Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему

Характеристика первичной структуры дивергентной области максикольцевой кинетопластной ДНК низших трипаносоматид Leptomonas seymouri и Leptomonas collosoma

ВАК РФ 03.00.03, Молекулярная биология

Автореферат диссертации по теме "Характеристика первичной структуры дивергентной области максикольцевой кинетопластной ДНК низших трипаносоматид Leptomonas seymouri и Leptomonas collosoma"

На правах рукописи

ГоЦян

Характеристика первичной структуры дивергентной области максикольцевой кинетопластной ДНК низших трипаносоматид ЬерЮтопаэ хеутоиг/ и Ъе^отопаъ соПозота

03.00.03 - Молекулярная биология

автореферат диссертации на соискание ученой степени кандидата биологических наук

Москва 2005

Г9

Работа выполнена на кафедре молекулярной биологии Биологического факультета Московского Государственного Университета им М.В.Ломоносова

НАУЧНЫЙ РУКОВОДИТЕЛЬ:

Доктор биологических наук, профессор Колесников Александр Александрович

Институт Биоорганической химии РАН им М.М Шемякина и Ю.А Овчинникова

Защн! а состоится ■/О ноября 2005 г. в jC 1.на часедании Диссертационного Совета Д 50) 001 76 при Московском государственном университете им М В Ломоносова по адресу 119992, Москва, Ленинские Горы, МГУ, НИИ физико-химической биологии им А.Н.Белозерского

С диссертацией можно ознакомиться в библиотеке Биологического факультета МГУ им М ВЛомоносова

Автореферат разослан "Ф' Q£74.GpJt 2005 г. Ученый секретарь

ОФИЦИАЛЬНЫЕ ОППОНЕНТЫ:

Доктор биологических наук, профессор Сулимова Галина Ефимовна Кандидат биологических наук, Кульбачинский Андрей Владимирович

ВЕДУЩАЯ ОРГАНИЗАЦИЯ:

Диссертационного Совета доктор биологических наук

Н.О.Калинина

JJZ ¿/OVO

ОБШАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА РАБОТЫ

Актуальность проблемы:

Изучение паразитических простейших, относящихся к семейству Trypanosomatidae, помимо фундаментального интереса имеет и социальную значимость. Так, эти организмы являются возбудителями тяжелых заболеваний человека (трипаносомозов и лейтманиозов), животных и растений Поэтому исследование фундаментальных молекулярно-биологических, биохимических и паразигологических аспектов жизнедеятельности трипаносоматид, а также их филогении, имеет большое значение.

Более чем 30-ти летние экспериментальные молекулярные исследования кинетопластной ДНК (кпДНК) позволили сформулировать основные принципы её организации, понять многие аспекты её функциональной нагрузки в клетке, выявить ряд уникальных по сложности биологических процессов, таких как репликация многокомпонентной катенированной системы кольцевых молекул и феномен редактирования РНК. Вместе с тем, остается очень много до конца невыясненных вопросов Например: Чем определяется столь необычно большое количество кпДНК в клетке? Несут ли миникольцевые молекулы ещё какую-либо функциональную нагрузку, кроме кодирования молекул гидовых РНК, необходимых для процесса редактирования РНК? Какова степень полиморфности индивидуальных компонентов ассоциата кинетопластной ДНК? Какие гены (или иные участки кпДНК) могут быть использованы для оценки произошедших эволюционных событий и какова степень и специфичность дивергирования (т .е. эволюции) индивидуальных генов как на уровне вида, так и в пределах семейства, отряда? Каковы общие черты организации дивергентной области (ДО) кпДНК. К сожалению, многие из этих вопросов (сформулированных ещё 15-20 лет назад) до сих пор остаются без ответа.

ДО кпДНК мало изучена. Сейчас известна первичная структура ДО кпДНК только для Crithidia oncopelti, Trypanosoma brucei, и частично, для Leishmania tarentolae. Анализ первичной структуры кп71НК - пепвый шаг на пути

всесторонего исследования кпДНК. В данной работе мы выбрали ¿ер/отопа.^ зеутоип и Ьер/отопах соНохота для изучения ДО максикольцевой кпДНК.

Цель работы:

Целью настоящей работы являлось ответить на вопрос имеются ли закономерности в организации ДО кпДНК у низших трипаносоматид.

Экспериментальные задачи:

1) Построить рестрикционную карту максикольцевой кпДНК.

2) Получить рекомбинантные плазмиды, содержащие участки ДО максикольцевой кпДНК.

3) Установить первичную структуру учас1ков ДО максикольцеой кпДНК.

4) Провести сравнительный анализ первичной структуры ДО максикольцевой кпДНК

Научная новизна:

1) Построены подробные рестрикционные карты максикольцевой кпДНК и установлены последовательности нуклеотидов протяженных участков дивергентной области максикольцевой кпДНК для ЬерГотопая 5еутоип и ¿ер1отопах соПозота.

2) Показано, что сходство организации дивергентной области максикольцевой кпДНК между разными видами трипаносоматид отражает эволюционные взаимоотношения, хотя их последовательности нуклеотидов не имеют гомологии.

3) Гетерогепость дивергентной области максикольцевой кпДНК Ьер^топах ¡еутоип существует даже в одном ассоциате.

4) Показано, что большая часть дивергенгной области максикольцевой кпДНК представляет разные тандемные повторы и регуляторные элементы, например' АААЛАСТТ - последовательность, которая способна инициировать транскрипцию митохондриальных генов; С8В1, С8В2. "СвВ^/^- консервативные блоки, идентичные блокам

• - 4

>» I •

миникольцевой кпДНК.

5) Показано, что криптоген ND8 у Leptomonas collosoma является частично редактируемым также как и у Crithidia oncopelti требует незначительного редактирования на 5' конце пре-мРНК криитогена.

6) По анализу редактирования ND8, последовательности нуклеотидов 18S рРНК, организации дивергентной области максикольцевой кпДНК, последовательности нуклеотидов миникольцевой кпДНК можно предположить, что Leptomonas collosoma не относится к роду Leptomonas

Структура диссертации:

Диссертация состоит из трех частей: (1) обзор литературы; (2) материалы и методы; (3) результаты и обсуждение.

Работа содержит список цитируемой литературы ( 178 ссылок), 31 рисунок,__3_таблицы. Общий объём диссертации 122 страницы.

Апробация работы и публикации:

Результаты диссертации были представлены на международных конференциях: (1) Ломоносов-2005 - "XII международная конференция студентов, аспирантов и молодых ученых, секция «Биология», 12-15 апреля, 2005, Москва, Россия; (2) Worldleish3 - "Third World Congress on Leishmaniosis", April 10-15, 2005, Sicily, Италия; (3) ICOPXII - "12,h International Congress of Protozoology", July 10-15, 2005 Guangzhou, Китай По теме диссертации опубликовано 3 статьи.

МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

В работе использовались культуры Leptomonas seymouri (АТСС30220) и

Leptomonas collosoma (АТСС30261), любезно предоставленные д.б.н. С.А. Подлипаевым (ЗИН, Санкт-Петербург). Культивирование проводили в течение 7 дней при 25°С на среде "Star". Кинетопластную и тотальную ДНК выделяли согласно стандартной методике.

Клонирование рестрикционных фрагментов и ПЦР-продуктов проводилось по методике фирм-производителей вектора Секвенирование рекомбинантных плазмид или ПЦР-продуктов проводилось по Счнгеру в ручном режиме или на автоматическом секвенаторе (Литех, Москва) Компьютерный анализ полученных данных проводили с помощью специальных программ VectorNTI, GeneStar и т.д

ОСНОВНЫЕ РЕЗУЛЬТАТЫ РАБОТЫ Глава 1. Выбор объектов исследования.

Планируя работу по анализу первичной структуры ДО максикольцевой кинетопластной ДНК мы выбрали в качестве объекта исследования двух представителей рода Leptomonas ' Leptomonas seymouri и Leptomonas collosoma. Выбор определялся следующими соображениями:

1) Группа Leptomonas - вторая по численности описанных видов после рода Trypanosoma. (С.А.Подлипаев, 1990)

2) Представители рода паразитируют в широком круге хозяев, что позволяет предполагав возможность разной организации ДО (С А Подлипаев, 1990)

3) Оба вида хорошо культивируются в жидкой среде.

4) Ранее полученные данные по структуре генома анализируемых видов говорят о значительных различиях в структуре индивидуальных генетических маркеров (ген 18S rRNA, ген 9S rRNA. ген цитохром Ь), что находит своё выражение в разном положении указанных видов на филогенетическом дереве (Merzlyak et al, 2001). L leymouri показывает близкое родство с представителями рода Leishmania, тогда как L collosoma находится в ветви, объединяющей эндосимбион r-содержащие виды

С целью дополнительного подтверждения различий между этими видами мы определили первичную структуру участка максикольцевой кпДНК между генами 9SrRNA и ND7, где у трипаносоматид локализованы гены 8 и 9

субъедшгацы NADH-дeгидpoгeнaзы и неидептифицированная рамка считывания 5 (\iURF5).

