Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему
Таксономическое изучение дрожжей Williopsis, Zygowilliopsis и Saccharomyces, выделенных из природных источников на Дальнем Востоке
ВАК РФ 03.00.07, Микробиология
Автореферат диссертации по теме "Таксономическое изучение дрожжей Williopsis, Zygowilliopsis и Saccharomyces, выделенных из природных источников на Дальнем Востоке"
МОСКОВСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ
им. М.В. Ломоносова __Биологический факультет
На правах рукописи
Газдиев Денис Олегович
ТАКСОНОМИЧЕСКОЕ ИЗУЧЕНИЕ ДРОЖЖЕЙ WILLIOPSIS,
ZYGOWILLЮPSIS И SACCHAROMYCES, ИЗОЛИРОВАННЫХ ИЗ ПРИРОДНЫХ ИСТОЧНИКОВ НА ДАЛЬНЕМ ВОСТОКЕ
Специальность 03.00.07 - микробиология
АВТОРЕФЕРАТ
диссертации на соискание ученой степени кандидата биологических наук
Москва - 2005
Работа выполнена в лаборатории молекулярной генетики, таксономии и экологии дрожжей (заведующий - доктор биологических наук, профессор Г.И. Наумов) Государственного научно-исследовательского института генетики и селекции промышленных микроорганизмов и в Амурском ботаническом саду-филиале Ботанического сада-института ДВО РАН.
Научный руководитель:
кандидат биологических наук, ведущий научный сотрудник Е.С. Наумова Научный консультант:
кандидат биологических наук, доцент И.П. Бабьева Официальные оппоненты:
доктор биологических наук, профессор И.Ю. Чернов;
кандидат биологических наук, ведущий научный сотрудник М.М. Вустин
Ведущее учреждение: Институт биохимии и физиологии микроорганизмов им. Г.К. Скрябина РАН, Пущино
Защита диссертации состоится «8» сентября 2005 года в 15 ч. 30 мин. на заседании Диссертационного совета Д 501.001.21 при Московском государственном университете им. М.В. Ломоносова по адресу: 119992, Москва, ГСП-2, Ленинские горы, МГУ, д. 1, корп. 12, биологический факультет, аудитория М-1.
С диссертацией можно ознакомиться в библиотеке биологического факультета МГУ.
Автореферат « ¿разослан^2005 года
Ученый секретарь Диссертационного совета,
кандидат биологических наук
ОБЩАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА РАБОТЫ
Актуальность проблемы. В работе проведено таксономическое изучение почвенных дрожжей с сатурновидными спорами родов Williopsis и Zygowilliopsis, а также дрожжей Saccharomyces, выделенных на Дальнем Востоке. Дальневосточный регион обладает эндемичной флорой и фауной и представляет большой интерес для исследований в области биоразнообразия дрожжей. В отличие от других регионов мира эта территория является малоизученной. В России большая часть исследований по таксономическому составу дрожжевых грибов проводилась, в основном, в европейской части. Однако даже немногочисленные работы свидетельствуют об уникальности видового состава дрожжей Дальнего Востока (Кудрявцев, 1936; Наумов, 1988, 1990а, б; Голубев, 19926; Бабьева, Решетова, 1996; Naumov et al., 1993, 1995b).
Современный уровень исследований в области таксономии дрожжей характеризуется широким использованием молекулярных подходов, позволяющих быстро и достоверно идентифицировать большое количество штаммов.
Цель работы - молекулярно-генетическое исследование дрожжей родов Saccharomyces, Williopsis и Zygowilliopsis, выделенных на Дальнем Востоке.
Задачи исследования:
1. Разработка методов молекулярной идентификации и классификации дрожжей родов Saccharomyces, Williopsis и Zygowilliopsis. Подбор видо- и штаммоспецифичных праймеров для полимеразной цепной реакции (ПЦР), а также эндонуклеаз для ферментативного расщепления ПЦР-продуктов (ПДРФ-анализ).
2. Анализ рибосомальных последовательностей (ITS1-5.8S-ITS2 и D1/D2 26S рДНК) для идентификации дрожжей с сатурновидными спорами.
3. Молекулярная дифференциация дрожжей комплекса Williopsis sensu stricto, W. mucosa, W. salicorniae, Z. californica и Komagataea pratensis.
4. Определение родовой и видовой принадлежности дрожжей Saccharomyces, Williopsis и Zygowilliopsis выделенных на Дальнем Востоке России и сопредельных территориях.
Научная новизна и практическая значимость. Наряду с дрожжами биологических видов Saccharomyces cerevisiae и S. paradoxus, в Дальневосточной Азии впервые обнаружены дикие дрожжи S. bayanus. До настоящего времени были известны только единичные природные изоляты S. bayanus из Испании, Словакии, США и Венгрии.
Разработана новая методология молекулярной дифференциации видов рода Saccharomyces с помощью рестриктазного анализа амплифицированных 5.8S-lTS-фрагментов рДНК. Показано полное соответствие молекулярной и генетической идентификации штаммов Saccharomyces, а также преимущество рестриктазного анализа по сравнению с гибридологическим.
Установлено, что дрожжи Williopsis sensu stricto, W. salicorniae, W. mucosa Z. californica и К. pratensis можно дифференцировать с помощью рестриктазного анализа ПЦР-амплифицированных 5.88-1Т8-фрагментов рДНК. Предложено использование минисателлитного праймера М13 для разделения видов-двойников Williopsis sensu stricto, неразличимых рестриктазным анализом. Использование ПЦР с праймером М13 позволило провести реидентификацию ряда музейных штаммов, определить видовую принадлежность выделенных нами на Дальнем Востоке дрожжей с сатурновидными спорами, а также обнаружить три штамма Williopsis sensu stricto, представляющих собой новые таксоны. Из шести известных видов-двойников комплекса Williopsis sensu stricto на Дальнем Востоке обнаружено три - W. saturnus, W. suaveolens и W. beijerinckii.
Выявлен значительный молекулярно-генетический полиморфизм дрожжей Zygowilliopsis. Филогенетический анализ домена D1/D2 26S рДНК и внутренних транскрибируемых спейсеров ITS1 и ITS2 показал, что род Zygowilliopsis не является монотипичным. Полученные результаты и имеющиеся литературные данные свидетельствуют о гетерогенности вида Z californica. Установлено, что вид Z. californica включает в себя три таксона соответствующих рангу разновидностей.
Материалы диссертации могут быть использованы в фундаментальных исследованиях по эволюции и таксономии дрожжей, в медицинской практике в области молекулярно-клинической диагностики, а также в учебном процессе студентов микробиологов в ВУЗах.
Апробация работы и публикации. Результаты работы были представлены на IV региональной научно-практической конференции «Молодежь XXI века: шаг в будущее» (Благовещенск, 2003), Втором Всероссийском конгрессе по медицинской микологии (Москва, 2004), на 8-й Международной Пущинской школе-конференции молодых ученых (Пущино, 2004), а также на Всероссийском съезде генетиков и селекционеров «Генетика в XXI веке: современное состояние и перспективы развития» (Москва, 2004).
По теме диссертации опубликовано 7 работ и одна сдана в печать.
Структура и объем диссертации. Диссертация включает введение, обзор литературы (посвященный современным молекулярно-биологическим подходам и методам, используемым в таксономии дрожжевых грибов, систематическому положению изучаемых родов дрожжей, а также экологии и географии дрожжей-аскомицетов Дальневосточной Азии), экспериментальную часть и обсуждение, а также заключение и выводы. Материалы диссертации изложены на 132 страницах машинописного текста, содержат 28 рисунков, 7 таблиц. Список литературы включает 253 источника, в том числе 189 на иностранных языках.
МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ
Объекты исследования. В работе использовали 92 штамма дрожжей, включая 12 типовых культур. Изученные дрожжи имеют различное географическое происхождение и представлены родами Saccharomyces, Williopsis, Zygowilliopsis и Komagataea. Часть штаммов была изолирована нами во время полевых и экспедиционных исследований в 2000-2002 гг. на юге Дальнего Востока России. Дрожжи также получены из коллекций CBS (Centraalbureau voor Schimmelcultures, Utrecht, the Netherlands), IFO (Institute for Fermentation, Osaka, Japan), CCY (Culture Collection of Yeasts, Institute of Chemistry, Slovak Academy of Sciences, Bratislava, Slovakia), NRRL (Agricultural Research Service Culture Collection, National Center for Agricultural Utilization Research, Peoria, Illinois, USA), UFRJ (Instituto de Microbiologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil), MCYC (Departamento de Microbiologia, Escuela Tecnica Superior de Ingenieros Agronomos, Universidad Politecnica de Madrid, Spain), BKM (Всероссийская коллекция микроорганизмов, Москва), КБП (дрожжевая коллекция кафедры биологии почв МГУ, Москва).
Генетический анализ. Дрожжи культивировали при 28°С на полной агаризованной среде YPD. Спорообразование индуцировали на среде с мальтозой. Получение гибридов и изоляцию спор проводили при помощи микроманипулятора (Захаров и др., 1984; Наумов и др., 1986).
ИЦР-анализ. Выделение ДНК проводили согласно описанной процедуре (Naumov et al., 1997b). ПЦР анализ осуществляли на ДНК-амплификаторе "Терцик" с помощью праймеров pITSl и pITS4 (White et al., 1990) и NL-1 и NL-2 (Kurtzman, Robnett, 1997). В работе также использовали минисателлитный праймер М13 и микросателлитные праймеры (ATG)5 и (GTG)5. ПДРФ-анализ осуществляли с помощью эндонуклеаз Alul, Haelll, Hinfi., Hpall, Mbol, Mspl,
Rsal и Taql (Fermentas, Литва). Разделение продуктов ГЩР проводили в агарозном геле (1-1,6%) при 60-65В в 0.5 х ТВЕ в течение 2-3 часов.
Клонирование. ПЦР-продукты элюировали из геля при помощи набора "GeneClean Kit", согласно протоколу фирмы-изготовителя (Bio 101 Inc., США) и затем встраивали по тупым концам в вектор pTZ57R/T, линеаризованный по сайту Есо32\ (изошизомер EcoKV). Компетентные клетки Е. coli штамма TG1 трансформировали с использованием набора "InsT/Aclone™ PCR Product Cloning Kit" согласно протоколу фирмы-изготовителя (MBI Fermentas, Литва). Трансформанты со вставкой отбирали на среде LB, содержащей 100 мкг/мл ампицилина, субстрат X-gal и индуктор IPTG.
Секвенироание. Нуклеотидные последовательности по двум цепям определяли с помощью секвенирования по методу Сэнгера на автоматическом секвенаторе ABI373 A (Applied Biosystems).
Филогенетический анализ. Поиск гомологии с известными нуклеотидными последовательностями проводили в программе BLAST (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/blast.cgi). Множественное выравнивание , полученных и уже известных нуклеотидных последовательностей осуществляли с использованием программ CLUSTAL W (http://clustalw.genome.jp/) и BioEdit version 5.0.9 (Hall, 1999). Анализ результатов секвенирования проводили с помощью программы Neighbor, Joining из компьютерного пакета TREECON (van der Peer, Wachter, 1994).
РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ Идентификация дрожжей рода Saccharomyces Дальнего Востока
Первичное определение родовой принадлежности выделенных на Дальнем Востоке дрожжей и двух коллекционных штаммов CCY 21-4-89 и CCY 21-4-93 проводили согласно морфологии колоний, вегетативных клеток и аскоспор, а также ферментации Сахаров (Yarrow, 1984).
Молекулярная' дифференциация штаммов. У семи изученных и тестерных штаммов была проведена амплификация 5.88-1Т8-фрагмента. У всех штаммов размер ПЦР-продукта составлял примерно 850 п.н., что свидетельствует об их принадлежности к роду Saccharomyces.
Продукты ПНР анализировали с помощью ферментативного расщепления эндонуклеазами НаеШ и Hpall (рис. 1, А и В). По сходству рестриктазных профилей все изученные дрожжи были разбиты на три группы. В первую группу вошли тест-штамм S. cerevisiae BKM Y-502 и четыре дальневосточных
штамма (3.00, 22.00, 159.01 и 163.01), имеющие четыре ЯаеШ-фрагмента размером примерно 320, 230, 170 и 130 п.н. (рис. 2А, дорожки 1-5) и два Hpall-фрагмента размером примерно 730 и 120 п.н. (рис. 2В, дорожки 1-5). Ко второй группе относятся тест-штамм S. paradoxus CBS 5829, дальневосточный штамм 61.02 и S. cariocanus UFRJ 50816 (рис. 2, А, В, дорожки 6, 7 и 13, соответственно). У этих штаммов отсутствует ЯраП-сайт, а п о-иЩо ф и л я м они неотличимы от штаммов первой группы. К третьей группе отнесен тест-штамм S. bayanus MCYC 623, два дальневосточных штамма 136.01 и 148.01 и тест-штамм S. kudriavzevii ГРО 1802 (рис. 2, А, В, дорожки 8-11), имеющие ЯаеШ-паттерны с тремя фрагментами приблизительно равными 490, 230 и 130 п.н. ЯраИ-профили были идентичными у штаммов первой и третьей групп. Профиль Taql-рестрикции был уникальным для тест-штамма S. kudriavzevii, a все остальные 12 штаммов имели идентичные профили. Данные рестриктазного анализа свидетельствуют о принадлежности штаммов 136.01 и 148.01 к виду S. bayanus, а не к виду S. kudriavzevii. Согласно полученным данным штамм 61.02
500
300 200 100 В
8 9 10111213 М
9 10111213 М
Рис. 1. Рестриктазный анализ амплифицированных 5.8S-ITS-фрагментов рДНК
штаммов Saccharomyces с помощью эндонуклеаз НаеШ (А) и Hpall (В). S. cerevisiae: 1 - ВКМ Y-502, 2-3.00,3 -22.00,4-159.01, 5 -163.01; S. paradoxus: 6 -CBS 5829, 7 - 61.02; S. bayanus-. 8 - MCYC 623, 9 -136.01, 10 - 148.01; S. kudriavzevii: 11 - IFO 1802; S. ' mikatae: 12-IFO 1815;
S. cariocanus: 13 - UFRJ 50816; M - маркер молекулярных весов (п.н.) "100 bp DNA Ladder" (Fermentas, Литва).
mm ¿Иь Шь ** m' mm- Ш A
относится к S. paradoxus или S. cariocanus. Так как в настоящее время известны только два эндемичных штамма S. cariocanus из Бразилии, в то время как дрожжи S. paradoxus встречаются повсеместно, с большой вероятностью штамм 61.02 можно отнести к S. paradoxus.
Таким образом, на основании ПДРФ-анализа мы дифференцировали исследованные штаммы Saccharomyces и предварительно отнесли их к видам S.
cerevisiae - 3.00, 22.00, 159.01, 163.01; S. paradoxus - 61.02; S. bayanus - 136.01, 148.01.
Генетическая идентификация штаммов. Способность скрещиваться анализируемых дрожжей с тест-штаммами биологических видов S. cerevisiae, S. paradoxus, S. bayanus подтвердила их принадлежность к роду Saccharomyces (табл. 1). Высокая жизнеспособность аскоспор гибридов и регулярное мейотическое расщепление контрольных маркеров ade или ига свидетельствовали о принадлежности родителей к одному биологическому виду, тогда как стерильность гибридов указывала на межвидовые различия геномов. На этом основании, мы окончательно отнесли штаммы 3.00, 22.00, 159.01 и 163.01 к виду S. cerevisiae, штамм 61.02 к виду S. paradoxus, а штаммы 136.01 и 148.01 к виду S. bayanus (табл. 1).
Для генетического изучения северо-корейских штаммов CCY 21-4-89 и CCY 21-4-93 были получены и проанализированы их гибриды с генетическими линиями S. cerevisiae S288C и Х2180-1А (табл. 2). Большинство гибридов были высокофертильны, но почти все они, как и исходные родительские штаммы, обладали гетерогенным расщеплением по скорости роста колоний. Мы отобрали для дальнейшего изучения две моноспоровые культуры 21-4-89:7А и 21-4-93:6В с нормальной скоростью роста. Их гибриды со штаммом S288C имели во всех десяти проанализированных тетрадах регулярное расщепление 2:2 по контрольному маркеру gal. Гибрид со штаммом 21-4-89:7А также имел моногенное расщепление по маркеру mal. Однако другой штамм, 21-4-93:6В, очевидно обладает большим количеством полимерных генов MAL. Гибрид с участием этого штамма имел расщепление В
скобках приводится количество тетрад. Данные гибридизационного анализа позволяют однозначно считать, что оба северо-корейских штамма относятся к виду S. cerevisiae.
Молекулярная дифференциация дрожжей Williopsis, Zygowilliopsis и
Komagataea
Рестриктазный анализ амплифицированных ITS-фрагментов. Прежде всего, была проведена амплификация 5.88-1Т8-фрагментов у типовых культур дрожжей W. saturnus, W. suaveolens, W. beijerinckii, W. mrakii, W. subsufficiens, W. sargentensis, Z. californica, W. mucosa, W. salicorniae и К. pratensis. Размер ПЦР-продукта варьировал у разных видов от 550 п.н. до 800 п.н.
Таблица 1. Анализ гибридов дрожжей cerevisiae (ВКМ Y- 502, 3.00,22.00, 159.01 и 163.01), paradoxus (CBS 5829 и 61.02) и bayanus (MCYC 623, 136.01 и 148.01)
Происхождение Гибридов Число скрещенных пар спор Число полученных зигот Число изолированных тетрад Жизнеспособность аскоспор,% Число проанализированных тетрад 2ADE:2ade
3.00 х 502 30 4 25 61 10
22.00x502 30 2 25 80 12
159.01 х 502 30 5 24 66 12
163.01 х 502 30 9 24 65 8
136.01x502 • 30 16 25 0
148.01 х 502 30 8 25 0
61.02x502 30 5 25 0
3.00x5829 30 9 25 0
22.00x5829 30 11 25 0
159.01 х 5829 30 9 25 0
163.01 х 5829 30 4 24 0
61.02 х 5829 30 11 25 53 6
136.01x623 30 14 25 99 18*
148.01x623 30 14 25 99 18*
звездочкой обозначено расщепление 2URA:2ura
Таблица 2. Жизнеспособность аскоспор у северо-корейских штаммов CCY 21-4-89, CCY 21-4-93 и их гибридов с генетическими
линиями S. cerevisiae (S288C, Х2180-1 А)
Дрожжи Количество Жизнеспособность Дрожжи Количество Жизнеспособность
проанализированных аскоспор,% проанализированных аскоспор,%
тетрад тетрад
21-4-89 9 44 21-4-93 8 44
21-4-89:7AxS288C 31 90 21-4-93:6BxS288C 28 96
21-4-89:7BxS288C 4 94 21-4-93:7BxS288C 6 88
21-4-89:8AxS288C 5 50 21-4-93:73 xS288C 7 96
21-4-89:9АхХ2180-1А 5 100 21-4-93:8АхХ2180-1А 7 96
ПЦр-продукгы анализировали с помощью ферментативного расщепления четырьмя эндонуклеазами НаеШ, Hinfi, Mbol и Mspl. Шесть типовых культур дрожжей Williopsis sensu stricto имеют одинаковые рестриктазные профили со всеми использованными эндонуклеазами (рис. 2, дорожки 1-6). Рестриктазные профили типовых культур W. mucosa, W. salicorniae, К. pratensis, Z. cahfomica видоспецифичны. W. mucosa CBS 6341 характеризуется отсутствйем1-сайта
Рис. 2. Рестритазный анализ ПЦР-амплифицированных 5.8S-ITS-
фрагментов рДНК штаммов дрожжей родов Williopsis, Zygowilhopsis и Komagataea с помощью зндонуклеаз НаеIII (А) и Mspl (В). Дорожки: 1- W. saturnus CBS 254; 2 -W. beijerinckii CBS 2564; 3 - W. suaveolens CBS 255; 4 - W. тгакн CBS 1707; 5 -W. subsufficiens CBS 5763; 6 - W. sargentensis CBS 6342; 7 - Z. califormca CBS 252; 8 - K. pratensis CBS 7079; 9 -W. mucosa CBS 6341; 10 - W. salicorniae CBS 8071; M - маркер молекулярных весов (п.н.) "100 bp DNA Ladder" (Fermentas, Литва).
