Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему

Исследование изменчивости нуклеотидной последовательности функционально значимых районов генома вируса иммунодефицита человека первого типа

ВАК РФ 03.00.06, Вирусология

Содержание диссертации, кандидата биологических наук, Гашникова, Наталья Матвеевна

Список используемых сокращений.

Введение.

Глава 1. Обзор литературы.

1.1. Структура вириона ВИЧ-1.

1.2. Организация генома ВИЧ-1.

1.3. Особенности репродукции вируса.

1.4. Репликация ВИЧ-1.

1.5. Регуляция транскрипции ВИЧ-1. Строение функциональное значение LTR ВИЧ-1.

1.5.1. TAR-элемент ВИЧ-1.

1.5.2. Участок связываня Spl.

1.5.3. Участок связывания NF-кВ.,.

1.5.4. Участок связывания NF AT-1.

1.5.5. Другие регуляторные участки LTR.

1.6. Генетическая гетерогенность ВИЧ-1.

1.6.1 Вариабельность гена env ВИЧ-1. Субтипы вируса.

1.6.2. Особенности трансмиссии субтипов ВИЧ-1.

1.6.3. Эпидемия ВИЧ-1 в России. Распространение субтипов ВИЧ-1.?.

Введение Диссертация по биологии, на тему "Исследование изменчивости нуклеотидной последовательности функционально значимых районов генома вируса иммунодефицита человека первого типа"

Актуальность проблемы. Синдром приобретенного иммунодефицита (СПИД), вызываемый вирусом иммунодефицита человека (ВИЧ), стал известен 20 лет назад, и на сегодняшний день он является одним из наиболее серьезных инфекционных заболеваний. СПИД занимает четвертое место по количеству смертельных исходов в мире, а в Африке в настоящее время это основная причина смерти населения. По оценкам Всемирной Организации Здравоохранения за период до 2000 года от СПИДа умерло более 14,5 миллионов людей. Сегодня более 34 миллионов людей живет с диагнозом ВИЧ-инфекция или СПИД, 95% инфицированных выявлено в слаборазвитых странах, в основном в Африке (более 22 миллионов человек). Вирус иммунодефицита продолжает распространяться по всему миру, скорость распространения - более 16000 новых инфицированных каждый день. По данным Российского Федерального научно-методического Центра по профилактике и борьбе со СПИД в России на 01.03.2001 г. зарегистрировано 95642 ВИЧ-инфицированных, из них - 53467 человек инфицировано в течение 2000 г. Россия вступила в стадию концентрированной эпидемий ВИЧ-инфекции и вошла в пятерку территорий мира после Африки, Центральной, Юго-Восточной Азии, Индии и Китая по ежегодным темпам роста числа новых случаев ВИЧ-инфекции.

Учитывая стремительное развитие эпидемии СПИДа, очевидна актуальность изучения молекулярно-биологических характеристик изолятов ВИЧ-1, сбора и анализа данных по нуклеотидной структуре различных областей генома вариантов ВИЧ-1, исследования взаимосвязи структурно-функциональных особенностей ВИЧ с характеристиками ВИЧ-инфекции, а так же проведение молекулярно-эпидемиологических исследований для решения как фундаментальных, так и прикладных задач.

При анализе нуклеотидной последовательности генома ВИЧ внимание исследователей привлекают вариабельные области гена основного белка оболочки (env), особенно УЗ-область, кодирующая третий вариабельный домен, V3-петлю. УЗ-область является основным объектом вакцинных разработок, так как эта область представляет основной иммуногенный сайт, связывает изолят-специфические нейтрализующие антитела. Также показано, что V3 играет роль в определении тропизма, инфекционности вируса, вовлекается в формирование синцития, репликацию вируса [1-4]. Вариабельные области гена основного белка оболочки характеризуется высокой степенью изменчивости нуклеотидной и антигенной структуры, что в настоящее время является непреодолимым препятствием при разработке эффективных вакцинных препаратов.

Современные методы молекулярной биологии, базирующиеся на анализе нуклеотидных последовательностей генома, позволяют проводить прямой мониторинг генетической изменчивости ВИЧ в популяциях ВИЧ-инфицированных. Анализ нуклеотидных последовательностей ВИЧ-1, полученных из основных центров пандемии СПИДа показал, что можно идентифицировать по крайней мере 10 отличающихся друг от друга групп вирусных изолятов - субтипов ВИЧ-1 [5]. Для России многие вопросы, такие, как степень генетической вариабельности, частота представленности вариантов ВИЧ-1, их географическое и популяционное распределение остаются мало изученными. Кроме того, в настоящее время существует уникальная возможность исследования этих параметров параллельно с развитием эпидемии ВИЧ-1.

Большой интерес в изучении нуклеотидной структуры представляет также область длинных концевых повторов (LTR) генома ВИЧ-1, т.к. LTR является 11 ромоторно-энхаисерным районом вируса и состоит из множества функциональных элементов, осуществляющих базальную, а также позитивную и негативную регуляцию экспрессии вирусных генов. Без LTR невозможен не только синтез белков и образование вирионов, но и обратная транскрипция и интеграция провирусной ДНК в геном клетки [6-8]. Таким образом, LTR ВИЧ-1 - это последовательность, влияющая на все стадии жизненного цикла вируса. Поэтому от нуклеотидной структуры LTR во многом зависит течение инфекций, что можно определить по нарушениям в регуляторных областях ВИЧ-1.

В настоящее время биология вируса иммунодефицита человека изучена достаточно хорошо, тем не менее, до сих пор остаются открытые вопросы. Один из них - роль неинтегрированных кольцевых ДНК ВИЧ-1. Кольцевые неинтегрированные ДНК иногда представляют значительный пул интактных молекул генома вируса в инфицированной клетке и, по-видимому, могут играть важную роль в патогенезе ВИЧ-инфекции.

Цель и задачи исследования. Целью диссертационной работы было изучение генетического разнообразия вариантов ВИЧ-1, а также исследование накопления неинтегрированных кольцевых форм ДНК ВИЧ-1.

При этом решались следующие конкретные задачи:

1. Проведение молекулярно-биологической характеризации выделенного штамма ВИЧ-1.

2. Определение субтипов вариантов ВИЧ-1, циркулирующих в Новосибирской области с использованием метода анализа электрофоретической подвижности гетеродуплексов.

3. Определение нуклеотидной последовательности, проведение структурного и филогенетического анализа области гена основного белка оболочки (env) вариантов ВИЧ-1, имеющих наибольшее распространение в Новосибирском регионе.

4. Анализ естественной изменчивости длинных концевых повторов (LTR) генома ВИЧ-1.

