Изучение взаимодействия р50-мажорного белка мРНП - с РНК

Скабкин, Максим Александрович

Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему
Изучение взаимодействия р50-мажорного белка мРНП - с РНК
ВАК РФ 03.00.03, Молекулярная биология

Автореферат диссертации по теме "Изучение взаимодействия р50-мажорного белка мРНП - с РНК"

На правах рукописи

СКАБКИН Максим Александрович

ИЗУЧЕНИЕ ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ р50 - МАЖОРНОГО БЕЛКА мРНП - С РНК

03.00.03 - Молекулярная биология

Автореферат диссертации на соискание ученой степени кандидата биологических наук

Москва - 2003

Работа выполнена в Институте белка РАН

Научный руководитель:

академик РАН, профессор Овчинников Лев Павлович Официальные оппоненты:

доктор биологических наук, профессор Карпов Вадим Львович доктор биологических наук, профессор Морозов Сергей Юрьевич

в_часов на заседании диссертационного совета Д. 501.001.76

при Московском Государственном Университете им. М.В. Ломоносова.

С диссертацией можно ознакомиться в библиотеке Биологического факультета МГУ им. М.В. Ломоносова.

Ведущая организация:

Институт биологии гена РАН

Защита состоится

2003 г.

Автореферат разослан

Г)

2003г.

Ученый секретарь Совета кандидат биологических наук

И.О. Калинина

I 2.8 f о ОБЩАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА РАБОТЫ

Актуальность проблемы. В цитоплазме эукариотических клеток вся мРНК присутствует в форме матричных рибонуклеопротеидных частиц мРНП или информосом. Белки мРНП упаковывают мРНК и принимают участие в ее биогенезе и функционировании в качестве матрицы в белковом синтезе. мРНП из разных источников обладают уникальными физико-химическими характеристиками, к которым относится: ]) широкое седиментационное распределение, отражающее гетерогенность мРНК по размерам в большинстве клеток; линейная корреляция между коэффициентом седиментации частиц и мРНК, причем коэффициенты седиментации мРНП превышают коэффициент седиментации мРНК в 2,5 - 3 раза; 2) Постоянное весовое соотношение белок/РНК, равное 3 для свободных мРНП и 2 для полисомных, что обуславливает уникальную плавучую плотность в CsCl этих частиц -1,39 - 1,4 г/см3, у свободных мРНП и 1,45 г/см3, у полисомных транслируемых мРНП; 3) чрезвычайно высокая чувствительность мРНП к эндорибонуклеазам, свидетельствующая о поверхностном расположении мРНК в частицах (Preobrazensky and Spinn, 1978).

Многочисленные белки, входящие в состав мРНП, можно условно подразделить на три группы. Первую группу составляют белки, специфически связывающиеся только с некоторыми мРНК, имеющими участки узнавания для этих белков, например, белки, участвующие в селективной регуляции активности и стабильности мРНК, а также определяющие локализацию мРНК в клетках. Ко второй группе можно отнести белки, присутствующие на всех мРНК, но в единичных копиях и ограниченное время, например, факторы трансляции, поли(А)-полимеразы, декэпирующие ферменты и др. В третью группу входят белки, ассоциированные с большинством или всеми мРНК и представленные на них в большом количестве копий. Наиболее изученными среди белков последней группы являются поли(А)-связывакмций белок (РАВР) и р50 или YB-1. Именно эти два белка всегда обнаруживаются как мажоры в препаратах белков транслируемых мРНП полисом различных организмов (Preobrazhensky and Spinn, 1978).

РАВР обладает повышенным сродством к поли(А)-последовательностям и связывается с поли(А)-хвостом мРНК. Белок активирует трансляцию поли(А)+ мРНК на стадии инициации. Этот белок может участвовать в циклизации мРНП и сближать концы мРНК. Предполагается, что циклизация мРНК способствует процессу ре-инициации трансляции на 5' конце мРНК рибосомами, покидающими мРНК после терминации полипептидной цепи.

р50 взаимодействует с различными участками мРНК, отличающимися как по составу, так и по последовательности нуклеотидов и, вероятно, может образовывать с ними очень стабильные комплексы. Если РАВР обнаруживается главным образом на транслируемых мРНК в полисомах, то р50 присутствует как в транслируемых мРНП полисом, так и в свободных нетранслируемых мРНП, причем здесь его количество вдвое больше в расчете на то же весовое количество мРНК. В полисомных мРНП р50 стимулирует трансляцию на стадии инициации и участвует в локализации трансляционно активной мРНК на актиновом скелете. В свободных мРНП, где его больше, р50 ингибирует трансляцию тоже на стадии инициации и существенно повышает время жизни мРНК в клетке. Предполагается, что именно р50 является

основным белом мРНП, определяющим уникальную структурную организацию транслируемых и нетранслируемых мРНП (Evdokimova and Ovchinnikov, 1999).

р50 состоит из трех доменов - N-концевого алапин/пролин богатого домена (AP-домена), имеющего сайт связывания актина, центрального домена холодового шока (CSD), связывающего РНК и ДНК, и С-концевого домена, который имеет сродство к РНК и может олигомеризоваться. Исходя из свойств этого белка было предположено, что переход мРНК из транслируемой в нетранслируемую форму может сопровождаться перестройкой структуры мРНП из развернутого состояния, в котором р50 в виде мономера связан с мРНК обоими РНК-связывающими доменами (CSD и С-концевым доменом), в компактное состояние, в котором р50 взаимодействует с мРНК только CS-доменом, а С-концевые домены вытесняются из комплекса с мРНК и взаимодействуют друг с другом (Evdokimova and Ovchinnikov, 1999).

Цель и задачи исследования. Настоящая работа посвящена исследованию комплексов мРНК с белком р50, а также выяснению того, в какой степени р50 способен влиять на структуру мРНК в составе мРНП. В связи с этим были поставлены следующие экспериментальные задачи: 1) установить, может ли один р50 формировать с мРНК комплексы с характеристиками природных мРНП (информосом); 2) определить, как меняется четвертичная структура р50 при взаимодействии его с мРНК и изменяются ли контакта двух доменов р50 с мРНК в комплексах с разным соотношением р50/мРНК; 3) установить, как р50 влияет на вторичную структуру мРНК при различных соотношениях р50/мРНК.

Научная новизна работы. В результате проделанной работы впервые показано, что при насыщении мРНК белком р50 образуются комплексы с коэффициентом седиментации и плавучей плотностью в CsCl, характерными для природных мРНП (информосом). В этих комплексах р50 легко переходит с одной мРНК на другую, т.е. р50 образует с мРНК динамичную структуру. При небольших соотношениях р50/мРНК белок связывается с мРНК, как мономер, обоими РНК-связывающими доменами; при увеличении этого соотношения р50 формирует на мРНК крупные белковые комплексы, в которых р50 взаимодействует с мРНК преимущественно N-концевой частью с доменом холодового шока (CSD). Было установлено, что р50 способен ускорять отжиг комплементарных цепей РНК, а также их обмен в РНК-дуплексах. Наконец, показано, что, в зависимости от соотношения р50/РНК, р50 может переводить РНК в денатурированное или "нативное" состояние.

Апробация работы. Основные результаты работы были доложены на международном симпозиуме "Microbial and Cellular Systems for Pharmacology, Biotechnology, Medicine and Environment", организованном ИНТАС, (Москва, 1999), международных конференциях "Translational Control" (Колд Спринт Харбор, США, 2000) и "International Conference in Honour of Alexander Spirin" (Пущино, 2001), на третьем Всеросийском биохимическом съезде (Санкт-Петербург, 2002), на ежегодных научных конференциях Института белка РАН (Пущино, 1998 и 2000).

Публикации. По материалам диссертации опубликовано 6 печатных работ.

Структура диссертации. Диссертация состоит из следующих разделов: "Введение", "Обзор литературы", посвященный описанию строения и функционирования мРНП, "Материалы и методы", "Результаты", "Обсуждение результатов", "Выводы" и "Список литературы". Работа иллюстрирована рисунками и таблицами.

РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ

1. Седиментационная и плотностная характеристика комплексов, образуемых белком р50 с мРНК

р50 - универсальный белок полисомных и свободных мРНП, наиболее прочно связанный с мРНК и присутствующий в мРНП в большом количестве копий. р50 давно рассматривается как основной структурный белок мРНП. Было интересно выяснить, насколько комплексы, образуемые р50 с мРНК при ее насыщении белком, сходны по физико-химическим характеристикам с природными мРНП. Ответ на поставленный вопрос можно получить путем седиментационного и плотностного анализа комплексов р50 с мРНК.

1.1. Седиментационная характеристика комплексов р50 с мРНК

Во всех экспериментах по сборке комплексов р50 с мРНК использовали некэпированную а-глобиновую мРНК кролика длиной около 660 нуклеотидов, синтезированную Т7-полимеразой in vitro. Комплексы р50 с 32Р-меченной а-глобиновой мРНК формировали при различных молярных соотношениях р50/мРНК в пределах от 1,5:1 до 60:1.

Чтобы оценить коэффициент седиментации комплексов р50 с мРНК, а также проверить их седиментационную однородность, комплексы, образованные при разных соотношениях р50/мРНК, анализировали центрифугированием в градиенте концентрации сахарозы (рис. 1). Исходная глобиновая РНК имела коэффициент седиментации около 9S. Небольшой компонент с более высоким коэффициентом седиментации, обнаруженный в препарате, по-видимому, представлял собой устойчивую конформационную форму мРНК, которая исчезала при анализе препарата мРНК в денатурирующих условиях (7 М). При добавлении к мРНК белка р50 в возрастающих количествах коэффициент седиментации образуемых комплексов плавно возрастал. До молярного соотношения р50/мРНК 12:1 весь белок оказывался связанным с мРНК, но при больших соотношениях начинал появляться в свободном виде, хотя коэффициент седиментации комплексов еще не достигал максимальной величины.

Максимальное насыщение а-глобиновой мРНК белком р50 наступало при молярном соотношении 36:1. Образовавшиеся насыщенные комплексы были седиментационно однородными и имели коэффициент седиментации около 28S, т.е. коэффициент седиментации насыщенных комплексов р50 с мРНК превышал коэффициент седиментации использованной РНК в три раза, что характерно для природных мРНП.

р50/а-гл РНК=3:1 (моль/моль)

фрякцнв

.0 2 4 б 8 10 12 14

р50[

в р50/ач-л РНК = 12:1 (моль/моль)

0020 1В8|

фрягащи

8 10 12 14

р50[

р50/а-гл РНК = 36:1 (моль/моль)

р50/а-гл РНК=6:1 (моль/моль) 188| л 98^

фракцви рЯ>[

10 12 14

0 010

0 008

4» * 0 006

1 0 004

0002

0 000

р50/а-гл РНК = 24:1 (моль/моль)

р50

0 и 2 4 6 8 10 12 14

1 1 Щт— --— |

£ 0006 0003 р50/а-гл РНК=60:1 (моль/моль)

2Ю

о0004 « £.0003

^0 002

0 001 0000 и верх

р50

0 2 4 6 8 10 12 14 ^„„0 2 4 6 10 12 14

р501 —- |

Рис. 1. Седиментационное распределение комплексов р50 с а-глобиновой мРНК в градиенте сазарозы. р50 инкубировали с нР-меченной а-глобиновой мРНК при указанных молярных соотношениях в буферном растворе (10 мМ Нерез-КОН, рН 7,6, 100 мМ КС1, 0,5 едУмкл РНазина) в течение 15 мин при 30°С. Пробы центрифугировали в 5-20% градиентах сахарозы в роторе БЧУ-бО при 45000 об/мин в течение 4 часов при +4°С. Распределение РНК регистрировали по поглощению при 254 нм; распределение белка - по окраске кумасси Я-250 после вОв-гель электрофореза материала фракций градиентов.

1.2. Плотностноераспределение комплексовр50 с мРНК в градиенте CsCl

Важнейшей характеристикой природных мРНП является их уникальная величина плавучей плотности в CsCl, которая, в случае свободных мРНП, соответствует 1,39 - 1,4 г/см3 (Preobrazhensky and Spinn, 1978). Чтобы определить плавучую плотность комплексов р50 с мРНК, собранные in vitro комплексы с 32Р-меченной а-глобиновой мРНК фиксировали УФ-облучением и формальдегидом и центрифугировали в градиенте плотности CsCl до равновесия (рис. 2). В интервале соотношений р50/мРНК от 12:1 до 48:1 наблюдался один гомогенный пик. Плавучая плотность этого пика плавно снижалась по мере увеличения соотношения р50/мРНК и достигала при насыщении мРНК белком 1,39 г/см3. Насыщение а-глобиновой мРНК белком р50 наступало при молярном соотношении р50/мРНК около 36:1, что согласуется с результатами опыта по центрифугированию мРНП-комплексов в градиенте сахарозы. Избыточный белок, который не входил в сформированный комплекс, детектировался во фракциях с характерной белковой плотностью около 1,35 г/см3. Величина плавучей плотности комплексов р50 с мРНК, полученных при насыщении мРНК белком, полностью соответствовала значению плавучей плотности природных нетранодируемых мРНП (информосом).

Рис. 2. Распределение комплексов р50 с а-глобиновой мРНК в градиенте плотности CsCl.

Комплексы р50 с 32Р-меченной глобиновой мРНК получали при указанных молярных соотношениях р50/мРНК как описано в подписи к рис. 1 (буферный раствор без РНазина) и фиксировали УФ-облучением (1 Дж/см2) и 4% формальдегидом. Образцы центрифугировали в градиенте CsCl в роторе SW-55Ti при 36000 об/мин в течение 24 часов при +4°С. Распределение РНК определяли по радиоактивности во фракциях градиента; распределение р50 - методом Western-dot анализа; плотность CsCl рассчитывали из показателя преломления.

1.3. При низких соотношенияхр50/мРНК белок связывается с мРНК как мономер, в то время как при высоких соотношениях р50 образует на мРНК мупьтимеры

Известно, что белок р50 в свободном виде находится в виде гомомультимерных комплексов с молекулярной массой до 800 кДа (Еу<1окшюуа й а1., 1995). Возникает вопрос, присоединяется ли р50 к мРНК в виде мультимера или при взаимодействии с мРНК он мономеризуется, но восстанавливает свою мультимерную организацию на мРНК при высоких соотношениях р50/мРНК, как это было предположено ранее. Эксперимента по центрифугированию в градиенте концентрации сахарозы и градиенте плотности СбСЛ, описанные выше, показали унимодальное седиментационное и плотностное распределение комплексов, образованных при разных соотношениях р50/мРНК и плавный сдвиг коэффициента седиментации и плавучей плотности при изменении этого соотношения. Такое поведение комплексов согласуются с предположением о том, что р50 связывается с мРНК как мономер, хотя сравнительно низкая разрешающая способность этих методов не позволяет полностью исключить возможность посадки р50 на мРНК небольшими кооперативными труппами.

перешивка 0,2% гл.аль.

р50/РНК Р50/РНК I? > л" 4? £

моль/моль - ^ л? »ч" (ё" >0? «? мель/моль - ч' ") >1 ¿' Ч N ч

■ Щг

«Да

— 205—

—121—

— 67 —

ж — 47 —

1 2

1 2 3456 789

12345 6789

Рис. 3. Изменение олигомериого состояния р50 в комплексах с мРНК, образованных прн различных соотношениях р50/мРНК. Комплексы р50 с 32Р-меченной а-глобиновой мРНК формировали при указанных соотношениях р50/мРНК как описано в подписи к рис. 1 и фиксировали 0,2% глутаровым альдегидом. РНК разрушали РНКазами А и Т1 и кипячением с ионами Белок анализировали ЗВБ-гель электрофорезом. (А) - р50 без мРНК: дорожка 1 - без фиксации, дорожка 2 - после фиксации глутаровым альдегидом; окраска кумасси. (Б) и (В) - р50 из комплексов р50 с мРНК, образованных при указанных соотношениях р50/мРНК: дорожка 1 - без добавления РНК, дорожки 1-3 - без фиксации, дорожки 4-9 - после фиксации глутаровым альдегидом. (Б) - окраска кумасси; (В) - радиоавтограф.

Чтобы ответить более определенно на вопрос о том, как сидит р50 на мРНК при разных соотношениям р50/мРНК, свободный белок или белок в комплексах с 32Р-меченной а-глобиновой мРНК с разным соотношением р50/мРНК фиксировали 0,2% глугаровым альдегидом. Фиксированные препараты мРНП подвергали исчерпывающей РНК-азной обработке и анализировали SDS-гель Электрофорезом. Свободный белок выявляли опаской кумасси, а белок, находившийся в комплексах с мРНК - по радиоактивной метке ковалентно пришитых фрагментов РНК (рис. 3). Видно, что исходный свободный р50 выявляется как мультимер, только немного сдвинувшийся со старта разделяющего геля после электрофореза в денатурирующих условиях (рис. ЗА). Его молекулярная масса значительно превышала массу самого высокомолекулярного маркера (205 кДа), что согласуется с данными о его большом размере, полученными в опытах по седиментации и гель-фильтрации (Evdokimova et al., 1995; Ustinov et al., 1996). Белок, полученный из комплексов с мРНК с низким молярным соотношением р50/мРНК (около 1,5:1), двигался при электрофорезе в SDS-геле как мономер (рис. ЗБ, В). При увеличении соотношения р50/мРНК в комплексах до 3:1 и более возникали перешитые олигомеры все большего размера, и, наконец, при молярных соотношениях р50/мРНК больше 24:1 обнаруживались мультимеры примерно того же размера, что у свободного белка. Таким образом, полученный результат подтверждает ранее высказанное предположение о том, что р50 меняет свою четвертичную структуру на мРНК в зависимости от соотношения р50/мРНК в комплексе.

