Тейхоевые кислоты и гликополимеры актиномицетов: разнообразие структур, таксономические и экологические аспекты

Тульская, Елена Михайловна

Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему
Тейхоевые кислоты и гликополимеры актиномицетов: разнообразие структур, таксономические и экологические аспекты
ВАК РФ 03.00.07, Микробиология

Автореферат диссертации по теме "Тейхоевые кислоты и гликополимеры актиномицетов: разнообразие структур, таксономические и экологические аспекты"

МОСКОВСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ

имени М.В. ЛОМОНОСОВА

БИОЛОГИЧЕСКИЙ ФАКУЛЬТЕТ_

На правах рукописи

ТУЛЬСКАЯ ЕЛЕНА МИХАЙЛОВНА

ТЕИХОЕВЫЕ КИСЛОТЫ И ГЛИКОПОЛИМЕРЫ АКТИНОМИЦЕТОВ: РАЗНООБРАЗИЕ СТРУКТУР, ТАКСОНОМИЧЕСКИЕ И ЭКОЛОГИЧЕСКИЕ АСПЕКТЫ

Специальность 03.00.07 - микробиология

003462168

АВТОРЕФЕРАТ диссертации на соискание ученой степени доктора биологических наук

Москва, 2009 г.

003462168

Работа выполнена на кафедре микробиологии биологического факультета Московского государственного университета имени М.В. Ломоносова

Научные консультанты: доктор биологических наук

Евтушенко Людмила Ивановна

доктор биологических наук, профессор Нетрусов Александр Иванович

Официальные оппоненты: доктор биологических наук, профессор

Зенова Галина Михайловна

доктор биологических наук, профессор Эль-Регистан Галина Ивановна

доктор химических наук, профессор Бакиновский Леон Владимирович

Ведущая организация: Институт биохимии имени А.Н. Баха РАН

Защита состоится «Л У » ,/^¿¿07 ¿¿/2009 г. на заседании диссертационного совета Д.501.001. 21/при Московском государственном университете имени М.В. Ломоносова по адресу: 119991, Москва, ГСП-1, Ленинские горы, дом 1, МГУ, корп. 12, биологический факультет, ауд. М-1.

С диссертацией можно ознакомиться в библиотеке биологического факультета МГУ.

Автореферат разослан « » цм/ш 2009 г.

Ученый секретарь диссертационного совета,

кандидат биологических наук Пискункова Н.Ф.

ОБЩАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА РАБОТЫ

Состояние вопроса и актуальность проблемы

На поверхности бактериальной клетки экспонированы углеводные остатки, входящие в состав биополимеров клеточной стенки (Наумова и Шашков, 1997; Shibaev, 1987; Sutcliffe, 1994; Weidenmaier and Peschel, 2008). Эти полимеры часто имеют весьма сложную структуру и играют важную роль в жизнедеятельности микроорганизма. Нейтральные и кислые полисахариды, тейхуроновые кислоты, у которых углеводные остатки соединены между собой гликозидными связями, являются типичными представителями гликополимеров клеточных стенок. Моносахаридные остатки присутствуют в основном гликополимере бактериальной клеточной стенки - пептидогликане, а также в уникальных соединениях, характерных только для клеточных стенок грамположительных бактерий - тейхоевых кислотах и сахар-1-фосфатных полимерах, мономерные звенья которых объединены фосфодиэфирными связями.

Исследование структур тейхоевых кислот и гликополимеров клеточных стенок важно как в фундаментальном, так и научно-прикладном аспектах. Выявление и описание новых структур представляет интерес в связи с оценкой разнообразия биополимеров, пониманием их функций в микробной клетке и путей их биосинтеза, а также распространения у различных микроорганизмов в связи с вопросами эволюции. Исследование структур поверхностных полимеров способствует также пониманию механизмов взаимодействия бактерий внутри микробного сообщества и с внешней средой, в том числе с высшими организмами. Весьма актуальны исследования этих биополимеров микроорганизмов в медицинском аспекте. Их углеводная составляющая отвечает за биологическое распознавание поступающих извне веществ (например, лекарств), а также определяет самые разнообразные процессы клеточного узнавания, в том числе, имеющие ключевое значение при развитии многих заболеваний человека и животных, включая бактериальные и вирусные инфекции, рак, воспаления и др. (Дмитриева и др., 2007; Нифантьев, 2008; Weidenmaier and Peschel, 2008). Одним из направлений исследований тейхоевых кислот и гликополимеров клеточных стенок бактерий, получившим развитие в последние годы, является так называемое "хемотаксономическое" - изучение распространения и структур полимеров в связи с фундаментальными задачами развития естественной системы микроорганизмов и решения практичесих задач идентификации.

К началу наших исследований среди вышеупомянутых полимеров наиболее изученными были тейхоевые кислоты. С момента их открытия у лактобацилл в 50-е годы XX века в лаборатории профессора Джеймса Бэддили (Baddiley and Matias, 1954; Baddiley et al., 1956) проводились работы, связанные с изучением структурного разнообразия, путей биосинтеза и функций тейхоевых кислот у бактерий. Эти работы в основном были выполнены на представителях родов Bacillus*, Lactobacillus и Staphylococcus (Baddiley et al., 1962 a,b; 1972; Karamata et al., 1972; 1987; Archibald, 1974; Doyle et al., 1975; Hancock and Baddiley, 1976; Rodgers and Taylor, 1978; Yokoyama et al., 1987; Mauel et al., 1989 и др.). Кроме того, было обнаружено, что организмы разных видов содержат различные по структуре тейхоевые кислоты, (Baddiley et al., 1961; Davison and Baddiley, 1964; Archibald et al., 1968; Baird-Parker, 1970), и была высказана идея о возможности использования данных полимеров в таксономических целях (Fiedler et al., 1981; Schleifer and Stackebrandt, 1983).

Огромный вклад в изучение разнообразия структур и распространения тейхоевых

*- латинские наименования родов, видов и подвидов, а также наименования таксонов более высокого порядка (семейство, порядок, класс и т.д.) приведены согласно правилам журнала «Микробиология», 2008, Т. 77, № 4, стр. 574

кислот у представителей различных таксонов порядка Actinomycetales внесли приоритетные работы Заслуженного деятеля науки Российской Федерации, профессора Ирины Борисовны Наумовой с сотрудниками (Наумова, 1964; 1973; 1979; Евтушенко и др., 1984; Наумова и Шашков, 1997; Naumova et al., 1980; Naumova, 1988; Naumova et al., 2001), ведущиеся в течение многих лет на кафедре микробиологии биологического факультета МГУ в сотрудничестве со специалистами Института органической химии им. Н.Д.Зелинского РАН и Института биохимии и физиологии им. Г.К. Скрябина РАН (отдел «Всероссийская коллекция микроорганизмов»).

Представители порядка Actinomycetales (актиномицеты) выделяются среди других прокариот размерами (до 9 млн. п.о.) и организацией генома, особенностями фенотипа, в т.ч., разнообразием морфологии и химических компонентов клетки и клеточной стенки. Актиномицеты также превосходят другие известные группы бактерий по способности синтезировать биологически активные соединения. Они являются продуцентами свыше половины из более 10000 антибиотиков и других соединений, известных к настоящему времени (Грачева, 2003; Goodfellow et al., 1988; Anderson and Wellington, 2001; Watve et al., 2001). Все вышесказанное способствовало повышенному интересу к этой группе микроорганизмов со стороны различных специалистов, прежде всего биотехнологов, микробиологов-систематиков и молекулярных биологов, что, в свою очередь, определило более успешное развитие системы классификации актинобактерий по сравнению с другими группами пркариот.

Создание филогенетической схемы прокариот, и актинобактерий в частности, стало возможным благодаря внедрению в микробиологию молекулярно-генетических методов и определению нуклеотидных последовательностей генов 16S рРНК. Филогенетические древа, однако, не могут быть использованы непосредственно для построения иерархической системы (Калакуцкий, 2006; Stackebrandt and Swings, 2005). Выделение новых и ревизия ранее описанных таксонов осуществляется с учетом разносторонних согласующихся данных филогенетического и фенотипического характера (принцип полифазной таксономии). Информация о фенотипе особенно важна для обоснования выделения новых таксонов родового и видового уровней и уточнения границ между таксонами.

Изучение хемотаксономических признаков (тип клеточной стенки, тип пептидогликана, состав менахинонов, жирных кислот, фосфолипидов) сыграло ключевую роль в развитии системы классификации актиномицетов в «домолекулярную эру». Отличия организмов по хемотаксономическим признакам зачастую являются определяющими при обосновании выделения нового рода или вида актиномицетов и в настоящее время. Вместе с тем, многие полимеры и крупные молекулы клетки не изучены или слабо исследованы в таксономическом аспекте. В этой связи актуальны работы, направленные на поиск и оценку таксономической значимости новых биомолекул и их структурных компонентов - особенно в связи с выделением из природной среды массивов новых микроорганизмов, обособляющихся от изветсных таксонов на уровне генотипа, но неотличимых от них по традиционно используемым в систематике актиномицетов фенотипическим, в т.ч., хемотаксономическим, признакам.

В настоящее время определены структуры тейхоевых кислот и показана возможность использования этих полимеров и их структурных компонентов в качестве хемотаксономических маркеров видов ряда родов актиномицетов, например, Agromyces (Гнилозуб, 1994), Actinomadura, Nonomurea, Brevibacterium (Потехина, 2005). Эти и другие работы продемонстрировали также огромное структурное разнообразие тейхоевых кислот и гликополимеров в этой группе бактерий и перспективность дальнейших исследований в данном направлении.

Цель и задачи исследования

Цель настоящего исследования - изучение распространения и структурного разнообразия тейхоевых кислот и гликополимеров клеточных стенок у представителей порядка Actinomycetales и оценка коррелятивных связей между наличием и структурой вышеназванных полимеров, с одной стороны, и таксономическим положением и свойствами организмов, с другой.

Среди основных задач исследования можно выделить следующие:

1. Изучение распространения тейхоевых кислот и других гликополимеров у представителей различных родов актиномицетов, относящихся к 12-ти семействам, 9-ти подпорядкам порядка Actinomycetales (более 100 штаммов).

2. Установление структур тейхоевых кислот и других гликополимеров клеточных стенок исследуемых актиномицетов - представителей некоторых видов родов Nocardiopsis (29 штаммов); Glycomyces (4 штамма); Nocardioides (15 штаммов); Streptomyces (14 штаммов), а также Kineosporia auraniiaca.

3. Анализ полученных и имеющихся в литературе данных и оценка возможности использования вышеназванных полимеров и их структурных элементов в качестве химических маркеров таксонов.

4. Выяснение взаимосвязи между набором тейхоевых кислот и гликополимеров клеточных стенок стрептомицетов-возбудителей парши обыкновенной картофеля и корнеплодов и их патогенностью.

Научная новизна работы

Впервые изучено распространение тейхоевых кислот и других гликополимеров в клеточных стенках, а также моносахаридный состав последних у более 100 штаммов, представителей различных родов актиномицетов, относящихся к 12-ти семействам 9-ти подпорядкам порядка Actinomycetales. Впервые найдены тейхоевые кислоты и другие гликополимеры клеточных стенок и установлены структуры полимеров у 63 (из 100) штаммов актиномицетов, относящихся к 28 видам, 5-ти родам 5-ти семейств 5-ти подпорадков порядка Actinomycetales. Установлено и описано 14 новых , структур упомянутых биополимеров, среди них 10 тейхоевых кислот, 2 кислых полисахарида -полимер и олигомер Kdn (3-дезокси-0-глн1/е/>о-0-гялакто-нон-2-улопиранозоновая кислота), тейхуроновая кислота и нейтральный полисахарид. Впервые показана специфичность набора и строения тейхоевых кислот для видов родов Nocardiopsis, Nocardioides, Glycomyces и Streptomyces, что имеет важное значение для усовершенствования системы классификации исследованных групп бактерий. Предложен новый перспективный подход к ревизии таксономической структуры наиболее многочисленного по видовому составу рода Streptomyces, а именно, использование признака "набор и структура тейхоевых кислот и других гликополимеров клеточной стенки" как критерия границ близких видов. В соответствии с отличиями по составу тейхоевых кислот клеточной стенки и с другими фенотипическими признаками, а также с обособленностью на филогенетическом уровне (анализ 16S рРНК), предложен новый вид Nocardioides prauseri sp. nov. и переописаны виды Nocardioides luteus и Nocardioides albus. Впервые показано, что клеточные стенки стрептомицетов, вызывающих паршу обыкновенную у картофеля и корнеплодов, содержат в клеточных стенках более двух анионных полимеров различных по структуре, среди которых - полимер/олигомер Kdn. Эти полимеры, наряду с фитотоксином такстомином и гидролитическими ферментами, по всей вероятности, могут считаться факторами патогенности, обусловливая специфическую адгезию фитопатогена к растению-хозяину на первых этапах развития инфекции. Выявлен ряд новых фитопатогенных актиномицетов рода

Streptomyces, филогенетически и фенотипически отличных от ранее известных возбудителей парши обыкновенной картофеля и корнеплодов.

Практическое значение работы

Полученные данные о химическом составе и структурных особенностях тейхоевых кислот и других гликополимеров клеточных стенок фитопатогенных стрептомицетов могут служить основой для будущих исследований молекулярных механизмов взаимодействия фитопатогенов и растения-хозяина и разработки новых методов борьбы с возбудителями заболеваний растений. Полученные данные могут быть использованы для создания более совершенной системы идентификации фитопатогенов. На большом фактическом материале убедительно показано, что признак «наличие/отсутствие тейхоевых кислот и других гликополимеров клеточной стенки», а также таксономическая специфичность ряда структурных элементов, выявляемых методами хроматографии, могут быть успешно применены в повседневной микробиологической практике при идентификации микроорганизмов исследованных групп и решении вопроса о границах таксонов. Подкомитетом по систематике подпорядка Micrococcineae Международного комитета по систематике прокариот рекомендовано определять вышеназванные характеристики при описании новых родов и видов соответствующих групп актинобактерий (Shumann et al., 2009).

Значительно пополнены базы данных спектров ЯМР тейхоевых кислот и других гликополимеров бактериальных клеточных стенок, что внесло определённый вклад в гликологию, химическую микробиологию и может быть использовано при анализе структур близких полимеров в биохимической практике.

Полученные данные о структуре, разнообразии и распространении тейхоевых кислот и других гликополимеров в клеточных стенках представителей порядка Actinomycetales востребованы и цитируются в ведущих современных обзорах и монографиях (Lazarevic et al., 2002; Seltmann and Holst, 2002; Neuhaus and Baddiley, 2003; Weidenmaier and Peschel, 2008) и авторитетном международном руководстве по микробиологии - "The Prokaryotes" (Kroppenstedt and Evtushenko, 2006). Кроме того, эти данные могут быть включены в курсы по биохимии и микробиологии на биологических факультетах высших учебных заведений.

Основные защищаемые положения диссертации

• тейхоевые кислоты и гликополимеры широко распространены в клеточных стенках представителей порядка Actinomycetales, однако доминируют тейхоевые кислоты;

• тейхоевые кислоты и гликополимеры клеточных стенок представителей порядка Actinomycetales проявляют широкое структурное разнообразие;

• наличие, набор и структура тейхоевых кислот и гликополимеров клеточных стенок представителей порядка Actinomycetales являются таксономически значимой фенотипической характеристикой таксонов разных уровней (от подпорядка до вида);

• клеточные стенки фитопатогенных стрептомицетов характеризуются ярко выраженными анионными свойствами, которые обеспечены наличием в них комплекса кислых полимеров гетерогенного состава: тейхоевыми и тейхуроновыми кислотами с пировиноградной или глутаминовой кислотой в качестве дополнительного кислого компонента, кислыми поли/олигосахаридами;

• выявление новых структур гликополимеров клеточной стенки важно, поскольку они могут служить не только маркерами новых видов или подвидов актиномицетов, но и указывать на неизвестные до сего времени экологические функции изучаемых организмов

Апробация работы. Материалы диссертации были представлены на Всесоюзной конференция «Регуляция микробного метаболизма» (Пущино, 1989); Международных симпозиумах по биологии актиномицетов (Madison, 1991; Москва, 1994); Всероссийской конференции «Биосинтез и деградация микробных полимеров. Фундаментальные и прикладные аспекты» (Пущино, 1995); Международной конференции «Микробное разнообразие» (Пермь, 1996); Втором съезде Биохимического общества Российской АН, Москва, 1997); Международном симпозиуме «Современные проблемы биохимии микроорганизмов и биотехнологии» (Пущино, 2000); Втором Германо-Польско-Российском съезде по углеводам бактерий (Москва, 2002); Первой Всероссийской конференции по иммунитету растений к болезням и вредителям (Санкт-Петербург, 2002); Первом конгрессе FEMS Европейских микробиологов (Ljubljana, 2003); II Московском международном конгрессе по биотехнологии (Москва, 2003); III Всероссийской школе-конференции «Химия и биохимия углеводов» (Саратов, 2004); Всероссийском симпозиуме «Биотехнология микробов», (Москва, 2004); Всероссийском симпозиуме с международным участием «Автотрофные микроорганизмы» (Москва, 2005); Международном конгрессе коллекций культур микроорганизмов (Göslar, 2007); IV съезде Российского общества биохимиков и молекулярных биологов (Новосибирск, 2008).

Публикации. По материалам диссертации опубликовано 45 работ, из них 1 обзор и 24 экспериментальные статьи в рекомендуемых ВАК'ом изданиях, тезисы 20 докладов.

Структура и объем работы. Диссертация изложена на 356 страницах машинописного текста и состоит из введения; 9-ти глав, включающих материалы литературных источников (3 главы обзора литературы); краткой характеристики объектов и методов исследований (одна глава); изложения результатов собственных исследований (4 главы), а также главы, посвященной обсуждению полученных результатов; общего заключения и выводов. Работа содержит 62 таблицы, 49 рисунков. Список цитируемой литературы содержит 697 ссылок. В Приложении приведён полный список исследованных штаммов актиномицетов с указанием обнаруженных моносахаридов, а также наличия (отсутствия) тейхоевых кислот в их клеточных стенках; таблицы баз данных по ЯМР-спектрам изученных тейхоевых кислот и других гликополимеров.

СОДЕРЖАНИЕ РАБОТЫ Обзор литературы

Тейхоевые кислоты и другие гликополимеры клеточных стенок грамположительных

бактерий: структурное разнообразие, распространение и некоторые функции, экологические аспекты

Главы I, II, III. В литературном обзоре представлены сведения, касающиеся строения бактериальной клеточной стенки, разнообразия структурных вариаций, распространения и некоторых функций тейхоевых кислот и других гликополимеров клеточных стенок грамположительных бактерий. Особое внимание уделено названным полимерам клеточных стенок представителей порядка Actinomycetales. Приведены сведения, касающиеся современной классификации актиномицетов. Отмечена особая значимость хемотаксономических признаков, отражающих химический состав и строение клетки и клеточной стенки и являющихся одной из наиболее значимых групп фенотипических признаков в систематике актиномицетов. Обоснована актуальность и перспективность изучения тейхоевых кислот и других гликополимеров клеточной стенки с целью

использования для развития системы классификации актиномицетов. Представлены сведения о фитопатогенных стрептомицетах, их видовом составе, а также данные об известных к настоящему времени возможных факторах патогенности, в числе которых некоторые биополимеры клеточных стенок.

Экспериментальная часть

Глава IV. Материалы и методы, использованные в работе. В работе использован ряд микробиологических, химических, биохимических, инструментальных методов исследования. Методики, как правило, были описаны в литературе ранее и модифицированы для решения поставленных в работе задач. Исследовано более 100 штаммов, относящихся к различным родам актиномицетов из 12-ти семейств 9-ти подпорядков порядка Actinomycetales (http://www.bacterio.cict.fr) из различных коллекций микроорганизмов, в том числе ИНА, ВКМ и НИИ картофелеводства БелНАН. Морфологические и культуральные признаки определяли как описано Гаузе и др. (1983). Биомассу, собранную на логарифмической фазе роста, использовали для получения клеточных стенок (Стрешинская и др., 1979). Пептидогликан получали по модифицированному методу (Elliott et al., 1975). Анализ Сахаров в кислотных гидролизатах клеточных стенок изучаемых актиномицетов, а также изомеров диаминопимелиновой кислоты в пептидогликане после его кислотного гидролиза, осуществляли методом хроматографии на бумаге сравнением со стандартными образцами (Стрешинская и др., 1989). Фосфолипиды определяли по методу, описанному ранее (Minnikin et al., 1984; O'Donnel et al., 1985). Тейхоевые кислоты (TK) и гликополимеры (препараты) экстрагировали 10%-ной трихлоруксусной кислотой (ТХУ) из клеточных стенок и обезжиренного мицелия. Очистку проводили на DEAE-Toyopearl 650М в линейном градиенте NaCl (0-0,5 М), методом препаративного высоковольтного электрофореза, а также фракционировали с помощью дробного осаждения этанолом (Tul'skaya et al., 1991).

Таблица 1. Основные продукты кислотного (2 М НС1,100°, 3 ч) и щелочного

(1 М NaOH, 100°, 3 ч) гидролизов изученных ТК.

Тейхоевая кислота Основные продукты гидролиза

Тип ТК Структура ТК Кислотный гидролиз Щелочной гидролиз

IG, 1,3 1,3-поли(глицерофосфат) GroP; GroP2; Gro; P¡; Sug* GroP; GroP2; Gro2P3; P¡; Э**, Gro

IG, 2,3 2,3-поли(глицерофосфат) GroP; GroP2; Gro; P¡; Sug GroP; GroP2; P¡; Э,

IR,1,5 1,5-поли(рибитфосфат) RboP; AhRboP; RboP2; Rbo; AhRbo; P,; Sug RboP; RboP2; P¡; Э, Rbo

IR, 3,5 3,5-поли(рибитфосфат) RboP; RboP2; Rbo; AhRboP, AhRbo; P, RboP; RboP2; Rbo; AhRbo; P¡

IIGS, 3,3 Поли(гликозилглицерофосфат) GroP; Gro; P¡; Sug; SugP*** GroP; SugP

IV GS Поли(глицерофосфат-гликозилглицерофосфат) GroP; GroP2; Gro; P¡; Sug SugP GroP; GroP2; P¡; ФЭ; ЭЗ

вго-глицерин; ОгоР-глицсрофосфат; ОгоРг-бисфосфат глицерина; ОгогРз-диглицеринтрифосфат; Шю-рибит; АЬЯЬо-ангидрорибит; ЯЬоР-рибитфосфат; АЬКЬоР-ангидрорибитфосфат; ЯЬоР2-бисфосфат рибита; Р( минеральный фосфат; Э - фосфорные эфиры; ЭЗ - см. раздел 5.1.; * боковой углеводный заместитель на остатке полиола или моносахарид в коре полимера; ** фосфорные эфиры образуются при наличии углеводных заместителей на остатках полиола. *** сахарфосфатный эфир

Структуру ТК и гликополимеров, а именно: качественный состав (вид полиола, наличие и природа заместителей, моносахаридный состав), строение мономерных единиц, тип фосфодиэфирной связи, - изучали химическими методами. Последние основаны на расщеплении молекулы полимера (кислотный, щелочной, ферментативный гидролизы) и изучении качественного и количественного состава полученных фрагментов, подвижности последних в электрическом поле (высоковольтный электрофорез) и в различных хроматографических системах относительно стандартных образцов, способности окрашиваться различными проявителями. Анализируя фосфорные эфиры полиолов, можно предварительно говорить о типе ТК (табл. 1). Абсолютную конфигурацию некоторых заместителей определяли, как описано (Gerwig et al., 1979; Gorshkova et al., 1997; Shashkov et al., 2006). Данные о строении фрагментов анализировали, что позволяло реконструировать структуру полимера (Kelemen and Baddiley, 1961). Молекулярные массы ТК определяли с помощью гельфильтрации на сефадексе G-50 (Tul'skaya et al., 1991). Результаты химических исследований подтверждали методами ЯМР-спектроскопии (Shashkov et al., 2001). Применялись также методы MALDI TOF масс-спектроскопии для определения структуры и молекулярной массы олигомера Kdn (Shashkov et al., 2002 а). Патогенность определяли на картофеле и проростках редиса по описанному методу (Goyer et al., 1998). Наличие такстомина в культуральной жидкости исследуемого стрептомицета проводили методом тонкослойной хроматографии.

Для определения нуклеотидной последовательности гена 16S рРНК использовали универсальные бактериальные праймеры 27f (5'-AGAGTTTGATCCTGGCTCAG), 530f (5'-GTGCCAGCAGCCGCGC) и 1492r (5'-TACGGYTACCTTGTTACGACTT). Определение нуклеотидной последовательности 16S рРНК проводили на автоматическом секвенаторе CEQ2000 XL (Beckman Coulter, США) в соответствии с предлагаемым фирмой протоколом. Для филогенетического анализа полученную нуклеотидную последовательность гена 16S рРНК изучаемого организма выравнивали с последовательностями типовых и референтных штаммов с помощью программы CLUSTAL W. Эволюционное расстояние рассчитывали по алгоритму (Ohta and Kimura, 1971; Kimura and Ohta 1973). Для ДНК-ДНК гибридизации H3-меченную ДНК получали с использованием (Г,2',5'-3Н) дезоксицитидин-трифосфата и ферментов для ник-трансляци N 5500 (Amersham). ДНК-ДНК гибридизацию проводили на мембранных фильтрах ("Hiiu Kalur", Таллин, Эстония) в оптимальных условиях (раствор Денхарда с 50% формамида (об/об), 50° С, 24 ч), как описано (Tijssen, 1993).

Результаты исследований

Глава V. Разнообразие структур тейхоевых кислот и других гликополимеров клеточных стенок актиномицетов

Знание структур ТК и гликополимеров клеточных стенок является материальной основой для понимания различных функций в жизни микроорганизмов и возможности применения названных полимеров в таксономии актиномицетов. В настоящей главе приведены результаты исследования структур полимеров клеточных стенок актиномицетов родов Nocardiopsis, Glycomyces, Nocardioides, Streptomyces, Kineosporia.

5.1. Структуры тейхоевых кислот клеточных стенок представителей видов и

подвидов рода Nocardiopsis

В данном разделе изучены структуры ТК клеточных стенок 29 штаммов, принадлежащих 9 видам и подвидам актиномицетов рода Nocardiopsis, установленные нами.

N. dassonvillei ssp. dassonvillei и N. dassonvillei ssp. antarctica. Подробное изучение структуры ТК клеточных стенок с получением и исследованием фосфорных эфиров и

гликозида различными химическими методами, определение соотношений компонентов их составляющих, определение молекулярной массы ТК, а также ЯМР-спектроскопические исследования проводили на трех штаммах N. ¿аБзопуИЫ вэр. ёстопуШе1 (ВКМ Ас-797т, ВКМ Ас-773, 1МГШ 504), а также N. (1а.коп\'Ше1 Бэр. аЫагсИсш ВКМ Ас-836т. Позднее аналогичным образом были исследованы ТК 15-ти изолятов из почв Сейшельских островов.

'б' H°CHl0H

-OHj!

(V"

1«. II|W|I 1 /\ ост, 1

НО .Н о: (Г СНг-О'

% С"|0И

í V о

о СИ,он f»

''l^W 34 1 ♦

ciwofcHHoÍH, сн,он ,Vch,oh .

\ 1

л ,К

сн,с0\н КОЙ., ^СЯ1Ю

|Н. Н,КМ {

О СИ,он

"'к

си,со\н hoíh, chr-0n

эз

I я

1><сн, -Ч

Э4

Í-0' I

Ноб^С!

CHjCdNH HoCHi CHjOH

Э2|

Рис. 1. Повторяющееся звено и схема щелочного гидролиза ТК клеточных стенок N. dassonvillei ssp. dassonvillei и N. dassonvillei ssp. antarcíica. Возможные пути щелочного гидролиза обозначены 'а' и 'б'

Кислотный гидролиз ТК привел к образованию моно- и бисфосфатов глицерина, галактозамина, глицерина, неорганического фосфора и фосфорного эфира 1 (Э1). Последний был идентифицирован как монофосфорный эфир галактозамина. Основным продуктом HF-деградации полимера был гликозид 1 (Г1), который оказался (3-Gal/)NAc-(l —>2)-snGro. Наибольшая информация о структуре исследуемого полимера была получена при исследовании продуктов его щелочного гидролиза (рис. 1). При этом образовался ряд эфиров, основными среди которых были: Э2, идентифицированный как P-Gal/>NAc-(l —>2)-snGro-(3-.P; быстро движущийся к аноду фосфодиэфир ЭЗ, со структурой -[P-3/4)-GalpNAc-(1—>2)-snGro-(3-P-l)-snGro-(2-P], а также моно- и бисфосфат глицерина (Э4). В работе рассмотрены пути щелочного гидролиза, имеющие место при небычной структуре полимера, что подтверждает вновь обнаруженную структуру (рис.1).

Независимо было проведено ЯМР спектроскопическое изучение препаратов ТК изучаемых организмов. В составе повторяющегося звена полимера найдены 2-ацетамидо-2-дезокси-р-О-галактопираноза с фосфатным остатком по гидроксилу при СЗ и незамещенный остаток глицерина с неэквивалентными фосфатными группами и идентифицированы все сигналы этих остатков в спектре 13С-ЯМР (рис. 5 а). Оставшиеся три сигнала, несомненно, принадлежали еще одному остатку глицерина, алкилированному по гидроксилу при С2 и фосфорилированному по гидроксилу при СЗ. Об этом свидетельствовал слабопольный сдвиг сигнала при 80,20 м.д. (СН-группа согласно АРТ-спектру) и его расщепление в дублет, а также уширение пика при 65,55 м.д. и отсутствие расщепления или уширения пика при 62,15 м.д. (СН2-группы). В результате всех экспериментов была реконструирована структура ТК, повторяющееся звено которой

-l)-snGro-(3-P-3)-P-GalNAc-(l->2)-snGro-(3-P-

Все 19 изученных штаммов, принадлежащих виду N. dassonvillei ssp. dassonvillei (впоследствии N. antarcticus был переведен в N. dassonvillei ssp. antarctica) содержали в клеточной стенке около 20% ТК идентичной уникальной структуры, относящейся к новому IV типу (смешанная структура, Naumova et al., 2001). Молекулярная масса полимера около 6,4 кДа, что соответствует 11-13 повторяющимся звеньям (Тульская и др., 1992; Tul'skaya et al, 1993).

N. synnemataformans Ас-2518т. Продукты кислотного и щелочного гидролизов клеточных стенок и препаратов ТК были аналогичны таковым для N. dassonvillei ssp. dassonvillei. Среди них был и характерный эфир ЭЗ. Это позволило предположить, что препарат из клеточной стенки N. synnemataformans Ас-2518т содержит ТК идентичную таковой из N. dassonvillei ssp. dassonvillei. Предположение было подтверждено ЯМР-спектроскопическими методами анализа. Однако анализ одномерного 31Р ЯМР-спектра и корреляционных пиков в двумерном 'Н,31Р HMQC спектре обнаружили отличия в структурных фрагментах, содержащих фосфор: -l)-snGro-(3-y-3)-P-Gal/)NAc-(l-> и -1)-snGro-(3-P-4)-P-GalpNAc-(l->.

