Молекулярно-генетическая организация междисков политенных хромосом дрозофилы на уровне ДНК и междиск-ассоциированных белков

Горчаков, Андрей Александрович

Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему
Молекулярно-генетическая организация междисков политенных хромосом дрозофилы на уровне ДНК и междиск-ассоциированных белков
ВАК РФ 03.00.15, Генетика

Автореферат диссертации по теме "Молекулярно-генетическая организация междисков политенных хромосом дрозофилы на уровне ДНК и междиск-ассоциированных белков"

На правах рукописи

ГОРЧАКОВ АНДРЕЙ АЛЕКСАНДРОВИЧ

МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКАЯ ОРГАНИЗАЦИЯ МЕЖДИСКОВ ПОЛИТЕННЫХ ХРОМОСОМ ДРОЗОФИЛЫ НА УРОВНЕ ДНК И МЕЖДИСК-АССОЦИИРОВАННЫХ БЕЛКОВ

ГЕНЕТИКА 03.00.15

АВТОРЕФЕРАТ

ДИССЕРТАЦИИ НА СОИСКАНИЕ УЧЕНОЙ СТЕПЕНИ КАНДИДАТА БИОЛОГИЧЕСКИХ НАУК

НОВОСИБИРСК 2004

Работа выполнена в лаборатории молекулярной цитогенетики Института цитологии и генетики СО РАН, г.Новосибирск

чл.-кор. РАН, доктор биологических наук, профессор Жимулёв Игорь Федорович Институт цитологии и генетики СО РАН, г. Новосибирск

доктор биологических наук, профессор Высоцкая Людмила Васильевна Новосибирский Государственный Университет, г. Новосибирск

доктор биологических наук, Омельянчук Леонид Владимирович Институт цитологии и генетики СО РАН, г. Новосибирск

Ведущее учреждение: Санкт-Петербургский Государственный

Университет, г. Санкт-Петербург

Защита состоится 2005 г. на утреннем заседании

диссертационного совета по защите диссертаций на соискание ученой степени доктора наук (Д-003.011.01) в Институте цитологии и генетики СО РАН в конференц-зале Института по адресу: 630090, г.Новосибирск-90, проспект академика Лаврентьева, 10. e-mail: dissov@bionet.nsc.ru

С диссертацией можно ознакомиться в библиотеке Института цитологии и генетики СО РАН.

Автореферат разослан " ¿^¿¿GSftfy 2004 г.

Научный руководитель:

Официальные оппоненты:

Ученый секретарь диссертационного совета доктор биологических наук

А.Д.Груздев

ВВЕДЕНИЕ.

Актуальность проблемы. Благодаря своей характерной морфологии, возникающей вследствие чередования плотно упакованных участков хроматина (дисков) и менее плотно упакованных участков, междисков, политенные хромосомы двукрылых являются наиболее удачной моделью для изучения связи между изменениями структуры и функционального состояния интерфазных хромосом. Несмотря на это, молекулярные основы формирования дискового рисунка до сих пор остаются слабо изученными. Так, неясно, на каком уровне организации хроматина возникают различия в упаковке ДНК дисков и междисков и насколько эти различия обусловлены физико-химическими свойствами ДНК из этих районов. Участие структурных белков хроматина и роль ферментативных активностей белковых комплексов в формировании специфической «некомпактной» морфологии междисков также остаются практически неисследованными. Нерешенным является и принципиальный вопрос относительно способности междискового материала автономно формировать междиск в ненативном геномном окружении.

К основным причинам слабой изученности междисков следует отнести их малые физические размеры и низкую долю приходящейся на них ДНК. Эти ограничения не позволяют использовать традиционные цитогенетические методы для точного соотнесения между собой молекулярных и цитологических данных для этих районов. Частично решить эту проблему позволяет использование эффекта, заключающегося в том, что встройка транспозона в междисковый район может вызывать образование нового тонкого диска, видимого под электронным микроскопом (БетебЫп & а1., 1986; 1989). Зная молекулярную организацию транспозона, встроившегося в междиск, можно клонировать прилежащую к нему ДНК (Бетакоу е^ а1, 1993), что дает возможность прямых экспериментов по изучению биохимических и функциональных свойств междисковых районов. Однако такой подход является исключительно время- и трудоемким. Альтернативным решением проблемы является изучение междиск-специфических белков и выяснение их функций. Использование же биохимических подходов для анализа последовательностей ДНК, ассоциированных с такими междиск-специфическими комплексами, позволит напрямую выяснить молекулярно-генетические особенности организации материала междисков.

Целью данной работы является комплексное изучение молекулярно-генетической организации междисковых районов политенных хромосом Б. melanogaster, а также молекулярно-генетическое описание белкового комплекса И/СНИК, ассоциированного с междисками политенных хромосом дрозофилы.

В связи с этим были поставлены следующие задачи:

1. Определить молекулярно-генетическую организацию междискового материала:

а) клонировать и определить последовательность нуклеотидов ДНК из междисковых районов ЗА4/А6 и 60Е8/Е10;

б) провести сравнительный анализ последовательностей нуклеотидов междисковых ДНК;

в) исследовать транскрипционную активность ДНК из района междиска 60Е8/Е10.

2. Синтезировать и проверить активность in vivo нового «донорного» транспозона дрозофилы для работы с междисковой ДНК в ненативном геномном окружении.

3. Провести комплексный молекулярно-генетический анализ гена Chriz, продукт которого предположительно ассоциирован с междисками:

а) определить паттерн экспрессии гена Chriz;

б) определить паттерн хромосомной локализации комплекса Z4/CHRIZ в диплоидных и политенных клетках;

в) получить и охарактеризовать мутантные аллели Chriz;

г) идентифицировать эволюционно-консервативные домены белка CHRIZ.

Научная новизна. В данной работе впервые проведено клонирование и определение нуклеотидных последовательностей ДНК междисков ЗА4/А6 и 60Е8/Е10. Проведен сравнительный анализ ДНК исследованных междисков, последовательностей ДНК междисков, описанных ранее, и последовательностей ДНК дисков. Впервые на молекулярном уровне показана транскрипционная активность ДНК междиска. Впервые получены и протестированы три новых вектора - векторы pFRT и pFRTV, разработанные для изучения междисков, и рМН, созданный для регулируемой экспрессии химерных белков в системе Е. coli. Проведен детальный молекулярно-генетический анализ гена Chriz, белковый продукт которого образует комплекс с белком Z4 и специфически связывается с междисками политенных хромосом D. melanogaster.

Практическая ценность. В работе представлены первые прямые эксперименты по изучению транскрипционных свойств ДНК междисков. Впервые исследованы некоторые белковые составляющие хроматина междисков на молекулярном уровне. Результаты этих экспериментов имеют существенное значение для дальнейшего анализа структурно-функциональной организации интерфазных хромосом.

Апробация работы. Основные результаты данного исследования докладывались на XIII и XIV Международных симпозиумах по структуре и функции клеточного ядра, (Санкт-Петербург, 1999, 2002), 14"1 International Chromosome Conference (Wurzburg, Germany, 2001), 28lh International Meeting of

The Federation of European Biochemical Societies (Istanbul, Turkey, 2002), 18th European Drosophila Research Conference / Eurofly (Gottingen, Germany, 2003), 45th Annual Drosophila Research Conference (Washington DC, USA, 2004) и на III Съезде ВОГиС (Москва, 2004).

Вклад автора. Основная часть экспериментов была выполнена автором самостоятельно. Работа по клонированию и трансформации конструкции кДНК Chriz была проведена автором в лаборатории проф. X. Заумвебера при техническом содействии докт. X. Эгтерта и г-жи Р. Гинапп (Институт Биологии, Берлин, Германия). Электронно-микроскопический анализ районов инсерций транспозонов был полностью проведен д.б.н. В.Ф. Семешиным (ИЦиГ СО РАН). Анализ транскрипционной активности междиска 60Е8/Е10 методом Нозерн-блот гибридизации, а также начальные эксперименты по секвенированию ДНК междисков проводились совместно и в соавторстве с к.б.н. СА Демаковым.

Объем работы. Диссертация состоит из введения, обзора литературы, описания материалов и методов, результатов, обсуждения, а также выводов и списка цитируемой литературы, включающего 416 ссылок. Работа изложена на 164 страницах машинописного текста, содержит 10 таблиц и 32 рисунка.

Публикации. По теме диссертации опубликовано или находится в печати 9 работ.

МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.

Линии мух. Использованные в работе линии мух и описание генетических маркеров приведены в книге Lindsley, Zimm, 1992, а также в следующих статьях: Демаков и соавт., 2001; Зимин и соавт., 2004; Eggert etal, 2004.

Анализ нуклеиновых кислот. Все эксперименты, связанные с очисткой и анализом нуклеиновых кислот, а также со скринингом геномных библиотек выполняли методами, изложенными в руководстве Sambrook et al., 1989.

Методы работы с белками. Все процедуры, связанные с наработкой, очисткой и анализом рекомбинантных или нативных белков, проводили в соответствии в рекомендациями фирм-производителей QIAGEN и Promega. Иммунофлуоресцентный анализ политенных хромосом и иммуногистохимические методы окрашивания эмбрионов, органов и тканей проводили как описано в статьях Saumweber et al., 1980 и Zink, Paro, 1989.

Компьютерный анализ нуклеотидных и аминокислотных последовательностей. Анализ и выравнивание последовательностей проводили с использованием компьютерного обеспечения DIALIGN, SMARTest (Genomatix group), MAR-Finder (NCGR), демо-версий программ Alignment и VectorNTI 4.0 (Informax Inc.). Поиск гомологичных последовательностей производился с помощью программ серии BLAST (Altschul et al., 1990; Tatusova, Madden, 1999), представленных на серверах www.ncbi.nlm.nih.gov/blast и www.flybase.net/blast.

РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ.

1. Клонирование и секвенирование ДНК междисков 60Е8/Е10 и ЗА4/А6. Сравнительный анализ последовательностей ДНК междисков.

В исследованиях организации междисков принципиальным вопросом является их молекулярный размер. Линейные размеры междисков малы (0,0430,2 мкм), что не позволяет использовать методы гибридизации in situ ввиду того, что сигнал гибридизации заведомо перекрывает материал междиска и соседних дисков, поэтому подходы, основанные на таких методах, не обладают необходимым разрешением и не решают вопрос о границе междиска/диска. Одновременно оказался весьма продуктивным разработанный в лаборатории подход, основанный на электронно-микроскопическом исследовании структуры политенных хромосом и последующем их молекулярном анализе. С его помощью удалось получить информацию об организации ДНК междисков 61С7/С8, 85D9/D10 и 86В4/В6 (Demakov et al., 1993; Шварц и соавт., 1998). Чтобы расширить выборку междисковых последовательностей, в настоящей работе было проведено клонирование материала, фланкирующего инсерции транспозона PlArB в междисках ЗА4/А6 и 60Е8/Е10, и составлены молекулярно-генетичсские карты обоих районов. Присутствие в составе конструкции PlArB плазмиды pBluescript, несущей ген устойчивости к ампициллину, позволило применить метод спасения Р-мишени для клонирования прилежащей к 3'-концу транспозона междисковой ДНК. Таким образом были получены клоны 60Е-2,1 S, 3A-5S и ЗА-12Н, содержащие фрагменты ДНК размером 2089 п.н. из междиска 60Е8/Е10 (Рис. 1, А), а также 5 т.п.н. и 12 т.п.н. из междиска ЗА4/А6, соответственно. Локализация клонов 60E-2,1S и 3A-5S была подтверждена FISH в соответствующих районах политенных хромосом 60Е и ЗА. Вместе с данными проведенной Саузерн-блот гибридизации это свидетельствует об уникальности междисковой ДНК в составе генома дрозофилы. Полученные клоны содержали материал междиска лишь с одной стороны от встройки. Для определения полной последовательности ДНК междисков 60Е8/Е10 и ЗА4/А6 мы провели скрининг геномных библиотек ДНК мух дикого типа. В качестве зондов были использованы клонированные фрагменты 60E-2,1S и 3A-5S. В результате скрининга был идентифицирован космидный клон 95Н8 (около 45 т.п.н.), имеющий гомологию с ДНК междиска 60Е8/Е10, и фаговый клон ЗА-20R, содержащий встройку ДНК из района ЗА размером около 20 т.п.н.

Набор клонов меньшего размера, содержащих полные последовательности ДНК междисков 60Е8/Е10 и ЗА4/А6, а также последовательности ДНК, располагающиеся по обе стороны от встроек, были получены субклонированием космидного и фагового клонов. Так, на рисунке 1, А приведена рестриктная карта района междиска 60Е8/Е10, которая была построена на основе серии проведенных Саузерн-блот гибридизаций. Клоны ДНК, перекрывающие место встройки транспозона PlArB в междиски ЗА4/6 и

60Е8/Е10, были секвенированы. В частности, мы обнаружили полную гомологию определенной нами последовательности из междиска 60Е8/Е10 с последовательностью гена RpL19, который кодирует рибосомный белок размером 19 кДа. Встройка транспозона Р1АгВ произошла на расстоянии около 1100 п.н. от З'-конца гена RpL19 и на расстоянии около 120 п.н. от 5'-конца гена CG30424 (Рис. 1, А) в одну из единиц совершенного тандемного повтора длиной 157 пн.

60E-2.1S rescue I I

5' Р{1АгВ}60Е8-10 3'

"V7

S S SH SSc HScHBSH Sc

i i—н—»-4—и in—i—

CG2765 CG30424 RpL 19 . t

• '' И » actin

Л iff if

э л1 л2 пк и сж

- **RpH9

Рис. 1. Молекулярно-генетическая карта района междиска 60Е8/Е10 (А) и транскрипционная активность материала медциска 60Е8/Е10 (Б). а - положение встройки транспозона PlArB в районе медциска 60Е8/Е10 (обозначено треугольником) и сайтов рестрикции в геномной последовательности: В - BamHl, Н - HindIII, S - Sail, Sc - Sad; б - положение известных генов и кДНК; в - локализация тавдемного повтора в районе инсерции (горизонтальные стрелки). Б - Нозерн-блот гибридизация Р-меченой ДНК клона 60E-2,1S rescue из района междиска 60Е8/Е10 и гена актина с poly А* РНК дрозофилы, выделенной из эмбрионов (з), личинок первого (л!) и второго (л2) возраста, предкуколок (пк), имаго (и) и из слюнных желез (сж)

При сравнении определенных нами последовательностей из района ЗА4/А6 с последовательностями, представленными в BDGP, была обнаружена полная гомология с ДНК генов egh, KLP3A и wds. Известно, что ген egh функционирует в фолликулярных клетках самок дрозофилы и предположительно кодирует секреторный или трансмембранный белок. Ген wds кодирует один из факторов транскрипции. Инсерция транспозона PlArB в районе междиска ЗА4/А6 произошла в позиции + 128 п.н. относительно старта транскрипции гена egh и приходится на его первый некодирующий экзон.

Для поиска возможных функциональных участков ДНК, характерных для междисков, было проведено выравнивание последовательностей клонированных к настоящему времени шести междисков - двух (ЗА4/А6 и 60Е8/Е10), полученных в данной работе, и четырех (ЗС6/С7, 61С7/С8, 85D9/D10, 86В4/В6), опубликованных ранее. Для этого использовали опубликованные BDGP геномные последовательности, располагающиеся в пределах двух тысяч пар нуклеотидов от места встройки транспозона. Нам не удалось обнаружить значительного сходства или консенсусной последовательности, общей для всех исследованных междисков. Это может

быть, в частности, связано с тем, что часть клонированных последовательностей ДНК не относится к междисковым.

Ранее было показано, что для районов междисков характерна общая АТ-обогащенность нуклеотидного состава ДНК, присутствие вырожденных блоков нуклеотидов, таких как ро1у-РиРу, ро1у-Ри, ро1у-Ру, а также сайтов связывания с белками ядерного матрикса. В этой связи было проведено сравнение частот встречаемости таких последовательностей и АТ-обогащенности в выборках последовательностей дисков и междисков, однако достоверных отличий между этими двумя группами последовательностей обнаружено не было. Таким образом, скорее всего различия в организации материала дисков и междисков напрямую не связаны с особенностями только первичной структуры ДНК в них, а определяются на более высоких уровнях организации хроматина.

