Молекулярное маркирование генома перца

Рыжова, Наталья Николаевна

Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему
Молекулярное маркирование генома перца
ВАК РФ 03.00.15, Генетика

Автореферат диссертации по теме "Молекулярное маркирование генома перца"

На правах рукописи

РЫЖОВА НАТАЛЬЯ НИКОЛАЕВНА

МОЛЕКУЛЯРНОЕ МАРКИРОВАНИЕ ГЕНОМА ПЕРЦА

03.00.15 - генетика

Автореферат

диссертации на соискание ученой степени кандидата биологических наук

Москва-2004

ОБЯЗАТЕЛЬНЫЙ БЕСПЛАТНЫЙ ЭКЗЕМПЛЯР

Работа выполнена в лаборатории генетики растений Института общей генетики им. Н.И. Вавилова РАН.

НАУЧНЫЕ РУКОВОДИТЕЛИ

доктор биологических наук, профессор кандидат биологических наук, доцент

Виталий Анатольевич Пухальский Елена Зауровна Кочиева

ОФИЦИАЛЬНЫЕ ОППОНЕНТЫ

доктор биологических наук, доцент кандидат биологических наук

ВЕДУЩЕЕ УЧРЕЖДЕНИЕ Институт Биологии Гена РАН

Татьяна Анатольевна Ежова Ольга Александровна Огаркова

Защита состоится «___»_2004 г. в_часов на

заседании Диссертационного совета Д 002.214.01 в Институте общей генетики им. Н.И. Вавилова РАН по адресу: 119991, ГСП-1, Москва, ул. Губкина, 3. Факс: (095) 132-8962.

С диссертацией можно ознакомиться в библиотеке Института общей генетики им. Н.И. Вавилова РАН.

Автореферат разослан «_»_2004 г.

Ученый секретарь Диссертационного совета кандидат биологических наук

Галина Николаевна Полухина

УЮ09

ОБЩАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА РАБОТЫ

Актуальность проблемы. Перец (род Capsicum, сем. Solanaceae), наряду с томатом и картофелем, является одной из основных овощных культур, однако, в отличие от последних представляет собой один из наименее исследованных родов этого семейства. Несмотря на то, что 5 из 27, выделяемых на сегодняшний день, видов перца широко культивируются (Pickersgill, 1997), представители рода Capsicum изучены весьма скудно как в генетическом, так и молекулярном плане. > Данные по систематике рода Capsicum весьма противоречивы (Гикало, 1974;

Eshbaugh, 1980; Walsh, Hoot, 2001). Со времен появления ^ перца в Европе и до последнего времени систематики не имели единого мнения по

поводу критериев, определяющих границы рода и отдельных его видов Некоторые систематики описывали свыше 100 видов, в то время как другие выделяли лишь несколько видов, составляющих этот род (Газенбуш, 1958; Жуковский, 1971). При отмечаемом фенотипическом полиморфизме рода Capsicum многие виды имеют перекрывающуюся морфологию, что в первую очередь относится к таким близкородственным видам перца как С. аппиит, С. frutescens и С chínense; С. baccatum и С praetermissum\ С eximium и С. cardenasii. Идентификация, основывающаяся на морфологическом анализе, часто бывает весьма затруднительна (Газенбуш, 1958; Eshbaugh, 1980). Исследование запасных белков семян (Panda et al., 1986) и анализ полиморфизма изозимных локусов (Jensen et al., 1979) у представителей рода Capsicum нередко показывает невозможность выделить отдельные виды. Схожие трудности в идентификации возникают и при использовании цитологического анализа (Pickersgill, 1979). Все это указывает на необходимость использования дополнительных диагностических методов, в том числе и высокоразрешающих систем молекулярного маркирования.

Помимо изучения филогении рода Capsicum, актуальны вопросы, связанные с анализом геномного полиморфизма перца. Большая часть биохимических и молекулярных исследований были сфокусированы в основном на анализе полиморфизма только одного из культивируемых видов перца - С. аппиит (Paran et al, 1998; Prince et al, 1992; Rodriguez et al, 1999), в то время как потенциал биоразнообразия остальных, как культивируемых, так и дикорастущих видов перца

упускался из виду. Между тем не исключено, что именно они могут стать донорами агрономически важных признаков, и в первую очередь устойчивости к фитопатогенам и вредителям (Pickersgill, 1980; Тимина, Балашова, 1983; Мамедов, Пивоваров, 2002).

Цель и задачи исследования. С учетом малой исследованности рода, целью данной работы явился комплексный молекулярный анализ генома Capsicum, который позволил бы, во-первых, оценить потенциал меж- и внутривидового генетического разнообразия рода, во-вторых, подтвердить таксономические статусы каждого образца и, наконец, определить филогению взятых в анализ

культурных и дикорастущих видов перца. Для достижения поставленных целей 1 сформулированы следующие задачи:

1. Используя методы молекулярного мультилокусного анализа, маркирующие как уникальные, так и повторяющиеся участки генома (AFLP, RAPD, ISSR) определить уровни межвидовой вариабельности у представителей рода Capsicum. С помощью AFLP-системы молекулярного маркирования исследовать внутривидовой полиморфизм основных культивируемых видов С. аппиит, C.frutescens, С. chinense.

2. С помощью метода домен-направленного маркирования (DDP-profiling) охарактеризовать полиморфизм последовательностей основных адаптивно-значимых семейств генов рода Capsicum: семейства RGA-генов, MADS-box генов и генов протеинкиназ, а также исследовать нуклеотидный полиморфизм полученных маркерных фрагментов.

3. Охарактеризовать последовательности внутренних транскрибируемых спейсерных участков (ITS1, ITS2) и гена 5.8S рРНК рибосомного оперона у видов рода Capsicum.

4. Изучить возможность использования праймеров, разработанных к ядерным микросателлитным локусам генома картофеля и томата, для маркирования генома перца и определить уровни полиморфизма этих локусов у представителей рода Capsicum.

5. Используя метод cpSSR-анализа провести исследования полиморфизма хлоропластного генома перца Описать межвидовой и внутривидовой полиморфизм данного типа маркеров у представителей рода Capsicum.

6 На основе комплексного молекулярного маркирования генома перца установить филогенетические связи между видами рода Capsicum

Научная новизна и практическая значимость. Впервые с использованием различных систем молекулярного маркирования (AFLP, RAPD, ISSR, SSR, cpSSR) проведен комплексный анализ генома рода Capsicum. В результате чего получено 1856 маркерных ДНК-фрагментов, которые могут быть использованы для идентификации исследовавшихся образцов перца. Впервые определены уровни межвидового и внутривидового разнообразия геномов представителей рода Capsicum и подобраны праймеры, позволяющие наиболее эффективно детектировать этот полиморфизм.

На основании данных о генетической вариабельности полученных молекулярных маркеров установлены филогенетические связи между видами перца. Подтверждена и дополнена классификация рода Capsicum, подразделяющая его на комплексы близкородственных таксонов. Показана возможность использования молекулярного анализа для идентификации неправильно классифицированных образцов перца, а также образцов имеющих гибридное происхождение, что является важной информацией для организации и поддержания генетических коллекций Capsicum в генбанках.

С использованием новейшего метода домен направленного маркирования (DDP-profiling) (van der Linden et al., 2004) впервые исследовано генетическое разнообразие трех адаптивно-значимых семейств генов рода Capsicum: генов устойчивости к фитопатогенам (RGA), гомеозисных MADS-box генов и генов, кодирующих протеинкиназы (РК) перца. Впервые для каждого из трех семейств генов определены уровни геномного полиморфизма и потенциал биоразнообразия данных типов последовательностей. Выявлены фрагменты генома перца гомологичные генам устойчивости растений и генам, кодирующим протеинкиназы. Идентифицированные RGA- и РК-маркеры генома перца при дальнейшем исследовании их наследования открывают возможность разработки специфических

SCAR-маркеров к конкретным функциональных локусам, а так же насыщения генетической и молекулярной карт перца.

Впервые проведен анализ нуклеотидного полиморфизма внутренних транскрибируемых спейсеров (ITS) рибосомных генов, а также гена 5.8S рРНК перца и показана внутригеномная вариабельность данного типа последовательностей у перца. Были выявлены два дивергентных типа рДНК- ITSL и ITSS, различающихся наличием 43-нуклеотидной делеции. Эти данные могут быть использованы для дальнейшего изучения организации рибосомного оперона, а также структуры генома перца в целом.

Апробация работы. Материалы диссертации были представлены на международной научно-практической конференции «Селекция и семеноводство овощных культур в XXI веке" (Москва, 2000); 2-ом и 3-ем съезде ВОГИС (Санкт-Петербург, 2000; Москва, 2004); международной научно-практической конференции «Генетические ресурсы культурных растений» (Санкт-Петербург, 2001); конференции «Памяти Грегора Менделя» (Москва, 2001); Xllth EUCARPIA Meeting on Genetics and Breeding of Capsicum & Eggplant (Noordwijkerhout, the Netherlands. 2004), лабораторные семинары Department of Biodiversity and Identity, Plant Research International (PRI)(Wageningen, the Netherlands, 2003).

Публикации. По материалам диссертации опубликовано 16 печатных

работ.

Структура и объем диссертации. Диссертация изложена на 186 страницах машинописного текста и состоит из введения, обзора литературы, описания материалов и методов, изложения результатов и их обсуждения, заключения, выводов и списка литературы, включающего 275 наименований. Работа содержит 19 таблиц и 30 рисунков.

РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ

AFLP-, RAPD-, ISSR-анализ генома рода Capsicum. В настоящем исследовании для оценки генетического разнообразия и таксономического родства 142 представителей 11 видов рода Capsicum были использованы AFLP-, RAPD-, ISSR-методы молекулярного мультилокусного анализа генома, генерирующие

ДНК-маркеры различающиеся, как по своей природе, так и по распределению в растительном геноме (рис. 1).

Результаты, полученные с помощью различных систем мультилокусного маркирования, выявили значительное сходство данных о внутривидовом и межвидовом генетическом разнообразии рода Capsicum, При использовании AFLP-RAPD-, ISSR-методов было показано, что внутривидовой полиморфизм исследовавшихся видов перца варьировал в пределах от 0.01 (между сортами С.аппиит) до 0.13-0.14 (образцы С chínense). В свою очередь, межвидовое разнообразие рода Capsicum соответствовало диапазону от 0.15 и до 0.31. Величины генетических различий равные 0.13-0.14 являлись условной границей, разделяющей под- и надвидовые таксоны у Capsicum.

Рис. 1. АРЬР-спектры 53 представителей видов перца, полученные с использованием праймериой комбинации ЕсоЮ +АСА/А&е/ ЮвА.

Проведенный тест Мантела подтвердил высокую степень корреляции между показателями генетического разнообразия образцов перца, полученных с использованием трех различных методов молекулярного анализа генома (для АРЬР/ЯАРВ - 92%, для АРЬГ/^Л - 80%, для КАРБЛвЗа - 83%) и, соответственно, конгруэнтность построенных на их основе дендрограмм. Согласно результатам кластерного анализа, образцы исследовавшихся видов перца формируют на дендрограммах три основные таксономические группы, соответствующие трем комплексам близкородственных видов перца, каждый из

которых включает как культурные, так и дикорастущие виды Capsicum. Последние, по всей видимости, представляют собой предковые формы пяти современных культурных видов перца, что лежит в основе гипотезы о полифилетическом происхождении культурных таксонов рода Capsicum (McLeod et al, 1983).

Обширный и полиморфный кластер на дендрограммах формируют виды, относимые к комплексу аппиит (С аппиит С. frutescens С. chinense) (рис. 2, 3). Наиболее актуальным таксономическим вопросом, связанным с этим комплексом, является вопрос об идентификации входящих в его состав видов, а, следовательно, правомочности их выделения, как отдельных видовых таксонов. Трудность идентификации данных видов связана с их близкородственностью и, как результат, способностью образовывать межвидовые гибридные формы (Eshbaugh, 1993).

Генетическое расстояние

Рис. 2 Дендрограмма генетических различий 56 представителей 11 видов рода Capsicum, построенная на основе данных RAPD-анализа с использованием метода UPGMA (STATISTICA)

Согласно данным молекулярного анализа, полученным посредством AFLP, RAPD и ISSR, представители каждого вида комплекса аппиит образуют на

дендрограммах четкие видоспецифичные подкластеры, поддерживаемые высокими значениями бутстрепа (69-100%), тем самым, подтверждая свои видовые статусы. Подкластер, объединяющий культивируемых представителей С. аппиит (сорта), отличается самым низким уровнем генетического разнообразия в этой группе видов (0.01-0.06). Кроме того, не было обнаружено корреляции между более дробной кластеризацией сортов С аппиит и их морфологическими признаками. Отдельный подкластер на всех дендрограммах образуют дикорастущие представители С аппиит. Уровень генетического разнообразия внутри данного подкластера был выше уровня сортового полиморфизма С. аппиит и составил 0.050.09. Близкородственные виды С frutescens и С chínense так же формировали отдельные подкластеры в этой группе видов перца.

Интересные результаты получены нами относительно филогенетического положения такого недавно описанного и малоизученного вида перца, как С. galapagoense (Heiser, Smith, 1958). Морфологически этот вид значительно отличается от других видов рода Capsicum. Данные межвидовой гибридизации показали неспособность этого вида давать фертильные гибридные растения (Heiser, Smith 1958; Lippert et al. 1966). Тем не менее, согласно результатам молекулярного мультилокусного анализа генома, вид С galapagoense показал наибольшую степень сходства с представителями вида С. frutescens (0.17-0.20, RAPD-данные) и С аппиит (0.17-0.20, ISSR-данные), входя на дендрограммах в кластер, соответствующий генетическому комплексу аппиит. Полученные нами данные относительно филогенетического положения С galapagoense подтвердили результаты исследования нуклеотидного полиморфизма спейсера хлоропластных генов atpB-rbcL и интрона ядерного гена waxy видов перца (Walsh, Hoot, 2001)

Второй обширный кластер на дендрограммах включает виды и разновидности перца, относимые к генетическому комплексу baccatum (С baccatum var. baccatum, С baccatum var. pendulum, С praetermissum). В противоположность мнению о том, что С praetermissum является разновидностью С baccatum (Bosland, Votava, 2000), образцы и С. baccatum, и С. praetermissum, согласно полученным нами молекулярным данным, образуют компактные,

удаленные друг от друга подкластеры (0.19-0.23), поддерживаемые 100% бутстрепа, тем самым, подтверждая свои видовые статусы.

Генетическое расстояние

1irs иП-S

U ff

-Яш

«Г~

1-49 am

I-Sluu

I I-47 шд

1—54 ш

ИЗ«.— 37 ш

Т1—«>"■

23-S2 am

Н-и™

1-4в апп

-SO «я

-45 тл

-39 шв/adg

-Маи/ем

-MaaaJtm

-36 йоп/СОЯ

»г

— 29 (т

-29 Гги!

-22 ЬМС

-40 ш

-61 ш

--32 сЫв

-- 39 шля

---42 hi

-41 an

-43 am

--30 chin

-ЗЗсЫв

-31 chtn

-24 fnit

-16 fmt

---27 frul

-23 frut

-25frwt

-4ehjM0

-9 pract

- 10 p 19 pita«

- 37 ain/con

- StDMT

- 20 btcc 21 twee

-13 md I «Ьк с

- 17 pubel 14 pobu

- 16 pabes

— - 62 nicot -63 fun

Рис 3. Дендрограмма генетических различий 53 представителей 8 видов рода Capsicum, построенная на основе данных AFLP-авализа с использованием метода UPGMA (Ней-Ли, TREECON)

Также по данным молекулярного анализа помимо перечисленных трех таксонов комплекса ЬассаШт в состав этого кластера вошел такой мало исследованный вид, как С tova.ru (ЕяЬЬаи^ е1 а1., 1983). Этот вид был описан не так давно и по своей морфологии был отнесен к группе видов комплекса

pubescens. Однако при сходстве ряда морфологических признаков С. tovarii с признаками представителей комплекса pubescens, изоферментный анализ (McLeod et al., 1983) и анализ нуклеотидного полиморфизма последовательностей отдельных генов (Walsh, Hoot, 2001) не выявил родства между С tovarii и другими комплексообразующими видами.

