Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему

Молекулярные механизмы специфичности действия РНК-деполимераз

ВАК РФ 03.00.03, Молекулярная биология

Содержание диссертации, доктора химических наук, Яковлев, Геннадий Иванович

1. Введение.

2. Структурно-функциональная организация активных центров РНК-деполимераз

Литературный обзор). ii

2.1. Пиримидинспецифичные РНКазы. РНКаза А. ii

2.1.1. Субстраты РНКазы А и стереохимия их ферментативного гидролиза.

2.1.2. Исследование пространственной структуры комплексов РНКазы А с аналогами субстратов методом рентгеноструктурного анализа.

2.Т.З. Теоретические расчеты структур фермент-субстратных комплексов и анализ механизма действия РНКазы А.

2.1.4. Исследование структуры комплексов

РНКазы А с аналогами субстратов методами ядерного магнитного резонанса.

2.2. Гуанилспецифичные РНКазы.*.

2.3. Неспецифичные РНКазы.

2.4. Нуклеазы.

2.5. Природа специфичности РНК-деполимераз.

3. Структура фермент-субстратных комплексов пиримидинспецифичной РНКазы А в растворе.

3.1. Топохимические особенности строения активного центра РНКазы А в растворе.

3.2. Структура и свойства комплексов РНКазы А с пиримидиновыми нуклеотидами.

3.3. Взаимодействие РНКазы А с пуриновыми нуклеотидами. ЮЗ

3.4. Определение конформации мононуклеотидов, фиксированных в активном центре РНКазы А.

3.5. Изучение конформации пиримидиновых нуклеозид-2,3-циклофосфатов в ферментсубстратных комплексах.

3.6. Структура комплексов РНКазы А с динук-леозидфосфатами.

3.7. Динамика образования фермент-субстратного комплекса.

3.8. Термодинамика образования комплексов

РНКазы А с нуклеотидами.

3.9. Динамическая модель продуктивного фермент-субстратного комплекса.

4. Структура активных центров гуанилспецифичных

РНКаз и их комплексов с нуклеотидами.

4.1. Гуанилспецифичная РНКаза из гриба P-e.Kid'iLum

4.2. Гуанилспецифичная РНКаза из гриба Р-егис i^lur*

4.3. РНКаза bacii&ts irit&rmedius 4P.

5. Исследование механизма действия неспецифичной РНКазы из гриба Pexie!-irevicD/npaciruw.

6. Топохимические аспекты структуры активного центра нуклеазы Si.

7. Кинетическая специфичность РНК-деполимераз.

7.1. Кинетическая специфичность РНКаз в реакциях гидролиза нуклеозид-2,3-циклофосфатов.

7.2. Вторичная специфичность РНК-деполимераз в реакциях расщепления однонитевых РНК.

7.3, Действие РНК-деполимераз на двуспиральные РНК.

ВЫВ0.1Щ.

Заключение Диссертация по теме "Молекулярная биология", Яковлев, Геннадий Иванович

- 267 -ВЫВОДЫ

1. Исследована структура комплексов пиримидинспецифичной РНКазы А с нуклеотидами в растворах. Определены константы ионизации гистидиновых остатков активного центра фермента в комплексах и их положение относительно фрагментов субстрата. Показано, что пиримидиновые нуклеотиды связываются в активном центре в ан-тиконформации благодаря образованию водородных связей между пири-мидиновым основанием и определенными группами белка. Определяющий вклад в фиксацию основания принадлежит водородной связи между бежом и 2-кето-группой пиримидинового кольца. В комплексах РНКазы А с производными уридина основание существует в лактамной и лактимной формах. Скорость ферментативного гидролиза уридинсо-держащих субстратов определяется соответствующим значением для лактимной формы. Не существует стерических ограничений для связывания пуриновых нуклеотидов в син-конформации в пиримидинсвя-зывающем центре РНКазы А. Однако их сродство к этому центру низкое. Комплексеобразование динуклеозидфосфатов с ферментом сопровождается специфическим связыванием оснований обоих нуклеозидов и фосфатной группы. Формирование комплекса является многостадийным процессом. Связывание очередного фрагмента субстрата приводит к перераспределению энергии взаимодействия с бежом между ранее связанным и вновь фиксируемым на данной стадии фрагментом субстрата. Поэтому термодинамические параметры комплексообразо-вания не являются аддитивными составляющими вкладов, соответствующих взаимодействию отдельных фрагментов субстрата с бежом.

2. Исследована структура комплексов с нуклеотидами гуанил-специфичных РНКаз микроскопических грибов 7 ^скуитги и Р-е.пл а / -^¡игш ^Ый¡еопрас^т и спорообразутощих бактерий ЬльМ-иь 1у>1£Г7пе^1'и& . Определены константы ионизации ионогенных групп активных центров этих ферментов и их положение относительно трансформируемых групп субстрата. Показано, что ком-плементарность исследованных РНКаз и гуаниловых нуклеотидов обусловлена образованием водородных связей между белком и амидным фрагментом пиримидинового кольца гуанинового основания и связыванием нуклеотида в анти-конформации. Определяющим условием создания необходимой для протекания каталитической реакции взаимной ориентации реагирующих групп субстрата и каталитических групп фермента является образование водородной связи между определенной протон од онорн ой группой бежа и 6-кето-группой гуанилового основания. В случае РНКазы 1п~&]гт-ес//из э кроме водородных связей основания, сопоставимый вклад в свободную энергию связывания с белком основания нуклеотида принадлежит гидрофобным взаимодействиям, Вследствие этого РНКаза В. $ проявляет менее выраженную специфичность к гуаниловым нуклеотидам при гидролизе.по ли нуклеотидов, чем другие гуаниловые РНКазы.

3. Проведено изучение механизма действия неспецифичной к гетероциклическим основаниям субстратов РНКазы Р. ЗЪ-е^сомра^иоп- . Выявлены ионогенные группы фермента, участвующие в гидролизе меж-нуклеотидной фосфодиэфирной связи. Гидролиз субстратов, содержащих как пуриновые, так и пиримидиновые нуклеозиды, осуществляется с участием одних и тех же каталитических групп фермента. Пуриновые и пиримидиновые основания нуклеозидов, определяющих положение фосфодиэфирного фрагмента относительно каталитических групп РНКазы Р. 4te.it ¡сотрасУитп, фиксируются в цродуктивном фермент-субстратном комплексе в одном и том же участке активного центра. Их связывание с белком определяется гидрофобными взаимодействиями и водородными связями гетероатомов, изостерически расположенных по отношению к фосфорибозильному фрагменту нуклеотида, а именно атома л/3 пуринового и атома кислорода 2-кето-группы пиримидинового основания.

4. Проведено изучение механизма действия нуклеазы . Показано, что при расщеплении межнуклеотидной связи в.активном центре фиксируется не менее двух нуклеозидных звеньев. Необходимая ориентация реагирующих групп субстрата и фермента достигается I при фиксации нуклеозида, расположенного на 03 -конце расщепляемой связи, в комплементарном ему участке активного центра. Фос-, фатная группа, наиболее вероятно, взаимодействует с ионом цинка. Это же взаимодействие определяет скорость диссоциации продукта. Диссоциация продукта является стадией, лимитирующей общую скорость реакции. Обнаружено, "чя?о нуклеаза ^ , кроме гидролиза межнуклеотидной связи, способна катализировать отщепление неорганиI ческого фосфата у нуклеозид-3 -фосфатов. Обе реакции протекают со сравнимыми по величине.скоростями и катализируются одними-и теш же группами фермента. Оптимум рН для обеих реакций определяется ионогенными группами нуклеазы с рК 4,£¿0,2 и 6,0^0 Д. Одна из этих групп активирует молекулу воды при нуклеофильной атаке ею атома фосфора, а вторая протонирует уходящую группу.

5. Обнаружено,что в ряду субстратов при гидролизе нуклеозид-2' ,з'-циклофосфатов. какой-либо из РНКаз логарифмы констант ско- . ростей и констант Михаэлиса связаны линейными отношениями.Это означает,что изменение свободной энергии связывания субстрата,вызванное варьированием структуры гетероциклического основания нук / леоз]вд-2,3-циклофосфатов,сопровождается пропорциональным более значительным изменением свободной энергии связывания ферментом промежуточного соединения.Феноменологическая такая взаимосвязь является следствием существования напряжения в фермент-субстратном комплексе,свободная энергия которого пропорциональна свобод

1 / ной энергии взаимодействия основания нуклеозид-2,3-циклофосфата с белком.Этот эффект определяет специфичность РНКаз к природе осно / ваний нукле озид-2,3-циклофосфат ов.

6. Экспериментально обосновано, что при расщеплении межнук-леотидной связи под действием РНК-деполимераз гоосфодиэфирный фрагмент фиксируется в фермент-субстратном комплексе в определенной конформации, при которой энергия расщепляемой связи, зависящая от ориентации орбиталей неподеленных пар электронов эфирных атомов кислорода, оказывается минимальной. Значения двугран-1111<1 / ных углов СЗ-ОЗ-Р-05 и 03-Р-05-С5 при расщеплении Р-05 -связи, осуществляемом циклизующими РНКазами, оказываются примерно равными +60° и 0° соответственно. Те же двугранные углы при расщеп! лении 03 -Р-связи, производимом нуклеазой ь^ , дожны принимать значения соответственно 0° и -60°. Фиксация расщепляемого фосфо-диэфирного фрагмента однонитевых РНК в высокореакционной конформации в фермент-субстратном комплексе достигается благодаря специфичному связыванию оснований нуклеозидов на его концах. Это и определяет специфичность РНК-деполимераз к природе указанных оснований.

