Изучение механизмов эпигенетической регуляции экспрессии генов на модели вируса саркомы птиц

Полешко, Андрей Сергеевич

Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему
Изучение механизмов эпигенетической регуляции экспрессии генов на модели вируса саркомы птиц
ВАК РФ 03.00.04, Биохимия

Автореферат диссертации по теме "Изучение механизмов эпигенетической регуляции экспрессии генов на модели вируса саркомы птиц"

На правах рукописи

Полешко Андрей Сергеевич

ИЗУЧЕНИЕ МЕХАНИЗМОВ ЭПИГЕНЕТИЧЕСКОЙ РЕГУЛЯЦИИ ЭКСПРЕССИИ ГЕНОВ НА МОДЕЛИ ВИРУСА САРКОМЫ ПТИЦ

03.00.04 - биохимия 03.00.03 - молекулярная биология

АВТОРЕФЕРАТ

диссертации на соискание ученой степени кандидата биологических наук

003456620

Новосибирск - 2008

003456620

Работа выполнена в ГОУ ВПО Новосибирский государственный университет

Научный руководитель

доктор медицинских наук, профессор Покровский Андрей Георгиевич

Официальные оппоненты:

доктор биологических наук, профессор Гуляева Людмила Федоровна кандидат биологических наук Чересиз Сергей Владимирович

Ведущая организация:

Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН, г. Новосибирск

Защита состоится «_» декабря 2008 года в _часов на заседании

диссертационного совета Д 001.034.01 в ГУ Научно-исследовательском институте биохимии СО РАМН по адресу г. Новосибирск, ул. Академика Тимакова 2, 630117, тел: (383) 333-54-81.

С диссертацией можно ознакомиться в библиотеке ГУ Научно-исследовательского института биохимии СО РАН.

Автореферат разослан л_» ноября 2008 г.

Ученый секретарь диссертационного совета, к.б.н.

Г.С. Русских

ОБЩАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА РАБОТЫ

Актуальность темы. Клеточные эпигенетические механизмы, включающие РНК-интерференцию, метилирование ДНК и модификации гистонов, участвуют в наследуемой регуляции экспрессии генов без изменения последовательностей ДНК. Исследования последних лет показали, что нарушение эпигенетической регуляции ряда генов приводит ко многим серьезным патологиям, включая онкологические заболевания, анемию, задержки умственного развития и др. Понимание причин возникновения таких заболеваний и поиск методов их лечения основаны на исследованиях биохимических механизмов эпигенетической регуляции, выявлению ферментов, ответственных за реактивацию, и разработке новых методов эпигенетической терапии (Е^ег О. е1 а1,2004).

Кроме патологий, вызываемых нарушениями экспрессии клеточных генов, существует ряд инфекционных заболеваний, лечение которых тесно связано с эпигенетической регуляцией. Особенностью ретровирусных инфекций является наличие латентного резервуара инфицированных клеток, препятствующего элиминированию вируса из организма и полному излечению от ретровирусной инфекции. Исследование механизмов эпигенетического контроля экспрессии ретровирусных генов необходимо для поиска новых подходов по реактивации инфицированных клеток, несущих латентный ретровирус. Используемые в настоящее время методы лечения ретровирусных инфекций основаны на высоко активной антиретровирусной терапии с применением комбинаций различных препаратов, ингибиторов вирусных белков и ферментов. Недостатками такого лечения являются: 1) сохранение в организме резервуара инфицированных клеток (несущих способную к реактивации латентную форму ретровируса); 2) длительная антивирусная терапия осложняется возможностью появления мутантных форм вируса, устойчивых к большинству используемых лекарственных препаратов. Наиболее перспективным направлением в лечении ретровирусных инфекций является применение антиретровирусной терапии совместно с активацией инфицированных клеток, несущих эпигенетически-молчащий интегрированный провирус, и составляющих вирусный резервуар. Такой подход позволяет элиминировать вирус из организма, за счет предотвращения ретровирусной репликации и удаления резервуара инфицированных клеток, в том числе несущих латентный ретровирус (ОеегаеЛ Ь. е! а1,2008).

Помимо проблемы латентных ретровирусных инфекций, изучение механизмов эпигенетического молчания ретровирусных генов является исключительно важным для генной терапии с применением векторов на основе ретровирусов. Поддержание продолжительной экспрессии «терапевтического» гена, доставленного ретровирусным вектором и

интегрированного в геном клетки-мишени, невозможно без понимания основных клеточных механизмов эпигенетической регуляции.

Целью настоящей работы являлось создание модели, на основе клеточной линии НеЬа, несущей интегрированный ретровирусный вектор, и последующее изучение механизмов эпигенетического контроля экспрессии ретровирусных генов.

В задачи настоящего исследования входило:

• Получить субпопуляцию клеток НеЬа, несущих транскрипционно-молчащий интегрированный вектор на основе вируса саркомы птиц, кодирующий репортерный ОБР ген. Оценить возможность использования данной клеточной линии для изучения механизмов эпигенетического контроля ретровирусов.

• Проверить возможность использования методов РНК-интерференции для изучения эпигенетической регуляции экспрессии ретровирусных генов. Оценить эффективность и специфичность нокдауна генов-мишеней посредством трансфекции клеток миРНК.

• Создать систему скрининга библиотек миРНК с высокой пропускной способностью для поиска клеточных генов, участвующих в поддержании эпигенетического молчания.

• Осуществить скрининг библиотеки миРНК, содержащей потенциальные эпигенетические регуляторы, для определения клеточных генов, участвующих в поддержание эпигенетической регуляции экспрессии ретровирусных генов.

• На основе полученных данных создать модель эпигенетической регуляции экспрессии генов.

Научная новизна и практическая значимость работы.

Исследования последних лет показали, что нарушения механизмов эпигенетического контроля экспрессии генов приводит к различным патологиям и заболеваниям, и кроме того затрудняет лечение ряда инфекционных заболеваний вызываемых ретровирусами. Поиск новых подходов для лечения этих заболеваний осложняется за счет отсутствия достаточных знаний о механизмах клеточного эпигенетического контроля и причинах, вызывающих его нарушения, а так же возможных методах эпигенетической терапии.

гистоновых деацетилаз и ДНК метилтрансфераз. Данные препараты имеют высокую активность, но также и высокую токсичность для клеток, что не позволяет им пройти клинические испытания и быть использованными в антиретровирусной терапии. Таким образом, исследование механизмов эпигенетического контроля ретровирусных генов совместно с поиском новых групп соединений, способных к реактивации латентных ретровирусов и обладающих низкой токсичностью, являются особенно актуальным.

Положения, выносимые на защиту:

• Выделенная из клеточной линии HeLa, субпопуляция клеток HeLa ТИ, несущая транскрипционно-молчащий интегрированный ретровирусный вектор на основе вируса саркомы птиц, содержащий GFP репортерный ген под контролем различных промоторов, может быть использована как модель для изучения механизмов эпигенетического контроля экспрессии генов.

• Методы РНК-интерференции могут быть применены для поиска и определения клеточных генов участвующих в поддержании эпигенетического молчания ретровирусных генов. Продукты экспрессии генов HDAC1, DAXX и НР1у, участвуют в поддержании эпигенетического молчания. Нокдаун этих генов приводит к реактивации ретровирусного репортерного гена.

• Клеточные гены SETDB1, CHAF1A, TRIM24, TRIM33, RAD21, PBRM1, ZMYND8, MBD1, MBD3, DNMT3a, RING1, РНС2, FBXL11, Suv420H2, JMJD2A, выявленные в ходе скрининга библиотеки миРНК, участвуют в эпигенетическом контроле экспрессии генов. На основе полученных данных предложена модель эпигенетического контроля ретровирусов.

Апробация работы и публикации. Результаты работ были представлены на международных конференциях: «33rd Retroviruses meeting» (Колд Сприн Харбор, США, 2008), «Международная Студенческая Конференция XXXVIII» (Новосибирск, Россия. 2008), «12th Annual Postdoctoral & Graduate Student Conference» (Филадельфия, США, 2007), «32nd Retroviruses meeting» (Колд Сприн Харбор, США, 2007), «11>ь Annual Postdoctoral & Graduate Student Conference» (Филадельфия, США, 2006). По материалам диссертации опубликовано 7 печатных работ.

Структура и объем работы. Диссертация изложена на 108 страницах машинописного текста, содержит 3 таблицы и 31 рисунок, и состоит из введения, обзора литературы, материалов и методов, результатов и обсуждения результатов, выводов, а так же списка литературы (240 источников).

ОСНОВНОЕ СОДЕРЖАНИЕ РАБОТЫ МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ

Библиотека миРНК. В ходе исследований была использована библиотека миРНК «Epigenetics Set» (QIAGEN, США). Библиотека содержала 200 генов (две независимые миРНК против каждого гена-мишени).

Культивирование клеток, выделение субпопуляции HeLa ТИ клеток. Популяция человеческих эпителиальных клеток HeLa была культивирована в культуральной среде DMEM, содержащей 10% эмбриональной телячьей сыворотки, 0.1 мг/мл стрептомицина и 1х фангазон. Клетки инкубировались при 37°С в присутствии 5% С02. Сортировка клеток проводилась на проточном цитофлюориметре Becton Dickinson FACS-VantageSE.

Анализ количества GFP-положительных клеток. Измерение уровня экспрессии GFP проводилось на проточном цитофлюорометре Becton Dickinson FACScan (Becton Dickinson, США) и Guava EasyCyte (Guava Technologies, США). Полученные данные обрабатывались при помощи программ FlowJo (Tree Star Inc, США) и CytoSoft (Guava Technologies, США).

РНК-интерференция. В качестве трансфекционного реагента для трансфекции миРНК в клеточную линию HeLa использовался реагент DharmaFECr 1 (Dharmacon, США). Трансфекция клеток проводилась согласно протоколу компании производителя. Спустя 96 часов после начала трансфекции количество GFP-положительных клеток измерялось методами проточной цитофлюорометрии. Измерение эффективности нокдауна методом РНК-интерференции на уровне мРНК и белка проводилось после 48 и 72 часов с момента начала трансфекции, соответственно.

Скрининг библиотеки миРНК. Скрининг был осуществлен с использованием трансфекционного реагента DharmaFECT 1, согласно протоколу компании изготовителя, оптимизированному для использования с 96-луночными плашками. Объем трансфекционной смеси в каждой лунке составлял 100 мкл, итоговая концентрация миРНК 50 нМ, количество клеток в лунке 5000. Плашки инкубировались при 37°С с 5% С02 в течении 48 часов, затем трансфекционная смесь заменялась на стандартную ростовую среду. Через 96 часов после начала трансфекции количество GFP-положительных клеток определялось с помощью методов проточной цитофлюорометрии. В качестве контролей использовались миРНК против HDAC1 и GAPDH, как положительный и отрицательный контроль, соответственно.

РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЯ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ

1. Получение и анализ субпопуляции клеток НеЬа несущих молчащий ретровирус, кодирующий репортерный вРР ген

Популяция НеЬа ТИ клеток, несущих молчащий ретровирусный вРР репортерный ген, была получена, как показано на Рисунке 1. Популяция человеческих НеЬа клеток была инфицирована ретровирусным вектором, несущим вРР репортерный ген. После инфицирования клетки были отсортированы на вРР-отрицательный фенотип. Полученная клеточная субпопуляция содержала неинфицированные клетки и клетки с эпигенетически-молчащим репортерным вРР геном. После сортировки, субпопуляция СРР-негативных клеток была обработана ингибитором гистоновых деацетилаз - трихостатином А (ТБА). Обработка проводилась с концентрацией ТБА 500 нМ в течение 24 часов. Обработка клеток приводила к гиперацетилированию гистонов и активации молчащих генов, в том числе репортерного ОРР гена. Через 48 часов после начала обработки клетки были отсортированы на СРР-положительный фенотип. Полученная клеточная субпопуляция содержала инфицированные клетки, с ранее молчащим СРР-репортерным геном. В течение последующих 10 дней происходило восстановление эпигенетической репрессии репортерного гена, и изменение фенотипа клеток на СРР-отрицательный. Затем клетки вновь были отсортированы на ОРР-негативный фенотип. Таким образом, в итоге была получена Трихостатин А Индуцируемая (ТИ) субпопуляция НеЬа клеток, несущая молчащий ретровирусный репортерный ген.

Подобная процедура получения НеЬа ТИ клеток была проделана с ретровирусными векторами несущими репортерный вРР ген под контролем СМУ промотора (НеЬа ТИ СМУ), нативного вирусного ЬТЯ промотора (НеЬа ТИ ЬТЛ), и клеточного промотора ЕР 1а (НеЬа ТИ ЕР 1а). Из полученной субпопуляции НеЬа ТИ СМУ клеток было выделено 11 индивидуальных клеточных клонов (НеЬа СМУ ТИ1 - ТИ11).

