Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему

Молекулярные основы биотехнологии бактериальных магнитных частиц

ВАК РФ 03.01.06, Биотехнология (в том числе бионанотехнологии)

Автореферат диссертации по теме "Молекулярные основы биотехнологии бактериальных магнитных частиц"

на правах рукописи

Груздев Денис Сергеевич

МОЛЕКУЛЯРНЫЕ ОСНОВЫ БИОТЕХНОЛОГИИ БАКТЕРИАЛЬНЫХ МАГНИТНЫХ ЧАСТИЦ

03.01.06 Биотехнология (в том числе бионанотехнологии)

АВТОРЕФЕРАТ диссертации на соискание ученой степени кандидата биологических наук

2 3 ОКТ 2014

005553562

Москва -2014

005553562

Работа выполнена на кафедре биотехнологии биологического факультета Федерального государственного бюджетного образовательного учреждения высшего профессионального образования Московского государственного университета имени М.В. Ломоносова и в Федеральном Государственном Бюджетном Учреждении Науки Центр «Биоинженерия» РАН.

Научный руководитель: Скрябин Константин Георгиевич

доктор биологических наук, академик Российской академии наук, профессор

Официальные оппоненты: Маркушева Татьяна Вячеславовна

доктор биологических наук, Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт биологии Уфимского научного центра Российской академии наук заведующая группой генетики микроорганизмов

Хижняк Татьяна Владимировна

доктор биологических наук, Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт микробиологии имени С.Н. Виноградского Российской академии наук, и.о. заведующего лаборатории экологии и геохимической деятельности микроорганизмов

Ведущая организация: Федеральное государственное унитарное предприятие

Государственный научно-исследовательский институт Генетики и селекции промышленных микроорганизмов

Защита состоится 09.12.2014 г. в 15:00 на заседании диссертационного совета Д.501.001.21 при Московском государственном университете имени М.В. Ломоносова по адресу: 119234, Москва, Ленинские горы, дом 1, МГУ, корп. 12, Биологический факультет, ауд. М-1. Тел.8(495)939-54-83, эл. почта npiskunkova@rambler.ru

С диссертацией можно ознакомиться в библиотеке МГУ и на сайте биологического факультета МГУ http://www.bio.msu.ru/.

Автореферат разослан «__»_2014 г.

Ученый секретарь

диссертационного совета /? Пискункова Нина Федоровна.

ОБЩАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА РАБОТЫ Актуальность темы. Одним из направлений использования нанотехнологий в биологии и медицине является разработка и усовершенствование методов визуализации, идентификации и анализа биоматериала, обеспечивающих высокую степень разрешения. Перспективным направлением в данной области является использование магнитных наночастиц с иммобилизованными на поверхности антителами. Подобная система находит применения в диагностике и терапии, в том числе применительно к обнаружению и лечению раковых опухолей, в качестве носителя для направленной доставки лекарственных средств, в магнитно-резонансной томографии и др.

Открытие магнитотактических бактерий, способных синтезировать магнетосомы -наноразмерные кристаллы магнетита или грейгита покрытые мембраной, открыло новые возможности развития данного направления. Магнетосомы обладают рядом преимуществ по сравнению с искусственными магнитными наночастицами. Такими преимуществами являются высокая степень химической чистоты, регулярность размеров и формы кристаллов, а также наличие липопротеиновой мембраны, наличие которой позволяет модифицировать поверхность магнетосом с помощью методов генетической инженерии.

Все стадии процесса формирования магнетосом находятся под строгим генетическим контролем. Но, несмотря на успехи в изучении ультраструктуры и физико-химических основ формирования магнетосом, генетические основы синтеза магнетосом у различных видов магнитотактических бактерий изучены относительно слабо, большей частью вследствие недостаточности данных сравнительного анализа организации генных кластеров, ответственных за формирование магнетосом у бактерий различных таксономических групп. Цель и задачи исследований. Целью настоящей работы являлась разработка метода получения бактериальных магнетосом с иммобилизованными на поверхности антителами. Для достижения поставленной цели решались следующие задачи:

1. Изучение структурных особенностей генома •\fagneto.spirillum 5р. БО-К

2. Получение магнетосом с целостной мембраной.

3. Получение иммуноглобулинсвязывающих гибридных белков.

4. Оптимизация способа интеграции гибридных белков в мембрану магнетосом.

5. Определение физико-химических свойств модифицированных магнетосом.

Научная новизна и практическая значимость работы. В результате выполнения работ был секвенирован геном продуцента бактериальных магнитных частиц (БМЧ) Ма^пеЮнрьгШит $р. БО-1 и реконструирован участок генома данной бактерии, ответственный за биоминерализацию магнетосом. На основании сравнительного анализа данных о геноме Ма^еЮвртИит Бр. БО-! с другими известными геномами магнитоспирилл

было выдвинуто предположение о механизме стабильности магнитного фенотипа Magnetospirillum sp. SO-1.