Таким образом, в клеточной стенке N. synnemataformans Ас-2518т обнаружены две ТК: основная - идентичная таковой N. dassonvillei ssp. dassonvillei (см. выше) и минорная, повторяющееся звено которой:

-l)-snGro-(3-P-4)-P-GalNAc-(l->2)-snGro-(3-P-Как видим, фосфодиэфирная связь осуществляется по гидроксилам при СЗ глицерина и С4 Р-GalpNAc. ТК такой структуры (рис. 6 б) обнаружена впервые (Tul'skaya et al, 2007).

N. halotolerans Ас-2519т. Профили кислотного и щелочного гидролизатов клеточной стенки и препарата ТК из нее соответствовали таковым для N. synnemataformans Ас-2518т. Кроме того, была идентифицирована пировиноградная кислота. Можно было предположить, что и в данном случае имеем дело с ТК, подобной таковой из N. dassonvillei ssp. dassonvillei. Некоторую неясность вносило наличие пировиноградной кислоты. Локализовать фосфодиэфирные связи, а также место присоединения пировиноградной кислоты удалось лишь с помощью ЯМР-спектроскопических методов.

Характерной особенностью спектра ЯМР 13С препарата было наличие в нем пиков с химическими сдвигами 26,2 м.д. (СН3 группа согласно APT) и 174,2 м.д. (С=0), что с учетом сигнала при 100,2 м.д, принадлежащего четвертичному атому углерода (тест на число присоединенных протонов, APT, Patt and Shoolery, 1982), позволяло предположить наличие пируватных остатков в полимере. В спектре ЯМР 13С сигналы одного из остатков p-GalpNAc имели химические сдвиги С4 и С6 отличные от соответствующего остатка со свободными гидроксилами при С4 и Сб. Эти отличия были характерными для замещения остатка пируватом по С4 и С6 (Jansson et al, 1993), что позволяло локализовать пируватную группировку при соответствующих атомах углерода в части остатков p-GalpNAc

полимерной цепи препарата. Химический сдвиг 13С метильной группы пируватного остатка (26,2 м.д.) свидетельствовал об экваториальной ориентации метильной группы в шестичленном 4,6-ацетальном цикле (^-конфигурация ацетального центра). Анализ двумерных спектров ЯМР, включая спектр 'Н,31Р HMQC показал, что большая часть (90%) остатков ß-Gal/>NAc-4,6-Ä-Pyr имеют фосфатную группу по гидроксилу при СЗ, остальные остатки, находящиеся, по-видимому, на растущем конце цепи, несут при СЗ свободный гидроксил. Помимо перечисленных структурных фрагментов в препарате обнаружены фрагменты с ß-GalpNAc, несущие фосфатные группы по гидроксилам при С4 и СЗ, но без пируватной группировки в последней. Приблизительное соотношение остатков с пируватом -P-3)-ß-Gal/>NAc-(4,6)-y?-Pyr и без пирувата -P-3)-ß-Gal/?NAc, найденное по интегральным интенсивностям соответствующих сигналов в спектре ЯМР 13С, составляло 3,5 : 1. Соотношение остатков с фосфатной группировкой по гидроксилам при СЗ и С4 ß-Gal/>NAc определено как 10,5 : 1.

Таким образом, в клеточной стенке N. halotolerans Ас-2519т обнаружены две ТК. Основная, повторяющаяся единица которой:

-l)-snGro-(3-P-3)-ß-GalNAc-(l->2)-snGro-(3-i»-

4 6

Руг

ТК такой структуры найдена впервые. Минорная - соответствовала таковой из N. synnemataformans Ас-2518т (рис. 6 в, Tul'skaya et al., 2007).

N. alba BKM Ас-1883т, BKM Ac-1879 и BKM Ас-1884. Результаты изучения структур ТК трех штаммов N. alba были идентичны за исключением некоторых количественных отличий. Кислотные гидролизаты препаратов содержали глицерин, рибит, фосфорные эфиры этих полиолов и глюкозамин, что позволило предположить присутствие нескольких ТК. На это указывали данные электрофоретического исследования препаратов: были обнаружены три фосфорсодержащие зоны с подвижностью: фракция I- Шог0р 1,4; фракция II - гпогор 1,57; фракция III - того? 1,96. Очистку и разделение ТК, выделенных из обезжиренного мицелия, осуществляли методом ионообменной хроматографии на DEAE-Toyopearl 650М. Были получены три фракции, содержащие фосфор (рис. 2).

Фракция I элюирована при 0,16-0,19 М NaCl. Продукты кислотной и щелочной деградации указывали на поли(рибитфосфатную) природу ТК1 без углеводных заместителей (табл. 1). При периодатном окислении ТК1 образовался формальдегид в эквимольном отношении к фосфору, что указывало на необычное положение фосфодиэфирной связи. Исходя из имеющихся данных о биосинтезе ТК [от соответствующего нуклеотида к растущей цепи переносится О-рибит-5-фосфат (Baddiley, 1972)], в образовании фосфодиэфирной связи должна участвовать гидроксильная группа при С5 рибита. Тогда вторая гидроксильная группа, участвующая в образовании фосфодиэфирной связи, находится при СЗ рибита. Молекулярная масса полимера составила 5,6 кДа (рис. 3), соответственно, цепь полимера состояла из 26-27 рибитфосфатных звеньев. Предполагаемая структура подтверждена методами ЯМР-спектроскопии. Таким образом, ТК 1 представляла собой незамещенный 3,5-поли(рибитфосфат) и являлась новой структурой, рис. 6 ж, (Tul'skaya et al., 1995).

Фракция II элюирована при 0,22 М NaCl. Профили кислотного и щелочного гидролизов фракции указывали на поли(глицерофосфатную) природу ТК2 (табл. 1), в состав которой в качестве заместителя входит глюкозамин. В HF-гидролизатах ТК2 обнаружен гликозид,

Рис.2. Ионообменная хроматография препарата ТК клеточной стенки N. alba Ас-1879 на DEAE Toyopearl 650М в линейном градиенте NaCl (0-0,5 М) в 50 мМ Tris-HCl-буфере, pH 7,2 (колонка 16.5x500 мм; скорость протока 2 мл/мин; объем фракции 4 мл); I, II, III - фракции тейхоевых кислот

идентифицированный как б Ас-( 1 —♦2)-зпОго. Учитывая структуру гликозида, а также факт образования при щелочном гидролизе полимера щелочестабильных фосфодиэфиров глицерина, был сделан вывод, что ТК2 является 1,3-поли(глицерофосфатом), в котором часть глицериновых остатков замещена Ы-ацетилглюкозамином. Молекулярная масса ТК2 составляла 7,6 кДа, что соответствует 40-41 глицерофосфатному звену (рис. 3). Спектр 13С-ЯМР ТК2 был типичным для

0,30

0,25

0,10'

0,05

100

Рис. 3. Определение молекулярной массы ТК клеточной стенки N. alba (сефадекс G-50, колонка 990x9,5 мм; объем фракции 2 мл). Стандартные вещества: (1) -ТК Streptomyces antibioticus, 7,0 кДа (Shashkov et al., 1979); (2) - ТК S. violaceus, 4,0 кДа (Наумова и др., 1969); (3) - ТК S. azureus, 3,3 кДа (Стрешинская и др., 1981); (4) - монофосфат глицерина; о -ТК1; Д -ТК2; □ - ТКЗ

Объем элюата, мл

замещенного на 10% a-N-ацетилглюкозамином 1,3-поли(глицерофосфата), рис. 6 з, (Tul'skaya et al., 1995).

Фракция III элюирована при высокой концентрации NaCl (~ 0,3 М). Это указывало на больший отрицательный заряд ТКЗ из этой фракции, чем у ТК1 и ТК2 (рис. 2), что подтверждадено высокой подвижностью ТКЗ в электрическом поле (т^р 1,96). Продукты кислотного гидролиза свидетельствовали о поли(рибитфосфатной) природе ТКЗ (табл. 1), а идентифицированная при этом пировиноградная кислота, видимо, являлась элементом

структуры изучаемой ТК. Устойчивость ТКЗ к действию щелочи свидетельствовала об отсутствии свободных гидроксильных групп, соседних с фосфодиэфирными группами (Kelemen and Baddiley, 1961), а устойчивость к периодатному окислению указывала на отсутствие в полимере незамещенных гликольных группировок. Можно было предположить, что рибитные единицы замещены остатками пировиноградной кислоты, связанной кетальной связью, которая стабильна в щелочных условиях (Thurow et al., 1975). Молекулярная масса ТКЗ составляла 5,4 кДа, что соответствует примерно 18 повторяющимся звеньям (рис. 3).

ЯМР-спектроскопическое исследование подтвердило предполагаемую структуру: 1,5-поли(рибитфосфат) полностью замещенный по гидроксилам при С2,4 рибита кетально связанной пировиноградной кислотой (рис. 6 и). ТК такой структуры выявлена впервые (Tul'skaya et al., 1995). Повторяющаяся единица полимера:

-l)-Rbo-(5-P-

2 4

Руг

Соотношения найденных ТК в клеточных стенках трех изученных штаммов - разные. Является ли этот факт штаммовым признаком - предмет дальнейших исследований на большей выборке штаммов одного вида.

N. prasina ВКМ Ас-1880т. В кислотных гидролизатах клеточной стенки и ТХУ-препарата обнаружены фосфорные эфиры глицерина и рибита, что могло свидетельствовать о присутствии нескольких ТК. Разделение и очистку ТК, выделенной из целого обезжиренного мицелия, осуществляли с помощью метода ионообменной хроматографии на DEAE-Toyopearl 650М. Были получены две фосфорсодержащие фракции.

ТК из фракции I (элюирована при 0,17 M NaCl) и фракции II (элюирована при 0,22 M NaCl) соответствовали таковым из клеточных стенок N. alba, что было подтверждено химическими и ЯМР-спектроскопическими методами исследования (рис. 6 ж, з). ТК1 представляла собой незамещенный 3,5-поли(рибитфосфат), но с большей молекулярной массой - 9,4 кДа, что соответствует 41 рибитфосфатной единице. ТК2 являлась 1,3-поли(глицерофосфатом), на 10% замещенным a-N-ацетилглюкозамином и на 5% - 0-ацетильными остатками, последнее, также как и несколько мёньшая молекулярная масса (6,0 кДа, что соответствовало 33 глицерофосфатным единицам), отличало эту ТК от ТК2 из N. alba (Тульская и др., 2000).

N. composta ВКМ Ас-2520 и N. composta ВКМ Ас-2521т. Продукты кислотного и щелочного гидролизов клеточных стенок этих организмов, также как и препаратов ТК были идентичны и указывали на глицерофосфатную природу ТК (табл. 1), замещенной глюкозамином. Образовавшиеся при HF-гидролизе гликозид, идентифицированный как Glc/>NAc-(l—>2)-snGro, а при щелочном гидролизе - фосфодиэфир глицерина с N-ацетилглюкозамином, указывали, что данные ТК являются 1,3-поли(глицерофосфатами), замещёнными глюкозамином, что было подтверждено ЯМР-спектроскопическими методами. По интегральной интенсивности сигналов концевых и срединных остатков длина 1,3-поли(глицерофосфатной) цепи была оценена в 10 единиц.

Итак, клеточные стенки N. composta ВКМ Ас-2520 и N. composta ВКМ Ас-2521т содержали единственную ТК - 1,3-поли(глицерофосфат), на 10% замещённый a-N-ацетилглюкозамином (Tul'skaya et al., 2007).

N. metallica ВКМ Ас-2522т. В кислотных гидролизатах клеточных стенок и препарата ТК найдены фосфорные эфиры рибита, пировиноградная кислота, а также в небольшом

количестве фосфорные эфиры глицерина. Это указывало на возможное присутствие нескольких ТК, что подтверждали данные электрофореза: обнаружены две фосфорсодержащие зоны с подвижностью т0гоР 0,93 и ШогоР 1,27. Препарат из клеточной стенки был подвергнут ЯМР-спектроскопическим исследованиям. Основные сигналы спектра ЯМР 13С препарата были идентифицированы как принадлежащие 1,5-поли(рибитфосфату) с 2,4-пируват-кетальными заместителями. Минорные сигналы в спектре принадлежали полимеру с 1,3-поли(глицерофосфатными) цепями, где часть (30%) глицериновых остатков замещена по гидроксилу у С2 остатками а-01с/ДОАс. Мольное соотношение основного и минорного полимеров оценено как 7,5 : 1.

Итак, клеточная стенка N. те!аШса ВКМ Ас-2522т содержала две ТК (рис. 6 з, и). Основная - 1,5-поли(рибитфосфат), каждая рибитфосфатная единица которого несёт 2,4-кетально связанную пировиноградную кислоту и минорная - 1,3-поли(глицерофосфат) на 30% замещённый а-К-ацетилглюкозамином (Ти1'Бкауа й а1., 2007).

N. ТгеЛа/он ВКМ Ас-942. В продуктах кислотного гидролиза клеточной стенки и ТК из нее помимо фосфорных эфиров глицерина была обнаружена глюкоза. Полимер частично гидролизовался щелочью с образованием небольшого количества моно- и бисфосфатов глицерина. Молекулярная масса полимера составила около 8,0 кДа, что соответствует приблизительно 40 глицерофосфатным звеньям.

В |3С ЯМР -спектрах ТК (рис. 6 д) идентифицированы все сигналы, характерные для 1,3-поли(глицерофосфата) на 60% замещенного р-глюкозильными остатками (Стрешинская и др., 1998).

5.2. Структуры тейхоевых кислот клеточных стенок предстставителей видов рода аусотусез

В разделе приведены структуры ТК клеточных стенок 4-х штаммов двух валидно описанных видов (ЬаЬе<1а е1 а1., 1985) рода С1усотусю, установленные нами.

(7. гШяепепък ВКМ Ас-1248. Профиль кислотного гидролиза клеточной стенки и ТК (табл. 1) соответствовал наличию поли(глицерофосфата), а обнаружение в гидролизатах глюкозы предполагало замещение остатков глицерина этим сахаром. ТК была полностью устойчива к щелочному гидролизу, что указывало на полное замещение полимера глюкозой. В продуктах НР-гидролиза идентифицирован гликозид Г1, определенный как а-глюкозилглицерин, с гликозидной связью по гидроксилу при С2 глицерина и С1 глюкозы. Молекулярная масса ТК составила около 6,0 кДа, что, учитывая структуру полимера, составляет 19-20 повторяющихся звеньев. Таким образом, предположительно ТК была 1,3-поли(глицерофосфатом) полностью замещенным а-глюкопиранозой (такая конфигурация гликозидного центра глюкозы найдена впервые у актиномицетов) по гидроксилу при С2 глицерина, что было подтверждено методами ЯМР-спектроскопии (Тульская и др., 1993).

О. НагЫпет1$ ВКМ Ас-1247т, С. кагЫпепж ЖИЬ 16897 и (7. ИагЫпепнп ТРО 14487 . Качественный состав компонентов клеточных стенок всех трех штаммов был одинаков. В кислотных гидролизатах клеточных стенок и выделенных из них ТК были обнаружены фосфорные эфиры глицерина и глюкоза. В продуктах ЭТ-гидролиза ТК всех штаммов обнаружено по два гликозида: Г1 - а-глюкопиранозил-(1—>2)-глицерин и Г2 - а-глюкопиранозил-(1—>1)-глицерин. Обнаружение двух гликозидов свидетельствовало о присутствии в клеточных стенках двух ТК (ТК1 и ТК2), имеющих одинаковый поли(глицерофосфатный) кор и одинаковые заместители - ос-глюкопиранозу, которая присоединена к глицериновым остаткам по-разному. Фосфодиэфирную связь в полимерах локализовали с помощью ЯМР-спектроскопии. Таким образом, в трех штаммах й. ИагЫпежз обнаружено по две ТК: ТК1 - 1,3-поли(глицерофосфат), полностью замещенный по гидроксилу при С2 глицерина остатками а-глюкопиранозы и ТК2 - 2,3-

поли(глицерофосфат) с остатками а-глюкопиранозы по гидроксилу при С1 глицерина (Тульская и др., 1993; Потехина и др., 1998).

5.3. Структуры тейхоевых кислот клеточных стенок представителей видов рода

Nocardioides

В разделе представлены сведения о структурах ТК, обнаруженных нами у изученных представителей рода Nocardioides.

N. albus ВКМ Ас-805т. Продукты кислотного и щелочного гидролизов клеточных стенок и препарата ТК указывали на наличие ТК поли(гликозилглицерофосфатной) природы (табл. 1), имеющей заместители (обнаружены галактоза, глюкоза и пировиноградная кислота). Эфир Э1 состоял из монофосфата глицерина, галактозы, глюкозы и пировиноградной кислоты в эквимолярном количестве и, вероятно, являлся повторяющимся звеном ТК. Полная структура полимера была установлена ЯМР-спектроскопическими методами. Сигналы при 70,6-72,2 и 67,85 м.д. были типичными для резонанса С1 и СЗ глицериновых остатков в спектре поли(гликозилглицерофосфатной) цепи с гликозильными заместителями при С1 глицерина (Naumova et al., 1990). Сигналы при 25,9 (СН3-С), 101,9 (0-С-О) и 174,7 м.д. (С=0) были идентифицированы как принадлежащие остатку пировиноградной кислоты, локализованному в положениях 4,6 пиранозы (Шашков и др., 1992). Сигналы при 22,0 и 176,7 м.д. принадлежали О-ацетильным группам. Сигнал малой интенсивности при 109,1 м.д. обнаруживал присутствие ß-галактозы в фуранозной конфигурации (Bock and Pedersen, 1983). Спектры выявили присутствие ß-галакто- и ß-глюкопираноз как главных углеводных компонентов полимера. Было определено также, что ß-галактофураноза является минорным сахарным компонентом полимера, соотношение ß-Galp и ß-Gal/ составляет 7:1 (рассчитано по интенсивности сигналов при 104,2 + 102,5 м.д. и 109,1 м.д.). Таким образом, повторяющаяся единица полимера имеет следующую структуру: OAC(0I5)

-3)-ß-D-Gal/?-(l—>l)-snGro-(3-P-4

ß-D-GIc/?(4,6Pyr)-l

ß-галактопиранозильные остатки О-ацетилированы по гидроксилу при С2 примерно на 50%. Остаток ß-галактофуранозы, вероятно, является терминальным на растущем конце цепи полимера и служит сигналом для прекращения его роста. Возможность существования галактофуранозного ß-l,6-cвязaннoro олигомера на конце цепи подтверждается анализом ТК из клеточной стенки N. luteus - другого вида этого рода. ТК указанной структуры обнаружена впервые (Шашков и др., 1999; Tul'skaya et al., 2003).

N. luteus ВКМ Ас-1246т и 12 других штаммов с идентичной ТК. Профиль продуктов кислотного гидролиза клеточной стенки и ТК из неё указывал на наличие ТК поли(рибитфосфатной) природы с галактозой и пировиноградной кислотой в качестве заместителей (табл. 1). Среди продуктов HF-гидролиза ТК был выявлен гликозид Г1 и идентифицирован как галактозилрибит. При щелочном гидролизе, кроме фосфорных эфиров рибита (табл. 1), найдены эфиры Э1 (основной) и Э2 (минорный, подробно не изучен), имеющие одинаковый качественный состав. Э1 был монофосфатом галактозилрибита с пировиноградной кислотой. Локализация фосфодиэфирных связей и пировиноградной кислоты, наличие О-ацетильных групп (~20%) при гидроксилах по СЗ рибита, конфигурация гликозидной связи и ее положение установлены с помощью ЯМР-спектроскопии. Кроме

того, было показано наличие р-1,6-связанного олигомера, состоящего ~ из 6 остатков галактофуранозы (соотношение GaIp:GaI/ составляло 3(5) : 1). Молекулярная масса ТК составила 8,6-8,9 кДа, что соответствовало 18-ти повторяющимся звеньям. Повторяющееся звено полмера:

-l)-Rbo-(5-/>-4

a-D-Gal/>(4,6 Руг)-1

ТК данной структуры обнаружена впервые (Шашков и др., 2000 ; Tul'skaya et al., 2003):

«N. albus» BKM Ac-806. В клеточных стенках этого штамма с использованием химических и ЯМР-спектроскопических методов были обнаружены две ТК. ТК1 -идентичная по структуре ТК N. luteus, однако соотношение Galp:Gal/составляло 1 : 1, и ТК2 - полимер поли(рибитфосфатной) природы с рамнозой в качестве заместителя (Tul'skaya et al., 2003).

5.4. Структуры анионных полимеров клеточных стенок представителей некоторых видов рода Streptomyces

К началу наших исследований в литературе имелись сведения о ТК у представителей рода Streptomyces (Наумова и Шашков, 1997), относящихся к различным филогенетическим и фенотипическим группам. В настоящей работе были изучены представители близких видов этого рода.

S. castelarensis BKM Ас-832т (ранее S. rutgersensis ssp. castelarensis). В кислотных гидролизатах клеточной стенки и препарата анионных полимеров из нее обнаружен глицерин и его фосфорные эфиры, глюкозамин, лизин, галактоза. Разделение в электрическом поле препарата полимеров, выделенном из клеточной стенки, выявило две фосфорсодержащие зоны, что свидетельствовало о наличии как минимум двух ТК поли(глицерофосфатной) природы. Было предпринято дробное выделение полимеров из целого обезжиренного мицелия с последующим дробным осаждением 96%-ным этанолом и очисткой методом переосаждения в ледяной воде. Это позволило получить препараты, преимущественно содержащие ту или другую ТК. Дополнительную очистку ТК осуществляли методом ионообменной хроматографии на DEAE-Toyopearl 650М в линейном градиенте NaCl.

Препарат 1, имеющий электрофоретическую подвижность гпо,0р 1,2-1,3, при кислотном и щелочном гидролизах дал продукты, характерные для незамещенной глицеринтейхоевой кислоты 1,3- и/или 2,3-типа (табл. I). Мольное соотношение фосфор - глицерин было 1:1. Окончательная структура полимеров установлена ЯМР-спектроскопическими методами.

Препарат 2, с электрофоретической подвижностью т^р 0,9, в составе кислотных гидролизатов имел глицерин и его фосфорные эфиры, глюкозамин и лизин. HF-гидролиз препарата 2 привел к образованию двух гликозидов: Г1 - GlcpNAc-(l—>2)-snGro и Г2 -GIcpNH-(l—>2)-snGro и фрагмента цепи ТК - Lys-(1—>2)-snGro. Эти данные в совокупности с результатами изучения продуктов щелочного гидролиза препарата 2, среди которых были найдены два фосфодиэфира глицерина с глюкозамином, причем лишь один из фосфодиэфиров был нингидрин положительным, привели к предположению, что ТК из этого препарата является 1,3-поли(глицерофосфатом) частично замещенным остатками глюкозамина, только часть которых ацетилирована. Молекулярная масса этой ТК составила 6,0 кДа, что соответствует ~25 глицерофосфатным единицам.

Независимо оба препарата были исследованы методом ЯМР-спектроскопии. Таким образом, клеточная стенка S. castelarensis BKM Ас-832т содержит набор различных ТК. Минорные - незамещенные 1,3- и 2,3-поли(глицерофосфаты), основная - 1,3-

поли(глицерофосфат), треть мономеров имеет по гидроксилам при С2 глицерина глюкозаминильные остатки, только часть которых Ы-ацетилирована. ТК такой структуры найдена впервые (ТиГэкауа е1 а1, 1991).

В дальнейшем при подробном изучении препарата анионных полимеров из клеточной стенки 5. со5/е/агел5Й ВКМ Ас-832т химическими и ЯМР-спектроскопическими методами (пик при ~ 40 м.д, рис. 8) было показано, что кроме ТК он содержит кислый полисахарид новой структуры - полимер Кс1п с (!-Оа1/) (Тульская и др.. 2007а). Полимер идентичной структуры был найден в родственных стрептомицетах (см. ниже).

Я. те1апо$1)ого(ааеп$ ВКМ Ас-1864т. 5. Ьуегоясоркия ВКМ Ас-831т, £ уМасеиатеег ВКМ Ас-583т, 5. епЛия ВКМ Ас-1331т, 5. епЛия ВКМ Ас-129. Продукты кислотного и щелочного гидролизов клеточных стенок и суммарных препаратов из них свидетельствовали (табл. 1) о присутствии 1,3-поли(глицерофосфата), а обнаруженные галактоза и глюкозамин - что ТК, замещена сахарными остатками. Электрофорез выявил три фракции, которые были накоплены методом препаративного электрофореза, элюированы, лиофилизованы и исследованы отдельно.

Фракция 1 (гпогор 1,3-1,4) представляла собой, скорее всего, смесь незамещенных 1,3- и 2,3-поли(глицерофосфатных) цепей (Тульская и др, 1997), о чем свидетельствовали продукты ее кислотного и щелочного гидролизов (табл. 1). Фракция 2 (основная ТК, т^р 0,82-0,9) - 1,3-поли(глицерофосфатные) цепи, частично замещенные а-глюкозамином, причем часть глюкозаминильных остатков Ы-ацетилирована в той или иной степени (кроме штамма Ас-1864т, в ТК которого все глюкозаминильные остатки М-ацетшшрованы). В основной ТК из £ hygroscopicus, & епЛиъ Ас-1331т и Ас-129, Я. violaceusniger с помощью гидроксамовой реакции были обнаружены О-ацетильные остатки. Фракция 3 имела электрофоретическую подвижность тСгоР 0,3 и окрашивалась реактивом Ишервуда в серый цвет. При кислотном гидролизе обнаружена галактоза, а также в следовом количестве продукты деградации ТК из фракции 2 - это свидетельствовало о том, что последняя не была основным компонентом этой фракции.

Суммарные препараты каждого исследуемого стрептомицета были изучены методами ЯМР-спектроскопии. Эти исследования подтвердили предварительные предположения, основанные на химических методах. Таким образом, клеточные стенки исследуемых стрептомицетов содержали одновременно четыре анионных углеводсодержащих полимера. Три ТК: незамещенные 1,3- и 2,3-поли(глицерофосфаты) и 1,3-поли(глицерофосфат) с большей или меньшей степенью замещения остатками а-глюкозамина, часть которых N1-ацетилирована (табл. 6). Четвертый - обнаруженный впервые в природе полимер К<1п, замещенный р-Са1р, состоящий ~ из 20 мономерных звеньев (Тульская и др.. 2007а).

£ яюгеореяез ВКМ Ас-1744т. Профили кислотного и щелочного гидролизов клеточной стенки и препарата ТК (табл. 1) свидетельствовали о присутствии полностью замещенной гликозильными заместителями поли(глицерофосфатной) цепи 1,3-типа. В качестве гликозильных заместителей были выявлены глюкозамин, галактозамин и глюкоза. Дополнительная информация была получена при изучении продуктов гидролиза ТК 47%-ной ОТ. Идентифицированы гликозид и трисахарид. Гликозид идентичен 01с/)МАс-( 1 —>2)-5гЮго, полученному нами ранее из ТК2 5. ак/е/ягеяда. Трисахарид содержал галактозамин и глюкозу в соотношении 2:1. ЯМР-спектроскопические исследования препарата из клеточной стенки и трисахарид позволили установить структуру повторяющейся единицы основной ТК:

P-D-GIc/>-(l->3)-a-D-Ga^NAc-(l-»3)-P-D-GalpNAc-(l->6)-a-D-Glc^7NAc-l

1 2

-1)-5П-Сго-(3-Я-

ТК такой структуры обнаружена впервые (Шашков и др., 1998). Электрофорез выявил присутствие минорной ТК -1,3-поли(глицерофосфата), что было подтверждено ЯМР-спектроскопическим исследованием. Молекулярная масса основной ТК составила 9,8 кДа, что соответствует приблизительно 11 повторяющимся звеньям.

Strentomvces sp. ВКМ Ас-2274 (=MF¡-8). Продукты кислотного и щелочного гидролизов клеточной стенки и препарата (табл. 1) указывали на присутствие 1,3-поли(глицерофосфатных цепей), а обнаружение галактозы, З-О-метилгалактозы (мадурозы), глюкозамина предполагало, что либо эти сахариды являются заместителями в молекуле ТК, либо они образуют некий гликополимер. Препарат в электрическом поле разделился на три фракции, которые были накоплены и исследованы отдельно.

Фракция 1 (минорная, niorop 1,3). При кислотном гидролизе идентифицированы moho-, бисфосфаты глицерина и неорганический фосфат. Образование таких же продуктов, а также диглицеринтрифосфата при щелочном гидролизе (Kelemen and Baddiley, 1961) могло свидетельствовать о том, что фракция 1- незамещенный 1,3-поли(глицерофосфат). Фракция 2 (основная, то0р 0,82). После кислотного гидролиза обнаруживались глицерин, его моно- и бисфосфаты, неорганический фосфат и глюкозамин. Изучение продуктов HF- (гликозид Г1) и щелочного гидролизов (фосфодиэфир Э1) привело к предположению, что ТК этой фракции - 1,3-поли(глицерофосфат), частично замещенный a-N-ацетилглюкозамином. Фракция 3 (mGrop 0,56). Окрашивалась реактивом Ишервуда в серый цвет. Кислотный гидролиз привел к образованию галактозы, З-О-метилгалактозы, а также следовых количеств продуктов деградации ТК из фракции 2. Следовательно, ТК не являлась основным полимером этой фракции. .

Суммарный препарат полимеров, а также фракции 2 и 3 исследовали ЯМР-спектроскопическими методами, кроме того, фракция 3 была подвергнута MALDITOF масс-спектроскопическому анализу. В результате проведенных исследований оказалось, что клеточная стенка исследуемого стрептомицета содержит в своем составе две ТК. Основная -1,3-поли(глицерофосфат), на 60% замещенный a-D-N-ацетилглюкозамином; минорная -незамещенный 1,3-поли(глицерофосфат). Кроме того, обнаружен олигомер - З-дезокси-D-г№1/фо-0-га.7<жто-нон-2-улопиранозоновой кислоты (Kdn), имеющий следующую структуру:

(P-D-Gal/riOMe) 0-D-GaIp-l l-p-D-Ga!/>30Me ф-D-GaI/))

i 4

9 9

<x-Kdn-(2-M)-p-Kdn

Кислый олигосахарид такой структуры обнаружен впервые (Shashkov et al., 2002).

Streptomvces sp. МБ-2, МБ-5. МБ-6. МБ-7. МБ-10. В кислотных гидролизатах клеточных стенок 5-ти штаммов были идентифицированы продукты, характерные для рибиттейхоевой кислоты (табл. 1), а также глюкоза, галактозамин, пировиноградная кислота (для трех штаммов: МБ-2, МБ-5, МБ-6) и неидентифицированное нингидрин-положительное соединение. Кислотный гидролизат суммарных препаратов из клеточных стенок этих стрептомицетов содержал тот же набор продуктов. Однако количество глюкозы было большим, чем количество рибитфосфата во всех случаях, кроме МВ-5. Полученные данные могли свидетельствовать о наличии рибиттейхоевой кислоты с глюкозой в составе суммарных препаратов, и не исключали присутствия полимеров иного строения, в структуру которых также входит глюкоза. Таким образом, можно было предположить, что эти организмы содержат в клеточных стенках похожий набор анионных полимеров. Электрофорез суммарных препаратов из каждого организма выявил несколько фракций,

которые были накоплены методом препаративного электрофореза, элюированы, лиофилизированы и исследованы отдельно.