НеЬа клетки

Инфицированные HeLa клетки

инфицирование ретровирусом несущим репортерный вЯР ген

НеЬа ТИ клоны

-о]

[о

выделение индивидуальных клонов

Сортировка на СРР-

отрицательный фенотип <

Сортировка на вРР-отрицательный фенотип

врр-

Обработка Трихостатином А

-10 дней

Сортировка на вРР-положительный феноти

СРР(+)

СРР(-)

Рисунок I. Стратегия получения субпопуляции НеЬа ТИ клеток, несущих эпигенетически-молчащий интегрированный ретровирус, кодирующий репортерный ОРР ген.

2. Применение методов РНК-интерференции для поиска клеточных генов участвующих в поддержании эпигенетического молчания Ввиду того, что трихостатин А имеет широкий спектр ингибирования гистоновых деацетилаз 1-го (широкораспространенного) и 2-го (тканеспецифического) класса, были использовали методы, основанные на РНК-интерференции, для специфического нокдауна различных генов, представителей семейства гистоновых деацетилаз, с целью выявления конкретных представителей семейства, участвующих в поддержании ретровирусного эпигенетического молчания. Представители семейства гистоновых деацетилаз 1-го класса (НОАС1, НОАС2 и НОАСЗ) являются потенциальными кандидатами, участвующими в поддержании эпигенетического молчания, кроме того, для некоторых из них ранее было показано взаимодействие с ретровирусной ДНК после интеграции в геном клетки хозяина (Сге§ег 1.0. е1 а1, 2005). Экспрессия гистоновой деацетилазы 4 (НОАС4), представителя 2-го класса, является

тканеспецифичной, однако, ранее была показана экспрессия НОАС4 в НеЬа клетках (йге§ет й а1, 2005). В первоначальном эксперименте была осуществлена попытка повторить эффект ингибитора гистоновых деацетилаз Трихостатина А с помощью нокдауна генов-мишеней посредством трансфекции НеЬа ТИ-СМУ клеток специфичной миРНК. Клетки были трансфецированны специфическими пулами миРНК («ЗМАЛТроо!», ОЬаппасоп, США), состоящими из смеси четырех независимых миРНК. Как показано на рисунке 2, трансфекция субпопуляции ТИ-СМУ клеток пулом миРНК против НОАС1 приводит к появлению значительного числа клеток экспрессирующих репортерный вБР ген, в то время как трансфекция миРНК против НЭАС2, НОАСЗ и НОАС4 не приводит к сколько либо значимой реактивации. Ранее была показана роль белка БАХХ в связывании с ретровирусным преинтеграционным комплексом и инициации эпигенетического молчания после интеграции ретровирусной ДНК в геном клетки хозяина (Оге£ег е1 а1, 2005). Трансфекция субпопуляции ТИ-СМУ клеток пулом миРНК специфичным к ОАХХ приводит к реактивации эпигенетически-молчащего ретровирусного репортерного гена (рисунок 2).

миРНК

Рисунок 2. Нокдаун белков НОАС1 и ОАХХ приводит к реактивации молчащего репортерного вИР гена. ОТ - нетрансфецированые клетки.

Для подтверждения специфичности нокдауна посредством миРНК был проанализирован уровень мРНК и белкового продукта генов-мишеней. Результаты ОТ ПЦР в реальном времени показали, что трансфекция клеток миРНК приводит к значительному (более 80%) снижению уровня мРНК гена-мишени (рисунок За). Определение количества белка методом Вестерн Блот подтвердило нокдаун гена-мишени на уровне белкового продукта (рисунок 36). Полученные результаты подтвердили специфичность нокдауна гена-мишени на уровне мРНК и белкового продукта, а так же отсутствие неспецифического влияния на изменение уровней мРНК других генов (рисунок За).

^ 1,2 I

о.

I 1

| 0,8

а.

>5 Л X

л с;

0,6

0,4

0,2

В ЮАС1 мРНК ■ НОАС2 мРНК

а ноасз мрнк

О НОАС4 мРНК И ОАХХ мРНК

ОР1

НОАС2

НОАС4

ОАХХ

миРНК

2 о х

с о о

(Я

о о

<м ъ О с < о 2 у

X <л

о о

с о о

со й О с о < о ООО 2 X «

чвйвив*

НОАСЗ

«м* «И» «ЯП» САРОН

о о

о <

с О

О и

Н0АС4

вАРОН

Рисунок 3. Определение специфичности нокдауна гена посредством трансфекции миРНК.

В качестве одного из потенциальных кандидатов, участвующих в поддержании эпигенетического молчания, был проанализирован белок гетерохроматина 1 (НР1). В клетках млекопитающих данный белок представлен тремя изоформами: НР1 -альфа (НР1а), НР1-бета (НР1[У) и НР1 -гамма (НР1у). Для определения возможной роли различных изоформ данного белка в поддержании эпигенетического молчания клеточная линия НеЬа ТИ клеток была трансфецирована пулами миРНК против изоформ белка НР1. Как показано на рисунке 4, нокдаун белка НР 1у приводит к реактивации молчащего репортерного гена, в то время как нокдаун других изоформ НР1а и НР10, не вызывает увеличения вЕР-положительных клеток более, чем трансфекционный реагент (ОР1). Ввиду

высокой гомологичное™ изоформ белка НР1, для подтверждения специфичности миРНК против конкретной изоформы белка НР1 был проведен анализ нокдауна белковых продуктов методом Вестерн Блот (рисунок 4). Полученные результаты подтвердили специфичность миРНК против гена мишени, а также отсутствие изменений количества других изоформ.

* 50

н дп ф

§ 30

£ «

КГТ [»1 НРЮ НР1Э НР1у Н0АС1

миРНК

О. X

со. X

О. X

о. <

о +

>-Е

о. <

с о О "<л

миРНК:

вАРОН

НР1Р

НР1у

о о

о.

с О

О <0

вАРОН НР1а

Рисунок 4. Анализ роли изоформ белка НР1 гамма в поддержании эпигенетического молчания.

Для полного анализа и характеристики клеточной популяции НеЬа ТИ клеток на наличие потенциальных неспецифических эффектов после трансфекции миРНК, была произведена трансфекция клеток специально разработанными контрольными миРНК, не имеющими мРНК-мишени. В ходе эксперимента, было показано, что контрольные миРНК не вызывают сколько либо значительного эффекта, что, в свою очередь, говорит об отсутствии неспецифического клеточного ответа на трансфекцию миРНК, и подтверждает возможность использования миРНК нокдауна в данной клеточной линии.

3. Влияние положения сайта интеграции на реактивацию молчащего

ретровируса

Полученные в ходе клеточной сортировки индивидуальные клоны клеточной популяции НеЬа ТИ были исследованы для определения влияния сайтов интеграции на механизм эпигенетического молчания, а так же уровень реактивации репортерного вИР гена. Ранее, с помощью реакции ПЦР в реальном времени было показано, что популяция ТИ клеток имеет не более одной копии интегрированной ретровирусной ДНК на клетку. Таким образом, предполагается наличие одной копии ретровирусной ДНК и в индивидуальных клонах, выделенных из популяции ТИ клеток.

ЙГ

и. О

50 40 30 20 10

■ DMSO □ 500 нМ TSA

ТИ-1 ТИ-2 ТИ-З ТИ-4 ТИ-5 ТИ-Й ТИ-7 ТИ-8 ТИ-9 ТИ-10 ТИ-11

0 60

1 50 £ 40 £Г 30

20 10 0

m Трансфекционный реагент □ миРНК HDAC1 И миРНК HDAC2 ■ миРНК HDAC3 S миРНК HDAC4 Ш миРНК DAXX

ОЯшЯ

ТИ-1 ТИ-2 ТИ-3 ТИ-4 ТИ-5 ТИ-6 ТИ-7 ТИ-8 ТИ-9 ТИ-10

Рисунок 5. Анализ реактивации молчащего репортерного гена в индивидуальных клонах

Как показано на рисунке 5, обработка трихостатином А приводит к реактивации репортерного гена во всех клонах ТИ клеток, но с разным уровнем интенсивности. В свою очередь, нокдаун HDAC1 при помощи миРНК, приводит к реактивации репортерного гена во всех клонах, повторяя эффект трихостатина А. Однако, нокдаун белка DAXX приводит к значимой реактивации в 6 из 10 клонов. Основываясь на полученных результатах, мы предполагаем, что HDAC1 и, в большинстве случаев,

DAXX участвуют в поддержании ретровирусного эпигенетического молчания в независимых участках клеточного генома, однако, положение сайта интеграции может влиять на интенсивность реактивации эпигенетического молчания.

В экспериментах, описанных ранее, молчащий TSA-чувствительный репортерный ген GFP был под контролем промотора цитомегаловируса человека hCMV. Для того чтобы определить зависимость полученных результатов от типа промотора, были протестированы клеточные субпопуляции с ретровирусным векторами, несущими молчащий репортерный GFP ген был под контролем нативного ретровирусного ASV LTR промотора и клеточного промотора EFla. Клеточные линии HeLa ТИ с различными ретровирусными векторами были трансфецированы контрольной миРНК и миРНК против HDAC1. Как показано на рисунке 6, во всех случаях нокдаун HDAC1 приводит к реактивации экспрессии ретровирусного репортерного GFP гена. Разница в количестве GFP-положительных клеток в разных клеточных линиях объясняется тем, что промоторы LTR и EFla обладают меньшей транскрипционной активностью, в сравнении с промотором hCMV.

х О 50

at 40

J 30

ST Ц. 20

о 39 10

0 R3SC+ I HQAC1 RISC'» | HDAC1 R1SC+ | HQAC1

Промоторы: hCMV ASV LTR EFla

миРНК

Рисунок б. Анализ популяции НеЬа ТИ клеток несущих молчащий репортерный ген ОРР под контролем различных промоторов.

4. Экспрессия вирусных белков-антагонистов приводит к реактивации эпигенетически-молчащего ретровируса

Известны некоторые вирусные белки, способные связывать и ингибировать гистоновые деацетилазы (СЫосса Б. « а!, 2002; 8аЯе11 Я.Т. й а1, 2006). Эти белки могут действовать как антагонисты и защищать вирусный геном от эпигенетической репрессии посредством гистоновых деацетилаз, подтверждая участие последних в клеточном антивирусном ответе. Было показано, что белок птичьего аденовируса Оаш-1 способен

ингибировать НОАС1 (СЫосса Б. е1 а1, 2002), кроме того, была описана роль вирусного белка рр71 в ингибировании белка ЭАХХ, путем связывания и дальнейшей протеосомной деградации (Как^а е1 а1, 2007). Как показано на рисунке 7, трансфекция популяции ТИ клеток плазмидной ДНК, кодирующей дикий тип белков Оат-1 и рр71, приводит к значительному увеличению числа клеток, экспрёссирующих репортерный ОБР ген, в то время как мутантные формы белков вызывают незначительный эффект. Таким образом, полученные данные независимо подтверждают роль белков НОАС1 и ОАХХ в поддержании ретровирусного эпигенетического молчания.

ас 50

1 «> £ зо

о. и.

О 20

10 о

Рисунок 7. Реактивация молчащего гена вРР после трансфекции векторами, несущими вирусные белки-антагонисты.

5. Создание системы скрининга библиотек миРНК с высокой пропускной способностью

Результаты экспериментов, описанных выше, подтвердили возможность использования полученной субпопуляции НеЬа ТИ клеток для исследования механизмов регуляции ретровирусного эпигенетического контроля, а так же показали возможность применения методов РНК интерференции для поиска клеточных генов, участвующих в поддержании эпигенетического транскрипционного молчания. С учетом современных технологий, доступных в области РЖ интерференции, в частности специфического нокдауна генов посредством трансфекции миРНК, была разработана система скрининга библиотек миРНК с высокой пропускной способностью для поиска клеточных генов, вовлеченных в эпигенетическую регуляцию ретровирусных генов.

Система скрининга была разработана с использованием 9б-луночных планшетов, а так же механизированных систем автоматического нанесения образцов. В ходе скрининга миРНК переносилась на 96-лучночный планшет, где смешивалась с трансфекционным реагентом, после чего к готовой трансфекционной смеси добавлялись НеЬа ТИ клетки (рисунок 8).

зо

£ 25

5 20 +

0L 10 Ц.

О 5

I ■

Mock Gam-1 wt Gam-1 ml

Mock

pp71 Wt pp71 mtl.J pp71 mt2.3

Количество ОРР-положительных клеток в образцах после миРНК нокдауна анализировалось на 96-луночном проточном цитофлюориметре.

О ф • положительный (HDAC1) и отрицательный (GAPDH) контроли @ - отсутствие оеактивации после нокдауна белка

Off (GWt-HLoi|> OTP (GPtlHLo'jl

Рисунок 8. Схема системы скрининга с высокой пропускной способностью библиотек миРНК для поиска клеточных генов участвующих в поддержании эпигенетического молчания ретровирусных генов.

