Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему

Молекулярно-эпидемиологический анализ вариантов вируса иммунодефицита человека 1-го типа (ВИЧ-1), циркулирующих в России, 1987-2003 гг.

ВАК РФ 03.00.03, Молекулярная биология

Содержание диссертации, доктора биологических наук, Казеннова, Елена Валерьевна

Введение 6 ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

Глава 1. Структурно-функциональная организация генома ВИЧ-1.

Глава 2. Подтипы ВИЧ-1: классификация, происхождение и распространение.

Глава 3. Особенности генетической изменчивости ВИЧ-1.

Глава 4. Развитие эпидемии ВИЧ-инфекции в России. 57 СОБСТВЕННЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ

Глава 1. Материалы и методы.

1.1. Бактериальные штаммы.

1.2. Питательные среды.

1.3. Определение концентрации жизнеспособных клеток Escherichia colL

1.4. Приготовление компетентных клеток Escherichia coli и трансформация их препаратами плазмидной ДНК.

1.5. Выделение плазмидной ДНК.

1.5.1. Препаративное выделение плазмидной ДНК.

1.5.2. Выделение аналитических количеств плазмидной ДНК.

1.6. Гидролиз ДНК с использованием специфических эндонуклеаз.

1.7. Получение рекомбинантных молекул in vitro.

1.7.1. Подготовка вектора pUC18 для лигирования.

1.7.2. Подготовка амплифицированных фрагментов для лигирования. 70 1.7.3. Лигирование фрагментов ДНК.

1.8. Иммуноферментный анализ (ИФА).

1.8.1. Анализ наличия антител к ВИЧ-1.

1.8.2. ИФА сывороток и плазмы крови с применением ВИЧ-1-субтип-специфических пептидов.

1.8.3. Сенсибилизация планшетов.

1.8.4. Ход иммуноферментного анализа.

1.8.5. Регистрация и интерпретация результатов.

1.9. Выделение и лизирование лимфоцитов крови. 73 1.9.1. Выделение лимфоцитов методом центрифугирования в градиенте плотности фиколла.

1.9.2. Выделение и лизирование лимфоцитов, полученных из цельной крови («быстрый» метод отмывки лимфоцитов).

1.9.3. Выделение лимфоцитов методом «быстрой отмывки» с предварительной концентрацией клеток.

1.10. Забор крови и получение образцов плазмы крови для исследований методом ПЦР.

1.11. Выделение РНК ВИЧ-1.

1.12. Рестрикция ДНК pUC18 Нра II {Msp I).

1.13. Электрофоретический анализ препаратов ДНК в агарозном геле.

1.14. Метод сравнительной оценки электрофоретической подвижности гетеродуплексов.

1.14.1. Состав олигонуклеотидных праймеров для амплификации фрагментов гена env.

1.14.2. ПЦР-анализ ДНК лимфоцитов для гена env.

1.14.3. ПЦР-анализ РНК плазмы крови.

1.14.4. Условия амплификации для гена env.

1.14.5. Состав олигонуклеотидных праймеров для амплификации фрагментов гена gag.

1.14.6. ПЦР-анализ ДНК лимфоцитов для гена gag.

1.14.7. Условия амплификации для гена gag.

1.14.8. Гибридизация ДНК-фрагментов области env.

1.14.9. Гибридизация ДНК-фрагментов области gag.

1.14.10. Электрофорез ДНК (область env) в полиакриламидном геле и интерпретация результатов.

1.14.11. Электрофорез ДНК (область gag) в полиакриламидном геле и интерпретация результатов.

1.15. Метод RFLP для выявления подтипов gagA и gagB ВИЧ-1 у лиц, практикующих употребление психоактивных препаратов внутривенно, и gagB среди мужчин, практикующих половые контакты с мужчинами.

1.15.1. Состав олигонуклеотидных праймеров для амплификации фрагментов гена gag.

1.15.2. Состав реакционных смесей и условия проведения ПЦР.

1.15.3. Анализ результатов гидролиза амплифицированных фрагментов области gag методом электрофореза в полиакриламидном геле и интерпретация результатов.

1.16. Определение нуклеотидной последовательности (секвенирование) ВИЧ-1.

1.17. Статистические методы. 86 РЕЗУЛЬТАТЫ

Глава 2. Изучение вариантов ВИЧ-1, циркулирующих в России на первом этапе развития эпидемии (1987 - конец 1995 гг.).

Глава 3. Генетический анализ новых вариантов ВИЧ-1, выделенных на территории Российской Федерации от лиц, заразившихся до 1996 года.

3.1. Характеристика варианта ВИЧ-1 подтипа Н, выделенного в России.

3.2. Рекомбинантная форма CRF01AE, выделенная в России.

3.3. Характеристика варианта вируса подтипа G, выделенного на территории России и отличного от варианта, вызвавшего нозокомиальную вспышку на юге Российской Федерации.

3.4. Рекомбинант gagD/envG ВИЧ-1 в России.

3.5. Рекомбинантые формы ВИЧ-1, образованные вирусами подтипов А и G.

3.6. Вариант вируса подтипа С, выделенный в России.

Глава 4. Генетическая характеристика вариантов ВИЧ-1, выделенных на втором этапе развития эпидемии ВИЧ-инфекции на территории Российской Федерации.

4.1. Генетическая характеристика вариантов ВИЧ-1, циркулирующих среди лиц, употребляющих психоактивные препараты внутривенно.

4.2. Изучение распространения ВИЧ-инфекции среди лиц, употребляющих психоактивные препараты внутривенно, и их половых партнеров в регионах европейской части России в 1996-1998 гг.

Глава 5. Результаты молекулярно-эпидемиологического мониторинга эпидемии ВИЧ-инфекции в разных регионах России среди лиц, употребляющих психоактивные препараты внутривенно, на втором этапе развития эпидемии.

5.1. Серологический и генетический анализ вариантов ВИЧ-1, циркулирующих среди лиц, употребляющих психоактивные препараты внутривенно, и их половых партнеров в разных регионах России в 1999-2003 гг.

5.2 Генетическая изменчивость вариантов ВИЧ-1, распространенных среди лиц, практикующих внутривенное введение психоактивных препаратов, и их половых партнеров.

Глава 6. Распространение ВИЧ-1 на территории России среди лиц, не принимавших психоактивные препараты внутривенно, на втором этапе развития эпидемии в России.

6.1. Изучение вариантов ВИЧ-1, обнаруживаемых в России среди инфицированных половым путем в 1999-2002 гг.

6.2. Изучение аминокислотной изменчивости петли V3 gpl20 при смене пути передачи ВИЧ-1 подтипа А.

Глава 7. Разработка алгоритма молекулярно-эпидемиологического мониторинга эпидемии ВИЧ-инфекции в России.

7.1. Изучение возможности применения метода сравнительной оценки электрофоретической подвижности гетеродуплексов (НМЛ) для генотипирования вариантов ВИЧ-1 по генам gag и env в России в период 1995-2002 годов.

Введение Диссертация по биологии, на тему "Молекулярно-эпидемиологический анализ вариантов вируса иммунодефицита человека 1-го типа (ВИЧ-1), циркулирующих в России, 1987-2003 гг."

Актуальность проблемы. Инфекция, вызываемая вирусом иммунодефицита человека 1-го типа (ВИЧ-1), неизбежно приводит к развитию синдрома приобретенного иммунодефицита (СПИД) - тяжелого заболевания иммунной системы человека, которое сопровождается развитием оппортунистических инфекций и неопластических образований и заканчивается летальным исходом. ВИЧ-инфекция на сегодняшний день является одним из наиболее социально значимых заболеваний и, продолжая быстро распространяться, оказывает негативное влияние на мировую экономику. Более того, в некоторых странах юга Африки эпидемия ВИЧ-инфекции приобрела масштаб национальной катастрофы.

ВИЧ-1 отличается высоким многообразием генетических вариантов. На сегодняшний день в группе «М», объединяющей подавляющее большинство изолятов ВИЧ-1, распространенных по всему миру, выявлено 11 подтипов, 15 циркулирующих рекомбинантных форм и большое разнообразие уникальных рекомбинантов этого вируса, географическое распространение которых, тем не менее, неоднородно. В Центральной и Южной Африке доминируют вирусы подтипов А и С, в странах Западной Европы и Америки, в Австралии и Японии преобладает ВИЧ-1 подтипа В, а в странах Юго-Восточной Азии наибольшее распространение получила рекомбинантная форма CRF01AE. Изучение распространения подтипов ВИЧ-1, генетический анализ новых вариантов вируса имеют большое значение, во-первых, для понимания закономерностей развития эпидемии ВИЧ-инфекции, во-вторых, для выявления новых источников заражения и ведущих путей передачи инфекционного агента при проведении эпидемиологических расследований, в-третьих, для прогнозирования дальнейшего развития эпидемии, в-четвертых, для разработки новых и контроля качества уже имеющихся средств диагностики, профилактики и лечения ВИЧ-инфекции.

ВИЧ-1 обнаруживается в разных группах риска и передается посредством разных путей передачи. При этом в Африке и странах азиатского континента вирус передается преимущественно половым путем, в то время как в странах Европы и Северной Америки важную роль в эпидемическом процессе играет парентеральный путь передачи вируса.

В настоящее время отсутствуют меры специфической профилактики ВИЧ-инфекции, что определяется, в частности, высокой вариабельностью генома ВИЧ-1, которая позволяет ему уходить от специфического иммунного ответа. В связи с этим, изучение закономерностей генетической изменчивости ВИЧ-1 в отдельных государствах и регионах, в различных группах риска, при разных путях передачи инфекционного агента, а также у одного пациента в процессе развития инфекционного процесса является одним из актуальных направлений молекулярной вирусологии.