Гидролиз двуспиральных РНК под действием циклизующих РНКаз осуществляется благодаря тому, что определенная часто нуклеозидов из-за равновесных флуктуаций находится в открытом состоянии.

Ферментативное расщепление межнуклеотидной связи происходит при специфичном связывании этих нуклеозидов в 03 -нуклеозидсвязываю-щем участке активного центра. Необходимое для протекания реакции г / / значение угла 03-Р-05-С5 достигается стохастически.

Устойчивость двуспиральных полинуклеотидов к действию нук-леазы % обусловлена тем, что существование для них двугранных углов СЗ-ОЗ-Р-05 с близкими к нулю значениями, необходимыми для образования продуктивного фермент-субстратного комплекса, запрещено.

Библиография Диссертация по биологии, доктора химических наук, Яковлев, Геннадий Иванович, Москва

1. Datta А.К., Njyogi S.K. Biochemistry and physiology of bacterial ribonucleases. - Progr. Nucl. Acid. Res. and Mol. Biol., 1976, v.17, p.271-308.

2. Блехман Г.И. Новое о структуре и действии РНКаз. Успехи современной биологии, 1985, т.95, выпуск 2, с.181-193.

3. Баев А.А. Нуклеазы как реагенты. В кн.: "Нуклеазы", Москва; Медицина, 1968, с. 164-194-.

4. Raj Bhandary TJ.L., Lockard R.L., Wurst-Reilly R.M. Use of Nucleases in RNA sequence and structural analyses. In: "Nucleases", Eds. Linn S.M., Boberts R.J. Cold Spring Harbor -New York: Cold Spring Harbor Laboratory, 1982, p.275-289.

5. Шапот B.C. Применение нуклеаз в медицине. В кн.: "Нуклеазы", Москва, Медицина, 1968, с.195-197.

6. Atkinson Т., Hammond P.M., Hartwell D.R., ScawenM.D., Sherwood R.F., Prise C.P. The application of microbial enzymes in drug assays. Trends in Bioch. Sci,, 1982, v.7, N4, p. 126-127.

7. Беляева М.И., Нужина A.M. Нуклеодиполимеразы бактерий и их противоопухолевое действие. В сб.: Бактериальные нуклеазы и их действие на опухолевый рост, йзд-во Казанского Гоо.Университета, 1969, с.49-78.

8. Максимович М.Б., Парфьонова М.С., Зацепин M.I. Вируси i нуклеази. Мд.кробиологичний журнал, 1977, т.39, №1, с. 116123.

9. Tamowski G.S., Kassel R.X., Mountain I.M., Blacbum P., Y/ilson G., Viang D. Comparison of antitumor activities of pancreatic ribonuclease and its cross linked dimer. Cancer

10. Research, 1976, v.36, И (part I ), p.4074-4078.

11. Алексеева И.И., Куриненко Б.М., Клейнер Г.И., Скуя А.Ж., Пензикова Г.А., Орешник М.Г. Сравнительное изучение противовирусной активности панкреатической и микробных РНКаз. -Антибиотики, 1981, №7, с.527-532.

12. Barnard Е.А. Ribonuclease. Ann. Rev. Biochem., 1969, v.38, p.677-732.

13. Волькенштейн M.B. Биофизика. Москва:Наука, 1981, c.198-202.

14. Ламри Р., Билтонен Р. Термодинамические и кинетические аспекты конформации белков в связи с биологическими функциями.

15. В кн.: Структура и стабильность биологических макромолекул. Москва: Мир, 1973, с.7-173.

16. Westheimer F.H. Pseudo-rotation in the hydrolysis of phosphate esters. Acc. Chem. Res., 1968, v.1, N1, p.70-78.

17. Bencovic S.J*, Schray K.J. Chemical basis of biological phos-phoryl transfer. In: The Enzymes. Ed. Boyer P.D., N.Y.: Acad. Press, 1973, v.8, p.201-238.

18. Bencovic S.J., Schray K.J. The mechanism of phosphoryl transfer. In: Transition states of biochemical processes. Eds. Gandover 2.D., Schowen R.L., New York, London: Plenum Press, 1978, p.493-527.

19. Sigal I», Westheimer F.H. Phosphoranes as intermediates in the acid hydrolysis of acyclic phosphonate esters: evidence from oxygen exchange. J. Amer. Chem. Soc., 1979i v.101, КЗ, p.752-754.

20. Smyth D.C., Stein W.H., Moor S. The sequence of amino acid residues in bovine pancreatic ribonuclease: revisions and confirmations. J. Biol. Chem., 1963, v.238, N1, p.227-234.

21. Be interna J.J., Gruber M. Amino acid sequence in rat pancreatic ribonuclease. Biochem. et Biophys. Acta, 1967, v.147, N3, p.612-614.

22. Jacson R.L., Hire C.M.W. The primary structure of porcine pancreatic ribonuclease. J. Biol. Chem., 1970, v.245, N2, P.637H653.

23. Kobayashi R., Hirs C.M.W. The amino acid sequence of ovine pancreatic ribonuclease A. J. Biol. Chem., 1973, v.248, N12, p.7833-7837.

24. Stewart G.R., Stevenson K.J. The isolation and partial characterisation of ribonuclease A from Bison bison. Biochem. J., 1973, v.135, N2, p.427-441.

25. Zwiers H., Scheffer A.J., Beintema J.J. Amino acid sequence of red deer and roe deer pancreatic ribonucleases. Eur. J. Biochem., 1973, v.36, N2, p.569-574.

26. Wierenga B.U., Huizinga J.D., Gaastra W., Welling C.W., Beintema J.J. Affinity chromatography of porcine pancreatic ribonuclease and reinvestigation of the N-terminal amino acid sequence. EEBS Itetters, 1973, v.31, N2, p.181-185.

27. Scheffer A.J., Beintema J.J. Horse pancreatic ribonuclease. Eur. J. Biochem., 1974, v.46, N1, p.221-233.

28. Welling G.W., Groen G., Gabel D., Gaastra W., Beintema J.J. The preparation and primary structure of S-peptides from different pancreatic ribonuclease. EEBS Letters, 1974, v.40, N1, p.134-138.

29. Gaastra W., Groen G., Welling G.W., Beintema J.J. The primary structure of giraffe pancreatic ribonuclease. EBBS Letters, 1974, v.41, N2, p.227-232.

30. Groen G., Welling G.W*, Beintema J.J. The amino acid sequence of gnu pancreatic ribonuclease. EEBS Letters, 1975, v.60, N2, p.300-304.

31. Van den Berg A., Beintema J.J. Nonconstant evolution rates in pancreatic ribonucleases from rodent. Amino acid sequence of guinea pig, chinchilla and coypu ribonucleases.

32. Nature, 1975, v.253, N3, p.207-210.

33. Beintema J.J. Primary structures of pancreatic ribonucleases from Bovidae Impala, Thomson's gazelle, nilgai and water buffalo. Biochim. et Biophys. acta, 1980, v.621, N1,p. 89-103.

34. Jamada T., Nekazawa Y., Ukita T. Comparison of the primary structure of whale pancreatic ribonuclease A. J. Biochem. (Tokyo), 1974, v. 75, N1, p.153-164.

35. Kichards P.M., Wichoff H.W. Bovine pancreatic ribonuclease.- In: The Enzymes, 3rd Ed., ed. Boyer P.D., N.Y.: Acad.Press, 1971, p.647-806.

36. Imura N., Irie M., Ukita T. Enzymatic depolymerization of polyadenylic acid by bovine pancreatic ribonuclease-A. -J. Biochem. (Tokyo), 1965, v.58, N3, p.264-272.

37. Witzel H. The function of the pyrimidine base in the ribonuclease reaction. In: Progr. in Nuclear Acid Research. Eds. Davidson J.N., Cohn W.E. New York and London: Acad. Press, 1963, N2, p.221-258.

38. Blackburn P., Moore S. Pancreatic ribonuclease. In:

39. The Enzymes, Ed. P.D. Boyer, N.Y. London, Acad. Press, 1982,v.15, part B, p.317-433.

40. Gassen M.G., Witzel H. Zusl Mechanisms der Ribonuclease

41. Czen W., Shugar D. A note on the stability of pyrimidine nucleoside cyclic phosphate methyl esters and the mode of action of ribonuclease. Acta biochemica Polonica, 1962, v.9, N2, p.131-135.

42. Folman H., Wicker E.J., Witzel H. Zum Mechanismus der ribo-nuclease Reaktion. 2. Die Forordnung im Substrat als geschwindigkeitsteigernder Faktor bei Dinukleosidphosphaten und Analogen Verbindungen. Eur. J. Biochem., 1967t v.1, N2, p.243-250.

43. Benz F.W», Roberts G.C.K. The interaction of nucleotides with bovine pancreatic ribonuclease. In: Physico-chemical properties of nuclei acids. Ed. Duchense J. N.Y.: Acad.Press, 1973, v.3» p,77-138.