6. Скрининг библиотеки миРНК, содержащей известные клеточные эпигенетические регуляторы

Для скрининга HeLa ТИ клеток с целью определения факторов, участвующих в поддержании ретровирусного эпигенетического молчания,

была использована библиотека, созданная в сотрудничестве с Петером Адемсом (Peter D. Adams, Fox Chase Cancer Center), содержащая миРНК против 200 генов, с известными или предполагаемыми функциями в эпигенетической регуляции экспрессии генов. В данную библиотеку входят известные белки-модификаторы хроматина, ДНК метилтрансферазы, транскрипционные факторы, факторы, участвующие в клеточном ответе на повреждение цепей ДНК и др. Библиотека представлена двумя независимыми миРНК против каждого гена.

Рисунок 9. Скрининг библиотеки миРНК с целью поиска клеточных факторов, участвующих в поддержании эпигенетического молчания (НеЬа ТИ-СМУ).

На рисунке 9 показаны результаты скрининга НеЬа ТИ клеток двумя независимыми миРНК против каждого гена-мишени (верхняя и нижняя панели). Как видно из результатов скрининга, для части генов реактивация репортерного ОРР гена подтверждена двумя независимыми миРНК (отмечены на рисунке), в то время как в другой части генов реактивация происходила после трансфекции только одной из двух миРНК для гена-мишени. В качестве контролей в ходе первичного скрининга были использованы миРНК против НОАС1 и вАРОН, как положительный и отрицательный контроль, соответственно. Критерием отбора генов, потенциальных участников ретровирусного эпигенетического молчания, было увеличение процента ¿РР-положительных клеток до 15% в популяции ТИ-СМУ клеток либо 7.5% в популяции ТИ-ЬТЛ клеток (для одной из двух миРНК против гена-мишени), увеличение в 10 раз и в 3 раз относительно фонового уровня, соответственно. Из 200 генов, составляющих библиотеку эпигенетических факторов, для повторного

скрининга с четырьмя независимыми миРНК было отобрано 28 генов, соответствующих обозначенному критерию.

Для скрининга 28 генов, отобранных в ходе предварительного скрининга, была использована библиотека миРНК, содержащая четыре независимые миРНК против каждого гена. Повторный скрининг был произведен на популяциях НеЬа ТИ-СМУ и НеЬа ТИ-ЬТЯ клеток в ходе трех независимых экспериментов. Критерием «положительной миРНК» (вызывающей значимую реактивацию) являлось увеличение йРР-положительных клеток более чем в 10 (3) раз, а так же значение статистического параметра р<0.0001 (р<0.01) для НеЬа ТИ-СМУ (ТИ-ЬТЯ) клеток, соответственно. Критерием «положительного гена» (нокдаун которого приводит к реактивации репортерного гена) было наличие двух и более «положительных» миРНК против данного гена.

Рисунок 10. Вторичный скрининг генов, выявленных в ходе первичного скрининга, с использованием четырех независимых миРНК против гена-мишени (НеЬа ТИ-СМУ).

Из 28 генов отобранных для вторичного скрининга 15 генов соответствовало критерию «положительного» гена в популяциях ТИ-СМУ и ТИ-ЬТЯ клеток (рисунок 10). Остальные 13 генов имели всего одну «положительную» миРНК, что говорит о ее ложноположительном

результате, либо ни одной миРНК, соответствующей обозначенному критерию.

На таблице 1 представлены клеточные гены, участвующие в поддержании эпигенетического молчания, выявленные в ходе скрининга библиотеки миРНК на популяциях НеЬа ТИ-СМУ и НеЬа ТИ-ЬТЯ клеток.

Ген Функция в клетке

CHAF1A Фактор сборки хроматина 1, субъединица А (р150)

SETDB1 НЗК9 гистоновая метилтрансфераза, репрессор транскрипции

TRIM24 Транскрипционный фактор TIFlalfa, ко-репрессор транскрипции

RAD21 Когезин, участвует в репарации двухцепочечных разрывов ДНК

PBRM1 Полибромопротеин 1, часть комплекса модификации хроматина PBAF

ZMYND8 Прсггеин-киназа С связывающийся белок, регулятор транскрипции

MBD3 ДНК метил-CpG связывающийся белок, репрессор транскрипции

MBD1 ДНК метил-CpG связывающийся белок, репрессор транскрипции

RING1 Компонент полином комплекса, роль в моно убиквитинилировании гистона Н2АК119, транскрипционный репрессор

НРН2 Компонент поликом комплекса, роль в моно убиквитинилировании гистона Н2АК119

Suv420H2 Н4К20 гистоновая метилтрансфераза, репрессор транскрипции

JMJD2A H3K36 гистоновая деметилаза, репрессор транскрипции

FBXL11 H3K36 гистоновая деметилаза, репрессор транскрипции

DNMT3A de novo ДНК метшпрасфераза

TRIM33 Транскрипционный фактор TIFlgamma, репрессор транскрипции

Таблица 1. Клеточные гены, участвующие в поддержании эпигенетического молчания

ретровирусных генов.

7. Изучение влияния положения сайта интеграции на клеточные механизмы, контролирующие эпигенетическое молчание

В предыдущих экспериментах (рисунок 5) было исследовано влияние положения сайта интеграции на механизмы поддержания эпигенетического молчания с участием белков HDAC1 и DAXX. На четырех независимых HeLa ТИ-CMV клонах была исследована реактивация молчащего ретровируса после нокдауна некоторых генов, выявленных в ходе скрининга. На рисунке 12 показаны результаты нокдауна генов CHAF1A, SETDB1, MBD3, TRIM33, RAD21, RING1 и Suv420H2 в клонах ТИ-1, ТИ-2, ТИ-3 и ТИ-4. Как видно из результатов эксперимента, все гены, проанализированные в ходе эксперимента, участвуют в поддержании ретровирусного эпигенетического молчания независимо от сайта интеграции (рисунок 11). Стоит отметить, что результаты эксперимента показывают низкую активность реактивации для клона ТИ-4 в случае нокдауна всех анализируемых факторов, что может

быть причиной особенности сайта интеграции и, по-видимому, является особенностью данного клона. Тем не менее, стоит упомянуть интересную особенность реактивации, наблюдаемую после нокдауна гена МВОЗ в различных клонах. В случае клонов ТИ-10 и ТИ-11 наблюдается высокая реактивация (около 50%), в случае ТИ-1 и ТИ-4 клонов, напротив, реактивация не превышает 15%. Учитывая функцию данного белка в связывании с метилированной ДНК и репрессии транскрипции, предполагается, что метилирование ДНК интегрированного ретровирусного вектора характерно не во всех случаях, и вероятно зависит от положения сайта интеграции. Эти данные частично объясняют относительно низкую реактивацию, наблюдаемую после нокдауна ДНК метилтрансферазы БЫМТЗа (рисунок 10).

МГ газе» НОАС1 СНАЯ1А БЕТИИ МВОЗ ТОМ 33 №021 И1К31 &1У420Н2

миРНК

Рисунок 11. Реактивация молчащего репортерного йГР гена после трансфехции миРНК индивидуальных НеЬаТИ клонов.

Таким образом, полученные данные подтвердили гипотезу о том, что описанные гены, и, следовательно, их белковые комплексы, участвуют совместно в процессе поддержания ретровирусного эпигенетического молчания независимо от положения сайта интеграции. Однако, полученные данные подразумевают, что метилирование промотора, контролирующего репортерный ген, возможно зависит от положения сайта интеграции. Тем не менее, утверждение о зависимости метилирования интегрированной ретровирусной ДНК от положения сайта интеграции требует более детального изучения и дальнейших экспериментов.

8. Модель ретровирусного эпигенетического молчания Для обобщения полученных данных была предложена модель эпигенетической регуляции экспрессии ретровирусных генов, согласно известным либо предполагаемым функциям найденных генов (рис. 12).

Один из комплексов, участвующий в поддержании эпигенетического ретровирусного молчания - комплекс белков: SETDB1 - MBD - CHAF1A -DNMT. Данный репрессорный комплекс формируется во время S фазы клеточного цикла (Sarraf et al, 2004), и участвует в переносе эпигенетических маркеров на дочерние цепи хроматина во время репликации ДНК (рисунок 12в). В данный комплекс входят белки, участвующие в распознавании метилированной ДНК (MBD), необходимые для специфической посадки комплекса, НЗК9 гистоновая метилтрансфераза SETDB1 и ДНК метилтрансферазы (DNMT), переносящие эпигенетические маркеры на дочерние цепи ДНК и хроматин, а также фактор ассоциации хроматина CHAF1A, осуществляющий сборку комплекса во время S фазы клеточного цикла.

" , NuRD . ......

TRIM ноле

./-ÍÍTOSÍ; " """ ' ВР1 \

RAD2)

Проиоюрная Обидеть

Репрессия транскрипции посредством

взаимодействия транскрипционных факторов с промоторной областью гена

Ш>1 ЙР1

sptfc

fyf <f~f* f # fHl-Mt лц q 4 ¿

Участок Связывания с ДНК

Деацетилирование гистонов. метилирование НЗ-К9 и посадка §елка гетерохроматина НР1

Наследование репрессивных эпигенетических маркеров в ходе репликации ДНК Рисунок 12. Модель эпигенетической регуляции экспрессии ретровирусных генов.

В другой комплекс, участвующий в поддержании эпигенетического молчания, входят белки ИШ01 и РНС2 (рисунок 12в). Данный комплекс участвует в моноубиквитинилировании лизина К119 на гистоне Н2А, и является репрессором транскрипции. Убиквитинилирование гистона Н2А приводит к гипоацетилированию хроматина, привлечению корепрессоров

транскрипции, и последующему транскрипционному молчанию. Однако, нокдаун факторов, поддерживающих убиквитинилированное состояние гистона Н2А или обработка клеток протеосомным ингибитором MG132 приводит к деубиквитинилированию гистона Н2А, а также привлечению гистоновых ацетилтрансфераз, и последующей активацией хроматина.

Также предполагается участие в эпигенетическом молчании ретровирусов комплекса белков: TRIM24/33 - SETDB1 - HDAC1 - НР1. Последние исследования продемонстрировали роль комплекса TR1M28-SETDB1-HDAC1-HP1 в эпигенетической репрессии транскрипции вируса лейкемии мышей (MLV). Механизм действия данного комплекса заключается в узнавании праймер-связывающего сайта интегрированного провируса и последующего привлечения ДНК метилтрансфераз, гистоновых деацетилаз и белка хроматина первого типа, модифицирующих хроматин в районе интеграции провируса (рисунок 126). Мы предполагаем существование подобного механизма эпигенетической репрессии комплексом, основанным на белках TRIM33 и TRIM24. Существующие данные о семействе TRIM-белков говорят о высокой гомологии белков TRIM24, TRIM28, TRIM33, а так же сходной доменной структуре, предполагая наличие сходных функций в инициализации эпигенетического транскрипционного молчания ретровирусов.

Оставшиеся факторы, выявленные в ходе миРНК скрининга, являются либо транскрипционными факторами DAXX, RAD21 и др. (рисунок 12а), либо гистоновыми модификаторами (FBXL11, JMJD2A, Suv420H2), привлекаемыми описанными выше комплексами и транскрипционными факторами для модифицирования хроматина (рисунок 12в).

Выводы

1. Была получена субпопуляция клеточной линии НеЬа (НеЬа ТИ), несущая транскрипционно-молчащий интегрированный ретровирусный вектор на основе вируса саркомы птиц, содержащий вРР репортерный ген под контролем различных промоторов (ЬТЛ, СМУ и ЕР 1а), как модель для изучения механизмов эпигенетической регуляции экспрессии гена. При обработке клеток НеЬа ТИ ингибитором гистоновых деацетилаз трихостатином А происходит реактивация транскрипционно-молчащего репортерного гена.

2. Трансфекция НеЬа ТИ клеток различными миРНК выявила отсутствие неспецифической реактивации репортерного гена и высокую

эффективность нокдауна гена-мишени на уровне мРНК и белкового продукта. С использованием методов миРНК-нокдауна было установлено, что продукты экспрессии генов HDAC1, DAXX и НР1у, участвуют в поддержании эпигенетического молчания ретровирусных генов.

3. Разработана система скрининга библиотек миРНК для поиска клеточных генов потенциально участвующих в эпигенетической регуляции экспрессии генов. Определены статистические параметры воспроизводимости и чувствительности системы скрининга: коэффициент корреляции - г (0,98±0,01); статистический параметр Z' (0,8±0,03).

4. Скрининг библиотеки миРНК «Epigenetics Set» (QIAGEN), содержащей известные факторы, потенциально участвующие в эпигенетической регуляции, выявил 15 генов (SETDB1, CHAF1A, TRIM24, TRIM33, RAD21, PBRM1, ZMYND8, MBD1, MBD3, DNMT3a, RING1, РНС2, FBXL11, Suv420H2, JMJD2A), участвующих в поддержании эпигенетического молчания ретровирусных генов.

