Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему

Выявление структурных особенностей лизиновой тРНК, определяющих ее селективный импорт в митохондрии дрожжей

ВАК РФ 03.00.04, Биохимия

Содержание диссертации, кандидата биологических наук, Казакова, Елена Александровна

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ 5 ВВЕДЕНИЕ

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Импорт нуклеиновых кислот в митохондрии

1.1.1. Импорт тРНК в митохондрии простейших

1.1.2. Импорт тРНК в митохондрии растений

1.1.3. Импорт РНК в митохондрии млекопитающих

1.1.4. Импорт тРНК в митохондрии Басскаготусгь сегеуг81ае

1.2. Механизм импорта РНК в митохондрии 21 1.2.1 Участие мембранных факторов в импорте тРНК

1.2.2. Участие цитоплазматических факторов в импорте тРНК

1.2.2.1. Взаимодействие тРНК с аминоацил-тРНК-синтетазами

1.2.2.2. Участие аминоацил-тРНК-синтетаз в импорте тРНК

1.2.3. Структурные элементы тРНК, определяющие селективность импорта

1.2.4. Механизм переноса тРНК через митохондриальные мембраны

1.3. вЕЬЕХ. Использование метода для выявления нуклеотидов, определяющих специфичность взаимодействия с белковыми факторами

1.3.1. Основные принципы метода БЕЬЕХ

1.3.2. Поиск элементов в структуре тРНК, определяющих избирательные взаимодействия с АРСазами, с использованием метода 8ЕЬЕХ

2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ

2.1. Штаммы микроорганизмов

2.2. Генноинженерные методы

2.2.1. Исходные генноинженерные конструкции

2.2.2. Олигонуклеотид-направленный мутагенез

2.2.3. Выращивание урацил-содержащих фагов

2.2.4. Выделение однонитевой ДНК из фаговых частиц 60 2.2.5.Определение нуклеотидной последовательности рекомбинантных плазмид 61 2.2.6. Выделение и очистка рекомбинантных плазмид

2.3. Т7-транскрипция

2.3.1. Использование ПЦР для создания ДНК-матриц для Т7-транскрипции

2.3.2. Реакция Т7-транскрипции in vitro

2.4. Электрофорез нуклеиновых кислот в ПААГ и в агарозном геле

2.5. Радиоактивное мечение транскриптов

2.6. Транспорт радиоактивно меченных транскриптов гена тРНК и тРНК2 в изолированные митохондрии

2.7. Аминоацилирование транскриптов

2.8. Связывание транскриптов с npe-MSK

2.9. Импорт гибридных молекул тРНК2 в митохондрии дрожжей in vivo

2.9.1. Трансформация клеток S. cerevisiae

2.9.2. Выделение клеточной тРНК S. cerevisiae

2.9.3. Выделение митохондрий из клеток S. cerevisiae

2.9.4. Выделение митохондриальной тРНК

2.9.5. Гибридизация с олигонуклеотидными зондами

2.10. Метод SELEX

2.10.1. Создание вырожденной библиотеки для проведения SELEXa

2.10.2. Условия проведения связывания с npe-MSK и импорт в митохондрии

2.10.3. Обратная транскрипция и амплификация

2.10.4. Клонирование и секвенирование

2.10.5. Математические методы и программы

3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ

3.1. Элементы, определяющие селективность импорта в амииоакцепторном стебле лизиновой тРНК

3.1.1. Изучение гибридных молекул тРНК! и тРНК2 in vitro

4 Оглавление

3.1.2. Импорт мутантных тРНК in vivo

3.1.3. Роль оснований аминоакцепторного стебля в митохондриальном импорте тРНК

3.2. Поиск нуклеотидных последовательностей в молекуле лизиновой тРНК, способствующих избирательному импорту в митохондрии, с использованием метода SELEX

3.2.1. Характеристика библиотек РНК, отобранных в ходе селекции по способности к импорту в изолированные митохондрии

3.2.2. Характеристика библиотек РНК, отобранных по способности связываться с npe-MSK

3.2.3. Анализ полученных в ходе селекции последовательностей

3.2.4. Анализ индивидуальных вариантов

3.2.5. Обсуждение результатов селекции 112 4. ВЫВОДЫ

Введение Диссертация по биологии, на тему "Выявление структурных особенностей лизиновой тРНК, определяющих ее селективный импорт в митохондрии дрожжей"