44. Herries D.G., Mathias A.P., Rabin B.R. The active site and mechanism of action of bovine pancreatic ribonuclease. 3« The pH-dependence of the kinetic parameters for the hydrolysis of citidine 2»,3«-phosphate. Biochem. J., 1962, v.85,1. H1, p.'127-134.

45. Findlay D.F., Herries D.G., Mathias A.P., Rabin B.R., Ross C.A. The active site and mechanism of action of bovine pancreatic ribonuclease. 4. The activity in inert organic solvent and alcohols, Biochem. J., 1962, v.85, N1, p.134-139.

46. Findlay D.F., Mathias A.P., Rabin B.R. The active site and mechanism of action of bovine pancreatic ribonuclease. 5. The charge types at the active center. Biochem. J., 1962, v.85, N1, p.139-144.

47. Findlay D., Herries D.G., Mathias A.P., Rabin B.R., Ross C.A. The active site and mechanism of action of bovine pancreatic ribonuclease. 7. The catalytic mechanism. Biochem. J., 1962, v.85, N1, p. 152-153.

48. Usher D.A., Erenrich E.S., Eckstein F. Geometry of first step in the action of ribonuclease A. Proc. Nat. Acad. Sci. USA, 1972, v.60, N1, p.115-118.

49. Eckstein F., Saenger W., Suck D. Stereochemistry of the transesteificatian step of pancreatic ribonuclease. Bioch. Biophys. Res. Communs., 1972, v.46, N2, p.964-971.

50. Burgers P.M.J., Eckstein F. Diastereomers of 5f-0-adenosyl 3,-0-uridyl phosphorothionatej chemical synthesis and enzymatic properties. Biochemistry, 1979, v.18, N4, p.592-596.

51. Knowles J.R. Enzyme-catalyzed phosphoryl transfer reactions. 'Ann. Rev. Biochem., 1980, v.49, p.877-919.

52. Richards F.M., Vithayathil P.J. The preparation of subtili-sin-modified ribonuclease and the separation of the peptideand protein components. J* Biol. Chem., 1959» v.234, N7» p.1459-1465.

53. Tokahashi T., Irie M., Ukita T. A comparative study on enzymatic activity of bovine pancreatic ribonuclease A, ribo-nuclease S-and ribonuclease S1. J. Biochem. (Tokyo), 19^9» v.65, N1, p.55-62.

54. Wyshoff H.W., Tsernoglau D., Hanson A.W., Knox J.R., Lee B., Richards F.M. The three-dimensional structure of ribonuclease S. Interpretation of an electron density map of a nominal resolution of 2 A. J. Biol. Ohem., 1970, v.245, N2, p.305-328.

55. Richards F.M., Wyckoff H.W., Carlson W.D., Allewell N.M., Lee B., Mitsui Y. Protein structure, ribonuclease-S and nucleotide interactions. Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol., 1971, v.36, p.35-43.

56. Richards F.M., Wyckoff H.W., Allewell N. The origin of specificity in binding: A detailed example in a protein-nucleic acid interaction. In: The neurosciences. N.Y.: Rockfeller University Press, 1970, p.901-917

57. Richards F.M., Wyckoff H.W. Atlas of molecular structure in biology. I. Ribonuclease-S. Eds. Phillips D.C., Richards F.M., Oxford: Clarendon Press, 1973.

58. Allwell N.M., Mitsui Y., Wyckoff H.W. X-ray diffraction studies of E-41-dinitrophenyl-ribonuclease-S. J.Biol. Chem., 1973, v.248, N15, p.529I-5298.

59. Carlisle C.H., Palmer R.A., Mazumdar S.K., Gorinsky B.A., Yeates D.G.R. The structure of ribonuclease at 2,5 Angstrom resolution. J.Mol.Biol., 1974, v.85, N1, p.1-18.

60. Wodak S.Y., Liu M.Y., Wyckoff H.W. The structure of cyti-dilye (21,5' )adenosine when bound to pancreatic ribonuc-lease S. J.Mol.Biol., 1977, v.116, N4, p.855-875«

61. Павловский А.Г., Борисова C.H., Вагин А.А., Карпейский М.Я. Структура комплексов рибонуклеазы S с пиримидино-вьши нуклеотидами. Биоорг. химия, 1977, т.З, №10, с.1378-1385.

62. Pavlovslcy A.G., Borisova S.N., Borisov V.V., Antonov I.V.,

63. Karpeisky M.Ya. The structure of the complex of ribonucleoase S with fluoride analogue of UpA at 2.5 A resolution. -EEBS Letters, 1978, v.92, N2, p.258-262.

64. Wlodawer A., Sjolin L. Orientation of histidine residues in RNase A: neutron diffraction study. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1981, v.78, N5, p.2853-2855.

65. Wlodawer A., Bott R., Sjolin L. The refined crystal strucoture of ribonuclease A at 2.0 A resolution. J.Biol.Chem., 1982, v.257, N3, p.1325-1332.

66. Borkakoti N., Moss D.S., Palmer R.A. Ribonuclease-A: leastosquares refinenment of the structure at 1.45 A resolution, -Acta Cryst., 1982, v.B38, part 8, p.2210-2217.

67. Borkakoti N. The active site of ribonuclease A from the crystallоgraphic studies of ribonuclease-A-inhibitor complexes. Bur. J. Biochem., 1983, v.132, N1, p.89-94.

68. Липкннд Г.М., Карпейский М.Я. Теоретический конформацион-ный анализ уридин-2*3*-циклофосфата и его нековалентного комплекса с рибонуклеазой S. Доклады АН СССР, 1975, т.224, №5,0.1212-1216.

69. Липкинд Г.М. Теоретический конформационный анализ уридина и уридин-3*-фосфата и их невалентных комплексов с рибонуклеазой S. Биоорг.химия, 1976, т.2, №6, с.Ш7 - II2I.

70. Липкинд Г.М., Карпейский М.Я. Теоретический анализ связывания метильных производных урацила в контантном участке активного центра рибонуклеазы s. Мол. биол., 1976, т.10, №2, с.395-402.

71. Липкинд Г.М., Карпейский М.Я. Теоретический конформационный анализ уридин-2',3'-циклооксифосфата и его невалентного комплекса с рибонуклеазой s . Мол. биол., 1978, т.12, №2, с.282-289.

72. Липкинд Г.М., Карпейский М.Я. Теоретический конформационный анализ аденозина и его невалентных комплексов с рибонуклеазой S. Доклады АН СССР, 1979, т.244, №б, C.I5G0-I504.

73. Липкинд Г.М., Карпейский М.Я. Теоретический конформационный анализ невалентных комплексов пуриновых нуклеотидов с рибонуклеазой s . Мол. биол., 1982, т.16, №4, с.712-719.

74. Deakyne С.A., Allen L.C. Hole of active-site residues in the catalytic mechanism of ribonuclease A. J. Amer. Chem. Soc., 1974, v.101, N4, p.3951-3959.

75. Holmes R.R., Deiters J.A., Gallucci J.C. Computer simulation of ribonuclease action on uridylyl-(3,-5t )-adenosine. -J. Amer. Chem. Soc., 1978, v.100, N23, p.7393-7402.

76. Saunders M., Wishnia A», Kirkwood J.G» The nuclear magnetic resonance spectrum of ribonuclease. J. Amer. Chem. Soc», 1957, v.79, N12, p.3289-3290.

77. Jardetzky 0., Jardetzky C.D. An interpretation of the proton magnetic resonance spectrum of ribonuclease. J. Amer. Chem. Soc., 1957, v.79, N19, p.5322-5323.

78. Meadows D.H., Markley J.L., Cohen J.C., Jardetzky 0. Nuclear magnetic resonance studies of the structure and binding sites of enzyme. 1. Histidine residues. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1967, v.58, N4, p.1307-1313.

79. Meadows D.H., Jardetzky 0», Epand R.M., Ruterjans H.H., Scheraga H.A. Assignment of the histidine peaks in the nuclear magnetic resonance spectrum of ribonuclease. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1968, v.60, N3, p.766-772.

80. Meadows D.H., Jardetzky 0. Nuclear magnetic resonance studies of the structure and binding sites of enzymes. IV. Cyti-dine 3'-monophosphate binding to ribonuclease. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1968, v.61, N2, p.406-413.

81. Anderson D.G., Hammes G.G., Walz F.G. Binding of phosphate ligands to ribonuclease A. Biochemistry, 1968, v.7, N5, p.1637-1645.

82. Cathon R.E., Hammes G.G. Relaxation spectra of ribonuclease. III. Further investigation of the interaction of ribonuclease and cytidine-3'-phosphate. J. Amer. Chem. Soc., 1965» v.87, N21, p.4674-4680.

83. Meadows D.H., Roberts G.C.K., Jardetzky 0. Nuclear magnetic resonance studies of the structure and binding sites of enzymes. VIII. Inhibitor binding to ribonuclease. J.Mol. Biol., 1969, v.45, N2 , p.491-511.

84. Roberts G.C.K., Dennis E.A., Meadows D.H., Cohen J.S,, Jardetzky 0. The mechanism of action of ribonuclease. -Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1969, v.62, N4, p.1151-1158.

