Сравнительная геномика дрожжей Saccharomyces

Михайлова, Юлия Владимировна

Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему
Сравнительная геномика дрожжей Saccharomyces
ВАК РФ 03.00.15, Генетика

Автореферат диссертации по теме "Сравнительная геномика дрожжей Saccharomyces"

{

На правах рукописи

Михайлова Юлия Владимировна

Сравнительная геномика дрожжей БассЬаготусеБ

Специальность 03.00.15- Генетика

АВТОРЕФЕРАТ

диссертации на соискание ученой степени кандидата Биологических наук

1 э т т

МОСКВА-2009

003483220

Работа выполнена в секторе молекулярной биологии дрожжей (зав. Е.С. Наумова) и лаборатории молекулярной генетики, таксономии и экологии дрожжей (зав. Г.И. Наумов) Государственного научно-исследовательского института генетики и селекции промышленных микроорганизмов (ФГУП «ГосНИИ генетика», Москва), а также в Центре анализа биологических систем (зав. С. Оливер) факультета естественных наук Манчестерского университета (Англия).

Научный руководитель:

доктор биологических наук Наумова Елена Сергеевна

Официальные оппоненты:

доктор биологических наук, профессор Каменева Светлана Владимировна

Московский Государственный

Университет

кандидат биологических наук Эльдаров Михаил Анатольевич

центр «Биоинженерия» РАН

Ведущая организация: Институт биологии гена РАН

Защита состоится «^ » декабря 2009 г. в 1400 часов на заседании Диссертационного совета Д217.013.01 при Государственном научно-исследовательском институте генетики и селекции промышленных микроорганизмов по адресу: 117545, г. Москва, 1-й Дорожный проезд, 1. Факс:(495)315 05 01

С диссертацией можно ознакомиться в научной библиотеке ФГУП «ГосНИИ генетика».

Автореферат разослан

Ученый секретарь Диссертационного совета, кандидат химических наук

ОБЩАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА РАБОТЫ

Актуальность работы. Биологические виды рода Saccharomyces являются хорошей моделью для изучения фундаментальных биологических процессов: видообразования и приспособляемости организмов к окружающей среде. В настоящее время род Saccharomyces четко очерчен и включает, помимо S. cerevisiae, биологические виды S. arboricolus, S. bayanus, S. cariocanus, S. kudriavzevii, S. mikatae и S. paradoxus (Naumov et al., 2000; Kurtzman, 2003; Wang, Bai, 2008; Наумов, 2009). Культурный генофонд дрожжей-сахаромицетов представлен видами S. cerevisiae и S. bayanus. Последние дрожжи ассоциированы с производством некоторых сладких вин, шампанского и сидра. Остальные пять видов не связаны с ферментационными процессами и обнаруживаются только в природе. Дрожжи S. cerevisiae - первый эукариотический организм, геном которого был секвенирован в рамках международного проекта (Goffeau et al., 1996). Позднее проведено секвенирование полных геномов видов S. bayanus, S. kudriavzevii, S. mikatae и S. paradoxus и частичное генома S. cariocanus (Kellis et al., 2003; Cliften et al., 2001). Данные сравнительного геномного анализа свидетельствуют о том, что род Saccharomyces в эволюционном плане сравнительно молодой и процесс формирования новых видов в нем, по-видимому, продолжается (Kellis et al., 2003). Подтверждением этому может служить существование географических популяций дрожжей S. paradoxus. Штаммы этого вида, изолированные в Европе, Северной Америке и на Дальнем Востоке, имеют частичную репродуктивную изоляцию, а также отличаются по спектру изоферментов и по нуклеотидным последовательностям теломерных районов хромосом (Naumov et al., 1997, 1998; Sniegowski et al., 2002; Liti et al., 2005,2009).

Определение полных нуклеотидных последовательностей геномов биологических видов Saccharomyces позволило осуществить прорыв в области эволюционной генетики дрожжей, а детальный сравнительный анализ соответствующих геномов привел к установлению межвидового гибридного происхождения ряда промышленных штаммов Saccharomyces (Naumova et al., 2005; Bradbury et al., 2006; Gonzales et al., 2006, 2008).

Имеющиеся в литературе многочисленные исследования культурных дрожжей Saccharomyces, как правило, проводились на лабораторных дрожжах или генетически не охарактеризованных штаммах. Практически ничего не известно о природных популяциях дрожжей Saccharomyces и их генетической изменчивости. В международных проектах по секвенированию полных геномов было использовано только по одному штамму каждого биологического вида. Таким образом, была изучена только ограниченная часть генофонда дрожжей Saccharomyces, а природный внутривидовой полиморфизм этих дрожжей остался не исследованным.

Цель и задачи исследования. Целью данной работы является изучение молекулярного полиморфизма и эволюции геномов биологических видов

Saccharomyces и их межвидовых гибридов на материале штаммов различного экологического и географического происхождения.

В этой связи в работе решались следующие задачи:

1. Сравнение геномов биологических видов рода Saccharomyces (ДНК-ДНК реассоциация, секвенирование ядерных и митохондриальных генов).

2. Молекулярно-генетический анализ природных популяций дрожжей S. bayanus, S. cerevisiae и S. paradoxus.

3. Изучение распространения и особенностей плазмидных двунитевых РНК (днРНК) дрожжей Saccharomyces.

4. Скрининг штаммов дрожжей Saccharomyces различного происхождения с целью обнаружения дивергентных изолятов и межвидовых гибридов.

5. Сравнительная геномная гибридизация естественных межвидовых гибридов S. cerevisiae х S. kudriavzevii и S. cerevisiae * S. bayanus.

Научная новизна и практическая значимость работы. На материале штаммов различного экологического и географического происхождения изучено молекулярно-генетическое разнообразие дрожжей Saccharomyces. Впервые достоверно определены значения ДНК-ДНК-реассоциации дрожжей S. cariocanus, S. kudriavzevii и S. mikatae между собой и с типовыми культурами S. cerevisiae, S. bayanus, и S. paradoxus. Подтверждено близкое генетическое родство S. paradoxus и S. cariocanus. Результаты молекулярного анализа хорошо согласуются с ранее полученными генетическими данными (Naumov et al., 2000) и указывают на видовой статус дрожжей S. cariocanus. Установлено, что крупные хромосомные перестройки не играют определяющей роли в репродуктивной изоляции дрожжей Saccharomyces.

Впервые изучено распространение и особенности плазмидных днРНК у видов рода Saccharomyces. Все обнаруженные плазмидные М-днРНК не функциональны и, возможно, являются мутантными формами киллерных плазмид. С помощью ПЦР-анализа с микросателлитным праймером (GTG)5 изучен внутривидовой полиморфизм дрожжей S. bayanus и S. paradoxus.

Для дифференциации дрожжей 5. cerevisiae, S. bayanus, S. kudriavzevii и обнаружения их межвидовых гибридов предложено использовать ПДРФ-анализ некодирующих участков рДНК (ITS1 и IGS2) и молекулярное кариотипирование. На основании предложенных методов впервые обнаружены гибридные штаммы S. cerevisiae х S. kudriavzevii американского происхождения, а с помощью сравнительной геномной гибридизации на микрочипах изучена композиция их геномов. С помощью полногеномного анализа впервые установлена интрогрессия субтеломерных последовательностей S. bayanus в геном некоторых штаммов S. cerevisiae.

Создана большая коллекция генетически охарактеризованных штаммов S. cerevisiae, S. bayanus и S. paradoxus, которые могут быть использованы в фундаментальных и прикладных исследованиях.

Апробация работы. Основные положения работы были представлены на 2-м Международном конгрессе «Биотехнология - состояние и перспективы развития» (2003, Москва), 22-й Международной конференции по генетике и молекулярной биологии дрожжей (2005, Братислава, Словакия), 25-м Международном специализированном симпозиуме по дрожжам (2006, Хельсинки, Финляндия), 24-й международной конференции по генетике и молекулярной биологии дрожжей (2009, Манчестер, Англия). Диссертационная работа была апробирована на заседании секции генетики микроорганизмов Ученого совета ГосНИИгенетика 10 июня 2009 года.

Публикации. По теме диссертации опубликовано 8 статей и 4 тезисов.

Структура и объем диссертации. Диссертация включает введение, обзор литературы, материалы и методы, экспериментальную часть и обсуждение, заключение и выводы. Материалы диссертации изложены на 202 страницах машинописного текста, содержат 39 рисунков и 10 таблиц. Список литературы включает 372 источника.

МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ

Объекты исследования. В работе было изучено более 270 штаммов дрожжей Saccharomyces, изолированных в разных регионах мира из природных источников и ферментационных процессов. Происхождение основных штаммов можно найти на следующих сайтах коллекций в интернете: CBS, www.cbs.knaw.nl; АТСС, www.lgcstandards-atcc.org; NCYC, www.ncvc.co.uk; NRRL, nrrl.ncaur.usda.gov; NBRC, www.nbrc.nite.go.jp; UCD, www.phaffcollection.ort; и BKM, www.vkm.ru.

Методы исследования. Культивирование дрожжей, отбор ауксотрофных мутаций и получение моноспоровых клонов проводили согласно стандартным методикам (Захаров и др., 1984; Guthrie, Fink, 1991). Выделение двунитевой РНК (днРНК) проводили по методу Fride и Fink (1978), с некоторыми модификациями. Киллерную активность штаммов дрожжей определяли согласно методике, описанной ранее (Наумов, Наумова, 1973). Анализ полиморфизма длин рестриктазных фрагментов (ПДРФ-анализ), клонирование и секвенирование ПЦР-продуктов проводили стандартными методами (Sambrook et al., 1989).

Приготовление препаратов хромосомных ДНК и их электрофоретическое разделение на аппарате CHEF-DR III фирмы "Bio-Rad" (США) проводили согласно Naumov et al. (1990). Перенос хромосомных ДНК на нитроцеллюлозную мембрану осуществляли капиллярным способом. Для мечения ДНК применяли нерадиоактивную метку с использованием UTP, меченного дигоксигенином (dig-11-dUTP) из набора "DIG High Prime DNA Labeling and Detection Starter Kit I" ("Roche", Германия). Гибридизацию и проявление гибридизационных сигналов также проводили по инструкции фирмы-изготовителя ("Roche," Германия). Филогенетический анализ

исследуемых нуклеотидных последовательностей проводили с помощью алгоритмов Neighbour-Joining и UPGMA из пакетов компьютерных программ MEGA3 (Kumar et al., 2004) и TREECON (van der Peer, de Wächter, 1994). Индексы бутстрепа, определяющие статистическую достоверность выделения групп, подсчитывали для 1000 псевдореплик.

Для опытов по ДНК-ДНК реассоциации ДНК очищали методом хроматографии на гидроксилаппатитных колонках (Britten et al., 1970). Степень гомологии ДНК оценивали спектрофотометрическим методом путем определения кинетики ДНК-ДНК реассоциации, как описано Seidler и Mandel (1971) и модифицировано Kurtzman et al. (1980). Использовали спектрофотометр Gilford Response II и его программу термальной кинетики.

Выделение геномной ДНК для сравнительной геномной гибридизации на микрочипах проводили с использованием набора "Promega" Genomic DNA Purification Kit согласно протоколу фирмы изготовителя (Promega Corporation, США). Очищенную фрагментированную ДНК метили флуоресцентными красителями (зеленый цианин 3 (СуЗ) и красный цианин 5 (Су5)) с помощью метода рассеянной затравки (Maniatis et al., 1982). Для гибридизации использовали ДНК-микроматрицы разных типов: 1 - стеклянные ДНК-биочипы с ПЦР-продуктами, соответствующими каждой открытой рамке считывания секвенированного штамма дрожжей S. cerevisiae S288c (Hayes et al., 2002); 2 -олигонуклеотидные микрочипы высокой плотности фирмы Affymetrix (Affymetrix Gene Chip, США); 3 - микрочипы фирмы CombiMatrix с 3352 генами секвенированного генома S. bayanus и S. cerevisiae. Дизайн и печать этого микрочипа были осуществлены нами совместно с научной группой Манчестерского биоинформационного центра.

Нормализацию полученных данных сравнительной гибридизации на стеклянных биочипах и микрочипах фирмы Affymetrix проводили с помощью программы RMAExpress (http://nnaexpress.bmbolstad.com). Графическое изображение нормализованных данных для каждого анализируемого штамма было получено с помощью программы CGH Miner (http://www-stat.stanford.edu/~wp57/CGH-Miner). Результаты гибридизаций на биочипах CombiMatrix обрабатывали с помощью программ Microarray Imager (vvvvvv.combimatrix.com) и CGH Miner (http://wvvvv-stat.stanford.edu/~vvp57/CGH-Miner).

РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ 1. Сравнительный анализ геномов дрожжей Saccharomyces: биологический вид S. cariocanus

Штаммы североамериканской популяции дрожжей S. paradoxus по некоторым молекулярным маркерам не отличаются от дрожжей биологического вида S. cariocanus и на этом основании было высказано предположение о конспецифичности указанных видов (Liti et al., 2005, 2006). Для выяснения таксономического статуса дрожжей S. cariocanus мы провели их

детальное молекулярно-генетическое изучение с помощью ДНК-ДНК реассоциации, молекулярного кариотипирования, секвенирования генов рРНК и митохондриального гена АТР9.

S. cerevisiae S. cariocanus

Рисунок 1. Значения гомологии ДНК типовых культур дрожжей Saccharomyces. Звездочкой обозначены данные по ДНК-ДНК реассоциации из работы Vaughan Martini (1989). Остальные значения ДНК-ДНК рессоциации получены нами.

Метод ДНК-ДНК реассоциации позволяет устанавливать достаточно протяженные районы генетической гомологии между молекулами ДНК различных организмов (Jahnke, 1987). С помощью этого метода мы изучили родство дрожжей S. cariocanus, S. kudriavzevii и S. mikatae между собой и с типовыми культурами S. cerevisiae, S. bayanus, и S. ^агаг/сгаиПолученные нами значения ДНК-ДНК реассоциации представлены на рисунке 1. Уровень ДНК-реаасоциации штаммов одного вида был высоким: 88-100%, а в межвидовых комбинациях низким: от 23 до 50%. Исключением является 98%-ная ДНК-ДНК реассоциация между S. cariocanus и S. paradoxus.

Согласно проведенному нами филогенетическому анализу, дрожжи S. cariocanus не отличаются по последовательностям ITS1 и D1/D2 участков рРНК и митохондриального TtmATP9 от штаммов североамериканской популяции S. paradoxus. В то же время у S. cariocanus имеется (рис. 2) уникальная нуклеотидная замена в более консервативном гене 18S рРНК (позиция 191, согласно нумерации последовательности этого гена дрожжей S. cerevisiae). Следует отметить, что штаммы S. paradoxus разного географического происхождения не отличаются по последовательностям этого гена друг от друга и от дрожжей S. cerevisiae. Виды S. kudriavzevii и S. mikatae также имеют идентичные последовательности гена 18S рРНК, a S. arboricolus отличается от остальных видов 2^4 нуклеотидными заменами (рис. 2).

Несмотря на одинаковые базовые кариотипические характеристики (гаплоидное число хромосом равное 16 и одинаковый диапазон размеров хромосомных полос от 250 до 2200 т.п.н.), биологические виды Saccharomyces значительно отличаются на молекулярном и хромосомном уровнях (Fischer et al., 2000; Naumov et al., 2000).

ISS pPIEK

Европа. Дальгап! Восток Северная Америка Гавайи •

191

S. сгкгЫаг CBS1171 (I) С CBS43Ï П) N9 N1Î N44

NBRC 1804 95-1

UCD-FST 5Î-153 UCD-TST 72-14-5 U. 91-917.1

S. cariocanus tIFRJ 50Я16 fT) Т S. crmocanus UFRJS0791 T S. kudiicrrterU NBRC 1801 (T) S indnavxrH NBRC 1303 & mikaae NBRC ISIS (T) & mikataa NBRC ISIS £ aiioricolusl.iin S. beytwus CBS 389 (T) £ /щипал*! CBS 15JS (T)

645 С

71$ A

879 С

949 С

Рисунок 2. Сравнительный анализ нукпеотидных

последовательностей гена IBS рРНК дрожжей Saccharomyces. Нумерация последовательностей приводится по типовой культуре S. cerevisiae CBS 1171. Т -типовая культура.

Дрожжи S. bayanus, S. cariocanus и S. mikatae имеют видоспецифичные молекулярные кариотипы, тогда как остальные биологические виды не отличаются по кариотипическим паттернам от S. cerevisiae. Уникальный кариотипический профиль дрожжей S. cariocanus связан с наличием четырех реципрокных транслокаций между хромосомами IX/XV, II/XVI, XI/IV и XII/XIV (Fischer et al., 2000). Мы сравнили молекулярные кариотипы S. cariocanus с кариотипами штаммов S. paradoxus из европейской, дальневосточной и североамериканской популяций (рис. 3). Обнаружено, что штаммы S. paradoxus из различных регионов имеют практически идентичные кариотипы (рис. 3, дорожки 12, 13, 15-25). Сходные кариотипические профили имеют дрожжи S. cerevisiae, S. arboricolus и S. kudriavzevii (рис. 3, дорожки 1-3, 6 и 7). Штаммы S. cariocanus отличаются по молекулярным кариотипам от всех остальных дрожжей Saccharomyces, включая географические популяции S. paradoxus (рис. 3, дорожки 10 и 11).

Несмотря на 98%-ную ДНК-ДНК-реассоциацию S. cariocanus образует стерильные гибриды со штаммами S. paradoxus различного географического происхождения, включая североамериканские изоляты (Naumov et al., 2000). Стерильность межвидовых гибридов с участием S. cariocanus нельзя объяснить только наличием в его кариотипе реципрокных транслокаций, затрагивающих 8 из 16 хромосом. Принимая во внимание 50%-ную максимальную гибель гибридных аскоспор при наличии у одного из родительских штаммов одной

реципрокной транслокации (Loidi et al., 1998), теоретически ожидаемая выживаемость аскоспор гибридов S. cariocanus х S. paradoxus, отличающихся четырьмя реципрокными транслокациями, должна составлять около 6.25% (100/24). В то же время в скрещиваниях с участием дрожжей S. cariocanus жизнеспособность гибридных аскоспор составляла 0-1% (Naumov et al., 2000; Fischer et al., 2000). Такая же жизнеспособность аскоспор отмечена в межвидовых скрещиваниях S. cerevisiae х S. paradoxus, имеющих 50%-ную ДНК-ДНК-реассоциацию (Naumov et al., 1993,1996,1998).

т.п.н.

2200 * 1300 ■>

945 ->

580 ->

370 ->

245 ->

Рисунок 3. Молекулярные кариотипы дрожжей Saccharomyces

Дорожки: 5. cerevisiae: 1, 14 - YNN 295 (хромосомный стандарт); 2 - ВКМ Y-502; S. arboricolus: 3 - 2.3317; S. bayanus var. bayanus : 4 - CBS 380 (T); S. bayanus var. uvarum: 5 - MCYC 623; S. kudriavzevii: 6 - NBRC 1802 (T); 7 -NBRC 1803; S. mikatae: 8 - NBRC 1815 (T); 9 - NBRC 1816; S. cariocanus: 10 - UFRJ 50791; 11 - UFRJ 50816 (T); S. paradoxus: (Европа) 12. 16-CBS432; 13, 15-CBS 5829; 17-CECT 10308; 18-N7; 19 - N11; (Северная Америка) 20 - UCD-FST 52-153; 21 - UCD-FST 61-359; 22 -95-1; (Дальний Восток) 23 -N 42; 24-N 44; 25 - NBRC 1805. T - типовая культура.

