Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему
Структурно-функциональный анализ энхансерных и инсуляторных систем регуляции транскрипции
ВАК РФ 03.01.03, Молекулярная биология
Автореферат диссертации по теме "Структурно-функциональный анализ энхансерных и инсуляторных систем регуляции транскрипции"
Федеральное агентство научных организаций (ФАНО России) Федеральное государственное бюджетное учреждение науки
ИНСТИТУТ БИООРГАНИЧЕСКОЙ ХИМИИ
им. академиков М.М. Шемякина и ГО.А. Овчинникова Российской академии наук
На правах рукописи/
Акопов Сергей Борисович
СТРУКТУРНО-ФУНКЦИОНАЛЬНЫЙ АНАЛИЗ ЭНХАНСЕРНЫХ И ИНСУЛЯТОРНЫХ СИСТЕМ РЕГУЛЯЦИИ ТРАНСКРИПЦИИ
03.01.03 - молекулярная биология
Автореферат диссертации на соискание ученой степени доктора биологических наук
2 9 АПР 2015
МОСКВА -2015
005568182
Работа выполнена в лаборатории структуры и функции генов человека Федерального государственного бюджетного учреждения науки Института биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю А. Овчинникова Российской академии наук.
Научный консультант:
академик РАН Свердлов Евгений Давидович
Официальные оппоненты:
чл.-корр. РАН, дб.н., проф. Янковский Николай Казимпровмч, заведующий лабораторией анализа генома Федерального государственного бюджетного учреждения науки Института общей генетики Российской академии наук
чл.-корр. РАН, д.х.н., проф. Кочетков Сергей Николаевич, заведующий лабораторией молекулярных основ действия физиологически активных соединений Федерального государственного бюджетного учреждения науки Института молекулярной биологии Российской академии наук
чл.-корр. РАН, д.б.н., проф. Рысков Алексей Петрович, заведующий лабораторией организации генохга Федерального государственного бюджетного учреждения науки Инслггута биологии гена Российской академии наук
Ведущая организация:
Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт химической биологии и фундаментальной медицины Сибирского отделения Российской академии наук
Защита диссертации состоится 20 мая 2015 г. в 10.00 часов на заседании диссертационного совета Д 002.019.01 при Федеральном государственном бюджетном учреждении науки Институте биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова Российской академии наук по адресу: 117997, Москва, ул. Миклухо-Маклая, 16/10.
С диссертацией можно ознакомиться в библиотеке Федерального государственного бюджетного учреждения науки Института биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова Российской академии наук и на сайге Института www.ibch.ru.
Автореферат разослан ___2015 г.
Ученый секретарь диссертационного совета, доктор физ.-мат. наук
В.А. Олейников
ХАРАКТЕРИСТИКА РАБОТЫ
Актуяльность проблемы. Геном человека содержит множество функционально значимых элементов, таких как промоторы, энхансеры, сайленсеры, инсуляторы, сайты связывания гормонов и транскрипционных факторов. Однако определение одной только нуклеотидной последовательности генома человека не дает исчерпывающей информации о расположении генов, их функциональном назначении и регуляции их экспрессии. Недавние исследования генома человека позволили идентифицировать большое число транскриптов и потенциальных регуляторных элементов, при этом регуляторных элементов в геноме существенно больше, чем генов, которые они контролируют. Кроме того регуляторные элементы нередко располагаются на больших расстояниях от генов, которые они регулируют. Регуляторные элементы часто подвергаются более быстрым эволюционным превращениям, поэтому их предсказание и поиск невозможен с использованием одних только методов биоинформатики, поскольку в первичной структуре ДНК большинства из них не выявлено высокой степени идентичности с уже известными регуляторами. Одно из актуальных направлений современной функциональной геномики - создание экспериментальных методов идентификации регулятоных элементов, а также разработка подходов к их функциональному анализу. В геномах млекопитающих существует примерно 20-25 тысяч кодирующих белки генов, что составляет один процент геномной ДНК (Lander et al., 2001), но транскрибируется гораздо большая часть генома (Carninci, 2006; Rosenbloom et al., 2009; Djebali et al., 2012). По теоретическим прогнозам в геномах эукариот функционируют сотни тысяч ¡/wc-регуляторных элементов. Консорциумом ENCODE в геноме человека идентифицированы ~400000 потенциальных энхансеров, и, возможно, это число может увеличиться до миллиона (Bernstein et al., 2012). Таким образом, значительная часть нашего генома, 25% и более, занята регуляторной информацией, что позволяет предположить, что типичный человеческий ген может регулироваться десятками энхансеров. Недавно появившиеся работы позволяют, таким образом, количественно охарактеризовать наиболее значимые регуляторные элементы генома человека (de Laat et al., 2013).
В среднем регуляторный «арсенал» в геномах млекопитающих содержит: около 20000 генов;
около 10б энхансеров (потенциальных регуляторных последовательностей); 545 "генных пустынь";
до четырех энхансеров связываются с активным геном в клетке одного типа; средний размер петли, образующейся при взаимодействии энхансера и промотора составляет 120т.п.о.;
самое большое расстояние энхансер-промоторного взаимодействия (SOX9, синдром Робена) составляет 1300 т.п.о.
Более простые существа, по-видимому, обладают меньшим числом энхансеров; например, Drosophila содержит 50,000-100,000 энхансеров (Arnold et al., 2013; Levine et al., 2014). Но и здесь количество регуляторных последовательностей значительно превосходит количество генов. Подчеркнем, что подобные оценки весьма приблизительны, так как в основном базируются на результатах полногеномного анализа, недостаточно проверенных при помощи прямых функциональных тестов.
Регуляторные области с похожим регуляторным потенциалом часто имеют лишь незначительное структурное сходство при сравнении как внутри одного генома так и между разными геномами. Это связано, по-видимому, с тем, что транскрипционный аппарат медленнее меняется в эволюции, чем те i/uc-регуляторные последовательности, которые он «обрабатывает» для осуществления регулируемой транскрипции. Проблема с пониманием механизмов, лежащих в основе эволюции i/мс-регуляторных элементов, в частности, консервации функций без консервации последовательности, это часть общей проблемы понимания функций регуляторных систем.
В свете приведенных выше данных очевидна необходимость дальнейшего изучения обнаруженных, а также поиска новых последовательностей, выполняющих регуляторные функции, таких, как промоторы, энхансеры, инсуляторы, или участвующих в структурной организации ядра, таких как фрагменты, связывающиеся с ядерным матриксом (S/MAR-элементы).
Геном человека, также как и других многоклеточных, содержит громадное количество остатков ретроэлементов, многие из которых в эволюции приобрели важные для генома регуляторные функции. В частности, в геноме человека обнаруживают более полутора тысяч одиночных длинных концевых повторов (Long Terminal Repeat - LTR) эндогенных ретровирусов, которые представляют собой последовательности, содержащие несколько взаимодействующих регуляторных элементов - ТАТА-бокс, участки связывания ядерных факторов и сигнал полиаденилирования. Описано влияние LTR на регуляцию экспрессии близлежащих генов, ее уровень и тканеспецифичность. Внедрение LTR возле или внутри гена может вызывать альтернативный сплайсинг, терминацию транскрипции. LTR выявлены вблизи генов, кодирующих регуляторные белки, и могут изменять уровень их экспрессии, и, т.о., косвенно влиять на процессы развития различных патологий, включая злокачественную трансформацию клеток или аутоиммунные заболевания, а также могут являться факторами эволюции, придавая геному хозяина дополнительную изменчивость. По этой причине изучение
эндогенных ретровирусов с их LTR позволило получить ряд важных новых данных о механизмах регуляции на уровне полного генома человека.
Методы масштабного поиска регуляторных элементов, которые используют в настоящее время, можно разделить на две группы: структурные и функциональные. Во многих из этих подходов используется один и тот же ключевой этап - получение высокообогащенных клонотек фрагментов ДНК, содержащих соответствующие регуляторные элементы. Структурные методы, например иммунопреципитация хроматина, основаны на структурных взаимодействиях ДНК с регуляторными белками или субклеточными структурами, а также на структурных особенностях и модификациях ДНК и хроматина (метилирование ДНК, метилирование и ацетилирование гистонов). Применение этих методов ограничено нашими знаниями о транскрипционных факторах и их сайтах связывания с ДНК. Поэтому, определенное преимущество получают функциональные подходы, использующие «репортерные гены», т.е. методы, основанные на анализе функциональной активности последовательностей ДНК. Эти методы позволяют идентифицировать фрагменты генома, обладающие специфической активностью.
Международный консорциум ENCODE (the ENCyclopedia Of DNA Elements, http://www.genome.gov/10005107) (ENCODE consortium 2004) разработал проект, предполагающий картирование всех ццс-регуляторных элементов генома. На первом этапе проекта предполагалось идентифицировать и картировать эти элементы в сравнительно короткой (~1%) области генома человека. Впоследствии были разработаны и применены полногеномные методы (Rosenbloom et al., 2009; Djebali et al., 2012). В настоящее время благодаря усовершенствованным технологиям накоплены огромные массивы данных, которые нуждаются в более детальной проверке в функциональных тестах. К сожалению, картирование огромного числа функциональных элементов, выполненное с применением методов, основанных на секвенировании нового поколения, сопряжено с большим количеством ошибок. Так, например, применение ДНК микрочипов, в принципе, позволяет проводить полногеномный анализ экспрессии генов и расположения регуляторных элементов, но при этом сопровождается низкой воспроизводимостью результатов и другими недостатками (Shields, 2006).
Картирование такого большого количества функциональных последовательностей на уровне целого генома с учетом всевозможных типов клеток многоклеточных организмов связано с рядом технических трудностей. Полногеномные методы исследования, на наш взгляд, следует сочетать с исчерпывающим функциональным анализом отдельных протяженных сегментов генома с последующей интеграцией полученных данных в полногеномную карту регуляторных элементов.
В представленной работе, будут описаны подходы, основанные на использовании именно таких методов экспериментального поиска и картирования регуляторных элементов в протяженных полигенных участках генома на основе их функциональной активности. В качестве объекта исследования использовали хромосому 19 человека и глобиновый локус кур.
Целя и задачи исследования. Целью настоящей работы являлось развитие подходов к выявлению, функциональному картированию и функциональной характеризации цис-регуляторных элементов внутри протяженных областей геномов и их применение для идентификации таких элементов в геномах человека и кур. В ходе работы были поставлены и решены следующие задачи:
1. Разработать метод, позволяющий проводить поиск энхансеров в протяженных участках ДНК; с его помощью выявить и картировать в локусе РХУО5-С0Х7Л1 хромосомы 19 человека последовательности, проявляющие свойства энхансеров; провести анализ обнаруженных фрагментов методом сдвига электрофоретической подвижности в полиакриламидном геле (ЕМБА), а также определить активность обнаруженных фрагментов с помощью системы двойной люциферазной детекции;
2. С помощью разработанного нами ранее метода выявить инсуляторы и построить карту их распределения в локусе хромосомы 19 человека между генами РХУй5 и СОХ7А1;
3. Функционально охарактеризовать потенциально инсуляторные СТСР-связывающие последовательности, расположенные в локусе РХУй5-СОХ7А1 хромосомы 19 человека, в частности определить их энхансер-блокирующую активность;
4. С помощью разработанного нами ранее метода 2-мерного сдвига электрофоретической подвижности в полиакриламидном геле (ЕМБА) выявить сайты связывания транскрипционного фактора СТСИ и построить карту их распределения в глобиновом локусе кур.
5. Функционально охарактеризовать регуляторный потенциал одиночных длинных концевых повторов (ЬТЯ) эндогенных ретровирусов человека, включая тканеспецифичность их промоторных, энхансерных и негативных регуляторных элементов.
6. Выявить регуляторные участки связывания последовательности ЬТЯ эндогенных ретровирусов человека семейства К с белковыми факторами; идентифицировать их и функционально охарактеризовать, а также выделить и охарактеризовать белки, связывающиеся с этими участками.
Научная новизна. Теоретическая н практическая значимость работы. В настоящей работе применены новые подходы к функциональному картированию протяженных областей генома, в частности, включающие в себя построение подробных карт i/ыс-регуляторных элементов. Для этого был разработан ряд оригинальных функциональных тестов, позволяющих экспериментально идентифицировать i/ис-регуляторные элементы и определить их положение относительно генов. В работе применен разработанный нами метод функционального картирования энхансер-подобных элементов в протяженных участках генома, основанный на отборе геномных фрагментов по их способности усиливать транскрипцию репортерного гена. С помощью предложенного подхода впервые идентифицированы в клетках линии HeLa 15 потенциальных энхансеров в локусе FXYD5-COX7A1 хромосомы 19 человека; построена карта распределения обнаруженных в работе потенциальных энхансеров. С помощью системы позитивно-негативной селекции был проведен анализ энхансер-блокирующей активности десяти CTCF-связывающих последовательностей, картированных ранее в локусе FXYD5-COX7AI хромосомы 19 человека. Использование метода 2-мерного сдвига электрофоретической подвижности в полиакриламидном геле, который является оригинальной модификацией известного метода торможения в геле ДНК-белковых комплексов (EMS А), позволило выявить новые сайты связывания транскрипционного фактора CTCF и построить карту их распределения в глобиновом локусе кур. С помощью разработанного нами ранее метода поиска инсуляторов, основанного на защите транскрипции репортерного гена от влияния энхансера (Akopov et al. 2006) выявлены и картированы 10 новых последовательностей в локусе FXYD5-COX7A1 хромосомы 19 человека. Был проведен подробный анализ библиотеки потенциальных инсуляторов, позволивший выявить большую часть последовательностей, проявляющих свойства инсуляторов, в протяженном участке генома. Предложенный нами метод идентификации последовательностей, обладающих инсуляторной активностью, может с успехом использоваться при создании функциональных карт геномов, поскольку в настоящее время не существует иных путей обнаружения инсуляторов, кроме прямого анализа специфической активности.
Изучение свойств LTR представляется важной задачей, поскольку большая часть LTR не утратила регуляторный потенциал в процессе эволюции и участвует в регуляции экспрессии клеточных генов. Нами было проведено исследование промоторной, энхансерной и сайленсерной активностей одиночного LTR семейства HERV-K(HML-2), в котором показана зависимость транскрипционной активности LTR от типа клеток. Выявлена способность специфически связываться с клеточными белковыми факторами центральной и 3'-концевой области LTR HERV-K, в частности области негативного регуляторного элемента. Показано, что
в клетках, где LTR HERV-K обладает энханеерной активностью, с центральной областью LTR связывается дополнительный клеточный фактор. Была проанализирована тканеспецифичность белковых факторов, связывающихся с определённым участком длинного концевого повтора человеческого эндогенного ретровируса семейства К. Был разработан метод аффинной элюции специфических ДНК-связывающих белков с гепарин-агарозной колонки, и с его помощью выделены белки, связывающиеся с 5'-концом области U3 LTR HERV-K. Один из белков был идентифицирован и охарактеризован методами масс-спекгрометрии и иммунохимии. Использованные в настоящей работе методы открывают возможность создания исчерпывающих функциональных карт протяженных локусов и полных геномов.
Апробация результатов работы. Основные результаты работы были представлены на научных конференциях и симпозиумах, в том числе: 2-м рабочем совещании «Retrotransposons and genome evolution» (Сочи, 2003), XV Всероссийском симпозиуме «Структура и функции клеточного ядра» (Санкт-Петербург, 2005), IV съезде Российского общества биохимиков и молекулярных биологов (Новосибирск, 2008), симпозиуме 29* meeting on Retroviruses (Cold Spring Harbor, 2004), чтениях, посвященных памяти академика Ю.А. Овчинникова, конгрессах HUPO Human Proteome Organization (Монреаль, 2003г.), FEBS Federation-of-European-Biochemical-Societies (Будапешт 2005), HUGO Human Genome Meeting (Хельсинки, 2006 г.), 3rd ESF Functional Genomics Conference "Functional genomics and Disease" (Инсбрук, 2008), конференциях «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика» (Новосибирск, 2011), «Molecular biology: advances and perspectives» (Киев, 2011).