5. Исследование особенностей накопления кольцевых форм провирусной ДНК ВИЧ-1 в клинических образцах и при экспериментальной ВИЧ-инфекции.

Научная новизна работы. Впервые проведено исследование генотипического разнообразия вариантов ВИЧ-1, циркулирующих в Новосибирской области. С использованием метода анализа подвижности гетеродуплексов выявлено пять различных субтипов ВИЧ-1 - А, В, С, D и G. Показано значительное преобладание распространения на данной территории вариантов ВИЧ-1, относящихся к субтипу А. Определена нуклеотидная последовательность гена env и проведена молекулярно-биологическая характеризация для наиболее распространенного варианта субтипа А ВИЧ-1. Показана генетическая близость вариантов ВИЧ-1, циркулирующих на территории Новосибирска, с изолятами, выделенными на территории Украины.

Впервые описан новый рекомбинантный вариант envB/envA ВИЧ-1 с участком рекомбинаций внутри консервативного района С2 гена env.

В работе при исследовании естественной изменчивости LTR выявлены ранее не описанные замены, делеции и инсерции в важных регуляторных областях генома ВИЧ-1. Обнаружена корреляция между изменениями нуклеотидной структуры в участках TAR, NF-кВ, области негативной регуляции транскрипции LTR ВИЧ-1 и течением инфекции.

Предложена схема определения кольцевых форм провирусной ДНК ВИЧ-1, содержащих 1-й 2-LTR. Определение кольцевых ДНК ВИЧ-1 в клинических образцах периферической крови показало, что 2-LTR ДНК, как правило, является минорной фракцией среди различных форм провирусной ДНК. Показана корреляция между увеличением количества 2-LTR ДНК ВИЧ-1 и развитием инфекционного процесса.

Основные положения, выносимые на защиту.

1. Определена нуклеотидная последовательность второго и третьего вариабельных районов гена env штамма ВИЧ-1/ГКВ4046, выделенного из крови ВИЧ-инфицированного пациента. Показано, что данный изолят отличается от ранее описанных штаммов, относится к субтипу В ВИЧ-1, является Т-лимфотропным и обладает высокими репликативными свойствами.

2. Исследовано генотипическое разнообразие вариантов ВИЧ-1, циркулирующих в Новосибирской области. Показано, что эпидемия ВИЧ-1 в данном регионе характеризуется закономерностями, общими для развития эпидемической ситуации в целом по России. На начальном этапе развития эпидемического процесса выявлено 5 различных субтипов ВИЧ-1 - А, В, С, D и G. Значительное преобладание распространения ВИЧ парентеральным путем, обусловленное проникновением вируса субтипа А в среду лиц, употребляющих наркотические вещества внутривенно, определило в последующем преимущественное значение в эпидемическом процессе этого субтипа ВИЧ-1.

3. Определена нуклеотидная последовательность V2-V5 области гена env для наиболее распространенного варианта субтипа А ВР1Ч-1. Показана генетическа близость данного варианта ВИЧ-1 с изолятами, циркулирующими на Украине. Анализ аминокислотной последовательности V3 петли выделенных вариантов ВИЧ-1 позволил отнести их к макрофаготропным "slow/low"- вариантам вирусов, характеризующимся низкой скоростью репликации.

4. Выделен и охарактеризован новый рекомбинантный вариант envB/envA ВИЧ-1 с участком рекомбинации внутри консервативного района С2 гена env. Установлено, что нуклеотидная последовательность 3' конца гена env относится к субтипу А ВИЧ-1 и объединяется с группой изолятов ВИЧ-1, выделенных на территории Украины, степень гомологии между изолятами достигает 97%. Последовательность 5' конца гена env относится к субтипу В и значительно отличается от нуклеотидных последовательностей вариантов, циркулирующих на территории России.

5. Определены нуклеотидные последовательности LTR 24 вариантов ВИЧ-1, выделенных непосредственно из периферической крови ВИЧ-инфицированных пациентов. Обнаружены ранее не описанные замены, делеции и инсерции в важных регуляторных областях генома ВИЧ-1. Для различных вариантов LTR степень гомологии составила от 95 до 99%. Замена G на А составляет 33% из всего разнообразия выявленных мутаций. Обнаружена корреляция между изменениями нуклеотидной структуры в участках TAR, NF-кВ и Sp-связывающих сайтах, области негативной регуляции транскрипции LTR ВИЧ-1 и течением инфекции.

6. Анализ накопления неинтегрированных кольцевых форм ДНК ВИЧ-1 показал, что в процессе репродукции ВИЧ происходит образование 1- и 2- LTR кольцевых форм провирусной ДНК как при острой инфекции перевиваемых клеточных линий, так и в хронически инфицированных клетках, причем культуры клеток, инфицированные штаммом ВИЧ-1, обеспечивающим продуктивную вирусную инфекцию, характеризуются более высоким содержанием 2-LTR кольцевых ДНК ВИЧ-1. Анализ содержания кольцевых ДНК ВИЧ-1 в клинических образцах выявил корреляцию между накоплением 2-LTR неинтегрированных ДНК ВИЧ-1 и развитием инфекционного процесса.

Практическая значимость работы. Охарактеризованный штамм ВИЧ-1/ГКВ4046 был использован для промышленного производства вирусного антигена для диагностических тест-систем.

Проведенные исследования позволили определить молекулярно-эпидемиологическую ситуацию по ВИЧ-инфекции на территории Новосибирской области. Результаты по генотипированию вариантов ВИЧ-1 дополняют результаты эпидемиологических расследований о путях заноса вируса на территорию Новосибирской области и позволяют прогнозировать дальнейшее развитие молекулярно-эпидемиологической ситуации в регионе.

Предложенный метод анализа накопления 2-LTR формы провирусной ДНК ВИЧ-1 может быть полезен при оценке влияния проводимой противовирусной терапии и при прогнозировании клинического результата.

Апробация работы. Материалы диссертации докладывались на 3-ей, б-ой, 7-ой, 9-ой Международных конференциях «СПИД, рак и родственные проблемы» (С-Петербург), на Научной конференции «Проблемы инфекционной патологии в регионах Сибири, Дальнего Востока и Крайнего Севера» (Новосибирск, 1998), а также были представлены на 9th International Conference on Antiviral Research (Япония, 1996), 4th и 5th Asia-Pacific Congress of Medical Virology (Сеул, Корея, 1997; Бали, Индонезия, 2000), Xth Symposium on HIV infection (Toulon, France, 1999), ISTC 2nd Expert Workshop (Bergendal, Sweden, 2001).

