Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему

Короткие ретропозоны в геноме Phytophthora infestans и их использование для изучения меж- и внутриштаммовой изменчивости

ВАК РФ 03.00.24, Микология

Содержание диссертации, кандидата биологических наук, Лаврова, Ольга Игоревна

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ СОКРАЩЕНИЙ.

ВВЕДЕНИЕ.

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

1.1. Систематическое положения P. infestans.

1.2. Биология, цикл развития, эпидимиология.

1.3. Агрессивность и вирулентность P. infestans.

1.4. Обзор лабороторных методов изучения признака агрессивности Р. infestans.

1.5. Селекция штаммов фитопатогенных грибов в бесполых генерациях.

1.6. Семейства коротких диспергированных элементов в геноме Phytophthora infestans.

1.7. Молекулярные маркеры и их использование для исследования генома P. infestans и других организмов.

1.7.1 ПДРФ-маркеры.

1.7.2 Полимеразная цепная реакция.

1.7.3 ДНК-маркеры, основанные на полимеразной цепной реакции.

ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.

2.1. Штаммы, используемые в работе, их свойства и культивирование.

2.2. Оценка изменения агрессивности изолятов P. infestans в ходе пассажей через листья растений.

2.3. Оценка агрессивности изолятов по отношению к клубням картофеля.

2.4. Выделение нуклеиновых кислот из мицелия P. infestans и синтез кДНК.

2.5. Базы данных последовательностей ДНК и стратегия поиска.

2.6. Условия амплификации с праймерами к боксам А и В и Саузерн перенос на фильтр.

2.7. Фильтры, содержащие бактериальные клоны высокой плотности.

2.8. Мечение проб и гибридизация ДНК.

2.9. Клонирование ПЦР-продуктов.

2.10. Секвенирование клонированных фрагментов.

2.11. разработка метода интер-SINE-niJP.

2.12. Математический анализ результатов интер-SINE-nHP.

ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ.

3.1. Консенсусные последовательности для промотора РНК-полимеразы III (А и В боксы).

3.2. Предсказание тРНК и последовательностей SINE из P. infestans.

3.3. Число копий и геномная организация предполагаемых последовательностей SINE.

3.4. Транскрипция последовательностей SINE у P. infestans.

3.5. Распределение последовательностей SINE, встречающихся у Р. infestans, внутри рода Phytophthora.

3.6. Характеристика прай мера и спектров интер-SINE-nUP.

3.7. Индивидуальная и географическая изменчивость.

3.8. Изучение изменчивости агрессивности изолята P. infestans при пресевах на живых листьях картофеля.82 v

3.9. Реципрокное заражение растений-хозяев изолятами, выделенными из картофеля и томатов.

Введение Диссертация по биологии, на тему "Короткие ретропозоны в геноме Phytophthora infestans и их использование для изучения меж- и внутриштаммовой изменчивости"

Актуальность проблемы. Паразитическая фаза жизненного цикла большинства фитопатогенных грибов протекает в бесполых генерациях. При этом для многих видов установлено изменение паразитических свойств (агрессивности и вирулентности) в процессе роста численности при эпифитотиях [Рыбакова, Дьяков, 1990, Дьяков, 1998]. Поскольку половая рекомбинация не принимает или почти не принимает участия в этих изменениях, они могут быть обусловлены отбором более агрессивных штаммов, находившихся в исходно гетерогенной популяции или возникших вследствие мутаций, парасексуального процесса или канализованной изменчивости, вызванной изменением локализации в геноме мобильных элементов.

Геном большинства эукариот содержит повторяющиеся последовательности ДНК. Многие из них являются транспозонами. Среди них встречаются длинные терминальные повторы (LTR, Long Terminal Repeats), длинные диспергированные элементы (LINEs, Long Interspersed Elements) и короткие диспергированные элементы (SINEs, Short Interspersed Elements ). SINEs отличаются от других транспозонов присутствием внутреннего промотора РНК полимеразы III. Как было показано, большинство SINEs проявляют свойства, родственные генам, транскрибируемых РНК полимеразой III [Ullu and Tschudi, 1984]. Структурно эти элементы обладают внутренним промотором из А и В боксов для РНК полимеразы III, обладают типичной структурой клеверного листа тРНК на 5' конце, имеют аденозин-богатый 3'-хвост вариабельной длины, после которого следует олиготимидиновая последовательность .Короткие диспергированные элементы были обнаружены в геномах таких различных эукариот, как грибы, рыбы, растения, млекопитающие и насекомые [Feschotte et al., 2001; Ogiwara et al., 2002].

Короткие диспергированные элементы и другие транспозоны часто описывались как геномные паразиты без функциональной роли. Однако, эти элементы могут играть важную роль в геномной эволюции многих организмов. Например, инсерционная инактивация генов может происходить при встраивании SINE как в кодирующую область гена, так и в интрон (что приводит к ненормальностям в сплайсинге РНК), является причиной геномных перестроек или стимулирует трансляцию при условиях клеточного стресса [Deininger et al., 2003; Rubin et al., 2002]. Также было установлено, что SINEs могут служить генетическими маркерами, позволяющими получать надежную информацию о филогенезе таксономических групп среднего уровня - семейств и отрядов, а также о популяционной изменчивости [Shimamura et al., 1997; Serdobova, Kramerov, 1998].

Phytophthora infestans (Mont.) de Вагу - один из наиболее интенсивно изучаемых и вредоносных видов оомицетов, и при его изучении активно используются многие геномные ресурсы [Lam, 2001; Waugh et al., 2000]. Наличие ретротранспозонов у P. infestans в активном состоянии частично может объяснить высокую приспособляемость этого растительного патогена. Однако, было неизвестно, существуют ли такие классы ретротранспозонов, как последовательности LINE или SINE и до какой степени они распространены в геноме P. infestans. Поэтому в данной работе исследовалась возможность присутствия тРНК-родственных SINEs в геноме P. infestans. Разнообразие семейств коротких ретропозонов вместе с их распределением в пределах рода Phytophthora может также показать, имеют ли они важное значение в эволюции P. infestans. Также представляло интерес изучить возможное влияние SINEs на межштаммовую (штаммы из удаленных местообитаний) и внутриштаммовую (селекция штаммов на агрессивность) изменчивость у P. infestans.

