Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему

Промоторные области рДНК пшеницевых

ВАК РФ 03.00.03, Молекулярная биология

Содержание диссертации, кандидата биологических наук, Сабиржанов, Борис Евгеньевич

ВВЕДЕНИЕ

ЧАСТЬ 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Рибосомные РНК и гены, их кодирующие

1.2. Структурно-функциональная организация МГС

1.3. Субповторы МГС

1.4. Функция субповторов

1.5. Промоторы генов рРНК

1.6. Проксимальный терминатор генов рРНК

1.7. Регуляция транскрипции генов рРНК

1.8. Метилирование цитозиновых остатков в CG и CNG 23 последовательностях

1.9. Филогенетические взаимоотношения в трибе пшеницевых 34 ЧАСТЬ 2. ОБЪЕКТЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЙ

2.1. Выделение и очистка ДНК растений

2.2. Выделение и очистка плазмидной ДНК

2.3. Обработка ДНК метабисульфитом натрия

2.4. Получение одноцепочечной ДНК

2.5. Расщепление ДНК рестриктазами

2.6. Электрофорез фрагментов ДНК в агарозных гелях

2.7. Элюция фрагментов ДНК из агарозного геля

2.8. Полимеразная цепная реакция

2.9. Олигонуклеотидные праймеры, использованные в ПЦР

2.10. Лигирование векторной ДНК с амплифицированной ДНК

2.11. Подготовка компетентных клеток E.coli

2.12. Трансформация компетентных клеток E.coli плазмидной ДНК

2.13. Секвенирование ДНК ферментативным методом

2.14. Электрофоретическое фракционирование ДНК в 51 денатурирующих условиях (секвенирующий гель-электрофорез)

2.15. Выявление полиморфизма однонитчатых цепей ДНК

2.16. Компьютерный анализ нуклеотидных последовательностей

2.17. Бактериальные штамы

2.18. Реактивы и материалы

2.19. Составы использованных стандартных растворов

ЧАСТЬ 3. Результаты исследования

3.1 .Выяыление промоторов генов рРНК, присущих геномам А у ди и 56 полиплоидных пшениц

3.2. Нуклеотидные последовательности участков МГС рДНК 57 диплоидной пшеницы Triticum sinskajae генома А, тетраплоидной пшеницы T.timopheevii (субгеномы А и G) эгилопсов предполагаемых доноров субгеномов В, G и D

3.3. Нуклеотидные последовательности МГС рДНК субгенома А Т. 71 aestivum и генома А Т. urartu после обработки растений 6-бензиламинопурином и дезаминирования ДНК при помощи метабисульфита натрия

ЧАСТЬ 4. Обсуждение результатов

4.1. Эволюция промоторных областей МГС рДНК пшеницевых

4.2. Установление филогенетических взаимоотношений в пшенично- 83 эгилопсном альянсе путем сравнения нуклеотидных последовательностей промоторных областей МГС рДНК

4.3. Метилирование цитозиновых остатков промоторных областей

МГС рДНК субгенома А Т. aestivum и Т. urartu после обработки растений 6-бензиламинопурином.

Выводы

Введение Диссертация по биологии, на тему "Промоторные области рДНК пшеницевых"

Актуальность проблемы. Интерес, проявляемый к структурной организации и особенностям регуляции транскрипции рДНК неудивителен, так как кодируемые ими молекулы рРНК являются одними из важнейших компонентов рибосом. Гены рРНК находятся в определенных участках хромосом, называемых ядрышковыми организаторами, в виде расположенных "голова к хвосту" тандемных повторов, где кодирующие участки генов разделены некодирующими последовательностями - спейсерами. Межгенный спейсер (МГС), отделяющий повторы рДНК друг от друга, включает в себя все элементы, необходимые для инициации, терминации и регуляции транскрипции генов рРНК, где промотор выполняет ключевую роль.

Считается, что существует несколько уровней регуляции транскрипции рДНК, один из которых связан с модификацией белковых факторов, входящих в состав транскрипционного комплекса РНК полимеразы I. Другой уровень регуляции транскрипции генов рРНК обеспечивается обратимыми превращениями транскрипционно-активного эухроматина в транскрипционно-неактивный гетерохроматин и обратно путем изменения структуры хроматина в зоне локуса рДНК. При этом отличия гетерохроматина от эухроматина заключаются в степени метилирования цитозинов в CG и CNG последовательностях, степени ацетилирования гистонов и в плотной упаковке хроматина, делающего его недоступным для РНК полимеразы [Lee et al., 1993]. Предполагается, что модификация гистонов [Owen-Hughes, Workman, 1994] и метилирование ДНК [Martienssen, Richards, 1995] непосредственно задействованы в установлении транскрипционного статуса локуса генов рРНК.

