Молекулярно-генетическая организация междисков политенных хромосом Drosophila melanogaster

Демаков, Сергей Анатольевич

Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему
Молекулярно-генетическая организация междисков политенных хромосом Drosophila melanogaster
ВАК РФ 03.00.15, Генетика

Автореферат диссертации по теме "Молекулярно-генетическая организация междисков политенных хромосом Drosophila melanogaster"

На правах рукописи

ДЕМАКОВ Сергей Анатольевич

МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКАЯ ОРГАНИЗАЦИЯ МЕЖДИСКОВ ПОЛИТЕННЫХ ХРОМОСОМ ШОБОРНИА МЕЬАтвАЗТЕЯ

Генетика - 03.00.15

Автореферат диссертации иа соискание ученой степени доктора биологических наук

□03065611

Новосибирск - 2007

003065611

Работа выполнена в лаборатории молекулярной цитогенетики Института цитологии и генетики СО РАН, г Новосибирск

Официальные оппоненты доктор биологических наук, профессор

Л В Высоцкая

Новосибирский государственный университет, г Новосибирск

доктор биологических наук, профессор В Н Стегний Томский государственный университет, г Томск

доктор биологических наук, ведущий научный

сотрудник

НН Колесников

Институт цитологии и генетики

СО РАН, г Новосибирск

Ведущее учреждение Институт биологии гена РАН, г Москва

Защита диссертации состоится " с? <£. 2007 г

на утреннем заседании диссертационного совета по защите диссертаций на соискание ученой степени доктора наук (Д-003 011 01) в Институте цитологии и генетики СО РАН в конференц-зале Института по адресу 630090, г Новосибирск, проспект академика Лаврентьева, 10 тел (383)-333-12-78, e-mail dissov@bxonet.nsc ru

С диссертацией можно ознакомиться в библиотеке Института цитологии и генетики СО РАН

Автореферат разослан "

Z8» (Z.A Лу С _2007 г

Ученый секретарь диссертационного совета, доктор биологических наук

АД Груздев

ОБЩАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА РАБОТЫ

Актуальность исследования В настоящее время уже не вызывает сомнения тот факт, что особенности генетической активности и структурной организации интерфазных хромосом взаимосвязаны между собой Однако механизмы этой взаимосвязи до сих пор во многом не понятны Их изучение является одной из главных задач современной биологии "Классические" политенные хромосомы двукрылых, которые рассматриваются в качестве модели интерфазной хромосомы, открывают большие возможности в этом направлении Они представляют собой пучки из нескольких тысяч параллельно расположенных хроматид, каждая из них соответствует интерфазной хромосоме с характерным рисунком чередования компактных хроматиновых структур (хромомеров) и менее плотных межхромомеров Поскольку хроматиды располагаются в одном порядке, эти рисунки совпадают, что приводит к образованию дисков и междисков и определяет поперечную исчерченность политенных хромосом Большие размеры хромосом и относительно высокая специфичность дискового рисунка позволяют легко идентифицировать отдельные хромосомы и их районы

Исследования на политенных хромосомах позволили достичь значительного прогресса в понимании генетической организации хромомеров (дисков) и особенностей их функционирования Однако до сих пор очень мало известно о функциях межхромомеров (междисков) В ряде работ отмечается возможная транскрипционная активность междисков (см обзор Zhimulev et al, 2004) Эти наблюдения в совокупности с данными об относительном постоянстве дискового рисунка политенных хромосом поддерживают гипотезу о междисках как районах, содержащих постоянно активные гены (Speiser, 1974, Gersh, 1975, Zhimulev, Belyaeva, 1975) Были предложены и другие гипотезы, в которых соседние диск и междиск рассматривались в качестве единой функциональной единицы (Crick, 1971, Paul, 1972, Sorsa, 1984)

Несмотря на интенсивные исследования, до сих пор неясно, на каком уровне организации хроматина возникают различия в упаковке ДНП дисков и междисков и насколько эти различия обусловлены свойствами ДНК из этих районов Было бы интересно и важно понять, существует ли корреляция между дисковым рисунком политенных хромосом и петельно-доменной организацией хромосом, обнаруженной в интерфазных ядрах многих эукариотических клеток (Roberge and Gasser, 1992, Jackson et al, 1992, Razm, 1996) Предполагается, что данная организация необходима для регуляции процессов клеточного деления, репликации и транскрипции (Razin, Gromova, 1995, Boulskas, 1995, Hart, Laemmli, 1998) Функциональная роль междисков может быть определена в результате анализа их молекулярной организации, и такие попытки предпринимались (Kress et al, 1985, Whitmore, 1986, Rykowski et al, 1988) Однако малые размеры междисков, низкое содержание ДНК в них и, как следствие, отсутствие адекватных методов не позволяют точно

соотнести между собой молекулярные и цитологические данные для этих районов

Метод Р элемент-опосредованной трансформации генома дрозофилы фрагментами ДНК с известными молекулярно-генетическими характеристиками (Spradlmg, Rubin, 1982) в сочетании с электронно-микроскопическим (ЭМ) анализом трансформированных районов хромосом открывает принципиальную возможность обнаружения новых морфологических структур, образованных материалом Р-транспозонов, и изучения их стуктурно-функциональных особенностей в составе хромосом (Semeshm et al, 1986) Учитывая эти факты, проблему точной привязки молекулярных и цитологических структур в районах междисков можно решить следующим образом С помощью ЭМ картирования выявить встройки транспозонов в районах междисков Затем клонировать ДНК междисков, прилегающую к встройкам, и исследовать молекулярно-генетическую организацию этих районов

Цель и задачи исследования Целью данной работы является определение молекулярно-генетических характеристик междисковых районов и выяснение функциональной роли этих структур в политенных хромосомах дрозофилы Конкретные задачи исследования состояли в следующем-

1 Провести электронно-микроскопический анализ трансформированных районов полигенных хромосом и определить в них локализацию встроек Р-транспозонов.

2 Клонировать ДНК, прилежащую к встройкам транспозонов в районах междисков, и определить последовательность нуклеотидов в ней

3 Провести сравнительный и филогенетический анализ последовательностей нуклеотидов ДНК из районов междисков

4 Исследовать транскрипционную активность междисков

5. Исследовать нухлеосомную организацию междисков

6 Экспериментально проверить возможное взаимодействие ДНК междисков с ядерным матриксом

7 На основе Р-транспозонов создать и изучить конструкции, позволяющие моделировать междисковые структуры в составе политенных хромосом

Научная новизна Основным научным результатом данной работы является создание нового направления по изучению молекулярно-генетической организации политенных хромосом на ультраструктурном уровне Вклад автора состоит в разработке и реализации подхода по моделированию хромосомных структур фрагментами ДНК, встроенными в геном D melanogaster путем трансформации, и изучению их информационного содержания В работе впервые проведен ЭМ анализ 23-х районов политенных хромосом слюнных желез линий мух, гомозиготных по встройкам Р-транспозонов с определенными молекулярно- генетическими характеристиками На основании полученных данных о преимущественном встраивании транспозонов в районы междисков, предложен оригинальный подход к клонированию ДНК из районов междисков С помощью этого

подхода впервые клонированы и охарактеризованы на молекулярно-генетическом уровне ДНК из тринадцати районов междисков

Впервые точно показана нуклеосомная организация ДНК междисков и ее взаимодействие с ядерным матриксом

Впервые на молекулярном уровне установлена генетическая гетерогенность междисков На основании полученных данных междиски можно разделить, по крайней мере, на два типа первый тип представлен постоянно активным белок-кодирующим геном "домашнего хозяйства", ко второму типу относятся междиски, которые не содержат белок-кодирующих последовательностей и в слюнных железах проявляю г очень низкую транскрипционную активность

Впервые показана принципиальная возможность исследования механизмов формирования междисков и хромомомерной организации политенных хромосом в целом с помощью моделирования диск-междисковых структур на основе трансгенных конструкций с применением сайт-специфичных систем рекомбинации в составе политенных хромосом

Практическая значимость Предложен новый подход к клонированию ДНК из районов междисков и их моделированию в составе политенных хромосом, что имеет существенное значение для дальнейшего анализа структурно-функциональной организации интерфазных хромосом и эукариотического генома в целом Полученные в работе результаты используются при чтении лекций в ряде вузов страны (Новосибирск, Санкт-Петербург, Томск)

Апробация работы Результаты данного исследования докладывались на 6-м Всесоюзном симпозиуме "Молекулярные механизмы генетических процессов" (Москва, 1987), 6-м Всесоюзном совещании по генетике дрозофилы (Одесса, 1989), 10-м Всесоюзном симпозиуме "Структура и функции клеточного ядра" (Гродно, 1990), 7-м Международном совещании "Молекулярная биология и биология развития дрозофилы" (Крит, Греция,

1990), 7-м Всесоюзном совещании "Структура и функции хромосом" (Пущино,

1991), 7-м Всероссийском симпозиуме «Структура и функции клеточного ядра» (Санкт-Петербург, 1996), 6-м Европейском энтомологическом конгрессе (Чешские Будеёвицы, Чехия, 1998), Международной летней школе «Хроматин и регуляция транскрипции» (Москва, 1998, 2003), 2-й Международной конференции по биоинформатике регуляции и структуры генома, секция ИНТАС (Новосибирск, 2000), 14-й Международной конференции по хромосоме (Вюрцбург, Германия, 2001), 8-м и 9-м Международных симпозиумах по структуре и функции клеточного ядра (Санкт-Петербург, 2002 и 2005), 19-й Европейской конференции по изучению дрозофилы (Эгер, Венгрия, 2005)

Структура и объем работы Диссертация состоит из введения, обзора литературы, описания материалов и методов, результатов и обсуждения, а также выводов и списка цитируемой литературы, в который входит 620 ссылок Работа изложена на 315 страницах машинописного текста, содержит 10 таблиц и 61 рисунок По теме диссертации опубликовано 29 печатных

работ Работа по ЭМ анализу трансформированных районов политенных хромосом была проведена совместно с В Ф Семешиным Остальные результаты получены автором самостоятельно Ряд экспериментов выполнен с участием С В Разина, В В Шломы, Е С Юдинковой, X Модолея и С Кампузано, а также сотрудников и студентов-дипломников, работавших под руководством автора ЮБ Шварца, И А Зыкова, ИВ Шароглазовой, А А Горчакова, П И Зимина, Т Ю. Ватолиной

Благодарности Автор глубоко признателен всем коллегам за помощь при выполнении настоящей работы Особую благодарность автор выражает зав лабораторией молекулярной цитогенетики И Ф Жимулеву, который инициировал и активно поддерживал на всех этапах проведение данной работы, Е С Беляевой за неизменно дружеское и полезное обсуждение полученных данных, и, безусловно, В Ф Семешину за участие и неоценимую помощь в проведении электронно-микроскопических экспериментов на всех этапах работы Автор также весьма признателен В А Мельникову, А Ю Керкису и Н Б Рубцову за содействие в организации электронно-микроскопических исследований

ОСНОВНЫЕ РЕЗУЛЬТАТЫ

1 Электронно-микроскопический анализ трансформированных районов политенных хромосом дрозофилы

ЭМ анализ различных типов конструкций Р-транспозонов (рис 1) в составе политенных хромосом слюнных желез личинок дрозофилы позволил детально исследовать морфологию встроенного материала в неактивном состоянии и после активации транскрипции Фактически оказалось, что таким образом можно моделировать естественные хромосомные структуры - диски, междиски и пуфы

Линии мух со встройками Р-транспозонов рНАР, 28Х, сНВД, 1*310.1, р1АгВ и Р-элементов были получены из различных лабораторий США и России, конструкции на основе рГСоп и трансгенные линии мух с ними были получены в ходе данной работы

1 1 Морфологическая характеристика встроек.

По данным ЭМ анализа в 14 из 17 трансформированных районов в местах встроек образуются новые диски, что указывает на преимущественное встраивание исследованных Р-транспозонов в области междисков Прямая зависимость толщины дисков от размеров встроек, а также тот факт, что при активации генов, входящих в транспозоны, пуфы образуются только из новых дисков (рис 2), позволяют сделать вывод о формировании этих дисков из материала транспозонов Минимальная длина ДНК, необходимая для формирования диска, выявляемого на ЭМ уровне, составляет не более 5 т п н , транспозоны большей длины формируют более крупные диски Морфологически и структурно новые диски не отличаются от нативных дисков политенных хромосом Зная точные молекулярные размеры

^_Ы/1

18Х

ч л

— > ■

И сНВД -------* Г ж

1 ] Ь«р7#| П-Кп1 Ц>70|

(1310.1

-Д.--г , . *----. , ■ .. ,

Ш^П—!■ —Ы —1■ ™ Ь'

......................я---------------- ...!,—. ..ТГ}

мху

рГАгВ

----► 4----

Д ла>1 ХЛ гоху __

ра-2 ^ РМ ры

рХСоп

мий-п {1щ)70] ?ас2 |Ь7оЦГ([]]| 1-1 рЧ< ч^ Д

РИТ* PL

— 1М-............1 -----------10,2..............

--------------------20.4.............-...... - 1

р1С«п-ЗС

' £1_Ь; ! ---»

Цгь п

I-..............10.1--------------!•»,».!---------1М

1---------------------------------............

1С"

-I------- ч

[кур 7»] <„гг |ь^7ц|Щ 61С miil.i-.rW " !■■ л-и

рцт1м |01ркт м.

^--------------[0.1................(..4.7-4-------------1М

Рис. 1, Молекул я рно-тенети чес кис карты Р-гран сп о ю но в, встроенных в хромосому трансформированных линий мух. Конструкции: а - рНАР; 6 - 28 X; в - еНВ; г -[13]0.1; д - р1АтВ; е - р]Соп; ж - р!Соп-ЗС; з - р1Соп(1К)-б1С. Вверху стрелками 01 мечено направление Транскрипции, сайты рестрикции: А-/Ь'с(1!, Ар-Ара!, М-ВатЩ, Вх-ВуШ С-СЫ. Н-Я/иШП, Нр-Нра\, К-Крп1, И-Яей. 5-Ли/О 1. Зс1-£ас1, Йс2-

&гсП, Х-А7ю1, ХЬ-.Тйц], 5/Х * соединение соответствующих сайтов

рестрикции: черными прямоугольниками обозначены концевые фрагменты Р-Элемекта; вертикальным черным треугольником отмечен район делеций в промоторном участке гена )щ>70\ вертикальным светлым треугольником отмечен еаЙт встраипания гранспозона рНАР в районе междиска 61 С7'СК; горизонтальными светлыми и черными треугольниками указаны РКГ и 1охР сайты, соответственно; снизу указаны полилинкерные участки (РЬ) и размер фрагментов (в т.ц.н.).

транспозонов и толщину формируемых ими дисков, можно оценить степень упаковки Д11К в этих дисках. Полученные значения гсарьируют от 30 до 50. что очень близко к нуклеомерной (сугтсрбидной) укладке хроматина и соответствует фибрилле ДНП диаметром 30 нм. Сходные значения степени упаковки (50-100) характерны для большинства исследованных нативных

дисков политенных хромосом (см для обзора Жимулев, 1992, Rykowski et al, 1988).

Индукция транскрипции генов в составе инсертов приводит к декомпактизации материала новых дисков Диск пуфирует полностью, если транспозон образован одним геном Такая ситуация была продемонстрирована ранее для конструкции с геном Sgs3 (Semeshm et al, 1986) и в данной работе для линий с транспозоном рНАР, содержащим гибридный ген hsp70-Adh (рис 2а,д,е,л) В тех случаях, когда инсерты состоят из двух генов, один из которых находится под контролем промотора гена теплового шока (рис 26,в), в неактивном состоянии они также представлены одиночными дисками (рис 2ж,з), независимо от положения промотора, на краю (рис 26) или в средней части транспозона (рис. 2в) Однако после теплового шока в первом случае (инсерция 28X-F) пуфирование затрагивает только правую часть нового диска, другая часть диска, очевидно соответствующая неактивному в слюнной железе гену rosy, остается компактной (рис 2ж,м) Во втором случае (инсерция сНВД-194) после кратковременного теплового шока происходит расщепление нового диска на две части (рис 2з,н) Это означает, что декомпактизация хроматина начинается с промоторной области гена fi-gal и этот этап можно визуализировать С увеличением продолжительности шока процесс декомпактизации распространяется на правую часть нового диска, в результате из нее формируется крупный пуф, в то время как другая часть диска, содержащая ген rosy, сохраняется в компактном состоянии Инсерции полигенных транспозонов р1Соп-ЗС и pICon(dv)-61C (рис 2г), содержащие между FRT-сайтами фрагменты ДНК из районов междисков ЗС6/С7 Х-хромосомы (рис 1ж) и 61С7/С8 ЗЬ-хромосомы (рис 1з) в неактивированном состоянии формируют новый комплекс из двух тонких дисков и междиска между ними (рис 2и) Тепловой шок приводит к формированию пуфа из материала только одного нового диска, в то время как второй диск остается компактным (рис 2о) Мы интерпретируем эти данные следующим образом. Новый диск, из которого формируется пуф, образован материалом генов white и lacZ с промотором гена hsp70, а другой диск содержит ДНК гена rosy и плазмиды pUC19 (в случае pICon(dv)-61C еще и нефункциональный ген vermilion) Деконденсированный участок между этими дисками, очевидно, представлен фрагментом ДНК из междиска ЗС6/С7 или 61С7/С8, поскольку удаление этого фрагмента с помощью FLP/FRT рекомбинации приводит к объединению двух дисков в один более толстый диск (рис. 2к). Тепловой шок приводит к разрыхлению этого диска и формирование пуфа, при этом на начальных этапах пуфообразования наблюдается расщепление диска на две части (Рис 2о).

Анализ полностью развитых пуфов в районах встроек выявил прямую зависимость размеров пуфов от длины транскрибируемых фрагментов ДНК в транспозонах После активации гена hsp28 (размер транскрибируемой ДНК 0,95 т.п н) в линиях 28Х-С и 28X-F происходит образование новых микропуфов (или крупных междисков), тогда как транскрибирующиеся

ы р1Соп-ЗС

А(№ 2НХ-Р кНВД-194 р!Соп((1\'>61С

4М гу 1ир28 Гу (3-ца! н- ¡асХ 1В гу риС'19

Рис. 2. Схема образования дисков, междисков я пуфов а трансформированных районах хромосом: а-г Р-транспозоны; д - исходное состояние района; с-з -□брамванне новых дисков-, к - формирование ново™ комплекса из. двух дисков н межднека: к - слияние новых Дисков после РЬР/РИТ-опосредованной -жсиизии межднекояой ДНК II В); л-й - образование пуф он ЯЭ материала инсерций.

последовательности длиной около 3 т.п.н. (линии и

формируют пуфы среднего размера, а фрагмент длиной 9 т.п.н. в линии НВД-194 - действительно крупный пуф. По всей видимости, длина транскрибируемой последовательности ДНК около I т.п.и. является наименьшей. При которой можно выявить образование микропуфа. Сравнение дайн транскршшданно активных последовательностей ДНК с линейными размерами пуфов показало примерно одинаковую степень компакгизаций (М - 2,0) для конструкций рНАР и 28Х. и более высокую (около 3,5) - для конструкции а линии НВД-194, Наблюдаемые различия в степени упаковки, но всей видимости, обусловлены различиями в структуре пуфов: в микропуфах нити хроматина расположены параллельно оси хромосомы, тогда как в больших пуфах такие нити выходят далеко за пределы хромосомного контура, создавая нелинейное соотношение между длимой ДНК и аксиальным размером пуфа и, таким образом, искажая (увеличивая) оценку степени упаковки ДНК в этих районах.

1 2 ДНК Р-элемента формирует междиски Анализ трансформированных районов хромосом показал существенное увеличение ширины междисков, на 0,15-0,25 мкм, по сравнению с исходным состоянием в контроле Можно предположить, что такое удлинение связано с особенностями организации Р-элементов, которые ограничивают по краям материал транспозонов Известно, что как полный Р-элемент, так и его дериваты могут постоянно транскрибироваться во всех тканях и на всех стадиях развития организма, поскольку они имеют собственный слабый промотор (Laski et al, 1986) Показано, что активность промотора зависит от хромосомного окружения и может регулироваться энхансерными элементами (O'Kane, Gehrmg, 1987) Таким образом, есть все основания предполагать участие Р-элементов в формировании междисковых структур Подтверждением этому может служить ситуация, наблюдаемая в линии R310 1 со встройкой транспозона размером 54 тпн (рис 1г). В районе 93А хромосомы 3 этот транспозон формирует значительный по размерам рыхлый хроматиновый комплекс, в котором можно выявить четыре тонких диска, расположенных на регулярном расстоянии друг от друга Эти наблюдения можно интерпретировать следующим образом четыре тандемно расположенных гена rosy, возможно вместе с фрагментами ДНК 3'-конца Р-элемента, локуса white и плазмиды pBR322, формируют материал дисков, которые разделены междисками, образованными фрагментами ДНК 5'-конца Р-элемента

Еще одно подтверждение участия Р-элементов в формировании междисковых структур было получено нами в результате анализа линии 1(1)BP7S3, полученной путем гибридного дисгенеза (Похолкова, Соловьева, 1989) В этой линии Р-элементы имеют множественную локализацию, по результатам гибридизации in situ, для ЭМ анализа были выбраны два района Х-хромосомы, 8С и 10А Результаты анализа серийных срезов 15-20 хромосом показали, что исследуемые районы удлинились на 0,09-0,13 мкм по сравнению с контролем за счет увеличения ширины междисков между дисками 8С1-С2 и 10А5-А8

Прямое доказательство участия Р-элементов в формировании междисковых струюур, с нашей точки зрения, получено в результате ЭМ анализа линии мух vhd , содержащей встройку полного Р-элемента в районе гена vermilion По данным цитогенетического и молекулярного анализа этот ген расположен в диске 10А1-2, ближе к его дистальному концу (Kozlova et al, 1994) Интеграция Р-элемента приводит к расщеплению диска на две неравные части и образованию междиска

Таким образом, удлинение междисков в районах встроек можно объяснить декомпакгизацией промотор-содержащего материала Р-элемента, расположенного на одном из краев транспозонов Варьирование длины междисковых структур в разных районах может быть следствием различного влияния окружающего транспозоны хромосомного материала на промотор Р-элемента Если эти рассуждения справедливы, возможны два варианта формирования новых структур в трансформированных районах хромосом

1) Встраивание транспозона в междиск, что приводит к образованию нового диска и удлинению междиска за счет материала Р-элемента 2) Встраивание транспозона в район перехода междиск-диск При этом возможны две ситуации Материал транспозона сливается с диском, а исходный междиск расширяется за счет декомпактизации ДНК той части Р-элемента, которая содержит промотор Такая ситуация может быть в линиях 28Х-С, НВД-59 и НВД-73, где новых дисков в районах встроек не обнаружено, но при этом происходит удлинение междисков и утолщение одного из исходных дисков Другая ситуация, когда декомпактизованная часть Р-элемента прилегает к исходному диску, может привести к образованию нового диска из остального материала транспозона и расширению междиска Однако в любом из этих вариантов транспозон располагается в непосредственной близости к району междиска, либо с одной из сторон, либо внутри него

Результаты ЭМ анализа трансформированных районов представляются нам весьма важными, поскольку открывают возможность клонировать ДНК транспозонов вместе с материалом междисков и, таким образом, перейти к молекулярному анализу междисков, что до сих пор являлось трудновыполнимой задачей При этом достигается максимальная в настоящее время точность картирования молекулярных границ междисков, не превышающая ширины междиска или около 2 т п н ДНК, если исходить из средних оценок возможных молекулярных размеров междисков (Beermann, 1972, Sorsa, 1984, Kalisch et al, 1986) Кроме того, нами определенно показано, что функционально различные фрагменты ДНК транспозонов, находящиеся во временно неактивном состоянии, формируют одиночные, морфологически однородные диски Эти фрагменты могут находиться в различных структурных состояниях (компактном или декомпактном) независимо друг от друга и от генетического окружения Опираясь на эти свойства Р-транспозонов, в их состав можно вводить фрагменты ДНК, клонированные из нативных междисков, и проводить моделирование междисковых структур т vivo, что позволит определить точные молекулярные границы междисков и факторы, необходимые для их формирования Детали такого подхода представлены ниже (см раздел 9).

2 Клонирование ДНК из районов междисков, содержащих встройки Р

транспозонов

Для клонирования ДНК междиска 61С7/С8 была использована трансгенная линия мух Adhh$6lc, содержащая встройку транспозона рНАР В

составе этого транспозона находится уникальный сайт рестрикции ЕсоШ,

который делит конструкцию на две части (рис 1а) Стратегия клонирования

включала получение геномной библиотеки данной линии мух в фаговом

векторе по feoRI-сайтам и ее скрининг двумя зондами, Р12-мечеными ДНК

гена Adh и Р-элемента В результате был выделен клон I61C-1,0SR, который

содержал фрагмент ДНК с материалом части транспозона и междиска Сайт

встраивания транспозона и последовательность из междиска были определены

секвенированием ДНК этого фрагмента. Поскольку точное положение

встройки в междиске неизвестно, была определена последовательность ДНК с обеих сторон от встройки Для этого мы провели скрининг фаговой библиотеки геномной ДНК мух дикого типа Oregon-R (получена от проф Ф Кафатоса) с использованием ДНК из междиска в качестве зонда В результате был получен клон 61С-12,3, содержащий геномный фрагмент ДНК размером 12,3 тпн с полной последовательностью из междиска, не содержащей встройки транспозона Нами было секвенировано 1289 п н из субклона 61С-3,8ВН (рис 3), содержащего нативную междисковую последовательность После сравнения последовательностей из клонов I61C-1,QSR и 61С-3,8ВН оказалось, что мы определили в районе междиска 497 п н дистальнее и 792 п н проксимальнее сайта инсерции транспозона

Клонирование ДНК из районов встроек транспозона PlArB (рис 1д) в линиях мух 2, 12, 55, 148 было проведено на основании данных ЭМ картирования во всех четырех линиях встройки произошли в районы междисков (табл 1) Клонирование прилежащей к транспозону геномной ДНК было проведено методом "спасения плазмиды" Геномную ДНК трансформированной линии гидролизовали подходящей рестриктазой, имеющей один сайт узнавания в полилинкере PL3 встроенной конструкции, а второй - в прилежащей геномной ДНК ДНК-гидролизат обрабатывали ДНК-лигазой фага Т4 и трансформировали клетки подходящего штамма Е coli Бактерий рассевали на селективную среду, содержащую ампициллин, на которой могут вырасти лишь бактерии, содержащие материал плазмиды с фрагментом Р-элемента и прилежащей геномной ДНК Поскольку точное положение встроек в пределах междисков неизвестно, ДНК клонов, полученных ''спасением" из всех четырех линий мух, была секвенирована и использована для скрининга фаговой библиотеки геномной ДНК мух дикого типа В результате были получены клоны (часть из них представлена на рисунке 3), содержащие ДНК из нативных нетрансформированных междисков ЗА4/А6, 60Е8-9/Е10, 85D9/D10 и 86В4/В6, и определены их нуклеотидные последовательности

Присутствие в составе конструкций р1Соп-ЗС и р1Соп-61С плазмиды pUC19 (рис 1ж, з) также позволяет методом "спасения плазмиды" клонировать фрагменты геномной ДНК, прилежащие к 3'-концам этих Р-транспозонов В настоящее время практически вся эухроматиновая часть генома D melanogaster секвенирована, что позволило нам достаточно легко определить сайты встроек всех полученных конструкций р1Соп-ЗС и pICon(dv)-61C в геноме на молекулярном уровне

Таким образом, в результате клонирования и секвенирования фрагментов ДНК из районов встроек Р-транспозонов (табл 1), вместе с опубликованными ранее результатами секвенирования ДНК, удаляемой делецией faswb из района междиска ЗС6/С7 (Ramos et al, 1989, координаты 192954-193830 в контиге АЕ003426 базы данных BDGP), для всестороннего анализа стали доступны 13 междисковых последовательностей

Таблица 1 Локализация встроек транспозонов в исследованных линиях мух

Линия Скаффолд Сайт инсерции* Цитологическая локализация инсерций

данные FlyBase данные настоящей работы

Adhhs6ic AE003469 caagatgaaa 5'-3' gatcggcgc (12171-12172) 61С7 61С7/С8

148 AE003424 aatcaatatc 5'-3' gctccgccg (231917-231918) ЗА6 ЗА4/А6**

55 AE003465 ctttaggtat 5'-3' aaacgaacta (276286-276287) 60Е11 60Е8/Е10**

12 AE003682 tacgctaggc 3'-5' gatttctaca (103068-103069) 85D11 85D9/D10**

2 AE003687 tctcctttgg 3'-5' cgtgcacgtc (3380-3381) 86ВЗ 86В4/В6**

ГСоп-ЗС (1А) AE003417 .gctggaca 5'-3' gcacagctcta (35556-35557) 1А1 1А8/1В1-2

ICon-3C - (5F) AE003437 ttttacgctac 5'-3' atatacact (96405-96406) 5F1/F2 5F3/F5-6

ГСоп-ЗС (8E) AE003447 atacgcaggc 3'-5' agcaacgaaa (245775 -245776) 8E10 8Е9/Е10-11

Юоп-ЗС (67В) AE003551.3 ggcaaggg 3'-5' ccttctccac (28895-28896) 67B10/B11 67В11/С1-2

