Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему

Адаптация микоплазм (Mycoplasma Gallisepticum S6) к неблагоприятным условиям

ВАК РФ 03.00.04, Биохимия

Автореферат диссертации по теме "Адаптация микоплазм (Mycoplasma Gallisepticum S6) к неблагоприятным условиям"

На правах рукописи

МУЗЫКАНТОВ Алексей Александрович

АДАПТАЦИЯ МИКОПЛАЗМ (MYCOPLASMA GALLISEPTICUM S6) К НЕБЛАГОПРИЯТНЫМ УСЛОВИЯМ

03 00 04 - биохимия 03 00 07 - микробиология

АВТОРЕФЕРАТ диссертации на соискание ученой степени кандидата биологических наук

UUJ44B9DG

Казань-2008

003446996

Работа выполнена в лаборатории молекулярных основ патогенеза Казанского института биохимии и биофизики Казанского научного центра Российской академии наук

Научный руководитель: доктор биологических наук

Чернова Ольга Александровна

Официальные оппоненты: доктор биологических наук, профессор

Мелентьев Александр Иванович (Институт биологии РАН, г Уфа)

кандидат биологических наук, доцент Гимадутдинов Олег Александрович (Казанский Государственный Университет им Ульянова-Ленина, г Казань)

Ведущая организация: Институт биохимии им А Н Баха

РАН, г Москва

Защита состоится октября 2008 года в " /3 " часов на заседании диссертационного совета Д 212 081 08 при Казанском государственном университете им В И Ульянова-Ленина по адресу 420008, г Казань, ул Кремлевская, д 18, главное здание, ауд 211

С диссертацией можно ознакомиться в научной библиотеке им Н И Лобачевского Казанского государственного университета

Автореферат разослан сентября 2008 г

Ученый секретарь диссертационного совета, мова 3 \\

доктор биологических наук

Актуальность проблемы. Выяснение механизмов, обеспечивающих выживание микоплазм (класс Molhcutes) в разных условиях среды, представляет значительный интерес как с точки зрения фундаментальных исследований, так и практических разработок, связанных с определением молекулярных основ формирования и эволюции системы "паразит-хозяин" и способов ее контроля [Борхсениус и др , 2002, Razin et al, 2006]

Большой объем экспериментальных и теоретических данных, полученных в разных лабораториях мира за последние годы, значительно расширил представления о биологии мельчайших бесстеночных бактерий, способных к самостоятельному воспроизведению Однако в исследовании адаптации этих бактерий к биогенным и абиогенным стрессорам сделаны лишь первые шаги [Чернов и др, 2005, 2007, Cecchini et al, 2007] Было обнаружено, что адаптация "вездесущей" микоплазмы Acholeplasma laidlawn к неблагоприятным условиям (ограничению по субстрату и понижение температуры) связана с превращением вегетативных форм (ВФ) клеток микоплазмы в некультивируемые формы (НФ) и показано, что ВФ и НФ A laidlawn существенно различаются по морфологии, ультраструктуре, экспрессии генома и патогенности [Чернов и др , 2004, Chernov et al, 2007] Изменения размеров, морфологии, ультраструктуры, пролиферации и вирулентности клеток, возникающих при неблагоприятных условиях роста у аспорогенных бактерий, описаны в ряде работ [Головлев и др, 1998, Вайкшгейн, Кудряшова, 2000, Oliver, 2005] Однако соответствующие процессы у разных видов микоплазм не изучены

Уникальным видом микоплазм с точки зрения адаптивных способностей является Mycoplasma gallisepticum Эта микоплазма, известная как возбудитель болезней птиц и контаминант создаваемых на основе куриных эмбрионов вирусных вакцин, встречается также у растений [Коромыслов и др , 1987, McGamty et al, 1992] Контроль и подавление инфекций, вызываемых М gallisepticum, представляют серьезную проблему, решение которой связывают с успехами изучения молекулярной и клеточной биологии микоплазмы, определяющей адаптацию бактерий к неблагоприятным условиям (НУ) среды и патогенность

Цель данной работы - выяснить особенности адаптации М gallisepticum S6 к неблагоприятным условиям среды

Основные задачи исследования:

1 Провести сравнительный анализ морфологии, ультраструктуры и пролиферации клеток М gallisepticum S6, образующихся на полноценной питательной среде и в неблагоприятных условиях (ограничение по субстрату и понижение температуры) культивирования

2 Провести сравнительный анализ амплификации нуклеотидных последовательностей ряда генов клеток М gallisepticum S6, образующихся в разных условиях культивирования

3 Провести сравнительный анализ полипептидов клеток М gallisepticum S6, образующихся в разных условиях культивирования

4 Провести сравнительный анализ ДНК-повреждающего действия клеток М gallisepticum S6, образующихся в разных условиях культивирования

5 Провести сравнительный анализ фитопатогенности клеток М gallisepticum S6, образующихся в разных условиях культивирования

Научная новизна Впервые установлено, что адаптация М gallisepticum S6 к НУ сопровождается переходом ВФ клеток микоплазмы в НФ ВФ и НФ М gallisepticum S6 существенно различаются по морфологии и ультраструктуре

Впервые показано, что ВФ клеток М gallisepticum S6 проявляют генотоксичность в отношении тестерного штамма Е coli PQ37, тогда как НФ микоплазмы в отношении соответствующего штамма бактерии ДНК-повреждающего действия не оказывают

Впервые определена полная нуклеотцдная последовательность гена pvpA, кодирующего фазовариабельный белок цитоадгезии М gallisepticum S6, у ВФ и НФ микоплазмы

Впервые показано, что переход ВФ в НФ М gallisepticum S6 связан с изменением топологии, структуры ДНК и экспрессии белков в клетках микоплазмы Идентифицировано 63 белка, участвующие в адаптации М gallisepticum S6 к НУ и составлена схема возможных изменений метаболических путей в клетках микоплазмы при культивировании их в НУ среды

Впервые установлено, что М gallisepticum S6 обладает фитопатогенным потенциалом и показано, что адаптация к НУ сопровождается изменением вирулентных свойств микоплазмы

Научно-практическая значимость. Полученные данные вносят вклад в понимание адаптации М gallisepticum S6 к неблагоприятным условиям среды Результаты работы могут служить основой для развития новых подходов к определению молекулярных механизмов формирования и эволюции системы "паразит-хозяин", а также способов контроля микоплазменных инфекций

Разработаны методы исследования процесса адаптации к НУ среды М gallisepticum S6 т vitro Предложен молекулярно-генетический зонд для дифференциальной диагностики ВФ и НФ М gallisepticum S6 -высокопатогенной для птиц микоплазмы, являющейся контаминантом создаваемых на основе куриных эмбрионов вирусных вакцин, способной также инфицировать растения

Экспериментальные данные и методические приемы, изложенные в работе, могут быть использованы в медицинских, ветеринарных, сельскохозяйственных, биологических и биотехнологических учреждениях, занимающихся разработкой способов диагностики и контроля микоплазменных инфекций, а также в учебном процессе, в том числе курсах лекций по биохимии, молекулярной биологии, микробиологии, стрессологии и физиологии растений в ВУЗах

Связь работы с научными программами и собственный вклад автора в исследование Работа в 2005-2008 гг проводилась в соответствии с планом научных исследований КИББ КазНЦ РАН по теме "Взаимодействие микоплазм

с высшими организмами на молекулярно-генетическом уровне" (№ roc per 0120 0 603845) Исследования автора, как исполнителя данной темы, поддержаны грантами ГК № 02.512.11.2067 в рамках ФЦП "Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России" на 2007-2012 годы по приоритетным направлениям "Живые системы" по теме "Сравнительный протеомный анализ вегетативных форм и наноклеток Mycoplasma gallisepticum для создания технологии контроля микоплазменных инфекций" и РФФИ 08-04-01047-а "Молекулярные основы адаптации микоплазм (М gallisepticum) к биогенным и абиогенным стрессорам белки наноформ и их гены", 2008-2010 гг , а также грантами ведущей научной школы (руководитель акад. И.А. Тарчевскнй) № II11I-6042; X» НШ-5399,2008,4 Научные положения диссертации и выводы базируются на результатах собственных исследований автора Синтез праймеров, секвенирование нуклеотидных последовательностей, двумерный электрофорез и идентификацию полипептидов проводили на базе ФГУ НИИ физико-химической медицины Минздрава РФ, оценку генотоксичности клеток М gallisepticum S6 и наноскопию молекул ДНК - на базе КГУ (биолого-почвенный факультет, кафедра микробиологии и физический факультет, кафедра оптики и нанофотоники, соответственно)

Благодарности: Приношу глубокую благодарность научному руководителю д б н OA Черновой за неоценимую помощь в выборе данного направления исследований, за внимательное и оперативное решение проблем, возникавших по ходу выполнения и написания диссертации, за постоянную заботу и поддержку, приношу искреннюю благодарность д б н , проф В М Чернову заведующему лабораторией молекулярных основ патогенеза КИББ КазНЦ РАН и к б н OB Горшкову за неоценимую помощь в выполнении исследований, выражаю искреннюю благодарность к б н М В Трушину, к б н ГФ Шаймардановон, кбн ТН Нестеровой, кбн А А Пономаревой КИББ КазНЦ РАН за всестороннюю помощь в проведении работ и анализе полученных данных, выражаю искреннюю благодарность д б н , проф О Н Ильинской, кбн А Б Маргулис, асп А Д Пельникевич КГУ, а также д б н , проф В М Говоруну, кбн В Н Лазареву, кбн И А Деминой, к х н ТА Акопиан, асп Ю И Басовскому ФГУ НИИ физико-химической медицины Минздрава РФ за предоставленные возможности проведения совместных работ и ценные советы при обсуждении результатов

Положения, выносимые на защиту:

1 Клетки М gallisepticum S6, выращенные на полноценной питательной среде и в неблагоприятных условиях - при ограничении субстрата и понижении температуры, - имеют существенные различия по морфологии и ультраструктуре Длительное культивирование М gallisepticum S6 в неблагоприятных условиях приводит к превращению вегетативных форм (ВФ) клеток микоплазмы в некультивируемые формы (НФ)

2 Переход ВФ в НФ М gallisepticum S6 связан с изменением топологии и структуры ДНК микоплазмы

3 ВФ и НФ клеток М gallisepticum S6 различаются по экспрессированным белкам

4 Клетки М gallisepticum S6 проявляют фитопатогенность в отношении специфичного и неспецифичного индикаторов фитомикоплазмозов

5 Адаптация М gallisepticum S6 к НУ сопровождается изменениями генотоксичности, а также фитопатогенности микоплазмы.

Апробация работы. Результаты диссертационной работы доложены на 11-ой Международной Пущинской школе-конференции молодых ученых "Биология - наука XXI века" (Пущино, 2007), XII Всероссийской научно-практической конференции, посвященной 150-летию со дня рождения В М Бехтерева (Казань, 2007), Всероссийской конференции "Фундаментальные аспекты исследования симбиотических систем" (Саратов, 2007), Итоговой конференции Казанского института биохимии и биофизики КазНЦ РАН (Казань, 2007), Итоговой конференции в рамках приоритетного направления "Живые системы" (Москва, 2007), IV съезде Российского общества биохимиков и молекулярных биологов (Новосибирск, 2008), I Всероссийском, с международным участием, конгрессе студентов и аспирантов - биологов "Симбиоз - Россия - 2008" (Казань, 2008)

Публикации. По теме диссертации опубликовано 12 научных работ Структура и объем работы. Диссертация изложена на 164 страницах машинописного текста, состоит из введения, обзора литературы, описания материалов и методов исследований, результатов собственных исследований, заключения, выводов и списка использованной литературы В работе представлено 9 таблиц и 24 рисунка Список цитируемой литературы содержит 286 источников, из них 72 - в отечественных изданиях

СОДЕРЖАНИЕ РАБОТЫ 1. Материалы и методы исследований

В работе был использован штамм Mycoplasma gallisepticum S6, полученный из коллекции микроорганизмов Института эпидемиологии и микробиологии им Н Ф Гамалеи (РАМН, Москва) Культуру клеток М gallisepticum S6 после музейного хранения выращивали при 37° С в жидкой питательной среде Эдварда, с модификациями [Борхсениус и др, 2002]

Для получения культуры М gallisepticum S6, адаптированной к неблагоприятным условиям, и реверсии использовали методы индукции некультивируемого состояния у A laidlawu PG8 и пробуждения клеток ахолеплазмы из некультивируемого состояния в активно пролиферирующую культуру [Чернов и др, 2004, 2005], соответственно

Оценку числа жизнеспособных клеток в популяции М gallisepticum S6 проводили путем подсчета количества колониеобразующих §циниц (КОЕ) в 0,3% агаризованной питательной среде (метод Коха) и методом предельных разведений (МПР) в жидкой питательной среде [Пименова и др, 1983], с учетом особенностей культивирования микоплазмы [Борхсениус и др , 2002]

Целостность плазматической мембраны клеток M gallisepticum S6 определяли по ее проницаемости для красителей' метиленового синего и бромистого этидия [Ильинская и др, 2006] Препараты анализировали на конфокальном микроскопе LSM 510 МЕТА ("Carl Zeiss", ФРГ) Наблюдения проводили в 5 полях зрения для каждого образца

Трансмиссивную электронную микроскопию проводили согласно Cole [1983] Ультратонкие срезы получали на микротоме LKB-III (Швеция) Образцы просматривали на электронном микроскопе JEM-1200ЕХ (Япония)

Выяснение токсичных и генотокспчных эффектов клеток M gallisepticiim S6 и их кулътуральной жидкости проводили по Quillardet et al [1982]

Выделение ДНК из клеток микоплазм и тканей растений осуществляли с помощью метода фенольной экстракции [Маниатис и др, 1984] Дополнительно препараты ДНК обрабатывали РНКазой ("Serva", ФРГ) и протеиназой К ("Sigma", США)

Атомно-силовую микроскопию образцов ДНК M. gallisepticum S6 проводили по Braga, Ricci [2004] Исследование образцов ДНК проводили на атомно-силовом микроскопе Solver Р47Н ("НТ-МДТ", Россия). Для обработки данных использовали программу Nova 10 26 RC1 (разработчик - НТ-МДТ, Россия)

Направленную амплификацию фрагментов ДНК M gallisepticum S6 посредством ПЦР проводили с использованием праймеров, синтезированных на основе известных нуклеотидных последовательностей генов (himA/hup, pvpA, rpoD, recA, dnaB) M gallisepticum R|0W [Papa2isi et al, 2003] Олигонуклеотиды синтезировали в НПО "ЛИТЕХ" (г Москва) Анализ продуктов ПЦР проводили с помощью электрофоретического разделения фрагментов ДНК в 2% агарозном геле ("Helicon", Россия) с последующим окрашиванием бромистым этидием (10 мг/мл)

Клонирование фрагментов ДНК M gallisepticum S6 в плазмиде pGEM-T Easy Vector ("Promega", США) осуществляли согласно инструкции изготовителя Трансформацию проводили с помощью электропорации в ампициллин-резистентный штамм Е coli DH5a

Секвенирование фрагментов ДНК осуществляли с помощью автомагического секвенатора ABI 3130 ("Applied Biosystems", США), согласно инструкции изготовителя на базе лаборатории протеомного анализа ФГУ НИИ физико-химической медицины Минздрава РФ (г Москва)

Анализ нуклеотидных и аминокислотных последовательностей проводили с использованием пакетов программ Informax Vector NTI Suite 9 и DNAMAN 4 0 Поиск доменов проводили в BLAST (http //www nebí nlm nih gov/blast/BIast cgi), SwissProt (http //cn expasy org/), BLOCKs (http //blocks fhcrc org/), Prosite (http //cn expasy org/prosite/), Pfam (http //www sanger ac uk/Software/Pfam/), SMART (http //smart embl-heidelberg de/)

Подготовку препаратов, двумерный электрофорез н идентификацию белков проводили по Говоруну и др [2003], Blum et al [1987] и Gorg et al

[2000] на базе лаборатории протеомного анализа ФГУ НИИ физико-химической медицины Минздрава РФ (г. Москва).

