Аллельные варианты генов подверженности туберкулезу у тувинцев

Рудко, Алексей Анатольевич

Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему
Аллельные варианты генов подверженности туберкулезу у тувинцев
ВАК РФ 03.00.15, Генетика

Автореферат диссертации по теме "Аллельные варианты генов подверженности туберкулезу у тувинцев"

На правах рукописи

РУДКО АЛЕКСЕЙ АНАТОЛЬЕВИЧ

АЛЛЕЛЬНЫЕ ВАРИАНТЫ ГЕНОВ ПОДВЕРЖЕННОСТИ К ТУБЕРКУЛЕЗУ У ТУВИНЦЕВ

03.00.15 — генетика

АВТОРЕФЕРАТ

диссертации на соискание ученой степени кандидата медицинских наук

Томск-2004

Работа выполнена в лаборатории популяционной генетики ГУ НИИ медицинской генетики Томского научного центра Сибирского отделения РАМН, г. Томск

Научный руководитель: академик РАМН,

доктор медицинских наук, профессор Пузырёв Валерий Павлович

Официальные оппоненты: доктор медицинских наук, профессор

Назаренко Людмила Павловна

кандидат медицинских наук Цимбалюк Игорь Владимирович

Ведущая организация: ГУ НИИ клинической иммунологии

СО РАМН, г. Новосибирск

Защита состоится октября 2004 г. в часов на заседании диссертационного совета К 001.045.01 при ГУ НИИ медицинской генетики Томского научного центра СО РАМН по адресу: 634050 г. Томск, Набережная р. Ушайки, 10

С диссертацией можно ознакомиться в библиотеке ГУ НИИ медицинской генетики ТНЦ СО РАМН, г. Томск.

Автореферат разослан « ШеШ

2004 г.

Ученый с е

диссертационного совета доктор биологических наук

А.Н. Кучер

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность проблемы.

Одним из самых распространенных инфекционных заболеваний в мире является туберкулез (ТБ). Ежегодно от этой инфекции умирает около 3 миллионов человек [Наскат et al., 1999]. С современной точки зрения ТБ, как и большинство инфекций, относится к мультифакториальным заболеваниям (МФЗ). В его распространении и развитии большую роль играют социальные факторы (перенаселенность, бедность, миграции), факторы внешней среды, свойства возбудителя (патогенность, резистентность к антибиотикам) и способность организма хозяина давать адекватный иммунный ответ на специфический патоген [Lienhardt, 2001; Tocque et al., 1999; Barnes, 2000].

Систематический контакт между человеком и возбудителем. ТБ возник примерно 5000 лет назад во время одомашнивания крупного рогатого скота [Сергиев и др., 2000]. С этого времени и по наши дни идет сочетанная эволюция как макро-, так и микроорганизма. У человека ТБ являлся одним из главных факторов естественного отбора, вызывая массовую смертность на протяжении длительного исторического периода [Сергиев и др., 2000; Пименов и др., 2003].

Проблемами эпидемиологии и иммуногенетики туберкулеза занимаются многие зарубежные и отечественные исследователи [Бикмаева и др., 2002; Хомен-ко, 1996; Пальцев, 2002; Сергиев и др., 2001; Краснов и др., 2002; Урсов, 2003, Abel et al, 2000; Bellamy; 1998; Hill, 1999; Wilkinson et al., 2000;]. Эволюция инфекционной патологии ставит все новые задачи перед практической медициной, в связи с чем возникает необходимость расширения и углубления фундаментальных исследований во многих областях биологии и медицины, касающихся изучения процессов в системе паразит-хозяин [Пименов и др., 2003]. Наряду с традиционными способами выявления и лечения больных ТБ необходим поиск новых методов диагностики, профилактики и терапии этого заболевания. Успех такого поиска будет зависеть от точности и полноты наших знаний о генетике, биохимических и физиологических свойствах возбудителя, с одной стороны, и механизмах протективного и патогенетического иммунного ответа хозяина, с другой. В последнем случае генетический контроль восприимчивости к возбудителю играет далеко не последнюю роль [Апт, 2001].

В настоящее время все большее внимание направлено на исследование генетических основ подверженности к ТБ, определение ассоциации полиморфизмов генов-кандидатов с заболеванием в различных популяциях, а также характеристике их функциональной значимости в развитии ТБ и его осложнений.

Достаточно обоснованными выглядят и перспективы практического применения подобных исследований. В первую очередь, на основании генотипирования лиц из группы риска, возможно более точное предсказание возникновения, течения заболевания и его возможного исхода. В дальнейшем, на базе таких исследований возможна разработка более совершенных методов профилактики и генотип-специфического лечения туберкулеза, разработка новых, более эффективных ДНК-вакцин и фармакологических препаратов [Hill, 2001; Kwiatkowski, 2000].

В России один из самых неблагополучных регионов по туберкулезу - Республика Тыва (Тува). Основные эпиде миолргические...Дйка2атели туберкулеза в

РОС. rvi.iuüA* I -

Республике в 3-3,5 раза выше, чем в среднем по РФ [Матракшин, 2002; Ондар, 2003]. Такое различие эпидемиологических показателей может свидетельствовать о возможном существовании у тувинцев определенного генетического фона, способствующего развитию ТБ. Изучение генетической подверженности к туберкулезу у тувинцев может привести к пониманию причин столь высокой распространенности туберкулеза в Республики Тыва, являющейся теоретически «идеальной» популяцией для картирования генов МФЗ [Пузырёв, 2003].

Цель исследования: Изучить популяционную распространенность полиморфных вариантов генов-кандидатов подверженности к туберкулезу, их патогенетическую значимость в развитии заболевания и его клинических проявлений у тувинцев.

Задачи исследования;

1. Оценить частоты аллелей и генотипов по маркерам генов-кандидатов подверженности к туберкулезу: ген макрофагального белка, ассоциированного с естественной резистентностью (NRAMP1), рецептора к витамину Б (VDR), домена В интерлейкина 12 (IL12B), домена В интерлейкина 1 (ЫЩ), антагониста рецептора к интерлейкину 1 (IL1RN) у коренного населения Республики Тыва.

2. Изучить гаметическое неравновесие по аллельным вариантам исследуемых генов в тувинской популяции.

3. Изучить связь полиморфизма генов NRAMP1, VDR, IL12B, ЛШ и 1L1RN с туберкулезом и его отдельными клиническими формами (инфильтративная, дис-семинированная, фиброзно-кавернозная) у тувинцев.

4. Изучить ассоциации полиморфных вариантов исследуемых генов с качественными и количественными патогенетически значимыми для туберкулеза признаками у больных.

Научная новизна.

Получены новые знания об особенностях структуры генофонда коренного населения Республики Тыва по генам NRAMP1, VDR, IL12B, и IL1RN. Впервые изучено влияние полиморфных вариантов комплекса генов-кандидатов подверженности к туберкулезу на развитие различных клинических форм заболевания. Выявлена ассоциация полиморфизма 1465-850/Л гена NRAMP1 с туберкулезом у тувинцев. Впервые оценена роль генов NRAMP1, VDR, IL12B, ЛШ и IL1RN в изменчивости комплекса качественных и количественных, патогенетически значимых при туберкулезе признаков. Установлена связь изученных полиморфизмов генов NRAMP1, VDR и IL1RNс клиническими проявлениями туберкулеза.

Практическая значимость:

Полученная информация о полиморфизме генов-кандидатов подверженности к туберкулезу у тувинцев может быть использована в эволюционной геноми-ке для анализа структуры генофондов мирового народонаселения и создания ге-ногеографических карт, а также в генетической эпидемиологии инфекционных заболеваний. Сведения о вкладе полиморфных вариантов генов-кандидатов подверженности к туберкулезу в изменчивость патогенетически значимых при туберкулезе признаков, и формирование клинического полиморфизма заболевания могут быть учтены при формировании групп риска и организации профилактических мероприятий.

Положения, выносимые на защиту;

1. Тувинский этнос по сравнению с другими народами мира характеризуется своеобразием частот аллелей генов-кандидатов подверженности к туберкулезу: рецептора к витамину D (УБЯ), макрофагального белка, ассоциированного с естественной резистентностью (ЫЯАМР!), домена В интерлейкина12 (1Ь12Б), домена В интерлейкина 1 (1Ь1Б), антагониста рецептора к интерлейккину 1 (1Ь1КЫ).

2. Тувинский генофонд характеризуется низким уровнем генной дифференциации по исследованным аллельным вариантам, неравновесием по сцеплению между маркерами гена ЫЯАМР1 и гаметическим неравновесием между аллелями генов, расположенных на разных хромосомах (ЫЯАМР1 и 1Ь12Б, 1Ь1Б и УБК).

3. Изученные аллели генов ЫЯАМР1, УБЯ, 1Ь12Б, 1Ь1Б и 1Ь1ЯЫне вносят существенного вклада в развитие конечного фенотипа - туберкулеза.

4. Изменчивость генов ЫЯАМР1, УБЯ, 1Ь1КЫ является одним из факторов формирования клинического полиморфизма эндофенотипов туберкулеза, оказывая влияние на варьирование количественных и качественных, патогенетически значимых для заболевания, признаков.

5. Аллельные варианты D543N, 274С/Т, 469+^/С гена ЫЯАМР1, F/f и В/Ь гена УБЯ, VNTR полиморфизм гена 1Ь1ЯЫ могут служить маркерами особенностей клинического течения туберкулеза.

Апробация работы; Основные материалы диссертационной работы доложены и обсуждены на межлабораторных научных семинарах ГУ НИИ медицинской генетики ТНЦ СО РАМН (Томск, 2002, 2004), VI научной конференции «Генетика человека и патология» (Томск, 2002), научно-практической конференции «Актуальные проблемы сохранения здоровья населения Республики Тыва» (Кызыл, 2003), II межрегиональной научно-практической конференции «Клинические аспекты использования молекулярно-биологической диагностики в медицине» (Новосибирск, 2003), 13 Национальном конгрессе по болезням органов дыхания (Санкт-Петербург, 2003). Результаты работы были отмечены дипломом лауреата II степени и премией им. С.П. Карпова на конкурсе научных работ (Томск, 2004), дипломом III степени на конкурсе молодых ученых 13 Национального конгресса по болезням органов дыхания (Санкт-Петербург, 2003).

Публикации. По теме диссертации опубликовано 17 работ.

Структура и объем диссертации: Диссертационная работа изложена на 123 страницах машинописного текста и состоит из введения, обзора литературы, описания материалов и методов исследования, собственных результатов и их обсуждения, заключения и выводов. Данные проиллюстрированы 10 рисунками, 18 таблицами. Библиографический указатель включает 177 источников, из них 58 работ отечественных авторов.

МАТЕРИАЛ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ

Материалом для исследования послужила ДНК тувинцев, больных различными формами ТБ. Набор материала производился в ходе экспедиции в Республику Тыва в мае 2002 г., при участии сотрудников Многопрофильной научной лаборатории по медико-биологическим проблемам при МЗ Республики Тыва (руководитель - к.м.н. Ондар Э.А.).

Диагноз туберкулеза легких устанавливался на основании данных микроскопии мокроты с обязательным рентгенологическим исследованием легких для определения формы заболевания и распространенности специфического процесса (общепринятые методы). Всего обследовано 238 взрослых пациентов, из них - 117 человек (49,2 %) - женщины и 121 - мужчины (50,8 %) в возрасте от 15 до 72 лет (средний возраст 33,4± 12,9). Для всех больных на основании анализа историй болезней был проведен тщательный сбор клинико-генеалогических данных. Контрольную выборку составили тувинцы, не болевшие ТБ по анамнестическим данным (п=263), из них 201 человек (76,4 %) был мужского пола и 62 - женского (23,6 %), в возрасте от 19 до 67 лет (средний возраст 33,1±8,5).

Представители контрольной выборки и больные имели различные места рождения, охватывающие территорию практически всей Республики Тыва. Учитывая характерную для населения республики территориальную дифференциацию, в том числе и по молекулярно-генетическим маркерам [Кучер и др., 2003], выборки были поделены на три группы по местам рождения: западная группа (Барун-Хемчинский, Бай-Тайгинский, Дзун-Хемчинский, Сут-Хольский районы); центральная группа (Каа-Хемский, Кызыльский, Пий-Хемский, Тандынский, Улуг-Хемский, Чеди-Хольский районы) и южная группа (Монгун-Тайгинский, Овьюрский, Тес-Хемский, Эрзинский районы). Представители восточных районов Тувы в связи с малочисленностью выборки в расчетах не использованы.

Для проведения межпопуляционного сравнения частот аллелей и генотипов по исследованным маркерам использовали ДНК практически здоровых жителей г. Томска, не болевших туберкулезом по анамнестическим данным (n=127), из банка ДНК ГУ НИИ медицинской генетики ТНЦ СО РАМН.

Всего исследовано 9 полиморфных вариантов 5 генов-кандидатов подверженности к туберкулезу: 4 полиморфизма гена NRAMP1 (469+14G/C, 274С/Т, 1465-85G/A, D543N); 2 полиморфных варианта гена VDR (F/f, B/b); полиморфизм 1188А/С гена IL12B; VNTR полиморфизм гена ILIRNИ полиморфизм +3953А1/А2 гена IL1B (табл. 1). Генотипирование осуществляли с помощью ПДРФ-анализа продуктов полимеразной цепной реакции (ПЦР), используя описанную в литературе структуру праймеров и соответствующие ферменты рестрикции.

