Молекулярная характеризация нового транскрипционного фактора SAYP

Шидловский, Юлий Валерьевич

Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему
Молекулярная характеризация нового транскрипционного фактора SAYP
ВАК РФ 03.00.02, Биофизика

Автореферат диссертации по теме "Молекулярная характеризация нового транскрипционного фактора SAYP"

На правах рукописи УДК 533.9

Шидловский Юлий Валерьевич

Молекулярная характеризация нового транскрипционного фактора

SAYP

03.00.02 - биофизика

АВТОРЕФЕРАТ диссертции на соискание ученой степени кандидата физко-матсматнческих наук

Москва 2004

Работа выполнена в лаборатории регуляции экспрессии генов Института биологии гена РАН.

Научный руководитель: доктор биологических наук

Георгиева София Георгиевна

Официальные оппоненты: доктор биологических наук, профессор

Крамеров Дмитрий Александрович, кандидат биологических наук Головнин Антон Клименсович

Ведущая организация: Институт биоорганической химии

им. М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова

Зашита диссертации состой гея 23 декабря 2004 года, в 11 часов на заседании диссертационного совета К 212.156.03 при МФТИ по адресу: 141700, Московская обл., г. Долгопрудный, Институтский пер., 9, МФТИ.

С диссертацией можно ознакомиться в библиотеке МФТИ.

Автореферат разослан:_2004 года.

Ученый секретарь диссертационного совета, кандидат физико-математических

Брашн В.Е.

I. ОБЩАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА РАБОТЫ Актуальность темы Реализация наследственной информации - процесс, привлекающий в последнее время внимание все большего числа исследователей. Изучение молекулярных механизмов этого процесса ведется уже около 50 лет с помощью разнообразных физико-химических и математических методов. В последнее время благодаря интенсивному развитию последних удалось решить проблему чтения генетической информации. К настоящему моменту прочитаны геном человека, многих видов эукариот и прокариот. Однако во многом прочитанная информация остается для нас непонятной. Эта трудность функциональной интерпретации полученных данных и приводит к усилению интереса к молекулярному аппарату, осуществляющую в клетке чтение и реализацию имеющейся в ней генетической информации.

Понимание принципов работы этого аппарата, вместе с накопленными данными о структуре самих генов, позволит как решить ряд фундаментальных вопросов биологии и генетики в частности, так и поднять на качественно новый уровень практическое применение имеющихся знаний в медицине, фармакологии, биотехнологии, селекции.

Реализация генетической информации в клетке представляет собой сложный многостадийный процесс. Считается, что именно первый этап -транскрипция - является наиболее важным в регуляции всего процесса экспрессии генов. К настоящему моменту исследовано большое количество разнообразных факторов, формирующих аппарат транскрипции. Однако имеющаяся схематичная картина работы факторов в ядре постоянно детализируется и корректируется благодаря большому объему вновь

появляющихся исследований, посвященных факторам транскрипции и другим белкам ядра.

В проведенной работе дается характеристика нового фактора транскрипции высших эукариот SAYP и кодирующего его гена е(у)3 на примере хорошо изученного модельного организма Drosophila melanogaster.

Цель изадачи исследования Основной целью данной работы являлась молекулярная характеризация нового транскрипционного фактора и кодирующего его гена. В ходе исследования предполагалось решить следующие экспериментальные задачи:

клонирование гена е(у)3,

изучение структуры гена е(у)3 и характеризация его транскриптов,

изучение молекулярных основ мутации е(у)Зи,

получение других мутаций е(у)3 и изучение их молекулярных основ,

исследование экспрессии е(у)3 в процессе развития,

изучение структуры SAYP,

молекулярная характеризация SAYP как участника процесса транскрипции, поиск его партнеров среди компонентов транскрипционного аппарата.

Научная новизна ипрактическая ценностьработы В работе изучен новый ген е(у)3 и кодируемый им фактор транскрипции SAYP. Ген е(у)3 клонирован, получен его новый аллель. Показано, что фактор SAYP имеет гомологов у высших эукариот, в том числе в организме человека. В их составе был обнаружен новый консервативый домен.

Показано, что SAYP - новый коактиватор РНК-полимеразы П, необходимый для транскрипции многих генов эухроматина, тесно взаимодействующий с рядом основных факторов транскрипции. Одновременно обнаружено значительное количество SAYP в перицентрическом гетерохматине.

Таким образом, в работе охарактеризован новый важный участник процесса транскрипции высших эукариот.

Апробацияработ ы Результаты работы были представлены на XIV Зимней Международной молодежной Научной Школе «Перспективные направления физико-химической биологии и биотехнологии» (Москва, 2002), на III Международном Съезде Биохимического общества (С.-Петербург, 2002), на Международной Конференции "Molecular Genetics of Eucariotes", (Москва, 2003), на конференции молодых ученых по Молекулярной Биологии и Генетике (Киев, 2003) и на Межуднародной Конференции "Advances in Molecular Cell Biology" (Москва, 2004).

Публикации

По материалам диссертации опубликовано 5 тезисов докладов.

Объем и структура диссертации Диссертация изложена на 135 страницах и состоит из разделов Введение, Обзор литературы, Объект и задачи исследования, Материалы и методы, Результаты, Обсуждение результатов, Выводы и Список литературы, содержит 15 рисунков. Библиография включает 185 источников.

II. ОСНОВНОЕ СОДЕРЖАНИЕ РАБОТЫ Клонирование гена е(у)3и изучение его структуры

Ранее генетическими методами была получена мутация е(у)3"' в гене, предположительно кодирующем транскрипционный фактор SAYP (Supporter of Activation of Yellow Protein), необходимый для активированной экспрессии гена yellow и ряда других. В данной работе был проведен молекулярный анализ указанных гена е(у)3 и фактора транскрипции SAYP.

Ген е(у)3, маркированный в мутации е(у)Зи1 вставкой мобильного элемента Stalker, был клонирован и секвенирован. Было показано, что вставка Stalker произошла в локус CG12238, предположительно кодирующий белок размером около 2000 аминокислотных остатков. Для подтверждения того, что мутация действительно связана с локусом

CG12238, соответствующая геномная область между сайтами ВатН длиной около 13,5 тысяч пар оснований, включающая ген и фланкирующие области, была проклонирована в вектор для трансгенезаpCaSpeR-З. Было получено 8 независимых трансгенных линий мух, содержащих вставку клонированной области в различные сайты генома, причем каждый трансген обладал способностью полностью комплементировать мутацию

Локус CG12238 находится по цитологическим данным в районе 18D X-хромосомы. Гибридизация с зондом на Stalker подтвердила наличие вставки мобильного элемента в данном районе.

Таким образом, была продемонстрирована тождественность гена е(у)3 и локуса CG12238.

Для найденного локуса CG12238 предсказывается наличие гена, содержащего 12 экзонов. Для изучения структуры гена был получен ряд клонов кДНК гена е(у)3. Они были секвенированы и сравнены с

последовательностью геномной ДНК. Оказалось, что ген действительно состоит из 12 экзонов и занимает в геноме около 10,5 тысяч пар оснований (рис. 1А). Предполагаемая структура гена, описанная в базе данных, кроме ряда незначительных замен, совпадает с обнаруженной нами.

Секвенирование геномной ДНК у мутантов е(у)Зи1 показало, что Stalker встроился в начало 10 экзона в ориентации, противоположной ориентации гена.

Получение ихарактер изацияновоймутацииг(у)3Ема Для более детальной структурно-функциональной характеризации гена был получен другой аллель изучаемого гена - путем обработки

мутагеном этилметилсульфонатом (EMS). Эта мутация является летальной в гомозиготе у самок и гемизиготе у самцов, гибель происходит на эмбриональной стадии. Мутация e(y)3EMSl не комплементирует мутацию Мутация как и полностью комплементируется

описанным выше трансгеном - геномной копией гена е(у)3.

У мутантов e(y)3EMSl была обнаружена 11-нуклеотидная делеция в четвертом экзоне. Эта делеция приводит к сдвигу рамки считывания и появлению стоп-кодона через 15 bp после места делеции (рис. 1 А, Б).

Изучение структурытранскриптовгена е(у)3 Нозерн-анализ ро1уА+-фракции РНК взрослых мух показал наличие четырех транскриптов изучаемого гена размером от 6,5 kb до 10 kb, причем их относительное количество сильно отличается (рис. 1В).

При помощи нозерн-гибридизации с зондами на различные области гена было обнаружено, что разнообразие транскриптов обусловлено наличием

трех промоторов (один из них находится в кодирующей области) и двух сигналов терминации транскрипции в данном гене (рис. 1Г).

Два длинных транскрипты имеют протяженную З'-нетранслируемую область. Эта область захватывает расположенный рядом небольшой ген CG14212, ориентированный противоположно гену е(у)3. Возможно, таким образом осуществляется регуляция скорости деградации мРНК этих генов по механизму РНК-интерференции. Кроме того, в этой З'-области имеются сигналы, схожие с сигналами деградации мРНК. Таким образом, обнаружены потенциальные пути регуляции как самой транскрипции гена е(у)3 (наличие трех промоторов), так и стабильности мРНК е(у)3 (З'-UTR).

Возможность альтернативного сплайсинга была изучена с помощью RT-PCR трех областей кДНК изучаемого гена (рис. 1Г, Frl-З). Полученные результаты показали отсутствие альтернативно сплайсированных форм РНК; если они и есть, то, возможно, являются тканеспецифичными или представленными в малых количествах. Таким образом, была получена следующая картина: три длинных транскрипта имеют идентичную кодирующую часть, а нижний кодирует белок, лишенный 163 N-концевых остатков.

В случае мутации e(y)3 было обнаружено наличие транскриптов того же размера, что и в диком типе, и появление дополнительных транскриптов размером около 5,0 и 5,7 kb. Кроме того, уровень транскрипции изучаемого гена у мутантов заметно снижен (рис. 1В).

