Микробиологическая и молекулярно-генетическая характеристика штаммов Streptococcus pneumoniae, выделенных у детей с туберкулезной инфекцией

Скурихина, Юлия Евгеньевна

Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему
Микробиологическая и молекулярно-генетическая характеристика штаммов Streptococcus pneumoniae, выделенных у детей с туберкулезной инфекцией
ВАК РФ 03.00.07, Микробиология

Автореферат диссертации по теме "Микробиологическая и молекулярно-генетическая характеристика штаммов Streptococcus pneumoniae, выделенных у детей с туберкулезной инфекцией"

На правах рукописи

СКУРИХИНА Юлия Евгеньевна

МИКРОБИОЛОГИЧЕСКАЯ И МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА ШТАММОВ STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE, ВЫДЕЛЕННЫХ У ДЕТЕЙ С ТУБЕРКУЛЕЗНОЙ ИНФЕКЦИЕЙ

03.00.07-микробиология

ШлМ

Автореферат

диссертации на соискание ученой степени кандидата медицинских наук

1 ' снгпиз

Владивосток 2009

003476967

Работа выполнена в Государственном образовательном учреждении высшего профессионального образования «Владивостокский государственный медицинский университет Федерального агентства по здравоохранению и социальному развитию Российской Федерации»

Научный руководитель:

доктор медицинских наук, профессор Туркутюков Вячеслав Борисович Официальные оппоненты:

доктор медицинских наук, профессор Тимченко Нелли Федоровна, руководитель лаборатории молекулярных основ патогенности бактерий «Научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии СО РАМН», г.Владивосток

кандидат медицинских наук, доцент Кольцов Игорь Петрович, заведующий кафедрой микробиологии, вирусологии и иммунологии ГОУ ВПО «Дальневосточный государственный медицинский университет Федерального агентства по здравоохранению и социальному развитию Российской Федерации», г. Хабаровск

Ведущая организация:

Государственное образовательное учреждение высшего профессионального образования «Санкт-Петербургская государственная медицинская академия им. И.И.Мечникова» г. Санкт-Петербург

Защита состоится « 3 » октября 2009 года в 10.00 часов на заседании диссертационного совета ДМ208.007.02 при ГОУ ВПО «Владивостокский государственный медицинский университет Росздрава» по адресу: 690002 г. Владивосток, проспект Острякова, 2 (главный корпус).

С диссертацией можно ознакомиться в библиотеке ГОУ ВПО «Владивостокский государственный медицинский университет Росздрава», по адресу: 690002 г.Владивосток, проспект Острякова, 2 (корпус №3)

Автореферат разослан _" сентября 2009 года.

Ученый секретарь диссертационного совртя доктор медицинских наук, доцент

Общая характеристика работы

Актуальность проблемы. По литературным данным, ежегодно в мире от пневмококковых инфекций погибают около 1 млн. детей (Р.С. Козлов 2005, В.К. Таточенко 2007).

Пневмококки (Streptococcus pneumoniae) часто являются составляющей микрофлоры верхних дыхательных путей и встречаются повсеместно. Уровень носительства пневмококков различен у людей разного возраста. У детей до 4,5 лет отмечается наибольшая частота носительства (у 90%), среди взрослых - у 510%. Согласно международным и российским данным, на пневмококковую инфекцию приходится до 76% этиологически расшифрованных случаев внеболь-ничной пневмонии у взрослых и до 94% осложнённых случаев - у детей.

Заболеваемость пневмококковыми инфекциями в Европе составляет 16-20%о (R. Jones 2002). В России заболеваемость колеблется от 5-6%о до 16-20%о, и регистрируется практически во всех возрастных и социальных группах, при этом 40% населения являются носителями данного микроорганизма (Л.С. Страчун-ский 1999; А.В. Мартынова 2004, 2007).

Рост резистентности микроорганизмов, в том числе и пневмококков, к антибиотикам является глобальной проблемой для системы общественного здравоохранения. Особое значение рост резистентности имеет для педиатрии. Это связанно с необоснованно частым использованием антибиотиков для лечения обычных детских инфекционных заболеваний в амбулаторных условиях и тяжёлых инфекций в стационарах (A. Tomasz 1995; В.Б. Туркутюков 2003,2005).

..'■"Чаще всего резистентные пневмококки выделяются у детей дошкольного возраста. Наиболее существенными факторами риска для детей являются: пребывание в детских учреждениях, предшествующая госпитализация, недавнее использование антибиотиков (Л.И. Дворецкий 2004).

Несмотря на широкое распространение антибиотикорезистентности, клиническое значение этого явления остается в стадии изучения. До сих пор отсутствуют достоверные данные о проведении эпидемиологического анализа носительства пневмококков в различных группах населения, с учетом сопутствующей патологии, включая данные о серотиповом составе популяции штаммов пневмококков; об уровне устойчивости штаммов пневмококков к антибиотикам, выделенных у больных; о генотипических и фенотипических особенностях выделенных штаммов. Это отрицательно сказывается на возможности назначения и коррекции рациональной антибактериальной химиотерапии (А.В. Мартынова 2005, 2008; В.Б. Туркутюков 2008).

Высокие показатели заболеваемости туберкулезом среди детей, а также интенсивная супрессия иммунной системы организма при инфицировании М. tuberculosis способствуют развитию тяжелых форм пневмококковых инфекций, что свидетельствует об актуальности изучения особенностей носительства пневмококков у детей. Это позволит повысить своевременность диагностики и эффективность лечения, а также послужить основой для совершенствования эпидемиологического надзора и обоснования проведения иммунопрофилактики пневмококковых инфекций у детей с туберкулезной инфекцией.

Цель работы

Совершенствование микробиологической диагностики, обоснование рационального применения антибиотиков и повышения эффективности профилактических мероприятий при пневмококковых инфекциях у детей с туберкулезной инфекцией на основе изучения особенностей микробиологических и мо-лекулярно-генетических характеристик штаммов S. pneumoniae.

Задачи исследования:

1. Изучить частоту регистрации пневмококковых инфекций и носительства штаммов S. pneumoniae у детей с туберкулезной инфекцией.

2. Изучить серотиповой пейзаж и факторы вирулентности у выделенных штаммов S. pneumoniae на основе их генотиповой характеристики.

3. Оценить чувствительность выделенных штаммов S. pneumoniae к антибиотикам фенотипическими методами и установить частоту выявления детерминант резистентности к ним для повышения эффективности антибактериальной химиотерапии у пациентов с туберкулезной инфекцией при сопутствующих пневмококковых инфекциях.

4. Обосновать использование молекулярно-генетических методов в идентификации S. pneumoniae и оценке их этиологической и эпидемиологической значимости.

5. Разработать рекомендации по совершенствованию вопросов специфических профилактических мероприятий у носителей штаммов S. pneumoniae в специализированных противотуберкулезных стационарах.

Научная новизна исследования

Впервые проведена серотиповая характеристика штаммов S. pneumoniae методом multiplex ПЦР, который в отличие от традиционных методов, с использованием специфических сывороток, не дает перекрестных реакций с другими видами микроорганизмов, является более достоверным и экономичным.

Для идентификации пневмококков и оценке их этиологической значимости модифицирована методика постановки ПЦР с праймерами для гена ply, убиквитарного компонента генома S. pneumoniae.

Впервые изучена молекулярно-генетическая характеристика детерминант резистентности штаммов S. pneumoniae к антибактериальным препаратам, в том числе и к рифампицину, антибиотику широкого спектра действия, применяемого для лечения туберкулеза.

Определена генотипическая характеристика типовых факторов вирулентности штаммов пневмококка, циркулирующих в отделениях противотуберкулезной больницы.

Полученные в результате исследования данные вносят вклад в изучение особенностей формирования и циркуляции штаммов S. pneumoniae в условиях закрытых коллективов среди детей, на фоне тяжелого основного заболевания (туберкулеза), а также молекулярно-генетических особенностей этих штаммов, возникающих под влиянием длительной и интенсивной антибиотикотерапии.

На основании проведенного исследования определена структура носительства условно-патогенных микроорганизмов в верхних дыхательных путях (ВДП)

у детей с туберкулезной инфекцией. Оценено влияние возникновения сопутствующих инфекций ВДП на течение основного заболевания - туберкулеза. Исследована общность структуры носительства пневмококков у пациентов и медицинского персонала противотуберкулезной больницы (специализированный стационар), а также контрольной группы (соматический стационар).

Практическая значимость

Предложенные современные и экономичные молекулярно-генетические методы для идентификации чистой культуры S. pneumoniae и изучения факторов патогенности позволяют ускорить индикацию возбудителя, значительно повысить её достоверность, и оценить степень вирулентности пневмококка.

Проведенный мониторинг антибиотикорезистентности выделенных штаммов пневмококка обосновывает эффективную этиотропную антибактериальную химиотерапию при присоединении пневмококковых инфекций.

Метод ПЦР, применяемый для определения устойчивости к антибиотикам штаммов pneumoniae, дает значительно более достоверные результаты, чем традиционные фенотипические методы, так как такие штаммы подвергались активному селективному давлению антибактериальными химиопрепаратами.

Для определения серотиповой структуры выделенных штаммов предложен модифицированный метод multiplex ПЦР с праймерами для генов, специфичных основным серотипам, имеющий высокую достоверность и позволяющий при необходимости определить наибольшее количество известных серовариантов.

Данные о структуре носительства условно-патогенных микроорганизмов в ВДП и сопутствующей заболеваемости среди детей с туберкулезной инфекцией позволили получить представление об эпидемиологической ситуации по носи-тельству пневмококка и других микроорганизмов в такой специфической группе, как пациенты, находящиеся на длительном лечении в противотуберкулезной больнице.

Обоснована необходимость проведения специфической иммунопрофилактики пневмококковых инфекций у пациентов с туберкулезной инфекцией и медицинского персонала специализированных лечебно-профилактических учреждений.

Результаты исследования внедрены в работу детской краевой клинической противотуберкулезной больницы, детской городской клинической больницы №3, Центре фармако-технической информации и клинической фармакологии департамента здравоохранения Администрации Приморского края, Приморском краевом центре иммунопрофилактики департамента здравоохранения Администрации Приморского края.

Результаты работы внедрены в учебный процесс кафедры эпидемиологии и военной эпидемиологии ВГМУ; кафедры микробиологии, вирусологии, иммунологии ВГМУ; кафедры микробиологии, вирусологии, иммунологии ГОУ ВПО АГМА Росздрава (Благовещенск), кафедры микробиологии, вирусологии, иммунологии ГОУ ВПО ДГМУ Росздрава (Хабаровск).

пневмококковых инфекций у пациентов специализированного противотуберкулезного стационара» (2009). Оформлены рационализаторские предложения: «Идентификация Streptococcus pneumoniae с помощью ПЦР» (2009); «Прогнозирование течения пневмококковой инфекции с помощью серотипирования методом полимеразной цепной реакции» (2009). Определенные последовательности гена rpoB S.pneumoniae зарегистрированы в базе данных National Center for Biotechnology Information (NCBI/GenBank) под номерами GQ336504, GQ336505, GQ336506, GQ336507.

Основные положения, выносимые на защиту

1. Пациенты противотуберкулезных стационаров и медицинский персонал составляют группы риска по развитию пневмококковых инфекций дыхательных путей, что связано с действием на организм туберкулезной инфекции, длительным нахождением в закрытом коллективе в процессе лечения, преобладанием в структуре носительства микроорганизмов S. pneumoniae, обладающих полирезистентностью к различным современным антибактериальным препаратам широкого спектра действия, таким как макролиды, фторхинолоны и рифампицин.

2. Для микробиологической диагностики S. pneumoniae при возникновении заболевания предположительно пневмококковой этиологии необходимо комплексное обследование, методом ПЦР с праймерами для гена ply, обладающим высокой чувствительностью и достоверностью. Для прогнозирования течения инфекционного процесса рекомендуется использовать серотипирование S. pneumoniae методом Multiplex ПЦР, который является экономичным и имеет высокую специфичность.

3. Серотиповой состав штаммов S. pneumoniae среди детей с туберкулезной инфекцией и пациентов детских соматических стационаров существенно различается. Так в первой из них доминирует серотип 3 и 19А, а во второй - серотип 6В. Серотип 3 является высоковирулснтным, чаще вызывает осложненные формы пневмококковой инфекции и поэтому является клинически значимым, так как позволяет прогнозировать степень и интенсивность инфекционного процесса, а также обосновывает необходимость проведения специфической иммунопрофилактики пневмококковых инфекций в группах риска.

Личный вклад автора в исследование

Автором проведена систематизация и анализ материалов по заболеваемости пневмококковыми инфекциями в специализированном и соматическом стационарах. Лично автором проведено выделение, идентификация и оценка чувствительности к антибиотикам штаммов S. pneumoniae, полученных в ходе исследования. При непосредственном участии автора подготовлены и проведены мо-лекулярно-генетические методы исследования штаммов 5. pneumoniae. Все методы статистической обработки результатов исследования выполнены автором лично.

Апробация работы

Материалы диссертации представлены и обсуждены на Тихоокеанской научно-практической конференции студентов и молодых учёных с международ-

ным участием (Владивосток, 2005, 2006, 2007, 2008); XV Европейском Конгрессе по Клинической Микробиологии и Инфекционным Заболеваниям (Копенгаген, 2005); XVI Европейском Конгрессе по Клинической Микробиологии и Инфекционным Заболеваниям (Франция, Ницца, 2006); 5th International Symposium on Pneumococci and Pneumococcal Diseases (Australia, 2006); IX съезде Всероссийского Научно-практического общества эпидемиологов, микробиологов и паразитологов (Москва, 2007); Дальневосточном региональном конгрессе «Человек и лекарство» (Владивосток, 2007, 2008, 2009). Работа обсуждена на заседании проблемной комиссии по инфекционным болезням эпидемиологии, микробиологии и иммунологии Владивостокского государственного медицинского университета (2009).

Публикации

По теме диссертационной работы опубликовано 25 научно - исследовательских работ, из них 5 в иностранной печати, 4 в журналах, рекомендованных ВАК РФ, 4 электронных публикации; 1 методические рекомендации, 2 рационализаторских предложения.

Структура диссертации

Материалы диссертации изложены на 156 страницах машинописного текста, иллюстрированы 30 таблицами, 27 рисунками. Диссертация состоит из введения, обзора литературы, главы «Материалы и методы исследования», 4 глав собственных исследований, общих выводов, рекомендаций для внедрения в медицинскую науку и практическое здравоохранение. Библиографический указатель включает 235 источник литературы, т..них 112 отечественных и 123 иностранных авторов. Диссертационная работа выполнена по плану НИР ГОУ ВПО ВГМУ Росздрава, номер государственной регистрации 01.2.006.13618.

Содержание, результаты и обсуждение работы

Материал и методы исследования. При выполнении работы был проведен анализ многолетней заболеваемости инфекциями дыхательных путей среди детей с туберкулезной инфекцией, находившихся на лечении в детской краевой противотуберкулезной больнице (ДККПТБ) с 1999 по 2008 годы. Проанализированы клинические, рентгенографические и лабораторные данные этих пациентов. Проведена оценка носительства S. pneumoniae у детей, находившихся на лечении в Детской краевой клинической противотуберкулезной больнице (специализированный стационар), и у детей, находившихся на лечении в городской детской клинической больнице №3 (соматический стационар).

Все экспериментальные и клинические исследования проведены с разрешения Комитета по биомедицинской этике ГОУ ВПО ВГМУ Росздрава (протокол №15 дело №7 от 02 октября 2006 года).

Из клинического материала были выделены и идентифицированы штаммы S. pneumoniae. Одним из направлений проведенных исследований было изучение данных штаммов, их серотиповой, генотиповой характеристик и оценка ан-тибиотикорезистентности (табл. 1).

Устойчивость к антибиотикам изучалась с помощью диско-диффузионного метода, метода серийных разведений и полимеразной цепной реакции с

Таблица 1

Направления, методы и объем исследований

№ п/п Направления исследований Методы исследования Объём

I Клинико-анамнестический анализ 1. Анализ данных по заболеваемости. 2. Изучение амбулаторных карт. 3.Опрос и обследование детей специализированного стационара. 4.Опрос и обследование медицинского персонала на носительство S. pneumoniae. 5. Опрос и обследование носителей S.pneumoniae среди пациентов соматического стационара. 300 85 25 72

II Микробиологические исследования 1. Взятие клинического материала. 2. Микроскопия мазка с окраской по Граму 3. Получение чистой культуры S. pneumoniae 182 182 182

III Определение факторов патогенности Метод полимеразной цепной реакции с праймерами для генов: 1. ply (пневмолизин) 2. lytA (аутолизин) 3. psaA (адгезии А) 4. cpsA (полисахарид капсулы) 50 50 50 50

IV Определение серотипов 1.Multiplex ПЦР с праймерами для генов ЗсарВ, 4wzy, 6Bwzy, 14cpsH, 19AcpsK, 19FcpsI, 23FcpsG 50

V Исследование устойчивости к антибиотикам 1 .Диско-диффузионный метод 2. Метод серийных разведений (МПК50; МПК90) 50 50

VI Определение детерминант резистентности к антибиотикам ПЦР с праймерами для генов: 1. гроВЗ (рифампицин) 2. ermB, mcfE (макролиды) 3.gyrA, gyrB, parC, рагЕ (фторхинолоны) 50 50 50

VII Определение нук-леотидной последовательности Секвенирование участка гена гроВ 4

VIII Статистическая обработка полученных данных 1.Ретроспективный и оперативный эпидемиологический анализ. 2.Методы описательной и параметрической статистики с использованием программы Statistica 6.0 (средняя арифметическая М, ее ошибка ш, доверительный коэффициент t, коэффициент корреляции Пирсона г, критерий х )• Все данные

праймерами для генов резистентности к антибиотикам: рифампицину (гроВ), макролидам (erniB, те/Е), фторхинолонам (gyrA, gyrB, parC, parE) (Nagai, 2001; Chen 2004). Для определения факторов патогенности использовался методом ПЦР. Использовались праймеры ply (пневмолизин), lytA (аутолизин), psaA (адгезии A), cpsA (полисахарид капсулы).