2. Транскрипционная активность междисков

Ранее предполагалось, что междиски могут содержать гены клеточного метаболизма (гены «домашнего хозяйства») (2Ыти1еу, Ве1уаеуа, 1975). Встройка транспозона Р1ЛгВ в междиске 60Е8/Е10 располагается в районе 5'-нетранслируемой области гена CG30424 и 3'- нетранслируемой области гена RpU9 (Рис. 1, А). Из данных Р1уВа8е известно, что ген CG30424, функция которого до настоящего времени не определена, транскрибируется на очень низком уровне и только на эмбриональной стадии. Таким образом, можно предполагать, что CG30424 не активен в слюнных железах. В отличие от CG30424, ген Rpll9, кодирующий один из рибосомных полипептидов, экспрессируется постоянно и на очень высоком уровне. Так, в соответствии с данными проведенной Нозерн-блот гибридизации клона 60Е-2Д8 с ро1уЛ+-РНК дрозофилы, выделенной на разных стадиях онтогенеза, РНК гена Rpll9 размером около 750 нуклеотидов выявляется на всех стадиях (Рис. 1, Б). Мы провели Нозерн-блот гибридизацию этого же зонда с ро1уЛ+-РНК слюнных желез личинок дрозофилы и также обнаружили там транскрипт Rpll9 (Рис. 1,Б). Принимая во внимание молекулярно-генетическую организацию района инсерции Р1ЛгВ в междиске 60Е8/Е10, близость инсерции Р1ЛгВ к гену RpL19 (1,1 т.п.н.) и литературные данные о среднем размере междисковой ДНК около 2 т.п.н., можно предполагать, что часть гена RpL19 находится в междиске. Таким образом, нами показано на молекулярном уровне, что в районе междиска находится постоянно транскрибируемый ген. Обнаруженная транскрипционная активность гена RpL19 в слюнных железах вместе с данными об отсутствии транскрипции материала остальных междисков указывают на неоднородность последовательностей междисков в плане транскрипционной активности. Соответственно, полученная информация позволяет считать, что формирование междисков не определяется только транскрипционной активностью района и может являться результатом

активности каких-то других, возможно, пока неохарактерзованных, элементов хроматина.

3. Синтез и проверка активности in vivo нового «донорного» транспозона дрозофилы pFRT. Возможные применения

Одним из возможных решений вопроса, какие последовательности необходимы и достаточны для формирования междиска, может быть предлагаемый молекулярно-цитологический подход, базирующийся на картировании изменений морфологии района политенной хромосомы при интеграции туда тестируемых последовательностей ДНК. Достоинством такого подхода является возможность оценивать способность различных последовательностей ДНК формировать междиск в заданном генетическом окружении. Метод предполагает использование двух транспозонов (Рис. 2). Первый, «акцепторный», состоит из образующих дисковые структуры последовательностей, которые разделены сайтом FRT. Второй, «донорный», несет тестируемую последовательность, фланкированную двумя FRT-сайтами. При сведении таких транспозонов в одном геноме с источником FLP будет происходить вырезание тестируемой последовательности из состава донорного транспозона с образованием кольцевой молекулы с одним сайтом FRT (эписомы) и последующей интеграцией в акцепторный транспозон по сайту FRT. Таким образом, если в сайте локализации акцепторного транспозона интеграция эписомы будет сопровождаться образованием междиска, то это будет свидетельствовать о том, что данная последовательность необходима и достаточна для образования «эктопического» междиска.

Рис. 2. Использование FLP/FRT системы для картирования последовательностей, необходимых для формирования междиска in vivo (А), и организация полученного "донорного" транспозонаpFRT (Б).

"донор" "акцептор"

Рис. 3. Молекулярно-генетическая организация в локусе Скп1 (А) и локализация точек разрывов делеций в материале гена Скп1 (Б). Голубыми стрелками показаны альтернативные транскрипты (а, а', Ь и с), вертикальными стрелками сайты инсерций транспозонов в линиях KG6256, KG3258 и sh044. Красным выделены 5- и 3'-нетранслируемые области Скп1, кодирующие белок последовательности обозначены желтыми прямоугольниками. Последовательности, кодирующие хромодомен CHRIZ, выделены зеленым. Расположение соседних с Скп1 генов ЗяИ и С011109 показано пурпурными стрелками. Последовательности ДНК, делегированные в соответствующих аллелях Скп1, показаны черными линиями. Геномный фрагмент 8еа1-ЕеоК1, показанный синим прямоугольником, был использован для «спасения» полученных аллелей СИп1.

В связи с тем, что планируется тестировать много фрагментов ДНК на свойство формировать «эктопический» междиск, возникла необходимость создания удобного донорного транспозона, в который можно было бы клонировать любые последовательности в 1-2 этапа Такой транспозон был синтезирован и назван pFRT (Рис. 2, Б). Его особенностью является то, что

"ч

ja \ J

* «

Рис. 4. Колокализация антител против Z4 и CHR1Z на полигенных хромосомах D. melcmogaster. а - локализация ТА (Rhodamin, красный), б - локализация CHRIZ (FITC, зеленый), в - совмещение сигналов ТА и CHRIZ показано желтым.

два однонаправленных FRT-сайта фланкируют полилинкер из пяти уникальных сайтов рестрикции Nhel, Sphl, XhoI EeriRl, ВатШ, при этом сами FRT-сайты ограничены одним-двумя уникальными сайтами рестрикции. Данная организация позволяет клонировать необходимые последовательности как между FRT-сайтами, так и рядом с ними. Функциональность FRT-сайтов транспозона pFRT in vivo мы проверили посредством FLP-опосредованной рекомбинации, которая

HI8

сопровождалась удалением гена-репортера помещенного между сайтами FRT. FLP/FRT рекомбинационные события мы регистрировали по изменению цвета глаз и подтвердили Саузерн-блот гибридизацией. Полученный транспозон pFRT может быть использован не только для изучения последовательностей, ответственных за формирование диск/междискового рисунка политенных хромосом, но также может найти применение для решения целого ряда молекулярно-генетических задач, связанных с изучением эффекта положения, механизмов блокирования энхансеров, получением мозаиков и температуро-чувствительных мутантов или созданием доминант-негативных аллелей генов.

4. CHRIZ - консервативный белок, ассоциированный с междисками

Показано, что ДНК междиеков упакована нуклеосомно (Schwartz et al., 2001), при этом данных относительно структуры хроматина на более высоких уровнях пока накоплено мало. В районах междисков разными авторами картировано несколько белковых комплексов, однако в большинстве описанных случаев такая ассоциация неполная - либо описаны немеждисковые сайты локализации (В52, HSP, CHD-1, Вх-63), либо есть междиски, в которых данные белки не выявляются (P-TEFb, Spt5/6, MSL, ISWI). "Абсолютно" междисковыми белками можно, таким образом, считать лишь Ро111а, JIL-1 и некоторые модифицированные формы гистонов. Помимо указанных белков был описан еще один междиск-специфический антиген - Z4, а также два взаимодействующих с ним полипептида - CHRIZ и ZIP. Оба белка были идентифицированы X. Эггертом в результате MALDI-TOF анализа продуктов коиммунопреципитации с Z4-специфическими антителами (Eggert et al, 2004). Подтвердить, что взаимодействие Z4/CHRIZ действительно имеет место in vivo, а также максимально полно охарактеризовать ген Chriz (CGI 0712) и его продукт, стало еще одной задачей данной работы, чтобы в конечном итоге попытаться определить роль комплекса Z4/CHRIZ в наднуклеосомной организации хроматина междисков.

4.1. Ген Chriz. Описаниеигенетическийанализ

Ген Chriz располагается в районе 79F SL-хромосомы. Сопоставляя последовательности клонированных в рамках подпроекта EST BDGP кДНК с физической картой, можно предположить существование трех промоторов, альтернативного сплайсинга первого интрона, а также двух различных сайтов терминации транскрипции (Рис. 3, А). Таким образом, с наиболее 5'-удаленного промотора считывается два класса транскриптов - мажорный транскрипт b, длиной 3838 н., и реже встречающийся транскрипт с, длиной 3769 н. С двух соседних, расположенных на расстоянии 92 п.н. друг от друга, «внутренних» промоторов образуется два транскрипта - а, длиной 3830 н., и а', длиной 3738 н. При использовании альтернативного сайта полиаденилирования размер транскриптов уменьшается примерно на 600 н. Тем не менее, ни в одном из синтезирующихся in vivo вариантов мРНК кодирующая область (CDS) не меняется. Таким образом, мы можем полагать, что продукт гена Chriz - это белок размером 926 аминокислот с рассчетным молекулярным весом около 101 кДа.

В результате поиска линий с инсерциями транспозонов в районе гена Chriz было обнаружено две линии с инсерцией транспозона PSUP-огР, - KG6256 и KG3258, а также линия с инсерцией транспозона PlacW - 1(3)sh044 (Рис. ЗА).

Согласно данным PS/GDP, инсерция PSUP-orP в линии KG6256 произошла в межгенный интервал Ssll - Chriz, на расстоянии около 100 п.н. от первого старта транскрипции Chriz (Рис. 3, А). В линии наблюдается леталь, сцепленная с третьей хромосомой. Фенотипически это выражается в гибели гомозиготных по встройке особей на стадии эмбриона и первого личиночного возраста, при этом очень редко гомозиготы доживают до стадии куколки.

Согласно молекулярным данным Ох и соавт. (Oh et al, 2003), в линии l(3)sh044 транспозон PlacW встроился в первый интрон гена Chriz (Рис. ЗА), в районе его второго промотора, в 5'-3'-ориентации, обратной направлению транскрипции Chriz.■ При 25 °С гомозиготные по инсерции особи не доживают до стадии имаго и гибнут до второго личиночного возраста, однако при выращивании на +16°С, жизнеспособность гомозигот значительно выше. У вылетающих имаго генотипа (около 3% от общего числа

мух) наблюдается фенотип «грубые глаза», выражающийся в нерегулярном расположении фасеток и уменьшенном по отношению к несущим балансер сибсам числе омматидиев, а также полная стерильность самок и частичная стерильность самцов.

В линии KG3258 встройка транспозона PSUP-orP произошла в то же положение и в той же ориентации, что и инсерция PlacW в линии l(3)sh044. Однако, в отличие от l(3)sh044, в линии KG3258 гомозиготные по инсерции особи погибают до стадии личинки второго возраста. Чтобы узнать, связана ли эта леталь со встройкой, были проведены скрещивания, в ходе которых была индуцирована эксцизия транспозона. Эксцизию регистрировали по исчезновению экспрессии маркерных генов. В 46 из 63 случаев эксцизии транспозона произошло полное восстановление жизнеспособности гомозиготных особей. Реверсия летали к норме и данные проведенного Саузерн-блот анализа свидетельствуют о том, что леталь в линии KG3258 была вызвана именно инсерцией транспозона PSUPor-P.

Помимо 46 линий с восстановлением жизнеспособности было также получено 17 линий с леталью (10) или полулеталью (7) по третьей хромосоме. Молекулярный анализ 17 линий с «неточным» удалением транспозона KG3258 свидетельствовал о том, что некоторые линии были идентичны друг другу. Одна из линий с леталью была не связана с локусом Chriz■ Оставшиеся 9 «летальных» и 4 «полулетальных» линий не комплементировали с инсерциями KG3258, KG6256 и l(3)sh044 и делецией Df(3L)79E-F. Данные Саузерн-блот гибридизации указывают на то, что в этих 13 линиях произошло либо неполное удаление транспозона, либо эксцизия сопровождалась дополнительным удалением последовательностей гена Chriz (Табл. 1).

Таблица 1. Молекулярно-генетическая характеристика полученных аллелей Chriz._

Аллель Молекулярная характеристика Комплементация с KG3258 и Df(3L)79EF Летальная стадия Спасение трансгенной копией Chriz

Chriz3 делеция - 1 личин, воз. +

Chriz' делеция • 1 личин, воз. +

Chriz10 делеция 978 п.н. + 13 п.н. 5'-конца Р-элемента - 1 личин, воз. +/-

Chriz12 делеция 2373 п.н. + 14 п.н. 5'-конца Р-элемента - 1 личин, воз. +

Chriz16 делеция - 1 личин, воз. +

Chriz*0 MJ~49> делеция 1717 п.н. - 1 личин, воз. +/-

Chriz?" делеция 1818 п.н. + 16 п.н. 5'-конца Р-элемента - 1 личин, воз. -

Chriz39 делеция - 1 личин, воз. -

Chriz" делеция 1135 п.н. + 35 п.н. 5'-конца Р-элемента - куколка +

Chriz2 неполное удаление транспозона +/- - +

Chriz4 неполное удаление транспозона +/- имаго +

Chriz6 неполное удаление транспозона +/- куколка +

Chriz" неполное удаление транспозона +/- имаго +

Chriz'4 неполное удаление транспозона +/- - +

Chriz26 (-27) неполное удаление транспозона +/- имаго +

Chriz40 неполное удаление транспозона +/- - +

* 1 личин, воз. - первый личиночный возраст.

На рисунке 3 показано расположение последовательностей, удаляемых делециями в гене Скп1- Связь полученных инсерционных и делеционных аллелей Скп1 с собственно геном, удалось окончательно подтвердить, проведя «спасение» летальных фенотипов трансгенной копией Скп1 (Рис. 3, Б, Табл. 1). Выяснилось, что леталь в линиях с аллелями СЫг"7, Скпг2" и Скт1" не может быть компенсирована трансгенной конструкцией. Для Сйпг'" и САпг^" наблюдаемый эффект можно объяснить удалением промоторных последовательностей соседнего с Скп1 гена Ssll (Рис. 3, Б). Отсутствие «спасения» аллеля Скг¡г30, скорее всего, связано с повреждением другого, сцепленного с Скп1, локуса.

Таким образом, в эксперименте по эксцизии транспозона К03258 было получено и частично охарактеризовано 13 мутантных аллелей гена Скп1-

4.2. Chriz - слабый доминантный модификатор эффекта положения гена мозаичного типа

Эффект положения гена мозаичного типа (ЭПМ) выражается в вариегирующей экспрессии гена при его делокализации из нативного эухроматинового окружения в близость к гетерохроматину. Так, мозаичная экспрессия гена white в перестройке vf"4h, вызванная переносом white в прицентромерный район Х-хромосомы, является исключительно чувствительной тест-системой, которую широко используют для идентификации различных генов, влияющих прямо или косвенно на организацию хроматина, - супрессоров, Su(var), и энхансеров, E(var), эффекта положения.

Было показано, что ген Z4 является доминантным гапло-супрессором и трипло-энхансером эффекта положения (Eggert et al, 2004), то есть, снижение количества белка Z4 приводит к усилению экспрессии вариегирующего репортера (и наоборот). Таким образом, несмотря на локализацию в декомпактных междисковых районах, белок Z4 оказывает репрессирующее воздействие на хроматин.

Поскольку Z4 образует комплекс с CHRIZ in vivo, было интересно проверить, является ли Chriz также доминантным модификатором ЭПМ. Оказалось, что в отличие от гена Z4, ноль-аллели Chriz являются сравнительно слабыми доминантными супрессорами эффекта положения, причем наибольший эффект Chriz как супрессора достигается при наследовании Chriz именно от самок. Такое поведение генов-мбдификаторов ЭПМ описано как «материнский эффект» и определяется тем, что гетерохроматин формируется на ранних стадиях эмбриогенеза, когда еще не происходит собственно зиготической экспрессии генов.

4.3. Исследование хромосомной локализации продукта Chriz в системе эктопической экспрессии GAL4/UAS в слюнной железе

Кодирующая последовательность гена Chriz была клонирована в рамку к последовательности, соответствующей myc-His эпитопу в векторе pUAST-myc-His. Гомозиготных по инсерции pUAST-myc-His-Chriz мух скрестили с линиями-драйверами sgs3-GAL4, 1824 и 1747, в которых транскрипционный активатор GAL4 экспрессировался в слюнных железах. Соответственно, у потомства в этих скрещиваниях происходила специфическая активация транскрипции myc-His-Chriz в слюнных железах. Экспрессию химерного белка MYC-HIS-CHRIZ детектировали иммуноокрашиванием препаратов политенных хромосом конъюгатами a-myc-FITC. Анализ распределения сигналов флуоресценции свидетельствовал о том, что химерный белок локализуется исключительно в междисках политенных хромосом.

