Ассоциация с сахарным диабетом типа 1 полиморфных маркеров в хромосомной области 12q24 и генах INS, PTPN22, PTPN2 и CLEC16A

Лаврикова, Елена Юрьевна

Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему
Ассоциация с сахарным диабетом типа 1 полиморфных маркеров в хромосомной области 12q24 и генах INS, PTPN22, PTPN2 и CLEC16A
ВАК РФ 03.01.03, Молекулярная биология

Автореферат диссертации по теме "Ассоциация с сахарным диабетом типа 1 полиморфных маркеров в хромосомной области 12q24 и генах INS, PTPN22, PTPN2 и CLEC16A"

На правах рукописи

004602336

ЛАВРИКОВА ЕЛЕНА ЮРЬЕВНА

АССОЦИАЦИЯ С САХАРНЫМ ДИАБЕТОМ ТИПА 1 ПОЛИМОРФНЫХ МАРКЕРОВ В ХРОМОСОМНОЙ ОБЛАСТИ 12q24 И ГЕНАХ INS, PTPN22, PTPN2 И CLEC16A

03.01.03 - Молекулярная биология

АВТОРЕФЕРАТ диссертации на соискание ученой степени кандидата биологических наук

Москва-2010

2 О МАЙ 2010

004602330

Работа выполнена в лаборатории молекулярной диагностики и геномной дактилоскопии ФГУП «Государственный научно-исследовательский институт генетики и селекции промышленных микроорганизмов» (ФГУП «ГосНИИ генетика»), г. Москва.

Научный руководитель:

доктор биологических наук, профессор,

ФГУП «ГосНИИ генетика» Носиков Валерий Вячеславович

Официальные оппоненты:

доктор медицинских наук, профессор, Московская медицинская академия

им. И.М. Сеченова Асанов Алий Юрьевич

доктор биологических наук, профессор, Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН

Ведущая организация:

Прасолов Владимир Сергеевич

ГУ Медико-генетический научный центр

РАМН

Защита состоится «т&»~мая 2010 г. в 14 часов на заседании Диссертационного совета Д.217.013.01 при Государственном научно-исследовательском институте генетики и селекции промышленных микроорганизмов по адресу: 117545, Москва, 1-й Дорожный проезд, 1.

С диссертацией можно ознакомиться в библиотеке ФГУП «ГосНИИ генетика».

Реферат разослан апреля 2010 г.

Ученый секретарь Диссертационного совета, кандидат химических наук

Воюшина Т.Л.

ОБЩАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА РАБОТЫ

Актуальность проблемы. Сахарный диабет типа 1 (СД типа 1) - широко распространенное, тяжело протекающее заболевание, приводящее к ранней инвалидности и преждевременной смерти больных. СД типа 1 относится к одному из наиболее серьезных эндокринных заболеваний человека. В Российской Федерации насчитывается более 5 млн. больных с этой формой диабета. СД типа 1 является наследственным аутоиммунным заболеванием и представляет собой не только медицинскую, но и серьезную социальную проблему. В целом средняя продолжительность жизни больных СД типа 1, заболевших в детстве, на 20 лет меньше, чем средняя продолжительность жизни в общей популяции.

В настоящее время СД типа 1 относят к многофакторным, полигенным заболеваниям. Многофакторная модель наследования предполагает, что проявление болезни определяется взаимодействием средовых и генетических факторов. Под генетическими факторами при этом подразумевают определенные аллели ряда полиморфных генов, вовлеченных в развитие СД типа 1, которые в клинической практике получили название аллелей, предрасполагающих к развитию СД типа 1. До настоящего времени в русской популяции с использованием подхода «ген-кандидат» удалось надежно идентифицировать только две хромосомные области, содержащие гены, связанные с предрасположенностью к развитию СД типа 1. Это локус МНС (главный комплекс гистосовместимости) и ген СТЬА4, кодирующий поверхностный рецептор Т-клеток.

В последние годы обнаружена ассоциация с СД типа 1 ряда новых локусов, в том числе и на основе полных геномных поисков с использованием микрочипов высокой плотности. Однако эти данные относятся, главным образом, к больным СД типа 1, происходящим из Великобритании. Необходимость проведения аналогичных исследований на русской популяции не вызывает сомнений, так как известно, что вклад различных генов в формирование предрасположенности к СД типа 1 существенно различается в разных популяциях, а вычисление генетического риска для пациента требует наличия информации о распределении частот аллелей и генотипов для популяции, к которой он принадлежит, что исключает использование данных, полученных для других популяций.

Установление ассоциации полиморфных маркеров с СД типа 1 у больных русского происхождения поможет разработать дифференцированный подход к профилактике и лечению данной патологии.

Цель и задачи работы. Целью данной работы было изучение ассоциации полиморфных маркеров ряда генов-кандидатов с развитием сахарного диабета типа 1. Для достижения этой цели были поставлены следующие задачи:

1. Определить частоты аллелей и генотипов полиморфных маркеров генов, кодирующих ти-розиновые фосфатазы типа 2, 11 и 22 (PTPN2, PTPNl 1, PTPN22), тирозиновую киназу, являющуюся рецептором эпидермальных факторов роста типа 3 (ERBB3), представителя семейства лектинов типа С (CLEC16A), адаптерный белок Lnk (SH2B3), проинсулин (INS) и альфа-цепь рецептора интерлейкина 2 ([IL2RA) в группе больных СД типа 1 и группе здоровых индивидов среди русских г. Москвы.

Научная новизна работы. В данной работе впервые в России исследована ассоциация полиморфных маркеров -23HphI(rs689) гена INS, Trp262Arg(rs3184504) гена SH2B3, CI858T (rs2476601) гена PTPN22, rs2847281, rs254215I, rs3737361, rs547268 и rs2542156 гена PTPN2, rs2903692 и rs725613 гена CLEC16A, rs2292239 гена ERBB3, rsl 7696736, rs12425405, rsl 1066284, rs7974468 и rsl 1066301 гена PTPN11, rs4l29506l и rsl 1594656 гена IL2RA с СД типа 1. Обнаружена ассоциация полиморфных маркеров генов INS, SH2B3, PTPN22, PTPNl 1, PTPN2 и CLEC16A с развитием СД типа 1. Все вышеизложенные результаты получены впервые.

Практическая ценность работы. Показано, что исследованные полиморфные маркеры генов INS, SH2B3, PTPN22, PTPNl 1, PTPN2 и CLECI6A moot использоваться для количественной оценки генетического риска возникновения сахарного диабета типа 1 в популяции русских. Несомненно, что понимание механизма патогенетического развития СД типа 1 со временем позволит создать новые лекарственные средства, предохраняющие от развития этого заболевания у генетически предрасположенных индивидов.

Апробация работы. Диссертационная работа была представлена на заседании Секции молекулярной биологии Ученого Совета ФГУП «ГосНИИ генетика» 2 апреля 2010 г. Результаты настоящей работы докладывались на V-ом съезде Вавиловского общества генетиков и селекционеров, г. Москва (21 - 27 июня, 2009 г.) и на 45-ом ежегодном Конгрессе Европейской ассоциации по изучению диабета, г. Вена, Австрия (20 сентября - 2 октября 2009 г.)

Публикации. По материалам диссертации опубликовано 4 печатные работы, в том числе 2 статьи.

Структура диссертации. Диссертация состоит из следующих разделов: введение, обзор литературы, описание использованных материалов и методов, результаты и их обсуждение, заключение, выводы и список литературы. Материалы диссертации изложены на 121

странице машинописного текста и содержат 29 таблиц и 9 рисунков. В работе процитировано 226 зарубежных и 5 отечественных литературных источников.

СОДЕРЖАНИЕ РАБОТЫ 1. Исследование ассоциации полиморфных маркеров ряда генов-кандидатов с сахарным диабетом типа 1.

В работе использовали образцы крови от двух групп: больных СД типа 1 (177 человек) и здоровых индивидов (206 человек) русского происхождения, любезно предоставленных сотрудниками Эндокринологического научного центра Минсоцздравразвития (г. Москва).

Контрольная группа представляла собой случайную выборку пациентов. Выборки были этнически однородны, составлены из русских (на основании паспортных данных), проживающих в г. Москве и не являющихся родственниками (таблица 1). Геномную ДНК пациентов использовали для амплификации фрагментов ДНК, содержащих полиморфные маркеры ряда генов-кандидатов, предположительно вовлеченных в патогенез СД типа 1.

Анализ нуклеотидных последовательностей осуществляли с помощью системы NCBI в сети Интернет (www.ncbi.nlm.nih.gov). Использовали следующие разделы: MapView (построение генетической карты), dbSNP (информация о полиморфных маркерах). Для подбора праймеров и рестриктаз использовали пакет программ Invitrogen Vector NTI Advance 10 (версия Education). Для анализа блоков неравновесия по сцеплению и выбора полиморфных маркеров, характеризующих максимальное количество однонуклеотидных полиморфизмов в данной хромосомной области, использовалась программа HapIoView версии 3.2.

Таблица 1.

Характеристики обследованных групп больных СД типа 1 (группа «СД1+») и здоровых

индивидов (группа «СД1-»).

Показатель Группа «СД 1 +» Группа «СД1-»

Пол (М/Ж) 95/82 117/89

Возраст, лет 14,5 ±6,5 39,2 ±14,8

Возраст начала СД, лет' 6,3 ±4,3 -

Гликированный гемоглобин НЬА|, % 6,9 ± 1,5 4,9 ± 0,9

*S.D. - стандартное отклонение

Для сравнения частот аллелей и генотипов исследуемых полиморфных маркеров в группах с наличием и отсутствием заболевания нами использовался критерий у.2. Значимыми считали различия при р < 0,05.

В нашей работе распределение частот генотипов всех полиморфных маркеров исследуемых генов в группе здоровых индивидов соответствовало распределению Харди-

Вайнберга, существенных отличий от частот аллелей и генотипов в европейских популяциях обнаружено не было (данные о частотах в европейской популяции взяты из проекта НарМар, http://haprnap.org).

1.1. Исследование ассоциации полиморфного маркера -23Hphl (rs689) гена INS с СД типа 1.

К середине 90-х годов в геноме человека с использованием подхода "ген-кандидат" удалось надежно идентифицировать только два локуса, связанных с предрасположенностью к развитию СД1: локус МНС (главный комплекс гистосовместимости), расположенный на хромосоме 6р21.3, и полиморфный тандемный повтор (VNTR) в 5'-нетранскрибируемой области гена инсулина (INS), расположенного на хромосоме 11р15.5.

В различных популяциях ген /MS определяет от 5 до 15% семейного риска развития СД типа 1. Область предрасположенности к СД типа 1 содержит собственно ген INS и полиморфный минисателлит, расположенный в 5'-концевой части этого гена, который обычно называют 5'-VNTR (Bennett et al, 1995).

5'-VNTR гена WS впервые описан в 1981 г. (Bell et al, 1982). Он состоит из тандемно повторяющихся единиц размером 14-15 п.н. Число повторяющихся единиц в составе VNTR может изменяться от 26 до 200 и более. В зависимости от их числа аллели VNTR подразделяют на три класса. Аллели класса I содержат от 26 до 63 повторяющихся единиц, тогда как аллели класса III - от 141 до 209. Промежуточный по длине класс II редко встречается у европейцев, он состоит из аллелей, содержащих около 80 тандемных повторов (Bell et al, 1982).

У индивидов, носителей аллелей класса III, уровень мРНК проинсулина в клетках тимуса в 2-3 раза превышает аналогичные показатели у носителей аллелей класса I (Bennett et al, 1995). Предполагается, что более высокие уровни экспрессии гена INS в тимусе способствуют развитию центральной толерантности, что может объяснять защитную роль этого не-кодирующего полиморфного маркера. Во многих исследованиях для идентификации аллелей VNTR использовался полиморфный маркер -23Hph! (dbSNP rs689) гена INS, который находится в полном неравновесии по сцеплению с VNTR, но, возможно, обладает также и независимым биологическим эффектом. Для русской популяции подобных исследований ассоциации полиморфного маркера -23HphI с СД типа 1 до сих пор не проводилось.

В настоящем исследовании нами была изучена ассоциация полиморфного маркера -23HphI (находится в неравновесии по сцеплению с VNTR-повтором) гена INS с использованием подхода «случай-контроль» у русских больных с СД типа 1.

Этот полиморфный маркер находится в интроне 1 гена INS в 6 п.н. от 3'-участка сплайсинга первого интрона и расположен в полипиримидиновом тракте, служащим сигналом для сплайсинга 3'-конца интрона 1, который разделяет кодирующий и некодирующий экзоны.

Замена А на Т может влиять на эффективность сплайсинга и приводить к появлению транс-криптов с длинным 5'-нетранаслируемым участком, что, в свою очередь, скажется на эффективности трансляции мРНК (Kozak, 1988).

Сравнительный анализ распределения частот аллелей и генотипов полиморфного маркера -23HphI гена INS выявил статистически значимые различия в группе больных сахарным диабетом типа 1 и группе здоровых индивидов. Достоверное увеличение частоты аллеля А в группе больных СД типа 1 говорит об ассоциации аллеля А и генотипа АА (OR = 2,03, р = 4,0х10"5; OR = 2,04, р = 4,0х10"5) с повышенным риском развития СД типа 1. В то же время была установлена ассоциация аллеля Т и генотипа TT с пониженным риском развития СД типа 1 (OR = 0,49, р = 4,0х10"5; OR = 0,25, р = 3,7x10"*) (таблица 2).

Таблица 2.

Сравнительный анализ распределения частот аллелей и генотипов полиморфного маркера -23НрЫ гена /Л® в группах «СД1+» и «СД1-».

Аллели и генотипы Частота аллелей и генотипов Значение Х2 Уровень значимости р OR [CI95%]

«СД1+» (п = 177) «СД1-» (п = 206)

Аллель Л 0,816 0,687 16,88 4,0x10"5 2,03 [1,44-2,85]

Аллель Т 0,184 0,313 0,49 [0,35-0,69]

Генотип АА 0,667 0,495 15,82 3,7x10"4 2,04 [1,35-3,09]

Генотип АТ 0,299 0,383 0,69 [0,45-1,05]

Генотип 7Т 0,034 0,121 0,25 [0,10-0,63]

Таким образом, можно сделать вывод, что полиморфный маркер -23HphI гена INS у русских достоверно ассоциирован с СД типа 1.

1.2. Исследование ассоциации полиморфного маркера С1858Т (rs247660l) гена PTPN22 с СД типа 1.