Изучение серотиповых характеристик выделенных штаммов проводилось методом Multiplex ПЦР (праймеры ЗсарВ, 4wzy, 6Bwzy, 14cpsH, 19AcpsK, 19Fcps¡, 23FcpsG) (Brito et al, 2003). Все праймеры были синтезированы ООО «Синтол» г. Москва (табл. 2).

Таблица 2

ДНК-праймеры, использованные для ПЦР анализа штаммов S.pneumoniae

Праймеры Последовательность нуклеотидов Размер продукта амплификации (п.н. -пар нуклеотидов)

1 2 3

ply F R 5'-AnTCTGTAACAGCTACCAACGA-3' 5'-GAATTCCCTGTCTTTTCAAAGTC-3' 329

lytA F R 5'-CCGTACAGAATGAAGCGG-3' 5'-TTATTCGTGCAATACTCGTGCG-y 308

psaA F R 5'-CTTTCTGCAATCATTCTTG-3' 5'-GCCTTCTTTACCTTGTTCTGC-3' 838

cpsA F R 5'CGTGTTCTCTATgCT^GTCAGCTCTGTGTCGCTC-3' 5'-GTGTGAATGGTCGAATCAACTCTATAAATGCC-3' 657

ЗсарВ F R 5'-TTGIT 1 111GTCTTTATTCTTATTCGTTGG-3' 5'-TACTGAGAACCTTCTGCCCACCTTAGTTGC-3' 818

4wzv F R 5'-CTGTAACTTGTTCTGGACTCTCGTTAATTGG-3' 5'-GCCCACTCCTGTTAAAATCCTACCCGCATTG-3' 430

6Bwzy F R 5'-CGACGTAACAAAGAACTAGGTGCTGAAAC-3' 5'-AAGTATATAACCACGCTGTAAAACTCTGAC-3' 220

¡4cpsH F R 5'-GTCTGTTAATTCTATATACAAAGAGGCTCC-3' 543CATTGCTACAATCGCTATACTAGATATGC-3' 268

19FcpsI F R S'-CACCTAATTTTAATACTGAGGTTAAGATTGCO' S'-CATAGGCTATCAGAArnTAATAATATCTTGC-S' 408

19AcpsK F R 5'-GTTAGTCCTGnTTAGATTTATTTGGTGATGT-3' 5'-GAGCAGTCAATAAGATGAGACGATAGTTAG-3' 478

23FcpsG F R 5'-GTAACAGTTGCTGTAGAGGGAATTGGCTTTTC-3' 5'-CACAACACCTAACACACGATGGCTATATGATTC-3' 384

meJE F R 5'-ATGGAAAAATACAACAATTGGAAACGA-3' 5'-ТТАТТТТАААТСТААПТТСТААССТС-3' 540

1 2 3 4

егтВ F R 5-GAAAAGGTACTCAACCAAATA-3' 5'-ATGAACGGTACTTAAATTGTTTAC-3' 224

gyrA F R 5'-TAAAAAACTTTGTCACGAATATGCC-3' 5'-ААС GATACGCTCACGACCAGT-3' 353

gyrB F R 5-TGAAGGACAAACCAAGACCAAA-3' 5'-GTCCATTTCACCTAGCCCCTTATA-3' 510

parC F R 5'-AAACCTACTCTACATTCTTTGAAAGGAG-3' 5'-CAGTTGGGTGGTCAATCATGTAAA-3' 367

parE F R 5-ACCAAGGATAAACATGGAAGCC-3' 5'-CATTCATCTCACCAAGTCCTTTGTA-3' 290

гроВЗ F R 5'-GTTCAAAC ACC ATACCGTA AG-3' 5'-CAATGAACCATCTTCACGACG-3' 402

Секвенальную реакцию проводили в условиях, рекомендованных производителем, с использованием набора BigDye Terminator v3.1 (Applied Biosystems, США). ПЦР, Multiplex ПЦР и секвенирование были выполнены в лаборатории генетики ИБМ ДВО РАН (зав. лабораторией д.б.н. Брыков В.А.).

Результаты исследования и их обсуждение На основе данных историй болезней пациентов ГУЗ «Приморская детская краевая клиническая туберкулезная больница» (ПДККТБ) был проведен ретроспективный анализ заболеваемости туберкулезом и сопутствующими инфекциями у детей, находящихся на лечении. Максимальные показатели заболеваемости наблюдались в 2002 и 2004 годах, как по всем формам туберкулеза (138,5°/00 и 137,5%,), так и при внелегочной локализации туберкулезной инфекции (0,39°/00 и 0,43°/оо). В целом динамика заболеваемости по этим показателям имеет общие черты, подъемы и спады наблюдаются синхронно.

При анализе сопутствующей инфекционной заболеваемости дыхательных путей (рис. 1), выявлено, что у 31,9% детей с внелегочной формой туберкулеза наблюдались сопутствующие заболевания: острый ринит в 39,1%, острый рино-фарингит в 28,3%, острый фарингит в 4,5% , острый трахеит 5,3%, хронический тонзиллит и острый средний отит - по 8,7%, лакунарная ангина в 1,1%, гнойный этмоидит в 1,1% (рис.1).

За этот же период нами проанализирована сопутствующая заболеваемость инфекциями предположительно пневмококковой этиологии всех детей, находившихся на лечении в ПДККТБ. 30,1% пациентов имели такие сопутствующие заболевания: острый ринит в 40% случаев, острый ринофарингит в 26, 7%, хронический тонзиллит в 10%, острый средний отит в 9,5%, острый трахеит в 4,9%, острый фарингит в 5,1%, пневмония в 0,5% случаев.

Структура сопутствующих заболеваний у двух исследуемых групп очень схожа, колебания в ту или иную сторону незначительные, различия статистически не значимые (рис.1). Исходя из этого факта, для дальнейшего микробиологического анализа использовалась группа детей с любыми формами туберкулеза,

независимо от локализации. Для определения этиологии сопутствующих заболеваний и исследования структуры носительства микроорганизмов ВДП нами было обследовано 85 детей, находящихся на лечении в ПДККТБ.

> ф- ^ ^ / / у /

/ у

/ / Ч1- V»?

,-s

Л'

V 5 .X7

^ /

□ Вне легочный туберкулет □ Другие формы туберкулечл

Рис. 1. Структура сопутствующих заболеваний дыхательных путей у детей больных различными формами туберкулеза.

Доминирующим микроорганизмом в структуре носительства у пациентов с туберкулезной инфекцией является S. pneumoniae. Он присутствовал в 30,3% образцов. Streptococcus spp. - в 20,8%, Staphylococcus spp. - в 15,3%, Candida spp. - в 19,4%, Acinetobacter baumannii - в 7,0%, H.influenzae - в 7,0%, а также -ассоциации микроорганизмов - S. pneumoniae и S.pyogenes в 35,5% случаев. У персонала данного стационара S. pneumoniae был выделен у 36,4%, Streptococcus spp. - у 27,3%, Staphylococcus spp. у 27,3% и Candida spp. у 9% обследованных. В целом, в специализированном стационаре чаще выделяли микроорганизмы рода Streptococcus spp., среди которых доминировали 51. pneumoniae (табл. 3).

Таблица 3.

Распространенность носительства штаммов среди пациентов

Вид микроорганизма M±m

S. pneumoniae 33,5±4.3

Streptococcus spp. 24,1 ±4.6

Staphylococcus spp. 21.3=4,2

Candida spp. 14,2±3,5

Acinetobacter baumannii 3,5±4,94

Haemophilus influenzae 3,5*4,94

В качестве контрольной группы были взяты пациенты гастроэнтерологического отделения детской городской клинической больницы № 3 (соматического стационара). Для исследования структуры носительства микроорганизмов верхних дыхательных путей было обследовано 72 ребенка, находящихся на лечении в этом отделении. По нашим данным, S.pneumoniae присутствовал в 20,8% образцов. Streptococcus spp. - в 21,2%, Staphylococcus spp. - в 19,7%, Candida spp. - в 13,6%, A.baumannii - в 7,6%, H.influenzae - в 6,1%. Ассоциации микроорганизмов Streptococcus spp., Candida spp. и Staphylococcus spp. выявлялись в 36,4%.

При сравнении частоты носительства различных микроорганизмов во всех исследуемых группах выявлено, что наибольшие показатели по носительству S.pneumoniae, Streptococcus spp. и Staphylococcus spp. наблюдаются у медицинского персонала ПДККТБ.

Во всех трех исследованных группах в структуре носительства лидирует S.pneumoniae. Чаще он выделяется у медперсонала - 36,4% и у пациентов специализированного стационара - 30,3% (%2=5,1, Р=0,04), что еще раз подтверждает необходимость специфической профилактики у этих групп.

В данном исследовании с помощью метода ПЦР были определены детерминанты факторов патогенности, такие как пневмолизин, аутолизин и psaA; а с помощью метода multiplex ПЦР - генетические детерминанты белка cpsA (соответственно, и наличие полисахаридной капсулы у пневмококка), и изучена серо-типовая характеристика штаммов. Все штаммы, определенные как 5. pneumoniae по микробиологическим признакам, имели ген ply, показывающий наличие пневмолизина у выделенных штаммов (рис.2).

12 3 4

S3 8

329 308

ply IvtA psaA

Рис. 2. Электрофореграмма результатов ПЦР препаратов ДНК 51. pneumoniae. Гены: ply (размер амплифицированного фрагмента составляет 329 п.н.), lytA (308 п.н.), psaA (838 п.н.). 1 - маркер молекулярной массы, кратный 100 п.н., 2-4 -исследуемые образцы ДНК.

У штаммов, выделенных у детей с туберкулезной инфекцией, наличие ау-толизина (ген lytA) выявлено в 91% случаев, а у штаммов, выделенных у медперсонала ПДККТБ, в 87,5%. В контрольной группе детерминанта аутолизина

присутствовала у 95% штаммов.

Частота выявления неизмененного гена адгезина (psaA) в исследуемых группах была различной. В геноме пневмококков, выделенных у пациентов ПДККТБ, мутировавший ген присутствовал в 22,7%. Среди штаммов, выделенных у медперсонала, этот показатель составлял 25%. В контрольной группе мутации гена присутствовали лишь в 10% случаев.

Для определения серотипов исследуемых штаммов и гена cpsA, ответственного за синтез полисахарида капсулы, был использован метод Multiplex ПЦР. Были применены праймеры к серотипам 3, 4, 6, 14, 19А, 19F, 23F, входящим в состав как отечественной 23-валентной, так и зарубежной 11-валентной вакцины. Праймеры, специфичные для гена cpsA, убиквитарного компонента генома капсульного типа пневмококка, включались во все реакции Multiplex ПЦР.

При изучении серотипового состава штаммов, выделенных у детей, больных туберкулезом, выявлено, что среди них преобладают серотипы 3, 19А (по 22,7%) и серотип 6 (13,6%), реже встречается серотип 23F (9,1%) и серотипы 4, 14 и 19F (по 4,6%). 18,1% штаммов относились к иным серотипам, исследование которых не входило в план данного исследования.

При исследовании штаммов стрептококка, выделенных у персонала противотуберкулезной больницы, было установлено, что 25,0% штаммов имеют серотип 3 и 19А, 12,5% - серотип 6 и 23 F, серотип 25% штаммов определить не удалось. Как и в первой группе преобладают серотипы 3 и 19А, составляя 45,4% от всего числа исследованных штаммов.

На рисунках 3 и 4 представлены данные по серотиповой характеристике штаммов пневмококков, выделенных у всех трех исследуемых групп. Видны различия в составе серовариантов первой группы (штаммы, выделенные у детей с туберкулезной инфекцией) и третьей группы (штаммы, выделенные у здоровых носителей). В первой и второй группе превалирует серотип 3 и 19А (22,725,0%), в третьей - серотип 6В (25%).

19F

Другие

5 4 6 14 19А

Серотипы

О Штаммы, выделенные упаикектов спецкалкхнрованкого стационара £3 Штаммы, выделенные у жештерсонала спеюсалнзироханхога стеютняра О Штаммы, выделенные ^лаююп«! сомапссеского стаиквк^а

Рис. 3. Серотиповая характеристика штаммов пневмококка, выделенных у пациентов соматического и специализированного стационаров.

При проведении метода ПЦР с праймерами для гена с/м установлено, что из 50 изученных штаммов амплификация не прошла в 4,0% случаев, что означает наличие мутации гена или отсутствие всего локуса дм. Поскольку видовая принадлежность этих штаммов доказана другими молекулярно-генетическими методами, можно утверждать, что эти пневмококки принадлежат к безкапсуль-ному типу.

дети с туберкулезной инфекцией, II - медицинский персонал ПДККТБ, III - контрольная группа (соматическая патология).

Такой тип редко выделяется из клинического материала, однако, учитывая, что оба безкапсульных штамма получены от детей, болеющих туберкулезом и принимающих большое количество антибактериальных препаратов, можно предположить, что данный вид мутации возник именно под воздействием антибиотиков, используемых в химиотерапии данных пациентов.

Таблица 4

Геноварианты сочетания детерминант факторов патогенности у штаммов _ S.pneumoniae и частота их встречаемости.__

Геноварианты Набор генов, кодирующих факторы патогенности Пациенты ПДККТБ (число штаммов) Медперсонал ПДККТБ (число штаммов) Пациенты ДГКБ №3 (число штаммов)

1 ply, IvlA, psaA, cpsA 13 5 19

2 plv. IvtA, psaA 1 0 0

3 ply, IvlA. cpsA 3 1 1

4 ply, psaA. cpsA 2 1 0

5 plv. IvtA 3 1 0

6 plv, psaA 0 0 1

1 ply, cpsA 0 0 1

I Всего 22 8 20

Примечание: при р<0,05 r(l-2)=0,99, t=20,8, Р=0,0001; r(l-3)=0,9, t=6,8, Р=0,001.

Из приведенных данных видно, что самым распространенным геновариан-том во всех исследуемым группах является первый, содержащий все детерминанты факторов патогенности. Но есть и различия между группами в составе ге-новариантов: как среди штаммов от пациентов, так и от медицинского персонала специализированного стационара встречаются 4 и 5 генотипы пневмококков, полностью отсутствующие в контрольной группе. Геноварианты 6 и 7, наоборот, присутствуют только в группе штаммов, выделенных от пациентов соматического стационара. Полиморфизм геновариантов, сочетания исследованных генов, гораздо выше в группах штаммов, выделенных в специализированном стационаре, что возможно обусловлено индукцией изменчивости под влиянием применяемых антибактериальных препаратов в данном стационаре.

Учитывая факт постоянного применения антибиотиков в основной исследуемой группе, проводилось определение устойчивости к этим препаратам у выделенных штаммов пневмококка. В популяции штаммов S. pneumoniae, полученных от детей, больных туберкулезом, значительную долю занимают штаммы, устойчивые к макролидам: эритромицину (40,9%), кларитромицину (36,3%). Обращает на себя внимание формирование штаммами S. pneumoniae резистентности к высоким дозам фторхинолонов. Также необходимо отметить выявление трёх штаммов (13,6%), имеющих устойчивость к такому антибиотику, как ри-фампицин (рис. 5). Процент выявления таких штаммов по данным мировой литературы невелик и составляет около 0,1-1,4%.

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11

402

Рис. 5. Электрофореграмма ПЦР гена гроВЗ препаратов ДНК S. pneumoniae. 1 -маркер молекулярной массы pUC19/MspI, 2-10 - исследуемые образцы, 11 - отрицательный контроль. Размер амплифицированного фрагмента составляет 402 п.н.

Чувствительность пневмококков к антибиотикам у персонала противотуберкулезной больницы имеет общие черты с аналогичными показателями у детей, находящихся на лечении в данной клинике.

Среди штаммов 5. pneumoniae, выделенных из клинического материала от пациентов соматического стационара, определялся довольно низкий уровень резистентности к макролидам и цефалоспоринам.

С целью оценки достоверности данных, полученных микробиологическими методами, было проведено молекулярно-генетическое исследование, которое

позволяет с высокой точностью определить наличие генов, отвечающих за устойчивость микроорганизма к определенным группам антибиотиков (рис. 6). 1 2 3 4 ? 6 " 8 9 10 11 12

510

S53

Рис. 6. Электрофореграмма результатов ПЦР генов gyrA и gyrß препаратов ДНК S. pneumoniae. 1 - маркер молекулярной массы pUC19/A4spI, 2-11 - исследуемые образцы ДНК, 12 - отрицательный контроль; 4 - положительный контроль. Размер амплифицированных фрагментов составляет 353 п.н. и 510 п.н.