Структура и объем диссертации. Диссертационная работа состоит из введения, обзора литературы, описания материалов и методов исследования, изложения результатов работы и их обсуждения, выводов и списка литературы. Работа изложена на 203 страницах, содержит 50 рисунков и 13 таблиц. Список литературы включает 448 источников.
Публикации
Диссертация обобщает данные 25 основных статей.
РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ 1. Стратегия идентификации энхансер-подобиых элементов в протяженных областях сложных геномов.
Энхансеры - регуляторные элементы генома, способные усиливать транскрипцию генов, находясь на значительных расстояниях от них. Основываясь на способности большинства энхансеров активировать гетерологичные промоторы, нами предложена стратегия для выявления энхансер-подобных элементов в протяженных участках генома по способности этих элементов активировать минимальный промотор, контролирующий селективный ген. Общая схема стратегии показана на рис. 1.
Минимальный промотор
Смесь фрйтмект&в. содержащих и н« содержащих анхаисер
I
(МОЧЗДЮС
1 .Встроить смесь фрагментов в сайт
2.Трэнсфициро»атъ «латки полученной смесью реяомбкнантных аектороа
3,Высеять на селективную среду 4 Отобрать выжившие клетки
3,Выжившие клетки содержат ш качестве вставки эихансир. активирующий геи ¿.Выделить клетки и охарактеризовать структурно и функционально
Рис. 1. Стратегия выявления энхансер-подобных элементов в протяженных участках генома.
Эту общую стратегию, разработанную совместно с Л.Г. Николаевым и И.П. Черновым, для практического использования следовало детализировать. Для селекции использовали ретровирусные векторы, преимущественно встраивающиеся в активно транскрибирующиеся участки генома, в результате чего формируются стабильные клеточные линии, обладающие высоким уровнем экспрессии исследуемых генов и не содержащие внутренних перестроек.
Важным элементом стратегии является использование самоинактивирующегося ретровирусного вектора. Принцип его действия заключается в том, что после первого раунда репликации происходит удаление регуляторных элементов вектора, необходимых для осуществления следующего раунда репликации. Таким образом предотвращается влияние этих регуляторных элементов (промотор, энхансер) на репортерный ген.
2. Экспериментальная идентификация и картирование энхансер-подобных элементов в локусе FA'?'D5-СОХ7А1 хромосомы 19 человека
Отбор потенциальных энхансеров проводили из фрагментов библиотеки локуса FXYD5-COX7A1 хромосомы 19 человека.
2.1. Создание векторных конструкций для селекции энхансер-подобных элементов Для создания конструкций, предназначенных для поиска энхансеров, мы использовали коммерческий экспрессионный самоинактивирующийся ретровирусный вектор pQCXIX (Clontech, США) и сконструированную Е.В. Снежковым плазмиду pCMV-SGTN, содержащую ген составного белка GTN, под контролем минимального промотора и энхансера цитомегаловируса (CMV). Ген GTN собран из фрагментов, кодирующих тимидинкиназу вируса простого герпеса (HSV-tk), неомицинфосфотрансферазу II (NPTII), придающую клеткам устойчивость к генетицину (G-418), и ген зеленого флуоресцентного белка EGFP.
Из вектора pQCXIX обработкой эндонуклеазами рестрикции £coRV и Xbal были удалены промотор и энхансер цитомегаловируса, внутренний сайт посадки рибосомы (IRES) и полилинкер. Одновременно плазмиду pCMV-SGTN обработали эндонуклеазой Notl, выступающие рестриктные концы достроили фрагментом Кленова ДНК-полимеразы I Е. coli, и провели гидролиз эндонуклеазой /isuNHI. Часть плазмиды, содержащая минимальный промотор цитомегаловируса и ген GTN, была лигирована с фрагментом pQCXIX EcoKV-Xbal. В полученную кассету по сайту Clal был лигирован синтетический полилинкер (CGATCTAGACTCGAGAATTC), содержащий сайты рестрикции эндонуклеаз Clal, Xbal, Xhol и £coRI. Полученную ретровирусную конструкцию назвали pQCXIX-ENH. Схема вектора pQCXIX-ENH представлена на рис. 2. Для предотвращения интерференции ретровирусных промоторов ген NPTII транскрибируется в направлении, противоположном тому, в котором транскрибируются ретровирусные гены. Структуру полученного вектора проверили секвенированием.
2.2. Клонирование и селекция энхансер-подобных элементов
В полученную конструкцию клонировали фрагменты библиотеки локуса FXYD5-COX7A1. Кроме того, были приготовлены две контрольные плазмиды. Положительный контроль pQCXIX-Enh(+) содержал кассету GTN под контролем энхансера и промотора цитомегаловируса (CMV).
Для этого плазмиду pCMV-SGTN гидролизовали Clal и ^suNHI и выступающие концы достраивали фрагментом Кленова. Фрагмент, содержащий ген GTN, минимальный промотор и энхансер цитомегаловируса, лигировали с фрагментом pQCXIX EcoRV-Xba\. Конструкция содержала в регуляторной области перед геном GTN минимальный промотор и энхансер цитомегаловируса. Отрицательный контроль pQCXIX-Enh(-)coдepжaл кассету GTN без промотора и энхансера. Для этого плазмиду pCMV-SGTN обрабатывали ВатШ и ,4.s!/NHI и
выступающие концы достраивали фрагментом Кленова. Фрагмент, содержащий только ген GTN, лигировали с фрагментом pQCXIX EcoKV-Xbal.
Рис. 2. Схема самоинактивирующегося ретровирусного вектора pQCXIX-ENH, предназначенного для поиска энхансеров в длинных геномных последовательностях. Вектор содержит 5'- и 3'- длинные концевые повторы (LTR) и сигнал упаковки (\|Л). Лигирование в вектор фрагментов библиотеки осуществлялось по сайту рестрикции Xhol. HSV-tk-ген тимидинкиназы вируса простого герпеса; ЛУШ- ген
неомицинфосфотрансферазы II, придающий клеткам устойчивость к генетицину (G-418); EGFP - ген зеленого флуоресцентного белка.
Для выявления фрагментов, обладающих энхансерными свойствами, использовали геномную библиотеку, содержащую фрагменты локуса FXYD5-COX7A1 хромосомы 19 человека, приготовленную, как описано выше. Далее продукты ПЦР обрабатывали эндонуклеазой рестрикции Sali и лигировали с линеаризованным по сайту Xhol вектором pQCXIX-Enh. В результате лигирования фрагментов библиотеки в вектор был получен пул плазмид pQCXIX-Enh(L).
Лигирование комплементарных выступающих концов, образованных в результате обработки ферментами Sail и Xhol, приводит к потере этих сайтов. В то же время, при лигировании может происходить замыкание вектора самого на себя без включения вставки, что приведет к восстановлению сайта Xhol. Поэтому перед трансформацией плазмидами клеток Е. coli (штамм DH-5a) лигазную смесь обрабатывали эндонуклеазой Xhöl. В результате трансформации клеток Е. coli было получено около 16 тыс. колоний.
Для оценки эффективности лигирования проводили ПЦР-скрининг колоний с использованием праймеров 1L и 1R, последовательности которых фланкируют сайтЛ7го1 в векторе pQCXIX-Enh (рис. ЗА). 83% (10 из 12) анализированных клонов содержали вставки различной длины (рис. ЗБ). Следовательно, из 16 тысяч выросших клонов свыше 13 тысяч содержат фрагменты библиотеки. Такого количества клонов вполне достаточно для представления всех уникальных последовательностей библиотеки в пуле плазмид pQCXIX-Enh(L), так как расчетное количество уникальных последовательностей в библиотеке локуса длиной 1 млн. п.о. при средней длине фрагментов 500 п.о. равно 4х103 (длина локуса /средняя длина фрагментов библиотеки) х 2 (поскольку использовали две рестриктазы для приготовления библиотеки). Таким образом, рассчетное количество выросших клонов,
минимальный промотор CMV
содержащих вставку (-1,3x104), более чем в четыре раза превышает число уникальных последовательностей, что указывает на высокую репрезентативность библиотеки.
Из выросших клонов выделяли плазмидную ДНК, представляющую собой ретровирусные конструкции pQCXIX-Enh(L), содержащие фрагменты библиотеки локуса FXYD5-СОХ7А1 хромосомы 19 человека.
Рис. 3. ПЦР-скрининг клонов, трансформированных pQCXIX-ENH(L), на наличие вставки. А) Схема плазмиды pQCXIX-ENH в линеаризованном виде. Плазмида содержит уникальный сайт узнавания эндонуклеазы рестрикции Xho\, по которому была лигирована библиотека локуса FXYD5-COX7A1 хромосомы 19 человека. ILh 1R - плазмидные праймеры, фланкирующие сайт Xhol. Б) Электрофореграмма продуктов ПЦР-амплификации клонов, трансформированных pQCXIX-ENH(L). ПЦР проводили с использованием праймеров 1L и 1R. М - маркер, (-) - ПЦР-амплификация вектора pQCXIX-ENH (контрольный вектор без вставки). Цифры указывают номер клона. Клоны 11 и 12 не содержат вставки.
Далее проводили отбор последовательностей ДНК, обладающих энхансерной активностью. Схема предложенного нами метода селекции энхансер-подобных элементов представлена на рис. 4. Клетки пакующей линии Phoenix-AMPHO (Kinsella and Nolan, 1996) трансфицировали пулом плазмид pQCXIX-Enh(L), а также контрольными конструкциями. Линия клеток Phoenix-AMPHO представляет собой популяцию клеток 293-Т, способных экспрессировать вирусные белки, необходимые для образования амфотропных вирусных частиц. После попадания ретровирусных конструктов в клетки они способны продуцировать два типа транскриптов, один из которых представляет собой мРНК гена GTN, второй, более протяженный, синтезируется в противоположном направлении и находится под контролем промотора, расположенного в 5'-длинном концевом повторе (5'LTR). Этот транскрипт содержит такие ретровирусные элементы, как фрагменты длинных концевых повторов и сигнал упаковки \)/+, благодаря которому он упаковывается в вирусные частицы, а после проникновения в клетку и процесса обратной транскрипции его кДНК-копия интегрирует в геном хозяйской клетки.
Всего было получено четыре популяции вирусных частиц рОСХПХ-ЕпЬ, р(2СХ1Х-ЕпИ(Ь), р(2СХ1Х-ЕпЬ(+) и pQCXIX-Enh(-). Дяя определения концентрации частиц, способных инфицировать клетки использовали, экспресс-метод Вуип е? а/. (Вуип е1 а1., 1996). Метод позволяет определить нижний предел значений титра вируса путем инфицирования клеток МНЗТЗ с их последующей селекцией на среде, содержащей генетицин 0418. Высокий титр вирусных частиц р<ЗСХ1Х-Еп11(1Д содержащих фрагменты библиотеки, важен для сохранения репрезентативности библиотеки. В наших экспериментах для конструкций р(2СХ1Х-Еп11(Ь) титр составил не менее 5x103 частиц/мл. Фактически титр был значительно выше, так как не все вирусные частицы популяции рСЗСХГХ-ЕпЦЬ) способны обеспечить зараженные клетки необходимым уровнем неомицинфосфотрансферазы II (ОТО) из-за отсутсвия энхансерной активности у части фрагментов библиотеки.
фрагменты библиотеки локуса ГХУ05-СОХ7А! хромосомы ] 9 человека
^'-иги Ч* и. « 1К "*] л З'-ЬТИ
нанш-^—г———(фнЙИШ- содержащих перекрывающиеся
последовательности области хромосомы 19 человека длиной 1 млн. п.о., были клонированы в вектор ррСХ1Х-ЕпЬ(+) по сайту ХЬо1. Полученным набором конструктов (р<ЗСХ1Х-Еп11(Ъ) трансфицировали клетки пакующей линии РЬоетх-АМРНО для получения вирусных частиц. Вирусными частицами инфицировали клетки НеЬа и проводили селекцию в среде с генетицином. Из выживших селектированных клеток выделяли геномную ДНК с фрагментами библиотеки, обладающими энхансерной активностью. Выделенные фрагменты секвенировали и определяли их местоположение в геноме человека.
Полученными вирусными частицами транедуцировали клетки линии НеЬа. Инфицированные клетки культивировали в среде с добавлением 800 мкг/мл 0418 в течение двух недель. Концентрацию селективного агента определяли методом титрования. Использование 0418 в концентрации 800 мкг/мл вызывает полную гибель интактных клеток НеЬа примерно за 10-12 дней. Эту концентрацию антибиотика использовали в дальнейшем.
При инфицировании вирусными частицами происходит интеграция кДНК-копии вирусной мРНК в геном хозяйской клетки. В случае, если интегрированный провирус содержал фрагмент библиотеки, проявляющий энхансерную активность, он увеличивал активность гена
Рис. 4. Основные этапы селекции последовательностей, обладающих энхансерной активностью. Фрагменты библиотеки локуса РХУ05-С0Х7А1, полученной путем расщепления 30 космид,
Получение вирусных частиц 1
Инфекция клеток НеЬа 1
Селекция клеток в среде с генетицином
I
Выделение фрагментов библиотеки, сскееннро ванне, картирование энхансеров
селективного маркера (NPTII в составе белка GTN), и клетки, содержащие такую конструкцию, выживали в среде с генетицином. После раунда селекции из клеток выделяли геномную ДНК и анализировали при помощи двустадийной ПЦР (nested-PCR) с использованием а) плазмидных праймеров (1L и 1R) и б) с помощью библиотечного праймера 27R (рис.5А, раунд 1).
Интеграция ретровирусной ДНК происходит преимущественно в активно транскрибирующиеся области генома (Scherdin et al., 1990), поэтому гены, находящиеся в составе ретровирусной кассеты, после интеграции в геном могут оказаться под влиянием эндогенных ^ыс-регуляторных элементов. При воздействии эндогенного энхансера будут отобраны фрагменты библиотеки, не обладающие энхансерной активностью (ложно-позитивные). Подобный результат может быть получен и в случае множественной интеграции, когда в геном одной клетки встраивается несколько конструкций, среди которых хотя бы одна попадает под воздействие энхансера.
Для уменьшения числа ложнопозитивных последовательностей проводили второй раунд селекции. После первого раунда фрагменты библиотеки, амплифицированные с геномной ДНК популяции pQCXIX-Enh(L) (рис. 5А, раунд 1), лигировали в вектор pQCXIX-Enh, которым трансформировали клетки E.coli. Количество выросших на этом этапе колоний составило примерно 10 тысяч. Из них выделяли плазмидную ДНК, представляющую набор ретровирусных конструкций с фрагментами библиотеки, прошедшими отбор в первом раунде. Полученным набором ретровирусных конструкций, а также контрольными конструкциями, трансфицировали клетки Phoenix-AMPHO для получения вирусных частиц, которыми затем
инфицировали клетки HeLa.
Рис. 5. Отбор потенциальных энхансеров из фрагментов библиотеки локуса FXYD5-COX7A1, расположенного на хромосоме 19 человека. А) четыре популяции инфицированных клеток HeLa после второго раунда селекции. Окраска Coomassie Blue (объяснение в тексте). Б) электрофорез в агарозном геле продуктов двустадийной ПЦР-амплификации фрагментов исходной библиотки (дор. 2), после первого (дор. 3) и второго (дор. 4) раундов селекции. Первую стадию амплификации проводили с использованием внешних праймеров 1L и 1R. На второй стадии использовали библиотечный праймер LP, фланкирующий фрагменты библиотеки.
