Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему

Позиционное клонирование локусов количественных признаков домашней курицы

ВАК РФ 03.00.15, Генетика

Автореферат диссертации по теме "Позиционное клонирование локусов количественных признаков домашней курицы"

на правах рукописи

СТЕКОЛЬНИКОВА Виктория Александровна

ПОЗИЦИОННОЕ КЛОНИРОВАНИЕ ЛОКУСОВ КОЛИЧЕСТВЕННЫХ ПРИЗНАКОВ ДОМАШНЕЙ КУРИЦЫ

Специальность 03.00.15 - генетика

Автореферат диссертации на соискание ученой степени кандидата биологических наук

Санкт-Петербург 2006

Работа выполнена в лаборатории молекулярной организации генома ГНУ ВНИИГРЖ РАСХН

Научный руководитель:

доктор биологических наук А-А. Сазанов

Официальные оппоненты:

доктор биологических наук Л.В.Коэикова (ГНУ ВНИИГРЖ РАСХН) кандидат биологических наук Е.Г.Неро нова (Всероссийский центр экстренной и радиационной медицины МЧС России)

Ведущее учреждение: Институт экспериментальной медицины РАМН

Зашита состоится «25» 2006 г. в 11 часов на заседании диссертационного

совета Д 006.012.01 по защите диссертаций на соискание ученой степени

доктора биологических наук при ГНУ ВНИИГРЖ РАСХН

по адресу: 196601, Санкт-Петербург - Пушкин, Московское шоссе 55-а. Факс:

(812)465 99 89

е.таШ spbvniigen@mail.ru

С диссертацией можно ознакомиться в библиотеке ГНУ ВНИИГРЖ РАСХН Автореферат разослан «?:%> . ^>2006 г.

Ученый секретарь диссертационного совета Д 006.012.01

доктор биологических наук

ГЛ.Сердюк

ОБЩАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА РАБОТЫ

Актуальность проблемы. Большинство хозяйственно ценных признаков домашних животных имеют сложный полигенный тип наследования и контролируются многими генами, расположенными в локусах QTL (quantitative trait loci). Изучение комплексной молекулярной архитектуры QTL представляет интерес с точки зрения общей генетики (Mackay, 2001). Позиционное клонирование QTL - это получение совокупности перекрывающихся протяженных геномных клонов (контига) района хромосомы, оказавшего наибольшее влияние на количественные признаки.

В настоящее время известно несколько случаев успешного позиционного клонирования QTL у человека и мыши (Bodnar et al, 2002; Zhang and Krahe, 2002; Pershouse et al, Genomics 2000) и один у крупного рогатого скота (Grisart et al, 2002). В последнем исследовании был клонирован район величиной 3 сМ, обладающий наибольшим влиянием на жирность молока. В указанном исследовании был выявлен «ген-кандидат» для этого признака — DGAT1, показаны различия в его нуклеотидной последовательности у особей с различающимся фенотипом (Grisart et al, 2002).

Несмотря на то, что у домашней курицы пока не известно случаев успешного позиционного клонирования QTL, такие работы финансируются радом государственных проектов и проводятся в нескольких ведущих лабораториях Европы и США (http://www.bbsrc.ac.uk). Существующие в настоящее время генетические карты домашней курицы сравнительно плотно насыщены молекулярными маркерами (http://www.thearkdb.org) и могут быть использованы в качестве инструмента для позиционного клонирования.

Геномные библиотеки высокой плотности (гридированные геномные библиотеки) позволяют получать протяженные фрагменты ДНК, содержащие интересующую исследователей последовательность, и широко используются для анализа генома с использованием различных подходов (Buitkamp et al., 1998).

Представленная работа посвящена позиционному клонированию двух районов хромосомы 4 домашней курицы, содержащих QTL толщины скорлупы на 53 неделе жизни (ST53) и массы белка в яйце на 33 неделе (AW33). Указанные признаки различаются у двух линий кур (польская зеленоногая и род-айлевд) на 3,3% и 7,5%, соответственно.

Пели и задачи исследования. Целью данной работы является позиционное клонирование двух локусов количественных признаков домашней курицы -масса белка в яйце на 33-ей неделе жизни курицы-несушки (AW33) и толщина скорлупы яйца на 53-ей неделе жизни хурицы-несушки (ST53). Поставлены следующие задачи:

- получение протяженных геномных клонов границ локусов количественных признаков масса белка в яйце на 33-ей неделе жизни курицы-несушки (AW33) и толщина скорлупы яйца на 53-ей неделе жизни курицы-несушки (ST53)

- установление локализации ВАС-клонов, содержащих последовательности микросателлитов MCW0170, MCW0114 и ADL0241, на митотических хромосомах домашней курицы методом FISH

- установление положения последовательностей полученных ВАС-клонов в составе чернового варианта полного сиквенса генома домашней курицы

- получение всех доступных нуклеотидных последовательностей и данных их расшифровки, пространственно связанных с выявленными ВАС-клонами

- создание списка генов, являющихся позиционными кандидатами для QTL AW33 и ST53

Научная новизна работы. Продемонстрирована эффективность использования градированных геномных библиотек для позионоого клонирования локусов количественных признаков птиц. Путем позиционного клонирования локусов количественных признаков толщины скорлупы на 53 неделе жизни (ST53) и массы белка в яйце на 33 неделе (AW33) выявлено 15 протяженных геномных клонов, содержащих микросателлитные последовательности ДНК, ограничивающий локусы количественных признаков AW33 и ST53 и установлена их локализация в районах GGA4q21-22 и GGA4qll-12,

соответственно. Выявлены интервалы полного сиквенса генома вОА4 65.565.518 - 68.451.718 (38 генов) и СОА4 16.643.314 - 17.834.699 (16 генов), являющиеся критическими для АХУЗЗ и 8Т53, соответственно. Теоретическая и практическая ценность работы. Результаты представленной к защите работы использованы при составлении баз данных по генетическим и физическим картам хромосом курицы и сравнительным картам человека, мыши и курицы (www.thearkdb.org) и банка данных нуклеотидных последовательностей (www.nlm.ncbi.nih.gov) в сети Интернет. Материалы диссертации используются при чтении лекций на кафедре генетики и селекции Санкт-Петербургского государственного университета в рамках магистерской программы «Эволюционная цитогенетика».

Апробация работы. Материалы работы были представлены на конференции «Актуальные проблемы генетики» Московски о общества генетиков и селекционеров (Москва, 2003), Ш-ем Съезде Всероссийского общества генетиков и селжшонеров (Москва, 2004), а также за рубежом на Х-ой Международной конференции по теномам животных, растений и микроорганизмов (Сан-Диего, США, 2002); 4-ой Европейской цитогенетической конференции (Болонья, Италия, 2004); 16-ой Европейской конференции по цитогенетике животных и генному картированию (Жойе ен Жосас, .Франция,2004); ХП-ой Междунар одно й конференции по геномам животных, растений и микроорганизмов (Сан-Диего, США, 2004; ХШ-ой Международной конференции по геномам животных, растений и микроорганизмов (Сан-Диего, США, 2005). Результаты периодически докладывались на семинарах отдела молекулярной генетики и биотехнологии ГНУ ВНИИГРЖ РАСХН. Исследования проводили в соответствии с планом научно-исследовательской работы ГНУ ВНИИГРЖ Россельхозакадемии по теме «Разработать систему молекулярно-генетических маркеров, обеспечивающих повышение эффективности селекции сельскохозяйственных животных» (номер государственной регистрации 01.200.118843).

Публикация результатов. Материалы, представленные в диссертации были опубликованы в научных журналах "Animal Genetics", "Chromosome Research", "Hereditas". Всего по теме работы опубликовано 16 печатных работ, из них 7 статей и 9 тезисов.

Структура и объем диссертации. Диссертация изложена на 127 страницах машинописного текста, включает 7 таблиц, 15 рисунков и состоит из следующих разделов: «Введение», «Обзор литературы», «Материал и методы», «Результаты», «Обсуждение», «Выводы», «Практические предложения» и «Список литературы». Список цитированной литературы насчитывает 22 русских и 158 иностранных названий.