На Рис.1 представлено множественное выравнивание последовательностей нуклеотидов криптогена N08 и двух известных полностью отредактированных мРНК. Из выравнивания чётко видно, что криптоген N08 у I яеутоитг является иан-редактируемым, тогда как у I соИохота редактирования требует только небольшой фрагмент на 5' конце криптогена

1 I Га1 АиСииидиииаидаиииии-дииииигьаииииидииидиииииаиаид'идии,-ииисщдиид ^дииа-- -сии

7 Т Го Г А-С---С—А-йА------СТТТТ-С----- С— О А А-Б О - А-С -&-0--АТ - Г-

3 т Чоу ШМ---Ь---С-СА---- А- ССССХ---ОТГ-С----А-А <7-Г,- А & & С, Л Г -

4 Г СПС АТС—ТО---С-СА- --бТ- —С-------С, —С-----^-А-б-С--- С С3 ОС, А- --С —

5 Т со1 А-&---------СА-----АТТТ -СТТТТТТ^&ТАТТСТТТАТАТГЗТтТТ-О] ПСМТСТ^ТЧА----(<"6 Т Ьги А-0--------ЗА----0ТТТ"*1--------й— Г-----А-А-С-СТ---С,---С,—С-О-АТ^ТТС—

7 т Ь-и АИСииииииииидаи шииидиииииь Л)ииии-дииидиииииаиаидидиииидииидиидиаииа----си-

1 идд-илша ----сгди1<ддадиадассаиид1шадиаици~<дидии-сдиддиаа--ссаиииииидсСиииииа

2 А------ССА---ССАС—САТА—С-АС-А---а-СТТТСС-ПЙ-АА—ССА------ССС----А

3 АС ---А------ГСА--АСАС—ОА-СА—С -АС-А---С-СТ--СС-СО-ААТТТСА- —ЬСв-----А

А---С -ТА-- -ССТ--ССАС—ААССА-----АС-АСС—С-й---СС-СС-АА— САТ1----АСЬ----А

5 -АТАТАТТТТА----ССАТТАСААТТАТССАТССТТАСКСТСАТО-СТА-АСЛССААА—ТСАСТТТТТААСА1ТТТА

6 -АТТТАС»---АТТТСССА---САС- -ААССА—С—АС---А--С-С---С6-СС-АА--ССА------ССЯ-ТТТТА

7 -аиии-диаиа---сссаии-дадииаассаиидииадиииаиид-дии-сдиддиаа—ссаиииииидсдиииииа

1 ии---дай------------диддиииадаасдиидиаиидссидссдиииаидидаииииаиаи---дсс-------

2 ТТТ—йАТТТ-------------АСААСС--С-А--ОСС-СССС--А-СТСА----А-АТТТТССС-------

3 ТТТ--САТТТТТТТТТТТТТС-Сб---ССадСаЗАвСА------етсс---А-б-СА----А-А----ССС-------

4 -----СА-------------5-ОвТ--АСА6ГЧЗ—С-А--6СТТСГСС---С-СТСА----А-А----СССТТТТ'ГТТ

5 тт---САТ------------С-ввТТ-АСААС^-ТССАТАСССТСТАСАТТАТСССАТТАТАТАТ---СГС-------

6 ТТТТТвС------------С-Ов---АСАССС-С-А—ОС--С—Св---А-С-6А---АА------ЙСС-------

7 ии---дди------------диддиииададсдиидиаиидсиидисдиииаидидаиииааиии---дсс-------

1 саядиииа-----дси-си-----адаидии---с—д—ииуи-дииадаадиииаиди-дди—иаис-ддиии

2 ГААС---А-----СС--СТТТТТТАСА-С-----С---С-----С—в—АСААв---А-СТТвС----АТС-вС---

3 С-Ай---А-----С---СТТТТ--АвА-С-----Г---вТТ---б—Г—АвАТС---А-Р-ТС6--СТТ----вТГГ

4 СТА-----О---АОСА--------АвА-С-----СТТТС-----О—6СС-СААС---А-6—---ТТТСАТ----

5 С ГТ----АСТСТ - 0>С А—ТТ---АвАТСТА---С---С----ТОТАСССТ-ААСТТt----ТАа Г вСТТ—АТ—А -

6 С-АТТТТ-в---АвСА--------ССА-ЙТТТТТС---С-----С--ССС-ССАС--------СС-вв---САТТТСТ

сна-----диииадса--ии----ддаидии—-с---д----адиадддиддадиии----иддидди--гаи—с-

I ccgajgbgjuua-auaL.ua----дии-аи-с--д----и-с-диид—игиииэиидиддииииидизид—

I ----ОС вА-С-С---А-А-А--А----С---ЛТ-С--0-ТТГГ-С-0 О---А —А--С-СОТТТ—С-А-С--

3 ТАТГ -се—6АА—А-АТА-АА----С—АС-С—6хх--Т-СТ&--С----А---А~вСО»-------А-в—

4 ---СССССвС---СС—в-вА----сТТ-АТ-С—Ст------С----ЙТТСТАТТТАТТСТССТТТТТОТАТОСА

5 ОАТТ-СГС--СА—САТТТАТТТА---АТТТ-АА----йГТ-АТА—СААСАТСТАТТТАТТСТСС! ТАТТСТАТвСА

6 С----вСС—бА—ОА---А--СА--ОА---в---АТТСТТСГТТС-С—О,----А---А—Ъ-ЪО-----в-А-ССА

7 дииаидсд—даиидаиииа—саиида---дии-аи-с—д—ис-диид---иаиииаиидиддииииидиаидса

1 ---саидииидиссзаса——дас------дссэии-ас—дсаиисаидиииииидииаиииидиидии-диаиид

2 ---ССААСАТТТТСАСТТГТТТОССА---АСТТССА--СА-С------С--А----б—в---в-А—в

3 —ТТТ—ТТТ—с---------ее

4 ТСТАГСТГСААСТ---------СА------ТСЗСССАТААСССАТТСААТТТТТСТТТТАТА-ТТ-СТ СТГТОСТТАС

5 ТСТАТССССААСА---------СГ------ТеСААТТ-АСАСАТТСАТТАТТТСТАТТАТТ-ТТ-СТ-ОТТТСТТТйО

6 -б---СССССАСА---------5АГТТТ--ТСССА---АССГАТТСА- -С---в—А-в-в-------б---в---Ав

7 идииидсссдаса---------дай------дссаии-асдса.1исаиид.лиидииаидид-иииии дии-диииад

1 сс—аи—ди-аиииаи-д-г —дсас---с---иааад—иииа---дииииаиии-ддиидиидиьииаидииаи

2 СС--А---С—А---А- СГСТ--ЙСАС---С---ТАААБ—ТТТР---СТТТТА----—6—й----А- -О-АТ

4 СТ--АТ—СТ-АТТ^АТТА-----СССС---С---ТААА-ТТТТТАТТА -Т1-----СССТТСТТСТТТТАТСТТСГ

а СТ—АТ-нЗТТ- --А - -ССАС---С---ААЛА-ТТТТТА'П А ТТТ------ССАТОТТСТТТхАТОТ ТвТ

6 ССТТАТТТС--А---А--СТ----ССССТТТСТТТСАА-С-----А —в--------Св—----А-6—А-

7 сс—аи—ди-аииигиид-----деде---с---саа-диииииаии-диии------ддиидиидииииаидииаи

1 uu---gauuuuuauju-guguuuuguuuaguucaguguaucj—cgagaaguauauuugauuaauaauuu

2 TTTTTGA-----A----G-G----G---AG---AG-G-A-CTTTCGAGAAGTATATTTGATTAATAATTT

4 TT---GATTTTTATTTAT-GTTTTGTTTAATTAATTTACCAA—ГАСААААААССССТААССССТАААТТ

5 TT---GATTTTTATCCTTTGCTTTGTTTAAA

6 -----GA-----A----G-G----G-G-AG—A---A----GGA-GA---A--GTG---A-GA---AA

7 uu---gajuuuuauuu-guguuuuguguaguuauuuauuuugggugauuuauuguguuuaugauuuaa

Рис.1 Выравнивание последовательностей нуклеотидов криптогена ND8 и двух полностью отредактированных мРНК (1 и 7 - мРНК, 3,4,5,6 - ДНК) 1,2-L tar - Leishmama tarentolae, 3-L.sey - Leptomonus seymouri. 4-C.onc - Crithidia oncopelti, 5-L.col -Leptomonas collosoma, 6,1-J bru - Trypanosoma brucei

Таким образом, мы получили ещё одно подтверждение различия двух выбранных лептомоносов

Глава 2. Построение рестрикционной карты максикольцевой кпДНК для Leptomonas seymouri и Leptomonas collosoma.

Успех решения поставленной в работе задачи во многом зависит от построения точной рестрикционной карты максикольцевой кпДНК. В данной работе мы построили подробные рестрикционные карты максикольцевой кпДНК L seymouri и L collosoma.

Рис.2 кпДНК L collosoma после обработки рестриктазами. 1 Bell, 2 BclHMspl; 3. Mspl, 4. Bcll+HindlH; 5.HindlII; 6.M - Gibco lkb Ladder

Ml 2345 67 89

Рис 3 ПЦР-продукт (L colloioma) до и после обработки рестриктазами М - lkb Ladder "Generuler", 1 пцр-продукг А (960-961), 2 пцр-продукт А + Xbal, 3 пцр-продукт В (865-866), 4 пцр-продукт В + Bell, 5 пцр-продукт С (I murflFl-NDlR4), 6 пцр-продукт С + Xbal, 7 пцр-продукт D (LmurflFl-COIlR4), 8 пцр-продукт D + Xbal 9 П[|р-пролукт D ч Bell

Используя сочетание расщепления одиночными рестриктазами и парами рестриктаз, определили количество сайтов для рестрикгаз и приблизительные положения этих сайтов. Затем проводили ряд расщеплений рестриктазами ПЦР-продуктов, которые содержат участки максикольцевой кпДНК, для определения точных положений рестрикционных сайтов (Рис.2 и Рис.3, примеры - электрофореграмм рестрикционного анализа).

На основании большого количества расщеплений кпДНК построены рестриюшонные карты для максиколец кпДНК I. 5еутоип (Рис 4) и I, соПо.мта (Рис.5) Максикольцо кпДНК I яеутоип составляет 31кЬ (КО-17кЬ, ДО-14кЬ); Максикольцо кпДНК Ь соНозота составляет 26кЬ (КО-15кЬ, ДО-11кЬ).