Юоп-ЗС (79D) AE003597 2 aaaataag 5'-3' aatcgaggc (83938-83939) 79D2/D3-4 79D2/D3

ICon(dv)-61C(84F) AE003678 taagcagttt 3'-5' agcaaaagct (117641-117642) 84F11/F12 84F10/F11-12

ICon(dv)-61C(87C) AE003697 agctcgcgctc5'-3' tttgccgcga (25124-25125) 87C6/C7 87С8/С9

Примечания *- указаны 5' и З'-концы Р-транспозонов и фланкирующие их последовательности геномной ДНК, в скобках отмечены номера нуклеотидов в контиге, между которыми произошла встройка транспозона **- ЭМ картирование проведено В Ф Семешиным

3 Сравнительный анализ ДНК из районов междисков

Нам не удалось обнаружить значительного сходства или консенсусной последовательности, общей для сравниваемых фрагментов ДНК Однако необходимо отметить следующие особенности их организации Последовательности ДНК всех междисков содержат участки возможного связывания белков ядерного матрикса Кроме того, для них характерна общая АТ-обогащенность и значительное количество полипуриновых, полипиримидиновых и пурин-пиримидиновых трактов, организованных в блоки Подобные свойства характерны для участков ДНК, связывающихся с хромосомным скелетом/ ядерным матриксом (SAR/MAR scaffold associated region или matrix attachment region). С помощью компьютерной программы

MAR-Finder, позволяющей теоретически предсказывать S/MAR (Singh et al, 1997) практически во всех районах в пределах 2 т п н от точки встраивания транспозона были обнаружены участки с высоким MAR-потенциалом (рис 3) Принимая во внимание, что средние оценки длины междисков приблизительно 2 тпн, максимальные значения потенциала приходятся именно на междисковую ДНК Для того, чтобы проверить, присущи ли такие свойства только ДНК из междисковых районов, мы исследовали встречаемость участков с высоким потенциалом связывания ядерного матрикса в случайной выборке последовательностей ДНК из крупных дисков и во всех случаях обнаружили такие участки Таким образом, проведенный анализ позволяет предположить, что в целом по геному участки с высоким MAR-потенциалом распределены достаточно равномерно и при соотнесении с дисковым рисунком политениых хромосом оказываются как в дисках, так и в междисках Однако, с нашей точки зрения, заслуживает внимания тот факт, что несмотря на существенно меньшую долю в геноме междисковой ДНК по сравнению с дисковой ДНК (в среднем соотношение 1 15, если считать, что средние размеры междисков и дисков составляют 2 тпн. и 30 тпн, соответственно), практически все проанализированные междисковые последовательности обнаруживают высокий MAR-потенциал

По результатам анализа нуклеотидных последовательностей из районов междисков в совокупности с информацией, доступной из баз данных FlyBase и BDGP, были составлены молекулярно-генетические карты данных районов (рис 3). Во всех случаях транспозоны встроились в некодирующие участки генома дрозофилы их основная часть (10/13) является межгенными промежутками, фланкированных 5'- и/или 3'- концами генов, что указывает на возможные регуляторные функции этих последовательностей ДНК, в двух случаях междисковые последовательности из районов ЗА и 87С включают некодирующие экзоны генов, и лишь в одном случае встройка в районе 1А произошла в первый интрон гена Охарактеризованные к настоящему времени гены в районах встроек различаются по функциям и особенностям экспрессии в онтогенезе

Очевидно, что более полную информацию о функциональной организации междисков могут дать только прямые молекулярно-биохимические эксперименты Клонирование ДНК из нескольких междисков позволяет приступить к таким экспериментам

4 Транскрипционная активность ДНК в районах междисков

Вопрос о генетической активности междисков активно обсуждается на протяжении длительного времени, однако, полученные результаты до сих пор носят неопределенный и противоречивый характер В связи с этим представляет интерес изучение транскрипционной активности ДНК, входящей в районы междисков

Район 61С7/С8. При использовании в качестве зонда ДНК 61С-3,8ВН (рис 3) сигналы гибридизации были обнаружены лишь с РНК из личинок

67В

790

г—

* * <К"

_ сазт

4—4-4

ттг,-

н—к

Тяг*

ер

ч—ь

■4—4-

■7 »ад..... С6М«

обц

мгкш

ф *

сом»;

да

Жх

«¿1-Д

^ПГ

аймг*

На

«1С

■ * *

Ьлчат

^^ - р!Сил-ЗС к - МАК I |Яш'ич ш ,ш м.-н | и

р!с«ннс * ■ МАК (лонные МАЙ Пп4ег)

__, . и-и1ы п>,'м'мш.ч i: i ну 11.1 iiiiii ии , i

\У - р1дгВ

♦ - вппп>|*лгого <-[1шывй|гпц спкер

| " янар | _ |-111.: |::|| с 11 .:;|.11■ 11:. :

(длиние ; I; I

Рис. 3. Молекулярно-генетические карты районов хромосом, содержащих исследован! 1ыс междиски. Сверху: треугольниками обозначены траисггозоны. использованные для клонирования геномной ДНК; горизонтальными линиями обозначены клонированные фрагменты ДНК, вертикальными стрелками отмечены сайты интеграции Р-транспозонов. представленные в базе данных Р1уВа$е (Н»р://ДуЬа5е,hio.iiidiana.eduА {в случаях близкого расположения сайтов встроек, их количество отмечено сбоку от стрелок), для района ЗС6/С7 деления & отмечена квадратными скобками. В центре: Физические карты районов, поделенные на ! т.п.н - отрезки вертикальными линиями; горизонтальными стрелками показано направление к теломере (Т). Снизу: положение известных генов или фан с крип то в обозначено темными стрелками (жирные линий- экзоиьц тонкие ломаные линии нитроны, тонкие прямые линии - ген выходит за пределы карты), Остальные обозначення угсазаны й легенде на нижней час ти рисунка.

первого возраста, но не с образцами, выделенными на других стадиях развития мух или из слюнных желез личинок 3-го возраста (рис 4а) Выявленные транскрипты, по-видимому, относятся к тому же гену, что и кДНК RE64518, функции которого в настоящее время неизвестны Уровень чувствительности детекции РНК был проверен гибридизацией такого же количества поли-А+ РНК из личинок 3-го возраста и при аналогичных условиях с ДНК гена white в качестве зонда По оценкам, полученным ранее, представленность мРНК гена white во всем пуле мРНК личинок данного возраста очень низкая и составляет около 0,0005% (Pirrotta, Brockl, 1984) Тем не менее, в результате гибридизации мы получили сигналы, соответствующие white - специфичным транскриптам (рис 4а)

Район 85D9/D10. После гибридизации меченой ДНК клона 85D-14,8 (рис 3) обнаруживается четыре сигнала гибридизации (рис 4в) Выявленные транскрипты присутствуют на всех исследованных нами возрастных стадиях Такой же рисунок гибридизации выявляется при использовании в качестве зонда ДНК субклона 85D-2,2R (рис 3) Эти данные указывают на то, что все транскрипты, находящиеся в пределах значительного по размерам фагового клона 85D-14,8, перекрывают часть существенно меньшего клона 85D-2,2R. Это позволяет предполагать наличие альтернативных процессов инициации синтеза и сплайсинга РНК, относящейся к одному и тому же локусу Последовательности нуклеотидов на 5'-концах известных для этого локуса кДНК клонов и возможного гена CG33936 насыщены стоп-кодонами и, скорее всего, представляют собой 5'-UTR, отделенные от возможной кодирующей части длинным (около 12 т п н) интроном

Район 86В4/В6. При гибридизации с РНК как фагового клона 86В-12.7, так и субклона 86B-1,3RS (рис 3) наблюдаются похожие рисунки распределения сигналов (рис 4г) Для образцов, выделенных из ранних предкуколок, отчетливо выявляются три сигнала гибридизации Ни один из транскриптов не обнаруживается на эмбриональной стадии В образцах из личинок первого и второго возрастов, а также из взрослых мух, транскрипт размером 3,0 т н представлен в гораздо меньшем количестве относительно транскриптов 3,6 т н , 1,6 т н

Следует отметить, что ни для одного из исследованных районов, 61С, 85D и 86В, стандартным методом Нозерн-гибридизации не было выявлено четких сигналов как с фракцией полиаденилированной РНК, так и с тотальной РНК из слюнных желез личинок 3-го возраста

Район 60Е8-9/Е10. Встройка транспозона PlArB в междиске 60Е8-9/Е10 произошла между 5'-негранслируемой областью предсказанного гена CG30424 и З'-областыо гена RpL19 (рис 3) В базе данных FlyBase отмечено, что транскрипты, соответстующие гену CG30424, функция которого до настоящего времени не определена, выявляются на очень низком уровне и только на эмбриональной стадии Таким образом, можно предполагать, что CG30424 не активен в слюнных железах В отличие от CG30424, ген RpL19, кодирующий рибосомный белок L19 (Hart et al ,1993), экспрессируется

а 113 4 5 6 7 S б j j j 4 j «

12345 Г I J 3 4 5

Рис. 4. Гибридизация -мечейда фрагментов ДНК из районов междиеков 60ES-9/Е10, 61С7/С8, 85D9/D10 и 86В4/В6 с РНК линии мух дикого типа Oregon-R. Полная РНК m змбрионов ( Г), личинок первого возраста (2), личинок второго возраста (3), ранних предку колок (4) и взрослых мух (5) (по 5 mki на дорожку), а также из слюнных желез (дорожки 6, 7. 9) и целых личинок третьего возраста (8} (но )5 MKT на дорожку). Результаты гибридизации РНК с мечеными фрагментам и ДНК 61С-3.8БН (панель а, дорожки 1 - б), 60Е-2,1S (панель б, дорожки I - 5, 9): 85D-2,2R ^панель и. дорожки 1 - 5) u 86B-1,3RS (паншь г, дорожки 1-5). Для контроля зги же фильтры были 1 ибридизованы с ДНК гена actin 42А (актин) (нижние части паfiелей а-г и дорожка 7). Чувствительность выявления РНК в -эксперименте проверяли гибридизацией с ДНК гена white (панель а, дорожка 8). Бремя экспозиции фотопленки с фильтрами: 2 дня (дорожки 1-5, 8, 9), 15 дней (дорожка 6). 4 и 12 часов (дорожка 7 и нижние части панелей, соответственно!. Размеры выявляемых транскрнпгов (в т.н.) приведены сбоку от каждой панели.

постоянно и иа достаточно высоком уровне. Гак, по данными Нозерн-блот гибридизации 32 Р-Мечено я ДНК клона 60Е-2,15 с ро1уА'-РНК дрозофилы, выделенной на разных стадиях онтогенеза. РНК гена КрИ9 длиной около 750 нуклеотидов выявляется на всех этих стадиях (рис 46), Гибридизация этого же зонда с РНК из слюнных желез личинок также выявляет гран с крипт этого гена (рис. 46). Таким образом, учитывая близость инсерпии Р(АтВ к гену ЯрЬ19, можно считать, что междиск 60Е8-9/Е10 образован постоянно активным геном КрЫ9.

Мы провели эксперименты по детекции транскиптов из слюнных желез личинок в отмеченных выше четырех районах и междисках ЗА4/А6 и ЗС6/С7 с применением высокочувствительного метода ИТ-РСК. Кроме района ЗС6/С7, во всех остальных междисках обнаружены транскрибируемые участки ДНК,

которые приходятся на 5'-некодирующие участки генов или кДНК фрагменты, обнаруженные в других органах или на других стадиях развития мух Размеры транскрипционных фрагментов составляют от 170 п н до 330 п.н. и во всех случаях совпадают с длиной ПЦР-фрагментов, образуемых с этих же праймеров на матрице геномной ДНК Исключение составляет лишь фрагмент из гена RpL19~ длина его транскрипционного варианта за счет удаления интрона при сплайсинге транскрипта RpL19 существенно короче варианта, образованного на матрице геномной ДНК

Таким образом, результаты RT-PCR анализа позволяют сделать принципиальный вывод, что значительная часть исследованных междисковых районов в слюнных железах личинок 3-го возраста проявляет транскрипционную активность Однако неясно, почему уровень транскрипции в этих районах столь низок*7 Какова структура и функции транскриптов9 Какими факторами обусловлен и как регулируется процесс транскрипции7 Все эти вопросы являются предметом дальнейших исследований.

5 Междиски политенных хромосом содержат участки ДНК, связывающиеся с ядерным матриксом in vitro

Афинность междисковой ДНК к белкам ядерного матрикса была проверена экспериментально ДНК клонов из районов 61С7/С8, 85D9/D10 и 86В4/В6 гидролизовали соответствующими эндонуклеазами рестрикции, полученные фрагменты метили ,2Р по концам и инкубировали с ядерным матриксом Для клона 85D-14,8 происходит почти количественное связывание с ядерным матриксом четырех фрагментов (рис 56) Не столь сильное, но специфическое сродство к матриксу проявляют два фрагмента из клона 86B-7.0R (рис 5в) и два фрагмента из клона 61-3,8ВН (рис 5г) Инкубация с ядерным матриксом суммарного гидролизата рекомбинантных клонов из исследуемых районов позволяет в каждом случае иметь и отрицательный контроль - меченую ДНК прокариотического вектора, которая не проявляет специфической аффинности к ядерному матриксу Для контроля специфичности связывания проводили инкубацию ядерного матрикса с 1,4 тпн ЕсоШ-НтйШ фрагментом ДНК, содержащим SAR/MAR (Cockerill, Garrard, 1986), из спейсера между генами HI и НЗ в кластере гистоновых генов (Mirkovitch et al, 1984) В этом случае также наблюдается связывание с ядерным матриксом (рис 5а).

Таким образом, во всех исследованных в данной работе междисковых районах либо внутри, либо на границе этих районов присутствуют MARs

6 ДНК междисков политенных хромосом способна формировать нуклеосомы

Одна из важнейших проблем в изучении хромомерной организации

политенных хромосом состоит в определении того, на каком уровне

организации хроматина возникают различия в упаковке ДНИ дисков и

is s

п.

да

Рис. 5. Выявление и районах междисков S5D'J/D10. 86В4/В6. 61С7/С8 фрагментов ДНК. связывающих in vitro препараты ядерного матрикса. (а) 1.4 т.п.н. £coRI~/AfldUI фрагмент, содержащий известный MAR из бластера гистоновых генюа. Указано распределение по фракциям фрагментов ДНК клонов 850-14,8 (б). 86B-7,iiR (в) и 61С-3.8ВН (г) из районов 85D9/D10, 86В4/В6, 61С7/С8. гидрол изо ванных ¿VoR[; £coRI, So Л, Xhol и SamHI, EcoRl, Hind Ш, соответственно. P- фракция ДНК. связавшаяся с ядерным матриксом (осадок), S - фракция ДНК, не связавшаяся с ядерным матриксом (супернатант). Слева or каждой панели указаны размеры тестируемых фрагментов ДНК (в т.п.к.); фрагменты, связывающие матрикс, отмечены стрелками.

междисков, и насколько эти различия обусловлены свойствами самой ДНК и л этих районах. С целью экспериментальной проверки способности ДНК меж дне ков формировать нуклеосомы, из личинок третьего возраста при физиологических условиях выделяли клеточные ядра, которые затем обрабатывали различными количествами микрококковой нуклеазы При такШ обработке ДНК, находясь в составе тштактного хроматина, гидрол изуется лишь в участках межнуклеосомных линкеров, образуя набор фрагментов с длиной, кратной длине ДНК, намотанной на один гистоновый октамер (Kornberg, J977; Wu ei al., 1979). Полученные в результате обработки фрагменты ДНК очищали, разделяли электрофорезом, иммобилизовали на мембрану и гибридизовали с короткими (около 200 п.н.) мечеными фрагментами ДНК. Нуклеосомную организацию междисков изучали на примере района 61С7/С8. Меченые фрагменты ДНК, перекрывающие около 3 т.п.н. нз этого района получали методом ГТЦР Для сравнения, ДНК, выделенную из хроматина, обработанного микрококковой нуклсизой, также гибридизовали с фрагментом ДНК длиной 183 п.н. из кодирующей части гена Vermilion. Как было показано ранее, этот локус целиком расположен в диске 10AI-2 (Kozlova el ai., ¡994), Если различил в упаковке ДНК ¿¡.чехов и меж дисков действительно лежа! на ну кле ос ом ном уровне, та при гибридизация диск-специфической пробы можно ожидать, что сигнал

BrKt verm ib61-(l ibül-I BrEt ibtfl-1 iU6!-3

Рис. 6 Нуклеосомная организация междиска 61С7/С8 в ядрах клеток личинок 1ретьего возраста линии Oregon-R. (а) Молекулярная карта района. Фрагменты ДНК, использованные в качестве зондов, обозначены серыми прямоугольниками; треугольником отмечен сайт интеграции транспозона рНАР в линии мух. использованной для клонирования ДНК междиска; сайты узнавания для энДонуклеаз рестрикция: В- ВатНI; Н- Н1п0Ш\ R- £coRI; S- SalGl. (б) Сравнение нуклеосомных рисунков в районе междиска 61С7/С8 и в диске 10А1-2 после обработки микрококковой нуклеазой ядер клеток, выделенных из целых лнчинок третьего возраста. Увеличение активности мнкрококковой иуклеазы (MNase) в образцах- О, I 6, 30 и 60 единиц, изображено треугольником над каждой панелью. Фотографии теяей. окрашенных бромистым зги днем (BrEt): ДНК из геля (левая панель) иммобилизовали на нейлоновую мембрану и гибридизовали последовательно с фрагментами ih61-0, ib61-l. а затем е фрагментом ДНК из гена vemttlon (verm), расположенным в диске I OA 1 -2 Х- хромосомы (Koziova et al , 1494): ДНК из другого геля (правая панель) гибридизовали с фрагментами ib61-2 и ib61-3.

гибридизации будет совпадать с рисунком разделения продуктов обработки ядер микрококковой нуклеазой, давая характерную «лесенку». В то время как гибридизация междиск-спецнфической пробы будет давать сигнал п виде «мазка» или нерегулярного набора фрагментов.

Сравнение общего рисунка разделения нуклеосомных фрагментов ДНК с распределением с ига ал он гибридизации междиск-специфичных зондов и диск-спсцифичного зонда показано на рисунке 6. Характ ерный набор нуклеосомных олигомерон выявляет«! при гибридизации как с зондами из диска, так и из междиска. Из этого следует, что ДНК междисков формирует нуклеосомы в большинстве клеток личинок третьего возраста. Принимая во внимание случаи тканеспецифичной вариации дискового рисунка (Жимулев.

1994), мы исследовали нуклеосомную организацию хроматина междисков непосредственно в ядрах клеток слюнных желез и получили точно такой же результат

Таким образом, хроматин междисковых районов имеет нуклеосомный уровень организации и, следовательно, различия в упаковке ДНП дисков и междисков лежат на более высоких уровнях организации хроматина

7 Филогенетический анализ ДНК из районов междисков

Результаты, полученные в данной работе, указывают на функциональное разнообразие междисков, что согласуется с многочисленными литературными данными о присутствии в этих районах белков с различными функциями Вместе с тем неясно, какие из этих факторов определяют декомпактное состояние междисков и относительно высокую стабильность диск-междискового рисунка хромосом Поскольку никаких общих консенсусных последовательностей для известных междисков не установлено, мы предположили, что сравнение нуклеотидных последовательностей ДНК междисков с гомологичными им последовательностями ДНК из разных видов дрозофил поможет выявить особенности, присущие межхромомерным участкам политенной хромосомы

С этой целью вначале были проведены эксперименты по Саузерн-блот гибридизации меченых фрагментов ДНК из шести междисков с геномными ДНК дрозофил разных видов (рис 7) Интенсивные сигналы гибридизации зондов из всех этих междисков с фрагментами ДНК разных размеров выявляются только для видов подгруппы melanogaster (дорожки 1-5) Не обнаружено сигналов гибридизации зондов из районов ЗА5/А6, 60Е8-9/Е10, 61С7/С8 и 85D9/D10 (рис 7а,г-з) с геномными ДНК видов из подгрупп repleta (дорожки 6-8), virilis (дорожка 9) и fimebris (дорожка 10) Слабые сигналы гибридизации с зондами из районов ЗС6/С7 и 86В4/В6 были выявлены с геномными ДНК более эволюционно отдаленных видов, не входящих в подгруппу melanogaster (рис 76,в,и) Гибридизация m situ ДНК исследуемых междисков с препаратами политенных хромосом разных видов дрозофил показала уникальность локализации последовательностей ДНК, гомологичных междисковым ДНК D melanogaster, только в геномах видов подгруппы melanogaster На хромосомах видов из подгрупп repleta, virihs и funebris сигналы гибридизации не выявляются

Безусловно, вызывал интерес вопрос, насколько последовательности ДНК из разных видов, проявляющие гомологию в гибридизационных экспериментах, сходны на уровне первичной структуры ДНК9 В связи с этим, на примере междиска 61С7/С8 мы провели клонирование и секвенирование ДНК из мух подгруппы melanogaster, после чего были составлены непрерывные нуклеотидные последовательности D simulons - 3096 п н, D mauritiana - 3095 п н , D teissieri - 3104 пни D erecta - 3164 п н На всем протяжении выравнивания, суммарная длина которого составила 3224 п н , не было выявлено специфики нуклеотидных замен в разных положениях Все последовательности проявляют общие свойства обогащенность АТ-парами,

наличие полипуриковых, пол Hi три ми ли и оных и пурин-пиримидиновых трактов. Сходство по содержанию идентичных нуклеошдов в одном положении последовательностей (процент гомологии) D melanogaster с D. simulans составляет 9-6,4%, с D. пишШапа 96,3%, с D. ieissieri - 92,2% и е D. erect« - 92,6%. Выявленные средние уровни замен хорошо коррелируют с

I г 1 4 S 1 ^ » » 1« I г 34 М 7 8)И

i_ i. ——Л Л 2. II1

-ю .: ■■ V „ т. . *

Г- _ ; ■ -. ; s Щ ащ ■ »

а й

. - <

JLi. i 7 8 41«

рт - Г : г- ■. ■"' mi-f&M,

I 2 3 4 5 67« 910

ЩЙргнг

12 34 5 6891ft I 2 5 4 ft «Ю

Т -w

д i

I Z П М 7 D 411 1 2 Л 4 5 6 it

..... ■ - V

- 4,4

— л,л -4,4

Рис. 7. Саузерн-блот гибридизация фрагментов ДНК из междисков ЗА5/А6, ЗС6/С7, 60Е8'ЙЕ10, 61С7/С8, 8500/010 и 86В4/В6 с геномной ДНК из разных видов дрозофилы. Геномные ДНК после гидролиза эндонуклеазами рестрикции Ё/соВЛ (а, б, г, д, ж, и), или НтбШ (в, е, з) были гибридя заданы с междиск-специфичными зондами ЗА-1,8Р (а), 3C-4.bR (б, (г), 61С-ЗДШ (д, е), 850-2,28, (ж, з) и

86B-7.GR (и). Обозначения видов: I - О. тс1апоцм!ег', 2- О, ^¡шикни-, 3 - В таиНЧапа; 4 - О. 1еш1еН" 5 - О. егесШ', 6 - О- Иус/ег, 7 - П тегсаюгшп; 8-0, рагшюегш$\ 9 - О. v¡rilis■, 1(( - О. /ипеЬпя. Справа от панелей отмечены маркеры молекулярного веса (в т.п.н.)

известными оценками эволюционных расстояний между видами подгруппы те1апо%аШг. Условно принимая вуклеотидкую последовательность £>. теЫпо^шнег за предковую, или исходную, по матрице среднего числа нуклеотидных замен на сайт (табл. 2), мы рассчитали величины скорости эволюционного расхождения для анализируемых видов по отношению к Д те1апо^аз1ег. Рассчитанная скорость накопления нуклеотидных замен за 1 миллион лет находится в следующих пределах: для £>. угти1ап$ - 0,7%-1,8%,

для D mauritiana - 0,8%-l,9%, для D teissieri - 0,8%-l,6%, для D erecta -0,7%-1.5% Эти величины соответствуют оценкам скорости изменения нейтральных последовательностей для дрозофилы, рассчитанной другими исследователями (Caccone et al., 1988, Sharp, Li, 1989, Monyama, Gojobon, 1992)

Таблица 2 Матрица среднего числа замен на сайг для выравненных последовательностей, гомологичных ДНК междиска 61С7/С8

D.melanogaster D simulans D.mauritian a D.erecta D.teissieri

D.melanogaster 0 0,0363 0,0375 0,0737 0,0775

D. simulans 0 0,0480 0,0914 0,0846

D. mauritiana 0 0,0759 0,0787

D. erecta 0 0,1047

D. teissieri 0

Таким образом, нуклеотидная последовательность ДНК междиска 61С7/С8 эволюционирует со скоростью, близкой к скорости нейтральной эволюции в роде Drosophila Такая эволюционная нестабильность свидетельствует об отсутствии необходимости сохранения в целом строгого порядка расположения нуклеотидов в последовательности ДНК этого междиска в процессе видообразования для его возможных функций и поддержания деконденсированной структуры

8 Междиск 61С7/С8 содержит возможный промотор и сайты связывания регуляторов транскрипции

Большинство изученных междисков содержат 5' или 3' концы генов, что позволяет предполагать участие междисковых последовательностей ДНК в регуляции активности этих генов Для более детального изучения этого предположения был проведен анализ ДНК из междиска 61С7/С8 Мы обнаружили область, содержащую несколько близкорасположенных сайтов CGATA, рядом с которой находится район с повышенным содержанием АУТ-пар Такая организация характерна для последовательностей, обладающих повышенным сродством к инсуляторному белку BEAF32 (Cuvier et al, 1998) Иммуноокрашивание препаратов политенных хромосом антителами к белку BEAF32 показало, что в районе междиска 61С7/С8 действительно локализуется этот белок

Дальнейший анализ показал, что геномная последовательность в районе, гомологичном 5'-концу кДНК RE64518, полностью соответствует консенсусу для промоторов, содержащих DPE (Downstream Promoter Element) Нуклеотидная последовательность на 5'-конце кДНК фрагмента хорошо совпадает с консенсусом инициаторного элемента (INR), при этом первый 5'-нуклеотид фрагмента точно расположен в положении +1 консенсуса (рис 8а,б) Также точно нуклеотиды в положениях с +28 по +33 соответствуют консенсусу DPE Кроме того, нуклеотиды Т и G в положениях +17 и +24,

соответственно, преимущественно представленные в DPE-промоторах без ТАТА-бокса (Kutach and Kadonaga, 2000, Kadonaga, 2002), также обнаруживаются в соответствующих положениях предполагаемого промотора (рис 8а,б) В интервале -20 и -35 выше возможного сайта инициации транафипции мы не обнаружили соответствия с каноническим консенсусом для ТАТА-бокса (Aikhipova, 1995) а

1761 agggsatcga ct5gasgggg cagtgtcgst ttctttctcg aatgccgttt tgtaagtttc ttatgcatoc gacttcaaac 1841 atagttcg6c atcgämctrtjrctaggacac cgacacacat acgaacgcoa tccagccgac acacacacac acacgcacgc 1921 agccacacac ttaagcgact ttcgaaaggt асаасттттг acgaagtcgc tgc¿tcgocc gctgt6cagc cgacgccact

Sal ~ a»«' ' ~ ^рНЛР

2001 gccgctgccg ctotcgctgc ctctgtc^^ttcgaattcc aacoccaaga tgaaagatcg gcgcaaaaga aaagaaatat

Rt 64518 [--------Ij™^ АВДЛН»

2081 tcattcagta aaatttcata gctgcagccg cat<scttotg ccgctctcgc ctgctcttgc ttttcgcgca acaaaccgaa 2161 acgagaaaca cataaatata aaagtgtgaa' cattggcgta catataaaaa cttaaaactt aacttaactt cagcaacatg 2241 ааафаатаа acacgggaaa gcggttccag cgaaoaggtt ccaaggagag cagacacaac cgcattccag aaagtt7aaa

б г—

— гса!,-^-г-g— ¿cf,ct-

+1 +17 +24 +29

liir DPE

Imtmtm Dowmtreum Core

Promoter Element

Рис 8 Картирование возможного промотора и сайтов связывания транскрипционного фактора Adf-1 на нуклеотидной последовательности ДНК из района междиска 61С7/С8 (а) Фрагмент ДНК клона 61С-4,7 из района междиска 61С7/С8, содержащий предполагаемый участок связывания транскрипционного фактора Adf-1 и промотор Участок связывания Adf-1 факторов подчеркнут, сайты встраивания транспозонов рНАР и p{lacW}(0TMe4eH как 1(3)L1170) указаны треугольником и вертикальной стрелкой, соответственно, границы фрагмента INS отмечены квадратными скобками, волнистыми линиями отмечены сайты узнавания соответствующими эндонуклеазами рестрикции, слева указаны координаты нуклеотидов в пределах последовательности ДНК 61С-4,7 (б) Консенсус промотора, содержащего DPE (по Kadonaga, 2002).