(рис. 2В, дорожка 9), а ПЦР-продукт Z califomica CBS 252 не режется двумя эндонуклеазами. Mspl и НаеШ (рис. 2А и В, дорожка 7). Все четыре использованные эндонуклеазы резали 5.8S-nS-(f)parMeHTbi К. pratensis и W. sahcomiae.
Таким образом, ПДРФ-анализ позволяет дифференцировать дрожжи W. satumus, W. mucosa, W. salicorniae, Z. califomica и К. pratensis. Наиболее четкие различия по рестриктазным профилям отмечены с использованием эндонуклеаз Naelll и Mspl (рис. 2А и В).
Молекулярный анализ музейных штаммов и новых изолятов. С помощью ПДРФ-анализа амплифицированных 5.88- 1Т8-фрагментов рДНК было изучено 17 музейных штаммов Williopsis, полученных из трех коллекций: IFO, CBS и CCY под разными видовыми названиями, и три изолята с сатурновидными спорами, выделенные нами на Дальнем Востоке. Все штаммы имели одинаковые рестриктазные и -профили, типичные для дрожжей
Williopsis sensu stricto. Для определения их видовой принадлежности был использован ПЦР-анализ с минисателлитным праймером М13 (рис. 3). Шесть
типовых культур дрожжей Williopsis sensu stricto имеют видоспецифичные профили (рис. ЗА, дорожки 1,8, 13-15 и рис. ЗВ, дорожка 5).
По ПЦР-профилям изученные штаммы можно разделить на четыре группы. В первую группу вошла типовая культура W. saturnus CBS 254, семь японских и два северо-корейских штамма (рис. ЗА, дорожки 1-7; рис. ЗВ, дорожки 1-4), имеющие четыре мажорных полосы размером около 500, 600, 750 и 1100 п.н. Вторую группу составили 8 штаммов, включая типовую культуру W. beijennckii CBS 2564 и штаммы CBS 4549, CBS 2876, отнесенные к этому же виду
^ ** %М» '
¿Mtíát"
Рис. 3. ПЦР-анализ штаммов комплекса Williopsis sensu stricto с применением неспецифического минисателлитного праймера М13.
A. W. saturnus: дорожки 1 - CBS 254, 2 - IFO 0811, 3 - IFO 0993, 4 - IFO 1772, 5 -IFO 1773, 6 - IFO 1774, 7 - IFO 1775; W. beijermchv. 8 - CBS 2564, 9 - IFO 1191, 10 - IFO 1762, 11 - IFO 1763, 12 - CBS 4549; W. mrakii: 13 - CBS 1707; W. subsufficiens: 14 - CBS 5763; W. sargentensis: 15- CBS 6342.
B. W. saturnus: дорожки 1 - CBS 254, 2 - IFO 0809, 3 - CCY 81-2-1, 4 - CCY 81-22; W. suaveolens: 5 - CBS 255, 6 - 01.02, 7 - 09.02, 8 - 48.02; W. beijerinckii: 9 -CBS 2564, 10 - IFO 0895, 11 - IFO 0896, 12 - CBS 2876; W. mrakii: 13 - CBS 1707, 14 - CBS 7192; W. sargentensis: 15 - CBS 6342; W. subsufficiens: 16 - CBS 5763; Williopsis sp.: 17 - CBS 6291; 18 - CBS 1669; 19 - IFO 1776. M - маркер молекулярных весов (п.н.) "1 kb DNA Ladder" (Fermentas, Литва).
на основании ДНК-ДНК реассоциации и генетического анализа (рис. ЗА, дорожки 8 и 12; рис. ЗВ, дорожки 9 и 12). Ранее уже был обнаружен молекулярный полиморфизм дрожжей W. beijerinckii, связанный с географическим происхождением штаммов (Наумова и др., 2001). В данном исследовании три японских штамма по ПЦР-профилям с праймером М13 похожи на штамм CBS 4549 (рис. ЗА, дорожки 9-12). Два других японских штамма, типовая культура CBS 2564 и штамм CBS 2876 имеют практически идентичные ПЦР-профили с мажорными фрагментами размером около 350, 600, 700, 1700 п.н. (рис. ЗВ, дорожки 9-12). Типовая культура W. suaveolens и три штамма, изолированные нами на Дальнем Востоке составили третью группу (рис. ЗВ, дорожки 5-8). Четвертая группа включает типовую культуру W. mrakii CBS 1707 и штамм CBS 7192 (рис. ЗВ, дорожки 13 и 14).
Три штамма имели уникальные паттерны и не попали ни в одну из вышеперечисленных четырех групп. Штамм CBS 6291 характеризуется ПЦР-профилем с двумя мажорными фрагментами размером около 350 и 1250 п.н. (рис. ЗВ, дорожка 17). Штамм CBS 1669 имеет три мажорных полосы размером примерно 350, 700 и 750 п.н. (рис. ЗВ, дорожка 18). Штамм IFO 1776 имеет ПЦР-профиль с тремя мажорными полосами размером около 700, 1300 и 2600 п.н/(рис. ЗВ, дорожка 19).
Определение_нуклеотидной_последовательности_внутренних
транскрибируемых спейсеров ITS1 и ITS2. Мы провели секвенирование участков ITS1 и ITS2 рДНК у типовой культуры W. saturnus CBS 254 и двух штаммов W. beijerinckii. Секвенированию были также подвергнуты три штамма, имеющие уникальные ПЦР-профили- с праймером М13. Полученные нуклеотидные последовательности сравнили с имеющимися ITS1 и ITS2 последовательностями дрожжей Williopsis sensu stricto.
В целом, сравнительный анализ ITS-последовательностей свидетельствует о близком родстве изученных штаммов. Штаммы одного вида имеют идентичные последовательности ITS1 и ITS2. Большие отличия обнаружены по участку ITS2, го сравнению с ITS1 (рис. 4). По участку ITS2 пять из шести видов-двойников Williopsis sensu stricto имеют видоспецифичные последовательности. Только W. suaveolens и W. beijerinckii имеют идентичные ITS2-последовательности. Штаммы IFO 1776 и CBS 1669, имеющие идентичные последовательности ITS 1, отличаются по четырем нуклеотидам в районе ITS2. Штамм CBS 6291 отличается от W. subsufficiens и других изученных штаммов тремя и более нуклеотидными заменами.
А
W. saturnus CBS 254*. CBS 5761. NCYC 23 0 W. suaveolens CBS 255* О 0 W. beiierinckii CBS 2564». CBS 2876 ООО W. sv. IFO 1776 2 2 2 2 W. mrakii CBS 1707*. NCYC 2251 4 4 4 4 2 W. sareentensis CBS 6342* 2 2 2 2 4 4 W. subsufficiens CBS 5763* 2 2 2 2 4 4 0 W. sp. CBS 6291 00002422 W. sv. CBS 1669
В
W. saturnus CBS 254*. CBS 5761. NCYC 23 1 W. suaveolens CBS 255* 1 0 W. beiierinckii CBS 2564*. CBS 2876
3 2 2 W. sp. IFO 1776
1 2 2 4 W. mrakii CBS 1707*. NCYC 2251
4 3 3 5 5 W. sareentensis CBS 6342*
4 5 5 7 5 6 W. subsufficiens CBS 5763* 3 4 4 6 4 5 3 W. sp CBS 6291 1 2 2 4 2 3 3 2 W. sv. CBS 1669
Рис. 4. Количество нуклеотидных замен в районах ITS1 (А) и ITS2 (В) рДНК у дрожжей Williopsis sensu stricto. Звездочкой отмечены типовые культуры.
А В
W. saturnus CBS 5761
72 W. suaveolens NRRL Y-838, CBS 1670 78-100 н/о W. beiierinckii CBS 2564*. 4549 52 54 56 W. mrakii CBS 1707* 43 54 50 68 W. sareentensis CBS 6342* 56 52 52 44 36 W. subsufficiens CBS 5763*.
NRRL YB-1718
W. saturnus CBS 254*. CBS 5761
0 W. suaveolens CBS 255*. NRRL Y-838
1 1 W. beiierinckii CBS 2564*
1 1 2 W. mrakii CBS 1707*,NRRL Y-17814 0 0 11 W. sareentensis CBS 6342* 5 5 4 4 5 W. subsufficiens CBS 5763*.
NRRL YB-1718
Рис. 5. ДНК-ДНК реассоциация (A) no (Kurtzman, 1987, 1991) и количество нуклеотидных замен в районе D1/D2 26S рДНК (В) по (Kurtzman, Robnett, 1998; Liu, Kurtzman, 1991) у дрожжей Williopsis sensu stricto; н/о - в комбинации W. suaveolens на W. beijerinckii ДНК-ДНК реассоциация не определялась. Звездочкой отмечены типовые культуры.
Таким образом, с помощью ПЦР-анализа три штамма из японской коллекции IFO переопределены как W. saturnus и W. beijerinckii. Три штамма с сатурновидными спорами, изолированные нами на Дальнем Востоке отнесены к W. suaveolens. Штаммы CBS 1669, CBS 6291 и IFO 1776, вероятно представляют собой новые таксоны.
Сравнение полученных нами и литературных данных позволило выявить несоответствие различных молекулярных подходов (рис. 4 и 5). Принято считать, что штаммы разных видов отличаются более чем тремя нуклеотидами в участке D1/D2 26S рДНК (Kurtzman, Robnett, 1998). W. mrakii, имеющий соответственно 52% и 68%-ную ДНК-ДНК реассоциацию с W. saturnus и W. sargentensis, отличается от первого вида только одной, а от второго пятью нуклеотидными заменами в районе ITS2. В обоих случаях отмечена только одна нуклеотидная замена в районе D1/D2 26S рДНК. Вид W. beijerinckii,
включенный в последнем определителе дрожжей (Kurtzman, Fell, 1998) в синонимы W. saturnus, также отличается от него одной нуклеотидной заменой в районе D1/D2. По результатам генетического анализа межвидовые гибриды дрожжей Williopsis sensu stricto во всех комбинациях стерильны, что свидетельствует о видовом статусе этих дрожжей (Наумов, 1987). Таким образом, для достоверной идентификации и классификации дрожжей необходимо одновременно использовать несколько молекулярных методов в сочетании с генетическим анализом.
Молекулярно-генетический полиморфизм дрожжей
Zygowilliopsis califomica С помощью ПДРФ-анализа амплифицированных 5.88-1Т8-фрагментов и секвенирования последовательностей рДНК мы изучили 32 штамма дрожжей Z califomica различного географического происхождения. Из них 11 штаммов изолированьг в Дальневосточной Азии. Первичное определение родовой принадлежности штаммов проводили согласно морфологии колоний, вегетативных клеток и аскоспор.
Рестриктазный анализ амплифицированных 5.88-1Т5-фрагментов рДНК. У изученных штаммов выявлен полиморфизм размеров амплифицированных фрагментов. Типовая культура Z califomica CBS 252 и еще двадцать шесть штаммов имеют примерно одинаковый размер ПНР продукта - около 600 п.н. Типовые культуры Е. fukushimae CBS 5782 и Н. dimennae CBS 5762, отнесенные в настоящее время к синонимам Z califomica, попали в эту группу. Четыре японских штамма (IFO: 1771, 1880, 1881, 1882), сформировавшие вторую группу, характеризуются несколько меньшим размером ITS-фрагмента — около 550 п.н. На основании физиологических тестов эти штаммы были определены в японской коллекции IFO как Н. dimennae (Mikata, Banno, 1979). Штамм IFO 1767 не попал ни в одну из указанных групп, его ПЦР-продукт имеет наибольший размер - около 650 п.н.
' Рестриктазный анализ ПЦР-продуктов проводили с помощью пяти ферментов. У всех штаммов амплифицированные фрагменты рДНК не содержат сайты рестрикции, что характерно для дрожжей
Zygowilliopsis. По профилям штаммы разделились на те же три группы, что и по размерам 5.88-1Т8-фрагментов. Наибольший полиморфизм отмечен при рестрикции. С помощью этой эндонуклеазы было выявлено два рестриктазных профиля у штаммов первой группы. Типовая культура Z.
californica CBS 252 и еще 18 штаммов имеют паттерны с двумя фрагментами размером около 400 и 200 п.н. (рис. 6А, дорожки 1, 2, 4 и 10, В, дорожки 1-6). Типовая культура Н. dimennae CBS 5762 и еще семь штаммов характеризуются профилями с тремя фрагментами размером около 400, 120 и 80 п.н. (рис. 6А, дорожка 3, В, дорожки 7-14). Четыре японских штамма IFO 1771, IFO 1880, IFO 1881, IFO 1882 имеют верхний фрагмент размером около 320 п.н. и нижний большего размера, чем у штаммов первой группы (рис. 6А, дорожки 6-9). Штамм IFO 1767 обладает специфичным профилем Л/и1-рестрикции (рис. 6А, дорожка 5).
Рис. 6. А /гЛ-подиморфизм 5.8S-ITS-$parMeHTOB рДНК штаммов Z. californica.
A. Дорожки: 1- CBS 252, 2-CBS 5760, 3 -IFO 1765,
4-IFO 1766, 5 -IFO 1767, 6-IFO 1771, 7-IFO 1880, 8-IFO 1881, 9-IFO 1882, 10-ВКМ Y-839.
B. Дорожки: 1 - CBS 252, 2 -NRRL Y-1681, 3 -NRRL YB-2998, 4-NRRL Y-5861,
5-NRRLY-1999, 6-NRRL Y-3178, 7 - IFO 1765, 8 - NRRL YB-2757,
9-NRRL YB-4713, 10-NRRL YB-1873,11-NRRL YB-1863,12-NRRL Y-1709, 13-NRRL YB-4269, 14 - CBS 5762. М - маркер молекулярных весов (п.н.), "lOObp DNA Ladder" (Fermentas, Литва).
Таким образом, у 32 штаммов выявлено четыре ЛМ-профиля. Для установления генетического родства штаммов, имеющих различные рестриктазные профили, мы провели секвенирование двух вариабельных участков рДНК.
Анализ последовательностей внутренних транскрибируемых спейсеров ITS1, 1TS2 и домена D1/D2 26S рДНК у штаммов первой группы. Секвенированию были подвергнуты штаммы группы «dimennae» различного географического происхождения (CBS 5762, NRRL Y-1709, NRRL YB-2757, NRRL YB-4269, IFO 1765), типовые культуры Z californica CBS 252, Е. fukushimae CBS 5782 и штамм ВКМ Y-839. Ранее показано, что последний штамм, согласно рестриктазному профилю отнесенный нами к первой группе,
значительно отличается по ПЦР-профилям с универсальными праймерами L45 и №21 от типовой культуры CBS 252 (Токарева и др., 2001). Обнаружено большое сходство нуклеотидных последовательностей домена D1/D2, что свидетельствует о близком родстве изучаемых штаммов. Наибольшие отличия отмечены у типовой культуры Н. dimennae CBS 5762 и Е. fukushimae CBS 5782. Первый штамм характеризуется наличием делеции в шесть нуклеотидов, а у второго обнаружена делеция в четыре нуклеотида и две нуклеотидные замены по сравнению с типовой культурой 2. californica CBS 252. По одной нуклеотидной замене обнаружено у штаммов IFO 1765 и ВКМ Y-839. Штаммы NRRL Y-1709, NRRL YB-2757 и NRRL YB-4269 имели идентичную с типовой культурой CBS 252 последовательность D1/D2 26S рДНК. Таким образом, штаммы первой группы, очевидно, относятся к одному виду Z californica.
Известно, что длина ITS-участка постоянна у штаммов одного и того же вида (Valente et al., 1999), но его нуклеотидная последовательность может быть изменчива (James et al., 1998). Проведенный нами сравнительный анализ нуклеотидных последовательностей 5.88-1Т8-фрагментов выявил значительные различия между штаммами. По участку ITS1 отмечены лишь единичные нуклеотидные замены. Более вариабельным оказался участок ITS2. Штаммы IFO 1765, NRRL Y-1709, NRRL YB-2757 и NRRL YB-4269 отличаются от типовой культуры Z californica CBS 252 по 26, а типовая культура Н. dimennae CBS 5762 по 27 нуклеотидным позициям. Общее количество отличий по районам ITS1 и ITS2 составило 14 нуклеотидов у типовой культуры Е. fukushimae CBS 5782. Проведенные ранее опыты по гибридизации (Наумов и др., 1985) позволили установить принадлежность данного штамма к роду Zygowilliopsis. ДНК-ДНК-реассоциация между штаммом CBS 5782 и типовой культурой Z californica составляет 96% (Kurtzman, 1991).
На основании анализа последовательностей 5.8S-ITS-paftoHOB рДНК было построено филогенетическое древо (рис. 7). Изученные штаммы Z californica со 100%-ной достоверностью разделились на три кластера. В первый кластер вошли типовая культура Н. dimennae CBS 5762 и схожие с ней 7 штаммов, во второй - типовая культура Z californica и штамм ВКМ Y-839. Отдельную ветвь образовала типовая культура Е. fukushimae CBS 5782.
Полученные нами молекулярно-биологические данные и результаты генетического анализа (Наумов и др., 1981, 1985) свидетельствуют о сложном составе вида Z. californica и позволяют дифференцировать три разновидности: Z californica var. californica, Z californica var. dimennae и Z californica var.
/икшЫшав. Указанные разновидности характеризуются высоким уровнем ДНК-ДНК реассоциации (96-100%), образуют между собой полустерильные гибриды с мейотической рекомбинацией контрольных маркеров и значительно отличаются по последовательностям внутренних транскрибируемых спейсеров ТТ81ИТТ82.