Предложен простой и эффективный порядок интеграции гибридных иммуноглобулинсвязывающих белков в мембрану магнетосом путем интенсивного перемешивания раствора магнетосом с IgG-связывающими белками Mbb и Mistbb. Показано, что оптимальными параметрами интеграции являлись: рН = 8.78 без добавления NaCl для Mbb; рН буфера = 9.48 в присутствии 323 мМ NaCl для Mistbb; оптимальное время интенсивного перемешивания — 55с. Впервые показано, что не только белки мембраны магнетосом, но и мембраноактивный интегральный белок Mistic могут быть использованы в качестве якорного домена для интеграции гибридных белков в мембрану бактериальных магнитных частиц. Кроме того, показано, что модифицированные предложенным способом магнетосомы, стабильны в фосфатном буфере в течение, по крайней мере, двух недель. Апробация работы. Полученные в диссертации результаты были представлены на следующих международных и российских конференциях: международная конференция «Биология - наука XXI века» (Москва, 2012 г.), VIII Молодежная школа-конференция с международным участием «Актуальные аспекты современной микробиологии» (Москва, 2012 г.), VII Московский международный конгресс «Биотехнология: состояние и перспективы развития» (Москва, 2013 г.), International Conference "Nanomaterials: Applications & Properties 2013" (Алушта, 2013 г.), Шестой Санкт-Петербургский научный форум «Наука и общество. Новые технологии для новой экономики России» (Санкт-Петербург, 2013 г.), The 4th International Meeting on Magnetotactic Bacteria (Рио-де-Жанейро, 2014).

Личный вклад автора заключается в проведении экспериментальных и теоретических исследований. Результаты работы получены лично автором или при его непосредственном участии в планировании и проведении экспериментов. Имена соавторов указаны в соответствующих публикациях.

Публикация результатов исследования. На основе полученных результатов было подготовлено и опубликовано 11 научных публикаций, в том числе 1 статья в журналах перечня ВАК и 2 - в международных журналах на английском языке. Получен 1 патент РФ. Структура и объем диссертации. Материалы диссертации изложены на 128 страницах машинописного текста и включают 40 рисунков и 9 таблиц. Диссертация состоит из разделов: "Введение", "Обзор литературы", "Материалы и методы", "Результаты и их обсуждение", "Заключение", "Выводы", "Список литературы", который содержит 196 иностранных источников.

СОДЕРЖАНИЕ РАБОТЫ Результаты исследований 1. Описание объекта исследования

Магнитотактические бактерии — грамотрицательные. способные к активному движению прокариоты, синтезирующие внутриклеточные магнитные кристаллы оксида или сульфида железа покрытые липопротеиновой мембраной (магнетосомы). Магнетосомы выстроены в цепочку, образуя «магнитную стрелку» внутри клетки бактерии, и делают ее чувствительной к внешнему магнитному полю. Впервые магнитотактические бактерии (МТБ) были описаны в 1963 г. Сальваторе Беллини (Bellini, 1963). Он наблюдал большое количество бактерий, которые двигались в направлении линий магнитного поля магнита, и дал им название «Batten magnetosensibili» (магниточувствительные бактерии) и предположил, что ориентированное поведение клеток было связано с присутствием внутреннего «магнитного компаса». Наличие «магнитного компаса» было позже подтверждено Ричардом Блэкмором, который в 1974 году определил способность к магнитотаксису благодаря способности МТБ синтезировать магнетосомы (Blakemore, 1975).

Магнитотактические бактерии являются водными прокариотами, разнообразными по морфологии, физиологии и филогении. Наибольшее количество МТБ (105-106/мл) обитает в зоне перехода от кислородных к бескислородным условиям, что совпадает с границей ил-вода (Blakemore, 1979). В морской среде МТБ, в основном, обитают в прибрежной зоне, хотя некоторые исследования указывают на их распространение в океане на глубине до 3000 м (Stolz et al., 1968). По форме клеток различают палочки, вибрионы, спириллы, кокки и овоидные бактерии, а также многоклеточные магнитотактические бактерии. Большинство известных МТБ передвигаются при помощи жгутиков и имеют клеточную стенку, структура которых характерна для грамотрицательных бактерий, исключением являются некультивируемые пресноводные бактерии, относящиеся к филе Nitrospirae и имеющие более сложное строение клеточной стенки (Jogler et al., 2011; Lefevre et al., 2011). Расположение жгутиков у различных групп МТБ отличается и может быть полярным, биполярным или пучками.

Количество культивируемых видов МТБ очень мало, но их разнообразие может быт изучено методами молекулярной экологии без предварительного культивирования. На основе данных сходства последовательности 16S рРНК МТБ является полифилетической группой, но все известные МТБ принадлежат царству Bacteria (Lin et al., 2011). Большинство культивируемых и некультивируемьгх МТБ относятся к классам Alpha-, Gamma- и Deltaproteobacteria филы Proteobacteria. Несколько видов некультьтивируемых МТБ

относятся к филе Nitrospirae и штамм SKK-01, относящийся к candidate division ОРЗ (Kolinko et al., 2012).

Магнетосомы представляют собой кристаллы магнетита или грейгита, окруженные липопротеиновой мембраной. Синтез бактериальных магнетосом контролируется генетически. Вследствие этого, магнитные кристаллы имеют стандартные размеры и формы, и строго упорядоченные цепочки магнетосом служат эффективным сенсором магнитного поля. В геномах всех известных магнитотактических бактерий гены ответственные за биоминерализацию магнетосом (тат и mms гены) объединены в опероны, которые находятся в относительной близости друг к другу в геноме и организованы в так называемый магнетосомальный геномный остров (MAI).

Магнетосомы, как правило, расположены вдоль оси клетки и собраны в одну или несколько цепей и имеют размер от 35 до 120 нм (Frankel et al., 1998). Частицы магнетита и грейгита в этом диапазоне размеров имеют однодоменную магнитную структуру с постоянным магнитным полем (Butler and Baneijee, 1975). Более мелкие частицы при температуре окружающей среды суперпарамагнитны и не имеют стабильной остаточной намагниченности. Более крупные частицы имеют тенденцию к образованию нескольких доменов, что приводит к снижению остаточной намагниченности.