1.4. При низких соотношения р50/мРНК белок связывается с мРНК двумя РНК-связывающими доменами, в то время как при высоких значениях этого соотношения белок взаимодействует с мРНК преимущественно N-концевой частью молекулы с доменом холодового шока

Как было сказано ранее, р50 имеет два РНК-связывающих домена - домен холодового шока в N-концевой части молекулы с РНП-1 и РНП-2 консенсуснымм последовательностями и С-концевой домен с чередующимися кластерами положительно и отрицательно заряженных аминокислотных остатков (рис. 4А). Мы исследовали относительные контакты двух РНК-связывающих доменов р50 с мРНК в комплексах с разным соотношением р50/мРНК. Для этого р50 сшивали с 32Р-меченной а-глобиновой мРНК ультрафиолетом. После исчерпывающего переваривания мРНК РНКазами р50, меченный радиоактивными фрагментами РНК, расщепляли бромцианом по остаткам метионина, которые в молекуле р50 сконцентрированы в начале С-концевого домена. В результате такого расщепления получали два фрагмента: более крупный - с доменом холодового шока, и меньший фрагмент, содержащий большую часть С-концевого домена. Полученные фрагменты разделяли SDS-гель электрофорезом и определяли радиоактивность в каждом из них. Результаты исследования представлены на рис. 4. Как видно из рисунка величина отношения количества РНК, сшитой с N-концевой частью р50, к количеству РНК, сшитой с С-концевой частью, значительно возрастала при увеличении соотношения р50/мРНК, особенно в диапазоне соотношения р50/мРНК от 12:1 до 48:1. Именно эти соотношения соответствуют содержанию белка р50 в транслируемых и нетранслируемых мРНП, соответственно (Minich and Ovchinnikov, 1992; Davydova et al., 1997). Кроме того, именно в этом диапазоне соотношений белок/РНК наблюдался

переход р50 из мономерного состояния на мРНК в мультимерное (см. п. 1.З.). Таким образом, при низком соотношении р50/мРНК белок связывается с РНК обоими РНК-связывающими доменами, в то время как при высоких соотношениях р50/мРНК (24:1 и выше) р50 связывается с мРНК в основном >1-концевой частью молекулы, содержащей СБ-домен. С-концевой домен, по-видимому, вытесняется с РНК доменами холодового шока.

№концевая часть

1Ш2

®С-концевая часть

56 128

домен холодового

шока

НЯНЕ

□ С

198 218 237 МММ

324

р50(моль) > > *

мРНК(иоль) Я <» кУ ф Г

Р(-концевая часть р50

С-концевая "с ~ часть р50 Ц

■8.

&4-1

Ш2 г

я • О

6,1

4,1

3/1 6/1 12/1 24/1 48/1 р50(моль) мРНК(моль)

Рве. 4. Изменение контактов доменов р50 в комплексах р50 с мРНК, образованных при различных соотношениях р50/мРНК. Комплексы р50 с 32Р-меченной а-глобиновой мРНК фиксировали УФ-облучением (0,75 Дж/см2) и обрабатывали смесью РНКаз А1 и Т1. р50 расщепляли бромцианом по остаткам мстионина. Продукты расщепления анализировали вОв-гель электрофорезом с последующей радиоавтографией. После радиоавтографии участки геля, содержащие фрагменты р50, вырезали и их радиоактивность измеряли по Черенкову. (А) - доменная организация р$0 и расположение метиониновых остатков, по которым белок расщепляется ВгСЫ. (Б) - радиоавтограф геля с разделенными фрагментами р50. (С) - соотношение радиоактивности в И- и С-концевых фрагментах р50, полученных из комплексов с указанным соотношением р50/мРНК.

1.5. Комплексы р50 с мРНК, не стабильны, и белок легко переходит с одной молекулы мРНК на другую

Известно, что природные мРНП в клеточных лизатах достаточно стабильны и белок не перераспределяется на экзогенно добавленную РНК (Овчинников и др., 1969). Такими же стабильными комплексами оказываются информосомоподобные частицы, образованные экзогенной РНК в клеточных лизатах при физиологической температуре. В то же время в клетках мРНП представляют собой динамичные структуры и набор белков, ассоциированных с мРНК, изменяется при переходе мРНК

Рис. 5. Анализ стабильности комплексов р50 с мРНК. Комплексы р50 с 32Р-меченной а-глобиновой мРНК формировали при молярном соотношении р50/мРНК 36:1 в течение 15 мин при 30°С. К половине образца добавили немеченую а-глобиновую мРНК до конечного молярного соотношения 9/1 и инкубировали еще в течение 15 мин при той же температуре. Образцы , центрифугировали в 5-20% градиенте сахарозы в роторе SW-60 при 45000 об/мин в течение 4 часов при 4°С. (А) - распределение комплекса, образованного р50 с 32Р-мРНК при молярном соотношении р50/мРНК 36:1. (Б) - распределение комплекса, образованного р50 с 32Р-мРНК и инкубированного затем с немеченой мРНК. Распределение мРНК определяли по поглощению при 254 нм и радиоактивности, распределение белка - по окраске кумасси после SDS-гель электрофореза.

из ядра в цитоплазму и из свободных мРНП в полисомы. Более того, было показано, что в транслируемых мРНП in vivo белки могут уходить с мРНК и вновь возвращаться на нее в процессе трансляции (Greenberg et al., 1981; Bag, 1984).

В данной работе мы проверили, может ли р50 переходить на другие молекулы мРНК из комплексов р50 с мРНК, т.е. образует ли р50 с мРНК in vitro стабильные комплексы или динамичные структуры. Для этого к комплексам 32Р-меченной а-глобиновой мРНК с р50, собранным как описано выше при молярное соотношение р50/мРНК - 36:1, добавили немеченую глобиновую мРНК до соотношения р50/мРНК -9:1, и полученную смесь анализировали центрифугированием в градиенте концентрации сахарозы. Если бы р50 формировал с мРНК стабильные комплексы и I был не способен переходить на другие молекулы РНК, то при добавлении дополнительного количества мРНК вся радиоактивность оставалась бы в исходном i пике с высоким коэффициентом седиментации, в то время как вновь добавленная немеченая мРНК седиментировала бы с меньшей скоростью. Однако, как видно при сравнении рисунков 5А и 5Б, после добавления немеченой РНК радиоактивная РНК уменьшила свой коэффициент седиментации, и ее распределение после центрифугирования совпало с распределением вновь добавленной РНК, выявляемой по ультрафиолетовому поглощению. Точно так же в присутствии нерадиоакгивной РНК перераспределился и весь белок: в отсутствие добавленной нерадиоактивной мРНК часть р50 седиментировала очень быстро (в составе насыщенного белком комплекса), а часть - медленно (в форме свободного белка); после добавления нерадиоакгивной мРНК седиментация «быстрого» пика р50 уменьшилась, а «медленного» - увеличилась так, что пики совпали друг с другом и с пиком седиментации мРНК. Таким образом, р50 равномерно распределился как на исходной

мРНК, так и на вновь добавленной. На основании полученного результата можно сделать вывод о том, что р50 может легко перераспределяться между молекулами мРНК, т.е. образует с РНК нестабильные, динамичные комплексы. Можно предположить, что природные мРНП, а также информосомоподобные частицы, образованные в клеточных лизатах с экзогенной РНК при физиологической температуре, стабилизируются за счет дополнительных (минорных) белков лизатов.

2. Влияние р50 на вторичную структуру РНК

2.1. р50 ускоряет отжиг взаимокомплементарных цепей РНК

Ранее было показано, что р50 вызывает плавление значительной части (до 60%) вторичной структуры глобиновой РНК (Evdokimova et al., 1995). С другой стороны, известно, что некоторые РНК-связывающие белки, участвующие в структурной организации гетерогенных ядерных РНП, проявляют способность ускорять отжиг комплементарных цепей РНК (Pontius and Berg, 1990; Portman and Dreyfuss, 1994). Чтобы проверить, обладает ли такой активностью белок р50, мы использовали одноцепочечные РНК, синтезированные in vitro Т7 полимеразой с полилинкеров плазмид pSP72 и pSP73 (Promega). Полученные РНК имели взаимокомплементарные участки длиной 18 н. о. или 85 н. о. и могли образовывать двухцепочечные РНК, как показано на рис. 6. Оказалось, что инкубация двух РНК с участком комплементарности 18 н. о. при 30°С в присутствии возрастающих количеств р50 приводит к быстрому переходу РНК из одноцепочечной формы в двухцепочечную, совпадающую по подвижности с двухцепочечной РНК, полученной путем температурного отжига (рис. 6А). В присутствии р50 переход 50% исходной одноцепочечной РНК в двухцепочечную форму происходил менее чем за 3 мин, тогда как без белка 50%-ый отжиг РНК наблюдался только после 24 часов инкубации при тех же условиях (данные не приводятся). Таким образом, р50 ускорял отжиг комплементарных цепей РНК примерно в 1000 раз при условиях, близких физиологическим.

Для проявления РНК-отжигающей активности белком р50 не требовались какие-либо дополнительные источники энергии, и эта активность наблюдалась в широком диапазоне концентрации КС1 от 50 до 400 мМ (данные не приводятся). Кроме того, было обнаружено, что эффективность отжига белком р50 различается для РНК с различной протяженностью взаимокомплементарного участка. Полный отжиг двух РНК с участком комплементарности в 18 нуклеотидов наступал при соотношении р50/нуклеотид - 1:7, тогда как для РНК с более протяженным комплементарным участком (85 н. о.) полный отжиг наступал уже при соотношении р50/нуклеотид равном 1:17 (ср. рис. 6А и 6Б). Так как все использованные в эксперименте РНК были получены транскрипцией in vitro с одного и того же полилинкера, а р50 связывается с РНК неспецифично (Evdokimova and Ovchinnikov, 1999; Pisarev et al., 2002), мы предполагаем, что именно увеличение протяженности комплементарного участка, а не различное сродство белка к разным РНК, способствует ускорению отжига РНК под действием р50. По всей видимости, способность ускорять отжиг комплементарных участков РНК очень характерна для мажорных белков мРНП и необходима им для того, чтобы ускорить формирование у пре-мРНК в ядре и у мРНК в цитоплазме

соответствующей вторичной и третичной структуры, требуемой для правильного функционирования этих РНК.

од РНК (58 и. о.) ДД РНК ^ДРНК ^(97^ о) дцрнк

+ —► . .....+

______I I „ I I

оц"рНК (69 н. о.)

18 п. о.

оцРНК (98 н. о.)

85 п. о.

дцРНК-*

оцРНК •

р50/РНК (моль/моль)

Рис. 6. Влияние р50 на отжиг комплементарных РНК. Образование РНК-дуплексов длиной 18 (А) и 85 (Б) нуклеотидных остатков (н. о.). 0,5 пмоля 32Р-меченной РНК длиной 58 или 97 н.о. были инкубированы с 0,7 пмолями немеченой РНК длиной 69 или 98 н. о. и указанными количествами р50 в буферном растворе (20 мМ Нерев-КОН, 50 мМ КС1, 0,2 ед./мкл РНазина) в течение 20 мин при 30°С. После инкубации р50 удаляли обработкой протеиназой К в присутствии 0,1% БОБ. Образцы анализировали электрофорезом в 5% ПААГ в отсутствие денатурирующих агентов и радиоавтографировали (дорожки 2-6). На дорожке 1 - две исходных РНК без белка, на дорожке 7 -контрольный дуплекс РНК, отожженный при постепенном понижении температуры. Стрелками показано положение одноцепочечных (оц) и двухцепочечных (дц) РНК, соответственно. Сверху представлена схема эксперимента.

2.2. р50ускоряет обмен комплементарных цепей в молекулах РНК и приводит к образованию наиболее протяженных дуплексов

Так как р50 способен как плавить, так и отжигать РНК, можно предположить, что белок будет катализировать обмен цепей РНК в РНК-дуплексе, т.е. способствовать вытеснению одной из цепей дуплекса другой цепью, если это будет приводить к образованию более протяженного и более совершенного дуплекса. Для проверки этого предположения белок р50 был добавлен к смеси двух РНК: двухцепочечной РНК, содержащей дуплексный участок длиной 18 пар оснований и одноцепочечной РНК, способной образовать с одной из цепей дуплекса более протяженный двухцепочечный участок длиной 46 пар оснований (рис. 7). Оказалось, что в присутствии р50 при температуре 37°С за достаточно короткое время (30 мин) происходит замена одной из цепочек в дуплексе на добавленную одноцепочечную РНК, так что образуется более протяженный дуплекс длиной 46 пар оснований. В отсутствие р50 образование более протяженного дуплекса за указанное время не наблюдалось (рис. 7, дорожка 1).

РНК (58 н. о.)

★- ( ,,,,,) РНК(69и.о.) +

оцРНК (97 ы. о.)

18 п. о.

, РНК(58и.о.)

J i. '.'J i '■■■' £\ . Рну.(97 н. о.) +

I_I

46 п. о.

оцРНК (69 н. о.)

46 п. о. дц РНК-*-18 п. о. дц РНК-*

Рве. 7. р50 ускоряет обмен цепей РНК в РНК-дуплексе. (Л) - схема эксперимента по обмену цепей в РНК-дуплексе. (Б) - смесь 0,5 пмолей одноцепочечной РНК длиной 97 н. о. и 0,5 пмолей двухцепочечной РНК с дуплексным участком длиной 18 п. н. инкубировали с увеличивающимися количествами белка р50 в течение 30 мин при 37°С. Далее образцы обрабатывали и анализировали, как описано в подписи к рис. 6. Дорожка 1 - инкубация смеси двухцепочечной РНК с дуплексным участком длиной 18 п. о. и одноцепочечной РНК длиной 97 н. о. без р50. Стрелками показано положение двухцепочечных РНК, содержащих дуплексные участки длиной 18 и 46 п. о.

2.3. р50 вызывает плавление или, наоборот, отжиг РНК в зависимости от соотношения pSO/PHK

Ранее в нашей лаборатории было показано, что при высоких соотношениях р50/РНК белок вызывает плавление РНК (Evdokimova et al., 1995). Чтобы разрешить кажущееся противоречие между этими данными и результатами, описанными в пункте 2.1. мы предположили, что р50 может проявлять РНК-плавящую или, наоборот, РНК-отжигающую активность в зависимости от соотношения р50/РНК. Для проверки этого предположения мы использовали сильно структурированную РНК, имевшую до 55% нуклеотидов, вовлеченных в образование вторичной структуры при физиологических условиях, как было предсказано программой RNA draw 1.1. (рис. 8). Подвижность такой РНК в геле в «нативном» состоянии сильно отличалась от ее подвижности после тепловой денатурации (ср. дорожки 1 и 6 на рис. 8). При добавлении увеличивающихся количеств белка р50 «нативная» форма РНК почти полностью переходила в быстро мигрирующую, денатурированную, форму (ср. дорожки 2-4 и 5-6). И, наоборот, добавление р50 к полностью денатурированной РНК переводит ее в ренатурированное, «нативное», состояние (ср. дорожки 6-7 и 8-9). Дальнейшее увеличение количества добавленного р50, как и в случае с «нативной»

РНК (дорожки 2-5), приводит к преобладанию денатурированной формы РНК (дорожка 10). Таким образом, полученные данные свидетельствуют в пользу предположения о том, что р50 может по-разному влиять на плавление и отжиг комплементарных сегментов в РНК, в зависимости от соотношения р50/РНК.

-г/

ЧгЛ

РНК («9 и.о.), 0,5 тюль

форма

денатурированная форма

нятявяая РНК

денатурированная РНК -

р50/РНК (моль/моль)

Рис. 8. р50 плавят или отжигает РНК в зависимости от

соотношении р50/РНК. (А)

- предсказанная вторичная структура использованной РНК длиной 69 н. о. (Б) - 0,5 пмолей 32Р-меченной РНК, «нативной» (дорожки 1-5) или денатурированной нагреванием (дорожки 6-10), были инкубированы с увеличивающимися количествами белка р50 в течение 20 мин при 30°С. Образцы обрабатывали и анализировали, как описано в подписи к рис. б. Стрелками показано положение

денатурированной и

«нативной» форм РНК.

53 11 22 44

5,5 11 22 44

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

Проведенные исследования показали, что мажорный белок мРНП р50 (УВ-1) один, без участия других белков, способен образовывать с мРНК очень гомогенные комплексы с коэффициентом седиментации и плавучей плотностью в СзС1, характерными для природных мРНП. Кроме того, ранее было показано, что мРНК в таких комплексах, как и в природных мРНП, чрезвычайно чувствительна к эндорибонуклеазам (ЕусЫатоуа й а1., 1995). Исходя из этого можно заключить, что комплексы р50 с мРНК могут служить прекрасной и относительно простой моделью природных мРНП и использоваться для исследования принципов их структурной организации.

