Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему

Синтез олигорибонуклеотидов с помощью РНК-лигазы и полинуклеотидкиназы бактериофага Т4

ВАК РФ 03.00.23, Биотехнология

Содержание диссертации, доктора биологических наук, Ямковой, Виталий Иванович

Использованные сокращения.

Введение

Глава I. РНК-лигаза и полинуклеотидкиназа бактериофага Т4 (обзор литературы).

1. РНК-лигаза

1.1. Физико-химические свойства РНК-лигазы

1.1.1. Источник фермента, выделение и очистка

1.1.2. Стабильность РНК-лигазы

1.1.3. Тестирование РНК-лигазы

1.1.4. Структура РНК-лигазы.

1.2. Биохимические свойства РНК-лигазы

1.2.1. Механизм катализируемой РНК-лигазой реакции

1.2.2. Специфичность и кинетические свойства РНК-лигазы

1.2.3. Необычные свойства РНК-лигазы

1.3. Практическое использование РНК-лигазы

1.3.1. РНК-лигаза и синтез олигорибонуклеотидов

1.3.2. РНК-лигаза и синтез олигодезоксирибонуклеотидов

1.3.3. РНК-лигаза и синтез смешанных олигонуклеотидов

1.3.4. РНК-лигаза и синтез модифицированных олигонуклеотидов

1.3.5. Модификация природных полинуклеотидов.

2. Полинуклеотидкиназа

2.1. Физико-химические свойства полинуклеотидкиназы.64.

2.1.1. Источник фермента, выделение и очистка

2.1.2. Стабильность полинуклеотидкиназы

2.1.3. Тестирование полинуклеотидкиназы

2.1.4. Структура полинуклеотидкиназы

2.2. Биохимические свойства полинуклеотидкиназы

2.2.1. Механизм катализируемой полинуклеотидкиназой реакции.

2.2.2. Специфичность и кинетические свойства полинуклеотидкиназы.

2.2.3. Необычные свойства полинуклеотидкиназы.

2.3. Практическое использование полинуклеотидкиназы.

3. Резюме

Глава II. Материалы и методы.

1. Материалы.

2. Методы.

2.1. Получение хроматографического носителя RPC-7.:

2.2. Тестирование нуклеаз из яда кобры.

2.3. Выделение нуклеаз из яда кобры.

2.4. Получение гомогенных олигорибонуклеотидов.

2.5. Тестирование РНК-лигазы.

2.6. Выделение РНК-лигазы (вариант 1).

2.7. Выделение РНК-лигазы (вариант 2).

2.8. Выделение РНК-лигазы (вариант 3).

2.9. Выделение РНК-лигазы (вариант 4).

2.10. Определение молекулярного веса РНК-лигазы.

2.11. Тестирование полинуклеотидкиназы.

2.12. Выделение полинуклеотидкиназы (вариант 1).

2.13. Выделение полинуклеотидкиназы (вариант 2).

2.14. Иммобилизация и свойства иммобилизованной РНК-лигазы.

2.15. Иммобилизация и свойства иммобилизованной полинуклеотидкиназы.

2.16. Оптимизация условий РНК-лигазной реакции растворимый фермент).111.

2.17. Оптимизация условий РНК-лигазной реакции иммобилизованный фермент).113.

2.18. Оптимизация условий реакци фосфорилирования олигорибонуклеотидов иммобилизованная полинуклеотидкиназа).

2.19. Препаративный синтез гетероолигорибонуклеотидов (растворимая РНК-лигаза).

2.20. Препаративный синтез гетероолигорибонуклеотидов (иммобилизованная РНК-лигаза).

2.21. Препаративное фосфорилирование олигодезоксирибо-нуклеотидов (иммобилизованная полинуклеотидкиназа).

2.22. Твердофазный ферментативный синтез олигорибонуклеотидов.

Глава Ш. Ферменты, гомогенные олигорибонуклеотиды, хроматографический носитель.

1. РНК-лигаза бактериофага Т4.

1.1. Тестирование фермента.

1.2. Выделение фермента.

2. Полинуклеотидкиназа бактериофага Т4.

2.1 Тестирование фермента.

2.2. Выделение фермента.

3. Нуклеазы из яда кобры.

3.1 Тестирование эндонуклеазы.

3.2. Выделение ферментов.

4. Получение терминированных -фосфатом гомоолиго-рибонуклеотидов.

5. Хроматографический носитель с обращенной фазой.

Глава IV. Синтез олигорибонуклеотидов с помощью растворимой РНК-лигазы.

1. Оптимизация условий РНК-лигазной реакции.

2. Синтез гетероолигорибонуклеотидов с помощью растворимой

РНК-лигазы.

Глава V. Синтез олигорибонуклеотидов с помощью иммобилизованных РНК-лигазы и полинуклеотидкиназы.

1. Иммобилизация РНК-лигазы и полинуклеотидкиназы.

2. Применение иммобилизованных ферментов.

Глава VI. Твердофазный синтез олигорибонуклеотидов с помощью РНК-лигазы и полинуклеотидкиназы.

Введение Диссертация по биологии, на тему "Синтез олигорибонуклеотидов с помощью РНК-лигазы и полинуклеотидкиназы бактериофага Т4"

Синтетические олигорибонуклеотиды с определенной последовательностью гетероциклических оснований широко используются в качестве инструментов исследования для решения целого ряда проблем биоорганической химии и молекулярной биологии [1]. В частности, в последнее время такие соединения нашли применение для изучения нуклеиново-белкового узнавания, структуры и функционирования тРНК, механизма биосинтеза белка, репликации вирусных РНК, сплайсинга пре-мРНК [2]. Открытие рибозимных [3] и "антисмысловых" [4] свойств у сравнительно коротких олигорибонуклеотидов еще более увеличило интерес исследователей к этим соединениям. Широкое использование синтетических олигорибонуклеотидов для решения разнообразных исследовательских задач привело к достижению значительных результатов, которые послужили основой для постановки целого ряда прикладных разработок, направленных на применение олигонуклеотидов заданного строения в терапевтических целях, в диагностике и в экологии (в частности, для характеристики микробных сообществ в природных экосистемах).

Изложенное ставит задачу создания технологии синтеза олигорибонуклеотидов заданного строения как самостоятельной ветви биотехнологии, а именно - комплекса технологических процедур, обеспечивающих стандартное выполнение задачи, высокий выход и высокое качество целевых продуктов, хорошую воспроизводимость технологического процесса и его максимальную экономичность.

Создание основ такой технологии и представляет собой задачу настоящего исследования. При разработке стратегии решения этой задачи мы исходили из того, что наиболее перспективной является технология, основанная на ферментативном синтезе олигорибонуклеотидов заданного строения [5,6]. Преимуществом такого подхода является возможность проведения реакций в мягких условиях, что обеспечивает минимизацию возможности протекания побочных превращений, и, следовательно, повышает чистоту продукта. Высокая специфичность ферментов также способствует повышению качества продуктов и сводит до минимума или исключает вообще необходимость введения защитных групп, что является непременной компонентой процессов, основанных на химических методах синтеза (см., напр.[7]).

Известные к началу настоящей работы подходы к ферментативному синтезу олигорибонуклеотидов не в полной мере соответствовали сформулированным выше критериям. Прежде всего, практически отсутствовали разработки, направленные на препаративное применение ферментов для синтеза олигорибонуклеотидов. Выход целевых продуктов в известных лабораторных процедурах был достаточно низок. В случае РНК-лигазной реакции не была решена проблема «плохих акцепторов» - олигонуклеотидов, которые лишь с небольшим выходом удавалось соединить с донорами. Иными словами, состояние разработок в области ферментативного синтеза олигорибонуклеотидов к моменту начала данной работы не позволяло говорить о наличии технологии, удовлетворяющей сформулированным выше требованиям. Для решения поставленной в настоящей работе задачи было необходимо подробно исследовать реакции лигирования и фосфорилирования олигорибонуклеотидов, найти условия, которые позволили бы обойти отмеченные трудности и объединить эти реакции в единый комплекс технологических процедур. Создание такой технологии требовало решения ряда частных задач:

• разработки простых и экономичных способов выделения и методов тестирования активности всего комплекса ферментов пригодных для синтеза олигорибонуклеотидов;

• разработки эффективных форм применения ферментов в ходе синтеза целевых продуктов;

• оптимизации условий реакций лигирования (особенно для случая «плохих субстратов») и фосфорилирования олигорибонуклеотидов с целью повышения выхода целевых продуктов;

• объединения всех процедур в единый технологический комплекс.

В целом, задача работы может быть определена как разработка научных основ технологии ферментативного синтеза олигорибонуклеотидов заданного строения.

Заключение Диссертация по теме "Биотехнология", Ямковой, Виталий Иванович

ВЫВОДЫ

С целью создания замкнутой технологии ферментативного синтеза олигорибонуклеотидов заданного строения:

1. Разработаны простые и экономичные способы выделения и методы тестирования ключевых ферментов технологии: РНК-лигазы и полинуклеотидкиназы бактериофага Т4.

2. Разработаны оригинальные способы иммобилизации РНК-лигазы и полинуклеотидкиназы. РНК-лигаза иммобилизована впервые, при иммобилизации полинуклеотидкиназы впервые достигуто практически полное сохранение ее активности.

