Диссертации » Биологические науки » Ихтиология

Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему
Генетическая дифференциация нерки (Oncorhynchus nerka) азиатских стад
ВАК РФ 03.00.10, Ихтиология

Автореферат диссертации по теме "Генетическая дифференциация нерки (Oncorhynchus nerka) азиатских стад"

На правах рукописи УДК 597 553 2 575

ХРУСТАЛЕВА Анастасия Михайловна

ГЕНЕТИЧЕСКАЯ ДИФФЕРЕНЦИАЦИЯ НЕРКИ {ОМСОШтСШБ ¡УЕШМ) АЗИАТСКИХ СТАД

Специальность 03 00 10 — ихтиология

АВТОРЕФЕРАТ

диссертации на соискание ученой степени кандидата биологических наук

ООЗ 1596-77

Москва - 2007

003159677

Работа выполнена во Всероссийском научно-исследовательском институте рыбного хозяйства и океанографии (ВНИРО)

Научный руководитель доктор биологических наук

Кловач Наталия Владимировна, Всероссийский научно-исследовательский институт рыбного хозяйства и океанографии (ВНИРО), г Москва

Официальные оппоненты доктор биологических наук

Кляшторин Леонид Борисович, Всероссийский научно-исследовательский институт рыбного хозяйства и океанографии (ВНИРО), г Москва

кандидат биологических наук Шубина Елена Александровна,

Научно-исследовательский институт физико-химической биологии им. А Н Белозерского МГУ, г Москва

Ведущая организация Дмитровский филиал Астраханского

государственного технического университета (ДФ ФГОУ ВПО «АГТУ»)

Защита состоится 26 октября 2007 г в 11 часов на заседании диссертационного совета Д 307 004 01 при Всероссийском научно-исследовательском институте рыбного хозяйства и океанографии (ВНИРО) по адресу 107140, Москва, ул Верхняя Красносельская, д 17

Факс 8-499-264-91-87, электронный адрес $ес1оуа@УП1го ги

С диссертацией можно ознакомиться в библиотеке ВНИРО Автореферат разослан » сентября 2007 г

Ученый секретарь диссертационного совета, кандидат биологических наук

М А Седова

Актуальность темы. Нерка Oncorhynchus nerka (Walbaum) — анадромный моноцикличный вид с длительным пресноводным периодом жизни, представленный в пределах ареала множеством популяций различного иерархического уровня (Берг, 1948, Foerster, 1968, Коновалов, 1980, Крогиус, 1983, Burgner, 1991, Бугаев, 1995) В связи с высокой экологической пластичностью, морфологической и генетической изменчивостью, сложной внутривидовой и внутрипопуляционной организацией, характерной для данного вида, задача дифференциации стад нерки имеет большое научное и практическое значение Этому вопросу посвящено множество работ, использующих различные методологические подходы, само многообразие которых свидетельствует о сложности данной проблемы

В целом, методы, используемые в решении подобного рода задач, могут быть разделены на две группы классические ихтиологические (мечение, морфологические маркеры, паразиты-индикаторы) и генетические К настоящему моменту накоплены обширные сведения о распространении американских и азиатских стад нерки, основанные на результатах многолетнего мечения (Myers et al, 1996), паразитологических (Коновалов, 1971, Margohs, 1963, Бирман, 2004, Beacham et al, 1998) и морфологических (Bugaev, 2003, Бугаев, 2003а, 20036,2003в) данных

Однако далеко не всегда с помощью биологических маркеров удается определить принадлежность нерки к американским или азиатским стадам, не говоря уже о принадлежности к популяциям более низкого ранга (Бугаев, 2003а) В ряде случаев малоэффективными оказываются и методы биохимической генетики, что связано с низкой аллозимной изменчивостью, свойственной данному виду (Vamavskaya, 1994а, Варнавская, 2006). Поэтому в последние годы в России, США и Канаде наряду с изучением белкового полиморфизма в популяциях нерки активно проводятся молекулярно-генетические исследования (Bickham et al, 1995, Taylor et al, 1996, Брыков и др , 2003, Beacham et al, 1995, 2005a, 2006a, Corley-Smith et al, 2005) Сегодня уже существует обширный генетический банк данных по нерке Азии и Северной Америки Однако до настоящего времени молекулярно-генетическими исследованиями не были охвачены стада нерки материкового побережья Охотского моря и Курильских островов Вместе с тем изучение генетической изменчивости нерки на всем

ареале является важным условием для понимания закономерностей эволюции и формирования представлений о популяционной структуре вида в целом

Поскольку каждый из используемых в настоящее время методов оперирует данными, отражающими различные аспекты одного и того же феномена -существования внутри вида в той или иной степени обособленных, сложным образом взаимодействующих локальных группировок - целостное представление о популяционной организации может быть составлено только на основе обобщения информации, поставляемой различными методами (Begg, ^УаМтап, 1999) В этой связи комплексный подход к проблеме дифференциации стад нерки, основанный на использовании биологических и молекулярно-генетических маркеров представляется наиболее перспективным

Наконец, для корректной интерпретации результатов молекулярно-генетических исследований необходимо выполнение как минимум двух условий 1) тщательный подбор ДНК-маркеров и 2) изучение межгодовой и сезонной изменчивости аплельных частот полиморфных локусов ДНК с целью ее исключения на этапе суждения о популяционной принадлежности особей Такой комплекс исследований азиатской нерки ранее не проводился

В свете изложенного целью исследования было выявление генетической дифференциации популяций нерки азиатского побережья Тихого океана и разработка метода определения популяционной принадлежности особей Для достижения цели были поставлены следующие задачи:

1 Определить эффективность использования различных типов маркеров для дифференциации популяций и определения популяционной принадлежности на примере нерки западной Камчатки и отобрать наиболее репрезентативные молекулярные маркеры ядерной ДНК для популяционно-генетических исследований азиатской нерки

2 Оценить соотношение межгодовой (на уровне смежных поколений и подходов), сезонной (на уровне сезонных рас) и межпопуляционной компонент генетической изменчивости нерки азиатских стад

3 Изучить размерно-возрастную структуру и генетическую изменчивость в популяциях азиатской нерки крупнейших озерно-речных систем западной и восточной Камчатки, Чукотки, северо-западного побережья Охотского моря и северных Курильских островов

4 Разработать комплексный подход к дифференциации стад азиатской нерки с использованием биологических и молекулярно-генетических маркеров

5 Оценить эффективность отобранных маркеров для индивидуальной идентификации и определения популяционной принадлежности нерки из смешанных морских уловов

Научная новизна. Впервые проведено сравнительное исследование полиморфизма ядерной ДНК нерки трех крупнейших популяций западной Камчатки с использованием трех типов молекулярно-генетических маркеров ИАРБ-маркеров, микросателлитных локусов ДНК и БЫР-маркеров. Для популяционно-генетических исследований азиатской нерки были отобраны 6 высокополиморфных микросателлитных локусов, не использовавшихся ранее в качестве генетических маркеров нерки российских стад Впервые проведено исследование межгодовой изменчивости аллельных частот микросателлитных локусов ДНК в смежных поколениях и подходах азиатской нерки (р Большая, западная Камчатка)

Впервые методами молекулярно-генетического анализа исследованы локальные популяции нерки северо-западного побережья Охотского моря (р Охота) и северных Курильских островов (о Шумшу, озерно-речная система Беттобу) Сформулирована гипотеза о заселении Северных Курильских островов неркой из южных рефугиумов (районы к югу от п-ва Камчатка) после отступления позднеплейстоценового оледенения, что обусловливает ее генетические отличия от нерки более северных регионов Разработан комплексный подход к дифференциации нерки азиатских стад с использованием биологических и молекулярно-генетических маркеров

Практическая значимость работы. Создан низкотемпературный криобанк образцов ткани нерки крупнейших азиатских популяций, пополнена база данных Российской национальной коллекции эталонных генетических материалов (РНКЭГМ ВНИРО) На II часть РНКЭГМ (Лососевые виды рыб) получено свидетельство об официальной регистрации базы данных в Федеральной службе России по интеллектуальной собственности, патентам и товарным знакам за № 2006620352 от 3 11 2006

Создана реперная база генетических данных, включающая аллельные частоты по 6 микросателлитным локусам, практически для всей азиатской части

ареала исследуемого вида и разработана методика определения популяционной принадлежности особей нерки

Результаты представленной работы могут использоваться для идентификации происхождения нерки, пойманной у восточного побережья Камчатки, при проведении мониторинговых работ в период преднерестовых миграций с целью оценки доли рыб западной Камчатки, р Камчатка и беринговоморского побережья Камчатки Это позволяет за 2-4 недели до подходов в районы прибрежного промысла оперативно корректировать прогнозы сроков и численности подходов нерки к районам воспроизводства

Положения, выносимые на защиту.

1 Для дифференциации стад и определения популяционной принадлежности нерки азиатского побережья Тихого океана наиболее эффективными являются микросателлитные ДНК-маркеры

2 Межпопуляционная генетическая изменчивость нерки Камчатки соответственно в 7-15 раз превышает межгодовую, и в 4 раза - сезонную изменчивость

3 Послеледниковое расселение нерки из перигляциальных рефугиумов послужило основой ее пространственной генетической дифференциации

4 Комплексный подход к дифференциации стад азиатской нерки с использованием молекулярно-генетических и биологических маркеров представляется наиболее перспективным в изучении внутривидовой структуры нерки Азии

Апробация работы. Материалы диссертации были представлены на Международной конференции "Инновации в науке и образовании — 2004" (Калининград, 2004г), 13 сессии NPAFC (Чеджю, Республика Корея, 2005 г), конференции молодых ученых "Экология в меняющемся мире" ИЭРиЖ УрО РАН (Екатеринбург, 2006 г), Международной конференции "Применение генотипирования SNP в рабопромысловых исследованиях" (Гринвуд, США, 2006 г), 15-ом ежегодном совещании PICES (Иокогама, Япония, 2006 г), Международной конференции "Сохранение биоразнообразия Камчатки и прилегающих морей" (Петропавловск-Камчатский, 2006 г), Международном конгрессе студентов, аспирантов и молодых ученых "Перспектива-2007" (Нальчик, 2007г), Международной конференции молодых ученых PACES

"Новые рубежи в морской науке" (Балтимор, США, 2007 г), конференции "Современные проблемы физиологии и биохимии водных организмов" (Петрозаводск, 2007 г), а также на коллоквиумах и Ученых советах ВНИРО

Публикации. По результатам исследований опубликовано 12 работ, в том числе 1 статья в журнале, рекомендованном ВАК

Структура и объем диссертации. Диссертация состоит из введения, 5 глав, выводов и списка литературы из 370 наименований, содержит 39 рисунков и 37 таблиц Общий объем работы - 233 страницы

Благодарности. Автор выражает искреннюю благодарность коллегам из ВНИРО, КамчатНИРО, Чукотского и Хабаровского отделений ТИНРО, принявшим участие в организации полевых работ и сборе материала, заведующей лаборатории экологии рыб, д б н Е Н Кузнецовой за содействие в организации сбора и обработки материала, сотрудникам сектора молекулярной генетики ВНИРО А А Волкову, к б н ДА Зелениной, В А Барминцеву, А Е Барминцевой, Д С Стоклицкой, к б н НС Мюге за помощь в обработке материала, предоставление и освоение методик

Особую признательность автор выражает своему научному руководителю д б н Н В Кловач за организацию работы на всех ее этапах, ценные рекомендации и замечания по тексту рукописи

ГЛАВА 1 СРАВНИТЕЛЬНАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА МЕТОДОВ ДИФФЕРЕНЦИАЦИИ СТАД НЕРКИ

В главе рассматриваются особенности распространения и биологии нерки, приводятся различные взгляды на популяционную организацию данного вида, обсуждаются основные методы дифференциации стад тихоокеанских лососей Подробно рассмотрены современные методики молекулярно-генетического анализа, их достоинства и недостатки, на основании чего предложены методы, используемые в данной работе

ГЛАВА 2 МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2.1. Основные сведения о собранном и обработанном материале

Материалом послужили данные биоанализа, образцы чешуи и пробы ткани нерки, собранные в 2003-2005 гг в устьях рек западной и восточной Камчатки,

материкового побережья Охотского моря, водоемах Чукотки и северных Курильских островов (Табл 1)

Таблица 1 Объем собранного и обработанного материала

Популяция

Обозначение

Дата сбора

Количество собранных и обработанных проб

Биоанализ

Определение возраста

Выделение ДНК

Чукотка,

Мейныпильгынская озерно-речная система, оз Ваамочка Восточная Камчатка, р Пахача

Восточная Камчатка, р Камчатка (устье) Восточная Камчатка, бассейн р Камчатка, оз Азабачье Западная Камчатка, р Озерная

Западная Камчатка, р Большая

Западная Камчатка, р Папана

Материковое побережье Охотского моря, р Охота

Северные Курильские о-ва, о Шумшу, озерно-речной комплекс Беттобу

Ch

KPh КК

ККа

КО КВ-03 КВ-04 КР Okh

Kur

28 июля

2004 г

17-27 июня

2005 г

29 июня -

9 июля 2004 г

3-13 июля 2004 г

4-7 августа 2003 г

23-30 июля

2003 г

11-20 авхуста

2004 г 10-21 июля

2003 г 22 июля

2004 г

30 июля - 5 августа 2004 г

50

67 200

150

200 200 100 200 100

60

50

67 200

200 200

200 100

60

50

60 101

82

100 100 81 100 80

60

Анализ полиморфизма микросателлитной ДНК нерки поведен для 720 производителей из разных районов азиатской части ареала вида Исследование популяционной структуры нерки Западной Камчатки проведено с использованием трех типов молекулярных маркеров Исследован полиморфизм шести микросателлитных локусов (0пе-108, 0пе-109, Опе-111, Опе-114, OtsG253b, и ОММ-1082), пяти SNP локусов (0ne-mhcl09, 0ne-mhcl90, Опе-

mhc2Sl, One-Prl2 и One-CytB26), а также проведен анализ вариабельности случайно амплифицированной полиморфной ДНК методом RAPD-PCR со стандартным 10-нуклеотидным праймером ОРА-02

2.2. Методики молекулярно-гнетического анализа

Тотальную ДНК выделяли из фрагментов печени или спинного плавника по стандартным методикам (Маниатис и др, 1984, Sambrook et al, 1989) Концентрацию и степень очистки выделенной ДНК определяли на планшетном спектрофотометре "SPECTRAmax PLUS384" Выделенную ДНК разводили до концентрации 20-50 нг/мкл для последующей амплификации с помощью полимеразной цепной реакции (ПНР) Амплификацию фрагментов ДНК, содержащих тетрануклеотидные микросателлитные последовательности, проводили с помощью двух мультипраймерных ПЦР, для каждой из которых были выбраны три пары праймеров с близкими значениями температуры плавления Из каждой пары один олигонуклеотид (прямой) был модифицирован флуоресцентной меткой с максимумом эмиссии, отличающимся от двух других

Электрофорез осуществляли по стандартным методикам (Маниатис и др, 1984) Анализ продуктов амплификации микросателлитных локусов проводили с помощью прибора для капиллярного электрофореза Первичные данные SNP- и RAPD-анализа любезно предоставлены к б н Зелениной Д А Обработку электрофореграмм и определение размера аллелей микросателлитных и RAPD-локусов выполняли с помощью программ GenoSpectrum и Phoretix ID

2.3. Статистическая обработка данных

Статистическая обработка данных биоанализа проведена с использованием пакета прикладных программ SPSS 10 0 Классификацию выборок осуществляли с помощью дискриминантного анализа Снижение размерности данных проводили методом главных компонент Визуализацию матрицы попарных межвыборочных геометрических дистанций "в городских кварталах" осуществляли с помощью многомерного шкалирования Сравнение выборок проводили с использованием t-критерия Стьюдента

Анализ данных ДНК-фингерпринтинга При анализе RAPD-профилей учитывали амплифицированные фрагменты размером от 100 до 800 пн Частоты рецессивных аллелей RAPD-локусов q't, их дисперсии Var(q'J, несмещенные