Ген PTPN22, расположенный в хромосомной области 1р13.3-р13.1, входит в число наиболее значимых генов, предрасполагающих не только к СД типа 1, но и к ревматоидному артриту, системной красной волчанке и ряду других аутоиммунных заболеваний (Lee et al., 2007; Gregersen et al., 2006; Criswell et al., 2005). Тирозиновая фосфатаза лимфоидных клеток (LYP), которая кодируется геном PTPN22, - внутриклеточный белок, специфичный для клеток иммунной системы (Cohen et al., 1999). Тирозиновые фосфатазы Т-лимфоцитов осуществляют дефосфорилирование соответствующих белков, передающих сигнал от антигенных рецепторов Т-клеток и рецепторов цитокинов. Они принадлежат к основным негативным регуляторам воспалительных реакций и иммунного ответа (Mustelin et al., 2003). В 2004 г. об-

наружена ассоциация полиморфного маркера С1858Т гена PTPN22 с СД типа 1 (Bottini et al., 2004). Однонуклеотидному полиморфизму CI858T соответствует аминокислотный полиморфизм R/Wb положении 620 аминокислотной последовательности тирозиновой фосфатазы Т-лимфоцитов (ЯИОГР). Предполагают, что функциональная значимость аллеля повышенного риска 620W связана с тем, что изофермент с остатком триптофана ( IV) в положении 620 имеет на 57% более высокую удельную активность (Vang et al., 2005) и более эффективно ослабляет передачу сигнала внутри Т-клетки.

Вклад полиморфного маркера С1858Т гена PTPN22 в формирование предрасположенности к СД типа 1 подтвердился в нескольких геномных анализах с использованием микрочипов высокой плотности (Todd et al., 2007; Hakonarson et al., 2007; Cooper et al., 2008b).

Частоты аллелей полиморфного маркера С1858Т гена PTPN22 существенно различаются в разных этнических группах. Так, аллель Т у монголоидов вообще не обнаружили (Kawasaki et al., 2006), но была найдена ассоциация другого полиморфного маркера G(-1123)C, расположенного в промоторной области гена, с классической формой СД типа 1. Многолокусный регрессионный анализ ассоциации с СД типа 1 (Cinek et al., 2007) и ревматоидным артритом (Viken et al., 2007) полиморфных маркеров С1858Т, G(-1123)C и A2740G у европейцев показал, что ассоциация двух последних маркеров с заболеваниями обусловлена их неравновесием по сцеплению с С1858Т.

В нашей работе при исследовании распределения частот аллелей и генотипов полиморфного маркера CI858T гена PTPN22 в группах «СД1+» и «СД1-» были обнаружены статистически значимые различия (таблица 3).

Таблица 3.

Сравнительный анализ распределения частот аллелей и генотипов полиморфного маркера

CI858Tгена PTPN22 в группах «СД1+» и «СД1-».

Аллели и генотипы Частота аллелей и генотипов Значение Х2 Уровень значимости р OR [CI 95%]

«СД1+» (п = 177) «СД1-» (п = 206)

Аллель С 0,816 0,883 6,82 0,0091 0,59 [0,39-0,88]

Аллель Т 0,184 0,117 1,77 [1,14-2,55]

Генотип СС 0,667 0,782 6,74 0,034 0,56 [0,35-0,88]

Генотип СТ 0,299 0,204 1,67 [1,05-1,66]

Генотип 7Т 0,034 0,015 2,37 [0,59-9,64]

Достоверное увеличение частоты аллеля Т(ОН = \,11,р = 0,0091) и генотипа СТ (О/? = 1,67, р = 0,034) в группе больных СД типа 1 говорит об их ассоциации с повышенным рис-

ком развития данной патологии (таблица 3). В то же время была установлена ассоциация ал-леля С и генотипа СС с пониженным риском развития СД типа 1 {OR = 0,59, р = 0,0091; OR = 0,56,р = 0,034). Таким образом, можно сделать вывод, что полиморфный маркер С1858Тгеж PTPN22 у русских достоверно ассоциирован с СД типа 1.

1.3. Исследование ассоциации полиморфных маркеров rs25421Sl, rs2847281, rs3737361, rs547268 u rs2S42156 гена PTPN2 с СД типа 1.

В 2007 г. проведены широкомасштабные исследования генетической предрасположенности к СД типа 1 в популяции Великобритании (Todd et al., 2007; WTCCC, 2007). Кроме подтверждения ранее найденной ассоциации полиморфного маркера С1858Т гена PTPN22, в этих работах обнаружена ассоциация хромосомной области I2ql3, гена SH2B3, кодирующего адапгерный белок Lnk, гена PTPN2, кодирующего тирозиновую фосфатазу типа 2, а также ряда других локусов, что подтверждено в более поздних публикациях (Cooper et al., 2008а; Barrett et al., 2009).

Тирозиновая фосфатаза PTPN2 (также известна как ТС-РТР или PTP-S2) является членом подсемейства 1 (NT1) фосфатаз, чьи функции противоположны функциям тирозиновых киназ (Andersen et al., 2001). Ген PTPN2 экспрессируется в большинстве типов тканей и его экспрессия зависит от фазы клеточного цикла и регулируется цитокинами (Simoncic et al., 2006). PTPN2 имеет две изоформы: главная изоформа ТС45, содержащая домен сигнала ядерной локализации и способная перемещаться между цитоплазмой и ядром; и менее распространенная изоформа ТС48, находящаяся в эндоплазматическом ретикулуме (Simoncic et al., 2006). К настоящему времени идентифицировано множество субстратов для ТС45, включая Янус-киназы (Jak), факторы активации транскрипции (STAT), протеинкиназы р42/44, активируемые митогенами (МАРК), внеклеточные сигнальные киназы (ERK) и рецепторы эпи-дермальных факторов роста (EGFR) (Galic et al., 2003; Wälchli et al., 2000; ten Hoeve et al., 2002). Часть этих сигнальных путей вовлечена как в регуляцию иммунного ответа, так и в развитие ß-клеток. В одной из работ (Long et al., 2009) было обнаружено, что Т-лимфоциты CD4+, взятые от здоровых доноров и несущие предрасполагающий к СД типа 1 аллель полиморфного маркера rs!893217 гена PTPN2, замедленно реагируют на интерлейкин 2. Это выражается в уменьшении эффективности фосфорилирования фактора STAT5 и снижении уровня экспрессии гена FOXP3 в ответ на интерлейкин 2. У больных СД типа 1 наблюдается тот же эффект, но он не зависит от генотипа данного полиморфного маркера, что может объясняться вкладом других предрасполагающих локусов.

В настоящее время для локуса PTPN2 этиологический вариант, ассоциированный с развитием СД типа 1, не найден, а полиморфные маркеры, обнаруженные в разных исследованиях, не обладают подтвержденной функциональной значимостью. Первым полиморфным

маркером в хромосомной области 18р 11, ассоциированным с развитием СД типа 1, был маркер rs2542l51 (WTCCC, 2007). Дальнейшие исследования большого блока неравновесия по сцеплению выявили еще два независимых полиморфизма rs478582 и rsl893217, расположенных в интронах 3 и 7 гена PTPN2, соответственно. Определение нуклеотидных последовательностей экзонов и их фланкирующих областей не обнаружило значимых аминокислотных полиморфизмов или мутаций, приводящих к неправильному сплайсингу пре-мРНК гена PTPN2 (Todd et al., 2007). В дополнение к маркеру rs2542l5l для исследования ассоциации с СД типа 1 нами были выбраны полиморфные маркеры rs284728I, rs3737361, rs547268, характеризующие структуру неравновесия по сцеплению в области гена PTPN2, и маркер rs2542l56, который расположен в предполагаемом участке связывания миРНК hsa-miR-34a и может влиять на уровень синтеза PTPN2.

Таблица 4.

Сравнительный анализ распределения частот аллелей и генотипов полиморфного маркера

rs2847281 гена PTPN2 в группах «СД1+» и «СД1-».

Аллели и гено- Частота аллелей и генотипов Значение Уровень зна- OR [CI 95%]

типы «СД1+» (п = 177) «СД1-» (п = 206) %2 чимости р

Аллель С 0,271 0,369 8,31 0,0039 0,64 [0,47-0,87]

Аллель Т 0,729 0,631 1,57 [1,15-2,14]

Генотип СС 0,124 0,160 0,74 [0,42-1,33]

Генотип СТ 0,294 0,417 9,78 0,0075 0,58 [0,38-0,89]

Генотип ТТ 0,582 0,422 1,90 [1,27-2,86]

Сравнительный анализ распределения частот аллелей и генотипов полиморфных маркеров гена РТРИ2 в группах больных СД типа 1 и здоровых индивидов выявил статистически значимые различия только для маркера п2847281 (таблица 4).

Достоверное увеличение частоты аллеля Т в группе больных СД типа 1 говорит об ассоциации аллеля Т и генотипа ТТ {ОК = 1,57, р = 0,0039; ОЯ = 1,90; р = 0,0075) с повышенным риском развития данной патологии. В то же время была установлена ассоциация аллеля С с пониженным риском развития СД типа 1 (ОЯ = 0,64, р = 0,0039). Таким образом, можно сделать вывод, что полиморфный маркер гз2847281 гена РТРN2 у русских достоверно ассоциирован с СД типа 1.

Для остальных полиморфных маркеров различий в распределении частот аллелей и генотипов обнаружено не было, что в случае с п2542151 может свидетельствовать о недоста-

точном размере выборке или, что более вере морфного маркера с СД типа 1 (таблица 5-8).

Таблица 5.

Сравнительный анализ распределения частот аллелей и генотипов полиморфного маркера г$2542151 гена РТРШ в группах «СД1+» и «СД1-».

I, о низком уровне ассоциации этого поли-

Таблнца 6.

Сравнительный анализ распределения частот аллелей и генотипов полиморфного маркера Г53737361 гена РТРШ в группах «СД1+» и «СД1-».

Аллели и генотипы Частота аллелей и генотипов Уровень значимости Р

«СД1+» (п=177) «СД1-» (п = 206)

Аллель С 0,147 0,129 0,46

Аллель Т 0,853 0,871

Генотип С С 0,023 0,034 0,32

Генотип СзТ 0,249 0,189

Генотип ТТ 0,729 0,777

Аллели и генотипы Частота аллелей и генотипов Уровень значимости Р

«СД1+» (п= 177) «СД1-» (п = 206)

Аллель А 0,669 0,675 0,88

Аллель С 0,331 0,325

Генотип АА 0,395 0,451 0,078

Генотип АС 0,548 0,447

Генотип СО 0,056 0,102

Таблица 7.

Сравнительный анализ распределения частот аллелей и генотипов полиморфного маркера г$547268 гена РТРШ в группах «СД1+» и «СД1-».

Аллели и генотипы Частота аллелей и генотипов Уровень

«СД1+» (п= 177) «СД1-» (п = 206) значимости Р

Аллель А 0,850 0,854 0,87

Аллель С 0,150 0,146

Генотип АА 0,712 0,718

Генотип АС 0,277 0,272 0,98

Генотип СС 0,011 0,010

Таблица 8.

Сравнительный анализ распределения частот аллелей и генотипов полиморфного маркера ^2542156 гена РТРШ в группах «СД1+» и «СД1-».

Аллели и генотипы Частота аллелей и генотипов Уровень

«СД1+» (п= 177) «СД1-» (п = 206) значимости Р

Аллель Т 1,00 1,00 1,0

Аллель С 0,000 0,000

Генотип ТТ 1,00 1,00

Генотип ТС 0,000 0,000 1,0

Генотип СС 0,000 0,000

Маркер гз2542156 гена РТРN2, расположенный в предполагаемом участке связывания миРНК 1тза-пцК-34а, оказался неполиморфным и, следовательно, неинформативным для изучаемой популяции (таблица 8).

1.4. Исследование ассоциации полиморфного маркера Тгр262А^ (пЗ184504) гена $П2ВЗ с СД типа 1.

Ген БН2ВЗ (хромосомная область ^24.12) кодирует адаптерный белок Ьпк, который, по-видимому, играет важную роль в передаче сигнала от нескольких рецепторов Т-клеток,

что косвенно подтверждается многочисленными исследованиями, обнаружившими ассоциацию этого гена с заболеваниями, в основе которых лежат воспалительные или аутоиммунные реакции - атеросклероз, болезнь Крона и т.п. (Newton-Cheh et al., 2009; Levy et al., 2009; Gudbjartsson et al., 2009; Hunt et al., 2008). Ген SH2B3 экспрессируется преимущественно в различных типах Т-лимфоцитов (Su et al., 2004).

Белок Lnk состоит из 575 аминокислот и содержит домены SH2 и РН. Домен SH2 отвечает за узнавание и связывание с фосфорилированными тирозиновыми остатками, домен РН (домен гомологии с плекстрином) связывает производные фосфоинозитола и служит для прикрепления белка Lnk к фосфолипидам мембран (Krauss, 2008). Первоначально в хромосомной области 12q24.12 была обнаружена ассоциация маркера rsl7696736, расположенного в открытой рамке считывания С12оф0 (WTCCC, 2007). В дальнейшем была обнаружена ассоциация однонуклеотидного полиморфного маркера Т/С (rs3184504'), расположенного в эк-зоне 3 гена SH2B3, которому соответствует аминокислотный полиморфизм Trp262Arg в домене РН белка Lnk (Todd et al., 2007; WTCCC, 2007; Barrett et al., 2009). По видимому, этот полиморфизм является этиологическим вариантом, и мы изучили ассоциацию этого полиморфного маркера с СД типа 1 с использованием подхода «случай-контроль» среди русских г. Москвы.

Таблица 9.

Сравнительный анализ распределения частот аллелей и генотипов полиморфного маркера

rs3184504 гена SH2B3 в группах «СД1+» и «СД1-».