В экспериментах с такими комплексами мы показали, что, в зависимости от соотношения р50/мРНК, молекулы р50 по-разному связываются с мРНК и друг с

другом. При небольших соотношениях р50/мРНК, включая те соотношения, которые обнаруживаются в полисомных трансляционно активных мРНП, белок связан с мРНК преимущественно как мономер обоими своими РНК-связывающими доменами, в то время как при высоком соотношении р50/мРНК, характерном для свободных нетранслируемых мРНП, белок в мРНП находится в виде олигомера большого молекулярного веса и связан с мРНК преимущественно своей 1Ч-кондевой частью с домен холодового шока. Логично предположить, что при насыщении мРНК белком р50 домены холодового шока вытесняют С-концевые домены из комплекса с мРНК. Вытесненные С-концевые домены взаимодействуют друг с другом, что приводит к мультимеризации р50, компакгизации мРНП и является одной из причин перехода мРНК в трансляционно неактивное состояние. Благодаря обнаруженной у р50 способности плавить, отжигать и обменивать комплементарные цепочки РНК этот структурный белок мРНП может способствовать перестройке вторичной структуры РНК, выражающейся в удалении коротких и несовершенных дуплексов и формировании наиболее протяженных и совершенных двуспиральных участков как между комплементарными сегментами, находящимися в одной молекуле мРНК, так и между мРНК и различивши комплементарными ей микрорегуляторпыми и интерферирующими РНК. Образование таких интра- интермолекулярных двухцепочечных структур может лежать в основе селективной регуляции активности и де1радации мРНК в клетке. Противоположное воздействие р50 на структуру мРНК, в зависимости от его количества на мРНК, позволяет предположить, что два РНК-связывающих домена р50 могут по-разному влиять на процесс плавления и отжига комплементарных последовательностей, причем С-концевой домен в большей степени способствует ожигу, в то время как домен холодового шока, наоборот, плавлению двойных спиралей в мРНК. Это предположение нуждается в экспериментальной проверке.

ВЫВОДЫ

1. При насыщении а-глобиновой мРНК мажорным белком мРНП, р50, образуются гомогенные частицы с коэффициентом седиментации около 28в, что примерно соответствует величине коэффициента седиментации природных мРНП (информосом) с мРНК использованного размера.

2. Одного белка р50 достаточно, для формирования с мРНК частиц с плавучей плотностью в СвС1 1,4 г/см3, что соответствует величине плавучей плотности основного плотноешого компонента природных мРНП.

3. При низком соотношении р50/мРНК исходно мультимерный р50 связывается с мРНК в виде мономера. При увеличении соотношения р50/мРНК р50 образует на мРНК мультимеры. По мере увеличения соотношения р50/мРНК увеличивается относительный контакт с РНК Ы-концевой части молекулы р50 с доменом холодового шока и уменьшается относительный контакт с РНК С-концевого домена р50.

4. р50 ускоряет отжиг и обмен комплементарных цепей РНК и способствует образованию наиболее протяженных и совершенных дуплексов.

5. В зависимости от соотношения р 5 О/РНК р50 может вызывать отжиг двойных спиралей РНК (при низких соотношениях р50/мРНК) или, наоборот, их плавление (при высоких значениях этого соотношения).

Материалы диссертации опубликованы в следующих работах:

1. Устинов В.А., Скабкин М.А., Нащекин Д.В., Евдокимова В.М. и Овчинников Л.П. Мажорный белок р50 цитоплазматических мРНП соматических клеток: экспрессия в Escherichia coli, выделение и некоторые свойства рекомбинантного белка. Биохимия (1996), 61,3,559-565.

2. Skabkin, М., Evdokimova, V., Thomas, A., and Ovchinnikov, L. The Major Messenger Ribonucleoprotein Particle Protein p50 (YB-1) Promotes Nucleic Acid Strand Annealing. J.Biol.Chem. (2001), 276,44841-44847.

3. Овчинников Л.П., Скабкин M.A., Рузанов П.В. и Евдокимова В.М. Мажорные белки мРНП в структурной организации и функционировании мРНК в клетках эукариот. Молекулярная биология (2001), 35, 548-558.

4. Скабкин М.А., Сорокин А.В., Чернов К.Г., Васильев В.Д., Рузанов П.В., Томас А. и Овчинников Л.П. Мажорный белок мРНП, р50, формирует с мРНК комплексы, не отличающиеся по своим основным характеристикам от природных мРНП. (2002) Ш съезд биохимического общества РАН. Тезисы научных докладов, с. 19-20.

5. Skabkin, М.А., Sorokin, A.V., Chernov, K.G., Evdokimova, V.M., Ruzanov, P.V., Thomas, A.A.M., and Ovchinnikov, L.P. The major core protein of cytoplasmic mKNP, p50, packs mRNA and modifies its secondary structure. (2001) In: Protein Synthesis (The abstracts of papers presented at the International Conference in honor of Alexander Spirin), Institute of Protein Research RAS, Pushchino, Moscow Region, Russia, p87.

6. Skabkin, M.A., Sorokin, A.V., Evdokimova, V.M., Thomas, A.A., and Ovchinnikov L.P. The major core protein of cytoplasmic mRNP, p50, packs mRNA and determines its secondary structure. In: "Translational Control" abstract book (2000), p. 296, Cold Spring Harbor, New York.

Издательство ООО "МАКС Пресс". Лицензия ИД № 00510 от 01.12.99 г. Подписано к печати 23.06.2003 г. Формат 60x90 1/16. Усл.печ.л. 1,25. Тираж 100 экз. Заказ 513. Тел. 939-3890,939-3891,928-1042. Тел./факс 939-3891. 119992, ГСП-2, Москва, Ленинские горы, МГУ им. М.В.Ломоносова.

»12830 x

Содержание диссертации, кандидата биологических наук, Скабкин, Максим Александрович

ВВЕДЕНИЕ.

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

МАЖОРНЫЕ БЕЛКИ ЯДЕРНЫХ И ЦИТОПЛАЗМАТИЧЕСКИХ мРНП:

СТРОЕНИЕ И ФУНКЦИОНИРОВАНИЕ.

I. Гетерогенные ядерные рибонуклеопротеидные частицы (гяРНП).

1. История открытия гяРНП.

2. Белки гяРНП.

2.1. Общие характеристики белков гяРНП.

2.2. Домены белков гяРНП.

2.2.1. РНК-связывающий домен (RBD).

2.2.2. КН-домен.

2.2.3. Вспомогательные домены (auxiliary domains).

2.3. Коровые белки гяРНП.

2.3.1. А/В группа белков гяРНП.

2.3.2. Группа С белков гяРНП.

2.4. Прочие «не коровые» белки гяРНП.

3. Упаковка гяРНК и структура гяРНП.

4. Транспорт мРНК из ядра в цитоплазму.

II Цитоплазматические матричные рибонуклеопротеидные частицы (мРНП).

1. История открытия цитоплазматических мРНП.

2. Основные характеристики мРНП.

3. Мажорные белки цитоплазматических мРНП.

3.1. Поли(А)-связывающий белок РАВР.

3.1.1. Структура РАВР и его связывание с мРНК.

3.1.2. Функции РАВР.

3.2. Мажорный белок цитоплазматических мРНП р и его гомологи с доменами холодового шока (CSD-белки).

3.2.1. Обнаружение р50 и других членов семейства белков с доменами холодового шока.

3.2.2. Строение р50.

3.2.3. Структура генов р50 и его гомологов у позвоночных.

3.2.4. Взаимодействие р50 с РНК.

3.2.5. р50 в биогенезе и функционировании мРНК.

3.2.6. Изменение концентрации р50 в клетке и ее компартментах.

4. Структурная организация цитоплазматических мРНП.

ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ

МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

1. Выделение рекомбинантного р50 из Escherichia coli.

2. Получение фрагментов р50.

3. Выделение плазмидной ДНК из Escherichia coli.

4. Рестрикция плазмиды.

5. Аналитический электрофорез нуклеиновых кислот в геле агарозы.

6. Получение транскриптов РНК in vitro.

7. Электрофорез РНК в полиакриламидном геле в присутствии мочевины.

8. Препаративное выделение РНК из полиакриламидного геля.

9. Проведение полимеразной цепной реакции (ПЦР).

10. Мечение ДНК 32Р по 5' концу.

11. Электрофорез белков в полиакриламидном геле в присутствии SDS.

12. Сборка комплексов мРНК с р50 и их анализ центрифугированием в градиенте концентрации сахарозы.

13. Центрифугирование комплексов мРНК с р в градиенте плотности CsCl.

14. Определение четвертичной структуры р в комплексе с мРНК методом сшивки глутаровым альдегидом.

15. Исследование взаимодействия белка с РНК методом замедления подвижности РНК в геле (gel-shift assay).

16. Определение относительных контактов доменов р50 с мРНК методом ультрафиолетовых сшивок белка с Р-меченной РНК.

17. Исследование распределения белка р во фракциях градиента CsCl методом Western-dot.

18. Отжиг комплементарных цепей нуклеиновых кислот в присутствии р50.

19. Исследование обмена комплементарных цепей

РНК в присутствии р50 и его фрагментов.

РЕЗУЛЬТАТЫ.

1. Исследование комплексов р50 с мРНК.

1.1. Седиментационная характеристика комплексов р50 с мРНК.

1.2. Плотностное распределение комплексов р50 с мРНК в градиенте CsCl.

1.3. Комплексы р50 с мРНК нестабильны, и белок легко переходит с одной молекулы мРНК на другую.

1.4. При низких соотношениях р50/мРНК белок связывается с мРНК как мономер, в то время как при высоких соотношениях р50 образует на мРНК мультимеры.

1.5. При низких соотношениях р50/мРНК белок связывается с мРНК двумя РНК-связывающими доменами, в то время как при высоких значениях этого соотношения белок взаимодействует с мРНК преимущественно N-концевой

частью молекулы с доменом холодового шока.

2. Влияние р50 на вторичную структуру РНК.

2.1. р50 ускоряет отжиг взаимокомплементарных цепей РНК.

2.2. р50 ускоряет обмен комплементарных цепей в молекулах

РНК и приводит к образованию наиболее протяженных дуплексов.

2.3. р50 вызывает плавление или, наоборот, отжиг

РНК в зависимости от соотношения р50/РНК.

2.4. р50 ускоряет отжиг комплементарных цепей ДНК.

2.5. Фосфорилирование in vitro белка р50 казеинкиназой II снижает его ДНК-отжигающую активность, но не влияет на отжиг РНК.

ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ.

1. р50 - основной структурообразующий белок цитоплазматических мРНП эукариотических клеток.

2. р50 - шаперон нуклеиновых кислот.

ВЫВОДЫ.

БЛАГОДАРНОСТИ.

Введение Диссертация по биологии, на тему "Изучение взаимодействия р50-мажорного белка мРНП - с РНК"

Молекулы мРНК эукариотической клетки синтезируются в клеточном ядре в виде предшественников, образующих фракцию гетерогенных ядерных РНК (гяРНК). Там же в ядре эти предшественники процессируются до зрелых мРНК, которые переносятся через ядерные поры в цитоплазму. В цитоплазме мРНК могут пребывать некоторое время (иногда очень длительное) в нетранслируемом состоянии или ассоциировать с рибосомами и служить матрицами для белкового синтеза. Таким образом, молекулы мРНК имеют «ядерный» и «цитоплазматический» периоды своей истории.

Ядерные предшественники и зрелые мРНК ассоциированы с белками и образуют с ними рибонуклеопротеидные частицы с уникальными свойствами. Исторически первыми в 1964 г были обнаружены и охарактеризованы частицы, содержащие цитоплазматические нетранслируемые мРНК (свободные мРНП) (Spirin, 1964). Эти частицы были названы информосомами. Затем были получены РНП, содержащие гяРНК. Эти частицы получили название гетерогенные ядерные РНП (гяРНП) (Samarina et al., 1966). Наконец, в 1968 г. было показано, что транслируемая мРНК, находящаяся в полисомах, также ассоциирована с белками (Cartouzou et al., 1968; Henshaw, 1968; Perry and Kelley, 1968). Эти полисомные мРНП могут быть выделены после диссоциации рибосом на субчастицы. гяРНП и цитоплазматические мРНП двух классов обладают близкими физико-химическими свойствами, позволяющими объединить их в один тип частиц. А.С. Спирин предложил использовать для этого типа частиц термин информосомы (Spirin, 1964; Spirin, 1969). Согласно этой терминологии можно различать три класса информосом: ядерные, свободные цитоплазматические и полисомные транслируемые. Благодаря их уникальным свойствам, эти частицы можно легко отличить от других типов клеточных РНП. Ниже перечисленны основные характеристики информосом (Preobrazhensky and Spirin, 1978).

1) Информосомы характеризуются широким седиментационным распределением, отражающим гетерогенность мРНК и ее предшественников по размерам в большинстве клеток; существует линейная корреляция между коэффициентом седиментации частиц и РНК, причем коэффициенты седиментации РНП превышают коэффициент седиментации РНК в 2,5 - 3 раза.

2) Все три класса информосом имеют высокое весовое соотношение белок/РНК, равное 3 для ядерных и свободных цитоплазматических РНП и 2 для полисомных; это обуславливает уникальную плавучую плотность в CsCl, равную 1,39 -1,4 г/см3 для ядерных и свободных цитоплазматических РНП и 1,45 г/см3 для полисомных транслируемых мРНП.

3) РНК информосом обладает чрезвычайно высокой чувствительностью к эндорибонуклеазам, что свидетельствует о ее поверхностном расположении в частицах.

Несмотря на сходство основных физико-химических свойств информосом трех классов, набор белков в этих частицах существенно различается, поскольку различаются те функции, которые выполняют эти белки. Белки гяРНП принимают участие в синтезе предшественников мРНК и их процессинге до зрелых мРНК, включая кэпирование 5' конца, укорачивание 3' конца и его последующее полиаденилирование и, наконец, вырезание интронов и соединение экзонов в процессе, получившем название сплайсинг. Белки гяРНП также участвуют в транспорте мРНК из ядра в цитоплазму через ядерные поры. Белки цитоплазматических мРНП регулируют трансляцию, определяют время жизни индивидуальных молекул мРНК и их локализацию в определенных местах цитоплазмы. Таким образом, мРНК при транспорте из ядра в цитоплазму и переходе в полисомы в значительной степени «переодеваются». Вместе с тем, некоторые белки, ассоциированные с мРНК в ядре, выходят вместе с ней в цитоплазму и потом снова возвращаются в ядро. Такие белки получили название челночных белков.

Многочисленные белки, входящие в состав информосом, можно условно подразделить на три группы. Первую группу составляют белки, специфически связывающиеся только с некоторыми мРНК, имеющими участки узнавания для этих белков, например, белки, участвующие в селективной регуляции активности и стабильности мРНК, а также определяющие специфическую локализацию мРНК в клетке. Ко второй группе можно отнести белки, присутствующие на всех или большинстве мРНК, но в единичных копиях и ограниченное время, например ферменты, участвующие в процессинге мРНК, факторы трансляции. В третью группу входят белки, ассоциированные с большинством или всеми мРНК и представленные на них в большом количестве копий. Именно эти белки обнаруживаются как мажоры в суммарных препаратах белков информосом ядра и цитоплазмы. Они выявляются в препаратах информосом из разных клеток и тканей организма и, скорее всего, определяют уникальные физико-химические свойства информосом. Среди мажорных белков ядерных информосом наиболее хорошо изучены белки А1/В2, А2/В1 и С1/С2, а среди цитоплазматических мРНП - р50 и поли(А)-связывающий белок РАВР (goly(A) binding protein). Белки первой и второй группы, напротив, представлены многочисленными минорами в суммарных препаратах информосом, и их набор может сильно варьировать в зависимости от источника получения.

Описанию строения и функционирования минорных белков ядерных и цитоплазматических мРНП посвящено множество обзорных статей, регулярно появляющихся как в отечественной, так и в зарубежной литературе. К сожалению, рассмотрению мажорных белков было уделено гораздо меньше внимания в обзорной литературе, несмотря на растущее ежегодно количество новых данных, касающихся их строения и функционирования. В связи с этим нам показалось очень важным и интересным проанализировать как недавние, так и ранее полученные результаты по этой теме в представленном здесь обзоре литературы, озаглавленном «Мажорные белки ядерных и цитоплазматических мРНП: строение и функционирование».

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

МАЖОРНЫЕ БЕЛКИ ЯДЕРНЫХ И ЦИТОПЛАЗМАТИЧЕСКИХ мРНП: СТРОЕНИЕ И ФУНКЦИОНИРОВАНИЕ

I. Гетерогенные ядерные рибонуклеопротеидные частицы (гяРНП)

Заключение Диссертация по теме "Молекулярная биология", Скабкин, Максим Александрович

выводы

1. При насыщении 9S а-глобиновой мРНК мажорным белком мРНП, р50, образуются гомогенные частицы с коэффициентом седиментации около 28S, что примерно соответствует величине коэффициента седиментации природных мРНП (информосом) с мРНК использованного размера.

2. Одного белка р50 достаточно, для формирования с мРНК частиц с плавучей плотностью в CsCl 1,4 г/см3, что соответствует величине плавучей плотности основного плотностного компонента природных мРНП.

3. При низком соотношении р50/мРНК исходно мультимерный р50 связывается с мРНК в виде мономера. При увеличении соотношения р50/мРНК р50 образует на мРНК мультимеры. По мере увеличения соотношения р50/мРНК увеличивается относительный контакт с РНК N-концевой части молекулы р50 с доменом холодового шока и уменьшается относительный контакт с РНК С-концевого домена р50.

5. В зависимости от соотношения р50/РНК р50 может вызывать отжиг двойных спиралей РНК (при низких соотношениях р50/мРНК) или, наоборот, их плавление (при высоких значениях этого соотношения).

6. р50 вызывает отжиг комплементарных цепей ДНК, и эта активность белка ингибируется фосорилированием его казеинкиназой II.

БЛАГОДАРНОСТИ

Должен признаться, что эта глава самая приятная для написания и не только потому, что последняя. Здесь я могу поблагодарить тех людей, кто помог мне сделать эту работу, кто воспитывал меня, как научного сотрудника, всех тех, кто создавал приятную творческую атмосферу.

Прежде всего, я глубоко благодарен моему научному руководителю Льву Павловичу Овчинникову. Он взял меня в свою лабораторию еще совершенно необученным и «зеленым». В том, что я сегодня собой представляю, как научный работник, огромная его заслуга. Он пристально и внимательно руководил каждым этапом моей исследовательской работы. Неоценим его вклад и в написании текста диссертации. Особенно я хочу его поблагодарить за создание уникальной творческой и рабочей атмосферы в лаборатории и за выбор в свое время интересной научной темы - изучение белка р50.