Цель и задачи исследования. Целью данной работы является изучение коротких ретропозонов (SINEs) в геноме Phytophthora infestans и оценка их применимости для сравнительного анализа штаммов и для г идентификации генетических изменений при селекции изолятов в бесполых генерациях. Для решения этой проблемы были поставлены следующие задачи:

1 Идентифицировать и охарактеризовать тРНК-родственные короткие диспергированные элементы (SINEs) в геноме P. infestans

2 Изучить возможности применения коротких ретропозонов для сравнительного анализа штаммов из географически удаленных мест обитания и с разных растений хозяев

3 Проанализировать морфологические и молекулярные изменения штаммов после селекции на повышение и понижение агрессивности в бесполых генерациях на разных растениях-хозяевах.

Заключение Диссертация по теме "Микология", Лаврова, Ольга Игоревна

ВЫВОДЫ.

1. Впервые описаны 12 семейств коротких ретропозонов (SINEs) в геноме P. infestans. Для элементов infSINEq, гиг продемонстрирована гомология с некоторыми видами тРНК (аланиновой, гистидиновой, аспарагиновой и треониновой).

2. Короткие ретропозоны диспергированы в геноме P. infestans, за исключением элементов infSINEr, о, i, hnq, которые преимущественно кластеризованы. Элементы infSINEr, z, i и h существуют в виде мультимеров.

3. С помощью метода RT-ПЦР было выявлено, что из всех ретроэлементов только infSINEh и / активно экспрессировались в мицелии P. infestans.

4. Исследовано видовое распределение коротких ретроэлементов. Показано, что такие элементы как infSINEh, г, I, о встречаются в геноме только P. infestans, остальные элементы и в других видах рода Phytophthora.

5. Известный ранее метод интер-SINE-nHP был адаптирован для применения в исследовании внутри- и межштаммовой изменчивости у P. infestans. Кластерный анализ не выявил групп изолятов как по признаку географического происхождения, так и по растениям -хозяевам.

6. В ходе проведенных эксперементов по селекции на повышение и понижение агрессивности в бесполых генерациях P. infestans показано, что при таких пассажах происходит общее увеличение агрессивности штаммов.

7. Штамм, выделенный из томата, имел исходно более высокую агрессивность к картофелю и томату, чем штамм из картофеля. Однако агрессивность обоих штаммов росла быстрее при пассажах на «своем» хозяине, чем на «не своем».

Изменения агрессивности, формы зооспорангиев и скорость роста искусственной среде не сопровождалось изменением положения коротких диспергированных элементов в геноме.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ.

В данной работе было описано 12 тРНК-родственных последовательностей SINE из генома P. infestans и их возможное распределение внутри рода Phytophthora. Это первое описание последовательностей SINE у оомицетов, хотя ранее было описано много других повторяющихся последовательностей у рода Phytophthora. Геном P. infestans содержит много различных семейств повторяющейся ДНК, которые в сумме составляют свыше 50% гаплоидного генома. Описанные в этой работе ретропозоны могут быть добавлены к описанной ранее повторяющейся ДНК и составляют примерно 0.6% 250 Mb генома P. infestans. Точный процент возможно выше, поскольку скорее всего многие идентифицированные элементы кластеризованы в определенных областях генома. Все предполагаемые последовательности SINE имеют 5' тРНК-родственный регион и 3' тРНК-неродственный хвост. Некоторые последовательности, обнаруженные при поиске, имели внутренний промотор РНК полимеразы III, хотя не имеют никакого сходства с тРНК на 5'конце и, таким образом, могут представлять из себя другие семейства, относящиеся к генам транскрибируемых РНК полимеразой III.

Это исследование впервые поставило цель направленного поиска последовательностей SINE в геномном ДНК оомицетов. В будущем могут потребоваться эксперименты, чтобы оценить какое влияние имели короткие диспергированные элементы на эволюцию видов рода Phytophthora, существующую активность последовательностей SINE (если она есть) и для оценки их организации в геноме. Потенциально активные последовательности SINE, такие как infSINEh и /, могли быть разработаны и использованы как инструменты для изучения популяционной генетики P. infestans, поскольку возможно для этих элементов существует инсерционный полиморфизм присутствие/отсутствие). Кроме того, в будущем, любое подтверждение, что функционирование SINE у P. infestans способствует патогенности на растении-хозяине - картофеле и томате, может дать частичное понимание известной изменчивости этого растительного патогена.

В настоящее время наиболее широкое распространение в молекулярной систематике получили маркеры анализа RAPD. Между тем, RAPD-фингерпринты достаточно трудно воспроизводятся. Методическое преимущество HHTep-SINE-niXP перед RAPD-анализом заключается в большей информативности и лучшей воспроизмости результатов. Вследствие использования в RAPD-анализе очень коротких праймеров (9-11 нуклеотидов) этот метод оказывается чувствителен даже к небольшим отклонениям в условиях ПЦР; чем и объясняется часто наблюдаемая плохая воспроизводимость его результатов. Увеличение же длины случайного праймера в RAPD приводит к уменьшению числа считываемых фрагментов. Поэтому для получения достоверных и информативных результатов приходится ставить много реакций со многими короткими случайными праймерами, в то время как в HHTep-SINE-ПЦР для получения такого же и даже большего количества фрагментов достаточно реакции с одним праймером.

Этот метод оказался подходящим для анализа межштаммовой изменчивости, но не способным выявить какие-либо внутриштаммовые различия. Исследование штаммов из удаленных местообитаний не выявило кластеризации ни по признаку географического происхождения, ни по растению-хозяину. Сильно выделялся только один изолят с о. Сахалин, отличающийся и по другим показателям.

В ходе проведенных эксперементов по селекции на понижение и повышение агрессивности в бесполых генерациях показано, что при пассажах на листьях картофеля и томатов произошло общее увеличение агрессивности штаммов, выделенных с картофеля и томата, к обоим хозяивам. Эта тенденция была сильнее выражена при отборе на увеличение агрессивности. Это отличается от результатов исследований 70 - 80 годов [Дарожкин, Псарова, 1975; Дьяков и др., 1975; Рыбакова, 1988], в которых было показано специфическое увеличение агрессивности только по отношению к своему хозяину. Также в настоящее время было выявлено значительные изменения в эпидемиологии фитофтороза, выразившейся в более раннем начале эпифитотий, появлении значительной доли штаммов расы Т1 на картофеле, более раннем поражении посадок томатов, чем картофеля. Возможно, причина этого кроется в увеличившейся роли ооспор как первичного инокулюма. Поскольку в плодах томатов формируется значительно больше ооспор, чем в листьях картофеля и томатов, остатки плодов томатов становятся важным источником первичной инфекции. Кроме того, ооспоры могут сохраняться и в семенах томатов [Смирнов и др., 2001]. При посадках пораженных семян томатов, ооспоры могут легко заражать проростки; при посадках картофеля или томатов в почву с растительными остатками, содержащими ооспоры, также могут заражаться всходы растений.