Аллели и гено- Частота аллелей и генотипов Значение Уровень зна- OR [CI 95%]

типы «СД1+» (п= 177) «СД1-» (п = 206) Х2 чимости р

Аллель С 0,404 0,568 20,42 6,4x10"6 0,52 [0,39-0,69]

Аллель Т 0,596 0,432 1,94 [1,45-2,58]

Генотип СС 0,185 0,316 0,49 [0,31-0,80]

Генотип СТ 0,438 0,505 20,89 З.ОхЮ"5 0,77 [0,51-1,14]

Генотип ТТ 0,376 0,180 2,76 [1,73—4,40]

Сравнительный анализ распределения частот аллелей и генотипов полиморфного маркера п3184504 гена БН2ВЗ выявил статистически значимые различия в группах больных сахарным диабетом типа 1 и здоровых индивидов. Достоверное увеличение частоты аллеля Т {ОЯ = 1,94, р = 6,4x10"^) и генотипа ТТ (ОК = 2,76, р = 3,0х10"6) в группе больных СД типа 1 говорит об ассоциации аллеля Т и генотипа ТТ с повышенным риском развития данной патологии (таблица 9). В то же время установлена ассоциация аллеля С и генотипа СС с пони-

женным риском развития СД типа 1 (OR = 0,52, р = 6,4x10-6; OR = 0,49, р = 3,0х10"5). Следует отметить, что исследования ассоциации этого полиморфного маркера с СД типа 1 на европейских выборках показали среднюю степень его влияния на развитие патологии (OR для предрасполагающего аллеля равно 1,25-1,33), что может объясняться или гетерогенностью европейских выборок, или, что более вероятно, неодинаковым вкладом в патогенез заболевания разных генов в различных популяциях.

Таким образом, можно сделать вывод, что полиморфный маркер rs3184504 (Trp262Arg) гена SH2B3 у русских достоверно ассоциирован с СД типа 1.

1.5. Исследование ассоциации полиморфных маркеров rsl7696736, rsl2425405, rsl1066284, П7974468 и rsl1066301 гена PTPN11 с СД типа 1.

Активированные рецепторы эпидермальных факторов роста (EGFR) инициируют каскад процессов фосфорилирования, что позволяет передавать сигналы для различных биологических процессов (Schlessinger, 2002; Hunter, 2000; Pawson et al., 2001). Эти процессы регулируются множеством тирозиновых киназ и тирозиновых фосфатаз. Показано, что одна из этих фосфатаз, SHP-2, также известная как PTPN11, PTP1D, РТР2С, PTPL1, SHPTP3 и Syp (Feng et al., 1993; Freeman et al., 1992; Ahmad et al., 1993), вовлечена в регуляцию сигналов, инициируемых эпидермальными факторами роста и инсулином (Lechleider et al., 1993; Yamauchi et al., 1995). SHP-2 осуществляет дефосфорилирование остатков тирозина рецеп-торных или адаптерных молекул и, таким образом, регулирует передачу сигнала по сигнальным путям Ras/ERK и PI3-K/Akt, играя важную роль в пролиферации и дифференцировке клеток. SHP-2 кодируется геном PTPN11 (хромосомная область 12q24.12), широко экспрес-сируется во всех тканях организма, и содержит два N-концевых 5Н2-домена, С-концевой каталитический домен и С-концевой сегмент с двумя участками фосфорилирования (Feng, 1999). Недавние исследования показали, что SHP-2 участвует в трансформации фибробла-стов и гемопоэтических клеток (Hakak et al., 2000; Chen et al., 2007), а мутации в гене PTPN11 приводят к тяжелым патологиям у новорожденных. Например, ряд мутаций гена PTPNII в экзонах, кодирующих один из N-концевых БШ-доменов, вызывает синдром Нуна-на (Loh et al., 2004), причиной которого являются гематологические аномалии. Таким образом, даже незначительное ослабление функций SHP-2 может приводить к сбоям в путях передачи сигналов от клеточных рецепторов и развитию различных отклонений (Qu, 2002; Qu et al., 1997, 1998,2001).

Ген PTPNII расположен в одном блоке неравновесия по сцеплению с генами SH2B3, ATXN2 и TRAFDI. Наряду с SH2B3 он является наиболее вероятным геном-кандидатом, продукт которого может принимать участие в развитии СД типа 1. Полиморфный маркер rsI7696736, для которого показана ассоциация в хромосомной области 12q24.12 (WTCCC,

2007), расположен между генами БШВЗ и РТР,\Ч I и вполне вероятно их независимое влияние на возникновение СД типа 1. Для проверки этой гипотезы мы изучили ассоциацию с СД типа 1 полиморфного маркера п17696736 и маркеров п12425405, п11066284, п7974468 и п11066301 (характеризуют структуру неравновесия по сцеплению в области гена РТРЫП).

Исследований по ассоциации гена РТРЫП с различными заболеваниями почти не проводилось, но недавняя работа Ямшиди и сотр. показала, что два полиморфных маркера этого гена ассоциированы с уровнями аполипротеина В и липопротеинов низкой плотности в плазме УатзЫсй е1 а1., 2007). Это позволило авторам высказать предположение об ассоциации полиморфных маркеров гена PTPNI1 с уровнем активности фосфатазы 8НР-2.

Сравнительный анализ распределения частот аллелей и генотипов полиморфных маркеров гена РТРЫП в группах больных СД типа 1 и здоровых индивидов выявил статистически значимые различия в случае полиморфных маркеров гэ17696736 (таблица 10), п11066284 (таблица 11) и 1066301 (таблица 12).

Таблица 10.

Сравнительный анализ распределения частот аллелей и генотипов полиморфного маркера

гз17696736 гена РТРN11 в группах «СД1+» и «СД1-».

Аллели и генотипы Частота аллелей и генотипов Значение Х2 Уровень значимости р ОН [С195%]

«СД1+» (п = 177) «СД1-» (п = 206)

Аллель/) 0,395 0,536 15,18 9,9x10"5 0,57 [0,42-0,75]

Аллель О 0,605 0,464 1,77 [1,33-2,36]

Генотип АА 0,226 0,340 12,85 0,0016 0,57 [0,36-0,89]

Генотип ЛС 0,339 0,393 0,79 [0,52-1,20]

Генотип СО 0,435 0,267 2,11 [1,38-3,24]

Проведенный анализ независимого влияния на развитие патологии всех трех полиморфных маркеров области 12я24.12, ассоциированных с СД типа 1 в нашей работе (многофакторный регрессионный анализ), показал, что ассоциация полиморфных маркеров гз17696736 и п11066301 гена РТРЫП объясняется тем, что они находятся в неравновесии по сцеплению с полиморфным маркером Тгр262А^ гена Ж2ВЗ, а полиморфный маркер п11066284 гена РТРЫП, по-видимому, независимо ассоциирован с развитием СД типа 1, что указывает на возможное существование других этиологических маркеров заболевания в этой области сцепления.

В случае полиморфного маркера п11066284 достоверное увеличение частоты аллеля Т (ОЯ = 1,55; р = 0,019) и генотипа ТТ(ОР = 1,55; р = 0,013) в группе больных СД типа 1 гово-

рит об их ассоциации с повышенным риском развития данной патологии (таблица 11). В то же время была установлена ассоциация аллеля А с пониженным риском развития СД типа 1 (ОК = 0,64, р = 0,019). Таким образом, можно сделать вывод, что полиморфный маркер п! 1066284 гена 1'ТР,\'11 у русских достоверно ассоциирован с СД типа 1.

Таблица 11.

Сравнительный анализ распределения частот аллелей и генотипов полиморфного маркера

Ы1066284 гена РТРИ11 в группах «СД1+» и «СД1-».

Аллели и генотипы Частота аллелей и генотипов Значение ЗС2 Уровень значимости р ОЯ [С1 95%]

«СД1+» (п = 177) «СД1-» (п = 206)

Аллель Т 0,842 0,774 5,54 0,019 1,55 [1,07-2,24]

Аллель А 0,158 0,226 0,64 [0,45-0,93]

Генотип ТТ 0,684 0,583 8,78 0,013 1,55 [1,02-2,36]

Генотип АТ 0,316 0,383 0,74 [0,49-1,14]

Генотип АА 0,000 0,034 0,07 [0,00-1,32]

Таблица 12. Сравнительный анализ распределения частот аллелей и генотипов полиморфного маркера г*11066301 гена РТРЫ11 в группах «СД1+» и «СД1-».

Аллели и генотипы Частота аллелей и генотипов Значение Х2 Уровень значимости р ОЯ [С195%]

«СД1+» (п = 177) «СД1-» (п = 206)

Аллель/} 0,480 0,626 16,46 5,0х10"5 0,55 [0,41-0,74]

Аллель С 0,520 0,374 1,81 [1,36-2,42]

Генотип АА 0,232 0,374 17,47 1,6x10"" 0,51 [0,32-0,79]

Генотип АС 0,497 0,505 0,97 [0,65-1,45]

Генотип СС 0,271 0,121 2,69 [1,58-4,59]

Сравнительный анализ распределения частот аллелей и генотипов полиморфных маркеров п12425405 и г$7974468 гена РТР1^11 в группах больных СД типа 1 и здоровых индивидов не выявил статистически значимых различий (таблица 13-14).

Таким образом, нам удалось показать, что локус PTPNI1 является независимым локу-сом предрасположенности к СД типа 1 и вклад области 12ц24.12 в патогенез заболевания у русских значительно больше, чем в других европейских популяциях.

Таблица 13.

Сравнительный анализ распределения частот аллелей и генотипов полиморфного маркера гз!2425405 гена РТРЯ1 1 в группах «СД1 +» и «СД1-».

Таблица 14.

Сравнительный анализ распределения частот аллелей и генотипов полиморфного маркера Г57974468 гена РТРИИ в группах «СД1+» и «СД1-».

Аллели и генотипы Частота аллелей и генотипов Уровень Аллели и генотипы Частота аллелей и генотипов Уровень

«СД1+» (п = 177) «СД1-» (п = 206) значимости Р «СД1+» (п = 177) «СД1-» (п = 206) значимости Р

Аллель С 0,051 0,075 0,17 Аллель С 0,994 0,993 0,78

Аллель С 0,949 0,925 Аллель А 0,006 0,007

Генотип СС 0,000 0,005 Генотип СС 0,989 0,985

Генотип СС 0,102 0,141 0,32 Генотип СА 0,011 0,015 0,96

Генотип СС 0,898 0,854 Генотип АА 0,000 0,000

Известно, что передача сигнала внутрь клетки регулируется по принципу обратной связи и равновесие достигается за счет участия ферментов, относящихся к семейству тирози-новых фосфатаз, которые дефосфорилируют соответствующие фосфорилированные белковые факторы (рис. 1). Ассоциация с СД типа 1 установлена для двух геноа РТРN22 и РТРЮ, относящихся к этому семейству и кодирующих тирозиновые фосфагазы лимфоидных клеток (Оге§егзеп й а1., 2006), и подтверждена нашим исследованием для популяции русских. Выбранный нами ген РТРЫ11, являющийся наиболее вероятным геном-кандидатом, продукт которого может вносить вклад в развитие СД типа 1, показал наличие независимой ассоциации с заболеванием, но это не исключает существования этиологических вариантов как в других гена кластера 5Н2ВЗ-А ТШ2-ТНЛРО/-РТРН! I, так и в представителях всего семейства внутриклеточных тирозиновых фосфатаз (РТРА'б и др.).

На рис. 1 суммированы современные представления о взаимодействии тирозиновых киназ, адаптерных белков и тирозиновых фосфатаз на примере сигнального каскада Яаз/МАР.

1.6. Исследование ассоциации полиморфного маркера п2292239 гена ЕЯВВЗ с СД типа 1.

Белок ЕгЬВЗ относится к большому семейству трансмембранных рецепторов эпидер-мальных факторов роста с тирозинкиназной активностью, лигандами которого являются ней-регулин-1 (N^1), нейрегулин-2 (№£2) и ряд других белков. Эти рецепторы катализируют перенос фосфата с АТФ на гидроксильную группу остатков тирозина определенных белковых факторов и, таким образом, осуществляют передачу сигналов внутрь клетки.

Клеточная ^^эьр1 и эирг (ргрл/6 и ртрын) мембрана

Еф{Е(1ВВЗ) ч у х ^

фосфорилирование ^ х ОЕР Ш^^Ж ^

х — ^^ \

Шк (8Н2ВЗ) Каскад

фосфорилирования

тирозиновые фосфатазы (РТРЫ)

Еоб {\KIF4)

Ц—>-■—» -р \

\рЗЗ (СОК2)

Ядро

РТК-ЯЕ

Рис. 1. Схема взаимодействия рецепторных тирозинкиназ, адаптерных белков и тиро-зиновых фосфатаз на примере сигнального каскада Яаз/МАР. Стрелками отмечены стадии, протекание которых регулируется продуктами соответствующих генов.

Рецепторы этого типа играют важнейшую роль в большинстве клеточных процессов, таких как метаболизм, пролиферация, дифференциация и апоптоз. В случае ЕгЬВЗ процесс взаимодействия рецептора и лиганда вызывает гетеродимеризацию молекул ЕгЬВЗ и ЕгЬВ2 и активацию киназного домена, запускающего каскад последовательных фосфорилирований через ряд промежуточных белковых факторов (8Ь2В1, 8Ь2В2, 8И2ВЗ и другие). Ген ЕЯВВЗ (хромосомная локализация 12я13.2) равномерно экспрессируется во всех тканях человече-

ского организма (Su et al, 2004). Однонуклеотидный полиморфизм А/С (rs2292239) расположен в интроне 7 гена ERBB3, данных о его функциональной значимости до сих пор не получено.

Сравнительный анализ распределения частот аллелей и генотипов полиморфного маркера rs2292239 гена ERBB3 в группах больных СД типа 1 и здоровых индивидов не выявил статистически значимых различий (таблица 15).

Основная часть работ по изучению ассоциации этого гена с заболеваниями посвящена его роли в онкогенезе, но в последние годы получены данные, указывающие на вовлеченность кластера генов RAB5B-SUOX-IKZF4-ERBB3-CDK2 (хромосомная локализация 12ql3.2) в развитие СД типа 1 (Todd et al., 2007; WTCCC, 2007; Hakonarson et al., 2008; Cooper et al., 2008a; Barrett et al., 2009). Полиморфный маркер rs2292239 расположен внутри интрона 7 гена ERBB3 и в других генах этого кластера ряд маркеров находится с ним в полном неравновесии по сцеплению.

Ген RAB5B кодирует представителя суперсемейства Ras (Wilson и Wilson, 1992). Ген IKZF4 кодирует транскрипционный фактор из семейства Eos, который экспрес-сируется в лимфоцитах и вовлечен в процесс их созревания и развития (Perdomo et al., 2000). Ген CDK2 кодирует циклин-зависимую киназу 2, обладающую высокой степенью гомологии с белком р34 и участвующую в передаче сигнала пролиферации (Tsai et al., 1991). На рис. 1 приведено схематическое изображение взаимодействия рецепторных тирозиновых киназ, адаптерных белков и тирозиновых фосфатаз на примере сигнального каскада Ras/MAP.