Я искренне благодарен Валентину Устинову, который обучил меня множеству методов молекулярной биологии и биохимии и который воспитал во мне аккуратность не только в постановке экспериментов, но и в поддержании порядка на рабочем столе.

Я исключительно признателен Оле Скабкиной за постоянное ее внимание к моей работе и за бесконечное количество консультаций, которые она мне бескорыстно давала не только на работе, но и дома. Также я благодарю ее за ту огромную поддержку, которую она мне всегда оказывала, особенно в трудные для меня моменты.

Я очень благодарен Валентине Евдокимовой за то, что она научила меня «много думать» прежде, чем начинать «много капать». Кроме того, я также благодарю ее за обучение меня многим методам биохимии и молекулярной биологии.

В этой работе есть большой вклад моих коллег - Алексея Сорокина и Константина Чернова. Они помогали мне при выполнении многих экспериментов и им я очень признателен.

Отдельное большое спасибо Елене Соболевой и Елене Кунаевой за огромную помощь в работе, за очень внимательное ко мне отношение и за постоянную заботу о всей лаборатории. Особенно хочу отметить их незаменимый труд и постоянную готовность облегчить работу экспериментатора. Также я благодарю за помощь Нину Гришину.

Я очень признателен моим более старшим коллегам: Елене Давыдовой, Олегу Денисенко, Петру Симоненко, Альберту Ситикову и Елизавете Ковригиной, за внимание, которое они мне уделяли и за постоянную помощь и полезные советы.

Спасибо большое Марии Матыгиной, Максиму Некрасову, Надежде Поповой, Сергею Гурьянову, Дмитрию Лябину и Кириллу Стасевичу за дружеское отношение и готовность всегда помочь.

Я очень признателен Евгении Викторовне Серебровой за помощь в написании диссертационной работы.

Благодарю также всех сотрудников Института белка РАН, с которыми я работал и общался.

Библиография Диссертация по биологии, кандидата биологических наук, Скабкин, Максим Александрович, Пущино-на-Оке

1. Adam, S.A., Nakagawa, Т., Swanson, M.S., Woodruff, Т.К. and Dreyfuss, G. (1986) mRNA polyaderiylate-binding protein: gene isolation and sequencing and identification of a ribonucleoprotein consensus sequence. Mol Cell Biol, 6, 2932-2943.

2. Afonina, E., Stauber, R. and Pavlakis, G.N. (1998) The human poly(A)-binding protein 1 shuttles between the nucleus and the cytoplasm. J Biol Chem, 273, 13015-13021.

3. Allain, F.H., Bouvet, P., Dieckmann, T. and Feigon, J. (2000) Molecular basis of sequence-specific recognition of pre-ribosomal RNA by nucleolin. Embo J, 19, 6870-6881.

4. Altmann, M., Wittmer, В., Methot, N., Sonenberg, N. and Trachsel, H. (1995) The Saccharomyces cerevisiae translation initiation factor Tif3 and its mammalian homologue, eIF-4B, have RNA annealing activity. Embo J, 14, 3820-3827.

5. Baer, B.W. and Kornberg, R.D. (1980) Repeating structure of cytoplasmic poly(A)-ribonucleoprotein. Proc Natl Acad Sci USA, 77, 1890-1892.

6. Baer, B.W. and Kornberg, R.D. (1983) The protein responsible for the repeating structure of cytoplasmic poly(A)-ribonucleoprotein. J Cell Biol, 96, 717-721.

7. Bag, J. (1984) Cytoplasmic mRNA-protein complexes of chicken muscle cells and their role in protein synthesis. Eur JBiochem, 141, 247-254.

8. Bagga, P.S., Arhin, G.K. and Wilusz, J. (1998) DSEF-1 is a member of the hnRNP H family of RNA-binding proteins and stimulates pre-mRNA cleavage and polyadenylation in vitro. Nucleic Acids Res, 26, 5343-5350.

9. Balda, M.S. and Matter, K. (2000) The tight junction protein ZO-1 and an interacting transcription factor regulate ErbB-2 expression. Embo J, 19, 2024-2033.

10. Balda, M.S., Garrett, M.D. and Matter, K. (2003) The ZO-1-associated Y-box factor ZONAB regulates epithelial cell proliferation and cell density. J Cell Biol, 160, 423-432.

11. Baltimore, D. and Huang, A.S. (1970) Interaction of HeLa cell proteins with RNA. J Mol Biol, 47, 263-273.

12. Barnett, S.F., Friedman, D.L. and LeStourgeon, W.M. (1989) The С proteins of HeLa 40S nuclear ribonucleoprotein particles exist as anisotropic tetramers of (Cl)3 C2. Mol Cell Biol, 9, 492-498.

13. Barnett, S.F., Theiry, T.A. and LeStourgeon, W.M. (1991) The core proteins A2 and Bl exist as (A2)3B1 tetramers in 40S nuclear ribonucleoprotein particles. Mol Cell Biol, 11, 864-871.

14. Belitsina, N.V., Ovchinnikov, L.P., Spirin, A.S., Gendon, Y.Z. and Chernos, V.I. (1968) The informosomes of HeLe cells infected by smallpoxvaccine virus. Mol. Biol. (USSR), 2, 727-735.

15. Belsham, G.J. and Sonenberg, N. (2000) Picornavirus RNA translation: roles for cellular proteins. Trends Microbiol, 8, 330-335.

16. Bennett, M., Pinol-Roma, S., Staknis, D., Dreyfuss, G. and Reed, R. (1992) Differential binding of heterogeneous nuclear ribonucleoproteins to mRNA precursors prior to spliceosome assembly in vitro. Mol Cell Biol, 12, 3165-3175.

17. Berglund, J.A., Fleming, M.L. and Rosbash, M. (1998) The KH domain of the branchpoint sequence binding protein determines specificity for the pre-mRNA branchpoint sequence. Rna, 4, 998-1006.

18. Bernstein, P., Peltz, S.W. and Ross, J. (1989) The poly(A)-poly(A)-binding protein complex is a major determinant of mRNA stability in vitro. Mol Cell Biol, 9, 659-670.

19. Beyer, A.L., Christensen, M.E., Walker, B.W. and LeStourgeon, W.M. (1977) Identification and characterization of the packaging proteins of core 40S hnRNP particles. Cell, 11, 127138.

20. Beyer, A.L. and Osheim, Y.N. (1990) In Strauss, P. and Wilson, S. (eds.), The Eukaryotic Nucleus: Structure and Function. Telford, Caldwell, Vol. 2, p. 431.

21. Bi, X. and Goss, D.J. (2000) Wheat germ poly(A)-binding protein increases the ATPase and the RNA helicase activity of translation initiation factors eIF4A, eIF4B, and eIF-iso4F. J Biol Chem, 275, 17740-17746.

22. Biamonti, G„ Buvoli, M., Bassi, M.T., Morandi, C., Cobianchi, F. and Riva, S. (1989) Isolation of an active gene encoding human hnRNP protein Al. Evidence for alternative splicing. J Mol Biol, 207, 491-503.

23. Biamonti, G. and Riva, S. (1994) New insights into the auxiliary domains of eukaryotic RNA binding proteins. FEBS Lett, 340, 1-8.

24. Birnboim, H.C. (1983) A rapid alkaline extraction method for the isolation of plasmid DNA. Methods Enzymol, 100, 243-255.

25. Blobel, G. (1972) Protein tightly bound to globin mRNA. Biochem Biophys Res Commun, 47,88-95.

26. Blobel, G. (1973) A protein of molecular weight 78,000 bound to the polyadenylate region of eukaryotic messenger RNAs. Proc Natl Acad Sci USA, 70, 924-928.

27. Boeck, R., Tarun, S., Jr., Rieger, M., Deardorff, J.A., Muller-Auer, S. and Sachs, A.B. (1996) The yeast Pan2 protein is required for poly(A)-binding protein-stimulated poly(A)-nuclease activity. J Biol Chem, 271, 432-438.

28. Borman, A.M., Michel, Y.M., Malnou, C.E. and Kean, K.M. (2002) Free poly(A) stimulates capped mRNA translation in vitro through the eIF4G-poly(A)-binding protein interaction. J Biol Chem, 277, 36818-36824.

29. Bouvet, P. and Wolffe, A.P. (1994) A role for transcription and FRGY2 in masking maternal mRNA within Xenopus oocytes. Cell, 77, 931-941.

30. Bouvet, P., Matsumoto, K. and Wolffe, A.P. (1995) Sequence-specific RNA recognition by the Xenopus Y-box proteins. An essential role for the cold shock domain. J Biol Chem, 270, 28297-28303.

31. Braddock, D.T., Baber, J.L., Levens, D. and Clore, G.M. (2002) Molecular basis of sequence-specific single-stranded DNA recognition by KH domains: solution structure of a complex between hnRNP К KH3 and single-stranded DNA. EmboJ, 21, 3476-3485.

32. Braddock, M., Muckenthaler, M., White, M.R., Thorburn, A.M., Sommerville, J., Kingsman, A.J. and Kingsman, S.M. (1994) Intron-less RNA injected into the nucleus of

33. Xenopus oocytes accesses a regulated translation control pathway. Nucleic Acids Res, 22, 5255-5264.

34. Braun, I.C., Rohrbach, E., Schmitt, C. and Izaurralde, E. (1999) TAP binds to the constitutive transport element (CTE) through a novel RNA-binding motif that is sufficient to promote CTE-dependent RNA export from the nucleus. Embo J, 18, 1953-1965.

35. Braun, I.C., Herold, A., Rode, M., Conti, E. and Izaurralde, E. (2001) Overexpression of TAP/pl5 heterodimers bypasses nuclear retention and stimulates nuclear mRNA export. J Biol Chem, 276, 20536-20543.

36. Braun, I.C., Herold, A., Rode, M. and Izaurralde, E. (2002) Nuclear export of mRNA by TAP/NXF1 requires two nucleoporin-binding sites but not pi5. Mol Cell Biol, 22, 54055418.

37. Brostoff, S. and Eylar, E.H. (1971) Localization of methylated arginine in the Al protein from myelin. Proc Natl Acad Sci USA, 68, 765-769.

38. Brown, C.E., Tarun, S.Z., Jr., Boeck, R. and Sachs, A.B. (1996) PAN3 encodes a subunit of the Pablp-dependent poly(A) nuclease in Saccharomyces cerevisiae. Mol Cell Biol, 16, 5744-5753.

39. Buckanovich, R.J., Posner, J.B. and Darnell, R.B. (1993) Nova, the paraneoplastic Ri antigen, is homologous to an RNA-binding protein and is specifically expressed in the developing motor system. Neuron, 11, 657-672.

40. Buckingham, M.E., Cohen, A. and Gros, F. (1976) Cytoplasmic distribution of pulse-labelled poly(A)-containing RNA, particularly 26 S RNA, during myoblast growth and differentiation. J Mol Biol, 103, 611-626.

41. Burd, C.G., Matunis, E.L. and Dreyfuss, G. (1991) The multiple RNA-binding domains of the mRNA poly(A)-binding protein have different RNA-binding activities. Mol Cell Biol, 11,3419-3424.

42. Burd, C.G. and Dreyfuss, G. (1994(A)) Conserved structures and diversity of functions of RNA-binding proteins. Science, 265, 615-621.

43. Burd, C.G. and Dreyfuss, G. (1994(B)) RNA binding specificity of hnRNP Al: significance of hnRNP Al high- affinity binding sites in pre-mRNA splicing. Embo J, 13, 1197-1204.

44. Burny, A., Huez, G., Marbaix, G. and Chantrenne, H. (1969) On a messenger ribonucleoprotein complex from rabbit reticulocytes. Biochim Biophys Acta, 190, 228-231.

45. Buvoli, M., Biamonti, G., Tsoulfas, P., Bassi, M.T., Ghetti, A., Riva, S. and Morandi, C. (1988) cDNA cloning of human hnRNP protein Al reveals the existence of multiple mRNA isoforms. Nucleic Acids Res, 16, 3751-3770.

46. Buvoli, M., Cobianchi, F., Bestagno, M.G., Mangiarotti, A., Bassi, M.T., Biamonti, G. and Riva, S. (1990) Alternative splicing in the human gene for the core protein Al generates another hnRNP protein. Embo J, 9, 1229-1235.

47. Buvoli, M., Cobianchi, F. and Riva, S. (1992) Interaction of hnRNP Al with snRNPs and pre-mRNAs: evidence for a possible role of Al RNA annealing activity in the first steps of spliceosome assembly. Nucleic Acids Res, 20, 5017-5025.

48. Bycroft, M., Hubbard, T.J., Proctor, M., Freund, S.M. and Murzin, A.G. (1997) The solution structure of the SI RNA binding domain: a member of an ancient nucleic acid-binding fold. Cell, 88, 235-242.

49. Caceres, J.F. and Krainer, A.R. (1997) Mammalian pre-mRNA splicing factors. In Krainer, A.R. (ed.), Eukaryotic mRNA processing. Oxford University Press, pp. 174-212.

50. Caponigro, G. and Parker, R. (1995) Multiple functions for the poly(A)-binding protein in mRNA decapping and deadenylation in yeast. Genes Dev, 9, 2421-2432.

51. Capowski, E.E., Esnault, S., Bhattacharya, S. and Malter, J.S. (2001) Y box-binding factor promotes eosinophil survival by stabilizing granulocyte-macrophage colony-stimulating factor mRNA. J Immunol, 167, 5970-5976.

52. Cartouzou, G., Attali, J.C. and Lissitzky, S. (1968) Messenger ribonucleic acids of the thyroid gland. I. Rapidly-labelled RNA of nuclei and polysomes. Eur J Biochem, 4, 41-54.

53. Casey, J.L., Hentze, M.W., Koeller, D.M., Caughman, S.W., Rouault, T.A., Klausner, R.D. and Harford, J.B. (1988) Iron-responsive elements: regulatory RNA sequences that control mRNA levels and translation. Science, 240, 924-928.

54. Chan, R.C. and Black, D.L. (1997) The polypyrimidine tract binding protein binds upstream of neural cell-specific c-src exon N1 to repress the splicing of the intron downstream. Mol Cell Biol, 17,4667-4676.

55. Chang, D.D. and Sharp, P.A. (1989) Regulation by HIV Rev depends upon recognition of splice sites. Cell, 59, 789-795.

56. Chansky, H.A., Ни, M., Hickstein, D.D. and Yang, L. (2001) Oncogenic TLS/ERG and EWS/Fli-1 fusion proteins inhibit RNA splicing mediated by YB-1 protein. Cancer Res, 61, 3586-3590.

57. Chen, C.Y., Gherzi, R., Andersen, J.S., Gaietta, G., Jurchott, K., Royer, H.D., Mann, M. and Karin, M. (2000) Nucleolin and YB-1 are required for JNK-mediated interleukin-2 mRNA stabilization during T-cell activation. Genes Dev, 14, 1236-1248.

58. Choi, Y.D. and Dreyfuss, G. (1984) Isolation of the heterogeneous nuclear RNA-ribonucleoprotein complex (hnRNP): a unique supramolecular assembly. Proc Natl Acad Sci USA, 81,7471-7475.

59. Choi, Y.D., Grabowski, P.J., Sharp, P.A. and Dreyfuss, G. (1986) Heterogeneous nuclear ribonucleoproteins: role in RNA splicing. Science, 231, 1534-1539.

60. Chou, M.Y., Rooke, N. Turck, C.W. and Black, D.L. (1999) hnRNP H is a component of a splicing enhancer complex that activates a c-src alternative exon in neuronal cells. Mol Cell Biol, 19,69-77.

61. Cobianchi, F., SenGupta, D.N., Zmudzka, B.Z. and Wilson, S.H. (1986) Structure of rodent helix-destabilizing protein revealed by cDNA cloning. J Biol Chem, 261, 3536-3543.

62. Cobianchi, F., Biamonti, G., Maconi, M. and Riva, S. (1994) Human hnRNP protein Al: a model polypeptide for a structural and genetic investigation of a broad family of RNA binding proteins. Genetica, 94, 101-114.

63. Cohen, I. and Reynolds, W.F. (1991) The Xenopus YB3 protein binds the В box element of the class III promoter. Nucleic Acids Res, 19, 4753-4759.

64. Conway, G., Wooley, J., Bibring, T. and LeStourgeon, W.M. (1988) Ribonucleoproteins package 700 nucleotides of pre-mRNA into a repeating array of regular particles. Mol Cell Biol, 8, 2884-2895.

65. Cote, С.A., Gautreau, D., Denegre, J.M., Kress, T.L., Terry, N.A. and Mowry, K.L. (1999) A Xenopus protein related to hnRNP I has a role in cytoplasmic RNA localization. Mol Cell, 4,431-437.

66. Craig, A.W., Haghighat, A., Yu, A.T. and Sonenberg, N. (1998) Interaction of polyadenylate-binding protein with the eIF4G homologue PAIP enhances translation. Nature, 392, 520-523.

67. Cristofari, G. and Darlix, J.L. (2002) The ubiquitous nature of RNA chaperone proteins. Prog Nucleic Acid Res Mol Biol, 72, 223-268.

68. Crowder, S.M., Kanaar, R., Rio, D.C. and Alber, T. (1999) Absence of interdomain contacts in the crystal structure of the RNA recognition motifs of Sex-lethal. Proc Natl Acad Sci U S A, 96, 4892-4897.

69. Crozat, A., Aman, P., Mandahl, N. and Ron, D. (1993) Fusion of CHOP to a novel RNA-binding protein in human myxoid liposarcoma. Nature, 363, 640-644.