оценки гетерозиготности H't и средние значения по всем локусам

рассчитывали по формулам, предложенным Животовским (Zhivotovsky, 1999) На основании стандартных генетических расстояний Ней методом невзвешенных парно-групповых средних (UPGMA) с помощью программы TFPGA строили дендрограмму генетического сходства популяций нерки Достоверность различий между популяциями по частотам RAPD-фрагментов оценивали с использованием вероятностного теста в программе TFPGA Тест на принадлежность к популяции (assignment-test) проводили с помощью специально разработанного нами программного обеспечения (Хрусталева и др, 2004) по формуле для доминантных генетических маркеров (Campbell et al, 2003) Многомерный анализ данных осуществляли с помощью демо-версии программного пакета BioNumencs

Основные генетические показатели популяций по результатам анализа полиморфизма микросателлитных локусов и SNP-анализа были получены с помощью программ TFPGA, GENEPOP 3 4, Microsatellite analyzer (MSA) 3 12, Population, TreeV 1 6 6 и Arlequin 2 0 Частоты аллелей в исследованных выборках, тесты на соответствие равновесию Харди-Вайнберга и проверку неравновесия по сцеплению рассчитывали с применением метода цепей Маркова в программе GENEPOP 3 4 Гетерозиготность в выборках и определение соответствия наблюдаемого и ожидаемого числа аллелей на локус согласно двум моделям мутационного процесса микросателлитных локусов проводили с помощью программы MS А 3 12 Расчет генетических дистанций Ней, ô/x2, хордового расстояния и построение дендрограмм методом UPGMA- с помощью программ Population, TreeV 1 6 6 и TFPGA Достоверность филогенетических построений оценивалась с помощью бутстрэп-анализа (1000 итераций) Оценки межпопуляционной дифференциации аллельных частот - Fst (0st) и аналогичные оценки, основанные на корреляции с длинами аллелей - Ra (Pst) рассчитывали с помощью программы GENEPOP 3.4 Для проверки гипотезы изоляции расстоянием попарные межвыборочные генетические расстояния Fst (Ra) были изображены графически как функция географических дистанций, значимость регрессии между Fst (Ra) и физическими дистанциями проверена с помощью Мантель-теста в программе Isolda (GENEPOP 3 4) Многомерный статистический анализ генетических данных выполняли в программе SPSS 10 0

ГЛАВА 3 ЭФФЕКТИВНОСТЬ ИСПОЛЬЗОВАНИЯ РАЗЛИЧНЫХ ТИПОВ МАРКЕРОВ ДЛЯ ИЗУЧЕНИЯ ПОПУЛЯЦИОННОЙ СТРУКТУРЫ И ОПРЕДЕЛЕНИЯ ПОПУЛЯЦИОННОЙ ПРИНАДЛЕЖНОСТИ НЕРКИ ЗАПАДНОЙ КАМЧАТКИ

3.1. Биологические показатели нерки рек западного побережья Камчатки

Анализ возрастной структуры нерки рек западной Камчатки показал, что большинство особей из рек Большая, Озерная и Палана проводит в море 3 года Продолжительность пресноводного периода у нерки из разных водоемов воспроизводства различается Наибольшая она у нерки р Озерная и р Палана, нагуливающейся в среднем два года до ската в море в озерах Курильском и Паланском, наименьшая - у нерки р Большая, в массе скатывающейся в море в возрасте 1+ Согласно данным, имеющимся в литературе (Бугаев, 1995, Бугаев и др , 2001а, 20016, 2002а, 20026, Бугаев, Дубынин, 2002), и нашим наблюдениям, проведенным в 2003 г , нерка рек западного побережья Камчатки различается по ряду биологических показателей, в том числе, по длине и массе тела Самой крупной является нерка р Большая, самой мелкой - озерновская нерка

Сравнение выборок нерки по шести критериям (длина и масса тела, масса порки, полный возраст, речной и морской возраст) выявило статистически значимые различия (р<0 05) между выборками по размерам, массе и общей продолжительности жизни особей всех трех популяций, а также по продолжительности речного и морского периодов жизни между выборкой р Большая с одной стороны и выборками рек Озерная и Палана с другой Это позволяет использовать основные биологические характеристики в качестве маркеров при определении популяционной принадлежности особей Однако, биологические показатели, такие как масса, длина, возраст производителей и количество лет проведенных неркой в море, коррелируют между собой

Для сокращения числа переменных и выявления скрытых (не поддающихся непосредственному измерению) компонент изменчивости (факторов), объясняющих взаимообусловленность биологических характеристик мы воспользовались процедурой снижения размерности Из набора четырех основных характеристик (длина, масса тела, речной и морской возраст), были выделены два фактора объясняющих в сумме 76% общей изменчивости биологических признаков Затем по результатам дискриминантного анализа

была построена модель, включающая оба фактора в качестве переменных, позволяющая дифференцировать выборки производителей нерки западного побережья Камчатки (рис. 1). С помощью полученной модели была выполнена классификация особей каждой из исследуемых выборок. Доля корректных определений в среднем составила 60% (табл. 2).

-6 -4 -2 0 2 4 6

Дискркмимангная функция !

Рис. I. Расположение выборок рек Большая (КВ), Озерная (КО), Палана (КР) в пространстве двух канонических дискриминантных функций.

Низкая эффективность определения популяционной принадлежности особей по основным биологическим характеристикам обусловливает необходимость применения для дифференциации локальных стад нерки западной Камчатки других типов маркеров.

3.2. Молекулярные ДНК-маркеры в изучении популицнонной структуры и определении популяционной принадлежности нерки западной Камчатки

В популяциях нерки Западной Камчатки все исследуемые Йикросате л литные и 5М1 локусы были полиморфны, при этом в большинстве выборок обнаружено статистически значимое соответствие наблюдаемых и ожидаемых при равновесии Харди-Вайнберга частот генотипов. Общее число ДНК-фрагментов а КАРО-сгтектрах составило 71, доля полиморфных ЯАРО-локусов в выборках варьировала от 64 до 71%.

Исследованные нами закономерности изменчивости трех типов молекулярных маркеров ДНК в популяциях нерки рек Большая, Озерная, Пала на подтверждают, что наиболее высокий уровень полиморфизма характерен для кодоминантных м икросател л НТНЫХ локусов, гетерозиготность которых ( Н, = 0.888) почти в пять раз превышает гетерозиготность ЯАРО-маркеров (Не = 0,189) и в два рам - ЭЫР-маркеров (Я, = 0.409). При этом сходство опенок генетической изменчивости в популяциях нерки западной Камчатки обнаруживается по всем трем типам маркеров. Наиболее высокая гетерозиготность была отмечена в выборке р. Озерная, что, очевидно, обусловлено огромной численностью курильской нерки, составляющей более 70% численности данного вида в Азии. Высокодостоверные различия между западно камчатски ми популяциями нерки были выявлены по частотам аллелей всех исследуемых молекулярных маркеров.

В результате кластеризации методом многомерного шкалирования на основе матрицы коэффициентов кросс-корреляции Дайса индивидуальных РАРО-сиектров нерки западного побережья Камчатки особи объединились в три группы, каждая из которых соответствует отдельной локальной популяции (рис. 2).

с

Рис. 2. Генетическая дифференциация нерки западного побережья Камчатки, полученная методом многомерного шкалирования данных ВАРО-анализа; • - р. Большая; - р. Озерная; о - р. Палана,

иРО МА-ден др о ¡рам м ы генетического сходства популяций иерки, построенные по дистанциям Ней, рассчитанным по частотам аллелей ЕАРО-

локусов, микросателлитных и вЫР-локусов, характеризовались высокой степенью надежности, о чем свидетельствуют значения индексов бутстрепа, однако имели различную топологию (Рис 3) На наш взгляд, это объясняется тем, что при использовании разных методов анализа ДНК скринингу подвергаются различные области генома, и, таким образом, результаты, полученные с их помощью, при всей своей достоверности могут не вполне соответствовать друг другу Представляется очевидным, что ЯАРБ и БИР-маркеры, локализованные в кодирующих областях генома, могут быть подвержены различным формам отбора (А11епс1ог£ ЗееЬ, 2000) Кроме того, анализируемые ДНК-маркеры характеризуются разным темпом эволюционирования Наиболее высокая частота мутаций свойственна микросателлитам (Ю'МО-4 на локус за поколение), частота же однонуклеотидных замен по некоторым оценкам составляет примерно 10'9 на нуклеотид в год При этом следует отметить высокий уровень скорелированности результатов микросателлитного и БЫР-анализа.

(а)

I-1-1-1-

(б)

I-1-1-1-1

1иоо <П5в в. ню а050 а ооо

р Большая . р Пала на ■ р Озерная

(В)

р Большая ' р Озерная р Палана

ч

100

С

р Большая р Озерная р Палана

Рис 3 ЦРОМА-дендрограммы генетического сходства популяций нерки Западной Камчатки, построенные по результатам (а) - КАРО-РСЯ, (б) - анализа полиморфизма микросателлитных локусов, (в) - БИР-анализа (в узлах указаны

индексы бутстрепа)

Молекулярные маркеры ДНК характеризуются разной эффективностью в тестах на определение популяционной принадлежности особей (табл 2) При определении индивидуальной принадлежности вероятность отнесения особи к нативной популяции зависит от числа и степени полиморфизма анализируемых молекулярных маркеров (Мопп й а1, 2004) Так стада нерки западной Камчатки можно идентифицировать с точностью 97% при использовании ИАРБ-маркеров, 78% - микросатиллитов и лишь 61% при использовании БЫР Высокая разрешающая способность 1*АРБ-маркеров при определении популяционной принадлежности нерки подтверждается литературными данными (Сог1еу-8пнЙ1 Л а!, 2005)

Таблица 2 Результаты дискриминантного анализа и теста на принадлежность к популяции, проведенных по биологическим и генетическим характеристикам нерки рек западного побережья Камчатки

Доля корректных определений, %

Популяция Биологические показатели ДНК-фигерпринтинг (ЯАРБ-РСК.) Анализ полиморфизма микросателлит-ных локусов 8№-анализ

р Большая 74 94 78 54

р Озерная 41 96 75 49

р Палана 72 100 82 80

В среднем 60 3 96 7 78 3 61 0

Выбор того или иного маркера в первую очередь определяется целью исследования, а также возможностью сопоставления полученных результатов с данными других лабораторий и материальными и временными затратами на разработку и использование данного типа маркеров Так, КАРБ-РСК, несмотря на высокую разрешающую способность, характеризуется низкой воспроизводимостью и чувствительностью к качеству матричной ДНК Анализ единичного нуклеотидного полиморфизма, напротив, имеет ряд преимуществ, тк помимо его надежности и однозначной трактовки полученных данных, результаты его полностью воспроизводимы при проведении параллельных исследований в различных лабораториях вне зависимости от способа анализа, используемых реактивов и оборудования В то же время, метод детекции 8ЫР

посредством аллель-специфической ПЦР представляется менее экономичным по сравнению с анализом полиморфизма микросателлитной ДНК

Таким образом, для достижения поставленной перед нами цели наиболее предпочтительными молекулярными маркерами по ряду признаков разрешающей способности, экономичности, воспроизводимости, следует признать мшфосателлитные маркеры ДНК В то же время, при соблюдении определенных требований к протоколу анализа не менее эффективным оказывается ЯАРО-РСК

ГЛАВА 4 СЕЗОННАЯ И МЕЖГОДОВАЯ ГЕНЕТИЧЕСКАЯ ИЗМЕНЧИВОСТЬ НЕРКИ КАМЧАТКИ

4.1. Полиморфизм микросателлитных локусов ДНК в смежных поколениях и подходах нерки р. Большая.

Нерестовая часть популяции нерки р Большая представлена поколениями

трехлеток (1 5%), четырехлеток (13 3%), пятилеток (70 6%), шестилеток (14 1%)

и семилеток (0 5%) (Бугаев и др, 2002а) Поэтому с уверенностью можно

предположить существование потока генов между смежными поколениями

Однако превалирование в нерестовых подходах одной возрастной группы в

отдельные годы может давать заметные колебания частот аллелей в поколениях

нерки вследствие дрейфа генов

Мы провели анализ полиморфизма длин микросателлитных

последовательностей ДНК нерки р Большая в подходах 2003 и 2004 гт, а также

в двух смежных поколениях производителей в 2003 г

Выборки производителей болыперецкой нерки из подходов смежных лет

оказались близки по оценкам генетического разнообразия (Яе=0 890 и 0 893) Те

же тенденции отмечены в поколениях пятилеток (4+) и шестилеток (5+) нерки в

2003 г (Яе= 0 889 и 0 890) Тесты на генную дифференциацию выявили

значимые различия в распределении частот аллелей между выборками смежных

лет только по одному локусу Опе-114 Различия между подходами смежных лет

отсутствовали по частотам генотипов всех исследуемых локусов (табл 3)

Значимых различий между смежными поколениями нерки в частотах аллелей

(р= 0 258) и генотипов (р= 0 442) также не выявлено

Таким образом, аллельные и генотипические частоты исследуемых локусов

в популяции р Большая устойчивы в межгодовом аспекте, следовательно,

величиной межгодовой изменчивости микросателлитных локусов можно пренебречь, что дает нам основание в популяционных исследованиях азиатской нерки объединять данные, собранные в смежные годы, или использовать сборы за один сезон

Таблица 3 Коэффициенты Ря (над чертой) и (под чертой), рассчитанные для каждой пары популяций (в верхней правой части таблицы) и уровни значимости различий между группами (* -р<0 05, ** -р<0 01, *** -р<0 001) по частотам аллелей (над чертой) и генотипов (под чертой) по результатам вероятностного теста (в левой нижней части таблицы)

р Большая, р Большая, р Озерная,

2003 г 2004 г 2003 г

р Большая, 0 0009 0 0061

2003 г (-0 0053) (-0 0013)

р Большая, 0 112 0 0050

2004 г (0 041*) (-0 0054)

р Озерная, 0 000*** 0 000***

2003 г (0 000***) (0 000***)

4.2. Сезонная изменчивость мнкросателлнтной ДНК нерки в бассейне р. Камчатка.

Для нерки характерно наличие внутривидовых симпатрических форм, называемых сезонными расами, между которыми в той или иной степени прослеживается временная и биотопическая изоляция в репродуктивный период Мы изучили биологические и генетические особенности нерки ранней и поздней сезонной расы бассейна р Камчатка

Для ранней нерки, пойманной на нерестилище в оз Азабачье, получены относительно более высокие оценки уровня полиморфизма (Не=0 894, среднее число аллелей на локус па = 16 2), по сравнению с неркой позднего хода из устья реки (Яг =0 878, па = 15 2) Это обстоятельство не в последнюю очередь объясняется значительно более высокой численностью ранней нерки по сравнению с неркой позднего хода Достоверных различий по частотам аллелей и генотипов между сезонными расами нерки по сумме всех исследуемых локусов не обнаружено (р = 0 075 и 0 085, соответственно) Уровень попарной межвыборочной дифференциации, оцененный величиной для сезонных рас нерки р Камчатка оказался в 4 раза ниже межпопуляционного значения Fs„ отмеченного для рек Большая и Озерная (Fst= 0 0015 и 0 0061, соответственно)

Полученные нами результаты свидетельствуют об отсутствии строгой изоляции между расами нерки р Камчатка вследствие потока генов между ними Сроки нерестового хода сезонных рас нерки могут варьировать от года к году, а сдвиги сроков нереста могут наблюдаться в зависимости от численности обеих рас Опубликованные ранее данные по морфологии, экологии, генетической, половой и возрастной структурам субизолятов свидетельствуют о значительной близости сезонных рас в пределах изолята (Коновалов, 1980) В оз Азабачье обнаружены субизоляты, которые являются как бы переходными формами между весенней и летней расами по многим характеристикам (Коновалов, 1980)

ГЛАВА 5 ДИФФЕРЕНЦИАЦИЯ СТАД АЗИАТСКОЙ НЕРКИ

5.1. Размерно-возрастная структура нерки некоторых азиатских стад Стада нерки разных озерно-речных систем Азии различаются возрастной структурой Прежде всего, выделяются локальные стада, где явно преобладают рыбы с одним пресноводным годом жизни Сюда относятся популяции р Большая, р Охота и озерно-речного комплекса Бетгобу Ко второй группе можно отнести локальные стада, где преобладают рыбы, нагуливающиеся в озерах 1-2 года Это главным образом популяции Чукотки и восточной Камчатки, где условия нагула молоди и формирования численности стад определяются наличием глубоких озер в бассейнах рек И, наконец, третью группу составляют локальные стада, где большинство особей нагуливаются в озерах 2 года Сюда относятся две крупнейшие популяции нерки западной Камчатки - оз Курильского (р Озерная) и оз Паланского (р Палана)