СОДЕРЖАНИЕ РАБОТЫ

Материал и методы

Материал. Материалом для приготовления препаратов миготических хромосом послужили эмбрионы домашней курицы породной группы Бурый Леггорн из частного хозяйства АЛ. Вахромеевой (С.Петербург). В качестве ДНК-матриц для полимеразной цепной ' реакции (ПНР) ' была использована тотальная геномная ДНК домашней курицы породной группы Бурый Леггорн из генетической коллекции института генетики и разведения животных Польской академии наук (Варшава, Польша). В работе были использованы градированные геномные ВАС-библиотеки джунглевой курицы 031-JF256-BI и 032-ff256-RI (Ресурсный Центр Техасского Университета, Техас, США (hbz.tamu.edu)).

Методы. Препараты миготических хромосом домашней курицы

приготавливали из 96-часовых и 72-часовых эмбрионов (Родионов и др., 1981) согласно общепринятым методикам. Процедуры мечения ДНК зондов для гибридизации in situ проводили при помощи набора для пик-трансляции (йФермектас'\ Вильнюс, Литва) с использованием biotin-11-dUTP. Преципитацию ДНК-зондов проводили путем переосаждения этанолом в присутствии конкурирующей ДНК в целях супрессии неспецифической

гибридизации. Гибридизацию ДНК/ДНК in situ проводили по стандартной методике (Lichter et al., 1991) с некоторыми модификациями. Детекцию сигнала проводили при помощи авидин-FITC флуоресцентной системы детекции. После чего препараты окрашивали раствором пропидиум иодида в антифейде Vectashield фирмы «Vector» и анализировали с использованием системы люминесцентного микроскопа «Люмам» при увеличении об.ЮОх, ок.1 Ох, CCD-камеры «CHIPER» и компьютерной программы Ista VideoTest-FISH 1.0. Внутрихромосомную локализацию проводили на основании измерений фракционных расстояний от сигнала до теломера короткого плеча (FLpter). Полученные значения соотносили со стандартными идиограммами RBG-исчерченности хромосом домашней курицы (Ladjali-Mohammedi et al., 1999). Анализ in silico проводили с использованием баз данных чернового варианта полного сиквенса генома домашней курицы (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/raap_search.cgi?taxid-=9031 и

http://www.ensembl.org/Gallus_gallus/) на предмет привязки имеющихся контигов к сиквенсу и получения нуклеотидных последовательностей районов QTL AW33 и ST53. Для выявления кодирующих последовательностей внутри контигов и их сравнения с известными генами других организмов использовали пакет компьютерных программ BLAST.

Результаты

Определены координаты двадцати клонов, имеющих гомологию последовательностей ДНК вставки с микросателлитными локусами MCW0170, MCW0114 и ADL0241. Проверка клонов на предмет наличия искомой последовательности методом ПЦР с использованием праймеров для трех микросателлитных локусов (MCW0170, MCW0114 и ADL0241) позволила установить соответствие двух В АС-клонов локусу MCW0170 (QTL AW33), девяти - локусу MCW0114 (QTL ST53) и четырех ВАС-клонов локусу ADL0241 (QTL ST53) (Таблица 1). Методом флуоресцентной гибридизации ДНК-ДНК in situ (FISH) установлена внутрихромосомная

локализация 15-ти ВАС-клонов, содержащих микросателлитные локусы (Таблица 1). Установлено следующее положение микросателлитных маркеров локуса ST53 на GGA4: MCW0114 - 17.834.202-17.834.699 п.н. и ADL0241 -16.643.314-16.643.645 п.н. Выявлено 16 EST (кодирующих последовательностей) домашней курицы, расположенных в этом районе (Таблица 2). Установлен наиболее вероятный критический интервал для QTL AW33 на GGA4 65.565.518 - 68.451.718 п.н., который содержит 38 EST (Таблица 3).

Таблица 1. Результаты флуоресцентной гибридизации ДНК-ДНК in situ (FISH) ВАС-клонов, содержащих микросателлитные локусы.

ВАС-клон Библиотека Микросателлит-ный локус FLpter Локализация на GGA4 Число проанализированных хромосом

JE023N15 " 032-JF256-RI MCW0114 0.35±0.017 4qll 16

JE048017 032-JF256-RI MCW0114 0.38±0.013 4ql 1 16

JE054L1 032-JF256-RI •MCW0114 0.35±0.015 4qll 11

JE068D24 032-JF256-RI MCW0114 0.43±0.029 4qll-12 12

JB051G11 031-JF256-BI MCW0114 0.35±0.018 4qll 14

JB052G8 031-JF256-BI MCW0114 0.33±0.017 4qll 17

JB085F11 031-IF256-BI MCW0114 0.36±0.018 4qll 15

JB089D11 031-JF256-BI MCW0114 0.35±0.015 4qll 13

JB09609 031-JF256-BI MCW0114 0.37±0.034 4qll 12

JB024F7 031-JF256-BI ADL0241 0.35±0.012 4qll 15

JB024M12 031-JF256-BI ADL0241 0.38±0.012 4qll 17

JB096J14 031-JF256-BI ADL0241 0.36±0.013 4qll 12

JB097F17 031-JF256-BI ADL024I 0.3б±0.018 4qll 15

JB095115 031-JF256-BI MCW0170 0.75±0.016 4q21 15

JB096L3 031-JF256-BI MCW0170 0.76±0.013 4q22 19

Таблица 2. Список кодирующих последовательностей ДНК критического интервала 1,2 млн.п.н. <2ТЬ 5Т53

№ Положение на ООА4 Идентификационный номер Описание

1 16710015 16920778 ХМ_420348 гомология 1Ы11АРЬ2

2 16941649 17036962 ХМ_420349 гомология МАР4К4

3 17042102 17065993 ХМ_420350 гомология БЫ 10178 (гипотетический белок)

4 17078901 17105036 ХМ_420351 гомология 1ЮТ128

5 17110031 17142579 ХМ_420352 гомология РЫ20298 (гипотетический белок)

6 17175913 17147736 ХМ_420353 гомология ЫХР1

7 17251083 17246778 ХМ_420354 гомология ЬОС203547 (гипотетический белок)

8 17374305 17347243 ЫМ_205361 \1TNR1C

9 17388585 17387771 ТШ_205295 НМвга

10 17417169 17437962 ХМ_420355 гомология СТ>99\Л

11 17477780 17443138 ХМ_420356 гомология МТММ

12 17520616 17479157 ХМ_420357 гомология МТМ1

13 17566453 17532690 ХМ_420358 гомология СХОКБб

14 17786217 17783731 ХМ_420359 гомология ЬОС919666 (гипотетический белок)

15 17795219 17787180 ХМ_420360 гомология РАМ11А

16 17812226 17826844 ХМ_420361 гомология ГОБ

Таблица 3. Список кодирующих последовательностей ДНК критического

интервала 2,9 млн.п.н. QTL AW33.

№ Положение HaGGA4 Идентификационный номер Описание

1 65565518 65589897 NMJ204174 гомология CLOCK

2 65600468 65610272 ХМ_426336 гомология НТМР

3 65610175 65665630 ХМ_420703 гомология FLJ13352 (гипотетический белок)

4 65665643 65691795 NM_001004368 KDR

5 65750354 65802421 NM_204361 KIT

6 65879355 65903878 NM_204749 PDGFRA

7 65941110 65945098 ХМ_426337 гомология PITX2

8 65954398 65975718 ХМ.420705 гомология CHIC2

9 66137749 66170636 ХМ_420706 гомология Numb-связывающему белку Pan troglodytes

10 66171718 66198907 ХМ_420707 гомология LNX

11 66200455 66238370 ХМ_420708 гипотетический белок LOC422754 Gallus gallus

12 66240028 66421896 ХМ_420709 гомология STXBP1

13 66423729 66427127 ХМ_420710 гомология Rasll lb Mus musculus

14 66456380 66458632 ХМ_429985 гипотетический белок LOC422757 Gallus gallus

15 66466964 66488293 ХМ_420711 гомология USP46

16 66624443 66637771 ХМ_420712 гомология LOC132671 (гипотетический белок)

17 66639232 66644516 ХМ_420713 гомология SGCB

18 66647043 66655287 ХМ_420714 гомология MGC38937 (гипотетический белок)

19 66663433 66697809 ХМ_420715 гомология KIAA0276 (гипотетический белок)

Таблица 3. Продолжение.