85. Ruteroans H., Witzel H. NMR-Studies on the structure of active site of pancreatic ribonuclease A. Eur. J. Biochemistry, 1969, v.9, N1, p.118-127.

86. Benz F.W., Roberts G.C.K., Feeney J., Ison R.R., Proton spin-lattice relaxation studies of the histidine residues of pancreatic ribonuclease. Biochim.Biophys. Acta, 1972, v.278, N2, p.233-238.

87. Bradbury J.H., Chapman B.E. Assignment of the C-2 histidine proton magnetic resonances of ribonuclease-A. Biochem. Biophys. Res. Commun., 1972, v.49, N4, p.891-897.

88. Shrager R.I., Cohen J.S., Heller S.R., Sachs D.H., Schechter A.N. Mathematical model for interaction groups in nuclear magnetic resonance titration curves. Biochemistry,1972, v.11, N4, p.541-547.

89. Schechter A.N., Sachs D.H., Heller S.R., Shrager R.I. Nuclear magnetic resonance titration curves of histidine ring protons. III. Ribonuclease. J. Mol. Biol., 1972,v.71, N1, p.39-48.

90. Sacharovsky V.G., Chervinl.I., Jakovlev G.I., Dudkin S.M., Karpeisky M.Ya., Shliapnikov S.V., ^ystrov V.F. Proton magnetic resonance studies of des-(121-124)-ribonuclease A. -EEBS Letters, 1973, v.33, N3, p.323-326.

91. Patel D.W., Woodward O.K., Bovey F.A. Proton nuclear magnetic resonance studies of ribonuclease A in HgO. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1972, v.69, N3, p.599-602.

92. Griffin J.H., Cohen J.S., Schechter A.N. The assignment of an exchangeable low-field NH proton resonance of ribonuclease A to the active-site histidine-119. Biochemistry,1973, v.12, N11, p.2096-2099.

93. Griffin J.H*, Schechter A.N., Cohen J.S. Nuclear magnetic resonance studies of a ribonuclease-dinucleoside phosphate complex and their implications for the mechanism of the enzyme. Ann. New Tork Acad. Sci., 1973, v.222, N3, p.693-707.

94. Usher A.A., Dennis E.A., Westheimer F.H. Calculation of the bond angles and conformation of methyl ethylen phosphate and related compounds. J. Amer. Chem. Soc., 1965, v.87, N11, p.2320-2321.

95. Haar W., Thompson J.C., Maurer W., Riiterjans H. Investigatian of nucleoside ribonuclease-A complexes with high-re-31solution J P-nuclear-magnetic-resonance spectroscopy. -Eur. J. Biochem., 1973, v.40, N2, p.259-266.

96. Freedman M.H.t Lyerla J.E., Chaiken I.M., Cohen J.S. Car-Ъоп-13 nuclear-magnetic-resonance studies on selected amino acids, peptides, and proteins. Eur. J. Biochem., 1973, v. 32, N1, p.215-226.

97. Chaiken I.M., Cohen J.S., Sokoloski E.A. Microenvironment13of histidine 12 in ribonuclease-S as detected by ^C nuclear magnetic resonance. J. Amer. Chem. Soc., 1974, ivf.96f N14, p.4703-4705.

98. Дудкин C.M., Карпейский М.Я., Сахаровский В.Г., Яковлев

99. Г.И. О конформации активного центра рибонуклеазы А в растворе. Доклады АН СССР, 1975, т.221, №3, с.740-743.

100. Patel D.W., Canuel L.L., Bovey F.A. Reassignment of the active site histidines in ribonuclease A by selective deuteration studies. Biopolymers, 1975, v.14, N5, p.987-997.

101. Markley J.L. Correlation proton magnetic resonance studies at 250 MHZ of bovine pancreatic ribonuclease. 1. Reinvestigation of the histidine peak assignments. Biochemistry, 1975, v.14, N16, p.3546-3554.

102. Shindo H., Hayes M.B., Cohen J.S. Nuclear magnetic resonance titration curves of histlaine ring protons. A direct assignment of the resonance of the active site histidine residues of ribonuclease. J. Biol. Chem., 1976, v.251,1. N , p.2644-2647.

103. Карпейский М.Я., Яковлев Г.И., Сахаровский В.Г. Структура комплексов рибонуклеазы А с пиримидиновыми нуклеотидами врастворе. Биоорг. химия, 1981, т.7, №5, с.686-694.

104. Colter C.L. Structural chemistry of cyclic nucleotides. II. Crystal and molecular structure of sodium B-cytidine 2l,3'-cyclic phosphate. J. Amer. Chem. Soc., 1975» v.95, N2, p.570-575

105. Карпейский М.Я., Яковлев Г.И. Исследование относительного положения основания и сахарного кольца в водных растворах цитидиновых нуклеотидов методом ядерного эффекта Оверхаузе-ра. Биоорг. химия, 1975, т.1, №6, с.749-757.

106. Karpeisky M.Ya., Yakovlev G.I. Topochemical principles of the substrate specificity of nuclease. In: Soviet Scientific Reviews. Biology. Ed. V.P.Skulachev, Harwood Academic Publishers, New York, 1981, v.2, p.145-257.л

107. Gorenstein D.G., Wyrwicz A.M. H Nuclear magnetic resonance study on the binding of cytidine monophosphate inhibitors to ribonuclease A. Biochem. Biophys. Res. Commun., 1974, v.59, N18, p.718-724.

108. Карпейский М.Я., Яковлев Г.И. Применение ядерного эффекта Оверхаузера для исследования строения комплексов рибонук-леазы с нуклеотидами. -Биоорг.химия,1976,т.2,№9,с.1221^1230.

109. Karpeisky M.Ya., Yakovlev G.I. Does З'-cytidine monophosphate bound to ribonuclease A acquire syn-conformation? -EEBS Lett., 1977, 1977, v.75, N1, p.70-72.

110. Antonov I.V., Gurevich A.Z., Dudkin S.M., Karpeisky M.Ya., Sakharovsky V.G., Yakovlev G.I. Complexes of ribonuclease A with. 2,-deoxy-2,-fluororibose substrate analogues studied by nuclear magnetic resonance. Eur. J. Biochem., 1978, v.87, N1, p.45-54.

111. IDumanyan V.G., Mamaeva O.K. , Bocharov A.L., Ivanov V.I., Karpeisky M.Ya», Yakovlev G.I. On the conformation of pyri-doxal phosphate imine in solution and in aspartate-amino-transferase active site. Eur. J. Biochem., 1974, v.50, N1, p.119-127.

112. Антонов И.В., Карпейский М.Я., Падюкова Н.Ш., Яковлев Г.И., Сахаровский В.Г. О взаимодействии пиримидинспецифичной рибонуклеазы А с пуриновыми нуклеотидами. Биоорг. химия, 1979, т.5, №2, с.280-288.

113. Карпейский М.Я., Моисеев Г.П., Бочаров А.Л., Богданова Г.А., Михайлов С.Н., Яковлев Г.И. Топохимические аспекты пиримиди-новой специфичности рибонуклеазы А. Биоорг. химия, 1983,т.9, №6, с.803-814.

114. Антонов И.В., Дудкин С.М., Карпейский М.Я., Яковлев Г.И.

115. О конформации фосфорилированных производных 2'-дезокси-2'-фторуридина в растворе. Биоорг. химия, 1976, т.2, №9, с.1209-1220.

116. Антонов И.В., Дудкин С.М., Карпейский М.Я., Платонов А.Л., Протасевич И.И., Яковлев Г.И., Чернавский Д.С. Термодинамические характеристики связывания рибонуклеазы А с аналогами субстратов. Биоорг. химия, 1978, т.4, №3, с.388-396.

117. Безбородова С.И., Багдасарьян З.Н. Исследование внеклеточных РНКаз Penicillium claviforme. Микробиология, 1972,т.41, №5, с.773-781.

118. Беляева М.И., Лещинская И.Б., Юсупова Д.В. Нуклеодеполимера-зы бактерий. В кн.: Нуклеазы микроорганизмов, ред. Безбо-родов A.M., Наука, 1974, с.7-116.

119. Татарская Р.И. Нуклеазы актиномицетов. В кн.: Нуклеазы микроорганизмов, ред. Безбородов A.M., Наука, 1974, с.117-175.

120. Barnard Е.А. Ribonucleases. Ann. Rev. Biochem., 19^9» v.38, p.677-732.

121. Egami F., Nakamura K. Microbial ribonucleases. Berlin-Heidelberg-New York: Springer-Verlag, 1969.

122. Vasu S., Hulea S.T., Lazar V. The ribonucleases of the species groups of genus Aspergillus. Rev. Roum. Biochem., 1972, v.9, N2, p.179-190.

123. Uchida Т., Egami F. Microbial ribonucleases with special reference to RNases T^, T2, N^ and U2. The enzymes, 1971, v.4, p.205-270.

124. Irie M. Studies on the photooxydation of ribonuclease T^. -J. Biochem. (Tokyo), 1970, v.68, N1, p.69-79»

125. Waku K., Nakazawa Y. Photooxydation of ribonuclease T^ in the presence of substrate analog. J. Biochem. (Tokyo), 1970, v.68, N1, p.63-67.