Белки, выделенные из ВФ и НФ клеток M. gallisepticum S6, составляли контрольную и опытную группы, соответственно. Белки идентифицировали по массам протеолитических фрагментов с использованием программы Mascott Peptide Fingerprint (Matrix Science, США) и базы данных GenBank (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/GenBank), содержащей полную

последовательность генома М. gallisepticum R|nw [Papazisi et al., 2003].

Инфицирование растений (Vinca minor L. и Vigila radiata L.) клетками M. gallisepticum S6 проводили по Чернову и др. [2007] спонтанным заражением 3-х дневных проростков растений через корневую систему посредством инкубирования корешков растений в течение 24 часов в растворах фосфатно-солевого буфера, содержащих и не содержащих клетки М. gallisepticum S6, для опытных и контрольных растений, соответственно.

Статистический анализ данных проводили с применением стандартных математических методов расчета среднеквадратичного отклонения и сравнения средних по критерию Стъюдента в программе Microsoft Excel 2002. Критерий вероятности Р<0,05 принимали достаточным для достоверной разницы опытной и контрольной групп данных [Лакин, 1990].

2. РЕЗУЛЬТАТЫ И ИХ ОБС УЖДЕНИЕ

2.1. Особенности морфологии, ультраструктуры и пролиферации клеток М. gallisepticum S6, образующихся в разных условиях культивирования

В результате сравнительного анализа трансмиссивных микрографий было обнаружено, что морфология и ультраструктура клеток М. gallisepticum S6, образующихся в разных условиях культивирования, различаются. На полноценной питательной среде Эдварда (ППСЭ) М. gallisepticum S6 образует грушевидные клетки (длина 0,6-1 мкм), которые имеют четкие цитоскелетоподобные образования и терминальную структуру "bleb". Эти клетки образуют на твердых питательных средах характерные колонии ("fried eggs") и соответствуют типичным вегетативным (пролиферирующим) формам (ВФ) клеток микоплазмы.

t'k -v, ьЩ * m

Рис. 1. Трансмиссивные

микрографии ВФ (А) и НФ (Б) клеток М. gallisepticum S6

ЩгШ JKf ЧВвШ: щш клеток ¡vi. gmnsepncum зо

_ J&Т - тубулиноподобные

• Щт* $ структуры, В - терминальная

Mm."áÉk структура "bleb", M - клеточная

* 'îfr r'í в& мембрана, КПС

9 ' капсулоподоОная структура.

№

На среде с ограничением субстрата и при понижении температуры культивирования М. gallisepticum S6 образует кокковидные клетки (диаметр 0,2-0,8 мкм), лишенные полярных образований. Такие клетки имеют конденсированный нуклеоид и электронно-плотную структуру мембран. Цитоскелетоподобные структуры в кокковидных клетках М. gallisepticum S6 не визуализируются. При этом некоторые клетки оказываются окруженными капсулоподобными образованиями (рис. 1 Б).

На основании данных МПР и определения КОЕ было установлено, что клетки М. gallisepticum S6 при статическом культивировании на ППСЭ и в НУ теряют способность к пролиферации и образованию колоний через 15 и 8 суток, соответственно. Однако, по данным ПЦР, а также цитохимических методов и электронной микроскопии, интактность ДНК М. gallisepticum S6, а также целостность мембраны клеток микоплазмы при культивировании их в НУ сохраняются на протяжении всего срока наблюдения (180 суток). При этом было обнаружено, что при увеличении срока статического культивирования клеток микоплазмы в НУ происходит уменьшение клеточных размеров и исчезновение класса клеток с линейными размерами 0,8-1 мкм (рис. 2). Подобные уменьшения размера клеток характерны для аспорогенных бактерий, в том числе A. laidlawii PG8, при адаптации бактерий к НУ среды, связанной с переходом ВФ клеток в НФ [Головлев, 1998; Чернов и др., 2005].

Рис. 2. Изменение основных модальных классов клеток М. gaШsepticum Э6, при культивировании в разных условиях - на ППСЭ (Л) и в Н\ в течение 3 (Б), 12 (В), 16 (Г) и 20 (Д) недель По оси ординат - среднее значение длины клеток (нм) ± стандартное отклонение

Полученные нами данные позволяют заключить, что адаптация М. gallisepticum S6 к НУ среды, как и ряда аспорогенных бактерий, в том числе A. laidlawii PG8, связана с переходом ВФ микоплазмы в НФ. Однако, по данным Чернова с соавт. (2005), клетки A. laidlawii PG8 на ППСЭ теряют способность к образованию колоний через 21 сутки, а в НУ среды у части (менее ОД %) популяции клеток микоплазмы способность формировать колонии сохраняется на протяжении 380 суток. При этом преобладающим классом популяции адаптированных к НУ среды клеток Л. laidlawii PG8 является класс кокковидных клеток размером 0,2 мкм и менее (наноклетки и

916129,27 714 i 74.08

680 ± 40 536 ±82,62

675 1 7,07 524 ±76,47

321 ± 56.7 427 1 34.64 197 ±6,16

693 ± 92,37 354151,69 498 ± 78.22

(A)

(B) (В)

!<п

(Я)

Классы плеток по размерам (нм)

(Я I (менее 200}

В 11(200-<400)

■ III (400-<600)

□ IV (600-<800)

□ V (800- 1000)

10 20 30 40 50 60 70 80 90 100

наноформы). Между тем появление клеток размером 0,2 мкм и менее связывают с промежуточной стадией формирования НС у бактерий [Kaprelyants et al., 1993]. В наших исследованиях такой класс клеток М. gallisepticum S6 появлялся на 16 неделе культивирования микоплазмы в НУ среды, составлял только 19% клеточной популяции и исчезал к 20 неделе статического культивирования бактерий в соответствующих условиях. Полученные нами данные могут свидетельствовать о существенных различиях реактивности клеточных популяций A. laidlawii PG8 и М. gallisepticum S6 в отношении соответствующих условий среды.

Применение метода "пробуждения" НФ клеток A. laidlawii PG8 оказался неэффективным для реверсии НФ М. gallisepticum S6 - превращение НФ в типичные ВФ клеток микоплазмы. Известно, что условия пробуждения из некультивируем ого в активно пролиферирующее состояние у различных бактерий весьма различаются [Головлев, 1998]. Для НФ некоторых бактерий единственным эффективным способом реверсии является пассаж через восприимчивый организм [Романова, Гинцбург, 1998]. Вероятно, реверсия М. gallisepticum S6 требует специфичных факторов, которые еще предстоит определить.

2.2. Особенности амплификации нуклеотидных последовательностей ряда генов клеток М. gallisepticum S6, образующихся в разных условиях культивирования

Изменения топологии ДНК бактерий в НУ, ассоциированные в том числе с конденсацией нуклеоида, могут приводить к дифференциальной амплификации нуклеотидных последовательностей некоторых генов клеток микроорганизмов, образующихся в соответствующих условиях среды [Warner, Oliver, 1998]. Этот эффект может вызываться ДНК-связанными белками и проявляться аттенуацией ПЦР-сигнала при использовании матричной ДНК без специальной очистки [Зигангирова и др., 1995].

В наших исследованиях дифференциальная амплификация была установлена при использовании в ПЦР специфичных праймеров для амплификации полной нукдеотидной последовательности pvpA-гена микоплазмы (рис. 3). Этот эффект был связан, в частности, с появлением у НФ М. gallisepticum S6 дополнительного ампликона (рис. 3, дор. 4). Специфичные

Рис. 3. Электрофореграмма продуктов амплификации

нуклеотидных последовательностей ДНК ВФ (1, 2), НФ (3, 4), а также адаптированных клеток М.

даШяерисит Б6 при отмене НУ (5), обработанных (2, 4) и необработанных (1, 3, 5) протеиназой К, М - маркер длины фрагментов.

праймеры для амплификации нуклеотидной последовательности гена pvpA М. gallisepticum S6 позволяют определять с помощью IIЦР в тестируемых образцах клетки микоплазмы, образующиеся в разных условиях, - ВФ и НФ.

Образование дополнительного ПЦР-продукта размером 582 н.п.о. при амплификации ДНК НФ М. gallisepticum S6 и клеток адаптированной культуры при отмене НУ может свидетельствовать как о появлении дополнительных сайтов отжига праймеров, так и рекомбинационных процессах, связанных с нуклеотидной последовательностью гена pvpA, при культивировании клеток микоплазмы в новых условиях. PvpA М. gallisepticum является фазовариабельным белком цитоадгезии, подверженным высокочастотным перестройкам [Boguslavsky et al., 2000]. Вариабельность антигенных детерминант белков клеточной поверхности является способом преодоления микоплазмами иммунного контроля организма-хозяина [Yogev et al., 2002]. Вариации обусловливаются структурными перестройками генов соответствующих белков. Такие данные были получены нами в отношении vaa-генов клинических изолятов М. hominis при сравнительном анализе их нуклеотидных последовательностей [Chernov et al., 2005].

В этой связи нами были определены первичные нуклеотидные последовательности основных и дополнительных ампликонов, возникающих при использовании в ПЦР ДНК клеток М. gallisepticum S6, образующихся в разных условиях (рис. 4). В нуклеотидных последовательностях основных

Рис. 4. Ампликоны ДНК клеток М. §аШзернсит 56, образующихся в разных условиях, полученные в ПЦР с праймерами для амплификации рх'рА-гена микоплазмы (А) и нуклеотидные последовательности соответствующих ПЦР-продуктов (Б, В, Г).

На электрофореграмме представлены ампликоны ВФ (1), НФ (2.3), образующихся при статическом культивировании в НУ в течение 8 и 20 недель, соответственно, и адаптированных клеток микоплазмы при отмене НУ (4).

pvpA-ампликонов размером ] 150 н.п.о. ВФ и НФ М. gallisepticum S6 была выявлена ОРС размером 1086 н.п.о., которая на 97% оказалась гомологичной нуклеотидным последовательностям pvpA-генов штаммов R и Pendik

200

400

600 ООО 1000 1200 н.п.О.

M gallisepticum Первичная структура гена pvpA клеток М galksepticum S6, образующихся в разных условиях культивирования (ВФ и НФ), оказалась идентичной

В нуклеотидной последовательности дополнительного ампликона (582 нпо), возникающего у НФ микоплазмы, были выявлены две ОРС, не зарегистрированные в геноме ВФ М gallisepticum Riow Высокая степень гомологии нуклеотидной последовательности соответствующего ампликона с геном pvpA (54%) при отсутствии других протяженных гомологичных участков на хромосоме М gallisepticum R позволяет предполагать, что pvpA-ген может быть основой для формирования новых участков в геноме микоплазмы

В литературе имеются данные, что адаптация организмов (про- и эукариот) к новым условиям окружающей среды может быть связана с внутригеномными рекомбинационными перестройками, определяющими образование новых нуклеотидных последовательностей, а также генов [Гогвадзе, Буздин, 2005, Гогвадзе и др, 2005, Torkelson et al, 1997, Esnault et al, 2000] Однако молекулярные механизмы соответствующего явления у М gallisepticum S6 еще предстоит выяснить

23. Сравнительный анализ полипептидов клеток М. gallisepticum S6, образующихся в разных условиях культивирования

В результате сравнительного анализа полипептидов клеток М galliiepticum S6, образующихся в разных условиях культивирования, было установлено, что адаптация М gallisepticum S6 к НУ сопровождается существенным изменением экспрессии белков в клетках микоплазмы (табл 1) Количественный и качественный состав полипептидных пулов ВФ и НФ М gallisepticum S6 весьма различается Различия связаны как с редукцией, так и индукцией экспрессии продуктов ряда генов, а также появлением в клетках НФ микоплазмы изоформ белков У НФ микоплазмы наблюдается тенденция к смещению значительного количества белков в кислую область.

Всего в результате сравнительного анализа полипептидных спектров ВФ и НФ М gallisepticum S6 было идентифицировано 63 белка, участвующие в адаптации клеток микоплазмы к НУ

Образование изоферментов, участвующих в энергетическом метаболизме в НФ клеток, может способствовать оптимизации катализа реакций в клетках бактерий в НУ среды [Хочачка, Сомеро, 1988] При этом чрезвычайно высокое в НФ М gallisepticum S6 разнообразие изоформ адгезинов (в том числе PvpA), отличающихся не только по рН, но и по массе, может быть универсальной защитной реакцией микоплазм, связанной с усилением адгезии бактерий к клеткам хозяина под действием стрессовых факторов [Wasinger et al, 2000]

Полученные нами данные свидетельствовали, что в НФ клеток М gallisepticum S6 сохраняется значительная часть ферментов гликолитического пути При этом наличие изоформ соответствующих ферментов позволяет предполагать, что одним из путей, активирующихся в клетках М gallisepticum S6 при культивировании их в НУ среды, является

Табл 1

Идентифицированные белки, экспрессия которых значительно изменяется

при адаптации М ¡аИиерНсит 56 к НУ

„ Локус ОРС на Белок * хромосоме Белок Локус ОРС на хромосоме

сЬ_1510 МСА_0123 сЬ_1066 1УЮА_0649

Ру№* МСА_0156 сЬ_1080 МСА_0674

АсоВ * МСА_0164 сЬ_1080(М-конец) \ГСА_0674

АсоА * МСА_0165 МСА_0687

сЬ_1566 МвА_0226 ТьР' МСА_0782

иЮ572 МСА_0241 МОА_0818

иЬ_1579 * МвА_0252 РшА * МСА_0860

Р\рА * МГО АЬ_0256_0258 сЬ_1190 МСА_0868

Е1ЧЗ МСА_0260 сЬ_1200 1УЮА_0879

ОпаК * МвА_0279 8шс-11ке * \1GA_0917

сЬ_1601 МСА_030б МОСЗ * МСА_0939

ОАРБН* МСА_0330 СгсА МСА_0958

УША 3 03 * МСА_0380 ТиШ* МСА_1033

МА1ХР * МСА_0398 сЬ_1301 МСА_1083

сЬ_1660 МСА_0416 сЬ_1316 МОА_1ПО

сЬ_1670 МСА_0431 \1GA_I187

ИроА * МСА_0443 сЬ_1369 МСА_1199

сК_1709 МОА_(М95 сЬ_1371 МСА_1208

П>а МвА_0498 сЬ_1381 МОА_1224

СТРаяе МСА_0500 вгрЕ МСА_1232

тл* МвА_0508 ШаД МОА_1324с1

1 НФ, или сЬ / аЬ - - экспрессирован у НФ, но не у ВФ, - не экспрессирован у экспрессия понижается, * - белок представлен изоформами у НФ, консервативный/уникальный гипотетический белок

глюконеогенез Неуглеводными компонентами, определяющими функционирование этого пути, могут быть аминокислоты и, в меньшей степени, липиды, высвобождающиеся при лизисе части клеток популяции Интенсификация глюконеогенеза обеспечивает синтез необходимого пула Сахаров, в том числе для формирования капсулоподобных структур М. galllseptlcum Б6 (рис 1Б), способствующих выживанию клеток бактерий в НУ [Степанова и др, 2001] На основании полученных экспериментальных

данных и анализе их иг хШсо составлена схема возможных перестроек метаболических путей в клетках М. %аШ%ерПсит Б6 при адаптации к НУ.

2.4. Особенности генотоксичности клеток М. galUsepticшn 86, образующихся в разных условиях культивирования

Адаптация микроорганизмов к действию различных стрессорных факторов может определять значительные изменения метаболизма и вирулентности бактериальных клеток [Хмель, 2005; Чернов и др., 2007], в том числе связанные с секрецией специфических метаболитов, обладающих мутагенной [Ильинская и др., 2002] или антимутагенной активностью [Воробьева и др., 1993].

В результате наших исследований было обнаружено, что адаптация М. §аШзерпсит Б6 к НУ сопровождается изменением генотоксичных свойств клеток микоплазмы и их культуральной жидкости (рис. 5).

IF, ед.

22| ...... щ ■ ВФ М. gallisepticum S6

2fr______________Щ _ _ □ - НФ вл gallisepttcum S6

Рис. 5. Индукция SOS-ответа тестерного штамма Е. coli PQ37 при воздействии ВФ и НФ клеток М. gallisepticum S6 и их культуральной жидкости

Питательная Клетки Культуральнаи Положительный среда микоплазмы жидкость контроль

Клетки М. gallisepticum S6, образующиеся на полноценной питательной среде, а также их культуральная жидкость индуцируют SOS-ответ у клеток тестерного штамма Е. coli PQ37. Клетки М. gallisepticum S6, образующиеся в НУ, а также их культуральная жидкость генотоксичных эффектов не проявляют.