Для изучения молекулярных основ мутации е(у)Зи область начала 10 экзона была секвенирована в четырех различных клонах мутантной кДНК. Оказалось, что в результате сплайсинга вставка Stalker практически полностью вырезается, при этом по сравнению с диким типом в транскрипте

рг' pr pr"

exon 4

-►

V S V G G T A S T T P A 213 kDa e(yj3 gtc age gto gga ggc aea gee tee aea acq ccc gee в (y) 3F" gtc age gtc gga gge аса gee cgc cac gca gee tag

VSVGGTARHAA stop 124 kDa

2 s

я a

s s

я я

и и

i %

5 s

Я X

2 2

я я

и и

а а

Í~V

— «-10 kb *-7 kb

<-5.7 kb

Ras2

Frl

Fr2

Fr3

2 3 4

se 7 t g 10 11 12

\ / V

1Kbn

свит

К/Шал n

• 10 k ! • 9,5k 7,2k 6,5k

exon 9

exon 10

SSDTESGDESDFSST *(y)3 age agt gat acg gaa age gge gat gaa age gae ttt age age аса *(y)3" age agt gat acg ggt aga tta gtc caa tat get aea gca gca eat SSDTGRLVQYATAAH

213kOa

185kDa

Puc.l. A - структура гена е(у)3. Указаны 12 экзонов (серым выделена кодирующая область), 3 промотора (рг), два сигнала тепминации (рА), место встраивания Stalker и место делеции п р и мут а и. ш(у) SEMS>, атакже соседние гены. В - BamHIсайты. Б - область делеции (подчеркнута) в геноме при мутации ?fy)3EMSI. В-четыре транскрипта гена е(у)3 в норме и при мутации е(у)Зи1, гибридизация с РНК гена Ras2 - нормирующая. Г -схема строения транскриптов гена е(у)3, указан их размер; Frl-З -области, изучавшиеся с помощьюВТ-РСВ.Д- областьначала Юэкзонав мРНКвнорме и примутации е(у)3"' (замещенныйфрагментподчеркнут).

происходит замена 25 оснований начала 10 экзона на 24 основания из 3'-концевой области Stalker. Это приводит к сдвигу рамки и появлению стоп-кодона через 255 оснований. В результате происходит негомологичная замена 356-ти С-концевых остатков на 85 (рис. 1Д). Транскрипты меньшего размера получаются, по-видимому, в результате преждевременной терминации транскрипции внутри Stalker. Действительно, были найдены предполагаемые сайты полиаденилирования во вставке мобильного элемента.

Структурный анализ SA YP

Предсказанный по последовательности мРНК белок содержит 2008 аминокислотных остатков и имеет расчетную массу 213 кДа. На С-конце имеется два консенсуса для консервативного домена типа PHD (предположительно этот домен цинковых пальцев участвует в белок-белковых взаимодействиях). PHD-консенсусы перекрываются по консервативному остатку Сив каждый момент времени может иметься лишь один PHD, что, возможно, имеет регуляторное значение (консенсусы PHD перекрываются и у гомологов SAYP). В середине молекулы имеется участок AT-hook (предположительно, участок данного типа обладает способностью связываться с АТ-богатыми участками ДНК) (рис. 2А). Белок, соответствующий полученным нами клонам кДНК, имеет на 165 ак больше, чем указанный в базе данных: 163 остатка на N-конце и 2 остатка S в поли-S последовательности на С-конце.

Весь белок богат по остаткам S (13%; S и Т составляют 20%) и является гидрофильным. Имеются области, особенно богатые остатками S и поли-S

участки. Также найдены поли-Q участки и богатая Р область. Обнаружено два кластера положительно заряженных аминокислот. Последовательности, сходные с первым кластером, обнаруживаются в ряде ДНК-связывающих белков. Имеется 6 наиболее значимых сигналов деградации PEST. Найдено 7 сигналов ядерной локализации, теоретически с вероятностью около 80% белок является ядерным. В белке имеются сайты фосфорилирования и других посттрансляционных модификаций.

В белке, согласно первичной и предсказанной вторичной структурам, можно выделить 5 доменов (рис. 2А). Около 550 N-концевых остатков формируют гидрофильный слабоструктурированный N-домен, содержащий, видимо, сайты модификации и взаимодействия с другими факторами и являющийся, возможно, регуляторным. Остатки 550-1330 формируют М домен, содержащий AT-hook, положительно заряженый кластер и, возможно, являющийся ДНК-связывающим. Остатки 1330-1630 формируют консервативный домен SAY (см. далее), для которого предсказывается наличие четкой вторичной структуры (а-спирали). Домены PHD (остатки 1630-1830) формируют четвертый домен. Имеется С-домен со средним уровнем укладки во вторичную структуру (а- и Р- структуры).

В случае мутации e(y)3' SAYP лишается доменов PHD и снижается его количество, а в случае летального аллеля e(y)3MS - удаляются оба консервативных домена SAY и PHD.

Гомологи SA YP. Консервативный домен SA Y.

Был произведен поиск гомологов изучаемого гена и белка у различных видов.

Не найдено гомологии у низших эукариот и растений. У всех многоклеточных животных с секвенированным геномом найдены белки, имеющие значительную гомологию с SAYP в области остатков 1340-1573 и в области PHD. Выравнивание показало, что первая указанная область является новым консервативным доменом, названным SAY (рис. 2Б). Все обнаруженные гомологи являются предсказанными и самостоятельно не изучены.

У близкого вида Drosophila pseudoobscura в геноме имеется локус, предположительно кодирующий схожий с SAYP белок размером 2132 остатков (доля схожих остатков составляет 64%, идентичных - 57%).

Гомологи SAYP у комара, нематоды и позвоночных сильно отличаются от SAYP вне SAY и PHDs (рис. 5А). Таким образом, у всех гомологов имеется консервативное ядро SAY-PHDs, что говорит о важности наличия обоих доменов для функционирования этих факторов. SAYP дрозофилы структурно наиболее сложен из всей группы гомологов.

У позвоночных гомологи SAYP высококонсервативны: все содержат 410 аминокислотных остатков, белок Danio rerio имеет с белком человека 75% идентичных остатков. Белки дрозофилы и позвоночных сходны тем, что имеют S-богатый участок между SAY и PHDs (рис. 2В).

Ген человека PHF10/FLJ10975/XAP135, кодирующий гомолог SAYP, расположен на 6 хромосоме, с гена транскрибируется множество вариантов мРНК. Транскрипты найдены во всех тканях. Известны два варианта PHF10 длиной 408 и 410 остатков. По общей части гомология белков человека и дрозофилы составляет 41% сходных остатков' (27% идентичных). На X-хромосоме имеется псевдоген PHF10P1.

шЕ.

«¿JL

SAY,,

ЮР,

AT-hook

SAY

Р rich S rich Q stretch Q stretch

Snch charged , clusters

PHD fingers

S rich S rich

~tt

pep Q1

-ТГ. . .

_NLSs | _ J

pi EMS p2

, Ham (1)

Mu> (1) MbOEflV«EyLms»MKrafca»idlyHmiylr---IlnvitttqM

Rat (42) MLQEQV'EYLGVTSriCltJCfPDLaftRdlflKkEklytir---ElnvitEtqCtLGLTAlRsdEViDlMikCYFaKhaKYsvllqEK

Dan (1) MLQEQVgEYLGVT8rKRKlfPEMeRRdl»HkEklyLr---EqnvitEtqC tLCLTAlftidEViDlMikCYPaKhaEYsvilqEr

Dm (1340) MlQEgValrLSITtrKIUCmLpMl>Vdl«ERnwL<|---EICflvfElclCdL6lTAvvASD:l.DlHyaDrfDiereEirk«yirrK

Drp (1464) MiQEQValYLGITSrKRKYPDLpRRaVdmEERnwLq---EkglvsEkmCdLGiTAvwASOIlDlHyaLDFyDKYeEYkeymrlK

Ano (197) MlQEQIaEYLGVkSriCRJOrPDLneRpVdniCERnill---EqglafEkmCdtiGLTAvyASEXlDlKcaOYPDKfaEYtrytrEK

Caa (131) fLQEQIgElLdlkl^fK)CytNj£tftSkVhKEEE«£Ii«wnfNvhkll1l«tllrd№iAneASEXh0nMq«DrgDlYliCYkkvv«Qc

Ham (83) ERqritdhyKayi—T44T>tq»W«a«KvplyiklUUkkAA^inl*rEiMI®MyfDMThvt{^P!lgkyK.......

Ни» (83) ERqritdhylCey»---<P4№tqKV.«il&ipIylkKAakkAA.Wfnll(rt»n£EMlAy£DLeThvI5!VI>QgkyK.......

Rat (124) ERqritdhyKey«---qmqqq«tqKVeaeRvptyikKAakkAAeFHfnIHrCRrrCIRRAyCDLfiThvIQVPigkyK......-

Dan (83) ERqcltn^v>tliV7iKiq<^pqKV«ail^ptyiklCAakkAA«ril>nI1lrERnCEUIAytDI4Thi:QVP07kyK.......