Генотипическая картина устойчивости к макролидам не соответствует фе-нотипической картине, нами выявлено гораздо больше устойчивых штаммов, что говорит о большом количестве ложноотрицательных результатов. Частота выявления модификаций генов gyrA, gyrB, рагС и рагЕ примерно соответствовала результатам изучения фенотипической картины антибиотикоустойчивости исследованных штаммов (фторхинолоны), такие же результаты наблюдаются и при оценке чувствительности к рифампицину.

При проведении анализа распространения различных геновариантов сочетания генов резистентности было выделено 9 геновариантов. Среди пациентов специализированного стационара, по нашим данным, циркулирует 8 клонов с резистентностью к разным группам антибиотиков, среди медперсонала - 4 клона, а среди пациентов соматического стационара - 6 клонов. Особую опасность представляют геноварианты 1 и 2, имеющие высокий уровень устойчивости ко всем изучаемым нами антибиотикам, в том числе и к рифампицину. Эти геноварианты присутствуют только среди штаммов, выделенных от детей с туберкулезной инфекцией.

Для выявления возможных закономерностей и обобщения всех полученных результатов был проведен анализ совокупности изученных генетически детерминированных признаков (серотипы, факторы патогенности, чувствительность к антибиотикам) у штаммов 51. pneumoniae во всех исследованных группах в специализированном и соматическом стационарах.

На основе данных, полученных с помощью молекулярно-генетических методов, были составлены комбинированные геноварианты всех исследованных штаммов (рис. 7).

Рис. 7. Распространение комбинаций геновариантов штаммов пневмококков, выделенных у обследованных в специализированном и соматическом стационарах. Обозначение: I - дети с туберкулезной инфекцией, II - медицинский персонал ПДККТБ, III - контрольная группа (пациенты соматического стационара).

Обращают на себя внимание общие черты состава и генотиповых характеристик штаммов пневмококка в двух изучаемых группах - детей с туберкулезной инфекцией и медицинского персонала, что свидетельствует о формировании в данном стационаре госпитальных штаммов. Они характеризуются высокой степенью вирулентности и резистентности к антибиотикам, в том числе и к ри-фампицину (сочетания геновариантов 1119А и 1219А).

Такие штаммы в первую очередь опасны для детей, пациентов противотуберкулезных стационаров, у которых нарушены факторы защиты организма. Это может привести к развитию тяжелых инфекций, не поддающихся лечению современными антибактериальными препаратами. Все эти факторы окончательно подтверждают необходимость назначения антибактериальных препаратов, основанную на результатах микробиологического мониторинга, и коррекции в дальнейшем антибактериальной химиотерапии на основании результатов микробиологического исследования. Полученные данные обосновывают необходимость проведения специфической иммунопрофилактики групп риска, в частности пациентов и персонала специализированного стационара.

Выводы:

1. В этиологической структуре носительства микроорганизмов у детей с туберкулезной инфекцией доминирующим видом является S. pneumoniae. Данные пациенты являются группой риска в развитии пневмококковых инфекций на фоне туберкулеза.

2. Обнаружение генов mefE и егтВ у выделенных представителей рода Streptococcus, свидетельствует о высоких темпах формирования резистентности к антибиотикам группы макролидов. Выявлена различная степень устойчивости к фторхинолонам, а у 13,6% штаммов пневмококков обнаружен в составе генома ген резистентности к рифампицину.

3. Для идентификации пневмококков и оценке их этиологической значимости модифицирована методика постановки ПЦР с праймерами для гена ply, уби-квитарного компонента генома S. pneumoniae.

4. Эффективно прогнозировать степень и тяжесть проявления пневмококковых инфекций у детей с туберкулезной инфекцией по результатам молекулярно-генетического типирования антигенных типов S. pneumoniae позволяет метод Multiplex ПЦР, который является более достоверным и финансово доступным, чем типирование с помощью серологических сывороток.

5. Среди пациентов и персонала противотуберкулезной больницы циркулируют высоковирулентные штаммы S. pneumoniae серотипов 3 и 19А, обладающие полирезистентностью к антибиотикам. У пациентов соматических стационаров доминирующими являются пневмококки серотипа 6, обладающие низким уровнем резистентности к антибактериальным химиопрепаратам. Полученные данные обосновывают необходимость проведения специфических профилактических мероприятий - вакцинации выявленных групп риска.

Рекомендации для внедрения результатов исследования в медицинскую науку и здравоохранение

1. Для серотипирования S. pneumoniae рекомендуется использовать метод Multiplex ПЦР, который является более экономичным и имеет более высокую специфичность, чем типирован ие с помощью серотиповых сывороток.

2. В качестве основы для эмпирической этиотропной терапии пневмококковых инфекчий рекомендуется использовать ß-лактамные антибиотики .ита фтор-хинолоны нового поколения. Следует ограничить применение макролидов и исключить тетрациклин при лечении заболеваний пневмококковой этиологии у пациентов с туберкулезной инфекцией.

3. Применение рифампицина должно быть клинически обосновано, и, по-видимому, он должен назначаться лишь при вьщелении резистентных штаммов М. tuberculosis к другим противотуберкулезным антибиотикам.

4. Из-за сложности микробиологической диагностики S. pneumoniae рекомендуется комплексное обследование при возникновении заболевания предположительно пневмококковой этиологии, в том числе при возможности необходимо использовать и метод ПЦР с праймерами для гена ply, обладающий высокой чувствительностью и достоверностью.

5. Доминирование в структуре носительства среди пациентов и персонала специализированного стационара полирезистентных высоковирулентных штаммов S. pneumoniae серотипов 3 и 19А свидетельствует о необходимости проведения специфических профилактических мероприятий, вакцинации выявленных групп риска.

Список работ, опубликованных по теме диссертации

1. Особенности носительства возбудителей инфекций дыхательных путей у детей с пониженным иммунным статусом / Ю.Е.Скурихина, А.А.Шепарев,

Л.Б.Чудная и др. // Тезисы докладов VI Тихоокеанской научно-практической

конференции студентов и молодых ученых с международным участием. - 2005. -С.147.

2. Скурихина, Ю.Е. Особенности носительства возбудителей верхних дыхательных путей у детей с хроническими бронхо-легочными заболеваниями / Ю.Е.Скурихина // Тезисы докладов VI Тихоокеанской научно-практической конференции студентов и молодых ученых с международным участием. - 2005. -С. 144.

3. Шепарёв, A.A. Заболеваемость болезнями органов дыхания у жителей приморского края в 2002-2003 гг./ А.А Шепарёв, Ю.Е. Скурихина, Э.В. Слабенко // Вестник РГМУ. - 2005. - № 3/42. - С.31.

4. Шепарев, A.A. Анализ заболеваемости взрослого населения г. Владивостока и Приморского края в 2002-2003 гг. / A.A. Шепарев, Ю.Е.Скурихина, С.Н. Чуриков // Вестник РГМУ. - 2005. - №3/42. - С. 149.

5. Прушинский, А.П. Особенности организации и проведения инфекционного контроля в детской туберкулезной больнице / А.П. Прушинский, Ю.Е. Скурихина // Тихоокеанский Медицинский Журнал. - 2006. - №3. - С. 255.

6. Прушинский, А.П. Сопутствующие инфекционные заболевания среди пациентов ПДККТБ / А.П. Прушинский, Ю. Е. Скурихина, В.Б.Туркутюков // Юбилейный сборник, посвященный 60-летию Приморской детской краевой клинической туберкулезной больницы. - 2007. - С.7

7. Заболеваемость инфекциями верхних дыхательных путей и носительство возбудителей у детей с внелегочным туберкулезом / Ю.Е.Скурихина, А.В.Мартынова, А.П.Прушинский и др. // Дальневосточный журнал инфекционной патологии. - 2008. - №3. - С. 145-151.

8. Изучение механизмов формирования актуальной инфекционной и неинфекционной заболеваемости в Дальневосточном регионе / В.Б.Туркутюков, А.А.Яковлев, Г.Т.Дзюба и др. // Тихоокеанский Медицинский Журнал. - 2008. -№3. - С. 46-49.

9. Скурихина, Ю.Е. Эпидемиология носительства заболеваний ВДП у детей с хроническими бронхо-лёгочными заболеваниями / Ю.Е.Скурихина // Тезисы докладов VII Тихоокеанской научно-практической конференции студентов и молодых ученых с международным участием. - 2006. - С. 167.

10. Скурихина, Ю.Е. Сопутствующие инфекции дыхательных путей у детей с внелегочным туберкулезом / Ю.Е.Скурихина // Человек и лекарство. Материалы IV Дальневосточного регионального конгресса с международным участием. -2007. -С.74.

11. Эффективность иммунизации против «управляемых» инфекционных заболеваний среди населения Приморского края / Ю.Е.Скурихина, Н.С.Шитер, А.Г.Ненахов и др. // Материалы IX съезда Всероссийского Научно-практического общества эпидемиологов, микробиологов и паразитологов. -2007. -Т.1. - С. 103.

12. Скурихина, Ю.Е. Сопутствующие инфекционные заболевания у детей с внелегочным туберкулезом / Ю.Е.Скурихина, А.П. Прушинский // Тезисы докладов VIII Тихоокеанской научно-практической конференции студентов и молодых ученых с международным участием. - 2007. - С. 233.

13. Скурихина, Ю.Е. Особенности носительства возбудителей инфекций дыхательных путей у пациентов и персонала детской туберкулезной клиники / Ю.Е.Скурихина, А.В.Мартынова // Человек и лекарство. Материалы V Дальневосточного регионального конгресса с международным участием. - 2008. -С.73.

14. Скурихина, Ю.Е. Структура носительства возбудителей инфекций верхних дыхательных путей у пациентов и персонала детской противотуберкулезной больницы / Ю.Е.Скурихина, В.Б. Туркутюков // СПб Вестник Российской военно-медицинской академии. - 2008. - №2 (22), - С. 400-401.

15. Обеспеченность факторами вирулентности штаммов Streptococcus pneumoniae, выделенных от пациентов специализированных стационаров / Ю.Е.Скурихина, Л.А.Скурихина, В.Б.Туркутюков и др. // Дальневосточный журнал инфекционной патологии,- 2009,- №1(14). - С.42-45.

16. Молекулярно-генетический мониторинг за формированием резистентности к антибиотикам штаммов микроорганизмов, выделенных у пациентов специализированных стационаров / В.Б.Туркутюков, Ю.Е.Скурихина, Л.А.Скурихина и др. // Дальневосточный журнал инфекционной патологии,- 2009.- №1(14). -С.46-50.

17. Emergence of antimicrobial resistance at the Eastern part of Russia / A.V.Martynova, V.B.Turcutycov, Yu.E.Skurikhina et al. // Programme and Abstract Book Europneumo (7th European Meeting of the Molecular Biology of Pneumococ-cus).-2005.- p.408.

18. Emergence of floroguinolone-resistant clones of Streptococcus Pneumonia in far eastern Russia / A.Martynova, V. Turkyukov, Y. Scurichina et al. // European Societi of Clinical Microbiology and Infectious Diseases: 15th European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases. Clinical Microbiology and Infection, Copenhagen (Denmark). - 2005. - Vol. 11. - Sup.2. - P. 663.

19. The pharmaepidemiological analysis of out-patient treatment of children with upper respiratory tract infections / V.Ivashuk, V.Luchaninova, V.Turcutjucov et al. // China-Russia International Conference on Pharmacology. - 2005. - P.22.

20. Epidemiology of community-acquired pneumoniae caused by Streptococcus pneumoniae / A.Martynova, V.Turkutjukov, Y.Skurikhina et al. // The Proceedings of the 5th International Symposium on Pneumococci and Pneumococcal Diseases , Alice Springs (Australia). - 2006. - P. 180.

21. Evaluation of co-morbidity on the incidence of pneumococcal infection in the Far East of Russia / A.Martynova, V.Turkutjukov, Y.Skurikhina et al. // The Proceedings of the 5th International Symposium on Pneumococci and Pneumococcal Diseases , Alice Springs (Australia). - 2006. - p. 192.

22. Kukhlevskiy, A.D. GQ336504 Streptococcus pneumoniae strain 4 RNA polymerase beta subunit (rpoB) gene, partial cds / A.D. Kukhlevskiy, Y.E. Skurikhina // NCBI -GenBank, 2009. - Режим доступа httn://www.ncbi.nlin.nih.gov

23. Kukhlevskiy, A.D. GQ336505 Streptococcus pneumoniae strain 5 RNA polymerase beta subunit (rpoB) gene, partial cds / A.D. Kukhlevskiy, Y.E. Skurikhina // NCBI -GenBank, 2009. - Режим доступа http://www.ncbi.nlm.nih.gov

24. Kukhlevskiy, A.D. GQ336506 Streptococcus pneumoniae strain 6 RNA polymerase beta subunit (rpoB) gene, partial cds / A.D. Kukhlevskiy, Y.E. Skurikhina // NCBI -GenBank, 2009. - Режим доступа http://www.ncbi.nlm.nih.gov

25. Kukhlevskiy, A.D. GQ336507 Streptococcus pneumoniae strain 16 RNA polymerase beta subunit (rpoB) gene, partial cds / A.D. Kukhlevskiy, Y.E. Skurikhina II NCBI -GenBank, 2009. - Режим доступа http://mvw.ncbi.nlm.nih.gov

Список сокращений

ВДП - верхние дыхательные пути ПЦР - полимеразная цепная реакция п.н. - пар нуклеотидов

NCCLS - National Committee of Clinical Laboratory Standards

Скурихина Юлия Евгеньевна

03.00.07-микробиология

Автореферат

диссертации на соискание ученой степени кандидата медицинских наук

Подписано в печать 03.09.2009 г. Формат 60x84/16. Уч.изд.л. 1,0. Усл. печл. 1,5. Тираж 100 экз. Заказ № 209324

Отпечатано в Типографии «КРАСКИ» 690048, г. Владивосток, пр-т 100-лешя, 43, тел.: 36-26-16,55-95-31, www.kpacku.com

Содержание диссертации, кандидата медицинских наук, Скурихина, Юлия Евгеньевна

1. ВВЕДЕНИЕ

2. ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ. ПНЕВМОКОККОВЫЕ ИНФЕКЦИИ. ИХ ОСОБЕННОСТИ У ДЕТЕЙ, БОЛЕЮЩИХ ТУБЕРКУЛЕЗОМ

1.1. Вторичные иммунодефицита и туберкулез как фактор риска развития тяжелых пневмококковых инфекций

1.2. Общая характеристика пневмококков. Факторы вирулентности

1.3. Носительство пневмококков

1.4. Неинвазивные пневмококковые инфекции

1.5. Инвазивные пневмококковые инфекции

1.6. Резистентность штаммов S. pneumoniae к антибактериальным химиопрепаратам

1.7. Иммунопрофилактика пневмококковых инфекций

1.8. Методы индикации пневмококков и их свойств

3. ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ

2.1. Направления исследования

2.2. Материал и объект исследования

2.3. Методы исследования

2.3.1. Эпидемиологический метод

2.3.2. Микробиологические методы

2.3.3. Молекулярно-генетические методы

2.3.3.1. Идентификация штаммов пневмококка и изучение факторов вирулентности с помощью полимеразной цепной реакции (ПЦР)

2.3.3.2. Изучение серотипового состава штаммов и факторов вирулентности пневмококков методом Multipex ПЦР

2.3.3.3. Изучение резистентности S. pneumoniae к антибиотикам методом ПЦР

2.3.3.4. Секвенирование

2.3.4. Статистические методы

4. ГЛАВА 3. ЗАБОЛЕВАЕМОСТЬ ПНЕВМОКОККОВЫМИ ИНФЕКЦИЯМИ ДЕТЕЙ С ТУБЕРКУЛЕЗНОЙ ИНФЕКЦИЕЙ. СТРУКТУРА НОСИТЕЛЬСТВА УСЛОВНО-ПАТОГЕННЫХ МИКРООРГАНИЗМОВ ВЕРХНИХ ДЫХАТЕЛЬНЫХ ПУТЕЙ

3.1. Изучение структуры и особенностей сопутствующей инфекционной заболеваемости пациентов специализированного стационара

3.2. Структура носительства условно-патогенных микроорганизмов верхних дыхательных путей у пациентов специализированного стационара

3.3. Структура носительства условно-патогенных микроорганизмов верхних дыхательных путей у медицинского персонала специализированного стационара

3.4. Структура носительства условно-патогенных микроорганизмов у пациентов соматического стационара

5. ГЛАВА 4. СЕРОТИПОВАЯ И ГЕНОТИПОВАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА ШТАММОВ S. pneumoniae

4.1. Определение детерминант основных факторов вирулентности

4.2. Изучение серотипового состава штаммов S. pneumoniae с помощью ПЦР

4.3. Исследование комплекса факторов вирулентности штаммов S. pneumoniae

6. ГЛАВА 5. МОНИТОРИНГ ФОРМИРОВАНИЯ АНТИБИОТИКОРЕЗИСТЕНТНОСТИ ШТАММОВ S. pneumoniae

5.1. Чувствительность к антибиотикам штаммов S. pneumoniae

5.2. Изучение генетически обусловленной резистентности к антибиотикам штаммов S. pneumoniae

5.3. Распространение геновариантов резистентности к антибиотикам штаммов S. pneumoniae

7. ГЛАВА 6. ГЕНОВАРИАНТЫ ШТАММОВ S. pneumoniae ПО СОЧЕТАНИЮ ГЕНОВ, КОДИРУЮЩИХ ФАКТОРЫ ВИРУЛЕНТНОСТИ, СЕРОТИПОВОГО РАЗНООБРАЗИЯ И ЧУВСТВИТЕЛЬНОСТИ К АНТИМИКРОБНЫМ ПРЕПАРАТАМ

Введение Диссертация по биологии, на тему "Микробиологическая и молекулярно-генетическая характеристика штаммов Streptococcus pneumoniae, выделенных у детей с туберкулезной инфекцией"

Пневмококки {Streptococcus pneumoniae) являются одной из основных причин развития неинвазивных (острый средний отит, синусит, трахеит, бронхит, пневмония) и инвазивных заболеваний (бактериальный менингит и первичная бактериемия у детей, спонтанный бактериальный перитонит, сепсис с поражением определенных органов и тканей — септический артрит, перикардит, эндокардит, миозит, остеомиелит). Большинство этих заболеваний требуют госпитализации ввиду их тяжелого течения и риска летального исхода. По данным ВОЗ, ежегодно от пневмококковых инфекций погибают около 1 млн. детей [45, 53, 54, 55, 91, 92]. Одним из факторов риска по развитию тяжелых форм заболевания является возраст до 4 лет.

