Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему

Регуляция экспрессии мРНК мультифункционального белка p50/YB-1

ВАК РФ 03.00.03, Молекулярная биология

Содержание диссертации, кандидата биологических наук, Скабкина, Ольга Валерьевна

ВВЕДЕНИЕ.

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

I. Структурная организация и функциональные активности р50/УВ-1 млекопитающих.

1. Общие свойства и доменная организация р50.

2. Функции р50 в ядре.

2.1. Особенности взаимодействия р50 с ДНК.

2.2. Участие р50 в регуляции транскрипции.

2.3. Возможное участие р50 в репликации ДНК.

2.4. Участие р50 в репарации ДНК.

2.5. Участие р50 в сплайсинге мРНК.

3. Функции р50 в цитоплазме.

3.1. Взаимодействие р50 с РНК и влияние на вторичную структуру РНК.

3.2. Влияние р50 на трансляцию.

3.3. Влияние р50 на стабильность мРНК.

4. Перераспределение р50 между ядром и цитоплазмой.

5. Участие р50 в обеспечении множественной лекарственной устойчивости.

6. р50 в раковых клетках.

7. Регуляция экспрессии гена р50.

П. Посттранскрипционная регуляция экспрессии генов с помощью факторов, взаимодействующих с 5' и 3' НТО мРНК.

1. Влияние НТО на трансляционную активность мРНК.

1.1. Регуляция трансляции, связанная с 5' НТО мРНК.

1.2. Регуляция трансляции с участием 3' НТО мРНК.

1.2.1. Регуляция инициации трансляции, основанная на циклизации мРНК.

1.2.2. Регуляция трансляции, основанная на конкуренции или изменении соотношения белков активатора и репрессора.

1.2.3. Регуляция трансляции специфическими РНК.

2. Влияние 3' НТО на временя жизни мРНК в клетке.

2.1. Механизмы деградации мРНК в клетке.

2.2. Экзонуклеазная деградация мРНК.

2.2.1. АКЕ-последовательности и их классификация.

2.2.2. АЯЕ -связывающие белки.

2.2.3. Участие АЛЕ-связывающих белков в деградации мРНК экзосомой.

2.3. Эндонуклеазная деградация мРНК.

2.4. Взаимосвязь стабильности мРНК и ее трансляционной активности.

3. Участие 3' НТО в транспорте и локализации мРНК.

3.1. Связь трансляционной активности мРНК и ее локализации.

ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ

МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

1. Клонирование фрагментов кДНК р50 с 3' НТО.

2. Выделение плазмидной ДНК из Escherichia coli.

3. Рестрикция плазмиды.

4. Получение транскриптов мРНК in vitro.

5. Аналитический электрофорез нуклеиновых кислот в геле агарозы.

6. Электрофорез РНК в полиакриламидном геле в присутствии мочевины.

7. Электрофорез белков в полиакриламидном геле в присутствии SDS.

8. Выделение p50/YB-l и РАВР из мРНП ретикулоцитов кролика.

9. Выделение глобиновой мРНК из свободных мРНП ретикулоцитов кролика.

10. Бесклеточная система трансляции из ретикулоцитов кролика.

11. Метод замедления подвижности РНК в геле (Gel-shift assay).

12. РНК-белковые сшивки под действием ультрафиолетового облучения.

13. Получение и очистка поликлональных моноспецифических антител к белку р50.

14. Иммунологический анализ белковых препаратов (Western-blot).

15. Иммунопреципитация комплексов белков лизата ретикулоцитов кролика с меченой РНК.

16. Пришивка антител к белок А-сефарозе.

17. Иммуноадсорбция р50 из лизата ретикулоцитов кролика.

18. Адсорбция РАВР из лизата ретикулоцитов кролика на поли(А)-сефарозе.

19. Получение суммарной РНК из лизата ретикулоцитов кролика.

20. Электрофорез РНК в геле агарозы в присутствии формальдегида.

21. Получение меченого фрагмента кДНК.

22. Northern-blot анализ.

23. Центрифугирование в градиенте концентрации сахарозы.

РЕЗУЛЬТАТЫ.

1. Влияние экзогенных фрагментов мРНК р50 с 5' и 3' НТО на синтез белка р50 в бесклеточной системе трансляции из ретикулоцитов кролика.

2. Влияние экзогенных субфрагментов мРНК р50 с 3' НТО на профиль полисом.

3. Влияние экзогенных субфрагментов мРНК р50 с 3' НТО на стабильность мРНК в бесклеточной системе трансляции.

4. Поиск белков, специфически взаимодействующих с фрагментом мРНК р50 с 3' НТО в лизате ретикулоцитов кролика.

5. Определение мест посадки белков 69, 50, 46 и 44 кДа на 3' НТО мРНК р50.

6. Идентификация 50 кДа белка, специфически взаимодействующего с субфрагментом I мРНК р50 с 3' НТО, как p50/YB-l.

7. Идентификация 69 кДа белка, специфически взаимодействующего с субфрагментом I мРНК р50, как поли(А)-связывающего белка (РАВР).

8. Исследование влияния поли(А) на трансляцию мРНК р50 в лизате ретикулоцитов кролика.

9. Исследование влияния природного белка р50 на трансляцию мРНК р50 в лизате ретикулоцитов кролика.

ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ.

ВЫВОДЫ.

БЛАГОДАРНОСТИ.

Введение Диссертация по биологии, на тему "Регуляция экспрессии мРНК мультифункционального белка p50/YB-1"

Мажорный белок цитоплазматических мРНП ретикулоцитов кролика, p50/YB-l (Y-box binding protein I), является членом эволюционно консервативного семейства древних мультифункциональных ДНК/РНК-связывающих белков с доменом холодового шока (CSD-белков), распространенных от бактерий до человека (Ovchinnikov et al., 2001). У бактерий синтез целого ряда белков этого семейства, известных как мажорные белки холодового шока, активируется при понижении температуры и служит для адаптации бактерий к росту при этих условиях (Graumann and Marahiel, 1998). У млекопитающих белки этого семейства регулируют клеточное деление и дифференцировку и участвуют в защите клеток от действия ионизирующей радиации и ксенобиотиков (Bader et al., 2003; Kohno et al., 2003). На молекулярном уровне белки с доменами холодового шока в ядре взаимодействуют с промоторами и энхансерами многих генов и регулируют их транскрипцию (Swamynathan et al., 1998), участвуют в процессах репликации (Holm et al., 2002) и репарации ДНК (Ise et al., 1999; Marenstein et al., 2001), a также в сплайсинге мРНК (Stickeler et al., 2001). В цитоплазме белки с доменами холодового шока упаковывают транслируемую и нетранслируемую мРНК и, в зависимости от количества белка на мРНК, промотируют или, наоборот, ингибируют процесс трансляции (Minich and Ovchinnikov, 1992; Evdokimova and Ovchinnikov, 1999), а также стабилизируют мРНК (Evdokimova et al., 2001).

Было показано, что активация синтеза главных белков холодового шока у бактерий достигается, в основном, на посттранскрипционном уровне в результате значительной и избирательной стабилизации их мРНК (Fang et al., 1997; Xia et al., 2002). Механизмы регуляции экспрессии белков с доменами холодового шока у эукариот пока не исследовались. В то же время данные о влиянии этих белков на многочисленные клеточные процессы, зачастую меняющие свой знак с изменением количества белка на нуклеиновой кислоте, заставляют предполагать наличие строгого контроля за содержанием этих белков в эукариотических клетках, в том числе и за счет регуляции на посттранскрипционном уровне.

Посттранскрипционный контроль экспрессии генов у эукариот в значительной степени связан с 5' и 3' нетранслируемыми областями мРНК (НТО) и специфическими белками или комплементарными РНК, взаимодействующими с этими областями (Gray and Wickens, 1998; Keene and Tenenbaum, 2002; Mazumder et al., 2003b).