Кроме того, нерка разных стад различается размерно-весовыми характеристиками Согласно нашим наблюдениям, наибольшие длина и масса характерны для нерки р Большая, наименьшие - для нерки р Камчатка, р Охота и Северных Курильских островов

На основании средних значений длины и массы тела особей в выборках 2003-2005 гг и среднемноголетних частот возрастных классов нерки из разных районов воспроизводства было получено графическое изображение взаимного расположения популяций нерки в пространстве двух координат методом многомерного шкалирования (рис 4)

Из диаграммы, отображающей итоговую конфигурацию сравниваемых выборок, видно, что точки, соответствующие стадам нерки восточной Камчатки

и Чукотки, формируют общий кластер, в то время как точки, соответствующие выборкам из рек западной Камчатки сильно разнесены по обеим осям Кроме того, выделенные нами в соответствии с доминирующими возрастными классами группы стад нерки азиатского побережья располагаются последовательно вдоль первой оси координат

В результате снижения размерности данных из 17 исходных признаков было выделено 5 факторов обуславливающих 95% общей дисперсии Расположение выборок в пространстве двух первых главных компонент также отражает характер их дифференциации (рис 5)

На наш взгляд, дифференциация стад азиатской нерки по биологическим признакам в первую очередь обусловлена действием онтогенетического фактора эпигенетической изменчивости, связанного с различной продолжительностью периодов морского и пресноводного нагула нерки из разных районов воспроизводства

I "5

х

Щ -1 о

о. о

-15

КВ о КК

ОкЬ Киг КР ко

-3 -2

Координата 1

Фактор 2

Рис 5 Расположение точек, соответствующих локальным популяциям нерки азиатского побережья в пространстве двух первых главных компонент

Рис 4 Расположение точек, соответствующих локальным популяциям нерки азиатского побережья в пространстве двух

координат в соответствии с геометрическими расстояниями в городских кварталах, многомерное шкалирование

СЬ - Чукотка, Мейныпильгынская озерно-речная система, оз Ваамочка, КРЬ - р Пахача, КК - р Камчатка - устье

(поздний ход), ККа - бассейн р Камчатка, оз Азабачье (ранний ход), КО ' р Озерная, КВ - р Большая, КР -р Палана, ОкЪ - Материковое побережье Охотского моря, р Охота, Кит - Северные Курильские о-ва, о Шумшу,

озерно-речной комплекс Бетгобу

5.2. Межпопуляционная генетическая дифференциация азиатской нерки

Оценка генетической гетерогенности азиатской нерки с помощью вероятностного теста, с высокой степенью достоверности (р<0 001) выявила межпопуляционные различия по всем шести микросателлитным локусам Попарное сравнение выборок по частотам аллелей и генотипов выявило значимые различия между популяциями нерки из разных локальностей (р<0 001) Наибольшие генетические различия были отмечены для северокурильской популяции и популяций северо-востока Камчатки и Чукотки, что объясняется их географической удаленностью В меньшей степени дифференцированы соседние популяции юго-запада Камчатки (р Озерная и р Большая) и восточного побережья Камчатки (р Камчатка и р Пахача)

Как известно, крупномасштабная генетическая дифференциация у всех видов р Опсогкупскш в значительной степени обусловлена историей происхождения и расселения современных популяций лососей, непосредственным образом связанной с ледниковым периодом (Глубоковский, 1995, Алтухов и др, 1997, 2004) В частности, в периоды плейстоценовых оледенений значительные участки ареала нерки были покрыты ледником Лишь немногочисленные популяции выжили в свободных ото льда рефугиумах Северный рефугиум, или Беренгия, располагался на Аляске В Азии позднеплейстоценовые оледенения охватывали Камчатку и побережье Охотского моря, воздействию ледников практически не были подвержены реки Сахалина, Приморья и Итурупа Вследствие изоляции у обитателей различных рефугиумов в ходе адаптивной и нейтральной эволюции формировались свои генетические особенности (Алтухов и др, 1997, 2004) Во время послеледниковой (голоценовой) трансгрессии моря, 10-18 тыс лет назад, сохранившиеся популяции расселялись на освобождавшиеся после отступления ледника территории

По селективно нейтральным локусам среди географически и исторически связанных популяций должны обнаруживаться эффекты изоляции расстоянием, т е увеличение степени генетических различий с увеличением географического расстояния между ними (Алтухов и др, 2004) Мы сопоставили матрицы попарных межпопуляционных значений и с матрицей географических дистанций, составленной по теоретически возможной схеме послеледникового

13

расселения нерки из Берингийского рефугиума вдоль чукотского побережья и восточного побережья Камчатки через проливы Курильских островов на западное побережье полуострова, до материкового побережья Охотского моря Для оценки статистической значимости корреляции генетических и географических дистанций была проведена проверка гипотезы об изоляции расстоянием с помощью Мантель-теста, по результатам которого установлено, что степень межпопуляционного генетического разнообразия у нерки не сопряжена с географической удаленностью популяций

Чтобы проверить альтернативную гипотезу о параллельном заселении западного и восточного побережий Камчатки мы разделили всю совокупность выборок на две региональные группы в первую вошли популяции нерки Чукотки, восточной Камчатки и северных Курил, во вторую - популяции нерки западной Камчатки и североохотоморского побережья В каждой из двух групп проверяли гипотезу об изоляции расстоянием с помощью Мантель-теста По результатам регрессионного анализа, проведенного раздельное для обеих групп популяций, выявлена значимая корреляция между генетическими и географическими расстояниями, в первом- случае их соотношение удовлетворительно аппроксимировалось линейной, во втором логарифмической зависимостью Причем по результатам Мантель-теста для популяций побережья Берингова моря и Тихого океана подтверждается изоляция расстоянием (р<0 05) Таким образом, наши результаты свидетельствуют в пользу предположения о параллельном заселении неркой западного и восточного побережий полуострова Камчатка, что согласуется с общепринятыми представлениями об истории формирования современного ареала нерки (Пустовойт, 1993, 1995,2001)

Генетические связи между популяциями рек Чукотки, Камчатки, северных Курильских островов и материкового побережья Охотского моря представлены на ЦРОМА-дендрограммах, построенных по дистанциям З/и1 и хордовым расстояниям Кавалли-Сфорса (рис 6)

Анализ полученных дендрограмм свидетельствует о высокой степени дивергенции между популяцией нерки северных Курильских островов с одной стороны и популяциями регионов азиатского побережья, расположенных севернее, с другой На наш взгляд, генетическая обособленность

северокурильской нерки обусловлена ее более древним происхождением, т к районы к югу от полуострова Камчатка не были подвержены позднеплейстоценовому оледенению, следовательно, могло иметь место заселение северных Курильских островов неркой из южных рефугиумов после отступления ледника В пользу такого сценария свидетельствует тот факт, что Второй Курильский пролив между о Шумшу и о Парамушир образовался гораздо позднее - примерно 8 5 тыс лет назад (Сидоров, 2005) (а) (б)

-Киг -СЬ

Т-4КВ-04

ККа КРЬ ОкЬ

-Киг -От

-КР

-КО -КВ 03 -КВ-04 -КРЬ

-кк

-ККа

Рис 6 ЦРОМА-дендрограммы генетического сходства популяций нерки из различных районов воспроизводства, построенная по генетическим дистанциям З/л2 (а) и Кавалли-Сфорса (б)

Обозначения как на рис 4 и 5 (КВ-03 - р Большая, 2003 г, КВ-04 - р Большая, 2004 г)

Полученные дендрограммы также позволяют предположить, что популяции нерки Чукотки, материкового побережья Охотского моря и Камчатки составляют общую группу В этой группе наименьшие генетические отличия выявлены между выборками смежных лет нерки р Большая и популяциями западной и восточной Камчатки На дендрограмме, построенной по хордовым генетическим расстояниям Кавалли-Сфорса, выборки западной и восточной Камчатки объединяются в отдельные кластеры, в то время как охотская нерка равноудалена как от западно-камчатского, так и от восточно-камчатского сектора дендрограммы Различия между сезонными расами нерки р Камчатка оказались соизмеримыми с межгодовыми различиями большерецкой нерки С другой стороны, на дендрограмме, построенной по дистанциям дм2, лимнофильная нерка р Камчатка объединяется в общий кластер с западно-камчатскими популяциями, в то время как реофильная азабачинская нерка кластеризуется с реофильной неркой из р Пахача Нерка материкового

20

побережья Охотского моря оказалась в одной группе с восточно-камчатскими выборками

На основе матрицы генетических расстояний 5ц1 проведена кластеризация популяций методом многомерного шкалирования (рис 7) Диаграмма многомерного шкалирования исследуемых выборок нерки также отражает характер их дифференциации Так, наиболее территориально удаленные популяции Чукотки и северных Курил оказались максимально разнесены вдоль первой оси координат Проекции кластеров выборок западной и восточной Камчатки на первую ось координат существенно перекрываются, что согласуется с предположением о параллельной колонизации неркой восточного и западного побережий полуострова Выборка нерки р Охота расположена ближе к восточно-камчатскому кластеру

кк ККа КРЬ ОкЬ

Киг КВ-03. КО КВ-04 СЬ КР

-4-3 2

Координата 1

Фактор 2

Рис 8 Расположение локальных

популяций нерки азиатского побережья в пространстве двух первых главных компонент

Обозначения как на рис 4 и 5 (КВ-03 - р Большая, 2003 г, КВ-04 - р Большая, 2004 г )

Рис 7 Диаграмма многомерного шкалирования исследуемых выборок нерки

Для снижения размерности генетических данных проведен анализ главных компонент, результаты которого представлены на рисунке 8 По итогам факторного анализа из 145 переменных выделено 8 факторов обуславливающих в сумме около 100% общей дисперсии В пространстве двух первых главных компонент выборки также объединились по региональному принципу

Мы использовали биологические характеристики нерки разных районов воспроизводства для коррекции результатов генетического анализа, для чего объединили первые три главные компоненты, объясняющие 50% общей

дисперсии генетических признаков, и первые два фактора, обуславливающие 64% изменчивости биологических характеристик нерки из разных популяционных систем Азии На основании объединенных данных были рассчитаны попарные геометрические дистанции "в городских кварталах" Матрица дистанций была представлена в виде трехмерного графического изображения взаимного расположения выборок в трех координатных плоскостях (рис 9) Следует отметить, что исходный принцип кластеризации выборок сохранился, однако, популяция р Большая дистанцировалась от двух других западно-камчатских популяций Таким образом, биологические данные существенно дополняют результаты генетического анализа, что позволяет дифференцировать стада нерки с большей точностью

Координата 1 Координата 3

Рис 9 Трехмерная диаграмма многомерного шкалирования исследуемых выборок нерки по биологическим и генетическим данным

Обозначения как на рис 4 и 5

Для определения эффективности индивидуальной идентификации методом анализа полиморфизма микросателлитной ДНК был проведен тест на принадлежность к популяции (Paetkau et al, 1995, Hansen et al, 2001) По результатам симуляционного анализа (тестирование выборок, на 100% состоящих из особей одной популяции) определена разрешающая способность реперной базы генетических данных, включающей аплельные частоты по 6 микросателлитным локусам В среднем доля особей, принадлежность которых была определена верно, составила 73,1% Максимальная точность определения популяционной принадлежности зафиксирована для популяции северных

Курильских островов (94%), минимальная - для нерки рек юго-западного побережья Камчатки (60% для р Озерная и 61% для р Большая) Точность метода может быть улучшена посредством вовлечения большего количества высокополиморфных локусов в анализ, что мы планируем сделать на последующих этапах исследования

ВЫВОДЫ

1 Послеледниковое расселение азиатской нерки послужило основой ее пространственной генетической дифференциации Вероятной причиной генетической дивергенции северокурильской нерки и нерки других исследованных нами популяций явилось заселение водоемов северных Курильских островов неркой из южных рефугиумов, расположенных к югу от п-ва Камчатка Водоемы Чукотки, Камчатки и материкового побережья Охотского моря колонизировались неркой из северного рефугиума - Берингии

2 Дифференциация стад азиатской нерки по биологическим характеристикам в первую очередь определяется эпигенетической изменчивостью пластических признаков

3 Межпопуляционные различия нерки рек Большая и Озерная, определяемые по частотам аллелей микросателлитных локусов, соответственно в 7 и 15 раз превышают межгодовые различия и различия между поколениями нерки р Большая Строгой изоляции между сезонными расами нерки р Камчатка не выявлено, а уровень попарной межвыборочной дифференциации для сезонных рас нерки бассейна р Камчатка оказался в 4 раза ниже наименьшего межпопуляционного значения. Различий по частотам генотипов между выборками смежных лет, поколениями и сезонными расами азиатской нерки также не выявлено

Полученные результаты дают нам основание объединять выборки, собранные в разные годы и в различные сроки в пределах нерестового хода, а также использовать в популяционно-генетических исследованиях азиатской нерки пробы, собранные единовременно

4 Для дифференциации популяций азиатской нерки наиболее перспективными представляются микросателлитные ДНК-маркеры При проведении параллельных исследований в различных лабораториях наиболее предпочтительными являются 8ЫР-маркеры благодаря их высокой

воспроизводимости Для определения популяционной принадлежности особей наиболее эффективными являются RAPD-маркеры при соблюдении определенных требований к протоколу анализа

5 Высокая разрешающая способность микросателлитных маркеров ДНК, относительная экономичность этого метода и воспроизводимость в различных лабораториях позволяет рекомендовать его для изучения популяционной структуры нерки

6 Использование микросателлитных маркеров ДНК позволяет с высокой точностью определять принадлежность нерки, облавливаемой в период преднерестовых миграций у тихоокеанского побережья Камчатки к популяциям различных районов воспроизводства

7 Предложенный комплексный подход в популяционных исследованиях азиатской нерки позволяет корректировать результаты молекулярно-генетического анализа с учетом биологических характеристик популяций

Список работ опубликованных по теме диссертации.

1 Хрусталева AM, Зеленина ДА, Волков А А 2004 Молекулярно-генетический анализ популяционной структуры нерки западной Камчатки // Инновации в науке и образовании - 2004 Тезисы докладов Международной научной конференции посвященной 10-летию КГТУ Калининград КГТУ Октябрь 2004 С 20

2 Хрусталева А М, Федотов Ю В , Волков А А, Зеленина Д А 2004 Программное обеспечение для анализа данных ДНК-фингерпринтинга в популяционно-генетических исследованиях рыб // Инновации в науке и образовании - 2004 Тезисы докладов Международной научной конференции посвященной 10-летию КГТУ Калининград КГТУ Октябрь 2004 С 19

3 Zelenina D, Khrustaleva А, Volkov А, Habicht С , Smith С , Seeb J 2005 А Case Study of Two Genetic Markers for Inter-Laboratory Collaboration SNPs Provide Transportability without Standardization NPAFC Doc 913 14 p

4 Зеленина Д A, Хрусталева A M, Волков A A 2006 Сравнительное исследование популяционной структуры и определение популяционной принадлежности нерки (Oncorhynchns пегка) Западной Камчатки с помощью RAPD-PCR и анализа полиморфизма микросателлитных локусов // Генетика Т 42 № 5 С 693-704

5 Хрусталева А М, Стоклицкая Д С 2006 Исследование полиморфизма микросателлитных локусов ДНК в смежных поколениях и подходах нерки (•Oncorhynchus пегка Walbaum) р Большая (западная Камчатка) // Экология в меняющемся мире Материалы конф молодых ученых 24-28 апреля 2006 г ИЭРиЖ УрО РАН - Екатеринбург Изд-во "Академкнига" С 254-265

6 Zelemna D, Khrustaleva A, Mugue V, Stoklitskaya D, Mugue N 2006 Population Genetics of Russian Sockeye Salmon Assessed by Single Nucleotide Polymorphism H SNP WORKSHOP П Applications of SNP Genotypmg m Fisheries Management Girdwood, Alaska September 21-22 P 39

7 Барминцев В А., Барминцева A E, Волков A A, Зеленина Д A, Мюге H С, Хрусталева A M 2006 Российская национальная коллекция эталонных генетических материалов (РНКЭГМ) Часть П "Лососевые рыбы (Salmonidae)" Свидетельство об официальной регистрации базы данных

8 Khrustaleva A M, Volkov А А, Zelemna D А 2006 Study of the population structure of Asian sockeye salmon (Oncorhynchus nerka) using microsatellite polymorphism analysis // PICES 15th Annual Meeting Yokohama, Japan, Oct 1322,2006 P 142

9 Хрусталева A M, Стоклицкая Д С, Зеленина Д А 2006 Изменчивость аллельных частот микросателлитных локусов ДНК в смежных поколениях и подходах нерки Oncorhynchus nerka р Большая (Западная Камчатка) // Сохранение биоразнообразия Камчатки и прилегающих морей Материалы VU международной научной конференции, посвященной 25-летию организации Камч отд Института биологии моря Петропавловск-Камчатский Издательство "Камчатпресс" 2006, С 165-168

10 Хрусталева AM, Волков А А 2007 Исследование популяционной структуры азиатской нерки (Oncorhynchus пегка) с помощью анализа полиморфизма микросателлитной ДНК // Перспектива-2007 Материалы Международного конгресса студентов, аспирантов и молодых ученых Т IV Нальчик Каб-Балк Ун-т КБГУ2007 С 71-73

11 Khrustaleva A M 2007 Application of microsatellite analysis to the study of the population structure and population assignment of Asian sockeye salmon (Oncorhynchus nerka) // Early Career Scientists Conference New Frontiers in Marine Science June 26-29, 2007, Baltimore, MD, U S A P 19-20

12 Хрусталева AM, Волков А А, Мюге В H, Зеленина ДА 2007 Молекулярно-геиетические маркеры в изучении популяционной структуры и определении популяционной принадлежности нерки (Oncorhynchus nerka) западной Камчатки // "Современные проблемы физиологии и биохимии водных организмов" Материалы 2-ой научной конференции с участием стран СНГ Петрозаводск КарНЦРАН 11-14 сентября 2007 С 164

Подп а печать Qtj ру оаьем 1,75 п л Тираж |QQ акз Заказ 3Q9 ВНИРО 107140, Масхва а Красносельская, 17

/& œ o-f-

Содержание диссертации, кандидата биологических наук, Хрусталева, Анастасия Михайловна

Введение.