Распределения генотипов по исследованным полиморфным локусам проверяли на соответствие ожидаемым при равновесии Харди-Вайнберга (РХВ) с помощью точного теста Фишера [Вейр, 1995]. Для сравнения частот аллелей между различными группами использовали критерий с поправкой Йейтса на непрерывность. Оценку степени подразделенности популяции проводили с помощью коэффициента генной дифференциации, или статистики Gst [Nei, 1975]. Расчеты гаметического неравновесия между парами аллельных вариантов исследованных генов производили по Хилл [Hill, 1974].

Для анализа ассоциации маркеров исследуемых генов с туберкулезом, а также качественными, патогенетически значимыми признаками, использовали критерий Пирсона с поправкой Йейтса на непрерывность при числе степеней свободы, равном 1, или точный тест Фишера-Ирвина при ожидаемом числе значений хотя бы в одной из ячеек таблицы сопряженности менее 5. Для анализа ассоциации маркеров исследуемых генов с количественными, патогенетически зна-

Ген Полиморфизм Локализация в гене Фермент рестрикции Литература

NRAMP1 274С/Т Экзон 3 МпП. Liu J. etal., 1995

469+14G/C Интрон 4 Ара\

1465-85 G/A Интрон 13 Bsell

D543N Экзон 15 Bmel8\

VDR F/f 5' Fok\ Wilkinson et al., 2000

В/Ь 3' Bsm\ (Peil)

IL12B 1188А/С З'-UTR Tagl Hall etal., 2000

IL1B (+3953)А1/А2 Экзон 5 Taq\ Wilkinson et. al., 1999

IL1RN VNTR Интрон 2 - Tarlow et al., 1993

чимыми для ТБ признаками, проводили сравнение средних значений уровней метрических показателей у носителей разных генотипов с помощью непараметрических тестов Манна-Уитни и Краскела-Уоллиса [Лакин, 1990].

РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ

Популяционные особенности полиморфизма исследованных генов МЯЛМР1, УБЯ, 1Ь12Б, 1Ь1Б, Т£1£Му населения Республики Тыва

Для большинства изученных полиморфных вариантов в контрольной выборке распределение генотипов соответствовало ожидаемому при равновесии Харди-Вайнберга (РХВ) (табл. 2). Отклонение было показано лишь для варианта В/Ь гена ГВК (х2:=6,67, р<0,01) за счет избытка гетерозигот — наблюдаемая и ожидаемая гетерозиготность составили соответственно 0,335 и 0,289.

При разделении контрольной выборки на группы по местам рождения (западные, центральные и южные тувинцы), отклонение от РХВ было выявлено для полиморфных вариантов 274С/Г теъаЫКАМР! (х2==4,24, р<0,05) и В/Ь гена УБЯ (х2^5,83, р<0,05) в группе западных тувинцев за счет недостатка и избытка гетерозигот соответственно; и для полиморфизма Б543К у центральных тувинцев (х2:=4,94, р<0,05) за счет недостатка гетерозигот. Уровни наблюдаемой и ожидаемой гетерозиготности составили соответственно у западных тувинцев по варианту 274С/Т - 0,152 и 0,194, по варианту В/Ь - 0,402 и 0,321, а у центральных - по полиморфизму Б543К - 0,183 и 0,228. Сравнение частот аллелей и генотипов УЫТЯ полиморфизма гена 1Ь1ЕЖ в различных территориальных группах не проводилось в связи с большим количеством аллелей и низкой частотой альтернативных вариантов.

Из исследуемых генов наиболее изученным в мире при туберкулезе являются NRAMP1 и 1Ь12В, менее - гены УЬЯ, 1Ь1В и 1Ь1ЕЫ. Частоты аллелей изученных полиморфизмов у тувинцев имели статистически значимые различия по всем маркерам в сравнении с другими популяциями мира. Частоты аллелей 469+140, 1465-850 и 274С гена NRAMP1 у тувинцев оказались статистически значимо выше, а аллеля 543Б - ниже, чем в сравниваемых популяциях (рис. 1, табл. 3).

Таблица 2.

Распределение генотипов и частот аллелей исследованных полиморфных вариантов в контрольной выборке тувинцев.

Ген Полиморфизм Генотипы N.O. N.E. Частота аллели x2 (d.f.) hobs+±s.e. Iwts.e. D

NRAAfPl 469+14 в/С GG GC СС 224 36 3 222,68 38,65 1,68 G=0,920 1,233 (1) hobs=0.'37±0,021 ^=0,146+0,020 -0,068

274С/Т СС СТ ТТ 207 49 7 203,77 55,45 3,77 C=0,880 3,563 (1) hobs=0,l 86 ±0,024 1^=0,21110,021 -0,116

1465-85 в/А GG GA АА 162 88 13 161,35 89,29 12,35 G=0,783 0,039 (1) hobs=0,335 ±0,029 hexP=0,339±0,020 - 0,012

0543Ы DD DN NN 198 57 8 195,07 62,87 5,07 D=0,861 2,199 (1) hobs=0,217 ±0,025 hexp=0,239±0,022 -0,093

VDR Р/Г FF Ff ff 148 98 17 147,56 98,87 16,56 F=0,749 0,021 (1) hobs=0,373 ±0,030 hexp=0,376±0,019 -0,009

в/ь ВВ Bb bb 2 88 173 8,05 75,91 179,05 b=0,825 6,673* (0 1^=0,335 ±0,029 hexP=0 Д 89±0,021 + 0,159

IL12B ■ 1188 А/С АА AC СС 104 119 40 101,64 123,71 37,64 A=0,622 0,382 (1) hote=0,452 ±0,029 htxP=0,470±0,028 - 0,038

IL1B + 3953 А1/А2 А1А1 А1А2 А2А2 197 61 5 196,79 61,42 4,79 Al=0,865 0,012 (1) 1^=0,232 ±0,026 Ь<.Хр=0,234«,022 -0,007

IL1RN- УШИ А1А1 A1A2 A1A3 A1A4 A2A2 A2A3 A2A4 A3 A3 A3A4 A4A4 190 31 5 29 1 0 3 1 0 2 188,96 30,57 5,94 30,57 1,024 0,48 2,47 0,05 0,48 1,24 A 1=0,849 A2=0,069 A3 =0,013 A4=0,069 21,268 (6) hobs=0,259 ±0,027 Ь,.Хр=0Д69±0,025 - 0,036

Примечание. N.0. и№Е, - наблюдаемая и ожидаемая численность генотипов; критерий у? использован для оценки соответствия наблюдаемого распределения генотипов ожидаемому при равновесии Харди-Вайнберга; - число степеней свободы; ЬоъД^.е. и Ьехр±8.е. - соответственно наблюдаемая и ожидаемая гетерози-готность с ошибкой; Б - относительное отклонение наблюдаемой гетерозиготно-сти от ожидаемой.

Рис. 1. Частоты аллелей полиморфизмов генов NRAMP1, VDR, IL12B, а1Ш в контрольной выборке Республики

Тыва и в других популяциях мирового народонаселения.

Значения % при сравнении частот аллелей гена ЫЯАМР1 у тувинцев

Полиморфизм Этнические группы

русские гамбийцы колумбийцы корейцы японцы

469+14С/А 23,734*** 0,769 69,936*** - -

0543И 17,013*** 30,347*** 12,903*** 8,301** 11,588***

1465-85С/А 4,310* - - - -

274С/Т 15,982*** 49,611*** - - -

Примечание. * - р<0,05, **- р<0,01, ***р<0,001

Частота аллеля Б (полиморфизм БД) гена УБЯ у тувинцев оказалась ниже по сравнению с индийцами Хинду и Гуджарата, проживающими в Лондоне, однако это различие оказалось статистически не значимым (%2==2,61 р=0,11). Частота предположительного ассоциированного с ТБ аллеля Ь гена УОК (полиморфизм В/Ь) у тувинцев выше по сравнению с гамбийцами, индийцами Лондона и Калькутты (соответственно х2=39,45, х2=30,59 и х2=29,74; во всех случаях р=0,0001). Если у индийцев и гамбийцев частота аллеля Ь была примерно на одном уровне -0,6-0,65, то у тувинцев она составила 0,83 (рис. 1).

Частота аллеля 1188А гена 1Ы2В у тувинцев ниже, чем в других популяци-

ях, использовавшихся для сравнения: значения % при сравнении с русскими, греками и англичанами составило соответственно 17,03, 25,03 и 58,44 (р=0,0001 во всех случаях). Не выявлено статистически значимого различия лишь при сравнении с камерунцами (х2;=0,00,р=0,978) (рис. 1).

Частота аллеля +3953А2 гена 1Ь1В, ассоциированного с пониженной экспрессией 1Ь-1, у тувинцев достоверно ниже, чем у индийцев Лондона (х2=5,57, р=0,02). Для УЫТК полиморфизма гена 1Ь1КЫ известны шесть аллелей, обусловленных повтором участка длиной 86 п.о. от одного до шести раз. В исследованной выборке тувинцев было обнаружено только 4 аллеля (А1, А2, А3, А4). При этом аллель А2, ассоциированный с повышенной экспрессией рецепторного антагониста 1Ь-1, встречен с такой же частотой, как и А4, и в целом реже, чем в других популяциях (рис. 1).

Генетическая дифференциация на уровне аллельных частот в пределах сравниваемых по местам рождения трех групп тувинцев контрольной выборки оказалась низкой, как для каждого полиморфизма, так и для совокупности изученных аллельных вариантов. Генетическое разнообразие среди изученных групп было минимальным по варианту 469+14в/С (0,152) и наибольшим по варианту 1188А/С (0,465). Наибольшее различие в частоте распространения изученных полиморфизмов было показано для варианта гена 1188А/С (х2=7,679), где коэффициент генной дифференциации составил 1,4% (табл. 4).

При этом следует отметить, что в целом полученные значения оказались значительно ниже коэффициентов генной дифференциации тувинских популяций по «классическим» маркерам, А1и-инсерциям и аутосомным микросателлитам [Кучер и др., 2003] (табл. 4). Столь низкие значения вэт могут быть обусловлены действием отбора, так как используемые в исследовании маркеры «отобраны» как

гены-кандидаты подверженности к туберкулезу и, следовательно, не являются селективно нейтральными.

Таблица 4.

Показатели генного разнообразия у здоровых жителей Республики Тыва.

Полиморфизм н, н, бет X2 гомогенности (&£)

0543Ы 0,236 0,236 0,001 0,445 (2)

469+Нв/С 0,153 0,153 0,002 1,026 (2)

274С/Т 0,213 0,213 0,001 0,383 (2)

1465-85С/А 0,337 0,337 0,002 0,873 (2)

0,369 0,370 0,004 2,134(2)

В/Ь 0,291 0,291 0,002 1,083 (2)

1188А/С 0,465 0,472 0,014 7,679* (2)

+3953 А1/А2 0,221 0,222 0,003 0,872 (2)

У 0,285 0,267 0,005 14,494(16)

* "«Классические» маркеры (9 локусов) 0,007 -

"Полиморфизм Л/м-инсерций (5 локусов) 0,014 -

** Аутосомные микросателлиты (9локусов) 0,027 -

Примечание. Н4 — генетическое разнообразие внутри субпопуляций; Н, — общее генетическое разнообразие; Сзт - коэффициент генной дифференциации; х2 — гетерогенность по частотам аллелей; - число степеней свободы; * р<0,05; ** -По данным литературы [Кучер и др., 2003].

В контрольной выборке неродственных индивидов были произведены расчеты гаметического неравновесия по Хилл между парами аллельных вариантов исследованных генов. Показано, что в неравновесии по сцеплению находятся четыре пары полиморфных вариантов гена ЫЯАМР1: 469+14G/C и 274С/Т, 469+140^ и 1465-85G/A, 274С/Т и 1465-85G/A, D543N и 1465-85G/A; в гамети-ческом неравновесии - полиморфизмы 1188А/С гена 1Ь12Б и D543N (NRAMP1), а также вариант +3953А1/А2 гена ГЬШ с полиморфизмом В/Ь гена VDR (табл. 5).

Исследуемые гены расположены на разных хромосомах: гены NRAMP1, 1Ь1Е и IL1RN на длинном плече второй хромосомы, ген VDR на двенадцатой, а ген Л12Б на пятой хромосоме. Во всех случаях неравновесия по сцеплению между полиморфными вариантами гена NRAMP1 в фазе притяжения оказались часто встречающиеся аллели. Для 469+14G/C и 274С/Т мера гаметического неравновесия оказалась равной (+0,052), для 469+^^ и 1465-85G/A (+0,047), для 274С/Т и 1465-85G/A (+0,070) и для D543N и 1465-85G/A (+0,046) (табл. 5). Таким образом, можно говорить о формировании группы сцепления.

Кроме этого, в фазе притяжения оказались часто встречающиеся аллели полиморфизмов +3953А1/А2 гена и В/Ь гена VDR (+0,027), гены расположены соответственно на второй и двенадцатой хромосомах.