Исходя из функциональных ролей генов RAB5B, IKZF4, ERBB3 и CDK2, можно предположить, что функционально значимый полиморфный маркер может находиться в любом из них и необходимы дальнейшие исследования для обнаружения этиологического маркера СД типа 1 в хромосомной области 12ql3.2.

1.7. Исследование ассоциации полиморфных маркеров rs2903692 и rs72S613 гена CLEC16A с СД типа 1.

Ген KIAA0350 (хромосомная область 16р13.13, новое название CLEC16A) является минимально аннотированным геном, который экспрессируется преимущественно в клетках иммунной системы, таких как дендритные клетки, B-лимфоциты и Т-лимфоциты (Su et al.,

Таблица 15.

Сравнительный анализ распределения частот аллелей и генотипов полиморфного маркера п2292239 гена ЕЯВВЗ в группах «СД1+» и «СД1-».

Аллели и генотипы Частота аллелей и генотипов Уровень значимости Р

«СД1+» (п= 177) «СД1-» (п = 206)

Аллель А 0,347 0,299 0,14

Аллель С 0,653 0,701

Генотип АА 0,107 0,068 0,28

Генотип А С 0,480 0,461

Генотип СС 0,412 0,471

2004), и, по-видимому, может быть вовлечен в патогенез СД типа 1. В различных исследованиях была обнаружена ассоциация разных полиморфных маркеров в этой хромосомной области, что объясняется различиями в платформах генотипирования и неодинаковым набором однонуклеотидных полиморфизмов на биочипах разных производителей.

Рис. 2. Схема взаимодействия рецеиторных тирозинкиназ, адаптерных белков и тиро-зиновых фосфатаз на примере сигнальных каскадов Т-лимфоцита (Baniyash, 2004). Стрелками отмечены стадии, протекание которых регулируется продуктами соответствующих генов: HLA - кодируют белки главного комплекса гистосовместимости; CTLA4 - кодирует поверхностный рецептор цитотоксических Т-лимфоцитов; INS - кодирует проинсулин; PTPN22, PTPN1 /, PTPN6 - кодируют тирозиновые фосфатазы Т-лимфоцитов; SH2B3 - кодирует адап-терный белок Lnk; TAGAP- кодирует представителя семейства белков Rho.

Ген CLEC16A расположен на расстоянии 20 т.п.н. от гена СИТА, кодирующего трансактиватор главного комплекса гистосовместимости класса 2. Ряд исследований посвящен изучению роли гена СИТА в аутоиммунных заболеваниях, но противоречивые результаты этих работ и данные новых полногеномных поисков позволяют предположить, что в патогенезе этих заболеваний принимает участие продукт гена CLEC16A, а не C1ITA, который находится с ним в одном блоке сцепления (Skinningsrud et al., 2008; Patarroyo et al., 2002; O'Doherty et al., 2007; Swanberg et al., 2005). О роли этого гена не известно практически ничего. С помощью анализа аминокислотной последовательности продукт этого гена первоначально отнесли к классу лектинов типа С (являются одними из рецепторов дендритных клеток, связывающих гликопротеины), но дальнейшее изучение показало, что из полнофункционального домена связывания углеводов длиной 200 аминокислот в продукте гена CLEC16A присутствует лишь 22 аминокислоты и отсутствует участок узнавания углеводных остатков, что не позволяет ему проявлять функциональные свойства лектинов (IMSGC, 2009). При дальнейшем анализе Тодд и сотр. (Todd et al., 2007) обнаружили, что этот белок содержит характерный тирозиновый участок активации иммунорецепторов (ITAM - immunoreceptor tyrosine-based activation motifs) и, таким образом, может принадлежать к широкому семейству рецепторов лимфоцитов, процесс передачи сигнала которых основан на фосфорилировшши и де-фосфорилировании тирозиновых остатков клеточными киназами и фосфатазами (рис. 2).

В настоящем исследовании мы изучили ассоциацию полиморфных маркеров rs2903692 и rs725613, которые находятся в неравновесии по сцеплению с полиморфными маркерами, показавшими ассоциацию в других исследованиях (Hakonarson et al., 2007; Awata et al., 2009).

Сравнительный анализ распределения частот аллелей и генотипов полиморфного маркера rs7256I3 гена CLEC16A не выявил статистически значимых различий в группе больных СД типа 1 и группе здоровых индивидов (таблица 16).

Сравнительный анализ распределения частот аллелей и генотипов полиморфного маркера rs2903692 гена CLEC16A выявил статистически значимые различия в группе больных СД типа 1 и группе здоровых индивидов. Достоверное увеличение частоты аллеля G (OR = 1,41; р = 0,025) в группе больных СД типа 1 говорит об ассоциации аллеля G

Таблица 16.

Сравнительный анализ распределения частот аллелей и генотипов полиморфного маркера п725613 гена СЬЕС1бА в группах «СД1+» и «СД1-».

Аллели и генотипы Частота аллелей и генотипов Уровень значимости Р

«СД1+» (п= 177) «СД1-» (п = 206)

Аллель А 0,621 0,600 0,53

Аллель С 0,379 0,400

Генотип АА 0,345 0,335 0,59

Генотип А С 0,554 0,529

Генотип СС 0,102 0,136

с повышенным риском развития данной патологии (таблица 17). В то же время была установлена ассоциация аллеля А и генотипа АА (OR = 0,1\,р = 0,025; OR = 0,45, р = 0,040) с пониженным риском развития СД типа 1.

Таблица 17.

Сравнительный анализ распределения частот аллелей и генотипов полиморфного маркера П2903692 гена С1ЕС16А в группах «СД1+» и «СД1-».

Аллели и генотипы Частота аллелей и генотипов Значение 12 Уровень значимости р OR [CI 95%]

«СД1+» (п = 177) «СД1-» (п = 206)

Аллель А 0,311 0,388 5,03 0,025 0,71 [0,53-0,96]

Аллель О 0,689 0,612 1,41 [1,04-1,90]

Генотип АА 0,085 0,170 6,44 0,040 0,45 [0,24-0,86]

Генотип Ай 0,452 0,437 1,06 [0,71-1,59]

Генотип СО 0,463 0,393 1,33 [0,89-2,00]

Таким образом, можно сделать вывод, что полиморфный маркер rs2903692, но не маркер rs725613, гена CLEC16A у русских достоверно ассоциирован с СД типа 1.

1.8. Исследование ассоциации полиморфных маркеров rs41295061 и rsll594656 гена IL2RA с СД типа 1.

Ген IL2RA рассматривался как ген-кандидат на основе исследований ассоциации IL2 с диабетом на модели мышей линии NOD (Yamanouchi et al., 2007). С помощью подхода tag-SNP была найдена ассоциация хромосомного региона 10р15.1, содержащего гены, кодирующие альфа-цепь рецептора интерлейкина 2 (IL-2Ra), альфа-цепь рецептора интерлейкина 15 (IL15-Ra) и белок, связывающий РНК (RBM17), с СД типа 1 (Vella et al., 2005), а дальнейшие исследования подтвердили эту ассоциацию (Smyth et al., 2008; Lowe et al., 2007; Qu et al., 2007). После того, как была обнаружена ассоциация с СД типа 1 региона 4q27, содержащего гены 1L2 и IL21 (Todd et al., 2007; Cooper et al., 2008a), стало ясно, что сигнальный путь IL-2/IL-2R, играющий основную роль в регулировании развития, гомеостаза и функций регуля-торных Т-лимфоцитов (Malek, 2008), вносит значительный вклад в развитие аутоиммунных заболеваний. Так, помимо ассоциации с СД типа 1, была обнаружена ассоциация локуса IL2IIL21 с целиакией (Smyth et al., 2008; Lowe et al., 2007), а локуса IL2RA - с ревматоидным артритом (WTCCC, 2007), болезнью Грейвса (Brand et al., 2007) и рассеянным склерозом (Hafler et al., 2007).

Множество сигнальных путей и молекул вовлечены в развитие и функционирование регуляторных Т-лимфоцитов, причем IL-2 является одной из важнейших молекул в этом

процессе. Нарушение функций IL-2, IL-2Ra или IL-2Rß приводит к тяжелым поражениям органов у мышей в результате воспаления (Willerford et al., 1995; Sadlack et al., 1993; Suzuki et al., 1995), так же как и у людей в случае мутаций в генах, кодирующих субъединицы рецептора интерлейкина 2 (Sharfe et al., 1997). Это происходит не в результате гиперактивации Т-клеток, в которой IL-2 тоже играет важную роль, а из-за резкого снижения количества ре-гуляторных Т-лимфоцитов CD4+CD25+. В поддержку этой гипотезы свидетельствует тот факт, что инъекция непораженных регуляторных Т-клеток или пересадка здорового костного мозга делает организм животного нечувствительным к данному виду патологии (Krämer et al., 1995; Suzuki et al., 1999; Wolf et al., 2001). Множество исследований доказали необходимость нормального функционирования сигнального пути IL-2/IL-2R для поддержания популяции регуляторных Т-лимфоцитов (Fontenot et al., 2005; D'Cruz и Klein, 2005; Bayer et al., 2005; Liston et al., 2007), которые, несмотря на наличие высокоаффинного рецептора к IL-2, сами не синтезируют этот интерлейкин. Таким образом, развитие и гомеостаз регуляторных Т-клеток зависят от IL-2, который синтезируется другими типами клеток и от уровня экспрессии и/или функциональности рецептора IL-2R. Так как в гене IL2RA не было найдено аминокислотных полиморфизмов, по-видимому, этиологическим вариантом будет являться полиморфизм, влияющий на экспрессию гена или синтез белка на уровне мРНК (например, по механизму миРНК).

Таблица 18. Таблица 19.

Сравнительный анализ распределения частот алле- Сравнительный анализ распределения частот аллелей и генотипов полиморфного маркера rs4129506i лей и генотипов полиморфного маркера rsl 1594656 гена IL2RA в группах «СД1+» и «СД1-». TtaaIL2RA в группах «СД1+» и «СД1-».

Аллели и генотипы Частота аллелей и генотипов Уровень

«СД1+» (п = 177) «СД1-» (п = 206) значимости Р

Аллель Л 0,042 0,051 0,58

Аллель С 0,958 0,949

Генотип A4 0,000 0,000

Генотип АС 0,085 0,102 0,85

Генотип СС 0,915 0,898

Аллели и генотипы Частота аллелей и генотипов Уровень

«СД1+» (п = 177) «СД1-» (п = 206) значимости Р

Аллель Т 0,782 0,767 0,61

Аллель Л 0,218 0,233

Генотип 7Т 0,605 0,578

Генотип Л Т 0,356 0,379 0,87

Генотип АА 0,040 0,044

В нашем исследовании мы изучили полиморфные маркеры rs41295061 и rsl 1594656 гена IL2RA, которые показали ассоциацию с СД типа 1 в ряде других популяций (Lowe et al., 2007; Qu et al., 2009; Klinker et al., 2009). Сравнительный анализ распределения частот аллелей и генотипов полиморфных маркеров rs41295061 и rsl 1594656 гена 1L2RA в группах

больных СД типа 1 и здоровых индивидов не выявил статистически значимых различий (таблица 18-19).

Возможно, это связано малым размером выборки для полиморфных маркеров с низкой частотой минорного аллеля и, следовательно, недостаточной статистической мощностью проведенного исследования для обнаружения ассоциации.

Суммируя полученные нами результаты можно сделать вывод о том, что к развитию СД типа 1 приводит комплекс регуляторных нарушений, вызванных неблагоприятной комбинацией предрасполагающих аллелей в отдельных локусах - HLA, INS, CTLA4, PTPN22, PTPN11, PTPN2, SH2B3 и др. (таблица 20).

Таблица 20.

Сводная таблица результатов сравнительного анализа частот аллелей исследованных полиморфных маркеров, гены приведены в порядке уменьшения вклада в патогенез СД типа 1.

Ген Полиморфный маркер -аллель повышенного риска Уровень значимости р для аллеля повышенного риска OR [CI 95%] для аллеля повышенного риска

INS п;689-А 4,0х105 2,03 [1,44-2,85]

SH2B3 пЗ184504-Т 6,4x1o"6 1,94 [1,45-2,581

PTPN22 П2476601 - Т 0,0091 1,77 [1,14-2,55]

PTPN2 К2847281 - Т 0,0039 1,57 [1,15-2,14|

г$2542151 0,54 -

п3737361 0,88 -

п547268 0,87 -

п2542156 1,00 -

PTPN11 п11066284- Т 0,019 1,55 [1,07-2,24]

п! 7696736-С сцеплен с гз3184504 9,9х10"5 1,77 [1,33-2,36]

п12425405 0,17 -

п7974468 0,78 -

п11066301 -С сцеплен с г$3184504 5,0x10"5 1,81 [1,36-2,42]

CLEC16A П2903692 - С 0,025 1,41 [1,04-1,90]

гз725613 0,53 -

ERBB3 - гз2292239 0,14 -

IL2RA Ы1295061 0,58 -

к! 1594656 0,61 -

Полученные данные (значения OR и частоты аллелей для полиморфных маркеров) позволят количественно оценивать генетический риск возникновения сахарного диабета типа 1 в популяции русских. Понимание генетических основ развития заболевания приближает нас к идентификации этиологических мутаций в генах, определяющих предрасположенность к СД типа 1. Несомненно, что понимание механизма патогенетического развития СД типа 1 со временем позволит создать новые лекарственные средства, предохраняющие от развития этого заболевания у генетически предрасположенных индивидов.

ВЫВОДЫ.

1. Определены частоты аллелей и генотипов ряда полиморфных маркеров генов PTPN2, PTPN11, PTPN22, ERBB3, CLEC16A, SH2B3, INS и IL2RA в группе больных СД типа 1 и группе здоровых индивидов среди русских г. Москвы.

2. Обнаружена ассоциация полиморфного маркера -23HphI (rs689) гена INS с развитием СД типа 1. Установлено, что носители аллеля А данного полиморфного маркера имеют повышенный риск развития СД типа 1, тогда как носители аллеля Г имеют пониженный риск развития СД типа 1.

3. Обнаружена ассоциация полиморфного маркера Trp262Arg (rs3184504) гена SH2B3 с развитием СД типа 1. Установлено, что носители аллеля Т данного полиморфного маркера имеют повышенный риск развития СД типа 1, тогда как носители аллеля С имеют пониженный риск развития СД типа 1.