В качестве продуцента магнетосом была выбрана магнитотактическая спирилла Magnetospirillum sp. SO-1, выделенная в чистую культуру в лаборатории молекулярной диагностики Центра «Биоинженерия» РАН. Эта бактерия устойчиво синтезирует магнетосомы в широком диапазоне условий культивирования. Размер клеток SO-1 составляет 0.3-0.4 * 1.2-3.0 мкм и каждая клетка содержит одну цепочку магнетосом (Рисунок 1). Основным типом метаболизма для Magnetospirillum sp. SO-1 является хемоорганогетеротрофный, дыхательный. В качестве источников углерода употребляют карбоновые кислоты и глицерин. По отношению к кислороду Magnetospirillum sp. SO-1 является микроаэрофилом, также была показана способность к анаэробному росту, с использованием нитратов в качестве акцептора электронов (Dziuba et al, 2013).

0.5 мкм

Ж

(б)

К f

1

1 мкм

м

: 1 jgiW

100 ни

Рисунок 1. Морфология штамма Ма^пеЮхртИит ер. 80-1: а, б - электронный микроскоп, тотальный препарат; в — цепочка магнетосом. Обозначения: М - магнетосома: Ж — жгутик (ОгшЬай а1, 2013).

2. Анализ организации и структуры генома Magnetospirillum sp. SO-1 Наиболее интересной физиологической особенностью штамма SO-1, в отличие от других МТБ, являлась стабильность ее магнитного фенотипа, поскольку при культивировании в лаборатории часто происходит утрата способности продуцировать магнетосомы (Dubbels et at., 2004; Fukuda et al., 2006, Kolinko et al., 2011). В связи с этим был секвенирован геном Magnetospirillum sp. SO-1 и исследована его структура. Определенная в результате работы последовательность генома SO-1 включала 261 значимый контиг, суммарной длиной 4 874 064 пар оснований. В них обнаружены 4717 открытых рамок считывания (ОРС). Отличительными особенностями генома, в сравнениями с геномами других представителями рода Magnetospirillum, является наличие лишь одного рибосомального оперона и более высокий GC-состав (Таблица 1). Для определения локализации генов, ответственных за биоминерализацию магнетосом штаммом SO-1, было проведено сравнение генома Magnetospirillum sp. SO-1 с геномами наиболее филогенетически близких бактерий - М. magneticum АМВ-1 и М. magnetotacticum MS-I. Сравнение ОРС этих трех МТБ было проведено с использованием онлайн сервиса Seed Viewer (Meyer et al., 2008), в качестве референсного генома был выбран геном М. magneticum, т.к. геном М. magneticum, в отличие от генома М. magnetotacticum, состоит из единой последовательности (1 контиг). Магнетосомальный геномный остров М. magneticum имеет размер около 100 ООО п.о. и фланкирован двумя прямыми повторами.

Таблица 1. Сравнительная характеристика геномов представителей рода Magnetospirilíum

Свойства Magnetospirilíum sp. SO-1 M. magneticum AMB-1 M. gtyphiswaldense MSR-1 M. magnetotacticum MS-1

Размер генома, п.о. 4 874 064 4 967 148 4 264 908 4 503 280

ОС состав (%) 66.0 65.1 62.1 64.0

Общее число контигов 261 1 1 316

Наличие плазмид Нет Нет 1 Нет

Число аннотированных ОРС 4717 4559 4268 4925

Число генов тРНК 52 50 47 44

Число генов 168/238/58 рРНК 1/1/1 2/2/2 2/2/2 2/2/2

По результатам сравнительного анализа были идентифицированы гены, ответственные за биоминерализацию магнетосом в геноме Magnetospirilíum sp. SO-1, и определены контиги, которые, предположительно, содержат нуклеотидные последовательности относящиеся к MAI. Из 261 значимых контигов для реконструкции MAI Magnetospirilíum sp. SO-1 были отобраны 19, из которых методом ПЦР с использованием разработанных праймерных систем была реконструирована нуклеотидная последовательность магнетосомального геномного острова Magnetospirilíum sp. SO-1, размер которого составил около 100 000 пар оснований. MAI Magnetospirilíum sp. SO-1 имеет характерные черты геномных островов: пониженный в сравнении с остальной частью генома GC-состав (62.1% против 66.1%), большое количество генов гипотетических белков, транспозаз и вставочных элементов. Были определены 39 генов, принимающих участие в биоминерализации магнетосом. которые организованы в 4 оперона (mamGFDC, mmsó, mamAB, mamXY). Организация и структура MAI SO-1 очень схожа с таковой M. magneticum, за исключение наличия у SO-1 дополнительной копии белка MamG (Рисунок 2).

Magnetoipfriüu/n çryphmvotdense MSR-t rnnti m «n7fOC

/ff О f * ,1 « 4 1 к tl M4 N % о 4 \ OtIJ ». S. T

my*07\\ ПфКЯА m$>4070

Ф : 1) ) ) ) )1 ;î 11) Ifc^Hf*

M.magnetota<ti<um MS-1 дстбУОС mm*__

J m "i тптгггп • i ri3iHPtw44

Af. пидлвО'с imi AM 8-1

/ïcmoroc mim< mcmM шстпху

<ЙЙ» ) i "il 1 Г .ф ем^и :>'>.H • ;¡^

Magnetospirillum sp. SO-1

OUBUOIKT H>" nmU> u.»uV.