Отсутствие SOS-ответа у клеток тестерного штамма Е. coli PQ37 при воздействии НФ и их культуральной жидкости может свидетельствовать, что у М. gallisepticum S6, как и у ряда других аспорогенных бактерий, при адаптации к НУ происходит аттенуация вирулентных свойств, связанных с генотоксичными эффектами. Проявление генотоксичных эффектов как у ВФ, так и у культуральной жидкости этих клеток в отношении Е. coli PQ37, позволяет предположить секрецию генотоксичных метаболитов из клеток микоплазмы в окружающую среду и/или изменения компонентов культуральной среды под действием секретируемых метаболитов ВФ М. gallisepticum S6. Природа этих метаболитов представляет особенный интерес с точки зрения патогенного потенциала этой широко распространенной микоплазмы в отношении инфицированных клеток хозяина и микроорганизмов в микробиоценозах [Hudson et al., 2006].

2.5. Фитопатогенность М galhsepticum S6 и ее особенности у клеток микоплазмы, образующихся в разных условиях культивирования

М galhsepticum - широко распространенный возбудитель респираторных микоплазмозов птиц, контаминант создаваемых на основе куриных эмбрионов вирусных вакцин [McGarrity et al, 1992]. Вместе с тем в литературе имеются данные о выявлении М galhsepticum у растений [Коромыслов и др, 1987] Однако сообщения об исследованиях влияния инфекции М galhsepticum на развитие деструктивных процессов в тканях растений в литературе отсутствуют В этой связи выяснение способности клеток М galhsepticum S6, образующихся в разных условиях культивирования (ВФ и НФ), инфицировать растения специфичного и неспецифичного индикаторов фитомикоплазмозов -барвинка малого (Vinca minor L) и фасоли золотистой (Vigna radiata L), соответственно, и вызывать у них морфофизиологические и ультрацитоструктурные изменения явилось задачей наших исследований

Определение фитопатогенности у М galhsepticum S6 выполняли с использованием алгоритма, разработанного для проведения соответствующих исследований в отношении A laidlawu PG8 [Чернов, 1998, Чернов и др , 2007] Для выявления ВФ и НФ М galhsepticum S6 в тканях растений использовали методы трансмиссивной микроскопии [Чернов и др, 1996], а также полимеразной цепной реакции [Чернов и др, 2007] с праймерами, сконструированными на основе нуклеотидной последовательности гена InmAlhup, кодирующего HU-белок (heat-unstable nucleoid protein) штамма М galhsepticum, для которого нами было установлено отсутствие аттенуации ПЦР-сигнала при адаптации клеток микоплазмы к НУ среды

В результате наших экспериментов было обнаружено, что заражение V minor L клетками М galhsepticum S6 вызывает у 100% опытных растений аппарантную инфекцию с типичной картиной морфозов, возникающих у растений при инфицирование их фитопатогенными микоплазмами

Заражение V ¡adiata L клетками М galhsepticum S6 приводило к развитию латентной микоплазменной инфекции В результате анализа 90 образцов 18-ти дневных проростков растений (V radiata L) выраженные морфологические аномалии, характерные для фитомикоплазмозов (апикальный некроз, карликовость, скручивание листьев, развитие боковых побегов), не были обнаружены Только у единичных растений был отмечен некроз краевой пластинки листа и слабые проявления хлороза Однако результаты ПЦР-анализа свидетельствовали о присутствии ДНК М galhsepticum S6 в клетках тканей (корень, стебель, лист) всех растений опытной группы В результате исследования трансмиссивных микрографий было установлено, что инфицирование V radiata L клетками НФ М galhsepticum S6 вызывает характерные для фитомикоплазмозов изменения в тканях растений При этом выраженность деструктивных процессов у растений, инфицированных ВФ и НФ микоплазмы, различается

В растениях, зараженных ВФ микоплазмы, наблюдаются изменения в ультраструктуре клеток околососудистой паренхимы (рис 6А, Б) Хлоропласты в клетках паренхимы имеют светлый матрикс, тилакоиды расположены рыхло,

Рис. 6. Трансмиссивные микрографии клеток растений (V. гшИаГа Ь,), инфицированных ВФ (А, Б) и НФ (В, Г) М. $а11керпсит 86

Кз - крахмальные зерна, Мк - микоплазмы, М - митохондрии, Т - тилакоиды, Хл -хлоропласты

образуют стопки из 3-5 фан, между которыми локализованы небольшие крахмальные зерна (рис. 6А). Митохондрии имеют извилистую форму и светлую, лишенную крист, область матрикса. В трахеидах обнаруживаются единичные клетки микоплазмы размером 0,6-0,8 мкм (рис. 6Б).

В растениях, зараженных НФ М. $аШ.1;ер11сшп 56, ультраструктура клеток проводящего пучка полностью нарушена и наблюдается деградация всех органелл (рис. 6В, Г). В зараженных клетках не просматривается плазматическая мембрана, нарушена плотность цитоплазмы. Ядро в зараженных микоплазмой клетках паренхимы имеет очень рыхлую гиалоплазму. В хлоропластах отсутствуют крахмальные зерна, упаковка тилакоидов рыхлая, а строма светлая (рис. 6В). Подобная ультраструктура хлоропластов отражает снижение их функциональной активности при развитии хлороза, характерного для фитомикоплазмозов [С1ип81еп5еп е/ а/., 2005]. Клетки губчатой паренхимы листа еще сохраняют свою ультраструктурную организацию, тогда как граничащие с ними паренхимные клетки обкладки пучка полностью разрушены. По краю клеточной стенки обнаруживается большое количество мелких кокковидных клеток микоплазмы, в том числе размером 0,1-0,15 мкм (рис 6В, Г), характерным для наноформ бактерий [Чернов и др., 2007]. Полученные нами результаты позволяют заключить, что М. §аШщтсшп вб обладает фитопатогенным потенциалом. При этом адаптация М. gaШsepticum Б6 к НУ сопровождается усилением вирулентности микоплазмы в отношении растений.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

Большой интерес к молекулярным основам адаптации микоплазм связан, с одной стороны, с уникальностью биологии мельчайших прокариот, а с другой -диктуется практической необходимостью. Микоплазмы - возбудители заболеваний человека, животных, растений, основные контаминанты клеточных культур, в том числе используемых в биотехнологии для производства вирусных вакцин [Борхсениус и др., 2002; Яагт, 2006].

Сравнительно недавно были получены данные об особенностях адаптации к НУ А. кй(11а\\>и Рв8 (сем. Ас1ю1ер1а5шагасеае, кл. МоШсШев) [Чернов и др.,

2004, 2005, 2007, Chernov et al, 2007] В результате нашей работы были выявлены особенности адаптации к НУ представителя другой филогенетической группы молликут - M galhsepticum S6 (сем Mycoplasmataceae, кл Mollicutes) Полученные нами данные могут свидетельствовать, что выживание в новых условиях клеток M galhsepticum S6 связано с репрограммированием клеточной и молекулярной биологии микоплазмы Адаптация M galhsepticum S6, как и A laidlawn, а также ряда аспорогенных бактерий, связана с переходом ВФ клеток микоплазмы в НФ Однако реактивность клеток A laidlawu PG8 и M galhsepticum S6 в отношении НУ различается Одной из причин этого могут быть существенные различия биологии M galhsepticum и A laidlawu, - микоплазм, принадлежащим к разным филогенетическим группам молликут [Oshima, Nisluda, 2007]

M galhsepticum способна успешно преодолевать защитные системы высших организмов и выживать в разных условиях среды [Nagatomo et al, 2001, Collett, 2005] Эта микоплазма, известная как возбудитель заболеваний птиц и контаминант вирусных вакцин, создаваемых на основе куриных эмбрионов, встречается также у растений Однако данные о фитопатогенности этой микоплазмы в литературе отсутствуют

В нашей работе впервые с точки зрения критериев вирулентности (инфекционность, инвазивность, токсигенность и персистенция) было показано, что M galhsepticum S6 способна проявлять фитопатогенность в отношении как специфичного, так и неспецифичного индикаторов фитомикоплазмозов M galhsepticum S6 может проникать через корневую систему растений, распространяться по разным тканям, персистировать в них и вызывать деструктивные процессы, характерные для фитомикоплазмозов, возникающих спонтанно [Скрипаль, 1988] При этом было обнаружено, что НФ M galhsepticum S6, не вызывающие (в отличие от ВФ микоплазмы) токсичных и мутагенных эффектов в отношении тестерного штамма Е coh PQ37, являются более фитопатогенными, чем ВФ клеток бактерии

Наличие у M galhsepticum S6 механизмов смены программ жизни, определяющих адаптацию микоплазмы к разным условиям среды и изменение вирулентных свойств, диктует необходимость разработки новых подходов для исследования формирования и эволюции системы "патоген-хозяин", а также способов ее контроля

В результате наших исследований предложен способ выявления ВФ и НФ клеток M galhsepticum S6 с помощью ПЦР при использовании праймеров для амплификации нуклеотидной последовательности гена pvpA микоплазмы Этот способ может быть эффективным средством дифференциальной детекции ВФ и НФ M galhsepticum в природных источниках Однако решение проблемы контроля микоппазменных инфекций, вероятно, лежит на пути геномно-протеомного профилирования микоплазм и клеток эукариот при их взаимодействии Реализация таких проектов уже началась как за рубежом, так и в России [Чернов, 2007, 2008, Wang et al, 2006, Cecchim et al, 2007, Madsen et al, 2008]

выводы

1 Адаптация М gallisepticum S6 к неблагоприятным условиям (НУ) сопровождается изменениями морфологии, ультраструктуры, а также пролиферации клеток микоплазмы На полноценной питательной среде Эдварда М gallisepticum S6 образует грушевидные клетки (длина 0,6-1 мкм), имеющие терминальную структуру "bleb", а на среде с ограничением субстрата, при понижении температуры культивирования - кокковидные клетки (диаметр 0,2-0,8 мкм), лишенные полярных образований Длительное культивирование М gallisepticum S6 в НУ приводит к превращению вегетативных форм (ВФ) клеток микоплазмы в рекультивируемые формы (НФ)

2 При адаптации клеток М gallisepticum S6 к НУ в структуре ДНК микоплазмы возникают изменения У НФ определяется нуклеотидная последовательность (582 н п о) с двумя ОРС, не регистрируемая у ВФ микоплазмы

3 ДНК-связанные белки НФ клеток М gallisepticum S6 могут обусловливать аттенуацию амплификации нуклеотидной последовательности (582 нпо) при использовании в ПЦР со специфичными праймерами для выявления pvpA-тена. микоплазмы матричной ДНК без специальной очистки

4 Клетки М gallisepticum S6, образующиеся в разных условиях культивирования, существенно различаются по экспрессированным белкам Идентифицировано 63 белка, участвующие в адаптации клеток микоплазмы к НУ На основании полученных данных представлены возможные схемы изменения метаболических путей в клетках НФ микоплазмы

5 Адаптация М gallisepticum S6 к НУ сопровождается изменением генотоксичных свойств клеток микоплазмы и их культуральной жидкости ВФ клеток М gallisepticum S6, а также их культуральная жидкость индуцируют SOS-ответ у клеток тестерного штамма Е coli PQ37 НФ клеток микоплазмы, а таюке их культуральная жидкость генотоксичных эффектов не проявляют

6 М gallisepticum S6 обладает фитопатогенным потенциалом Клетки микоплазмы способны инфицировать растения через корневую систему, проникать в разные ткани растений, персистировать в них и вызывать деструктивные процессы, характерные для фитомикоплазмозов При этом заражение клетками М gallisepticum S6 V minor L (специфичный индикатор фитомикоплазмозов) вызывает у растений аппаратную инфекцию, а заражение V radiata L (неспецифичный индикатор фитомикоплазмозов) приводит к развитию латентной инфекции

7 Адаптация М gallisepticum S6 к НУ сопровождается изменением вирулентности микоплазмы в отношении растений НФ М gallisepticum S6 индуцируют более выраженные нарушения ультраструктуры тканей растений (V radiata L), чем ВФ микоплазмы

Список работ, опубликованных по теме диссертации

1 Баранова Н Б Персистенция микоплазм > человека полиморфизм генов адгезии (vaa) Mycoplasma hominis и цитокинов (IL-], IL-10) у носителей микоплазмы / Н Б Баранова, А.А Музыкантов, О В Горшков, Г Ф Шаймарданова II "Молодые ученые в медицине" XII Всероссийская научно-практическая конференция, посвященная 150-летию со дня рождения В М Бехтерева Тез докл - Казань Отечество, 2007 - С 275-276

2 Баранова Н Б Молекулярные основы персистенции микоплазм у человека гены vaa у клинических изолятов Mycoplasma homims и IL (1, 10) у носителей микоплазмы / Н Б Баранова, А.А Музыкантов, Г Ф Шаймарданова, О В Горшков // "Фундаментальные аспекты исследования симбиотических систем", Всероссийская конференция с международным участием Тез докл -Саратов, 2007 -С 35

3 Музыкантов А.А Молекулярно-генетические и морфофизиологические особенности клеток микоплазм (Mycoplasma gallisepticum) при использовании различных источников энергии / А А Музыкантов, Г Ф Шаймарданова, О В Горшков // "Биология - наука XXI века" 11-я Международная Пущинская школа-конференция молодых ученых Сб тез - Пущино Изд-во Путинского научного центра, 2007 - С 102

4 Баранова Н Б. Особенности вариабельности генов vaa у клинических изолятов Mycoplasma homims и IL (1, 10) у носителей микоплазмы / Н Б Баранова, А.А Музыкантов, Г Ф Шаймарданова, О В Горшков // "Биология - наука XXI века" 11-я Международная Пущинская школа-конференция молодых ученых Сб тез - Пущино Изд-во Пущинского научного центра, 2007 - С 69-70

5. Чернов В М Сравнительный протеомный анализ вегетативных форм клеток и наноформ микоплазм (Mycoplasma gallisepticum S6 и Acholeplasma laidlawu PG8) / В M Чернов, В М Говорун, И А Демина, О В Горшков, А.А Музыкантов и др // IV съезд Российского общества биохимиков и молекулярных биологов Сб тез - Новосибирск Арта, 2008 - С 255

6 Чернов ВМ Адаптация микоплазм к неблагоприятным условиям роста связана с превращением вегетативных форм клеток в наноформы / В М Чернов, О А Чернова, О В Горшков, Г Ф Шаймарданова, А.А Музыкантов и др // IV съезд Российского общества биохимиков и молекулярных биологов Сб тез - Новосибирск Арта, 2008 - С 144

7 Чернов В М Сравнительный протеомный анализ вегетативных форм и наноклеток Mycoplasma gallisepticum для создания технологии контроля микоплазменных инфекций / В М Чернов, О А Чернова, М Н Давыдова, О В Горшков, М В Трушин, Г Ф Шаймарданова, А.А.Музыкантов и др // Итоговая конференция по результатам выполнения мероприятий за 2007 год в рамках приоритетного направления "Живые системы" Сб тез - Москва, 2007 - С 87-88

8 Музыкантов А.А. Феноменология микоплазменных инфекций растений особенности ультраструктуры клеток Vigna radiata L,

инфицированных Mycoplasma gallisepticum S6 / А А Музыкантов, E H Антуфьева, А А Пономарева // "Биология традиции и инновации в XXI веке" Материалы I Всероссийского конгресса студентов и аспирантов-биологов "Симбиоз Россия-2008" с международным участием / Под научной редакцией Т В Балтиной - Казань Изд-во КГУ, 2008 - С 21

9 Музыкантов A.A. Изменение вирулентных свойств микоплазм (Mycoplasma gallisepticum S6) при адаптации к стрессорам / А А Музыкантов, А Д Пельникевич // "Биология традиции и инновации в XXI веке Материалы I Всероссийского конгресса студентов и аспирантов-биологов "Симбиоз Россия-2008" с международным участием 6-10 июля 2008 г / Под научной редакцией ТВ Балтиной -Казань Изд-во КГУ, 2008 - С 67-71

10 Чернов В М Адаптация микоплазм к неблагоприятным условиям роста морфология, ультраструктура и экспрессия генома клеток Mycoplasma gallisepticum S6 / В М Чернов, В М Говорун, И А Демина, О В Горшков, А.А.Музыкантовидр //ДАН -2008 -Т 421 -С701-704

11 Чернов В М Адаптация Mycoplasma gallisepticum к неблагоприятным условиям роста изменение морфологических и физиологических свойств / В М Чернов, О А Чернова, О В Горшков, А.А.Музыкантов и др // Микробиол -2008 -Т 77 -№6

12 Chernova OA Mycoplasma gallisepticum strain S6 surface cytadhesm (pvpA) gene, complete cds ACCESSION EU847585 / О A Chernova, О V Gorshkov, A A Mouzykantov, V M Chernov // Режим доступа http //www nebí nlm nih gov/ entrez/viewer fcgi?val=EU847585, свободный -Проверено 25 08 2008

Список сокращений и условных обозначений

ВФ - вегетативные формы

ДНК - дезоксирибонуклеиновая кислота

КОЕ - колониеобразующие единицы

мкм - микрометр

МПР - метод предельных разведений

НПО - нуклеотидные пары оснований

НУ - неблагоприятные условия

НФ - некультивируемые формы

ОРС - открытая рамка считывания

ППСЭ - полноценная питательная среда Эдварда

ПЦР - полимеразная цепная реакция

PvpA - фазовариабельный белок A (jjhase variable jyotem А)

Vaa - вариабельный антиген, участвующий в адгезии (variable

adherence- associated antigen)

Отпечатано в «Оперативная типография» ИП Логаза Л С ИНН 166109345069 г Казань, ул Московская, 43/6 Подписано в печать 05 09 2008 Тираж 100 экз Формат 147*210мм бумага офсетная печать ризограф 6 печатных листов

Содержание диссертации, кандидата биологических наук, Музыкантов, Алексей Александрович

СПИСОК ПРИНЯТЫХ СОКРАЩЕНИЙ.