№ Положение на GGA4 Идентификационный номер Описание .

20 66703766 66727724 ХМ.420716 гомология FLJ21511 (гипотетический белок)

21 66747763 66763703 ХМ_420717 гомология анонимному EST АК159811 Mus musculus

22 66786976 66917584 ХМ_420718 гомология KIAA0826 (гипотетический белок)

23 66922646 66931934 ХМ_426338 гомология SLC10A4

24 66936293 66961902 ХМ.420719 гомология KIAA1458 (гипотетический бедок)

25 66979331 67031666 ХМ_420720 ТЕС

26 67034230 67038500 ХМ_420721 гомология ТХК

27 67044868 67053517 ХМ_426339 гомология LOCI52519 (гипотетический белок)

28 67059087 67066577 NM_205220 CNGA1

29 67118207 67234496 ХМ_426340 гомология CORIN

30 67256159 67278261 ХМ_420722 гомология АТР10D

31 67284451 67293590 ХМ_420723 гомология COMMD8

32 67406517 67442196 ХМ_420724 гомология GABRA4

33 67540632 67674866 ХМ_420725 гомология GABRG1

34 68068539 68072818 ХМ_420726 гомология GNPDA2

35 68076996 68102550 ХМ_420727 гомология FLJ13220 (гипотетический белок)

36 68112726 68126201 ХМ_420728 гомология YIPF7

37 68138508 68166693 ХМ_429986 гипотетический белок LOC422775 Gallus gallus

38 68322466 68562121 ХМ_426341 гипотетический белок LOC428785 Gallus gallus

Обсуждение

Тонкое картирование двух районов хромосомы 4 домашней курицы, содержащих QTL толщины скорлупы на 53 неделе жизни (ST53) и массы белка в яйце на 33 неделе (AW33), было проведено Вардецкой и соавт. в 2002 году (Wajrdecka et al., 2002). Указанные признаки различаются у двух линий кур (польская зеленоногая и род-айленд) на 3,3% и 7,5%, соответственно. Методом гибридологического анализа косегрегации микросателлитных ДНК-маркеров и количественных признаков были определены маркеры интервалов генетической карты (районов хромосом), контролирующих QTL AW33 и ST53 (Wardecka et al., 2002). С использованием баз данных компьютерной сети Интернет нами была показана локализация количественного признака AW33 в пределах интервала, ограниченного микросателлигными локусами MCW0170 и LEI0081, и QTL ST53 внутри района с границами MCW0114 и ADL0241.

Получение 15-ти протяженных геномных клонов, содержащих нуклеотидные последовательности границ QTL AW33 и ST53, и их физическое картирование на хромосоме 4 домашней курицы позволило провести привязку данных гибридологического анализа к кокгигам, объединяющим известные секвенированные ВАС-клоны. Благодаря этому нам удалось выявить границы QTL в терминах полного сиквенса генома домашней курицы - пар нуклеотидов (п.н.). Нами было установлено следующее положение микросателлитных маркеров локуса ST53 на GGA4: MCW0114 - 17.834.202-17.834.699 п.н. и ADL0241 - 16.643.314-16.643.645 п.н. Полученный интервал величиной 1,2 млн.п.н. является критическим для признака ST53. Выявлено 16 EST (кодирующих последовательностей) домашней курицы, расположенных в этом районе, которые можно считать генами — позиционными кандидатами для этого QTL. Из них 2 EST представляет собой структурные гены этого объекта, а 10 имеют высокую степень гомологии с известными генами человека, а 4 - генам предсказанных

(гипотетических) белков этого вида (Таблица 2). Все гены-ортологи человека, для которых известна хромосомная локализация, находятся в гомологичном районе хромосом этого вида. Кроме, того, на основании данных по внутрихромосомной локализации микросателлитов MCW0114 и ADL0241 на длинном плече GGA4 и в положении 16-17 млн.п.н. на сиквенсе, нами была уточнена локализация центромера этой хромосомы, который находится не в положении 18.4-19.9 млн.п.н. как считалось ранее, а около 16 млн.п.н.

В отношении QTL AW33, установлена локализация единственного достоверно известного микросателлитного маркера этого количественного признака - MCW0170 (MCW0191) на GGA4 в положении 68.451.521-68.451.718 п.н. Поскольку было известно направление, в котором расположен район, критический для QTL А\УЗЗ, и примерное рекомбинационное расстояние для доверительного интервала его локализации, вторая граница QTL определена в сайте локализации ортолога гена CLOCK (65.565.518 - 65.589.897 п.н.), который на основании его функциональной характеристики был признан наиболее вероятным геном-кандидатом для AW33). Установлен наиболее вероятный критический интервал для QTL AW33 (68.451.521 - 65.589.897 п.н.) величиной около 2,9 млн.п.н., который содержит 38 EST (5 известных генов домашней курицы, 4 гена предсказанных (гипотетических) белков этого вида, 17 ортологов генов человека, 1 - шимпанзе, 2 - домовой мыши и 9 предсказанных генов человека) (Таблица 3).

Выводы

1. Путем скрининга геномных библиотек выявлено 15 протяженных геномных клонов, содержащих микросателлитные последовательности ДНК, ограничивающие локусы количественных признаков AW33 (масса белка яйца на 33-ей неделе жизни несушки) и ST53 (толщина скорлупы яйца на 53-ей неделе жизни несушки).

2.Методом прямого физического картирования ВАС-клонов на митотических хромосомах домашней курицы при помощи флуоресцентной ДНК-ДНК гибридизации in situ (FISH) установлена локализация локусов количественных признаков AW33 и ST53 в районах длинного плеча хромосомы 4 домашней курицы GGA4q21 -22 и GGA4q 11-12, соответственно.

3. Путем анализа геномных баз данных in silico выявлены интервалы полного сиквенса генома домашней курицы GGA4 65.565.518 - 68.451.718 (2,9 млн.п.н.) и GGA4 16.643.314 - 17.834.699 (1,2 млн.п.н), оказывающими влияние на проявление признаков AW33 и ST53.

4. Идентифицировано 38 и 16 генов, являющихся позиционными кандидатами для признаков AW33 и ST53, соответственно. -

Практические предложения

Результаты представленной к защите работы рекомендуется использовать при создании систем молекулярных маркеров для прямой генной селекции несушек по признакам качества яйца с целью оптимизации толщины скорлупы и массы белка. Материалы диссертации могут быть использованы в учебном процессе в высших учебных заведениях биологического, сельскохозяйственного и ветеринарного профилей.

Список публикаций по теме диссертации

( г ■ : ■ ! i V . ;

1. Сазанов А.А., Сазанова А. Л., Трухина А.В., Царева В.А., Козырева А.А., Смирнов А.Ф. Молекулярно-цитогенетический анализ генома птиц // Материалы 2-ой конференции Московского общества генетиков и селекционеров «Актуальные проблемы генетики». Москва. 2003. С. 328-329.

2. Сазанов А.А., ПареваВ.А.. Смирнов А.Ф., Вардецка Б., Корчак М., Ящак К., Романов М.Н. Позиционное клонирование районов хромосом, контролирующих количественные признаки у кур // Тезисы докладов итогового семинара по физике и астрономии по результатам конкурса грантов 2002 года для молодых ученых Санкт-Петербурга. Санкт-Петербург. ПИЯФ. 2003. С. 44-45.

3. Sazanov А.А., Romanov M.N., Sazanova A.L., Tzareva V.A.. Kozyreva A.A., Smirnov A.F., Price J.A., Dodgson J.B. Chromosomal localization of large-insert clones of the chicken genome: expanding the comparative шар // Plant, Animal and Microbe Genome XII. San Diego. CA. 2004. P. 234.