Одной из причин, позволивших ооспорам успешно перезимовывать, могло быть наблюдающееся в последние годы глобальное потепление климата [Еланский С.Н. и Рыжкин Д.В., 2002].

Произошедшие изменения в популяциях фитопатогена и, особенно, изменение роли ооспор, заставляют по новому подойти к разработке мер защиты картофеля и томатов от фитофтороза.

97

Библиография Диссертация по биологии, кандидата биологических наук, Лаврова, Ольга Игоревна, Москва

1. Алтухов Ю.П., Сапменкова Е.А. Полиморфизм ДНК в популяционной генетике. Генетика. 2002. 38(9). стр. 1173-1195,

2. Аникина М. И., Савенкова Л.В., Дьяков Ю. Т. Самофертильные изоляты Phytophthora infestans (Mont.) de Вагу. сер. Биология. Изд. АН СССР. 1997.№4 стр.414-418.

3. Багирова С.Ф., Дьяков Ю.Т. Роль ооспор в возобновлении первичной инфекции фитофтороза томата. Сельскохоз. биология, 1998. №3. стр. 67-71.

4. Банникова А. А., Матвеев В. А., Крамеров Д. А. Опыт использования интер-БТЫЕ-ПЦР в изучении филогенеза млекопитающих. Генетика. 2002. Т. 38. стр. 853-864.

5. Гарибова Л. В. Обзор и анализ современных систем грибов, Петрозаводск, 1999. стр. 15 -16.

6. Гостимский С.А., Кокаева З.Г., Боброва В.К. Использование молекулярных маркеров для анализа генома растений. Генетика. 1999. 35(11). стр. 1538-1549,

7. Дарожкин М.А., Псарова В.В. Расы Phytophthora infestans (Mont.) de Вагу на таматах у Беларуси. Весци АН БССРю Серю Сельскогаспадар. н. 1975. N3. стр. 84-85.

8. Дудка И. А., Бурдюкова Л. И1 Флора грибов Украины. Фитофторовые и альбуговые грибы.- Киев.: Наукова Думка, 1996.

9. Дьяков Ю.Т. Основные задачи работ по генетике иммунитета растений С/х биология. 1969. 4, 5. стр. 689-693.

10. Дьяков Ю.Т. Популяционная биология фитопатогенных грибов. Москва, Муравей. 1998. стр. 383 .

11. Дьяков Ю.Т., Ащайе А., Вайнштейн В.М. О статусе "томатных" рас Phytophthora infestans. Микол. и фитопатол. 1975. Т. 9. стр. 277-282.

12. Дьяков Ю.Т., Долгова А.В., Рыбакова И.Н., Багирова С.Ф. Дивергенция популяций фитопатогенного гриба Phytophthora infestans в связи с специализацией к растению-хозяину. Журнал общей биол. 1994. Т. 55. стр. 179-188.

13. Дьяков Ю.Т., Коган И.Г. Об агрессивности, вирулентности и некоторых других свойствах Phytophthora infestans (М) de Вагу С/х биология, 1966, № 5, т.1, стр. 775 783.

14. Дьяков Ю.Т., Супрун Л.М. Вероятностный метод расчета частот генов вирулентности и его применение для анализа популяций возбудителей фитофтороза картофеля P. Infestans (Mont.) de Вагу. С.-х. биология, 1984, № 3, стр. 111-118.

15. Дьяков Ю.Т., Филиппович А. Относительная роль R генов и полигенов в устойчивости клубней картофеля к фитофторозу. Картофель и овощи, № 2, 1967, М., "Колос", стр. 32-33.

16. Еланский С.Н., Петрунина Я.В., Лаврова О.И., Лихачев А.Н. Сравнительный анализ российских штаммов Stachybotrys chartarum. Микробиология. 2004. Т. 73. №1. стр. 73 79.

17. Еланский С.Н., Рыжкин Д.В. Распределение основных групп грибных спор в приземном воздухе Москвы. 1999 г. Летопись погоды, климата и экологии Москвы. 2000. Вып. 1, М:, 2002 г. стр. 65-67.

18. Еланский С.Н., Смирнов А.Н., Багирова С.Ф., Дьяков Ю.Т. Популяции Phytopthora infestans d Московской области. 2. Сравнение структур популяций, паразитирующих на картофеле и томатах. Микол. и фитопатол. 1999. Т. 33. стр. 353-359;

19. Жизнь растений, п/р Горленко М.В.- М.: Просвещение, 1976. Т.2. стр. 479.

20. Иванюк В.Г. Внутривидовая неоднородность возбудителей болезней картофеля и овощных культур. Защита растений. 1992. N7. стр. 23-24.

21. Калинин В.Н., Шипицина Г.И., Кикодзе М.Л., Рубцов П.М., Свердлова П.С., Скрябин К.Г., Логачев М.Ф., Князев Ю.А. Использование генов гормона роста для диагностики заболевания карликовостью. Мол. генет. микробиол. и вирусология. 1988. №6.стр. 30-32.

22. Кирай 3., Клемент 3., Шоймоши Ф., Вереш Е. Методы фитопатологии. Под ред. Горленко М.В., пер. с англ., Васильевой С.В., Дьякова Ю.Т., Лекомцевой С.Н., Москва, "Колос". 1974. стр. 186 191.

23. Кокаева З.Г., Боброва В.К., Петрова Т.В., Гостимский С.А., Троицкий А.В. Генетический полиморфизм сортов, линий и мутантов гороха по данным RAPD-анализа. Генетика. 1998. 34(6) стр. 771-777.

24. Конарев В.Г., Гаврилюк Н.К., Губарева и др., под ред. Конарева В.Г. Молекулярно-биологические аспекты прикладной ботаники, генетики и селекции. М.: Колос, 1993.