Гаметическое неравновесие между парами исследованных полиморфизмов в контрольной выборке тувинцев

Полиморфизм 469+14С/С 274С/Т 1465-85 в/А Б543Ы 1188А/С М В/Ь 1ЫВ +3953А1/А2 1ЫШ УЫТЯ

469+140/С - 0,052 0,047 0,004 - 0,004 - 0,000 - 0,001 0,001 0,002

274С/Т 92,875 - 0,070 0,001 - 0,005 - 0,004 0,007 0,001 0,010

1465-85 в/А 46,722 72,397 - 0,046 -0,021 -0,018 - 0,002 0,005 0,009

Б543М 0,391 0,012 27,858 - - 0,021 - 0,007 0,005 0,001 - 0,092

1188АУС 0,227 0,307 2,847 3,997 - 0,002 -0,011 0,002 0,001

т 0,000 0,210 2,658 0,595 0,025 - 0,009 0,005 0,003

в/ь 0,055 0,977 0,041 0,357 0,939 0,701 - 0,027 0,008

+3953А1/А2 0,055 0,060 0,320 0,005 0,056 0,343 11,482 - - 0,002

0,150 3,094 1,741 2,500 0,012 0,134 1,556 0,141 -

Примечание. Указаны значения меры гаметического неравновесия по Хилл (над центральной диагональю) и соответствующего уровня х2 для теста на неравновесие по сцеплению (под диагональю). Выделены величины, для которых достигнутый уровень значимости составил 5% и менее.

Поскольку аллели исследуемых генов не являются селективно нейтральными, участвуя в процессах антибактериального иммунитета как при ТБ, так и при других инфекционных заболеваниях, можно предположить, что, вероятно, именно отбор привел к образованию выявленных пар гаметического неравновесия. Возможно, что действие отбора в различных климатогеографических условиях и под прессингом разных инфекционных заболеваний привело и к тем межпопуляцион-ным различиям в формировании неравновесия по сцеплению, которые обнаружены между русскими жителями г. Томска и тувинцами [Пузырёв и др., 2002].

Анализ ассоциации полиморфизмов генов МЯЛМР1, УОЯ, 1Ь12Б, 1Ь1Б, 1Ь1ЯМ с туберкулезом и его клиническими формами

У больных в общей выборке отклонение от РХВ было выявлено для двух полиморфных вариантов 1465-85С/А (^==7,86, р<0,01) и Б543К (^=4,80, р<0,05) гена NRAMP1 за счет пониженного количества гетерозигот в обоих случаях. При этом, для обоих полиморфизмов наблюдаемое количество гомозигот по неблагоприятным аллелям (АА для 1465-85в/Л и NN для Б543^) превышало ожидаемое практически в два раза. По отдельным формам ТБ ни для одного из полиморфизмов гена NRAMP1 отклонение от РХВ не выявлено.

Для гена УБЯ отклонение от РХВ было показано для обоих изученных полиморфизмов в общей группе больных (х2=7,93, р<0,01 и Х/=5,10, р<0,05, соответственно для Б/Г и В/Ь); у больных инфилыративным ТБ (х =5,01, р<0,05 и Х2==6,94, р<0,01, соответственно для БД и В/Ь), и по варианту Б/Гдля больных фиброзно-кавернозным ТБ (х2=4,42, р<0,05). Во всех случаях отклонения были за счет повышенной гетерозиготности. Для полиморфизмов генов Д1В, IL1RN и Д12В отклонение от РХВ не показано ни для одной из исследованных групп больных.

При сравнении распределений генотипов и частот аллелей в выборках больных и здоровых лиц статистически значимых различий не было показано ни по одному из полиморфизмов, как при сравнении общей выборки больных с контролем, так и для отдельных форм ТБ. При сравнении распределений генотипов и частот аллелей между больными и здоровыми, разделенными на группы по районам рождения (западные, центральные, южные), статистически значимые отличия выявлены лишь у тувинцев центральных районов по варианту 1465-85С/А гена ИРАМР! как для общей выборки больных (х2=6,40, р=0,04), так и при ин-фильтративной форме ТБ (х2=6,31, р=0,04). Ассоциация в обоих случаях обусловлена более высоким количеством гомозигот АА у больных по сравнению с контролем (рис. 2). Ассоциацию с заболеванием полиморфизма 1465-85в/Л гена NRAMP1 подтверждает и выявленное в выборке больных отклонение наблюдаемого распределения генотипов от ожидаемого при РХВ.

Как и в контрольной выборке, у больных было проведено определение наличия генетической подразделенности исследованных локусов между тремя группами районов Республики Тыва (центральные, южные и западные) (табл. 6). Генетическое разнообразие среди изученных групп было, как и в контроле, минимальным по варианту 469+14в/С (0,140) и максимальным по варианту 1188А/С (0,478). Наибольшее различие в частоте распространения изученных полиморфизмов было показано для варианта 1465-85в/Л гена NRAMP1, однако коэффициент генной

Рис. 2. Ассоциация полиморфизма 1465-85G/A с туберкулезом и инфильтративной формой заболевания у тувинцев центральных районов.

Таблица 6.

Показатели генного разнообразия у больных, поделенных на различные

Локус н5 н, бет X2 гомогенности (cl.fl)

0543Ы 0,193 0,193 0,000 0,020 (2)

469+14С/С 0,140 0,140 0,005 1,216(2)

274С/Т 0,177 0,178 0,002 0,854 (2)

1465-850/А 0,313 0,315 0,006 2,196 (2)

¥/{ 0,371 0,372 0,004 0,972 (2)

В/Ь 0,300 0,300 0,002 0,416(2)

1188А/С 0,478 0,479 0,001 0,660 (2)

+3953 А1/А2 0,179 0,180 0,003 1,573 (2)

I 0,269 0,270 0,003 7,906(16)

Примечание. Обозначения см. табл. 4.

дифференциации составил лишь 0,6%, и, кроме того, гетерогенность оказалось статистически не значимой (х2;-2,20).

Как и в контроле, значения Озт у больных оказались в целом низкими. Возможно, это связано с действием естественного отбора, хотя данное предположение нуждается в подтверждении, особенно учитывая приведенные данные о раз-нонаправленности колебаний численности генотипов у тувинцев разных географических районов, что противоречит этой гипотезе.

Анализ гаметического неравновесия между всеми исследованными полиморфными вариантами у больных ТБ показал некоторую особенность неравновесия по сцеплению у больных по сравнению с контрольной группой. Показано, что, как и в контроле, у больных в неравновесии по сцеплению находятся те же

четыре пары полиморфных вариантов гена NRAMP1: 469+14G/C и 274С/Т, 469+14G/C и 1465-85G/A 274С/Т и 1465-85G/A, D543N и 1465-85G/A Однако, в отличие от контрольной выборки, не выявлено связи полиморфизма 1188А/С гена 1L12B с полиморфизмом D543N гена NRAMP1, а вариант +3953А1/А2 гена IL1B находится в гаметическом неравновесии с полиморфизмом F/f, а не В/b гена VDR. Во всех случаях часто встречающиеся аллели оказались в фазе притяжения: для 469+14G/C и 274С/Т мера гаметического неравновесия оказалась равной (+0,052), для 469+14G/C и 1465-85G/A (+0,050), для 274С/Т и 1465-85G/A (+0,065), для D543N и 1465-85G/A (+0,046), и для вариантов IL1B +3953А1/А2 и F/f (+0,029).

Выявленные различия формирования пар гаметического неравновесия по исследованным полиморфизмам при сравнении больных с контролем, вероятно, обусловлены патогенетической значимостью сочетаний полиморфных вариантов при ТБ. Определенные сочетания аллельных вариантов могут обладать адаптивным преимуществом, и их разрушение вследствие кроссинговера может частично повышать риск развития ТБ.

В целом, у тувинцев из всех девяти исследуемых полиморфизмов генов-кандидатов подверженности к ТБ, ассоциация с заболеванием выявлена лишь для одного - 1465-85G/A гена NRAMP1. Несмотря на высокую распространенность ТБ в Республике Тыва, вклад полиморфизма изученных генов в развитие этого заболевания у тувинцев, вероятно, незначителен.

Ассоциация изученных полиморфизмов с патогенетически значимыми для

туберкулеза признаками.

Большинство исследований генетической предрасположенности к ТБ фокусируются на простых клинических фенотипах, таких как сравнение больных со здоровыми. Изучение более тонких клинических фенотипов (эндофенотипов) могло бы открыть важные аспекты иммуногенетики [Casanova et al., 2002].

Использованные в исследовании гены и их полиморфизмы, помимо ассоциаций с ТБ и его отдельными клиническими формами, могут быть ассоциированы и с конкретными патогенетически значимыми при этом заболевании качественными и количественными признаками. Взятые для анализа в настоящем исследовании признаки являются переменными, определяющими особенности физиологии организма, связанные с патологическим состоянием — туберкулезом. Исходя из анализа литературы, нами впервые проведен поиск ассоциаций полиморфизмов изучаемых генов-кандидатов подверженности к ТБ с отобранными для исследования качественными и количественными признаками.

Среди количественных признаков были проанализированы параметры общего анализа крови: уровень гемоглобина, количество эритроцитов, лейкоцитов с расшифровкой лейкоцитарной формулы (эозинофилы, базофилы, палочкоядер-ные, сегментоядерные, лимфоциты и моноциты), скорость оседания эритроцитов (СОЭ); параметры биохимического анализа крови: количество общего белка, ала-нинаминотрансферазы (АЛТ), креатинина, тимоловая проба.

Как качественные признаки использованы рентгенологические характеристики: количество пораженных легких (одно или два), объем поражения одного легкого при одностороннем процессе, структура инфильтрации, гомогенность

инфильтрата, размеры очагов инфильтрации, наличие пневмофиброза, поражение корня легкого, поражение плевры, наличие деструкции легочной ткани, количество и размеры полостей распада. Кроме того, проанализировано наличие или отсутствие бактериовыделения и отдельно был выделен признак «тяжесть процесса», разделенный на три категории: тяжелая, средняя и легкая степень.

Таблица 7.

Средние значения (±S.E.) количественных признаков у носителей разных _генотипов исследованных полиморфизмов.__

Ген Полиморфизм Признак Генотипы Р

/ША/РУ 469+14/С СО СС+СС

Эозинофилы (%) 3,33±0,34 п=87 4,75±1,06 п=12 0,038

274С/Т сс СТ+ТТ

Гемоглобин (г/л) 128,32+1,58 п=186 121,16±3,20 п=44 0,042

Лейкоциты (х109/л) 7,45±0,23 п=186 8,48±0,59 п=44 0,048

0543Ы БО ОЫ+№«1

Сегменто-адерные (%) 61,45±1,11 п=116 67,4312,09 п=28 0,024

Моноциты (%) 5,16±0,47 п=90 3,22±0,68 п=18 0,006

УБЯ В/Ь ЬЬ ВЬ+ВВ

Палочко-ядерные (%) 3,59±0,34 п=53 6,17±1,21 п=30 0,021

И1Ш УШИ -А2 + А2

соэ (мм/ч) 27,70±1,41 п=194 36,31 ±3,64 п=35 0,028

Сегменто-ядерные (%) 61,46±1,07 п=125 70,21 ±2,06 п=19 0,002

Лимфоциты (%) 29,54±1,04 п= 125 22,53±2,06 п=19 0,017

Тимоловая проба (ед.) 6,03±0,49 п=40 3,59±0,75 п=6 0,047

Примечание. В скобках указаны единицы измерения, п - объемы выборок, р -достигнутый уровень значимости для теста Манна-Уитни.

Ассоциации с количественными фенотипами обнаружены для трех полиморфизмов гена НЯАЫР1: аллель 543К связан с увеличением доли сегментоядер-ных лейкоцитов и снижением моноцитов, 469+14С - с повышенной долей эозино-филов, 274Т - с понижением количества гемоглобина и повышением лейкоцитов; для полиморфизма В/Ь гена УБЯ - аллель Ь оказался связан со снижением доли

палочкоядерных лейкоцитов (табл. 7). Наибольшее количество ассоциаций с количественными признаками проявил УЫТЯ полиморфизм гена 1Ь1ЯЫ: аллель А2+ ассоциирован с повышением СОЭ, увеличением доли сегментоядерных лейкоцитов, снижением лимфоцитов, и снижением значений тимоловой пробы (табл.7). Выявленные изменения количественных признаков при УЫТЯ полиморфизме являются провоспалительными, хотя эффект кодируемого геном 1Ь1КЫ белка, чья экспрессия усиливается при наличии аллеля А2+, является противовоспалительным. Такое противоречие может быть обусловлено неравновесием по сцеплению между аллелем А2+УКТЯ полиморфизма гена 1Ь1КЫ и полиморфными вариантами близко расположенного гена 1Ь1Б, «перекрывающими» эффект 1Ь1ЯИ.

Таблица 8.

Частоты генотипов в группах, различающихся по качественным

_клиническим признакам туберкулеза__

Ген Полиморфизм Признак Характеристика Генотип Р*

ОБ ОХ+ГГС*

ИЯАМР1 0543Ы Степень тяжести Тяжелая Средняя, Легкая 53 78 10 3 29 0 0,001

Размеры очага инфильтрации РЕ РГ+1Г

М Большой. Маленький 31 24 15 30 0,022

ЮЯ Размер полостей Большие Средние Маленькие 43 31 7 33 21 18 0,020

ьь вь+вв

В/Ь Размер полостей Большие Средние Маленькие 40 30 21 35 22 5 0,039

Деструкция + 95 43 64 12 0,014

-А2 +А2

1ЫШ УЫТЯ Деструкция + 128 32 0,011

- 52 3

Примечание. * - Достигнутый уровень значимости для теста х2 или точного теста Фишера.