Фракция 1 (гпогор 1,3), стрептомицеты МВ-2, МВ-5, МВ-б. Продукты кислотного гидролиза (табл. 1) свидетельствовали о том, что фракция 1, вероятно, является 1,5-поли(рибитфосфатом), несущим остатки пировиноградной кислоты. Предположение было подтверждено данными ЯМР-спектроскопического анализа. Фракция 2 (т^р 0,9-1,1), все 5 стрептомицетов. Профили продуктов кислотного и щелочного гидролизов этой фракции указывали на поли(рибитфосфатную) природу ТК (табл. 1). Образование при щелочном гидролизе фосфорного эфира, идентифицированного как глюкозилрибитфосфат, а при Ш7-гидролизе гликозида, определенного как глюкозилрибит, свидетельствовало о том, что полимером фракции 2, вероятно, являлся 1,5-поли(рибитфосфат), замещенный глюкозой, что было подтверждено ЯМР-спектроскопическими исследованиями. Фракция 3 (гпоор 0,450,52), для 4-х стрептомицетов, кроме МБ-10. Кислотный гидролиз привел к образованию галактозамина, а также неидентифицированного нингидрин положительного соединения, и, кроме того, следовых количеств продуктов деградации ТК из фракции 2. Структура полимера этой фракции была установлена методами ЯМР-спектроскопии для каждого организма. Это была тейхуроновая кислота: -+4)-Р-0-МапрЫАсА-(1->3)-а-0-Оа1/>ЫАс-(1-*. Фракция 4 (гпогор 0,34), для всех стрептомицетов, за исключением МВ-5. Окрашивалась реактивом Ишервуда в серый цвет, в кислотных гидролизатах этой фракции найдена глюкоза и неидентифицированное соединение, окрашивающееся азотнокислым серебром. Структура полимера этой фракции была расшифрована с помощью ЯМР-спектроскопических исследований, Им оказался полимер 3-де10кси-0-глицеро-0-гашкто-иои-2-улопиранозоновой кислоты (Кс1п), замещенный Р-глюкозой ^ИазЬкоу е! а1., 2000).

Итак, клеточные стенки 5-ти стрептомицетов содержали по два-четыре анионных углеводсодержащих полимера. Среди них ТК: 1,5-поли(рибитфосфат), разной степени замещения Р-вкр, встречающийся во всех изученных организмах; а также 1,5-поли(рибитфосфат), несущий кетально связанную по гидроксилам при С2-С4 рибита пировиноградную кислоту, который был обнаружен в клеточных стенках лишь трех (МБ-2, МБ-5, МБ-6) стрептомицетов. Для 4-х изученных организмов характерно наличие в клеточных стенках тейхуроновой кислоты. Клеточные стенки почти всех изученных стрептомицетов (кроме МБ-5) содержат полимер Кёп, замещенный р-Бкр (табл. 8, Тульская и др., 2003).

$1геШтусе$ $г>. ВКМ Ас-2534 (=Ив-219). Продукты кислотного гидролиза клеточной стенки и суммарного препарата полимеров указывали на присутствие ТК поли(рибитфосфатной) природы (табл. 1), видимо, с глюкозой и глюкозамином в качестве заместителей, а также неидентифицированного нингидрин положительного соединения. Электрофорез суммарного препарата привел к разделению на две фракции, которые были накоплены электрофоретически, элюированы, лиофилизированы и исследованы отдельно.

Фракция 1 (тогор 1,10), минорная, содержала ТК рибитфосфатной природы, вероятно, несущей в качестве заместителей глюкозу и глюкозамин, о чем свидетельствовали продукты кислотного гидролиза (табл. 1). При аммонолизе фракции образовались лизин и амид лизина, последний, по-видимому, входил в структуру ТК. Изучение продуктов дефосфорилирования (ЭТ-гидролиз) привело к обнаружению двух гликозидов, идентифицированных как Г1 -глюкозил-(1—>2)-рибит и Г2 - М-ацетилглюкозаминил-(1—>2)-рибит. Можно было предположить, что полимер этой фракции представляет собой 1,5-поли(рибитфосфатную) ТК, отдельные рибитфосфатные остатки которой несут глюкозу, в то время как другие -замещены И-ацетилглюкозамином. Фракция 2 (тогор 0,52), преобладающая, была проявлена реактивом Ишервуда в виде белого пятна на фореграмме. Кислотные гидролизаты этой фракции содержали лишь следовые количества продуктов деградации фракции 1, а также

неидентифицированное нингидрин положительное соединение. Таким образом, ТК не являлась основным компонентом этой фракции.

Тип фосфодиэфирной связи, положение гликозильных заместителей и их конфигурация в ТК фракции 1, а также структура полимера из фракции 2 были определены с помощью ЯМР-спектроскопии.

Таким образом, было доказано, что клеточная стенка изучаемого фитопатогенного стрептомицета содержит два анионных углеводсодержащих полимера. Минорный полимер -ТК, 1,5-поли(рибитфосфатные) цепи которой несут по гидроксилам при С-2(4) рибита ß-глюкопиранозу, однако некоторые рибитфосфатные звенья полимера замещены ß-N-ацетилглюкозамином, нарушая тем самым его регулярность. Второй полимер, преобладающий, представлял собой тейхуроновую кислоту, повторяющейся единицей которой является дисахарид:

->4)-ß-D-Manp2,3NAcyA-(l->3)-a-D-GaI/>NAc-(l-», где Асу - ацетил или ¿-Glu

Полимер такой структуры обнаружен впервые у грамположительных бактерий (табл. 9, Тульская и др., 20076).

5.5. Тейхоевая кислота и полисахарид клеточной стенки Kineosporia auraníiaca ВКМ

Ас-702т

К началу наших исследований имелись сведения (Евтушенко и др., 1984) о том, что клеточная стенка Kineosporia auraníiaca ВКМ Ас-702т, представителя семейства Kineosporiaceae подпорядка Frankineae, содержит ТК глицерофосфатной природы. Однако структурные исследования последней, а также возможных других гликополимеров ранее не проводили.

В кислотных гидролизатах клеточной стенки и суммарного препарата из неё обнаружены галактоза и манноза, а также некоторое количество глицерина, его моно- и бисфосфатов, неорганический фосфат и глюкозамин. Электрофорез суммарного препарата обнаружил наличие двух фракций, которые были накоплены методом препаративного электрофореза, элюированы, лиофилизированы и исследованы отдельно.

Фракция 1 (минорная, Шогор 0,93) при кислотном гидролизе дала продукты, позволяющие предположить наличие глицеринтейхоевой кислоты, замещенной глюкозамином (табл. 1). Ценная информация о структуре ТК была получена при изучении фосфорных эфиров, полученных после щелочного гидролиза фракции 1, а также гликозидов, полученных после ее обработки 47%-ной HF, которые изучали по схеме, приведенной для S. castelarensis, оказались идентичными таковым для названного стрептомицета. Таким образом, следовало думать, что полимер из фракции 1 является 1,3-поли(глицерофосфатом) частично замещенным а-глюкозаминильными остатками, только часть которых N-ацетилирована. Это предположение было подтверждено ЯМР-спектроскопическими исследованиями. Фракция 2 (основная) была электронейтральна и проявлена на фореграмме AgNOj в нейтральной области. При кислотном гидролизе найдены галактоза и манноза в соотношении -1:2. Абсолютная D-конфигурация галактозы и маннозы определена методом ГЖХ. Эти результаты показали, что данная фракция вероятнее всего содержит нейтральный полисахарид. Структура последнего была полностью расшифрована с помощью ЯМР-спектроскопии.

Моносахаридная последовательность в повторяющейся единице полисахарида установлена на основании анализа 'Н, 'Н ROESY и 'Н, ÜC НМВС спектров:

-+3)-Р-о-Са1/)-(1-+6)-р-о-Мап/)-(1—>4)-р-в-Мап/»-(1->3)-Р-в-Са1р-(1—> —>4)-Р-о-Мап/>-(1—>4)-р-в-Мап/>-(1-+.

Одинаковая О-конфигурация каждого из моносахаридных остатков подтверждена при определении гликозилирующих эффектов (1лркни1 ^ а1., 1988; ЗЬаэЬкоу е1 а1., 1988) в 13С ЯМР спектрах полисахарида. Структура данного нейтрального полисахарида описана впервые (ТиГвкауа « а!., 2005).

♦ ♦ ♦

Анализ собственных результатов и литературных данных указывает на широкое распространение тейхоевых кислот в клеточных стенках представителей порядка АсИпотусе1а1еу. более 80% всех изученных нами к настоящему времени штаммов актиномицетов содержат эти полимеры, причем до 70% всех обнаруженных тейхоевых кислот составляют глицеринтейхоевые кислоты. Рибиттейхоевые кислоты менее распространены в клеточных стенках бактерий. И, наконец, тейхоевые кислоты, содержащие другие полиолы (эритрит, арабит, маннит, 6-О-метил-галактит) в коре полимера, выявлены у актиномицетов в редких случаях (рис. 4, Потехина, 2006).

Заметим, что именно для глицеринтейхоевых кислот обнаружено наибольшее разнообразие (рис. 4.) в локализации фосфодиэфирных связей: 1,3- и 2,3-поли(глицерофосфаты), поли(гликозилглицерофосфаты), поли(глицерофосфат-

гликозилглицерофосфаты). Недавно найден новый тип тейхоевых кислот: поли(ацилгликозилглицерофосфат), фосфодиэфирная связь в котором осуществляется по гидроксилу при С2 глицериновой кислоты, ацилирующей хиновозамин в коре полимера, и гидроксилу при СЗ остатка глицерина (Козлова и др., неопубликованные данные).

Редко обнаруживаемые полиолы

Поли(глицеро-фосфат-гликозил-глицерофосфат)

Рис. 4. Известные в настоящее время полиолы, входящие в состав тейхоевых кислот.

Интересные данные были получены в наших совместных работах с сотрудниками группы чл.-корр. РАН И.С. Кулаева (Кулаев и др., 1996; Степная и др., 1997,2004). Бактерии с глицеринтейхоевой кислотой в клеточной стенке были практически не подвержены

действию комплекса литических ферментов, тогда как наличие рибиттейхоевой и/или тейхуроновой кислот приводило к усиленному лизису микроорганизмов. Являются ли глицеринтейхоевые кислоты наиболее значимыми для выживания микроорганизмов в их экологической нише по сравнению с другими тейхоевыми кислотами, в коре которых имеются другие полиолы, - предмет дальнейших исследований.

Глава VI. Тейхоевые кислоты клеточных стенок как видоспецифический маркер актиномицетов

Ранее было показано успешное применение признака "наличие тейхоевых кислот" для разделения стафилококков и микрококков (Schleifer and Stackebrandt, 1983): первые содержат ТК, вторые - нет. Идея о возможности использования ТК в систематике актиномицетов была выдвинута впервые немецкими исследователями для рода Brevibacterium (Fiedler et al., 1981) и развита в работе И.Б.Наумовой (Naumova, 1988).

Участие ТК клеточных стенок в жизненно важных процессах, происходящих в живой бактериальной клетке (Neuhaus and Baddiley, 2003; Weidenmaier and Peschel, 2008), их широкое структурное разнообразие (см. Главу V, обзоры: Наумова и Шашков, 1997; Потехина, 2006; Naumova et al., 2001), детерминированное информацией, содержащейся в кодирующих их генах (Lazarevic et al., 2002), а также их широкое распространение в грамположительных бактериях (наши данные; Weidenmaier and Peschel, 2008), с очевидной вероятностью демонстрируют возможность их применения в систематике бактерий.

С начала 70-х годов в таксономической практике успешно используется строение пептидогликана (Schleifer and Kandier, 1972) - основного гликополимера клеточной стенки прокариот. Тогда как таксономическая значимость структур ТК и других гликополимеров клеточной стенки с таксономической точки зрения не оценена в полной мере и показана только для представителей родов Agromyces (Гнилозуб, 1994), Actinomadura, Nonomurea и Brevibacterium (Потехина, 2005).

В настоящей главе анализируются полученные автором и литературные данные о структурных типах и подтипах ТК, обнаруженных в клеточных стенках представителей нескольких родов актиномицетов (Nocardiopsis, Glycomyces, Nocardioides, Streptomyces), с целью использования их в таксономической практике.

6.1. Структуры и набор тейхоевых кислот клеточных стенок как видоспецифические маркеры рода Nocardiopsis

В данном разделе проанализированы собственные результаты (29 штаммов) и литературные данные (5 штаммов) исследования клеточных стенок 34 штаммов, принадлежащих к 13 видам и подвидам рода Nocardiopsis (семейство Nocardiopsaceae, подпорядок Streptosporangineae, Fisher et al., 1983; Yassin et al., 1993; 1997; Evtushenko et al., 2000; Al-Zarban et al., 2002; Kämpfer et al., 2002). Структуры и комбинация ТК в клеточных стенках актиномицетов рода Nocardiopsis хорошо коррелируют с филогенетической группировкой этих организмов, основанной на данных анализа нуклеотидных последовательностей генов 16S рРНК и данными ДНК-ДНК гибридизации. С другой стороны, филогенетически близкие организмы (сходство генов 16S рРНК до 99,9%) различаются по составу анионных полимеров.

В группу (табл. 2) N. dassonvillei (N. dassonvillei ssp. dassonvillei, N. synnemataformans, N. halotolerans, N. dassonvillei ssp. albirubida) входят организмы, содержащие в клеточной стенке уникальный, обнаруженный только у представителей этого рода поли(полиолфосфатгликозилполиолфосфат). Штаммы вида N. dassonvillei ssp. dassonvillei, имеют единственную ТК с фосфодиэфирной связью между глицерином и аминосахаром по (-3-Р-3-). Два вида//, synnemataformans и N. halotolerans, содержат по две ТК: минорную - с

Таблица 2. Тейхоевые кислоты клеточных стенок представителей видов и подвидов рода //осогА'орт«.

Тейхоевая кислота N. dassonvillei ssp. dassonvillei N. synnematofor-mans N. halotolerans N. dassonvillei ssp. albirubida 1 N. alba (3 штамма) "Б ¿¡j N.metallica N. prasina yi i 1 j 5! N.composta N. trehalosi N. tropica3

Группа N. dassonvillei Группа N. alba

Поли(глицерофосфат-(3-Л'- ацетилгалактозаминилглицерофосфат)/ связь —З-Л-З — ♦ ♦ ♦

Поли(глицерофосфат-|3-№ ацетилгалактозаминилглицерофосфат)/ связь -З-Р-4 - ♦ ♦

Поли(глицерофосфат-3-Л'-ацетилгалактозаминил-глицерофосфат)/ связь -З-Р-З с пируват-кетальной группой ♦ ♦

Поли(глицерофосфат-(3-Л^ацетилгалактозаминил-глицерофосфат)/ связь -З-Р-4 - , с О-сукцинильным остатком ♦

Незамещенный 3,5-поли(рибитфосфат) ТК1 ♦ ♦

1,5-Поли(рибитфосфат) с 2,4- пируват-кетальной группой ТКЗ ♦ ♦ ♦ ♦

1,3-Поли(глицерофосфат) с а-//-ацетилглюкозамином ТК2 ♦ ♦ ♦ ♦ ♦ ♦ ♦

1,3-Поли(глицерофосфат) с р-глюкозой ♦

1,5-Поли(рибитфосфат) с боковыми глицерофосфатными олигомерами ♦

1 Шашков и др, 1997; 2 Стрешинская и др, 1998;3 Стрешинская и др, 1996.

♦ ♦ - основная (преобладающая) тейхоевая кислота

а) Полв(глицерофосфат-р-№

ааетнлгал а кгозам нн нл глицерофосфат), связь -У-Р-3-,

N. dassonvillei subsp. dassonvillei

айда

б) Полн(глицерофосфат-0-М-

ацетил гал актозам и ынл глицерофосфат), связь -3-Р-3-, к полн(глицерофос-фат-ß-N- ацетил галастозилгл и цеоо-фосфат), связь -3-Р-4-, N. synnemataformans I

в) Поли(глицерофосфат-0-К-

а цетил гала ктозамин илглицерофосфат), связь -3-Я-3-, с 4,6-пнруват-кетальной группой и поли(глицерофосфат-Р-Г<*-ацетил галактозам ин мл глицерофосфат), связь-3-Л4-, Л/. halotolerans

juu

г) Поли(глицерофосфат-р~1Ч-ацетнлгалактозилглицерофосфат),, связь -3-р-4-, с 0-сукцнн ильной : группой,

N. dassonvillei subsp. alblrubida

д) 14-полн(глицерофосфат) с ß-глюкозой N. trehalosi

е) 1,5-поли(рибитолфосфат) с боковыми цепямя глмцерофосфатных олигомёров N. tropica

¡ж) Незамещенный

3,5-поли(рибнтфосфат), ТК1, N. alba, N. prasina

з) 1 пол и{ глицерофосфат) с a-N-ацеткл глюкозам ином, ТК2, N. alba, N. prasina, N. listed. N. composta, N. lucentensis, N. metallica

и) 1,5-полн(рибнтол фосфат) с 2,4- пируват-кетальной группой, ТКЗ, N. alba, N. listen, N. luccntensis N. metallica

Рис. 5. 13С ЯМР-спектры ТК клеточных стенок представителей видов и подвидов Nocardiopsis.

фосфодиэфирной связью между глицерином и аминосахаром по (-3-Р-4-) и основную - N. ьуппетШа/огтаги, как и у N. ¿(тотч11е1 Бэр. с/а550«1'///е/, а N. ИаЬШегап.^ - ТК с кетально связанным пируватом; и, наконец, подвид N. ¿аязотИШ 55р. а1ЫгиЫс1а (Шашков и др, 1997), имеет единственную ТК с фосфодиэфирной связью между глицерином и аминосахаром по (-3-.Р-4-), но несущую сукцинильный остаток по гидроксилу при СЗ аминосахара.

Таблица 3. Дифференцирующие характеристики видов и подвидов рода N0сагсИорхк, основанные на сравнении продуктов химической деградации ТК или клеточных стенок3'.

ci f} с: в d. 'я4

Продукты химической деградации N. dassonvillei Si dassonvillei 5 i « s eu к г à й: N. halotoleram N. dassonvillei Si albirubida 1 s Я H Э а S "S "с -ä •Й N.metallica N. prasina £ s: и в tu .3 N.composta N. trehalosi N. tropica3

Группа N. dassonvillei Группа N. alba

Кислотный гидролиз

Глицерин + + + + + + + + + + + +

Рибит - - - _ + + + + - - - +

Глюкоза _ - - - - + -

Глюкозамин , , _ + + + + ■ ■ _ _

Галактозамин ■ ■ + ■

Пировиноградная кислота + + + +

Янтарная кислота - _ - + - - - - - - - -

Щелочной гидролиз

Глицерин сл сл сл сл + + + + + + - +

GroP, GroP2 + + + + + + + + + + _ +

Рибит - - - - сл сл сл сл - - _ +

RboP, RboP2 _ _ _ + - - + _ +

RboP3 _ _ _ - _ - _ +

ЭЗб) + ■ _ _ -

Фосфодиэфир Gro с GlcNAc - - - - + ■ ■ + + ■ - -

*' +, присутствует; -, отсутствует;6) Фосфодиэфир: />-(3/4)-GalpNAc-(l—»2)-snGro-3-P-l-snGro-(2-/>; 1 Шашков и др., 1997;2 Стрешинская и др., 1998;3 Стрешинская и др., 1996.

В группу N. alba (N. alba, N. prasina, N. composta, N. metallica, N. listen, N. lucentensis) объединяются виды, содержащие в клеточных стенках различный набор полимеров: ТК1, ТК2 и ТКЗ (табл. 2). При одинаковом наборе ТК имеются выраженные количественные различия в их содержании (основная или минорная ТК, N. listen и N. metallica), а также степени замещения и длине цепи полимера (N. lucentensis и N. composta). Два других изученных организма этого рода N. trejyalosei и N. tropica (Стрешинская и др., 1996) содержат в клеточной стенке ТК иных структур (табл. 2) и имеют низкую степень филогенетического родства как между собой, так и с представителями групп N. dassonvillei и с N. alba.

Следует отметить, что именно на этой группе организмов впервые показана возможность использования |3С ЯМР-спектров как фингерпринтов для идентификации видов и подвидов рода Nocardiopsis (рис. 5).

Кроме того, виды и подвиды рода Nocardiopsis отличаются по набору и комбинации продуктов кислотного гидролиза как самих полимеров, так и нативных клеточных стенок, которые могут быть легко определены с использованием методов хроматографии (табл. 3). Например, вид N. tre¿alosei характеризуется значительным количеством глюкозы в клеточных стенках. Определение некоторых специфических продуктов щелочного гидролиза полимера или нативной клеточной стенки расширяет таксономические возможности при использовании этого подхода. Например, N. alba и N. lisien, которые характеризуются похожими профилями продуктов кислотной деградации (табл. 3), можно отличить друг от друга по наличию в щелочных гидролизатах их клеточных стенок моно- и бисфосфатов рибита у N. alba.

Все вышесказанное подтверждает видоспецифичность ТК для рода Nocardiopsis.

6.2. Структуры и набор тейхоевых кислот клеточных стенок как видоспецифический маркер актиномицетов рода Glycomyces

В данном разделе проанализированы результаты исследования клеточных стенок 5 штаммов трех видов рода Glycomyces (семейство Glycomyceíaceae подпорядок Glycomycineae): G. harbinensis (три штамма) и G. rutgersensis, а также G. tenuis, правомочность выделения которых подтверждена данными ДНК-ДНК гибридизации и анализа нуклеотидных последовательностей 16S рРНК генов (Labeda et al., 1985).

Виды рода Glycomyces хорошо идентифицируются при сравнении набора и структур ТК клеточных стенок, установленных химическими и ЯМР спектроскопическими методами (табл. 4). Вид G. tenuis характеризуется наличием в клеточных стенках редко встречающейся

Таблица 4. Тейхоевые кислоты клеточных стенок представителей видов рода

Glycomyces.

Тейхоевая кислота G. tenuis G. rutgersensis G. harbinensis (три штамма)

1,4-Поли(эритритфосфат), замещенный по С2(3) эритрита а-глюкозамином ♦

1,3-Поли(глицерофосфат), замещенный по С2 глицерина а-глюкозой ТК1 ♦ ♦

2,3-Поли(глицерофосфат), замещенный по С1 глицерина а-глюкозой ТК2

эритриттейхоевой кислоты (Ро1екЫпа е( а1., 1993). Для вида & rutgersensis характерным оказался 1,3-поли(глицерофосфат) практически полностью замещенный по гидроксилам при С2 глицерина а-глюкозой, а в клеточных стенках у всех штаммов вида & /гагбшелш были обнаружены одновременно две ТК: 1,3-поли(глицерофосфат), замещенный по гидроксилам при С2 глицерина а-глюкозой (ТК1) и 2,3-поли(глицерофосфат), замещенный по гидроксилам при С1 глицерина а-глюкозой (ТК2), причем количественное соотношение этих двух ТК варьировало в зависимости от штамма (см. ниже).

И7

100 95 90 85 80 15 70 65 ид.

Рис. 6.13СЯМР спектры ТК клеточных стенок для G. rutgersensis (вверху) и для G. harbinensis (внизу).

И в данном случае в качестве дифференцирующих характеристик видов можно использовать продукты кислотной (НС1 и HF) и щелочной деградации как самих полимеров, так и нативных клеточных стенок изучаемых организмов: глицерин, эритрит, глюкоза, глюкозамин, различные гликозиды - все эти соединения могут быть легко определены с использованием методов хроматографии и электрофореза.

Изучение спектров 13С ЯМР ТК клеточных стенок видов рода Glycomyces показало, что они значительно различаются между собой (рис. 6), поэтому соответствующие им полимеры можно идентифицировать при наличии соответствующих баз данных по химическим сдвигам.

Характерными явились химические сдвиги в аномерной области атомов углерода при 39J Ц99,1 м.д. (рис. 6). Учитывая интегральные интенсивности сигналов углеродных атомов ТК1 и ТК2, было вычислено, что в клеточной стенке G. harbinensis NRRL 16897 ТК2 в два раза больше, чем ТК1. Анализ гликозидов, полученных из клеточных стенок двух других штаммов G. harbinensis IFO 14487х и G. harbinensis ВКМ Ас-1247т показал, что ТК1 и ТК2 содержатся в них примерно в одинаковом количестве. Поскольку все три исследуемых штамма были выращены в стандартных условиях, полученные данные можно расценивать как штаммовые различия внутри вида G. harbinensis, выявленные с помощью ЯМР-спектроскопических методов анализа.

Приведенные данные подтверждают видоспецифичность ТК для рода Glycomyces.

6.3. Структуры и набор тейхоевых кислот клеточных стенок как видоспецифические маркеры видов и подвидов рода Nocardioides

В данном разделе проанализированы результаты обследования клеточных стенок 17 штаммов из этого рода, принадлежащих к 5-ти видам (Prauser, 1976, 1984; Collins et al, 1989, 1994).

Предварительные исследования клеточных стенок видов рода Nocardioides показали, что что у N. albus, N. luteus, N. prauseri и N. jensenii присутствует ТК, тогда как у N. plantarum - нет. Структуры ТК установлены для видов N. albus, N. luteus и «N. albus» (см. раздел 5.3.), образующих хорошо развитый ветвящийся вегетативный мицелий, и характеризующихся высокой степенью сходства по морфологии и некоторым физиологическим признакам.

В работе изучены образующие мицелий изоляты с белыми колониями (ВКМ Ас-562, ВКМ Ас-563, ВКМ Ас-564, ВКМ Ас-565, ВКМ Ас-5бб, ВКМ Ас-567, ВКМ Ас-568), выделенные из почв разных регионов. Вследствие большого сходства с видом N. albus (колонии белого цвета и некоторые физиологические признаки) эти изоляты были описаны как штаммы названного вида (Евтушенко и Зеленкова, 1989).

Однако все изученные изоляты содержали в клеточных стенках ТК, идентичную таковой из клеточных стенок N. luteus ВКМ Ас-1246т, что предполагало их ближайшее родство именно с данным видом.

Изучение ДНК-ДНК гомологии показало, что все упомянутые изоляты имеют 37-45% сходства с N. albus ВКМ Ас-805т, тогда как с N. luteus ВКМ Ас-1246т - 63-74%, что указывало на их принадлежность к тому же геномовиду (Wayne et al., 1987), что и ВКМ Ас-1246т.

Кроме того, обнаружено, что и другие изученные в работе штаммы рода Nocardioides (ВКМ, рабочая коллекция: AcW-29146, AcW-29169, AcW-29196, AcW-46114, AcW-46115) содержали в клеточных стенках ТК полностью идентичную таковой из клеточных стенок N. luteus ВКМ Ас-1246т, и, следовательно, могли принадлежать к виду N. luteus - очевидно, наиболее распространенному в природе виду этого рода.

Полученные результаты показали, что члены двух геномовидов, N. albus и N. luteus (включающий штаммы с белой окраской колоний), легко дифференцируются по структуре их ТК, а также по некоторым компонентам их клеточных стенок, таким как рибит и глицерин, которые легко определяются хроматографически в гидролизатах клеточных стенок.

Таким образом, наши исследования позволили уточнить диагноз двух видов рода Nocardioides:

Nocardioides albus. В дополнение к признакам, данным Г.Праузером (1976, 1989), вид характеризуется наличием в клеточных стенках галактозы, глюкозы и глицерина и содержит ТК. ТК является поли(галактозилглицерофосфатом), в котором ß-D-галактопиранозильные остатки по гидроксилам при С4 замещены ß-D-глюкопиранозой, несущей по гидроксилу при С4,6 кетально связанную пировиноградную кислоту S-конфигурации; соотношение пиранозной и фуранозной форм галактозы 7:1.

Nocardioides luteus. В дополнение к признакам, данным Г. Праузером (1984, 1989), вид характеризуется воздушным мицелием белого или жёлтого цвета, наличием в клеточных стенках галактозы и рибита и содержит ТК. ТК является 1,5-поли(рибитфосфатом) с a-D-галактопиранозой, несущей по гидроксилу при С4,6 кетально связанную пировиноградную кислоту R-конфигурации, соотношение пиранозной и фуранозной форм галактозы от 3 : 1 до 5:1

Штамм "Nocardioides albus" ВКМ Ас-806 был выделен и описан Г. Праузером на основании морфологических, культуральных и физиологических признаков. Вид характеризовался белым цветом колоний. Однако уровень сходства ДНК с обоими референтными типовыми штаммами оказался низким и составил: 36,0% с N. albus ВКМ Ас-

805 т и 52,2% с N. luteus ВКМ Ас-1246 . Это свидетельствовало о том, что N. albus ВКМ Ас-

806 представлял собой третий геномовид, и его таксономическое положение, таким образом, оставалось неопределенным.

Кроме того этот штамм отличался как от N. albus, так и от N. luteus по составу полимеров клеточной стенки (от последнего вида - в меньшей степени).

В клеточной стенке штамма Ас-806 обнаружено по меньшей мере две ТК: одна из которых полностью идентична рибиттейхоевой кислоте из клеточной стенки N. luteus, за исключением того, что соотношение Galp:Gal/ составляло 1:1, вторая имела поли(рибитфосфатную) природу, с рамнозой в качестве заместителя. Таким образом, штамм

ВКМ Ас-806 дифференцирован от N. luteus соотношением Galp и Gal/ ('Н ЯМР-спектр, сигналы при 5,34 и 5,04 м.д.) и присутствием значительного количества рамнозы в гидролизатах ТК или клеточной стенки (см. раздел 5.3.). Эту разницу легко установить методами хроматографии или ЯМР-спектроскопией, сигнал при 18 м.д. (рис. 7).

Таким образом, штамм Ас-806 хорошо дифференцируется от N. albus по наличию рибита и рамнозы (см. раздел 5.3, рис. 7) в гидролизатах ТК или клеточных стенок, которые также легко определяются методами хроматографии.

13С ЯМР-спектры ТК для представителей данного рода могут являться фингерпринтами при идентификации видов (рис. 7).

Принимая во внимание все обнаруженные различия в хемотаксономических признаках изученных видов, а также данные об их ДНК-ДНК гибридизации (36,0-52,2%), также как и существующее определение этих актинобактерий (Wayne et al, 1987), нами был предложен новый вид в составе рода Nocardioides, названный Nocardioides prauseri sp. nov, в честь германского микробиолога Гельмута Праузера, который внес большой вклад в систематику актиномицетов и описание рода Nocardioides (Tul'skaya et al, 2003).

Рис. 7.13С ЯМР -спектры ТК клеточных стенок представителей видов Nocardioides.

Таким образом, клеточные стенки изученных представителей видов рода Nocardioides содержали ТК разной структуры, что подтверждает видоспецифичность структур ТК внутри

этого рода. Наличие пировиноградной кислоты и ß-галактофуранозы в структуре полимеров может являться признаком, характерным для изучаемого рода.

6.4. Тейхоевые кислоты клеточных стенок как хемотаксономический маркер кластер-вида "Streptomyces violaceusniger"

Род Streptomyces семейства Streptomycetaceae является в настоящее время наиболее многочисленным по видовому составу среди бактерий (включает более 500 видов). На протяжении многих лет стрептомицеты как продуценты новых биологически активных природных соединений зачастую необоснованно описывались как новые виды в связи с патентованием, и к началу 70-х годов род насчитывал около 3000 видов, большинство из которых не были включены в Список одобренных наименований (Anderson and Wellington, 2001; Kämpfer, 2006). Достоверная дифференциация близких видов и описание новых внутри групп филогенетически близких организмов по-прежнему остаётся неразрешенной проблемой в терминах традиционных фенотипических характеристик.

