нидерландах) в 1999 году [Fouchier et al., 2005].

Филогенетический анализ штаммов подтипа НЗ

включал шесть выделенных в данной работе штаммов (см. табл. 2) и штаммы от птиц из Северной Америки, Южной Азии, Дальнего Востока и Европы 1961-2001 гг. (рис. 2) . Согласно рис. 2, выделенные нами штаммы наиболее филогенетически близки штамму, изолированному от дикой утки в Европе (в Дании) в 2003 году [Bragstad et al. , 2005] и штамму, выделенному от утки в Южной Азии (в Китае) в 2000 году.

Филогенетический анализ штаммов подтипа Н4 включал три штамма, выделенных в данной работе, а также штаммы, выделенные от птиц Северной Америки, Австралии, Новой Зеландии, Южной Азии и Европы в период 1959-2004 гг. (рис. 3). Как видно из рис. 3, выделенные штаммы наиболее филогенетически близки штаммам, выделенным от диких уток (согласно данным из GenBank) в Европе (в Германии) в 2 001 году.

,98

Я2

АЯ£сйМу йдазЬмеЛМаши-е/Ма^в - А№огеЬ1г<№е1 атоагв/1 1 т?

АНвшвд 1а«гагй'67Фа&

I-¿ЗВё&щ ЗаШР

]_1—ммшштгт

АЛМЫШоибат/т-Ь'ЗЗ

«Я

1Ш

-1001

- А/Аяяе атгЬупсЪос ГСЗчяпу ЫстЛ/ОЗ

АШискЛЬкка&>П1.'01 р^ас^ИйккЫ'йП 0^/01

-Аюисыстпг

- А/Опск/Нопа Кйяа.'2ТИ~!2

_1-

— №2 Я7б

---- &тштщ}щЩ9Ш

го

- .Тсгзе?/75/8 $

97|-А/В12ск ШсЬШе'да 1егее^'1520Л2 Пддай; 4иШЩе"кг .ТеглуЛ 580*78

— АМаИ^сШежГотШбШОТ

—лихешмцызгтт

та ТВ

\\—

Вое

Рисунок 1 Филогенетическое дерево гена НА (фрагмент 500 но) подтипа Н2 вируса гриппа А Дерево укорено штаммом А/С1мскеп/Реппзу1уап1а/1/83 (Н5) Бутстреп-индексы приведены только если их значение больше 70 Выделенные в данной работе штаммы подчеркнуты На дереве обозначена клада, содержащая эти штаммы и наиболее филогенетически им близкие

А/Апаз рЫу&упсЬов/СЬаот Ъаке)1 1 1/03

А/Апа5 рЫугЬупсЬоБ/СЬапт Ьакс/12/03

А/Апаг рЫуАупсЬоа/СЬапт 1.акеИ0/ОЗ

- А/0аг£апвт/С>]зпу/1\НШ

— АЛ)исШапсЬап^/8-174/2000 .А/Соттоп 1еа1/СЬапуЯ>П/02

100'А/Соттоп 1ва1/СЬапуДТ2Д)2 -А/МаНага/РашгЬ /65112/05

- АФиск/Нот№ау/1/03

1МГ АЯ?тсЬ/ СЬт аЯЙ. 170/02 П-1

-А/РеИ ЫгсУСЬйа/Е^

- А!Рй Ыг^Нопё КощП 559/99 -А/Афа&с ЫпШо^Кощ/ЗЭЭ/ЭЭ

— АЯчпс11/С1и11аЛи72/02

- АЛЗискАГкгате/1/63

- А/Тса1/Осгтнпу/дау01г/01 -АЯЗиск/Шг^ Коп£/231/77

100

А/Биск/Нощ Копё/7/75 - АЮисШокка1<Ь/а/80

АФискШокка ¿0/7/82

_г АЛЗооае/Нона Коп^ИЭТб

"1001 АЮиск/Ноп^ Коп^/64/76

-АГОиск/Ноккм<1о/5/77

-А/О иск/Ног^ Коп£/940/30

А/Биск/Нов3 КОП8/245/77 - АЮиск/Ноккаи1о/33/80

1")_г АЯ)иск/Нокка1сЫ9/85

97! А® и ск/Нокка! <1о/10/85

100

-А/Ма11аг<УА1ЬеЛа/199/99 Ь А/?1Ша1 К А1Ъ елг/3719 9 -А/Ма11аг<тсиг Готк/6874/78

- А/Ма11агс1/А1ЬеПа/242/98 АЛ) и ск/А1Ъег(а/78/76

— АФискМетрЬ з/928/74

-АЮиск/Нокка1с1о/21/82

-А/Ма11аг<3/А1ЬеПа/117/97

-АЛ>тт1/А1Ъет/156/97

-А/Ма11аг(1/А1Ъег1а/127/00

- А/Ма11ап1/А1Ьег1а/279/92

Рисунок 2 Филогенетическое дерево гена НА (фрагмент 512 но) подтипа НЗ вируса гриппа А Дерево укорено штаммом АЛЭиск/СгесЬо$1оуак1а/56 (Н4) Бутстреп-индексы приведены только если их значение больше 70 Выделенные в данной работе штаммы подчеркнуты На дереве обозначена клада, содержащая эти штаммы и наиболее филогенетически им близкие

ISO

82 tool

A/Common teal/Ch any/N5/02 A/Common teal/Ch«ny/N6/02 j™A/GMgwey/Gemi»y/'ww1S7l(/0l

' A/Tcal/Gcrmany/wvl53k/01 - A/Duck/Hong Кт^ШПЖ

- A/Duck/Csechosloiraki a/56

TO" A/Grey teal/Auitrah a/2/79 -A/Deck/New Zeriand/ЗШб

- A®udWNkiAaiig?4«165/20t»

-AJBvckMmg К »0^365/1978

-■ A/Red-oeckedsaat/Auslr all a/1/2004

109

II ' T-Af:

- A/Mallard Alberta /49/1995 A/Pintail <bck/Alberta/599/1979

9Ц

AMdlard dock/Alberta/581/1983 JUBtae-wiuged ЫШЬн1а/562Ш85 A/Blue-Wingedteil/Albertail 36/1990 A/PmtailMlberta/207/1999 -А/Mallard/Albert a/30/2001

100

■ A/Mallard/Alberta/47/98

A/Ruddy tomstone/Dd aware/512/1988 — A/Bbe-winged te«l/Albexta/293/2003

-A/Pin tail duck/Albert a/220/1977 A/Duck/Alberta/28/76

Q02

Рисунок 3 Филогенетическое дерево гена НА (фрагмент 459 но) подтипа Н4 вируса гриппа А Дерево укорено штаммом АЮиск/Цкгате/1/63 (НЗ) Бутстреп-индексы приведены только если их значение больше 70 Выделенные в данной работе штаммы подчеркнуты На дереве обозначена клада, содержащая эти штаммы и наиболее филогенетически им близкие

Филогенетический анализ штамма подтипа Н5.

Филогенетическое дерево штаммов подтипа Н5 приведено на рис. 4.

Анализ включал выделенный в работе штамм и штаммы, выделенные от птиц в Северной Америке, Южной и Юго-восточной Азии, Африке и Европе в период 1959-2005 гг.

Согласно полученному дереву, выделенный штамм наиболее филогенетически близок низкопатогенным штаммам, изолированным от диких уток (согласно данным из бепВапк) в Европе (в Германии и Италии) в 2 005 году.

91 100

100

A/Duck/Mongoha/54/01 A/Duck/Monqolia/596/01 A/Duck/Hokkaido/193/04

I-A/Mallard/Sweden/64/02

97]_г A/Mallard/Sweden/22/02

100 A/MaîIard/Sweden/49/02 -A/Duck/Hokkaido/447/00

100 961

iuui—

pcE

A/Mallard/Bavari a/1/2005 A/Mallard/ltaly/3401/2005 A/Anas platyrhvnchos/Chanv Lake/9/03

100 91

931-

A/Mallard/Netherlands/3/99 A/MalIard/Sweden/39/02 —A/Mallard/Denmark/64650/03 !t— A/Mallard/Sweden/7/02 A/Chicken/ltaly/312/97 100rA/Duck/Malaysia/F119-3/97

10QT^-A/Pekin duck/Sinqapore/F59/04/9S

A/Swan/Hokkaido/51 /96

78j-A/Chioken/Hong Kong/220/97

100

A/Goose/Guangdong/1/96

I— A/Chicken/lndonesia/BL/20(

l_rA/Bar-headed qoose/Qinqhai/67/2005

irifTi—

100L

991 10ÔL 9Э-

1001-

lOO'-A/Duck/Novosibirsk/Se^OOS A/Duok/Potsda m/1402-6/86

-A/Duck/Hong Kong/205/77

A/Duck/Ho Chi Minh/014/78 A/Goose/Hong Kong/23/1978 A/Tern/South Africa/ôl

-A/Chicken/Scotland/59

1-A/Turkey/Onta rio/7732/66

-A/Mallard/Wisconsin/169/75

100 l-A/Mallard/Oh ю/556/1987

841 70'

[j—A/Ruddy turnstone/IM J/2242/00 'fil-A/Shorebird/DE/101/2004

Рисунок 3 Филогенетическое дерево гена НА (фрагмент 515 но) подтипа Н5 вируса гриппа А Дерево укорено штаммом A/Mallard/Montana/61 (Н2) Бутстреп-индексы приведены только если их значение больше 70 Выделенный в данной работе штамм подчеркнут На дереве обозначена клада, содержащая этот штамм и наиболее филогенетически ему близкие

Сопоставление результатов филогенетического анализа с данными о миграциях птиц. Обобщая результаты проведенного филогенетического

анализа можно заключить, что варианты вируса гриппа А, циркулировавшие среди диких уток Чановской озерной системы в 2002-2003 гг., филогенетически близки штаммам вируса гриппа А, циркулировавшим в среди диких уток в Европе и Южной Азии в 1999-2005 гг.

Согласно результатам орнитологических

исследований, дикие птицы, окольцованные на

территории Чановской озерной системы, были встречены в различных районах Европы, Африки, Средней и Южной Азии (Юрлов с соавт., неопубликованные данные). Таким образом, результаты проведенного филогенетического

анализа в совокупности с орнитологическими данными позволяют предположить, что дикие птицы способны разносить различные варианты вируса гриппа А между такими удаленными друг от друга географическими регионами как Чановская озерная система, Европа и Южная Азия

Изучение генетических, антигенных и патогенных свойств выделенного штамма подтипа Н5.

Изучение генетических связей выделенного штамма с высокопатогенным генотипом Z серотипа H5N1 вируса гриппа А. Построенное в данной работе филогенетическое дерево гена НА подтипа Н5 (см. рис. 4) включает три штамма генотипа Z: штамм A/Chicken/lndonesia/BL/2003 [Li et al., 2004], штамм A/Bar-headed goose/Qmghai/67/2005 [Li et al., 2004; Normile] и штамм A/Duck/Novosibirsk/56/2005 [Львов и др., 2006]. Эти штаммы образуют отдельную кладу по отношению к кладе, содержащей выделенный нами штамм и два наиболее близких ему низкопатогенных штамма из Европы. Таким образом, ген НА штамма A/Anas platyrhynchos/Chany Lake/9/ОЗ не относится к генотипу Z.

Далее нами было проведено определение нуклеотидной последовательности фрагментов генов РВ2 (1078 н.о), РВ1(1472 и.о.), РА (1066 и.о.), NP (980 и.о.), М (756 н.о), NS (689 н.о.) штамма A/Anas platyrhynchos/Chany Lake/9/03.