Для изучения влияния хромосомных перестроек на репродуктивную изоляцию дрожжей Saccharomyces, мы скрестили штаммы S. paradoxus европейского происхождения со штаммами из дальневосточной и североамериканской популяций. Проведенный нами гибридологический анализ и литературные данные указывают на то, что крупные хромосомные перестройки не играют определяющей роли в репродуктивной изоляции дрожжей Saccharomyces. Так, в наших опытах гибрид между европейским (N15) и дальневосточным (N42) штаммами, не имеющими крупных хромосомных перестроек, характеризовался 40%-ной выживаемостью аскосор. Жизнеспособность аскоспор гибрида между дальневосточным (N43) и европейским (CBS 5829) штаммами, имеющими хромосомные перестройки,

была даже несколько выше - 45% (Naumov et al., 1993). По-видимому, на фертильность как внутри- так и межвидовых гибридов более существенное влияние оказывает конкретная комбинация скрещиваемых штаммов.

Таким образом, с генетической точки зрения дрожжи S. cariocanus являются самостоятельным биологическим видом рода Saccharomyces. В то же время сходство по многим молекулярным маркерам дрожжей S. cariocanus и S. paradoxus указывает на их недавнюю дивергенцию.

2. Внутривидовой полиморфизм дрожжей S. paradoxus и S. bayanus Для изучения роли географических и гибридизационных факторов в эволюции дрожжей Saccharomyces мы провели анализ природного внутривидового полиморфизма дрожжей S. paradoxus и S. bayanus. Видовую идентификацию штаммов проводили с помощью ПДРФ-анализа некодирующих участков рДНК: 5.8Б-1Т8-фрагмента и межгенного спейсера IGS2, соответственно эндонуклеазами Haelll/Hpall и Alul/Banl.

Внутривидовой полиморфизм изучали с помощью ПЦР с микросателлитным праймером (GTG)5 имеющим множественную локализацию в геноме дрожжей Saccharomyces. С помощью этого молекулярного маркера можно дифференцировать дрожжи S. cerevisiae, S. bayanus и S. paradoxus, а также идентифицировать отдельные штаммы указанных видов. Совместно с кафедрой биологии почв Почвенного факультета МГУ мы провели изучение дрожжей S. paradoxus, выделенных из филосферы различных видов растений в Московской области. Впервые выявлено доминирование этих дрожжей в природных субстратах с низким содержанием Сахаров.

Мы сравнили (GTG)5-naiTepHbi дрожжей Подмосковной популяции (MGU) и 6 штаммов paradoxus (CBS 432, СЕСТ 10178, N8, 9, 12 и 17), выделенных в разных регионах Европы и отличающихся по ПЦР-профилям. На основании сходства паттернов с микросателлитным праймером (GTG)5 была построена дендрограмма, представленная на рисунке 4.

02 н

&1GU8 UGC1 MGU11 на'» 1ICCT4 II СП!

Рисунок 4. Дендрограмма роде штаммов S. paradoxus, основанная

ucl-.ii матрице различий по ПЦР-профи ц с микросателлитным прайме (ОТС)5 В качестве внешней гру1 использован штамм 5. сетей'. ВКМ У-502. Приводятся значе бутстрепов > 50%.

MGCT5 ТО &1&Г20

UGC7 МССб И GUI

М 1СЕСП1Д78

ral ices <32

W |- XJT

Штаммы S. paradoxus, изолированные в разных регионах Европы, в целом, более гетерогенны по ПЦР-профилям. Филогенетический анализ свидетельствуют о генетической однородности Подмосковной популяции дрожжей S. paradoxus.

"cY Jiiml Природные vcwi-io« L

iraur I толягы

MCYC(23 )

тс»

Jffl| EKMYU«

BKMYtfl BKMY-S09 BKMY-508

BKMY-ЗЫ ВН.1Г-ЗС2

J.Токайское вино, Словакия

1ШИ

jш> шы шп Ш11 шп

Виноград Молдавия

, "".сегпш! _ „ LP^ cectiio I Вино, Испания т- СЕСПО»« Г

Внно «Мтск аде», Долина Луары, ^ {Северо-Запад)

SRC2«\Сидр, Нормандия н Бретань,

sssf

1Вннограднын сок, Бордо (Юго-Запад)

1 Вино, Тур, Долина Луары, пСеверо-Запад)

2££.nrvb2«j2

'iFVblSi

Сотерн, Бордо, (Юго-Запад)

Саисер, Долина Луары, (Северо-Запад)

1С J Шампанское, Шампань (СевероВосток)

J-Токайское вино, Венгрия

■ ют« — ним

К S ЕГ

Я «

а.

Щ ысАшгаит; Ыенгрия 'scummm I

■ S. cerevisiae bkmysoi

Вино, Испания

Виноград Италия

Рисунок 5. Дендрограмма родства штаммов Saccharomyces bayanus, основанная на матрице различий по ПЦР-профилям с микросателлитным праймером (GTG)5. В качестве внешней группы использован штамм S. cerevisiae ВКМ Y-502. Данные обработаны по программе Simple Matching из компьютерного пакета TREECON. Приводятся значения бутстрепов >50%.

На материале штаммов различного экологического и географического происхождения нами изучен внутривидовой полиморфизм дрожжей S. bayanus. На основании сходства (СТО)5-профилей была построена дендрограмма, представленная на рисунке 5.

Обнаружена корреляция между микросателлитными маркерами штаммов и их происхождением. Штаммы, выделенные из природных источников и ферментационных процессов, отличались по ПЦР-профилям. На дендрограмме, построенной на основании сходства (GTG^-narrepHOB, винные штаммы сгруппированы в зависимости от источника и места выделения: типа вина и конкретного винодельческого региона.

Двунитевая РНК (дн-РНК) биологических видов Saccharomvces. Одной из форм проявления конкурентных отношений дрожжей-сахаромицетов является способность убивать чувствительные клетки под влиянием видоспецифичных токсинов. Этот феномен широко распространен среди культурных, в основном, винных штаммов S. cerevisiae (Наумов и др., 1973; Schmitt, Breinig, 2002). Штаммы-убийцы содержат два типа вирусных плазмидных днРНК - М и L. i Первая отвечает за синтез токсина и устойчивость к нему, вторая - за образование белковых капсул, в которых находятся отдельно М- и L-фракции днРНК. Мы изучили распространение и особенности плазмидных днРНК у разных видов Saccharomyces (рис. 6).

Ml 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17

Рисунок 6. Плазмидные днРНК дрожжей Saccharomyces. S. cerevisiae: 1 - М 437 (М2), 3 - К7 (М,); 5. bayanus: 8 - 1F1373 (М3), 15 - Sfil (М8), 16 - DDI4.95 (М10), 17 - SCU397 (М„); kudriavzevii: 4 - NBRC 10990 (М,), 9 - NBRC 10991 (М4); 5. mikatae: 2 - NBRC 11001 (М2), 5 - NBRC 10999 (М3), 6 - NBRC 10995 (М3), 10 - NBRC 10993 (М4); S. paradoxus: 7 - №22 (М3), 11 - №16 (М4). 12 - №15 (М5), 13 - ВКМ Y-2472 (М6), 14 - DBVPG 1373 (М7); М - маркер молекулярных масс (т. п. н.) "1 kb DNA Ladder" ("Fermentas", Литва). В скобках приведен тип М-днРНК.

Плазмидные днР1ТК отсутствуют только у S. cariocanus. У S. kudriavzevii обнаружено два типа М-днРНК: М| и М4, тогда как дрожжи S. mikatae характеризуются тремя типами плазмид: М2-М4. У дрожжей S. paradoxus и S. bayanus наряду со стандартной L-фракцией выявлено по 7 различных М-

днРНК, соответственно М1-М7 и М1-М3, М8-Мц (рис. 6, дорожки 7, 11, 13-15). Таким образом, у дрожжей Saccharomyces всего идентифицировано 11 различных М-днРНК. Несмотря на то, что ряд штаммов S. paradoxus различного географического происхождения вообще не имеют днРНК (например, Подмосковная популяция) или имеют только L фракцию, большинство штаммов этого вида обладают L- и М-днРНК. По крайней мере, некоторые из М-фракций, например, М6_ определяют синтез токсинов (Наумов, 1985). Как правило, штаммы S. bayanus не имеют днРНК. М-фракция обнаружена только у 11 из 68 изученных нами штаммов. Фенотипический анализ показал, что все обнаруженные плазмидные М-днРНК не функциональны и, возможно, являются мутантными формами киллерных плазмид.

3. Дифференциация гибридных штаммов Saccharomyces С целью обнаружения естественных межвидовых гибридов мы провели молекулярно-генетическое изучение 55 штаммов Saccharomyces из различных дрожжевых коллекций. С помощью ПДРФ-анализа некодирующих участков рДНК (5.88-1Т8-фрагмента и межгенного спейсера IGS2), молекулярного кариотипирования и множественной ПЦР удалось не только дифференцировать дрожжи S. cerevisiae, S. bayanus и S. kudriavzevii, но и обнаружить три межвидовых гибрида S. cerevisiae х S. kudriavzevii UCD 40-9, NRRL Y-53 и NRRL Y-1912. Молекулярный кариотип указанных гибридных штаммов приведен на рисунке Штаммы NRRL Y-53 и NRRL Y-1912 имеют в своем кариотипе более 16 хромосомных полос, тогда как кариотип штамма UCD 40-9 менее сложный (рис. 7, дорожки 7-9). Следует отметить, что указанные три штамма выделены в США, тогда как все ранее описанные гибриды S. cerevisiae х S. kudriavzevii имеют европейское происхождение.

Рисунок 7. Пульс-электрофорез хромосомных ДНК.

Дорожки: 1 - YNN 295 (хромосомный стандарт); 2 - ВКМ Y-502 (51. cerevisiae); 3 - CBS 432 (S. paradoxus)-, 4 - MCYC 623 (S. bayanus); 5 - S6U (S. cerevisiae x S. bayanus)', 6 - CID1 (S. cerevisiae x S. bayanus x-S. kudriavzevii); 7 - NRRL Y -53; 8 - NRRL Y-1912; 9 - UCD 40-9; 10 -NBRC 1802 (S. kudriavzevii); 11 - NBRC 1803 (5. kudriavzevii); 12-NBRC 1815 (S. mikatae); 13 - UFRJ 50816 (S. cariocanus).

т.п.н.

2200 ■ 1300 ■

94J

580 370 245

1 2 34 567 S 9 10 11 L2 13

4. Межвидовые гибриды S. cerevisiae х S. kudriavzevii

Для изучения геномной композиции штаммов UCD 40-9, NRRL Y-53 и NRRL Y-1912 использовали следующие молекулярные методы: 1) ПДРФ-анализ нескольких ядерных и митохондриальных генов и их секвенирование; 2) Саузерн-гибридизацию с зондами S. cerevisiae и S. kudriavzevii; 3) сравнительную геномную гибридизацию на микрочипах. С помощью сравнительного ПДРФ-анализа контрольных и гибридных штаммов по 13 ядерным генам нам удалось определить генотипы изучаемых штаммов (Таблица 1). Согласно секвенированию митохондриального гена Л7Р9 штаммы NRRL Y-53 и NRRL Y-1912 имеют мтДНК S. kudriavzevii, тогда как UCD 40-9 содержит мтДНК S. cerevisiae. Молекулярный анализ свидетельствует о более сложной геномной композиции гибридов NRRL Y-53 и NRRL Y-1912 по сравнению со штаммом UCD 40-9. Для сравнительной геномной гибридизации на микрочипах мы выбрали первые два штамма, имеющие различное происхождение: NRRL Y-53 выделен из пчелы, a NRRL Y-1912 - из вина.

Сравнительная геномная гибридизация штаммов NRRL Y-53. NRRL Y-1912 и их сегрегантов. Контрольный и анализируемый образцы, меченные различными флуоресцентными красителями, смешивали и конкурентно гибридизировали к микрочипам S. cerevisiae, на которые нанесены все полноразмерные ОРС штамма S288c. Полученные после гибридизации соотношения интенсивности флуоресцентных сигналов СуЗ/Су5 контрольного и гибридного штаммов нормализировали и визуализировали в программе RMA Express и CGH-Miner, соответственно. Гибридизационные соотношения для каждого гена картируются соответственно хромосомной локализации этого гена у контрольного штамма S288c. Участки повышенной копийности, по сравнению с S288c, на диаграмме обозначены красным цветом и расположены выше оси, а низкокопийные участки окрашены зеленым цветом и расположены ниже оси. В первом случае такой хромосомный район или отдельный ген называют амплифицированным, а во втором, учитывая гибридную природу изучаемых штаммов, корректнее обозначать такой участок как дивергировавший вместо делетированного. Высота каждого красного или зеленого столбика пропорциональна двоичному логарифму (log2) соотношения интенсивности сигналов СуЗ/Су5 для каждого гена. Резкие изменения гибридизационных сигналов, так называемые «скачки» (от английского «jumps») отражают присутствие химерных рекомбинантных хромосом, образовавшихся в результате нереципрокной рекомбинации гомеологичных хромосом.

С помощью программы CGH-Miner для каждого штамма и его сегрегантов были получены совмещенные кариоскопические диаграммы (от английского consensus plot), пред ставленые на рисунке 8. Согласно CGH-профилям определены общие и специфические районы хромосом, которые подвергались изменениям у штаммов NRRL Y-53 и NRRL Y-1912.

Таблица 1. Генотипы межвидовых гибридов ХассИаготусех и штаммов Л'. кис1г!сп>~е\'И

Хромо сома Ген Гибрид вби* Гибрид СЮ1* Гибриды Л'.се/хч'шае х 5. кш1г'шУ7.с\т 5". кис1паугеуи

иСО 40-9 готь у-53 N11111, У-1912 \У27 441 1802 1803 ХР542

I сгсз нд нд С1 С1К1 С1К1 С1К2 С1 К1 К2 К1

II АРМЗ НД нд С1 С1К2 С1КЗ С1К1 С1К1 К1 КЗ КЗ

III Ш82 НД нд С1 С1К1 С1К1 С1К1 С1К1 К1 К1 К1

III МЯС1 нд нд С1 С1К1 С1К1 С1К1 С1К1 К1 К1 К1

V МЕТ6 С1В1 С1В1К2 С1К1 С1К1 С1К1 С2К2 С2К2 К1 К1 К2

VI АСП С1В1 С1В1К1 С1 С1К1 С1К1 нд нд К1 К2 К1

VI ахп С1В1 С1В1К1 С1К1 С1К1 С1К1 С1К1 С1К1 К1 К1 К1

X СУЯ 1 С1В1 С1В1К2 С1К2 С1К2 С1К2 С1К2 С1К2 К1 К2 К2

X РЕХ2 нд нд С1К1 С1К1 С1К1 С1К1 С1К1 К1 К1 К1

XI ВАБ\ С1В1 С1В1К2 С1 С1К2 С1К2 С1К2 С1К2 К1 К2 К2

XI СВТ1 нд нд С1К2 К2 С1К2 С1К2 С1К2 К1 К2 К2

XIII САТ8 С1В1 С1В1К1 С1 С1К1 С1К1 С1К1 С1К1 К1 К2 К1

XIV МЕТ2 С1В1 С1В1 С1 С1С2 С1С2 нд нд К1 К1 К1

Примечание: нд - нет данных.

* - Контрольные гибридные штаммы: аллотетраплоид йби - .V.сегеушае х 5. Ьауапш; аллотриплоид СГО1 - Б.сегеу'шае х £

Ьаустж х Л'. кис1ги!У:е\>И.

Штамм У-1912 обладает двумя разными аллелями 12 из 13 изученных генов, происходящих от 5'. сегеушае и

кис1г1т>геуИ. Причем, этот штамм имеет ранее не известную аллель гена АРМЗ Б. кисЬчаугеуН-типа: КЗ. Этот аллель обнаружен у контрольного штамма Л'. кис1пау2еуи 7.Р542, изолированного в Португалии. Выделенный из пчелы штамм ИККЬ У-53 имеет по два разных аллеля 11 из 13 изученных генов. Ген С В 77 представлен только кис1гкп':ауИ-аллепсм К2-типа. Совсем другую композицию генома имеет штамм ПС'Ц 40-9, у которого обнаружено по два разных аллеля генов МЕТ6, (7Л'}7, СУШ, РЕХ2 и СВТ! и по одному аллелю 5. сегеушае-типа остальных 8 проанализированных генов.

III

ста*

VII *-

?=К-!.) 3 ТА'

VIII

ч_

.^ИЛЗ-П

-Р-екЫ-о) 5»Г1р1«5

-КНЭ—50

XI П7Т--¡тг^з

хи т-

XIII

XIV л:.

XV)!-

50 100

ШЖЬ У-1912

I гго!

а—| '

««.»31.11; С052 _[

оуст. ;'-сз. л 6рз. ¡ген. асгг

VII-РТ

VIII

"Г—Г

I* т?

II"' 1

УТЮ.Н уг»..

I V Р1г5

иги.сси. sari.MAutMV.ii.cose

■ №.19« УГУ.'

,0355. УНИ. 1ИМОЯ

К>' ^ ПсгоспЮГЗатр1е$ кттжп.ссп

-«ЧТ,

Х| ..........-а н>.

хи 11л:1>;:иивчп11п=пвгг,г: хип

' ' .' Ч гг гни1 гтм г,юи. ип

<№в—5р

50 100

XIV"

XVII

Рисунок 8. Консенсусные кариоскопические диаграммы штаммов ЫШ^Ь У-53 и N11111. У-1912. Римскими цифрами обозначены номера хромосом. Функционально значимые гены указаны для небольших участков хромосом, число копий которых отличается от контроля. Диаграмма в прямоугольнике слева показывает количество образцов в процентах, характеризующихся той или иной копийностью гена (каждая серая линия соответствует 20%).

Большинство участков хромосом, как амплифицированных, так и низкокопийных располагаются в субтеломерных областях. Имеются небольшие участки хромосом, число копий которых повышено (хромосомы II, IV, VI, VIII) (рис. 8). Исключение составляет достаточно протяженный амплифицированный район хромосомы IX у штамма NRRL Y-1912 размером более чем 150 т.п.н. У штамма NRRL Y-53 хромосомы IV и XI характеризуются достаточно протяженными участками пониженной копийности. В случае хромосомы IV этот участок прослеживается вдоль всего левого плеча. Размер низкокопийного района хромосомы XI составляет 171 т.п.н. Такие протяженные участки с измененным числом копий представляют собой области, в которых гомеологичные хромосомы гибрида подверглись внутри- или межхромосомным рекомбинациям (Bond et al., 2004). В целом, CGH-профиль штамма NRRL Y-1912 более сложный, чем у NRRL Y-53. Большинство протяженных (от 80 до 250 т.п.н.) низкокопийных участков хромосом у этого штамма располагаются в субтеломерных областях (хромосомы III, VI, VII, и XI), а отдельные низкокопийные гены хромосом VII, VIII, X и XI, как правило, локализованы рядом с Ту-элементами (рис. 8).