Таблица 5. Отличительные характеристики ТК стрептомицетов кластер-вида "Streptomyces

violaceusniger".

Характеристика о » >. ^ ОЙН C^bá S3 D3 о о . оо с S — е s: i ь ^ ° g G < со ■SH to (Ч s: fi ju oo a ô ^ < S2 M to M S. hygroscopicus ssp. hygroscopicus BKM Ac-831T H m Cl а — a S. endus BKM Ac-129 f^l booo = со g< = S о X 'S m с f ÜJ Гад — S ¿ ë< 3-2 ^ m

Преобладающая ТКЗ - 1,3-поли(глицерофосфат) с а-глюкозаминильными заместителями или тетрасахаридом

Степень замещения а-N-ацетилглюкозамином и a-N-глюкозамином, % 57 33 66 50 47 40

Доля a-N-ацетил-глкжозамина, % 100 83 83 45 50 55 -

1,3-Поли(глицеро-фосфат) с тетрасахаридом - - - - - - +

Продукты HF-гидролиза ТК или клеточных стенок (гликозиды)

N-ацетилглюкоз-аминилглицерин + + + + + + +

Глюкозаминил-глицерин - + + + + + -

Трисахарид - - - - - - +

К одной из таких групп относится фенокластер "S. violaceusniger" (включающий виды S. violaceusniger, S. castelarensis, S. melanosporofaciens, S. hygroscopicus, S. endus и ряд других). Видовой статус перечисленных организмов, характеризующихся серым воздушным мицелием, спиральными спороносцами и складчатой поверхностью спор (Williams et al., 1983а; Al-Tai et al., 1999), подтверждён данными ДНК-ДНК гибридизации (Labeda and Lyons, 1991b; Kumar and Goodfel/ow, 2008).

С целью поиска критериев, дифференцирующих фенотипически и филогенетически близкие виды группы "S. violaceusniger" (до 99,7% сходства нуклеотидных последовательностей генов 16S рРНК), было проведено сравнительное изучение ТК их клеточных стенок.

Клеточные стенки изученных организмов (за исключением филогенетически более удаленного Я. sparsogenes) содержали по три сходных со составу и структуре ТК: преобладающая - 1,3-поли(глицерофосфат) с а-глюкозамином по гидроксилам при С2 глицерина и минорные ТК - незамещенные 1,3- и 2,3-поли(глицерофосфатные) полимеры. Цепи имели также О-ацетильные и О-лизильные группы. Отметим, что все стрептомицеты этой группы (кроме 5. sparsogenes) содержали поли-К<1п с р-ба! (табл. 8, рис. 8).

1дл

Лхи

и»||1«У и |Ц|

180

160

140

120

100

20 М.Д.

Рис. 8. С ЯМР-спектры суммарных препаратов анионных углеводсодержащих

полимеров клеточных стенок изучаемых стрептомицетов. а - X епЛиь ВКМ Ас-1331т; 6-5. епЛм ВКМ Ас-129; в - 5. hygroscopicus вэр. hygroscopicus ВКМ Ас-831т; г - 5. са^е/япжи ВКМ Ас-832 т; д - violaceusniger ВКМ Ас-583 т; е - & те1апо5рого/аЫет ВКМ Ас-1864т; ж - £ sparsogenes ВКМ Ас-1744 т.

Однако штаммы близких видов кластера "5. v¡olaceusnlger'' (5. теЬпоьрого/аает, & сав1е1агеп$\$, 5. hygroscopicus, Б. еп<1и5 и 5. \4olaceusniger) имели разную степень замещения основного полимера и различались по соотношению ацетилированных и неацетилированных глюкозаминильных заместителей, выявляемых методом ЯМР-спектроскопии (табл. 5; рис. 8). Кроме того, 5. теЬпохрого/ааепз легко дифференцировался от штаммов видов «кГе/агеплх, & hygroscopicus, 5. епЛия и 5. violaceusniger по наличию единственного

гликозида в HF-гидролизатах клеточных стенок или препарата полимеров из нее, определенного с помощью хроматографических методов (табл. 5)

5. sparsogenes, также входящий в фенокластер "S. violaceusniger" (Williams et al, 1983a), но имеющий шиповатую поверхность спор, значительно отличался от вышеперечисленных видов по составу полимеров (минорная ТК - незамещенный 1,3-поли(глицерофосфат) и основная ТК - с тетрасахаридом в качестве заместителя). Впоследствии было показано, что этот вид более удален от других исследованных штаммов и на филогенетическом уровне (Kumar and Goodfellow, 2008).

Следует также отметить, что спектры |3С ЯМР полимеров клеточных стенок представителей фенокластера "S. violaceusniger" в целом имеют некоторые индивидуальные особенности и в данном случае могут быть также использованы как фингерпринты, полезные для дифференциации видов исследуемой группы (рис.8).

Таким образом, структуры и набор ТК и гликополимеров клеточных стенок представителей фенокластера "S. violaceusniger", дифференцируют виды указанного фенокластера.

♦ ♦ ♦

Сравнительный анализ собственных результатов исследования организмов рода Streptomyces (представители 3-х фенокластеров, Тульская и др, 1997а; 2003а; 2007а, б; Shashkov et al, 2002а) и литературных данных (5 фенокластеров, работы Стрешинской с соавт.) показывает высокую степень корреляции между структурными особенностями тейхоевых кислот и гликополимеров клеточных стенок, с одной стороны, и генотипическими характеристиками организмов, с другой. Ряд фенокластеров, неоднородных по составу полимеров, гетерогенен также и на филогенетическом (геномном) уровне. Штаммы с высоким сходством ДНК-ДНК (55-70%) имеют практически идентичные анионные полимеры клеточных стенок и могут различаться некоторыми нюансами структуры, например, фенокластер "S. violaceusniger", кластер-вид Streptomyces fulvissimus, кластер-вид Streptomyces cyaneus и др. Результаты исследований открывают новые возможности в решении задачи по уточнению границ видов и реорганизации таксономической структуры рода Streptomyces в целом на основе полифазного подхода.

Глава VII. Распространение тейхоевых кислот и моносахариды клеточных стенок у представителей порядка Actinomycetales

В связи с огромной ролью, которую играют ТК в жизнедеятельности микробной клетки, а также в связи с таксономической значимостью этих биополимеров, нами были продолжены исследования по изучению распространения ТК в клеточных стенках организмов порядка Actinomycetales. Кроме того, параллельно в клеточных стенках многих из исследованных организмов был изучен моносахаридный состав, что также представляет таксономическую ценность.

7.1. Распространение тейхоевых кислот в клеточных стенках некоторых представителей порядка Actinomycetales

Всего в данной работе обследовано более 100 штаммов различных родов актиномицетов, относящихся к 12-ти семействам 9-ти подпорядкам порядка Actinomycetales. Как видно из табл. 6, организмы ряда высших таксонов (подпорядки и семейства), характеризуются наличием или отсутствием ТК. Последние обнаружены в клеточных стенках у всех изученных актиномицетов подпорядков Glycomycineae и Streptosporangineae и не выявлены у представителей подпорядка Corynebacterineae и Pseudonocardineae. Не содержат ТК в клеточных стенках и большинство изученных штаммов подпорядка

Таблица 6. Распространение тейхоевых кислот среди представителей различных _таксонов порядка АсИпотусе1а1е5._

Подпорядок, семейство TK Таксоны имеющие ТК

Подпорядок Slreptosporangineae Сем. Nocardiopsaceae Сем. Streptosporangiaceae* Сем. Thermomonosporaceae* + + + Все изученные виды

Подпорядок Glycomycineae Сем. Glycomycetaceae + Все виды 01усотусе5

Подпорядок Corynebacterineae Сем. Corynebacterineae Сем. Gordoniaceae Сем. Nocardiaceae Сем. Mycobacteriaceae -

Подпорядок Pseudonocardineae Сем. Actinosynnemataceae Сем. Pseudonocardiaceae -

Подпорядок Frankineae Сем. Geodermatophilaceae* Сем. Frankiaceae* Сем. Kineosporiaceae В Ктеохропа аигапИаса

Подпорядок Streptomycineae Сем. Streptomycetaceae В Все виды И1гер1отусеу, Следы поли(ОгоР) у КиаШохрога ФР*

Подпорядок Micrococcineae Сем. Brevibacteriaceae* Сем. Rarobacteraceae* Сем. Cellulomonadaceae* Сем. Intrasporangiaceae* Сем. Promicromonosporaceae Сем. Dermabacteraceae* Сем. Microbacteriaceae* Сем. Micrococcaceae* + + В в в Некоторые виды ВгасИуЬаМегшт* Некоторые виды Agromyces* Группа «АпИгоЬаМег тсоНпае»*

Подпорядок Micromonosporineae Сем. Micromonosporaceae* в Все виды ¡¡ртШрЫпея Большинство видов АсИпор1апе$

Подпорядок Propionibacterineae Сем. Nocardioidaceae Сем. Propionibacteriaceae* + АеготкгоЫит, Nocardioides

В - признак вариабелен у представителей таксона;

* - данные по ряду организмов указанных родов взяты из публикаций: Евтушенко и др., 1984; Наумова и Шашков, 1997; Козлова и др., 2000; Потехина, 2006; Fiedler and Schäffler, 1987; Takeuchi and Yokota, 1989; Schubert et al., 1993; Evtushenko et al., 2007.

Frankineae. В случае вариабельности (В, табл. 6) признака «наличие ТК» внутри высших таксонов, признак характерен для всех организмов более узких филогенетических групп (родов или близких видов в составе рода).

ТК обычно свойственны организмам с хорошо развитым воздушным мицелием и сложными репродуктивными структурами, реже встречаются у нокардиоформных и палочковидных организмов и не выявлены у кокковых форм. Полимеры обнаружены у абсолютного большинства изученных организмов, включая Kineosporia aurantiaca, содержащих LL-диаминопимелиновую кислоту в пептидогликане. Доля ТК в клеточной стенке нокардио- и коринеформных организмов (семейство Nocardioidaceae) обычно ниже, чем у спорообразующих (напр., Streptomycetaceae). ТК не обнаружены у анаэробов семейства Propionibacteriacea, а также у организмов с арабиногалактаном или арабиногалактаном и миколовыми кислотами в клеточных стенках (подпорядки Corynebacterineae и Pseudonocardineae), у организмов с муреином Б-типа (семейство Microbacteriaceae), за исключением единичных видов рода Agromyces (Гнилозуб, 1994), и у абсолютного большинства организмов (включая спорангиальные) с лизином и орнитином в составе муреина. Исключение - Rarobacter (Takeuchi and Yokota, 1989), а также ряд филогенетически обособленных видов рода Arthrobacter (семейство Micrococcaceae, Fiedler and Schäffler, 1987), которые, видимо, должны быть выведены из состава рода.

В качестве примера практического использования на ранних этапах работы признака "наличие ТК" можно привести нашу работу по уточнению таксономического положения ряда видов рода Nocardiopsis, сходных с Saccharothrix морфологически и по типу клеточной стенки (III С). Было исследовано 9 штаммов видов Nocardiopsis и Saccharothrix и выявлено две группы организмов внутри рода Nocardiopsis. К первой относились четыре штамма видов N. dassonvillei и N. trehalosi (доминирующий моносахарид клеточной стенки -глюкоза, клеточные стенки содержали ТК глицерофосфатной природы). Вторую группу составили N. atra, N. coeruleofusca, N. longispora и N. syringae (доминирующий моносахарид клеточной стенки - галактоза, ТК отсутствуют). Виды второй группы по указанным критериям и ряду других характеристик оказались близкими к изученным Saccharothrix spp. Было сделано предположение, что их следует вывести из состава рода Nocardiopsis и отнести к Saccharothrix (Стрешинская и др., 1989). Впоследствии представители изученной нами второй группы (N. coeruleofusca, N. longispora и N. syringae) были реклассифицированы в род Saccharothrix (Grund and Kroppenstedt, 1990).

7.2. Моносахариды в клеточных стенках изученных актиномицетов

Состав диагностических моносахаридов клеточной стенки, определяемый обычно в препаратах целых клеток, наряду с диаминокислотой пептидогликана, предложенный в качестве хемотаксономического признака, дифференцирующего роды (группы родов) в период становления хемотаксономического направления в систематике актиномицетов (Lechevalier and Lechevalier 1970a,b,c), продолжает успешно использоваться и в настоящее время. Признак несет информацию о специфических для определенных групп организмов компонетах клеточной стенки. Для ряда мицелиальных организмов метод определения Сахаров в целых клетках даёт те же результаты, что и в препаратах клеточных стенок, однако последний метод более информативен и позволяет выявлять дополнительные диагностические для таксона моносахариды (например, глюкозу, рибозу, галактозу). Помимо клеточной стенки, такие сахара могут происходить из цитоплазмы, капсул и экзополисахаридов, и традиционно не рассматривались в качестве диагностических. Так, например, принято считать, что для стрептомицетов характерен тип клеточной стенки I - LL-диаминопимелиновая кислота и отсутствие «дифференцирующих» Сахаров.

Сравнительный анализ опубликованных и наших данных по «сахарам клеточных стенок» (определяются на первых этапах изучения структуры ТК и других гликополимеров) показал, что моносахариды, не относящиеся к группе «дифференцирующих Сахаров», часто входят в состав этих полимеров и в ряде случаев являются важной дополнительной характеристикой таксона. Так, галактоза является ценным химическим маркером группы видов стрептомицетов из кластера "S. violaceusniger", галактоза и манноза (происходящие из галактоманнана) характерны для Kineosporia aurantiaca, наличие галактозы (глюкозы) свойственно ряду видов Nocardiopsis и Saccharothrix (см. выше), и т.д. Изучение состава Сахаров препаратов клеточных стенок позволяет также выявить моносахариды, считавшиеся ранее не свойственными представителям того или иного рода (например, мадуроза для ряда видов стрептомицетов).

С другой стороны, обнаружение у штамма нового моносахарида, не найденного в составе клеточных стенок известных (близких) видов, с высокой степенью вероятности свидетельствует о том, что такой штамм относится к новому таксону. Специфичность биосинтеза «нового» сахара и полимера, включающего такой сахар, обусловлена специфичностью соответствующих локусов генома микроорганизма.

При изучении б-ти новых изолятов рода Kribbella в клеточной стенке 3-х штаммов нами были выявлены редкий сахар 2,3-ди-0-метил-0-галактопираноза (обнаружен ранее только у фотосинтезирующих прокариот, Weckesser et al., 1979) и высший сахар - псевдаминовая кислота (найден ранее только у грамотрицательных бактерий, Knirel et al., 2003). Клеточные стенки трёх других изолятов рода Kribbella в составе тейхуроновой кислоты содержат редкий диаминосахар - 2,3-диацетамидо-2,3-дидезокси-0-глюкопиранозу (Glc/>2,3NAc), -который ранее был найден в грамотрицательной бактерии (Dmitriev et al., 1982), а также в составе тейхуроновой кислоты у Actinoplanes brasiliensis (Shashkov et al., 1994 а). В клеточных стенках изученных штаммов обнаружены также в том или ином количество галактоза, З-О-метилгалактоза, манноза и рамноза. Отличия изученных штаммов от известных видов рода по составу моносахаридов, входящих в полимеры клеточных стенок, позволяют предполагать, что они принадлежат к нескольким новым видам рода Kribbella. Вопрос о видовой принадлежности этих изолятов будет решен в дальнейшем на основании изучения полных структур гликополимеров, а также фенотипических и генотипических характеристик.

Глава VIII. Экологические аспекты изучения анионных углеводсодержащих полимеров клеточных стенок актиномицетов

Среди множества обитающих в почве сапрофитных видов стрептомицетов в возрастающем количестве обнаруживаются фитопатогенные организмы, вызывающие экономически значимые заболевания сельскохозяйственных растений, включая паршу картофеля обыкновенную (Takeuchi et al., 1996; Loria et al., 1997; Bouchek-Mechiche et al., 2000; Bukhalid et al., 2002). Основными факторами патогенности известных стрептомицетов-возбудителей парши являются фитотоксин (такстомин), ингибирующий биосинтез целлюлозы, некротический белок и гидролитические ферменты (Loria et al., 1997; Bukhalid et al., 2002). Вместе с тем, сведения о механизме взаимодействия патогена с растением-хозяином, в который, несомненно, вовлечены поверхностные структуры клеточной стенки фитопатогена, крайне фрагментарны. Обнаружение у фитопатогенного штамма Streptomyces sp. ВКМ Ас-2090, наряду с тейхоевой кислотой, полимера Kdn (Shashkov et al., 2000), обладающего адгезивными свойствами по отношению к тканям растения, положило начало исследованиям по выявлению особенностей строения анионных полимеров клеточной стенки у возбудителей парши картофеля в связи с возможным участием этих полимеров в патогенезе.

Нами были проанализированы собственные результаты (13 штаммов) и литературные данные (11 штаммов), касающиеся изучения анионных полимеров клеточных стенок у 24 штаммов-изолятов из пораженных паршой клубней картофеля различных сортов, почвы картофельных полей, а также представителей типовых штаммов известных «почвенных» видов, таксономически близких к фитопатогенам (табл. 7).

Проведенные эксперименты показали, что все анализируемые штаммы синтезировали внеклеточные целлюлолитические ферменты, а некоторые из них - фитотоксин такстомин (табл. 7). С целью идентификации штаммов, были также определены нуклеотидные последовательности фрагмента гена 16Б рРНК.

Таблица 7. Вирулентность, синтез такстомина и наличие Кёп у изученных штаммов

фитопатогенных стрептомицетов

Номер п/п Название культуры Вирулентность Кёп Такстомин

Картофель редис

1 *$1гер1отусса Бр. ВКМ Ас-304 ++ +++ + +

2 *$1гер1отусе$ Бр. ВКМ Ас-305 + -Н-+ + +

3 Бр. ВКМ Ас-306 ++ +++ + +

4 51герЮтусез Бр. ВКМ Ас-2274 (МВ-8) ++ н.о. + +

5 Я. hygroscopicus ээр. hygroscopicus ВКМ Ас-831Т +++ н.о. + -

6 5. \iolaceusniger ВКМ Ас-583 1 ++ н.о. + -

7 5. епйиз ВКМ Ас-13311 +++ ++ + -

8 Ж епд.ш ВКМ Ас-129 +++ +++ + -

9 5. саз1е1аге!ик ВКМ Ас-8321 +++ н.о. + -

10 5. те1апо$рого[ас1еп$ ВКМ Ас-1864 1 +++ н.о. + -

11 griseus ББр. сгеШм ВКМ Ас-712' +++ ++ + -

12 griseus ББр. /р-Ьеш ВКМ Ас-800' н.о. ++ + -

13 *Б1гер1отусеь Бр. ВКМ Ас-841 ++ н.о. - -

14 {1а\'о%шеш ВКМ Ас-13251 н.о. н.о. - -

15 *Ыгер1отусе$ ер. ВКМ Ас-2117 (ОБИ-7) +++ н.о. + -

16 \Sireptomyces Бр. ВКМ Ас-2124 (ОИЗ-4) +++ н.о. + -

17 \Streptomyces Бр. ВКМ Ас-2277 (В-15) + н.о. + -

18 *51гер1отусе$ Бр. ВКМ Ас-2528 -н- н.о. - -

19 $1гер1отусе$ ер. МВ-2 ++ н.о. + -

20 31гер1отусе.ч Бр. МВ-5 ++ - - -

21 ^герЬвтусгь Бр. МВ-6 ++ ++ + -

22 З^ерШтусм ер. МВ-7 ++ н.о. + -

33 $1гср1отусс$ ер. МВ-10 ++ ++ + -

24 $1гер1отусе$ ер. ВКМ Ас-2534 (Ив-219) +++ +++ - -

Примечания: н.о. - не определяли; * Штаммы, полимеры которых изученны Г.М. Стрешинской и Л.Н. Космачевской; штаммы МБ и Ив - получены из Белорусского НИИ картофелеводства БелАН.

На основании полученных данных, было установлено, что рассматриваемые объекты относятся к 3 филогенетическим группам: "31гер1отусе$ $саЬе1" "51гер1отусез ¡аопИ-griseus " и "5. violaceusniger" (табл. 8).

Таблица 8. Тейхоевые кислоты и гликополимеры клеточных стенок изученных фитопатогенных стрептомицетов.

Под- Штамм группа Тейхуроновая кислота Тейхоевая кислота Kdn*

Группа Streptomyces scabei (99,9% сходства нуклеотидной последовательности гена 16S рРНК со 5. scabei АТСС 49173')

1 Streptomyces sp. BKM Ас-305 нет TK1: 2,3-поли(глицерофосфат); TK2: 1,3-поли(глицерофосфат); ТКЗ: 1,3-поли(глицерофосфат) с a-D-GlcNAc Kdn-полимер с P-D-Galp и P-D-Galp30Me

2 Streptomyces sp. BKM Ac-304 нет то же, а также ПС* Kdn-полимер с P-D-Galp и p-D-Galp30Me

Streptomyces sp. BKM Ac-306 нет то же, а также ПС* Kdn-полимер с P-D-Galp и P-D-Galp30Me

3 Streptomyces sp. BKM Ac-2274 нет ТК2: 1,3-поли(глицерофосфат); ТКЗ: 1,3-поли(глицерофосфат) с a-D-GlcNAc Олигомер Kdn с P-D-Galp и P-D-Galp30Me

Группа Streptomyces setonii-griseus (99,2-99,7% сходства нуклеотидной последовательности гена 16S рРНК со S. setonii АТСС 254971)

1 Streptomyces sp. BKM Ac-2124 '' S. flavogriseus BKM Ac-1325T ->4)-p-D-Manp2,3NAcA-(l—>6)-а-D-Glcp-(l->. то же 1,5-поли(рибитфосфат) с P-Glcp то же Полимер Kdn с P-Glcp нет

2 Sreptomyces sp. BKM Ac-2528 1) ->4)-P-D-Manp 2,3NAcA-(l-+6)-a-D-Glc/?NAc-(l—» 2) ->4)-P-D-Glc/?2,3NAcA-(l->6)-a-D-GlcpNAc-( 1 —> то же нет

3 Streptomyces sp. BKM Ac-2117 1] "S.flavovirens" MB-7 S. griseus ssp. griseus BKM Ac-800T —>4)-p-D-Manp2,3NAcA-( 1 —»3)- a-D-Gal/>NAc-( 1 —*■ то же то же 1,5-поли(рибитфосфат) с P-Glcp то же то же Полимер Kdn с P-Glcp - сл Полимер Kdn с P-Glcp Полимер Kdn с P-Glcp — сл

* ПС: полисахарид ->6)-a-D-Ga1pNAc-(1^3)-P-D-GalpNAc-(l->, (Козлова и др., 2006); " Shashkov et al., 2002b;2) Шашков и др., 2001

Продолжение Табл. 8.

4 51гср1отусс$ Бр. МБ-2 81гер1отусе! ер. МБ-5 ->4)-Р-Б-Мапр2,ЗКАсА-(1->3)-а-0-Са1рЫАс-(1-> то же 1,5-поли(рибитфосфат) с Р-вкр и 1,5-поли(рибитфосфат) с Руг то же Полимер Кбп с Р-01ср нет

51гер1отусез ер. МБ-6 то же то же Полимер Кс1п с р-вк/?

81гер1отусеБ эр. ВКМ Ас-841 то же то же нет

81герЮтусех Бр. ВКМ Ас-2277 то же то же Полимер Кс1п с Р-01ср — сл

5 5(гер/о»!>'СС5 эр. ВКМ Ас-2534 ->4)-Р-0-Мап,р2,ЗМЛсуЛ-(1 ->3)-а-D-Gal^?NAc-(l—где Асу - ацетил или /.-01и 1,5-поли(рибитфосфат) с Р-С1ср и/или а-0-01срЫАс нет

6 Ягерютусез griseus ввр. сг&озиз ВКМ Ас-712 51гер1отусез эр. МБ-10 нет нет 1,5-поли(рибнтфосфат) с Р-вк/? то же Полимер К<3п с Р-С1ср то же

Группа р/о/асеи5и/?ег"(до 99,7% сходства нуклеотидной последовательности гена рРНК с уШасеияп^ег)

1 5. 1\у£го$сор1си$ 15р. hygroscopicus ВКМ Ас-831т нет ТК1: 2,3-поли(глицерофосфат); ТК2: 1.3-поли(глицерофосфат); ТКЗ: 1,3-поли(глицерофосфат) с а-О-ОсрЫАс Кс1п-полимср с Р-Б-Са!/?

2 8Мо1асешт%ег ВКМ Ас-5831 нет то же то же

3 5. епйиь ВКМ Ас-1331' нет то же то же

4 5. епйт ВКМ Ас-129 нет то же то же

5 5. саз1е1пгеп^ ВКМ Ас-8321 нет то же то же

6 5. те1апохрого(ас1еп$ ВКМ Ас-1864т нет то же то же

*Кс1п, 3-дезокси-о-гушг/е/?о-о-галсгк/ио-нон-2-улопиранозоновая кислота

Первая группа включает штаммы, имеющие практически идентичную последовательность гена 16S рРНК (99,9%) с типовым штаммом S. scabiei АТСС 49173т (типичным возбудителем парши обыкновенной клубней картофеля и корнеплодов; Loria et al., 1997). При этом штамм Ас-305 характеризовался наличием трех ТК: основная - 1,3-поли(глицерофосфат) с a-N-ацетилглюкозамином и минорные - незамещенные 1,3- и 2,3-поли(глицерофосфаты). Два других штамма Ас-304 и Ас-30б имели такой же набор ТК плюс полисахарид. Во всех трех штаммах обнаружен полимер Kdn с Р-галактозой и (3-3-0-метилгалактозой (мадурозой), табл. 8. Штамм Ас-2274 содержал лишь две ТК, а Kdn был в виде олигомера, в отличие от вышеупомянутых штаммов. На основании отличий в наборе и структурах ТК и гликополимеров клеточных стенок, среди представителей данной группы можно выделить подгруппы, соответствующие трем хемотипам клеточной стенки (табл. 8). Интересно отметить, что только в эту группу вошли штаммы, синтезирующие такстомин (табл. 7).

Вторую группу составили штаммы, филогенетически (16S рРНК) близкие к типовому штамму S. setonii АТСС 25497т, вызывающему паршу обыкновенную картофеля (Takeuchi et al., 1996). Интересно отметить, что S. setonii и S. griseus ssp. griseus имеют 99,7% сходства генов 16S рРНК (Takeuchi et al., 1996; Liu et al., 2005). Для всех членов этой группы характерно наличие в клеточных стенках 1,5-поли(рибитфосфата) в той или иной степени замещенного Р-глюкозой (табл. 8). У пяти штаммов был дополнительно обнаружен 1,5-поли(рибитфосфат), замещенный по гидроксилам при С2,4 рибита остатком пировиноградной кислоты. Почти все штаммы содержали поли-Kdn с Р-глюкозой, а также тейхуроновые кислоты, различные по структурам. Исключение составили штаммы "griseus", в которых тейхуроновые кислоты отсутствовали вовсе. Наконец, штамм Ас-2534 имел более сложные по структуре тейхоевую и тейхуроновую кислоты. Таким образом, по набору и структуре ТК и гликополимеров клеточных стенок исследованные представители группы «Streptomyces setonii-griseus» разделились на 6 хемотипов.

Третья группа (табл. 8) представлена штаммами, входящими в филогенетический кластер «S. violaceusniger». Виды этой группы (S. violaceusniger, S. hygroscopicus ssp. hygroscopicus, S. endus, S. castelarensis и S. melanosporofaciens) известны как типичные сапрофитные обитатели почвы, не входящие в список известных фитопатогенов (Young et al., 1995; 2004). Обнаружение в их клеточных стенках кислого полимера Kdn побудило проверить патогенные свойства этих организмов. Было обнаружено, что все взятые в эксперимент штаммы поражают клубни картофеля и ингибируют развитие проростков редиса (табл. 7). Такстомин не был найден, но выялены экстрацеллюлярные целлюлозолитическая и ксиланолитическая активности (Барышникова и др., неопубликованные данные), которые, по-видимому, могут быть причиной поражения клубней при контакте микроорганизмов с клетками растения в условиях модельного опыта.

Таким образом, изученные фитопатогенные стрептомицеты содержат в клеточных стенках набор анионных углеводсодержащих полимеров: тейхоевых и тейхуроновых кислот, в том числе с пировиноградной или глутаминовой кислотой, усиливающими анионные свойства этих полимеров, а также полимеров/олигомеров Kdn. Подобные кислые полимеры, несомненно, участвуют в инфекционном процессе, обусловливая адсорбцию фитопатогена к клетке растения-хозяина. Отличия по структурам ТК и гликополимеров клеточных стенок изученных фитопатогенных штаммов от близких референтных культур, наряду с данными о видоспецифичности таких полимеров для ряда других родов актиномицетов, однозначно указывают на то, что изученные организмы представляют собой несколько видов.

Заключение

Проведенные исследования выявили широкое распространение тейхоевых кислот и других гликополимеров у представителей порядка Actinomycetales и обнаружили большое число не описанных ранее структур природных полимеров, в том числе уникальных (табл. 9). Наряду с общим планом строения, изученные тейхоевые кислоты проявляют различия в тонкой структуре, обусловленные типом полиола, локализацией фосфодиэфирных связей, природой заместителей, присоединенных гликозидными связями разной конфигурации к полиольным остаткам и т.д. В числе установленных новых структур - уникальный тип тейхоевой кислоты, найденный пока только у Nocardiopsis dassonvillei и близких видов, новый подтип с 3,5-локализацией фосфодиэфирной связи в рибитфосфатном полимере, 1,5-поли(рибитфосфат) с пируват-кетальными группами, тейхоевая кислота с ß-фуранозным олигомером на терминальном конце цепи, тейхоевая кислота с частично ацетилированным аминокислотным заместителем и т.д.

Открыто два новых кислых гликополимера с 3-дезокси-Т)-глицеро-0-галакто-нон-2-улопиранозоновой кислотой (Kdn) в качестве повторяющегося звена: полисахарид (ß-Ып)/олигосахарид [a-Kdn-(2->4)-ß-Kdn], несущие либо ß-галактозильные, либо и ß-галактозильные и ß-3-О-метилгалактозильные заместители. Гликоконъюгаты с Kdn широко распространены в тканях животных; moho-, ди- и тримеры Kdn известны в составе 0-полисахаридов у грамотрицательных бактерий, тогда как полимеры Kdn обнаружены в природе впервые. Впервые (в клеточных стенках фитопатогенных стрептомицетов) найдена тейхуроновая кислота с димером, состоящим из диаминоманнуроновой кислоты и галактозамина, связанными (1->3) гликозидной связью, первая ацилирована N-связанной глютаминовой кислотой. Впервые выявлен нейтральный полисахарид - галактоманнан. Обнаруженные и описанные новые химические структуры полимеров расширяют представления о многообразии органического мира и биосинтетическом потенциале микроорганизмов, и представляют интерес для будущих исследований в области молекулярной и клеточной биологии, экологии, эволюции микроорганизмов. Полученные результаты будут, несомненно, востребованы при аннотации полных геномов микроорганизмов.