Глава 1. Сравнительная характеристика методов дифференциации стад нерки.

1.1. Особенности распространения и биологии нерки.

1.2. Популяционная организация нерки.

1.3. Обзор методов исследования популяционной структуры нерки.

1.3.1 .Морфологические методы.

1.3.2. Паразитологические методы.

1.3.3. Мечение.

1.3.4. Генетические методы.

1.3.4.1. Иммуногенетические маркеры (группы крови рыб).

1.3.4.2. Биохимические маркеры (аллозимы).

1.3.4.3. Молекулярно-генетические маркеры.

Маркеры митохондриальной ДНК.

RPLP-маркеры.

AFLP-маркеры.

RAPD-маркеры.

Микросателлитные последовательности ДНК.

SNP-маркеры.

1.3.4.4. Выбор молекулярных маркеров ядерной ДНК для популяционно-генетических исследований.

Глава 2. Материалы и методы.

2.1. Сбор материала.

2.2. Обработка данных биоанализа и определение возраста

2.3. Методики молекулярно-генетического анализа.

2.4. Статистическая обработка данных.

Глава 3. Эффективность использования различных типов маркеров для изучения популяционной структуры и определения популяционной принадлежности нерки Западной Камчатки.

3.1. Биологические показатели нерки рек западного побережья Камчатки.

3.2. Молекулярные ДНК-маркеры в изучении популяционной структуры и определении популяционной принадлежности нерки Западной Камчатки.

3.2.1. RAPD-маркеры.

3.2.2. Микросателлитные маркеры.

3.2.3. SNP-маркеры.

3.3. Сравнение эффективности биологических и молекулярных ДНК маркеров.

Введение Диссертация по биологии, на тему "Генетическая дифференциация нерки (Oncorhynchus nerka) азиатских стад"

Нерка Oncorhynchus nerka (Walbaum) - анадромный моноцикличный вид с длительным пресноводным периодом жизни, представленный в пределах своего ареала множеством популяций различного иерархического уровня (Берг, 1948; Foerster, 1968; Коновалов, 1980; Крогиус, 1983; Burgner, 1991; Бугаев, 1995). В связи с высокой экологической пластичностью, морфологической и генетической изменчивостью, сложной внутривидовой и внутрипопуляционной организацией, характерной для данного вида, изучение популяционной структуры нерки имеет большое научное и практическое значение. Вопросам дифференциации стад нерки посвящено множество работ, использующих различные методологические подходы, само многообразие которых свидетельствует о сложности данной проблемы.

В целом, методы, используемые в решении подобного рода задач, могут быть разделены на две группы: классические ихтиологические (морфологические критерии, паразиты-индикаторы, мечение) и генетические методы. Ряд задач успешно решается с помощью биологических маркеров. К настоящему моменту накоплены обширные сведения о распространении американских и азиатских стад нерки, основанные на результатах многолетнего мечения (Myers et al., 1996), паразитологических (Margolis, 1963; Margolis et al., 1966; Коновалов, 1971; Beacham et al., 1998; Бирман, 2004) и морфологических (Bugaev, 2003; Бугаев, 2003a, 20036, 2003в) данных.

Однако далеко не всегда биологические маркеры позволяют установить принадлежность нерки к той или иной популяции (Бугаев, 2003а). В ряде случаев малоэффективными оказываются и методы биохимической генетики, имеющие ряд ограничений, связанных с низкой аллозимной изменчивостью, свойственной данному виду, вследствие стабилизирующего отбора по ряду ферментных генов

Varnavskaya, 1994a; Варнавская, 2006). Кроме того, последовательности ДНК, кодирующие белки, составляют лишь небольшую часть генома, а методом электрофореза выявляется не более 30% аминокислотных замещений в составе белковых молекул (Hallerman, Beckman, 1988). Поэтому в последние годы в России, США и Канаде наряду с изучением белкового полиморфизма в популяциях нерки активно проводятся молекулярно-генетические исследования (Beacham et al., 1995, 2004а, 2005а, 20056, 2006а, 20066; Bickham et al., 1995; Taylor et al., 1996; Nelson et al., 1998; Брыков и др., 2003, 2005; Corley-Smith et al., 2005). Сегодня уже существует обширный генетический банк данных по нерке Азии и Северной Америки. Однако остается ряд трудностей, связанных с различиями в процедуре анализа и интерпретации результатов в разных лабораториях (Zelenina et al., 2005). В итоге не всегда удается определить принадлежность нерки к американским или азиатским стадам, не говоря уже о принадлежности к популяциям более низкого ранга. Кроме того, до настоящего времени молекулярно-генетическими исследованиями не были охвачены популяции нерки ряда регионов Азии. К ним относятся популяции материкового побережья Охотского моря и Курильских островов. Вместе с тем изучение генетической изменчивости нерки на всем ареале является важным условием для понимания закономерностей эволюции и формирования представлений о популяционной структуре вида в целом.

Представляется очевидным, что, поскольку каждый из используемых в настоящее время методов оперирует данными, отражающими различные аспекты одного и того же биологического феномена - существования внутри вида в той или иной степени обособленных, сложным образом взаимодействующих локальных группировок - целостное представление о популяционной организации может быть составлено только на основе обобщения информации, поставляемой различными методами (Begg, Waldman, 1999). Наиболее перспективным в этой связи представляется комплексный подход к проблеме дифференциации стад нерки, базирующийся на основе различных методологических подходов, в частности использовании биологических и молекулярно-генетических маркеров.

Наконец, для корректной интерпретации результатов молекулярно-генетических исследований необходимо выполнение как минимум двух условий. Первое - тщательный подбор ДНК-маркеров и второе - изучение межгодовой изменчивости аллельных частот полиморфных локусов ДНК с целью ее исключения на этапе суждения о популяционной принадлежности особей.

Такой комплекс исследований азиатской нерки ранее не проводился.

В свете изложенного целью исследования является выявление генетической дифференциации популяций нерки азиатского побережья Тихого океана и разработка метода определения популяционной принадлежности особей. Для достижения цели были поставлены следующие задачи:

1. Определить эффективность использования различных типов маркеров для дифференциации популяций и определения популяционной принадлежности на примере нерки западной Камчатки и отобрать наиболее репрезентативные молекулярные маркеры ядерной ДНК для популяционно-генетических исследований азиатской нерки.

2. Оценить соотношение межгодовой (на уровне смежных поколений и подходов), сезонной (на уровне сезонных рас) и межпопуляционной компонент генетической изменчивости нерки азиатских стад.

3. Изучить размерно-возрастную структуру и генетическую изменчивость в популяциях азиатской нерки крупнейших озерно-речных систем западной и восточной Камчатки, Чукотки, северо-западного побережья Охотского моря и северных Курильских островов.

4. Разработать комплексный подход к дифференциации стад азиатской нерки с использованием биологических и молекулярно-генетических маркеров.

5. Оценить эффективность отобранных маркеров для индивидуальной идентификации и определения популяционной принадлежности нерки из смешанных морских уловов.

БЛАГОДАРНОСТИ

Автор выражает искреннюю благодарность коллегам из ВНИРО (д.б.н., профессору О.Ф. Гриценко, д.б.н. Н.В. Кловач, к.б.н. В.Н. Леману, С.П. Румянцеву, В.О. Романенко, Е.Д. Павлову, Д.А. Широкову, Е.В. Шульгиной), КамчатНИРО (д.б.н. В.Ф. Бугаеву, д.б.н. О.М. Запоржцу, Р.А. Збоеву, И.Н. Кирееву), Чукотского и Хабаровского отделений ТИНРО, а также сотрудникам ФГУ "Камчатрыбвод", Азабачинского наблюдательного пункта КамчатНИРО, ООО "Стиль", ООО "Дельта-фиш", ООО "Усть-Камчатск рыба", ООО "Народы Севера" принявшим участие в организации полевых работ и сборе материала; заведующей лаборатории экологии рыб ВНИРО, д.б.н. Е.Н. Кузнецовой за содействие в организации сбора и обработки материала; сотрудникам сектора молекулярной генетики ВНИРО А.А. Волкову, к.б.н. Д.А. Зелениной, В.А. Барминцеву, А.Е. Барминцевой, Д.С. Стоклицкой, к.б.н. Н.С. Мюге, И.М. Савченко, А.Ф. Киселевой за помощь в обработке материала, предоставление и освоение методик, а также сотруднице лаборатории биоресурсов морей Дальнего Востока к.б.н. Е.В. Ведшцевой за консультации по вопросам определения возраста нерки.

Особую признательность автор выражает своему научному руководителю д.б.н. Н.В. Кловач за организацию работы на всех ее этапах, ценные рекомендации и замечания по тексту рукописи.

Заключение Диссертация по теме "Ихтиология", Хрусталева, Анастасия Михайловна

выводы

1. Послеледниковое расселение азиатской нерки послужило основой ее пространственной генетической дифференциации. Вероятной причиной генетической дивергенции северокурильской нерки и нерки других исследованных нами популяций явилось заселение водоемов северных Курильских островов неркой из южных рефугиумов, расположенных к югу от п-ва Камчатка. Водоемы Чукотки, Камчатки и материкового побережья Охотского моря колонизировались неркой из северного рефугиума -Берингии.

2. Дифференциация стад азиатской нерки по биологическим характеристикам в первую очередь определяется эпигенетической изменчивостью пластических признаков.

3. Межпопуляционные различия нерки рек Большая и Озерная, определяемые по частотам аллелей микросателлитных локусов, соответственно в 7 и 15 раз превышают межгодовые различия и различия между поколениями нерки р. Большая. Строгой изоляции между сезонными расами нерки р. Камчатка не выявлено, а уровень попарной межвыборочной дифференциации для сезонных рас нерки бассейна р. Камчатка оказался в 4 раза ниже наименьшего межпопуляционного значения. Различий по частотам генотипов между выборками смежных лет, поколениями и сезонными расами азиатской нерки также не выявлено.

Полученные результаты дают нам основание объединять выборки, собранные в разные годы и в различные сроки в пределах нерестового хода, а также использовать в популяционно-генетических исследованиях азиатской нерки пробы, собранные единовременно.

4. Для дифференциации популяций азиатской нерки наиболее перспективными представляются микросателлитные ДНК-маркеры. При проведении параллельных исследований в различных лабораториях наиболее предпочтительными являются SNP-маркеры благодаря их высокой воспроизводимости. Для определения популяционной принадлежности особей наиболее эффективными являются RAPD-маркеры при соблюдении определенных требований к протоколу анализа.

5. Высокая разрешающая способность микросателлитных маркеров ДНК, относительная экономичность этого метода и воспроизводимость в различных лабораториях позволяет рекомендовать его для изучения популяционной структуры нерки.

6. Использование микросателлитных маркеров ДНК позволяет с высокой точностью определять принадлежность нерки, облавливаемой в период преднерестовых миграций у тихоокеанского побережья Камчатки к популяциям различных районов воспроизводства.

7. Предложенный комплексный подход в популяционных исследованиях азиатской нерки позволяет корректировать результаты молекулярно-генетического анализа с учетом биологических характеристик популяций.

Библиография Диссертация по биологии, кандидата биологических наук, Хрусталева, Анастасия Михайловна, Москва

1. Айвазян С.А., Бухштабер В.М., Енюков И.С., Мешалкин Л.Д. 1989. Прикладная статистика. Классификация и снижение размерности. Справочное издание. Под. ред. С.А. Айвазяна. М.: "Финансы и статистика". 610 с.

2. Акиничева Е.Г., Рогатных А.Ю. 1996. Опыт мечения лососей на рыбоводных заводах посредством термического маркирования // Вопр. ихтиологии. Т. 36. № 5. С. 693-698.

3. Акиничева Е.Г., Сафроненков Б.П., Рогатных А.Ю., 1999. Результаты и перспективы массового маркирования отолитов лососей на рыбоводных заводах Магаданской области // Вопросы взаимодействия естественных и искусственных популяций лососей. С. 10-15.

4. Алтухов Ю.П. 1974. Популяционная генетика рыб. М.: "Пищевая промышленность". 247 с.

5. Алтухов Ю.П. 2003. Генетические процессы в популяциях: Учеб. пособие. 3-е изд. М.: ИКЦ "Академкнига". 431 с.

6. Алтухов Ю.П., Салменкова Е.А. 2002. Полиморфизм ДНК в популяционной генетике //Генетика. Т. 38. №. 9. С. 1173-1195.

7. Алтухов Ю.П., Салменкова Е.А., Курбатова О.Л. и др. 2004. Динамика популяционных генофондов при антропогенных воздействиях (ред. Алтухов Ю.П.). М.: Наука. 619 с.

8. Алтухов Ю.П., Салменкова Е.А., Омельченко В.Т. 1997. Популяционная генетика лососевых рыб. М.: Наука. 288 с.

9. Атлас распространения в море различных стад тихоокеанских лососей в период весенне-летнего нагула и преднерестовых миграций. 2002. Под ред. О.Ф. Гриценко. М.: Изд-во ВНИРО. 190 с.

10. Берг JI.C. 1948. Рыбы пресных вод СССР и сопредельных стран. Изд-во АН СССР. Т. 1.466 с.

11. Бирман И.Б. 1968. О миграциях лососей в Охотском море // Изв. ТИНРО. Т. 64. С. 35-43.

12. Бирман И.Б. 1985. Морской период жизни и вопросы динамики стада тихоокеанских лососей. М.: "Агропромиздат". 208 с.

13. Бирман И.Б. 2004. Морской период жизни и вопросы динамики стада тихоокеанских лососей. 2-е изд. М.: Изд-во ФГУП "Национальные рыбные ресурсы". 172 с.

14. Брыков Вл.А., Полякова Н.Е., Подлесных А.В. 2003. Дивергенция митохондриальной ДНК в популяциях нерки (Oncorhynchus пегка Walbaum) озера Азабачьего (Камчатка)// Генетика. Т.39. № 12. С. 16871692.

15. Брыков Вл.А., Полякова Н.Е., Подлесных А.В., Голубь Е.В., Голубь А.П., Жданова O.JI. 2005. Влияние биотопов размножения на генетическую дифференциацию популяций нерки (Oncorhynchus пегка) // Генетика. Т.41. № 5. С. 635-645.

16. Бугаев А.В. 2003г. Биология нерки Oncorhynchus пегка (Walb.) в период преднерестовых миграций в юго-западной части Берингова моря и сопредельных водах Тихого океана. Автореф. дисс. канд. биол. наук. Владивосток. 24 с.