После инфицирования клеток HeLa каждую популяцию при пассировании высевали на два флакона и проводили селекцию в среде с генетицином на протяжении примерно двух недель. После селекции по одному из двух флаконов с популяциями клеток, инфицированных контрольными и ретровирусными конструкциями, содержащими фрагменты библиотеки, использовали для подсчета селектированных колоний. Для этого клетки во флаконах фиксировали при помощи метанола и уксусной кислоты и окрашивали Coomassie Blue (рис. 5). Клетки из оставшихся флаконов собирали и выделяли геномную ДНК для дальнейшего анализа. Из рис.5 видно, что наибольшее количество выживших после селекции и образующих колонии клеток содержит популяция, инфицированная позитивным контролем pQCXIX-Enh(+), содержащим энхансер и промотор цитомегаловируса в регуляторной области гена GTN. Популяция клеток, инфицированная конструктом pQCXIX-Enh(-), содержащим только минимальный промотор (негативный контроль), содержит гораздо меньше выживших клеток. Флакон с клетками, в которых проходил отбор фрагментов библиотеки pQCXIX-Enh(L), содержит также меньше клеток по сравнению с позитивным контролем, но больше чем в популяции, инфицированной конструкцией с негативным контролем pQCXIX-Enh(-), что свидетельствует о присутствии среди фрагментов библиотеки последовательностей, обладающих энхансерной активностью. Среди клеток, инфицированных конструкцией pQCXIX-Enh(-), выживают единичные клетки, несмотря на то, что сама конструкция pQCXIX-Enh(-) содержит ген GTN6es энхансера и промотора. Вероятно, интеграция в этих клетках происходила вблизи активного промотора. Подобные события весьма редки, что и демонстрирует малое количество выросших колоний.
Геномную ДНК, выделенную из клеток после второго раунда селекции, анализировали при помощи двустадийной ПЦР (рис. 5Б, раунд 2). Как видно из рисунка, на дорожке 4 (раунд 2) выявляется меньше фрагментов ДНК, чем в исходной библиотеке (дор. 2) и в библиотеке после первого раунда (дор. 3), что свидетельствует об отборе последовательностей, обладающих энхансерной активностью.
2.3. Анализ отобранных потенциальных энхансерных фрагментов
Фрагменты библиотеки, амплифицированные после второго раунда селекции, лигировали в плазмидный вектор pGEM-T Easy (Promega) и трансформировали ими клетки E.coli. Полученные клоны ранжировали в 96-луночные планшеты. Полученную клонотеку потенциальных энхансеров использовали для дальнейшего анализа.
Среди выделенных фрагментов, невзирая на два раунда селекции, часть могла быть представлена последовательностями, не являющимися энхансерами. Для отсечения этих
последовательностей, доля которых среди отобранных фрагментов незначительна, проводили анализ ранжированных клонов с помощью блот-гибридизации по Саузерну. С этой целью проводили ПЦР-амплификацию ДНК индивидуальных клонов. Для уменьшения эффекта ПЦР селекции фрагментов использовали минимальное количество циклов. Продукты ПЦР разделяли в 1% агарозном геле (рис. 6А, сверху), переносили на нейлоновую мембрану и проводили гибридизацию с меченой [а-32Р]с)АТР порцией тотальной ДНК, содержащей фрагменты библиотеки, амплифицированные после двух раундов селекции (рис. 6А, снизу). После гибридизации отбирали клоны с наиболее сильным гибридизационным сигналом. Такие клоны содержали последовательности библиотеки, высоко представленные во фракции ДНК, полученной после двух раундов селекции. Клоны со слабым гибридизационным сигналом исключали из дальнейшего анализа.
Из отобранных клонов выделяли плазмиды со вставками и секвенировали. Среди 50 секвенированных клонов было обнаружено 15 последовательностей, 6 из которых встречались при анализе полученных данных по одному разу, 2 последовательности - по два раза, 4 - три раза, 2 - по четыре раза и одна последовательность двенадцать раз. На рис. 6Б приведен график зависимости числа обнаруженных уникальных последовательностей от общего числа секвенированных клонов. Кривая на графике выходит на плато, и показывает, что идентификация новых энхансеров при дальнейшем секвенировании библиотеки маловероятна.
А
злеетрофорез
гибридизация
I ©„
е-
3
н
п
Общее число сскиенировамиых клонов
Рис. 6. Анализ клонов библиотеки потенциальных энхансеров. А) Гибридизация индивидуальных клонов с тотальной библиотекой, полученной после двух раундов селекции (показана часть проанализированных клонов). Верхняя панель - электрофорез в 1 % агарозном геле продуктов ПЦР-амплификации фрагментов библиотеки, выделенных из индивидуальных клонов. Нижняя панель - результат гибридизации амплифицированных фрагментов с тотальной библиотекой, полученной после двух раундов селекции. Клоны, давшие слабый гибридизационный сигнал (отмечены стрелками), были исключены из дальнейшего
анализа. Б) Размер полученной библиотеки потенциальных энхансеров. Показана зависимость числа идентифицированных уникальных последовательностей от общего числа секвенированных клонов.
2.4. Способность отобранных фрагментов связываться с клеточными белками Далее была определена функциональная активность полученных фрагментов. Отличительной особенностью функциональных элементов, в том числе энхансеров, является их способность формировать ДНК-белковые комплексы. Большинство моделей функционирования энхансеров предполагает образование комплекса с белками, взаимодействие с промоторным комплексом, и выпетливание ДНК между ними. Мы проверили способность нескольких выявленных энхансер-подобных элементов взаимодействовать с ядерными белками при помощи метода сдвига электрофоретической подвижности (ЕМЭА), позволяющего выявлять ДНК-белковые взаимодействия. ЕМ5А-анализ проводили с использованием ядерного экстракта из клеток НеЬа, поскольку отбор энхансеров проводили с использованием этой клеточной линии.
Для анализа выбрали фрагменты 7, 8, 10, 11 и 12. Энхансер цитомегаловируса использовали в качестве положительного контроля. ДНК радиоактивно метили при помощи [а-32Р]с1АТР и инкубировали с ядерным экстрактом. Для доказательства специфичности ДНК-белковых взаимодействий в реакционную смесь с мечеными фрагментами ДНК добавляли в качестве конкурирующих те же немеченые фрагменты в трех- и шестикратном избытке (рис.7). В случае специфичного взаимодействия немеченые фрагменты конкурируют с мечеными за связывание с белками, что приводит к ослаблению интенсивности зон торможения ДНК-белковых комплексов. Все проанализированные последовательности с высокой специфичностью образовывали комплексы с белками ядерного экстракта НеЬа. Использование неспецифического конкурента (фрагмент промоторной области гена с-тус человека), взаимодействующего с ядерным белком СТСБ [РШрроуа, 1996], не оказывало влияния на способность анализируемых фрагментов образовывать комплексы ДНК-белок (данные не
Рис. 7. Проверка связывания обнаруженных потенциальных энхансеров с белками ядерного экстракта (ЯЭ) из клеток линии НеЬа методом сдвига электрофоретической подвижности (ЕМБА).
Из рис. 7 видно, что все исследованные фрагменты образуют
15
представлены).
фрагмент Ие1_а ЯЭ конкурент 7 ! • - хЗхб 8 - ■ хЗхб 10 ♦ ♦ + - - хЗхб 11 • ■ хЗ хб 12 | • - *з хс ! СМУ жх - хЗхб
Зоны •торможения ДШ-С-белковых. комплексов 1 Ш И . : ц шшшшш
одну или несколько выраженных зон торможения, что указывает на способность этих фрагментов взаимодействовать с белковыми компонентами ядерных экстрактов. ДНК-белковые комплексы некоторых фрагментов отличаются по электрофоретической подвижности. Вероятно, эти фрагменты образуют комплексы разного состава и/или с белками разного размера.
2.5. Способность отобранных фрагментов активировать минимальный промотор с репортерным геном
Энхансерную активность 15 выявленных последовательностей измеряли с использованием двойной люциферазной системы (Promega). Полученными конструкциями проводили транзиентную трансфекцию клеток HeLa с использованием реагента Lipofectamine 2000. В качестве контролей использовали pGL3pv без вставки и pGL3 control vector (pGL3cv), содержащий промотор и энхансер SV40.
Из пятнадцати проанализированных потенциальных энхансеров тринадцать проявляли энхансерную активность в данной системе, усиливая активность гена люциферазы в 2-5 раз, что соответствует 15-30% от активности сильного энхансера SV40 (рис. 8). Таким образом, около 85 % (13 из 15) прошедших отбор фрагментов библиотеки проявляет энхансерную активность, что указывает на высокую эффективность предложенного подхода.
Рис. 8. Способность обнаруженных энхансеров активировать промотор 5У40 в клетках НеЬа. Приведены результаты трех независимых трансфекций. Активность потенциальных энхансеров представлена в процентах от активности энхансера ЭУ40, принятой за 100%. РУ - в трансфекции использовали контрольный вектор рйЬЗру, содержащий ген люциферазы под контролем промотора ЭУ40. СУ - в трансфекции использовали контрольный вектор рйЬЗсу, содержащий ген люциферазы под контролем промотора и энхансера 5У40.
« о
к о
03 X
X й
-fl s
с te
О) i
ген люциферазы
! 6 7 Я 9 10
12 13 14 15 PV CV
Исследуемые фрагменты
2.6. Анализ расположения потенциальных энхансеров в геноме. Построение карты расположения энхансеров
Характеристика обнаруженных потенциальных энхансеров представлена в таблице 1. Положение энхансер-подобных элементов в исследуемом локусе изображено на рис. 9. Шесть фрагментов были локализованы внутри генов (в интронах), пять фрагментов располагаются с 5'-стороны от генов, один предполагаемый энхансер расположен с 3'-стороны от гена и три
фрагмента в межгенных областях (ближайшие гены находятся на расстоянии более 10 т.п.о.). Представляет интерес то, что два из трех потенциальных энхансеров, выявленных в межгенных областях, перекрываются с повторяющимися элементами, Alu-элементом и длинным концевым повтором семейства HERV-FC эндогенных ретровирусов человека. Поскольку гены (включая интроны) составляют не более 50 % всей длины локуса, можно заключить, что обнаруженные потенциальные энхансеры преимущественно располагаются внутри, либо вблизи генов локуса
Некоторые из обнаруженных последовательностей (фрагменты 3, 9, 11 и 15) перекрываются с ретроэлеменгами, в частности Alu-элементами и длинным концевым повтором (LTR) семейства HERV-K. (фрагмент 7). Энхансерная активность LTR HERV-K будет описана ниже (Domanskii et al., 2002; Illarionova et al., 2007; Ruda et al., 2004), и выявление среди потенциальных энхансеров фрагмента, расположенного в этом классе повторяющихся элементов генома, лишь подтверждает достоверность предложенного метода. Гораздо меньше накоплено данных об энхансерной активности Alu-элементов. Так, было показано, что энхансер гена BRCA1 представляет собой Alu-элемент со свойствами эстроген-зависимого энхансера (Norris et al., 1995).
Два энхансера было выявлено вблизи ранее обнаруженных активных промоторов (Kim et al., 2005). Впрочем, не обязательно указанные энхансеры участвуют в регуляции именно этих промоторов, так как действие энхансера может распространяться на значительные расстояния.
3. Стратегия экспериментального поиска инсуляторов в протяженных областях сложных геномов
Инсуляторы - регуляторные элементы генома, способные блокировать взаимодействие между энхансером и промотором, если находятся между ними. Инсуляторы также защищают фланкированный ими трансген от эффекта положения. Основываясь на способности большинства инсуляторов блокировать гетерологичные энхансеры, нами предложена стратегия для выявления инсулятор-подобных элементов в протяженных участках генома. Мы разработали функциональный подход, который позволяет отбирать инсуляторы из смеси геномных фрагментов. В нём применяется процедура позитивно-негативной селекции с использованием гена тимидинкиназы вируса простого герпеса (рис. 10). Анализируемый фрагмент, проявляющий инсуляторную активность, в конструкции стабильно интегрированной в геном, блокирует взаимодействие энхансера с промотором, что приводит к подавлению экспрессии тимидинкиназы вируса простого герпеса (HSV-tk). Тимидинкиназа сначала
Рис. 9. Физическая карта локуса FXYD5-COX7AI хромосомы 19 человека длиной 1млн п.о. Зеленые вертикальные линии отображают положение потенциальных инсуляторных последовательностей, идентифицированных нами ранее (№ 1-8) (Akopov et al., 2006) и позднее (№ 9-18). Оранжевые вертикальные линии отображают положение выявленных нами потенциальных энхансеров. Синим отмечены позиции генов, столбцы внизу воспроизводят данные по экспрессии генов локуса в разных тканях человека (красный - высокий уровень экспрессии, зеленый -низкий) (Su et al., 2004). Карта приготовлена с помощью Human Genome Browser (сборка от марта 2006 г.)
Таблица 1. Характеристика потенциальных энхансеров, выявленных в области FXYD5-COX7A1
№ Энхансера Координаты на хромосоме 19** Длина, п. о. Положение относительно генов локуса Активность* Перекрытие с повторяющимися элементами
1 4034182140342118 298 Интрон 3 гена FXYDS 2.2
2 4034450640344897 392 Интрон 4 гена FXYDS 2.1
3 4042799440428292 299 ~2 т.п.о. от 5'-конца гена LSR 3.5 1-232 Alu-Y
4 4063442140635308 888 1 т.п.о. от З'-конца гена FFAR2 2.8
5 4071872040719018 299 Интрон 1 гена GAPDHS 2.3
б 4074823740748490 254 2 т.п.о. от5-концагена ЛТР4А 4.7
7 4075779540758182 388 Межгенное*** 1.4 1-388 HERV-K LTR
S 4076346940763799 331 Межгенное*** 1.6
9 4076418440764486 303 Межгенное*** 3.9 1-240 Alu-Y
10 4079238940792543 156 3 т.п.о. от 5'-конца гена KIAA0841 2.8
И 4081285040813109 260 Интрон 2 гена КВЫ42 2.8 1-220 Alu-Sc
12 4092741040927666 257 Интрон 2 гена U2AF1L4; 0.7 т.п.о. от 5'-конца гена PSF.NEN 4.3
13 4096582440966019 196 Интрон 15 гена SNX26 4.9
14 4109151741091714 198 0.5 т.п.о. от 5'-конца гена TYROBP 4.3
15 4111096041111236 277 8 т.п.о. от 5'-конца гена LRFN3 2.9 70-277 Ahi-Sx
♦Данные по транзиентным трансфекциям в двойной люциферазной системе детекции (Рис. 7). **Данные Human Genome Browser (сборка от марта 2006 г.). ***На расстоянии > 103 п.о. от ближайших генов.
Энхаисср
Промотор
Уроммь iKcnpetcMH Чувствительно* гь
llSV-tk К.1СЮК к 1аиикк.1овн(|у _ Высокий Чу»Г1ИНТМЬНМ
Высокий Чувствительны
ИнжиУ II« чувствительны
Эихаисср Писулиюр Промотор
Рис. 10. Механизм селекции инсулятор-подобных последовательностей.
фосфорилирует ганцикловир, который является синтетическим аналогом 2-дезоксигуанозина, затем фосфорилированный ганцикловир фосфорилируется клеточными киназами до трифосфата и встраивается в растущую при репликации цепь ДНК, блокируя ее, что приводит к гибели клеток. При селекции клеток ганцикловиром выживут клетки, в которых подавлен синтез HSV-tk вследствие блокирования энхансера инсулятором. Стратегия идентификации инсулятор-подобных последовательностей в протяженных фрагментах геномов (рис. 11) предполагает:
1. Конструирование вектора с двумя селективными маркерами
2. Клонирование в вектор смеси анализируемых фрагментов ДНК
3. Трансфекцию клеток смесью векторов
4. Отбор рекомбинантных клеток, содержащих векторы при помощи первого селективного агента - неомицинфосфотрансферазы NeoR (позитивная селекция)
5. Отбор клеток, содержащих инсулятор-подобные элементы при помощи второго селективного агента (HSV-tk)
6. Структурную и функциональную характеристику идентифицированных инсулятор-подобных элементов.