ВВЕДЕНИЕ.

Глава 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

1.1. Общая характеристика микоплазм.

1.1.1. Современные представления о классификации, таксономии и филогении микоплазм.

1.1.2. Клеточная биология микоплазм: особенности морфологии и ультрацитоструктуры

1.1.3. Геномика и протеомика представителей класса Mollicutes: особенности молекулярной биологии микоплазм.

1.1.4. Генетически опосредованная вариабельность белков адгезии микоплазм.

1.2. Микоплазмы и микоплазмозы.

1.2.1. Взаимодействие микоплазм с высшими эукариотами: особенности инфекций Mycoplasma gallisepticum.

1.2.2. Феноменология фитомикоплазмозов: морфология и молекулярно-генетические особенности взаимодействия микоплазм с клетками растений.

1.3. Адаптация аспорогенных бактерий к неблагоприятным условиям среды: морфофизиологические, ультрацитоструктурные, метаболические, молекулярно-генетические и патогенные особенности.

ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ.

Глава 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.

2.1. Культивированием gallisepticum S6 на искусственных питательных средах.

2.2. Определение количества жизнеспособных клеток

М. gallisepticum S6.

2.3. Приготовление проб для трансмиссивной электронной микроскопии.

2.4. Оценка токсичных и генотоксичных эффектов клеток

М. gallisepticum S6.

2.5. Выделение и очистка ДНК.

2.6. Приготовление проб ДНК М. gallisepticum S6 для атомносиловой микроскопии.

2.7. Амплификация фрагментов ДНК М. gallisepticum S6 с помощью полимеразной цепной реакции.

2.8. Электрофорез ДНК в агарозном геле.

2.9. Клонирование и секвенирование фрагментов ДНК

М. gallisepticum S6.

2.10. Анализ нуклеотидных и аминокислотных последовательностей in silico.

2.11. Разделение белков клеток М. gallisepticum S6 методом двумерного электрофореза и их идентификация.

2.12. Инфицирование растений (Vinca minor L. и Vigna radiata L.) клетками M. gallisepticum S6.

2.13. Статистическая обработка данных.

Глава 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ.

3.1. Особенности морфофизиологии, ультраструктуры и пролиферации клеток М. gallisepticum S6, образующихся в разных условиях культивирования.

3.2. Особенности амплификации нуклеотидных последовательностей ряда генов клеток М. gallisepticum S6, образующихся в разных условиях культивирования.

3.3. Сравнительный анализ полипептидов клеток М. gallisepticum S6, образующихся в разных условиях культивирования.

3.4. Особенности генотоксичности клеток М. gallisepticum Б6, образующихся в разных условиях культивирования.

3.5. Фитопатогенность М. gallisepticum Б6 и ее особенности у клеток микоплазмы, образующихся в разных условиях культивирования.

Введение Диссертация по биологии, на тему "Адаптация микоплазм (Mycoplasma Gallisepticum S6) к неблагоприятным условиям"

Представители класса МоШс^еэ - микоплазмы, лишенные клеточной стенки бактерии, - относятся к мельчайшим способным к самостоятельному воспроизведению прокариотам [Борхсениус и др., 2002; Яагт, 2006]. Большой интерес к этим микроорганизмам связан, с одной стороны, с уникальностью структурной организации минимальной клетки, а с другой, — диктуется практической необходимостью. Большинство микоплазм — паразиты, возбудители заболеваний человека, животных, растений, основные контаминанты клеточных культур, в том числе используемых в биотехнологии для производства вирусных вакцин. Отсутствие клеточной стенки и ограниченные биосинтетические возможности не являются существенным препятствием для выживания микоплазм в неблагоприятных условиях, преодоления разных защитных систем организмов и персистенции в тканях высших эукариот. Контроль микоплазменных инфекций представляет серьезную проблему, решение которой связывают с успехами изучения молекулярной и клеточной биологии микоплазм, механизмов адаптации микоплазм к биотическим и абиотическим стрессорам, определяющих циркуляцию в природе этих микроорганизмов [Борхсениус и др., 2002; Яагт, 2006].

Большой объем экспериментальных и теоретических данных, полученных в разных лабораториях мира за последние годы, включая успешную реализацию геномных проектов для 17 видов микоплазм, значительно расширил представления о биологии микоплазменной клетки. Однако в исследовании адаптации этих бактерий к биогенным и абиогенным стрессорам сделаны лишь первые шаги [Чернов и др., 2005, 2007; СессЫш а!., 2007]. Было обнаружено, что адаптация "вездесущей" микоплазмы АсЬо1ер1а8гпа ШсИсти к неблагоприятным условиям (ограничение по субстрату и понижение температуры) связана с превращением вегетативных форм (ВФ) клеток микоплазмы в некультивируемые формы (НФ) и показано, что ВФ и НФ А. ШсИамп существенно различаются по морфологии, ультраструктуре, экспрессии генома и патогенности [Чернов и др., 2004; Chernov et al., 2007]. Изменения размеров, морфологии, ультраструктуры, пролиферации и вирулентности клеток, возникающие при неблагоприятных условиях среды у аспорогенных бактерий, описаны в ряде работ [Головлев, 1998; Вайнштейн, Кудряшова, 2000; Oliver, 2005]. Однако соответствующие процессы у разных видов микоплазм не изучены.

Уникальным видом микоплазм с точки зрения адаптивных способностей является Mycoplasma gallisepticum. Эта микоплазма, известная как возбудитель болезней птиц и контаминант создаваемых на основе куриных эмбрионов вирусных вакцин, встречается также у растений [Коромыслов и др., 1987; McGarrity et al., 1992]. Контроль и подавление инфекций, вызываемых М. gallisepticum, представляют серьезную проблему, решение которой связывают с успехами изучения молекулярной и клеточной биологии микоплазмы, определяющей адаптацию бактерии к неблагоприятным условиям (НУ) среды и патогенность. В этой связи выяснение особенностей адаптации клеток М. gallisepticum S6 к неблагоприятным условиям составило цель данной работы.

Для достижения цели были поставлены следующие задачи:

1. Провести сравнительный анализ морфологии, ультраструктуры и пролиферации клеток М. gallisepticum S6, образующихся на полноценной питательной среде и в неблагоприятных условиях (ограничение по субстрату и понижение температуры) культивирования.

2. Провести сравнительный анализ амплификации нуклеотидных последовательностей ряда генов клеток М. gallisepticum S6, образующихся в разных условиях культивирования.

3. Провести сравнительный анализ полипептидов клеток М. gallisepticum S6, образующихся в разных условиях культивирования.

4. Провести сравнительный анализ ДНК-повреждающего действия клеток М. gallisepticum S6, образующихся в разных условиях культивирования.

5. Провести сравнительный анализ фитопатогенности клеток М. gallisepticum S6, образующихся в разных условиях культивирования.

Научная новизна. Впервые установлено, что адаптация М. gallisepticum S6 к НУ сопровождается переходом ВФ клеток микоплазмы в НФ. ВФ и НФ М. gallisepticum S6 существенно различаются по морфологии и ультраструктуре.

Впервые показано, что ВФ клеток М. gallisepticum S6 проявляют генотоксичность в отношении тестерного штамма Е. coli PQ37, тогда как НФ микоплазмы в отношении соответствующего штамма бактерии ДНК-повреждающего действия не оказывают.

Впервые определена полная нуклеотидная последовательность гена pvpA, кодирующего фазовариабельный белок цитоадгезии М. gallisepticum S6, у ВФ и НФ микоплазмы.

Впервые показано, что переход ВФ в НФ М. gallisepticum S6 связан с изменением топологии, структуры ДНК и экспрессии белков в клетках микоплазмы. Идентифицировано 63 белка, участвующие в адаптации М gallisepticum S6 к НУ, и составлена схема возможных изменений метаболических путей в клетках микоплазмы при культивировании их в НУ среды.

Впервые установлено, что М. gallisepticum S6 обладает фитопатогенным потенциалом и показано, что адаптация к НУ сопровождается изменением вирулентных свойств микоплазмы.

Научно-практическая значимость. Полученные данные вносят вклад в понимание адаптации М. gallisepticum S6 к неблагоприятным условиям среды. Результаты работы могут служить основой для развития новых подходов к определению молекулярных механизмов формирования и эволюции системы "паразит-хозяин", а также способов контроля микоплазменных инфекций.

Разработаны методы исследования процесса адаптации к НУ среды М. gallisepticum S6 in vitro. Предложен молекулярно-генетический зонд для дифференциальной диагностики ВФ и НФ М. gallisepticum S6 -высокопатогенной для птиц микоплазмы, являющейся контаминантом создаваемых на основе куриных эмбрионов вирусных вакцин, способной также инфицировать растения.

Экспериментальные данные и методические приемы, изложенные в работе, могут быть использованы в медицинских, ветеринарных, сельскохозяйственных, биологических и биотехнологических учреждениях, занимающихся разработкой способов диагностики и контроля микоплазменных инфекций, а также в учебном процессе, в том числе курсах лекций по биохимии, молекулярной биологии, микробиологии, стрессологии и физиологии растений в ВУЗах.

Связь работы с научными программами и собственный вклад автора в исследования. Работа в 2005-2008 гг. проводилась в соответствии с планом научных исследований КИББ КазНЦ РАН по теме "Взаимодействие микоплазм с высшими организмами на молекулярно-генетическом уровне" (№ гос. per. 0120.0 603845). Исследования автора, как исполнителя данной темы, поддержаны грантами ГК № 02.512.11.2067 в рамках ФЦП "Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России" на 2007-2012 годы по приоритетным направлениям "Живые системы" по теме "Сравнительный протеомный анализ вегетативных форм и наноклеток Mycoplasma gallisepticum для создания технологии контроля микоплазменных инфекций" и РФФИ 08-04-01047-а "Молекулярные основы адаптации микоплазм (М gallisepticum) к биогенным и абиогенным стрессорам: белки наноформ и их гены", 2008-2010 гг., а также грантами ведущей научной школы (руководитель акад. И.А. Тарчевский) № НШ-6042; № НШ-5399,2008,4. Научные положения диссертации и выводы базируются на результатах собственных исследований автора. Синтез праймеров, секвенирование нуклеотидных последовательностей, двумерный электрофорез и идентификацию полипептидов проводили на базе ФГУ НИИ физикохимической медицины Минздрава РФ; оценку генотоксичности клеток М. gallisepticum Б6 и наноскопию молекул ДНК - на базе КГУ (биолого-почвенный факультет, кафедра микробиологии и физический факультет, кафедра оптики и нанофотоники, соответственно).

Положения, выносимые на защиту:

1. Клетки М. gallisepticnm 86, выращенные на полноценной питательной среде и в неблагоприятных условиях - при ограничении субстрата и понижении температуры, - имеют существенные различия по морфологии и ультраструктуре. Длительное культивирование М. gallisepticum Б6 в неблагоприятных условиях приводит к превращению вегетативных (¡юрм (ВФ) клеток микоплазмы в некультивируемые формы (НФ).

2. Переход ВФ в НФ М. gallisepticuтn Б6 связан с изменением топологии и структуры ДНК микоплазмы.

3. ВФ и НФ клеток М. gallisepticum 86 различаются по экспрессированным белкам.

4. Клетки М. gallisepticum Б6 проявляют фитопатогенность в отношении специфичного и неспецифичного индикаторов фитомикоплазмозов.

5. Адаптация М gallisepticum 86 к НУ сопровождается изменениями генотоксичности, а также фитопатогенности микоплазмы.

Апробация работы. Результаты диссертационной работы доложены на 11-ой Международной Пущинской школе-конференции молодых ученых "Биология - наука XXI века" (Пущино, 2007), XII Всероссийской научно-практической конференции, посвященной 150-летию со дня рождения В.М. Бехтерева (Казань, 2007), Всероссийской конференции "Фундаментальные аспекты исследования симбиотических систем" (Саратов, 2007), Итоговой конференции Казанского института биохимии и биофизики КазНЦ РАН (Казань, 2007), Итоговой конференции в рамках приоритетного направления "Живые системы" (Москва, 2007), IV съезде Российского общества биохимиков и молекулярных биологов (Новосибирск, 2008), I

Всероссийском, с международным участием, конгрессе студентов и аспирантов - биологов "Симбиоз - Россия - 2008" (Казань, 2008).

Публикации. По теме диссертации опубликовано 12 научных работ, в том числе 2 статьи в рецензируемых журналах, рекомендуемых ВАК.

Структура и объем работы. Диссертация изложена на 164 страницах машинописного текста; состоит из введения, обзора литературы, описания материалов и методов исследований, результатов собственных исследований, заключения, выводов и списка использованной литературы. В работе представлено 10 таблиц и 24 рисунка. Список цитируемой литературы содержит 287 источников, из них 74 - в отечественных изданиях.

Заключение Диссертация по теме "Биохимия", Музыкантов, Алексей Александрович

выводы

1. Адаптация М. gallisepticum S6 к неблагоприятным условиям (НУ) сопровождается изменениями морфологии, ультраструктуры, а также пролиферации клеток микоплазмы. На полноценной питательной среде Эдварда М. gallisepticum S6 образует грушевидные клетки (длина 0,6-1 мкм), имеющие терминальную структуру "bleb", а на среде с ограничением субстрата, при понижении температуры культивирования - кокковидные клетки (диаметр 0,2-0,8 мкм), лишенные полярных образований. Длительное культивирование М. gallisepticum S6 в НУ приводит к превращению вегетативных форм (ВФ) клеток микоплазмы в некультивируемые формы (НФ).

2. При адаптации клеток М. gallisepticum S6 к НУ в структуре ДНК микоплазмы возникают изменения. У НФ определяется нуклеотидная последовательность (582 н.п.о.) с двумя ОРС, не регистрируемая у ВФ микоплазмы.

3. ДНК-связанные белки НФ клеток М. gallisepticum S6 могут обусловливать аттенуацию амплификации нуклеотидной последовательности (582 н.п.о.) при использовании в ПЦР со специфичными праймерами для выявленияpvpA-гена микоплазмы матричной ДНК без специальной очистки.

4. Клетки М. gallisepticum S6, образующиеся в разных условиях культивирования, существенно различаются по экспрессированным белкам. Идентифицировано 63 белка, участвующие в адаптации клеток микоплазмы к НУ. На основании полученных данных представлены возможные схемы изменения метаболических путей в клетках НФ микоплазмы.