Пневмококки часто являются составляющей микрофлоры верхних дыхательных путей и встречаются повсеместно. Уровень носительства пневмококков различен у людей разного возраста. Так, у детей наибольшая частота носительства наблюдается в возрасте до 4,5 лет (90%), у взрослых в 5-10% случаев. Согласно международным и российским данным, на пневмококковую инфекцию приходится до 76% этиологически расшифрованных случаев внебольничной пневмонии у взрослых и до 94% осложнённых случаев - у детей. Самыми частыми клиническими формами пневмококковой инфекции у детей являются острый средний отит (свыше 30%), пневмония и менингит (около 5-20% всех гнойных бактериальных менингитов), у взрослых — пневмония и сепсис [8, 45, 54, 55].

Всё это свидетельствует о том, что существуют пробелы в современном представлении об особенностях штаммов, вызывающих данную патологию, в частности об их устойчивости к антибактериальным средствам. Заболеваемость пневмококковыми инфекциями в Европе составляет 16-20%о [132]. В России заболеваемость колеблется от 5-6%о до 16-20%о, и регистрируется практически во всех возрастных и социальных группах. При этом 40% населения являются носителями данного патогена [45, 51, 52, 54].

Пневмококк способен чрезвычайно быстро приобретать устойчивость к антибактериальным препаратам, имеет высокую способность к трансформации. Это приобретает дополнительную актуальность у лиц, которые имеют в анамнезе различные заболевания, сопровождающиеся снижением иммунного статуса и требующие проведение антибиотикотерапии, такие как туберкулез, онкогематологическая патология.

Рост резистентности микроорганизмов, в том числе и пневмококков, к антибиотикам является глобальной проблемой для системы общественного здравоохранения. Особое значение рост резистентности имеет для педиатрии в связи с частым использованием антибиотиков для лечения обычных детских инфекционных заболеваний в амбулаторных условиях и тяжёлых инфекций в стационарах [96, 97, 185].

Чаще всего резистентные пневмококки выделяются у детей дошкольного возраста. Наиболее существенными факторами риска для детей являются: пребывание в детских учреждениях, предшествующая госпитализация, недавнее использование антибиотиков [30].

Несмотря на широкое распространение антибиотикорезистентности, клиническое значение этого явления остается в стадии изучения. Данные по антибиотикорезистентности S. pneumoniae в России ограничены. До сих пор отсутствуют достоверные данные о проведении эпидемиологического анализа носительства пневмококков в различных группах населения, в том числе и у детей, с учетом сопутствующей патологии, включая данные о се-ротиповом составе популяции штаммов пневмококков, выделенных, к примеру, в Дальневосточном регионе; об уровне устойчивости штаммов пневмококков к антибиотикам, выделенных у больных; о генотипических и фе-нотипических особенностях выделенных штаммов [37, 53, 54]. Это отрицательно сказывается на возможности назначения и коррекции рациональной антибактериальной химиотерапии. Такие данные могут послужить также для совершенствования эпидемиологического надзора и обоснования проведения иммунопрофилактики пневмококковых инфекций у детей с туберкулезной инфекцией.

Цель работы

Совершенствование микробиологической диагностики, обоснование рационального применения антибиотиков и повышения эффективности профилактических мероприятий при пневмококковых инфекциях у детей с туберкулезной инфекцией на основе изучения особенностей микробиологических и молекулярно-генетических характеристик штаммов S. pneumoniae.

Задачи исследования

На основании поставленной цели были определены и последовательно решены следующие задачи:

3. Оценить чувствительность выделенных штаммов S. pneumoniae к антибиотикам фенотипическими методами и установить частоту выявления детерминант антибиоткорезистентности для повышения эффективности антибактериальной химиотерапии у пациентов с туберкулезной инфекцией при сопутствующих пневмококковых инфекциях.

Научная новизна исследования

Впервые проведена серотиповая характеристика штаммов

S.pneumoniae методом multiplex ПЦР, который, в отличие от традиционных методов с использованием специфических сывороток, не дает перекрестных реакций с другими видами микроорганизмов, является более достоверным и экономичным.

На основании проведенного исследования определена структура но-сительства условно-патогенных микроорганизмов в верхних дыхательных путях (ВДП) у детей с туберкулезной инфекцией. Оценено влияние возникновения сопутствующих инфекций ВДП на течение основного заболевания - туберкулеза. Исследована общность структуры носительства пневмококков у пациентов и медицинского персонала противотуберкулезной больницы (специализированный стационар), а также контрольной группы (соматический стационар).

Практическая значимость

Метод ПЦР, применяемый для определения устойчивости к антибиотикам штаммов S. pneumoniae, дает значительно более достоверные результаты, чем традиционные фенотипические методы, так как такие штаммы подвергались активному селективному давлению антибактериальными хи-миопрепаратами.

Данные о структуре носительства условно-патогенных микроорганизмов в ВДП и сопутствующей заболеваемости среди детей с туберкулезной инфекцией позволили получить представление об эпидемиологической ситуации по носительству пневмококка и других микроорганизмов в такой специфической группе, как пациенты, находящиеся на длительном лечении в противотуберкулезной больнице.

Изданы методические рекомендации «Прогнозирование тяжести течения пневмококковых инфекций с помощью серотипирования методом Multiplex ПЦР» (2009), информационное письмо «Рациональная антибиоти-котерапия пневмококковых инфекций у пациентов специализированного противотуберкулезного стационара» (2009). Оформлены рационализаторские предложения: «Идентификация Streptococcus pneumoniae с помощью ПЦР» (2009); «Прогнозирование течения пневмококковой инфекции с помощью серотипирования методом полимеразной цепной реакции» (2009). Определенные последовательности гена rpoB S.pneumoniae зарегистрированы в базе данных National Center for Biotechnology Information (NCBI/GenBank) под номерами GQ336504, GQ336505, GQ336506, GQ336507.

Апробация работы

Материалы диссертации представлены и обсуждены на Тихоокеанской научно-практической конференции студентов и молодых учёных с международным участием (Владивосток, 2005, 2006, 2007, 2008); XV Европейском Конгрессе по Клинической Микробиологии и Инфекционным Заболеваниям (Копенгаген, 2005); XVI Европейском Конгрессе по Клинической Микробиологии и Инфекционным Заболеваниям (Франция, Ницца, 2006); 5th International Symposium on Pneumococci and Pneumococcal Diseases (Australia, 2006); IX съезде Всероссийского Научно-практического общества эпидемиологов, микробиологов и паразитологов (Москва, 2007); Дальневосточном региональном конгрессе «Человек и лекарство» (Владивосток, 2007, 2008, 2009). Работа обсуждена на заседании проблемной комиссии по инфекционным болезням эпидемиологии, микробиологии и иммунологии Владивостокского государственного медицинского университета (2009).

Публикации

Структура диссертации

Материалы диссертации изложены на 156 страницах машинописного текста, иллюстрированы 30 таблицами, 27 рисунками. Диссертация состоит из введения, обзора литературы, главы «Материалы и методы исследования», 4 глав собственных исследований, общих выводов, рекомендаций для внедрения в медицинскую науку и практическое здравоохранение. Библиографический указатель включает 235 источников литературы, из них 112 отечественных и 123 иностранных авторов.

Заключение Диссертация по теме "Микробиология", Скурихина, Юлия Евгеньевна

выводы

1. В этиологической структуре носительства микроорганизмов у детей с туберкулезной инфекцией доминирующим видом является S. pneumoniae. Данные пациенты являются и группой риска в развитии пневмококковых инфекций на фоне туберкулеза.

2. Обнаружение генов mefE и ermB у выделенных представителей рода Streptococcus свидетельствует о высоких темпах формирования резистентности к антибиотикам группы макролидов. Выявлена и различная степень устойчивости к фторхинолонам, а у 13,6% штаммов пневмококков обнаружен составе генома ген резистентности к рифампицину.

3. Для идентификации пневмококков и оценке их этиологической значимости модифицирована методика постановки ПЦР с праймерами для гена ply, убиквитарного компонента генома S. pneumoniae.

4. Эффективно прогнозировать степень и тяжесть проявления пневмококковых инфекций у детей с туберкулезной инфекцией, по результатам мо-лекулярно-генетического типирования антигенных типов S. pneumoniae, позволяет метод Multiplex ПЦР, являющийся более достоверным и финансово доступным, чем типирование с помощью серологических сывороток.

5. Среди пациентов и персонала противотуберкулезной больницы циркулируют высоковирулентные штаммы S. pneumoniae серотипов 3 и 19А, обладающие полирезистентностью к антибиотикам. У пациентов соматических стационаров доминирующими являются пневмококки серотипа 6, с низким уровнем резистентности к антибактериальным химиопрепаратам. Полученные данные обосновывают необходимость проведения специфических профилактических мероприятий - вакцинации выявленных групп риска.

РЕКОМЕНДАЦИИ ДЛЯ ВНЕДРЕНИЯ В МЕДИЦИНСКУЮ НАУКУ И ПРАКТИЧЕСКОЕ ЗДРАВООХРАНЕНИЕ

1. Для серотипирования S. pneumoniae рекомендуется использовать метод

Multiplex ПЦР, который является более экономичным и имеет более высокую специфичность, чем типирование с помощью серотиповых сывороток.

2. В качестве основы для эмпирической этиотропной терапии пневмококковых инфекций рекомендуется использовать В-лактамные антибиотики или фторхинолоны нового поколения. Следует ограничить применение макролидов и исключить тетрациклин при лечении заболеваний пневмококковой этиологии у пациентов с туберкулезной инфекцией.

3. Применение рифампицина должно быть клинически обосновано, и, по-видимому, он должен назначаться лишь при выделении резистентных к другим противотуберкулезным антибиотикам штаммов М. tuberculosis.

5. Доминирование в структуре носительства среди пациентов и персонала специализированного стационара полирезистентных высоковирулентных штаммов S. pneumoniae серотипов 3 и 19А свидетельствует о необходимости проведения специфических профилактических мероприятий - вакцинации выявленных групп риска.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

Пневмококки - частые комменсалы верхних дыхательных путей. Они высеваются в 5-70% случаев, чаще у лиц, пребывающих длительное время в условиях тесно общающихся коллективов [51, 53, 54, 55]. Большая частота носительства отмечается в развивающихся странах (скученность проживания, неудовлетворительные санитарно-гигиенические условия), а также в детской популяции, особенно у детей, посещающих дошкольные воспитательные учреждения [114, 121, 178]. Особую эпидемическую опасность представляет носительство пенициллинорезистентных штаммов пневмококка. Факторами риска являются: детский возраст, посещение детских дошкольных учреждений, семейные контакты с этими детьми, предшествующая госпитализация и лечение В-лактамами и другими антибактериальными хи-мипрепаратами.

Чем выше уровень носительства вирулентных штаммов в популяции, тем выше частота пневмококковых инфекций. Однако пневмония не развивается при нормальном состоянии механизмов неспецифической резистентности, поэтому пневмококк не рассматривается как высококонтагиозный возбудитель. Факторами риска пневмококковой инфекции являются любые заболевания и состояния, ведущие к снижению функции В-лимфоцитов и, следовательно, гуморального иммунитета, а также нарушающие функцию мерцательного эпителия бронхов. Чаще пневмококковое заболевание развивается не при длительном носительстве какого-либо штамма, а после приобретения нового [43, 45, 91].

Проникновению пневмококков в дистальные отделы респираторного тракта препятствуют защитные структуры организма: лимфоидные миндалины, бактерицидные свойства слюны и носовой слизи, мукоцилиарный аппарат трахеобронхиального дерева, фагоцитарная активность нейтрофилов и альвеолярных макрофагов, гуморальные факторы бронхиального секрета (IgA и IgG), система комплемента, лизоцим, интерферон, лактоферрин, ингибиторы протеаз). На основании этого следует предположить, что ведущее значение в патогенезе приобретают факторы, нарушающие динамическое равновесие между макро- и микроорганизмом. К таким неблагоприятным обстоятельствам относятся переохлаждение (расстройства микроциркуляции и нарушение мукоцилиарного клиренса), острые респираторные заболевания (угнетение системы местных защитных факторов), переутомление, гиповитаминоз, стрессовые ситуации, десинхронозы и другие факторы, нарушающие резистентность организма. При нарушении локальных и/или системных иммунных механизмов, например в случае туберкулеза (как легочных, так и внелегочных форм) или хронических бронхитов, возникает заболевание.

В современной литературе не встречаются данные о заболеваемости пневмококковыми инфекциями у детей, болеющих туберкулезом, хотя эта категория является группой риска по нескольким факторам: возраст, сопутствующее заболевание с угнетением иммунитета, длительное (в течение нескольких, до 12 месяцев) нахождение в стационаре, длительное применение антибиотиков.

При анализе сопутствующей заболеваемости инфекциями пневмококковой этиологии у детей, находившихся на лечении в ГУЗ «Приморская детская краевая клиническая туберкулезная больница» (специализированный стационар) в 2000-2007 гг. было установлено, что у 30,1% пациентов данного стационара имели данную патологию. Среди них острый ринит встречался в 40% случаев, острый ринофарингит в 26,7%, хронический тонзиллит в 10%, острый средний отит в 9,5%, острый трахеит в 4,9%, острый фарингит в 5,1%, пневмония в 0,5% случаев.

При анализе сопутствующей инфекционной заболеваемости дыхательных путей за этот же период у детей с внелегочным туберкулезом, нами было выявлено, что у 31,9% наблюдались сопутствующие заболевания, преимущественно дыхательных путей: острый ринит в 39,1%, острый ринофарингит в 28,3%, отрый фарингит в 4,5% , острый трахеит 5,3%, хронический тонзиллит и острый средний отит - по 8,7%, лакунарная ангина в 1,1%, гнойный этмоидит в 1,1%.

По данным российских исследователей [45], средняя частота колонизации носоглотки пневмококком составляет 55,8% (38,5-68,8%). По нашим данным, штаммы S.pneumoniae присутствовали в 30,3% образцов. Среди других микроорганизмов были выделены штаммы рода Streptococcus — в 20,8%, Staphylococcus spp. - в 15,3%, Candida spp. - в 19,4%, Acinetobacter baumanii — в 7,0%, Haemophylus influenzae — в 7,0% случаев.

При исследовании назофарингеальных мазков, взятых нами у медицинского персонала данного специализированного стационара, штаммы S.pneumoniae были выделены у 36,4% , Streptococcus spp. — у 27,3%, Staphylococcus spp. у 27,3% и Candida spp. выделены у 9% обследованных. Более высокий уровень носительства большинства микроорганизмов у персонала по сравнению с пациентами может свидетельствовать о том, что у пациентов происходит подавление нормальной назофарингеальной микрофлоры под воздействием антибиотиков широкого спектра действия, например рифампи-цина, которые они получают для лечения основного заболевания — туберкулеза. Тем не менее, уровень носительства пневмококка был высок как у медицинского персонала, так и у пациентов. Отсутствие носительства условно-патогенных микроорганизмов в верхних дыхательных путях наблюдается лишь у 5,9±2,7% пациентов, несмотря на длительное применение антибиотиков широкого спектра действия с целью лечения туберкулеза. Также этот показатель низок и у персонала, хотя у них отсутствуют такие факторы риска как сниженный иммунный статус, длительный прием антибиотиков. Медперсонал может являться своеобразным резервуаром для циркуляции штаммов пневмококка внутри больницы, и являться причиной заражения вновь поступающих детей.

В качестве контрольной группы были взяты пациенты гастроэнтерологического отделения детской городской клинической больницы №3 (соматический стационар). По нашим данным, штаммы S. pneumoniae присутствовали в 20,8% образцах клинического материала, Streptococcus spp. - в 21,2%,

Staphylococcus spp. — в 19,7%, Candida spp. — в 13,6%, Acinetobacter baumanii — в 7,6%), Haemophylus influenzae — в 6,1%.