4.4. Исследование локализации нативного комплекса Z4/CHRIZ на политенных хромосомах и в диплоидных клетках

Для локализации CHRIZ на политенных хромосомах in vivo и для изучения паттерна экспрессии гена было необходимо получить антитела против белка

CHRIZ. В связи с этим было решено синтезировать конструкцию pQE30-Chiiz-part BamSal, с которой в Е. coli нарабатывался фрагмент CHRIZ с 345 по 926 ак, очистить соответствующий белок и использовать его для иммунизации двух кроликов. Антисыворотки были проверены на специфичность методом Вестерн-блоттинга.

Проведенное иммуноокрашивание препаратов политенных хромосом и нервных ганглиев антителами против Z4 и CHRIZ-специфичной антисывороткой свидетельствует о полной колокализации обоих сигналов в междисках политенных хромосом (Рис. 4) и в интерфазных ядрах диплоидных клеток. Кроме того, иммуноокрашивание позволило описать локализацию CHRIZ в клетках на разных стадиях клеточного цикла. Мы обнаружили, что белок CHRIZ ассоциирован исключительно с интерфазными хромосомами, а при митотической конденсации хромосом он не связан с хроматином и диспергирован по цитоплазме.

4.5. Изучение паттернаэкспрессиигена Chriz

Для определения паттерна экспрессии гена Chriz в развитии были проведены Нозерн- и Вестерн-блот гибридизации. Было показано, что ген Chriz транскрибируется на всех стадиях развития и особенно сильно на эмбриональной. Обнаруживается два транскрипта размером около 3800 и 3200 н., соответствующих альтернативным продуктам полиаденилирования мРНК с сайтов, располагающихся на расстоянии около 600 н. друг от друга.

По данным Вестерн-блот гибридизации, мРНК гена Chriz кодирует полипептид с подвижностью в SDS-полиакриламидном геле, соответствующей весу около 160 кДа, что выше предсказанного молекулярного веса (101 кДа) для этого белка, и вызвано, по-видимому, формированием нелинейной вторичной структуры ввиду особенностей аминокислотного состава или посттрансляционными модификациями. Видно, что белок CHRIZ образуется на всех стадиях развития и присутствует в ядре.

Для подтверждения постоянного и повсеместного уровня экспрессии Chriz была проведена иммунодетекция CHRIZ в органах, тканях и целых эмбрионах. Было показано, что CHRIZ обнаруживается в ядрах всех клеток и во всех тканях. Белок преимущественно ассоциирован с интерфазным хроматином и не обнаруживается в хромоцентре. В препаратах, приготовленных из эмбрионов до образования клеточной бластодермы, CHRIZ колокализуется с микротрубочками веретена деления. В этой связи можно предполагать, что белок CHRIZ может выполнять различные функции в составе интерфазного хроматина и выступать как элемент митотического веретена.

4.6. Поискпотенциальнькфункциональныхдоменов Chrizпосредством сравнительногоэволюционного анализа

Поскольку функциональные районы белков часто сохраняют свою организацию в ходе эволюции, для определения консервативных районов CHRIZ мы провели сравнительный анализ белка CHRIZ у различных видов рода Drosophila. С этой целью были проведены ПЦР-амплификация, клонирование и секвенирование геномных последовательностей,

соответствующих гену Chriz, у видов D. mauritiana, D. erecta и D. takahashii. Дополнительно была аннотирована последовательность, гомологичная Chriz в геноме D. pseudoobscura (время дивергенции от D melanogaster около 25 млн.лет), нуклеотидная последовательность которого была определена в рамках геномного проекта дрозофилы. Помимо D. pseudoobscura удалось обнаружить последовательности, гомологичные Chriz, у комара Anopheles gambiae (время расхождения с Drosophila около 250 млн. лет).

Анализ аминокислотных последовательностей CHRIZ 5 видов рода Drosophila и A. gambiae позволил выделить в структуре белка несколько консервативных доменов:

1) аминотерминальный район [1; 186] ак;

2) хромодомен [208; 279] ак;

3) положительно заряженный район [503; 621 ] ак;

4) отрицательно заряженный район [771; 898] ак, перекрывающийся с

протяженным консервативным доменом [703; 802] ак;

5) карбокситерминальный домен [880; 926] ак.

Выяснение функций, ассоциированных с этими частями белка, проводится в настоящее время и поможет определить нативную функцию белка CHR1Z и целого комплекса Z4/CHRIZ в междисках.

4.7. Сравнительный анализ аминокислотной последовательности хромодомена белка CHRIZ

Хромодомен представляет собой эволюционно консервативный белковый модуль эукариот длиной около 50 аминокислот, аналоги которого, обладающие похожей третичной укладкой, встречаются у археобактерий, причем большинство белков, в структуре которых присутствует хромодомен, связаны с организацией хроматина. Так, у дрозофилы помимо CHRIZ обнаружено еще 13 белков с одним или двумя хромодоменами (Eissenberg, 2001). Среди них, как минимум, для двух белков - MOF и MSL3, компонентов комплекса дозовой компенсации, описано сродство хромодоменов к РНК. Напротив, два хромодомена белка dMi-2 обладают ДНК-связующей активностью. Однако наиболее исследованными в структурном и генетическом плане являются два белка - НР1 и PC. Показано, что их хромодомены взаимодействуют с N-концевыми последовательностями гистона НЗ. В частности, было обнаружено, что хромодомены НР1 и PC необходимы для специфического «узнавания» триметилированных лизиновых остатков гистона НЗ в положеднии соответственно.

Проведенный сравнительный анализ хромодомена CHRIZ у различных видов двукрылых с «каноническими» хромодоменами белков НР1 и PC свидетельствует о значительном консерватизме структурных аминокислотных остатков, определяющих пространственную укладку этого модуля, однако, два из трех ароматических остатков, необходимых для узнавания триметиллизина, заменены в белке CHRIZ на заряженные аминокислоты. Эти данные позволяют предполагать, что либо хромодомен CHRIZ не взаимодействует с N-концами гистонов и его функцией может быть связывание с другими

белками или нуклеиновыми кислотами, либо механизм взаимодействия хромодомена CHRIZ и N-конца гистонов отличается от описанных.

ВЫВОДЫ.

1. Последовательности ДНК изученных междисков уникальны в геноме и соответствуют либо регуляторным 5'-нетранскрибируемым областям генов, либо кодирующим областям активно экспрессирующихся генов «домашнего хозяйства».

2. Показано, что транспозон дрозофилы pFRT функционален и может быть использован для картирования последовательностей ДНК, способных формировать междиск в ненативном геномном окружении.

3. В большинстве междисковых районов или границ диск/междиск локализуется комплекс белков Z4/CHRIZ.

4. Chriz является жизненно-важным геном дрозофилы. Chrizэкспрессируется на всех стадиях развития, а белок CHRIZ обнаруживается во всех исследованных клеточных типах, органах и тканях. Изменение экспрессии Chriz приводит к гибели клеток.

5. Установлено, что в диплоидных тканях комплекс Z4/CHRIZ ассоциирован исключительно с интерфазным хроматином. На стадии прометафазы белок CHRIZ взаимодействует с микротрубочками веретена деления.

6. Показано, что мутантные аллели Chriz являются слабыми супрессорами эффекта положения мозаичного типа.

7. В структуре CHRIZ обнаруживается несколько эволюционно консервативных доменов, включая хромодомен.

Список работ, опубликованных по теме диссертации.

1. Демаков СА, Горчаков А.А., Шварц Ю.Б., Семешин В.Ф., Жимулев И.Ф. Анализ ДНК междисковых районов ЗА5/А6, ЗС5-6/С7 и 60Е8-9/Е10 политенных хромосом Drosophila melanogaster ^//Генетика. 2001. Т. 37. N. 11. С.1486-1496.

2. Горчаков А.А., Демаков С.А., Шварц Ю.Б. Создание удобного вектора трансформации дрозофилы с функциональными сайтами FRT - pFRT // Молекулярная биология. 2003. Т. 37. N. 5. С. 820-824.

3. Зимин П.И., Горчаков А.А., Демаков СА., Жимулев И.Ф. Создание новой конструкции для клонирования ДНК и моделирования структур политенных хромосом дрозофилы // Молекулярная биология. 2004. Т. 38. N. 2. С. 250-255.

4. Горчаков АА, Kaltenhauser J., Eggert H., Saumweber H. рМН - удобный вектор для продукции белков в Escherichia coli II Молекулярная биология. 2004. Т. 38. N. 4. С. 1-4.

5. Eggert H., Gortchakov A., Saumweber H. Identification of the Drosophila inteiband-specific protein Z4 as a DNA-binding zinc-fnger protein determining chromosome structure // Journal of Cell Science. 2004. V. 117(18). P. 4253-4264.

6. Demakov S., Gortchakov A., Schwartz Y., Semeshin V., Campuzano S., Modolell J., Zhimulev I. Molecular and genetic organization of Drosophila melanogaster polytene chromosomes: evidence for two types of interband regions // Genetica. 2004. in press.

7. Горчаков А.А., Демаков СА, Семешин В.Ф., Жимулев И.Ф. Клонирование и молекулярно-генетический анализ ДНК из районов междисков 60Е7/Е8-9 и ЗА5/6 Drosophila melanogaster Ц Цитология. 2000. Т. 42. С. 275.

8. Demakov SA, Gorchakov A.A., Schwartz Yu.B., Semeshin V.F., Zhimulev I.F. Molecular and genetic organisation of Drosophila melanogaster polytene chromosomes: two types of interband regions // Chromosome Research. 2001. V. 9(1). P. 33.

9. Горчаков А.А., Эгтерт Х., Заумвебер X. Клонирование и анализ экспрессии гена Chriz, кодирующего белок, специфический для междисков политенных хромосом D■ melanogaster //Цитология. 2002. Т. 44. N. 9. С. 871.

Подписано к печати 01.12.2004

Формат бумаги 60 х 90. Печ. л. 1. Уч. изд. л. 0,7

Тираж 100 экз. Заказ 147

Ротапринт Института цитологии и генетики СО РАН 630090, Новосибирск, пр. ак. Лаврентьева, 10.

2 7 2 4 О

Содержание диссертации, кандидата биологических наук, Горчаков, Андрей Александрович

ВВЕДЕНИЕ.

Глава 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

1.1. Организация политенных хромосом (общие сведения).

1.2. Морфологическая организация междисков.

1.3. Молекулярная организация междисков.

1.3.1. Содержание и конформационные особенности междисковой ДНК.

1.3.2. Транскрипционная активность междисков.

1.3.3. Анализ последовательностей нуклеотидов ДНК междисков.

1.3.4. Ассоциированные с междисками белки.

1.4. Метод Р-трансформации.

1.4.1. Явление гибридного дисгенеза.

1.4.2. Строение Р-элемента.

1.4.3. Транспозаза Р-элемента.

1.4.4. Механизм и регуляция транспозиции. Поддержание Р-цитотипа.

1.4.5. Выбор нового сайта.

1.4.6. Р-элемент-опосредованный трансгенез D. melanogaster.

1.4.7. Получение перестроек в районе инсерции транспозонов с использованием Р-элемент опосредованной рекомбинации у самцов.

1.4.8. Направленный мутагенез у дрозофилы.

1.4.9. Трансформация как подход к клонированию ДНК междисков.

Введение Диссертация по биологии, на тему "Молекулярно-генетическая организация междисков политенных хромосом дрозофилы на уровне ДНК и междиск-ассоциированных белков"

В настоящее время взаимосвязь структурной организации и генетической активности различных районов интерфазных хромосом несомненна. Однако многие детали этой взаимосвязи до сих пор не ясны. Изучение данной проблемы - одна из приоритетных задач современной биологии, свидетельством чего является большое количество работ и разнообразие выдвигаемых гипотез, посвященных этой теме.

Одной из наиболее удобных моделей для исследования интерфазных хромосом эукариот являются политенные хромосомы D. melanogaster. Эти хромосомы содержат до 1000 хроматид, лежащих вплотную друг к другу, каждая из которых соответствует интерфазной хромосоме (обзор Hill et al., 1987). Гомологичные хромосомы конъюгируюг, поэтому политенные хромосомы представлены в ядре гаплоидным числом. Упорядоченное расположение материала хромосом ведет к образованию поперечной исчерченности, представляющей собой чередование компактных (темных в световом микроскопе) хромомеров, или дисков, и менее плотных, и потому светлых, межхромомеров, или междисков. Именно эти особенности организации политенных хромосом определяют преимущество данной модели перед другими - специфический рисунок дисков и большая степень политении позволяют проводить точную привязку исследуемых последовательностей ДНК к определенным районам, с высоким разрешением картировав сайты связывания многих белковых факторов и проводить тонкий структурно-функциональный анализ хроматина.

Актуальность проблемы

К 60-ым годам XX века сложилось представление о хромомерах, как единственных носителях генов в хромосомах, поэтому подавляющее число работ было посвящено исследованию функциональной нагрузки именно хромомеров. Данные, указывающие на возможную постоянную транскрипцию материала междисков, - включение междисковыми районами 3Н-уридина, локализация в них РНК-полимеразы II, ДНК:РНК-гибридов и РНП-часгиц (см. раздел 1.3.2), - были получены лишь к 80-ым годам. Систематический молекулярный анализ организации междисков, включающий исследования конкретных последовательностей ДНК, картируемых в междисках, упаковки ДНК в них и ассоциированных белковых факторов был начат относительно недавно, и был обязан развитию двух методов - Рэлемент-опосредованной трансформации генома дрозофилы (см. раздел 1.4) и электронно-микроскопического (ЭМ) картирования инсерций транспозонов на политенных хромосомах (см. раздел 1.4.9). В частности, в результате ЭМ анализа политенных хромосом было обнаружено, что встройка транспозона в междисковый район может вызывать формирование нового тонкого диска, чго открывает уникальную возможность решения проблемы точного соотнесения молекулярных и цитологических данных в этих районах. Зная молекулярную организацию транспозона, можно клонировагь и определить последовательности ДНК, прилежащие к встройке, что позволяет проводить прямые эксперименты по изучению генетических и структурных особенностей междисковых районов.

Целью данной работы является комплексное изучение молекулярно-генетической организации междисковых районов политенных хромосом D. melanogaster, а также молекулярно-генетическое описание белкового комплекса Z4/CHRIZ, ассоциированного с междисками политенных хромосом дрозофилы. В связи с эгим были поставлены следующие задачи:

1. Определить молекулярно-генетическую организацию междискового материала: а) клонировать и определить последовательность нуклеотидов ДНК из междисковых районов ЗА4/А6 и 60Е8/Е10; б) провести сравнительный анализ последовательностей нуклеотидов междисковых ДНК; в) исследовать транскрипционную активность ДНК из района междиска 60Е8/Е10.

3. Провести комплексный молекулярно-генетический анализ гена Chriz, продукт которого предположительно ассоциирован с междисками: а) определить паттерн экспрессии гена Chriz\ б) определить паттерн хромосомной локализации комплекса Z4/CHRIZ в диплоидных и политенных клетках; в) получить и охарактеризовать мутантные аллели Chriz; г) идентифицировать эволюционно-консервативные домены белка CHRIZ.

Научная новизна. В данной работе впервые проведено клонирование и определение нуклеогидных последовательностей ДНК междисков ЗА4/А6 и 60Е8/Е10. Проведен сравнительный анализ ДНК исследованных междисков, последовахельноегей ДНК междисков, описанных ранее, и последовательное!ей ДНК дисков. Впервые на молекулярном уровне показана транскрипционная активность ДНК междиска. Впервые получены и протестированы три новых вектора - ве1аоры pFRT и pFRTV, разработанные для изучения междисков и вектор рМН, созданный для регулируемой экспрессии химерных белков в сис1еме Е. coli. Проведен детальный молекуляржыенетический анализ гена Chriz, белковый продукт которого образует комплекс с белком Z4 и специфически связывается с междисками политенных хромосом D. melanogaster.

Практическая ценность. В работе показана высокая технологичность подхода, предложенного ранее для клонирования ДНК междисков. Проведены первые прямые эксперименты по изучению транскрипционных свойств ДНК междисков. Впервые исследованы некоторые белковые составляющие хроматина междисков на молекулярном уровне. Результаты этих экспериментов имеют существенное значение для дальнейшего анализа структурно-функциональной организации интерфазных хромосом.