5. Адаптация М. gallisepticum S6 к НУ сопровождается изменением генотоксичных свойств клеток микоплазмы и их культуральной жидкости. ВФ клеток М. gallisepticum S6, а также их культуральная жидкость индуцируют SOS-ответ у клеток тестерного штамма Е. coli PQ37. НФ клеток микоплазмы, а также их культуральная жидкость генотоксичных эффектов не проявляют.

6. М. gallisepticum S6 обладает фитопатогенным потенциалом. Клетки микоплазмы способны инфицировать растения через корневую систему, проникать в разные ткани растений, персистировать в них и вызывать деструктивные процессы, характерные для фитомикоплазмозов. При этом заражение клетками М. gallisepticum S6 V. minor L. (специфичный индикатор фитомикоплазмозов) вызывает у растений аппарантную инфекцию, а заражение V. radiata L. (неспецифичный индикатор фитомикоплазмозов) приводит к развитию латентной инфекции.

7. Адаптация М. gallisepticum S6 к НУ сопровождается изменением вирулентности микоплазмы в отношении растений. НФ М. gallisepticum S6 индуцируют более выраженные нарушения ультраструктуры тканей растений (V. radiata L.), чем ВФ микоплазмы.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

Большой интерес к молекулярным основам адаптации микоплазм связан, с одной стороны, с уникальностью биологии мельчайших прокариот, а с другой - диктуется практической необходимостью. Микоплазмы — возбудители заболеваний человека, животных, растений, основные контаминанты клеточных ' культур, в том числе используемых в биотехнологии для производства вирусных вакцин [Борхсениус и др., 2002; Razin, 2006].

Сравнительно недавно были получены данные об особенностях адаптации к НУ A. laidlawii PG8 (сем. Acholeplasmataceae, кл. Mollicutes) [Чернов и др., 2004, 2005, 2007; Chernov et al., 2007]. В результате нашей работы были выявлены особенности адаптации к НУ представителя другой филогенетической группы молликут — М. gallisepticum S6 (сем. Mycoplasmataceae, кл. Mollicutes). Полученные нами данные могут свидетельствовать, что выживание в новых условиях клеток М. gallisepticum S6 связано с репрограммированием клеточной и молекулярной биологии микоплазмы. Адаптация М. gallisepticum S6, как и A. laidlawii, а также ряда аспорогенных бактерий, связана с переходом ВФ клеток микоплазмы в НФ. Однако реактивность клеток A. laidlawii PG8 и М. gallisepticum S6 в отношении НУ различается. Одной из причин этого могут быть существенные различия биологии М. gallisepticum и A. laidlawii, - микоплазм, принадлежащим к разным филогенетическим группам молликут [Oshima, Nishida, 2007].

М. gallisepticum способна успешно преодолевать защитные системы высших организмов и выживать в разных условиях среды [Nagatomo et al., 2001; Collett, 2005]. Эта микоплазма, известная как возбудитель заболеваний птиц и контаминант вирусных вакцин, создаваемых на основе куриных эмбрионов, встречается также у растений. Однако данные о фитопатогенности этой микоплазмы в литературе отсутствуют.

В нашей работе впервые с точки зрения критериев вирулентности (инфекционность, инвазивность, токсигенность и персистенция) было показано, что М. gallisepticum S6 способна проявлять фитопатогенность в отношении как специфичного, так и неспецифичного индикаторов фитомикоплазмозов. М. gallisepticum S6 может проникать через корневую систему растений, распространяться по разным тканям, персистировать в них и вызывать деструктивные процессы, характерные для фитомикоплазмозов, возникающих спонтанно [Скрипаль, 1988]. При этом было обнаружено, что НФ М. gallisepticum S6, не вызывающие (в отличие от ВФ микоплазмы) токсичных и мутагенных эффектов в отношении тестерного штамма Е. coli PQ37, являются более фитопатогенными, чем ВФ клеток бактерии.

Наличие у М. gallisepticum S6 механизмов смены программ жизни, определяющих адаптацию микоплазмы к разным условиям среды и изменение вирулентных свойств, диктует необходимость разработки новых подходов для исследования формирования и эволюции системы "патоген-хозяин", а также способов ее контроля.

В результате наших исследований предложен способ выявления ВФ и НФ клеток М. gallisepticum S6 с помощью ПЦР при использовании праймеров для амплификации нуклеотидной последовательности гена pvpA микоплазмы. Этот способ может быть эффективным средством дифференциальной детекции ВФ и НФ М. gallisepticum в природных источниках. Однако решение проблемы контроля микоплазменных инфекций, вероятно, лежит на пути геномно-протеомного профилирования микоплазм и клеток эукариот при их взаимодействии. Реализация таких проектов уже началась как за рубежом, так и в России [Чернов, 2007, 2008; Wang et al, 2006; Cecchini et al., 2007; Madsen et al., 2008].

Библиография Диссертация по биологии, кандидата биологических наук, Музыкантов, Алексей Александрович, Казань

1. Антонов А.С. Геномика и геносистематика // Природа. 1999. - №6. -С. 19-26.

2. Билай В. Микроорганизмы возбудители болезней растений / В. Билай, Р.И. Гвоздяк, И.Г. Скрипаль и др. // Киев: Наукова думка, 1988. - С. 214-217.

3. Борхсениус С.Н. Микоплазмы: молекулярная и клеточная биология, взаимодействие с иммунной системой млекопитающих, патогенность, диагностика / С.Н. Борхсениус, О.А. Чернова, В.М. Чернов, М.С. Вонский. -СПб.: Наука, 2002.-319 с.

4. Бухарин О.В. Механизмы выживания бактерий / О.В. Бухарин, А.Л. Гинцбург, Ю.М. Романова, Г.И. Эль-Регистан. М.: Медицина, 2005. - 367 с.

5. Вайнштейн М. Б. О наннобактериях / М. Б. Вайнштейн, Е.Б. Кудряшова // Микробиол. 2000. - Т.69. - №2. - С. 163-174.

6. Власов Ю.И. Ахолеплазмы патогены растений / Ю.И. Власов, Л.П. Гените, Л.Н. Самсонова. - Вильнюс: Изд-во Минсельхоза ЛитССР, 1985. — 80 с.

7. Вонский М.С. Гены dnaK как основа для филогенетического анализа микоплазм / М.С. Вонский, Д.Г. Усоскин, С.Н. Борхсениус // ДАН. 1998. -Т. 359.-С. 270-273.

8. Воробьева Л.И. Антимутагенное действие бактерий против мутагенеза, индуцируемого 4-нитро-хинолин-1-оксидом (4-НХО) у ■ Salmonella typhimurium ТА 100 / Л.И. Воробьева, Т.А. Чердынцева, С.Л. Абилев // Микробиол. 1993. - Т. 62. - №2. - С. 232-237.

9. Говорун В.М. Сравнительная характеристика протеомных карт клинических изолятов Helicobacter pylori / В.М. Говорун, С.А. Мошковский, О.В. Тихонова и др. // Биохимия. 2003. - Т. 68. - №1. - С. 52-60.

10. Гогвадзе Е. Новый механизм образования ретрогенов в геномах млекопитающих: рекомбинация in vivo в ходе обратной транскрипции РНК / Е. Гогвадзе, А. Буздин // Молек. биол. 2005. - Т. 39. - С. 364-373.

11. Головлев E.JI. Другое состояние неспорулирующих бактерий // Микробиол. 1998. - Т. 67. - №6. - С. 725-735.

12. Головлев E.J1. Введение в биологию стационарной фазы бактерий: механизм общего ответа на стрессы // Микробиол. 1999. - Т. 68. - №5. -С. 623-631.

13. Головлев E.JI. Реакция бактериальных клеток на холодовой шок на уровне динамики хромосомы, транскрипции и трансляции // Микробиол. -2003. Т. 72. - №1. - С.5-13.

14. Гущин А.Е. Роль точечных мутаций в генах топоизомеразы IV и ДНК-гиразы в формировании резистентности Mycoplasma hominis к фторхинолонам / Дис. к.б.н. -М., 1999. 102 с.

15. Давыдова O.K. О механизмах взаимодействия ДНК с химическими аналогами микробных аутоиндукторов анабиоза / O.K. Давыдова, Д.Г. Дерябин, А.Н. Никиян, Г.И. Эль-Регистан // Микробиол. 2005. - Т. 76 -№3. -С. 306-312.

16. Зигангирова Н.А. Избирательное ингибирование амплификации ДНК у неадгезивных культур Mycoplasma pneumoniae / Н.А. Зигангирова, С.В. Соловьева, И.В. Раковская и др. // Генет. 1995. - Т. 31. - №8. - С. 10591064.

17. Ильинская О.Н. Влияние аутоиндукторов анабиоза бактерий на геном микробной клетки / О.Н. Ильинская, А.И. Колпаков, П.В. Зеленихин и др. // Микробиол. -2002. Т. 71.-№2.-С. 194-199.

18. Ильинская О.Н. Краткосрочные тест-системы для определения генотоксичности / О.Н. Ильинская, А.Б. Маргулис // Методическое руководство. Казань: Изд-во КГУ, 2005. 31 с.

19. Ильинская О.Н. Некультивируемое состояние грамотрицательных бактерий: Методическое руководство / О.Н. Ильинская, Г.В. Черепнев, А.Б. Маргулис, Б.М. Куриненко. Казань: Изд-во КГУ, 2006. - 16 с.

20. Коромыслов Г.Ф. Микоплазмы в патологии животных / Г.Ф. Коромыслов, Я. Месарош, JI. Штипкович и др. М.: Агропромиздат, 1987. — 256 с.

21. Курбанова И.В. Агробактериальная трансформация однодольных: контакт агробактерий с поверхностью растения и перенос через клеточную оболочку / И.В. Курбанова, Г.К. Соловова, О.В. Калаптур и др. — Новосибирск: Наука, 2001. С. 163-172.

22. Лакин Г.Ф. Биометрия: Учеб. пособие для биол. спец. вузов, 4-е изд. -М.: Высш. шк., 1990. 352 с.

23. Лось Д.А. Структура, регуляция экспрессии и функционирование десатураз жирных кислот // Усп. биол. химии. -2001. Т. 41. - С. 163-198.

24. Маниатис Т. Методы генетической инженерии. Молекулярное клонирование / Т. Маниатис, Э. Фрич, Дж. Сэмбрук. М.: Мир, 1984. - 480 с.

25. Мидянник Г.А. Пути инфицирования микоплазмами растений люцерны и их влияние на образование и эффективность бобово-ризобиального симбиоза / Дис. . канд. биол. наук.-М., 1995.-235 с.

26. Мулюкин А.Л. Образование покоящихся форм Bacillus subtilis и Micrococcus luteus / А.Л. Мулюкин, К.А. Луста, М.Н. Грязнова и др. // Микробиол. 1996. - Т. 65. - №6. - С. 782-789.

27. Мухаметшина Н.Е. Фитопатогенность и адаптация к неблагоприятным условиям роста Acholeplasma laidlawii PG8 / Дис. .канд. биол. наук. -Казань, 2006.- 152 с.

28. Никонов A.B. Тубулярные структуры Mycoplasma gallisepticum и локализация тубулиноподобного белка / A.B. Никонов, Е.В. Королёв, Е.С. Снегиревская и др. // Цитология. 1992. - Т. 34. - №3. - С. 31-38.

29. Онищенко А.И. Диагностика новых микроорганизмов растений на основе изучения ультратонких срезов их тканей / А.И. Онищенко, В.В. Слабодянник, Т.А. Христофорова // Микробиол. журн. 1988. - Т. 50. - №5. -С. 46-49.

30. Патрушев Л.И. Проблема размера генома эукариот / Л.И. Патрушев, И.Г. Минкевич // Успехи биол. химии. 2007. - Т. 47. - С. 293-370.

31. Пешков A.M. Сравнительная цитология синезеленых водорослей, бактерий и актиномицетов. — М.: Наука, 1966. 246 с.

32. Пименова М.Н. Руководство к практическим занятиям по микробиологии: Практическое пособие / М.Н. Пименова, H.H. Гречушкина, Л.Г. Азова, Е.В. Семенова, С.И. Мыльникова / Под ред. Н.С. Егорова. 2-е изд. -М.: Изд-во Моск. ун-та, 1983. -215 с.

33. Поздеев O.K. Медицинская микробиология: учебное пособие / O.K. Поздеев, В.А. Анохин, О.Н. Ильинская, М.П. Шулаева / Под ред. В.И. Покровского. — 4-е изд. испр. М.: ГЭОТАР-Медицина, 2006. - 768 с.

34. Прозоровский C.B. Медицинская микоплазмология / C.B. Прозоровский, И.В. Раковская, Ю.В. Вульфович. -М.: Медицина, 1995. -288 с.

35. Романова Ю.М. Идентификация генов, контролирующих переход бактерий Salmonella typhimurium в некультивируемое состояние / Ю.М. Романова, Т.Ю. Кириллов, A.A. Терехов, А.Л. Гинцбург // Генет. 1996. -Т. 32. - С. 1184-1190.

36. Романова Ю.М. Некультивируемое состояние у патогенных бактерий: известные и возможные факторы индукции обратимогопроцесса / Ю.М. Романова, Е.В. Чегаева, A.JI. Гинцбург // Мол. генет., микробиол., вирусол. 1998. - №3. - С. 3-8.

37. Романова Ю.М. Цитокины возможные активаторы роста патогенных бактерий / Ю.М. Романова, A.JI. Гинцбург // Вестник РАМН.-2000.-№1. - С. 13-18.

38. Серебренникова JI.A. Почва как возможная среда обитания фитопатогенных микоплазм / Дисс. . канд. биол. наук: 03.00.07. Моск. сель-хоз. акад. М., 2005. - 139 с.

39. Скрипаль И.Г. Биология микоплазм (молликутов) / Успехи микробиол. -1984.-Т. 19.-С. 74-106.

40. Скрипаль И.Г. Микоплазмы / Микроорганизмы возбудители болезней растений / Под ред. В.И. Билая. - Киев: Наук. Думка, 1988. - С. 326-372.

41. Смирнова И.Г. Направленная химическая модификация антибиотиков-далбагептидов / И.Г. Смирнова, Г.С. Катруха, И.В. Денисова // Вестн. Моск. Ун-та. Сер. 2. Химия. - 2000. - Т. 41. - №2. - С. 75-88.

42. Соколенко А.В. Некультивируемые формы бактерий: распространение в природе, индукторы некультивируемого состояния и реверсии // Соврем, наукоемкие технологии. 2006. - №2. - С. 11-15.

43. Солохина Л.В. Образование покоящихся форм и изменчивость Yersinia pseudotuberculosis под воздействием сине-зеленых водорослей (цианобактерий) и их экзометаболитов / Л.В. Солхина, В.И. Пушкарева, В.Ю. Литвин // Журнал микробиол. 2001. - №3. - С. 17-22.

44. Степанова И.Ю. Влияние кислородного стресса на углеводный метаболизм бактерий рода Beggiatoa / И.Ю. Степанова, Н.В. Парфенова, М. Зузу и др. // Вестник ВГУ. Серия Химия, биология. 2001. - №2. - С. 157159.

45. Тарчевский И.А. Молекулярные аспекты фитоиммунитета / И.А. Тарчевский, В.М. Чернов // Микология и фитопатология. 2000. - Т. 34. -№3. - С. 1-10.

46. Тарчевский И.А. Микоплазма-индуцированные и жасмонат-индуцированные белки растений гороха / И.А. Тарчевский, Н.Н. Максютова, В.Г. Яковлева, В.М. Чернов // ДАН. 1996. - Т. 350. - №4. - С. 544-546.

47. Тимаков В.Д. Z-формы бактерий и семейство Mycoplasmataceae в патологии / В.Д. Тимаков, Г.Я. Каган. М.: Медицина, 1973. - 392 с.

48. Ткаченко А.Г. Обмен путресцина и калия между клеткой и средой как фактор адаптации Escherichia coli к гиперосмотическому шоку / А.Г. Ткаченко, О.Я. Салахетдинова, М.Р. Пшеничнов // Микробиол. 1997. - Т. 66. -№3. - С. 329-334.