Митохондрии имеют собственный геном и собственный трансляционный аппарат. Однако большинство митохондриальных белков закодированы в ядерном геноме, синтезируются в цитоплазме и транспортируются в митохондрии. Сравнительно недавно был открыт также импорт нуклеиновых кислот в митохондрии [Suyama, 1967; Suyama and Hamada, 1976; Schneider, 1994]. Импорт тРНК был показан для дрожжей [Martin et al., 1979], простейших [Suyama, 1982] и растений [Dietrich et al., 1993]. В митохондрии млекопитающих импортируются другие виды РНК, которые входят в состав РНКазы Р и митохондриальной сайт-специфической эндорибонуклеазы (MRP), а также 5S рРНК [Li al., 1994; Schneider, 1994]. Количество транспортируемых видов тРНК колеблется у различных организмов. У дрожжей импортируется только одна тРНК, а у трипаносоматид все тРНК закодированы в ядре. Несмотря на растущее количество примеров импорта РНК, очень мало известно о том, каким образом нуклеиновые кислоты импортируются в митохондрии.

Недавние исследования показали, что в самой последовательности тРНК могут быть элементы, определяющие специфичность импорта молекул. Подобные элементы обнаружены в антикодоне глутаминовой тРНК Tetrahymena pyriformis и в D-петле изолейциновой тРНК Leishmania tarentolae [Rusconi and Cech, 1996b; Mahapatra et al., 1998].

В нашей лаборатории изучаются механизмы импорта тРНК на примере лизиновой тРНК дрожжей. В клетках дрожжей Saccharomyces cerevisiae единствнная лизиновая тРНК с антикодоном CUU (тРНК!) импортируется в митохондрии. Другая лизиновая тРНК с антикодоном UUU (тРНК2) присутствует только в цитоплазме. Хотя существуют некоторые структурные различия тРНК1 и тРНК2, обе они аминоацилируются одной и той же цитоплазматической лизил-тРНК-синтетазой, KRS. В процессе импорта принимает участие предшественник митохондриальной лизил-тРНК-синтетазы, пре-MSK [Tarassov et al., 1995а]. Ранее в нашей лаборатории было показано, что нуклеотид в 34 положении антикодона является одним из элементов, определяющих специфичность импорта [Entelis et al., 1998].

Цель данной работы - изучение и поиск элементов в структуре импортируемой лизиновой тРНК, обеспечивающих ее избирательный импорт в митохондрии. Исследование механизмов импорта нуклеиновых кислот является одной из актуальных проблем современной биологии. Известно, что некоторые болезни человека связаны с мутациями в митохондриальных тРНК. Понимание процесса импорта тРНК поможет решению проблемы транспортировки генного материала непосредственно в митохондрии.

Заключение Диссертация по теме "Биохимия", Казакова, Елена Александровна

ВЫВОДЫ

1. Элементами аминоакцепторного стебля, определяющими селективность импорта в изолированные митохондрии лизиновой тРНК1, являются первая пара нуклеотидов в аминоакцепторном стебле G1-C72 и нуклеотид-дискриминатор U73.

2. Введение детерминант импорта в последовательность неимпортируемой лизиновой тРНК позволяет подобной молекуле импортироваться в митохондрии in vivo.

3. К высокоэффективному импорту в изолированные митохондрии способны производные тРНК1, сохраняющие структурные особенности D-ветви.

4. В изолированные митохондрии дрожжей способны проникать укороченные молекулы тРНК (50-60 н.), имеющие делеции различной протяженности в области антикодона, V-петли и Т-ветви, не имеющие классическую вторичную структуру типа "клеверного листа".

5. Селекции в районе предполагаемого антикодона тРНК не наблюдается, и различия в этой области не сказываются на избирательности импорта в митохондрии in vitro.

Библиография Диссертация по биологии, кандидата биологических наук, Казакова, Елена Александровна, Москва

1. Гловер Д.// Новое в клонирование ДНК. Методы.// п/ред. П.Л.Иванова, Москва, "Мир", 1989.

2. Зайцева Г.Н. и Энтелис Н.С.// Особенности структуры транспортных РНК и генетического кода митохондрий. // Успехи биологической химии. М. Наука, 1989 т.30,стр. 106-129.