Рис.4 Рестрикционная карта максикольцевой кпДНК Ьер1отопаз яеутоип. Заштрихованные стрелки показывают расположение и ориентацию генов в КО

максикольцсвой кпДНК, внутри кольца показаны клоны и ПЦР-продукты, содержащие фрагменты ДО максикольцевой кпДНК. СЬпс-Ьэ 1,2,3,4,5 -рекомбинантные плазмиды; С1опе-Ья1,2 содержат ПЦР-продукт (128К6-1,яМВР2), остальные плазмиды содержат рестрикционные фрагменты; Т.опд-РСК1 - ПЦР-продукты (128К6-1_зМВР2), 5.2кЬ, Ьопё-РСЯ2 -ПЦР-продукты (ЪвШЗРЯ-ЬзПЮТШ), 5.2кЬ; подчёркнутые линиями сайты -уточнены по полученным в нашей лаборатории последовательностям нуклеотидов, отмеченные знаками (*) сайш - проверены расщеплением рестриктазами ПЦР-иродуктов

Рис 5 Рестрикциопная карга максикольцевой кпДНК 1ер1отопах соИохота (в максикольцевой кпДНК отсутствуют сайты расщепления ферментами М1и1,

С1а1 и НтбП Заштрихованные стрелки показывают расположение и ориентацию генов в КО максикольцевой кпДНК, внуфи кольца показаны клоны, содержащие фрагменты ДО максикольцевой кпДНК С1опе-1х 1,2,3,4,5,6,7,8 -рекомбинантные плазмиды; С1опе-Ьс1 содержит ПЦР-продукт(128К6-С8ВИШ), С1опе-1х4 содержит ПЦР-продукт (Ьса20Рь1ха20Р0, остальные плазмиды содержат рестрикционные фрагмен!ы; подчёркнутые линиями сайты - уточнены по сиквенсу; отмеченные знаками (*) сайты - проверены расщеплением рестриктазами ПЦР-продуктов

Глава 3. Анализ последовательностей нуклеотидов дивергентной области максикольцевой кпДНК для 1,ер(отопан .чеутоип и ЬерШтопая соПозота

Методы, применяемые для определения первичной структуры ДНК, можно разделить на две группы: собственное определение нуклеотидной последовательности (ДТПС-секвенирование) и некоторые подготовительные Э1апы, необходимые для получения ДНК-матрицы, нуклеотидная последовательно« ь которой будет определяться В последнем случае може1 быть применена различная стратегия Наиболее распространенными на сегодняшний день являются методы клонирования и полимеразной цепной реакции (ПЦР).

До разработай метода ПЦР молекулярное клонирование представляло собой единственный "рутинный" метод получения ДНК для секвенирования. На сегодняшний день клонирование уже успешно применялось при анализе консервативной области Однако для дивергентной области оказалось весьма непростой задачей. Возможные причины этого явления заключаются в следующем:

• ДО содержит большое количество повторов, зачастую очень коротких; это может осложнять поддержание и репликацию рекомбинантной ДНК бактериальными системами;

• Многие рестрикционные сайты в ДО попадаю! в поиоры, следовательно,

число уникальных удобных для клонирования сайтов внутри ДО мало;

• Как альтернативу можно использовать клонирование по сайтам в консервативной области, фланкирующим ДО. Однако, размер получающихся при этом рестрикционных фрагментов, как правило, слишком велик для клонирования в плазмидные векторы,

• Фрагменты ДО очень часто не удается получить в виде рекомбинат ной плазмиды даже если они подходят по размеру [Колесников, личное сообщение]. Аналогичное явление наблюдается на определенных участках различных геномов. Причины трудности клонирования остаются до сих пор невыясненными;

•Многочисленные повторы затрудняют сопоставление нуклешидных последовательностей отдельных клонов и получение полноразмерной последовательности ДО;

•Клонированию фрагментов максиколец трипаносоматид препятствует также наличие в одном ассоциате с максикольцами большого количества гетерогенных по последовательности миниколец, которые дают гетерогенные по длине рестрикционные фрагменты. Удсбнее всего работать на освобожденных из ассоциата максикольцах, однако для выделения и очистки максиколец требуется значительное количество ДНК и, соответственно, биомассы. Получение биомассы паразитических трипаносоматид, в свою очередь, очень проблематично, гак как высокоспециализированные паразиты плохо размножаются на искусственных средах.

Все вышеописанные трудности послужили причиной toi о, что ДО называют 'неклонируемой" областью максикольца Но несмотря на трудности разработки метода клонирования, он имеет ряд преимуществ. Основное преимущество заключается в том, что рекомбинантная ДНК синтезируется in vivo, поэтому, благодаря системам репарации, содержит очень мало ошибок

Построенные рестрикционные карты позволили нам выбрать несколько

вариантов сочетания пар рестриктаз для клонирования фрагменнтов ДО максикольцевой кпДНК. 3.1 ЬерТотопая .чеутпиг!

Для I чеутоип (Рис 4) получены 3 варианта рекомбинантных плазмид С1опе-1^3 - ВатШ-Йре!; Оопе-ГМ - М8р1-ВатН[; С1опе-Ьз5 - ВатН1-ВатШ После того, как мы установили последова!ельности нуклеотидов этих плазмид, мы дизайнировали праймеры и ставили обычную ПЦР и Ьод-ПЦР У нас получились ПЦР-продукты Ьопд-РСК1 (5 2 кЬ, ШЯб-ЬяМВРг) и Ьопв-РОЯ? (5 2 кЬ, Г^ЫП^ГХ-Т зПКХНК) Используя полученные 5 рекомбинантных плазмид и ПЦР-продукты, мы секвенировали суммарную последовательность нуклеотидов 10 кЬ из 14 кЬ ДО максикольцевой кпДНК I зеутоип.

С8В2

„____л

Рис 6 Организация ДО (14kb) максикольцевой кпДНК Leptomonas seymouri.

• Repeat 1&2 - кластер, который содержит АТ-богатый повтор типа 1 и GC-богатый повтор типа 2;

• Repeat 3 - GC-богатый повтор типа 3,

• Promoter - промоторподобный мотив AAAAACT(A)T(AV,

• Bent-DNA - участок изогнутой спирали,

• L.tar-gG4-IV - гидовая РНК

• CSB2-Repeat - повтор, который содержит блок CSB2.

[МШЗ^а

Promoter

Карта организации ДО Ь $еутоип представлена на рис.6. В составе последовательности можно обнаружить АТ-богатые повторы (тип-1) и два типа

GC-богатых повторов (тип-2, тип-3). Две известные полные копии длинного GC-богатого повтора типа-3 (длина около бЗОпн) почти идентичны, и содержат участок изогнутой ДНК, по краям которого находятся разнонаправленные промоторподобные последовательности АААААСТТ: на З'-конце повтора присутствует еще один промотор, отличный от консенсуса АААААСУУ; данные копии вместе с повторами тип-2 входят в состав суперкластеров. Присутствует также сильно укороченная с 5'-конца копия типа 1.

Выявлены многочисленные относительно дивергентные копии более короткого повтора (около 150 пн), перемежающиеся кластерами АТ-богатых повторов (в основном ТТТАА) Для L seymouri мы нашли примерно 50 повгорв ТТТАА в установленной последовательности нуклеотидов ДО L seymouri. Этот тип повтора напоминает подобный повтор (АААТТ)по ДО филогенетически близкого вида L tarentolae.

Короткие повторы содержат на З'-конце по одному отличному от консенсуса промотору, направленному в сторону гена 12S. Они значительно реже содержат участки изгибов. Учитывая, что повторы типа 2 не похожи даже у различных видов, неудивительно отсутствие консервативных последовательностей в составе повторов типа 2 L seymouri Все вышеописанные типы повторов, организованы в очень характерные суперкластеры состава (Repeat 1&2)„ и Repeat 3.

В нашей группе [Васильева и др., 2004: Бессолицына, 2004] прямо показана промоторная роль последовательности AX'YY в случае различных максикольцевых генов I seymouri, в том числе и 12S рРНК (крайний правый промотор на рис.6). В рисунке 6 видно, что почти все предполагаемые промоторы направлены в сторону гена 12S rRNA (аналогичная ситуация имеет место у L tarentolae). Ещё были обнаружены некоторые короткие открытые рамки считывания. Они либо находятся далеко от промотора, либо направлены против него. Следовательно, вряд ли они кодируют белок. Подобные «незначащие» рамки считывания отмечаются в ДО и других видов

кинетопластид [Колесников, 1993). Какой либо связи промоторов с выявленными открытыми рамками считывания не обнаруживается Подобно L tarentolae, в участке ДО L seymouri, прилежащем к гену ND5 присутствует ген гРНК (рис 6) Данный ген был выявлен путем сравнения с базой данных гРНК (Hinz and Göringer, 1999) и оказался высоко (87 2%, Рис 7) гомологичен гену гРНК gG4-lV L tarentolae, находящемуся в этом же районе

Рис.7 Ген гидовой РНК (gG4-IV) L tarentolae и L.seymouri для РНК-редактирования пре-мРНК гена G4.

Кроме того, присутствуют и элементы уникальные для L.seymouri. В первую очередь, это так называемые С8В2-повторы (длина около 210 п.н.), образующие тандемный кластер из трех очень сходных копий. Они содержат по одному элементу CSB2 и по 1-3 отличных от консенсуса промотора. CSB2 входит в состав ori репликации миниколец, однако основная роль огводится CSB1 и CSB3, поэтому никаких предположений о функции данных повторов мы высказать не можем.

Другой уникальный участок ДО более подходит на роль ori. Он не содержит повторов и включает консервативные элементы CSB3 (ori лидирующей цепи миниколец) и CSB1 (ori отстающей цепи миниколец), располагающиеся на разных цепях, а также изогнутые участки В данном случае обнаруживаются последовательности, полностью совпадающие с CSB миниколец.

Кроме того, мы уделим некоторое внимание обсуждению изогнутой ДНК Несмотря на активное изучение изогнутого участка миниколец, до сих пор не проводился поиск аналогичных участков в максикольцах. Поэтому мы провели компьютерный анализ последовательностей ДО для предсказания возможных регионов изгиба по методу Bolschow с помощью программы GeneQuest (пакет DNAStar99). Его результаты приведены в Рис.6. Дивергентная область L seymouri содержит, как правило, более длинные изогнутые регионы, ассоциированные с определенными типами повторов Видно, что повторы типа 1, как уже

отмечалось выше, несут длинные изогнутые участки. Также видна связь изгибов с последовательностями CSB1, CSB3 (Рис 6). Последовательности изогнутой конформаций были впервые обнаружены в составе миниколец L tarentolae [Marini et al, 1982] Было показано, что изогнутая ДНК часто ассоциирована с различными регуляторными элементами, участвующими в транскрипции, репликации и других процессах [Crothers et al, 1990, Travers, 1990].