Настоящая работа посвящена изучению механизмов посттранскрипционной регуляции экспрессии гена мажорного белка цитоплазматических мРНП ретикулоцитов кролика p50/YB-l. В связи с этим были поставлены следующие экспериментальные задачи: 1) исследовать влияние фрагментов мРНК р50, содержащих последовательности 5' и 3' НТО, на трансляцию и стабильность мРНК р50 в лизате ретикулоцитов кролика; 2) определить стадию белкового синтеза на которую действуют «активные» фрагменты мРНК р50; 3) провести поиск, выделение и идентификацию белков, специфически взаимодействующих с активными фрагментами мРНК р50; 4) исследовать влияние белков, специфически взаимодействующих с активными фрагментами мРНК р50, на трансляцию этой мРНК.

4ft

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

I. Структурная организация и функциональные активности р50/\ТМ млекопитающих р50/УВ-1 млекопитающих - это мультифункциональный ДНК- и РНК-связывающий белок, член древнего и эволюционно консервативного семейства белков с доменом холодового шока. Белок имеет ядерно-цитоплазматическое распределение в клетке и участвует в многочисленных ДНК- и РНК-зависимых процессах. Функции р50/УВ-1 кролика и человека суммированы в таблице 1.

Таблица 1. Известные функции p50/YB-l.

Белок Организм Предполагаемая функция Литература p50/YB-I Oryctolagus cuniculus Кролик 1) регуляция трансляции мРНК 2) регуляция стабильности мРНК (Evdokimova and Ovchinnikov, 1999) (Evdokimova et al., 2001)

YB-1/ DbpB Homo sapiens Человек 1) регуляция транскрипции целого ряда генов 2) участие в репарации ДНК 3) участие в репликации ДНК 4) участие в альтернативном сплайсинге мРНК 5) стабилизация мРНК 6) регуляция трансляции мРНК 7) 3'-»5'ДНК-экзонуклеазная активность (Swamynathan et al., 1998) (Shannon et al., 2001) (Hasegawaetal., 1991) (Iseetal., 1999) (Marenstein et al., 2001) (Holm et al., 2002) (Chansky et al., 2001) (Stickeler et al., 2001) (Chen et al., 2000) (Capowski et al., 2001) (Ashizuka et al., 2002) (Izumi etal., 2001)

Заключение Диссертация по теме "Молекулярная биология", Скабкина, Ольга Валерьевна

1. Показано, что экзогенный фрагмент мРНК р50 с 3' НТО, а также его субфрагмент I, ингибируют трансляцию мРНК р50, люциферазы и эндогенной глобиновой мРНК в бесклеточной системе трансляции из ретикулоцитов кролика, в то время как фрагмент мРНК р50 с 5' НТО и субфрагмент П с 3' НТО влияния не оказьшают.2. Экзогенный субфрагмент I вызьшает быстрый распад полисом в бесклеточной системе трансляции ретикулоцитов кролика, не оказьшая влияния на целостность MPHIC, что свидетельствует об ингибировании трансляции преимущественно на стадии инициации.3. В лизате ретикулоцитов кролика обнаружены четьфе белка, специфически взаимодействующие с фрагментом мРНК р50 с 3' НТО с относительньп^ш молекулярными весами около 69, 50,46 и 44 кДа.4. Показано, что белки 69 и 50 кДа специфически связываются с субфрагментом I, а 46 и 44 кДа - с субфрагментом П.

5. Белок 69 кДа, специфически взаимодействующий с субфрагментом I, идентифицирован как поли(А)-связывающий белок (РАВР).6. Белок 50 кДа, специфически взаимодействующий с субфрагментом I, идентифицирован как р50ЛГВ-1.7. Экзогенная поли(А) избирательно ингибирует трансляцию мРНК р50 независимо от наличия или отсутствия поли(А) хвоста на этой мРНК.

8. Экзогенный природный белок р50 при относительно низких концентрациях избирательно ингибирует трансляцию мРНК р50.БЛАГОДАРНОСТИ Я хочу вьфазить огромную благодарность моему научному руководителю Льву Павловичу Овчинникову за то, что он взял меня в свою лабораторию, за ту школу науки и жизни, которую я прошла под его руководством, за его терпение, мудрость и доброжелательность при обз^ении всех нас и меня в частности. Особенно хочется поблагодарить его за создание в лаборатории совершенно особенной творческой атмосферы, позволяющей нам чувствовать себя Исследователями, а не просто исполнителями обычной работы, Я бесконечно благодарна моему мужу Максиму за то, что он учил меня работать руками, когда я только пришла в эту лабораторию, за то, что он стоял у истоков той темы, которая вьфосла в мою диссертацию, за его неиссякаемую веру в мои силы и способности даже тогда, когда я этой веры лишалась и за то, что он всегда бьш рядом и в счастливые и в тяжелые моменты моей жизни, Я благодарна Валентину Устинову, Валентине Евдокимовой и Лизе Ковригиной за участие в моей научной судьбе, за советы, которые они мне давали и за все то, чему они меня научили.Отдельно хочется поблагодарить за плодотворное сотрудничество моего студента-курсовика, затем дипломника и в настоящее время стажера 1-го года Диму Лябина, третий год работающего вместе со мной над этой темой, а также стажера 2-го года Надю Попову, с которой мы совместно трудились над этой темой во времена ее

4-го курса студенчества.Я очень благодарна Маше Матьпиной, Леше Сорокину, Максиму Некрасову, Косте Чернову, Сергею Гурьянову, Кириллу Стасевичу и Насте Селютиной за то, что с ними было очень приятно работать и общаться, а также за то, что у каждого из них есть какая-то особенная черта характера, создающая неповторимый колорит.Огромное спасибо Лене Соболевой, Лене Кунаевой и Нине Михайловне Гришиной за их неоценимую помощь в работе, за чуткое отношение и постоянную заботу о всей лаборатории. Отдельно хочется поблагодарить их за те "вкусные" праздники, которые они так мастерски нам устраивают.я очень благодарна моим более старшим коллегам: Елене Давыдовой за помощь в написании моей первой статьи в зарубежный журнал и за ценные советы и комментарии к ней и Петру Симоненко за его удивительно чуткое отношение, за помощь, советы и за то, что он всегда находил время выслушать каждого человека с его проблемами, в том числе и меня.Я хочу от всей души поблагодарить Евгению Викторовну Сереброву за помощь в написании статей, автореферата и диссертационной работы, а также за то, что она всегда приносит с собой улыбку и хорошее настроение, заражая им окружаюпщх.Хочется сказать огромное спасибо тем людям, работа которых на первый взгляд незаметна, но без которой не бьша бы сделана не только моя, но и многие дрзове диссертации - нашим бесценньв! библиотекарям - Альбине Борисовне и Маргарите Ивановне, "Мастерам центрифуг" Владимиру Григорьевичу Иванову и Вячеславу Федоровичу Малову, Анатолию Алексеевичу Назарову, реанимирующему наш старенький спектрофотометр, Людмиле Петровне Вольшкиной, которая виртуозно фотографировала наши форезы, а также мастеру на все pjocn Анатолию Павловичу Русакову, который возвращал к жизни наши вьппедшие из строя приборы.Я всегда вспоминаю и буду вспоминать с огромной теплотой моих самых первых научных руководителей на кафедре физиологии и биохимии растений Воронежского университета - Андрея Игамбердиева и Марину Родионову

(Фалалееву). Я бесконечно благодарна им за все то время, которое мы провели вместе и за ту потрясающую неповторимую удивительную атмосферу, в которую я попадала, общаясь и работая с ними.Хочется также вьфазить огромную благодарность всем преподавателям кафедры физиологии и биохимии растений Воронежского университета, которую я окончила, за те знания, которые они мне дали.Благодарю также всех сотрудников Института белка РАН, с которьпли я работала и общалась.