При изучении ассоциаций с патогенетически важными для ТБ качественными признаками были выявлены следующие связи: аллеля 543К гена НЯЛМР1 — со средней степенью тяжести процесса; аллеля Г гена УБЯ — с небольшими размерами очагов инфильтрации и полостей распада; аллеля Ь гена УБЯ - с деструкцией легочной ткани и малыми размерами полостей распада; аллеля А2+ УОТЯ полиморфизма гена 1Ь1ЯИ — с деструкцией легочной ткани (табл. 8). Все выявлен-

ные ассоциации объяснимы с точки зрения функциональной значимости генов при туберкулезной инфекции и их влияния на иммунный ответ.

В целом, выявлены ассоциации для полиморфных вариантов трех из пяти исследованных генов. При этом ген NRAMP1 проявил связь с гематологическими показателями, ген УБЕ ассоциирован, главным образом, с рентгенологическими показателями, а ген 1Ь1ЕМ- и с рентгенологическими, и с гематологическими показателями.

Учитывая, что в проведенном исследовании не обнаружено генетической подразделенности выборки больных, а подбор генетических маркеров не являлся случайным и полиморфные варианты расположены в генах-кандидатах подверженности к ТБ, полученные ассоциации, вероятно, отражают генетическую основу особенностей клинического течения ТБ у тувинцев.

Проведение такого рода исследований выглядит перспективным как с научной, так и с практической точки зрения. Определение ассоциации полиморфных вариантов различных генов-кандидатов подверженности к ТБ с заболеванием и патогенетически значимыми для него признаками, дает возможность глубже проникнуть в основы патогенеза ТБ, выявить роль тех или иных факторов в развитии заболевания и полиморфизма его клинических проявлений. В дальнейшем необходимо продолжение исследования полиморфизма как генов, использовавшихся в настоящей работе, так и других маркеров на расширенных выборках больных различными формами ТБ. В будущем, полученные данные, вместе с результатами других исследований, могут лечь в основу создания генотип-специфичных алгоритмов прогнозирования течения и лечения ТБ.

ВЫВОДЫ

1. Тувинцы характеризуются высоким уровнем изменчивости по вариантам 1188А/С гена И12В (1188А=0,622), Б/Д гена УБЕ (Б=0,749) и 1465-850/Л гена NRAMP1 (1465-850=0,783), низким - по варианту 469+140/С гена NRAMP1 (469+140=0,920). Отклонения в распределении генотипов от равновесия Харди-Вайнберга выявлено в контроле для аллельного варианта В/Ь гена УDR, а у больных туберкулезом - по полиморфизмам 1465-850/Л и D543N гена NRAMP1, и Б/Ди В/Ь гена УDR.

2. Показана высокая специфичность в распределении частот аллелей изученных генов-кандидатов подверженности к туберкулезу у тувинцев, по сравнению с другими популяциями мирового народонаселения. Тувинцы характеризуются большей частотой аллелей Ь (гена УDR), 274С и 1465-850 (NRAMP1) и меньшей распространенностью аллелей 1188А (И12В), D543 (NRAMP1), +3953Л2 (1Ь1В)

и Л2+(IL1RN).

3. Исследованные выборки тувинцев характеризуются низким уровнем генетической подразделенностн по изученным маркерам. Коэффициент генной дифференциации 0$т в контрольной выборке в среднем составил 0,5%, а у больных - 0,3%.

4. У больных и в контрольной выборке наблюдается неравновесие по сцеплению между полиморфизмами гена NRAMPI: (469+140/С и 274С/Т, 469+140/С и 1465-850/Л, 274С/Т и 1465-850/Л, D543N и 1465-850/Л); в гаметическом неравновесии в контрольной выборке находятся полиморфизмы 1188А/С гена

IL12B и Б543К гена NRAMP1, +39531А1/А2 гена и В/Ь гена VDR, а у больных - полиморфизмы +3953А1/А2 генаи Б/Д гена VDR.

5. Для варианта 1465-85С/А гена №ЯАМР1 определена ассоциация с туберкулезом (Х2;=6,395, р=0,041) и инфильтративной формой этого заболевания (х2=6,313, р=0,043) у тувинцев центральных районов.

6. Аллельные варианты 469+140/С, Б543^ 274С/Т гена NRAMP1 ассоциированы с тяжестью туберкулеза и гематологическими показателями (уровень гемоглобина, количество лейкоцитов, эозинофилов, моноцитов, сегментоядерных лейкоцитов); Б/Д и В/Ь гена VDR - с количеством палочкоядерных лейкоцитов и рентгенологическими показателями (размеры очагов инфильтрации, деструкция легочной ткани и размеры полостей распада); УЫТЯ полиморфизм гена IL1RN - с гематологическими показателями (количество сегментоядерных лейкоцитов, лимфоцитов, уровнем СОЭ) и с наличием деструкции легочной ткани.

7. Исследованные аллели генов NRAMP1, VDR, IL12B, ШШ и IL1RNу тувинцев в большей степени влияют на формирование эндофенотипов туберкулеза (характер острофазовых реакций, степени повреждения и деструкции легочной ткани), чем на конечный фенотип, то есть — заболевание в целом.

Список работ, опубликованных по теме диссертации

1. Рудко А.А., Фрейдин М.Б. Генетические основы подверженности к туберкулезу // Тихоокеанский медицинский журнал. - 2002. - №1(8). - С. 61-62.

2. Пузырёв В.П., Фрейдин М.Б., Рудко А.А., Стрелис А.К., Колоколова О.В. Исследование полиморфизмов генов NRAMP1 и Д12р40 у больных туберкулезом города Томска / "Проблемы инфекционной патологии в регионах Сибири, Дальнего востока и Крайнего Севера" Вторая научная конференция с международным участием / Новосибирск: ЦЭРИС, 2002. - С. 210-211.

3. Рудко А.А., Юн Н.Э., Колоколова О.В. Полиморфизм генов NRAMP1 и IL12Bу жителей Томска / Материалы 4-ой молодежной научной конференции СО РАМН "Фундаментальные и прикладные проблемы современной медицины"/ СО РАМН, Новосибирск, - 2002. - С. 103-105.

4. Пузырёв В.П., Фрейдин М.Б., Рудко А.А., Стрелис А.К., Колоколова О.В. Полиморфизм генов кандидатов подверженности к туберкулезу у славянского населения Сибири: пилотное исследование // Молекулярная биология. - 2002. -Т.36.-№5.-С. 788-791.

5. Пузырёв В.П., Стрелис А.К., Фрейдин М.Б., Рудко А.А., Колоколова О.В. Анализ взаимосвязи полиморфизмов генов NRAMP1 и Д12р40 с клиническим туберкулезом / Сборник тезисов научно-практической конференции «Новые технологии во фтизиатрии» / Томск, 2002. - С. 86-88.

6. Пузырёв В.П., Фрейдин М.Б., Рудко А.А., Стрелис А.К., Колоколова О.В. Анализ взаимосвязи полиморфных маркеров генов NRAMP1 и IL12p40 и туберкулеза // Медицинская генетика. - 2002. - Т. 1. - № 1. - С. 44-46.

7. Рудко А.А., Фрейдин М.Б. Генетика предрасположенности к туберкулезу / Генетика человека и патология: Сборник научных трудов / Под ред. В.П. Пузы-рёва. - Вып. 6. - Томск: «Печатная мануфактура», - 2002. - С. 170-176.

8. Рудко А.Л., Никитин Д.Ю., Фрейдин М.Б., Колоколова О.В., Помогаева А.П. Полиморфизм генов NRAMP1 и IL12B при туберкулезе и сальмонеллезе у жителей г. Томска / Генетика человека и патология: Сборник научных трудов / Под ред. В.П. Пузырёва. - Вып. 6. - Томск: «Печатная мануфактура», 2002. - С. 165-170.

9. Рудко А.А., Фрейдин М.Б., Никитин Д.Ю., Колоколова О.В., Стрелис А.К., Помогаева А.П., Гоздан Т.М. Исследование полиморфизма генов NRAMP1 и IL12B при туберкулезе и сальмонеллезе у жителей г. Томска // Медицинская генетика. - 2003. - Т.2. - №1. - С. 32-35.

10.Rudko A.A., Nikitin D.U., Freidin M.B., Kolokolova O.V. Polymorphism of NRAMP1 and IL12B genes in Russians with tuberculosis and salmonellosis // European Journal ofHuman Genetics. - 2003. - V.11. - Suppl.l. - P. 229.

11.Рудко А.А., Ондар Э.А., Фрейдин М.Б., Пузырёв В.П. Полиморфизм генов NRAMP1 и IL12B у больных туберкулезом и здоровых жителей Республики Тыва / Актуальные проблемы сохранения здоровья населения Республики Тыва / Под. ред. Ондар Э.А., Монгуш Р.Ш. - Вып. 3. - Кызыл, ТывГУ, - 2003. - С. 55-62.

12.Рудко А.А., Ондар Э. А., Фрейдин М.Б., Пузырёв В.П. Полиморфизм генов NRAMP1 и IL12B у больных туберкулезом Республики Тыва / Сборник Тезисов «Вопросы сохранения и развития здоровья населения Севера и Сибири» / Красноярск, - 2003. - С. 372-374.

13.Рудко А.А., Фрейдин М.Б., Пузырёв В.П., Колоколова О.В., Стрелис А.К., Он-дар Э.А., Никитин Д.Ю., Помогаева А.П., Генетические основы предрасположенности к развитию инфекционных заболеваний / Молекулярно-биологические технологии в медицинской практике / Под ред. А.Б. Масленникова. - Вып. 4.- Новосибирск: Альфа Виста, - 2003. - С. 166-173.

14.Рудко А.А., Фрейдин М.Б., Пузырёв В.П. Полиморфизм генов NRAMP1 и IL12B у больных туберкулезом Республики Тыва / Сборник тезисов 13-го национального конгресса по болезням органов дыхания / Санкт-Петербург, -2003. - С. 289.

15.Рудко А.А., Фрейдин М.Б., Колоколова О.В., Ондар Э.А., Стрелис А.К., Мат-ракшин А.Г., Пузырёв В.П. Полиморфизм генов-кандидатов туберкулеза NRAMP1 и IL12B в этнически дифференцированных популяциях Сибири / Тезисы Всероссийской научно-практической конференции «Современные достижения клинической генетики», Москва, 25-27 ноября 2003 г. / - Медицинская генетика. - 2003. - Т.2. - №10. - С. 439.

16.0ндар Э.А., Рудко А.А., Эрдениева Л.С., Матракшин А.Г., Месько Е.М., Стре-лис А.К. Социальные и генетические особенности распространения туберкулеза в Республике Тыва // Сибирский мед. журнал. - 2004. - №1. - С. 20-24.

17. Рудко А.А., Пузырёв В.П., Фрейдин М.Б., Ондар Э.А. Полиморфизм генов-кандидатов подверженности к туберкулезу у населения Республики Тыва / Сборник тезисов 3-го съезда генетиков и селекционеров России "Генетика в XXI веке: современное состояние и перспективы развития" / Москва. - 2004. - С. 93.

0 1 А й 9 5

Отпечатано в ООО «НИП», ул. Советская, 47, тел.: 53-14-70 тираж 150 экземпляров

Содержание диссертации, кандидата медицинских наук, Рудко, Алексей Анатольевич

Список сокращений

ВВЕДЕНИЕ.

Глава 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

1.1. Клинико-эпидемиологические сведения о значении наследственной подверженности к туберкулезу у человека.

1.2. Ассоциации генетических маркеров с подверженностью и резистентностью к туберкулезу (концепция генов-кандидатов).

1.3. Результаты анализа сцепления и полногеномного скрининга в исследовании наследственной компоненты подверженности к туберкулезу.

1.4. Геном возбудителя М. tuberculosis и особенности клинических проявлений туберкулеза у человека.

Введение Диссертация по биологии, на тему "Аллельные варианты генов подверженности туберкулезу у тувинцев"

В течение двадцатого века медицина достигла значительных успехов в борьбе с инфекционной патологией [Шевченко, 2000]. Однако, несмотря на это, инфекции ежегодно приводят к 16 млн. смертей, что составляет примерно треть от ежегодно умирающих в мире. Среди них наибольшее количество смертельных случаев приходится на острые респираторные заболевания - 4,4 млн. человек, туберкулез (ТБ) - 3,1 млн. чел., кишечные инфекции — 3,1 млн. чел. и малярию - 2,1 млн. чел. [Hackam et al., 1999].

Предполагается, что в течение последних нескольких тысяч лет инфекционные заболевания являлись главным фактором естественного отбора у I человека [Bellamy, 1998]. При этом, у европейцев основным эпидемическим фактором являлся ТБ, а у негроидов - малярия [Сергиев и др., 2000; Пименов и др., 2003]. i

Систематический контакт между человеком и возбудителем ТБ возник примерно 5000 лет назад во время одомашнивания крупного рогатого скота [Сергиев и др., 2000]. С этого времени и по наши дни идет сочетанная эволюция как макро-, так и микроорганизма. У микобактерии выработались уникальные механизмы уклонения от иммунного ответа хозяина, включая подавление узнавания инфицированных клеток и резистентность к антимикробным стратегиям макрофагов. Эти механизмы уклонения, вероятно, способствуют длительной персистенции патогена в организме хозяина [Flynn et al., 2003].