Результаты же проведенного AFLP-анализа позволили детектировать сходство генома этого вида с геномами видов комплекса baccatum (100% бутстрепа), что совпало с данными гибридологического и цитологического анализов С. tovarii (Tong, Bosland, 1999).

Согласно результатам молекулярного анализа виды третьего генетического комплекса, комплекса pubescens, образуют отдельный полиморфный кластер, в котором наибольшее генетическое сходство отмечается между дикорастущими видами С eximium и С cardenasii (0.15-0.16) (98% бутстрепа). Действительно, оба диких вида имеют ряд схожих морфологических признаков, и более того, это единственные виды из рода Capsicum, которые при скрещивании дают высоко фертильные гибридные растения (Eshbaugh, 1976). Представители культивируемого вида С. pubescens формируют несколько дистанцированный от дикорастущих представителей комплекса pubescens кластер. Наиболее близким видом С pubescens в этой группе является С. eximium (0.22-0.24).

В настоящее исследование был взят еще один, весьма интересный, дикорастущий вид перца - С. chacoense. Согласно результатам молекулярного анализа в зависимости от используемого метода представители С chacoense проявляли либо большее сходство с представителями комплекса аппиит (0.160.24, ISSR-данные), либо с представителями комплекса baccatum (0.26-0.29, AFLP/ 0.20-0.23, RAPD-данные), однако, при этом всегда формировали отдельный кластер, удаленный от остальных видов рода Capsicum, что подтверждалось данными РСА (principal coordinate analysis).

Полученные данные также совпали с результатами, проведенного нами, молекулярного анализа отдельных семейств генов - RGA, MADS-box генов и генов, кодирующих протеинкиназы, а также данными изоферментного анализа, где С chacoense был охарактеризован как вид равноудаленный от всех

комплексообразующих видов перца (McLeod et al., 1983). В совокупности с данными о географическом распространении вида С. chacoense все вышесказанное позволяет сделать предположение о возможной предковой роли данного вида для представителей всех трех комплексов близкородственных видов перца. И тогда, отмечаемая нами, нестабильность положения кластера С chacoense относительно других групп видов Capsicum, зависящая от типа маркируемых последовательностей, могла бы отражать величину генетического вклада С chacoense, как предковой формы, в геномы той или иной группы видов-потомков.

Таким образом, основываясь на данных комплексного молекулярного анализа, а также данных морфологии (F.shbaugh, 1980) и межвидовой гибридизации (Tong, Bosland, 1999), цитологического анализа (Pickersgill, 1979), анализа ферментов (Jensen et al., 1979, McLeod et al., 1983) и анализа нуклеотидного полиморфизма спейсера хлоропластных aípB-rbcL генов (Walsh, Hoot, 2001), мы предлагаем выделять следующие комплексы близкородственных видов перца:

комплекс аппиит - дикорастущие и культивируемые формы С. аппиит, С. frutescens, С chínense, а также вид С galapagoense.

комплекс baccatum - дикорастущие С tovarii, С praetermissum, С baccatum var. baccatum и культивируемая форма С. baccatum var. pendulum

комплекс pubescens - дикорастущие виды С eximium, С cardenasii, культивируемый вид С. pubescens.

комплекс chacoense - дикорастущий вид С. chacoense. Анализ генетического разнообразия видов Capsicum chínense и Capsicum frutescens с использованием AFLP-, RAPD-, ISSR-систем молекулярного маркирования. С целью более детального исследования внутривидового генетического разнообразия культивируемых видов перца, был проведен комплексный анализ (AFLP, RAPD, ISSR) 62 образцов С. chínense, представляющих генетическое многообразие основных, естественных ареалов распространения этого вида. Тест Мантела выявил высокую степень корреляции между результатами всех трех анализов и, соответственно, высокую конгруэнтность построенных AFLP-, RAPD-, JSSR-дендрограмм (RAPD/ISSR- 94% сходства, RAPD/AFLP и ISSR/AFLP- по 70% сходства).

Образцы С. chínense на всех трех дендрограммах формируют несколько сходных по составу кластеров (рис. 4). Основная часть образцов (около 72%) образует, так называемый, "chínense" кластер, представленный наиболее типичными образцами вида. Уровень вариабельности внутри этого кластера в среднем составил 0.131±0.005 (AFLP-данные), чго превышает показатель внутривидового полиморфизма, выявленного, например, у другого близкородственного культивируемого вида С. аппиит (0.074±0.006 AFLP-данные). Интересно отметить, что на всех трех AFLP-, RAPD- и ISSR-дендрограммах образцы кластера "chínense" подразделяется на два подкластера А и Т, которые совпадают с ареалами их распространения по странам Атлантического и Тихоокеанского побережья.

Генетическое расстояние

Рис. 4. Дендрограмма генетических различий 56 представителей вида С сЪтепзе, построенная на основе данных АРЬР-анализа с использованием метода ИРОМА (вТАТГвПСА)

Остальные анализируемые образцы С. сЫпете, которые составляли "промежуточный" и "аппиит" кластеры, могли быть неправильно идентифицированы из-за известных трудностей в определении таксономического

статуса у близкородственных видов С. аппиит и С. chínense. (Pickersgill et al., 1988). Предположение, что, по крайней мере, некоторые из этих образцов могут являться гибридными формами видов С. аппиит и С. chínense в настоящее время подтверждено данными генбанка CGN (Нидерланды).

Молекулярный AFLP-анализ 27 образцов, С frutescens, также как и в случае анализа представителей С chínense, выявил кластеризацию по нескольким группам. Большинство образцов (20 из 27) формировали кластер "frutescens", уровень генетических различий которого в среднем составил 0.128±0.006, что сравнимо с вариабельностью, описанных выше типичных представителей С chínense. Образцы остальных кластеров данной дендрограммы, по всей видимости, также могут представлять неправильно классифицированные образцы и/или образцы, имеющие межвидовую гибридную природу.

Таким образом, в результате проведенного анализа были подтверждены видовые статусы С аппиит, С chínense и С frutescens Определены границы их межвидового и внутривидового разнообразия. Показано более тесное родство геномов видов С chínense и С. frutescens. Расширенный анализ представителей этих видов в генетических коллекциях (ВИР, Россия; CGN, Нидерланды) выявил ряд неправильно классифицированных образцов, а также образцы имеющие межвидовое гибридное происхождение. Полученные данные показывают эффективность использования методов молекулярного мультилокусного маркирования для определения видовых границ у перца, в особенности для представителей видов, имеющих сложности таксономической идентификации.

Сравнительный молекулярный RAPD- и ISSR-анализ генетического разнообразия родов Capsicum и Lycopersicon. Молекулярный анализ генетической вариабельности рода Capsicum и, наиболее родственного ему, рода Lycopersicon показал, что диапазон генетического разнообразия представителей последнего превышает выявленное генетическое разнообразие у перца При этом максимальные показатели межвидового полиморфизма были отмечены, например, для пар видов L.esculentum - Lperwíanwn, Lesculentum - Lparviflorum и L hirsutum - L peruvianum. Внутривидовой полиморфизм для некоторых дикорастущих видов томата был также весьма высоким. Межсортовой

полиморфизм L esculentum (0.02-0.08 RAPD/0.02-0.06 ISSR) и С annuum (0.01-0.06 RAPD/0.02-0.08 ISSR) оказались одинаково крайне низки, что совпало с литературными данными о незначительном уровне генетической вариабельности геномов культурных L esculentum и С аппиит, которые были получены с использованием других методов молекулярного анализа (Klein-Lankhorst et al., 1991, Smulders et al., 1997; Paran et al., 1998).

Молекулярный анализ основных адаптивно-значимых семейств генов (генов резистентности, MADS-box генов и генов, кодирующих протеинкиназы) у представителей рода Capsicum. Помимо анализа случайных последовательностей генома перца, проведенного посредством AFLP, RAPD, ISSR, представляло интерес исследование вариабельности адаптивно-значимых семейств генов растений, таких как гены резистентности, MADS-box гены и гены протеинкиназ. Одной из основных черт данного типа последовательностей является наличие консервативных доменов, объединяющих эти гены в семейства и подсемейства.

Для характеристики генетического разнообразия этой части генома у перца впервые был использован метод домен-направленного маркирования (DDP-proflling) и его модификации - методы NBS-маркирования (RGA-profiling), MADS-маркирования (MADS-box profiling) и маркирования генов протеинкиназ (РК-profiling). Данные методы основаны на использовании в селективной амплификации специфических вырожденных праймеров гомологичных последовательностям консервативных доменов исследуемых семейств генов (NBS-домен генов устойчивости, MADS-box домен гомеозисных генов, РК-домен серин/треониновых протеинкиназ) (Van der Linden et al., 2004).

В результате маркирования генов устойчивости и их аналогов (RGAs) было получено 163 полиморфных фрагмента генома Capsicum. При этом каждый вид перца был охарактеризован определенным набором RGA-маркеров, по всей видимости, отражающим специфичность устойчивости к фитопатогенам. Ряд маркеров присутствовали в спектрах лишь отдельных образцов перца Неожиданно высокий уровень полиморфизма (82.9%) RGA-последовательностей был показан для дикорастущих представителей С. аппиит из Никарагуа и Гватемалы, в то

время как уровень полиморфизма сортов С. аппиит был крайне низок и составил 28.6%. Столь значительные отличия между 1ША-генотипами дикорастущих и культивируемых представителей С аппиит, с одной стороны, могут отражать ограниченность пула генов устойчивости, вовлекаемых в селекцию при создании сортов перца, а с другой стороны, выявлять тот генетический потенциал дикорастущих образцов, который мог бы быть использован в будущих селекционно-генетических работах, (рис. 5).

Рис. 5 ЯСА-спектры образцов перца, полученные с использованием праймеров ЫВ85А+1ЧВ5б (приведен фрагмент геля, стрелками указаны секвенированные КОА-фрагменты)

Секвенирование полиморфных 1ЮА-фрагментов спектра МВ85А+6/Мзе1 показало, что около 43% из них гомологичны последовательностям уже известных генов устойчивости или ЯОАз. Фрагменты, для которых не была выявлена гомология ни с одним из ранее выявленных ИСАв, могут представлять собой последовательности неизвестных на сегодняшний день генов резистентности (возможно генов не представленных в базе данных в виде полноразмерных копий) или же являться сильно измененными 1ША-псевдогенами.

Исследование полиморфизма семейства гомеозисных МАВБ-Ьох генов и генов, кодирующих протеинкиназы перца, как и в случае 1ША-маркирования, позволило выявить целый ряд видо- и комплексоспецифичных фрагментов генома

перца. Для большинства исследованных образцов перца были получены индивидуальные спектры MADS- и РК-фрагментов.

В целом, как и предполагалось, полиморфизм MADS-фрагментов Capsicum оказался ниже, чем полиморфизм RGA-фрагментов. Так, например, для С. chacoense процент полиморфных MADS-фрагментов составил 26.4, в то время как полиморфизм RGAs этого вида составил 43%. Сходные значения получены для образцов видов С chínense и С baccatum. Данные о более низкой вариабельности MADS-box генов согласуется с представлениями о природе этого семейства последовательностей, которое в отличие от быстро эволюционирующего RGA-семейства являются более консервативными (Theissen et al., 2000).

Проведенный молекулярный анализ полиморфизма семейства генов протеинкиназ также выявил относительно низкий уровень вариабельности РК-фрагментов у перца, по сравнению с RGA-полиморфизмом (рис. 6). Исключение составили представителей видов С frutescens, С chínense (около 50%). Вместе с тем, аналогично результатам RGA-маркирования дикорастущие представители С аппиит, отличались значительным полиморфизмом как MADS-, так и РК-последовательностей. Около 85% и 83.3% полиморфных фрагментов, соответственно, было обнаружено в спектрах представителей этой подгруппы С аппиит, что сравнимо с межвидовой вариабельностью адаптивно-значимых семейств генов у перца.

Рис. 6. РК-спектры образцов перца, полученные с использованием праймера РК4 (приведен фрагмент геля, стрелками указаны секвенированные РК-фрагменты)

Секвенирование полиморфных фрагментов спектров РК4/Мге/ выявило ряд ранее неизвестных последовательностей генома перца, гомологичных генам протеинкиназ томата LePK2, LePK3, LePK5 и картофеля StPKl. Выявленные RGA-и РК-фрагменты генома перца в дальнейшем могут быть использованы для разработки специфических SCAR-маркеров, а так же насыщения генетической и молекулярной карт Capsicum.

С целью определения филогенетического родства семейств генов видов рода Capsicum был проведен кластерный анализ результатов DDP-маркирования генома перца. В результате чего было показано, что филогения Capsicum, основанная на данных о полиморфизме RGA-, MADS-, РК- последовательностей в целом сходна с филогенией этого рода, основанной как на морфологических данных, так и данных молекулярного анализа селективно-нейтральных маркеров генома перца.

Таким образом, было показано, что DDP-маркирование позволяет оценить уровни биоразнообразия отдельных адаптивно-значимых семейств генов перца, выявлять ранее неизвестные последовательности генов этих семейств, а также может быть использовано для реконструкции филогений видов растений.

Молекулярный анализ микросатсллитпых локусов ядерной и хлоропластной ДНК перца. В отдельную задачу был выделен SSR-анализ генома и пластома представителей рода Capsicum. Микросателлитный анализ пластома перца проводился с использование 6 праймерных пар гомологичных последовательностям хлоропластной ДНК табака (Bryan et al, 1999). Все использованные праймеры приводили к амплификации фрагментов хлДНК перца ожидаемого размера. Это говорит о незначительной дивергенции пластомных последовательностей у разных родов сем. Solanaceae и предполагает возможность использования этих праймеров для исследования других представителей данного семейства.

Показатель информативности использованных прймерных пар был достаточно высок (0.35-0.95), что позволило выявить полиморфизм длин cpSSR-последовательностей у 43 представителей 10 видов Capsicum (табл. 1). Всего при анализе ДНК пластомов представителей Capsicum было выявлено 33 аллелт.ных варианта шести микросателлитных локусов. При этом для каждого анализируемого

Табл. 1. Информативность исследованных микросателлитных праймеров.

Локус Виды Capsicum С. аппиит

Информатив ность(Н) Число детектируемых аллельных вариантов Информатив ность(Н) Число детектируемых аллельных вариантов

NTC6 0.78 6 0.00 1

NTC8 0.35 2 0.08 2

NTC9 0.91 б 0.20 2

тс 12 0.64 4 0.00 1

NTC14 0.95 8 - -

NTC23 0.79 5 - -

вида Capsicum был идентифицирован индивидуальный гаплотип хлоропластной ДНК. Такие виды перца, как С. galapagoense, С. pubescens, С cardenasii, С. eximium и С. chacoense характеризовались видоспецифичными аллельными вариантами cpSSR-локуеов. Кроме того, анализ позволил выявить более высокий полиморфизм пластома С. baccatum по сравнению с другими видами перца Интересно отметить, что столь высокий внутривидовой полиморфизм не был отмечен при анализе других молекулярных маркеров тех же представителей С.baccatum. Исследование микросателлитных локусов представителей С. аппиит (28 образцов), наоборот, показало крайне низкую степень полиморфизма хлДНК этого вида: cpSSR-локуш были либо мономорфны (локусы NTC6, NTC12), либо характеризовались только двумя аллельными вариантами (локусы NTC8, NTC9). При этом у подавляющего большинства образцов детектировался один аллельный тип исследованных локусов. Другой аллельный вариант встречался крайне редко и только у дикорастущих представителей С. аппиит (рис. 7). Помимо cpSSR-анализа в нашей работе также был проведен анализ полиморфизма SSR-локусов ядерной ДНК представителей перца. Из-за отсутствия данных о микросателлитных локусах Capsicum в исследовании использовались праймеры, разработанные к SSR-локусам картофеля и томата, как наиболее родственным перцу родам семейства Solanaceae. Однако из 26 праймерных пар только четыре позволили амплифицировать последовательности микросателлитных локусов (LEGAST1F, SSR1F, STMAC47F и STRBCSlbF) у перца.