70. Custodio, N., Carmo-Fonseca, M., Geraghty, F., Pereira, H.S., Grosveld, F. and Antoniou, M. (1999) Inefficient processing impairs release of RNA from the site of transcription. EmboJ, 18,2855-2866.

71. Daneholt, B. (1997) A look at messenger RNP moving through the nuclear pore. Cell, 88, 585-588.

72. Daneholt, B. (2001) Assembly and transport of a premessenger RNP particle. Proc Natl Acad Sci U S A, 98, 7012-7017.

73. Darnbrough, C.H. and Ford, P.J. (1981) Identification in Xenopus laevis of a class of oocyte-specific proteins bound to messenger RNA. Eur J Biochem, 113, 415-424.

74. Davidson, E.H. (1986) Gene Activity in Early Development. Academic Press, New York.

75. Davies, H.G., Giorgini, F., Fajardo, M.A. and Braun, R.E. (2000) A sequence-specific RNA binding complex expressed in murine germ cells contains MSY2 and MSY4. Dev Biol, 221, 87-100.

76. Davydova, E.K., Evdokimova, V.M., Ovchinnikov, L.P. and Hershey, J.W. (1997) Overexpression in COS cells of p50, the major core protein associated with mRNA, results in translation inhibition. Nucleic Acids Res, 25, 2911-2916.

77. Deardorff, J.A. and Sachs, A.B. (1997) Differential effects of aromatic and charged residue substitutions in the RNA binding domains of the yeast poly(A)-binding protein. J Mol Biol, 269, 67-81.

78. Decker, С J. and Parker, R. (2002) mRNA decay enzymes: decappers conserved between yeast and mammals. Proc Natl Acad Sci US A, 99, 12512-12514.

79. Dejgaard, K. and Leffers, H. (1996) Characterisation of the nucleic-acid-binding activity of KH domains. Different properties of different domains. Eur J Biochem, 241, 425-431.

80. Dempsey, L.A., Hanakahi, L.A. and Maizels, N. (1998) A specific isoform of hnRNP D interacts with DNA in the LR1 heterodimer: canonical RNA binding motifs in a sequence-specific duplex DNA binding protein. J Biol Chem, 273, 29224-29229.

81. Dempsey, L.A., Sun, H„ Hanakahi, L.A. and Maizels, N. (1999) G4 DNA binding by LR1 and its subunits, nucleolin and hnRNP D, A role for G-G pairing in immunoglobulin switch recombination. J Biol Chem, 274, 1066-1071.

82. Denisenko, O. and Bomsztyk, K. (2002) Yeast hnRNP K-like genes are involved in regulation of the telomeric position effect and telomere length. Mol Cell Biol, 22, 286-297.

83. Deo, R.C., Bonanno, J.B., Sonenberg, N. and Burley, S.K. (1999) Recognition of polyadenylate RNA by the poly(A)-binding protein. Cell, 98, 835-845.

84. Didier, D.K., Schiffenbauer, J., Woulfe, S.L., Zacheis, M. and Schwartz, B.D. (1988) Characterization of the cDNA encoding a protein binding to the major histocompatibility complex class II Y box. Proc Natl Acad Sci USA, 85, 7322-7326.

85. Dingwall, C. and Laskey, R.A. (1991) Nuclear targeting sequences—a consensus? Trends BiochemSci, 16, 478-481.

86. Doniger, J., Landsman, D., Gonda, M.A. and Wistow, G. (1992) The product of unr, the highly conserved gene upstream of N-ras, contains multiple repeats similar to the cold-shock domain (CSD), a putative DNA-binding motif. New Biol, 4, 389-395.

87. Dostie, J. and Dreyfuss, G. (2002) Translation is required to remove Y14 from mRNAs in the cytoplasm. Curr Biol, 12, 1060-1067.

88. Dreyfuss, G. (1986) Structure and function of nuclear and cytoplasmic ribonucleoprotein particles. Annu Rev Cell Biol, 2, 459-498.

89. Dreyfuss, G., Swanson, M.S. and Pinol-Roma, S. (1988) Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein particles and the pathway of mRNA formation. Trends Biochem Sci, 13, 86-91.

90. Dreyfuss, G., Matunis, M.J., Pinol-Roma, S. and Burd, C.G. (1993) hnRNP proteins and the biogenesis of mRNA. Annu Rev Biochem, 62, 289-321.

91. Dreyfuss, G., Kim, V.N. and Kataoka, N. (2002) Messenger-RNA-binding proteins and the messages they carry. Nat Rev Mol Cell Biol, 3, 195-205.

92. Eckner, R, Ellmeier, W. and Birnstiel, M.L. (1991) Mature mRNA 3' end formation stimulates RNA export from the nucleus. Embo J, 10, 3513-3522.

93. Economidis, I.V. and Pederson, T. (1983) Structure of nuclear ribonucleoprotein: heterogeneous nuclear RNA is complexed with a major sextet of proteins in vivo. Proc Natl Acad Sci USA, 80, 1599-1602.

94. Evdokimova, V.M. and Ovchinnikov, L.P. (1999) Translational regulation by Y-box transcription factor: involvement of the major mRNA-associated protein, p50. Int J Biochem Cell Biol, 31, 139-149.

95. Evdokimova, V., Ruzanov, P., Imataka, H., Raught, В., Svitkin, Y., Ovchinnikov, L.P. and Sonenberg, N. (2001) The major mRNA-associated protein YB-1 is a potent 5' cap-dependent mRNA stabilizer. Embo J, 20, 5491-5502.

96. Eversole, A. and Maizels, N. (2000) In vitro properties of the conserved mammalian protein hnRNP D suggest a role in telomere maintenance. Mol Cell Biol, 20, 5425-5432.

97. Fakan, S., Leser, G. and Martin, Т.Е. (1986) Immunoelectron microscope visualization of nuclear ribonucleoprotein antigens within spread transcription complexes. J Cell Biol, 103, 1153-1157.

98. Foe, V.E., Wilkinson, L.E. and Laird, C.D. (1976) Comparative organization of active transcription units in Oncopeltus fasciatus. Cell, 9, 131-146.

99. Ford, P.J., Mathieson, T. and Rosbash, M. (1977) Very long-lived messenger RNA in ovaries of Xenopus laevis. Dev Biol, 57, 417-426.

100. Franke, W.W. and Scheer, U. (1974) Pathways of nucleocytoplasmic translocation of ribonucleoproteins. Symp Soc Exp Biol, 249-282.

101. Fribourg, S., Braun, I.C., Izaurralde, E. and Conti, E. (2001) Structural basis for the recognition of a nucleoporin FG repeat by the NTF2-like domain of the TAP/pl5 mRNA nuclear export factor. Mol Cell, 8, 645-656.

102. Gallie, D.R. (1991) The cap and poly(A) tail function synergistically to regulate mRNA translational efficiency. Genes Dev, 5, 2108-2116.

103. Gallie, D.R. (1998) A tale of two termini: a functional interaction between the termini of an mRNA is a prerequisite for efficient translation initiation. Gene, 216, 1-11.

104. Gatfield, D., Le Hir, H., Schmitt, C„ Braun, I.C., Kocher, Т., Wilm, M. and Izaurralde, E. (2001) The DExH/D box protein HEL/UAP56 is essential for mRNA nuclear export in Drosophila. Curr Biol, 11, 1716-1721.

105. Gatfield, D. and Izaurralde, E. (2002) REFl/Aly and the additional exon junction complex proteins are dispensable for nuclear mRNA export. J Cell Biol, 159, 579-588.

106. Gattoni, R., Mahe, D., Mahl, P., Fischer, N., Mattei, M.G., Stevenin, J. and Fuchs, J.P. (1996) The human hnRNP-M proteins: structure and relation with early heat shock-induced splicing arrest and chromosome mapping. Nucleic Acids Res, 24, 2535-2542.

107. Georgiev, G.P. (1961) Ribonucleic acid of nucleolo-chromosomal apparatus. Biokhimija, 26, 1095-1107.

108. Georgiev, G.P. and Mantieva, V.L. (1962) Isolation of DNA-like RNA and ribosomal RNA from the nucleolo-chromosomal apparatus of mammalian cells. Biochim. Biophys. Acta, 61, 153-154.

109. Georgiev, G.P., Samarina, O.P., Lerman, M.I. and Smirnov, N.V. (1963) Biosynthesis of messenger and ribosomal RNA in nucleolo-chromosomal apparatus of animal cell. Nature, 200, 1291-1294.

110. Ghisolfi, L., Joseph, G., Amalric, F. and Erard, M. (1992) The glycine-rich domain of nucleolin has an unusual supersecondary structure responsible for its RNA-helix-destabilizing properties. J Biol Chem, 267, 2955-2959.

111. Gingras, A.C., Raught, B. and Sonenberg, N. (1999) eIF4 initiation factors: effectors of mRNA recruitment to ribosomes and regulators of translation. Annu Rev Biochem, 68, 913-963.

112. Giorgini, F., Davies, H.G. and Braun, R.E. (2001) MSY2 and MSY4 bind a conserved sequence in the 3' untranslated region of protamine 1 mRNA in vitro and in vivo. Mol Cell Biol, 21, 7010-7019.

113. Goldstein, J., Pollitt, N.S. and Inouye, M. (1990) Major cold shock protein of Escherichia coli. Proc Natl Acad Sci USA, 87, 283-287.

114. Gonda, K., Fowler, J., Katoku-Kikyo, N., Haroldson, J., Wudel, J. and Kikyo, N. (2003) Reversible disassembly of somatic nucleoli by the germ cell proteins FRGY2a and FRGY2b. Nat Cell Biol, 5, 205-210.

115. Gorlach, M., Wittekind, M., Beckman, R.A., Mueller, L. and Dreyfuss, G. (1992) Interaction of the RNA-binding domain of the hnRNP С proteins with RNA. Embo /,11, 3289-3295.

116. Gorlach, M., Burd, C.G. and Dreyfuss, G. (1994) The determinants of RNA-binding specificity of the heterogeneous nuclear ribonucleoprotein С proteins. J Biol Chem, 269, 23074-23078.

117. Grange, Т., de Sa, C.M., Oddos, J. and Pictet, R. (1987) Human mRNA polyadenylate binding protein: evolutionary conservation of a nucleic acid binding motif. Nucleic Acids Res, 15, 4771 -4787.

118. Grant, C.E. and Deeley, R.G. (1993) Cloning and characterization of chicken YB-1: regulation of expression in the liver. Mol Cell Biol, 13, 4186-4196.

119. Grant, R.P., Hurt, E., Neuhaus, D. and Stewart, M. (2002) Structure of the C-terminal FG-nucleoporin binding domain of Tap/NXFl. Nat Struct Biol, 9, 247-251.

120. Graumann, P.L. and Marahiel, M.A. (1998) A superfamily of proteins that contain the cold-shock domain. Trends Biochem Sci, 23, 286-290.

121. Gray, N.K., Coller, J.M., Dickson, K.S. and Wickens, M. (2000) Multiple portions of poly(A)-binding protein stimulate translation in vivo. Embo J, 19, 4723-4733.

122. Greenberg, J.R. (1980) Proteins crosslinked to messenger RNA by irradiating polyribosomes with ultraviolet light. Nucleic Acids Res, 8, 5685-5701.

123. Greenberg, J.R. (1981) The polyribosomal mRNA—protein complex is a dynamic structure. Proc Natl Acad Sci USA, 78, 2923-2926.

124. Gruter, P., Tabernero, C., von Kobbe, C., Schmitt, C., Saavedra, C., Bachi, A., Wilm, M., Felber, B.K. and Izaurralde, E. (1998) TAP, the human homolog of Mex67p, mediates CTE-dependent RNA export from the nucleus. Mol Cell, 1, 649-659.

125. Gu, W., Tekur, S., Reinbold, R, Eppig, J.J., Choi, Y.C., Zheng, J.Z., Murray, M.T. and Hecht, N.B. (1998) Mammalian male and female germ cells express a germ cell-specific Y-Box protein, MSY2. Biol Reprod, 59, 1266-1274.

126. Gurdon, J.B. and Brown, D.D. (1965) Cytoplasmic Regulation of Rna Synthesis and Nucleolus Formation in Developing Embryos of Xenopus Laevis. J Mol Biol, 12, 27-35.

127. Hall, K.B. (2002) RNA-protein interactions. Curr Opin Struct Biol, 12, 283-288.

128. Hamm, J. and Mattaj, I.W. (1990) Monomethylated cap structures facilitate RNA export from the nucleus. Cell, 63, 109-118.

129. Handa, N., Nureki, O., Kurimoto, K., Kim, I., Sakamoto, H., Shimura, Y., Muto, Y. and Yokoyama, S. (1999) Structural basis for recognition of the tra mRNA precursor by the Sex- lethal protein. Nature, 398, 579-585.

130. Hannon, G.J. (2002) RNA interference. Nature, 418, 244-251.

131. Hayman, M.L. and Read, L.K. (1999) Trypanosoma brucei RBP16 is a mitochondrial Y-box family protein with guide RNA binding activity. J Biol Chem, 274, 12067-12074.

132. Henshaw, E.C. (1968) Messenger RNA in rat liver polyribosomes: evidence that it exists as ribonucleoprotein particles. J Mol Biol, 36, 401-411.

133. Herold, A., Klymenko, T. and Izaurralde, E. (2001) NXFl/pl5 heterodimers are essential for mRNA nuclear export in Drosophila. Rna, 1, 1768-1780.

134. Herrick, G. and Alberts, B. (1976) Nucleic acid helix-coil transitions mediated by helix-unwinding proteins from calf thymus. J Biol Chem, 251, 2133-2141.

135. Herschlag, D. (1995) RNA chaperones and the RNA folding problem. J Biol Chem, 270, 20871-20874.

136. Hoek, K.S., Kidd, G.J., Carson, J.H. and Smith, R. (1998) hnRNP A2 selectively binds the cytoplasmic transport sequence of myelin basic protein mRNA. Biochemistry, 37, 7021-7029.

137. Huang, Y. and Steitz, J.A. (2001) Splicing factors SRp20 and 9G8 promote the nucleocytoplasmic export of mRNA. Mol Cell, 7, 899-905.

138. Huang, Y., Gattoni, R., Stevenin, J. and Steitz, J.A. (2003) SR splicing factors serve as adapter proteins for TAP-dependent mRNA export. Mol Cell, 11, 837-843.

139. Huez, G., Burny, A., Marbaix, G. and Lebleu, B. (1967) Release of messenger RNA from rabbit reticulocyte polyribosomes at low concentration of divalent cations. Biochim Biophys Acta, 145, 629-636.

140. Hunt, S.L., Hsuan, J.J., Totty, N. and Jackson, R.J. (1999) unr, a cellular cytoplasmic RNA-binding protein with five cold-shock domains, is required for internal initiation of translation of human rhinovirus RNA. Genes Dev, 13, 437-448.

141. Iizuka, N., Najita, L., Franzusoff, A. and Samow, P. (1994) Cap-dependent and cap-independent translation by internal initiation of mRNAs in cell extracts prepared from Saccharomyces cerevisiae. Mol Cell Biol, 14, 7322-7330.

142. Imataka, H., Gradi, A. and Sonenberg, N. (1998) A newly identified N-terminal amino acid sequence of human eIF4G binds poly(A)-binding protein and functions in poly(A)-dependent translation. Embo J, 17, 7480-7489.

143. Irwin, D., Kumar, A. and Malt, R.A. (1975) Messenger ribonucleoprotein complexes isolated with oligo(dT)-cellulose chromatography from kidney polysomes. Cell, 4, 157-165.

144. Ito, K., Tsutsumi, K., Kuzumaki, Т., Gomez, P.F., Otsu, K. and Ishikawa, K. (1994) A novel growth-inducible gene that encodes a protein with a conserved cold-shock domain. Nucleic Acids Res, 22, 2036-2041.

145. Izaurralde, E., Jarmolowski, A., Beisel, C., Mattaj, I.W., Dreyfuss, G. and Fischer, U. (1997) A role for the M9 transport signal of hnRNP Al in mRNA nuclear export. J Cell Biol, 137, 27-35.

146. Izaurralde, E. and Adam, S. (1998) Transport of macromolecules between the nucleus and the cytoplasm. Rna, 4, 351-364.

147. Jacobson, A. and Peltz, S.W. (1996) Interrelationships of the pathways of mRNA decay and translation in eukaryotic cells. Annu Rev Biochem, 65, 693-739.

148. Jain, S.K., Pluskal, M.G. and Sarkar, S. (1979) Thermal chromatography of eukaryotic messenger ribonucleoprotein particles on oligo (dT)-cellulose. Evidence for common mRNA-associated proteins in various cell types. FEBSLett, 97, 84-90.

149. Jensen, K.B., Musunuru, К., Lewis, H.A., Burley, S.K. and Darnell, R.B. (2000) The tetranucleotide UCAY directs the specific recognition of RNA by the Nova K-homology 3 domain. Proc Natl Acad Sci USA, 97, 5740-5745.

150. Jiang, W., Fang, L. and Inouye, M. (1996) The role of the 5'-end untranslated region of the mRNA for CspA, the major cold-shock protein of Escherichia coli, in cold-shock adaptation. JBacteriol, 178, 4919-4925.

151. Jiang, W., Hou, Y. and Inouye, M. (1997) CspA, the major cold-shock protein of Escherichia coli, is an RNA chaperone. J Biol Chem, 272, 196-202.

152. Jin, P. and Warren, S.T. (2003) New insights into fragile X syndrome: from molecules to neurobehaviors. Trends Biochem Sci, 28, 152-158.

153. Jones, P.G., VanBogelen, R.A. and Neidhardt, F.C. (1987) Induction of proteins in response to low temperature in Escherichia coli. J Bacteriol, 169, 2092-2095.