Основные результаты диссертационной работы опубликованы в 4 статьях, тезисах 12 докладов и одном патенте.

Личный вклад соискателя заключается в проведении основной части экспериментов - создании банка нуклеиновых кислот из клеток ВИЧ-инфицированных пациентов, создании библиотеки рекомбинантных плазмид, определение субтипов вариантов ВИЧ-1, определение нуклеотидной последовательности env и LTR-фрагментов, разработка метода и проведение анализа накопления в клетках различных форм ДНК ВИЧ-1.

Результаты по исследованию ВИЧ-инфицированных культур клеток получены в соавторстве и при непосредственной помощи сотрудников лаборатории Плясуновой О.А., Мамаевой О.А., Федюк Н.В., Власкиной В.В.

Автор благодарит за помощь при проведений структурного и филогенетического анализа экспериментальных данных Тотменина А.В., эпидемиологов центра СПИД Бочарова Е.Ф. и Топчина Ю.А. за помощь в сборе клинических образцов и предоставленную информацию по эпид. ситуации, а также Князеву Г.Ф. за помощь в оформлении работы.

13

Особую благодарность автор выражает Тузиковой В.А. за помощь при проведении всех экспериментальных работ.

Автор благодарит доктора медицинских наук, заведующего лабораторией ретровирусов Института молекулярной биологии ГНЦ ВБ "Вектор" Покровского А.Г. за научное руководство работой.

Заключение Диссертация по теме "Вирусология", Гашникова, Наталья Матвеевна

ВЫВОДЫ

1. Проведена молекулярно - биологическая характеризация изолята ВИЧ-1/ГКВ4046, выделенного из крови ВИЧ-инфицированного пациента. Установлено, что данный изолят отличается по нуклеотидной последовательности областей VI, V2 и V3 гена env от ранее описанных штаммов. Анализ аминокислотной последовательности V-3 петли показал, что ВИЧ-1/ГКВ4046 относится к субтипу В ВИЧ-1, является Т-лимфотропным, синцитийобразующим, rapid/high вариантом ВИЧ-1, обладающим высокими репликативными свойствами.

2. С использованием метода анализа электрофоретической подвижности гетеродуплексов впервые проведен анализ генотипического разнообразия вариантов ВИЧ-1, циркулирующих в Новосибирской области. Показано, что начальная стадия эпидемического процесса характеризовалась гетерогенной популяцией ВИЧ-1 - было выявлено 5 различных субтипов вируса - А, В, С, D и G, однако в последующем преобладающее распространение получил субтип А ВИЧ-1.

3. Определена нуклеотидная последовательность V2-V5 фрагмента области гена env ВИЧ-1 для наиболее распространенного варианта субтипа А ВИЧ-1. Филогенетический анализ показал генетическую близость вариантов ВИЧ-1, циркулирующих на территории Новосибирска, с изолятами вируса, выделенными на территории Украины. Анализ аминокислотной последовательности V3 петли исследованных вариантов вируса субтипа А показал, что они относятся к макрофаготропным "slow/low"- вариантам вирусов, характеризующимися низкой скоростью репликации.

4. Впервые выделен и охарактеризован новый рекомбинантный вариант envB/envA ВИЧ-1 с участком рекомбинации внутри консервативного района С2 гена env. Установлено, что нуклеотидная последовательность 3' конца гена env относится к субтипу А ВИЧ-1 и объединяется с группой изолятов вируса, выделенных на территории Украины. Степень гомологии

129 между изолятами достигает 97%. Последовательность 5' конца гена env относится к субтипу В и значительно отличается от нуклеотидных последовательностей вариантов, циркулирующих на территории России.

5. Анализ естественной изменчивости длинных концевых повторов ВИЧ-1 выявил ранее не описанные замены, делении и инсерции в важных регуляторных областях генома ВИЧ-1 (TAR, Spl, INR, NF-кВ, NRE). Показано, что в исследованных вариантах вируса регуляторная область LTR отличается большей вариабельностью по сравнению с последовательностью областей сердцевины промотора и трансактивирующим районом вируса. Выявлена корреляция между изменениями нуклеотидной последовательности области TAR ВИЧ-1 и течением инфекции.

6. Исследование накопления неинтегрированных кольцевых форм ДНК ВИЧ-1 показало, что в процессе репродукции ВИЧ происходит образование кольцевых форм провирусной ДНК, содержащих 1 - и 2- LTR как при острой инфекции перевиваемых клеточных линий, так и в хронически инфицированных клетках, причем культуры клеток, инфицированные штаммом ВИЧ-1, обеспечивающим продуктивную вирусную инфекцию, характеризуются более высоким содержанием 2-LTR кольцевых ДНК ВИЧ-1. Анализ содержания кольцевых ДНК ВИЧ-1 в клинических образцах выявил корреляцию между накоплением 2-LTR неинтегрированных ДНК ВИЧ-1 и развитием инфекционного процесса.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

Вариабельность нуклеотидной структуры вируса способствует быстрому возникновению изолятов, устойчивых к нейтрализующим антителам, цитотоксическим Т-лимфоцитам и противовирусным препаратам. Поэтому при выборе стратегии разработки эффективной борьбы против СПИДа (разработка различных вакцинных, противовирусных препаратов) необходимо учитывать высокую вариабельность вирусного генома. В настоящее время субтип В ВИЧ-1 является наиболее исследованным в качестве кандидата для производства вакцины. Однако изучение распространения ВИЧ-1 в мире показало, что существует специфика географического распределения субтипов ВИЧ-1.

Анализу распространения субтипов ВИЧ-1 в России и в регионах бывшего СССР посвящено несколько работ, однако все они касаются ситуации в центральных и западных областях страны. Представленный в данной работе молекулярно-эпидемиологический анализ распространения ВИЧ-инфекции, проведенный в динамике, показал, что эпидемия ВИЧ-1 в данном регионе характеризуется закономерностями, общими для развития ситуации в целом по России, На начальном этапе развития эпидемического процесса выявлено 5 различных субтипов ВИЧ-1 - А, В, С, D и G. Значительное преобладание распространения ВИЧ парентеральным путем, наблюдаемое в настоящее время, определило преимущественное значение в эпидемическом процессе субтипа А ВИЧ-1, циркулирующего в группе риска ВВН. Установленная генетическая близость иследованных нами вариантов с украинскими изолятами позволяет выдвинуть предположение о едином источнике происхождения вариантов ВИЧ-1, циркулирующих среди лиц с ВВН. Однако при выявленной гетерогенности вирусной популяции с одной стороны и регистрируемом значительном увеличении количества новых случаев ВИЧ-инфекции с конца 2000 г. в Новосибирске становится все более актуальным проведение мониторинга распространения субтипов вируса в различных группах риска.