17. Бугаев В.Ф. 1976. К вопросу о дифференциации субизолятов красной в бассейне оз. Курильское // В кн.: Исследования по биологии рыб и промысловой океанографии. Владивосток. С. 88 101.

18. Бугаев В.Ф. 1983. Некоторые вопросы формирования чешуи нерки Oncorhynchus пегка (Walbaum) (Salmonidae) оз. Азабачье (Камчатка) в пресноводный период жизни //Вопр. ихтиол. Т. 23. Вып. 3. С. 412-418.

19. Бугаев В.Ф. 1987. Возрастная структура нерки Oncorhynchus пегка р. Камчатка//Вопр. ихтиологии. Т. 27. Вып. 4. С. 627 -636.

20. Бугаев В.Ф. 1991. Возрастная структура промысловых стад азиатской нерки Oncorhynchus пегка (Walb.) // В кн.: Исследования биологии и динамики численности промысловых рыб Камчатского шельфа. Петропавловск-Камчатский: КамчатНИРО. Вып. 1. 4.1. С. 46-54.

21. Бугаев В.Ф. 1992. Возрастная структура азиатской нерки Oncorhynchus пегка и метододические аспекты ее оценки.// Вопр. ихтиологии. Т. 32. Вып. 3. С. 36-51.

22. Бугаев В.Ф. 1995. Азиатская нерка (пресноводный период жизни, структура локальных стад, динамика численности). М.: Колос. 464 с.

23. Бугаев В.Ф., Дубынин В.А. 1991. О сезонных ритмах роста и скорости формирования склеритов на чешуе моложи нерки Oncorhynchus пегка в пресноводны период жизни в озерах Азабачье и Курильское (Камчатка) // Вопр. ихтиол. Т. 31. Вып. 3. С. 423-432.

24. Бугаев В.Ф., Дубынин В.А. 2002. Факторы, влияющие на биологические показатели и динамику численности нерки Oncorhynchus пегка рек Озерной и Камчатка // Изв. ТНИРО. Т. 130. С. 679 757.

25. Бугаев В.Ф., Дубынин В.А., Носова И.А. 1989. Межгодовая изменчивость структуры центральной части чешуи производителей нерки Oncorhynchus пегка (Walb.) оз. Курильское. // Вопр. ихтиологии. Т. 29. Вып. 3. С. 387 -398.

26. Бугаев В.Ф., Мидовская JI.B., Лепская Е.В., Бонк Т.В., Сиротенко И.Н., Остроумов А.Г. 20026. Исследования нерки Oncorhynchus пегка оз. Паланского в 1990 2001 гг. (северо-западная Камчатка) // Изв. ТНИРО. Т. 130. С. 777-791.

27. Бугаев В.Ф., Остроумов А.Г., Непомнящий К.Ю., Маслов А.В. 2001а. Нерка Oncorhynchus пегка р. Большая (Западная Камчатка) // Сохраненниебиоразнообразия Камчатки и прилегающих морей: Мат-лы 2-ой науч. конф. Петропавловск-Камчатский: Камшат. С. 35-38.

28. Бугаев В.Ф., Остроумов А.Г., Непомнящий К.Ю., Маслов А.В. 2002а. Некоторые особенности биологии нерки Oncorhynchus пегка р. Большой (Западная Камчатка) и факторы, влияющие на ее биологические показатели // Изв. ТНИРО .Т. 130. С. 758 776.

29. Варнавская Н.В. 1984. Распределение частот генов лактатдегидрогеназы и фосфоглюкомутазы в популяциях нерки {Oncorhynchus пегка Walbaum), предпочитающих различные типы нерестилищ // Генетика. Т. 20. № 1. С. 100-106.

30. Варнавская Н.В. 1988. Пространственная и темпоральная генетическая структура в популяционной системе нерки оз. Курильского (Камчатка) // III Всесоюзное совещание по лососевым рыбам. Тольятти. С. 49-50.

31. Варнавская Н.В. 2001. Принципы генетической идентификации популяций тихоокеанских лососей рода Oncorhynchus в связи с задачами рационального промысла. Автореферат дис. д-ра биол. наук. Институт общей генетики РАН. М.: ИОГен. 48 с.

32. Варнавская Н.В. 2006. Генетическая дифференциация популяций тихоокеанских лососей. Петропавловск-Камчатский: Изд-во КамчатНИРО. 488 с.

33. Варнавская Н.В., Варнавский B.C. 1988. О биологии карликовой формы нерки оз. Дальнее (Камчатка) // Биология моря. Т. 2. С. 16-23.

34. Варнавская Н.В., Варнавский B.C., Мидяная В.В. и др. 1996. Анализ генетической изменчивости в популяциях нерки Oncorhynchus пегка (Walbaum) Азии и Северной Америки методами многомерной статистики // Генетика. № 7. С. 962-977.

35. Ведищева Е.В. 2004. Особенности биологии и возможности промыслового использования лососей рода Oncorhynchus Северных Курильских островов: Автореф. дис. на соиск. учен. степ. канд. биол. наук. М.: ВНИРО. 25 с.

36. Водные биологические ресурсы северных Курильских островов. 2000. Под ред. О.Ф. Гриценко. М.: Изд-во ВНИРО. 163 с.

37. Войнова Н.В., Чистяков В.А., Корниенко ИВ., Барминцев В.А. 2002. Новые технологии в рыбохозяйственных исследованиях. Ростов-на-Дону: "Эверест". 112 с.

38. Галь Э., Медеши Г., Верецкеи JI. 1982. Электрофорез в разделении биологических макромолекул. Пер. с англ. М.: Мир. 448 с.

39. Герасимов И.П., Марков К.К. 1939. Ледниковый период на территории СССР. М.-Л. 154 с.

40. Глазко В.И., Дунин И.М., Глазко Г.В., Калашникова Л.А. 2001. Введение в ДНК-технологии. М.: ФГНУ Росинформагротех. 436 с.

41. Глубоковский М.К. 1995. Эволюционная биология лососевых рыб. М.: Наука. 343 с.

42. Городовская С.Б. 2002. Сравнительный анализ состояния яичников покатной молоди нерки Oncorhynchus пегка из реки Озерная в разные годы // Труды ВНИРО. Т. 141. С. 146-153.

43. Гостимский С.А., Кокаева З.Г., Коновалов Ф.А. 2005. Изучение организации и изменчивости генома растений с помощью молекулярных маркеров // Генетика. Т. 41. №. 4. С. 480-492.

44. Гречко В.В. 2002. Молекулярные маркеры ДНК в изучении филогении и систематики // Генетика. Т. 38. №. 8. С. 1013 1033.

45. Дубынин В.А. 1986. Связь размерно-возрастных показателей покатной молоди с численностью поколений и производителей нерки Oncorhynchus пегка (Walb.) оз. Курильское (Камчатка) // Вопр. ихтиологии. Т. 26. Вып. 6. 1023- 1026.

46. Дубынин В.А., Бугаев В.Ф. 1988. Изменчивость качественных показателей смолтов нерки в связи с фертилизацией //В кн.: Проблемы фертилизации лососевых озер Камчатки. Владивосток. С. 83 104.

47. Егорова Т.В. 1970. Размножение и развитие красной в бассейне р. Озерная //Изв. ТИНРО. Т. 73. С. 39-53.

48. Егорова Т.В. 1977. Нерестовый ход и сроки нереста нерки Oncorhynchus пегка (Walb.) в бассейне р. Озерной. //Вопр. Ихтиологии. Т. 17. Вып. 4. С. 634-641.

49. Закс М.Г., Соколова М.М. 1961а. Иммунно-серологические различия между отдельными стадами нерки // Вопр. ихтиол. Т. 1. Вып. 4(21). С. 707715.

50. Закс М.Г., Соколова М.М. 19616. Установление различий между отдельными стадами нерки (Oncorhynchus пегка (Walbaum)) // Докл. АН СССР. Т. 139. № 6. С. 1491-1494.

51. Запорожец О.М. 2002. Этолого-физиологические и экологические аспекты искусственного воспроизводства тихоокеанских лососей: Автореф. дис. . докт. биол. наук. М.: ВНИИПРХ. 52 с.

52. Запорожец О.М., Запорожец Г.В. 1997. Метка для малька // Камчатка. № 3. С. 36-38.

53. Ильина J1.B. 1987. Динамика численности и генетического состава популяций нерки озера Азабачьего // Деп. ВИНИТИ. 17.11.87. 8060-В87. 21 с.

54. Каев A.M. 1998. Идентификация происхождения и истории жизни охотоморской кеты Oncorhynchus keta по чешуе // Вопр. ихтиологии. Т.38. № 5. С. 650-658.

55. Карпенко В.И. 1998. Ранний морской период жизни тихоокеанских лососей. М.: Изд-во ВНИРО. 165 с.

56. Кирпичников B.C. 1943. Экспериментальная систематика сазана (Ciprinus carpio L.) // Изв. АН СССР. Серия Биология. № 4. С. 189-218.

57. Кирпичников B.C. 1977. Селективный характер биохимического полиморфизма у камчатской нерки (Oncorhynchus пегка (Walb.)) // В кн.: Основы классификации и филогении лососсевидных рыб. J1. С. 53-60.

58. Кирпичников B.C. 1987. Генетика и селекция рыб. JI.: Наука. 520 с.

59. Кирпичников B.C., Муске Г.А. 1981. Попоуляционная генетика камчатской нерки Oncorhynchus пегка Walb. // В кн.: Генетика и размножение морских животных. Владивосток. С. 59-71.

60. Кловач Н.В. 2003. Экологические последствия крупномасштабного разведения кеты // Бюллетень журнала "Вопросы рыболовства". М.: Изд-во ВНИРО. 163 с.

61. Кловач Н.В., Заварина JI.O. 2001. Экспресс методдифференциации стад кеты Oncorhynchus keta в окене // Мировой океан. М.: ВИНИТИ. Вып. 2. С. 175-181.

62. Клоков В.К. 1970. К вопросу о динамике численности нерестовых стад лососей на северном побережье Охотского моря // Изв. ТИНРО. Т. 71. С. 169- 177.

63. Козыренко М.М., Артюкова Е.В., Реунова Т.Д. и др. 2004. Генетическая изменчивость и взаимоотношения лиственниц Сибири и Дальнего Востока по данным RAPD-анализа // Генетика. Т. 40. №. 4. С. 506-515.

64. Коновалов С. М. 1980. Популяционная биология тихоокеанских лососей. М.: "Наука". 237 с.

65. Коновалов С.М. 1966. Дифференциация локальных стад красной Oncorhynchus nerka (Walbaum) комплексным методом по паразитам-индикаторам и особенностям структуры чешуи // Вопр. ихтиологии. Т. 6. Вып. 4. С. 619-630.

66. Коновалов С.М. 1967а. К вопросу о разграничении локальных стад красной в море с помощью паразитов-индикаторов // Изв. ТИНРО. № 61. С. 182-195.

67. Коновалов С.М. 19676. Некоторые данные о распределении локальных стад красной Oncorhynchus nerka (Walbaum) в северной части Тихого океана (на основании анализа паразитологических данных) // Вопр. ихтиол. Т. 7. Вып. 6. С. 1086-1099.

68. Коновалов С.М. 1969. Изменчивость чешуи красной в пределах локального стада//Реф. научных работ Ин-та биологии моря. В. 1. С. 8790.

69. Коновалов С.М. 1971. Дифференциаця локальных стад нерки Oncorhynchus пегка (Walbaum). Л.: "Наука". 229 с.

70. Коновалов С.М., Щербинин Г.Я. 1973. Возрастная структура тихоокеанских лососей // Ж. общ. биол. Т. 34. № 6. С. 837 854.

71. Кофиади И.А., Ребриков Д.В. 2006. Методы детекции полиморфизмов одиночных нуклеотидов: аллель-специфичная ПЦР и гибридизация с олигонуклеотидной пробой // Генетика Т. 42 № 1. С. 22-32.

72. Крогиус Ф.В. 1951. О динамике численности красной Oncorhynchus пегка (Walbaum) // Изв. ТИНРО. Т. 35. С. 3-16.

73. Крогиус Ф.В. 1958. О строении чешуи камчатской красной разных локальных стад // Биол. морск. периода жизни дальневост. лососей. М.: Изд-во ВНИРО. С. 52-63.

74. Крогиус Ф.В. 1970. О различных типах чешуи красной Oncorhynchus пегка (Walb.) в бассейне р. Камчатка и времени образования годового кольца//Изв. ТИНРО. Т. 74. С. 67-81.

75. Крогиус Ф.В. 1974. Значение вертикальных миграций в энергетическом балансе молоди красной оз. Дальнего // Изв. ТИНРО. Т. 90. С. 39-48.

76. Крогиус Ф.В. 1975. Динамика популяции и рост молоди нерки Oncorhynchus пегка Walb. озера Дальнего (Камчатка) // Вопр. ихтиологии. Т. 15. №4(93). С. 612-629.

77. Крогиус Ф.В. 1978. О значении генетических и экологических факторов в динамике популяции красной Oncorhynchus пегка (Walb.) оз. Дальнего // Вопр. ихтиологии. Т. 18. № 2(109). С. 211-221.

78. Крогиус Ф.В. 1983. Сезонные расы красной Oncorhynchus пегка (Walb.) и ее нерестилища в водоемах Камчатки Биологические основы развития лососевого хозяйства в водоемах СССР. М. С. 18 31.

79. Крогиус Ф.В., Крохин Е.М. 1956. Результаты исследования нерки (красной), состояние её запасов и колебания численности в водах Камчатки // Вопр. ихтиологии. Т. 7. Вып. 5. С. 3 20.

80. Крогиус Ф.В., Крохин Е.М., Меншуткин В.В. 1987. Тихоокеанский лосось нерка в экосистеме озера Дальнего (Камчатка). JL: Наука. 198 с.

81. Крогиус Ф.В., Лагунов И.И., Семко Р.С., Шишов Б.П. 1947. Лососи камчатки. П.-К. 34 с.

82. Крохин Е.М. 1960. Нерестилища красной Oncorhynchus пегка Walb. (очерк геоморфологии, температурного режима и гидрохимии) // Вопр. ихтиологии. Т. 16. С. 89-110.

83. Крохин Е.М. 1967. Материалы к познанию карликовой красной в оз. Дальнее (Камчатка) // Вопр. ихтиологии. Т. 6. Вып. 3. С.433 445.

84. Крохин Е.М., Крогиус Ф.В. 1937. Очерк бассейна р. Большой и нерестилищ лососевых, расположенных в нем // Известия ТИНРО. Т. 9. 80 с.

85. Куликова Н.И. 1975. Определение локальных стад кеты в море по структуре чешуи и некоторым морфологическим признакам // Труды ВНИРО. Т. СVI. С. 49-51.

86. Лимборская С.А., Хуснутдинова Э.К., Балановская Е.В 2002. Этногеномика и геногеография народов Восточной Европы. М.: Наука. 261 с.

87. Лукьяненко В.И. 1989. Иммунобиология рыб: врожденный иммунитет. Моногр. М.: Агропромиздат. 271 с.

88. Лукьяненко В.И., Попов А.В., Мишин Э.А. 1971. Гетерогенность и полиморфизм сывороточных альбуминов у рыб // ДАН СССР. Т. 201. № 3. с. 737-740.

89. Мазин А.В., Кузнеделов К.Д. Краев А.С. и др. 1990. Методы молекулярной генетики и генной инженерии. Новосибирск: Наука. Сиб. Отд-ние. 248 с.

90. Макоедов А.Н., Мясников В.Г., Куманцов М.И. и др. 1999. Биоресурсы внутренних водоемов Чукотки и прилегающих вод Берингова моря. М.: Экономика и информатика. 219 с.

91. Маниатис Т., Фрич Э., Сэмбрук Дж. 1984. Молекулярное клонирование // М.: Мир. 480 с. (Maniatis Т., Fritsch Е.Е., Sambrook J. Molecular Cloning: A laboratory manual // Cold Spring Harbor Laboratory, 1982.)

92. Мацак E.A. 1983. Генетическое строение популяций нерки озера Курильского (Камчатка) // В кн.: Морфология, структура популяций ипроблема рационального использования лососевидных рыб: Тез. координац. совещ. Л. С. 129.

