Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему

Влияние белка SUUR на структуру политенных хромосом Drosophila melanogaster

ВАК РФ 03.00.15, Генетика

Автореферат диссертации по теме "Влияние белка SUUR на структуру политенных хромосом Drosophila melanogaster"

На правах рукописи

Колесникова Татьяна Дмитриевна

Влияние белка 81Л1Я на структуру политенных хромосом ИгоБоркИа теЫпо^аМег

Генетика - 03.00.15

АВТОРЕФЕРАТ

ДИССЕРТАЦИИ НА СОИСКАНИЕ УЧЕНОЙ СТЕПЕНИ КАНДИДАТА БИОЛОГИЧЕСНКИХ НАУК

Новосибирск - 2005

Работа выполнена в лаборатории молекулярной цитогенетики Института цитологии и генетики СО РАН, г.Новосибирск

Научный руководитель: чл.-кор. РАН, доктор биологических наук,

профессор Жимулбв Игорь Федорович Институт цитологии и генетики СО РАН, г. Новосибирск Официальные оппоненты: доктор биологических наук

Омельянчук Леонид Владимирович Институт цитологии и генетики СО РАН, г. Новосибирск

доктор биологических наук, профессор Стегний Владимир Николаевич, Томский Государственный Университет, г. Томск

Ведущее учреждение: Институт биологии гена РАН, г. Москва

Защита состоится jbtcuf 2005 г. на утреннем заседании

диссертационного совета по защите диссертаций на соискание ученой степени доктора наук (7$ооъ.о" -ь/) при Институте цитологии и генетики СО РАН в конференц-зале Института по адресу: 630090, г.Новосибирск-90, проспект академика Лаврентьева, 10. e-mail: dissov@bionet.nsc.ru

С диссертацией можно ознакомиться в библиотеке Института цитологии и генетики СО РАН.

Автореферат разослан " 2005 г.

Ученый секретарь диссертационного совета доктор биологических наук

J/X^ ХД.Груздев

JUS^L

U^rov&i

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность проблемы

Исследования последних лет показали, что общим свойством организации геномов эукариот является их разделение на дискретные структурно-функциональные домены. Важнейшей характеристикой таких доменов является стабильное эпигенетичекое состояние, определенное положение в ядре и синхронная репликация в S-фазе. Во многих случаях именно время > репликации является определяющим для поддержания эпигенетического

состояния домена. Пространственно-временная картина репликации генома, в свою очередь, жестко регулируется в клеточном цикле. Механизмы, лежащие в основе такой регуляции, высоко консервативны у эукариот.

В политенных тканях D. melanogaster временная картина репликации имеет особенности, свойственные только этим тканям. Гетерохроматиновые районы политенных хромосом слюнных желез реплицируются значительно дольше, чем эухроматиновые, не успевают закончить репликацию до конца S-фазы и остаются недопредставленными. Было показано, что эти зоны недорепликации в значительной степени совпадают с поздно реплицирующимися районами в культуре клеток дрозофилы. Это указывает на общность организации и контроля репликации в разных тканях.

Ключевым регулятором времени репликации в политенных хромосомах слюнных желез D. melanogaster является ген Suppressor of Underreplication (SuUR). Ген SuUR кодирует белок из 962 аминокислот. Большинство положительно заряженных аминокислот локализуются в средней части белка. Там же расположены две последовательности, гомологичные известным сигналам ядерной локализациии, N-концевой район SUUR отделен от положительно заряженного кластера отрицательно заряженным районом. Первые 250 N-концевых аминокислот имеют умеренную гомологию с N-концевой частью АТФазного/геликазного домена, обнаруженного в семействе белков SNF2/SWI2 (Makunin et al., 2002, Рис. 2А). На политенных хромосомах слюнных желез белок SUUR связывается с районами прицентромерного, интеркалярного гетерохроматина (ПГХ и ИГХ), а также с районами хромосом, подверженными компактизации в результате эффекта положения мозаичного типа. У мутантов SuUR районы ИГХ заканчивают репликацию раньше в S-фазе, полностью политенизируются, и, как следствие, не формируют разломов. Некоторые /?-гетерохроматиновые районы ПГХ также полностью политенизируются и приобретают дисковый рисунок (Belyaeva et al., 1998, Zhimulev et al., 2003).

В настоящей работе для выяснения механизмов действия SUUR мы исследовали влияние мутации гена и избыточной экспрессии белка на репликацию и структуру политенных хромосом слюнных желез. Уникальный цитологический фенотип мутации SuUR оказался удобным инструментом для

РОС. НАЦИОНАЛЬНАЯ

БИБЛИОТЕКА .-ЦНетерб;}*-

ямУ»к _

1

цитогенетического анализа. Поэтому первая часть работы посвящена анализу прицентромерного района Х-хромосомы у мутантов SuUR. Мы исследовали, как соотносятся видимые на морфологическом уровне структуры политенной хромосомы с молекулярно-генетическими маркерами гетерохроматина митотической Х-хромосомы. Вторая часть работы посвящена исследованию структуры и функции белка SUUR с использованием метода эктопической экспрессии в системе GAL4-UAS. При помощи этой системы мы экспрессировали различные фрагменты белка, что позволило выяснить функциональное значение его отдельных участков.

Цель и задачи исследования

Целью данной работы было изучение влияния белка SUUR на структуру эу- и гетерохроматиновых районов политенных хромосом и выявление функционального значения отдельных его фрагментов.

В связи с этим были поставлены следующие конкретные задачи:

1. Провести цитогенетический анализ /?■ гетерохроматина политенной X-хромосомы и исследовать влияние мутации SuUR на его структуру.

2. Проанализировать доминантные фенотипы, возникающие при эктопической экспрессии SUUR в разных тканях в системе GAL4-UAS.

3. Получить мутации в трансгене UAS-SuUR при помощи EMS мутагенеза.

4. Получить трансгенные линии, экспрессирующие С-концевые фрагменты SUUR.

5. Исследовать функциональную значимость отдельных участков SUUR на основании цитогенетического анализа фенотипов, возникающих под влиянием эктопической экспрессии мутантных трансгенов.

Научная новизна

Впервые построена цитологическая карта района 20 политенной X-хромосомы, позволяющая локализовать наиболее проксимальные гены этого района. Впервые показано, что для района 20 характерны значительные межлинейные различия морфологии, связанные как с транс-модификаторами, так и с цис-факторами. Установлено, что в политенной Х-хромосоме значительная доля ^-гетерохроматина относится к митотическому эухроматину. Впервые получены доминантные фенотипы эктопической экспрессии SUUR в системе GAL4-UAS, Впервые показано, что SUUR имеет как минимум два отдельных района связывания с хромосомами и что его С-концевая часть контролирует недоре пликацию в интеркалярном и прицентромерном гетерохроматине. Эктопическая экспрессия N-концевых фрагментов SUUR удаляет эндогенный SUUR из политенных хромосом, вызывая фенотип SuUR', и индуцирует специфические морфологические изменения в гетерохроматине.

Практическая ценность

Впервые построенная цитологическая карта проксимального района политенной Х-хромосомы вплоть до районов, соответствующих границе митотического гетерохроматина Х-хромосомы, что позволяет производить тонкое картирование многочисленных цитогенетических маркеров, относимых к району 20. Показано, что для этого района характерна высокая межлинейная вариабельность морфологии, что снимает противоречия между литературными данными относительно картирования этого района. Характеристика доминантных фенотипов при эктопической экспрессии 5и1Ж и его фрагментов является базой для дальнейших исследований структуры и функции гена ЯиС/Я О. теЫпо^ахкг.

Апробация работы

Результаты работы представлены на международных конференциях в докладах и стендовых сообщениях: на 5-ой международной конференции по гетерохроматину (Кортона, Италия, 2001), 6-ой международной конференции по гетерохроматину (Равелло, Италия, 2003), 14-ой международной хромосомной конференции (Вюрцбург, Германия 2001), международной конференции «Хроматин и регуляция транскрипции» (Москва, 2003), Лаврентьевской конференции молодых ученых (Новосибирск, 2003), 44-ой и 45-ой конференциях по дрозофиле (Нью-Йорк, США, 2003, 2004).

Публикации

По теме диссертации опубликовано 10 работ.

Объем работы

Диссертация состоит из введения, обзора литературы, описания материалов и методов, результатов, обсуждения, а также выводов и списка цитируемой литературы, в которые входит 212 ссылок. Работа изложена на 136 страницах машинописного текста, содержит 4 таблицы и 35 рисунков.

Вклад автора

Основные результаты получены автором самостоятельно. Электронно-микроскопический анализ политенных хромосом проводился совместно с д. б. н. В.Ф. Семешиным. Анализ влияния БТЛШ и его фрагментов на распределение НР1 на политенных хромосомах проводился совместно с Л. В. Болдыревой.

Благодарности

Автор выражает глубокую признательность член-корр. РАН И.Ф. Жимулеву, д.б.н. Е. С. Беляевой, к.б.н. Е. И. Волковой, к. б. н. И. В. Макунину, к. б. н. Д. Е. Корякову, д. б. н. В. Ф. Семешину и к. б. н. А. А. Горчакову за помощь в работе и обсуждение результатов. Автор также благодарен всем сотрудникам лаборатории молекулярной цитогенетики за постоянную поддержку.

МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

Линии Р. melanosaster описаны в справочнике (Lindsley, Zimm, 1992), базе данных FlyBase (http://www.FIvbase.org/). а также в статьях (Belyaeva et al., 1998, Колесникова и др., 2001, Volkova et al., 2003).

Приготовление цитологических препаратов

Давленные препараты слюнных желез получали, как описано в статье (Belyaeva et al., 1986). Процедура приготовления препаратов для гибридизации in situ и электронно-микроскопического анализа описана в статье (Колесникова и др., 2001), препаратов для иммунофлюоресцентного окрашивания - в статье (Zhimulev et al., 2003).