Библиография Диссертация по биологии, кандидата биологических наук, Скабкина, Ольга Валерьевна, Пущино

1. Ansari, S.A., Safak, M., Gallia, G.L., Sawaya, B.E., Amini, S. and Khalili, K. (1999) 1.teraction of YB-1 with human immunodeficiency virus type 1 Tat and TAR RNA modulates viral promoter activity. J Gen Virol, 80 (Pt 10), 2629-2638.

2. Antic, D. and Keene, J.D. (1997) Embryonic lethal abnormal visual RNA-binding proteins involved in growth, differentiation, and posttranscriptional gene expression. Am J Hum Genet, 61,273-278.

3. Antic, D. and Keene, J.D. (1998) Messenger ribonucleoprotein complexes containing human ELAV proteins: interactions with cytoskeleton and translational apparatus. J Cell Sci, 111, 183-197.

4. Antic, D., Lu, N. and Keene, J.D. (1999) ELAV tumor antigen, Hel-Nl, increases translation of neurofilament M mRNA and induces formation of neurites in human teratocarcinoma cells. Genes Dev, 13,449-461.

5. Aoki, M., Blazek, E. and Vogt, P.K. (2001) A role of the kinase mTOR in cellular transformation induced by the oncoproteins P3k and Akt. Proc Natl Acad Sci USA, 98, 136-141.

6. Arn, E.A. and Macdonald, P.M. (1998) Motors driving mRNA localization: new insights from in vivo imaging. Cell, 95, 151-154.

7. Atasoy, U., Watson, J., Patel, D. and Keene, J.D. (1998) ELAV protein HuA (HuR) can redistribute between nucleus and cytoplasm and is upregulated during serum stimulation and T cell activation. J Cell Sci, 111, 3145-3156.

8. Aviv, H. and Leder, P. (1972) Purification of biologically active globin messenger RNA by chromatography on oligothymidylic acid-cellulose. Proc Natl Acad Sci USA, 69,1408-1412.

9. Bader, A.G., Felts, K.A., Jiang, N., Chang, H.W. and Vogt, P.K. (2003) Y box-binding protein 1 induces resistance to oncogenic transformation by the phosphatidylinositol 3-kinase pathway. Proc Natl Acad Sci USA, 100, 12384-12389.

10. Bag, J. and Wu, J. (1996) Translation^ control of poly(A)-binding protein expression. Eur J Biochem, 237,143-152.

11. Bag, J. (2001) Feedback inhibition of poly(A)-binding protein mRNA translation. A possible mechanism of translation arrest by stalled 40 S ribosomal subunits. J Biol Chem, 276, 47352-47360.

12. Bashirullah, A., Cooperstock, R.L. and Lipshitz, H.D. (1998) RNA localization in development. Annu Rev Biochem, 67,335-394.

13. Bassell, G. and Singer, R.H. (1997) mRNA and cytoskeletal filaments. Curr Opin Cell Biol, 9, 109-115.

14. Beelman, C.A. and Parker, R. (1995) Degradation of mRNA in eukaryotes. Cell, 81, 179-183.

15. Birnboim, H.C. (1983) A rapid alkaline extraction method for the isolation of plasmid DNA. Methods Enzymol, 100, 243-255.

16. Bisbal, C., Martinand, C., Silhol, M., Lebleu, B. and Salehzada, T. (1995) Cloning and characterization of a RNAse L inhibitor. A new component of the interferon« regulated 2-5A pathway. J Biol Chem, 270, 13308-13317.

17. Blackshear, P.J. (2002) Tristetraprolin and other CCCH tandem zinc-finger proteins in the regulation of mRNA turnover, Biochem Soc Trans, 30, 945-952.

18. Boeck, R., Tarun, S., Jr., Rieger, M., Deardorff, J.A., Muller-Auer, S. and Sachs, A.B. (1996) The yeast Pan2 protein is required for poly(A)-binding protein-stimulated poly(A)-nuclease activity. J Biol Chem, 271,432-438.

19. Bouvet, P., Matsumoto, K. and Wolffe, A.P. (1995) Sequence-specific RNA recognition by the Xenopus Y-box proteins. An essential role for the cold shock domain. J Biol Chem, 270,28297-28303.

20. Brazil, D.P., Park, J. and Hemmings, B.A. (2002) PKB binding proteins. Getting in on the Akt. Cell, 111, 293-303.

21. Brewer, G. and Ross, J. (1988) Poly(A) shortening and degradation of the 31 A+U-rich sequences of human c-myc mRNA in a cell-free system. Mol Cell Biol, 8, 16971708.

22. Brewer, G. (1991) An A + U-rich element RNA-binding factor regulates c-myc mRNA stability in vitro. Mol Cell Biol, 11, 2460-2466.

23. Brewer, G. (1999) Evidence for a 3-5' decay pathway for c-myc mRNA in mammalian cells. J Biol Chem, 274, 16174-16179.

24. Brown, C.E., Tarun, S.Z., Jr., Boeck, R. and Sachs, A.B. (1996) PAN3 encodes asubunit of the Pablp-dependent poly(A) nuclease in Saccharomyces cerevisiae. Mol Cell Biol, 16, 5744-5753.

25. Buzby, J.S., Brewer, G. and Nugent, D.J. (1999) Developmental regulation of RNA transcript destabilization by A + U-rich elements is AUF1-dependent. J Biol Chem, 274, 33973-33978.

26. Capowski, E.E., Esnault, S., Bhattacharya, S. and Malter, J.S. (2001) Y box-binding factor promotes eosinophil survival by stabilizing granulocyte-macrophage colony-stimulating factor mRNA. J Immunol, 167, 5970-5976.

27. Carballo, E., Lai, W.S. and Blackshear, P.J. (1998) Feedback inhibition of macrophage tumor necrosis factor-alpha production by tristetraprolin. Science, 281, 1001-1005.

28. Carballo, E., Lai, W.S. and Blackshear, P.J. (2000) Evidence that tristetraprolin is a physiological regulator of granulocyte-macrophage colony-stimulating factor messenger RNA deadenylation and stability. Blood, 95,1891-1899.

29. Carrera, P., Johnstone, O., Nakamura, A., Casanova, J., Jackie, H. and Lasko, P. (2000) VASA mediates translation through interaction with a Drosophila yIF2 homolog. Mol Cell, 5, 181-187.

30. Castagnetti, S., Hentze, M.W., Ephrussi, A. and Gebauer, F. (2000) Control of oskar mRNA translation by Bruno in a novel cell-free system from Drosophila ovaries. Development, 127, 1063-1068.

31. Chansky, H.A., Hu, M., Hickstein, D.D. and Yang, L. (2001) Oncogenic TLS/ERG and EWS/Fli-1 fusion proteins inhibit RNA splicing mediated by YB-1 protein. Cancer Res, 61, 3586-3590.

32. Chen, C.Y. and Shyu, A.B. (1994) Selective degradation of early-response-gene mRNAs: functional analyses of sequence features of the AU-rich elements. Mol Cell Biol, 14, 8471-8482.

33. Chen, C.Y. and Shyu, A.B. (1995) AU-rich elements: characterization and importance in mRNA degradation. Trends Biochem Sci, 20,465-470.

34. Chen, C.Y., Gherzi, R., Andersen, J.S., Gaietta, G., Jurchott, K., Royer, H.D., Mann, M. and Karin, M. (2000) Nucleolin and YB-1 are required for JNK-mediatedH interleukin-2 mRNA stabilization during T-cell activation. Genes Dev, 14,1236-1248.

35. Chen, C.Y., Gherzi, R., Ong, S.E., Chan, E.L., Raijmakers, R., Pruijn, G.J., Stoecklin, G., Moroni, C., Mann, M. and Karin, M. (2001) AU binding proteins recruit the exosome to degrade ARE-containing mRNAs. Cell, 107,451-464.