49. Трофимова Д.Н. Влияние химической модификации на стабильность глюкозооксидазы и формиатдегидрогеназы / Д.Н. Трофимова, A.JI. Камышный, Ш. Магдасси, А.В. Левашов // Вестн. Моск. Ун-та. Сер. 2. Химия. - 2003. - Т. 44. - №1. - С. 48-52.

50. Угарова Н.Н. Влияние химической модификации на термическую стабильность пероксидазы хрена / Н.Н. Угарова, Л.И. Бровко, Г.Д. Рожкова, И.В. Березин // Биохимия. 1977. - Т. 42. - С. 1212-1220.

51. Феофилова Е.П. Торможение жизненной активности как универсальный биохимический механизм адаптации микроорганизмов к стрессовым воздействиям // Прикл. биох. и микробиол. 2003. - Т. 39. - №1. - С. 5-24.

52. Хмель И.А. Регуляция экспрессии бактериальных генов в отсутствие активного роста клеток // Генет. 2005. - Т. 41. - №9. - С. 1183-1202.

53. Хочачка П. Биохимическая адаптация: Пер. с англ. / П. Хочачка, Дж. Сомеро. -М.: Мир, 1988. 568 с.

54. Чернов В.М. Морфофизиологические и молекулярные аспекты взаимодействия микоплазм {Acholeplasma laidlawii) и растений / Дисс. . докт. биол. наук: 06.01.11. Моск. сель-хоз. акад. — 1998. 186 с.

55. Чернов В.М. Микоплазменные инфекции как возможный фактор генетических изменений в клетках высших эукариот / В.М. Чернов, O.A. Чернова // Цитология. 1996. - Т. 38. - №2. - С. 107-114.

56. Чернов В.М. Феноменология микоплазменных инфекций растений / В.М. Чернов, O.A. Чернова, И.А. Тарчевский // Физиол. раст. 19966. - Т. 43. -№5. - С. 721-728.

57. Чернов В.М. Генетическая изменчивость микоплазм {Acholeplasma laidlawii) при взаимодействии их с эукариотами {Pisum sativum) / В.М. Чернов, Ю.В. Гоголев, Н.В. Попова, O.A. Чернова // ДАН. 1999. - Т. 369. -№2. - С. 275-277.

58. Чернов В.М. Адаптация микоплазм к биогенным и абиогенным стрессорам: наннотрансформация и мини-тела Acholeplasma laidlawii / В.М. Чернов, Ю.В. Гоголев, Н.Е. Мухаметшина и др. // ДАН. 2004. - Т. 396. -№3.-С. 417-420.

59. Чернов В.М. Адаптивные реакции микоплазм in vitro: "жизнеспособные, но некультивируемые формы" и наноклетки Acholeplasma laidlawii / В.М.

60. Чернов, Н.Е. Мухаметшина, Ю.В. Гоголев, и др. // Микробиол. 2005. - Т. 75.-№4.-С. 498-504.

61. Чернов В.М. Адаптация микоплазм к неблагоприятным условиям роста: нанотрансформация и фитопатогенность Acholeplasma laidlawii PG8 / В.М. Чернов, Н.Е. Мухаметшина, Ю.В. Гоголев и др. // ДАН. 2007. - Т. 413. -№2.-С. 271-275.

62. Чернова О.А. Рибосомные гены — единственные гомологичные участки ДНК у некоторых микоплазм / О.А. Чернова, Н.А. Меркулова, С.Н. Борхсениус // Мол. генетика, микробиол., вирусол. 1986. - Т. 9. - С. 16-22.

63. Чернова О.А. Биохимические и молекулярно-генетические аспекты персистенции микоплазм у человека // Успехи биол. химии. 1999. - Т. 39. -С. 103-140.

64. Четина Е.В. Влияние некоторых физиологических и генетических факторов на процесс перехода энтеротоксигенных штаммов Escherichia coli в некультивируемое состояние // Молек. генет., микробиол. и вирусол. 1997. -№1 - С. 8-14.

65. Шкаликов В.А. Защита растений от болезней / В.А. Шкаликов, О.О. Белошалкина, Д.Д. Букреев. М.: КолосС, 2004. - 255 с.

66. Шлегель Г. Общая микробиология: Пер. с нем. М.: Мир, 1987. - 567 с.

67. Эль-Регистан Г.И. Адаптогенные функции внеклеточных ауторегуляторов микроорганизмов / Г.И. Эль-Регистан, A.JI. Мулюкин, Ю.А. Николаев и др. // Микробиол. 2006. - Т. 75. - №4. - С. 446-456.

68. Aulakh G.S. Nucleic acid relationships among Acholeplasma species / G.S. Aulakh, E.B. Stephens, D.L. Rose et al. // J. Bacteriol. 1983. - Vol. 153. - P. 1338-1341.

69. Baczynska A. Morphology of human Fallopian tubes after infection with Mycoplasma genitalium and Mycoplasma hominis — in vitro organ culture study / A. Baczynska, P. Funch, J. Fedder et al. // Hum. Reprod. 2007. - Vol. 22. - P. 968-979.

70. Bakermans C. Proteomic analysis of Psychrobacter cryohalolentis K5 during growth at subzero temperatures / C. Bakermans, S.L. Tollaksen, C.S. Giometti et al. // Extremophiles. 2007. - Vol. 11. - P. 343-354.

71. Baseggio N. Size and genomic location of the pMGA multigene family of Mycoplasma gallisepticum / N. Baseggio, M.D. Glew, P.F. Markham et al. // Microbiol. 1996.-Vol. 142.-P. 1429-1435.

72. Baseman J.B. Interplay between mycoplasmas and host target cells / J.B. Baseman, M. Lange, N.L. Criscimagna et al. // Microb. Pathog. 1995. - Vol. 19. -P. 105-116.

73. Bencina D. Haemagglutinins of pathogenic avian mycoplasmas // Avian pathol. 2002. - Vol. 31. - P. 535-547.

74. Bergey's Manual of Systematic Bacteriology / G.M. Garrity et al. (eds). -NY.: Springer-Verlag, 2004, 2nd edition. 401 p.

75. Bischof D.F. Cytotoxicity of Mycoplasma mycoides subsp. mycoides small colony type to bovine epithelial cells / D.F. Bischof, C. Janis, E.M. Vilei et al. // Infect. Immun. 2008. - Vol. 76. - P. 263-269.

76. Blum H. Silver staining of proteins in Polyacrylamide gels / H. Blum, H. Beier, H.J. Gross // Electrophoresis. 1987. - Vol. 8. - P. 93-99.

77. Boguslavsky S. Molecular characterization of the Mycoplasma gallisepticum pvpA gene which encodes a putative variable cytadhesin protein / S. Boguslavsky, D. Menaker, I. Lysnyansky et al. II Infect. Immun. 2000. - Vol. 68. - P. 39563964.

78. Boorstein W.R. Molecular evolution of the HSP70 multigene family / W.R. Boorstein, T. Ziegelhoffer, E.A. Craig // J. Mol. Evol. 1994. - Vol. 38. - P. 1-17.

79. Bork P. Exploring the Mycoplasma capricolum genome a minimal cell reveals its physiology / P. Bork, C. Ouzounis, G. Casari et al. // Mol. Microbiol. 1995. -Vol. 16.-P. 955-967.

80. Braga P.C. Atomic Force Microscopy: Biomedical Methods and Applications / P.C. Braga, D. Ricci. Totowa: Humana Press, 2004. - 394 p.

81. Bredt W. Motility 11 In: The Mycoplasmas / M.F. Barile, S. Razin (eds). -Washington: Academic Press, 1979.-Vol. l.-P. 141-156.

82. Cecchini K.R. Transcriptional responses of Mycoplasma gallisepticum strain R in association with eukaryotic cells / K.R. Cecchini, T.S. Gorton, S.J. Geary // J. Bacteriol. 2007. - Vol. 189. - P. 5803-5807.

83. Chambaud I. Interactions between mycoplasma lipoproteins and the host immune system / I. Chambaud, H. Wroblewski, A. Blanchard // Trends Microbiol. 1999. - Vol. 7. - P. 493-499.

84. Charron A. A third DNA polymerase from Spiroplasma citri and two other spiroplasma / A. Charron, A. Castrovicio, C. Bebear et al. // J. Bacteriol. 1982. -Vol. 149.-P. 1138-1141.

85. Chernov V.M. Variability of the Vaa cytoadhesin genes in clinical isolates of Mycoplasma hominis / V.M. Chernov, O.V. Gorshkov, O.A. Chernova et al. // New Microbiol. 2005. - Vol. 28. - P. 373-376.

86. Chernov V.M. Acholeplasma laidlawii PG8 culture adapted to unfavorable growth conditions shows an expressed phytopathogenicity / V.M. Chernov, N.E. Moukhametshina, Y.V. Gogolev et al. // ScientificWorldJournal. 2007. - Vol. 7. -P. 1-6.

87. Chintalapati S. Role of membrane lipid fatty acids in cold adaptation / S. Chintalapati, M.D. Kiran, S. Shivaji // Cell. Mol. Biol. (Noisy-le-grand). 2004. -Vol. 50.-P. 631-642.

88. Christensen N.M. Phytoplasmas and their interactions with hosts / N.M. Christensen, K.B. Axelsen, M. Nicolaisen, A. Schulz // Trends Plant Sei. 2005. -Vol. 10.-P. 526-535.

89. Clark H.W. Sedimentation counting and morphology of Mycoplasma // J. Bacteriol. 1962. - Vol. 90. - P. 1373-1386.

90. Cole R.M. Transmission electron microscopy. Basic techniques // In: Methods in Mycoplasmology. Vol. 1. / Sh. Razin, J.G. Tully (eds). NY.: Academic Press, 1983.-P. 43-50.

91. Collett S.R. Monitoring broiler breeder flocks for Mycoplasma gallisepticum infection after vaccination with ts-11. Master's Diss. MMedVet (Altil.). 2005. -P. 79.

92. Constantopoulos G. Activities of aspartate and alanine aminotransferases in the Mollicutes A. laidlawii MG, M. pneumoniae FH and M. salivarium VV / G. Constantopoulos, G.J. McGarrity // Curr. Microbiol. 1989. - Vol. 19. - P. 213216.

93. Cordwell S J. Proteome analysis of Spiroplasma melliferum (A56) and protein characterisation across species boundaries / S.J. Cordwell, D.J. Basseal, I. Humphery-Smith // Electrophoresis. 1997. - Vol. 18. - P. 1335-1346.

94. Creuwels L.A. Effect of acylation on structure and function of surfactant protein C at the air-liquid interface // L.A. Creuwels, R.A. Demel, L.M. van Golde et al. // J. Biol. Chem. 1993. - Vol. 268. - P. 26752-26758.

95. Dallo S.F. Elongation factor Tu and El beta subunit of pyruvate dehydrogenase complex act as fibronectin binding proteins in Mycoplasma pneumoniae / S.F. Dallo, T.R. Kannan, M.W. Blaylock, J.B. Baseman // Mol. Microbiol. 2002. - Vol. 46. - P. 1041-1051.

96. DaMassa AJ. Effect of pH on growth and survival of three avian and one saprophytic mycoplasma species / A.J. DaMassa, H.E. Adler // Appl. Microbiol. -1969.-Vol. 17.-P. 310-316.

97. Delmonte C.S. Variety in DNA secondary structure / C.S. Delmonte, L.R.B. Mann // Curr. Sci. 2003. - Vol. 85. - P. 1564-1570.

98. Delwiche C.F. Phylogenetic analysis of tufA sequences indicates a cyanobacterial origin of all plastids / C.F. Delwiche, M. Kuhsel, J.D. Palmer // Mol. Phylogenet. Evol. 1995. - Vol. 4. - P. 110-128.

99. Deschenes R.J. Fatty acylation is important but not essential for Saccharomyces cerevisiae RAS function / R.J. Deschenes, J.R. Broach // Mol. Cell. Biol. 1987. - Vol. 7. - P. 2344-2351.

100. Dong T. The role of RpoS in bacterial adaptation / T. Dong, C. Joyce, H. E. Schellhorn // In: Bacterial Physiology. A Molecular Approach. / W. El-Sharoud (ed.). Berlin: Springer Heidelberg, 2007. - P. 313-337.

101. Duncan S. Luminescence-based detection of activity of starved and viable but nonculturable bacteria / S. Duncan, L.A. Glover, K. Killham, J.I. Prosser // Appl. Environ. Microbiol. 1994. - Vol. 60. - P. 1308-1316.

102. Duret S. Spiralin is not essential for helicity, motility, or pathogenicity but is required for efficient transmission of Spiroplasma citri by its leafhopper vector

103. Circulifer haematoceps / S. Duret, N. Berho, J.L. Danet et al. // Appl. Environ. Microbiol. 2003. - Vol. 69. - P. 6225-6234.

104. Dybvig K. Evidence for type III restriction and modification systems in Mycoplasma pulmonis / K. Dybvig, Z. Cao, C.T. French, H. Yu // J. Bacteriol. -2007.-Vol. 189.-P. 2197-2202.

105. Eaton S. The mitochondrial trifünctional protein: centre of a ß-oxidation metabolon? / S. Eaton, T. Bursby, B. Middleton et al. // Biochem. Soc. Trans. -2000.-Vol. 28.-P. 177-182.

106. Edward D.G. Recommendations on nomenclature of the order Mycoplasmatales / D.G. Edward, E.A. Freundt, R.M. Chanock // Science. 1967. -Vol. 155.-P. 1964-1966.

107. Edward R.L. Prokaryotic diversity: form, ecophysiology and habitat / R.L. Edward, J.H. Christon, R.K. Guy et al. // In: Manual of Environmental Microbiology / C. Hurst et al. (eds). Washington: ASM, 1997. - P. 14-24.

108. Eisen J.A. The RecA protein as a model molecule for molecular systematic studies of bacteria: comparison of trees of RecAs and 16S rRNAs from the same species//J. Mol. Evol. 1995. - Vol. 41. - P. 1105-1123.

109. Esnault C. Human LINE retrotransposons generate processed pseudogenes / C. Esnault, J. Maestre, T. Heidmann // Nat. Genet. 2000. - Vol. 24. - P. 363-367.

110. Fehri L.F. Resistance to antimicrobial peptides and stress response in Mycoplasma pulmonis / L.F. Fehri, P. Sirand-Pugnet, G. Gourgues et al. // Antimicrob. Agents Chemother. 2005. - Vol. 49. - P. 4154-4165.

111. Fenske J.D. Role of arginine deiminase in growth of Mycoplasma hominis / J.D. Fenske, G.E. Kenny // J. Bacteriol. 1976. - Vol. 126. - P. 501-510.

112. Fisher R.S. Sources of amino acids / R.S. Fisher, B.E. Fisher, R.A. Jensen // In: Mycoplasmas: molecular biology and pathogenesis / J. Maniloff, R.N. McElhaney, L. Finch, J.B. Baseman (eds). Washington: ASM, 1992. - P. 201209.

113. Folk R.L. SEM imaging of bacteria and nanobacteria in carbonate sediments and rocks J. Sediment. Petrol. - 1993. - Vol. 63. - P. 990-999.

114. Fox G.E. The phylogeny of prokaryotes / G.E. Fox, E. Stackebrandt, R.B. Hespell et al. // Science. 1980. - Vol. 209. - P. 457-463.

115. Freiberg C. The impact of transcriptome and proteome analyses on antibiotic drug discovery / C. Freiberg, H. Brötz-Oesterhelt, H. Labischinski // Curr. Opin. Microbiol. 2004. - Vol. 7. - P. 451-459.

116. Fräser C.M. The minimal gene complement of Mycoplasma genitalium / C.M. Fräser, J.D. Gocayne, O. White et al. // Science. 1995. - Vol. 270. - P. 397-403.

117. Freundt E.A. The classification of the pleuropneumonia group of organisms (Borrelomycetales) // Intern. Bull. Bacteriol. Nomencl. Taxon. 1955. - Vol. 5. -P. 67-78.

118. Ganesan B. Identification of the leucine-to-2-methylbutyric acid catabolic pathway of Lactococcus lactis / B. Ganesan, P. Dobrowolski, B.C. Weimer // Appl. Environ. Microbiol. 2006. - Vol. 72. - P. 4264-4273.