Процедуру гибридизации in situ выполняли по методу, описанному в статье (Zhang, Spradling, 1995) с небольшими модификациями с использованием набора для гибридизации фирмы Vector Laboratories.

Непрямое иммуноФлуореснентное окрашивание политенных хромосом выполняли по методике, описанной в статье (Zhimulev et al., 2003), с небольшими модификациями.

Антитела

Для детекции белка SUUR и его фрагментов использовали антитела F81 против N-концевой (Kolesnikova et al., 2005) и Е45 против средней части белка SUUR (Makunin et al., 2002). Для детекции С-концевых фрагментов SUUR использовали антитела против НА-эпитопа, любезно предоставленные В. Пирротой (Швейцария). Антитела против белка НР1 были любезно предоставлены С. Элгин (США). В качестве вторых антител использовали коньюгаты иммуноглобулина G (goat anti rabbit) с флюорохромом FITC и (goat anti mouse) с родамином (Sigma).

Детекция апоптоза проводилась по методике, описанной в статье (Abrams et al. 1993).

EMS мутагенез проводили согласно методике, описанной в сборнике (Grigliatti, 1998).

Для трансформации эмбрионов D. melanogaster использовали стандартный протокол (Spradling, Rubin, 1982).

Вестерн-блот анализ проводили согласно методике, описанной в статье (Poux et al. 2001)

РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ

Построение карты района 20 в линиях, несущих мутацию SuUR

Постоянство рисунка поперечной исчерченности считается фундаментальным свойством политенных хромосом, однако для прицеитромерных районов характерно варьирование морфологии. В линиях дикого типа в районе 20 виден лишь один четкий диск 20А1-2, а также относительно тонкий и не очень четкий диск 20 В1-2 (Рис. 1Б). В линиях с

мутацией SuUR район 20 "эухроматинизирован": часто выявляются тонкие диски, постоянно присутствуют до пяти крупных дисков, по которым район был разделен на секции A-F (Рис. 1В). Оказалось, что из-за значительных межлинейных различий построить обобщенную карту района на уровне тонких дисков нельзя. Мы построили карты для восьми линий, несущих мутацию SuUR. На Рис.Ш приведены примеры характерной морфологии и карты района 20 для четырех линий. Для установления соответствия дисков друг другу в хромосомах разных линий использовали гибридизацию in situ клона su(f), который мы локализовали на границе секций 20 Е и F.

Варьирование дискового рисунка в районе 20 определяется несколькими факторами. Во-первых, существенную роль играет уровень политенизации ► района. Во-вторых, на морфологию района влияют хромосомные перестройки.

Кроме того, морфологические особенности, характерные для каждой линии, сохраняются в хромосомах межлинейных гибридов. Такое поведение гомологов в гетерозиготе говорит о том, что различия дискового рисунка связаны с внутренними свойствами самого района. Мы предположили, что межлинейные различия в морфологии района 20 могут быть частично обусловлены присутствием или отсутствием длинных трактов повторенных элементов.

/{-гетерохроматин политенной Х-хромосомы соответствует зоне эу-гетерохроматинового перехода в митотической хромосоме

При помощи гибридизации in situ с политенными хромосомами мы прокархировали ген su(f), который принято считать самым проксимальным маркером эухроматина Х-хромосомы D. melanogaster, на границе районов 20Е и F. Цитологический анализ хромосомных перестроек показал, что хромосомный материал, расположенный проксимальнее точки разрыва инверсии In(l)sc4 (наиболее дистального известного маркера митотического гетерохроматина Х-хромосомы), не политенизируется даже у мутанта SuUR. Следовательно, митотический гетерохроматин, расположенный проксимальнее точки разрыва этой перестройки (Рис. 1А), не представлен в дисковой области района 20 даже на фоне мутации SuUR. Весь представленный в политенной Х-хромосоме митотический гетерохроматин соответствует небольшому фрагменту политенной хромосомы - району 20F. Тем самым мы подтвердили гипотезу, согласно которой значительная доля 0-гетерохроматина политенной Х-хромосомы, в отличие от /?-гетерохроматина хромосом 2 и 3, соответствует переходной зоне между эу- и I гетерохроматином.

В настоящее время прицентромерные районы рассматривают как особые хроматиновые домены, объединяющие черты эу- и гетерохроматина. Как и эухроматин, эти районы содержат гены; в то же время эти гены требуют для

4 3 т4 8

5С «( УМ ЗС 5С рп2Ь

1 1

Г I ур

' а.гл

26 27 28 29 30 31 32 \ 33

яо \

гОЫА

центромера

Дикий тип

■у,-г, г

Эиий

/ г .

1* 20А в О-Е Г 1В-А

я™4; Вии/?

гэЙ; ЭииЯ

ее4; ЭииЯ

Рис. 1. А) Положение точек разрыва инверсий и клонов ДНК в митотическом гетерохроматине Л'-хромосомы. ЯО-ядрышковый организатор. Б) Морфология района в хромосоме линии дикого типа (Ье£еуге, 1976). В) Район 20 Х-хромосомы в различных линиях, несущих мутацию Биия. Справа даны схематичные рисунки типичной для линии морфологии.

своей экспрессии присутствия гетерохроматиновых белков, НР1 и Su(var)3-9, и по молекулярным характеристикам соответствуют гетерохроматиновым генам. Мы показали, что SUUR действует именно на эти районы и практически не влияет на митотический гетерохроматин.

Система GAL4-UAS для исследования SUUR

Система GAL4-UAS используется для направленной экспрессии исследуемого гена в той или иной ткани (Brand, Perrimon, 1993). Для | эктопической экспрессии SUUR в этой системе были получены линии мух,

несущих встройку транспозона UAS-SuUR (Zhimulev et al.. 2003) в различные локусы генома. В таблице 1 приведено краткое описание фенотипов, вызванных эктопической экспрессией трансгенов VAS-SuUR.

Таблица!.

Место экспрессии Фенотип

Слюнная железа с начала эмбриогенеза (АВ1-САЬ4) У личинок третьего возраста маленькие слюнные железы

Слюнная железа в третьем личиночном возрасте (^яЗ-ОАЫ) «Пузыри» в районах прицентромерного интеркалярного гетерохроматина политенных хромосом слюнных желез (гЫти1еу е1 а1., 2003)

Крыловой имагинальный диск Нарушения развития крыла

Остальные имагинальные диски, нервные ганглии Нет видимых изменений

Повсеместная экспрессия №-ОАЬ4) Все полиплоидные ткани значительно меньших размеров, гибель личинок

Фолликулярные клетки яичников Стерильность самок

Можно видеть, что полиплоидные и диплоидные ткани по-разному реагируют на эктопическую экспрессию SUUR, что может отражать различное функциональное значение белка в этих тканях.

Полученные при помощи эктопической экспрессии доминантные фенотипы оказались удобным инструментом для получения функциональных мутаций в трансгене \JAS-SuVR.

Анализ функциональной значимости отдельных участков 8иия

Для исследования функций различных участков были созданы

линии мух, экспрессирующие различные фрагменты белка в системе САЬ4-ЦАв. Для этого мы использовали два подхода: 1) мухи, экспрессирующие концевую часть белка, были получены посредством ЕМ8-мутагенеза линии \JAS-SuUR; 2) были созданы линии мух, несущие новые /'-элементные конструкции, экспрессирующие С-концевые фрагмента SUUR (Рис.2).

Для проверки экспрессии трансгенных белков мы провели Вестерн-блот анализ. На Вестерн-блотах антитела Е45, полученные прогив средней части

rs5

геб

I -„о A8 669-962

I - НА-апитоп +NLS |

-районе C17 495-962

гомологией -

к AT-hook домену

Рис. 2. А) Теоретически предсказанные домены белка SUUR и участки белка, распознаваемые соответствующими антителами (Е45 и F81) ~ до*ен с Умеренной гомологией к АТФ-связываюшему домену группы белков SWI2/SNF2, -ни- часть белка, Хгащ™™ положительно заряженными основаниями, - - отрицательно заряженный участок белка, NLS - предсказанный сигн£Лде^ой

SSSmVVТ™еИТЫ iUUR- полУчениь1е мутагенезом транша } Сконцевые фрагменты SUUR. Числа соответствуют номерам аминокислот. J

«Да Or HS r$3 rs4 rs1 гев га2 rs5 175 .

62 ^

Рис. 3. Вестерн-блот тотального экстракта взрослых мух

ГаГеГГсАЫ 7™Р°ВаННЫе ФР—Е SUUR Z контролем драйвера rfe-GAL4. Детекция антителами Е45. OR и HS - контрольные

экстракты мух Oregon R и hsP70-SnUR, подвергнутых теплово^шо^

Таблица 2. Фенотипы мух и личинок, вызванные эктопической экспрессией фрагментов _____

Повсеместная экспрессия (Ла -САЬ4) Слюнная железа с раннего эмбриогенеза (АВ1-САЬ4) Фолликулярные клетки яичников Крыловой имагиналь-ный диск

виик Деталь Маленькие слюнные железы Самки стерильны Загнутые крылья

геЬвШК,.354+9 Нормальная жизнеспособность Слюнные железы нормального размера Самки фертильны Нормальные крылья

пЯ-БШИ,.*» гвЗ-виШы« гв^итГ«, Слюн-ные железы нормального размера, изменения струтуры хромосом слюнных желез (см. текст)

П5-81ШК,.779 Снижение жизнеспособности Слегка загнутые крылья

А8-8ииЕЦ69.%2 Нормальная жизнеспособность Нормальные крылья

С17-8ииЯ»5_9$2 Деталь Маленькие слюнные железы Самки стерильны

Таблица 3. Хромосомные фенотипы, вызванные эктопической экспрессией фрагментов 81ШК НД - нет данных ____

Спеиифичес кое связывание с районами ИГХ Индукция недореп- ликации Исчезновение слабых точек на фоне Удаление эндогенного виГО с хромосом Формирование пузырей

вит + + - -

ге^ит,.»^ - - - - -

пг-виинми - - + + -

«З-виШмя + - + + -

п^шж,« + - + НД +

гя5-8иш,.779 + - + НД +

габ-вЦЦИма НД + - - -

Ав-вии^^ - - - - -

СП-вииК^г + + - НД -

белка ЯиИЯ (Рис. 2А), позволяют выявлять только большой избыток БШЖ (Макишп е1 а1., 2002). Поэтому мы использовали в качестве положительного контроля экстракты из мух /и/?70-5мС/Л, предварительно подвергнув их тепловому шоку. Мух, несущих производные трансгена 1!А8-, скрещивали с драйверной линией с1а-САЬ4 для индукции повсеместной экспрессии БтЖ. Как можно видеть на Рис. 3, на Вестерн-блотах с помощью

антител Е45 выявляется по одному сигналу в экстрактах мух с/«-САЬ4>иА8-п4 и аМ}АЬ4>иА8-™5.