25. Кочиева Е.З., Оганисян Л.С., Рысков А.П. «RAPD-маркеры генома картофеля: клонирование и использование для определения межвидовых и межсортовых различий». Молекулярная биология. 1999. 33(5). стр. 893-897.

26. Крамеров Д. А., Краев А. С., Рысков А. П., Скрябин К. Г. Первичная структура высокоповторяющейся последовательности ДНК мыши, гомологичной двуспиральным участкам про-мРНК. Докл. АН СССР. 1980. Т. 252. стр. 241-244.

27. Левкина Л.М. Эволюция паразитизма в роде Cladosporium Link ex Fr. В сб. Проблемы филогении низших растений. М. Наука, 1974. стр. 99-195

28. Малышев С.В., Картель Н.А. «Молекулярные маркеры в генетическом картировании растений». Молекулярная биология. 1997. 31 (62).стр. 197-208.

29. Манниатис Т., Фрич Э., Сэмбрук Дж. Методы генетической инженерии. Молекулярное клонирование. Москва, «Мир», 1984.

30. Мюллер Э., Леффлер В. Микология.- М.: Мир, 1995, стр. 345.

31. Одинцова И.Г., Михайлова Л.А. Лабораторный метод определения неспецифической устойчивости пшеницы к бурой ржавчине. С.-х. Биология: 1981. т.16, № 1, стр. 137-141.

32. Попкова К.В. Фитофтора картофеля. М., "Колос", 1972.

33. Попкова К.В., Стройков Ю.М., Патогенные свойства рас возбудителя фитофтороза и фитофтороустойчивость картофеля. Известия ТСХА, 1977, № 6, стр. 116 121.

34. Рыбакова И.Н. Изменения агрессивности и вирулентности в популяциях Phytophthora infestans возбудителя фитофтороза картофеля и томатов. Автореферат канд. дисс. М. 1988.

35. Рыбакова И.Н., Дьяков Ю.Т. Циклические изменения генотипического состава популяций фитопатогенных грибов на примере возбудителя фитофторза картофеля. Журнал Общей биол. 1990. 51, №5, стр. 651-660.

36. Смирнов А.Н., Кузнецов С.А. Встречаемость и морфология ооспор в природных популяциях Phytophthora infestans в Московской области. Известия ТСХА, 2001. В.4. стр. 116-133.

37. Чумакова А.И. Методические указания по оценке картофеля на устойчивость к фитофторозу и отбору источников устойчивости. М. 1983. стр. 3-5.

38. Шишкин С. С., Калинин В.Н. Медицинские аспекты биохимической и молекулярной генетики. Москва. 1992.

39. Ainsworth J, Bisby, Н. Dictionary of the fungy. 8-th edition, New-York, London, 1995.

40. Asakura N., Nakamura C., and Ohtsuka I. RAPD markers lined to the nuclear gene from Triticum tiropheevii that confers compatability with Aegilops squarrosa cytoplasm on alloplasmic durum wheat. Genome. 1997. 40. pp. 201-210.

41. Avrova A. O:, Venter E., Whisson S.C. Profiling and quantifying differential gene transcription in Phytophthora infestans prior to and during the early stages of potato infection. Fungal Genet Biol. 2003. V. 40. N 1. pp. 4-14.

42. Backeljau Т., D Wolf H., Jordaens K., Van Dongen S., Verhagen R. Winnepenninckx B. Random amplified polymorphic DNA (RAPD) and parsimony methods. Cladistics. 1995. V. 11. pp. 119-130.

43. Bai D. Three novel Nicotiana debneyi specific repetitive DNA elements derived from a RAPD marker. Genome/ 1999. 42. pp. 104-109.

44. Baldauf SL, Roger AJ, Wenk-Siefert I, Doolittle WF. A kingdom-level phylogeny of eukaryotes based on combined protein data. Science. 2000. 290. pp. 972-977.

45. Benter Т., Papadopoulos S., Pape M., Mannas M. and Poliwoda H. Optimization and reproducibility of random amplified polymorphic DNA". Analytical Biochemistry.1995. 230. pp 92-100.

46. Black W. Races of Phytophthora infestans and resistance problems in potatoes. Plant Breeding Stat. Ann. Rep. 1960. pp. 29 38.

47. Black W. The nature and inheritance of field, resistance to late blight (Phytophthora infestans) in potatoes Am. Potato J. 1970. 47. pp. 279 288.

48. Black W. Inheritance of resistance to blight (Phytophthora infestans) in potatoes: interrelationscips of genes and strains. Proc. Roy. Soc. Edinb. B. 1952. 64. pp. 312-352.

49. Brommonschenkel S. Pathogenicity, compatibility, cytogenetics and isozyme patterns of Brasilian isolates of Phytophthora infestans. M.S. Thesis Universidadie Federal de Vicosa. 1998. pp. 82'.

50. Buntjer J. B. DNA repeats in the vertebrate genome as probes in phylogeny and species identification. Utrecht. Universiteit. Utrecht. Nederlands. 1997. pp. 1 -130.

51. Caetano-Annoles G. Amplifying DNA with arbitrary oligonucleotide primers. PGR Methods and Applications. 1993. 3. pp. 85-94.

52. Caetano-Anolles G., Bassam B.J., Gresshoff P.M. DNA amplification fingerprinting using very short arbitrary oligonucleotide primers. Biotechnology (NY). 1991. 9(6). pp. 553-557.

53. Caetano-Anolles G., Bassam В .J., Gresshoff P.M. DNA amplification flngeфrinting with very short primers. Applications of RAPD Technology to Plant Breeding. Joint Plant Breeding Symposia Series. 1992. pp. 18-25.

54. Cameiro M.S., Camargo L.E.A., Coelho A.S.G., Vencovsky R., Junior R.P.L., Stenzel N.M.C. and Vieira M.L.C. RAPD-based genetic linkage maps of yellow passion fruit (Passiflora edulis Sims. f. flavicarpa Deg.). Genome. 2002. 45. pp. 670-678.

55. Garter DA. PhD Thesis , University of Wales, 1990.

56. Carter D.A., Buck K. W., Archer S.A. Van der Lee Т., Shattock R.C., Shaw D.S. The detection of nonhybrid, trisomic, and triploid offspring in sexual progeny of a mating of Phytophthora infestans. Fungal Genet Biol. 1999. V.26. N.3. pp. 198-208.