Drm (1422) hlraiaakqltalj----------ltVgagr9ieardrJ^iAtkwll«ym«ltkDERq»cmDL0Tft:HqWprtaptctrla

Drp (1544) hlravaakqKal?----------l»Vspgr9la»rdrAna«A«kwKvyritktRkDERlAclDbQTftir»lqPQlqtiptttrly

Ano (279) h£relinrqrqqq---eai»avvaaapvdraqlakaKAieiAAnwllc»f)(kBRrEeRRAcniDt£TyvVOVPkrqel"---"

Caa (216) EftaaqlakaKema---------aiKndcvKlaElrrKAvqnAvdFHkdlQnQRrllERkhfwDiQTnlZCirrniwK-------

Hem (153) .....................vM>......t.rTkv».YPVMIPOOr(!EnfltrY8PdEbRyLPbWr»Ly.PpLdI>E (207)

Mu« (153) ---------------------VIP------tdrTkvs«YPVAX>XPGQFQCYYKrYSPdELRyLPLNTALy*PpLdP£ (207)

Rat (194) .....................V»......tdrTkvslYPVALIPSflrfimKnf|PdELiyLPUrr*by.PpbdPE (248)

Dan (156) ---------------------It*------p«rTktJpE,PVALIt^rQEVV'lCrYSPnILRyI.PlJ(TALfePpbdPE (210)

Drm (1497) ritsdllravaaeanlpappnlUprdydeaCrnsdyaYPltWPdgrimaYrqraPaELRayPLDTAUlkPptdlm (1573)

Drp (1617) rtva«9vraaaaaanmnvppdllj9prnydaafcrpdyaYPLpvVid<|fs£aYrkldyvELRahPtityfAbdkPqtqsQ (1693)

Ano (349) ---------------------trPaghqqttpkaqptnYPVKLVPS^Ii*8WttVtPaELacyPlMTvtildPfalqE (409)

Caa (280) .....................vft------p«lTrpqpmM,IPO|ir<ihyr)OcrS««ILnrLPL5Tvl«j»bLypa (334)

'—¡rrri

щ ШЯЯШШЯШШ

fit-

Uobd

2008 Drm

608 Ano

.1192 Cae

410 Horn

Рис. 2. A - структура SAYP. Указаны пять предполагаемых доменов, консервативные участки (AT-hook, SAY, PHD), области, обогащенные определенными остатками (Q, P, S, заряженными), сигналы ядерной локализации (NLSs), 5 эпитопов для получения антител (Q4, pep, Ql, pl и р2), альтернативное начало белка (*), места терминаиии белка при

мутациях (ul и EMS). Б - консервативный домен SAY в белкахразных видов: Нот - Homo sapiens (NP 60758 locus), Mus - Mus musculus (NPJ 77212 locus), Rat - Rattus norvegicus (XP_214780 locus), Dan - Danio rerio (AAH57492 locus), Drm - Drosophila melanogaster (SAYP), Drp - Drosophila pseudoobscura (найденный нами гомолог SAYP), Ano - Anopheles gambiae (XP 321190 locus), Cae - Caenorhabditis elegans (A88925 locus). Указаны номера остатков, входящих в SAY, в этих белках. В - структура гомологов разных видов (выделены SAY и PHD домены, между ними - S-богатый участок у Drm и Нот). Указаны номера остатков, входящих в состав доменов, и полный размер белков.

Иммуноблоттинг Было получено 9 антител к 5 участкам SAYP (рис. 2А). Все полученные антитела узнают (как в иммуноблоттинге, так и в опытах по иммунопреципитации) в ядерном эмбриональном экстракте три близкие высокомолекулярные формы белка, две из них (основные) имеют подвижность, соответствующую массе около 285 и 265 кДа (рис. ЗА). Значительное превышение над расчетной массой (213 кДа) указывает, видимо, на наличие посттрансляционных модификаций.

По аффинности и специфичности наилучшими оказались одни из антител к эпитопу Q4. Специфичность связывания этих антител с высокомолекулярными формами показана с помощью метода «соревнования» с антигеном (рис. ЗБ).

В случае мутантов были обнаружены укороченные формы. В случае мутации е(у')Т' - две формы с подвижностью около 240 и 220 кДа, а в случае e(y)3EMS - около 200 и 180 кДа (рис. ЗВ). Таким образом, разница между двумя формами сохраняется и составляет 20 кДа, что близко к расчетной разнице масс двух предсказанных вариантов белка (16 кДа). Это позволяет предположить, что детектируются именно эти предсказанные

варианты, оба - каким-либо образом модифицированные. Кроме того, можно видеть значительное снижение количества SAYP у мутантов-гомозигот е(у)!1.

Указанные высокомолекулярные варианты SAYP обнаружены и в экстрактах из взрослых мух; в экстрактах яичников детектируются, помимо указанных форм, специфичные, видимо, для этих органов, два низкомолекулярных ^концевых варианта (подвижностью около 37 кДа) в значительных количествах. У взрослых мух Drosophila psedoobscura также обнаружен сходный набор форм SAYP (данные не показаны).

Было обнаружено, что SAYP сильно деградирует в процессе приготовления ядерного экстракта, давая специфический набор полос. Можно предположить, что в SAYP имеются сайты протеолиза, что важно для регуляции его функции в ядре.

Таким образом, обнаружено множество потенциальных путей регуляции экспрессии гена е(у)3: на уровне транскрипции гена, стабильности его мРНК, стабильности и модификации самого фактора.

Иммуноблоттинг показал присутствие SAYP в растворимой фракции ядерных белков. Также была изучена нерастворимая фракция, остающаяся после выделения белков хроматина (рис. ЗГ). Оказалось, что SAYP в заметных количествах присутствует и в нерастворимой фракции - ядерном матриксе. Кроме того, на связь с матриксом указывает точечное распределение SAYP в ядре после удаления из него растворимых белков хроматина (данные не показаны).

Рис. 3. A - высокомолекулярные полосы, детектируемые с помощью различных антител (pep -№ 1; Q4-№ 2, 3; Q1 -№ 4, 5; pl -№ 6, 7ир2-№ 8, 9), внизу - иммунопреципитация. Б - Детекция с помощью антител №2, S - сыворотка, А - антитела, С - «соревнование» антител с антигеном. В - SAYP в норме и при мутациях, указаны подвижности различных форм. Г - SAYP в растворимой фракции ядерных белков (S), освобождаемой РНКазои (R) и в ядерном матриксе (М).

Анализ экспрессии гена е(у)3 Нозерн-анализ РНК последовательных стадий развития дрозофилы показал, что ген экспрессируется относительно сильно, на всех стадиях, наибольший уровень транскрипции данного гена наблюдается у эмбрионов, куколок и самок (рис. 4А).

Нозерн-анализ РНК различных тканей показал, что наибольшее количество мРНК гена е(у)3 содержится в яичниках. В семенниках отсутствует полноразмерный транскрипт е(у)3, однако присутствует транскрипт, соответствующий гену С014212, находящемуся в З'-области транскриптов гена е(у)3 (рис. 4А).

Гибридизация с мРНК е(у)3 на срезах мух показала, что наибольший уровень экспрессии наблюдается в яичниках, семенниках, клетках кишечника у взрослых мух и в имагинальных дисках у личинок (рис. 4Б, В).

Иммуноокрашивание срезов взрослых самок показало, что наибольшее количество 8ЛУР имеется в ядрах трофоцитов и цитоплазме ооцитов.

Иммуноокрашивание эмбрионов позволило проследить динамику экспрессии е(у)3 в эмбриогенезе. На ранней стадии развития эмбрионов 8ЛУР получен от материнской особи и распределен равномерно по всему эмбриону. С началом формирования ядер 8ЛУР локализуется в них (рис. 4Г). В дальнейшем 8ЛУР локализуется главным образом в эктодермальных клетках, сохраняющих способность к пролиферации. В процессе дифференцировки отдельных линий клеток экспрессия 8ЛУР, как правило, угасает. Полярные клетки, в дальнейшем дающие начало репродуктивной системе, характеризуются высоким уровнем экспрессии 8ЛУР, начиная с момента их появления. В целом можно видеть, что 8ЛУР обнаруживается во многих тканях эмбрионов и личинок. Также обнаружено, что окрашивание 8ЛУР «следует» окрашиванию ТВР: эти факторы проявляют очень сходный паттерн экспрессии.

Исходя из фенотипического проявления мутаций е(у)3 (гибель на эмбриональной стадии и стерильность самок), можно говорить о том, что 8ЛУР незаменим на ранних стадиях развития эмбриона и в оогенезе.

Рис. 4. А - транскрипция генов е(у)3 и CG14122 - нормирующие данные) в развитии (эмбрионы Е, личинки 3-х возрастов L, куколки 3-х возрастов Р, взрослые самцы Ми самки В) и в различных тканях (головы Н, семенники Т, самцы без семенников М-Ти самцы М, яичники О, самки без яичников В-О, самки В). Б - мРНК е(у)3 на срезе брюшка самки (трофоциты ТФ, фолликулярные клетки Фк и ооциты О) и В - срезе личинки (имагинальные диски ИД). Г - Иммуноокрашивание эмбрионов, ядерная локализация Б АУР у раннего эмбриона в эктодерме (вверху); мезодерма М, полярные клетки ПК (внизу).

Е 1.1 1.2 1.3е 131 Р/ Р2 РЗ М Е А ИТ М-Т М О Е-0 Е

Участие SA YPвтранскрипции Иммуноокрашивание политенных хромосом из слюнных желез личинок дрозофилы выявило наличие около 150 сайтов связывания SAYP (данные не показаны). Большая часть сайтов расположена на плечах хромосом и совпадает с сайтами локализации РНК-полимеразы II - сайтами активной транскрипции. Эти сайты содержат эухроматин и слабее окрашиваются DAPI (красителем, связывающимся с ДНК). В то же время полимераза обнаруживается в гораздо большем количестве сайтов, что указывает, что SAYP требуется для транскрипции лишь части генов (данные не показаны).

В то же время показано сильное связывания SAYP с хромоцентром и четвертой микрохромосомой, что необычно для фактора, вовлеченного в активацию транскрипции. Указанные области содержат значительное количество гетерохроматина, слабо окрашиваются антителами к активной полимеразе и сильно - к основному белку гетрохроматина НР1.

В случае мутации е(у)Зи паттерн связывания с хромосомами не изменяется.

Для изучения SAYP-содержащего комплекса был проведен ряд хроматографических разделений эмбрионального ядерного экстракта. Обнаружено сильное связывание SAYP-содержащего комплекса с гепарин-сефарозой, что указывает на его ДНК-связывающие свойства.

Гель-фильтрация (рис. 5А) показала, что все выскомолекулярные варианты SAYP входят в состав комплекса массой около 2 МДа. Этот комплекс сходит во фракциях № 3-7 и отсутствует в первых двух, содержащих, в частности, различные крупные неспецифические агрегаты. Обнаружено значительное перекрывание указанного 2 МДа-комплекса с ТВР-, Оеп5-содержащими комплексами.

Для изучения предполагаемых партнеров SAYP в составе различных комплексов были проведены опыты по коиммунопреципитации (CoIP): изучался состав той фракции ядерного экстракта, которая задерживается на антителах к SAYP. Согласно генетическим данным, полученным в нашей лаборатории (Николенко Ю.), SAYP связан с активацией транскрипции в эухроматине и с ее репрессией в гетерохроматине, поэтому проверялось взаимодействие как с общими факторами транскрипции, так и с белками, участвующими в репрессии.