36. Chernokalskaya, E., Dubell, A.N., Cunningham, K.S., Hanson, M.N., Dompenciel, R.E. and Schoenberg, D.R. (1998) A polysomal ribonuclease involved in the destabilization of albumin mRNA is a novel member of the peroxidase gene family. RNA, 4,1537-1548.

37. Chuang, R.Y., Weaver, P.L., Liu, Z. and Chang, T.H. (1997) Requirement of the DEAD-Box protein dedl p for messenger RNA translation. Science, 275, 1468-1471.

38. Chung, S., Jiang, L., Cheng, S. and Furneaux, H. (1996) Purification and properties of HuD, a neuronal RNA-binding protein. J Biol Chem, 271, 11518-11524.

39. Couttet, P., Fromont-Racine, M., Steel, D., Pictet, R. and Grange, T. (1997) Messenger RNA deadenylylation precedes decapping in mammalian cells. Proc NatlAcad Sci U S A, 94,5628-5633.

40. Coutts, M. and Brawerman, G. (1993) A 5' exoribonuclease from cytoplasmic extracts of mouse sarcoma 180 ascites cells. Biochim Biophys Acta, 1173, 57-62.

41. Crucs, S., Chatterjee, S. and Gavis, E.R. (2000) Overlapping but distinct RNA elements control repression and activation of nanos translation. Mol Cell, 5, 457-467.

42. Cunningham, K.S., Hanson, M.N. and Schoenberg, D.R. (2001) Polysomal ribonuclease 1 exists in a latent form on polysomes prior to estrogen activation of mRNA decay. Nucleic Acids Res, 29, 1156-1162.

43. Darnbrough, C.H. and Ford, P.J. (1981) Identification in Xenopus laevis of a class of oocyte-specific proteins bound to messenger RNA. Eur J Biochem, 113, 415-424.

44. Davies, H.G., Giorgini, F., Fajardo, M.A. and Braun, R.E. (2000) A sequence-specific RNA binding complex expressed in murine germ cells contains MSY2 and MSY4. Dev Biol, 221, 87-100.

45. Decker, C.J. and Parker, R. (1993) A turnover pathway for both stable and unstable mRNAs in yeast: evidence for a requirement for deadenylation. Genes Dev, 7, 16321643.

46. Dodson, R.E. and Shapiro, D.J. (1997) Vigilin, a ubiquitous protein with 14 K homology domains, is the estrogen-inducible vitellogenin mRNA 3-untranslated region-binding protein. J Biol Chem, 272, 12249-12252.

47. Dollenmaier, G. and Weitz, M. (2003) Interaction of glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase with secondary and tertiary RNA structural elements of the hepatitis A virus 3' translated and non-translated regions. J Gen Virol, 84,403-414.

48. Dunckley, T. and Parker, R. (1999) The DCP2 protein is required for mRNA decapping in Saccharomyces cerevisiae and contains a functional MutT motif. EMBO J, 18,5411-5422.

49. Evdokimova, V., Ruzanov, P., Imataka, H., Raught, B., Svitkin, Y., Ovchinnikov, L.P. and Sonenberg, N. (2001) The major mRNA-associated protein YB-1 is a potent 5' cap-dependent mRNA stabilizer. EMBO J, 20, 5491-5502.

50. Evdokimova, V.M. and Ovchinnikov, L.P. (1999) Translational regulation by Y-box transcription factor: involvement of the major mRNA-associated protein, p50. Int J Biochem Cell Biol, 31, 139-149.

51. Ey, P.L., Prowse, S.J. and Jenkin, C.R. (1978) Isolation of pure IgGl, IgG2a and IgG2b immunoglobulins from mouse serum using protein A-sepharose. Immunochemistiy, 15, 429-436.

52. Fan, X.C. and Steitz, J.A. (1998) Overexpression of HuR, a nuclear-cytoplasmic shuttling protein, increases the in vivo stability of ARE-containing mRNAs. EMBO J, 17,3448-3460.

53. Fang, L., Jiang, W., Bae, W. and Inouye, M. (1997) Promoter-independent cold-shock induction of cspA and its derepression at 37 degrees C by mRNA stabilization. Mol Microbiol, 23, 355-364.

54. Ford, P.J., Mathieson, T. and Rosbash, M. (1977) Very long-lived messenger RNA in ovaries of Xenopus laevis. Dev Biol, 57,417-426.

55. Gallouzi, I.E., Brennan, C.M., Stenberg, M.G., Swanson, M.S., Eversole, A., Maizels, N. and Steitz, J.A. (2000) HuR binding to cytoplasmic mRNA is perturbed by heat shock. Proc Natl Acad Sci USA, 97, 3073-3078.

56. Gao, F.B. and Keene, J.D. (1996) Hel-Nl/Hel-N2 proteins are bound to poly(A)+ mRNA in granular RNP structures and are implicated in neuronal differentiation. J Cell Sci, 109, 579-589.

57. Gao, M., Wilusz, C.J., Peltz, S.W. and Wilusz, J. (2001) A novel mRNA-decapping activity in HeLa cytoplasmic extracts is regulated by AU-rich elements. EMBO J, 20, 1134-1143.

58. Gebauer, F., Grskovic, M. and Hentze, M.W. (2003) Drosophila sex-lethal inhibits the stable association of the 40S ribosomal subunit with msl-2 mRNA. Mol Cell, 11, 1397-1404.

59. Giorgini, F., Davies, H.G. and Braun, R.E. (2001) MSY2 and MSY4 bind a conserved sequence in the 3' untranslated region of protamine 1 mRNA in vitro and in vivo. Mol Cell Biol, 21, 7010-7019.

60. Goldsmith, M.E., Madden, M.J., Morrow, C.S. and Cowan, K.H. (1993) A Y-box consensus sequence is required for basal expression of the human multidrug resistance (mdrl) gene. J Biol Chem, 268, 5856-5860.

61. Grant, C.E. and Deeley, R.G. (1993) Cloning and characterization of chicken YB-1: regulation of expression in the liver. Mol Cell Biol, 13, 4186-4196.

62. Graumann, P.L. and Marahiel, M.A. (1998) A superfamily of proteins that contain the cold-shock domain. Trends Biochem Sci, 23, 286-290.

63. Gray, N.K. and Wickens, M. (1998) Control of translation initiation in animals. Annu Rev Cell Dev Biol, 14, 399-458.

64. Groisman, I., Huang, Y.S., Mendez, R., Cao, Q., Theurkauf, W. and Richter, J.D. (2000) CPEB, maskin, and cyclin B1 mRNA at the mitotic apparatus: implications form local translational control of cell division. Cell, 103, 435-447.

65. Groisman, I., Jung, M.Y., Sarkissian, M., Cao, Q. and Richter, J.D. (2002) Translational control of the embryonic cell cycle. Cell, 109,473-483.

66. Grosshans, H. and Slack, F.J. (2002) Micro-RNAs: small is plentiful. J Cell Biol, 156, 17-21.

67. Gu, C., Oyama, T., Osaki, T., Kohno, K. and Yasumoto, K. (2001) Expression of Y box-binding protein-1 correlates with DNA topoisomerase Ilalpha and proliferating cell nuclear antigen expression in lung cancer. Anticancer Res, 21, 2357-2362.

68. Guo, L., Allen, E.M. and Miller, W.A. (2001) Base-pairing between untranslated regions facilitates translation of uncapped, nonpolyadenylated viral RNA. Mol Cell, 7, 1103-1109.

69. Harris, A.N. and Macdonald, P.M. (2001) Aubergine encodes a Drosophila polar granule component required for pole cell formation and related to eIF2C. Development, 128,2823-2832.

70. Heasman, J., Wessely, O., Langland, R, Craig, E.J. and Kessler, D.S. (2001) Vegetal localization of maternal mRNAs is disrupted by VegT depletion. Dev Biol, 240, 377386.