Дифференциальная экспрессия генов рРНК у полиплоидных пшениц, проявляющаяся в ядрышковом доминировании одних локусов над другими, давно и хорошо известна, однако причины, ее вызывающие, до сих пор до конца не ясны. Секвенирование МГС рДНК локусов NorB2 и NorD3 мягкой пшеницы Triticum aestivum [Barker et al., 1988; Lassner et al., 1987], а также характеризующейся слабым ядрышковым организатором (ЯОР) диплоидной пшеницы T.urartu [Вахитов и др., 1989] и обладающего наиболее сильным ЯОР диплоидного эгилопса Aegilops umbellulata [Куликов, Вахитов, 1995], позволили обнаружить у этих видов серьезные отличия в структурной организации всего МГС и промоторной области в частности, включая сайт инициации транскрипции [Ахунов и др., 1997; Akhunov et al., 2001], во многом объясняющие феномен ядрышкового доминирования. Однако, роль метилирования конкретных цитозинов, находящихся в промоторной области рДНК пшениц, в дифференциальной экспрессии этой генной системы остается неизвестной, хотя одна из гипотез связывает ядрышковое доминирование с особым состоянием гистоновых белков и метилированием цитозиновых остатков. Выявленные ранее у T.urartu и Ae.umbellulata (путем блот-гибридизации тотальной ДНК этих видов, расщепленных комбинациями рестрикционных эндонуклеаз-изошизомеров Mspl/Hpall и EcoRlUMval, по-разному чувствительных к метилированию) отличия в метилировании цитозиновых остатков в рДНК в целом [Фатхутдинова и др., 1998] лишь констатировали данный факт.

Благодаря заметной вариабельности некоторых участков рДНК и в тоже время высокой эволюционной консервативности этой генной системы исследование МГС представляет еще и дополнительный интерес ввиду возможности использования сравнения его нуклеотидных последовательностей для выявления филогенетических связей между родственными видами, включая пшенично-эгилопсный альянс, поскольку в нем остается еще довольно много неясных моментов. Цель работы заключалась в выяснении особенностей структурно-функциональной организации промоторных областей МГС рДНК отдельных субгеномов полиплоидных пшениц и геномов диплоидных пшениц и эгилопсов - доноров и потенциальных доноров A, D, В и G субгеномов полиплоидных пшениц, а также в установлении филогенетических взаимоотношений в трибе пшеницевых и выявлении (уточнении) предполагаемых доноров субгеномов для полиплоидных пшениц.

Задачи исследования. Для достижения намеченной цели были поставлены следующие задачи:

- определить нуклеотидные последовательности промоторных областей МГС рДНК пшениц и эгилопсов T.timopheevii, T.sinskajae, Ae.speltoides, Ae.longissima, Ae.sharonensis, Ae.aucheri, Ae.bicornis, Ae.searsii, Ae.tauschii ssp. tauschii и Ae.tauschii ssp. strangulaia;

- провести сравнительный анализ нуклеотидных последовательностей промоторов МГС рДНК исследуемых видов и других представителей трибы пшеницевых и составить консенсусные коровые промоторы;

- определить характер и степень метилирования цитозиновых остатков в промоторных областях МГС рДНК субгенома A T.aestivum и генома А T.urartu как у растений, не подвергавшихся воздействию фитогормоном, так и после их обработки 6-бензиламинопурином.

Научная новизна и практическая значимость. Клонированы и секвенированы участки МГС рДНК Ae.speltoides, Ae.longissima, Ae.sharonensis, Ae.aucheri, Ae.bicornis, Ae.searsii, Ae.tauschii ssp. tauschii, Ae.tauschii ssp. strangulata, T.sinskajae, T.timopheevii. Причем для T.timopheevii были получены сведения об обоих субгеномах и, таким образом, впервые оказался секвенированным фрагмент рДНК, принадлежащий субгеному А в составе полиплоидного вида пшеницы. Проведенный анализ нуклеотидных последовательностей промотора МГС рДНК позволил составить консенсусные варианты коровых промоторов для пшеницевых и злаков. Множественное выравнивание фрагментов МГС рДНК пшениц и эгилопсов от положений -138/-140 до +124/+125/+127 относительно старта транскрипции позволило построить филогенетическое древо, свидетельствующее о том, что наиболее вероятным донором субгенома А полиплоидных пшениц ряда timopheevii была диплоидная пшеница T.sinskajae, а субгеномов В и G - диплоидный эгилопс Ae.speltoides.

Определены нуклеотидные последовательности промоторов МГС рДНК субгенома A T.aestivum и генома A T.urartu после обработки растений БАП с последующим дезаминированием ДНК при помощи метабисульфита натрия, что позволило выявить изменения характера и степени метилирования конкретных цитозиновых оснований под действием этого фитогормона.

Полученные результаты расширяют представления о механизмах регуляции транскрипции рДНК у растений и помогают более полно раскрыть филогенетические взаимоотношения в пшенично-эгилопсном альянсе, причем последнее крайне важно для создания новых видов и сортов, обладающих лучшими хозяйственными свойствами.

Заключение Диссертация по теме "Молекулярная биология", Сабиржанов, Борис Евгеньевич

ВЫВОДЫ

1. Определены нуклеотидные последовательности промоторных областей межгенных спейсеров рДНК у девяти видов диплоидных пшениц и эгилопсов - потенциальных доноров геномов A, B/G, D полиплоидных форм пшениц, а также субгеномов А и G тетраплоидной пшеницы T.timopheevii. Показана их высокая гомология, при этом для диплоидной пшеницы T.sinskajae и субгенома A T.timopheevii характерным является наличие необычных мотивов TATTATGGGGG, окружающих старт транскрипции (подчеркнут).