3. Маниатис Т., Фрич Э., Сэмбрук Дж.// Методы генетической иженерии: Молекулярное клонирование. // п./ред Баева и К.Г. Скрябина, Москва "Мир", 1984.

4. Салганик Р.И.// Методы молекулярной генетики и генной иженерии// Новосибирск "Наука", 1990.

5. Тарасов И.А., Энтелис Н.С., Крашенинников И.А. // Импорт цитоплазматической лизиновой тРНК в митохондрии пекарских дрожжей: возможность изучения in vivo и in vitro. // Биохимия 1993 - Т. 58 (10) - С. 14931502.

6. Adhya S., Ghosh Т., Das A., Bera S.K., Mahapatra S.// Role of an RNA-binding protein in import of tRNA into Leishmania mitochondria.// J.Biol. Chem. -1997-V.272 (34)-pp. 21396-21402.

7. Akashi K., Sakurai K., Hirayama J., Ohyama K. // Occurence of nuclear-encoded tRNAlle in mitochondria of the liverwort Marchantia polymorfa. II Curr. Genet. 1996 -V. 30(2)- P. 181-185.

8. Akashi K., Hirayama J., Takenaka M., Yamaoka S., Syama Y., Fukuzawa H., Ohyama K.// Accumulation of nuclear-encoded tRNA (Thr) (AGU) in mitochondria of the liverwort Marchantia polymorfa. // Biohim Biophys Acta. 1997- V.1350(3)-pp. 262-266.

9. Alfonzo J.D., Blanc V., Estevez A.M., Rubio M.A., Simpson L. // С to U editing of the anticodon of imported mitochondrial tRNA(Trp) allows decoding of the UGA stop codon in Leishmania tarentolae.il EMBO J. -1999- 15; 18(24) pp.7056-6.

10. Aphasizhev R., Karmarkar U., Simpson L.// Are tRNAs imported into the mitochondria of kinetoplastid protozoa as 5'-extended precursors?// Mol Biochem Parasitol. -1998 15-V.93(l)-pp.73-80.

11. Asahara H., Himeno H., Tamura K., Nameki N., Hasegawa T., Shimizu M. // Escherichia coli seryl-tRNA synthetase recognizes tRNA(Ser) by its characteristic tertiary structure.// J. Mol Biol- 1994-V.25;236(3)-pp.738-48.

12. Asahara H., Nameki N., Hasegawa T. // In vitro selection of tRNAs Aminoacylated by E.coli Leucyl-tRNA Synthetase.// J. Mol Biol- 1998-V.283-pp.605-618.

13. Bauer M., Hofmann S., Neupert W., Brunner M.// Protein translocation into mitochondria: the role of TIM complexes.// Trends Cell Biol. -2000 -V.10(l)pp.25-31.

14. Beckett D. and Ulenbeck O.C.// Ribonucleoprotein complexes of R17 coat protein and a translation operator analog. // Mol. Cell. Biol.-1988- N 204- pp.927-938.

15. Bernardi and Spahr P-F. // Nucleotide sequence at the binding site for coat protein on RNA of bacteriophage R17. // PNAS. -1972-V. 69, pp.3033-3037.

16. Birnboim H.C. and Doly J. // A rapid alkaline extraction procedure for screening recombinant plasmid DNA. // Nucleic Acids Res -1979 -V. 24-N.7(6)-pp.l513-23.

17. Breitschopf K. and Gross H.J. // The exchange of the discriminator base A73 for G is alone sufficient to convert human tRNA into a serine-acceptor in vitro. II The EMBO J. 1994- V.13, N 31-pp.3166-3169.

18. Brubacher-Kauffmann S., Marechal-Drouard L., Cosset A., Dietrich A., Duchene A.M.// Differential import of nuclear-encoded tRNAGly isoacceptors into Solanum Tuberosum mitochondria.// Nucleic Acids Res 1999- V.l, N.27(9)-pp. 2037-42.

19. Chang D.D. and Clayton D.A. // A mamalian mitochondrial RNA processing activity contains nucleus-encoded RNA.// Sience 1987- V.235-pp. 1178-1184.

20. Chen D.H., Shi X., Suyama Y. // In vivo expression and mitohondrial import of normal and mutated tRNA (thr) in Leishmania. II Mol. Biochem. Parasitol. 1994-V.64(l)-pp. 121-133.