Изучение вариантов ВИЧ-1 в Российской Федерации представляет особый интерес. Это связано с тем, что эпидемия ВИЧ-инфекции в странах Восточной Европы и, прежде всего, в России началась значительно позднее, чем в других государствах. Это обстоятельство позволило приступить к изучению эпидемического процесса с первого случая ВИЧ-инфекции в России, зафиксированного в 1987 г. [Покровский и др., 1987], в отличие от стран Запада, где возбудитель был выявлен уже после начала крупномасштабных эпидемий. В период с 1987 по 1996 гг. распространение ВИЧ-1 происходило относительно медленно, и на 1 января 1996 г., по данным Федерального научно-методического Центра МЗ РФ по профилактике и борьбе со СПИДом, на территории России было зарегистрировано 1062 случая ВИЧ-инфекции. Основным путем распространения ВИЧ-инфекции в этот период являлись половые контакты, причем вирус, как правило, проникал на территорию России из зарубежных стран, либо распространялся иностранными гражданами, обучавшимися в СССР. Однако с конца 1995 г., когда вирус попал в среду лиц, практикующих внутривенное введение психоактивных препаратов, число ежегодно регистрируемых случаев ВИЧ-инфекции начало резко расти. Уже в октябре 1999 года в стране было зарегистрировано 21572 ВИЧ-инфицированных, причем 20500 зараженных были выявлены в 1996-1999 гг., а внутривенное введение психоактивных препаратов отмечалось как главный фактор риска заражения у 91% ВИЧ-инфицированных с известным фактором риска заражения. В настоящее время число случаев ВИЧ-инфекции на территории России уже превысило 293 тысячи, и лица, практикующие внутривенное введение наркотических препаратов, составляют основную группу риска.

В связи с вышеизложенным, представляло интерес провести ретроспективный анализ развития эпидемии ВИЧ-инфекции на территории Российской Федерации, исследовать спектр подтипов ВИЧ-1, циркулирующих в стране, определить роль различных вариантов вирусов в развитии эпидемического процесса, провести генетический анализ выделенных новых вариантов ВИЧ-1, изучить зависимость вариабельности вирусного генома от пути передачи вируса. Полученные результаты могут быть использованы для решения одной из важных задач здравоохранения -создания новых и контроля качества уже имеющихся средств диагностики, профилактики и лечения ВИЧ-инфекции на территории Российской Федерации, а также для дальнейшего прогнозирования развития эпидемии в стране в ближайшие годы.

Цель работы: С использованием комплекса молекулярно-биологических методов мониторинга эпидемии ВИЧ-инфекции, осуществить генетическую характеристику вариантов ВИЧ-1, циркулирующих в Российской Федерации с 1987 по 2003 гг. и выявить основные закономерности распространения подтипов вируса на разных этапах развития эпидемии.

Задачи исследования:

1. Определить подтипы вариантов ВИЧ-1, выделенных на территории России в 1987-2003 гг.

2. Провести анализ нуклеотидных последовательностей геномов новых вариантов ВИЧ-1, выделенных в разных регионах и различных группах риска.

3. Оценить возможности использования различных молекулярных методов (ИФА, RFLP, НМА) для изучения молекулярно-эпидемиологических особенностей эпидемии ВИЧ-инфекции в России.

4. Изучить генетическую изменчивость вариантов ВИЧ-1, циркулирующих в различных группах риска.

5. Разработать алгоритм молекулярно-эпидемиологического мониторинга с использованием современных молекулярно-биологических методов.

Научная новизна. В результате проведенных исследований с использованием молекулярно-биологических методов исследованы спектры генетических вариантов вируса иммунодефицита человека 1-го типа, циркулирующих на территории Российской Федерации на разных этапах развития эпидемии ВИЧ-инфекции.

Определены генетические варианты ВИЧ-1, циркулирующие в группе лиц, использующих психоактивные препараты внутривенно, включая новую циркулирующую рекомбинантную форму CRF03AB, по-видимому, возникшую на территории России в этой группе риска.

Выявлены и генетически охарактеризованы другие уникальные варианты ВИЧ-1, выделенные в России.

Получены приоритетные данные о степени гетерогенности ВИЧ-1 в группе лиц, использующих психоактивные препараты внутривенно. Показано, что уникальный вариант ВИЧ-1 подтипа А на сегодняшний день доминирует и определяет эпидемиологическую ситуацию в России.

С использованием молекулярных методов показано, что рост числа случаев ВИЧ-инфекции в среде лиц, использующих наркотические препараты внутривенно, привел к выходу варианта ВИЧ-1 подтипа А за пределы данной группы риска через гетеросексуальный путь передачи. Продемонстрировано отсутствие достоверных различий в аминокислотной последовательности области V3 gpl20 между вариантами вирусов, циркулирующих среди потребителей инъекционных наркопрепаратов, и лиц, заразившихся гетеросексуальным путем.

В результате исследований предложен алгоритм мониторинга вариантов ВИЧ-1 на территории России.

Практическая значимость. Получены приоритетные данные, касающиеся распространения разных вариантов ВИЧ-1 на территории Российской Федерации в разных группах риска и при разных путях передачи. Полученные результаты определяют эпидемиологическую ситуацию в стране на ближайшие годы и могут быть использовании при создании новых методов молекулярной диагностики, разработки в будущем средств специфической профилактики, а также при создании оптимальных схем терапии ВИЧ-инфекции.

Получена информация о первичной структуре 228 фрагментов генома новых вариантов ВИЧ-1, циркулирующих в России в период 1987-2003 гг. Все нуклеотидные последовательности депонированы в международную базу данных GenBank [http://hiv-web.lanl.gov].

Разработан алгоритм мониторинга распространения вариантов ВИЧ-1 разных подтипов в разных группах риска.

Основные положения, выносимые на защиту.

1. В эпидемии ВИЧ-инфекции в России выделяются два этапа. Первый этап (19871995 гг.) характеризующийся небольшим числом случаев ВИЧ-инфекции, связан со множественными заносами генетически гетерогенных вариантов ВИЧ-1, передающихся половым путем. Второй этап (1996-2003 гг.) характеризуется быстрым ростом числа случаев ВИЧ-инфекции и связан с распространением генетически гомогенных вариантов ВИЧ-1 среди лиц, употребляющих психоактивные препараты внутривенно.

2. Анализ клинических образцов 42 субъектов Российской Федерации показал, что в 1987-1995 гг. в России циркулировали генетические варианты ВИЧ-1, относящиеся к подтипам А, В, С, D, G, Н, а также циркулирующие рекомбинантные формы ВИЧ-1 CRF01AE, CRF02AG и рекомбинанты с генотипами gagDenvG и gagAenvG, впервые описанные в ходе настоящего исследования.

3. На втором этапе эпидемии в среде лиц, употребляющих внутривенно психоактивные препараты, выделено три варианта ВИЧ-1: подтипа A (IDU-A), подтипа В (IDU-B) и рекомбинант с генотипом gagAenvB (IDU-A/B).

4. Рекомбинант с генотипом gagAenvB, впервые выделенный в Калининградской области и получивший наименование CRF03AB, является результатом рекомбинации между вариантами ВИЧ-1 подтипов А и В, циркулирующими среди среди потребителей инъекционных наркотиков, и представляет собой первый описанный в литературе рекомбинант, циркулирующий в популяции одновременно с обоими «родительскими» вирусами.

5. Анализ клинических образцов с использованием молекулярных методов (НМА, секвенирование) из 70 субъектов Российской Федерации, собранных на втором этапе эпидемии ВИЧ-инфекции, свидетельствует о доминировании в России варианта ВИЧ-1 Ши-А.

6. Варианты ВИЧ-1 IDU-A, циркулирующие в России, характеризуются низкой генетической вариабельностью.

7. Наблюдается рост генетической гетерогенности вариантов ВИЧ-1 IDU-A в среде лиц, употребляющих внутривенно психоактивные препараты. Степень удаленности от общего консенсуса последовательностей гена env, кодирующих gpl20, наблюдаемая в разных регионах достоверно возрастает.

8. Варианты ВИЧ-1 IDU-A в настоящее время вышли за пределы первоначально очерченной группы риска и доминируют не только среди потребителей инъецирующих наркотиков, но и среди лиц, инфицированных гетеросексуальным путем .

9. Получена информация о первичной структуре фрагментов генома новых вариантов ВИЧ-1. Все нуклеотидные последовательности депонированы в международную базу данных GenBank.

10. Разработан алгоритм мониторинга распространения вариантов ВИЧ-1 разных подтипов в стране в целом, а также среди лиц, употребляющих психоактивные препараты внутривенно и их половых партнеров, позволяющий дифференцировать основные варианты вируса циркулирующие в этой группе риска в России и других странах со сходной эпидемиологической ситуацией.

Внедрение. Результаты исследований внедрены в практику работы Федерального научно-методического Центра МЗ CP РФ по профилактике и борьбе со СПИДом, а также лаборатории вирусов лейкозов ГУ НИИ вирусологии имени Д.И.Ивановского РАМН.

Разработанный алгоритм мониторинга распространения вариантов ВИЧ-1, циркулирующих среди потребителей инъекционных наркотиков, используется в практике работы региональных центров по профилактике и борьбе со СПИДом на территории России, а также в странах ближнего зарубежья со сходной эпидемиологической ситуацией.

Получен патент на штамм Hominis Immunodeficit Virus ВИЧ-1/Россия ГМ-12-95 (RU1295) подгруппы Lentiviridae семейства Retroviridae для приготовления диагностических и вакцинных препаратов («Штамм Hominis Immunodeficiti Virus (HIV-1) ВИЧ- 1/Россия/ГМ-12-95 (RU1295) субтипа В для диагностических и вакцинных препаратов». Патент РФ М 2121502, бюллетень № 316, 10 ноября 1998 r.,G01 N 33/569).

Публикации. По теме диссертации опубликовано 58 работ, в том числе 36 -статьи (25 в отечественных изданиях и 11 за рубежом) и 22 - тезисы научных конференций (5 в отечественных изданиях и 17 за рубежом).

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

Заключение Диссертация по теме "Молекулярная биология", Казеннова, Елена Валерьевна

выводы

1. Молекулярно-эпидемиологические исследования показали, что в эпидемии ВИЧ-инфекции в России выделяются два этапа. Первый этап (1987-1995 гг.) характеризующийся небольшим числом случаев ВИЧ-инфекции, связан со множественными заносами генетически гетерогенных вариантов ВИЧ-1, передающихся половым путем. Второй этап (1996-2003 гг.) характеризуется быстрым ростом числа случаев ВИЧ-инфекции и связан с распространением генетически гомогенных вариантов ВИЧ-1 среди потребителей инъекционных наркотиков.

2. Анализ 1062 образцов из 42 субъектов Российской Федерации показал, что в 1987-1995 гг. в России циркулировали генетические варианты ВИЧ-1, относящиеся к подтипам А, В, С, D, G, Н, а также циркулирующие рекомбинантные формы ВИЧ-1 CRF01AE, CRF02AG и рекомбинанты с генотипами gagDenvG и gagAenvG, впервые описанные в ходе настоящего исследования.