Установленные нуклеотидные последовательности приведены в паспорте депонирования штамма в Коллекцию вирусов при ФГУН ГНЦ ВБ "Вектор" и были использованы в филогенетическом анализе. Отбор последовательностей для анализа из GenBank проводили таким образом, чтобы в анализ были

включены штаммы, выделенные от птиц в различных географических регионах мира и в различные годы. В анализ обязательно включали нуклеотидные последовательности высокопатогенных штаммов вируса гриппа А серотипа H5N1 генотипа Z, выделенных во время эпизоотий гриппа птиц в Юго-Восточной Азии 2003-2004 гг. ив Западной Сибири в 2005 году. Генетической линией генотипа Z считали наименьшую (по количеству штаммов) кладу, в которую входят все включенные в анализ штаммы этого генотипа.

На филогенетических деревьях (рисунки не приведены) штаммы генотипа Z образуют клады, состоящие только из этих штаммов и не включающие ни один из других штаммов (в том числе и выделенный нами). На основании полученных результатов сделан вывод, что выделенный в данной работе штамм A/Anas platyrhynchos/Chany Lake/9/03 (H5N3) ни по одному из его генов не относится к высокопатогенному генотипу Z серотипа H5N1 вируса гриппа А, вызвавшему крупные эпизоотии гриппа в странах Юго-Восточной Азии в 2003-2004 гг. и на территории Западной Сибири в 2 005 году.

Следует отметить, что реассортация между различными вариантами вируса гриппа А, циркулирующими в популяциях птиц, является частым событием. Поэтому, теоретически

существовала возможность того, что генотип Z на территории Западной Сибири в 2 005 году возник в результате реассортации генов НА РВ2, РВ1, РА, NP, М и NS сероварианта H5N3, обнаруженного нами на этой территории в 2003 году и гена N1 генотипа Z, занесенного на эту территорию позже. Однако, результаты изучения генетических связей выделенного нами штамма A/Anas

platyrhynchos/Chany Lake/9/ОЗ с генотипом Z позволяют предположить, что данный генотип был занесен из Юго-Восточной Азии в Западную Сибирь

целиком, а не возник заново в результате реассортации на территории Западной Сибири.

Анализ выведенной аминокислотной

последовательности НА1 субъединицы

гемагглютинина выделенного штамма. Для поиска уникальных аминокислотных замен нами была установлена нуклеотидная последовательность участка гена НА, кодирующего НА1 субъединицу, поскольку эта субъединица является наиболее вариабельной частью НА. Далее проводили сравнение выведенной аминокислотной

последовательности (а.п.) выделенного нами штамма с последовательностями штаммов,

включенных в проведенный нами филогенетический анализ гена НА подтипа Н5 (см. рис. 4) . В результате, в сравнении со штаммами: A/Mallard/Bavaria/1/2005 и

A/Mallard/Italy/3401/2005, являющимися наиболее филогенетически близкими к выделенному в данной работе, аминокислотная последовательность

субъединицы НА1 штамма A/Anas

platyrhynchos/Chany Lake/9/03 имеет три замены: К45, К119 и D268. Однако, ни одна из этих замен не является уникальной в сравнении с другими, более филогенетически отдаленными штаммами от него штаммами. Так, аминокислотный остаток (а.о.) «К» в позиции 45 встречается у штаммов: A/Mallard/Ohio/556/1987, A/Ruddy turnstone/NJ/2242/00, A/Mallard/Wisconsin/169/7 5,A/Turkey/Ontario/7 7 32/66 и A/Shorebird/DE/101/04 «К» в позиции 119 имеется только у штаммов A/Duck/Novosibirsk/56/2005, А/Chicken/HongKong/220/97 и A/Chicken/Indonesia/ BL/2003, а а.о. «D» в позиции 2 68 имеется только у штамма A/Tern/South Africa/61. Этот результат позволяет сделать предположение о конвергентной эволюции вируса гриппа А при циркуляции его среди птиц.

Анализ а.п. НА1 штамма A/Anas platyrhynchos/Chany Lake/9/03 с целью выявления молекулярных "маркеров" патогенности показал,

что участок вблизи сайта расщепления НА имеет

структуру «PQ----RETR//GL», характерную для

низкопатогенных штаммов, а количество и расположение сайтов гликозилирования (в позициях 10, 11, 23, 165 и 286) характерно для подавляющего большинства низкопатогенных

вариантов вируса подтипа Н5. Эти результаты позволяют сделать предположение о том, что штамм A/Anas platyrhynchos/Chany Lake/9/03 относится к низкопатогенным вариантам вируса гриппа А.

Изучение патогенности выделенного штамма для птиц проводили путем внутривенного заражения цыплят согласно стандартной методике [WHO, 2002]. В ходе эксперимента не было выявлено признаков заболевания ни у одной из зараженных особей птиц за период 10 суток после заражения. Таким образом, значение IVIP данного штамма принимает минимально возможную величину, равную 0.00, что позволяет охарактеризовать изучаемый штамм как низкопатогенный для птиц.

Изучение антигенной схожести выделенного штамма с другими штаммами вируса гриппа А подтипа Н5. В связи с тем, что вирус гриппа А подтипа Н5 неоднократно вызывал крупные эпизоотии среди птиц, актуальной задачей является создание вакцин против вируса этого подтипа. Наиболее простым и дешевым методом является создание цельновирионных вакцин на основе низкопатогенных штаммов, антигенно сходных с предполагаемым возбудителем. Для оценки возможности использования выделенного штамма в качестве вакцинного, проведено изучение его антигенной схожести со несколькими штаммами вируса гриппа А подтипа Н5. Анализ проводили методом РТГА с использованием поликлональной иммунной сыворотки хорька, полученной на исследуемый штамм A/Anas platyrhynchos/Chany Lake/9/03. Результаты представлены в табл. 3.

Таблица 3. Кросс-реактивность штаммов вируса гриппа А подтипа Н5._

Штамм Титры РТГА

A/Chicken/Hidalgo/28159-232/95 (H5N2), выделен в Северной Америке, 80

A/Goose/HongKong/99 (H5N1), выделен в Южной Азии 160

A/Vietnam/1203/04 (H5N1) генотипа Z, выделен в Юго-Восточной Азии 160

A/Duck/Malaysia/Fl 19-3/97 (H5N3), выделенным в Юго-Восточной Азии 320

А/Anas platyrhynchos/Chany Lake/9/0, выделен в данной работеЗ 640

Поскольку к антигенно различным принято относить штаммы с более чем четырехкратными различием в титрах РТГА [WHO, 2002], по результатам поведенного анализа можно сделать вывод, что штамм A/Anas platyrhynchos/Chany Lake/9/03 антигенно сходен со штаммами A/Vietnam/1203/04, A/Goose/HongKong/99 и

А/Duck/Malaysia/Fl19-3/97 .

Согласно результатам проведенного в работе филогенетического анализа (см. рис. 4), эти штаммы являются представителями различных генетических линий (хотя штамма

A/Vietnam/1203/04 нет на филогенетическом дереве, этот штамм является представителем генотипа Z и филогенетически близок штамму A/Chicken/Indonesia/BL/2003 [Li et al., 2004]). Таким образом, выделенный нами штамм A/Anas platyrhynchos/Chany Lake/9/03 антигенно близок различным вариантам вируса гриппа А подтипа Н5, циркулировавшим на территории Евразии в 19972004 гг., в том числе и высокопатогенному варианту серотипа H5N1 генотипа Z.

Дополнительно проведено изучение антигенного сходства между выделенным штаммом и штаммом A/Vietnam/1203/04 методом РТГА с использованием моноклональных антител к штамму

A/Vietnam/1203/04 (табл. 4) . Как видно из данных этой таблицы, три из четырех исследованных

эпитопа гемагглютинина имеют сходное строение у штаммов A/Vietnam/1203/04 и A/Anas

platyrhynchos/Chany Lake/9/ОЗ, а именно эпитопы, узнаваемые моноклональными антителами 15A3D3E10, 18Н2А1С9Е1 и 17С9А10А11. Четвертый эпитоп, узнаваемый антителом 13F7C6G10, антигенно различается у этих штаммов (более чем 4-х кратная разница в титрах РТГА). Эти результаты подтверждают полученные выше данные об антигенной схожести штаммов A/Vietnam/1203/04 и A/Anas platyrhynchos/Chany Lake/9/03.

Таблица 4. Кросс-реактивность штаммов вируса гриппа А подтипа Н5._

Штаммы Титры РТГА, проведенной с использованием следующих моноклональных антител

15A3D3E10 18Н2А1С9Е1 17С9А10А11 13F7C6G1 0

A/Vietnam/1203/04 25600 6400 6400 1600

A/Ch/AP/03* 25600 12800 12800 <200

* штамм A/Anas platyrhynchos/Chany Lake/9/03.

Таким образом, результаты изучения антигенных свойств штамма A/Anas platyrhynchos/Chany Lake/9/03 позволяют рекомендовать этот штамм в качестве кандидатного для создания

цельновирионной вакцины против различных вариантов вируса гриппа А подтипа Н5, циркулирующих на территории Евразии, в том числе и против высокопатогенного варианта H5N1 генотипа Z.

ВЫВОДЫ

1. От птиц рода речные утки {Anas), добытых на территории Чановской озерной системы в период с последней декады августа по первую декаду сентября 2002 и 2003 гг., выделены следующие штаммы вируса гриппа А: б штаммов подтипа НЗ, 3 штамма подтипа Н4, 2 штамма подтипа Н2 и 1 штамм серотипа H5N3. Частота

встречаемости инфекции вирусом гриппа А у птиц, добытых в 2 002 году составила 11%; у птиц, добытых в 2003 - 10%.

2. Штаммы вируса гриппа А подтипа Н2, выделенные от речных уток, добытых на территории Чановской озерной системы в 2003 году в сравнении со штаммами вируса гриппа А этого подтипа, изолированными от птиц Северной Америки, Южной Азии, Дальнего Востока и Европы в период 1963-2004 гг., наиболее филогенетически близки штаммам, выделенным от диких уток в Южной Азии в 2001 году и в Европе в 1999 году.

3. Штаммы вируса гриппа А подтипа НЗ, выделенные от речных уток, добытых на территории Чановской озерной системы в 2002 и 2003 гг. в сравнении со штаммами вируса гриппа А этого подтипа, изолированными от птиц Северной Америки, Южной Азии, Дальнего Востока и Европы в период 1961-2001 гг., наиболее филогенетически близки штамму, выделенному от дикой утки в Европе в 2003 году и штамму, выделенному от утки в Южной Азии в 2000 году.

5. Штамм вируса гриппа А подтипа Н5, выделенный от речной утки, добытой на территории Чановской озерной системы в 2003 году в сравнении со штаммами вируса гриппа А этого подтипа, изолированными от птиц Северной Америки, Южной и Юго-Восточной

Азии, Африки и Европы в период 1959-2005 гг., наиболее филогенетически близок низкопатогенным для птиц штаммам, выделенным от диких уток в Европе в 2005 году.

6. Штамм вируса гриппа А серотипа H5N3, выделенный от речной утки, добытой на территории Чановской озерной системы в 2 003 году имеет следующие характеристики:

a. ни по одному из генов он не относится к высокопатогенному генотипу Z серотипа H5N1 вируса гриппа А, вызвавшему крупные эпизоотии гриппа в странах Юго-Восточной Азии в 2003-2004 гг. и на территории Западной Сибири в 2 005 году;

b. отличается от наиболее филогенетически близких ему штаммов тремя аминокислотными остатками в субъединице HAI: К4 5, К119 и D268. Однако в сравнении с другими, более далекими от него в филогенетическом отношении штаммами вируса гриппа А подтипа Н5, выделенными от птиц, ни одна из этих замен не является уникальной;

c. является низкопатогенным для птиц по результатам экспериментального заражения (IVIP = 0.00), что согласуется с предположением о его низкой патогенности, сделанным на основе результатов анализа аминокислотной последовательности субъединицы НА1 гемагглютинина;

d. антигенно сходен со штаммами A/Vietnam/1203/04, A/Goose/HongKong/99 и А/Duck/Malaysia/Fl19-3/97 .