На основании данных CGH-гибридизации и ПДРФ-анализа 13 ядерных генов была определена структура хромосом изученных штаммов (рис. 9). Четыре хромосомы у NRRL Y-53 и восемь у NRRL Y-1912 обнаружены в трех копиях. Причем, хромосома XV у обоих штаммов, а также хромосома XII штамма NRRL Y-1912 представлены только S. kudriavzevii-Komwwu. Саузерн-гибридизация с зондами ARG1 и ERR1, расположенными на левом и правом плечах хромосомы XV, подтвердила, что изучаемые штаммы обладают тремя копиями хромосомы XV только S. kudriavzevii-тша.. Многие хромосомы являются химерными. Следует отметить, что обе копии хромосом I и VI -химерные. Измененные участки хромосом расположены, в основном, в субтеломерных областях или в тандеме с Ту-элементами.

Межвидовые гибриды S. cerevisiae х S. kudriavzevii европейского происхождения обладают полным геномом S. cerevisiae и частичным S. kudriavzevii (Gonzales et al., 2006, 2008). Гибридные штаммы американского происхождения, наоборот, имеют более полный геном S. kudriavzevii и частичный S. cerevisiae. У обоих штаммов полностью отсутствует хромосома XV S. cerevisiae-типа, а у NRRL Y-1912 также хромосома XIIS. cerevisiae-типа.

5. Межвидовые гибриды S. cerevisiae х S. bayanus var. uvarum

Для изучения геномной композиции изолированных с ягод черной смородины в Белоруссии штаммов ГСЧ-5, ГСЧ-8, ГСЧ-11 и пекарского штамма JI-80-4 сначала был проведен ПДРФ-анализ, секвенирование некоторых ядерных и митохондриальных генов. Согласно молекулярному анализу эти штаммы содержат более полный геном дрожжей S. cerevisiae, включая митохондриальную ДНК и частичный геном S. bayanus.

\RRJL ¥53

А *

Р£Х1 СГК1

Рисунок 9. Структура хромосом штаммов ЫЫКЬ У-53 и N11111. У-1912, составленная на основании данных СОН-гибридизации, ПДРФ-анализа 13 ядерных генов и Саузерн-гибридизации. Римскими цифрами обозначены номера хромосом. Черным цветом обозначены хромосомы сегеушае-типа, белым — £ кис/птгеуН-типа. Красным прямоугольником отмечены центромеры. Стрелками указана примерная хромосомная локализация генов, которые изучены с помощью ПДРФ-анализа.

Сравнительная геномная гибридизация. Для полногеномного анализа мы выбрали штаммы ГСЧ-11, Л-80 и экспериментально полученный в нашей лаборатории гибридный штамм Шампанская 11/12 (Наумова и др., 1993).

Геномная композиция штамма Л-80-4. Согласно полученной диаграмме геном гибрида Л-80-4 характеризуется небольшими амплифицированными и низкокопийными участками хромосом (рис. 10). Хромосомы I, II, X, XI, XV и XVI имеют участки с измененной копийностью генов исключительно в субтеломерных областях. Большинство низкокопийных генов расположены рядом с Ту-элементами. Отсутствие достаточно протяженных районов хромосом с измененным числом копий свидетельствует о том, что геном гибрида Л-80-4 не подвергся крупным хромосомным перестройкам. По-видимому, большинство хромосом этого штамма представлено только S. cerevisiae-копиями. Хромосомы IV, X, XII, XIII и XIV представлены двумя разными копиями: S. cerevisiae-типа и S. bayanus-типа. Одна из копий хромосомы XVI - S. cerevisiae-типа, а вторая - химерная. Обе копии хромосомы I - химерные.

Геномная композиция штамма ГСЧ-11. По результатам сравнительной геномной гибридизации четырех сегрегантов одной полной тетрады данного штамма получены кариоскопические диаграммы двух типов, отличающиеся только по амплифицированному участку хромосомы III (рис. 10). У штамма ГСЧ-11 только две хромосомы (XI и XIII) не имеют изменений в копийности генов. Остальные характеризуются наличием амплифицированых и низкокопийных участков генома. Данные области относительно небольшие, что говорит об отсутствии каких-либо крупных хромосомных перестроек. У 11 хромосом (I, II, V-X, XII, XV и XVI) большинство низкокопийных генов расположено в субтеломерных областях. Небольшие амплифицированные участки локализованы в теломерных районах хромосом I и VIII. У двух сегрегантов одной тетрады хромосома III характеризуется наличием одного небольшого амплифицированного района, содержащего гены LEU1 и NFS 1. Два других сегреганта этой же тетрады имеют дополнительный достаточно протяженный (около 100 т.п.н.) участок, копийность генов которого увеличена по сравнению с контролем. Данная область генома содержит многие гены, отвечающие за метаболизм ДНК, РНК и липидов, биогенез рибосом, транскрипцию, клеточный цикл, реакцию на стрессовые факторы. Очевидно, в изучаемой тетраде наблюдается расщепление 2:2 по генам, обуславливающим вышеперечисленные функции. Принимая во внимание 50%-ную выживаемость аскоспор, можно заключить, что штамм ГСЧ-11 содержит полный геном S. cerevisiae и только отдельные последовательности S. bayanus, преимущественно в субтеломерных районах хромосом.

Геномная композиция экспериментального гибрида Шампанская 11/12. У этого штамма только три хромосомы (II, III и XI) не имеют изменений в

$£01./¿.09.GOrtl PAtfí.YAri.Smn.OCm,fL<* JI-8 0-4

V ¿i PHOli

I у--ni'

р*е1.ЯГ0^£СЛЫ1. АГР1, ftOXS, IWIW, »MTO. U fifi \

« ^r—---"---------

КЯ&Л,1ЫАЦЛ GCOb, tcp\ CTgi.OW?. ДМЦИМ

Icpl ngl

"T*-!---—r" ir

,CÜU. МИ1, ЛМ9

iLjmjtiM»

Г1Р4631

,1------

ovLWfô&eia.wi FSPi. НХП.9__gMA1.G€At

v . oodlS.NXni XV . ■ * '

XV 1 -----

¡í.uwni. to*i, »vi, fioio

sfH i. mi«, &>j¿s.«E

, у«1,я»1гб, «лет- 1

COUO, MM

MEtn, ДОТЕ,

хапг

ГСЧ-11

■.«<»«« рлит. га л. зим. осм.но* Шамапнская 11/12

, V—тр'

Д/Сивгсч.и««. и. IX лед», ггпц ныкп со«*. з — --1Г------V

IX , ____

раш. утнг. еж, юстгл вши. асл% ____

-г-—

XV, --- тпг-

Рисунок 10. Кариоскопические диаграммы моноспоровык клонов штаммов Л-80-4, ГСЧ-11 и Шампанская 11/12. Римскими цифрами обозначены номера хромосом. Функционально значимые гены указаны для участков хромосом, число копий которых отличается от контрольного штамма 3288с. Протяженные низкокопийные участки генома гибрида Шампанская 11/12 выделены овалом.

копийности генов. Остальные характеризуются наличием амплифицированных и низкокопийных участков. Данные области в хромосомах I, IV, VI, VII, IX и XVI небольшие и ограничиваются максимум 10 генами (рис. 10). Обращает на себя внимание амплифицированный участок хромосомы XIV, размером около 400 т.п.н., затрагивающий 2/3 ее левого плеча. По-видимому, эта хромосома присутствует в двух копиях: S. cerevisiae-типа и химерная. На это указывает и отсутствие МЕТ2 гена S. bayanus-mm, локализованного в левом плече XIV хромосомы. Такой же протяженной, но низкокопийной областью характеризуется правое плечо хромосомы XV. Согласно Саузерн-гибридизации хромосома XV штамма Шампанская 11/12 представлена двумя копиями только S. Ьауапш-типа, одна из которых обладает дополнительной нереципрокной транслокацией. Три участка пониженной копийности обнаружены в правом плече хромосомы XII. На основании проведенного анализа можно предположить, что вся область правого плеча хромосомы XII, включающая эти три района, является низкокопийной.

Сравнительная геномная гибридизация на микрочипе СombiMatrix. Результаты CGH-гибридизации геномной ДНК сегрегантов всех трех штаммов на микрочип, содержащий геномы дрожжей S. cerevisiae и S. bayanus были проанализировали с помощью метода главных компонент (рис. 11).

PCI

Согласно полученным данным в геноме штамма Шампанская 11/12 в большей степени представлена ДНК S. bayanus, тогда как геном ГСЧ-11 содержит в основном ДНК S. cerevisiae. Пекарский штамм JI-80-4 содержит геномы обоих видов.

Таким образом, проведенный молекулярный анализ выявил различную генетическую конституцию изученных штаммов. Штамм ГСЧ-11 содержит полный геном S. cerevisiae, включая мтДНК, и только отдельные последовательности S. bayanus, преимущественно в субтеломерных районах хромосом. В этом случае, по-видимому, более правильно говорить о проникновении путем интрогрессии отдельных генов S. bayanus в геном S. cerevisiae. Известное, главным образом у растений, явление интрогрессии обнаружено также у дрожжей Saccharomyces. Молекулярные данные указывают на интрогрессию субтеломерных последовательностей S. cerevisiae в геном некоторых штаммов S. bayanus и S. paradoxus, а также протяженных участков ДНК S. paradoxus в геномы отдельных штаммов S. cerevisiae (Naumova et al., 2005; Liti et al., 2006; Muller, McCusker, 2009).

Пекарский штамм Л-80-4, по-видимому, обладает полным набором хромосом S. cerevisiae и экстра-хромосомами S. bayanus. Так, хромосомы IV, X, XII, XIII и XIV представлены двумя разными копиями: S. cerevisiae-ivma и S. bayanus-типа. Одна из копий хромосомы XVI - химерная, а хромосома I данного штамма представлена двумя химерными копиями. Экспериментально полученный гибрид Шампанская 11/12, наоборот, содержит более полный геном S. bayanus и частичный геном S. cerevisiae. По кариотипу этот штамм напоминает гибридные дрожжи S. pastorianus, в геноме у которых также преобладают хромосомы S. bayanus-типа (Dunn, Sherlock, 2008). Процесс производства шампанского, также как и пивоварение низового типа, происходит при пониженных температурах (7-12°С). Таким образом, создаются селективные условия для сохранения у гибридных штаммов более полного генома криофильных дрожжей S. bayanus.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

Saccharomyces, дрожжи S. cariocanus характеризуются специфичным молекулярным кариотипом с наибольшим числом реципрокных транслокаций, затрагивающих 8 из 16 хромосом (IX/XV, II/XVI, XI/IV и XII/XIV), и обладают уникальной нуклеотидной заменой в 191 позиции консервативного гена 18S рРНК. В то же время по многим локусам S. cariocanus не отличается от штаммов S. paradoxus североамериканского происхождения. В свою очередь штаммы S. paradoxus различного географического происхождения имеют идентичные последовательности гена 18S рРНК и сходные молекулярные кариотипы. Обнаруженные нами различия между европейской, дальневосточной и североамериканской популяциями S. paradoxus затрагивают более вариабельные районы рРНК (домен D1/D2 и ITS1 участок), а также митохондриальный ген АТР9. Дрожжи S. paradoxus из трех географически отдаленных регионов мира частично генетически изолированы и, по-видимому, находятся на ранних стадиях аллопатрического видообразования (Naumov et al., 1997, 2000). При аллопатрическом видообразовании различия накапливаются равномерно по всему геному, так как «специальный» отбор на расхождение отсутствует (Savolainen et al., 2006). Гибридологический анализ штаммов S. paradoxus различного происхождения подтвердил их частичную репродуктивную изоляцию и выявил достаточно условную роль крупных хромосомных перестроек в репродуктивной изоляции биологических видов Saccharomyces.

Молекулярный анализ штаммов S. bayanus, S. cerevisiae и S. paradoxus различного происхождения свидетельствует о значительном внутривидовом полиморфизме этих дрожжей. У дрожжей S. cerevisiae и S. bayanus обнаружена корреляция между микросателлитными маркерами штаммов и их происхождением (местом и источником выделения). Дрожжи S. paradoxus характеризуются менее полиморфными (ОТО)5-профилями.

Впервые изучено распространение и особенности плазмидных днРНК у видов рода Saccharomyces. Всего идентифицировано 11 типов М-днРНК, включая фракции Ms-M? и Mg-Mn, специфичные, соответственно для S. paradoxus и S. bayanus. Плазмидные днРНК не обнаружены только у S. cariocanus. Фракция Mi встречается у 4 видов Saccharomyces: S. bayanus, S. cerevisiae, S. paradoxus и S. kudriavzevii, а фракция Мг не обнаружена только у S. cariocanus и S. kudriavzevii. Известно, что у дрожжей S. cerevisiae различные по размеру фракции Mj и М2 детерминируют образование разных токсинов и разную устойчивость к ним (Wickner, 1996). Все обнаруженные плазмидные М-днРНК не функциональны и, возможно, являются мутантными формами киллерных плазмид. На примере дрожжей S. cerevisiae хорошо известно, что под влиянием различных физических и химических факторов (повышенная температура, УФ облучение, акридиновые красители и циклогексимид) может происходить элиминация киллерных плазмид (Наумова, Наумов, 1974). Очевидно, что и в природе у дрожжей Saccharomyces происходят мутации в

плазмидных днРНК или их полная элиминация под воздействием различных факторов окружающей среды.

Последним достижением сравнительной геномики дрожжей Saccharomyces является обнаружение среди культурных штаммов естественных межвидовых гибридов различного типа: S. cerevisiae * S. bayanus, S. cerevisiae х S. kudriavzevii и S. cerevisiae x S. bayanus x S. kudriavzevii. Формирование межвидовых гибридов является одним из механизмов адаптации дрожжей в промышленных ферментациях, так как гибриды лучше приспособлены к изменяющимся условиям окружающей среды, чем родительские штаммы. Проведенный нами молекулярный анализ штаммов Saccharomyces различного происхождения позволил обнаружить межвидовые гибриды S. cerevisiae х S. kudriavzevii американского происхождения. Согласно сравнительной геномной гибридизации на микрочипах обнаруженные нами гибриды имеют другую композицию генома, чем межвидовые гибриды этого типа европейского происхождения. Для европейских гибридов характерно сохранение полного генома дрожжей S. cerevisiae и частичного S. kudriavzevii (Gonzales et al., 2006, 2008). Изученные нами гибридные штаммы NRRL Y-53 и NRRL Y-1912, наоборот, обладают более полным геномом S. kudriavzevii и частичным S. cerevisiae. Несмотря на различное происхождение этих штаммов, у них обнаружены общие участки амплификации и пониженной копийности. Следует отметить, что гибридный штамм NRRL Y-53 выделен из пчелы. Известно, что насекомые, особенно Drosophila, могут служить вектором распространения дрожжей (Gilbert, 1980; Begon, 1986). До этого из дрозофилы были выделены дрожжи S. cerevisiae, S. bayanus, S. paradoxus и S. cariocanus, однако, межвидовой гибрид обнаружен впервые. В пищеварительном тракте насекомых происходит переваривание оболочек асков и высвобождение спор дрожжей, что может способствовать гибридизации спор и образованию как внутри- так и межвидовых гибридов Saccharomyces (Reuter et al., 2007).

С помощью сравнительной геномной гибридизации обнаружена интрогрессия субтеломерных последовательностей S. bayanus в геном штаммов S. cerevisiae, изолированных с ягод черной смородины в Белоруссии. В случае интрогрессии, при межвидовой гибридизации образуются гибриды F1, способные к возвратным скрещиваниям с одним из родителей. По-видимому, предок штаммов ГСЧ-5, ГСЧ-8 и ГСЧ-11 возник путем редких выживших аскоспор гибрида S. cerevisiae х S. bayanus и, возможно, имел более полный геном S. cerevisiae. Затем он подвергся возвратным скрещиваниям с S. cerevisiae, сохранив в своем геноме только отдельные последовательности S. bayanus.

очередь с помощью сравнительной геномной гибридизации можно определять соотношение родительских геномов у гибридных штаммов и выявлять интрогрессивные последовательности ДНК в геномах биологических видов Saccharomyces.

ВЫВОДЫ

1. Впервые достоверно определены значения ДНК-ДНК-реассоциации дрожжей S. cariocanus, S. kudriavzevii, S. mikatae между собой и с типовыми культурами S. cerevisiae, S. bayanus и S. paradoxus.

2. Подтверждено близкое генетическое родство дрожжей S. paradoxus и S. cariocanus. Результаты молекулярного анализа хорошо согласуются с ранее полученными генетическими данными (Naumov et al., 2000) и указывают на видовой статус дрожжей S. cariocanus.

3. Гибридологический анализ штаммов S. paradoxus различного географического происхождения, не имеющих хромосомных транслокаций, выявил достаточно условную роль крупных хромосомных перестроек в постзиготической изоляции биологических видов Saccharomyces. Подтвержден' сложный состав вида S. paradoxus, включающего частично изолированные географические популяции.

4. Выявлен значительный внутривидовой полиморфизм дрожжей S. cerevisiae, S. bayanus и S. paradoxus. Обнаружена корреляция между (ОТС)5-профилями и происхождением штаммов.

5. Впервые проведен скрининг вирусных днРНК и изучен их полиморфизм у дрожжей биологических видов S. bayanus, S. cariocanus, S. kudriavzevii, S. mikatae и S. paradoxus. Всего идентифицировано 11 различных типов М-днРНК. Все описанные плазмидные М-днРНК не функциональны и, возможно, являются мутантными формами киллерных плазмид.

6. Впервые обнаружены три межвидовых гибрида S. cerevisiae х S. kudriavzevii американского происхождения и изучена композиция их геномов с помощью сравнительной геномной гибридизации на микрочипах разного типа.

7. Установлено, что у гибридных геномов произошли значительные хромосомные перестройки: дупликации отдельных генов и участков хромосом, образование химерных хромосом за счет нереципрокной рекомбинации гомеологичных хромосом.

8. Значительные изменения у гибридных штаммов обнаружены в теломерных участках хромосом, наиболее пластичной части генома, обеспечивающей приспособляемость дрожжей к различным условиям среды.

СПИСОК РАБОТ, ОПУБЛИКОВАННЫХ ПО ТЕМЕ ДИССЕРТАЦИИ

1. Наумов Г.И., Иванникова (Михайлова) Ю.В., Наумова Е.С. 2005. Молекулярный полиморфизм вирусных dsPHK дрожжей Saccharomyces paradoxus 11 Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. №1. С. 38-40.

2. Иванникова (Михайлова) Ю.В., Наумова Е.С., Наумов Г.И. 2006. Обнаружение вирусных dsPHK у дрожжей Saccharomyces bayanus // Доклады Академии Наук. Т. 406. №5. С. 709 - 711.