2. Для пшеницевых выведена усредненная нуклеотидная последовательность корового участка промоторной области рДНК, окружающего старт транскрипции от положений -29/-30 до +9/+12, где выявлено наличие 26 инвариантных нуклеотидов.

3. На основании сравнения нуклеотидных последовательностей промоторных областей рДНК диплоидных видов пшениц и субгенома A T.timopheevii сделано предположение о том, что диплоидная пшеница T.sinskajae является реликтовым видом и наиболее вероятным донором субгенома А полиплоидных пшениц ряда timopheevii.

4. Выявлен высокий уровень гомологии нуклеотидных последовательностей промоторных областей МГС рДНК субгеномов В и G пшениц ряда turgidum-aestivum и ряда timopheevii со сходной областью рДНК диплоидного вида эгилопса Ae.speltoides. Высказано предположение, что Ae.speltoides мог быть одним из доноров полиплоидных видов обоих филетических групп.

5. На основе сравнения нуклеотидных последовательностей промоторных областей межгенного спейсера рДНК доноров геномов A, B/G, D и субгеномов А и G полиплоидных видов пшениц построено их филогенетическое древо. Выявлено существование обособленных ветвей в виде различных секций эгилопсов, диплоидных и полиплоидных видов пшениц. Высказана необходимость возврата диплоидным пшеницам их прежнего родового названия Crithodium Link.

6. С помощью ПЦР-SSCP анализа и геномного бисульфитного секвенирования у диплоидной пшеницы T.urartu и гексаплоидной пшеницы T.aestivum в промоторной области МГС рДНК обнаружены различия в характере и степени метилирования цитозиновых остатков, меняющиеся в ответ на экзогенное воздействие на проростки цитокинина, что может свидетельствовать о зависимости уровня транскрипционной активности генов рРНК от статуса метилирования.

Библиография Диссертация по биологии, кандидата биологических наук, Сабиржанов, Борис Евгеньевич, Уфа

1. Вахитов В.А., Чемерис А.В., Ахметзянов А.А. Нуклеотидная последовательность межгенного и внешнего транскрибируемого спейсеров рДНК диплоидной пшеницы Triticum urartu Thum. ex Gandil. 11 Молекулярная биология. 1989. - T.23. - с.336-342.

2. Куликов A.M. Вахитов В.А. Новый класс повторяющихся элементов в межгенном спейсере рДНК диплоидного эгилопса Aegilops umbellulata II Молекулярная биология. 1995. - Т.29. - с.1155-1160.

3. Навашин М.С. проблемы кариологии и цитогенетики в исследованиях на видих рода Crepis // М.: Наука. 1985. - с.349.

4. Одинцова Т.И., Егоров Ц.А. N-концевые последовательности со -глиадинов Aegilops longissima. К вопросу о происхождении геномов полиплоидных пшениц // Биохимия. 1990. - т.55. - с.509-516.

5. Хвырлева Ц.Д., Рыжик М.В., Ананьев Е.В., Гапоненко А.К., Исаков А.Р.,Созинов А.А., Деметилирование рДНК в каллусной ткани ячменя, культивируемой in vitro!/ Докл. АН СССР. 1986. - т.290. -с.1249-1252.

6. Цвелев Н.Н. Злаки СССР // Л., Наука. 1976. - 788 с.

7. Amado L., Abranches R., Neves N., Viegas W. Development-dependent inheritance of 5-azacytidine-induced epimutations in triticale: analysis of rDNA expression patterns // Chromosoma Res. 1997. - V.5. - P.445

8. Anderson S., Lewis-Smith A.C., Smith S.M. Methylation of ribosomal RNA genes in Petunia hybrida plants, callus cultures and regenerated shoots // Plant Cell Rept. 1990. - V.8. - P.554-557.

9. Appels R., Moran L.B., Gustafson J.P. The structure of DNA from the rye {Secale cereale) nor rl locus and its behaviour in wheat backgrounds // Can. J. Genet. Cytol. 1986. - V.28. - P.673-685.

10. Appels, R., Dvorak, J. The wheat ribosomal spacer DNA region: Its structure and variation in population and among species // Theor. Appl. Genet. 1982a. - V.63. - P.337-348.

11. Ashapkin V.V., Antoniv, T.T., Vanyushin, B.F. Methylation-dependent binding of wheat nuclear proteins to the promoter region of ribosomal RNA genes // Gene. 1995. - V.157. - P.273-277.

12. Autsatz W., Mette F., Winden J., Matzke A., Matzke M. RNA-directed DNA methylation in Arabidopsis // Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 2002. -V.99 - P.16499-16506.

13. Babinger P., Kobl I., Mages W., Schitt R. A link between DNA methylation and epigenetic silecing in transgenic Volvox carteri 11 Nucl. Acids Res. 2001. - V.29 - P.1261-1271.