3. На основе детального исследования условий РНК-лигазной реакции впервые выявлены и изучены факторы, влияющие на ее ход, и найдены оптимальные условия этой реакции применительно к субстратам различной природы и к различным формам применения фермента (растворимый и иммобилизованный фермент). В результате, при сшивании «плохих» (уридиловых) акцепторов впервые достигнуты близкие к количественным выходы целевых продуктов.

4. Разработаны оптимальные условия реакции фосфорилирования олигонуклеотидов с помощью иммобилизованной полинуклеотидкиназы, обеспечивающие существенно более высокий выход фосфорилированных продуктов по сравнению с ранее достигнутым.

5. Впервые предложена и апробирована принципиально новая технология синтеза олигорибонуклеотидов с помощью РНК-лигазы и полинуклеотидкиназы - твердофазный ферментативный метод. Установлено, что: наилучшим носителем окисленных периодатом натрия олигорибонуклеотидов является гидразид сефарозы 4В; в реакции твердофазного лигирования минимальным реакционноспособным донором является динуклеотид, эффективность реакции не зависит от длины иммобилизованного олигорибонуклеотида вплоть до пентадекамера, уридиловые олигорибонуклеотиды реакционноспособнее адениловых; в реакции твердофазного фосфорилирования реакционная способность иммобилизованных олигорибонуклеотидов с увеличением их длины возрастает; уридиловые олигорибонуклеотиды реакционноспособнее адениловых.

В твердофазном ферментативном синтезе на гидразиде сефарозы 4В пройдено два шага, а именно, к иммобилизованному донору (рА)6рА°х дважды присоединен акцептор АрАрА. Выход (Ар))2 - 25%.

6. Разработан ресурсосберегающий способ выделения ферментов нуклеинового обмена из яда среднеазиатской кобры. Упрощена методика синтеза терминированных 5'-фосфатом гомоолигорибонуклеотидов. Для целей экспресс-анализа и выделения продуктов РНК-лигазной реакции получен новый хроматографический носитель.

На базе созданной технологической системы синтезирован в препаративных количествах ряд гетероолигорибонуклеотидов с длиной цепи от 6 до 15 мономерных единиц, моделирующих мРНК; полученные продукты использованы в совместных исследованиях (с сотрудниками НИБХ СО РАН) рибосомальных этапов биосинтеза белка и механизма функционирования рибосом про- и эукариот.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

Подводя итоги настоящего исследования, следует отметить, что в результате целенаправленной оптимизации были разработаны достаточно простые способы выделения высокоочищенных РНК-лигазы и полинуклеотидкиназы. Из 100 г биомассы E.coli В, инфицированной бактериофагом Т4 am N 82, этими способами может быть выделено 172 нмоль РНК-лигазы и 156500 ед.акт. полинуклеотидкиназы. Технология синтеза олигорибонуклеотидов в растворе позволяет получить с помощью РНК-лигазы из тринуклеозиддифосфата ApUpG и соответствующих доноров 800 ОЕ2бо нонарибонуклеотида ApUpG(pU)6 и 105 ОЕ2бо пентадекарибонуклеотида ApUpG(pU)6(pA)5pAp, затратив 47 нмоль фермента. Такое количество РНК-лигазы может быть выделено из 27 г биомассы. Технология синтеза олигорибонуклеотидов с помощью иммобилизованных ферментов еще экономичнее. Не выработав полного ресурса колонок, 170 ОЕ2бо олигорибонуклеотидов типа ApUpG(pU)n (п=3-6) и ApUpG(pU)npUp (п=2-5) синтезировали, затратив 4,75 нмоль РНК-лигазы, а 624 ОЕ2бо олигодезоксирибонуклеотидов со степенью полимерности от 6 до 20 фосфорилировали 165 ед. акт. полинуклеотидкиназы. Такое количество ферментов может быть выделено всего из 2.8 и 0,1 г биомассы, соответственно.

На заключительном этапе работы автором была предложена и апробирована новая и в перспективе автоматизируемая технология синтеза олигорибонуклеотидов с помощью РНК-лигазы и полинуклеотидкиназы -твердофазный ферментативный метод. На пути его внедрения в практику олигорибонуклеотидного синтеза пройдены все принципиальные стадии.

И, наконец, все выделенные в ходе выполнения работы ферменты и большинство синтезированных олигорибонуклеотидов нашли практическое применение.

- так олигорибоуридилаты, ApUpG(pU)3 и ApUpG(pU)6 , были использованы в совместных работах с сотрудниками НИБХ СО РАН для изучения функциональной топографии и процесса функционирования рибосом E.coli и человека [266, 268-279],

- олигорибоуридилаты и олигорибоаденилаты - в совместных работах с сотрудниками НИБХ СО РАН для изучения механизма действия обратной транскриптазы вируса иммунодефицита человека первого типа [280-284,292,293].

Кроме того, часть выделенных автором ферментов и синтезированных олигорибонуклеотидов была передана в ряд отечественных и зарубежных научно-исследовательских и производственных организаций. Там они были использованы:

- РНК-лигаза - для мечения З'-концов РНК и ДНК в Новосибирском институте биоорганической химии (НИБХ) СО РАН,

- РНК-лигаза и гомотририбонуклеотиды - для модификации З'-концов тРНКРЬе Е.соН и Т.ШегторЫ1ш в НИБХ СО РАН [285,286],

- РНК-лигаза и олигорибоуридилаты - для синтеза производных тРНКЬу!5 крупного рогатого скота в НИБХ СО РАН и Институте клеточной биохимии и генетики (Бордо, Франция), полинуклеотидкиназа для препаративного фосфорилирования фосфотиоатных аналогов олигонуклеотидов [294], мечения 5'-концов РНК и ДНК в НИБХ СО РАН и синтеза [а -32Р]ЖР, [а -32Р]с1ЖР и [5'-32Р]рСр в Физико-энергетическом институте РАН (Обнинск), Институте прикладной химии РНЦ (Санкт-Петербург) и АОЗТ "Биосан" (Новосибирск), иммобилизованная полинуклеотидкиназа - для препаративного фосфорилирования олигодезоксирибонуклеотидов в НИБХ СО РАН,

- фосфодиэстераза с 5'-нуклеотидазой из яда кобры - для установления первичной структуры олигорибо- и олигодезоксирибонуклеотидов в НИБХ СО РАН [7,251] и гидролиза меченных тритием нуклеиновых кислот фагов и бактерий до нуклеозидов в Санкт-Петербургском институте ядерной физики РАН,

- гомогенные олигорибонуклеотиды разного состава и длины - для изучения субстратной специфичности каталитически активных антител [287,295-297] и свойств урацил-ДНК- гликозилазы из плаценты человека [288] в НИБХ СО РАН,

- олигорибоуридилаты - для изучения их взаимодействия с двойной спиралью ро1у(А).ро1у(и) в Институте экспериментальной биологии ЭАН (Таллин, Эстония) [289,298],

248

- (рА) 19-25 в виде алкилирующего производного - для комплементарно адресованной модификации ДНК D.discoideum в ЦНИИ гематологии и переливания крови Министерства здравоохранения России (Москва) [290],

- (рА)6 и (рА)17 в виде алкилирующих производных - для индукции направленных разрывов в ДНК политенных хромосом C.thummi in situ в Институте цитологии и генетики (ИЦиГ) СО РАН (Новосибирск) [291].

Библиография Диссертация по биологии, доктора биологических наук, Ямковой, Виталий Иванович, Новосибирск

1. Смирнов В.Д., Метелев В.Г., Шабарова З.А., Прокофьев М.А. Синтетические олигонуклеотиды как инструмент исследования природных структур и процессов. // Биоорган, химия. 1976. Т.2. N3. С.293-314.

2. Женодарова С.М. Итоги науки и техники. Сер.Биоорган. химия. Олигорибонуклеотиды: синтез и применение в молекулярной биологии. // М. 1987. Т.11.С.1-148.

3. Uhlenbeck О.С. A small catalytic oligoribonucleotide. // Nature. 1987. V.328. N 6131. P.596-600.

4. Власов В.В., Свинарчук Ф.П. "Антисмысловые" РНК. // Молекуляр.биология. 1987. Т.21. Вып.1. С.28-32.

5. Wang Y. A total synthesis of yeast alanine transfer RNA. // Acc. Chem. Res. 1984. V.17. N11. P.393-397.

6. Веньяминова А.Г., Горн B.B., Зенкова M.A., Комарова Н.И., Репкова М.Н. Автоматический Н-фосфонатный синтез олигорибонуклеотидов с использованием 2-О-тетрагидропиранильной защитной группы. // Биоорган, химия. 1990. Т.16. N7. С.941-950.

7. Milligan J.F., Groebe D.R., Witherell G.W., Uhlenbeck О.С. Oligoribonucleotide synthesis using T7 RNA polymerase and synthetic DNA templates. // Nucl. Acids Res. 1987. V.15. N 21. P.8783-8798.

8. Литтл П.Ф.Р., Джексон Й.Дж. Применение плазмид, содержащих промоторы, специфические для фаговых РНК-полимераз. // В кн.: Новое в клонировании ДНК. Методы. М.: Мир. 1989. С. 12-39.