21. Del Rey F.J., Donahue T.F., Fink G. // Sigma, a repetitive element found adjacent to tRNA genes of yeast. // PNAS 1982- V.79-pp. 4138-4142.

22. Dietrich A., Weil J. H., Marechal-Drouard L.// Nuclear -encoded transfer RNAs in plant mitochondria.//Annu. Rev. Cell Biol.-1992- V.8, pp. 115-126.

23. Dietrich A., Small I., Carreiro V.T.C., Cosset A., Pelletier G., Weil J.H., Marechal-Drouard L. // Nuclear encoded tRNA and import tRNA in mitochondria of plants.// Abstracts of 15th international tRNA workshop.-1993-p.200.

24. Dietrich A., Small I., Cosset A., Weil J.H, Mareshal-Drouard L.// Editing and import: strategies for providing plant mitochondria with a complete set of functional transfer RNAs. // Biochimie-1996a-V. 78 (6)- pp.518-529.

25. Dietrich A., Marechal-Drouard L., Carneiro V., Cosset A, Small I.// A single base change prevents import of cytosolic tRNA(Ala) into mitochondria in transgenic plants.//Plant J. -1996b- 10 (5)-pp.913-918.

26. Doersen C.J., Guerrier-Takada C., Altman S., Attardi G.// Characterization of an RNase P activity from HeLa cell mitochondria. Comparison with the cytosol RNaseP activity. //J. Biol. Chem.-1985- 25;260(10)-pp.5942-9.

27. Eriani G., Delarue M., Poch O., Gangloff J., Moras D. // Partition of tRNA synthetases into two classes based on mutually ezlusive sets of sequence motifs. // Nature- 1990-V. 347-N. 6289- pp.203-206.

28. Entelis N., Krasheninnikov I., Tarassov I.// Import of cytoplasmic lysine tRNA into baker's yeast mitochondria: test systems.// Biochemistry (Moscow)-1993-V. 58-pp. 1089-1096.

29. Entelis N., Kieffer S., Kolesnikova O., Martin R., Tarassov I. // Structural requirements of tRNALys for its import into yeast mitochondria.// PNAS-1998-V. 95-pp. 2838-2843.

30. Fitzwater T. and Polisky B.// A SELEX primer. // Methods Enzymol. 1996- 267-pp.275-301.

31. Freist W. and Gauss D.H.// Lysyl-tRNA synthetase.// Biol Chem Hoppe Seyler-1995-V.376(8)-pp.451 -72.

32. Giege R., Puglisi J.D., Florentz C. // tRNA Structure and Aminoacylation Efficiency.// J. Mol. Biol.- 1993-V 45-pp. 129-206.

33. Glick B., Beasley E., Schatz G. // Protein sorting in mitochondria.// TIBS-1992-V. 17-pp. 453-459.

34. Gold L., Brown D., He Y., Shtatland T., Singer B.S., Wu Y. // From oligonucleotide shapes to genomic SELEX: novel biological regulatory loops.// PNAS-1997-V.7;94(l)-pp.59-64.

35. Gray M. W. and Boyer P.H. // Phill. Trans. R. Soc. Lond.-1988- 319-pp. 135-147.

36. Hancock K., LeBlanc A.J., Danze D., Hajduk S.L. // Identification of nuclear encoded precursor tRNAs within the mitochondrion of Trypanosoma brucei II The Journal of Biological Chemistry-1992- Y.267, N.33-pp. 23963-23971.

37. Herrmann J. and Neupert W.// Protein transport into mitochondria.// Current Opinion in Microbiology -2000-V.3-pp.210-214.

38. Khvorova A.M., Motorin Yu.A., Wolfson A.D., Gladilin K.L// Anticodon -depedent amynoacylation of RNA minisubstrate by lisil tRNA syntetase // FEBS Lett.-1992- V. 314- N.3- pp.256-258.

39. Khvorova A, Kwak Y.G., Tamkun M., Majerfeld I., Yarus M. // RNAs that bind and change the permeability of phospholipid membranes. // PNAS-1999-V.14;96(19)-pp. 10649-54.