119. Ganesan B. Carbohydrate starvation causes a metabolically active but nonculturable state in Lactococcus lactis / B. Ganesan, M.R. Stuart, B.C. Weimer // Appl. Environ. Microbiol. 2007. - Vol. 73. - P. 2498-2512.

120. Girön J.A. Adherence, fibronectin binding, and induction of cytoskeleton reorganization in cultured human cells by Mycoplasma penetrans / J.A. Girön, M. Lange, J.B. Baseman // Infect. Immun. 1996. - Vol. 64. - P. 197-208.

121. Glew M.D. pMGA phenotypic variation in Mycoplasma gallisepticum occurs in vivo and is mediated by trinucleotide repeat length variation / M.D. Glew, G.F. Browning, P.F. Markham, I.D. Walker // Infect. Immun. 2000. - Vol. 68. - P. 6027-6033.

122. Görg A. The current state of two-dimensional electrophoresis with immobilized pH gradients / A. Görg, C. Obermaier, G. Boguth et al. // Electrophoresis. 2000. - Vol. 21. - P. 1037-1053.

123. Graumann P. Some like it cold: response of microorganisms to cold shock / P. Graumann, M.A. Marahiel // Arch. Microbiol. 1996. - Vol. 166. - P. 293-300.

124. Gribbon L.T. Oxidative metabolism in nonculturable Helicobacter pylori and Vibrio vulnificus studied by substrate-enhanced tetrazolium reduction and image processing / L.T. Gribbon, M.R. Barer // Appl. Environ. Microbiol. 1995. - Vol. 61.-P. 3379-3384.

125. Hamsten C. Expression and immunogenicity of six putative variable surface proteins in Mycoplasma mycoides subsp. mycoides SC / C. Hamsten, J. Westberg, G. Bölske et al. // Microbiol. 2008. - Vol. 154. - P. 539-549.

126. Heim S. The viable but nonculturable state and starvation are different stress responses of Enterococcus faecalis, as determined by proteome analysis / S. Heim, M. Lleo, B. Bonato et al. // J. Bacteriol. 2002. - Vol. 184. - P. 6739-6745.

127. Herbert K.C. Starvation survival in Listeria monocytogenes: characterization of response and the role of known and novel components / K.C. Herbert, S.J. Foster // Microbiol. 2001. - Vol. 147. - P. 2275-2284.

128. Hermann R. Mycoplasma pneumoniae and Mycoplasma genitalium: a comparison of two closely related bacterial species / R. Herrmann, B. Reiner // Curr. Opin. Microbiol. 1998. - Vol. 1. - P. 572-579.

129. Himmelreich R. Complete sequence analysis of the genome of the bacterium Mycoplasma pneumoniae / R. Himmelreich, H. Hilbert, H. Plagens et al. // Nucleic Acids Res. 1996. - Vol. 24. - P. 4420-4449.

130. Himmelreich R. Comparative analysis of the genomes of the bacteria Mycoplasma pneumoniae and Mycoplasma genitalium / R. Himmelreich, H. Plagens, H. Hilbert et al. //Nucleic Acids Res. 1997. - Vol. 25. - P. 701-712.

131. Höper D. Salt stress adaptation of Bacillus subtilis: a physiological proteomics approach / D. Höper, J. Bernhardt, M. Hecker // Proteomics. 2006. - Vol. 6. - P. 1550-1562.

132. Jaffe J.D. The complete genome and proteome of Mycoplasma mobile / J.D. Jaffe, N. Stange-Thomann, C. Smith et al. // Genome Res. 2004. - Vol. 14. - P. 1447-1461.

133. Jiang W. CspA, the major cold-shock protein of Escherichia coli, is an RNA chaperone / W. Jiang, Y. Hou, M. Inouye // J. Biol. Chem. 1997. - Vol. 272. - P. 196-202.

134. Jones P.G. Induction of proteins in response to low temperature in Escherichia coli / P.G. Jones, R.A. VanBogelen, F.C. Neidhardt // J. Bacteriol. -1987. Vol. 169. - P. 2092-2095.

135. Jones P.G. DNA gyrase, CS7.4, and the cold shock response in Escherichia coli / P.G. Jones, R. Krah, S.R. Tafuri, A.P. Wolffe // J. Bacteriol. 1992. - Vol. 174.-P. 5798-5802.

136. Joux F. Succession of cellular states in a Salmonella typhimurium population submitted to starvation in artificial seawater microcosms / F. Joux, P. Lebaron, M. Troussellier // FEMS Microbiol. Ecol. 1997. - Vol. 22. - P. 65-76.

137. Jovic J. Roles of stolbur phytoplasma and Reptalus panzeri (Cixiinae, Auchenorrhyncha) in the epidemiology of Maize redness in Serbia / J. Jovic, T. Cvrkovic, M. Mitrovic et al. // Eur. J. Plant. Pathol. 2007. - Vol. 118. - P. 85-89.

138. Kahane I. Pathogenic mycoplasmas cause oxidative stress in the host cells // The VI Intern. Congr. of the IOM. Birmingham. Alabama. 1986. - P. 70.

139. Kahane I. Synthesis and turnover of membrane protein and lipid in Mycoplasma laidlawii / I. Kahane, Sh. Razin // Biochim. biophys. acta. 1969. -Vol. 183.-P. 79-89.

140. Kaprelyants A.S. Dormancy in non-sporulating bacteria / A.S. Kaprelyants, J.C. Gottschal, D.B. Kell // FEMS Microbiol. Rev. 1993. - Vol. 140. - P. 271286.

141. Kasper D.L. Bacterial capsules. Old dogmas and new tricks // J. Infect. Dis. -1986. -Vol. 153.-P. 407-415.

142. Kell D.B. Viability and activity in readily culturable bacteria: a review and discussion of the practical issues / D.B. Kell, A.S. Kaprelyants, D.H. Weichart et al. //Antonie Van Leeuwenhoek. 1998. - Vol. 73. - P. 169-187.

143. Kim K.S. Effects of acetylation on physicochemical properties of J1S soy protein / K.S. Kim, J.S. Rhee // J. Food Biochem. 1989. - Vol. 13. - P. 187-199.

144. Knull H.R. Association of glycolytic enzymes with the cytoskeleton / H.R. Knüll, J.L. Walsh // Curr. Top. Cell. Regul. 1992. - Vol. 33. - P. 15-30.

145. Kogoma T. Stable DNA replication: interplay between DNA replication, homologous recombination, and transcription // Microbiol. Mol. Biol. Rev. 1997. -Vol. 61.-P. 212-238.

146. Korolev E.V. Tubular structures of Mycoplasma gallisepticum and their possible participation in cell motility / E.V. Korolev, A.V. Nikonov, M.S Brudnaya et al. // Microbiol. 1994. - Vol. 140. - P. 671-681.

147. Korotchkina L.G. Mutagenesis studies of the phosphorylation sites of recombinant human pyruvate dehydrogenase. Site-specific regulation / L.G. Korotchkina, M.S. Patel // J. Biol. Chem. 1995. - Vol. 270. - P. 14297-14304.

148. Madsen M.L. Transcriptome changes in Mycoplasma hyopneumoniae during infection / M.L. Madsen; S. Puttamreddy, E.L. Thacker et al. // Infect. Immun. -2008. Vol. 76. - P. 658-663.

149. Maniloff J. Phylogeny of Mycoplasmas // In: Mycoplasmas. Molecular biology and pathogenesis / J. Maniloff, R.N. McElhaney, L. Finch, J.B. Baseman (eds). Washington: ASM, 1992. - P. 549-560.

150. Maniloff J. The minimal cell genome: "On being the right size" // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1996. - Vol. 93. P. 10004-10006.

151. Maniloff J. Reconstructing the timing and selective events of mycoplasma evolution // Abst. Int. Cong, of IOM. Fukuoka. 2000. - P. 65.

152. Maniloff J. Phylogeny and Evolution // In: Molecular biology and pathogenicity of Mycoplasmas / Sh. Razin, R. Herrman (eds). NY.: Kluwer Academic/Plenum Publishers, 2002. - 572 p.

153. Manolukas J.T. Presence of anaplerotic reactions and transamination, and the absence of the tricarboxylic acid cycle in mollicutes / J.T. Manolukas, M.F. Barile, D.K. Chandler, J.D. Pollack // J. Gen. Microbiol. 1988. - Vol. 134. - P. 791-800.

154. May M. Identification of fibronectin-binding proteins in Mycoplasma gallisepticum strain R / M. May, L. Papazisi, T.S. Gorton, S.J. Geary // Infect. Immun. 2006. - Vol. 74. - P. 1777-1785.

155. McElhaney R.N. Membrane structure // In: Mycoplasmas, molecular biology and pathogenesis / J. Maniloff, R.N. McElhaney, L. Finch, J.B. Baseman (eds). -Washington: ASM, 1992.-P. 113-155.

156. McGarrity G.J. Effects of mycoplasmas on cell culture systems // In vitro. -1979.-Vol. 15.-P. 186-190.

157. McGarrity G.J. Cytogenetic effects of mycoplasmal infection of cell cultures / G.J. McGarrity, V. Vanaman, J. Sarama // In Vitro. 1984. - Vol. 20. - P. 1-19.

158. McGarrity G.J. Mycoplasmas and tissue culture cells / G.J. McGarrity, H. Kotani, H.Butler // In: Mycoplasmas: molecular biology and pathogenesis / J. Maniloff, R.N. McElhaney, L. Finch, J.B. Baseman (eds). Washington: ASM, 1992.-P. 445-456.

159. Mihoub F. Cold adaptation of Escherichia coli: microbiological and proteomic approaches / F. Mihoub, M.Y. Mistou, A. Guillot et al. // Int. J. Food Microbiol. 2003. - Vol. 89. - P. 171-184.

160. Mizunoe Y. Resuscitation of viable but nonculturable cells of Vibrio parahaemolyticus induced at low temperature under starvation / Y. Mizunoe, S.N. Wai, T. Ishikawa//FEMS Microbiol. Lett. 2000. - Vol. 186.-P. 115-120.

161. Mongiat M. Self-assembly and supramolecular organization of EMILIN / M. Mongiat, G. Mungiguerra, S. Bot, et al. // J. Biol. Chem. 2000. - Vol. 275. - P. 25471-25480.

162. Mukamolova G.V. Biochemical changes accompanying the long-term starvation of Micrococcus luteus cells in spent growth medium / G.V. Mukamolova, N.D. Yanopolskaya, T.V. Votyakova et al. 11 Arch. Microbiol. -1995a. -Vol. 163. P. 373-379.

163. Mukamolova G.V. Properties of dormant cells in stationary-phase cultures of Micrococcus luteus during prolonged incubation / G.V. Mukamolova, S.S. Kormer, N.D. Yanopolskaya, A.S. Kapreliyants I I Microbiol. 1995b. - Vol. 64. -P. 284-288.

164. Murphy C. Environmental survival mechanisms of the foodborne pathogen Campylobacter jejuni / C. Murphy, C. Carroll, K.N. Jordan // J. Appl. Microbiol. -2006. Vol. 100. - P. 623-632.

165. Murray-Rust J. Structural insights into the hydrolysis of cellular nitric oxide synthase inhibitors by dimethylarginine dimethylaminohydrolase / J. Murray-Rust, J. Leiper, M. McAlister et al. //Nat. Struct. Biol. 2001. - Vol. 8. - P. 679-683.

166. Mushegian A.R. A minimal gene set for cellular life derived by comparison of complete bacterial genomes / A.R. Mushegian, E.V. Koonin // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1996. - Vol. 93. - P. 10268-10273.

167. Muto A. Transcription and translation / A. Muto, C. Ushida // In: Molecular Biology and Pathogenicity of Mycoplasmas / S. Razin, R. Herrmann (eds). NY.: Kluwer Academic/Plenum Publishers, 2002. - P. 323-345.

168. Nagatomo H. Comparative studies of the persistence of animal mycoplasmas under different environmental conditions / H. Nagatomo, Y. Takegahara, T. Sonoda, et al. // Vet. Microbiol. 2001. - Vol. 82. - P. 223-232.

169. Nakabachi A. The 160-kilobase genome of the bacterial endosymbiont Carsonella / A. Nakabachi, H. Toh, H. Ishikawa et al. // Science. 2006. - Vol. 314.-P. 267.

170. Neimark H.C. Evolution of chromosome size in Mollicutes: chromosome size heterogeneity, genomic deletions, and disabled pathways / H. C. Neimark, P. Carle //IOM Lett. 1996.-Vol. 4.-P. 10-11.

171. Novitsky J.A. morphological characterization of small cells resulting from nutrient starvation of a psychrophilic marine vibrio / J.A. Novitsky, R.Y. Morita // Appl. Environ. Microbiol. 1976. - Vol. 32. - P. 617-622.

172. Nystrom T. The trials and tribulations of growth arrest // Trends Microbiol. -1995.-Vol.3.-P. 131-136.

173. Nystrom T. Nonculturable bacteria: programmed survival forms or cells at death's door? // BioEssays. 2003. - Vol. 25. - P. 204-211.

174. Nystrom T. Bacterial defense against aging: role of the Escherichia coli ArcA regulator in gene expression, readjusted energy flux and survival during stasis / T. Nystrom, C. Larsson, L. Gustaffson // EMBO J. 1996. - Vol. 15. - P. 3219-3228.

175. Ohniwa R.L. Dynamic state of DNA topology is essential for genome condensation in bacteria / R.L. Ohniwa, K. Morikawa, J. Kim et al. // EMBO J. -2006. Vol. 25. - P. 5591-5602.

176. Оке V. Multilevel regulation of the sporulation transcription factor sigma К in Bacillus subtilis / V. Оке, R. Losick // J. Bacteriol. 1993. - Vol. 175. - P. 73417347.

177. Oliver J.D. Formation of viable but nonculturable cells // In: Starvation in Bacteria / S. Kjelleberg (ed). NY.: Plenum Press, 1993. - P. 239-272.

178. Oliver J.D. The viable but non-culturable state in the human pathogen Vibrio vulnificus IIFEMS Microbiol. Lett. 1995. - Vol. 133. - P. 203-208.

179. Oliver J.D. The viable but nonculturable state in bacteria // J. Microbiol. -2005.-Vol. 43.-P. 93-100.

180. Orosz F. Enhanced association of mutant triosephosphate isomerase to red cell membranes and to brain microtubules / F. Orosz, G. Wagner, K. Liliom et al. // Biochemistry. 2000. - Vol. 97. - P. 1026-1031.

181. Oshima K. Phylogenetic relationships among mycoplasmas based on the whole genomic information / K. Oshima, H. Nishida // J. Mol. Evol. 2007. -Vol. 65.-P. 249-258.

182. Ovadi J. Metabolic consequences of enzyme interactions / J. Ovadi, P.A. Srere // Cell Biochem. Funct. 1996. - Vol. 14. - P. 249-258.

183. Papazisi L. The complete genome sequence of the avian pathogen Mycoplasma gallisepticum strain Riow / L. Papazisi, T.S. Gorton, G. Kutish et al. // Microbiol. 2003. - Vol. 149. - P. 2307-2316.

184. Paulsen I.T. Microbal genome analysis: global comparison of transport capabilities based on phylogenetics and substrate specificities / I.T. Paulsen, M.K. Sliwinski, M.H. Saier // J. Mol. Biol. 1998. - Vol. 277. - P. 573-592.

185. Peterson S.N. Characterization of repetitive DNA in the Mycoplasma genitalium genome: possible role in the generation of antigenic variation / S.N. Peterson, C.C. Bailey, J.S. Jensen et al. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1995. -Vol. 92.-P. 11829-11833.

186. Phillips Z.E. Bacillus subtilis sporulation and stationary phase gene expression / Z.E. Phillips, M.A. Strauch // Cell. Mol. Life Sci. 2002. - Vol. 59. -P. 392-402.

187. Pitonzo B.J. Resuscitation of microorganisms after gamma irradiation / B.J. Pitonzo, P.S. Amy, M. Rudin // Radiat. Res. 1999. - Vol. 152. - P. 71-75.