3. Иванникова (Михайлова) Ю.В., Кондратьева В.И., Наумов Г.И. 2007. Гибридизационный анализ географических популяций Saccharomyces paradoxus И Микология и фитопатология. Т. 41. Вып. 2. С. 130 - 133.

4. Ivannikova (Mikhailova) Yu.V., Naumova E.S., Naumov G.I. 2007. Viral dsRNA in the wine yeast Saccharomyces bayanus var. uvarum II Research in Microbiology. V. 168. P. 638 - 643.

5. Иванникова (Михайлова) Ю.В., Наумова E.C., Мартыненко Н.Н., Наумов Г.И. 2007. Характеристика генома дрожжей Saccharomyces плодово-ягодного виноделия // Микробиология. Т. 76. №2. С. 225 -235.

6. Глушакова A.M., Иванникова (Михайлова) Ю.В., Наумова Е.С., Чернов И.Ю., Наумов Г.И. 2007. Массовое выделение и идентификация дрожжей Saccharomyces paradoxus из филосферы растений // Микробиология. Т. 76. №2. С. 236-242.

7. Наумов Г.И., Иванникова (Михайлова) Ю.В., Чернов И.Ю., Наумова Е.С. 2009. Природный полиморфизм плазмидных двунитевых РНК дрожжей Saccharomyces // Микробиология. Т. 78. №1. С. 253 - 257.

8. Михайлова Ю.В., Кастелло С., Наумов Г.И., Наумова Е.С. 2009. Алло- и симпатрические виды-двойники Saccharomyces cerevisiae: ДНК-ДНК гомология. // Экологическая генетика. Т. 7. Вып. 4. (в печати).

9. Наумова Е.С., Иванникова (Михайлова) Ю.В., Наумов Г.И. Материалы 2-го Международного Конгресса «Биотехнология - состояние и перспективы развития». 10-14 ноября 2003. Москва. Россия. С. 276.

10.Naumova E.S., Ivannikova (Mikhailova) Yu.V., Martynenko N.N., Naumov G.I. Comparative analysis of genomes of cultured Saccharomyces yeasts // Abstracts of the XXIInd Int. Conf. on Yeast Genetics and Molecular Biology, 7-12 August 2005, Bratislava. Yeast, 22 (SI): S33.

11.Ivannikova (Mikhailova) Yu. V., Serpova E.V. Comparative genomics of species Saccharomyces H Abstracts of International Specialized Symposium on Yeasts (ISSY 25) "Systems Biology of Yeasts - from models to Applications." June 18 - 21.2006. Hanasaari. Espoo. Finland. P. 83.

12.Naumova E.S., Ivannikova (Mikhailova) Yu.V., Hayes A., Oliver S.G., Naumov G.I. Comparative genomics of natural interspecific Saccharomyces hybrids // Abstracts of the 24th International Conference on Yeast Genetics and Molecular Biology, Manchester, UK, 19-24 July 2009. Yeast, 26 (S) 1. P. 80.

Подписано в печать: 26.10.2009

Заказ № 2837 Тираж -100 экз. Печать трафаретная. Типография «11-й ФОРМАТ» ИНН 7726330900 115230, Москва, Варшавское ш., 36 (499) 788-78-56 www.autoreferat.ru

Содержание диссертации, кандидата биологических наук, Михайлова, Юлия Владимировна

ВВЕДЕНИЕ.

ЛИТЕРАТУРНЫЙ ОБЗОР

ГЛАВА 1. ДИВЕРГЕНЦИЯ ГЕНОМОВ И ПРОЦЕСС ВИДООБРАЗОВАНИЯ

АСКОМИЦЕТОВЫХ ДРОЖЖЕЙ.

1.1 .Современная таксономическая классификация дрожжей Saccharomyces.

1.2. Эволюция геномов дрожжей рода Saccharomyces.

1.2.1. Сравнительный анализ геномов биологических видов Saccharomyces.

1.2.2. Репродуктивная изоляция биологических видов Saccharomyces.

1.2.2.1. Хромосомные перестройки у дрожжей-сахаромицетов.

1.2.2.2. Система репарации мисмэтчей у дрожжей рода Saccharomyces.

1.2.2.3. Модель генной несовместимости генов Добжанского-Мюллера (гены видообразования).

1.2.2.4. Реципрокная потеря дуплицированных генов.

1.3. Природное разнообразие дрожжей Saccharomyces.

1.3.1. Дивергентные популяции культурных дрожжей S. cerevisiae и S. bayanus var. uvarum

1.3.2. Географические популяции дрожжей S. paradoxus.

1.3.3. Дикие дрожжи S. arboricolus, S. kudriavzevii и S. mikatae.

ГЛАВА 2. МЕЖВИДОВЫЕ ГИБРИДЫ SACCHAROMYCES.

2.1. Дупликации отдельных хромосом, анеуплоидия.

2.2. Роль авто- и аллополиплоидизации в процессе видообразования.

2.3. Естественные гибриды S. cerevisiae х S. bayanus.

2.4. Аллотриплоиды S. cerevisiae х S. bayanus * S. kudriavzevii и диплоиды

S. cerevisiae х S. kudriavzevii.

2.5. Роль межвидовой гибридизации в селекции дрожжей Saccharomyces экспериментальные гибриды.

ГЛАВА 3. КИЛЛЕРНЫЕ днРНК ВИРУСЫ И ЛИНЕЙНЫЕ ДНК-ПЛАЗ МИДЫ У

ДРОЖЖЕЙ.

3.1. Киллерный фенотип. Обнаружение разных типов штаммов-убийц у дрожжей Saccharomyces.

3.2. Двунитевые вирусоподобные РНК.

3.3. Ядерные гены, контролирующие размножение и фенотипическое проявление киллерных плазмид дрожжей S. cerevisiae.

3.4. Киллерные днРНК Ustílago mayáis.

3.5. Киллерные линейные ДНК-плазмнды дрожжей Kluyveromyces 1actis.

3.6. Киллерный токсин и его практическое применение.

ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ

ГЛАВА 4. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ.

4.1. Объекты исследования.

4.2. Генетический анализ.

4.3. Киллер-чувствительные реакции.

4.4. Молекулярные методы.

4.4.1. ПЦР-анализ.

4.4.2. Секвенирование и филогенетический анализ.

4.4.3. Пульс-электрофорез хромосомных ДНК и Саузерн-гибридизация хромосом дрожжей.

4.4.4. ДНК-ДНК реассоцпация.

4.4.5. Выделение двунитевой РНК (днРНК).

4.4.6. Сравнительная геномная гибридизация.

ГЛАВА 5. СРАВНИТЕЛЬНЫЙ АНАЛИЗ ГЕНОМОВ ДРОЖЖЕЙ

SACCHAROMYCES: биологический вид S. cariocamis.

5.1. ДНК-ДНК реассоцпация.

5.2. Сравнительный анализ генов рРНК.

5.2.1. Ген 18SpPHIC.

5.2.2. Домен D1/D2 гена 26S рРНК.

5.2.3. Внутренний транскрибируемый спенсер ITS

5.2.4. Митохондриальный ген АТР9.

5.3. Молекулярное кариотипирование дрожжей Saccharomyces.

5.4. Гибридологический аиализ дрожжей S. paradoxus различного географического происхождения.

5.5. Обсуждение.

ГЛАВА 6. ВНУТРИВИДОВОЙ ПОЛИМОРФИЗМ ДРОЖЖЕЙ

S. PARADOXUS И S. В A YANUS.

6.1. Внутривидовой полиморфизм дрожжей S. paradoxus.

6.1.1. Подмосковная популяция S. paradoxus.

6.1.2. ПЦР с микросателлитным праймером (GTG)5.

6.1.3. Внутривидовой полиморфизм днРНК дрожжей S. paradoxus.ПО

6.2. Внутривидовой полиморфизм дрожжей S. bay anus.

6.2.1. ПЦР с микросателлитным праймером (GTG)5.

6.2.2. днРНК дрожжей S. bayanus var. uvarum.

6.3. днРНК биологических видов S. cariocanus, S. mikatae, S. kudriavzevii.

6.4. Фенотипический анализ образования токсина и резистентности к нему.

6.5. Обсуждение.

ГЛАВА 7. ДИФФЕРЕНЦИАЦИЯ ГИБРИДНЫХ ШТАММОВ

SACCHAROMYCES.

7.1. ПДРФ-анализ 5.88-ГГ8-фрагмента и межгенного спейсера IGS2.

7.2. Молекулярное кариотипирование и Саузерн-гибридизация.

7.3. ПЦР с микросателлитным праймером (GTG)5.

7.4. Обсуждение.

ГЛАВА 8. МЕЖВИДОВЫЕ ГИБРИДЫ S. CEREVISIAE х S. KUDRIAVZEVII.

8.1. ПДРФ-анализ и секвенирование ядерных и митохондриального генов.

8.2. Получение моноспоровых клонов гибридов S. cerevisiae х S. kudriavzevii.

8.3. Сравнительная геномная гибридизация.

8.3.1. Геномная композиция штамма NRRL Y-53.^

8.3.2. Геномная композиция штамма NRRL Y-1912.J

8.4. Саузерн-гибридизация.

8.5. Обсуждение.^

ГЛАВА 9. МЕЖВИДОВЫЕ ГИБРИДЫ

S. CEREVISIAE х BAYANUS VAR. UVAR UM.

9.1. ПДРФ-анализ гена МЕТ2.

9.2. Митохондриальный геном изученных штаммов.^

9.3. Получение моноспоровых клонов гибридов

S. cerevisiae х S. bayanus var. uvarum.

9.4. Сравнительная геномная гибридизация.

9.4.1. Геномная композиция штамма Л-80-4.

9.4.2. Геномная композиция штамма ГСЧ

9.4.3. Геномная композиция экспериментально полученного гибрида

Шампанская 11/12.

9.5. Саузерн-гибридизация.

9.6. Сранительная геномная гибридизация на микрочип Ьауапш.

9.7. Обсуждение.

Введение Диссертация по биологии, на тему "Сравнительная геномика дрожжей Saccharomyces"

На протяжении нескольких тысячелетий человек использует дрожжи-сахаромицеты в различных ферментационных процессах. Доступность для биохимических, молекулярно-биологических и генетических исследований сделала эти дрожжи незаменимым модельным объектом для изучения фундаментальных биологических процессов. В настоящее время род Saccharomyces четко очерчен и включает, помимо S. cerevisiae, биологические виды S. arboricolus, S. bayanus, S. cariocanus, S. kudriavzevii, S. mikatae и S. paradoxus (Naumov et al., 2000a; Kurtzman, 2003; Wang, Bai, 2008; Наумов, 2009). Биологические виды Saccharomyces обладают постзиготической изоляцией. Имея общую систему типов спаривания, они могут скрещиваться в любых комбинациях, но образующиеся гибриды стерильны и имеют нежизнеспособные продукты мейоза - аскоспоры. Несмотря на одинаковые базовые кариотипические характеристики (гаплоидное число хромосом равное 16 и одинаковый диапазон размеров хромосомных полос от 250 до 2200 т.п.н.), биологические виды Saccharomyces значительно отличаются на молекулярном и хромосомном уровнях. Выявлен значительный полиморфизм размеров гомеологичных хромосом; только три из них (I, III и XIII) имеют одинаковые размеры у всех видов (Fischer et al., 2000; Naumov et al., 2000a). Дрожжи S. bayanus, S. cariocanus и S. mikatae имеют видоспецифичные молекулярные кариотипы, тогда как остальные биологические виды не отличаются по кариотипическим паттернам от S. cerevisiae.

Биологические виды рода Saccharomyces являются хорошей моделью для изучения фундаментальных биологических процессов: видообразования и приспособляемости к окружающей среде. Культурный генофонд дрожжей-сахаромицетов представлен видами S. cerevisiae и S. bayanus. Последние дрожжи, ассоциированы с производством некоторых сладких вин, шампанского и сидра. Остальные пять видов не связаны с ферментационными процессами, и обнаруживаются «только в природе. Дрожжи S. cerevisiae - первый эукариотичсский организм, геном которого был секвенирован в рамках международного проекта (Goffeau et al., 1996). Позднее проведено секвенирование полных геномов четырех видов S. bayanus, S. kudriavzevii, S. mikatae и S. paradoxus и частичное генома S. cariocanus (Kellis et al., 2003; Cliften et al., 2001). Данные сравнительного геномного анализа свидетельствуют о том, что род Saccharomyces в эволюционном плане сравнительно молодой и процесс формирования новых видов в нем, по-видимому, продолжается (Kellis et al., 2003). Подтверждением этому может служить существование географических популяций дрожжей S. paradoxus. Штаммы этого вида, изолированные в Европе, Северной Америке и на Дальнем Востоке, имеют частичную репродуктивную изоляцию (пониженная выживаемость гибридных аскоспор), а также отличаются по спектру изоферментов и по нуклеотидным последовательностям теломерных районов хромосом (Naumov et al., 1997а, 1998; Sniegowski et al., 2002; Liti et al., 2005, 2009).

Близкородственные виды Saccharomyces могут занимать одну и ту же экологическую нишу. Виды S. cerevisiae и S. paradoxus встречаются в смешанных популяциях в сокотечениях деревьев, тогда как дрожжи S. cerevisiae и S. bayanus могут иметь симпатрические популяции в условиях виноделия (Naumov et al., 2000b; Sniegowski et al., 2000). Одной из форм проявления конкурентных отношений дрожжей-сахаромицетов является способность убивать чувствительные клетки под влиянием видоспецифичных токсинов. Этот феномен широко распространен среди культурных, в основном, винных штаммов S. cerevisiae (Наумов и др., 1973; Schmitt, Breinig, 2002). Штаммы-убийцы содержат два типа вирусных плазмидных двуцепочечных РНК (Wickner, 1996). Практически ничего не известно о распространении киллерных плазмид и их свойствах у других видов рода Saccharomyces.

Естественная гибридизация, являющаяся одним из механизмов видообразования у растений, также встречается среди дрожжей. Гибридное происхождение имеют пивные дрожжи низового брожения S. pastorianus (Vaughan-Martini and Kurtzman, 1985; Vaughan-Martini, Martini, 1987; Kielland-Brandt et al., 1995). Определение полных нуклеотидных последовательностей геномов биологических видов Saccharomyces позволило осуществить прорыв в области эволюционной генетики дрожжей, а детальный сравнительный анализ соответствующих геномов привел к- установлению межвидового гибридного происхождения ряда промышленных штаммов Saccharomyces (Naumova et al., 2005; Bradbury et al., 2006; Gonzales et al., 2006, 2008).

Несмотря на имеющиеся в литературе многочисленные исследования культурных дрожжей Басскаготусея, они, как правило, проводились на лабораторных дрожжах или генетически не охарактеризованных штаммах. Практически ничего не известно о природных популяциях дрожжей БасскаготусеБ и их генетической изменчивости. В международных проектах по секвенированию полных геномов было использовано только по одному штамму каждого из биологических видов. Таким образом, была изучена только ограниченная часть генофонда дрожжей БассИаготусез, а природный внутривидовой полиморфизм этих дрожжей остался не исследованным.

Целью данной работы является изучение молекулярного полиморфизма и дивергенции геномов биологических видов Басскаготусея и их межвидовых гибридов на материале штаммов различного экологического и географического происхождения.

Заключение Диссертация по теме "Генетика", Михайлова, Юлия Владимировна

выводы

2. Подтверждено близкое генетическое родство дрожжей S. paradoxus и S. cariocanus. Результаты молекулярного анализа хорошо согласуются с ранее полученными генетическими данными (Naumov et al., 2000а) и указывают на видовой статус дрожжей S. cariocanus.

3. Гибридологический анализ штаммов S. paradoxus различного географического происхождения, не имеющих хромосомных транслокаций, выявил достаточно условную роль крупных хромосомных перестроек в постзиготической изоляции биологических видов Saccharomyces. Подтвержден сложный состав вида S. paradoxus, включающего частично изолированные географические популяции.

4. Выявлен существенный внутривидовой полиморфизм дрожжей S. cerevisiae, S. bayanus и S. paradoxus. Обнаружена корреляция между (GTG)5-профилями и происхождением штаммов.

5. Впервые проведен скрининг вирусных днРНК и изучен их полиморфизм у дрожжей биологических видов S. bayanus, S. cariocanus, S. kudriavzevii, S mikatae и S. paradoxus. Всего идентифицировано 11 различных типов М-днРНК. Все описанные плазмидные М-днРНК не функциональны и, возможно, являются мутантными формами киллерных плазмид.

7. Показано, что у гибридных геномов произошли значительные хромосомные перестройки: дупликации отдельных генов и участков хромосом, образование химерных хромосом за счет нереципрокной рекомбинации гомеологичных хромосом.

8." Значительные изменения у гибридных штаммов обнаружены в теломерных участках хромосом, наиболее пластичной части генома, обеспечивающей приспособляемость дрожжей к различным условиям среды.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

Современная классификация дрожжей рода Saccharomyces находится в полном соответствии с биологической концепцией вида, разработанной Dobzhanski (1937) и Мауг (1942) на высших эукариотах. Имея одинаковую систему типов спаривания, семь биологических видов Saccharomyces могут скрещиваться между собой в любых комбинациях, однако образующиеся гибриды стерильны. Внутривидовые гибриды, наоборот, высокофертильны и характеризуются регулярным мейотическим расщеплением контрольных маркеров. В случае двух разновидностей S. bayanus (var. bayanus и var. tivarum) и географических популяций S. paradoxus наблюдается пониженная выживаемость гибридных аскоспор (Naumov et al., 1997а, 2000; Naumova et al., 2005).

Проведенный в данной работе молекулярный анализ, включая ДНК-ДНК реассоциацию, установил близкое генетическое родство дрожжей S. paradoxus и S. cariocanus. Несмотря на 98%-ную ДНК-ДНК реассоциацию этих видов и сходство по многим молекулярным маркерам штаммов S. cariocanus и североамериканских изолятов S. paradoxus, образуемые ими гибриды полностью стерильны (Naumov et al., 2000а). С генетической точки зрения S. cariocanus является самостоятельным биологическим видом. Похожая ситуация была отмечена при сравнении нуклеотидных последовательностей ДНК человека и шимпанзе, полноразмерные геномы которых отличаются только 1.23% нуклеотидных замен (Li, Saunders, 2005). Сравнительная геномная гибридизация на микрочипах выявила большое сходство геномов человека, шимпанзе и гориллы (Wilson et. al., 2007). В геноме человека было идентифицировано 63 сегмента с увеличенным числом копий генов. Идентифицированные области в геноме человека, по-видимому, были дуплицированы сравнительно недавно, что способствовало расхождению геномов человека и шимпанзе, которое произошло около 6 миллионов лет назад (Wilson et. al., 2007). Дрожжи S. cerevisiae дивергировали от предка S. paradoxus/S. cariocanus около 5-10 миллионов лет назад (Kellis et al., 2003). Последние два вида разошлись значительно позднее, и, при этом, могло иметь место симпатрическое видообразование. На растениях показано, что при симпатрическом видообразовании отбор обычно направлен на расхождение видов и их изоляцию за счет формирования значительных различий по небольшому числу генетических локусов (Savolainen et al., 2006). В отличие от остальных видов Saccharomyces, дрожжи S. cariocanus характеризуются специфичным молекулярным кариотипом с наибольшим числом реципрокных транслокаций, затрагивающих 8 из 16 хромосом (IX/XV, II/XVI, XI/IV и XII/XIV), и обладают уникальной нуклеотидной заменой в 191 позиции консервативного гена 18S рРНК. В то же время по многим локусам S. cariocanus не отличается от штаммов S. paradoxus североамериканского происхождения. В свою очередь штаммы S. paradoxus различного географического происхождения имеют идентичные последовательности гена 18S рРНК и сходные молекулярные кариотипы. Обнаруженные нами различия между европейской, дальневосточной и североамериканской популяциями S. paradoxus затрагивают более вариабельные районы рРНК (домен D1/D2 и ITS1 участок), а также митохондриальный ген АТР9. Дрожжи S. paradoxus из трех географически отдаленных регионов мира частично генетически изолированы и, по-видимому, находятся на ранних стадиях аллопатрического видообразования (Naumov et al., 1997b, 2000a). При аллопатрическом видообразовании различия накапливаются равномерно по всему геному, так как «специальный» отбор на расхождение отсутствует (Savolainen et al., 2006). Проведенный нами гибридологический анализ штаммов S. paradoxus различного происхождения подтвердил их частичную репродуктивную изоляцию и выявил достаточно условную роль крупных хромосомных перестроек в репродуктивной изоляции биологических видов Saccharomyces.