93. Мина М.В. 1973. Рост рыб (методы исследования в природных популяциях) // Сб.: Рост животных. Зоология позвоночных. Т. 4 ВИНИТИ. Итоги науки и техники. С. 68-115.

94. Мина М.В., Клевезаль Г.А. 1976. Рост животных. М.: "Наука". 291 с.

95. Никитина Т.В., Назаренко С.А. 2004. Микросателлитные последовательности ДНК человека: мутационный процесс и эволюция // Генетика. Т. 40. № 10. С. 1301-1318.

96. Николаев А.С. 1988. Некоторые результаты исследований экологии вертикального распределения пелагической молоди нерки до и после фертилизации оз. Курильского // Проблемы фертилизации лососевых озер Камчатки. Владивосток. С. 65-82.

97. Никулин О.А. 1975. Воспроизводство красной Oncorhynchus пегка (Walb.) в бассейне р. Охоты // Труды ВНИРО. Т. СVI. С. 97-105.

98. Новое в клонировании ДНК. Методы: Пер. с англ. Под ред. Д. Гловера. М.: Мир. 1989. 368 с.

99. Остроумов А.Г. 1970. Результаты аэровизуального учета и аэрофотосъемки красной и ее нерестилищ в бассейне оз Курильское // Изв. ТИНРО. Т. 78. С. 17-32.

100. Остроумов А.Г. 1975. Озеро Ушковское в бассейне р. Камчатки // Изв. ТИНРО. Т. 97. С. 129-139.

101. Правдин И.Ф. 1966. Руководство по изучению рыб. М.: Пищевая промышленность. 373 с.

102. Пустовойт С.П. 1993. Генетическая гетерогенность нерестового стада нерки Oncorhynchus пегка (Walbaum) р. Камчатки // Генетика. Т. 29. № 5. С. 807-818.

103. Пустовойт С.П. 1994а. Внутрипопуляционная генетическая изменчивость и межпопуляционная дифференциация азиатской нерки Oncorhynchus пегка (Walbaum)//Генетика. Т. 30. № 1. С. 101-106.

104. Пустовойт С.П. 19946. Генетический мониторинг популяций горбуши Oncorhynchus gorbuscha, кеты О. keta и нерки О. пегка реки Пахача // Вопросы ихтиологии. Т. 34. № 3. С. 366-373.

105. Пустовойт С.П. 1995. Геногеографическое исследование нерки Oncorhynchus пегка (Walbaum) // Генетика. Т. 31. № 2. С. 239-244.

106. Пустовойт С.П. 2001. Генетическая изменчивость малочисленной популяции нерки Oncorhynchus пегка (Walbaum) р. Ола (северное побережье Охотского моря) // Генетика. Т. 37. № 12. С. 1657-1662.

107. Пустовойт С.П., Макоедов А.Н. 1992. Генетическая и фенетическая изменчивость нерки Oncorhynchus пегка (Walbaum) р. Камчатка // Генетика. Т. 28. № 6. С. 141-149.

108. Рысков А.П. 1999. Мультилокусный ДНК-фингерпринтинг в генетико-популяционных исследованиях биоразнообразия // Мол. Биол. Т. 33. № 6. С. 997-1011.

109. Селифонов М.М. 1970а. О структуре чешуи молоди красной оз. Курильское //Изв. ТИНРО. Т. 74. С. 94 100.

110. Селифонов М.М. 19706. Вопросы роста молоди красной оз. Курильское // Изв. ТИНРО. Т. 78. С. 33-41.

111. Селифонов М.М. 1975. Промысел и воспроизводство красной бассейна р. Озерной. Автореф. дис. канд. биол. наук. ТИНРО. Владивосток. 23 с.

112. Семко Р.С. 1964. Запасы западнокамчатских лососей и их промысловое значение //Изв. ТИНРО. Т. 41. С. 3 109.

113. Сидоров JI.K. 2005. Ихтиофауна пресных вод Южных Курильских островов: Автореф. дис. на соиск. учен. степ. канд. биол. наук. М.: ВНИРО. 24 с.

114. Симонова Н.А. 1974. К биологии размножения красной Oncorhynchus пегка (Walb.) на ключевых нерестилищах горного типа // Изв. ТИНРО. Т. 90. С. 71-80.

115. Сингер М., Берг П. 1998. Гены и геномы: в 2-х т. Т. 1. Пер. с англ. М.: Мир. 373 с.

116. Смирнов А.И. 1959. Отличия в биологии размножения и развития остаточной или карликовой и проходной нерки Oncorhynchus пегка (Walb.) // Науч. докл. высшей школы. Биология и почвоведение. Т. 3 С. 59 -65.

117. Смирнов А.И. 1975 Биология, размножение и развитие тихоокеанских лососей. М.: Изд во МГУ. 335 с.

118. Старцев А.В., Рассадников О.А. 1997. Особенности зимнего распределения охотоморской горбуши Oncorhynchus gorbusha в водах северной Пацифики // Вопр. ихтиологии. Т. 37. № 3. С. 323-328.

119. Темных О.С. 1998. Региональная и межгодовая изменчивость склеритограмм чешуи азиатской горбуши // Изв. ТИНРО. Т. 124. С. 375391.

120. Темных О.С., Питрук Д.Л., Радченко В.И., Ильинский Е.Н. 1994. Морфологическая и биологическая дифференциация горбуши в период анадромных миграций // Изв. ТИНРО. Т. 116. С. 60-74.

121. Темных О.С., Подлесных А.В., Малинина М.Е. 1997. Дифференциация анадромных миграционных потоков горбуши четных поколений в Охотском море в 90-е гг. // Изв. ТИНРО. Т. 122. С. 131-151.

122. Токарская О.Н., Ефремова Д.А., Кан Н.Г., Данилкин А.А. и др. 2000. Изменчивость мультилокусных маркеров ДНК в популяциях сибирской {Capreolus pygargus Pall.) и европейской (С. capreolus L.) косуль // Генетика. Т. 36. № 11. С. 1520-1530.

123. Филипченко Ю.А. 1978. Изменчивость и методы ее изучения. М.: Наука. 240 с.

124. Хедрик Ф. 2003. Генетика популяций. М.: Техносфера. 592 с.

125. Хериет Э.Р., Гатгер К.С. 1999. Иммуноцитохимия: световая микроскопия // Молекулярная клиническая диагностика. Методы: Пер. с англ. Под. Ред. С. Херрингтона, Дж. Макги. М.: Мир. 558 с.

126. Хлесткина Е.К., Санина Е.А. 2006. SNP-маркеры: методы анализа, способы разработки и сравнительная характеристика на примере мягкой пшеницы // Генетика. Т. 42. № 6. С. 725-736.

127. Чан В.Т.-В. 1999. Гибридизация нуклеиновых кислот // Молекулярная клиническая диагностика. Методы: Пер. с англ. Под. Ред. С. Херрингтона, Дж. Макги. М.: Мир. 558 с.

128. Черешнев И.А., Волобуев В.В., Шестаков А.В., Фролов С.В. 2002. Лососевидные рыбы северо-востока России. Владивосток: Изд-во "Дальнаука". 491 с.

129. Чугунова Н.И. 1959. Руководство по изучению возраста и роста рыб. М.: Изд-во АН СССР. 164 с.

130. Шибата Д.К. 1999. Полимеразная цепная реакция и молекулярно-генетический анализ биоптатов // Молекулярная клиническая диагностика. Методы: Пер. с англ. Под. Ред. С. Херрингтона, Дж. Макги. М.: Мир. 558 с.

131. Эллиот В., Эллиот Д. 2000. Биохимия и молекулярная биология. Пер. с англ. под ред. Арчакова А.И. и др. М.: Изд-во НИИ биомедицинской химии РАМН. 372 с.

132. Akinicheva E. 2003. Proposed thermal and dry marks for brood year 2003 salmon in Russia // NPAFC Doc. 689. 5p.

133. Allendorf F.W., Seeb L.W. 2000. Concordance of genetic divergence among sockeye salmon populations at allozyme, nuclear DNA, and mitochondrial DNA markers //Evolution. V. 54(2). P. 640-651.

134. Amos W., Sawcer S.J., Feakes R.W., Rubinsztein D.C. 1996. Microsatellites show mutational bias and heterozigote instability // Natute Genet. V. 13. P. 390391.

135. Arthur J.R., Arai H.P. 1980. Studies of the parasites of Pacific herring (Clupea harengus pallasi Valenciennes): a preliminary evaluation of parasites as indicators of geographical origin for spawning herring // Can. J. Zool. V. 58. P. 521-527.

136. Atkinson C.E., Rose J.H., Duncan Т.О. 1967. Pacific salmon in the United States // INPFC Bull. No. 23. P. 43 224.

137. Avise J. 1993. Molecular markers, natural history and evolution. Chapman & Hall. ITP International Thomson Pub. Сотр. USA. 511 p.

138. Avise J. 2004. Molecular markers, natural history and evolution. Second edition. Sinauer Associates, Inc. Publishers. Sunderland. USA. 684 p.

139. Bagley M.J., Anderson S.L., May B. 2001. Choice of methodology for assessing genetic impacts of environmental stressors: polymorphism and reproducibility of RAPD and AFLP fingerprints //Ecotoxicology. V. 10. P. 239-244.

140. Bailey R.E., Margolis L., Groot C. 1988. Estimating stock composition of migrating juvenile Fraser River (British Columbia) sockeye salmon Oncorhynchus nerka, using parasites as natural tags // Can. J. Fish. Aquat. Sci. V. 45. P. 586-591.

141. Banks M.A., Eichert W., Olsen J.B. 2003. Which genetic loci have greater population assignment power?//Bioinformatics. V. 19. No. 11. P. 1436-1438.

142. Beacham T.D., Lapointe M., Candy J.R., et al. 2004b. Stock identification of Fraser River sockeye salmon using microsatellites and major histocompatibility complex variation // Transactions of the American Fisheries Society. V. 133. P. 1117-1137.

143. Beacham T.D., Lapointe M., Candy J.R., Miller K.M., Withler R.E. 2004a. DNA in action: Rapid application of DNA variation to sockeye salmon fisheries management // Conservation Genetics V. 5. P. 411-416.

144. Beacham T.D., Margolis L., Nelson R. J. 1998. A comparison of methods of stock identification for sockeye salmon {Oncorhynchus nerka) in Barkley Sound, British Columbia // NPAFC Bull. 1. P. 227-239.

145. Beacham T.D., Mcintosh В., MacConnachie C. 2002. Microsatellite identification of individual sockeye salmon (Oncorhynchus nerka) in Barkley Sound, British Columbia//Journal of Fish Biology. V. 61. P. 1021-1032.

146. Beacham T.D., Mcintosh В., MacConnachie C. 20046. Population structure of lake-type and river-type sockeye salmon in transboundary rivers of northern British Columbia, Canada // Journal of Fish Biology. V. 65. P. 389-402.

147. Beacham T.D., Mcintosh В., MacConnachie C. 2005b. Population structure and stock identification of sockeye salmon (Oncorhynchus nerka) in coastal lakes in British Columbia, Canada // Canadian Journal of Zoology. V. 83. P. 834-844.

148. Beacham T.D., Miller KM., Withler R.E. 1996. Minisatellite DNA variation and stock identification of coho salmon // J. Fish Biol.V. 49 P. 411-429.

149. Beacham T.D., Varnavskaya N. V., Mcintosh В., MacConnachie C. 2006a. Population structure of sockeye salmon from Russia determined with microsatellite DNA variation // Transactions of the American Fisheries Society. V. 135. P. 97-109.

150. Beacham T.D., Withler R.E., Wood. C.C. 1995. Stock identification of sockeye salmon by means of minisatellite DNA variation // North American Journal of Fisheries Management. V. 15. P. 249-265.

151. Beacham T.D., Wood C.C., Withler R.E., Le K.D., Miller K.M. 20006. Application of microsatellite DNA variation to estimation of stock composition and escapement of Skeena River sockeye salmon (Oncorhynchus nerka) // NPAFC Bull. 2. P. 263-276.

152. Beacham T.D., Wood. C.C. 1999. Application of microsatellite DNA variation to estimation of stock composition and escapement of Nass River sockeye salmon (Oncorhynchus nerka) // Canadian Journal of Fisheries and Aquatic Sciences V. 56. P. 1-14.

153. Beaumont A.R., Hoare K. 2003. Biotechnology and genetics in fisheries and aquaculture. Blackwell Science. UK. 158 p.

154. Begg G.A., Waldman J.R. 1999. A holistic approach to fish stock identification //Fish. Res. V. 43. P. 35-44.

155. Belfiore N.M. 2006. Discovering and Using Linked and Unlinked SNPs for Population Genetic Inference // SNP WORKSHOP II. Applications of SNP Genotyping in Fisheries Management. Girdwood, Alaska. September 21 -22. P. 13-14.

156. Bender М.М. 1999. Genetic Differentiation of Sockeye Salmon (Oncorhynchus nerka) Populations in the Wood River Lakes of Bristol Bay, Alaska // Diss. Abst. Int. Pt. В Sci. & Eng. V. 59. No. 11. P. 5685.

157. Bensch S., Akesson M. 2005. Ten years of AFLP in ecology and evolution: why so few animals? //Molecular Ecology. V. 14. P. 2899-2914.

158. Bernard R.L., Myers K.W. 1996. The performance of quantitative scale pattern analysis in the identification of hatchery and wild steelhead (О. mykiss) II Can. J. Aquat. Sci. V. 53. P. 1727-1735.

159. Bickham J.W., Wood C.C., Patton J.C. 1995. Biogeographic implications of cytochrome b sequences and allozymes in sockeye (Oncorhynchus nerka) II Journal of Heredity. V. 86. P. 140-144.

160. Boje J., Riget F., Koie M. 1997. Helminth parasites as biological tags in population studies of Greenland halibut (Reinhardtius hippoglossoides (Walbaum)), in the north-west Atlantic // ICES J. Mar. Sci. V. 54. P. 886-895.

161. Brookes A. 1999. The essence of SNP//Gene. V. 234. P. 177-186.

162. Brothers E. В. 1990. Otolith marking // In: Parker N.C., Giorgi A.E., Heidinger R.C. et al. (eds.). Fish-marking Techniques. Symposium 7. Am. Fish. Soc. Bethesda. Maryland. P. 183-202.

163. Buckley R.M., Blankenship H.L. 1990. Internal extrinsic identification systems: overview of implanted wire tags, otolith marks, and parasites // American Fisheries Society Symposium V. 7. P. 173-182.

164. Bugaev A.V. 2003. To the problem about accuracy using scale pattern analysis for identification of some local stocks of sockeye salmon from Asia and North America // NPAFC Doc. 699. 26 p.

165. Bugaev A.V 2005b. Some methodological aspects for identification of local stocks of pacific salmon by scale pattern analysis // NPAFC Technical Report. N.6.P. 109-111.

166. Bugaev A.V. 2005r. Scale pattern analysis estimates of age and stock composition of sockeye salmon Oncorhynchus nerka in r/v "TINRO" trawl catches in the Western Bering Sea and Northwestern Pacific Ocean in summer-autumn 2003 // NPAFC Doc. 866. 25 p.

167. Burger C.V, Spearman W.J., Cronin M.A. 1997. Genetic differentiation of sockeye salmon subpopulations from a geologically young Alaskan lake system // Trans. Am. Fish. Soc. V. 126. No. 6. P. 926-938.

168. Burger С.V., Scribner K.T., Spearman W.J., et al. 2000. Genetic contribution of three introduced life history forms of sockeye salmon to colonization of Frazer Lake, Alaska // Can. J. Fish. Aquat. Sci. V. 57. No. 10. P. 2096-2111.

169. Burgner R.L. 1980. Some features of ocean migration and timing of pacific Salmon // In: Salmon in ecosystems of the North Pacific. Oregon State Univ. Press. P. 153 164.

170. Burgner R.L. 1991 Life history of Sockeye Salmon (Oncorhynchus пегка) II In: C. Groot and L. Margolis. Pacific Salmon Life Histories. UBC Press. Canada. P. 3 117.

171. Cadrin S.X., Friedland K.D. 1999. The utility of image processing techniques for morphometric analysis and stock identification // Fish. Res. V. 43. P. 129139.

172. Campbell D., Duchesne P., Bernatchez L. 2003. AFLP utility for population assignment studies: analytical investigation and empirical comparison with microsatellites //Molecular Ecology. V. 12. P. 1979-1991.