5. На основе полученных данных предложена модель эпигенетического контроля экспрессии ретровирусных генов, включающая найденные транскрипционные факторы, ко-репрессоры транскрипции и ферменты модифицирующие хроматин.

Основные результаты диссертации изложены в следующих публикациях:

1. A.C. Полешко, P.A. Катз, А.М. Скалка, А.Г. Покровский. Механизмы ретровирусного эпигенетического молчания // Вестник Новосибирского Государственного Университета: Биология и клиническая медицина. - 2008. -Т.б.-№.3.-С. 3-11.

2. Poleshko, A., Palagin, I., Zhang, R., Boimel, P., Castagna, C., Adams, P.D., Skalka, A.M. and Katz, R.A. Identification of cellular proteins that maintain retroviral epigenetic silencing: evidence for an anti-viral response //Journal of Virology. - 2008. - Vol.82. - N.5. - P.2313-2323.

3. A.C. Полешко. Изучение эпигенетических механизмов транскрипционного молчания. Материалы XLVI Международной Научной Студенческой Конференции, Новосибирск, Россия, 26-30 Мая 2008.

4. Andrey Poleshko, Margret В. Einarson, Peter D. Adams, Anna Marie Skalka and Richard A. Katz. siRNA screening identifies host factors that

maintain retroviral epigenetic silencing. Abstract book of «33ы Cold Spring Harbor Retrovirus meeting», Cold Spring Harbor, 19-24 May 2008.

5. Andrey Poleshko, Margret Einarson, Anna Marie Skalka and Richard A. Katz. Development of a high throughput assay for identification of proteins that maintain epigenetic silencing. Abstract book of «Fox Chase Cancer Center 12'h Annual Postdoctoral and Graduate Student research conference», Philadelphia, 1 June 2007.

6. Poleshko, A., Palagin, I., Zhang, R., Boimel, P., Castagna, C., Adams, P.D., Skalka, A.M. and Katz, R.A. Identification of host factors that maintain retroviral epigenetic silencing: evidence for an antiviral response. Abstract book of «32nd Cold Spring Harbor Retrovirus meeting», Cold Spring Harbor, 22-29 May 2007.

7. Poleshko, A., Katz, R.A., Zhang, R., Adams, P.D., Skalka, A.M. Development of a high throughput assay for reactivation of epigenetically silenced genes. Abstract book of «Fox Chase Cancer Center 11th Annual Postdoctoral and Graduate Student research conference», Philadelphia, June 2,2006.

Список сокращений

GFP - зеленый флуоресцентный белок (Green Fluorescent Protein)

ASV - вирус саркомы птиц (Avian Sarcoma Virus)

LTR - длинные концевые повторы (Long Terminal Repeat)

CMV - цитомегаловирус (Cytomegalo Virus)

TSA - трихостатин A (Trichostatin A)

НЗ, H4, H2A/B - гистоны НЗ, H4, H2A, H2B

РНКи - РНК-интерференция

миРНК - малая интерфирирующая РНК

Благодарности

Автор благодарит ближайших коллег, оказавших помощь в подготовке данной работы, и персонально выражает благодарность Пустыльняку В. О. (НИИМББ СО РАМН, Новосибирск) за моральную поддержку и дружеское участие при работе над диссертацией, Покровского А. Г. за научное руководство работой.

Соискатель

Полешко А. С.

Подписано в печать 10.11.2008 Уч.-изд. л. 1,5 Офсетная печать. Формат 60x84 1/16 Заказ № 431 Тираж 100 экз.

Редакционно-издательский центр НГУ; 6300906 Новосибирск-90, ул. Пирогова, 2

Содержание диссертации, кандидата биологических наук, Полешко, Андрей Сергеевич

ОГЛАВЛЕНИЕ

ПРИНЯТЫЕ СОКРАЩЕНИЯ

ВВЕДЕНИЕ

1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ 11 1.1. Эпигенетическая регуляция экспрессии гена

1.1.1. Механизмы эпигенетической регуляции экспрессии гена

1.1.2. Модификации гистонов

1.1.3. Метилирование ДНК

1.1.4. РНК-интерференция

1.2. Эпигенетическое молчание ретровирусов

1.2.1. Репликативный цикл ретровирусов

1.2.2. Механизмы эпигенетического молчания ретровирусов

1.3. Методы активации транскрипционно-молчащих ретровирусов

1.4. Применение методов РНК-интерференции для определения функции

2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2.1. Материалы

2.1.1. миРНК использованные в работе

2.1.2. Антитела, использованные в работе

2.1.3. Олигодезоксирибонуклеотиды

2.1.4. Библиотека миРНК

2.2. Методы

2.2.1. Культивирование клеток млекопитающих, выделение субпопуляции 42 клеток НеЬа несущих транскрипционно-молчащий ретровирусный репортерный ОРР-ген

2.2.2. Анализ экспрессии ОБР гена методом проточной цитофлюорометрии

2.2.3. Определение белка методом Вестерн Блот

2.2.4. РНК-интерференция

2.2.5. Трансфекция клеток плазмидной ДНК

2.2.6. Реакция ОТ ПЦР в реальном времени

2.2.7. Скрининг библиотеки миРНК

2.2.8. Статистическая обработка результатов

3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЯ

3.1. Получение и анализ субпопуляции клеток НеЬа несущих молчащий ретровирус, кодирующий репортерный СЕР ген

3.1.1. Получение субпопуляции НеЬа ТИ клеток

3.1.2. Анализ полученной субпопуляции НеЬа ТИ клеток 49 3.2 Применение методов РНК интерференции для поиска клеточных факторов участвующих в поддержании эпигенетического молчания

3.2.1. МиРНК нокдаун клеточных белков ЕГО АС 1 и БАХХ приводит к 51 реактивации экспрессии молчащего ретровируса

3.2.2. Оценка эффективности и специфичности нокдауна гена-мишени 53 методами РНК-интерференции

3.2.3. Анализ неспецифической реактивации с использованием контрольных 55 миРНК

3.2.4. Влияние положения сайта интеграции на реактивацию молчащего 56 ретровируса

3.2.5. Роль белка НР1 в поддержании эпигенетического молчания

3.2.6. Экспрессия вирусных белков ингибиторов ШЗАС1 и БАХХ приводит к 61 реактивации эпигенетически-молчащего ретровируса

3.2.7. Влияние промотора репортерного гена на эпигенетическое молчание 63 3.3. Скрининг библиотеки миРНК с целью поиска клеточных факторов, участвующих в поддержании эпигенетического молчания.

3.3.1. Создание системы скрининга библиотек миРНК с высокой пропускной способностью

3.3.2. Оценка чувствительности и воспроизводимости системы скрининга, измерение 2'-фактора

3.3.3. Скрининг библиотеки миРНК, содержащей известные клеточные эпигенетические регуляторы

3.3.4. Подтверждение результатов скрининга библиотеки миРНК

3.3.5. Анализ семейств генов, выявленных в ходе скрининга

3.3.6. Изучение влияния положения сайтов интеграции на клеточные механизмы, контролирующие ретровирусное эпигенетическое молчание

3.3.7. Модель ретровирусного эпигенетического молчания 77 ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ВЫВОДЫ

Введение Диссертация по биологии, на тему "Изучение механизмов эпигенетической регуляции экспрессии генов на модели вируса саркомы птиц"

Регуляция экспрессии генов является одним из важнейших механизмов участвующим большинстве клеточных процессов, таких как дифференцировка, клеточное деление, апоптоз, антивирусный ответ и многих других. Исследования регуляции экспрессии эукариотических генов показали, что кроме постоянной информации об уровне экспрессии гена, закодированной в последовательности ДНК, есть также эпигенетическая регуляция экспрессии, основанная на различных клеточных механизмах, и способная менять активность гена в зависимости от стадий клеточной дифференцировки либо других факторов.

Кроме патологий, вызываемых нарушениями экспрессии клеточных генов, существует ряд инфекционных заболеваний, лечение которых тесно связано с эпигенетической регуляцией. Особенностью ретровирусных инфекций является наличие латентного резервуара инфицированных клеток, препятствующего элиминированию вируса из организма и полному излечению от ретровирусной инфекции. Исследование механизмов эпигенетического контроля экспрессии ретровирусных генов необходимо для поиска новых подходов по реактивации инфицированных клеток, несущих латентный ретровирус. Используемые в настоящее время методы лечения ретровирусных инфекций основаны на высоко активной антиретровирусной терапии с применением комбинаций различных препаратов, ингибиторов вирусных белков и ферментов. Недостатками такого лечения являются: 1) сохранение в организме резервуара инфицированных клеток (несущих способную к реактивации латентную форму ретровируса), и являющихся неотличимыми от здоровых клеток, тем самым оказывающимися неподверженными антивирусной терапии (Geeraert L. et al, 2008); 2) длительная антивирусная терапия осложняется возможностью появления мутантных форм вируса, устойчивых к большинству используемых лекарственных препаратов, т.к. ретровирусная обратная транскриптаза обладает низкой точностью синтеза ДНК, что определяет высокую частоту мутаций. В случае вируса иммунодефицита человека длительное лечение пациентов приводит к появлению лекарственно устойчивых форм вируса (Laurence J., 2003; Hirsch et al, 2003, Patel A.K. et al, 2006). Таким образом, наиболее перспективным направлением в лечении ретровирусных инфекций является применение антиретровирусной терапии совместно с активацией инфицированных клеток, несущих эпигенетически-молчащий интегрированный провирус, и составляющих вирусный резервуар. Такой подход позволяет элиминировать вирус из организма, за счет предотвращения ретровирусной репликации и удаления резервуара инфицированных клеток, в том числе несущих латентный ретровирус (Geeraert L. et al, 2008).

Помимо проблемы латентных ретровирусных инфекций, изучение механизмов эпигенетического молчания ретровирусов является исключительно важным для генной терапии с использованием векторов на основе ретровирусов. На данный момент, лентивирусные векторы являются первоочередным кандидатом на применение в качестве средства доставки в генной терапии целого ряда болезней. Поддержание продолжительной экспрессии «терапевтического» гена, доставленного таким вектором и интегрированного в геном клетки-мишени, невозможно без понимания основных клеточных механизмов эпигенетической регуляции.

Целью настоящей работы являлось создание модели, на основе клеточной линии HeLa, несущей интегрированный ретровирусный вектор, и последующее изучение механизмов эпигенетического контроля экспрессии ретровирусных генов.

Ранее была показана высокая частота возникновения постинтеграционного эпигенетического молчания в клеточной линии млекопитающих HeLa, инфицированной псевдотипированным вирусом саркомы птиц (Greger J.G. et al, 2005). Таким образом, клеточная линия HeLa, инфицированная ретровирусным вектором несущим репортерный ген, может служить моделью для изучения процессов клеточного эпигенетического контроля экспрессии ретровирусных генов.

В задачи настоящего исследования входило*.

• Получить субпопуляцию клеток HeLa, несущих транскрипционно-молчащий интегрированный вектор на основе вируса саркомы птиц, кодирующий репортерный вБР ген. Оценить возможность использования данной клеточной линии для изучения механизмов эпигенетического контроля ретровирусов.

• На основе полученных данных создать модель эпигенетической регуляции экспрессии генов.

Научная новизна и практическая значимость работы. Исследования последних лет показали, что нарушения механизмов эпигенетического контроля экспрессии генов приводит к различным патологиям и заболеваниям, и кроме того затрудняет лечение ряда инфекционных заболеваний вызываемых ретровирусами. Поиск новых подходов для лечения этих заболеваний осложняется за счет отсутствия достаточных знаний о механизмах клеточного эпигенетического контроля и причинах, вызывающих его нарушения, а так же возможных методах эпигенетической терапии.

На сегодняшний день для лечения ретровирусных инфекций, таких как вирус иммунодефицита человека, наиболее перспективными методами является применение антиретровирусной терапии совместно с активацией резервуара инфицированных клеток, несущих латентный ретровирус (веегаеЛ Ь. е1 а1, 2008). Для реактивации латентных форм ретровирусов применяются ингибиторы гистоновых деацетилаз и ДНК метилтрансфераз. Данные препараты имеют высокую активность, но также и высокую токсичность для клеток, что не позволяет им пройти клинические испытания и быть использованными в антиретровирусной терапии. Таким образом, исследование механизмов эпигенетического контроля ретровирусных генов совместно с поиском новых групп соединений, способных к реактивации латентных ретровирусов и обладающих низкой токсичностью, являются особенно актуальным.

Положения, выносимые на защиту:

Апробация работы и публикации. Результаты работ были представлены на международных конференциях: «33rd Retroviruses meeting» (Колд Сприн Харбор, США, 2008), «Международная Студенческая Конференция XXXVIII» (Новосибирск, Россия. 2008), «12th Annual Postdoctoral & Graduate Student Conference» (Филадельфия, США, 2007), «32nd Retroviruses meeting» (Колд Сприн Харбор, США, 2007), «11th Annual Postdoctoral & Graduate Student Conference» (Филадельфия, США, 2006). По материалам диссертации опубликовано 7 печатных работ.