3.1. Система для экспериментального поиска инсуляторов
Общая схема метода представлена на рис. IIA. Для селекции потенциальных инсуляторов была приготовлена конструкция, названная pPNT/EmP, схема которой представлена на рис. 11Б. За основу была взята плазмида pPNT (Tybulewicz et al., 1991), содержащая ген устойчивости к неомицину (NeoR) и ген тимидинкиназы вируса простого герпеса, придающий экспрессирующим его клеткам чувствительность к ганцикловиру (Herpes Simplex Virus, HSV-ftt, GANCS), позволяющие проводить позитив но-негативную селекцию. В полученной конструкции происходит эффективная экспрессия гена HSV-tk, однако, если между промотором и энхансером этого гена клонировать последовательность ДНК, способную блокировать действие энхансера (инсулятор), экспрессия гена HSV-tk в стабильно трансфицированных такой плазмидой клетках прекращается или значительно снижается, и содержащие эту последовательность клетки становятся устойчивыми к ганцикловиру.
В качестве положительного контроля была сконструирована плазмида pPNT/mP, содержащая в регуляторной области гена HSV-tk только минимальный промотор цитомегаловируса без энхансера, и придающая клеткам фенотип GANCR, т.е. клетки, в геном которых интегрирует такая конструкция, устойчивы к ганцикловиру. В качестве отрицательного контроля использовали плазмиду pPNT/CMV-EmP придающую содержащим ее клеткам чувствительность к GANC (фенотип GANCS).
А
Набор космид. перекрывающим область Ь\'У1)5-С()Х7.1 / Б
хромосомы 19 человека
Рис. 11. (А) Общая схема отбора инсуляторов. тРОК1 - промотор фосфоглицераткиназы человека; №оК - ген неомицинфосфотрансферазы; Н5У-гк - ген тимидинкиназы вируса простого герпеса. (Б) Схема плазмиды рРЫТ/ЕтР для позитивно-негативной селекции инсуляторов.
Поиск потенциальных инсуляторов проводили в локусе хромосомы 19 человека длиной 106 пар оснований, расположенного между генами и СОХ7А1. Для получения
библиотеки фрагментов, предназначенных для отбора потенциальных инсуляторов. ДНК 30 космид, перекрывающих область ГХУ05-С0Х7А1, расщепляли по-отдельности рестриктазами 5онЗА и Сар61. К полученным фрагментам (длиной 200-700 п.о.) при помощи синтезированных адаптеров был лигирован библиотечный праймер ЬР, обеспечивающий ПЦР-амплификацию фрагментов библиотеки и содержащий сайт расщепления ХИо\. Затем обе библиотеки смешивали. Полученную библиотеку амплифицировали при помощи ПЦР с использованием праймера ЬР и обрабатывали рестриктазой ХИо\. Продукты, полученные после рестриктной обработки, клонировали в плазмиду рРЫТ/ЕшР по сайту 5аЛ. Для репрезентативной библиотеки было получено 12000 колоний, что соответствует 4-кратному перекрыванию области РХ¥05-СОХ7А1. Выросшие клоны смывали с чашек Петри и использовали для выделения плазмидной ДНК.
Клетки линии СНО трансфицировали электропорацией полученными на предыдущем этапе плазмидами, которые предварительно линеаризовали при помощи эндонуклезы рестрикции Условия электропорации (20 мс, 360 В, 800 мкФ) для клеток культуры СНО были отработаны автором в лаборатории проф. Боде в Национальном Центре Биотехнологии (Германия), и обеспечивают интеграцию одной копии линеаризованной плазмиды в геном. В тех же условиях проводили трансфекции клеток контрольными плазмидами рРЫТ/тР и рРЫТ/ЕтР. На этапе позитивной селекции клетки, в геном которых интегрировал вектор,
отбирали по устойчивости к генетищшу (G418). После этого проводили негативную селекцию генетицин-устойчивых клеток ганцикловиром. 100%-ная гибель клеток, содержавших контрольную плазмиду pPNT/EmP, определяющую чувствительность клеток к ганцикловиру, служила подтверждением успешно проведенной селекции. При этом популяция клеток, трансфицированных контрольной плазмидой pPNT/mP, была устойчива к ганцикловиру.
Чувствительность клеток к ганцикловиру может наблюдаться в ситуации, если клонированный фрагмент ДНК обладает свойствами сайленсера. Впрочем, последовательность со свойствами сайленсера не обладает направленностью, и будет подавлять транскрипцию гена устойчивости к неомицину, что приведет к гибели таких клеток на этапе позитивной селекции. Для экспериментального подтверждения этого предположения мы клонировали три из идентифицированных последовательностей (№ 2, 5 и 8,) в плазмиду pGL3-promoter vector (Promega) с 5-конца от промотора S V40 и регистрировали люциферазную активность этих конструкций в транзиентной трансфекции клеток HeLa. Сайленсерной активности не наблюдалось во всех трех конструкциях (не показано).
После стадии негативной селекции выделяли геномную ДНК из клеток, устойчивых к ганцикловиру. Эту ДНК использовали в качестве матрицы для ПЦР-амплификации участка между энхансером и промотором CMV при помощи праймеров 2L и 2R. Продукты амплификации повторно клонировали в вектор pPNT/EmP для проведения второго раунда селекции.
На рис. 12А представлены результаты ПЦР с праймерами 2L (GGATTTCCAAGTCTCCAGGGGAT) и 2R (ACCTCCCACCGTACACGCCT) пула плазмид перед трансфекцией (дор. 1) и результаты ПЦР с теми же праймерами на матрице геномной ДНК из клеток, трансфицированных библиотекой в плазмиде pPNT/EmP и прошедших негативную и позитивную селекции (дор. 2). Видно, что в результате селекции исходная библиотека, содержащая набор большого числа фрагментов разной длины, превращается в «лестницу» из ограниченного числа фрагментов.
Ранее мы идентифицировали и проанализировали в локусе хромосомы 19 небольшую часть инсулятор-подобных фрагментов (Akopov et al., 2006). В данной работе мы попытались клонировать все или подавляющую часть потенциальных инсуляторов исследуемой области. Для этого отобранные фрагменты ДНК (дорожка 2, рис. 12 А) клонировали в вектор pGEM-T («Promega», США), и полученные клоны проверяли на наличие и длину вставок ПЦР с теми же праймерами (рис. 12 Б). Вставку наблюдали во всех 12 проанализированных клонах, а длины вставок различались для разных клонов. 20 клонов были секвенированы, четыре идентифицированные последовательности содержали фрагменты ДНК Е. coli и человеческую ДНК друг их хромосом, то есть не принадлежали к исследуемой области, анализ остальных
выявил 10 новых последовательностей. Эти последовательности нанесли на карту исследуемой хромосомы 19 между генами FXYD5 и СОХ7А1 (рис. 9, инсуляторы 9-18). Их свойства представлены в таблице 3.
На основании этих и полученных данных примерное количество инсуляторов в пересчете на геном человека составило -20000, что соответствует экспериментально определенной средней длине хроматинового домена (80-300 т.п.о.), что соответствует примерно 10000-40000 пограничных элементов в геноме млекопитающих (Heng et al., 2001).
3.2. Анализ расположения инсуляторов в геноме
Считается, что инсуляторы подразделяют геном на домены, содержащие экспрессирующиеся при сходных условиях гены, и вместе с генами, промоторами и энхансерами образуют многоуровневую сеть регуляции транскрипционной активности.
Таблица 2. Расположение потенциальных инсуляторов в области FXYD5-COX7AI хромосомы 19 человека.
№ Координаты на хромосоме Длина Расположение
относительно генов
19 (п.о.)
9 40347492-40347685 194 6-й интрон гена FXYD5
10 40406076-40406590 515 ~1 т.п.о. с З'-стороны от гена TMEMJ62
11 40437627-40437699 73 2-й интрон гена LSR
12 40909389-40909561 173 14-й интрон гена MLL4
13 40932935-40933049 114 1-й интрон гена LIN37
14 41067647-41067745 99 ~4 т.п.о. с З'-стороны от гена NFKBID
15 41116085-41116309 225 ~4 т.п.о. с 5'-стороны от гена LRFN3
16 41147417-41147594 178 Межгенное2
17 41350295-41350437 143 Межгенное2
.m 10-йи 11-йинтроны, 11-йэкзонгена
18 40801090-40801286 197 К1АА0841
'По данным Human Genome Browser [Kuhn, 2007], сборка от марта 2006 г. 2 Расстояние более 10 т.п.о. от ближайших генов.
Как отмечалось выше, термином «инсулятор» обозначают как энхансер-блокирующие элементы, так и пограничныеэлементы генома, отделяющиеучастки хроматина с различной структурой или активностью. Поскольку мы идентифицировали инсуляторы только по энхансер-блокирующей активности, то, в принципе, они могут не проявлять «барьерной» активности, хотя она и располагается, скорее всего, вблизи этих элементов. Тем не менее, в отдельных случаях можно выделить гипотетические домены, заключенные между инсуляторами.
В локусе FXYD5-COX7A1 содержится кластер генов, кодирующих рецепторы, ассоциированные с G-белком, - FFAR1, FFAR2, FFAR3 и GPR42P. Ранее было показано, что гены FFAR3 и FFAR2 имеют различные профили экспрессии (Brown et al., 2003). Позиции
инсулятора 6, находящегося между генами FFAR3 и FFAR2, и инсулятора 2, отделяющего FFAR2 от гена KRTDAP, экспрессирующегося преимущественно в эпидермальных кератиноцигах (Bazzi et al., 2007), соотносятся с независимой экспрессией этих генов. Гены АТР4А и KIAA0841 располагаются каждый в своем гипотетическом домене (между инсуляторами 5 и 1, 1 и 18 соответственно). Ген АТР4А транскрибируется преимущественно в тканях желудка (Chalaya et al., 2006; Herrmann et al., 2007) и явно отличается в этом отношении от окружающих генов.
Гены HCST и TYROBP расположены между инсуляторами 14 и 15 и обладают высокой тканеспецифичностью экспрессии, отличной от специфичности окружающих их генов. Так, эти гены обладают высоким уровнем экспрессии в миелоидных клетках (Takaki et al., 2006; Wu et al., 1999), тогда как отделенный от них инсулятором 14 ген APLP1 экспрессируется преимущественно в коре головного мозга (Kim et al., 1995), а отделенный инсулятором 15 ген LRFN3 - в нейрональных клетках (Morimura et al., 2006). Эти данные соответствуют представлениям о том, что последовательности, обладающие инсуляторной активностью, разделяют цепь ДНК на независимые домены, в каждом из которых находятся гены, характеризующиеся специфичным для них профилем экспрессии.
Из 10 идентифицированных последовательностей восемь содержат фрагменты повторяющихся элементов генома (табл.3). Инсулятор 9 представляет собой фрагмент LINE (Long Interspersed Element), а инсуляторы 10 и 17 - LTR эндогенных ретровирусов человека MaLR и ERVL, соответственно. Другие потенциальные инсуляторы перекрываются с Alu-повторами (инсуляторы 12, 15-17). Последовательность 14 представляет собой повторяющийся элемент из семейства транспозонов Тс2.
; инсуляторов.
Повторяющиеся элементы № инсулятора Перекрытие инсулятора с повторяющимися элементами, %
AluSx 12 31
SINE AluSx 15 100
AluSg 16 100
AluSg 17 29
LINE L2 9 98
LTR ERVL 17 59
MaLR 10 35
DNA Tc2 14 100
Имеются указания на то, что некоторые А1и-повторы могут обладать инсуляторными свойствами ^шг^агуаег е! а1., 2008; \Villoughby е( а!., 2000). Область РХУй5-СОХ7А1, однако,
содержит более 700 Alu-элементов, и обнаружение только двух из них среди предполагаемых инсуляторов указывает на то, что лишь отдельные Alu-повторы обладают такой активностью.
Ретротранспозиция элементов, подобных Alu и LINE, таким образом, может быть одним из механизмов перестройки доменной структуры хроматина (Arnold et al., 2000). Можно сделать предположение, что одной из регуляторных функций ретроэлементов является их участие в образовании функциональных доменов.
Следует отметить, что исследованная нами область может содержать инсуляторы, которые не были идентифицированы из-за ограниченных возможностей использованного подхода. Идентифицируемые при данном подходе инсуляторы должны быть активны в клетках СНО и по отношению к паре «промотор-энхансер» цитомегаловируса. При этом некоторые ткане- или энхансер-специфичные инсуляторы могли быть пропущены. Подобные недостатки, однако, могут быть преодолены путем использования других клеточных линий и промоторно-энхансерных конструкций.
В целом, учитывая перечисленные слабые места, предложенный метод может использоваться как важный подход функциональной геномики.
Рис. 12. (А) Результаты процедуры селекции. ПЦР амплификация с праймерами 1L и 1R (Б). Матрицами для ПЦР служили: дор. 1 - пул плазмид до трансфекции, дор. 2 - геномная ДНК клеток, трансфицированных библиотекой коротких фрагментов, клонированных в вектор pPNT/EmP после позитивной и негативной селекций, дор. 3 -геномная ДНК из клеток, трансфицированных исходной плазмидой pPNT/EmP (без селекции GANC), дор. 4 - геномная ДНК клеток, трансфицированных плазмидой pPNT/mP . (Б) ПЦР амплификация с праймерами 1L и 1R 12 случайных клонов из библиотеки инсуляторов. М -1 т.п.о. ДНК маркер (Сибэнзим).
4. Энхансер-блокирующая активность CTCF-связывающих последовательностей
CTCF представляет собой полифункциональный ядерный белок, присутствующий в большинстве тканей, который принимает участие в формировании пограничных элементов генома (инсуляторов). Число сайтов связывания CTCF в геномах млекопитающих составляет -40000 и значительно (в 2-50 раз) превышает число сайтов связывания других факторов транскрипции. Поэтому вполне вероятно, что существенная часть сайтов связывания CTCF может приходиться не на инсуляторы, а определять другие функции CTCF.
Ранее при помощи разработанного нами метода двумерного сдвига электрофоретической подвижности мы выявили и картировали в локусе хромосомы 19 человека длиной 1 млн п.о., расположенном между генами FXYD5 и СОХ7А1, десять фрагментов ДНК, содержащих участки связывания транскрипционного фактора CTCF (Vetchinova et al., 2006). Представлялось интересным определить, обладают ли эти фрагменты инсуляторной (энхансер-блокирующей) активностью в описанной выше системе позитивно-негативной селекции.
Десять фрагментов, выявленных по связыванию с транскрипционным фактором CTCF были клонированы в обеих ориентациях в плазмиду pPNT/EmP (Akopov et al., 2006) между энхансером и минимальным промотором цитомегаловируса.
В качестве одного из контролей использовали плазмиду pPNT/mP, содержащую в регуляторной области перед геном тимидинкиназы только минимальный промотор CMV и придающую клеткам фенотип устойчивости к ганцикловиру.
В качестве контроля функциональной активности мы приготовили плазмиду pPNT/E-sns-mP, содержащую между энхансером и минимальным промотором CMV инсулятор sns морского ежа Paracentrotus lividus (Di Simone et al., 2001; Melfi et al., 2000). В качестве негативного контроля мы приготовили плазмиду pPNT/E-À-mP, содержащую между энхансером и минимальным промотором CMV фрагмент ДНК фага X длиной -200 п о.