14. Badaeva E., Friebe В., Gill B.S. Genome differentiation in Aegilops. 2. Physical mapping of 5S and 18S-26S ribosomal RNA gene families in dipolid species // Genome. 1996. - V.39. - P.l 150-1158.

15. Barker R.F., Harberd N.P., Jarvis M.G., Flavell R.B. Structure and evolution of the intergenic region in a ribosomal DNA repeat unit of wheat // J. Mol. Biol. 1988. - V.201. - P.l-17.

16. Baylin S.B., Herman J.G. DNA hypermethylation in tumorigenesis: epigenetics joins genetics // Trends Genet. 2000. - V.16. - P.l68-174.

17. Baylin S.B., Herman J.G., Herman J.R., Vertino P.M. and Issa,J.-P.

18. Alterations in DNA methylation: a fundamental aspect of neoplasia // Adv. Cancer Res. 1998. - V.72. - P. 141-196.

19. Bhatia S., Singh N.M., Lakshmikumaran M. Structural analysis of the rDNA intergenic spacer of Brassica nigra: evolutionary divergence of the spacers of the three diploid Brassica species // J. Mol^vol. 1996. -V.43. - P.460-468.

20. Boyes J. and Bird A. Repression of genes by DNA methylation depends on CpG density and promoter strength: Evidence for involvement of a methyl-CpG binding protein // EMBO J. 1992. - V.l 1. - P.327-333.

21. Cassidy B.G., Yang Y.H. Rothblum L.I. Additional RNA polymerase I initiation site within the nontranscribed spacer region of the rat rRNA gene // Mol.Cell. Biol. 1987. - V.7. - P.2388-2396.

22. Chen Z.J., Pikaard C.S. Transcriptional analysis of nucleolar dominance in polyploid plants: Biased expression/silencing of progenitor rRNA genes is developmentally regulated in Brassica II Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1997. - V.94. - p.3442-3447.

23. Coen S.N., Chang A.C.Y., Hsu L. Nonchromosomal antibiotic resistance in bacteria genetic travsformation of E. coli by R-factor DNA // Proc. Natl. Acad. Sci. - 1972. - V.69. - P.2110-2114.

24. Cohen H., Tawfik D. and Griffiths A. Promiscous methylation of noncanonical DNA sites by HaeHI methyltransferase // Nucl. Acids Res. -2002.- V.30.-P3880-3885.

25. Cooper D.N.^knd1 Youssoufian H. The CpG dinucleotide and human genetic disease // Hum. Genet. 1988. - V.78. - P.151-155.

26. Cordesse F., Cooke R., Tremousaygue D., Grellet F. and Delseny M. Fine structure and evolution of the rDNA intergenic spacer in rice and other cereals // J.Mol.Evol. 1993. - V.36. - P.369-379.

27. Delseney M., Cooke R. And Penon P. Sequence heterogeneity in radish nuclear ribosomal RNA genes // Plant Science Letters. 1983. - V.30. -P.107-119.

28. Delseny M., Laroche M., Penon P. Maethylation pattern of radish {Raphanus sativus) nuclear ribosomal RNA genes // Plant Physiol.-1984.-V.76.-P.627-632.

29. Denissenko M.F., Pao A., Tang M. and Pfeifer G.P. Preferential formation of benzoa.pyrene adducts at lung cancer mutational hotspots in p53 // Science. 1996. - V.274. - P. 430-432.

30. DeWinter R.F.J, and Moss T.A. Commplex array of sequences enhances ribosomal transcription in Xenopus laevis II J.Mol.Biol. 1987. - V.196. -P.813-827.

31. Doelling J.H., Pikaard C.S. Species-specificity of rRNA gene transcription in plants manifested as a switch in polymerase specificity // Nucleic Acids Research. 1996. - V.24. - P.4725-4732.

32. Doelling J.ed H. and Craig S., Pikaard. The minimal ribosomal RNA gene promoter of Arabidopsis thaliana includes a critical element at' the transcription initiation site // The Plant Journal. 1995. - V.8. - P.683

33. Doellingr J.H., Reginald Gdudin6., Pikaard C.S. Functional analysis of Arabidopsis thaliana rRNA gene and spacer promoters by transient expression 11 Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1993. - V.90. - P.7528-7532.

34. Dover G.A. Molecular drive: a cohesive mode of species evolution // Nature. 1982.-P.299.-P.111-117.

35. Dvorak J., Luo M.C., Yang Z.L., Zhang H.B. The structure of the Aegilops tauschii genepool and the evolution of hexaploid wheat // Theor. Appl. Genet. 1998. - V.97. - P.657-670.

36. Dvorak J., Zhang H.B. Reconstruction of the phylogeny of the genus Triticum from variation in repeated nucleotide sequences // Theor. Appl. Genet. 1992. - V.84. - P.419-429.

37. Echeverria M., Delcasso-Tremousaygue D. and Delseny M. A nuclear protein binding to dA/dT-rich sequences upstream from the radish DNA promoter // The Plant Journal. 1992. - V.2. - P.211-219.