CDtO 6 I Ht F IKLMK O PAQKhSTVVW Г-И. <j к » Fe*« 2 X V 1-и< |

«« »—-'М i ■Ksa>cz3O0ciD»»»o»»)fC-)PDCto n sasaaii«

CJ CZ3 CDFipaitnopnpH □ КпА-вадоепк Преяпоигмм* 6t=a —

ИИ 0ае»зь»тргвшортча] CU 5еявх с исоихж гожтароа оеряЕоиюпрттега: ^э OcBosnMierefieoMeiiairau ■П -Агзкюжсбхй €t"oi CZI LífftA-aoao«iaB6eaca: СГ МТБ-спщжфатонязы

Рисунок 2. Организация генов биоминерализации магнетосом в магнетосомальных геномных островах различных МТБ. Буквами обозначены гены mam (напр. А - mamA)

Из литературных источников известно, что именно делеция MAI, целиком или частично, является причиной появления спонтанных немагнитных мутантов у различных штаммов МТБ. Потеря магнитного фенотипа у АМВ-1 связана с утратой MAI. Ранее был продемонстрирован механизм вырезания MAI у M. magneticum с участием интегразы ХегС по фланкирующим остров прямым повторам (Рисунок 3) ( Fukuda et al., 2006).

| «________WBiiraunfe retía»______»

Wl génome -1>--------{>

Magnetospirillum mogneticum ЛМВ-1

=3-4-4-

■a o i <Di

Magnetospirillum sp.SO-1 *"

«i а<и

Рисунок 3. Схема удаления магнетосомального геномного острова.

Но, в результате сравнительного геномного анализа, нами было установлено, что в геноме SO-1 один из повторов не граничит с MAI, а был выявлен в отдельном контиге, не входящем в состав геномного острова. Более того, непосредственно к MAI примыкает участок не менее 70 ООО п.н. длиной, содержащий гены основного метаболизма (к примеру метаболизма азота - norC, norD, липидного обмена и др). Таким образом, было выдвинуто предположение, что транслокация второго прямого повтора является причиной повышенной стабильности магнитного фенотипа у SO-1, поскольку вырезание MAI и примыкающего к нему участка генома по прямым повторам будет приводить к гибели клетки. Такие свойства, как стабильная продукция магнетосом и высокая скорость роста делают штамм SO-1 привлекательным объектом для применения в биотехнологии.

3. Получение бактериальных магнетосом с иммобилизованными на поверхности

антителами.

Получение иммуноглобулинсвязывающих магнетосом включало 3 основных этапа:

1. Культивирование магнитотактической бактерии Magnetospirillum sp. SO-1 и выделение магнетосом с целостной мембраной.

2. Получение и экспрессия генетических конструкций, кодирующих гибридные иммуноглобулинсвязывающие белки и исследование их функциональной активности.

3. Интеграция гибридных белков в мембрану магнетосом и установление их способности неспецифически связывать антитела.

4. Получения магнетосом с целостной мембраной

Для последующей интеграции IgG-связывающих белков выделенные магнетосомы должны сохранить целостную липопротеиновую мембрану. Бактерии культивировали в 15 литровом ферментере в микроаэрофильных условиях в течение 4 дней. Осажденные клетки суспендировали в HEPES-буфере с рН=7.4, с добавлением этилендиаминтетрауксусной кислоты и фенилметилсульфонилфторида во избежание разрушения белков мембраны магнетосом клеточными протеазами. Для более эффективного разрушения бактериальных клеток применяли двукратную процедуру замораживания-оттаивания полученной суспензии. Окончательное разрушение клеток проводили при помощи ультразвукового дезинтегратора, озвучиванием в течение 10 минут. С целью избавления от клеточных остатков суспензию центрифугировали на низких оборотах. Надосадочную жидкость переносили в чистые пробирки и магнитную фракцию собирали на магнитном стенде. После чего препарат бактериальных наночастиц многократно промывали HEPES-буфером с нейтральным рН,

содержащим 200 мМ NaCl. С целью окончательного избавления от клеточных остатков, магнетосомы центрифугировали в 55% растворе сахарозы в течение 4 ч при 100 000g. Полученный препарат многократно промывали HEPES-буфером с нейтральным pH и хранили при +4°С. Чистоту препарата и целостность мембраны контролировали с помощью ПЭМ и АСМ. Поскольку кристаллы магнетита в магнетосомах являются постоянными сильными ферромагнетиками, нарушение целостности мембраны будет приводить к образованию агрегатов магнитных кристаллов. Поэтому отсутствие агрегатов магнетосом служило критерием сохранности мембраны магнетосом.

5. Проектирование и сборка генетических конструкций

Было осуществлено проектирование четырех генетических конструкций — mb, mbb, mzz и mistbb. В состав первых трех конструкций входила нуклеотидная последовательность, кодирующая мембранный белок Мат12 (МашС) магнетосом М. magnetotacticum. Белок Маш 12 имеет два трансмембранных домена и район между этими трансмембранными доменами, который находятся внутри магнетосомальных везикул. По результатам анализа данных секвенирования генома Magnetospirillum sp. SO-1, аминокислотная последовательность белка Мат12 данной бактерии идентична таковой у М. magnetotacticum. Короткий N-конец (11 аминокислот) и длинный С-конец (36 аминокислот), обращены в цитоплазму (Grimberg et al.). Ранее было показано, что Маш12 является эффективным якорным белком, поскольку наиболее распространен в мембране магнетосом, выдерживает триптический гидролиз и способен прочно удерживаться в мембране при различных условиях (Yoshino and Matsunaga, 2006). Генетическая конструкция mb содержала нуклеотидную последовательность, кодирующую гибридный полипептид, в котором бактериальный белок Mam 12 соединен С-концом через глицин-сериновый линкер с одним иммуноглобулинсвязывающим доменом В белка A S. aureus. Генетическая конструкция Mbb содержала два домена В, разделенные глицин-сериновым линкером, Mzz - два домена Z (модифицированного пептидного домена белка A S. aureus размером 58 аминокислотных остатков (Tashiro et al., 1997)). Наличие гибких глицин-сериновых линкеров помогает избежать потенциальных проблем с фолдингом гибридных белков. Генетическая конструкция mistbb представляла собой нуклеотидную последовательность, кодирующую мембраноактивный белок Mistic, соединенный через Gly-Ser линкер с двойным доменом В белка А из S. aureus. Mistic - интегральный мембранный белок Bacillus subtilis, состоящий из 110 аминокислотных остатков (13 кДа), мембраноактивен и способен автономно встраиваться в мембрану, минуя механизмы, задействованные для транспорта и интеграции других клеточных белков (Roosild et al., 2005). Генетические конструкции mb, mbb, mzz и