В иАБ-г^б мутация произошла в стартовом кодоне. В экстракте <1а-ОАЬ4>иА8-^6 выявляются множественные белковые полосы (Рис. 3), соответствующие, по-видимому, продуктам с альтернативных сайтов инициации трансляции.

В таблицах 2 и 3 суммированы результаты анализа фенотипов, вызванных эктопической экспрессией фрагментов 81ЛЖ.

Связывание фрагментов БШШ с хромосомами СЖ

Для того, чтобы исследовать паттерн хромосомной локализации фрагментов 81)1311, мы использовали драйвер специфично

индуцирующий экспрессию в слюнных железах в середине третьего личиночного возраста. Чтобы исключить вклад эндогенного 51ЛЖ в исследуемые линии ввели мутацию Биия.

Все фрагменты 81ЛЖ, как имеющие в своем составе предсказанный эндогенный сигнал ядерной локализации, так и «пришитые» к синтетическому N1^. способны связываться с хромосомами. Однако характер связывания различен. Фрагменты г^-ЯШШмгю и ге5-8и1Ж[.779 связываются со всеми дисками политенных хромосом. Аналогичная картина наблюдается при эктопической экспрессии полноразмерного БШЖ в тех же условиях (Макитп е1 а1., 2002). Белки СП-вии!^.^ и А8-8и1Жбб9-9б2 повсеместно связываются с хромосомами. Белок геЗ-ЗииКм^ связывается с хромосомами слабо, сигнал имеет форму гранул, в то же время локализация сигнала специфична: белок связывается с районами прицентромерного и интеркалярного гетерохроматина (ПГХ и ИГХ) (Рис. 4 А).

Фрагменты А8-5ииК669-%2 и ге4-8ииКм99 не перекрываются (Рис. 2). Не перекрываются и фрагменты СП-вии!^«^

и геЗ-Зиик^я- Следовательно, в белке 8ЬтиЯ присутствуют независимые районы, способные по-разному связываться с политенными хромосомами.

Фрагменты специфично узнают районы ПГХ и ИГХ

Для ответа на вопрос, способны ли различные фрагменты 81ЛШ связываться преимущественно с определенными районами хромосом, мы использовали драйвер агт-СМА. Этот драйвер индуцирует слабую мозаичную экспрессию в слюнных железах, что позволило нам экспрессировать ЭииЯ и его фрагменты в различных ядрах одной слюнной железы с разной интенсивностью.

Ы-концевые фрагменты ^-Бии^.^ и г85-8и1Ж]л79 специфично узнают районы ИГХ и ПГХ (Рис. 4Б), при этом не наблюдается существенных различий в характере связывания с хромосомами полноразмерного белка и этих фрагментов. Картина распределения белка на хромосомах

70А

. 63С

/

26А

22А

, I

г

в

Рис. 4. N-кониевые фрагменты SUUR специфично узнают районы ИГХ и ПГХ. Иммунолокализация на политенных хромосомах белков A) rs3-SUURi^ss Б) rs5-SUURi.799 В) CIT-SUUR,,^. Все отмеченные районы относятся к ИГХ. ХЦ-хромоцентр.

arm-GAL4>UAS-CI7; SuUR значительно варьирует. В редких случаях мы наблюдали специфическое связывание белка с районами прицентромерного и интеркалярного гетерохроматина (Рис. 4В). Итак, мы показали, что, подобно rs3-SUURM58. фрагменты rs4-SUURi.599, rs5-SUURi.779 и CI7-SUUR495.962 могут специфично связываться с хромосомами. При окраске антителами против НА-эпитопа на политенных хромосомах личинок arm-GAL4>UAS-/l§ специфического или дискового паттерна не наблюдается.

Два неперекрывающихся фрагмента - CI7-SUUR495.9« и rs3-SUURMig включающие часть положительно заряженного участка, демонстрируют способность специфично узнавать районы ПГХ и ИГХ. Можно предположить, что в белке SUUR есть два независимых участка специфичного связывания с этими районами. Однако интенсивность наблюдаемого специфичного сигнала связывания для этих фрагментов очень низкая. Лишь rs4-SuLTR_t.599, rs5~SuUR\. 779 демонстрируют картину связывания, полностью идентичную таковой для полноразмерного белка. Мы предполагаем, что именно средняя часть белка (примерно соответствующая положительно заряженному кластеру) отвечает за это связывание, и его фрагментов у C17-SUUR49S4«2 и is3-SUURi^5i достаточно для слабого, во специфичного, связывания.

В районе положительно заряженного кластера расположен домен, гомологичный домену AT-hook, который in vitro связывается с ДНК независимо от ее последовательности, но в зависимости от ее конформации (Bianchi and Beltrame, 2000). Можно предположить, что именно этот домен определяет специфичность связывания SUUR с политенными хромосомами. Мы знаем, что белок SUUR специфично связывается со всеми молчащими

районами хромосом, в том числе с эухроматиновыми районами, подверженными эффекту положения мозаичного типа. Это указывает на то, что специфичность связывания не должна определяться непосредственно последовательностью ДНК. Общими свойствами молчащих районов являются набор модификаций гистонов, белков-сайленсеров и конденсированная структура хроматина. Особая структура хроматина, в свою очередь, определяет особую топологию ДНК, которая может быть важна для связывания БиШ.

Эктопическая экспрессия 1Ч-концевых фрагментов вШШ вызывает

доминант-негативный фенотип

Оказалось, что постоянная эктопическая экспрессия в слюнных железах с ранних стадий развития всех Ы-концевых фрагментов БииЯ (^-ЭиШюбо, геЗ-вЩЖм«, rs4.SUURi.599 и геб-БииН)^) на фоне нормального аллеля 5и[/Л приводит к формированию хромосом, лишенных слабых точек (разломов) (Рис. 5). Такой фенотип характерен для линий в которых

отсутствует продукт гена (Ве1уаеуа е! а1., 1998; Макишп е1 а1., 2002). Таким образом, фрагменты белка, несущие Ы-концевую часть 81ДШ, могут вызывать доминант-негативный фенотип.

Рис. 5. Политенные хромосомы слюнных желез личинок АВ1-САЬ4>иА8-«2. Отмечены районы, в которых в норме с высокой частотой наблюдаются разломы.

Мы показали, что Ы-концевые фрагменты 8ииИ, в том числе самый короткий, ге2-8и1Жы6о, при эктопической экспрессии обладают способностью удалять эндогенный белок Биил с политенных хромосом. Обратим внимание на то, что гег-БЩЖьзбо сам не может связываться с хромосомами. Это может указывать на физическое взаимодействие Т>!-концевого района или непосредственно с эндогенным белком БЩЖ, или же с другими белками, необходимыми для нормального связывания БииЯ с хромосомами. Можно предположить, что БииК действует как гомо- или гетеромультимерный комплекс, формирование которою зависит от 1М-

концевого района. В пользу такого предположения говорит и форма сигнала (крупные гранулы), наблюдаемая при иммунолокализации Г83-8ШЖМ58 на политенных хромосомах.

Влияние фрагментов 8ЦШ на недорешшкацию в политенных хромосомах слюнных желез

В отсутствие белка вХЛЖ районы ИГХ политенных хромосом слюнных желез полностью политенизированы и не формируют разломов. Кроме того, дополнительной политенизации подвержены и некоторые районы ПГХ (Belyaevaetal., 1998).

При оверэкспрессии Ы-концевые фрагменты вШЖ (кЬвиШмя^, г$2-БиШизво, гвЗ-БШЖмзв, иД-виШ,^ и геб-виШьто) не способны индуцировать разломы (недорешшкацию ИГХ).

Набор белков, синтезирующихся при индукции экспрессии конструкции иАв-габ драйвером АВ1 -вАМ, имеют интактный С-конец. Исследование политенных хромосом АВ1-ОАЬ4>иА8-«б на фоне мутации Би1Ж показывает, что эти фрагменты способны вызывать появление многочисленных разломов в районах ИГХ (Рис. 6), то есть могут вызывать недорешшкацию и «спасение» фенотипа мутации Фрагменты С17-

Рис. 6. Разломы и эктопический контакт (стрелка) в политенных хромосомах АВ1-САЬ4>иА8-г.тб,- Биия.

8ЦТЖ495.962 и Ав-вШШвбм« также способны влиять на недорешшкацию. В хромосомах дати-ОАЬ4>иА8-С17; 5и£/Л наблюдаются редкие разломы и нет характерной для мутантов БиЦЯ дополнительной репликации в хромоцентре. Таким образом, за индукцию недорепликации отвечает, по-видимому, С-конец белка виШ.

Фрагменты 8ШЖ вызывают реорганизацию структуры политенных хромосом

Связывание 81ЛЖ и его фрагментов с разными районами политенных хромосом влияет на их морфологию. Эктопическая экспрессия

полноразмерного белка БиЧИ при индукции экспрессии драйвером SgsЗ-СА1А вызывает специфические обратимые нарушения морфологии, так называемые «пузыри», в районах ИГХ и ПГХ (2Ыти1еу е[ а1., 2003Ь).