3. На первом этапе эпидемии ВИЧ-инфекции в России доминировали варианты ВИЧ-1 подтипа В (в 42% случаев), распространявшиеся, в основном, половым путем.

4. На втором этапе эпидемии в среде лиц, употребляющих внутривенно психоактивные препараты, выделено три варианта ВИЧ-1: подтипа A (IDU-A), подтипа В (IDU-B) и рекомбинант с генотипом gagAenvB (IDU-A/B).

5. Показано, что впервые выделенный в ходе настоящей работы в Калининградской области вариант IDU-A/B, получивший наименование CRF03AB, является результатом рекомбинации между вариантами ВИЧ-1 IDU-A и IDU-B, и таким образом, представляет собой первый описанный в литературе рекомбинант, циркулирующий в популяции одновременно с обоими «родительскими» вирусами.

6. Анализ клинических образцов (п=1031) из 70 субъектов Российской Федерации, собранных на втором этапе эпидемии ВИЧ-инфекции, свидетельствует о доминировании в России варианта ВИЧ-1 подтипа AIDU-A (95,0%).

7. Варианты ВИЧ-1 подтипа A (IDU-A), циркулирующие в России, характеризуются низкой генетической вариабельностью, которая не превышает 5% в области, кодирующей V3 gpl20 гена env и 2,5% в области, кодирующей р17/р24 гена gag

8. Наблюдается рост генетической гетерогенности вариантов ВИЧ-1 подтипа А IDU-A в среде лиц, употребляющих внутривенно психоактивные препараты. Степень удаленности от общего консенсуса последовательностей гена env, кодирующих gpl20, наблюдаемая в разных регионах достоверно возрастает от 0,79±0,51 (Саратов, 1996 г.) до 2,51±0,06 (Екатеринбург, 2002).

9. Варианты ВИЧ-1 подтипа A IDU-A в настоящее время вышли за пределы первоначально очерченной группы риска и доминируют не только среди потребителей инъецирующих наркотиков, но и среди лиц, инфицированных гетеросексуальным путем (22/30 случаев, 73,%).

10. Не выявлено достоверных различий (р>0,05) в области V3 gpl20 между вариантами ВИЧ-1 подтипа A IDU-A, выделенными от потребителей инъекционных наркотиков и лиц, инфицированных гетеросексуальным путем.

11. Получена информация о первичной структуре 228 фрагментов генома новых вариантов ВИЧ-1. Все нуклеотидные последовательности депонированы в международную базу данных GenBank.

12. Разработан алгоритм мониторинга распространения вариантов ВИЧ-1 разных подтипов в стране в целом, а также среди лиц, употребляющих психоактивные препараты внутривенно и их половых партнеров, позволяющий дифференцировать основные варианты вируса циркулирующие в этой группе риска в России и других странах со сходной эпидемиологической ситуацией.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

В развитии эпидемии ВИЧ-инфекции в Российской Федерации можно выделить два этапа. Первый этап с момента выявления первого случая заражения в 1987 году, характеризуется множественными заносами вируса, преимущественно половым путем, с территорий других стран иностранными гражданами или жителями России, пребывавшими за рубежом. В этот период распространение ВИЧ-инфекции происходило медленно, и за 10 лет было выявлено всего 1062 случая инфицирования. Когда вирус СПИДа в конце 1996 года попал в среду лиц, употребляющих психоактивные препараты внутривенно, ситуация коренным образом изменилась. Число ВИЧ-инфицированных начало стремительно расти в связи со спецификой распространения инфекционного агента в этой группе риска.

На первом этапе развития эпидемии в России были выделены и генетически охарактеризованы варианты ВИЧ-1 большинства существующих в мире подтипов, как часто встречаемых А, В, С, D, G, так и эндемичных, например подтип Н, который редко встречается за пределами африканского континента.

Кроме того, среди ВИЧ-инфицированных были выделены и охарактеризованы рекомбинантные формы вируса CRF01AE, CRF02AG, gagPJenvG, gagD/envG, привнесенные на территорию России, согласно эпидемиологическим расследованиям, из Африки и Юго-Восточной Азии.

Генетический анализ ВИЧ-1, циркулирующих в среде лиц - наркопотребителей (второй этап эпидемии) показал распространение в этой группе риска трех вариантов вирусов , один из которых относится к подтипу А, второй — к подтипу В, третий является продуктом рекомбинации между двумя первыми вариантами. Впервые в мире на территории России была выделена и генетически охарактеризована рекомбинантная форма CRF03AB у лиц, употребляющих наркотические препараты внутривенно.

Дальнейшие исследования постоянно увеличивающейся на территории России группы риска потребителей наркотиков, с использованием комбинации методов серологического анализа, сравнения электрофоретической подвижности гетеродуплексов и анализа нуклеотидных последовательностей позволило установить, что в 70 регионах Российской Федерации превалирует вариант вируса подтипа А. Варианты ВИЧ-1 подтипа В и рекомбинантная форма CRF03AB вносят на сегодняшний день несущественный вклад в эпидемию ВИЧ-инфекции.

Для варианта ВИЧ-1 подтипа А, обнаруженного в разное время, в разных регионах России, среди заразившихся как в результате внутривенного употребления наркопрепаратов, так и при гетеросексуальных контактах, показана крайне низкая генетическая вариабельность областей основных структурных генов ВИЧ-1 gag и env, не превышающая 5%. Однако со временем (1996-2002 гг.), степень удаленности генетических различий от консенсуса, полученного при анализе нуклеотидных последовательностей 134 вариантов ВИЧ-1 из исследуемой группы риска с территории России и других стран ближнего зарубежья, достоверно нарастает, не превышая, однако, показатель 5%. При множественных заносах одного и того же варианта вируса из разных регионов в крупную географическую популяцию (например, Москва) наблюдается небольшое увеличение генетической изменчивости в данном регионе.

Накопление ВИЧ-1 в среде лиц, применяющих наркотики внутривенно, привело к выходу вируса за пределы данной группы риска, прежде всего, за счет гетеросексуального пути передачи. При этом часто инфицированные не являются потребителями психоактивных веществ. На сегодняшний день не выявлены различия в аминокислотных последовательностях вариабельной области V3 gpl20 между вариантами ВИЧ-1 подтипа А, выделенными из связанных между собой групп риска.

Итогом проведенных исследований явился разработанный алгоритм мониторинга распространения вариантов ВИЧ-1 в стране в целом, а также среди лиц, употребляющих психоактианые препараты внутривенно, и их половых партнеров, позволяющий дифферинцировать основные подтипы, циркулирующие в этой группе риска на территории России и других стран ближнего зарубежья со сходной эпидемиологической ситуацией.

Библиография Диссертация по биологии, доктора биологических наук, Казеннова, Елена Валерьевна, Москва

1. Гланц С. Медико-биологическая статистика. Москва, Практика, 1999.

2. Ладная Н.Н., Покровский В.В., Бобков А.Ф., Селимова Л.М., Савченко И.Г., Казеннова Е.В., Карасева Н.Г., Кравченко А.В., Бочкова М.С. Распространение субтипов ВИЧ-1 в России. Эпидемиология и инфекционные болезни, 1998,3: 1923.

3. Маниатис Т., Фрич Э., Сэмбрук Дж. Методы генетической инженерии. Молекулярное клонирование. Москва, «Мир», 1984.

4. Покровский В.В. ,Савченко И.Г., Ладная Н.Н., Буравцова Е.В., Бочкова М.С., Арзамасцев В.П., Корнеева М.И. ВИЧ-инфекция. Информационный бюллетень №14. Российский научно-методический центр по профилактике и борьбе со СПИДом, Москва, 1998.

5. Покровский В.В., Савченко И.Г., Ладная Н.Н., Буравцова У.В., Бочкова М.С. ВИЧ-инфекция. Информационный бюллетень № 8. Российский научно-методический центр по профилактике и борьбе со СПИДом, Москва, 1997.

6. Покровский В.В., Бобков А.Ф., Ладная Н.Н., Карасева Н.Г., Бочкова М.С., Селимова Л.М., Казеннова Е.В., Цыбакова О.А., Бушуева И.В.

7. Эпидемиологическая цепочка от первого зарегистрированного в СССР больного

8. СПИДом. Использование анализа электрофоретической подвижностигетеродуплексов для эпидемиологического маркирования. Эпидемиология и инфекционные болезни, 1996а, 1: 30-34.

9. Покровский В.В. Эпидемиологи и профилактика ВИЧ-инфекции и СПИД. Москва, «Медицина», 1996b.

10. Покровский В.В., Юрин О.Г., Кравченко А.В., Потекаев Н.С. Первый случай• ВИЧ-инфекции у гражданина СССР. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунологии, 1992, 11(12): 19-22.

11. Покровский В.В., Ерамова И.Ю., Деулина М.О., Липетиков В.В., Слюсарева Л.А., Чемизова Н.М., Савченко С.П. Внутрибольничная вспышка ВИЧ-инфекции в• Элисте. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунологии, 1990а, 4: 17-23.

12. Покровский В.В., Ерамова И.Ю., Кузнецова И.И. Передача ВИЧ от ребенка матери во время кормления грудью. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунологии, 1990b, 3: 23-26.

13. Покровский В.В., Серветский К.Л. Передача ВИЧ при грудном вскармливании и гетеросексуальных контактах. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунологии, 1988, 5: 59-62.

14. Селимова Л.М., Ханина Т.А., Зверев С.Я., Покровский В.В., Бобков А.Ф., Бобков

15. Е.Н., Зыльков Ф.В. Влияние наркотических веществ, изготовляемых кустарным способом, на инфекционную активность ВИЧ-1. Вопросы вирусологии, 2003, 486.: 21-25.

16. Селимова Л.М., Ханина Т.А., Казеннова Е.В., Зверев С.Я., Покровский В.В., Бобков А.Ф. Влияние препарата, содержащего героин, на инфекционность вируса иммунодефицита человека типа 1 in vitro. Вопросы вирусологии, 2002, 47 (5): 1620.

17. Anderson J, Teufell П, Yin PD, Hu WS. Correlated template-switching events during minus-strand DNA synthesis: a mechanism for high negative interference during retroviral recombination. J Virol, 1998, 72: 1186-1194.