У 33 представителей 10 видов Capsicum всего было выявлено 26 аллельных вариантов. При этом виды С galapagoense, С eximium, С pubescens, С chacoense, С praetermissum характеризовались уникальными аллельными вариантами. Наибольшим уровнем полиморфизма (9 аллельных вариантов) у перца отличался локус SSRI.

Таким образом, в результате микросателлитного анализа пластома представителей рода Capsicum для каждого анализируемого вида перца был идентифицирован индивидуальный гаплотип хлоропластной ДНК. При этом для ряда дикорастущих видов Capsicum были выявлены видоспецифичные аллельные варианты микросателлитных локусов пластома. Крайне низкая степень полиморфизма хлДНК была показана для образцов вида С аппиит, что подтвердило генетическую консервативность этого вида. Наибольшей внутривидовой вариабельностью cpSSR-локуеов отличался пластом С baccatum.

Микросателлитный анализ ядерной ДНК показал ограниченную возможность использования праймеров, разработанных к ядерным SSR-локусам генома картофеля и томата, для маркирования генома перца, что говорит об ограниченной синтении генома перца и представителей родов томат и картофель в сравнении с взаимным сходством геномов томата и картофеля.

Исследование нуклеотидного полиморфизма последовательности гена 5.8S рРНК и транскрибируемых спейсерных участков (ITS1, ITS2) рибосомного оперона у видов рода Capsicum. Впервые у представителей 9 видов рода Capsicum был проведен анализ нуклеотидных последовательностей ITS1-5.8S-ITS2 района рибосомного оперона. Согласно результатам предварительной амплификации этого района у индивидуальных растений видов перца был выявлен полиморфизм амплифицированных ITS-фрагментов не только по размеру, но и по их числу в спектрах. Так, у большинства анализируемых представителей видов перца амплифицировалось по два ITS-фрагмента. Фрагмепт длиной 735 п.н. присутствовал в спектрах всех образцов перца. Второй, более короткий фрагмепт, несколько различался по длине у разных видов Capsicum. Так, спектры видов С galapagoense, С praetermissum, С. baccatum, С аппиит характеризовались наличием дополнительного фрагмента длиной 690 п.н., в то время как у двух образцов вида С. chinense амплифицировался 675 п.н. фрагмент (рис. 8). ITS-

спектры видов С. eximium, С. cardenasii, С. pubescens содержали по одному фрагменту размером 735 п н.

M 123456789

750 п н

700 п.н_^

650 пн_^

Рис. 8. Результаты PCR амплификации района ITS1-5.8S-ITS2.

I- Lperuvianum, 2- С cardenasii, 3- С galapagoense, 4- C.pubescens, 5- C.baccatum,

6, 7- С chínense, 8- С chacoeme, 9- С.аппиит, M-1 kb ladder (GibcoBRL).

Ранее такой полиморфизм длин амплифицированных ITS-фрагментов и одновременное присутствие в геноме двух различающихся по длине копий ITS1-5.8S-ITS2 района не был описан ни для Solanaceae, ни для других представителей высших растений. Исключение составили виды рода Lophocereus (сем. Cactaceae), у которых были идентифицированы две, функциональная и нефункциональная (псевдогенная), копии ITS-района (Hartmann et al., 2001).

С целью детального анализа первичной последовательности ДНК ITS-фрагментов у представителей рода Capsicum как длинные (ITSL), так и короткие (ITSS) фрагменты рДНК были элюированы из геля, клонированы в векторе pGEM-Т и секвенированы. В результате были получены сиквенсы 20 ITS-фрагментов 14 индивидуальных растений представителей 9 видов перца.

Сравнительный анализ секвенированных последовательностей показал, что степень гомологии ITSL и ITSS для разных видов перца была достаточно высока и в среднем составила 70.1-74.6%. Однако, что интересно, гомология между последовательностями ITSL различных видов (68.0-74.8%ITSl/ 82.0-84.4%5.8S/ 70.1-76.6%ITS2) оказалась сопоставима с уровнем внутригеномной вариабельности, выявленной между ITSL и ITSS фрагментами растения одного образца. Гомология же между фрагментами ITSS для тех же видов Capsicum была несколько ниже и составила 53.7-61.1%ITS1/ 72.1-76.8%5.8S/ 59.9-64.6%ITS2. Таким образом, по последовательности ITSS фрагмента наблюдался больший межвидовой полиморфизм. Содержание GC ITS1 района длинного фрагмента -ITSL, на примере С. аппиит (сорт Здоровье), составило 49.8% (129/259), 5.8S-reHa - 42.4%(73/172) и ITS2 -53.1% (138/260). Интересно, что расчеты для ITSS этого же образца показали некоторое увеличение числа GC пар 55.0% ITS 1/ 43.0% 5.8S/ 54.4% ITS2.

cha#4L

cha#7L

ang#39L

ann#49L

ann#4 0L

ann#43L

gal#lL

bac#19L

bac#l9S

gal#1S

praitlOS

ang#39S

ann#4 9S

cha#4S

chi#5

chi#30

pub#l6

cha#7S

cha#4L

cha#7L

ang#39L

ann#4 9L

ann#40L

ann*43L

gal#lL

bac#19L

bac#19S

gal#lS

pratlOS

ang#39S

ann#49S

cha#4S

chi#5

chi#30

pub#16

cha#7S

ITSl

►

AACCTGCAGAAGGATOATTGCCAAAACCTGTATAGCAGAATGACCTA-CGAACGTGTTTAACAACTGGGGAGCCCACGTGGGCAGAGTGATTTGGCCCTC AACCTGCAGAAGGATCATTGCCAAAACCTGTATAGCAGAATGACCTA-CGAACGTGTTTAACAACTGGGGAGCCCACGTGGGCAGAGTGATTTGGCCCTC AACCTTCGGAAGGATCATTGTTAAAACCTGCATAGCAGAATGACCCA-CGAACGTGTTTAACAACTGGGGAGCCCACGTTGGCAGAGTGCTTCAGCCCTC AACCTGCCGAAGGATCATTGTCAAAACCTGCATAGTAGAATGACCCA-CGAACATGTTTAACAACTGGGGAGCCCACGTTGGCAGNGTGCTTCAGCCCTC AACCTGCGGAAGGATCATTGTTAAAACCTGCATAGCAGAATGACCCA-CGACCGTGTTTAACAACTGGGGAGCCCACGTTGGCGGAGTGCTTCAGCCCTC AACCTCGGGAAGGATCATTGTTAAAACCTGCATAGCAGAATGACCCC-CGACCGTGTTTAACAACTGGGGAGCCCACGTIGGCGGAGTGCTTCAGCCCTC

AACCTG------------TCTAAAAATATTCATAGCANGNTGACCCA-CAAACGTGTTTAACAACTGGGGAGCCCACGTTGGCGGAGTGCTTCAGTCCTC

----TCTGAAAGGATCATTGTCAAAACTCGTATAGCAGAATGACCCA-CGAACGTGTTTAATAACTGGGGAGCCCACGAGGGCGGATTGCTTCGTCCCTC

AACCTGCGGAAGGATCATTGTCCAAACCTGCACAGCAGAATGACCCCGCGAACGTGTTTAACAAATGGGCAGTCCGCGCGGACGGGGTGCTCTGGAACTC

AACCTGCG---------------AAAAGATCATGGCACCAACGACCCGTAAATGTTTTTAACAACTGGGGATTCTGTGCAGGCGAGGTGCTACGGTACTC

AACCTGCGAAAGGATCACTGTCAAAACCTGCACAGCAAAATGACCCG-CGAACTTGTTTAACAACTTAGGAGTCCGCGTGGGTGGGATTCTATAACACTC AACCTGCGGAAGGATCATTGTTGAAACCTGCACAGCAGAACGATCCA-CGAACGTGTTTAACAACTGGGGAGACCGCGCGGGCGGGATGCTATGAAACTC AACCTGCGGAAGGATCATTGTTGAAACCTGCACAGCAGAACGATCCA-CGAACGTGTTTAACAACTGGGGAGACCGCGCGGGCGGGATGCTATGAAACTC AACCTGCGGAAGGATCATTGTTGAAACCTGCACAGCAGAACGATCCA-CGAACGTTTTTAACAACTGGGGAGACCGCGCGGGCGGGATGCTATGAAACTC AACCTGCGGAAGGATCATTGTCGAA-CCTGCACAGCAGAACGACCCCGCGAACGTGTTTAACAATTGGGGAGTCCGCACGGGCGGGGTGCTCCGGCACTC AACCTGCGMAAGGATCATTGTCGAA-CCTGCACAGCAGAACGACCCCGCGAACGTGTTTAACAATTGGGGAGTCCGCACGGGCGGGGTGCTCCGGCACTC AACCTACGAAAGGATCATTGTCAAAACCTTCAAAGTAGAATGACCCG-CGAACGTGTTTAACAACTGGGGAGTCCGCGCGGATGGGGTGCTCCGGCACTC

AACCTGCAGAAGTTTCATTGTCAAAACCTGCGCAACAGAATGACCCG-CAAftCATTTTTGACAACTGGGGAGTCCGCGCGGGTGGGGTGCTATGAAAGTT ** * * * * + + * * ** * * * * * * * +

AGCATGACAACCTTTTC-TTGTCCTCGGTGCATGCACCCAGTACGCTCTTCGGGCGACTAATGAACCCCAACGCAAAAATCACCAAGGAATACTCAAATT AGCATGAGAACCTTTTC-TTGTCCTCGGTGCATGCACCCAGTACGCTCTTCGGGCGACTAATGAACCCCAACGCAAAAATCACCAAGGAATACTCAAATT AGCACNAGAACCTTCCC-TTGTCCTCAGTGCATGCACCCAGTACGTGCGTTGGGCGACTAATGAACCCCAACGCAGAAAGCACTAAGGAATACTTAAATT AGCACTAGAACCTTCCC-TCGTCCTCAGTGCATGCACCCAGTACGCGCGTTGGGCGACTAATGAACCCCAACGCGAAAAGCACTAAGGAATACTTAAATT AGCACGAGAACCTTCCC-TCGTCCTCGGTGCATGCACCCAGTACGCGCGTCGGGAGACTAATGAACCCCAACGGGAAAAGCACCAAGGAATACTTAAATT AGCACGAGAACCTTCCC-TCGTCCTCGGTGCATGCACCCAGTACGCGCGTCGGGAGACTAATGAACCCCAACGTGAAAAGCACCAAGGAATACTTAAATT AGCACGAGAACCTTCCC-TCATCCTCGGTGCATGCACCCAGTATGCGCGCCGGGCGACTAATGAATACCAACGCAAAAAGCACCAAGGAATACTTAAATT AGCACGAGAACCTTCCC-TCATCCTCGGTGCACGCACCCAGTACACGTGTCGGGCGACTAATGAACCCCAATACCAAAAGCACTAAGGAATACTCAAATT

CGTACGAGCGCCTCCCC-CCGTCC-------------------------------------------CCGACGCAGAAAGCACTAAGGAATACTTGAATC

CGCACGAGCATCTCCCCCTCGTCC-------------------------------------------CCGATGCGGAAAGCACCAAGGAATACTTAAATC

CGTACGATCGCCTCCCCCTCGTCC-------------------------------------------CTGGCGCGGAAAGCGCCAAGGAATACTTAAATC

CGCACGAGCGCCTCCCC-TTTTCC-------------------------------------------CCAGTGCGGAAAGTGCCAAGGAATACATAAATC

CGCACGAGCGCCTCCCCCCCGTCCTCGGTGC-------------GCGCGCCGGGCAACCAACGAACTCCGGCGCGGAAAGCGCCAAGGAATACTTGAATC

CATACGAGCACTCCCCCTCTTTCGTGCGTTG--------AGCGCGCGCGTCGGGCGACTAACAATCCCTGACGTGGAAAGCACCAAGGAATACTTAAATC

TGGATGATCGCCTCCCCCTTGTCC------------------------------------------CCGACATGGAAATAGCCAAGTAATACTTACATC

* * ** * *** * **■*■ ***** **

Рис 9. Выравнивание последовательностей области ITS 1-5 8S-ITS2 фрагментов ITSL и ITSS видов Capsicum (приведен фрагмент выравнивания)

Выравнивание полученных первичных последовательностей ITSL и ITSS

перца показало наличие у 7 представителей 5 видов С galapagoense, С chacoense, С praetermissum, С. baccatum, С аппиит одинаковой 43-нуклеотидной делеции в ITSS с 126 п.н. по 169 пл. относительно начала ITS1 фрагмента (рис 9).

Таким образом, в результате проведенного исследования была выявлена внутригеномная вариабельность ITS-последовательностей у Capsicum В геномах индивидуальных растений большинства видов присутствовали по два дивергентных типа рДНК- ITSL и ITSS, различающихся 43-нуклеотидной делецией в области спейсера ITS1 (рис. 9). Как мы предполагаем, данные типы рДНК, поддерживаются и эволюционируют в геноме перца независимо, что может быть связано с наличием у различных видов перца нескольких локусов рибосомных оперонов (от 2 до 14), расположенных на разных хромосомах (Youn et al, 1999).

Не смотря на высокую популярность использования последовательностей генов рРНК и их спейсерных участков для выяснения филогенетических отношений между таксонами, полученные нами данные говорят об ограниченной возможности их применения для некоторых родов (видов). Филогенетический анализ на их основе предполагает необходимость предварительного выявления всех возможных паралогичных копий рибосомного оперона, присутствующих в геноме.

В любом случае данные представленные в этой работе могут быть использованы для дальнейшего изучения организации генов рРНК, а также структуры генома перца в целом.

ВЫВОДЫ

1. На основе AFLP-, RAPD-, ISSR-маркирования 142 представителей 11 видов перца было идентифицировано 1856 полиморфных ДНК-фрагментов и определены уровни межвидового и внутривидового полиморфизма генома перца. Установлено, что уровень межвидовых различий исследованных представителей рода Capsicum варьирует в пределах 0.14-0.31. Анализ внутривидовой вариабельности (С. аппиит, С. frutescens, С chínense) показал, что культивируемые формы вида С аппиит характеризуются наименьшим уровнем геномного полиморфизма (0.074±0 007), в то время как генетическое разнообразие

представителей видов С frutescens и С chínense было более высоким и составило 0.128±0.009 и 0.131±0.002, соответственно.

2. В результате DDP-маркирования определены уровни полиморфизма семейств генов устойчивости к фитопатогенам (RGA), гомеозисных MADS-box генов и генов, кодирующих протеинкиназы (РК) перца. Идентифицированы RGA-и РК-фрагменты, гомологичные известным последовательностям геномов различных видов растений. Среди 15 RGA-фрагментов генома Capsicum, выявлены последовательности, гомологичные гену Bs2, определяющему устойчивость к бактериальной пятнистости у L. esculentum и гену Mi, обусловливающему устойчивость к корневой нематоде томата. Также идентифицировано 15 РК-фрагментов перца, гомологичных генам протеинкиназ томата LePK2, ЬеРКЗ, LePK5 и картофеля StPKl.

3. На основе данных анализа нуклеотидного полиморфизма внутренних транскрибируемых спейсеров (ITS) генов рибосомных РНК перца показано одновременное присутствие в геномах индивидуальных растений видов С galapagoense, С chacoense, С. praetermissum, С baccatum, С аппиит двух дивергентных типов рДНК- ITSL и ITSS, различающихся наличием 43-нуклеотидной делении.