Список публикаций по теме диссертации

1. Разумова Ю.В., Щелканов М.Ю., Дурыманова A.A., Золотых С.И., Терновой В.А., Славский A.A., Юрлов А.К.,. Беклемишев А.Б, Шестопалов A.M., Львов Д.К. Генетическое разнообразие вирусов гриппа А в популяциях диких птиц на

юге Западной Сибири //Вопросы вирусологии. -2005. - №4. - С.31-35.

2. Разумова Ю.В., Щелканов М.Ю., Юрлов А. К., Беклемишев А.Б., Шестопалов А.М, Львов Д.К. Особенности циркуляции вирусов гриппа А в популяциях диких птиц на юге Западной Сибири // Журнал инфекционной патологии. - 2004. -Т.Н. - №3-4. - С.91-94.

3. Разумова Ю.В., Щелканов М.Ю., Золотых С.И., Дурыманова A.A., Терновой В.А., Беклемишев А.Б., Юрлов А.К., Шестопалов A.M., Львов Д.К., Нетесов C.B. Результаты мониторинга вируса гриппа А в популяциях диких птиц на юге Западной Сибири (данные 2003 г.) // Вопросы вирусологии. - 2006. №3. - С. 32-7.

4. Разумова Ю.В. Щелканов М.Ю. Терновой

B.А., Петрова Е.С., Славский A.A., Дурыманова A.A. Юрлов А.К. Беклемишев А.Б. Ямникова

C.М, .Шестопалов A.M., Львов Д.К. Циркуляция вирусов гриппа А в популяциях диких птиц на территории юга западной Сибири (данные 2002 г) // Материалы Междунар. науч. конф. «Современные вопросы эпизоотологии» (Краснообск, 30 июня 2004 г.) / РАСХН. Сиб. отд-ние. - Новосибирск, 2004. -с. 212 -215.

5. Разумова Ю.В. Щелканов М.Ю. Дурыманова А. .А. Золотых С.И. Терновой В.А., Славский А..А., Юрлов А.К., Беклемишев А..Б., Шестопалов A.M., Львов Д.К. Филогенетическое родство вариантов вируса гриппа А, выявленных у диких птиц на юге Западной Сибири и в других регионах Евразии // Тезисы докладов всероссийской конф. «Сибирская зоологическая конференция», Новосибирск, -2 004. - с. 398.

6. Разумова Ю.В. Щелканов М.Ю., Золотых С. И., Терновой В.А., Юрлов А.К., Беклемишев А.Б., Шестопалов A.M., Львов Д.К. Филогенетические и экологические особенности вариантов вируса гриппа А, циркулирующих в

популяциях диких уток на юге Западной Сибири // Тезисы междунар.-практ. конф. «Болезни диких животных», Покров, - 2004. 7. Разумова Ю.В., Щелканов М.Ю., Чаусов Е.В., Юрлов А.К., Славский A.A., Беклемишев A.B., Шестопалов A.M., Львов Д.К. Результаты мониторинга вируса гриппа А на территории Барабинско-Кулундинской низменности (юг

Западной Сибири) в 2002-2003 гг. // Материалы V межрегиональной научно-практической

конференции с международным участием «Актуальные проблемы здоровья населения Сибири: гигиенические и эпидемиологические аспекты», Омск, 2004. - Т2. - С.174-176.

Подписано к печати 2 октября 2007 г Тираж 100 экз Заказ № 615 Отпечатано "Документ-Сервис", 630090, Новосибирск, Институтская 4/1, тел 335-66-00

Содержание диссертации, кандидата биологических наук, Разумова, Юлия Владимировна

ВВЕДЕНИЕ .б

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Общие сведения о вирусе гриппа А

1.1.1. Таксономическая принадлежность, классификация, номенклатура

1.1.2. Строение вириона

1.1.3. Структурно-функциональная организация генома и вирусспецифические белки

1.1.4. Цикл репродукции вируса

1.1.5. Генетическая изменчивость вируса

1.2. Экология вируса гриппа А

1.2.1 Циркуляция вируса гриппа А в популяции людей.

1.2.2 Циркуляция вируса гриппа А среди млекопитающих

1.2.3 Циркуляция вируса гриппа А среди птиц

1.2.6 Межвидовая трансмиссия вируса гриппа А

1.3. Циркуляция вируса гриппа А среди диких птиц

1.3.1. Географические районы, в которых была выявлена циркуляция вируса гриппа А среди диких птиц

1.3.2. Распространенность вируса гриппа А среди диких птиц

1.3.3. Циркуляция вариантов вируса гриппа А с подтипами гемагглютинина Н5 и Н7 среди диких птиц

1.3.4. Роль сезонных миграций водно-болотных птиц в географическом распространении вируса гриппа А

1.3.5. Ключевые аспекты мониторинга и изучения вариантов вируса гриппа А, циркулирующих в популяциях диких птиц

ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2.1. Сбор клоакальных мазков птиц

2.2. Выделение изолятов вируса гриппа А

2.3. Реакция гемагглютинации

2.4. Реакция торможения гемагглютинации

2.5. Определение патогенности штамма вируса гриппа А

2.6. Выделение геномных РНК вируса гриппа А

2.7. Реакция обратной транскрипции

2.8. Полимеразная цепная реакция.

2.9. Определение нуклеотидной последовательности ДНК

2.10. Анализ нуклеотидных последовательностей

ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ

3.1. Выделение штаммов вируса гриппа А от диких птиц Чановской озерной системы

3.2. Филогенетический анализ выделенных штаммов вируса гриппа А

3.2.1. Филогенетический анализ штаммов подтипа Н

3.2.2. Филогенетический анализ штаммов подтипа НЗ

3.2.3. Филогенетический анализ штаммов подтипа Н

3.2.4. Филогенетический анализ штамма подтипа Н

3.2.5. Сопоставление результатов филогенетического анализа с данными о миграциях птиц

3.3. Изучение генетических, антигенных и патогенных свойств выделенного штамма вируса гриппа А подтипа Н5.

3.3.1. Изучение генетических связей выделенного штамма с высокопатогенным генотипом Z серотипа H5N вируса гриппа А

3.3.2. Анализ выведенной аминокислотной последовательности НА1 субъединиды гемагглютинина выделенного штамма

3.3.3. Изучение патогенности выделенного штамма для птиц

3.3.4. Изучение антигенной схожести выделенного штамма с другими штаммами вируса гриппа А подтипа Н

Введение Диссертация по биологии, на тему "Выделение штаммов вируса гриппа А от диких птиц Чановской озерной системы и изучение молекулярно-генетических, антигенных и патогенных свойств этих штаммов"

Вирус гриппа А (Ortomyxoviridae, Influenzavirus А) был выделен от некоторых видов млекопитающих, включая человека, и от многих видов птиц [Webster et al., 1992; Olsen et al., 2006].

У птиц вирус гриппа А вызывает заболевание, называемое гриппом, тяжесть протекания которого зависит от патогенности конкретного варианта возбудителя. Инфекция может протекать бессимптомно или сопровождаться диареей, снижением яйценоскости, коньюктивитом, поражением органов дыхания и нервной системы. Высокопатогенные варианты вируса способны вызывать 75-100% смертность среди птиц [Easterday et al., 1997; Сюрин и др., 1998].

Эпизоотии гриппа среди сельскохозяйственных птиц наносят значительный экономический ущерб птицеводству и были неоднократно зарегистрированы в различных странах мира. [Alexander, 2000; Horimoto & Kawaoka, 2001] .

Особенно крупная эпизоотия гриппа птиц произошла в 2003-2004 гг. в странах юго-восточной Азии. Эпизоотия была вызвана высокопатогенным вариантом серотипа H5N1 и охватила 9 стран этого региона [Li et al., 2004]. В 2005 году этот вариант вызвал вспышки гриппа птиц на территории Западной Сибири [Львов и др., 2006 (а)] и Европы [OIE, 2006]

Несмотря на то, что варианты вируса гриппа А, циркулирующие среди птиц, обладают молекулярно-биологическими особенностями, ограничивающими их возможность инфицировать человека и реплицироваться в данном виде хозяев, начиная с 1997 года регистрируются случаи прямого заражения людей вирусом гриппа А от птиц, нередко - с летальным исходом [Peiris et al., 1999; Fouchier et al., 2004; Koopmans et al., 2004].

Дикие птицы водно-болотной экологической группы являются основным природным резервуаром вируса гриппа А, откуда он проникает в популяции сельскохозяйственных птиц. Миграции птиц способствуют распространению различных вариантов этого вируса на огромные расстояния [Львов и Ильичев, 1979]. Поэтому для контроля над возбудителем необходим мониторинг и изучение вариантов вируса, циркулирующих в популяциях птиц диких биоценозов. Поскольку все известные высокопатогенные для птиц штаммы вируса гриппа А относятся к одному из двух серовариантов: к Н5 или к Н7, особое внимание при проведении мониторинга вируса гриппа в популяциях птиц необходимо уделять выявлению и изучению таких серовариантов. Изучение генетических, патогенных и антигенных свойств таких вариантов позволит оценить их эпизоотическую опасность, а также оценить их пригодность для создания цельновирионной вакцины против вируса гриппа А соответствующего подтипа.

Другим важным аспектом изучения вируса гриппа А является выяснение филогенетических связей штаммов, выделенных от птиц разных регионов, что позволит изучить пути географического распространения вируса в природном резервуаре.

Предполагается, что вирус гриппа А циркулирует повсеместно среди водно-болотных птиц, однако мониторинг этого вируса не может быть проведен на всей территории ареала их обитания. В связи с этим наиболее актуально проведение такого мониторинга в районах массовых скоплений водно-болотных птиц, расположенных на пересечении миграционных путей этих птиц различных географических популяций.

Одним из таких районов является Чановская озерная система, расположенная на юге Западносибирской равнины. Чановская озерная система является одним из крупнейших водно-болотных угодий Российской Федерации [Водно-болотные угодья России, 2005] и служит местом массовых скоплений водоплавающих птиц во время весеннего пролета, гнездования и линьки [Западная Сибирь, 1963] . Птицы, скапливающиеся в период сезонных миграций в районе Чановской озерной системы, контактируют во время зимовки с популяциями птиц Африки, Европы, Средней, Южной и Юго-Восточной Азии [Львов и Ильичев, 1979; Миграции птиц Восточной Европы и Северной Азии: Пластинчатоклювые, 1997] . Это создает предпосылки для занесения различных вариантов вируса гриппа А из указанных регионов на территорию Чановской озерной системы.

Цель и задачи работы

Для достижения поставленной цели необходимо было решить следующие задачи: выделить изоляты вируса гриппа А от диких птиц, обитающих на территории Чановской озерной системы; установить подтип гемагглютинина выделенных изолятов вируса гриппа А; выяснить филогенетические связи между выделенными в настоящей работе изолятами и другими штаммами вируса гриппа А, выделенными от птиц; в случае выделения изолятов вируса гриппа А подтипа Н5 и/или Н7 провести изучение патогенных, генетических и антигенных свойств этих изолятов;

Научная новизна и практическая значимость

Впервые выявлена циркуляция вируса гриппа А среди диких птиц на территории Чановской озерной системы. Получены данные о зараженности диких птиц рода речные утки (Anas), добытых на данной территории в период с последней декады августа по первую декаду сентября в 2002 и 2003 гг.

От диких птиц, добытых на территории Чановской озерной системы, выделено 12 оригинальных штаммов вируса гриппа А. Эти штаммы депонированы в коллекцию вирусов при ФГУН ГНЦ ВБ "Вектор" Роспотребнадзора. Кроме того, один из выделенных штаммов: /Anas platyrhynchos/Chany Lake/9/2003 (H5N3) депонирован в

Государственную коллекцию вирусов РФ при Институте вирусологии им. Д.И. Ивановского. Выделенные штаммы могут быть использованы в диагностических целях в качестве антигенов и создания на их основе диагностических сывороток.