38. Fang Yu, Thiesen J., Stratling W. Histone deacetylase-independent transcriptional repression by methyl-CpG-binding protein 2 // Nucleic Acids Research. 2000. - V.28 - P.2201-2206.

39. Feldman M. Wheats. Triticum spp. (Gramineae Triticinae) // In evolution of Crop Plants. London, New York. - 1979. - P. 120-128.

40. Flavel R.B. Repeated sequences and genome change // In: Genetic Flux in Plants. Springer; Wien, New York.-1985.-P. 139-156.

41. Flavel R.B., O'Dell M., Thompson W.F. Cytosine methylation of. ribosomal RNA genes and nucleolus organizer activity in wheat // In Kew Chromosome Conference. George Allen & Unwin; London. 1983- P.11-17.

42. Flavell R.B. The structure and control of expression of ribosomal RNA genes // Oxford Surv. Plant Mol. Cell Biol.-1986.-V.3.-P.252-274.1.l

43. Flavell R.B., O'Dell M. and Thomson W.F. Regulation of cytosine methylation in ribosomal DNA and nucleolus organizer expression in wheat // J.Mol.Biol. 1988. - V.204. - P.523-534.

44. Fujita N., Wadano A., Kozaki S., Takaoka K., Okabe S., Taira T. Commparison of the primary structure of waxy proteins (granule-bound starch synthase) between polyploid wheats and related diploid species // Biochem. Genet. 1996. - V.34. - P.403-413.

45. Gaudino R.J., Pikaard C.S. Cytokinin induction of RNA polymerase I transcription in Arabidopsis thaliana 11 J. Biol. Chem. 1997. - N212. -P.6799-6804.

46. Gerbi S.A. Evolution of ribosomal DNA. In Molecular evolutionary genetics „(ed. R.J. Mclntyre) Plenum Press, New York, NY. 1985. -P.419-517.

47. Gerlach W. L., Bedbrook J. R. Cloning and characterization of ribosomal RNA genes from wheat and barley // Nucl. Acids Res.-1979.-V.7.-P.1869-1885.

48. Gerlach W.L., Appels R., Dennis E.S., Peacock W.J. Evolution and analysis of wheat genomes using highly repeated DNA sequences // Proc. 5th Intern. Wheat Genet. Symp., New Delhi, 1978. P.81-91.

49. Goldsborough P.B. and Cullis C.A. Characterization of the genes for ribosomal RNA genes in flax // Nucleic Acids Res. 1981. - V.9. -P.1301-1309.

50. Greenblatt M.S., Bennett W.P., Hollstein M. and Harris C.C. Mutations in the p53 tumor suppressor gene: Clues to cancer etiology and molecular pathogenesis // Cancer Res. 1994. - V.54. - P.4855-4878.

51. Grellet F., Delcasso-Tremousaygue D., Delseny M. Isolation and characterization of an unusual repeated sequence from the ribosomal intergenic spacer of the crucifer Sisymbrium irio H Plant Mol. Biol.1989. V.12. - P.695-706.

52. Grimaldi G. and Nocera P.P.D. Multiple repeated units in Drosophila melanogaster ribosomal DNA spacer stimulate rRNA precursor transcription//Proc.Natl.Acad.Sci. 1988. - V.85. - P.5502-5506.

53. Grimaldi G., Fiorentini P. and Di Nocera P. Spacer promoters are orientation-dependent activators of pre-rRNA transcription in Drosophila melanogaster II Mol.Cell.Biol. 1990. - V.10. - P.4667-4671.

54. Gruenbaum I., Navech-Many Т., Cedar H., Razin A. Sequence specifity of methylation in higher plant DNA // Nature. 1981. - V.292. - P.860-862.

55. Gruendler P., Unfried I., Pascher K., Ashweizer D. rDNA intergenic region from Arabidopsis thaliana. Structural analysis, intraspecific variation and functional implications 11 J.Mol.Biol. 1991. - V.20. -P.1209-1222.

56. Harding K. The methylation status of DNA derived from potato plants recovered from slow growth // Plant Cell Tiss. Cult.-1994.-V.37-P.31-38.

57. Henderson S.L., Ryan K., Sollner-Webb B. The promoter-proximal rDNA terminator augments initiation by preventing disruption of the stable transcription complex caused by polymerase read-in // Genes Dev.- 1989. V.3(2). - P.212-223.

58. Hutchinson J., Miller Т.Е. The nucleolar organisers of tetraploid and hexaploid wheats revealed by in situ hybridisation // Theor. Appl. Genet.- 1982. V.61. - P.285-288.

59. Ingle J., Timmis J.N. and Sinclair J. The relationship between satellite deoxyribonucleic acid, ribosomal RNA gene redundancy and genome size in plants // Plant Physiol. 1975. - V.55. - P.496-501.

60. Jiricny J. Mismatch repair and cancer, In cancer Surveys: Genetic Instability in Cancer // Imperial Cancer Research Fund. 1996 - V.28. -P.47-68.

61. Jones L., Hamilton A.J., Voinnet O., Thomas C.L., Maule A.J. and Baulcomm be D.C. RNA-DNA integrations and DNA methylation in Post-Transcriptional Gene Silencing // Plant Cell. 1999,- V.ll. -P.2291-2302.