40. Kolesnikova O.A., Entelis N.S., Mireau H., Fox T.D., Martin R.P., Tarassov I.A. // Suppression of mutations in mitochondrial DNA by tRNAs imported from the cytoplasm. // Science- 2000 -15;289(5486)-pp.l931-3

41. Krieg R., Stucka R., Clark S., Feldmann H.,// The use of a synthetic tRNA gene as a novel approach to study in vivo transcription and chromatin structure in yeast.// Nucleic Acids Res -1991- V.19, N.14- pp.3849-3855.

42. Kumar R., Marechal-Drouard L., Akama K., Small I.// Striking differences in mitochondrial tRNA import between different plant species.// Mol. Gen. Genet. -1996- 252(4) pp. 401-411.

43. Kunkel T.A. // Rapid and efficient site-specific mutagenesis without phenotypic selection. // PNAS-1985- N.82(2)-pp.488-492.

44. Maarse A.C., Blom J., Grivell LA., Meijer, M.II MPI1, an essential gene encoding a mitochondrial membrane protein, is possibly involved in protein import into yeast mitochondria.// EMBO J.-1992- V.l 1, pp. 3619-3628.

45. Mahapatra S., Ghosh T., Adhya S.// Import of small RNAs into Leishmania mitochondria in vitro. //Nucleic Acids Res.-1994-V.22, N.16-pp. 3381-3386.

46. Mahapatra S., Adhya S.// Import of RNA into Leishmania mitochondria occurs through direct interaction with membrane-bound receptors. // J. Biol Chem-1996-271(34), pp. 20432-20437.

47. Mahapatra S., Ghosh S, Bera SK, Ghosh T., Das A, Adhya S.// The D arm of tRNATyr is necessary and sufficient for import into Leishmania mitochondria in vivo.ll Nucleic Acids Res.-1998-26 (9), pp.2037-2041.

48. Marechal-Drouard L., Weil J., H. Guillemut P.// Import of several tRNAs from cytoplasm into the mitochondria in bean Phaseolus vulgaris. II Nucleic Acids Res.-1988-V. 16-N. 11-pp. 4777-4788.

49. Marechal-Drouard L., Ramamonjisoa D., Cosset A., Weil J.H., Dietrich A.// Editing corrects mispairing in the acceptor stem of bean and potato mitochondrial phenylalanine transfer RNAs.// Nucleic Acids Res.-1993-V.25-N.21(21 )-pp.4909-4914.

50. Maniatis T., Fritch E.F., Sambrook J. // Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY, 1982.

51. Martin F., Reinbolt J., Dirheimer G., Ganngoff J., Eriani G. // Selection of tRNA(Asp) amber suppressor mutants having alanine, arginine, glutamine, and lysine identity// RNA- 1996-V.2(9)-pp.919-27.

52. Martin R.P., Schneller J.-M.,Stahi A.J.C., Dirhaimer C. // Import of nuclear deoxyribonycleic acid coded lisine -accepting (anticodone CUU) tRNA into yeast mitochondria// Biochemistry-1979-V. 18 - pp.4600-4605.

53. Martin J., Mahlke K., Pfanner N. // Role of an energized inner membrane in mitochondrial protein import. Delta psi drives the movement of presequences. // J. Biol. Chem.- 1991- Sep 25;266(27)-pp. 18051-7.

54. McClain W.H. and Foss K.// Changing the identity of a tRNA by introducing a G-U wobble pair near the 3' acceptor end.// Science, 1988, V.240, p.793-796.

55. McClain W.H, Foss K, Jenkins RA, Schneider J // Nucleotides that determine Escherichia coli tRNA(Arg) and tRNA(Lys) acceptor identities revealed by analyses of mutant opal and amber suppressor tRNAs.// PNAS- 1990 -V. 87 pp.9260-9264.

56. Moszko M., Gartner F., Pfanner N.// The protein import receptor MOM 19 of yeast mitochondria.// FEBS Lett.-1993- V. 226-pp.251-254.

57. Mottram J.C., Bell S.D., Nelson R.G., Barry J.D.// tRNAs of Trypanosoma brucei. Unusual gene organization and mitochondrial importation.// J. Biol. Chem. -1991-V.226, N.27-pp. 18313-18317.

58. Mirande M. and Waller J-P.// The yeast Lysyl-tRNA synthetase gene// J. Biol. Chem.- 1988.- V.263,N34-pp. 18443-18451.

59. Mukherjee S, Bhattacharyya SN, Adhya S// Stepwise transfer of tRNA through the double membrane of Leishmania mitochondria.// J. Biol. Chem.-1999-V. 29;274(44)-pp.31249-55.