Определены нуклеотидные последовательности гена НА всех выделенных в настоящей работе штаммов, а также генов РВ2, РВ1, NP, NA, М, NS штамма A/Anas platyrhynchos/Chany Lake/9/03.

Установленные нуклеотидные последовательности гена НА депонированы в электронную международную базу данных GenBank; нуклеотидные последовательности генов РВ2, РВ1, NP, NA, М, NS штамма A/Anas platyrhynchos/Chany Lake/9/03 приведены в паспорте депонирования этого штамма в Коллекцию вирусов при ФГУН ГНЦ ВБ "Вектор".

Впервые определены филогенетические связи между вариантами вируса гриппа А, циркулировавшими в популяциях диких птиц на территории Чановской системы озер и в популяциях диких птиц других географических регионов.

Полученные в настоящей работе данные о зараженности вирусом гриппа А диких птиц на Чановской озерной системы и данные филогенетического анализа штаммов вируса гриппа, выделенных от птиц на этой территории, могут быть использованы для прогнозирования эпизоотической ситуации по гриппу птиц.

Проведено изучение генетических, антигенных и патогенных свойств штамма A/Anas platyrhynchos/Chany Lake/9/2003.

Положения, выносимые на защиту: \ 1. Среди диких птиц рода речные утки (Anas) на территории

Чановской озерной системы в период с последней декады августа по первую декаду сентября в 2002-2003 гг. циркулировали сероварианты Н2, НЗ, Н4 и H5N3 вируса гриппа А, с преобладанием сероварианта НЗ, причем инфекция вирусом гриппа А в указанный период года охватывала 11% популяции этих птиц в 2002 году и 10% популяции этих птиц - в 2003.

3. Вариант вируса гриппа А серотипа H5N3, циркулировавший в 2003 году среди речных уток Чановской озерной системы имеет следующие характеристики: a) Ни по одному из генов он не относится к высокопатогенному генотипу Z серотипа H5N1 вируса гриппа А, вызвавшему крупные эпизоотии гриппа в странах Юго-Восточной Азии в 2003-2004 гг. и на территории Западной Сибири в 2005 году; b) по результатам экспериментального заражения вариант является низкопатогенным для птиц (IVIP = 0.00), что согласуется с предположением о его низкой патогенности, сделанным на основе результатов анализа аминокислотной последовательности гемагглютинина; c) вариант антигенно близок различным вариантам вируса гриппа А подтипа Н5, циркулировавшим на территории Евразии в 1997- 2004 гг., в том числе и высокопатогенному варианту серотипа H5N1 генотипа Z.

Апробация работы и публикации

Материалы диссертации были представлены на следующих конференциях:

• Международная научная конференция «Современные вопросы эпизоотологии», Краснообск, - 2004 г.;

• Всероссийской конференция «Сибирская зоологическая конференция», Новосибирск, -2004.;

• Международная научно-практическая конференция «Болезни диких животных», Покров, - 2004; I

• Пятая межрегиональная научно-практическая конференция с международным участием «Актуальные проблемы здоровья населения Сибири: гигиенические и эпидемиологические аспекты», Омск, -2004.

По материалам диссертации опубликовано три статьи из которых две - в рецензируемом научном журнале. Во всех статьях соискатель является первым автором.

Благодарности

Выражаю глубокую признательность следующим сотрудникам Института систематики и экологии животных СО РАН: А.К. Юрлову и А.В. Друзяке за помощь при проведении исследования и ценные консультации. I

Заключение Диссертация по теме "Вирусология", Разумова, Юлия Владимировна

выводы

1.0т птиц рода речные утки (Anas), добытых на территории Чановской озерной системы в период с последней декады августа по первую декаду сентября 2002 и 2003 гг., выделены следующие штаммы вируса гриппа А: б штаммов подтипа НЗ, 3 штамма подтипа Н4, 2 штамма подтипа Н2 и 1 штамм серотипа H5N3. Частота встречаемости инфекции вирусом гриппа А у птиц, добытых в 2002 году составила 11%; у птиц, добытых в 2003 - 10%.

4. Штаммы вируса гриппа А подтипа Н4, выделенные от речных уток, добытых на территории Чановской озерной системы в 2002 году в сравнении со штаммами вируса гриппа А этого подтипа, изолированными от птиц Северной Америки, Австралии, Новой Зеландии, Южной Азии и Европы в период 1959-2004 гг., наиболее филогенетически близки штаммам, выделенным от диких уток в Европе в 2001 году. 5. Штамм вируса гриппа А подтипа Н5, выделенный от речной утки, добытой на территории Чановской озерной системы в 2003 году в сравнении со штаммами вируса гриппа А этого подтипа, изолированными от птиц Северной Америки, Южной и Юго-Восточной Азии, Африки и Европы в период 1959-2005 гг., наиболее филогенетически близок низкопатогенным для птиц штаммам, выделенным от диких уток в Европе в 2005 году.

6. Штамм вируса гриппа А серотипа H5N3, выделенный от речной утки, добытой на территории Чановской озерной системы в 2003 году имеет следующие характеристики: a. ни по одному из генов он не относится к высокопатогенному генотипу Z серотипа H5N1 вируса гриппа А, вызвавшему крупные эпизоотии гриппа в странах Юго-Восточной Азии в 2003-2004 гг. и на территории Западной Сибири в 2005 году; b. отличается от наиболее филогенетически близких ему штаммов тремя аминокислотными остатками в субъединице НА1: К45, К119 и D2 68. Однако в сравнении с другими, более далекими от него в филогенетическом отношении штаммами вируса гриппа А подтипа Н5, выделенными от птиц, ни одна из этих замен не является уникальной c. является низкопатогенным для птиц по результатам • экспериментального заражения (IVIP = 0.00), что согласуется с предположением о его низкой патогенности, сделанным на основе результатов анализа аминокислотной последовательности субъединицы НА1 гемагглютинина; d. антигенно сходен со штаммами A/Vietnam/1203/04, A/Goose/HongKong/99 и A/Duck/Malaysia/F119-3/97.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

Целью настоящей работы являлся мониторинг и изучение вариантов вируса гриппа А, циркулирующих среди диких птиц Чановской озерной системы.

Для достижения поставленной цели нами был проведен сбор клоакальных мазков от 178-ми особей птиц 16-ти видов, добытых на этой территории в 2002 и 2003 гг. в период: последняя декада августа - первая декада сентября. Обследование собранного материала на присутствие вируса гриппа А методом пассирования на куриных эмбрионах позволило выделить 11 изолятов этого вируса. Изоляты были получены от птиц 3-х видов: кряква (Anas platyrhynchos), чирок-свистунок (Anas сгесса) и чирок-трескунок (Anas guerguedula).

Методом ОТ-ПЦР с последующим секвенированием полученных в ПЦР фрагментов, у выделенных изолятов был определен подтип гемагглютинина. Два изолята имели Н2 подтип, пять изолятов имели НЗ подтип, три изолята имели Н4 подтип, один изолят - Н5 подтип и один изолят представлял собой смесь НЗ и Н4 подтипов. Поскольку среди выделенных серовариантов наиболее эпизоотически опасным являлся Н5 подтип, методом ОТ-ПЦР с последующим секвенированием ДНК-ампликона была установлена полная серологическая формула этого изолята: H5N3. Выделенные изоляты депонированы как штаммы Государственную коллекцию вирусов РФ при ФГУН ГНЦ ВБ "Вектор" и могут быть использованы в диагностических целях в качестве антигенов и создания на их основе диагностических сывороток. Кроме того, штамм серотипа H5N3 депонирован в Государственную коллекцию вирусов РФ при Институте вирусологии им. Д.И. Ивановского.

Для получения данных об уровне инфицированности обследованных птиц, которые можно было бы сравнить с данными аналогичных исследований, проведено объединение видов обследованных птиц в таксономические и экологические группы, часто используемые в такого рода исследованиях. Самой узкой по количеству видов группой, объединяющей птиц, от которых был выделен вирус гриппа А является род речные утки (Anas). Уровень зараженности этой группы птиц составил 11% в 2002 году и 10% - в 2003.

Однако, поскольку максимальная доля популяции диких уток, инфицированных вирусом гриппа А приходится на период перед началом их осенней миграции и может достигать 30%, а в настоящем исследовании обследование этих птиц было проведено за месяц до начала их валового отлета, выявленный нами уровень зараженности этих птиц вероятно ниже максимально возможного для данной территории.

Филогенетический анализ выделенных штаммов по гену гемагглютинина, проведенный с использованием установленных в работе нуклеотидных последовательностей, а также последовательностей из GenBank штаммов вируса гриппа А, выделенных от птиц в различных регионах и в различные годы показал, что штаммы вируса гриппа А, выделенные от диких уток Чановской озерной системы в 2002-2003 гг., филогенетически близки штаммам вируса гриппа А, выделенным от диких уток в Европе и Южной Азии в 1999-2005 гг. В совокупности с данными о встречах птиц, окольцованных на территории Чановской озерной системы, результаты проведенного нами филогенетического анализа позволяют сделать предположение, что что дикие птицы способны разносить различные варианты вируса гриппа А между такими удаленными друг от друга географическими регионами как Чановская озерная система, Европа и Южная Азия. Это предположение согласуется с существующим мнением о том, что занесение высокопатогенного варианта вируса гриппа А серотипа H5N1 в 2 005 году из Южной Азии на территорию юга Западной Сибири и Европы произошло в результате миграций птиц [Львов и др., 2006 (a); OIE, 2006].

Далее было проведено изучение генетических, патогенных и антигенных свойств выделенного в работе штамма вируса гриппа серотипа H5N3. Севенирование и последующий филогенетический анализ установленных нуклеотидных последовательностей генов РВ2, РВ1, NP, NA, М и NS этого штамма, а также филогенетический анализ гена гемагглютинина этого штамма, проведенный на предыдущем этапе работы, позволил заключить, что этот штамм ни по одному из его генов не относится к высокопатогенному генотипу Z серотипа H5N1 вируса гриппа А, вызвавшему крупные эпизоотии гриппа в странах Юго-Восточной Азии в 2003-2004 гг. и на территории Западной Сибири в 2005 году. Эти результаты дают основание предположить, что генотип Z был занесен из Юго-Восточной Азии в Западную Сибирь целиком, а не возник заново в результате реассортации с ранее циркулировавшими на территории Западной Сибири вариантами вируса гриппа А.

Поскольку гемагглютинин является наиболее вариабельным белком вируса гриппа А, а субъединица НА1 - наиболее вариабельной его частью, с целью поиска уникальных аминокислотных замен у выделенного нами штамма была установлена полная нуклеотидная последовательность участка гена НА, кодирующего эту субъединицу, и проведено сравнение выведенной аминокислотной последовательности с аналогичными последовательностями штаммов, использованных в филогенетическом анализе гена НА подтипа Н5. Результат показал, что выделенный нами штамм отличается от наиболее филогенетически близких ему штаммов тремя аминокислотными остатками в субъединице НА1: К45, К119 и D268. Однако в сравнении с другими, более далекими от него в филогенетическом отношении штаммами вируса гриппа А подтипа Н5, выделенными от птиц, ни одна из этих замен не является уникальной. Этот результат позволяет сделать предположение о конвергентной эволюции вируса гриппа А при циркуляции его среди птиц, чем может объяснятся высокая гомология аминокислотных последовательностей НА штаммов вируса гриппа А, выделенных от птиц, которая была выявлена в различных исследованиях.

Субъединица НА1 играет ключевую роль в патогенности вируса гриппа для птиц. С целью выявления молекулярных "маркеров" патогенности у выделенного нами штамма была проанализирована аминокислотная последовательность участка НА1 субъединицы, располагающаяся близи сайта протеолитического расщепления НА, а также изучено расположение потенциальных сайтов гликозилирования на этой субъединице. Проведенный анализ позволяет сделать предположение, что изучаемый штамм относится к низкопатогенным вариантам вируса гриппа А.