Для определения субтипов ВИЧ используются ряд методов, однако наиболее приемлемым для массового скрининга является метод сравнительного анализа электрофоретической подвижности гетеродуплексов (НМА). На наш взгляд, необходимо обратить внимание на сложности, возникающие при определении генотипа ВИЧ-1 с помощью НМА. В настоящее время при определении субтипов ВИЧ-1 используется стандартный набор референс-штаммов. Изоляты ВИЧ-1, циркулирующие на нашей территории, отличаются по нуклеотидной структуре env от референс-штаммов, предлагаемых ВОЗ. Поэтому необходимо проводить работу по дополнению данного набора охарактеризованными изолятами, получающими наибольшее распространение в нашем регионе, а так же изолятами, характеризующимися значительными отличиями нуклеотидной структуры внутри отдельного субтипа. Наличие панели эпидемиологически\географически связанных референс-штаммов позволит значительно облегчить анализ распространения различных вариантов ВИЧ-1 на территории России.

Исследование естественной изменчивости LTR ВИЧ-1, проведенное в данной работе, свидетельствует о высоком уровне изменчивости последовательности регуляторной области вариантов ВИЧ. Степень изменчивости LTR определяется, по крайней мере, двумя различными факторами отбора - иммунным ответом хозяина и клеточным тропизмом, обеспечивающим высокую вариабельностьгенома и отбор по сохранению функциональной активности. Изучение закономерностей изменчивости вирусного генома и исследование структурно-функциональных взаимосвязей представляется актуальным и важным для решения фундаментальных проблем и задач практической медицины.

Полученные данные по содержанию различных форм провирусной ДНК демонстрируют успешное применение разработанных нами методов по анализу содержания различных форм ДНК ВИЧ-1 для исследования различных образцов - как лабораторных культур клеток, инфицированных вирусом, так и клинического материала, полученного от ВИЧ-инфицированных пациентов. Использование такого подхода позволяет получить полную характеристику исследуемых образцов по содержанию различных форм провирусной ДНК ВИЧ-1.

Так как иногда кольцевые неинтегрированные формы представляют значительную долю интактных молекул ДНК ВИЧ-1, использование ^охарактеризованных по уровню синтеза кольцевых неинтегрированных ДНК ВИЧ культур клеток может быть причиной расхождения экспериментальных данных по определению анти-ВИЧ активности ряда препаратов. Вероятно, необходима характеризация культур клеток и штаммов вируса, используемых для исследования противовирусных препаратов по данному признаку. При этом наиболее целесообразно использование для этих целей культур клеток, соответствующих по данному показателю клеткам, выделенным от ВИЧ-инфицированных пациентов.

Оценка содержания кольцевых форм провирусной ДНК у пациентов, проходящих курс лечения препаратами-ингибиторами вирусной обратной транскриптазы, позволит получить более подробную характеристику эффективности проводимой анти-ВИЧ терапии.

Дальнейшее исследование особенностей синтеза провирусной ДНК ВИЧ позволит уточнить механизм репродукции ВИЧ и определить функциональное значение кольцевых форм провирусной ДНК, образующихся в процессе вирусной репродукции.

Библиография Диссертация по биологии, кандидата биологических наук, Гашникова, Наталья Матвеевна, Кольцово

1. Javaherian K., Khiroya R., Quinlan C., Boyd J.G. and Hanham K.A. V-3 Mediated Heparin Neutralization of HIV Type 1 // AIDS Research and Human Retroviruses. -1994. -Vol.10. -№11. P.1421-1425.

2. Cheingsong-Popov R., Lister S,, Callow D., Kaleebu P., Beddows S. And Weber J. Serotyping HIV Type 1 by Antibody Binding to the V3 Loop: Relationship to Viral Genotype // AIDS Research and Human Retroviruses. -1994. -Vol.10. -№11. P.1379-1387.

3. Farnet Ch., Haseltine W.A. Integration of humah immunodeficiency virus type 1 DNA in vitro // Proc. Natl. Sci. USA. -1990. -Vol.81. -№6. -P.4164-4168.

4. Gaynor R. // AIDS. -1992. -V.6. -P. 347-363.

5. Sodroski J., Rosen C., Wong-Staal F., Salahuddin S.Z., Popovic M., Arya S„ Gallo R.C., Haseltine W.A. // Science. 1985. V. 227. P. 171-173.

6. Хаитов P.M., Игнатьева Г.А. СПИД // M.: «Медицина». -1992.

7. Хазелтайн У.А., Вонг-Стааль Ф. Молекулярная биология вируса СПИДа // В мире науки. -1988. -№.10. -С.20-29.

8. Gelderbom H.R., Ozel М., Hausmann E.H.S., Winkel Т., Pauli G. and Koch M.A. Fine Strukture of Human Immunodeficiency Virus (HIV), Immunolocalization of Structural Proteins and VirusCell relation // Micron Microsc. 1988,- Vol.19 - p.41-60.

9. Gelderbom H.R., Ozel M. and Pauli G. Morphogennesis and Morphology of HIV. Structure-Function relation // Arch. Virol. 1989. -Vol.106. -P.l-13.

10. Artur L.O., Bess J.W., Sowder R.S. et al. Cellular proteins bound to immunodeficiency viruses: Implications for pathogenesis and vaccines // Science 1992,- Vol.258. P.1935-1938.

11. Orentas R.J., Hildreth J.E.K. Association of host cell surfase adhesion receptors and other membrane proteins with HIV and SIV // AIDS Research and Human Retroviruses. -1993. -Vol.9. P.l 157-1165.

12. Oroszlan S. And Lufting R.B. Retroviral proteinases // Curr.Top.Microbiol.Immunol. 1990. Vol.157. -P. 153-185.

13. Kraiselburd E.N. Biology of HIV Replication // Pediatric AIDS -1995.-Vol.15. №2. P. 1810-191.

14. Levy J.A. Pathogenesis of Human Immunodeficiency Virus Infection //Microbiological Reviews. -1993. -№11. -P.183-289.

15. Caputo A. et al. The tat gene and protein of the Human Immunodeficiency Virus Type 1 //Microbiologica. -1995. -Vol.18. -P.87-110.

16. Chang L.J., Zhang C. Infection and replication of Tat" HIV: genetic analyses of LTR and tat mutations in primary and long-term human lymphoid cells// Virology. -1995. -Vol.211. -P. 157-169.