18. Apetrei C, Loussert-Ajaka I, Collin C, Letourneur F, Duca M, Saragosti S, Simon F, Brun-Vezinet F. HTV type 1 subtype F sequences in Romanian children and adults. AIDS Res Hum Retroviruses, 1997, 13: 363-365.

19. Asjo B, Morfeldt- Manson L, Albert J, Biberfeld G, Karksson A, Lidman K, Fenyo EM. Replicated capacity of human immunodeficiency virus from patients with varying severity of HIV infection. Lancet, 1986, ii (8508): 660-662.

20. Ayouba A, Souquieres S, Njinku B, Maplin PM, Muller-Trutwin MC, Roques P, Barre-Sinoussi F, Mauclere P, Simon F, Nerrienet E. HTV-1 group N among HIV-1-seropositive individuals in Cameroon. AIDS, 2000,176: 216-221.

21. Bailes E, Gao F, Bibollet-Ruche F, Courgnaud V, Peeters M, Marx P, Hahn BH, Sharp PM. Hibrid origin of SIV in chimpanzees. Science, 2003. 300:1713.

22. Band L, Pert A, Williams W. Central ц-opioid receptors mediate suppression of natural killer activity in vivo. Prog Neuroendocrininnunol, 1992, 5: 95-101.

23. Barlow KL, Tatt DI, Cane PA, Pillay D, Clewley JP. Recombinant strains of HIV type 1 in the United Kingdom. AIDS Res Hum Retroviruses, 2001,17 ( 5): 467-474.

24. Batra M, Tien PC, Shafer RW, Contag CN, Katzenstein DA. HIV type 1 envelope subtype С sequences from recent seroconverters in Zimbabwe. AIDS Res Hum Retroviruses, 2000, 16: 973-979.

25. Beer BE, Foley ВТ, Kuiken CL, Tooze Z, Goeken RM, Brown CR, Hu J, StClaire M, Korber ВТ, Hirsh VM. Characterization of a novel simian immunodeficiency virus from red-capped mangabeys from Nigeria (SIVrcmNG409 and -NG411). J Virol, 2001, 75:12014-12027.

26. Berger EA, Murphy PM, Farber JM. A new classification for HIV-1. Nature, 1998, 391 (66640): 240.

27. Blackard JT, Cohen DE, Mayer KH. Human immunodeficiency virus superinfection and recombination: current state of knowledge and potential clinical consecqueces. Clin Infect Des, 2002, 34: 1108-1114.

28. Blahoutova V, Zajicova A, Wilczek H, Holan V. Opioids and their immunomodulatory properties. Cas Lek Cesk, 2003, 142 (4): 244-247.

29. Bobkov AF, Lukashov VV, Goudsmit J, Weber JN. Silent mutation in the V3 region characteristic of HTV type 1 env subtype В strains from injecting drug users in the former Soviet Union. AIDS Res Hum Retroviruses, 2000,16 (3): 293-296.

30. Bobkov A, Garaev MM, Rzhaninova A, Kaleebu P, Pitman R, Weber J, Cheingsong-Popov R. Molecular epidemiology of HIV-1 in the former Soviet Union: analysis of env V3 sequences and their correlation with epidemiological data. AIDS, 1994b, 8: 619624.

31. Bonhoeffer S, Holmes C, Nowak MA. Causes of HIV diversity. Nature, 1995, 376: 125.

32. Brown SM, Stimmel B, Taub RN. Immunologic dysfunction in heroin addicts. Arch Intern Med, 1974,134:1001-1006.

33. Caceres CF, van Griensen GJP. Male homosexual transmission of HIV-1. AIDS, 1994, 8:1051-1061.

34. Capon DJ, Ward RH. The CD4-gpl20 interaction and AIDS pathogenesis. Annu Rev Immunol, 1991,9:649-678.

35. Carr JK, Wolfe N, Torimiro JN, Eitel M, Burke DS, Birx Dl, McCutchan FE, Jackson Henry M. Genetic diversity of HIV-1 strains from rural Cameroon. XIV International AIDS Conference. Barcelona, July 2002, Abstract TuPeC4789.

36. Carr JK, Torimiro JN, Wolfe ND, Eitel MN, Kim B, Sanders-Buell E, Jagodzinski LL, Gotte D, Burke DS, Birx DL, McCutchan FE. The AG recombinant IbNG and novel strains of group M HIV-1 are common in Cameroon. Virology, 2001b, 286(1): 168-181.

37. Carr JK, Salminen MO, Albert J, Sanders-Buell E, Gotte D, Birx DL, McCutchan FE. Full genome sequences of human immunodeficiency virus type 1 subtypes G and A/G intersubtype recombinants. Virology, 1998b, 247:22-31.

38. Carr JK, Salminen MO, Koch C, Gotte D, Artenstein AW, Hegerich PA, Louis D, Burke D, McCutchan FE. Full-length sequence and mosaic structure of a human immunodeficiency virus type 1 isolate from Thailand. J Virol, 1996, 70: 5935-5943.

39. Cen S, Khorchid A, Javanbakht H, Gabor J, Stello T, Shiba K, Musier-Forsyth K, Kleiman L. Incorporation of lysyl-tRNA synthetase into human immunodeficiency virus type 1. L Virol, 2001, 75: 5043-5048.

40. Centers for Disease Control. Update: AIDS Europe. Morbidity and Mortality Weekly Report. Los Angeles, 1985, 34:471-475.

41. Centers for Disease Control. Update: AIDS Europe. Morbidity and Mortality Weekly Report. Los Angeles, 1984, 33: 607-609.

42. Centers for Disease Control. Persistent, generalized lymphadenopathy among homosexual males. Morbidity and Mortality Weekly Report. Los Angeles, 1982, 31:249-252.

43. Centers for Disease Control. Kaposi's sarcoma and Pneumocystis Pneumonia among homosexual men. Morbidity and Mortality Weekly Report. Los Angeles, 1981, 30 (25): 305-307.

44. Chang F, Re F, Sebastian S, Sazer S, Luban J. HIV-1 Vpr Induces Defects in Mitosis, Cytokinesis, Nuclear Sructure, and Centrosomes. Mol Biol Cell, 2004, 15 (4): 17931801.

45. Cheingsong-Popov R, Chappey C, Callow D, Lister S, Bobkov A, Weber J. V3 serotypes : distribution and correlation with genotypes. In: International Conference on AIDS. Yokogama, Japan, August 7-12, 1994, Abstract PC0430.

46. Chen Z, Telfer P, Reed P, Zhang L, Getti A, Ho DD, Marx PA. Isolation and characterization of the first simian immunodeficiency virus from a feral sooty mangabey (Cercocebus atys) in Wesy Africa. J Med Primatol, 1995,24:108-115.

47. Chesebro B, Wehrly K, Nishio J, Perryman S. Mapping of independent V3 envelope determinants of human immunodeficiency virus type 1 macrophage tropism and syncytium formation in lymphocytes. J Virol, 1996, 70(12): 9055- 9059.

48. Choisy M, Woelk CH, Guegan JF, Robertson DL. Comparative study of adaptative molecular evolution in different human immunodeficiency virus groups and subtypes. J Virol, 2004, 78(4): 1962-1070.

49. Chuang FL, Chuang TK, Killam KF, Qui Q, Wang XR, Lin JJ, Kung HF, Sheng W, Chao C, Yu L, and Chuang RY. Expression of kappa opioid receptors in human and monkey lymphocytes. Biochem Biophys Res Commun, 1995,209:1003-1010.

50. Cladera J, Martin I, O'Shea P. The fusion domain of HIV gp41 interacts specifically with heparan sulfate on the T-lymphocyte surface. EMBO J, 2001,20: 19-26.

51. Clapham PR, McKnight A. HIV-1 receptors and sell tropism. British Medical Bulleten, 2001,58: 43-59.

52. Clavel F, Guyader D, Guetard M, Salle M, Montagnier L, Alizon M. Molecular cloning and polymorphism of the human immunodeficiency virus type 2. Nature, 1986, 324: 591-695.

53. Clumeck N, Sonnet J, Tadman H. AIDS in African patients. N Eng J Med, 1984, 310: 492-497.

54. Cocchi F, DeVico AL, Garzino-Demo A, Cara A, Gallo RC, Lusso P. The Ve domain of HIV-l gpl20 envelope glycoprotein is critical for chemokine-mediated blockade of infection. Nat Med, 1996, 2 (11): 1244-1247.

55. Coffin JM. Retroviridae: the viruses and their replication. In Fields BN, Knipe DM, Howley PM (Ed.), Virology, 1996, Lippincott-Raver Publishers, Philadelphia, Pa: 17671847.

56. Cohen SN, Chang A, Hsu L. Nonchromosomal antibiotic resistance in bacteria: genetic transformation of Escherichia coli by R-factor DNA. Proc Natl Acad Sci USA, 1972, 69 (8): 2110-2114.

57. Cornelissen M, van Den Burg R, Zorgdrager F, Goudsmit J. Spread of distinct human immunodeficiency virus type 1 AG recombinant lineages in Africa. J Gen Virol, 2000, 81: 515-523.

58. Couturier E, Damond F, Roques P, Fleury H, Barin F, Brunet JB, Brun-Vezinet F, Simon F. HIV-1 diversity in France, 1996-1998. The AC 11 laboratory network AIDS, 2000, 14 (3): 289-296.

59. Cuevas MT, Ruibal I, Villahermosa ML, Diaz H, Delgado E, Parga EV, Perez-Alvarez L, de Armas MB, Cuevas L, Medrano L, Noa E, Osmanov S, Najera R, Thomson MM. High HIV-1 genetic diversity in Cuba. AIDS, 2002, 16: 1643-1653.

60. Dalgleish AG, Beverley PR, Clapham DH, Crawford DH, Greaves MF, Weiss RA. The CD4 (T4) antigen is an essential component of the receptor for the AIDS retrovirus. Nature, 1984,312: 763-767.

61. Delviks K, Pathak V. Effect of distance between homologous sequences and 3' homology on the frequency of retroviral reverse transcriptase template switching. J Virol, 1999, 73 (10): 7923-7932.

62. Delwart E, Shpaer EG, Louwagie J, McCutchan FE, Grez M, Rubsamen-Waigmann H, Mullins JI. Genetic relationships determined by a DNA heteroduplex mobility assay analysis of HIV-l env genes. Science, 1993,262: 1257-1261.