71. Hesketh, J.E. (1996) Sorting of messenger RNAs in the cytoplasm: mRNA localization and the cytoskeleton. Exp Cell Res, 225, 219-236.

72. Higashi, K., Inagaki, Y., Fujimori, K., Nakao, A., Kaneko, H. and Nakatsuka, I. (2003) Interferon-gamma interferes with transforming growth factor-beta signaling through direct interaction of YB-1 with Smad3. J Biol Chem, 278, 43470-43479.

73. Hua, J., Garner, R. and Paetkau, V. (1993) An RNasin-resistant ribonuclease selective for interleukin 2 mRNA. Nucleic Acids Res, 21,155-162.

74. Imataka, H., Gradi, A. and Sonenberg, N. (1998) A newly identified N-terminal amino acid sequence of human eIF4G binds poly(A)-binding protein and functions in poly(A)-dependent translation. EMBO J, 17, 7480-7489.

75. Ito, K., Tsutsumi, K., Kuzumaki, T., Gomez, P.F., Otsu, K. and Ishikawa, K. (1994) A novel growth-inducible gene that encodes a protein with a conserved cold-shock domain. Nucleic Acids Res, 22, 2036-2041.

76. Jain, R.G., Andrews, L.G., McGowan, K.M., Pekala, P.H. and Keene, J.D. (1997) Ectopic expression of Hel-Nl, an RNA-binding protein, increases glucose transporter (GLUT1) expression in 3T3-L1 adipocytes. Mol Cell Biol, 17, 954-962.

77. Jain, S.K., Pluskal, M.G. and Sarkar, S. (1979) Thermal chromatography of eukaiyotic messenger ribonucleoprotein particles on oligo (dT)-cellulose. Evidence forcommon mRNA-associated proteins in various cell types. FEBS Lett, 97, 84-90.

78. Ji, X., Kong, J. and Liebhaber, S.A. (2003) In vivo association of the stability control protein alphaCP with actively translating mRNAs. Mol Cell Biol, 23, 899-907.

79. Johnstone, O. and Lasko, P. (2001) Translational regulation and RNA localization in Drosophila oocytes and embryos. Annu Rev Genet, 35, 365-406.

80. Kandala, J.C. and Guntaka, R.V. (1994) Cloning of Rous sarcoma virus enhancer factor genes. I. Evidence that RSV-EF-I is related to Y-box (inverted CCAAT) binding proteins and binds to multiple motifs in the RSV enhancer. Virology, 198, 514-523.

81. Keene, J.D. (1999) Why is Hu where? Shuttling of early-response-gene messenger RNA subsets. Proc Natl Acad Sci USA, 96, 5-7.

82. Keene, J.D. and Tenenbaum, S.A. (2002) Eukaryotic mRNPs may represent posttranscriptional operons. Mol Cell, 9, 1161-1167.

83. Kiledjian, M., DeMaria, C.T., Brewer, G. and Novick, K. (1997) Identification of AUF1 (heterogeneous nuclear ribonucleoprotein D) as a component of the alpha-globinmRNA stability complex. Mol Cell Biol, 17,4870-4876.

84. Kloc, M. and Etkin, L.D. (1994) Derealization of Vgl mRNA from the vegetal cortex in Xenopus oocytes after destruction of Xlsirt RNA. Science, 265, 1101-1103.

85. Kloks, C.P., Spronk, C.A., Lasonder, E., Hoffmann, A., Vuister, G.W., Grzesiek, S. and Hilbers, C.W. (2002) The solution structure and DNA-binding properties of the cold-shock domain of the human Y-box protein YB-1. J Mol Biol, 316, 317-326.

86. Kohno, K., Izumi, H., Uchiumi, T., Ashizuka, M. and Kuwano, M. (2003) The pleiotropic functions of the Y-box-binding protein, YB-1. Bioessays, 25, 691-698.

87. Koike, K., Uchiumi, T., Ohga, T., Toh, S., Wada, M., Kohno, K. and Kuwano, M. (1997) Nuclear translocation of the Y-box binding protein by ultraviolet irradiation. FEBS Lett, 417,390-394.

88. Komer, C.G. and Wahle, E. (1997) Poly(A) tail shortening by a mammalian poly(A)-specific 3 exoribonuclease. J Biol Chem, 272, 10448-10456.

89. Kowalski, J. and Denhardt, D.T. (1989) Regulation of the mRNA for monocyte-derived neutrophil-activating peptide in differentiating HL60 promyelocytes. Mol Cell Biol, 9, 1946-1957.

90. Kudo, S., Mattei, M.G. and Fukuda, M. (1995) Characterization of the gene for dbpA, a family member of the nucleic-acid-binding proteins containing a cold-shock domain. Eur J Biochem, 231, 72-82.

91. Ladomery, M. and Sommerville, J. (1994) Binding of Y-box proteins to RNA: involvement of different protein domains. Nucleic Acids Res, 22, 5582-5589.

92. Laemmli, U.K. (1970) Cleavage of structural proteins during the assembly of the head of bacteriophage T4. Nature, 227, 680-685.

93. LaGrandeur, T.E. and Parker, R. (1998) Isolation and characterization of Dcplp, the yeast mRNA decapping enzyme. EMBO J, 17,1487-1496.

94. Lai, E.C. and Posakony, J.W. (1997) The Bearded box, a novel 3' UTR sequence motif, mediates negative post-transcriptional regulation of Bearded and Enhancer of split Complex gene expression. Development, 124,4847-4856.

95. Lai, E.C., Burks, C. and Posakony, J.W. (1998) The K box, a conserved 3' UTR sequence motif, negatively regulates accumulation of enhancer of split complex transcripts. Development, 125,4077-4088.

96. Lai, E.C. (2002) Micro RNAs are complementary to 3' UTR sequence motifs that mediate negative post-transcriptional regulation. Nat Genet, 30, 363-364.

97. Lai, E.C. (2003) microRNAs: runts of the genome assert themselves. Curr Biol, 13, R925-936.

98. Landsman, D. (1992) RNP-1, an RNA-binding motif is conserved in the DNA-binding cold shock domain. Nucleic Acids Res, 20,2861-2864.

99. Laroia, G., Cuesta, R., Brewer, G. and Schneider, R.J. (1999) Control of mRNA decay by heat shock-ubiquitin-proteasome pathway. Science, 284, 499-502.

100. Lasham, A., Moloney, S., Hale, T., Homer, C., Zhang, Y.F., Murison, J.G., Braithwaite, A.W. and Watson, J. (2003) The Y-box-binding protein, YB1, is a potential negative regulator of the p53 tumor suppressor. J Biol Chem, 278, 35516-35523.

101. Lasko, P. (2000) The drosophila melanogaster genome: translation factors and RNA binding proteins. J Cell Biol, 150, F51-56.

102. Lee, C.H., Leeds, P. and Ross, J. (1998) Purification and characterization of a polysome-associated endoribonuclease that degrades c-myc mRNA in vitro. J Biol Chem, 273, 25261-25271.

103. Lemm, I. and Ross, J. (2002) Regulation of c-myc mRNA decay by translational pausing in a coding region instability determinant. Mol Cell Biol, 22, 3959-3969.

104. Lenz, J., Okenquist, S.A., LoSardo, J.E., Hamilton, K.K. and Doetsch, P.W. (1990) Identification of a mammalian nuclear factor and human cDNA-encoded proteins that recognize DNA containing apurinic sites. Proc Natl Acad Sci USA, 87,3396-3400.

105. Levine, A.J. (1997) p53, the cellular gatekeeper for growth and division. Cell, 88, 323-331.

106. Levine, T.D., Gao, F., King, P.H., Andrews, L.G. and Keene, J.D. (1993) Hel-Nl: an autoimmune RNA-binding protein with specificity for 3' uridylate-rich untranslated regions of growth factor mRNAs. Mol Cell Biol, 13, 3494-3504.