При сравнении групп пациентов специализированного и соматического стационаров обращает на себя внимание тот факт, что в структуре носительства возбудителей инфекций верхних дыхательных путей в обеих группах имеются существенные различия. Так преобладающим микроорганизмом в первой группе является пневмококк (30,3%), другие виды рода Streptococcus, которые выявляются примерно с одинаковой частотой (20,8% и 21,2% соответственно). Средняя частота выявляемое™ представителей условно-патогенной микрофлоры у детей с туберкулезной инфекцией, выше, чем в контрольной группе (16,6±6,4% и 15,1±6,5% соответственно), несмотря на то, что эти дети постоянно подвергаются интенсивной антибиотикотерапии. Частота встречаемости моно- и микст инфекции в группе больных туберкулезом и здоровых носителей примерно одинакова, но отсутствие носительства возбудителей инфекций верхних дыхательных путей выше в группе здоровых носителей, несмотря на длительное применение антимикробных препаратов у пациентов противотуберкулезной больницы. Это подтверждает гипотезу о том, что из-за высокого уровня носительства микроорганизмов, и особенно пневмококков, дети болеющие туберкулезом являются группой повышенного риска по возникновению пневмококковых инфекций, и в данной группе необходимо проведение специфической вакцинопрофилактики.

Определение серотипов пневмококков, циркулирующих на определенной территории, является основным методом эпидемиологического контроля за пневмококковой инфекцией, а также имеет и клиническое значение. Так как по литературным данным, серотип 3 является наиболее вирулентным, что необходимо учитывать при прогнозе течения пневмококковых инфекций у данной группы риска.

Неосложненные формы инфекции чаще вызывали пневмококки серо-варов 15, 18, 21, 23, 34, 37 и 42, а осложненные - 21, 3, 5, 14. Среди них преобладают серотипы 23 (38,2%), 6 (25,5%), 19 (23,6%) [45, 91, 94].

В данном исследовании при молекулярно-генетическом изучении серо-типового состава штаммов, выделенных у детей в специализированном стационаре, установлено, что среди них преобладают серотипы 3, 19А (по 22,7%) и серотип 6 (13,6%), реже встречается серотип 23F (9,1%) и серотипы 4, 14 и 19F (по 4,6%). В 18,1% случаев с помощью праймеров, использованных в данном исследовании, серотип определить не удалось.

При исследовании штаммов стрептококка, выделенных у персонала противотуберкулезной больницы, были получены следующие результаты: 25,0% штаммов S. pneumoniae относились к серотипам 3 и 19А, 12,5% - к серотипам 6 и 23F, у 25% исследованных штаммов серотип определить не удалось.

Как и в первой, в данной группе обследованных лиц (специализированный стационар) преобладают серотипы 3 и 19А. Полученные результаты свидетельствуют о практической идентичности серотипового пейзажа штаммов S. pneumoniae, полученных у пациентов и персонала противотуберкулезной больницы. Это еще раз подтверждает тот факт, что в стационаре сформируются и циркулируют штаммы пневмококка, способные инфицировать как детей, находящихся на лечении, так и медицинский персонал. Серотип 3, наиболее часто встречающийся среди обеих групп, является высоковирулентным и чаще вызывает осложненные формы пневмококковой инфекции.

Среди штаммов контрольной группы (соматический стационар) преобладают пневмококки серотипа 6В (25%), серотипы 3 и 19А встречается в 15% случаев, серотип 23F - 10%, по 5% - серотипы 19F, 4, 14. Около 20% штаммов S. pneumoniae принадлежат иным серотипам.

Исследования проводились методом Multiplex ПЦР, который является менее затратным, чем серотипирование с помощью специфических сероти-повых сывороток и который можно рекомендовать, как наиболее достоверный и эффективный метод в диагностике пневмококковых инфекций.

Различия и сходства спектра серовариантов в первой группе обследованных (специализированный стационар) и третьей группе (соматический стационар) имеют важное значение. Так в первой и второй группах превалирует серотип 3 и 19А (22,7-25,0%), в третьей - серотип 6В (25%).

Исследование обеспеченности штаммов S. pneumoniae набором основных факторов вирулентности, таких как поверхностного белка, ответственного за биосинтез полисахарида капсулы (CpsA), пневмолизина, аутолизина, поверхностного адгезина А позволяет оценить этиологическую значимость выделенной культуры микроорганизма, относящегося к группе условно-патогенных.

Все выделенные в данном исследовании штаммы, были идентифицированы как S. pneumoniae по микробиологическим признакам и имели ген пневмолизина —ply.

Ген lytA, кодирующий пневмококковый белок аутолизин, по литературным данным присутствует у 80-100% пневмококков [149, 235]. В нашем исследовании из клинического материала, полученного от детей с туберкулезной инфекцией, выявлено наличие гена аутолизина у 91% штаммов, а от медперсонала специализированного стационара в 87,5% случаев. В контрольной группе данная генетическая детерминанта присутствовала у 95% штаммов.

Поверхностный адгезин А кодируется геном psaA. Мутации, возникающие в данном гене, влияют на рост и адгезию бактериальной клетки [127, 169]. Частота выявления неизмененного гена psaA в исследуемых группах была различной. Так, в геноме пневмококков, выделенных у пациентов специализированного стационара, мутировавший ген psaA присутствовал в 22,7% случаев. Среди штаммов, выделенных у медперсонала специализированного стационара, этот показатель составлял 25%. В контрольной группе мутации гена присутствовали в 10% случаев.

При изучении частоты встречаемости гена cps (капсула) было установлено, что из 50 изученных штаммов амплификация не прошла в 4,0% случаев, что означает наличие мутации гена или отсутствие всего локуса cps. Поскольку видовая принадлежность этих штаммов доказана другими молекулярно-генетическими методами, можно утверждать, что эти пневмококки принадлежат к безкапсульному типу. Такой тип редко выделяется из клинического материала, однако, учитывая, что оба безкапсульных штамма получены от детей с туберкулезной инфекцией, получающих в течение длительного времени широкий спектр антибактериальных препаратов, возможно, что мутации у данных штаммов возникли именно под воздействием активной антибактериальной химиотерапии.

С целью возможного выявления штаммов, циркулирующих в специализированном стационаре, был проведен анализ распределения генетических вариантов исследованных штаммов возбудителя на основе сочетания генов, обеспечивающих факторы вирулентности. Самым распространенным генотипом во всех исследуемым группах является первый геновариант, содержащий все детерминанты факторов вирулентности. Но есть и различия между группами в составе геновариантов. Так, среди штаммов, выделенных как от пациентов, так и от медицинского персонала специализированного стационара встречаются 4 и 5 геноварианты пневмококков, полностью отсутствующие в контрольной группе (соматический стационар).

Геноварианты 6 и 7, наоборот, присутствуют только в группе штаммов, выделенных от пациентов соматического стационара.

Разнообразие геновариантов сочетания генов, кодирующих факторы вирулентности, гораздо больше в группе штаммов S. pneumoniae, выделенных в специализированном стационаре. Это свидетельствует о процессах активного селективного воздействия антибактериальных химиопрепаратов на данный вид и благоприятных условиях для закрепления их в последующем в биоценозе пациентов и медицинского персонала специализированных стационаров.

Общие черты в генотиповой характеристике набора факторов вирулентности у штаммов S. pneumoniae, выделенных у детей с туберкулезной инфекцией и медицинского персонала противотуберкулезной больницы, свидетельствуют о формировании госпитальных штаммов пневмококка в данном стационаре.

Учитывая факт постоянного применения антибиотиков в основной исследуемой группе, проводилось исследование устойчивости к этим препаратам у выделенных штаммов пневмококка. Формирование резистентности микроорганизмов к антибактериальным препаратам является очень актуальной и острой проблемой современной медицины. Даже для людей с нормальным уровнем иммунитета эта ситуация очень опасна, и может привести к возникновению инвазивных форм инфекций, в том числе и сепсису. Пациенты, имеющие низкий иммунный статус, и получающие сильнодействующие антибактериальные препараты для лечения основного заболевания (например, при туберкулезе), находятся в еще более опасной ситуации, так как у них риск формирования антибиотикорезистентных штаммов гораздо выше. Микробиологический мониторинг антибиотикоустойчивости является важным методом эпидемиологического надзора за формированием и циркуляции госпитальных штаммов. Так же это направление микробиологической диагностики является важной составляющей в оценке эффективности антибиоти-котерапии и является основой для обоснования эмпирического назначения антибиотиков.

По данным зарубежных исследователей, в мире постоянно происходит увеличение числа и распространение пенициллин-резистентных штаммов, быстро растет устойчивость пневмококков к другим антибиотикам, включая макролиды, цефалоспорины, фторхинолоны и другие современные группы. Штаммы антибиотикорезистентных бактерий в естественных условиях возникают под действием активного селективного давления. Резкий подъем числа резистентных штаммов в некоторых регионах мира и быстрое географическое распространение некоторых мультирезистентных клонов говорит об огромных адаптивных возможностях бактерий. Быстрое распространение множественной резистентности у штаммов пневмококков связано со способностью генов резистентности к горизонтальному обмену. У пневмококков это происходит с помощью появления генов, отвечающих за устойчивость к тетрациклину, эритромицину, хлорамфениколу или, в случае с устойчивостью к р-лактамам, в результате генетической трансформации нормальных хромосомных генов. Так по литературным данным [5, 8], устойчивость к пенициллину составляет более 40%. Частота штаммов S. pneumoniae, резистентных к амоксициллину, не превышает 3%. Сравнительно высокой активностью обладает цефотаксим, к которому обнаруживались только умеренно-резистентные штаммы. Общий уровень устойчивости к 15- и 16-членным макролидам составляет более 15%, например к миокамицину и кла-ритромицину 13,0-21,8% и 7,8-18,4% соответственно. Распространенность штаммов со сниженной чувствительностью к ципрофлоксацину, левофлокса-цину и гемифлоксацину невелика, что свидетельствует о спорадической циркуляции подобных изолятов.

В нашем исследовании в популяции штаммов S. pneumoniae, полученных от детей, больных туберкулезом, в течение длительного времени находящихся в стационаре и получающих антибиотики широкого спектра действия, значительную долю занимают штаммы, устойчивые к макролидам: эритромицину (40,9%), кларитромицину (36,3%).

Чувствительность к фторхинолонам так же сохраняется на достаточно невысоком уровне, так к ципрофлоксацину чувствительны 54,6% штаммов пневмококков, к левофлоксацину, норфлоксацину и офлоксацину 72,7%, 68,2% и 59,1%) соответственно.

К препаратам ряда цефалоспоринов резистентны от 13,6 до 22,7% всех выделенных штаммов в разных группах обследованных. К тетрациклину устойчиво 50% изолятов.

При этом чувствительность к пенициллину и В-лактамным антибиотикам находится на высоком уровне, так только 4,5% штаммов устойчивы к пенициллину, а к амоксициллину резистентности не выявлено ни у одного из исследованных штаммов.

Обращает на себя внимание и формирование штаммами S. pneumoniae резистентности к высоким дозам фторхинолонов и макролидов.

Также необходимо отметить выявление 3 штаммов S. pneumoniae (13,6%), имеющих устойчивость к такому антибиотику как рифампицин. Процент выявления таких штаммов по данным мировой литературы невелик, около 0,1-1,4% [174, 201, 227]. В нашем случае такой высокий процент объясняется тем, что клинический материал целенаправленно собирался у лиц, длительное время получающих этот препарат для лечения основного заболевания — туберкулеза.

Устойчив к пенициллину и ампициллину всего один штамм S. pneumoniae.

К цефалоспоринам чувствительны 62,5-87,5% штаммов, к макролидам - 62,5-72% (эритромицин - 62,5%, кларитромицин - 75%).

Обращает на себя внимание высокий уровень резистентности к тетрациклину, так 50% штаммов S. pneumoniae устойчивы к данному антибиотику. Фторхинолоны будут неэффективны при лечении пневмококковых инфекций так же в 50% случаев.

У штаммов, выделенных у персонала специализированного стационара, так же как и у пациентов, достаточно высокий уровень резистентности к основным группам антибактериальных препаратов, применяемых в данной больнице.

Среди штаммов S. pneumoniae, выделенных из клинического материала от пациентов соматического стационара, наблюдается лишь частичная резистентность к пенициллину (20%), оксациллину (20%) и ампициллину (10%), и полностью отсутствует — к амоксициллину.

К антибиотикам ряда цефалоспоринов штаммы S. pneumoniae чувствительны лишь в 50-70% случаев, наибольший уровень устойчивости обнаружен к цефотаксиму (50%), наименьший - к цефтриаксону (30%).

У данных штаммов определялся довольно низкий уровень резистентности к макролидам. К эритромицину чувствительны 70%, к кларитромицину

- 90% штаммов.

Как и в остальных случаях, пневмококки, выделенные от пациентов соматического стационара, имеют низкую чувствительность к тетрациклину всего 40% случаев. Препараты ряда фторхинолонов будут эффективны против этих штаммов, чувствительность к норфлоксацину и левофлоксацину 100%, к ципрофлоксацину и офлоксацину - 90%. Устойчивых к рифампицину штаммов в данной группе не выявлено.

С целью оценки достоверности данных, полученных микробиологическими методами, было проведено молекулярно-генетическое исследование, которое позволяет с высокой точностью определить наличие генов, отвечающих за устойчивость микроорганизма к определенным группам антибиотиков.

При анализе штаммов S. pneumoniae, выделенных у детей с туберкулезной инфекцией, было установлено, что 21,9% культур имеют в составе своего генома ген mefE, а ген егтВ присутствует в 36,6% случаев. Таким образом, до 58,5% штаммов пневмококка резистентны к антибиотикам группы макролидов.

Среди штаммов S. pneumoniae, выделенных у пациентов соматического стационара, 20% из них имеют в составе своего генома ген mefE, и 10% ген егтВ, т.е. устойчивость к макролидам обладают до 30% штаммов. Полученные данные свидетельствуют о том, что уровень устойчивости микроорганизмов, установленный с помощью молекулярно-генетического метода, гораздо выше, чем результаты, полученные с помощью метода серийных разведений.

В ходе исследования были выявлены модификации генов gyrA, gyrB, рагС и рагЕ соответственно у 68,4%, 52,1%, 68,7% и 44,2% штаммов S. pneumoniae. Таким образом, исследованные штаммы имеют разную степень устойчивости к антибактериальным препаратам - фторхинолонам. Среди контрольной группы эти показатели ниже: 30,0%, 20,0%, 30,0% и 20,0% случаев положительных находок соответственно. Полученные данные близки к результатам изучения фенотипической картины устойчивости к антибиотикам исследованных штаммов.

Мутации в области гена гроВЗ, кодирующего устойчивость к рифампи-цину, обнаружены у 3 штаммов S. pneumoniae (13,6%), выделенных у детей с туберкулезной инфекцией. Среди контрольной группы обследованных таких штаммов не выявлено. Это полностью соответствует данным метода серийных разведений. Полученные в результате секвенирования нуклеотидных последовательностей данные так же свидетельствуют о наличии мутаций в исследованном участке гена гроВ.

Такие различия можно объяснить несколькими факторами: дети с туберкулезной инфекцией имеют низкий уровень иммунитета, находятся продолжительное время (иногда до 12 месяцев) в закрытом коллективе, и длительными курсами получают антибиотики широкого спектра действия как для лечения туберкулеза (рифампицин), так и для лечения сопутствующих инфекционных заболеваний (макролиды, фторхинолоны). Присутствие различий в антибиотикорезистентности говорит о формировании госпитальных штаммов S. pneumoniae в противотуберкулезном диспансере, которые имеют высокий уровень устойчивости к антибиотикам и могут представлять значительную опасность при возникновении сопутствующего заболевания, особенно у детей с тяжелым хроническим заболеванием и низким уровнем иммунитета.

При проведении анализа распространения различных геновариантов сочетания генов резистентности у штаммов S. pneumoniae, выделенных у детей - пациентов специализированных стационаров и у детей контрольной группы, были полученные следующие данные: всего выделено 9 геновариантов генов резистентности к антибиотикам. Среди пациентов специализированного стационара по нашим данным циркулирует 8 клонов с резистентностью к разным группам антибиотиков, среди медперсонала — 4 клона, а среди пациентов соматического стационара — 6 клонов. Особую опасность представляют геноварианты 1 и 2, имеющие высокий уровень устойчивости ко всем изучаемым нами антибиотикам, в том числе и к рифампицину. Эти геноварианты присутствуют только среди штаммов, выделенных среди детей с туберкулезной инфекцией.

Данный факт вызывает беспокойство, прежде всего потому, что данные штаммы резистентны к наиболее часто назначаемым в противотуберкулезной больнице современным антибактериальным препаратам, и возможность успешного лечения в случае развития сопутствующей пневмококковой инфекции представляется сомнительной. Не менее важным является и то, что штаммы S. pneumoniae с данными геновариантами резистентности могут стать причиной и пневмококковых инфекций во внебольничной среде. Таким образом, специализированные стационары являются резервуаром штаммов S. pneumoniae, полирезистентных к антибиотикам, в особенности к рифампицину.

Геноварианты 3, 5 и 6 устойчивы к высоким дозам фторхинолонов и макролидов, и поэтому так же представляют эпидемическую опасность. Они встречаются у штаммов, выделенных как у пациентов, так и у персонала специализированных стационаров (49,9% и 87,5% соответственно); у штаммов, выделенных у пациентов соматического стационара, геновариант 3 отсутствует, 5 генотип встречается в 5%, а 6 - в 10% случаев.

Геноварианты с низкой степенью устойчивости к антибиотикам почти не представлены среди штаммов S. pneumoniae, выделенных в специализированном стационаре (8 генотип — отсутствует, 9 генотип — 13,6% и 12,5% штаммов от пациентов и персонала соответственно). В контрольной группе данные геноварианты выявлены в 45% случаев.