Значительно пополнена база данных спектров ЯМР тейхоевых кислот и гликополимеров бактериальных клеточных стенок. Показана возможность использования ЯМР-спектров тейхоевых кислот как своеобразных фингерпринтов организмов для идентификации новых изолятов исследованных родов.

Использование строения тейхоевых кислот и гликополимеров клеточных стенок и их структурных элементов в качестве химических маркеров таксонов принадлежит к числу развивающихся направлений в таксономии актинобактерий. На большом экспериментальном материале продемонстрирована возможность и перспективность использования тейхоевых кислот и других гликополимеров для решения задач классификации и идентификации актинобактерий на всех таксономических уровнях (от подпорядка до вида). Обнаружение корреляции между структурами тейхоевых кислот и гликополимеров клеточных стенок представителей ряда родов, в том числе Nocardiopsis, Nocardioides, Glycomyces, Streptomyces, с одной стороны, и генотипическими и фенотипическими характеристиками организмов, с другой, открывает новые возможности при решении задач по уточнению границ видов и ревизии таксономической структуры родов актиномицетов. Выявленные различия в структурах тейхоевых кислот способствовали установлению видовой принадлежности ряда изолятов и позволили дополнить описание ранее предложенных видов рода Nocardioides (N. luteus и N. albus), а также описать новый вид рода (Nocardioides prauseri sp. nov). Отличия в структурах полимеров фитопатоненных штаммов рода Streptomyces позволяют

Таблица 9. Новые структуры тейхоевых кислот и гликополимеров исследованных актнномицетов.

№ п/ п Тип и подтип ТК Полиол Структура Организм Ссылка

1 1-Г 1,3 Глицерин 1,3-поли(глицерофосфат) с a-Glc G. rutgersensis: G. harbinensis Тульская и др., 1993

2 1-Г 1,3 Глицерин 1,3-поли(глицерофосфат) с a-GlcN/ a-GlcNAc S. castelarensis, S. hygroscopicus, S. violaceusniger, S. endus; Kineosporia aurantiaca ТиГвкауа е1а1., 1991; 2005; Тульская и др., 1997;2007а

3 1-Г 1,3 Глицерин 1,3-поли(глицерофосфат) с тетрасахаридом S. sparsogenes Шашков и др., 1998

4 I-P 1.5 Рибит 1,5-поли(рибитфосфат) с кетальио связанной Руг N. alba; N. metallica; Streptomyces sp. МБ-2, 5, 6 ТиГвкауа е! а1., 1995; 2007; Тульская и др.,-не опубл.

5 I-P 1,5 Рибит 1,5-поли(рибитфосфат) с a-Gal и Руг; P-Gal/ Nocardioides luteus, Nocardioides prauseri Шашков и др., 2000; ТиГвкауа е1 а1.,2003

6 I-P 3,5 Рибит 3,5-поли(рибитфосфат) N. alba, N. prasina ТиГвкауа е1а1., 1995; Тульская и др., 2000

7 И-ГС 3,3 Глицерин Поли(галактозилглицерофосфат) с P-Gal, P-Glc и Руг, Gal/ Nocardioides albus Шашков и др., 1999; ТиГвкауа й а1„ 2003

8 IV-ГС 3,3 Глицерин Поли(глицерофосфат-галактозилглицсрофосфат) Группа N. dassonvillei ТиГвкауа (П а!., 1993

9 IV-ГС 3,4 Глицерин то же N. synnemataformans, N. halotolerans ТиГэкауа ег а!., 2007

10 IV-ГС 3,3 Глицерин то же с кетальио связанной Руг N. halotolerans ТиГвкауа е1 а!., 2007

11 Тейхуроновая кислота с повторяющимся звеном:—>4)-P-D-Manp2,3NAcyA-(1—>3)-a-D-GalpNAc-(l—», где Асу — ацетил или ¿-Glu Streptomyces sp. BKM Ac-2534 Тульская и др., 2007 б

12 Нейтр. полисахарид с повторяющимся звеном: —>3)-P-D-Galp-(l—>6)-p-d-Manp-( 1 —>4)-p-d-Manp-( 1 —>3)-P-D-Gal/7-( 1 ->4)-P-d-Manp-( 1 -+4)-P-d-Manp-(l — Kineosporia aurantiaca ТиГэкауа е! а1., 2005

13 Олигомер a- и P-Kdn, замещенный 3-Gal или/и (3-Galp30Me Streptomyces sp. BKM Ac-2274 ЗЬаБЬкоу й а1„ 2002

14 Полимер P-Kdn, замещенный P-Gal S. castelarensis, S. hygroscopicus, S. violaceusniger, S. endus; S. melanosporofaciens ТиГэкауа е1 а1., 2007а

прогнозировать открытие не менее 15-ти новых фитопатогенных видов.

Сравнительный анализ опубликованных и наших данных по «сахарам клеточных стенок» показал, что определение Сахаров в препаратах клеточных стенок позволяет выявлять дополнительные диагностические для таксона моносахариды, не учитываемые при стандартном определении признака «тип клеточной стенки», производимом в целых клетах. Обнаружение характерных моносахаридов в составе клеточных стенок в некоторых случаях может достаточно точно указывать на принадлежность к определенному роду (например, Р-галактофураноза для рода ЫосагсИоШез', 2,3-дидезокси-2,3-диметилгалактоза для рода КпЬЪеНа).

Важным результатом исследования клеточных стенок стрептомицетов, вызывающих паршу обыкновенную картофеля, было обнаружение в их составе набора углеводсодержащих полимеров с ярко выраженными анионными свойствами - тейхоевых и тейхуроновых кислот с пировиноградной или глутаминовой кислотой в качестве ацилирующих заместителей и полимеров/олигомеров Кс1п. Предполагается, что подобные кислые полимеры, локализованные на поверхности клетки фитопатогенного микроорганизма, играют важную роль в инфекционном процессе, обусловливая адсорбцию фитопатогена к клетке растения-хозяина. Дальнейшие исследования, наряду с изучением факторов патогенности и устойчивости, будут способствовать пониманию молекулярных механизмов взаимодействия фитопатогенных стрептомицетов и растения-хозяина и разработке эффективных средств защиты растений. Обнаружение полимера Кёп в клеточной стенке известных «почвенных» видов из филогенетического кластера «.5,1гер1отусе$ violaceusmgetУ>, традиционно считавшихся сапрофитами, позволило выявить неизвестные ранее функции этих видов в системе «почва-растение».

Выводы.

1. Исследованы тейхоевые кислоты и гликополимеры клеточных стенок более 100 штаммов -представителей различных родов актиномицетов, относящихся к 12-ти семействам 9-ти подпорядкам порядка Асйпотусе1а1е$. Названные выше полимеры, среди которых доминируют глицеринтейхоевые кислоты разных типов, обнаружены у 80% изученных актиномицетов.

2. Выявлено широкое разнообразие структур тейхоевых кислот и других гликополимеров у представителей порядка АсИпотусе1а1е$. Расшифрованы структуры полимеров у 63 штаммов. Впервые установлены структуры 14-ти новых полимеров:

- 10 тейхоевых кислот, среди которых: уникальные поли(полиолфосфат-гликозилполиолфосфаты), незамещенный 3,5-поли(рибитфосфат), 1,5-поли(рибитфосфат) с пируват-кетальными заместителями, 1,3-поли(глицерофосфат) с ацетилированным и неацетилированным аминосахаром на одной цепи, тейхоевая кислота с Р-фуранозным олигомером на терминальном конце цепи и ряд других;

- тейхуроновая кислота с дисахаридом в повторяющемся звене и М-глютаминовой кислотой в качестве ацильного остатка;

- нейтральный полисахарид - галактоманнан;

- два кислых полисахарида: олигомер и полимер 3-дезоксн-0-глицеро-В-галакто-нон-2-улопиранозоновой кислоты (Кс1п), несущие либо Р-галактозильные, либо и Р-галактозильные, и Р-3-0-метилгалактозильные заместители.

3. Получены приоритетные данные о корреляции состава и строения тейхоевых кислот и других гликополимеров клеточных стенок у представителей более 25 видов ЛосагЛо/ии, ИосапИо1(1е5, С1усотусе$ и Я1гер1отусе$ с группировкой организмов по генотипическим:'

признакам. Показана эффективность использования строения вышеназванных полимеров и их структурных элементов для решения таксономических задач, в т.ч., ревизии системы структуры рода Streptomyces.

4. Структура тейхоевых кислот может служить основанием для описания новых видов и определения видовой принадлежности выделенных из природных источников изолятов: с учетом отличий по структурам тейхоевых кислот и результатов ДНК-ДНК гибридизации описан новый вид Nocardioides prauseri sp. nov. и предложено уточнение диагноза видов Nocardioides luteus и Nocardioides albus.

5. Анализ результатов собственных исследований и данных других авторов о распространении тейхоевых кислот и гликополимеров у организмов порядка Actinomycetales выявил корреляцию признака "наличие/отсутствие тейхоевых кислот" с таксономическим положением актиномицетов. Признак характеризует высшие таксоны (подпорядки и семейства), при вариабельности - дифференцирует роды внутри семейств или группы близких видов внутри родов.

6. Обобщены и проанализированы собственные результаты и литературные данные о моносахаридном составе препаратов клеточных стенок у большого массива актиномицетов. Выявлены дополнительные диагностические моносахариды для ряда таксонов. Обнаружение редких природных Сахаров, входящих в структуру гликополимеров клеточной стенки, может указывать на принадлежность организмов к определённому роду и позволяет прогнозировать открытие новых видов.

7. Тейхоевые кислоты и гликополимеры служат выявлению новых свойств изучаемых актиномицетов: обнаружена новая группа фитопатогенных стрептомицетов, филогенетически и фенотипически отличных от известных возбудителей парши обыкновенной картофеля - это представители «почвенных» видов из филогенетического кластера «Streptomyces violaceusniger», традиционно считавшихся сапрофитами. Характерной особенностью клеточных стенок изученных фитопатогенных стрептомицетов является наличие нескольких анионных полимеров: тейхоевых и тейхуроновых кислот и полимеров/олигомеров Kdn.

Публикации по теме диссертации Обзоры.

1. Naumova I.B., Shashkov A.S., Tul'skaya Е.М., Streshinskaya G.M., Kozlova Yu.I., Potekhina N.V., Evtushenko L.I., Stackebrandt E. Cell wall teichoic acids structural diversity, specificity in the genus Nocardiopsis, and chemotaxonomic perspective. // FEMS Microbiol. Rev. 2001. V. 25. № 3. p. 269-283.

Экспериментальные статьи

2. Тульская E.M., Вылегжанина Е.С. Стрешинская Г.М. Шашков A.C. Наумова И.Б.

Гетерогенность цепей глицеринтейхоевой кислоты клеточной стенки Streptomyces rutgersensis var. сastela-rense ВКМ Ас-238. // Биохимия. 1989а. Т. 54. №4. стр. 531-536

3. Стрешинская Г.М., Тульская Е.М., Терехова Л.П., Галатенко O.A., Наумова И.Б.,

Преображенская Т.П. Некоторые хемотаксо-номические критерии рода Nocardiopsis. // Доклады Академии Наук СССР. 1989а. Т. 309. № 2. стр. 477-480.

4. Шашков A.C., Тульская Е.М., Стрешинская Г.М. Наумова И.Б. Терехова Л.П. Галатенко

O.A. ЯМР спектроскопи- ческое исследование тейхоевой кислоты клеточной стенки

Nocardiopsis dassonvillei IMRU 509. // Биоорганическая химия. 1990. Т. 16. № 7. стр. 993996.

5. Tul'skaya E.M., Vylegzhanina E.S., Streshinskaya G.M., Shashkov A.S., Naumova I.B.

Heterogeneity of glycerol teichoic acids in the cell wall of Streptomyces rutgersensis var. castelarense VKM Ac-238. // Biochim. Biophys. Acta. 1991. V. 1074. p. 237-242.

6. Тульская E.M., Стрешинская Г.М., Наумова И.Б., Терехова Л.П., Галатенко О.А.

Некоторые хемотаксономические критерии видов Nocardiopsis dassonvillei и Nocardiopsis antarcticus. //Микробиология. 1992. Т. 61. № 5. стр. 908-915.

7. Tul'skaya Е.М., Streshinskaya G.M., Shashkov A.S., Terekhova L.P., Galatenko O.A.,

Naumova I.B. A new structural type of teichoic acid and some chemotaxonomic criteria of two species Nocardiopsis dassonvillei and Nocardiopsis antarcticus. // Arch. Microbiol. 1993. V. 160. №4. p. 299-305.

8. Тульская E.M., Потехина H.B., Наумова И.Б., Шашков А.С., Евтушенко Л.И.

Сравнительное изучение тейхоевых кислот клеточных стенок актиномицетов Glycomyces rutgersensis и Glycomyces harbinensis. // Микробиология. 1993. Т. 62, № 5, стр. 932-937.

9. Potekhina N.V., Tul'skaya Е.М., Naumova I.B., Shashkov A.S., Evtushenko L.I. Erythritol

teichoic acid in the cell wall of Glycomyces tennuis VKM Ac-1250. // Eur. J. Biochem. 1993. V. 218. p. 371-375.

10. Тульская E.M., Шашков A.C., Евтушенко Л.И., Таран В.В., Наумова И.Б. Тейхоевые кислоты клеточной стенки Nocardiopsis albus ssp. albus DSM 43120. // Биохимия. 1995a. Т. 60. №3. стр. 179-186.

11. Tul'skaya E.M., Shashkov A.S., Evtushenko L.I., Taran V.V., Naumova I.B. Novel cell wall

teichoic acid from Nocardiopsis albus ssp .albus as a species-specific marker. // Microbiology UK. 1995. V. 141. № 8. p. 1851-1856.

12. Кулаев И.С., Наумова И.Б., Стрешинская Г., Тульская Е.М., Степная О.А., Северин

А.И., Бегунова Е.А. Литическое действие лизоамидазы из Xantomonas sp. коррелирует с присутствием в клеточной стенке бактерий-мишеней рибиттейхоевых кислот. // Микробиология. 1996. Т. 65. № 3. стр. 326-332.

13. Тульская Е.М., Шашков А.С., Евтушенко Л.И., Буева О.В., Наумова И.Б. Идентичность

структур тейхоевых кислот актиномицетов вида Streptomyces hygroscopicus. I I Биохимия. 1997. Т. 62. №3. стр. 338-343.

14. Стрешинская Г.М., Тульская Е.М., Шашков А.С., Евтушенко Л.И., Таран В.В., Наумова

И.Б. Тейхоевые кислоты клеточны стенок Nocardiopsis listen, Nocardiopsis lucentensis и Nocardiopsis tregalosei. И Биохимия. 1998. Т. 63. №2. стр. 86-90.

15. Потехина Н.В., Тульская Е.М., Шашков А.С., Таран В.В., Евтушенко Л.И., Наумова И.Б.

Таксономическая специфичность тейхоевых кислот клеточных стенок актиномицетов рода Glycomyces. // Микробиология. 1998. Т. 67. №3. стр. 399-403.

16. Шашков А.С., Тульская Е.М., Грачев А.А., Евтушенко Л.И., Буева О.В., Наумова И.Б.

Структура тейхоевой кислоты клеточной стенки Streptomyces sparsogenes ВКМ Ас-1744Т. // Биохимия. 1998. Т. 63. № 9. стр. 1288-1294.

17. Шашков А.С., Тульская Е.М., Евтушенко Л.И., Наумова И.Б. Тейхоевая кислота

клеточной стенки Nocardioides albus ВКМ Ас-805т. // Биохимия. 1999. Т. 64. № 11, стр. 1544-1549.

18. Тульская Е.М., Шашков А.С., Евтушенко Л.И., Наумова И.Б. Тейхоевые кислоты

клеточной стенки Nocardiopsis prasina ВКМ Ас-1880т. // Микробиология. 2000. Т. 69. №1, стр. 58-61.

19.

20.

21.

22.

23.

24.

25.

26.

27.

28.

29.

30.

31.

32.

Шашков А.С., Тульская Е.М., Евтушенко Л.И., Грачев А.А., Наумова И.Б. Структура тейхоевой кислоты клеточной стенки Nocardioides luteus ВКМ 1246Т. // Биохимия. 2000. Т. 65. №4. стр. 505-510.

Shashkov A.S., Tul'skaya Е.М., Evtushenko L.I., Denisenko V.A., Ivanyuk V.G., Stomakhin

A.A., Naumova I.B., Stackebrandt E. Cell wall anionic polymers of Streptomyces sp. MB-8, the causative agent of potato scab. // Carbohydr. Res. 2002. V. 337. № 21-23. p.2255-2261.

Тульская E.M., Шашков A.C., Евтушенко Л.И., Стомахин А.А., Иванюк В.Г., Денисенко

B.А., Наумова И.Б. Анионные полимеры клеточных стенок некоторых стрептомицетов, вызывающих паршу обыкновенную у картофеля. // Материалы Международной научно-практической конференции, посвященной 75-летию Института картофелеводства Национальной академии наук Беларуси. 2003. Часть II. стр. 200-210.

Степная О.А., Бегунова Е.А., Цфасман И.Е., Тульская Е.М., Стрешинская Г.М., Наумова И.Б., Кулаев И.С. Роль анионных полимеров клеточных стенок грамположительных бактерий-мишеней в механизме действия на них внеклеточных бактериолитических ферментов Lysobacter sp. // Микробиология. 2004. Т. 73. № 4. стр. 479-485.

Tul'skaya Е.М., Senchenkova S.N., Evtushenko L.I., Shashkov A.S., Naumova I.B. A new neutral polymer from the cell wall of actinomycete Kineosporia aurantiaca VKM Ac-702T. // Carb. Res. 2005. V. 340. № 6. p. 1247-1251.

Тульская E.M., Шашков A.C., Буева O.B., Евтушенко Л.И., Анионные углеводсодержащие полимеры клеточных стенок Streptomyces melanosporofaciens и близких видов. // Микробиология. 2007а. Т. 72. № 1. стр. 39-45.

Тульская Е.М., Шашков А.С., Сенченкова С.Н., Акимов В.Н., Буева О.В., Ступарь О.С., Евтушенко Л.И. Анионные полимеры клеточной стенки Streptomyces sp, ВКМ Ас-2534. // Биоорганическая химия. 20076. Т. 33. № 2. стр. 269-276.

Тезисы докладов и стендовых сообщений.

Тульская Е.М., Вылегжанина Е.С., Стрешинская Г.М., Шашков А.С., Наумова И.Б. Тейхоевая кислота Streptomyces rutgersensis var. castelarense. // Всесоюзная конференция «Регуляция микробного метаболизма», Пущино, июнь, 19896. стр. 21.

Стрешинская Г.М., Тульская Е.М., Наумова И.Б., Терехова Л.П. ,Галатенко О.А., Преображенская Т.П. Некоторые аспекты хемотаксономии рода Nocardiopsis. // Всесоюзная конференция «Регуляция микробного метаболизма», Пущино, июнь, 19896. стр. 19-20.

Terekhova L.P. Galatenko О.А. Rudenskaya Yu.A. Naumova I.B. Streshinskaya G.M., Tul'skaya E.M. Proposal of reclassificftion of "Actinimadura citrea" and "Streptomyces glaucoflavus" as "Actinomadura luteo/Iuorescens". II Abstr. of: Intern. Symp. on Biology of Actinomycetes, Univ.of Wisconsin, Madison, USA, August, 11-16,1991. P3-007.

Tul'skaya E.M., Naumova I.B., Shashkov A.S., Evtushenko L.I. Teichoic acid is a species-specific trait for Nocfrdiopsis albus ssp. albus. И Abstr. of: Intern. Symp. on Biology of Actinomycetes. Moscow, Russia, July, 10-15,1994. p. 249.

Galatenko O.A., Terekchova L.P., Tul'skaya E.M., Streshinskaya G.M., Naumova I.B. A new actinomycete species Amycolatopsis atropurpureus sp.nov. // Abstr. of: Intern. Symp. on Biology of Actinomycetes. Moscow, Russia, July, 10-15, 1994. p. 252.

Тульская E.M., Шашков A.C., Евтушенко Л.И., Таран В.В., Наумова И.Б. Новые тейхоевые кислоты некоторых видов рода Nocardiopsis. // Тезисы докл. Всеросс. Конференции "Биосинтез и деградация микробных полимеров. Фундаментальные и прикладные аспекты". Пущино. 13-17 июня, 19956. стр. 53.

Tul'skaya Е.М., Shashkov A.S., Evtushenko L.I., Bueva O.V., Taran V.V., Naumova I.B. Composition of the cell wall teichoic acids as a taxonomic marker of the Streptomyces

hygroscopicus spccies. // Abstr. of: Intern.Conference "Microbial diversity: current situation, conservation strategy and ecological aspects". Perm, Russia, 8-11 of October, 1996. p. 241242.

33. Наумова И.Б., Шашков A.C., Стрешинская Г.М., Тульская Е.М., Потехина Н.В., Козлова

Ю.И., Евтушенко Л.И. Новые типы структур тейоевых кислот актиномицетов. Хемотаксономические перспективы. // Тез. докл.: Второй съезд Биохимического общества Российской АН. Москва, 19-23 мая, 1997. стр.340

34. Степная О.А., Бегунова Е.А., Цфасман И.М., Ледова Л.Д., Рязанова Л.П., Стрешинская

Г.М., Тульская Е.М., Наумова И.Б., Кулаев И.С. Механизм действия бактериолитических ферментов лизоамидазы на грамположительные и грамотрицатсльные клетки-мишени. // Тез. докл.: Второй с'езд Биохимического общества Российской АН. Москва, 19-23 мая, 1997. стр. 236.

35. Naumova I.B., Shashkov A.S., Tul'skaya Е.М., Streshinskaya G.M., Kozlova Yu.I., Potekhina

N.V., Evtushenko L.I., Widmalm G., Stackebrandt E. Cell wall teichoic acids are chemical markers of some actinomycete taxa. // Abstr. of: INTAS Symposium "Microbial and cellular systema for pharmacology, biotechnology, medicine and environment". Moscow: Dialog-MSU, 1999. p. 34-36.

36. Tul'skaya E.M., Shashkov A.S., Gavrish E.Yu., Krausova V.I., Evtushenko L.I., Naumova I.B.

Two Nocardioides species with fragmentimg hyphae differ in cell wall teichoic acids. // Abstr. of: Int.Symposium "Modern Problems of Microbial Biochemistry and Biotechnology". Pushchino, June, 25-30,2000. p. 83

37. Tul'skaya E.M., Shashkov A.S., Naumova I.B., Stomakhin A.A., Structural investigation on

cell wall anionic polymers of Streptomyces sp. MB-8 the causative agent of potato scab. // Abstr. of: The 2" German-Polish-Russian Meeting on Bacterial Carbohydrates. Moscow, September 10-12,2002. p. 22.

38. Тульская E.M., Шашков A.C., Евтушенко Л.И., Иванюк В.Г., Денисенко В.А., Наумова

И.Б. Новые анионные олигомеры в клеточной стенке стрептомицета, вызывающего паршу обыкновенную у картофеля. // Тез. докл. "Первая Всероссийская конференция по иммунитету растений к болезням и вредителям". Санкт-Петербург, 2002. стр. 53-54.

39. Tul'skaya Е. М., Krausova V. I., Gavrish Е. Yu., Shashkov A S., Evtushenko L. I., Naumova I.

B. Cell wall teichoic acid composition is a chemical marker of the mycelium-forming Nocardioides species and the proposal of Nocardioides prauserii sp. nov. // Abstr. of: The 1st FEMS Congress of European Microbiologists. Ljubljana, Slovenia, June 29 - July 3,2003. p. 357.

40. Naumova I.B., Shashkov A.S., Kozlova Yu.I., Potekhina N.V., Streshinskaya G.M., Tul'skaya

E. M., Evtushenko L.I. Novel structures of actinomycetes cell wall polymers. // Abstr. of: II Moscow Intemacional Congress Biotechnology; state of the art and prospects of development. Moscow, Russia, 10 -14 ofNovember, Part 1. 2003. p. 357

41. Тульская E.M., Стрешинская Г.М., Шашков A.C., Евтушенко Л.И., Иванюк В.Г.,

Наумова И.Б. Анионные полимеры клеточных стенок фитопатогенных стрептомицетов, выделенных из разных источников и вызывающих паршу обыкновенную у картофеля. II Тез. докл. III Всероссийской школы-конференции "Химия и биохимия углеводов". Саратов, 9-11 сентября, 2004. стр. 59.

42. Потехина Н.В., Козлова Ю.И., Стрешинская Г.М., Тульская Е.М., Шашков А.С.,

Евтушенко Л.И. Новые структуры анионных полимеров клеточных стенок актиномицетов. // Тез. докл. Всерос. Симп. "Биотехнология микробов", посвященного 120-летию со дня рождения академика В.Н.Шапошникова. Москва, Россия, МАКС Пресс, 20-23 октября, 2004. стр. 74.

43. Стрешинская Г.М., Потехина Н.В., Тульская Е.М., Козлова Ю.И., Шашков A.C.,

Евтушенко Л.И. Глутаминовая кислота - новый структурный элемент анионных полимеров клеточных стенок некоторых актиномицетов. // Материалы Всероссийского симпозиума с международным участием «Автотрофные микроорганизмы» Памяти академика РАН Е.Н.Кондратьевой, Москва. 21-24 декабря 2005. стр. 99.

44. Tul'skaya Е.М., Streshinskaya G.M., Kozlova Yu.I., Shashkov A.S., and Evtushenko L.I

Species and strain specific features of cell wall teichoic acids in Nocardiopsis. //Abstr.book of: The 11th Int. Congr. Cuture Coll. (ICCC 11). Cöslar, Germany, November, 10-15,2007. p. 272.

45. Тульская E.M., Стрешинская Г.М., Потехина H.B., Козлова Ю.И., Шашков A.C.,

Евтушенко Л.И. Анионные углеводсодержащие полимеры клеточных стенок в таксономии актиномицетов. // Тез. докл: IV Съезд Российского общества биохимиков и молекулярных биологов. Новосибиск, 11-15 мая, 2008. стр. 493.

БЛАГОДАРНОСТИ

Автор выражает глубокую признательность всем российским и зарубежным коллегам -соавторам публикаций, принимавшим участие в представленной работе на различных этапах сс выполнения: д.б.н. Н.В. Потехиной (Биологический факультет, МГУ); к.б.н. Ю.И. Козловой (Биологический факультет, МГУ); д.х.н. A.C. Шашкову (Институт органической химии им. Н.Д. Зелинского РАН); к.х.н. С.Н. Сенченковой (Институт органической химии им. Н.Д. Зелинского РАН); д.б.н. Л.П .Тереховой (Институт Новых Антибиотиков им. Г.Ф. Гаузе РАМН); к.б.н. В.Н. Акимову (ИБФМ им. Г.К. Скрябина РАН); к.б.н. Е.Ю. Гавриш (ИБФМ им. Г.К. Скрябина РАН); к.б.н. В.И. Краузовой (ИБФМ им. Г.К. Скрябина РАН); м.н.с. В.В. Таран (ИБФМ им. Г.К. Скрябина РАН); к.б.н. O.A. Степной (ИБФМ им. Г.К. Скрябина РАН), чл.-корр. РАН И.С. Кулаеву (ИБФМ им. Г.К. Скрябина РАН), к.х.н. A.A. Стомахину (Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН), чл.-корр. БелНАН В.Г. Иванюку (Белорусский НИИ картофелеводства БелАН); проф. Э. Стакебрандту (Немецкая коллекция микрооранизмов, Германия).

Автор бесконечно благодарен своим наставникам и учителям: д.б.н., профессору Ирине Борисовне Наумовой] (Биологический факультет, МГУ) и д.б.н., професору Ирине Михайловне Грачёвой| (Московский Технологический Институт Пищевой Промышленности), а также д.б.н., профессору Дмитрию Григорьевичу Звягинцеву (Факультет Почвоведения, МГУ) и к.б.н. Галине Матвеевне Стрешинской (Биологический факультет, МГУ).

Автор признателен научным консультантам настоящей работы д.б.н. Людмиле Ивановне Евтушенко (ИБФМ им. Г.К. Скрябина РАН, отдел «Всероссийская коллекция микроорганизмов») за помощь в обсуждении и интерпретации результатов, по чьей инициативе и выполнена данная работа, и д.б.н., профессору Александру Ивановичу Нетрусову (Биологический факультет, МГУ, зав. каф. микробиологии) за постоянное внимание и интерес к нашим работам, а также за помощь в обсуждении результатов и оформлении данной работы.

Бумага для множительных аппаратов. Печать офсетная. Формат 60x84/16. Тираж 100 экз.

Типография ООО "ФЭД+", Москва, ул. Кедрова, д. 15, тел. 774-26-96

Содержание диссертации, доктора биологических наук, Тульская, Елена Михайловна

Список сокращений.

Введение.

Обзор литературы. Тейхоевые кислоты и другие гликополимеры клеточных стенок грамположительных бактерий: структурное разнообразие, распространение и некоторые функции, экологические аспекты.

Глава I. Тейхоевые кислоты и гликополимеры клеточной поверхности грамположительных бактерий.

1.1. Клеточная стенка грамположительных бактерий.

1.2. Пептидогликан.

1.2.1. Химическая структура пептидогликана.

1.2.2. Пространственная структура пептидогликана.

1.3. Тейхоевые и тейхуроновые кислоты.

1.3.1. Тейхоевые кислоты.

1.3.1.1. Разнообразие структур тейхоевых кислот.

1.3.2. Тейхуроновые кислоты.

1.3.2.1. Распространение тейхуроновых кислот у различных грамположительных организмов.

1.4. Сахар-1-фосфатные полимеры.

1.4.1. Распространение сахар-1-фосфатных полимеров у грамположительных бактерий.

1.5. Анионные полисахариды.

1.6. Биологическая роль связанных с клеточной стенкой анионных углеводсодержащих полимеров.

1.6.1. Тейхоевая кислота является необходимым стеночным полимером функционально отличным от тейхуроновой кислоты.

1.7. Краткое заключение.

Глава II. Современная классификация актиномицетов.

2.1. Актиномицеты - микроорганизмы, способные к биосинтезу многих биологически активных веществ.

2.2. Современная система классификации актинобактерий базируется на полифазном принципе.

2.2.1. Морфологические, культуральные и физиолого-биохимические признаки как основной критерий выделения родов актиномицетов на начальном этапе развития их классификации.

2.2.2. Развитие хемотаксономии позволило усовершенствовать ранее принятую систематику актиномицетов.

2.2.3. Геномные характеристики штаммов и видов.

2.3. Краткое заключение.

Глава III. Стрептомицеты - возбудители парши обыкновенной у картофеля и корнеплодов.

3.1. Экономический урон.

3.2. Роль поверхностных структур клеточной стенки в фитопатогенности.

3.2.1. Общие свойства, характерные для фитопатогенных микроорганизмов.

3.2.2. Адгезия зависит от свойств клеточной поверхности.

3.3. Парша обыкновенная у картофеля, вызываемая различными видами стрептомицетов.

3.3.1. Симптомы, вызываемые фитопатогеном и формы парши обыкновенной.

3.3.2. Как происходит процесс инфекции.

3.3.3. Факторы патогенности.

3.3.3.1. Токсины.

3.3.3.2. Другие факторы патогенности.