4. Установлена ограниченная возможность использования праймеров, разработанных к ядерным микросателлитным локусам генома картофеля и томата, для маркирования генома перца. Из 26 исследованных SSR-локусов только 4 могли быть амплифицированы у представителей рода Capsicum При этом было выявлено 26 аллельных вариантов данных локусов. Для таких видов, как С galapagoense, С eximium, С pubescens, С chacoense, С. praetermissum идентифицированы видоспецифичные аллельные варианты

5. В результате микросателлитного анализа пластома представителей рода Capsicum для каждого вида перца идентифицирован индивидуальный гаплотип хлоропластной ДНК и выявлены видоспецифичные аллельные варианты cpSSR-локусов С. galapagoense, С. cardenasii, С pubescens, С. eximium и С. chacoense

6. На основе данных о полиморфизме молекулярных маркеров подтверждены видовые статусы близкородственных таксонов С аппиит, С. frutescens, С chínense; С. baccatum, С. praetermissum и установлены филогенетические связи между 11 видами перца. Подтверждена и дополнена

классификация рода Capsicum, подразделяющая его на комплексы близкородственных видов:

комплекс аппиит, который включает дикорастущие и культурные формы С аппиит, С frutescens, С chinense, а так же вид С galapagoense;

комплекс baccatum, который включает дикорастущие виды С. tovarii, С. praetermissum, С baccatum var. baccatum и культивируемую разновидность С. baccatum var. pendulum;

комплекс pubescens, который включает дикорастущие виды С. eximium, С. cardenasii и культивируемый вид С pubescens;

комплекс ckacoense, который включает дикорастущий вид С. chacoense.

ПУБЛИКАЦИИ ПО МАТЕРИАЛАМ ДИССЕРТАЦИИ

1. Рыжова H.H., Пышная О.Н., Кочиева Е.З RAPD-анализ гибридов перца.//Сельскохозяйствениая биология 2000. №5 С. 104-106.

2. Рыжова H.H., Пышная О.Н., Мамедов МИ., Кочиева Е.З "Использование RAPD- и SSR-методов для маркирования генома видов, сортов и гибридов перца".// Международная научно-практическая конференция «Селекция и семеноводство овощных культур в XXI веке". Москва, 2000. Т.З. С.167-169

3. Рыжова H.H.. RAPD маркирование сортов и видов перца./ЛГезисы докладов П съезда Вавиловского общества генетиков и селекционеров. С.-Петербург, 2000. T.I. С.65.

4. Кочиева Е.З, Рыжова H.H. Использование PCR-амплификации на основе сателлитных последовательностей для маркирования генома различных видов перца.// Сельскохозяйственная биология. 2001. №1. С.94-97.

5. Рыжова H.H. Выявление полиморфизма генома перцев методом ISSR-анализа //Тезисы докладов научной конференции памяти Грсгора Менделя. Москва, 2001 С.115,И6.

6. Кочиева Е.З, Рыжова H.H., Храпалова И.А., Пухальский В.А. Использование метода RAPD анализа в определении генетического полиморфизма и филогенетических связей у представителей рода Licopersicon (Tourn.) МШ.//Генетика. 2002. Т.38 №9. С1298-1303.

7. Кочиева Е.З, Рыжова H.H., Храпалова И.А., Пухальский В.А. Определение генетического полморфизма и филогенетических связей у представителей рода Lycopersicon (Tourn.) Mill. методом маркирования межмикросателлитных последовательностей (ISSRy/Генетика. 2002. Т.38. №8. С.1133-1142.

8. Храпалова И.А., Рыжова Н.Н., Пухальский В.А., Кочиева Е.З. Филогенетические отношения видов рода Lycopersicon (Tourn.) Mill, и молекулярные данные RAPD- и ISSR-анализов. /Генетические коллекции овощных растении. С -Петербург, 2001. С.244-251 .

9 Храпалова И.А., Рыжова Н.Н., Пухальский В.А., Кочиева Е.З Использование молекулярных методов для определения филогенетических отношений видов рода Lycopersicon (Tourn.) Mill./ЛГезисы докладов международной научно-практической конференции «Генетические ресурсы культурных растений». С.-Петербург, 2001. С.463-465.

10. Рыжова Н.Н., Горюнова С.В., Томилов А.А., Кочиева Е.З. Выявление двух типов внутренних транскрибируемых спейсеров (ITS) рДНК в геноме представителей рода Capsicum.// Доклады Академии Наук. 2002. Т.387. №2. С.282-285.

11. Кочиева Е 3., Рыжова Н.Н. Молекулярное AFLP маркирование генотипов сортов перца (Capsicum аппиит).//Генетика. 2003 Т.39. №12. С.1589-1593

12. Рыжова Н.Н., Кочиева Е.З Анализ микросателлитных локусов хлоропластного генома перца (род Capsicum).// Генетика. 2004. Т.40. №8.С.892-896.

13. Kochieva E.Z., Ryzhova N.N., van Dooijeweert W., Boukema I.W., Arens P. Assessment of genetic relationships in the genus Capsicum using different DNA marker systems.// XIIth EUCARPIA. Noordwijkerhout, the Netherlands, 2004. P. 44-50.

14. Kochieva E.Z., Ryzhova N.N., van Dooijeweert W., Boukema I.W., Arens P Genetic diversity among Capsicum chmense Jacq. accessions revealed by different molecular marker systems.//XIIth EUCARPIA. Noordwijkerhout, the Netherlands, 2004. P.54.

15. Рыжова H.H., Кочиева Е.З. AFLP анализ внутривидового генетического разнообразия вида перца С. frutescens //Тезисы докладов III съезда Вавиловского общества генетиков и селекционеров. Москва, 2004. С.264.

16. Рыжова Н.Н., Кочиева Е 3 Полиморфизм микросателлитных локусов цитоплазматичсского генома перца (род Capsicum) Тезисы докладов ГО съезда Вавиловского общества генетиков и селекционеров. Москва, 2004. С.119.

Издательство ООО "МАКС Пресс". Лицензия ИД № 00510 от 01.12.991. Подписано к печати 19.10.2004 г. Формат 60x90 1/16. Усл.печ.л. 1,5. Тираж 100 экз. Заказ 1061. Тел. 939-3890,939-3891,928-1042. Тел./факс 939-3891. 119992, ГСП-2, Москва, Ленинские горы, МГУ им. М.В.Ломоносова. 2-й учебный корпус, 627 к.

»24866

РНБ Русский фонд

2005-4 34009

Содержание диссертации, кандидата биологических наук, Рыжова, Наталья Николаевна

ВВЕДЕНИЕ

Глава 1.Обзор литературы

1.1. Род Capsicum L.: морфологическая, таксономическая и генетическая характеристика.

1.1.1. Общая морфологическая характеристика рода Capsicum L.

1.1.2. Систематика рода Capsicum L.

1.1.3. Эволюционно-филогенетические исследования культурных и дикорастущих видов рода Capsicum. Гипотезы происхождения культурных видов перца.

1.1.4. Происхождение и филогения культурных видов рода Capsicum L.

1.1.5. Внутривидовой полиморфизм представителей рода Capsicum L.

1.2. Уникальные последовательности генома растений

1.3. Характеристика основных семейств генов растительного генома.

1.3.1. Семейство генов устойчивости растений.

1.3.1.1. Общая характеристика семейства генов резистентности.

1.3.1.2. Эволюция генов резистентности.

1.3.2. Семейство MADS-box генов.

1.3.2.1. Общая характеристика семейства MADS-box генов.

1.3.2.2. « ABC модель» и семейство MADS-box генов.

1.3.3. Семейство генов протеинкиназ растений.

1.3.3.1. Общая характеристика генов протеинкиназ и их функции.

1.3.3.2. Классификация протеинкиназ

1.4. Повторяющиеся последовательности генома растений.

1.4.1. Фракция высокоповторяющейся ДНК.

1.4.1.1. Микросателлитные повторы.

1.4.1.2. Хлоропластные микросателлиты

1.4.2. Фракцияумеренноповторяющейся ДНК: гены рРНК и их спейсерные участки

1.4.2.1. Общая структурно-функциональная характеристика рДНК.

1.4.2.2. Согласованная эволюция повторов рДНК. 45 1.4.3. Фракция умеренно-повторяющейся ДНК: мобильные элементы генома растений 47 1.5. Молекулярные методы анализа растительного генома.

Глава 2. Материалы и методы.

Глава 3. Результаты и обсуждение.

3.1. Использование молекулярных систем AFLP-, RAPD- и ISSR-маркирования для исследования генома рода Capsicum.

3.1.1. Анализ генома видов и сортов рода Capsicum методом AFLP.

3.1.1.1. AFLP-анализ межвидового полиморфизма рода Capsicum

3.1.1.2. AFLP-анализ внутривидового полиморфизма рода Capsicum

3.1.1.3. Использование метода AFLP для определения филогении видов рода Capsicum.

3.1.2. Анализ генома представителей рода Capsicum RAPD-методом. 3.1.2.1. RAPD-анализ межвидового и внутривидового полиморфизма и определение филогении видов рода Capsicum.

3.1.3. Анализ генома видов и сортов рода Capsicum методом ISSR-маркирования межмикросателлитных последовательностей. 86 3.1.3.1. ISSR-анализ межвидового и внутривидового полиморфизма и определение филогении видов рода Capsicum

3.1.4. Комплексный анализ генетического разнообразия видов Capsicum chinense и Capsicum frutescens с использованием AFLP-, RAPD-, ISSR-систем молекулярного маркирования.

3.1.5. Комплексный анализ генома рода Capsicum с использованием

AFLP-, RAPD-, ISSR-систем молекулярного маркирования.

3.1.6. Сравнительный молекулярный RAPD- и ISSR-анализ генетического разнообразия родов Capsicum и Lycopersicon. Мб

3.2. Молекулярный анализ основных адаптивно значимых семейств генов (генов резистентности, MADS-box генов и генов, кодирующих протеинкиназы) у представителей рода Capsicum. НО

3.2.1. Молекулярный анализ семейства генов резистентности у представителей рода Capsicum

3.2.1.1. Общая характеристика полиморфизма RGA-фрагментов видов перца, выявленного при использовании метода NBS-маркирования.

3.2.1.2. Использование метода NBS-маркирования для определения филогении RGA-семейства у Capsicum.

3.2.1.3. Анализ нуклеотидных последовательностей полиморфных RGA-фрагментов.

3.2.2. Молекулярный анализ семейства MADS-box генов и их аналогов у представителей рода Capsicum

3.2.2.1. Общая характеристика полиморфизма MADS-box содержащих последовательностей генома перца, выявленных при использовании метода MADS-маркирования.

3.2.2.2. Использование метода MADS -маркирования для определения филогении семейства MADS-содержащих последовательностей у Capsicum.

3.2.3. Молекулярный анализ семейства генов протеинкиназ у представителей рода Capsicum

3.2.3.1. Общая характеристика полиморфизма последовательностей генома перца, содержащих киназный домен и выявленных при использовании метода РК-маркирования.

3.2.3.2. Использование метода РК-маркирования для определения филогении семейства генов протеинкиназ перца.

3.2.3.3. Анализ нуклеотидных последовательностей полиморфных

РК- фрагментов.

3.3. Молекулярный анализ микросателлитных локусов генома перца.

3.3.1. Общая характеристика полиморфизма SSR-локусов хлоропластной ДНК.

3.3.2. Детекция полиморфизма ядерных микросателлитных локусов.

3.4. Исследование нуклеотидного полиморфизма последовательности гена 5.8S и транскрибируемых спейсерныхучастков (ITS1, ITS2) рибосомной ДНК видов рода Capsicum.

Введение Диссертация по биологии, на тему "Молекулярное маркирование генома перца"

Перец (род Capsicum, сем. Solanaceae), наряду с томатом и картофелем, является одной из основных овощных культур, однако, в отличие от последних представляет собой один из наименее исследованных родов этого семейства. Несмотря на то, что 5 из 27, выделяемых на сегодняшний день, видов перца широко культивируются (Pickersgill, 1997), представители рода Capsicum изучены весьма скудно как в генетическом, так и молекулярном плане.

Данные по систематике рода Capsicum весьма противоречивы (Eshbaugh, 1980; Walsh, Hoot, 2001). Со времен появления перца в Европе и до последнего времени систематики не имели единого мнения по поводу критериев, определяющих границы рода и отдельных его видов. Некоторые описывали свыше 100 видов, в то время как другие выделяли лишь несколько видов, составляющих этот род (Eshbaugh, 1980). Огромное число видовых синонимичных названий возникало из-за того, что многие систематики использовали в своих классификационных описаниях признаки, связанные с морфологией плода (форма, цвет, размер, острота), большое разнообразие которых, в особенности у культивируемых образцов, является результатом отбора из дикорастущих и полукультурных популяций мутантных форм перца (Eshbaugh, 1980; Bosland, Votava, 2000).

При отмечаемом фенотипическом полиморфизме рода Capsicum многие виды, тем не менее, имеют перекрывающуюся морфологию, что в первую очередь относится к таким близкородственным таксонам перца как С. аппиит, С. frutescens и С. chinense; С. baccatum и С. praetermissum; С. eximium и С. cardenasii. Часто идентификация, основывающаяся лишь на отдельных данных, как, например, морфологическом анализе, бывает весьма затруднительна. Кроме того, так как г барьеры видовой изоляции у Capsicum не строги (Smith, Heiser, 1957; Lippert et al., 1966; Pickersgil, 1966; Eshbaugh, 1980; Walsh, Hoot, 2001; Бухаров, 2001), в результате межвидовой гибридизации особенно близкородственных видов может наблюдаться все разнообразие фенотипически промежуточных форм, что сильно запутывает видовую идентификацию (Eshbaugh, 1980). Исследование запасных белков семян (Panda et al., 1986) и анализ полиморфизма изозимных локусов у представителей таких видов Capsicum (Jensen et al., 1979) зачастую показывает невозможность четко выделить отдельные таксоны. Схожие трудности в идентификации возникают и при использовании цитологического анализа (Pickersgill, 1979). Все это указывает на необходимость использования дополнительных диагностических методов, в том числе и высокоразрешающих систем молекулярного маркирования.

Помимо изучения филогении рода Capsicum, актуальны вопросы, связанные с анализом внутривидового геномного полиморфизма перца. Генетическое разнообразие внутри таксона имеет, как известно, важное значение, как для генетиков, систематиков, так и для селекционеров. Эволюционные исследования, таксономические классификации и селекционные схемы базируются на использовании информации о генетической вариабельности таксонов (Prince et al., 1992). Однако, что касается Capsicum, эта тема остается мало изученной. Большая часть биохимических и молекулярных исследований была сфокусирована в основном на анализе одного из культивируемых видов перца - С. аппиит (Paran et al, 1998; Prince et al, 1992; Rodriguez et al, 1999), в то время как потенциал биоразнообразия остальных культивируемых видов упускался из виду. Между тем не исключено, что именно они могут стать полезными донорами агрономически важных свойств, в том числе устойчивости к фитопатогенам и вредителям. Так, например, по данным Pickersgill (1980) среди культурных видов перца С. frutescens, С. chínense, С. baccatum ряд образцов характеризуется устойчивостью к фитофторе, вилту, бактериальной листовой пятнистости, вирусу мозаики огурца и картофельному вирусу Y, а также к другим патогенам. В связи с нестрогими барьерами межвидовой изоляции у Capsicum (Pickersgill, 1980), исследование генетических ресурсов дикорастущих видов перца для целей селекции при создании новых улучшенных сортов также может быть весьма актуальным (Тимина, Балашова, 1983; Мамедов, Пивоваров, 2002).

С учетом такой малой исследованности рода, целью данной работы явился комплексный молекулярный анализ генома Capsicum, который позволил бы, во-первых, оценить потенциал меж- и внутривидового генетического разнообразия рода, а так же сравнить его с генетическим разнообразием наиболее близкого ему рода Lycopersicon. И, во-вторых, позволил бы подтвердить таксономический статус каждого образца, а так же определить филогению взятых в анализ культурных и дикорастущих видов перца Для достижения поставленных целей сформулированы следующие задачи:

3. Охарактеризовать последовательности внутренних транскрибируемых спейсерных участков (ITS 1, ITS2) и гена 5.8S рРНК рибосомного оперона у видов рода Capsicum.