4. Обнаружена ассоциация полиморфного маркера CI858T (rs2476601) гена PTPN22 с развитием СД типа 1. Установлено, что носители аллеля Т данного полиморфного маркера имеют повышенный риск развития СД типа 1, тогда как носители аллеля С имеют пониженный риск развития СД типа 1.

5. Обнаружена ассоциация полиморфного маркера rs284728I гена PTPN2 с развитием СД типа 1. Установлено, что носители аллеля Т данного полиморфного маркера имеют повышенный риск развития СД типа 1, тогда как носители аллеля С имеют пониженный риск развития СД типа 1.

6. Обнаружена ассоциация полиморфного маркера rsl 1066284 гена PTPN1I с развитием СД типа 1. Установлено, что носители аллеля Т данного полиморфного маркера имеют повышенный риск развития СД типа 1, тогда как носители аллеля А имеют пониженный риск развития СД типа 1.

7. Обнаружена ассоциация полиморфного маркера rs2903692 гена CLECI6A с развитием СД типа 1. Установлено, что носители аллеля С данного полиморфного маркера имеют

повышенный риск развития СД типа 1, тогда как носители аллеля А имеют пониженный риск развития СД типа 1.

8. Полученные данные (значения OR и частоты аллелей для полиморфных маркеров) позволяют количественно оценивать генетический риск возникновения сахарного диабета типа 1 в популяции русских.

СПИСОК РАБОТ, ОПУБЛИКОВАННЫХ ПО ТЕМЕ ДИССЕРТАЦИИ

1. Лаврикова Е.Ю.. Никитин А.Г., Серегин Ю.А., Зильберман Л.И., Цитлидзе Н.М., Ку-раева Т.Л., Петеркова В.А., Дедов И.И., Носиков В.В. Ассоциация полиморфного маркера С1858Т гена PTPN22 с сахарным диабетом типа 1. Молекулярная биология, 2009, 43 (6), 1040-1043.

2. Никитин А.Г., Лаврикова Е.Ю.. Серегин Ю.А., Зильберман Л.И., Цитлидзе Н.М., Ку-раева Т.Л., Петеркова В.А., Дедов И.И., Носиков В.В. Ассоциация полиморфных маркеров генов SH2B3 и ERBB3 с сахарным диабетом типа 1. Молекулярная биология, 2010, 44 (2), 257-262.

3. Seregin Y.A., Lavrikova E.Y., Nikitin A.G, Zilberman L.I., Kuraeva T.L., Nosikov V.V. Novel polymorphism in the PTPN2 gene is associated with type 1 diabetes mellitus in Russian patients. Abstracts of the 45th Annual Meeting of European Association for the Study of Diabetes, p. Sill (Abstract 258), Vienna, Austria (September 20 - October 02, 2009). Diabetologie, 52 [Suppl. 1], p. SI 11.

4. Носиков В.В., Клейменова ЕЛО. (Лаврикова Е.Ю.), Кураева Т.Д., Никитин А.Г., Зильберман Л.И., Серегин Ю.А., Петеркова В.А., Дедов И.И. Молекулярная генетика сахарного диабета типа 1. Материалы V Съезда Ваешовского общества генетиков и селекционеров, 21-27 июня, 2009, Москва, 470.

Подписано в печать: 21.04.2010

Заказ № 3596 Тираж - 100 экз. Печать трафаретная. Типография «11-й ФОРМАТ» ИНН 7726330900 115230, Москва, Варшавское ш., 36 (499) 788-78-56 www.autoreferat.ru

Содержание диссертации, кандидата биологических наук, Лаврикова, Елена Юрьевна

ВВЕДЕНИЕ.

1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

1.1. Полиморфные маркеры.

1.1.1. Типы полиморфизмов и методы их исследования.

1.1.2. Использование полиморфных маркеров в исследовании генетики многофакторных заболеваний.

1.2. Сахарный диабет типа 1: общая характеристика заболевания.

1.2.1. Основные аспекты этиологии и патогенеза СД типа 1.

1.2.2. Генетические факторы риска развития СД типа 1.

1.3. Характеристика исследованных в работе генов и полиморфных маркеров.

1.3.1. Тирозиновая фосфатаза Т-лимфоцитов типа 22 (PTPN22).

1.3.2. Тирозиновая фосфатаза Т-лимфоцитов типа 2 (PTPN2).

1.3.3. Рецептор эпидермальных факторов роста типа 3 (ERBB3).

1.3.4. Тирозиновая фосфатаза Т-лимфоцитов типа 11 (PTPN11).

1.3.5. Адаптерный белок Lnk (SH2B3).

1.3.6. Представитель семейства лектинов типа С (CLEC16A).

1.3.7. Альфа-цепь рецептора интерлейкина 2 (IL2RA).

1.3.8. Инсулин (INS).

2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.

2.1. Реактивы и ферменты.

2.2. Буферные растворы.

2.3. Формирование групп больных и здоровых индивидов.

2.4. Выделение геномной ДНК человека методом фенол-хлороформной экстракции.

2.5. Амплификация ДНК.

2.6. Расщепление продуктов амплификации рестриктазами.

2.7. Детекция флуоресценции «по конечной точке» (TaqMan).

2.8. Электрофоретическое разделение ДНК.

2.9. Анализ блоков неравновесия по оцеплению и выбор полиморфных маркеров.

2.10. Статистическая обработка результатов.

2.10.1. Сравнение выборок по частотам аллелей и генотипов.

2.10.2. Оценка относительного риска. Odds ratio.

3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ.

3.1. Общая характеристика исследованных групп.

3.2. Иследование ассоциации полиморфных маркеров генов-кандидатов с СД типа 1.

3.2.1. Исследование ассоциации полиморфного маркера -2ЗНрЫ(rs689) гена INS с СД типа 1.

3.2.2. Исследование ассоциации полиморфного маркера С1858Т

Сrs2476601) гена PTPN22 с СД типа 1.

3.2.3. Исследование ассоциации полиморфных маркеров rs2542151, rs2847281, rs3737361, rs547268 и rs2542156 гена PTPN2 с СД типа 1.

3.2.4. Исследование ассоциации полиморфных маркеров rs!7696736, rsl2425405, rsl 1066284, rs7974468 и rsl 1066301 гена PTPN11 с СД типа 1.

3.2.5. Исследование ассоциации полиморфного маркера rs2292239 гена

ERBB3 с СД типа 1.

3.2.6. Исследование ассоциации полиморфного маркера Trp262Arg rs3184504) гена SH2B3 с СД типа 1.

3.2.7. Исследование ассоциации полиморфных маркеров rs2903692 и rs725613 гена CLEC16A с СД типа 1.

3.2.8. Исследование ассоциации полиморфных маркеров rs41295061 и rsl 1594656 гена IL2RA с СД типа 1.

Введение Диссертация по биологии, на тему "Ассоциация с сахарным диабетом типа 1 полиморфных маркеров в хромосомной области 12q24 и генах INS, PTPN22, PTPN2 и CLEC16A"

Сахарный диабет типа 1 (СД типа 1) - широко распространенное, тяжело протекающее заболевание, приводящее к ранней инвалидности и преждевременной смерти больных. СД типа 1 относится к одному из наиболее серьезных эндокринных заболеваний человека. Для него характерно аутоиммунное разрушение бета-клеток островков Лангерганса поджелудочной железы и последующая полная зависимость от введения экзогенного инсулина, который необходим для регуляции уровня глюкозы в крови. В Российской Федерации около 0,4% индивидов страдает этой формой диабета, относящейся к наследственным аутоиммунным заболеваниям. СД типа 1 представляет собой не только медицинскую, но и серьезную социальную проблему. В целом средняя продолжительность жизни больных СД типа 1, заболевших в детстве, на 20 лет меньше, чем средняя продолжительность жизни в общей популяции.

Известно, что СД типа 1 развивается почти у половины генетически идентичных близнецов и только у 3-6% сибсов. В настоящее время СД типа 1 относят к многофакторным, полигенным заболеваниям. На полигенную природу указывает отмеченный всеми исследователями низкий уровень семейного риска, не совместимый ни с одной из гипотез моногенного наследования без привлечения дополнительного предположения о неполной пе-нетрантности предполагаемого гена, что с формально генетической точки зрения совпадает с полигенной гипотезой. Многофакторная модель наследования предполагает, что проявление болезни определяется взаимодействием средовых и генетических факторов. Под генетическими факторами при этом подразумевают определенные аллели ряда полиморфных генов, вовлеченных в развитие СД типа 1, которые в клинической практике получили название аллелей, предрасполагающих к развитию СД типа 1.

До настоящего времени в русской популяции с использованием подхода «ген-кандидат» удалось надежно идентифицировать только две хромосомные области, содержащие гены, связанные с предрасположенностью к развитию СД типа 1. Это локус МНС (главный комплекс гистосовместимо-сти) и ген CTLA4, кодирующий поверхностный рецептор Т-клеток [1,2].

В последние годы обнаружена ассоциация с СД типа 1 ряда новых ло-кусов, в том числе и на основе полных геномных поисков с использованием микрочипов высокой плотности. Однако эти данные относятся, главным образом, к больным СД типа 1, происходящим из Великобритании [3-5]. Необходимость проведения аналогичных исследований на русской популяции не вызывает сомнений, так как известно, что вклад различных генов в формирование предрасположенности к СД типа 1 существенно различается в разных популяциях, а вычисление генетического риска для пациента требует наличия информации о распределении частот аллелей и генотипов для популяции, которой он принадлежит, что исключает использование данных, полученных для других популяций.

Установление ассоциации полиморфных маркеров с СД типа 1 поможет разработать дифференцированный подход к профилактике и лечению данной патологии.

Цели и задачи работы

Целью данной работы было изучение ассоциации полиморфных маркеров ряда генов-кандидатов с развитием сахарного диабета типа 1.

Для достижения этой цели были поставлены следующие задачи:

1. Определить частоты аллелей и генотипов полиморфных маркеров генов, кодирующих тирозиновые фосфатазы типа 2, 11 и 22 (PTPN2, PTPN11, PTPN22), тирозиновую киназу, являющуюся рецептором эпи-дермальных факторов роста типа 3 (ERBB3), представителя семейства лектинов типа С (CLEC16A), адаптерный белок Lnk (SH2B3), проинсу-лин (INS) и альфа-цепь рецептора интерлейкина 2 (IL2RA) в группе больных СД типа 1 и группе здоровых индивидов среди русских г. Москвы.

2. Провести сравнительный анализ распределения аллелей и генотипов полиморфных маркеров данных генов-кандидатов в исследованных выборках больных и здоровых индивидов для выявления ассоциации изученных маркеров с развитием болезни и определения вклада данных генов в наследственную предрасположенность к патологии. Научная новизна и практическая значимость работы В данной работе впервые в России исследована ассоциация полиморфных маркеров -23HphI (rs689) гена INS, Trp262Arg (rs3184504) гена SH2B3, С1858Т (rs2476601) гена PTPN22, rs2847281, rs2542151, rs3737361, rs547268 и rs2542156 гена РТРN2, rs2903692 и rs725613 гена CLEC16A, rs2292239 гена ERBB3, rs17696736, rs12425405, rs11066284, rs7974468 и rs11066301 гена PTPN11, rs41295061 и rs11594656 гена IL2RA с сахарным диабетом типа 1.

Обнаружена ассоциация полиморфных маркеров генов INS, SH2B3, PTPN22, PTPN11, PTPN2 и CLEC16A с развитием СД типа 1. Все вышеизложенные результаты получены впервые.

Показано, что исследованные полиморфные маркеры генов INS, SH2B3, PTPN22, PTPN11, PTPN2 и CLEC16A могут использоваться для количественной оценки генетического риска возникновения сахарного диабета типа 1 в популяции русских. Несомненно, что понимание механизма патогенетического развития СД типа 1 со временем позволит создать новые лекарственные средства, предохраняющие от развития этого заболевания у генетически предрасположенных индивидов.

1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

Заключение Диссертация по теме "Молекулярная биология", Лаврикова, Елена Юрьевна

выводы.

1. Определены частоты аллелей и генотипов ряда полиморфных маркеров генов РТРN2, PTPN11, PTPN22, ERBB3, CLEC16A, SH2B3, INS и IL2RA в группе больных СД типа 1 и группе здоровых индивидов среди русских г. Москвы.

4. Обнаружена ассоциация полиморфного маркера С1858Т (rs2476601) гена PTPN22 с развитием СД типа 1. Установлено, что носители аллеля Т данного полиморфного маркера имеют повышенный риск развития СД типа 1, тогда как носители аллеля С имеют пониженный риск развития СД типа 1.

5. Обнаружена ассоциация полиморфного маркера rs2847281 гена PTPN2 с развитием СД типа 1. Установлено, что носители аллеля Т данного полиморфного маркера имеют повышенный риск развития СД типа 1, тогда как носители аллеля С имеют пониженный риск развития СД типа 1.

6. Обнаружена ассоциация полиморфного маркера rsl 1066284 гена PTPN11 с развитием СД типа 1. Установлено, что носители аллеля Т данного полиморфного маркера имеют повышенный риск развития СД типа 1, тогда как носители аллеля А имеют пониженный риск развития СД типа 1.

7. Обнаружена ассоциация полиморфного маркера rs2903692 гена CLEC16A с развитием СД типа 1. Установлено, что носители аллеля G данного полиморфного маркера имеют повышенный риск развития СД типа 1, тогда как носители аллеля А имеют пониженный риск развития СД типа 1.

8. Полученные данные (значения OR и частоты аллелей для полиморфных маркеров) позволят количественно оценивать генетический риск возникновения сахарного диабета типа 1 в популяции русских.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ.

На основании полученных результатов можно сделать вывод о том, что к развитию СД типа 1 приводит комплекс регуляторных нарушений, вызванных неблагоприятной комбинацией предрасполагающих аллелей в отдельных локусах - HLA, INS, CTLA4, PTPN22, PTPN2, SH2B3 и др. (таблица 29). Полученные данные (значения OR и частоты аллелей для полиморфных маркеров) позволят количественно оценивать генетический риск возникновения сахарного диабета типа 1 в популяции русских. Понимание генетических основ развития заболевания приближает нас к идентификации этиологических мутаций в генах, определяющих предрасположенность к СД типа 1. Несомненно, что понимание механизма патогенетического развития СД типа 1 со временем позволит создать новые лекарственные средства, предохраняющие от развития этого заболевания у генетически предрасположенных индивидов.