17. Howcroft Т.К. et al. HIV Tat represses transcription through Spl-like elements in the basal promoter // Immunity. -1995. -Vol.3. -P.127-138.

18. Li C.J., Friedman D.J., Wang C., Metelev V., Pardee A.V. Induction of apoptosis in uninfected lymphocytes by HIV-1 Tat protein // Science. -1995. -Vol.268. -P.429-431.

19. Maldarelli F. et al. Rapid induction of apoptosis by cell-to-cell transmission of Human Immunodeficiency Virus Type 1 // Journal of Virology. -1995. -Vol.69. №10. -P.6457-6465.

20. Okuda K. et al. Induction of potent Humoral and Cell-mediated Immune responses following direct injection: of DNA encoding the Human Immunodeficiency Virus Type 1 env and rev gene products // AIDS Research and Human Retroviruses. -1995. -Vol.11. -№8.

21. Huang Y. et al. Biological Characterization of nef in Long Term Survivors of Human Immunodeficiency Virus Type 1 Infection // Journal of Virology. -1995. -Vol.69. -№12. -P.8142-8146.

22. Emerman M. and Malim M.H. HIV-l Regulatory/Accessory Genes: Keys to Unraveling Viral and Host cell Biology // Science. -1998. -Vol.280. -P.1880-1884.

23. Farnet Ch., Haseltine W.A. Integration of humah immunodeficiency virus type 1 DNA in vitro // Proc. Natl. Sci. USA. -1990. -Vol.81. -№6. -P.4164-4168.

24. Schubert U. et al. // J.Virol. -1998. Vol.72. -P.2280.

25. Margottin F. et al. // Mol.Cell. 1998. -Vol.1 -P.565.

26. FotiM. et al. // J.cell Biol. 1997. -Vol.139. P.37.

27. Michael N.L. et al. // Functional Characterization of Human Immunodeficiency Virus Type 1 nef Genes in Patients with Divergent Rates of Desease Progression // Journal of Virology. -1995. -Vol.69. -№11. -P.6758-6769.

28. Хазелтайн У.А., Вонг-Стааль Ф. Молекулярная биология вируса СПИДа // В мире науки. -1988. -№12. -С.20-29.

29. Alkhatib G., Combadiere C., Broder C.C. et al. // Science. -1996. -Vol.272. -P.1955-1958.

30. Deng H., Lin R., Ellmeier W. Et. al. // Nature. -1996. Vol.381. -P.661 -667.

31. Doranz B.J., Rucker J., Yi Y. et al. // Cell. -1996. -Vol.85. -P.1149-1158.

32. Dragic Т., Litvin V., Allaway G.P. et al. // Nature. -1996. -Vol.381. -P.667-673.

33. Feng Y., Broder C.C., Kennedy P.E. et al. // Science. 1996. -Vol.272. -P.872-877.

34. Samson M., Libert F., Doranz B.J. et al. // Nature. 1996. -Vol.382. -P.722-725.

35. Paxton W.A., Martin S.R., Tse D. // Nature Med. 1996. -Vol.2. -P.412-417.

36. Ferris A.L., Hizi A., Showalter S.D., Pichoantes S., Babe L., Craik C.S., Hughes S.M. Immunologic and proteolytic analysis of HIV 1 reverse transcriptase structure // Virology. -1990. -Vol.175. -P.456-464.

37. Larder В., Purifoy D., Powell K., Darby G. AIDS virus reverse transcriptase defined by high level expression in Escherichia coli // EMBO Journal. 1987 -Vol.6. -P.3133-3137.

38. Barat С., Legrice S.F.J., Darlix J.L. Interaction of HIV 1 reverse transcriptase with a syntetic form of its replication primer, tRNAlls3 // Nucleic Acids Research. -1991. -Vol.19. -P.751-756.

39. Weiss R., Teich N., Varmus H., Coffin J. RNA Tumor Viruses // New York: Cold Spring Harbor Laboratory. -1985.

40. Haseltine W.A., Kleid D.G., Panet A., Rothenberg E. and Baltimore D. Ordered transcription of RNA tumor virus genomes // J.Mol.Biol. 1976. -Vol.26. -P.4298-4032.

41. Luo G. and Taylor J. Ttemplate switching by reverse transcriptase during DNA sinthesis // J.Virol. 1990. -Vol.64. -P.4321-4328.

42. Omer C.A., Resnick R. and Faras A.J. Evidence for involvement of RNA primer in initiation of strong-stop plus DNA synthesis during reverse transcriptase in vitro // J.Virol. 1984. -Vol.50. -P.465-470.

43. Stevenson M., Haggerty S., Lamonica C., Mann A.M., Meier C. And Wasiak A. // J.Virol. 1990. -Vol.64. -P.3792-3803.

44. Farnet Ch., Haseltine W.A. Circulisation of humah immunodeficiency virus type 1 DNA in vitro // Journal of Virology. -1991. -Vol.65. -P.6942-6952.

45. Pauza C.D. et al. 2-LTR cicular viral DNA as a marker for human immunodeficiency virus type 1 infection in vitro // Virology. -1994. -Vol.205. -P.470-478.

46. Bukrinsky M., Sharova N., Stevenson M. Human Immunodeficiency Virus Type 1 2-LTR circles reside in a nucleoprotein complex which is different from the preintegration complex // Journal of Virology. -1993. -Vol.11. -P.6863-6865.

47. Pauza C.D., Singh M.K. Extrachromosomal human immunodeficiency virus type 1 DNA in persistently infected U937 cells // AIDS Res. Hum. retroviruses. -1990. -Vol.6. -P.1027-1030.

48. Pang S., Koyanagi Y„ Miles S., Wiley S., Vinters H.V., Chen I.S.Y. High levels of unintegrated HIV-l DNA in brain tissue of AIDS dementia patients //Nature. -1990. -Vol.343. -P.85-89.

49. Pauza C.D., Singh M.K. // AIDS Res.Hum.Retrovirus. 1990. -Vol.6. -P.1021-1030.

50. Stevenson M., Huggerty Sh. et al. Integration is not necessary for expression of Human Immunodeficiency Virus Type 1 protein products // Journal of Virology. -1990. -Vol.5. -P.2421-2425.

51. Kitamura K„ Zaki S.R., Greer P.W., Sinha S.D. and Folks T.M. Tumor necrosis factor-alpha induces circular forms of HIV-l DNA in the persistently infected low-level expressing cell line, ACH-2 // Virus Research. -1993. -Vol. 27. -P.113-118.