4. Sazanov A.A., Sazanova A.L., Tzareva V.A.. Kozyreva A.A., Smimov A.F., Romanov M.N., Price J.A., Dodgson J.B. Refined localization of the chicken KITLG, MGP and TYR. genes on GGA1 by FISH mapping using BACs // Animal Genetics. 2004. V. 35. P. 148 - 150.

5. Сазанов A.A., Сазанова A.JL, Царева В.А.. Козырева A.A, Смирнов А.Ф. Локализация генов ANX5, ALB и EDNRA на хромосоме 4 домашней курицы: ортология с хромосомой 4 человека И Селекционно-генетические методы повышения продуктивности сельскохозяйственных животных: Сб. науч. тр. / ГНУ ВНИИГРЖ. - С.-П., 2004. - С. 200 - 203.

6. Сазанов А. А., ПареваВ.А.. Смирнов А.Ф., Вардецка Б., Корчак М., Ящак К., Романов М.Н. Позиционное клонирование локусов количественных признаков у домашней курицы // Тезисы докладов итогового семинара по физике и астрономии по результатам конкурса грантов 2003 года для молодых ученых Санкт-Петербурга. Санкт-Петербург. ПИЯФ. 2003. С. 42.

7. Sazanov A.A., Sazanova A.L., Tzareva V.A.. Kozyreva A.A., Smimov A.F., Romanov M.N., Price J.A., Dodgson J.B. Chromosomal localization of three GGA4 genes using BAC-based FISH mapping: a region of conserved synteny between the chicken and human genomes // Hereditas. 2004. V. 140. P. 249-251.

8. Sazanov A.A., Sazanova A.L., Stekolnikova V.A.. Kozyreva A.A., Smirnov A.F., Romanov M.N., Price J.A., Dodgson J.B. Chromosomal localization of CTSL: expanding of the region of evolutionary conservatism between GG AZ and HSA9 // Animal Genetics. 2004. V. 35. P. 260.

9. Сазанов A.A., Сазанова А.Л., Царева B.A.. Козырева А.А., Смирнов А.Ф. Выявление и характеристика районов хромосом домашней курицы, ортологичных наиболее обогащенным генами районам хромосомы 3 человека // Материалы III съезда ВОГиС. Москва. 2004. Т. 2. С. 270.

10. Сазанов А.А., Романов М.Н., Сазанова A.JL, Царева В. А.. Козырева А. А., Прайс Дж.А., Смирнов А.Ф., Додсон Дж.Б. Локализация на хромосомах протяженных геномных клонов домашней курицы в целях сравнительного картирования // Материалы III съезда ВОГиС. Москва. 2004. Т. 2. С. 271.

11. Sazanov А.А., Romanov M.N., Wardecka В., Sazanova A.L., KorczakM., Stekornikova V.A.. Kozyreva A.A., Smirnov A.F., Dodgson J.B., Jaszczak K. Chromosomal localization of GGA4 BACs containing QTL-linked microsatellites // Cytogenetic and Genome Research. 2004. V. 106. N. 1. P. 19.

12. Sazanov A.A., Romanov M.N., Sazanova AX., Stekolnikova V.A.. Kozyreva A.A., Malewski Т., Smirnov A.F. Chromosomal localization of fifteen HSA3pl4-p21 Notl clones on GGA12: orthology of a chicken microchromosome to a gene-rich region of HSA3 //Animal Genetics. 2005. V. 36. P. 71-73.

13. Sazanov A.A., Romanov M.N., Sazanova A.L., Stekolnikova V.A.. Kozyreva A.A., Smirnov A.F., Dodgson J.B. Localisation of seven HSA3ql3-q23 Notl linking clones on the chicken microchromosomes 14 and 15 by double-color FISH // Plant, Animal and Microbe Genome ХП1. San Diego. CA. 2005. P. 208. (P550).

14. Sazanov A.A., Romanov M.N., Wardecka В., Sazanova A.L., Korczak M., Stekornikova V.A.. Kozyreva A.A, Smirnov A.F., Jaszczak K., Dodgson J.B.

Chromosomal localization of fifteen large insert BAC clones containing three microsatellites on chicken chromosome 4 (GGA4) which refine its centromere position // Animal Genetics. 2005. V. 36. P. 161-163.

15. Sazanov A.A., Sazanova A.L., Romanov M.N., Stekol'nikova V.A.. Malewski T., Korczak M., Jaszczak K., Smirnov A.F. Molecular organization of chicken genome // Genomics and microarrays in biology and medicine. Sucha Beskidska. Poland. 2005. P. 26.

16. Sazanov A.A., Sazanova A.L., Stekol'nikova V.A.. Kozyreva A.A., Romanov M.N., Malewski T., Smirnov A.F. Chromosomal localization of seven HSA3ql3—>q23 Notl linking clones on chicken microchromosomes: orthology of GGA14 and GGA15 to a gene-rich region of HSA3 // Cytogenetic and Genome Research. 2005. V. 111. P. 128-133.

Подписано в печать 14.06.2006 г. Формат 60X84 1/16 Бумага офсетная. О&ьем 1 печ.л. Тираж 100 экз. Заказ № 2.06

Отпечатано на ризографе ГНУ СЗНИИМЭСХ

Содержание диссертации, кандидата биологических наук, Стекольникова, Виктория Александровна

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ.

ВВЕДЕНИЕ.

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

1.1. Организация генома домашней курицы.

1.1.1. Особенности молекулярной организации генома.

1.1.2. Особенности кариотипа.

1.2. Генетические карты хромосом.

1.3. Физические карты хромосом.

1.4. Гибридизация ДНК-ДНК in situ как метод прямого физического картирования.

1.5. Картирование хромосом домашней курицы методом гибридизации ДНК-ДНК in situ.

1.6. Картирование QTL, влияющих на качество яиц.

1.7. Геномные библиотеки и их использование для позиционного клонирования.

ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛ И МЕТОДЫ.

2.1. Материал.

2.2. Полимеразная цепная реакция.

2.3. Скринирование геномных библиотек.

2.3.1. Олигонуклетидное мечение ДНК-зондов.

2.3.2. Гибридизация меченых ДНК-зондов с геномными клонами.

2.3.3. Верификация аутентичности ВАС-клонов.

2.4. Трансформация клеток Е. coli и выделение плазмидной ДНК.

2.4.1. Трансформация клеток Е. coli.

2.4.2. Выделение плазмидной ДНК.

2.4.3. Очистка плазмидной ДНК.

2.5. Приготовление препаратов митотических хромосом курицы.

2.6. Мечение ДНК-зондов с помощью ник-трансляции.

2.7. Преципитация ДНК-зондов в присутствии конкурирующей ДНК и супрессия неспецифической гибридизации.

2.8. Флуоресцентная гибридизация ДНК-ДНК in situ.

2.8.1. Гибридизация меченых ДНК-зондов с ДНК митотических хромосом курицы.

2.8.2. Детекция гибридизационных сигналов с использованием флуоресцентных красителей.

2.8.3. Анализ результатов гибридизации.

ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ.

ГЛАВА 4. ОБСУЖДЕНИЕ.

4.1. Выявление протяженных геномных клонов, содержащих микросателлитные последовательности ДНК, ограничивающие локусы QTL AW33 и ST53.

4.2. Установление локализации QTL ST53 и QTL AW33.

4.3. Выявление критического интервала для ST53.

4.4. Выявление критического интервала для AW33.

4.5. Гены-кандидаты для QTL ST53.

4.6. Гены-кандидаты для QTL AW33.

4.7. Перспективы и практическое применение результатов исследования (^ТЬ БТ53 и А\УЗЗ.

ВЫВОДЫ.

ПРАКТИЧЕСКИЕ ПРЕДЛОЖЕНИЯ.

Введение Диссертация по биологии, на тему "Позиционное клонирование локусов количественных признаков домашней курицы"

Актуальность проблемы. Большинство хозяйственно ценных признаков домашних животных имеют сложный полигенный тип наследования и контролируются многими генами, расположенными в локусах QTL (quantitative trait loci). Изучение комплексной молекулярной архитектуры QTL представляет интерес с точки зрения общей генетики (Mackay, 2001). Позиционное клонирование QTL - это получение совокупности перекрывающихся протяженных геномных клонов (контига) района хромосомы, оказавшего наибольшее влияние на количественные признаки.