Апробация работы. Основные результаты данного исследования докладывались на ХШ и XIV Международных симпозиумах по структуре и функции клеючного ядра (Санкт-Петербург, 1999, 2002), 14th International Chromosome Conference (Wuerzburg, Germany, 2001), 28th International Meeting of The Federation of European Biochemical Societies (Istanbul, Turkey, 2002), 18th European Drosophila Research Conference / Eurofly (Gottingen, Germany, 2003), 45th Annual Drosophila Research Conference (Washington DC, USA, 2004), III Съезд ВОГиС (Москва, 2004).

Вклад автора. Основная часть экспериментов была выполнена авюром самостоятельно. Работа по клонированию и трансформации кДНК Chriz была проведена автором в лаборатории проф. X. Заумвебера при техническом содействии докт. X. Эггерта и г-жи Р. Гинапп (Институт Биологии, Берлин, Германия). Электронно-микроскопический анализ районов инсерций гранспозонов был полностью проведен д.б.н. В.Ф. Семешиным (ИЦиГ СО РАН). Анализ транскрипционной активности междиска 60Е8/Е10 методом Нозерн-блог гибридизации, а также начальные эксперименты по секвенированию ДНК междисков проводились совместно и в соавюрсгве с к.б.н. С. Л. Демаковым. Идея создания Р-транспозона pFRT принадлежит к.б.н. Ю. Б. Шварцу (Женевский Университет, Швейцария), трансформация этого вектора в геном дрозофилы была проведена им в лаборатории проф. С.В. Разина (ИБГ РАН, Москва). Часть работы по клонированию междисковых последовагельносгей проводилась автором в лаборатории проф. П. Слонимского (Центр Молекулярной Генетики CNRS, Жиф-сюр-Ивегт, Франция).

Обьем работы. Диссертация состоит из введения, обзора литературы, описания материалов и методов, результатов, обсуждения, а также выводов и списка цитируемой литературы, включающего 416 ссылок. Работа изложена на 164 страницах машинописною текста, содержит 10 таблиц и 32 рисунка.

Заключение Диссертация по теме "Генетика", Горчаков, Андрей Александрович

Выводы

3. Установлено, что комплекс белков Z4/CHRIZ локализуется в большинстве междисковых районов политенных хромосом.

A.Chriz является жизненно-важным геном дрозофилы. Chriz экспрессируется на всех стадиях развития, а белок CHRIZ обнаруживается во всех исследованных клеточных типах, органах и тканях. Изменение экспрессии Chriz приводит к гибели клеток.

5. Установлено, что в диплоидных тканях комплекс Z4/CHRIZ ассоциирован исключительно с интерфазным хроматином. На стадии прометафазы белок CHRIZ колокализуется с микротрубочками веретена деления.

6. Показано, что полученные мутантные аллели Chriz являются слабыми супрессорами эффекта положения мозаичного типа.

7. В структуре CHRIZ обнаруживается несколько эволюционно консервативных доменов, включая хромодомен.

Библиография Диссертация по биологии, кандидата биологических наук, Горчаков, Андрей Александрович, Новосибирск

1. Ананьев Е.В., Барский В.Е. Ультраструктура политенных хромосом Drosophila melanogaster II Доклады АН СССР. 1983. Т. 273. N. 4. С. 985-987.

2. Ананьев Е.В., Барский В.Е. Электронно-микроскопическая карта политенных хромосом слюнных желез дрозофилы (D. melanogaster) IIМ.: Наука, 1985.

3. Барский В.Е., Ананьев Е.В. Визуализация элементарных структур в политенных хромосомах Drosophila melanogaster II Молекулярная биология. 1985. Т. 19. N. 1. С. 295-301.

4. Власова И.Е., Умбетова Г.Х., Беляева Е.С., Жимулев И.Ф. Выявление транскрипционно активных районов в политенных хромосомах Drosophila melanogaster методом иммунофлуоресцентной локализации гибридов ДНК-РНК // Генетика. 1985. Т. 21. N. 3. С. 424-432.

5. Власова И.Е., Умбетова Г.Х., Циммерман В.Г. и др. Иммунофлуоресцентная локализация гибридов ДНК-РНК в политенных хромосомах Drosophila melanogaster 11 Доклады АН СССР. 1984. Т. 274. N. 1. С. 189-192.

6. Гловер Д. Клонирование ДНК. Методы // Москва: Мир, 1988.

7. Демаков С.А. Молекулярно-генетический анализ ДНК междиска политенных хромосом дрозофилы // Дис. канд. биол. наук. Новосибирск. 1994.

8. Жимулев И.Ф. Политенные хромосомы: морфология и структура // Новосибирск: Наука, 1992.

9. Жимулев И.Ф. Хромомерная организация политенных хромосом // Новосибирск: Наука, 1994.

10. Жимулев И.Ф., Беляева Е.С. Включение ЗН-уридина в хромосомы слюнных желез Drosophila melanogaster И Генетика. 1974. Т. 10. N. 9. С. 71-79.

11. Жимулев И.Ф. Беляева Е.С. Изменения структуры политенных хромосом дрозофилы при длительном культивировании слюнных желез личинок в брюшной полости взрослых мух// Цитология. 1976. Т. 18. N. 1. С. 5-9.

12. Зайниев Г.А., Шилова И.Э., Груздев А.Д. Механические свойства политенных хромосом. I. Подвижность структуры // Цитология. 1980. Т. 22. N. 6. С. 631-639.

13. Котликова И.В., Демакова О.В., Жимулев И.Ф. Особенности локализации белков дозовой компенсации в политенных хромосомах дрозофилы Drosophila melanogaster II Цитология. 2000. Т. 42. С. 288-289.

14. Мазин Л.В., Кузнеделов К.Д., Краев А.С. и др. Методы молекулярной генешки и генной инженерии// Новосибирск: Наука. 1990.

15. Маниатис Т., Фрич Э., Сэмбрук Дж. Методы генетической инженерии. Молекулярной клонирование// Москва: Мир. 1984.

16. Марков А.В., Захаров А.А., Галкин А.П. и др. Локализация комплексов когезии в политенных хромосомах Drosophila melanogaster связана с междисками // Генетика. 2003. Т. 39. С. 1203-1211.

17. Семешин В.Ф., Демаков С.А., Жимулев И.Ф. Характеристика структур политенных хромосом дрозофилы, образуемых транспозируемыми фрагментами ДНК // Генетика. 1989. Т. 25. С. 1968-1978.

18. Семешин В.Ф., Жимулев И.Ф. О правилах электронно-микроскоиического картирования политенных хромосом на давленых препаратах слюнных желез дрозофилы // Цитология. 1989. Т. 31. N. 6. С. 728-731.

19. Семешин В.Ф., Чернухин В.А., Шабельников И.В. и др. Цитогенетичский анализ инсерций в составе междисков политенных хромосом дрозофилы // Генетика. 1994. Т. 30. N. 7. С. 927-933.

20. Умбетова Г.Х. Иммунофлуоресцентная локализация транскрипционно активных районов в политенных хромосомах Drosophila melanogaster II Дис. канд. биол. наук. -Новосибирск, 1991.

21. Шварц Ю.Б., Демаков С.А., Жимулев И.Ф. Клонирование и анализ ДНК из междисковых районов 85D9/D10 и 86В4/В6 политенных хромосом Drosophila melanogaster И Генетика. 1998. Т. 34. N. 8. С. 1081-1089.

22. Шварц Ю.Б., Юдинкова Е.С., Демаков С.А. и др. Фрагменты ДНК из районов междисков политенных хромосом Drosophila melanogaster связываются с ядерным матриксом in vitro II Молекулярная биология. 1999. Т. 33. N. 2. С. 268-272.

23. Шлома В.В. Цитогенетический и электронно-микроскопический анализ районов локализации транспозонов в политенных хромосомах // Дис. канд. биол. наук. Новосибирск. 2000.

24. Adams M.D., Celniker S.E., Holt R.A. et al. The genome sequence of Drosophila melanogaster // Science. 2000. V. 287. P. 2185-2195.

25. Ahmad K., Henikoff S. The histone variant H3.3 marks active chromatin by replication -independent nucleosome assembly // Molecular Cell. 2002. V. 9. P. 1191-2000.

26. Akhmanova A.S, Bindels P.C., Xu J. et al. Structure and expression of histone H3.3 genes in Drosophila melanogaster and Drosophila hydei // Genome. 1995. V. 38(3). P. 586600.

27. Akhmanova A., Miedema K., Wang Y. et al. The localization of histone H3.3 in germ line chromatin of Drosophila males as established with a histone НЗ.З-specific antiserum // Chromosoma. 1997. V. 106. P. 335-347.

28. Akhtar A., Zink D., Becker P.B. Chromodomains are protein-RNA interaction modules // Nature. 2000. V. 407(6802). P. 405-409.

29. Ananiev E.V., Barsky V.E. Localization of RNA synthesis sites in the 1B-3C region of the Drosophila melanogaster X chromosome // Chromosoma. 1978. V. 65. P. 359-371.

30. Ananiev E.V., Barsky V.E. Elementary structures in polytene chromosomes of Drosophila melanogaster /1 Chromosoma. 1985. V. 93. P. 104-112.

31. Andrulis E.D., Guzman E., Doring P. et al. High resolution of Drosophila Spt5 and Spt6 at heat shock genes in vivo: roles in promoter proximal pausing and transcription elongation // Genes & Development. 2000. V. 14. P. 2635-2649.

32. Armstrong J.A., Papoulas O., Daubresse G. et al. The Drosophila BRM complex facilitates global transcription by RNA polymerase II // EMBO J. 2002. V. 21(19). P. 52455254.

33. Arkhipova I.R. Promoter elements in Drosophila melanogaster revealed by sequence analysis //Genetics. 1995. V. 139(3). P. 1359-1369.

34. Ashburner M. Patterns of puffing activity in the salivary gland chromosomes of Drosophila. V. Responses to environmental treatments // Chromosoma. 1970. V. 31. P. 356376.

35. Ashburner M. Puffing patterns in Drosophila melanogaster and related species // Results and problems in cell differentiation/ Ed. W. Beermann. Berlin; Heidelberg; New York: Springer. 1972. V. 4. P. 101-151.

36. Ashburner M., Bonner J.J. The induction of gene activity in Drosophila by heat shock // Cell. 1979. V. 17. P. 241-254.

37. Aso Т., Conaway J.W., Conaway R.C. The RNA polymerase II elongation complex // FASEB J. 1995. V. 9. P. 1419-1428.

38. Ball L.J., Murzina N.V., Broadhurst R.W. et al. Structure of the chromatin binding (chromo) domain from mouse modifier protein 1 // EMBO J. 1997. V. 16(9). P. 2473-2481.

39. Baskaran R., Dahmus M.E., Wang J.Y. Tyrosine phosphorylation of mammalian RNA polymerase II carboxy-terminal domain // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1988. V. 90. P. 11167-11171.

40. Baumann H., Knapp S., Lundback T. et al. Solution structure and DNA-binding properties of a thermostable protein from the archaeon Sulfolobus solfataricus II Nature Structural Biology. 1994. V. 1(11). V. 808-819.

41. Beall E.L., Admon A., Rio D.C. A Drosophila protein homologous to the human p70 Ku autoimmune antigen interacts with the P transposable element inverted repeats // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1994. V. 91(26). P. 12681-12685.

42. Beall E.L., Rio D.C. Drosophila IRBP/Ku p70 corresponds to the mutagen-sensitive mus309 gene and is involved in P-element excision in vivo Ц Genes & Development. 1996. V. 10(8). P. 921-933.

43. Beall E.L., Rio D.C. Drosophila P-element transposase is a novel site-specific endonuclease //Genes & Development. 1997. V. 11(16). P. 2137-2151.

44. Beall E.L., Rio D.C. Transposase makes critical contacts with, and is stimulated by, single-stranded DNA at the P element termini in vitro II EMBO J. 1998. V. 17(7). P. 21222136.

45. Beermann W. Chromomers and genes // Results and problems in cell differentiation/ Ed. W. Beermann. Berlin; Heidelberg; New York: Springer. 1972. V. 4. P. 1-33.

46. Beisel C., Imhof A., Greene J. et al. Histone methylation by the Drosophila epigenetic transcriptional regulator Ashl // Nature. 2002. V. 419. P. 857-861.

47. Bellaiche Y., Mogila V., Periimon N. \-Sce\ endonuclease, a new tool for studying DNA double-strand break repair mechanisms in Drosophila // Genetics. 1999. V. 152(3). P. 1037-1044.

48. Belotserkovskaya R., Oh S., Bondarenko V.A. et al. FACT facilitates transcription-dependent nucleosome alteration// Science. 2003. V. 301. P. 1090-1093.

49. Belyaeva E.S., Protopopov M.O., Baricheva E.M. et al. Cytogenetic analysis of region 2B3-4 2B11 of the X-chromosome of Drosophila melanogaster. VI. Molecular and cytological mapping the ecs locus and the 2B puff // Chromosoma. 1987. V. 95. P. 295-310.

50. Bentley D.L. Regulation of transcriptional elongation by RNA polymerase II // Current Opinion in Genetics & Development. 1995. V. 5. P. 210-216.

51. Bentley D.L. Coupling RNA polymerase II transcription with pre-mRNA processing // Current Opinion in Cell Biology. 1999. V. 11. P. 347-351.

52. Berg C.A., Spradling A.C. Studies on the rate and site-specificity of P element transposition//Genetics. 1991. V. 127(3). P. 515-524.

53. Berger S.L. Histone modifications in transcriptional regulation // Current Opinion in Genetics & Development. 2002. V. 12. P. 142-148.

54. Bernstein B.E., Humphrey E.L., Erlich R.L. et al. Methylation of histone H3 Lys4 in coding regions of active genes // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2002. V. 99(13). P. 86958700.

55. Bibikova M., Golic M., Golic K.G., Carroll D. Targeted chromosomal cleavage and mutagenesis in Drosophila using zinc-finger nucleases // Genetics. 2002. V. 161(3). P. 11691175.

56. Blanton J., Gaszner M., Schedl P. Protein:protein interactions and the pairing of boundary elements in vivo // Genes and Developmet. 2003. V. 17(5). P. 664-675.

57. Blattner F.R., Plunkett G. 111. Bloch C.A. et al. The complete genome sequence of Escherichia coli K-12 //Science. 1997. V. 277(5331). P. 1453-1474.

58. Bodmer M., Ashburner M. Conservation and change in the DNA sequences coding for alcohol dehydrogenase in sibling species of Drosophila // Nature. 1984. V. 209. P. 425-429.

59. Boehm A.K., Saunders A., Werner J., Lis J.T. Transcription factor and polymerase recruitment, modification, and movement on dhsp70 in vivo in the minutes following heat shock// Molecular and Cellular Biology. 2003. V. 23(21). P. 7628-7637.

60. Boggs B.A., Cheung P., Heard E. et al. Differentially methylated forms of histone H3 show unique association patterns with inactive human X chromosomes // Nature Genetics. 2002. V. 30(1). P. 73-76.

61. Bone J.R., Lavender J., Richman R. et al. Acetylated histone H4 on the male X chromosome is associated with dosage compensation in Drosophila // Genes & Development. 1994. V. 8(1). P. 96-104.

62. Bouazoune K., Mitterweger A., Langst G. et al. The dMi-2 chromodomains are DNA binding modules important for ATP-dependent nucleosome mobilization // EMBO J. 2002. V. 21(10). P. 2430-2440.

63. Brand A. GEP in Drosophila // Trends in Genetics. 1995. V. 11(8). P. 324-325.

64. Brand A.H., Perrimon N. Targeted gene expression as a means of altering cell fates and generating dominant phenotypes // Development. 1993. V. 118(2). P. 401-415.

65. Brendel V., Bucher P., Nourbakhsh I. et al. Methods and algorithms for statistical analysis of protein sequences // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1992. V. 89. P. 2002-2006.

66. Bruhn S.L., Housman D.E., Lippard S.J. Isolation and characterization of cDNA clones encoding the Drosophila homolog of the HMG-box SSRP family that recognizes specific DNA structures // Nucleic Acids Research. 1993. V. 21. P. 1643-1646.

67. Buchner K., Roth P., Schotta G. et al. Genetic and molecular complexity of the position effect variegation modifier mod(mdg4) in Drosophila // Genetics. 2000. V. 155(1). P. 141-157.

68. Burke T.W., Kadonaga J.T. Drosophila TFIID binds to a conserved downstream basal promoter element that is present in many TATA-box-deficient promoters // Genes & Development. 1996. V. 10(6). P. 711-724.