52. Cara A., Cereseto A., Lori F., Reitz MS J.//J.Biol.Chem. 1996. V. 271. Pt. 10. P. 5393-5397.

53. Bukrinsky M., Sharova N., Stevenson M. Human Immunodeficiency Virus Type 1 2-LTR circles reside in a nucleoprotein complex which is different from the preintegration complex // Journal of Virology. -1993. -Vol.11. -P.6863-6865.

54. Brown P.O., Bowerman В., Varmus H.E., Bishop J.M. Retroviral integration: structure of the initial covalent product and its precursor, and a role for the IN protein // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1989. - -Vol.86. -P.2525-2529.

55. Brown P.O. Integration of retroviral DNA // Curr. Top. Microbiol. Immunol. 1990. -Vol.157. -P.19-47.

56. Kulkosky J., Katz R.A., Skalka A.M. Terminal nucleotides of preintegrative linear form of HIV-l DNA deduced from the sequence of circular DNA janctions // J. Acquir. Immune Defic. Syndr. 1990. -Vol.3. -P.852-858.

57. Stevenson M., Huggerty Sh. et al. Integration is not necessary for expression of Human Immunodeficiency Virus Type 1 protein products // Journal of Virology. -1990. -Vol.5. -P.2421-2425.

58. Arts E.J. DNA found in Human Immunodeficiency Virus Type 1 particles may not be required for infectivity // Journal of general virology. -1994. -Vol.75. -P.1605-1613.

59. Wliitcomb J.M., Kumar R., Hughes S.H. Sequence of the circle junction of human immunodeficiency virus type 1: implications for reverse transcription and integration // Journal of virology. -1990. -Oct. -Vol.64. -№10. -P.4903-4906.

60. Bednarik D.P., Folks T.M. Mechanism of HIV latency // AIDS. -1992. -Vol.6. -P.3-16.

61. Vaishnav Y.N., Wong-Staal F. The biochemistry of AIDS // Ann. Rev. Biochem. 1991. -Vol.60. -P.557-630.

62. Barksdale S.K., Baker C.C. The Human Immunonodeficiency Virus Type 1 Rev protein and the Rev-Response Element Counteract the Effect of an Inhibitory 5' Splice Site in a 3' Untranslated Region // Molecular & Cellular Biology. -1995. -№.6. -P.296-297.

63. Moses A.V. et al. Differential role of LTR control elements for the regulation of basal and Tat-mediated transcription of the HIV in stimulated and unstimulated primary human macrophags // Journal of virology. -1994. -Vol.68. -P.298-307.

64. Pizzela Т., Banerjee R. Identification of a Human Immunodeficiency Vims Type 1 TAR Binding Protein in Human Hepatoblastoma HepG2 Cells That Trans-Activates HIV-l LTR-Directed Gene Expression // DNA & Cell Biology. -1994. -Vol.13. -№1. -P.67-74.

65. Garcia-Martinez L.F. et al. // EMBO J. 1997. -Vol.16. -P.2835.

66. Cujec T.P. et al. // Genes Dev. 1997. -Vol.ll. -P.2645.

67. Sune C. Et al. // Mol. Cell Biol. 1997. -Vol.17. -P.6029.

68. Harrich D., Ulich C., Gaynor R.B. A critical role for the TAR element in promoting efficient Human Immunodeficiency Virus Type 1 Reverse transcription // Journal of Virology. -1996. -Vol.6. -P.4017-4027.

69. Joel P., Shao W., Pratt K. A nuclear protein with enhanced binding to methylated Spl sites in the AIDS virus promoter // Nucleic Acid Research. -1993.-Vol.21. -P.5786-5793.

70. Jeang K.T. et al. In vitro and in vivo binding of human immunodeficiency vims type 1 Tat protein and Spl transcription factor // Journal of Virology. -1993. -Vol.67. -P.6224-6233.

71. Howcroft Т.К. et al. HIV Tat represses transcription through Spl -like elements in the basal promoter // Immunity. -1995. -Vol.3. -P.127-138.

72. Sune C., Garcia-Blanco M.A. Spl transcription factor is required for in vitro basal and Tat-activated transcription from the Human Immunodeficiency Vims Type 1 Long Terminal Repeats // Journal of Virology. -1995. -Vol.10. -P.6572-6576.

73. Biswas D.K., Salas T.R., Wang F., Ahlers Ch., Desube B.J., Pardee A.B. A Tat-induced Auto-up-regulatory loop for superactivation of the Human Immunodeficiency Vims Type 1 promoter // Journal of Virology. -1995. -Vol.69. -№.12. -P.7437-7444.

74. Buonaguro L., Barillari G. Effects of the Human Immunodeficiency Virus Type 1 Tat protein on the expression of inflammatory cytokines // Journal of Virology. -1992. -Vol.66. -P.7159-7167.

75. Rittner К. et al. The Human Immunodeficiency Virus Type 1 Long Terminal Repeats Includes a Specialised Initiator Element which is required for Tat-Response Transcription//!. Mol. Biology. -1995. -Vol.248. -P.562-580.

76. Roebuck K.A. and Saifuddin M. Regulation of HIV-1 Transcription // Gene Expression. 1999. -V.8 -P.67-84.

77. Piret В., Legrand-Poels S., Sappey C., Piette J. NF-kB transkription factor and Human Immunodeficiency Virus Type 1 (HIV-1) activation by methylene blue photosensitization // Eur. J. Biochemistry. -1995. -Vol.228. -P.447-455.

78. Skalka A.M. Retroviral DNA integration: lessons for transposon shuffling// Gene. -1993. -Vol.135. -P.175-182.

79. Cullen B.R. Mechanism of Action of Regulatory Proteins Encoded by Complex Retroviruses // Microbiological Reviews. -1992. -№9. -P.375-394.

80. Buonaguro L., Barillari G. Effects of the Human Immunodeficiency Virus Type 1 Tat protein on the expression of inflammatory cytokines // Journal of Virology. -1992. -Vol.66. -P.7159-7167.

81. Biswas D.K., Salas T.R., Wang F., Ahlers Ch., Desube B.J., Pardee A.B. A Tat-induced Auto-up-regulatory loop for superactivation of the Human Immunodeficiency Virus Type 1 promoter // Journal of Virology. -1995. -Vol.69. -№.12. -P.7437-7444.

82. Barker E., Mackewicz C.E., Levy J.A. Effects of TH1 and TH2 cytokines on CD8+ cells response against human immunodeficiency virus: implications for long-term survival // Proc. Natl. Acad. Sci. USA, Immunology. -1995. -Vol.92. -P.11135-11139.

83. Rahman A., Esmaili A., Saatcioglu F. A unique thyroid hormone response element in the Human Immunodeficiency Virus Type 1 Long Terminal Repeats that overlaps the Spl binding sites // The Journal of Biological Chemistry. -1995.