тг'йбб были получены с использованием разработанных праймерных систем и клонированы в экспресиионый вектор рЕТ23а(+) (Рисунок 4).

MkJ

Рисунок 4. Схема рекомбинантных плазмид (a) pET23a(+)/mb, (б) pET23a(+)/mbb, (в) pET23a(+)/mzz, (г) pET23a(+)/mistbb. GS - нуклеотидная последовательность, кодирующая глицин-сериновый шарнир; В - нуклеотидная последовательность, кодирующая домен В белка A; Z - нуклеотидная последовательность, кодирующая домен Z; Н6 -гексагистидиновый таг; ter - терминатор транскрипции.

Методом автоиндукции была проведена экспрессия полученных генетических конструкций. Для определения локализации целевого белка в клетке было проведено фракционирование клеточного лизата штамма-продуцента. Были исследованы фракции растворимых, нерастворимых и мембранных белков (Рисунок 5). Было обнаружено, что при температуре культивирования до 28°С включительно основная масса целевого белка находилась в мембранной фракции Наличие в составе химерных белков на С-концах дополнительной гексагистидиновой последовательности позволило использовать металло-хелат аффинную хроматографию (МХАХ) на Ni-NTA сефарозе (гесксагистидиновый таг имеет сродство к ионам никеля).

Рисунок 5. Электрофоретический анализ накопления белков Mb, Mbb, Mzz и Mistbb в клетках Е. coli BL-21(DE3). М - маркер молекулярной массы белка, фракции (I) растворимых белков, (2) нерастворимых белков, (3) мембранных белков. Полосы, соответствующие целевым белкам, указаны стрелкой.

Мембранная фракция была использована для серии экспериментов, направленных на оптимизацию условий МХАХ. Для солюбилизации гибридных белков, а также поддержания белков в растворимом виде использовали ионный детергент лаурилсаркозинат натрия. После того, как были подобраны оптимальные концентрации детергента и других компонентов буферов, с применением МХАХ были выделены гибридные белки Mb, Mbb, Mzz и Mistbb (Рисунок 6). Для избавления от имидазола, излишков солей и детергента применяли диализ через мембраны с размером отсечения 3 кДа в течение 4 ч при комнатной температуре на магнитной мешалке.

M Mb Mbb Mzz Mifilbb

19.4 кЛа

Рисунок 6. Электрофоретический анализ очищенных гибридных белков с помощью МХАХ. М - маркер молекулярной массы белка.

Для определения способности гибридных белков связывать иммуноглобулины, проводили ИФА. С инсулином человека, адсорбированным на поверхности лунок, связывали первичные антитела против инсулина, что обеспечивало однозначную ориентацию первичных антител. Гибридные белки, имеющие в своем составе иммуноглобулинсвязывающий домен, связывали Рс-фрагмент первичных антител. Результаты ИФА свидетельствуют о проявлении иммуноглобулинсвязывающей активности гибридными белками (Рисунок 7).

Рисунок 7. Результаты исследования IgG-связывающей активности гибридных белков Mb, Mbb, Mzz и Mistbb методом ИФА с ориентированными антителами.

Для определения уровня связывания антител гибридными белками была вычислена константа аффинности комплекса гибридного белка с антителом. В результате было показано, что белки Mbb, Mzz и Mistbb проявляют сравнимые уровни специфичности взаимодействия с антителами: Kaff (Mbb)=1.59±0.12 нМ, Kaff (Mzz)=1.44±0.16 нМ, Kaff (Mistbb)=1.53±0.11 нМ, тогда как константа аффинности между белком Mb и антителами отличалась от них существенно - Kaff (Mb)=4.83±0.34 нМ, что свидетельствует о более низком уровне специфичности взаимодействия.

На основании результатов ИФА был сделан вывод, что все модифицированные белки проявляют иммунноглобулинсвязывающую активность. Белки Mbb, Mzz и Mistbb связывали большее количество антител по сравнению с Mb, что подтверждает большую эффективность связывания с Fc-фрагментом антител двойного домена В и его синтетического аналога домена Z по сравнению с одиночным доменом В белка А. На основании полученных данных, для модификации поверхности магнетосом могут быть использованы гибридные белки, имеющие в своем составе в качестве якорного домена как белок мембраны магнетосом Маш 12. так и мембраноактивный белок Mistic. Для дальнейшей модификации магнетосом были выбраны белки с двойным доменом В белка А — Mbb и Mistbb.