9. Silber R., Malathi V.G., Hurwitz J. Purification and properties of bacteriophage T4-induced RNA ligase.// Proc.Nat.Acad.Sci. USA. 1972. V.69. N10. P.3009-3013.

10. Gumport R.I., Uhlenbeck O.C. T4 RNA ligase as a nucleic acid synthesis and modification reagent. // In: Gene amplification and analysis. Structural analysis of nucleic acids. N.Y.: Elsevier. 1981. V.2 P.313-345.

11. Uhlenbeck O.C., Gumport R.I. T4 RNA ligase. // In: The Enzymes. N.Y.: Acad. Rress. 1982. V.15. P.31-58.

12. Kaufmann G., Klein Т., Littauer U.Z. T4 RNA ligase: substrate chain length requirements. // FEBS Lett. 1974. V.46. N1. P.271-275.

13. Snopek T.J., Sugino A., Agarwal K.L., Cozzarelli N.R. Catalysis of DNA joining by bacteriophage T4 RNA ligase. // Biochem. and Biophys. Res. Communs. 1976. V.68. N 2. P.417-424.

14. Sugino A., Snopek T.J., Cozzarelli N.R. Bacteriophage T4 RNA ligase. Reaction intermediates and interaction of substrates.// J.Biol.Chem. 1977. V.252. N5. P.1732-1738.

15. Walker G.C., Uhlenbeck O.C., Bedows E., Gumport R.I. T4-induced RNA ligase joins single-stranded oligoribonucleotides. // Proc. Nat.Acad. Sei. USA. 1975. У.12. N1. P.122-126.

16. Kaufmann G., Kallenbach N.R. Determination of recognition sites of T4 RNA ligase on the 3'~OH and 5'-P termini of polyribonucleotide chains. // Nature. 1975. V.25. N5499. P.452-454.

17. Last J.A., Anderson W.F. Purification and properties of bacteriophage T4-induced RNA ligase. // Arch. Biochem. and Biophys. 1976. V.174. N1. P.167-176.

18. Ohtsuka E., Nishikawa S., Sugiura M., Ikehara M. Joining of ribooligonucleotides with T4 RNA ligase and identification of the oligonucleotide-adenylate intermediate. // Nucl. Acids Res. 1976. V.3.N6. P.1613-1623.

19. Юодка Б., Уленбек О. Олигонуклеотиды и нуклеотидопептиды. ХХШ. Применение Т4 РНК-лигазы для сшивания олигорибонуклеотидов. // Биоорган.химия. 1976. Т.2. N 7. С.898-902.

20. Юодка Б.А. Сшивание олигодезоксирибонуклеотидов с помощью РНК-лигазы.// Биоорган.химия. 1976. Т.2. N 11. С.1583-1584.

21. Sugino A., Goodman Н.М., Heyneker H.L., Shine J., Boyer H.W., Gozzarelli N.R. Interaction of bacteriophage T4 RNA and DNA ligases in joining of duplex DNA at base-paired ends.// J.Biol.Chem. 1977. V.252. N11. P.3987-3994.

22. Snopek T.J., Wood W.B., Conley M.P., Chen P., Cozzarelli N.R. Bacteriophage T4 RNA ligase is gene 63 product, the protein that promotes tail fiber attachment to the baseplate.//Proc. Nat.Acad.Sci.USA. 1977. V.74. N8. P.3355-3359.

23. Beckett D., Uhlenbeck O.C. Enzymatic synthesis of oligoribonucleotides.//In: Oligonucleotide synthesis. A practical approach. Oxford.: IRL Press.1984. P.185-197.

24. Romaniuk P.J., Uhlenbeck O.C. Joining of RNA molecules with RNA ligase. // In: Methods in Enzymology. Recombinant DNA. Part B. N.Y.: Acad. Press. 1983. V.100. P.52-59.

25. Ikehara M., Ohtsuka E., Markham A.F. The synthesis of polynucleotides. // In: Adv. Carbohydr. Chem. and Biochem. N.Y.: Acad. Press. 1979. V.36. P.135-213.

26. England Т.Е., Bruce A.G., Uhlenbeck O.C. Specific labeling of 3'termini of RNA with T4 RNA ligase. // In: Methods in Enzymology. Nucleic Acids. Part I. N.Y.: Acad. Press. 1980. V.65. P.65-74.

27. Brennan C.A., Manthey A.E., Gumport R.I. Using T4 RNA ligase with DNA substrates. // In: Methods in Enzymology. Recombinant DNA. Part B. N.Y.: Acad. Press. 1983. V.100. P.38-52.

28. Linne Т., Oberg В., Philipson L. RNA ligase activity in phage-infected bacteria and animal cells.// Eur. J. Biochem. 1974. V.42. N 1. P. 157-165.

29. Bedows E., Wachsman J.T., Gumport R.I. Absence of detectable RNA ligase activity in eukaryotic cells. // Biochem. and Biophys. Res Communs. 1975. V.67. N3. P. 11001107.

30. Greer C.L., Peebles C.L., Gegenheimer P., Abelson J. Mechanism of action of a yeast RNA ligase in tRNA splicing. // Cell. 1983. V.32. N 2. P.537-546.

31. Schwartz R.C., Greer C.L., Gegenheimer P., Abelson J. Enzymatic mechanism of an RNA ligase from Wheat germ. // J. Biol. Chem. 1983. V. 258. N 13. P.8374-8383.

32. Filipowicz W., Konarska M., Gross H.J., Shatkin A.J. RNA З'-terminal phosphate cyclase activity and RNA ligation in Hela cell extract.// Nucl. Acids Res. 1983. V. 11. N 5. P.1405-1418.

33. Higgins N.P., Geballe A.P., Snopek T.J., Sugino A., Cozzarelli N.R. Bacteriophage T4 RNA ligase: preparation of a physically homogeneous, nuclease-free enzyme from hyperproducing infected cells.// Nucl. Acids Res. 1977. V. 4. N 9. P.3175-3186.

34. McCoy M.I.M., Lubben Т.Н., Gumport R.I. The purification of nuclease-free T4-RNA ligase.// Biochim. et biophys. acta. 1979. V. 562. N 1. P.149-161.

35. Dolganov G.M., Chestukhin A.V., Shemyakin M.F. A new procedure for the simultaneous large-scale purification of bacteriophage-T4-induced polynucleotide kinase, DNA ligase, RNA ligase and DNA polymerase.// Eur. J. Biochem. 1981. V. 114. N 2. P.247-254.

36. Болезнин М.И., Смолянинов B.B. Выделение ДНК-лигазы, РНК-лигазы, полинуклеотидкиназы и ДНК-полимеразы из клеток E.coli, инфицированных фагом Т4.// Биоорган, химия. 1980. Т. 6. N 6. С.908-913.

37. Uhlenbeck O.C., Cameron V. Equimolar addition of oligoribonucleotides with T4 RNA ligase.// Nucl. Acids Res. 1977. V. 4. N 1. P.85-98.

38. England Т.Е., Gumport R.I., Uhlenbeck O.C. Dinucleoside pyrophosphates are substrates for T4-induced RNA ligase.// Proc. Nat. Acad. Sei. USA. 1977. V. 74. N 11. P.4839-4842.

39. Sugiura M., Suzuki M., Ohtsuka E., Nishikawa S., Uemura H., Ikehara M. Purification of T4 RNA ligase by 2',5'-ADP sepharose chromatography.// FEBS Lett. 1979. V. 97. N 1. P.73-76.

40. Hecht S.N., Alford B.L., Kuroda Y., Kitano S. "Chemical aminoacylation" of tRNAs.// J. Biol. Chem. 1978. V. 253. N 13. P.4517-4520.

41. McLaughlin L.W., Piel N., Graeser E. Donor activation in the T4 RNA ligase reaction. // Biochemistry. 1985. V. 24. N 2. P.267-273.

42. Бакланов M.M., Рязанкин И.А., Буторин A.C., Нечаев Ю.С., Ямковой В.И. Очистка и характеристика препарата РНК-лигазы бактериофага Т4. // Прикл. биохимия и микробиология. 1984. Т. XX. Вып.2. С.191-199.

43. Загребельный С.Н., Зернов Ю.П., Майстренко В.Ф., Пустошилова Н.М. Выделение высокоочищенной РНК-лигазы бактериофага Т4. // Прикл. биохимия и микробиология. 1984. Т. XX. Вып. 1. С.24-30.

44. Hu М., Wang А., Ниа Н. Purification of Т4 RNA ligase by dextran blue-sepharose 4B affinity chromatography.//Anal. Biochem. 1982. V. 125 N 1. P.l-5.

45. Баронайте 3.A., Марцишаускас Р.П., Песлякас И.-Г.И. Взаимодействие ДНК- и РНК-лигаз фага Т4 с цибакроном голубым ФЗГА. // Биохимия. 1984. Т.49. Вып.1. С.142-148.

46. Rand K.N., Gait M.J. Sequence and cloning of bacteriophage T4 gene 63 encoding RNA ligase and tail fibre attachment activities.// The EMBO J. 1984. V.3. N 2. P.397-402.

47. Thogersen H.C., Morris H.R., Rand K.N., Gait M.J. Location of the adenylylation site in T4 RNA ligase.// Eur. J. Biochem. 1985. V.147. N 2. P.325-329.