3.3.4. "Остров патогенности" у стрептомицетов.

3.4. Фитопатогенные виды стрептомицетов.

3.4.1. Филогения фитопатогенных стрептомицетов.

3.4.2. Некоторые представители фитопатогенных стрептомицетов.

3.5. Краткое заключение.

Экспериментальная часть.

Глава IV. Материалы и методы, использованные в работе.

4.1. Объекты исследования и накопление биомассы актиномицетов.

4.2. Методы исследования.

4.2.1. Получение клеточных стенок.

4.2.2. Получение пептидогликана.

4.2.3. Получение препаратов тейхоевых кислот и гликополимеров.

4.2.3.1. Получение препаратов тейховых кислот из целого мицелия.

4.2.3.2. Получение препаратов тейхоевых кислот и гликополимеров из клеточных стенок.

4.2.3.3. Очистка и разделение тейхоевых кислот и гликополимеров.

4.2.4. Общие методы анализа.

4.2.4.1. Нисходящая хроматография и электрофорез на бумаге.

4.2.4.2. Количественные аналитические методы.

4.2.4.2.1. Определение форм фосфора.

4.2.4.2.2. Определение моносахаридов.

4.2.4.2.3. Определение глицерина, рибита, формальдегида.

4.2.4.2.4. Определение аминосахаридов.

4.2.4.2.5. Определение пировиноградной кислоты.

4.2.5. Химические методы изучения первичной структуры тейхоевых кислот и гликополимеров.

4.2.5.1. Кислотный гидролиз.

4.2.5.2. Щелочной гидролиз.

4.2.5.3. Ферментативный гидролиз и определение длины цепи тейхоевой кислоты.

4.2.5.4. Периодатное окисление.

4.2.5.5. Определение О-ацильных групп.

4.2.5.5. Нингидриновое окисление.

4.2.5.6. Определение молекулярной массы тейхоевых кислот.

4.2.5.7. Идентификация фосфолипидов.

4.2.5.8. Определение абсолютной конфигурации некоторых заместителей в молекулах тейхоевых кислот и гликополимеров.

4.2.6. Инструментальные методы изучения первичной структуры тейхоевых кислот и гликополимеров.

4.2.6.1. ЯМР-Спектроскопические методы исследования тейхоевых кислот и гликополимеров.

4.2.6.2. Масспектроскопия MALDI-TOF.

4.3. Изучение морфологических и культуральных признаков исследуемых актиномицетов.

4.4. Методы определения фитопатогенных свойств актиномицетов.

4.5. Молекулярно-генетические методы исследования и их компьютерная обработка.

4.6. Обсуждение методов, используемых в работе.

4.6.1. Получение клеточных стенок актиномицетов.

4.6.2. Выделение тейхоевых кислот и гликополимеров.

4.6.3. Разделение и очистка тейхоевых кислот и гликополимеров.

4.6.4. Методы установления первичной структуры тейхоевых кислот и гликополимеров.

4.6.4.1. Химические (деструктивные) методы.

4.6.5. ЯМР-спектроскопия.

4.6.6. Масс-спектроскопия MALDI TOF.

Глава V. Разнообразие структур тейхоевых кислот и других гликополимеров клеточных стенок актиномицетов.

5.1. Структуры тейхоевых кислот клеточных стенок представителей видов и подвидов рода Nocardiopsis.

5.1.1. Тейхоевая кислота клеточной стенки Nocardiopsis dassonvillei ssp. dassonvillei и Nocardiopsis dassonvillei ssp. antarcticus.

5.1.2. Тейхоевые кислоты клеточной стенки Nocardiopsis synnemataformans Ас

5.1.3. Тейхоевые кислоты клеточной стенки Nocardiopsis halotolerans Ас-2519Т.

5.1.4. Тейхоевые кислоты клеточных стенок Nocardiopsis alba ВКМ

Ас-1883т, ВКМ Ас-1879 и ВКМ Ас-1884.

5.1.5. Тейхоевые кислоты клеточной стенки Nocardiopsisprasina

ВКМ Ас-1880т.

5.1.6. Тейхоевая кислота клеточной стенки Nocardiopsis composta

ВКМ Ас-2520 и Nocardiopsis composta ВКМ Ас-2521т.

5.1.7. Тейхоевые кислоты клеточной стенки Nocardiopsis metallica

ВКМ Ас-2522т.

5.1.8. Тейхоевая кислота клеточной стенки Nocardiopsis trehalosi

ВКМ Ас-942.

5.2. Структуры тейхоевых кислот клеточных стенок представителей видов рода Glycomyces.

5.2.1. Структура тейхоевой кислоты клеточной стенки Gycomyces rutgersensis ВКМ Ас-1248.

5.2.2. Структуры тейхоевых кислот клеточных стенок Gycomyces harbinensis ВКМ Ас-1247, G. harbinensis NRRL 16897 и

G. harbinensis IFO 14487т.

5.3. Структуры тейхоевых кислот клеточных стенок представителей видов рода Nocardioides.

5.3.1. Тейхоевая кислота клеточной стенки Nocardioides albus

ВКМ Ас-805т.

5.3.2. Тейхоевая кислота клеточной стенки Nocardioides luteiis

ВКМ Ас-1246т и 12 других штаммов этого вида.

5.3.3. Тейхоевая кислота клеточной стенки «N. albus» ВКМ Ас-806.

5.4. Структуры анионных полимеров клеточных стенок представителей некоторых видов рода Streptomyces.

5.4.1. Тейхоевые кислоты клеточной стенки Streptomyces castelarensis

ВКМ Ас-832т (ранее S. rutgersensis ssp. castelarensis).

5.4.2. Тейхоевые кислоты и кислый полисахарид клеточной стенки

Streptomyces melanosporofaciens ВКМ Ас-1864т.

5.4.3. Тейхоевые кислоты и кислый полимер клеточных стенок Streptomyces hygroscopicus ВКМ Ас-831т, S. violaceusniger ВКМ Ас-583т,

S. endus ВКМ Ас-1331т, а также S. endus ВКМ Ас-129.

5.4.4. Тейхоевые кислоты клеточной стенки Streptomyces sparsogenes

ВКМ Ас-1744т.

5.4.5. Тейхоевые кислоты и анионный олигомер клеточной стенки

Streptomyces sp. BKM Ac-2274 (МБ-8).

5.4.6. Тейхоевые кислоты и гликополимеры клеточной стенки

Streptomyces sp. МБ-2, МБ-5, МБ-6, МБ-7, МБ-10.

5.4.7. Тейхоевая и тейхуроновая кислоты клеточной стенки

Streptomyces sp. BKM Ас-2534.

5.5. Тейхоевая кислота и нейтральный полисахарид клеточной стенки

Kineosporia aurantiaca BKM Ас-702т.

5.6. Краткое заключение.

Глава VI. Тейхоевые кислоты клеточных стенок как видоспецифический маркер актиномицетов.

6.1. Структуры и набор тейхоевых кислот клеточных стенок как видоспецифические маркеры видов и подвидов рода Nocardiopsis.

6.1.1. Тейхоевые кислоты клеточных стенок видов и подвидов рода

Nocardiopsis.

6.1.1.1. Виды и подвиды TV. dassonvillei.

6.1.1.2. Видовая группа N. alba.

6.1.1.3. Другие изученные видовые группы рода Nocardiopsis.

6.1.2. Использование сочетания (набора) тейхоевых кислот в таксономии рода Nocardiopsis.

6.1.2.1. Структура тейхоевых кислот клеточных степок и их набор являются хемотаксономическими характеристиками видов и подвидов.

6.1.2.2. Дифференцирующие характеристики видов и подвидов рода

Nocardiopsis, основанные на сравнении продуктов химической деградации их клеточных стенок.

6.1.3. Спектры 13С ЯМР как внутривидовой указатель для рода

Nocardiopsis.

6.1.3.1. 13С ЯМР спектры тейхоевых кислот группы N. dassonvillei.

6.1.3.2.13С-ЯМР спектр тейхоевой кислоты клеточной стенки

N. trehalosei.

6.1.3.3.13С-ЯМР спектр тейхоевой кислоты клеточной стенки

N. tropica.

6.1.3.4.13С-ЯМР спектр тейхоевых кислот клеточных стенок представителей группы N. alba.

6.2. Хемотаксономическая специфичность тейхоевых кислот клеточных стенок актиномицетов рода Glycomyces

6.2.1. Тейхоевые кислоты клеточных стенок видов рода Glycomyces.

6.2.2. Использование структуры и набора тейхоевых кислот в таксономии рода Glycomyces.

6.2.3. Дифференцирующие характеристики видов рода Glycomyces, основанные на сравнении продуктов химической деградации их клеточных стенок.

6.2.4. Спектры 13С ЯМР как внутривидовой указатель для рода Glycomyces.

6.2.4.1.13С-ЯМР Спектр тейхоевой кислоты из клеточной стенки G. tenuis.

6.2.4.2. Сравнение спектров 13С-ЯМР препаратов тейхоевых кислот клеточных стенок G. rutgersensis и G. harbinensis.

6.3. Хемотаксономическая специфичность тейхоевых кислот клеточных стенок актиномицетов рода Nocardioides.

6.3.1. Тейхоевые кислоты клеточных стенок видов рода. Nocardioides.

6.3.2. Структура тейхоевой кислоты клеточной стенки является хемотаксономическим маркером образующих мицелий видов рода Nocardioides.

6.3.2.1. Структура тейхоевой кислоты дифференцирует два образующих мицелий вида рода Nocardioides и служит уточнению диагноза видов Nocardioides albus и Nocardioides Intens.

6.3.2.2. Структура тейхоевой кислоты клеточной стенки служит основанием для предложения нового вида рода Nocardioides.

6.4. Тейхоевые кислоты клеточных стенок как хемотаксономический маркер кластер-вида "Streptomyces violacensniger".

6.4.1 Тейхоевые кислоты клеточных стенок представителей фенокластера

S. violacensniger".

6.4.2. Использование сочетания (набора) тейхоевых кислот для дифференциации представителей фенокластера "S'. violacensniger ".

6.4.3. Спектры 13С ЯМР как внутривидовой указатель для фенокластера "S. violacensniger".

6.5. Краткое заключение.

Глава VII. Распространение тейхоевых кислот и моносахариды клеточных стенок у представителей порядка Actinomycetales.

7.1. Распространение тейхоевых кислот в клеточных стенках некоторых представителей порядка Actinomycetales.

7.1.1. Наличие тейхоевых кислот в клеточных стенках дифференцирует роды Nocardiopsis и Saccharothrix.

7.2. Моносахариды в клеточных стенках изученных актиномицетов.

7.3. Краткое заключение.

Глава VIII. Экологические аспекты изучения анионных углеводсодержащих полимеров клеточных стенок актиномицетов.

8.1. Видовой состав изученных стрептомицетов.

8.2. Структуры тейхоевых кислот и гликополимеров клеточных стенок стрептомицетов, вызывающих паршу обыкновенную у картофеля и проростков редиса.

8.2.1. Тейхоевые кислоты, обнаруженные в клеточных стенках изучаемых фитопатогенных стрептомицетов.

8.2.2. Тейхуроновые кислоты, обнаруженные в клеточных стенках изучаемых фитопатогенных стрептомицетов.

8.2.3. Новый кислый полисахарид в клеточных стенках изучаемых фитопатогенных стрептомицетов.

8.3. Фитопатогенные свойства изучаемых стрептомицетов.

8.4. Тейхоевые кислоты и гликополимеры клеточных стенок служат для дифференциации фитопатогенных стрептомицетов, вызывающих паршу обыкновенную.

8.5. Краткое заключение.

Глава IX. Обсуждение результатов.

9.1. Изучение структур тейхоевых кислот и гликополимеров клеточных стенок актиномицетов вносит определённый вклад в химическую микробиологию.

9.1.1. Тейхоевые кислоты.

9.1.1.1. Полиолы и заместители в структурах описанных тейхоевых кислот.

9.1.1.2. Новое в классификации тейхоевых кислот.

9.1.1.3. Структурная микрогетерогенность в молекулах тейхоевых кислот и гетерогенность цепей тейхоевых кислот в клеточных стенках.

9.1.2. Тейхуроновые кислоты.

9.1.3. Нейтральные полисахариды.

9.1.4. Кислые полисахариды.

9.2. Изучение распространения тейхоевых кислот у представителей порядка

Actinomycetales, а также знание структур этих полимеров, позволяет использовать их как один из фенотипических признаков для уточнения диагноза вида и идентификации филогенетически близких актиномицетов внутри кластеров.

9.2.1. Распространение тейхоевых кислот у представителей прорядка

А сИпотусе1а1е5.

9.2.2. Тейхоевые кислоты клеточных стенок как видоспецифический маркер актиномицетов.

9.2.2.1. Род ЫосагсИорз15.

9.2.2.2. Род аусотусез.

9.2.2.3. Род МосаЫШйез.

9.2.2.4. Род БКер^тусез.

9.2.2.5. Представители других исследованных родов порядка АсИпотусМакя

9.2.2.6. Моносахаридный состав клеточных стенок представителей порядка АсНпотусе1а1ез.

9.3. Исследование структур тейхоевых кислот и гликополимеров раскрывает особенности клеточной поверхности фитопатогенных стрептомицетов, вызывающих паршу обыкновенную у картофеля.

Введение Диссертация по биологии, на тему "Тейхоевые кислоты и гликополимеры актиномицетов: разнообразие структур, таксономические и экологические аспекты"

Клеточная оболочка бактерий представляет собой сложную структуру, отделяющую внутреннее содержимое клетки от внешней среды, защищающую и в то же время осуществляющую взаимодействие самой клетки с окружающей внешней средой и обеспечивающую как обмен веществ, так и обмен информацией бактериальной клетки с окружающим миром. Знания, касающиеся архитектуры клеточной стенки бактерий, биохимических процессов, протекающих в ней, химических структур компонентов клеточной стенки и процессов их биосинтеза, важны и актуальны, поскольку способствуют пониманию значения бактериальной клеточной стенки для существования ca^югo микроорганизма, пониманию химизма жизненных процессов, происходящих в клетке, а также могут быть применены для нужд микробиологии и иммунологии, способствуют развитию современной клеточной биологии, вносят определенный вклад в понимание многих экологических процессов на Земле.На поверхности бактериальной клетки экспонированы углеводные остатки, входящие в состав биополимеров клеточной стенки (Shibaev, 1987; Sutcliffe, 1994; Наумова и Шашков, 1997; Weidenmaier and Peschel, 2008). Эти полимеры часто имеют весьма сложную структуру и играют важную роль в жизнедеятельности микроорганизма. Нейтральные и кислые полисахариды, тейхуроновые кислоты, у которых углеводные остатки соединены между собой ковалентными связями, являются типичными представителями гликополимеров клеточных стенок. Моносахаридные остатки присутствуют в основном гликополимере бактериальной ьслеточной стенки — пептидогликане, а также в уникальных соединениях, характерных только для клеточных стенок грамположительных бактерий — тейхоевых кислотах и сахар-1-фосфатных полимерах, мономерные звенья которых объединены фосфодиэфирными связями.Среди этих соединений нельзя не отметить липотейхоевые кислоты, амфифилы, заякоренные гидрофобной частью молекулы в цитоплазматической мембране, и имеющие гидрофильную углеводную часть, расположенную в толще пептидогликана. Однако последние не являлись объектом наших исследований.Исследование структур тейхоевых кислот и гликополимеров клеточных стенок важно как в фундаментальном, так и научно-прикладном аспектах. Выявление и описание новых структур представляет интерес в связи с оценкой разнообразия биополимеров, пониманием их функций в микробной клетке и путей их биосинтеза, а также распространения у различных микроорганизмов в связи с вопросами эволюции. Исследование структур поверхностных полимеров способствует также пониманию механизмов взаимодействия бактерий внутри микробного сообщества и с внешней средой, в том числе- с высшими организмами. Весьма актуальны исследования этих биополимеров микроорганизмов в медицинском аспекте. Их углеводная составляющая отвечает за биологическое распознавание поступающих извне веществ (например, лекарств), а также определяет самые разнообразные процессы клеточного узнавания, в том числе, имеющих ключевое значение при развитии многих заболеваний человека и животных, включая бактериальные и вирусные инфекции, рак, воспацения и др. (Дмитриева и др., 2007; Нифантьев, 2008; Weidenmaier and Peschel, 2008). Исследование клеточных стенок патогенных микроорганизмов привело к пониманию таких важных явлений как адгезия, вирулентность, образование биопленок на имплантированных материалах (Rijnaarts et al., 1995; Hussain et al., 2001), a также природы некоторых аутоимунных заболеваний человека (Дерябин и Каральник, 1983).Гликополимеры клеточных стенок ответственны за чувствительность клетки к ряду антибиотиков и иммуномодуляторные свойства бактерий (Wicken and Knox, 1975; Clark et al., 2000). Одним из направлений исследований тейхоевых кислот и гликополимеров клеточных стенок бактерий, получившим развитие в последние годы, является так называемое "хемотаксономическое" - изз^ение распространения и структур полимеров в связи с фундаментальными задачами развития естественной системы микроорганизмов и решения практичесих задач идентификации.К началу наших исследований среди вышеупомянутых полимеров наиболее изученными были тейхоевые кислоты. С момента их открытия у лактобацилл в 50-е годы XX века в лаборатории профессора Джеймса Бэддили (Baddiley and Matias, 1954; Baddiley et al., 1956) проводились работы, связагшые с изучением структурного разнообразия, путей биосинтеза и функций тейхоевых кислот у бактерий. Эти работы в основном были выполнены на представителях родов Bacillus*, Lactobacillus и Staphylococcus (Baddiley et al., 1962 a,b; Baddiley, 1972; Karamata et al., 1972; 1987; Archibald, 1974; Doyle et al., 1975; Hancock and Baddiley, 1976; Rodgers and Taylor, 1978; Yokoyama et al., 1987; Mauel et al., 1989 и др.). Бьшо также обнаружено, что организмы разных видов содержат различные по структуре тейхоевые кислоты (Baddiley et al., 1961; Davison and Baddiley, 1963; Archibald et al., 1968; Baird-Parker, 1970), и была высказана идея о возможности использования данных полимеров в таксономических целях (Fiedler et al., 1981; Schleifer and Stackebrandt, 1983).Огромный вклад в изучение разнообразия структур и распространения тейхоевых кислот у представителей различных таксонов порядка Actinomycetales внесли приоритетные работы Заслуженного деятеля науки Российской Федерации, профессора Ирины Борисовны * - латинские наименования родов, видов и подвидов, а также наименования таксонов более высокого порядка (семейство, порядок, класс и т.д.) приведены согласно правилам журнала «Микробиология», 2008, Т. 77, № 4, стр. 574.Наумовой с сотрудниками (Наумова, 1964; 1973; 1979; Naumova et al., 1980; Евтушенко и др., 1984; Naumova, 1988; Наумова и Шашков, 1997; Naumova et al., 2001), ведущиеся в течение многих лет на кафедре микробиологии биологического факультета МГУ в сотрудничестве со специалистами Института органической химии им. Н.Д.Зелинского РАН и Института биохимии и физиологии микроорганизмов им. Г.К. Скрябина РАН (отдел «Всероссийская коллекция микроорганизмов»).Представители порядка Actinomycetales (актиномицеты) выделяются среди других прокариот размерами (до 9 млн. п.о.) и организацией генома, особенностями фенотипа, в т.ч., разнообразием морфологии и химических компонентов клетки и клеточной стенки.Актиномицеты также превосходят другие известные группы бактерий по способности синтезировать биологически активные соединения. Они являются продуцентами свыше половины из более 10000 антибиотиков и других соединений, известных к настоящему времени (Goodfellow et al., 1988; Anderson and Wellington, 2001; Watve et al., 2001; Грачева, 2003). Являясь типичными обитателями почвы, они весьма неприхотливы в отношении питания, благодаря чему могут развиваться на субстратах с ничтожным количеством питательных веществ (Теппер, 1976; Linos et al., 1999; Зенова и Звягинцев, 2002). Некоторые актиномицеты ассоциированы с высшими организмами (Kizuka et al., 1994; Zinniel et al., 2002); ряд организмов известны как патогены человека и животных (Mabeza and Macfarlane, 2003; Read, 2005) или растений (Loria et al., 1997; 2006). Все вышесказанное способствовало повышенному интересу к этой группе микроорганизмов со стороны различных специалистов, прежде всего биотехнологов, микробиологов-систематиков и молекулярных биологов, что, в свою очередь, определило более успешное развитие систематики актинобактерий по сравнению с другими группами прокариот.Создание филогенетической схемы прокариот, и актинобактерий в частности, стало возможным благодаря внедрению в микробиологию молекулярно-генетических методов и определению нуклеотидных последовательностей гена 16S рРНК. Филогенетические древа, однако, не могут быть использованы непосредственно для построения иерархической системы (Stackebrandt and Swings, 2005; Калакуцкий, 2006). Вьщеление новых и ревизия ранее описанных таксонов осуществляется с учетом разносторонних согласующихся данных филогенетического и фенотипического характера (принцип полифазной таксономии).Информация о фенотипе особенно важна для обоснования вьщеления новых таксонов родового и видового уровней и уточнения границ между таксоналш.Изучение хемотаксономических признаков (тип клеточной стенки, тип пептидогликана, состав менахинонов, жирных кислот фосфолипидов) сыграло ключевую роль в развитии системы классификации актиномицетов в «домолекулярную эру». Отличия организмов по хемотаксономическим признакам зачастую являются определяющими при обосновании вьщеления нового рода или вида актиномицетов и в настоящее время. Вместе с тем, многие полимеры и крупные молекулы клетки не изучены или слабо исследованы в таксономическом аспекте. В этой связи актуальны работы, направленные на поиск и оценку таксономической значимости новых биомолекул и их структурных компонентов - особенно в связи с выделением из природной среды массивов новых микроорганизмов, обособляющихся от известных таксонов на уровне генотипа, по неотличимых от них по традиционно используемым в систематике актиномицетов фенотипическим, в т.ч., хемотаксономическим, признакам.К настоящему моменту определены структуры тейхоевых кислот и показана возможность использования этих полимеров и их структурных компонентов в качестве хемотаксономических маркеров видов ряда родов актшюмицетов, например, Agromyces (Гнилозуб, 1994), Actinomadura, Nonomurea, Brevibacterium (Потехина, 2005). Эти и другие работы продемонстрировали также огромное структурное разнообразие тейхоевых кислот и гликополимеров в этой группе бактерий и перспективность дальнейших исследований в данном направлении.Цель и задачи исследования Цель настоящего исследования - изучение распространения и структурного разнообразия тейхоевых кислот и гликополимеров клеточных стенок у представителей порядка Actinomycetales и оценка коррелятивных связей между наличием и структурой вышеназванных полимеров, с одной стороны, и таксономическим положением и свойствами организмов, с другой.Среди основных задач исследования можно выделить следующие: 1. Изучение распространения тейхоевых кислот и других гликополимеров у представителей различных родов актиномицетов, относящихся к 12-ти семействам, 9-ти подпорядкам порядка Actinomycetales (более 100 штаммов).2. Установление структур тейхоевых кислот и других гликополимеров клеточных стенок исследуемых актиномицетов - представителей некоторых видов родов Nocardiopsis (29 штаммов); Glycomyces (4 штамма); Nocardioides (15 штаммов); Streptomyces (14 штаммов), а также Kineosporia aurantiaca.3. Анализ полученных и имеющихся в литературе данных и оценка возможности использования вышеназванных полимеров и их структурных элементов в качестве химических маркеров таксонов.4. Выяснение взаимосвязи между набором тейхоевых кислот и гликополимеров клеточных стенок стрептомицетов-возбудителей парши обьпсновенной картофеля и корнеплодов и их патогенностью.Научная новизна работы Впервые изз^ено распространение тейхоевых кислот и других гликополимеров в клеточных стенках, а также моносахаридный состав последних у более 100 штаммов, представителей различных родов актиномицетов, относящихся к 12-ти семействам 9-ти подпорядкам порядка Actinomycetales. Впервые найдены тейхоевые кислоты и другие гликополимеры клеточных стенок и установлены структуры полимеров у 63 (из 100) штаммов актиномицетов, относящихся к 28 видам, 5-ти родам 5-ти семейств 5-ти подпорядков порядка Actinomycetales. Установлено и описано 14 новых структур упомянутых биополимеров, среди них 10 тейхоевых кислот, 2 кислых полисахарида — полимер и олигомер Kdn (3-дезокси-0-27гиг/е/70-0-2ала7с/770-нон-2-улопиранозоновая кислота), тейхуроновая кислота и нейтральный полисахарид. Впервые показана специфичность набора и строения тейхоевых кислот для видов родов Nocardiopsis, Nocardioides, Glycomyces и Streptomyces, что имеет важное значение для усовершенствования системы классификации исследованных групп бактерий. Предложен новый перспективный подход к, ревизии таксономической структуры наиболее многочисленного по видовому составу рода Streptomyces, а именно, использование признака "набор и структура тейхоевых кислот и других гликополимеров клеточной стенки" как критерия границ близких видов. В соответствии с отличиями по составу тейхоевых кислот клеточной стенки и с другими фенотипическими признаками, а также с обособленностью на филогенетическом уровне (анализ 16S рРНК), предложен новый вид Nocardioides prauseri sp. nov. и переописаны виды Nocardioides luteus и Nocardioides albus. Впервые показано, что клеточные стенки стрептомицетов, вызывающих паршу обыкновенную у картофеля и корнеплодов, содержат в клеточных стенках более двух анионных полимеров различных по структуре, среди которых - полимер/олигомер Kdn. Эти полимеры, наряду с фитотоксином такстомином и гидролитическими ферментами, по всей вероятности, могут считаться факторами патогенности, обусловливая специфическую адгезию фитопатогена к растению-хозяину на первых этапах развития инфекции. Выявлен ряд новых фитопатогенных актиномицетов рода Streptomyces, филогенетически и фенотипически отличных от ранее известных возбудителей парши обыкновенной картофеля и корнеплодов.Практическое значение работы Полученные данные о химическом составе и структурных особенностях тейхоевых кислот и других гликополимеров клеточных стенок фитопатогенных стрептомицетов могут служить основой для будущих исследований молекулярных механизмов взаимодействия фитопатогенов и растения-хозяина и разработки новых методов борьбы с возбудителями заболеваний растений. Полученные данные могут быть использованы для создания более совершенной системы идентификации фитопатогенов. На большом фактическом материале убедительно показано, что признак «наличие/отсутствие тейхоевых кислот и других гликополимеров клеточной стенки», а также таксономическая специфичность ряда структурных элементов, выявляемых методами хроматографии, могут бьггь успешно применены в повседневной микробиологической практике при идентификации микроорганизмов исследованных групп и решении вопроса о границах таксонов.Подкомитетом по систематике подпорядка Micrococcineae Международного комитета по систематике прокариот рекомендовано определять вышеназванные характеристики при описании новых родов и видов соответствующих групп актипобактерий (Shumann et al., 2009).Значительно пополнены базы данных спектров ЯМР тейхоевых кислот и других гликополимеров бактериальных клеточных стенок, что внесло определённый вклад в гликологию, химическую микробиологию и может быть использовано при анализе структур близких полимеров в биохимической практике.Полученные данные о структуре, разнообразии и распространении тейхоевых кислот и других гликополимеров в клеточных стенках представителей порядка Actinomycetales востребованы и цитируются в ведущих современных обзорах и монографиях (Lazarevic et al., 2002; Seltmann and Hoist, 2002; Neuhaus and Baddiley, 2003; Weidenmaier and Peschel, 2008) и авторитетном международном руководстве по микробиологии — "The Prokaryotes" (Kroppenstedt and Evtushenko, 2006). Кроме того, эти данные могут быть включены в курсы по биохимии и микробиологии на биологических факультетах высших учебных заведений.Основные защищаемые полозкения диссертации • тейхоевые кислоты и гликополимеры широко распространены в клеточных стенках представителей порядка Actinomycetales, однако доминируют тейхоевые кислоты; • тейхоевые кислоты и гликополимеры клеточных стенок представителей порядка Actinomycetales проявляют широкое структурное разнообразие; • наличие, набор и структура тейхоевых кислот и гликополимеров клеточных стенок представителей порядка Actinomycetales являются таксономически значимой фенотипической характеристикой таксонов разных уровней (от подпорядка до вида); • клеточные стенки фитопатогенных стрептомицетов характеризуются ярко выраженными анионными свойствами, которые обеспечены наличием в них комплекса кислых полимеров гетерогенного состава: тейхоевыми и тейхуроновыми кислотами с пировиноградной или глутаминовой кислотой в качестве дополнительного кислого компонента, кислыми поли/олигосахаридами; • выявление новых структур гликополимеров клеточной стенки важно, поскольку они могут служить не только маркерами новых видов или подвидов актиномицетов, но и указывать на неизвестные до сего времени экологические функции изучаемых организмов.Апробация работы. Материалы диссертации были представлены на Всесоюзной конференция «Регуляция микробного метаболизма» (Пущино, 1989); Международных симпозиумах по биологии актиномицетов (Madison, 1991; Москва, 1994); Международной конференции "Микробное разнообразие" (Пермь, 1996); Втором съезде Биохимического общества Российской АН, Москва, 1997); Международном симпозиуме "Современные проблемы биохимии микроорганизмов и биотехнологии" (Пущино, 2000); Втором Германо-Польско-Российском съезде по углеводам бактерий (Москва, 2002); Первой Всероссийской конференции по иммунитету растений к болезням и вредителям (Санкт-Петербург, 2002); Первом конгрессе FEMS Европейских микробиологов (Ljubljana, 2003); II Московском международном конгрессе по биотехнологии (Москва, 2003); III Всероссийской школе-конференции «Химия и биохимия углеводов» (Саратов, 2004г.); Всероссийском симпозиуме «Биотехнология микробов», (Москва, 2004г.); Всероссийском симпозиуме с международным участием «Автотрофные микроорганизмы» (Москва, 2005г); Международном конгрессе коллекций культур микроорганизмов (Goslar, 2007); IV съезде Российского общества биохимиков и молекулярных биологов (Новосибирск, 2008).Публикации. По материалам диссертации опубликовано 45 работ, из них обзор и 24 экспериментальные статьи в рекомендуемых ВАК'ом изданиях; тезисы 20 докладов.Структура и объем работы. Диссертация изложена на 356 страницах машинописного текста и состоит из введения; 9-ти глав, включающих материалы литературных источников (3 главы обзора литературы); краткой характеристики объектов и методов исследований (одна глава); изложения результатов собственных исследований (4 главы), а также главы, посвященной обсуждению полученньк результатов; общего заключения и вьшодов. Работа содержит 62 таблицы, 49 рисунков. Список цитируемой литературы содержит 697 ссылок. В Приложении приведён полный список исследованных пггаммов актиномицетов с указанием обнаруженных моносахаридов, а также наличия (отсутствия) тейхоевых кислот в их клеточных стенках; таблицы баз данньк по ЯМР-спектрам изученных тейхоевых кислот и других гликополимеров.БЛАГОДАРНОСТИ Автор выражает глубокую признательность всем российским и зарубежным коллегам — соавторам публикаций, принимавшим з^астие в представленной работе на различных этапах ее вьшолнения: сотрудникам биологического факультета МГУ — д.б.н. Н. В. Потехиной, к.б.н. Ю. И. Козловой; сотрудникам Института органической химии им. Н.Д. Зелинского РАН - д.х.н. А.С. Шашкову, к.х.н. Н. Сенченковой; сотруднику Института новых антибиотиков им. Г.Ф. Гаузе РАМН - д.б.н. Л.П. Тереховой; сотрудникам ИБФМ им. Г.К. Скрябина РАН - к.б.н. В.Н. Акимову, к.б.н. Е.Ю. Гавриш, к.б.н. В.И. Краузовой, м.н.с. В.В. Таран, к.б.н. О.А. Степной, чл. корр. РАН И.С. Кулаеву; сотруднику Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН — к.х.н. А.А. Стомахину; чл. корреспонденту БелНАН В.Г. Иванюку (Белорусский НИИ картофелеводства БелАН); проф. Э. Стакебрандту (Немецкая коллекция микрооранизмов, Германия).Автор бесконечно благодарен своим наставникам и учителям: д.б.н.Ирине Борисовне Наумовой] (биологический факультет, МГУ) и д.б.н.Ирине Михайловне Грачёвой] (Московский технологический институт пигцевой промышленности), а также д.б.н., профессору Дмитрию Григорьевичу Звягинцеву (факультет почвоведения, МГУ) и к.б.н. Галине Матвеевне Стрешинской (биологический факультет, МГУ).Автор признателен научным консультантам настоящей работы д.б.н. Людмиле Ивановне Евтушенко (ИБФМ им. Г.К. Скрябина РАН, отдел «Всероссийская коллекция микроорганизмов») за помощь в обсуждении и интерпретации результатов, по чьей инициативе и выполнена данная работа, и д.б.н., профессору Александру Ивановичу Нетрусову (биологический факультет, МГУ, зав. каф. микробиологии) за постоянное внимание и интерес к нашим работам, а также за помощь в обсуждении результатов и оформлении данной работы.