6. Встраивание гибридных белков в мембрану магнетосом

Для определения способности гибридных белков МЬЬ и [\4istbb связывать 1«С после интеграции в мембрану магнетосом, был выбран способ встраивания, предложенный ранее (Ма1вш^а е1 а!., 2002), посредством ультразвуковой обработки смеси магнетосом с гибридным белком в присутствии 300 мМ ЫаС1. Иммуноглобулинсвязывающую активность магнетосом с интегрированными в мембрану гибридными белками МЬЬ и М18ЙзЬ определяли методом магнитного ИФА (Рисунок 8).

00«» '■4

1:4 1:2048 1:1024 1:512 1:258 1:128 1:64 1:32 1:16 1:8 1:4 Разведете 1дС

Рисунок 8. Результаты исследования иммуноглобулинсвязывающей активности магнетосом с интегрированными в мембрану белками МЬЬ и М1зЛ>Ь, полученные с использованием магнитного ИФА. Разведение 1: 1 соответствует 1 мкг/мл.

После интеграции оба белка сохраняли способность связывать антитела, но уровень встраивания белка МЬЬ был выше. Значения ОО450, при инкубировании интактных магнетосом с антителами, были очень низкими, что свидетельствует о незначительной неспецифической адсорбции антител на мембране магнетосом.

В серии предварительных экспериментов, используя магнитный ИФА, были определены факторы, влияющие на представленность гибридных белков в мембране магнетосом: рН. концентрация ЫаС1 и способ механического воздействия (интенсивное перемешивание или ультразвуковая обработка). Для выявления оптимального соотношения выявленных параметров был выбран метод анализа поверхности отклика (МАЛО) с использованием плана Бокса-Бенкена (Вегепга л а1., 2008). План Бокса-Бенкена с соответствующими параметрами представлен в Таблице 2.

Таблица 2. Матрица исследования для плана Бокса-Бенкена с реальными кодированными величинами

Уровень переменных

Параметры Код -1 0 1

рН А 5.0 8.0 11.0

№С1 (мМ) В 0 250 500

Озвучивание или интенсивное перемешивание (с) С 5 30 55

Способность комплекса БМЧ-МЬЬ и БМЧ-М1зЛЬ связывать определяли согласно плану Бокса-Бенкена методом магнитного ИФА, результаты которого представлены в Таблице 3.

Таблица 3. Матрица эксперимента по оптимизации интеграции гибридных белков в мембрану магнетосом с использованием плана Бокса-Бенкена и соответствующие экспериментальные данные.

Уровень переменных Результаты магнитного ИФА, ОВ450

А в с мьь/ озвучивание Mistbb/ озвучивание МЬЬ/ интенсивное перемешивание М1вЛЬ/ интенсивное перемешивание

1 0 1 0.365 0.208 0.598 0.994

1 0 -1 0.203 0.567 0.184 0.129

0 -1 1 1.132 0.168 1.158 0.779

-I 0 1 0.258 0.181 0.465 0.232

0 1 -1 0.982 0.160 0.681 0.297

-1 0 -1 0.841 0.167 0.469 0.134

0 0 0 0.441 0.296 0.752 1.066

1 1 0 0.206 0.570 0.242 0.634

-1 1 0 0.493 0.108 0.931 0.155

0 1 1 0.347 0.410 0.452 0.793

1 -1 0 0.319 0.377 0.961 0.240

0 0 0 0.548 0.157 0.874 0.808

0 -1 -1 0.708 1.010 0.536 0.371

0 0 0 0.473 0.256 0.840 0.817

-1 -1 0 0.258 0.439 0.168 0.265

При интеграции белка Mbb наиболее высокие значения OD450 наблюдали при следующих условиях: без добавления NaCl при рН=8.0 и интенсивном перемешивании или ультразвуковой обработки в течение 55 с. В случае интеграции Mistbb самое высокое значение OD450 было достигнуто при 5 с обработки ультразвуком без добавления NaCl при рН=8.0, и при 55 с перемешивания на вортексе при рН=11.0 в присутствии 250 мМ NaCl. По результатам реализации матрицы планирования эксперимента был проведен дисперсионный анализ полученных данных и предложены математические модели описывающие влияние анализируемых факторов на интеграцию гибридных белков (Таблица 4).

Таблица 4. Результаты регрессионного анализа экспериментальных данных

Белок/способ интеграции Уравнение регрессии Показатели значимости

МЬЬ/ озвучивание Y = 0.49-0.01A-0.05B-0.08C-0.27AZ+0.10B2+0.20C2-0.09A*B+ 0.19А*С-0.26В*С R2=0.9370

МЫЪЬ/ озвучивание Y = 0.24+0.10А-0.09В-0.12С-0.01А2+0.15В2+0.05С2+ 0.13А*В-0.09А*С+0.27В*С R2=0.9431

МЬЬ/ интенсивное перемешивание Y = 0.82-0.01 А-0.06В+0.10С-0.26 А2+0.02В2-0.13C2-0.37 А*В+ 0.10А*С-0.21В*С R2=0.9507

МгбЛЬ/ интенсивное перемешивание Y =0.90+0.15 А+О.ОЗВ+0.23С-0.38А2-0.19В2-0.14С2+ 0.13А*В+0.19А*С+0.02В*С R2=0.9560

Все четыре модели являются достоверными и величина Я2 для всех регрессионных моделей была выше 0.9. что свидетельствует о высоком уровне корреляции. По результатам МАПО были выбраны условия интеграции белков, при которых, согласно предложенной математической модели, будет наблюдаться наивысший уровень интеграции гибридных белков в мембрану магнетосом. Согласно математическим моделям, при интеграции посредством ультразвуковой обработки, наиболее высокий уровень интеграции белка МЬЬ будет происходить при рН = 5.97 в присутствии 500 мМ №С1, а белка КЛэйЛ при рН = 8,9 без добавления ЫаС1. Для обоих иммуноглобулинсвязываюгцих белков прогнозируемое оптимальное время воздействия ультразвуком составило 5 с. При интеграции гибридных белков путем интенсивного перемешивания были следующими: рН = 8.78 без добавления ЫаС1 для МЬЬ; рН = 9.48 в присутствии 323 мМ №С1 для М1зЛ>Ь. Прогнозируемое оптимальное время интенсивного перемешивания - 55с.