107. Levy, N.S., Chung, S., Furneaux, H. and Levy, A.P. (1998) Hypoxic stabilization of vascular endothelial growth factor mRNA by the RNA-binding protein HuR. J Biol Chem, 273, 6417-6423.

108. Li, J., Hawkins, I.C., Harvey, C.D., Jennings, J.L., Link, A.J. and Patton, J.G. (2003) Regulation of alternative splicing by SRrp86 and its interacting proteins. Mol Cell Biol,23,7437-7447.

109. Li, W.W., Hsiung, Y., Wong, V., Galvin, K., Zhou, Y., Shi, Y. and Lee, A.S. (1997) Suppression of grp78 core promoter element-mediated stress induction by the dbpA and dbpB (YB-1) cold shock domain proteins. Mol Cell Biol, 17, 61-68.

110. Lie, Y.S. and Macdonald, P.M. (1999) Translational regulation of oskar mRNA occurs independent of the cap and poly(A) tail in Drosophila ovarian extracts. Development, 126,4989-4996.

111. Lloberas, J., Maki, R.A. and Celada, A. (1995) Repression of major histocompatibility complex I-A beta gene expression by dbpA and dbpB (mYB-1) proteins. Mol Cell Biol, 15, 5092-5099.

112. Ma, W.J., Cheng, S., Campbell, C., Wright, A. and Furneaux, H. (1996) Cloning and characterization of HuR, a ubiquitously expressed Elav-like protein. J Biol Chem, 271, 8144-8151.

113. Ma, W.J., Chung, S. and Furneaux, H. (1997) The Elav-like proteins bind to AU-rich elements and to the poly(A) tail of mRNA. Nucleic Acids Res, 25, 3564-3569.

114. MacDonald, G.H., Itoh-Lindstrom, Y. and Ting, J.P. (1995) The transcriptional regulatory protein, YB-1, promotes single-stranded regions in the DRA promoter. J Biol Chem, 270, 3527-3533.

115. Makino, Y., Ohga, T., Toh, S., Koike, K., Okumura, K., Wada, M., Kuwano, M. andKohno, K. (1996) Structural and functional analysis of the human Y-box binding protein (YB-1) gene promoter. Nucleic Acids Res, 24, 1873-1878.

116. Manival, X., Ghisolfi-Nieto, L., Joseph, G., Bouvet, P. and Erard, M. (2001) RNA-binding strategies common to cold-shock domain- and RNA recognition motif-containing proteins. Nucleic Acids Res, 29, 2223-2233.

117. Marello, K., LaRovere, J. and Sommerville, J. (1992) Binding of Xenopus oocyte masking proteins to mRNA sequences. Nucleic Acids Res, 20, 5593-5600.

118. Mazumder, B. and Fox, P.L. (1999) Delayed translational silencing of ceruloplasmin transcript in gamma interferon-activated U937 monocytic cells: role of the 3' untranslated region. Mol Cell Biol, 19, 6898-6905.

119. Mazumder, B., Sampath, P., Seshadri, V., Maitra, R.K., DiCorleto, P.E. and Fox, P.L. (2003a) Regulated release of LI 3a from the 60S ribosomal subunit as a mechanism of transcript-specific translational control. Cell, 115,187-198.

120. Mazumder, B., Seshadri, V. and Fox, P.L. (2003b) Translational control by the 3'-UTR: the ends specify the means. Trends Biochem Sci, 28, 91-98.

121. Meinsma, D., Holthuizen, P.E., Van den Brande, J.L. and Sussenbach, J.S. (1991) Specific endonucleolytic cleavage of IGF-II mRNAs. Biochem Biophys Res Commun, 179,1509-1516.

122. Meyuhas, O. (2000) Synthesis of the translational apparatus is regulated at the translational level. Eur J Biochem, 267,6321-6330.

123. Micklem, D.R., Adams, J., Grunert, S. and St Johnston, D. (2000) Distinct roles of two conserved Staufen domains in oskar mRNA localization and translation. Embo J, 19, 1366-1377.

124. Millard, S.S., Vidal, A., Markus, M. and Koff, A. (2000) A U-rich element in the 5' untranslated region is necessary for the translation of p27 mRNA. Mol Cell Biol, 20, 5947-5959.

125. Minich, W.B. and Ovchinnikov, L.P. (1992) Role of cytoplasmic mRNP proteins in translation. Biochimie, 74, 477-483.

126. Minich, W.B., Maidebura, I.P. and Ovchinnikov, L.P. (1993) Purification and characterization of the major 50-kDa repressor protein from cytoplasmic mRNP of rabbit reticulocytes. Eur J Biochem, 212, 633-638.

127. Mitchell, P., Petfalski, E., Shevchenko, A., Mann, M. and Tollervey, D. (1997) The exosome: a conserved eukaryotic RNA processing complex containing multiple 3'~>5' exoribonucleases. Cell, 91,457-466.

128. Muckenthaler, M., Gray, N.K. and Hentze, M.W. (1998) IRP-1 binding to ferritin mRNA prevents the recruitment of the small ribosomal subunit by the cap-binding complex eIF4F. Mol Cell, 2, 383-388.

129. Muhlrad, D., Decker, C.J. and Parker, R. (1994) Deadenylation of the unstable mRNA encoded by the yeast MFA2 gene leads to decapping followed by 5'~>3' digestion of the transcript. Genes Dev, 8, 855-866.

130. Mukheijee, D., Gao, M., O'Connor, J.P., Raijmakers, R., Pruijn, G., Lutz, C.S. and Wilusz, J. (2002) The mammalian exosome mediates the efficient degradation of mRNAs that contain AU-rich elements. EMBO J, 21, 165-174.

131. Mukhopadhyay, D., Houchen, C.W., Kennedy, S., Dieckgraefe, B.K. and Anant, S. (2003) Coupled mRNA stabilization and translational silencing of cyclooxygenase-2 by a novel RNA binding protein, CUGBP2. Mol Cell, 11, 113-126.

132. Murray, M.T. (1994) Nucleic acid-binding properties of the Xenopus oocyte Y box protein mRNP3+4. Biochemistry, 33, 13910-13917.

133. Myer, V.E., Fan, X.C. and Steitz, J.A. (1997) Identification of HuR as a protein implicated in AUUUA-mediated mRNA decay. EMBO J, 16, 2130-2139.

134. Nagy, E. and Rigby, W.F. (1995) Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenaseselectively binds AU-rich RNA in the NAD(+)-binding region (Rossmann fold). J Biol Chem, 270, 2755-2763.

135. Nakamura, A., Amikura, R., Hanyu, K. and Kobayashi, S. (2001) Me31B silences translation of oocyte-localizing RNAs through the formation of cytoplasmic RNP complex during Drosophila oogenesis. Development, 128, 3233-3242.

136. Nasmyth, K. and Jansen, R.P. (1997) The cytoskeleton in mRNA localization and cell differentiation. Curr Opin Cell Biol, 9, 396-400.

137. Ogura, K., Kishimoto, N., Mitani, S., Gengyo-Ando, K. and Kohara, Y. (2003) Translational control of maternal glp-1 mRNA by POS-1 and its interacting protein SPN-4 in Caenorhabditis elegans. Development, 130, 2495-2503.

138. Ohga, T., Uchiumi, T., Makino, Y., Koike, K., Wada, M., Kuwano, M. and Kohno, K. (1998) Direct involvement of the Y-box binding protein YB-1 in genotoxic stress-induced activation of the human multidrug resistance 1 gene. J Biol Chem, 273, 59976000.

139. Okamoto, T., Izumi, H., Imamura, T., Takano, H., Ise, T., Uchiumi, T., Kuwano, M. and Kohno, K. (2000) Direct interaction of p53 with the Y-box binding protein, YB-1: a mechanism for regulation of human gene expression. Oncogene, 19, 6194-6202.