........... NPTII :---------HSV-[к
pPNT/mP Рис. 13. Схемы плазмидных
""""" c"v конструкций. mPGK-1 - промотор
. . NPTH üjí'l?* ;........- Hswk фосфоглицераткиназы-1 мыши;
pPNT/EmP ^-7;°.; n ■ - NPTil - ген неомицин-
фосфотрансферазы Е. coli; HSV-tk -
Stil
;.......... NPTii ,—• Hsv-tk . ген тимидинкиназы вируса простого
pPNT/EinPS -шн\ v\ \ -шз-чш-"И =>■*■■■ „,,„„„„,,
Промотор Энкансер Промотор ГСрПеСа.
mPOK1 CMV CMV 1
I-. NPTU ""IST" -HSV-tk
pPNT/E-sns-mP - I......
Промотор Эн*аис»р Промотор
mPGKi cm cm
i.......... Npm ""Wif"'' ,—.Hsv-a,
pPNT/E-A-rnP —ч ч ч \ i—
Промотор Энк»исер Промотор
mPGKi CKV CMV
Для проверки возможного наличия сайленсерной активности CTCF-связывающих фрагментов из плазмиды pPNT/EmP был удален сайт рестрикции Sa! I, расположенный между энхансером и минимальным промотором CMV. Приготовленная плазмида была обозначена как pPNT/EmPS (рис. 13). В нее по сайту Sal I были клонированы три CTCF-связывающих фрагмента (3, 7 и 8). Схемы приготовленных конструкций приведены на рис. 13.
Для анализа десяти CTCF-связывающих фрагментов на способность блокировать энхансер в системе позитивно-негативной селекции, их клонировали в плазмиду pPNT/EmP между энхансером и минимальным промотором цитомегаловируса. Таким образом приготовили 20 плазмид, с одним CTCF-связывающим фрагментом в каждой, клонированным в прямой и обратной ориентациях. Анализ энхансер-блокирующей активности фрагментов проводили в обеих ориентациях, поскольку для отдельных CTCF-зависимых инсуляторов была показана зависимость их активности от ориентации (Hark et al., 2000).
Перед трансфекцией клеток плазмиды pPNT/EmP со вставками линеаризовали и все 20 плазмид объединили в общую смесь в равных количествах. В качестве внутренних контролей в смесь добавили в эквивалентных количествах линеаризованные плазмиды pPNT/E-sns-mP, содержащие инсулятор sns в обеих ориентациях, а также pPNT/E-X-mP, содержащие фрагмент ДНК фага X. Полученным пулом плазмид трансфицировали клетки линии СНО методом элекгропорации в условиях (20 мс, 360 В, 800 мкФ), приводящих к интеграции единственной копии плазмиды в геном (Baer et al., 2000).
Ранее отмечалось, что 5'HS4 элемент из р-глобинового локуса кур проявлял инсуляторные свойства в клетках линии эритролейкоза человека К562 (Chung et al., 1993), а инсулятор sns морского ежа Paracentrotus lividus блокировал действие энхансера на промотор в клетках остеосаркомы человека U2-OS и в клетках человеческой аденокарциномы легкого Н1299 (Di Simone et al., 2001). Кроме того, показано, что человеческий CTCF связывается с соответствующими участками в геноме мыши (Filippova et al., 1996). Поскольку инсуляторы организмов одного вида могут сохранять свою активность в клетках организмов других видов, вполне корректно использование клеток линии СНО для поиска инсуляторов среди фрагментов ДНК из локуса хромосомы 19 человека. После позитивно-негативной селекции, которую проводили как описано ранее, из прошедших отбор клеток выделили геномную ДНК.
Образцы геномной ДНК анализировали посредством двухстадийной ПЦР. На первой стадии на геномной ДНК в качестве матрицы с праймерами 2L и 2R амплифицировали фрагменты, находящиеся между энхансером и промотором CMV (рис. 14). После ПЦР получили смесь клонированных ранее CTCF-связывающих фрагментов, фланкированных небольшими фрагментами плазмиды pPNT/EmP. Эту смесь использовали в качестве матрицы для следующей стадии ПЦР.
К последовательностям каждого CTCF-связывающего фрагмента из локуса FXYD5-COX7AI, а также инсулятора морского ежа sns конструировали внутренние праймеры (табл. 4), которые в комбинации с плазмидными праймерами (2L или 2R) позволяли определить наличие каждой из вставок в смеси и их ориентацию (рис. 14).
Таблица 4. Пары праймеров для идентификации CTCF-связывающих последовательностей в прямой и обратной ориентации.
Фрагмент Сочетание праймеров
Прямая ориентация Обратная ориентация
Конструкция pPNT/EmP Конструкция pPNT/EmPm Конструкция pPNT/EmP Конструкция pPNT/EmPm
1 2R, 1 for 2R, lrev
2 2R, 2for 2R, 2for
3 2R, 3for SalF R, lfor 2L, 3for
4 2R, 4for 2R, 4rev
5 2R, 5 for 2L, 5for
6 2R, 6 for 2R, 6rev
7 2R, 7for SalF R, 7for 2R, 7rev
8 2R, 8for 2R, 8rev SalF R, 8for
9 2L, 9for 2R, 9rev
10 2R, lOfor 2L, lOfor
sns 2R, snsL 2R, snsR
Из рис. 14 (верх) видно, что все 10 CTCF-связывающих фрагментов, а так же инсулятор sns, обнаруживаются в геномной ДНК клеток после селекции с генетицином G418, то есть содержащие их конструкции интегрировали в геном клеток. Те же фрагменты обнаруживаются и после селекции клеток в присутствии 10 мкМ ганцикловира в культуральной среде. Аналогичные результаты получили при селекции с концентрацией селективного агента 4 мкМ (не показано). Таким образом, можно заключить, что все 10 исследованные нами CTCF-связывающих фрагментов, как и инсулятор sns, будучи клонированными между промотором и энхансером, придают клеткам устойчивость к ганцикловиру.
Устойчивость к ганцикловиру трансфицированным клеткам, помимо инсуляторов, могут придавать сайленсеры, т.е. последовательности, которые, в отличие от инсуляторов, способны подавлять активность промотора независимо от их положения относительно последнего (Ogbourne and Antalis, 1998). В таком случае, сайленсер способен инактивировать и промотор гена неомицинфосфотрансферазы, и клетки, содержащие такую конструкцию должны погибать на стадии позитивной селекции (Akopov et al., 2006). Однако для тестирования наличия потенциальной сайленсерной активности у CTCF-связывающих фрагментов три из них (3, 7 и 8) мы клонировали в плазмиду pPNT/EmPS с З'-стороны от гена HSV-tk (Рис. 13). Клетки, трансфицированные этими плазмидами, погибали на стадии негативной селекции с
ганцикловиром, т.е. СТСР-связывающие последовательности 3, 7 и 8 не оказывали ослабляющего действия на активность энхансера СМУ и не являлись сайленсерами.
Таким образом, анализ в системе позитивно-негативной селекции фрагментов, картированных в локусе РХУВ5-СОХ7А1 и связывающихся с транскрипционным фактором СТСБ показал, что все эти фрагменты обладали энхансер-блокирующими свойствами, причем эта их активность проявлялась в обеих ориентациях относительно промотора. Энхансер-блокирующая активность инсулятора морского ежа эпэ в системе позитивно-негативной селекции также не зависела от ориентации.
Несмотря на то, что все проанализированные нами СТСР-связывающие фрагменты обладали энхансер-блокирующей активностью, следует учесть, что СТСР (и, соответственно, образующие с ним комплекс фрагменты ДНК) реализуют в геноме, кроме инсуляторной, большое количество различных функций. В искусственной системе энхансер-блокирующая активность фрагмента ДНК может быть отражением его более сложной функции в геноме, реализуемой не только посредством взаимодействия с энхансерными белками. В использованной нами системе энхансер-блокирующая функция выявляется главным образом потому, что энхансер и связанные с ним белки помещаются вблизи СТСР-связывающего участка.
В целом, в результате применения системы позитивно-негативной селекции удалось идентифицировать 18 фрагментов ДНК с энхансер-блокирующей активностью (Акороу еС а1., 2006), принадлежащих к тому же участку хромосомы 19, что и 10 СТСИ-связывающих фрагментов, для которых также была продемонстрирована энхансер-блокирующая активность (УйсЫпоуа е! а!., 2006).
Прямая ориентация
С"ГС1--свн швычшшс фрт чн'нты ДНК .4 1 2 3 * 5 6 7 в 9 10 »м
Обратная ориентация
СТСГ-спяшвщошнс фрагменты ДИК М123456789 10 Я»
Рис. 14. ПЦР анализ на матрице геномной ДНК из трансфицированных клеток СНО после позитивной (0418) и негативной (ОСУ) селекции с праймерами, специфичными к 10 СТСР-связывающим последовательностям ДНК. (А) "Прямая" и (Б) "обратная" ориентации относительно промотора. М -маркер длин фрагментов ДНК.
В большинстве своем последовательности, выявленные по их энхансер-блокирующей активности и способности к связыванию с CTCF не совпадают, хотя все эти фрагменты способны блокировать действие энхансера и связывать CTCF. Можно сделать предположение, что фрагменты, с высокой аффинностью взаимодействующие с CTCF (именно такие фрагменты мы отбирали в экспериментах (Vetchinova et al., 2006), обладают относительно слабой энхансер-блокирующей активностью, и наоборот, сильные инсуляторы относительно слабо связывают CTCF.
5. Идентификация и картирование CTCF-связывающих последовательностей в глобиновом локусе птиц
Домен, включающий тканеспецифично экспрессирующиеся гены альфа-глобина кур, исследуется на протяжении ряда лет и является удобной моделью для изучения регуляции активности генов. Внутри этого домена идентифицирован ряд регуляторных элементов, в частности энхансеры, участки связывания с ядерным матриксом, инсуляторы и локус-контролируйщий район (Razin and Ioudinkova, 2007; Guerrero et al., 2007) Однако, задача выяснения точных механизмов регуляции активности генов внутри домена далека от полного разрешения. По-видимому, внутри домена имеется большое число еще неизвестных регуляторных элементов, которые оказывают существенное влияние на его функционирование.
Картирование сайтов связывания транскрипционного фактора CTCF в альфа-глобиновом домене кур и исследование их функциональных свойств представляется весьма актуальным и позволяет значительно расширить наши представления о регуляции транскрипции генов и функционировании протяженных участков генома в целом.
Куриный белок CTCF получали с использованием системы экспрессии в клетках COS-1. Для этого в экспрессионную плазмиду рННс вводили последовательность, кодирующую 6 остатков гистидина. Полученную плазмиду назвали pSG5/HisCTCF. Плазмида рННс (Klenova et al., 1997) была приготовлена на основе вектора pSG5 (Stratagene) путем вставки кДНК куриного CTCF и любезно предоставлена C.B. Разиным.
Плазмидой pSG5/HisCTCF трансфицировали клетки линии COS-1, культивировали в течение 48 час, снимали раствором Версена, обрабатывали ультразвуком, и белок CTCF очищали методом никель-аффинной хроматографии. Качество очищенного белка проверяли при помощи вестерн-блоттинга с антителами к CTCF, а также при помощи EMSA, конкурентного EMSA и супершифта с известными фрагментами ДНК, способными связывать CTCF.
ДНК искусственной бактериальной хромосомы (ВАС), содержащей исследуемую область генома кур (любезно предоставлена О.В. Яровой), расщепляли в двух параллельных образцах
либо Сэрб-!, либо БаиЗА, к концам полученных фрагментов лигировапи синтетические праймеры-линкеры для последующей ПЦР-амплификации. Образцы смешивали и амплифицировали. Полученную библиотеку коротких фрагментов из области генома кур. содержащей кластер альфа-глобиновых генов, радиоактивно метили при помощи ПЦР, смешивали с очищенным белком СТСР и подвергали предложенной нами ранее (Уе!сЬтоуа е! а!., 2006) процедуре двумерного ЕМБА. При этом связывающие СТСР фрагменты образовывали на двумерном геле дополнительную диагональ. Область геля, предположительно содержащую СТСР-связывающие фрагменты, вырезали, фрагменты ДНК элюировали, проводили второй цикл отбора и клонировали. Клонированную библиотеку потенциальных СТСР-связывающих фрагментов ранжировали на 96-луночном планшете.
11 случайно отобранных клонов библиотеки проверили на их способность связывать куриный СТСР (рис. 15). Оказалось, что все они связывают белок СТСР сравнимо с положительным контролем (СТСР-связывающим фрагментом ДНК из лизоцимного сайленсера кур).
Далее было секвенировано 230 клонов библиотеки, среди которых найдено 77 уникальных последовательностей (рис. 16). Поскольку кривая рис. 16 практически достигает насыщения, полученная библиотека вполне представительна.
Связывание фрагментов ДНК с белковой фракцией, обогащенной куриным СТСР
Рис. 15. Проверка эффективности связывания с белком СТСР фрагментов ДНК из библиотеки, полученной после селекции. Р1 - СТСР-связывающий фрагмент ДНК из лизоцимного сайленсера кур (положительный контроль); ЕпЬ - фрагмент ДНК, содержащий энхансер бета-глобиновых генов кур (отрицательный контроль).
ЛНК Р1 5 6 7 СТСР . + .+ .+ .+
8 9 10 11 ЕпЬ
+ - + - + - +
*
КОЛИЧЕСТВО ЯП УНИКАЛЬНЫХ
Рис. 16. Оценка числа независимых клонов в библиотеке. Показана зависимость числа уникальных последовательностей от полного количества секвенированных клонов.
КОЛИЧЕСТВО С11КВЕНС ОВ
Выявленные последовательности были нанесены на физическую карту локуса генома кур, содержащего альфа-глобиновые гены (рис. 17). На карту также были нанесены сайты связывания CTCF, идентифицированные различными методами в других работах (Martin et al., 2011; Klochkov et al., 2006; Valadez-Graham et al., 2004). Анализ распределения последовательностей показывает, что число сайтов генома, способных связывать CTCF in vitro по данным двумерного EMSA с применением очищенной ДНК значительно превышает число сайтов, связывающихся с CTCF в составе хроматина и идентифицируемых методом иммунопреципитации хроматина. Этот вывод следует из сравнения полученных нами данных с результатами работы (Martin et al., 2011), в которой для нашего участка генома было идентифицировано лишь 6 участков связывания CTCF в одном типе клеток, т.е. на порядок меньше, чем нами. Четыре из 6 участков перекрываются с идентифицированными в нашей работе. Причиной такого расхождения может быть недостаточно высокая чувствительность метода иммунопреципитации хроматина. При этом участки, относительно слабо связывающиеся с CTCF in vivo, не регистрируются, тогда как связывание со свободной ДНК выявляет все потенциально возможные участки связывания CTCF. Кроме того, степень сродства CTCF к одному и тому же участку связывания в составе свободной ДНК и в хроматине могут не совпадать, в частности, из-за положительной или отрицательной кооперативности связывания в присутствии других белков хроматина.
Далее мы провели эксперименты по выявлению фрагментов, связывающих CTCF in vivo, методом иммунопреципитации хроматина в клетках эритробластов кур HD3, в которых наблюдается экспрессия генов альфа-глобина, а также в клетках HD3,
10(1 еиннуо CTCF1
II
ЕН ЕЗ ш|з H Ш ■ ЕМ
л NPRL3
S
Je
--CTCf
\ HB2. I MgAO HBAA
я cda "^¿Ри*
Ю CTCF2 ««mbryoCTCF3
S.
r.
Рис. 17. Карта расположения потенциальных CTCF-связывающих последовательностей в области альфа-глобиновых генов кур. Красными стрелками обозначены расположение и направление транскрипции генов, зелеными прямоугольниками - расположение CTCF-связывающих последовательностей, идентифицированных методом двумерного EMSA. Синими вертикальными полосами обозначены участки, связывающие CTCF в клетках эмбрионов кур по данным иммунопреципитации хроматина (Martin et al., 2011; KIochkov et al., 2006; Valadez-Graham et al., 2004).