Эти данные позволяют предположить, что 5'-конец кДНК RE64518 полностью соответствует началу транскрипта, синтез которого на эмбриональной стадии развития запускается с ТАТА(-) DPE-содержащего промотора Этот вывод хорошо согласуется с тем, что мухи, гомозиготные по встройке транспозона рНАР, жизнеспособны и не имеют видимых нарушений, а близкая инсерция другого Р-транспозона в линии мух l(3)L1170 является гомозиготной деталью Как оказалось, из этих двух линий только в l(3)L1170 инсерция точно попадает между INR и DPE элементами (рис 8а) и, по-видимому, нарушает активность промотора

Среди возможных сайтов связывания факторов транскрипции, способных регулировать функционирование данного промотора, наше внимание привлекли сайты связывания белка Alcohol dehydrogenase factor -1 (Adf-1), поскольку они представлены отдельным кластером близко к промотору (область от -70 до -110 от старта инициации транскрипции) (рис 8а) Ранее было показано, что Adf-1 связывается с широкой группой различных промоторов (England et al, 1990), способен к димеризации и связыванию с

базальным трас кршщ ионным комплексом TFMD через еубъединицы TAFltU0 и TAF|t250 (Cutler et ai., 1998), Методом "филогекетаческого футпринта" Мы проверили, сохраняются ли возможные промотор и сайты связывания Adf-t в других »идах рода Drosophila. Сравнительный анализ последовательностей ДНК, полученных из видов подгруппы tnelanogasier, с цтледоватеяшостью из междиска 61С7/С8 показал, что кластер возможных сайтов связывания Adf-I и область промотора являются филогенетически консервативными. Единственная замена СТ на ТС в одном из возможны* сайтов связывания у D.

^ « Mil*

В 5 В 1Илг«—^-

iws EPs

Рис, 9. Транскрипционный фактор Adf-i связывается с ДНК междиска 6JC7JC& in vivo, (а) Дисковый рисунок теломерной части jL-хромосомьг линии Oregon R после окраски флюоресцентным красителем llocclist 33542 (снизу); локализация антител к Adt-1 (сверху); диски б 1С7 и 61С8 отмечены вертикальными линиями, (6 и в) Сверху показана молекулярная организация IVv'S и ЕР транснозонов: У- и .V-коннсвые последовательности Р-э,темента (черные прямоугольниками); ген mini-while и ДНК плаз Миды (белый прямоугольник и линия, соответственно), направление транскрипции гена mini-white указано стрелкой; инсулятор Su(Hw) из ретротранепшона 0т> » фрагмент ДНК INS из междиска 6IC7/C8 (треугольники черного и белого цвета, соответственно). Локализация IWS и HPS конструкций на политенных хромосомах с помощью in situ гибридизации (панели 6-1 и в-1): сигналы гибридизации отмечены треугольниками. Иммунолокализация Adf-1 в пределах районов 5К и 50а линии Oregon R (навели 0-2' and в-2) и трансгенных линий ¡WS и ЕР 1 (панели Г>-,Ч и в-3): стрелкой отмечен эндогенный сигнал в районе 5Е; новый сигнал локализации Adf-1 н линии со встройкой IWS отмечен треугольником; на вставках (панели 6-2 и 6-3) локализация этих же сигналов ы районе SE показана при большем увеличении; в качестве маркеров вертикальными линиями указаны диски 5D1-2, <iAl-2 и 50А1-2,

mauritiana только повышает его соответствие Adf-1 консенсусу для дрозофилы (G-C-T/C-G-C/T-C/T-G-C/T-C-G-C/T-C/T/A) (England et al, 1992) Последовательность INR, как и расстояния между INR и DPE, также сохраняют высокую консервативность во всех видах Полученные данные указывают на функциональную значимость этих элементов в регуляции транскрипции в районе междиска 61С7/С8

Используя иммуноокрашивание препаратов политенных хромосом антителами к Adf-1 дрозофилы, мы показали, что в норме в районе междиска 61С7/С8 действительно локализуется этот белок (рис 9а) Для того, чтобы более точно определить, взаимодействует ли Adf-1 с возможными сайтами связывания этого фактора в междиске 61С7/С8, с помощью ПЦР был амплифицирован INS фрагмент (рис 8а) и затем использован в составе транспозона IWS для трансгенных экспериментов (рис 96) Были получены 24 линии мух с уникальными встройками IWS, локализация которых на политенных хромосомах была определена in situ гибридизацией Иммунодетекция Adf-1 на хромосомах этих линий показала, что в районах встроек IWS выявляются новые сигналы (на рисунке 96 представлены данные только для одной из таких линий мух со встройкой в районе 5Е X-хромосомы) В то же время, мы не обнаружили новых сигналов локализации Adf-1 в районах встроек контрольной конструкции EPs (Rorth, 1996), не содержащей INS ДНК (рис 9в)

Таким образом, транскрипционный фактор Adf-1 связывается с фрагментом ДНК из района междиска 61С7/С8 in vivo, как в исходном районе, так и в других районах хромосом, находясь в составе трансгенной конструкции

9 Моделирование междисковых структур в составе политенных хромосом с помощью трансгенных конструкций

В рамках данной работы мы попытались ответить на следующий принципиальный вопрос может ли формироваться междиск при физическом разобщении уникального эндогенного комплекса диск-междиск и перемещении ДНК из исходного междиска в другое генетическое окружение'7 Формирование междиска в новом генетическом контексте будет свидетельствовать о том, что использованный фрагмент ДНК содержит элементы, необходимые и достаточные для его декомпактизации, а сам междиск является «автономной» морфологической структурой С этой целью на основе транспозона pICon (рис le) были синтезированы конструкции, которые в своей средней части, между FRT-сайтами, содержали фрагменты ДНК из районов междисков ЗС6/С7 Х-хромосомы и 61С7/С8 ЗЬ-хромосомы Результаты ЕМ картирования районов со встройками транспозонов р1Соп-ЗС и pICon(dV)-61C показали, что перенос ДНК из районов междисков в другие районы хромосом приводит к образованию новых междисков, а эксцизия этой ДНК их удаляет, вызывая слияние дисков, сформированных из материала транспозона (см раздел 11) Используя метод картирования ДНКаза I -гиперчувствительных сайтов с помощью непрямого концевого мечения, мы

показали, что особенности организации хроматина последовательностей ДНК в эндогенных районах междисков ЗС6/С7 и 61С.7/С8 воспроизводятся и в составе инсерций, содержащих данные последовательности. Эти опыты свидетельствуют об автономности декомпакгного состояния исследованных междисков.

Дня поиска элелгентов, определяющих деком пакппааню и функционирование междисков, мы предлагаем оценивать способность различных последовательностей ДНК формировать междиск в одном и том же месте генома, заданном положением акцеш-орного транспозопа, что позволит унифицировать влияние хромосомного окружения на встраиваемые последовательности и, следовательно, существенно повысить достоверность результатов. Известно, что эффективность интеграции по сайту FRT значительно увеличивается, если в составе акцепторного транспозопа и эпнеомы содержатся гомологичные последовательности (Golic et al.. 1997). Б связи с этим, для создания системы по моделированию междисковых структур в составе грал с позой a p!Con{dv), который может находиться в любом удобном для картирования месте генома и содержит не функциональный ген vermilion, мы предлагаем использовать донорные конструкции на основе pFRTV, т.е. содержащие между F RT-сайтами вместе о изучаемыми фрагментами ДНК щ

А "Донор" "Акцептор"

pFRTV-IB plCun(dv)A

И> ККГ V 101 IB lUiFRT и1 lacZ ЩТ (¡V iy [i(j't|4

i 1 FLP

----VFLI"*'

генетическим скрининг

T plCon{dvVjv*iK|

w f'Rr

Д^Г^ГМ- I-1-Г 1 I III

П 1асХ ГКТ с 'о* 18 1олЕНТ гу р1:с19

Б С0:92

№ у I Р1.Р

»липлдалМ,-^х92 -Й—

т ^ IV V

С^! отбор самцов К), и К], w", их скрещивай не с самками геноттша V" у''/«1' 1 ■*';Ьч "/СуОг +

1. отбор вариантов, в которых самцы Су. КЗ имеют красную (V,'" и коричневую ( Ьу.1' ,[у']) окраску глаз

2.выведение этих мух с кассетой в "А"-конструкции

(р1Соп(^\')1 в ЛИНИИ

Рис. ] 0. Схемы интеграции фрагментов ДНК в заданное 1-енетическое окружение с использованием РЬР/РЯТ системы в составе конструкций «донор-мишекь» (А) и генетических скрещивштй для выявления событий интеграции (Ь).

междисков еще и маркерный ген vermilion (рис 10а) Функциональность FRT-сайтов pFRTV в геноме дрозофилы была проверена с использованием системы мутаций v2/bwD, которая позволяет по изменению цвета глаз регистрировать события сохранения или вырезания из транспозона кассеты с геном vermilion Взяв за основу метод детекции кассеты v+ на фоне этих мутаций, мы разработали генетическую схему выявления событий вырезания- встраивания в системе конструкций "донор - мишень", в данном случае pFRTV-IB во второй хромосоме и pICon(dv)-A в третьей хромосоме (рис 106) Схема позволяет из всех возможных вариантов событий, происходящих при FLP/FRT -рекомбинации, после ряда скрещиваний отобрать те фенотипические классы, в которых из донорного транспозона произошла эксцизия кассеты "v+-междиск" и интеграция ее в конструкцию-мишень На примере донорной конструкции pFRTV-ЗС, содержащей между FRT сайтами фрагмент ДНК из междиска ЗС6/С7 и маркерный ген vermilion (v), мы получили генетическое подтверждение эффекгивости предложенной схемы Частота вырезания кассеты [v+-3C] в системе (J2Tub-FLP/ FRT составила более 95%, а частота встраивания кассеты в транспозон pICon(dv)A - около 2 % (3/146)

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

Сложность изучения междисков заключается в том, что из-за их малых размеров и низкого содержания ДНК трудно идентифицировать районы политенных хромосом, точно относящиеся к междискам Часто серии тонких дисков, размеры которых находятся на уровне разрешения светового микроскопа, выглядят как светлые зоны В результате характеристики небольших светлоокрашенных районов, содержащих как тонкие диски, так и междиски, приписывают междискам (см для обзора Жимулев, 1992) Эти особенности не позволяют применить ни один из традиционных методов цитогенетического и молекулярного картирования для того, чтобы с достаточной точностью соотнести между собой цитологические и молекулярные карты в районах междисков Даже при самых тщательных измерениях ошибки картирования составляют несколько тысяч пар нуклеотидов (Belyaeva et al, 1987, Rykowski et al, 1988), что сопоставимо с размерами самих междисков или даже превышает их (Beermann, 1972, Sorsa, 1984, Semeshm et al., 1986)

С помощью предложенного ранее подхода (Semeshm et al, 1986), в дальнейшем развитого и экспериментально подтвержденного коллективными усилиями, в том числе в значительной степени и в рамках данной работы, было показано, что Р-транспозоны в составе хромосом на ЭМ уровне часто выявляются как новые диски Это возможно только в том случае, если встройка произошла в междиск или на границу диск-междиск Прямая зависимость толщины дисков от размеров встроек, а также тот факт, что при активации генов, входящих в конструкции, пуфы образуются только из новых дисков, указывают на то, что эти диски образованы материалом встроенных конструкций Эти результаты позволили сделать важный вывод о

возможности моделировать структуры политенных хромосом, используя фрагменты ДНК с известными молекулярно-генетическими характеристиками Полученные данные послужили основой для дальнейших молекулярно-генетических исследований междисков Принимая во внимание, что молекулярная организация конструкций известна, из ДНК мух, несущих точно картированные инсерции Р транспозонов в междиски, были получены рекомбинантные клоны, состоящие из материала транспозонов и примыкающих к нему междисков Таким образом, впервые были определены и охарактеризованы нуклеотидные последовательности ДНК из 13 междисковых районов

Используемый подход не позволяет на молекулярном уровне определить, на каком расстоянии от сайта инсерции заканчивается ДНК междиска и начинается материал соседних дисков Поэтому, учитывая, что средний размер междисков оценивается около 2 тп.н., был проведен анализ нуклеотидных последовательностей из районов междисков в пределах 4тпн,по2тпн в обе стороны от сайта инсерции

Проведенные оценки генетического потенциала междисков с привлечением результатов секвенирования и генетической базы данных всего генома дрозофилы позволяют предположить следующее 1 Большинство исследованных междисков (12 из 13) не содержит белок-кодирующих последовательностей В них, по-видимому, расположены 5'- и 3'— регуляторные области протяженных генов, неактивных в слюнных железах 2 В районе междиска 60Е8-9/Е10 может располагаться постоянно активный ген RpL19, кодирующий один из рибосомных белков Однако на основании этих оценок нельзя сказать, активны ли эти районы в политенных хромосомах слюнных желез. Поэтому активность клонированных междисков была проверена экспериментально Полученные данные подтвердили предположение, что генетически междиски можно разделить, по крайней мере, на два типа. Первый тип представлен междиском из района 60Е, в котором расположен типичный ген «домашнего хозяйства». В этом случае декомпактное состояние междиска определяется высокой транскрипционной активностью гена Что же касается междисков из районов 61С, 85D и 86В, то для них также была обнаружена транскрипционная активность на разных стадиях развития мух, но не в слюнных железах Ранее такие же выводы были сделаны для генов egghead из района ЗА (Goode et al, 1996) и Notch из района ЗС (Rykowski et al., 1988) Можно рассматривать все эти случаи, как пример междисков второго типа, которые содержат регуляторные области значительных по размерам генов, неактивных в слюнных железах Однако, используя высокочувствительный метод RT-PCR, мы получили крайне любопытные предварительные данные о нахождении в этих районах участков, проявляющих в слюнных железах транскрипционную активность на очень низком уровне Можно предположить, что в этих районах синтезируются белок- некодирующие РНК, выполняющие регуляторные функции На такую возможность также указывает обнаруженный в районе междиска 61С7/С8 ген микро-РНК bantam, участвующий в регуляции клеточной пролиферации и

апоптоза (Brennecke et al, 2003, Thompson, Cohen, 2006) Причины декомпактного состояния таких междисков пока не ясны В данной работе мы предприняли некоторые попытки для их выяснения

Ранее обсуждалась возможная связь декомпактного состояния междисков с отсутствием в них нуклеосомной укладки (Sorsa, 1984) Однако на примере ДНК междиска 61С7/С8 было определенно показано, что междисковая ДНК нуклеосомно организована Общий рисунок распределения нуклеосомных фрагментов хорошо совпадает с распределением сигналов гибридизации для всех проб из района междиска. Из этих данных следует, что структурные различия междисков и дисков определяются на более высоких уровнях организации хроматина

Декомпактное состояние междисков, не содержащих активные гены, может быть обусловлено взаимодействием с белками ядерного матрикса Известно, что ядерный матрикс образован, главным образом, негистоновыми белками в нем обнаружены многочисленные транскрипционные факторы, РНК- полимеразы, белки репликации Предполагают участие матрикса в процессах регуляции транс1фипции и репликации, а также формировании высших уровней организации хромосом. Многие MARs (Matrix Associated Regions) присутствуют в 5'- и 3' - областях генов, на границах между транскрипционно активным и неактивным хроматином, а также располагаются в основаниях петель, которые, как считается, делят хромосомы эукариот на функционально независимые домены (Mirkovitch et al., 1987, Razin et al, 1995) Последовательности ДНК с сильным матрикс -связывающим потенциалом были обнаружены во всех исследованных районах междисков Связывание междисковой ДНК с ядерным матриксом было показано экспериментально Во всех трех исследованных нами районах междисков 61С, 85D и 86В была обнаружена MAR- активность Полученные данные показывают, что междиски обладают характерными для MAR ДНК свойствами и, т о , могут играть важную роль в регуляции активности генов и процессов репликации, а также в организации высших структур хромосом Например, междиски могут формировать основания петель и выполнять функции барьеров, разделяя весь геном на серии независимых функциональных доменов Сейчас известно несколько типов таких барьеров (или инсуляторов), для них выявлены специфичные белки (BEAF-32, Mod(mdg4), Zw5), которые преимущественно локализуются в районах междисков Недавно был описан еще один инсулятор Он входит в состав междиска ЗС6/С7 и ограничивает влияние прилежащего генетического материала на активность гена Notch (Vazquez, Schedl, 2000).

облегчить эти задачи Он заключается в ЭМ картировании изменений морфологии района политенной хромосомы с транспозоном р1Соп при интеграции в него с помощью сайт-специфичной рекомбинации различных вариантов последовательностей ДНК из междисковых районов

ВЫВОДЫ

1 Проведен широкий комплексный анализ молекулярно-генетической организации основных структур политенных хромосом - дисков и междисков С помощью трансформации генома дрозофилы Р-элементами, содержащими фрагменты ДНК с известными молекулярными характеристиками, впервые проведено моделирование хромосомных структур - дисков, междисков и пуфов Установлено, что морфологическое разнообразие этих структур определяется степенью компактизации и протяженностью фрагментов ДНК, образующих Р-транспозоны Показано, что в составе политенных хромосом Р-транспозоны расположены преимущественно в районах междисков или очень близко к ним

2 Реализован новый подход, основанный на использовании Р-транспозонов в районах междисков в качестве молекулярных зондов для клонирования ДНК междисков и изучения их молекулярно-генетической организации С помощью этого подхода впервые проведено клонирование ДНК из 12 районов междисков

3 Сравнительный анализ нуклеотидных последовательностей ДНК междисков позволил сделать следующие заключения

а) все последовательности являются уникальными в составе генома дрозофилы,

б) во всех последовательностях обнаружены характерные участки, обладающие высоким потенциалом связывания с белками ядерного матрикса Для ДНК междисков 61С7/С8, 8509/010 и 86В4/В6 связывание с ядерным матриксом показано экспериментально,

в) значительная часть междисковых районов образована некодирующими участками генома 9 районов содержат межгенные спейсеры или 5'- и 3'-концы генов, что указывает на возможные регуляторные функции этих последовательностей ДНК, 2 района представлены некодирующими экзонами генов и один район содержит интрон гена Гены в районах междисков различаются по функциям и особенностям экспрессии в онтогенезе

4 На основании данных об информационном содержании междисков и анализе их транскрипционной активности развито и обосновано представление о функциональной гетерогенности междисков Полученные в работе факты позволяют выделить два функционально различных типа организации этих структур Междиски первого типа образованы небольшими постоянно активными белок-кодирующими генами "домашнего хозяйства" Междиски второго типа проявляют очень низкую транскрипционную активность и представлены 5' -регуляторными районами генов, неактивных в слюнных железах

5 На примере междиска 61С7/С8 показано, что хроматин междисковых районов имеет нуклеосомный уровень организации в составе политенных хромосом слюнных желез, а также в большинстве личиночных тканей Эти наблюдения позволяют заключить, что различия в степени компактизации ДНК дисков и междисков связаны с более высокими уровнями организации хроматина

6 Сравнительный филогенетический анализ ДНК междисков с геномными ДНК из разных видов дрозофил показал, что нуклеотидные последовательности ДНК этих районов в целом эволюционно лабильны Обнаружено, что нуклеотидная последовательность ДНК из междиска 61С7/С8 эволюционирует со скоростью, близкой к скорости нейтральной эволюции в подгруппе melanogaster Такая эволюционная нестабильность предполагает либо отсутствие каких-либо важных функций для этого междиска, либо необязательность сохранения строгого порядка расположения нуклеотидов для выполнения его возможных функций Показано, что наиболее вероятно последнее предположение методом "филогенетического футпринта" в составе последовательности ДНК этого междиска выявлены эволюционно консервативные участки, которые могут иметь функциональное значение В частности, были обнаружены области, содержащие возможный промотор и сайты связывания фактора транскрипции Adf-1 и инсуляторного белка BEAF-32 Связь этих белков с ДНК междиска 61С7/С8 показана экспериментально

7 Впервые показана принципиальная возможность детального изучения механизмов формирования хромомерного рисунка хромосом с помощью моделирования междисковых структур в составе политенных хромосом трансгенными методами в комбинации с сайт-специфичными системами рекомбинации С помощью этих систем получены данные, которые свидетельствуют об автономности декомпактного состояния исследованных междисков

а) встраивание протяженных фрагментов, содержащих ДНК из междисков ЗС6/С7 и 61С7/С8, в другие районы хромосом в составе транспозона pICon приводит к образованию новых междисков, тогда как точная эксцизия этих фрагментов вызывает удаление данных междисков и слияние дисков, сформированных из материала транспозона,

б) особенности организации хроматина в районах междисков ЗС6/С7 и 61С7/С8 воспроизводятся и в составе инсерций, содержащих ДНК из этих районов

СПИСОК ПУБЛИКАЦИЙ ПО ТЕМЕ ДИССЕРТАЦИИ

1 Semeshin V F, Perez Alonso M, Demakov S A EM analysis of Drosophila melanogaster polytene chromosome regions with inserted P element // Abstracts of the 10,h EDRC, Barcelona, Spain - 1987 - P 234

2 Semeshm V F, Demakov S A, Perez Alonso M , Belyaeva E S , Bonner J J , Zhimulev IF Electron microscopical analysis of Drosophila polytene chromosomes V Characteristics of structures formed by transposed DNA segments of mobile elements // Chromosoma - 1989,- Vol 97, N 5 - P 396-412

3 Семешин В Ф, Демаков С А, Жимулев И Ф Характеристика структур политенных хромосом дрозофилы, образуемых транспозируемыми фрагментами ДНК // Генетика - 1989 - Т 25, N 11. - С 1968-1978

4 Семешин В Ф, Демаков С А, Алонсо М П, Жимулев И Ф Формирование междисков из материала ДНК Р-элемента в политенных хромосомах дрозофилы // Генетика. - 1990, - Т 26,N3 - С 448-456.

5 Демаков С А, Семешин В Ф , Жимулев И Ф Клонирование и молекулярно-генетический анализ ДНК междиска политенной хромосомы дрозофилы // Докл АН СССР -1991 -Т 317,N4. - С 989-992

6 Demakov S А, Semeshm V F, Zhimulev IF Cloning and molecular genetic analysis of Drosophila melanogaster mterband DNA // Mol Gen Genetics - 1993 - v 238, p 437-443

7 Жимулев И Ф , Беляева Е С, Семешин В Ф , Похолкова Г В , Кокоза Е Б, Козлова Т Ю , Демаков С А, Мальцева Н И, Демакова О В , Баласов М Л , Коряков Д Е, Макунин И В, Белоусова Н В Молекулярно-генетическая организация политенных хромосом // Известия Акад Наук Серия химическая -1995 -N 9-С 1622-1638

8 Демаков С А, Небрат Л Т, Шварц Ю Б, Жимулев И Ф Организация последовательностей ДНК междисков политенных хромосом Drosophila melanogaster // Цитология, -1997 -T 39, N1, С 53-54

9 Demakov S А, Schwartz Yu В, Semeshm V F, Ioudmkova E S , Razm S V , Zhimulev IF Molecular genetic analysis of DNA from mterband regions of Drosophila melanogaster polytene chromosomes // Vllh European Congress of Entomology -1998 - Ceske Budejovice, Czech Republic, P 139-140,

10 Шварц Ю Б, Демаков С А, Жимулев И Ф Клонирование и анализ ДНК из междисковых районов 85D9/D10 и 86В4/В6 политенных хромосом Drosophila melanogaster // Генетика - 1998. - Т 34 - N 8 - С 1081-1089

11 Шварц Ю Б, Юдинкова Е С , Демаков С А, Разин С В , Жимулев И Ф Фрагменты ДНК из районов междисков политенных хромосом Drosophila melanogaster связываются с ядерным матриксом ш vitro // Молекулярная биология - 1999 - Т 33 - N2 -С 268-272

12 Schwartz Yu В, Ioudmkova Е S , Demakov S А, Razm S V , and Zhimulev IF Interband of Drosophila melanogaster polytene chromosomes contain Matrix association regions (MARs)//J Cell Biochemistry -1999 -V 72-p 368-372

13 Demakov S A, Schwartz Yu В, Saumweber H, Semeshm V F, Zhimulev IF Distribution of histones withm defined band-mterband region of Drosophila melanogaster polytene chromosomes // Proceeding of the second International Conference on biomformatics of genome regulation and structure (INTAS section), Novosibirsk, Russia - 2000 - V.3 - P. 19-22

14 Горчаков A A, Демаков С A, Семешин В Ф, Жимулев И Ф Клонирование и молекулярно-генетический анализ ДНК из районов междисков 60Е7/Е8-9 и 3 А5/6 Drosophila melanogaster // Цитология - 2000, - Т 42 - С 275

15 Зыков И А , Демаков С А, Жимулев И Ф Молекулярная организация ДНК междисков у видов рода Drosophila melanogaster // Цитология - 2000, - Т 42 - С 282-283

16 Шварц Ю Б, Демаков С А, Жимулев И Ф Молекулярно-генетический анализ междисковых районов политенных хромосом Drosophila melanogaster // Цитология -2000 -Т42-С 318-319

17 Макунин И В , Демаков С А, Коряков Д Е , Алексеенко А А, Баласов М Л Структурно-функциональная организация политенных хромосом Drosophila melanogaster // Конкурс молодых ученых Сиб Отд РАН 1997-1998 г г Биол науки Сб науч тр - Новосибирск Институт цитологии и генетики СО РАН, -2001 - С 149.

18 Schwartz Yu В, Demakov S A and Zhimulev IF Polytene chromosome interband DNA is organized mto nucleosomes // Mol Genet Genomics - 2001 -V 265- P 311-315

19 Demakov SA., Gortchakov A A, Schwartz YuB, Semeshin VF, Zhimulev IF Molecular and genetic organization of Drosophila melanogaster polytene chromosomes two types of interband regions // Chromosome Research - 2001 -V 9 -Sl-p33

20 Демаков С А., Горчаков A A, Шварц Ю Б, Семешин В Ф , Жимулев И Ф Анализ ДНК междисковых районов ЗА5/А6, ЗС5-6/С7 и 60Е8-9/Е10 политенных хромосом Drosophila melanogaster // Генетика - 2001. - Т 37 -N11 - С 14861496

21 Зыков И А , Шароглазова И В , Демаков С А , Жимулев И Ф ДНК из междиска 61С7/С8 Drosophila melanogaster эволюционирует с высокой скоростью // Генетика -2002 -V38 -N4 -С 473-482

22 Горчаков А А, Демаков С А, Шварц Ю Б Создание удобного вектора трансформации дрозофилы с функциональными сайтами FRT - pFRT // Молекулярная биология - 2003 - Т 37 - N 5 - С 820-824

23 Зимин П И, Горчаков А А , Демаков С А , Жимулев И Ф Создание новой конструкции для клонирования ДНК и моделирования структур политенных хромосом дрозофилы // Молекулярная биология - 2004 -Т 38 -N2 - С 250-255

24 Zhimulev IF, Belyaeva Е S , Semeshm V F, Koryakov D E, Demakov S A, Demakova О V, Pokholkova G V, Andreyeva E N Polytene chromosomes 70 years m genetic research // Intern Rev Cytol - 2004 - V 241 - P 203-275

25 Demakov S , Gortchakov A, Schwartz Y, Semeshm V, Campuzano S , Modolell J and Zhimulev I Molecular and genetic organization of Drosophila melanogaster polytene chromosomes evidence for two types of interband regions // Genetica - 2004 - V 122 - P 311-324

26 Беркаева M Б, Демаков С А., Жимулев И Ф Анализ инсуляторных свойств междисков 61С7/С8 и 85D9/D10 политенных хромосом Drosophila melanogaster Ц Цитология - 2005 - Т 49 - № 9 - С 793-794

27 Ватолина Т Ю , Демаков С А , Семешин В Ф , Шлома В В , Жимулев И Ф Клонирование и сравнительный анализ нуклеотидных последовательностей ДНК междисков политенных хромосом Drosophila melanogaster // Цитология - 2005 -Т 49 - №9 - С 799-800,

28 Семешин В Ф , Шлома В В , Демаков С А Электронно-микроскопический анализ Р-элементных инсерций в составе политенных хромосом Drosophila melanogaster //Цитология - 2005 - Т 49 -№9 - С 830-831

29 Demakov S, Gortchakov А, Semeshin V, Shloma V, Vatolma T, Zhimulev I Analysis of interbands of D melanogaster polytene chromosomes using a novel P-trasposon pICon // 19th European Drosophila Research Conference - 2005 - Eger, Hungary -P 120

Подписано к печати 16 07 2007

Формат бумаги 60x90 Печ л 2 Уч-изд л 1,4

Тираж 110 экз Заказ 63

Ротапринт Института цитологии и генетики СО РАН 630090, Новосибирск, пр акад. Лаврентьева, 10

Содержание диссертации, доктора биологических наук, Демаков, Сергей Анатольевич

ВВЕДЕНИЕ.

Глава 1 .Структурно-функциональная организация междисков политенных хромосом Diptera. (ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ).

1.1 Организация интерфазных хромосом эукариот.

1.2 Организация политенных хромосом (общие сведения).

1.2.1 Развитие представлений о структуре хромосом.

1.2.2 Построение цитологических карт и правила картирования.

1.3. Структурная организация междисков.

1.4. Информационное содержание междисков.

1.4.1.Развитие представлений о непрерывности ДНК в хромосомах.

1.4.2. Содержание и особенности укладки ДНК в междисках.

1.4.3. Белки междисков.

1.4.4 Транскрипционная активность междисков.

1.4.4.1 Авторадиографический анализ синтеза РНК.

1.4.4.2 Иммунофлуоресцентный анализ распределения РНК-полимеразы II.

1.4.4.3 Распределение РНП-гранул.

1.4.4.4 Иммунофлуоресцентная локализация ДНК-РНК гибридов.