62. Jones P.A. Altering gene expression with 5-azacytidine // Cell. 1985. -V.40. - P. 485-486.

63. Jones P.A. and Laird P.W. Cancer epigenetics commes of age // Nature Genet. 1999. - V21. - P.163-166.

64. Jones P.A. DNA methylation errors and cancer // Cancer Res. 1996.-V.56. - P.2463-2467.

65. Jupeb E., Zimmer E. Unmethylated region in the intergenetic spacer of maize and teosinteribosomal RNA genes // Plant Mol. Biol. 1990. -V.14. - P.333-347.

66. Juttermann R., Li E., Jaenisch R. Toxicity of 5-aza-2'-deoxycytidine to mammalian cells is mediated primarily by covalent trapping of DNA methyl transferase rather than DNA demethylation // Proc. Natl Acad. Sci. USA. 1994. - V.91. - P. 11797-11801.

67. Kass S.U., Pruss D., Wolffe A.P. How does DNA methylation repress transcription // Trends Genet. 1997. - V.13. - P44-449.

68. Kato A., Nakajima Т., Yamashita J., Yakura K., Tanifuji S. The structure of the large spacer region of the rDNA in Vicia faba and Pisum sativum

69. Plant Mol. Biol. 1990. - V.14. - P.983-993.

70. Kerby K., Kuspira J. The phylogeny of polyploid wheats Triticum aestivum (bread wheat) and Triticum turgidum (macaroni wheat) // Genome. 1987. - V.29. - P.722-737.

71. Kinoshita H., Shi Y., Sandefur C., Jarrard D. Screening hypermethylated regions by methylation-sensitiv single-strand conformation polymorphism,// Anal. Biochem. 2000. - V.278. - P. 165-169.

72. Konarev V.G., Gavrilyuk I.P., Gubareva N.K., Peneva T.I. Seed protein in genome analysis, cultivar identification, and documentation of cereal genetic resources: a review // Cereal Chem. 1979. - V.56. - P.272-278.

73. Kovaric A., Matyasek R., Leitch A., Gardova В., Fulnecek J., Bezdek M. Variability in CpNpG methylation in higher plant genomes // Gene. -1997.-V.204. -P.25-33.

74. Kuhrova V., Bezdek M., Kaukalova В., Vyskof В. Methylation state of rDNA in some species of the family Brassicaceae studied with the method of REPL // Biol. Plant. 1992. - V.34. - P.566.

75. Kushnir U., Halloran G.M. Evidence for Aegilops sharonensis eig as the donor of the В genome of wheat // Genetics. 1981. - V.99. - P.495-512.

76. Labhart P., Reeder R.H. Characterization of three sites of RNA 3' end formation in the Xenopus ribosomal gene spacer // Cell. 1986. - V.43. -P.431-443.

77. Labhart P. Protein phosphorylation inhibits two different steps during Xenopus ribosomal gene transcription in vitro // J. Cell. Biol. 1994. -V.18. - P.67-68.

78. Labhart P., Reeder R.H. Enhancer-like properties of the 60/81 bp elements in the ribosomal gene spacer of Xenopus laevis // Cell. 1984.- V.37. -P.285-289.

79. Laird P.W., Jackson-Grusby L., Fazell A., Dickinson S.L., Jung W.E., Li E., Weinberg R.A. and Jaenisch R. Suppression of intestinal neoplasia by DNA hypomethylation. // Cell 1995.- V.81. - P. 197-205.

80. Lang W.H., Reeder R.H. Transcription Termination of RNA Polymerase I Due to a T-Rich Element Interacting with Reblp // PNAS 1995. -V.92. - P.9781-9785.

81. Lang W.H., Piatt Т., Reeder R.H. Escherichia coli rho factor induces release of yeast RNA polymerase II but not polymerase I or III // PNAS -1998. V.95. - P.4900-4905.

82. Langst G., Becker P.B., Grummt I. TTF-I determines the chromatin architecture of the active rDNA promoter // EMBO J. 1998. - V.17(l 1).- P.3135-45.

83. Lee D.Y., Hayes J.J., Pruss D. Wolffe A.P. A positive role for histone acetylation in transcription factor access to nucleosomal DNA // Cell. -1993.-V.72. P.73-84.

84. Lee M.G., Van der Ploeg L.H. Transcription of protein-coding genes in trypanosomes by RNA polymerase I // Annu. Rev. Microbiol. 1997. -V.51. - P.463-489.

85. Martienssen R.A., Richards E.J. DNA methylation in eukaryotes // Curr.Opin.Genet.Dev. 1995. - V.5. - P.234-242.

86. Martini G., Flavell R.B. The control of nucleolus volume in wheat: a genetic study at three developmental stages // Heredity. 1985. - V.54. -P.111-120.

87. Martini G., O'Dell M., Flavell R.B. Suppression of wheat nucleolus organizers by the nucleolus organizer chromosomes from Aegilops umbellulata 11 Chromosoma. 1982. - V.84. - P.687-700.