5. Используя метод cpSSR-анализа провести исследования полиморфизма хлоропластного генома перца. Описать межвидовой и внутривидовой полиморфизм данного типа маркеров у представителей рода Capsicum.

6. На основе комплексного молекулярного маркирования генома перца установить филогенетические связи между видами рода Capsicum.

Заключение Диссертация по теме "Генетика", Рыжова, Наталья Николаевна

ВЫВОДЫ

1. На основе AFLP-, RAPD-, ISSR-маркирования 142 представителей И видов перца было идентифицировано 1856 полиморфных ДНК-фрагментов и определены уровни межвидового и внутривидового полиморфизма генома перца. Показано, что уровень межвидовых различий исследованных представителей рода Capsicum варьирует в пределах 0.14-0.31. Анализ внутривидовой вариабельности (С. аппиит, С. frutescens, С. chínense) показал, что культивируемые формы вида С. аппиит характеризуются наименьшим уровнем геномного полиморфизма (0.074±0.002), в то время как полиморфизм представителей видов С. frutescens и С. chínense был более высоким и составил 0.128±0.009 и 0.131±0.002, соответственно.

2. В результате DDP-маркирования определены уровни полиморфизма семейств генов устойчивости к фитопатогенам (RGA), гомеозисных MADS-box генов и генов, кодирующих протеинкиназы (РК) перца. Идентифицированы RGA-и РК-фрагменты, гомологичные известным последовательностям геномов различных видов растений. Среди 15 RGA- фрагментов генома Capsicum, выявлены последовательности, гомологичные гену Bs2, определяющему устойчивость к бактериальной пятнистости у L. esculentum и гену Mi, обусловливающему устойчивость к корневой нематоде томата. Также идентифицировано 15 РК-фрагментов перца, гомологичных генам протеинкиназ томата LePK2, LePK3, LePK5 и картофеля StPKl.

3. На основе данных анализа нуклеотидного полиморфизма внутренних транскрибируемых спейсеров (ITS) генов рибосомных РНК перца, показано одновременное присутствие в геномах индивидуальных растений видов С. galapagoense, С. chacoense, С. praetermissum, С. baccatum, С. аппиит двух дивергентных типов рДНК- ITSL и ITSS, различающихся наличием 43-нуклеотидной делеции.

4. Установлена ограниченная возможность использования праймеров, разработанных к ядерным микросателлитным локусам генома картофеля и томата, для маркирования генома перца. Из 26 исследованных SSR-локусов только 4 могли быть амплифицированы у представителей рода Capsicum. При этом всего было выявлено 26 аллельных вариантов данных локусов. Для таких видов, как С. galapagoense, С. eximium, С. pubes cens, С. chacoense, С. praetermissum идентифицированы видоспецифичные аллельные варианты.

5. Микросателлитный анализ пластома представителей рода Capsicum позволил идентифицировать для каждого вида перца индивидуальный гаплотип хлоропластной ДНК и выявить видоспецифичные аллельные варианты cpSSR-локусов видов С. galapagoense, С. cardenasii, С. pubescens, С. eximium и С. chacoense.

6. На основе данных о генетической вариабельности молекулярных маркеров подтверждены видовые статусы близкородственных таксонов С. аппиит, С. frutescens, С. chínense; С. baccatum, С. praetermissum и установлены филогенетические связи между 11 видами перца. Подтверждена и дополнена классификация рода Capsicum, подразделяющая его на комплексы близкородственных видов: комплекс аппиит, который включает дикорастущие и культурные формы С. аппиит, С. frutescens, С. chínense, а так же вид С. galapagoense; комплекс baccatum, который включает дикорастущие виды С. tovarii, С. praetermissum, С. baccatum var. baccatum и культивируемую разновидность С. baccatum var. pendulum; комплекс pubescens, который включает дикорастущие виды С. eximium, С. cardenasii и культивируемый вид С. pubescens; комплекс chacoense, который включает дикорастущий вид С. chacoense.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

Впервые с использованием различных систем молекулярного маркирования проведен комплексный анализ генома рода Capsicum. По результатам AFLP-, RAPD-, ISSR-маркирования были определены уровни внутривидового (С. аппиит, С. frutescens, С. chinense) и межвидового генетического разнообразия рода. На основании данных о генетической вариабельности были установлены

142 филогенетические связи между исследовавшимися видами рода Capsicum и построены дендрограммы. В целом все полученные дендрограммы были конгруэнтны. Каждый из видов, в том числе и близкородственные, образовывали отдельные компактные группы, подтверждая свой видовой статус.

По результатам кластерного анализа были выявлены ряд промежуточных форм видов перца С. аппиит, С. frutescens, С. chínense, по всей видимости, имеющих гибридное происхождение, а так же ряд неправильно классифицированных образцов этих и других видов. Показано, что близкородственные виды на дендрограммах формируют отдельные мегакластеры комплексов видов. Было определено внутриродовое положение некоторых мало исследованных видов Capsicum с ранее неизвестной (С. galapagoense) или неясной (С. tovarii, С. praetermissum) филогенией. На основании этих данных, а так же совокупности данных цитологического (McLeod et al., 1979; Pickersgill, 1979), гибридологического (Eshbaugh 1976; Lippert et al, 1966; Tong, Bosland, 1999; Бухаров, 2001), изоферментного анализов (Jensen et al., 1979; McLeod et al., 1983) и анализа нуклеотидного полиморфизма отдельных генов (Walsh, Hoot, 2001) нами предложена неформальная классификация видов рода Capsicum. В этой классификации мы выделяем четыре комплекса близкородственных видов перца: а) комплекс аппиит - включающий дикорастущие и культурные формы С. аппиит, С. frutescens, С. chínense, а так же вид С galapagoense, б) комплекс baccatum — включающий дикорастущие виды С. tovarii, С. praetermissum, С. baccatum var. baccatum и культурную разновидность С. baccatum var. pendulum, в) комплекс pubescens — включающий дикорастущие виды С. eximum, С. cardenasii и культурный вид С. pubescens, г) комплекс chacoense - включающий дикорастущий вид С. chacoense.

Кроме того, был проведен сравнительный молекулярный RAPD-, ISSR-анализ генетического разнообразия двух близкородственных родов (сем. Solanaceae): рода Capsicum и рода Lycopersicon. В результате были определены уровни межвидового и внутривидового полиморфизма рода Lycopersicon и показано, что генетическая вариабельность томата превышает полиморфизм, выявленный у перца

Анализ повторяющихся последовательностей генома Capsicum, с помощью метода SSR (STMS) показал ограниченную возможность использования праймеров, разработанных к ядерным микросателлитным локусам генома картофеля и томата, для маркирования генома перца. Из 26 праймерных пар только четыре позволили амплифицировать последовательности микросателлитных локусов перца. Всего у 10 видов Capsicum было выявлено 26 аллельных вариантов. Для видов С. galapagoense, С. eximum, С. pubescens, C.chacoense, С. praetermissum были идентифицированы видоспецифичные аллельные фенотипы.

В свою очередь анализ шести микросателлитных локусов хлоропластной ДНК у тех же 10 видов перца выявил 33 аллельных варианта. При этом для каждого вида был идентифицирован свой специфический гаплотип хлоропластной ДНК. Наибольшей внутривидовой вариабельностью отличался пластом вида С. baccatum. Крайне низкая степень полиморфизма хлДНК была показана для сортов С. аппиит, что подтвердило генетическую консервативность культурных форм этого вида. В целом маркеры на основе локусов cpSSR могут быть с успехом использованы для анализа как меж-, так и внутривидового разнообразия у перца.

Новейший метод домен-направленного маркирования (DDP-profiling) впервые был использован для характеристики генетического разнообразия семейства генов устойчивости и их аналогов (RGA) у Capsicum. В результате этой работы каждый вид перца был охарактеризован определенным набором RGA-фрагментов, по всей видимости, отражающим специфичность устойчивости отдельных видов перца к патогенам. При высоком межвидовом полиморфизме RGA-фрагментов и среднем уровне их полиморфизма внутри большинства видов перца показана относительно низкая изменчивость этих последовательностей у сортов С. аппиит. Интересное исключение составили дикорастущие представители С. аппиит и, по всей видимости, ряд образцов имеющих гибридное происхождение, которые показали крайне высокий полиморфизм RGA-последовательностей. Это, с одной стороны, может отражать ограниченность пула генов устойчивости» вовлекаемых в селекцию при создании сортов, а с другой стороны выявлять тот генетический потенциал дикорастущих С. аппиит, который мог бы быть использован в будущих селекционно-генетических работах.

Секвенирование набора полиморфных RGA-фрагментов спектра NBS5A/MseI показало, что около 43% из них гомологичны последовательностям уже известных генов устойчивости или RGAs. Однако это не означает, что оставшиеся фрагменты не являются RGAs. Мы предполагаем, что такие фрагменты могут представлять собой последовательности неизвестных на сегодняшний день генов резистентности (возможно генов не представленных в базе данных в виде полноразмерных копий, включая интроны) или же являющихся сильно измененными RGA-псевдогенами. Исследование сцепленного наследования полученных RGA-фрагментов с признаками устойчивости к фитопатогенам и вредителям, открывает возможность разработки специфических SCAR-маркеров к конкретным локусам устойчивости у перца, а так же насыщения генетической и молекулярной карт Capsicum.

Аналогично, метод DDP-маркирования был впервые использован для характеристики разнообразия последовательностей семейства гомеозисных MADS-Ьох генов и генов, кодирующих протеинкиназы перца. В результате был показан значительный полиморфизм этих последовательностей у исследовавшихся видов Capsicum.

Установленное филогенетическое родство отдельных семейств генов (RGA, MADS, РК) у видов рода Capsicum оказалось в целом сходно с общей филогенией этого рода, основанной на данных морфологии этих видов, а также изоферментного и молекулярного анализов ДНК-последовательностей различной природы.

Также впервые у представителей рода Capsicum был проведен анализ нуклеотидных последовательностей ITS1-5.8S-ITS2 района рДНК. При этом была выявлена высокая внутригеномная вариабельность ITS-фрагментов Capsicum и одновременное присутствие в геномах индивидуальных образцов как минимум двух дивергентных типов рДНК - ITSL» и ITSS, последний из которых отличается 43 нуклеотидной делецией в высоко полиморфном участке спейсера ITS1. Как мы предполагаем, обе копии поддерживаются и эволюционируют в геноме Capsicum независимо. Косвенным подтверждением этого может служить присутствие в геномах представителей рода Capsicum нескольких локусов генов рДНК (от 2 до 14). Очевидно, что выяснение молекулярных основ существования дивергировавших копий ITS-фрагментов требует дополнительных исследований. В любом случае использование данных о нуклеотидном полиморфизме ITS-последовательностей перца, как для исследования генетического разнообразия рода, так и для филогенетического анализа, должно проводиться весьма аккуратно, с предварительным выявлением возможных типов паралогов оперона рДНК, существующих в геномах у представителей этого рода.

Библиография Диссертация по биологии, кандидата биологических наук, Рыжова, Наталья Николаевна, Москва

1. Букасов С. Огородные пасленовые./Возделываемые растения Мексики, Гватемалы, Колумбии. Л.1930. С.261-278.

2. Бухаров А.Ф. Отдаленная гибридизация овощных пасленовых культур: методические подходы и перспективные направления. Автореф. дис.д-ра с.-х. наук. / Всеросс. НИИ овощеводства. М.: 2001.

3. Бухарова А.Р., Бухаров А.Ф. Анализ репродуктивных взаимоотношений четырех видов перца.// Сб. науч. тр. Всеросс. НИИ селекции и семеноводства овощных культур. 1998. Вып.35.

4. Вавилов Н.И. Мексика и центральная Америка, как основной центр происхождения культурных растений Нового Света./Труды по прикладной ботанике, генетике и селекции. 1931. Т.26. Вып.З. С.135-178.

5. Газенбуш В.Л. Овощные пасленовые. / Культурная флора СССР. М.: 1958. Т. XX. С. 289-393.

6. Гикало Г.С. Перец Capsicum Tourn. Автореф. дис. на соиск. уч. степени д-ра с.-х. наук. Л. 1974.

7. Гостимский С.А., Кокаева З.Г., Боброва В.К. Использование молекулярных маркеров для анализа генома растений.// Генетика. 1999. Т. 35. № 11. С. 15381549.

8. Дорохов Д.Б., Клоке Э. Быстрая и экономичная технология RAPD-анализа растительных геномов.// Генетика. 1997. Т.ЗЗ. С.476-483.

9. Ежова Т.А. Arabidopsis thaliana (L.) Heynh. Как модельный объект для изучения генетического контроля морфогенеза.// Генетика. 1999. Т.35. С.1522-1537.

10. Ю.Жуковский П.М. Перец овощной (Capsicum L.). / Культурные растения и их сородичи. Ленинград. 1971. С.639-642.

11. П.Ковеза О.В., Кокаева З.Г., Гостимский С.А., Петрова Т.В., Осипова Е.С. Создание SCAR-маркера у гороха (Pisum sativum L.) на основании RAPD-анализа.// Генетика. 2001. Т. 37. № 4. Р. 574-581.

12. Кокаева З.Г., Боброва В.К., Вальехо-Роман K.M., Гостимский С.А., Троицкий A.B. RAPD-анализ самоклональной и межсортовой изменчивости гороха.// ДАН. 1997. Т.355. № 1. С. 134-136.

13. Кочиева Е.З., Супрунова Т.П. Идентификация видового и сортового полиморфизма у томатов. // Генетика. 1999, Т.35, №10, с. 1386-1389.

14. Кочиева Е.З., Супрунова Т.В., Семенова С.К. Использование RAPD-анализа для идентификации баклажанов (Solanum melongena L.). II Генетика. 1999. Т.35. № 8. С. 1165-1168.

15. Мамедов М.И., Пивоваров В.Ф. и др. Селекция томата, перца и баклажана на адаптивность./ Всеросс. НИИ селекции и семеноводства овощ, культур. М.: 2002.

16. Пивоваров В.Ф. Селекция и семеноводство овощных культур. М.:1999. С.

17. Сидоренко А.П., Муха Д.Б. Выявление внутривидового внутреннего полиморфизма внутренних спейсеров рибосомной ДНК кукурузы.//Молекулярная биология.2000.Т.34. С.308-310.

18. Тимина О.О., Балашова H.H. Доноры устойчивости к болезням в генофонде рода Capsicum Ь.//Изв. АН МССР. Биол. и хим. науки. 1985. Т.2. С. 27-32.

19. Троицкий A.B. Исследование по молекулярной филогенетике расстений: от внутривидового полиморфизма до макросистематики. Автореф. дисс.д-ра биол. наук М.: МГУ. 1999. 64с.

20. Филов А.И. Перцы и баклажаны. M.-JI. Сельхозгиз. 1956.С.234.

21. Шамрай С.Н. Гены устойчивости растений: молекулярная и генетическая организация, функция и эволюция.//Журнал Общей Биологии. 2003. Т.64 (3).С.195-214.

22. Ainouche M.L., Bayer R.J. On the origins of the tetraploid Bromus species (section Bromus, Poaceae): Insights from the internal transcribed spacer sequences of nuclear ribosomal DNA. // Genome. 1997. V.40. P.730 -743.

23. Alvarez I.A and Wendel J.F. Ribosomal ITS sequences and plant phylogenetic inference.//Molec Phyl Evol. 2003. V.29(3).P.417-434.

24. Angenent G.C., Colombo L. Molecular control of ovule development.//Trends Plant Sci. 1996. V.l P.228-232.

25. Arabidopsis Genome Initiative, Analysis of the genome sequence of the flowering plant Arabidopsis thaliana. Nature, 2000 V. 408, P.796-815.