_ . . «Пузыри», хотя и менее

^■¿■ьф*'

"А"*

тл?:

Рис. 7. Влияние эктопической экспрессии г85-8ииК1.779на морфологию политенных хромосом. «Пузыри» в районах ПГХ и ИГХ. ХЦ-хромоцентр.

выраженные, чем при экспрессии полноразмерного белка,

наблюдались при экспрессии длинных Ы-концевых

фрагментов БТДШ. С-концевые фрагменты БЩЖ не

индуцировали формирования «пузырей», что указывает на роль Ы-конца 5ииИ для индукции этого феномена. Короткие концевые фрагменты почти не связываются с политенными хромосомами, вследствие чего практически не влияют на их структуру.

Влияние эктопической экспрессии фрагментов вШШ на распределение белка НР1 на политенных хромосомах слюнных желез

Л. В. Болдыревой было показано, что избыточная экспрессия гена ЯииЯ приводит к перераспределению белка НР1 на политенных хромосомах. На препаратах из личинок, несущих SgsЗ-CALA>\JAS-SuUR и Нз-БииЯ, (после теплового шока) антитела, полученные против белка НР1, связываются со всеми дисками политенных хромосом, в то время как в контроле сигнал локализуется только в хромоцентре, хромосоме 4, районе 31 и теломерах.

Оказалось, что при избыточной экспрессии длинных И-концевых фрагментов, ге4-8и1Шм99 и геб-БииЛ 1.77ч, происходит перераспределение НР1, аналогичное наблюдаемому при избыточной экспрессии полноразмерного виШ. При экспрессии С-концевых фрагментов, С17-8ииК495^62 и, более короткого, А8-5иШ6М.()62, распределение НР1 соответствует таковому в линиях дикого типа. Таким образом, именно Ы-концевая часть белка 81ДЖ отвечает за перераспределение НР1.

На Рис. 8 суммированы данные по исследованию функциональной значимости отдельных фрагментов 81ДШ. Мы показали, что за индукцию недорепликации - основную функцию белка БииК - отвечает С-концевая часть белка. В этом участке не обнаружено гомологии к известным белковым доменам. Белок ЗШЖ имеет несколько независимых участков связывания с

хромосомой. С Ы-концевой частью связана функция фунция белок-белкового взаимодействия; кроме того, эта часть белка способна влиять на структуру политенных хромосом.

271-362 372-580

962

1-360

Белок-белковое взаимодействие (димеризация)

1-458

669-962

Индукция недорепликации Неспецифическое связывание с хромосомами

495-962

Специфическое связывание районов ИГХ и ПГХ 372-580

Связывание с хромосомами, аналогичное связыванию полноразмерного белка 81Л№

1-599

Формирование "пузырей" в ИГХ и ПГХ, перераспределение белка НР1 при эктопической экспрессии

Рис. 8. Функциональное значение различных участков белка 8111111

Выводы

1. Цитогенетический анализ прицентромерного района политенной X-хромосомы позволил установить, что /?-гетерохроматин политенной X-хромосомы соответствует специфической переходной зоне между эу- и гетерохроматином митотической хромосомы. Построена карта района 20 для восьми линий, несущих мутацию 5и1/Я. Обнаружена межлинейная вариабельность морфологии этого района.

2. Получены доминантные фенотипы при эктопической экспрессии БииЯ в системе ОАЬ4-иА8. Показано, что полиплоидные и диплоидные ткани по-разному реагируют на эктопическую экспрессию 81ЛЖ

а) Эктопическая экспрессия Б1ЛШ в слюнной железе значительно ингибирует политенизацию.

б) Повсеместная экспрессия 51ЛЖ приводит к гибели личинок.

в) Эктопическая экспрессия БииК в крыловом имагинальном диске вызывает апоптоз и, как следствие, нарушения развития крыла.

Анализ функциональной значимости отдельных участков SUUR показал, что:

а) С-концевая часть белка контролирует недорепликацию в интеркалярном и прицентромерном гетерохроматине, а при эктопической экспрессии супрессирует эндорепликацию;

б) в белке SUUR есть как минимум два независимых района связывания с хромосомами, способных специфически узнавать интеркалярный и прицентромерный гетерохроматин;

в) эктопическая экспрессия N-концевых фрагментов SUUR приводит к удалению эндогенного SUUR с политенных хромосом, вызывая фенотип SuUR~\

г) связывание фрагментов SUUR вызывает реорганизацию структуры политенных хромосом. Эктопическая экспрессия N-терминальных фрагментов SUUR индуцирует специфические «пузыри» в гетерохроматине;

д) эктопическая экспрессия N-концевых фрагментов SUUR перераспределяет белок НР1 на политенных хромосомах слюнных желез.

Публикации

1. Колесникова Т.Д.. Коряков Д.Е., Семешин В.Ф., Беляева Е.С., Жимулев И.Ф. Межлинейные различия в морфологии прицентромерного района политенной Х-хрочосомы в слюнных железах Drosophila melanogaster// Генетика. 2001. Т.37. N.12. С. 1632-1641.

2. Volkova, E.I., Yurlova, А.А., Kolesnikova. T.D.. Makunin, I.V., Zhimulev, l.F. Ectopic expression of the Suppressor of Underreplication gene inhibits endocycles but not the mitotic cell cycle in Drosophila melanogaster// Molec. Genet. Genomics. 2003. V.270(5). P.387—393.

3. Zhimulev, I.F., Belyaeva, E.S., Makunin, I.V., Pirrotta, V., Semeshin, V.F., Alekseyenko, A.A., Belyakin, S.N., Volkova, fc.l., Koryakov, D.E., Andreyeva, E.N., Demakova, O.V., Kotlikova, I.V., Kolesnikova. T.D.. Boldyreva, L.V., Nanayev, R.A. Intercalary heterochromatin in Drosophila melanogaster polytene chromosomes and the problem of genetic silencing// Genética. 2003. V.l 17(2-3). P.259—270.

4. Жимулёв И.Ф., Беляева E.C., Колесникова Т.Д.. Волкова Е.И. (2004). Интеркалярный гетерохроматин и проблема сайленсинга// Вестник ВОГиС. Т.8(2). С.81-85.

5. Kolesnikova T.D.. Makunin I.V., Volkova E.I., Pirrotta V., Belyaeva E.S., Zhimulev l.F. Functional dissection of the Suppressor of UnderReplication

protein of Drosophila melanogaster: identification of domains influencing chromosome binding and DNA replication// Genetica. 2005. (in press).

6. Троценко (Колесникова) Т.Д.. Коряков Д.Е., Жимулев И.Ф. Цитогенетический анализ прицентромерного района политенной X-хромомсомы дрозофилы Drosophila melanogaster!I Цитология. 2000. т. 42. С. 312.

7. Koryakov D.E., Domanitskaya E.V., Kolesnikova T.D.. Belyakin S.N., Belyaeva E.S., Semeshin V.F., Zhimulev I.F. Genetic control of heterochromatin differential polytenization in Drosophila// Chrom. Res. 2001. V.9 (suppl. 1). P.122-123.

8. Kolesnikova. T.P.. Volkova, E.I., Makunin, I.V., Pirrotta, V., Zhimulev, I.F. Isolation of mutations in VAS-SuUR transgene// A Dros. Res. Conf. 44. 2003. P.321C.

9. Yurlova A.A., Kolesnikova T.D.. Volkova E.I., Makunin I.V., Zhimulev I.F. Mutation of ATP-binding domein of the SuUR protein// A Dros. Res. Conf. 45. 2004. P.328A.

Ю.Белякин C.H., Колесникова Т.Д.. Макунин И.В., Волкова Е.И., Алексеенко A.A., Нанаев P.A., Болдырева Л.В., Беляева Е.С., Жимулёв И.Ф. Интекалярный гетерохромаатин в политенных хромосомах D. melanogaster и проблема гентического сайленсинга// Съезд ВОГиС. Москва. 2004. Т. 2. С. 238.

Подписано к печати 25.03.2005

Формат бумаги 60 х 90. Печ. л. 1. Уч. изд. л. 0,7

Тираж 100 экз. Заказ 46

Ротапринт Института цитологии и генетики СО РАН 630090, Новосибирск, пр. ак. Лаврентьева, 10.

РНБ Русский фонд

2005-4 45261

1152

2 2 АПР ?005

Содержание диссертации, кандидата биологических наук, Колесникова, Татьяна Дмитриевна

ВВЕДЕНИЕ.

Глава 1. Пространственно-временная картина репликации (обзор литературы).

1.1. Ориджины репликации.

1.2. Инициация репликации.

1.3. Программирование времени инициации репликации.

1.3.1. Программирование в клеточном цикле.

1.3.2. Положение в ядре играет важную роль в программировании ориджинов

1.3.3. Статус ацетилирования гистонов ориджинов определяет время инициации репликации.

1.3.4. У S. cerevisiae существует несколько независимых механизмов программирования позднего включения ориджинов.

1.3.5. Участие ORC в определении временной программы репликации.

1.4. Эффективность ориджинов репликации.

1.5. Фокусы репликации.

1.6. Скорость репликации.

1.7. Время репликации отдельных участков генома.

1.8. О связи транскрипции и репликации.

1.9. Значение точной временной последовательности репликации генома.

1.10. Пространственно-временная картина репликации в политенных тканях D. melanogaster.

1.10.1. Эндоцикл.

1.10.2. Репликация политенных хромосом слюнных желез.

1.11. Белок SUUR специфически контролирует недорепликацию в СЖ.

Глава 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.

2.1. Условия проведения опытов.

2.2. Линии D. melanogaster.

2.3. Приготовление давленых препаратов слюнных желез.

2.4. Приготовление препаратов политенных хромосом для гибридизации in situ

2.5. Процедура гибридизации in situ.

2.6. Приготовление препаратов для иммуноокрашивания политенных хромосом

2.7. Иммуноокрашивание политенных хромосом.