Заключение Диссертация по теме "Микробиология", Тульская, Елена Михайловна

Выводы

1. Исследованы тейхоевые кислоты и гликополимеры клеточных стенок более 100 штаммов - представителей различных родов актиномицетов, относящихся к 12-ти семействам 9-ти подпорядкам порядка Actinomycetales. Названные выше полимеры, среди которых доминируют глицеринтейхоевые кислоты разных типов, обнаружены у 80% изученных актиномицетов.

2. Выявлено широкое разнообразие структур тейхоевых кислот и других гликополимеров у представителей порядка Actinomycetales. Расшифрованы структуры полимеров у 63 штаммов. Впервые установлены структуры 14-ти новых полимеров:

- 10 тейхоевых кислот, среди которых: уникальные поли(полиолфосфат-гликозилполиолфосфаты), незамещенный 3,5-поли(рибитфосфат), 1,5-поли(рибитфосфат) с пируват-кетальными заместителями, 1,3-поли(глицерофосфат) с адетилированным и неацетилированным аминосахаром на одной цепи, тейхоевая кислота с ß-фуранозным олигомером на терминальном конце цепи и ряд других;

- тейхуроновая кислота с дисахаридом в повторяющемся звене и N-глютаминовой кислотой в качестве ацильного остатка;

- нейтральный полисахарид - галактоманнан;

- два кислых полисахарида: олигомер и полимер 3-дсзокси-Т)-глицеро^-галакто-иои-2-улопиранозоновой кислоты (Kdn), несущие либо ß-галактозильные, либо и ß-галактозильные, и ß-3-О-метилгалактозильные заместители.

3. Получены приоритетные данные о корреляции состава и строения тейхоевых кислот и других гликополимеров клеточных стенок у представителей более 25 видов Nocardiopsis, Nocardioides, Glycomyces и Streptomyces с группировкой организмов по генотипическим признакам. Показана эффективность использования строения вышеназванных полимеров и их структурных элементов для решения таксономических задач, в т.ч., ревизии системы структуры рода Streptomyces.

5. Анализ результатов собственных исследований и данных других авторов о распространении тейхоевых кислот и гликополимеров у организмов порядка

Actinomycetales выявил корреляцию признака "наличие/отсутствие тейхоевых кислот" с таксономическим положением актиномицетов. Признак характеризует высшие таксоны (подпорядки и семейства), при вариабельности — дифференцирует роды внутри семейств или группы близких видов внутри родов.

7. Тейхоевые кислоты и гликополимеры служат выявлению новых свойств изучаемых актиномицетов: обнаружена новая группа фитопатогенных стрептомицетов, филогенетически и фенотипически отличных от известных возбудителей парши обыкновенной картофеля — это представители «почвенных» видов из филогенетического кластера «Streptomyces violaceusniger», традиционно считавшихся сапрофитами. Характерной особенностью клеточных стенок изученных фитопатогенных стрептомицетов является наличие нескольких анионных полимеров: тейхоевых и тейхуроновых кислот и полимеров/олигомеров Kdn.

Заключение

Проведенные исследования выявили широкое распространение тейхоевых кислот и других гликополимеров у представителей порядка Actinomycetales и обнаружили большое число не описанных ранее структур природных полимеров, в том числе уникальных (табл. 9). Наряду с общим планом строения, изученные тейхоевые кислоты проявляют различия в тонкой структуре, обусловленные типом полиола, локализацией фосфодиэфирных связей, природой заместителей, присоединенных гликозидными связями разной конфигурации к полиольпым остаткам и т.д. В числе установленных новых структур — уникальный тип тейхоевой кислоты, найденный пока только у Nocardiopsis dassonvillei и близких видов, новый подтип с 3,5-локализацией фосфодиэфирной связи в рибитфосфатном полимере, 1,5-поли (рибитфосфат) с пируват-кетальными группами, тейхоевая кислота с (3-фуранозным олигомером на терминальном конце цепи, тейхоевая кислота с частично ацетилированным аминокислотным заместителем и т.д.

Открыто два новых кислых гликополимера с З-дрзокси-О-глицеро-О-галакто-ноп-2-улопиранозоновой кислотой (Kdn) в качестве повторяющегося звена: полисахарид (Р-Кёп)/олигосахарид [a-Kdn-(2—>4)-P-Kdn], несущие либо р-галактозильные, либо и р-галактозильные и р-3-0-метилгалактозильные заместители. Гликоконъюгаты с Kdn широко распространены в тканях животных; моно-, ди- и тримеры Kdn известны в составе О-полисахаридов у грамотрицательных бактерий, тогда как полимеры Kdn обнаружены в природе впервые. Впервые (в клеточных стенках фитопатогенных стрептомицетов) найдена тейхуроновая кислота с димером, состоящим из диаминоманнуроновой кислоты и галактозамина, связанными (1—>3) гликозидной связью, первая ацилирована N-связанной глютаминовой кислотой. Впервые выявлен нейтральный полисахарид - галактоманнан. Открыт новый сахар (крибелоза) у бактерий рода Kribbella. Обнаруженные и описанные новые химические структуры полимеров расширяют представления о многообразии органического мира и биосинтетическом потенциале микроорганизмов, и представляют интерес для будущих исследований в области молекулярной и клеточной биологии, экологии, эволюции микроорганизмов. Полученные результаты будут, несомненно, востребованы при аннотации полных геномов микроорганизмов.

Сравнительный анализ опубликованных и наших данных по «сахарам клеточных стенок» показал, что определение Сахаров в препаратах клеточных стенок позволяет выявлять дополнительные диагностические для таксона моносахариды, не учитываемые при стандартном определении признака «тип клеточной стенки», производимом в целых клетах. Обнаружение характерных моносахаридов в составе клеточных стенок в некоторых случаях может достаточно точно указывать на принадлежность к определенному роду (например, p-галактофураноза для рода Nocardioides; 2,3-дидезокси-2,3-диметилгалактоза для рода Kribbella).

Важным результатом исследования клеточных стенок стрептомицетов, вызывающих паршу обыкновенную картофеля, было обнаружение в их составе набора углеводсодержащих полимеров с ярко выраженными анионными свойствами - тейхоевых и тейхуроновых кислот с пировиноградной или глутаминовой кислотой в качестве ацилирующих заместителей и полимеров/олигомеров Kdn. Предполагается, что подобные кислые полимеры, локализованные на поверхности клетки фитопатогенного микроорганизма, играют важную роль в инфекционном процессе, обусловливая адсорбцию фитопатогена к клетке растения-хозяина. Дальнейшие исследования, наряду с изучением факторов патогенности и устойчивости, будут способствовать пониманию молекулярных механизмов взаимодействия фитопатогенных стрептомицетов и растения-хозяина и разработке эффективных средств защиты растений. Обнаружение полимера Kdn в клеточной стенке известных «почвенных» видов из филогенетического кластера «.Streptomyces violaceusniger», традиционно считавшихся сапрофитами, позволило выявить неизвестные ранее функции этих видов в системе «почва-растение».

Библиография Диссертация по биологии, доктора биологических наук, Тульская, Елена Михайловна, Москва

1. Альберт Э. Избирательная токсичность. // М. "Мир". 1971. С. 431.

2. Бенсон А. Фосфорилированные сахара. // В кн: Биохимические методы анализа растений. М. "Иностр. лит-ра". 1960. стр. 146-182.

3. Воробьева Л.И. Археи. II М. ИКЦ "Академкнига". 2007. С. 447.

4. Гаузе Г.Ф., Преображенская Т.П., Кудрина Е.С., Блинов Н.О., Рябова И.Д. и Свешникова М.А. Вопросы классификации актиномицетов-антагонистов. // М. "Медгиз". 1957. С. 208.

5. Гаузе Г.Ф., Преображенская Т.П., Свешникова М.А., Терехова Л.П. и Максисова Т.С.

6. Определитель актиномицетов. // Москва. Изд-во: Наука. 1983. 246 С.

7. Гладышев Б.Н. Определение аминосахаров в гидролизатах животных, растительных и бактериальных объектов. // Биохимия. 1959. Т. 24. стр.789-793.

8. Гнилозуб В.А. Тейхоевые и липотейхоевые кислоты актиномицетов. // Автореферат дис. на соиск. уч. степ. канд. биол. наук. Москва, 1994. 24 С.

9. Гнилозуб В.А., Стрешинская Г.М., Евтушенко Л.И., Шашков A.C. и Наумова И.Б. Липотейхоевые кислоты видов рода Agromyces. II Микробиология. 1994 а. Т. 63. стр. 495502.

10. Гнилозуб В.А., Стрешинская Г.М., Наумова И.Б., Евтушенко Л.И. и Шашков A.C.1,5-Поли(рибитфосфат) с тетрасахаридными заместителями в клеточной стенке Agromyces fucosus ssp. hippuratus. II Биохимия 1994 б. Т. 59. стр. 1892-1899.

11. Грачева И.М. Теоретические основы биотехнологии. // Москва. Изд-во "Элевар". 2003. С. 553

12. Дерябин П.Н. и Каральник В.В. Биологические свойства и использование тейхоевых кислот микроорганизмов. // ЖМЭИ. 1983. Т. 9. стр. 26-29.

13. Дмитриева Н.Ф., Тимофеев Ю.М. и Брнко Н.И. Липотейхоевые и тейхоевые кислоты патогенных стрептококков: структура, функции, роль во взаимодействии возбудителя с макроорганизмом. //ЖМЭИ. 2007. Т. 33. № 6. с. 100-107.

14. Дружинина Т.Н., Гошадзе М.Ш., Стрешинская Г.М. и Шибаев В.Н. Образование уридинпирофосфатных производных хиновозамина и фукозамина с ферментной системой из Streptomyces chysomalliis sp. 2. II Биоорган, химия. 1988. Т. 14. стр. 1690-1694.

15. Евтушенко Л.И. Актинобактерии: развитие систематики на примере семейств порядка Actinomycetales. И Автореферат дис. на соиск. уч. степ. докт. биол. наук. Пущино, 2003. С. 58

16. Евтушенко Л.И. и Зелеикова Н.Ф. Таксономическое положение Proactinomyces farineus. //Микробиология.'1989. Т. 58. стр. 498-500.

17. Евтушенко Л.И., Янушкене H.A., Стрешинская Г.М., Наумова И.Б. и Агре Н.С. Распространение тейхоевых кислот в представителях порядка Actinomycetales. // ДАН СССР. 1984. Т. 278. стр.237-240.

18. Егоренкова И.В., Коннова С.А., Скворцов И.М и Игнатов В.В. Исследование начальных этапов взаимодействия бактерий Azospirillum brasilense с корнями проростковпшеницы: адсорбция, деформация корневых волосков. // Микробиология. 2000. Т. 69. стр. 120-126.

19. Заварзин Г.А. Виноградский и современная микробиология. // Микробиология. 2006. Т. 75. стр. 581-592.

20. Зснова Г.М. и Звягинцев Д.Г. Разнообразие актиномицетов в наземных экосистемах. // М. Изд-во МГУ. 2002. 132 с.

21. Иванюк В.Г., Банадысев С.А., Ященко Н.П. и Дударевич В.И. Атлас болезней и вредителей картофеля. // Минск. Изд-во: «СоюзИнформ». 2000. 35 С.

22. Ионин Б.И.и Ершов Б.А. ЯМР-спектроскопия в органической химии. // JI. "Химия" 1967. С. 326.

23. Калакуцкий JI.B. С.Н.Виноградский и современные представления о виде бактерий. // В сб.: Материалы международной конференции "Экология микроорганизмов" к 150-летию С.Н.Виноградского. 2006. стр. 63-65.

24. Калакуцкий JI.B. и Никитина Е.Т. К анализу явлений "естественной" изменчивости у актиномицетов. // Усп. микробиол. 1976. Т. 11. стр. 67-100.

25. Калакуцкий JI.B. и Агре Н.С. Развитие актиномицетов. // Москва. Наука. 1977. 287 С.

26. Козлова Ю.И., Стрешинская Г.М., Шашков А.С., Евтушенко Л.И. и Наумова И.Б. Поли(гликозилглицерофосфат) в клеточной стенке Streptomyces flavotricini ВКМ Ас-1277. // Биохимия. 1996. Т. 61. стр. 1892-1897.

27. Козлова Ю.И., Стрешинская Г.М., Шашков А.С., Евтушенко Л.И. и Наумова И.Б. Анионные углеводсодержащие полимеры клеточных стенок двух геновидов стрептовертицилл. // Биохимия 1999. Т. 64. стр. 805-812.

28. Козлова Ю.И., Стрешинская Г.М., Шашков А.С., Евтушенко Л.И. и Наумова И.Б. Структура анионных углеводсодержащих полимеров клеточных стенок некоторых представителей порядка Actinomycetales. II Биохимия. 2000. Т. 65. стр. 1432-1439.

29. Козлова Ю.И., Стрешинская Г.М., Шашков А.С., Сенченкова С.Н. и Евтушенко Л.И. Углеводсодержащие полимеры клеточной стенки стрептомицета-термофила Streptomyces thermovidgaris subsp. thermovidgaris ВКМ Ас-1857т. // Биохимия. 2006. Т. 71. стр. 954-960.

30. Космачевская Л.Н. Анионные полимеры клеточных стенок фитопатогенных стрептомицетов. // Дисс. на соиск. уч. степ. канд. биол. наук. Москва. 2003. 138 С.

31. Книрсль Ю.А. и Кочетков Н.К. Строение липополисахаридов грамотрицательных бактерий. III. Структура О-специфических полисахаридов. // Биохимия. 1994. Т. 59. стр. 1784-1851.

32. Коксон Б. Использование ядерного магнитного резонанса в копформационном анализе. // В кн: Методы исследования углеводов. Изд-во: Мир. Москва. 1975. стр. 386-408.

33. Командрова Н.А., Томшич С.В., Шевченко А.В., Перепелов А.В., Сенченкова С.Н., Шашков А.С. и Книрель Ю.А. Структура кислого О-специфического полисахарида морской бактерии Pseudomonas sp. КММ 634. // Биохимия. 2000. Т. 65. стр. 1253-1261.

34. Красильников Н.А. Определитель бактерий и актиномицетов. // Москва, изд. АН СССР. 1949. 830 С.

35. Красильников Н.А. Лучистые грибки. Высшие формы. // М.: Наука. 1970. 534 С.

36. Кузнецов В.Д. Гомологические ряды наследственной изменчивости актиномицетов. // Антибиотики. 1973. Т. 18. стр. 579-586.

37. Кузнецов В.Д. и Филиппова С.Н. Гомологические ряды в наследственной изменчивости и вопросы систематики актиномицетов. // В сб.: Труды ИНМИ им. С.Н. Виноградского. Выпуск XII. Москва. Наука. 2004. стр. 249-268.

38. Кулаев И.С. Бактериолитические ферменты микробного происхождения в биологии и медицине. // Соросовский образовательный журнал. 1997. № 3. стр. 23-31.

39. Кулаев И.С. и Белозерский А.Н. Изучение при помощи 3 Р физиологической роли полифосфатов в процессе развития Aspergillus niger. II Биохимия. 1957. Т. 23. стр. 587-590.

40. Ленгелер Й., Древе Г. и Шлегель Г. Современная микробиология. // М. «Мир». 2005. Т. 1.С. 654 и Т. 2. С. 493

41. Наумова И.Б. Тейхоевые кислоты микроорганизмов. // Усп. биол. химии. 1964. Т. 6. стр. 199-214.

42. Наумова И.Б. Особенности структуры, биосинтез и биологическая функция тейхоевых кислот микроорганизмов. // Усп. соврем, биол. 1973. Т. 75. стр. 357-378.

43. Наумова И.Б. Тейхоевые кислоты грамположительных бактерий // Усп. биол. химии. 1979. Т. 20. с 128-151.

44. Наумова И.Б. и Зарецкая М.Ш. Некоторые свойства глицеринтейхоевой кислоты из Actinomyces rimosus JICT 118 и Actinomyces antibioticus 39. // ДАН СССР. 1964. Т. 157. стр. 207-211.

45. Наумова И.Б. и Белозерский А.Н. Рибитгейхоевая кислота из клеточной стенки актиномицета — продуцента антибиотика аурантина. // Биохимия. 1966. Т. 31. стр. 12761282. (

46. Наумова И.Б. и Дмитриева Н.Ф. Структура глицеринтейхоевой кислоты клеточной 55. стенки Actinomyces thermovulgaris. //Биохимия. 1974. Т. 39. стр. 201-209.

47. Наумова И.Б. й Шашков А.С. Анионные полимеры клеточных стенок грамположительных бактерий. //Биохимия. 1997. Т. 62. стр. 947-982.

48. Наумова И.Б., Белозерский А.Н., Шафикова Ф.А. Выделение и некоторые свойства тейхоевой кислоты из Actinomyces streptomycini. И ДАН СССР. 1962. Т. 143. стр. 730-734.

49. Наумова И.Б., Шабарова З.А. и Белозерский А.Н. К структуре рибиттейхоевой кислоты из Actinomyces streptomycini. И ДАН СССР. 1963. Т. 152. стр. 1471-1474.

50. Наумова И.Б., Рогозина С.В. и Зарецкая М.Ш. К структуре тейхоевой кислоты из клеточной стенки Actinomyces violaceus. II ДАН СССР. 1969. Т. 188. стр. 710-712.

51. Наумова И.Б., Шашков А.С. и Строганова М.П. Тейхоевая кислота из клеточной стенки Streptomyces kanamyceticus RIA 690 и применение 13С-ЯМР для локализации фосфодиэфирной связи в цепи. // Биоорган. Химия. 1978. Т. 4. стр. 1529-1537

52. Наумова И.Б., Шашков А.С., Скоблилова Н.К., Агре Н.С. и Романов В.В. Лизилтейховая кислота клеточной стенки Streptomyces roseoflavus var. roseofungini 1128. // Биоорган, химия. 1982. Т. 8. стр. 848-856.

53. Наумова И.Б., Дигимбай К., Потехина Н.В., Шашков А.С., Терехова Л.П. и Преображенская Т.П. Тейхоевая кислота клеточной стенки Actinomadura carminata — продуцента антибиотика карминомицина. //Биоорган. Химия. 1986. Т. 12. стр. 670-678.

54. Наумова И.Б., Садиков Б.М., Стрешинская Г.М. и Полин А.Н. Тейхоевая кислота клеточной стенки Arthrobacter crystallopoietes. II Антибиотики и мед. Биотехнол. 1987. № 2. стр. 107-111.

55. Нестеренко О.А., Квасников Е.И. и Ногина Т.М. Нокардиоподобные и коринеподобные бактерии. // Киев. Изд-во: Наукова думка. 1985. 331 С.

56. Нефедова М.В. и Битеева М.Б. Синтетическая среда для продуцента аурантина. // Научн. Докл. Высш. Школы. 1961. № 3. стр. 159-162.

57. Никитина Е.Т., Казакова Г.Г. и Калакуцкии Л.В. Индукция особого типа развития у Actinomyces roseoflavus var. roseofungini на среде с фруктозой. // Докл. АН СССР. 1971. Т. 196. стр. 448-451.

58. Нифантьев Н.Э. Рациональный дизайн блокаторов углеводсвязывающих белков. //. Сборник материалов IV съезда Российского общества биохимиков и молекулярных биологов. Новосибирск. 11-15 мая. 2008. стр. 409.

59. Орехов А.В. и Ломовская Н.Д. Актиномицеты — объекты генно-инженерных исследований. // Генетика. 1986. Т. 22. стр. 2593-2604.

60. Потехина H.B. Тейхоевые кислоты актиномицетов. // Диссертация на соискание ученой степени доктора биологических наук. Москва. 2005. 285 С.

61. Потехина Н.В. Тейхоевые кислоты актиномицетов и других грамположительных бактерий. // Усп. Биол. Химии. 2006. Т. 46. стр. 225-278.

62. Потехина Н.В., Наумова И.Б., Шашков A.C. и Терехова Л.П. Полимеры клеточной стенки Actinomadura crernea ИНА 292. // Микробиология. 1989 а. Т. 58. стр. 452-456.

63. Потехина Н.В., Наумова И.Б., Шашков A.C. и Терехова Л.П. Поли(галактозилглицерофосфат) с боковыми глицерофосфатными единицами в клеточной стенкс Actinomadura cremea ИНА 292. // Биоорган. Химия. 1989 б. Т. 15. стр. 399-404.

64. Потехина Н.В., Шашков A.C., Кузнецов В.Д. и Наумова И.Б. З-О-метилрамноза в составе тейхоевой кислоты клеточной стенки Streptomyces roseolus. II Биохимия. 1992. Т.57.стр. 1206-1214.

65. Потехина Н.В., Шашков A.C., Евтушенко Л.И. и Наумова И.Б. Два типа незамещенных поли(глицерофосфатных) тейхоевых кислот в клеточной стенке Streptomyces sp. ВКМ Ас-1830. //Биохимия. 1996а. Т. 61. стр. 1807-1812.

66. Потехина Н.В., Шашков A.C., Наумова И.Б. Поли(гапактозил -1—>2- глицерофосфат) и поли(3-0-метилгалактозил-1—^-глицерофосфат) в клеточной стенкq Actinomadura madura II Микробиология 1996 б. Т. 65. стр. 522-526.

67. Потехина Н.В., Тульская Е.М., Шашков A.C., Таран В.В., Евтушенко Л.И., Наумова И.Б. Таксономическая специфичность тейхоевых кислот клеточных стенок актиномицтов рода Glycomyces. //Микробиология 1998. Т. 67. стр. 399-403.

68. Потехина Н.В., Шашков A.C., Евтушенко Л.И. и Наумова И.Б. Тейхоевые кислоты клеточных стенок Microbispora mesophila Ас-1953т и Thermobifida fusca Ас-19521 // Микробиология. 2003. Т. 72. стр. 189-193.

69. Потехина Н.В., Евтушенко Л.И., Сенченкова С.Н., Шашков A.C. и Наумова И.Б. Структура тейхоевой кислоты клеточной стенки Brevibacterium iodinum ВКМ Ас-2106т. // Биохимия. 2004. Т. 69. стр. 1659-1666.

70. Садиков Б.М. Тейхоевые кислоты бактерий рода Arthrobacter. II Автореф. дисс. на соиск. уч. степ. кад. биол. наук. Ленинград. 1987. 21 С.

71. Семак H.H., Матвеев В.Ю., Панасенко В.И. и Котусов В.В. Зависимость агглютинации Azospirillum brasilense Sp7 лсктином пшеницы от фазы роста культуры. // Прикл. Биохим. и Микробиол. 1986. Т. 22. стр. 396-399.

72. Серебрякова М.В., Рогов С.И., Шевалье А.Ф. и Грачев С.А. Масс-спектрометрия MALDI TOF для быстрой качественной оценки продукции генно-инженерных белков Е. coli. II Биоорган. Химия. 1999. Т. 25. стр. 638-640.

73. Сидоревич Н.Г. Биологические особенности возбудителей парши обыкновенной и некоторые меры борьбы с болезнью в условиях БССР: Автореф. дис. канд. биол. наук -Минск. 1974. 22 С.

74. Скоблилова Н.К., Агре Н.С., Шашков A.C. и Наумова И.Б. Тейхоевая кислотаклеточной стенки адифференцированного варианта 1-68 Streptomyces roseoßavus var.roseofungini 1128. II Биоорган, химия. 1982. Т. 8. стр. 857-862.

75. Спирин A.C. Спектрофотометрическое определение суммарного количества нуклеиновых кислот. //Биохимия. 1958. Т. 23. с. 656-662.

76. Стрешинская Г.М., Наумова И.Б. и Панина Л.И. Химический состав клеточной стенки Streptomyces chrysomalliis, образующего антибиотик аурантин. // Микробиология. 1979. Т. 48. стр. 814-819.

77. Стрешинская Г.М., Наумова И.Б., Романов В.В. и Шашков A.C. Структура рибиттейхоевой кислоты клеточной стенки Streptomyces azareiis RIA 1009. // Биоорган, химия. 1981. Т. 7. стр. 1409-1418.

78. Стрешинская Г.М., Дружинина Т.Н., Наумова И.Б. и Шибаев В.Н. Биосинтез полипренилпирофосфатгексозаминов бесклеточной системой из Streptomyces chysomalliis sp. 2. // Биоорган, химия. 1987. Т. 13. стр. 102-108.

79. Стрешинская Г.М., Тульская Е.М., Терехова Л.П., Галатенко O.A., Наумова И.Б. и Преображенская Т.П. Некоторые хемотаксономические критерии рода Nocardiopsis. II Докл. Акад. Наук СССР. 1989. Т. 309. стр. 477-480.

80. Стрешинская Г.М., Наумова И.Б., Шашков A.C., Козлова Ю.И., Терехова Л.П., Галатенко O.A. Особенности строения полимеров клеточной стенки Actinomadura (Nonomnraea) polychroma ИНА 2755 // Биохимия 1991. Т. 56. № 12. стр. 2270-2280.

81. Стрешинская Г.М., Шашков A.C. и Наумова И.Б. Гетерогенность цепей тейхоевьтх кислот в клеточной стенке Streptomyces chrysomallus ВКМ Ас-628. // Биохимия. 1995. Т. 60. стр. 1274-1282.

82. Стрешинская Г.М., Козлова Ю.И., Евтушенко Л.И., Таран В.В., Шашков A.C. и Наумова И.Б. Тейхоевая кислота из клеточной стенки Nocardiopsis ssp. ВКМ Ас-1457. // Биохимия. 1996. Т. 61. стр. 285-288.

83. Стрешинская Г.М., Тульская Е.М., Шашков A.C., Евтушенко Л.И., Таран В.В. и Наумова И.Б. Тейхоевые кислоты клеточных стенок Nocardiopsis listeri, Nocardiopsis liicentensis и Nocardiopsis tregalosei. II Биохимия. 1998. Т. 63. № 2. стр. 230-234.

84. Стрешинская Г.М., Шашков A.C., Усов А.И., Евтушенко Л.И. и Наумова И.Б. Тейхоевые кислоты клеточных стенок актиномицетов трех родов порядка Actinomycetales. // Биохимия. 2002. Т. 67. стр. 939-947.

85. Стрешинская Г.М., Козлова Ю.И., Шашков A.C., Евтушенко Л.И. и Наумова И.Б. Тейхоевые кислоты клеточных стенок стрептомицетов кластера "Streptomyces eyaneus". II Микробиология. 2003. Т. 72. стр. 510-515.

86. Стрешинская Г.М., Козлова Ю.И., Алфёрова И.В., Шашков A.C. и Евтушенко Л.И. Тейхоевые кислоты клеточных стенок Streptomyces dagestanicus ВКМ Ас-17221 и Streptomyces murimis ИНА-00524Т. // Микробиология. 2005. Т. 74. стр. 48-54.

87. Таптыкова С.Д., Терехова Л.П. и Аданин В.М. Состав менахинонов у Nocardiopsis spp. II Достижения микробиологии практике. Тез. VII съезда Всес.микробиол. об-ва. Алма-Ата: Наука. 1985. Т. 1. стр. 48.

88. Телегина Т.А. Биохимические методы. // Москва. Наука. 1980. стр. 154-157.

89. Теппер Е.З. Микроорганизмы рода Nocardia и разложение гумуса. // Москва. Наука. 1976. 199 С.

90. Тульская Е.М., Вылегжанина Е.С. Стрешинская Г.М. Шашков A.C. Наумова И.Б.

91. Гетерогенность цепей глицеринтейхоевой кислоты клеточной стенки Streptomyces rutgersensis var. сastela-rense ВКМ Ас-238. // Биохимия. 1989. Т. 54. стр. 531-536.

92. Тульская Е.М., Стрешинская Г.М., Наумова И.Б., Терехова Л.П., Галатенко O.A. Некоторые хемотаксономические критерии видов Nocardiopsis dassonvillei и Nocardiopsis antaretiens. II Микробиология. 1992. Т. 61. стр. 908-915.

93. Тульская, Е.М., Потехина, Н.В., Наумова, И.Б., Шашков, A.C. и Евтушенко, Л.И. Сравнительное изучение тейхоевых кислот клеточных стенок актиномицетов Glycomyces rutgersensis и Glycomyces harbinensis. II Микробиология. 1993. V. 62. стр. 932-937.

94. Тульская Е.М., Шашков A.C., Евтушенко Л.И., Буева О.В. и Наумова И.Б.

95. Идентичность структур тейхоевых кислот актиномицетов вида Streptomyces hygroscopiciis. II Биохимия. Т.62. 1997. стр. 338-343

96. Тульская Е.М., Шашков A.C., Евтушенко Л.И. и Наумова И.Б. Тейхоевые кислоты клеточной стенки Nocardiopsis prasina ВКМ Ас-1880т. // Микробиология. 2000. Т. 69. стр. 58-61.

97. Тульская Е.М., Шашков A.C., Буева О.В. и Евтушенко Л.И. Анионные углеводсодержащие полимеры клеточных стенок Streptomyces melanosporofaciens и близких видов. // Микробиология. 2007 а. Т. 72, стр. 48-54.

98. Тульская Е.М., Шашков A.C., Сенченкова С.Н., Акисмов В.Н., Буева О.В., Ступарь О.С. и Евтушенко Л.И. Анионные полимеры клеточной стенки Streptomyces sp. ВКМ Ас-2534. // Биоорг. химия. 2007 б. Т. 33. стр. 269-276.

99. Хайс И.М. и Мацек К. (ред) Хроматография на бумаге. // Мир. Москва. 1962. 896 С.