В настоящее время известно несколько случаев успешного позиционного клонирования QTL у человека и мыши (Bodnar et al., 2002; Zhang, Krähe, 2002; Pershouse et ai., 2000) и один у крупного рогатого скота (Grisart et al., 2002). В последнем исследовании был клонирован район величиной 3 сМ, обладающий наибольшим влиянием на жирность молока. В указанном исследовании был выявлен «ген-кандидат» для этого признака - DGAT1, показаны различия в его нуклеотидной последовательности у особей с различающимся фенотипом (Grisart et al., 2002).

Несмотря на то, что у домашней курицы пока не известно случаев успешного позиционного клонирования QTL, такие работы финансируются рядом государственных проектов и проводятся в нескольких ведущих лабораториях Европы и США (http://www.bbsrc.ac.uk). Существующие в настоящее время генетические карты домашней курицы сравнительно плотно насыщены молекулярными маркерами (http://www.thearkdb.org) и могут быть использованы в качестве инструмента для позиционного клонирования.

Геномные библиотеки высокой плотности (гридированные геномные библиотеки) позволяют получать протяженные фрагменты ДНК, содержащие интересующую исследователей последовательность, и широко используются для анализа генома с использованием различных подходов (Buitkamp et al., 1998).

Представленная работа посвящена позиционному клонированию двух районов хромосомы 4 домашней курицы, содержащих QTL толщины скорлупы на 53 неделе жизни (ST53) и массы белка в яйце на 33 неделе (AW33). Указанные признаки различаются у двух линий кур (польская зеленоногая и род-айленд) на 3.3% и 7.5%, соответственно.

Цели и задачи исследования. Целью данной работы является позиционное клонирование двух локусов количественных признаков домашней курицы - масса белка в яйце на 33-й неделе жизни курицы-несушки (AW33) и толщина скорлупы яйца на 53-й неделе жизни курицы-несушки (ST53).

Поставлены следующие задачи:

• получение протяженных геномных клонов границ локусов количественных признаков масса белка в яйце на 33-й неделе жизни курицы-несушки (AW33) и толщина скорлупы яйца на 53-й неделе жизни курицы-несушки (ST53);

• установление локализации ВАС-клонов, содержащих последовательности микросателлитов MCW0170, MCW0114 и ADL0241, на митотиче-ских хромосомах домашней курицы методом FISH;

• установление положения последовательностей полученных ВАС-клонов в составе чернового варианта полного сиквенса генома домашней курицы;

• получение всех доступных нуклеотидных последовательностей и данных их расшифровки, пространственно связанных с выявленными ВАС-клонами;

• создание списка генов, являющихся позиционными кандидатами для

ТЬ А\УЗЗ и 8Т53.

Научная новизна работы. Продемонстрирована эффективность использования гридированных геномных библиотек для позиционного клонирования локусов количественных признаков птиц. Путем позиционного клонирования локусов количественных признаков толщины скорлупы на 53-й неделе жизни (8Т53) и массы белка в яйце на 33-й неделе (А\УЗЗ) выявлено 15 протяженных геномных клонов, содержащих микросателлитные последовательности ДНК, ограничивающие локусы количественных признаков AWЗЗ и БТ53 и установлена их локализация в районах ООА4я21-22 и ОСА4ц11-12, соответственно. Выявлены интервалы полного сиквенса генома ОСА4 65.565.518 - 68.451.718 (38 генов) и ООА4 16.643.314 - 17.834.699 (16 генов), являющиеся критическими для А\УЗЗ и БТ53, соответственно.

Теоретическая и практическая ценность работы. Результаты представленной к защите работы использованы при составлении баз данных по генетическим и физическим картам хромосом курицы и сравнительным картам человека, мыши и курицы (wwvv.thearkdb.org) и банка данных нуклеотидных последовательностей (www.nlm.ncbi.nih.gov) в сети Интернет. Материалы диссертации используются при чтении лекций на кафедре генетики и селекции Санкт-Петербургского государственного университета в рамках магистерской программы «Эволюционная цитогенетика».

Апробация работы. Материалы работы были представлены на конференции «Актуальные проблемы генетики» Московского общества генетиков и селекционеров (Москва, 2003), III Съезде Всероссийского общества генетиков и селекционеров (Москва, 2004), а также за рубежом на X Международной конференции по геномам животных, растений и микроорганизмов (Сан-Диего, США, 2002); 4-й Европейской цитогенетической конференции (Болонья, Италия, 2004); 16-й Европейской конференции по цитогенетике животных и генному картированию (Жойе ен Жосас, Франция, 2004); XII Международной конференции по геномам животных, растений и микроорганизмов (Сан-Диего, США, 2004; XIII Международной конференции по геномам животных, растений и микроорганизмов (Сан-Диего, США, 2005). Результаты периодически докладывались на семинарах отдела молекулярной генетики и биотехнологии ГНУ ВНИИГРЖ РАСХН. Исследования проводили в соответствии с планом научно-исследовательской работы ГНУ ВНИИГРЖ РАСХН по теме «Разработать систему молекулярно-генетических маркеров, обеспечивающих повышение эффективности селекции сельскохозяйственных животных» (номер государственной регистрации 01.200.118843).

Публикация результатов. Материалы, представленные в диссертации были опубликованы в научных журналах "Animal Genetics", "Chromosome Research", "Hereditas". Всего по теме работы опубликовано 16 печатных работ, из них 7 статей и 9 тезисов.

Заключение Диссертация по теме "Генетика", Стекольникова, Виктория Александровна

выводы

1. Путем скрининга геномных библиотек выявлено 15 протяженных геномных клонов, содержащих микросателлитные последовательности ДНК, ограничивающие локусы количественных признаков AW33 (масса белка яйца на 33-й неделе жизни несушки) и ST53 (толщина скорлупы яйца на 53-й неделе жизни несушки).

2. Методом прямого физического картирования ВАС-клонов на митотиче-ских хромосомах домашней курицы при помощи флуоресцентной ДНК-ДНК гибридизации in situ (FISH) установлена локализация локусов количественных признаков AW33 и ST53 в районах длинного плеча хромосомы 4 домашней курицы GGA4q21-22 и GGA4ql 1-12, соответственно.

3. Путем анализа геномных баз данных in silico выявлены интервалы полного сиквенса генома домашней курицы GGA4 65.565.518 - 68.451.718 (2,9 млн.п.н.) и GGA4 16.643.314 - 17.834.699 (1,2 млн.п.н), оказывающие влияние на проявление признаков AW33 и ST53.

4. Идентифицировано 38 и 16 генов, являющихся позиционными кандидатами для признаков AW33 и ST53, соответственно.

ПРАКТИЧЕСКИЕ ПРЕДЛОЖЕНИЯ

Результаты представленной к защите работы рекомендуется использовать при создании систем молекулярных маркеров для прямой генной селекции несушек по признакам качества яйца с целью оптимизации толщины скорлупы и массы белка. Материалы диссертации могут быть использованы в учебном процессе в высших учебных заведениях биологического, сельскохозяйственного и ветеринарного профилей.

Библиография Диссертация по биологии, кандидата биологических наук, Стекольникова, Виктория Александровна, Санкт-Петербург

1. Айала Ф., Кайгер Дж. Современная генетика: Пер. с англ. М.: Мир, 1988. Т. 2. 368 с.

2. Албертс Б., Брей Д., Льюис Дж., Рефф М., Роберте К., Уотсон Дж. Молекулярная биология клетки: Пер. с англ. М.: Мир, 1994. Т. 2. 517 с.

3. Гиндилис В.М., Гурьянова Н.В., Кузнецова С.М. Гибридизация in situ в решении проблемы картирования генома человека // Цитология и генетика. 1991. Т. 25. С. 58-65.

4. Досон Р., Эллиот Д., Эллиот У., Джонс К. Справочник биохимика: Пер. с англ. М.: Мир, 1991. 544 с.