1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ 1.1. Эпигенетическая регуляция экспрессии гена

Заключение Диссертация по теме "Биохимия", Полешко, Андрей Сергеевич

ВЫВОДЫ

1. Была получена субпопуляция клеточной линии HeLa (HeLa ТИ), несущая транскрипционно-молчащий интегрированный ретровирусный вектор на основе вируса саркомы птиц, содержащий GFP репортерный ген под контролем различных промоторов (LTR, CMV и EFla), как модель для изучения механизмов эпигенетической регуляции экспрессии гена. При обработке клеток HeLa ТИ ингибитором гистоновых деацетилаз трихостатином А происходит реактивация транскрипционно-молчащего репортерного гена.

2. Трансфекция HeLa ТИ клеток различными миРНК выявила отсутствие неспецифической реактивации репортерного гена и высокую эффективность нокдауна гена-мишени на уровне мРНК и белкового продукта. С использованием методов миРНК-нокдауна было установлено, что продукты экспрессии генов HDAC1, DAXX и HPly, участвуют в поддержании эпигенетического молчания ретро вирусных генов.

4. Скрининг библиотеки миРНК «Epigenetics Set» (QIAGEN), содержащей известные факторы, потенциально участвующие в эпигенетической регуляции, выявил 15 генов (SETDB1, CHAF1 A, TR1M24, TRIM33, RAD21, PBRM1, ZMYND8, MBD1, MBD3, DNMT3a, RING1, РНС2, FBXL11, Suv420H2, JMJD2A), участвующих в поддержании эпигенетического молчания ретровирусных генов.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

Исследования последних лет в области клеточной эпигенетической регуляции экспрессии генов показали, что нарушения в механизмах регуляции экспрессии ряда генов приводит ко многим серьезным патологиям, включая онкологические заболевания, анемию, задержки умственного развития и др. Понимание причин возникновения таких заболеваний и поиск методов их лечения основаны на изучении биохимических механизмов клетки, участвующих в эпигенетической регуляции, выявлению ферментов, ответственных за репрессию транскрипции генов, и разработке новых методов эпигенетической терапии (Egger G. et al, 2004).

За последние годы в борьбе с человеческими ретровирусными инфекциями достигнут значительный прогресс. Так, например, новейшие подходы к терапии вируса иммунодефицита человека (ВИЧ) с применением комбинированных препаратов позволили значительно увеличить выживаемость и продолжительность жизни инфицированных пациентов (Pomerantz R.J. et al, 2003). Применение высокоактивной анти ВИЧ терапии показало снижение уровня вируса в крови пациентов, вплоть до клинически неопределяемого уровня в течение двух месяцев у большинства пациентов, вселяя надежду на полное излечение от ретровирусной инфекции (Gulick R.M. et al, 1997; Cavert W. et al, 1997; Perelson A.S. et al, 1997). Тем не менее, применение высокоактивной антиретровирусной терапии неспособно удалить резервуар инфицированных клеток, несущих интегрированный ретровирус в латентном состоянии, и способный к реактивации после прекращения антивирусной терапии. Наличие латентной формы интегрированного провируса обеспечивается клеточными механизмами эпигенетического контроля, осуществляющими репрессию транскрипции вирусных генов, таким образом делая инфицированную клетоку неотличимой от неинфицированных клеток (Geeraert L. et al, 2008), таким образом существующие подходы к лечению ретровирусных инфекций не могут привести к полному элиминированию вируса из организма (Siliciano J.D. et al, 2003).

Однако, на сегодняшний момент, перспективным направлением является использование антиретровирусной терапии совместно с активацией инфицированных клеток, содержащих вирус в латентной форме. Исследования последних десятилетий в области эпигенетического регуляции экспрессии генов и методов их реактивации выявили ряд клеточных механизмов, участвующих в поддержании эпигенетического молчания как клеточных, так и ретровирусных генов (Svoboda J. et al, 2000; Pannell D. et al, 2001; Swindle C.S. et al, 2002; Ellis J., 2005). Кроме того, было показано, что применение химических ингибиторов ряда ферментов, входящих в состав клеточных репрессорных комплексов, способно вызывать реактивацию эпигенетически молчащих ретровирусов (Ylisastigui L. et al, 2004; Katz R.A. et al, 2007; Senigl F. et al, 2008). Последующие клинические испытания некоторых соединений, например валпроиковой кислоты (VPA) и 5-аза-Цитидина (5-aza-C), выявили высокую токсичность данных препаратов (Lehrman G. et al, 2005; Steel A. et al, 2006; Siliciano J.D. et al, 2007 и Senigl F. et al, 2008). Тем не менее, клинические испытания выявили высокую активность данных соединений как в противоретровирусной терапии, так и в лечении онкологических заболеваний. Таким образом, исследования механизмов клеточного эпигенетического контроля, а так же разработка методов реактивации эпигенетичски-молчащих генов, обладающих высокой специфичностью и низкой токсичностью, является одним из важнейших направлений современной эпигенетики.

Настоящая работа была направлена на изучение клеточных механизмов, участвующих в поддержании эпигенетического молчания ретровирусных генов. В качестве модели для исследований была использована культура клеток человека HeLa, инфицированная ретровирусным вектором, кодирующим репортерный GFP ген. Была получена субпопуляция клеток HeLa, несущих транскрипционно-молчащий ретровирус, которая в дальнейшем использовалась как модель для поиска клеточных факторов, участвующих в поддержании эпигенетического молчания генов, и изучения механизмов их действия.

Применение методов РНК-интерференции, получивших широкое применение за последнее время и используемых для определения функции генов на полученной клеточной модели, позволило проводить поиск генов, участвующих в клеточном эпигенетическом контроле. В полученной системе нокдаун гена, участвующего в поддержании ретровирусного эпигенетического молчания, посредством миРНК, приводит к реактивации ретровируса и экспрессии репортерного GFP гена, и последующему изменению клеточного фенотипа на GFP-положительный. Такой клеточный фенотип легко определяется как при помощи флюоресцентной микроскопии, так и с использованием методов проточной цитофлюороментии. Предварительные эксперименты с использованием миРНК для нокдауна генов-мишеней показали высокую эффективность нокдауна гена на уровне мРНК и белкового продукта, низкую цитотоксичность, и отсутствие неспецифических эффектов при трансфекции клеток различными контрольными миРНК. В ходе исследования потенциальных генов-кандидатов, было обнаружено, что клеточные белки HDAC1, DAXX и НР1у участвуют в поддержании эпигенетического молчания ретровирусных генов.

Проведенные исследования позволили создать систему скрининга с высокой пропускной способностью для поиска клеточных генов, вовлеченных в процесс эпигенетического контроля. С использованием миРНК против HDAC1 и GAPDH в качестве положительного и отрицательного контроля, соответственно, был определен статистический параметр Z1, характеризующий чувствительность и воспроизводимость системы скрининга (Zhang J.H. et al, 1999). Определенный статистический параметр Z' был равен 0.8.

В результате скрининга библиотеки миРНК, содержащей известные на данный момент клеточные эпигенетические регуляторы, было выявлено 15 генов, участвующих в поддержании эпигенетического молчания ретровирусных генов. На основе полученных данных была создана модель эпигенетического контроля экспрессии ретровирусных генов. Исследования индивидуальных клеточных клонов выявили отсутствие влияния сайта интеграции провируса на механизм эпигенетического контроля. Описаны основные клеточные механизмы, и белковые комплексы, участвующие в инициализации и поддержании ретровирусного молчания.

Библиография Диссертация по биологии, кандидата биологических наук, Полешко, Андрей Сергеевич, Новосибирск

1. Ванюшин Б.Ф. Энзиматиское метилирование ДНК — эпигенетический контроль за генетическими функциями клетки // Биохимия. 2005. - Т. 70. - № 5. - С. 598-611.

2. Вильгельм А.Э., Чумаков С.П., Прасолов B.C. Интерференция РНК: биология и перспективы применения в биомедицине и биотехнологии // Молекулярная Биология. 2006. - Т. 40. - № 3. - С. 387-403.

3. Кленов М.С., Гвоздев В.А. Формирование Гетерохроматина: роль коротких РНК и метилирования ДНК (обзор) // Биохимия. 2005. - Т. 10. - № 11. - С. 1445-1458.

4. Котельников Р.Н., Шпиз С.Г., Калмыкова А.И., Гвоздев В.А. Белки, связывающие РНК, в процессах РНК-интерференции // Молекулярная Биология. 2006. - Т. 40. - № 4.- С. 595-608.

5. Кудряшова Н.Ю., Кудряшев Ю.Б. РНК-интерференция: к разгадке экспрессии генов // Биология в школе. 2007. - № 2. - С. 7-11.

6. Пендина A.A., Гринкевич В.В., Кузнецова Т.В., Баранов B.C. Метилирование ДНК -универсальный механизм регуляции активности генов // Экологическая Генетика. -2004.-Т. 2. № 1.-С. 27-37.

7. Саложин C.B., Прохарчук Е.Б., Георгиев Г.П. Метилирование ДНК как один из основных эпигенетических маркеров // Биохимия. 2005. - Т. 70. - № 5. - С. 641-650.

8. Хаитов М.Р., Акимов B.C. Интерференция РНК // Успехи Современной Биологии. -2006. Т. 126. - № 3. - С. 242-249.

9. Холлидей Р. Метилирование ДНК и эпигенотипы // Биохимия. 2005. - Т. 70. - № 5. -С. 612-617.

10. Чураев Р.Н. Контуры неканонической теории наследственности: от генов к эпигенам // Журнал Общей Биологии. 2005. - Т. 66. - № 2. - С. 99-122.

11. Чуриков H.A. Молекурные механизмы эпигенетики (обзор) // Биохимия. 2005, - Т. 70.-№4.-С. 453-513.

12. Andersson M. G., Haasnoot P. C., Xu N., Berenjian S., Berkhout B., Akusjarvi G. Suppression of RNA interference by adenovirus virus-associated RNA. // J Virol. 2005. -Vol. 79. - No. 15. - P. 9556-9565.

13. Aza-Blanc P., Cooper C. L., Wagner K., Batalov S., Deveraux Q. L., Cooke M. P. Identification of modulators of TRAIL-induced apoptosis via RNAi-based phenotypic screening. // Mol Cell. 2003. - Vol. 12. - No. 3. - P. 627-637.

14. Bachman K. E., Rountree M. R., Baylin S. B. Dnmt3a and Dnmt3b are transcriptional repressors that exhibit unique localization properties to heterochromatin. // J Biol Chem. -2001. Vol. 276. - No. 34. - P. 32282-32287.

15. Baqir S., Smith L. C. Inhibitors of histone deacetylases and DNA methyltransferases alter imprinted gene regulation in embryonic stem cells. // Cloning Stem Cells. 2006. - Vol. 8. -No.3.-P. 200-213.

16. Bartel D. P. MicroRNAs: genomics, biogenesis, mechanism, and function. // Cell. 2004. -Vol. 116.-No. 2.-P. 281-297.

17. Bennasser Y., Le S. Y., Benkirane M., Jeang K. T. Evidence that HIV-1 encodes an siRNA and a suppressor of RNA silencing. // Immunity. 2005. - Vol. 22. - No. 5. - P. 607-619.

18. Bennasser Y., Yeung M. L., Jeang K. T. HIV-1 TAR RNA subverts RNA interference in transfected cells through sequestration of TAR RNA-binding protein, TRBP. // J Biol Chem. 2006. - Vol. 281. - No. 38. - P. 27674-27678.

19. Bernstein E., Caudy A. A., Hammond S. M., Hannon G. J. Role for a bidentate ribonuclease in the initiation step of RNA interference. //Nature. 2001. - Vol. 409. - No. 6818.-P. 363-366.

20. Bird A. P., Wolffe A. P. Methylation-induced repression—belts, braces, and chromatin. // Cell. 1999. - Vol. 99. - No. 5. - P. 451-454.

21. Boeger H., Bushnell D. A., Davis R., Griesenbeck J., Lorch Y., Strattan J. S., Westovcr K. D., Kornberg R. D. Structural basis of eukaryotic gene transcription. // FEBS Lett. 2005. -Vol. 579. - No. 4. - P. 899-903.

22. Bohnsack M. T., Czaplinski K., Gorlich D. Exportin 5 is a RanGTP-dependent dsRNAbinding protein that mediates nuclear export of pre-miRNAs. // RNA. 2004. - Vol. 10. -No. 2.-P. 185-191.

23. Boyes J., Bird A. DNA methylation inhibits transcription indirectly via a methyl-CpG binding protein. // Cell. 1991. - Vol. 64. - No. 6. - P. 1123-1134.