63. Delwart EL, Pan H, Sheppad HW, Wolpert D, Neumann AU, Korber B. Slower evolution of human immunodeficiency virus type 1 quasispecies during progression to AIDS. J Virol, 1997, 71 (10): 7498-7508.

64. Dowling WE, Kim B, Mascon CJ, Wasunna KM, Alam U, Elson L, Birx DL, Robb ML, McCutchan FE, Carr JK. Forty-one near full-length HIV-l sequences from Kenya reveal an epidemic of subtype A ana A-containing recombinants. AIDS, 2002,16: 18091820.

65. Drake JW. Rates of spontaneous mutation among RNA viruses. Proc Natl Acad Sci USA, 1993,90:4171-4175.

66. Eigen M, McCaskill J, and Schaster P. Molecular quasi-species. J Phys Chem, 1988a, 92:6881-6891.

67. Eigen M, Winkler-Oswatitsch R, and Dress A. Statistical geometry in sequence spase: a method of quantitative comparative sequence analysis. Proc Natl Acad Sci USA, 1988b, 85:5913-5917.

68. Emau P, McClureHM, Isahakia M, Else JG, Fultz PN. Isolation from African Sykeys' monkays (Cercopithecus mitis) of a lentuvirus related to human and simian immunodeficiency viruses. J Virol, 1991, 65: 2135-2140.

69. Emerman M, Malim M. HTV-1 regulatory/accessory genes: keys to unraveling viral and host cell biology. Science, 1998,280:1880-1884.

70. Eron JJ, Vernazza PL, Johnston DM, Sieller-Moiseiwitch F, Alcorn TM, Fiscus SA, Cohen MS. Resistance of HIV-1 to antiretroviral agents in blood and seminal plasma: implications for transmission. AIDS, 1998, 12 (15): F181-F189.

71. Essex M. Human immunodeficiency viruses of the developing world. Adv Virus Res, 1999, 53: 71-88.

72. Estable MC, Mersouki A, Arella M, Sadowski I. Distinct clustering of HIV type 1 sequences derived from injection versus noninjection drug users in Vancouver, Canada. AIDS Res Hum Retroviruses, 1998, 14 (10): 917-919.

73. Esteves A, Parreira R, Venenno T, Franco M, Piedade J, Germano De Sousa J, Canas-Ferreira WF. Molecular epidemiology of HIV type 1 infection in Portugal: high prevalence of non-B subtypes. AIDS Res Hum Retroviruses, 2002,18: 313-325.

74. Felsenstein J. PHYLIP phylogenetic interference package (version 3.20. Cladistics, 1989,5: 164-166.

75. Ferdats A, Konicheva V, Dievberna I, Lilja E, Albert J. An HIV type 1 outbreak among injecting drug users in Latvia. AIDS Res Hum Retroviruses, 1999, 15 (16): 1487-1490.

76. Flint SJ, Enquist LW, Krug RM, Racaniello VR, Skalka AM. Principles of virology. Molecular biology, pathogenesis, and control. Washington, ASM Press, 2000: 207-210.

77. Flores O, Lee G, KesslerJ, Miller M, Chlief W, Tomassini J, Hazuda D. Host-cell positive transcription elongation factor b kinase activity is assinial and limiting for HIV type 1 replication. Proc Natl Acad Sci USA, 1999, 96: 7208-7213.

78. Foda M, Harada S, Maeda Y. Role of V3 independent domens on a dualtropic human immunodeficiency virus typel (HIV-1) envelope gpl20 in CCR5 coreceptor utilization and viral infectivity. Microbiol Immunol, 2001,45(7): 521-530.

79. Fouchier RAM, Groenink M, Kootstra NA, Tersmette M, Huisman HG, Miedema F Schuitemaker H. Phenotype-associated sequence variation in the third variable domain of the human immunodeficiency virus type 1 gpl20 molecule. J Virol, 1992, 66 (5): 3183-3187.

80. Freed EO, Martin MA. The role of human immunodeficiency virus type 1 envelope glycoproteins in virus infection. J Biol Chem, 1995,270: 23883-23886.

81. Fritz CC, Green MR. HTV Rev uses a conserved cellular protein export for the nucleocytoplasmic transport of viral RNAs. Curr Biol, 1996, 6 (7): 848-854.

82. Gagneux P, Wills C, Gerloff U, Tautz D, Morin PA, Boesch C, Fruth B, Hohmann G, Ryder OA, Woodruff DS. Mitochondrial sequences show diverse evolutionary histories of African hominoids. Hujc Natl Acad Sci USA, 1999, 96: 5077-5082.

83. Gandhi Rt and Walker BD. Immunologic control of HIV-1. Annu Rev Med, 2002, 53: 149-172.

84. Gao F, Chen Y, Levy DN, Conway JA, Kepler ТВ, Hui H. Unselected mutations in the human immunodeficiency virus type 1 genome are mostly nonsynonymous and often deleterious. J Virol, 2004, 78 (5): 2426-2433.

85. Gao F, Bailes E, Robertson DL, Chen Y, Michael SF, Cummins LB, Arthur LO, Peeters M, Shaw GM, Sharp PM, Hahn ВН. Origin of HIV-1 in the chimpanzee Pan troglodytes troglodytes. Nature, 1999,397(6718): 385-386.

86. Goff SP. Retroviridae: the retroviruses and their replication. In Fields Virology. Edited by Knippe DM, Hpwley PM, Griffin DE, et al. Philadelphia, PA: Lippincott Williams & Wilkins; 2001:1871-1939.

87. Gottlinger HG, Dorfrnan T, Sodroski JG, Haseltine WA. Effect of mutations affecting the p6 gag protein on human immunodeficiency virus particle release. Proc Natl Acad Sci USA, 1991, 88 (8): 3195-3199.

88. Gurtler LG, Hauser PH, Eberle J, von Brunn A, Knapp S, Zekeng L, Tsague JM, Kaptue L. A new subtype of human immunodeficiency vims type 1 (MVP-5180) from Cameroon. J Virol, 1994, 68:1581-1585.

89. Hage SL, Chui C, Goodman M. Molecular phylogeny of Old World monkeys (Cercopithecidae) as inferred from gamma-globin DNA sequences. Mol Phylogenet Evol, 1999, 13: 348-359.

90. Hahn BH, Shaw GM, Arya SK, Popovic M, Gallo RC, Wong-Staal F. Molecular cloning and characterization of the HTLV-III virus associated with AIDS. Nature, 1984, 312: 166-169.

91. Hahn BH, Shaw GM, De Cock KM, Sharp PM. AIDS as zoonosis: scientific and public health implications. Science, 2000, 287: 607-614.

92. Heward TM, Olayele DO, Rasheed S. Sequence analysis of the glycohrotein 120 coding region of a new HIV type 1 subtype A strain (HIV-lIbNG) from Nigeria. AIDS Res Hum Retroviruses, 1997, 10: 1755-1757.

93. Higgins DG, Bleasby AJ, and Fuchs R.CLUSTAL V: improved software for multiple sequence alignment. Comput Appl Biosci, 1992, 8:189-191.

94. Hirsch VM, Olmsted RA, Murphey-Corb M, Pursell RH, Johnson PR. An African primate lentivirus (SIVsm) closely related to HIV-2. Nature, 1989, 339 (6223): 389392.

95. Hixson JE and Vernier DT. Restriction isotyping of human apolipoprotein E by gene amplification and cleavage with Hha I. J Lipid Res, 1990, 31: 545-548.

96. Hoffman NG, Seillier-Moiseiwitsch F, Ahn J, Walker JM, Swanstrom R. Variability in the human immunodeficiency virus type 1 gp 120 Env protein linked to phenotype-associated changes in the V3 loop. J Virol, 2002, 76(8): 3852-3864.

97. Holguin A, Rodes B, Soriano V. Recombinant human immunodeficiency virus type 1 cirulating in Spain. AIDS Res Hum Retroviruses, 2000, 16 (5):505-511.

98. Hu Q, Trent JO, Tomaras GD, Wang Z, Murray JL, Conolly SM, Navenot JM, Barry AP, Greenberg ML, Peiper SC. Identification of ENV determinants in V3 that influence the molecular anatomy of CCR5 utilization. J Mol Biol, 2000, 302(2): 359-375.

99. Hu WS, Temin HM. Retroviral recombination and Reverse Transcription. Science, 1990, 250: 1227-1233.

100. Hunter E, Swanstrom R. Retroviral envelope glycoproteins. Curr Top Microbiol Immunol, 1990, 157: 187-253.

101. Jacks T, Power MD, Masiarz FR, Luciw PA, Barr PJ, Varmus HE. Characterization of ribosomal frame-shifting in HIV-l gag-pol expression. Nature, 1988,231: 280-283.

102. Janssens W, Heyndrickx L, Van der Auwera G, Nkengasong J, Beirnaert E, Vereecken K, Coppens S, Willems B, Fransen K, Peeters M, Ndumbe P, Delaporte E, van der Groen G. Independent genetic variability of HIV-l group O. AIDS, 1999, 13:41-48.

103. Jetzt A, Yu H, Klarmann G, Ron Y, Preston BD, Dougherty JP. High rate of recombination throughout the human immunodeficiency virus type 1 genome. J Virol, 2000, 74(3): 1234-1240.

104. Jin MJ, Hui DL, Robertson DL, Muller MC, Barre-Sinoussi F, Hirsch VM, Allan JS, Shaw GM, Sharp PM, Hahn ВН. Mosaic genome structure simian immunodeficiency virus from west African green monkeys. Embo J, 1994, 13: 2935-47.

105. Jost S, Bernard MC, Kaiser L, Yerly S, Hirschel B, Samri A, Autran B, Goh LE, Perrin L. A patient with HIV-1 superinfection. N Engl Med, 2002, 347: 731-736.

106. Karn J. Tat, a novel regulator of HIV transcription and latency. HIV Sequence Compendium 2000, Los Alamos National Laboratory, 2000 : 2-18.

107. Katz R, Skalka M. The retroviral enzymes. Annu Rev Biochem. 1994;63:133-73.

108. Katz R, Skalka M.Generation of diversity in retroviruses. Annu Rev Genet, 1990, 24: 409-445.

109. Kiessling AA, Fitzgarald LM, Zhang D, Chhay H, Brettler D, Eyre RC, Steinberg J, McGowan K, Byrn RA. Human immunodeficiency virus in semen arises from a genetically distinct virus reservoir. AIDS Res Hum Retroviruses, 1998 14 (Suppl. 1), S33-S41.