1.4.4.5 Гибридизации in situ как метод исследования политенных хромосом.

1.5 Роль междисков в функциональной организации политенных хромосом.

1.6 Использование Р-трансформации для создания и анализа "искусственных" структур политенных хромосом.

1.6.1 Метод Р-трансформации.

1.6.1.1 Явление гибридного дисгенеза.

1.6.1.2 Строение Р-элемента.

1.6.1.3 Транспозаза Р-элемента.

1.6.1.4 Механизм и регуляция транспозиции.

1.6.1.5 Выбор нового сайта.

1.6.2 Р-элемент-опосредованныйтрансгенез D. melanogaster.

1.6.3 Трансформация как подход к исследованию молекулярно-генетической организации морфологических структур политенных хромосом.

Введение Диссертация по биологии, на тему "Молекулярно-генетическая организация междисков политенных хромосом Drosophila melanogaster"

3.2 Электронно-микроскопический анализ трансформированных линий дрозофилы.108

3.2.1 Морфология районов с различными типами Р-транспозонов.108

3.2.1.1 Конструкция рНАР.109

3.2.1.2 Конструкция 28Х.112

3.2.1.3 Конструкция сНВА.116

3.2.1.4 Конструкция R310.1.120

3.2.1.5 Встройки Р-элементов.122

3.2.2 Морфология районов со встройками Р-транспозонов, полученных на основе конструкции pICon.125

3.2.2.1 Морфология районов со встройками р1Соп-ЗС.127

3.2.2.2 Морфология районов со встройками pICon(dv)-61C.136

3.2.3 Обсуждение.139

3.2.3.1 Анализ морфологических структур в районах политенных хромосом, трансформированных чужеродными фрагментами ДНК.139

3.2.3.2 Встраивание Р-транспозонов происходит преимущественно в районы междисков.145

3.3 Клонирование ДНК из районов междисков, содержащих встройки

Р транспозонов.147

3.3.1 Клонирование ДНК из района междиска 61С7/С8.147

3.3.2 Определение нуклеотидной последовательности ДНК из района междиска 61С7/С8.153

3.3.3 Клонирование геномной ДНК дрозофилы, прилежащей к встройкам транспозона PlArB в районах междисков.156

3.3.4 Клонирование геномной ДНК дрозофилы, прилежащей к транспозонам р1Соп-ЗС и pICon(dv)61C в районах междисков.162

3.4 Анализ последовательностей ДНК из районов междисков.164

3.5 Транскрипционная активность ДНК в районах междисков.175

3.5.1 Анализ транскрипционной активности междисков методом

Нозерн-блот гибридизации.176

3.5.2 Анализ транскрипционной активности междисков методом RT-PCR.182

3.5.3 Обсуждение.186

3.6 Междиски политенных хромосом содержат участки ДНК, связывающиеся с ядерным матриксом.192

3.6.1.Введение.192

3.6.2 ДНК из междиска 61С7/С8 связана с ядерным матриксом.194

3.6.3 ДНК междисков связывается с ядерным матриксом in vitro.196

3.6.4 Обсуждение.199

3.7 В политенных хромосомах ДНК междиска организована в нуклеосомы.204

3.7.1 Введение.204

3.7.2 Анализ нуклеосомной организации ДНК междиска 61С7/С8.205

3.7.3 Обсуждение.207

3.8 Филогенетический анализ ДНК из районов междисков.209

3.9 Междиск 61С7/С8 содержит возможный промотор и сайты связывания регуляторов транскрипции.221

3.10 Фрагмент ДНК из междиска 61С7/С8 связывается с Adf-1 in vivo.226 6

3.11 Моделирование междисковых структур в составе политенных хромосом с помощью трансгенных конструкций.228

3.11.1 Создание конструкции pICon.230

3.11.2 Создание конструкций р1Соп-ЗС и pICon(dV)-61C.232

3.11.3 ДНК междисков сохраняет декомпактное состояние при переносе в другие районы хромосом.235

3.11.4 Синтез и проверка активности in vivo нового «донорного» транспозона дрозофилы pFRTV.239

3.11.4.1 Создание pFRT и pFRTV.240

3.11.4.2 Генетический тест на функциональность сайтов FRT в pFRTV.243

3.11.5 Обсуждение.246

3.12 Заключение.252

3.12.1 Информационное содержание междисков.252

3.12.2 Роль междисков в функциональной организации политенных хромосом.256

ВЫВОДЫ.261

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ.264

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность проблемы

В настоящее время уже не вызывает сомнения тот факт, что особенности генетической активности и структурной организации интерфазных хромосом взаимосвязаны между собой. Причины и механизмы этой взаимосвязи до сих пор во многом не понятны. Их изучение является одной из главных задач современной биологии. "Классические" политенные хромосомы двукрылых, которые рассматриваются в качестве модели интерфазной хромосомы, открывают большие возможности в этом направлении. Они представляют собой пучки из нескольких тысяч параллельно расположенных хроматид, каждая из них соответствует интерфазной хромосоме с характерным рисунком чередования компактных хроматиновых структур (хромомеров) и менее плотных межхромомеров. Поскольку хроматиды располагаются в одном порядке, эти рисунки совпадают, что приводит к образованию дисков и междисков, и определяет поперечную исчерченность политенных хромосом. Большие размеры хромосом и относительно высокая специфичность дискового рисунка позволяют легко идентифицировать отдельные хромосомы и их районы. Исследования на политенных хромосомах позволили достичь значительного прогресса в понимании генетической организации хромомеров (дисков) и особенностей их функционирования. Однако до сих пор очень мало известно о функциях межхромомеров (междисков). В ряде работ на основании данных по включению меченого уридина в политенные хромосомы (Zhimulev, Belyaeva, 1975; Kerkis et al., 1977; Semeshin et al., 1979), локализации антител к РНК полимеразе II (Jamrich et al., 1977; Sass, 1982; Sass, Bautz, 1982a,b), детекции ДНК:РНК гибридов (Vlassova et al., 1985), распределению гранул РНП (Skaer, 1977; Mott et al., 1980, 1986), а также локализации ряда белков, вовлеченных в процессы активации генов (см. обзор: Zhimulev et al., 2004), отмечается возможная транскрипционная активность междисков. Это предположение в совокупности с данными об относительном постоянстве дискового рисунка политенных хромосом подтверждает гипотезу, что междиски содержат постоянно транскрибируемые гены (Speiser, 1974; Gersh, 1975; Zhimulev, Belyaeva, 1975). Кроме этого, предложены гипотезы, в которых междискам не придается никаких функций, кроме разграничения (связывания) соседних дисков (Кикнадзе, 1971) или же соседние диск и междиск рассматриваются в качестве единой функциональной единицы (Crick, 1971; Paul, 1972; Sorsa, 1975, 1984).

Несмотря на интенсивные исследования, до сих пор неясно, на каком уровне организации хроматина возникают различия в упаковке ДНП дисков и междисков и насколько эти различия обусловлены физико-химическими свойствами ДНК из этих районов. Было бы интересно и важно понять, существует ли корреляция между дисковым рисунком политенных хромосом и петельно-доменной организацией хромосом, обнаруженной в интерфазных ядрах многих эукариотических клеток с помощью биохимических и электронно-микроскопических методов (Roberge and Gasser, 1992; Jackson et al., 1992; Razin, 1996). Предполагается, что данная организация необходима для регуляции процессов клеточного деления, репликации и транскрипции (Laemmli et al., 1992; Razin, Gromova, 1995; Boulikas, 1995; Bode et al., 1995; Hart, Laemmli, 1998). Функциональная роль междисков может быть определена в результате анализа их молекулярной организации, и такие попытки предпринимались (Kress et al., 1985; Whitmore, 1986; Rykowski et al., 1988). Однако малые размеры междисков, низкое содержание ДНК в них и, как следствие, отсутствие адекватных методов не позволяют точно соотнести между собой молекулярные и цитологические данные для этих районов.

Метод Р-трансформации генома дрозофилы искусственно созданными фрагментами ДНК с известными молекулярно-генетическими характеристиками (Spradling, Rubin, 1982; Rubin, Spradling, 1983) в сочетании с электронно-микроскопическим (ЭМ) анализом трансформированных районов хромосом открывает новые возможности для решения вопросов структурно-функциональной организации политенных хромосом. С использованием этого подхода была показана принципиальная возможность обнаружения новых морфологических структур, образованных материалом Р-транспозонов, и изучения их стуктурно-функциональных особенностей в составе хромосом (Semeshin et al., 1986). Учитывая эти факты, проблему точной привязки молекулярных и цитологических структур в районах междисков можно решить следующим образом. С помощью ЭМ картирования трансформированных районов хромосом, выявить те из них, в которых встройки транспозонов произошли в районы междисков. Затем, используя молекулярные методы, клонировать ДНК междисков, прилегающую к встроенным фрагментам, и исследовать ее молекулярно-генетическую организацию.

Целью данной работы является определение молекулярно-генетических характеристик междисковых районов и выяснение функциональной роли этих структур в политенных хромосомах дрозофилы. В связи с этим были поставлены следующие задачи исследования:

1. Провести электронно-микроскопический анализ трансформированных районов политенных хромосом и определить в них локализацию встроек Р-транспозонов.

2. Клонировать ДНК, прилежащую к встройкам транспозонов в районах междисков и определить последовательность нуклеотидов в ней.

3. Провести сравнительный и филогенетический анализ последовательностей нуклеотидов ДНК из районов междисков.

4. Исследовать транскрипционную активность междисков.

5. Исследовать нуклеосомную организацию междисков.

6. Экспериментально проверить возможное взаимодействие ДНК междисков с ядерным матриксом.

7. На основе Р-транспозонов создать и изучить конструкции, позволяющие моделировать междисковые структуры в составе политенных хромосом.

Научная новизна

Основным научным результатом данной работы является создание нового направления по изучению молекулярно-генетической организации политенных хромосом на ультраструктурном уровне. Вклад автора состоит в разработке и реализации подхода по моделированию хромосомных структур фрагментами ДНК, встроенными в геном D. melanogaster путем трансформации, и изучению их информационного содержания. В работе впервые проведен ЭМ анализ 23-х районов политенных хромосом слюнных желез линий мух, гомозиготных по встройкам Р-транспозонов с определенными молекулярно- генетическими характеристиками. На основании полученных данных о преимущественном встраивании транспозонов в районы междисков, предложен оригинальный подход к клонированию ДНК из районов междисков. С помощью этого подхода впервые клонированы и охарактеризованы на молекулярно-генетическом уровне фрагменты ДНК из тринадцати районов междисков.

Впервые точно показана нуклеосомная организация ДНК междисков и ее взаимодействие с ядерным матриксом.

Впервые на молекулярном уровне установлена генетическая гетерогенность междисков. На основании полученных данных междиски можно разделить, по крайней мере, на два типа: первый тип представлен постоянно активным белок-кодирующим геном "домашнего хозяйства", ко второму типу относятся междиски, которые не содержат белок-кодирующих последовательностей и в слюнных железах проявляют очень низкую транскрипционную активность.

Предложен новый подход к клонированию ДНК из районов междисков и их моделированию в составе политенных хромосом, что имеет существенное значение для дальнейшего анализа структурно-функциональной организации интерфазных хромосом и эукариотического генома в целом. Полученные в работе результаты используются при чтении лекций в ряде вузов страны (Новосибирск, Санкт-Петербург, Томск) Апробация работы

Результаты данного исследования докладывались на 6-м Всесоюзном симпозиуме "Молекулярные механизмы генетических процессов" (Москва, 1987), 6-м Всесоюзном совещании по генетике дрозофилы (Одесса, 1989), 10-м Всесоюзном симпозиуме "Структура и функции клеточного ядра" (Гродно, 1990), 7-м Международном совещании "Молекулярная биология и биология развития дрозофилы" (Крит, Греция, 1990), 7-м Всесоюзном совещании "Структура и функции хромосом" (Пущино, 1991), 7-м Всероссийском симпозиуме «Структура и функции клеточного ядра» (Санкт-Петербург, 1996), 6-м Европейском энтомологическом конгрессе (Чешские Будеёвицы, Чехия, 1998), Международной летней школе «Хроматин и регуляция транскрипции» (Москва, 1998, 2003), 2-й Международной конференции по биоинформатике регуляции и структуры генома, секция ИНТАС (Новосибирск,

2000), 14-й Международной конференции по хромосоме (Вюрцбург, Германия,

2001), 8-м и 9-м Международных симпозиумах по структуре и функции клеточного ядра (Санкт-Петербург, 2002 и 2005), 19-й Европейской конференции по изучению дрозофилы (Эгер, Венгрия, 2005).

Вклад автора

Работа по ЭМ анализу трансформированных районов политенных хромосом была проведена совместно с В.Ф. Семешиным. Основные результаты получены автором самостоятельно. Ряд экспериментов выполнен с участием С.В. Разина, В.В. Шломы, Е.С. Юдинковой, X. Модолея и С. Кампузано, а также сотрудников и студентов-дипломников, работавших под руководством автора: Ю.Б. Шварца, И.А. Зыкова, И.В. Шароглазовой, А.А. Горчакова, П.И. Зимина, Т.Ю. Ватолиной. Структура и объем работы

Диссертация состоит из введения, обзора литературы, описания материалов и методов, результатов и обсуждения, а также выводов и списка цитируемой литературы, в который входит 620 ссылок. Работ изложена на 315 страницах машинописного текста, содержит 10 таблиц и 61 рисунок. По теме диссертации опубликовано 29 печатных работ. Благодарности.

Заключение Диссертация по теме "Генетика", Демаков, Сергей Анатольевич

ВЫВОДЫ

1. Проведен широкий комплексный анализ молекулярно-генетической организации основных структур политенных хромосом - дисков и междисков. С помощью трансформации генома дрозофилы Р-элементами, содержащими фрагменты ДНК с известными молекулярными характеристиками, впервые проведено моделирование хромосомных структур - дисков, междисков и пуфов. Установлено, что морфологическое разнообразие этих структур определяется степенью компактизации и протяженностью фрагментов ДНК, образующих Р-транспозоны. Показано, что в составе политенных хромосом Р-транспозоны расположены преимущественно в районах междисков или очень близко к ним.

2. Реализован новый подход, основанный на использовании Р-транспозонов в районах междисков в качестве молекулярных зондов для клонирования ДНК междисков и изучения их молекулярно-генетической организации. С помощью этого подхода впервые проведено клонирование ДНК из 12 районов междисков.

3. Сравнительный анализ нуклеотидных последовательностей ДНК междисков позволил сделать следующие заключения: а) все последовательности являются уникальными в составе генома дрозофилы; б) во всех последовательностях обнаружены характерные участки, обладающие высоким потенциалом связывания с белками ядерного матрикса. Для ДНК междисков 61С7/С8, 85D9/D10 и 86В4/В6 связывание с ядерным матриксом показано экспериментально; в) значительная часть междисковых районов образована некодирующими участками генома: 9 районов содержат межгенные спейсеры или 5'- и 3'- концы генов, что указывает на возможные регуляторные функции этих последовательностей ДНК; 2 района представлены некодирующими экзонами генов и один район содержит интрон гена. Гены в районах междисков различаются по функциям и особенностям экспрессии в онтогенезе.

4. На основании данных об информационном содержании междисков и анализе их транскрипционной активности развито и обосновано представление о функциональной гетерогенности междисков. Полученные в работе факты позволяют выделить два функционально различных типа организации этих структур. Междиски первого типа образованы небольшими постоянно активными белок-кодирующими генами "домашнего хозяйства". Междиски второго типа проявляют очень низкую транскрипционную активность и представлены 5' -регуляторными районами генов, неактивных в слюнных железах.

5. На примере междиска 61С7/С8 показано, что хроматин междисковых районов имеет нуклеосомный уровень организации в составе политенных хромосом слюнных желез, а также в большинстве личиночных тканей. Эти наблюдения позволяют заключить, что различия в степени компактизации ДНК дисков и междисков связаны с более высокими уровнями организации хроматина.

6. Сравнительный филогенетический анализ ДНК междисков с геномными ДНК из разных видов дрозофил показал, что нуклеотидные последовательности ДНК этих районов в целом эволюционно лабильны. Обнаружено, что нуклеотидная последовательность ДНК из междиска 61С7/С8 эволюционирует со скоростью, близкой к скорости нейтральной эволюции в подгруппе melanogaster. Такая эволюционная нестабильность предполагает либо отсутствие каких-либо важных функций для этого междиска, либо необязательность сохранения строгого порядка расположения нуклеотидов для выполнения его возможных функций. Показано, что наиболее вероятно последнее предположение: методом "филогенетического футпринта" в составе последовательности ДНК этого междиска выявлены эволюционно консервативные участки, которые могут иметь функциональное значение. В частности, были обнаружены области, содержащие возможный промотор и сайты связывания фактора транскрипции Adf-1 и инсуляторного белка BEAF-32. Связь этих белков с ДНК междиска 61С7/С8 показана экспериментально.

7. Впервые показана принципиальная возможность детального изучения механизмов формирования хромомерного рисунка хромосом с помощью моделирования междисковых структур в составе политенных хромосом трансгенными методами в комбинации с сайт-специфичными системами рекомбинации. С помощью этих систем получены данные, которые свидетельствуют об автономности декомпактного состояния исследованных междисков: а) встраивание протяженных фрагментов, содержащих ДНК из междисков

ЗС6/С7 и 61С7/С8 в другие районы хромосом в составе транспозона pICon

263 приводит к образованию новых междисков, тогда как точная эксцизия этих фрагментов вызывает удаление данных междисков и слияние дисков, сформированных из материала транспозона; б) особенности организации хроматина в районах междисков ЗС6/С7 и 61С7/С8 воспроизводятся и в составе инсерции, содержащих ДНК из этих районов.

3.12 Заключение

В данном разделе мы попытались обобщить изложенные в отдельных разделах работы собственные и литературные данные по изучению информационного содержания междисков и их роли в функциональной организации политенных хромосом дрозофилы для того, чтобы представить проблему в целом.

3.12.1 Информационное содержание междисков

Сложность изучения междисков заключается в том, что из-за их малых размеров и низкого содержания ДНК трудно идентифицировать районы политенных хромосом, точно относящиеся к междискам. Часто серии тонких дисков, размеры которых находятся на уровне разрешения светового микроскопа, выглядят как светлые зоны. В результате, характеристики небольших светлоокрашенных районов, содержащих как тонкие диски, так и меж диски, приписывают меж дискам (см. для обзора: Жимулев, 1992). Эти особенности не позволяют применить ни один из традиционных методов цитогенетического и молекулярного картирования для того, чтобы с достаточной точностью соотнести между собой цитологические и молекулярные карты в районах междисков. Даже при самых тщательных измерениях ошибки картирования составляют несколько тысяч пар нуклеотидов (Belyaeva et al., 1987; Rykowski et al., 1988), что сопоставимо с размерами самих междисков или даже превышает их (Веегшапп, 1972; Sorsa, 1984; Semeshin et al., 1986).

С помощью предложенного ранее подхода (Semeshin et al., 1986), в дальнейшем развитого и экспериментально подтвержденного коллективными усилиями, в том числе в значительной степени и в рамках данной работы, было показано, что Р-транспозоны в составе хромосом на ЭМ уровне часто выявляются как новые диски. Это возможно только в том случае, если встройка произошла в междиск или на границу диск-междиск. Прямая зависимость толщины дисков от размеров встроек, а также тот факт, что при активации генов, входящих в конструкции, пуфы образуются только из новых дисков, указывают на то, что эти диски образованы материалом встроенных конструкций. Эти результаты позволили сделать важный вывод о возможности моделировать структуры политенных хромосом, используя фрагменты ДНК с известными молекулярно-генетическими характеристиками.

Полученные данные послужили основой для дальнейших молекулярно-генетических исследований междисков. Принимая во внимание, что молекулярная организация конструкций известна, из ДНК мух, несущих точно картированные инсерции Р транспозонов в междиски, были получены рекомбинантные клоны, состоящие из материала транспозонов и примыкающих к нему междисков. Таким образом, впервые были определены и охарактеризованы нуклеотидные последовательности ДНК из 13 междисковых районов.

Используемый подход не позволяет на молекулярном уровне определить, на каком расстоянии от сайта инсерции заканчивается ДНК междиска и начинается материал соседних дисков. Поэтому, учитывая, что средний размер междисков оценивается около 2 т.п.н., был проведен анализ нуклеотидных последовательностей из районов междисков в пределах 4 т.п.н., по 2 т.п.н. в обе стороны от сайта инсерции.

Однако, на основании этих оценок нельзя сказать, активны ли эти районы в политенных хромосомах слюнных желез. Поэтому активность клонированных междисков была проверена экспериментально. Полученные данные подтвердили предположение, что генетически междиски можно разделить, по крайней мере, на два типа. Первый тип представлен междиском из района 60Е. При гибридизации меченой ДНК из района с поли-А+ РНК наблюдается лишь один сигнал гибридизации. Он соответствует транскрипту около 750 нуклеотидов, что очень хорошо совпадает с длиной м-РНК гена RpL19, определенной ранее (Hart et al., 1993). Транскрипт выявляется на всех стадиях развития, в том числе и в слюнных железах, при этом уровень экспрессии гена везде примерно одинаков. Учитывая, что ген кодирует рибосомный белок L19 и, следовательно, участвует в процессе белкового синтеза, можно считать междиск 60Е районом, в котором расположен типичный ген «домашнего хозяйства». В этом случае декомпактное состояние междиска определяется высокой транскрипционной активностью гена.

Сходным образом была проведена Нозерн-блот гибридизация с зондами из междисков 61С, 85D и 86В. Для этих районов также была обнаружена транскрипционная активность на разных стадиях развития мух, но не в слюнных железах. Ранее такие же выводы были сделаны для генов egghead из района ЗА (Goode et al., 1996) и Notch из района ЗС (см. обсуждение Rykowski et al., 1988). Можно рассматривать все эти случаи, как пример междисков второго типа, которые содержат регуляторные области значительных по размерам генов, неактивных в слюнных железах. Однако, используя высокочувствительный метод RT-PCR мы получили крайне любопытные предварительные данные о нахождении в этих районах участков, проявляющих в слюнных железах транскрипционную активность на очень низком уровне. Можно предположить, что в этих районах синтезируются белок- некодирующие РНК, выполняющие регуляторные функции. На такую возможность также указывает обнаруженный в районе междиска 61С7/С8 ген микро-РНК bantam, участвующий в регуляции клеточной пролиферации и апоптоза (Brennecke et al., 2003; Thompson, Cohen, 2006). Причины декомпактного состояния таких междисков пока не ясны. В данной работе мы предприняли некоторые попытки для их выяснения.

Ранее обсуждалась возможная связь декомпактного состояния междисков с отсутствием в них нуклеосомной укладки (Sorsa, 1984). Однако, на примере ДНК междиска 61С7/С8 было определенно показано, что междисковая ДНК нуклеосомно организована. Общий рисунок распределения нуклеосомных фрагментов хорошо совпадает с распределением сигналов гибридизации для всех проб из района междиска. Из этих данных следует, что структурные различия междисков и дисков определяются на более высоких уровнях организации хроматина.

В частности, декомпактное состояние междисков, не содержащих активные гены, может быть обусловлено взаимодействием с белками ядерного матрикса. При сравнении ДНК междисков было обнаружено сходство их организации. Все последовательности содержат серии AT- богатых участков, а также большое количество полипурин/ полипиримидиновых и пурин- пиримидиновых трактов, сайтов возможного связывания топоизомеразы II. Такая организация характерна для фрагментов ДНК, образующих неканонические вторичные структуры и связывающих белки ядерного матрикса (Singh et al., 1997; Frisch et al., 2000). Известно, что ядерный матрикс образован, главным образом, негистоновыми белками: в нем обнаружены многочисленные транскрипционные факторы, РНК-полимеразы, белки репликации. Предполагают участие матрикса в процессах регуляции транскрипции и репликации, а также формировании высших уровней организации хромосом. Многие MARs (Matrix Associated Regions) присутствуют в 5'- и 3' - областях генов, на границах между транскрипционно активным и неактивным хроматином, а также располагаются в основаниях петель, которые, как считается, делят хромосомы эукариот на функционально независимые домены (Mirkovitch et al., 1987; Razin et al., 1995).

Последовательности ДНК с сильным матрикс - связывающим потенциалом были обнаружены во всех исследованных районах междисков. Связывание междисковой ДНК с ядерным матриксом было показано экспериментально. Во всех трех исследованных нами районах междисков 61С, 85D и 86В была обнаружена MAR-активность. Полученные данные показывают, что междиски обладают характерными для MAR ДНК свойствами и, таким образом, могут играть важную роль в регуляции активности генов и процессов репликации, а также в организации высших структур хромосом. Например, междиски могут формировать основания петель и выполнять функции барьеров, разделяя весь геном на серии независимых функциональных доменов. Сейчас известно несколько типов таких барьеров (или инсуляторов), для них выявлены специфичные белки (BEAF-32, Mod(mdg4), Zw5), которые преимущественно локализуются в районах междисков. Недавно был описан еще один инсулятор. Он входит в состав междиска ЗС6/С7 и ограничивает влияние прилежащего генетического материала на активность гена Notch (Vazquez, Schedl, 2000).

3.12.2 Роль междисков в функциональной организации политенных хромосом

Несмотря на то, что функциональное значение междисков до сих пор остается дискуссионным, на основании отмеченных выше данных мы предлагаем следующую модель организации политенных хромосом (рис. 3.56). Морфологически эухроматиновая часть политенных хромосом выглядит как относительно стабильный и специфичный набор плотноупакованных участков хроматина (дисков), менее плотных рыхлых дисков и декомпактных районов (междисков и пуфов). В отношении генетической организации, большинство пуфов соответствует генам, временно активным на определенных стадиях развития в слюнных железах, что касается междисков, то они могут быть разделены, по крайней мере, на два типа. Междиски первого типа (I) содержат белок-кодирующие постоянно активные гены "домашнего хозяйства". Междиски второго типа (II) содержат регуляторные районы генов, неактивных в слюнных железах. Однако, такая корреляция совсем не обязательна. Хорошо известно, что 5' области генов в политенных хромосомах не всегда соответствуют междискам. Так, два гена теплового шока hsp70, расположенные в одиночном диске 87А7 хромосомы 3, своими 5'- регуляторными участками образуют один межгенный спейсер длиной 1,6 т.п.н., находящийся внутри этого диска (Udvardy et al., 1985). Другой пример -крупный одиночный диск 1 OA 1-2, который содержит, по меньшей мере, 24 гена (Kozlova et al., 1994, 1997). Результаты многочисленных экспериментов показывают, что гены в этом диске функционально не связаны между собой и их экспрессия не зависит от присутствия ДНК прилежащих междисков (Жимулев, 1994; Zhimulev et al., 1981b). Полученные в настоящей работе данные также показывают, что при инсерции транспозона, состоящего из материала нескольких генов, образуется всего один диск, в который попадают их кодирующие и промоторные части. При этом гены, входящие в состав транспозона, сохраняют свои функции. Вполне возможно, что в слюнных железах в данных междисках II типа происходит постоянный незначительный синтез некодирующих РНК, выполняющих регуляторные функции, необходимые для данного типа ткани.

Рассматривая структурную организацию политенных хромосом, можно предложить две различные, но не исключающие друг друга, концепции. Согласно первой (рис. 3.55а), каждая хроматида политенной хромосомы независимо подвергается дифференциальной компактизации, в процессе которой нуклеосомные фибриллы, по-видимому, за счет дальнейшей упаковки в структуры более высокого порядка формируют диски. Мы предполагаем, что пуфы и междиски I типа, содержащие гены "домашнего хозяйства", образованы хроматином с измененной нуклеосомной организацией, возникающей в результате активности транскрипционной машины, проходящей через данные районы хромосом. Междиски II типа образованы нуклеосомными фибриллами, которые не способны к дальнейшей компактизации за счет ковалентных модификаций гистонов (например, их ацетилирования, фосфорилирования или метилирования), возможно, связанных с формирование:л низкопроцессивного или паузированного комплекса Pol Па. Такое состояние хроматина может поддерживаться белками, участвующими в формировании структуры политенных хромосом, такими как ISWI (Deuring et al., 2000), BEAF-32 (Gilbert et al., 2006), Z4 (Eggert et al., 2004), JIL-1 и Chromator (Rath et al., 2006).

А А

Ген 2

Ген 3

Ген "домаиншч! хозяйства'

МАЛ

Ген 4

Ген 5 Генетическая организация

Цитологическая организация

О 1 а Структурная / организация б ш

Рис. 3.55 Схематическое представление структурно-функциональной организации политенных хромосом дрозофилы. Морфологически сходные диски (или междиски) различаются генетическим содержанием: Моногенный диск (Д1) содержит структурную часть неактивного в слюнных железах гена 1, регуляторная часть которого расположена в соседнем междиске (МД1-2), что может быть сопряжено с синтезом регуляторной не кодирующей РНК; полигенный диск (Д2) содержит временно неактивные гены, для иллюстрации, положение и направление транскрипции двух таких генов показано черными стрелками; междиск 2-3 образован постоянно активным белок-кодирующим геном "домашнего хозяйства" (серая волнистая стрелка); диски ДЗ-1 и ДЗ-2 образованы из полигенного диска, который расщеплен пуфом, возникающим в результате временной активации гена 4. Две модели структурной организации политенных хромосом, рассмотренные на примере модельного хромосомного сегмента: (а) каждая хроматида в дисковых районах нуклеосомно организована (черные кружки) и компактизована до нуклеомерной фибриллы; ДНК в междиске МД1-2 также нуклеосомно организована

259

Продолжение рис. 3.55 светлые кружки), но за счет ковалентных модификаций гистонов этих нуклеосом дальнейшей компактизации хроматина не происходит; в результате транскрипционной активности генов хроматин теряет характерную для дисков нуклеомерную и нуклеосомную организацию, что приводит к образованию междиска МД2-3 и пуфа, (б) Схематичное изображение организации хроматиновых фибрилл двух сестринских хроматид в функционально различных участках хромосом. Части хроматид, организованные в нуклеосомы и имеющие нарушенную нуклеосомную укладку, отмечены черным и серым цветом, соответственно; прочные контакты между сестринскими хроматидами или между каждой индивидуальной хроматидой и ядерным матриксом в междисках типа МД1-2, содержащих регуляторные последовательности, показаны двойными стрелками.