Молекулярный анализ штаммов S. bayanus, S. cerevisiae и S. paradoxus различного происхождения свидетельствует о значительном внутривидовом полиморфизме этих дрожжей. У дрожжей S. cerevisiae и S. bayanus var. uvarum обнаружена корреляция между микросателлитными маркерами штаммов и их происхождением (местом и источником выделения). Дрожжи S. paradoxus характеризуются менее полиморфными (ОТО)5-профилями.

Впервые изучено распространение и особенности плазмидных днРНК у видов рода Saccharomyces. Всего идентифицировано 11 типов М-днРНК, включая фракции М5-М7 и М8-Ми, специфичные, соответственно для S. paradoxus и S. bayanus. Плазмидные днРНК не обнаружены только у S. cariocanus. Фракция Mi встречается у 4 видов Saccharomyces: S. bayanus, S. cerevisiae, S. paradoxus и S. kudriavzevii, а фракция M2 не обнаружена только у S. cariocanus и S. kudriavzevii. Известно, что у дрожжей S. cerevisiae различные по размеру фракции Mi и детерминируют образование разных токсинов и разную устойчивость к ним (Wickner, 1996). Все обнаруженные плазмидные М-днРНК не функциональны и, возможно, являются мутантными формами киллерных плазмид. На примере дрожжей S. cerevisiae хорошо известно, что под влиянием различных физических и химических факторов (повышенная температура, УФ облучение, акридиновые красители и циклогексимид) может происходить элиминация киллерных плазмид (Наумова, Наумов, 1974). Очевидно, что и в природе у дрожжей Saccharomyces происходят мутации в плазмидных днРНК или их полная элиминация под воздействием различных факторов окружающей среды.

Последним достижением сравнительной геномики дрожжей Saccharomyces является обнаружение среди культурных штаммов естественных межвидовых гибридов различного типа: S. cerevisiae х S. bayanus, S. cerevisiae х S. kudriavzevii и S. cerevisiae х S. bayanus х S. kudriavzevii. Формирование межвидовых гибридов является одним из механизмов адаптации дрожжей в промышленных ферментациях, так как гибриды лучше приспособлены к изменяющимся условиям окружающей среды, чем родительские штаммы. Проведенный нами молекулярный анализ штаммов Saccharomyces различного происхождения позволил обнаружить межвидовые гибриды S. cerevisiae х S. kudriavzevii американского происхождения. Согласно сравнительной геномной гибридизации на микрочипах обнаруженные нами гибриды имеют другую композицию генома, чем межвидовые гибриды S. cerevisiae х S. kudriavzevii европейского происхождения. Для европейских гибридов характерно сохранение полного генома дрожжей S. cerevisiae и частичного S. kudriavzevii (Gonzales et al., 2006, 2008). Изученные нами гибридные штаммы NRRL Y-53 и NRRL Y-1912, наоборот, обладают более полным геномом S. kudriavzevii и частичным S. cerevisiae. Несмотря на различное происхождение этих штаммов, у них обнаружены общие участки амплификации и пониженной копийности. Следует отметить, что гибридный штамм NRRL Y-53 выделен из пчелы. Известно, что насекомые, особенно Drosophila, могут служить вектором распространения дрожжей (Gilbert, 1980; Begon, 1986). До этого из дрозофилы были выделены дрожжи S. cerevisiae, S. bayanus, S. paradoxus и S. cariocanus, однако, межвидовой гибрид обнаружен впервые. В пищеварительном тракте насекомых происходит переваривание оболочек асков и высвобождение спор дрожжей, что может способствовать гибридизации спор и образованию как внутри-так и межвидовых гибридов Saccharomyces (Reuter et al., 2007).

С помощью сравнительной геномной гибридизации обнаружена интрогрессия субтеломерных последовательностей S. bayanus var. uvarum в геном штаммов S. cerevisiae, изолированных с ягод черной смородины в Белоруссии. В случае интрогрессии, при межвидовой гибридизации образуются гибриды Fl, способные к возвратным скрещиваниям с одним из родителей. По-видимому, предок штаммов ГСЧ-5, ГСЧ-8 и ГСЧ-11 возник путем редких выживших аскоспор гибрида S. cerevisiae х S. bayanus var. uvarum и возможно имел более полный геном S. cerevisiae. Затем он подвергся возвратным скрещиваниям с S. cerevisiae, сохранив в своем геноме только отдельные последовательности S. bayanus var. uvarum.

Полученные результаты показали, что с помощью рестриктазного анализа некодирующих участков рДНК (ITS1 и IGS2) и молекулярного кариотипирования можно не только дифференцировать дрожжи S. cerevisiae, S. bayanus и S. kudriavzevii, но и обнаруживать их межвидовые гибриды. В свою очередь с помощью сравнительной геномной гибридизации можно определять соотношение родительских геномов у гибридных штаммов и выявлять интрогрессивные последовательности ДНК в геномах биологических видов Saccharomyces.

Библиография Диссертация по биологии, кандидата биологических наук, Михайлова, Юлия Владимировна, Москва

1. Айала Ф., Кайгер Дж. Современная генетика. М.: Мир, 1988. (в 3-х т.)

2. Бачинская A.A. История развития и культуры нового дрожжевого грибка

3. Saccharomycesparadoxus //Журн. микробиол. 1914. Т. 1. № 3/5. С. 231-247.

4. Грант В. Видообразование у растении. М.: йзд-во «Мир». 1984.

5. Журавлева Г.А., Миронова Л.Н., Инге-Вечтомов С.Г. Геном дрожжей и первыешаги в постгеномную эру // Молекулярная биология. 2000. Т. 34. № 4. С. 560 571.

6. Захаров И.А., Кожин С.А., Кожина Т.Н., Федорова И.В. Сборник методик погенетике дрожжей-сахаромицетов / Л.: Изд-во Наука. 1984. 144 с.

7. Зехнов A.M., Соом Я.О., Нестерова Г.Ф. Новый тип антагонистическойактивности дрожжей сахаромицетов и характер его наследования // Генетика.1989. Т. 25. №8. С. 1364- 1370.

8. Казанцева Д. И., Зимина М. С. Штаммы-киллеры дрожжей с широким спектром действия: поиск среди коллекционных штаммов и предварительная классификация //Микробиология. 1989. Т. 58. Вып. 2. С. 291 297.

9. Колесник И.М., Жолудева М.В., Мартыиенко H.H., Грачева И.М. Новые штаммы для плодово-ягодного виноделия. Сахаромицеты из ягод черной смородины Западной Беларуси // Виноделие и Виноградарство. 2004. № 3. С. 15 17.

10. Кудрявцев В.И. Систематика дрожжей. М.: Изд-во АН СССР. 1954. 427с.

11. Молекулярная клиническая диагностика. Методы, под ред. С. Херрингтона и Дж. Макги. М.: Изд-во "Мир". 1999. 558с.

12. Н.Наумов Г.И. Сравнительная генетика дрожжей. Сообщение XIV. Анализ винных штаммов Saccharomyces, нейтральных к штамму-убийце типа к2 // Генетика. 1974. Т. 9. № 1. С. 130 136.

13. Наумов Г.И. Сравнительная генетика дрожжей. Сообщение XXVIII. Необычное наследование токсинообразования у Saccharomyces paradoxus Batschinskaia // Генетика. 1985. Т. 21. № 12. С. 1794 1798.

14. Наумов Г.И. Генетическая дифференциация и экология дрожжей Saccharomyces paradoxus Batschinskaia // ДАН. 1986. Т. 291. №3. С. 754-757.

15. И.Наумов Г. И. Дифференциация генофонда культурных дрожжей Saccharomyces: восемь групп культиваров. // Докл. Акад. Наук. 1989. Т. 306. № 5. С. 1253 -1255.

16. Наумов Г.И. Естественное разнообразие дрожжей неисчерпаемый генофонд для фундаментальных и прикладных разработок // Успехи совр. биол. 1997. Т. 117. вып. 2. С. 185-195.

17. Наумов Г.И. Дивергентная популяция дрожжей Saccharomyces paradoxus на Гавайях: вид in statu nascendi // ДАН. 1999. T. 364. №2. С. 281-283.

18. Наумов Г.И. Новая разновидность Saccharomyces bayanus var. uvarum comb, nov., установленная генетическим анализом // Микробиология. 2000. Т. 69. №3. С. 410-414.

19. Наумов Г.И. Гибридологический анализ нового биологического вида Saccharomyces arboricolus Wang et Bai // ДАН. 2009. T. 426. №3. С. 424-426.

20. Наумов Г.И., Юркевич B.B. Изменчивость биохимических признаков, используемых в таксономии дрожжей Saccharomyces II Успехи совр. биол. 1970. Т. 70. вып. 3. №6. С. 315-125.

21. Наумов Г.И., Наумова Т.И. Сравнительная генетика дрожжей. Сообщение XIII. Сравнительное изучение сахаромицетов-убийц из различных коллекций // Генетика. 1973. Т. 9. №11. С. 140 145.

22. Наумов Г.И., Тюрина JI.B., Бурьян Н.И., Наумова Т.И. Виноделие -экологическая ниша сахаромицетов-убийц типа кг // Биологические науки. Научные доклады высшей школы. 1973. №7. С. 103-107.

23. Наумов Г.И., Наумова Т.И. Сравнительная генетика дрожжей. Сообщение XVII. Новый тип штамма-убийцы у дрожжей-сахаромицетов // Генетика. 1978. Т. 14. №1. С. 138- 144.

24. Наумов Г.И., Кондратьева В.И., Наумова Т.И., Гудкова Н.К. Генетические основы классификации дрожжей Saccharomyces cerevisiae. Изучение выживаемости аскоспор гибридов // Журнал общей биологии. 1983. T. XLIV. №5. С. 648-660.

25. Наумов Г.И., Никоненко Т.А. Дивергенция геномов культурных и диких дрожжей Saccharomyces sensu stricto: четыре вида-двойника // ДАН. 1987. Т. 294. №2. С. 476-479.

26. Наумов Г.И., Никоненко Т.А. Восточная Азия — вероятная родина культурных дрожжей Saccharomyces cerevisiae II Изв. СО АН СССР. 1988. №20. вып. 3. С. 97-101.

27. Наумов Г.И., Корхола М., Наумова Е.С., Бериташвили Д.Р., Ланто Р. Молекулярное кариотипирование биологических видов Saccharomyces cerevisiae, S. paradoxus и S. bayanus II ДАН. 1990a. Т. 311. №5. С. 1242-1246.

28. Наумов Г.И., Наумова Е.С. Saccharomyces douglasii nom. nud. синоним S. paradoxus согласно гибридологическому анализу // ДАН. 1990b. Т. 311. №4. С. 975-977.

29. Наумов Г.И., Наумова Е.С. Дикая популяция Saccharomyces cerevisiae обнаруженная в Сибири //Микробиология. 1991. Т. 60. вып. 3. С. 537-540.

30. Наумов Г.И., Калеро Ф., Наумова Е.С, Санчо Э. Генетическая характеристика испанских хересных дрожжей Saccharomyces cerevisiae из района Монтийя-Морилес//Биотехнология. 1994.№ 8. С. 11-13.

31. Наумов Г. И., Газдиев Д. О., Наумова Е. С. // Обнаружение биологического вида Saccharomyces bayanus в дальневосточной Азии // Микробиология. 2003. Т. 72. №6. С. 834-839.

32. Наумов Г.И., Наумова Е.С., Кондратьева В.И. Использование гибридизации в селекции эукариотических микроорганизмов // Генетика. 2006. Т. 42. № 11. С. 1571 1576.

33. Наумова Е.С., Наумов Г.И., Майклз К.А., Бериташвили Д.Р. Идентификация хромосомных ДНК у дрожжей Saccharomyces bayanus и S. pastorianus // ДАН. 1991. Т. 316. №3. С. 744-746.

34. Наумова Е.С., Наумов Г.И., Корхола М. Молекулярные кариотипы различных генетических линий дрожжей Saccharomyces cerevisiae II Биотехнология. 1993а. №4. С. 2-5.

35. Наумова Е.С., Черноокова Т.В., Скорикова Т.К., Кондратьева В.И., Бурьян Н.И., Наумов Г.И. Селекция шампанских дрожжей на основе межвидовой гибридизации Saccharomyces cerevisiae х S. bayanus // Биотехнология. 1993b. № 7. С. 8-13.

36. Наумова Е.С., Коршунова И.В., Наумов Г.И. Молекулярный анализ а-галактозидазных генов MEL дрожжей Saccharomyces sensu stricto // Молекулярная биология. 2003. Т. 37. №5. С. 825-833.

37. Наумова Е.С., Жолудева М.В., Мартыненко Н.Н., Наумов Г.И. Молекулярно-генетическая дифференциация культурных дрожжей Saccharomyces II Микробиология. 2005. Т. 74. №2. С. 179-187.

38. Наумова Т.И., Наумов Г.И. Сравнительная генетика дрожжей. Сообщение XII. Изучение антагонистических отношений у дрожжей рода Saccharomyces II Генетика. 1973. Т. 9. №4. С. 85 90.

39. Наумова Т.И., Наумов Г.И. Индуцированная элиминация цитогенов убийства (к) и (кг) и цитогена нейтральности (п) дрожжей Saccharomyces // Биологические науки. Научные доклады высшей школы. 1974. №2. С. 108 110.

40. Нестерова Г.Ф. Киллерные системы дрожжей // Успехи Современной Биологии. 1988. Т. 105. Вып. 3. С. 374 392.

41. Нестерова Г.Ф. Фундаментальные и прикладные аспекты изучения вирусоподобных плазмид дрожжей сахаромицетов // Генетика. 1993. Т. 29. №4. С. 581 -603.

42. Нестерова Г.Ф.,. Шабалина М.В., Миловатский B.C. Детерминация антагонистической активности типа К4 у дрожжей сахаромицетов // Генетика. 1983. Т. 19. №7. С. 1054- 1059.

43. Оно С. Генетические механизмы прогрессивной эволюции. М.: Мир, 1973, 227 с.

44. Аа Е., Townsend J.P., Adams R.I., Nielsen К.М., Taylor J.W. Population structure and gene evolution in Saccharomyces cerevisiae И FEMS Yeast Res. 2006. V.6. P. 702-715.

45. Adjiri A., Chanet R., Mezard C., Fabre F. Sequence comparison of the ARG4 chromosomal regions from the two related yeasts, Saccharomyces cerevisiae and Saccharomyces douglasii II Yeast. 1994. V. 10. P. 309-317.

46. Akerlund Т., Nordstorm K., Bernarder R. Analysis of cell size and DNA content in exponentially growing and stationary-phase batch cultures of Escherichia coli II J. Bacteriol. 1995. V. 177. P. 6791 6797.

47. Andersen Т.Н., Hoffmann L., Grifone R., Nilsson-Tillgren Т., Kielland-Brandt M.C. Brewing yeast genetics // In Yeast Physiology. A New Era of Opportunity. EBC Monograph 28. Nürnberg. Fachverlag. Hans Carl. 1999. pp. 140-147.

48. Antunovics Z., Nguyen H-V., Gaillardin C., Sipiczki M. Gradual genome stabilization by progressive reduction of the Saccharomyces uvarum genome in an interspecific hybrid with Saccharomyces cerevisiae II FEMS Yeast Res. 2005. V.5. P. 1141 -1150.

49. Azumi M., Goto-Yamamoto N. AFLP analysis of type strains and laboratory and industrial strains of Saccharomyces sensu stricto and its application to phenetic clustering // Yeast. 2001. V. 18. P. 1145-1154.

50. Bakalinsky A.T., Snow R. The chromosomal constitution of wine strains of Saccharomyces cerevisiae I I Yeast. 1990. V. 6. P. 367 382.

51. Begon M. Yeasts and Drosophila. In the Genetics and Biology of Drosophila, Volume 3b, M. Ashburner, H. Carson, J.N. Thompson eds. (London Academic press). 1986. pp 345-384.

52. Belloch C, Orlic S, Barrio E, Querol A. Fermentative stress adaptation of hybrids within the Saccharomyces sensu stricto complex // Int .J. Food Microbiol. 2008. V. 122. P. 188-195.

53. Benitez Т., Martínez P., Codón А. С. Genetic constitution of industrial yeast // Microbiología SEM. 1996. V. 12. P. 371 384.

54. Berry E.A., Bevan E.A. A new species of double-stranded RNA from yeast // Nature. 1972. V. 239. P. 279-281.

55. Bicknell J.N., Douglas H.C. Nucleic acid homologies among species of Saccharomyces //J. Bacteriol. 1970. V. 101. P. 505-512.

56. Blandin G., Durrens P., Tekaia F., Aigle M., Bolotin-Fukuhara M., Bon E., Casaregola S., et al. Genomic exploration of the hemiascomycetous yeasts: The genome of Saccharomyces cerevisiae revisited 11FEBS Lett. 2000. V. 487. P. 31 36.

57. Boeke J. D., LaCroute, Fink G. R. A positive selection for mutants lacking orotidine-5'-phosphate decarboxilase activity in yeast; 5'-fluoro-orotic aid resistance // Mol. Gen. Genet. 1984. V. 197. P. 345-346.

58. Boekhout T., Theelen B., Diaz M., Fell J.W. et al. Hybrid genotypes in the pathogenic yeast Cryptococcus neoformans II Microbiology. 2001. V. 147. P. 891 907.

59. Bon E., Neuveglise C., Casaregola S. Artiguenave F., Wincker P., Aigle M., Durrens P. Genomic exploration of the hemiascomycetous yeasts: 5. Saccharomyces hay anus var. uvarum II FEBS Lett. 2000. V. 487. P. 37-41.

60. Bond U., Neal C., Donnelly D., James T.C. Aneuploidy and copy number breakpoints in the genome of lager yeasts mapped by microarray hybridization // Curr. Genet. 2004. V.6. P. 360-370.