0.02
100
100
NRRL Y-1709 ■ CBS5762 NRRL YB-2757
NRRL YB-4269
IFO 1765 J
Z.californica va г. dimennae
Рис. 7. Филогенетическое древо 5.88-1Т8-районов рДНК
дрожжей Zygowilliopsis
саИ/огтса. Приводятся значения бутстрепа >70%. Шкала соответствует 20 нуклеотидным заменам на 1000 нуклеотидных позиций.
ВКМ Y-839~")
IZ. californica var. californica
CBS 252
■ CBS 5782 Z. californica var.fukushimae
Анализ последовательностей ITS1-5.8S-ITS2 и домена D1/D2 26S рДНК штаммов IFO 1771. IFO 1880. IFO 1881. IFO 1882 и IFO 1767. Установлено, что штаммы второй группы (IFO 1881 и IFO 1882) имеют идентичные последовательности районов D1/D2 и отличаются от типовой культуры Z. californica 45 нуклеотидными заменами. Штамм IFO 1767 отличается от типовой культуры CBS 252 по 43 нуклеотидным позициям, а от штаммов второй группы 30 нуклеотдиными заменами в районе D1/D2 26S рДНК.
Мы провели филогенетический анализ выравненных нуклеотидных последовательностей районов D1/D2 26S рДНК изученных нами штаммов дрожжей Zygowilliopsis, а также видов Candida norvegica NRRL Y-17660, Pichia populi NRRL Y-12728, P. salicaria NRRL Y-6780, P. wickerhamii NRRL Y-2435 и Komagataea pratensis CBS 7079, последовательности которых доступны через компьютерную базу данных GenBank. В качестве внешней группы использовали С. montana NRRL Y-17326 (рис. 8). Выбор указанных видов был обусловлен их близким расположением к типовой культуре Z californica CBS 252 на филогенетическом древе, приведенном в работе Kurtzman и Robnett (1998).
На филогенетическом древе при анализе относительно внешней группы выделяется два кластера (рис. 8). Первый кластер со 100%-ной достоверностью объединяет дрожжи Ъ саИ/отка, штаммы второй группы, штамм 1ГО 1767 и типовую культуру Р. рориН МИ1Ь У-12728 (=СВБ 8084). Внутри этого кластера выделяются три подгруппы. В первую подгруппу входят штаммы Z еаИ/отка уаг. саИ/от1са, Z. саЫ/от1са уаг. ётеппа2. саИ/огтса \ax.fitkushimae
(значение бутстрепа 100%). Вторая подгруппа объединяет два японских штамма 1БО 1881 и 1БО 1882. К этой подгруппе примыкает типовая культура Р.
populi (значение бутстрепа 76%). Нуклеотидные последовательности домена D1/D2 26S рДНК штаммов IFO 1881ЛРО 1882 и NRRL Y-12728 отличаются 31 нуклеотидными позициями. D1/D2 районы штаммов IFO 1881/IFO 1882 и типовой культуры Z californica отличаются по 45 нуклеотидам, а отличия между типовыми культурами Z. californica и P. populi составляют 48 нуклеотидных замен. Отдельную ветвь (рис. 8) занимает штамм IFO 1767 (значение индекса бутстрепа - 76%). Его нуклеотидная последовательность D1/D2 отличается 43 нуклеотдными позициями от типовой культуры Z californica, а от штаммов IFO 1881/IFO 1882 и типовой культуры P. populi NRRL Y-12728 соответственно 30 и 34 нуклеотидными заменами.
Во второй кластер вошли виды С. norvegica NRRL Y-17660, P. wickerhamii и К. pratensis. Однако статистическая поддержка этого кластера невысокая - 74%. Отдельную ветвь на филогенетическом древе занимает вид P. salicaria.
Анализ последовательностей ITS1 и ITS2 участков рДНК подтвердил значительный полиморфизм дрожжей Zygowilliopsis. У штаммов IFO 1881 и IFO 1882 обнаружено более 80 нуклеотидных замен в ITS-участках по сравнению с типовой культурой Z. californica, а у штамма IFO 1767 более 120.
Данные филогенетического анализа свидетельствуют о том, что род Zygowilliopsis не является монотипичным и помимо Z californica включает еще несколько видов. Пять японских штаммов IFO 1771, IFO 1880, IFO 1881, IFO 1882 и IFO 1767 представляют собой новые виды Zygowilliopsis sp. 1 и Zygowilliopsis sp. 2, соответственно.
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
Род Saccharomyces в настоящее время включает шесть видов: S. bay anus, S. cariocanus, S. cerevisiae, S. kudriavzevii, S. mikatae, S. paradoxus и гибридный таксон S. pastorianus (Kurtzman, 2003). Космополитный вид S. cerevisiae содержит, в основном, культурные штаммы, хотя известны и его дикие популяции из Японии, Дальнего Востока и Сибири, а также США (Naumov, 1996; Sniegowski et al., 2002). В природе повсеместно встречается дикий вид S. paradoxus, обитающий преимущественно в сокотечениях широколиственных деревьев, а также в почве. Последний вид представлен дивергировавшими популяциями: европейской, дальневосточной, гавайской и северо-американской (Naumov et al., 1993, 1997а, 1998; Наумов, 1999). Генофонд культурных дрожжей сахаромицетов включает виды S. cerevisiae, S. bayanus и гибридный таксон S. pastorianus.
С помощью молекулярно-генетического анализа нам удалось обнаружить на Дальнем Востоке три биологических вида рода Saccharomyces. Четыре изолированных нами (3.00, 22.00, 159.01, 163.01) и два северо-корейских штамма (CCY 21-4-89, CCY 21-4-93) отнесены к виду S. cerevisiae. Один штамм (61.02) идентифицирован как S. paradoxus и два (136.01, 148.01) как S. bayanus.
Разработана новая методология молекулярной дифференциации видов рода Saccharomyces на основе рестриктазного анализа амплифицированных 5.8S-ITS-фрагментов рДНК. С помощью эндонуклеаз НаеIII и НраЛ. можно различить виды S. cerevisiae, S. paradoxus и S. bayanus. Обнаружено полное соответствие молекулярной и генетической идентификации штаммов Saccharomyces. При этом рестриктазный анализ амплифицированных 5.8S-ITS-фрагментов имеет ряд преимуществ по сравнению с гибридологическим анализом. Последний метод применим только для спорулирующих фертильных культур, а рестриктазный анализ не зависит от споруляции и позволяет быстро проводить идентификацию большого количества штаммов дрожжей.
Особо следует отметить обнаружение нами на Дальнем Востоке криофильного вида S. bayanus. В Европе этот вид, как правило, ассоциирован с алкогольными ферментационными процессами при низких температурах: производства сладких и игристых вин, сидра (Naumov et al., 2000a, 2001a, b). До настоящего времени были известны только пять природных изолятов S. bayanus из Испании, Словакии, США и Венгрии (Santa Maria, 1978; Naumov et al., 1992a, b, 1996; Naumov, 1996; Tornai-Lehoczki et al., 1996; Наумов, 2000).
Надо отметить, что оба штамма S. bayanus выделены нами из сокотечений вяза UJmus pumila. Ранее один штамм S. bayanus был изолирован из сокотечения граба Carpinus betulus в Венгрии (Наумов, 2000). Из 50 сокотечений дубов Quercus robur, Q. mongolica, Q. rubra, Q. alba в Восточной Европе, на Кавказе, Дальнем Востоке и в Северной Америке ранее были выделены только дрожжи S. paradoxus и S. cerevisiae (Naumov et al., 1996, 1997a, 1998). По-видимому, дрожжи S. bayanus ассоциированы с сокотечениями определенных широколиственных деревьев. Большую роль в распространении этого криофильного вида, очевидно, играет сезонный и географический температурный фактор. Наконец, выявлению дрожжей S. bayanus в накопительных культурах должна способствовать температура ниже 20°С. Адаптивное значение у дрожжей S. bayanus может иметь активная галактозидаза (ген MEL). Обращает на себя внимание, что в США из сокотечений вяза Ulmus carpinifolia был тоже выделен штамм, сбраживающий
мелибиозу, но другого вида - S. paradoxus (Naumov et al., 1997). Для последних дрожжей это крайне редкий признак.
Полученные нами результаты и литературные данные (Naumov et al., 2000b) свидетельствуют о необычном разнообразии дрожжей Saccharomyces в Дальневосточной Азии. Из шести известных видов Saccharomyces в этом регионе обнаружено пять: S. bayanus, S. cerevisiae, S. kudriavzevii, S. mikatae и S. paradoxus. Принимая это во внимание целесообразно продолжить поиск новых видов Saccharomyces в указанном регионе.
Методом рестриктазного анализа амплифицированного фрагмента рДНК, включающего ген 5.8S рРНК и внутренние транскрибируемые спейсеры ITS1 и ITS2 мы изучили 53 штамма дрожжей с сатурновидными спорами. Показано, что с помощью эндонуклеаз НаеШ. и Mspl можно дифференцировать дрожжи Williopsis sensu stricto, W. mucosa, W. salicorniae, Zygowilliopsis californica и Komagataea pratensis. Предложено использование минисателлитного праймера М13 для разделения видов-двойников Williopsis sensu stricto, имеющих идентичные рестриктазные профили. Использование ПНР с праймером М13 позволило провести реидентификацию ряда музейных штаммов, определить видовую принадлежность выделенных нами на Дальнем Востоке дрожжей с сатурновидными спорами, а также обнаружить три штамма, представляющих собой новые таксоны. Последние штаммы (CBS 1669, CBS 6291 и IFO 1776) имеют уникальные ПЦР-профили и отличаются по нуклеотидным последовательностям участков ITS1 и ITS2 рДНК от других представителей комплекса Williopsis sensu stricto.
Из шести известных видов Williopsis sensu stricto на Дальнем Востоке мы обнаружили три - W. saturnus, W. suaveolens и W. beijerinckii, редкие случаи выделения последнего вида были известны только из почв южного полушария (Вустин, Бабьева, 1981; Вустин и др., 1982; Бабьева, Решетова, 1996). В среднеевропейской части России дрожжи Williopsis sensu stricto представлены в основном видом W. suaveolens, тогда как на юге европейской части России (Краснодарский край) преобладающим является вид W. saturnus (Наумов и др., 1985,2000; Голубев, Вдовина, 1973).
Обнаружен значительный мол екулярно-генетический полиморфизм дрожжей Zygowilliopsis. Филогенетический анализ домена D1/D2 26S рДНК и внутренних транскрибируемых спейсеров ITS 1 и ITS2 свидетельствуют о том, что род Zygowilliopsis не является монотипичным. На материале японских
изолятов обнаружено два новых вида Zygowilliopsis sp. 1 (штаммы IFO: 1771, 1880,1881, 1882) и Zygowilliopsis sp. 2 (IFO 1767).
Полученные нами результаты и имеющиеся литературные данные (Наумов и др., 1981, 1985; Kurtzman, 1991; Liu, Kurtzman, 1991; Kurtzman, Robnett, 1998) свидетельствуют о том, что вид Z californica также генетически неоднороден и включает в себя три таксона соответствующих рангу разновидностей: Z californica var. californica, Z. californica var. dimennae и Z californica var. fukushimae. Указанные разновидности частично генетически изолированы. Они образуют между собой полустерильные гибриды с мейотической рекомбинацией контрольных маркеров (Наумов и др., 1981, 1985).
Обращает на себя внимание большое научное значение дрожжей Zygowilliopsis. Анализ полученных нами и литературных данных позволяет говорить об ограниченности филогенетической концепции вида. На дрожжах Zygowilliopsis вскрылось противоречие между различными молекулярными подходами в видовой идентификации дрожжей. Филогенетическая концепция вида, основанная на сравнении нуклеотидных последовательностей рибосомальных генов, может противоречить определению видового родства на основе ДНК-ДНК реассоциации. Несмотря на 96-100%-ную ДНК-ДНК реассоциацию (Kurtzman, 1991), три разновидности Z californica значительно отличаются по последовательностям ITS1 и ITS2 рДНК: 14-26 нуклеотидных замен. Тогда как у частично генетически изолированных разновидностей дрожжей Kluyveromyces lactis имеющих более низкий уровень ДНК-ДНК реассоциации (64-78%), отличия по последовательностям внутренних транскрибируемых спейсеров ITS1 и ITS2 составляют только 1-3 нуклеотида (Naumova et al., 2004b). С другой стороны, виды-двойники Williopsis sensu stricto, обладающие значительной дивергенцией геномов по данным ДНК-ДНК реассоциации и образующие стерильные межвидовые гибриды имеют довольно сходные последовательности ITS1 и ITS2: различия не превышают семи нуклеотидных позиций.
С точки зрения генетики, даже 100%-ная реассоциация ДНК не может гарантировать конспецифичность штаммов. На примере дрожжей Z californica видна высокая разрешающая способность генетического анализа, позволяющего идентифицировать частично изолированные популяции, а также необходимость применения различных молекулярных методов для идентификации и классификации дрожжей.
ВЫВОДЫ
1. Наряду с дрожжами биологических видов Saccharomyces cerevisiae и S. paradoxus в Дальневосточной Азии впервые обнаружены дикие дрожжи S. bayanus.
2. Рестриктазный анализ ПЦР-амплифицированных 5.88-1Т8-фрагментов позволил дифференцировать дрожжи с сатурновидными спорами родов Williopsis, Zygowilliopsis и Komagataea. Шесть видов-двойников комплекса Williopsis sensu stricto неразличимы рестриктазным анализом.
3. Минисателлитный праймер М13 рекомендован для идентификации видов W. saturnus, W. beijerinckii, W. mrakii, W. sargentensis, W. suaveolens и W. subsufficiens, а также для обнаружения новых таксонов комплекса Williopsis sensu stricto.
4. Штаммы Williopsis CBS 1669, CBS 6291 и IFO 1776, обладающие уникальными ПЦР-профилями с минисателлитным праймером М13 и отличающиеся по последовательностям ITS1 и ITS2 рДНК представляют собой новые таксоны. Три японских штамма переопределены как W. saturnus и W. beijerinckii. Три штамма с сатурновидными спорами, изолированные нами на Дальнем Востоке России идентифицированы как W. suaveolens.
5. Филогенетическим анализом нуклеотидных последовательностей домена D1/D2 26S рДНК показано, что род Zygowilliopsis не является монотипичным. На материале японских изолятов обнаружено два новых вида Zygowilliopsis sp. 1 (штаммы IFO: 1771,1880,1881,1882) и Zygowilliopsis sp. 2 (IFO 1767).
6. С помощью сравнительного анализа 5.88-1Т8-фрагментов и секвенирования рибосомальных последовательностей рДНК выявлен значительный генетический полиморфизм дрожжей Z californica. Показано, что вид Z. californica включает в себя три таксона, соответствующих рангу разновидностей.
7. Установлено, что различные молекулярные методы не всегда дают сопоставимые результаты. На примере дрожжей Williopsis sensu stricto и Zygowilliopsis видна необходимость использования различных молекулярных, генетических и фенотипических методов для идентификации и классификации дрожжей.
Список работ, опубликованных по теме диссертации:
1. Наумова Е.С., Газдиев Д.О., Наумов Г.И. Необычная молекулярно-генетическая гетерогенность дрожжей Zygowilliopsis californica //ДАН. 2003. Т. 389. № 1.С. 135-138.
2. Наумов Г.И., Газдиев Д.О., Наумова Е.С. Обнаружение биологического вида Saccharomyces bay anus в Дальневосточной Азии // Микробиология. 2003. Т. 72. № 6. С. 834-839.
3. Наумова Е.С, Газдиев Д.О., Наумов Г.И. Молекулярная дивергенция почвенных дрожжей Williopsis sensu stricto // Микробиология. 2004. Т. 73. № 6. С. 768-776.
4. Газдиев Д.О., Наумова Е.С, Наумов Г.И. Идентификация дрожжей Saccharomyces sensu stricto Дальнего Востока // Молодежь XXI века: шаг в будущее. Сб. тр. - Благовещенск: ДальГАУ, 2003. С 189-191.
5. Наумова Е.С, Газдиев Д.О., Наумов Г.И. Геносистематика дрожжей Williopsis, Zygowilliopsis и Komagataea образующих микоцины // Успехи медицинской микологии. - М.: Национальная академия микологии. 2004. Т. 3.
С. 7/Я
6. Газдиев Д.О., Наумова Е.С Молекулярно-генетический полиморфизм дрожжей Zygowilliopsis californica // Биология - наука XXI века: Материалы 8-й Международной школы-конференции молодых ученых. Пущине 2004. С 146.
7. Газдиев Д.О., Наумова Е.С, Наумов Г.И. Молекулярно-генетическая дифференциация дрожжей Williopsis и Zygowilliopsis // Материалы III съезда ВОГиС им. Н.И. Вавилова «Генетика в XXI веке: современное состояние и перспективы развития». Москва. 2004. Т. 1. С. 374.
8. Наумова Е.С, Газдиев Д.О., Наумов Г.И. Внутривидовой полиморфизм дрожжей Zygowilliopsis californica // Микробиология (сдана в печать).
Принято к исполнению 01/07/2005 Исполнено 04/07/2005
Заказ № 954 Тираж 100 экз
ООО «11-й ФОРМАТ» ИНН 7726330900 Москва, Балаклавский пр-т, 20-2-93 (095) 747-64-70 www autoreferat ru
Ки.