Вторая концепция (рис. 3.556) предполагает, что в то время как деконденсированное состояние хроматина пуфов и междисков I типа, содержащих гены "домашнего хозяйства", вызвано изменением нуклеосомной организации, возникающей в результате транскрипционной активности, различия в компактизации между дисками и междисками II типа затрагивают более высокие уровни упаковки хроматина. Такие диски и междиски содержат одинаково свернутую нуклеосомную нить, но затем в дисках она продолжает упаковываться, формируя петли, а в междисках II типа этого не происходит за счет плотных контактов либо с ядерным матриксом, либо с гомологичными сестринскими хроматидами. Хотя в настоящее время существуют различные модели, объясняющие феномен ядерного матрикса/ хромосомного скэффолда (Laemmli et al., 1992; Razin et al., 1995; Hancock, 2004), необходимо отметить, что показанное нами специфичное связывание ДНК некоторых междисков с белками из фракции, вовлеченной в поддержание ядерной архитектуры, не противоречит ни одной из этих моделей. Возможность интенсивных контактов между регуляторными районами гомологичных хромосом за счет гомологичного спаривания была показана в элегантных экспериментах по трансвекции (Pirrotta, 1999).

Очевидно, что для более полного понимания функций междисков и их роли в организации и поддержании структуры политенных хромосом необходимо знать конкретные молекулярные механизмы формирования междисков. Одним из эффективных способов их изучения может быть выяснение того, какие последовательности определяют формирование междисков и с какими белками они взаимодейсвуют. В данной работе разработан подход, который, как мы надеемся, позволит существенно облегчить эти задачи. Он заключается в ЭМ картировании изменений морфологии района политенной хромосомы с транспозоном pICon при интеграции в него с помощью сайт-специфичной рекомбинации различных вариантов последовательностей ДНК из междисковых районов.

Библиография Диссертация по биологии, доктора биологических наук, Демаков, Сергей Анатольевич, Новосибирск

1. Акифьев А.П. "Молчащая" ДНК и ее роль в эволюции // Природа. 1974. - N 9. -С. 49-54.

2. Алихаияи С.И. Изучение летальных мутаций в левом конце половой хромосомы у Drosophila melanogaster 11 Зоол. журн. 1937. - N 16. - С. 247-279.

3. Ананьев Е.В., Барский В.Е. Ультраструктура политенных хромосом Drosophila melanogaster II Доклады АН СССР. 1983. Т. 273. N. 4. С. 985-987.

4. Ананьев Е.В., Барский В.Е. Электронно-микроскопическая карта политенных хромосом слюнных желез дрозофилы (D. melanogaster) II М.: Наука, 1985.

5. Бавыкин С.Г., Усаченко С.И., Шик В.В., Белявский А.В., Лишанская А.И., Ундрицов И.М., Заленская И.А., Мирзабеков А.Д. Первичная организация минимальных нуклеосом активных и репрессированных ядер// Мол. биология. 1985. Т. 19. С. 144-161.

6. Бакаев В.В., Варшавский А.Я., Георгиев Г.П. Структура хромосомных дезоксирибонуклеопротеидов. IX. Гетерогенность субъединиц хроматина in vitro и локализация гистонаН1//Мол. биология. 1977. Т. 11. С. 294-302.

7. Барский В.Е., Ананьев Е.В. Визуализация элементарных структур в политенных хромосомах Drosophila melanogaster II Молекулярная биология. 1985. Т. 19. N. 1.С. 295-301.

8. Беляева Е.С., Жимулев И.Ф. О вариабильности размеров пуфов у Drosophila melanogaster// Генетика. 1974. - Т. 10, N 5. - С. 74-80.

9. Беляева Е.С., Корочкина J1.C., Жимулев И.Ф., Назарова Н.К. Характеристика пуфов X хромосомы самок Drosophila melanogaster // Цитология. 1974. - Т. 16, N 4. - С. 440-446.

10. Ю.Власова И.Е., Умбетова Г.Х., Беляева Е.С., Жимулев И.Ф. Выявление транскрипционно активных районов в политенных хромосомах Drosophila melanogaster методом иммунофлуоресцентной локализации гибридов ДНК-РНК // Генетика. 1985. Т. 21. N. 3. С. 424-432.

11. Власова И.Е., Умбетова Г.Х., Циммерман В.Г. и др. Иммунофлуоресцентная локализация гибридов ДНК-РНК в политенных хромосомах Drosophila melanogaster II Доклады АН СССР. 1984. Т. 274. N 1. С. 189-192.

12. Гвоздев В.А. Организация генома у эукариот // Молекулярная биология. 1978. Т.12, N 1. С. 5-35.

13. Георгиев Г.П. Гены высших организмов и их экспрессия. М.: Наука, 1989.

14. Георгиев Г.П., Ченцов Ю.С. О структуре клеточного ядра (экспериментальное электронно-микроскопическое исследование изолированных ядер)// Докл. АН СССР. 1960. Т. 132. С. 199-202.

15. Георгиев П.Г., Муравьева Е.Е., Головнин А.К. и др. Инсуляторы и взаимодействие между регуляторными элементами на больших дистанциях у высших эукариот // Генетика. 2000. Т. 36. N. 12. С. 1588-1597.

16. Глазков М.В. Петельно-доменная организация генов в эукариотических хромосомах//Мол. биология. 1995. Т. 29. С. 965-982.

17. Груздев А.Д., Резник Н.А. Об однонитчатости хромосом эукариот// Докл.АН СССР. 1979. - Т. 246, N 1. - С. 206-208.

18. Губенко И.С. Авторадиографическая идентификация позднореплицирующихся участков в политенных хромосомах клеток слюнных желез Drosophila virilisll Цитология. 1976- Т. 18, N 8 - С. 964-968.

19. Жимулев И.Ф. Политенные хромосомы: морфология и структура. Новосибирск: Наука. 1992.

20. Жимулев И.Ф. Хромомерная организация политенных хромосом. Новосибирск: Наука. 1994.

21. Жимулев И.Ф., Беляева Е.С. Включение Н-уридина в хромосомы слюнных желез Drosophila melanogaster // Генетика. 1974. Т. 10. N 9. С. 71-79.

22. Жимулев И.Ф., Беляева Е.С. Изменение структуры политенных хромосом дрозофилы при длительном культивировании слюнных желез личинок в брюшной полости взрослых мух // Цитология. 1976 - Т. 18, N 1. - С. 5-9.

23. Кикнадзе И.И. Функциональная организация хромосом // Успехи современной генетики. М.: Наука, 1971. Т. 3. С. 175-205.

24. Коряков Д.Е. Модификации гистонов и регуляция работы хроматина // Генетика. 2006. Т. 42. N. 9. С. 1170-1185.

25. Лейбович Б.А., Богданова Е.С. Взаимодействие гистонов HI мыши и дрозофилы с хромосомами и ДНК // Мол. биология. 1983. Т. 17. С. 162-171.

26. Мазин А.В., Кузнеделов К.Д., Краев А.С., и др. Методы молекулярной генетики и генной инженерии. Новосибирск: Наука, 1990.

27. Максименко О., Четверина Д., Георгиев П. Свойства, механизмы действия инсуляторов высших эукариот и их роль в регуляции транскрипции // Генетика. 2006. Т. 42. N. 8. С. 1029-1044.

28. Маниатис Т., Фрич Э., Сэмбрук Дж. Методы генетической инженерии. Молекулярной клонирование // Москва: Мир. 1984.

29. Марков А.В., Захаров А.А., Галкин А.П. и др. Локализация комплексов когезии в политенных хромосомах Drosophila melanogaster связана с междисками // Генетика. 2003. Т. 39. С. 1203-1211.

30. Оленов Ю.М. Об организации генома у MetazoaЛ Цитология. 1974. - Т. 16, N 4. - С. 403-420.

31. Перов Н.А., Ченцов Ю.С. Электронно-микроскопическое изучение политенных хромосом слюнных желез личинок Chironomus plumosus II Докл. АН СССР. 1971. Т. 196, N6. 1452-1456.

32. Похолкова Г.В., Соловьева И.В., Характеристика инсерционных мутаций, полученных в системе Р-М гибридного дисгенеза, в районе 9F12-10A7 X-хромосомы Drosophila melanogaster II Генетика. 1989. Т. 25, N10. С. 1776-1785.

33. Разин С.В., Яровая О.В. Ассоциация транскрипционно активной фракции ДНК с ядерным скелетом нарушается при инкубации ядер в растворах с низкой ионной силой // Молекулярная биология. 1986. Т.20, N 3. С. 646-655.

34. Рапопорт И.А., Дроздовская Л.Н. Эффект дисконъюгации и спирализации гигантских хромосом дрозофилы под влиянием парааминобензойной кислоты // Докл. АН СССР. 1978. Т. 243. N 4. С. 1062-1065.

35. Резник Н.А., Груздев А.Д. Доказательства однонитчатости хромосом эукариот // Цитология. 1980. Т. 22, N 1. С. 27-32.

36. Резник Н.А., Груздев А.Д., Шилова И.Э. Изменение структуры политенных хромосом хирономуса после теплового шока // Цитология. 1985. Т. 27. N 5. С. 504-510.

37. Семешин В.Ф., Жимулев И.Ф., Беляева Е.С. Цитогенетическое изучение района 9Е-10А Х-хромосомы Drosophila melanogaster. I. Морфология района и картирование делеций, затрагивающих диск 1 OA 1-2 // Генетика. 1979. Т. 15. N. 10. С. 1784-1792.

38. Семешин В.Ф., Жимулев И.Ф. О правилах электронно-микроскопического картирования политенных хромосом на давленых препаратах слюнных желез дрозофилы // Цитология. 1989. Т. 31. N. 6. С. 728-731.

39. Семешин В.Ф., Чернухин В.А., Шабельников И.В. и др. Цитогенетичский анализ инсерций в составе междисков политенных хромосом дрозофилы // Генетика. 1994. Т. 30. N. 7. С. 927-933.

40. Семешин В.Ф., Шлома В.В. Модель формирования малых пуфов в политенных хромосомах Drosophila melanogaster I! Цитология. 2000. Т. 42. С. 307.

41. Ханаан Д. Методы трансформации Е. coli // Клонирование ДНК / под ред. Гловер Д. М.: Мир, 1988. С. 140-174.

42. Христолюбова Н.Б., Керкис А.Ю. Применение метода "световой" авторадиографии для электронно микроскопических исследований // Цитология. 1968. Т. 10. N И. С. 1496-1499.

43. Adams M.D., Celniker S.E., Holt R.A. et al. The genome sequence of Drosophila melanogaster 11 Science. 2000. V. 287. P. 2185-2195.

44. Ahmad K. and Henikoff S. The histone variant H3.3 marks active chromatin by replication -independent nucleosome assembly // Mol. Cell. 2002. V. 9. P. 1191-2000.

45. Akhmanova A.S, Bindels P.C., Xu J. et al. Structure and expression of histone H3.3 genes in Drosophila melanogaster and Drosophila hydei // Genome. 1995. V. 38. N.3. P. 586-600.

46. Akhmanova A., Miedema K., Wang Y. et al. The localization of histone H3.3 in germ line chromatin of Drosophila males as established with a histone H3.3-specific antiserum // Chromosoma. 1997. V. 106. P. 335-347.

47. Alanen M. An integrated description of polytene chromosome structure // Hereditas. 1981. V. 95. P. 295-321.

48. Alcover A., Izquierdo M., Stollar B.D., et al. In situ immunofluorescent visualization of chromosomal transcripts in polytene chromosomes 11 Chromosoma. 1982. V. 87. P. 263-277.

49. Allan J., Mitchell Т., Harborne N., Boehm L., Crane-Robinson C. Roles of HI domains in determining higher order chromatin structure and HI location // J. Mol. Biol. 1986. V.187. P. 591-601.

50. Alonso C., Berendes H.D. The localization of 5S ribosomal tRNA genes in Drosophila hydei II Chromosoma. 1975. V.51. P. 347-356.

51. Alonso C., Pages M., Alcover A. Chromosomal transcription: functional implication of chromatin structure // Pontific Acad. Sci. Scr. Var. 1984. V. 51. P. 55-73.

52. Altschul S.F., Madden T.L., Schaffer A.A., Zhang J., Zhang Z., Miller W., and Lipman D. J. Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs // Nucl. Acids Res. 1997. V.25. P. 3389-3402.

53. Ananiev E.V., Barsky V.E. Localization of RNA synthesis sites in the 1B-3C region of the Drosophila melanogaster X chromosome // Chromosoma. 1978. V. 65. P. 359371.

54. Ananiev E.V., Barsky V.E. Elementary structures in polytene chromosomes of Drosophila melanogaster // Chromosoma. 1985. V. 93. P. 104-112.

55. Ananiev E.V., Barsky V.E., Ilyin Yu.V., Ryzic M.V. The arrangement of transposable elements in the polytene chromosomes of Drosophila melanogaster // Chromosoma. 1984. V. 90. P. 366- 377.

56. Andrulis E.D., Guzman E., Doring P. et al. High resolution of Drosophila Spt5 and Spt6 at heat shock genes in vivo: roles in promoter proximal pausing and transcription elongation // Genes & Development. 2000. V. 14. P. 2635-2649.

57. Anglana M., Apiou F., Bensimon A., Debatisse M. Dynamics of DNA replication in mammalian somatic cells: nucleotide pool modulates origin choice and interorigin spacing // Cell. 2003. V. 114. P. 385-394.

58. Arkhipova I.R. Promoter elements in Drosophila melanogaster revealed by sequence analysis // Genetics. 1995. V. 139. P. 1359-1369.

59. Armstrong J.A., Papoulas O., Daubresse G. et al. The Drosophila BRM complex facilitates global transcription by RNA polymerase II // EMBO J. 2002. V. 21(19). P. 5245-5254.

60. Artavanis-Tsakonas S., The molecular biology of Notch locus and the fine tuning of differentiation in Drosophila // Trends Genet. 1988. V.4. P. 95-100.

61. Ashburner M. Patterns of puffing activity in the salivary gland chromosomes of Drosophila. V. Responses to environmental treatments // Chromosoma. 1970. V. 31. P. 356-376.

62. Ashburner M. Puffing patterns in Drosophila melanogaster and related species // Results and problems in cell differentiation/ Ed. W. Beermann. Berlin; Heidelberg; New York: Springer. 1972. V. 4. P. 101-151.

63. Babak Т., Blencowe B.J., Hughes T.R. A systematic search for new mammalian noncoding RNAs indicates little conserved intergenic transcription // BMC Genomics. 2005. V. 6. P. 104.

64. Banga S.S., Velazquez A.and Boyd J.B. P transposition in Drosophila provides a new tool for analyzing postreplication repair and double-strand break repair // Mutat. Res. 1991. V. 255. P.79-88.

65. Barrack E.R., Coffey D.S. The specific binding of estrogens and androgens to the nuclear matrix of sex hormone responsive tissues // J. Biol. Chem. 1980. V.255. P. 7265-7275.

66. Bazett-Jones D.P., Cote J., Landel C., Peterson C.L., Workman J.L. The SWI/SNF complex creates loop domain in DNA and polynucleosome arrays and can disrupt DNA-histone contacts within these domains // Mol. Cell Biol. 1999. V. 19. P. 14701478.

67. Beall E.L., Rio D.C. Drosophila P-element transposase is a novel site-specific endonuclease // Genes & Development. 1997. V. 11. No. 16. P. 2137-2151.

68. Beall E.L., Rio D.C. Transposase makes critical contacts with, and is stimulated by, single-stranded DNA at the P element termini in vitro // EMBO J. 1998. V. 17. No. 7. P. 2122-2136.

69. Beermann W. Nuclear differentiation and functional morphology of chromosomes // Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 1956. V. 21. P. 217-232.

70. Beermann W. Structure and function of interphase chromosomes // Genetics today. XI intern, congress genet./ Ed. S.J. Gerts. Oxford; London; Edinburgh; New York; Paris; Frankfurt: Pergamon Press. 1965. V. 2. P. 375-384.

71. Beermann W. Differentiation at the level of the chromosomes // Cell Differentiation and Morphogenesis. Amsterdam: North Holland. 1966. P. 24-54.

72. Beermann W. Gene action at the level of the chromosome // Heritage from Mendel/ Eds. R.A. Brink, E.D. Styles. Madison; London: University of Wisconsin Press. 1967. P. 179-201.

73. Beermann W. Chromomeres and genes// Results and problems in cell differentiation/ Ed. W. Beermann. Berlin; Heidelberg; New York: Springer. 1972. V.4. P. 1-33.

74. Beermann W., Bahr G.F. The submicrscopic structure of the Balbiani Ring // Exptl. Cell Res. 1954. V. 6. P. 195-201.

75. Beermann W., Pelling C. 3H-thymidin-markierung einzelner Chromatiden in Riesenchromosomen // Chromosoma. 1965. V.16. P. 1-21.

76. Beisel C., Imhof A., Greene J. et al. Histone methylation by the Drosophila epigenetic transcriptional regulator Ashl // Nature. 2002. V. 419. P. 857-861.

77. Belenkaya Т., Barseguyan K., Hovhannisyan H., et al. P element sequences can compensate for a deletion of the yellow regulatory region in Drosophila melanogaster II Mol. Gen. Genet. 1998. V.259. P. 79-87.

78. Bellen H.J., Levis R.W., Liao G., et al. The BDGP gene disruption project: single transposon insertions associated with 40% of Drosophila genes // Genetics. V. 167. P. 761-781.

79. Belotserkovskaya R., Oh S., Bondarenko V.A. et al. FACT facilitates transcription-dependent nucleosome alteration // Science. 2003. V. 301. P. 1090-1093.

80. Belyavsky A., Bavykin S., Goguadze E., Mirzabekov A. Primary organization of the nucleosomes containing all five histones and DNA 175 and 165 base-pairs long// J. Mol. Biol. 1980. V.139. P. 519-536.

81. Bentley D.L. Coupling RNA polymerase II transcription with pre-mRNA processing // Curr. Opinion Cell Biol. 1999. V. 11. P. 347-351.

82. Berendes H.D. Salivary gland function and chromosomal puffing patterns in Drosophila hydei /I Chromosoma. 1965. V. 17. P. 35-77.

83. Berendes H.D. Factors involved in the expression of gene activity in polytene chromosomes // Chromosoma. 1968. V. 24. P. 418-437.

84. Berendes H.D. Induction and control of puffing //Ann. Embryol. Morphogen. 1969. Suppl. l.P. 153-164.

85. Berendes H.D. Polytene chromosome structure at the submicroscopic level. I. A map of region X, 1-4E of Drosophila melanogaster // Chromosoma. 1970. V. 29. P. 118130.

86. Berendes H.D. The control of puffing in Drosophila hydei // Developmental studies on giant chromosomes / Ed. Beermann W. Berlin: Springer Verlag, 1972. P. 181-207.

87. Berendes H.D. Synthetic activity of polytene chromosomes // Int. Rev. Cytol. 1973. V. 35. P. 61-116.

88. Berendes H.D., Alonso C., Helmsing H.J., Leenders H.J., Derksen J. Structure and function in the genome of Drosophila hydei // Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 1974. V. 38. P. 645-654.

89. Berezney R., Coffey D.S. Identification of a nuclear protein matrix// Biochem. Biophys. Res. Commun. 1974. V.60. P. 410-1417.

90. Berezney R., Coffey D.S. Nuclear protein matrix: association with newly synthesized DNAII Science. 1975. V.189. P. 291-292.

91. Berg C.A., Spradling A.C. Studies on the rate and site-specificity of P element transposition // Genetics. 1991. V. 127. No. 3. P. 515-524.

92. Berger S.L. Histone modifications in transcriptional regulation // Curr. Opinion Gen. Devel. 2002. V. 12. P. 142-148.

93. Bernhard W. A new staining procedure for electron microscopical cytology // J. Ultrastruct. Res. 1969. Vol. 27. P. 250-265.

94. Bernstein B.E., Humphrey E.L., Erlich R.L. et al. Methylation of histone H3 Lys4 in coding regions of active genes // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2002. V. 99(13). P. 86958700.

95. Berrious M., Osheroff N., Fisher P. In situ localization of DNA topoisomerase II, a major polypeptide of Drosophila nuclear matrix // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1985. V. 82. P. 4142-4146.

96. Beyer A.L., Miller O.L., McKnight S.L. Ribonucleoprotein structure in nascent hn RNA is nonrandom and sequence-dependent // Cell. 1980. V. 20. P.75-84.

97. Blanton J., Gaszner M., Schedl P. Proteinrprotein interactions and the pairing of boundary elements in vivo // Genes and Developmet. 2003. V. 17. N.5. P. 664-675.

98. Bode J., Schlake Т., Rios-Ramires M., Stengert M., Kay V. and Klehr-Wirth D. Scaffold/Matrix-Attached Regions: structural properties creating transcriptionaly active loci// Int. Rev. of Cytol. 1995. V. 162A. P. 389-454.

99. Boehm A.K., Saunders A., Werner J., Lis J.T. Transcription factor and polymerase recruitment, modification, and movement on dhsp70 in vivo in the minutes following heat shock // Mol. Cell. Biol. 2003. V. 23. P. 7628-7637.

100. Bone J.R., Lavender J., Richman R. et al. Acetylated histone H4 on the male X chromosome is associated with dosage compensation in Drosophila // Genes & Development. 1994. V. 8. N.l. P. 96-104.

101. Bonner J.J., Parks C., Parker-Thornberg J., Mortin M.A., Pelham H.R.B. The use of promoter fusions in Drosophila genetics: isolation of mutations affecting the heat shock response// Cell. 1984. V.37. P. 979-991.

102. Boulikas T. Chromatin domains and prediction of MAR sequences// Int. Rev. of Cytol. 1995. V. 162A. P. 279-388.

103. Brady Т., Bailey J.F., Payne M.B. Scanning electron microscopy of isolated Chironomus chromosomes // Chromosoma. 1977. V. 60. P. 179-186.

104. Brand A. GFP in Drosophila // Trends in Genetics. 1995. V. 11. N. 8. P. 324-325.

105. Brennecke J., Hipfner D.R., Stark A., Russell R.B., Cohen S.M. bantam encodes a developmentally regulated micro RNA that controls cell proliferation and regulates the proapoptotic gene hid in Drosophila // Cell. 2003. V. 113. P. 25-36.

106. Breuer M.E., Pavan C. Behaviour of polytene chromosomes of Rhynchosciara angelae at different stages of larval development // Chromosoma. 1955. V. 7. P. 371386.

107. Bridges C.B. Salivary chromosome maps with a key to the banding of the chromosomes of Drosophila melanogaster // J. Hered. 1935. Vol. 26. P. 60-64.

108. Bridges C.B. A revised map of the salivary gland X-chromosome of Drosophila melanogaster // J. Hered. 1938. V. 29. P. 11-13.

109. Bridges C.B., Bridges P.N. A new map of the second chromosome: a revised map of the right limb of the second chromosome of Drosophila melanogaster // J. Hered. 1939. V. 30. P. 475-476.

110. Bridges P.N. A new map of the salivary gland 2-L chromosome of Drosophila melanogaster I/ J. Hered. 1942. V. 33. P. 403-408.

111. Bruhn S.L., Housman D.E., Lippard S.J. Isolation and characterization of cDNA clones encoding the Drosophila homolog of the HMG-box SSRP family that recognizes specific DNA structures // Nucleic Acids Research. 1993. V. 21. P. 16431646.

112. Buchner K., Roth P., Schotta G. et al. Genetic and molecular complexity of the position effect variegation modifier mod(mdg4) in Drosophila // Genetics. 2000. V. 155(1). P. 141-157.

113. Burkholder C.D. Whole mount electron microscopy of polytene chromosomes from Drosophila melanogaster I I Can. J. Genet. Cytol. 1976. V.18. P. 67-77.

114. Busen W., Amabis J.M., Leoncini O., Stollar B.D., Lara F.J.S. Immunofluorescent characterization of DNA-RNA hybrids on polytene chromosomes of Trichosia pubescens (Diptera, Sciaridae) // Chromosoma. 1982. V. 87. P. 247-262.

115. Butler J.E, Kadonaga J.T. Enhancer-promoter specificity mediated by DPE or TATA core promoter motifs // Genes & Development. 2001. V.15. P. 2515-2519.

116. Byrd K.N., Shearn A. ASH1, a Drosophila trithorax group protein, is required for methylation of lysine 4 residues on histone H3 // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2003. V. 100. N.20. P. 11535-11540.

117. Caccone A., Amato G.D., Powell J.R. Rates and patterns of scnDNA and mtDNA divergence within the Drosophila melanogaster subgroup // Genetics. 1988. V. 118. P. 671-683.

118. Cadena D.L., Dahmus M.E. Messenger RNA synthesis in mammalian cells is catalyzed by the phosphorylated form of RNA polymerase II // J. Biol. Chem. 1987. V. 262. P. 12468-12474.

119. Carrera P., Abrell S., Kerber B. et al. A modifier screen in the eye reveals control genes for Kruppel activity in the Drosophila embryo // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1998. V. 9. P. 10779-10784.

120. Caspersson Т.О. Die Eiweiss verteilung in den Strukturen des Zellkernes // Chromosoma. 1940. Bd. 1. S. 562-604.

121. Celniker S.E., Wheeler D.A., Kronmiller B. et al, Finishing a whole-genome shotgun: Release 3 of the Drosophila melanogaster euchromatic genome sequence. Genome Biol. 2002. V. 3. research0079.

122. Chambeyron S., Bickmore W.A. Does looping and clustering in the nucleus regulate gene expression? // Curr Opin Cell Biol 2004. V. 16. P. 256-262.

123. Champlin D.T., Frasch M., Saumweber H., Lis J. Characterization of a Drosophila protein associated with boundaries of transcriptionally ative chromatin // Genes & Development. 1991. V. 5. P. 1611-1621.

124. Champlin D.T., Lis J.T. Distribution of B52 within a chromosomal locus depends on the level of transcription // Mol. Biol. Cell. 1994. V. 5. P. 71-79.

125. Chen D., Ma H., Hong H. et al. Regulation of transcription by a protein methyltransferase // Science. 1999. V. 284. P. 2174-2177.

126. Cheung P., Allis C.D., Sassone-Corsi P. Signalling to chromatin through histone modifications // Cell. 2000a. V. 103. P. 263-271.

127. Cheung P., Tanner K.G., Cheurn W.L. et al. Synergistic coupling of histone H3 phosphorylation and acetylation in response to epidermal growth factor stimulation // Mol. Cell. 2000b. V. 5. P. 905-916.

128. Chinwalla V., Jane E.P., Harte PJ. The Drosophila trithorax protein binds to specific chromosomal sites and is co-localized with Polycomb at many sites // EMBO J. 1995. V. 14. P. 2056-2065.

129. Clapier C.R., Langst G., Corona D.F. et al. Critical role for the histone H4 N terminus in nucleosome remodeling by ISWI // Mol. Cell. Biol. 2001. V. 21. N.3. P. 875-883.

130. Clapier C.R., Nightingale K.P., Becker P.B. A critical epitope for substrate recognition by the nucleosome remodeling ATPase ISWI // Nucleic Acids Research. 2002. V. 30. P. 649-655.

131. Clark D.V., Sabl J.F., Henikoff S. Repetitive arrays containing a housekeeping gene have altered polytene chromosome morphology in Drosophila // Chromosoma. 1998. V.107. P. 96-104.

132. Clarkson M.J., Wells J.R., Gibson F. et al. Regions of variant histone His2AvD required for Drosophila development II Nature. 1999. V. 399. P. 694-697.

133. Clayton A.L., Rose S., Barratt M.J., Mahadevan L.C. Phosphoacetylationof histone H3 on c-fos and с-у'ш-assotiated nucleosomes upon gene activation // EMBO J. 2000. V. 19. P. 3714-3726.

134. Clever U., Romball C.G. RNA and protein synthesis in the cellular response to a hormone ecdysone // Proc. Nat. Acad. Sci. USA. 1966. V. 56. P. 1470-1476.

135. Cockerill P.N. and Garrard W.T. Chromosomal loop anchorage of the kappa immunoglobulin gene occurs next to the enhancer in a region containing topoisomerase II sites// Cell. 1986.V.44. P. 273-282.

136. Coen D. P element regulatory products enhance zeste repression of a Pwhite duplicated. transgene in Drosophila melanogaster // Genetics. 1990. V. 126. N. 4. P. 949-960.