173. Carrera E., Garcia Т., Cespedes A., et al. 1999. PCR-RFLP for the identification of eggs of Atlantic salmon (Salmo salar) and rainbow trout (iOncorhynchus mykiss) // Arch. Lebensmittelhyg. V. 50. No. 4-5. P. 76-78.

174. Cavalli-Sforza, L.L., Edwards A.W.F. 1967. Phylogenetic analysis: models and estimation procedures // American Journal of Human Genetics V. 19. P. 233257.

175. Churikov D., Matsuoka M., Luan X., et al. 2001. Assessment of concordance among genealogical reconstructions from various mtDNA segments in three species of Pacific salmon (genus Oncorhynchus) // Molecular Ecology. V. 10. P. 2329-2339.

176. Corley-Smith G.E., Wennerberg L., Schembri J.A. et al. 2005. Assignment of sockeye salmon (iOncorhynchus nerka) to spawning sites using DNA markers // Mar Biotechnol. V. 7(5). P. 440-448.

177. Cummings S.A, Brannon E.L., Adams K.J., Thorgaard G.H. 1997. Genetic analyses to establish captive breeding priorities for endangered Snake River sockeye salmon // Conserv. Biol. V. 11. No. 3. P. 662-669.

178. Dieringer D., Schlotterer C. 2002. Microsatellite analyzer (MSA): a platform independent analysis tool for large microsatellite data sets // Molecular Ecology Notes. V. 3(1). P. 167-169.

179. Dinesh K.R., Phang V.P.E., Lim T.M. 1993. PCR-Based DNA Fingerprinting using Arbitrary Primers in few cultivable Fishes // Proceedings of the

180. Symposium on Fish Genetics and its Application to Aquaculture and Fishery Management. V. 52. P. 11-18.

181. Domanico M.J., Phillips R.B., Oakley Т.Н., et al. 1997. Phylogenetic analysis of Pacific salmon (genus Oncorhynchus) using nuclear and mitochondrial DNA sequences // Can. J. Fish. Aquat. Sci. V. 54. No. 8. P. 1865-1872.

182. Efremov V.V. 2001. Genetic Variation and Differentiation among Populations of Chum Salmon Oncorhynchus keta Walbaum from Southern Russian Far East // Russian Journal of Genetics. Vol. 37. No. 3. P. 283-289.

183. Ellegren H. 2004. Microsatellites: simple sequences with complex evolution // Nature Reviews Genetics V. 5 P. 435-445.

184. Elo K., Ivanoff S., Vuorinen J.A., Piironen J. 1997. Inheritance of RAPD markers and detection of interspecific hybridization with brown trout and Atlantic salmon//Aquaculture. V. 152. P. 55-65.

185. Estoup A., Presa P., Krieg F. 1993. (CT)n and (GT)n microsatellites: a new class of genetic markers for Salmo trutta L. (brown trout) // Heredity. V. 71. P. 488 -496.

186. Faugeron S., Valero M., Destombe C., Martinez E.A., Correa J.A. 2001. Hierarchical spatial structure and discriminant analysis of genetic diversity in the red alga Mazzaella laminarioides (Gigartinales, Rhodophyta) // J. Phycol. V. 37. P. 705-716.

187. Fillatre E.K., Etherton P., Heath D.D. 2003. Bimodal run distribution in a northern population of sockeye salmon (Oncorhynchus nerka): life history and genetic analysis on a temporal scale // Mol Ecol. V. 12(7). P. 1793-1805.

188. Foerster R.E. 1968. The Sockeye Salmon, Oncorhynchus nerka II Fish. Res. Board of Canada. Bull. P. 162 442.

189. Fowler G.M., Stobo W.T. 1999. effects of release parameters on recovery rates of tagging groundfish species // Can. J. Fish. Aquat. Sci. V. 56. P. 1732-1751.

190. French R., Bilton H., Osako M., Hartt A. 1976. Distribution and origin of sockeye salmon (Oncorhynchus nerka) in offshore waters of the North Pacific Ocean // Bull. Int. N. Рас. Fish. Comm. V. 34. 113 p.

191. Fukuhara F.M. 1961. Analysis of red salmon morphological data 1958 and 1959//INPFC Ann. Report. 1960. P. 99-107.

192. Fukuhara F.M., Murai S., LaLanne J.J., Sribhidhadh A. 1962. Continental origin of red salmon as determined from morphological characters // INPFC Bull. 8. P. 15-109.

193. Fukuwaka M., Kaeriyama M. 1994. A back-calculation method for estimating individual growth of juvenile chum salmon by scale analysis // Sci. Rep. Hokkaido Salmon Hatchery. No. 48. P. 1-9.

194. Gable J., Cox-Rogers S. 1993. Stock identification of Fraser River sockeye salmon: Metodology and Management application // Tech. Rep. Рас. Salm. Comm. No. 5. P. 40.

195. Garcia D.K., Benzie J.A.H. 1995. RAPD markers of potential use in penaeid prawn (Penaeus monodori) breeding programs // Aquaculture. V. 130. P. 137144.

196. Gilbert C.H. 1914-1920. Contributions of the life history of the sockeye salmon. Province of British Columbia // Ann. Report of the Commission of fisheries of the years 1913-1919.

197. Goldstein D.B., Pollock D.D. 1997. Launching microsatellites: a review of mutation processes and methods of phylogenetic inference // Journal of Heredity. V. 38. P. 335-342.

198. Goldstein D.B., Ruiz Linares A., Cavalli-Sforza L.L., Feldman, M.W. 1995. An evaluation of genetic distances for use with microsatellite loci // Genetics. V. 139. P. 463-471.

199. Gritsenko O.F., Karpenko V.I., Klovatch N.V., Gruzevich A.K. 2003. The problem of Pacific salmon stocks identification during the marine period of life (results and prospects) // Technical report No 5. Vancouver. Canada. P. 19-21.

200. Gupta P.K., Varshney R.K., Sharma P.C., Ramesh B. 1999. Molecular markers and their applications in wheat breeding // Plant Breed. V. 118. P. 369-390.

201. Gustafson R.G., Winans G.A. 1999. Distribution and population genetic structure of river- and sea-type sockeye salmon in western North America // Ecol. Freshwat. Fish. V. 8. No. 3. P. 181-193.

202. Hacia J.G., Collins F.S. 1999. Mutation analysis using oligonucleotide microarrays // J. Med. Genet. V. 36 P. 730-736.

203. Hadrys H., Balick M., Schierwater B. 1992. Application of random amplified polymorphic DNA (RAPD) in molecular ecology // Molec. Ecology. V. LP. 5563.

204. Hallerman E.M., Beckman J.S. 1988. DNA-level polymorphism as a tool in fisheries science //Can. J. Fish. Aquat. Sci. V. 45. P. 1075-1087.

205. Hanamura N. 1966. Salmon of the North Pacific Ocean. Part 3. A review of the life history of North Pacific Ocean. I. Sockeye salmon in the Far East // INPFC Bull. No. 18. P. 1-28.

206. Hanamura N. 1967. Salmon of the North Pacific Ocean. Part 4. Spawning populations of north pacific salmon. I. Sockeye salmon in the Far East // INPFC Bull. No. 23. P. 1 8.

207. Hanamura N., Osako S., Ito S., Inazawa M. 1962. Biological information on the condition of sockeye salmon in East Kamchatka // Fish. Agency Jap. INPFC Doc. 552.

208. Hansen M.M., Kenchington E., Nielsen E.E. 2001. Assigning individual fish to populations using micrasatellite DNA markers // Fish and Fisheries. V. 2. P. 93112.

209. Hartman W.L., Raleigh R.F. 1964. Tributary homing of sockeye salmon at Brooks and Karluk Lakes, Alaska // J. Fish. Res. Bd. Can. V. 21(3). P. 485504.

210. Hedrick P.W. 1999. Highly variable loci and their interpretation in evolution and conservation // Evolution. V. 53(2). P. 313-318.

211. Henderson S.T., Petes T.D. 1992. Instability of simple sequence DNA in Saccharomyces cerevisiae II Mol. Cell. Biol. V. 12. P. 2749-2757.

212. Horstkotte В., Rehbein H. 2003. Fish Species Identification by Means of Restriction Fragment Length Polymorphism and High-Performance Liquid Chromatography // J. Food Sci. V. 68. No. 9. P. 2658-2666.

213. Huang Q.-Y., Xu F.-H., Shen H. et al. 2002. Mutation pattern at dinucleotide microsatellite loci in humans // Am. J. Hum. Genet. V. 70. P. 625-634.

214. Isaksson A., Landegren U., Syvanen A.C., Bork P., et al. 2000. Discovery, scoring and utilization of human single nucleotide polymorphisms: a multidisciplinary problem // European Journal of Human Genetics. V. 8. P. 154156

215. Ishida Y., Nagasawa K.,Welch D.W., Eveson J.P. 1996. Distribution of pacific salmon (Oncorhynchus spp.) in the North Pacific ocean and its adjacent seas, 1956-1996 // NPAFC Doc. No. 232. 12 p.

216. Kimura M., Crow J. F. 1964. The number of alleles that can be maintained in a finite population // Genetics. V. 49. P. 725 738.

217. Kinghorn В., van der Werf J. 2000. Identifying and incorporating genetic markers and major genes in animal breeding programs. QTL Course: June 2000 Belo Horizonte Brasil. 112 p.

218. Kirpichnikov V.S., Muske G.A., Scholl-Engberts A.D., et al. 1990. Genetic structure and allele frequency dynamics in the sockeye salmon population of Lake Dalneye, Kamchatka // Aquaculture. V. 84. No. 1. P. 13-25.

219. Koljonen M.-L., McKinnell S. 1996. Assessing seasonal changes in stock composition of Atlantic salmon catches in the Baltic Sea with genetic stock identification // J. Fish. Biol. V. 49. P. 998-1018.

220. Kovalev M.Yu. 1995. Differentiation of two juvenile groups of sockeye salmon Oncorhynchus nerka (Walbaum) from Azabachye Lake, Kamchatka // Russ. J. Mar. Biol. (Biol. Morya). V. 21. No. 3. P. 168-173.

221. Kruglyak S., Durett R.T., Schug M.D.,Aquardo C.F. 1998. Equilibrium distribution of microsatellite repeat length resulting from a balance between slippage events and point mutations // Proc. Natl Acad. Sci. USA. V. 95. P. 10774-10778.

222. Kubo Т., Kosaka J. 1959. Study of sockeye salmon stocks by mean on the growth pattern of scales // Fish. Agency Jap. INPFC Doc. 326.

223. Kubo T. 1958. Study on the stock of red salmon by the growth pattern of scales // Fac. Fish. Hokkaido Univ. INPFC Doc. 206.

224. Landegren U., Nilsson M, Kwok P.Y. 1998. Reading Bits of genetic information: methods for single-nucleotide polymorphism analysis // Genome Research. V. 8. P. 769-776.

225. Landrum В.J., Dark Т. 1963. Morphological classification of 1960 red salmon //INPFCAnn. Report. 1961. P. 108-114.

226. Li Y.C., Korol A.B., Fahima Т., et al. 2002. Microsatellites: genomic distribution, putative functions and mutational mechanisms: a review // Molecular Ecology. V. 11. P. 2453-2465.

227. Lougheed S.C., Gibbs H.L., Prior K.A., Weatherhead P.J. 2000. A comparison of RAPD versus microsatellite DNA markers in population studies of the massasauga rattlesnake // J. of Heredity. V. 91. P. 458-463.

228. Mackill D.J., et al. 1996. Level of polymorphism and genetic mapping of AFLP markers in rice // Genome. V. 39. P. 969-977.

229. Manzer J.I., Ishida Т., Peteron A.E. et al. 1965. Salmon of the North Pacific Ocean. Part 5. Offshore distribution of salmon // INPAFC. Bull. V. 15. P. 452.

230. Margolis L. 1963. Parasites as indicators of the geographical origin of sockeye salmon Oncorhynchus nerka (Walbaum), occurring in tha North Pacific Ocean and adjacent seas // INPAFC. Bull. V. 11. P. 101-156.

231. Margolis L., Cleaver F.C., Fukuda J., Godfrey H. 1966. Salmon of the North Pacific Ocean. 6. Sockeye salmon in offshore waters // INPAFC. Bull. V. 20. P. 1-70.

232. Meng H.J., Stocker M. 1983. An evolution of morphometries and meristics for stocks separation of Pacific herring (Clupea harengus pallasi) // Can. J. Fish, aquat. Sci. V. 41. P. 414-422.

233. Miller M.P. 1997. Tools for population genetic analysis (TFPGA) 1.3: A Windows program for the analysis of allozyme and molecular population genetic data. Computer software distributed by author.

234. Moran P. 1994. Overview of commonly used DNA techniques // Application of DNA Technology to the Management of Pacific Salmon. Proceedings of the Workshop March 22-23,1993. Seattle, Washington. Edited by Park L.K., Moran P., Waples R.S. 15 p.

235. Moran P., Dightman D.A., Waples R.S., Park L.K. 1997. PCR-RFLP analysis reveals substantial population-level variation in the introns of Pacific salmon (Oncorhynchus spp.) // Mol. Mar. Biol. Biotechnol. V. 6. No. 4. P. 315-327.

236. Morin P.A., Luikart G., Wayne R.K., et al. 2004. SNPs in ecology, evolution and conversation // TRENDS in Ecology and Evolution. V. 19. No. 4. P. 208216.

237. Mosher K.N. 1963. Racial analysis of red salmon by means scales // INPFC Bull. 11. P. 31-56.

238. Mosquera J., Gomez-Gesteira M., Perez-Villar V. 2000. Using parasites as biological tags of fish populations: a dynamical model // Bull. Math. Biol. V. 62. P. 87-99.

239. Mueller U.G., Wolfenbarger L.L. 1999. AFLP genotyping and fingefprinting // Trends. Ecol. Evol. V. 14. P. 389 394.

240. Murta A.G. 2000. Morphological variation of horse mackerel (Trachurus trachurus) in the Iberian and North African Atlantic: implications for stock identification // ICES J. Mar. Sci. V. 57. P. 1240-1248.

241. Myers K.W. 1991. Scale pattern estimates of origin of sockeye salmon in 1990 port samples of the Japanese traditional landbased driftnet salmon fishery // INPFC Doc. No. 3695. 15 p.

242. Nagasawa K. 2000. Winter zooplankton biomass in the Subarctic North Pacific, with a discussion on the overwintering survival strategy of Pacific salmon (Oncorhynchus spp.) IINPAFC Bui. No. 2. P. 21-32

243. Nei M. 1972. Genetic distance between populations // American Naturalist. V. 106(949). P. 283-292.

244. Nelson R.J., Wood C.C., Cooper G., et al. 2003. Population Structure of Sockeye Salmon of the Central Coast of British Columbia: Implications for Recovery Planning // N. Am. J. Fish. Manage. V. 23. No. 3. P. 703-720.

245. Nielsen E.E., Hansen M.M., Loeschcke V. 1996. Genetic structure of European populations of Salmo salar L. (Atlantic salmon) inferred from mitochondrial DNA// Heredity. V. 77. No. 4. P. 351-358.

246. Nielsen R. 2000. Estimation of population parameters and recombination rates from single nucleotide polymorphisms // Genetics. V. 154. P. 931-942.

247. Nomura Т., Urawa S., Ueno Y. 2000. Variations in muscle lipid content of high-seas chum and pink salmon in winter // NPAFC Bui. N2. P. 347-352

248. O'Connell M., Wright J.M. 1997. Microsatellite DNA in fishes // Reviews in Fish Biology and Fisheries. V. 7. P. 331-363.

249. Okamoto Т., Suzuki Т., Yamamoto N. 2000. Microarray fabrication with covalent attachment of DNA using bubble jet technology // Nat. Biotechnol. V. 18. N. 4. P. 438-441.

250. Olsen J.B., Wilson S.L., Kretschmer E.J. et al. 2000. Characterization of 14 tetranucleotide microsatellite loci derived from sockeye salmon // Molecular Ecology. V. 9. P. 2185-2187.

251. Otha Т., Kimura M. 1973. The model of mutation appropriate to calculate the number of electrophoretically detectable alleles in a genetic population // Genet. Rez. V. 22. P. 201 -204.

252. Paetkau D., Calvert W., Stirling I., Strobeck C. 1995. Microsatellite analysis of population structure in Canadian polar bears // Mol. Ecol. V. 4. P. 347-353.