57. Caten C.E. Spontaneous variability of single isolates of Phytophthora infestans. II. Pathogenic variations. Canad. J. Bot. 1970. V. 48. pp. 897-905.

58. Caten C.E., Jinks J.L. Spontaneous variability of single isolates of Phytopthora infestans. I. Cultural variations. Canad. J. Bot. 1968. V. 46. pp. 329-348.

59. Cheng C, Motohashi R, Tsuchimoto S, Fukuta Y, Ohtsubo H, Ohtsubo E. 2003. Polyphyletic origin of cultivated rice: based on the interspersion pattern of SINEs. Mol Biol Evol. 20. pp. 67-75.

60. Cohen Y., Farkash S., Reshit Z., and Baider A. Oospore production of Phytophthora infestans in potato and tomato leaves. Phytopathology. 1997. 87. pp. 191-196.

61. Cohen, Y. Local and systemic control of Phytophthora infestans in tomato plants by dl-3-amino-n-butanoic acids. Phytopathology. 1994. 84. pp. 55-59.

62. Colon L. Resistance to Phytophthora infestans in Solanum tuberosum and wildSolanum species. Diss. Agricultural University Wageningen. 1994. pp. 154.

63. Cooke DE, Drenth A, Duncan JM, Wagels G, Brasier CM. A molecular phylogeny of Phytophthora and related oomycetes. Fungal Genet Biol. 2000.30. pp. 17-32.

64. Corpet, F. Multiple sequence alignment with hierarchical clustering. Nucleic Acids Res. 1988. 16. pp. 10881-10890.

65. Deahl K.L. "Genetic and phenotypic diversity in populations of Phytophthora infestans from tomato crops in the USA". Poster Abstracts. Proc. GILB Conference. Equador. 1999. pp. 116.

66. Deininger PL, Moran JV, Batzer MA, Kazazian HH. "Mobile elements and mammalian genome evolution". Curr Opin Genet Dev. 2003: 13. pp. 651-658.

67. Domoney C., Ellis T.H.N, and Davies D.R. Organisation and mapping of legumin genes in Pisum. Mol. Gen.Genet. 1986. 202. pp. 280-285.

68. Dorrance A.E., Inglis D.A. Assessment of greenhouse and laboratory screening methods for evaluating potato foliage for resistance to late blight. Plant Disease. 1997. 81. pp. 1206 1213.

69. Dowley L. J., O'Sullivan E. Sporulation of Phytophthora infestans (Mont.) de Bary on the surface of diseasedpotatoes and tuber to tuber spread during handling. Potato Research. 1991.Vol. 34. pp. 295-296.

70. Drenth A., Goodwin S. В., Fry W. E., Davidse L. G. Genotypic diversity of Phytophthora infestans in the Netherlands revealed by DNA polymorphism. Phytopathology. 1993. Vol. 83. pp. 1087 1092.

71. Duncan, J.M. Phytophthora an abiding threat to our crops. Microbiol. Today. 1999. 26 pp. 114-116.

72. Efron В., Gong G. A leisurely look at the bootstrap, the jacknife, and cross-validation. Am. Stat. 1988. V. 37. pp. 36-48.

73. Eide C.J., Bonde R., Gallegly N.E., Graham K., Mills W.R., Niederhauser J., Wallin J.R. Report of the late blight investigation committee. Am. Potato J. 1959. 11. pp. 421 423.

74. Elansky S. N., Smirnov A. N. Second locus of Peptidase as a marker for genetic investigations of Phytophthora infestans (Mont) de Bary. Botanica Lithuanica. 2003. V. 9, N. 2.

75. Feschotte C, Fourrier N, Desmons I, Mouches C. Birth of a retroposon: the Twin SINE family from the vector mosquito Си lex pipiens may have originated from a dimeric tRNA precursor. Mol Biol Evol. 2001.18. pp. 74-84.

76. Flier W. G. Variation in Phytophthora infestans, sources and implications. PhD Thesis, Wageningen University, 2001.

77. Forbes G.A., Oyarzun PJ., Pozo A., Ordonez M.E. Host specificity of late blight pathogen on potato and tomato in Equador. GILB IP Profram Report. 1995. V. 96. pp. 138-143.

78. Fry WE, Goodwin SB. Re-emergence of potato and tomato late blight in the United States. Plant Dis. 1997. 81. pp. 1349-1357.

79. Galande A.A., Tiwari R., Ammiraju J.S.S., Santra D.K., Lagu M.D., Rao V.S., Gupta V.S., Misra B.K., Nagarajan S., Ranjekar P.K. Genetic analysis of kernel hardness in bread wheat using PCR-based markers. Theor. Appl. Genet. 2001. 103. pp. 601-606.

80. Garelik G. Agriculture. Taking the bite out of potato blight. Science. 2002. 298. pp. 1702-1704.

81. Gelfand D.H. and White T.J. Termostable DNA polymerases. PCR Protocols. A Guide to Methods and Applications. 1990. pp. 129-141.

82. Gonzalez J.M. and Ferrer E. Random amplified polymorphic DNA analysis mHordeum species. Genome 1993. 38. pp. 1029-1031.

83. GoodwinS.B:, Drenth A., Fry W.E. Clonal and genetic analyses of two highly polymorphic moderately repetitive nuclear DNAs from Phytophthora infestans. Current Genetics. 1992. V.22.pp. 107-115.

84. Hallden C., Hansen M., Nilsson N.-O., Hjerdin A., Sail T. Competition as source of errors in RAPD analysis. Theor. Appl. Genet. 1996. 93.pp.1185-1192.

85. Harrison J., Barker H., Lowe R., Rees E. Estimation of amounts of Phytophthora infestans mycelium in leaf tissue by enzyme linked immunoabsorbent assay Plant Pathology. 1990. 39. pp. 274 - 277.

86. Hartman G.L. Characteristics of Phytophthora infestans isolates and development of late blight on tomato in Taiwan. Plant Disease. 1995. V. 79. pp. 849-852.

87. Hicks M., Adams D., O'Keefe S., Macdonald E., and Hodgetts R. The development of RAPD and microsatellite markers in lodgepole pine (Pinus contortavar. latifolia). Genome 1998. 41. pp. 797-805.

88. Hodgson W. Laboratory testing of the potato for partial resistance to Phytophthora infestans. American potato journal. 1961. 38. pp. 261 -264.