69. Butterworth F.M., Rasch E.M., Johnson M.B. Is there a limit of in situ genomic replication in Drosophila! // J. Exptl. Zool. 1985. V. 234. P. 325-328.

70. Byrd K.N., Shearn A. ASH1, a Drosophila trithorax group protein, is required for methylation of lysine 4 residues on histone H3 // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2003. V. 100(20). P. 11535-11540.

71. Cadena D.L., Dahmus M.E. Messenger RNA synthesis in mammalian cells is catalyzed by the phosphorylated form of RNApolymerase II // The Journal of Biological Chemistry. 1987. V. 262. P. 12468-12474.

72. Celotto A.M., Graveley B.R. Exon-specific RNAi: a tool for dissecting the functional relevance of alternative splicing// RNA. 2002. V. 8(6). P. 718-724.

73. Champlin D.T., Frasch M., Saumweber H., Lis J. Characterization of a Drosophila protein associated with boundaries of transcriptionally ative chromatin // Genes & Development. 1991. V. 5. P. 1611-1621.

74. Champlin D.T., Lis J.T. Distribution of B52 within a chromosomal locus depends on the level of transcription // Molecular Biology of the Cell. 1994. V. 5. P. 71-79.

75. Chen D., Ma H., Hong H. et al. Regulation of transcription by a protein methyl transferase // Science. 1999. V. 284. P. 2174-2177.

76. Cherry J.M., Ball C., Weng S. et al. Genetic and physical maps of Saccharomyces cerevisiae // Nature. 1997. V. 387(6632 Suppl). P. 67-73.

77. Cheung P., Allis C.D., Sassone-Corsi P. Signalling to chromatin through histone modifications//Cell. 2000. V. 103. P. 263-271.

78. Cheung P., Tanner K.G., Cheurn W.L. et al. Synergistic coupling of histone H3 phosphorylation and acetylation in response to epidermal growth factor stimulation // Molecular Cell. 2000. V. 5. P. 905-916.

79. Chinwalla V., Jane E.P., Harte P.J. The Drosophila trithorax protein binds to specific chromosomal sites and is co-localized with Polycomb at many sites // EMBO J. 1995. V. 14. P. 2056-2065.

80. Clapier C.R., Langst G., Corona D.F. et al. Critical role for the histone H4 N terminus in nucleosome remodeling by ISWI // Molecular and Cellular Biology. 2001. V. 21(3). P. 875-883.

81. Clapier C.R., Nightingale K.P., Becker P.B. A critical epitope for substrate recognition by the nucleosome remodeling ATPase ISWI // Nucleic Acids Research. 2002. V. 30. P. 649-655.

82. Clarkson M.J., Wells J.R., Gibson F. et al. Regions of variant histone His2AvD required for Drosophila development // Nature. 1999. V. 399. P. 694-697.

83. Clayton A.L., Rose S., Barratt M.J., Mahadevan L.C. Phosphoacetylationof histone H3 on c-fos and с-ушг-associated nucleosomes upon gene activation // EMBO J. 2000. V. 19. P. 3714-3726.

84. Coen D., Lemaitre В., Delattre M. et al. Drosophila P element: transposition, regulation and evolution // Genetica. 1994. V. 93(1-3). P. 61-78.

85. Corden J.L., Cadena D.L., Ahearn J.iM. Jr., Dahmus M.E. A unique structure at the carboxyl terminus of the alargest subunit od eukaryotic RNA polymerase II // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1985. V. 82. P. 7934-7938.

86. Corona D.F.V., Clapier C.R. Becker P.B., Tamkun J.W. Modulation of ISWI function by site-specific histone acetylation // EMBO reports. 2002. V. 3(3). P. 242-247.

87. Dahmus M.E. The role of multisite phosphorylation in the regulation of RNA polymerase II activity // Prog. Nucleic Acid Res. Mol. Biol. 1994. V. 48. P. 143-179.

88. Daniels S.B., Chovnick A. P element transposition in Drosophila melanogaster: an analysis of sister-chromatid pairs and the formation of intragenic secondary insertions during meiosis// Genetics. 1993. V. 133(3). P. 623-636.

89. Darrow J.M., Clever U. Chromosome activity and cell function in polytene cells // Developmental Biology. 1970. V. 21. P. 331-348.

90. Demakov S.A., Semeshin V.F., Zhimulev l.F. Cloning and molecular genetic analysis of Drosophila melanogaster interband DNA// Mol. Gen. Genet. 1993. V. 238. P. 437-443.

91. Deuring R., Fanti L., Armstrong J. The ISWI chomatin-remodeling protein is required for gene expression and the maintenance of higher order chromatin structure in vivo // Molecular Cell. 2000. V. 5. P. 355-365.

92. Donahue P.R., Palmer D.K., Condie J.M. et al. Drosophila histone H2A.2 is associated with the interbands of polytene chromosomes // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1986. V. 83. P. 6878-6882.

93. Dorsett D. Distance-independent inactivation of an enhancer by the suppressor of Hairy-wing DNA-binding protein of Drosophila // Genetics. 1993. V. 134(4). P. 1135-1144.

94. Duffy J.B. GAL4 system in Drosophila: a fly geneticist's Swiss army knife // Genesis. 2002. V. 34. P. 1-15.

95. Dvir A., Conaway R.C., Conaway J.W. A role for TFIIH in controlling the activity of early RNA polymerase И elongation complexes // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1997. V. 94. P. 9006-9010.

96. Edmondson D.G., Davie J.K., Zhou J. et al. Site-specific loss of acetylation upon phosphorylation of histone H3 // The Journal of Biological Chemistry. 2002. V. 277(33). P. 29496-24502.

97. Edmondson S.P., Qiu L., Shriver J.W. Solution structure of the DNA-binding protein Sac7d from the hyperthermophile // Biochemistry. 1995. V. 34(41). P. 13289-13304.

98. Eggert H., Gortchakov A., Saumweber H. Identification of the Drosophila interband-specific protein Z4 as a DNA-binding zinc-finger protein determining chromosome structure // Journal of Cell Science. 2004. V. 117(18). P. 4253-4264.

99. Eggleston W.B. P-element transposition and excision in Drosophila: Interactions between elements // University of Wisconsin. Genetics. Madison. WI. 1990.

100. Eissenberg J.C. Molecular biology of the chromo domain: an ancient chromatin module comes of age // Gene. 2001. V. 275. P. 19-29.

101. Enerly E., Larsson J., Lambertsson A. Reverse genetics in Drosophila: from sequence to phenotype using UAS-RNAi transgenic flies // Genesis. 2002. V. 34(1-2). P. 152-155.

102. Engels W.R. The P family of transposable elements in Drosophila // Annual Review of Genetics. 1983. V. 17. P. 315-344.

103. Engels W.R. P elements in Drosophila // Mobile DNA/ Eds. D.E. Berg, M.M. Howe. -American Soci. Microbiol. Publ. 1989.

104. Engels WR. The origin of P elements in Drosophila melanogaster // Bioessays. 1992. V. 14(10). P. 681-686.

105. Engels W.R. Reversal of fortune for Drosophila genetics // Science. 2000. V. 288. P. 1973-1975.

106. Engels W.R., Benz W.K., Preston C.R., Graham P.L., Phillis R.W., Robertson H.M. Somatic effects of P element activity in Drosophila melanogaster: pupal lethality // Genetics. 1987. V. 117(4). P. 745-757.

107. Engels W.R., Johnson-Schlitz D.M., Eggleston W.B., Sved J. High-frequency P element loss in Drosophila is homolog dependent// Cell. 1990. V. 62(3). P. 515-525.

108. Engels W.R., Preston C.R. Hybrid dysgenesis in Drosophila melanogaster: the biology of female and male sterility // Genetics. 1979. V. 92(1). P. 161-174.

109. Engels W.R., Preston C.R. Identifying P factors in Drosophila by means of chromosome breakage hotspots // Cell. 1981. V. 26(3.1). P. 421-428.

110. Engels W.R., Preston C.R. Formation of chromosome rearrangements by P factors in Drosophila//Genetics. 1984. V. 107(4). P. 657-678.

111. Farrel-Towt J., Sanders M. Non-coordinate histone synthesis in heat shocked Drosophila cells is regulated at multiple levels // Molecular and Cellular Biology. 1984. V. 4. P. 2676-2685.

112. Fischle W., Wang YM Jacobs S.A. et al. Molecular basis for the discrimination of repressive methyl-lysine marks in histone H3 by Polycomb and HP1 chromodomains // Genes & Development. 2003.V. 17(15). P. 1870-1881.

113. Fleischmann G., Pflugfelder G., Steiner E.K. et al. Drosophila DNA topoisomerase I is associated with transcriptionally active regions of the genome // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1984. V. 81. P. 6958-6962.

114. The FlyBase Consortium. The FlyBase database of the Drosophila genome projects and community literature // Nucleic Acids Research. 2003. V. 31(1). P. 172-175. http://flybase.net/

115. Follette P.J., Duronio R.J., O'Farrell P.H. Fluctuations in Cyclin E levels are required for multiple rounds of endocycle S phase in Drosophila // Current Biology. 1998. V. 8. P. 235-238.

116. Frasch M., Glover D.M., Saumweber H. Nuclear antigens follow different pathways into daughter nuclei during mitosis in early Drosophila embryos // Journal of Cell Science. 1986. V. 82. P. 155-172.

117. Fridell Y.W.C., Searles L.L. Vermilion as a small selectable marker gene for Drosophila transformation // Nucleic Acids Research. 1991. V. 19. P. 5082.

118. Fung J.C., Marshall W.F., Dernburg A. et al. Homologous chromosomes pairing in Drosophila melanogaster proceeds through multiple independent initiations // The Journal of Cellular Biology. 1998. V. 141. P. 5-20.

119. Fujita S., Takamoto K. Synthesis of messenger RNA on the polytene chromosomes of Dipteran salivary gland // Nature. 1963. V. 200. P. 494-495.

120. Gaszner M., Vazquez J. Schedl P. The Zw5 protein, a component of the scs chromatin domain boundary, is able to block enhancer-promoter interaction // Genes & Development. 1999. V. 13(16). P. 2098-2107.

121. Gerasimova T.I., Corces V.G. Polycomb and trithorax group proteins mediate the function of a chromatin insulator // Cell. 1998. V. 92(4). P.511-521.

122. Gdula D.A., Gerasimova T.I., Corces V.G. Genetic and molecular analysis of the gypsy chromatin insulator of Drosophila // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1996. V. 93(18). P. 9378-9383.

123. Gerber M., Ma J., Dean K. et al. Drosophila ELL is associated with actively elongating RNA polymerase II on transcriptionally active sites in vivo I I EMBO J. 2001. V. 20(21). P. 6104-6114.

124. Ghosh D., Gerasimova T.I., Corces V.G. Interactions between the Su(Hw) and Mod(mdg4) proteins required for gypsy insulator function // EMBO J. 2001 V. 20(10). P. 2518-2527.

125. Gim B.S., Park J.M., Yoon J.H. et al. Drosophila Med6 is required for elevated expression of a large but distinct set of developmentally regulated genes // Molecular and Cellular Biology. 2001. V. 21(15). P. 5242-5255.

126. Giordano E., Rendina R., Peluso I., Furia M. RNAi triggered by symmetrically transcribed transgenes in Drosophila melanogaster I I Genetics. 2002. V. 160(2). P. 637-648.

127. Gloor G.B., Nassif N.A., Johnson-Schlitz D.M., Preston C.R., Engels W.R. Targeted gene replacement in Drosophila via P element-induced gap repair // Science. 1991. V. 253. P. 1110-1117.

128. Goldberg D.A., Posakony J.W., Maniatis T. Correct developmental expression of a cloned alcohol dehydrogenase gene transduced into the Drosophila germ line // Cell. 1983. V. 34(1). P. 59-73.

129. Golic K.G. Local transposition of P elements in Drosophila melanogaster and recombination between duplicated elements using a site-specific recombinase // Genetics. 1994. V. 137(2). P. 551-563.

130. Golic K.G., Lindquist S.L. The FLP recombinase of yeast catalyzes site-specific recombination in the Drosophila genome // Cell. 1989. V. 59. P. 499-509.

131. Golic M.M., Rong Y.S., R.B. Peteresen. et al. FLP-mediated DNA mobilization to specific target sites in Drosophila chromosomes // Nucleic Acids Research. 1997. V. 25. P. 3665-3671.

132. Golubovsky M.D., Ivano Y.N., Green M.M. Genetic instability in Drosophila melanogaster: putative multiple insertion mutants at the singed bristle locus // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1977. V. 74(7). P. 2973-2975

133. Goode S., Melnick M., Chou T-B., Perrimon N. The neurogenic genes egghead and hrainiac define a novel signaling pathway essential for epithelial morphogenesis during Drosophila oogenesis // Development. 1996. V. 122. P. 3863-3879.

134. Greenblatt J. RNA polymerase II holoenzyme and transcriptional regulation // Current Opinion in Cell Biology. 1997. V. 9. P. 310-319.

135. Gruzdev A.D., Reznik N.A. Evidence for the uninemy of eucaryotic chromatids // Chromosoma. 1981. V. 82. P. 1-8.

136. Gu W., Szauter P., Lucchesi J.C. Targeting of MOF, a putative histone acetyl transferase, to the X chromosome of Drosophila melanogaster // Dev. Genet. 1998. V. 22(1). P. 56-64.

137. Gustafsson C.M., Samuelsson T. Mediator a universal complex in transcriptional regulation// Molecular Microbiology. 2001. V. 41(1). P. 1-8.

138. Guzman E., Lis J.T. Transcription factor TFIIH is required for promoter melting in vivo II Molecular and Cellular Biology. 1999. V. 8. P.5652-5658.

139. Hall L.M.C., Mason P.J. Spierer P. Transcripts, genes and bands in 315,000 basepairs of Drosophila DNA // J. Molecular Biol. 1983. V. 169. P. 84- 96.

140. Handler A.M., Gomez S.P., O'Brochta D.A. Negative regulation of P element excision by the somatic product and terminal sequences of P in Drosophila melanogaster // Mol. Gen. Genet. 1993. V. 237(1-2). P. 145-151.

141. Hansen S.K., Takada S., Jacobson R.H. et al. Transcription properties of a cell type-specific TATA-binding protein, TRF // Cell. 1997. V. 91(1). P. 71-83.

142. Harrison D.A., Gdula D.A., Coyne R.S., Corces V.G. A leucine zipper domain of the suppressor of Hairy-wing protein mediates its repressive effect on enhancer function // Genes & Development. 1993. V. 7. P. 1966-1978.

143. Hart C.G., Zhao K., Laemmli U.K. The scs' boundary element: characterization of boundary element-associated factors // Molecular and Cellular Biology. 1997. V. 17(2). P. 999-1009.

144. Hart K., Klein Т., Wilcox M. A Minute encoding a ribosomal protein enhances wing morphogenesis mutants// Mechanisms of Development. 1993. V. 43. P. 101-110.

145. Hartzog G.A., Wada Т., Handa H., Winston F. Evidence that Spt4, Spt5, and Spt6 control transcription elongation by RNA polymerase 11 in Saccharomyces cerevisiae // Genes & Development. 1998. V. 12. P. 357-369.

146. Hill R.J., Watt F., Wilson C.M. et al. Bands, interbands and puffs in native Drosophila polytene chromosomes are recognized by a monoclonal antibody to an epitope in the carboxy-terminal tail of histone HI // Chromosoma. 1989. V. 98(6).P. 411-421.

147. Hiraizumi Y. A new method to distinguish between meiotic and premeiotic recombinational events in Drosophila melanogaster // Genetics. 1979. V. 92(2). P. 543-554.159. van Holde K.E. Chromatin// Ed. A. Rich. New York: Springer-Verlag. 1988.

148. Immanuel D., Zinszer H., Ron D. Association of SARFH (sarcoma-associated RNA-binding fly homolog) with regions of chromatin transcribed by RNA polymerase II // Molecular and Cellular Biology. 1995. V. 15(8). P. 4562-4571.

149. Ivanov D., Kwak Y.T., Guo J., Gaynor R.B. Domains in the SPT5 protein that modulate its transcriptional regulatory properties // Molecular and Cellular Biology. 2000. V. 20. P. 2970-2983.

150. Jackson J.P. Lindroth A.M., Cao X., Jacobsen S.E. Control of CpNpG methylation by the KRYPTON ITE histone H3 methyl transferase // Nature. 2002. V. 416. P. 556-560.