Таким образом, ДО содержит изогнутые фрагменты, входящие в определенные повторы. Возможно, изгибы играют роль в инициации транскрипции или репликации. С друюй стороны, они, как и в миникольцах, могут выполнять структурную функцию в ассоциате кпДНК По некоторым данным, именно ДО участвует в прикреплении максиколец к ассоциату. Изгибы могут играть при этом определенную роль.

При использованием праймеров LsMBF2 и 12SR6 были получены 3 ПЦР-продукта (Рис.8 и Рис.10). Следует отметить, что продукт размером 1.4kb является основным, тогда как продукты меньшего размера являются минорными. Длинный и короткий продукт были клонированы в Т-вектор и секвепироЕапы. Оказалось, что короткий продукт отличается от длинного продукта делецией участка, в котором находятся два повтора типа 1 и два повтора типа 2 В начале делеции длинного продукта находится сайт BamHI, а в коротком продукте его нет(Рис.9). На Рис.8 (расщепление рестриктазой BamHI ПЦР-продуктов) хорошо видно, что фрагмент 1.4 kb расщепился на 2 фрагмента размером 900 п.н. и 500 п.н., а короткий фрагмент не расщепился.

М 1 2

U№F2

Ls№F2

GGGTCC

GGGTCC

760 bp (L5MBF2-12SR6)

14kb(LsMBF2-12SR8)

GGWCCfBamHD

ISfRm 1 1 - "]—

12SR6

12SR6

12SRN1

Рис 8 ПЦР-продукт (I.SMBF2 - 12SR6) до и

Рис.9 Два варианта участка ДО I яеутоип, прилегающего к началу гена 12йгЯЫЛ. ЯереаН - АТ-богатый повтор тапа 1; Кереа12 -(ЗС-богатый повтор типа 2. ЬзМВР2, -использованные праймеры.

после расщепления BamHI: М - маркёр lkb Ladder "Gibco"; 1-

пцр-продукт([.яМВЬ"2 -128К6); 2- пдр-продукт +

ВатН1._______

Аналогичное явление мы наблюдали для участка ДО, прилежащего к гену N05 (праймеры 1^№Э5Р8 и ЬвХШЖК) Два получающиеся продукта различаются дечецией размером в 1 2 кЬ

Результат ГЩР не зависит от температуры о I жига праймера (тесгировали в интервале 01 46°С до 53°0);|фи сравнение первичных сфуктур получающихся гродуктов обращает на себя внимание наличие ¡начительного коничества нуклеотидных замен

Для того, чтобы проверить не является ли такой результат стедсгвием работы на неклонированиой культуре мы получили 24 клона ¿веутоип и поставили ГТЦР с праймерами Ь8МВР'2 и 128Я6 на ДНК этих клонов. Набор полученных по размеру продуктов одинаков для всех клопов Пример электрофореграммы показан на Рис. 10.

Таким образом, совокупность этих резулыатов позволяет предположить возможность присутствия в ассоциате кпДНК I ¡еутоип нескольких вариантов

ДО, причём в одной митохондрии.

Для окончательного вывода следует провести дополнительные исследования и получить более строгие доказательства.

С М 1 2 3 4 5 6 М С

Рис Л О ПЦР с использованием праймеров LsMBF2-12SR6 на ДНК, выделенной из клональных культур Lseymouri. 1-6 : полученные продукты (1.4kb, l.Okb и 750bp); С : контроль, ПЦР-продукт на кпДНК неклонированной культуры; M : маркёр, lkb Gene Ruler.

3 2 Leptomonas collosoma

На рестрикционной карте максикольцевой кпДНК L collosoma видно, что ДО расщепляется малым количеством рестриктаз. Мы в ДО нашли сайты расщепления только для 2 рестриктаз (Spei, Bell) Сайты Spei находятся только в ДО, сайты Bell находятся кроме ДО, ещё в КО. Для определения последовательности нуклеотидов участков ДО максикольцевой кпДНК L collosoma мы проводили клонирование по вариантам Spel-Spel, Bcll-Bcll, Spel-Bcll (вектор pBluescriptll SK+) и ПЦР-продуктов CSBIIIR-12SR6 и Lca20Fi-Lca20Fi (Т-вектор). Мы получили большое количество разных рекомбиннантных плазмид. После секвенирования встроек этих плазмид мы дизайнировали праймеры по полученным последовательностям нуклеотидов и ставили ПЦР для получения нужных плазмид, которые содержат участки ДО

максикольцевой кпДНК Рекомбинантные плазмиды, которые содержат участки ДО максикольцевой кпДНК , получены по следующим вариантам: 1) Clone-Lcl, Tcsb20 - ПЦР-продукт(12SR6-CSBIIIR) и Т-вектор; 2) Clone-Lc2, Л20 - 682bp по Spel-Spel; 3) Clone-Lc3, В6 - 331bp по Spel-Spel; 4) Clone-Lc4, Ta20 -nUP-npoflyKT(Lca20Fi-Lca20Fi) и Т-вектор; 5) Clone-Lc5, Dl-2 - 1.2kb no Spel-Spel; 6) Clone-Lc6, Dl-22 - 1 7kb no Spel-Spel; 7) Clone-Lc7, D4-7 - 2.5kb no Spel-Bcll. 8) Clone-Lc8, D4-2 - 1.3kb no Spel-Bcll. (Рис.5)

fromcfer

Рис И Организация ДО (llkb) максикольцевой кпДНК Leptomonas collosoma.

•A20 - GC-богатый повтор, 682bp, в ДО А20 повторяется 7 раз, они все направлены на одну сторону, внутри А20 содержится 1 короткий повтор (atatt)s:

•В6 - GC-богатый повтор, 331Ьр, в ДО В6 повторяется 3 раза, они образуют инвертированные повторы;

•CSB1,2,3 - 3 консервативных блока, идентичные с миниколецевыми

•Bent-DNA - участок изогнутой спирали;

•Promoter - промоторподобпый мотив АААААСТ(А)Т(А);

Длина дивергентной области L collosoma составляет llkb В её первичной структуре обнаружено 2 типа повторов А20 и В6 (аналоги повторов типа 3 у L seymouri). В каждом повторе А20 существуют короткий повтор (ATTATJs Повтор тина В6 образуют инвертированные повторы Кроме В6, последовательности нуклеотидов плотных сайтов Spei (ACTAGT) и Bell

(TGATCA) в ДО тоже представляют собой инвертированные повторы. А20 и Вб образуют кластеры. Но между повторами отсутствуют АТ-богатые спейсеры. (Рис.11)

Как и в ДО максикольца L seymouri, в ДО максикольца L collosoma тоже обнаружены CSB1,2,3-блоки, которые идентичны блокам КО миникольца разных видов трипаносоматид и, вероятно, выполняют функцию ориджина репликации; промотор-подобные последовательности АААААСТ(А)Т(А); участки изогнутой спирали и т.д.

ДО максикольца L collosoma имеет сходную структурную организацию с ДО максикольца С oncopelti, хотя их последовательности нуклеотидов не имеют гомологии. То есть, в ДО максикольца С oncopelti и L collosoma содержатся тандемные GC-богатые повторы без АТ-богатых спейсоров и инвертированные повторы.

3.3 Закономерность в организации ДО максикольцевой кпДНК.

Па основании результаюв данной работы можно предположить что, в организации ДО максикольцевой кпДНК у низших .трипаносоматид имеется определённая закономерность организация первичной структуры ДО максикольцевой кпДНК у исследованных видов консервативна у близкородственных видов, хотя последовательности нуклеотидов ДО у исследованных видов не имеют гомологии. Т.е. организация ДО у L seymowi сходна с таковой у представителей рода Leishmania, а ДО L collosoma сходна с ДО С oncopelti, что коррелирует с положением этах видов на филогенетическом дереве.

выводы

1 а) Максикольцевая кпДНК L seymouri имеет размер 31 т.п.н., ДО - 14 т.п.н.; Максикольцевая кпДНК L collosoma имеет размер 26 т.п.н., ДО - 11 т.п.н.

б) В дивергентной области максикольцевой кпДНК I. seymouri и I. collosoma обнаружены разные типы тандемных повторов, которые характерны для структуры дивергентной области максикольцевой кпДНК

в) В дивергентной области максикольцевой кпДНК L seymouri и L collosoma обнаружены несколько регуляторных элементов, которые важны для транскрипции и инициации репликации максикольцевой кпДНК

г) В ДО кпДНК нет протяжённых рамок считывания, у L seymouri имеется ген гидовой РНК (гомолог гена gG4-IV L tarentolae)

2. Есть основания предполагать, что у L seymouri ДО может быть представлена несколькими вариантами, включая дслеционные производные.

3. При полном отсутствии гомологии первичной структуры прослеживается общность мотивов в opiaronamra последовательности нуклеотидов ДО у филогенетически родственных видов.

4 По анализу редактирования пре-мРПК гена ND8, организации дивергентной области максикольцевой кпДНК, последовательности нуклеотидов 18S рРНК, последовательности нуклеотидов миникольцсвой кпДНК можно предположить, что Leplomonas collosoma не относится к роду Leptomonas

СПИСОК ОПУБЛИКОВАННЫХ РАБОТ ПО ТЕМЕ ДИССЕРТАЦИИ

1. PN. Flegontov, Q. Guo, L.N. Ren, M.V. Strelkova, A.A. Kolesnikov. Structural Changes in the Leishmania major Maxicircle Diverdent Region Accompany Promastigote-Amastigote Transition. Third World Congress on Leishmaniosis. April, 10-15, 2005. Sicily, Italy. P.301

2. Го Цян, Жень Лина. Характеристика дивергентной области максикольцевой кинетопластной ДНК низшей трипаносоматиды Leptomonas seymouri. Ломоносов-2005 - "XII международная конференция студентов, аспирантов и молодых ученых, секция «Биология»; 12-15 апреля, 2005. Москва, Россия. С.61

3. Qiang Guo, Lina Ren, Pavel N. Flegontov, Alexander A Kolesnikov. The Kinetoplast Maxicircle Control Region Has Highly Variable Sequence but Conserved Overall Structure. 12th International Congress of Protozoology. July, 10-15, 2005. Guangzhou, China. P.73

Подписано в печать 05.10.2005 Формат 60x88 1/16. Объем 3.5 п.л. Тираж 100 экз. Заказ № 120 Отпечатано в ООО «Соцветие красок» 119992 г.Москва, Ленинские горы, д.1 Главное здание МГУ, к. 102

№18440

РНБ Русский фонд

2006-4 16867

Содержание диссертации, кандидата биологических наук, Го Цян

1. Введение.