С целью проверки этого предположения проведено определение патогенности этого штамма путем внутривенного заражения цыплят. При этом было выявлено признаков заболевания ни у одной из зараженных особей птиц за период 10 суток после заражения (IVIP = 0.00), что позволяет охарактеризовать изучаемый штамм как низкопатогенный для птиц. Этот результат согласуется с полученнными выше результатами анализа аминокислотной последовательности субъединицы НА1 изучаемого штамма.

Изучение кросс-реактивности выделенного нами штамма подтипа Н5 со другими штаммами этого подтипа в РТГА с использованием поликлональных сывороток и моноклональных антител, позволило сделать вывод, что выделеный нами штамм антигенно близок различным вариантам вируса гриппа А подтипа Н5, циркулировавшим на территории Евразии в 1997- 2004 гг., в том числе и высокопатогенному варианту серотипа H5N1 генотипа Z. В совокупности с тем фактом, что данный штамм не вызывает клинических признаков заболевания у птиц, результаты изучения антигенных свойств позволяют рекомендовать выделенный нами штамм подтипа Н5 в качестве кандидатного для создания цельновирионной вакцины против различных вариантов вируса гриппа А подтипа Н5, циркулирующих на территории Евразии, в том числе и против высокопатогенного варианта H5N1 генотипа Z.

Библиография Диссертация по биологии, кандидата биологических наук, Разумова, Юлия Владимировна, Кольцово

1. Азиатско-Тихоокеанский комитет по охране водно-болотных птиц.

2. Азиатско-Тихоокеанская стратегия охраны перелетных водно-болотных птиц на 2001-2005 / Пер. с англ. Wetlands International. Москва-Ашхабад, 2001. - 76 с.

3. Вирусы гриппа и грипп / Под ред. Э. Д. Кильбурна. М: Медицина, 1989. - 585 с.

4. Водно-болотные угодья России Электронный ресурс. 2005. -Режим доступа: http://wetlands.biodiversity.ru, свободный

5. Ерохов С. Н. Белокрылая крачка / С. Н. Ерохов // Птицы СССР. Чайковые / С. Н. Ерохов. М.: Наука, 1988. - С. 85-97.

6. Жезмер В. Ю. Вирусоносительство орто- и парамиксовирусов околоводными птицами Прибайкалья / В. Ю. Жезмер, Т. И. Борисова // Экология вирусов: Труды Института вирусологии им. Д. И. Ивановского, М. 1982. - С. 163-169.

7. Западная Сибирь / Под ред. Г. Д. Рихтера М. : изд-то Академии Наук СССР, 1963. 488 с.

8. Львов Д. К. Миграции птиц и перенос возбудителей инфекции / Д. К. Львов, В. Д. Ильичев. М.:Наука, 1979. - 270.

9. Львов Д. К. Изоляция вирусов гриппа А от диких птиц и ондатры в западной части Восточно-Азиатского миграционного русла / Д. К. Львов, О. 3. Горин, С. С. Ямникова, В. И. Злобин, Н. Д. Львов, М. А. Хаснатинов, И. Т. Федякина, В. М. Чумаков, Е. А.

10. Непоклонов, Т. И. Алипер // Вопр Вирусол. 2001. - № 4. - С. 35-39.

11. Львов Д. К. Межпопуляционные взаимодействия в системе вирусы гриппа А животные - человек / Д. К. Львов // Вопр Вирусол. - 2005. - № 4. - С. 4-11.

12. Маниатис Т. Молекулярное клонирование / Т. Маниатис, Э. Фрич, Д. Сэмбрук. М.: Мир, 1984. - 480.

13. Миграции птиц восточной Европы и Северной Азии: Пластинчатоклювые. Речные утки / Отв. ред. В. Б. Бианки. М. : Наука, 1997. - 318 с.

14. Сюрин В. Н. Вирусные болезни животных / В. Н. Сюрин, А. Я. Самуйленко, Б. В. Соловьев, Н. В. Фомина. Москва.: ВНИТИБП, 1998. - 928 с.

15. Ямникова С. С. Мониторинг за циркуляцией вирусов гриппа А в популяциях диких птиц Северного Каспия / С. С. Ямникова, А. С. Гамбарян, И. Т. Федякина, А. А. Шилов, Е. С. Петрова, Д. К. Львов // Вопр Вирусол. 2001. - № 4. - С. 39-43.

16. Alexander D. J. The pathogenicity of four avian influenza viruses for fowls, turkeys and ducks / D. J. Alexander, W. H. Allan, D. Parsons, G. Parsons // Res Vet Sci. 1978. - № 24 (2) . - C. 242-247.

17. Alexander D. J. Experimental assessment of the pathogenicity of eight avian influenza A viruses of H5 subtype for chickens, turkeys, ducks and quai / D. J. Alexander, G. Parsons, R. J. Manvell // Avian Pathology. 1986. - № 15. - C. 647-662.

18. Alexander D. J. A review of avian influenza in different bird species /D. J. Alexander // Vet Microbiol. 2000. - № 74(1-2) . - C. 3-13.

19. Alfonso C. P. Influenza A viruses isolated from waterfowl in two wildlife management areas of Pennsylvania / C. P.

20. Alfonso, В. S. Cowen, H. van Campen // J Wildl Dis. 1995.-№ 31(2). - C. 179-185.

21. Allen H. Influenza virus RNA segment 7 has the coding capacity for two polypeptides / H. Allen, J. McCauley, M. Waterfield, M. J. Gething // Virology. 1980. - № 107. - C. 548-551.

22. Alonso-Caplen F. V. Nucleocytoplasmic transport: The influenza virus NS1 protein regulates the transport of spliced NS2 mRNA and its precursor NS1 mRNA / F. V. Alonso-Caplen, M. E. Nemeroff, Y. Qiu, R. M. Krug // Genes Dev. 1992. - № 6. - C. 255-267.

23. Banks J. Phylogenetic analysis of H7 haemagglutinin subtype influenza A viruses / J. Banks, E. C. Speidel, J. W. McCauley, D. J. Alexander // Arch Virol. 2000ю - № 145(5). - С. 104758.

24. Bean W. J. Recombination of human influenza A viruses in nature / W. J. Bean, N. J. Cox, A. P. Kendal // Nature. -1980. № 284. - C. 638-640.

25. Bean W. J. Evolution of the H3 influenza virus hemagglutinin from human and nonhuman hosts / W. J. Bean, M. Schell, J. Katz, Y. Kawaoka, C. Naeve, 0. Gorman, R. G. Webster // J Virol. 1992. - № 66. - C. 1129-1138.

26. Beaton A. R. Transcription antitermination during influenza viral template RNA synthesis requires the nucleocapsid protein and the absence of a 5i" capped end // A. R. Beaton, R. M. Krug // Proc Natl Acad Sci USA. -1986. № 83. - C. 6282-6286.

27. Becker W. В. The isolation and classification of tern virus: innfuenza virus A/tern/South Africa/1961 / W. B. Becker // J Hygiene. 1966. - № 64. - C. 309-320.

28. Beveridge W. Influenza: the Last Great Plague, an Unfinished Story of Discovery / W. Beveridge //. New York: Prodist, 1977. 55 c.

29. Bizebard T. Structure of influenza virus haemagglutinin complexed with a neutralizing antibody // T. Bizebard, B. Gigant, P. Rigolet, B. Rasmussen, 0. Diat, P. Bosecke, S. A. Wharton, J. J. Skehel, M. Knossow // Nature. 1995. - № 376. - C. 92-94.

30. Bouloy M. Globin mRNAs are primers for the transcription of influenza viral RNA in vitro // M. Bouloy, S. J. Plotch, R. M. Krug // Proc Natl Acad Sci U S-A. 1978. - № 75. - C. 4886-4890.

31. Bouloy M. Cap and internal nucleotides of reovirus mRNA primers are incorporated into influenza viral complementary RNA during transcription in vitro / M. Bouloy, M. A. Morgan, A. J. Shatkin, R. M. Krug //J Virol. 1979. - № 32. - C. 895-904.

32. Bragstad K. New avian influenza A virus subtype combination H5N7 identified in Danish mallard ducks // K. Bragstad, P. H. Jorgensen, K. J. Handberg, S. Mellergaard, S. Corbet, A. Fomsgaard // Virus Research. 2005. - № 109. - C. 181-190.

33. Brown I. H. The epidemiology and evolution of inafluenza viruses in pigs / I. H Brown // Vet Microbiol. -2000. № 74.- C. 29-46.

34. Bryans J. T. Viral respiratory diseases of horses / J. T. Bryans // Proc 101st Annu Meet Am Vet Assoc. 1964. - № 112 -C. 38-43.

35. Bullough P. A. Structure of influenza haemagglutinin at the pH of membrane fusion /Р. A. . Bullough, F. M. Hughson, J. J. Skehel, D. C. Wiley // Nature. 1994. - № 371. - C. 37-43.

36. Callan R. J. The appearance of H3 influenza viruses in seals / R. J. Callan, G. Early, H. Kida, V. S. Hinshaw // J Gen Virol. 1995. - № 76. - C. 199-203.

37. Choi Y. K. Avian influenza viruses in Korean live poultry markets and their pathogenic potential / Y. K. Choi, S. H. Seo, J. A. Kim, R. J. Webby, R. G. Webster // Virology. -2005. № 332(2). - C. 529-37.

38. Chomczynski P. Single-step method of RNA isolation by acid guanidinium thiocyanate-phenol-chloroform extraction / P.

39. Chomczynski, N. Sacchi 11 Anal Biochem. 1987. - 162(1). - C. 156-159.

40. Claas E. J. Human influenza A H5N1 virus related to a highly pathogenic avian influenza virus / E. J. Claas, A. E. Osterhaus, R. Van Beek, J. C. De Jong, G. F. Rimmelzwaan, D.

41. A. Senne, S. Krauss, K. F. Shortridge, R. G. Webster // Lancet. 1998. - № 351. - C. 472-477.

42. Colman P. M. Neuraminidase: Enzyme and antigen / P. M. Colman // The influenza viruses / Eds. R. M. Krug. New York: Plenum Press, 1989. - C. 175-218.

43. Cooley A. J. Pathological lesions in the lungs of ducks infected with influenza A viruses / A. J. Cooley, H. . Van Campen, M. S. Philpott, В. C. Easterday, V. S. Hinshaw // Vet Pathol. 1989. - № 26. - C. 1-5.

44. B. Carstens, M. K. Estes , S. M. Lemon, J. Maniloff, M. A. Mayo , D. J. McGeoch, C. R. Pringle, R. В Wickner. San Diego, Calif.: Academic Press, 2000. - C. 585-597.

45. Cox N. J. Global epidemiology of influenza: past and present / N. J. Cox, K. Subbarao // Annu Rev Med. 2000. - № 51. - C. 407-421.

46. Crosby A. W. Flu and the American expeditionary force / A. W. Crosby // Epidemic and peace 1918 / A. W. Crosby. -Westport, CT: Greenwood Press, 1976. C. 145-170.

47. Crosby A. W. America's forgotten pandemic: The influenza of 1919 / A. W. Crosby. Cambridge, UK: Cambridge University Press, 1990. - 58 c.

48. Daly J. M. Current perspectives on control of equine influenza / J. M. Daly, J. R. Newton, J. A. Mumford // Vet Res. 2004. - № 35. - C. 411-423.

49. Donis R. O. Distinct lineages of influenza virus H4 hemagglutinin genes in different regions of the world / R. 0. Donis, W. J. Bean, Y. Kawaoka, R. G. Webster // Virology. -1989. № 169. - C. 408-417.

50. Downie J. C. Isolation of a type influenza virus from an Australian pelagic bird / J. C. Downie, W.G. Laver // Virology. 1973. - № 51. - C. 259-269.