151. Jackson S.P. The recognition of DNA damage // Current Opinion in Genetics & Development. 1996. V. 6(1). P. 19-25.

152. Jacobs S.A., Taverna S.D., Zhang Y. et al. Specificity of the HP1 chromo domain for the methylated N-terminus of histone НЗ // EMBO J. 2001. V. 20(18). P. 5232-5241.

153. Jacobson R.H., Ladurner A.G., King D.S., Tjian R. Structure and function of a human TAF(11)250 double bromodomain module // Science. 2000. V. 288. P. 1422-1425.

154. Jamrich M., Greenleaf A.L., Bautz E.K.F. Localization of RNA-polymerase in Drosophila melanogaster polytene chromosomes // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1977. V. 74. P. 2079-2083.

155. Jasin M. Genetic manipulation of genomes with rare-cutting endonucleases II Trends in Genetics. 1996. V. 12. P. 224-228.

156. Jedlicka P., Mortin M.A., Wu C. Multiple functions of Drosophila heat shock transcription factor in vivo // EMBO J. 1997. V. 16. P. 2452-2462.

157. Jin Y., Wang Y., Walker D.L. et al. JIL-1: a novel chromosomal tandem kinase implicated in transcriptional regulation in Drosophila // Molecular Cell. 1999. V. 4. P. 129135.

158. Johnson-Schlitz D.M., Engels W.R. P-element-induced interallelic gene conversion of insertions and deletions in Drosophila melanogaster // Molecular and Cellular Biology. 1993. V. 13(11). P. 7006-7018.

159. Kadonaga J.T. Eukaryotic transcription: an interlaced network of transcription factors and chromatin-modifying machines. Cell. 1998. V. 92(3). P. 307-313.

160. Kadonaga J.T. The DPE, a core promoter element for transcription by RNA polymerase II // Experimental and Molecular Medicine. 2002. V. 34(4). P. 259-264.

161. Kaplan C.D., Morris J.R. Wu C.-ting., Winston F. Spt5 and Apt6 are associated with active transcription and have characteristics of general elongation factors in D. melanogaster // Genes & Development. 2000. V. 14. P. 2623-2634.

162. Kaufman R.E., Doll R.F., Rio D.C. Drosophila P-element transposase recognizes internal P-element DNA sequences // Cell. 1989. V. 59. P. 359-371.

163. Kaufman R.E., Rio D.C. P-element transposition in vitro proceeds by a cut and paste mechanism and uses GTP as a cofactor // Cell. 1992. V. 69. P. 27-39

164. Kavenoff R., Zimm B.H. Chromosome-sized DNA molecules from Drosophila II Chromosoma. 1973. V. 41. P. 1-27.

165. Kavenoff R., Klotz L.C., Zimm B.H. On the nature of chromosome-sized DNA molecules // Cold Sring Harb. Symp. Quant. Biol. 1974. V. 38. P. 1-8.

166. Kelley D.E., Stokes D.G., Perry R.P. CHD1 interacts with SSRP1 and depends on both its chromodomain and its ATPase/helicase domain for proper association with chromatin // Chromosoma. 1999. V. 108. P. 10-25.

167. Kelley M.R., Kidd S., Berg R.L., Young M.W. Restriction of P-element insertions at the Notch locus of Drosophila melanogaster // Molecular and Cellular Biology. 1987. V. 7(4). P. 1545-1548.

168. Keppy D.O., Welshons W.J. The cytogenetics of a recessive visible mutant associated with a deficiency adjacent to the Notch locus in Drosophila melanogaster // Genetics. 1977. V. 85(3). P. 497-506.

169. Kerkis AJu., Zhimulev I.F., Belyaeva E.S. EM autoradiographic study of 3H-uridine incorporated into Drosophila melanogaster salivary gland chromosomes // Dros. Inform. Serv. 1977. V. 52. P. 14-17.

170. Kidwell M.G. Reciprocal differences in female recombination associated with hybrid dysgenesis in Drosophila melanogaster // Genetical Research. 1977. V. 30. P. 77-88.

171. Kidwell M.G., Kidwell J.F., Sved J.A Hybrid dysgenesis in Drosophila melanogaster: A syndrome of aberrant traits including mutation, sterility, and male recombination // Genetics. 1977. V. 86. P. 813-833.

172. Kidwell M.G., Novy J.B. Hybrid dysgenesis in Drosophila melanogaster: sterility resulting from gonadal dysgenesis in the P-M system 11 Genetics. 1979. V. 92. P. 11271140.

173. Kim J., Shen В., Rosen C., Dorsett D.The DNA-binding and enhancer-blocking domains of the Drosophila suppressor of Hairy-wing protein // Molecular and Cellular Biology. 1996. V. 16(7). P. 3381-3392.

174. Kiyasu P.K., Kidwell M.G. Hybrid dysgenesis in Drosophila melanogaster: the evolution of mixed P and M populations maintained at high temperature // Genet. Res. 1984. V. 44(3). P. 251-259.

175. Klemenz R., Weber U., Gehring W.J. The white gene as a marker in a new P-element vector for gene transfer in Drosophila I I Nucleic Acids Research. 1987. V. 15(10). P. 39473959.

176. Koltzoff N.K. The structure of the chromosomes n the salivary glands of Drosophila // Science. 1934. V. 80. P. 312-313.

177. Kozak M. An analysis of 5'-noncoding sequences from 699 vertebrate messenger RNAs // Nucleic Acids Research. 1987. V. 15(20). P. 8125-8148.

178. Kozlova T.Yu., Kokoza E.B., Tretyakova l.V. et al. Molecular and cytogenetical characterization of the 10A1-2 band and adjoining region in the Drosophila melanogaster polytene X- Chromosome // Genetics. 1994. V. 136. P. 1063-1073.

179. Kouzarides T. Histone methylation in transcriptional control // Current Opinion in Genetics & Development. 2002. V. 12. P. 198-209.

180. Kutach A.K., Kadonaga J.T. The downstream promoter element DPE appears to be as widely used as the TATA box in Drosophila core promoters // Molecular and Cellular Biology. 2000. V. 20(13). P. 4754-4764.

181. Kuzin В., Tillib S., Sedkov Y. et al. The Drosophila trithorax gene encodes a chromosomal protein and directly regulates the region-specific homeotic gene fork head // Genes & Development. 1994. V. 8. P. 2478-2490.

182. Labourier E., Adams M.D., Rio D.C. Modulation of P-element pre-mRNA splicing by ф a direct interaction between PSI and U1 snRNP 70K protein // Molecular Cell. 2001.1. V. 8(2). P. 363-373.

183. Laird C.D. Structural paradox of polytene chomosomes // Cell. 1980. V. 22. P. 869874.

184. Lakhotia S.C. Bands and condensed chromatin as sites of transcription in polytene chromosomes of Drosophila // Indian J. Experim. Biol. 1979. V. 17. P. 239-248.

185. Lam G., Thummel C.S. Inducible expression of double-stranded RNA directs specific genetic interference in Drosophila // Curr. Biol. 2000. V. 10(16). P. 957-963.

186. Langst G., Becker P.B. Nucleosome mobilization and positioning by ISWI-containing Ф chromatin remodeling factors // Journal of Cell Science. 2001. V. 114. P. 2561-2568.

187. Laski F.A., Rio D.C., Rubin G.M. Tissue specificity of Drosophila P element transposition is regulated at the level of mRNA splicing // Cell. 1986. V. 44. P. 7-19.

188. Lavender J.S., Birley A.J., Palmer M.J. et al. Histone H4 acetylated at lysine 16 and other components of the Drosophila dosage compensation pathway colocalize on the male X through mitosis // Chromosome Research. 1994. V. 2. P. 398-404.

189. Leach T.J., Mazzeo M., Chotkowski H.L. et al. Histone H2A.Z is widely but nonrandomly distributed in chromosomes of Drosophila melanogaster // The Journal of

190. Biological Chemistry. 2000. V. 275. P. 23267-23272.

191. Lee H-s., Kraus K.W., Wolfner M.F., Lis J.T. DNA sequence requirements for generating paused polymerase at the start of hsp70 // Genes & Development. 1992. V. 6. P. 284-295.

192. Lee J.M., Greenleaf A.L. Modulation of RNA polymerase II elongation efficiency by C-terminal heptapeptide repeat domain kinase I // The Journal of Biological Chemistry. 1997. V. 272. P. 10990-10993.

193. Liao G.-c., Rehm E.J., Rubin G.M. Insertion site preferences of the P transposableelement in Drosophila melanogaster // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2000. V. 97(7). P. 33473351.

194. Lindquist S. The heat-shock response // Annual Review of Biochemistry. 1986. V. 55. P. 1151-1191.

195. Lindsley D.L., Zimm G.G. The Genome of Drosophila melanogaster // Academic Press, Inc. 1992.

196. Lis J.T., Simon J.A., Sutton C.A. New heat shock puff and P -galactosidase activity resulting from transformation of Drosophila with an hsp70 lacZ hybrid gene // Cell. 1983. V. 35. P. 403-410.

197. Lis J.T., Mason P., Peng J. et al. P-TEFb kinase recruitment and function at heat shock loci // Genes & Development. 2000. V. 14. P. 255-2428.

198. Litt M.D., Simpson M., Gaszner M. et al. Correlation between histone lysine methylation and developmental changes at the chicken beta-globin locus // Science. 2001. V. 293. P. 2453-2455.

199. Lo W.S., Trievel R.C., Rojas J.R. et al. Phosphorylation of serine 10 in histone H3 is functionally linked in vitro and in vivo to Gcn5-mediated acetylation at lysine 14 // Molecular Cell. 2000. V. 5. P. 917-927.

200. Lu H., Weinman F.R., Reinberg D. The nonphosphorylated form of RNA polymerase II preferentially associates with the preinitiaion complex // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1991. V. 88. P. 10004-10008.

201. Maile Т., Kwoczynski S., Katzenberger R. et al. TAF1 activates transcription by phosphorylation of serine 33 of histone H2B // Science. 2004. V. 304. P. 1010-1014.

202. Malik S., Roeder R.G. Transcriptional regulation through Mediator-like coactivators in yeast and metazoan cells // Trends in Biochemical Sciences. 2000. V. 25. P. 277-283.

203. Mancebo H.S., Lee G., Flygare J. et al. P-TEFb kinase is required for HIV Tat transcriptional activation in vivo and in vitro // Genes & Development. 1997. V. 11. P. 2633-2644.

204. Marin L., Lehman M., Nouaud D. et al. P-element repression in Drosophila melanogaster by a naturally occurring defective telomeric P copy // Genetics. 2000. V. 155. P. 1841-1854.

205. Marshall N.F., Price D.H. Purification of P-TEFb, a transcription factor required for the transition into productive elongation // The Journal of Biological Chemistry. 1995. V. 270. P. 12335-12338.

206. Marshall N.F., Peng J., Xie Z., Price D.H. Control of RNA polymerase II elongation potential by a novel carboxyl-terminal domain kinase // The Journal of Biological Chemistry. 1996. V. 271. P. 27176-27183.

207. Martin-Bermudo M.D., Dunin-Borkowski O.M., Brown N.H. Specificity of PS integrin function during embryogenesis resides in the subunit extracellular domain // EMBO J. 1997. V. 16. P. 4184-4193.

208. Matunis E.L., Matunis M.J., Dreyfuss G. Association of individual hnRNP proteins and snRNPs with nascent transcripts // The Journal of Cellular Biology. 1993. V. 121(2).P. 219-228.

209. McKenzie S.L., Henikoff S., Meselson M. Localization of RNA from heat-induced polysomes at puff sites in Drosophila melanogaster // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1975. V. 72. P. 1117-1121.

210. McKittrick E., Gafken P.R., Ahmad K., Henikoff S. Histone H3.3 is enriched in covalent modifications associated with active chromatin // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2004. V. 101(6). P1525-1530.

211. Meister G.A., Grigliatti T.A. Rapid spread of a P element/Adh gene construct through experimental populations of Drosophila melanogaster // Genome. 1993. V. 36(6). P. 11691175.

212. Mimori Т., Hardin J.A. Characterization of the DNA-binding protein antigen Ku recognized by autoantibodies from patients with rheumatic disorders // The Journal of Biological Chemistry. 1986. V. 261(5). P. 2274-2278.

213. Mimori Т., Hardin J.A. Steitz J.A. Mechanism of interaction between Ku protein and DNA//The Journal of Biological Chemistry. 1986. V. 261(22). P. 10375-10379.

214. Mirault M.E., Goldschmidt-Clermont M., Moran L. et al. The effect of heat shock on gene expression in Drosophila melanogaster // Cold Spring Harb. Symp. Quant. Biol. 1978. V. 42. P. 819-827.

215. Mirkovitch J., Gasser S.M., Laemmli U.K. Relation of chromosome structure and gene expression // Phil. Trans. R. Soc. Lond. 1987. V. B317. P. 563-574.

216. Misra S., Rio D.C. Cytotype control of Drosophila P element transposition: the 66 kd protein is a repressor of transposase activity // Cell. 1990. V. 62(2). P. 269-284.

217. Mizzen C.A., Allis C.D. Linking histone acetylation to transcriptional regulation // Cellular and Molecular Life Sciences. 1998. V. 54. P. 1261-1270.

218. Mogila V.A., Bellaiche Y., Perrimon N. Expression of I-Scel in Drosophila to induce DNA double-strand breaks// Methods Mol. Biol. 1999. V. 113. P. 439-445.

219. Mohrmann L., Langenberg K., Krijgsveld J. et al. Differential targeting of two distinct SWI/SNF-related Drosophila chromatin-remodeling complexes // Molecular and Cellular Biology. 2004. V. 24(8). P. 3077-3088.

220. Moris D.P., Lee J.M., Sterner D.E. et al. Assaying CTD kinases in vitro and phosphorylation-modulated properties of RNA polymerase II in vivo // Methods: a Companion to Methods in Enzymology. 1997. V. 12. P. 264-275.

221. Morgenstern В., Freeh K., Dress A., Werner T. DIALIGN: Finding local similarities by multiple sequence alignment // Bioinformatics. 1998. V. 14. P. 290-294.

222. Mott M.R., Burnett E.J., Hill R.J. Ultrastructure of polytene chromosomes of Drosophila isolated by microdissection // Journal of Cell Science. 1980. V. 45. P. 15-30.

223. Mott M.R., Hill R.J. The ultrastructural morphology of native salivary gland chromosomes of Drosophila melanogaster: the band-interband question // Chromosoma. 1986. V. 94. P. 403-411.

224. Mullins M.C., Rio D.C., Rubin G.M. Cis-acting DNA sequence requirements for P-element transposition // Genes & Development. 1989. V. 3(5). P. 729-738.

225. Nagy P.L., Griesenbeck J., Romberg R.D., Cleary M. A trithorax-group complex purified from Saccharomyces cerevisiae is required for methylation of histone H3 // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2002. V. 99(1). P. 90-94.

226. Ng H.H., Robert F., Young R.A., Struhl K. Targeted recruitment of Setl histone methylase by alongating Pol II provides a localized mark and memory of recent transcriptional activity // Molecular Cell. 2003. V. 11. P. 709-719.

227. Nielsen P.R., Nietlispach D., Mott H.R. et al. Structure of the HP1 chromodomain bound to histone H3 methylated at lysine 9 // Nature. 2002. V. 416(6876). P. 103-107.

228. Niemi J.B., Raymond J.D., Patrek R., Simmon M.J. Establishment and maintenance of the P cytotype associated with telomeric P elements in Drosophila melanogaster // Genetics. 2004. V. 166(1). P. 255-264.

229. Niki Y. Germline autonomous sterility of P-M dysgenic hybrids and their application to germline transfers in Drosophila melanogaster //Dev. Biol. 1986. V. 113. P. 255-258.

230. Niki Y., Chigusa S.I. Developmental analysis of the gonadal sterility of P-hybrid dysgenesis in Drosophila melanogaster // Jpn. J. Genet. 1986. V. 61. P. 147-156.

231. Nishioka К., Chuikov S., Sarma K. et al. Set9, a novel histone H3 methyltransferase that facilitates transcription by precluding histone tail modifications required for heterochromatin formation // Genes & Development. 2002. V. 16. P. 479-489.

232. Nishioka K., Rice J.C., Sarma K. et al. PR-Set7 is a nucleosome-specific methyltransferase that modifies lysine 20 of histone H4 and is associated with silent chromatin // Molecular Cell. 2002. V. 9. P. 1201-1213.