137. Coen D., Lemaitre В., Delattre M. et al. Drosophila P element: transposition, regulation and evolution // Genetica. 1994. V. 93. P. 61-78.

138. Colby C., Stollar B.D., Simon M.I. Interferon induction: DNA-RNA hybrid or double stranded RNA? // Nature New Biol. 1971. V. 229. P. 172-174.

139. Colvard D.S., Wilson E.M. Androgen receptor binding to nuclear matrix in vitro and its inhibition by 8S androgen receptor binding factor // Biochemistry. 1984. V.23. P. 3479-3486.

140. Cook P.R. The nucleoskeleton and the topology of transcription // Eur. J. Biochem. 1989. V.185. P. 487-501.

141. Cook P.R., Brazell I.A. Supercoils in human DNA// J. Cell Sci. 1975. V.19. P. 261279.

142. Cook P.R., Brazell I.A. Conformational constrains in human DNA// J. Cell Sci. 1976. V.22. P. 287-302.

143. Cook P.R., Brazell I.A. Mapping sequences in loops of nuclear DNA by their progressive detachment from the nuclear cage// Nucl. Acids. Res. 1980. V.8. P. 28952906.

144. Cook P.R., Brazell I.A., Jost E. Characterization of nuclear structures containing superhelical DNA// J. Cell Sci. 1976. V.22. P. 303-324.

145. Corona D.F.V., Clapier C.R. Becker P.B., Tamkun J.W. Modulation of ISWI function by site-specific histone acetylation // EMBO reports. 2002. V. 3. N.3. P. 242247.

146. Crick F.H. General model for the chromosomes of higher organisms// Nature. 1971. V.234. P. 25-27.

147. Crick F.H. Linking numbers and nucleosomes // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1976. V.73. P. 2639-2643.

148. Csink A.K., Henikoff S. Large-scale chromosomal movements during interphase progression in Drosophila // The Journal of Cellular Biology. 1998. V. 143. P. 13-22.

149. Cutler G., Perry K.M., Tjian R. ADF1 is a nonmodular transcription factor that contains a TAF-binding Myb-like motif // Mol. Cell. Biol. 1998. V. 18. P. 2252-2261.

150. Cuvier O., Hart C.M., Laemmli U.K. Identification of a class of chromatin boundary elements // Mol. Cell. Biol. 1998. V.18. P. 7478-7486.

151. Da Cunha A.B., Riess R.W., Biesele J.J., et al. Studies in cytology and differentiation in Sciaridae. VI. Nuclear cytoplasmic transfers in Hybosciara fragilis Morgante (Diptera, Sciaridae) // Caryologia. 1973. V. 26. P. 549-561.

152. Dej K.J. and Spradling A.C. The endocycle controls nurse cell polytene chromosome structure during Drosophila oogenesis // Development. 1999. V.126. P. 293-303.

153. Demakov S, Gortchakov A, Schwartz Y, Semeshin V, Campuzano S, Modolell J, Zhimulev I Molecular and genetic organization of Drosophila melanogaster polytene chromosomes: evidence for two types of interband regions // Genetica. 2004. V. 122. V. 311-324.

154. Demakova O.V., Kotlikova I.V., Gordadze P.R., et al. The MSL complex levels are critical for its correct targeting to the chromosomes in Drosophila melanogaster // Chromosoma. 2003. V. 112. P. 103-115.

155. Deng H., Zhang W., Bao X., et al. The JIL-1 kinase regulates the structure of Drosophila polytene chromosomes// Chromosoma. 2005. V.114. N.3 P. 173-182.

156. Derksen J.W. Ribonuclear protein formation at locus 2-48BC in Drosophila hydei //Nature. 1976. V. 263. P. 438-439.

157. Deuring R., Fanti L., Armstrong J. The ISWI chomatin-remodeling protein is required for gene expression and the maintenance of higher order chromatin structure in vivo II Mol. Cell. 2000. V. 5. P. 355-365.

158. Derksen J.W., Berendes H.D., Willart E. Production and release of a locus-spesific ribonucleoprotein product in polytene nuclei of Drosophila hydei 11 J. Cell Biol. 1973. V. 59. P. 661-668.

159. Ding H.-F., Bustin M., Hansen U. Alleviation of histone Hl-mediated transcriptional repression and chromatin compaction by the acidic activation region in chromosomal protein HMG-14 // Mol. Cell. Biol. 1997. V.17. P. 5843-5855.

160. Donahue P.R., Palmer D.K., Condie J.M., Sabatini L.M., Blumenfeld M. Drosophila histone H2A.2 is associated with the interbands of polytene chromosomes // Proc. Nat. Acad. Sci. USA. 1986. V.83. P. 4744-4748.

161. Dvir A., Conaway R.C., Conaway J.W. A role for TFIIH in controlling the activity of early RNA polymerase II elongation complexes // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1997. V. 94. P. 9006-9010.

162. Edmondson D.G., Davie J.K., Zhou J. et al. Site-specific loss of acetylation upon phosphorylation of histone H3 // J. Biol. Chem. 2002. V. 277. N.33. P. 29496-24502.

163. Edstrom J.E. Eukaryotic evolution based on information in chromosomes on allele frequencies // J. Theoret. Biol. 1975. V. 52. P. 163-174.

164. Eggert H., Jack R.S. An ectopic copy of the Drosophila ftz associated SAR neither reorganizes local chromatin structure nor hinders elution of a chromatin fragment from isolated nuclei//EMBO J. 1991. V.10. P. 1237-1243.

165. Eggert H., Gortchakov A., Saumweber H. Identification of the Drosophila interband-specific protein Z4 as a DNA-binding zinc-finger protein determining chromosome structure // Journal of Cell Science. 2004. V. 117(18). P. 4253-4264.

166. Eggleston W.B. P-element transposition and excision in Drosophila: Interactions between elements 11 University of Wisconsin. Genetics. Madison. WI. 1990.

167. Engels W.R., Preston C.R. Hybrid dysgenesis in Drosophila melanogaster. the biology of female and male sterility // Genetics. 1979. V. 92. No. 1. P. 161-174.

168. Engels W.R. The P family of transposable elements in Drosophila // Ann. Rev.Genet. 1983. V. 17. P. 315-344.

169. Engels W.R. P elements in Drosophila // Mobile DNA/ Eds. D.E. Berg, M.M. Howe. American Soci. Microbiol. Publ. 1989.

170. Engels W.R., Benz W.K., Preston C.R., Graham P.L., Phillis R.W., Robertson H.M. Somatic effects of P element activity in Drosophila melanogaster: pupal lethality // Genetics. 1987. V. 117. N.4. P. 745-757.

171. Engels W.R., Johnson-Schlitz D.M., Eggleston W.B., Sved J. High-frequency P element loss in Drosophila is homolog dependent // Cell. 1990. V. 62. N.3. P. 515-525.

172. Engels W.R., Preston C.R. Hybrid dysgenesis in Drosophila melanogaster: the biology of female and male sterility 11 Genetics. 1979. V. 92. N. 1. P. 161-174.

173. Engels W.R., Preston C.R. Formation of chromosome rearrangements by P factors in Drosophila // Genetics. 1984. V. 107. N.4. P. 657-678.

174. England B.P., Admon A., Tjian R. Cloning of Drosophila transcription factor Adf-1 reveals homology to Myb oncoproteins // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1992. V. 89. P. 683-687.

175. England B.P., Heberlein U., Tjian R. Purified Drosophila transcription factor; Adh distal factor-1 (ADF1), binds to sites in several Drosophila promoters and activates transcription // J. Biol. Chem. 1990. V. 265. P. 5086-5094.

176. Ephrussi В., Beadle W. A technique of transplantation for Drosophila // Amer. Naturalist. 1936. V. 50. P. 218-225.

177. Farrel-Towt J., Sanders M. Non-coordinate histone synthesis in heat shocked Drosophila cells is regulated at multiple levels // Molecular and Cellular Biology. 1984. V. 4. P. 2676-2685.

178. Finch J.T., Klug A. Solenoidal model for superstructure in chromatin// Proc. Nat. Acad. Sci. USA. 1976. У.13. P. 1897-1901.

179. The FlyBase Consortium. The FlyBase database of the Drosophila genome projects and community literature // Nucleic Acids Research. 2003. V. 31. P. 172-175. http://flvbase.net/

180. Follette P.G., O'Farrell P.H. Cdks and the Drosophila cell cycle // Curr. Opin. Genet. Dev. 1997. V.7. P. 17-22.

181. Follette P.G., Duronio R.J., O'Farrell P.H. Fluctuations in Cyclin E levels are required for multiple rounds of endocycle S phase in Drosophila // Curr. Biol. 1998. V.8. P. 235-238.

182. Frank M.B., Bishop J.G., Stuart W.D. Applications of immunological identification of RNA-DNA hybrids // Genetics. 1980. V. 94. P. 33-34.

183. Frasch M., Glover D.M., Saumweber H. Nuclear antigens follow different pathways into daughter nuclei during mitosis in early Drosophila embryos // J. Cell. Sci. 1986. V.82. P. 155-172.

184. Fridell Y.W.C., Searles L.L. Vermilion as a small selectable marker gene for Drosophila transformation // Nucleic Acids Research. 1991. V. 19. P. 5082.

185. Fridell Y.W.C., Searles L.L. In vivo transcriptional analysis of the TATA-less promoter of the Drosophila melanogaster vermilion gene // Mol. Cell Biol. 1992. V. 12. P. 4571-4577.

186. Fujita S. Chromosomal organization as a genetic basis of cytodifferentiation in multicellular organisms // Nature. 1965. V.206. P. 742-744.

187. Fujita S., Takamoto K. Synthesis of messenger RNA on the polytene chromosomes of Dipterian salivary gland // Nature. 1963. V. 200. P. 494-495.

188. Fung J.C., Marshall W.F., Dernburg A., Agard D.A., Sedat J.W. Homologous chromosome pairing in Drosophila melanogaster proceeds through multiple independent initiations // J. Cell Biol. 1998. V.141. P. 5-20.

189. Gall J.G., Pardue M.L. Formation and detection of RNA-DNA hybrid molecules in cytological preparations // Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A. 1969. V. 63. P. 378-383.

190. Gerasimova T.I., Corces V.G. Polycomb and trithorax group proteins mediate the function of a chromatin insulator // Cell. 1998. V. 92. P.511-521.

191. Gerber M., Ma J., Dean K. et al. Drosophila ELL is associated with actively elongating RNA polymerase II on transcriptionally active sites in vivo // EMBO J. 2001. V. 20. P. 6104-6114.

192. Gersh E.S. Sites of gene activity and of inactive genes in polytene chromosomes of Diptera// J. Theor. Biol. 1975. V. 50. P. 413-428.

193. Geyer P.K., Green M.M., Corces V.G. Tissue-specific transcriptional enhancers may act in trans on the gene located in the homologous chromosome: the molecular basis of transvection in Drosophila // EMBO J. 1990. V.9. P. 2247-2256.

194. Gdula D.A., Gerasimova T.I., Corces V.G. Genetic and molecular analysis of the gypsy chromatin insulator of Drosophila // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1996. V. 93. N.18. P. 9378-9383.

195. Ghosh D., Gerasimova T.I., Corces V.G. Interactions between the Su(Hw) and Mod(mdg4) proteins required for gypsy insulator function // EMBO J. 2001 V. 20. P. 2518-2527.

196. Giet R., Glover D.M. Drosophila Aurora В kinase is required for histone H3 phosphorylation and condensin recruitment during chromosome condensation and to organize the central spindle during cytokinesis // J. Cell. Biol. 2001. V. 152. P. 669681.

197. Gilbert M.K., Tan Y.Y., Hart C.M. The Drosophila boundary element-associated factors BEAF-32A and BEAF-32B affect chromatin structure // Genetics. 2006. V. 173. P. 1365-1375.

198. Gilmour D.S., Lis J.T. RNA polymerase II interacts with the promoter region of the non-induced hsp70 gene in Drosophila melanogaster cells // Mol. Cell Biol. 1986. V. 6. P. 3984-3989.

199. Gim B.S., Park J.M., Yoon J.H. et al. Drosophila Med6 is required for elevated expression of a large but distinct set of developmentally regulated genes // Mol. Cell. Biol. 2001. V. 21. N.15. P. 5242-5255.

200. Gloor G.B., Nassif N.A., Johnson-Schlitz D.M., Preston C.R., Engels W.R. Targeted gene replacement in Drosophila via P element-induced gap repair // Science. 1991. V. 253. P. 1110-1117.

201. Goldberg D.A., Posakony J.W., Maniatis T. Correct developmental expression of a cloned alcohol dehydrogenase gene transduced into the Drosophila germ line // Cell. 1983. V. 34. N. 1. P. 59-73.

202. Golic K.G. Local transposition of P elements in Drosophila melanogaster and recombination between duplicated elements using a site-specific recombinase // Genetics. 1994. V. 137. P. 551-563.

203. Golic К., Golic M. Engineering the Drosophila genome: chromosome rearrangements by design // Genetics. 1996. V. 144. P. 1693-1711.

204. Golic K.G., Lindquist S.L. The FLP recombinase of yeast catalyzes site-specific recombination in the Drosophila genome // Cell. 1989. V. 59. P. 499-509.

205. Golic M.M., Rong Y.S., R.B. Peteresen. et al. FLP-mediated DNA mobilization to specific target sites in Drosophila chromosomes // Nucleic Acids Research. 1997. V. 25. P. 3665-3671.

206. Golubovsky M.D., Ivano Y.N., Green M.M. Genetic instability in Drosophila melanogaster: putative multiple insertion mutants at the singed bristle locus // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1977. V. 74. P. 2973-2975.

207. Golovnin A., Birukova I., Romanova 0., et al. An endogenous Su(Hw) insulator separates the yellow gene from the achaete- scute gene complex in Drosophila // Development. 2003. V. 130. P. 3249-3258.

208. Goode S., Melnick M., Chou T.-B., Perrimon N. The neurogenic genes egghead and brainiac define a novel signaling pathway essential for epithelial morphogenesis during Drosophila oogenesis //Development. 1996. V. 122. P. 3863-3879.

209. Gortchakov A.A., Eggert H., Gan M., Mattow J., Zhimulev I.F., Saumweber H. Chriz, a chromodomain protein specific for the interbands of Drosophila melanogaster polytene chromosomes // Chromosoma. 2005. V. 114. P. 54-66.

210. Goto H., Tomono Y., Ajiro K. et al. Identification of a novel phosphorylation site on histone H3 coupled with mitotic chromosome condensation // J. Biol. Chem. 1999. V. 274. N.36. P. 25543-25549.

211. Green M.M. Genetic instability in Drosophila melanogaster. De novo induction of putative insertion mutations // Proc.Nat.Acad.Sci.USA. 1977. V. 74. P. 3490-3493.

212. Greenleaf A.L., Bautz E.K.F. RNA polymerase В from Drosophila melanogaster larvae. Purification and partial characterization // Europ. J. Biochem. 1975. V. 60. P. 169-179.

213. Gruzdev A.D., Reznik N.A. Evidence for the uninemy of eucaryotic chromatids // Chromosoma. 1981. V. 82. P. 1-8.

214. Gu W., Szauter P., Lucchesi J.C. Targeting of MOF, a putative histone acetyl transferase, to the X chromosome of Drosophila melanogaster // Dev. Genet. 1998. V. 22. N.l. P. 56-64.

215. Gustafsson C.M., Samuelsson T. Mediator a universal complex in transcriptional regulation// Mol. Microbiology. 2001. V. 41. P. 1-8.

216. Guzman E., Lis J.T. Transcription factor TFIIH is required for promoter melting in vivo // Mol. Cell. Biol. 1999. V. 8. P.5652-5658.

217. Gvozdev V.A., Gostimsky S.A., Gerasimova T.I., Dubrovskaya E.S., Braslavskaya O.Yu. Fine genetic structure of the 2D3-2F5 region of the X chromosome of Drosophila melanogaster // Mol. Gen. Genet. 1975. Vol. 141. P. 269-275.

218. Hall L.M.C., Mason P.J. Spierer P. Transcripts, genes and bands in 315,000 basepairs of Drosophila DNA //J. Molecular Biol. 1983. V. 169. P. 84- 96.

219. Hamkalo B.A., Miller O.L.J. Electron microscopy of genetic activity // Ann. Rev. Biochem. 1973. V. 42. P. 379-396.

220. Hancock R. A new look at the nuclear matrix// Chromosoma. 2000. V.109. P. 219225.

221. Hancock R. Internal organisation of the nucleus: assembly of compartments by macromolecular crowding and the nuclear matrix model // Biol. Cell. 2004. V. 96. P. 595-601.

222. Harrison D.A., Gdula D.A., Coyne R.S., Corces V.G. A leucine zipper domain of the suppressor of Hairy-wing protein mediates its repressive effect on enhancer function // Genes & Development. 1993. V. 7. P. 1966-1978.

223. Hart С. M., Cuvier O., Laemmli U. K. Evidence for an antagonistic relationship between the boundary element associated factor BEAF and the transcription factor DREF // Chromosoma. 1999. V. 108. P. 375-383.

224. Hart C.M., Laemmli U.K. Facilitation of chromatin dynamics by SARs // Curr. Opin. Genet. Dev. 1998. V.8. P. 519-525.

225. Hart C.M., Zhao K., Laemmli U.K. The scs' boundary element: characterization of boundary element-associated factors// Mol. Cell. Biol. 1997. V.17. P. 999-1009.

226. Hart К., Klein Т., Wilcox M. A Minute encoding a ribosomal protein enhances wing morphogenesis mutants // Mech. Dev. 1993. V. 43. P. 101-110.

227. Hartzog G.A., Wada Т., Handa H., Winston F. Evidence that Spt4, Spt5, and Spt6 control transcription elongation by RNA polymerase II in Saccharomyces cerevisiae // Genes & Development. 1998. У. 12. P. 357-369.

228. Heberlein U., England B.P., Tjian R. Characterization of Drosophila transcription factors that activate the tandem promoters of the alcohol dehydrogenase gene // Cell. 1985. V. 41. P. 965-977.

229. Heitz E. Die somatische Heteropyknose bei Drosophila melanogaster und ihre genetische Bedeutung // Z. Zellforsch. 1933. Bd. 20. S. 237-287.

230. Heitz E., Bauer H. Beweise fur die Chromosomennatur der Kernscleifen in den Knauelkernene von Bibio hortulanus // Z. Zellforsch. 1933. V. 17. P. 67-82.

231. Hewish D.R., Burgoyne L.A. Chromatin substructure: the digestion of chromatin at regulatory spaces sites by a nuclear DNAse// Biochem. Biophys. Res. Commun. 1973. V.52. P. 504-510.

232. Hill R.J. Native salivary chromosomes of Drosophila melanogaster. Retrospect and Prospect // Aust. J. Biol. Sci. 1985. V. 38. P. 1-11.

233. Hill R.J., Mott M.R., Burnett E.J., Abmayr S.M., Lowenhaupt K., Elgin S.C.R. Nucleosome repeat structure is present in native salivary chromosomes of Drosophila melanogaster // J. Cell Biol. 1982. V. 95. P. 262-266.

234. Hill R.J. Mott M.R., Steffensen D.M. The preparation of polytene chromosomes for localization of nucleic acid sequences, proteins and chromatin conformation// Int. Rev. Cytol. 1987. V.108. P. 61-118.

235. Hill R.J., Stollar B.D. Dependence of Z-DNA antibody binding to polytene chromosomes on acid fixation and DNA torsional strain // Nature. 1983. V. 305. P. 338-340.

236. Hill R.J., Watt F. "Native" salivary chromosomes of Drosophila melanogaster // Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 1978. V. 42. P. 859-865.

237. Hill R.J., Watt F., Wilson C.M. et al. Bands, interbands and puffs in native Drosophila polytene chromosomes are recognized by a monoclonal antibody to an epitope in the carboxy-terminal tail of histone HI // Chromosoma. 1989. V. 98(6).P. 411-421.

238. Hinton T.A. The structure of the bands of salivary gland chromosomes // J. Hered. 1946. V. 37. P. 99-102.

239. Hipfner D.R.,Weigmann K., Cohen S.M. The bantam gene regulates Drosophila growth // Genetics. 2002. V. 161. P. 1527-1537.

240. Hoffman E.P., Corces V.G. Sequences involved in temperature and ecdysteron-induced transcription are located in separate regions of Drosophila melanogaster heat shock gene // Mol. Cell. Biol. 1986. V.6. P. 663-673.

241. Hollmann M. Drosophila melanogaster WDS (wds) and egghead (egh) genes, complete cds I I GenBank/EMBL/DDBJ. 2000. 2.9. AF233288.

242. Holt Th.K.H. Local protein accumulation during gene activation. I. Quantitative measurements on dye binding capacity at subsequent stages of puff formation in Drosophila hydeill Chromosoma. 1970. V. 32. P. 64-78.

243. Horowitz R.A., Agard D.A., Sedat J.W., Woodcock C.L. The three-dimensional architecture of chromatin in situ: electron tomography reveals fibers composed of a continuously variable zig-zag nucleosomal ribbon // J. Cell Biol. 1994. V.125. P. 1-10.

244. Iarovaia O.V., Bystritskiy A., Ravcheev D., Hancock R., Razin S.V. Visualization of individual DNA loops and a map of loop-domains in the human dystrophin gene. // Nucl. Acids Res. 2004. V. 32. P. 2079-2086.

245. Immanuel D., Zinszer H., Ron D. Association of SARFH (sarcoma-associated RNA-binding fly homolog) with regions of chromatin transcribed by RNA polymerase II // Mol. Cell. Biol. 1995. V. 15(8). P. 4562-4571.

246. Ivanov D., Kwak Y.T., Guo J., Gaynor R.B. Domains in the SPT5 protein that modulate its transcriptional regulatory properties // Mol. Cell. Biol. 2000. V. 20. P. 2970-2983.

247. Izaurralde E., Kas E., Laemmli U.K. Highly preferential nucleation of histone HI assembly on scaffold-associated region sequences // J. Mol. Biol. 1989. V.210. P. 573585.

248. Jack R.S., Eggert H. The elusive nuclear matrix // Eur. J. Biochem. 1992. V.209. P. 503-509.

249. Jackson D.A., Cook P.R. Transcription occurs at a nucleoskeleton// EMBO J. 1985. V.4. P. 919-925.

250. Jackson D.A., Cook P.R. Replication occurs at a nucleoskeleton// EMBO J. 1986. V.5. P. 1403-1410.

251. Jackson D.A., Dolle A., Robertson G., Cook P.R. The attachments of chromatin loops to the nucleoskeleton // Cell. Biol. Int. Rep. 1992. V.16. P. 687-696.

252. Jackson J.P. Lindroth A.M., Cao X., Jacobsen S.E. Control of CpNpG methylation by the KRYPTONITE histone H3 methyltransferase // Nature. 2002. V. 416. P. 556560.

253. Jacobson R.H., Ladurner A.G., King D.S., Tjian R. Structure and function of a human TAF(II)250 double bromodomain module // Science. 2000. V. 288. P. 14221425.

254. Judd B.H. Genetic units of Drosophila complex loci // The genetics and biology of Drosophila/ Eds. Ashburner M., E. Novitsky. - London; New York; San Francisco: Academic Press. 1976. Vol. lb. P. 767-799.

255. Judd B.H., Shen M.W., Kaufman T.C. The anatomy and function of a segment of the X-chromosome of Drosophila melanogaster I I Genetics. 1972. V. 71. P. 139-156.

256. Jamrich M., Greenleaf A.L., Bautz E.K.F. Localization of RNA-polymerase in Drosophila melanogaster polytene chromosomes //Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1977a. V. 74. P. 2079-2083.

257. Jamrich M., Haars R., Wulf E., Bautz F.A. Correlation of RNA polymerase В and transcriptional activity in the chromosomes of Drosophila melanogaster // Chromosoma. 1977b. V.64. P. 319-326.

258. Jamrich M., Greenleaf A.L., Bautz F.A., Bautz E.K.F. Functional organization of polytene chromosomes // Cold Spring Harb. Symp. Quant. Biol. 1978. V. 42. P. 389396.

259. Jedlicka P., Mortin M.A., Wu C. Multiple functions of Drosophila heat shock transcription factor in vivo // EMBO J. 1997. V. 16. P. 2452-2462.

260. Jin Y., Wang Y., Walker D.L., Dong H., Conley C., Johansen J., Johansen K.M. JIL-1: a novel chromosomal tandem kinase implicated in transcriptional regulation in Drosophila// Mol. Cell. 1999. V.4. P. 129-135.

261. Jin Y., Wang Y., Johansen J., Johansen K.M. JIL-1, a chromosomal kinase implicated in regulation of chromatin structure, associates with the male specific lethal (MSL) dosage compensation complex // J. Cell. Biol. 2000. V. 149. N.5. P. 1005-1010.

262. Johnson-Schlitz D.M., Engels W.R. P-element-induced interallelic gene conversion of insertions and deletions in Drosophila melanogaster // Molecular and Cellular Biology. 1993. V. 13. No. 11. P. 7006-7018.

263. Kadonaga J.T. The DPE, a core promoter element for transcription by RNA polymerase II // Experimental and Molecular Medicine. 2002. V. 34. N. 4. P. 259-264.

264. Kalisch W.-E. The EM band-interband pattern of SSP chromosomes in Drosophila subobscura: Division 100A-D//Dros. Inform. Serv. 1986. V. 63. P. 72.

265. Kalisch W.-E., Hagele K. Correspondence of banding patterns to ^H-thymidine labelling patterns in polytene chromosomes // Chromosoma. 1976.V. 57. P. 19-23.

266. Kalisch W.-E., Hagele K. Surface spreading of polytene chromosomes // Europ. J. Cell Biol. 1981. V. 23. P. 317-320.

267. Kalisch W.-E., Whitmore T. The SSP chromosome preparation technique as applied for D. melanogaster // Dros. Inform. Serv. 1986. V. 63. P. 142-143.

268. Kalisch W.-E., Schwitalla G., Whitmore T. Electron microscopic band-interband pattern of the X chromosome in Drosophila hydei // Chromosoma. 1986. V.93. P. 387392.

269. Kaplan C.D., Morris J.R. Wu C.-ting., Winston F. Spt5 and Apt6 are associated with active transcription and have characteristics of general elongation factors in D. melanogaster // Genes & Development. 2000. V. 14. P. 2623-2634.

270. Karess R.E., Rubin G.M. Analysis of P transposable element functions in Drosophila 11 Cell. 1984. V. 38. P. 135-146.

271. Kaufman R.E., Doll R.F., Rio D.C. Drosophila /'-element transposase recognizes internal P-element DNA sequences // Cell. 1989. V. 59. P. 359-371.

272. Kaufman R.E., Rio D.C. /"-element transposition in vitro proceeds by a cut and paste mechanism and uses GTP as a cofactor // Cell. 1992. V. 69. P. 27-39

273. Kavenoff R., Zimm B.H. Chromosome-sized DNA molecules from Drosophila // Chromosoma. 1973. V. 41. P. 1-27.

274. Kavenoff R., Klotz L.C., Zimm B.H. On the nature of chromosome-sized DNA molecules // Cold Sring Harb. Symp. Quant. Biol. 1974. V. 38. P. 1-8.

275. Kelley D.E., Stokes D.G., Perry R.P. CHD1 interacts with SSRP1 and depends on both its chromodomain and its ATPase/helicase domain for proper association with chromatin // Chromosoma. 1999. V. 108. P. 10-25.

276. Kelley M.R., Kidd S., Berg R.L., Young M.W. Restriction of P-element insertions at the Notch locus of Drosophila melanogaster // Mol. Cell. Biol. 1987. V. 7. P. 15451548.

277. Keppy D.O., Welshons W.J. The cytogenetics of a recessive visible mutant associated with a deficiency adjacent to the Notch locus in Drosophila melanogaster // Genetics. 1977. V.85. P. 497-506.

278. Kerkis A.Ju., Zhimulev I.F., Belyaeva E.S. EM autoradiographic study of 3H-uridine incorporated into Drosophila melanogaster salivary gland chromosomes // Dros. Inform. Serv. 1977. V. 52. P. 14-17.

279. Keyl H.-G. Duplikationen von untereinheiten der chromosomalen DNS wahrend der Evolution von Chironomus thummi И Chromosoma. 1965. V. 17. P. 139-180.

280. Kidwell M.G., Kidwell J.F., Sved J.A. Hybrid dysgenesis in Drosophila melanogaster. A syndrome of aberrant traits including mutation, sterility, and male recombination // Genetics. 1977. V. 86. P. 813-833.

281. Kidwell M.G., Novy J.B. Hybrid dysgenesis in Drosophila melanogaster: sterility resulting from gonadal dysgenesis in the P-M system // Genetics. 1979. V. 92. P. 11271140.

282. Kiknadze I.I. The structural and cytochemical characteristics of chromosome puffs // Genetic variations in somatic cells / (Proc. Symp. Mutat. Proc., Praha. 1965. P. 177181.

283. Kiknadze I.I., Perov N.A., Chentsov Yu.S. Electron microscopic studies on the polytene chromosomes of Chironomus thummi salivary glands. I. Ultrastructural mapping // Chromosoma. 1976. V. 55. P. 91-103.

284. Kiryanov G.I., Manamshyan T.A., Polyakov V., Fais D., Chentsov Y.S. Levels of granular organization of chromatin fibers// FEBS Lett. 1976. V.67. P. 323-327.