126. Yamagata S., Takahashi K., Egami F. The structure and function of ribonuclease T^. 4. Photo oxydation of ribonuclease Tv J. Biochem. (Tokyo), 1962, v.52, N2, p.261-266.

127. Takahashi K. The structure and function of ribonuclease . 9. Photooxydation of ribonuclease T^ in the presence of rose bengal. J. Biochem. (Tokyo), 1970, v.67, N5, p.833-839.

128. Takahashi K. The structure and function of ribonuclease T^ • 12. Further studies on rose bengal-catalyzed photooxydation of ribonuclease T,jo- identification of a critical histidine residue. J. Biochem. (Tokyo), 1971, v.69, N2, p.331-338.

129. Takahashi K. Evidence for the implication of histidines-40 and -92 in active site of ribonuclease T^. J. Biochem. (Tokyo), 1973, v.74, N7, p.1279-1282.

130. Takahashi K. The structure and function of ribonuclease T^. 21. Modification of histidine residues in ribonuclease T^ with iodoacetamide. J. Biochem. (Tokyo), 1976, v.80, N7,p.1267-1275.

131. Takahashi K., Stein W.H., Moore S. The identification ofa glutamic acid residue as part of the active site of ribonuclease T/j. J. Biol. Chem., 1967, v.242, N12, p.4682-4690.

132. Shiobara Y., Takahashi K., Egami F. The structure and function of ribonuclease T^. 5« Deamination of ribonuclease T^. J. Biochem. (Tokyo), 1962, v.52, N2, p.267-271.

133. Kariyama Y. Enzymatic activity of polyanyl ribonuclease T^ and polyglytamyl ribonuclease T^. J. Biochem. (Tokyo),1966, v.59, N3, p.596-605.

134. Kasai M., Takahashi K., Ando A. Trinitrophenylation of ribonuclease T^. J. Biochem. (Tokyo), 1969, v.66, N3, p.591-597.

135. Terao T., Ukita T. Modification of tryptophan residue in ribonuclease T^ with 2-hydroxy-5-nitrobenzylbromide. Bio-chim. et. Biophys. Acta, 1969, v.181, N2, p.347-350.

136. Takahashi K. The structure and function of ribonuclease T^. 8. Reaction of 2-hydroxy-5-nitrobenzyl bromide with thesingle tryptophan residue in ribonuclease T/j. J. Biochem. (Tokyo), 1970, v.67, N3, P.541-W.

137. Irie M. Studies on the state of tryptophan residue in ribonuclease T^j and carboxymethyl ribonuclease T^. 1. Biochem. (Tokyo), 1970, v.68, N1, p.31-37.

138. Takahashi K. Ribonuclease T^. In: Protein. Structure and function, v.1, eds. Funatsu M.f Hiromi K., Imahori K., Murachi T., Narita K. Tokyo! Kodansha LTD, 1971, p.285-331.

139. Kasai H., Takahashi K., Ando A. Chemical modification of tyrosine residues in ribonuclease T^ with N-acetylimidasole and p-diazobenzen-sulfonic acid. J. Biochem. (Tokyo), 1977, v.81, N7, p.1751-1758.

140. Oshima T., Imahori K. Ribonuclease T^-substrate analog complexes. In: Protein: structure and function, v.1, ed. Funatsu M., Hiromi K., Imahori K., Murachi T., Narita K. Tokyo: Kadansha Ltr., 1971, p.333-367.

141. Ochima T., Imachory K. A change in circular dichroism dueto the binding of guanosine 3'-phosphate to ribonuclease T^. J. Biochem. (Tokyo), 1971, v.70, N1, p.197-199.

142. Reese C.B., Sulston J.E. The methylation of guanylyl-(3'-*5* )-uridine. Biochim. et Biophys.Acta,1967,v.149,N2,p.293-295.

143. Haëiimoto J., Uchida T., Egami P. Action of ribonuclease T,,, T2 and on dinucleoside monophosphates containing 7-dea-zapurine base. Biochim. et Biophys, Acta, 1970, v.199» N3, p.535-536.

144. Sander С., Ts'o P.O.P. Circular dichroism studies on the conformation and interaction of 0Ц ribonuclease. Biochemistry, 1971, V.10, N11, p.1953-1966.

145. Riiterjans H., Witzel H., Pongs 0. Proton magnetic resonance studies on ribonuclease T/j. Biochem. Biophys. Res. Commun.) 1969, V.37, N2, p.247-253.

146. Ruterjans H., Pongs 0. On the mechanism of action of ribonuclease T^j. Nuclear magnetic resonance study on the active site. Eur. J. Biochem., 1971, v.18, N3, p.313-318.

147. Riiter jans H., Maurer W., Pulling R,, Both V. NMR-studies of ribonuclease T,j and ribonuclease Sa. In: Ribosomes and RNA Metabolism, eds. Zelenka J. and Balan J., Bratislava, 1976, v.2, p.109-118.

148. Безбородова С.И., Гриценко В.M., Маркелова Н.Ю. Очистка и аминокислотный состав внеклеточной щелочной РНКазы Pénicillium chrysogenum 152А.-Биохимия, 1973, т.38, №2, с.336-343.

149. Безбородова С.И., Белецкая О.П., Гриценко в.М. Крупномасштабная очистка, кристаллизация и некоторые физико-химические свойства внеклеточных гуанил-РНКаз Cg и РсЦ.- Биохимия,1977, т.42, №6, с.1556-1566.

150. Безбородова С.И., Суходольская Г.В., Гуляева В.И., Ильина Т.В. Внеклеточная щелочная рибонуклеаза. Прикл. биохимия и микробиол., 1974, т.10, №3, с.432-437.

151. Карпейский М.Я., Яковлев Г.И., Ботт В., Ежов В.А., Прихоть-ко А.Г. Исследование гуанилспецифичной рибонуклеазы из гриба Penicillium brevicompactum методом ЯМР . Биоорг. химия, 1981, т.7, №9, с.1335-1347.

152. Osterman H.L., Walz F.G. Subsites and catalytic mechanismof ribonuclease T^: kinetic studies using GpA, GpC, GpG, and GpU as substrates. Biochemistry, 1978, v.17, N20, p.4124-4130.

153. Osterman H.L., Walz F.C. Subsite interactions and ribonuclease T^ catalysis: kinetic studies with ApGpC and ApGpU. -Biochemistry, 1979, v.18, N10, p.1984-1988.

154. Kyogoku Y., Watanabe M., Kainosho M., Oshima T. 1^N-NMRstudy on ribonuclease T^, guanylic acid complex. - J.Biochem. (Tokyo), 1982, v.91» N2, p.675-679.

155. Heinemann U., Saenger W. Specific protein-nucleic acid recognition in ribonuclease T^. 2*-guanylic acid complex.: an X-ray study. Nature, 1982, v.299, N1, p.27-31.

156. Heinemann U., Saenger W. Ribonuclease T^.2»-guanylic acid: specific protein-nucleic acid recognition and mechanism of RNA hydrolysis. Abstracts of 16th Meeting of EEBS, Moscow, 1984, p.19.

157. Lavallee D.K., Coulter C.L. Structural chemistry of cyclic nucleotides. Ill Proton magnetic resonance studies of p-pyrimidine nucleotides. J. Amer. Chem. Soc., 1973, v.95» N2, p.576-581.

158. Карпейский М.Я., Яковлев Г.И. Исследование относительного положения основания и сахарного кольца в водных растворах цитидиновых нуклеотидов методом ядерного эффекта Оверхаузе-ра. Биоорг.химия, 1975, т.1, №6, с.749-757.

159. Matsuda A., Ueda Т. 5'-deoxy-5' ,8-cyclo-guanosine 2*,3'-cyclophosphate as substrate for ribonuclease T^. J. Chem. Soc. Jap., Chem. and Ind. Chem., 1981, N5, p.845-850.

160. Безбородова С.И., Рибонуклеазы микроскопических грибов и дрожжей. В кн.: Нуклеазы микроорганизмов. Наука, 1974, с.188-259.

161. Безбородова С.И., Безбородов A.M. Внеклеточные рибонуклеазы в сравнительном аспекте. В кн.: Биосинтез микроорганизмами нуклеаз и протеаз. Наука, 1979, с.92-145.

162. Hartley R.W., Barker Е.А. Ami no-acid sequence of extracellular ribonuclease (barnase) of Bacillus amyloliquefasiens. Nature, New Biology, 1972, v.235, N1, p.15-16.

163. Woodroff Е.А., Clitz G.D. Purification and characterization of two extracellular ribonucleases from Ehizopus oligospo-rus. Biochemistry, 1971, v.10, N9, p.1532-1540.

164. Uchida Т., Egami P. The specificity of ribonuclease T2. -J. Biochem. (Tokyo), 1967, v.61, N1, p.44-53.

165. Imazawa M., I±de M., Ukita T. Substrate specificity of ribonuclease from Aspergillus saitoi. J. Biochem. (Tokyo), 1968, v.64, N5, p.595-602.

166. Безбородова С.И., Ильина Т.В., Крупянко В.И. Получение высокоочищенной РНКазы Pen. brevicompactum.- Доклады АН СССР, биология, IS7I, т.196, №4-6, с.1460-1462.