61. Bostian K.A., Sturgeon J.A., Tipper D.J. Encapsidation of yeast killer dsRNAs: Dependence of M on L // J. Bacteriol. 1980. V. 143. P. 463 469.

62. Bovers M., hagen F., Kuramae E., Diaz M.R. et al. Unique hybrids between the fungal pathogens Cryptococcus neoformans and Cryptococcus gattii II FEMS Yeast Res. 2006. V. 6. P. 599 607.

63. Bradbury J.E., Richards K.D., Neiderer H. A., Lee S.A., Dunbar P.R., Gardner R.C. A homozygous diploid subset of commercial wine yeast strains // Antonie van Leeuwenhoek. 2006: V. 89. P. 27 37.

64. Britten R. J., Pavich M., Smith J. A new method of DNA purification. Carnegie Inst Wash Year Book 1970. V. 68. P. 400-402.

65. Buzzini P., Martini A. Large-scale screening of selected Candida maltosa, Debaryomyces hansenii and Pichia anomala killer toxin activity against pathogenic yeast II Med. Mycol. 2001. V. 39. P. 479 482.

66. Buzzini P., Turchetti B., Vaughan-Martini A.E. The use of killer sensitivity patterns for biotyping yeast strains: the state of the art, potentialities and limitations // FEMS Yeast Res. 2007. V. 7. P. 749 760.

67. Byrne K.P., Wolfe K.H. The Yeast Gene Order Browser: combining curated homology and syntenic context reveales gene fate in polyploid species // Genome Res. 2005. V.15. P. 1456 1461.

68. Cappello M.S., Bleve G., Grieco F., Dellaglio F., Zacheo G. Characterization of Saccharomyces cerevisiae strains isolated from must of grape grown in experimental vineyard // Journal of Applied Microbiology. 2004. V. 97. P. 1274 1280.

69. Cardinali G., Martini A. Electrophoretic karyotypes of authentic strains of the sensu stricto group of the genus Saccharomyces // Int. J. Syst. Bacteriol. 1994. V. 44. P. 791-797.

70. Carrau F.M., Neirotti E., Gioia O. Stuck wine fermentations: effect of killer/sensitive yeast interactions // J. Ferment. Bioeng. 1993. V. 76. P. 67 69.

71. Carro D., Pina B. Genetic analysis of the karyotype instability in natural wine yeast strains // Yeast. 2001. V. 18. P. 1457 1470.

72. Casaregola S., Nguyen H.-V., Lapathitis G., Kotyk A., Gaillardin C. Analysis of the constitution of the beer yeast genome by PCR, sequencing and subtelomeric sequence hybridization // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2001. V. 51. P. 1607-1618.

73. Casey G.P. Molecular and genetic analysis of chromosome X in Saccharomyces carlsbergensis II Carlsberg Res. Commun. 1986. V. 51. P. 343-362.

74. Casey G.P., Pedersen M.B. DNA sequence polymorphisms in the genus Saccharomyces. V. Cloning and characterization of a LEU1 gene from S. carlsbergensis II Carlsberg Res. Commun. 1988. V. 53. P. 209-219.

75. Chambers SR, Hunter N, Louis EJ, Borts RH. The mismatch repair system reduces meiotic homeologous recombination and stimulates recombination-dependent chromosome loss // Mol. Cell Biol. 1996. V. 16. P. 6110-6120.

76. Cheraiti N., Guezenec S., Salmon J-M. Redox interactions between Saccharomyces cerevisiae and Saccharomyces uvarum in mixed culture under enological conditions //Appl. Environ. Microbiol. 2005. V. 71. P. 255-260.

77. Cliften P. f., Hiller L. W., Fulton L., Graves T., Miner T., Gish W. R., Waterson R. H., Johnston M. Survey Saccharomyces genomes to identify functional elements by comparative DNA sequence analysis // Genome Research. 2001. V. 11. P. 1175 -1186.

78. Cliften P.F., Fulton R.S., Wilson R.K., Johnston M. After the duplication: gene loss and adaptation in Saccharomyces genomes // Genetics. 2006. V. 172. P. 863 872.

79. Cliften P., Sudarsanam P., Desikan A., et al. Finding functional features in Saccharomyces genome by phylogenetic footprinting // Science. 2003. V. 301. P. 71 -76.

80. Coghlan A., Eichler E.E., Oliver S.G., Paterson A. H., Stein L. Chromosome evolution in eukaryotes: a multi-kingdom perspective // Trends in Genetics. 2005. V. 21. P. 673-682.

81. Coloretti F., Zambonelli C., Tini V. Characterisatin of flocculent Saccharomyces interspecific hybrids for the production of sparkling wines // Food Microbiol. 2006. V. 23. P. 672-676.

82. Comai L. Genetic and epigenetic interactions in allopolyploid plants // Plant Mol. Biol. 2000. V. 43. P. 387-399.

83. Comai L. The advantages and disadvantages of being polyploidy // Nature Rev. Genet. 2005. V. 6. P. 836 846.

84. Corran, H.S. A history of brewing (David and Charles, Newton Abbot. North Pomfret, VT). 1975.

85. Corte L., Lattanzi M., Buzzini P., Fatichenti F., Cardinali G. RAPD and killer toxin sensitivity in Saccharomyces cerevisiae strain typing // J. Appl. Microbiol. 2005. V. 99. P. 609-617.

86. Dalton R.E., Podila G.K., Flurkey W.H., Bozarth R.F. In vitro translation of the major capsid polypeptide from Ustilago maydis virus strain PI // Virus Res. 1985. V. 3. P. 153- 163.

87. Daniel H.-M., Meyer W. Evaluation of ribosomal RNA and actin gene sequences for the identification of ascomycetous yeasts // Int. J. Food Microbiol. 2003. V. 86. P. 61 -78.

88. Daves I.W., Hardie I.D. Selective killing of vegetative cells in sporulated cultures by exposure diethyl ether // Mol. Gen. Genet. 1974. V. 131. P. 281 289.

89. Delneri D., Colson I., Grammenoudi S., Roberts I.N., Louis E.J., Oliver S.G. Engineering evolution to study speciation in yeasts //Nature. 2003. V. 6. P. 68-72.

90. Dietrich F.S., Voegeli S., Brachat S. et al. The Ashbya gossypii genome as a tool for mapping the ancient Saccharomyces cerevisiae genome // Science. 2004. V. 304. P. 304-307.

91. Dobzhansky T. On the sterility of the interracial hybrids in Drosophila pseudoobscura II Proc. Natl. Acad. Sei. USA 1933. V. 19. P. 397 403.

92. Dobzhansky T. Studies of hybrid sterility. II. Localization of sterility factors in Drosophila pseudoobscura II Genetics. 1936. V. 21. P. 113 135.

93. Dobzhansky T. Genetics and origin of species. New York: Columbia University Press. 1938.

94. Domergue R., Castano I., De Las Penas A. et al. Nicotinic acid limitation regulates silencing of Candida adhensis during UTI // Science. 2005. V. 308. P. 866 870.

95. Duarte F.L., Pais C., Spencer-Martins I., Leäo C. Distinctive electrophoretic iosoenzyme profiles in Saccharomyces sensu stricto II Int. J. Syst. Bacteriol. 1999. V. 49. P. 1907-1913.

96. Dujon B., Sherman D., Fischer G. et al. Genome evolution in yeasts // Nature. 2004. V. 430. P. 35-44.

97. Dunham M.J., Badrane H., Ferea T., Adams J., Brown P.O., Rosenzweig F., Botstein D. Characteristic genome rearrangements in experimental evolution of Saccharomyces cerevisiae II Proc. Natl. Acad. Sei. USA. 2002. V. 99. P. 1614416149.

98. Dunn B, Levine RP, Sherlock G. Microarray karyotyping of commercial wine yeast strains reveals shared, as well as unique, genomic signatures. BMC Genomics. 2005. V. 16. P. 53 -62.

99. Dunn B, Sherlock G. Reconstruction of the genome origins and evolution of the hybrid lager yeast Saccharomyces pastorianus. Genome Res. 2008 V. 18. P. 16101623.

100. El-Sherbeini M., Bostian K.A. Viruses in fungi: infection of yeast with the K1 and K2 killer virus // Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1987. V. 84. P. 4293 4297.

101. Extremera A.L., Martin I., Montoya E. A new killer toxin produced by Saccharomyces cerevisiae II Curr. Genet. 1982. V. 5. P. 17 — 21.

102. Fay J.C., Benavides J.A. Evidence for domesticated and wild populations of Saccharomyces cerevisiae II PloS Genetics. 2005. V.l. P. 66-71.

103. Fernandes-Espinar M.T., Barrio E., Querol A. Analysis of the genetic variability in the species of the Saccharomyces sensu stricto complex // Yeast. 2003. V. 20. P. 1213-1226.

104. Field L.J., Bruenn J.A., Chang T.H., Pinchasi O., Koltin Y. Two Ustilago maydis viral dsRNA of different size code for the same product // Nucleic Acids Res. 1983. V. 11. P. 2765-2778.

105. Fink G.R., Styles S.A. Curing of a killer factor in Saccharomyces cerevisiae II Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1972. V. 69. P. 2846 2849.

106. Fischer G., James S.A., Roberts I.N., Oliver S.G., Louis E.S. Chromosomal evolution in Saccharomyces //Nature. 2000. V. 405. P. 451-454.

107. Fischer G., Rocha E.P., Brunet F., Vergassola M., Dujon B. Highly variable rates of genome rearrangements between hemiascomycetous yeast lineages // PloS Genet. V. 2. P. 0253-0261.

108. Force A., Lynch M., Picket F.B., Amores A., Yan Y.-I., Postlethwait J. Preservation of duplicate genes by complementary, degenerative mutations // Genetics. 1999. V. 151. P. 1531 1545.

109. Fried H. M., and Fink G. R. Electron microscopic heteroduplex analysis of "killer" double-stranded RNA species from yeast // Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1978. V. 75. P. 4224—4228.

110. Fukuhara H. Linear plasmids of yeasts // FEMS Microbiol. Lett. 1995. V. 131. P. 1-9.

111. Garfinkel D. J. Genome evoluthion mediated by Ty elements in Saccharomyces II Cytogenet. Genome Res. 2005. V. 110. P. 63 69.

112. Gilbert D.G. Dispersal of yeasts and bacteria by Drosophila in temperate rain forest // Oecologia. 1980. V. 46. P. 135 137.

113. Gilliand R.B. The raffinose fermentation of Saccharomyces pastorianus and Saccharomyces bayanus II Ant. van Leeuwenhoek. 1969. V. 20. P. 286-294.

114. Goddart M.R., Burt A. Recurrent invasion and extinction of a selfish gene // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1999. V. 96. P. 13880-13885.

115. Goddart M.R., Anfang N., Tang R., Gardner R.C., Jun C. A distinct population of Saccharomyces cerevisiae in New Zeland: evidence for local dispersal by insects and human-aided global dispersal in oak barrels // Environ. Microbiol. 2009.

116. Golubev W. I. Mycocins (Killer toxins) II Kurtzman C.P., Fell J.W. (Eds.). The yeasts. 1998. A taxonomic study. 4th revised and enlarged edition. Elsevier. Amsterdam. P. 55 62.

117. Golubev W. I., Pfeiffer I., Churkina L.G., Golubeva E.W. Double-stranded RNA viruses in a mycocinogenic strain of Cystofilobasidium infirmominiatum II FEMS Yeast Research. 2002. V. 1521. P. 1 6.

118. Golubev W.I. Antagonistic interactions among yeasts. The Yeast Handbook. Biodiversity and Ecophysiology of Yeasts. (Rosa CA & Peter G. eds). P. 197 219. Springer, Berlin, Germany. 2006.

119. Gonzalez S.S., Barrio E., Gafner J., Querol A. Natural hybrids from S. cerevisiae, S. bayanus and S. kudriavzevii in wine fermentations // Appl. Environ. Microbiol. 2006. V. 6. P. 1221 1234

120. Gonzalez S.S., Gallo L., Climent D., Barrio E., Querol A. Enological characterization of natural hybrids from S. cerevisiae and S. kudriavzevii II Int. J. Food Microbiol. 2007. V. 116. P. 11 18.

121. Gonzalez S.S., Barrio E., Querol A. Molecular characterization of new natural hybrids of Saccharomyces cerevisiae and S. kudriavzevii in brewing // Appl. Environ. Microbiol. 2008. V. 74. P. 2314-2320.

122. Goto K., Kichise K., Kitano K., Hara S. Isolation and properties of a chromosome -dependent KHR killer toxin of Saccharomyces cerevisiae II Agric. Biol. Chem. 1990. V.54.P. 505-509.

123. Gouliamova D.E., Hennebert G.L. Phylogenetic relationships in the Saccharomyces cerevisiae complex of species // Mycotaxon. 1998. V. LXVI. P. 337-353.

124. Greig D. Population biology: wild origins of a model yeast // Curr. Biol. 2007. V. 3. P. 251-253.

125. Greig D. A screen for recessive speciation genes expressed in the gametes of F1 hybrid yeast // PLoS Genet. 2007. V. 3. e21.

126. Greig D. Reproductive isolation in Saccharomyces II Heredity. 2009. V. 102. P. 3944.

127. Greig D., Louis E.J., Borts R.H., Travisano M. Hybrid speciation in experimental populations of yeast// Science. 2002. V. 29. P. 1773-1775.

128. Greig D., Travisano M., Louis E.J., Borts R.H. A role for the mismatch repair system during incipient speciation in Saccharomyces II J. Evol. Biol. 2003. V.16. P. 429-437.

129. Groth C., Hansen J., Piskur J. A natural chimeric yeast containing genetic material from three species // Int. J. Syst. Bacteriol. 1999. V. 49. P. 1933 1938.

130. Giudici P, Caggia C, Pulvirenti A, Zambonelli C, Rainieri S. Electrophoretic profile of hybrids between cryotolerant and non-cryotolerant Saccharomyces strains // Lett Appl Microbiol. 1998. V. 27. P. 31-34.

131. Guijo S., Mauricio J.C., Salmon J.M., Ortega J.M. Determination of relative ploidy in different Saccharomyces cerevisiae strains used for fermentation and "flor" film aiging of dry sherry-type wines // Yeast. 1997. V. 13. P. 101 117.

132. Guillamon J.M., Barrio E., Huerta T., Querol A. Rapid characterisation of four species of the Saccharomyces sensu stricto complex according to mitochondrial DNA patterns. Int. J. Syst. Bacteriol. 1994. V. 44. P. 708 714.

133. Gunge N. Linear DNA killer plasmids from the yeast Kluyveromyces II Yeast. 1986. V.2.P. 153- 162.

134. Gunge L., Tamaru A., Ozawa F., Sakaguchi K. Isolation and characterization of linear deoxyribonucleic acid plasmids from Kluyveromyces lactis and the plasmid-assoiated killer character // J. Bacteriol. 1981. V. 145. P. 382 390.

135. Hall C., Brachat S., Dietrich F. S. Contribution of horizontal gene transfer to the evolution of Saccharomyces cerevisiae. Eukaryotic Cell. 2005. V. 4. P. 1102 -1115.

136. Hansen E.C. Unders0gelser over alkoholgjaersvampenes fysiologi og morfologi. II. Om askosporedannelsen hos slaegten Saccharomyces I I Medd. Carlsberg Lab. 1883. V. 2. P. 29-86.

137. Hansen E.C. Recherches sur la physiologie et la morphologie des ferments alcooliques // C.R. Trav. Lab. Carlsberg. 1888. V. 2. P. 143-167.

138. Hansen E.C. Recherches sur la physiologie et la morphologie des ferments alcooliques. XIII. Nouvelles études sur des levures de brasserie à fermentation basse // Compte. Rend. Trav. Lab. Carlsberg. 1908. 7: 179-217.

139. Hansen J., Kielland-Brandt M.C. Saccharomyces carlsbergensis contains two functional MET! alleles similar to homologues from S cerevisiae and S. monacensis // Gene. 1994. V. 140. P. 33-40.

140. Herbert C.J., Macadre C., Bécan A-M., Lazowska J., Slonimski P.P. The MRS\ gene of S. douglasii: co-evolution of mitochondrial introns and specific splicing proteins encoded by nuclear genes // Gene Expr. 1992. V. 2. P. 203-214.

141. Hishinuma F., Nakamura K., Hirai K., Nishizawa R., Gunge N., Maeda T. Cloning and nucleotide sequences of linear DNA killer plasmids from yeast // Nucl. Acids Res. 1984. V. 12. P. 7581 7597.

142. Hittinger C.T., Rokas A., Carroll S.B. parallel inactivation of multiple Gal pathway i " genes and ecological diversification in yeasts // Proc. Natl. Acad. Sei. 2004. V. 101.1. P. 14144- 14149.

143. Hodgson V.J., Button D., Walker G.M. Anti-Candida activity of a novel killer toxin I from the yeast Williopsis mrakii II Microbiology. 1995. V. 141. P. 2003 2012.

144. Hornsey, I. A history of beer and brewing (RSC Paperbacks, Cambridge, UK), ï 2003.

145. Hughes A.L. Adaptive evolution of genes and genomes. New York: Oxford University Press. 1999.

146. Hughes T.R., Roberts C.J., Dai H., Jones A.R., Meyer M.R., Slade D. et al. Widespread aneuploidy revealed by DNA micro array expression profiling // Nat/ Genet. 2000. V. 25. P. 333 337.s

147. Hunter N, Chambers SR, Louis EJ, Borts RH.'The mismatch repair system contributes to meiotic sterility in an interspecific yeast hybrid // EMBO J. 1996. V. 15. P.1726-1733.i

148. Jaillon O, Aury JM, Noel B, Policriti A, Clepet C, Casagrande A, Choisne N et al. The grapevine genome sequence suggests ancestral hexaploidization in major angiosperm phyla // Nature. 2007. V. 449. P. 463-467.

149. James S.A., Bond C.J., Stratford M., Roberts I.N. Molecular evidence for the existence of natural hybrids in the genus Zygosaccharomyces I I FEMS Yeast Res. 2005. V. 5. P. 747-755.

150. Kandel J., Koltin Y. Killer phenomenon in Ustilago maydis. Comparison of the killer proteins // Exp. Mycol. 1978. V. 2. P. 270 278.

151. Kaneko Y., Banno I. Reexamination of Saccharomyces bay anus strains by DNADNA hybridization and electrophoretic karyotyping // IFO Res. Comm. 1991. V. 15. P. 30-41.

152. Kellis M., Birren B.W., Lander E.S. Proof and- evolutionary analysis of ancient genome duplication in the yeast Saccharomyces cerevisiae // Nature. 2004. V. 428. P. 617-624.

153. Kellis M., Patterson N., Endrizzi M., Birren B., Lander E. S. Sequencing and comparison of yeast species to identify genes and regulatory elements // Nature. 2003. V. 423. P. 241-254.

154. Kielland-Brandt M.C., Nilsson-Tillgren T., Gjermansen C., Holmberg S., Pedersen M.B. Genetics of brewing yeasts // In Rose, A.H., Wheals, A.E., Harrison, J.S. (eds.): The Yeast, Second Edition. Academic Press. London. 1995. V. 6. P. 223254.