В результате было обнаружено сильное взаимодействие со следующими транскрипционными факторами: компоненты TFIID (TBP, TAF4, TAF8, TAF9, TAF10, TAFlOb) и белка гетерохроматина НР2; менее сильное - с TAF1, компонентами SAGA (Gcn5, ADA2b, TRRAP) и хроматин-ремоделирующим фактором ISWI. Не обнаружено взаимодействия в опытах по CoIP с TAF2, TAF3, TAF5, TFIIB, Pol II, TFIIH и НР1 (рис. 5Б). Для

подтверждения взаимодействия были проведены опыты по CoIP из отдельных фракций, полученных в гель-фильтрации. Во фракцих, в которых наблюдается перекрывание SAYP- и ТВР, Gcn5-содержащих комплексов, можно видеть CoIP SAYP с указанными факторами, а в других фракциях -нет.

Исходя из сильного взаимодействия SAYP и ТВР и менее сильного с Gcn5 можно говорить о перекрывании функции SAYP-содержащего комплекса и TFIID и взаимодействии с SAGA (взаимодействие с TUTO означало бы взаимодействие со всеми TAFs, чего не наблюдается). Можно предположить, что SAYP входит в состав нового ТВР- и TAFs-содержащего комплекса.

Количество SAYP составляет оценочно 0,4±0,1 нг на 1 эмбрион, что эквивалентно количеству молекул на ядро. Количество ТВР и

отдельных TAFs у дрозофилы можно оценить приблизительно как 105 и 104 молекул на ядро соответственно. Таким образом, SAYP представлен в достаточно большом количестве.

Репрессия, осуществляемая SAYP в гетерохроматине, может быть опосредована через обнаруженное взаимодействие с НР2 и ISWI. Действие SAYP-содержащего комплекса, возможно, является контекст-зависимым и отличается в эу- и гетерохроматине.

.5. А - распределение различных факторов по фракциям гель-фильтрации ядерного экстракта; указана масса комплексов. Б -коиммунопреципитация ЛАУР с различными факторами (1п - ядерный экстракт, Л - не связавшаяся, 1Р - связавшаяся с антителами к ЛАУР фракция).

Можно вьщвинуть следующую структурно-функциональную гипотезу (рис. 6). PHD домены различных факторов часто связаны с репрессией транскрипции - возможно, и в случае SAYP они выполняют ту же функцию, опосредуя участие SAYP в репрессии транскрипции в гетерохроматине через определенные взаимодействия (с гистоновым кодом, с репрессорами).

Домен SAY в составе SAYP наиболее важен: его делеция приводит к легальному эффекту, в то время как мухи, экспрессирующие SAYP без PHD жизнеспособны. Для консервативного SAY домена можно предположить участие в основной функции SAYP - активации транскрипции - например, через взаимодействие с консервативными общими факторами транскрипции ТВР, TAFs, Gcn5. Вариабельный N-домен, возможно, участвует в связывании со специфическими белками (например, активаторами), в регуляции работы SAYP. M домен может обладать ДНК-связывающей активностью.

В целом SAYP по структуре и согласно его участию в транскрипции многих генов можно отнести, по-видимому, к группе коактиваторов -посредников между вариабельными специфическими активаторами (репрессорами) транскрипции и консервативными основными факторами транскрипции. Подтверждение выдвинутых предположений требует дальнейших экспериментов.

Рис. б. Предположительная модель участия SAYP в транскрипции.

В составе SAYP указаны основные домены. Белок подвержен действию протеаз (Pase) и модифицирующих ферментов (Mod). Результирующее влияние SAYP на транскрипцию - стимуляция в эухроматине (слева) и подавление в гетерохроматине (справа).

III. ВЫВОДЫ

1. Обнаружен и изучен новый транскрипционный фактор РНК-полимеразы II SAYP.

2. Локализован и клонирован ген е(у)3, кодирующий SAYP. Установлена структура гена и его транскриптов. Получен новый мутантный аллель гена. Изучена молекулярная природа двух мутаций гена е(у)3.

3. Показана экспрессия гена е(у)3 в различных тканях, на всех стадиях развития, установлена его незаменимость в онтогенезе. Найдены потенциальные пути регуляции всех стадий экспрессии гена е(у)3.

4. Показано, что SAYP представляет собой мультидоменный белок размером около 2000 ак. Найдены его гомологи у высших эукариот, установлено единство их доменной структуры. Обнаружен новый консервативный домен SAY; показано, что он необходим для жизнеспособности дрозофил.

5. Показано, что SAYP является ядерным белком, представленным в значительном количестве относительно других факторов транскрипции. Показано, что часть SAYP связана с • ядерным матриксом. Установлено, что SAYP входит в состав большого ДНК-связывающего комплекса.

6. Показана совместная локализация SAYP и РНК-полимеразы II в сайтах активной транскрипции в эухроматине. Также обнаружено присутствие SAYP в значительных количествах в гетерохроматине. Обнаружено взаимодействие SAYP с компонентами основного транскрипционного аппарата: ТВР, рядом TAFs, Gcn5 и другими. Предложен механизм действия SAYP как фактора транскрипции.

IV. СПИСОК ПУБЛИКАЦИИ

1) Шидловский Ю.В., Георгиева С.Г. Характеристика нового транскрипционного фактора enhancer of yellow 3 Drosophila melanogaster. XIV Зимняя Международная Молодежная Научная Школа «Перспективные направления физико-химической биологии и биотехнологии», Москва, 11-15 февраля 2002. Тезисы докладов и стендовых сообщений, стр. 11.

2) Лебедева Л.А., Шидловский Ю.В., Модестова Е.А., Копытова Д.В. Исследование enhancer of yellow 3 и TRF2 - новых транскрипционных факторов РНК полимеразы II. Ш Съезд Биохимического общества, 26.06.-01.07.2002, С.-Петербург. Тезисы научных докладов, стр. 406.

3) Shidlovsky Y.V., Lebedeva L.A., Nabirochkina E.N., Krasnov A.N. E(y)3, the novel transcription factor of Drosophila melanogaster. International Conference "Molecular Genetics of Eucariotes", Moscow, 4-7 February 2003. Abstracts, p. 16.

4) Shidlovsky Y.V., Lebedeva LA, Akhmetollaev LA., Nabirochkina E.N., Krasnov A.N. E(y)3, the novel transcription factor of Drosophila melanogaster. Abstract book, Conference for Young Scientists, PhD Students and Students on Molecular Biology and Genetics, September 25-27, 2003, Kyiv, Ukraine, p. 125.

5) Shidlovskii Y.V., Krasnov A.N., Nikolenko J.V., Lebedeva L.A., Kopantseva M., Georgieva S.G., Nabirochkina E.N. Molecular characterization of a novel transcription factor EYP. Advances in Molecular Cell Biology, Conference devoted to the 10th anniversary of the center for medical studies (1993-2003), Moscow June 17-18 2004. Proceedings, pp. 202-213.

»2432«

Содержание диссертации, кандидата физико-математических наук, Шидловский, Юлий Валерьевич

СОДЕРЖАНИЕ.

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ.

ВВЕДЕНИЕ.

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

I. Аппарат транскрипции у эукариот.

1. Транскрипция у эукариот. РНК-полимеразы.

2. РНК-полимераза II.

3. Области контроля транскрипции.

Промотор.

Проксимальные и дистальные элементы. Энхансеры.

LCR. MAR.

4. Инициация транскрипции РНК-полимеразой II.

II. Транскрипционные факторы.

1. Компоненты транскрипционного аппарата.

2. Общие факторы транскрипции (GTFs).

TFIIB.

TFIIF.

TFIIH.

TFIIE.

TFIIA.

3. Активаторы и репрессоры.

ДНК-связывающие домены.

Активациопные и репрессионные домены.

4. Корегуляторы.

TFIID.

TAFs.

Медиатор.

III. Хроматин.

1. Хроматин и транскрипция.

2. Гетерохроматин и эухроматин.

3. Хроматин-ремоделирующие комплексы.

SWI/SNF группа.

IS WI группа.

NuRD.

Механизмы ремоделинга хроматина.

4. Хроматин-модифицирующие комплексы.

Гистоновый код.

Гистонацетилтрансферазы.

SAGA.

СВР. р160 семейство.

Гистондеацетилазы.

5. Взаимодействие хроматин-ремоделирущих и модифицирующих комплексов.

IV. Функционирование аппарата транскрипции in vivo.

1. Модульная структура транскрипционного аппарата.

AT-hook.

2. Комбинаторная модель регуляции транскрипции. Синергизм действия и контекст-зависимая активность факторов транскрипции.

3. Регуляция транскрипции.

4. Регуляция активности транскрипционных факторов.

5. Репрессия транскрипции и сайленсинг.

6. Инициация транскрипции in vivo.

7. Организация ядра и транскрипция.

ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ.

I. ОБЪЕКТ И ЗАДАЧИ ИССЛЕДОВАНИЯ.

II. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.

1. Реактивы.

2. Работа с дрозофилами.

3. Программное обеспечение. Базы данных.

4. Работа с ДНК.

Приготовление компетентных клеток и трансформация. Выделение плазмидной

ДНК. Рестрикция, лигирование, переосаждение ДНК, гель-электрофорез.

Секвенирование ДНК.

Секвенирование летального аллеля.

Саузерн-гибридизация.

Введение радиоактивной метки в ДНК-зонд.

Клонирование гена е(у)3.

5. Работа с РНК.

Выделение тотальной РНК.

Очистка polyA+ РНК.

Получение кДНК, RT-PCR.

Нозерн анализ.

6. Работа с белками.

Экспрессия и очистка рекомбинантных белков.

Получение антител и их очистка.

Белковый гель-электрофорез.

Иммуноблоттинг.

Иммунопреципитация.

Dot-blot.

Выделение эмбрионального ядерного экстракта.

Фракционирование ядерных белков.

Получение белковых экстрактов из эмбрионов.

Хроматография.

7. Гибридизация in situ.

Гибридизация срезов in situ.

Гибридизация политенных хромосом in situ.

8. Иммуноокрашивание.

Иммуноокрашивание политенных хромосом.

Иммуноокрашивание ядер с удаленным хроматином.

Иммуноокрашивание срезов.

Иммуноокрашивание эмбрионов.

III. РЕЗУЛЬТАТЫ.

1. Геномная характеризация гена е(у)3.

Клонирование гена е(у)3.

Изучение структуры гена е(у)3.

Геномная характеризация аллеля е(у)Зи!.