60. Nabholz C.E., Hauser R., Schneider A.// Leishmania tarentolae contains distinct cytosolic and mitochondrial glutaminyl-tRNA synthetase activities.// PNAS -1997-V. 22;94(15)-pp.7903-8

61. Nabholz C.E., Horn E.K., Schneider A.//tRNAs and proteins are imported into mitochondria of Trypanosoma brucei by two distinct mechanisms.// Mol Biol Cell. -1999-V. 10(8)-pp. 2547-57.

62. Nagley P.// Trafficking in small mitochondrial RNA molecules.// Trends Genet.-1989-V. 5(3)-pp. 67-9.

63. Nameki N., Tamura K., Asahara H., Hasegawa T.// Recognition of tRNA(Gly) by three widely diverged glycyl-tRNA synthetases. // J. Mol. Biol.- 1997-V. 9-N.268(3)-pp.640-7.

64. Nameki N., Tamura K., Himeno H., Asahara H., Hasegawa T., Shimizu M. // Escherichia coli tRNA(Asp) recognition mechanism differing from that of the yeast system.//Biochem Biophys Res Commun-1992 V. 15-N189(2)-pp. 856-62

65. Nelbock P., Stucka R., Feldmann H. // Different patterns of transposable elements in the vicinity of tRNA genes in yeast: a possible clue to transcriptional modulation.//Biol Chem Hoppe Seyler-1985- V.366(l l)-pp.1041-51.

66. Neupert W., Segui-Real B., Stuart R.// Transport of proteins into the various subcompartments of mitochondria. // FEBS Letters-1992-V. 313, N.l-pp. 2-7.

67. Oliphant A.R., Brandl C.J., Struhl K. // Defining the sequence specificity of DNA-binding proteins by selecting binding sites from random-sequence oligonucleotides: analysis of yeast GCN4 protein. // J. Mol. Cell Biol.-1989-V.9(7)-pp.2944-9.

68. Onesti S., Miller A.D., Brick P. // The crystal structure of the lysyl-tRNA synthetase from Esherihia coli. II Structure-1995-V.3, N. 2, p. 163-176.

69. Peterson E.T., Uhlenbeck O.C.// Determination of recognition nucleotides for Escherichia coli phenylalanyl-tRNA synthetase. 11 Biochemistry- 1992 27;31(42)-pp. 10380-9.

70. Peterson E.T., Blank J., Sprinzl M., Uhlenbeck O.C. // Selection for active E. coli tRNA(Phe) variants from a randomized library using two proteins. // EMBO J. -1993 -12(7) pp. 2959-67.

71. Peterson E.T., Pan T., Coleman J., Uhlenbeck O.C.// In vitro selection of small RNAs that bind to Escherichia coli phenylalanyl-tRNA synthetase. // J. Mol. Biol.-1994- 23;242(3)-pp. 186-92.

72. Pfanner N., Rassow J., Guiard B., Sollner T., Hartl F.U., Neupert W.// Energy requirements for unfolding and membrane translocation of precursor proteins during import into mitochondria.// J. Biol. Chem.-1990-V. 25;265(27)-pp.l6324-16329.

73. Pritchard A.E., Seilhamer J.J., Mahalingam R., Sable C.L., Venuti S.E., Cummings D.J. // Nucleotide sequence of the mitochondrial genome of Paramecium. II Nucleic Acids Res. -1990-V.18 pp.173-180.

74. Puglisi J.D., Putz J., Florentz C., Giege R.// Influence of tRNA tertiary structure and stability on aminoacylation by yeast aspartyl-tRNA synthetase. // Nucleic Acids Res -1993-V.l 1 -N21(1), p. 41-49.

75. Putz J., Florentz C., Benseler F., Giege R.// A single methyl group prevents the mischarging of a tRNA.//Nat. Struct. Biol.-1994-V.l(9)-pp.580-2

76. Ramesh V., Varshney U., Rajbhandary U.L. // Intragenic suppression in tRNA: evidence for crosstalk between the D and the T stems. // RNA -1997-V.3(1 l)-pp.l22032

77. Rusconi C.P and Cech T.R.// Mitochondrial import of only one of three nuclear-encoded glutamine tRNAs in Tetrahymena thermophila. II EMBO J.- 1996a-V. l;15(13)-3286-95.