233. Noma K., Allis C.D., Grewal S.l. Transitions in distinct histone H3 methylation patterns at the heterochromatin domain boundaries // Science. 2001. V. 293. P. 1150-1155.

234. NordheimA., Pardue M.L., Lafer E.M., Moller A., Stollar B.D., Rich A. Antibodies to left-handed Z-DNA bind to interband regions of Drosophila polytene chromosomes // Nature. 1981. V. 98. P. 417-422.

235. Nowak S.J., Corces V.G. Phosphorylation of histone H3 correlates with transcriptionally active loci// Genes & Development. 2000. V. 14. P. 3003-3013.

236. O'Brien Т., Lis J.T. RNA polymerase II pauses at the 5' end of the transcriptionally induced Drosophila hsp70 gene // Molecular and Cellular Biology. 1991. V. 11(10). P. 5258-5290.

237. O'Brien Т., Hardin S.E., Greenleaf A.L., Lis J.W. Phosphorylation of RNA polymerase II C-terminal domain and transcriptional elongation // Nature. 1994. V. 370. P. 75-77.

238. Oh S.W., Kingsley Т., Shin H.H. et al. A P-element insertion screen identified mutations in 455 novel essential genes in Drosophila // Genetics. 2003. V. 163(1). P. 195201.

239. O'Hare K., Rubin G.M. Structures of P transposable elements and their sites of insertion and excision in the Drosophila melanogaster genome I I Cell. 1983. V. 34. P. 2535.

240. Ohler U., Liao G., Niemann H., Rubin G.M. Computational analysis of core promoters in the Drosophila genome // Genome Biology. 2002. V. 3(12). P. 0087.1-0087.12.

241. O'Kane C.J., Gehring W.S. Detection in situ of genomic regulatory elements in Drosophila// Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1987. V. 84. P. 9123-9127.

242. Orphanides G., Wu W.-H., Lane W.S. et al. The chromatin-specific transcription elongation factor FACT comprises human SPT16 and SSRP1 proteins // Nature. 1999. V. 400. P. 284-288.

243. Papoulas О., Веек S.J., Moseley S.L. et al. The Drosophila trithorax group proteins BRM, ASH1 and ASH2 are subunits of distinct protein complexes // Development. 1998. V. 125. P. 3955-3966.

244. Park J.M., Gim B.S., Kim J.M. et al. Drosophila Mediator complex is broadly utilized by diverse gene-specific transcription factors at different types of core promoters // Molecular and Cellular Biology. 2001a. V. 21(7). P. 2312-2323.

245. Park J.M., Werner J., Kim J.M. et al. Mediator, not holoenzyme, is directly recruited to the heat shock promoter by HSF upon heat shock // Molecular Cell. 2001b. V. 8. P. 9-19.

246. Peng J., Marshall N.F., Price D.H. Identification of a cyclin subunit required for the function of Drosophila P-TEFb // The Journal of Biological Chemistry. 1998. V. 273(22). P. 13855-13860.

247. Peng J., Zhu Y. Milton J.T., Price D.H. Identification of multiple cyclin subunits of human P-TEFb // Genes & Development. 1998. V. 12. P. 755-762.

248. Pile L.A., Schlag E.M., Wassarman D.A. The SIN3/RPD3 deacetylase complex is essential for G(2) phase cell cycle progression and regulation of SMRTER corepressor levels // Molecular and Cellular Biology. 2002. V. 22(14). P. 4965-4976.

249. Pile L.A., Wassarmann D.A. Chromosomal localization links the SIN3-RPD3 complex to the regulation of chromatin condensation, histone acetylation and gene expression // EMBO J. 2000. V. 19(22). P. 6131-6140.

250. Pile L.A., Wassarmann D.A. Localizing transcription factors on chromatin by immunofluorescence // Methods. 2002. V. 26. P. 3-9.

251. Prelich G. RNA polymerase II carboxy-terminal domain kinases: emerging clues to their function // Eukaryotic Cell. 2002. V. 1(2). P. 153-162.

252. Preston C.R., Engels W.R. P-element-induced male recombination and gene conversion in Drosophila // Genetics. 1996. V. 144. P. 1611-1622.

253. Preston C.R., Sved J.A., Engels W.R. Flanking duplications and deletions associated with ^-induced male recombination in Drosophila I I Genetics. 1996. V. 144. P.11623-1638.

254. Prasher D.C. Using GFP to see the light // Trends in Genetics. 1995. V. 11(8). P. 320323.

255. Purnell B.A., Emanuel P.A., Gilmour D.S. TFIID sequence recognition of the initiator and sequences farther downstream in Drosophila class II genes // Genes & Development. 1994. V. 8. P. 830-842.

256. Rabenstein M.D., Zhou S., Tjian R. TATA box-binding protein (TBP)-related factor 2 (TRF2), a third member of the TBP family // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1999. V. 96(9). P. 4791-4796.

257. Rabindran S.K., Haroun R.I., Clos J. et al. Regulation of heat shock factor trimer formation: role of a conserved leucine zipper // Science. 1993. V. 259. P. 230-234.

258. Rea S., Eisenhaber F., O'Carroll D. et al. Regulation of chromatin structure by site-specific histone H3 methyltransferases// Nature. 2000. V. 406. P. 593.

259. Redon C., Pilch D., Rogakou E. et al. Histone H2A variants H2AX and H2AZ // Current Opinion in Genetics & Development. 2002. V. 12. P. 162-169.

260. Reichhart J.M., Ligoxygakis P., Naitza S. et al. Splice-activated UAS hairpin vector gives complete RNAi knockout of single or double target transcripts in Drosophila melanogaster II Genesis. 2002. V. 34(1-2). P. 160-164.

261. Reines DM Conaway J.W., Conaway R.C. The RNA polymerase II general elongation factors//Trends in Biochemical Sciences. 1996. V. 21. P. 351-355.

262. Reuter G., Spierer P. Position effect variegation and chromatin proteins // Bioessays. 1992. V. 14(9). P. 605-612.

263. Rice J.D., Allis C.D. Histone methylation versus histone acetylation: new insights into epigenetics regulation // Current Opinion in Cell Biology. 2001. V. 13. P. 263-273.

264. Rickert P., Seghezzi W., Shanahn F. et al. CyclinC/CDK8 is a novel CTD kinase associated with RNA polymerase II // Oncogene. 1996. V. 12. P. 2631-2640.

265. Rio D.C. Molecular mechanisms regulating Drosophila P element transposition // Annual Review of Genetics. 1990. V. 24. P. 543-578.

266. Ris H., Korenberg J. Chromosome structure and levels of chromosome organization // Cell Biology. A comprehensive treatise/ Eds. D. Prescott, L. Goldstein. N.Y. Acad. Press. 1979. V. 4. P. 263-294.

267. Robertson H.M., Preston C.R., Phillis R.W. et al. A stable genomic source of P element transposase in Drosophila melanogaster I I Genetics. 1988. V. 118(3). P. 461-470.

268. Roche S., Schiff M., Rio D.C. P-element repressor autoregulation involves germ-line transcriptional repression and reduction of third intron splicing // Genes & Development. 1995. V. 9. P. 1278-1288.

269. Roiha H., Rubin G.M., O'Hare К. P element insertions and rearrangements at the singed locus of Drosophila melanogaster II Genetics. 1988. V. 19(1). P. 75-83.

270. Rong Y.S., Golic K.G. Gene targeting by homologous recombination in Drosophila // Science. 2000. V. 288. P. 2013-2018.

271. Rong Y.S., Golic K.G. A targeted gene knockout in Drosophila // Genetics. 2001. V. 157. P. 1307-1312.

272. Rong Y.S., Titen S.W., Xie H.B. et al. Targeted mutagenesis by homologous recombination in D. melanogaster II Genes & Development. 2002. V. 16(12). P. 1568-1581.

273. Roseman R.R., Pirrotta V., Geyer P.K. The su(Hw) protein insulates expression of the Drosophila melanogaster white gene from chromosomal position-effects // EMBO J. 1993. V. 12(2). P. 435-442.

274. Roseman R.R., Johnson E.J., Rodesch C.K. et al. A P element containing suppressor of Hairy-wing binding regions has novel properties for mutagenesis in Drosophila melanogaster II Genetics. 1995. V. 141(3). P. 1061-1074.

275. Roth S.Y., Denu J.M., Allis C.D. Histone acetyl transferases //Annual Review of Biochemistry. 2001. V. 70. P. 81-120.

276. Rougvie A.E., Lis J.T. Postinitiation transcriptional control in Drosophila melanogaster // Molecular and Cellular Biology. 1990. V. 10. P. 6041-6045.

277. Rozovskaia T.,Tillib S., Smith S. et al. Trithorax and ASH1 interact directly and associate with the trithorax group-responsive bxd region of the Ultrabithorax promoter // Molecular and Cellular Biology. 1999. V. 19(9). P. 6441-6447.

278. Rubin G.M., Kidwell M., Bingham P. The molecular basis of P-M hybrid dysgenesis: the role of the P element, a P-strain- specific transposon family // Cell. 1982. V. 29. P. 9951004.

279. Rubin G.M., Spradling A.C. Genetic transformation of Drosophila with transposable element vectors//Science. 1982. V. 218(4570). P348-353.

280. Rubin G.M., Spradling A.C. Vector P element-mediated gene transfer in Drosophila // Nucleic Acids Research. 1983. V. 11. P. 6341-6351.

281. Russo C.A.M., Takezaki N., Nei M. Molecular phylogeny and divergence times of Drosophilid species // Mol. Biol. Evol. 1995. V. 12(3). P. 391-404.

282. Rykowski M.C., Parmelee S.J., Agard D.A., Sedat J.W. Precise determination of the molecular limits of a polytene chromosome band: regulatory sequences for the Notch gene are in the interband // Cell. 1988. V. 54. P. 461-472.

283. Salz H.K., Cline T.W., Schedl P. Functional changes associated with structural alterations induced by mobilization of a P element inserted in the Sex-lethal gene of Drosophila//Genetics. 1987. V. 117. P. 221-231.

284. Santos-Rosa H., Schneider R., Bannister A. et al. Active genes are tri-methylated at K4 of histone H3 // Nature. 2002. V. 419. P. 407-411.

285. Sass H. Features of in vitro puffing and RNA synthesis in polytene chromosomes of Chironomus // Chromosoma. 1980. V. 78. P. 33-78.

286. Sass H., Bautz E.K.F. Immunoelectron microscopic localization of RNA polymerase В on isolated polytene chromosomes of Chironomus tentans I I Chromosoma. 1982a. V. 85. P. 633-642.

287. Sass H., Bautz E.K.F. Interbands of polytene chromosomes: binding sites and start points for RNA polymerase // Chromosoma. 1982b. V. 86. P. 77-93.

288. Sassone-Corsi P., Mizzen C.A., Cheung P. et al. Requirement of Rsk-2 for epidermal growth factor-activated phosphorylation of histone H3 // Science. 1999. V. 285. P. 886-891.

289. Saunders A., Werner J., Andrulis E.D. et al. Tracking FACT and the RNA polymerase II elongation complex through chromatin in vivo // Science. 2003. V. 301. P. 1094-1096.

290. Searles L.L., Voelker R.A. Molecular characterization of the Drosophila vermilion locus and its suppressible alleles I I Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1986. V. 83. P. 404-408.

291. Sedkov Y., Cho E., Petruk S. et al. Methylation at lysine 4 of histone H3 in ecdysone-dependent development of Drosophila // Nature. 2003. V. 426. P. 78-83.

292. Selker E.U. Trichostatin A causes selective loss of DNA methylation in Neurospora // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1998. V. 95. P. 9430-9435.

293. Semeshin V.F., Zhimulev I.F., Belyaeva E.S. Electron microscope autoradiographic study on transcriptional activity of Drosophila melanogaster polytene chromosomes // Chromosoma. 1979. V. 73. P. 163-177.

294. Semeshin V.F., Baricheva E.M., Belyaeva E.S., Zhimulev l.F. Electron microscopical analysis of Drosophila polytene chromosomes. I. Mapping of the 87A and 87C heat shock puffs in development// Chromosoma. 1982. V. 87. P. 229-237.

295. Semeshin V.F., Baricheva E.M., Belyaeva E.S., Zhimulev l.F. Electron microscopical analysis of Drosophila polytene chromosomes. II. Development of complex puffs // Chromosoma. 1985a. V. 91. P. 210-233.

296. Semeshin V.F., Baricheva E.M., Belyaeva E.S., Zhimulev l.F. Electron microscopical analysis of Drosophila polytene chromosomes. III. Mapping of puffs developing from one band // Chromosoma. 1985b. V. 91. P. 234-250.

297. Semeshin V.F., Demakov S.A., Perez Alonso M. et al. Electron microscopical analysis of Drosophila polytene chromosomes. V. Characteristics of structures formed by transposed DNA segments of mobile elements // Chromosoma. 1989. V. 97. P. 396-412.

298. Seum C., Pauli P., Delattre M. et al. Isolation of Su(var)3-7 mutations by homologous recombination in Drosophila melanogaster I I Genetics. 2002. V. 161(3). P. 1125-1136.

299. Schmid K.J., Tautz D. A screen for fast evolving genes from Drosophila // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1997. V. 94. P. 9746-9750.

300. Schwartz B.E., Larochelle S., Suter В., Lis J.T. Cdk7 is required for full activation of Drosophila heat shock genes and RNA polymerase II phosphorylation in vivo // Molecular and Cellular Biology. 2003. V. 23(19). P. 6879-6886.

301. Schwartz Yu.B., Demakov S.A., Zhimulev l.F. Polytene chromosome interband DNA is organized into nucleosomes// Mol: Genet. Genomics. 2001. V. 265. P. 311-315.

302. Schwartz Yu.B., Ioudinkova E.S., Demakov S.A. et al. Interbands of Drosophila melanogaster polytene chromosomes contains matrix association regions // Journal of Cellular Biochemistry. 1999. V. 72. P. 362-372.

303. Shen P., Huang V., Homologous recombination in Escherihia coli: dependence on substrate length and homology // Genetics. 1986. V. 112. P. 441-457.

304. Shilatifard A., Conaway J.W., Conaway R.C. Mechanism and regulation of transcriptional elongation and termination by RNA polymerase II // Current Opinion in Genetics & Development. 1997. V. 7. P. 199-204.

305. Shopland L.S., Lis J.T. HSF recruitment and loss at most Drosophila heat shock loci is coordinated and depends on proximal promoter sequences // Chromosoma. 1996. V. 105. P. 158-171.

306. Shortle D., Haber J.E., Botstein D. Lethal disruption of the yeast actin gene by integrative transformation//Science. 1982. V. 217. P. 371-373.

307. Siebel C.W., Admon A., Rio D.C. Soma-specific expression and cloning of PSI, a negative regulator of P element pre-mRNA splicing // Genes & Development. 1995. V. 9(3). P. 269-283.

308. Siebel C.W., Fresco L.D., Rio D.C. The mechanism of somatic inhibition of Drosophila P-element pre-mRNA splicing: multiprotein complexes at an exon pseudo-5' splice site control U1 snRNP binding// Genes & Development. 1992. V. 6. P. 1386-1401.

309. Siebel C.W., Kanaar R., Rio D.C. Regulation of tissue-specific ^-element pre-mRNA splicing requires the RNA-binding protein PSI // Genes & Development. 1994. V. 8(14). P. 1713-1725.

310. Silver L.M., Feldman L., Stollar B.D., Elgin S.C. An immunofluorescent analysis of Drosophila polytene chromosomes with antisera directed against НЗ, H4, and a native H3-H4 complex // Exp. Cell Res. 1978. V. 114(2). P. 479-484.

311. Simmons M.J., Raymond J.D., Johnson N.A., Fahey T.M. A comparison of mutation rates for specific loci and chromosome regions in dysgenic hybrid males of Drosophila melanogaster II Genetics. 1984. V. 106(1). P. 85-94.

312. Simmons M.J., Raymon J.D., Niemi J.B. et al. The P cytotype in Drosophila melanogaster: a maternally transmitted regulatory state of the germ line associated with telomeric P elements // Genetics. 2004. V. 166(1). P. 243-254.

313. Simmons M.J., Haley K.J., Grimes C.D. et al. A hobo transgene that encodes the P-element transposase in Drosophila melanogaster. Autoregulation and cytotype control of transposase activity // Genetics. 2002a. V. 161(1). P. 195-204.