Библиография Диссертация по биологии, кандидата биологических наук, Лаврикова, Елена Юрьевна, Москва

1. Chistiakov D.A., Savost'anov K.V., Nosikov V.V. 2001. CTLA4 gene polymorphisms are associated with, and linked to, insulin-dependent diabetes mellitus in a Russian population. BMC Genet. 2, 6.

2. Gavrilov D.K., Kuraeva T.L., Dedov I.I., Sergeev A.S., Nosikov V.V. 1994.

3. Frequency analysis of HLA-DQA1 and HLA-DQB1 gene alleles and susceptibility to type 1 diabetes mellitus in Russian patients. Acta Diabetol. 31 (2), 82-6.

4. Vella A., Cooper J.D., Lowe C.E., и др. 2005. Localization of a type 1 diabetes locus in the IL2RA/CD25 region by use of tag single-nucleotide polymorphisms. Am J Hum Genet. 76 (5), 773-9.

5. Todd J.A., Walker N.M., Cooper J.D., и др. 2007. Robust associations offour new chromosome regions from genome-wide analyses of type 1 diabetes. Nat Genet. 39 (7), 857-64.

6. Smyth D.J., Cooper J.D., Bailey R., и др. 2006. A genome-wide associationstudy of nonsynonymous SNPs identifies a type 1 diabetes locus in the interferon-induced helicase (IFIH1) region. Nat Genet. 38 (6), 617-9.

7. Иванов В.И. 2005. Геномика медицине под ред. В. И. Иванова и Л. Л.

8. Киселева. М.: Академкнига, 392 с.

9. Гинтер Е.К. 2003. Медицинская генетика : Учеб. для студентов мед.вузов. М.: Медицина, 446 с.

10. Тимолянова Е.К. 2003. Медицинская генетика: Учеб. пособие для студентов образоват. учреждений сред. проф. образования, обучающихся по мед. специальностям. Ростов н/Д: Феникс, 303 с.

11. Brookes A.J. 1999. The essence of SNPs. Gene. 234 (2), 177-86.

12. Cargill M., Altshuler D., Ireland J., и др. 1999. Characterization of single-nucleotide polymorphisms in coding regions of human genes. Nat Genet. 22 (3), 231-8.

13. Lander E.S. 1996. The new genomics: global views of biology. Science. 2745287), 536-9.

14. Бочков Н.П. 2001. Медицинская генетика : Учеб. для студентов мед.училищ и колледжей. М.: Мастерство, 190 с.

15. Lee L.G., Connell C.R., Bloch W. 1993. Allelic discrimination by nick-translation PCR with fluorogenic probes. Nucleic Acids Res. 21 (16), 37616.

16. Thomson G. 1995. Analysis of complex human genetic traits: an ordered-notation method and new tests for mode of inheritance. Am J Hum Genet. 57 (2), 474-86.

17. Panoutsopoulou K., Zeggini E. 2009. Finding common susceptibility variants for complex disease: past, present and future. Brief Fund Genomic Proteo-mic., elp020.

18. McCarthy M.I. 2003. Growing evidence for diabetes susceptibility genesfrom genome scan data. Curr. Diab. Rep. 3 (2), 159-167.

19. Guan W., Pluzhnikov A., Cox N.J., Boehnke M. 2008. Meta-analysis of 23 type 2 diabetes linkage studies from the International Type 2 Diabetes Linkage Analysis Consortium. Hum. Hered. 66 (1), 35-49.

20. Evans D.M., Cardon L.R. 2004. Guidelines for genotyping in genomewidelinkage studies: single-nucleotide-polymorphism maps versus microsatellite maps. Am. J. Hum. Genet. 75 (4), 687-692.

21. Hugot J.P., Chamaillard M., Zouali H., и др. 2001. Association of NOD2 leucine-rich repeat variants with susceptibility to Crohn's disease. Nature. 411 (6837), 599-603.

22. Frazer K.A., Ballinger D.G., Cox D.R., и др. 2007. A second generation human haplotype map of over 3.1 million SNPs. Nature. 449 (7164), 851-861.

23. Ke X., Miretti M.M., Broxholme J., и др. 2005. A comparison of tagging methods and their tagging space. Hum. Mol. Genet. 14 (18), 2757-2767.

24. Johnson G.C., Esposito L., Barratt B.J., и др. 2001. Haplotype tagging forthe identification of common disease genes. Nat Genet. 29 (2), 233-7.

25. Gabriel S.B., Schaffner S.F., Nguyen H., и др. 2002. The Structure of Haplotype Blocks in the Human Genome. Science. 296 (5576), 2225-2229.

26. Carlson C.S., Eberle M.A., Rieder M.J., и др. 2004. Selecting a maximallyinformative set of single-nucleotide polymorphisms for association analyses using linkage disequilibrium. Am. J. Hum. Genet. 74 (1), 106-120.

27. Halldorsson B.V., Istrail S., De La Vega F.M. 2004. Optimal selection of SNP markers for disease association studies. Hum Hered. 58 (3-4), 190202.

28. Barrett J.C., Cardon L.R. 2006. Evaluating coverage of genome-wide association studies. Nat. Genet. 38 (6), 659-662.

29. Li M., Li C., Guan W. 2008. Evaluation of coverage variation of SNP chipsfor genome-wide association studies. Eur. J. Hum. Genet. 16 (5), 635-643.

30. Sethupathy P., Collins F.S. 2008. MicroRNA target site polymorphisms andhuman disease. Trends Genet. 24 (10), 489-497.

31. Дедов И., Шестакова M. 2003. Сахарный диабет. Руководство для врачей. М.: Универсум Паблишинг, 445 с.

32. Devendra D., Liu Е., Eisenbarth G.S. 2004. Type 1 diabetes: recent developments. BMJ. 328 (7442), 750-754.

33. Knip M., Veijola R., Virtanen S.M., и др. 2005. Environmental triggers and determinants of type 1 diabetes. Diabetes. 54 Suppl 2, S125-136.

34. Foulis A.K. 1996. The pathology of the endocrine pancreas in type 1 (insulin-dependent) diabetes mellitus. APMIS. 104 (3), 161-167.

35. Miao D., Yu L., Eisenbarth G.S. 2007. Role of autoantibodies in type 1 diabetes. Front. Biosci. 12, 1889-1898.

36. Yang Y., Santamaria P. 2006. Lessons on autoimmune diabetes from animalmodels. Clin. Sci. 110 (6), 627-639.

37. Mathews C.E. 2005. Utility of murine models for the study of spontaneous autoimmune type 1 diabetes. Pediatr Diabetes. 6 (3), 165-177.

38. Roep B.O., Atkinson M., von Herrath M. 2004. Satisfaction (not) guaranteed: re-evaluating the use of animal models of type 1 diabetes. Nat Rev Immunol. 4 (12), 989-997.

39. MacMurray A.J., Moralejo D.H., Kwitek A.E., и др. 2002. Lymphopenia in the BB rat model of type 1 diabetes is due to a mutation in a novel immune-associated nucleotide (Ian)-related gene. Genome Res. 12 (7), 1029-1039.

40. Nerup J., Platz P., Andersen O.O., и др. 1974. HL-A ANTIGENS AND DIABETES MELLITUS. The Lancet. 304 (7885), 864-866.

41. Noble J.A., Valdes A.M., Cook M., и др. 1996. The role of HLA class IIgenes in insulin-dependent diabetes mellitus: molecular analysis of 180 Caucasian, multiplex families. Am. J. Hum. Genet. 59 (5), 1134-1148.

42. Cucca F., Lampis R., Congia M., и др. 2001. A correlation between the relative predisposition of MHC class II alleles to type 1 diabetes and the structure of their proteins. Hum. Mol. Genet. 10 (19), 2025-2037.

43. Kelly M.A., Rayner M.L., Mijovic C.H., Barnett A.H. 2003. Molecular aspects of type 1 diabetes. Mol Pathol. 56 (1), 1-10.

44. Devendra D., Eisenbarth G.S. 2003. 17. Immunologic endocrine disorders. J. Allergy Clin. Immunol 111 (2 Suppl), S624-636.

45. Lucassen A.M., Julier C., Beressi J., и др. 1993. Susceptibility to insulin dependent diabetes mellitus maps to a 4.1 kb segment of DNA spanning the insulin gene and associated VNTR. Nat Genet. 4 (3), 305-310.

46. Bennett S.T., Lucassen A.M., Gough S.C., и др. 1995. Susceptibility to human type 1 diabetes at IDDM2 is determined by tandem repeat variation at the insulin gene minisatellite locus. Nat. Genet. 9 (3), 284-292.

47. Undlien D.E., Bennett S.T., Todd J.А., и др. 1995. Insulin gene region-encoded susceptibility to IDDM maps upstream of the insulin gene. Diabetes. 44 (6), 620-625.

48. Kristiansen О .P., Larsen Z.M., Pociot F. 2000. CTLA-4 in autoimmune dis-eases~a general susceptibility gene to autoimmunity? Genes Immun. 1 (3), 170-184.

49. Ueda H., Howson J.M.M., Esposito L., и др. 2003. Association of the T-cell regulatory gene CTLA4 with susceptibility to autoimmune disease. Nature. 423 (6939), 506-511.

50. Nistico L., Buzzetti R., Pritchard L., и др. 1996. The CTLA-4 gene region of chromosome 2q33 is linked to, and associated with, type 1 diabetes. Belgian Diabetes Registry. Hum. Mol. Genet. 5 (7), 1075-1080.

51. Bottini N., Musumeci L., Alonso А., и др. 2004. A functional variant of lymphoid tyrosine phosphatase is associated with type I diabetes. Nat Genet. 36 (4), 337-8.

52. Qu H., Tessier M., Hudson T.J., Polychronakos C. 2005. Confirmation of theassociation of the R620W polymorphism in the protein tyrosine phosphatase PTPN22 with type 1 diabetes in a family based study. J. Med. Genet. 42 (3), 266-270.

53. Cox N.J., Wapelhorst В., Morrison V.A., и др. 2001. Seven Regions of the

54. Genome Show Evidence of Linkage to Type 1 Diabetes in a Consensus

55. Analysis of 767 Multiplex Families. The American Journal of Human Genetics. 69 (4), 820-830.

56. Davies J.L., Kawaguchi Y., Bennett S.T., и др. 1994. A genome-wide search for human type 1 diabetes susceptibility genes. Nature. 371 (6493), 130136.

57. Zamani M., Pociot F., Raeymaekers P., Nerup J., Cassiman J.J. 1996. Linkage of type I diabetes to 15q26 (IDDM3) in the Danish population. Hum. Genet. 98 (4), 491-496.

58. Nakagawa Y., Kawaguchi Y., Twells R.C., и др. 1998. Fine mapping of the diabetes-susceptibility locus, IDDM4, on chromosome llql3. Am. J. Hum. Genet. 63 (2), 547-556.

59. Luo D.F., Buzzetti R., Rotter J.I., и др. 1996. Confirmation of three susceptibility genes to insulin-dependent diabetes mellitus: IDDM4, IDDM5 and IDDM8. Hum. Mol. Genet. 5 (5), 693-698.

60. Laine A., Nejentsev S., Veijola R., и др. 2004. A linkage study of 12 IDDM susceptibility loci in the Finnish population. Diabetes Metab. Res. Rev. 20 (2), 144-149.

61. Copeman J.B., Cucca F., Hearne C.M., и др. 1995. Linkage disequilibrium mapping of a type 1 diabetes susceptibility gene (IDDM7) to chromosome 2q31-q33. Nat. Genet. 9 (1), 80-85.

62. Laine A., Turpeinen H., Veijola R., и др. 2006. Evidence for linkage to and association with type 1 diabetes at the 3q21 region in the Finnish population. Genes Immun. 7 (1), 69-72.

63. Mein C.A., Esposito L., Dunn M.G., и др. 1998. A search for type 1 diabetes susceptibility genes in families from the United Kingdom. Nat. Genet. 19 (3), 297-300.

64. Field L.L., Tobias R., Thomson G., Plon S. 1996. Susceptibility to insulin-dependent diabetes mellitus maps to a locus (IDDM11) on human chromosome 14q24.3-q31. Genomics. 33 (1), 1-8.

65. Marron M.P., Raffel L.J., Garchon H.J., и др. 1997. Insulin-dependent diabetes mellitus (IDDM) is associated with CTLA4 polymorphisms in multiple ethnic groups. Hum. Mol. Genet. 6 (8), 1275-1282.

66. Larsen Z.M., Kristiansen O.P., Mato E., и др. 1999. IDDM12 (CTLA4) on 2q33 and IDDM13 on 2q34 in genetic susceptibility to type 1 diabetes (insulin-dependent). Autoimmunity. 31 (1), 35-42.

67. Delepine M., Pociot F., Habita С., и др. 1997. Evidence of a non-MHC susceptibility locus in type I diabetes linked to HLA on chromosome 6. Am. J. Hum. Genet. 60 (1), 174-187.

68. Field L.L., Larsen Z., Pociot F., и др. 2002. Evidence for a locus (IDDM 16) in the immunoglobulin heavy chain region on chromosome 14q32.3 producing susceptibility to type 1 diabetes. Genes Immun. 3 (6), 338-344.

69. Babu S.R., Conant G.C., Eller E., и др. 2004. A second-generation genome screen for linkage to type 1 diabetes in a Bedouin Arab family. Ann. N. Y. Acad. Sci. 1037, 157-160.

70. Morahan G., Huang D., Ymer S.I., и др. 2001. Linkage disequilibrium of a type 1 diabetes susceptibility locus with a regulatory IL12B allele. Nat. Genet. 27 (2), 218-221.

71. Concannon P., Gogolin-Ewens K.J., Hinds D.A., и др. 1998. A second-generation screen of the human genome for susceptibility to insulin-dependent diabetes mellitus. Nat Genet. 19 (3), 292-296.

72. Hashimoto L., Habita C., Beressi J.P., и др. 1994. Genetic mapping of a susceptibility locus for insulin-dependent diabetes mellitus on chromosome 1 lq. Nature. 371 (6493), 161-164.

73. Julier C., Lucassen A., Villedieu P., и др. 1994. Multiple DNA variant association analysis: application to the insulin gene region in type I diabetes. Am. J. Hum. Genet. 55 (6), 1247-1254.