2.8. Анализ препаратов.

2.9. Детекция апоптоза.

2.10. EMS мутагенез.

2.11. Получение трансгенных мух.

2.12. Вестерн-блот анализ.

Глава 3. РЕЗУЛЬТАТЫ.

3.1.Цитогенетический анализ прицентромерного района политенной Xхромосомы.

3.1.1 .Морфология района 20.

3.1.2.Построение карты района 20 в линиях, несущих мутацию SuUR и цитологический анализ границ инверсий, разрывающих прицентромерный гетерохроматин Х-хромосомы.

3.1.3. Локализация генетических маркеров.

3.2. Фенотипы, вызванные эктопической экспрессией SUUR.

3.2.1. Эктопическая экспрессия SUUR ингибирует политенизацию в слюнных железах.

3.2.2. Повсеместная экспрессия SUUR ингибирует личиночный рост и приводит к летальности.

3.2.3. Влияние эктопической экспрессии SUUR на диплоидные ткани.

3.2.3.2. Экспрессия в крыловом имагинальном диске.

3.2.3.3.Экспрессия в других тканях.

3.3. Создание линий, экспрессирующих укороченные формы белка SUUR.

3.3.1.Мутагенез, направленный на получение мутаций в трансгене \JAS-SuUR

3.3.2. Анализ мутаций в трансгене.

3.3.3. Р-элементные конструкции на основе С-концевой части SUUR.

3.4. Анализ функциональной значимости отдельных участков SUUR.

3.4.1 Фенотипы эктопической экспрессии фрагментов SUUR.

3.4.2. Связывание фрагментов SUUR с хромосомами СЖ.

3.4.3. Фрагменты SUUR специфично узнают районы ИГХ.

3.4.4.Влияние эктопической экспрессии N-концевых фрагментов SUUR на эндогенный SUUR.

3.4.5. Влияние фрагментов SUUR на недорепликацию в политенных хромосомах СЖ.

3.4.6.Фрагменты SUUR вызывают реорганизацию структуры политенных хромосом.

Слипание дисков политенных хромосом.

Влияние на пуфы.

3.4.7.Влияния эктопической экспрессии фрагментов SUUR на распределение НР1 на политенных хромосомах СЖ.

3.4.7.1 .Оверэкспрессия SUUR вызывает перераспределение НР1 на хромосомах

3.4.7.2.Исследование влияния эктопической экспрессии фрагментов SUUR на распределение НР1 на политенных хромосомах СЖ.

3.4.8.Исследование взаимодействия эктопически экспрессированных фрагментов с избыточным полноразмерным SUUR.

Глава 4. ОБСУЖДЕНИЕ.

4.1. Влияние мутации SuUR на прицентромерный район политенной X-хромосомы.

4.2. Использование системы GAL4-UAS для исследования функционального значения гена SuUR.

4.3. Использование доминантных фенотипов в системе GAL4-UAS, для получения функциональных мутаций в трансгене UAS-SuUR.

4.4. Анализ функциональных участков SUUR.

4.4.1 .Влияние на репликацию.

4.4.2.Связывание с хромосомами.

4.4.3. Самоагрегация.

4.4.4.Влияние на структуру хромосом.

Выводы.

Введение Диссертация по биологии, на тему "Влияние белка SUUR на структуру политенных хромосом Drosophila melanogaster"

Актуальность проблемы

Исследования последних лет показали, что общим свойством организации геномов эукариот является их разделение на дискретные структурно-функциональные домены. Важнейшей характеристикой таких доменов является стабильное эпигенетичекое состояние, определенное положение в ядре и синхронная репликация в S-фазе. Во многих случаях именно время репликации является определяющим для поддержания эпигенетического состояния домена. Пространственно-временная картина репликации генома, в свою очередь, жестко регулируется в клеточном цикле. Механизмы, лежащие в основе такой регуляции, высоко консервативны у эукариот.

В политенных тканях D. melanogaster временная картина репликации имеет особенности, свойственные только этим тканям. Гетерохроматиновые районы политенных хромосом слюнных желез реплицируются значительно дольше, чем эухроматиновые, не успевают закончить репликацию до конца S-фазы, и остаются недопредставленными. Было показано, что эти зоны недорепликации в значительной степени совпадают с поздно реплицирующимися районами в культуре клеток дрозофилы. Это указывает на общность организации и контроля репликации в разных тканях.

Ключевым регулятором времени репликации в политенных хромосомах слюнных желез D. melanogaster является ген Suppressor of Underreplication (SuUR). Белок SUUR связывается с районами прицентромерного, интеркалярного гетерохроматина, а также с районами хромосом, подверженными компактизации в результате эффекта положения мозаичного типа. У мутантов SuUR эти районы хромосом заканчивают репликацию раньше в S-фазе. Как следствие, на политенных хромосомах исчезают разломы, и вместо /ff-гетерохроматина в прицентромерных районах наблюдается дисковый рисунок.

В данной работе для выяснения механизмов действия SUUR, мы исследовали влияние мутации гена и избыточной экспрессии белка на структуру эу- и гетерохроматиновых районов политенных хромосом.

Уникальный цитологический фенотип мутации SuUR оказался удобным инструментом для цитогенетического анализа. Поэтому первая часть работы посвящена анализу прицентромерного района Х-хромосомы у мутантов SuUR. Мы исследовали, как соотносятся видимые на морфологическом уровне структуры политенной хромосомы с молекулярно-генетическими маркерами гетерохроматина митотической Х-хромосомы.

Для исследования структуры и функции белка SUUR мы применили новый подход - эктопическую экспрессию в системе GAL4-UAS. При помощи этой системы мы экспрессировали различные фрагменты белка, что позволило выяснить функциональное значение его отдельных доменов.

Цель и задачи исследования

Целью данной работы было изучение влияния белка SUUR на структуру эу- и гетерохроматиновых районов политенных хромосом и выявление функционального значения отдельных его фрагментов.

В связи с этим были поставлены следующие конкретные задачи:

1. Провести цитогенетический анализ /?-гетерохроматина политенной X-хромосомы и исследовать влияние мутации SuUR на его структуру.

2. Проанализировать доминантные фенотипы, возникающие при эктопической экспрессии SUUR в разных тканях в системе GAL4-UAS.

3. Получить мутации в трансгене UAS-SuUR при помощи EMS мутагенеза.

4. Получить трансгенные линии, экспрессирующие С-концевые фрагменты SUUR.

5. Исследовать функциональную значимость отдельных участков SUUR на основании цитогенетического анализа фенотипов, возникающих под влиянием эктопической экспрессии мутантных трансгенов.

Научная новизна

Впервые построена цитологическая карта района 20 политенной X-хромосомы, позволяющая локализовать наиболее проксимальные гены района. Впервые показано, что для района 20 характерны значительные межлинейные различия морфологии, связанные как с транс-модификаторами, так и с цис-факторами. Показано, что в политенной Х-хромосоме значительная доля /?-гетерохроматина относится к митотическому эухроматину. Впервые получены доминантные фенотипы эктопической экспрессии SUUR в системе GAL4-UAS. Впервые показано, что SUUR имеет как минимум два отдельных района связывания с хромосомами, его С-концевая часть контролирует недорепликацию в интеркалярном и прицентромерном гетерохроматине. Эктопическая экспрессия N-концевых фрагментов SUUR удаляет эндогенный SUUR с политенных хромосом, вызывая фенотип SuURT, и индуцирует специфические морфологические изменения в гетерохроматине.

Практическая ценность

Впервые построенная цитологическая карта проксимального района политенной Х-хромосомы вплоть до районов, соответствующих границе митотического гетерохроматина Х-хромосомы, что позволяет производить тонкое картирование многочисленных цитогенетических маркеров, относимых к району 20. Показано, что для этого района характерна высокая межлинейная вариабельность морфологии, что снимает противоречия между литературными данными относительно правильного картирования этого района. Характеристика доминантных фенотипов при эктопической экспрессии SUUR и его фрагментов является базой для дальнейших исследований структуры и функции гена SuUR D. melanogaster.

Апробация работы

Результаты работы представлены на международных конференциях в докладах и стендовых сообщениях: на 5-ой международной конференции по гетерохроматину (Кортона, Италия, 2001), 6-ой международной конференции по гетерохроматину (Равелло, Италия, 2003), 14-ой международной хромосомной конференции (Вюрцбург, Германия 2001), международной конференции «Хроматин и регуляция транскрипции» (Москва, 2003), Лаврентьеве кой конференции молодых ученых (Новосибирск, 2003), 44-ой и 45-ой конференциях по дрозофиле (Нью-Йорк, США, 2003, 2004).

Объем работы

Диссертация состоит из введения, обзора литературы, описания материалов и методов, результатов, обсуждения, а также выводов и списка цитируемой литературы, в которые входит 212 ссылок. Работа изложена на 136 страницах машинописного текста, содержит 4 таблицы и 35 рисунков.

Заключение Диссертация по теме "Генетика", Колесникова, Татьяна Дмитриевна

Выводы

1. Цитогенетический анализ прицентромерного района политенной X-хромосомы позволил установить, что /?-гетерохроматин политенной X-хромосомы соответствует специфической переходной зоне между эу- и гетерохроматином митотической хромосомы. Построена карта района 20 для восьми линий, несущих мутацию SuUR. Обнаружена межлинейная вариабельность морфологии этого района.

2. Получены доминантные фенотипы при эктопической экспрессии SuUR в системе GAL4-UAS. Показано, что политенные и диплоидные ткани по-разному реагируют на эктопическую экспрессию SUUR. а) Эктопическая экспрессия SUUR значительно ингибирует политенизацию в слюнных железах. б) Повсеместная экспрессия SUUR приводит к гибели личинок. в) Эктопическая экспрессия SUUR в крыловом имагинальном диске вызывает апоптоз, и, как следствие, нарушения развития крыла.