78. Rusconi C.P. and Cech T.R.// The anticodon is the signal sequence for mitochondrial import of glutamine tRNA in Tetrahymena. II Genes Dev.- 1996b -V.10 (22)- pp.2870-2880.

79. Ryan M.T., Wagner R., Pfanner N. // The transport machinery for the import of preproteins across the outer mitochondrial membrane// The International Journal of Biochemistry and Cell Biology-2000-V.32-pp. 13-21.

80. Saks M.E., Sampson J.R., Abelson J.N.// The transfer RNA identity problem: a search for rules. // Science-1994-V. 14;263(5144)-pp. 191-7.

81. Sampson J.R. and Saks M.E. // Selection of aminoacylated tRNAs from RNA libraries having randomized acceptor stem sequences: using old dogs to perform new tricks. // Methods Enzymol.-1996- 267-pp. 384-410.

82. Sbicego S., Nabholz C.E., Hauser R., Blum B., Schneider All In vivo import of unspliced tRNATyr containing synthetic introns of variable length into mitochondria of Leishmania tarentolae. //Nucleic Acids Res-1998- l;26(23)-pp.5251-5.

83. Scarabino D., Crisari A., Lorenzini S., Williams K., Tocchini-Valentini G.P. // tRNA prefers to kiss.// EMBO J.- 1999-16; 18(16)-pp.4571 -8.

84. Schatz G. // Signals guiding proteins to their correct locations in mitochondria// EJB-1987- V 165- pp. 1-6.

85. Schmitt M.E. and Clayton D.A // Yeast site-specific ribonucleoprotein endoribonuclease MRP contains an RNA component homologous to mammalian RNase MRP RNA and essential for cell viability. // Genes and Development-1992-V. 6-pp. 1975-1985.

86. Schneider A., McNally K., Agabian N. // Nuclear-encoded mitochondrial tRNAs of Trypanosoma brucei have a modified cytidine in the anticodon loop. // Nucleic Acids Res -1994a -V.22, N.18 p.3699-3705.

87. Schneider A., Martin J., Agabian N. // A nuclear encoded tRNA of Trypanosoma brucei is imported into mitochondria. //Mol. & Cell. Biol.-1994b-V.14, 2317-2322.

88. Schneider A. // Import of RNA into mitochondria. // Trends in Cell Biology-1994-V. 4- pp. 282-286.

89. Schneider A. // Cytosolic yeast tRNA (His) is covalently modified when imported into mitochondria of Trypanosoma brucei. II Nucleic Acids Res.-1996- 24 (7)-pp. 1225-1228.

90. Schneider D., Tuerk C., Gold L. // Selection of high affinity RNA ligands to the bacteriophage R17 coat protein. // J. Mol. Biol.-1992-V.5;228(3)-pp.862-9.

91. Shi X., Chen D.H., Suyama Y.// A nuclear tRNA gene cluster in the protozoan Leishmania tarentolae and differential distribution of nuclear-encoded tRNAs between the cytosol and mitochondria.// Mol Biochem Parasitol.-1994- 65(1)- pp.23-37.

92. Shlossmann J., Diemeier K., Pfanner N., Neupert W.// Specific recognation of mitochondrial preproteins by the cytosolic domain of the import receptor MOM72.// J. Biol. Chem.-1994-V. 269-pp. 11893-11901.

93. Smith D.W.E. McNamara A.L., Rice M., Natfield D.L. // The effects of a posttranscriphional modification on the function of tRNA isoaccepting specias in translation.// J. Biol. Chem.-1981-V. 256, p.10033-10036.

94. Smith D.W.E., McNamara A.L., Void B.S. // Lysine tRNAs from Bacillus subtilis 168: function of the isoacceptors in rabbit cell-free protein synthesizing system.// Nucleic Acids Res.-1982-V. 10-pp.3117-3124.

95. Sollner T., Rassow J., Pfanner N.// Analysis of mitochondrial protein import using translocation intermediates and specific antibodies.// Methods in cell biology-1991-V. 34, pp. 345-358.

96. Soma A., Kumagai R., Nishikawa K., Himeno H.// The anticodon loop is a major identity determinant of Saccharomyces cerevisiae tRNA(Leu).// J Mol Biol.- 1996-V.15;263(5)-pp.707-14.