Пик эпидемии ТБ приходится'на 17-18 века, когда эта болезнь служила причиной смерти 20% взрослых представителей белой расы. Между 1850-1950 гг., в период наиболее сильных социально-экономических потрясений и двух мировых воин, от этого заболевания умерло более 1 млрд. человек [Сергиев и др., 2000]. Таким образом, ТБ, являясь причиной столь массовой смертности на протяжении длительного исторического периода, оказал одно из решающих воздействий на эволюцию человека как основной селективный фактор.

После относительного спада распространенности этого заболевания во второй половине 20ч:о ^века, связанного с изобретением и "введением в клиническую практику антимикобактериальных препаратов, к концу века ТБ вновь стал распространяться. Сейчас ТБ инфицировано примерно 1/3 жителей планеты и если ситуация не изменится, то по прогнозам специалистов ВОЗ к 2010 г. в мире будет около 1 млрд. вновь инфицированных, более 200 млн. заболевших, а ~70 млн. человек умрет от этой болезни [ШагЬсаев, 1999].

Одним из самых неблагополучных по ТБ регионов в России является Республика Тыва (Тува). Основные эпидемиологические показатели этого заболевания в 2,5-3 раза выше, чем в среднем по России*. При этом растет доля лекарственноустойчивых, запущенных и трудноподдающихся лечению форм ТБ [Матракшин, 2002; Ондар, 2003].

С современной точки зрения ТБ, как и большинство инфекционных заболеваний, относится к мультифакториальным заболеваниям (МФЗ). В его распространении и развитии большую роль играют социальные факторы (перенаселенность, бедность, миграции), факторы внешней среды, свойства возбудителя (патогенность, резистентность к антибиотикам) и способность хозяина давать адекватный иммунный ответ на специфический патоген [.Lienhardt, 2001; Tocque et al., 1999; Barnes, 2000]. Отдельно выделяют и такой фактор как СПИД: около 8-10% всех случаев ТБ по всему миру (главным образом в Африке) развиваются на фоне ВИЧ-инфекции [Zumla et al., 1998]. - По данным «Справочные материалы по эпидемиологии туберкулеза в Сибирском и Дальневосточном федеральных округах».

В настоящее время все большее внимание направлено на исследование генетических основ подверженности к ТБ, определение ассоциации полиморфизмов генов-кандидатов с заболеванием в различных популяциях, а также характеристике их функциональШ значимости в развитии ТБ н его ~ -осложнений. ,

Таким образом, учитывая мультифакториальную природу ТБ, всестороннее изучение факторов, в том числе и генетических, способствующих f развитию этого заболевания, должно в конечном итоге привести к определению причин, лежащих в основе межпопуляционных различий распространенности этой инфекции, что в свою очередь в будущем может привести к созданию более эффективных методов борьбы с ТБ.

Задачи исследования: - (

1. Оценить частоты аллелей и генотипов по маркерам генов-кандидатов подверженности к туберкулезу: ген макрофагального белка, ассоциированного с естественной резистентностью (NRAMP1), рецептора к витамину D (VDR), домена В интерлейкина 12 (JL12B), домена В интерлейкина 1 (ILIB), антагониста рецептора к интерлейкину 1 (IL1RN) у коренного населения Республики Тыва.

2. Изучить гаметическое неравновесие по аллельным вариантам исследуемых генов в тувинской популяции.

3. Изучить связь полиморфизма генов NRAMP1, VDR, IL12B, IL1B и IL1RN с туберкулезом и его отдельными клиническими формами (инфильтративная, диссеминированная, фиброзно-кавернозная) у тувинцев. I

Научная новизна:

Получены новые знания об особенностях структуры генофонда коренного населения Республики Тыва по генам NRAMP1, VDR, IL12B, IL1B и IL1RN. Впервые изучено влияние полиморфных вариантов комплекса генов-кандидатов подверженности к туберкулезу на развитие различных клинических форм заболевания. Выявлена ассоциация полиморфизма 1465-85G/A гена NRAMP1 с туберкулезом у тувинцев. Впервые оценена роль генов NRAMP1, VDR, IL12B, IL1B и IL1RN в изменчивости комплекса качественных и количественных, патогенетически значимых при туберкулезе признаков. Установлена связь изученных полиморфизмов генов NRAMP1, VDR и IL1RN с клиническими проявлениями туберкулеза.

Практическая значимость:

Полученная информация о полиморфизме генов-кандидатов подверженности к туберкулезу у тувинцев может быть использована в эволюционной геномике для анализа структуры генофондов мирового народонаселения и создания геногеографических карт, а также в генетической эпидемиологии инфекционных заболеваний. Сведения о вкладе полиморфных вариантов генов-кандидатов подверженности к туберкулезу в изменчивость патогенетически значимых при туберкулезе признаков, и формирование клинического полиморфизма заболевания могут быть учтены при формировании групп риска и организации профилактических мероприятий.

Положения, выносимые на защиту: 1. Тувинский этнос по сравнению с другими народами мира характеризуется своеобразием частот аллелей генов-кандидатов подверженности к t туберкулезу: рецептора к витамину D (VDR), макрофагального белка, ассоциированного с естественной резистентностью (NRAMP1), домена В интерлейкина 12 (IL12B), домена В интерлейкина 1 (IL1B), антагониста рецептора к интерлейкину \ \IL1RN). ---------

2. Тувинский генофонд характеризуется низким уровнем генной дифференциации по исследованным аллельным вариантам, неравновесием по сцеплению между , маркерами гена NRAMP1 и гаметическим неравновесием между аллелями генов, расположенных на разных хромосомах {NRAMP1 и IL12B, IL1B и VDR).

3. Изученные аллели генов NRAMP1, VDR, IL12B, IL1B и IL1RN не вносят существенного вклада в развитие конечного фенотипа - туберкулеза.

4. Изменчивость генов NRAMP1, VDR, IL1RN является одним из факторов формирования клинического полиморфизма эндофенотипов туберкулеза, оказывая влияние на варьирование количественных и качественных, патогенетически значимых для заболевания, признаков.

5. Аллельные варианты D543N, 274С/Т, 469+14G/C гена NRAMP1, F/f и В/Ь гена VDR, VNTR полиморфизм гена IL1RN могут служить маркерами особенностей клинического течения туберкулеза.

Апробация работы: Основцые материалы диссертационной работы доложены и обсуждены на межлабораторных научных семинарах ГУ НИИ медицинской генетики ТНЦ СО РАМН (Томск, 2002, 2004), VI научной i конференции «Генетика человека и патология» (Томск, 2002), научно-практической конференции «Актуальные проблемы сохранения здоровья населения Республики Тыва» (Кызыл, 2003), II межрегиональной научно-практической конференции «Клинические аспекты использования молекулярно-биологической диагностики в медицине» (Новосибирск, 2003), 13 Национальном конгрессе по болезням органов дыхания (Санкт-Петербург, J

2003). Результаты работы были отмечены дипломом лауреата II степени и премией им. С.П. Карпова на конкурсе научных работ (Томск, 2004), дипломом III степени на конкурсе молодых ученых 13 Национального конгресса по болезням органов дыхания (Санкт-Петербург, 2003).

Публикации. По теме диссертации опубликовано 17 работ.

Заключение Диссертация по теме "Генетика", Рудко, Алексей Анатольевич

ВЫВОДЫ

1. Тувинцы характеризуются высоким уровнем изменчивости по вариантам 1188А/С гена IL12B (1188А=0,622), F/f гена VDR (F=0,749) и 1465-85G/A гена NRAMPl (1465-85G=0,783),~ низким - по варианту 469+14G/G- гена----

NRAMPl (469+14G=0,920). Отклонения в распределении генотипов от равновесия Харди-Вайнберга выявлено в контроле для аллельного варианта В/Ь гена VDR, а у больных туберкулезом - по полиморфизмам 1465-85G/A и D543N гена NRAMPl, и F/f и В/b гена VDR.

2. Показана высокая специфичнорть в распределении частот аллелей изученных генов-кандидатов подверженности к туберкулезу у тувинцев, по сравнению с другими популяциями мирового народонаселения. Тувинцы характеризуются большей частотой аллелей b (гена VDR), 274С и 1465-85G (NRAMPl) и меньшей распространенностью аллелей 1188А (IL12B), D543 (NRAMPl), +3953А2 (IL1B) и А2+ (IL1RN).

3. Исследованные выборки тувинцев характеризуются низким уровнем генетической подразделенности по изученным маркерам. Коэффициент генной дифференциации - Gst в контрольной выборке в среднем составил 0,5%, а у больных - 0,3%. '

4. У больных и в контрольной выборке наблюдается неравновесие по сцеплению между полиморфизмами гена NRAMPl: (469+14G/C и 274С/Т, 469+14G/C и 1465-85G/A, 274С/Т и 1465-85G/A, D543N и 1465-85G/A); в гаметическом неравновесии 'в контрольной выборке находятся полиморфизмы 1188А/С гена IL12B и D543N гена NRAMPl, +3953А1/А2 гена IL1B и В/b гена VDR, а у больных - полиморфизмы +3953А1/А2 гена IL1B и F/f гена VDR.

5. Для варианта 1465-85G/A гена NRAMPl определена ассоциация с туберкулезом (%2=6,395, р=0,041) и инфильтративной формой этого заболевания (% =6,313, р=0,043) у тувинцев центральных районов.

6. Аллельные варианты 469+14G/C, D543N, 274С/Т гена NRAMP1 ассоциированы с тяжестью туберкулеза и гематологическими показателями (уровень гемоглобина, количество лейкоцитов, эозинофилов, моноцитов, сегментоядерных лейкоцитов); F/f и В/b гена VDR - с количеством палочкоядерных лейкоцитов и рентгенологическими показателями (размеры очагов инфильтрации, деструкция легочной ткани и размеры полостей распада); VNTR полиморфизм гена IL1RN - с гематологическими показателями (количество сегментоядерных лейкоцитов, лимфоцитов, уровнем СОЭ) и с наличием деструкции легочной ткани.

7. Исследованные аллели генов NftAMPl, VDR, IL12B, IL1B и IL1RN у тувинцев в большей степени влияют на формирование эндофенотипов туберкулеза (характер острофаз'овых реакций, степени повреждения и деструкции легочной ткани), чем на конечный фенотип, то есть -заболевание в целом. I I I

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

Проведенное исследование включало два аспекта: 1) оценку популяционной распространенности полиморфных вариантов генов-кандидатов подверженности к ТБ у тувинцев; 2) поиск ассоциаций исследуемых маркеров с ТБ и патогенетически значимыми для заболевания качественными и количественными признаками. Такой подход позволяет получить более полноценную информацию о значении полиморфизма генов NRAMP1, VDR, IL12B, IL1B и IL1RN в развитии патологии у конкретного этноса. С одной стороны, появляется возможность проведения параллелей между характерными особенностями распространения в популяции аллелей генов-кандидатов МФЗ и закономерностями распространения патологии в этой популяции. С другой - непосредственное выявление связи полиморфизмов с заболеванием.

При межпопуляционном сравнении частот аллелей исследуемых маркеров была выявлена высокая этническая специфичность их распространения у тувинцев. При сравнении частот аллелей генов NRAMP1 и IL12B у тувинцев с русскими г. Томска и другими популяциями мирового I народонаселения, выявлено, что частоты аллелей D543 и 1188А у тувинцев оказались ниже, а частоты аллелей 469+14G, С274 и 1465-85G выше, чем в сравниваемых группах. Более редкими, чем в сравниваемых популяциях, оказались частоты аллелей А2+ VNTR полиморфизма гена IL1RN и 3953А2 I гена IL1B. Примечательно, что более высокой у тувинцев оказалось частота аллеля b гена VDR, сцепленного с предрасполагающим к ТБ аллелем Т того же гена. Таким образом, у тувинского этноса существует своеобразный «портрет» частот аллелей генов-кандидатов подверженности к ТБ.

Эти наблюдения важны как для популяционной генетики, так и с точки зрения генетической эпидемиологии - для формирования представления о частоте аллелей генов-кандидатов подверженности к ТБ в сравнении с I особенностями распространения изучаемой патологии в исследуемом этносе.

Тувинская популяция характеризуется невысокой генетической подразделенностью по изученным маркерам. Значения коэффициента генной дифференциаций"-Gst в"исследованных выборках оказались-значительно — ниже, чем по изученным ранее в Туве «классическим маркерам», Alu-инсерциям и аутосомным микросателлитам [Кучер и др., 2003]. Одним из вероятных факторов, который мог привести к формированию столь низкой генной дифференциации по изученным маркерам у тувинцев, может быть естественный отбор. Выбранные для исследования гены являются кандидатными в подверженности -к туберкулезу, а значит, селективно не нейтральны.