2. Обзор литературы.

2.1 Систематическое положение трипаносоматид.

2.2 Субклеточная локализация и организация кинетопластной ДНК (кпДНК).

2.3 Общая характеристика кинетопластной ДНК (кпДНК).

2.4 Организация миникольцевых молекул кгтДНК.

2.5 Организация максикольцевых молекул кпДНК.

3. Материалы и методы.

3.1 Объекты исследования.

3.2 Среды.

3.3 Ферменты и реактивы.

3.4 Выделение тотальной ДНК.

3.5 Выделение кинетопластной ДНК.

3.6 Рестрикция кинетопластной ДНК.

3.7 Полимеразная цепная реакция (ПЦР).

3.8 Метод long PCR в присутствии бетаина с целью получения полной ДО.

3.9 Очистка ПЦР-продуктов.

3.10 Электрофорез ДНК в агарозном геле.

3.11 Клонирование рестрикционных фрагментов ДО максикольцевой ДНК.

3.12 Определение последовательности ДНК по Сэнгеру.

4. Результаты и обсуждения.

4.1 Различия гена ND8 консервативной области (КО) максикольцевой кпДНК между Lcptomonas seymouri и Leptonionas collosoma.

4.2 Построение рестрикционной карты максикольцевой кпДНК исследованных видов.

4.2.1 Построение рестрикционной карты максикольцевой кпДНК Lcptomonas seymouri.

4.2.2 Построение рестрикционной карты максикольцевой кпДНК Lcptomonas collosoma.

4.3 Клонирование и секвепирование рестрикционных фрагментов ДО и ПЦР-продуктов.

4.3.1 Клонирование и секвенирование рестрикционных фрагментов и ПЦР-продуктов ДО максикольцевой кпДНК Lcptomonas seymouri.

4.3.2 Клонирование и секвенирование рестрикционных фрагменнтов и ПЦР-продуктов ДО максикольцевой кпДНК Lcptomonas collosoma.

4.4 Сравнительный анализ CSB-блоков в дивергентной области максикольцевой и в консервативной области миникольцевой кпДНК.

5. Выводы.

Введение Диссертация по биологии, на тему "Характеристика первичной структуры дивергентной области максикольцевой кинетопластной ДНК низших трипаносоматид Leptomonas seymouri и Leptomonas collosoma"

Изучение паразитических простейших, относящихся к семейству Trypanosomatidae, помимо фундаментального интереса имеет и социальную значимость. Эти организмы являются возбудителями тяжелых заболеваний человека (трипаносомозов и лейшманиозов), животных и растений. Поэтому исследование фундаментальных молекулярно-биологических, биохимических и паразитологических аспектов жизнедеятельности трипаносоматид, а также их филогении имеет большое значение.

Более чем 30-ти летние экспериментальные молекулярные исследования кинетопластной ДНК (кпДНК) позволили сформулировать основные принципы её организации, понять многие аспекты её функциональной нагрузки в клетке, выявить ряд уникальных по сложности биологических процессов, таких как репликация многокомпонентной катенированной системы кольцевых молекул и феномен редактирования РНК. Вместе с тем, остается очень много до конца не выясненных вопросов. Чем определяется столь необычно большое количество кпДНК в клетке? Несут ли миникольцевые молекулы ещё какую-либо функциональную нагрузку, кроме кодирования молекул гидовых РНК, необходимых для процесса редактиравания РНК? Какова степень полиморфности индивидуальных компонентов ассоциата кинетопластной ДНК? Какие гены (или иные участки кпДНК) могут быть использованы для оценки произошедших эволюционных событий и какова степень и специфичность дивергирования (т.е. эволюции) индивидуальных генов как на уровне вида, так и в пределах семейства, отряда? Каковы общие черты организации дивергентной области (ДО) кпДНК? К сожалению, многие из этих вопросов (сформулированных ещё 1520 лет назад) до сих пор остаются без ответа.

ДО кпДНК мало изучена. Сейчас известна первичная структура ДО кпДНК только для Crithidia oncopelti, Trypanosoma bnicci и, частично, для Lcishmania tarcntolac, L. mcxicana amazonensis и L. major. Анализ первичной структуры кпДНК - первый шаг на пути всестороннего исследования кпДНК. Целью настоящей работы являлось ответить на вопрос: имеются ли закономерности в организации ДО кпДНК у низших (моногенетических) трипаносоматид. В связи с этим ставились следующие экспериментальные задачи:

1) построить рестрикционную карту максикольцевой кпДНК;

2) получить рекомбинантные плазм иды, содержающие участки ДО максикольцевой кпДНК;

3) установить первичную структуру участков ДО максикольцеой кпДНК;

4) провести сравнительный анализ первичной структуры ДО максикольцевой кпДНК.

2. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

Заключение Диссертация по теме "Молекулярная биология", Го Цян

5. ВЫВОДЫ

1. а) Максикольцевая кпДНК Lep. seymouri имеет размер 31 т.п.п., ДО - 14 т.п.н.; Максикольцевая кпДНК Lep. collosoma имеет размер 26 т.п.п., ДО -11 т.п.н. б) В дивергентной области максикольцевой кпДНК Lep. seymouri и Lep. collosoma обнаружены разные типы тандемных повторов, которые характерны для структуры дивергентной области максикольцевой кпДНК. в) В дивергентной области максикольцевой кпДНК Lep. seymouri и Lep. collosoma обнаружены несколько регуляторных элементов, которые важны для транскрипции и инициации репликации максикольцевой кпДНК. г) В ДО кпДНК нет протяжённых рамок считывания, у Lep. seymouri имеется ген гидовой РНК (гомолог гена gG4-IV L.tarentolae)

2. Есть основания предполагать, что у Lep. seymouri ДО может быть представлена несколькими вариантами, включая делеционные производные,

3. При полном отсутствии гомологии первичной структуры прослеживается общность мотивов в организации последовательности нуклеотидов ДО у филогенетически родственных видов.

4. По анализу редактирования пре-мРНК гена ND8, организации дивергентной области максикольцевой кпДНК, последовательности нуклеотидов 18S рРНК, последовательности нуклеотидов миникольцевой кпДНК можно предположить, что Leptomonas collosoma не относится к роду Leptomonas.

Библиография Диссертация по биологии, кандидата биологических наук, Го Цян, Москва

1. Бессолицына Е. А. Характеристика транскрипции в митохондриях жгутиковых простейших // канд. дисс., М., 2004.

2. Васильева М. А., Бессолицына Е. А., Мерзляк Е. М., Колесников А. А. Идентификация промотора гена 12S рРНК в митохондриальной ДНК Leptomonas seymouri // Мол. биол. 2004. Т. 38. N. 6. С. 1-5.

3. Го Ц., Жэнь J1., Коваль А., Колесников А. А. // Мол. биол., в печати.

4. Горват А., Маслов Д. А., Петере JI.-Э., Гавиерник П., Вюстенхаген Т., Колесников А. А. Анализ последовательности повторов в дивергентной области макси-кольцевой ДНК из кинетопластов Crithidia oncopclti. II Мол. биол. 1990. Т. 24. N. 6. С. 1539-1548.

5. Гюттер П., Маслов Д. А., Колесников А. А. Дивергентная область максикольцевой ДНК кинетопласта Crithidia oncopclti содержит два типа повторяющихся последовательностей // Докл. АН СССР. 1985. Т. 281. N. 4. С. 988-990.

6. Калинникова В. Д., Савина М. А., Сафьянова В. М. Дифференцировка лейшманий в культуре // Цитология. 1987. Т. 29. N. 7. С. 825-834.

7. Колесников А. А., Сафьянова В. М., Стеценко М. М. Видоспецифичность расщепления кинетопластной ДНК лейшманий рестриктазами //Мед. паразитология и паразитарные болезни. 1984. N. 4. С. 37-41.

8. Колесников А. А., Маслов Д. А., Сафьянова В. М., Стеценко М. М. Рестрикционная карта максикольцевой кинетопластной ДНК Lcishmania gymnodactyli // Биол. науки. 1985. N. 4. С. 23-26.

9. Колесников А. А., Овезмухаммедов А., Сафьянова В. М., Стеценко М. М. Сравнительный рестрикционный анализ кинетопластной ДНКприродных изолятов представителей подрода Saurolcishmania // Биол. науки. 1988. N. 10. С. 26-30.

10. Колесников А. А. Митохондриальный геном трипаносоматид. Организация, структура, эволюция // докт. дисс., М., 19936.

11. Маслов Д. А., Энтелис Н. С., Колесников А. А., Зайцева Г. Н., Кузьмин Н. П., Фодор И. Клонирование и рестрикционное картирование фрагмента максикольцевой молекулы кинетопластной ДНК Crithidia oncopclti II Докл. АН СССР. 1981. Т. 261. С. 1271-1273.

12. Маслов Д. А., Энтелис Н. С., Колесников А. А., Зайцева Г. Н. ДНК кинетопласта Crithidia oncopclti. Рестрикционное картирование максикольцевой ДНК // Биоорг. химия. 1982. Т. 8. С. 676-685.

13. Маслов Д. А., Гюттер П., Колесников А. А. Дивергентная область максикольцевой кинетопластной ДНК Crithidia oncopclti содержит ARS-элементы // Докл. АН СССР. 1984. Т. 277. N. 4. С. 983-986.

14. Маслов Д. А., Резепкина JI. А., Колесников А. А. Различные элементы структуры миникольца кинетопластной ДНК Crithidia fasciculata II Мол. биол. 1988. Т. 22. N. 6. С. 1482-1490.