24. Bulliard Y., Wiznerowicz M., Barde I., Trono D. KRAB can repress lentivirus proviral transcription independently of integration site. // J Biol Chem. 2006. - Vol. 281. - No. 47. - P. 35742-35746.

25. Buschhausen G., Wittig B., Graessmann M., Graessmann A. Chromatin structure is required to block transcription of the methylated herpes simplex virus thymidine kinase gene. // Proc Natl Acad Sci U S A. 1987. - Vol. 84. - No. 5. - P. 1177-1181.

26. Bushman F., Lewinski M., Ciuffi A., Barr S., Leipzig J., Hannenhalli S., Hoffmann C. Genome-wide analysis of retroviral DNA integration. // Nat Rev Microbiol. 2005. - Vol. 3. - No. 11. - P. 848-858.

27. Cantrell S. R., Bresnahan W. A. Human cytomegalovirus (HCMV) UL82 gene product (pp71) relieves hDaxx-mediated repression of HCMV replication. // J Virol. 2006. - Vol. 80.-No. 12.-P. 6188-6191.

28. Cao R., Tsukada Y., Zhang Y. Role of Bmi-1 and RinglA in H2A ubiquitylation and Hox gene silencing. // Mol Cell. 2005. - Vol. 20. - No. 6. - P. 845-854.

29. Caron C., Col E., Khochbin S. The viral control of cellular acetylation signaling. // Bioessays. 2003. - Vol. 25. - No. 1. - P. 58-65.

30. Chen W. Y., Bailey E. C., McCune S. L„ Dong J. Y., Townes T. M. Reactivation of silenced, virally transduced genes by inhibitors of histone deacetylase. // Proc Natl Acad Sci USA.- 1997. Vol. 94. - No. 11. - P. 5798-5803.

31. Chen W. Y., Townes T. M. Molecular mechanism for silencing virally transduced genes involves histone deacetylation and chromatin condensation. // Proc Natl Acad Sci U S A. -2000. Vol. 97. - No. 1. - P. 377-382.

32. Cheng X., Zhang X. Structural dynamics of protein lysine methylation and demethylation. //MutatRes. -2007.-Vol. 618. -No. 1-2.-P. 102-115.

33. Cherry S. R., Biniszkiewicz D., van Parijs L., Baltimore D., Jaenisch R. Retroviral expression in embryonic stem cells and hematopoietic stem cells. // Mol Cell Biol. 2000. -Vol. 20. - No. 20. - P. 7419-7426.

34. Chiocca S., Kurtev V., Colombo R., Boggio R., Sciurpi M. T., Brosch G., Seiser C., Draetta G. F., Cotten M. Histone deacetylase 1 inactivation by an adenovirus early gene product. // Curr Biol. 2002. - Vol. 12. - No. 7. - P. 594-598.

35. Coffin J.M., Hughes S.H., Varmus H. Retroviruses // Cold Spring Harbor Laboratory Press. New York. 1997.

36. Compere S. J., Palmiter R. D. DNA methylation controls the inducibility of the mouse metallothionein-I gene lymphoid cells. // Cell. 1981. - Vol. 25. - No. 1. - P. 233-240.

37. Eissenberg J. C., Wallrath L. L. Heterochromatin, position effects, and the genetic dissection of chromatin. // Prog Nucleic Acid Res Mol Biol. 2003. - Vol. 74. - No. - P. 275-299.

38. Elbashir S. M., Harborth J., Lendeckel W., Yalcin A., Weber K., Tuschl T. Duplexes of 21-nucleotide RNAs mediate RNA interference in cultured mammalian cells. //Nature. 2001. -Vol.411. - No. 6836. - P. 494-498.

39. Elbashir S. M., Lendeckel W., Tuschl T. RNA interference is mediated by 21- and 22-nucleotide RNAs. // Genes Dev. 2001. - Vol. 15. - No. 2. - P. 188-200.

40. Ellis J. Silencing and variegation of gammaretrovirus and lentivirus vectors. // Hum Gene Ther. 2005. - Vol. 16. - No. 11. - P. 1241-1246.

41. Ellis J., Yao S. Retrovirus silencing and vector design: relevance to normal and cancer stem cells? // Curr Gene Ther. 2005. - Vol. 5. - No. 4. - P. 367-373.

42. Evering T. H., Markowitz M. Raltegravir: an integrase inhibitor for HIV-1. // Expert Opin Investig Drugs. 2008. - Vol. 17. - No. 3. - P. 413-422.

43. Feng Y. Q., Lorincz M. C., Fiering S., Greally J. M., Bouhassira E. E. Position effects are influenced by the orientation of a transgene with respect to flanking chromatin. // Mol Cell Biol. 2001. - Vol. 21. - No. 1. - P. 298-309.

44. Fire A., Albertson D., Harrison S. W., Moerman D. G. Production of antisense RNA leads to effective and specific inhibition of gene expression in C. elegans muscle. // Development. 1991.-Vol. 113. - No. 2. - P. 503-514.

45. Fire A., Xu S., Montgomery M. K., Kostas S. A., Driver S. E., Mello C. C. Potent and specific genetic interference by double-stranded RNA in Caenorhabditis elegans. // Nature. 1998. - Vol. 391. - No. 6669. - P. 806-811.

46. Fischle W., Wang Y., Allis C. D. Binary switches and modification cassettes in histone biology and beyond. // Nature. 2003. - Vol. 425. - No. 6957. - P. 475-479.

47. Florin L., Schafer F., Sotlar K., Streeck R. E., Sapp M. Reorganization of nuclear domain 10 induced by papillomavirus capsid protein 12. // Virology. 2002. - Vol. 295. - No. 1. - P. 97-107.

48. Fraser A. G., Kamath R. S., Zipperlen P., Martinez-Campos M., Sohrmann M., Ahringer J. Functional genomic analysis of C. elegans chromosome I by systematic RNA interference. //Nature. 2000. - Vol. 408. - No. 6810. - P. 325-330.

49. Fuks F., Burgers W. A., Brehm A., Hughes-Davies L., Kouzarides T. DNA methyltransferase Dnmtl associates with histone deacetylase activity. // Nat Genet. 2000. -Vol. 24.-No. l.-P. 88-91.

50. Fuks F., Burgers W. A., Godin N., Kasai M., Kouzarides T. Dnmt3a binds deacetylases and is recruited by a sequence-specific repressor to silence transcription. // EMBO J. 2001. -Vol. 20. - No. 10. - P. 2536-2544.

51. Fuks F., Hurd P. J., Deplus R., Kouzarides T. The DNA methyltransferases associate with HP1 and the SUV39H1 histone methyltransferase. // Nucleic Acids Res. 2003. - Vol. 31. -No. 9.-P. 2305-2312.

52. Fuks F., Hurd P. J., Wolf D., Nan X., Bird A. P., Kouzarides T. The methyl-CpG-binding protein MeCP2 links DNA methylation to histone methylation. // J Biol Chem. 2003. -Vol. 278. - No. 6. - P. 4035-4040.

53. Gatignol A., Laine S., Clerzius G. Dual role of TRBP in HIV replication and RNA interference: viral diversion of a cellular pathway or evasion from antiviral immunity? // Retrovirology. 2005. - Vol. 2. - No. - P. 65.

54. Geeraert L., Kraus G., Pomerantz R. J. Hide-and-seek: the challenge of viral persistence in HIV-1 infection. // Annu Rev Med. 2008. - Vol. 59. - No. - P. 487-501.

55. Greger J. G., Katz R. A., Ishov A. M., Maul G. G., Skalka A. M. The cellular protein daxx interacts with avian sarcoma virus integrase and viral DNA to repress viral transcription. // J Virol. 2005. - Vol. 79. - No. 8. - P. 4610-4618.

56. Grey F., Antoniewicz A., Allen E., Saugstad J., McShea A., Carrington J. C., Nelson J. Identification and characterization of human cytomegalovirus-encoded microRNAs. // J Virol. 2005. - Vol. 79. - No. 18. - P. 12095-12099.

57. Gu H., Liang Y., Mandel G., Roizman B. Components of the REST/CoREST/histone deacetylase repressor complex are disrupted, modified, and translocated in HSV-1-infected cells. // Proc Natl Acad Sci USA.- 2005. Vol. 102. -No. 21. - P. 7571-7576.

58. Guo S., Kemphues K. J. par-1, a gene required for establishing polarity in C. elegans embryos, encodes a putative Ser/Thr kinase that is asymmetrically distributed. // Cell. -1995.-Vol. 81.-No. 4.-P. 611-620.

59. Hall I. M., Shankaranarayana G. D., Noma K., Ayoub N., Cohen A., Grewal S. I. Establishment and maintenance of a heterochromatin domain. // Science. 2002. - Vol. 297. - No. 5590. - P. 2232-2237.

60. Hammond S. M., Bernstein E., Beach D., Hannon G. J. An RNA-directed nuclease mediates post-transcriptional gene silencing in Drosophila cells. // Nature. 2000. - Vol. 404.-No. 6775.-P. 293-296.

61. Hannon G. J. RNA interference. // Nature. 2002. - Vol. 418. - No. 6894. - P. 244-251.

62. Hassa P. O., Haenni S. S., Elser M., Hottiger M. O. Nuclear ADP-ribosylation reactions in mammalian cells: where are we today and where are we going? // Microbiol Mol Biol Rev.- 2006. Vol. 70. - No. 3. - P. 789-829.

63. He J., Yang Q., Chang L. J. Dynamic DNA methylation and histone modifications contribute to lentiviral transgene silencing in murine embryonic carcinoma cells. // J Virol.- 2005. Vol. 79. -No. 21. - P. 13497-13508.

64. Hendrich B., Bird A. Identification and characterization of a family of mammalian methyl-CpG binding proteins. // Mol Cell Biol. 1998. - Vol. 18. - No. 11. - P. 6538-6547.

65. Hermann A., Schmitt S., Jeltsch A. The human Dnmt2 has residual DNA-(cytosine-C5) methyltransferase activity. // J Biol Chem. 2003. - Vol. 278. - No. 34. - P. 31717-31721.

66. Hirsch M. S. Initiating therapy: when to start, what to use. // J Infect Dis. 2008. - Vol. 197 Suppl3.-No.-P. S252-260.

67. Hirsch M. S., Brun-Vezinet P., Clotet B., Conway B., Kuritzkes D. R., D'Aquila R. T., Demeter L. M., Hammer S. M., Johnson V. A., Loveday C., Mellors J. W., Jacobsen D. M.,

68. Richman D. D. Antiretroviral drug resistance testing in adults infected with human immunodeficiency virus type 1: 2003 recommendations of an International AIDS SocietyUSA Panel. // Clin Infect Dis. 2003. - Vol. 37. - No. 1. - P. 113-128.

69. Hofmann H., Sindre H., Stamminger T. Functional interaction between the pp71 protein of human cytomegalovirus and the PML-interacting protein human Daxx. // J Virol. 2002. -Vol. 76. - No. 11. - P. 5769-5783.

70. Holliday R., Pugh J. E. DNA modification mechanisms and gene activity during development. //Science. 1975. - Vol. 187. - No. 4173. - P. 226-232.

71. Hsieh C. L. Stability of patch methylation and its impact in regions of transcriptional initiation and elongation. // Mol Cell Biol. 1997. - Vol. 17. - No. 10. - P. 5897-5904.

72. Huang J., Wang F., Argyris E., Chen K., Liang Z., Tian H., Huang W., Squires K., Verlinghieri G., Zhang H. Cellular microRNAs contribute to HIV-1 latency in resting primary CD4+ T lymphocytes. //Nat Med. 2007. - Vol. 13. - No. 10. - P. 1241-1247.

73. Hutvagner G., McLachlan J., Pasquinelli A. E., Balint E., Tuschl T., Zamore P. D. A cellular function for the RNA-interference enzyme Dicer in the maturation of the let-7 small temporal RNA. // Science. 2001. - Vol. 293. - No. 5531. - P. 834-838.

74. Jackson J. P., Lindroth A. M., Cao X., Jacobsen S. E. Control of CpNpG DNA methylation by the KRYPTON1TE histone H3 methyltransfcrase. // Nature. 2002. - Vol. 416. - No. 6880. - P. 556-560.

75. Jaenisch R., Bird A. Epigenetic regulation of gene expression: how the genome integrates intrinsic and environmental signals. // Nat Genet. 2003. - Vol. 33 Suppl. - No. - P. 245254.

76. Jahner D., Stuhlmann H., Stewart C. L., Harbers K., Lohler J., Simon I., Jaenisch R. De novo methylation and expression of retroviral genomes during mouse embryogenesis. // Nature. 1982. - Vol. 298. - No. 5875. - P. 623-628.

77. Janowski B. A., Huffman K. E., Schwartz J. C., Ram R., Nordsell R., Shames D. S., Minna J. D., Corey D. R. Involvement of AGOl and AG02 in mammalian transcriptional silencing. //Nat Struct Mol Biol. 2006. - Vol. 13. - No. 9. - P. 787-792.