188. Piatt M.W. Protein phosphorylation in Mycoplasma gallisepticum / M.W. Piatt, Sh. Rottem, Y. Milner et al. // Eur. J. Biochem. 1988. - Vol. 176. - P. 6167.

189. Plou F.J. Acylation of subtilisin with long fatty acyl residues affects its activity and thermostability in aqueous medium / F.J. Plou, A. Ballesteros // FEBS Lett. 1994. - Vol. 339. - P. 200-204.

190. Polak-Vogelzang A.A. Survival of Mycoplasma gallisepticum in mains water // Avian Pathol. 1977. - Vol. 6. - P. 93-95.

191. Pollack J.D. Synthesis of saturated long chain fatty acids from sodium acetate-l-14c by mycoplasma / J.D. Pollack, M.E. Tourtellotte // J. Bacteriol. 1967. -Vol. 93.-P. 636-641.

192. Pollack J.D. The metabolic pathways of Acholepalsma and Mycoplasma: an overiew / J.D. Pollack, V.V. Tryon, K.D. Basemann // Yale J. Biol. Med. 1983. -Vol. 56.-P. 709-716.

193. Pollack J.D. Comparative metabolism of Mesoplasma, Entomoplasma, Mycoplasma, and Acholeplasma / J.D. Pollack, M.V. Williams, J. Banzon et al. // Int. J. Syst. Bacteriol. 1996. - Vol. 46. - P. 885-890.

194. Quillardet P. SOS-chromotest, a direct assay of a SOS-function in Escherichia coli K12 to measure genotoxity / P. Quillardet, O. Huisman, R.D. Ari, M. Hofnung // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1982. - Vol. 79. - P. 5971-5975.

195. Quillardet P. The screening, diagnosis and evaluation of genotoxic agents with batteries of bacterial tests / P. Quillardet, M. Hofnung // Mutat. Res. 1988. -Vol. 205.-P. 107-118.

196. Rawal B.D. "Nanobacterium sanguineum" is it a new life-form in search of human ailment or commensal: overview of its transmissibility and chemical means of intervention / B.D. Rawal, A.M. Pretorius // Med. Hypotheses - 2005. -Vol. 65.-P. 1062-1066.

197. Razin Sh. Isolation and characterization of mycoplasma membranes // In: The mycoplasmas / J.G. Tully, R.F. Whitcomb (eds). NY.: Academic Press, 1979. - Vol. 2. -P. 213-229.

198. Razin Sh. Class Mollicutes Edward and Freundt 1967 / Sh. Razin, E.A. Freundt // Bergey's manual of systematic bacteriology 1984. - Vol. 1. - P.740-793.

199. Razin Sh. The Genus Mycoplasma and Related Genera (Class Mollicutes) // Prokaryotes. 2006. - Vol. 4. - P. 836-904.

200. Razin Sh. Molecular biology and pathogeneity of mycoplasmas / Sh. Razin, O. Yogev, Y. Naot // Microbiol. Mol. Biol. Rev. 1998. - Vol. 62. - P. 10941156.

201. Regula J.T. Towards a two-dimensional proteome map of Mycoplasma pneumoniae / J.T. Regula, B. Ueberle, G. Boguth et al. // Electrophoresis. 2000. -Vol. 21.-P. 3765-3780.

202. Renaudin J. Extrachromosomal elements and gene transfer // In: Molecular Biology and Pathogenicity of Mycoplasmas / S. Razin, R. Herrmann (eds). NY.: Kluwer Academic/Plenum Publishers, 2002. - P. 347-370.

203. Roberts S.R. Characterization of Mycoplasma gallisepticum infection in captive house finches (Carpodacus mexicanus) in 1998 / S.R. Roberts, P.M. Nolan, G.E. Hill // Avian Dis. 2001. - Vol. 45. - P. 70-75.

204. Rocha E.P.C. Genomic repeats, genome plasticity and the dynamics of Mycoplasma evolution / E.P.C. Rocha, A. Blanchard // Nucleic Acids Res. 2002. -Vol. 30.-P. 2031-2042.

205. Rockabrand D. Bacterial growth state distinguished by single-cell protein profiling: does chlorination kill coliforms in municipal effluent? / D. Rockabrand, T. Austin, R. Kaiser, P. Blum // Appl. Environ. Microbiol. 1999. - Vol. 65. - P: 4181-4188.

206. Rogers M.J. Construction of the mycoplasma evolutionary tree from 5S rRNA sequence data / M.J. Rogers, J. Simmons, R.T. Walker et al. // Proc. Nat. Acad. Sei. USA.- 1985.-Vol. 82.-P. 1160-1164.

207. Romano N. Biosynthesis of saturated and unsaturated fatty acids by a T-strain mycoplasma (Ureaplasma) / N. Romano, S. Rottem, Sh. Razin // J. Bacteriol. -1976.-Vol. 128.-P. 170-173.

208. Rosen R. Proteome analysis in the study of the bacterial heat-shock response / R. Rosen, E.Z. Ron // Mass. Spectrom. Rev. 2002. - Vol. 21. - P. 244-265.

209. Roszak D.B. Survival strategies of bacteria in the natural environment / D.B. Roszak, R.R. Colwell //Microbiol. Rev. 1987. - Vol. 51. - P. 367-379.

210. Rottem Sh. Invasion of mycoplasmas into and fusion with host cells // In: Molecular Biology and Pathogenicity of Mycoplasmas / S. Razin, R. Herrmann (eds). -NY.: Kluwer Academic/Plenum Publishers, 2002. P. 391-401.

211. Sabra W. Effect of oxygen on formation and structure of Azotobacter vinelandii alginate and its role in protecting nitrogenase / W. Sabra, A.P. Zeng, H. Lünsdorf, W.D. Deckwer // Appl. Environ. Microbiol. 2000. - Vol. 66. - P. 4037-4044.

212. Sachidanandham R. Monitoring of active but non-culturable bacterial cells by flow cytometry / R. Sachidanandham, K.Y. Gin, C.L. Poh // Biotechnol. Bioeng. -2005.-Vol. 89.-P. 24-31.

213. Sachse K. Epitope mapping of immunogenic and adhesive structures in repetitive domains of Mycoplasma bovis variable surface lipoproteins / K. Sachse, J.H. Helbig, I. Lysnyansky et al. // Infect. Immun. 2000. - Vol. 68. - P. 680-687.

214. Sanei B. Experimental infection of chickens and turkeys with Mycoplasma gallisepticum reference strain S6 and North Carolina field isolate RAPD type B. / B. Sanei, H.J. Barnes, J.P. Vaillancourt, D.H. Leye // Avian Dis. 2007. - Vol. 51. -P. 106-111.

215. Schneider B. Presence of two sets of ribosomal genes in phytopathogenic mollicutes /B. Schneider, E. Seemuller // Appl. Environ. Microbiol. 1994. - Vol. 60.-P. 3409-3412.

216. Schönfeld H.J. The DnaK chaperone system of Escherichia coli: quaternary structures and interactions of the DnaK and GrpE components / H.J. Schönfeld, D. Schmidt, H. Schröder, B. Bukau // J. Biol. Chem. 1995. - Vol. 270. - P. 21832189.

217. Schreiber K. Anaerobic survival of Pseudomonas aeruginosa by pyruvate fermentation requires an Usp-type stress protein / K. Schreiber, N. Boes, M. Eschbach et al. // J. Bacteriol. 2006. - Vol. 188. - P. 659-668:

218. Schröder H. DnaK, DnaJ and GrpE form a cellular chaperone machinery capable of repairing heat-induced protein damage / H. Schröder, T. Langer, F.U. Hartl, B.Bukau // EMBO J. 1993. - Vol. 12.-P. 4137-4144.

219. Seemüller E. Mycoplasmas of plants and insects / E. Seemüller, M. Gamier, B. Schneider // In: Molecular Biology and Pathogenicity of Mycoplasmas / S. Razin, R. Herrmann (eds). NY.: Kluwer Academic/Plenum Publishers, 2002. - P. 91-115.

220. Sethi K.K. Neuraminidase Activity in Mycoplasma gallisepticum / K.K. Sethi, H.E. Müller // Infect. Immun. 1972. - Vol. 5. - P. 260-262.

221. Shimizu T. Survival of several mycoplasma species under various conditions / T. Shimizu, H. Nagatomo, K. Naghama // In: Recent Advances in Mycoplasmology / R.F. Whitcomb (ed.). Zentral. Fur Bacteriol., 1990. - P. 950952.

222. Shmelev V.K. A study of supramolecular organization of glycogenolytic enzymes in vertebrate muscle tissue / V.K. Shmelev, T.P. Serebrenikova // Biochem. Mol. Biol. Int. 1997. - Vol. 43. - P. 867-872.

223. Skamrov A. Gene re-arrangement and fusion in Mycoplasma gallisepticum thyA-nrdFEI locus / A. Skamrov, E. Feoktistova, M. Goldman, R. Beabealashvilli // FEMS Microbiol. Lett. 2001. - Vol. 200. - P. 31-35.V

224. Sladek T.L. Mycoplasma restriction: identification of a new type of restriction specificity for DNA containing 5-methylcytosine / T.L. Sladek, J.A. Nowak, J. Maniloff // J. Bacteriol. 1986. - Vol. 165. - P. 219-225.

225. Smith P.F. Comparative physiology of pleuropneumoniae-like and L-type organisms // Bacteriol. Rev. 1964. - Vol. 28. - P. 97-125.

226. Sneath P.H.A. Endospore-forming gram-positive rods and cocci // In: Bergey's Manual of Systematic Bacteriology / P.H.A. Sneath et al. (eds). -Baltimore: Williams & Wilkins, 1986. P. 1104-1139.

227. Stuart M.R. Influence of carbohydrate starvation and arginine on culturability and amino acid utilization of Lactococcus lactis subsp. lactis / M.R. Stuart, L.S. Chou, B.C. Weimer // Appl. Environ. Microbiol. 1999. - Vol. 65. - P. 665-673.

228. Su C.J. Molecular distinctions among clinical isolates of Mycoplasma pneumoniae / C.J. Su, S.F. Dallo, J.B. Baseman // J. Clin. Microbiol. 1990. -Vol. 28.-P. 1538-1540.

229. Su H.C. Mapping phosphoproteins in Mycoplasma genitalium and Mycoplasma pneumoniae / H.C. Su, C.A. Hutchison, M.C. Giddings // BMC Microbiology. 2007. - 7:63.

230. Taylor R.R. Diversity of energy-yielding substrates and metabolism in avian mycoplasmas / R.R. Taylor, K. Mohan, R.J. Miles // Vet. Microbiol. 1996. - Vol. 51.-P. 291-304.

231. Thieringer H.A. Cold shock and adaptation / H.A. Thieringer, P.G. Jones, M. Inouye // Bioessays. 1998. - Vol. 20. - P. 49-57.

232. Thomas L. Methaemoglobin Formation by Mycoplasma gallisepticum: the Role of Hydrogen Peroxide / L. Thomas, M.W. Bitensky // Nature. 1966. - Vol. 210.-P. 963-964.

233. Tomoyasu T. Levels of DnaK and DnaJ provide tight control of heat shock gene expression and protein repair in Escherichia coli / T. Tomoyasu, T. Ogura, T. Tatsuta, B. Bukau//Mol. Microbiol. 1998. - Vol. 30-P. 567-581.

234. Torkelson J. Genome-wide hypermutation in a subpopulation of stationary-phase cells underlies recombination-dependent adaptive mutation / J. Torkelson, R.S. Harris, MJ. Lombardo et al. // EMBO J. 1997. - Vol. 16. - P. 3303-3311.

235. Trachtenberg S. The cytoskeleton of spiroplasma: a complex linear motor // J. Mol. Microbiol. Biotechnol. 2006. - Vol. 11. - P. 265-283.

236. Try on V.V. Pathogenic determinants and mechanisms / V.V. Try on, J.B. Baseman // In: Mycoplasmas. Molecular biology and pathogenesis / J. Maniloff, R.N. McElhaney, L. Finch, J.B. Baseman (eds). Washington: ASM, 1992. - P. 457-470.

237. Ueberle B. The proteome of the bacterium Mycoplasma pneumoniae: comparing predicted open reading frames to identified gene products / B. Ueberle, R. Frank, R. Herrmann // Proteomics. 2002. - Vol. 2. - P. 754-764.

238. VanDemark P.J. Evidence for a tricarboxylic acid cycle in Mycoplasma hominis / P.J. VanDemark, P.F. Smith // J. Bacteriol. 1964. - Vol. 88. - P. 16021607.

239. Vasilieva S. SOS-chromotest methodology for fundamental genetic research // Res. Microbiol. 2002. - Vol. 153. - P. 435-440.

240. Voelker L.L. Association of lysogenic bacteriophage MAV1 with virulence of Mycoplasma arthritidis / L.L. Voelker, K.E. Weaver, L.J. Ehle, L.R. Washburn // Infect. Immun. 1995. - Vol. 63. - P. 4016-4023.

241. Vogl G. Mycoplasma gallisepticum invades chicken erythrocytes during infection / G. Vogl, A. Plaickner, S. Szathmary et al. // Infect. Immun." 2008. -Vol. 76.-P. 71-77.

242. Warner J.M. Randomly amplified polymorphic DNA analysis of clinical and environmental isolates of Vibrio vulnificus and other Vibrio species / J.M. Warner, J.D. Oliver // Appl. Envir. Microbiol. 1999. - Vol. 65. - P. 1141-1144.

243. Wasinger V.C. Progress with gene-product mapping of the Mollicutes: Mycoplasma genitalium / V.C. Wasinger, S.J. Cordwell, A. Cerpa-Poljak et al. // Electrophoresis. 1995.-Vol. 16.-P. 1090-1094.

244. Wasinger V.C. The proteome of Mycoplasma genitalium. Chaps-soluble component / V.C. Wasinger, J.D. Pollack, I. Humphery-Smith // Eur. J. Biochem. 2000. - Vol. 267. - P. 1571-1582.

245. Watson S.P. Characterization of the starvation-survival response of Staphylococcus aureus / S.P. Watson, M.O. Clements, S.J. Foster // J. Bacteriol. — 1998.-Vol. 180.-P. 1750-1758.

246. Williams M. A Mollicute DNA purification (Mycoplasma) repair enzyme: and characterization uracil-DNA of glycosylase / M. Williams, J.D. Pollack // J. Bacteriol. 1990. - Vol. 172 - P. 2979-2985.

247. Woese C.R. Bacterial evolution // Microbiol. Rev. 1987. - Vol. 51. - P. 221-271.

248. Woese C.R. Phylogenetic analysis of the mycoplasmas / C.R. Woese, J. Maniloff, L.B. Zoblen // Proc. Nat. Acad. Sei. USA. 1980. - Vol. 77. - P. 494498.

249. Xu H.S. Survival and viability of nonculturable Escherichia coli and Vibrio cholerae in the estuarine and marine environment / H.S. Xu, N. Roberts, F.L. Singleton et al. // Microb. Ecol. 1982. - Vol. 8. - P. 313-323.

250. Yamanaka K. Cold shock response in Escherichia coli // J. Mol. Microbiol. Biotechnol. 1999. - Vol. 1. - P. 193-202.

251. Yavlovich A. Internalization and intracellular survival of Mycoplasma pneumoniae by nonphagocytic cells / A. Yavlovich, M. Tarshis, S. Rottem // FEMS Microbiol. Lett. 2004. - Vol. 233. - P. 241-246.

252. Yogev D. A surface epitope undergoing high-frequency phase variation is shared by Mycoplasma gallisepticum and Mycoplasma bovis / D. Yogev, D. Menaker, K. Strutzberg et al. // Infect Immun. 1994. - Vol. 62. - P. 4962-4968.

253. Yogev D. Genetic mechanisms of surface variation / D. Yogev, G.F. Browning, K.S. Wise // In: Molecular Biology and Pathogenicity of Mycoplasmas / S. Razin, R. Herrmann (eds). NY.: Kluwer Academic/Plenum Publishers, 2002. -P. 417-443.

254. Zou N. DNA replication, repair and stress response / N. Zou, K. Dybvig // In: Molecular Biology and Pathogenicity of Mycoplasmas / S. Razin, R. Herrmann (eds). NY.: Kluwer Academic/Plenum Publishers, 2002. - P. 303-321.