5. Захаров И.А., Никифоров B.C., Степанюк Е.В. Генетическое картирование сельскохозяйственных животных. В сб.: Успехи современной генетики. М.: Наука, 1993. Вып. 18. С. 36-74.

6. Макгрегор Г., Варли Д. Методы работы с хромосомами животных: Пер. с англ. М.: Мир, 1986. 272 с.

7. Пилинская М.А. Последние достижения радиационной цитогенетики в связи с открытием метода флуоресцентной гибридизации in situ метафазных хромосом человека и экспериментальных животных с ДНК-зондами // Цитология и генетика. 1996. Т. 30, № 4. С. 70-85.

8. Прокофьева-Бельговская A.A. Гетерохроматические районы хромосом. М.: Наука, 1986.432 с.

9. Родионов А. В. Цитохимический анализ молекулярной гетерогенности хромосом курицы. Дисс. на соиск. уч. ст. канд. биол. наук. Л: ВНИИРГЖ, 1985. 205 с.

10. Родионов A.B., Дукельская A.B., Кузнецова Т.В. Характер флуоресценции макрохромосом цыпленка, обработанных флуорохромом Хехст 33258 // Бюл. ВНИИГРЖ. 1981. Т. 51. С. 11-14.

11. Сазанов A.A. Локализация некоторых нуклеотидных последовательностей на хромосомах курицы методом гибридизации ДНК-ДНК in situ. Дисс. на соиск. уч. ст. канд. биол. наук. СПб: СПбГУ, 1994. 102 с.

12. Сазанов A.A., Алексеевич Л.А., Сазанова А.Л., Смирнов А.Ф. Картирование генома курицы проблемы и перспективы // Генетика. 1996. Т. 32. С. 861-864.

13. Сазанов A.A., Алексеевич Л.А., Сазанова А.Л., Смирнов А.Ф. Локализация некоторых последовательностей ДНК на митотических хромосомах курицы//Генетика. 1995. Т. 31. С. 458-463.

14. Сазанов A.A., Дукельская A.B., Алексеевич Л.А. Выявление кластера бета-глобиновых генов в длинном плече хромосомы 2 домашней курицы // Цитология. 1992. Т. 34. С. 35-40.

15. Сазанов A.A. Молекулярно-цитогенетический анализ генома птиц // Дисс. на соиск. уч. степени д.б.н. ГНУ ВНИИГРЖ РАСХН. 2004. 275 с.

16. Сингер М., Берг П. Гены и геномы: Пер. с англ. М.: Мир, 1998. В 2-х т. Т. 1. 373 с.

17. Смирнов А.Ф. Молекулярная гетерогенность хромосом и проблемы генетического картирования. В сб.: Успехи современной генетики. М.: Наука, 1993. Вып. 18. С. 195-231.

18. Сулимова Г.Е. Полиморфизм длин рестрикционных фрагментов ДНК у сельскохозяйственных животных: методы изучения и перспективы использования. В сб.: Успехи современной генетики. М.: Наука, 1993. Вып. 18. С. 3-35.

19. Фогель Ф., Мотульски А. Генетика человека: Пер. с англ. М.: Мир, 1990. Т. 2. 378 с.

20. Яковлев А.Ф. Методические рекомендации: исследование хромосом сельскохозяйственных животных. JL: ВНИИГРЖ, 1976. 66 с.

21. Яковлев А.Ф., Трофимова J1.B. Изменение числа микрохромосом в процессе спирализации макрохромосом у G. domesticus // Генетика. 1977. Т. 13, №5. С. 806-810.

22. Abasht В., Pitel F., Lagarrigue S., Le Bihan-Duval E., Le Roy P., Demeure O., Vi-gnoles F., Simon J., Cogburn L., Aggrey S., Vignal A., Douaire M. Fatness QTL on chicken chromosome 5 and interaction with sex //Genet Sel Evol. 2006. V.38.P. 297-311.

23. Bitgood J.J., Shoffner R.N. Cytology and cytogenetics. In: Crawford R.D. (Ed.)

24. Poultry Breeding and Genetics. Amsterdam: Elsevier, 1990. P. 401-427. Bitgood J.J., Somes R.G. Linkage relationships and gene mapping. In: Crawford R.D. (Ed.) Poultry Breeding and Genetics. Amsterdam: Elsevier, 1990. P. 469-495.

25. Bitgood J.J., Somes R.G. Gene map of the chicken (Gallus gallus). In: O'Brien S. (Ed.) Genetic Maps. 6th ed. Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1993. P. 4333-4342.

26. Genomic screening for beta-sarcoglycan gene mutations: missense mutations may cause severe limb-girdle muscular dystrophy type 2E (LGMD 2E) // Hum. Molec. Genet. 1996. V. 5. P. 1953-1961.

27. Buitenhuis A.J., Crooijmans R.P., Bruijnesteijn van Coppenraet E.S., Veenendaal A., Groenen M.A., van der Poel J.J. Improvement of the comparative map of chicken chromosome 13 //Anim. Genet. 2002. V. 33. P. 249-254.

28. Buitkamp J., Ewald D., Schalkwyk L., Weiher M., Masabanda J., Sazanov A., Lehrach H., Fries R. Construction and characterisation of a gridded chicken cosmid library with four-fold genomic coverage // Anim. Genet. 1998. V. 29. P. 295-301.

29. Bumstead N., Palyga J. A preliminary linkage map of the chicken genome // Genomics. 1992. V. 13. P. 690-697.

30. Burke D.T., Carle G.F., Olson M.V. Cloning of large segments of exogenous DNA into yeast by means of artificial chromosome vectors // Science. 1987. V. 236. P. 806-812.

31. Cannizzaro L.A., Madaule P., Hecht F., Axel R., Croce C.M., Huebner K. Chromosome localization of human ARH genes, a ras-related gene family // Genomics. 1990. V. 6. P. 197-203.

32. Celeda D., Bettag U., Cremer C. A simplified combination of DNA probe preparation and fluorescence in situ hybridization // Z. Naturforsch. 1992. V. 47. P. 739-747.

33. Chardin P., Madaule P., Tavitian A. Coding sequence of human rho cDNAs clone 6 and clone 9 //Nucleic Acid Res. 1988. V. 16. P. 2717.

34. Chowdhary B.P., Raudsepp T. HSA4 and GGA4: remarkable conservation despite 300-Myr divergence // Genomics. 2000. V. 64. P. 102-105.

35. Cools J., Bilhou-Nabera C., Wlodarska I., Cabrol C., Talmant P., Bernard P., Hagemeijer A., Marynen P. Fusion of a novel gene, BTL, to ETV6 in acute myeloid leukemias with a t(4,12)(ql l-ql2,pl3) // Blood. 1999. V. 94. P. 1820-1824.

36. Crooijmans R.P.M.A., Vrebalov J., Dijknof R.J.M., van der Poel J.J., Groenen M.A.M. Two-dimensional screening of the Wageningen chicken BAC library // Mammalian Genome. 2000. Vol. 11. P. 360-363.

37. Danciger M., Farber D. B., Kozak C. A. Genetic mapping of three GABA-A recep-tor-subunit genes in the mouse // Genomics. 1993. V. 16. P. 361-365.

38. Dhallan R.S., Macke J., Eddy R.L., Shows T.B., Reed R.R., Yau K.-W., Nathans J. The human rod photoreceptor cyclic GMP gated channel gene maps to chromosome 4 (Abstract) // Cytogenet. Cell Genet. 1991. V. 58. P. 1886.

39. Dominguez-Steglich M., Auffray C., Schmid M. Linkage of the chicken MHC to the nucleolus organizer region visualized using non-isotopic in situ hybridization //J. Hered. 1991. V. 82. P. 503-505.

40. Dominguez-Steglich M., Carrier A., Auffray C., Schmid M. Assignment of the chicken tyrosine hydroxylase gene to chromosome 6 by FISH // Cytogenet. Cell Genet. 1992b. V. 60. P. 138-139.