78. Jeffery L., Nakielny S. Components of the DNA methylation system of chromatin control are RNA-binding proteins. // J Biol Chem. 2004. - Vol. 279. - No. 47. - P. 49479-49487.

79. Jenuwein T., Allis C. D. Translating the histone code. // Science. 2001. - Vol. 293. - No. 5532.-P. 1074-1080.

80. Jepsen K., Rosenfeld M. G. Biological roles and mechanistic actions of co-repressor complexes. // J Cell Sci. 2002. - Vol. 115. - No. Pt 4. - P. 689-698.

81. Johnson L., Cao X., Jacobsen S. Interplay between two epigenetic marks. DNA methylation and histone H3 lysine 9 methylation. // Curr Biol. 2002. - Vol. 12. - No. 16. -P. 1360-1367.

82. Jones P. A., Baylin S. B. The fundamental role of epigenetic events in cancer. // Nat Rev Genet. 2002. - Vol. 3. - No. 6. - P. 415-428.

83. Jones P. L., Veenstra G. J., Wade P. A., Vermaak D., Kass S. U., Landsberger N., Strouboulis J., Wolffe A. P. Methylated DNA and MeCP2 recruit histone deacetylase to repress transcription. //Nat Genet. 1998. - Vol. 19. - No. 2. - P. 187-191.

84. Jordan A., Bisgrove D., Verdin E. HIV reproducibly establishes a latent infection after acute infection of T cells in vitro. // EMBO J. 2003. - Vol. 22. - No. 8. - P. 1868-1877.

85. Jordan A., Defechereux P., Verdin E. The site of HIV-1 integration in the human genome determines basal transcriptional activity and response to Tat transactivation. // EMBO J. -2001. Vol. 20. - No. 7. - P. 1726-1738.

86. Ju B. G., Lunyak V. V., Perissi V., Garcia-Bassets I., Rose D. W., Glass C. K., Rosenfeld M. G. A topoisomerase Ilbeta-mediated dsDNA break required for regulated transcription. // Science. 2006. - Vol. 312. - No. 5781. - P. 1798-1802.

87. Julien E., Herr W. A switch in mitotic histone H4 lysine 20 methylation status is linked to M phase defects upon loss of HCF-1. // Mol Cell. 2004. - Vol. 14. - No. 6. - P. 713-725.

88. Kass S. U., Landsberger N., Wolffe A. P. DNA methylation directs a time-dependent repression of transcription initiation. // Curr Biol. 1997. - Vol. 7. - No. 3. - P. 157-165.

89. Katz R. A. Who should capture the value of donated tissue? // Med Ethics. 2005. - Vol. 12.-No. 3.-P. 4, 9.

90. Kim D. H., Villeneuve L. M., Morris K. V., Rossi J. J. Argonaute-1 directs siRNAmediated transcriptional gene silencing in human cells. // Nat Struct Mol Biol. 2006. -Vol. 13.-No. 9.-P. 793-797.

91. Kittler R., Buchholz F. RNA interference: gene silencing in the fast lane. // Semin Cancer Biol. 2003. - Vol. 13. - No. 4. - P. 259-265.

92. Klose R. J., Bird A. P. Genomic DNA methylation: the mark and its mediators. // Trends Biochem Sci. 2006. - Vol. 31. - No. 2. - P. 89-97.

93. Kouzarides T. Chromatin modifications and their function. // Cell. 2007. - Vol. 128. - No. 4. - P. 693-705.

94. Lachner M., Jenuwein T. The many faces of histone lysine methylation. // Curr Opin Cell Biol. 2002. - Vol. 14. - No. 3. - P. 286-298.

95. Laurence J. HIV therapeutics, continued: another HIV protease inhibitor approved. // AIDS Read. 2003. - Vol. 13. - No. 8. - P. 355-356.

96. Lee Y., Ahn C., Han J., Choi H., Kim J., Yim J., Lee J., Provost P., Radmark 0., Kim S., Kim V. N. The nuclear RNase III Drosha initiates microRNA processing. // Nature. 2003. - Vol. 425. - No. 6956. - P. 415-419.

97. Lee Y., Jeon K., Lee J. T., Kim S., Kim V. N. MicroRNA maturation: stepwise processing and subcellular localization. // EMBO J. 2002. - Vol. 21. - No. 17. - P. 4663-4670.

98. Lee Y. S„ Nakahara K., Pham J. W., Kim K., He Z., Sontheimer E. J., Carthew R. W. Distinct roles for Drosophila Dicer-1 and Dicer-2 in the siRNA/miRNA silencing pathways. // Cell. 2004. - Vol. 117. - No. 1. - P. 69-81.

99. Lieberman P. M. Chromatin regulation of virus infection. // Trends Microbiol. 2006. -Vol. 14.-No. 3.-P. 132-140.

100. Llave C., Kasschau K. D., Carrington J. C. Virus-encoded suppressor of posttranscriptional gene silencing targets a maintenance step in the silencing pathway. // Proc Natl Acad Sci U S A. 2000. - Vol. 97. - No. 24. - P. 13401-13406.

101. Lomonte P., Thomas J., Texier P., Caron C., Khochbin S., Epstein A. L. Functional interaction between class II histone deacetylases and ICPO of herpes simplex virus type 1. // J Virol. 2004. - Vol. 78. - No. 13. - P. 6744-6757.

102. Lorincz M. C., Dickerson D. R., Schmitt M., Groudine M. Intragenic DNA methylation alters chromatin structure and elongation efficiency in mammalian cells. // Nat Struct Mol Biol. 2004. - Vol. 11.-No. 11.-P. 1068-1075.

103. Lorincz M. C., Schubeler D., Groudine M. Methylation-mediated proviral silencing is associated with MeCP2 recruitment and localized histone H3 deacetylation. // Mol Cell Biol. 2001. - Vol. 21. - No. 23. - P. 7913-7922.

104. Lu P. Y., Xie F. Y., Woodle M. C. siRNA-mediated antitumorigenesis for drug target validation and therapeutics. // Curr Opin Mol Ther. 2003. - Vol. 5. - No. 3. - P. 225-234.

105. Lund E., Guttinger S., Calado A., Dahlberg J. E., Kutay U. Nuclear export of microRNA precursors. // Science. 2004. - Vol. 303. - No. 5654. - P. 95-98.

106. Malagnac F., Bartee L., Bender J. An Arabidopsis SET domain protein required for maintenance but not establishment of DNA methylation. // EMBO J. 2002. - Vol. 21. -No. 24. - P. 6842-6852.

107. Martinez J., Patkaniowska A., Urlaub H., Luhrmann R., Tuschl T. Single-stranded antisense siRNAs guide target RNA cleavage in RNAi. // Cell. 2002. - Vol. 110. - No. 5. -P. 563-574.

108. Martinez J., Tuschl T. RISC is a 5' phosphomonoester-producing RNA endonuclease. // Genes Dev. 2004. - Vol. 18. - No. 9. - P. 975-980.

109. Mclnerney J. M., Nawrocki J. R., Lowrey C. H. Long-term silencing of retroviral vectors is resistant to reversal by trichostatin A and 5-azacytidine. // Gene Ther. 2000. - Vol. 7. -No. 8.-P. 653-663.

110. Meister G., Tuschl T. Mechanisms of gene silencing by double-stranded RNA. // Nature. -2004. Vol. 431. - No. 7006. - P. 343-349.

111. Mitchell R. S., Beitzel B. F., Schroder A. R., Shinn P., Chen H„ Berry C. C., Ecker J. R., Bushman F. D. Retroviral DNA integration: ASLV, HIV, and MLV show distinct target site preferences. // PLoS Biol. 2004. - Vol. 2. - No. 8. - P. E234.

112. Mizutani T., Ito T., Nishina M., Yamamichi N., Watanabe A., Iba H. Maintenance of integrated proviral gene expression requires Brm, a catalytic subunit of SWI/SNF complex. //JBiolChem. -2002,- Vol. 277. No. 18.-P. 15859-15864.

113. Morris K. V. siRNA-mediated transcriptional gene silencing: the potential mechanism and a possible role in the histone code. // Cell Mol Life Sci. 2005. - Vol. 62. - No. 24. - P. 3057-3066.

114. Morris K. V. Therapeutic potential of siRNA-mediated transcriptional gene silencing. H Biotechniques. 2006. - Vol. Suppl. - No. - P. 7-13.

115. Morris K. V., Chan S. W., Jacobsen S. E., Looney D. J. Small interfering RNA-induced transcriptional gene silencing in human cells. // Science. 2004. - Vol. 305. - No. 5688. - P. 1289-1292.

116. Nan X., Campoy F. J., Bird A. MeCP2 is a transcriptional repressor with abundant binding sites in genomic chromatin. // Cell. 1997. - Vol. 88. - No. 4. - P. 471-481.

117. Nan X., Ng H. H., Johnson C. A., Laherty C. D., Turner B. M., Eisenman R. N., Bird A. Transcriptional repression by the methyl-CpG-binding protein MeCP2 involves a histone deacetylase complex. // Nature. 1998. - Vol. 393. - No. 6683. - P. 386-389.

118. Narezkina A., Taganov K. D., Litwin S., Stoyanova R., Hayashi J., Seeger C., Skalka A. M., Katz R. A. Genome-wide analyses of avian sarcoma virus integration sites. // J Virol. -2004. Vol. 78. - No. 21. - P. 11656-11663.

119. Nelson C. J., Santos-Rosa H., Kouzarides T. Proline isomerization of histone H3 regulates lysine methylation and gene expression. // Cell. 2006. - Vol. 126. - No. 5. - P. 905-916.

120. Nisole S., Stoye J. P., Saib A. TRIM family proteins: retroviral restriction and antiviral defence. // Nat Rev Microbiol. 2005. - Vol. 3. - No. 10. - P. 799-808.

121. Nowak S. J., Corces V. G. Phosphorylation of histone H3: a balancing act between chromosome condensation and transcriptional activation. // Trends Genet. 2004. - Vol. 20. - No. 4. - P. 214-220.

122. Okano M., Xie S., Li E. Dnmt2 is not required for de novo and maintenance methylation of viral DNA in embryonic stem cells. // Nucleic Acids Res. 1998. - Vol. 26. - No. 11. - P. 2536-2540.

123. Paddison P. J., Caudy A. A., Sachidanandam R., Hannon G. J. Short hairpin activated gene silencing in mammalian cells. // Methods Mol Biol. 2004. - Vol. 265. - No. - P. 85-100.

124. Pannell D., Ellis J. Silencing of gene expression: implications for design of retrovirus vectors. // Rev Med Virol. 2001. - Vol. 11. - No. 4. - P. 205-217.

125. Panning B., Jaenisch R. RNA and the epigenetic regulation ofX chromosome inactivation. // Cell. 1998. - Vol. 93. - No. 3. - P. 305-308.

126. Patel A. K., Patel K. K. Future implications: compliance and failure with antiretroviral treatment. // J Postgrad Med. 2006. - Vol. 52. - No. 3. - P. 197-200.

127. Perelson A. S., Essunger P., Cao Y., Vesanen M., Hurley A., Saksela K., Markowitz M., Ho D. D. Decay characteristics of HIV-1-infected compartments during combination therapy. //Nature. 1997. - Vol. 387. - No. 6629. - P. 188-191.

128. Pomerantz R. J., Horn D. L. Twenty years of therapy for HIV-1 infection. // Nat Med. -2003. Vol. 9. - No. 7. - P. 867-873.

129. Preston C. M., Nicholl M. J. Role of the cellular protein hDaxx in human cytomegalovirus immediate-early gene expression. // J Gen Virol. 2006. - Vol. 87. - No. Pt 5. - P. Ill3-1121.

130. Qiu J. Epigenetics: unfinished symphony. //Nature. 2006. - Vol. 441. - No. 7090. - P. 143-145.

131. Ramunas J., Montgomery H. J., Kelly L., Sukonnik T., Ellis J., Jervis E. J. Real-time fluorescence tracking of dynamic transgene variegation in stem cells. // Mol Ther. 2007. -Vol. 15.-No. 4.-P. 810-817.

132. Redner R. L., Liu J. M. Leukemia fusion proteins and co-repressor complexes: changing paradigms. // J Cell Biochem. 2005. - Vol. 94. - No. 5. - P. 864-869.

133. Riggs A. D. X inactivation, differentiation, and DNA methylation. // Cytogenet Cell Genet. 1975.-Vol. 14. - No. 1,-P. 9-25.

134. Robertson K. D., Ait-Si-Ali S., Yokochi T., Wade P. A., Jones P. L., Wolffe A. P. DNMT1 forms a complex with Rb, E2F1 and HDAC1 and represses transcription from E2F-responsive promoters. //Nat Genet. 2000. - Vol. 25. - No. 3. - P. 338-342.