В случае значимости полиморфных вариантов для развития какого-либо признака, действие факторов популяционной динамики может привести к формированию гаметического неравновесия между полиморфизмами. У тувинцев и в контрольной выборке, и у больных ТБ, обнаружены пары сцепления между полиморфизмами гена NRAMP1: 469+14G/C и 274С/Т, 469+14G/C и 1465-85G/A, 274С/Т и 1465-85G/A, D543N и 1465-85G/A. Во всех случаях в фазе притяжения оказались частые аллели, что, вероятно, обусловлено адаптивным преимуществом сформировавшихся пар сцепления. Кроме того, обнаружено гаметическое неравновесие между полиморфизмами

1188А/С и D543N, 3953А1/А2 и В/b в контрольной выборке, а у больных i между полиморфизмами 3953А1/А2 и F/f. Различия между больными и контрольной выборкой в формировании различных пар гаметического неравновесия между аллелями изученных полиморфизмов, вероятно, можно объяснить действием отбора. Болезнь, частично, может является следствием нарушения селективно значимых, адаптированных к действию ТБ, как фактора отбора, комплексов гаметического неравновесия. В результате кроссинговера может происходить разрушение адаптивных комплексов, что приводит к снижению сопротивляемости инфекции.

При изучении полиморфизма генов-кандидатов подверженности к ТБ у больных было отмечено отклонение от равновесия Харди-Вайнберга по вариантам В/b и F/f гена VDR и 1465-85G/A и D543N гена NRAMP 1, что, - -учитывая формирование выборки на основании критериев наличия заболевания, может свидетельствовать о возможном влиянии этих полиморфных вариантов на развитие ТБ. Однако, при сравнении частот аллелей и распределений генотипов между больными и контрольной выборкой, ассоциация выявлена лишь для варианта 1465-85G/A гена I

NRAMP 1 с туберкулезом и инфильтративной формой заболевания у тувинцев центральных районов. В целом, полученные результаты свидетельствуют о незначительном вкладе исследованных полиморфизмов в формирование как ТБ, так и его отдельных форм у тувинцев.

Данные об отсутствии существенной связи изученных генетических маркеров с ТБ согласуются с результатами исследований других авторов [Пузырёв и др., 2002; Buschman et al, 2001; Wilkinson et al, 1999]. В то же время, в ряде работ, выполненных в различных популяциях, показана ассоциация этих полиморфизмов с заболеванием [Bellamy et al., 1998; Ryu et al., 2000; Shirakawa et al., 2000; Wilkinson et al., 2000]. У канадских аборигенов для NRAMP 1 был выявлен эффект главного гена в развитии ТБ

Greenwood et al, 2000]. Такое разнообразие проявлений роли генов NRAMP 1, VDR, IL12B, IL1B и IL1RN в развитии патологии в разных этносах можно объяснить особенностями генетического разнообразия по другим маркерным системам - «генетическим фоном». Каждый ген проявляет своё действие не самостоятельно, а во взаимодействии с множеством других генов, и, соответственно, проявление его эффекта сильно зависит от того генетического фона, на котором он действует. В одних случаях аллель приводит к сильному влиянию на признак, и в таком случае говорят об эффекте главного гена, в других - генетическое окружение может привести к существенному нивелированию эффекта этого аллеля, несмотря на его i очевидную патогенетическую значимость.

Нами впервые проведен поиск ассоциаций полиморфизмов изученных генов-кандидатов с отобранными для анализа патогенетически значимыми для ТБ количественными и качественными признаками. Ассоциации с количественными фенотипами обнаружены для трех полиморфизмов гена NRAMP1: аллель 543N связан с увеличением доли сегментоядерных лейкоцитов и снижением моноцитов, аллель 469+14С с повышенной долей эозинофилов, аллель 274Т с понижением количества гемоглобина и повышением лейкоцитов; для полиморфизма В/b гена VDR - аллель b I оказался связан со снижением доли палочкоядерных лейкоцитов. Наибольшее количество ассоциаций с количественными признаками проявил VNTR полиморфизм гена ILJRN: аллель А2+ этого гена у тувинцев ассоциирован с повышением СОЭ, увеличением доли сегментоядерных лейкоцитов и снижением лимфоцитов, снижением значений тимоловой пробы. Выявленные изменения количественных признаков при VNTR полиморфизме являются провоспалительными, хотя эффект кодируемого геном IL1RN белка, чья экспрессия усиливается при наличии аллеля А2+, является противовоспалительным. Такое противоречие может быть обусловлено неравновесием по сцеплению между аллелем А2+ VNTR полиморфизма гена IL1RN и полиморфными вариантами близко расположенного гена IL1B, «перекрывающими» эффект IL1RN.

При изучении ассоциаций с патогенетически важными для ТБ качественными признаками были выявлены следующие связи: аллеля 543N гена NRAMP1 - со средней степенью тяжести процесса; аллеля f гена VDR — г с небольшими размерами очагов инфильтрации и полостей распада; аллеля b гена VDR - с деструкцией легочной ткани и малыми размерами полостей распада; аллеля А2+ VNTR полиморфизма гена IL1RN - с деструкцией легочной ткани. Все выявленные 'ассоциации объяснимы с точки зрения функциональной значимости генов при туберкулезной инфекции и их влияния на иммунный ответ.

В целом, выявлены ассоциации для полиморфных вариантов трех из пяти исследованных генов (рис. 10). При этом ген NRAMP1 проявил связь с гематологическими показателями, ген VDR ассоциирован, главным образом, с рентгенологическими показателями, а ген IL1RN- с рентгенологическими и гематологическими параметрами.

Проведение такого рода исследований выглядит перспективным как с научной, так и с практической точки зрения. Определение ассоциации полиморфных вариантов различных генов-кандидатов подверженности к ТБ с заболеванием и патогенетически значимыми для него признаками, дает возможность глубже проникнуть в основы патогенеза ТБ, выявить роль тех или иных факторов в развитии заболевания и полиморфизма его клинических проявлений. В дальнейшем, необходимо продолжение исследований полиморфизма как генов, использовавшихся в настоящей работе, так и других маркеров на расширенных выборках больных различными формами ТБ. В будущем, полученные данные, вместе с результатами других исследований, могут лечь в основу создания генотип-специфичных алгоритмов прогнозирования течения и лечения ТБ.

Рис. 10. Ассоциации исследованных генов с различными качественными и количественными признаками. 1 t

Библиография Диссертация по биологии, кандидата медицинских наук, Рудко, Алексей Анатольевич, Томск

1. Алтухов Ю.П., Курбатова . O.JI. Наследственность человека и окружающая среда / Наследственность человека и окружающая среда. -М.: Наука, 1984. С. 7-34.

2. Алтухов Ю.П. Генетические процессы в популяциях: учеб. Пособие. -М.: ИКЦ «Академкнига», 2003. 431 с.

3. Апт А.С. Генетические аспекты выявления групп риска по туберкулезу // Фтизиатрия. 2001. - № 4. - С. 65-68.

4. Богадельникова И.В., Сергеев А.С., Агапова Р.К., Перельман М.И. Исследование уровней гетерозиготности у больных туберкулезом легких с различной эффективностью дечения // Вестник РАМН. 2000. - №3. -С. 15-21.

5. Богданова В.И. Некоторые вопросы формирования антропологическогоiсостава современных тувинцев // Св. этнограф. 1978. - №6. - С. 46-60.

6. Вейр Б. Анализ генетических данных. М.: Мир, 1995. - 400 с.

7. Галактионов В.Г. Иммунология. Учебник. М.: МГУ, 1998. - 440 с.

8. Голубенко М.В. Полиморфизм митохондриальной ДНК у коренного населения Республики Тыва: Автореф. дис. . канд. биол. наук. Томск. 1998.-22 с.

9. Гришина Т.Д., Шагинян И.А., Пузанов В.А. и др. Идентификация возбудителя туберкулеза в клиническом материале с помощью метода полимеразной цепной реакции // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 1995. - № 1. - С. 36-39.

10. Донченко А.С., Пузырёв А.Т. Геномная дактилоскопия в эпидемиологии и эпизоотологии туберкулеза Й Молекулярная генетика, микробиология, вирусология. 1998. - № 2. - С. 2-7.

11. Еремеев В.В., Майоров К.Б. Взаимодействие макрофаг-микобактерия в процессе реакции микроорганизма на туберкулезную инфекцию // Проблемы туберкулеза. 2002. - № 3. - С. 54-58.

12. Животовский JI.A. Статистические методы анализа частот генов в ' природных популяциях / Итоги науки и техники: Серия Общая генетика.-Т. 8. Теоретическая и популяционная генетика. -М.: ВИНИТИ, 1983. -С. 76-104.I

13. Животовский JI.A. Интеграция полигенных систем в популяциях. Проблемы анализа комплексных признаков. М.: Наука, 1984. - 183 с.

14. Коненков В.И. Медицинская и экологическая иммуногенетика. Новосибирск: Изд-во СО РАМН, 1995.-250 с.

15. Кононенко В.Г., Шкурупий В .А. Туберкулез легких эпидемиология и парентеральная химеотерапия. - Новосибирск: НЦКЭМ СО РАМН, НГМА, 2002. - 165 с.

16. Косянкова Т.В., Кучер А.Н., Максимова Н.Р., и др. Полиморфизм гена эндотелиальной синтазы оксида азота в сибирских популяциях / Генетика человека и патология / Под ред. В.П. Пузырёва Вып. 6. Томск: «Печатная мануфактура», 2002. - С. 73-79.

17. Краснов В.А., Калачев И.В., Погожева JI.M., и др. Система борьбы с туберкулезом в Сибири / Туберкулез старая проблема в новом тысячелетии / Сборник тезисов международной конференции. — М.: «Медицина и жизнь», 2002. - С. 95-97.

18. Кучер А.Н., Пузырев В.П., Дьяченко Е.П., и др. ГенетикоIдемографическая структура сельской популяции Республики Тыва // Бюлл. Томского науч. центра. Томск, 1995. - С. 62-71.

19. Кучер А.Н., Ондар Э.А., Степанов В.А., и др. Тувинцы: гены, демография, здоровье. Томск: Изд-во «Печатная мануфактура», 2003.I232 с.

20. Лакин Г. Ф. Биометрия. М.: Наука, 1990. - 300 с.

21. Мальков И.Г., Артюшин С.К., Фомин Б.А. и др. Разработка метода идентификации микобактерий бычьего и человеческого видов с использованием реакции цепной полимеризации // Молекулярная генетика, микробиология, вирусология. 1993. - № 2. - С. 27-30.

22. Маниатис Т., Фрич Э., Сэмбук Дж. Методы генетической инженерии.Молекулярное клонирование.- М.: Мир, 1984. 480 с.

23. Матракшин А.Г., Цой Л.Н., Поспелов Л.Е., и др. Изучение генотипа у больных туберкулезом и здорцвых ревакцинированных детей тувинской национальности // Пробл. Туб. 1993. - №1. - С. 25-27.

24. Матракшин А.Г., ред. Результаты деятельности фтизиатрической службы республики за 2001 год, объявленный годом борьбы с туберкулезом. Кызыл, - 2002. - 11 с.

25. Новицкий В.В., Гольдберг Е.Д. (под ред.) Патофизиология: учебник для медицинских вузов. Томск: Из-во ТГУ, 2001. - 716 с.

26. Новорадовский А.Г., Агапова Р.К., Спицын В.А. и др. Изучение межлокусных взаимодействий по серии генов маркеров в выборках с различным уровнем здоровья // Генетика. 1992. - Т.28. - №4. - С. 166175.

27. Пальцев М.А. Молекулярная медицина // Вестник молодых ученых. -2002. №4. - С. 64-84.

28. Пименов Е.В., Тотолян А.А., Бывалов А.А., и др. Современные представления о патогенезе инфекционных заболеваний // Вестник РАМН. 2003. - № 6. - С. 3-9.'

29. Пузырёв В.П. Генетика мультифакториальных заболеваний: между прошлым и будущим // Медицинская генетика. 2003. - Т.2. - №12. - С. 498-508.

30. Пузырёв В.П., Степанов В.А. Патологическая анатомия генома. Новосибирск: «Наука», 1997. 224 с.

31. Пузырёв В.П., Эрдыниева JI.C., Кучер А.Н., Назаренко Л.П. Генетико-эпидемиологическое исследование населения Тувы. Томск: SST, 1999. -256 с.

32. Пузырёв В.П., Никитин Д.Ю., Напалкова О.В. Ген NRAMP1: структура, функция и инфекционные болезни человека // Молекулярная генетика, микробиология, вирусология. 2002. - №3. - С. 34-40.

33. Пузырёв В.П., Фрейдин М.Б., Рудко А.А., Стрелис А.К., Колоколова О.В. Полиморфизм генов кандидатов подверженности к туберкулезу у славянского населени Сибири: пилотное исследование // Мол. биология. 2002. - Т. 36. - № 5. - С. 788-791:

34. Рычков Ю.Г. Особенности серологической дифференциации народов Сибири // Вопр. Антропологии. 1965. - Вып. 21. - С. 18-32.

35. Салюков В.Б., Пузырёв В.П., Голубенко М.В. Полиморфизм митохоидриального генома у тувинцев / Генетика человека и патология / Под ред. В.П. Пузырёва. Вып. 4. Томск: «STT», 2000. - С. 106-110.

36. Сартакова M.JI., Коненков В.И., Прокофьев В.Ф., и др. Частота генов HLA-DR и интигенов локусов HLA-A, -В, -Cw, DR у тувинцев- II-Генетика. 1998. - Т. 34. - №8. - С. 1127-1133.