167. Ильина Т.В., Безбородова С.И. Очистка РНКазы Penicillium brevicompactum. Прикладная биохимия и микробиология, 1972, т.8, вып.2, с.226-231.

168. Иванова Г.С., Грунина Л.К. Выделение и некоторые свойства неспецифичной внеклеточной рибонуклеазы Aspergillus clava-tus. -Прикладная биохимия и микробиология, 1975, т.II, вып. 5, с.746-751.

169. Maugnen 7., Harley R.W., Dodson E.J., Dodson G.G., Bricogne G., Chothia C., Jack A. Molecular structure of a new family of ribonucleases. Nature, 1982, v.297, N4, p.162-182.

170. Pavlovsky A.G., Vagin A.A., Vainstein B.K., Chepurnova N.K.,

171. Karpeisky M.Ya. Three-dimensional structure of ribonuclease0from Bacillus intermedius TP at 3.2 A resolution. EBBS Letters, 1983, v.162, N1, p.16T-170.

172. Карпейский М.Я., Ханданян A.I., Чепурнова H.K., Платонов

173. Uchida Т. Purification and properties of RNase T2. J. Biochem. (Tokyo), 1966, v.60, N2, p.115-132.

174. Uchida Т., Egami F. The specificity of ribonuclease T2. -J. Biochem. (Tokyo), 196T, v.61, N1, p.44-53.

175. Holy A., Sorm F. Oligonucleotid compounds. XXXIV. Preparation of some B-L-ribonucleosides, their 2'(3')-phosphates and 2*,3'-cyclic phosphates. Collection Czech.Chem.Commun., 1969, v.34, N12, p.3383-3401.

176. Holy A., Sorm F. Nucleic acid components and their analogs.

177. CXXIX. Synthesis of enantiomeric 2f3f-cyclic phosphates of 9-(^-lyxofUranosyl)adenine and hypoxanthine, and their behavious toward ribonuclease T,j and T2. " Collection Czech. Chem. Commun., 1969, v.34, N12, p.3523-3532.

178. Uchida T. Which part of the substrates do RNase read? -Protein, Nuclear Acid, Enzyme, 1971, v.16, p.1053-1059.

179. Uchida T., Sato S. Microbial cyclizing RNase. In: Ribo-somes and RNA metabolism, Eds. Zelinka J., Balan J. Bratislava: Publishing House of the Slovac Academi of Science, 1973, p.453-472.

180. Ivanova G.S., Holy A., Bezborodova S.I. Substrate requirements of some microbial ribonucleases non-specific to natural bases. Collection Czech. Chem. Commun., 1973, v.39, N4, p.993-1004.

181. Kaiser P.M., Bonaker L., Witzel H., Holy A. Untersuchungen zum Reaktionsmechanismus der Ribonuclease II aus Aspergillus oryzae (Ribonuclease T2). ~ Hopp-Seyler's Z. Physiol. Chem., 1975, Bd.356, h.3, S.143-155.

182. Peller L., Alberty R.A. Multiple intermediates in steady state enzyme kinetics. I. The mechanism involving a single substrate and product. J. Amer. Chem.Soc., 1959» v.81, 12, p.5907-5914.

183. Alberty R.A., Bloomfield V. Multiple intermediates in steady state enzyme kinetics. V. Effect of pH on the rate of a simple enzymatic reaction. J.Biol.Chem., 1963, v.238, N5, p.2804-2810.

184. Yasuda T., Inoue Y. Evidence for the presence of two kine-tically distinct forms of ribonuclease T2. Eur.J.Biochem., 1981, v.114, N1, p.229-234.

185. Карпейский М.Я. Активные центры ферментов: стереохимия и динамика. Молек. биология, 1976, т.10, вып.6, с.1197-1210.

186. Безбородова С.И., Ильина Т.В., Захарова Н.Г., Крупянко В.И. Исследование внеклеточной РНКазы Pénicillium brevicompac-tum . Биохимия, 1971, т.36, №3, с.474-482.

187. Ильина Т.В., Безбородова С.И. Свойства и специфичность внеклеточной КИСЛОЙ рибонуклеазы Pénicillium brevicompactum. -- Биохимия, 1973, т.38, N94, с.686-695.

188. Крупянко В.И., Безбородова С.И. Исследование расщепления РНКазой Pénicillium brevicompactum, динуклеозидмонофосфа-тов. Биохимия, 1976, т.41, №8, с.1442-1447.

189. МоисеевГ.П., Бочаров А.Л., Мамаева O.K., Яковлев Г.И. Изучение механизма действия неспецифичной рибонуклеазы из гриба Pénicillium brevicompactum. Биоогр. химия, 1982, т.8, №9, C.II97-I206.

190. Яковлев Г.И., Моисеев Г.П., Бочаров А.Л., Михайлов С.Н., Карпейский М.Я. Топохимические аспекты субстратной специфичности рибонуклеазы Pénicillium brevicompactum.-Биоорг. химия, 1984, т.10, №2, с.195-203.

191. Laskowski M. DNAases and their use in the studies of primary structure of nucleic acids. Ins Advances in Enzymology. N.Y.-London-Sydney: Interscience Publishers, 1967, v.29,p.165-220.

192. Sutton W.D. A crude nuclease preparation sutable for use in ША reassociation experiments. Biochim. et Biophys. Acta, 1971, v.240, N4, p.522-531.

193. Yogt V.M. Purification and further properties of single-strand-specific nuclease from Aspergillus orysae. Eur. J. Biochem., 1973, v.33, N1, p.192-200.

194. Rushizky G.W., Skaternikow V.A., Mozejko J.H., Sober H.A. Sxj nuclease hydrolysis of single-stranded nucleic acids with partial double-stranded configuration. Biochemistry, 1975, v.14, N19, p.4221-4226.

195. Godson G.N. Action of the single-stranded DNA specific nuclease Sxj on double-stranded DNA. Biochim. et Biophys.Acta, 1973, V.308, N1, p.59-67.

196. Linn S., Lehman I.R. An endonuclease from Neurospora crassa specific for polynucleotides lacking an ordered structure. -J. Biol. Ohem., 1975, v.240, N3, p.1287-1304.

197. Kato A.C., Bartok K., Fräser M.J., Denhard D.T. Sensitivity of superhelical DNA to a single-strand specific endonuclease. Biochim. et Biophys. Acta, 1973, v.308, N1, p.68-78.

198. Przykorska A., Szarkowski J.W. Single-strand-specific nuclease from the nucleoplasm of rye germ nuclei. Eur. J. Biochem., 1980, v.108, N1, p.285-293.

199. Anfinsen O.B., Ouatrecasas P., Taniuchi H. Staphylococcal nuclease, chemical properties and catalysis. Ins The Enzymes. N.Y.sAcademic Press, 1971, N4, p.177-204.

200. Tucker P.W., Hazen E.E., Cotton F.A. Staphylococcal nuclease reviewed: a prototypic study in contemporary enzymology. I. Isolation, physical and enzymatic properties. Mol. Cell. Biochem., 1978, v.22, N2-3, p.62-77.

201. Fujimoto M., Kuninaka A., Yoshino H. Purification of a nuclease from PeniciIlium citrinum. Agr.Biol.Chem., 1974,v^38, N4, p.777-783.

202. Fujimoto M., Kuninaka A., Yoshino H. Identity of phosphodiesterase and Phosphomonoesterase activities with nuclease ^

203. Ca nuclease from Pénicillium citrinum). Agr.Biol.Chem., 1974, v.38, p.785-790.

204. Conningham L., Catlim B.W., Privât de Gavilhe M. A deoxy-ribonuclease of Micrococcus pyogenes. J.Amer.Chem.Soc., 1957, v.78, N18, p.4642-4645.

205. Tucker P.W., Hazen E.E., Cotton P.A. Staphylococcal nuclease reviewed: a prototypic study in contemporary enzymo-logy. III. Correlation of the three dimensional structure with mechanisms of enzymatic action. Mol.Cell.Biochem., 1979, V.23, N2, p.67-86.

206. Anfinsen C.B., Cuatrecasas P., Taninchi H. Staphylococcal nuclease, chemical properties and catalysis. In: The enzyme, N.T.:Academic Press, 1971» v.4, p.177-204.

207. Hippel P.H., Penselfeld G. Micrococcal nuclease as a probe of DNA conformation. Biochemistry, 1964, v.3, N1, p.27-39*

208. Cuatrecasas P., Fuchs S., Anfinsen C.B. Catalytic properties and specificity of the extracellular nuclease of staphylococcus aureus. J.Biol.Chem., 1967, v.242, N7, p.154-1-154-7.

209. Mikulski A.J., Sulkowski E., Stasink L., Laskowski M. Susceptibility of dinucleotides bearing either 31- or 51-mono-phosphate to micrococcal nuclease. J.Biol.Chem., 1969,v.244, N24, p.6559-6565.

210. Sulkowski E., Laskowski M. Hydrolysis of ribo- and deoxy-ribonucleotides by micrococcal nuclease. Biochim. et Biopbys. Acta, 1970, v.217, N2, p.538-540.

211. Cuatrecasas P., Fuchs S., Anfinsen C.B. The binding of nucleotides and calcium to the extracellular nuclease of Staphylococcus aureus. J.Biol.Chem., 1967, v.242, N13,p.3063-3067.