15. Мерзляк Е. М. Молекулярная филогения и организация редактируемых митохондриальных генов у моногенетических и дигенетических трипаносоматид // канд. дисс., М., 2002.

16. Насыров Ф. Ш., Насырова Р. М., Калинникова В. Д., Сафьянова В. М. Вирулентность, метациклогенез и дыхательные ферменты лейшмании,выделенной в культуру от лабораторных животных // Паразитология. 1993. Т. 27. N.4. С. 301-308.

17. Подлипаев С. А. Каталог мировой фауны простейших семейства Trypanosomatidae // Труды зоологического института АН СССР. Ленинград. 1990. Т. 217.

18. Тарасов И. А., Колесникова Т. В., Горват А., Зайцева Г. Н. Инициация транскрипции митохондриального генома Crithidia oncopclti in vitro // Докл. АН СССР. 1989. Т. 307. С. 1266-1269.

19. А1ехеу A.Aravin, Vyacheslav Yu.Yurchenko, Ekaterina M.Merzlyak, Alexander A.Kolesnikov // The mitochondrial ND8 gene from Crithidia oncopclti is not pan-edited // FEBSLetters 431(1998) 457-460

20. Affranchino J. L., Sanchez D. O., Engel J. C., Frasch A. C., Stoppani A. O. Trypanosoma criizi: structure and transcription of kinetoplast DNA maxicircles of cloned stocks // J. Protozool. 1986. V. 33. N. 4. P. 503-507.

21. Alexander J., Satoskar A. R., Russell D. G. Lcishmania species: models of intracellular parasitism // J. Cell Sci. 1999. V. 112. P. 2993-3002.

22. Anderson J. В., Wickens C., Khan M., Covven L. E., Federspiel N., Jones Т., Kohn L. M. Infrequent genetic exchange and recombination in the mitochondrial genome of Candida albicans IIJ Bacteriol. 2001. V. 183. N. 3. P. 865-872.

23. Alexy A.Aravin, Vyacheslav Yu.Yurchenko, Ekaterina M.Merzlyak, Alexander A.Kolesnikov. The mitochondrial ND8 gene from Crithidia oncopclti is not pan-edited. // FEBS Letters 431 (1998) 457-460

24. Azevedo J., Hyman B. Molecular characterization of lengthy mitochondrial DNA duplications from the parasitic nematode Romanomcrmis culicivorax И Genetics. 1993. V. 133. P. 933-942.

25. Baldauf S. L. The deep roots of eukaryotes // Science. 2003. V. 300. N. 5626. P. 1703-1706.

26. Barker D. С., Arnot D. E. Biochemical identification of cutaneous leishmanias by analysis of kinetoplast DNA. I. Ultrastructural and buoyant density analysis//Mol. Biochem. Parasitol. 1981. V. 3. N. 1. P. 33-46.

27. Birkenmeyer L., Ray D. S. Replication of kinetoplast DNA in isolated kinetoplast from Crithidia fasciculata II J. Biol. Chem. 1986. V. 261. N. 5. P. 2362-2368.

28. Вооге J. L. Animal mitochondrial genomes // Nucleic Acids Res. 1999. V. 27. N. 8. P. 1767-1780.

29. Borghouts C., Kimpel E., Osiewacz H. D. Mitochondrial DNA rearrangements of Podospora anserina are under the control of the nuclear gene grisea//Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1997. V. 94. P. 10768-10773.

30. Borst P., Fase-Fovvler F., Steinert M., Van Assel S. Maxi-circles in the kinetoplast DNA of Trypanosoma mega II Exp. Cell Res. 1977. V. 110. N. l.P. 167-173.

31. Borst P., Fase-Fowler F., Hoeijmakers J. H. J., Frasch А. С. C. Variations in maxi-circle and mini-circle sequences in kinetoplast DNAs from different Trypanosoma brucei strains I I Biochim. Biophys Acta. 1980. V. 610. P. 197-210.

32. Borst P., Fase-Fowler F., Gibson W. C. Quantitation of genetic differences between Trypanosoma brucei gambiense, rhodesiense and brucei by restriction enzyme analysis of kinetoplast DNA // Mol. Biochem. Parasitol. 1981. V. 3.N.2. P. 117-131.

33. Borst P., Weijers P., Brakenhoff B. Analysis by electron microscopy of the variable segment in the maxi-circle of kinetoplast DNA from Tiypanosoma brucei II Biochim. Biophys Acta. 1982. V. 699. P. 272-280.

34. Boyce Т. M., Zwick M. E., Aquadro C. F. Mitochondrial DNA in the bark weevils: size structure and heteroplasmy // Genetics. 1989. V. 123. P. 825836.

35. Brown J. R., Beckenbach K., Beckenbach А. Т., Smith M. J. Length variation, heteroplasmy and sequence divergence in the mitochondrial DNA of four species of sturgeon (Acipenser) II Genetics. 1996. V. 142. P. 525-535.

36. Brunk C. F., Lee L. C., Tran A.B., Li J. Complete sequence of the mitochondrial genome of Tetrahymena thermophila and comparative methods for identifying highly divergent genes I I Nucleic Acids Res. 2003. V.31.N. 6. P. 1673-1682.

37. Bullerwell С. E., Forget L., Lang B. F. Evolution of monoblepharidalean fungi based on complete mitochondrial genome sequences // Nucleic Acids Res. 2003a. V. 31. N. 6. P. 1614-1623.

38. Bullerwell С. E., Leigh J., Forget L., Lang B. F. A comparison of three fission yeast mitochondrial genomes //Nucleic Acids Res. 2003b. V. 31. N. 2. P. 759-768.

39. Burger G., Plante I., Lonergan К. M. and Gray M. W. The mitochondrial DNA of the amoeboid protozoan, Acanthamoeba castellanii: complete sequence, gene content and genome organization // J. Mol. Biol. 1995. V. 245. P. 522-537.

40. Burger G., Saint-Louis D., Gray M. W. and Lang B. F. Complete sequence of the mitochondrial DNA of the red alga Porphyra purpurea. Cyanobacterial introns and shared ancestry of red and green algae // Plant Cell. 1999. V. 11 N. 9, P. 1675-1694.

41. Burger G., Forget L., Zhu Y., Gray M. W., Lang B. F. Unique mitochondrial genome architecture in unicellular relatives of animals // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2003a. V. 100. N. 3. P. 892-897.

42. Burger G., Gray M. W., Lang B. F. Mitochondrial genomes: anything goes // Trends Genet. 2003b. V. 19. N. 12. P. 709-716.

43. Casane D., Dennebouy N., de Roshambeau H., Mounolou J. C., Monnerot M. Genetic analysis of systematic mitochondrial heteroplasmy in rabbits // Genetics. 1994. V. 138. P. 471-480.

44. Challberg S. S., Englund P. T. Heterogeneity of minicircles in kinetoplast DNA of Lcishmania tarentolae I I J. Mol. Biol. 1980. V. 138. N. 3. P. 447472.

45. Chen К. K., Donelson J. E. Sequences of two kinetoplast DNA minicircles of Trypanosoma brucei II Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1980. V. 77. N. 5. P. 2445-2449.

46. Cheng D., Simpson L. Isolation and characterization of kinetoplast DNA and RNA ofPhytomonas davidi II Plasmid. 1978. V. 1. N. 3. P. 297-315.

47. Clary D. O., Wolstenholme D. R. The mitochondrial DNA molecule of Drosophila yakuba: nucleotide sequence, gene organization, and genetic code // J. Mol. Evol. 1985. V. 22. N. 3. P. 252-271.

48. Clayton D. A. Mitochondrial DNA replication: what we know // IUBMB Life. 2003. V. 55. P. 213-217.

49. Coskun P. E., Beal M. F., Wallace D. C. Alzheimer's brains harbor somatic mtDNA control region mutations that suppress mitochondrialtranscription and replication // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2004. V. 101. N. 29. P. 10726-10731.

50. Dedet J.-P. Current status of epidemiology of leishmaniasis // In Farrel J. P. (ed.) Leishmania (World class parasites V. 4). Kluwer Academic Publishers. 2002. P. 1-10.

51. Delarbre C., Rasmussen A-S., Arnason U., Gachelin G. The complete mitochondrial genome of the hagfish Myxine glulinosa: unique features of the control region // J. Mol. Evol. 2001. V. 53. N. 6. P. 634-641.

52. Denovan-Wright E. M., Nedelcu A. M., Lee R. W. Complete sequence of the mitochondrial DNA of Chlamydomonas eugametos II Plant Mol. Biol. 1998. V.36.P. 285-295.

53. Dietrich F. S., Voegeli S., Brachat S. et al. The Ashbya gossypii genome as a tool for mapping the ancient Saccharomyces ccrcviscae genome // Science. 2004. V. 304. P. 304-307.

54. Donelson J. E., Gardner M. J., El-Sayed N. M. More surprises from Kinetoplastida // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1999. V. 96. P. 2579-2581.

55. Elfari M., Sclinur L. F., Strelkova M. V., Eisenberger C. L., Jacobson R. L., Greenblatt C. L., Presber W., Schonian G. Genetic and biological diversityamong populations of Leishmania major from Central Asia, the Middle East and Africa // in press

56. Feagin J. E., Stuart K. Differential expression of mitochondrial genes between life cycle stages of Trypanosoma brucei // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1985. V. 82, P. 3380-3384.

57. Feagin J. E., Jasmer D. P., Stuart K. Apoeytochrome b and other mitochondrial DNA sequences are differentially expressed during the life cycle of Trypanosoma brucei II Nucleic Acids Res. 1985. V. 13. N.12. P. 4577-4596.

58. Ferguson M. L., Torri A. F., Perez-Morga D., Ward D. C., Englund P. T. Kinetoplast DNA replication: mechanistic differences between Trypanosoma brucei and Crithidia fasciculata II J. Cell Biol. 1994. V. 126. N. 3.P. 631-639.

59. Fernandes A. P., Nelson K., Beverley S. M. Evolution of nuclear ribosomal RNAs in kinetoplastid protozoa: perspectives on the age and origins of parasitism // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1993. V. 90. P. 1160811612.