Получение и характеризация новой мутации e(y)3EMSl.

Картирование других мутаций гена е(у)3.

2. Изучение структуры транскриптов гена е(у)3.

Изучение структуры с помощью Нозерн-гибридизации.

Картирование с помощью RT-PCR.

Изучение структуры транскриптов у мутантов е(у)Зи1 и e(y)3EMSl.

ESTs изучаемого гена.

3. Структурный анализ SAYР.

Анализ первичной структуры SAYP.

Гомологи SAYP. Консервативный домен SAY.

Получение антител к белку.

Иммуноблоттинг.

Внутриядерное распределение SAYP.

4. Анализ экспрессии гена е(у)3.

Нозерн развития.

Нозерн тканей.

Гибридизация in situ.

Иммуноокрашивание срезов тканей.

Иммуноокрашивание эмбрионов и личинок.

5. Участие SA YP в транскрипции.

Локализация на политеипых хромосомах.

Хроматографическая очистка.

СоГР.

IV. ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ.

ВЫВОДЫ.

БЛАГОДАРНОСТИ.

Введение Диссертация по биологии, на тему "Молекулярная характеризация нового транскрипционного фактора SAYP"

Функционирование живых систем - явление, активно изучаемое современнойнаукой. В его основе лежит регулируемый внутренними и внешними факторамипроцесс реализации наследственной информации. Этот чрезвычайно сложныймногостадийный процесс изучается уже более ста лет на различных уровняхорганизации живой материи. В настоящее время большое внимание уделяетсямолекулярному уровню: какие молекулярные системы клетки обеспечивают регуляциюв пространстве и во времени экспрессии тысяч генов высших организмов. Помимофундаментальной значимости исследований в данной области, они имеют обширноенрактическое нрименение в медицине, фармакологии, биотехнологии, селекции [1].Первым и важнейшим этаном экспрессии любого гепа, на котором чаще всегоосуществляется ее регуляция, является трапскрипция. Обнаружено, что в клеткеимеется удивительно сложная система, обеспечивающая реализацию этого ключевого вжизнедеятельности всего организма процесса. Указанная система включает цисдействующие элементы — разнообразные регуляторные сайты генома и трансдействующие элементы — многочисленные факторы транскринции. К настоящемувремени количество известных факторов, участвующих в транскрипции, превышаетнесколько тысяч. Часть из них необходима для транскрипции многих генов, другиепроявляют высокую специфичность [2]. Большое количество исследований внастоящее время посвящено характеризации новых и детальному изучению ужеизвестных факторов транскрипции.Целью данной работы являлась молекулярная характеризация новоготранскрипционного фактора SAYP, обнаруженного ранее у дрозофилы генетическимиметодами. Для этого были привлечены разнообразные физико-химические методыработы с ДНК, РНК, белками, методы биоинформатики. В работе проведенмолекулярный анализ кодирующего SAYP гена и его аллелей, транскриптов данногогена, исследована экспрессия гена, изучена структура самого фактора и его гомологов удругих видов, показано его участие в транскрипции и предложена начальная модель егофункционирования. Полученные данные свидетельствуют о том, что SAYP незаменимый в онтогенезе фактор с достаточно сложной системой регуляцииэкспрессии, представленный в различных тканях, тесно связанный с другимифакторами транскринции. Гомологи SAYP найдены у всех высших животных, а такжеу человека. Проведенное исследование, таким образом, дает первоначальную6характеристику новому интересному звену транскрипциопного аппарата идетализирует имеющиеся представления о работе аппарата трапскрипции.

Заключение Диссертация по теме "Биофизика", Шидловский, Юлий Валерьевич

выводы

1. Обнаружен и изучен новый транскрипционный фактор РНК-полимеразы II SAYP.

3. Показана экспрессия гена е(у)3 в различных тканях, на всех стадиях развития и его незаменимость в онтогенезе. Найдены потенциальные пути регуляции всех стадий экспрессии гена е(у)3.

5. Показано, что SAYP является ядерным белком, представленным в значительном количестве относительно других факторов транскрипции; для части SAYP показана связь с ядерным матриксом. Установлено, что SAYP входит в состав большого ДНК-связывающего комплекса.

Автор выражает сердечную благодарность коллегами, без помощи которых данная работа не смогла бы появиться на свет. Среди них особо хочется отметить Набирочкину Елену, Копанцеву Марину, Лебедеву Любовь и Краснова Алексея за плодотворную совместную работу, а также Ладыгину Надежду, Николенко Юлию, Марданова Павла, Копытову Дарию, Федорову Ольгу, Тиллиба Сергея, Оленину Людмилу, Laszlo Тога за помощь в работе, ценные советы и обсуждение результатов, Хечумяна Константина за помощь в секвенировании ДНК. Невозможна данная работа была бы и без чуткого мудрого руководства Софии Георгиевой. Искреннюю благодарность автор выражает оппонентам и рецензентам данной работы. Хочется поблагодарить также Шульгу Алексея, Левичкина Илью и Ермолюка Ярослава за терпеливое обучение автора; родителей за материальную и духовную помощь и Арсеньеву Татьяну Андреевну, привившую автору любовь к изучению живых систем. А также всех, поддержавших автора словом и делом.

Библиография Диссертация по биологии, кандидата физико-математических наук, Шидловский, Юлий Валерьевич, Москва

1. Патрушев, Л.И. (2000) Экспрессия генов. М.: Наука, 528 стр.

2. Carey, М. and Smale, S.T. (2000) Transcriptional regulation in eucariotes. N. Y.:1. CSHL Press, 640 pp.

3. Lodish, H., Berk, A., Matsudaira, P., Kaiser, C.A., Krieger, M., Scott, M.P., Zipursky,1., and Darnell, J. (2004) Molecular Cell Biology, 5th ed. N. Y.: W.H.Freeman, 973 pp.

4. Woychik, N.A., Hampsey, M. (2002) The RNA polymerase II machinery: structureilluminates function. Cell 108, 453-63

5. Leresche, A., Wolf, V.J., Gottesfeld, J.M. (1996) Repression of RNA polymerase IIand III transcription during M phase of the cell cycle. Exp Cell Res 229, 282-8

6. Smale, S.T., Kadonaga, J.T. (2003) The RNA polymerase II core promoter. Annu Rev1. Biochem 72, 449-79

7. Verrijzer, C.P., Chen, J.L., Yokomori, K., Tjian, R. (1995) Binding of TAFs to coreelements directs promoter selectivity by RNA polymerase П. Cell 81 , 111525

8. Ohler, U., Liao, G.C., Niemann, H., Rubin, G.M. (2002) Computational analysis ofcore promoters in the Drosophila genome. Genome Biol 3, RESEARCH0087

9. Green, M.R. (2000) TBP-associated factors (TAFIIs): multiple, selectivetranscriptional mediators in common complexes. Trends Biochem Sci 25, 5963

10. Cang, Y., Prelich, G. (2002) Direct stimulation of transcription by negative cofactor 2

11. NC2) through TATA-binding protein (TBP). Proc Natl Acad Sci USA 99, 12727-32

12. Martinez, E., Ge, H., Tao, Y., Yuan, C.X., Palhan, V., Roeder, R.G. (1998) Novelcofactors and TFIIA mediate functional core promoter selectivity by thehuman TAFII150-containing TFIID complex. Mol Cell Biol 18, 6571-83

13. Burke, T.W., Kadonaga, J.T. (1996) Drosophila TFIID binds to a conserveddownstream basal promoter element that is present in many TATA-box-deficient promoters. Genes Dev 10, 711-24

14. Emami, K.H., Jain, A., Smale, S.T. (1997) Mechanism of synergy between TATA andinitiator: synergistic binding of TFIID following a putative TFIIA-induced isomerization. Genes Dev 11, 3007-19

15. George, C.P., Lira-DeVito, L.M., Wampler, S.L., Kadonaga, J.T. (1995) A spectrumof mechanisms for the assembly of the RNA polymerase II transcription preinitiation complex. Mol Cell Biol 15, 1049-59

16. Boehm, A.K., Saunders, A., Werner, J., Lis, J.T. (2003) Transcription factor andpolymerase recruitment, modification, and movement on dhsp70 in vivo in the minutes following heat shock. Mol Cell Biol 23, 7628-37

17. Levine, M., Tjian, R. (2003) Transcription regulation and animal diversity. Nature424, 147-51

18. Ayoubi, T.A., Van De Ven, W.J. (1996) Regulation of gene expression by alternativepromoters. FASEB J10, 453-60

19. Kadonaga, J.T. (2004) Regulation of RNA polymerase II transcription by sequencespecific DNA binding factors. Cell 116, 247-57

20. Oki, M., Valenzuela, L., Chiba, Т., Ito, Т., Kamakaka, R.T. (2004) Barrier proteinsremodel and modify chromatin to restrict silenced domains. Mol Cell Biol 24, 1956-67

21. Fourel, G., Magdinier, F., Gilson, E. (2004) Insulator dynamics and the setting ofchromatin domains. Bioessays 26, 523-32

22. Nikolov, D.B., Burley, S.K (1997) RNA polymerase II transcription initiation: astructural view. Pro с Natl Acad Sci US A9 4, 15-22

23. Lemon, В., Tjian, R. (2000) Orchestrated response: a symphony of transcriptionfactors for gene control. Genes Dev 14, 2551-69

24. Asturias, F.J. (2004) RNA polymerase II structure, and organization of thepreinitiation complex. Curr Opin Struct Biol 14, 121-9

25. Svejstrup, J.Q. (2004) The RNA polymerase II transcription cycle: cycling throughchromatin. Biochim Biophys Acta 1677, 64-73

26. Featherstone, M. (2002) Coactivators in transcription initiation: here are your orders.

27. Curr Opin Genet Dev 12,149-55

28. Tupler, R., Perini, G., Green, M.R. (2001) Expressing the human genome . Nature409, 832-3

29. Rekdal, C., Sjottem, E., Johansen, T. (2000) The nuclear factor SPBP containsdifferent functional domains and stimulates the activity of various transcriptional activators. J Biol Chem 275, 40288-300

30. Nedialkov, Y.A., Triezenberg, S.J. (2004) Quantitative assessment of in vitrointeractions implicates TATA-binding protein as a target of the VP16C transcriptional activation region. Arch Biochem Biophys 425, 77-86