110. Kim T, Mudry RA, Rexrode С A 2nd, Pathak VK. Retroviral mutation rates and A-to-G hypermutations during different stages of retroviral replications. J Virol, 1996, 70 (11): 7594-7602.

111. Kimura M. A simple method for estimating evolutionary rates of base substitutions through comparative studies of nucleoyide sequence. J Mol Evol, 1980, 16:111-120.

112. Kirchhoff F, Greenoigh NC, Brettler DB, Sullivan JL, Desrosiers RC. Absence of intact nef sequences in a long-term survivor with nonprogressive HIV-1 infection. N Engl J Med, 1995,332: 228-232.

113. Kiss A, Li L, Gettemeier T, Venkatesh LK. Functional analysis of the interaction of the human immunodeficiency virus type 1 Rev nuclear export signal with its cofactors. Virology, 2003, 314 (2): 591-600.

114. Klatzmann D, Champagne E, Chamaret S, Gruest J, Gruetard D, Hercend T, Gluckman JC, Montagnier L. T-lymphocyte T4 molecule behaves as the receptor for human retrovirus LAV. Nature, 1984, 312: 767-768.

115. Kobyshcha Y, Sherbinskaya A, Khodakevich L et al. HIV infection among drug users in Ukraine beginning of the epidemic. International Conference on AIDS, 11-th, Vancouver, 1996, Abstract 204.

116. Korber B, Foley B, Gaschen B, Kuiken C. Epidemiological and immunological implications of the global variability of HIV-1. In: Retroviral immunology, edited by B.Walker and G. Pantaleo, Totowa, NJ USA, 2001a: 1-31.

117. Korber B, Gaschen B, Yusim K, Thakallapally R, Kesmir C, Detours V. Evolutionary and immunological implication of contemporary HTV-1 variation. Brit Med Bulletin, 2001b, 58 (1): 19-42.

118. Korber D. Muldoon M, Theiler J, Gao F, Gupta R, Lapedes A, Hahn BH, Wolinsky S, Bhattacharya T. Timing the ancestor of the HIV-1 pandemic strains. Science, 2000, 288 (5472): 1789-1796.

119. Korber ВТ, Sharp PM, Ho DD. Dating of the origin of HIV-1 subtypes. Nature, 1999, 400: 325-326.

120. Kostrikis LG, Bagdades E, Gao YZ. Genetic analysis of human immunodeficiency virus type 1 strains from patients in Cyprus: identification of a new subtype designated subtype I. J Virol, 1995, 69: 6122-6130.

121. Kuiken CL, Cornelissen MTE, Zorgdrager F, Hartman S, Gibbs AJ, Goudsmit J. Consistent risk group-associated differences in human immunodeficiency virus type 1 vpr, vpu and V3 sequences despite independent evolution. J Gen Virol, 1996, 77; 783792.

122. Kuiken CL, Lukashov W, Baan E, Dekker J, Leunissen JAM, Goudsmit J. Evidence for limited within-person evolution of the V3 domain of the HIV-1 envelope in the Amsterdam population. AIDS, 1996, 10: 31-37.

123. Kuiken CL, Goudsmit J. Silent mutation pattern in V3 sequences distinguished virus according to risk group in Europe AIDS. Res Hum Retroviruses, 1994, 10: 319-320.

124. Kumar S, Tamura K, and Nei M. Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA), version 1.01. Institute of Molecular Evolutionary Genetics, Pennsylvania State University. University Park, Pennsylvania, 1993.

125. Kurbanov F, Kondo M, Tanaka Y, Zalalieva M, Giasova G, Shima T, Jounai N, Yuldasheba N, Ruzibakiev R, Mizokami M, Imai M. Human immunodeficiency virus in Uzbekistan: epidemiologica and genetic analysis. AIDS Res Hum Retroviruses, 2003, 19(9): 731-738.

126. Kwong PD, Wyatt R, Robinson J, Sweet RW, Sodroski J, Hendickaon WA.Sructure of an HIV gpl20 envelope glycoprotein in complex with the CD4 receptor and neutralizing human antibody. Nature, 1998, 393: 649-654.

127. Leitner T, Albert J. The molecular clock of HIV-1 unveiled through analysis of a known transmission history. Proc Natl Acad Sci, 1999,96 (19): 10752-10757.

128. Leitner T, Korovina G, Marquina S, Smolskaya T, Albert J. Molecular epidemiologyand MT-4 cell tropism of Russian HIV type 1 variant. AIDS Res Hum Retrovirus, 1996, 12 (17): 1595-1603.

129. Liitsola K, Holmstrom P, Laukkanen T,Brummer-Korvenkontio H, Leinikki P, Salminen MO. Analisis of HIV-1 genetic subtypes in Finland reveals good correlation between molecular and epidemiological data. Scand. J. Infect. Dis., 2000b, 32 (5):475-480.

130. Littman D. Chemokine receptors: keys to AIDS pathogenesis. Cell, 1998,93:677-680.

131. Liuzzi G, Chirianni A, Clemenyti M, Bagnarelli P, Valenza A, Cataldo PT, Piazza M. Analysis of HIV-1 load in blood, semen and saliva: evidence for different viral compartments in a cross sectial and longitudinal study. AIDS, 1996,10 (14): F51-F56.

132. Long EM, Martin HL, Kreiss JK, Rainwater SM, Lavreys L, Jackson DJ , Rakwar J, Mandaliya K, Overbaugh J. Gender differences in HIV-1 diversity at time of infection. Nat Med, 2000,6 (1): 71-75.

133. Los Alamos National Laboratory. HIV sequence Database http://hiv-web.lanl.gov. Los Alamos, NM: Los Alamos National Laboratory.

134. Lukashov V, Op de Coul ELM, Coutinho RA, Goudsmit J. HIV-l strains for Dutch injecting drug users in heterosexually infected individuals in the Netherlands. AIDS, 1998a, 12: 635-641.

135. Lukashov VV, Goudsmit J. HIV heterogeneity and disease progression in AIDS: a model of continuous viral adaptation. AIDS, 1998b, 12 (suppl A): S43- S52.

136. Lukashov W, Karamov EV, Eremin VF, Titov LP, Goudsmit J. Extreme founder effect in an HIV type 1 subtype A epidemic among drug users in Svetlogorsk, Belarus. AIDS Res Hum Retroviruses, 1998c, 14 (14): 1299-1303.

137. Lukashov V, Goudsmit J. Founder virus population related to route of virus transmission: a determinant of intrahost human immunodeficiency virus type 1 evolution? J. Virol, 1997a, 71: 2023-2030.

138. Lukashov V, Goudsmit J. Evolution of the human immunodeficiency virus typel subtype-specific V3 domen Is confined to a sequence space with a fixed distance to the subtype consensus. J Virol, 1997b, 71: 6332-6338.

139. Lukashov VV, Kuiken CL, Vladov D, Coutinho RA, Goudsmit J. Evidence for HIV type 1 strains of U.S. intravenous drug users as a founders of AIDS epidemic among intravenous drug users in northern Europe. Res Hum Retroviruses, 1996, 12:1179-1183.

140. Lukashov VV, Kuiken CL, Goudsmit J. Intrahost human immunodeficiency virus type 1 evolution is related to length of the immunocompetent period. J Virol, 1995, 69: 69116916.

141. Mamadou S, Vidal N, Mantavon C, Ben A, Djibo A, Rabiou S, Soda G, Delaporte E, Mboup S, Peeters M. Emergence of complex and diverse CRF02 AG/CRF06-cpx recombinant HIV type 1 strains in Niger, West Africa. AIDS Res Hum Retroviruses, 2003, 19(1): 77-82.

142. Щ 198. Mansky LM, Bernard LC. 3'-Azido-3'-deoxythymidine (AZT) and AZT-resistantreverse transcriptase can increase the in vivo mutation rate of human immunodeficiency virus type 1. J Virol, 2000a, 74 (20): 9532-9539.

143. Mansky LM, Preveral S, Selig L, Benarous R, Benichou S. The interaction of VPR with uracil DNA glycoslase modulates the human immunodeficiency virus type 1 in vivo mutation rate. J Virol, 2000b, 74 (15): 9525-9531.

144. Mansky LM. The mutation rate of human immunodeficiency virus type 1 is influenced by vpr gene. Virology, 1996,222 (2): 391-400.

145. KE, Gashau W, Nasidi A, Janssens W, Kalish ML. Subtype G and multiple forms of A/G intersubtype recombinant human immunodeficiency virus type 1 in Nigeria. Virology, 1999,254: 226-234.

146. McGrath KM, Hoffman NG, Resch W, Nelson JAE, Swanstrom R. Using HIV-l sequence variability to explore virus biology. Virus Research, 2001, 76: 137-160.

147. McNearney T, Hornickova Z, Markham R, Birdweli A, Arens M, Saah A, Ratner L. Relationship of human immunodeficiency virus type 1 sequence heterogeneity to stage of desease. Proc Natl Acad Sci USA, 1992, 89: 10247-10251.

148. Meyerhans A, Cheynier R, Albert J, Seth M, Kwok S, Sninsky J, Morfeldt-Manson L, Asjo B, and Wain-Hobson S. Temporal fluctuations in HTV quasispecies in vivo are not reflected by sequential HIV isolations. Cell, 1989, 58: 901-910.

149. Mezei M, Balog К, Takacs M, Toth G, Gyuris A, Segesdi J, Bakos A, Vodros D, Ф Banhegyi D, Berencsi G, Minarovits J. Genetic subtypes of HIV type 1 in Hungary.

150. AIDS Res Hum Retroviruses, 2000,16 (6): 513-516.

151. Milich L, Margolin B, Swanstrm R. Patterns of amino acid variability in NSI-like and Si-like V3 sequences and a linked change in the CD4-binding domain of the HIV-1 Env protein. Virology, 1997, 239 (1): 108-118.

152. Milich L, Margolin B, Swanstrm R. V3 loop of the human immunodeficiency virus type

153. Env protein: interpreting sequence variability. J Virol, 1993, 67(9): 5623-5634.

154. Miller RH, Sarver N. HIV accessory hujteins as therapeutic targets. Nat Med, 1997, 3: 389-394.

155. Morikawa Y. HIV capsid assembly.Current HIV Research, 2003,1: 1-14.• 211. Murhy E, Korber B, Georges-Coubort MC, You B, Pinter A, Cook D, Kieny MP,

156. Simultaneous introduction of HIV type 1 subtype A and В viruses into injecting drug users in Southern Ukraine at the beginning of the epidemic in the former Soviet Union. AIDS Res Hum Retroviruses, 2002, 18 (12): 891-895.