154. Jones, P.G. and Inouye, M. (1994) The cold-shock response—a hot topic. Mol Microbiol, 11,811-818.

155. Kafatos, F.C. and Reich, J. (1968) Stability of differentiation-specific and nonspecific messenger RNA in insect cells. Proc Natl Acad Sci USA, 60, 1458-1465.

156. Kaminski, A., Hunt, S.L., Patton, J.G. and Jackson, R.J. (1995) Direct evidence that polypyrimidine tract binding protein (PTB) is essential for internal initiation of translation of encephalomyocarditis virus RNA. Rna, 1, 924-938.

157. Kandala, J.C. and Guntaka, R.V. (1994) Cloning of Rous sarcoma virus enhancer factor genes. I. Evidence that RSV-EF-I is related to Y-box (inverted CCAAT) binding proteins and binds to multiple motifs in the RSV enhancer. Virology, 198, 514-523.

158. Karlson, D., Nakaminami, K., Toyomasu, T. and Imai, R. (2002) A cold-regulated nucleic acid-binding protein of winter wheat shares a domain with bacterial cold shock proteins. J Biol Chem, 277, 35248-35256.

159. Karlson, D. and Imai, R. (2003) Conservation of the cold shock domain protein family in plants. Plant Physiol, 131, 12-15.

160. Karpel, R.L., Miller, N.S. and Fresco, J.R. (1982) Mechanistic studies of ribonucleic acid renaturation by a helix-destabilizing protein. Biochemistry, 21, 2102-2108.

161. Katahira, J., Strasser, K., Podtelejnikov, A., Mann, M., Jung, J.U. and Hurt, E. (1999) The Mex67p-mediated nuclear mRNA export pathway is conserved from yeast to human. Embo J, 18, 2593-2609.

162. Katsu, Y., Yamashita, M. and Nagahama, Y. (1997) Isolation and characterization of goldfish Y box protein, a germ-cell-specific RNA-binding protein. Eur J Biochem, 249, 854861.

163. Kessler, S.H. and Sachs, A.B. (1998) RNA recognition motif 2 of yeast Pablp is required for its functional interaction with eukaryotic translation initiation factor 4G. Mol Cell Biol, 18, 51-57.

164. Khaleghpour, K., Kahvejian, A., De Crescenzo, G., Roy, G., Svitkin, Y.V., Imataka, H., O'Connor-McCourt, M. and Sonenberg, N. (2001a) Dual interactions of the translational repressor Paip2 with poly(A) binding protein. Mol Cell Biol, 21, 5200-5213.

165. Khaleghpour, K., Svitkin, Y.V., Craig, A.W., DeMaria, C.T., Deo, R.C., Burley, S.K. and Sonenberg, N. (2001b) Translational repression by a novel partner of human poly (A) binding protein, Paip2. Mol Cell, 7, 205-216.

166. Kick, D., Barrett, P., Cummings, A. and Sommerville, J. (1987) Phosphorylation of a 60 kDa polypeptide from Xenopus oocytes blocks messenger RNA translation. Nucleic Acids Res, 15,4099-4109.

167. Kiesler, E., Miralles, F. and Visa, N. (2002) HEL/UAP56 binds cotranscriptionally to the Balbiani ring pre-mRNA in an intron-independent manner and accompanies the BR mRNP to the nuclear pore. Curr Biol, 12, 859-862.

168. Kiledjian, M. and Dreyfuss, G. (1992) Primary structure and binding activity of the hnRNP U protein: binding RNA through RGG box. Embo У, 11, 2655-2664.

169. Kiledjian, M., Burd, C.G., Gorlach, M., Portman, D. and Dreyfuss, G. (1994) Structure and function of hnRNP proteins. In Mattaj, I.W. and Nagai, K. (eds.), RNA-protein interactions. Oxford University press, p. 127.

170. Kiledjian, M., Wang, X. and Liebhaber, S.A. (1995) Identification of two KH domain proteins in the alpha-globin rnRNP stability complex. Embo J, 14, 4357-4364.

171. Kiledjian, M., DeMaria, C.T., Brewer, G. and Novick, K. (1997) Identification of AUF1 (heterogeneous nuclear ribonucleoprotein D) as a component of the alpha-globin mRNA stability complex. Mol Cell Biol, 17, 4870-4876.

172. Kim, M.K. and Nikodem, V.M. (1999) hnRNP U inhibits carboxy-terminal domain phosphorylation by TFIIH and represses RNA polymerase II elongation. Mol Cell Biol, 19, 6833-6844.

173. Kim, S., Park, G.H. and Paik, W.K. (1998) Recent advances in protein methylation: enzymatic methylation of nucleic acid binding proteins. Amino Acids, 15, 291-306.

174. Kloks, C.P., Spronk, C.A., Lasonder, E., Hoffmann, A., Vuister, G.W., Grzesiek, S. and Hilbers, C.W. (2002) The solution structure and DNA-binding properties of the cold-shock domain of the human Y-box protein YB-1. J Mol Biol, 316, 317-326.

175. Kohno, K., Izumi, H., Uchiumi, Т., Ashizuka, M. and Kuwano, M. (2003) The pleiotropic functions of the Y-box-binding protein, YB-1. Bioessays, 25, 691-698.

176. Koike, K, Uchiumi, Т., Ohga, Т., Toh, S., Wada, M., Kohno, K. and Kuwano, M. (1997) Nuclear translocation of the Y-box binding protein by ultraviolet irradiation. FEBS Lett, All, 390-394.

177. Kolluri, R. and Kinniburgh, A J. (1991) Full length cDNA sequence encoding a nuclease-sensitive element DNA binding protein. Nucleic Acids Res, 19, 4771.

178. Kolluri, R., Torrey, T.A. and Kinniburgh, A.J. (1992) A CT promoter element binding protein: definition of a double-strand and a novel single-strand DNA binding motif. Nucleic Acids Res, 20, 111-116.

179. Koloteva-Levine, N., Amichay, M. and Elroy-Stein, O. (2002) Interaction of hnRNP-C1/C2 proteins with RNA: analysis using the yeast three-hybrid system. FEBS Lett, 523, 7378.

180. Korner, C.G., Wormington, M., Muckenthaler, M., Schneider, S., Dehlin, E. and Wahle, E. (1998) The deadenylating nuclease (DAN) is involved in poly(A) tail removal during the meiotic maturation of Xenopus oocytes. Embo J, 17, 5427-5437.

181. Kozlov, G., Trempe, J.F., Khaleghpour, K., Kahvejian, A., Ekiel, I. and Gehring, K. (2001) Structure and function of the C-terminal PABC domain of human poly(A)-binding protein. Proc Natl Acad Sci US A, 98, 4409-4413.

182. Kranz, J.K. and Hall, K.B. (1998) RNA binding mediates the local cooperativity between the beta-sheet and the C-terminal tail of the human U1A RJBD1 protein. J Mol Biol, 275,465-481.

183. Kranz, J.K. and Hall, K.B. (1999) RNA recognition by the human U1A protein is mediated by a network of local cooperative interactions that create the optimal binding surface. J Mol Biol, 285,215-231.

184. Krecic, A.M. and Swanson, M.S. (1999) hnRNP complexes: composition, structure, and function. Curr Opin Cell Biol, 11, 363-371.

185. Kudo, S., Mattei, M.G. and Fukuda, M. (1995) Characterization of the gene for dbpA, a family member of the nucleic-acid-binding proteins containing a cold-shock domain. Eur J Biochem, 231, 72-82.

186. Kuhn, U. and Pieler, T. (1996) Xenopus poly(A) binding protein: functional domains in RNA binding and protein-protein interaction. J Mol Biol, 256, 20-30.

187. Kumar, A. and Pederson, T. (1975) Comparison of proteins bound to heterogeneous nuclear RNA and messenger RNA in HeLa cells. J Mol Biol, 96, 353-365.

188. Kumar, A., Williams, K.R. and Szer, W. (1986) Purification and domain structure of core hnRNP proteins Al and A2 and their relationship to single-stranded DNA-binding proteins. J Biol Chem, 261, 11266-11273.

189. Kumar, A. and Wilson, S.H. (1990) Studies of the strand-annealing activity of mammalian hnRNP complex protein Al .Biochemistry, 29, 10717-10722.

190. Kwan, S.W. and Brawerman, G. (1972) A particle associated with the polyadenylate segment in mammalian messenger RNA. Proc Natl Acad Sci U S A, 69, 3247-3250.

191. Kwon, S., Barbarese, E. and Carson, J.H. (1999) The cis-acting RNA trafficking signal from myelin basic protein mRNA and its cognate trans-acting ligand hnRNP A2 enhance cap-dependent translation. J Cell Biol, 147, 247-256.

192. Kwon, Y.K., Murray, M.T. and Hecht, N.B. (1993) Proteins homologous to the Xenopus germ cell-specific RNA-binding proteins p54/p56 are temporally expressed in mouse male germ cells. Dev Biol, 158, 99-100.

193. LaBranche, H., Dupuis, S., Ben-David, Y., Bani, M.R., Wellinger, R.J. and Chabot, B. (1998) Telomere elongation by hnRNP Al and a derivative that interacts with telomeric repeats and telomerase. Nat Genet, 19, 199-202.

194. Ladomery, M. and Sommerville, J. (1994) Binding of Y-box proteins to RNA: involvement of different protein domains. Nucleic Acids Res, 22, 5582-5589.

195. Laemmli, U.K. (1970) Cleavage of structural proteins during the assembly of the head of bacteriophage T4. Nature, 227, 680-685.

196. Landsman, D. (1992) RNP-1, an RNA-binding motif is conserved in the DNA-binding cold shock domain. Nucleic Acids Res, 20, 2861-2864.

197. Le Hir, H., Nott, A. and Moore, M.J. (2003) How introns influence and enhance eukaryotic gene expression. Trends Biochem Sci, 28, 215-220.

198. Lee, C.G., Zamore, P.D., Green, M.R. and Hurwitz, J. (1993) RNA annealing activity is intrinsically associated with U2AF. J Biol Chem, 268, 13472-13478.

199. Legrain, P. and Rosbash, M. (1989) Some cis- and trans-acting mutants for splicing target pre-mRNA to the cytoplasm. Cell, 57, 573-583.

200. Lewis, H.A., Chen, H., Edo, C., Buckanovich, R.J., Yang, Y.Y., Musunuru, K., Zhong, R., Darnell, R.B. and Burley, S.K. (1999) Crystal structures of Nova-1 and Nova-2 K-homology RNA-binding domains. Structure FoldDes, 7, 191-203.

201. Lewis, H.A., Musunuru, K., Jensen, K.B., Edo, C., Chen, H., Darnell, R.B. and Burley, S.K. (2000) Sequence-specific RNA binding by a Nova KH domain: implications for paraneoplastic disease and the fragile X syndrome. Cell, 100, 323-332.

202. Libri, D., Graziani, N., Saguez, C. and Boulay, J. (2001) Multiple roles for the yeast SUB2/yUAP56 gene in splicing. Genes Dev, 15, 36-41.

203. Liker, E., Fernandez, E., Izaurralde, E. and Conti, E. (2000) The structure of the mRNA export factor TAP reveals a cis arrangement of a non-canonical RNP domain and an LRR domain. Embo J, 19, 5587-5598.

204. Lindberg, U. and Sundquist, B. (1974) Isolation of messenger ribonucleoproteins from mammalian cells. J Mol Biol, 86,451-468.

205. Liu, Q. and Dreyfuss, G. (1995) In vivo and in vitro arginine methylation of RNA-binding proteins. Mol Cell Biol, 15, 2800-2808.

206. Lloberas, J., Maki, RA. and Celada, A. (1995) Repression of major histocompatibility complex I-A beta gene expression by dbpA and dbpB (mYB-1) proteins. Mol Cell Biol, 15, 5092-5099.

207. Lothstein, L., Arenstorf, H.P., Chung, S.Y., Walker, B.W., Wooley, J.C. and LeStourgeon, W.M. (1985) General organization of protein in HeLa 40S nuclear ribonucleoprotein particles. J Cell Biol, 100, 1570-1581.

208. Lou, H., Helfman, D.M., Gagel, R.F. and Berget, S.M. (1999) Polypyrimidine tract-binding protein positively regulates inclusion of an alternative 3'-terminal exon. Mol Cell Biol, 19, 78-85.

209. Lu, S. and Cullen, B.R. (2003) Analysis of the stimulatory effect of splicing on mRNA production and utilization in mammalian cells. Rna, 9, 618-630.

210. Lukanidin, E.M., Zalmanzon, E.S., Komaromi, L., Samarina, O.P. and Georgiev, G.P. (1972) Structure and function of informofers. Nat New Biol, 238, 193-197.

211. Luo, M.L., Zhou, Z., Magni, K., Christoforides, C., Rappsilber, J., Mann, M. and Reed, R. (2001) Pre-mRNA splicing and mRNA export linked by direct interactions between UAP56 and Aly. Nature, 413, 644-647.

212. Lykke-Andersen, J., Shu, M.D. and Steitz, J.A. (2000) Human Upf proteins target an mRNA for nonsense-mediated decay when bound downstream of a termination codon. Cell, 103,1121-1131.

213. Lykke-Andersen, J., Shu, M.D. and Steitz, J.A. (2001) Communication of the position of exon-exon junctions to the mRNA surveillance machinery by the protein RNPS1. Science, 293, 1836-1839.

214. MacDonald, G.H., Itoh-Lindstrom, Y. and Ting, J.P. (1995) The transcriptional regulatory protein, YB-1, promotes single-stranded regions in the DRA promoter. J Biol Chem, 270, 3527-3533.

215. Makino, Y., Ohga, Т., Toh, S., Koike, K., Okumura, K., Wada, M., Kuwano, M. and Kohno, K. (1996) Structural and functional analysis of the human Y-box binding protein (YB-1) gene promoter. Nucleic Acids Res, 24, 1873-1878.

216. Malcolm, D.B. and Sommerville, J. (1974) The structure of chromosome-derived ribonucleoprotein in oocytes of Triturus cristatus carnifex (Laurenti). Chromosoma, 48, 137158.

217. Malcolm, D.B. and Sommerville, J. (1977) The structure of nuclear ribonucleoprotein of amphibian oocytes. J Cell Sci, 24, 143-165.

218. Manival, X., Ghisolfi-Nieto, L., Joseph, G., Bouvet, P. and Erard, M. (2001) RNA-binding strategies common to cold-shock domain- and RNA recognition motif-containing proteins. Nucleic Acids Res, 29, 2223-2233.

219. Mansfield, J.H., Wilhelm, J.E. and Hazelrigg, T. (2002) Ypsilon Schachtel, a Drosophila Y-box protein, acts antagonistically to Orb in the oskar mRNA localization and translation pathway. Development, 129, 197-209.

220. Marello, K., LaRovere, J. and Sommerville, J. (1992) Binding of Xenopus oocyte masking proteins to mRNA sequences. Nucleic Acids Res, 20, 5593-5600.

221. Martin, Т., Billings, P., Pullman, J., Stevens, B. and Kinniburgh, A. (1978) Substructure of nuclear ribonucleoprotein complexes. Cold Spring Harb Symp Quant Biol, 42, 899-909.

222. Matsumoto, K., Wassarman, K.M. and Wolffe, A.P. (1998(A)) Nuclear history of a pre-mRNA determines the translational activity of cytoplasmic mRNA. Embo J, 17, 21072121.

223. Matsumoto, K. and Wolffe, A.P. (1998(B)) Gene regulation by Y-box proteins: coupling control of transcription and translation. Trends Cell Biol, 8, 318-323.

224. Matsumoto, К., Tanaka, K.J., Aoki, К., Sameshima, M. and Tsujimoto, M. (2003) Visualization of the reconstituted FRGY2-mRNA complexes by electron microscopy. Biochem Biophys Res Commun, 306, 53-58.

225. Matunis, E.L., Matunis, M.J. and Dreyfuss, G. (1992(B)) Characterization of the major hnRNP proteins from Drosophila melanogaster. J Cell Biol, 116, 257-269.

226. Matunis, M.J., Michael, W.M. and Dreyfuss, G. (1992(A)) Characterization and primary structure of the poly(C)-binding heterogeneous nuclear ribonucleoprotein complex К protein. Mol Cell Biol, 12, 164-171.

227. Mayeda, A. and Krainer, A.R. (1992) Regulation of alternative pre-mRNA splicing by hnRNP Al and splicing factor SF2. Cell, 68, 365-375.

228. Mayeda, A., Munroe, S.H., Caceres, J.F. and Krainer, A.R. (1994) Function of conserved domains of hnRNP Al and other hnRNP A/B proteins. Embo J, 13, 5483-5495.

229. Mayeda, A., Munroe, S.H., Xu, R.M. and Krainer, A.R. (1998) Distinct functions of the closely related tandem RNA-recognition motifs of hnRNP Al. Rna, 4, 1111-1123.

230. Mayrand, S. and Pederson, T. (1981) Nuclear ribonucleoprotein particles probed in living cells. Proc Natl Acad Sci USA, 78, 2208-2212.

231. Mayrand, S., Setyono, В., Greenberg, J.R. and Pederson, T. (1981) Structure of nuclear ribonucleoprotein: identification of proteins in contact with poly(A)+ heterogeneous nuclear RNA in living HeLa cells .J Cell Biol, 90, 380-384.

232. McAfee, J.G., Shahied-Milam, L., Soltaninassab, S.R. and LeStourgeon, W.M. (1996(A)) A major determinant of hnRNP С protein binding to RNA is a novel bZIP- like RNA binding domain. Rna, 2, 1139-1152.

233. McAfee, J.G., Huang, M., Soltaninassab, S.R., Rech, J.E., Iyengar, S. and LeStourgeon, W.M. (1997) The packaging of pre-mRNA. In Krainer, A.R. (ed.), Eukaryotic mRNA Processing. Oxford University Press, pp. 68-102.