253. Page R.D.M. 1996. TREEVIEW: An application to display phylogenetic trees on personal computers // Computer Applications in the Biosciences V. 12. P. 357-358.

254. Park L.K. 1994. Introduction to DNA basics // Application of DNA Technology to the Management of Pacific Salmon. Proceedings of the Workshop March 2223, 1993. Seattle, Washington. Edited by Park L.K., Moran P., Waples R.S. 13 p.

255. Park L.K., Moran P. 1994. Developments in molecular genetic techniques in fisheries // Rev. Fish. Biol. V. 4. P. 272-299.

256. Penner G.A., Bush A., Wise R., at al. 1993. Reproducibility of random amplified polymorphic DNA (RAPD) analysis among laboratories // PCR Methods Appl. V. 2 (4). P. 341-345.

257. Ramstad K.M., Woody C.A., Sage G.K., Allendorf F.W. 2004. Founding events influence genetic population structure of sockeye salmon (Oncorhynchus nerka) in Lake Clark, Alaska // Mol Ecol. V. 13(2). P. 277-90.

258. Raymond M., Rousset F. 1995. GENEPOP (version 1.2): population genetics software for exact tests and ecumenicism // J. Heredity. V. 86. P. 248-249.

259. Rehbein H., Devlin R.H., Rueggeberg H. 2002. Detection of a genetic alteration and species identification of coho salmon (Oncorhynchus kisutch): a collaborative study// Eur. Food Res. Technol. V. 214. No. 4. P. 352-355.

260. Review of the Fisheries Research Board of Canada. 1966. Ottawa. P. 5-103.

261. Rexroad III C.E., Coleman R.L., Hershberger W.K., Killefer J. 2002. Rapid communication: Thirty-eight polymorphic microsatellite markers for mapping in rainbow trout // J. Animal Sciences. V.80. P. 541-542.

262. Ricker W.E. 1938. "Residual" and kokanee salmon in Cultus lake // J. Fish. Res. Bd. Of Canada. V. 4(3). P. 192 218.

263. Ricker W.E. 1941. The consumption of young sockeye salmon by predaceous fish // J. Fish. Res. Bd. Can. V. 5(3). P. 293-313.

264. Ricker W.E. 1966. Sockeye salmon in British Columbia // In: Salmon of North Pacific Ocean. Part III. A review of the life history of North American Salmon. Int. North Рас. Fish. Comm. P. 59 70.

265. Ricker W.E. 1972. Hereditary and environmental factors affecting certain salmonid populations // In.: The stock concept of pacific Salmon. Univ. British Columbia. P. 19-160.

266. Ridgway G.J., Cushing J.E., Durall G.I. 1961. Serological differentiation of populations of sockeye salmon Oncorhynchus nerka II INPFC Bull. V. 3. P. 510.

267. Ridgway G.J., Klontz J.E., Matsumoto C. 1962. Interspecific differences in the serum antigens of red salmon demonstrated by immunochemical methods // NPFC Bull. V. 8. P. 1-13.

268. Robertson J.G. 1949. Sockeye fry production in a small British Columbia coastal watershed // Progr. Rep. Pacific Coast St. V. 80. P. 55 57.

269. Russell V.J., Hold G.L., Pryde S.E., et al. 2000. Use of Restriction Fragment Length Polymorphism To Distinguish between Salmon Species 11 J. Agric. Food Chem. V. 48. No. 6. P. 2184-2188.

270. Saiki R.K., Gelfand D.H., Stoffel S., Scharf S.J., Higuchi R., Horn G.T., Mullis K.B., Erlich H.A. 1988. Primer-directed enzymatic amplification of DNA with termostable DNA polymerase // Science. V. 239. P. 487-491.

271. Sambrook J., Fritsch E.F., Maniatis T. 1989. Molecular Cloning: A Laboratory Manual. N.Y.: Cold Spring Harbor Lab. Press. 1626 p.

272. Schlotterer C. 2000. Evolutionary dynamics of microsatellite DNA // Chromosoma. V. 109. P. 365-371.

273. Schneider S., Kueffer J.-M., Roessli D., Excoffer L. 2000. Arlequin, Version 2.0. Genetics and Biometry Lab. Dept. of Anthropology. Univ. of Geneva. Switzerland.

274. Schwartzberg M., Fryer J.K. 1993. Identification of hatchery and naturally spawning stocks of Columbia basin spring chinook salmon by scale pattern analyses // N. Am. J. Fish. Manage. V. 13. No. 2. P. 263-271.

275. Seeb J.E., Habicht C., Olsen J.B., et al. 1998. Allozyme, mtDNA, and microsatellite variants describe structure of populations of pink and sockeye salmon in Alaska // NPAFC Bull. No. 1. P. 300-318.

276. Seeb J.E., Wilmot R.L., Urawa S., et al. 20056. Single nucleotide polymorphisms (SNPs) provide standard DNA data for Bering-Aleutian salmon international survey (BASIS) studies //NPAFC Technical Report. No. 6. P. 101103.

277. Seeb L., Decovich N., Smith C. 2006. SNPs Reveal High Levels of Genetic Diversity in Chinook Salmon From the Copper River, Alaska // SNP

278. WORKSHOP II. Applications of SNP Genotyping in Fisheries Management. Girdwood, Alaska. September 21 -22. P. 29.

279. Seeb L.W., Crane P.A. 1999. Allozymes and Mitochondrial DNA Discriminate Asian and North American Populations of Chum Salmon in Mixed-Stock Fisheries along the South Coast of the Alaska Peninsula // Trans. Am. Fish. Soc. V. 128. No. l.P. 88-103.

280. Seeb L.W., Templin W.D., Smith C.T., et al. 2005a. SNPs provide an easily-standardized baseline for NPAFC studies of chum salmon // NPAFC Doc. 907. 12 p.

281. Seeb L.W., Templin W.D., Tarbox K.E., Davis R.Z., Seeb J.E. 1997. Kenai River Sockeye Salmon Restoration. Restoration Project 96255-2. EXXON VALDEZ Oil Spill Restoration Project Final Report. 116 p.

282. Seliphonov M.M. 1982. Fluctuations in abundance of sockeye salmon in Ozernaja river // Stock Intern. Proc. North Aquaculture Symp. Anchorage. Alaska. P. 93 -96.

283. Sick K. 1961. Haemoglobin polymorphism in fishes // Nature. V. 192. P. 894896.

284. Single Nucleotide Polymorphisms: Methods and Protocols. 2003. Edited by Pui-Yan Kwok. Humana Press Inc. Totowa. New Jersey. 284 p.

285. Smith C., Seeb L. 2006. Number of Alleles as a Predictor of the Relative Assignment Power of SNP and STR Baselines for Chum Salmon // SNP WORKSHOP II. Applications of SNP Genotyping in Fisheries Management. Girdwood, Alaska. September 21 -22. P. 25.

286. Smith C.T., Baker J., Park L., et al. 2005. Characterization of 13 single nucleotide polymorphism markers for chum salmon // Molecular Ecology Notes. 4 p.

287. Smith H.D. 1987. Introduction // In: Smith H.D., Margolis L., Wood C.C (eds.). Sockeye salmon (Oncorhynchus nerka) population biology and future management. Can. Spec. Publ. Fish. Aquat. Sci. V. 96. 486 p.

288. Smith H.D., Margolis L., Wood C.C, 1987. Sockeye salmon (Oncorhynchus nerka) population biology and future management // Can. Spec. Publ. Fish. Aquat. Sci. V. 96. 486 p.

289. Smith P., McVeagh M. 2000. Allozyme and microsatellite DNA markers of toothfish population structure in the Southern Ocean // J. Fish Biol. V. 57. P. 7283.

290. Stewart I.J., Quinn T.P., Bentzen P. 2003. Evidence for fine-scale natal homing among island beach spawning sockeye salmon, Oncorhynchus nerka II Environ. Biol. Fish. V. 67. No. l.P. 77-85.

291. Suga C., Igarashi M., Watarai O. 1991. A study of the stock discrimination by the scale pattern fot chum salmon obtained from Katakishi River and Tsugaruishi River//J. Fac. Mar. Sci. Technol. Tokai Univ. V. 32. P. 37-43.

292. Swain D.P., Foote C.J. 1999. Stocks and chameleons: the use of phenotypic variation in stock identification // Fish. Res. V. 43. P. 113-128.

293. Taguchi K. 1948. On the scale and stock of the red salmon, Oncorhynchus nerka, migrating to Kamchatka // Bull. Japan. Soc. Sci. Fish. V. 13. N. 4. P. 158-160.

294. Taguchi K. 1956. The salmon fisheries and salmon resourses of the northern waters // Proc. North. Waters Fish. Res. Invest. Conf. 290 p.

295. Takashi K., Norimasa M., Naruya S. 1997. Phylogenetic relationship of the genus Oncorhynchus species inferred from nuclear and mitochondrial markers // Genes and Genetic Systems. V. 72. No. 1. P. 25-34.

296. Taylor E.B., Foote C.J., Wood C.C. 1996. Molecular genetic evidence for parallel life-history evolution within a Pacific salmon (sockeye salmon and kokanee, Oncorhynchus nerka) II Evolution. V. 50. No. 1. P. 401-416.

297. Taylor E.B., Harvey S., Pollard S., Volpe J. 1997. Postglacial genetic differentiation of reproductive ecotypes of kokanee Oncorhynchus nerka in Okanagan Lake, British Columbia // Mol. Ecol. V. 6. No. 6. P. 503-517.

298. Templin W., Antonovich A.B. 2006. Selecting the Best Subset of SNP Loci for Distinguishing Yukon River Chinook Salmon // SNP WORKSHOP II. Applications of SNP Genotyping in Fisheries Management. Girdwood, Alaska. September 21 -22. P. 23.

299. Templin W.D., Smith C.T., Seeb J.E., Seeb L.W. 2005. SNPs provide high-throughput resolution for migratory studies of Chinook salmon // NPAFC Doc. 908. 10 p.

300. Tong A.K., Ju J. 2002. Single nucleotide polymorphism detection by combinatorial fluorescence energy transfer tags and biotinylated dideoxynucleotides //Nucleic Acids Research. V. 30 No. 5. 7 p.

301. Utter F.M. 1991. Biochemical genetics and fishery management: an historical perspective // J. Fish Biol. V. 39. (Suppl. A). P. 1-20.

302. Utter F.M. 1991. Biochemical genetics and fishery management: an historical perspective // J. Fish. Biol. V. 39. Suppl. A. P. 1-20.

303. Utter F.M., Aebersold P., Helle J., Winas G. 1983. Genetic characterisation of population in south-eastern range of sockeye salmon // In: Proc. Olympic wild fish conf (eds Walton J.M., Houston D.B.) Port Angeles. USA. P. 17-32.

304. Van Doornik D.M, Winans G.A, Teel D.J. 1999. Allozyme Studies of Pacific Salmonids with Nonlethal Sampling of Fin Tissue // N. Am. J. Fish. Manage. V. 19. No. 3. P. 678-686.

305. Varnavskaya N.V. 1998b. The genetic estimations of stock composition in chum catches in Russian 200-miles zone of the Northern Pacific Ocean in 1997 // NPAFC Doc No. 376. 10 p.

306. Varnavskaya N.V. 1998a. The precision and accuracy of genetic baseline data sets for pink, chum and sockeye salmon stock identification in Pacific Ocean mixed-fisheries catches // NPAFC Doc No. 375. 13 p.

307. Varnavskaya N.V., Wood C.C., Everett R. 19946. Genetic variation in sockeye salmon (Oncorhynchus nerka) populations of Asia and North America // Can. J. Fish. Aquat. Sci. V. 51. (Suppl. 1) P. 132-146.

308. Vignal A., Milan D., SanCristobal M., Eggen A. 2002. A review of SNP and other types of molecular markers and their use in animal genetics // Genet. Sel. Evol. V. 34. P 275-305.

309. Volk C.E., Schroder S.L., Grimm J.J. 1994. Use of a bar code symbology to produce multiple thermally induced otolith marks // Trans. Amer. Fish. Soc. V. 123. P. 811-816.

310. Volobuev V., Mikodina E., Akinicheva E. 2002. Results of 2001 salmon research cruise of the RTM "Dalokean" // NPAFC. Doc.609. 22 p.

311. Vos P., Hogers R., Bleeker M., et al. 1995. AFLP: a new technique for DNA fingerprinting // Nucleic Acids Research. V. 23. No. 21. P. 4407-4414.

312. Weber D., Ridgway G.L. 1967. Marking pacific salmon with tetracicline antibiotics // J. Fish. Res. Board Can. V. 24. No. 4. P. 849-865.

313. Weber J., Wong C. 1993. Mutation of human short tandem repeats // Hum. Mol. Genet. V.2.P. 1123-1128.

314. Weising K., Nybom H., Wolff K., Kahl G. 2005. DNA fingerprinting in plants: principles, methods, and applications. 2nd ed. Taylor and Francis Group. Boca Raton. USA. 444 p.

315. Welsh J., McClelland M. 1990. Fingerprinting genomes using PCR with arbitrary primers //Nucleic Acids Research. V. 18. No. 24. P. 7213-7218.

316. Williams J.G.K., Hanafey M.K., Rafalski J.A, Tingey S.V. 1993. Genetic analysis using random amplified polymorphic DNA markers // Methods Enzymol. V. 218. P. 704-740.

317. Williams J.G.K., Kubelik A.R., Livak K.J., Rafalski J.A., Tingey S.V. 1990. DNA polymorphisms amplified by arbitrary primers are useful as genetic markers // Nucleic Acids Research. V. 18. No. 22. P. 6531-6535.

318. Williamson K.S., Cordes J.F., May B. 2002. Characterization of microsatellite loci in chinook salmon (Oncorhyncus tshawytscha) and cross-species amplification in other salmonids // Molecular Ecology Notes. V. 2. P. 17-19.

319. Wilmot R.L., Burger C.V. 1985. Genetic differences among populations of Alaskan sockeye salmon // Trans. Am. Fish. Soc. V. 114(2). P. 236-243.

320. Xu X., Peng M., Fang Z., Xu X. 2000. The direction of microsatellite mutations is dependent upon allele length // Nat. Genet. V. 24. P. 396-399.

321. Ye S., Dhillon S., Ke X., et al. 2001. An efficient procedure for genotyping single nucleotide polymorphisms // Nucleic Acids Research. V. 29. No. 17. 8 p.

322. Young S.F., Downen M.R., Shaklee J.B. 2004a. Microsatellite DNA data indicate distinct native populations of kokanee, Oncorhynchus nerka, persist in232the Lake Sammamish Basin, Washington // Environ. Biol. Fish. V. 69. No. 1-4. P. 63-79.

323. Young S.F., Downen M.R., Shaklee J.B. 20046. Microsatellite DNA data indicate distinct native populations of kokanee, Oncorhynchus nerka, persist in the Lake Sammamish Basin, Washington // Genetics of subpolar fish and invertebrates. P. 63-79.

324. Zaporozhets O.M., Zaporozhets G.V. 2000. Using the coordinates of some character point of scales for differentiation of pacific salmon stocks // NPAFC Bull. No. 2. P. 325-329.

325. Zelenina D.A., Khrustaleva A.M., Volkov A.A., et. al. 2005. A case study of two genetic markers for inter-laboratory collaboration: SNPs provide transportability without standardization. // NPAFC Doc. No. 913. 14 p.

326. Zhang D.X., Hewitt G.M. 2003. Nuclear DNA analyses in genetic studies of populations: practice, problems and prospects // Molecular Ecology. V. 12. P. 563-584.

327. Zhivotovsky L.A. 1999. Estimating population structure in diploids with multilocus dominant DNA markers // Molecular Ecology. V. 8. P. 907-913.

328. Zhivotovsky L.A., Feldman M.W., Grishechkin S.A. 1997. Biased mutations and microsatellite variation // Mol. Biol. Evol. V. 14. P. 1-7.

Информация о работе
  • Хрусталева, Анастасия Михайловна
  • кандидата биологических наук
  • Москва, 2007
  • ВАК 03.00.10
Диссертация
Генетическая дифференциация нерки (Oncorhynchus nerka) азиатских стад - тема диссертации по биологии, скачайте бесплатно
Автореферат
Генетическая дифференциация нерки (Oncorhynchus nerka) азиатских стад - тема автореферата по биологии, скачайте бесплатно автореферат диссертации
Похожие работы