Чтищ) -j
¿Í-Í-üíútís:,» i
»- foHfi-Sffft / /
1393
Содержание диссертации, кандидата биологических наук, Газдиев, Денис Олегович
ВВЕДЕНИЕ
ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
ГЛАВА 1. СИСТЕМАТИКА ИЗУЧАЕМЫХ РОДОВ ДРОЖЖЕЙ
1.1. Saccharomyces
1.2. Williopsis, Zygowilliopsis и Komagataea
ГЛАВА 2. РАСПРОСТРАНЕНИЕ И ЭКОЛОГИЯ ДРОЖЖЕЙ
АСКОМИЦЕТОВ В ДАЛЬНЕВОСТОЧНОЙ АЗИИ
2.1. Дальний Восток России
2.2. Япония 38 ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ И ОБСУЖДЕНИЕ
ГЛАВА 3. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ
3.1. Объекты исследования, методы выделения и идентификации 46 дрожжей
3.2. Генетический анализ
3.3. ПЦР-анализ
3.4. Методы генной инженерии
ГЛАВА 4. ИДЕНТИФИКАЦИЯ ДРОЖЖЕЙ РОДА SACCHAROMYCES
ДАЛЬНЕГО ВОСТОКА
4.1. Фенотипическая характеристика штаммов
4.2. Молекулярная дифференциация штаммов
4.3. Генетическая идентификация штаммов
ГЛАВА 5. МОЛЕКУЛЯРНАЯ ДИФФЕРЕНЦИАЦИЯ ДРОЖЖЕЙ
WILLIOPSIS, ZYGOWILLIOPSIS Vi KOMAGATAEA
5.1. Рестриктазный анализ амплифицированных 5.8 S-ITS фрагментов типовых штаммов
5.2. Использование ПЦР с неспецифичными праймерами для дифференциации дрожжей комплекса Williopsis sensu stricto
5.3. Молекулярный анализ музейных штаммов и новых изолятов
5.4. Определение нуклеотидной последовательности внутренних транскрибируемых спейсеров ITS 1 и ITS2 у штаммов, имеющих уникальные ПЦР-профили с праймером М
ГЛАВА 6. МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКИЙ ПОЛИМОРФИЗМ
ДРОЖЖЕЙ ZYGOWILLIOPSIS CALIFORNICA
6.1. Рестриктазный анализ амплифицированных ITS-фрагментов
6.2. Анализ последовательностей внутренних транскрибируемых спейсеров ITS1, ITS2 и домена D1/D
26 S рДНК у штаммов первой группы
6.3. Анализ последовательностей ITS1-5.8S-ITS2 и домена D1/D2 26S рДНК штаммов IFO 1771, IFO 1880, IFO 1881,
IFO 1882 и IFO
Введение Диссертация по биологии, на тему "Таксономическое изучение дрожжей Williopsis, Zygowilliopsis и Saccharomyces, выделенных из природных источников на Дальнем Востоке"
Дрожжевые организмы широко распространены в природе. Большая часть видов или групп видов имеют высокоспециализированные места обитания. Знание природного местообитания и особенностей экологической ниши способствует более полному пониманию биологии вида, его роли в экосистемах и может быть также использовано в биодиагностических целях и для направленного поиска нужных организмов в природе. В природных экосистемах дрожжи тесно ассоциированы с живыми растениями или их мертвыми остатками, позвоночными и беспозвоночными животными. Везде, где есть высшие растения, мхи или лишайники, есть и сопутствующие им дрожжевые грибы, которые используют эти растения как местообитание и источник пищи.
Природа Дальнего Востока большей частью сохранилась в нетронутом человеческой деятельностью виде. Обладая своеобразной, богатой и эндемичной флорой и фауной, эта территория представляет большой интерес для изучения биоразнообразия дрожжей. В отличие от других регионов мира, территория Дальнего Востока является малоизученной. В России большая часть исследований по таксономическому составу дрожжевых организмов в наземных экосистемах проводилась в европейской части. Однако даже немногочисленные работы свидетельствуют об уникальности видового состава дрожжей Дальнего Востока (Кудрявцев, 1936; Наумов, 1988, 1990а, б; Голубев, 19926; Бабьева, Решетова, 1996 Ыаитоуе1а1., 1993, 1995Ь).
Эколого-таксономическое изучение дрожжевой микрофлоры Дальнего Востока позволило выявить особенности географического распространения и таксономический состав базидиомицетовых дрожжей. Многие виды были ранее обнаружены в Японии и неизвестны из других регионов мира (Голубев, 19926; Бабьева, Решетова, 1996). Особо следует отметить работы по обнаружению и выделению природных популяций дрожжей, обитающих в сокотечениях широколиственных деревьев. Исследования, проводимые на протяжении ряда лет, позволили изолировать и изучить большое количество штаммов дрожжей БассИаготусез из различных географически удаленных друг от друга регионов, включая и Дальневосточную Азию (Каитоу е1 а!., 1993, 1996, 1997, 1998; Наумов,
1999). Интенсивное изучение дрожжей Saccharomyces позволило наряду с дикими видами S. cerevisiae и S. paradoxus обнаружить и описать новые виды этого рода в данном регионе (Naumov et al., 2000b; Наумов и др., 2003).
Дрожжи, образующие сатурновидные споры, имеются в составе разных родов: Williopsis, Saccharomycopsis, Pichia и Satamispora (Kurtzman, Fell, 1998). Видовой состав этих родов часто пересматривается в результате появления новых критериев, позволяющих оценивать филогенетическое родство. Род Williopsis Zender включает пять видов: W. californica, W. mucosa, W. pratensis, W. salicorniae и W. saturnus с пятью разновидностями (var. saturnus, var. mrakii, var. sargentensis, var. suaveolens, var. subsufficiens). В то же время сравнение последовательностей генов 18S и 26S рРНК выявило значительную дивергенцию дрожжей W. californica, W. mucosa, W. pratensis, W. salicorniae и W. saturnus (Liu, Kurtzman, 1991; Yamada et al., 1994, 1995; James et al., 1998). На основании значительных отличий последовательностей рДНК и морфолого-физиологических особенностей был создан новый род Komagataea с видом К. pratensis и восстановлен род Zygowilliopsis Kudriavzev с видом Z. californica. Необходимость восстановления последнего рода была ранее обоснована гибридологическим анализом (Наумов, 1980). Согласно гибридологическому анализу, видовой статус имеют дрожжи W. saturnus, W. beijerinckii, W. mrakii, W. sargentensis, W. suaveolens и W. subsufficiens (Наумов и др., 1981; Вустин и др., 1982; Вустин, Наумов, 1984; Наумов, 1987).
В современной систематике дрожжей широко используются различные молекулярно-биологические методы, позволяющие одновременно изучать большое количество штаммов. Одним из таких методов является полимеразная цепная реакция (ПЦР). В зависимости от целей исследования можно использовать различные праймеры, позволяющие проводить идентификацию как различных видов, так и отдельных штаммов. В таксономии дрожжей часто применяется сравнительный анализ последовательностей рибосомальных генов, который в отличие от ДНК-ДНК реассоциации, позволяет оценивать родство дрожжей как на видовом, так и на более высоких таксономических уровнях (Kurtzman, Robnett, 1997, 1998; Fell et al., 2000).
Следует отметить, что анализ последовательностей рибосомальных генов раньше применялся на ограниченном количестве штаммов УУШюрз1$ и 2у£амИИор818, в основном на типовых культурах.
Цель настоящей работы - молекулярно-генетическое исследование дрожжей родов ЗассИаготусея, 1¥ИИор$1з и Ху^о^ИИор818, выделенных на Дальнем Востоке.
Обзор литературы посвящен современным молекулярно-биологическим подходам и методам, используемым в настоящее время в таксономии дрожжевых грибов, систематическому положению изучаемых родов дрожжей, а также экологии и географии дрожжей-аскомицетов Дальневосточной Азии.
ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ ГЛАВА 1. СИСТЕМАТИКА ИЗУЧАЕМЫХ РОДОВ ДРОЖЖЕЙ
Первая классификация, которая объединила дрожжи, формирующие споры в восемь родов семейства Saccharomycetaceae, была предложена Hansen (1904). С тех пор систематика дрожжей претерпевала многочисленные изменения.
В последующие годы было опубликовано несколько классификаций спорообразующих и аспорогенных дрожжей (Ciferri, Redalli, 1929; Stelling-Dekker, 1931; Lodder, 1934; Diddens, Lodder, 1942; Gaumann, 1964), каждая из которых на определенном этапе внесла вклад в развитие таксономии дрожжей. Среди наиболее известных классификаций следует упомянуть системы Lodder, Kreger-van Rij (1952) и Кудрявцева (1954). Первая базировалась на морфологических и физиологических свойствах дрожжей, вторая, кроме морфологических и физиологических признаков, также учитывала экологические особенности видов: приуроченность к определенным условиям обитания и соответствующие биохимические характеристики. В определителе дрожжи разделены на два типа или филума - Ascomycota и Basidiomycota в царстве Mycota (Kurtzman, Fell, 1998; Kurtzman, 2000a). Ниже приведено положение дрожжей-аскомицетов в общей системе грибов (царство, тип, класс, порядок, семейство, род).
Mycota
Ascomycota
Archiascomycetes
Schizosaccharomycetales Schizosaccharomycetaceae Schizosaccharomyces Taphrinales Taphrinaceae Taphrina Lalaria Protomycetales Protomycetaceae Protomyces Saitoella Pneumocystidales Pneumocystidaceae Pneumocystis
Euascomycetes
Endomyces Oosporidium Hemiascomycetes Saccharomycetales Ascoideaceae Ascoidea Cephal oascaceae Cephaloascus Dipodascaceae Dipodascus Galactomyces Sporopachyderm ia Stephanoascus Wickerhamiella Yarrowia Zygoascus
Endomycetaceae Saccharomycodaceae
Endomyces Hanseniaspora
Helicogonium Nadsonia
Myriogonium Saccharomy codes
Phialoascus Wickerhamia
Trichomonas cus Saccharomycopsidaceae
Eremotheciaceae Ambrosiozyma
Eremothecium Saccharomycopsis
Coccidiascus Candidaceae
Lipomycetaceae Aciculoconidium
Babjevia Arxula
Dipodascopsis Blastobotrys
Lipomyces Botryozyma
Zygozyma Brettanomyces
Metschnikowiaceae Candida
Clavispora Geotrichum
Metschnikowia Kloeckera
Saccharomycetaceae Myxozyma
Arxiozyma Schizoblastosporion
Citeromyces Sympodiomyces
Cyniclomyces Trigonopsis
Debaryomyces
Dekkera
Issatchenkia
Kl uyveromyces
Lodderomyces
Pachysolen
Pichia
Saccharomyces
Saturnispora
Torulaspora
Williopsis
Zygosaccharomyces
Среди аскомицетовых дрожжей выделяют три класса. К классу Hemyascomycetes отнесены почкующиеся дрожжи и дрожжеподобные таксоны, такие как Ascoidea и Cephaloascus, в классе Euascomycetes представлены мицелиальные виды, часть из которых диморфные, аски почти всех видов формируются внутри или на поверхности плодового тела, класс Archiascomycetes включает такие таксоны как Schizosaccharomyces, Taphrina, Lalaria, Protomyces, Saitoella и Pneumocystis.
1.1. Saccharomyces
Род Saccharomyces Meyen ex Reess был описан в 1838 году с единственным видом пивных дрожжей Saccharomyces cerevisiae. Первоначально это название использовалось по отношению ко всем дрожжам, выделенным из спиртных напитков. Спустя 32 года Reess (1870) дал более точное определение рода Saccharomyces и включил его в Ascomycetes. В качестве диагностических характеристик указывались такие, как способность формировать примитивный псевдомицелий, многостороннее почкование и наличие от 1 до 4 аскоспор в образующихся сумках. В дальнейшем в роде Saccharomyces было описано более ста новых видов. В ранг новых видов возводили штаммы различных производств, при этом дрожжи-сорняки имели свои видовые названия. Первый определитель дрожжей включал 44 вида рода Saccharomyces (Guiliiermond, 1914). В дальнейшем род Saccharomyces подвергался многочисленным таксономическим ревизиям. В монографии Stelling-Dekker (1931) данный род включает уже только 23 вида, которые разделены на два подрода Saccharomyces и Zygosaccharomyces. Большинство из этих видов были признаны в первом издании определителя дрожжей, составленного голландской коллекцией Centraalbureau voor Schimmelcultures (CBS) (Lodder, Kreger-van Rij, 1952). Во втором издании определителя дрожжей (van der Walt, 1970) количество видов увеличилось до 41. Van der Walt разделил род Saccharomyces на четыре группы видов по ферментационным, ассимиляционным, морфологическим и физиологическим свойствам. Одна из групп, Saccharomyces sensu stricto, была представлена диплонтами с активным брожением. Остальные три группы включали виды, не близкородственные S. cerevisiae.
Изучение генетических и молекулярно-биохимических свойств дрожжей привело к новому пересмотру систематики рода Saccharomyces. Была показана мутационная изменчивость биохимических признаков и необъективность видовой дифференциации, основанной на их использовании. В результате в следующем определителе дрожжей (Yarrow, 1984) все виды Saccharomyces sensu stricto были отнесены к синонимам S. cerevisiae. Однако позднее, с помощью гибридологического анализа и ДНК-ДНК реассоциации было установлено, что некоторые синонимы S. cerevisiae представляют собой самостоятельные виды.
Гибридологический анализ основан на изучении (1) жизнеспособности полового потомства - аскоспор гибридов с тест-штаммами различных биологических видов и (2) возможности обмена генами - рекомбинации контрольных ауксотрофных маркеров (Наумов, 19796; Наумов и др., 1983; Naumov, 1987, 1996). Для гибридологического анализа используются только родительские штаммы с высокой выживаемостью аскоспор. Фертильность гибридов и нормальное расщепление контрольных маркеров свидетельствуют о принадлежности штаммов к одному биологическому виду, а стерильность гибридов или очень низкая жизнеспособность аскоспор указывают на разные виды. Данные генетического анализа таких родов как Saccharomyces, Metschnikowia и Kluyveromyces позволили сформулировать генетическую концепцию рода у дрожжей как группы скрещивающихся видов, гибриды которых размножаются вегетативно (Наумов, 1978).
Еще в 1939 году (Winge, Laustsen, 1939) было предложено использовать способность к скрещиванию и выживаемость продуктов мейоза (аскоспор гибридов) для разграничения видов Saccharomyces. Однако в скрещиваниях были использованы исходные природные или производственные штаммы, а не специально полученные от них инбредные линии, характеризующиеся высокой выживаемостью спор (Наумов и др., 1983). Известно, что природные и производственные штаммы часто обладают пониженной выживаемостью аскоспор (Johnston, 1965; Наумов, 1969; Anderson, Martini, 1975; Spencer, Spencer, 1977), которая определяется многими генетическими факторами, в частности нечетной полиплоидией, анеуплоидией, наличием в гетерозиготном состоянии рецессивных деталей и полулеталей, делеций, инверсий. В этих случаях родительские споры генетически разнокачественны и их суммарная выборка не может характеризовать споры, взятые в скрещивание. Для получения высокофертильных родительских культур у гомоталличных дрожжей достаточно провести последовательные клонирования от одной споры, у гетероталличных необходимы внутритетрадные скрещивания. С помощью таких операций элиминируются факторы летальности и повышается выживаемость аскоспор (Инге-Вечтомов, 1963; Наумов, 1969). По фертильности гибриды сравнивают с инбредными родительскими линиями.
Использование генетических методов в классификации дрожжей комплекса Saccharomyces sensu stricto позволило выявить синонимы биологического вида S. cerevisiae (Наумов и др., 1983). В 1967 году на материале ряда штаммов были описаны дрожжи S. cerevisiae var. terrestris, обитающие в почве и лесной подстилке (Jensen, 1967). Эти дрожжи отличались от штаммов S. cerevisiae местообитанием в природе и при скрещивании с ними давали стерильные гибриды (Наумов, 19796). В соответствии с биологической концепцией вида (Майр, 1971) было высказано предположение о том, что почвенные сахаромицеты и дрожжи S. cerevisiae, выделяемые из забродивших субстратов, представляют собой различные биологические виды: для них характерна как экологическая, так и генетическая репродуктивная изоляция. Было предложено возобновить почвенный таксон как самостоятельный вид S. terrestris (Jensen) G. Naumov (Наумов, 1979a). Позднее, на основании гибридологического анализа музейных культур и природных изолятов было установлено, что такие таксономические виды как S. paradoxus Batschinckaja (Бачинская, 1914), S. cerevisiae var. tetrasporus (Bejerinck ex Dekker) Phaff et al. (1956) и S. terrestris (Jensen) G. Naumov (Наумов, 1979a) принадлежат к одному биологическому виду S. paradoxus (Наумов, 1986).
Экспериментальные данные свидетельствуют о принадлежности дрожжей рода Saccharomyces, выделяемых из природы (сокотечений дуба, насекомых, почвы), в основном к самостоятельному биологическому виду S. paradoxus Batschinckaja. Позднее были обнаружены редкие природные популяции дрожжей биологического вида S. cerevisiae в Сибири, Японии и США (Наумов, Никоненко, 1988а, б; Наумов, Наумова, 1991; Naumov et al., 1993, 1998).
Дикие дрожжи S. paradoxus из сокотечений широколиственных деревьев и почв являются не единственным таксоном, родственным культурным дрожжам S. cerevisiae Hansen. В свое время были обнаружены штаммы NRRL Y-969 и IAM 4009 (Bicknell, Douglas, 1970; Ouchi et al., 1970), имеющие 40-70% гомологии геномов с дрожжами S. cerevisiae, определяемой по ДНК-ДНК реассоциации. Позднее обнаружены еще два штамма CBS 380, 395, отличающихся по ДНК-ДНК реассоциации от S. cerevisiae: 30% гомология ДНК (Rosini et al., 1982).
Применение метода ДНК-ДНК реассоциации (Vaughan-Martini, Kurtzman, 1985) и гибридологического анализа (Naumov, 1987; Наумов, Никоненко, 1987; Наумов, 1988) позволило идентифицировать еще один биологический вид S. bayamis.
При изучении изолятов дрожжей из экспедиционных сборов (проведенных в 1936 году) Института микробиологии АН СССР, был выявлен штамм Saccharomyces ВКМ Y-1146, который не относился к биологическим видам S. cerevisiae и S. paradoxus. Штамм был выделен с ягод культурного винограда A.A. Имшенецким и описан В.И. Кудрявцевым (1954). На основании гибридологического анализа эти дрожжи были отнесены к биологическому виду S. bayanus Saccardo 1895 (Наумов, Никоненко, 1987).
Таким образом, применение генетического анализа у дрожжей Saccharomyces sensu stricto позволило идентифицировать три биологических вида: S. cerevisiae, S. paradoxus, S. bayanus (Naumov, 1987). На основании гибридологического анализа, молекулярного кариотипирования и секвенирования гена 18S рРНК и внутренних транскрибируемых спейсеров (ITS) были описаны еще три вида двойника S. cariocanus, S kudriavzevii и S. mikatae (Naumov et al., 2000b).
Данные генетического анализа хорошо согласуются с результатами ДНК-ДНК реассоциации. ДНК-ДНК реассоциация (20%) выявила низкую степень родства между S. cerevisiae и S. bayanus (Martini, Kurtzman, 1985). Самостоятельность вида S. paradoxus также подтверждена определением гомологии ядерной ДНК, которая у штаммов S. paradoxus составляет 79-99%, ас S. cerevisiae, S. pastorianus и S. bayanus - соответственно 46-59, 8-29 и 0-34% (Martini, 1989). Полученные данные свидетельствуют о значительной дивергенции видов-двойников комплекса Saccharomyces sensu stricto. Изучение генома S. pastorianus (syn. S. carlsbergensis) показало, что он имеет высокую гомологию с S. cerevisiae и S. bayanus (57 и 72% соответственно) и, по всей видимости, представляет собой естественный гибрид последних двух видов. Изучение штаммов S. pastorianus, изолированных в условиях виноделия и пивоварения, также свидетельствует о высокой степени гомологии их геномов. Так ДНК-ДНК реассоциация с видом S. cerevisiae составляет 19-71%, а с S. bayanus 67-78% (Vaughan Martini, Martini, 1987).
Позже на основании изучения кариотипов нескольких штаммов S. pastorianus было выявлено, что одна часть хромосом этих дрожжей близка по размерам соответствующим хромосомам S. cerevisiae, а вторая - хромосомам S. bayanus. Это согласуется с гибридным происхождением данного таксона (Наумова и др., 1991).