140. Olsen, P.H. and Ambros, V. (1999) The lin-4 regulatory RNA controls developmental timing in Caenorhabditis elegans by blocking LIN-14 protein synthesis after the initiation of translation. Dev Biol, 216, 671 -680.

141. Ostareck, D.H., Ostareck-Lederer, A., Shatsky, I.N. and Hentze, M.W. (2001) Lipoxygenase mRNA silencing in erythroid differentiation: The 3TJTR regulatory complex controls 60S ribosomal subunit joining. Cell, 104, 281-290.

142. Ovchinnikov, L.P., Skabkin, M.A., Ruzanov, P. and Evdokimova, V. (2001) Major mRNP proteins in the structural organization and function of mRNA in eukariotic cells. Mol Biol, 35,462-471.

143. Paraskeva, E., Gray, N.K., Schlager, B., Wehr, K. and Hentze, M.W. (1999) Ribosomal pausing and scanning arrest as mechanisms of translational regulation from cap-distal iron-responsive elements. Mol Cell Biol, 19, 807-816.

144. Parker, F., Maurier, F., Delumeau, I., Duchesne, M., Faucher, D., Debussche, L., Dugue, A., Schweighoffer, F. and Tocque, B. (1996) A Ras-GTPase-activating protein SH3-domain-binding protein. Mol Cell Biol, 16, 2561-2569.

145. Pastori, R.L., Moskaitis, J.E., Buzek, S.W. and Schoenberg, D.R. (1991) Coordinate estrogen-regulated instability of serum protein-coding messenger RNAs in Xenopus laevis. Mol Endocrinol, 5, 461-468.

146. Pelham, H.R. and Jackson, R.J. (1976) An efficient mRNA-dependent translation system from reticulocyte lysates. Eur J Biochem, 67, 247-256.

147. Peng, S.S., Chen, C.Y., Xu, N. and Shyu, A.B. (1998) RNA stabilization by the AUrich element binding protein, HuR, an ELAV protein. EMBO J, 17, 3461-3470.

148. Pestova, T.V., Lomakin, I.B., Lee, J.H., Choi, S.K., Dever, T.E. and Hellen, C.U. (2000) The joining of ribosomal subunits in eukaryotes requires eIF5B. Nature, 403, 332-335.

149. Pioli, P.A., Hamilton, B.J., Connolly, J.E., Brewer, G. and Rigby, W.F. (2002) Lactate dehydrogenase is an AU-rich element-binding protein that directly interacts with AUF1. J Biol Chem, 277, 35738-35745.

150. Pokrovskaya, I.D. and Gurevich, V.V. (1994) In vitro transcription: preparative RNA yields in analytical scale reactions. Anal Biochem, 220, 420-423.

151. Raj, G.V., Safak, M., MacDonald, G.H. and Khalili, K. (1996) Transcriptional regulation of human polyomavirus JC: evidence for a functional interaction between RelA (p65) and the Y-box-binding protein, YB-1. J Virol, 70, 5944-5953.

152. Rapp, T.B., Yang, L., Conrad, E.U., 3rd, Mandahl, N. and Chansky, H.A. (2002) RNA splicing mediated by YB-1 is inhibited by TLS/CHOP in human myxoidliposarcoma cells. J Orthop Res, 20, 723-729.

153. Robinow, S. and White, K. (1991) Characterization and spatial distribution of the ELAV protein during Drosophila melanogaster development. J Neurobiol, 22, 443-461.

154. Rodgers, N.D., Wang, Z. and Kiledjian, M. (2002) Regulated alpha-globin mRNA decay is a cytoplasmic event proceeding through 3'-to-5' exosome-dependent decapping. RNA, 8, 1526-1537.

155. Ross, J. (1995) mRNA stability in mammalian cells. Microbiol Rev, 59, 423-450.

156. Rouault, T. and Klausner, R. (1997) Regulation of iron metabolism in eukaryotes. Curr Top Cell Regul, 35, 1-19.

157. Russell, J.E., Morales, J. and Liebhaber, S.A. (1997) The role of mRNA stability in the control of globin gene expression. Prog Nucleic Acid Res Mol Biol, 57, 249-287.

158. Ruzanov, P.V., Evdokimova, V.M., Korneeva, N.L., Hershey, J.W. and Ovchinnikov, L.P. (1999) Interaction of the universal mRNA-binding protein, p50, with actin: a possible link between mRNA and microfilaments. J Cell Sci, 112 (Pt 20), 3487-3496.

159. Sachs, A.B., Sarnow, P. and Hentze, M.W. (1997) Starting at the beginning, middle, and end: translation initiation in eukaryotes. Cell, 89, 831-838.

160. Safak, M., Gallia, G.L., Ansari, S.A. and Khalili, K. (1999a) Physical and functional interaction between the Y-box binding protein YB-1 and human polyomavirus JC virus large T antigen. J Virol, 73, 10146-10157.

161. Sawaya, B.E., Khalili, K. and Amini, S. (1998) Transcription of the human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) promoter in central nervous system cells: effect of YB-1 on expression of the HIV-1 long terminal repeat. J Gen Virol, 79, 239-246.

162. Schnapp, B.J. (1999) A glimpse of the machinery. Curr Biol, 9, R725-727.

163. Schultz, D.E., Hardin, C.C. and Lemon, S.M. (1996) Specific interaction of glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase with the 5-nontranslated RNA of hepatitis A virus. J Biol Chem, 271,14134-14142.

164. Sela-Brown, A., Silver, J., Brewer, G. and Naveh-Many, T. (2000) Identification of AUF1 as a parathyroid hormone mRNA 3'-untranslated region-binding protein that determines parathyroid hormone mRNA stability. J Biol Chem, 275, 7424-7429.

165. Shannon, M.F., Coles, L.S., Attema, J. and Diamond, P. (2001) The role of architectural transcription factors in cytokine gene transcription. J Leukoc Biol, 69, 2132.

166. Shnyreva, M., Schullery, D.S., Suzuki, H., Higaki, Y. and Bomsztyk, K. (2000) Interaction of two multifunctional proteins. Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein K and Y-box-binding protein. J Biol Chem, 275, 15498-15503.

167. Shyu, A.B., Belasco, J.G. and Greenberg, M.E. (1991) Two distinct destabilizing elements in the c-fos message trigger deadenylation as a first step in rapid mRNA decay. Genes Dev, 5, 221-231.

168. Sirenko, O., Bocker, U., Morris, J.S., Haskill, J.S. and Watson, J.M. (2002) IL-1 beta transcript stability in monocytes is linked to cytoskeletal reorganization and the availability of mRNA degradation factors. Immunol Cell Biol, 80, 328-339.

169. Skabkin, M.A., Evdokimova, V., Thomas, A.A. and Ovchinnikov, L.P. (2001) The major messenger ribonucleoprotein particle protein p50 (YB-1) promotes nucleic acid strand annealing. J Biol Chem, 276,44841-44847.

170. Skabkina, O.V., Skabkin, M.A., Popova, N.V., Lyabin, D.N., Penalva, L.O. and Ovchinnikov, L.P. (2003) Poly(A)-binding protein positively affects YB-1 mRNA translation through specific interaction with YB-1 mRNA. J Biol Chem, 278, 1819118198.

171. Skalweit, A., Doller, A., Huth, A., Kahne, T., Persson, P.B. and Thiele, B.J. (2003) Posttranscriptional control of renin synthesis: identification of proteins interacting with renin mRNA 3-untranslated region. Circ Res, 92,419-427.

172. Sommerville, J. and Ladomery, M. (1996) Transcription and masking of mRNA in germ cells: involvement of Y-box proteins. Chromosoma, 104, 469-478.