48. Rand K.N., Singh M., Thogersen H.C., Gait M.J. T4 RNA ligase: new structural studies on an anusual but useful enzyme. // Proc. Int. Symp. Biomol. Struct. Interactions. Sappl. J. Biosci. 1985. V.8. N 1-2. P.89-106.

49. Kikuchi Y., Hishinuma F.,Sakaguchi K. Addition of mononucleotides to oligoribonucleotide acceptors with T4 RNA ligase.// Proc. Nat. Acad. Sci. USA. 1978. V. 75. N 3. P.1270-1273.

50. England Т.Е., Uhlenbeck O.C. Ensymatic oligoribonucleotide synthesis with T4 RNA ligase. //Biochemistry. 1978. V. 17. N 11. P.2069-2076.

51. Bruce A.G., Uhlenbeck O.C. Reactions at the termini of tRNA with T4 RNA ligase.// Nucl. Acids Res. 1978. V. 5. N 10. P.3665-3677.

52. Higgins N.P., Geballe A.P.,Cozzarelli N.R. Addition of oligonucleotides to the 5-terminus of DNA by T4 RNA ligase.//Nucl. Acids Res. 1979. V.6. N 3. P. 1013-1024.

53. Болезнин М.И., Смолянинов В.В. Определение биологической активности Т4-РНК-лигазы.// Биоорган, химия. 1982. Т.8. N 2. С.208-211.

54. Hinton D.M., Baez J.A., Gumport R.I. T4 RNA ligase joins 2'-deoxyribonucleoside 3',5'-bisphosphates to oligodeoxyribonucleotides.// Biochemistry. 1978. V. 17. N 24. P.5091-5097.

55. Юодка Б.А., Снечкуте M.A., Янушоните JI.M., Маркуцкас А.Я. О промежуточных продуктах РНК-лигазной реакции.// Биохимия. 1979. Т. 44. Вып. 4. С.599-604.

56. Юодка Б.А., Маркуцкас А.Я., Снечкуте М.А., Жилинскене В.Ю., Дрыгин Ю.Ф. О структуре РНК-лигазного-аденилатного комплекса. // Биоорган, химия. 1980. Т. 6.N 11. С.1733-1734.

57. Юодка Б.А., Маркуцкас А.Я. Гидролитическая устойчивость ковалентного АМР-РНК-лигазного комплекса.// Биоорган, химия. 1985. Т. 11. N 6. С.821-825.

58. Heaphy S., Singh M., Gait M.J. Effect of single amino acid changes in the region of the adenylylation site of T4 RNA ligase.// Biochemistry. 1987. V. 26. N 6 . P. 1688-1696.

59. Lehman I.R. DNA ligase: structure, mechanism, and function.// Science. 1974.V. 186. N4166. P.790-797.

60. Kaufmann G., Littauer U.Z. Covalent joining of phenylalanine transfer ribonucleic acid half-molecules by T4 RNA ligase.// Proc. Nat. Acad. Sei. USA. 1974. V.71. N 9. P.3741-3745.

61. Krug M., Uhlenbeck O.C. Reversal of T4 RNA ligase.// Biochemistry. 1982. V. 21. N 8. P.1858-1864.

62. Юодка Б.А., Лабейките Д.Я., Саснаускене С.И. Субстратная специфичность Т4 РНК-лигазы. Роль фосфатного остатка нуклеотида в образовании ковалентного АМР-РНК-лигазного комплекса.//Биохимия. 1991. Т. 56. Вып. 5. С.798-804.

63. Knowles J.R. Enzyme-catalyzed phosphoryl transfer reactions. // In: Ann. Rev. Biochem.: Annual Reviews Inc. 1980. V. 49. P.877-919.

64. Harnett S.P., Lowe G., Tansley G. A stereochemical study of the mechanism of activation of donor oligonucleotides by RNA ligase from bacteriophage T4 infected Escherichia coli.// Biochemistry. 1985. V. 24. N 25. P.7446-7449.

65. Загребельный C.H., Зернов Ю.П., Кнорре Д.Г. Кинетические характеристики изотопного обмена АТР-пирофосфат, катализируемого РНК-лигазой бактериофага Т4.// Молекуляр. биология. 1984. Т. 18. Вып.1. С.227-233.

66. Ohtsuka Е, Nishikawa S., Fukumoto R., Tanaka S., Markham A.F., Ikehara M., Sugiura M. Joining of synthetic ribotrinucleotides with defined seguences catalyzed by T4 RNA ligase.// Eur. J. Biochem. 1977. V. 81. N 2. P.285-291.

67. Hinton D.M., Gumport R.I. The synthesis of oligodeoxyribonucleotides using RNA ligase.//Nucl. Acids Res. 1979. V. 7. N 2. P.453-464.

68. McCoy M.I.M., Gumport R.I. T4 ribonucleic acid ligase joins single-strand oligo(deoxyribonucleotides).// Biochemistry. 1980. V. 19. N 4. P.635-642.

69. Загребельный C.H., Зернов Ю.П. Изучение АТР-независимых стадий реакции, катализируемой РНК-лигазой бактериофага Т4.// Молекуляр. биология. 1986. Т. 20. Вып. 6. С.1506-1512.

70. Barrio J.R., Barrio M.C.G., Leonard N.J., England Т.Е., Uhlenbeck O.C. Synthesis of modified nucleoside 3',5'-bisphosphates and their incorporation into oligoribonucleotides with T4 RNA ligase.// Biochemistry. 1978. V. 17. N 11. P.2077-2081.

71. Romaniuk E., McLaughlin L.W., Neilson Т., Romaniuk P.J. The effect of acceptor oligoribonucleotide sequence on the T4 RNA ligase reaction.// Eur.J.Biochem. 1982. V. 125. N 3. P.639-643.

72. Ohtsuka E., Miyake Т., Nagao K., Uemura H., Nishikawa S., Sugiura M., Ikehara M. Elongation of oligonucleotides in the 3'-direction with activated mononucleotides and their analogs using RNA ligase.// Nucl. Acids Res. 1980. V.8. N 3. P.601-610.

73. Gumport R.I., Hinton D.M., Pyle V.S., Richardson R.W. T4 RNA ligase as a nucleic acid synthesis and modification reagent.// Nucl. Acids Res. 1980. Symp. Ser. N 7. P.167-171.

74. Bryant F.R., Benkovic S.J. Phosphorothioate substrates for T4 RNA ligase.// Biochemistry. 1982. V.21. N 23. P.5877-5885.

75. Cosstick R., McLaughlin L.W., Eckstein F. Fluorescent labelling of tRNA and oligodeoxynucleotides using T4 RNA ligase.// Nucl. Acids Res. 1984. V. 12. N 4. P.1791-1810.

76. Женодарова С.М., Клягина В.П., Седельникова Э.А., Смолянинова O.A., Хабарова М.И., Белова E.H., Манькин A.C. Ферментативный синтез олигонуклеотидов, соответствующих З'-концу РНК вируса гриппа.// Биоорган, химия. 1983. Т.9. N 10. С.1382-1387.

77. Keith G. Optimization of conditions for labelling the 3' OH end of tRNA using T4 RNA ligase.// Biochimie. 1983. V.65. N 6. P.367-370.

78. Paulsen H., Wintermeyer W. Incorporation of l,N6-ethanoadenosine into the 3' terminus of tRNA using T4 RNA ligase. 1. Rreparation of yeast tRNAphe derivatives.// Eur. J. Biochem. 1984. V.138.N l.P.l 17-123.

79. Paulsen H., Wintermeyer W. Incorporation of 1 ,N6-ethanoadenosine into the 3' terminus of tRNA using T4 RNA ligase. 2. Preparation and ribosome interaction of fluorescent Escherichia coli tRNAfMet.//Eur. J. Biochem.1984. V.138. N 1. P.125-130.

80. England Т.Е., Uhlenbeck O.C. З'-Terminal labeling of RNA with T4 RNA ligase.// Nature. 1978. V.275. N 5680. P.560-561.

81. Тюлькина Л.Г., Кашкин K.H., Атабеков И.Е. Лигирование молекул РНК с помощью Т4 РНК-лигазы.//Биол. науки. 1984. N 12. С.15-17.

82. BoutorinA.S., Vassilenko S.K., Baklanov M.M., Nechaev Yu.S. Reconstruction of tRNAPhe molecules from the fragments by linkage with T-4 RNA ligase in double-stranded regions.//FEBS Lett. 1984.V. 165. N 1. P.93-96.

83. Ленинджер А.Л. Биохимия.// M.: Мир. 1974. С.861-865.

84. Wood W.B., Henninger М. Attachment of tail fibers in bacteriophage T4 assembly: some properties of the reaction in vitro and its genetic control.// J. Mol. Biol. 1969. V. 39. N 3. P.603-618.

85. Михайлов C.H., Флорентьев В.Л. Химический синтез олигорибонуклеотидов.// Биоорган, химия. 1976. Т. 2. N 10. С.1293-1317.

86. Kikuchi Y., Sakaguchi К. Ensymatic synthesis of a segment of bacteriophage Q(3coat protein gene.// Nucl. Acids Res. 1978. V.5. N 2. P.591-598.