3. Анализ функциональной значимости отдельных участков SUUR показал, что: а) С-концевая часть белка контролирует недорепликацию в интеркалярном и прицентромерном гетерохроматине, а при эктопической экспрессии супрессирует эндорепликацию. б) В белке SUUR есть как минимум два независимых района связывания с хромосомами, способных специфически узнавать интеркалярный и прицентромерный гетерохроматин. в) Эктопическая экспрессия N-терминальных фрагментов SUUR приводит к удалению эндогенного SUUR с политенных хромосом, вызывая фенотип SuUR~ г) Связывание фрагментов SUUR вызывают реорганизацию структуры политенных хромосом. Эктопическая экспрессия N-терминальных фрагментов SUUR индуцирует специфические пузыри в гетерохроматине. д) Эктопическая экспрессия N-терминальных фрагментов SUUR перераспределяет НР1 на политенных хромосомах СЖ.

Библиография Диссертация по биологии, кандидата биологических наук, Колесникова, Татьяна Дмитриевна, Новосибирск

1. Abdelilah-Seyfried S., Chan y. m., Zeng C., Justice n. J., Younger-Shepherd S., A gain-of-function screen for genes that affect the development of the Drosophila adult external sensory organ// Genetics. 2000. V. 155. P.733-752.

2. Ahmad K., Henikoff S., Histone H3 variants specify modes of chromatin assembly// Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2002. V.99. P.16477-16484.

3. Ahmad K., Henikoff S., Centromeres are specialized replication domains in heterochromatin//J. Cell Biol. 2001. V.153. N.l. P.101-110.

4. Aladjem M. I., Rodewald L. W., Kolman J. L., Wahl G. M. Genetic dissection of a mammalian replicator in the human beta-globin locus// Science. 1998. V.281. N.5379. P. 1005-1009.

5. Alexiadis V., Halmer L., Gruss C. Influence of core histone acetylation on SV40 minichromosomes replication in vitro// Chromosoma. 1997. V.105. P.324—331.

6. Alexiadis V., Varga-Weisz P. D., Bonte E., Becker P. В., Gruss C. In vitro chromatin remodelling by chromatin accessibility complex (CHRAC) at the SV40 origin of DNA replication // EMBO J. 1998. V.17. N.l2. P.3428-3438.

7. Allshire R., Bickmore W., Pausing for Thought on the Boundaries of Imprinting // Cell. 2000. V. 102. P.705-708.

8. Ananiev E.V., gvozdev V.A., Changed pattern of transcription and replication in polytene chromosomes of Drosophila melanogaster resulting from eu-heterochromatin rearrangement// Chromosoma. 1974. V.45. P. 173 191.

9. Ananiev E. V., Polukarova L. G., Yurov Y. В., Replication of chromosomal DNA in diploid Drosophila melanogaster cells cultured in vitro// Chromosoma. 1977. V.59. N.3. P.259-272.

10. Aparicio J. G., Viggiani C. J., Gibson D. G., Aparicio О. M., The Rpd3-Sin3 histone deacetylase regulates replication timing and enables intra-S origin control in Saccharomyces cerevisiae// Mol. Cell Biol. 2004. V.ll. P.4769-4780.

11. Aparicio О. M., Stout A. M., Bell S. P. Differential assembly of Cdc45p and DNA polymerases at early and late origins of DNA replication// Proc. Natl. Acad. Sci. U S A. 1999. V.96. N.16. P.9130-9135.

12. Asano M.,.wharton R. P, E2F mediates developmental and cell cycle regulation of ORC1 in Drosophila!IEMBO J. 1999. V.18. N.9. P.2435-2448.

13. Becker P. В., horz W. ATP-dependent nucleosome remodeling// Ann. Rev. Biochem. 2002. V.71. P.247-273.

14. Berezney R., Dubey D. D., Huberman J. A. Heterogeneity of eukaryotic replicons, replicon clusters,and replication foci// Chromosoma. 2000. V.108. P.471-484.

15. BICKMORE W. A., CAROTHERS A. D. Factors affecting the timing and imprinting of replication on a mammalian chromosome// J. Cell Sci. 1995. V.108. P.2801-2809.

16. Brand A. H., perrimon N. Targeted gene expression as a means of altering cell fates and generating dominant phenotypes// Development. 1993. V.l 18. P.401-415.

17. Bridger J. M., Boyle S., Kill I. R., Bickmore W. A. Re-modelling of nuclear architecture in quiescent and senescent human fibroblasts// Curr. Biol. 2000. V.10. N.3. P.149-152.

18. Brinton в. т., Caddle M. S., Heintz N. H. Position and orientation-dependent effects of a eukaryotic Z-triplex DNA motif on episomal DNA replication in Cos-7 cells//J. Biol. Chem. 1991. V.266. P.5153-5161.

19. BURGERS P. M. J. Eukaryotic DNA polymerases in DNA replication and DNA repair// Chromosoma. 1998. V.107. P.218-227.

20. Calvi B. R., Lilly M. A., Spradling A. C. Cell cycle control of chorion gene amplification// Genes Dev. 1998. V.12. P.734-744.

21. Capdevila J., Guerrero I. Targeted expression of the signaling molecule decapentaplegic induces pattern duplications and growth alterations in Drosophila wings// EMBO J. 1994. V.13. P.4459^468.

22. Chatterjee S. N., Mondal S. N., Mukherjee A. S. Interchromosomal asynchrony of DNA replication in polytene chromosomes of Drosophila pseudoobscura// Chromosoma. 1976. V.54. V.2. P.117-25.

23. Cheng L., Kelly T. J. Transcriptional activator nuclear factor I stimulates the replication of SV40 minichromosomes in vivo and in vitro// Cell. 1989. V.59. N.3. P.541-551.

24. Chesnokov I., Gossen M., Remus D., Botchan M. Assembly of functionally active Drosophila origin recognition complex from recombinant proteins// Genes Dev. 1999. V.13. P.1289-1296.

25. Cheutin Т., McNairn A. J., Jenuwein Т., Gilbert D. M., Singh P. В., Misteli T. Maintenance of Stable Heterochromatin Domains by Dynamic HP1 Binding// Science. 2003. V.299. N.5607. P.721-725.

26. Cosgrove A. J., Nieduszynski C. A., Donaldson A. D. Ku complex controls the replication time of DNA in telomere regions// Genes Dev. 2002. V.16. P. 2485-2490.

27. Cowell J. K., Hartmann-Goldstein I. J. Contrasting response of euchromatin and heterochromatin to translocation in polytene chromosomes of Drosophila melanogaster// Chromosoma. 1980. V. 79. P. 329 340.

28. Dalgaard J. Z., Klar A. J. S. swil and swi3 perform imprinting, pausing, and termination of DNA replication in S. pombe// Cell. 2000. V.102. P.745-751.

29. Delattre M., Spierer A., Tonka C.-H., Spierer P. The genomic silencing of position-effect variegation in Drosophila melanogaster: interaction between the heterochromatin-associated proteins Su(var)3-7 and HP1// J. Cell Sci. 2000. V.113. P.4253-4261.

30. Delgado S., Gomez M., Bird A., Antequera F. Initiation of DNA replication at CpG islands in mammalian chromosomes// EMBO J. 1998. V.17. P.2426-2435.

31. DePamphilis M. L. Replication origins in metazoan chromosomes: fact or fiction?// BioEssays. 1999. V.21. P.5-16.

32. Devlin R.H., Bingham В., Wakimoto B.T. The organization and expression of the light gene, a heterochromatic gene of Drosophila melanogaster I I Genetics. 1990. V. 125. P. 129 140.

33. Diffley J. F., Labib K. The chromosome replication cycle// J. Cell Sci. 2002. V.115. N.5. P. 869-872.

34. Dimitrova D. S., Gilbert D. M. The Spatial Position and Replication Timing of Chromosomal Domains Are Both Established in Early G1 Phase// Mol. Cell. 1999. V. 4. P.983-993.

35. Dimitrova D. S., Gilbert D. M. Temporally coordinated assembly and disassembly of replication factories in the absence of DNA synthesis// Nat. Cell Biol. 2000. V.2. N.10. P.686-694.

36. Donaldson A. D., Raghuraman M. K., Friedman K. L., Cross F. R., Brewer B. J., Fangman W. L. CLB5-dependent activation of late replication origins in S. Cerevisiae!/ Mol. Cell. 1998. V.2. N.2. P. 173-82.

37. Donaldson A. D., Blow J. J. DNA replication: stable driving prevents fatal smashes// Curr. Biol. 2001. V.ll. N.23. P.R979-982.

38. Drouin R., Lemieux N., Richer C-L. Analysis of DNA replication during S-phase by means of dynamic chromosome banding at high resolution// Chromosoma. 1990. V.99. P.273-280.

39. Dyson N. The regulation of E2F by pRB-family proteins// Development. 1998. V.12. P.2245-2262.

40. Edgar B. A., Orr-weaver T. L. Endoreplication Cell Cycles: More for Less// Cell. 2001. V.105. P.297-306.

41. Feger G., Vaessin H., Su Т. Т., Wolff E., Jan L. Y., Jan Y. N. dpa, a member of the MCM family, is required for mitotic DNA replication but not endoreplication in Drosophila// EMBO J. 1995. V.14. P.5387-5398.

42. Fitzpatrick C. a. , sharkov N. v., Ramsay G., Katzen A. L. Drosophila myb exerts opposing effects on s phase, promoting proliferation and suppressing endoreduplication//Development. 2002. V.129. P.4497-4507.

43. Follette p. J., Duronio R. J., O'Farrell P. H. Fluctuations in cyclin E levels are required for multiple rounds of endocycle S // Curr. Biol. 1998. V.8. N.4. P.235-238.