157. Naganawa S, Sato S, Nossik D, Takanashi К, Нага T, Tochicubo O, Kitamura K, Honda M, Nakasone T. First report of CRF03AB recombinant HIV typel in injecting drug users in Ukraine. AIDS Res Hum Retroviruses, 2002, 18 (15): 1145-1149.

158. Najera R, Delgado E, Perez-Alvarez L and Thompson MM. Genetic recombination and its role in the development of the HIV-1 pandemic. AIDS, 2002,16 (suppl 2): S1-S14.

159. Nath A, Conant K, Chen P, Scott C, Major EO. Transient exposure to HIV-1 Tat protein results in cytokine production in macrophages and astrocytes. J Biol Chem, 1999, 274: 17098-17102.

160. Novitsky VA, Montano MA, Essex M. Molecular epidemiologyof an HIV-1 subtype A subcluster among injecting drug users in the southerv Ukraine. AIDS Res Hum Retroviruses, 1998, 14: 1079-1085.

161. Nowak M, Anderson RM, McLean AR, Wolfs TFW, Goudsmit J, May RM. Antigenic diversity thresholds and the development of AIDS. Science, 1991, 254:963-969.

162. Nowak M, May RM, Anderson RM. The evolutionary dynamics of HIV-1 quasispecies and the development of immunodeficiency disease. AIDS, 1990, 4: 1095-1103.

163. Nunez G, Urzua J. Opioids and the immune system. Rev Med Chil, 1999, 127 (3): 341348.

164. Ortiz M, Munoz L, Bernal A, Rodriguez A, Zorraquino A, Vadillo J, Salas A, Moreno A, Garcia-Saiz A. A Molecular Characterization of Non-B HIV Type 1 Subtypes from Africa in Spain. AIDS Res Hum Retroviruses, 2000, 6(18): 1967-1971.

165. Osmanov S, Pattou C, Walker N, Schwardlander B, Esparza J. Estimated global distribution and regional spread of HIV-1 genetic subtypes in the year 2000. J Acquir Immune Defic Defic Syndr, 2002, 29: Defic Syndr, 2002, 29: 184-190.

166. Ou C-Y, Takebe Y, Weniger BG, Luo CC, Kalish ML, Auwanit W, Yamazaki S, Gayle HD, Young NL, Schochotman G. Independent introduction of two major HIV-1 genotypes into distinct high-risk populations in Thailand. Lancet, 1993, 341: 1171-1174.

167. Pang S, Shlesinger Y, Daar ES, Moudgil T, Ho DD, Chen ISY. Rapid generation of sequence variation during primary HIV-1 infection. AIDS, 1992,6 (5): 453-460.

168. Parada CA, Roeder RG. Enhanced processivity of RNA polymerase II triggered by Tat-induced phosphorylation of its carboxy-terminal domain. Nature, 1996, 384: 375378.

169. Parkin NT, Chamorro M, Varmus HE. Human immunodeficiency virus type 1 gag-pol frameshifting independent on mRNA secondary structure: demonstration by expression in vivo. J Virol, 1992,62: 5147- 5151.

170. Parren RW, Burton DR, Sattentau QJ. HIV-1 antibody debris or virion? Nat Med, 1997,3:366-367.

171. Parren RW, Moore JP, Burton DR, Sattentau QJ. The neutralizing antibody response to HIV-1: viral evasion and escape from humoral immunity. AIDS, 1999, 13: 137-162.

172. Parthsarathi S, Varela-Echavarria A, Ron Y, Preston BD, Dougherty JP. Genetic rearrangements occurring during a single cycle of murine leukemia virus vector replication: characterization and replications. J Virol, 1995,69 (12): 7991-8000.

173. Peeters M, Courgnaud V, Abela B, Auzel P, Pourrut X, Bibollet-Ruche F, Loul S, Liegeois F, Butel C, Koulagna D, Mpoudi-Ngole E, Shaw GM, Hahn BH, Delaporte E.

174. Risk to human health from a plethora of simian immunodeficiency viruses in primate bushmeat. Emerg Infect Dis, 2002a, 8: 451-457.

175. Peeters M, Courgnaud V. Overview of primate Lentiviruses and their evolution in non-human primates in Africa. HIV Sequence Compendium 2002, Los Alamos National Laboratory, Los Alamos, NM, 2002b: 2-24.

176. Peeters M, Sharp PM. Genetic diversity of HIV-l: the moving target. AIDS, 2000a, 14: S129-140.

177. Peeters M. Recombinant HIV sequences: their role in global epidemic. In: HIV Sequence Compendium 2000, Los Alamos National Laboratory, Los Alamos, NM, 2000b: 35-43.

178. Perelson AS, Essunger P, Cao Y Vesanen M, Hurley A, Saksela K, Markowitz M, Ho DD. Decay characteristics of HIV-l infected compartments during combination therapy. Nature, 1997,387: 188-191.

179. Pollard VW, Malim MH. The HIV-1 Rev protein. Annu Rev Microbiol, 1998, 52: 491532.

180. Polzer S, Dittmar MT, Schmitz H, Schreiber M. The N-linked glycan gl5 within the V3 loop of the HIV-1 external glycoprotein gpl20 affects coreceptor usage, cell tropism, and neutralization. Virology, 2002, 304(1): 70-80.

181. Preston BD, Dougherty JP. Mechanism of retroviral mutation. Trends Microbiol, 1996, 4 (1):16-21.

182. Prince AM, Drotman B, Lee DH, Andrus L, Valinsky J, Marx P. Lack of evidence for HIV type 1-related SIVcpz infection in captive and wild chimpanzee {Pan troglodytes verus) in West Africa. AIDS Res Hum Retroviruses, 2002,18: 657-660.

183. Refaeli Y, Levy DN, Weiner DB. The glicocorticoid receptor type II complex is a target of the HIV-1 vpr gene product. Proc Natl Acad Sci USA, 1995, 92 (8): 3621-3625.

184. Reinis M, Bruckova M, Graham RR Vandasova J, Stankova M, Carr JK. Genetic subtypes of HTV type 1 viruses circulating in the Czech Republic. AIDS Res Hum Retroviruses, 2001,17 (13): 1305-1310.

185. Reitter J, Means R, Desrosiers R. A role for carbohydrates in immune evasion in AIDS. Nat Med, 1998,4: 679-684.

186. Robb ML, McCutchan F, Carr JK et al. Support of HIV-1 vaccine development in East Africa: sequencing of 96 full-genome sequences from Uganda , Kenya, and Tanzania. AIDS Vaccine 2001. Annecy, September 2001, Abstract 27.

187. Robertson DL, Sharp PM, McCutchan FE, Hahn ВН. Recombination in HIV-l. Nature, 1995, 374: 124-126.

188. Rosen CA, Pavlakis GN. Tat and rev: Positive regulators of HIV gene expression. AIDS, 1990,4:499-509.

189. Rou S, Delling V, Chen CH, Rosen С A, Sonenberg N. A bulge structure in HIV-l TAR RNA is required for Tat binding and Tat mediated trans-activation. Genes Dev, 1990, 4: 1365-1371.

190. Ruben S, Perkin SA, Pursell R, Joung K, Sia R, Burghoff R, Haseltine WA, Rosen CA. Structural and functional characterization of human immunodeficiency virus tat protein. J Virol, 1989,63: 1-8.

191. Saraswathy TS, Ng KP, Sinniah M. Human immunodeficiency virus type 1 subtypes among Malaysian intravenoys drug users. Southeast Asian J Trop Med Public Health, 2000,31 (2): 283-286.

192. Sarngadharan MG, Popovic M, Bruch L, Schupbach J, Gallo RC. Antibodies reactive with human T-lymphotropic retroviruses (HTLV-III) in the serum of patients with AIDS. Science, 1984, 224 (4648): 506-508.

193. Schubert U, Anton LC, Bacik IA, Cox JH, Bour S, Bernink JR. CD4 glicoprotein degradation induced by human immunodeficiency virus type 1 Vpu protein requires the function of proteosomes and the ubiquitin-conjugating pathway. J Virol, 1998, 72:22802288.

194. Seibert SA, Howell CY, Hughes MK, Hughes AL. Natural selection on the gag, pol and env genes of human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1). Mol Biol Evol, 1995, 12 (5): 803-813.

195. Shao JM, Wang B, Zeng Y, Hell W, Wolf H. Variation and shift of HIV-1 env found in EDUs of Dehong epidemic area in China. In: Tenth International Conference on AIDS. Yokohama, Japan. August 7-12, 1994, Abstract 380A.

196. Sharp PM, Bailes E, Chaud huri RR, Rodenburg CM, Santiago MO, Hahn ВН. The origins of acquired immune deficiency syndrome viruses: where and when? Philos Trans R Soc Lond В Biol Sci, 2001, 356: 867-876.

197. Sharp PM, Bailes F, Gao B, Beer BE, Hirsch VM, Hahn ВН. Origins and evolution of AIDS viruses: estimating the time-skale. Biochem Soc Trans, 2000, 28: 275-282.

198. Sharp PM, Bailes E, Stevenson M, Emerman M, Hahn ВН. Gene acquisition in HIV and SIV. Nature, 1996, 383: 586-587.

199. Sharp PM, Robertson DL, Hahn ВН. Cross-species transmission and recombination of "AIDS" viruses. Philos Trans R Soc Lond В Biol, 1995, 349 (1327): 41-47.

200. Sherbinskaya A, Kobyshcha Y, Kruglov Y, Morozov V, Mukharskaya L,Chentsova N, Goreglyad N. Epidemiological trend of HIV-infection in Ukraine during 1987-1993. Tenth International Conference on AIDS. Yakagama, Japan, August 7-12, 1994, Abstract PC0022.

201. Siepel AC, Korber ВТ. Human Retroviruses and AIDS 1995. Theoretical Biology and Biophysics Group, Los Alamos National Laboratory, Los Alamos, New Mexico, 1995.

202. Soares EA, Santos RP, Peelegrini JA, Sprinz E, Tanuri A, Soares MA. Epidemiological and molecular characterization of human immunodeficiency virus type 1 in southern Brazil. J Acuir Immune Defic Syndr, 2003, 34 (5): 520-526.