51. Easterday В. C. Influenza / В. C. Easterday, V. S. Hinshaw, D. A. Halvorson //.Diseases of poultry / Eds. B. W. Calnek, H. J. Barnes, C. W. Beard , L. R. McDougald. Saif Iowa.: State University Press, Ames, 1997. - C. 583-605.

52. Elder К. T. In vitro synthesis, glycosylation, and membrane insertion of influenza virus haemagglutinin / К. T. Elder, J. M. Bye, J. J. Skehel, M. D. Waterfield, A. E. Smith // Virology. 1979. - № 95(2). - C. 343-350.

53. Fang R. Complete structure of A/duck/Ukraine/63 influenza hemagglutinin gene: animal virus as progenitor of human H3 Hong Kong 1968 influenza hemagglutinin / R. Fang, Jou W. Min, D. Huylebroeck, R. Devos, W. Fiers // Cell. 1981. - № 25(2). - C. 315-23.

54. Felsenstein J. Confidence limits on phylogenies: anapproach using the bootstrap / J. Felsenstein // Evolution. -1985. № 39. - C. 787-791.

55. Fortes P. Influenza virus NS1 protein inhibits pre-mRNA splicing and blocks mRNA nucleocytoplasmic transport / P. Fortes, A. Beloso, J. Ortin // EMBO J. 1994. - № 13. - C. 704-712.

56. Fouchier R. A. Influenza A virus surveillance in wild birds in Northern Europe in 1999 and 2000 / R. A. Fouchier, B. Olsen, Т. M. Bestebroer, S. Herfst, L. van der Kemp, G. F. Rimmelzwaan, A. D. Osterhaus // Avian Dis. 2003. - № 47(3). - C. 857-860.

57. H K. Lvov, J. S. Robertson, N. V. Bovin, M. N. Matrosovich //

58. Virology. 1997. - № 232(2). - C. 345-350.

59. Garcia M. Evolution of H5 subtype avian influenza A viruses in North America // M. Garcia, D. L.Suarez, J. M. Crawford, J. W. Latimer, R. D. Slemons, D. E. Swayne, M. L. Perdue // Virus Res. 1997. - № 51(2). - C. 115-124.

60. Garcia-Sastre A. Influenza A virus lacking the NS1 gene replicates in interferon-deficient systems // A. Garcia-Sastre, A. Egorov, D. Matassov, S. Brandt, D. E. Levy, J. E. Durbin, P. Palese, T. Muster // Virology. 1998. - № 252(2).- C. 324-330.

61. Ghendon Y. Influenza surveillance / Y. Ghendon // Bull WHO.- 1991. № 69. - C. 509-515.

62. Hanson B.A. Avian influenza viruses in Minnesota ducks during 1998-2000 / B. A. Hanson, D. E. Stallknecht, D. E. Swayne, L. A. Lewis, D. A. Senne // Avian Dis. 2003. - № 47 (3) . - C. 867-871.

63. Hatchette T. F. Influenza A viruses in feral Canadian ducks: extensive reassortment in nature / T. F. Hatchette, D. Walker, C. Johnson, A. Baker, S. P. Pryor, R.G. Webster // J Gen Virol. 2004. - № 85(Pt 8). - C. 2327-2337.

64. Hay A. J. Influenza virus messenger RNAs are incomplete transcripts of the genome RNAs / A. J. Hay, G. Abraham, J. J. Skehel, J.C. Smith, P. Fellner // Nucleic Acids Res. 1977 (a). - № 4(12). - C. 4197-4209.

65. Hay A. J. Transcription of the influenza virus genome // A. J. Hay, B. Lomniczi, A .R. Bellamy, J. J. Skehel // Virology.- 1977 (b). № 83. - C. 337-355.

66. Hay A. J. Characterization of influenza virus RNA complete transcripts / A. J. Hay, J. J. Skehel, J. McCauley // Virology. 1982. - № 116. - C. 517-522.

67. Hay A. J. The action of adamantanamines against influenza A viruses: Inhibition of the M2 ion channel protein / A. J. Hay // Semin Virol. 1992. - № 3. - C. 21-30.

68. Helenius A. Unpacking the incoming influenza virus / A. Helenius // Cell. 1992. - № 69. - C. 577-578.

69. Herz C. Influenza virus, an RNA virus, synthesizes its messenger RNA in the nucleus of infected cells / C. Herz, E. Stavnezer, R. M. Krug, T. Jr. Gurney // Cell. 1981. -№ 26. -C. 391-400.

70. Hillis D. M. An empirical test of bootstrapping as a method for assessing confidence in phylogenetic analysis / D. M. Hillis, J.J. Bull // Systematic Biology. 1993. - № 42. - C. 182-192.

71. Hinshaw V. S. Genetic reassortment of influenza A viruses in the intestinal tract of ducks /V. S. Hinshaw, W. J. Bean, R .G. Webster, G. Sriram // Virology. 1980 (a). - № 102. -C. 412-419.

72. Hinshaw V.S. The perpetuation of orthomyxoviruses and paramyxoviruses in Canadian waterfowl / V. S. Hinshaw, R.G. Webster, B. Turner // Can J Micro. 1980 (6). - № 26. - C. 622-629.

73. Hinshaw V.S. Antigenic and genetic characterization of a novel hemagglutinin subtype of influenza A viruses from gulls / V. S. Hinshaw, G. M. Air , A. J. Gibbs, L. Graves, B. Prescott, D. Karunakaran // J Virol. 1982. - № 42. - C. 865872.

74. Hinshaw V. S. Are seals frequently infected with avian influenza viruses? / V. S. Hinshaw, W. J. Bean, R G. Webster,

75. J.E Rehg, P. Fiorelli, G. Early, J.R. Geraci, D. J. St. Aubin // J Virol. 1984. - № 51. - C. 863-865.

76. Hinshaw V. S. Characterization of two influenza A viruses from a pilot whale / V. S. Hinshaw, W. J. Bean, J. Geraci, P. Fiorelli, G. Early, R. G. Webster // J Virol. 1986. - № 58(2). - C. 655-666.

77. Hirst G. K. Agglutination of red cells by allantoic fluid of chick embryos infected with influenza virus / G. K. Hirst // Science. 1941. - № 94. - C. 22-23.

78. Hoffmann E. Universal primer set for the full-length amplification of all influenza A viruses / E. Hoffmann, J. Stech, Y. Guan, R. G. Webster, D. R. Perez // Arch Virol. -2001. 146(12). - № 2275-2289.

79. Horimoto T. Reverse genetics provides direct evidence for a correlation of hemagglutinin cleavability and virulence of an avian influenza A virus / T. Horimoto, Y. Kawaoka // J Virol. 1994. - № 68. - C. 3120-3128.

80. Horimoto T. Pandemic threat posed by avian influenza A viruses / T. Horimoto, Y. Kawaoka // Clin Microbiol Rev. -2001. № 14(1). - 129-149.

81. Hua Y. P. Primary survey of avian influenza virus and Newcastle disease virus infection in wild birds in some areas of Heilongjiang Province, China / Y. P. Hua, H. L. Chai, S. Y. Yang, X. W. Zeng, Y. Sun // J Vet Sci. 2005. - № 6(4). - C. 311-315.

82. Inglis S. С. Polypeptides specified by the influenza virus genome. Evidence for eight distinct gene products specified by fowl plague virus / S. C. Inglis, R. A. Lamb, A. R. Carroll, B. W. J. Mahy // Virology. 1976. - № 74. - C. 489-503.

83. Inglis S. C. The smallest genome RNA segment of influenza virus contains two genes that may overlap / S.C. Inglis, T. Barrett, С. M. Brown, J. W. Almond // Proc Natl Acad Sci U S A. 1979. - № 76. - C. 3790-3794.

84. Inglis S. C. An influenza virus gene encoding two different proteins / S. C. Inglis, J. W. Almond // Phil Trans R Soc Lond. 1980. - № 288. - C. 375-381.

85. Isin B. Functional motions of influenza virus hemagglutinin: a structure-based analytical approach / B. Isin, P. Doruker, I. Bahar // Biophys J. 2002. - № 82(2). - C. 569-81.

86. Ito T. Perpetuation of influenza A viruses in Alaskan waterfowl reservoirs / T. Ito, K. Okazaki, Y. Kawaoka, A. Takada, R. G. Webster, H. Kida // Arch Virol. 1995. - № 140 (7). - C. 1163-1172.

87. Kawaoka Y. Is the gene pool of influenza viruses in shorebirds and gulls different from that in wild ducks? / Y.

88. Kawaoka, Т. M. Chambers, W. L. Sladen, R. G. Webster // Virology. 1988. - № 163. - C. 247-250.

89. Kawaoka Y. Avian-to-human transmission of the PB1 gene of influenza A virus in the 1957 and 1968 pandemics / Y. Kawaoka, S. Krauss, R. G. Webster // J Virol. 1989. - № 63. - C. 4603-4608.

90. Kawaoka Y. Molecular characterization of a new hemagglutinin, subtype H14, of influenza A virus / Y. Kawaoka, S. Yamnikova, Т. M. Chambers, D.K. Lvov, R. G. Webster // Virology. 1990. - № 179. - C. 759-767.

91. Kida H. Origin of the hemagglutinin gene of H3N2 influenza viruses from pigs in China / H. Kida, K.F. Shortridge, R.G. Webster // Virology. 1988. - № 162. - C. 160-166.

92. Kida H. Potential for transmission of avian influenza viruses to pigs / H. Kida, T. Ito, J. Yasuda, Y. Shimizu, C. Itakura, K. F. Shortridge, Y. Kawaoka, R. G. Webster //J Gen Virol. 1994. - № 75(Pt 9). - C. 2183-2188.

93. Klenk H-D. Activation of influenza A viruses by trypsin treatment / H-D. Klenk, R. Rott, M. Orlich, J. Blodorn // Virology. 1975. - № 68. - C. 426-439.

94. Klingeborn B. An avian influenza A virus killing a mammalian species—the mink / B. Klingeborn, L. Englund, R. Rott, N. Juntti, G. Rockborn // Arch Virol. 1985. - № 86. -C. 347-351.

95. Kocan A. A. Influenza A viruses isolated from migrating ducks in Oklahoma / A. A. Kocan, V. S. Hinshaw, G. A. Daubney // J Wildl Dis. 1980. - № 16(2). - C. 281-5.

96. Koopmans M. Transmission of H7N7 avian influenza A virus to human beings during a large outbreak in commercial poultry farms in the Netherlands / M. Koopmans, B. Wilbrink, M. Conyn, G. Natrop, H. van der Nat, H. Vennema, A. Meijer, J. van

97. Steenbergen, R.Fouchier, A. Osterhaus, A. Bosman // Lancet. -2004. № 363(9409). - C. 587-593.

98. Krug R. M. Cytoplasmic and nuclear virus-specific proteins in influenza virus-infected MDCK cells / R.M. Krug, P. R. Etkind // Virology. 1973. - № 56. - C. 334-348.

99. Krug R. M. Are the 5Г1 ends of influenza viral mRNAs synthesized in vivo donated by host mRNAs / R. M. Krug, B. Broni, M. Bouloy // Cell. 1979. - № 18. - C. 329-334.

100. Krug R. M. Expression and replication of the influenza virus genome / R.M.Krug, F.V. Alonso-Caplen, I. Julkunen, M.G. Katze // The influenza viruses / Ed. : Krug R. M. New York: Plenum, 1989. - C. 89-152.

101. Lamb R. A. Synthesis of influenza virus proteins in infected cells: Translation of viral polypeptides, including three P polypeptides, from RNA produced by primary transcription / R. A. Lamb, P. W. Choppin // Virology. -1976. № 74. - C. 504-519.

102. Lamb R. A. Evidence for a ninth influenza viral polypeptide / R. A. Lamb, P. R. Etkind, P. W. Choppin // Virology. 1978. - № 91. - C. 60-78.