60. Flegontov P., Strelkova M., Kolesnokov A. // // Mol. Biochem. Parasitology 2005.(in press)

61. Forget L., Ustinova J., Wang Z., Huss V. A., Lang B. F. Hyaloraphidium curvatum: a linear mitochondrial genome, tRNA editing, and an evolutionary link to lower fungi // Mol. Biol. Evol. 2002. V. 19. N. 3. P. 310-319.

62. Fuller К. M., Zouros E. Dispersed length polymorphism of mitochondrial DNA in the scallop Placopecten magellanicus (Gmelin) // Curr. Genet. 1993. V. 23. P. 365-369.

63. Garesse R. Drosophila melanogaster mitochondrial DNA: gene organization and evolutionary considerations // Genetics. 1988. V. 118. P. 649-663.

64. Glew R. H., Salia A. K., Das S., Remaley A. T. Biochemistry of the Leishmania species//Microbiol. Rev. 1988. V. 52. N. 4. P. 412-432.

65. Grams J., Morris J. C., Drew M. E., Wang Z., Englund P. Т., Hajduk S. L. A trypanosome mitochondrial RNA polymerase is required for transcription and replication // J. Biol. Cliem. 2002. V. 277. N. 19. P. 16952-16959.

66. Gull K., Robinson D. R., Ogbadoyi E. Replication and segregation of the kinetoplast DNA during the cell cycle of trypanosomes // Acta Parasitol. Turcica. 1997. V. 21. N. l.P. 96.

67. Gutter H.-P. R., Maslov D. A., Kolesnikov A. A., Borner T. Ars-Aktivitat von Kinetoplasten DNA in Hefezellen // J. Basic Microbiol. 1986. V. 8. P. 453-459.

68. Hajduk S. L., Klein V. A., Englund P. T. Replication of kinetoplast DNA maxicircles // Cell. 1984. V. 36. P. 483-492.

69. Hale L. R., Singh R. S. Extensive variation and heteroplasmy in size of mitochondrial DNA among geographic populations of Drosophila melanogaster// Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1986. V. 83. P. 8813-8817.

70. Hepburn N. C. Cutaneous leishmaniasis: an overview // J. Postgrad. Med. 2003. V. 49.1. l.P. 50-54.

71. Hinz S., Goringer H. U. The guide RNA database (3.0) // Nucleic Acids Res. 1999. V. 27. N. l.p. 168.

72. Hoeijmakers J. H., Schoutsen В., Borst P. Kinetoplast DNA in the insect ttrypanosomes Crithidia luciliae and Crithidia fasciculata. I. Sequence evolution and transcription of the maxicircle // Plasmid. 1982a. V. 7. N. 3. P. 199-209.

73. Hoeijmakers J. H., Borst P. Kinetoplast DNA in the insect trypanosomes

74. Crithidia luciliae and Crithidia fasciculata. II. Sequence evolution of the minicircles // Plasmid. 1982b. V. 7. N. 3. P. 210-220.

75. Hoeijmakers J. H., Weijers P. J., Brakenhoff G. J., Borst P. Kinetoplast DNA in the insect trypanosomes Crithidia luciliae and Crithidia fasciculata. III. Heteroduplex analysis of the C. luciliae minicircles // Plasmid. 1982c. V. 7. N. 3. P. 221-229.

76. Hughes D., Simpson L., Kayne P. S., Neckelmann N. Autonomous replication sequences in the maxicircle kinetoplast DNA of Leishmania tarentolae //Mol. Biochem. Parasitol. 1984. V. 13. P. 263-275.

77. Hughes A. L., Piontkivska H. Molecular phylogenetics of Trypanosomatidae: contrasting results from 18S rRNA and protein phylogenies // Kinetoplastid Biol. Dis. 2003. V. 2. P. 15.

78. Inoue J. G., Miya M., Tsukamoto K., Nishida M. Evolution of the deep-sea gulper eel mitochondrial genomes: large-scale gene rearrangements originated within the eels // Mol. Biol. Evol. 2003. V. 20. N. 11. P. 19171924.

79. Jasmer D. P., Feagin J. E., Stuart K. Diverse patterns of expression of the cytochrome с oxidase subunit I gene and unassigned reading frames 4 and 5 during the life cycle of Trypanosoma brucci // Mol. Cell. Biol. 1985. V. 5. N. 11. P. 3041-3047.

80. Jasmer D. P., Feagin J. E., Payne M., Stuart K. Variation of G-rich mitochondrial transcripts among stocks of Trypanosoma brncci II Mol. Biochem. Parasitol. 1987. V. 22. P. 259-272.

81. Kamhawi S. The journey of Lcishmania parasites within the digestive tract of phlebotomine sand flies // In Farrel J. P. (ed.) Leishmania (World class parasites V. 4). Kluwer Academic Publishers. 2002. P. 59-73.

82. Killick-Kendrick R. Phlebotomine sand flies: biology and control // In Farrel J. P. (ed.) Leishmania (World class parasites V. 4). Kluwer Academic Publishers. 2002. P. 33-43.

83. Kim R., Ray D. S. Conservation of a 29-base-pair sequence within maxicircle ARS fragments from six species of trypanosomes // Gene. 1985. V. 40. P. 291-299.

84. Kolesnikov A. A., Maslov D. A., Podlipaev S. A. Comparative restriction enzyme cleavage analysis of kinetoplast DNA from the lowertrypanosomatids isolated in the North-West region of the USSR // Arch. Protistenkd. 1990. V. 138. P. 239-250.

85. Kuck U., Godehardt I., Schmidt U. A self-splicing group II intron in the mitochondrial large subunit rRNA (LSUrRNA) gene of the eukaryotic alga Scenedesmus obliquus // Nucleic Acids Res. 1990. V. 18. N. 9. P. 26912697.

86. La Roche J., Snyder M., Cook D. I., Fuller K., Zouros E. Molecular characterization of a repeat element causing large-scale variation in the mitochondrial DNA of the sea scallop Placopecten magellanicus II Mol. Biol. Evol. 1990. V. 7. N. 1. P. 45-64.

87. Lang B. F., Burger G., O'Kelly C. J., Cedergren R., Golding G.B., Lemieux C., Sankoff D., Turmel M., Gray M. * W. An ancestral mitochondrial DNA resembling a eubacterial genome in miniature // Nature. 1997. V. 387. P. 493-497.

88. Lang B. F., O'Kelly C., Nerad Т., Gray M. W., Burger G. The closest unicellular relatives of animals // Curr. Biol. 2002. V. 12. N. 20. P. 17731778.

89. Langkjasr R. В., Casaregola S., Ussery D. W., Gaillardin C., Piskur J. Sequence analysis of three mitochobdrial DNA molecules reveals interesting differences among Saccharomyces yeasts // Nucleic Acids Res. 2003. V. 31. N. 12. P. 3081-3091.

90. Lavrov D. V., Lang B. F. Transfer RNA gene recruitment in mitochondrial DNA // Trends Genet. 2005. V. 21. N. 3. P. 129-133.

91. Lee D. Y., Clayton D. A. Properties of a primer RNA-DNA hybrid at the mouse mitochondrial DNA ieading-strand origin of replication // J. Biol. Chem. 1996. V. 271. N. 39. P. 24262-24269.

92. Lee D. Y., Clayton D. A. Initiation of mitochondrial DNA replication by transcription and R-loop processing // J. Biol. Chem. 1998. V. 273. N. 46. P. 30614-30621.

93. Lee S. Т., Tarn C., Wang C. Y. Characterization of sequence changes in kinetoplast DNA maxicircles of drug-resistant Leishmania // Mol. Biochem. Parasitol. 1992. V. 56. P. 197-208.

94. Lee S. Т., Liu H. Y., Chu Т., Lin S. Y. Specific A + T-rich repetitive DNA sequences in maxicircles from wildtype Leishmania mexicana amazonensis and variants with DNA amplification // Exp. Parasitol. 1994. V. 79. P. 29-40.

95. Lee W.-J., Conroy J., Howell W. H., Kocher T. D., Structure and evolution of teleost mitochondrial control region // J. Mol. Evol 1995a. V. 41. P. 54-66.

96. Lee W.-J., Kocher T. D. Complete sequence of a sea lamprey {Petromyzon marinus) mitochondrial genome: early establishment of the vertebrate genome organization // Genetics. 1995b. V. 139. P. 873-887.

97. Leon W., Frasch A. C., Hoeijmakers J. H., Fase-Fovvler F., Borst P., Brunei F., Davison J. Maxi-circles and mini-circles in kinetoplast DNA from Trypanosoma criizi // Biochim. Biophys Acta. 1980. V. 607. N.2. P. 221-231.

98. Lewis D. L., Farr C. L., Farquhar A. L., Kaguni L. S. Sequence, organization and evolution of the A+T region of Drosophila melanogaster mitochondrial DNA//Mol. Biol. Evol. 1994. V. 11. N. 3. P. 523-538.

99. Linial M., Schlomai J. The sequence-directed bent structure in kinetoplast DNA is recognized by an enzyme from Crithidia fasciculate // The J. Biol. Chem. 1987. V. 262. N. 31. P. 15194-15201.

100. Lukes J., Guilbride D. L., Votypka J., Zikova A., Benne R., Englund P. T. Kinetoplast DNA network: evolution of an improbable structure // Eukaryotic Cell. 2002. V. 1. N. 4. P. 495-502.

101. Marini J. C., Levene S. D., Crothers D. M., Englund P. T. A bent helix in kinetoplast DNA // Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 1982. V. 47. P. 279-283.

102. Maslov D. A., Kolesnikov A. A., Zaitseva G. N. Conservative and divergent base sequence regions in the maxicircle kinetoplast DNA of several trypanosomatid flagellates // Molecular and Biochemical Parasitolology. 1984. V. 12. P. 351-364.

103. Maslov D. A., Podlipaev S. A., Lukes J. Phylogeny of the Kinetoplastida: taxonomic problems and insights into the evolution of parasitism // Mem. Inst. Oswaldo Cruz. 2001. V. 96. N. 3. P. 397-402.