87. Studies on polynucleotide synthesis. VII. Synthesis of hexadecanucleotide (CUCGUCCACUCGUCCA) with RNA ligase.// Шэнъу хуасюэ юй шэнъу ули сюэбаю. Acta biochim. et biophys. Sinica. 1978. V. 10. N 2. P. 193-198.

88. Studies on the synthesis of polynucleotides, synthesis of a dodecaribonucleoside undecaphosphate and a hexadecaribonucleoside pentadecaphosphate.// Scientia Sinica. 1978. V. 21. N5. P.687-697.

89. Ikehara M., Ohtsuka E. Полный синтез транспортной рибонуклеиновой кислоты.// Кагаку. Chemistry. 1979. V.34. N 11. Р.878-884.

90. Ohtsuka Е. Искусственный синтез тРНК.// Тампакусицу какусан косо. Protein. Nucl. Acid and Ensyme. 1980. V.25. N 1. P.71-74.

91. Изучение полинуклеотидного синтеза. VIII. Синтез GpCpm 1 Ip\/pGpGp с помощью РНК-лигазы.// Шэнъу хуасюэ юй шенъу ули сюэбаю. Acta biochim. et biophys. Sinica. 1980. V.12. N 1. P.29-36.

92. Женодарова C.M., Клягина В.П., Седельникова Э.А., Смолянинова О.А., Хабарова М.И., Майстренко В.Ф., Пустошилова ИМ. Синтез аналогов фрагментов антикодоновой ветви дрожжевой валиновой тРНК1.// Биоорган, химия. 1981. Т.7. N 4. С.524-533.

93. Wang G.H., Zhu L.Q., Yuan J.G., Liu F., Zhang L.F. Joining of yeast alanine transfer ribonucleic acid half molecules to form a whole molecule by T4 RNA ligase.// Biochim. et biophys. acta. 1981. V.652. N 1. P.82-89.

94. Kryg M., DeHaseth P.L., Uhlenbeck O.C. Enzymatic synthesis of a 21-nucleotide coat protein binding fragment of R17 Ribonucleic acid.// Biochemistry. 1982. V.21. N 19. P.4713-4720.

95. McLaughlin L.W., Graeser E. Enzymatic synthesis of an RNA fragment corresponding to the anticodon loop and stem of tRNAphe from yeast.// J. of Liquid Chromatography. 1982. V.5.N 11. P.2061-2077.

96. McLaughlin L.W., Romaniuk E. The use of high-performance liquid chromatography in the isolation and analysis of oligoribonucleotides synthesized by the T4 RNA ligase reaction.// Anal. Biochem. 1982. V.124. N 1. P.37-44.

97. Wang D., Zheng K., Qiu M., Liang Zh., Wu R., Chen Ch., Wang E., Zhy Y., Shen Q., Yu Y., Wang Y., Chen H., Yang Z„ Lu Y„ Chen Sh., Wang G., Ни M.// Scientia Sinica (Ser. B). 1983. V.26. N 5. P.464-481.

98. Wang D., Qin M., Liang Zh., Zheng K., Wu R., Wang Ch., Lin X., Zheng H., Bao Y., Zhu X., Guo L., Chen Y., Huang J., Zhou F., Chen H., Xu В., Zhang Q., Hua L„ Hu M.// Scientia Sinica (Ser. B). 1983. V.26.N 5. P.482-484.

99. Wang D., Wu R„ Zheng K., Yu D., Tang J., Qi G., Chen Ch., Zhy Y., Xie H., Wang Y., Nie H., Chen H., Huang J., Chen D., Zhuang J., Wang G., Chen Sh.// Scientia Sinica (Ser. B). 1983. V.26. N 5. P.495-503.

100. Middleton Т., Herlihy W.C., Schimmel P.R., Munro H.N. Synthesis and purification of oligoribonucleotides using T4 RNA ligase and reverse-phase chromatography.// Anal. Biochem. 1985. V.144. N 1. P.l 10-117.

101. Kiujo М., Hasegawa Т., Nagano К., Ishikura Н., Ishigami М. Enzymatic synthesis and some properties of model primitive tRNA.//J.Mol. Evol. 1986. V.23. N 4. P.320-327.

102. Женодарова C.M. Клягина В.П., Седельникова Э.А., Смолянинова O.A. Синтез фрагментов D-ветви дрожжевой валиновой тРНК1 и их аналогов.// Биоорган, химия. 1986. Т. 12. N 2. С.220-229.

103. Женодарова С.М. Клягина В.П., Седельникова Э.А., Смолянинова О.А., Соболева И.А., Хабарова М.И., Гуляева В.И., Фролова Н.М. Ферментативное включение в олигорибонуклеотиды модифицированных нуклеозидов.// Биоорган, химия. 1987. T.13.N8. С.1037-1044.

104. Iwase R., Maeda М., Fujiwara Т., Sekine М., Hata Т., Miura К. Molecular design of a eukaryotic messenger RNA and its chemical synthesis.// Nucl. Acids Res. 1992. V. 20. N 7. P.1643-1648.

105. Komatsu Y., Koizumi M., Ohtsuka E. Cross-ligation and exchange reactions catalyzed by hairpin ribozymes.// Nucl. Acids Res. 1993. V.21. N 2. P. 185-190.

106. Hayes J.A., Brunden M.J., Gilham P.T., Gough G.R. High-yield synthesis of oligoribonucleotides using o-nitrobenzyl protection of 2'-hydroxyls.// Tetrahedron Lett. 1985. V.26. N 20. P.2407-2410.

107. Tessier D.C., Brousseau R., Verret T. Ligation of single-stranded oligodeoxyribonucleotides by T4 RNA ligase.// Anal. Biochem. 1986. Y.158. N 1. P.171-178.

108. Cameron V., Uhlenbeck O.C. 3'-Phosphatase activity in T4 polynucleotide kinase.// Biochemistry. 1977. V.16. N23. P.5120-5126.

109. Kleppe K., Lillehaug J.R. Polynucleotide kinase.// In: Advances in enzymology. N.Y.: 1979. V.48. P.245-275.

110. Richardson C.C. Bacteriophage T4 polynucleotide kinase.// In: The Enzymes. Nucleic acids. Part A. N.Y.: Acad. Press. 1981. V.14. P.299-314.

111. Cameron V., Soltis D., Uhlenbeck O.C. Polynucleotide kinase from a T4 mutant which lacks the З'-phosphatase activity.//Nucl.Acids Res. 1978. V.5. N 3. P.825-833.

112. Soltis D.A., Uhlenbeck O.C. Isolation and characterization of two mutant forms of T4 polynucleotide kinase.//J. Biol. Chem. 1982. V. 257. N 19. P.l 1332-11339.

113. Bain J.D., Switzer C. Regioselective ligation of oligoribonucleotides using DNA splints.//Nucl. Acids Res. 1992. V.20. N 16. P.4372.

114. Bain J.D., Switzer С., Chamberlin A.R., Benner S.A. Ribosome-mediated incorporation of a non-standard amino acid into a peptide through expansion of the genetic code.// Nature. 1992. V. 356. N 6369. P.537-539.

115. Nadean J.G., Singleton C.K., Kelly G.B., Weith H.L., Gough G.R. Use of ribonucleosides as protecting groups in synthesis of polynucleotides with phosphorylated terminals.// Biochemistry. 1984. V.23. N 25. P.6153-6159.

116. Harrison В., Zimmerman S.B. Polymer-stimulated ligation: enhanced ligation of oligo-and polynucleotides by T4 RNA ligase in polymer solutions.// Nucl. Acids Res. 1984. V.12. N 21. P.8235-8251.

117. Carey J., Lowary P.T., Uhlenbeck O.C. Interaction of R17 coat protein with synthetic variants of its ribonucleic acid binding site.//Biochemistry. 1983. V.22. N 20.P.4723-4730.

118. Женодарова C.M., Клягина В.П., Седельникова Э.А., Хабарова М.И. Ферментативный синтез фрагментов транспортных рибонуклеиновых кислот.// Молекуляр. биология. 1984. Т.18. Вып.5. С.1181-1193.

119. Hinton D.M., Brennan С.A., Gumport P.I. The preparative synthesis of oligodeoxyribonucleotides using RNA ligase.// Nucl. Acids Res. 1982. V.10. N 6. P.1877-1894.

120. Liu X., Gorovsky M.A. Mapping the 5' and 3' ends of Tetrahymena thermophila mRNAs using RNA ligase mediated amplification of cDNA ends (RLM-RACE).// Nucl. Acids Res. 1993. V.21. N 21. P.4954-4960.

121. Apte A.N., Siebert P.D. Anchor-ligated cDNA libraries: a technique for generating a cDNA library for the immediate cloning of the 5'-ends of mRNAs.// Biotechniques. 1993.V.15. N 5. P.890-893.

122. Brennan C.A., Gumport R.I. T4 RNA ligase catalyzed synthesis of base analogue-containing oligodeoxyribonucleotides and a characterization of their thermal stabilities.//Nucl. Acids Res. 1985. V.13. N 24. P.8665-8684.

123. Richardson R.W., Gumport R.I. Biotin and fluorescent labeling of RNA using T4 RNA ligase.//Nucl. Acids Res. 1983. V. 11. N 18. P.6167-6184.