41. Dominguez-Steglich M., Jeltsch J.M., Gamier J.M., Schmid M. In situ mapping of the chicken progesterone receptor gene and the ovalbumin gene // Genomics. 1992a. V. 13. P. 1343-1344.

42. Dominguez-Steglich M., Meng G., Bettecken T., Muller C.R., Schmid M. The dystrophin gene is autosomally located on a microchromosome in chicken // Genomics. 1990. V. 8. P. 536-540.

43. Doran J.F., Jackson P., Kynoch P., Thompson R.J. Isolation of PGP 9.5, a new human neurone-specific protein detected by high resolution two-dimensional electrophoresis // J. Neurochem. 1983. V. 40. P. 1542-1547.

44. Edwards Y.H., Fox M.F., Povey S., Hinks L.J., Day I.N.M., Thompson R.J. The gene for human neuron specific ubiquitin C-terminal hydrolase maps to chromosome 4pl4 (Abstract) // Cytogenet. Cell Genet. 1991. V. 58. P. 1886-1887.

45. Feinberg A.P., Vogelstein B.A. A technique for radiolabelling DNA restriction en-donuclease fragments to hing specific activity // Annal. Biochem. 1983. V. 132. P. 6-13.

46. Fillon V. Labelling of chicken microchromosomes by molecular markers using two-color fluorescence in situ // Arch. Zootech. 1996. V. 45. P. 303-307.

47. Gao Y., Hu X.X., Du Z.Q., Deng X.M., Huang Y.H., Fei J., Feng J.D., Liu Z.L., Da Y., LiN.A genome scan for quantitative trait loci associated with body weight at different developmental stages in chickens // Anim Genet. 2006. V. 37. P. 276-278.

48. Gelin C., Aubrit F., Phalipon A., Raynal B., Cole S., Kaczorek M., Bernard A. The E2 antigen, a 32 kD glycoprotein involved in T-cell adhesion processes, is the MIC2 gene product // EMBO J. 1989. V. 8. P. 3253-3259.

49. Gengyo-Ando K., Kitayama H., Mukaida M., Ikawa Y. A murine neural-specific homolog corrects cholinergic defects in Caenorhabditis elegans unc-18 mutants. J. Neurosci. 1996. V. 16. P. 6695-6702.

50. Gerhardt D.S., Kawasaki E.S., Bancroft F.C., Szabo P. Localization of unique gene by direct hybridization in situ // PNAS U. S. A. 1981. V. 78. P. 3755-3759.

51. Groenen M.A., Crooijmans R.P., Veenendaal A., Cheng H.H., Siwek M. van der Poel J.J. A comprehensive microsatellite linkage map of the chicken genome // Genomics. 1998. V. 49. P. 265-274.

52. Gronwald R.G.K., Adler D.A., Kelly J.D., Disteche C.M., Bowen-Pope D.F. The human PDGF receptor alpha-subunit gene maps to chromosome 4 in close proximity to c-kit // Hum. Genet. 1990. V. 85. P. 383-385.

53. Guillier-Gencik Z., Bernheim A., Coullin Ph. Generation of whole-chromosome painting probes specific to each chicken macrochromosome // Cytogenet. Cell Genet. 1999. V. 87. P. 282-285.

54. Haire R.N., Litman G.W. The murine form of TXK, a novel TEC kinase expressed in thymus maps to chromosome 5 // Mammalian Genome. 1995. V. 6. P. 476-480.

55. Haire R.N, Ohta Y., Lewis J.E., Fu S.M, Kroisel P, Litman G.W. TXK, a novel human tyrosine kinase expressed in T cells shares sequence identity with Tec family kinases and maps to 4pl2 // Hum. Molec. Genet. 1994. V. 3. P. 897-901.

56. Hautala T., Byers M.G., Eddy R.L., Shows T.B., Kivirikko K.I., Myllyla R. Cloning of human lysyl hydroxylase: complete cDNA-derived amino acid sequence and assignment of the gene (PLOD) to chromosome Ip36.3-p36.2 // Genomics. 1992. V. 13. P. 62-69.

57. Kadi F., Mouchiroud D., Sabeur G., Bernardi G. The compositional patterns of the avian genomes and their evolutionary implications // J. Mol. Evol. 1993. V. 37. P. 544-551.

58. King D.P., Vitaterna M.H., Chang A.M., Dove W.F., Pinto L.H., Turek F.W., Ta-kahashi J.S. The mouse Clock mutation behaves as a antimorph and maps within the W19H deletion, distal of Kit // Genetics. 1997a. V. 146. P. 10491060.

59. King D.P., Zhao Y., Sangoram A.M., Wilsbacher L.D., Tanaka M., Antoch M.P., Steeves T.D. L., Vitaterna M.H., Kornhauser J.M., Lowrey P.L., Turek F.W., Takahashi J.S. Positional cloning of the mouse circadian Clock gene // Cell. 1997b. V. 89. P. 641-653.

60. Mackay T.F. The genetic architecture of quantitative traits // Annu. Rev. Genet. 2001. V. 35. P. 303-339.

61. Madaule P., Axel R. A novel ras-related gene family // Cell. 1985. V. 41. P. 31-40.

62. Matsui T., Heidaran M., Miki T., Popescu N., La Rochelle W., Kraus M., Pierce J., Aaronson S. Isolation of a novel receptor cDNA establishes the existence of two PDGF receptor genes // Science. 1989. V. 243. P. 800-804.

63. Mattei M.G., d'Auriol L., Andre C., Passage E., Mattei J.F., Galibert F. Assignment of the human c-kit proto-oncogene to the ql 1-ql2 region of chromosome 4, using in situ hybridization (Abstract) // Cytogenet. Cell Genet. 1987. V. 46. P. 657.

64. Matzke M.A., Varge F., Berger H., Scheruthaner J., Schweizer D.A. A 41-42 bp tandemly repeated sequence isolated from nuclear envelopes of chicken erythrocytes is located predominantly on microchromosomes // Chromo-soma. 1990. V. 99. P. 131-137.

65. McClive PJ, Morahan G. Assignment of the mouse homologues of 6 loci from HSAlp to chromosomes 3 and 4 // Genomics. 1994. V. 23. P. 243-246.

66. McNeil J.A., Johnson C.V., Carter K.C., Singer R.H, Lawrence J.B. Localizing DNA and RNA within nuclei and chromosomes by fluorescence in situ hybridization // Genet. Anal. Tech. Appl. 1991. V. 8. P. 41-58.

67. Ohno S. Sex chromosomes and microchromosomes of Gallus domesticus // Chromosoma. 1961. V. 11. P. 483-498. Oloffson B., Bernardi G. Organization of nucleotide sequences in the chicken genome // Eur. J. Biochem. 1983. V. 130. P. 241-245.

68. Pershouse M., Li J., Yang C. Su H., Brundage E., Di W., Biggs P.J., Bradley A., Chinault A.C. BAC contig from a 3-cM region of mouse chromosome 11 surrounding Brcal // Genomics. 2000. V. 69. P. 139-142.

69. Pevsner J., Hsu S.-C., Scheller R.H. n-Secl: a neural-specific syntaxin-binding protein // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1994. V. 91. P. 1445-1449.

70. Phillips P.C. From complex traits to complex alleles // Trends Genet. 1999. V. 15. P. 6-9.

71. Pinkel D., Cray J., Trask B. van den, Engh G., Fuscol J. Cytogenetic analysis by in situ hybridization with fluorescently labeled nucleic acid probes // Cold Spring Harbor Symp. Spring Harbor. N.Y. 1986. P. 151-157.

72. Ponce de Leon F. A., Burt D.W. Physical map of the chicken. In: Manipulation of the avian genome. 1993. P. 203.

73. Preker P.J., Lingner J., Minvielle-Sebastia L., Keller W. The FIP1 gene encodes a component of a yeast pre-mRNA polyadenylation factor that directly interacts with poly(A) polymerase // Cell. 1995. V. 81. P. 379-389.

74. Quinn T.P., Peters K.G., De Vries C., Ferrara N., Williams L.T. Fetal liver kinase 1 is a receptor for vascular endothelial growth factor and is selectively expressed in vascular endothelium // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1993. V. 90. P. 7533-7537.