стимулированных к эригроидной дифференцировке при помощи обработки гемином и бутиратом при повышенной температуре (Grdisa and White,, 2000), а также в лимфоидной линии клеток кур DT40. В качестве отрицательных контролей были использованы не связывающие CTCF последовательности из области энхансера бета-глобинового локуса кур и гена альфа-глобина D, в качестве положительных контролей - связывающие CTCF элементы из промотора гена туе и инсулятора F1 лизоцимного гена кур. Для проверки связывания CTCF были выбраны участки, расположенные в наиболее интересной для нас области альфа-глобинового локуса, непосредственно окружающей гены альфа-глобинов. Предположительно, именно эти участки ответственны за регуляцию транскрипции альфа-глобиновых генов.
На рис. 18 представлены сравнительные результаты экспериментов по иммунопреципитации хроматина клеток кур HD3, индуцированных к эритроидной дифференцировке клеток HD3 и клеток DT40. Как видно из рисунка, идентифицированный нами фрагмент 12 связывает CTCF in vivo в клетках HD3 и индуцированных к дифференцировке клетках HD3 на уровне положительных контролей, зафиксировано также связывание CTCF фрагментами 4,5 и 9 в индуцированных клетках HD3. Из идентифицированных ранее (Martin et al., 2011) CTCF-связывающих фрагментов лишь один (5d3) показал невысокий уровень связывания CTCF.
При использовании для иммунопреципитации хроматина клеток DT40, в которых альфа-глобиновые гены не экспрессируются, было показано существенное (в 2-3 раза), снижение связывания CTCF фрагментом 12, которое, тем не менее, осталось достоверно выше отрицательных контролей, и фрагментами 4 и 9. Таким образом, в этих экспериментах выявлена тканеспецифичность связывания CTCF в хроматине, т.е. участки, связывающие CTCF в одном типе клеток, могут бьпъ недоступны для связывания в другом типе, скорее всего, из-за модификации гистонов, метилирования ДНК и/или связывания с этими фрагментами других белков.
ноз 1
г |8 р в 1 К,
Индуцированные
НОЗ
1 • Р 1 Р И * Я I 1 I ¡а 1 1
РТ40 |
1 Щ 1 1 I Щ р 1 р ( |1 а р |
1 2 3 4 5 6 7 6 9 12 13 14 15 ^ о Ш ш
Рис. 18. Результаты экспериментов по иммунопреципитации хроматина с антителами к куриному СТСР для ряда фрагментов ДНК, идентифицированных нами в области генов альфа-глобинов кур (серые столбцы). Номера фрагментов соответствуют их положению на карте рис. 17. Черными столбцами обозначены положительные контроли (фрагменты промотора гена туе и инсулятора Р1 лизоцимного гена кур), белыми -отрицательные контроли (фрагменты области энхансера бета-глобинового локуса кур и гена альфа-глобина Б).
6. Анализ функциональной архитектуры 1Л К семейства НЕК\'-К(НМЬ-2) и его взаимодействий с регуляторными компонентами клетки
Одиночный ЬТЯ НЕК.У-К(НМЬ-2), расположенный на 19 хромосоме человека (номер по ОепВапк Ь47334; далее ПК Ь47334) использовали для определения тканеспецифичности его промоторной и энхансерной активностей. ЬТИ. Ь47334 отсутствует в соответствующем локусе генома шимпанзе и является представителем подгруппы НЭ-Ь "молодого" подсемейства семейства НЕКУ-К(НМЬ-2). Эта подгруппа предположительно образовалась около 10 млн. лет назад, а ЬТК Ь47334 - менее 5,6 млн. лет назад (КЫ1 е! а!., 1997; ЬеЬес1еу е! а1., 2000; ВигсНп е! а!., 2003).
Ранее было показано, что этот ЬТЯ обладает промоторной и энхансерной активностью, а также в его Ш-области расположен негативный регуляторный элемент (НРЭ) (Оотамку, е! а1., 2000; Доманский и др., 2002).
Существенным казалось выснить, зависят ли указанные активности ЬТ11 от типа клеток, или, проявляют ли содержащиеся в нем регуляторные элементы тканеспецифичность. С этой целью мы провели серии транзиентных трансфекций на десяти клеточных линиях различного происхождения . С этой целью использовали конструкции, приготовленные для исследования промоторной (рОЬЗВУ) и энхансерной (рОЬЗРУ) активности, в которые клонировали в
прямой ориентации полноразмерный LTR L47334 (fl9a) или его фрагмент, не содержащий предполагаемого НРЭ (dl9a).
Промоторную активность и влияние на нее НРЭ оценивали, сравнивая экспрессию репортерного гена (люциферазы) в клетках, трансфицированных плазмидой pGL3BV/fI9a с экспрессией люциферазы в клетках, трансфицированных плазмидой pGL3BV/dl9a или плазмидой pGL3PV, содержащей промотор вируса SV40 (рис.19). Полученные результаты трансфекции в исследованных линиях клеток: НЕК-293, СНО, NGP-127, NT2/D1, PANC-1 и Тега-¡показали, что LTR L47334 проявляет относительно слабую промоторную активность во всех протестированных линиях клеток за исключением Тега-1, по сравнению с промотором SV40. Это можно объяснить действием НРЭ или тканеспецифичностью энхансера в составе LTR.
В отличие от регуляторных элементов LTR других ретровирусов, активность которых зависела от типа ткани и вида организма (Zhu et al., 2000; Wilson et al., 2003), исследуемый нами НРЭ не проявлял выраженной тканеспецифичности. Нами было показано, что (1) фрагмент LTR (dl9a), не содержащий НРЭ, проявлял промоторную активность во всех линиях, где был активен полноразмерный L47334, (2) во всех исследованных линиях клеток относительное увеличение промоторной активности по сравнению с полноразмерным LTR практически одинаково (рис. 19). Поскольку большая часть одиночных LTR HERV-K(HML-2) в геноме человека представлена 5' и 3' делетированными фраг,ментами, эти результаты заслуживают особенного внимания (Lebedev et al., 1995; Vinogradova et al., 1997).
Рис. 19. Относительная промоторная активность HERV-К.(НМЬ-2) ЦШ Ь47334 (П9а) и его фрагмента ^19а) в различных клеточных линиях. Активность промотора вируса БУ40 принята за 100.
12 10 - □ pGL3PV/f19 а
г
i—Г—I Г*П гЧ*1 Г te гЧ1 1
\
Рис. 20. Относительная энхансерная активность HERV-K(HML-2) ЬТЯ Ь47334 (П9а) и его фрагмента (Й19а) в различных клеточных линиях. Активность промотора вируса БУ40 принята за единицу.
Таким образом, выявленные вариации в промоторной активности LTR L47334, очевидно, связаны не с влиянием НРЭ, а с активностью энхансера в составе LTR. На рис. 20 приведены результаты, свидетельствующие о наличии выраженной энхансерной активности у полноразмерного и частично делегированного LTR в клеточной линии Тега-1 (уровень экспрессии репортерного гена повышен в восемь раз).
Подобная тканеспецифичность может быть обусловлена взаимодействием LTR с белками, обнаруженными нами в ядерном экстракте клеток линии Тега-1. Ни в одной другой из использованных линий клеток полноразмерный или лишенный НРЭ LTR не проявляли энхансерной активности. Поскольку ранее мы показали, что присутствие НРЭ не снижает энхансерной активности LTR в Тега-1 и вместе с тем оказывает влияние на экспрессию репортерного гена, когда не входит в состав транскрипта (Domanskii et а]., 2002), можно выдвинуть предположение, что он влияет на способность промотора собирать транскрипционный комплекс и/или на элонгацию транскриптов.
б. 1. Клеточные белки, специфически связывающиеся с LTR HERV-K
Фрагменты LTR для оценки их регуляторного потенциала одного из представителей семейства HERV-K были проверены нами на присутствие сайтов связывания ядерных факторов клетки-хозяина с использованием сдвига электрофоретической подвижности и ультрафиолетовой сшивки (Bogomolova et al., 1998; Nikolaev et al., 1996). Комплексы ДНК-белок были разделены методом торможения в геле (как на рис. 21 Б), соответствующую полосу вырезали из геля, облучали УФ-светом и сшитые комплексы белка с мечеными олигонуклеотидами разделяли во втором направлении в соответствии с их молекулярными массами. Неспецифический комплекс b (рис. 21 Б), содержал одиночный белок (Ь на рис. 21С) с кажущейся молекулярной массой 56 кДа, в то время как главная полоса торможения содержала три белка с молекулярными массами 98, 91 и 81 кДа.
Все белковые пятна были расположены строго на одной вертикальной линии, что указывает на то, что они были частью одного комплекса ДНК-белок. Мы обозначили белки как ERLBF1, ERLBF2 и ERLBF3 (Endogenous Retrovirus LTR Binding Factors) в порядке убывания их молекулярных масс. Для дальнейшей характеризации сайта связывания белка был проведен эксперимент по защите от ДНК-азы I или футпринт-анализ (рис. 22), Защищенная последовательность длиной 28 п.о. расположена в 5'-части U3 области, фланкирована сайтами гиперчувствительности к ДНК-азе 1 и участками, ранее идентифицированными как потенциальный энхансер и сайт связывания глюкокортикоидного рецептора (Ono et al., 1986; Leib-Mosch et al., 1993). Наиболее эффективно защищена последовательность, расположенная непосредственно с 5'-стороны за этими двумя сайтами.
BÎ в x г С с^ДАЛЛ>и:АТллахлАСТг?схгтггсТ------TCTGTACTAAG*****«^
МЛ 27«» аХЛС1*а*СЛТА>0>ЛАС*ССЛТГГГаТ------ТСТЙТАСТХХОАКАААГГСГ
Mλ« иллэт*злслт»<«дл»стсх->ттттСТ------TATGTACTAAGAAAAAÎTCT
»4905« озлл -*^САТ>лалаАстссАгттТйАААААСАССТСТССТТТА*Ас>лггос
x«iei e-akAAax£»TAA**e*ctccArrTTGAAAAACACCTGTACTTTG«CA>«ac
С
1234547*9 , .... ....
Mobihty shift
WW
J »
Рис. 21. Идентификация белков связывающих LTR. А. Выравнивание последовательностей LTR в области связывания с белками (отмечены звездочками). GRE и коровые энхансерные элементы, ранее определенные по гомологии последовательностей увеличены. Левая колонка - регистрационные номера из GenBank соответствующих последовательностей. Полноразмерные LTR HERV-K были определены в GenBank на основе гомологии с консенсусными последовательностями. ! Анализ сдвига электрофоретической подвижности и конкуренции с использованием меченого двухцепочечного олигонуклеотида LTR1/LTR1-C в качестве матрицы и
ядерного экстракта из клеток линии Дигка!. а, б - основные комплексы белок-ДНК, с -свободный меченый олигонуклеотидный зонд;. Дорожка 1, без добавления конкурента. Дорожки 2-9, сдвиг электрофоретической подвижности с добавлением 10 - и 20-кратного молярного избытка различных немеченых двухцепочечных олигонуклеотидов-конкурентов: дорожки 2,3 - ЬПИДЛТИ-С; дорожки 4,5 - ЬТК2/ЬТК2-С; полосы 6,7 - Н1У/Н1У-С; полосы 8,9 -Н1УМ/Н1УМ-С. С. Двумерный электрофорез ДНК-белковых комплексов 1ЛТ1 HERV-K: первое направление, неденатурирующий 10% полиакриламидный гель; второе направление, 12% ЗРБ полиакриламидный гель после УФ-сшивки комплексов. а1 (Е1ШЗР1), а2 (ERLBF2), аЗ (ЕРХВЁЗ) и б, белки, которые связываются с 1ЛИ.
Рис. 22. Защита фрагмента 1ЛИ-Р/590-К. HERV-K LTR от действия ДНКазы I . Полоса 1, А + й последовательность (маркер). Дорожка 2, добавлено 50 мкг очищенного белка ядерного экстракта. Дорожка 3, белок не добавлялся.
Для оценки общей консервативности и стабильности этого региона в эволюции было сделано выравнивание полноразмерных последовательностей НЕКУ-К LTR из ОепВапк. Область связывания белков показана на рис. 21А. Видно, что участок длиной 6 п.о. делетирован у трех LTR молодого подсемейства, но сохраняется у трех LTR старого подсемейства. Как
видно из рис. 22, эта делеция лежит в самом центре участка, защищенного белком (белками). Для изучения роли этой делеции в связывании белка были приготовлены два двунитевых олигонуклеотида, представляющие консенсусную последовательность каждой из двух групп и использованы для анализа методом сдвига электрофоретической подвижности (рис. 21Б). Дорожка 1 показывает результат сдвига электрофоретической подвижности при использовании в качестве зонда двухцепочечного олигонуклеотида ЬТК1/ЬТК1-С и ядерного экстракта из клеток .1игка1. Этот олигонуклеотид имеет консенсусную последовательность молодого подсемейства ЬТЯ, содержащего ААЛАвА (рис. 21А). Помимо двух основных видимых полос торможения а и б (рис. 21Б), детектируются также несколько слабых полос. На других дорожках показаны результаты подобного эксперимента в присутствии 10- и 20-кратного молярного избытка различных немеченых конкурентов, которые либо содержали (олигонуклеотид ЬТШЛЛТи-С, идентичный зонду) или не содержали (олигонуклеотид ЬТК2/ЬТК2-С) сайта, делегированного в ЬТЯ молодого подсемейства (полосы 2,3 и 3,4, соответственно). Дорожки б, 7, и 8, 9 содержат в качестве конкурентов олигонуклеотиды, представляющие соответственно нативную и мутированную энхансерные области вируса иммунодефицита человека типа 1 (№ко1аеу е1 а1., 1996). Видно, что белок (белки) главной полосы торможения (а) легко вытесняется из комплекса с меченым олигонуклеотидом относительно небольшим молярным избытком обоих олигонуклеотидных конкурентов независимо от наличия 6 п.о. делеции. В то же время последовательность лентивирусного энхансера не конкурирует за связывание белковых факторов, связывающихся с последовательностью ЬТИ. Интенсивность полосы (Ь) изменялась незначительно при добавлении как олигонуклеотидов НЕЯУ-К, так и ВИЧ-1, указывая низкую специфичность связывания белка в этом комплексе. Таким образом, только белок (белки), отвечающие за появление полосы торможения (а) можно считать специфически связывающимися с ЬТЯ НЕЯУ-К. Несмотря на существенные различия между первичными структурами участка связывания, 1ЛТ1 обоих подсемейств НЕЯУ-К способны к образованию специфического комплекса с тем же самым белком (белками) ядерного экстракта клеток ,1игка1. Таким образом, белки, которые образуют комплексы а и Ь с последовательностью НЕЯУ-К ЬТЯ, присутствуют в различных типах клеток человека и млекопитающих, сшиваются с ДНК УФ-светом, т.е. они находятся в тесном контакте с ней. Это объясняет довольно большую протяженность (около 30 п.о.) области, защищенной этими белками от расщепления ДНК-азой I.
Далее мы локализовали участок связывания этих факторов с большей точностью. С этой целью был синтезирован набор двунитевых олигонуклеотидов, перекрывающих различные участки внутри последовательности ЬТЯ, и их способность связывать комплекс ЕЯЬВБ была проверена методом ЕМБА с ядерными экстрактами из различных линий клеток (рис. 23). Как
видно из рисунка, короткий олигонуклеотид длиной 21 п о. (рис. 23В) способен связываться специфически с белками, но вместо одной полосы торможения ДНК-белкового комплекса наблюдаются две.