84. Lu X., Welsh Т., Peterlin B. The Human bnmunodeficiency Virus Type 1 Long Terminal Repeats Specifies Two Different Transcription Complexes, only one of which is regulated by Tat // Journal of Virology. -1993. -Vol.67. -№4. -P.1750-1760.

85. Seeler J.C., Muchard C., Suessle A., Gaynor R.B. Transcription factor PRDII-BF1 activates Human Immunodeficiency Virus Type 1 gene expression //Journal of Virology. -1994. -Vol.2. -P.1002-1009.

86. Kraiselburd E.N. Biology of HIV replication // Pediatric AIDS. -1995. -May. -Vol.15. -№2. -P.181-191.

87. Korber В., Theiler J., Wolslcy S. Limitations of a Molecular Clock Applied to Considerations of the Origin of HIV-1 // Science. 1998. -V280. -P.1868-1871.

88. Gao F., Robertson D.L., Carruthers C.D. et al. A Comprehensive Panel of Near-Full-Length Clones and Reference Sequences for Non-Subtype В Isolates of Human Immunodeficiency Virus Type 1 //J. Virol. -1998. -Vol.72.№7. -P.5680-5698.

89. Deacon N.J. et al. Genomic Structure of an Attenuated Quasispecies of HIV-1 from a Blood Transfusion Donor and Recipients // Science. -1995. -Vol.270. -№11. -P.988-991.

90. Ait-Khaled H., McLaughlin J.E., Jonson M.A., Emery V.C. Distinct HIV-1 Long Terminal Repeats Quasispecies present in nervous tissues compared to that in lung, blood and lymphoid tissues of an AIDS patient // AIDS. -1995. -Vol.9. -P.675-683.

91. McNearny T. et al. Nef and LTR Sequence Variation from Sequentially Derived Human Immunodeficiency Virus Type 1 Isolates // Virology. -1995. -Vol.208. -P.388-398.

92. Хесин P.M. Нестабильность генома // Москва. -1980.

93. Li Y., Luo L.Z., Rasool N., Kang C.Y. Glicosilation is necessary for the correct folding of human immunodeficiencyvirus gpl20 in CD4 binding // J.Virol. 1993. -V.67. -P.584-588.

94. Modrow S., Halm B.H., Show G.M. et al. Computer-assisted analysis of envelope protein sequences of sevenHIV isolates: prediction of antigenic epitopes in conserved and variable regions // J. Virol. 1987. -V.61. -P.570-578.

95. Cheingsong-Popov R., Lister S., Callow D., Kaleebu P., Beddows S. And Weber J. Serotyping HIV Type 1 by Antibody Binding to the V3 Loop: Relationship to Viral Genotype // AIDS Research and Human Retroviruses. -1994. -Vol.10. -№11. P.1379-1387.

96. Hwang S.S., Boyle Т.J., Lierly H.K., Cullen B.R. Identification of the envelope V3 loop as the primary determinant of cell tropism in HIV // Science. 1991. -V.253. -P.71-74.

97. Wang C.Y., Looney D.J., Li M.L., Walfield A.M., Ye J., Hosein В., Tam J.P., Wong-Staal F. Long term neutralizing activity induced by octameric synthetic HIV-l antigen//Nature. 1991. -V.203. -P.221-231.

98. Fenouillet E. and Jones I.M. The glycosylation of human immunodeficiency virus type 1 transmembrane glycoprotein (gp41) is important for the efficient intracellulartransport of the envelope precursor gpl60 // J.Gene.Virol. 1995. -V.76. -p.1509-1514.

99. Gao F., Morriison S.G., Robertson D.L. Molecular Cloning and Analysis of Functional Envelope Genes from Human Immunodeficiency Virus Type 1 Sequence Subtypes A through G // J. Virol. -1996. -Vol.70. -P. 16511667.

100. Sharp P.M., Bailes E., Robertson D.L., Gao F. and Halm B.H. Origins and evolution of AIDS viruses //Biol. Bull. -1996. -June. -Vol.196. -P.338-342.

101. Delwart E.L., Shpaer E.G., Louwagie J. et al. Genetic Relationships Determined by a DNA Heteroduplex Mobility Assay: Analysis of HIV-1 env Genes// Science. -1993. -Vol.262. -P.1257-1261.

102. Gilljam G., Svensson A., Ekstrom A., Wahren B. Immunological responses to envelope glycoprotein 120 from subtypes of human immunodeficiency virus type 1 // AIDS Res. Hum. Retrovituses. -1999. -July. -Vol.15. -№10. -P.899-907.

103. Korber В., Theiler J., Wolinsky S. Limitations of a molecular clock applied to considerations of the origin of HIV-1 // Science. -1998. -June. -Vol.280. -P.1868-1871.

104. Wain-Hobson S. More ado about HIV's origins // Nature Medicine. -1998. -Sept. -Vol.4. -№9. -P.1001-1002.

105. Deutschlander M.E., Borland S.C., Phillips J.B. Dating the origin of HIV-1 subtypes //Nature. -1999. -July. -Vol.400. -P.335-336.

106. Entz A.T., Ruffolo V.P., Chinveschakitvanich V., Soskolne V., Van Griensven G.J. HIV-1 prevalence, HIV-1 subtypes and risk factors among fisherman in the Gulf of Thailand and the Andman Sea // AIDS. -2000. -May. -Vol.14. -№8. -P.1027-1034.

107. Essex M. Human immunodeficiency viruses in the developing world // Adv. Virus Res. -1999. -Vol.53. -P.71-88.

108. Bikandou В., Takehisa J., Mboudjeka I., Ido E., Kuwata Т., Miyazaki Y., Moriyama H., Harada Y., Taniguchi Y., Ichimura H., Ikeda M., Ndolo P.J., Nzoukoudi M.Y., M'Vouenze R., M'Pandi M., Parra H.J., M'Pele P., Hayami

109. M. Genetic subtypes of ШУ type 1 in Republic of Congo // AIDS Res. Hum. Retroviruses. -2000. -May. -Vol.16. -№7. -P.613-619.

110. Naghavi M.H., Schwartz S., Sonnerborg A., Vahlne A. Long terminal repeat promoter/enhancer activity of different subtypes of HIV type 1 // AIDS Res. Hum. Retroviruses. -1999. -Sep. -Vol.15. -№14. -P.1293-1303.