135. Rougeulle C., Heard E. Antisense RNA in imprinting: spreading silence through Air. // Trends Genet. 2002. - Vol. 18. - No. 9. - P. 434-437.

136. Rountree M. R., Bachman K. E., Baylin S. B. DNMT1 binds HDAC2 and a new co-repressor, DMAP1, to form a complex at replication foci. // Nat Genet. 2000. - Vol. 25. -No. 3. - P. 269-277.

137. Sarraf S. A., Stancheva I. Methyl-CpG binding protein MBD1 couples histone H3 methylation at lysine 9 by SETDB1 to DNA replication and chromatin assembly. // Mol Cell. 2004. - Vol. 15. - No. 4. - P. 595-605.

138. Schroder A. R., Shinn P., Chen H., Berry C., Ecker J. R., Bushman F. HIV-1 integration in the human genome favors active genes and local hotspots. // Cell. 2002. - Vol. 110. - No.4. P. 521-529.

139. Senigl F., Plachy J., Hejnar J. The Core Element of a CpG Island Protects Avian Sarcoma and Leukosis Virus-Derived Vectors from Transcriptional Silencing. // J Virol. 2008. -Vol. - No. - P.

140. Shilatifard A. Chromatin modifications by methylation and ubiquitination: implications in the regulation of gene expression. // Annu Rev Biochem. 2006. - Vol. 75. - No. - P. 243269.

141. Siegfried Z., Eden S., Mendelsohn M„ Feng X., Tsuberi B. Z., Cedar H. DNA methylation represses transcription in vivo. //Nat Genet. 1999. - Vol. 22. - No. 2. - P. 203-206.

142. Singh S. K. RNA interference and its therapeutic potential against HIV infection. // Expert Opin Biol Ther. 2008. - Vol. 8. - No. 4. - P. 449-461.

143. Soppe W. J., Jasencakova Z., Houben A., Kakutani T., Meister A., Huang M. S., Jacobsen

144. E., Schubert 1., Fransz P. F. DNA methylation controls histone H3 lysine 9 methylationand heterochromatin assembly in Arabidopsis. // EMBO J. 2002. - Vol. 21. - No. 23. - P. 6549-6559.

145. Steel A., Clark S., Teo I., Shaunak S., Nelson M., Gazzard B., Kelleher P. No change to HIV-1 latency with valproate therapy. // AIDS. 2006. - Vol. 20. - No. 12. - P. 1681-1682.

146. Stellbrink H. J. Antiviral drugs in the treatment of AIDS: what is in the pipeline ? // Eur J Med Res. 2007. - Vol. 12. - No. 9. - P. 483-495.

147. Sterner D. E., Berger S. L. Acetylation of histones and transcription-related factors. // Microbiol Mol Biol Rev. 2000. - Vol. 64. - No. 2. - P. 435-459.

148. Strahl B. D., Allis C. D. The language of covalent histone modifications. // Nature. 2000. - Vol. 403. - No. 6765. - P. 41-45.

149. Suetake I., Shinozaki F., Miyagawa J., Takeshima H., Tajima S. DNMT3L stimulates the DNA methylation activity of Dnmt3a and Dnmt3b through a direct interaction. // J Biol Chem. 2004. - Vol. 279. - No. 26. - P. 27816-27823.

150. Sullivan C. S., Ganem D. A virus-encoded inhibitor that blocks RNA interference in mammalian cells. // J Virol. 2005. - Vol. 79. - No. 12. - P. 7371-7379.

151. Svoboda J., Hejnar J., Geryk J., Elleder D., Vernerova Z. Retroviruses in foreign species and the problem of provirus silencing. // Gene. 2000. - Vol. 261. - No. 1. - P. 181-188.

152. Swindle C. S., Kim H. G., Klug C. A. Mutation of CpGs in the murine stem cell virus retroviral vector long terminal repeat represses silencing in embryonic stem cells. // J Biol Chem. 2004. - Vol. 279. - No. 1. - P. 34-41.

153. Swindle C. S., Klug C. A. Mechanisms that regulate silencing of gene expression from retroviral vectors. // J Hematother Stem Cell Res. 2002. - Vol. 11. - No. 3. - P. 449-456.

154. Takai D., Jones P. A. Comprehensive analysis of CpG islands in human chromosomes 21 and 22. // Proc Natl Acad Sci USA.- 2002. Vol. 99. - No. 6. - P. 3740-3745.

155. Tamaru H., Selker E. U. A histone H3 methyltransferase controls DNA methylation in Neurospora crassa. //Nature. 2001. - Vol. 414. - No. 6861. - P. 277-283.

156. Tang Q., Maul G. G. Mouse cytomegalovirus immediate-early protein 1 binds with host cell repressors to relieve suppressive effects on viral transcription and replication during lytic infection.//J Virol. 2003. - Vol. 77. - No. 2. - P. 1357-1367.

157. Tariq M., Saze H., Probst A. V., Lichota J., Habu Y., Paszkowski J. Erasure of CpG methylation in Arabidopsis alters patterns of histone H3 methylation in heterochromatin. // Proc Natl Acad Sci USA.- 2003. Vol. 100. - No. 15. - P. 8823-8827.

158. Tijsterman M., Ketting R. F., Plasterk R. H. The genetics of RNA silencing. // Annu Rev Genet. 2002. - Vol. 36. - No. - P. 489-519.

159. Ullu E., Tschudi C., Chakraborty T. RNA interference in protozoan parasites. // Cell Microbiol. 2004. - Vol. 6. - No. 6. - P. 509-519.

160. Verde 1 A., Jia S., Gerber S., Sugiyama T., Gygi S., Grewal S. I., Moazed D. RNAi-mediated targeting of heterochromatin by the RITS complex. // Science. 2004. - Vol. 303.- No. 5658. P. 672-676.

161. Volarevic M., Smolic R., Wu C. H., Wu G. Y. Potential role of RNAi in the treatment of HCV infection. // Expert Rev Anti Infect Ther. 2007. - Vol. 5. - No. 5. - P. 823-831.

162. Volpe T. A., Kidner C., Hall I. M., Teng G., Grewal S. I., Martienssen R. A. Regulation of heterochromatic silencing and histone H3 lysine-9 methylation by RNAi. // Science.2002. Vol. 297. - No. 5588. - P. 1833-1837.

163. Waddington C. H. // Endeavour. 1942. - Vol. 1. - No. - P. 18-20.

164. Wade P. A. Methyl CpG-binding proteins and transcriptional repression. // Bioessays. -2001.-Vol. 23.-No. 12.-P. 1131-1137.

165. WallN. R., Shi Y. Small RNA: can RNA interference be exploited for therapy? // Lancet.2003. Vol. 362. - No. 9393. - P. 1401-1403.

166. Wang H., Wang L., Erdjument-Bromage H., Vidal M., Tempst P., Jones R. S., Zhang Y. Role of histone H2A ubiquitination in Polycomb silencing. II Nature. 2004. - Vol. 431. -No. 7010.-P. 873-878.

167. Waterhouse P. M., Wang M. B., Lough T. Gene silencing as an adaptive defence against viruses. //Nature. 2001. - Vol. 411. - No. 6839. - P. 834-842.

168. Watt F., Molloy P. L. Cytosine methylation prevents binding to DNA of a HeLa cell transcription factor required for optimal expression of the adenovirus major late promoter. //Genes Dev. 1988. - Vol. 2.-No. 9. - P. 1136-1143.

169. Williams B. R. Role of the double-stranded RNA-activated protein kinase (PKR) in cell regulation. // Biochem Soc Trans. 1997. - Vol. 25. - No. 2. - P. 509-513.

170. Wilson G. G., Murray N. E. Restriction and modification systems. // Annu Rev Genet. -1991. Vol. 25. - No. - P. 585-627.

171. Wolf D-, Cammas F., Losson R., Goff S. P. Primer binding site-dependent restriction of murine leukemia virus requires HP1 binding by TRIM28. // J Virol. 2008. - Vol. 82. - No. 9. - P. 4675-4679.

172. Wolf D., Goff S. P. TRIM28 mediates primer binding site-targeted silencing of murine leukemia virus in embryonic cells. // Cell. 2007. - Vol. 131. - No. 1. - P. 46-57.

173. Wu D. Y., Kalpana G. V., Goff S. P., Schubach W. H. Epstein-Barr virus nuclear protein 2 (EBNA2) binds to a component of the human SNF-SWI complex, hSNF5/Inil. // J Virol. -1996. Vol. 70. - No. 9. - P. 6020-6028.

174. Wysocka J., Herr W. The herpes simplex virus VP16-induced complex: the makings of a regulatory switch. // Trends Biochem Sci. 2003. - Vol. 28. - No. 6. - P. 294-304.

175. Xie Z., Johansen L. K., Gustafson A. M., Kasschau K. D., Lellis A. D., Zilberman D., Jacobsen S. E., Carrington J. C. Genetic and functional diversification of small RNA pathways in plants. // PLoS Biol. 2004. - Vol. 2. - No. 5. - P. El04.

176. Yamane K., Toumazou C., Tsukada Y., Erdjument-Bromage H., Tempst P., Wong J., Zhang Y. JHDM2A, a JmjC-containing H3K9 demethylase, facilitates transcription activation by androgen receptor. // Cell. 2006. - Vol. 125. - No. 3. - P. 483-495.

177. Yeung M. L., Benkirane M., Jeang K. T. Small non-coding RNAs, mammalian cells, and viruses: regulatory interactions? // Retrovirology. 2007. - Vol. 4. - No. - P. 74.

178. Yeung M. L., Bennasser Y., Myers T. G., Jiang G., Benkirane M., Jeang K. T. Changes in microRNA expression profiles in HIV-1-transfected human cells. // Retrovirology. 2005. -Vol. 2.-No.-P. 81.

179. Yi R., Qin Y., Macara I. G., Cullen B. R. Exportin-5 mediates the nuclear export of pre-microRNAs and short hairpin RNAs. // Genes Dev. 2003. - Vol. 17. - No. 24. - P. 30113016.

180. Ylisastigui L., Archin N. M., Lehrman G., Bosch R. J., Margolis D. M. Coaxing HIV-1 from resting CD4 T cells: histone deacetylase inhibition allows latent viral expression. // AIDS. 2004. - Vol. 18.-No. 8. - P. 1101-1108.

181. Yoder J. A., Walsh C. P., Bestor T. H. Cytosine methylation and the ecology of intragenomic parasites. // Trends Genet. 1997. - Vol. 13. - No. 8. - P. 335-340.

182. Yoon H. G., Chan D. W., Reynolds A. B., Qin J., Wong J. N-CoR mediates DNA methylation-dependent repression through a methyl CpG binding protein Kaiso. // Mol Cell. 2003. - Vol. 12. - No. 3. - P. 723-734.

183. Yoshida M., Matsuyama A., Komatsu Y., Nishino N. From discovery to the coming generation of histone deacetylase inhibitors. // Curr Med Chem. 2003. - Vol. 10. - No. 22. -P. 2351-2358.

184. Zentilin L., Qin G., Tafiiro S., Dinaucr M. C., Baum C., Giacca M. Variegation of retroviral vector gene expression in myeloid cells. // Gene Ther. 2000. - Vol. 7. - No. 2. -P. 153-166.

185. Zhang J. H., Chung T. D., Oldenburg K. R. A Simple Statistical Parameter for Use in Evaluation and Validation of High Throughput Screening Assays. // J Biomol Screen. -1999.-Vol. 4.-No. 2.-P. 67-73.

186. Zhang Y., Jones C. The bovine herpesvirus 1 immediate-early protein (bICPO) associates with histone deacetylase 1 to activate transcription. // J Virol. 2001. - Vol. 75. - No. 20. -P. 9571-9578.

187. Zhang Y., Ng H. H., Erdjument-Bromage H., Tempst P., Bird A., Reinberg D. Analysis of the NuRD subunits reveals a histone deacetylase core complex and a connection with DNA methylation. // Genes Dev. 1999. - Vol. 13. - No. 15. - P. 1924-1935.

188. Zhu B., Zheng Y., Pham A. D., Mandai S. S., Erdjument-Bromage H., Tempst P., Reinberg D. Monoubiquitination of human histone H2B: the factors involved and their roles in HOX gene regulation. // Mol Cell. 2005. - Vol. 20. - No. 4. - P. 601-611.

189. Zilberman D., Cao X., Jacobsen S. E. ARGONAUTE4 control of locus-specific siRNA accumulation and DNA and histone methylation. // Science. 2003. - Vol. 299. - No. 5607. -P. 716-719.

Информация о работе

Полешко, Андрей Сергеевич
кандидата биологических наук
Новосибирск, 2008
ВАК 03.00.04

Диссертация

Изучение механизмов эпигенетической регуляции экспрессии генов на модели вируса саркомы птиц - тема диссертации по биологии, скачайте бесплатно

Автореферат

Похожие работы