Различия интенсивности мутационных процессов у пневмококков в разных стационарах и у групп детей с разными факторами риска обусловлены разной политикой применения антибактериальных препаратов. Общие черты в генотиповом составе штаммов среди пациентов и персонала специализированного стационара свидетельствует о том, что в данном стационаре под влиянием селективного давления антибиотиков сформировались и циркулируют полирезистентные госпитальные штаммы пневмококков.

Это доказывает необходимость проведения постоянного мониторинга за возникновением и распространением штаммов пневмококка, резистентных к основным антибиотикам, применяемых в данном стационаре. Необходима и коррекция эмпирической антибиотикотерапии, назначаемой при инфекциях верхних дыхательных путей, во избежание безрезультативного лечения и дальнейшего формирования штаммов с высокими уровнями антибиотикоре-зистентности.

Для обобщения всех полученных результатов и выявления возможных закономерностей был проведен анализ совокупности изучаемых генетически детерминированных признаков (серотипы, факторы вирулентности, уровень антибиотикорезистентности) у штаммов S. pneumoniae во всех изучаемых группах. На основе данных, полученных с помощью молекулярно-генетических методов, были составлены комбинированные геноварианты всех исследованных штаммов пневмококков.

При исследовании частоты встречаемости перечисленных комбинированных геновариантов, обнаружено, что чаще всего выявляется штамм гено-варианта 133 (13,6%), который относится к серотипу 3 и имеет все изучаемые факторы вирулентности (пневмолизин, аутолизин, адгезин А, капсулу) и высокую степень устойчивости к макролидам и фторхинолонам.

Штаммы S. pneumoniae с геновариантом 156 (серотип 6, все факторы вирулентности, высокая степень устойчивости к фторхинолонам и макролидам), геновариантом 1219А (серотип 19А, все факторы вирулентности, умеренная устойчивость к фторхинолонам, высокая устойчивость к макролидам, устойчивость к рифампицину), геновариантом 1723F (серотип 23F, все факторы вирулентности, высокая степень устойчивости к макролидам) и 540 (неопределенного серотипа, присутствуют детерминанты пневмолизина и ау-толизина, отсутствуют детерминанты адгезина и капсулы, умеренная устойчивость к фторхинолонам, высокая устойчивость к макролидам) встречаются у 9,1% штаммов каждый.

В группе штаммов, выделенных у медицинского персонала специализированного стационара, в 25% случаев встречается комбинированный генотип 133 (серотип 3, все факторы вирулентности, умеренная устойчивость к фторхинолонам, высокая устойчивость к макролидам). Обращает на себя внимание тот факт, что штамм с такими же характеристиками выделен и у пациентов данного стационара. Штаммы с геновариантами 590 (серотип не определен, отсутствуют гены, отвечающие за синтез адгезина и капсулы, умеренно устойчивы к фторхинолонам и макролидам — уровень резистентности 1-32 мкл/мл), 156 (серотип 6, все факторы вирулентности, высокая степень устойчивости к фторхинолонам и макролидам) и 1519А (серотип 19А, все факторы вирулентности, умеренная устойчивость к фторхинолонам, высокая степень устойчивости к макролидам) так же встречаются среди штаммов, выделенных у детей, с туберкулезной инфекцией.

В контрольной группе (соматический стационар) выделялись 10% штаммов с комбинированными геновариантами 176 (серотип 6, все факторы вирулентности, высокая степень устойчивости к макролидам), 1919А (серотип 19А, все факторы вирулентности, умеренная устойчивость к фторхинолонам, высокая устойчивость к макролидам — до 64 мкл/мл), 1723F (серотип 23F, все факторы вирулентности, высокая степень устойчивости к макролидам) и 163 (серотип 3, все факторы вирулентности, резистентность к макролидам и фторхинолонам на высоком уровне). Генотип 1723F встречается также и среди штаммов S. pneumoniae, выделенных у детей с туберкулезной инфекцией.

При анализе частоты встречаемости комбинаций геновариантов установлено, что геновариант 156 (серотип 6, все факторы вирулентности, высокая степень устойчивости к фторхинолонам и макролидам) встречается во всех исследуемых группах. Штаммы с геновариантом 1723F (серотип 23F, все факторы вирулентности, высокая степень устойчивости к макролидам) присутствуют среди пневмококков, выделенных у пациентов специализированного и соматического стационаров.

Геновариант 133 (серотип 3, все факторы вирулентности, умеренная устойчивость к фторхинолонам, высокая устойчивость к макролидам), 590 (серотип не определен, отсутствуют гены, отвечающие за синтез адгезина и капсулы, умеренно устойчивы к фторхинолонам и макролидам — уровень резистентности 1-32 мкл/мл) и 1519А (серотип 19А, все факторы вирулентности, умеренная устойчивость к фторхинолонам, высокая степень устойчивости к макролидам) встречаются как среди штаммов, выделенных у пациентов, так и у медицинского персонала специализированного стационара.

Обращают на себя внимание общие черты в составе и генотиповых характеристиках штаммов пневмококка в двух изучаемых группах — детей и медицинского персонала специализированного стационара. Можно сделать вывод, что среди этих групп, долгое время находящихся в замкнутом коллективе, циркулируют госпитальные штаммы, имеющие высокую вирулентность и резистентные к антибиотикам широкого спектра действия, в том числе и к рифампицину - антибиотику, применяемому для лечения тяжелых инфекционных заболеваний (геноварианты сочетания исследованных ними генов 1119А и 1219А).

Полученные данные по оценке комбинации геновариантов сочетания исследованных генов у штаммов S. pneumoniae подтверждают необходимость микробиологического мониторинга для обоснования эмпирического назначения антибактериальных препаратов, обязательной коррекции антибактериальной терапии после индивидуального микробиологического исследования.

В специализированных стационарах выявлены группы риска, в частности пациенты и персонал противотуберкулезных больниц, которым, с целью предупреждения возникновения пневмококковых инфекций, необходимо проведение обязательной специфической иммунопрофилактики.

Библиография Диссертация по биологии, кандидата медицинских наук, Скурихина, Юлия Евгеньевна, Владивосток

1. Активность ряда ферментов анаболического ряда у штаммов Streptococcus pneumoniae, содержащих плазмиды устойчивости к антибиотикам / С.П.Козицкая, В.Г.Гаврилюк, Л.П. Голодок и др. // Микробиологический журнал. 1997. - Т.59 - №1. - С.37-41.

2. Анализ чувствительности возбудителей внебольничных пневмоний к азитромицину / С.Д. Митрохин, О.Н. Зайцева, Т.Д. Константинова и др. // Антибиотики и химиотерапия. 1999. - Т.43. -№4 - С. 40-42.

3. Антибактериальная терапия воспаления среднего уха в детском возрасте / Д.И.Тарасов, В.П.Строганов, В.В.Омельяновский и др. // Вестник оториноларингологии. 1997. - №6. - С. 12-13.

4. Антибактериальная терапия пневмонии у детей / В.К. Таточен-ко, Е.В.Середа, А.М.Федоров; под ред. Л.С. Страчунского // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. — 2000. — №1. Т.2. - С. 77-87.

5. Барлет, Д. Инфекции дыхательных путей: пер. с англ. / Д. Бар-лет — СПб. — Бином-Невский диалект, 2000. — 192 с.

6. Бачинская, Е.Н. Возбудители внебольничных пневмоний на пороге нового тысячелетия / Е.Н.Бачинская // Антибиотики и химиотерапия. 2000. - Т.45. - №11. - С. 21-28.

7. Белобородов, В.Б. Практические рекомендации по диагностике и лечении нозокомиальной пневмонии: что нового? / В.Б. Белобородов // Инфекции и антимикробная химиотерапия. 2005. - Т.7. - № 2. - С. 60 -69.

8. Белобородова, Н.В. Алгоритмы антибиотикотерапии: руководство для врачей / Н.В.Белобородова, М.Б.Богданов, Т.В.Черненькая. -М. :Медицина, 2000. 192 с.

9. Белобородова, Н.В. Кларитромицин в педиатрии / Н.В. Белобородова, С.М. Белобородов // Российский вестник перинатологии и педиатрии 1999.-№46. - С. 51-60.

10. Березняков, И.Г. Карбапенемы: мифы и действительность / И.Г. Березняков // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2003. - Т. 5. - № 2. - С. 126 - 143.

11. Богданов, М.Б. Микробиологическая оценка антибактериальных препаратов, используемых для эмпирической терапии внебольничных инфекций нижних дыхательных путей / М.Б.Богданов, Т.В .Черненькая // Антибиотики и химиотерапия. 2000. - Т.45. - №10. - С. 15-19.

12. Бондарева, Н.В. Пневмококковый менингит: заболеваемость и клинические формы / Н.В.Бондарева, А.А.Астапов // Менингококковая инфекция и гнойные менингиты: Тез. докл. Всесоюзн. конф. Архангельск - 1986.-С. 145- 147.

13. Бондаренко, В.М. Факторы патогенности бактерий и их роль в развитии инфекционного процесса / В.М. Бондаренко // Журнал микробиологии, эпидемиологии, иммунологии. 1999. - № 5. - С. 34 - 39.

14. Брико, Н.И. Лабораторная диагностика стрептококковых инфекций. Пособие для врачей и научных работников / Н.И. Брико , А.С. Ещина, Л.А. Ряпис М.: Хризостом, 2000. - 64 с.

15. Брико, Н.И. Состояние и перспективы лабораторной диагностики стрептококковой инфекции в России / Н.И.Брико // Клиническая лабораторная диагностика. 2000. - №8. - С. 12-15

16. Буданов, С.В. Азитромицин (сумамед) основные свойства и особенности применения в терапии внебольничной пневмонии / С.В.Буданов // Антибиотики и химиотерапия. - 2000. - Т.45. - №10. - С. 2838.

17. Бухарин О. В. Механизмы персистенции бактерий — патогенов / О.В. Бухарин // Вестник РАМН. 2000. - Т.2 - С. 43-49.

18. Внелегочный туберкулез: руководство для врачей / под ред. А.В. Васильева. СПб.: Фолиант, 2000. - 568 с.

19. Внутрибольничные инфекции: пер. с англ. / под ред. Р.П. Вен-целя. М.: Медицина, 2004. - 840 с.

20. Вишнякова, JI.A. Адгезия Streptococcus pneumoniae на эксплан-тантах трахеи мышей и ее ингибирование углеводными препаратами / JI.A. Вишнякова, Ю.В. Резцова // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммуннологии. 1999. - Т.2. - с.26-28.

21. Вишнякова, JI.A. Некоторые вопросы эпидемиологии пневмококковой инфекции / JI.A. Вишнякова, М.Е. Фаустова, Т.С. Сологуб // Журнал микробиологии 1988. - №8. - С.64-68.

22. Волкова, М.О. Биологические особенности штаммов Streptococcus pneumoniae, вызывающих менингиты у детей: автореф. дис. канд. мед. наук: 14.00.30 / М.О. Волкова. Спб, 1993. - 20 с.

23. Выделение, идентификация и определение чувствительности к антибиотикам Streptococcus pneumoniae / О.И. Кречикова, Р.С.Козлов, Т.М.Богданович и др. // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2000. - Т. 2. - №1. - С. 88-98.

24. Гланц, С. Медико-биологическая статистика: пер. с англ. / С. Гланц М.: Практика, 1998. - 459 с.

25. Гучев, И.А. Внебольничная пневмония как проблема организованного коллектива / И.А.Гучев // Инфекции и антимикробная терапия. — 2004.-т. 06. -№1.-С. 4-12.

26. Гучев, И.А. Пневмонии в военных коллективах / И.А. Гучев, А.И. Синопальников // РМЖ. 2001. - Т.З - №1. - С. 25-28.

27. Дворецкий, Л.И. Ошибки антибактериальной терапии инфекций дыхательных путей в амбулаторной практике / Л.И. Дворецкий, С.В. Яковлев // Инфекции и антимикробная терапия. 2001. - Т. 3 - №1 - С. 1217.

28. Дворецкий, Л.И. Клиническое значение резистентных пневмококков / Л.И. Дворецкий, В.А. Данилина // Инфекции и антимикробная терапия. 2004. - Т.6 - №4. - С. 126-133.

29. Дутау, Г. Рецидивирующие респираторные инфекции детского возраста: клинические аспекты и профилактика / Г. Дутау // Сборник научных трудов под редакцией проф. Н.А. Коровиной. М.: БЭСТ-В, 1996. — С. 26-30.

30. Жданова, Л.Г. К 100-летию открытия пневмококка / Л.Г.Жданова // Журнал микробиологии 1981. - №12. - С. 3-5.

31. Жимулёв, И.Ф. Общая и молекулярная генетика / И.Ф. Жиму-лёв. Новосибирск: изд. Новосибирск, ун-та, 2002. 455 с.

32. Зубков, М.Н. Практическое руководство по клинической микробиологии и антимикробной терапии. / М.Н. Зубков. М.: МГУП, 2002. -272 с.

33. Зубков, М.Н. Микробиологические аспекты диагностики пневмоний / М.Н. Зубков, Е.Н. Гугуцидзе // Пульмонология. 1997. - Т.1. -С. 41-45.

34. Зузова, А.П. Антимикробная терапия вентиляторассоцииро-ванных пневмоний: проблемы роста и распространения резистентных возбудителей / А.П. Зузова, С.Н. Козлов // Consilium Medicum. 2006. — Т.8, №3.-С. 30-36.

35. Изучение механизмов формирования актуальной инфекционной и неинфекционной заболеваемости в Дальневосточном регионе / Тур-кутюков В.Б., Яковлев А.А., Колпаков С.Л. и др. // Тихоокеанский медицинский журнал. №3. - 2008. - С. 46-49.

36. Ильина, Т.С. Структурная организация и механизмы перемещения генных кассет, кодирующих резистентность к антибиотикам и факторы вирулентности бактерий / Т.С. Ильина // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. — 2001. №1. — С. 3 - 11.

37. Иммунитет при туберкулезе и аспергиллезе (обзор) / Е.В.Свирщевская, B.C. Митрофанов, Р.И. Шендерова и др. // Проблемы медицинской микологии. 2005. - Т.7. - №1. - С.3-13.

38. Иммунорегуляция при иммунопатологии, вызванной туберкулезной инфекцией / Р.И. Шендерова, О.А. Якунова, Н.С. Новикова и др. // Иммунология. 1998. - №6. - С.25.

39. Карбон, К. Значение новых макролидов при лечении внеболь-ничных инфекций дыхательных путей: обзор экспериментальных и клинических данных / К. Карбон, М.Д. Пул // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2000. - Т.1. - №2 - С. 47-59.

40. Карпов, О.И. Комплаенс антибиотикотерапии инфекций дыхательных путей / О.И. Карпов // Антибиотики и химиотерапия. 1999. -Т.44 - №8 - С. 37-44.

41. Кветная, А.С. Микробиологические основы патогенеза пневмококковой инфекции у детей: Автореф. дис. д-ра мед. наук: 14.00.30 / А.С. Кветная. Спб, 1995. - 38 с.

42. Козлов, Р.С. Пневмококки: прошлое, настоящее и будущее. / Р.С.Козлов. — Смоленск: Смоленская государственная медицинская академия, 2005.- 128 с.

43. Козлов, Р.С. Современные возможности специфической профилактики пневмококковых инфекций. / Р.С.Козлов // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия 2002.- № 4(1). - С. 61-69.

44. Лобзин, Ю.В. Руководство по инфекционным болезням / Ю.В. Лобозин, А.П. Казанцев. СПб.: Комета, 1996. - 720 с.

45. Лебедева, Л.В. Внелегочный туберкулез у детей России / Л.В. Лебедева // Российский педиатрический журнал 2001. - N 2. - С. 57-60.

46. Лукьянова, Е.А. Медицинская статистика.: Учеб.пособие / Е.А. Лукьянова. М.: Изд-во РУДН, 2002. - 255 с.

47. Маркова, А.И. Пневмококковый менингит / А.И. Маркова // Острые менингиты: Сб.научн. трудов НИИЭМ им.Н.Ф. Гамалеи АМН СССР. М. - 1982. - Т.150. - С.13-15.

48. Мартынова, А.В. Молекулярно-эпидемиологический мониторинг неинвазивных штаммов S.pneumoniae / А.В. Мартынова, В.Б. Турку-тюков // Вестник новых медицинских технологий. 2007. - Т. 14. - №2. - С. 143.

49. Мартынова, А.В. Эпидемиологические аспекты пневмококковых пневмоний в закрытых коллективах / А.В. Мартынова, В.Б. Туркутю-ков // ЖМЭИ. 2004. - №2. - С.81-83.

50. Мартынова, А.В. Эпидемиологическая оценка заболеваемости пневмококковыми инфекциями в различных группах населения / А.В. Мартынова, В.Б. Туркутюков // Дальневосточный медицинский журнал. -2007. -№ 4. С. 20-21.

51. Мартынова, А.В. Эпидемиологический анализ заболеваемости инвазивными и неинвазивными формами пневмококковых инфекций в различных группах населения / А.В. Мартынова, В.Б. Туркутюков // Вестник Российской АМН. 2007. - № 9. - С. 12-16.

52. Мартынова, А.В. Эпидемиологические аспекты пневмококковых инфекций и молекулярно-генетическая характеристика Streptococcus pneumoniae: дисс. докт. мед. наук: 14.00.30 / А.В. Мартынова. Воен.-мед. акад. им. С.М. Кирова. Санкт-Петербург, 2008. - 311 с.