74. PociotF., McDermott M.F. 2002. Genetics of type 1 diabetes mellitus. Genes Immun. 3 (5), 235-49.

75. Abraham R.S., Wen L., Marietta E.V., David C.S. 2001. Type 1 diabetespredisposing MHC alleles influence the selection of glutamic acid decarboxylase (GAD) 65-specific T cells in a transgenic model. J. Immunol. 166 (2), 1370-1379.

76. Abraham R.S., Kudva Y.C., Wilson S.B., Strominger J.L., David C.S. 2000.

77. Co-expression of HLA DR3 and DQ8 results in the development of spontaneous insulitis and loss of tolerance to GAD65 in transgenic mice. Diabetes. 49 (4), 548-554.

78. Wen L., Chen N.Y., Tang J., Sherwin R., Wong F.S. 2001. The regulatoryrole of DR4 in a spontaneous diabetes DQ8 transgenic model. J. Clin. Invest. 107 (7), 871-880.

79. Wherrett D.K., Singer S.M., McDevitt H.O. 1997. Reduction in diabetes incidence in an I-Ag7 transgenic nonobese diabetic mouse line. Diabetes. 46 (12), 1970-1974.

80. Erlich H., Valdes A.M., Noble J., и др. 2008. HLA DR-DQ haplotypes and genotypes and type 1 diabetes risk: analysis of the type 1 diabetes genetics consortium families. Diabetes. 57 (4), 1084-1092.

81. Nejentsev S., Howson J.M.M., Walker N.M., и др. 2007. Localization of type 1 diabetes susceptibility to the MHC class I genes HLA-B and HLA-A. Nature. 450 (7171), 887-92.

82. Vafiadis P., Bennett S.T., Todd J.A., и др. 1997. Insulin expression in human thymus is modulated by INS VNTR alleles at the IDDM2 locus. Nat. Genet. 15 (3), 289-292.

83. Nakayama M., Abiru N., Moriyama H., и др. 2005. Prime role for an insulin epitope in the development of typethinsp. 1 diabetes in NOD mice. Nature. 435 (7039), 220-223.

84. Kyewski В., Derbinski J. 2004. Self-representation in the thymus: an extended view. Nat Rev Immunol. 4 (9), 688-698.

85. Palumbo M.O., Levi D., Chentoufi A.A., Polychronakos C. 2006. Isolation and characterization of proinsulin-producing medullary thymic epithelial cell clones. Diabetes. 55 (9), 2595-2601.

86. Smyth D.J., Plagnol V., Walker N.M., и др. 2008. Shared and Distinct Genetic Variants in Type 1 Diabetes and Celiac Disease. N Engl J Med. 359 (26), 2767-2777.

87. WTCCC. 2007. Genome-wide association study of 14,000 cases of seven common diseases and 3,000 shared controls. Nature. 447 (7145), 661-78.

88. Vang Т., Congia M., Macis M.D., и др. 2005. Autoimmune-associated lymphoid tyrosine phosphatase is a gain-of-function variant. Nat Genet. 37 (12), 1317-9.

89. Hermann R., Laine A., Veijola R., и др. 2005. The effect of HLA class II, insulin and CTLA4 gene regions on the development of humoral beta cell autoimmunity. Diabetologia. 48 (9), 1766-1775.

90. Anjos S.M., Shao W., Marchand L., Polychronakos C. 2005. Allelic effects on gene regulation at the autoimmunity-predisposing CTLA4 locus: a re-evaluation of the 3 prime. +6230G>A polymorphism. Genes Immun. 6 (4), 305-311.

91. Concannon P., Onengut-Gumuscu S., Todd J.A., и др. 2008. A human type 1 diabetes susceptibility locus maps to chromosome 21q22.3. Diabetes, 57 (10), 2858-2861.

92. Lowe C.E., Cooper J.D., Brusko Т., и др. 2007. Large-scale genetic finemapping and genotype-phenotype associations implicate polymorphism in the IL2RA region in type 1 diabetes. Nat. Genet. 39 (9), 1074-1082.

93. Nejentsev S., Walker N., Riches D., Egholm M., Todd J.A. 2009. Rare variants of IFIH1, a gene implicated in antiviral responses, protect against type 1 diabetes. Science. 324 (5925), 387-389.

94. Skyler J.S., Krischer J.P., Wolfsdorf J., и др. 2005. Effects of oral insulin in relatives of patients with type 1 diabetes: The Diabetes Prevention Trial-Type 1. Diabetes Care. 28 (5), 1068-1076.

95. Skyler J.S., Greenbaum C.J., Lachin J.M., и др. 2008. Type 1 Diabetes Tri-alNet~an international collaborative clinical trials network. Ann. N. Y. Acad. Sci. 1150, 14-24.

96. Hill R.J., Zozulya S., Lu Y., и др. 2002. The lymphoid protein tyrosine phosphatase Lyp interacts with the adaptor molecule Grb2 and functions as a negative regulator of T-cell activation. Experimental Hematology. 30 (3), 237-244.

97. Gregersen P.K., Behrens T.W. 2006. Genetics of autoimmune diseases mdash. disorders of immune homeostasis. Nat Rev Genet. 7 (12), 917-928.

98. Cohen S., Dadi H., Shaoul E., Sharfe N., Roifman C.M. 1999. Cloning and characterization of a lymphoid-specific, inducible human protein tyrosine phosphatase, Lyp. Blood. 93 (6), 2013-24.

99. Cloutier J., Veillette A. 1999. Cooperative Inhibition of DT-Cell Antigen Receptor Signaling by a Complex between a Kinase and a Phosphatase. J. Exp. Med. 189(1), 111-121.

100. Rieck M., Arechiga A., Onengut-Gumuscu S., и др. 2007. Genetic variation in PTPN22 corresponds to altered function of T and В lymphocytes. J. Immunol. 179 (7), 4704-4710.

101. Gregersen P.K. 2005. Gaining insight into PTPN22 and autoimmunity. Nat Genet. 37 (12), 1300-1302.

102. Wang X.B., Zhao X., Giscombe R., LefVert A.K. 2002. A CTLA-4 gene polymorphism at position -318 in the promoter region affects the expression of protein. Genes Immun. 3 (4), 233-234.

103. Anjos S., Polychronakos C. 2004. Mechanisms of genetic susceptibility to type I diabetes: beyond HLA. Molecular Genetics and Metabolism. 81 (3), 187-195.

104. A MOLECULAR PERSPECTIVE OF CTLA-4 FUNCTION http://arj0urnals.annualreviews.0rg/d0i/full/l 0.1146/annurev.immunol.24.0 21605.090535.

105. Tafuri A., Shahinian A., Bladt F., и др. 2001. ICOS is essential for effective T-helper-cell responses. Nature. 409 (6816), 105-109.

106. Qu H., Montpetit A., Ge В., Hudson T.J., Polychronakos C. 2007. Toward further mapping of the association between the IL2RA locus and type 1 diabetes. Diabetes. 56 (4), 1174-1176.

107. Salomon В., Lenschow D.J., Rhee L., и др. 2000. B7/CD28 Costimulation Is Essential for the Homeostasis of the CD4+CD25+ Immunoregulatory T Cells that Control Autoimmune Diabetes. Immunity. 12 (4), 431-440.

108. Malek T.R., Bayer A.L. 2004. Tolerance, not immunity, crucially depends on IL-2. Nat Rev Immunol. 4 (9), 665-674.

109. Viglietta V., Baecher-Allan C., Weiner H.L., Hafler D.A. 2004. Loss of Functional Suppression by CD4+CD25+ Regulatory T Cells in Patients with Multiple Sclerosis. J. Exp. Med. 199 (7), 971-979.

110. Kato H., Takeuchi O., Sato S., и др. 2006. Differential roles of MDA5 and RIG-I helicases in the recognition of RNA viruses. Nature. 441 (7089), 101-105.

111. Hyoty H., Taylor K.W. 2002. The role of viruses in human diabetes. Diabe-tologia. 45 (10), 1353-1361.

112. Meylan E., Tschopp J., Karin M. 2006. Intracellular pattern recognition receptors in the host response. Nature. 442 (7098), 39-44.126.von Herrath M. 2009. Diabetes: A virus-gene collaboration. Nature. 459 (7246), 518-519.

113. Bailey R., Cooper J.D., Zeitels L., и др. 2007. Association of the vitamin D metabolism gene CYP27B1 with type 1 diabetes. Diabetes. 56 (10), 26162621.

114. EURODIAB . 1999. Vitamin D supplement in early childhood and risk for Type I (insulin-dependent) diabetes mellitus. The EURODIAB Substudy 2 Study Group. Diabetologia. 42 (1), 51-54.

115. Hypponen E., Laara E., Reunanen A., Jarvelin M.R., Virtanen S.M. 2001. Intake of vitamin D and risk of type 1 diabetes: a birth-cohort study. Lancet. 358 (9292), 1500-1503.

116. Finn R.D., Mistry J., Schuster-Bockler В., и др. 2006. Pfam: clans, web tools and services. Nucl. Acids Res. 34 (suppll), D247-251.

117. Bashirova A.A., Martin M.P., McVicar D.W., Carrington M. 2006. The killer immunoglobulin-like receptor gene cluster: tuning the genome for defense. Annu Rev Genomics Hum Genet. 7, 277-300.

118. Su A.I., Wiltshire Т., Batalov S., и др. 2004. A gene atlas of the mouse and human protein-encoding transcriptomes. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 101 (16), 6062-6067.

119. Cooper J.D., Deborah J Smyth, Adam M Smiles, и др. 2008. Meta-analysis of genome-wide association study data identifies additional type 1 diabetes risk loci. Nat Genet. 40 (12), 1399-401.

120. Fung E.Y.M.G., Smyth D.J., Howson J.M.M., и др. 2009. Analysis of 17 autoimmune disease-associated variants in type 1 diabetes identifies 6q23/TNFAIP3 as a susceptibility locus. Genes Immun. 10 (2), 188-191.

121. Barrett J.C., Clayton D.G., Concannon P., и др. 2009. Genome-wide association study and meta-analysis find that over 40 loci affect risk of type 1 diabetes. Nat. Genet. 41 (6), 703-707.

122. Lee Y.H., Rho Y.H., Choi S.J., и др. 2007. The PTPN22 C1858T functional polymorphism and autoimmune diseases—a meta-analysis. Rheumatology (Oxford). 46 (1), 49-56.

123. Gregersen P.K., Lee H., Batliwalla F., Begovich A.B. 2006. PTPN22: setting thresholds for autoimmunity. Semin Immunol. 18 (4), 214-23.

124. Criswell L.A., Pfeiffer K.A., Lum R.F., и др. 2005. Analysis of families in the multiple autoimmune disease genetics consortium (MADGC) collection: the PTPN22 620W allele associates with multiple autoimmune phenotypes. Am J Hum Genet. 76 (4), 561-71.

125. Mustelin Т., Rahmouni S., Bottini N., Alonso A. 2003. Role of protein tyrosine phosphatases in T cell activation. Immunol Rev. 191, 139-47.

126. Cooper J.D., Smyth D.J., Smiles A.M., и др. 2008. Meta-analysis of genome-wide association study data identifies additional type 1 diabetes risk loci. Nat Genet. 40 (12), 1399-401.

127. Andersen J.N., Mortensen O.H., Peters G.H., и др. 2001. Structural and Evolutionary Relationships among Protein Tyrosine Phosphatase Domains. Mol. Cell. Biol. 21 (21), 7117-7136.

128. Simoncic P.D., McGlade C.J., Tremblay M.L. 2006. PTP1B and TC-PTP: novel roles in immune-cell signaling. Can. J. Physiol. Pharmacol. 84 (7), 667-675.

129. Galic S., Klingler-Hoffmann M., Fodero-Tavoletti M.T., и др. 2003. Regulation of Insulin Receptor Signaling by the Protein Tyrosine Phosphatase TCPTP. Mol. Cell. Biol. 23 (6), 2096-2108.

130. Long S.A., Bollyky P., Cerosaletti К., и др. 2009. OR.62. Impaired IL-2 Responsiveness and Treg Persistence in T1D is Revealed by Disease-Associated Variants in PTPN2. Clinical Immunology. 131 (Supplement 1), S26-S27.

131. Moore F., Colli M.L., Спор M., и др. 2009. PTPN2, a candidate gene for type 1 diabetes, modulates interferon-gamma-induced pancreatic beta-cell apoptosis. Diabetes.

132. Schlessinger J. 2002. Ligand-induced, receptor-mediated dimerization and activation of EGF receptor. Cell. 110 (6), 669-672.

133. Hunter T. 2000. SignaIing-2000 and beyond. Cell. 100 (1), 113-127.

134. Pawson Т., Gish G.D., Nash P. 2001. SH2 domains, interaction modules and cellular wiring. Trends Cell Biol. 11 (12), 504-511.

135. Feng G.S., Hui C.C., Pawson T. 1993. SH2-containing phosphotyrosine phosphatase as a target of protein-tyrosine kinases. Science. 259 (5101), 1607-1611.

136. Freeman R.M., Plutzky J., Neel B.G. 1992. Identification of a human src homology 2-containing protein-tyrosine-phosphatase: a putative homolog of Drosophila corkscrew. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 89 (23), 11239-11243.

137. Ahmad S., Banville D., Zhao Z., Fischer E.H., Shen S.H. 1993. A widely expressed human protein-tyrosine phosphatase containing src homology 2 domains. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 90 (6), 2197-2201.

138. Lechleider R.J., Freeman R.M., Neel B.G. 1993. Tyrosyl phosphorylation and growth factor receptor association of the human corkscrew homologue, SH-PTP2. J. Biol. Chem. 268 (18), 13434-13438.

139. Yamauchi K., Milarski K.L., Saltiel A.R., Pessin J.E. 1995. Protein-tyrosine-phosphatase SHPTP2 is a required positive effector for insulin downstream signaling. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 92 (3), 664-668.

140. Feng G.S. 1999. Shp-2 tyrosine phosphatase: signaling one cell or many. Exp. Cell Res. 253 (1), 47-54.

141. Hakak Y., Hsu Y.S., Martin G.S. 2000. Shp-2 mediates v-Src-induced morphological changes and activation of the anti-apoptotic protein kinase Akt. Oncogene. 19 (28), 3164-3171.

142. Chen J., Yu W., Daino H., и др. 2007. SHP-2 phosphatase is required for hematopoietic cell transformation by Bcr-Abl. Blood. 109 (2), 778-785.