111. Hussein M., Abebe A., Pollakis G., Brouwer M., Petros В., Fontanet A.L., de Wit T.F. HIV-1 subtype С in commercial sex workers in Addis Ababa,

112. Ethiopia // J. Acquir. Immune Defic. Syndr. -2000. -Feb. -Vol.23. -№2. -P. 120127.

113. Chijiwa K,. Ishibashi Т., Kashiwagi S., Mori R. The distribution of HIV-l subtypes inFukuoka, Japan//Microbiol. Immunol. -1999. -Vol.43. -№3. -P.271-278.

114. Cornelissen M., van Den Burg R., Zorgdrager F., Goudsmit J. Spread of distinct human immunodeficiency virus type 1 AG recombinant lineages in Africa//J. Gen. Virol. -2000. -Feb. -Vol.81. -№2. -P.515-523.

115. Mochizuki N., Otsuka N., Matsuo K., Shiino Т., Kojima A., Kurata Т., Sakai K., Yamamoto N., Isomura S., Dhole T.N., Takebe Y., Matsuda M., Tatsumi M. An infectious DNA clone of HIV type 1 subtype С // AIDS Res.

116. Hum. Retroviruses. -1999. -Sep. -Vol.15. -№14. -P. 1321-1324.

117. Материалы Российского Федерального научно-методического центра по профилактике и борьбе со СПИД.

118. Покровский В.В., Ерамова И.Ю., Липетникова В.В., и др. // Вопр. Вирусол. -1990. -№4. -С.17-23.

119. Покровский В.В., Бобков А.Ф., Ладная Н.Н., и др. // Эпидемиол. и инфекц. бол. -1996. -№1. -С.30-34.

120. Ладная Н.Н., Покровский В.В., Бобков А.Ф. и др. Распространение субтипов ВИЧ-1 в России // Эпидемиология и инфекционные болезни. -1998. -№5. -С. 19-23.

121. Bobkov A., Cheingsong-Popov R., Selimova L. et al. Genetic Heterogeneity of HIV Type 1 in Russia: Identification of H Variants and Relationship with Epidemiological Data // AIDS Res. Hum. Retrovir. -1996. -Vol.12. -№18. -P.1687-1691.

122. Материалы Российского Федерального научно-методического центра по профилактике и борьбе со СПИД. -1999.

123. Материалы Российского Федерального научно-методического центра по профилактике и борьбе со СПИД. -2000.

124. Материалы Сибирского Окружного Центра МЗ РФ. -2000.

125. Ахтырская Н.А., Сизова Н.В., Рахманова А.Г., Степанова Г.С. Эпидемиология ВИЧ-инфекции в Санкт-Петербурге // Русский журнал ВИЧ/СПИД и родственные проблемы. -1998. -Т.2. -№2. -С.36.

126. Rychlik W., Rhoads R.E. // Nucl. Acids Res. 1989. - Vol. 17. -P. 8543

127. Yanisch-Perron C., Vieira J., Messing J. // Gene. 1985. V. 33. -P. 103-119.

128. Maniatis Т., Frisch E.F., Sambrook J. Molecular Cloning: A Laboratory Manual // Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, NY. -1982.

129. Sanger F., Nicklen S., Coulson A.R. DNA sequencing with chain-terminating ingibitors//Proc.Nat.Acad.Sci.USA. 1977. -V.74. -P5463-5467.

130. Higgins D.G. and Sharp P.M. // Gene. 1988. V. 73. P. 237-244.

131. Felsenstein J. PHYLIP-Phylogenetic package // Cladistics. 1989. -V.5. -P.164-166.

132. Maynard S.J. Analyzing the mosaic structure of genes // J.Mol.Evol. -1992. -V.34. -P.126-129.

133. Yamaguchi-Kabata Y., Gojobori T. Reevalution of amino acid variability of the human immunodeficiency virus type 1 gpl20 envelope glycoprotein and prediction of new discontinuous epitopes // J.Virol. -2000. -May. -Vol.74. -№9. -P.4335-4350.

134. Anand R. et al. // Virol. 1989. -VI68. -P.79.

135. Popovic M., Read-Connol E. and Gallo R.C. // Lancet.ii 1984. -P.1472.

136. Cheng-Mayer C. and Levy J.A. // Ann.Neurol. 1988. -V.23. -S58.

137. Смольская T.T., Лиитсола К., Салминен М. и др. Рекомбинантный штамм ВИЧ-1, вызвавший эпидемию в Калининграде // Русский журнал ВИЧ/С1ШД и родственные проблемы. -1998. -Т.2. -№2. -С.39.

138. Maynard S.J. Analyzing the mosaic structure of genes // J.Mol.Evol. -1992. -V.34. -P.126-129.

139. Thompson J.D., Higgins D.G. and Gibson T.J. Improving the sensitivity of progressive multiplesequence aliignment tlirought sequence weighting, position-specific gap penalties and weight matrix choice // Nucleic.Acids.Res. 1994. -V22. -P.4673-4680.

140. Kuwata Т., Miyazaki Y., Igarashi T. et al. The rapid spread of recombinants during a natural in vitro infection with two human immunodeficiency virustype lstrane//J.Virol. 1997. -V. -71. -P.7088-7091.

141. Van der Groen G., Nyambi P.N., Beirnaert E., et al. Genetic variation of HIV type 1: relevance of interclade variation to vaccine development // AIDS Res.Hum.Retroviruses. -1998. -Vol.14. -Suppl.3. -S.211-21.

142. Shankarappa R., Margolick J.B., Gange S.J., Rodrigo A.G., Upchurch

143. Li Y., Luo L, Thomas D.Y., Yong Kang C. The HIV-1 env protein signal sequence retards its cleavage and down-regulates the glycoprotein folding// Virology. -2000. -Vol.272. -P.417-428.

144. Gyanor R.// AIDS. 1992. V. 6. P. 347-363; Delassus S., Cheymer R„ Wain-Hobson S. Evolution of Human Immunodeficiency Virus Type 1 nef and LTR Sequenses over 4 Year in vitro and in vivo // Journal of Virology. -1991. -Vol.65. -№6.-P.225-231.

145. ZukerM., Stiegler P.//Nucleic Asids Res. 1981. V.9.P. 133-148.

146. Montano M.A., Nixon Ch.P., Essex M. Dysregulation through the NF-kB enhancer and TATA box of the human immunodeficiency virus type 1 subtype E promoter // Journal of virology. -1998. -Oct. -Vol.72. -№10. -P.8446-8452.

147. Sanchez G., Xu X., Chermann J.C. and Hirch I. // J. Virol. 1997. V. 71. P. 2233-2240.

148. Плясунова O.A., Егоричева И.Н., Федюк H.B. и др.//Вопросы вирусологии. 1992. №5-6. с. 235-238.