26. Arnheim N. 1983. Concerted evolution of multigene families, pp. 38-61 in Evolution genes and proteins, edited by M.Nei and Koehn R.K. Sinauer Associates, Sunderland, MA.

27. Arumuganathan K., Earle E.D. Nuclear DNA Content of Some Important Plant Species. // Plant Molecular Biology Reporter. 1991. V. 9(3). P. 211-215.

28. Ashkenazi V., Chani E., Lavi U., Levy D., Hillel J., Veilleux R.E. Development of microsatellite markers in potato and their use in phylogenetic and fingerprinting analyses. // Genome. 2001. V.44. P.50-62.

29. Ashkenazi V., Chani E., Lavi U., Levy D., Hillel J., Veilleux R.E. Development of microsatellite markers in potato and their use in phylogenetic and fingerprinting analyses. // Genome. 2001. V.44. P.50-62. '"

30. Avramova Z., Tikhonov A., SanMiguel P., Jin Y.-K., Liu C., Woo S.-S., Wing R. A. and Bennetzen J. L. Gene identification in a complex chromosomal continuum by local genomic cross-referencing.//Plant J. 1996. V.10. P.1163-1168.

31. Baker B., Zambryski P., Staskawicz B., Dinesh-Kumar S.P. Signaling in plant-microbe interactions.//Science. 1997. V. 276. P. 726-733.

32. Ballard R.E., McClure J.W., Eshbaugh W.H., Wilson K.G. A chemosystematic study of selected taxa of Capsicum.!/Am J Bot. 1970.V.57.P.225-233.

33. Barkman T.J., Simpson B.B. Hybrid origin and parentage of Dendrochilum acuiferum (Orchidaceae)inferred in a phylogenetic context using nuclear and plastid DNA sequence data.// Syst.Bot. 2002. V.27. P. 209 -220.

34. Baumel A., Ainouche M.L., Levasseur J.E. Molecular investigations in populations of Spartina anglica C.E.Hubbard (Poaceae) invading coastal Brittany (France).// Mol.Ecol. 2001. V.10. P. 1689 -1701.

35. Belfiore N.M., Hoffman F.G., Baker R. J. and Dewoody J. A. The use of nuclear and mitochondrial single nucleotide polymorphisms to identify cryptic species.// Molecular Ecology. 2003. V.12. P. 2011-2017.

36. Bennetzen J.L. Transposable elements contributions to plant gene and genome evolution.//Plant Mol. Biol. 2000. V.42.P.351-369.

37. Bennetzen J.L. Comparative sequence analysis of plant nuclear genomes: microcolinearity and its many exceptions.//Plant Cell. 2000. V.12. P. 1021-1029.

38. Binelli G., Bucci G. A genetic linkage map of Picea abies Karst., based on RAPD markers, as a tool in population genetics.// Theor. Appl. Genet. 1994. V. 88. P. 283288.

39. Blanco A., Bellomo M.P., Cenci A., De Goiovanni C., D'Ovidio R., Iacono E., Laddomada B., Pagnotta M.A., Porceddu E., Sciancalepore A., Simeone R., Tanzarella O.A. A genetic linkage map of durum wheat.// Theor. Appl. Genet. 1998. V.97. P.721-728.

40. Bosland P.W. and Votava E.J. Vegetable and spice Capsicums.// Crop production science in horticulture series. CABI Publishing, CAB International. 2000.

41. Botella M.A., Parker J.E., Frost L.N., Bittner-Eddy P.D., Beynon J.L. Three genes of the Arabidopsis RPP1 complex resistance locus recognize dis-tinct Peronospora parasitica avirulence determinants. // Plant Cell. 1998. V.10. P. 1847-1860.

42. Braun D.M., Garcia X.U., Stone J.M. Protein phosphorylation: examining the plant CPU.// Trends Plant Sci. 1996. V.l.P.289-291.

43. Brochmann C., Nilsson T., Gabrielsen T.M. A classic example of postglacial allopolyploid speciation reexamined using RAPD markers and nucleotide sequences: Saxifraga osloensis (Saxifragaceae).//Symb.Bot.Ups. 1996. V.31. P.75-89.

44. Bryan G.J., McNicoll J., Ramsay G., Meyer R.C., De Jong W.S. Polymorphic simple sequence repeat markers in chloroplast genomes of Solanaceous plants. // Theor Appl Genet. 1999. V.99. P.859-867.

45. Buckler E.S., Ippolito A. and Holtsford T.P. The evolution of riobosomal DNA: divergent paralogues and phylogenetic implication. // Genetics. 1997. V.145. P.826-832.

46. Buckler E.S., Holtsford T.P. Zea ribosomal repeat evolution and substitution patterns.// Mol.Biol.Evol. 1996a. V.13. P. 623-632.

47. Buckler E.S., Holtsford T.P. Zea systematics: Ribosomal ITS evidence.// Mol.Biol.Evol. 1996b. V.13. P.612-622.

48. Caicedo A.L., Schaal B.A., Kunkel B.N. Diversity and molecular evolution of the RPS2 resistance gene in Arabidopsis thaliana. II Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1999. V. 96. P. 302-306.

49. Casacuberta E., Casacuberta J.M., Puigdomenech P., Monfort, A. Presence of miniature inverted-repeat transposable elements (MITEs) in the genome of Arabidopsis thaliana: characterisation of the Emigrant family of elements. Plant J., 1998, V.16,P.79-85.

50. Charmet G., Ravel C., Balfourier F. Phylogenetic analysis in the Festuca-Lolium complex using molecular markers and ITS rDNA.// Theor. Appl. Genet. 1997.V.94(8).P.1038- 1046.

51. Chavanne F, Zhang DX, Liaud MF, Cerff R (1998). Structure and evolution of Ty3/Gypsy family highly amplified in pea and other legume species. Plant. Mol. Biol. 37:363-.375.

52. Chen M., SanMiguel P. and Bennetzen J.L. Sequence organization and conservation in Sh2/Al-homologous regions of sorghum and rice.//Genetics. 1998. V.148. P.435-443.

53. Clark S.E.,Williams R.W.,Meyerowitz E.M. The CLAVATA1 gene encodes a putative receptor kinase that controls shoot and floral meristem size in Arabidopsis.//Cell. 1997. V.89.P.575-585.

54. Coen E.S., Meyerowitz E.M. The war of the whorls: genetic interactions controlling flower development.//Nature. 1991.V.353.P.31-37.

55. Cooley M.B., Pathirana S., Wu H.J., Kach-roo P., Klessig D.F. 2000. Members of the Arabidopsis HRT/RPP8 family of resis-tance genes confer resistance to both vi-ral and oomycete pathogens .//Plant Cell. V. 12. P.663-676.

56. D'Arcy W.G., Eshbaugh W.H. New World peppers (Capsicum— Solanaceae) north of Colombia: a resume.//Baileya. 1974.V.19.P.93-105.

57. Davenport W.A. Progress report on the domestication of Capsicum (chili peppers).// Proc Assoc Am Geogr. 1970.V.2.P.46-47.

58. Davies B., Motte P., Keck E., Saedler H., Sommer H. & Schwarz-Sommer Z. PLENA and FARINELLI: Reduncancy and regulatory interactions between two Antir-rhinum MADS-box factors controlling flower development.//EMBO J. 1999. V.18. P. 40234034.

59. De Bodt S., Raes J., Florquin K., Rombauts S., Rouze P., Theissen G. & Van de Peer Y. Genomewide structural annotation and evolutionary analysis of the type I MADSbox genes in plants.//J. Mol. Evol. 2003. V.56. P. 573-586.

60. Dubouzet J. G., Shinoda K.ITS DNA sequence relationships between Lilium concolor Salisb., L. dauricum Ker-Gawl. and their putative hybrid, L. maculatum Thunb.// Theor. Appl. Genet. 1999.V.98(2).P.213 218.

61. Daunay M.C., Maggioni L., Lipman E. Solanaceae genetic resources in Europe. Report of two meetings 21 September 2001, Nijmegen, The Netherlands / 22 may 2003, Skierniewice, Poland. International Plant Genetic Resources Institute, Rome, Italy, 2003.

62. Dubcovsky J., Ramakrishna W., SanMiguel P.J., Busso C.S., Yan L.L., Shiloff B.A., Bennetzen J.L. Comparative sequence analysis of colinear barley and rice bacterial artificial chromosomes.//Plant Physiol. 2001. V.125. P. 1342-1353.

63. Edwards S.K., Johonstone C., Thompson C. A simple arid rapid method for the preparation of plant genomic DNA for PCR analyses. // Nucleic Acids Res. 1991. V. 19(6). P. 1349.

64. Egea-Cortines M., Saedler H. & Sommer H. Ternary complex formation between the MADS-box proteins SQUAMOSA, DEFICIENS and GLOBOSA is involved in the control of floral architecture in Antirrhinum majus.//EMBO J. 1999. V.18. P. 53705379.

65. Eickbush TH, Malik HS (2002). Origins and evolution of retrotransposons. In: Craig et al. (eds) Mobile DNA II. ASM Press, USA, pp 1111-1144.

66. Elder J.F. and Turner B.J. Concerted evolution of repetitive DNA sequences in eukaryotes.//Quart. Rev. Biol. 1995. V.70. P. 297-320.

67. Ellis J.G., Lawrence G.J., Luck J.E., Dodds P.N. Identification of regions in alleles of the flax rust resistanse gene L that determine differences in gene-for-gene specificity.// Plant Cell. 1999. V. 11(3). P. 495-506.

68. Emboden W.A. Jr. A preliminary study of the crossing relationships of Capsicum baccatum.llBvX\er Univ Bot Stud. 1961 .V. 14.P. 1-5.

69. Eshbaugh W.H. The taxonomy of the genus Capsicum (Solanaceae).//Phytologia. 1980. V.47.P. 153-166.

70. Eshbaugh W.H. A biosystematic and evolutionary study of Capsicum baccatum (Solanaceae).//Brittonia. 1970.V.22.P.31-43.

71. Eshbaugh W.H., Smith P.G. & Nickrent D.L. Capsicum tovarii (Solanaceae), a new species of pepper from Peru.//Brittonia. 1983. V.35(l).P.55-60.

72. Eshbaugh W.H., Smith P.G., Nickrent D.L. Capsicum tovarii (Solanaceae), a new species of pepper from Peru.//Brittonia. 1983.V.35.P.55-60.

73. Eshbaugh, W.H. Peppers: history and exploitation of a serendipitous new crop discovery. In: Janick, J. & J.E. Simon (Eds), New Crops, pp. 132-139. John Wiley and Sons, Inc., New York. 1993.

74. Fang D.Q., Roose M.L. Identification of closely related citrus cultivars with intersimple sequence repeats markers. //Theor Appl Genet.1997, V.95, P.408-417.

75. Faris J.D., Haen K.M. and Gill B.S. Saturation mapping of a gene-rich recombination hot spot region in wheat.//Genetics. 2000. V.154. P.823-835.

76. Fedoroff N. Transposones and genome evolution in plants. Proc. Natl. Acad. Sci. USA., 2000,97:7002-7007

77. Feiler H.S., JacobsT.W. Cell division in higher plants: a cdc2 gene, its 34 kDa product, and histone HI kinase activity in pea.//Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1990. V.87.P.5397-5401.

78. Feng Q., Zhang Y., Hao, P., et al. Sequence and analysis of rice chromosome 4. // Nature. 2002. V.420. P. 316-320.

79. Feschotte C., Jiang N., Wessler S.R. Plant transposable elements: where genetics meets genomics.// Nat. Rev. Genet. 2002. V. 3. P.329-341.

80. Fischer A., Baum N., Saedler H., Theissen G. Chromosomal mapping of the MADSbox multigene family in Zea mays reveals dispersed distribution of allelic genes as well as transposed copies. //Nucleic Acids Res. 1995. V. 23. P. 1901-1911

81. Flor H.H. Current status of the gene-for-gene concept.//Annu. Rev. Phytopathol. 1971. V. 9. P. 275-296.

82. Foolad M.R., Chen F.Q. RAPD markers associated with salt tolerance in an interspecific cross of tomato (Lycopersicon esculentum x L. pennellii)J/F\ant Cell Reports. 1998. V.17. P.306-312.

83. Fuertes Aguilar J., Rosselloo J.A., Nieto Feliner G. Nuclear ribosomal DNA (nrDNA) concerted evolution in natural and articial hybrids of Armeria (Plumbaginaceae).// Mol. Ecol. 1999. V.8. P. 1341-1346.

84. Germano J. and Klein A.S. Species-specific nuclear and chloroplast single nuclotide polymorphisms to distinguish Picea glauca, P. mariana and P. rubens.// Theot. Appl. Genet. 1999. V.99. P. 37-99.

85. Gianfranceschi L., Seglias N., Tarchini R., Komjanc M., Gessler C. Simple sequence repeats for genetic analysis of apple. // Theor Appl Genet. 1998. V.96. P.1069-1076.

86. Gilbert J.E., Lewis R.V., Wilkinnson M.J., Caligari P.D.S. Developing an appropriate strategy to assess genetic variability in plant germplasm collections.//Theor. Appl. Genet. 1999. V.98. P.l 125-1131.

87. Gill K.S., Gill B.S., Endo T.R., Taylor T. Identification and high-density mapping of gene-rich regions in chromosome group 1 of wheat.//Genetics. 1996. V.144. P. 18831891.

88. Gill K.S., Gill B.S., Endo T.R. and Boyko E. Identification and high-density mapping of gene-rich regions in chromosome group 5 of wheat.//Genetics. 1996. V.143. P.1001-1012.

89. Goto. K. and Meyerowitz E.M. Function and regulation of the Arabidopsis floral homeotic gene PISTILLATA.//Genes and Dev. 1994. V.8. P. 1548-1560.

90. Grandbastien M.A., Spielmann A., Caboche M. Tntl, a mobile retroviral-like transposable element of tobacco isolated by plant cell genetics. Nature, 1989, V. 337, P.376-380.

91. Grant M.R., Godiard L., Straube E., Ashfield T., Lewald J., Sattler A., Innes R.W., Dangl J.L. Structure of the Arabidopsis RPM1 gene enabling dual specificity disease resistance.// Science. 1995. V.269.P.843-846.

92. Grube R.C., Radwanski E.R., Jahn M. Comperative genetics of disease resistance within the Solanacae // Genetics, 2000, 155: 873-887

93. Hancock J.M. The contribution of slippage-like processes to genome evolution. //J. Mol. Evol. 1995. V.41. P. 1038-1047.

94. Hardie D.G., Carling D., Carlson M. The AMP-activated/SNFl protein kinase subfamily: metabolic sensors of the eukaryotic cell?//Annu. Rev. Biochem. 1998. V.67.P.821-855.

95. Harmon A.C., Putnam-Evans C., Cormier M.J. A calcium-dependent but calmodulin-independent protein kinase from soybean.//Plant Physiol. 1987. V.83.P.830-837.

96. Hartmann S., Nason J.D., Bhattacharya D. Extensive ribosomal DNA genie variation in the columnar cactus Lophocereus. // J Mol Evol. 2001. V.53. P. 124-134.

97. Hauge B.M., Hanley S.M., Cartinhor S., Cherry J.M., Goodman H.M. An integrated genetic/RFLP map of Arabidopsis thaliana genome.//The Plant J. 1993. V. 3(5). P. 745-754.

98. Heiser C.B. Jr., Smith P.G. New species of Capsicum from South America.//Brittonia 1958.V.10.P.194-201.

99. Hemerly A., Engler J.D., Bergounioux C., Vanmontagu M., Engler G., et al. Dominant negative mutants of the cdc2 kinase uncouple cell division from iterative plant development.// EMBO J. 1995. V.14.P.3925-3936.

100. Heslop-Harrison J.S. Comparative genome organization in plants: from sequence and markers to chromatin and chromosomes.//Plant Cell. 2000.V.12.P.617-635.