173. St Johnston, D. (1995) The intracellular localization of messenger RNAs. Cell, 81, 161-170.

174. Staton, J.M., Thomson, A.M. and Leedman, P.J. (2000) Hormonal regulation of mRNA stability and RNA-protein interactions in the pituitary. J Mol Endocrinol, 25, 1734.

175. Stenina, O.I., Shaneyfelt, K.M. and DiCorleto, P.E. (2001) Thrombin induces the release of the Y-box protein dbpB from mRNA: a mechanism of transcriptional activation. Proc Natl Acad Sci USA, 98, 7277-7282.

176. Stickeler, E., Fraser, S.D., Honig, A., Chen, A.L., Berget, S.M. and Cooper, T.A. (2001) The RNA binding protein YB-1 binds A/C-rich exon enhancers and stimulates splicing of the CD44 alternative exon v4. EMBO J, 20, 3821-3830.

177. Stoeckle, M.Y. and Hanafusa, H. (1989) Processing of 9E3 mRNA and regulation of its stability in normal and Rous sarcoma virus-transformed cells. Mol Cell Biol, 9,47384745.

178. Stoeckle, M.Y. (1992) Removal of a 31 non-coding sequence is an initial step in degradation of gro alpha mRNA and is regulated by interleukin-1. Nucleic Acids Res, 20,1123-1127.

179. Stoecklin, G., Ming, X.F., Looser, R. and Moroni, C. (2000) Somatic mRNA turnover mutants implicate tristetraprolin in the interleukin-3 mRNA degradation pathway. Mol Cell Biol, 20, 3753-3763.

180. Svitkin, Y.V., Ovchinnikov, L.P., Dreyfuss, G. and Sonenberg, N. (1996) General RNA binding proteins render translation cap dependent. EMBO J, 15, 7147-7155.

181. Swamynathan, S.K., Nambiar, A. and Guntaka, R.V. (1998) Role of single-stranded DNA regions and Y-box proteins in transcriptional regulation of viral and cellular genes. FASEB J, 12, 515-522.

182. Swamynathan, S.K., Nambiar, A. and Guntaka, R.V. (2000) Chicken Y-box proteins chk-YB-lb and chk-YB-2 repress translation by sequence-specific interaction with single-stranded RNA. Biochem J, 348 Pt 2, 297-305.

183. Tafuri, S.R. and Wolffe, A.P. (1992) DNA binding, multimerization, and transcription stimulation by the Xenopus Y box proteins in vitro. New Biol, 4, 349-359.

184. Tanaka, T., Kondo, S., Iwasa, Y., Hiai, H. and Toyokuni, S. (2000) Expression of stress-response and cell proliferation genes in renal cell carcinoma induced by oxidative stress. Am J Pathol, 156, 2149-2157.

185. Tarun, S.Z., Jr. and Sachs, A.B. (1996) Association of the yeast poly(A) tail binding protein with translation initiation factor eIF-4G. EMBO J, 15, 7168-7177.

186. Triqueneaux, G., Velten, M., Franzon, P., Dautry, F. and Jacquemin-Sablon, H. (1999) RNA binding specificity of Unr, a protein with five cold shock domains. Nucleic Acids Res, 27, 1926-1934.

187. Uchiumi, T., Kohno, K., Tanimura, H., Matsuo, K., Sato, S., Uchida, Y. and Kuwano, M. (1993) Enhanced expression of the human multidrug resistance 1 gene in response to UV light irradiation. Cell Growth Differ, 4, 147-157.

188. Uramoto, H., Izumi, H., Ise, T., Tada, M., Uchiumi, T., Kuwano, M., Yasumoto, K., Funa, K. and Kohno, K. (2002) p73 Interacts with c-Myc to regulate Y-box-binding protein-1 expression. J Biol Chem, 277, 31694-31702.

189. Vasudevan, S. and Peltz, S.W. (2001) Regulated ARE-mediated mRNA decay in Saccharomyces cerevisiae. Mol Cell, 7, 1191-1200.

190. Vende, P., Piron, M., Castagne, N. and Poncet, D. (2000) Efficient translation of rotavirus mRNA requires simultaneous interaction of NSP3 with the eukaiyotic translation initiation factor eIF4G and the mRNA 3' end. J Virol, 74, 7064-7071.

191. Wang, Z. and Kiledjian, M. (2000a) Identification of an erythroid-enriched endoribonuclease activity involved in specific mRNA cleavage. EMBO J, 19, 295-305.

192. Wang, Z. and Kiledjian, M. (2000b) The poly(A)-binding protein and an mRNA stability protein jointly regulate an endoribonuclease activity. Mol Cell Biol, 20, 63346341.

193. Wells, S.E., Hillner, P.E., Vale, R.D. and Sachs, A.B. (1998) Circularization of mRNA by eukaryotic translation initiation factors. Mol Cell, 2, 135-140.

194. Wennborg, A., Sohlberg, B., Angerer, D., Klein, G. and von Gabain, A. (1995) A human RNase E-like activity that cleaves RNA sequences involved in mRNA stability control. Proc Natl Acad Sci USA, 92, 7322-7326.

195. Wilkie, G.S., Dickson, K.S. and Gray, N.K. (2003) Regulation of mRNA translation by 5'- and3-UTR-bindingfactors. Trends Biochem Sci, 28, 182-188.

196. Wilson, G.M. and Brewer, G. (1999) The search for trans-acting factors controlling messenger RNA decay. Prog Nucleic Acid Res Mol Biol, 62, 257-291.

197. Wilson, T. and Treisman, R. (1988) Removal of poly(A) and consequent degradation of c-fos mRNA facilitated by 3' AU-rich sequences. Nature, 336, 396-399.

198. Wu, J. and Bag, J. (1998) Negative control of the poly(A)-binding protein mRNA translation is mediated by the adenine-rich region of its 5-untranslated region. J Biol Chem, 273, 34535-34542.

199. Xia, B., Ke, H., Jiang, W. and Inouye, M. (2002) The Cold Box stem-loop proximal to the 5'-end of the Escherichia coli cspA gene stabilizes its mRNA at low temperature. J Biol Chem, 277,6005-6011.

200. Xu, N. Chen, C.Y. and Shyu, A.B. (2001) Versatile role for hnRNP D isoforms in the differential regulation of cytoplasmic mRNA turnover. Mol Cell Biol, 21, 69606971.

201. Yokoyama, H., Harigae, H., Takahashi, S., Furuyama, K., Kaku, M., Yamamoto, M. and Sasaki, T. (2003) Regulation of YB-1 gene expression by GATA transcription factors. Biochem Biophys Res Commun, 303, 140-145.

202. Yu, H., Stasinopouios, S., Leedman, P. and Medcalf, R.L. (2003) Inherent instability of plasminogen activator inhibitor type 2 mRNA is regulated by tristetraprolin. J Biol Chem, 278, 13912-13918.

203. Yu, J., Hecht, N.B. and Schultz, R.M. (2002) RNA-binding properties and translation repression in vitro by germ cell-specific MSY2 protein. Biol Reprod, 67, 1093-1098.

204. Zeng, Y., Wagner, E.J. and Cullen, B.R. (2002) Both natural and designed micro RNAs can inhibit the expression of cognate mRNAs when expressed in human cells. Mol Cell, 9, 1327-1333.

205. Zhang, T., Kruys, V., Huez, G. and Gueydan, C. (2002) AU-rich element-mediated translational control: complexity and multiple activities of trans-activating factors. Biochem Soc Trans, 30,952-958.

206. Zhao, Z., Chang, F.C. and Furneaux, H.M. (2000) The identification of an endonuclease that cleaves within an HuR binding site in mRNA. Nucleic Acids Res, 28,

207. Zhou, A., Hassel, B.A. and Silverman, R.H. (1993) Expression cloning of 2-5A-dependent RNAase: a uniquely regulated mediator of interferon action. Cell, 72, 7532695-2701.765.