143. Loh M.L., Vattikuti S., Schubbert S., и др. 2004. Mutations in PTPN11 implicate the SHP-2 phosphatase in leukemogenesis. Blood. 103 (6), 23252331.

144. Qu C. 2002. Role of the SHP-2 tyrosine phosphatase in cytokine-induced signaling and cellular response. Biochim. Biophys. Acta. 1592 (3), 297-301.

145. Qu C., Shi Z., Shen R., и др. 1997. A deletion mutation in the SH2-N domain of Shp-2 severely suppresses hematopoietic cell development. Mol. Cell. Biol. 17 (9), 5499-5507.

146. Qu C., Yu W., Azzarelli В., и др. 1998. Biased Suppression of Hematopoi-esis and Multiple Developmental Defects in Chimeric Mice Containing Shp-2 Mutant Cells. Mol. Cell. Biol. 18 (10), 6075-6082.

147. Qu С., Nguyen S., Chen J., Feng G. 2001. Requirement of Shp-2 tyrosine phosphatase in lymphoid and hematopoietic cell development. Blood. 97 (4), 911-914.

148. Newton-Cheh C., Johnson Т., Gateva V., и др. 2009. Genome-wide association study identifies eight loci associated with blood pressure. Nat. Genet. 41 (6), 666-676.

149. Levy D., Ehret G.B., Rice К., и др. 2009. Genome-wide association study of blood pressure and hypertension. Nat. Genet. 41 (6), 677-687.

150. Gudbjartsson D.F., Bjornsdottir U.S., Halapi E., и др. 2009. Sequence variants affecting eosinophil numbers associate with asthma and myocardial infarction. Nat. Genet. 41 (3), 342-347.

151. Hunt K.A., Zhernakova A., Turner G., и др. 2008. Newly identified genetic risk variants for celiac disease related to the immune response. Nat. Genet. 40 (4), 395-402.

152. Krauss G. 2008. Biochemistry of signal transduction and regulation. Wiley-VCH;, 626.

153. Skinningsrud В., Husebye E.S., Pearce S.H., и др. 2008. Polymorphisms in CLEC16A and CIITA at 16pl3 are associated with primary adrenal insufficiency. J. Clin. Endocrinol. Metab. 93 (9), 3310-3317.

154. Swanberg M., Lidman О., Padyukov L., и др. 2005. MHC2TA is associated with differential MHC molecule expression and susceptibility to rheumatoid arthritis, multiple sclerosis and myocardial infarction. Nat. Genet. 37 (5), 486-494.

155. IMSGC. 2009. The expanding genetic overlap between multiple sclerosis and type I diabetes. Genes Immun. 10 (1), 11-14.

156. Baniyash M. 2004. TCR zeta.-chain downregulation: curtailing an excessive inflammatory immune response. Nat Rev Immunol. 4 (9), 675-687.

157. Yamanouchi J., Rainbow D., Serra P., и др. 2007. Interleukin-2 gene variation impairs regulatory T cell function and causes autoimmunity. Nat. Genet. 39 (3), 329-337.

158. Maier L.M., Lowe C.E., Cooper J., и др. 2009. IL2RA genetic heterogeneity in multiple sclerosis and type 1 diabetes susceptibility and soluble inter-leukin-2 receptor production. PLoS Genet. 5(1), el000322.

159. Donnelly P. 2008. Progress and challenges in genome-wide association studies in humans. Nature. 456 (7223), 728-731.

160. Malek T.R. 2008. The biology of interleukin-2. Annu. Rev. Immunol. 26, 453-479.

161. Brand О .J., Lowe C.E., Heward J.M., и др. 2007. Association of the inter-leukin-2 receptor alpha (IL-2Ralpha)/CD25 gene region with Graves' disease using a multilocus test and tag SNPs. Clin. Endocrinol. (Oxf). 66 (4), 508-512.

162. Hafler D.A., Compston A., Sawcer S., и др. 2007. Risk alleles for multiple sclerosis identified by a genomewide study. N. Engl. J. Med. 357 (9), 851862.

163. Willerford D.M., Chen J., Ferry J.А., и др. 1995. Interleukin-2 receptor alpha chain regulates the size and content of the peripheral lymphoid compartment. Immunity. 3 (4), 521-530.

164. Sadlack В., Merz H., Schorle H., и др. 1993. Ulcerative colitis-like disease in mice with a disrupted interleukin-2 gene. Cell. 75 (2), 253-261.

165. Suzuki H., KUndig T.M., Furlonger С., и др. 1995. Deregulated T cell activation and autoimmunity in mice lacking interleukin-2 receptor beta. Science. 268 (5216), 1472-1476.

166. Sharfe N., Dadi H.K., Shahar M., Roifman C.M. 1997. Human immune disorder arising from mutation of the alpha chain of the interleukin-2 receptor. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 94 (7), 3168-3171.

167. Kramer S., Schimpl A., Hiinig T. 1995. Immunopathology of interleukin (IL) 2-deficient mice: thymus dependence and suppression by thymus-dependent cells with an intact IL-2 gene. J. Exp. Med. 182 (6), 1769-1776.

168. Suzuki H., Zhou Y.W., Kato M., Мак T.W., Nakashima I. 1999. Normal regulatory alpha/beta T cells effectively eliminate abnormally activated T cells lacking the interleukin 2 receptor beta in vivo. J. Exp. Med. 190 (11), 1561-1572.

169. Wolf M., Schimpl A., Hunig T. 2001. Control of T cell hyperactivation in IL-2-deficient mice by CD4(+)CD25(-) and CD4(+)CD25(+) T cells: evidence for two distinct regulatory mechanisms. Eur. J. Immunol. 31 (6), 1637-1645.

170. Fontenot J.D., Rasmussen J.P., Gavin M.A., Rudensky A.Y. 2005. A function for interleukin 2 in Foxp3-expressing regulatory T cells. Nat. Immunol. 6(11), 1142-1151.

171. D'Cruz L.M., Klein L. 2005. Development and function of agonist-induced CD25+Foxp3+ regulatory T cells in the absence of interleukin 2 signaling. Nat. Immunol. 6 (11), 1152-1159.

172. Bayer A.L., Yu A., Adeegbe D., Malek T.R. 2005. Essential role for inter-leukin-2 for CD4(+)CD25(+) T regulatory cell development during the neonatal period. J. Exp. Med. 201 (5), 769-777.

173. Liston A., Siggs O.M., Goodnow C.C. 2007. Tracing the action of IL-2 in tolerance to islet-specific antigen. Immunol. Cell Biol. 85 (4), 338-342.

174. Kennedy G.C., German M.S., Rutter WJ. 1995. The minisatellite in the diabetes susceptibility locus IDDM2 regulates insulin transcription. Nat. Genet. 9 (3), 293-298.

175. Le Stunff C., Fallin D., Schork N.J., Bougneres P. 2000. The insulin gene VNTR is associated with fasting insulin levels and development of juvenile obesity. Nat. Genet. 26 (4), 444-446.

176. Bell G.I., Selby M.J., Rutter WJ. 1982. The highly polymorphic region near the human insulin gene is composed of simple tandemly repeating sequences. Nature. 295 (5844), 31-35.

177. Torkamani A., Topol E.J., Schork N.J. 2008. Pathway analysis of seven common diseases assessed by genome-wide association. Genomics. 92 (5), 265-272.

178. Sawyer T. 2007. Protein Kinases and Protein Phosphatases in Signal Transduction Pathways. В Comprehensive Medicinal Chemistry II. . Oxford: Elsevier; , 959-992.

179. Johns M.B., Paulus-Thomas J.E. 1989. Purification of human genomic DNA from whole blood using sodium perchlorate in place of phenol. Anal. Biochem. 180 (2), 276-8.

180. Barrett J.C., Fry В., Mailer J., Daly MJ. 2005. Haploview: analysis and visualization of LD and haplotype maps. Bioinformatics. 21 (2), 263-265.

181. Johnson A.D., Handsaker R.E., Pulit S.L., и др. 2008. SNAP: a web-based tool for identification and annotation of proxy SNPs using HapMap. Bioinformatics. 24 (24), 2938-2939.

182. Le C.T. 2003. Introductory biostatistics. Hoboken, N.J.: Wiley-Interscience;, xvi, 536 p.

183. Sham P.C., Curtis D. 1995. Monte Carlo tests for associations between disease and alleles at highly polymorphic loci. Ann. Hum. Genet. 59 (Pt 1), 97105.

184. Герасимов A.H. 2007. Медицинская статистика : учебное пособие для студентов медицинских вузов. Москва: Мед. информ. агентство (МИА);, 475 с.

185. Лукьянова Е.А. 2003. Медицинская статистика : Учеб. пособие. М.: Изд-во Рос. ун-та дружбы народов; 2. изд., испр., 245 с.

186. Медик В.А., Токмачев М.С. 1998. Математическая статистика в медицине и биологии. Новгород:, 242 с.

187. Реброва О.Ю. 2002. Статистический анализ медицинских данных. Применение пакета прикладных программ Statistica. М.: Изд-во Медиа Сфера;, 305 с.

188. Kozak М. 1988. Leader length and secondary structure modulate mRNA function under conditions of stress. Mol. Cell. Biol. 8 (7), 2737-2744.

189. Sospedra M., Ferrer-Francesch X., Dominguez О., и др. 1998. Transcription of a broad range of self-antigens in human thymus suggests a role for central mechanisms in tolerance toward peripheral antigens. J. Immunol. 161 (11), 5918-5929.

190. Kralovicova J., Gaunt T.R., Rodriguez S., и др. 2006. Variants in the human insulin gene that affect pre-mRNA splicing: is -23HphI a functional single nucleotide polymorphism at IDDM2? Diabetes. 55 (1), 260-4.

191. Laub O., Rutter W. 1983. Expression of the human insulin gene and cDNA in a heterologous mammalian system. J. Biol. Chem. 258 (10), 6043-6050.

192. Kent S.C., Chen Y., Bregoli L., и др. 2005. Expanded T cells from pancreatic lymph nodes of type 1 diabetic subjects recognize an insulin epitope. Nature. 435 (7039), 224-228.

193. Hassainya Y., Garcia-Pons F., Kratzer R., и др. 2005. Identification of naturally processed HLA-A2~restricted proinsulin epitopes by reverse immunology. Diabetes. 54 (7), 2053-2059.

194. Kent S., Hafler D. 2006. OR.72. Enhanced Recognition of Insulin a Chain 1-15 By Expanded T-Cell Clones from Human Type 1 Diabetic (T1D) Pancreatic Draining Lymph Nodes. Clinical Immunology. 119 (Supplement 1), S30-S31.

195. Marchand L., Polychronakos C. 2007. Evaluation of polymorphic splicing in the mechanism of the association of the insulin gene with diabetes. Diabetes. 56 (3), 709-713.

196. Pugliese A., Brown D., Garza D., и др. 2001. Self-antigen-presenting cells expressing diabetes-associated autoantigens exist in both thymus and peripheral lymphoid organs. J. Clin. Invest. 107 (5), 555-564.

197. Hansen S.K., Gjesing A.P., Rasmussen S.K., и др. 2004. Large-scale studies of the HphI insulin gene variable-number-of-tandem-repeats polymorphism in relation to Type 2 diabetes mellitus and insulin release. Diabetolo-gia. 47 (6), 1079-1087.

198. Kawasaki E., Awata Т., Ikegami H., и др. 2006. Systematic search for single nucleotide polymorphisms in a lymphoid tyrosine phosphatase gene

199. PTPN22): association between a promoter polymorphism and type 1 diabetes in Asian populations. Am J Med Genet A. 140 (6), 586-93.

200. Viken M.K., Olsson M., Flam S.T., и др. 2007. The PTPN22 promoter polymorphism -1123G>C association cannot be distinguished from the 1858C>T association in a Norwegian rheumatoid arthritis material. Tissue Antigens. 70 (3), 190-7.

201. Concannon P., Erlich H.A., Julier С., и др. 2005. Type 1 Diabetes: Evidence for Susceptibility Loci from Four Genome-Wide Linkage Scans in 1,435 Multiplex Families. Diabetes. 54 (10), 2995-3001.

202. R0nningen K.S., Keiding N., Green A. 2001. Correlations between the incidence of childhood-onset type I diabetes in Europe and HLA genotypes. Diabetologia. 44 Suppl 3, B51-9.

203. Rich S.S. 1990. Mapping genes in diabetes. Genetic epidemiological perspective. Diabetes. 39 (11), 1315-9.

204. Jamshidi Y., Gooljar S., Snieder H., и др. 2007. SHP-2 and PI3-kinase genes PTPN11 and PIK3R1 may influence serum apoB and LDL cholesterol levels in normal women. Atherosclerosis. 194 (2), e26-e33.

205. Wilson D.B., Wilson M.P. 1992. Identification and subcellular localization of human rab5b, a new member of the ras-related superfamily of GTPases. J. Clin. Invest. 89 (3), 996-1005.

206. Perdomo J., Holmes M., Chong В., Crossley M. 2000. Eos and pegasus, two members of the Ikaros family of proteins with distinct DNA binding activities. J. Biol. Chem. 275 (49), 38347-38354.

207. Tsai L.H., Harlow E., Meyerson M. 1991. Isolation of the human cdk2 gene that encodes the cyclin A- and adenovirus ElA-associated p33 kinase. Nature. 353 (6340), 174-177.

208. Almeida A.R.M., Legrand N., Papiernik M., Freitas A.A. 2002. Homeostasis of peripheral CD4+ T cells: IL-2R alpha and IL-2 shape a population of regulatory cells that controls CD4+ T cell numbers. J. Immunol. 169 (9), 4850-4860.

209. Furtado G.C., Curotto de Lafaille M.A., Kutchukhidze N., Lafaille J.J. 2002. Interleukin 2 signaling is required for CD4(+) regulatory T cell function. J. Exp. Med. 196 (6), 851-857.

210. Malek T.R., Yu A., Vincek V., Scibelli P., Kong L. 2002. CD4 regulatory T cells prevent lethal autoimmunity in IL-2Rbeta-deficient mice. Implications for the nonredundant function of IL-2. Immunity. 17 (2), 167-178.

Информация о работе

Лаврикова, Елена Юрьевна
кандидата биологических наук
Москва, 2010
ВАК 03.01.03

Диссертация

Ассоциация с сахарным диабетом типа 1 полиморфных маркеров в хромосомной области 12q24 и генах INS, PTPN22, PTPN2 и CLEC16A - тема диссертации по биологии, скачайте бесплатно

Автореферат

Похожие работы