37. Сергиев В. П., Малышев Н.А., Дрынов И.Д. Человек и паразиты: примеры сочетанной эволюции // Вестник РАМН. 2000. - № 11. - С. 1518. ,

38. Сергеев А.С., Богадельникова И.В., Агапова Р.К., Перельман М.И.

39. Анализ уровней гетерозиготности по локусам PI, TF, PGM1, ACPI, HP,i

40. GC, GLOl, СЗ и ESD у больных туберкулезом легких с различной эффективностью лечения // Генетика. 2001. - Т.37. - №12. — С. 16731680.

41. Сердобов Н.А. История формирования тувинской нации. Кызыл: Тувинское книжное изд-во, 1971. - 482 с.

42. Симбирцев А.С. Цитокины новая система регуляции защитных сил организма // Цитокины и воспаление. - 2002. - Т. 1. - № 1. - С. 9-16.

43. Скотникова О.И., Соболев А.Ю.,,Михайлович В.М. и др. Молекулярно-генетические методы выявления рифампицинрезистентных штаммов Mycobacterium tuberculosis II Вестник РАМН. 2002. - № 2. - С. 36-39.

44. Справочные материалы по эпидемиологии туберкулеза в Сибирском и Дальневосточном федеральном округах / Выездное заседание президиума СО РАМН 19 мая 2004 г., г. Новосибирск.

45. Степанов В.А., Пузырёв В.П. Анализ аллельных частот семи микросателлитных локусов Y-хромосомы в трех популяциях тувинцев // Генетика. 2000. - Т. 36. - №1. - С. 87-92.

46. Территориальные показатели заболеваемости туберкулезом населения

47. Российской Федерации (на 100000) в 2000-2001 гг. // Проблемы туберкулеза. 2002. - №9. - С. 3.

48. Тотолян А.А. Генетика патбгенности микроорганизиов // Вестник РАМН. 2000. - № 11. - С. 29-32.I

49. Тотолян А.А., Фрейдлин И.С. Клетки иммунной системы. В 2 томах -СПб.: Наука, 2000.

50. Тырылгин М.А. Концептуальный подход к современной эпидемиологии и выявлению туберкулеза. / Проблемы туберкулеза в Якутии: эпидемиология, организация и лечение / Сб. труд. I (XXIV). Якутск, 2002.-С.7-12.

51. Урсов И.Г. Эпидемиология туберкулеза и диспансеризация населения. -Новосибирск: ГП «Новосибирский полиграфкомбинат», 2003. 182 с.

52. Флейс Д. Статистические методы для изучения таблиц долей и пропорций. М.: Финансы и статистика, 1989. - 319 с.

53. Фогель Ф., Мотульски А. Генетика человека: В 3-х т. Т. 1: Пер. с англ. -М.: Мир, 1989.-313 с.

54. Фрейдин М.Б., Пузырёв В.П., Огородова JI.M., и др. Полиморфизм генов интерлейкинов и их рецепторов: популяционная распространенность и связь с атопической бронхиальной астмой // Генетика. 2002. - Т. 38. -№12.-С. 1710-1718.

55. Хоменко А.Г. (под ред.) Проблемы наследственности при болезнях легких. М.: Медицина, 1990. - 240 с.

56. Хоменко А.Г. (под ред.) Туберкулез. М.: Медицина, 1996. - 493 с.

57. Шайхаев Г.О. Туберкулез проблема не только социальна // Природа. -1999. № 10. - С.8-12. ;

58. Шевченко Ю.Л. Значение социальных факторов во взаимодействии человека и микроорганизмов. Роль здравоохранения в профилактике и1.lлечении инфекционных заболеваний // Вестник РАМН. 2000. -№11.-С. 7-11.

59. Abel L., Dessein A.J. The impact of host genetics on susceptibility to human infectious diseases // Current opinion in immunology. 1997. - №9. - P. 509516. ~ ~ ' * ~ ------

60. Abel L., Casanova J.-L. Genetic predisposition to clinical tuberculosis bridging the gap between simple and complex inheritance. // Am. J. Hum. Genet. 2000. - V. 67. - P. 274-277.

61. Akira S., Takeda K., Kaisho T. Toll-like receptors: critical proteins linking innate and acquired immunity // Nature Immunology. 2001. - V. 2. - № 8. -P. 675-680.

62. Altare F., Jouanguy E., Lamhamedi S., et al. Mendelian susceptibility to mycobacterial infection in man // Current Opinion in Immunol. 1998. - № 10.-P. 413-417. ,

63. Aston C., Rom W.N., Talbot A.T., et al. Early inhibition of Mycobacterial growth by human alveolar macrophages is not due to nitric oxide // Am. J. Respir. Crit. Care Med. 1998. - V. 157. - P. 1943-1950.

64. Barnes D.S. Historical perspectives on the etiology of tuberculosis // Microbes and infection. 2000. - №2. P. 431-440.

65. Barnes P.F., Wizel B. Type 1 cytokines and the pathogenesis of tuberculosis // Am. J. Respir. Crit. Care Med. -2000. V. 161. - P. 1773-1774.

66. Bellamy R. Genetic susceptibility to tuberculosis in human population // Thorax. 1998. - V. 53. - P. 588-593.

67. Bellamy R. The natural resistance-associated macrophage protein and susceptibility to intracellular pathogens // Microbes and infection. 1999. - № l.-P. 23-27.

68. Bellamy R. Identifying genetic susceptibility factors for tuberculosis in Africans: a combined approach Rising a candidate gene study and a genome-wide screen// Clinical Science. 2000. -V. 98. - P. 245-250.

69. Bellamy R., Hill A. V.S. Genetic susceptibility to mycobacteria and other infections patogens in human // Current Opinion in Immunol. 1998. - №10. -P. 483-487.i

70. Bellamy R., Ruwende C., Corra Т., et al. Variation in the NRAMPl gene and susceptibility to tuberculosis in West Africans. // The New Engl. Jr Med. -1998. V. 338. - № 10. - P. 640-^44.

71. Bellamy R., Ruwende C., Corrah T:, et al. Tuberculosis and chronic hepatitisi

72. В virus infection in africans and variation in the vitamin D receptor gene // The Journal of infectious diseases. 1999. - V. 179. - P. 721-724.

73. Bellamy R., Beyers N., McAdam K.P.W.J., et al. Genetic susceptibility to tuberculosis in Africans: a genome-wide scan // PNAS. 2000. - V. 97. - № 14. - P. 8005-8009.

74. Bikmaeva A.R., Sibiryak S.V., Valiakhmetova D. Kh., et al. Polymorphism of the Tumor Necrosis Factor a Gene in patients with infiltrative tuberculosis from the Bashkortostan populations // Mol. Biol. 2002. - V. 36. - № 5. -P.631-633.

75. Blackwell J.M. Tumor necrosis factor alpha and Mucocutaneus leishmaniasis // Parasitology Today. 1999. - V. 15. - № 2. - P. 73-75.

76. Blackwell J.M., Searle S. Genetic regulation of macrophage activation: understanding the function of Nrampl (-Ity/Lsh/Bcg) II Immunology Letter. — 1999.-V. 65.-P. 73-80.

77. Blackwell J.M. Genetics and genomics of infectious disease susceptibility // Trends in Mol. Med. 2001. - V. 7. - № 11. - P. 521-526.

78. Brown D.H., Lafuse W.P., Zwilling B.S. Stabilized expression of mRNA is associated with Mycobacterial resistance controlled by Nrampl // Infection and Immunity. 1999. - V. 65. - № 2. - P. 597-603.

79. Brown J.S., Holden D.W. Iron acquisition by Gram-positive bacterial pathogens // Microbes and Infection. 2002. - № 4. - P. 1149-1156.

80. Buschman E., Skamene E. From Bcg/Lsh/Ity to NRAMP1: three decades of search and research I I Drug metabol. And disposition. 2001 - V. 29. - № 4. — P. 471-473.

81. Canonne-Hergaux F., Gruenheid S. et al. The NRAMP1 protein and its role inresistance to infectio and macrophage fiinktion // Proc. Of the Amer.i

82. Physicians. 1998.-V. 111.-№4.-P. 283-289.

83. Casanova J.L., Abel L. Cenetic dissection of immunity to Mycobacteria: the Human model // Annu. Rev. Imniunol. 2002. - V.20. - P. 581-620.

84. Cellier M., Gonovani G., Vidal S. et al. Human Natural Resistanceг

85. Associated Macrophage Protein: cDNA, cloning, chromosomal mapping, genomic organization and tissur-specific expression. // J. Exp. Med. 1994. -V. 180.-P. 1741-1752.

86. Cellier M.F.M., Bergevin I., BoyerE., et al. Polyphyletic origins of bacterial Nramp transporters // Trends in Genetics. 2001. - V.17. - № 7. - P. 365-370.

87. Cervino A.C.L., Lakiss. S., Sow O. Et al. Allelic association between the NRAMP 1 gene and susceptibility to tuberculosis in Guinea-Conakry // Ann. Hum. Genet. 2000. - V. 64. - P. 507-512.

88. Cervino A.C.L., Lakiss S., Sow O., et al. Fine mapping of a putative tuberculosis-susceptibility locus on chromosome 15ql 1-13 in Africans families // Human Mol. Genet. 2002. - V.l 1. - № 14. - P. 1599-1603.

89. Chan E.D., Chan J., Schluger N.W. What is the role of nitric oxide in murine and human host defense against tuberculosis? // Am. J. Respir. Cell. Mol. Biol. 2001. - V. 25. - P. 606-612.

90. Choi H.-S., Rai P.R., Chu H.W., et al. Analysis of nitric oxide synthase and nitrotyrosine expression in human pulmonary tuberculosis // Am. J. Respir. Crit. Care Med. 2002. - V. 166. - P. 178-186.

91. Cooke G.S., Hill A.V.S. Genetics of susceptibility to human infectious disease // Nature reviews. 2001. - V. 2.1- P. 967-977.

92. Davies P.D.O., Grange J.M. Factors affecting susceptibility and resistance to tuberculosis // Thorax. 2001. - V. 56. - P. ii23-ii29.

93. Faldt J., Dahlgren C., Ridell M. Difference in neutrophil production inducediby pathogenic and non-pathogenic mycobacteria // APMIS. 2002. - V. 110. -P. 593-600.

94. Fang F.C. Mechanisms of nitric oxide-related antimicrobial activity // J. Clin. Invest. 1997. -V. 99. - № 12. - P. 2818-2825.

95. Flynn J.A., Ernst J.D. Immune response in tuberculosis // Current opinion in immunology. 2000. - №12. - P. 432-436.

96. Flynn J.L., Chan J. Immune evasion by Mycobacterium tuberculosis: living with the enemy // Current opinion in Immunology. 2003. - V. 15. - P. 450455.i

97. Forbes J.R., Gross P. Divalent-metall transport by NRAMP proteins at the interface of host-pathogen interactions // Trends in Microbiol. 2001. - V. 9. -№ 8. - P. 397-403. '

98. Garred P., Madsen H.O., Halberg P., et al. Mannose-binding lectin polymorphisms and susceptibility to infection in systemic lupus erythematosus // arthritis and rheumatism. 1999. - V. 42. - № 10. - P. 21452152.

99. Gingeras T.R., Ghandour G., Wang E. et al. Simultaneous genotyping and species identification using hybridization pattern recognition analysis of generic Mycobacterium DNA arrays // Genome Research. 1998. - № 8. - P. 435-438.

100. Greenwood C.M.T., Fujiwara M.T., et al. Linkage of tuberculosis to chromosome 2q35 loci, including NRAMP 1, in a large aboriginal Canadian family // Am. J. Hum. Genet. 2000. - V. 67. - P. 405-416.

101. Griffin M.D., Xing N., Kumar R. Vitamin D and its analogs as regulators of immune activation and antigen presentation // Annu. Rev. Nutr. 2003. - V. 23.-P. 117-145.

102. Gruenheid S., Gros P. Genetic susceptibility to intracellular infections: NPAMP1, macrophage function, and divalent cations transport. // Current Opinion in Immunology. 2000. - № 3. - P. 43-48.

103. ЮЗ.Наскат D.J., Rotstein O.D., Zhang W-J. et al. Host resistance of intracellular infection: mutation of Natural Resistance associated macrophage protein 1 (Nrampl) impairs phagosomal acidification // J. Exp. Med. 1999. - V. 190. 5. -P. 717-724.

104. Hall M.A, McGlinn E., Coakley G. et al. Genetic polymorphism of IL-12 p40 gene in immunemediated disease // Genes Immunity. 2000. - V.l. - P. 219224.

105. Hellriegel B. Immunoepidemiology briging the gap between immunology and epidemiology // Trends in parasitology. - 2001. - V.l7. - №2. - P. 102106.i

106. Hill A.V.S. Genetics of infectious disease resistance // Current opinions in Genetics and Development. 1996. - №6. - P. 348-353.

107. Hill A.V.S. The immunogenetics of human infectious diseases // Ann. Rev. Immunol. 1998. - № 16. - P. 593-617.

108. Hill A.V.S. Genetics and genomics of infectious disease susceptibility // British Medical Journal. 1999. - V.55. - №2. - P. 401-413.

109. Hill W.G. Estimation of linkage disequilibrium in random mating populations // Hereditary 1974. - V.33. - P.' 229-479.