31. Veenstra, G.J., Wolffe, A.P. (2001 ) Gene-selective developmental roles of generaltranscription factors. Trends Biochem Sci 26, 665-71

32. Dasgupta, A., Darst, R.P., Martin, K.J., Afshari, C.A., Auble, D.T. (2002) Motlactivates and represses transcription by direct, ATPase-dependent mechanisms . Proc Natl Acad Sci USA 99, 2666-71

33. Sudarsanam, P., Iyer, V.R., Brown, P.O., Winston, F. ( 2000) Whole-genomeexpression analysis of snf/swi mutants of Saccharomyces cerevisiae. Proc Natl Acad Sci USA 97, 3364-9

34. Orphanides, G., Reinberg, D. (2002 ) A unified theory of gene expression. Cell 108,439.51

35. Orphanides, G., Lagrange, Т., Reinberg, D. (1996) The general transcription factors of

36. RNA polymerase П. Genes Dev 10, 2657-83

37. Roeder, R.G. (1996) The role of general initiation factors in transcription by RNApolymerase П. Trends Biochem Sci 21, 327-35

38. Aoyagi, N., Wassarman, D.A. (2000) Genes encoding Drosophila melanogaster RNApolymerase II general transcription factors: diversity in TFIIA and TFIID components contributes to gene-specific transcriptional regulation. J Cell Biol 150, F45-50

39. Mitsiou, D.J., Stunnenberg, H.G. (2003) p300 is involved in formation of the TBP

40. TFIIA-containing basal transcription complex, TAC. EMBOJ22, 4501-11

41. Johnson, S.A., Dubeau, L., White, R.J., Johnson, D.L. (2003) The TATA-bindingprotein as a regulator of cellular transformation. Cell Cycle 2, 442-4

42. Pugh, B.F. (2000) Control of gene expression through regulation of the TATA-bindingprotein. Gene 255, 1-14

43. Muller, F., Tora, L. (2004) The multicoloured world of promoter recognitioncomplexes. EMBOJ23,2-8

44. Persengiev, S.P., Zhu, X., Dixit, B.L., Maston, G.A., Kittler, E.L., Green, M.R. (2003)

45. TRF3, a TATA-box-binding protein-related factor, is vertebrate-specific and widely expressed. Proc Natl Acad Sci USA 100, 14887-91

46. Svejstrup, J.Q., Vichi, P., Egly, J.M. (1996) The multiple roles of transcription/repairfactor TFIIH. Trends Biochem Sci 21, 346-50

47. Zurita, M., Merino, C. (2003) The transcriptional complexity of the TFIIH complex.1. Trends Genet 19, 578-84

48. Bushmeyer, S., Park, K., Atchison, M.L. (1995) Characterization of functionaldomains within the multifunctional transcription factor, YY1. J Biol Chem 270,30213-20

49. Majello, В., De Luca, P., Lania, L. (1997) Sp3 is a bifunctional transcription regulatorwith modular independent activation and repression domains. J Biol Chem 272,4021-6

50. Sauer, F., Fondell, J.D., Ohkuma, Y., Roeder, R.G., Jackie, H. (1995) Control oftranscription by Kruppel through interactions with TFIIB and TFIIE beta. Nature 375, 162-4

51. Babb, R., Cleary, M.A., Herr, W. (1997) OCA-B is a functional analog of VP 16 but targets a separate surface of the Oct-1 POU domain. Mol Cell Biol 17, 7295305

52. Naar, A.M., Lemon, B.D., Tjian, R. (2001) Transcriptional coactivator complexes.

53. Annu Rev Biochem 70, 475-501

54. Kouskouti, A., Scheer, E., Staub, A., Tora, L., Talianidis, I. (2004) Gene-specificmodulation of TAF 10 function by SET9-mediated methylation. Mol Cell 14, 175-82

55. Shen, W.C., Bhaumik, S.R., Causton, H.C., Simon, I., Zhu, X., Jennings, E.G., Wang,

56. Т.Н., Young, R.A., Green, M.R. (2003) Systematic analysis of essential yeast TAFs in genome-wide transcription and preinitiation complex assembly. EMBOJ22, 3395-402

57. Verrijzer, C.P., Tjian, R. (1996) TAFs mediate transcriptional activation and promoterselectivity. Trends Biochem Sci 21, 338-42

58. Chen, B.S., Hampsey, M. (2002) Transcription activation: unveiling the essentialnature of TFIID. Curr Biol 12, R620-2

59. Wassarman, D.A., Aoyagi, N., Pile, L.A., Schlag, E.M. (2000) TAF250 is required formultiple developmental events in Drosophila. Proc Natl Acad Sci US A 91, 1154-9

60. Nakatani, Y., Bagby, S., Ikura, M. (1996) The histone folds in transcription factor

61. TFIID. J Biol Chem 271, 6575-8

62. Kaiser, K., Meisterernst, M. (1996) The human general co-factors. Trends Biochem1. Sci 21, 342-5

63. Maldonado, E., Hampsey, M., Reinberg, D. (1999) Repression: targeting the heart ofthe matter. Cell 99,455-8

64. Kim, Т.К., Zhao, Y., Ge, H., Bernstein, R., Roeder, R.G. (1995) TATA-bindingprotein residues implicated in a functional interplay between negative cofactor NC2 (Drl) and general factors TFIIA and TFIIB. J Biol Chem 270, 10976-81

65. Anderson, M.G., Scoggin, K.E., Simbulan-Rosenthal, C.M., Steadman, J.A. (2000)1.entification of poly(ADP-ribose) polymerase as a transcriptional coactivator of the human T-cell leukemia virus type 1 Tax protein. J Virol 74, 2169-77

66. Kretzschmar, M., Meisterernst, M., Roeder, R.G. (1993) Identification of human DNAtopoisomerase I as a cofactor for activator-dependent transcription by RNA polymerase II. Proc Natl Acad Sci USA 90, 11508-12

67. Halle, J.P., Stelzer, G., Goppelt, A., Meisterernst, M. (1995) Activation oftranscription by recombinant upstream stimulatory factor 1 is mediated by a novel positive cofactor. J Biol Chem 270, 21307-11

68. Ge, H., Roeder, R.G. (1994) Purification, cloning, and characterization of a humancoactivator, PC4, that mediates transcriptional activation of class II genes. Cell 78, 513-23

69. Chiang, C.M., Ge, H., Wang, Z., Hoffmann, A., Roeder, R.G. (1993) Unique TATAbinding protein-containing complexes and cofactors involved in transcription by RNA polymerases П and III. EMBO J12, 2749-62

70. Malik, S., Gu, W., Wu, W., Qin, J., Roeder, R.G. (2000) The USA-derivedtranscriptional coactivator PC2 is a submodule of TRAP/SMCC and acts synergistically with other PCs. Mol Cell 5, 753-60

71. Hengartner, C.J., Thompson, C.M., Zhang, J., Chao, D.M., Liao, S.M., Koleske, A.J.,

72. Okamura, S., Young, R.A. (1995 ) Association of an activator with an RNA polymerase П holoenzyme. Genes Dev 9, 897-910

73. Lewis, B.A., Reinberg, D. (2003) The mediator coactivator complex: functional andphysical roles in transcriptional regulation. J Cell Sci 116, 3667-75

74. Malik, S., Roeder, R.G. (2000) Transcriptional regulation through Mediator-likecoactivators in yeast and metazoan cells. Trends Biochem Sci 25, 277-83

75. Borggrefe, Т., Davis, R., Erdjument-Bromage, H., Tempst, P., Kornberg, R.D. (2002)

76. A complex of the Srb8, -9, -10, and -11 transcriptional regulatory proteins from yeast. J Biol Chem 277,44202-7

77. Myers, L.C., Gustafsson, C.M., Bushnell, D.A., Lui, M., Erdjument-Bromage, H.,

78. Tempst, P., Kornberg, R.D. (1998) The Med proteins of yeast and their function through the RNA polymerase П carboxy-terminal domain. Genes Dev 12, 45-54

79. Taatjes, D.J., Naar, A.M., Andel, F. 3rd, Nogales, E., Tjian, R. (2002) Structure,function, and activator-induced conformations of the CRSP coactivator. Science 295, 1058-62

80. Boube, M., Faucher, C., Joulia, L., Cribbs, D.L., Bourbon, H.M. (2000) Drosophilahomologs of transcriptional mediator complex subunits are required for adult cell and segment identity specification. Genes Dev 14, 2906-17

81. Gu, J.Y., Park, J.M., Song, E.J., Mizuguchi, G., Yoon, J.H., Kim-Ha, J., Lee, K.J.,

82. Kim, Y.J. (2002) Novel Mediator proteins of the small Mediator complex in Drosophila SL2 cells. J Biol Chem 277, 27154-61

83. Asturias, F.J., Jiang, Y.W., Myers, L.C., Gustafsson, C.M., Kornberg, R.D. (1999)

84. Conserved structures of mediator and RNA polymerase II holoenzyme. Science 283, 985-7

85. Boube, M., Joulia, L., Cribbs, D.L., Bourbon, H.M. (2002) Evidence for a mediator of

86. RNA polymerase II transcriptional regulation conserved from yeast to man. Cell 110, 143-51

87. Baek, H.J., Malik, S., Qin, J., Roeder, R.G. (2002) Requirement of TRAP/mediator forboth activator-independent and activator-dependent transcription in conjunction with TFITO-associated TAF(II)s. Mol Cell Biol 22, 2842-52

88. Gustafsson, C.M., Samuelsson, T. (2001) Mediator~a universal complex intranscriptional regulation. Mol Microbiol 41,1-8

89. Narlikar, G.J., Fan, H.Y., Kingston, R.E. (2002) Cooperation between complexes thatregulate chromatin structure and transcription. Cell 108,475-87

90. Tyler, J.K. (2002) Chromatin assembly. Cooperation between histone chaperones and

91. ATP-dependent nucleosome remodeling machines. Eur JBiochem 269, 226874

92. Grunstein, M. (1992) Histones as regulators of genes. Sci Am 267, 68-74B

93. Cosma, M.P. (2002) Ordered recruitment: gene-specific mechanism of transcription activation. Mol Cell 10, 227-36

94. Mason, P.B., Struhl, K. (2003) The FACT complex travels with elongating RNApolymerase П and is important for the fidelity of transcriptional initiation in vivo. Mol Cell Biol 23, 8323-33