155. Kikuchi Y., Hirai K., Hishinuma F. The yeast linear DNA killer plasmids, pGKLl and pGKL2, possess terminaly attached proteins // Nucleic Acids Res. 1984. V. 12. P.5685 5692.

156. Kitamoto H.K., Ohmomo S., Amaha K., Nishikawa T., Iimura Y. Construction of Kluyveromyces lactis killer strains detective in growth on lactic acid as a silage additive // Biothech. Lett. 1998. V. 20. P. 725 728.

157. Kodama, Y., Kielland-Brandt, M.C., Hansen, J., Sunnerhagen, P., Piskur, J. (2005) in Comparative genomics, Lager brewing yeast, eds Sunnerhagen, P., Piskur, J.(Springer-Verlag, Berlin), pp 145-164.

158. Koltin Y., Levine R., Peery T. Assignment of functions to segments of the dsRNA genome of Ustilago maydis // Mol. Gen. Genet. 1980. V. 178. P. 173 178.

159. Koufopanou V., Hughes J., Bell G., Burt A. The spatial scale of genetic differentiation in a model organism: the wild yeast Saccharomyces paradoxus II Phil. Trans. R. Soc. B. 2006. V. 361. P. 1941 1946.

160. Kuehne H.A., Murphy H.A., Francis C.A., Sniegowski P.D. Allopatric divergence, secondary contact, and genetic isolation in wild yeast populations // Curr Biol. 2007. V. 17. P. 407-411.

161. Kumar* S., Tamura K., Nei M. MEGA3: Integrated, software for Molecular Evolutionary Genetics Analysis and sequence alignment // Briefings in Bioinformatics. 2004. V. 5. P. 150-163.

162. Kurtzman C.P., Fell J.M. The Yeasts a Taxonomic Study. // Amsterdam: Elsevier Science Publ. 1998. 1055p.

163. Kurtzman C.P., Robnett CJ. Phylogenetic relationships among yeasts of the "Saccharomyces complex" determined from multigene sequence analyses // FEMS Yeast Res. 2003. V. 3. P. 417-432.

164. Landry C.R., Townsend J.P., Hartl D.L., Cavalieri D. Ecological and evolutionary genomics of Saccharomyces cerevisiae II Mol. Ecol. 2006. V. 15. P. 575 591.

165. Langkjaer R.B., Cliften P.F., Johnston M., Piskur J. Yeast genome duplication was followed by asynchronous differentiation of duplicated genes // Nature. 2003. V. 421. P. 848-852.

166. Le Jeune C., Erny C., Demuyter C., Lollier M. Evolution of the population of Saccharomyces cerevisiae from grape to wine in spontaneous fermentation // Food Microbiology. 2006. V. 23. P. 709 716.

167. Le Jeune C., Lollier M., Demuyter C., Erny C., Legras J-L., Aigle M., Masneuf-Pomarede I. Characterisation of natural hybrids of Saccharomyces cerevisiae and Saccharomyces hayanus var. uvarum II FEMS Yeast Res. 2007.

168. Legras J-L., Merdinoglu D., Cornuet J-M., Karst F. Bread, beer and wine: Saccharomyces cerevisiae diversity reflects human history // Molecular Ecology. 2007. V. 16. P. 2091 -2102.

169. Leu J.Y., Murray A.W. Experimental evolution of mating discrimination in budding yeast // Curr. Biol. 2006. V.16. P. 280-286.

170. Levine R., Koltin Y., Kandel J.S. Nuclease activity associated with the Ustilago maydis virus induced killer proteins // Nucleic Acids Res. 1979. V. 6. P. 3717 -3731.

171. Lieckfeldt E., Meuer W., Borner T. Rapid identification and differentiation of yeasts by DNA and PCR fingerprinting // J. Basic Microbiol. 1993. V. 33. P. 413 -426.

172. Liti G., David B., Barton H., Louis E.J. Sequence diversity, reproductive isolation and species concepts in Saccharomyces // Genetics. 2006. V. 174. P. 839 850.

173. Liti G. Carter D.M., Moses A.M., Warringer J. et al. Population genomics of domestic and wild yeasts // Nature. 2009. V. 458. P. 337 341.

174. Llorente B., Durrens P., Malpertuy A. et al. Genomic exploration of the hemiascomycetous yeasts: 20. Evolution of gene redundancy compared to Saccharomyces cerevisiae //FEBS Lett. 2000. V. 487. P. 122 133.

175. Lopes C.A., Lavalle T. A., Querol A., Caballero A.C. Combined, use of killer biotype and mtDNA-RFLP patterns in a Patagonian wine Saccharomyces cerevisiae diversity study // Antonie van Leeuwenhoek. 2006. V. 89. P. 147 156.

176. Louis E. J., Naumova E. S., Lee A., Naumov G. I., Haber J. E. The chromosome end in yeast: its mosaic nature and influence on recombinational dynamics // Genetics. 1994. V. 136. P. 789 802.

177. Louis EJ. Making the most redundancy // Nature. 2007. V. 449. P. 673 674.

178. Lynch M., Conery J.S. The evolutionary fate and consequences of duplicate genes // Science. 2000. V. 290. P. 1151 1155.

179. Lynch M, Force A. The probability of duplicate gene preservation by subfunctionalization.Genetics // 2000. V. 154. P. 459-473.

180. Maclean C.J., Greig D. Prezygotic reproductive isolation between Sacchciromyces cerevisiae and Saccharomycesparadoxus //BMC Evol. Biol. 2008. V. 8.

181. Magliani W., Conti S., Gerloni M., Bertolotti D., Polonelli L. Yeast killer systems // Clin. Microbiol. Rev. 1997. V. 10. P. 369 400.

182. Maniatis T., Fritsch E. F., Sam brook J. 1982. Molecular cloning. A laboratory manual. Cold Spring Harbor Laboratory, New York.

183. Massey S.E., Moura G., Beltrao P., et al. Comparative evolutionary genomics unveils the molecular mechanism of reassignment of the CTG codon in Candida spp // Genome Res. 2003. V. 13. P. 544 557.

184. Marinoni G., Manuel M., Petersen R.F., Hvidtfeldt J., Sulo P., Piskur J. Horizontal transfer of genetic material among Saccharomyces yeasts // J. Bacteriol. 1999. V. 181. №20. P. 6488-6496.

185. Marmur J., Doty P. Determination of the base composition of deoxyribonucleic acid from its thermal denaturation temperature // J. Mol. Biol. 1962. V. 5. P. 109 118.

186. Martinac B., Zhu H., Kubalski A., Zhou X., Culberston M., Bussey H., Kung C. Yeast K1 killer toxin forms ion channels in sensitive yeast spheroplasts and in artificial liposomes // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1990. V. 87. P. 6228 6232.

187. Martinez P., Codón A. C., Pérez L. and Benítez T. Physiological and molecular characterization of flor yeasts: polymorphism of flor yeast populations // Yeast.1995. V. 11. P. 1399-1411.

188. Masneuf I., Hansen J., Groth C., Piskur J., Dubourdieu D. New hybrids between Saccharomyces sensu stricto yeast species found among wine and cider production strains //Appl. Environ. Microbiol. 1998. V. 64. P. 3887-3892.

189. Masneuf-Pomarede I., Le Jeune C., Durrens P., Lollier M., Aigle M., Dubourdieu D. Molecular typing of wine yeast strains S. bayanus var. uvarum using microsattelite markers // Syst. Appl. Microbiol. 2007. V. 30. P. 75 82.

190. Massey S.E., Moura G., Belträo P., Almeida R., Garey J.R., Tuite M.F., Santos M.A. Comparative evolutionary genomics unveils the molecular mechanism of reassignment of the CTG codon in Candida spp. // Genome Res. 2003. V. 13. P. 544-557.

191. Mayr E. Systematics and the origin of species. New York: Columbia University Press. 1942.

192. Merico A, Sulo P, Piskur J, Compagno C. Fermentative lifestyle in yeasts belonging to the Saccharomyces complex // FEBS J. 2007. V. 274. P. 976-989.

193. Meyen J., Jahresbericht über die Resultate der Arbeiten im Felde der physiologischen Botanik von der Jahre // Arch. Naturgesch. zweiter Band. 1838. V. 4.P. 1-186.

194. Miranda I., Silva R., Santos M.A. Evolution of the genetic code in yeasts // Yeast. 2006. V. 23. P. 203-213.

195. Molnar O., Messner R., Prillinger H., Stahl U., Slavikova E. Genotypic identification of Saccharomyces species using random amplified polymorphic DNA analysis // System. Appl. Microbiol. 1995. V. 18. P. 136-145.

196. Montrocher R., Verner M-C, Briolay J, Gautier C. and Marmeisse R. Phylogenetic analysis of the Saccharomyces cerevisiae group based on polumorphisms of rDNA spacer sequences // Int. J. Syst. Bacteriol. 1998. V. 48. P: 295 303.

197. Mortimer R.K., Contopoulou C.R., King J.S. Genetic and physical, maps of Saccharomyces cerevisiae, Edition 11 // Yeast. 1992. V. 8. P. 817-902.

198. Muller H.J. Bearing of the Drosophila work on systematies. In The New systematics (ed. J. Huxsley), Oxford: Clarendon. 1940. pp. 185-268.

199. Muller H.J. Isolating mechanisms, evolution and temperature // Biol. Symp. 1942. V.6. P. 71 125.

200. Muller A.H., McCusker J.H. A multispecies-based taxonomic microarray reveals interspecies hybridization and intrigression in Saccharomyces cerevisiae II FEMS Yeast. Res. 2009. V. 9. P. 143 152.

201. Muller L.A., McCusker J.H. A multispecies-based taxonomic microarray reveals interspecies hybridization and introgression in Saccharomyces cerevisiae II FEMS Yeast Res. 2009. V. 9. P. 143 152.

202. Murphy H.A., Kuehne H.A., Francis C.A., Sniegowski P.D. Mate choice assays and mating propensity differences in natural yeast populations // Biol. Lett. 2006V.4. P. 553-556.

203. Nau J.J., Summers K.R., Galbraith A.M., Bullard S.A., Malone R.E. Isolation of early meiotic recombination genes analogous to S. cerevisiae RECIQA from the yeasts S. paradoxus and S. pastorianus II Curr. Genet. 1997. V. 31. P. 7-14.

204. Naumov G.I. Genetic basis for classification and identification of the ascomycetous yeasts // Studies in Mycology. 1987. № 30. P. 469-475.

205. Naumov G.I. Genetic identification of biological species in the Saccharomyces sensu stricto complex II J. Indust. Microbiol. 1996. V. 17. P. 295-302.

206. Naumov G.I., Naumova E.S., Lantto R.A., Louis E.J., Korhola M. Genetic homology between Saccharomyces cerevisiae and its sibling species S. paradoxus and S. bayanus: electrophoretic karyotypes // Yeast. 1992. V. 8. P. 599-612.

207. Naumov G.I., Naumova E.S., Korhola M., Azbukina Z.M., Gaillardin C. Genetic and karyotypic identification of Saccharomyces yeasts from Far East Asia // Cryptogam. Mycol. 1993. V. 14. P. 85-93.

208. Naumov G.I., Naumova E.S., Gaillardin C., Turakainen H., Korhola M. Identification of new chromosomes of Saccharomyces bayanus using gene probes from S. cerevisiae II Hereditas. 1994. V. 120. P. 121-126.

209. Naumov G.I., Naumova E.S., Hagler A.N., Mendonfa-Hagler L.G., Louis E.J: A new genetically isolated population of the Saccharomyces sensu stricto complex from Brazil.// Ant. van Leeuwenhoek. 1995a. V. 67. P. 351-355.

210. Naumov G.I., Naumova E.S., Louis E.J. Two new genetically isolated populations of the Saccharomyces sensu stricto complex from Japan // J. Gen. Appl. Microbiol. 1995b. V. 41. P. 499-505.

211. Naumov G.I., Naumova E.S., Sancho E.D. Genetic reidentification of Saccharomyces strains associated with black knot disease of trees in Ontario and Drosophila species in California // Can. J. Microbiol. 1996. V. 42. P. 335-339.

212. Naumov G.I., Naumova E.S., Sniegowski P.D. Differentiation of European and Far East Asian populations of Saccharomyces paradoxus by allozyme analysis // Int. J. System. Bacteriol. 1997a. V. 47. P. 341-344.

213. Naumov G.I., Naumova E.S., Querol A. Genetic study of natural introgression supports delimitation of biological species in the Saccharomyces sensu stricto complex // System. Appl. Microbiol. 1997b. V. 20. P. 595-601.

214. Naumov G.I., Naumova E.S., Sniegowski P.D. Saccharomyces paradoxus and Saccharomyces cerevisiae are associated with exudates of North American oaks // Can. J. Microbiol. 1998. V. 44. P. 1045-1050.

215. Naumov G. I., Masneuf I., Naumova E. S., Aigle M., Dubourdieu D. Association of S. bayanus var. uvarum with some French wines: genetic analysis of yeast populations//Res. Microbiol. 2000b. V. 151. P. 683 691.

216. Naumov G.I., Naumova E.S., Masneuf I., Aigle M., Kondratieva V.I., Dubourdieu D. Natural polyploidization of some cultured yeast Saccharomyces sensu stricto: auto- and allotetraploidy // System. Appl. Microbiol. 2000c. V. 23. P. 442-449.

217. Naumov G.I., Naumova E.S., Aigle M., Masneuf I., Belarbi A. Genetic reidentification of the pectinolytic yeast strain SCPP as Saccharomyces bayanus var. uvarum II Appl. Microbiol. Biothechnol. 2001a. V. 55. P. 108 111".

218. Naumov. G. I., Nguyen H.-V., Naumova E. S., Michel A., Aigle M., Gaillardin C. Genetic identification of S. bayanus var. uvarum, a cider-fermenting yeast // Int. J. Food Microbiol. 2001b. V. 65. P. 163-171.

219. Naumov G.I., Naumova E.S., Antunovics A., Sipiczki M. 2002. Saccharomyces bayanus var. uvarum in Tokaj wine-making of Slovakia and Hungary. Appl. Microbiol. Bitechnol. V. 59. № 6. P. 727-730.

220. Naumova E. S., Naumov G. I., Molina F. I. Genetic variation among European strains of Saccharomyces paradoxus: results from DNA fingerprinting // System. Appl. Microbiol. 2000. V. 23. P. 86 92.

221. Naumova E.S., Bulat S.A., Mironenko N.V., Naumov G.I. Differentiation of six sibling species in the Saccharomyces sensu stricto complex by multilocus enzyme electrophoresis and UP-PCR analysis // Ant. van Leeuwenhoek. 2003a. V. 83. P. 155-166.

222. Naumova E.S., Korshunova I.V., Jespersen L., Naumov G.I. Molecular genetic identification of Saccharomyces sensu stricto strains from African sorghum beer // FEMS Yeast Research. 2003b. V.3. №2. P. 177-184.

223. Naumova ES, Naumov GI, Masneuf-Pomarede I, Aigle M, Dubourdieu D. Molecular genetic study of introgression between Saccharomyces bayanus and S. cerevisiae // Yeast. 2005. V. 22. P. 1099-1115.

224. Oda Y., Yabuki M., Tonomura K., Fukunaga M. A phylogenetic analysis of Saccharomyces species by the sequence of 18S-26S rRNA spacer region. Yeast. 1997. V. 13. P. 1243- 1250.

225. Ohno S. Evolution by gene duplication. Springer-Verlag: Heidelberg, Germany, 1970.

226. Ohno S., Epplen J.T. The primitive code and repeats of base oligomers as the primordial protein-encoding sequence. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1983. V. 80. P. 3391-3395.

227. Ohno S. Repeats of base oligomers as the primordial coding sequences of the primeval earth and their vestiges in modern genes // J. Mol. Evol. 1984. V. 20. P. 313-321.

228. Oliver S.G. Functional genomics: lessons from yeast // Philos. Trans. R. Soc. Land. B. Biol. Sci. 2002. V. 357. P. 17 23.

229. Ostergaard S., Olsson L., Nielsen J. Metabolic engineering of Saccharomyces cerevisiae II Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2000. V. 64. P. 34 50.

230. Palpacelli V., Ciani M., Rosini G. Activity of different 'killer' yeasts on strains of yeast species undesirable in the food industry // FEMS Microbiol. Lett. 1991. V. 68. P. 75-78.

231. Park C.M., Bruenn J.A., Ganesa C., Flurkey W.F., Bozarth R.F., Koltin Y. Structure and heterologous expression of the Ustilago maydis viral toxin KP4 // Mol. Microbiol. 1994. V. 11. P. 155 164.

232. Pedersen M.B. DNA sequence polymorphisms in the genus Saccharomyces. III. Restriction endonuclease fragment patterns of chromosomal regions in brewing and other yeast strains // Carlsberg Res. Commun. 1986. V. 51. P. 163-183.

233. Pederson, M.B. DNA sequence polymorphisms in the genus Saccharomyces. II Analysis of the genes RDN1, HIS4, LEU2 and Ty transposable elements in the Carlsberg, Tuborg and 22 Bavarian brewing strains I I Carlsberg Res. Commun. 1985. V. 50. P. 263-272.

234. Peery T., Shabat-Brand T., Steinlauf R., Koltin Y., Bruenn J. Virus-encoded toxin of Ustilago maydis: two polypeptides are essential for activity // Mol. Cell. Biol. 1987. P. 470-477.

235. Perez-Ortin J.E., Querol A., Puig S., Barrio E. Molecular characterization of a chromosomal rearrangement involved in the adaptive evolution of yeast strains // Genome Res. 2002. V. 12. P. 1533 1539.

236. Pfeiffer P., Radler F. Purification and characterization of extracellular and intracellular killer toxin of Saccharomyces cerevisiae II J. Gen. Microbiol. 1982. V. 128. P. 2699-2704.

237. Piskur J., Smole S., Groth C., Petersen R. F., Pedersen M. B. Structure and genetic stability of the mitochondrial genomes vary among yeasts of the genus Saccharomyces. Int. J. Syst. Bacteriol. 1998. V. 48. P. 1015 1024.

238. Piskur J. Origin of the duplicated regions in the yeast genomes // Trends Genet. 2001. V. 17. P. 302-303.

239. Piskur J., Langkjaer R.B. Yeast genome sequencing: the power of comparative genomics // Mol. Microbiol. 2004. V. 52. №2. P. 381-389.

240. Piskur J, Rozpedowska E, Polakova S, Merico A, Compagno C. How did Saccharomyces evolve to become a good brewer? // Trends Genet. 2006. V. 22. P. 183-186.

241. Price C.W., Fuson G.B., Phaff HJ. Genome comparison in yeast systematics: delimitation of species within the genera Schwanniomyces, Saccharomyces, Debaryomyces and Pichia II Microbiol. Rev. 1978. V. 24. P. 161-193.

242. Rachidi N., Barre P., Blondin B. Multiple Ty-mediated chromosomal translocations lead to karyotype changes in a wine strain of Saccharomyces cerevisiae II Mol. Gen. Genet. 1999. V. 261. P. 841 850.

243. Ragnini A., Grisanti P., Rinaldi T., Frontali L., Palleschi C. Mitochondrial genome of Saccharomyces douglasii: genes coding for components of the protein synthetic apparatus II Curr. Genet 1991. V. 19. P. 169-174.