88. May C.E. Selection for ribosomal-RNA gene numbers in commmercial wheats // Proc.9th IWGS. Saskatoon. Canada. 1998 - V.l. - P.95-98.

89. Moss T. ^ndfStefanovsky V.Y. At the center of eukaryotic life // Cell -2002.-V. 109(5). -P.545-548.

90. Nath J., Hanzel J.J., Thompson J.P., McNay J.W. Additional evidence implicating Triticum searsii as the B-genome donor to wheat // Biochem. Genet. 1984. - V.22. - P.37-50.

91. Oono K., Sugiura M. Heterogeneity of the ribosomal RNA gene clusters in rice // Chromosoma. 1980. - V.76. - P.85-89.

92. Owen-Hughes Т., Workman J.L. Experimental analysis of chromatin function in transcription control // Crit.Rev. Eukaryot.Gene Expr. 1994. - V.4. - P.403-441.

93. Pape L.K., Windle J.J. and Sollner-Webb В. (цит. no Paule M.R.). Transcription of eucaryotic ribosomal RNA genes by RNA polymerase I // Springer-Verlag. New York. 1998. - V.28. - P.39-50.

94. Pape L.K.,Windle J.J., Sollner-Webb B. Half helical turn spacing changes convert a frog into a mouse rRNA promoter: a distant upstream domain determines the helix face of the initiation site // Genes Devel. -1990. V.4. -P.52-62.

95. Pathak G.N. Studies in the cytology of cereals // J. Genet. 1940. -V.39. - P.437-467.

96. Paule M.R. Polymerase I transcription, termination, and processing // Gene Expr. 1993. - V.3. - P. 1-9.

97. Paule M.R. Transcription of eucariotic ribosomal RNA genes by RNA polymerase I // Springer-Verlag. New Yore. 1998. - V.28. - P.39-50.

98. Perna P.J., Harris G.H., Lida C.T., Kownin P., Bugren S. Paule M.R (цит. no Paule M.R.). Transcription of eucaryotic ribosomal RNAgenes by RNA polymerase I // Springer-Verlag. New York. 1998. -V.28. - P.39-50.

99. Pfleidrer C., Smid A., Bartsch I. and Grummt I (цит. no Paule M.R.). Transcription of eucaryotic ribosomal RNA genes by RNA polymerase I // Springer-Verlag. New York. 1998. - V.28. - P.39-50.

100. Pikkard C.S. (цит. no Paule M.R.). Transcription of eucaryotic ribosomal RNA genes by RNA polymerase I // Springer-Verlag. New York. 1998. - V.28. - P.39-50.

101. Rabinowicz PD, Braun EL, Wolfe AD, Bowen B, Grotewold E. Maize R2R3 Myb genes: Sequence analysis reveals amplification in the higher plants / Genetics 1999. -V.153(l) - P.427-44.

102. Rafalski J.A., Wiewiorowski M., Soil D. Organization of ribosomal DNA in yellow lupine (Lupineus lutens) and sequence of the 18S RNA gene 11 FEBS Lett. 1983. - V.152. - P.241-246.

103. Raizis A., Schmit F., Jost J. A bisulfite method of 5-methylcytosine mapping that minimized template degradation // Anal. Biochem. 1995. - V.226. - P.161-166.

104. Raskina O., Belyayev A., Nevo E. Repetitive DNAs of wild emmer wheat (Triticum dicoccoides) and their relation to S-genome species: molecular cytogenetic analysis // Genome. 2002. - V.45. -P.391-401.

105. Reeder R.H., Lang W.H. (цит. no Paule M.R.). Transcription of eucaryotic ribosomal RNA genes by RNA polymerase I // Springer-Verlag. New York. 1998. - V.28. - P.39-50.

106. Reeder R.H. Enhancers and ribosomal gene spacers // Cell. 1984. - V.38.-P.349-351.

107. Rein T.M., DePamphilis M.L., Zorbas H. Identifying 5-methylcytosine and related modifications in DNA genomes // Nucl.

108. Acids Research. 1998. - V.26. - P.2255-2264.

109. Rideout W.M.I., Coetzee G.A., Olumi A.F. Jones P.A. 5-Methylcytosine as an endogenous mutagen in the human LDL receptor andp53 genes // Science. 1990 - V.249. - P.1288-1290.

110. Rudolff U., Eberhard D., Tora L., Stunnenberg H. and Grummt I.fцит. no Paule M.R.). Transcription of eucaryotic ribosomal RNA genes by RNA polymerase I // Springer-Verlag. New York. 1998. - V.28. -P.39-50.

111. Sander E.E., Grummt I. Oligomerization of the transcription termination factor TTF-I: implications for the structural organization of ribosomal transcription units // Nucleic Acids Res. 1997. - V.25. -P.l 142-1147.

112. Sano Y., Sano R. Variation of the intergenic spacer region of ribosomal DNA in cultivated and wild rice species // Genome. 1990. -33. - P.209-218.

113. Sardana R., Flavell R. Molecular cloning and characterization of an unusually large intergenic spacer from the Nor-B2 locus of hexaploid wheat. // Genome. 1996. - V.39. - P.288-292.