В определителе (Kurtzman, Fell, 1998) род Saccharomyces включает 14 видов дрожжей: S. bayanus, S. cerevisiae, S. paradoxus, S. pastorianus, S. barnetti, S. castelli, S. dairenensis, S. exiguus, S. kluyveri, S. rosinii, S. servazzii, S. spencerorum, S. transvaalensis, S. unisporus.
В настоящее время широкое применение для идентификации и классификации дрожжей получили различные молекулярные методы, включая полимеразную цепную реакцию (ПЦР). Этот метод позволяет одновременно изучать большое количество штаммов. В зависимости от целей исследования используют различные праймеры. В основе метода ПЦР лежит многократное копирование определенного фрагмента ДНК с помощью ДНК-полимеразы (Mullis, Falcona, 1987; Weising et al., 1995). Различают два основных типа праймеров: геноспецифичные, направленные на известную нуклеотидную последовательность (геноспецифичная ПЦР) и неспецифичные праймеры (RAPD-PCR, микро- и минисателлиты и другие), ненаправленные на какой-либо ген и имеющие случайную последовательность нуклеотидов (Булат, Мироненко, 1996).
Использование ПЦР с неспецифическими мини- и микросателлитными праймерами позволяет дифференцировать дрожжи как на видовом, так и на штаммовом уровнях. Тандемно организованные повторяющиеся последовательности ДНК различных типов широко представлены в эукариотических геномах. Они варьируют по длине кластера и размеру повторяющегося звена. Минисателлитные и микросателлитные ДНК являются наиболее полиморфными и их изменчивость проявляется, в частности, в аллельных вариациях числа повторяющихся звеньев (Рысков, 1999).
Минисателлиты характеризуются размером повторяющегося мономерного звена в интервале 6-100 п.н. и длиной кластера 0.2-20 т.п.н. Большинство из них относится к GC-типу, но известны и АТ-обогащенные варианты. Содержание различных классов и типов минисателлитов широко варьирует, составляя от нескольких сотен до нескольких тысяч копий на геном. Некоторые из них имеют преимущественно теломерную локализацию, тогда как другие равномерно распределены по геному (Рысков, 1999).
Микросателлиты характеризуются короткими мотивами, сравнительно низкой степенью повтора и распространением по всему геному дрожжей (Lieckfeldt et al., 1993; Weising et al., 1995). Характерные размеры мономерного звена микросателлитов - 2-6 п.н., кластера - 20-60 п.н. (Рысков, 1999). Использование техники RAPD (randomly amplified polymorphic DNA - «случайно амплифицированная полиморфная ДНК») и микросателлитных праймеров позволяет изучить генетическую изменчивость дрожжей на популяционном уровне. Микросателлитный праймер (GTG)5 был использован для идентификации индивидуальных штаммов и дифференциации видов-двойников рода Saccharomyces: S. cerevisiae, S. bayanus, S. pastorianus и S. paradoxus. С помощью этого праймера была проанализирована структура европейской популяции дрожжей S. paradoxus (Naumova et al., 2000). Ранее с помощью изоферментного и гибридологического анализов были изучены европейская, северо-американская, дальневосточная и гавайская популяции дрожжей S. paradoxus (Naumov et al., 1997a; Наумов, 1999). В более поздней работе с использованием RAPD-PCR -анализа было установлено, что первые три популяции также отличаются по ПЦР-профилям (Fernandez - Espinar et al., 2003).
В 1990 году была разработана модификация ПЦР техники с использованием праймеров, не направленных на какой-либо ген: УП-ПЦР или ПЦР с универсальными праймерами (Булат, Мироненко, 1990). Для УП-ПЦР используются более длинные праймеры в 15-20 нуклеотидов оригинального дизайна (Булат и др., 1992; Булат, Мироненко, 1996). Универсальные праймеры состоят из двух частей: консервативной (5'-конец, 6-10 нуклеотидов) и вариабельной (3'-конец, 8-10 нуклеотидов). Консервативная последовательность служит для стабилизации отжига праймера, т.о. обеспечивая образование ПЦР-продуктов на ДНК различных организмов (Bulat et al., 1998). Основным свойством ПЦР с универсальными праймерами является видоспецифичность амплифицированной ДНК, т.е. сходство ПЦР-профилей организмов в пределах биологического вида.
Использование УП-ПЦР и электрофоретического анализа ферментов продемонстрировало пригодность этих молекулярных методов для дифференциации близкородственных видов комплекса Saccharomyces sensu stricto.
Полученные результаты хорошо согласуются с данными гибридологического анализа, секвенирования района 18S рРНК и внутренних транскрибируемых спейсеров (ITS), а также с данными ДНК-ДНК реассоциации (Naumova et al., 2003а).
В настоящее время для идентификации и классификации дрожжей используется рестриктазный анализ амплифицированных некодирующих участков рРНК: внутренних транскрибируемых спейсеров ITS1 и ITS2, а также межгенного спейсера 2 (IGS2). Размер спейсеров и их нуклеотидная последовательность коррелирует с видовой принадлежностью изолятов. При этом наблюдается видоспецифичный рестриктазный профиль спейсерных областей при минимальном внутривидовом полиморфизме (Chen, 1992; Chen et al., 1992).
Амплификация гена 5.8S рРНК и внутренних транскрибируемых спейсеров ITS1 и ITS2 (5.88-ГГ8-фрагмент) и последующий рестриктазный анализ позволяют дифференцировать близкородственные виды комплекса Saccharomyces sensu stricto. Размер района ITS одинаков у видов Saccharomyces sensu stricto, примерно 850 п.н. (Valente et al., 1996). Виды Saccharomyces sensu lato значительно отличаются по длине амплифицированных 5.88-1Т8-фрагментов (от 700 до 875 п.н.), а также по рестриктазным профилям (Fernandez-Espinar et al., 2000). Виды Saccharomyces sensu stricto также отличаются рестриктазным анализом района IGS2 (Molina et al., 1993; Nguyen, Gaillardin, 1997). Рестриктазный анализ района IGS2 рДНК выявил две группы штаммов внутри вида S. bayanus (Nguyen, Gaillardin, 1997). В первую вошли типовые культуры S. bayanus, S. globosus, S. heterogenicus, S. intermedius var. valdensis и S. inusitatus, а во вторую - типовая культура S. uvarum, S. abuliensis и многочисленные винные штаммы S. bayanus (syn. S. uvarum). Две группы также отличаются по кариотипам и по последовательностям ITS1 и ITS2 рДНК (Naumov et al., 2000а). Изучение ряда физиологических характеристик у представителей групп «bayanus» и «uvarum» дало основания высказать мнение о необходимости восстановления вида S. uvarum (Rainieri et al., 1999). Позже на основании гибридологического анализа было установлено, что гибридные штаммы с тестером S. bayanus (MCYC 623), несмотря на высокий уровень ДНК-ДНК-гомологии (86-100%) родителей, дают пониженную фертильность (9-39%). Это свидетельствует о частичной генетической изоляции между двумя группами дрожжей. Было предложено рассматривать эти две группы как разновидности таксона S. bayanus: S. bayanus var. bayamis и S. bayanus var. uvarum (Наумов, 2000). Разновидности S. bayanus var. bayanus, S. bayanus var. uvarum также можно дифференцировать с помощью RAPD-PCR-анализа (Fernandez-Espinar et al., 2003).
Для изучения дрожжей широко применяется молекулярное кариотипирование (пульс-электрофорез), представляющее собой электрофоретическое разделение в агарозном геле нативных хромосомных ДНК согласно их размерам (Carie, Olson, 1984; 1985; Schwartz, Cantor, 1984; Zimmermann, Fournier, 1996; Belloch et al., 1998; Naumova et al., 1993; Naumov, Naumova, 2002). В зависимости от числа и размера хромосом в результате электрофореза получается специфический профиль хромосомных полос штамма. Хромосомы дрожжей имеют размеры от нескольких сотен до нескольких тысяч пар нуклеотидов.
Проведение кариотипического анализа большого количества штаммов вида S. cerevisiae и двух его видов двойников S. paradoxus и S. bayanus показало, что все три вида обладают одинаковым числом хромосом, равным 16 (Naumov et al., 1992а). Электрофоретические кариотипы диких штаммов S. cerevisiae и S. paradoxus практически идентичны, тогда как S. bayanus и S. cariocanus обладают видоспецифичным кариотипом.
В свое время было предложено использовать в дрожжевой таксономии Саузерн-гибридизацию со специфическими клонированными генами (Seehaus et al., 1985). Саузерн-анализ видов-двойников Saccharomyces sensu stricto с использованием генетических маркеров для каждой из 16 хромосом S. cerevisiae, показал, что S. cerevisiae, S. paradoxus и S kudriavzevii имеют одинаковый порядок и размер гомологичных хромосом, тогда как у остальных трех видов размеры отдельных гомологичных хромосом отличаются от таковых у S. cerevisiae (Naumov et al., 2000b). Дрожжи комплекса Saccharomyces sensu stricto легко отличимы по своим кариотипам от дрожжей Saccharomyces sensu lato (Vaughan-Martini et al., 1993; Naumov et al., 1995c; Petersen et al., 1999), это позволяет идентифицировать дрожжи Saccharomyces, выделяемые из природы (Naumov et al., 1992b). Использование метода пульс-электрофореза дало возможность выявить значительную гетерогенность двух видов комплекса Saccharomyces sensu lato: S. exiguus и S. dairensis (Naumov et al., 1995c). Полученные кариотипические данные хорошо согласуются с исследованиями по ДНК-ДНК реассоциации и с анализом последовательностей генов рДНК. На основании ДНК-ДНК-реассоциации гетерогенного комплекса S. exiguns были описаны два новых вида S. spencerorum и S. barnettii, имеющие всего 30% гомологии с типовым штаммом S. exiguous (Vaughan-Martini, 1995).
В систематике дрожжей широко используется сравнительный анализ последовательностей рибосомальных генов (Kurtzman, Robnett, 1995, 1997, 1998; Fell et al., 2000). Анализ последовательностей генов рРНК, в отличие от ДНК-ДНК реассоциации позволяет оценивать родство дрожжей как на видовом, так и на более высоких таксономических уровнях.
Выбор того или иного гена или участков РНК для секвенирования очень важен для молекулярной таксономии (Kurtzman, 2000а; Valente et al., 1999). Ген 5S рРНК благодаря своей консервативной природе и небольшому размеру стал первым рибосомальным геном, используемым для установления родства организмов. Так, изучение последовательностей этого гена у аскомицетов позволило выделить три филогенетические дивергентные группы: делящиеся дрожжи, почкующиеся дрожжи и мицелиальные грибы (Walker, Doolittle, 1982; Walker, 1985). В систематике обычно анализируются более информативные и менее консервативные молекулы, такие как 18S и 26S рРНК. Анализ этих молекул широко применяется для изучения родов и видов дрожжей (Peterson, Kurtzman, 1991; Cai et al., 1996; James et al., 1998). Секвенирование гена 18S рРНК позволило пересмотреть систематическое положение некоторых таксонов внутри рода Saccharomyces (James et al., 1997), описать новые виды (S. kunashirensis, S. martiniae) и дифференцировать представителей комплекса Saccharomyces sensu stricto и Saccharomyces sensu lato (Ando, 1996; Oda et al., 1997, 1999; Mikata et al., 2001). Анализ 26S рРНК также используется для установления близкородственных связей на родовом или видовом уровнях. Секвенирование вариабельного района, расположенного на 5'- конце 26S рРНК (300 нуклеотидов) показало, что данный фрагмент обладает достаточной изменчивостью для разделения близких видов родов Issatchenkia, Pichia и Saccharomyces (Peterson, Kurtzman, 1991). Конспецифичные штаммы отличаются не более чем по двум парам нуклеотидов. Позднее для анализа дрожжей на видовом уровне стали использовать вариабельный участок D1/D2 размером примерно 600 нуклеотидов. Секвенирование типовых культур всех известных видов аскомицетовых дрожжей показало, что различия в шесть и более нуклеотидов в районе D1/D2 указывают на принадлежность изучаемых штаммов к различным видам, в то время как конспецифичные штаммы обычно имеют идентичные последовательности или отличаются 1-3 нуклеотидами. Тем не менее, штаммы, имеющие от 0 до 5 нуклеотидных замен не обязательно относятся к одному и тому же виду (Kurtzman, Robnett, 1998; Kurtzman, 2000а).
Для разделения близкородственных таксонов (виды-двойники и разновидности) применяется анализ последовательностей внутренних транскрибируемых спейсеров ITS1 и ITS2 (James et al., 1998). Два новых вида S. kunashirensis и S. martiniae были выделены из кариотипически гетерогенного таксона S. dairensis на основании секвенирования последовательностей 18S рРНК (James et al., 1997), а виды - S. imisporiis и S. cervazii, имеющие сходные кариотипы (Naumov et al., 1995c), филогенетически более близки друг другу, чем к другим видам рода Saccharomyces (Kurtzman, Robnett, 1991). Позднее рядом авторов были описаны еще пять видов Saccharomyces: S. bulderi, S. naganishii, S. humaticus, S. yakushimaensis, S. turicensis (Middelhoven et al., 2000; Mikata et al., 2001).
Проведенный Kurtzman и Robnett (1998) анализ домена D1/D2 26S рДНК у всех известных на тот период видов аскомицетовых дрожжей позволил разделить их на одиннадцать кладов. Клад Saccharomyces наряду с дрожжами Saccharomyces sensu stricto и Saccharomyces sensu lato включил в себя также представителей родов Arxiozyma, Eremothecium, Hanseniaspora (анаморфа, Kloeckerá), Kluyveromyces, Torulaspora, Zygosaccharomyces и другие.
Недавно Kurtzman и Robnett (2003) провели комплексный мультигенный филогенетический анализ (18S, ITS, 5.8S и 26S рДНК; EF - la, a также анализ последовательности митохондриальной ДНК), на основании которого 75 видов «клада Saccharomyces» разделились на 14 кластеров. Виды Saccharomyces sensu stricto сформировали отдельный кластер. Все остальные представители рода Saccharomyces распределились между четырьмя другими кластерами. Однако статистическая поддержка последних кластеров невысокая и составляет 58-87% (Kurtzman, Robnett, 2003). Представители родов Kluyveromyces, Zygosaccharomyces и других также распределились между различными кластерами. На основании 14 кластеров были сформированы роды Saccharomyces, Kazachstania, Tetrapisispora, Kluyveromyces, Eremothecium, Hanseniaspora, Saccharomycodes и описаны новые роды Lachancea, Nakaseomyces, Naumovia, Vanderwaltozyma и Zygotorulaspora. В настоящее время род Saccharomyces Meyen ex Reess представлен шестью видами: S. bayanus, S. cariocanus, S. cerevisiae, S. kudriavzevii, S. mikatae, S. paradoxus и гибридным таксоном S. pastorianus (Kurtzman, 2003). Все остальные виды, ранее входившие в комплекс Saccharomyces sensu lato распределились между тремя родами: Kazachstania (S. servazzii, S. unisporus, S. transvaalensis, S. martiniae, S. spencerorum, S. rosinii, S. kunashirensis, S. exiguous, S. turicensis, S. bulderi, S. barnettii), Lachancea (S. kluyveri) и Naumovia (S. castellii, S. dairenensis).
Заключение Диссертация по теме "Микробиология", Газдиев, Денис Олегович
ВЫВОДЫ
1. Наряду с дрожжами биологических видов Saccharomyces cerevisiae и S. paradoxus в Дальневосточной Азии впервые обнаружены дикие дрожжи S. bayanus.
2. Рестриктазный анализ ПЦР-амплифицированных 5.88-ГГ8-фрагментов позволил дифференцировать дрожжи с сатурновидными спорами родов Williopsis, Zygowilliopsis и Komagataea. Шесть видов-двойников комплекса Williopsis sensu stricto неразличимы рестриктазным анализом.
3. Минисателлитный праймер М13 рекомендован для идентификации видов W. saturnus, W. beijerinckii, W. mrakii, W. sargentensis, W. suaveolens и W. subsufficiens, а также для обнаружения новых таксонов комплекса Williopsis sensu stricto.
4. Штаммы Williopsis CBS 1669, CBS 6291 и IFO 1776, обладающие уникальными ПЦР-профилями с минисателлитным праймером М13 и отличающиеся по последовательностям ITS 1 и ITS2 рДНК представляют собой новые таксоны. Три японских штамма переопределены как W. saturnus и W beijerinckii. Три штамма с сатурновидными спорами, изолированные нами на Дальнем Востоке России идентифицированы как W. suaveolens.
5. Филогенетическим анализом нуклеотидных последовательностей домена D1/D2 26S рДНК показано, что род Zygowilliopsis не является монотипичным. На материале японских изолятов обнаружено два новых вида Zygowilliopsis sp. 1 (штаммы IFO: 1771, 1880, 1881, 1882) и Zygowilliopsis sp. 2 (IFO 1767).
6. С помощью сравнительного анализа 5.88-1Т8-фрагментов и секвенирования рибосомальных последовательностей рДНК выявлен значительный генетический полиморфизм дрожжей Z. californica. Показано, что вид Z. californica включает в себя три таксона, соответствующих рангу разновидностей.
7. Установлено, что различные молекулярные методы не всегда дают сопоставимые результаты. На примере дрожжей Williopsis sensu stricto и Zygowilliopsis видна необходимость использования различных молекулярных, генетических и фенотипических методов для идентификации и классификации дрожжей.
110
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
Род Saccharomyces в настоящее время включает шесть видов: S. bayanus, S. cariocanus, S. cerevisiae, S. kitdriavzevii, S. mikatae, S. paradoxus и гибридный таксон S. pastorianus (Kurtzman, 2003). Космополитный вид S. cerevisiae содержит, в основном, культурные штаммы, хотя известны и его дикие популяции из Японии, Дальнего Востока и Сибири, а также США (Naumov, 1996; Sniegowski et al., 2002). В природе повсеместно встречается дикий вид S. paradoxus, обитающий преимущественно в сокотечениях широколиственных деревьев, а также в почве. Последний вид представлен дивергировавшими популяциями: европейской, дальневосточной, гавайской и северо-американской (Naumov et al., 1993, 1997а, 1998; Наумов, 1999). Генофонд культурных дрожжей сахаромицетов включает виды S. cerevisiae, S. bayanus и гибридный таксон S. pastorianus.
С помощью молекулярно-генетического анализа нам удалось обнаружить на Дальнем Востоке три биологических вида рода Saccharomyces. Четыре изолированных нами (3.00, 22.00, 159.01, 163.01) и два северо-корейских штамма (CCY 21-4-89, CCY 21-4-93) отнесены к виду S. cerevisiae. Один штамм (61.02) идентифицирован как S. paradoxus и два (136.01, 148.01) как S. bayanus.