95. Alvarez, M., Rhodes, S.J., Bidwell, J.P. (2003) Context-dependent transcription: allpolitics is local. Gene 313, 43-57

96. Жимулев, И.Ф., Беляева, E.C. (2003) Гетерохроматин, эффект положения гена исайленсинг гена. Генетика 39, 187-201

97. Richards, E.J., Elgin, S.C. (2002) Epigenetic codes for heterochromatin formation andsilencing: rounding up the usual suspects. Cell 108, 489-500

98. Eissenberg, J.C., Elgin, S.C. (2000) The HP1 protein family: getting a grip onchromatin. Curr Opin Genet Dev 10, 204-10

99. Sun, F.L., Cuaycong, M.H., Craig, C.A., Wallrath, L.L., Locke, J., Elgin, S.C. (2000)

100. The fourth chromosome of Drosophila melanogaster: interspersed euchromatic and heterochromatic domains. Proc Natl Acad Sci US A 91, 5340-5

101. Horn, P.J., Peterson, C.L. (2002) Molecular biology. Chromatin higher order foldingwrapping up transcription. Science 297,1824-7

102. Becker, P.B., Horz, W. (2002) ATP-dependent nucleosome remodeling. Annu Rev1. Biochem 71, 247-73

103. Lusser, A., Kadonaga, J.T. (2003) Chromatin remodeling by ATP-dependentmolecular machines. Bioessays 25, 1192-200

104. Holstege, F.C., Jennings, E.G., Wyrick, J.J., Lee, T.I., Hengartner, C.J., Green, M.R.,

105. Golub, T.R., Lander, E.S., Young, R.A. (1998) Dissecting the regulatory circuitry of a eukaryotic genome. Cell 95, 717-28

106. Tsukiyama, T. (2002) The in vivo functions of ATP-dependent chromatin-remodellingfactors. Nat Rev Mol Cell Biol 3, 422-9

107. Vignali, M., Hassan, A.H., Neely, K.E., Workman, J.L. (2000) ATP-dependentchromatin-remodeling complexes. Mol Cell Biol 20, 1899-910

108. Dimova, D., Nackerdien, Z., Furgeson, S., Eguchi, S., Osley, M.A. (1999) A role fortranscriptional repressors in targeting the yeast Swi/Snf complex. Mol Cell 4, 75-83

109. Corona, D.F., Tamkun, J.W. (2004) Multiple roles for ISWI in transcription,chromosome organization and DNA replication. Biochim Biophys Acta 1677, 113-9

110. Shimono, Y., Murakami, H., Kawai, K., Wade, P.A., Shimokata, K., Takahashi, M.2003) Mi-2 beta associates with BRG1 and RET finger protein at the distinct regions with transcriptional activating and repressing abilities. J Biol Chem 278,51638-45

111. Kouzarides, T. (2003) Wellcome Trust Award Lecture. Chromatin-modifyingenzymes in transcription and cancer. Biochem Soc Trans 31, 741-3

112. Jenuwein, Т., Allis, C.D. (2001) Translating the histone code. Science 293, 1074-80

113. Eberharter, A., Becker, P.B. (2002 ) Histone acetylation: a switch between repressiveand permissive chromatin. Second in review series on chromatin dynamics . EMBO Rep 3, 224-9

114. Yamagoe, S., et al (2003) Interaction of histone acetylases and deacetylases in vivo.1. Mol Cell Biol 23, 1025-33

115. Berger, S.L. (2002) Histone modifications in transcriptional regulation. Curr Opin1. Genet Devil, 142-8

116. Maile, Т., Kwoczynski, S., Katzenberger, R.J., Wassarman, D.A., Sauer, F. (2004)

117. TAF1 activates transcription by phosphorylation of serine 33 in histone H2B. Science 304, 1010-4

118. Zhang, Y. (2003) Transcriptional regulation by histone ubiquitination anddeubiquitination. Genes Dev 17, 2733-40

119. Henry, K.W., et al (2003) Transcriptional activation via sequential histone H2Bubiquitylation and deubiquitylation, mediated by SAGA-associated Ubp8. Genes Dev 17, 2648-63

120. Rouleau, M., Aubin, R.A., Poirier, G.G. (2004) Poly(ADP-ribosyl)ated chromatindomains: access granted. J Cell Sci 117, 815-25

121. Sterner, D.E., Berger, S.L. (2000) Acetylation of histones and transcription-relatedfactors. Microbiol Mol Biol Rev 64, 435-59

122. Champagne, N., Bertos, N.R., Pelletier, N., Wang, A.H., Vezmar, M., Yang, Y., Heng,

123. H.H., Yang, X.J. (1999) Identification of a human histone acetyl transferase related to monocytic leukemia zinc finger protein. J Biol Chem 274, 28528-36

124. Martinez, E., Palhan, V.B., Tjernberg, A., Lymar, E.S., Gamper, A.M., Kundu, Т.К.,

125. Chait, B.T., Roeder, R.G. (2001) Human STAGA complex is a chromatin-acetylating transcription coactivator that interacts with pre-mRNA splicing and DNA damage-binding factors in vivo. Mol Cell Biol 21, 6782-95

126. Bhaumik, S.R., Green, M.R. (2002) Differential requirement of SAGA componentsfor recruitment of TATA-box-binding protein to promoters in vivo. Mol Cell Biol 22,7365-71

127. Barlev, N.A., et al (2003) A novel human Ada2 homologue functions with Gcn5 or

128. Brgl to coactivate transcription. Mol Cell Biol 23, 6944-57

129. Kusch, Т., Guelman, S., Abmayr, S.M., Workman, J.L. ( 2003) Two Drosophila Ada2homologues function in different multiprotein complexes. Mol Cell Biol 23, 3305-19

130. Huisinga, K.L., Pugh, B.F. (2004) A genome-wide housekeeping role for TFIID and ahighly regulated stress-related role for SAGA in Saccharomyces cerevisiae . Mol Cell 13, 573-85

131. Kurdistani, S.K., Grunstein, M. (2003) Histone acetylation and deacetylation in yeast.

132. Nat Rev Mol Cell Biol 4,276-84

133. Thiagalingam, S., Cheng, K.H., Lee, H.J., Mineva, N., Thiagalingam, A., Ponte, J.F.2003) Histone deacetylases: unique players in shaping the epigenetic histone code. Ann N Y Acad Sci 983, 84-100

134. DiRenzo, J., Shang, Y., Phelan, M., Sif, S., Myers, M., Kingston, R., Brown, M.2000) BRG-1 is recruited to estrogen-responsive promoters and cooperates with factors involved in histone acetylation. Mol Cell Biol 20, 7541-9

135. Fazzio, T.G., Kooperberg, C., Goldmark, J.P., Neal, C., Basom, R., Delrow, J.,

136. Tsukiyama, T. (2001) Widespread collaboration of Isw2 and Sin3-Rpd3 chromatin remodeling complexes in transcriptional repression. Mol Cell Biol 21,6450-60

137. Syntichaki, P., Topalidou, I., Thireos, G. (2000) The Gcn5 bromodomain co-ordinatesnucleosome remodelling. Nature 404, 414-7

138. Geer, L.Y., Domrachev, M., Lipman, D.J., Bryant, S.H. (2002) CD ART: proteinhomology by domain architecture. Genome Res 12, 1619-23

139. Rosen, C., Dorsett, D., Jack, J. (1998) A proline-rich region in the Zeste proteinessential for transvection and white repression by Zeste. Genetics 148, 186574

140. Bateman, A., et al (2004) The Pfam protein families database. Nucleic Acids Res 321. Database issue, D138-41

141. Aasland, R., Gibson, T.J., Stewart, A.F. (1995) The PHD finger: implications forchromatin-mediated transcriptional regulation. Trends Biochem Sci 20, 56-9

142. Pascual, J., Martinez-Yamout, M., Dyson, H.J., Wright, P.E. (2000) Structure of the

143. PHD zinc finger from human Williams-Beuren syndrome transcription factor. J Mol Biol 304, 723-9

144. Shamay, M., Barak, O., Shaul, Y. (2002) HBXAP, a novel PHD-finger protein,possesses transcription repression activity. Genomics 19, 523-9

145. Verrijzer, C.P., Saha, V. (2000) Biochemical analyses of the AF10 protein: the extended LAP/PHD-finger mediates oligomerisation. J Mol Biol 299, 369-78

146. Kwan, A.H., Gell, D.A., Verger, A., Crossley, M., Matthews, J.M., Mackay, J.P.2003) Engineering a protein scaffold from a PHD finger. Structure (Camb) 11,803-13

147. O'Connell, S., Wang, L., Robert, S., Jones, C.A., Saint, R., Jones, R.S. (2001)

148. Polycomblike PHD fingers mediate conserved interaction with enhancer of zeste protein. J Biol Chem 276, 43065-73

149. Kalkhoven, E., Roelfsema, J.H., Teunissen, H., den Boer, A., Ariyurek, Y., Zantema,

150. A., Breuning, M.H., Hennekam, R.C., Peters, D.J. (2003) Loss of СВР acetyltransferase activity by PHD finger mutations in Rubinstein-Taybi syndrome . Hum Mol Genet 12, 441-50

151. Bjorses, P., Halonen, M., Palvimo, J.J., Kolmer, M., Aaltonen, J., Ellonen, P.,

152. Perheentupa, J., Ulmanen, I., Peltonen, L. (2000) Mutations in the AIRE gene: effects on subcellular location and transactivation function of the autoimmune polyendocrinopathy-candidiasis-ectodermal dystrophy protein. Am J Hum Genet 66, 378-92

153. Aravind, L., Iyer, L.M., Koonin, E.V. (2003) Scores of RINGS but no PHDs inubiquitin signaling. Cell Cycle 2, 123-6

154. Gozani, O., et al (2003) The PHD finger of the chromatin-associated protein ING2functions as a nuclear phosphoinositide receptor. Cell 114, 99-111

155. Ragvin, A., et al (2004) Nucleosome binding by the bromodomain and PHD finger ofthe transcriptional cofactor p300. J Mol Biol 337, 773-88