104. Mason P. J., Bishop J. O. Molecular cloning of part of the mitochondrial DNA of Drosophila melanogaster // Biochemical and Biophysical research Communications. 1980. V. 95. P. 1268-1274.

105. Matlashewski G. Leishmania infection and macrophage function // In Farrel J. P. (ed.) Leishmania (World class parasites V. 4). Kluwer Academic Publishers. 2002. P. 105-113.

106. McDonagh P. D., Myler P. J., Stuart K. D. The unusual gene organization of Leishmania major chromosome 1 may reflect novel transcription processes // Nucleic Acids Res. 2000. V. 28. N. 14. P. 28002803.

107. McGhee R. В., Cosgrove W. B. Biology and physiology of the lower Trypanosomatidae // Microbiol. Rev. 1980. V. 44. N. 1. P. 140-173.

108. Michelotti E. F., Harris M. E., Adler В., Torri A. F., Hajduk S. L. Trypanosoma brucci mitochondrial ribosomal RNA synthesis, processing and developmentally regulated expression // Mol. Biochem. Parasitol. 1992. V. 54. P. 31-42.

109. Muhich M. L., Simpson L., Simpson A. M. Comparison of maxicircle DNAs of Leishmania tarentolae and Trypanosoma brucei II Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1983. V. 80. P. 4060-4064.

110. Muhich M. L., Neckelmann N., Simpson L. The divergent region of Leishmania tarentolae kinetoplast maxicircie DNA contains a diverse set of repetitive sequences // Nucleic Acids Res. 1985. V. 13. N. 9. P. 32413260.

111. Mytelka D. S., Chamberlin M. J. Analysis and suppression of DNA polymerase pauses associated with a trinucleotide consensus // Nucleic Acids Res 1996. V. 24. P. 2774-2781.

112. Ntambi J. M., Englund P. T. A gap at a unique location in newly replicated kinetoplast DNA minicircles from Trypanosoma equiperdum II J. Biol. Chem. 1985. V. 260. N. 9. P. 5574-5579.

113. Ntambi J. M., Shapiro T. A., Ryan K. A., Englund P. T. Ribonucleotides associated with a gap in newly replicated kinetoplast

114. DNA minicircles from Trypanosoma cquiperdum II J. Biol. Chem. 1986. V. 261. N. 25. P. 11890-11895.

115. Ohta N., Sato N., Kuroiwa T. Structure and organization of the mitochondrial genome of the unicellular red alga Cyanidioschyzon mcrolaa deduced from the complete nucleotide sequence // Nucleic Acids Res. 1998. V. 26. N. 22.5190-5298.

116. Oudot-Le Secq M. P., Fontaine J. M., Rousvoal S., Kloareg В., Loiseaux-De Goer S. The complete sequence of a brown algal mitochondrial genome, the ectocarpale Pylaialla littoralis (L.) Kjellm // J. Mol. Evol. 2001. V. 53. N. 2. P. 80-88.

117. Oudot-Le Secq M.-P., Kloareg В., Loiseaux-de-Goer S. The mitochondrial genome of the brown alga Laminaria digitala: a comparative analysis // European Journal of Phycology. 2002. V. 37. P. 163-172.

118. Paquin В., Laforcst M.-J., Forget L., Roewer I., Wang Z., Longcore J., Lang B. F. The fungal mitochondrial genome project: evolution of fungal mitochondrial genomes and their gene expression // Curr. Genet. 1997. V. 31. P. 380-395.

119. Pestov D. G., Gladkaya L. A., Maslov D. A., Kolesnikov A. A. Characterization of kinetoplast minicircle DNA in the lower trypanosomatid Crithidia oncopclti // Mol. Biochem. Parasitol. 1990. V. 41. N. l.P. 135-145.

120. Philippe H. Molecular phylogeny of kinetoplastias // Evolutionary Relationships Among Protozoa. Edited by Coombs G. H. et al. Chapman & Hall. London. 1998.

121. Ray D. S. Conserved sequence blocks in kinetoplast minicircles from diverse species of trypanosomes // Mol. Cell. Biol. 1989. V. 9. N. 3. P. 1365-1367.

122. Rees W> A., Yager T. D., Korte J., von Hippel P. H. Betaine can eliminate the base pair composition dependence of DNA melting // Biochemistry. 1993. V. 32. P. 137-144.

123. Rogers W. O., Wirth D. F. Generation of sequence diversity in the kinetoplast DNA minicircles of Leishmania mexicana amazonensis // Mol. Biochem. Parasitol. 1988. V. 30. N. 1. P. 1-8.

124. Ryan К. A., Shapiro Т. A., Rauch C. A., Englund P. T. Replication of kinetoplast DNA in trypanosomes // Ann. Rev. of Microbiol. 1988. V. 42. P. 339-358.

125. Sanchez Puerta M. V., Bachvaroff T. R., Delwiche C.F. The complete mitochondrial genome sequence of the haptophyte Emiliania huxlcyi and its relation to heterokonts // DNA Res. 2004. V. 11. N. 1. P. 110.

126. Sbisa E., Tanzariello F., Reyes A., Pesole G., Saccone C. Mammalian mitochondrial D-loop region structural analysis: identification of new conserved sequences and their functional and evolutionary implications // Gene. 1997. V. 205. P. 125-140.

127. Shadel G. S., Clayton D. A. Mitochondrial DNA maintenance in vertebrates//Ann. Rev. Biochem. 1997. V. 66. P. 409-435.

128. Shaw J. J. New World leishmaniasis: the ecology of leishmaniasis and the diversity of leishmanial species in Central and South America // In Farrel J. P. (ed.) Leishmania (World class parasites V. 4). Kluwer Academic Publishers. 2002. P. 11-31.

129. Silver L. E., Torri A. F., Hajduk S. L. Organized packaging of kinetoplast DNA networks // Cell. 1986. V. 47. P. 537-543.

130. Simpson A. M., Simpson L., Livingston L. Transcription of the maxicircle kinetoplast DNA of Leishmania tarcntolac // Mol. Biochem. Parasitol. 1982. V. 6. P. 237-252.

131. Simpson A. M., Neckelmann N., de la Cruz V. F., Muliich M. L., Simpson L. Mapping and 5' end determination of kinetoplast maxicircle gene transcripts from Leishmania tarcntolac II Nucleic Acids Res. 1985. V. 16. N. 16. P. 5977-5993.

132. Simpson L., Thiemann О. H., Savill N. J., Alfonzo J. D., Maslov D. A. Evolution of editing in trypanosome mitochondria // Proc. Natl. Acad. Sci USA. 2000. V. 97. N. 13. P. 6986-6993.

133. Spithill T. W., Grumont R. J. Identification of species, strains and clones of Leishmania by characterization of kinetoplast DNA minicircles // Mol. Biochem. Parasitol. 1984. V. 12. N. 2. P. 217-236.

134. Spithill T. W., Grumont R. J., Mitchell G. F. Characterization of isolates and clones of Leishmania by analysis of kinetoplast DNA // J. Cell Biochem. 1984. V. 24. N. 2. P. 103-112.

135. Stothard J. R. Future Trypanosomatid phylogenies: refined homologies, supertrees and networks // Mem. Inst. Oswaldo Cruz. 2000. V. 95. N. 4. P. 523-526.

136. Stuart K. D., Gelvin S. R. Localization of kinetoplast DNA maxicircle transcripts in bloodstream and procyclic form Trypanosoma briicei И Mol. Cell. Biol. 1982. V. 2. P. 845-852.

137. Stuart K. D., Feagin J. E., Jasmer D. P. // In Calender R., Gold L. (eds.) Sequence specificity in transcription and translation. Alan R. Liss, Inc. New York. 1985. P. 621-631.

138. Stuart K. D. Regulation of mitochondrial gene expression in Tiypanosoma bincei II BioEssays. 1990. V. 6. N. 4. P. 178-181.

139. Stuart К. D., Feagin J. E. Mitochondrial DNA of kinetoplastids // Int. Rev. Cytol. 1992. V. 141. P. 65-88.

140. Stuart K. D., de Vos Т., Myler P. J. Maxicircle replication in Tiypanosoma brucei II Acta Parasitol. Turcica. 1997. V. 21. P. 52.

141. Sugisaki H., Ray D. S. DNA sequence of Crithidia fasciculata kinetoplast minicircles // Mol. Biochem. Parasitol. 1987. V. 23. N. 3. P. 253-263.

142. Takano H., Abe Т., Sakurai R., Moriyama Y., Miyazawa Y., Nozaki H., Kawano S., Sasaki N., Kuroiwa T. The complete DNA sequence of the mitochondrial genome of Physarum polycephalum II Mol. Gen. Genet. 2001. V. 264. N. 5. P. 539-545.

143. Tarassoff I. A., Kuzmin E. V., Levchenko I. V., Zaitseva G. N. Repeated sequences with unusual properties from the divergent region of Crithidia oncopclti maxicircle kinetoplast DNA // Mol. Gen. Genet. 1986. V. 205. P. 122-126.

144. Tarassoff I. A., Levchenko I. V., Zaitseva G. N. Transcripts of the maxicircle kinetoplast DNA of Crithidia oncopelti II Mol. Biochem. Parasitol. 1987. V. 26. P. 235-246.

145. Travers A. A. Why bend DNA? // Cell. 1990. V. 60. P. 177-180.

146. Wolff G., Plante I., Lang B. F., Kuck U., Burger G. Complete sequence of the mitochondrial DNA of the chlorophyte alga Prototheca mckerhamii. Gene content and genome organization // J. Mol. Biol. 1994. V. 237. N. l.P. 75-86.

147. Wolstenholme D. R. Replication of Drosophila mitochondrial DNA // In Becker Y. (ed.) Replication of viral and cellular genomes. 1983. Martinus Nijhoff. Boston. P. 131-148. цит. no Lewis et al., 1994.

148. ЩШ &ЗЩ Ш. ЗДЖ ЕШ Ш. 2000. ШЯТ'ШФЯшт. m^umt.178. Robert F.Weaver ( Ф .

149. McGraw-Hill Companies,Inc.1. Благодарность