110. Holland S.M. Treatment of infections in the patient with mendelian susceptibility to mycobacterial infections // Microbes and Infections. 2000. №2. P. 1579-1590. ~ " ~ -

111. Hunter C. A., Reiner S. L. Cytokine and T-cell in host defense // Current Opinion in Immunology. 2000. - № 12. - P. 413-418.

112. Jamieson S.E., Miller E.N., Black G.F., et al. Evidence for a cluster of genes on chromosome 17qll-q21 controlling susceptibility to tuberculosis and leprosy in Brazilians // Genes and Immunity. 2004. - V. 5. - P. 46-57.

113. Jankovic D., Liu Z., Gause W.C. Thl- and Th2-cell commitment during infectious disease: asymmetry in divergent pathways // Trends in immunology. 2001. - V.22. - №8. - P. 450-457.

114. Khush R.S., Lemaitre B. Genes that fight infection. What the Drosofilla genome says about animal immunity // TIG. 2000. - V. 16. - №.10. - P. 442449.

115. Knight J.C., Kwiatkowski D. Inherited variability of tumor necrosis factor production and susceptibility to infectious disease // Proceedinds of the Association of American physicians. 1999. - V. 111. - № 4. - P. 290-298.

116. Kramnik I., Dietrich W.F., Demant P., Bloom B.R. Genetic control ofresistance to experimental infection with virulent Mycobacterium tuberculosisi

117. PNAS. 2000. - V.97. - №15. - P. 8560-8565.

118. Kuo H.P., Wang C.H., Huang K.S., et al. Nitric oxide modulates interleukin-ip and tumor necrosis factor-a synthesis by alveolar macrophages in pulmonary tuberculosis // Am. J. Respir. Crit. Care Med. 2000. - V. 161. — P. 192-199.

119. Kwiatkowski D. Susceptibility to infection // British Medical Journal. 2000. -V.321.-P. 1061-1065.

120. Lahiri D.K, Bye S., Nunberg J.I. et al. A non-organic and non-enzymatic extraction method gives higher yields of genomic DNA from whole-blood samples than do nine other methods used // J. of Biochemical and Biophisical

121. Methods. 1992. - V. 25. - P. 193-205.i

122. Levesque M.C., Hobbs M.R., Anstey N.M., et al. Nitric oxide synthase type 2 promoter polymorphisms, nitric oxide production, and disease severity in Tanzanian children with Malaria*// The journal of infectious diseases. 1999. -V. 180.-P. 1994-2002.i

123. Lienhardt C. From exposure to disease: the role of environmental factors in susceptibility to and development of tuberculosis // Epidemiol. Rev. 2001. -V. 23.-№2.-P. 288-301.

124. Liu J., Fujiwara M., Buu N.T., et al. Identification of polymorphisms and sequence variants in the human Jiomologue of the mouse Natural resistance-associated macrophage protein Gene // Am. J. Hum. Genet. 1995. - V.56. -P. 845-853.

125. MacMicking J.D., North R.J., LaCourse R., et al. Identification of nitric oxide synthase as a protective locus against tuberculosis // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1997. - V. 94. - P. 5243-^248.

126. Madsen H.O., Satz M.L., Hogh В., et al. Different molecular events result in low protein levels of mannan-binding lectin in populations from Southeast Africa and South America // The'Journal of Immunology. 1998. - V. 161. -P. 3169-3175.

127. Marquet S., Sanchez F.O., Arias M., et al. Variants of the human NRAMP1 gene and altered human immunodeficiency virus infection susceptibility // Journal of Infectious Diseases. 1999. -V. 180. - P. 1521-1525.

128. Marquet S., Schurr E. Genetics of susceptibility to infectious diseases: tuberculosis and leprosy as examples // Drag metabolism and disposition. -2001. -V. 29. № 4. - P. 479-483.

129. McCormack R.M., Maxwell A.P., Carson D.J., et al. The IL12B untranslayediregion DNA polymorphism is not associated with early-onset type 1 diabetes // Genes and immunity. 2002. - № 3. - P. 433-435.

130. McLeod R., Buschman E., Arbiickle L. D., Skamene E. Immunogenetics in the analysis of resistance to intracellular pathogens // Current Opinion in Immunology. 1995. - №7. - P. 539-552.

131. McNicholl J.M., Cuenco K.T. Host genes and infectious diseases. HIV, other pathogens and a public health perspective // Am. J. Prev. Med. 1999. -V.16. - №2. - P. 141-154.

132. Mitsos L.-M., Cardon L.R., Ryan L., et al. Susceptibility to tuberculosis: a locus on mouse chromosome 19 (Trl-4) regulates Mycobacterium tuberculosis replication in the lungs // PNAS. 2003. - V. 100. - № 11. - P. 6610-6615.

133. Mohan V.P., Scanga C.A., Yu K. Effects of Tumor Necrosis Factor alpha on host immune response in chronic persistent tuberculosis: possible role for limiting Pathology // Infection and Immunity. 2001. - №3. - P. 1847-1855.

134. Mombo L.E., Lu C.Y., Ossary S., et al. Mannose-binding lectin alleles in sub-Saharan Africans and relation with susceptibility to infections // Genes and Immunity. 2003. - № 4. - P. 362-367.

135. Mullighan C.G., Marshall S.E., Welsh K.I. Mannose binding lectin polymorphisms are associated with early age of disease onset and autoimmunity in common variable immunodeficiency // Scand. J. Immunol. -2000.-V. 51.-P. 111-122.

136. Nathan C. Inducible nitric oxide synthase: what difference dose it make? // J. Clin. Imvest. 1997. - V. 100. - № 10. - P. 2417-2423.

137. Nathan C., Shiloh M.U. Reactive oxygen and nitrogen intermediates in the relationship between mammalian hosts and microbial pathogens // PNAS. -2000. V. 97. - № 16. - P. 8841-8848.

138. Nei M. Molecular population genetics and evolution. New York,

139. Amsterdam: North-Holland publishing company, Oxford American Elseviertpublishing company, 1975. 288 p.

140. Nei M. Molecular evolutionary genetics. New York: Columbia University Press, 1987.-580 p.

141. North R.J., LaCource R., Ryan L., et al. Consequence of Nrampl deletion to Mycobacterium tuberculosis infection in mice // Infection and Immunity. — 1999. -№ 11.-P. 5811-5814.

142. Ottenhoff T.H.M., Verreck F.A.W., Lichtenauer-Kaligis E.G.R., et al Genetics, cytokines and human infectious disease: lesson from weakly pathogenic mycobacteria and salmonellae // Nature genetics. 2002. - V. 32. -P. 97-105.i

143. Qureshi S.T., Skamene E., Malo D. Comparative genomics and host resistance against infectious diseases // Emerging Infectious diseases. 1999. - V.5. - №1. - P. 36-47.

144. Qureshi S.T., Gros P., Malo D. Host resistance to infection. Genetic control of lipopolysaccharide responsiveness by Toll-like receptor genes // TIG. 1999. -V. 15.-№8.-P. 291-294.

145. Qureshi S.T., Medzhitov R. Toll-like receptors and their role in experimentalimodels of microbial infection // Genes and Immunity. 2003. - № 4. - P. 8794.

146. Raupach В., Kaufmann S.H.E. Immune responses to intracellular bacteria //

147. Current Option in Immunology. 2001. - V. 13. - P. 413-428.i

148. Rook G.A.W., Seah G., Ustianowski A. M. tuberculosis: immunology and vaccination // Eur. Respir. J. 2001. - V.l7. - P. 537-557.

149. Roy M-F., Malo D. Genetic regulation of host responses to Salmonella infection in mice // Genes and immunity. 2002. - №3. - P. 381-393.

150. Roy S., Frodsham A., Saha В., et al. Association of vitamin D receptor genotype with leprosy type // The Journal of infectious diseases. 1999. - V. 179.-P. 187-191.

151. Ryu S., Park Y.-K., Bai G.H. et al. 3'UTR polymorphisms in the NRAMPl gene are associated with susceptibility to tuberculosis in Koreans // Int. J. Tuberc. Lung. Dis. 2000. - № 4(6). - P. 577-580.

152. Saukkonen J.J., Bazydlo В., Thomas M., et al. (3-Chemokines are induced by Mycobacterium tuberculosis and inhibits its growth 11 Infection and Immunity.- 2002. V. 70. - № 4. - P. 1684-1693.

153. Scola L., Crivello A., Marino V., et al. IL-10 and TNF-a polymorphisms in a sample of Sicilian patients affected by tuberculosis: implication for ageing and life span expectancy // Mechanisms of Ageing and Development. 2003. -V. 124.-P. 569-572.i

154. Seegers D., Zwiers A., Strober W., et al. A TaqI polymorphism in the 3'UTR of the IL-12p40 gene correlates with increased IL-12 secretion // Genes and immunity. 2002. - № 3. - P. 419-423.

155. Shiloh M.U., Nathan C. F. Reactive nitrogen intermediates and the path ogenesis of salmonella and mycobacteria. // Current opinion in microbiology.- 2000.-№3.-P. 35-42.

156. Shirakawa Т., Kishi F. Genetic variatiants of NRAMPl and active tuberculosis in Japanese populations // Clin. Genet. 2000. - V. 58. - P. 74-76.

157. Soborg C., Andersen A.B., Madden H.O. et al. Natural resistance-associated macrophage protein 1 are associated with microscopy-positive tuberculosis // J. Infect. Dis. 2002. - V. 186 - № 4. - P. 517-521.

158. Takeuchi O., Akira S. Genetic approaches to the study of Toll-like receptor function // Microbes and Infection. 2002. - № 4. - P. 887-895.

159. Tarlow J.K., Blakemore I.F., Lennard A., et al. Polymorphism in human IL-1 receptor antagonist gene intron 2 is caused by variable number of an 86-bp tandem repeat // Human Genetics. 1993. - V. 91. - P. 403-404.

160. Telenty A. Genetics of drug resistant tuberculosis // Thorax. 1998. - V. 53. -P. 793-797.

161. Tocque К., Regan M., Remmington Т., et al. Social factors associated with increases in tuberculosis notification // Eur. Respir. J. 1999. - № 13. - P. 541-545.

162. Trinchieri G. Interleukin-12 and the regulation of innate resistance and adaptive immunity // Nature Reviews. 2003. - V. 3. - P. 133-146.

163. Turner M.W., Dinan L., Heatley S. et al. Restricted polymorphism of the mannose-binding lectine gene of indigenous Australian // Human. Mol. Genetics. 2000. - V. 9. - № 10. - P. 1481-1486.

164. Van Soolingen D. Molecular epidemiology of tuberculosis and other mycobacterial infections: main methodologies and achievements // J. Intern. Med. -2001. V. 249. - P. 1-26.

165. Villalta F., Zhang Y., Bibb J^., et al. The cysteine-cysteine family of chemokines RANTES, MlP-la and MIP-1{3 induce trypanocidal activity in human macrophages via nitric oxide // Infection and Immunity. 1998. - V. 66.-P. 4690-4695.

166. Wilkinson R.J., Patel P., Llewelyn M., et al. Influence of polymorphism in the genes for the interleukin (IL)-l receptor antagonist and IL-lp on tuberculosis //J. Exp. Med. 1999. - V. 189.-№ 12.-P. 1863-1873.

167. Wilkinson R.J., Liewelyn M., Toossi Z., et al. Influence of vitamin D deficiency and vitamin D receptor polymorphisms on tuberculosis among Gujarati Asians in west London: a case-control study // The Lancet. 2000. -V. 355.-P. 618-621.

168. Xin M.5 Wright J., Dou S. et al. Ethnic divergence and linkage disequilibrium of the novel SNPs in the human NLI-IF gene: evidence of human origin and lack of association with tuberculosis susceptibility // J. Hum. Genet. 2002.-V. 47.- P. 140-145.

169. Xing Z.} Jordana M., Gauldie J., et al. Cytokines and pulmonary inflammatory and immune diseases // Histology and histopathology. 1999. - V.14. - P. 185-201.

170. Yim J.-J., Ding L., Schaffer A.A., et al. A microsatellite polymorphism in intron 2 of human Toll-like recepitor 2 gene: functional implications and racial differences // FEMS Immunology and medical Microbiology. 2003. - V. 1651.-P. 1-7.

171. Yip S.P., Leung K.H., Lin C.K. Extent and distribution of linkage disequilibrium around the SLC11A1 locus // Genes and Immunity. 2003. -№4.-P. 212-221.

172. Zulueta J.J., Sawhney R., Kayyali U., et al. Modulation of nitric oxide synthase by hypoxya in pulmonary altery endothelial cells // Am. J. Respir. Cell Mol. Biol. 2002. - V. 26. - P. 22-30.

173. Zumla A., Grange J. Tuberculosis // В. M. J. 1998. - V. 316. - № 27. - P. 1962-1964.

174. Zwilling B.S., Kuhn D.E., Wikoff L., et al. Role of Iron in Nrampl-mediated inhibition of Mycobacterial Growth // Infection and Immunity. 1999. - V. 67. - № 3. - P. 1386-1392.

Информация о работе

Рудко, Алексей Анатольевич
кандидата медицинских наук
Томск, 2004
ВАК 03.00.15

Диссертация

Аллельные варианты генов подверженности туберкулезу у тувинцев - тема диссертации по биологии, скачайте бесплатно

Автореферат

Похожие работы