212. Cuatrecasas P., Wilchek M., Anfinsen C.B. The action of staphylococcal nuclease on synthetic substrates. Biochemistry, 1969, v.8, N6, p.2277-2284.

213. Dunn B.M., DiBello C., Anfinsen C.B. The pH dependence of staphylococcal nuclease-catalyzed hydrolysis of deoxythymi-dine^'-phosphate^'-p-nitrophenylphosphate in 1^0 and D20. J.Biol.Chem., 1973, v.248, N13, p.4769-4774.

214. Markley J.L., Jardetzky 0. Nuclear magnetic resonance studies of the structure and binding sites of enzymes. XIV. Inhibitor binding to staphylococcal nuclease. J.Mol.Biol., 1970, v.50, N2, p.223-234.

215. Mehdi S., Gerlt J.A. Oxygen chival phosphodiesters. 7. Stereochemical course of a reaction catalyzed by staphylococcal nuclease. J. Amer. Chem. Soc., 1982, v.104, N11, p.3223-3225.

216. Harada IF., Dahlberg J.E. Specific cleavage of t-RNA by nuclease SLj. Nucl. Acids Res., 1975, v.2, N6, p.865-871.

217. Khan M.S.N., Maden B.E.H. Conformation of mammalian 5,8S ribosomal RNA: S^ nuclease as probe. EEBS Lett., 1976, v.72,N2, p.105-110.

218. Rushizky G.W., Mozejko J.H. Optimization of conditions for cleavage of t-RNA at the anticodon loop by S^ nuclease. -Anal. Biochem., 1977, v.77, N2, p.562-566.

219. Berk A.J., Sharp P.A. Spliced early t RNAs of seminal virus SV-40. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 1978, v.75, H3, p.1274-1278.

220. Wurst R.M., Vournakis J.N., Maxam A.M. Structure mapping of 5,-^2P-labeled RNA with S^ nuclease. Biochemistry, 1978, v.17, N3, p.4493-4499.

221. Manale A., Guthrie C., Colby D. S^ nuclease as a probe for the conformation of a dimeric t-RNA precursor. Biochemistry» 1979, v.18, N1, p.77-83.

222. Ando T. A nuclease specific for heat-denatured ША isolated from a product of Aspergillus oryzae. Biochim. et Biophys. Acta, 1966, v.114, N1, p.158-168.

223. Сенченко B.H., Крлбановская Е.Ю., Бочаров А.Л. Получение и некоторые характеристики функционально гомогенного препарата нуклеазы S,, из oC-амилоризина.-Мол.биол.,1979,т.13,с.1377-1383.

224. Olson А.Е., Sasakuma М. S^ Nuclease of Aspergillus oryzae: a glycoprotein with an associated nucleotidase activity. -Arch. Biochem. Biophys., 198О, v.204, N1, p.361-370.

225. Rushizky G.W., Shaternikov V.A., Moze;)ko J.M., Sober H.A. S^j nuclease hydrolysis of single-stranded nucleic acids with partial double-stranded configuration. Biochemistry, 1975, v.14, N19, p.4221-4226.

226. Button J.R., Wetmur J.G. Activity of endonuclease S^ in denaturing solvents: dimethylsulfoxide, dimethylformamide, formamide and formaldehyde. Biochem. Biophys» Res. Commun., 1975, v.66, N3, p.942-948.

227. Wiegand R.C., Godson G.N., Radding C.M. Specificity of the S^ nuclease from Asp. oryzae. J.Biol.Chem,, 1975, v.250,1. N22, p.8848-8855.

228. Сенченко B.H., Колбановская Е.Ю., Яковлев Г.И., Карпейский М.Я. Каталитическая активность и субстратная специфичность нуклеазы s^ в нуклеотидазной реакции. Доклады АН СССР, 1980, т.251, №3, с.746-750.

229. Сенченко В.Н., Яковлев Г.И., Колбановская Е.Ю., Смирнов И.В., Карпейский М.Я. Исследование кинетики расщеплениянизкамолекулярных субстратов нуклеазойБ^. Биоорг.химия, 1981, т.7, HS, с.1348-1356.

230. Potter B.V.L., Komaniuk P.J., Eckstein F. Stereochemical course of ША hydrolysis by nuclease S^. J.Biol.Chem., 1983, v.258, N3, p.1758-1760.

231. Карпейский М.Я., Сенченко B.H., Яковлев Г.И., Колбановская Е.Ю. Изучение субстратной специфичности нуклеазы s^ из Aspergillus orysae в реакции гидролиза низкомолекулярных субстратов. Биоорг.химия, 1982, т.8, №3, с.386-396.

232. Silber J.R., Loeb L.A. S^ nuclease does not cleave ША at single-base mismatches. Biochim. et Biopbys. Acta, 1981» v.656, N2, p.256-264.

233. Plogel M., Albert A., Biltonen R. The magnitude of electrostatic interactions in inhibitor binding and during catalysis by ribonuclease A. Biochemistry, 1975» v.14, N12,p.2616-2621.

234. Яковлев Г.И., Бочаров А.Л., Моисеев Г.П., Михайлов С.Н. Стереоэлектронные эффекты в реакциях ферментативного расще-ш^ия ^у^у^озидфосфатов РНКазами.-Биоорг.химия,1985 ,т.и,

235. Markley J.L., Finkenstadt W.R. Correlation proton magnetic resonance studies at 250 MHz of bovine pancreatic ribonuclease. III. Mutual electrostatic interaction between histi-dine residues 12 and 119. Biochemistry, 1975, v.14, N16, p. 3562-3566.

236. Mighelson C., Bientema I.I. Proton nuclear magnetic resonance studies of histidine residues in rat and other rodent pancreatic ribonucleases. Effects of pH and inhibitors. -J. Mol. Biol., 1973, v.79, N1, p.25-38.

237. Ьее B., Richards F.M. The interpretation of protein structures: estimation of static accessibility. J.Mol.Biol., 1971, v.55» N2, p.379-400.

238. Patel D.I., Canuel L.L., Woodward C., Bovey P.A. Assignment of the his tidine 12-threonine 45 hydrogen-bonded proton in the NMR spectrum of ribonuclease A in H^O. Biopolymers, 1975» v.14f N5, p.959-974.

239. Аврамова 3.B., Дудкин C.M., Карабашьян Л.В. Кинетические изучение деполимеризации полиадениловой кислоты, катализируемой рибонуклеазой А. Молек. биол., 1974, т.8, №4,с.501-506.

240. Krackov M.N., Lee C.M., Mautner H.G. 2-Pyridone, 2-pyrid-t hi one, and 2-pyridselenone. Hydrogen-bonding ability as determined by dipole moment and molecular weight determinations. J.Amer. Chem. Soc., 1965, v.87, N4, p.892-895.

241. Абрагам А. Ядерный магнетизм. Мир, 1963, с.310.

242. Schirmer Е.Е., Noggle J.H., Davis J.P., Hart P.A. Determination of molecular geometry by quantative application of the nuclear Overhauser effect. J.Amer.Chem.Soc., 1970, v.92,1. N11, p.32.66-3373.

243. Jardetzky 0. The structure and properties of biomolecules and biological systems. Advances Chem. Phys., 1964, v.7, P.499-531.1

244. Gorenstein D.G., Wyrwicz A. H nuclear magnetic resonance study on the binding of cytidine monophosphate inhibitors to ribonuclease A. Biochemistry, 1974, v.13» N18, p.3828-3836.

245. Абрагам Ä. Ядерный магнетизм. Мир, 1963, с.273.

246. Wieker H.J., Witzel Н. Zum Mechanismus der Ribonuclease--Reaktion. 3« Zu Ordnung der kinetischen Parameter k+1, 4.1* ^+2 ^^ vorL ^щ* ~ Eur. J. Bio chem., 1967, v.1, N2, p.251-258.

247. Ewiatkowsky J.S., Pullmann B. Tautomerizm and electronic structure of biological pirimidines. Advances Heterocycl.

248. Chem,, 1975, v.18, p.199-335.

249. Cullies P.M., Wolfenden R. Affinities of nucleic acid bases for solvent water. Biochemistry, 1981, v.20, p.3024-2028.

250. Haar W., Maurear W., Ruterjans H. Proton-magnetic-resonance studies of complexes of pancreatic ribonuclease A with pyri-midine and purine nucleotides. Eur. J. Biochem., 1974,1. V. 44, N1, p.201-211.

251. Cozzone P.J., Jardetzky 0. Phosphorus-31 Fourier transform nuclear magnetic resonance study of mononucleotides and di-nucleotides. I. Chemical shifts. Biochemistry, 1976, v.15, N22, p.4853-4865.

252. Usher D.A., Richardson D.I., Oakenfull D.G. Models of ribonuclease action. II. Specific acid, specific base, and neutral pathways for hydrolysis of a nucleotide diester analog. J.Amer.Chem.Soc., 1970, v.92, N15, p.4699-4711.

253. Haffner H.P,, Wang J.H. Chemical kinetic and pfcoton magnetic resonance studies of 5* -adenosine monophosphate binding to ribonuclease A. Biochemistry, 1973, v.12, N8, p.1608-1618.