Для определения оптимальности предсказанных моделью параметров был проведен магнитный ИФА. Для сравнения были выбраны условия, при которых достигался максимальный уровень сигнала при реализации плана Бокса Бенкена. Наиболее высокие

значения ОО450 были получены при интеграции гибридных белков при параметрах, предсказанных в результате МАПО (Рисунок 9).

оавучнымие нртсироиии« омучяиит аортаксироиим«

Рисунок 9. Результаты иммуноглобулинсвязывающей активности магнетосом с интегрированными в мембрану белками Mbb и Mistbb, полученные с использованием магнитного ИФА.

Наиболее эффективным способом интеграции, по результатам магнитного ИФА, было интенсивное перемешивание. При оптимизированных параметрах, магнетосомы с белками Mbb и Mistbb. встроенными посредством интенсивного перемешивания, проявляли сравнимый уровень связывания антител (0,605 ± 0,020 для БМЧ-МЬЬ и 0,568 ± 0,021 для БМЧ-Mistbb). Поскольку в оптимальных условиях достоверного различия IgG-связывающей способности между магнетосомами с интегрированным белком Mbb и Mistbb не наблюдали, был сделан вывод о том. что оба белка могут быть использованы в качестве якорных доменов для модификации поверхности магнетосом in vitro.

Морфологию магнетосом анализировали с помощью АСМ на различных этапах их модификации. Интактные магнетосомы имели размер 45-55 нм в диаметре (Рисунок 10). После интеграции гибридных белков достоверного изменения размеров не наблюдалось, как

и ожидалось, что связано с небольшими размерами встраиваемых белков и их интеграции в мембрану.

а I ^ 1 р

1 1 ш ж 1

Рисунок 10. Изображения и поперечные топографические срезы, полученные с использование АСМ, (а) интактных магнетосом, (б) магнетосом с интегрированным в мембрану белком Mbb, (в) магнетосом с интегрированным в мембрану белком Mistbb.

После инкубирования модифицированных магнетосом с IgG их диаметр увеличивался до 70-80 нм, что, очевидно, связано с закреплением антител на поверхности магнетосом. На Рисунке 37 можно видеть и изменение морфологии магнетосом - поверхность стала бугристой. Отсутствие увеличения размеров и изменений в морфологии магнетосом, инкубированных с антителами свидетельствует об отсутствии неспецифической сорбции антител на мембрану магнетосом.

Рисунок 11. Изображения и поперечные топографические срезы, полученные с использование ACM, (a) IgG, (б) БМЧ-МЬЬ инкубированных с IgG, (в) BMH-Mistbb инкубированных с IgG, (г) интактных БМЧ.

С целью определения способности закрепленных на поверхности магнетосом антител связывать антиген на модифицированные магнетосомы иммобилизовали антитела против зеленого флуоресцентного белка (ОРР) и инсулина. Затем магнетосомы, с иммобилизованными на поверхности антителами, инкубировали с ядерным экстрактом клеток линии НЕК293, содержащим белок К^во, слитый с ОРР. После отмывки, размер магнетосом несущих антитела против ОРР увеличивался до 100-110 нм, а размер магнетосом с ^О против инсулина оставался неизменным (Рисунок 12), что свидетельствует о способности антител, иммобилизованных на поверхности модифицированных магнетосом. связывать антиген.

Рисунок 12. Изображения и поперечные топографические срезы, полученные с использование АСМ, модифицированных магнетосом инкубированных с ядерным экстрактом клеток НЕК293, содержащим белок Kaiso-GFP. (а) БМЧ-МЬЬ-anti-GFP IgG, (б) BM4-Mistbb-anti-GFP IgG. (в) БМЧ-МЬЬ-anti-insulin IgG, (г) BM4-Mistbb-anti-insulin IgG .

7. Определение стабильности модифицированных магнетосом

Магнетосомы с интегрированными в мембрану белками Mbb и Mistbb, хранили при +4 °С в течение 3 недель в фосфатном буфере. В течение этого периода модифицированные магнетосомы были протестированы на их способность связывать IgG с помощью магнитного ИФА, результаты которого представлены на Рисунке 13.

Рисунок 13. Результаты определения стабильности препарата модифицированных магнетосом методом магнитного ИФА.

Из полученных данных следует, что, при указанных выше условиях, модифицированные магнетосомы сохраняли стабильную ^С-связывающую активность до 14 дней хранения. Кроме того, не наблюдали достоверной разности в уровнях связывания между магнетосомами, несущими в мембране как белок МЬЬ, так и М^ШЬ. Снижение ^О-связывающей активности на 21 день хранения, предположительно, происходило вследствие деградации мембраны магнетосом.

выводы

1. На основе результатов секвенирования генома Magnetospirillum sp. SO-1 определена последовательность и структура геномного острова, ответственного за синтез магнетосом.

2. Показано, что магнетосомальный геномный остров Magnetospirillum sp. SO-1 имеет высокое сходство с MAI Magnetospirillum magneticum АМВ-1, но лишен одного из фланкирующих прямых повторов, что, предположительно, препятствует появлению мутантов с немагнитным фенотипом.