285. Kim J., Shen В., Rosen C., Dorsett D. The DNA-binding and enhancer-blocking domains of the Drosophila suppressor of Hairy-wing protein // Mol. Cell. Biol. 1996. V. 16. N.7. P. 3381-3392.

286. Kitagawa Y., Stollar B.D. Comparison of poly(A) x poly(dT) and poly(I) x poly(dC) as immunogens for the induction of antibodies to RNA-DNA hybrids // Molec. Immunol. 1982. Vol. 19. P. 413-420.

287. Kiyasu P.K., Kidwell M.G. Hybrid dysgenesis in Drosophila melanogaster'. the evolution of mixed P and M populations maintained at high temperature // Genet. Res. 1984. V. 44. N. 3. P. 251-259.

288. Klemenz R., Weber U., Gehring W.J. The white gene as a marker in a new P-element vector for gene transfer in Drosophila // Nucleic Acids Research. 1987. V. 15. P. 3947-3959.

289. Koller P.Ch. The internal mechanics of the chromosomes. IV. Pairing and coiling in salivary gland nuclei of Drosophila // Proc. Roy. Soc. London, ser. B. 1935. V. 118. P. 371-397.

290. Koltzoff N.K. The structure of the chromosomes in the salivary glands of Drosophila // Science. 1934. Vol. 80. P. 312-313.

291. Korge G. Polytene chromosomes // Results and problems in cell differentiation. V. 14. Structure and function of eukaryotic chromosomes / Ed. W. Hennig. Berlin; Heidelberg: Springer Verlag. 1987. P. 27-58.

292. Romberg R.D. Chromatin structure: a repeating unit of histones and DNA// Science. 1974. V.184. P. 868-871.

293. Romberg R.D. Structure of chromatin // Annu. Rev. Biochem. 1977. V.46 P. 931954

294. Romberg A. RNA priming of chains in discontinious replication // DNA replication / Eds. W.H. Freeman & Co. San Francisco. 1980. P. 367-373.

295. Kouzarides T. Histone methylation in transcriptional control // Curr. Opinion Gen. Devel. 2002. V. 12. P. 198-209.

296. Kozlova Т., Zhimulev I.F., Kafatos F.C. Molecular organization of an individual Drosophila polytene chromosome chromomere: transcribed sequences in the 10A1-2 band 11 Mol. Gen. Genet. 1997. V. 257. P. 55-61.

297. Kress H., Meyerowitz E.M., Davidson N. High resolution mapping of in situ hybridized biotinylated DNA to surface-spread Drosophila polytene chromosomes // Chromosoma. 1985. V.93. P. 113-122.

298. Kutach A.K., Kadonaga J.T. The downstream promoter element DPE appears to be as widely used as the TATA box in Drosophila core promoters // Mol. Cell. Biol. 2000. V. 20. P. 4754-4764.

299. Kuzin В., Tillib S., Sedkov Y. et al. The Drosophila trithorax gene encodes a chromosomal protein and directly regulates the region-specific homeotic gene fork head Ц Genes & Development. 1994. V. 8. P. 2478-2490.

300. Laemmli U.K., Kas E., Poljak L., Adachi Y. Scaffold associated regions: cis-acting determinants of chromatin loops and functional domains. Curr. Opin. Genet. Dev. 1992. V.2. P. 275-285.

301. Lagarkova M.A., Svetlova E., Giacca M., Falaschi A., Razin S.Y. A DNA loop anchorage region colocalizes with the replication origin located downstream to the human gene encoding lamin B2// J. Cell. Biochem. 1998. V. 69. P. 13-18.

302. Laird C.D. Structural paradox of polytene chromosomes // Cell. 1980. V. 22. P. 869-874.

303. Lakhotia S.C. Bands and condensed chromatin as sites of transcription in polytene chromosomes of Drosophila // Indian J. Eptl. Biol. 1979. V.17. P. 239-248.

304. Lakhotia S.C., Jacob J. EM autoradiographic studies on polytene nuclei of Drosophila melanogaster. II. Organization and transcriptive activity of the chromocentre // Exper. Cell. Res. 1974. V. 86. P. 253-263.

305. Lakhotia S.C., Sinha P. Replication in Drosophila chromosomes. X. Two kinds of active replicons in salivary gland polytene nuclei and their relation to chromosomal replication patterns // Chromosoma. 1983. V. 88. P. 265-276.

306. Lamb M.M., Daneholt B. Characterization of active transcription units in Balbiani ring in Chironomus tentans // Cell. 1979. V. 17. P. 835-848.

307. Lancillotti F., Lopez M.C., Arias P., Alonso C. Z-DNA in transcriptionally active chromosomes (polytene chromosomes) // Proc.Nat.Acad.Sci.USA. 1987. V. 84. P. 1560 -1564.

308. Langst G., Becker P.B. Nucleosome mobilization and positioning by ISWI-containing chromatin remodeling factors //J. Cell Sci. 2001. V. 114. P. 2561-2568.

309. Laski F.A., Rio D.C., Rubin G.M. Tissue specificity of Drosophila P element transposition is regulated at the level of mRNA splicing // Cell. 1986. V. 44. P. 7-19.

310. Lavender J.S., Birley A.J., Palmer M.J. et al. Histone H4 acetylated at lysine 16 and other components of the Drosophila dosage compensation pathway colocalize on the male X through mitosis // Chromosome Research. 1994. V. 2. P. 398-404.

311. Law A., Hirayoshi K., O'Brien Т., Lis J.T. Direct cloning of DNA that interacts in vivo with a specific protein: application to RNA polymerase II and sites of pausing in Drosophila // Nucl. Acids Res. 1998. V. 26. P. 919-924.

312. Leach T.J., Mazzeo M., Chotkowski H.L. et al. Histone H2A.Z is widely but nonrandomly distributed in chromosomes of Drosophila melanogaster // J. Biol. Chem. 2000. V. 275. P. 23267-23272.

313. Lee H-S., Kraus K.W., Wolfner M.F., Lis J.T. DNA sequence requirements for generating paused polymerase at the start of hsp70 // Genes & Development. 1992. V. 6. P. 284-295.

314. Lee J.M., Greenleaf A.L. Modulation of RNA polymerase II elongation efficiency by C-terminal heptapeptide repeat domain kinase I // J. Biol. Chem. 1997. V. 272. P. 10990-10993.

315. Leenders H.J., Derksen J., Maas P.M.J.M., Berendes H.D. Selective induction of a giant puff in Drosophila hydei by vitamin B6 and derivatives // Chromosoma. 1973. V. 41. P. 447-460.

316. Lefevre G. Jr. Salivary chromosome bands and the frequency of crossing over in Drosophila melanogaster // Genetics. 1971. V. 67. P. 497-513.

317. Lefevre G. Jr. Exceptions of the one band one gene hypothesis // Genetics. 1974. V. 77 (suppl.). P. 39.

318. Lemaitre В., Соеп D. P regulatory products repress in vivo the P promoter activity in Y4acZ fusion genes // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1991. V. 88. P. 4419-4423.

319. Lemaitre В., Ronsseray S., Coen D. Maternal repression of the P element promoter in the germline of Drosophila melanogaster: a model for the P cytotype // Genetics. 1993. V. 135. N. l.P. 149-160.

320. Levina E.S., Bavykin S.G., Shick V.V., Mirzabekov A.D. The method of crosslinking histones to DNA partly depurinated at neutral pH// Anal. Biochem. 1981. V.110. P. 93-101.

321. Lewis E.B. The theory and application of a new method of detecting chromosomal rearrangements in Drosophila melanogaster// Am. Nat. 1954. V. 88. P. 225-239.

322. Lezzi M., Gatzka F., Robert-Nicoud M. Developmental changes in the responsiveness to ecdysterone of chromosome region I-18C Chironomus thummi И Chromosoma. 1989. V. 98. P. 23-32.

323. Liao G., Rehm E.J., Rubin G.M. Insertion site preferences of the P transposable element in Drosophila melanogaster // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2000. V. 97. P. 3347-3351.

324. Lindquist S. The heat-shock response // Ann. Rev. Biochem. 1986. V. 55. P. 11511191.

325. Lindsley D.L., Zimm G.G. The Genome of Drosophila melanogaster // Academic Press, Inc. 1992.

326. Lis J.T., Mason P., Peng J. et al. P-TEFb kinase recruitment and function at heat shock loci // Genes & Development. 2000. V. 14. P. 255-2428.

327. Lis J.T., Simon J.A., Sutton C.A. New heat shock puff and (3 -galactosidase activity resulting from transformation of Drosophila with an hsp70 lacZ hybrid gene I I Cell. 1983. V. 35. P. 403-410.

328. Lo W.S., Trievel R.C., Rojas J.R. et al. Phosphorylation of serine 10 in histone H3 is functionally linked in vitro and in vivo to Gcn5-mediated acetylation at lysine 14 // Mol. Cell. 2000. V. 5. P. 917-927.

329. Lowman F.G. Electron-microscope studies of Drosophila salivary-gland chromosomes // Chromosoma. 1956.У. 8. P. 30-52.

330. Lu Q., Wallrath L.L., Elgin S.C.R. Using Drosophila P-element-mediated germ line transformation to examine chromatin structure and expression of in Wfro-modified genes // Methods in Mol. Genet. 1993. V.l P. 333-357.

331. MacAlpine D.M., Rodriguez H.K., Bell S.P. Coordination of replication and transcription along a Drosophila chromosome // Genes & Development. 2004. V. 18. P. 3094-3105.

332. Mackensen O. Locating genes on the salivary chromosomes. Cytogenetic methods demonstrated in determining position of genes on the X-chromosome of Drosophila melanogaster // J. Hered. 1935. V. 26. P. 163-174.

333. Malik S., Roeder R.G. Transcriptional regulation through Mediator-like coactivators in yeast and metazoan cells // Trends in Biochem. Sci. 2000. V. 25. P. 277-283.

334. Marin L., Lehman M., Nouaud D. et al. P-element repression in Drosophila melanogaster by a naturally occurring defective telomeric P copy // Genetics. 2000. V. 155. P. 1841-1854.

335. Marsden M.P., Laemmli U.K. Metaphase chromosome structure: evidence for a radial loop model // Cell. 1979. V.17. P. 849-858.

336. Marshak A. The structure of the chromosomes of the salivary gland of Drosophila melanogaster // Amer. natural. 1936. V. 70. P. 181-184.

337. Marshall N.F., Price D.H. Purification of P-TEFb, a transcription factor required for the transition into productive elongation // J. Biol. Chem. 1995. V. 270. P. 1233512338.

338. Marshall N.F., Peng J., Xie Z., Price D.H. Control of RNA polymerase II elongation potential by a novel carboxyl-terminal domain kinase // J. Biol. Chem. 1996. V. 271. P. 27176-27183.

339. Mattick, J.S. The functional genomics of noncoding RNA // Science. 2005. V. 309. P. 1527-1528.

340. Matunis E.L., Matunis M.J., Dreyfuss G. Association of individual hnRNP proteins and snRNPs with nascent transcripts // J. Cell. Biol. 1993. V. 121. P. 219-228.

341. McCready S.J., Akrigg A., Cook P.R. Electron microscopy of intact nuclear DNA from human cells // J. Cell Sci. 1979. V.39. P. 53-62.

342. McGhee J.D., Felsenfeld G. Nucleosome structure// Annu. Rev. Biochem. 1980. V.49. P. 1115-1156.

343. McKenzie S.L., Henikoff S., Meselson M. Localization of RNA from heat-induced polysomes at puff sites in Drosophila melanogaster // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1975. V. 72. P. 1117-1121.

344. McKittrick E., Gafken P.R., Ahmad K., Henikoff S. Histone H3.3 is enriched in covalent modifications associated with active chromatin // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2004. V. 101. N.6. P1525-1530.

345. Mead C.G. A deoxyribonucleic acid-associated ribonucleic acid from Drosophila melanogaster // J. Biol. Chem. 1964. V. 239. P. 550-554.

346. Meister G.A., Grigliatti T.A. Rapid spread of a P elementjAdh gene construct through experimental populations of Drosophila melanogaster Ij Genome. 1993. V. 36. No. 6. P. 1169-1175.

347. Meyerowitz E.M., Crosby M.A., Garfinkel M.D. et al. The 68C glue puff of Drosophila //

348. Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 1985. V. 50. P. 347-353.

349. Michalet X., Ekong R., Fougerousse F. et al. Dynamic Molecular Combing: stretching the whole human genome for high-resolution studies // Sciences. 1997. V. 277. P. 1518-1523.

350. Mimori T, Hardin J.A. Characterization of the DNA-binding protein antigen Ku recognized by autoantibodies from patients with rheumatic disorders // The Journal of Biological Chemistry. 1986. V. 261. No. 5. P. 2274-2278.

351. Mimori T, Hardin J.A. Steitz J.A. Mechanism of interaction between Ku protein and DNA // The Journal of Biological Chemistry. 1986. V. 261. No. 22. P. 10375-10379.

352. Mirault M.E., Goldschmidt-Clermont M., Moran L. et al. The effect of heat shock on gene expression in Drosophila melanogaster // Cold Spring Harb. Symp. Quant. Biol. 1978. V. 42. P. 819-827.

353. Mirkovitch J., Mirault E., Laemmli U.K. Organization of the higher order chromatin loop: Specific DNA attachment sites on nuclear scaffold // Cell. 1984. V. 39. P. 323-332.

354. Mirkovitch J., Spierer P., Laemmli U.K. Genes and loops in 320,000 base-pairs of the Drosophila melanogaster chromosome//J. Mol. Biol. 1986. V.190. P. 255-258.

355. Mirzabekov A., Shick V., Belyavsky A., Bavykin S. Primary organization of the nucleosome core particle of chromatin: sequence of histone arrangement along DNA// Proc. Nat. Acad. Sci. USA. 1978. V.75. P. 4184-4188.

356. Misra S., Buratowski R.M., Ohkawa T. and Rio D.C. Cytotype control of Drosophila melanogaster P element transposition: genomic position determines maternal repression // Genetics. 1993. V. 135. P. 785-800.

357. Misra S., Rio D.C. Cytotype control of Drosophila P element transposition: the 66 kd protein is a repressor of transposase activity // Cell. 1990. V. 62. P. 269-284.

358. Mizzen C.A., Allis C.D. Linking histone acetylation to transcriptional regulation // Cell. Mol. Life Sci. 1998. V. 54. P. 1261-1270.

359. Mohrmann L., Langenberg K., Krijgsveld J. et al. Differential targeting of two distinct SWI/SNF-related Drosophila chromatin-remodeling complexes // Mol. Cell. Biol. 2004. V. 24. N. 8. P. 3077-3088.

360. Moriyama E. N., Gojobori T. Rates of synonymus substitution and base composition of nuclear genes in Drosophila Ц Genetics. 1992. V. 130. P. 855-864.

361. Morris J.R., Chen J., Filandrinos S.T., Dunn R.C., Fisk R., Geyer P.K., Wu C-t. An analysis of transvection at the yellow locus of Drosophila melanogaster!/ Genetics. 1999. V.151.P. 633-651.

362. Mortin L.I., Sedat J.W. Structure of Drosophila polytene chromosomes: evidence for a toroidal organization of the bands // J. Cell Sci. 1982. Vol. 57. P. 73-113.

363. Mott M.R., Burnett E.J., Hill R.J. Ultrastructure of polytene chromosomes of Drosophila isolated by microdissection // Journal of Cell Science. 1980. V. 45. P. 1530.

364. Mott M.R., Hill R.J. The ultrastructural morphology of native salivary gland chromosomes of Drosophila melanogaster: the band-interband question // Chromosoma. 1986. V. 94. P. 403-411.

365. Muller H.J., Prokofyeva A.A. The individual gene in relation to the chromomere and the chromosome // Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A. 1935. V. 21. P. 16-26.

366. Mullinger A.M., Johnson R.T. The organization of supercoiled DNA from human chromosomes// J. Cell Sci. 1979. V.38. P. 369-389.

367. Mullins M.C., Rio D.C., Rubin G.M. Cis-acting DNA sequence requirements for P-element transposition // Genes & Development. 1989. V. 3. P. 729-738.

368. Muravyova E., Golovnin A., Gracheva E., et al. Loss of insulator activity by paired Su(Hw) chromatin insulators // Science. 2001. V. 291. P. 495-498.

369. Nakayasu H., Berezney R. Nuclear matrins: identification of the major nuclear matrix proteins// Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1991. V.88. P. 10312-10316.

370. Niemi J.B., Raymond J.D., Patrek R., Simmon M.J. Establishment and maintenance of the P cytotype associated with telomeric P elements in Drosophila melanogaster // Genetics. 2004. V. 166. N.l. P. 255-264.

371. Nishioka K., Rice J.C., Sarma K. et al PR-Set7 is a nucleosome-specific methyltransferase that modifies lysine 20 of histone H4 and is associated with silent chromatin // Molecular Cell. 2002. V. 9. P. 1201-1213.

372. Nordheim A., Pardue M.L., Lafer E.M., Moller A., Stollar B.D., Rich A. Antibodies to left-handed z-DNA bind to interband regions of Drosophila polytene chromosomes // Nature. 1981. V.294. P. 417-422.

373. Nowak S.J., Corces V.G. Phosphorylation of histone H3 correlates with transcriptionally active loci // Genes & Development. 2000. V. 14. P. 3003-3013.

374. Oberstein A., Pare A., Kaplan L., Small S. Site-specific transgenesis by Cre-mediated recombination in Drosophila 11 Nature methods. 2005. V. 2. P. 583-585

375. O'Brien Т., Hardin S.E., Greenleaf A.L, Lis J.W. Phosphorylation of RNA polymerase II C-terminal domain and transcriptional elongation // Nature. 1994. V. 370. P. 75-77.

376. O'Hare K., Rubin G.M. Structures of P transposable elements and their sites of insertion and excision in the Drosophila melanogaster genome // Cell. 1983. V. 34. P. 25-35.

377. O'Kane C.J., Gehring W.S. Detection in situ of genomic regulatory elements in Drosophila // Proc. Nat. Acad. Sci. USA. 1987. V.84. P. 9123-9127.

378. Olins A.L., Olins D.E. Spheroid chromatin units (v-bodies)// Science. 1974. V.184. P. 330-332.

379. Orphanides G., Wu W.-H., Lane W.S. et al. The chromatin-specific transcription elongation factor FACT comprises human SPT16 and SSRP1 proteins // Nature. 1999. V. 400. P. 284-288.

380. Painter T.S. A new method for the study of chromosome aberrations and the plotting of chromosome maps // Science. 1933. V. 78. P. 585-586.

381. Painter T.S. Salivary chromosomes and the attack on the gene // J. Hered. 1934. Vol. 25. P. 465-476.

382. Papoulas О., Beek S J., Moseley S.L. et al. The Drosophila trithorax group proteins BRM, ASH1 and ASH2 are subunits of distinct protein complexes // Development. 1998. V. 125. P. 3955-3966.

383. Pardue M.L., Bonner I.I., Lengyel I.A., Spradling A.S. Drosophila salivary gland polytene chromosomes studies in situ hybridization// Molec. Cytogenet. Eukaryot. 1977. P. 509-519.

384. Park J.M., Gim B.S., Kim J.M. et al. Drosophila Mediator complex is broadly utilized by diverse gene-specific transcription factors at different types of core promoters // Mol. Cell. Biol. 2001a. V. 21. P. 2312-2323.

385. Park J.M., Werner J., Kim J.M. et al. Mediator, not holoenzyme, is directly recruited to the heat shock promoter by HSF upon heat shock // Mol. Cell. 2001b. V. 8. P. 9-19.

386. Paul J.S. General theory of chromosomes structure and gene activation in eukaryotes // Nature. 1972. V.238. P. 444-446.

387. Paul J.S., Mateyko G.M. Quantitative interference microscopy of polytene chromosomes. II. Cytochemical studies via ultramicrospectrophotometry // Exptl. Cell Res. 1970. V.59. P. 237-243.

388. Pelling C. Synthesis of nucleic acids in giant chromosomes // Progress in biophysics/ Eds. J.A.V. Butler, D. Noble. Oxford -London: Pergamon Press, 1969. V. 19, part 1. P. 239-270.

389. Peng J., Marshall N.F., Price D.H. Identification of a cyclin subunit required for the function of Drosophila P-TEFb // The Journal of Biological Chemistry. 1998a. V. 273(22). P. 13855-13860.

390. Peng J., Zhu Y. Milton J.T., Price D.H. Identification of multiple cyclin subunits of human P-TEFb // Genes & Development. 1998b. V. 12. P. 755-762.

391. Pile L.A., Wassarmann D.A. Chromosomal localization links the SIN3-RPD3 complex to the regulation of chromatin condensation, histone acetylation and gene expression // EMBO J. 2000. V. 19(22). P. 6131-6140.

392. Pirrotta V. The genetics and molecular biology of zeste in Drosophila melanogaster//Adv. Genet. 1991. V29. P. 302-348.

393. Pirrotta V. Transvection and chromosomal trans-interaction effects // Biochim. Biophys. Acta. 1999. V. 1424. P. M1-M8.

394. Poux S., McCabe D., Pirrotta V. Recruitment of components of Polycomb Group chromatin complexes in Drosophila // Development. 2001. V. 128. P. 75-85.

395. Prasanth K.V., Spector D.L. Eukaryotic regulatory RNAs: an answer to the "genome complexity" conundrum // Genes & Dev. 2007. V. 21. P. 11-42.

396. Prelich G. RNA polymerase II carboxy-terminal domain kinases: emerging clues to their function //Eukaryotic Cell. 2002. V. 1(2). P. 153-162.

397. Preston C.R., Engels W.R. -P-element-induced male recombination and gene conversion in Drosophila H Genetics. 1996. V. 144. P. 1611-1622.

398. Preston C.R., Sved J.A., Engels W.R. Flanking duplications and deletions associated with /'-induced male recombination in Drosophila // Genetics. 1996. V. 144. P. 16231638.

399. Prokopenko S.N., Bellen HJ. From phenotype to gene function: A molecular screen for novel genes required for the development of the peripheral nervous system // Dros. Res. Conf. 2000. V. 41. P. 727C.

400. Rabenstein M.D., Zhou S., Tjian R. TATA box-binding protein (TBP)-related factor 2 (TRF2), a third member of the TBP family // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1999. V. 96(9). P. 4791-4796.

401. Rabindran S.K., Haroun R.I., Clos J. et al Regulation of heat shock factor trimer formation: role of a conserved leucine zipper // Science. 1993. V. 259. P. 230-234.

402. Rae P.M.M. Whole mount electron microscopy of Drosophila salivary chromosomes // Nature. 1966. V. 212. P. 139-142.

403. Raisin S., Pantalacci S., Breittmayer J.P., Leopold P. A new genetic locus controlling growth and proliferation in Drosophila melanogaster IJ Genetics. 2003. V. 164. P. 1015-1025.

404. Ramos R.G.P. Grimwade B.G., Wharton K.A., Scottgale T.N., Artavanis-Tsakonas S. Physical and functional defenition of the Drosophila Notch locus by P element transformation // Genetics. V.123. P. 337-348.

405. Razin S.V. Functional architecture of chromosomal DNA domains// Crit. Rev. Eukaryot. Genes Expr. 1996. V.6. P. 247-269.

406. Razin S.V. The nuclear matrix and chromosomal DNA loops: is there any correlation between partitioning of the genome into loops and functional domains // Cell. & Mol. Biol. Letters 2001. V. 6. P. 59-69.

407. Razin S.V., Gromova I.I. The channels model of nuclear matrix structure// BioEssays. 1995. V.17. P. 443-450.

408. Razin S.V., Gromova I.I., Iarovaia O.V. Specificity and functional significance of DNA interaction with the nuclear matrix: New approaches to clarify the old questions// Int. Rev. Cytol. 1995. V.162B. P. 405-448.

409. Rea S., Eisenhaber F., O'Carroll D. et al. Regulation of chromatin structure by site-specific histone H3 methyltransferases // Nature. 2000. V. 406. P. 593.

410. Reddy A.R., Sofer W. A rapid procedure to detect in situ DNA/RNA hybrids // Biochem. Biophys. Res. Commun. 1981. P. 959-967.

411. Redon C., Pilch D., Rogakou E. et al. Histone H2A variants H2AX and H2AZ // Curr. Opinion Gen. Devel. 2002. V. 12. P. 162-169.

412. Reeves R., Nissen M.S. The AT-DNA binding domain of mammalian high mobility group I chromosomal proteins // J. Biol. Chem. 1990. V.265. P. 8573-8582.

413. Reines D., Conaway J.W., Conaway R.C. The RNA polymerase II general elongation factors // Trends in Biochem. Sci. 1996. V. 21. P. 351-355.

414. Rice J.D. and Allis C.D. Histone methylation versus histone acetylation: new insights into epigenetics regulation // Curr. Opinion Cell Biol. 2001. V. 13. P. 263-273.

415. Richards G., Cassab A., Bourouis M., Jarry В., Dissous C. The normal developmental regulation of a cloned Sgs3 "glue" gene chromosomally integrated in Drosophila melanogaster by P element transformation// EMBO J. 1983. V.2. P. 21372142.

416. Richmond T.J., Finch J.T., Rushton В., Rodes D., Klug A. Structure of nucleosome core particle at 7 A resolution // Nature. 1984. V.322. P. 532-537.

417. Rickert P., Seghezzi W., Shanahn F. et al. CyclinC/CDK8 is a novel CTD kinase associated with RNA polymerase II // Oncogene. 1996. V. 12. P. 2631-2640.

418. Ringborg U., Daneholt В., Edstrom J.-E., Egyhazi E., Rydlander L. Evidence for transport of preribosomal RNA from the nucleolus to the chromosomes in Chironomus tentans salivary gland cells// J. Mol. Biol. 1970. V. 51. P. 679-686.

419. Rio D.C. Molecular mechanisms regulating Drosophila P element transposition // Ann. Rev. Genet. 1990. V. 24. P. 543-578.

420. Ris H. and Kubai D.E. Chromosome structure// Annu. Rev. Genet. 1970. V.4. P. 263-294.

421. Risau W., Symmons P., Saumweber H., Frasch M. Nonpackaging and packaging proteins of hnRNA in Drosophila melanogaster // Cell. 1983. V.33. P. 529-541.

422. Roap A.K., Marijnen J.G., van der Ploeg M. Anti DNA/RNA sera specificity test and application in quantitative in situ hybridization // Histochemistry. 1984. V. 81. P. 517-520.

423. Roberge M. and Gasser S.M. DNA loops: Structural and functional properties of scaffold-attached regions// Mol. Microbiol. 1992. V.6. P. 419-423.

424. Robertson H.M., Preston C.R., Phillis R.W., et al. A stable genomic source of P element transposase in Drosophila melanogaster I I Genetics. 1988. V. 118. N. 3. P. 461-470.

425. Robinson S.I., Nelkin B.D., Vogelstein B. The ovalbumin gene is associated with the nuclear matrix of chicken oviduct cells // Cell. 1982. V.28. P. 99-106.

426. Roche S., Schiff M., Rio D.C. /'-element repressor autoregulation involves germ-line transcriptional repression and reduction of third intron splicing // Genes & Development. 1995. V. 9. P. 1278-1288.

427. Rohrer H., Zilling W. Studies on the trascription complex of E. coli RNA polymerase // Eur. J. Biochem. 1977. V. 79. P. 401-409.

428. Roiha H., Rubin G.M., O'Hare К. P element insertions and rearrangements at the singed locus of Drosophila melanogaster // Genetics. 1988. V. 19. P. 75-83.

429. Rorth P. A modular misexpression screen in Drosophila detecting tissue-specific phenotypes // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1996. V. 93. P. 12418-12422.

430. Roseman R.R., Johnson E.J., Rodesch C.K. et al. A P element containing suppressor of Hairy-wing binding regions has novel properties for mutagenesis in Drosophila melanogaster Ц Genetics. 1995. V. 141. N.3. P. 1061-1074.

431. Roth S.Y., Denu J.M., Allis C.D. Histone acetyltransferases //Ann. Rev. Biochem. 2001. V. 70. P. 81-120.

432. Rougvie A.E., Lis J.T. The RNA polymerase II molecule at the 5' end of the uninduced hsp70 gene of Drosophila melanogaster is transcriptionally engaged // Cell. 1988. V. 54. P. 795-804.

433. Rozovskaia T.,Tillib S., Smith S. et al. Trithorax and ASH1 interact directly and associate with the trithorax group-responsive bxd region of the Ultrabithorax promoter // Molecular and Cellular Biology. 1999. V. 19. N.9. P. 6441-6447.

434. Rubin G.M., Kidwell M., Bingham P. The molecular basis of P-M hybrid dysgenesis: the role of the P element, a P-strain- specific transposon family // Cell. 1982. V. 29. P. 995-1004.

435. Rubin G.M. and Spradling A.C. Genetic transformation of Drosophila with transposable element vectors// Science. 1982. V. 218. N. 4570. P. 348-353.

436. Rubin G.M. and Spradling A.C. Vector P element-mediated gene transfer in Drosophila // Nucleic Acids Research. 1983. V. 11. P. 6341-6351.

437. Rudkin G.T. Nucleic acid metabolism in giant chromosomes of Drosophila melanogaster // Ann. Histochim. Suppl. 1962. V. 2. P. 77-84.

438. Rudkin G.T. Replication in polytene chromosomes // Results and problems in cell differentiation/ Ed. W. Beermann. Berlin; Heidelberg; New York: Springer. 1972. V.4. 59-85.