254. Попл Д., Шнейдер В., Бернстейн Г. Спектры ядерного магнитного резонанса высокого разрешения. ИЛ, 1962, с.265-275.289* Hammes G.G. Elementary steps in enzyme catalysis and regulation. Pure and Appl. Chem., 1974, v.40, N4, p.525-547.

255. Антонов И.В., Дудкин С.М., Карпейский М.Я., Платонов А.Л., Протасевич И.И., Яковлев Г.И.,Чернавский Д.С. Биоорг.химия, 1978, т.4, №3, с.388-396.

256. Flogel М., Biltonen R.L. Calorimetric and potentiometric characterization of the ionization behavior of ribonuclease A and its complex with З'-cytosine monophosphate. Biochemistry, 1975, v.14, N12, p.2603-2609.

257. Flogel M., Biltonen R.L. The pH dependence of the thermodynamics of the interaction of З'-cytidine monophosphate with ribonuclease A. Biochemistry, 1975, v.14, N12, p.p.2610-2615.

258. Аврамова 3.B., Дудкин C.M. Боль рибозного остатка субстратов в реакциях, катализируемых рибонуклеазами. Молек. биод., 1978, т.12, М, с.914-921.

259. Tanford C., Roxby R. Interpretation of protein titrationcurves. Application to lysozyme. Biochemistry, 1972, v.11, N11, p.2192-2198.л

260. Tonokura M., Tasumi M., Miyazawa Т. H nuclear magnetic resonance studies of histidlne-contaimng di- and tripeptides. Estimation of the effects of charges groups on the pH value of the imidazole ring. Biopolymers, 1976, v.15, N2, p.393-401.

261. McConell B. Exchange mechanisms for hydrogen binding protons of cytidylic and guanylic acids. Biochemistry, 1978, If.17» N15, p.3168-3176.

262. Irie S., Itoh Т., Ueda Т., Egami F. pH dependence of the RNase T^ action on nucleoside г^З'-сусИс phosphates, -J. Biochem. (Tokyo), 1970, v.68, N2, p.163-170.

263. Oshima Т., Imahori K. Difference spectral studies on the interactions between ribonuclease T^ and its substrate analogues. J.Biochem. (Tokyo), 1971, v.69, N5, p.987-990.

264. Epinatjeff C., Pongs 0. Ribonuclease T^. Spectrophotometry investigations of the interaction of the enzyme with substrate analogues. Eur. J, Biochem., 1972, v.26, N3, p.434-441.

265. Фрайфелдер Д. Физическая биохимия. Применение физико-химических методов в биохимии и молекулярной биологии. Изд-во "Мир", Москва, 1980, с.388-392.

266. Birds all В., Roberts G.C.K., Feeney J., Burgen A.S.V.

267. P NMR studies of the binding of adenosine-2'-phosphate to Lactobacillus casei dihydrofolate reductase. FEBS Letters, 1977, v.80, N2, p.313-316.

268. Gorenstein D.G. Dependence of ^P chemical shifts on oxygen-phosphorus-oxygen bond angles in phosphate esters. J. Amer. Chem. Soc., 1975» v.97, N4, p.898-900.

269. Gorenstein D.G. J P chemical shifts in phosphate diester monoanions. Bond angle and torsional angle effects» Bio-chem. and Biophys. Res. Commun., 1975, v.65, N3, p.1073-1080.

270. Gorenstein D.G. P-31 NMR of nucleic acids. Bond angle and torsional effects. In: Nuclear magnetic resonance spectroscopy in molecular biology, ed. B.Pullman, D.Reidell Publishing Company, Dodrecht, Holland, 1978, p.1-15.

271. Cavalieri L.F. Studies on the structure of nucleic acids. VII. On the identification of the isomeric cytidylic and adenylic acids. J. Amer.Chem. Soc., 1953, v.75, N21,p. 5263-5270.

272. Cleland W.W. Steady-state kinetics. In: The Enzymes/ Ed. Boyer P.D. N.Y.:Acad.Press, 1970, v.2, p.1-66.

273. Fersht A.R., Requena X. Mechanism of the -cbymotrypsin-catalyzed hydrolysis of amidesv pH-Dependence of k and k1. С Шkinetic detection of an intermediate . J. Amer. Chem.Soc., 1971, v.93, N25, p.7079-7087.

274. Nomura A., Suno M., Hizuno Y. Studies on 3'-nucleotidase-nuclease from Potato Tubers. 1. Purification and some properties of the enzyme. J. Biochem. (Tokyo), 1971, v. 70, No. 6, p. 993-1001.

275. Billo E.J., Brito K.K., Wikins R.G. Kinetics of formation and dissociation of metallocarboxypeptidases. Bioinorgan. Chem., 1978, v. 8, No. 1, p. 461-475.

276. Garrison A.W., Boozer C.E. The acid catalyzed hydrolysis of a series phosphramidates. - J. Amer. Chem. Soc., 1968, v. 90, No. 13, p. 3486-3494.

277. Letsinger R.L., Mungall W.S. Phosphoramidate analogs of oligonucleotides. J. Org. Chem., 1970, v. 35, No. 11, p. 3800-3803.

278. Holmes R.R. Structure of cyclic pentacoordinated molecules of main group elements. Acc. Chem. Res., 1979, v. 12, No. 7, p. 257-265.

279. Holmes R.R. A square pyramidal model for ribonuclease action. Int. J. Peptide Protein Res., 1976, v. 8, No. 2, p. 445-453.

280. Rauk A., Allen L.C., Mislow K. Electronic structure of PH^ and intramolecular ligand exchange in phosphoranes. Model Studies. J. Amer. Chem. Soc., 1972, v. 94, No. 9, p. 30353040.

281. Abrash H.I., Cheung C.-C.S., Davis J.C. The non-enzymic hydrolysis of nucleoside 2',3'-phosphates. Biochemistry, 1967, v. 6, No. 5, p. 129S-1303.

282. Walter B., Wold P. The role of lysine in the action of bovine pancreatic ribonuclease A. Biochemistry, 1976, v. 15, No. 3, p. 304-310.

283. Collin R.L. The electronic structure of phosphate esters. -J. Amer. Chem. Soc., 1966, v. 88, No. 14, P- 3281-3287.

284. Gorenstein D.E., Luxon B.A., Pindlay J.B. Stereoelectroniceffects in the reactions of phosphate diesters. Ab initio molecular orbital calculations of reaction profiles. -J. Amer. Chem, Soc., 1977, v. 99, No. 24, p. 8048-8049.

285. Felsenfeld G., Sandleen G., von Hippel P.H. The destabilizing effect of ribonuclease on the helical ША structure. -Proc. Hat. Acad. Sci. of USA, 1963, v. 50, Ho. 4, p. 644651.

286. Касаганов Ю.Н., Лазуркин Ю.С., Сидоренко H.B. Исследование стабилизирующего и дестабилизирующего действия рибонуклеа-зы на двойную спираль ДНК. Молек. биология, 1967, т. I, № 3, с. 352-362.

287. Иванов Б.И., Флорентьев Б.JI. РНК-полимераза. Двухтактный механизм с перекрыванием тактов. Молек. биология, 1970, т. 4, вып. 6, с. 866-875.333« Arnott S. The geometry of nucleic acids. Progress in biophys. and molec. biology, 1970, v. 21, p. 265-319.

288. Bubenko E., Uniak M.A., Borer P.H. Sequence and structure in double-stranded ribonucleic acid: (A-G-C-U^ and (A-C-G-U)2. Biochemistry, 1981, v. 20, Ho. 24, p. 69876994.

289. Cruz P., Bubenko E., Borer P.H. A model for base overlap in RHA. Nature, 1982, v. 298, No. 2, p. 198-200.

290. Teitelbaum H., Englander S.W. Open states in native polynucleotides. I. Hydrogen-exchange study of adenine»containing double helices. J. Mol. Biol., 1975, v. 92, Ho. 1,p. 55-78.

291. Teitelbaum H., Englander S.W. Open states in native polynucleotides. II. Hydrogen-exchange study of cytosine-con-taining double helices. J. Mol. Biol., 1975, v. 92,1. Ho. 1, p. 79-91.

292. Drew H.R. Structural specificities of five commonly used DNA nucleases. J. Mol. Biol., 1984, v. 176, No. 2, p.535.557.

293. Lilley D.M.J. The inverted repeat as a recognizable structural feature in supercoiled DNA molecules. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1980, v. 77, No. 11, p. 6468-6472.

294. Arnott S., Chandrasekaran R. Fibrous polynucleotide duplexes have very polymorphic secondary structures. In: Biomolecular stereodynamics, Ed. R.H.Sarma, N.Y.: Adenine press, 1981, v. 1, p. 99-122.

295. Singleton O.K., Kilpatrick M.W., Welis R.D. S1 nuclease recognizes DNA conformational junctions between left-handed helical (dt dG)n (dC dA)n and contignous right-handed sequence. J. Biol. Chem., 1984, v. 259, No. 3, p. 19631967.

296. Карпейский М.Я., Яковлев Г .И., Антонов Б.К. Понижает ли фермент энергию активации элементарного акта химической реакции? Биоорг. химия, 1980, т. б, № 5, с. 645-654.