234. Mehlin, H., Daneholt, B. and Skoglund, U. (1992) Translocation of a specific premessenger ribonucleoprotein particle through the nuclear pore studied with electron microscope tomography. Cell, 69, 605-613.

235. Meric, F., Matsumoto, K. and Wolffe, A.P. (1997) Regulated unmasking of in vivo synthesized maternal mRNA at oocyte maturation. A role for the chaperone nucleoplasmin. J Biol Chem, 212, 12840-12846.

236. Merrill, B.M., Barnett, S.F., LeStourgeon, W.M. and Williams, K.R. (1989) Primary structure differences between proteins С1 and C2 of HeLa 40S nuclear ribonucleoprotein particles. Nucleic Acids Res, 17, 8441-8449.

237. Methot, N., Pause, A., Hershey, J.W. and Sonenberg, N. (1994) The translation initiation factor eIF-4B contains an RNA-binding region that is distinct and independent from its ribonucleoprotein consensus sequence. Mol Cell Biol, 14, 2307-2316.

238. Methot, N., Song, M.S. and Sonenberg, N. (1996) A region rich in aspartic acid, arginine, tyrosine, and glycine (DRYG) mediates eukaryotic initiation factor 4B (eIF4B) self-association and interaction with eIF3. Mol Cell Biol, 16, 5328-5334.

239. Michael, W.M., Choi, M. and Dreyfuss, G. (1995) A nuclear export signal in hnRNP Al: a signal-mediated, temperature- dependent nuclear protein export pathway. Cell, 83, 415-422.

240. Michael, W.M., Eder, P.S. and Dreyfuss, G. (1997) The К nuclear shuttling domain: a novel signal for nuclear import and nuclear export in the hnRNP К protein. Embo J, 16, 3587-3598.

241. Michelotti, E.F., Michelotti, G.A., Aronsohn, A.I. and Levens, D. (1996) Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein К is a transcription factor. Mol Cell Biol, 16, 2350-2360.

242. Mili, S., Shu, H.J., Zhao, Y. and Pinol-Roma, S. (2001) Distinct RNP complexes of shuttling hnRNP proteins with pre-mRNA and mRNA: candidate intermediates in formation and export of mRNA. Mol Cell Biol, 21, 7307-7319.

243. Miller, O.L., Jr. and Bakken, A.H. (1972) Morphological studies of transcription. Acta Endocrinol Suppl, 168, 155-177.

244. Min, H., Chan, R.C. and Black, D.L. (1995) The generally expressed hnRNP F is involved in a neural-specific pre-mRNA splicing event. Genes Dev, 9, 2659-2671.

245. Minich, W.B. and Ovchinnikov, L.P. (1992) Role of cytoplasmic mRNP proteins in translation. Biochimie, 74, 477-483.

246. Minich, W.B., Maidebura, I.P. and Ovchinnikov, L.P. (1993) Purification and characterization of the major 50-kDa repressor protein from cytoplasmic mRNP of rabbit reticulocytes. Eur JBiochem, 212, 633-638.

247. Miralles, F., Ofverstedt, L.G., Sabri, N., Aissouni, Y., Hellman, U., Skoglund, U. and Visa, N. (2000) Electron tomography reveals posttranscriptional binding of pre-mRNPs to specific fibers in the nucleoplasm. J Cell Biol, 148, 271-282.

248. Moreira, A., Takagaki, Y., Brackenridge, S., Wollerton, M., Manley, J.L. and Proudfoot, N.J. (1998) The upstream sequence element of the C2 complement poly(A) signal activates mRNA 3' end formation by two distinct mechanisms. Genes Dev, 12, 25222534.

249. Morel, C., Kayibanda, B. and Scherrer, K. (1971) Proteins associated with globin messenger RNA in avian erythroblasts: Isolation and comparison with the proteins bound to nuclear messenger-likie RNA. FEBSLett, 18, 84-88.

250. Mourelatos, Z„ Abel, L., Yong, J., Kataoka, N. and Dreyfuss, G. (2001) SMN interacts with a novel family of hnRNP and spliceosomal proteins. EmboJ, 20, 5443-5452.

251. Muhlrad, D., Decker, C.J. and Parker, R. (1994) Deadenylation of the unstable mRNA encoded by the yeast MFA2 gene leads to decapping followed by 5'—>3' digestion of the transcript. Genes Dev, 8, 855-866.

252. Munro, T.P., Magee, R.J., Kidd, G.J., Carson, J.H., Barbarese, E., Smith, L.M. and Smith, R. (1999) Mutational analysis of a heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A2 response element for RNA trafficking. J Biol Chem, 274, 34389-34395.

253. Munroe, S.H. and Dong, X.F. (1992) Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein Al catalyzes RNA.RNA annealing. Proc Natl Acad Sci USA, 89, 895-899.

254. Murray, M.T., Krohne, G. and Franke, W.W. (1991) Different forms of soluble cytoplasmic mRNA binding proteins and particles in Xenopus laevis oocytes and embryos. J Cell Biol, 112, 1-11.

255. Murray, M.T., Schiller, D.L. and Franke, W.W. (1992) Sequence analysis of cytoplasmic mRNA-binding proteins of Xenopus oocytes identifies a family of RNA-binding proteins. Proc Natl Acad Sci US A, 89, 11-15.

256. Murray, M.T. (1994) Nucleic acid-binding properties of the Xenopus oocyte Y box protein mRNP3+4. Biochemistry, 33, 13910-13917.

257. Murzin, A.G. (1993) OB(oligonucleotide/oligosaccharide binding)-fold: common structural and functional solution for non-homologous sequences. EmboJ, 12, 861-867.

258. Musco, G., Stier, G., Joseph, C., Castiglione Morelli, M.A., Nilges, M., Gibson, T.J. and Pastore, A. (1996) Three-dimensional structure and stability of the KH domain: molecular insights into the fragile X syndrome. Cell, 85, 237-245.

259. Musco, G., Kharrat, A., Stier, G., Fraternali, F., Gibson, T.J., Nilges, M. and Pastore, A. (1997) The solution structure of the first KH domain of FMR1, the protein responsible for the fragile X syndrome. Nat Struct Biol, 4, 712-716.

260. Nagai, K., Oubridge, C., lessen, Т.Н., Li, J. and Evans, P.R. (1990) Crystal structure of the RNA-binding domain of the U1 small nuclear ribonucleoprotein A. Nature, 348, 515520.

261. Nakielny, S. and Dreyfuss, G. (1996) The hnRNP С proteins contain a nuclear retention sequence that can override nuclear export signals. J Cell Biol, 134, 1365-1373.

262. Nakielny, S. and Dreyfuss, G. (1999) Transport of proteins and RNAs in and out of the nucleus. Cell, 99, 677-690.

263. Niederberger, N., Trachsel, H. and Altmann, M. (1998) The RNA recognition motif of yeast translation initiation factor Tif3/eIF4B is required but not sufficient for RNA strand-exchange and translational activity. Rna, 4, 1259-1267.

264. Nott, A., Meislin, S.H. and Moore, M.J. (2003) A quantitative analysis of intron effects on mammalian gene expression. Rna, 9, 607-617.

265. Oberosler, P., Hloch, P., Ramsperger, U. and Stahl, H. (1993) p53-catalyzed annealing of complementary single-stranded nucleic acids. Embo J, 12, 2389-2396.

266. Okamoto, Т., Izumi, H., Imamura, Т., Takano, H., Ise, Т., Uchiumi, Т., Kuwano, M. and Kohno, K. (2000) Direct interaction of p53 with the Y-box binding protein, YB-1: a mechanism for regulation of human gene expression. Oncogene, 19, 6194-6202.

267. Ostareck, D.H., Ostareck-Lederer, A., Wilm, M., Thiele, B.J., Mann, M. and Hentze, M.W. (1997) mRNA silencing in erythroid differentiation: hnRNP К and hnRNP El regulate 15-lipoxygenase translation from the 3' end. Cell, 89, 597-606.

268. Ostareck, D.H., Ostareck-Lederer, A., Shatsky, I.N. and Hentze, M.W. (2001) Lipoxygenase mRNA silencing in erythroid differentiation: The 3'UTR regulatory complex controls 60S ribosomal subunit joining. Cell, 104, 281-290.

269. Otero, L.J., Ashe, M.P. and Sachs, A.B. (1999) The yeast poly(A)-binding protein Pablp stimulates in vitro poly(A)-dependent and cap-dependent translation by distinct mechanisms. Embo J, 18, 3153-3163.

270. Oubridge, C., Ito, N., Evans, P.R, Teo, C.H. and Nagai, K. (1994) Crystal structure at 1.92 A resolution of the RNA-binding domain of the U1A spliceosomal protein complexed with an RNA hairpin. Nature, 372, 432-438.

271. Ovchinnikov, L.P., Voronina, A.S., Stepanov, A.S., Belitsina, N.V. and Spirin, A.S. (1968) Informosome-like complexes were formed by RNA adding to animal cell homogenates. Mol. Biol. (USSR), 2, 752-763.

272. Ozer, J., Faber, M., Chalkley, R. and Sealy, L. (1990) Isolation and characterization of a cDNA clone for the CCAAT transcription factor EFIA reveals a novel structural motif. J Biol Chem, 265, 22143-22152.

273. Pederson, T. (1974) Proteins associated with heterogeneous nuclear RNA in eukaryotic cells. J Mol Biol, 83, 163-183.

274. Pederson, T. (2000) Half a century of "the nuclear matrix". Mol Biol Cell, 11, 799805.

275. Pelletier, M. and Read, L.K. (2003) RBP16 is a multifunctional gene regulatory protein involved in editing and stabilization of specific mitochondrial mRNAs in Trypanosoma brucei. Rna, 9, 457-468.

276. Perez-Canadillas, J.M. and Varani, G. (2001) Recent advances in RNA-protein recognition. Curr Opin Struct Biol, 11, 53-58.

277. Perry, R.P. and Kelley, D.E. (1968) Messenger RNA-protein complexes and newly synthesized ribosomal subunits: analysis of free particles and components of polyribosomes. J Mol Biol, 35,37-59.

278. Pilipenko, E.V., Pestova, T.V., Kolupaeva, V.G., Khitrina, E.V., Poperechnaya, A.N., Agol, V.I. and Hellen, C.U. (2000) A cell cycle-dependent protein serves as a template-specific translation initiation factor. Genes Dev, 14, 2028-2045.

279. Pinol-Roma, S., Choi, Y.D., Matunis, M.J. and Dreyfuss, G. (1988) Immunopurification of heterogeneous nuclear ribonucleoprotein particles reveals an assortment of RNA-binding proteins. Genes Dev, 2, 215-227.

280. Pinol-Roma, S., Swanson, M.S., Gall, J.G. and Dreyfuss, G. (1989) A novel heterogeneous nuclear RNP protein with a unique distribution on nascent transcripts. J Cell Biol, 109, 2575-2587.

281. Pinol-Roma, S. and Dreyfuss, G. (1992) Shuttling of pre-mRNA binding proteins between nucleus and cytoplasm. Nature, 355, 730-732.

282. Pokrovskaya, I.D. and Gurevich, V.V. (1994) In vitro transcription: preparative RNA yields in analytical scale reactions. Anal Biochem, 220, 420-423.

283. Pontius, B.W. (1993) Close encounters: why unstructured, polymeric domains can increase rates of specific macromolecular association. Trends Biochem Sci, 18, 181-186.

284. Portman, D.S. and Dreyfuss, G. (1994) RNA annealing activities in HeLa nuclei. Embo J, 13,213-221.

285. Preobrazhensky, A.A. and Spirin, A.S. (1978) Informosomes and their protein components: the present state of knowledge. In Progress in Nucleic Acid Research and Molecular Biology. Acad Press Inc New York, San Francisco, London, Vol. 21, pp. 1-38.

286. Rajagopalan, L.E., Westmark, C.J., Jarzembowski, J.A. and Malter, J.S. (1998) hnRNP С increases amyloid precursor protein (APP) production by stabilizing APP mRNA. Nucleic Acids Res, 26, 3418-3423.

287. Rajpurohit, R„ Paik, W.K. and Kim, S. (1994) Effect of enzymic methylation of heterogeneous ribonucleoprotein particle Al on its nucleic-acid binding and controlled proteolysis. Biochem J, 304, 903-909.

288. Ramirez, C.V., Vilela, C., Berthelot, K. and McCarthy, J.E. (2002) Modulation of eukaryotic mRNA stability via the cap-binding translation complex eIF4F. J Mol Biol, 318, 951-962.

289. Ranjan, M., Taftiri, S.R. and Wolffe, A.P. (1993) Masking mRNA from translation in somatic cells. Genes Dev, 7, 1725-1736.

290. Rapp, T.B., Yang, L., Conrad, E.U., 3rd, Mandahl, N. and Chansky, H.A. (2002) RNA splicing mediated by YB-1 is inhibited by TLS/CHOP in human myxoid liposarcoma cells. J Orthop Res, 20, 723-729.

291. Reed, R. and Hurt, E. (2002) A conserved mRNA export machinery coupled to pre-mRNA splicing. Cell, 108, 523-531.

292. Richter, J.D. and Smith, L.D. (1984) Reversible inhibition of translation by Xenopus oocyte-specific proteins. Nature, 309, 378-380.

293. Rodrigues, J.P., Rode, M., Gatfield, D., Blencowe, B.J., Carmo-Fonseca, M. and Izaurralde, E. (2001) REF proteins mediate the export of spliced and unspliced mRNAs from the nucleus. Proc Natl Acad Sci USA, 98, 1030-1035.

294. Romig, H., Fackelmayer, F.O., Renz, A., Ramsperger, U. and Richter, A. (1992) Characterization of SAF-A, a novel nuclear DNA binding protein from HeLa cells with high affinity for nuclear matrix/scaffold attachment DNA elements. Embo J, 11, 3431-3440.

295. Rouault, T.A., Hentze, M.W., Caughman, S.W., Harford, J.B. and Klausner, R.D. (1988) Binding of a cytosolic protein to the iron-responsive element of human ferritin messenger RNA. Science, 241, 1207-1210.

296. Roy, G., De Crescenzo, G., Khaleghpour, K., Kahvejian, A., O'Connor-McCourt, M. and Sonenberg, N. (2002) Paipl interacts with poly(A) binding protein through two independent binding motifs. Mol Cell Biol, 22, 3769-3782.

297. Ruzanov, P.V., Evdokimova, V.M., Korneeva, N.L., Hershey, J.W. and Ovchinnikov, L.P. (1999) Interaction of the universal mRNA-binding protein, p50, with actin: a possible link between mRNA and microfilaments. J Cell Sci, 112 ( Pt 20), 34873496.

298. Sachs, A.B., Bond, M.W. and Kornberg, R.D. (1986) A single gene from yeast for both nuclear and cytoplasmic polyadenylate-binding proteins: domain structure and expression. Cell, 45, 827-835.

299. Sachs, A.B., Davis, R.W. and Kornberg, R.D. (1987) A single domain of yeast poly(A)-binding protein is necessary and sufficient for RNA binding and cell viability. Mol Cell Biol, 7, 3268-3276.

300. Sachs, A.B. and Davis, R.W. (1990) Translation initiation and ribosomal biogenesis: involvement of a putative rRNA helicase and RPL46. Science, 247, 1077-1079.

301. Sachs, A.B., Sarnow, P. and Hentze, M.W. (1997) Starting at the beginning, middle, and end: translation initiation in eukaryotes. Cell, 89, 831-838.

302. Safak, M., Gallia, G.L. and Khalili, K. (1999(A)) Reciprocal interaction between two cellular proteins, Puralpha and YB-1, modulates transcriptional activity of JCVCY in glial cells. Mol Cell Biol, 19, 2712-2723.

303. Safak, M., Gallia, G.L., Ansari, S.A. and Khalili, K. (1999(B)) Physical and functional interaction between the Y-box binding protein YB-1 and human polyomavirus JC virus large T antigen. J Virol, 73, 10146-10157.

304. Sakura, H., Maekawa, Т., Imamoto, F., Yasuda, K. and Ishii, S. (1988) Two human genes isolated by a novel method encode DNA-binding proteins containing a common region of homology. Gene, 73, 499-507.

305. Salvetti, A., Batistoni, R., Deri, P., Rossi, L. and Sommerville, J. (1998) Expression of DjYl, a protein containing a cold shock domain and RG repeat motifs, is targeted to sites of regeneration in planarians. Dev Biol, 201, 217-229.

306. Samarina, O.P. (1964) Distribution and properties of cytoplasmic D-RNA. Biochim. Biophys. Acta, 91, 688-691.

307. Samarina, O.P., Asriian, I.S. and Georgiev, G.P. (1965) Isolation of nuclear nucleoproteins containing informational ribonucleic acid. Dokl Akad Nauk SSSR, 163, 1510-1513.

308. Samarina, O.P., Krichevskaya, A.A. and Georgiev, G.P. (1966) Nuclear ribonucleoprotein particles containing messenger ribonucleic acid. Nature, 210, 1319-1322.

309. Samarina, O.P., Molnar, J., Lukanidin, E.M., Bruskov, V.I., Krichevskaya, A.A. and Georgiev, G.P. (1967) Reversible dissociation of nuclear ribonucleoprotein particle containing mRNA into RNA and protein. J Mol Biol, 27, 187-191.

310. Samarina, O.P., Lukanidin, E.M., Molnar, J. and Georgiev, G.P. (1968) Structural organization of nuclear complexes "containing DNA-like RNA. J Mol Biol, 33, 251-263.