114. Sarkar P., Stebbins G.L. Morphological evidence concerning theorigin of the В genome in wheat // Amer. J. Bot. 1956. - V.43. - P.297-304.

115. Satsuki S.I., Keiko N.T., Atsuo K., Eiko S., Yoko M., Sanae Sh., Kunio Sh., Kazuhiko I., Takehiko W., Hiroshi O. The mouse 1-histidine regulation by CpG methylation in the promoter region // Nucl. Acids Res. 2000. - V.28. - No. 14. - P.2627-2633.

116. Schultz M.C., Choe S.Y. and Reeder R.H Specific Initiation by RNA Polymerase I in a Whole-Cell Extract from Yeast / PNAS 1991. -V.88. - P.1004-1008.

117. Schulz A. Die Geschichte der kultivierten Getreide. L.Neberts Verlag. Halle. 1913. цит. по;Жуковский П.М., Хвостова B.B. Цитогенетика пшеницы и ее гибридов // М., Наука. 1971. 287 С.

118. Sears E.R. The В genome in wheat // Wheat Inf. Service. 1956. -N.4. - P.8-10.

119. Shaked H., Kashkush K., Ozkan H., Feldman M., Levy A. Sequence elimination and cytosine methylation are rapid and reproducible reesponses of the genome to wide hybridization and alloploidy in wheat // Plant Cell. 2001. - V. 13 - P.l749-1759.

120. Siegel A., Kolacz K. Heterogeneity of pumpkin ribosomal DNA // Plant Physiol. 1983. - V.65. - P.371-380.

121. Smith S.D., Omahony D.L., Kinsella B.T. and Rothblum L.I. (цит. no Paule M.R.). Transcription of eucaryotic ribosomal RNA genes by RNA polymerase I // Springer-Verlag. New York. 1998. - V.28. - P.39-50.

122. Stirzaker C., Millar D.S., Paul C.L., Warnecke P.M., Harrison J., Vincent P.C., Frommer M., Clark S.J. Extensive DNA methylation spanning the Rb promoter in retinoblastoma tumors // Cancer Res. -1997. V.57. - P.2229-2237.

123. Tate P.H., Bird A.P. Effects of DNA methylation on DNA-binding proteins and gene expression // Curr. Opin. Genet. Dev. 1993. - V.3. -P.226-231.

124. Tautz D., Trick, M., Dover, G.A. Cryptic simplicity in DNA is a major source of genetic variation // Nature. 1986. - V.322. - P.652-656.

125. Taylor S.M., Jones P.A. Multiple new phenotypes induced in 10T1/2 and 3T3 cells treated with 5-azacytidine // Cell. 1979. - V.17. -P.771-779.

126. Toloczyki C., Feix G. Occurrence of 9 homologous repeat unit in the external spacer region of a nuclear maize rRNA gene unit // Nucl. Acids Res. 1986. - V.14. - N.12. - P.4969-4985.

127. Tommasi S., Denissenko M.F., Pfeifer G.P. Sunlight induces pyrimidine dimers preferentially at 5-methylcytosine bases // Cancer Res.- 1997. V.57. - P.4727-4730.

128. Tremousayge D., Grellet F., Panabieres F., Ananiev E.D., Delseny M. Structural and transcriptional characterization of the external spaser of a ribosomal RNA nuclear gene from a higher plant // Eur. J. Biochem.- 1988.-V.172.-P.767-776.

129. Tucci G.F., De Dominies R.I., Ficca A.G., Celi M., Gregori C. Nucleoli, rRNA genes and ITS region in Posidonia oceanica (L) Deli // Hereditas. 1998. - V.129. - P.59-65.

130. Upadhya M.D., Swaminathan M.S. Genome analysis in Triticum zhukovskyi, a new hexaploid wheat 11 Chromosoma. 1963. - V.14. -P.589-600.

131. Waalwijk C., Flavel R. Mspl, an isoschizomer of Hpall which cleaves both unmerthylated and methylated Hpall sites // Nucl. Acids Res. 1978. - V.5 - P.3231-3226.

132. Wang G.Z., Miyashita N.T., Tsunewaki K. Plasmon analyses of Triticum (wheat) and Aegilops: PCR single-strand conformational polymorphism (PCR-SSCP) analyses of organellar DNAs // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1997. - V.94. - P.14570-14577.

133. Warner J.R., Ikonomova R., Johnson S.P., Nierras C.R. and Wang К. (цит. no Paule M.R.). Transcription of eucaryotic ribosomal RNA genes by RNA polymerase I // Springer-Verlag. New York. 1998. -V.28. - P.39-50.

134. Watson J., Kaufman L., Thompson W. Development regulation ofcytozine methylation in the nuclear ribosomal RNA genes of Pinussativum // J. Mol. Biol. 1987. - V. 193. - P. 15-26.

135. Yoder C.P. Walsh Т.Н. Bestor N. (цит. no Paule M.R.).

136. Transcription of eucaryotic ribosomal RNA genes by RNA polymerase I // Springer-Verlag. New York. 1998. - V.28. - P.39-50.v ~ об