44. Gall J. G., Cohen E. H., Polan M. L. Repetitive DNA sequences in Drosophila// Chromosoma. 1971. V.33. P.319-344.

45. Gilbert D. M. Nuclear Position Leaves its Mark on Replication Timing// J. Cell Biol. 2001. V.152. N.2. P.F11-15.

46. Gilbert D. M. Replication timing and metazoan evolution// Nat. Genet. 2002. V.32. P.336-337.

47. Goldman M. A., Holmquist G. P., Gray M. C., Caston L. A., Nag A. Replication timing of genes and middle repetitive sequences// Science. 1984. V.224. P.686-692.

48. Hammond M., Laird C. Chromosome structure and DNA replication in nurse and follicle cells of Drosophila melanogaster 11 Chromosoma. 1985. V.91. P.267-278.

49. Havas K., Whitehouse I., Owen-Hughes T. ATP-dependent chromatin remodeling activities// Cell. Mol. Life Sci. 2001. V.58. P.673-682.

50. Healy M. J., Russell R. J., MlKLOS G. L. G. Molecular studies on interspersed repetitiv and unique sequences in the X chromosome of Drosophila melanogasterII Mol. Gen. Genet. 1988. V.213. P.63 71.

51. Heino T.I. Polytene chromosomes from ovarian pseudonurse cells of the Drosophila melanogaster otu mutant. I.Photographic map of chromosome 3// Chromosoma. 1989. V.97. p.363 373.

52. Henderson D. S., Banga S. S., Grigliatti T. A., boyd J. B. Mutagen sensitivity and suppression of position-effect variegation result from mutations in mus209, the Drosophila gene encoding PCNA// EMBO J. 1994. V.13. P.1450-1459.

53. Heun P., Laroche т., Raghuraman M. K., Gasser S. M. The positioning and dynamics of origins of replication in the budding yeast nucleus// J. Cell Biol. 2001. V.152. P.385-400.

54. Holmquist G. P. Chromosome bands, their chromatin flavors, and their functional features// Am. J. Hum. Genet. 1992. V.51. N.l. P.17-37.

55. Jaquet Y., Delattre M., Spierer A., Spierer p. Functional dissection of the Drosophila modifier of variegation Su(var)3-7// Development. 2002. V.129. Р.3975-3982.

56. Karpen G.H., Spradling A.C., Reduced DNA polytenization of a minichromosome region undergoing position-effect variegation in Drosophila// Cell. 1990. V.63. Р.97-107.

57. Katou Y., Kanoh Y., Bando M., Noguchi H., Tanaka H., Ashikari Т., Sugimoto K., Shirahige K. S-phase checkpoint proteins Tofl and Mrcl form a stable replication-pausing complex// Nature. 2003. V.424. N.6952. Р.1078-83.

58. Kim S. M., Dubey D. D., Huberman j. A. Early-replicating heterochromatin// Genes Dev. 2003. V.17. Р.330-335.

59. Koryakov D. E., Alekseenko A. A., Zhimulev I. F. Dynamic organization of the /?-heterochromatin in the Drosophila melanogaster politene X chromosome// Mol. Gen. Genet. 1999. V.260. P.503-509.

60. Kornher J. S., Kauffman S. A. Variegated expression of the Sgs-4 locus in Drosophila melanogaster// Chromosoma. 1986. V.94. P.205-216.

61. Koryakov D. е., Belyaeva E. S., Alekseyenko A. A., Zhimulev I. F. Alpha and beta heterochromatin in polytene chromosome 2 of Drosophila melanogaster/У Chromosoma. 1996. V.105. P.310-319.

62. Koryakov D. E., Alekseyenko A. A., Zhimulev I. F. Dynamic organization of the beta-heterochromatin in the Drosophila melanogaster polytene X chromosome// Mol. Gen. Genet. 1999. V.260. P.503-509.

63. Koryakov D. е., Zhimulev I. F., Dimitri P. Cytogenetic Analysis of the Third Chromosome Heterochromatin of Drosophila melanogaster// Genetics. 2002. V.160. N.2. P.509-517.

64. Koryakov D. E., Domanitskaya E. v., Belyakin S. N., Zhimulev i. f. Abnormal tissue-dependent polytenization of a block of chromosome 3 pericentric heterochromatin in Drosophila melanogaster// J. Cell Sci. 2003. V.116. Pt.6. P.1035-44.

65. Kraut R., Menon К. Zinn K. A gain-of-function screen for genes controlling motor axon guidance and synaptogenesis in Drosophila// Curr. Biol. 2001. V.ll. P. 417-430.

66. Lakhotia S. С., Roy J. K. The hyperactive X chromosome is not early replicating in mitotically active somatic cells of Drosophila nasuta males// Genome. 1995. V.38. N.l. P.148-152.

67. Lakhotia s. C., slnha P. Replication in Drosophila chromosomes. X. Two kinds of active replicons in salivary gland polytene nuclei and their relation to chromosomal replication patterns//Chromosoma. 1983. V.88. N.4. P.265-276.

68. Lamb M. M., Laird C. D. Three euchromatic DNA sequences underreplicated in polytene chromosomes of Drosophila and localized in constrictions and ectopic fibers// Chromosoma. 1987. V.95. P.227-235.

69. Lefevre G. A photographic representation and interpretation of the polytene chromosomes of Drosophila melanogaster salivary glands// Eds. M. Ashburner, E. Novitski. London; New York. Academic Press. 1976. V.la. P.31-66.

70. Liang C, Gerbi S. A. Analysis of an origin of DNA amplification in Sciara coprophila by a novel three-dimensional gel method// Mol. Cell Biol. 1994. V.14. N.2. P. 1520-1529.

71. Lilly M. A., Spradling A. C. The Drosophila endocycle is controlled by Cyclin E and lacks a checkpoint ensuring S-phase completion// Genes Dev. 1996. V.10. P.2514—2526.

72. Lima-DE-Faria a., Jaworska H. Late DNA synthesis in heterochromatin// Nature. 1968. V.217. P.138-142.

73. LlNDSLEY D.L., ZlMM G.G. The genome of Drosophila melanogaster// Academic Press. 1992.

74. Loupart M.-L., Krause S. A., Heck M. M. S. Aberrant replication timing induces defective chromosome condensation in Drosophila ORC2 mutants// Curr. Biol. 2000. V.10. P.1547-1556.

75. Lu L., zhang h., tower J. Functionally distinct, sequence-specific replicator and origin elements are required for Drosophila chorion gene amplification// Genes Dev. 2001. v.15. n.2. p.134-146.

76. Lunde K., biehs В., Nauber U., Bier E. The knirps and knirpsrelated genes organize development of the second wing vein in Drosophilall Development. 1998. V.125. P.4145—4154.

77. Ma H., Samarabandu J., Devdhar R. S., Acharya R., Cheng P. C., Meng C., Berezney R. Spatial and temporal dynamics of DNA replication sites in mammalian cells//J. Cell Biol. 1998. V.143. N.6. P.1415-1425.

78. MacAlpine D. M., Rodriguez H. K., Bell S. P. Coordination of replication and transcription along a Drosophila chromosome// Genes Dev. 2004. V.18. N.24. P.3094-3105.

79. Maison C., Almouzni G. HP1 and the dynamics of heterochromatin maintenance// Nat. Rev. Mol. Cell. Biol. 2004. V.5. N.4. P.296-304.

80. Makunin I. V., Volkova E. I., Belyaeva E. S., Nabirochkina E. N., Pirrotta V., zhimulev I. F. The Drosophila Suppressor of Underreplication Protein Binds to Late-Replicating Regions of Polytene Chromosomes// Genetics. 2002. V.160. P. 1023-1034.

81. MAL'ceva N. I., zhimulev I. F. Extent of politeny in the pericentric heterochromatin of politen chromosomes of psevdonurse cells of otu (ovarian tumor) mutants of Drosophila melanogaster// Mol. Gen. Genet. 1993. V.240. P.273-276.

82. Marahrens y., stillman в. Replicator dominance in a eukaryotic chromosome// ЕМВО J. 1994. v.13. n.14. P.3395-3400.

83. Marheineke K., Hyrien O. Aphidicolin triggers a block to replication origin firing in Xenopus egg extracts//J. Biol. Chem. 2001. V.276. N.20. P. 17092-17100.

84. MARIC C, Levacher В., Hyrien O. Developmental regulation of replication fork pausing in Xenopus laevis ribosomal RNA genes// J. Mol. Biol. 1999. V.291. N.4. P.775-788.

85. McNairn A. J., Gilbert D. M. Epigenomic replication: linking epigenetics to DNA replication// BioEssays. 2003. V.25. P.647-656.

86. MlAO H., SEILER J. A., BuRHANS W. C. Regulation of cellular and SV40 virus origins of replication by Chkl-dependent intrinsic and UVC radiation-induced checkpoints// J. Biol. Chem. 2003. V.278. N.6. P.4295-4304.

87. Miklos G. L. G., Cotsell J. N. Chromosome structure at interfaces between major chromatin types: a and P-heterochromatin// Bio Essays. 1990. V.12. P.l-9.

88. Miklos G. L., Rubin G. M. The role of the genome project in determining gene function: insights from model organisms// Cell. 1996. V.86. P.521-529.

89. Milan M. Cell cycle control in the Drosophila wing// Bioessays. 1998. V.20. P.969-971.

90. Mishra A., Lakhotia S. C. Replication in Drosophila chromosomes. VII. Influence of prolonged larval life on patterns of replication in polytene chromosomes of Drosophila melanogaster// Chromosoma. 1982. V.85. N.2. P.221-236.

91. Nakayasu Н., Berezney R. Mapping replicational sites in the eucaryotic cell nucleus//J. Cell Biol. 1989. V.108. P.l-11.

92. Noma К., alus С. D., GrewalS. I. Transitions in distinct histone H3 methylation patterns at the heterochromatin domain boundaries// Science. 2001. V.293. N.5532. P.1150-1155.

93. O'Keefe R. Т., Henderson S. C., Spector D. L. Dynamic organization of DNA replication in mammalian cell nuclei: spatially and temporally defined replication of chromosome-specific a-satellite DNA sequences// J. Cell Biol. 1992. V.116. P.1095-1110.