89. Huang S.C., Tsai C.C. and Sheu C.S. Genetic analysis of Chrysanthemum hybrids based on RAPD molecular markers. Bot. Bull. Acad. Sin. 2000. 41.pp. 257-262.

90. Irzikowska L., Wolko B. The genetic linkage map of pea (Pisum sativum L.) based on molecular, biochemical and morphological markers. Pisum Genetics. 2001. 33. pp. 13-18.

91. Jaime-Garcia R., Trinidad-Correa R., Felix-Gastelum R., Oram T.V., Wasmann C.C. and Nelson M.R. Temporal and spatial patterns of genetic structure of P. infestans from tomato and potato in the Del Fuerte Valley. Phytopathology. 90. pp. 1188-1195.

92. Jinks J.L., Grindle M. Changes induced by training in Phytophthora infestans. Heredity. 1963. V. 18. pp. 245-264.

93. Joshi C.P., Nguyen H.T. RAPD-(Random Amplified polymorphic DNA) analysis based intervarietal relationships among hexaploid wheat. Plant Science 1993. 93. pp. 95-103.

94. Judelson H.S., Spielman L.J., Shattock R.C. Genetic mapping and non-Mendelian segregation of mating type loci in the oomycete, Phytophthora infestans. Genetics. 1995. V. 141. N 2. pp. 503-512.

95. Judelson HS, Randall ТА. Families of repeated DNA in the oomycete Phytophthora infestans and their distribution within the genus. Genome. 1998. 41. pp. 605-615.

96. Judelson HS. 2002. Sequence variation and genomic amplification of a family of Gypsy-like elements in the oomycete genus Phytophthora. Mol Biol Evol. 19. pp. 1313-1322.

97. Kachroo P, Leong SA, Chattoo BB. Mg-SINE: a short interspersed nuclear element from the rice blast fungus, Magnaporthe grisea. Proc Natl Acad Sci U S A. 1995. 92. pp.11125-11129.

98. Kamoun S, Hraber P, Sobral B; Nuss D, Govers F. Initial assessment of gene diversity for the oomycete pathogen Phytophthora infestans based on expressed sequences. Fungal Genet Biol. 1999. 28. pp. 94-106.

99. Kamoun S. Molecular genetics of pathogenic oomycetes. Eukaryot Cell. 2003.2. pp.191-199.

100. Kamoun S., van West P., Govers F. Quantification of late blight resistance of potato using transgenic Phytophthora infestans expressing beta glucoronidase. European journal of plant pathology. 1998. 104. pp. 521 — 525.

101. Kaukinen J., M., Varvio S-L. Artiodactyl retroposons: Association with microsatellites and use in SINEmorph detection by PCR. Nucleic Acids Res. 1992. V. 20. pp. 2955-2958.

102. Khlestkina E.K., PestovaE.G., SalinaE., Roder M.S., Arbuzova V.S., Koval S.F. and Bomer A. Molecular mapping and tagging of wheat genes using RAPD, STS and SSR markers. Cellular & Molecular Biology Letters. 2002.7. pp. 795-802;

103. Knutson K. Studies on the nature of field resistance of the potato to late blight. American potato journal; 1962.39. pp. 152- 162.

104. Ко J.-M., Do G.-S., Suh D.-Y., Seo B.-B., Shin D.-C. and Moon H.-P. Identification and chromosomal organization of two rye genome-specific RAPD ? products useful as introgression markers in wheat. Genome. 2002. 45. pp. 157-164.

105. Ко W.H. Heterothallic Phytophthora. Evidence for hormonal regulation of sexual reproduction. J. Gener Microbiol. 1978. Vol. 107. pp.15-18.

106. Kulkarni R.N., Chopra V.L. Environment as the cause of differential interaction between host cultivars and pathogenic races. Phytopathology. 1982. 72. pp. 1384- 1386.

107. Lam ST. Phytophthora genomics consortium. Phytopathology. 2001. 91. pp.158.

108. Landeo J. A. Data processing and interpretation of Late Blight resistance parameters. CIP Subproject annual progress report, January 1, 1999. pp. 000062 -63.

109. Leberton L., Andrivon D. French isolates of Phytophthora infestans from potato and tomato differ in phenotype and genotype. Europ. J. Plant Pathol. 1998. V. 104. pp. 583-594.

110. Legard D.E., Lee T.Y., Fry W.E. Pathogenic specialization in Phytophthora infestans: agressiveness on tomato. Phytopathology. 1995. V. 85. pp. 1356-1361.

111. Link W., Dixens C., Singh M., Schwall W., Melchinger A. F. Genetic diversity in European Mediterranean faba bean germ plasm revealed by Rapd markers. Theor. Appl. Genet. 1995. V. 90. pp. 27-32.

112. Lowe TM, Eddy SR. tRNAscan-SE: a program for improved detection of transfer RNA genes in genomic sequence. Nucleic Acids Res. 1997. 25. pp. 955-964.

113. Lukowitz W., Gillmor C. S. and Scheible W. R. Positional cloning in Arabidopsis. Why it feels good to have a genome initiative working for you. Plant Physiol. 2000.123. pp. 795-805.

114. Malcolmson J.F. Assessment of field resistance to blight (Phytophthora infestans) in potatoes. Trans. Br. Mycol. Soc. 1976. 67. pp. 321 -325.

115. Mueller U.G. and Wolfenbarger L. AFLP genotyping and fingerprinting. Trends in Ecology and Evolution 1999. 14. pp. 389-394.

116. Mukerjee N., Roy A.B. Microbial influence on the formation of oospores in culture by Phytophthora parasitica var. Sabdariffae. Phytopathology. 1962. Vol. 52. pp. 583-584.

117. Myouga F, Tsuchimoto S, Noma K, Ohtsubo H, Ohtsubo E. Identification and structural analysis of SINE elements in the Arabidopsis thaliana genome. Genes Genet Syst. 2001. 76. pp. 169-179.

118. Nakai Т., Cook R.J. Factors in loss of pathogenicity in Geumannomyces graminis var. tritici. Phytopatrhology. 1983. V. 73. pp. 1652-1656.

119. Nelson D. L. Interspersed repetitive sequence polymerase chain reaction (IRS-PCR) for generation of human DNA fragments from complex sources. Methods, Companion Methods Enzymol. V. 2. pp. 60-74.