Для определения белкового состава комплексов с коротким (21 п.о.) олигонуклеотидом, мы проводили двумерный анализ EMSA с промежуточным сшиванием ДНК с белками при помощи ультрафиолетового излучения. Из рисунка (рис. 24Б) видно, что один из комплексов с олигонуклеотидом длиной 21 п.о. включает белковые факторы ERLBF1, ERLBF2 и ERLBF3, а другой (с большей электрофоретической подвижностью) - содержит только факторы ERLBF1 и ERLBF2. Вместе с тем, общий белковый состав комплекса с олигонуклеотидом длиной 21 п.о. не отличается от такового для комплекса, образованного с более длинным олигонуклеотидом (рис. 24Б).
Следует отметить, что состав комплексов области U3 LTR HERV-K сильно зависит от состояния клеток. Известно, что тепловой шок (Moggs and Orphanides, 2003) и митогены, такие как фитогемагглютинин и форболовые эфиры (Gurskaya et al., 1996), оказывают большое влияние на профиль экспрессии генов в клетке. Митогены, например, индуцируют продукцию эндогенных ретровирусов (Tacke et al., 2003). Мы исследовали влияние теплового шока и индукции клеток Jurkat митогенами на состав белкового комплекса, связывающегося с 5'-частью области U3 LTR HERV-K (рис. 24В, Г). Из рисунка видно, что в условиях теплового шока и при действии митогенов ДНК-белковый комплекс утрачивает фактор ERLBF3, тогда как факторы ERLBF1 и ERLBF2 остаются связанными с ДНК.
Полученные результаты показывают, что, по крайней мере, некоторые LTR HERV-K сохранили способность специфического взаимодействия с белками клеток, что является важным условием их участия в функциональной регуляции генома.
Рис. 23. Элекгрофореграмма сдвига подвижности (EMSA) ДНК-белковых комплексов, сформированных при добавлении 5 и 10 мкг белка ядерных экстрактов из клеточных линий Jurkat, Krebs-II и HeLa. В качестве зонда использовали двушгтевые олигонуклеотиды длиной (А) 30 п.о. и (В) 21 п о., содержащие участок связывания ERLBF.
* /
s^ £ £
I 2
m
6.2. Связывание белков с негативным регуляторнъш элементом (НРЭ)
Выше было показано, что частичная делецня области U5 приводила к повышению промоторной активности LTR независимо от его ориентации. Подобные негативные регуляторные элементы были описаны для пенистого вируса (foamy virus) человека (Seiki et al., 1990), и вируса Т-клеточного лейкоза 1 (HTLV-1) (Seiki et al, 1990, Okumura et al.,1996).
Для проверки способности содержащего НРЭ фрагмента специфически связывать клеточные белки, фрагмент LTR L47334 длиной 136 п.о. радиоактивно метили ПЦР-амплификацией и использовали для EMSA с ядерными экстрактами из нескольких клеточных линий (рис. 25). Видно, что белки, способные связываться с НРЭ-содержащим фрагментом, обнаруживаются во всех проверенных клеточных линиях. В экспериментах с конкурентным связыванием немеченого фрагмента, содержащего НРЭ, была подтверждена специфичность взаимодействия (не показано).
Количество связавшихся белков было различным для ядерных экстрактов из различных клеток, о чем свидетельствует различная интенсивность соответствующих ДНК-белковым комплексам полос. При этом интенсивность полос связывания, соответствующих
л
I г
ЛЧ £ * =
Рис. 24. Результаты эксперимента по ЕМЭА с использованием олигонуклеотида длиной 21 по. (А), и белковый состав комплексов (Б, В, Г), полученный по результатам двумерного ЕМ5А с ульрафиолетовой сшивкой.
комплексам белковых факторов ERLBF1, 2 и 3 с 5'-участком области Ш ЬТЛ, была практически одинаковой при использовании разных ядерных экстрактов (рис. 25).
Таким образом, область ЬТЯ Ь47334, содержащая негативный регуляторный элемент, тканеспецифично связывает клеточные белки, которые, возможно, отвечают за свойства НРЭ.
6.3. Выделение и идентификация белков ЕП[.ВЕ1, 2 и 3, специфически связывающихся с £77? ПЕКУ-К
Ранее группу факторов ЕЯЬВР мы выявляли в клетках китайского хомячка, и, так как системы регуляции транскрипции у человека и грызунов весьма похожи,
ЮЦмЦ.'.И"
-М
Рис. 25. ЕМЭА с использованием в качестве зонда 5'-участка области из ЬТЯ Ь47334 и участка области 45, содержащего негативный регуляторный элемент. Под соответствующими дорожками приведены клеточные линии, использованные для приготовления ядерных экстрактов. Стрелками обозначены два основных ДНК-белковых комплекса.
мы предположили, что искомые белки могут содержаться и в опухолевых клетках грызунов. Поэтому в качестве источника ядерных белков далее использовали клетки перевиваемой асцитной карциномы мышей Krebs-II, из которых выделяли ядерный экстракт. Из рис. 26 видно, что в ядерном экстракте из асцитной опухоли мышей присутствует интересующий нас специфический белковый комплекс в количествах, сравнимых с содержанием его в больших объемах суспензионных культур клеток (например, Jurkat).
Основным методом для выделения и очистки ДНК-связывающих белков из ядерных экстрактов клеток является метод ДНК-аффинной хроматографии [Kadonaga and Tjian, 1986].
♦ А
Рис. 26. Сравнение содержания комплексов олигонуклеотида с белками ЕШЛЗР ядерных экстрактов, выделенных из клеток .1игка1 и асцитной опухоли мышей КгеЬз-П. Дорожки 1,2 - ядерный экстракт из клеток .1игка1. Дорожки 3-6 - ядерный экстракт из клеток асцитной эпителиальной карциномы мышей. А - ДНК-белковый комплекс, В - свободный олигонуклеотид.
+ В
Используется аффинная колонка, в которой к сефарозе пришиты предварительно лигированные олигонуклеотиды, содержащие сайт связывания определенного белка (Arndt-Jovin et al., 1975). В процессе элюции слабо связывающихся белков происходят большие (до 80%) потери специфических белков (таблица 5), их окончательный выход снижается. В целом, метод достаточно трудоемок, так как требует приготовления специального аффинного носителя для конкретного выделяемого белка (комплекса белков). К тому же, большие потери специфических белков в процессе их выделения требуют значительного увеличения объема исходного материала и возрастания расхода сопутствующих материалов на всех этапах получения белков в количествах, необходимых для их надежной идентификации.
Для оптимизации процедуры выделения и выхода факторов ERLBF мы разработали альтернативный метод очистки ДНК-связывающих белков с использованием иммобилизованного на агарозе гепарина. Повторяющееся олигосахаридное звено гепарина можно рассматривать как аналог фосфатного остова ДНК, поэтому большинство белков, специфически связывающихся с ДНК, имеют сродство к гепарину (Genersch et al., 1995; Cheng et al., 1997; Gadgil et al., 1999). В то же время, сродство этих белков к ДНК, содержащей последовательность их специфических сайтов связывания, гораздо выше, чем к гепарину, что позволяет быстро и эффективно выделять их при помощи элюции низкосолевым буфером, содержащим такую ДНК (рис. 27). На первом этапе белки ядерного экстракта из клеток асцитной карциномы мышей Krebs-П наносили на колонку с гепарин-агарозным носителем, как для первого этапа ДНК-аффинной хроматографии. Затем колонку промывали буфером, содержавшим 0,2 М КС1, т.е., в концентрации, при которой специфические белки с колонки не элюируются. Далее белковые факторы ERLBF элюировали тем же буфером с добавлением меченого 32Р двунитевого синтетическиго олигонуклеотида, содержащего последовательность, соответствующую участку связывания ERLBF. Элюированные с колонки фракции анализировали методом EMSA. Олигонуклеотид сорбирует белки из комплекса с гепарином, в результате чего на выходе с колонки выявляются высокоаффинные комплексы белков с олигонуклеотидом, совпадающие по электрофоретической подвижности с комплексами, получаемыми при использовании исходного ядерного экстракта. Разработанный нами метод очистки ДНК-связывающих белков дает возможность получать эти белки в виде комплексов с олигонуклеотидом.
Таблица 5. Очистка ДНК-связывающих белков на гепарин-агарозе с помощью аффинной элюции олигонуклеотидом.
Фракция Белок (мкг) Белок (%) Связывающая Очистка
активность (%) (кратность)
Исходный ядерный 3200 100 100 1
экстракт
Белки, элюированные с гепарин-агарозы 270 8,5 92 11
Белки с ДНК-афинной колонки 0,16 0,005 10 2000
Белки, элюированные с гепарин-агарозы двуцепочечным олигонуклеотидом 1,8 0,06 80 1400
Для оптимизации процесса очистки факторов Е11ЬВР были проведены следующие
эксперименты:
1. Определение ёмкости гепарин-агарозной колонки. В этой серии экспериментов колонку с гепарин-агарозой (0,5 мл) последовательно нагружали возрастающими количествами ядерного экстракта. Насыщение гепарин-агарозы факторами ЕЯЬВР происходило при нанесении на колонку 6,4 мг белка ядерного экстракта. Во всех экспериментах этой серии на колонку наносили не более 4 мг исходного белка.
2. Анализ полноты элюции факторов Е11ЬВР с колонки двунитевым специфическим олигонуклеотидом. После элюции белков посредством олигонуклеотида, колонку промывали 0,5 М КС1. Количество белков, элюируемых дополнительно высокосолевым буфером,
незначительно.
Яде|шмй йыковыИ ЖСТ|К1КГ
I
Колонка с гепярии-ш эрошй
Элюннм ДИК-
СВЯ1Ы П:110111II \
белков буферам, содержащим ;|Ву!1ИГСНОЙ 0ЛИГО»укЛСО1Н1
Про
Колонка с гснярнн-агароюй
Комплексы белка с олигоиуклеотидо
Гепарин
Олшонуклеотнд
Белок, не снизывающийся с генарнном
Ьелок. не спяшнакицийся с олигонуклеотидом Полок, сняшвякиинися с олнгонуклеош-юм
Рис.27. Схема очистки ДНК-связывающих белков методом аффинной элюции.
Выделение факторов ERLBF из 1 мл ядерного экстракта (концентрация тотального белка 2,5 мг/мл) проводили после оптимизации условий с использованием не содержащего радиоактивной метки олигонуклеотида. Элюат концентрировали, переосаждая трихлоруксусной кислотой, и анализировали электрофорезом в денатурирующих условиях. На рис. 28 видны три мажорных белка с молекулярными массами от 60 до 70 кДа, не отличающиеся от полученных методом аффинной хроматографии. В таблице 5 приведены результаты очистки факторов ERLBF методом аффинной элюции в сравнении с методом ДНК-аффинной хроматографии. Анализ представленных в таблице результатов позволяет сделать вывод, что использование примененного нами метода позволяет получить из ядерного экстракта с выходом примерно на порядок большим, чем при ДНК-аффинной хроматографии, в одну стадию высокоочищенные ДНК-связывающие белки при кратности их очистки в 1400 раз.
Метод аффинной элюции обладает следующими преимуществами по сравнению с ДНК-аффинной хроматографией:
1. Простота и высокая скорость выделения - искомый белок может быть выделен в одну стадию за один день;
2. В несколько раз меньшие потери целевого белка;
3. Отсутствие необходимости приготовления специального аффинного носителя для каждого выделяемого белка.
Белки ERLBF1, 2 и 3, выделенные после аффинной элюции с гепарин-агарозы двунитевым олигонуклеотидом и затем разделенные с помощью ЭФ в ПААГ (рис. 28), анализировали методом MALDI-TOF-MS (Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization Time-ofFlight Mass Spectrometry) (Shevchenko et a!., 1996). Каждый из белков ERLBF(l-3) гидролизовали
k[b 44 -
M E№ BP*"
Ub ' '
, i Щ
a
Рис. 28. Электрофорез в полиакриламидном геле белков ERLBF, выделенных двумя способами, (а) белковые факторы ERLBF, полученные при помощи аффинной элюции. Окраска Brilliant Blue R. (б) белковые факторы ERLBF, полученные методом ДНК-аффинной хроматографии. Окраска серебряным реагентом. М -маркер молекулярных масс.
трипсином и осуществляли масс-спектрометрический анализ полученных пептидов. Молекулярные массы выявленных пептидов сравнивали с молекулярными массами пептидов, входящих в базу данных MASCOT с последующей идентификацией наиболее вероятных белков, содержащих выявленные пептиды. По результатам анализа ERLBF-1 (Score 115) соответствовал конститутивному белку теплового шока Hsc70 (Heat shock 70 kDa protein 8, isoform 1, Homo sapiens) (рис. 29, таблица 6). MALDI-TOF-MS-анализ белков ERLBF(l-3) проводили 6 раз, при этом для выделения белков использовали ядерный экстракт, полученный в разное время. В итоге определили значительную часть аминокислотной последовательности ERLBF-1, которая на 66% совпадает со структурой белка теплового шока Hsc70 (рис. 30).
MASCOT-анализ пептидов, полученных в результате триптического гидролиза ERLBF-2 и ERLBF-3, не выявил известных белков, включая гипотетические. Вероятно, ERLBF2 и ERLBF3 могут быть новыми белками, поскольку в настоящее время отсутствуют данные о непосредственном взаимодействии белков теплового шока, в частности Hsc70, с нуклеиновыми кислотами, возможно, что эту функцию в составе комплекса ERLBF(l-3)-flHK выполняет ERLBF-2.
Дальнейшую идентификацию ERLBF проводили при помощи иммунологического анализа. Поликлонапьные антитела (IgG фракция) к рекомбинантному Hsc70 (любезно предоставлен д-ром M. Ladjimi, Université Pierre & Marie Curie, France) были получены E.B. Свирщевской (ИБХ PAH). EMSA анализ проводили по стандартной методике, но к белку в составе реакционной смеси EMSA добавляли антитела. При специфическом взаимодействии белка с антителами, связывающимися с меченым фрагментом, формируется комплекс ДНК с белком и антителом, обладающий меньшей электрофоретической подвижностью, чем исходный ДНК-белковый комплекс. Дополнительный сдвиг электрофоретической подвижности (supershift) свидетельствует о том, что добавленные антитела специфически связываются с белком, входящим в комплекс с ДНК. В присутствии антител (рис. 31) образуется комплекс ДНК-белок-антитело, который имеет меньшую электрофоретическую подвижность, чем комплекс ДНК-белок.
Рис. 29. Масс-спектр триптического гидролизата белкового фактора ERLBF-1.
mskgpavgidlgttvscvgvfqhgkveiiandqgnrttpsvvaftdterligdaaknqvarnnptiitvfdakrlig
rrfddavvqsdmkhwpfrnvvndagrpkvqveykgetksfvpeevssmvltkmkeiaeaylgktvtnavvtv
payfndsqrqatkdagtiaglnvlriineptaaaiaygldkkvgaernvlifdlgggtfdvsiltiedgifevkstagd
thlggedfdnrmvnhfiaefkrkhkkdisenkravrrlrtacerakrtlssstqasieidslyegidfytsitrarfeel
nadlfrgtldpvekalrdakldksqihdivlyggstripkiqkllqdffngkelnksinpdeavaygaavqaailsg
dksenvqdlllldvtplslgietaggvmtvlikrnttiptkqtqtfttvsdnqpgvliqvyegeramtkdnnllgkfel
tgippaprgvpqievtfdidangilnvsavdkstgkenkititndkgrlskedierrnvqeaekykaedekqrdkv
ssknslesvafnmkatvedeklqgkindedkqkildkcneiinwldknqtaekeefehqqkelekvcnpiitkly
qsaggmpgg mpggfpgggappsggassgptieevd
Рис. 30. Аминокислотная последовательность белка Hsc70 (ААН16660, Heat shock 70kDa protein 8, isoform 1, Homo sapiens). Идентифицированные триптические пептиды подчёркнуты.