94. PFLUMM M. F., Botchan M. R. Ore mutants arrest in metaphase with abnormally condensed chromosomes// Development. 2001. V.128. Р.1697-1707.

95. Рак D. Т., Pflumm M., Chesnokov I., Huang D. W., Kellum R., Marr J., Romanowski P., Botchan M. R. Association of the origin recognition complex with heterochromatin and HP1 in higher eukaryotes// Cell. 1997. V.91. N.3. Р.311-323.

96. Pasero P., Bensimon A., Schwob E. Single-molecule analysis reveals clustering and epigenetic regulation of replication origins at the yeast rDNA locus// Genes Dev. 2002. V.l6. P.2479-2484.

97. Pazin M. J., Kadonaga J. T. SWI2/SNF2 and related proteins: ATP-driven motors that disrupt protein-DNA interactions?// Cell. 1997. V.88. P.737-740.

98. Pemov A., Bavykin S., Hamlin J. L. Attachment to the nuclear matrix mediates specific alterations in chromatin structure// Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1998. V.95. P.14757-14762.

99. Pokholkova G. V., Makunin I. V., Belyaeva E. S., Zhimulev I. F. Observations on the induction of position effect variegation of euchromatic genes in Drosophila melanogaster// Genetics. 1993. V.134. P.231-242.

100. Raghuraman М. K., Brewer В. J., Fangman W. L. Cell Cycle-Dependent Establishment of a Late Replication Program// Science. 1997. V.276. P.806-809.

101. Raghuraman M. К., Winzeler E. A., Collingwood D., Hunt S., Wodicka L., Conway A., Lockhart D. J., Davis R. W., Brewer B. J., Fangman W.L. Replication dynamics of the yeast genome// Science. 2001. V.294. N.5540. P. 115121.

102. Rastelli L., Chan C. S., Pirrotta V. Related chromosome binding sites for Zeste, suppressor of zeste and Polycomb group proteins in Drosophila and their dependence on Enhancer of zeste function// EMBO J. 1993. V.12. P.1513-1522.

103. Reeves R., Nissen M. S. The A«T-DNA-binding domain of mammalian high mobility group I chromosomal proteins// J. Biol. Chem. 1990. V.265. P.8573-8582.

104. Remus D., Beall E. L., Botchan M. R., DNA topology, not DNA sequence, is a critical determinant for Drosophila ORC-DNA binding// EMBO J. 2004. V.23. N.4. P.897-907.

105. RORTH P. A modular misexpression screen in Drosophila detecting tissue-specific phenotypes// Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1996. V.93. 12418-12422.

106. Rorth P., Szabo K., Bailey A., Laverty Т., Rehm J. et al. Systematic gain-of-function genetics in Drosophilall Development. 1998. V.125. P.1049-1057.

107. Royzman I., Orr-Weaver T. L. S phase and differential DNA replication during Drosophila oogenesis// Genes to Cells. 1998. V.3. P.767-776.

108. Rusche L. N., Kirchmaier A. L., Rine J. The establishment, inheritance, and function of silenced chromatin in Saccharomyces cerevisiaell Ann. Rev. Biochem. 2003. У.12. P.481-516.

109. Santocanale C, dlffley J. F. A Mecl- and Rad53-dependent checkpoint controls late-firing origins of DNA replication// Nature. 1998. V.395. P.615-618.

110. Sauer K., Knoblich J. A., Richardson H., Lehner C. F. Distinct modes of cyclin E/cdc2c kinase regulation and S-phase control in mitotic and endoreduplication cycles of Drosophila embryogenesis// Genes Dev. 1995. V.9. N.ll. P.1327-1339.

111. Schalet A. P., Lefevre G. The proximal region of the X chromosome// Eds. M. Ashburner, E. Novitski. London; New York. Academic Press. 1976. V.lb. P.847-902.

112. Schubeler D., Scalzo D., Kooperberg C., van Steensel В., Delrow J., Groudine M. Genome-wide DNA replication profile for Drosophila melanogaster. a link between transcription and replication timing// Nat. Genet. 2002. V.32. N.3. P.438-442.

113. Shirahige К., Hori Y., Shiraishi K., Yamashita M., Takahashi K., Obuse C., Tsurimoto т., Yoshikawa H. Regulation of DNA-replication origins during cell-cycle progression// Nature. 1998. V.395. N.6702. P.618-621.

114. Simpson R.T. Nucleosome positioning can affect the function of a cis-acting DNA element in vivo// Nature. 1990. V.343. P.387-389.

115. Smith A.V., Orr-Weaver t. L. The regulation of the cell cycle during Drosophila embryogenesis: the transition to polyteny// Development. 1991. V.112. P.997-1008.

116. Smith J. S., Caputo е., Boeke J. D. A genetic screen for ribosomal DNA silencing defects identifies multiple DNA replication and chromatin-modulating factors// Mol. Cell Biol. 1999. V.19. N.4. P.3184-3197.

117. STREHL S., LaSalle J. M,. Lalande M. High-resolution analysis of DNA replication domain organization across an R/G-band boundary// Mol. Cell Biol. 1997. V.17. N.10. P.6157-6166.

118. Su Т. Т., O'Farrell P. H., Chromosome Association of Minichromosome Maintenance Proteins in Drosophila Endoreplication Cycles// J. Cell Biol. 1998. V. 140. N. 3. P.451-460.

119. Sudarsanam P., Winston F., The Swi/Snf family nucleosome-remodeling complexes and transcriptional control// Trends. Genet. 2000. V.16. P.345-351.

120. Taddei A., Roche D., Sibarita J. В., Turner В. M., Almouzni G. Duplication and maintenance of heterochromatin domains// J. Cell Biol. 1999. V.147. N.6. P.1153-1166.

121. Tanaka Т., Nasmyth К. Association of RPA with chromosomal replication origins requires an Mem protein, and is regulated by Rad53, and cyclin- and Dbf4-dependent kinases// EMBO J. 1998. V.17. N.17. P.5182-5191.

122. Tautz D., Hancock J.M., Webb D.A., Tautz с., Dover G.A. Complete sequences of the rRNA genes of Drosophila melanogaster/'/ Mol. Biol. Evol. 1988. V.5. P.366-376.

123. The FlyBase database of the Drosophila genome projects and community literature// Nucleic Acids Research. 2003. V.31. P.172-175. http://www.flvbase.org/

124. Traverse K. L., Pardue M. L. Studies of He-T DNA sequences in the pericentric regions of Drosophila chromosomes// Chromosoma. 1989. V.97. P.261 271.

125. Urnov F. D.,- Liang C., Blitzblau H. G., Smith H. S., Gerbi S. A. A DNase I hypersensitive site flanks an origin of DNA replication and amplification in Sciarall Mol. Cell Biol. 2002. V.22. N.24. P.8426-8437.

126. Vogelauer M., Rubbi L., Lucas I., Brewer B. J., Grunstein M. Histone acetylation regulates the time of replication origin firing// Mol. Cell. 2002. V.10. P. 1223-1233.

127. Watanabe Y., Tenzen Т., Nagasaka Y., Inoko H., Ikemura T. Replication timing of the human X-inactivation center (XIC) region: correlation with chromosome bands// Gene. 2000. V.252. N.l-2. P.163-172.

128. Weinreich М., palacios M. A., DeBeer, Fox C. A. The activities of eukaryotic replication origins in chromatin//Biochimica et Biophysica Acta. 2004. V.1677. P.142- 157.

129. Weiss A., Herzig A., jacobs H., Lehner C.F. Continuous Cyclin E expression inhibits progression through endoreduplication cycles in Drosophila// Curr. Biol. 1998. V.8. P.239-242.

130. Wodarz A., Hinz U., Engelbert M., Knust E. Expression of crumbs confers apical character on plasma membrane domains of ectodermal epithelia of Drosophila// Cell. 1995. V.82. P.67-76.

131. Yabuki N., Terashima H., Kitada k. Mapping of early firing origins on a replication profile of budding yeast// Genes Cells. 2002. V.7. N.8. P.781-789.

132. Yompakdee C., Huberman J. A., Enforcement of late replication origin firing by clusters of short G-rich DNA sequences// j. Biol. Chem. 2004. V.279. N.40. P.42337-42344.

133. Zhang P., Spradling A. C. The Drosophila salivary gland chromocenter contains highly polytenized subdomains of mitotic heterochromatin// Genetics. 1995. V.139. P.659-670.

134. Zhimulev I. F. Polytene chromosomes, heterochromatin and position effect variegation//Adv. Genet. 1998. V.37. P.l-566.

135. Zhimulev I. F., Belyaeva E. S., Bolshakov V. N., Mal'ceva N. I. Position effect variegation and intercalary heterochromatin: a comparative study// Chromosoma. 1989. V.98. P.378-387.

136. Беляева E. С., Алексеенко А. А., Мошкин Ю. M., Коряков Д. E., Жимулев И. Ф. Генетический фактор, супрессирующий недорепликацию ДНК в политенных хромосомах Drosophila melanogaster!I Генетика. 1998. Т.34. С. 1-9.

137. Жимулев И. Ф. Гетерохроматин и эффект положения гена// Новосибирск. Наука. 1993.491 С.

138. Жимулев И. Ф. Хромомерная организация политенных хромосом// Новосибирск. Наука. 1994.

139. Лавров С. А., Толчков Е. В., Крамерова И. А., Гвоздев В. А. Нарушение политенизации ДНК эухроматинового района Х-хромосомы Drosophila melanogaster, вызванное эугетерохроматиновой перестройкой// Мол. Биол. 1998. Т.32. С.992-997.

140. Прокофьева-Бельговская А. А. Гетерохроматизация как изменение цикла хромосомы// Журн. общ. Биол. 1945. T.VI. С.93-124.

141. Прокофьева-Бельговская А. А. Гетерохроматические районы хромосом// Москва. Наука. 1986. 432 С.