101. Hsiao C., Chatterton N.J., Asay K.H. and Jensen K.B. Phylogenetic relationships of the monogenomic species of the wheat tribe, Triticeae (Poaceae), inferred from nuclear rDNA (internal transcribed spacer) sequences.// Genome. 1995. V.38. P.211-223.

102. Hughes C.E., Bailey C.D., Harris S.A. Divergent and reticulate species relationships in Leucaena (Fabaceae) inferred from multiple data sources:insights into polyploid origins and nrDNA polymorphism.//Am.J.Bot. 2002. V.89. P. 1057-1073.

103. Immink R.G. Analysis of MADS box protein-protein interactions in living plant cells. //Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002. V.99. P.2416-2421.

104. Jaccard P. Nouvelles recherches sur la distribution florale.//Bull Soc Vaud Sci Nat. 1908.V.44.P.223-270.

105. Jensen R.J., McLeod M.J., Eshbaugh W.H., Guttman S.I. Numerical taxonomic analyses of allozymic variation in Capsicum (Solanaceae).//Taxon. 1979.V.28.P.315-327.

106. Jones J.D.G. Putting knowledge of plant disease resistance genes to work.//Curr. Opin. Plant Biol. 2001. V.4.P.281-287.

107. Joseph J. L., Sentry J. W. and Smyth D. R. Interspecies distribution of abundant DNA sequences in Lilium.//J. Mol. Evol. 1990.V.30.P. 146-154.

108. Joshi S.P., Gupta V.S., Aggarwal R.K., Ranjekar P.K., Brar D.S. Genetic diversity and phylogenetic relationship as revealed by inter simple sequence repeat (ISSR) polymorphism in the genus Oryza. //Theor. Appl. Genet. 2000. V.100. P. 1311-1320.

109. Kajikawa ML, Okada N. LINEs mobilize SINEs in the eel through a shared 30 sequence. Cell, 2002, V. 111, P.43 3^144.

110. Karp A., Edvards K. Molecular techniques in the analysis of the extent and distribution of genetic diversity. Molecular genetic techniques for plant genetic resourse. Report of an IPGRI Workshop, oktober 1995. Rome, Italy. 1997. P. 11-22.

111. Katti M.V., Ranjekar P.K. and Gupta V.S. Differential distribution of simple sequence repeats in eukaryotic genome sequences. // Mol. Biol. Evol. 2001. V.18 (7). P. 1161-1167.

112. Ko K.S., Jung H.S. Three nonorthologous ITS1 types are present in a polypore fungus Trichaptum abietinum.//Mol.Phylogenet.Evol. 2002. V.23. P.l 12-122.

113. Kobe B., Deisenhofer J. Crystal glutaryl-CoA reductase kinase. Eur. J. Biochem. 1993 .V.209.P.923-931.

114. Kollipara K. P., Singh R. J. and Hymowitz T. Phylogenetic and genomic relationship in the genus Glycine wild, based on sequences from the ITS region of nuclear rDNA.//Genome. 1997. V.40.P.57-68.

115. Koopman W.J.M., Zevenbergen M.J.,van den Berg R.G. Species relationship in Lactuca s.l. (Lactuceae, Asteraceae) inferred from AFLP fingerprints. //American Journal of Botany. 1998. V.85.P. 1517-1530.

116. Kumar A, Bennetzen JL (1999). Plant retrotransposons. Annu. Rev. Genet. 33:479-532.

117. Lanner C. Genetic relationships within the Brassica oleracea cytodeme. Comparison of molecular marker systems. Svalov: Swed. Univ. Of Agr. Sciences. 1997. 120p.

118. Lanza L.L.B. de Souza Jr. C.L., Ottoboni L.M.M., Vieira M.L.C., de Soza A.P. Genetic distance of inbred lines and prediction of maize single-cross performance using RAPD markers.// Theor. Appl. Genet. 1997. V. 94. P. 1023-1030.

119. Lawrence G.J., Finnegan E.J., Ayliffe M.A., Ellis J.G. The L6 gene for flax rust resistance is related to the Arabidopsis bacterial resistance gene RPS2 and the tobacco viral resistance gene N.//Plant Cell. 1995. V.7.P.1195-1206.

120. Lawton M.A., Yamamoto R.T., Hanks S.K., Lamb C.J. Molecular cloning of plant transcripts encoding protein kinase homologs.//Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1989.V.86.P.3140-3144.

121. Leeton P.J., Smyth D.R. An abundant LINE-like element amplied in the genome ofLilium speciosumJJMol Gen Genet. 1993.V.237.P.97-104.

122. Lindzen E., Choi J.H. AcarrotcDNA encoding an atypical protein kinase homologous to plant calcium-dependent protein kinases .//Plant Mol. Biol. 1995.V.28.P.785-797.

123. Lioi L., Lotti C., Galasso I. Isozyme diversity, RFLP of the rDNA and phylogenetic affinities among cultivated Lima beans, Phaseolus lunatus (Fabaceae).// Plant Syst. And Evol. 1998. V.213.P.153-164.

124. Lippert L.F., Smith P.G., Bergh B.O. Cytogenetics of the vegetable crops: garden pepper, Capsicum sp.//Bot Rev. 1966.V.32.P.25-55.

125. Livingstone K.D., Lackney V.K., Blauth J.R., van Wijk R. and Jahn M.K. Genome mapping in Capsicum and evolution of genome structure in the Solanaceae. //Genetics. 1999. V. 152.P. 1183-1202.

126. Loh Y. and Martin G.B. The Disease-Resistance Gene Pto and the Fenthion-Sensitivity Gene Fen Encode Closely Related Functional Protein Kinases.// Proc Natl Acad Sci USA. 1995.V.92(10).P.4181-4184.

127. Lopez-Dee Z.P., Wittich P., Pe E.M., Rigola D., Buono ID.,. Kater M.M., Colombo L. OsMADS13, a novel rice MADS box gene expressed during ovule development.//Dev Genet. 1999. P.237-244.

128. Lynch M. and Conery J.S. The evolutionary fate and consequences of duplicate genes.//Science. 2000. V.290. P.l 151-1155.

129. Maeda T., Wurglermurphy S.M., Saito H. A two-component system that regulates an osmosensing MAP kinase cascade in yeast.//Nature. 1994. V.369.P.242-245.

130. Manly B.F.J. The Statistics of Natural Selection. Chapman and Hall. 1985. London. 484 pp.

131. Mantel N. The detection of disease clustering and a generalized regression approach. //Cancer Research. 1967. V.27. P.209-220.

132. Mayer M.S. and Soltis P.S. Intraspecific phylogeny analysis using ITS sequences: insights from studies of the Streptanthus glandulosus complex (cruciferae).// Syst Bot. 1999. V.24. P. 47-61.

133. Mayol M., Rosselloo J.A. Why nuclear ribosomal DNA spacers (ITS) tell dierent stories in gwercMi.//Mol.Phylogenet.Evol. 2001. V.19.P.167 -176.

134. McLeod M.J., Eshbaugh W.H., Guttman S.I. An electrophoretic study of Capsicum (Solanaceae): the purple flowered taxa.//Bull Torrey Bot Club. 1979a. V.106.P.326-333.

135. McLeod M.J., Guttman S.I., Eshbaugh W.H., Rayle R.E. An electrophoretic study of evolution in Capsicum (Solanaceae).//Evolution. 1983. V.37.P.562-574.

136. Melotto M., Afanador L., Kelly J.D. Development of a SCAR markers linked to the 1 gene in common bean.// Genome. 1996. V.39. P. 1216-1219.

137. Michelmore R.W. The impact zone: genomics and breeding for durable disease resistance.// Curr. Opin. Plant Biol. 2003. V.6 (4). P. 397-404.

138. Michelmore R.W., Meyers B.C. Clusters of resistance genes in plants evolve by divergent selection and a birth-and-death process. // Genome Res. 1998. V.8. P.l 1131130.

139. Milbourne D., Meyer RC., Collins A.J., Ramsay L.D., Gebhardt C., Waugh R. Isolation, characterisation and mapping of simple sequence repeat loci in potato // Mol. Gen. Genet. 1998. V. 259. P. 233-245.

140. Mishima M., Ohmido N., Fukui K.,Yahara T. Trends in site number change of rDNA loci during polyploid evolution in Sanguisorba (Rosaceae).//Chromosoma. 2002.V.110.P.550-558.

141. Moreno S., Martin J.P, Ortiz J.M. Inter-simple sequence repeats PCR for characterization of closely related grapevine germplasm.// Euphytica.1998, V.101, P.117-125.

142. Moscone E.A., Lambrou M., Hunziker A.T., Ehrendorfer F. Giemsa C-banded karyotypes in Capsicum (Solanaceae).//Plant Syst Evol. 1993. V.186.P.213-229.

143. Motte P., Saedler H. & Schwarz-Sommer Z. Stylosa and Fistulata: Regulatory com-ponents of the homeotic control of Antirh-hinum floral organogenesis.//Development. 1998 V.125. 71-84.

144. Murray B.G. Trees, maps and FISH: The application of genome based technologies to the analysis of chromosome evolution.//Curr.Genom. 2002. V.3.P.539 -550.

145. Myakishev M.V., Khripin Y., Hu S., Hamer D.H. High-throughput SNP genotyping by allele-specific PCR with universal energy-transfer-labeled primers.// Genome Research. 2001. V. 11. P. 163-169.

146. Nagaoka T. and Ogihara Y. Applicability of inter-simple sequence repeat polymorphisms in wheat for use as DNA markers in comparison to RFLP and RAPD markers.//Theor. Appl. Genet. 1997. V.94. P.597-602.

147. Nebauer S.G., del Castillo-Agudo L., Segura J. RAPD variation within and among natural population of outcrossing willow-leaved foxglove (Digitalis obscura L.).// Theor. Appl. Genet. 1999. V. 98. P. 985-994.

148. Nei M., Li W.-H. Mathematical model for studying genetic variation in terms of restriction endonucleases.// Proc Natl Acad Sci USA. 1979. V.76.P.5269- 5273.

149. Ng M. and Yanofsky M.F. Function and evolution of the plant MADS-box gene family. // Nat. Rev. Genet. 2001. V.2. P. 186-195.

150. Ogden R. and Thorpe R.S. The usefulness of amplified fragment length polymorphism markers for taxon discrimination across graduated fine evolutionary levels in Caribbean Anolis lizards. // Molecular Ecology. 2002. V. 11. P.437-445.

151. Panda R.C., Aniel Kumar O., Raja Rao K.G. The use of seed protein ^ electrophoresis in the study of phylogenetic relationships in Chilli pepper (Capsicum1.).//Theor Appl Genet. 1986. V.72.P.665-670.

152. Panstruga R., Buschges R., Piffanelli P. and Schulze-Lefert P. A contiguous 60 kb genomic stretch from barley reveals molecular evidence for gene islands in a monocot genome.//Nucl. Acids. Res. 1998. V.26. P.1056-1062.

153. Paran I., Aftergoot E., Shifriss C. Variation in Capsicum annuum revealed by RAPD and AFLP markers.//Euphitica. 1998. V.99.P.167-174.

154. M 167. Paran I., Michelmore R.W. Development of reliable PCR-based markers linked todown mildew resistance genes in lettuce.// Theor. Appl. Genet. 1993. V.85. P.985-993.

155. Parani M., Lakshmi M., Senthilkumar P., Nivedita Ram., Ajay Parida. Molecular phylogeny of mangroves V. Analysis of genome relationships in mangrove species using RAPD and RFLP markers.// Theor. Appl. Genet. 1998. V. 97. P. 617-625.

156. Parniske M., Jones J.D.G. Recombination between diverged clusters of the tomato Cf-9 plant disease resistance gene familyJ/Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1999. V.96. P.5850-5855.

157. Payne R.W., Lane P.W., Digby P.G.N. Genstat 5 Reference Manual. 1993. Release 3. Oxford University Press.

158. Pelaz S. B and C floral organ identity function require SEPALLATA MADS-box genes. //Nature. 2000. V.405. P. 200-203.

159. Pickersgil B. Genetic resourses and breeding of Capsicum spp.//Euphitica. 1997. V.96.P. 129-133.

160. Pickersgil B. Genetic resourses and breeding of Capsicum spp.//Euphitica.l997. V.96.P.129-133.

161. Pickersgill B. Relationships between weedy and cultivated forms in some species of chili peppers (genus Capszcw/n).//Evolution.l971.V.25.P.683-691.

162. Pickersgill B. Some aspects of interspecific hybridization. In: Capsicum. Unpublished and preliminary report at the IVth Eucarpia Capsicum working group meetings in Wageningen. The Netherlands. 1980.

163. Porceddu A., Albertini E., Barcaccia G., Marconi G., Bertoli F.B., Veronesi F. Development of SSAP markers based on an LTR-like sequence from Medicago sativa L.// Mol.Genet Genomics. 2002. V.267. P. 107-114.

164. Powel W., Machray G.C., Provan J. Polymorphism revealed by simple sequence repeats. // Trends in plant science. 1996. V. 1(7). P. 215-221.

165. Prevost A., Wilkinson M.J. A new system of comparing PCR primers applied to ISSR fingerprinting of potato cultivars //Theor Appl Genet., 1999, V.98, P.107-112.

166. Prince J.P., Lackney V.K., Angeles C., Blauth J.R., Kyle M.M. A survey of DNA polymorphism within the genus Capsicum and the fingerprinting of pepper cultivars.//Genome. 1995. V.3 8.P.224-231.

167. Prince J.P., Loaiza-Figueroa F. and Tanksley S.D. Restriction fragment length polymorphisms and genetic distance among Mexican accession of Capsicum.// Genome. 1992. V. 35. P. 726-732.

168. Prince J.P., Pochard E. and Tanksley S.D. Construction of a molecular linkage map of pepper and comparison of synteny with tomato. // Genome. 1992. V.36. P.404-417.

169. Procunier J.D., Knox R.E., Bernier A.M. DNA markers linked to T10 loose smut resistance gene in wheat (Triticum aestivum L.).// Genome. 1997.V.40.P. 176-179.

170. Purugganan M.D., Rounsley S.D., Schmidt R.J., Yanofsky M. Molecular evolution of flower development: diversification of the plant MADS-box regulatory gene family .//Genetics. 1995.V.140.P.345-356.

171. Raina R., Schlappi M., Karunanandaa B., Elhofy A., Fedoroff N. Concerted formation of macromoleculs Supressor-mutator transposition complex. Proc. Natl. Acad. Sci. USA., 1998, V.95, P. 8526-8531.

172. Reamon-Buttner SM, Schmidt T, Jung C. AFLP represents highly repetitive sequences in Asparagus officinalis L. // Chromosome Res. 1999. V.7. P.279-304.

173. Renganayaki K., Read J.C., Fritz A.K. Geenetic diversity among Texas bluegrass genotypes (Poa arachnifera Torr.) revealed by AFLP and RAPD markers.// Theor. Appl. Genet. 2001. V. 102. P. 1037-1045.

174. Ribeiro M.M., Plomion C., Petit R., Vendramin G.G., Szmidt A.E. Variation in chloroplast single-sequence repeats in Portuguese maritime pine (Pinus pinaster Ait.). // Theor Appl Genet. 2001. V.102. P.97-103.

175. Riely B.K. and Martin G.B. Ancient origin of pathogen recognition specificity conferred by the tomato disease resistance gene Pto.ll Proc Natl Acad Sci USA. 2001. V.98(4). P.2059-2064.

176. Rodriguez J.M., Berke T., Engle L., Nienhuis J. Variation among and within Capsicum species revealed by RAPD markers. // Theor. Appl. Genet. 1999. V.99. P.147-156.

177. Rommens C.M., Kishore G.M. Exploiting the full potential of disease-resistance genes for agricultural use.//Curr. Opin. Biotechnol. 2000.V. 11. P. 120-125.

178. Ronald P.C. Resistance gene evolution. // Curr. Opin. Plant Biol. 1998. V.l. P.294-298.

179. Rounsley S.D., Ditta G.S., Yanofsky M.F. Diverse roles for MADS box genes in Arabidopsis development.//Plant Cell. 1995.V.7.P.1259-1269.