314. Simmons M.J., Haley K.J., Thompson SJ. Maternal transmission of P element transposase activity in Drosophila melanogaster depends on the last P intron // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2002b. V. 99(14). P. 9306-9309.

315. Simon J.A., Sutton C.A., Lis J.T. Localization and expression of transformed DNA sequences within heat shock puffs of Drosophila melanogaster // Chromosoma. 1985. V. 93. P. 26-30.

316. Skaer R.J. Interband transcription in Drosophila // Journal of Cell Science. 1977. V. 26. P. 251-266.

317. Smith E.R., Pannuti A., Gu*W. et al. The Drosophila MSL complex acetylates histone H4 at lysine 16, a chromatin modification linked to dosage compensation // Molecular and Cellular Biology. 2000. V. 20(1). P. 312-318.

318. Smith S.T., Petruk S., Sedkov Y. et al. Modulation of heat-shock gene expression by the TAC1 chromatin modifying complex 11 Nature Cell Biology. 2004. V. 6(2). P. 162-167.

319. Sobel R.E., Cook R.G., Perry C.A. et al. Conservation of deposition-related acetylation sites in newly synthesized histones H3 and H4 // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1995. V. 92. P. 1237-1241.

320. Sorger P.K. Heat shock factor and the heat shock response // Cell. 1991. V. 65. P. 363366.

321. Sorsa M., Sorsa V. Electron microscopic observations on interband fibrils in Drosophila salivary chromosomes // Chromosoma. 1967. V. 22. P. 32-41.

322. Sorsa V. A cytological view of the functional organization of chromomeres // Hereditas. 1976. V. 82(1). P. 63-68.

323. Sorsa V. Electron microscopic map for the salivary gland chromosome X of Drosophila melanogaster Divisions 1-5 // Advances in genetics, development and evolution of Drosophila // Ed. S.Lakovaara. N.Y.L.: Plenum Press. 1982a. P. 23-31.

324. Sorsa V. Structural analysis of polytene chromosome bands and interbands // Advances in genetics, development and evolution of Drosophila // Ed.S. Lakovaara. N.Y.: Plenum Press. 1982b. P. 11-22.

325. Sorsa V. Electron microscopic mapping and ultrastructure of Drosophila polytene chromosomes // Insect Ultratructure/ R.C. King, H. Akai. New York: Plenum Press. 1984. V. 2. P. 75-107.

326. Sorsa V. Chromosome maps of Drosophila // Boca Raton, Florida: CRC Press, Inc. 1988. V. 1-2.

327. Spierer P., Spierer A., Bender W., Hogness D. Molecular mapping of genetic and chromomeric units in Drosophila melanogaster // J. Molecular Biol. 1983. V. 168. P. 35-50.

328. Spierer A., Spierer P. Similar level of polyteny in bands and interbands of Drosophila giant chromosomes//Nature. 1984. V. 307. P. 176-178.

329. Spradling A.C., Penman S., Pardue M.L. Analysis of Drosophila mRNA by in situ hybridization: Sequences transcribed in normal and heat shocked cultured cells // Cell. 1975. V. 4. P. 395-404.

330. Spradling A.C., Rubin G.M. Transposition of cloned P elements into Drosophila germ line chromosomes // Science. 1982. V. 218. P. 341-347.

331. Spradling A.C., Stern D.M., Kiss I. et al. Gene disruptions using P transposable elements: an integral part component of the Drosophila genome project // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1995. V. 92. P. 10824-10830.

332. Stallcup M.R. Role of protein methylation in chromatin modelling and transcriptional regulation// Oncogene. 2001. V. 20(24). P. 3014-3020.

333. Staveley B.E., Heslip T.R., Hodgetts R.B., Bell J.B. Protected P-element termini suggest a role for inverted repeat- binding protein in transposase induced gap repair in Drosophila melanogaster//Genetics. 1995. V. 139. P. 1321-1329.

334. Sterner D.E., Berger S.L. Acetylation of histones and transcription-related factors // Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2000. V. 64. P. 435-459.

335. Steffensen D.M. Evidence for the apparent absence of DNA in the interbands of Drosophila salivary chromosomes // Genetics. 1963. V. 48. P. 1289-1301.

336. Stokes D.G. Perry R.P. The DNA-binding and chromatin localization properties of CHD1 // Molecular and Cellular Biology. 1995. V. 15. P. 2745-2753.

337. Stokes D.G., Tartof K.D., Perry R.P. CHD1 is concentrated in interbands and puffed regions of Drosophila polytene chromosomes // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1996. V. 93. P. 7137-7142.

338. Storti R.V., Scott M.P., Rich A. Pardue M.L. Transclational control of protein synthesis in response to heat shock in D. melanogaster cells // Cell. 1980. V. 22. P. 825834.

339. Strahl B.D., Allis C.D. The language of covalent histone modifications // Nature.2000. V. 403(6765). V. 41-45.

340. Strahl B.D., Briggs S.D., Brame C.J. et al. Methylation of histone 4 at arginine 3 occurs in vivo and is mediated bythe nuclear receptor coactivator PRMT1 // Curr. Biol.2001. V. 11. P. 1-5.

341. Strahl B.D., Ohba R., Cook R.G., Allis C.D. Methylation of histone H3 at lysine 4 is highly conserved and correlates with transcriptionally active nuclei in Tetrahymena // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1999. V. 96. P. 14967.

342. Stuart J.R., Haley K.J., Swedzinski D. et al. Telomeric P-elements associated with cytotype regulation of the P transposon family in Drosophila melanogaster // Genetics.2002. V. 162(4). P. 1641-1654.

343. Sved J.A., Eggleston W.B., Engels W.R. Germ-line and somatic recombination induced by in vitro modified P elements in Drosophila melanogaster // Genetics. 1990. V. 124(2). P. 331-337.

344. Svejstrup J.Q., Vichi P., Egly J.M. The multiple roles of transcription/repair factor TFI1H//Trends in Biochemical Sciences. 1996. V. 21. P. 346-350.

345. Svoboda Ya.H.M., Robson M.K. Sved J.A. P-elements-induced male recombination can be produced in Drosophila melanogaster by combining end-deficient elements in trans //Genetics. 1995. V. 139. P. 1601-1610.

346. Takasu-Ishikawa E., Yoshihara M., Hotta Y. Extra sequences found at P element excision sites in Drosophila melanogaster II Mol. Gen. Genet. 1992. V. 232(1). P. 17-23.

347. Tamaru H., Selker E.U. A histone H3 methyltransferase controls DNA methylation in Neurospora crassa // Nature. 2001. V. 414. P. 277-283.

348. Tatusova T.A., Madden T.L. Blast 2 sequences a new tool for comparing protein and nucleotide sequences // FEMS Microbiol. Lett. 1999. V. 174. P. 247-250.

349. Thomas K.R., Capecchi M.R. Site-directed mutagenesis by gene targeting in mouse embryo-derived stem cells // Cell. 1987. V. 51. P. 503-512.

350. Thummel C., Pirrotta V. Technical notes: new pCasper P-element vectors // D. I. S. 1992. V. 71. P. 150.

351. Tirode F., Busso D., Coin F., Egly J.M. Reconstitution of the transcription factor TF1IH: assignment of functions for the three enzymatic subunits, XPB, XPD, and cdk7 // Molecular Cell. 1999. V. 3. P. 87-95.

352. Tower J., Karpen G.H., Craig N., Spradling A.C. Preferential transposition of Drosophila P elements to nearby chromosomal sites // Genetics. 1993. V. 133(2). P. 347359.

353. Ghbeish N., McKeown M. Analyzing the reoressuve function of ultraspiracle, the Drosophila RXR, in Drosophila eye development // Mechanisms and Development. 2002. V. 111. P. 89-98.

354. Tripoulas N., LaJeunesse D., Gildea J., Shearn A. The Drosophila ashl gene product, which is localized at specific sites on chromosomes, contains a SET domain and a PHD finger//Genetics. 1996. V. 143. P. 913-928.

355. Tsai C.-C., Kao H.-Y., Yao T.P. et al. SMRTER, a Drosophila nuclear receptor coregulator, reveals that EcR-mediated repression is critical for development // Molecular Cell. 1999. V. 4. P. 175-186.

356. Tseng J.C., Zollman S., Chain A.C., Laski F.A. Splicing of the Drosophila P element ORF2-ORF3 intron is inhibited in a human cell extract // Mech. Dev. 1991. V. 35(1). P. 6572.

357. Tsubota S., Ashburner M., Schedl P. P-element-induced control mutations at the r gene of Drosophila melanogaster // Molecular and Cellular Biology. 1985. V. 5(10). P. 2567-2574.

358. Tsukiyama Т., Daniel C., Tamkun J., Wu C. ISWI, a member of the SWI2/SNF2 ATPase family, encodes the 140 kDa subunit of the nucleosome remodeling factor // Cell. 1995. V. 83(6). P. 1021-1026.

359. Tsukiyama Т., Wu C. Purification and properties of an ATP-dependent nucleosome remodeling factor // Cell. 1995. V. 83(6). P. 1011-1020.

360. Tbukiyama Т., Wu С. Chromatin remodelling and transcription // Current Opinion in Genetics & Development. 1997. V. 7(2). P. 182-191.

361. Turner B.M. Histone acetylation and control of gene expression // Journal of Cell Science. 1991. V. 99. P. 13-20.

362. Umbetova G.H., Zhimulev I.F. Structure and transcriptional activity of the pomponlike X chromosomes of l(3)tl mutant in Drosophila melanogaster // Dros. Inform. Serv. 1987. V. 66. P. 143-145.

363. Vazquez J., Pauli D., Tissieres A. Transcriptional regulation in Drosophila during heat shock: A nuclear run-on analysis // Chromosoma. 1993. V. 102. P. 233-248.

364. Velazquez J.M., DiDomenico B.J., Lindquist S. Intracellular localization of heat shock proteins in Drosophila // Cell. 1980. V. 20. P. 679-689.

365. Vettesse-Dadey M., Grant P.A., Hebbes T.R. et al. Acetylation of histone H4 plays a primary role in enhancing transcription factor binding to nucleosomal DNA in vitro // EMBO J. 1996. V. 15. P. 2508-2518.

366. Vlassova I.E., Umbetova G.H., Zimmermann V.H., Alonso C., Belyaeva E.S., Zhimulev I.F. Immunofluorescence localization of DNA:RNA hybrids in Drosophila melanogaster polytene chromosomes // Chromosoma. 1985. V. 91. P. 251-258.

367. Vlassova I.E., Zhimulev I.F., Belyaeva E.S., Semeshin V.F. The effect of DRB and a-amanitin on the RNA synthesis in Drosophila melanogaster polytene chromosomes // Dros. Inform. Serv. 1987. V. 66. P. 151-154.

368. Wada Т., Takagi Т., Yamaguchi Y. et al. DSIF, a novel transcription elongation factor that regulates RNA polymerase II processivity, is composed of human Spt4 and Spt5 homologs // Genes & Development. 1998. V. 12: P. 343-356.

369. Wang H., Cao R., Xia L. et al. Purification and functional characterization of a histone H3-lysine 4-specific methyltransferase // Molecular Cell. 2001a. V. 8. P. 1207-1217.

370. Wang H., Huang Z.Q., Xia L. et al. Methylation of histone 4 at arginine 3 facilitating transcriptional activation by nuclear hormone receptor // Science. 2001b. V. 293. P. 853857.

371. Wang Y., Zhang W., Jin Y. et al. The J1L-1 tandem kinase mediates histone H3 phosphorylation and is required for maintenance of chromatin structure in Drosophila // Cell. 2001c. V. 105. P. 433-443.

372. Wassarman D.A., Sauer F. TAFn250: a transcription toolbox // Journal of Cell Science. 2001. V. 114. P. 2895-2902.

373. Weaver D.T. What to do at an end: DNA double-strand-break repair // Trends in Genetics. 1995. V. 11(10). P. 388-392.

374. Weeks J.R., Hardin S.E. Shen J. et al. Locus-specific variation in phosphorylation state of RNA polymerase II in vivo: correlations with gene activity and transcript processing // Genes & Development. 1993. V. 7. P. 2329-2344.

375. Wei G., Oliver В., Mahowald A.P. Gonadal dysgenesis reveals sexual dimorphism in the embryonic germline of Drosophila // Genetics. 1991. V. 129(1). P. 203-210.

376. Wei Y., Mizzen C.A., Cook R.G. et al. Phosphorylation of histone H3 at serine 10 is correlated with chromosome condensation during mitosis and meiosis in Tetrahymena // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1998. V. 95. P. 7480-7484.

377. Wei Y., Yu L., Bowen J. et al. Phosphorylation of histone H3 is required for proper chromosome condensation and segregation // Cell. 1999. V. 97. P. 99-109.

378. Weiler K.S., Wakimoto B.T. Heterochromatin and gene expression in Drosophila // Annual Review of Genetics. 1995. V. 29. P. 577-605.

379. Welshons W.J., Keppy D.O. The recombinational analysis of aberrations and the position of the Notch locus on the polytene chromosome of Drosophila I I Mol. Gen. Genet. 1981. V. 181(3). P. 319-224.

380. Westwood J.T., Clos J., Wu C. Stress-induced oligomerization and chromosomal relocalization of heat-shock factor // Nature. 1991. V. 353. P. 822-827.

381. Westwood J.T., Wu C. Activation of Drosophila heat shock factor: conformational change associated with a monomer-to-trimer transition // Molecular and Cellular Biology. 1993. V. 13. P. 3481-3486.

382. Whitfield W.G., Millar S.E., Saumweber H. et al. Cloning of a gene encoding an antigen associated with the centrosome in Drosophila // Journal of Cell Science. 1988. V. 89. P. 467-480.

383. Williams J.A., Bell J.B. Molecular organization of the vestigial region in Drosophila melanogaster II EMBO J. 1988. V. 7(5). 1355-1363.

384. Wolstenholme D.R. The distribution of DNA and RNA in salivary gland chromosomes of Chironomus tentans as revealed by fluorescence microscopy // Chromosoma. 1965. V. 17. P. 219-229.

385. Wolstenholme D.R. Direct evidence for the presence of DNA in interbands of Drosophila salivary gland chromosomes // Genetics. 1966. V. 53. P. 357-360.

386. Yamaguchi Y., Takagi Т., Wada T. et al. NELF, a multisubunit complex containing RD, cooperates with DSIF to repress RNA polymerase 11 elongation // Cell. 1999. V. 97. P. 41-51.

387. Yeates D.K., Wiegmann B.M. Congruence and controversy: toward a higher-level phylogeny of Diptera // Annual Review of Entomology. 1999. V. 44. P. 397-428.

388. Zegerman P., Canas B. , Pappin D. Kouzarides T. Histone H3 lysine 4 methylation disrupts the binding of the Nucleosome Remodelling and Deacetylase (NuRD) repressor complex//Journal of Biological Chemistry. 2002. V. 277(14). P. 11621-11624.

389. Zhang J., Corden J.L. Identification of phosphorylation sites in the repetitive carboxyl-terminal domain of the mouse RNA polymerase II largest subunit // The Journal of Biological Chemistry. 1991. V. 266. P. 2297-2302.

390. Zhimulev I.F., Belyaeva E.S. 3H-uridine labelling patterns in the Drosophila melanogaster salivary gland chromosomes X, 2R and 3L // Chromosoma. 1975. V. 49. P. 219-231.

391. Zhimulev I.F., Lytchev V.A. Some additional characteristics of the phenotype of Itl (lethal tumorous larvae) of D. melanogaster // Dros. Inform. Serv. 1972. V. 49. P. 48.

392. Zhu Y., Pe'ery Т., Peng J. et al. Transcription elongation factor P-TEFb is required for H1V-1 tat transactivation in vitro // Genes & Development. 1997. V. 11(20). P. 2622-2632.

Информация о работе

Горчаков, Андрей Александрович
кандидата биологических наук
Новосибирск, 2004
ВАК 03.00.15

Диссертация

Молекулярно-генетическая организация междисков политенных хромосом дрозофилы на уровне ДНК и междиск-ассоциированных белков - тема диссертации по биологии, скачайте бесплатно

Автореферат

Молекулярно-генетическая организация междисков политенных хромосом дрозофилы на уровне ДНК и междиск-ассоциированных белков - тема автореферата по биологии, скачайте бесплатно автореферат диссертации

Похожие работы