103. Lamb R. A. Segment 8 of the influenza virus genome is unique in coding for two polypeptides / R. A. Lamb, P. W. Choppin // Proc Natl Acad Sci USA.- 1979. № 76. - C.t 4908-4912.

104. Lamb R. A. Mapping of the two overlapping genes for polypeptides NS1 and NS2 on RNA segment 8 of influenza virus genome / R. A. Lamb, P. W. Choppin, R. M. Chanock, C-J. Lai // Proc Natl Acad Sci USA.- 1980. № 77. - C. 1857-1861.

105. Lamb R. A. Conservation of the influenza virus membrane protein (Ml) amino acid sequence and an open reading frame of RNA segment 7 encoding a second protein (M2) in HlNl and H3N2strains / R. A. Lamb, C-J. Lai // Virology. 1981. - № 112: -C. 746-751.

106. Lamb R. A. Identification of a second protein (M2) encoded by RNA segment 7 of influenza virus / R. A. Lamb, P. W. Choppin // Virology. 1981. - № 112. С. 729-737.

107. Lamb R. A. Sequences of mRNAs derived from genome RNA segment 7 of influenza virus: Colinear and interrupted mRNAs code for overlapping proteins / R. A. Lamb, C-J. Lai, P. W. Choppin // Proc Natl Acad Sci USA.- 1981. № 78. - C. 4170-4174.

108. Lamb R. A. Genes and proteins of the influenza viruses / R. A. Lamb //: The influenza viruses // Eds.: R. M.Krug. New York: Plenum, 1989. - C. 1-87.

109. Lamb R. A. Orthomyxoviridae: the viruses and their replication / R. A. Lamb, R. M. Krug // Fields virology / Eds.: D. M., Fields, Knipe, P. M. Howley. 3rd ed. Philadelphia: Lippincott-Raven,.1996. - C. 1353-1395.

110. Lazarowitz S. G. Influenza virus structural and | nonstructural proteins in infected cells and their plasmamembranes / S. G.Lazarowitz, R. W. Compans, P. W. Choppin // Virology. 1971. - № 46. - C. 830-843.

111. Lazarowitz S. G. Enhancement of the infectivity of influenza A and В viruses by proteolytic cleavage of the hemagglutinin polypeptid / .S. G. Lazarowitz, P. W. Choppin // Virology. 1975. № 68. - C. 440-454.

112. Lee M-S. Identification and subtyping of avian influenza viruses by reverse transcription-PCR / M-S. Lee, P. C. Chang, J. H. Shien, M. С Cheng, H. K. Shieh // J Virol Methods. -2001. № 97. - C. 13-22.

113. Lee C. W Effect of vaccine use in the evolution of mexican lineage H5N2 avian influenza virus / C. W. Lee, D. A. Senne, D. L. Suarez // Jornal of Virology. 2004 (b). - № 78(15). -C. 8372-8381.

114. Liu M. The influenza virus gene pool in a poultry market in South central China / M. Liu, S. He, D. Walker, N. Zhou, D.R. Perez, B. Mo, F. Li, X. Huang, R. G. Webster, R. J. Webby. -Virology. 2003. - № 305(2). - C. 267-275.

115. Liu J. H. Interregional transmission of the internal protein genes of H2 influenza virus in migratory ducks from North America to Eurasia / J. H. Liu, K. Okazaki, G. R. Bai, W. M. Shi, A. Mweene, H. Kida // Virus Genes. 2004. - № 29 (1). - C. 81-86.

116. Makarova N. V. Transmission of Eurasian avian H2 influenza virus to shorebirds in North America / N. V. Makarova, N. V. Kaverin, S. Krauss, D. Senne, R. G. Webster // J Gen Virol. -1999. № 80( Pt 12). - C. 3167-3171.

117. Robertson, К. A. Karlsson // Virology. 1997. - № 233 (1). -C. 224-234.

118. Matrosovich M. N. Neuraminidase is important for the initiation of influenza virus infection in human airway epithelium / M. N. Matrosovich, T. Y. Matrosovich, T. Gray, N. A. Roberts, H. D. Klenk // J Virol. 2004. - № 78(22). -C.12665-12667.

119. McCauley J. W. Structure and function of the influenza virus genome / J. W. McCauley, B. W. Mahy // Biochem J. -1983. № 211. - C. 281-294.

120. McClelland L. The adsorption of influenza virus by red cells and a new in vitro method of measuring antibodies for influenza virus / L. McClelland, R. Hare // Can J Public Health. 1941.- № 32. -C. 530-538.

121. Moser M. R. An outbreak of influenza aboard a commercial airliner / M. R. Moser, T. R. Bender, H. S. Margolis, G. R. Noble, A. P. Kendal, D. G. Ritter // Am J Epidemiol. 1979.110 (1) . C. 1-6.

122. Mumford J. A. Equine influenza / J. A. Mumford, Т. M. Chambers // Textbook of influenza / Eds.: K. G. Nicholson , R. G. Webster, A. J. Hay. Oxford: Blackwell Science, 1998. - C.146.162.

123. Nayak D. P. Assembly and budding of influenza virus / D. P. Nayak, E. K. Hui, S. Barman // Virus Research. № 106. - C.147.165 .

124. Nerome К. Genetic analysis of porcine H3N2 viruses originating in southern China / K. Nerome, Y. Kanegae, K. F. Shortridge, S. Sugita, M Ishida //J Gen Virol. № 76. - C. 613-624.

125. Nestorowicz A. Molecular analysis of the hemagglutinin genes of Australian H7N7 influenza viruses: role of passerine birds in maintenance or transmission? / A. Nestorowicz, Y. Kawaoka, W. J. Bean R. G. Webster // Virology.- 1987. № 160.- C. 411-418.

126. Noble G. R. Epidemiological and clinical aspects of influenza / G. R. Noble // Basic and applied influenza research / Ed.: A. S. Beare. Boca Raton, FL. : CRC Press, 1982. -C. 11-50.

127. Normile D. Avian influenza. Potentially more lethal variant hits migratory birds in China / D. Normile // Science.- 2005.- № 309 (5732). -C. 231.

128. OIE (2005). Manual of diagnostic tests and vaccines for terrestrial animals Электронный ресурс. / World organisation for animal health (OIE). 2005. - Режим доступа: http://www.oie.int/eng/normes/mmanual/Asummry.htm, свободный.

129. OIE (2006). Preparing for highly pathogenic avian influenza Электронный ресурс. / World organisation for animal health (OIE) 2006. - Режим доступа: http://www.fao.org/docs/eims/upload/2 003 54/HPAImanual.pdf, свободный.

130. Olsen B. Global patterns of Influenza A virus in wild birds / B. Olsen, V. J. Munster, A. Wallensten, J. Waldenstrom, A. D. M. E. Osterhaus, R. A. M. Fouchier // Science. 2006. - № 312. - C.384-388.

131. O'Neill R .E. The influenza virus NEP (NS2 protein) mediates the nuclear export of viral ribonucleoproteins / R

132. E. O'Neill, J. Talon, P. Palese // EMBO J. 1998. - № 17. -C. 288-296.

133. Palese P. Characterization of temperature sensitive influenza virus mutants defective in neuraminidase / P. Palese, K. Tobita, M. Ueda, R. W. Compans // Virology. -1974. № 61. - C. 397-410.

134. Peiris M. Human infection with influenza H9N2 / M. Peiris, K. Y. Yuen, C. W. Leung, К. H. Chan, P. L. Ip, R. W. Lai // Lancet. 1999. - № 354. - C. 916-917.

135. Peroulis I. Detection of avian paramyxoviruses and influenza viruses amongst wild bird populations in Victoria / I. Peroulis, К. О'Riley // Aust Vet J.- 2004. № 82(1-2). -C. 79-82.

136. Pfitzer S. Newcastle disease and avian influenza A virus in wild waterfowl in South Africa / S. Pfitzer, D. J. Verwoerd, G. H. Gerdes, A. E. Labuschagne, A. Erasmus, R. J. Manvell, C. Grund // Avian Dis. 2000. - № 44(3). - C. 655-60.

137. Pinto L. H. Influenza virus M2 protein has ion channel activity / L. H. Pinto, L. J. Holsinger, R. A. Lamb // Cell.- 1992. № 69(3). - C. 517-528.

138. Philpott M. S. Antigenic and phenotypic variants of a virulent avian influenza virus selected during replication in ducks / M. S. Philpott, В. C. Easterday, V. S. Hinshaw // J Wildl Dis. 1989. - № 25. - C. 507-13.

139. Plotch S. J. Transfer of 5ii-terminal cap of globin mRNA to influenza viral complementary RNA during transcription in vitro / S. J. Plotch, M Bouloy, R. M. Krug // Proc Natl Acad Sci USA. -1979. № 76. - C. 1618-1622.

140. Plotch S. J. A unique cap(m7GpppXm)-dependent influenza virion endonuclease cleaves capped RNAs to generate the primers that initiate viral RNA transcription / S. J. Plotch, M. Bouloy, I. Ulmanen, R. M. Krug // Cell. 1981. - № 23. -C. 847-858.

141. Porter A. G. Complete nucleotide sequence of an influenza virus haemagglutinin gene from cloned DNA / A. G. Porter, C. Barber, N. H. Carey // Nature. 1979. - № 282. - C. 471-477.

142. Potter C. W. Chronicle of influenza pandemics / C. W. Potter // Textbook of influenza Eds: K. G. Nicholson, R. G. Webster, A. J. Hay. United Kingdom.: Blackwell Scientific Publications, Ltd., Oxford, 1998.- C. 3-18.

143. Qian Х-У. Two functional domains of the influenza virus NS1 protein are required for regulation of nuclear export of mRNA / X-Y. Qian, F. Alonso-Caplen, R. M. Krug //J Virol. 1994. - № 68. - C. 2433-2441.

144. Reid A. H. Origin and evolution of the 1918 "Spanish" influenza virus hemagglutinin gene / A. H. Reid, T. G. Fanning, J. V. Hultin, J. K. Taubenberger // Proc Natl Acad Sci USA.- 1999. № 96(4). - C. 1651-1656.

145. Reid A. H. The origin of the 1918 pandemic influenza virus: a continuing enigma / A. H. Reid, J. K. Taubenberger // J Gen Virol. 2003. - № 84(Pt 9). - C. 2285-22892.

146. Robertson J. S. Polyadenylation sites for influenza mRNA / J. S. Robertson, M. Schubert, R. A. Lazzarini // J Virol. -1981. № 38. - C. 157-163.

147. Rohm C. Characterization of a novel influenza hemagglutinin, H15: criteria for determination of influenza A subtypes / C. Rohm, N. Zhou, J. Suss, J. Mackenzie, R. G. Webster // Virology. 1996 (a). - № 217. - C. 508-516.

148. Rohm C. Different hemagglutinin cleavage site variants of H7N7 in an influenza outbreak in chickens in Leipzig, Germany / C. Rohm, J. Suss, V. Pohle, R. G Webster // Virology. -1996 (b). № 218. - C. 253-257.

149. Rott R. The pathogenic determinant of influenza virus / R. Rott // Vet Microbiol. 1992. - № 33. - C. 303-310.

150. Saitou N. The neighbor-joining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees / N. Saitou, M. Nei // Mol Biol Evol. 1987. - № 4. - C. 406-425.

151. Schafer W. Sero-immunologic studies on incomplete forms of the virus of classical fowl plague / W. Schafer // Arch Exp Vet Med. 1955 - № 9. - C. 218-230.

152. Senne D. A. Survey of the hemagglutinin (HA) cleavage site sequence of H5 and H7 avian influenza viruses: amino acid sequence at the HA cleavage site as a marker of pathogenicity potential / D. A. Senne, B. Panigrahy, Y. Kawaoka, J. E.