Таким образом, поскольку антитела к Hsc70 специфически взаимодействуют со своим антигеном в комплексе с меченым фрагментом ДНК, одним из белков комплекса является белок Hsc70.
Таблица 6. Пептиды, совпадающие с картой конститутивного белка теплового шока массой 70 кДа (NM 031165, heat shock 70kD protein 8; heat shock protein cognate 70, Mus musculus).
Mr Mr Пептид
(набл.) (ожид.)
1197.68 1196.67 FELTGIPPAPR
1199.68 1198.68 DAGTIAGLNVLR
1228.64 1227.63 VEIIANDQGNR
1251.62 1250.61 MVNHFIAEFK
1253.62 1252.61 FEELNADLFR
1426.64 1425.63 RFDDAWQSDMK
1481.76 1480.75 SQIHDIVLVGGSTR
1487.67 1486.66 TTPSYVAFTDTER
1665.75 1664.74 NQVAMNPTNTVFDAK
1669.78 1668.77 HWPFMVVNDAGRPK
1691.68 1690.67 STAGDTHLGGEDFDNR
1981.97 1980.96 TVTNAVVTVPAYFNDSQR
1457.71 1456.70 ELEKVCNPIITK
1616.74 1615.73 SFYPEEVSSMVLTK
1659.84 1658.83 IINEPTAAAIAYGLDK
1745.79 1744.78 NQTAEKEEFEHQQK
2260.26 2259.26 SINPDEAVAYGAAVQAAILSGDK
2774.64 2773.63 QTQTFTTYSDNQPGVLIQVYEGER
Для подтверждения полученных выше результатов мы исследовали возможность взаимодействия белков фракции ЕЯЬВР с моноклональными антителами к №с70 (любезно предоставлены Б.А.Маргулисом, Институт Цитологии РАН, С-Петербург, Россия). Белки фракции ЕКЬВР разделяли электрофорезом в ПААГ (рис. 32а), переносили их на Р\Т)Р-мембрану и инкубировали с антителами к №с70 (рис. 326). На дорожке 3 в элюате белков
ядерного экстракта Krebs-II с гепарин-агарозной колонки, наблюдается отчетливый сигнал комплекса на уровне контрольного сигнала на дорожке 2, на которую нанесен маркер из трех белков: Hsc (70 kDa), BSA (67 kDa) и GDG (60 kDa). Сигнал соответствует белку Hsc70. Во фракции белков тотального ядерного экстракта Krebs-II (дорожки 4,5) сигнал комплекса обнаруживается в той же зоне. Таким образом, во фракции белков элюата ядерного экстракта с гепарин-агарозы в зоне подвижности ERLBF1 выявлен белок, гомологичный Hsc70 и образующий комплекс с его антителами. Данные western-блот анализа с моноклональными антителами к Hsc70 подтверждают результаты EMS A ERLBF и идентификации ERLBF1 методом MALDI-TOF-MS. Следовательно, в составе комплекса белков ERLBFI-3 с ДНК обнаруживается белок, который по триптической пептидной карте и антигенным детерминантам идентифицирован как конститутивный белок теплового шока Hsc70.
-л Рис. 31. Результат эксперимента по дополнительному сдвигу
электрофоретической подвижности в присутствии антител. А, Б, - зоны сдвига комплексов белок-ДНК-антитело; В - зона сдвига комплекса белок-ДНК; Г свободный фрагмент ДНК. Дор. I - без добавления ядерного в экстракта; 2 1 мкг ядерного экстракта из клеточной линии ,1игка1; 3 - 1мкг экстракта 1игка( + 10 мкп анти-Н8с70 (15 мкг); 4 1 мкг ядерного экстракта из клеточной линии НсЬа; 5 - 1 мкг экстракта 11еЬа + 10 мкл анти-Н5с70 (15 мкг).
I 2 3 4 5
Рис. 32. Результат Western-блот анализа ERLBF с антителами к Hsc70. а -электрофореграмма белков фракции ERLBF в ПААГ; б - PVDF-мембрана с иммобилизованными белками, полученная как реплика с ПААГ (идентичного ПААГ на рис. 32а) и обработанная моноклональными антителами к Hsc70. Вторичные антитела конъюгированы с пероксидазой, в качестве субстрата использовали 4-хлор-1-нафтол. 1,6 -белковые маркеры BioRad. 2 - смесь белков Hsc70 (70 кДа), BSA (67 кДа) и GDG (60 кДа). 3 -ERLBF, элюат с гепарин-агарозы. 4,5 - ядерный экстракт Krebs II (соотв., 20 и 40 мкг).
5. ОСНОВНЫЕ ВЫВОДЫ
1. Разработана стратегия идентификации и картирования потенциальных энхансеров в протяженных областях генома. С ее помощью идентифицировано и картировано 15 потенциальных энхансеров в локусе хромосомы 19 человека между генами FXYD5 и СОХ7А1. Показано, что потенциальные энхансеры специфически взаимодействуют с ядерными белками.
13 из 15 обнаруженных последовательностей проявляют энхансерную активность в системе экспрессии репортерного гена. Таким образом, с помощью разработанной стратегии удается обнаруживать свыше 80% потенциальных энхансерных элементов в протяженных областях генома.
2. С помощью ранее разработанного нами метода позитивно-негативной селекции энхансер-блокирующих элементов генома идентифицировано и картировано 10 новых потенциальных инсуляторов в локусе хромосомы 19 человека между генами FXYD5 и СОХ7А1. Проведен анализ энхансер-блокирующей активности обнаруженных нами ранее методом двумерного EMSA 10 CTCF-связывающих фрагментов ДНК. Все исследованные CTCF-связывающие последовательности проявляют энхансер-блокирующую активность в данной системе. Возможно, это является общим свойством CTCF-связывающих фрагментов ДНК.
3. Для демонстрации универсальности разработанного нами ранее метода двумерного EMSA выявлены и картированы 77 участков области глобиновых генов кур, способных специфически связываться с фактором транскрипции CTCF. Методом иммунопреципитации хроматина показана повышенная степень связывания трех CTCF-связывающих фрагментов в клетках эритроидного типа по сравнению с лимфоидными клетками.
4. На примере LTR семейства HERV-K (HML-2) исследован потенциальный спектр регуляторных элементов, принадлежащих рассеянным по геному мобильным элементам. Показано наличие промоторной активности LTR эндогенных ретровирусов человека семейства HERV-K в различных клеточных линиях человека и грызунов и выявлена ее тканеспецифичность. Обнаружено, что находящийся в составе LTR регуляторный элемент, подавляющий активность его промотора, остается активным во всех линиях клеток. Показана также тканеспецифичность энхансерной активности LTR. Таким образом, установлено, что LTR HERV-K обладают уникальным пакетом тканеспецифичных регуляторных элементов. Их обнаружение в области генов должно исследоваться с точки зрения возможного участия в регуляции активности данных генов.
5. Разработан метод выделения ДНК-связывающих белков и с его помощью очищены три ранее неизвестных белка ERLBF1, ERLBF2 и ERLBF3 (Endogenous Retrovirus LTR Binding Factors), образующих специфический комплекс с 5'-областью LTR HERV-K. Один из белков идентифицирован как конститутивно экспрессирующийся белок, сходный с белком теплового шока Hsc70. Полученные результаты показывают, что, по крайней мере, некоторые LTR HERV-
К сохранили способность специфического взаимодействия с регуляторными белками клеток, что объясняет их функциональную активность.
СТАТЬИ ПО ТЕМЕ ДИССЕРТАЦИИ
1. Nikolaev, L.G., S.B. Akopov, I.P. Chernov, E.D. Sverdlov. 2007. Maps of cis-regulatory nodes in
megabase long genome segments are an inevitable intermediate step toward whole genome functional mapping. Current Genomics 8: 137-149.
2. Акопов, С.Б., И.П. Чернов, A.C. Ветчинова, С.С. Буланенкова, Л.Г. Николаев. 2007.
Идентификация и картирование цис-регуляторных элементов внутри длинных геномных последовательностей. Молек. биология 41: 787-792
3. Акопов, С.Б., И.П. Чернов, С.С. Буланенкова, В. Скворцова, А.С. Ветчинова, Л.Г. Николаев.
2007. Методы идентификации эпигенетических элементов млекопитающих в длинных мультигенных геномных последовательностях. Биохимия 72: 725-732. 4.. Chernov, I.P., К.А. Timchenko, S.B. Akopov, L.G. Nikolaev, E.D. Sverdlov. 2007. Identification of tissue-specific DNA-protein binding sites by means of two-dimensional electrophoretic mobility shift assay display. Anal. Biochem. 364: 60-66.
5. Vetchinova, A.S., S.B. Akopov, I.P. Chernov, L.G. Nikolaev, E.D. Sverdlov. 2006. Two-
dimensional electrophoretic mobility shift assay: identification and mapping of transcription factor CTCF target sequences within an FXYD5-COX7A1 region of human chromosome 19. Anal. Biochem. 354: 85-93.
6. Akopov, S.B., V.M. Ruda, V.V. Batrak, A S. Vetchinova, I.P. Chernov, L.G. Nikolaev, J. Bode,
E.D. Sverdlov. 2006. Identification, genome mapping, and CTCF binding of potential insulators within the FXYD5-COX7A1 locus of human chromosome 19ql3.12. Mamm. Genome 17: 1042-1049.
7. Сасс, A.B., B.M. Руда, С.Б. Акопов, E.B. Снежков, Л.Г. Николаев, Е.Д Свердлов. 2005.
Исследование регуляторного потенциала S/MAR-элементов при временной экспрессии. Биоорганич. химия 31: 77-81.
8. Iarovaia, O.V., S.B. Akopov, L.G. Nikolaev, E.D. Sverdlov, S.V. Razin. 2005. Induction of
transcription within chromosomal DNA loops flanked by MAR elements causes an association of loop DNA with the nuclear matrix. Nucleic Acids Res. 33: 4157-4163.
9. Чернов, И.П., С.Б. Акопов, Л.Г.Николаев. 2004. Структура и функции участков прикрепления
ДНК к ядерному матриксу (S/MARs). Биоорганич. химия 30: 3-14.
10. Акопов, С.Б., Л.Г. Николаев, О.Ю. Тырсин, А.С. Рузов, Е.Д. Свердлов. 1997.
Идентификация и характеристики 14 последовательностей китайского хомячка, предпочтительно связывающихся с ядерным матриксом. Биоорганич. химия 23: 727-731.
11. Nikolaev, L.G., Т. Tsevegiyn, S.B. Akopov, L.K. Ashworth, and E.D. Sverdlov. 1996.
Construction of a chromosome specific library of human MARs and mapping of matrix attachment regions on human chromosome 19. Nucleic Acids Res. 24: 1330-1336.
12. Akopov SB, Nikolaev LG, Khil PP, Lebedev YB, Sverdlov ED. 1998.
Long terminal repeats of human endogenous retrovirus К family (HERV-K) specifically bind host cell nuclear proteins. FEBSLett 421(3):229-233
13. Vinogradova, Т. V„ Leppik, L. P., Nikolaev, L. G., Akopov, S. В., Kleiman, A. M.,Senyuta,N. В.,
and Sverdlov, E. D. 2001. Solitary human endogenous retroviruses-K LTRs retain transcriptional activity in vivo, the mode of which is different in different cell types, Virology 290, 83-90.
14. Trubetskoy DO, Zavalova LL, Akopov SB, Nikolaev LG. 2002.
Purification of proteins specifically binding human endogenous retrovirus long terminal repeat by affinity elution chromatography. JChromatogr A. Nov 8:976(1-2) :9S-W\
15. А.Н.Доманский, С.Б.Акопов, Ю.Б.Лебедев, Л.Г.Николаев, Е.Д.Свердлов. 2002.
Энхансерная активность вневирусного длинного концевого повтора эндогенного ретровируса человека семейства HERV-K. Биоорганич. химия 28: 341-345.
16. Ruda VM, Akopov SB, Trubetskoy DO, Manuylov NL, Vetchinova AS, Zavalova LL,
Nikolaev LG, Sverdlov ED. 2004. Tissue specificity of enhancer and promoter activities of a HERV-K(HML-2) LTR. Virus Res. Aug;l04(l):U-6.
17. Igor P. Chernov, Elena A. Stukacheva, Sergey B. Akopov, Dmitry A. Didych,
Lev G. Nikolaev, and Eugene D. Sverdlov. 2008. A new technique for selective identification and mapping of enhancers within long genomic sequences. Biotechniques. May;44(6):115-iA
18. С.Б.Акопов, И.П.Чернов, Т.Вальстрем, М.Б.Костина, Г.Кляйн, М.Хенрикссон,
Л.Г.Николаев. 2008. Идентификация участков узнавания для белков системы Myc/Max/Mxd на хромосоме 19 человека путем селективного связывания. Биохимия 73: 1569-1579.
19. Д.А.Дидыч, Н.А. Смирнов, Е.С.Котова, С.Б.Акопов, Л.Г.Николаев, Е.Д.Свердлов.
2011.Функциональная диссекцияэнхансерного элемента, расположенного во втором интроне гена U2AF1L4 человека Биохимия 76: 951-957.
20. Дидыч Д А., Акопов С.Б., Снежков Е.В., Скапцова Н.В., Николаев Л.Г., Свердлов Е.Д.
2009. «Идентификация и картирование 10 новых потенциальных инсуляторов в области FXYD5-COX7A1 хромосомы 19ql3.12 человека». Биохимия 74(7), 728-733.
21. Н А. Смирнов, Д.А. Дидыч, С.Б. Акопов, Л.Г. Николаев, Е.Д. Свердлов. 2013.0ценка
энхансер-блокирующей активности инсуляторов при помощи транзиентной трансфекцин Биохимия 78, 895-903.
22. D A. Didych, E.S. Kotova, S.B. Akopov, L.G. Nikolaev5, E.D. Sverdlov. 2012 DNA
fragments binding CTCF in vitro and in vivo are capable of blocking enhancer activity. BMC Res Notes. Apr 5:5(1): 178.
23. Nikolaev L.G, Akopov S.B., Didych D.A., Sverdlov E.D. 2009. Vertebrate protein CTCF and
its multiple roles in a large-scale regulation of genome activity Current Genomics,, 8:137-149
24. Котова E., Дидыч Д., Акопов С., Николаев Л., Свердлов Е. 2013. Экспрессия гена
CTCF кур в клетках COS-1 и получение обогащенной белком CTCF фракции.. Биохимия 78, 879-83.
25. Е. S. Kotova, S. В. Akopov, Е. D. Sverdlov, L. G. Nikolaev Transcription factor CTCF and
mammalian genome organization. 2014. Biopolymers and Cell 30, 260-272.
Подписано в печать:
11.02.2015
Заказ Л® 10541 Тираж - 100 экз. Печать трафаретная. Типография «11-й ФОРМАТ» ИНН 7726330900 115230, Москва, Варшавское ш., 36 (499) 788-78-56 www.autoreferat.ru
-
Акопов, Сергей Борисович
-
доктора биологических наук
-
Москва, 2015
-
ВАК 03.01.03
- Анализ энхансерных РНК, инсуляторных белков и модификаций хроматина в генетических конструкциях, трансфецированных в клетки дрозофилы
- Генетический анализ нового семейства регуляторных генов у Drosophila melanogaster
- Идентификация и анализ активностей регуляторных элементов хромосомы 19 человека
- Взаимодействие энхансеров, промоторов и инсуляторов в модельных системах на основе мобильных элементов Drozophila melanogaster
- Взаимодействие энханстеров, промоторов и инсуляторов в модельных системах на основе мобильных элементов Drozophila melanuguster.