3. Отработан протокол получения препарата магнетосом с целостной мембраной для Magnetospirillum sp. SO-1.

4. Разработаны генетические конструкции для экспрессии и получены гибридные белки Mb, Mbb, Mzz и Mistbb. Белки Mbb, Mzz, Mistbb проявляли сравнимые уровни иммуноглобулинсвязывающей активности.

5. С использованием метода анализа поверхности отклика подобраны оптимальные условия для интеграции иммуноглобулинсвязывающих гибридных белков Mbb и Mistbb в мембрану магнетосом. Встраивание наибольшего количества функционально активных молекул белка Mbb происходило при интенсивном перемешивании суспензии магнетосом с белком при рН = 8.78, белка Mistbb - при интенсивном перемешивании при рН = 9.48, в присутствии 323 мМ NaCl.

6. По результатам магнитного ИФА, при оптимизированных параметрах, магнетосомы с интегрированными белками Mbb и Mistbb проявляли сравнимый уровень связывания антител. Показана возможность использования обоих белков (Маш12 и Mistic) в качестве якорных молекул для модификации поверхности магнетосом.

7. Разработан метод получения функционализированных магнетосом способных иммобилизовать на поверхности антитела класса G, которые могут быть использованы в диагностике и терапии. Полученный препарат магнетосом стабилен в течение 2 недель.

Список опубликованных работ по теме диссертации

В изданиях, рекомендованных ВАК:

1. Груздев Д.С., Дзюба М.В., Герасимов А.С., Кузнецов Б.Б. Получение и исследование активности модифицированных белков мембраны магнетосом // Прикладная биохимия и микробиология.-2013., .-Т. 49,-№ З.-С. 242-248.

2. Grouzdev D.S., Dziuba M.V., Sukhacheva M.V., Mardanov A.V., Beletskiy A.V., Kuznetsov B.B. & Skryabin K.G. Draft genome sequence of Magnetospirillum sp. strain SO-1, a freshwater magnetotactic bacterium isolated from the Orkhovka River, Russia // Genome announcements. — 2014.-T. 2. — №. 2.

3. D.S. Grouzdev, M.V. Dziuba, D.V. Kurek, A.I. Ovchinnikov, N.A. Zhigalova, B.B. Kuznetsov, K.G. Skryabin. Optimized Method for Preparation of IgG-binding Bacterial Magnetic Nanoparticles //PloS one. -2014. -T. 9. -№. 10. - C. el09914

Патенты:

1. Груздев Д.С., Дзюба M.B., Кузнецов Б.Б., Скрябин К.Г. Способ получения полифункциональных магнитных наночастиц на основе магнетосом бактериального происхождения // Патент № RU2012143841 от 15.10.2012

Тезисы конференций:

1. Груздев Д.С., Дзюба М.В. Модификация бактериальных магнитных наночастиц. Биология — наука XXI века: Материалы Международной конференции. Москва, 24 мая Б63 2012 г. // Ред. Р.Г. Василов. - М.: МАКС Пресс, 2012. - с. 201 -203

2. Груздев Д.С., Курек Д.В., Дзюба М.В. Получение иммуноглобулинсвязывающих бактериальных магнитных наночастиц // Тезисы VIII молодежной школа-конференции с международным участием: Актуальные аспекты современной микробиологии. Москва. 29-31 октября 2012 г. М.: МАКС Пресс, 2012. - с. 117-119.

3. Груздев Д.С., Дзюба М.В. Способ иммобилизацииантител на поверхности магнетосом. Материалы VII Московского Международного Конгресса «Биотехнология: Состояние и Перспесктивы Развития» 19-22 Марта 2013г. М: ЗАО «Экспо-биохим-технологии», РХТУ им. Д.И. Менделеева, 2013 — с. 92-93

4. D.S. Grouzdev, M.V. Dziuba, D.V. Kurek, A.I Ovchinnikov. The Method for Protein Display on the Surface of Bacterial Magnetic Nanoparticles // Proceedings of the International Conference Nanomaterials: Applications and Properties Vol. 2 No 4, 04NABM27 (3pp) (2013)

5. Д.С. Груздев, М.В. Дзюба, Б.Б. Кузнецов, К.Г. Скрябин. Магнитные наночастицы биологического происхождения для диагностики и терапии // Наука и общество. Новые

технологии для новой экономики России: тезисы секционных докладов Санкт-Петербургского научного форума. - СПб.: Изд-во Политехи. Ун-та, 2013. - 144-145.

6. D.S. Grouzdev, M.V. Dziuba, M.V. Sukhacheva, V.V. Kozyaeva, B.B. Kuznetsov. Genome analysis of the freshwater magnetotactic bacterium Magnetospirillum caucasicum SO-1. // Abstract of 4th International Meeting on Magnetotactic Bacteria MTB2014, Rio de Janeiro, September 15-18, 2014, p. 28

7. M.V. Dziuba, V.V. Koziaieva, D.S. Grouzdev, B.B. Kuznetsov. Taxonomic description of three novel freshwater magnetotactic spirillae isolated from distinct geographical points of Russia // Abstract of 4th International Meeting on Magnetotactic Bacteria MTB2014, Rio de Janeiro, September 15-18, 2014, p. 28

Подписано в печать 25.08.2014 г. Формат А5 Бумага офсетная. Печать цифровая. Тираж 100 Экз. Заказ № 1981-8-14 Типография ООО "Ай-клуб" (Печатный салон МДМ) 119146, г. Москва, Комсомольский пр-кт, д.28 Тел. 8-495-782-88-39