124. Meyhack B., Pace B., Uhlenbeck O.C., Pace N.R. Use of T4 RNA ligase to construct model substrates for a ribosomal RNA maturation endonuclease.// Proc. Nat. Acad. Sci. USA.1978. V.75. N 7. P.3045-3049.

125. Stahl D.A., Meyhack B., Pace N.R. Recognition of local nucleotide conformation in contrast to sequence by a rRNA processing endonuclease.// Proc. Nat. Aced. Sci. USA. 1980. V.77. N 10. P.5644-5648.

126. Heckler T.G., Chang L.H., Zama Y., Naka T., Hecht S.M. Preparation of 2'(3'>0-acyl-pCpA derivatives as substrates for T4 RNA ligase-mediated "chemical aminoacylation".// Tetrahedron Lett. 1984/ V.40. N 1. P.87-94.

127. Heckler T.G., Chang L.H., Zama Y., Naka T„ Chorghade M.S. T4 RNA ligase mediated preparation of novel "chemically misacylated" tRNAphe.// Biochemistry. 1984. V.23. N 7. P.1468-1473.

128. Gillam S., Waterman K., Smith M. Enzymatic synthesis of oligonucleotides of defined sequence. Addition of short blocks of nucleotide residues to oligonucleotide primers.// Nucl. Acids Res. 1975. V.2. N 5. P.613-624.

129. Roychoudhury R., Jay E., Wu R. Terminal labeling and addition of homopolymer tracts to duplex DNA fragments by terminal deoxynucleotidyl transferase.// Nucl. Acids Res. 1976. V.3.N4. P.863-877.

130. Nishikawa K., Hecht S.M. A structurally modified yeast tRNAphe with six nucleotides in the anticodon loop lacks significant phenylalanine.// J. Biol. Chem. 1982. V.257. N 18. P.10536-10539.

131. Bruce A.G., Uhlenbeck O.C. Enzymatic replacement of the anticodon of yest phenylalanine transfer ribonucleic acid.// Biochemistry. 1982. V.21. N 5. P.855-861.

132. Schulman L.H., Pelka H., Susani M. Base sabstitutions in the wobble position of the anticodon inhibit aminoacylation of E.coli tRNAfMet by E.coli Met-tRNA synthetase.// Nucl. Acids Res. 1983. V.l 1. N 5. P.1439-1455.

133. Schulman L.H., Pelka H. In vitro conversion of a methionine to a glutamine-acceptor tRNA.// Biochemistry. 1985. V.24. N 25. P.7309-7314.

134. Schulman L.H., Pelka H. Anticodon loop size and sequence requirements for recognition of formylmethionine tRNA by methionyl-tRNA synthetase.// Proc. Nat. Acad. Sci USA. 1983. V.80. N 22. P. 6755-6759.

135. Doi T., Yamane A., Matsugi J., Ohtsuka E., Ikehara M. Replacement and insertion of nucleotides at the anticodon loop of E.coli tRNAfMet by ligation of chemically synthesized ribooligonucleotides.//Nucl. Acids Res. 1985. V.13. N 10. P.3685-3697.

136. Bare L., Uhlenbeck O.C. Aminoacylation of anticodon loop substituted yeast tyrosine transfer RNA.// Biochemistry. 1985. V.24. N 9. P.2354-2360.

137. Wittenberg W.L., Uhlenbeck O.C. Specific replacement of functional groups of uridine-33 in yeast phenylalanine transfer ribonucleic acid.// Biochemistry. 1985. V.24. N 11. P.2705-2712.

138. Bruce A.G.,Uhlenbeck O.C. Specific interaction of anticodon loop residues with yeast phenylalanyl-tRNA synthetase.//Biochemistry. 1982. V.21. N 17. P.3921-3926.

139. Jin Y., Qiu M., Li W., Zeng K., Bao J., Gong P., Wu R., Wang D. Effect of the anticodon loop size of yeast alanyl tRNA on its biological activity.// Anal. Biochem. 1987. V.161.N2. P.453-459.

140. Uhlenbeck O.C., Lowary P.T., Wittenberg W.L. Role of the constant uridine in binding of yeast tRNAPhe anticodon arm to 30S ribosomes.// Nucl. Acids Res. 1982. V.10. N 11. P.3341-3352.

141. Rose S.J., Lowary P.T.,Uhlenbeck O.C. Binding of yeast tRNAphe anticodon arm to Escherichia coli 30S ribosomes.//J. Mol. Biol. 1983. V.167. N 1. P.103-117.

142. Doi T., Morioka H., Matsugi J., Ohtsuka E., Ikehara M. Modification of the amino acid acceptor stem of E.coli tRNAfMet by ligation of chemically synthesized ribooligonucleotides.// FEBS Lett. 1985. V.190. N 1. P.125-128.

143. Fischer W., Doi T., Ikehara M., Ohtsuka E., Sprinzl M. Interaction of methionine-specific tRNAs from Escherichia coli with immobilized elongation factor Tu.// FEBS Lett. 1985. V.192. N 1. P.151-154.

144. Carbon P., Ebel J.P. In vitro construction of yeast tRNAAsp variants: nucleotide substitutions and additions in T-stem and T-loop.// Nucl. Acids Res. 1987. V15. N 5. P.1933-1950.

145. Novogrodsky A., Hurwitz J. The enzymatic phosphorylation of ribonucleic acid and deoxyribonucleic acid. I. Phosphorylation at 5'-hydroxyl termini.// J. Biol. Chem. 1966. V.241.N 12. P.2923-2932.

146. Novogrodsky A., Tal M., Traub A., Hurwitz J. The enzymatic phosphorylation of ribonucleic acid and deoxyribonucleic acid. n. Further properties of the 5'-hydroxyl polynucleotide kinase.// J. Biol. Chem. 1966. V.241. N 12. P.2933-2943.

147. Richardson C.C. Phosphorylation of nucleic acid by an enzyme from T4 bacteriophage-infected Escherichia coli.// Proc. Nat. Acad. Sci. USA. 1965. V.54. N 1. P.158-165.

148. Ichimura M., Tsukada K. Polynucleotide kinase from rat liver nuclear extracts.// J. Biochem. 1971. V.69. N 5. P.823-828.

149. Teraoka H., Mizuta K., Sato F., Shimogachi M., Tsukada K. Polynucleotide kinase from rat-liver nuclei. Purification and properties.// Eur. J. Biochem. 1975. V.58. N 2. P.297-302.

150. Levin C.J., Zimmerman S.B. A deoxyribonucleic acid kinase from nuclei of rat liver. Purification and properties.// J. Biol. Chem. 1976. V.251. N 6. P. 1767-1774.

151. Austin G.E., Sirakoff D., Moyer G.H. Purification and characterization of polynucleotide kinase of calf thymus.// Fed. Proc. 1977. V.36. N 3. P.734.

152. Richardson C.C. Polynucleotide kinase from Escherichia coli infected with bacteriophage T4.// Proc. Nucl. Acid. Res. 1972. V.2. N 7. P.815-828.

153. Schaller H., Nusslein C., Bonhoeffer F.J., Kurz C., Nietzschmann I. Affinity chromatography of DNA-binding enzymes on single-stranded DNA-agarose columns.// Eur.J. Biochem. 1972. V.26. N 4. P.474-481.

154. Hanggi U.J., Streeck R.E., Voigt H.P., Zachau H.G. Phosphorylation of dephosphorylated tRNA and oligonucleotides by polynucleotide kinase.// Biochim. et biophys. acta. 1970. V.217. N 2. P.278-293.

155. Wu R., Kaiser A.D. Mapping the 5'-terminal nucleotides of the DNA of bacteriophage A, and related phages.// Proc. Nat. Acad. Sci USA. 1967. V.57. N 1. P.170-177.

156. Nichols B.P., Lindell T.D., Stellwagen E., Donelson J.E. A rapid purification of T4 polynucleotide kinase using blue dextran-sepharose chromatography.// Biochim. et biophys. acta. 1978. V.526. N 2. P.410-417.

157. Midgley C.A., Murray N.E. T4 polynucleotide kinase, cloning of the gene(pse T) and amplification of its product.// The EMBO J. 1985. V.4. N 10. P.2695-2703.

158. Loewen P.C. Partial characterization of an endonuclease activity which appears in nuclease free T4 polynucleotide kinase.// Nucl. Acids. Res. 1976. V.3. N 11. P.3133-3141.

159. Berkner K.L., Folk W.R. Polynucleotide kinase exchange reaction. Quantitative assay for restriction endonuclease-generated 5'-phosphoryl termini in DNAs.// J. Biol. Chem. 1977. V.252. N 10. P.3176-3184.

160. Kleppe K., Ohtsuka E., Kleppe R., Molineux L, Khorana H.G. Studies on polynucleotides. XCVI. Repair replication of short synthetic DNA's as catalyzed by DNA polymerases.// J. Mol. Biol. 1971. V.56. N 2. P.341-361.

161. Lillehaug J.R., Kleppe K. Kinetics and specificity of T4 polynucleotide kinase.// Biochemistry. 1975. V.14. N 6. P.1221-1225.