Разработана новая методология молекулярной дифференциации видов рода Saccharomyces на основе рестриктазного анализа амплифицированных 5.8S-ITS-фрагментов рДНК. С помощью эндонуклеаз НаеIII и Hpall можно различить виды S. cerevisiae, S. paradoxus и S. bayanus. Обнаружено полное соответствие молекулярной и генетической идентификации штаммов Saccharomyces. При этом рестриктазный анализ амплифицированных 5.88-1Т8-фрагментов имеет ряд преимуществ по сравнению с гибридологическим анализом. Последний метод применим только для спорулирующих фертильных культур, а рестриктазный анализ не зависит от споруляции и позволяет быстро проводить идентификацию большого количества штаммов дрожжей.
Особо следует отметить обнаружение нами на Дальнем Востоке криофильного вида S. bayanus. В Европе этот вид, как правило, ассоциирован с алкогольными ферментационными процессами при низких температурах: производства сладких и игристых вин, сидра (Naumov et al., 2000а, 2001а, b). До настоящего времени были известны только пять природных изолятов S. bayanus из Испании, Словакии, США и Венгрии (Santa Maria, 1978; Naumov et al., 1992a, b, 1996; Naumov, 1996; Tornai-Lehoczki et al., 1996; Наумов, 2000).
Надо отметить, что оба штамма S. bayanus выделены нами из сокотечений вяза Ulmus pumila. Ранее один штамм S. bayanus был изолирован из сокотечения граба Carpinus betulus в Венгрии (Наумов, 2000). Из 50 сокотечений дубов Quercus robur, О. mongolica, О. rubra, Q. alba в Восточной Европе, на Кавказе, Дальнем Востоке и в Северной Америке ранее были выделены только дрожжи S. paradoxus и S. cerevisiae (Naumov et al., 1996, 1997a, 1998). По-видимому, дрожжи S. bayanus ассоциированы с сокотечениями определенных широколиственных деревьев. Большую роль в распространении этого криофильного вида, очевидно, играет сезонный и географический температурный фактор. Наконец, выявлению дрожжей S. bayanus в накопительных культурах должна способствовать температура ниже 20°С. Адаптивное значение у дрожжей S. bayanus может иметь активная а-галактозидаза (ген MEL). Обращает на себя внимание, что в США из сокотечений вяза Ulmus carpinifolia был тоже выделен штамм, сбраживающий мелибиозу, но другого вида - S. paradoxus (Naumov et al., 1997). Для последних дрожжей это крайне редкий признак.
Полученные нами результаты и литературные данные (Naumov et al., 2000b) свидетельствуют о необычном разнообразии дрожжей Saccharomyces в Дальневосточной Азии. Из шести известных видов Saccharomyces в этом регионе обнаружено пять: S. bayanus, S. cerevisiae, S. kudriavzevii, S. mikatae и S. paradoxus. Принимая это во внимание, целесообразно продолжить поиск новых видов этого рода в указанном регионе.
Методом рестриктазного анализа амплифицированного фрагмента рДНК, включающего ген 5.8S рРНК и внутренние транскрибируемые спейсеры ITS1 и ITS2 мы изучили 53 штамма дрожжей с сатурновидными спорами. Показано, что с помощью эндонуклеаз НаеIII и Mspl можно дифференцировать дрожжи W. mucosa, W. salicorniae, Zygowilliopsis californica, Komagataea pratensis и Williopsis sensu stricto. Предложено использование минисателлитного праймера М13 для разделения видов-двойников Williopsis sensu stricto, имеющих идентичные рестриктазные профили. Использование ПЦР с праймером М13 позволило провести реидентификацию ряда музейных штаммов, определить видовую принадлежность выделенных нами на Дальнем Востоке дрожжей с сатурновидными спорами, а также обнаружить три штамма, представляющих собой новые таксоны. Последние штаммы (CBS 1669, CBS 6291 и IFO 1776) имеют уникальные ПЦР-профили и отличаются по нуклеотидным последовательностям участков ITS1 и ITS2 рДНК от других представителей комплекса Williopsis sensu stricto.
Из шести известных видов Williopsis sensu stricto на Дальнем Востоке мы обнаружили три - W saturnus, W saaveolens и W. beijerinckii, редкие случаи выделения последнего вида были известны только из почв южного полушария (Вустин, Бабьева, 1981; Вустин и др., 1982; Бабьева, Решетова, 1996). В среднеевропейской части России дрожжи Williopsis sensu stricto представлены в основном популяциями вида W. suaveolens, тогда как на юге европейской части России (Краснодарский край) преобладающим является вид W. saturnus (Наумов и др., 1985, 2000; Голубев, Вдовина, 1973).
Обнаружен значительный молекулярно-генетический полиморфизм дрожжей Zygowilliopsis. Филогенетический анализ домена D1/D2 26S рДНК и внутренних транскрибируемых спейсеров ITS1 и ITS2 свидетельствуют о том, что род Zygowilliopsis не является монотипичным. На материале японских изолятов обнаружено два новых вида Zygowilliopsis sp. 1 (штаммы IFO: 1771, 1880, 1881, 1882) и Zygowilliopsis sp. 2 (IFO 1767).
Полученные нами результаты и имеющиеся литературные данные (Наумов и др., 1981, 1985; Kurtzman, 1991; Liu, Kurtzman, 1991; Kurtzman, Robnett, 1998) свидетельствуют о том, что вид Z. californica также генетически неоднороден и включает в себя три таксона соответствующих рангу разновидностей: Z. californica var. californica, Z. californica var. dimennae и Z. californica var. fukushimae. Указанные разновидности частично генетически изолированы. Они образуют между собой полустерильные гибриды с мейотической рекомбинацией контрольных маркеров (Наумов и др., 1981, 1985).
Обращает на себя внимание большое научное значение дрожжей Zygowilliopsis. Анализ полученных нами и литературных данных позволяет говорить об ограниченности филогенетической концепции вида. На дрожжах Zygowilliopsis вскрылось противоречие между различными молекулярными подходами в видовой идентификации дрожжей. Филогенетическая концепция вида, основанная на сравнении нуклеотидных последовательностей рибосомальных генов, может противоречить определению видового родства на основе ДНК-ДНК реассоциации. Несмотря на 96-100%-ную ДНК-ДНК реассоциацию (Kurtzman, 1991), три разновидности Z. californica значительно отличаются по последовательностям ITS1 и ITS2 рДНК: 14-26 нуклеотидных замен. Тогда как у частично генетически изолированных разновидностей дрожжей Kluyveromyces lacíis, имеющих более низкий уровень ДНК-ДНК реассоциации (64-78%), отличия по последовательностям внутренних транскрибируемых спейсеров ITS1 и ITS2 составляют только 1-3 нуклеотида (Naumova et al., 2004b). С другой стороны, виды-двойники Williopsis sensu stricto, обладающие значительной дивергенцией геномов по данным ДНК-ДНК реассоциации и образующие стерильные межвидовые гибриды имеют довольно сходные последовательности ITS1 и ITS2: различия не превышают семи нуклеотидных позиций.
С точки зрения генетики, даже 100%-ная реассоциация ДНК не может гарантировать конспецифичность штаммов. На примере дрожжей Z. californica видна высокая разрешающая способность генетического анализа, позволяющего идентифицировать частично изолированные популяции, а также необходимость применения различных молекулярных методов для идентификации и классификации дрожжей.
109
Библиография Диссертация по биологии, кандидата биологических наук, Газдиев, Денис Олегович, Москва
1. Бабьева И.П. Дролоки в биогеоценозах разных природных зон. В кн.: Почвенные организмы как компоненты биогеоценозов. - М.: Наука. 1984. С. 131-141.
2. Бабьева И.П. Почвенные дрожжи экология и география. В сб.: Проблемы и методы биологической диагностики и индикации почв. - М.: Наука. 1976. С. 71-90.
3. Бабьева И.П., Горин С.Е. О спорообразовании и жизненном цикле Metschnikowia pulcherrima и Metschnikowia reukaufii в природе // Вестник МГУ. Серия биология и почвоведение. 1973. № 5. С. 82-85.
4. Бабьева И.П., Гузев И.С., Длусский Г.М., Голубев В.И. Ассоциация дрожжей с муравьями в лесных биогеоценозах. В сб. науч. трудов: Закономерности развития почвенных микроорганизмов. JL: Изд-во Наука. 1975. С. 16-25.
5. Бабьева И.П., Голубев В.И. Методы выявления и идентификации дрожжей. -М.: Пищевая пром-сть. 1979. 120с.
6. Бабьева И.П., Савельева Н.Д. Дрожжи в ризосфере растений // Микробиология. 1963. Т. 32. № 1. С. 86-93.
7. Бабьева И.П., Садыков Б.Ф. Состав и численность дрожжей в филлосфере растений // Микология и фитопатология. 1980. Т. 14. Вып. 6. С. 473-476.
8. Бабьева И.П., Россихина О.Г. Бактериально-дрожжевые диазотрофные ассоциации в сокотечениях деревьев // Биологические науки. № 2. 1987. С. 87-91.
9. Бабьева И.П., Решетова И.С. Новый вид дрожжей из почвы Williopsis pratensis // Микробиология. 1979. Т. 48. С. 1040-1043.
10. Бабьева И.П., Решетова И.С. Таксономический анализ дрожжевых грибов в Дальневосточных регионах России // Микология и фитопатология. 1996. Т. 30. Вып. 4. С. 10-18.
11. Бачинская А.А. История развития и культуры нового дрожжевого грибка -Saccharomyces paradoxus II Микробиология. 1914. Т. 1. № 3/5. С. 231-247.
12. Бибикова И.И., Фатеева М.В., Мамаева Б.М. Дрожжевая флора жука-слоника Cossonus rotundici Faust., поражающего лиственные породы деревьев // Микробиология. 1987. Т. 56. № 4. С. 694-697.
13. Бибикова И.И., Фатеева М.В., Мамаева Б.М. Дрожжевая микрофлора дальневосточных двукрылых Prataxyma melanoptera Mamaev et Krivosheina // Изв. АН СССР. Сер. биол. 1990. № 3. С. 474-476.
14. Булат С.А., Мироненко Н.В., Видовая идентификация фитопатогенных грибов Pyrenophora teres Drechsler и P. graminea Ito et Kuribayashi // Микология и фитопатология. 1990. Т. 24. Вып. 5. С. 435-441.
15. Булат С.А., Кабаев O.K., Мироненко Н.В., Ибатулин Ф.М., Лучкина Л.А., Суслов A.B. Полимеразная цепная реакция с универсальными праймерами для изучения геномов // Генетика. 1992. Т. 28. № 5. С. 19-28.
16. Булат С.А., Мироненко Н.В. Идентификация грибов и анализ их генетической изменчивости методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) с геноспецифичными и неспецифичными праймерами // Генетика. 1996. Т. 32. №.2. С. 165-183.
17. By Нгуен Тхань, Вызов Б.А., Бабьева И.П. Чувствительность дрожжей к пищеварительной жидкости кишечника почвенных многоножек Pachyulus flavipes C.L. Koch // Микробиология. 1994. Т. 63. Вып. 4. С. 715-720.
18. Вустин М.М., Бабьева И.П. Природные местообитания дрожжей родов Williopsis Zender и Zygowilliopsis Kudriavzev // Микробиология. 1981. Т. 50. Вып. 6. С. 1088-1091.
19. Вустин М.М., Наумов Г.И., Бабьева И.П., Наумова Т.И. Геносистематика дрожжей Williopsis saturnus: новые биологические виды // ДАН СССР. 1982. Т. 267. № 6. С. 1481-1484.
20. Вустин М.М., Наумов Г.И. Аномальный мейоз у гибридов биологических видов дрожжей рода Williopsis II Биологические науки. 1984. № 7. Р. 88-91.
21. Глик Б., Пастернак Дж. Молекулярная биотехнология. Принципы и применение. Пер. с англ. М.: Мир. 2002. 589с.
22. Голубев В.И. Эволюция понятия «дрожжи» // Успехи современной биологии. 1992а. Т. 112. Вып. 5-6. С. 715-724.
23. Голубев В.И. Дрожжи филлосферы в Дальневосточном заповеднике «Кедровая падь» // Сибирский биологический журнал. 19926. № 2. С. 3742.
24. Голубев В.И., Бабьева И.П. Дрожжи рода Debaryomyces Klok в гнездах муравьев группы Formica Rufa L. // Экология. 1972. № 1. С. 78-82.
25. Голубев В.И., Бабьева И.П., Благодатская В.М., Решетова И.С. Таксономическое изучение дрожжевых организмов из весенних истечений березы (Betula verrucosa Ehzh.) // Микробиология. 1977а. Т. 46. № 3. С. 564569.
26. Голубев В.И., Бабьева И.П., Новик С.Н. Сукцессии дрожжей в сокотечениях березы // Экология. 19776. № 5. С. 23-28.
27. Голубев В.И., Вдовина Н.В. Дрожжевая флора почв рисовых полей, обрабатываемых гербицидами // Поведение, превращение и анализ пестицидов и их метаболитов в почве. Материалы I Всес. совещ. Пущино-на-Оке, 1973. С. 66-73.
28. Густелева JI.A., Исаев А.С. Микрофлора насекомых ксилофагов. -Новосибирск: Наука. 1982. 117с.
29. Егорова А.И., Бабьева И.П. Дрожжевая флора медоносной пчелы (Apis mellifera L.) // Изв. CO АН СССР. Серия биолого-медицинских наук. 1967. № 10. Вып. 2. С. 127-132.
30. Захаров И.А., Кожин С.А., Кожина Т.Н., Федорова И.В. Сборник методик по генетике дрожжей-сахаромицетов. Л.: Изд-во Наука. 1984. 144с.
31. Инге-Вечтомов С.Г. Новые генетические линии дрожжей Saccharomyces cerevisiae //Вестн. ЛГУ. 1963. № 21. С. 117-125.
32. Кондратьева В.И., Казарян Е.С., Наумов Г.И. Гибридизационное изучение различных географических популяций хищных дрожжей Arthroascus schoenii И ДАН. 2002. Т. 387. № 6. С. 842-845.
33. Кудрявцев В.И. Систематика дрожжей. М.: Изд-во АН СССР. 1954. 427с.
34. Кудрявцев В.И., Емельянова А.А., Мазилкин И.А. Микрофлора переброженных соков диких ягод Дальнего Востока // Вестн. ДВ фил. АН СССР. 1936. № 17. С. 65-78.
35. Майр Э. Принципы зоологической систематики. М.: Мир. 1971. 454с.
36. Наумов Г.И. К вопросу о генетической изоляции дрожжей Saccharomyces II Вестник МГУ. Серия биология и почвоведение. 1969. № 4. С. 44.
37. Наумов Г.И. Генетическая концепция рода у грибов // ДАН СССР. 1978. Т. 241. №4. С. 952-954.
38. Наумов Г.И. Биологический вид Saccharomyces terrestris II ДАН СССР. 1979а. Т. 249. № 5. С. 1228-1230.
39. Наумов Г.И. Генетические основы классификации дрожжей Saccharomyces cerevisiae. Изучение скрещиваемости // Журнал общ. биол. 19796. Т 40. № 2. С. 282-288.
40. Наумов Г.И. Генетическая дифференциация и экология дрожжей Saccharomyces paradoxus Batschinskaia // ДАН СССР. 1986. Т. 291. № 3. С. 754-757.
41. Наумов Г.И. Итоги геносистематики дрожжей родов Williopsis Zender и Zygowilliopsis Kudriavzev // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 1987. № 2. С. 3-7.
42. Наумов Г.И. Гибридологическое изучение дрожжей рода Saccharomyces из экспедиционных сборов В.И. Кудрявцева (1934 и 1936 гг.) // Микология и фитопатология. 1988. Т. 22. № 4. С. 295-301.
43. Наумов Г.И. К изучению дрожжей Дальнего Востока // Криптогамические исследования на Дальнем Востоке // Отв. ред. Васильева J1.H. Владивосток: АН СССР ДВО, Биол.-почв. ин-т., 1990а. С. 72-75.
44. Наумов Г.И. Генетический полиморфизм дальневосточных штаммов Saccharomyces cerevisiae II Криптогамические исследования на Дальнем Востоке // Отв. ред. Васильева JI.H. Владивосток: АН СССР ДВО, Биол.-почв. ин-т., 19906. С. 76-80.
45. Наумов Г.И. Дивергентная популяция дрожжей Saccharomyces paradoxus на Гавайях: вид in statu nascendi // ДАН. 1999. Т. 364. № 2. С. 281-283.
46. Наумов Г.И. Новая разновидность Saccharomyces bayanus var. uvarum comb, nov., установленная генетическим анализом // Микробиология. 2000. Т. 69. №. 3. С. 410-414.
47. Наумов Г.И., Вустин М.М., Бабьева И.П. Половая дивергенция дрожжевых родов Williopsis Zender, Zygowilliopsis Kudriavzev и Hansenula H. Et.P. Sydow // ДАН СССР. 1980. Т. 255. № 2. С. 468-471.
48. Наумов Г.И., Вустин М.М., Наумова Т.И. Гибридологическое изучение видов дрожжей Zygowilliopsis californica, Williopsis saturnus, Williopsis beijerinckii comb, nov., Williopsis mrakii comb. nov. I ! ДАН СССР. 1981. T. 259. №3. С. 718-722.
49. Наумов Г.И., Кондратьева В.И., Наумова Т.Н., Гудкова Н.К. Генетические основы классификации дрожжей Saccharomyces cerevisiae. Изучение выживаемости аскоспор гибридов. // Журнал общ. биол. 1983. Т. 44. № 5. С. 648-660.
50. Наумов Г.И., Вустин М.М., Бабьева И.П., Решетова И.С. Дополнения к геносистематике дрожжей рода Williopsis и Zygowilliopsis И Микробиология. 1985. Т. 54. Вып. 2. С. 239-244.
51. Наумов Г.И., Кондратьева В.И., Наумова Е.С. Методы гибридизации гомоталличных дрожжей диплонтов и гаплонтов // Биотехнология. 1986. № 6. С. 33-36.
52. Наумов Г.И., Никоненко Т.А. Дивергенция геномов культурных и диких дрожжей Saccharomyces sensu stricto: четыре вида-двойника // ДАН СССР. 1987. Т. 294. №2. С. 476-479.
53. Наумов Г.И., Никоненко Т.А. Восточная Азия вероятная родина культурных дрожжей Saccharomyces cerevisiae II Изв. СО АН СССР. 1988а. №20. Вып. 3. С. 97-101.
54. Наумов Г.И., Никоненко Т.А. Новые изоляты дрожжей Saccharomyces paradoxus из сокотечений дуба // Биологические науки. 19886. № 7. С. 8487.
55. Наумов Г.И., Наумова Е.С. Обнаружение дикой популяции дрожжей биологического вида Saccharomyces cerevisiae в Сибири // Микробиология. 1991. Т. 60. Вып. 3. С. 537-540.
56. Наумов Г.И., Токарева Н.Г., Наумова Е.С., Бабьева И.П. Дифференциация дрожжей Williopsis saturnus и Williopsis suaveolens методом полимеразной цепной реакции с неспецифичными праймерами // Микробиология. 2000. Т. 69. №2. С. 280-285.