203. Souquiere S, Bibollet-Ruche F, Robertson DL, Makuwa M, Apetrei C, Onanga R, Kornfeld С Plantier JC, Gao F, Abernethy K, White LJ, Karesh W, Telfer P, Wickings

204. J, Mauclere P, Marx PA, Barre-Sinoussi F, Hahn BH, Muller-Trutwin MC, Simon F. Wild Mandrillus sphinx are carriers of two types of lentivirus. J Virol, 2001, 75: 70867096.

205. Stanojevic M, Papa A, Papadimitriou F, Zerjav S, Jevtovic D, Salemovic D, Jovanovic T, Antoniadis A. HIV-1 subtypes in Yugoslavia. AIDS Res Hum Retroviruses, 2002, 18 (7): 519-522.

206. Subbravanian RA, Cohen EA. Molecular biology of the human immunodeficiency virus accessory proteins. J Virol, 1994, 68: 6831-6835.

207. Takahashi H, Sawa H, Hasegawa H, Nagashima K, Sata T, Kurata T. Topoisomerase I dissociates human immunodeficiency virus type 1 reverse transcriptase from genomic RNAs. Biochem Biophys Res Commun, 2004, 313 (4): 1073-1078.

208. Takehisa J, Zekeng L, Ido E, Yamaguchi-Kabata Y, Mboudjeka I, Harada Y, Miura T, Kaptu L, Hayami M. Human immunodeficiency virus type 1 intergroup (M/O) recombination in Cameroon. J Virol, 1999, 73 (8): 6810-6820.

209. Telesnitsky A, Goff SP. Reverse transcriptase and the generation of retroviral diversity. In Coffin JM, Hughes SH, Varmus HE (Ed.), Retroviruses, 1997, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y.: 121-160.

210. Temin HM. Retrovirus variation and reverse transcriptation: abnormal strand transfers result in retrovirus genetic variation. Proc Natl Acad Sci USA, 1993,90: 6900-6903.

211. Thomson MM, Najera R. Travel and the introduction of human immunodeficiency virus type 1 non-B subtype genetic forms into Western Countries. Clin Infect Dis, 2001b, 12: 1732-1737.

212. Tovanabutra S, Polonis V, De Suoza M, Trichavaroj R, Chanbancherd P, Kim B, Sandera-Buell E, Nitayaphan S, Brown A, Robb MR, Birx DL, McCutchan FE, Carr JK. First CRF01AE/B recombinant of HIV-l is found in Thailand. AIDS, 2001, 15(8): 1063-1065.

213. Tristem M, Marshall С, Karpas A, Hill F. Evolution of the primate lentiviruses: evidence from vpx and vpr. Embo J, 1992, 11: 3405-3412.

214. Trono D. HIV accessory proteins: leading roles for the supporting cast. Cell. 1995, 82(2): 189-921

215. Tschening C, Alaeus A, Fredriksson R, Bjorndal A, Deng H, Littman DR, Fenyo EM, Albert J. Differences in chemjkine coreceptor usage between genetic subtypes of HIV-1. Virology, 1998,241: 181-188.

216. Ulich C, Dunne A, Parry E, Hooker CW, Gaynor RB, Harrich D. Fanctional domens of tat required for efficient human immunodeficiency virus type 1 reverse transcription. J Virol, 1999, 73: 2499-2508.

217. Ustina V, Zilmer K, Tammao L, Raucas M, Andersson A, Lilja E, Albert J. Epidemiology of HIV in Estonia. AIDS Res Hum Retroviruses, 2001, 17 (1): 81-85.

218. Vaishnav YN, Wong-Staal F. The biochemistry of AIDS. Ann Rev Biochem, 1991, 60: 577-630.

219. Vandegraaff N, Kumar R, Burrell CJ, Li P. Kinetics of human immunodeficiency virus type 1 (HIV) DNA integration in acutely infected cells as determined using a novel assay for detection of integrated HIV DNA. J Virol, 2001,75 (22): 11253-11260.

220. V3 region in a cohort of patients from the former Soviet Union. In: XIV International v AIDS Conference, July 7-12, 2002, Barcelona, Spain, Abstract TuPeC4807.

221. Wasi C, Herring B, Raktham S, Vanichseni S, Mastro TD, Young NL, Rubsamen-Ь Waigmann H, van Briesen H, Kalish ML, Luo CC, Pau CP, Baldwin A, Mullins JI,

222. Webster NR. Opioids and the immune system. Br J Anaesth, 1998, 81(6): 835-836.

223. Wei BL, Arora VK, Foster JL, Sodora DL, Garcia JV. In vivo analysis of Nef function. Current HIV Research, 2003,1(1): 41-50.

224. Wei X, Garber ME, Fang S-M, Fischer WH, and Jones KA. A novel cdk9-associated ctype cyclin interacts directly with HIV-l Tat and mediates its high-affinity, loop specific binding to TAR RNA. Cell, 1998,92: 451-462.

225. Wei X, Ghosh SK, Taylor ME, Johnson VA, Emini EA, Deutsch P, Lifson JD, Bonhoeffer S, Nowak MA, Hahn ВН. Viral dynamics in human immunodeficiency virus type 1 infection. Nature, 1995,373: 117-122.

226. Weller IV, Williams IG. ABC of AIDS. Antiretroviral drugs. BMJ, 2001, 322: 14101412.

227. Wiegers K, Rutter G, Kottler H, Tessmer U, Hohenberg H, and Krausslich H-G. Sequential steps in human immunodeficiency virus particle maturation revealed by alterations of individual gag polyprotein cleavage sites. J Virol, 1998, 72 (4): 28462854.

228. Wodarz D, Bangham C. Evolutionary dynamics of HTLV-1. Mol Evol, 2000, 50:448455.

229. Wodarz D, Nowak MA. Evolutionary dynamics of HIV-induced subversion of the immune response. Immunol Rev, 1999, 168:75-89.

230. Wolfs TF, Zwart G, Bakker M, Goudsmit J. HIV-1 genomic RNA diversification following sexual and parenteral virus transmission. Virology, 1992, 189 (1): 103-110.

231. Wolfs TFW, de Jong JJ, Van der Berg H, Tijnagel JMGH, Krone WJA, Goudsmit J. Evolution of sequences encoding the principal neutralization epitope of HIV-1 in host-dependent, rapid and continuous. Proc Natl Acad Sci USA, 1990, 87: 9938-9942.

232. Wolinsky SM, Korber ВТ, Neumann AU, Daniels M, Kuntsman KJ, Whetsell AJ, Furtado M, Gao Y, Ho D, Safrit J, Koup R. Adaptive evolution of human immunodeficiency virus type 1 during the natural course of infection. Science, 1996, 272 (5261): 537-542.

233. Wolinsky SM, Wike CM, Korber B, Hutto C, Parks WP, Rosenblum LL, Kunstman KJ, Furtado MR, Munoz JL. Selective transmission of human immunodeficiency virus type 1 variants from mother to infants. Science, 1992,255 (5048): 1134-1137.

234. Wooley DP, Smith RA, Czajak S, Desrosiers RC. Direct demonstration of retroviral recombination in a rhesus monkey. J Virol, 1997, 72 (12): 9650-9653.

235. Workshop Report from European Commission (DG XII, INCO-DC) and the Joint United Nations Programme on HIV/AIDS. HIV-1 subtypes: implications for epidemiology, pathogenicity, vaccines and diagnostics. AIDS, 1997, 11: 17-36.

236. Wyatt R, Kwong PD, Desjardings E, Sweet RT, Pobinson J, Hendrickson WA, Sodroski JG. The antigenic structure of the HIV gpl20 envelope glycoprotein. Nature, 1998a, 393:705-711.

237. Wyatt R, Sodroski JG. The HIV envelope glycoproteins: fusogens, antigens, and immunogens. Science, 1998b, 280: 1884-1888.

238. Yang R, Xia X, Kusagawa S, Zhang C, Ben K, Takebe Y. On-going generation of multiple forms of HIV-1 intersubtype recombinants in the Yunnan Province of China. AIDS, 2002,16:1401-1407.

239. Yi Y, Isaacs SN, Williams DA, Frank I, Schola D, De Clercq, Kolson DL, Collman RG. Role of CXCR4 in cell-cell fusion and infection of monocyte-derived macrophages by

240. Yu H, Jetzt AE, Ron Y, Preston BD, Dougherty JP. The nature of human immunodeficiency virus type 1 strand transfers. J Biol Chem, 1998,273: 28384-28391.

241. Yu XF, Liu W, Chen J, Kong W, Liu B, Zhu Q, Liang F, McCutchan F, Piyasirisilp S, Lai S. Maintaining low HIV type 1 env genetic diversity among injection drug users infected with a B/C recombinant and CRFAE HIV type 1 in southern China. AIDS Res

242. J Hum Retroviruses, 2002, 18(2): 167-170.

243. Zapp ML, Green MR. Sequence-specific RNA binding by the HIV-1 Rev protein. Nature, 1989,342: 714-716.

244. Zhang L, Diaz RS, Ho DD, Mosley JW, Busch MP, Mayer A. Host-specific driving • force in human immunodeficiency virus type 1 evolution in vivo. J Virol, 1997, 71 (3):2555-1561.

245. Zhang LQ, MacKenzie P, Cleland A, Holmes ES, Leigh Brown AJ, Simmonds P. Selection for specific sequences in the external envelope protein of human immunodeficiency virus type 1 upon primary infection. J Virol, 1993, 67 (6): 33453356.

246. Zhang S, Feng Y, Narayan O, Zhao LJ. Cytoplasmic retention of HIV-1 regulatory protein Vpr by protein-protein interaction with a novel cytoplasmic protein VprBP.1. Gene, 2001,263:131-140.

247. Zhou YR, Rana TM. A bimolecular mechanism of HIV-1 Tat protein interactin with RNA polymerase П transcription elongation complexes. J Mol Biol, 2002, 320: 925942.

248. Zhu T, Korber ВТ, Nahmias AJ, Hooper E, Sharp PM, Ho DD. African HIV-1 sequence from 1959 and implications for the origin of the epidemic. Nature, 1998, 391 (6667): 594-597.

249. Zhu T, Mo H, Wang N, Nam DS, Gao Y, Koup RA, Ho DD. Genotipic and phenotypic characterization of HIV-1 patients with primary infection. Science, 1993, 261: 11791181.