311. Samarina, O.P. (1996) hnRNP particles. BioEssays, 18, 595.

312. Santos-Rosa, H., Moreno, H., Simos, G., Segref, A., Fahrenkrog, В., Pante, N. and Hurt, E. (1998) Nuclear mRNA export requires complex formation between Mex67p and Mtr2p at the nuclear pores. Mol Cell Biol, 18, 6826-6838.

313. Sapp, M., Knippers, R. and Richter, A. (1986) DNA binding properties of a 110 kDa nucleolar protein. Nucleic Acids Res, 14, 6803-6820.

314. Schindelin, H., Marahiel, M.A. and Heinemann, U. (1993) Universal nucleic acid-binding domain revealed by crystal structure of the B. subtilis major cold-shock protein. Nature, 364, 164-168.

315. Schindelin, H., Jiang, W., Inouye, M. and Heinemann, U. (1994) Crystal structure of CspA, the major cold shock protein of Escherichia coli. Proc Natl Acad Sci USA, 91, 51195123.

316. Schnuchel, A., Wiltscheck, R., Czisch, M., Herrler, M., Willimsky, G., Graumann, P., Marahiel, M.A. and Holak, T.A. (1993) Structure in solution of the major cold-shock protein from Bacillus subtilis. Nature, 364, 169-171.

317. Segref, A., Sharma, K., Doye, V., Hellwig, A., Huber, J., Luhrmann, R. and Hurt, E. (1997) Mex67p, a novel factor for nuclear mRNA export, binds to both poly(A)+ RNA and nuclear pores. Embo J, 16, 3256-3271.

318. Shahied, L., Braswell, E.H., LeStourgeon, W.M. and Krezel, A.M. (2001) An antiparallel four-helix bundle orients the high-affinity RNA binding sites in hnRNP С: a mechanism for RNA chaperonin activity. J Mol Biol, 305, 817-828.

319. Shannon, M.F., Coles, L.S., Attema, J. and Diamond, P. (2001) The role of architectural transcription factors in cytokine gene transcription. JLeukoc Biol, 69, 21-32.

320. Shih, S.C. and Claffey, K.P. (1999) Regulation of human vascular endothelial growth factor mRNA stability in hypoxia by heterogeneous nuclear ribonucleoprotein L. J Biol Chem, 274, 1359-1365.

321. Shnyreva, M., Schullery, D.S., Suzuki, H., Higaki, Y. and Bomsztyk, K. (2000) Interaction of two multifunctional proteins. Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein К and Y-box-binding protein. J Biol Chem, 275, 15498-15503.

322. Shyu, A.B. and Wilkinson, M.F. (2000) The double lives of shuttling mRNA binding proteins. Cell, 102, 135-138.

323. Siomi, H., Matunis, M.J., Michael, W.M. and Dreyfuss, G. (1993) The pre-mRNA binding К protein contains a novel evolutionarily conserved motif. Nucleic Acids Res, 21, 1193-1198.

324. Siomi, H., Choi, M., Siomi, M.C., Nussbaum, R.L. and Dreyfuss, G. (1994) Essential role for KH domains in RNA binding: impaired RNA binding by a mutation in the KH domain of FMR1 that causes fragile X syndrome. Cell, 77, 33-39.

325. Siomi, H. and Dreyfuss, G. (1995) A nuclear localization domain in the hnRNP Al protein .J Cell Biol, 129, 551-560.

326. Siomi, H. and Dreyfuss, G. (1997) RNA-binding proteins as regulators of gene expression. Curr Opin Genet Dev, 7, 345-353.

327. Skabkin, M.A., Evdokimova, V., Thomas, A.A. and Ovchinnikov, L.P. (2001) The major messenger ribonucleoprotein particle protein p50 (YB-1) promotes nucleic acid strand annealing. J Biol Chem, 276, 44841-44847.

328. Skabkina, O.V., Skabkin, M.A., Popova, N.V., Lyabin, D.N., Penalva, L.O. and Ovchinnikov, L.P. (2003) Poly(A)-binding protein positively affects YB-1 mRNA translation through specific interaction with YB-1 mRNA. J Biol Chem, 278, 18191-18198.

329. Skoglund, U., Andersson, K., Bjorkroth, В., Lamb, M.M. and Daneholt, B. (1983) Visualization of the formation and transport of a specific hnRNP particle. Cell, 34, 847-855.

330. Sommerville, J. (1990) RNA-binding phosphoproteins and the regulation of maternal mRNA in Xenopus. JReprodFertil Suppl, 42, 225-233.

331. Sommerville, J., Baird, J. and Turner, B.M. (1993) Histone H4 acetylation and transcription in amphibian chromatin. J Cell Biol, 120, 277-290.

332. Sommerville, J. and Ladomery, M. (1996) Masking of mRNA by Y-box proteins. FasebJ, 10,435-443.

333. Sommerville, J. (1999) Activities of cold-shock domain proteins in translation control. Bioessays, 21, 319-325.

334. Sonenberg, N. and Dever, Т.Е. (2003) Eukaryotic translation initiation factors and regulators. Curr Opin Struct Biol, 13, 56-63.

335. Spirin, A.S. (1964) Informational RNA in early embryogenesis. J Gen Biol (USSR), 24,321-338.

336. Spirin, A.S., Belitsina, N.V. and Lerman, M.I. (1965) Use of formaldehyde fixation for studies of ribonucleoprotein particles by caesium chloride density-gradient centrifugation. J Mol Biol, 14, 611-615.

337. Spirin, A.S. (1969) The second Sir Hans Krebs Lecture. Informosomes. Eur J Biochem, 10, 20-35.

338. Spirin, A.S. (1979) Messenger ribonucleoproteins (informosomes) and RNA-binding proteins. Mol Biol Rep, 5, 53-57.

339. Spirin, A.S. (1994) Storage of messenger RNA in eukaryotes: envelopment with protein, translational barrier at 5' side, or conformational masking by 3' side? Mol Reprod Dev, 38, 107-117.

340. Spohr, G., Kayibanda, B. and Scherrer, K. (1972) Polyribosome-bound and free-cytoplasmic-hemoglobin-messenger RNA in differentiating avian erythroblasts. Eur J Biochem, 31, 194-208.

341. Stenina, O.I., Shaneyfelt, K.M. and DiCorleto, P.E. (2001) Thrombin induces the release of the Y-box protein dbpB from mRNA: a mechanism of transcriptional activation. Proc Natl Acad Sci USA, 98, 7277-7282.

342. Stickeler, E., Fraser, S.D., Honig, A., Chen, A.L., Berget, S.M. and Cooper, T.A. (2001) The RNA binding protein YB-1 binds A/C-rich exon enhancers and stimulates splicing of the CD44 alternative exon v4. Embo J, 20, 3821-3830.

343. Strasser, K. and Hurt, E. (2000) Yralp, a conserved nuclear RNA-binding protein, interacts directly with Mex67p and is required for mRNA export. Embo J, 19, 410-420.

344. Strasser, K. and Hurt, E. (2001) Splicing factor Sub2p is required for nuclear mRNA export through its interaction with Yralp. Nature, 413, 648-652.

345. Stutz, F., Bachi, A„ Doerks, Т., Braun, I.C., Seraphin, В., Wilm, M„ Bork, P. and Izaurralde, E. (2000) REF, an evolutionary conserved family of hnRNP-like proteins, interacts with TAP/Mex67p and participates in mRNA nuclear export. Rna, 6, 638-650.

346. Stutz, F. and Izaurralde, E. (2003) The interplay of nuclear mRNP assembly, mRNA surveillance and export. Trends Cell Biol, 13, 319-327.

347. Svitkin, Y.V., Ovchinnikov, L.P., Dreyfuss, G. and Sonenberg, N. (1996) General RNA binding proteins render translation cap dependent. Embo /,15, 7147-7155.

348. Swamynathan, S.K., Nambiar, A. and Guntaka, R.V. (1998) Role of single-stranded DNA regions and Y-box proteins in transcriptional regulation of viral and cellular genes. FasebJ, 12, 515-522.

349. Swanson, M.S. and Dreyfuss, G. (1988) Classification and purification of proteins of heterogeneous nuclear ribonucleoprotein particles by RNA-binding specificities. Mol Cell Biol, 8,2237-2241.

350. Tafuri, S.R. and Wolffe, A.P. (1990) Xenopus Y-box transcription factors: molecular cloning, functional analysis and developmental regulation. Proc Natl Acad Sci USA, 87, 9028-9032.

351. Tafuri, S.R. and Wolffe, A.P. (1992) DNA binding, multimerization, and transcription stimulation by the Xenopus Y box proteins in vitro. New Biol, 4, 349-359.

352. Tafuri, S.R., Familari, M. and Wolffe, A.P. (1993) A mouse Y box protein, MSY1, is associated with paternal mRNA in spermatocytes. J Biol Chem, 268, 12213-12220.

353. Tan, W., Zolotukhin, A.S., Bear, J., Patenaude, D.J. and Felber, B.K. (2000) The mRNA export in Caenorhabditis elegans is mediated by Ce-NXF-1, an ortholog of human TAP/NXF and Saccharomyces cerevisiae Mex67p. Rna, 6, 1762-1772.

354. Tanaka, Т., Kondo, S., Iwasa, Y., Hiai, H. and Toyokuni, S. (2000) Expression of stress-response and cell proliferation genes in renal cell carcinoma induced by oxidative stress. Am J Pathol, 156, 2149-2157.

355. Tarun, S.Z., Jr. and Sachs, A.B. (1995) A common function for mRNA 5' and 3' ends in translation initiation in yeast. Genes Dev, 9, 2997-3007.

356. Tarun, S.Z., Jr. and Sachs, A.B. (1996) Association of the yeast poly(A) tail binding protein with translation initiation factor eIF-4G. Embo J, 15, 7168-7177.

357. Tarun, S.Z., Jr., Wells, S.E., Deardorff, J.A. and Sachs, A.B. (1997) Translation initiation factor eIF4G mediates in vitro poly(A) tail-dependent translation. Proc Natl Acad Sci USA, 94, 9046-9051.

358. Toh, S., Nakamura, Т., Ohga, Т., Koike, K., Uchiumi, Т., Wada, M., Kuwano, M. and Kohno, K. (1998) Genomic organization of the human Y-box protein (YB-1) gene. Gene, 206, 93-97.

359. Tomonaga, Т., Michelotti, G.A., Libutti, D., Uy, A., Sauer, B. and Levens, D. (1998) Unrestraining genetic processes with a protein-DNA hinge. Mol Cell, 1, 759-764.

360. Triqueneaux, G., Velten, M., Franzon, P., Dautry, F. and Jacquemin-Sablon, H. (1999) RNA binding specificity of Unr, a protein with five cold shock domains. Nucleic Acids Res, 21, 1926-1934.

361. Tsanev, R.G. and Djondjurov, L.P. (1982) Ultrastructure of free ribonucleoprotein complexes in spread mammalian nuclei. J Cell Biol, 94, 662-666.

362. Tucker, M., Staples, R.R., Valencia-Sanchez, M.A., Muhlrad, D. and Parker, R. (2002) Ccr4p is the catalytic subunit of a Ccr4p/Pop2p/Notp mRNA deadenylase complex in Saccharomyces cerevisiae. Embo J, 21, 1427-1436.

363. Uchida, N., Hoshino, S., Imataka, H., Sonenberg, N. and Katada, T. (2002) A novel role of the mammalian GSPT/eRF3 associating with poly(A)-binding protein in Cap/Po ly( A)-dependent translation. J Biol Chem, 277, 50286-50292.

364. Uchiumi, Т., Kohno, K., Tanimura, H., Matsuo, K., Sato, S., Uchida, Y. and Kuwano, M. (1993) Enhanced expression of the human multidrug resistance 1 gene in response to UV light irradiation. Cell Growth Differ, 4, 147-157.

365. Uramoto, H., Izumi, H., Ise, Т., Tada, M., Uchiumi, Т., Kuwano, M., Yasumoto, K., Funa, K. and Kohno, K. (2002) p73 Interacts with c-Myc to regulate Y-box-binding protein-1 expression. J Biol Chem, 277, 31694-31702.

366. Vasu, S.K. and Forbes, D.J. (2001) Nuclear pores and nuclear assembly. Curr Opin Cell Biol, 13, 363-375.

367. Vazquez-Nin, G.H., Echeverria, O.M., Martin, Т.Е., Luhrmann, R. and Fakan, S. (1994) Immunocytochemical characterization of nuclear ribonucleoprotein fibrils in cells of the central nervous system of the rat. Eur J Cell Biol, 65, 291-297.

368. Vincent, A., Goldenberg, S. and Scherrer, K. (1981) Comparisons of proteins associated with duck-globin mRNA and its polyadenylated segment in polyribosomal and repressed free messenger ribonucleoprotein complexes. Eur J Biochem, 114, 179-193.

369. Visa, N., Alzhanova-Ericsson, A.T., Sun, X., Kiseleva, E., Bjorkroth, В., Wurtz, T. and Daneholt, B. (1996a) A pre-mRNA-binding protein accompanies the RNA from the gene through the nuclear pores and into polysomes. Cell, 84, 253-264.

370. Visa, N., Izaurralde, E., Ferreira, J., Daneholt, B. and Mattaj, I.W. (1996b) A nuclear cap-binding complex binds Balbiani ring pre-mRNA ^transcriptionally and accompanies the ribonucleoprotein particle during nuclear export. J Cell Biol, 133, 5-14.

371. Wagenmakers, A.J., Reinders, R.J. and van Venrooij, W.J. (1980) Cross-linking of mRNA to proteins by irradiation of intact cells with ultraviolet light. Eur J Biochem, 112, 323-330.

372. Wan, L., Kim, J.K., Pollard, V.W. and Dreyfuss, G. (2001) Mutational definition of RNA-binding and protein-protein interaction domains of heterogeneous nuclear RNP CI. J Biol Chem, 276, 7681-7688.

373. Wang, M.Y., Cutler, M., Karimpour, I. and Kleene, K.C. (1992) Nucleotide sequence of a mouse testis poly(A) binding protein cDNA. Nucleic Acids Res, 20, 3519.

374. Waxdal, M.J., Konigsberg, W.H., Henley, W.L. and Edelman, G.M. (1968) The covalent structure of a human gamma G-immunoglobulin. II. Isolation and characterization of the cyanogen bromide fragments. Biochemistry, 7, 1959-1966.

375. Wei, C.C., Balasta, M.L., Ren, J. and Goss, D.J. (1998) Wheat germ poly(A) binding protein enhances the binding affinity of eukaryotic initiation factor 4F and (iso)4F for cap analogues. Biochemistry, 37, 1910-1916.

376. Wells, S.E., Hillner, P.E., Vale, R.D. and Sachs, A.B. (1998) Circularization of mRNA by eukaryotic translation initiation factors. Mol Cell, 2, 135-140.

377. Wilk, H.E., Werr, H., Friedrich, D„ Kiltz, H.H. and Schafer, K.P. (1985) The core proteins of 35S hnRNP complexes. Characterization of nine different species. Eur J Biochem, 146, 71-81.

378. Wilkie, G.S., Dickson, K.S. and Gray, N.K. (2003) Regulation of mRNA translation by 5'- and З'-UTR-binding factors. Trends Biochem Sci, 28, 182-188.

379. Wilkinson, M.F. and Shyu, A.B. (2001) Multifunctional regulatory proteins that control gene expression in both the nucleus and the cytoplasm. Bioessays, 23, 775-787.

380. Willimsky, G., Bang, H., Fischer, G. and Marahiel, M.A. (1992) Characterization of cspB, a Bacillus subtilis inducible cold shock gene affecting cell viability at low temperatures. J Bacteriol, 174, 6326-6335.

381. Wistow, G. (1990) Cold shock and DNA binding. Nature, 344, 823-824.

382. Wolffe, A.P., Tafuri, S., Ranjan, M. and Familari, M. (1992) The Y-box factors: a family of nucleic acid binding proteins conserved from Escherichia coli to man. New Biol, 4, 290-298.

383. Wolffe, A.P. and Meric, F. (1996) Coupling transcription to translation: a novel site for the regulation of eukaryotic gene expression. Int J Biochem Cell Biol, 28, 247-257.

384. Yang, L., Embree, L.J., Tsai, S. and Hickstein, D.D. (1998) Oncoprotein TLS interacts with serine-arginine proteins involved in RNA splicing. J Biol Chem, 273, 2776127764.

385. Yenofsky, R., Bergmann, I. and Brawerman, G. (1982) Messenger RNA species partially in a repressed state in mouse sarcoma ascites cells. Proc Natl Acad Sci USA, 79, 5876-5880.

386. Yokoyama, H., Harigae, H., Takahashi, S., Furuyama, K., Kaku, M., Yamamoto, M. and Sasaki, T. (2003) Regulation of YB-1 gene expression by GATA transcription factors. Biochem Biophys Res Commun, 303, 140-145.

387. Yu, J., Hecht, N.B. and Schultz, R.M. (2002) RNA-binding properties and translation repression in vitro by germ cell-specific MSY2 protein. Biol Reprod, 67, 1093-1098.

388. Zelus, B.D., Giebelhaus, D.H., Eib, D.W., Kenner, K.A. and Moon, R.T. (1989) Expression of the poly(A)-binding protein during development of Xenopus laevis. Mol Cell Biol, 9, 2756-2760.

389. Zenklusen, D., Vinciguerra, P., Wyss, J.C. and Stutz, F. (2002) Stable mRNP formation and export require cotranscriptional recruitment of the mRNA export factors Yralp and Sub2p by Hprlp. Mol Cell Biol, 22, 8241-8253.

Информация о работе

Скабкин, Максим Александрович
кандидата биологических наук
Пущино-на-Оке, 2003
ВАК 03.00.03

Диссертация

Изучение взаимодействия р50-мажорного белка мРНП - с РНК - тема диссертации по биологии, скачайте бесплатно

Автореферат

Похожие работы