57. Наумов Г.И., Наумова Е.С., Коршунова И.В., Якобсен М. Сравнительная генетика дрожжей: новый альфа-галактозидазный ген MELI 5 у Saccharomyces cerevisiae II Генетика. 2002. T. 38. № 10. С. 1330-1336.
58. Наумов Г.И., Газдиев Д.О., Наумова Е.С. Обнаружение биологического вида Saccharomyces bay anus в Дальневосточной Азии // Микробиология. 2003. Т. 72. №6. С. 834-839.
59. Наумова Е.С., Наумов Г.И., Майклз К.А., Бериташвили Д.Р. Идентификация хромосомных ДНК у дрожжей Saccharomyces bayanus и Saccharomycespastorianus II ДАН. 1991. T. 316. № 3. С. 744-746.
60. Наумова Е.С., Токарева Н.Г., Наумов Г.И. Williopsis saturnus и Williopsis beijerinckii разные таксоны по данным полимеразной цепной реакции с неспецифическими праймерами // Микробиология. 2001. Т. 70. № 3. С. 365369.
61. Рысков А.П., Мультилокусный ДНК-фингерпринтинг в генетико-популяционных исследованиях биоразнообразия // Молекулярная биология. 1999. Т. 33. №6. С. 997-1011.
62. Стикланд Ю.Е. Получение зондов и их мечение // Молекулярная клиническая диагностика. Методы: Пер. с англ. / Под ред. С. Херрингтона, Дж. Макги. -М.: Мир. 1999. 558с.
63. Токарева Н.Г., Наумова Е.С., Бабьева И.П., Наумов Г.И. Идентификация штаммов Zygowilliopsis californica разного происхождения на основе полимеразной цепной реакции с универсальными праймерами // Микробиология. 2001. Т. 70. № 5. С. 668-674.
64. Шкидченко А.Н., Голубев В.И. Непрерывное культивирование развивающихся в весенних сокотечениях березы дрожжей в моно- и смешанных культурах//Микробиология. 1980. Т. 49. Вып. 1. С. 44-48.
65. Abraches J., Vital M.J.S., Starmer W.T., Mendonca-Hagler L.C., Hagler A.N. The yeast community and mycocin producers of guava fruit in Rio de Janeiro // Braz. Mycol. 2000. V. 92. P. 16-22.
66. Anderson E., Martini P.A. The sporulation and mating of brewing yeasts // J. Inst. Brew. 1975. V. 81. P. 242.
67. Babjeva I.P., Chernov I. Yu. Geographical aspects of yeasts ecology // Phisiol. Gen. Biol. Rev. 1995. V. 9. P. 1-54.
68. Babjeva I., Reshetova I. Yeast resources in natural habitats at polar circle latitude // Food technol. Biotechnol. 1998. V. 36. № 1. P. 1-5.
69. Banno I. Saccharomyces yeasts isolated in Japan: (1) A numerical analysis of S. cerevisiae and its allied species // IFO Res. Comm. 1975. V. 7. P. 15-23.
70. Banno I., Mikata K. Ascomycetous yeasts isolated from forest materials in Japan // Res. Commununs. Intst. Ferment. Osaka. 1981. № 10. P. 10-19.
71. Barnett J.A., Payne R.W., Yarrow D. Yeasts: characteristics and identification // Cambridge University Press. Cambridge. 1983. 812p.
72. Barnett J.A., Payne R.W., Yarrow D. Yeasts: characteristics and identification // Cambridge University Press. 2nd editions. Cambridge. 1990. 1002p.
73. Bedford C.L. A taxonomic study of the genus Hansenula II Mycologia. 1942. V. 34. P. 628-649.
74. Belloch C., Barrio E., Dolores Garcia M., Querol A. Inter- and intraspecific chromosome pattern variation in the yeast genus Kluyveromyces II Yeast. 1998. V. 14. P. 1341-1354.
75. Bicknell J.N., Douglas H.C. Nucleic acid homologies among species of Saccharomyces II J. Bacteriol. 1970. V. 101. № 2. P. 505-512.
76. Bowles J.M., Lachance M.-A. Patternsof variation in the yeast florae of exudates in an oak community // Can. J. Bot. 1983. V. 61. P. 2984-2995.
77. Bulat S.A., Lubeck M., Mironenko N., Jensen D.F., Lubeck P.S. UP PCR analysis and ITS1 ribotyping of strains of Trichoderma and Gliocladium II Mycol. Res. 1998. V. 102. № 8. P. 933-943.
78. Byzov B.A., Vu Nguyen Thanh, Babjeva I.P. Interrelationships between yeasts and soil Diplopods // Soil Biol. Biochem. 1993a. V. 25. № 8. P. 1119-1126.
79. Byzov B.A., Vu Nguyen Thanh, Babjeva LP. Yeasts associated with soil invertebrates//Biol. Fertil Soils. 1993b. № 16. P. 183-187.
80. Capriotti A. Yeasts in some Netherlands soils // Antonia van Leeuwenhoek. 1955. V. 21. P. 145-156.
81. Capriotti A. The yeasts of certain soils from Sweden // Kungl. Lautlrukshogskolons Annaler. 1959. B. 25. S. 185-220.
82. Carson H.L., Knapp E.P., Phaff H.J. Studies on the ecology of Drosophila in the Yosemite region of California. III. The yeast flora of the natural breeding sites of some species of Drosophila II Ecology. 1956. V. 37. № 37. P. 538-544.
83. Carle G.F., Olson M.V. Separation of chromosomal DNA molecules from yeast by orthogonal field alternation gel-electrophoresis // Nucleic Acids Res. 1984. V. 12. P. 5647-5664.
84. Carle G.F., Olson M.V. An electrophoretic karyotype for yeast // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1985. V. 82. P. 3756-3760.
85. Chen W. Restriction fragment length polymorphisms in enzymatically amplified ribosomal DNAs of three heterothallic Pythium species // Phytopathology. 1992. V. 82. P. 1467-1472.
86. Chen W., Hoy J.W., Schneider R.W. Species specific polymorphisms in transcribed ribosomal DNAs of Pythium species // Exptl. Mycol. 1992. V. 16. P. 22-34.
87. Ciferri R., Redalli P. Studies the Torulopsidaceae. A trial general systematic classification of the ascosporogenous ferments // Ann. Mycol. 1929. V. 27. P. 243-295.
88. Davenport R.R. Distribution of yeasts and yeast-like organisms from aerial surfaces of developing apples and grapes. In: Microbiology of Aerial Plant Surfaces/ Ed. C.H. Dickenson, T.F. Preece. London: Acad. Press. 1976. P. 325-359.
89. Diddens A., Lodder J. Die Hefesammlung des Centralbureau voor Schimmelcultures. 2. T. Die Anascosporogenen Hefen. 1. Halfte. Amsterdam: North-Holland. 1942.
90. Dlauchy D., Tornai-Lehoczki J., Peter G. Restriction enzyme analysis of PCR amplified rDNA as a taxonomic tool in yeast identification // Syst. Appl. Microbiol. 1999. V. 22. P. 445-453.
91. Esteve-Zarzoso B., Belloch C., Urubure F., Querol A. Identification of yeast's by RFLP analysis of the 5.8S rRNA gene and the two ribosomal internal transcribed spacers // Int. J. Syst. Bacteriol. 1999. V. 49. P. 329-337.
92. Etchells J.L., Bell T.M., Jones I.D. Morphology and pigmentation of Certain yeasts from brines and Cucumber plant // Farlowia. 1953. V. 4. № 3. P. 266-304.
93. Fell J.W., Boekhout T., Fonseca A., Scorzetti G., Statzell-Tallman A. Biodiversity and systematics of basidiomycetous yeasts as determined by large-subunit rDNA D1/D2 domain sequence analysis // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2000. V. 50. P. 1351-1371.
94. Fernandez-Espinar H.T., Barrio E., Querol A. Analysis of the genetic variability in the species of the Saccharomyces sensu stricto complex // Yeasts. 2003. V. 20. P. 1213-1226.
95. Gaumann E. Die Rilze. 2. Aufl. - Basel; Stuttgart: Birkhauser. 1964.
96. Golubev W.I. Metschnikowia lunata sp.nov. // Antonia van Leeuwenhoek. 1977. V. 43. P. 317-322.
97. Golubev V.I., Bab'eva I.P. Debaryomyces formicarius sp. n. and Debaryomyces cantarellii associated with the ants of the group Rormice rupha L.// J. Gen. Appl. Microbiol. 1972. № 18. P. 249-254.
98. Guilliermond A., Monographie des levures rapportees d'Afrique Occidentale par la mission Chevalier//Ann. Sci. Nat. 9 Ser. Bot. 1914. V. 19. P. 1-32.
99. Hall T.A. BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT. //Nucl. Acids Symp. Ser. 1999. V. 41. P. 95-98.
100. Hamamoto M., Nakase T. Ballistosporous yeasts found on the surface of plant materials collected in New Zealand // Antonia van Leeuwenhoek. 1995. V. 67. P. 151-171.
101. Hamamoto M., Nakase T. Ballistosporous yeasts found on the surface of plant materials collected in New Zealand // Antonia van Leeuwenhoek. 1996. V. 69. № 3. P. 279-291.
102. Hamamoto M., Kuroyanagi T., Nakase T. Fellomyces ogasawarensis sp. nov. and Fellomyces distylii sp. nov., yeasts isolated from a plant in Japan // Int. J. Syst. Bacteriol. 1998. V. 48. № 1. P. 287-293.
103. Hansen E.S. Grundlinien zur systematik der Saccharomyceten II Zentralbl. Bakteriol. Parasitenkd. Abt. 1904. II. 12. S. 529-538.
104. Hinzelin F., Kurtzman C.P., Smith M.Th. Williopsis salicorniae sp. nov. // Antonia van Leeuwenhoek. 1991. V. 59. P. 125-127.
105. James S.A., Roberts I.N., Collins M.D. Phylogenetic heterogenety of the genus Williopsis as revealed by 18S rRNA gene sequences // Int. J. Syst. Bacteriol. 1998. V. 48. P. 591-596.
106. Jensen V. Taxonomic studies on soil yeasts. I. The genus Saccharomyces (Meyen) Reess. Arsskr. K. Vet. Landbohoejsk. 1967. P. 179-194.
107. Johnston J.R. Breeding yeasts for brewing I. Isolation of breeding strains // J. Inst. Brew. 1965. V. 71. P. 130.
108. Klöcker A. Eine neue Saccharomyces art (Saccharomyces satumus mihi) mit eigentumlichen sporen //Zentralbl. Bakteriol. Parasitenkd. Abt. 1902. II. B. 8. S. 129-130.
109. Klöcker A. Unetrsuchun gen über einige neue Pichia II Zentralbl. Bakteriol. Parasitenkd. Abt. 1912. II. B. 35. S. 369-375.
110. Kobayashi Y. Yeasts and molds in the trunk-exudations // Bull. Natl. Sei. Mus. (Tokyo). 1953. V. 33. P. 31-46.
111. Kodama K. Ascosporogenous yeasts isolated from tree exudates in Japan // Ann. microbiol. edenzimol. 1974. V. 24. № 2. P. 215-231.
112. Kudrjawzev V.l. Die systematic der Hefen. Berlin. 1960.
113. Kurtzman C.P. Synonomy of the yeast genera Hansenula and Pichia demonstrated through comparisions of deoxyribonucleic acid relatedness // Antonia van Leeuwenhoek. 1984. V. 50. P. 209-217.
114. Kurtzman C.P. Prediction of biological relatedness among yeasts from comparisons of nuclear DNA complementarity // Studies in mycology. 1987. V. 30. P. 459-468.
115. Kurtzman C.P. DNA relatedness among saturn-spored yeasts assigned to the genera Williopsis and Pichia II Antonia van Leeuwenhoek. 1991. V. 60. P. 1319.
116. Kurtzman C.P. Systematics and Taxonomy of Yeasts / Ernst J.F., Schmidt A. (Eds): Dimorphism in Human Pathogenic and Apathogenic Yeasts 11 Contrib. Microbiol. Basel. Karger. 2000a. V. 5. P. 1-14.
117. Kurtzman C.P. Three new ascomycetous yeasts from insect-associated arboreal habitats II Can. J. Microbiol. 2000b. V. 46. P. 50-58.
118. Kurtzman C.P., Fell J.M. The yeasts a taxonomic study. Amsterdam: Elsevier Science Publ. 1998. 1055p.
119. Kurtzman C.P., Robnett C.J. Phylogenetic relationships among species of Saccharomyces, Schizosaccharomyces, Debaryomyces and Schwanniomycesdetermined from partial ribosomal RNA sequences // Yeast. 1991. V. 7. P. 6172.
120. Kurtzman C.P., Robnett C.J. Molecular relationships among hyphal ascomycetous yeasts and yeastlike taxa // Can.J. Bot. 1995. V. 73. Suppl. 1. P. S824-S830.
121. Kurtzman C.P., Robnett C.J. Identification of clinically important ascomycetous yeasts based on nucleotide divergence in the 5' end of the large subunit (26S) ribosomal DNA gene // J. Clin. Microbiol. 1997. V. 35. P. 1216-1223.
122. Kurtzman C.P., Robnett C.J. Identification and phylogeny of ascomycetous yeasts from analysis of nuclear large subunit (26S) ribosomal DNA partial sequences //Antonia van Leeuwenhoek. 1998. V. 73. P. 331-371.
123. Kurtzman C.P., Robnett C.J. Phylogenetic relationships among yeasts of the "Saccharomyces complex" determined from multigene sequence analyses // FEMS Yeast Research. 2003. V. 3. P. 417-432.
124. Lachance M.-A. Yeasts associated with black knot disease of trees. In: Stewartth
125. G.G. and Russell, eds. Current developments in yeast research (Proc. 5 Int. Yeast Symp., London Canada), Pergamon, Toronto. 1980. P. 607-613.
126. Lachance M.-A., Metcalf B.J., Starmer W.T. Yeasts from exudates of Quercus, Ulmus, Populus and Pseudotsuga: New isolations and elucidation of some factors affecting ecological specificity // Microb. Ecol. 1982. V. 8. P. 191-198.
127. Lachance M.-A., Phaff H.J. Identification of yeasts found in decaying cactus tissue // Can. J. Microbiol. 1988. V. 34. № 9. P. 1025-1036.
128. Lachance M.-A., Gilbert D.G., Starmer W.T. Yeast communities associated with Drosophila species and related flies in an eastern oak-pine forest: a comparison with western communities // J. Indust. Microb. 1995. V. 14. P. 484-494.
129. Lachance M.-A., Rosa C.A., Starmer W.T., Bowles M. Candida ipomoeae, a new yeast species related to large-spread Metschnikowia species // Can. J. Microbiol. 1998b. V. 44. № 8. P. 718-722.
130. Lachance M.-A., Bowles M., Kwon S., Marinoni G., Starmer W.T., Janzen D.H. Metschnikowia lochheadii and Metschnikowia drosophilae, two new yeast species isolated from insects associated with flowers // Can. J. Microbiol. 2001. V. 47. №2. P. 103-109.
131. Lieckfeldt E., Meyer W., Borner T. Rapid identification and differentiation of yeasts by DNA and PCR fingerprinting // J. Basic Microbiol. 1993. V. 33. № 6. P. 413-426.
132. Liu Z., Kurtzman C.P., Phylogenetic relationships among species of Williopsis and Saturnospora gen. nov. as determined from partial rRNA sequences // Antonia van Leeuwenhoek. 1991. V. 60. P. 21-30.
133. Lodder J. Uber einige durch das "Centraalbureau voor Schimmelcultures" neuerworbene sporocene herfearten // Zentralbl. Bakteriol. Parasitenkd. Abt. 1932. B. 86. S. 227-253.
134. Lodder J. Die Hefesammlung des Centraalbureau voor Schimmelcultures. 2. T. Die Anascosporogenen Hefen. 1. Hälfte. Amsterdam: North-Holland. 1934.
135. Lodder J. (Ed.) The yeasts. A taxonomic study // 2nd revised and enlarged edition. Delft. The Netherlands. North-Holland Publishing Company. Amsterdam. 1970. 1385p.
136. Lodder J., Kreger-van Rij N.J.W. The yeasts: A taxonomic study. Amsterdam: North-Holland. 1952. 713p.
137. Martin I., Débarbouillé M., Ferrari E., Klier A., Rapoport G. Characterization of the levanase gene of Bacillus subtilis which shows homology to yeast invertase //Mol. Gen. Genet. 1987. V. 208. P. 177-184.
138. Martini A.V. Saccharomyces paradoxus comb, nov., a newly separated species of the Saccharomyces sensu stricto complex based upon nDNA/nDNA homologies // Syst. and Appl. Microbiol. 1989. V. 12. № 2. P. 179-182.
139. Martini A.V., Kurtzman C.P. Deoxyribonucleic acid relatedness among species of the genus Saccharomyces sensu stricto // Int. J. Syst. Bacteriol. 1985. V. 35. №4. P. 508-511.
140. Meyen J. Jahresbericht über die Resultate der Arbeiten im Felde der physiologischen Botanik von dem Jahre 1837 // Arch. Naturge Sch. Zweiter Band. 1838. B. 4. S. 1-186.
141. Middelhoven W.J., Kurtzman C.P., Vaughan-Martini A. Saccharomyces bulderi sp. nov., a yeast that ferments gluconolactone // Antonia van Leeuwenhoek. 2000. V. 77. P. 223-228.
142. Mikata K., Banno I. Descriptive catalogue of IFO yeast collection 2 // IFO Res. Comm. 1979. №9. P. 65-79.
143. Miller M.W., Yoneyama M., Soneda M. Phaffla, a New Genus in the Deuteromycotina (.Blastomycetes) // Int. J. Syst. Bacteriol. 1976. V. 26. № 2. P. 286-291.
144. Molina F.I., Jong Sh.-Ch., Huffman J.L. PCR amplification of the 3-external transcribed and intergenic spacers of the ribosomal DNA repeat unit in three species of Saccharomyces II FEMS Microbiol. Lett. 1993. V. 108. P. 259-264.
145. Mullis K.B., Falcona F.A. Specific synthesis of DNA in vitro via a polymerase -catalyzed chain reaction // Methods Enzymol. 1987. V. 155. P. 335-350.
146. Nakase T. Expanding world of ballistosporous yeasts: Distribution in the phyllosphere, systematics and phylogeny // J. G. Appl. Microbiol. 2000. V. 46. №4. P. 189-216.
147. Nakase T., Komagata K. Significance of DNA base composition in the classification of yeast genus Pichia II J. Gen. Appl. Microbiol. 1970. V. 16. P. 511-521.
148. Nakase T., Komagata K. Further investigation on the DNA base composition of the genus Hansenula II J. Gen. Appl. Microbiol. 1971. V. 17. P. 77-84.