120. Newbury H.J. and Fofd-Lloyd B.V. The use of RAPD for assessing variation in plants. Plant Growth Regulation 1993. 12. pp. 43-51.

121. Niederhauser, J.S. Resistance to Phytophthora infestans in Mexico. First Int. Congr. PI. Pathology, London. 1968. Abstr. of papers, p. 138.

122. Noli E., Salvi S. and Tuberosa R. Comparative analysis of genetic relationships in barley based on RFLP and RAPD markers. Genome. 1997.40. pp. 607-616.

123. Ogiwara I, Miya M, Ohshima K, Okada N. V-SINEs: a new superfamily of vertebrate SINEs that are widespread in vertebrate genomesand retain a strongly conserved segment within each repetitive unit. Genome Res. 2002. 12. pp. 316-324.

124. OkadaN. SINEs. Curr. Opin. Genet. Dev. 1990. V. 1. pp. 498-504.

125. Paniego N., Echaide M:, Munoz M., Fernandez L., Torales S., Faccio P., Fuxan I., Can-era M., Zandomeni R., Suarez E.Y., Hopp H.E. "Microsatellite isolation and characterization in sunflower (Hehanthusannuus Z,.)". Genome 2002. 45(1). pp. 34-43:

126. Perry M.D., Davey M.Rl, Power J.B:, Lowe K.C., Bligh H.F.J., Roach P.S.and Jones C. DNA Isolation and AFLP™ Genetic Fingerprinting of Theobroma cacao (L.) . Plant Molecular Biology Reporter 1998. 16. pp. 4959.

127. Phillips D.J., Margosan D.A., MacKey B.E. Volume, nuclear number, and agressiveness of conidia of Monilia fructicola produced on media with varied glucose concentrations at 15 and 24° C. Phytopathology. 1989. V. 79. pp. 401-403.

128. Pipe N.D., Shaw D.S.Telomere-assocated restriction fragment length polymorphisms in Phytophthora infestans. Molecular Plant Pathology OnLine. 1997.

129. Quentin Y. Origin of the Alu family: a family of Alu-like monomers gave birth to the left and the right arms of the Alu elements. Nucleic Acids Res. 1992. 20. pp. 3397-3401.

130. Qui J., van Senten E. and Tuzun S. Optimization of DNA amplification fingerprinting to study genetic relationships of white lupin germplasm. Plant Breeding 1995.114. pp. 525-529.

131. Rafalki, J.A., and Tingey, S.V. Genetic diagnostics in plant breeding; RAPDs, microsatelites, and machines. TIG. 1993.9(8) pp. 275-280.

132. Raicu C., Rafaila C., Costache M. Phytophthora species occurring on tomato. Rev. Roum. Biol. Ser. Bot. 1971. V. 16. pp. 303-310.

133. Roder M.S., Plaschke J., Konig S.U., Bomer A., Sorrells M.E., Tanksley S.D. and Ganal M.W. Abundance, variability and chromosomal location icrosatellites in wheat. Mol. Gen. Genet. 1995. 246. pp. 327-333.

134. Rubin CM, Kimura RH, Schmid СW. Selective stimulation of translational expression by Alu RNA. Nucleic Acids Res. 2002. 30. pp. 3253-3261.

135. Rus-Kortekaas V., Smulder M.J.Mi, Arens Pi and Vosman V. Direct comparision of levels of genetic variation in tomato detected by a GACA containing microsatellite probe and by random amplified polymorphic DNA. Genome. 1994. 37. pp. 375-381.

136. Rutherford F.S., Ward E.W.B., Buzzel R.I. Variation in virulence in successive single-zoospore propagations of Phytophthora megasperma f.sp. glycinea. Phytopathology. 1985. V. 75. pp. 371-374.

137. Saiki R. Amplification ofgenomic DNA. In M. A. Innis. D. H. Gelfand, J. J. Sninsky and T. J. White (eds) PCR protocols. Academic Press, Inc. San Diego. 1990. pp. 13-20.

138. Saliba-Colombani V., Causse M., Gervais L., and Philouze J. Efficiency of RFLP, RAPD and AFLP markers for the construction of an intraspecific map of the tomato genome. Genome 2000. 43. pp. 29-40.

139. Sambrook J, Fritsch EF, Maniatis T. Molecular cloning: a laboratory manual 2nd edition. Cold Spring Harbour Press, USA. 1989.

140. Sanchez de la Hoz M.P., Davila J.P., Loarce Y. and Ferrer E. Simple sequence repeat primers used in polymerase chain reaction amplifications to study genetic diversity in barley. Genome. 1996. 39. pp. 112-117.

141. Sanchez-Escribano E.M., Martin J.P., Carreno J., Cenis J.L. Use of sequence-tagged microsatellite site markers for characterizing table grape cultivars. Genome. 1999.42. pp. 87-93.

142. Sansome E., Brasier D.S. Diploidy and chromosomal structural hibridity in Phytophthora infestans. Nature. 1973: V.241. pp. 344-345.

143. Schick R., Hopfe A. Die selection der kartoffel. Die kartoffel. Bd. 1962. 11.

144. Schmitz J, Zischler H. A novel family of tRNA-derived SINEs in the colugo and two new retrotransposable markers separating dermopterans from primates. Mol Phylogenet Evol. 2003. 28. pp. 341-349.

145. Sehgal S.P., Prasad N. Instability of pathogenic characters in the isolates of sesamum Phytophthora and effect of host passage on the virulence isolates. Phytopathology. 1971. V. 61. pp. 295-298.

146. Shattock RC. Phytophthora infestans: populations, pathogenicity and phenylamides. Pest Manag Sci. 2002. 58.pp. 944-950.

147. Simsek M., Adnan H. Effect of single mismatches at 3-end of primers on polymerase chain reaction. Medical Sciences 2000.2. pp. 11-14.

148. Singer M. F. SINEs and LINEs: highly repeated short and long interspersed sequences in mammalian genomes. Cell. 1982. V. 28. pp. 433434.

149. Singh B.P., Birhman R.K. Laboratory estimation of field resistance of potato to late blight. Journal of Phytopathology. 1994. 140. pp. 71 76.

150. Sogin ML, Silberman JD. Evolution of the protists and protistan parasites from the perspective of molecular systematics. Int J Parasitol. 1998. 28. pp.11-20.