97. Stehlin C., Burke B., Yang F., Liu H., Shiba K., Musier-Forsyth K.// Species-specific differences in the operational RNA code for aminoacylation of tRNAPro. // Biochemistry-1998-V.9-N.37(23)-pp.8605-13

98. Steinberg S., Leclerc F., Cedergeren R. // Structural Rules and Conformational Compensations in the tRNA L-Form. // J. Mol. Biol.-1997-V.266-pp. 269-282.

99. Suyama.Y. // The origins of mitochondrial ribonucleic acids in Tetrahymena pyriformis. // Biochemistry-1967- N6-p.2829.

100. Suyama.Y. and Hamada J.// Imported tRNA: Its synthetase as a probable transport protein.// In Genetics and biogenesis of chloroplasts and mitochondria (ed. Bucher et al.)-1976-p.763.

101. Suyama Y. // Native and imported tRNAs in Tetrahymena mitochondria: Evidence for their involvement in intramitochondrial translation.// Mitochondrial genes, New York, Cold Spring Harbor-1982- pp. 449-455.

102. Suyama Y., Chen D., Lye L. // Selective import of nuclear-encoded tRNAs into mitochondria of the protozoan Leishmania tarentolae. II Molecular and Biochemical Parasitology.- 1993-V. 58-pp. 233-246.

103. Tamura K., Asahara H., Himeno H., Hasegawa T., Shimizu M.// Identity elements of Escherihia coli tRNA (Ala).// J. Mol. Recogn.-1991- V.4- pp. 129-132.

104. Tamura K., Himeno H., Asahara H., Hasegawa T., M.Shimizu. // In vitro study of E.coli Arg-tRNA and Lys-tRNA identity elements// Nucleic Acids Res.1992-V.20-pp.2335-2339.

105. Tarassov, I.A. and Entelis,N.S.// Mitochondrially imported cytoplasmic tRNA (CUU) of Saccharomyces cerevisiae in vivo and in vitro targeting systems.// Nucleic Acids Res.-1992-V. 20-pp. 1277-1281.

106. Tamura K. and Hasegawa T. // Role of the CCA end of tRNA and its vicinity in aminoacylation.// Nucleic Acids Res.-1997-V. 37-pp. 133-134.

107. Tarassov I. Entelis N., Krasheninnikov, I.// Import of cytoplasmic lysine tRNA into baker's yeast mitochondria: test systems.// Biojchemistry-Russia (in English)1993-V. 58- pp.1089-1096.

108. Tarassov I., Entelis N., Martin R.P. // Mitochondrial import of a cytoplasmic lysine tRNA in yest is mediated by cooperation of cytoplasmic and mitochondrial lysyl-tRNA synthetases. //EMBO J.-1995a-V. 14-pp.3461-3471.

109. Tarassov I., Entelis N., Martin R.P. // An intact protein translocating machinery is required for mitochondrial import of a yeast cytoplasmic tRNA. // J. Mol. Biol.-1995b-V. 245-pp.315-323.

110. Tuerk C. and Gold L. // Systematic evolution of ligands by exponential enrichment: RNA ligands to bacteriophage T4 DNA polymerase. // Science- 1990-V. 3;249(4968)-pp.505-10.

111. Vestweber D. and Schatz G.// DNA-protein conjugates can enter mitochondria via the protein import pathway.// Nature- 1989- 9;338(621 l)-pp.170-2.

112. Weil J.N, Dietrich A., Marechal-Drouard L. // Transfer RNAs and transfer RNA genes in mitochondria and chloroplasts. // Abstracts of 15th international tRNA workshop- 1993-p.10.1391. Список литературы

113. Witherell G. // Specific interaction between RNA phage coat proteins and RNA. //PNAS-1991-V.40-pp.l 85-220.

114. Yermovsky-Kammerer A.E. and Hajduk S.L. // In vitro import of a nuclearly encoded tRNA into the mitochondrion of Trypanosoma brucei. II Mol Cell Biol-1999-V. 19(9)-pp.6253-9.

115. Yoshionari S., Koike Т., Yokogawa Т., Nishikawa K., Ueda Т., Miura K., Watanabe К // Existence of nuclear-encoded 5S-rRNA in bovine mitochondria. // FEBS Lett.-1994-V. 31;338(2)-pp. 137-42.