149. Nakase T., Itoh M., Takematsu A., Mikata K., Banno I., Yamada Y. Kockovaella, a new ballistospore-forming anamorphic yeast genus // J. Gen. Appl. Microbiol. 1991. V. 37. № 2. P. 175-197.
150. Naumov G.I. Genetic basis for classification and identification of the ascomycetous yeasts // Studies in Mycology. 1987. V. 30. P. 469-475.
151. Naumov G.I. Genetic identification of biological species in the Saccharomyces sensu stricto complex // J. Int. Microbiol. 1996. V. 17. P. 295-302.
152. Naumov G., Naumova E., Korhola M. Genetic identification of natural Saccharomyces sensu stricto yeasts from Finland, Holland and Slovakia // Antonia van Leeuwenhoek. 1992a. V. 61. P. 237-243.
153. Naumov G.I., Naumova E.S., Lantto R.A., Louis E.J., Korhola M. Genetic homology between Saccharomyces cerevisiae and its sibling species S. paradoxus and S. bayanus: electrophoretic karyotypes // Yeast. 1992b. V. 8. P. 599-612.
154. Naumov G.I., Naumova E.S., Azbukina Z.M., Korhola M. Gaillardin C. Genetic and karyotypic identification of Saccharomyces yeasts from Far East Asia // Cryptogamic, Mycol. 1993. V. 14. № 2. P. 85-93.
155. Naumov G.I., Naumova E.S., Hagler A.N., Mendonca-Hagler L.C., Louis E.J. A new genetically isolated population of the Saccharomyces sensu stricto complex from Brazil // Antonia van Leeuwenhoek. 1995a. V. 67. P. 351-355.
156. Naumov G.I., Naumova E.S., Louis E.J. Two new genetically isolated populations of the Saccharomyces sensu stricto complex from Japan // J. Gen. Appl. Microbiol. 1995b. V. 41. P. 499-505.
157. Naumov G.I., Naumova E.S., Korhola M. Karyotypic relationships among species of Saccharomyces sensu lato: S. castellii, S. dairensis, S. unisporus and S. servazzii II Syst. Appl. Microbiol. 1995c. V. 18. P. 103-108.
158. Naumov G.I., Naumova E.S., Sancho E.D. Genetic reidentification of Saccharomyces strains associated with black knot disease of trees in Ontario and Drosophila species in California // Can. J. Microbiol. 1996. V. 42. P. 335-339.
159. Naumov G.I., Naumova E.S., Sniegowski P.D. Differentiation of European and Far East Asian populations of Saccharomyces paradoxus by allozyme analysis // Int. J. Syst. Bacteriol. 1997a. V. 47. № 2. P. 341-344.
160. Naumov G.I., Naumova E.S., Sniegowski P.D. Saccharomyces paradoxus and Saccharomyces cerevisiae are associated with exudates of North American oaks //Can. J. Microbiol. 1998. V. 44. P. 1045-1050.
161. Naumov G.I., Masneuf I., Naumova E.S., Aigle M., Dubourdien D. Association of Saccharomyces bay anus var uvarum with some French wines: genetic analysis of yeast populations//Res. Microbiol. 2000a. V. 151. № 8. P. 683-691.
162. Naumov G.I., Naumova E.S., Aigle M., Masneuf I„ Belarbi A. Genetic reidentification of the pectinolytic yeast strain SCPP as a Saccharomyces bayanus var. uvarum // Appl. Microbiol. Biotechnol. 2001a. V. 55. P. 108-111.
163. Naumov G.I., Nguyen H.-V., Naumova E.S., Michel A., Aigle M., Gaillardin C. Genetic identification of Saccharomyces bayanus var. uvarum, a cider-fermenting yeast // Int. J. Food Microbiol. 2001b.,V. 65. P. 163-171.
164. Naumov G.I., Naumova E.S. Five new combinations in the yeast genus Zygofabospora Kudriavzev emend G. Naumov (pro parte Kluyveromyces) based on genetic data IIFEMS Yeast Research. 2002. V. 2. P. 39-46.
165. Naumova E.S., Naumov G.I., Molina F.I. Genetic variation among European strains of Saccharomyces paradoxus: results from DNA fingerprinting // System. Appl. Microbiol. 2000. V. 23. P. 86-92.
166. Naumova E.S., Bulat S.A., Mironenko N.V., Naumov G.I. Differentiation of six sibling species in the Saccharomyces sensu stricto complex by multilocus enzyme electrophoresis and UP PCR analysis // Antonia van Leeuwenhoek. 2003a. V. 83. P. 155-166.
167. Naumova E.S., Korshunova I.V., Jespersen L., Naumov G.I. Molecular genetic identification of Saccharomyces sensu stricto strains from African sorghum beer // FEMS Yeast Research. 2003b. V. 3. P. 177-184.
168. Naumova E.S., Naumov G.I., Nosek J., Tomaska L. Differentiation of the yeasts Williopsis, Zygowilliopsis and Komagataea by karyotypic and PCR analyses // System. Appl. Microbiol. 2004a. V. 27. P. 192-197.
169. Naumova E.S., Sukhotina N.N., Naumov G.I. Molecular-genetic differentiation of the dairy yeast Kluyveromyces lactis and its wild relatives closest // FEMS Yeast Research. 2004b. V. 5. P. 263-269.
170. Oda Y., Yabuki M., Tonomura K., Fukunaga M. A phylogenetic analysis of Saccharomyces species by the sequence of 18S 28S rRNA spacer regions I I Yeast. 1997. V. 13. P. 1243-1250.
171. Oda Y., Yabuki M., Tonomura K., Fukunaga M. Sequence analysis of 18S 28S rRNA spacer regions from Saccharomyces kunashirensis, Saccharomyces martiniae, Saccharomyces rosinii and Saccharomyces transvaalensis II Curr. Microbiol. 1999. V. 38. P. 61-63.
172. Ouchi K., Saito H., Ikeda Y. Genetic relatedness of yeast strains studied by the DNA DNA hybridization method // Agr. Biol. Chem. 1970. V. 34. № 1. P. 95101.
173. Peterson S.W., Kurtzman C.P. Ribosomal RNA sequence divergence among sibling species of yeasts II Syst. Appl. Microbiol. 1991. V. 14. P. 124-129.
174. Petersen R.F., Nilsson-Tillgren T., Piskur J. Karyotypes of Saccharomyces sensu lato species // Int. J. Syst. Bacteriol. 1999. V. 49. P. 1925-1931.
175. Phaff H.J., Knapp E.D. The taxonomy of yeasts found in exudates of certain trees and other natural breeding sites of some species of Drosophila // Antonia van Leeuwenhoek. 1956. V. 22. № 2. P. 117-130.
176. Phaff H.J., Miller M.W., Shifrine M. The taxonomy of yeasts isolated from Drosophila in the Yosemite region of California // Antonia van Leeuwenhoek. 1956. V. 22. №2. P. 145-161.
177. Phaff H.J., Miller M.W., Mrak E.M. The like of yeasts. Their nature, activity, ecology, and relation to mankind. Harvard University press / Cambridge, Massachusetts. 1966.
178. Phaff M. J., Miller M.W., Yoneyama M., Soneda M. A comparative study of the yeast florae associated with trees on the Japanese islands and on the west coast of Noth America // Proc. IV IFS: Ferment. Technol. Today Kyoto. Japan. 1972. P. 759-774.
179. Phaff H.J., Miller M.W., Mrak E.M. The life of yeasts. 2nd ed. - Cambridge (Mass); London: Harvard. Univ. Press. 1978. 341p.
180. Phaff H.J., Miller M.W., Miranda M. Hansenula alni, a new heterothallic species of yeast from exudates of alder trees // Int. J. Syst. Bacteriol. 1979. V. 29. № l.P. 60-63.
181. Phaff H.J., Holzschu D.L. Genome comparison in yeast systematics. Evolutionary divergence among cactus-specific yeasts. In: Molecular Genetics in Yeasts, edited by D. von Wettstein et al. Copenhagen: Munksgaard. 1981.
182. Phaff H.J., Yamada Y., Tredick J., Miranda M. Hansenula populi, a new heterothallic species of yeast from exudates of cottonwood trees // Int. J. Syst. Bacteriol. 1983. V. 33. № 2. P. 375-380.
183. Phaff H.J., Miranda M., Starmer W.T., Tredick J., Barker J., Stuart F. Clavispora opuntiae, a new heterothalic yeast occurring in necrotic tissue of Opuntia species // Int. J. Syst. Bacteriol. 1986. V. 36. № 3. P. 372-379.
184. Phaff H.J., Starmer W.T. Yeasts associated with plants, insects and soil. In: The yeasts. Biology of yeasts / Ed. A.H. Rose, J.S. Harrison. London: Acad. Press. 1987. V. l.P. 123-180.
185. Phaff H.J., Vaughan-Martini A., Starmer W.T. Debaryomyces prosopidis sp. nov., a yeast from exudates of mesquite trees // Int. J.Syst. Bacteriol. 1998. V. 48. P. 1419-1424.
186. Phaff H.J., Starmer W.T., Kurtzman C.P. Pichia lachancei sp. nov., associated with several Hawaiian plant species // Int. J. Syst. Bacteriol. 1999. V. 49. P. 1295-1299.
187. Rainieri S., Zambonellic C., Hallsworth J.E., Pulvirenti A., Cindici P. Saccharomyces uvarum, a distinct group within Saccharomyces sensu stricto // FEMS Microbiol. Lett. 1999. V. 177. P. 177-185.
188. Reess M. Botanische Untersuchungen über die Alkoholgarhungspilre. Felix, Leipzig. 1870.
189. Rosa C.A., Lachance M.-A. The yeast genus Starmerella gen. nov and Starmerella bombicola sp. nov. the teleomorph of Candida bombicola (Spencer, Gorin & Tullock) Meyer & Yarrow // Int. J. Syst. Bacteriol. 1998. V. 48. P. 1413-1417.
190. Rosini G., Federici F., Vaughan A.E., Martini A. Systematics of the species of the yeast genus Saccharomyces associated with the fermentation industry // Eur. J. Appl. Microbiol. Biotechnol. 1982. V. 15. № 3. P. 188-193.
191. Santa Maria J. Biotaxonomic studies on yeast // Comun. Inst. Nac. Invest. Agrar. Ser. General Madrid. 1978. V. 3. P. 1-59.
192. Schwartz D.C., Cantor C.R. Separation of yeast chromosome sized DNA by pulsed field // Cell. 1984. V. 37. P. 67-75.
193. Seehaus T., Rodicio R., Heinisch J., Aquilera A., Schmitt H.D., Zimmermann F.K. Specific gene probes as tods in yeast taxonomy // Curr. Genet. 1985. V. 10. P. 103-110.
194. Sniegowski P.D., Dombrowski P.G., Fingerman E. Saccharomyces cerevisiae and Saccharomyces paradoxus coexist in a natural woodland site in North
195. America and display different levels of reproductive isolation from European conspecifics // FEMS Yeast Research. 2002. V. 1. P. 299-306.
196. Soneda M. Studies on animal-dung inhabiting yeasts // Nagaoa. Mycol. J. Nagao Inst. 1959. V. 6. P. 1-24.
197. Soneda M. An additional paper on animal-dung inhabiting yeasts and on the symbiosis with amoeba // Trans. Mycol. Soc. Japan. 1962. 3. P. 36-42.
198. Soneda M., Ushida S. A survey on the yeast // Bull. Nat. Sci. Mus. 1971. V. 14. № 3. P. 438-459.
199. Spencer J.F.T., Spencer D.M. Hybridization of non sporulating and weakly sporulating strains of brewer's and distiller's yeasts // J. Inst. Brew. 1977. V. 83. P. 287.
200. Spencer D.M., Spencer J.F.T., Fengler E., de Figueroa L.I. Yeasts associated with algarrobo trees {Prosopis sp.) in northwest Argentina a preliminary -report // J. Indust. Microbiol. 1995. V. 14. № 6. P. 472-474.
201. Starmer W.T. The evolutionary ecology of yeasts found in the decaying stems of cacti. In Curr. Dev. Yeast Res. Proc. V Int. Symp. Yeast. Toronto. 1981. P. 493498.
202. Starmer W.T. Analysis of the community structure of yeasts associated with the decaying stems of cactus. I // Microbiol. Ecol. 1982. V. 8. № 1. P. 71-81.
203. Starmer W.T., Heed W.B., Miranda M., Miller M.W., Phaff H.J. The ecology of yeast flora associated with cactiphilic Drosophila and their host plant in the sonoran desert// Microbiol. Ecol. 1976. V. 3. № 1. P. 11-30.
204. Starmer W.T., Phaff H.J. Analysis of the community structure of yeasts associated with the decaying stems of cactus. II // Microbiol. Ecol. 1983. V. 9. № 3. P. 247-259.
205. Stelling-Dekker N.M. Die Hefesammlung des Centraalbureau voor Schimmelcultures. 1. T. Die Sporogenen Hefen. Amsterdam: North-Holland, 1931. 349p.
206. Sugiyama J., Tokuoka K., Suh S.O., Hirata A., Komagata K. Sympodiomycopsis: a new yeast-like anamorph genus with basidiomycetous nature from orchid nectar // Antonia van Leeuwenhoek. 1991. V. 59. P. 95-108.
207. Sydow H., Sydow P. Mykologische Mitteilungen // Ann. Mycol. 1919. V. 17. P. 33-47.
208. Takashima M., Nakase T. Bullera penniseticola sp. nov. and Kockovaella sacchari sp. nov., two new yeast species isolated from plants in Thailand // Int. J. Syst. Bacteriol. 1998. V. 48. P. 1025-1030.
209. Tornai-Lehocki J., Peter G., Dlauchy D., Deak T. Some remarks on "a taxonomic key for the genus Saccharomyces" (Vaughan Martini and Martini 1993) // Antonia van Leeuwenhoek. 1996. V. 69. P. 229-233.
210. Torriani S., Zapparoli G., Suzzi G. Genetic and phenotypic diversity of Saccharomyces sensu stricto strains isolated from Amarone wine // Antonia van Leeuwenhoek. 1999. V. 75. P. 207-215.
211. Valente P., Ramos J.P., Leoncini O. Sequencing as a tool in yeast molecular taxonomy // Can. J. Microbiol. 1999. V. 45. P. 949-958.
212. Van der Walt J.P. Three new sporogenous yeasts from soil // Antonie van Leeuvenhoek. 1957. V. 23. P. 23-29.
213. Van der Walt J.P. Genus 16. Saccharomyces Meyen emend Reess. In: The Yeasts a Taxonomic Study/ Ed. Lodder J. Amsterdam: North Holland Co. 1970. P. 555-718.
214. Van der Peer Y., de Wachter R. TREECON for Windows: a software package for the construction and drawing of evolutionary trees for the Microsoft Windows environment // Comput. Applic. Biosci. 1994. V. 10. P. 569-570.
215. Vaughan-Martini A. Saccharomyces barnettii and Saccharomyces spencerorum'. two new species of Saccharomyces sensu lato (van der Walt) // Antonie van Leeuvenhoek. 1995. V. 68. P. 111-118.
216. Vaughan-Martini A., Kurtzman C.P. Deoxyribonucleic acid relatedness among species of the genus Saccharomyces sensu stricto // Int. J. Syst. Bacteriol. 1985. V. 35. №4. P. 508-511.
217. Vaughan-Martini A., Martini A. Three newly delimited species of Saccharomyces sensu stricto // Antonia van Leeuwenhoek. 1987.V. 53. P. 77-84.
218. Vaughan-Martini A., Martini A., Cardinali G. Electrophoretic karyotyping as a taxonomic tool in the genus Saccharomyces II Antonia van Leeuwenhoek. 1993. V. 62. P. 145-156.
219. Von Arx J.A., de Miranda R., Smith M. Th., Yarrow D. The genera of yeasts and the yeast-like fungi // Studies in Microbiol. 1977. V 14. P. 1-42.
220. Walker W.F. 5S ribosomal RNA sequences from ascomycetes and evolutionary implications // Syst. Appl. Microbiol. 1985. V. 6. P. 48-53.
221. Walker W.F., Doolittle W.F. Redividing the basidiomycetes on the basis of 5S rRNA sequences //Neture. 1982. V. 299. P. 723-724.
222. Weising K., Nybom H., Wolff K., Meyer W. DNA fingerprinting in plants and fungi IICRC Press. USA. 1995.
223. Wickerham L.J. Taxonomy of yeasts. 1. Techniques of classification. 2. A classification of genus Hansenula II U.S. Dept. Agric. Tech. Bull. 1951. № 1029. P. 1-56.
224. Wickerham L.J. Hybridization as a basis for specialition in the genus Hansenula II Proc. II Int. Symp. Yeasts. Bratislava. 1969a. P. 41-44.
225. Wickerham L.J. New homotallic taxa of Hansenula II Mycopathol. Mycol. Appl. 1969b. V. 37. P. 15-32.
226. Wickerham L.J. Yeast taxonomy in relation to ecology, genetics and phylogeny // Antonia van Leeuwenhoek. V. 35. Supl.: Yeast Symposium. 1969c. P. 31-58.
227. Wickerham L.J., Kurtzman C.P. Two new saturn-spored species of Pichia II Mycologia. V. 63. № 5. P. 1013-1018.
228. Winge O., Laustsen O. On 14 new yeast types, produced by hybridization // Compt. Rend. Trav. Lab. Carldberg. Ser. Physiol. 1939. V. 22. P. 337.
229. Yarrow D. Genus 22. Saccharomyces Meyen ex Reess. // The yeasts a taxonomic study // Ed. Kreger-van Rij N.J.W. 3rd edn. Amsterdam: Elsevier Sci. Publ., 1984. P. 379-395.
230. Yamazaki M., Komagata K. An electrophoretic comparision of the anzymes of Hansenula yeasts // J. Gen. Appl. Microbiol. 1983. V. 29. P. 365-378.
231. Yoneyama M. Studies on natural habitats of yeasts: bark-inhabiting yeasts // J. Sci. Hiroshima. Univ. 1957. Ser. B8. P. 19-38.
232. Yoneyama M. Studies on natural habitats of yeasts wild yeasts closely related to Saccharomyces cerevisiae Hansen // J. Sci. Hiroshima Univ. 1958. Ser. B. Div. 2. №8. P. 145-165.
233. White T.J., Bruns T., Lee E., Taylor J. Amplification and direct sequencing of fungal ribosomal RNA genes for phylogenetics // PCR protocols: a guide to methods and applications, New York, Academic Press, 1990. P. 315-322.
234. Zender J. Sur la classification des Endomycetacees // Bull. Soc. Bot. Geneve. 1925. V. 17. P. 272-302.
235. Zimmermann M., Fournier P. Electrophoretic karyotyping of yeasts // Klaus Wolf (ed.) Nonconventional yeasts in biotechnology. A handbook. Springer -Verlag. Berlin. Hidelberg. 1996. P. 101-116.
-
Газдиев, Денис Олегович
-
кандидата биологических наук
-
Москва, 2005
-
ВАК 03.00.07