75. Rayburn A., Gill B. Use of biotin-labeled probes to map specific DNA sequences on wheat chromosomes // J. Hered. 1985. V. 76. P. 78-81.

76. Reppert S.M., Weaver D.R. Forward genetic approach strikes gold: cloning of a mammalian Clock gene // Cell. 1997. V. 89. P. 487-490.

77. Riegert P. The chicken (32-microglobulin gene is located on a non-major histocompatibility complex microchromosome // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1996. V. 93. P. 1243-1248.

78. Romanov M.N., Suchyta S., Peters E., Sizemore F., Dodgson J.B. Alignment of the chicken linkage map with BAC contigs // Final Abstracts Guide of the International Plant, Animal and Microbe Genome X Conference. San Diego. CA. 2002. P. 225.

79. Sato K., Mano H., Ariyama T., Inazawa J., Yazaki Y., Hirai H. Molecular cloning and analysis of the human Tec protein-tyrosine kinase // Leukemia. 1994. V. 8. P. 1663-1672.

80. Sazanov A.A., Duckeiskaya A.V., Alexeyevich L.A., Sazanova A.L., Nidenfür A.V. Chromosomal localization of several DNA-probes // Proceedings of 9th European Poultry Conference. Ayr. 1994. V. 2. P. 371-372.

81. Schalkwyk L.C., Francis F., Lehrach H. Techniques in mammalian genome mapping // Curr. Opin. Biotechnol. 1995. V. 6. P. 37-43.

82. Scherthan H., Kohler M., Vogt P., von Malsch K., Schweizer D. Chromosomal in situ hybridization with double-labeled DNA: signal amplification at the probe level // Cytogenet. Cell Genet. 1992. V. 60. P. 4-7.

83. Shaw E.M., Guise K.S., Shoffner R.N. Chromosomal localization of chicken sequence homologous to the ß-actin gene by in situ hybridization // J. Hered. 1989. V. 80, No. 6. P. 475^478.

84. Shaw M.A., Chiurazzi P., Romain D.R., Neri G., Gecz J. A novel gene, FAM11A, associated with the FRAXF CpG island is transcriptionally silent in FRAXF full mutation // Europ. J. Hum. Genet. 2002. V. 10. P. 767-772.

85. Steeves T.D.L., King D.P., Zhao Y., Sangoram A.M., Du F., Bowcock A.M., Moore R.Y., Takahashi J.S. Molecular cloning and characterization of the human CLOCK gene: expression in the suprachiasmatic nuclei // Genomics. 1999. V. 57. P. 189-200.

86. Stevens L. Gene structure and organization in the domestic fowl (Gallus domesti-cus) // WPSA J. 1986. V. 42. P. 232-238.

87. Stock A.D., Arrighi F.E., Stefos K. Chromosome homology in birds: banding patterns of the chromosomes of the domestic chicken, ring-necked dove, and domestic pigeon // Cytogenet. Cell Genet. 1974. V. 13. P. 410-418.

88. Swanson D.A., Steel J.M., Valle D. Identification and characterization of the human ortholog of rat STXBP1, a protein implicated in vesicle trafficking and neurotransmitter release // Genomics. 1998. V. 48. P. 373-376.

89. Syvanen A.C. Nucleic acid hybridization: from research tool to routine diagnostic method // Med. Biol. 1986. V. 64. P. 313-324.

90. Takagi N., Sasaki M. A phylogenetic study of bird karyotypes // Chromosoma. 1974. V. 46. P. 91-120.

91. Tanksley S.D. Mapping polygenes // Annu Rev Genet. 1993. V. 27. P. 205-233.

92. Tereba A., Astrin S.M. Chromosomal clustering of five defined endogenous retrovirus loci in White Leghorn chicken // J. Virol. 1982. V. 43. P. 737-740.

93. Tereba A., Lai M. Cell oncogenes are located on the large microchromosomes in chicken cell // J. Virol. 1982. V. 116. P. 654-657.

94. Tereba A., Lai M.M., Murti K.G. Chromosome 1 contains the endogenous RAV-0 retrovirus sequences in chicken cells // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1979. V. 76. P. 6486-6490.

95. Tereba A., McPhaul M.J., Wilson J.D. The gene for aromatase (P450 arom) in the chicken is located on the long arm of chromosome 1 // J. Hered. 1991. V. 82. P. 80-81.

96. Terman B., Carrion M., Eddy R.L., Shows T.B. Tyrosine kinase growth factor receptor (KDR) localized to chromosome 4 (Abstract) // Cytogenet. Cell Genet. 1991a. V. 58. P. 1890.

97. Terman B.I., Carrion M.E., Kovacs E., Rasmussen B.A., Eddy R.L., Shows T.B. Identification of a new endothelial cell growth factor receptor tyrosine kinase // Oncogene. 1991b. V. 6. P. 1677-1683.

98. Terman B.I., Jani-Sait S., Carrion M.E., Shows T.B. The KDR gene maps to human chromosome 4q31.2-q32, a locus which is distinct from locations for other type III growth factor receptor tyrosine kinases // Cytogenet. Cell Genet. 1992. V. 60. P. 214-215.

99. Trask B.J. Fluorescence in situ hybridization: applications in cytogenetics and gene mapping//Trends Genet. 1991. V. 7. P. 149-154.

100. Troyer D. Use of direct in situ single-copy (DISC) PCR to physically map five porcine microsatellites // Cytogenet. Cell Genet. 1994. V. 67. P. 199-204.

101. Tuiskula-Haavisto M., Honkatukia M., Vikki J., De Konig D., Schulman N., Maki-Tanila A. Genome-wide significant QTL for egg quality and production in egg-layers // Proceeding of the 2th poultry Genetics Symposium, Godollo. 2001. P. 128.

102. Tuiskula-Haavisto M., Honkatukia M., Vikki J., De Konig D., Schulman N., Maki-Tanila A. Mapping of quantitative trait loci affecting quality and production traits in eggs layers // Poultry Sci. 2002. V. 81. P. 919-927.

103. Vandenbark G.R., deCastro C.M., Taylor H., Dew-Knight S., Kaufman R.E. Cloning and structural analysis of the human c-kit gene // Oncogene. 1992. V. 7. P. 1259-1266.

104. Wardecka B., Olszewski R., Jaszczak K, Zieba G., Pierzchala M. Preliminary mapping of QTLs affecting egg quality on chromosomes 1-5 in chickens // Czech J. Anim. Sci. 2003. V. 48, No.3. P. 97-105.

105. Weidanz J.A, Campbell P, DeLucas L.J, Jin J, Moore D, Roden L, Yu H, Heilmann E, Vezza A.C. Glucosamine 6-phosphate deaminase in normal human erythrocytes // Brit. J. Haemat. 1995. V. 91. P. 72-79.

106. Wilke K, Wiemann S, Gaul R, Gong W, Poustka A. Isolation of human and mouse HMG2a cDNAs: evidence for an HMG2a-specific 3-prime untranslated region // Gene. 1997. V. 198. P. 269-274.

107. Xie Y, Zhao W, Wang W, Zhao S, Tang R, Ying K, Zhou Z, Mao Y. Identification of a human LNX protein containing multiple PDZ domains // Bio-chem. Genet. 2001. V. 39. P. 117-126.

108. Yan W, Sheng N, Seto M, Morser J, Wu Q. Corin, a mosaic transmembrane serine protease encoded by a novel cDNA from human heart // J. Biol. Chem. 1999. V. 274. P. 14926-14935.

109. Yan W, Wu F, Morser J, Wu Q. Corin, a transmembrane cardiac serine protease, acts as a pro-atrial natriuretic peptide-converting enzyme // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2000. V. 97. P. 8525-8529.

110. Yoshimura T, Suzuki Y, Makino E, Suzuki T, Kuroiwa A, Matsuda Y, Nami-kavva T, Ebihara S. Molecular analysis of avian circadian clock genes // Brain Res. Mol. Brain Res. 2000. V. 78. P. 207-215.