151. Southern E.M. Detection of specific sequences among DNA fragments separated by gel electrophoresis. J. Mol. Biol. 1975. 98(3) pp. 503-517.

152. Stewart H.E. Effect of plant age and inoculum concentration on expression of major gene resistance to Phytophthora infestans in detached potato leaflets. Mycol. Res. 1990. 94. pp. 823 826.

153. Stewart H.E., Fravelle P.H., Mc Calmont D.C., Wastie R.L. Correlation between glasshouse and field tests for resistance to foliage blight caused by Phytophthora infestans. Potato Research. 1983. 26. pp. 41 48.

154. Swofford D. L. PAUP*. Phylogenetic Analysis using parsimony ( * and other methods), ver. 4. Sinauer Associates, Sunderland, Massachusetts. 1998.

155. Tanksley S.D. Mapping polygenes. Annual reviw of genetics. 1993. 27. pp. 205-233.

156. Tooley P. W., Sweigard J.A., Fry W.E. Fitness and virulence of Phytophthora infestans isolates from sexual and asexual population. Phytopathology. 1986. 76. pp. 1209 1212.

157. Tooley PW, Garfinkel DJ. Presence of Ту 1 -copia group retrotransposon sequences in the potato late blight pathogen Phytophthora infestans. Mol Plant Microbelnteract. 1996. 9. pp. 305-309.

158. Tooley PW, Therrein CD. Cytophotometric determination of the nuclear DNA content of 23 Mexican and 18 non-Mexican isolates of Phytophthora infestans. Exp. Mycol. 1987. 11. pp. 19-26.

159. Toxopeus H.J. Notes on the inheritance of field resistance of the foliage of Solanum tuberosum to Phytophthora infestans. Euphytica. 1959. n. 8, p.p. 117-124.

160. Turkensteen L. J. Durable resistance of potatoes against Phytophthora infestans. Pages 115-124 in: Jacobs Т.Н., Parlevliet J.E. eds., Durability of disease resistance, Kluwer academic publishers. 1993: Dordrecht, Netherlands.

161. Ullu E, Tschudi C. Alu sequences are processed 7SL RNA genes. Nature. 1984.312. pp. 171-172.

162. Umaerus V. Disease assessment of late blight (,Phytophthora infestans) in the foliage. Potato disease assessment keys. EAPR. As Trykk, Norway, 1987.

163. Umaerus V., Lihnell D. A laboratory method for measuring the degree of attack by Phytophthora infestans. Potato Research. 1976. n. 19, pp. 91 — 107.

164. Van de Peer and De Wachter. "TREECON: a software package for the construction and drawing of evolutionary trees" Cabios. 1994. V. 9. N 2. pp. 177-182.

165. Van de Wiel C., Arens P. and Vosman B. "Microsatellite retrieval in lettuce (Lactuca sativa L)". Genome. 1999. 42. pp. 139-149.

166. Van der Lee T, De Witte I, Drenth A, Alfonso C, Govers F. "AFLP Linkage Map of the Oomycete Phytophthora infestansFungal Genet Biol. 1997. 21. pp.278-291.

167. Van der Lee T, Robold A, Testa A, van't Klooster JW, Govers F. Mapping of avirulence genes in Phytophthora infestans with amplified fragment length polymorphism markers selected by bulked segregant analysis. Genetics. 2001. 157. pp.949-956.

168. Van der Plank J.E. Stability of resistance to Phytophthora infestans in cultivars without R genes. Potato Res. 1971 14. pp. 263 - 270.

169. Vas P., Hogers R., Bleeker M. et al. AFLP: a new technique for DNA fingerprinting. Nucleic Acids Research. 1995. V. 23. № 21. pp. 4407-4414.

170. Voglmayr H, Greilhuber J. Genome size determination in peronosporales (Oomycota) by Feulgen image analysis. Fungal Genet Biol. 1998.25. pp.181-195.

171. Vos P., Hogers R., Bleeker M., ReJans M., van de Lee Т., Homes M., Fritjers A., Pot J., Peleman J., Kuiper M., and Zabeau M. AFLP: a new technique for DNA fingerprinting. Nucl. Acids Res. 1995. 23. pp. 44074414.

172. Waugh M, Hraber P, Weller J, Wu Y, Chen G, Inman J, Kiphart D, Sobral B. The Phytophthora genome initiative database: informatics and analysis for distributed pathogenomic research. Nucleic Acids Res. 2000. 28. pp.87-90.

173. Waugh R. and Powell W. Using RAPD markers for crop improvement. Trends Biotechnol. 1992. 10. pp. 186-191.

174. Weeden N.F., Timmerman G.M., Hemmat M., Kneen B.E., and Lodhi MiA. Inheritance and reliability of RAPD markers. Applications of RAPD Technology to Plant Breeding. 1993. pp. 12-17.

175. Weiner AM. SINEs and LINEs: the art of biting the hand that feeds you. Curr Opin Cell Biol. 2002. 14. pp.343-350.

176. Weir B.J, St-Pierre R.G. and Chibbar R.N. Isolation ofDNA for RAPD analysis from leaves of the saskatoon (Amelanchier ainifolia Nutt.) and other, horticultural crops. Canadian Journal of Plant Science. 1996. 76. pp. 819-824.

177. Welsh J., McClelland M. Fingerprinting genomes using PCR with arbitrary primers. Nucleic Acids Res. 1990. 18(24). Pp. 7213-7218.

178. Williams J.G.K, Kubelik A.R, Livak K.J, Rafalski J.A. and Tingey S.V. DNA polymorphisms amplified by arbitrary primers are useful as genetic markers. Nucleic Acids Research. 1990.18(22). pp. 6531-6535.

179. Yoshioka Y, Matsumoto S, Kojima S, Ohshima K, Okada N, Machida Y. Molecular characterization of a short interspersed repetitive element fromtobacco that exhibits sequence homology to specific tRNAs. Proc Natl Acad Sci USA. 1993. 90. pp. 6562-6566.

180. Yu K., Park S.J. and Poysa V. Abudance and variation of microsatellite DNA sequences in beans (Phaseolus and Vigna). Genome. 1999. 42. pp. 27-34.

181. Zietkiewicz E., Rafalski A., Labuda D. Genome fingerprinting by simple Sequence repeat (SSR)-anchored polymerase chain reaction amplification. Genomics. 1994. V.20. pp. 176-183.