53. Молекулярная биология клетки: руководство для врачей / Д.М. Шаллер, Д. Шилдс; пер. с англ. И.Б. Забарского. — М.: Бином—Пресс, 2003. -268 с.

54. Мотанова, JI.H. Эпидемиологические и клинические аспекты внелегочного туберкулеза у детей и подростков в Приморском крае / JI.H. Мотанова, С.Ю. Безуглая // Проблемы туберкулеза. 2004. - N 1. - С. 5-8.

55. Определение чувствительности микроорганизмов к антибактериальным препаратам (Методические указания МУК 4.2.1890-04) // Клиническая микробиология и антибактериальная химиотерапия. М.: РМ-Вести, 2004. - т.6. - №4. - С. 306-357.

56. Ноников, В.Е. Дифференциальная диагностика и антибактериальная терапия пневмоний / В.Е. Ноников // Consilium medicum. 2001. -Т. - 3. - № 12.-С. 569-573.

57. Обгольц, А.А. Механизмы персистирования бактерий / А.А.Обгольц // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммуннологии.-1992. Т.4. - С.70-72.

58. Об унификации микробиологических (бактериологических) методов исследования, применяемых в клинико-диагностических лабораториях лечебно- профилактических учреждений. Приказ МЗ СССР №535 от 22 апреля 1985 г.

59. Острые пневмонии у детей / под ред. В.К. Таточенко Чебоксары: Издательство Чувашского университета, 1994. — 223 с.

60. Пневмонии у детей / Под ред. С.Ю. Каганова, Ю.Е. Вельтище-ва М.: Медицина, 1995. - 303 с.

61. Пневмококковая конъюгированная вакцина для иммунизации детей — Документ по позиции ВОЗ // Еженедельный эпидемиологический бюллетень No. 12. 2007. - 82. - с. 93-104.

62. Покровский, В. И. Медицинская микробиология / В.И. Покровский, O.K. Поздеев. М.: ГЭОТАР Медицина, 1999. - 120 с.

63. Правила и техника получения проб клинического материаладля исследования в лаборатории клинической микробиологии: Методические указания // М.: Главное управление здравоохранения Администрации Московской области, 1997. 350 с.

64. Практические рекомендации по рациональной антибиотикоте-рапии в амбулаторной практике / С.В.Сидоренко, И.П.Фомина,

65. B.С.Шухов и др. // Клиническая фармакология и антимикробная химиотерапия. 1999.-Т. 9.-№2.-С. 10-11.

66. Применение трехдневного курса азитромицина в лечении инфекций верхних дыхательных путей у детей / Е.В. Андрющенко, А.Е. Сахарова, A.M. Богданова и др. // Российский вестник перинатологии и педиатрии. 1998. - N6. - С. 27-30.

67. Санитарные правила: Профилактика стрептококковой (группы А) инфекции: СП 3.1.2.1203-03 //М.: «Экоплан», 1998. 15 с.

68. Сидоренко, С.В. Беталактамные антибиотики / С.В. Сидоренко,

69. C.В. Яковлев // Русский медицинский журнал. 1997.- т. 5. - № 21. - С. 1367-1381.

70. Сидоренко, С.В. Происхождение, эволюция и клиническое значение антибиотикорезистентности / С.В. Сидоренко // Антибиотики и химиотерапия. 1999. - Т.44. - №12. - С. 19-21.

71. Сидоренко, С.В. Проблемы этиотропной терапии внебольнич-ных инфекций дыхательных путей / С.В. Сидоренко // Consilium medicum. 2002. — т.4. - №1. - С.4-9.

72. Сидоренко, С.В. Антибиотикограмма: Диско-диффузионный метод: интерпретация результатов / С.В. Сидоренко, В.Е. Колупаев. М.: Sanofi Pasteur, 1999. - 32 с.

73. Сингер, М. Гены и геномы: в 2-х т. Т. 1. / М. Сингер, П. Берг.: пер. с англ. М.: Мир, 1998. - 373 с.

74. Сиренко, И.А. Особенности туберкулеза у детей раннего возраста / И.А. Сиренко, С.А. Шматько // Проблемы туберкулеза. 2003. - N 1. - С. 30-32.

75. Страчунский, Л.С. Проблемы и перспективы антибактериальной терапии / Л.С. Страчунский // Российский медицинский вестник -1998.-Т.1.-С. 23-39.

76. Страчунский, Л.С. Состояние антибиотикорезистентности в России / Л.С. Страчунский // Клиническая фармакология и терапия,-2000. Т. 9. - №2. - С. 6-9.

77. Страчунский, Л.С. Макролиды в современной клинической практике / Л.С. Страчунский, С.Н. Козлов. Смоленск: Русич, 1998. - 302 с.

78. Страчунский, Л.С. Антибактериальная терапия внебольничнойпневмонии в амбулаторных условиях / JI.C. Страну некий // Consilium medicum. 2002 -т.4. - №4. - С.180-185.

79. Страчунский, JI.C. Антибактериальная терапия. Практическое руководство / JI.C. Страчунский, Ю.Б. Белоусова, С.Н. Козлов. М.: Фарммединформ, 2000. — 192 с.

80. Страчунский, JI.C. Влияние антибиотикорезистентности на выбор антимикробных препаратов в отоларингологии / JI.C. Страч унский, Е.И. Каманин, А.А. Тарасов // Consilium medicum. — 2001. — т. 3. JM°8. — С. 3-7.

81. Страчунский, JI.C. Антибактериальная терапия острого среднего отита (ОСО) у детей / JI.C. Страчунский // Медицина для всех. 1998. -т.2. - №8. - С. 22-29.

82. Страчунский, JI.C. Трехдневный курс азитромицина: новый подход к лечению инфекций респираторного тракта / JI.C. Страчунский, М.М. Кандалов, И.С. Фирсов // Клиническая фармакология и анимикроб-ная химиотерапия. — 1995. № 1. — С. 67-74.

83. Страчунский, JI.C. Эмпирическая антибактериальная терапия внебольничных пневмоний (обзор зарубежной литературы) / JI.C. Страчунский // Терапевтический архив. 2001. - Т.З. - С. 68-73.

84. Структура и чувствительность к антибиотикам возбудителей внебольничных инфекционных заболеваний бактериальной природы у детей / Т.А. Самсыгина, Т.А. Дудина, М.А. Корнюшин и др. // Антибиотики и химиотерапия. 2000. - Т. 45. - №3. - С.15-19.

85. Тарасова, Г.Д. Особенности микрофлоры носоглотки и функциональное состояние среднего уха у детей / Г.Д. Тарасова, JI.C. Страчунский // Вестник оториноларингологии. 2000. - №4. - С.30-32.

86. Таточенко, В.К. Пневмококковая инфекция: современный взгляд на проблему и профилактику / В.К. Таточенко // Вопросы современной педиатрии. 2007. - №1. - С. 85-90.

87. Таточенко, В.К. Этиология и лечение пневмоний у детей / В.К.

88. Таточенко, JI.K. Катосова // Антибиотики и химиотерапия. — 1999. №1. — С. 14-19.

89. Таточенко, В.К. Острые пневмонии у детей: методические рекомендации / В.К. Таточенко, А.М.Федоров — М.: Мед ицинская газета, 1995.- 187 с.

90. Таточенко, В.К. Периодические и географические различия серотипового спектра пневмококков у детей с респираторными заболеваниями и у здоровых носителей / В.К. Таточенко, Л.К. Катосова, М.А.Уланова // Журнал микробиологии. 1994. - №3. - С.3-10.

91. Туркутюков, В.Б. Микробиологическая оценка антибактриаль-ных препаратов, используемых для эмпирической терапии внебольничной пневмонии / В.Б. Туркутюков // Тихоокеанский медицинский журнал. -2005. №2.-С. 69-71.

92. Фармакоэпидемиологическая оценка применения антибиотиков при респираторных инфекциях у детей в поликлинике / Л.С. Страчун-ский, Л.М. Бойко, Б.М. Блохин и др. // Антибиотики и химиотерапия. — 1997.-№ 10. -С.10-14.

93. Черненькая, Т.В. Современные проблемы и задачи микробиологической лаборатории многопрофильной больницы / Т.В. Черненькая, М.Б. Богданов // Клиническая лабораторная диагностика. 2000. -№2. - С. 33-36.

94. Чувствительность к антибиотикам пневмококков, выделенных от здоровых детей из организованных коллективов / Л.С. Страчунский, О.И. Кречикова, Г.К. Решедько и др. // КМАХ. 1999. - Т. 1. - №1. - С. 3139.

95. Эпидемиологический мониторинг формирования и циркуляции микроорганизмов, устойчивых к антимикробным препаратам / В.Б. Туркутюков, В.А. Невзорова, И.М. Мартыненко и др. // Тихоокеанский медицинский журнал. 2003. - № 2(12). - С. 45-47.

96. Этиологическая диагностика и этиотропная терапия острых пневмоний / В.И. Покровский, С.В. Прозоровский, В.В. Малеев и др. М: Медицина, 1995. - 140 с.

97. Юнкеров, В.И., Математико-статистическая обработка данных медицинских исследований. / В.И. Юнкеров, С.Г. Григорьев СПб.: Вме-дА. - 2002. - 266 с.

98. Яковлев, С.В. Микробиологические и фармакологические факторы, определяющие клинический эффект антибиотикотерапии / С.В. Яковлев // Антибиотики и химиотерапия. 1999. - Т. 44. - №5. - С. 3-5.

99. Яковлев, С.В. Цефепим цефалоспориновый антибиотик IV поколения Московская медицинская академия им. И.М. Сеченова / С.В. Яковлев // Антибиотики и химиотерапия. — 1999. - N7. — С.32-37.

100. Яковлев, С.В. Клиническая фармакология цефалоспоринов IV поколения / С.В. Яковлев // Русский медицинский журнал. 1998. - Т.6. -№22. -С. 1449-1457.

101. Яковлев, С.В. Бактериальные инфекции в амбулатораторной практике: выбор оптимального антибиактериального препарата / С.В. Яковлев, Л.И. Дворецкий, М.П. Суворова // Consilium medicum. — 2002. т. 4. - №1. — С. 10-21.

102. Яковлев, С.В. Значение новых фторхинолонов при внебольничных инфекциях дыхательных путей / С.В. Яковлев // Инфекции и антимикробная терапия. 2001. - т. 3. - №4. — С. 116-121.

103. Яковлев, С. В. Стратегия применения антибиотиков в стационаре / С.В. Яковлев // Клиническая антибиотикотерапия. 2001.-№ 5-6. - С. 3-10.

104. Яковлев, В.П. Антимикробные препараты группы фторхинолонов / В.П. Яковлев // Consilium medicum. 2006. - Т.8, № 1. - С. 35 - 41.

105. Antibiotic susceptibility and serotypes of Streptococcus pneumonia isolates from Hungary / O. Dobay, F. Rozgonyi, E. Hajdu, et al. // Journal of Antimicrobial' Chemotherapy. 2003. - 51. - P. 887-893.

106. Antimicrobial resistance in Streptococcal pneumonia in the United States, 1997-1998 / G.Doern, A.Brueggemann, H.Huynh et al. // Emerging Infectious Diseases. 1999. - 5. - P. 757-765.

107. Appelbaum, P.C. Antibiotic resistant pneumococci facts and fiction / P.C. Appelbaum // Journal of Antimicrobial Chemotherapy. — 1994. — Vol.6.-P. 7-16.

108. Appelbaum, P.C. New prospects for antibacterial agents against multidrug resistant pneumococci / P.C.Appelbaum // Microbial Drug Resistance.-! 995. Vol.1.-P. 43 -48.

109. Appelbaum, P.C. Resistance among Streptococcus pneumoniae: implications for drug selection / P.C.Appelbaum // Clinical Infectious Diseases -2002.-34.-P. 1613-1620.

110. Austrian, R. Pneumococcal bacteremia with a special reference to bacteremic pneumococcal pneumonia / R. Austrian, J. Gold // Annals of Internal Medicine. 1994. - 60. - P. 759-776.

111. Bacterial findings in acute maxillary sinusitis. European study / Penttila M., Savolainen S., Kiukaanniemi H. et al. // Acta Otolaryngolog. -1997.-529.-P. 165-168.

112. Bacteriology of acute otitis media in a cohort of Finnish children followed for the first two years of life / T.Kilpi, E.Herva, T.Kaijalainen et al. // Pediatric Infectious Disease. 2001. - J 20. - P. 654-662.

113. Baldwin, D.R. The penetration of the fourth generation parenteral cephalosporins / D.R. Baldwin // Journal of Antimicrobial Chemotherapy. -1996. 8. - Suppl 2. - P. 71-82.

114. Bishai, W. J. The in vivo — in vitro paradox in pneumococcal respiratory tract infections / W. J. Bishai // Journal of Antimicrobial Chemotherapy. 2002. - 49. - P. 433-436.

115. Braga, P.C. Rokitamycin: bacterial resistance to a 16-membered ring macrolide differs from that to 14- and 15-membered ring macrolides / P.C. Braga // Journal of Antimicrobial Chemotherapy. 2002. - 14 - P. 115-131.

116. Brito, D. A. Serotyping Streptococcus pneumoniae by multiplex PCR / D. A. Brito, M. Ramirez, H. de Lencastre / Journal Of Clinical Microbiology. 2003. - Vol. 41. - №6. - P. 2378-2384.

117. Comparison of five genotypic techniques for identification of opto-chin-resistant pneumococcuslike isolates / R. Verhelst, T. Kaijalainen, T. De Baere et al. // Journal Of Clinical Microbiology. 2003. - 41. -P. 3521-3525.

118. Comparison of four methods for identifying Streptococcus pneumoniae / L. J. Chandler., B. S. Reisner, G. L. Woods, et al. // Diagnostic Microbiology and Infectious Disease. 2000. - 37. - P. 285-287.

119. Comparison of PCR assay with bacterial culture for detecting Streptococcus pneumoniae in middle ear fluid of children with acute otitis media / A. Virolainen, P. Salo, J. Jero et al. // Journal Of Clinical Microbiology. 1994. -32.-P. 2667-2670.

120. Cockeran, R. The role of pneumolysin in the pathogenesis of Streptococcus pneumoniae infection / R. Cockeran, R. Anderson, C. Feldman // Current Opinion in Infectious Diseases. 2002. - 15. - P. 235-239.

121. Dagan, R. Epidemiology of invasive childhood pneumococcal infections in Israel / R.Dagan, D. Engehard, E.Piccard // JAMA. 1992. -Vol.268. - P.3328-3332.

122. Detection of Streptococcus pneumoniae DNA by using polymerase chain reaction and micro well hybridization with Europium-labelled probes / S.Rintamaki, A.Saukkoriipi, P.Salo et al. // Journal of Microbiological Methods. -2002.-50.-P. 313-318.

123. Distribution of Streptococcus pneumoniae resistant to penicillin in the USA and in vitro susceptibility to selected oral antibiotics / E. Mason, L. Lamberth, R. Lichtenstein, et al. // Journal of Antimicrobial Chemotherapy. -1995.-36.-P. 1043-1048.

124. Dominguez, M.A. Antibiotic resistance in respiratory pathogens / M.A.Dominguez, R.Pallares // Current Opinion in Pulmonology Medicine. — 1998.-4.-3.-P. 173-179.

125. Drug-Resistant Pneumococcal Pneumonia: Clinical Relevace and Related Factors / J.Aspa, O.Rajas, F.Rodriguez de Castro et al. // Clinical Infectious Diseases. 2004. - 38. - P.787-798.

126. Emergence of multiply resistant pneumococci / M.Jacobs, H.Koornhof, R.Robins-Browne et al. // The New England Journal of Medicine. 1978.-293.-P.735-740.

127. Evaluation of Binax NOW Streptococcus pneumoniae urinary antigen test in children in a community with a high carriage rate of pneumococcus / R.Adegbola, S.Obaro, E.Biney et al. // Pediatric Infectious Disease Journal. — 2001.- 20. P.718-719.

128. Evaluation of Binax NOW, an assay for the detection of pneumococcal antigen in urine sampels, performed among pediatric patients / S.Dowell, R.Garman, G.Liu et al. // Clinical Infectious Diseases. 2001. - 32. - P. 824825.

129. Evaluation of gene-technological and conventional methods in the identification of Streptococcus pneumoniae / T. Kaijalainen, S. Rintamaki, E. Herva, at al. // Journal of Microbiological Methods. 2002. - 51. - P. 111-118.

130. Evaluation of semiautomated multiplex PCR assay for determination of Streptococcus pneumoniae serotypes and serogroups / E. Lawrence, D.

131. Griffiths, S. Martin et al. // Journal Of Clinical Microbiology. 2003. - 41. - P. 601-607.

132. Epidemiological study of Streptococcus pneumoniae carriers in healthy primary-school children / B. Lopez, M. Cima, A. Vazquez et al. // European Journal of Clinical Microbiology and Infectious Diseases 1999. - 18. — P. 771-776.

133. Extremely high incidence of macrolide and trimetoprim — sulfome-thoxazole resistance among clinical isolates of Streptococcus pneumoniae in Taiwan / P.Hsueh, L.Teng, L.Lee et al. // Journal Of Clinical Microbiology. — 1999:-37.-P. 897-901.

134. Feasibility of Radioimmunotherapy of Experimental Pneumococcal Infection / E. Dadachova, T.Burns, R.Bryan et al. // Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 2004. - 48. - P. 1624-1629.

135. Foster, K. Chronic lung infection in children / K.Foster, H.Alton // Paediatric Respiratory Rev. 2003. - V4 (3). - P. 225-9.