162. Sirotkin К., Cooley W., Runnels J., Snyder L.R. A role in true-late gene expression for the T4 bacteriophage 5' polynucleotide kinase 3' phosphatase.// J. Mol. Biol. 1978. V.123. N 2. P.221-233.

163. Lillehaug J.R. Physicochemical properties of T4 polynucleotide kinase.// Eur. J. Biochem. 1977. V.73. N 2. P.499-506.

164. Fodor I., Matvienko N.I., Zlotnikov K.M., Tanyashin V.I., Solonin A.S., Bayev A.A. Enzymic in vitro repair and chemical nature of DNA chain breaks induced by incorporated phosphorus-32P decay.// Nucl. Acids Res. 1975. V.2, N 5. P. 635-646.

165. Van de Sande J.H., Kleppe K., Khorana H.G.Reversal of bacteriophage T4 induced polynucleotide kinase action.// Biochemistry. 1973. V.12. N 25. P.5050-5055.

166. Ленинжер А. Основы биохимии.//M.: Мир. 1985. Т. 1. С. 238-239.

167. Lillehaug J.R., Kleppe R.K.,Kleppe К. Phosphorylation of double-stranded DNAs by T4 polynucleotide kinase.// Biochemistry. 1976. V.15. N 9. P. 1858-1865.

168. Bryant F.R., Benkovic S.J. The stereochemical course of thiophosphonyl group transfer catalyzed by T4 polynucleotide kinase.// J. Biol. Chem. 1981. V.256. N 12. P.5965-5966.

169. Jarvest R.L., Lowe G. . The stereochemical course of phosphoryl transfer catalysed by polynucleotide kinase (bacteriophage T4 infected Escherichia coli В).// Biochem. J. 1981. V.199.N l.P.273-276.

170. Van de Sande J.H., Bilsker M. Phosphorylation of N-protected deoxyoligonucleotides by T4 polynucleotide kinase.// Biochemistry. 1973. V.12. N 25. P.5056-5062.

171. Kushner S.R., Kaplan J.C., Ouo H., Grossman L. Enzymatic repair of deoxyribonucleic acid. IV. Mechanism of photoproduct excision. // Biochemistry. 1971. V. 10. N 18. P. 3325-3334.

172. Weinfeld M., Liuzzi M., Paterson M.C. Response of phage T4 polynucleotide kinase toward dinucleotides containing apurinic sites: design of a 32P-postlabeling assay for apurinic sites in DNA.// Biochemistry. 1990. V.29. N 7. P. 1737-1743.

173. Hegi M.E., Sagelsdorff P., Lutz W.K.Detection by 32P-postlabeling of thymidine glycol in y-irradiated DNA.// Carcinogenesis. 1989. V.10. Nl.P.43-47.

174. Weiss B., Live T.R., Richardson C.C. Enzymatic breakage and joining of deoxyribonucleic acid. V. End group labeling and analysis of deoxyribonucleic acid containing single strand breaks.// J. Biol. Chem. 1968. V.243. N 17. P.4530-4542.

175. Lillehaug J,R., Kleppe K.Phosphorylation of tRNA by T4 polynucleotide kinase.// Nucl. Acids Res. 1977. V.4. N 2. P.373-380.

176. Chaconas G., van de Sande J.H., Church R.B. End group labelling of RNA and double stranded DNA by phosphate exchange catalyzed by bacteriophage T4 induced polynucleotide kinase.// Biochem. and Biophys. Res. Communs. 1975. V.66. N 3. P.962-969.

177. Zachau H.G., Streeck R.E., Hanggi U.J. Conformational states of transfer ribonucleic acids.// In: Gene expression and its regulation Plenum press. N.Y.: 1973. V.l. P.217-228.

178. Sano H. Kinetic studies on the reaction catalyzed by polynucleotide kinase from phage T4-infected Escherichia coli.// Biochim. et biophys. acta. 1976. V.422. N 1. P.109-119.

179. Lillehaug J,R. Inhibition of T4 polynucleotide kinase by the ATP analog, (3,y-imidoadenylyl 5'-triphosphate.// Biochim. et biophys. acta. 1978. V.525. N 2. P.357-363.

180. Lillehaug J,R, Kleppe K. Effect of salts and polyamines on T4 polynucleotide kinase.// Biochemistry. 1975. V.14. N 6. P.1225-1229.

181. Harrison B., Zimmerman S.B. Stabilization of T4 polynucleotide kinase by macromolecular crowding.// Nucl. Acids Res. 1986. V.14. N 4. P.1863-1870.

182. Harrison B., Zimmerman S.B. T4 Polynucleotide kinase: macromolecular crowding increases the efficiency of reaction at DNA termini.// Anal. Biochem. 1986. V.l58. N 2. P.307-315.

183. Abraham K.A., Lillehaug J,R, Enzymatic cleavage of m7GDP from eucaryotic mRNA.// FEBS Lett. 1976. V.71. N 1. P.49-52.

184. Solits D., Uhlenbeck O.C. Independent locations of kinase and 3'-phosphatase activities on T4 polynucleotide kinase.// J. Biol. Chem. 1982. V.257. N 19. P. 11340-11345.

185. Richardson C.C. The 5'-terminal nucleotides of T7 bacteriophage deoxyribonucleic acid.// J. Mol. Biol. 1966. V.15. N 1. P.49-61.

186. Takanami M. Analysis of the 5'-terminal nucleotide sequences of ribonucleic acids. I. The 5'-termini of Escherichia coli ribosomal RNA.// J. Mol. Biol. 1967. V.23. N 2. P.135-148.

187. Weiss B., Richardson C.C. The 5'-terminal dinucleotides of the separated strands of T7 bacteriophage deoxyribonucleic acid.// J. Mol. Biol. 1967. V.23. N 3. P.405-415.

188. Jacquemin-Sablon A.,Richardson C.C. Analysis of the interraptions in bacteriophage T5 DNA.// J. Mol. Biol. 1970. V.47. N 3. P.477-493.

189. Nichols B.P., Donelson J.E. Sequence analysis of the nicks and termini of bacteriophage T5 DNA.// J. Virol. 1977. V.22. N 2. P.520-526.

190. Maxam A.M., Gilbert W. A new method for sequencing DNA.// Proc. Nat. Acad. Sci. USA. 1977. V.74. N 2. P.560-564.

191. Donis-Keller H., Maxam A.M., Gilbert W. Mapping adenines, guanines and pyrimidines in RNA.// Nucl. Acids Res. 1977. V. 4. N 8. P.2527-2538.

192. Maxam A.M., Gilbert W. Sequencing end-labeled DNA with base-specific chemical cleavages.// In: Methods in Enzymology. Nucleic Acids. Rart I. N.Y.: Acad. Press. 1980. V.65. P.499-560

193. Chaconas G, van de Sande J.H. 5'-32P Labeling of RNA and DNA restriction fragments.// In: Methods in Enzymology. Nucleic Acids. Rart I. N.Y.: Acad. Press. 1980. V.65. P.75-85.

194. Randerath K., Reddy M.V., Gupta R.C. 32P-Labeling test for DNA damage.// Proc. Nat. Acad. Sci. USA. 1981. V.78. N 10. P.6126-6129.

195. Marshall В., Ralph R.K. The nature of DNA breakage by 4'-(9-acridinyl)amino.methane-sulphon-m-anisidide.// FEBS Lett. 1982. V.145. N 2. P.187-190.

196. Райт В.К., Халимская JI.M., Ямковой В.И. Методики выделения ферментов.// Новосибирск: НГУ. 1986. С. 19-23.

197. Манделес С. Установление первичной структуры нуклеиновых кислот.// М.: Мир. 1975. С.283-286.

198. Hartree E.F. Determination of protein: a modification of the lowry method that gives a linear photometric response.//Anal. Biochem. 1972. V.48. N 2. P.422-427.

199. Schaffner W., Weissmann C. A rapid, sensitive, and specific method for the determination of protein in dilute solution.// Anal. Biochem. 1973. V.56. N 2. P.502-514.

200. Kalckar H.M. Defferential spectrophotometry of purine compounds by means of specific enzymes. Ill Studies of the enzymes of purine metabolism.// J. Biol. Chem. 1947. V.167.N2. P.461-475.

201. Власов В.В. Хроматографический микроанализ производных нуклеиновых кислот с одновременной спектральной идентификацией веществ в элюате.// В кн.: Ультрамикроанализ нуклеиновых кислот. М.: Наука. 1973. С.151-155.

202. Грачев М.А. Микроспектрофотометр МСФП-1 и его применение для микроколоночной хроматографии и спектрального анализа олигонуклеотидов.// В кн.:Ультрамикроанализ нуклеиновых кислот. М.: Наука. 1973. С.104-122.

203. Манделес С. Установление первичной структуры нуклеиновых кислот.// М.: Мир. 1975. С.291-293.

204. Узиел М. Обессоливание нуклеотидов с помощью гель-фильтрации.// В кн.: Методы исследования нуклеиновых кислот. М.: Мир. 1970. С.90-96.

205. Тенер Г. Ионообменная хроматография в присутствии мочевины.// В кн.: Методы исследования нуклеиновых кислот. М.: Мир. 1970. С.85-90.