156. Aravind, L., Landsman, D. (1998) AT-hook motifs identified in a wide variety of

157. DNA-binding proteins. Nucleic Acids Res 26, 4413-21

158. Waga, S., Mizuno, S., Yoshida, M. (1990) Chromosomal protein HMG1 removes thetranscriptional block caused by the cruciform in supercoiled DNA. J Biol Chem 265, 19424-8

159. Lai, E., Darnell, J.E. (1991) Transcriptional control in hepatocytes: a window ondevelopment. Trends Biochem Sci 16, 427-30

160. Carey, M. (1998) The enhanceosome and transcriptional synergy. Cell 92 , 5-8

161. Kim, Т.К., Maniatis, Т. (1997) The mechanism of transcriptional synergy of an invitro assembled interferon-beta enhanceosome. Mol Cell 1, 119-29

162. Wyrick, J.J., Young, R.A. (2002) Deciphering gene expression regulatory networks.

163. Curr Opin Genet Dev 12, 130-6

164. Lee, T.I., et al (2002) Transcriptional regulatory networks in Saccharomycescerevisiae. Science 298, 799-804

165. Bjorklund, S., Almouzni, G., Davidson, I., Nightingale, K.P., Weiss, K. (1999)

166. Global transcription regulators of eukaryotes. Cell 96, 759-67

167. Emerson, B.M. (2002) Specificity of gene regulation. Cell 109, 267-70

168. Whitmarsh, A J., Davis, R.J. (2000) Regulation of transcription factor function byphosphorylation. Cell Mol Life Sci 57, 1172-83

169. Nakamura, Т., et al (2002) ALL-1 is a histone methyltransferase that assembles asupercomplex of proteins involved in transcriptional regulation. Mol Cell 10, 1119-28

170. Vogel, J.L., Kristie, T.M. (2000) Autocatalytic proteolysis of the transcription factorcoactivator CI (HCF): a potential role for proteolytic regulation of coactivator function. Proc Natl Acad Sci USA 97, 9425-30

171. Muratani, M., Tansey, W.P. (2003) How the ubiquitin-proteasome system controlstranscription. Nat Rev Mol Cell Biol 4, 192-201

172. Gill, G. (2003) Post-translational modification by the small ubiquitin-related modifier

173. SUMO has big effects on transcription factor activity. Curr Opin Genet Dev 13, 108-13

174. Seeler, J.S., Dejean, A. (2003) Nuclear and unclear functions of SUMO. Nat Rev Mol1. Cell Biol 4, 690-9

175. Thiel, G., Lietz, M., Bach, K., Guethlein, L., Cibelli, G. (2001) Biological activity ofmammalian transcriptional repressors. Biol Chem 382, 891-902

176. Nibu, Y., Senger, K., Levine, M. (2003) CtBP-independent repression in the

177. Drosophila embryo. Mol Cell Biol 23, 3990-9

178. Moazed, D. (2001) Common themes in mechanisms of gene silencing. Mol Cell 8,489.98

179. Dellino, G.I., Schwartz, Y.B., Farkas, G., McCabe, D., Elgin, S.C., Pirrotta, V. (2004)

180. Polycomb silencing blocks transcription initiation. Mol Cell 13, 887-93

181. Parvin, J.D., Young, R.A. (1998) Regulatory targets in the RNA polymerase IIholoenzyme. Curr Opin Genet Dev 8, 565-70

182. Hassan, A.H., Neely, K.E., Vignali, M., Reese, J.C., Workman, J.L. (2001) Promotertargeting of chromatin-modifying complexes. Front Biosci 6, D1054-64

183. Kuras, L., Borggrefe, Т., Kornberg, R.D. (2003) Association of the Mediator complexwith enhancers of active genes. Proc Natl Acad Sci U SA 100, 13887-91

184. Yudkovsky, N., Ranish, J.A., Hahn, S. (2000) A transcription reinitiation intermediatethat is stabilized by activator. Nature 408, 225-9

185. Taatjes, D.J., Marr, M.T., Tjian, R. (2004) Regulatory diversity among metazoan coactivator complexes. Nat Rev Mol Cell Biol 5, 403-10

186. Belmont, A. (2003) Dynamics of chromatin, proteins, and bodies within the cellnucleus. Curr Opin Cell Biol 15, 304-10

187. Berezney, R. (2002) Regulating the mammalian genome: the role of nucleararchitecture. Adv Enzyme Regul 42, 39-52

188. Structure and functional organization of the nuclear matrix. Academic Press.1.ternational review of cytology & survey of cell biology.

189. Spector,D.L. (2001) Nuclear domains. J Cell Sci 114, 2891-3

190. Ezzat, S., Yu, S., Asa, S.L. (2003) Ikaros isoforms in human pituitary tumors: distinctlocalization, histone acetylation, and activation of the 5* fibroblast growth factor receptor-4 promoter. Am J Pathol 163, 1177-84

191. Сьяксте, Н.И., Сьяксте, Т.Г. (2001) Транскрипционные факторы и ядерныйматрикс. Молекулярная биология 35, 739-49

192. Georgieva, S.G., Nabirochkina, E.N., Georgiev, P.G., Soldatov, A.V. (2000) Gene enhancer of yellow 1 of Drosophila melanogaster codes for protein TAFII40. Dokl Biochem 375, 228-30

193. Георгиева, С.Г., Набирочкина, E.H., Ладыгина, Н.Г., Георгиев, П.Г., Солдатов,

194. А.В. (2001) Ядерный белок е(у)2 Drosophila melanogaster участвует в контроле транскрипции. Генетика 37, 24-8

195. Georgiev, P.G., Gerasimova, T.I. (1989) Novel genes influencing the expression of theyellow locus and mdg4 (gypsy) in Drosophila melanogaster. Mol Gen Genet 220, 121-6

196. Georgiev, P.G. (1994) Identification of mutations in three genes that interact withzeste in the control of white gene expression in Drosophila melanogaster. Genetics 138, 733-9

197. Козицына, M.B., Георгиев, П.Г. (1992) Получение и анализ новых мутаций генаmod(mdg4) у Drosophila melanogaster. Генетика 28, 75-82

198. Rubin, G.M., Spradling, А.С. (1982) Genetic transformation of Drosophila withtransposable element vectors. Science 218, 348-53

199. Rebhan, M., Chalifa-Caspi, V., Prilusky, J., Lancet, D. (1997) GeneCards:encyclopedia for genes, proteins and diseases. Weizmann Institute of Science, Bioinformatics Unit and Genome Center (Rehovot, Israel). GeneCard for PHF10(2003).

200. Altschul, S.F., Madden, T.L., Schaffer, A.A., Zhang, J., Zhang, Z., Miller, W.,1.pman, D.J. (1997) Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs. Nucleic Acids Res 25, 3389-402

201. Corpet, F. (1988) Multiple sequence alignment with hierarchical clustering. Nucleic1. Acids Res 16, 10881-90

202. Sambrook, J., Fritsch, E.F., and Maniatis, T. (2001) Molecular Cloning. A laboratory manual. CSHL Press,

203. Солдатов, A.B., Набирочкииа, E.H. (1996) Новый метод клонирования генов

204. Drosophila melanogaster, маркированных выскокопийным мобильным элементом. Генетика 32, 1717-20

205. Sandaltzopoulos, R., Quivy, J.P., Becker P.B. (1995) Analysis of protein/DNAinteractions by solid-phase footprinting. Methods Mol. Cell. Biol. 5, 176-181

206. Лебедева, Л.А., Тиллиб, C.B. (2003) Глобальный фактор поддержаниятканеспецифичного активного состояния генов Drosophila melanogaster, белок Tritorax, ассоциирован с ядерным матиксом. Генетика 39, 250-8

207. Ashburner М. (1989) Drosophila. A laboratory manual. CSH laboratory press,1. Cambridge

208. Rothwell, W.F. and Sullivan, W. (2000) Fluorescent Analysis of Drosophila Embryos.

209. Drosophila Protocols (Sullivan, W., Ashburner, M., and Harwley R.S., eds) pp. 141-159, Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York Rec #:

210. Lin, H., Spradling, A.C. (1993) Germline stem cell division and egg chamberdevelopment in transplanted Drosophila germaria. Dev Biol 159, 140-52

211. Савина, H.B., Даливеля, O.B., Никитченко, H.B., Кужир, Т.Д. (2003)

212. Биологический эффект низких доз алкшшруюгцих агенов на развитие дрозофилы. Цитология. Генетика. Ъ1, 48-55

213. Peter, A., et al (2002) Mapping and identification of essential gene functions on the Xchromosome of Drosophila. EMBO Rep 3, 34-8

214. Grzybowska, E.A., Wilczynska, A., Siedlecki, J.A. (2001) Regulatory functions of3'UTRs. Biochem Biophys Res Commun 288, 291-5

215. Lee, T.I., Young, R.A. (1998) Regulation of gene expression by TBP-associatedproteins. Genes Dev 12, 1398-408

216. Kuras, L., Kosa, P., Mencia, M., Struhl, K. (2000) TAF-Containing and TAFindependent forms of transcriptionally active TBP in vivo. Science 288, 12448

217. Pereira, L.A., Klejman, M.P., Timmers, H.T. (2003) Roles for BTAF1 and Motlp indynamics of TATA-binding protein and regulation of RNA polymerase II transcription. Gene 315, 1-13

218. Shaffer, C.D., Stephens, G.E., Thompson, B.A., Funches, L., Bernat, J.A., Craig, C.A.,

219. Elgin, S.C. (2002) Heterochromatin protein 2 (HP2), a partner of HP1 in Drosophila heterochromatin. Proc Natl Acad Sci USA 99, 14332-7

220. Murai, K., Naruse, Y., Shaul, Y., Agata, Y., Mori, N. (2004) Direct interaction of

221. NRSF with TBP: chromatin reorganization and core promoter repression for neuron-specific gene transcription. Nucleic Acids Res 32, 3180-9

Информация о работе

Шидловский, Юлий Валерьевич
кандидата физико-математических наук
Москва, 2004
ВАК 03.00.02

Диссертация

Молекулярная характеризация нового транскрипционного фактора SAYP - тема диссертации по биологии, скачайте бесплатно

Автореферат

Похожие работы