439. Rudkin G.T., Stollar B.D. High resolution detection of DNA-RNA hybrids in situ by indirect immunofluorescence // Nature. 1977a. V. 265. P. 472-474.

440. Rudkin G.T., Stollar B.D. Naturally occuring DNA/RNA hybrids. I. Normal patterns in polytene chromosomes // Human Cytogenetics: ICN-UCLA Symposia on Molecular and Cellular Biology. Academis Press. 1977b. V. 7. P. 257-269.

441. Rykowski M. C., Parmelee S. J., Agard D. A., Sedat J. W. Precise determination of molecular limits of polytene chromosome band: regulatory sequences for the Notch gene are in the interband // Cell. 1988. V. 54. P. 461-472.

442. Sambrook J., Fritsch E.F., Maniatis T. Molecular cloning: A laboratory manual. Cold Spring Harbor Laboratory Press. Cold Spring Harbor, New York. 1989.

443. Santos-Rosa H., Schneider R., Bannister A. et al. Active genes are tri-methylated at K4 of histone H3 // Nature. 2002. V. 419. P. 407-411.

444. Sass H. Features of in vitro puffing and RNA synthesis in polytene chromosomes of Chironomus // Chromosoma. 1980. Vol. 78. P. 33-78.

445. Sass H. Hierarchy of fibrillar organization levels in the polytene interphase chromosomes of Chironomus // J. Cell Sci. 1980. V.45. P. 269-293

446. Sass H., Bautz E. К. F. Immunoelectron microscopic localization of RNA polymerase В on isolated polytene chromosomes of Chironomus tentas // Chromosoma. 1982a. V. 85. P. 633-642.

447. Sass H., Bautz E.K.F. Interbands of polytene chromosomes: binding sites and start points for RNA polymerase // Chromosoma. 1982b. V. 86. P. 77-93.

448. Sassone-Corsi P., Mizzen C.A., Cheung P. et al. Requirement of Rsk-2 for epidermal growth factor-activated phosphorylation of histone H3 // Science. 1999. V. 285. P. 886-891.

449. Saunders A., Werner J., Andrulis E.D. et al Tracking FACT and the RNA polymerase II elongation complex through chromatin in vivo // Science. 2003. V. 301. P. 1094-1096.

450. Schlotterer C., Hauser M-T., von Haeseler A., Tautz D. Comparative evolutionary analysis of rDNA ITS regions in Drosophila // Mol. Biol. Evol. 1994. V. 11. N 3. P. 513-522.

451. Schulman H.M., Bonner D.M. A naturally occuring DNA-RNA complex from Neurospora crassa // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1962. V. 48. P. 53-63.

452. Schwartz B.E., Larochelle S., Suter В., Lis J.T. Cdk7 is required for full activation of Drosophila heat shock genes and RNA polymerase II phosphorylation in vivo // Mol. Cell. Biol. 2003. V. 23. N.19. P. 6879-6886.

453. Searles L.L., Voelker R.A. Molecular characterization of the Drosophila vermilion locus and its suppressible alleles // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1986. V. 83. P. 404408.

454. Sedkov Y., Cho E., Petruk S. et al. Methylation at lysine 4 of histone H3 in ecdysone-dependent development of Drosophila // Nature. 2003. V. 426. P. 78-83.

455. Semeshin V.F., Zhimulev I.F., Belyaeva E.S. Electron microscope autoradiographic study on transcriptional activity of Drosophila melanogaster polytene chromosomes // Chromosoma. 1979. V. 73. P. 163-177.

456. Semeshin V.F., Baricheva E.M., Belyaeva E.S., Zhimulev I.F. Electron microscopical analysis of Drosophila polytene chromosomes. I. Mapping of the 87A and 87C heat shock puffs in development // Chromosoma. 1982. V.87. P. 229-237.

457. Semeshin V.F., Baricheva E.M., Belyaeva E.S., Zhimulev I.F. Electron microscopical analysis of Drosophila polytene chromosomes. II. Development of complex puffs // Chromosoma. 1985a. V. 91. P. 210-233.

458. Semeshin V.F., Baricheva E.M., Belyaeva E.S., Zhimulev I.F. Electron microscopical analysis of Drosophila polytene chromosomes. III. Mapping of puffs developing from one band // Chromosoma. 1985b. V. 91. P. 234-250.

459. Semeshin V.F., Artero R., Perez-Alonso M., Shloma V.V. Electron microscopic in situ hybridization of digoxigenin-dUTP-labelled DNA probes with Drosophila melanogaster polytene chromosomes // Chrom. Res. 1998. V.6. P. 405-410.

460. Shaffer C.D., Wuller J.M., Elgin S.C.R. Preparation of Drosophila nuclei // Methods. Cell Biol. 1994. V.44. P. 185-189.

461. Sharp P.M., Li W.-H. On the rate of DNA sequence evolution in Drosophila // J. Mol. Evol. 1989. V. 28. P. 398-402.

462. Shick V., Belyavsky A., Bavykin S., Mirzabekov A. Primary organization of nucleosome core particles. Sequential arrangement of histones along DNA// J. Mol. Biol. 1980. V.139. P. 491-517.

463. Shilatifard A., Conaway J.W., Conaway R.C. Mechanism and regulation of transcriptional elongation and termination by RNA polymerase II // Curr. Opinion in Genetics & Development. 1997. V. 7. P. 199-204.

464. Shopland L.S., Lis J.T. HSF recruitment and loss at most Drosophila heat shock loci is coordinated and depends on proximal promoter sequences // Chromosoma. 1996. V. 105. P. 158-171.

465. Siebel C.W., Fresco L.D., Rio D.C. The mechanism of somatic inhibition of Drosophila P-element pre-mRNA splicing: multiprotein complexes at an exon pseudo-5' splice site control U1 snRNP binding // Genes & Development. 1992. V. 6. P. 13861401.

466. Siebel C.W., Admon A., Rio D.C. Soma-specific expression and cloning of PSI, a negative regulator of P element pre-mRNA splicing // Genes & Development. 1995. V. 9. No. 3. P. 269-283.

467. Siegal M., Hartl D. Transgene coplacement and high efficiency site-specific recombination with the Cre/loxP system in Drosophila // Genetics. 1996. V. 144. P. 715-726.

468. Silver L.M., Feldman L., Stollar B.D., Elgin S.C. An immunofluorescent analysis of Drosophila polytene chromosomes with antisera directed against НЗ, H4, and a native H3-H4 complex // Exp. Cell Res. 1978. V. 114. N.2. P. 479-484.

469. Simmons M.J., Haley K.J., Grimes C.D. et al. A hobo transgene that encodes the P-element transposase in Drosophila melanogaster. Autoregulation and cytotype control of transposase activity // Genetics. 2002a. V. 161. N.l. P. 195-204.

470. Simmons M.J., Haley K.J., Thompson SJ. Maternal transmission of P element transposase activity in Drosophila melanogaster depends on the last P intron // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2002b. V. 99. N.14. P. 9306-9309.

471. Simmons M.J., Raymon J.D., Niemi J.B. et al. The P cytotype in Drosophila melanogaster. a maternally transmitted regulatory state of the germ line associated with telomeric P elements // Genetics. 2004. V. 166. N.l. P. 243-254.

472. Simon J.A., Sutton C.A., Lis J.T. Localization and expression of transformed DNA sequences within heat shock puffs of Drosophila melanogaster // Chromosoma. 1985. V. 93. P. 26-30.

473. Singh G.B., Kramer J.F., and Krawetz S.A. Mathematical model to predict regions of chromatin attachment to the nuclear matrix// Nucl. Acids Res. 1997. V.25. P. 14191425.

474. Skaer R.J. Interband transcription in drosophila // J. Cell Sci. 1977. V.26. P. 251266.

475. Skaer R.J., Whytock S. The fixation of nuclei in glutaraldehyde // J. Cell Sci. 1977. V. 27. P. 13-21.

476. Slizynski B.M. Chironomus versus Drosophila // J. Genet. 1950. V. 50. P. 77-78.

477. Smith H.C., Berezney R. DNA polymerase alpha is tightly bound to the nuclear matrix of actively regenerating liver// Biochem. Biophys. Res. Commun. 1980. V.97. P. 1541-1547.

478. Smith E.R., Pannuti A., Gu W. et al. The Drosophila MSL complex acetylates histone H4 at lysine 16, a chromatin modification linked to dosage compensation // Mol. Cell. Biol. 2000. V. 20. N.l. P. 312-318.

479. Smith S.T., Petruk S., Sedkov Y. et al. Modulation of heat-shock gene expression by the TAC1 chromatin modifying complex // Nature Cell Biology. 2004. V. 6. N.2. P. 162-167.

480. Sobel R.E., Cook R.G., Perry C.A. et al. Conservation of deposition-related acetylation sites in newly synthesized histones H3 and H4 // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1995. V. 92. P. 1237-1241.

481. Sorger P.K. Heat shock factor and the heat shock response // Cell. 1991. V. 65. P. 363-366.

482. Sorsa M. Ultrastructure of puffs in the proximal part of chromosome 3R in Drosophila melanogaster // Ann. Acad. Sci. Fenn., Ser. A, IV Biol. 1969. V. 150. P. 121.

483. Sorsa M., Sorsa V. Electron microscopic observation on interband fibrils in Drosophila salivary chromosomes// Chromosoma. 1967. V.22. P. 32-41.

484. Sorsa M., Sorsa V. Electron microscopic studies on band regions in Drosophila salivary chromosomes // Ann. Acad. Sci. Fenn. Ser.A.IV.Biol. 1968. V. 127. P. 1-9.

485. Sorsa V. A hypothesis for the origin and evolution of chromomere DNA // Hereditas. 1975. V.81. P. 77-84.

486. Sorsa V. Structural analysis of polytene chromosome bands and interbands// In: Lakovaara S (ed) Advances in genetics, development and evolution of drosophila. Plenum, New York. 1982a. P. 11-21.

487. Sorsa V. Volume of chromatin fibers in interbands and bands of polytene chromosomes// Hereditas. 1982b. V.97. P. 103-113.

488. Sorsa V. An attempt to estimate DNA content and Distribution in the zeste-white region of the X chromosome of Drosophila melanogaster// Biol. Zbl. 1982c. V.101. P. 81-95.

489. Sorsa V Electron microscopic mapping and ultrastructure of Drosophila polytene chromosomes// In: King RC, Akai H (eds) Insect ultrastructure V.2. Plenum, New York. 1984. P. 75-107.

490. Sorsa V. Polytene chromosomes in genetic research // Chichester, West Sussex: Eoois Horwood Ltd., 1988.

491. Sorsa V., Sorsa M. Ultrastructure of induced transitions in the chromatin organization of Drosophila polytene chromosomes// Chromosoma. 1970. V. 31. P. 346-355.

492. Speiser Ch. Eine Hypothese uber die functionelle Organization der Chromosomen hoherer Organismen // Theor. Appl. Genet. 1974. V. 44. P. 97-99.

493. Spierer A., Spierer P. Similar level of polyteny in bands and interbands of Drosophila giant chromosomes//Nature. 1984. V.307. P. 176-178.

494. Spradling A.C., Penman S., Pardue M.L. Analysis of Drosophila mRNA by in situ hybridization: Sequences transcribed in normal and heat shocked cultured cells // Cell. 1975. V. 4. P. 395-404.

495. Spradling A.C. and Rubin G.M. Transposition of cloned P elements into Drosophila germ line chromosomes // Science. 1982. V. 218. P. 341-347.

496. Spradling A.C., Stern D.M., Beaton A., et al. The Berkeley Drosophila genome project gene disruptions project: Single P element insertions mutating 25% of vital Drosophila genes // Genetics. 1999. V. 153. P. 135-177.

497. Spradling A.C., Stern D.M., Kiss I., et al. Gene disruption using P transposable elements: an integral component of the Drosophila genome project// Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1995. V. 92. P. 10824-10830.

498. Stallcup M.R. Role of protein methylation in chromatin modeling and transcriptional regulation // Oncogene. 2001. V. 20. N.24. P. 3014-3020.

499. Staveley B.E., Heslip T.R., Hodgetts R.B., Bell J.B. Protected P-element termini suggest a role for inverted repeat- binding protein in transposase induced gap repair in Drosophila melanogaster // Genetics. 1995. V. 139. P. 1321-1329.

500. Steffensen D.M. Evidence for the apparent absence of DNA in the interbands of Drosophila salivary chromosomes // Genetics. 1963. V. 48. P. 1289-1301.

501. Steller H., Pirrotta V. A transposable P vector that confers selectable G418 resistance to Drosophila larvae // EMBO J. 1985. V. 4. N. 1. P. 167-171.

502. Sterner D.E., Berger S.L. Acetylation of histones and transcription-related factors // Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2000. V. 64. P. 435-459.

503. Stevens B.J., Swift H. RNA transport from nucleus to cytoplasm in Chironomus salivary gland //J. Cell Biol. 1966. V. 31. P. 55-77.

504. Stokes D.G. and Perry R.P. The DNA-binding and chromatin localization properties of CHD1 //Mol. Cell. Biol. 1995. V. 15. P. 2745-2753.

505. Stokes D.G., Tartof K.D., Perry R.P. CHD1 is concentrated in interbands and puffed regions of Drosophila polytene chromosomes// Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1996. V.93. P. 7137-7142.

506. Stollar B.D. Double-helical polynucleotides: immuno chemical recognization of differing conformations// Science. 1970. V. 169. P. 609-611.

507. Stollar B.D. The specificity and applications of antibodies to helical nucleic acids // CRC Crit. Rev. Biochem. 1975. V. 3. P. 45-69.

508. Storti R.V., Scott M.P., Rich A. Pardue M.L. Transclational control of protein synthesis in response to heat shock in D. melanogaster cells // Cell. 1980. V. 22. P. 825-834.

509. Strahl B.D., Allis C.D. The language of covalent histone modifications // Nature. 2000. V. 403. P 41-45.

510. Strahl B.D., Briggs S.D., Brame С J. et al. Methylation of histone 4 at arginine 3 occurs in vivo and is mediated bythe nuclear receptor coactivator PRMT1 // Curr. Biol.2001. V. 11. P. 1-5.

511. Straub Т., Gilfillan G.D., Maier V.K., Becker P.B. The Drosophila MSL complex activates the transcription of target genes. Genes Dev. 2005. V. 19. P. 2284-2288.

512. Struhl G., Basler K. Organizing activity of wingless protein in Drosophila // Cell. 1993. V. 72. P. 527-540.

513. Stuart J.R., Haley K.J., Swedzinski D. et al. Telomeric P-elements associated with cytotype regulation of the P transposon family in Drosophila melanogaster // Genetics.2002. V. 162. N.4. P. 1641-1654.

514. Stuart W.D., Porter D.L. An improved in situ hybridization method // Exper. Cell Res. 1978. V. 113. P. 219-222.

515. Surdej P., Got C., Miassod R. Developmental expression pattern of a 800 kb DNA continuum cloned from the Drosophila X-chromosome 14B-15B region // Biol. Cell. 1990. V. 68. P. 105-118.

516. Sved J.A., Eggleston W.B., Engels W.R. Germ-line and somatic recombination induced by in vitro modified P elements in Drosophila melanogaster // Genetics. 1990. V. 124. P. 331-337.

517. Svejstrup J.Q., Vichi P., Egly J.M. The multiple roles of transcription/repair factor TFIIH // Trends in Biochemical Sciences. 1996. V. 21. P. 346-350.

518. Swift H. Nucleic acids and cell morphology in Dipteran salivary glands // Molecular Control of Cellular Activity / Ed. J.M. Allen. N.Y.; Toronto; L.: McGrow Hill Book Co., 1962. P. 73-125.

519. Takasu-Ishikawa E., Yoshihara M., Hotta Y. Extra sequences found at P element excision sites in Drosophila melanogaster // Mol. Gen. Genet. 1992. V. 232. No. 1. P. 17-23.

520. Thoma F., Keller Т., Klug A. Involvment of histone HI in the organization of the nucleosome and of the salt dependent superstructures of chromatin// J. Cell. Biol. 1979. V.83. P.403-427.

521. Thompson В .J., Cohen S.M. The Hippo Pathway regulates the bantam micro RNA to control cell proliferation and apoptosis in Drosophila // Cell. 2006. V. 126. P. 767774.

522. Thummel C.S., Boulet A.M., Lipshitz H.D. Vectors for Drosophila P-element-mediated transformation and tissue culture transfection // Gene. 1988. V. 74. P. 445456.

523. Thummel C., Pirrotta V. Technical notes: new pCasper P-element vectors // Dros. Inf. Serv. 1992. V. 71. P. 150.

524. Tirade F., Busso D., Coin F., Egly J.M. Reconstitution of the transcription factor TFIIH: assignment of functions for the three enzymatic subunits, XPB, XPD, and cdk7 // Mol. Cell. 1999. V. 3. P. 87-95.

525. Tower J., Karpen G.H., Craig N., Spradling A.C. Preferential transposition of Drosophila P elements to nearby chromosomal sites // Genetics. 1993. V. 133. N. 2. P. 347-359.

526. Tripoulas N., LaJeunesse D., Gildea J., Shearn A. The Drosophila ash J gene product, which is localized at specific sites on chromosomes, contains a SET domain and a PHD finger // Genetics. 1996. V. 143. P. 913-928.

527. Tsai C.-C., Kao H.-Y., Yao T.P. et al. SMRTER, a Drosophila nuclear receptor coregulator, reveals that EcR-mediated repression is critical for development 11 Mol. Cell. 1999. V. 4. P. 175-186.

528. Tsubota S., Ashburner M., Schedl P. f-element-induced control mutations at the r gene of Drosophila melanogaster 11 Mol. Cell. Biol. 1985. V. 5. P. 2567-2574.

529. Tsukiyama Т., Wu C. Purification and properties of an ATP-dependent nucleosome remodeling factor// Cell. 1995. V. 83. N.6. P. 1011-1020.

530. Tsukiyama Т., Daniel C., Tamkun J., Wu C. ISWI, a member of the SWI2/SNF2 ATPase family, encodes the 140 kDa subunit of the nucleosome remodeling factor // Cell. 1995. V. 83. N.6. P. 1021-1026.

531. Tubo R.A., Berezney R. Pre-replicative association of multiple replicative enzyme activities with the nuclear matrix during rat liver regeneration// J. Biol. Chem. 1987. V.262. P. 1148-1154.

532. Turner B.M., Birley A.J., Lavender J. Histone H4 isoforms acetylated at specific lysine residues define individual chromosomes and chromatin domains in Drosophila polytene nuclei // Cell. 1992. V. 69(2). P. 375-384.

533. Tusscher В., Derksen J. The forth chromosome of Chironomus tetans malpigian tubules// Chromosoma. 1982. V.85. P. 643-658.

534. Udvardy A., Maine E., Schedl P. The 87A7 chromomere: identification of novel chromatin structures flanking the heat shock locus that may define the boundaries of higher order domains // J. Mol. Biol. 1985. V.185. P. 341-358.

535. Umbetova G.H., Zhimulev I.F. Structure and transcriptional activity of the pompon-like X chromosomes of l(3)tl mutant in Drosophila melanogaster // Dros. Inform. Serv. 1987. V. 66. P. 143-145.

536. Van Daal A., Elgin S.C. A histone variant, H2AvD, is essential in Drosophila melanogaster // Molecular Biology of the Cell. 1992. V. 3. P. 593-602.

537. Van Holde K.E., Sahasrabuddhe G.G., Shaw B.R., Van Bruggen E.F.J., Arnberg A.C. A model for particulate structure in chromatin // Nucl. Asids Res. 1974. V.l. P. 1579-1586.

538. Vazquez J., Pauli D., Tissieres A. Transcriptional regulation in Drosophila during heat shock: A nuclear run-on analysis // Chromosoma. 1993. V. 102. P. 233-248.

539. Vazquez J., Schedl P. Deletion of an insulator element by the mutation facet-strawberry in Drosophila melanogaster // Genetics. 2000. V. 155. P. 1297-1311.

540. Vazquez-Nin G., Bernhard W. Comparative ultrastructural study of perichromatin and Balbiani Ring granules // J. Ultrastruct. Res. 1971. V. 36. P. 842-860.

541. Velazquez J.M., DiDomenico B.J., Lindquist S. Intracellular localization of heat shock proteins in Drosophila // Cell. 1980. V. 20. P. 679-689.

542. Vettesse-Dadey M., Grant P.A., Hebbes T.R. et al. Acetylation of histone H4 plays a primary role in enhancing transcription factor binding to nucleosomal DNA in vitro // EMBO J. 1996. V. 15. P. 2508-2518.

543. Vlassova I.E., Umbetova G.H., Zimmermann V.H., Alonso C., Belyaeva E.S., Zhimulev I.F. Immunofluorescence localization of DNA:RNA hybrids in Drosophila melanogaster polytene chromosomes// Chromosoma. 1985. V. 91. P. 251-258.

544. Vlassova I.E., Zhimulev I.F., Belyaeva E.S., Semeshin V.F. The effect of DRB and a-amanitin on the RNA synthesis in Drosophila melanogaster polytene chromosomes// Dros. Inform. Serv. 1987. V. 66. P. 151-154.

545. Von Kries J.P., Buhrmester H., Stratling W.H. A matrix/scaffold attachment region binding protein: identification, purification, and mode of binding // Cell. 1991. V.64. P. 123-135.

546. Wada Т., Takagi Т., Yamaguchi Y. et al. DSIF, a novel transcription elongation factor that regulates RNA polymerase II processivity, is composed of human Spt4 and Spt5 homologs // Genes & Development. 1998. V. 12. P. 343-356.

547. Wang Y., Zhang W., Jin Y. et al. The JIL-1 tandem kinase mediates histone H3 phosphorylation and is required for maintenance of chromatin structure in Drosophila //Cell. 2001a. V. 105. P. 433-443.

548. Wang H., Huang Z.Q., Xia L. et al. Methylation of histone 4 at arginine 3 facilitating transcriptional activation by nuclear hormone receptor // Science. 2001b. V. 293. P. 853-857.

549. Wassarmann D.A., Sauer F. TAF„250: a transcription toolbox // J. Cell Sci. 2001. V. 114. P. 2895-2902.

550. Weeks J.R., Hardin S.E. Shen J. et al. Locus-specific variation in phosphorylation state of RNA polymerase II in vivo: correlations with gene activity and transcript processing // Genes & Development. 1993. V. 7. P. 2329-2344.

551. Wei G., Oliver В., Mahowald A.P. Gonadal dysgenesis reveals sexual dimorphism in the embryonic germline of Drosophila // Genetics. 1991. V. 129. P. 203-210.

552. Weiss A., Herzig A., Henning J., Lehner C.F. Continuous Cyclin E expression inhibits progression through endoreduplication cycles in Drosophila // Curr. Biol. 1998. V.8. P. 239-242.

553. Welshons W.J., Keppy D.O. Intragenic deletions and salivary band relationships in Drosophila // Genetics. 1975. V.80. P. 143-155.

554. Westwood J.T., Clos J., Wu C. Stress-induced oligomerization and chromosomal relocalization of heat-shock factor // Nature. 1991. V. 353. P. 822-827.

555. Westwood J.T., Wu C. Activation of Drosophila heat shock factor: conformational change associated with a monomer-to-trimer transition // Mol. Cell. Biol. 1993. V. 13. P. 3481-3486.

556. Whitfield W.G., Millar S.E., Saumweber H. et al. Cloning of a gene encoding an antigen associated with the centrosome in Drosophila // Journal of Cell Science. 1988. V. 89. P. 467-480.

557. Whitmore T. Localization of a "housekeeping" gene by Chironomus thummi thummi // Cytobios. 1986. V. 46. P. 193-200.

558. Williams J.A., Bell J.B. Molecular organization of the vestigial region in Drosophila melanogaster // EMBO J. 1988. V. 7. N. 5. 1355-1363.

559. Wimmer E. A. Insect transgenesis by site-specific recombination // Nature methods. 2005. V. 2. P. 580-582

560. Wolfe S.L., Grim J.N. The relationship of isolated chromosome fibers to the fibers of the embedded nucleus // J. Ultrast. Res. 1967. V. 19. P. 382-397.

561. Wolstenholme D.R. The distribution of DNA and RNA in salivary gland chromosomes of Chironomus tentans as revealed by fluorescence microscopy // Chromosoma. 1965. V. 17. P. 219-229.

562. Wolstenholme D.R. Direct evidence for the presence of DNA in interbands of Drosophila salivary gland chromosomes // Genetics. 1966. V. 53. P. 357-360.

563. Wong-Staal F., Mendelsohn J., Goulian M. Ribonucleotides in closed circular mitochondrial DNA from HeLa cells // Biochem. Biophys. Res. Commun. 1973. V. 53. P. 140-148.

564. Woodcock C.L., Grigoryev S.A., Horowitz R.A., Whitaker N. A chromatin folding model that incorporates linker variability generates fibers resembling the native structures // Proc Natl Acad Sci USA. 1993. V.90. P. 9021-9025.

565. Wu C. The 5'-end of Drosophila heat shock genes in chromatin are hypersensitive to DNAase I // Nature. 1980. V.286. P. 854-860.

566. Wu С., Bingham P.M., Livak K.J., Holmgren R., and Elgin S.C.R. Evidence for higher order domains of defined DNA sequence // Cell. 1979. V.16. 797-806.

567. Wyers F., Rougemaille M., Badis G. et al. Cryptic pol II transcripts are degraded by a nuclear quality control pathway involving a new poly(A) polymerase // Cell. 2005. V. 121. P.725-737.

568. Yamaguchi Y., Takagi Т., Wada T. et al. NELF, a multisubunit complex containing RD, cooperates with DSIF to repress RNA polymerase II elongation // Cell. 1999. V. 97. P. 41-51.

569. Yasuzumi G. Ultrastructure of the salivary gland chromosome as revealed by electron microscopy // Experientia. 1957. V. 13. P. 313-314.

570. Yasuzumi G., Ito K. Electron microscopy of salivary gland chromosomes // J. Hered. 1954. V. 45. P. 135-142.

571. Yasuzumi G., Odate Z., Ota Y. The fine structure of salivary chromosomes // Cytologia. 1951. V. 16. P. 233-242.

572. Zeng C., He D., Berget S.M., Brinkley B.R. Nuclear-mitotic apparatus protein: a structural interphase between the nucleoskeleton and RNA splicing // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1994. V.91. P. 1505-1509.

573. Zenk D.W., Ginder G.D. and Brotherton T.W. A nuclear matrix protein binds tightly to DNA in the avian beta-globin enhancer // Biochemistry. 1990. V. 29. P. 5221-5226.

574. Zhao K., Hart C.M., Laemmli U.K. Visualisation of chromosomal domains with Boundary Element-Assotiated Factor BEAF-32// Cell. 1995. V. 81. P. 879-889.

575. Zhao K., Kas E., Gonsales E., Laemmli U.K. SAR-dependent mobilization of histone HI by HMG-I/Y in vitro: HMG-I/Y is enriched in HI-depleted chromatin // EMBO J. 1993. V.12. P. 3237-3247.

576. Zhimulev I.F., Belyaeva E.S. 3H-uridine labelling patterns in the Drosophila melanogaster salivary gland chromosomes X, 2R and 3LI I Chromosoma. 1975. V.49. P. 219-231.

577. Zhimulev I.F., Belyaeva E.S. Proposals to the problem of structural and functional organization of polytene chromosomes// Theor. Appl. Genet. 1975. V.45. P. 335-340.

578. Zhimulev I.F., Belyaeva E.S. Chromomeric organization of polytene chromosomes // Genetica. 1991. V. 85. P. 67-72.

579. Zhimulev I.F., Belyaeva E.S. Detailed description of puffing patterns in the salivary gland chromosomes of normally developing larvae and prepupae of Drosophila melanogaster // Dros. Inform. Serv. 1999. V. 82. P. 9-20.

580. Zhimulev I.F., Pokholkova G.V., Bgatov A.V., Semeshin V.F., Belyaeva E.S. Fine cytogenetical analysis of the band 10A1-2 and the adjoining regions in the Drosophila melanogaster X chromosome. II. Genetical analysis// Chromosoma. 1981b. V.82. P. 25-40.

581. Zhimulev I.F., Belyaeva E.S., Semeshin V.F. Informational content of polytene chromosome bands and puffs // CRC Critical Reviews in Biochemistry. 1981c. V. 11. P. 303-340.

582. Zhimulev I.F., Belyaeva E.S., Semeshin V.F. et al. Polytene chromosomes: 70 years of genetic research // Int. Rev. Cytol. 2004. V. 241. P. 203-275.

583. Zhimulev I.F., Lytchev V.A. Some additional characteristics of the phenotype of Itl (lethal tumorous larvae) of D. melanogaster // Dros. Inform. Serv. 1972. V. 49. P. 48.

584. Zhu Y., Pe'ery Т., Peng J. et al. Transcription elongation factor P-TEFb is required for HIV-1 tat transactivation in vitro // Genes & Development. 1997. V. 11. N.20. P. 2622-2632.

Информация о работе

Демаков, Сергей Анатольевич
доктора биологических наук
Новосибирск, 2007
ВАК 03.00.15

Диссертация

Молекулярно-генетическая организация междисков политенных хромосом Drosophila melanogaster - тема диссертации по биологии, скачайте бесплатно

Автореферат

Похожие работы