206. Френкель-Конрат Г., Стайншнайдер А. Ступенчатая деградация РНК: перйодатное окисление и последующее отщепление концевого звена анилином.// В кн.: Методы исследования нуклеиновых кислот. М.: Мир. 1970. С.105-107.

207. O'Brien T.J., Liebke Н.Н., Cheung H.S., Johnson L.K. Isoelectric focusing in a sephadex column.// Anal. Biochem. 1976. V.12. N 1-2. P.38-44.

208. Andrews P. The gel-filtration behaviour of proteins related to their molecular weights over a wide range.// Biochem. J. 1965. V.96. N 3. P.595-606.

209. Simoncsits A., Brownlee G.G., Brown R.S., Rubin J.R., Guilley H. New rapid gel sequencing method for RNA.// Nature. 1977. V.269. N 5631. P.833-836.

210. Loskard R.E., Alzner-Deweerd В., Heckman J.E., MacGee J., Tabor . M.W., RajBhandary U.L. Sequence analysis of 5'32P.labeled mRNA and tRNA using polyacrylamide gel electrophoresis.// Nucl. Acids Res. 1978. V.5. N 1. P.37-56.

211. Garoff H., Ansorge W. Improvements of DNA sequencing gels.// Anal. Biochem. 1981. V.115.N2. P.450-457.

212. Peattie D.A. Direct chemical method for sequencing RNA.// Proc. Nat. Acad. Sci. USA. 1979. V.76. N 4. P.1760-1764.

213. Inman J.K., Dintzis H.M. The derivatization of cross-linked polyacrylamide beads. Controlled introduction of functional groups for the preparation of special-purpose, biochemical adsorbents.// Biochemistry. 1969. V.8. N 10. P.4074-4082.

214. Белицина H.B., Гиршович A.C., Спирин A.C. Трансляция полинуклеотидной матрицы на твердом носителе.// Докл. АН СССР. 1973. T.210.N 1. С.224-227.

215. Лурье A.A. Хроматографические материалы (справочник).// M.: "Химия". 1978. С.80.

216. Вайткявичене Р.С., Баронайте Э.А., Давидавичене Л.Г., Валюкайте Р.В., Марцишаускас Р.П., Витейкене Я.Б. Исследование биосинтеза ранних ферментов, индуцируемых бактериофагом Т4.// Биохимия. 1981. Т.46. Вып.9. С.1596-1602.

217. Райт В.К., Халимская Л.М., Ямковой В.И. Методики выделения ферментов.// Новосибирск: НГУ. 1986. С.4-8.

218. Василенко С.К., Бабкина Е.Т. Выделение и свойства рибонуклеазы из яда кобры.// Биохимия. 1965. Т.30. Вып.4. С.705-712.

219. Василенко С.К., Сербо Н.А., Веньяминова А.Г., Болдырева Л.Е., Будкер В.Г., Кобец Н.Д. Препаративное получение 5'-олигорибонуклеотидов с помощью рибонуклеазы из яда кобры.// Биохимия. 1976. Т.41. Вып.2. С.260-263.

220. Василенко С.К., Буторин A.C., Маев С.П., Битюгов Ф.И., Болдырева Л.Г., Райт

221. B.К. Специфичность нуклеазы из яда среднеазиатской кобры (Naja naja oxiana) к макроструктуре полирибонуклеотидов.// Молекуляр. биология. 1983. Т. 17. Вып.4.1. C.818-826.

222. Бабкина Г.Т., Василенко С.К. Нуклеазная активность ядов среднеазиатских змей.// Биохимия. 1964. Т.29. Вып.2. С.268-272.

223. Василенко С.К. Выделение фосфодиэстеразы и фосфомоноэстеразы из яда гюрзы Vípera lebetina методом хроматографии на сульфоэтилцеллюлозе.// Биохимия. 1963. Т.28. Вып.4. С.602-605.

224. Eibl Н„ Lands W.E.M. A new, sensitive determination of phosphate.// Anal. Biochem. 1969. V.30. N 1. P.51-57.

225. Василенко C.K., Райт B.K. Метод выделения высокоочищенной рибонуклеазы из яда среднеазиатской кобры naja oxiana.// Биохимия. 1975. Т.40. Вып.З. С.578-583.

226. Жизнь животных (Гл. ред. Соколов В.Е. т.5. Земноводные. Пресмыкающиеся)./ Под ред. Банникова А.Г.//М.: Просвещение. 1985. С.264-265, 316-317.

227. Сахибов Д.Н., Сорокин В.М., Юкельсон Л .Я. Химия и биохимия змеиных.ядов.// Ташкент: ФАН. 1972. С.92-109.

228. Скоупс Р. Методы очистки белков.// М.: Мир. 1985. С.255.

229. Магарил С.А., Василенко С.К., Райт В.К. Особенности гидролиза синтетических полирибонуклеотидов эндорибонуклеазой из яда кобры Naja oxiana.// Биохимия. 1981. Т.46. Вып.З. С.408-413.

230. Pearson R.L., Weiss J.F., Keimers A.D. Improved separation of transfer RNA's on polychlorotrifluoroethylene-supported reversed-phase chromatography columns.// Biochim. et biophys. acta. 1971. V.228. N 3. P.770-774.

231. Власов В.В., Магарилл С.А., Райт В.К., Тукало М.А. Разделение олигонуклеотидов микроколоночной хроматографией в системе с обращенной фазой.// Изв. Сиб. отд. АН СССР. 1978. N 9. Сер. хим. наук. Вып.4. С. 137-142.

232. Уайт А., Хендлер Ф., Смит Э., Хилл Р., Леман И. Основы биохимии.// М.: Мир. 1981. Т.1. С.256-257.

233. Корниш-Боуден Э. Основы ферментативной кинетики.// М.: Мир. 1979. С. 156159.

234. Stawinski J., Hozumi Т., Narang S.A., Bahl C.P., Wu R. Arylsulfonyltetrazoles, new coupling reagents and further improvements in the triester method for the synthesis of deoxyribooligonucleotides.//Nucl. Acids Res. 1977. V.4. N 2. P.353-371.

235. Mosbach K. Introduction.// In: Methods in Enzymology. Immobilized Enzymes. N.Y.: Acad. Press. 1976. V.44. P.3-7.

236. Остерман Л.А. Хроматография белков и нуклеиновых кислот.// М.: Наука. 1985. С.376-379.

237. Bulow L., Mosbach К. Ligation of restriction endonuclease-generated DNA fragments using immobilized T4 DNA ligase.// Biochem. and Biophys. Res. Communs. 1982. V.107. N 2. P.458-464.

238. Cashion P., Javed A., Sathe G, Ali G. Hydrophobic affinity chromatography of nucleic acids and proteins. П. Activity of trityl sepharose immobilized enzymes.// Nucl. Acids Res. Symp. Ser. 1980. N 7. P. 173-189.

239. Hutchinson D.W., Collier R. The preparation and stability of immobilized polynucleotide kinase.// Biotechnol. and Bioeng. 1987. V.29. N 6. P.793-795.

240. Крынецкая Н.Ф., Туманов Ю.В., Потапов В.К., Шабарова З.А., Прокофьев М.А. Иммобилизованные тридезоксирибонуклеотиды затравки для ферментативногосинтеза олиго- и полидезоксирибонуклеотидов.// Докл. АН СССР. 1981. Т.258. N 5. С.1242-1245.

241. Moor N.A., Repkova M.N., Yamkovoy V.l., Lavrik O.I. Alterations at the З'-CCA end of Escherichia coli and Thermus thermophilus tRNAphe do not abolish their acceptor activity.// FEBS Lett. 1994. V.351. N . P.241-242.

242. Бунева B.H. Андриевская O.A., Романникова И.В., Гололобов Г.В., Ядав Р.П., Ямковой В.И., Невинский Г.А. Взаимодействие каталитически активных антител с олигорибонуклеотидами.// Молекуляр. биология. 1994. Т.28. Вып.4. С.738-743.

243. Виноградова H.JL, Ямковой В.И., Цветков И.В., Невинский Е.А. Взаимодействие урацил-ДНК-гликозилазы из плаценты человека с одноцепочечными дезокси- и рибоолигонуклеотидами и их комплексами.// Молекуляр. биология. 1996. Т.ЗО. Вып. 1. С.209-219.

244. Raukas Е., Kooli К., Yamkovoy V.L. Interaction of pentauridylic acid with the poly(A).poly(U) double helix.// Proc. Estonian Acad. Sei. Chem. 1993. V.42. N3. P.124-131.

245. Андриевская О.А., Канышкова Т.Г., Ямковой В.И., Бунева В.Н., Невинский Г.А. Моноклональные антитела к ДНК лучше гидролизуют РНК, чем ДНК. // Доклады РАН. 1997. Т.355. N3. С.401-403.

246. Андриевская О.А , Бунева В.Н., Забара В.Г., Наумов В.А., Ямковой В.И., Невинский Г.А. Иммуноглобулины класса М из сыворотки крови больных системной красной волчанкой эффективно расщепляют РНК.// Молекуляр. биология. 1998 . Т.32. Вып.5. С. 1-8.

247. Raukas Е., Kooli К., Yamkovoi V.I., Schutz Н. Free energy of the binding of uridylic acid oligomers with double stranded poly(A)'poly(U). // Biophysical Chemistry. 1997. V.67. P.245-261.