136. Friedland, I. R. Management of infections caused by antibiotic resistant Streptococcus pneumoniae / I. R. Friedland, G. H. McGracken // The New England Journal of Medicine. 1994. - 331. - p. 377-382.

137. Genotypic identification of presumptive Streptococcus pneumoniae by PCR using four genes highly specific for S. pneumoniae / N. Suzuki, M. Yuyama, S. Maeda et al. // Journal of Medical Microbiology. 2006. - №55. -P.709-714.

138. Gillespie, S. H. The role of the molecular laboratory in the investigation of Streptococcus pneumoniae infections / S.H.Gillespie // Semin. of Respiratory Infection. 1999. - 14. - P. 269-275.

139. Goldsmith, C.E. Pneumococcal resistance in the UK / C.Goldsmith, J.Moore, P.Murthy // Journal of Antimicrobial Chemotherapy. — 1997. — 40. — Suppl. A.-P. 11-8.

140. Gould, I.M. Do we need fourth-generation cephalosporins? / I.M.Gould // Clinical Microbiology and Infection. 1999. - 5. - Suppl. 1. - P. S1-S5.

141. Hancock, R.E. Antibacterial in vitro activity of fourth generation cephalosporins / R.E. Hancock, F. Bellido // Journal of Chemotherapy. — 1996. -8.-Suppl. 2.-P. 31-36.

142. Horizontal gene transfere and the evolution of resistant and virulence determinants in Streptococcus / C.Dowson, V.Barcus, S.King et al. // Journal of Applied Bacteriology Symposium Series. 1997. - 26. - P. 42S-5 IS.

143. Jero, J. Bacteriological findings and persistence of middle ear effusion in otitis media with effusion / J.Jero, P.Karma // Acta Otolaryngolog. -1997.-529.-P. 22-26.

144. Jones, R.N. Epidemiology, laboratory detection, and therapy of penicillin-resistant streptococcal infections / R.N. Jones, W.R. Wilson // Diagnostic Microbiology and Infectious Disease. 1998. - 31. - 3. - P. 453-459.

145. Joseph, F.P. Bacteremia with Streptococcus pneumoniae / F.P. Joseph, F.P. Robert F.B., R.F. Richard // JAMA. 1996. - 275. - P. 194-198.

146. Impact of antibiotic resistance on chemotherapy for pneumococcal infections / R.Pallares, P.Viladrich, J.Linares et al. // Microbial Drug Resistance Mechanisms, Epidemiology and Disease. - 1998. - 4(4). - P. 339-347.

147. Increasing prevalence of multidrug-resistant Streptococcus pneumoniae in the United States over 10-year period: Alexander project / R.Mera, L. Miller, J.Daniels et al. // Diagnostic Microbiology and Infectious Disease. -2005. 51(3).-P. 195-200.

148. Isolation of pneumococcal DNA from nasopharyngeal samples for real-time, quantitative PCR. Comparison of three methods // A. Saukkoriipi, T. Kaijalainen, L. Kuisma et al. // Molecular Diagnostic. — 2003. — 7. — P. 9-15.

149. Kaplan, E.L. Recent evaluation of antimicrobial resistance in beta-hemolytic streptococci / E.L.Kaplan // Clinical Infectious Disease. 1997. - 24. - Suppl l.-P. 89-92.

150. Kamerling, J.P. Pneumococcal Polysaccharides: A Chemical View / J.Kamerling // Streptococcus pneumoniae: molecular biology and mechanisms of disease. Larchmont: Mary Ann Libert., Inc. 2000. - P.81-114.

151. Klugman, K. Pneumoccocal resistance to antibiotics / K. Klugman // Clinical Microbiology Rev. 1990. - 3. - P. 171-196.

152. Lafong, A. C. Simple latex agglutination method for typing pneu-mococci / A.C.Lafong, E. Crothers // Journal of Clinical Pathology. 1988. - 41. -P. 230-231.

153. Larsen, H. S. Streptococcaceae. In Textbook of Diagnostic Microbiology / H. Larsen. Philadelphia: W. B. Saunders, 2000. - 366 p.

154. Linares, J. Fluoroquinolone Resistance in Streptococcus pneumoniae / J. Linares, A.G. De la Campa, R. Pallares // NEJM. 1999. - 341. - P. 1546-1548.

155. Lipoprotein PsaA in Virulence of Streptococcus pneumoniae: Surface Accessibility and Role in Protection from Superoxide / J. W. Johnston, L. E. Myers, M. M. Ochs et al. // Infection And Immunity. 2004. - Vol. 72. - 10. -P. 5858-5867.

156. Low-level resistance to rifampin in Streptococcus pneumoniae / P.S.Meier, S. Utz, S. Aebi et al. // Antimicrobial Agents and Chemotherapy.2003.-47.-P. 863-868.

157. Lynch, J. P. Clinical relevance of macrolideresistant Streptococcus pneumoniae for community-acquired pneumonia / J.P. Lynch, F. Martinez // Clinical Infectious Diseases. 2002. - 34(suppl 1). -P. 27 - 46.

158. Macrolide efflux genes mef(A) and mef(E) are carried by different genetic elements in Streptococcus pneumoniae / M. Grosso, F. Iannelli, C. Messina et al. // Journal Of Clinical Microbiology. 2002. - 40. - P. 774-778.

159. Macrolide resistance mrchanisms and expression of phenotypes among Streptococcus pneumonia circulating in Italy / A.Marchese, E.Tonoli, E.Debbia et al. // JAC. 1999. - 44. - P. 461-464.

160. Martin-Galiano, A. J. High-efficiency generation of antibiotic-resistant strains of Streptococcus pneumoniae by PCR and transformation / A.Martin-Galiano, A. G. de la Campa // Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 2003. - 47. - P. 1257-1261.

161. Molecular basis of three characteristic phenotypes of pneumococ-cus: optochin-sensitivity, coumarin-sensitivity, and quinolone-resistance / de la Campa, A. G., E. Garcia, A. Fenoll at al. // Microbial Drug Resistance. 1997. -3.-P. 177-193.

162. Molecular Epidemiology of Pneumococcal Carriage among Children with Upper Respiratory Tract Infections in Hanoi, Vietnam / N.Bogaert, M.Sluijter, N. Lemmens et al. // Journal Of Clinical Microbiology. 2002. - 40. -P. 3903-3908.

163. Morona, J. K. Characterization of the locus encoding the Streptococcus pneumoniae type 19F capsular polysaccharide biosynthetic pathway / J.Morona, R. Morona, J. Paton // Molecular Microbiology. 1997. - 23. - P. 751-762.

164. Mortality from invasive pneumococal pneumonia in the era of antibiotic resistance, 1995-1997 / D.Feikin, A.Schuchat, M.Kolczak et al. // American Journal of Public Health. 2000. - Vol.90. - P.223-229.

165. Musher, D. M. Protection against bacteremic pneumococcal infection by antibody to pneumolysin / D.M. Musher, H. M. Phan, R. E. Baughn // Journal of Infectious Diseases. 2001. -183 - P. 827-830.

166. Mutations of the rpoB gene in rifampicin-resistant Streptococcus pneumoniae in Taiwan / J.-Y. Chen, Chang-Phone Fung, Feng-Yee Chang et al. // Journal of Antimicrobial Chemotherapy. 2004. - 53. - P. 375-378.

167. Nasopharyngeal carriage of pneumococci in Gambian children and in their families / N.Lloyd-Evans, T. O'Dempsey, I. Baldeh et al. // The Pediatric Infectious Diseases Journal. 2006. - 15. - P. 866-871.

168. Nasopharyngeal carriage of Streptococcus pneumoniae in Finnish children younger than 2 years old / R. Syrjanen, T. Kilpi, T. Kaijalainen et al. // Journal of Infectious Diseases. 2001. - 184. - P. 451-^59.

169. Nesin, M. Capsular transformation of a multi-drug resistant Streptococcus pneumoniae in vivo / M. Nesin, M. Ramirez, A. Tomasz // Journal of Infectious Diseases. -1998. -111.- P. 707-713.

170. Nicolau, D. Clinical and economical complications of antimicrobial resistance for the management of community-acquired respiratory tract infection / D. Nicolau // Journal of Antimicrobial Chemotherapy. 2002. - 50. - P. 6170.

171. Nomenclature for macrolide and macrolide-lincosamide-streptogramin В resistance determinants / M.C.Roberts, J.Sutcliffe, P.Courvalin et al. // Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 1999. - 43. - P. 2823-2830.

172. Nomenclature of major antimicrobial-resistant clones of Streptococcus pneumoniae defined by the pneumococcal molecular epidemiology network / L. McGee, L. McDougal, J. Zhou et al. // Journal Of Clinical Microbiology. 2001. - 39. - P. 2565-2571.

173. Orme, I.M. Immunity to mycobacteria / I.M.Orme // Current Opinion in immunology. 1993. - №5 - P. 497-499.

174. Padayachee, T. Molecular basis of rifampin resistance in Streptococcus pneumoniae / T.Padayachee, K.Klugman // Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 1999. - 43. - P. 2361-2365.

175. Paradisi, F. Streptococcus pneumoniae as an agent of nosocomial infection: treatment in the era of penicillin of penicillin-resistant strains / F. Paradisi, G.Corti, R.Cinelli // Clinical Microbiology and Infection. 2001. — №7. -4.-P. 34-42.

176. Paton, J.C. Molecular Analysis of Putative Pneumococcal Virulence Proteins / J.C.Paton, A.Barry, R.Lock // Streptococcus pneumoniae: molecular biology and mechanisms of disease.-Larchmont:Mary Ann Libert., Inc., 2000. -P.261-270.

177. Performance standards for antimicrobial susceptibility testing. Fourteenth informational supplement. NCCLS document Ml00- S14. National Committee for Clinical Laboratory Standards. - 2004.

178. Pneumococcal surface protein A (PspA) family distribution among clinical isolates from adults over 50 years of age collected in seven countries / S. K. Hollingshead, L. Baril, S. Ferro et al. // Journal of Medical Microbiology.2006.-55.-P. 215-221.

179. Pneumonia caused by penicillin-nonsusceptible Streptococcus pneumonia: clinical characteristics, prognosis factors, and outcomes / Wu TT, Hsueh PR, Lee LN et al. // Journal of the Formosan Medical Association. -2000.-99.-P. 18-23.

180. Premier-directed enzymatic amplification of DNA with termostable DNA polymerase / R. K., D. N. Gelfand, Stoffel et al. // Science. 1988. -V.239. - P. 487-491.

181. Prevention of pneumococcal pneumonia by vaccination / R.Austrian, R.Douglas, G.Schiffman et al. // Trans. Assoc. of American Physicians. 1976. - 89.-P. 184-189.

182. Quantitative Detection of Streptococcus pneumoniae in Nasopharyngeal Secretions by Real-Time PCR / O. Greiner, P. R. Day, P. Bosshard et al. // Journal of Clinical Microbiology. 2001. - 39. - №9. - P. 3129-3134.

183. Rapid and reliable identification of Streptococcus pneumoniae isolates by pneumolysin-mediated agglutination / M.D.Cima-Cabal, F. Vazquez, J. R. de los Toyos et al. // Journal Of Clinical Microbiology. 1999. - 37. - P. 1964-1966.

184. Real-time quantitative PCR for the detection of Streptococcus pneumoniae in the middle ear fluid of children with acute otitis media / A.Saukkoriipi, A.Palmu, T.Kilpi et al. // Mol. Cell. Probes. 2002. - 16. - P. 385-390.

185. Ridgway, E. J. Capsular serotypes and antibiotic sensitivity of Streptococcus pneumoniae isolated from primary-school children / E. Ridgway, C. Tremlett, K. Allen, K. D. // Journal of Infection. 1995. - 30. - P. 245-251.

186. Rolston, K.V. The spectrum of pulmonary infections in cancer patients / K.V. Rolston // Current Opinion in Oncology. -2001. -V.8(l). P. 17-22.

187. Rubin, L. PCR-based assays for detection of Streptococcus pneumoniae serotypes 3, 14, 19F and 23F in respiratory specimens / L. G. Rubin, A. Rizvi // Journal of Medical Microbiology. 2004. - 53. - P. 595-602.

188. Rubin, L. G. Pneumococcal vaccine / L.G.Rubin // Pediatric Clinics of North Am. 2000. - 47. - P. 269-285.

189. Salo, P. Diagnosis of bacteremic pneumococcal pneumonia by amplification of pneumolysin gene fragment in serum / P. Salo, A. Ortqvist, M. Leinonen//Journal of Infectious Diseases. 1995. - 171. — P. 479-482.

190. Serogroup-specific epidemiology of Streptococcus pneumoniae: associations with age, sex, and geography in 7,000 episodes of invasive disease / J. Scott, A.Hall, R.Dagan et al. // Clinical Infectious Diseases. 1996. - 22. -P.973-981.

191. Seasonal variations in nasopharyngeal carriage of respiratory pathogens in healthy Italian children attending day-care centers of schools / P.Marchissio, S.Gironi, S.Esposito et al. // Journal of Medical Microbiology. -2001. Vol.50. - P.1095-1099.

192. Sensitive and specific method for rapid identification of Streptococcus pneumoniae using real-time fluorescence PCR / J. C. McAvin, P. A. Reilly, R. M. Roudabush, et al. // Journal Of Clinical Microbiology. 2001. - 39. - P. 3446-3451.

193. Schito, GC. The evolving threat of antibiotic resistance in Europe: new data from the Alexandr Project / G.Schito, E.Debbia, A.Marchese // JAC. -2000.-46.-P. 3-9.

194. Specific enzymatic amplification of DNA in vitro: the polymerase chain reaction / K. Mullis, F. Faloona, Scharf et al. // ColdSpring Harbor Symp. Quant. Biol. 1986. - V. 51. - P. 263-273.

195. Stability of serotypes during nasopharyngeal carriage of Streptococcus pneumoniae / E. Meats, A.Brueggemann, M. Enright et al. / Journal Of Clinical Microbiology. -2003. -41. P. 386-392.

196. Struelens, M.J. Antibiotic policy: a tool for controlling resistence of hospital pathogens / M.J. Struelens, B.Byl, J.L.Vincent // Clinical Microbiology and Infection. 1999. - 5. - Suppl 1. - PI9-24.

197. The autolityc enzyme LytA of Streptococcus pneumoniae is not responsible for realising pneumolysin / Balachandran, P., Hollingshead S. K., Pa-ton J.C., et al. // Journal of Bacteriology. 2001. - 183. - P. 3108-3116.

198. The bacteriology of acute otitis media in children: with special reference to Streptococcus pneumoniae as studied by bacteriological and antigen methods / J.Luotonen, E.Herva, P.Karma et al. // Scand. Journal of Infectious

199. Diseases.-1981.-13.-P. 177-183.

200. The comparative efficacy and safety of claritromycin and amoxicillin in the treatment of outpatiets with acute maxyllary sinusitis / P. Karma, J. Pukander, M. Pentilla et al // Journal of Antimicrobial Chemotherapy. — 1991. — 27. -suppl A. P. 83-90.

201. The epidemiology of invasive pneumococcal disease in Aalaska, 1986-1990 / M.Davidson, A.Parkinson, L.Bulkow et al. // Journal of Infectious Diseases. 1994. - Vol.170. - P. 368-376.

202. Trends in antimicrobial resistance of clinical isolates of Streptococcus pneumoniae in Bellivitge hospital, Barcelona, Spain (1979-1990) / J. Linares, R. Pallares, T. Alonso et al. // Clinical Infectious Diseases. — 1992. — 15. — P. 99-105.

203. Tomasz, A. The nature of cell wall-derived inflammatory components of pneumococci / A. Tomasz, K. Saukkonen // Pediatric Infectious Disease Journal. 1989. - 8. -P. 902-903.

204. Tomasz, A. Choline in the cell wall of a bacterium: novel type of polymerlinked choline in Pneumococcus / A. Tomasz // Science. 1997. — 157. - P. 694-697.

205. Treadway, G. Comparison of the efficacy, safety and toleration of azitromycin and erythromycin in the treatment of pediatric patients with acute streptococcal pharyngitis / G. Treadway // Zithromax Icmask Poster Book. — 1998.-P. 56-57.

206. Tuomanen, E. I. Pathogenesis of pneumococcal infection / E. I. Tu-omanen, R. Austrian, H. Robertmasure // The New England Journal Of Medicine. 1995. - P. 5-10.

207. Van de Vosse, E. Human genetics of intracellular infectious diseases: molecular and cellular immunity against mycobacteria and salmonellae / E. Van de Vosse, M. Hoeve, T.Ottenhoff // The Lancet Infectious Diseases. 2004. - Vol.4 (12). - P. 739-749.

208. Van der Auwera, P. Pharmacokinetics of cefepime: a review. / P. Van der Auwera, P.J.Santella // Journal of Antimicrobial Chemotherapy. 1993. -32. - SupplB.-P. 103-116.

209. Weisblum, B. Erythromycin resistance by ribosome modification / B.Weisblum // Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 1995. - 39. - P. 577-585.

Информация о работе

Скурихина, Юлия Евгеньевна
кандидата медицинских наук
Владивосток, 2009
ВАК 03.00.07

Диссертация

Микробиологическая и молекулярно-генетическая характеристика штаммов Streptococcus pneumoniae, выделенных у детей с туберкулезной инфекцией - тема диссертации по биологии, скачайте бесплатно

Автореферат

Похожие работы