244. Rainieri S., Zambonelli C., Hallsworth- J.E., Pulvirenti A., Giudici P. Saccharomyces uvarum, a distinct group within Saccharomyces sensu stricto // FEMS Microbiol. Lett. 1999. V. 177. P. 177-185.

245. Ramsey J., Schemske D.W. Pathways, mechanisms and rates of polyploidy formation in flowering plants // A Rev. Ecol. Syst. V. 29. P. 467 501.

246. Redzepovic S., Orlic S., Sikora S., Majdak A., Pretorius I.S. Identification and characterization of Saccharomyces cerevisiae and Saccharomyces paradoxus strains isolated from Croatian vineyards // Lett. Appl. Microbiol. 2002. V. 35. P. 305 -310.

247. Reuter M., Bell G., Greig D. Increased outbreeding in yeast in response to dispersal by an insect vector // Current Biology. 2007. V. 17. R 82.

248. Rieseberg L.H. Chromosomal rearrangements and speciation // Trends Ecol. Evol. 2001. V.16. P. 351 -358.

249. Rieseberg L.H., Vanfossen C., Desrochers A.M. Hybrid speciation accompanied be genomic reorganization in wild sunflowers // Nature. 1995. V. 375. P. 313 316.

250. Rogers D.T., Bevan E.A. Group classification of killer yeasts based on cross-reactions between strains of different species and origin // J. Gen. Microbiol. 1978. V.105.P. 109-114.

251. Rosini G. The occurrence of killer character in yeasts // Can. J. Microbiol. 1983. V. 29. P. 1462- 1464.

252. Rosini G., Federici F., Vaughan A.E., Martini A. Systematics of the species of the yeast genus Saccharomyces associated with the fermentation industry // Eur. J. Appl. Microbiol. Biotechnol. 1982. V. 15. P. 188-193.

253. Ryu S.-L., Murooka Y., Kaneko Y. Genomic reorganization between two sibling yeast species, Saccharomyces bayanus and Saccharomyces cerevisiae II Yeast. 1996. V. 12. P. 757-764.

254. Ryu S.-L., Murooka Y., Kaneko Y. Reciprocal translocation at duplicated RPL2 loci might cause speciation of Saccharomyces bayanus and Saccharomyces cerevisiae II Curr. Genet. 1998b. V. 33. P. 345-351.

255. Salmon J.M. Enological ferementation kinetics of an isogenic ploidy series derived from an industrial Saccharomyces cerevisiae strain // J. Ferment. Bioeng. 1997. V. 83. P. 253-260.

256. Sampaio J.P, Gon?alves P. Natural populations of Saccharomyces kudriavzevii in Portugal are associated with oak bark and are sympatric with S. cerevisiae and S. paradoxus //Appl.Environ. Microbiol. 2008V.7. P. 2144-2152.

257. Sato M., Kishimoto M., Watari J., Takashio M. Breeding of Brewer's Yeast by hybridization between top-fermenting yeast Saccharomyces cerevisiae and cryophilic yeast Saccharomyces bayanus II J. Biosci. Bioeng. 2002. V. 93. P. 509 -511.

258. Savolainen V., Anstett M.-C., Lexer C., Hutton I. et al. Sympatric speciation in palms on an oceanic island //Nature. 2006. V. 443. E 12 (published online).

259. Scannell D.R., Byrne K.P., Gordon J.L., Wong S., Wolfe K.H. Multiple rounds of speciation associated with reciprocal gene loss in polyploid yeasts // Nature. 2006. V. 440. P. 341-345.

260. Scannell D.R., Butler G., Wolfe K.H. Yeast genome evolution the origin of the species // Yeast. 2007. V. 24. P. 929 - 942.

261. Schacherer J., Shapiro .T.A., Ruderfer D.M., Kruglyak L. Comprehensive polymorphism survey elucidates population structure of Saccharomyces cerevisiae II Nature. 2009. V. 458. P. 342 346.

262. Schaffrath R., Breunig K.D. Genetics and molecular physiology of the yeast Kluyveromyces lactis II Fungal Genet. Biol. 2000. V. 30. P. 173 190.

263. Scheda R., Yarrow D. The instability of physiological properties used as criteria in the taxonomy of yeasts // Arch. Mikrobiol. 1966. V. 55. P. 209-225.

264. Scheda R., Yarrow D. Variation in the fermentation pattern of some Saccharomyces species //Arch. Mikrobiol. 1968. V. 61. P. 310-316.

265. Schmitt M .J., Breinig F. The viral killer system in yeast: from »molecular biology to application // FEMS Microbiol. Rev. 2002. V. 26. P. 257 276.

266. Schmitt M.J., Breinig F. Yeast viral killer toxins: lethality and self-protection // Nature Rev. Microbiol. 2006. V. 4. P. 212 221.

267. Schmitt M.J., Tipper DJ. K28, a unique double-stranded RNA killer virus of Saccharomyces cerevisiae //Mol. Cell. Biol. 1990. V. 10. P. 4807-4815.

268. Schmitt M.J., Tipper D.J. Genetic analysis of maintenance and expression of L and M double-stranded RNAs from yeast killer virus K28 // Yeast. 1992. V. 5. P. 373 -384.

269. Schütz M., Gafner J Dynamics of the yeast strain population during spontaneous alcoholic fermentation determined by CHEF gel electrophoresis // Lett. Appl. Microbiol. 1994. V. 19. P. 253-257.

270. Seidler R. J., Mandel M. Quantitative aspects of deoxyribonucleic acid renaturation: base composition, site of chromosome replication, and polynucleotide homologies // J Bacteriol 1971. V. 106. P. 608-614.

271. Semon M., Wolfe K.H. Consequences of genome duplication // Curr. Opin. Genet. Dev. 2007. V.6.P. 505-512.

272. Seoighe C, Wolfe KH. Extent of genomic rearrangement after genome duplication in yeast / Proc Natl Acad Sei USA. 1998. V. 95. P. 4447-4452.

273. Serra A., Sterhaiano P., Taillandier P. Influence of temperature and pH on Saccharomyces bayanus var. uvarum growth; impact of a wine yeast interspecific hybridization on these parameters // Int. J. Food Microbiol. 2005. V. 104. P. 257 -265.

274. Sherman F., Fink G.R., Hicks J.B. Laboratory course manual for methods in yeast genetics. Cold Spring Harbor Laboratory: 1986. P. 50-51.

275. Smart, K.A. Brewing yeast genomes and genome-wide expression and proteome profiling during fermentation // Yeast. 2007. V. 24. P. 993-1013.

276. Sommer S. S., and Wickner R. B. Co-curing of plasmids affecting killer double-stranded RNAs of Saccharomyces cerevisiae: HOK., [NEX] and the abundance oft1.are related and further evidence that Mj requires L // J. Bacteriol. 1982. V. 150. P. 545-551.

277. Sommer S. S., and Wickner R. B. Yeast L dsRNA consists of at least three distinct RNAs: evidence that the non-Mendelian genes HOK., [NEX] and [EXL] are on one of these dsRNAs // Cell. 1982. V. 31. P. 429-441.

278. Somers J.M., Bevan E.A. The inheritance of the killer character in yeast // Genet. Res. 1969. V. 13. P. 71-83.

279. Sor F., Fukuhara H. Structure of a linear plasmid of the yeast Kluyveromyces lactis; Compact organization of the killer genome // Curr. Genet. 1985. V. 9. P. 147 155.

280. Souciet J.-L., Dujon B. et al. Comparative genomics of protoploid Saccharomycetacea II Gen. Res. 2009. V. 19. P. 1696 1709.

281. Stark M.J., Mileham A.J., Romanos M.A., Boyd A. Nucleotide sequence and transcription analysis of a linear DNA plasmid associated with the killer character of the yeast Kluyveromyces lactis II Nucl. Acids Res. 1984. V. 12. P. 6011 6030.

282. Stark M.J., Boyd A. The killer toxin of Kluyveromyces lactis: characterization of the toxin subunits and identification of the genes which encode them 11 The EMBO Journal. 1986. V.5. P. 1995-2002.

283. Stanner W.T., Ganter P.F., Aberdeen V. The ecological role of killer yeasts in natural communities of yeasts // Can. J. Microbiol. 1987. V. 33. P. 783 796.

284. Storchova Z., Breneman A., Cande J., Dunn J., Burbank K., O'Toole E., Pellman D. Genome-wide genetic analysis of plyploidy in yeast // Nature. 2006. V. 443. P. 541 -547.

285. Sugisaki Y., Gunge N., Sakaguchi K., Yamasaki M., Tamura G. Kluyveromyces lactis killer toxin inhibits adenylate cyclase of sensitive yeast cells // Nature. 1983. V. 304. P. 464-466.

286. Sugisaki Y., Gunge N., Sakaguchi K., Yamasaki M., Tamura G. Characterization of a novel killer toxin encoded by a double-stranded linear DNA plasmid of Kluyveromyces lactis II Eur. J. Biochem. 1984. V. 141. P. 241 245.

287. Suzuki C., Nikkuni S. the primary and subunit structure of a novel killer toxin produced by halotolerant yeast Pichia farinosa // J. Biol. Chem. V. 269. P. 3041 -3046.

288. Sweeney J. Y., Kuehne H. A., Sniegowski P.D. Sympatric natural Saccharomyces cerevisiae and S. paradoxus populations have different thermal growth profiles // FEMS Yeast Research. 2004. V. 4. P. 521 525.

289. Sweeney T.K., Tate A., Fink G.R. A study of the transmission and structure of double-stranded RNAs associated with the killer phenomenon in Saccharomyces cerevisiae II Genetics. 1976. V. 84. P. 27 34.

290. Tamai Y., Momma T., Yoshimoto H., Kaneko Y. Co-existence of two types of chromosome in the bottom fermenting yeast, Saccharomyces pastorianus II Yeast. 1998. V. 14. P. 923-933.

291. Taylor J.S., Raes J. Duplication and divergence: The evolution of new genes and old ideas // Annu. Rev. Genet. 2004. V. 38. P. 615 643.

292. Thiele D.J., Hannig E.M., Leibowitz M.J. Multiple L double-stranded RNA species of Saccharomyces cerevisiae: evidence for separate encapsidation // Mol. Cell. Biol. 1984. V.4. P. 92- 100.

293. Thomas B.C., Pedersen B, Freeling M. Following tetraploidy in an Arabidopsis ancestor, genes were removed preferentially from one homeolog leaving clusters enriched in dose-sensitive genes // Genome Res. 2006. V. 16. P. 934-946.

294. Thomson J.M., Gaucher E.A., Burgan M.F. et al. Ressurecting ancestral alcohol dehydrogenases from yeast // Nat. Genet. 2005. V. 37. P. 630 635.

295. Tipper D.J., Bostian K.A. Double-stranded ribonucleic acid killer systems in yeasts // Microbiol. Rev. 1984. V. 48. P. 125 156.

296. Toh-e A. and Wickner R. B. " Superkiller" mutations suppress chromosomal mutations affecting double-stranded RNA killer plasmid replication in Saccharomyces cerevisiae II Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1980. V. 77. P. 527-530.

297. Tommasino M., Ricci S., Galeotti C.L. Genome organization of the killer plasmid pGKL2 from Kluyveromyces lactis II Nucleic Acids Res. 1988. V. 16. P. 5863 -5878.

298. Torriani S., Zapparoli G., Malacrino P, Suzzi.G, Dellaglio F. Rapid identification and differentiation of Saccharomyces cerevisiae, Saccharomyces bayanus and their hybrids by multiplex PCR // Lett. Appl. Microbiol. 2004. V. 38. P. 239 244.

299. Turakainen H., Aho S., Korhola M. MEL gene polymorphism in the genus Saccharomyces II Appl. Environ. Microbiol. 1993. V. 59. No. 8. P: 2622-2630.

300. Vaughan Martini A. Saccharomyces paradoxus comb, nov., a newly separated species of the Saccharomyces sensu stricto complex based upon nDNA/nDNA homologies // System. Appl. Microbiol. 1989. V. 12. P. 179-182.

301. Vaughan Martini A., Kurtzman C.P. Deoxyribonucleic acid relatedness among species of the genus Saccharomyces sensu stricto // Int. J. Syst. Bacteriol. 1985. V. 35. P. 508-511.

302. Vodkin M., Katterman F., Fink G.R. Yeast killer mutants with altered double-stranded ribonucleic acid // J. Bacteriol. 1974. V. 117. P. 681 687.

303. Wagner A. The fate of duplicated genes: loss or new function // BioEssays. 1998. V. 20. P. 785 788.

304. Walker G.M., McLeod A.H., Hodgson V.J. Interactions between killer yeasts and pathogenic fungi // FEMS Microbiol. Lett. 1995. V. 127. P. 213 222.

305. Wang S.-A., Bai F.-Y. Saccharomyces arboricolus sp. nov., a yeast species from tree bark // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2008. V. 58. P. 510 514.

306. Watanabe T., Murata Y. Oka S., Iwahashi H. A new approach to species determination for yeast strains: DNA microarray-based comparative genomic hybridization using a yeast DNA microarray with 6000 genes // Yeast. 2004. V. 21. P. 351 -365.

307. Weinstein L.A., Leibowitz M.J. 5S RNA and tRNA-like molecules are associated with killer virus dsRNA of yeast // J. gen. Virol. 1986. V.67. P. 191 195.

308. Wesolowski M., Algeri A., Goffrini P., Fukuhara H. Killer DNA plasmids of the yeast Kluyveromyces lactis. I. Mutations affecting the killer phenotype // Curr. Genet. 1982a. V. 5. P. 191 197.

309. Wesolowski M., Dumazert P., Fukuhara H. Killer DNA plasmids of the yeast Kluyveromyces lactis. II. Restriction endonuclease maps // Curr. Genet. 1982b. V. 5. P. 199-203.

310. Wesolowski M., Algeri A., Fukuhara II. Killer DNA plasmids of the yeast Kluyveromyces lactis. III. Plasmid recombination // Curr. Genet. 1982c. V. 5. P. 205 -208.

311. Wesolowski M., Wickner R.B. Two new double-stranded RNA molecules showing non-mendelian inheritance and heat inducibility in Saccharomyces cerevisiae II Mol. Cell. Biol. 1984. V. 4. P. 181-187.

312. Wesolowski-Louvel M., Tanguy-Rougeau C., Fukuhara F. A nuclear gene required for the expression of the linear DNA-associated killer system in the yeast Kluyveromyces lactis II Yeast. 1988. V. 4. P. 71 81.

313. Wickner R. B. "Killer character" of Saccharomyces cerevisiae: curing by growth atelevated temperature // J. Bacteriol. 1974. V. 40. P. 13*56 1357.

314. Wickner, R. B. Twenty-six chromosomal genes needed to maintain the killer double-stranded RNA plasmid of Saccharomyces cerevisiae // Genetics. 1978. V. 88. P. 419-425.

315. Wickner, R. B. Mapping chromosomal genes of Saccharomyces cerevisiae using an improved genetic mapping method // Genetics. 1979. V. 92. P. 803-821.

316. Wickner R.B. The killer double-stranded RNA plasmids of yeast // Plasmid. 1979. V. 2. P. 303-322.

317. Wickner R.B. Plasmids controlling exclusion of the K2 killer double-stranded RNA plasmid of yeast // Cell. 1980. V. 21. P. 217 226.

318. Wickner R.B. Genetic control of replication of the double-stranded RNA segments of the killer systems in Saccharomyces cerevisiae // Archives of Biochemistry and Biophysics. 1983. V. 222. P. 1 11.

319. Wickner R.B. Yeast virology // FASEB J. 1989. V. 3. P. 2257 2265.

320. Wickner R.B. Double-stranded RNA viruses of Saccharomyces cerevisiae // Microbiol. Rev. 1996. V. 60. P. 250 265.

321. Wickner R.B., Bussey H., Fujimura T., Esteban R. Viral RNA and the killer phenomenon of Saccharomyces II In: The Mycota, Genetics and Biothechnology (Kiick Ed.). 1995. P. 211 226. Springer Verlag, Berlin.

322. Wickner R.B., Leibowitz M.J. Chromosomal genes essential for replication of a double-stranded RNA plasmid of Saccharomyces cerevisiae: The killer character of yeast // J. Mol. Biol. 1976. V. 105. P. 427 432.

323. Winge Ó., Laustsen O. On 14 new yeast types, produced by hybridization // C. R. Trav. Lab. Carlsberg Ser. Physiol. 1939. V. 22. P. 337-355.

324. Wolfe K.H., Shields D.C. Molecular evidence for an ancient duplication of the entire yeast genome //Nature. 1997. V. 387. P. 708-713.

325. Winzeler E.A., Castillo-Davis C. I., Oshiro G., Liang D., Richards D.R., Zhou Y.Y., Hartl D.L. Genetic diversity in yeast assessed with whole-genome oligonucleotide arrays // Genetics. 2003. V. 163. P. 79 89.

326. Wolfe K. Evolutionary genomics: yeasts accelerate beyond BLAST // Curr. Biol. 2004. V. 14. P. 392-394.

327. Wong S., Butler G., Wolfe K.II. Gene order evolution and paleopolyploidy in hemiascomycete yeasts II PNAS. 2002. V. 99. №14. P. 9272-9277.

328. Woods D.R., Bevan E.A. Studies on the nature of the killer factor produced by Saccharomyces cerevisiae II J. Gen. Microbiol. 1968. V. 51 P. 115 126.

329. Xie Q., Jiménez A. Cloning and molecular analysis of two different ILV5 genes from a brewing strain of Saccharomyces cerevisiae II Curr. Genet. 1994. V. 26. P. 398-402.

330. Yamada Y., Mikata K., Banno I. Reidentification of 121 strains of genus Saccharomyces II Bull JFCC. 1993. V. 9. P. 95 119 (in Japanese).

331. Yamagishi H., Ogata T. Chromosomal structures of bottom fermenting yeasts // System. Appl. Microbiol. 1999. V. 22. P. 341-353.

332. Yang Y.H., Dudoit S., Luu P., Lin D.M., Peng V., Ngai J., Speed T.P. Normalization for cDNA microarray data: A robust composite method addressing single and multiple slide systematic variation // Nucleic Acid Res. 2002. V. 30. el5.

333. Young T.W., Yagiu M. A comparison of the killer character in different yeasts and its classification // Antonie Van Leeuvenhoek. 1978. V. 44. P. 59 77.

334. Yarrow D. Genus 22. Saccharomyces Meyen ex Reess. // In Kreger-van Rij, N. J. W. (Ed.), The Yeasts, a Taxonomic Study, 3rd edn. Elsevier Science Publishers, Amsterdam, pp. 379-395.

335. Yarrow D., Nakase T. DNA base composition of species of the genus Saccharomyces II Antonie van Leeuwenhoek. 1975. V. 41. P. 81.

Информация о работе

Михайлова, Юлия Владимировна
кандидата биологических наук
Москва, 2009
ВАК 03.00.15

Диссертация

Сравнительная геномика дрожжей Saccharomyces - тема диссертации по биологии, скачайте бесплатно

Автореферат

Похожие работы