180. Sablowski R.W.M., Meyerowitz E.M. A homolog of NO APICAL MERISTEM is an immediate target of the floral homeotic genes APETALA3/PISTILLATA.//Ce\l. 1998.V.92. P.93-103.

181. Salmeron J.M., Oldroyd G.E.D., Rommens C.M.T., Scofield S.R., Kim H.S., et al. Tomato Prf is a member of the leucinerich repeat class of plant disease resistance genes and lies embedded within the Pto kinase gene cluster.//Cell. 1996. V.86.P.123-133.

182. Sandhu D. and Gill K.S. Gene-Containing Regions of Wheat and the Other Grass Genomes.//Plant Physiology. 2002a. V.128(3). P.803-811.

183. Sandhu D. and Gill K.S. Structural and functional organization of'1 S0.8 gene-rich region' in Triticeae.//Plant Molecular Biology. 2002b. V.48(5). P.791-804.

184. Sang-Min Chung, Staub E.J. The development and evalution of consensus chloroplast primer pairs that possess highly variable sequense regions in a diverse array of plant taxa. // Theor Appl Genet. 2003. V. 107. P.757-767.

185. Satterlee J.S., Sussman M.R. Unusual membrane-associated protein kinases in higher plants.//J. Membr. Biol. 1998.V.164.P.205-213.

186. Schierholt A., Becker H.C., Ecke W. Mapping a high oleic acid mutation in winter oilseed rape (.Brassica napus L.).// Theor. Appl. Genet. 2000. V.101. P.897-901.

187. Schmidt R.J, Veit B., Mandel M.A., Mena M., Hake S., Yanofsky M.F. Identification and molecular characterization of ZAG1, the maize homolog of the Arabidopsis floral homeotic gene AGAMOUS.//Plant Cell. 1993. V.5. P. 729-737.

188. Schwarz-Sommer Z., Huijser P., Nacken W., Saedler H., Sommer H. Genetic control of flower development by homeotic genes in Antirrhinum maj us.//Science. 1990. V.250.P.931-936.

189. Schwarz-Sommer Z., Shepherd N., Tacke E., Gierl A., Rohde W.Influence of transposable elements on the structure and function of the A1 gene of Zea mays.//The EMBO Journal. 1987.V.6.P.287-294.

190. Sharma T.R., Jana S. Species relationship in Fagopyrum reveald by PCR-based DNA fingerprinting.// Theor. Appl. Genet. 2002. V.105. P.306-312.

191. Shore P., Sharrocks A.D. The MADS-box family of transcription factors.//Eur J Biochem. 1995.V.229.P.1-13.

192. Simons G., Groenendijk J., Wijbrandi J., Reijans M., Groenen J. Dissection of the Fusarium 12 gene cluster in tomato reveals six homologs and one active gene copy. // Plant Cell 1998. V.10. P. 1055-1068.

193. Smith P.G., Heiser C.B. Jr. Taxonomy of Capsicum sinense Jacq. and the geographic distribution of the cultivated Capsicum species.//Bull Torrey Bot Club. 1957. V.84.P.413-420.

194. Sneath P.H., Sokal R.R. Numerical taxonomy. W.H. Freedman & Co. San Francisco. 1973. 573pp.

195. Soleimani V.D., Baum B.R., Johnson D.A. AFLP and pedigree-based genetic diversity estimates in modern cultivars of durum wheat Triticum turgidum L. subsp. Durum (Desf.) Husn..// Theor. Appl. Genet. 2002. V. 104. P. 350-357.

196. Song W.-Y., Wang G.-L., Chen L.-L., Kim H.-S., Pi L.-Y. A receptor kinase-like protein encoded by the rice disease resistance gene, Xa2\.//Science. 1995.V. 270. P. 1804-1806.

197. Stein J.C., Dixit R., Nasrallah M.E., Nasrallah J.B. SRK, the stigma-specific S-locus receptor kinase of Brassica, is targeted to the plasma membrane in transgenic tobacco.//Plant Cell. 1996.V.8.P.429-445.

198. Stratmann J.W., Ryan C.A. Myelin basic protein kinase activity in tomato leaves is induced systemically by wounding and increases in response to systemin and oligosaccharide elicitors.//Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1997. V.94.P.1185-1189.

199. Straub J.E., Serquen F.C., Gupta M. Genetic markers, map construction and their application in plant breeding. //Hort Science .1996. V.31P.729-741.

200. Suoniemi A., Tanskanen J., Schulman A.H. Gypsy-like retrotransposons are widespread in the plant kingdom.//Plant J. 1998. V.13.P.699-705.

201. Tai T., Dahlbeck D., Stall R.E., Peleman J., Staskawicz B.J. High-resolution genetic and physical mapping of the region containing the Bs2 resistance gene of pepper.// Theor. Appl. Genet. 1999. V.99. P.1201-1206.

202. Tautz D. and Schlotterer C. Simple sequences. //Curr. Opin. Genet. Dev. 1994. V. 4. P. 832-837.

203. Tautz D., Trick M. and Dover G. Cryptic simplicity in DNA is a major source of genetic variation. //Nature. 1986. V.322.P.652-656.

204. The Arabidopsis Genome Initiative. Analysis of the genome sequence of the owering plant Arabidopsis thaliana.//Nature. 2000.V.408.P.796 -815.

205. Theißen G. Development of floral organ identity: stories from the MADS house.//Curr. Opin. Plant Biol. 2001. V. 4. P. 75-85.

206. Theissen G., Becker A., Di Rosa A., Kanno A., Kim J.T., Münster T., Winter K.-U. & Saedler H. A short history of MADS-box genes in plants.//Plant. Mol. Biol. 2000. V.42. P.145-149.

207. Thomas H.M., Harper J.A., Morgan W.G. Gross chromosome rearrangements are occurring in an accession of the grass Lolium rigidum.//Chrom.Res. 2001.V.9.P.585 -590.

208. Tikhonov A.P., Sanmiguel P.J., Nakajima Y., Gorenstein N.M., Bennetzen J.L., And Avramova Z. Colinearity and its exceptions in orthologous adh regions of maize and sorghum.//Genetics. 1999. V.96. P. 7409-7414.

209. Tiwari K.R., Penner G.A., Warkentin T.D. Identification of coupling and repulsion phase RAPD markers for powdery mildew resistance gene er-1 in pea.//Genome. 1998.V.41. P.440-444.

210. Tong N. & Bosland P.W. Capsicum tovarii, a new member of the Capsicum baccatum complex.//Euphitica. 1999. V.109.P.71-77.

211. Torii K.U., Mitsukawa N., Oosumi Т., Matsuura Y., Yokoyama R., et al. The Arabidopsis erecta gene encodes a putative receptor protein kinase with extracellular leucine-rich repeats.//Plant Cell. 1996.V.8.P.735-746.

212. Toth G., Gaspari Z. and Jurka J. Microsatellites in different eukaryotic genomes: survey and analysis.//Genome Research. 2000. V. 10. P. 967-981.

213. Tsuchimoto S., van der Krol A.R., Chua N.-H. Ectopic expression of pMADS3 in transgenic petunia phenocopies the petunia blind mutant.//Plant Cell. 1993. V.5. P. 843-853.

214. Turcotte K, Srinivasan S, Bureau T. Survay of transposable elements from rice genomic sequences . Plant J, 2001, V.25 P. 169-179.

215. Turpeinen Т., Vanhala Т., Nevo E., Nissila. AFLP genetic polymorphism in wild barley (Hordeum spontaneum) population in Israel. // Theor. Appl. Genet. 2003. V. 106. P. 1333-1339.

216. Van der Berg R.G., Bryan G.J., del Rio A., Spooner D.M. Reduction of species of the wild potato Solanum section Petota series Longipedicellata: AFLP, RAPD and chloroplast SSR data.//Theor. Appl. Genet. 2002. V. 105. P. 1109-114.

217. Van der Linden C.G., Wouters D.C.A.E., Mihalka V., Kochieva E.Z., Smulders M.J.M., Vosman B. Efficient targeting of plant disease resistance loci using NBS profiling.// Theor. Appl. Genet. (В печати)

218. Van de Peer Y., De Wachter R. TREECON for Windows: a software package for the construction and drawing of evolutionary trees for the Microsoft Windows environment. // Comput. Applic. Biosci. 1994. V.10. P.569-570.

219. Van der Sande C.A.F.M., Kwa M., van Nues R.W., van Heerikhuizen H., Raue H.A., Planta RJ. Functional analysis of internal transcribed spacer 2 of Saccharomyces cerevisiae ribosomal DNA.// J.Mol.Biol. 1992. V.223.P.899-908.

220. Van Nues R.V., Venema J., Rientjes J.M.J., Dirksmulder A. and Raue H.A. Processing of eukaryotic pre-rRNA: the role of the transcribed spacers.//Biochem. Cell Biol. 1995. V.73. P.789-801.

221. Vargas P., McAllister H.A., Morton C., Jury S.L., Wilkinson M.J. Polyploid speciation in Hedera (Araliaceae): Phylogenetic and biogeographic insights based on chromosome counts and ITS sequences.//Plant SystEvol. 1999.V.219.P.165 -179.

222. Vos P., Hogers R., Bleeker M., Reijans M., van de Lee T., Homes M., Frijters A., Pot J., Peleman J., Kuiper M., Zebeau M. AFLP: a new technique for DNA fingerprinting.// Nucleic.-Acids. Res. 1995. V.23. P. 4407- 4414.

223. Walker J.C. Structure and function of the receptor-like protein kinases of higher plants .//Plant Mol. Biol. 1994. V.26.P. 1599-1609.

224. Walsh B.M. & Hoot S.B. Phylogenetic relationships of Capsicum (Solanaceae) using DNA sequences from two noncoding regions: the chloroplast atpB-rbcL spacer region and nuclear waxy introns.//Int J Plant Sci. 2001. V.162(6).P.1409-1418.

225. Wang D.G., Fan J.-B., Siao C.-J. Large-scale identification,mapping, and genotyping of single-nucleotide polymorphisms in the human genome.// Science. 1998. V. 280. P. 1077-1082.

226. Wang G., Mahalingam R., Knap H.T. (C-A) and (G-A) anchored simple sequence repeats (ASSRs) generated polymorphism in soybean, Glycine max (L.) Merr. //Theor. Appl. Genet. 1998. V.96. P.1086-1096.

227. Weigel D. and Meyerowitz E.M. The ABCs of floral homeotic genes.//Cell. 1994. V. 78. P. 203-209.

228. Wendel J.F., Schnabel A., Seelanan T. Bidirectional inter locus concerted evolution following allopolyploid speciation in cotton (Gc?jj^/Mm).//Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 1995.V.92.P.280-284.

229. Wessler S.R. Transposable elements associated with normal plant genes. Physiol. Plant., 1998, V.103, P.581-586.

230. Whitham S., Dinesh-Kumar S.P., Choi D., Hehl R., Corr., Baker B. The product of the tobacco mosaic virus resistance gene N: similaryti to Toll and the interleukin-1 receptor .//Cell. 1994. V.78 (6).P. 1011-1015.

231. Williams J.G.K., Kubelik A.R., Livak K.J., Rafalski J.A., Tingey S.V. DNA polymorphisms amplified by arbitrary primers are useful as genetic markers.// Nucleic Acids Res. 1990. V.18. P. 6531-6535.

232. Wissemann V. Molecular evidence for allopolyploid origin of the Rosa canina complex (Rosaceae, Rosoideae).//J.Appl.Bot. 2002.V.76.P.176 -178.

233. Wolfe A.D., Xiang Q-Y., Kephard SR. Assessing hybridizatoin in natural populations of Pestemon (Scrophulariaceae) using hypervariable inter-simple sequence repeat (ISSR) bands. //Mol. Ecol 1998 V.7 P. 1107-1125.

234. Wolff K. Morgan-Richards M. PCR markers distinguish Plantago majer subspecies.//Theor. Appl. Genet. 1998. V.96. P.282-286.

235. Wu K.-S., Jones R., Danneberger L., Scolnik P.A. Detection of microsatellite polymorphism without cloning // Nucl. Acids Res. 1994. V. 22. P. 3257-3258.

236. Wunsch A. and Hormaza J.I. Molecular characterisation of sweet cherry (Primus avium L.) genotypes using peach Primus persica (L.) Batsch. SSR sequences. // Heredity. 2002. V.89. P.56-63.

237. Xiong Y. and Eickbush T.H. Origin and evolution of retroelements based upon their reverse transcriptase sequences.//EMBO J. 1990.V.9.P.33 53-3362.

238. Xu D.H., Abe J., Gai J.Y., Shimamoto Y. Diversity of chloroplast DNA SSRs in wild and cultivated soybeans: evidence for multiple origins of cultivated soybean. // Theor Appl Genet. 2002. V.105. P.645-653.

239. Yang G., Dong J., Chandrasekharan M.B., Hall T.C. Kiddo a new transposable element family closely associated with rice genes.// Mol. Genet. Genomics. 2001.V.266.P.417-424.

240. Yanofsky M.F., Ma H., Bowman J.L., Drews G.N., Feldmann K.A., Meyerowitz E.M The protein encoded by the Arabidopsis homeotic gene agamous resembles transcription factors. //Nature. 1990. V.346. P.35-39.

241. Yoshimura S., Yamanouchi U., Katayose Y., Toki S., Wang Z.-X. Expression of Xa 1, a bacterial blightresistance gene in rice, is induced by bacterial inoculation.//Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1998. V. 5. P.1663-1668.

242. Young N.D. The genetic architecture of resistance.//Curr. Opin. Plant Biol. 2000. V.3. P. 285-290.

243. Youn-Kyu P., Kim B.-D., Kim B.-S., Armstrong K.C., Kim N.-S. Kariotyping of the chromosomes and physical mapping the 5S rRNA and 18S-26S gene families in five different species in Capsicum.//Genes Genet Syst. 1999. V.74. P.149-157.

244. Yuan L, Yang H. A draft sequence of the rice genome (Oryza sativa L. ssp. indica).U Science. 2002. V. 296(5565). P.79-92.

245. Zhang K., Letham D.S., John P.C.L. Cytokinin controls the cell cycle at mitosis by stimulating the tyrosine dephosphorylation and activation of p34(cdc2)-like hi histone kinase.// Planta. 1996.V.200.P.2-12.

246. Zhang Q., Arbuckle J., Wessler S.R. Recent, extensive, and preferential insertion of members of the miniature inverted-repeat transposable element family Heartbreaker into genie regions of maize. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2000, V. 97, P.l 160-1165.

247. Zhou J.M., Loh Y.T., Bressan RA., Martin G.B. The tomato gene Ptil encodes a serine/threonine kinase that is phosphorylated by Pto and is involved in the hypersensitive response.//Cell. 1995. V.83.P.925-935.

248. Zietkiewicz E., Rafalski A., Labuda D. Genome fingerprinting by simple sequence repeat (SSR)-anchored polymerase chain reaction amplification // Genetics. 1994. V. 20. P. 176-183.

Информация о работе

Рыжова, Наталья Николаевна
кандидата биологических наук
Москва, 2004
ВАК 03.00.15

Диссертация

Молекулярное маркирование генома перца - тема диссертации по биологии, скачайте бесплатно

Автореферат

Похожие работы

Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему Молекулярное маркирование генома перца ВАК РФ 03.00.15, Генетика

Автореферат диссертации по теме "Молекулярное маркирование генома перца"

Содержание диссертации, кандидата биологических наук, Рыжова, Наталья Николаевна

Введение Диссертация по биологии, на тему "Молекулярное маркирование генома перца"

Заключение Диссертация по теме "Генетика", Рыжова, Наталья Николаевна

Библиография Диссертация по биологии, кандидата биологических наук, Рыжова, Наталья Николаевна, Москва

Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему
Молекулярное маркирование генома перца
ВАК РФ 03.00.15, Генетика