153. Pearson, J. Suss, M. Lipkind, H. Kida, R. G. Webster // Avian

154. Dis. 1996. - № 40. - C. 425-437.

155. Shapiro G. I. Influenza virus gene expression: Control mechanisms at early and late times of infection and nuclear-cytoplasmic transport of virus-specific RNAs / G. I. Shapiro, T. Jr. Gurney, R. M. Krug // J Virol. 1987. - № 61. - C. 764-773.

156. Shapiro G. I. Influenza virus RNA replication in vitro: Synthesis of viral template RNAs and virion RNAs in the absence of an added primer / G. I. Shapiro, R. M. Krug // J Virol. 1988. - № 62. - C. 2285-2290.

157. Sharp G. B. Wild ducks are the reservoir for only a limited number of influenza A subtypes / G. B. Sharp, Y. Kawaoka, S. M. Wright, B. Turner, V. Hinshaw, R. G. Webster // Epidemiol Infect. 1993. - № 110(1). - C. 161-176.

158. Sharp G B. Coinfection of wild ducks by influenza A viruses: distribution patterns and biological significance / G В Sharp, Y. Kawaoka, D J Jones, W J Bean, S P Pryor, V Hinshaw, R G Webster // J Virol. 1997. - № 71(8). - C. 61286135.

159. Shengqing Y. Isolation of myxoviruses from migratory waterfowls in San-in district, western Japan in winters of 1997-2000 / Y. Shengqing, K. Shinya, K. Otsuki, H. Ito , T. Ito // J Vet Med Sci. 2002. - № 64(11). - C. 1049-1052.

160. Shope R. E. Swine influenza / R. E. Shope //: Disease of swine / Ed.: H. W. Dunne . Iowa.: State University Press, Ames, 1958. - C. 81-91.

161. Simonsen L. The impact of influenza epidemics on mortality: introducing a severity index / L. Simonsen, M. J. Clarke, G. D. Williamson, D. F. Stroup, N. H. Arden, L. B. Schonberger // Am J Public Health. 1997. - № 87(12). - C. 1944-1950.

162. Simonsen L. The impact of influenza epidemics on hospitalizations / L. Simonsen, K. Fukuda, L. B. Schonberger, N. J. Cox // J Infect Dis. 2000. - № 181. - C. 831-837.

163. Skehel J. J. Polypeptide synthesis in influenza virus-infected cells / J. J. Skehel // Virology. 1972. -№ 49. - C. 23-36.

164. Slemons R. D. Type-A influenza virus isolated from wild free-flying ducks in California / R. D. Slemons, D. C. Johnson, J. S. Osborn, F. Hayes // Avian Dis. 1974. - № 18. - C. 119-124.

165. Slemons R. D. Type A influenza viruses in waterfowl in Ohio and implications for domestic turkeys / R. D. Slemons, M. C. Shieldcastle, L. D. Heyman, К. E. Bednarik, D. A. Senne // Avian Dis. 1991. - № 35(1). - C. 165-73.

166. Slemons R. D. Type A influenza virus surveillance in free-flying, nonmigratory ducks residing on the eastern shore of Maryland / R. D. Slemons, W. R. Hansen, K. A. Converse, D. A. Senne // Avian Dis. 2003. - № 47(3). - C. 1107-10.

167. Smith G. L. Replication of the influenza virus genome / G. L. Smith, A. J. Hay Virology. 1982. - № 118. - C. 96-108.

168. Stallknecht D. E. Host range of avian influenza virus in free-living birds / D. E. Stallknecht, S. M. Shane // Vet Res Commun. 1988. - № 12. - C.125-141.

169. Stanislawek W. L. Avian paramyxoviruses and influenza ( viruses isolated from mallard ducks (Anas platyrh ynchos) in

170. New Zealand / W. L. Stanislawek, C. R. Wilks, J. Meers, G. W. Horner, D. J. Alexander, R. J. Manvell, J. A. Kattenbelt, A. R. Gould // Arch Virol. 2002. - № 147(7). - C. 1287-1302.

171. Stieneke-Grober A. Influenza virus hemagglutinin with multibasic cleavage site is activated by furin, a subtilisin endoprotease / A. Stieneke-Grober, M. Vey, H. Angliker, E.

172. Shaw, G. Thomas, C. Roberts, H. D. Klenk, W. Garten // EMBO J. 1992. - № 11. - C. 2407-2414.

173. Suarez D. L. Evolution of avian influenza viruses / D. L. Suarez // Vet Microbiol. 2000. - № 74. - C. 15-27.

174. Suss J. Influenza virus subtypes in aquatic birds of eastern Germany / J. Suss, J. Schafer, H. Sinnecker, R. G. Webster // Arch Virol. 1994. - № 135(1-2). - C. 101-14.

175. Taubenberger J. K. Initial genetic characterization of the 1918 "Spanish" influenza virus / J. K. Taubenberger, A. H. Reid, A. E. Krafft, К. E. Bijwaard, T. G.Fanning // Science. -1997. № 275(5307). - C. :1793-1796.

176. Taubenberger J. K. Characterization of the 1918 influenza virus polymerase genes / J. K. Taubenberger, A. H. Reid, R. M. Lourens, R. Wang, G. Jin, T. G. Fanning // Nature. 2005. - № 437. - C. 889-893.

177. Thompson W. W. Mortality associated with influenza and respiratory syncytial virus in the United States / W. W. Thompson, D. K. Shay, E. Weintraub, L. Brammer, N. Cox, L. J. Anderson, K. Fukuda // JAMA. 2003. - № 289. - C. 179-186.

178. Tollis M. Recent Developments in Avian Influenza Research: Epidemiology and Immunoprophylaxis / M. Tollis, L. Di Trani // The Veterinary Journal. № 164. - C. 202-215.

179. Tracey J. P. The role of wild birds in transmission of avian influenza for Australia: an ecological perspective / J. P. Tracey, R. Wood, D. Roshier, P. West, G. R. Saunders // Emu. 2004. - № 104. - C. 109-124.

180. Tsubokura M. Isolation of influenza A viruses from migratory waterfowls in San-in District, Western Japan in 1979-1980 / M. Tsubokura, K. Otsuki, Y. Kawaoka, R. Yanagawa // Zentralbl Bakteriol Mikrobiol Hyg. 1981. - № 173(6). - C. 494-500.

181. Turek R. Type A influenza virus strains isolated from free living ducks in Czechoslovakia during 1978-1981 / R.Turek, B. Tumova, V. Mucha, A. Stumpa // Acta Virol. 1983. - № 27(6).- C. 523-527.

182. Varghese J. N. Three-dimensional structure of the neuraminidase of influenza virus A/Tokyo/3/67 at 2.2 A resolution / J. N. Varghese, P. M. Colman // J Mol Biol. -1991. № 221(2). - C. 473-486.

183. Vey M. Hemagglutinin activation of pathogenic avian influenza viruses of serotype H7 requires the protease recognition motif R-X-K/R-R / M. Vey, M. Orlich, S. Adler, H. D. Klenk, R. Rott, W. Garten // Virology. 1992. - № 188. -C. 408- 413.

184. Wagner R. Functional balance between haemagglutinin and neuraminidase in influenza virus infections / R. Wagner, M. Matrosovich, H. D Klenk // Rev Med Virol. 2002. - № 12(3).- C. 159-166.

185. Ward A. C. Expression and analysis of the NS2 protein of influenza A virus / A. C. Ward, L. A. Castelli, A. C.1.cantoni, J. F. White, A. A. Azad, I. G. Macreadie // Arch Virol. 1995. - № 140(11). - C. 2067-2073.

186. Watowich S. J. Crystal structures of influenza virus hemagglutinin in complex with high-affinity receptor analogs / S. J. Watowich, J. J. Skehel, D. C. Wiley // Structure. -1994. -№2(8). C. 719-731.

187. Webster R. G. Antigenic variation of influenza viruses / R. G. Webster, W. G. Laver // The influenza viruses and influenza / Ed.: E. D. Kilbourne. New York. : Academic Press, Inc, 1975. - C. 270-314.

188. Webster R. G. Intestinal influenza: replication and characterization of influenza viruses in ducks / R. G. Webster, M. A. Yakhno, V. S. Hinshaw, W. J. Bean, K. G. Murti // Virology. 1978. - № 84. - C. 268-278.

189. Webster R. G. Characterization of an influenza A virus from seals / R. G. Webster, V. S. Hinshaw, W. J. Bean, K. L. Van Wyke, J. R. Geraci, D. J. St Aubin, G. Petursson // Virology. -1981. -№ 113(2). C. 712-724.

190. Webster R. G. Molecular mechanisms of variation in influenza / R. G. Webster, W. G. Laver, G. M. Air, G. C. Schild // Nature. 1982. - № 296. - C. 115-121.

191. Webster R. G. Protection against lethal influenza with neuraminidase / R. G. Webster, P. A. Reay, W. G. Laver // Virology. 1988. - № 164. - C. 230-231.

192. Webster R. G. Evolution and ecology of influenza A viruses / R. G. Webster, W. J. Bean, О. T. Gorman, Т. M. Chambers, Y. Kawaoka // Microbiol Rev. 1992. - № 56. C.152-179.

193. Webster R. G. Influenza: an emerging disease / R. G. Webster // Emerg Infect Dis. 1998. - № 4(3). - C. 436-41.

194. Weis W. Structure of the influenza virus haemagglutinin complexed with its receptor, sialic acid / W. Weis, J. H.

195. Brown, S. С. Cusack, J. C.Paulson, J. J. Skehel, D. C. Wiley // Nature. 1988. - № 333. - C. 426-431.

196. Weis W. I. Refinement of the influenza virus hemagglutinin by simulated annealing / W. I. Weis, A. T. Brunger, J. J. Skehel, D. C. Wiley // J Mol Biol. 1990. - № 212. C. 737761.

197. WHO. (1980). A revised system of nomenclature for influenza viruses / World Health Organization (WHO): Memorandum Bull. -1980. № 58. C. 585-591.

198. WHO. (2002). Manual on animal influenza diagnosis and surveillance / World Health Organization (WHO). China.: Harbin, 2002. 105-c.

199. Wilson I. A. Structure of the haemagglutinin membrane glycoprotein of influenza virus at 3E resolution / I. A. Wilson, J. J. Skehel, D. C. Wiley // Nature. 1981. - № 289. - C. 366-373.

200. Winter G. Cloning of influenza cDNA into M13: The sequence of the RNA segment encoding the A/PR/8/34 matrix protein / G. Winter, S. Fields // Nucleic Acids Res. 1980. - № 8. - C. 1965-1974.

201. Winter G. The structure of the gene encoding the nucleoprotein of human influenza virus A/PR/8/34 / G. Winter, S. Fields // Virology. 1981. - № 114. - C. 423-428.

202. Wood J. M. Host range of A/chicken/Pennsylvania/83 (H5N2) influenza virus / J. M. Wood, R. G. Webster, V. F. Nettles // Avian Diseases. 1985. - № 19. -C. 198-207.

203. Young J. F. Evolution of human influenza A viruses in nature. Recombination contributes to genetic variation of H1N1 strains / J. F. Young, P. Palese // Proc Natl Acad Sci USA. -1979. № 76. - C. 6547-6551.

204. Zebedee S. L. Influenza A virus M2 protein: monoclonal antibody restriction of virus growth and detection of M2 in virions / S. L. Zebedee, R. A. Lamb // J Virol. 1988. - № 62(8) . - C. 2762-2772.

Информация о работе

Разумова, Юлия Владимировна
кандидата биологических наук
Кольцово, 2007
ВАК 03.00.06

Диссертация

Выделение штаммов вируса гриппа А от диких птиц Чановской озерной системы и изучение молекулярно-генетических, антигенных и патогенных свойств этих штаммов - тема диссертации по биологии, скачайте бесплатно

Автореферат

Похожие работы