100. Шабарова З.А. и Богданов A.A. Химия нуклеиновых кислот и их компонентов. // М.: Химия. 1978. 584 С.11

101. Шашков A.C. и Чижов О.С. "С-ЯМР спектроскопия в химии углеводов и родственных соединений. // Биоорган, химия. 1976. Т. 2. стр. 437-497.

102. Шашков A.C., Стрешинская Г.М., Наумова И.Б. Применение спектроскопии 13С ЯМР для изучения рибиттейхоевой кислоты и S. azureus RIA 1009. II Биоорган, химия. 1979. Т. 5. стр. 782-784.

103. Шашков A.C., Тульская Е.М., Стрешинская Г.М., Терехова Л.П., Галатенко O.A. и Наумова И.Б. ЯМР-спектроскопическое исследование тейхоевой кислоты клеточной стенки Nocardiopsis dassonvillei. II Биоорган, химия. 1990. Т. 16. стр. 993-996.

104. Шашков A.C., Свиридов А.Ф., Ботвинко И.В. и Семенов A.M. Структура экзополисахарида Prosthecomicrobium pneiimaticum. II Биоорган, химия. 1992. Т. 18. стр. 112-115.

105. Шашков A.C., Малышева В.А., Наумова И.Б., Стрешинская Г.М. и Евтушенко

106. Л.И. Поли(рибофуранозилрибитфосфат) в клеточной стенке Agromyces cerinus subsp. nitratus ВКМ Ac-1351. II Биоорган, химия. 1993. Т. 19. стр. 433-438.

107. Шашков A.C., Стрешинская Г.М., Козлова Ю.И., Потехина Н.В., Таран В.В., Евтушенко Л.И. и Наумова И.Б. Структура тейхоевой кислоты клеточной стенки Nocardiopsis alborubida. //Биохимия. 1997. Т. 62. стр. 1327-1331.

108. Шашков A.C., Тульская Е.М., Грачев A.A., Евтушенко Л.И., Буева О.В. и Наумова И.Б. Структура тейхоевой кислоты клеточной стенки Streptomyces sparsogenes ВКМ Ас-1744г. // Биохимия. 1998. Т.63, стр. 1288-1294.

109. Шашков A.C., Тульская Е.М., Евтушенко Л.И. и Наумова И.Б. Тейхоевая кислота клеточной стенки Nocardioides albus ВКМ Ас-805т. // Биохимия. 1999. Т. 64. стр. 1544-1549.

110. Шашков A.C., Тульская Е.М., Евтушенко Л.И., Грачев A.A. и Наумова И.Б. Структура тейхоевой кислоты клеточной стенки Nocardioides Intens ВКМ 1246т. // Биохимия. 2000. Т.65. стр. 505-510.

111. Шашков A.C., Потехина Н.В., Евтушенко Л.И. и Наумова И.Б. Тейхоевые кислоты двух штаммов бревибактерий. // Биохимия. 2004. Т. 69. с. 609-616.

112. Abeygunawardana C., Bush C.A. and Cisar J.O. Complete structure of the polysaccharide from Streptococcus sanguis J22. // Biochemistry 1990. V. 29. p. 234-48.

113. Abeygunawardana C., Bush C.A. and Cisar J.O. Complete structure of the cell surface polysaccharide of Streptococcus oralis ATCC 10557: a receptor for lectin-mediated interbacterial adherence. // Biochemistry 1991a. V. 30. p. 6528-40.

114. Abeygunawardana C., Bush C.A. and Cisar J.O. Complete structure of the cell surface polysaccharide of Streptococcus oralis CI 04: A600-MHz NMR study. // Biochemistry 1991 b. V. 30. p. 8568-8577.

115. Adam A., Petit J.F., Wietzerbin-Falszpan J., Sinay P., Thomas D.W. and Lederer E.1.acide N-glycolyl-muramique, constituant des parois de Mycobacterium smegmatis: Identification par spectrometrie de masse. // FEBS Lett. 1969. V. 4. p. 87-92.

116. Agrious G.N. Plant Pathology. // Cflifornia. San-Diego. Academic Press USA. 1997. P. 635.

117. Ahmad S., Selvapandiyan A. and Bhatnagar R. A protein-based phylogenetic tree for Gram-positive bacteria derived from hrcA, a unique heat-shock regulatory gene. // Int. J. Syst. Bacteriol. 1999. V. 49. p. 1387-1394.

118. Ahrazem O., Prieto A., Leal J.A., Jimenes-Barbero J and Bernabe M. Fungal cell-wall galactomannans isolated from Geotrichum spp. and their teleomorphs, Dipodascus and Galactomyces. //Carbohydr. Res. 2002. V. 337. p. 2347-2351.

119. Akimov V.N., Taran V.V., Evtushenko L.I., Naumova I.B. and Kalakoutskii L.V.

120. Grouping of Nocardiopsis strains on the basis of DNA relatedness. // In: Theses of the 9th Int. Symp. On the Biology of Actinomycetes. Moscow. Russia. 1994. p. 242.

121. Al-Tai A.M. and Ruan, J.S. Nocardiopsis halophila sp. nov., a new halophilic actinomycete isolated from soil. II Int. J. Syst. Bacteriol. 1994. V. 44. p. 474-478.

122. Al-Tai A., Kim B., Kim S.B., Manfio G.P. and Goodfellow M. Streptomyces malaysiensis sp. nov., a new streptomycete species with rugose, ornamented spores, // Int. J. Syst. Bacteriol. 1999, V, 49, p. 1395-1402.

123. Altona C. and Hassnoot C.A.G. Prediction of anti and gauche vicinal proton-proton coupling constants in carbohydrates: a simple additivity rule for piranose rings. // Organ. Magn. 1980. V. 13. p. 417-429.

124. Al-Zarban S.S., Abbas I., Al-Musallam A.A., Steiner U., Stackebrandt E. and Kroppenstedt R.M. Nocardiopsis halotolerans sp. nov., isolated from salt marsh soil in Kuwait. // Int. J Syst. Evol. Microbiol. 2002. V. 52. p. 525-529.

125. Anderson A.J. and Archibald A.R. Poly(glucosylglycerol phosphate ) teichoic acid in the cell wall of Bacillus stearothermophylus B 65. // Biochem. J. 1975. V. 151. p. 115-120.

126. Anderson A.S. and Wellington E.M.H. The taxonomy of Streptomyces and related genera. // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2001. V. 51. p. 797-814.

127. Anderton W.J. and Wilkinson S.G. Structural studies of mannitol teichoic acid from the cell wall of Bacterium NCTC 9742 // Biochem. J. 1985. V. 226. p. 587-599.

128. Aono R. The poly-a- and -P~l,4-glucuronic acid moiety of teichuronopeptide from the cell wall of the alkalophilic Bacillus strain C-125. // Biochem. J. 1990. V 270. p. 363-367.

129. Arakawa H. and Ito E. Biosynthetic studies on iV-acetylmannosaminuronic acid containing teichuronic acid in Bacillus megaterium. II Can. J. Microbiol. 1986. V. 32. p. 822-825.

130. Araki Y. and Ito E. Linkage units in cell walls of gram-positive bacteria. // Crit. Rev. Microbiol. 1989. V. 17. p. 121-135.

131. Archibald A.R. Teichoic acids. // In: Meth. Carbohydr. Chem. (R.L. Whistler and J.N. Bemiller eds.). Academic Press, London and New York., 1972. V. 6. p.l 62-172.

132. Archibald A. R. The structure, biosynthesis and function of teichoic acid. // Adv. Microbiol. Physiol. 1974. V. 11. p. 53-95.

133. Archibald A. R. Bacterial cell wall structure and the ionic environment. // In: R. Whittenbury, G. W. Gould, J. G. Banks, and R. G. Board (ed.), Homeostatic mechanisms in micro-organisms. Bath University Press, Bath, United Kingdom. 1988. p. 159-173.

134. Archibald A. R. and Baddiley J. The teichoic acids. // Adv. Carbohydr. Chem. 1966. V. 21. p. 23-375.

135. Archibald A.R. and Stafford G.H. A polymer of N-acetylglucosamine 1-phosphate in the wall of Staphylococcus lactis 2102. II Biochem. J. 1972. V. 130. p. 681-690.

136. Archibald A.R. and Coapes H.E. Bacteriophage SP 50 as a marker for cell walls growth in Bacillus subtil is. II J. Bacteriol. 1976. V. 125. p.l 195-1206.

137. Archibald A. R., Armstrong J. J., Baddiley J. and Hay J. B. Teichoic acids and the structure of bacterial walls //Nature 1961. V. 191. p. 570-572.

138. Archibald A.R., Baddiley J.G. and Blumson N.L. The teichoic acids. // In: Nord F.F. (ed) Advances in enzymology. Interscience Pablishers, New York,. 1968 a. V. 30. p. 223-253.

139. Archibald A.R., Baddiley J.G. and Button D. The glycerol teichoic acid of walls of Staphilococcus lactis 13. II Biochem. J. 1968 b. V. 110. p. 543-557.

140. Armstrong J. J., Baddiley J., Buchanan J. G., Carss B. and Greenberg G. R. Isolation and structure of ribitol phosphate derivatives (teichoic acids) from bacterial cell walls // J. Chem. Soc. 1958. p. 4344-4354.

141. Armstrong J.J., Baddiley J. and Buchanan J.G. Structure of the ribitol teichoic acid from walls of Bacillus subtilis. II Biochem. J. 1960. V. 76. p. 610-621.

142. Armstrong J. J., Baddiley J. and Buchanan J. G. Further studies on the teichoic acid from Bacillus subtilis walls. // Biochem. J. 1961. V. 80. p. 254-261.

143. Asano K., Masunaga I., Kawamoto I. and Ohta S. Cell wall teichuronic acid containing 3-O-methylrhamnose and glucuronic acid in Catellatospora feiruginea, a soil actinomycete. // Agric. Biol. Chem. 1990. V. 54. p. 1235-1240.

144. Babcock M.J., Eckwall E.C. and Sxhottel J.L. Production and regulation of potato-scab-inducing phytotoxins by Streptomyces scabiei. II J. Gen. Microbiol. 1993. V. 139. p. 1579-1586.

145. Baddiley J. Teichoic acids in cell walls and membranes of bacteria. // Essays Biochem. 1972. V. 8. p. 35-77.

146. Baddiley J. The function of teichoic acids in walls and membranes of bacteria. // In: The Roots of Modern Biochemistry. Kleinkauf, Von Dohren and Jaenicke (eds). Walter de Gruyter, Berlin. 1988. p. 223-229.

147. Baddiley J. and Matias A.P. Cytidine nucleotides, Part I, Isolation from Lactobacillus arabinosus. //J. Chem. Soc. 1954. p. 2723-2731.

148. Baddiley J. and Davison A. L. The occurrence and location of teichoic acids in Lactobacilli //

149. J. Gen. Microbiol. 1961. V. 24. p. 295-299.

150. Baddiley J., Buchanan J.G., Matias A.P. and Sanderson A.R. Citidine diphosphate glycerol. // J. Chem. Soc. 1956. p. 4186-4190.

151. Baddiley J., Buchanan J.G., Hardy F.E., Martin R.O., RajBhandry U.L. and Sanderson

152. A.R. The structure of the ribitol teichoic acid of S. aureus H. // Biochim, Biophys, Acta, 1961. V. 52. p. 406-407.

153. Baddiley J., Buchanan J.G. and Martin R.O., RajBhandary U.L. Teichoic acids from the walls of Staphylococcus aureus H. // Biochem. J. 1962 a. V. 85. p. 49-56.

154. Baddiley J., Buchanan J.G., RajBhandary U.L. and Sanderson A.R. Teichoic acids from walls of Staphylococcus aureus H. // Biochem. J. 1962 b. V. 82. p. 439-448.

155. Baddiley J., Hancock I.C. and Sherwood P.M. X-ray photoelectron studies of magnesium ions bound to the cell walls of gram-positive bacteria. //Nature. 1973. V. 243. p. 43-45.

156. Baird-Parker A.C. The relationship of cell wall composition to the current classification of staphylococci and micrococci. // Int. J. Syst. Bacterid. 1970. V. 20. p. 483-490.

157. Bang H. Studies on potato russet scab. A characterization of different isolates from northern Sweden. // Acta Agric. Scand. 1979. V. 29. p. 145-150.

158. Bang H. Effects of soil conditions on the prevalence of netted scab. // Acta Agric. Scand. Sect. B, Soil Plant Sci. 1995. V. 45. p. 271-277.

159. Bax A. and SubramanianS. Sensitivity-enhanced correlation of nitrogen-15 and proton chemical shifts in natural-abundance samples via multiple quantum coherence. // J. Magn. Reson. 1986. V.67. p. 565-569.

160. Bayer M.E. and Sloyer J.L.Jr. The electrophoretic mobility of gram-negative and grampositive bacteria: an electrokinetic analysis. // J. Gen Microbiol. 1990. V. 136. p. 867-874.

161. Beausejour J., Goyer C., Vachon J. and Beaulieu C. Production of thaxtomin A by Streptomyces scabiei strains in plant extract containing media. // Can. J. Microbiol. 1999. V. 45. p. 764-768.

162. Becker B., Lechevalier M.P. and Lechevalier H.A. Chemical composition of cell wall preparations from strains of various form-genera of aerobic actinomycetes. // Appl. Microbiol. 1965. V. 13. p. 236-243.

163. Belozersky A.N. and Spirin A.S. A correlation between the compositions of deoxyribonucleic and ribonucleic acids.//Nature. 1958. V. 182(4628). p. 111-112.

164. Bergey's Manual Determinative Bacteriology. Ninth Edition. // J.G. Holt, N.R.Krieg, F.H.A. Sneath, J.T. Staley and S.T. Williams (eds.). Baltimore:Williams and Wilkins. 1994. V. 2. 787 P.

165. Bergstrom N., Jansson P.E., Kilian M. and Sorensen U. B. S. A unique variant of streptococcal group O-antigen (C-polysaccharide) that lacks phosphocholine. // Eur. J. Biochem. 2003. V. 270. p. 2157-2162.

166. Bernardet J. F., Nakagawa Y. and Holmes B. Proposed minimal standards for describing new taxa of the family Flavobacteriaceae and emended description of the family. // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2002. V. 52. p. 1049-1070.

167. Beveridge T. J. and Murray R. G. E. Uptake and retention of metals by cell walls of Bacillus subtilis. //J. Bacterid. 1976. V. 127. p. 1502-1518.

168. Beyazova M. and Lechevalier M.P. Taxonomic utility of restriction endonuclease fingerprinting of large DNA fragments from Streptomyces strains. // Int. J. Syst. Bacteriol. 1993. V. 43. p. 674-682.

169. Bhavsar A.P., Erdman L.K., Schertzer J.W. and Brown E.D. Teichoic acid an essential polymer in Bacillus subtilis that is functionally distinct from teichuronic acid. // J. Bacteriol. 2004. V. 186. p. 7865-7873.

170. Blackman S. A., Smith T. J. and Foster S. J. The role of autolysins during vegetative growth of Bacillus subtilis 168. // Microbiology. 1998. V. 144. p. 73-82.

171. Bock K. and Pedersen C. Carbon 13 nuclear magnetic resonance spectroscopy of monosaccharides. // Adv. Carbohydr. Chem. Biochem. 1983. V. 41. p. 27-66.

172. Boneca I.G., Huang Z.H., Gage D.A. and Tomasz A. Characterization of Staphylococcus aureus cell wall glycan strands: evidens for a new P-N-acetylglucosaminidase activity. // J. Biol. Chem. 2000. V. 275. p. 9910-9918.

173. Boylan R.J. and Mendelson N.H. Initial characterization of a temperature-sensitive rod" mutant of Bacillus subtilis. //J. Bacteriol. 1969. V. 100. p. 1316-1321.

174. Boylan R.J., Mendelson N.H., Brooks D. and Young F.E. Regulation of the bacterial cell wall: analysis of a mutant of Bacillus subtilis defective in biosynthesis of teichoic acid. // J. Bacteriol. 1972. V. 110. p. 281-290.

175. Bracha R. and Glaser L. An intermediate in teichoic acid biosynthesis. // Biochem. Biophys. Res. Commun. 1976 a. V. 72. p. 1091-1098.

176. Bracha R. and Glaser L. In vitro system for the synthesis of teichoic acid linked to peptidoglycan. // J. Bacteriol. 1976 b. V. 125. p. 872-879.

177. Bradley S.G. DNA reassociation and base composition. // Soc. Appl. Bacteriol. Symp. Ser. 1980. V. 8. p. 11-26.

178. Bramwell P.A., Wiener P., Akkermans A.D.L. and Wellington E.M.H. Phenotypic, genotypic and pathogenic variation among strcptomycetes implicated in common scab disease. // Lett. Appl. Microbiol. 1998. V. 27. p. 255-260.

179. Briehl M., Pooley H.M. and Karamata D. Mutants of Bacillus subtilis 168 thermosensitive for growth and wall teichoic acid synthesis. // J. Gen. Microbiol. 1989. V. 135. p. 1325-1334.

180. Brocq-Rousseu D. Sur un Streptothrix. II Rev. Gen. Bot. 1904. V. 16. p. 219-230.

181. Bukhalid R.A. and Loria R. Cloning and expression of a gene from Streptomyces scabiei encoding a putative pathogenicity factor. // J. Bacteriol. 1997. V. 179. p. 7776-7783.

182. Bukhalid R.A., Chung S.Y. and Loria R. necl, a gen conferring a necrogenic phenotype, is conserved in plant-pathogenic Streptomyces spp., and linked to a transposase pseudogene. // Mol. Plant Microbe Interact. 1998. V. 11, p. 960-967.

183. Burge R.E., Fowler A.G. and Reaveley D.A. Structura of the peptidoglycan of bacteria cell walls. I. // J. Mol. Biol. 1977. V. 117. p. 927-953.

184. Burger M.M. and Glaser L. The synthesis of teichoic acids. I. Polyglycerophosphate. // J. Biol. Chem. 1964. V. 239. p. 3168-3177.

185. Busse H.J. and Schumann P. Polyamine profiles within genera of the class Acinobacteria with LL-diaminopimelic acid in the peptidoglycan. // Int J Syst Bacteriol. 1999. V. 49. p. 179184.

186. Butler W.R. and Guthertz L.S. Mycolic acid analysis by high-performance liquid chromatography for identification of Mycobacterium species. // Clin. Microbiol. Rev. 2001. V. 14. p. 704-726.

187. Calamita H.G. and Doyle R.J. Regulation of autolysins in teichyronic acid-containing Bacillus subtilis cells. // Mol. Microbiol. 2002. V. 44. p. 601-606.

188. Chatterjee B.P. and Rao C.V.N. Some structural features of pncumococcus type XXII capsular polysaccharide. //J. Chem. Soc. Perkin 1. 1975. V. 11. p. 985-988.

189. Chun J., Bae K.S., Moon E.Y., Jung S.O., Lee H.K. and Kim S.J. Nocardiopsis kunsanensis sp. nov., a moderately halophilic actinomycete isolated from a saltern. // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2000. V. 50. p. 1909-1913.

190. Clark C. A. and Moyer J. W. Soil rot (pox). // In: Compendium of sweet potato diseases.

191. American Phytopathological Society. St. Paul, MN. 1988. p. 6-9.

192. Collins M. D. and Jones D. Distribution of isoprenoid quinone structural types in bacteria and their taxonomic implications. // Microbiol. Rev. 1981. V. 45. p. 316-354.

193. Collins M.D. and Stackebrandt E. Molecular taxonomic studies on some LL-diaminopimelic acid-containing coryneforms from herbage: description of Nocardioides fastidiosa sp. nov. // FEMS Microbiol. Lett. 1989. V. 57. p. 289-294.

194. Collins M.D., Pirouz T., Goodfellow M. and Minnikin D.E. Distribution of menaquinones in actinomycetes and corynebacteria. // J Gen Microbiol. 1977. V. 100. p. 221-230.

195. Collins M.D., Costas M. and Owen R.J. Isoprenoid quinone composition of representatives of the genus Campylobacter. II Arch Microbiol. 1984. V. 137. p. 168-170.

196. Collins, M.D., Cockcroft, S. and Wallbanks, S. Phylogenetic analysis of a new LL-diaminopimelic acid-containing coryneform bacterium from herbage, Nocardioides plantarum sp. nov. II Int. J. Syst. Bacteriol. 1994. V. 44. p. 523-526.

197. Collins M.D., Falsen E., Akervall E., Sjiiden B. and Alvarez A. Corynebacterium kroppenstedtii sp. nov., a novel corynebacterium that does not contain mycolic acids. // Int. J. Syst. Bacteriol. 1998. V. 48. p. 1449-1454.

198. Colquhoun J.A., Zulu J., Goodfellow M., Horikoshi K., Ward A.C. and Bull A.T. Rapid characterisation of deep-sea actinomycetes for biotechnology screening programmes. // Antonie Van Leeuwenhoek. 2000. V. 77. p. 359-367.

199. Colwell R.R. Polyphasic taxonomy of bacteria. // In: H. Iizuka and T. Hasegawa (ed.). Proceedings of the International Conference on Culture Collections. Tokyo University Press. Tokyo. Japan. 1970. p. 421-436.

200. Couch J.N. A new genus and family of the Actinomycetales, with a revision of the genus Actinoplanes. II J. Elisha Mitchell Sci. Soc. 1955. V. 71. p. 148-155.

201. Couch J.N. Some new genera and species of the Actiniplanaceae. II J. Elisha Mitchell Sci. Soc. 1963. V. 79. p. 53-70.

202. Coyette J. and Ghuysen J.M. Structure of the walls of Lactobacillus acidophilus strain 63 AM Gasser. // Biochemistry. 1970. V. 9. № 15. p. 2935-43.

203. Crespi M., Messens E., Caplan A.B., Van Montagu M. and Dcsomer J. Fasciation induction by the phytopathogen Rhodococcus fascians depends upon a linear plasmid encoding a cytokinin synthase gene. // EMDO J. 1992. V. 11, p. 795-804.

204. Cross T. and Goodfellow M. Taxonomy and classification of the actinomycetes. // Soc. Appl. Bacteriol. Symp. Ser. 1973. V. 2. p. 11-112.

205. Cui X.-L., Mao P.-H., Zeng M., Li W.-J., Zang L.-P., Xu L.-H. and Jiang C.-L. Streptimonospora salina gen. nov., sp. nov., a new member of the family Nocardiopsaceae. II Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2001. V. 51. p. 357-363.

206. Cumminus C.S. and Harris H. The chemical composition of the cell wall in some grampositive bacteria and its possible value as a taxonomic character. // J. Gen. Microbiol. 1956. V. 14. p. 583-600.

207. DangI J.L. (ed.). Bacterial pathogenesis of plants and animals. Molecular and cellular mechanisms. // Berlin, Springer. 1994. 285 P.

208. Davison A.L. and Baddiley J. The distribution of teichoic acids in staphylococci. // Gen. Microbiol. 1963. V. 32. p. 271-276.

209. Dawn L. A., Pitman A. and Jackson R. W. Pathogenicity and other genomic islands in plant pathogenic bacteria. // Mol. Plant Patology. 2003. V. 4, p. 407-420.

210. De Boer W.R., Wouters J.T.M., Anderson a.J. and Archibald A.R. Further evidence for the structure of the teichoic acids from Bacillus stearothermophylus B 65 and Bacillus subtilis var. niger WM. // Eur. J. Biochem. 1978. V. 85. p. 433-436.

211. Denny T.P. Involvment of bacterial polysaccharides in plant pathogenesis. // Annu. Rev. Phytopathol. 1995. V. 33. p. 173-198.

212. Diaz-Maurino T. and Perkins H.R. The presence of acidic polysaccharides and muramic acid phosphate in the walls of Corynebacterium poinsettiae and Corynebacterium betae. II J. Gen. Microbiol. 1974. V. 80. p. 533-539.

213. Dixon J.S. and Lipkin D. Spectrophotometric determination of vicinal glycols. Application to the determination of ribofuranosides. // Anal. Chem. 1954. V. 26. p. 1092-1093.

214. Dmitriev B.A., Ehlers S. and Rietschel E. T. Layered murein revisited: a fundamentally new concept of bacterial cell wall structure, biogenesis and function. // Med. Microbiol. Immunol. (Berlin). 1999. V. 187. p. 173-181.

215. Dmitriev B.A., Toukach F.V., Schaper K.-J., Hoist O., Rietschel E. T. and Ehlers S. Tertiary structure of bacterial murein: the scaffold model. // J. Bacteriol. 2003. V. 185. p. 34583468.

216. Dmitriev B.A., Toukach F.V., Hoist O., Rietschel E. T. and Ehlers S. Tertiary structure of Staphylococcus aureus cell wall murein. //J. Bacteriol. 2004. V. 186. p. 7141-7148.

217. Doyle R.J., McDannel M.L., Helman J.R., and Streips U.N. Distribution of teichoic acid in the cell wall of Bacillus subtilis II J. Bacteriol. 1975. V. 122. p. 152-158.

218. Dreywood R. Qualitative determination of hydrocarbone compounds. // Indust. Engin. Chem. Anal. 1946. V. 18. p. 176-179.

219. Elesawy A. A. and Szabo I. M. Isolation and characterization of Streptomyces scabiei strains from scab lesions of potato tubers. Designation of the neotype strain of Streptomyces scabiei. II Acta Microbiol. Acad Sci. Hung. 1979. V. 26, p. 311-320.

220. Elliott T.S.J., Ward J.B. and Rogers H.J. Formation of cell wall polymers by reverting protoplasts of Bacillus licheniformis. II J. Bacteriol. 1975. V. 124. p. 623-632.

221. Ellwood D.C. and Tempest D.W. Control of teichoic acid and teichuronic acid biosinthesis in chemostat cultures of Bacillus subtilis var. niger. II Biochem. J. 1969. V. 111. p. 1-5.

222. Ellwood D.C. and Tempest D.W. Effect of enviroment on bacterial wall content and composition. // Adv. Microb. 1972. V. 7. p. 83-117.

223. Emdur L.I., Saralkar C., McHugh J.G. and Chiu T.H. Glycerolphosphate-containing cell wall polysaccharides from Streptococcus sanguis. II J. Bacteriol. 1974. V. 120. № 2. p. 724-32.

224. Endl J., Seidle, P.H., Fiedler F. and Schleifer K.H. Chemical composition and structure of cell wall teichoic acids of staphylococci. // Arch.Microbiol. 1983. V. 135. p. 215-223.

225. Evtushenko L.I., Taptykova S.D., Akimov V.N., Semyonova S.A. and Kalakoutskii L.V. Glycomyces tennuis sp. nov. // Int. J. Syst. Bacteriol. 1991. V. 41. p. 154-157.

226. Faucher E., Otrysko B., Paradis E., Hodge N. C., Stall R. E. and Beaulieu, C. Characterization of Streptomyces causing russet scab in Quebec. // Plant Dis. 1993. V. 77. p. 1217-1220.

227. Fedonenko Yu. P., Zatonsky G.V., Konnova S.A„ Zdorovenko E.L. and Ignatov V.V.

228. Structure of the O-specific polysaccharide of the lipopolysaccharide of Azospirillum brasilense Sp245. // Carbohydr. Res. 2002. V. 337. p. 869-872.

229. Fiedler F. Biochemistry of the cell surface of Listeria strains: a locating general view. // Infection. 1988. V. 16. p. 92-97.

230. Fiedler F. and Schaffler M.J. Teichoic acids in cell wall of strains of "nicotianae" group of Arthrobacter a chemotaxonomic marcer. // System. Appl. Microbiol. 1987. V. 9. p. 16-21.

231. Fiedler F., and Bude A. Occurrence and chemistry of cell wall teichoic acids in the genus Brevibacterium II J. Gen. Microbiol. 1989. V. 135. p. 2837-2846.

232. Fiedler F., Schaffler M.J., and Stackebrandt E. Biochemical and nucleic acid hybridisation studies on Brevibacterium linens and related strains // Arch. Microbiol. 1981.V. 129. p. 85-93.

233. Fiedler F., Seger J., Schettenbrunner A. and Seeliger H.P.R. The biochemistry of murein and cell wall teichoic acids in the genus Listeria. II System. Appl. Microbiol. 1984. V. 5. p. 360-376.

234. Fischetti V.A. Surface proteins of gram-positive bacteria. // In: Fischetti V.A., Novick R.P., Ferretti J.J., Portnoy D.A., Rood J.J. (eds) Gram-positive pathogens. Washington. ASM Press. 2000. p. 11-24.

235. Fisher A., Kroppenstedt R.M. and Stackebrandt E. Molecular-genetic and chemotaxonomic studies on Actinomadura and Nocardiopsis. II J. Gen. Microbiol. 1983. V. 129. p. 3433-3446.

236. Fischer W. Physiology of lipoteichoic acids in bacteria. // Adv. Microb. Physiol. 1988. V.29. p. 233-302.

237. Fischer W. Lipoteichoic acids and lipoglycans. // In: Ghuysen J.M. and Hakenbeck R. (eds). Bacterial cell wall. New comprehencive biochemistry. Amsterdam. Elsevier. 1994. V. 27. p. 199215.

238. Fischer W., Rosel P. and U Koch H. Effect of alanine ester substitution and other structural features of lipoteichoic acids on their inhibitory activity against autolysins of Staphylococcus aureus. // J. Bacterid. 1981 V. 146. p. 467-475.v.

239. Formanek H., Formanek S. and Wawra H. A three-dimentional atomic model of the murein layer of bacteria. // Eur. J. Biochem. 1974. V. 17. p. 279-294.

240. Foster S. J. The role and regulation of cell wall structural dynamics during differentiation of endospore-forming bacteria. // Soc. Appl. Bacteriol. Symp. Ser. 1994. V. 23. p. 25S -39S.

241. Freney J., Kloos W.E., Hajek V., Webster J.A., Bes M., Brun Y. and Vernozy-Rozand C.

242. Recommended minimal standards for description of new staphylococcal specises // Int. J. Syst. Bacteriol. 1999. V. 49. p. 489-502.

243. Gamian A. and Kenne L. Analysis of 7-substituted sialic acid in some enterobacterial lipopolysaccharides.//J Bacteriol. 1993. V. 175. p. 1508-1513.

244. Garegg P.J., Jansson P.E., Lindberg B., Lindh F., Lonngren J., Kvarnstrom I. and Nimmich W. Configuration of the acetal carbon atom of pyruvic acid acetals in some bacterial polysaccharides. II Carbohydr. Res. 1980. V. 78. p. 127-132.

245. Gerwig G.J., Kamerling I,P, and Vicgcnthart J.F.G. Determination of the absolute configuration of mono-saccharides in complex carbohydrates by capillary G.L.C. // Carbohydr. Res. 1979. V. A77. p. 10-17.

246. Gevers D., Cohan F.M., Lawrence J.G., Spratt B.G., Coenye T., Feil E.J., Stackebrandt E., de Peer Y.V., Vandamme P., Thompson F.L. and Swings J. Re-evaluating prokaryotic species. //Nature Rev. Microbiol. 2005. V. 3. p. 733-739.

247. Ghuysen J.-M. Use of bacteriolytic enzymes in determination of wall structure and their role in cell metabolism. // Bacteriol. Rew. 1968. V. 32. p. 425-464.

248. Ghuysen J.M. and Strominger J.L. Structure of the cell wall of Staphylococcus aureus strain Coprngagen. I. Preparation of fragments by enzymatic hydrolysis. // Biochemistry. New York. 1963. V. 2. p. 1110-1119.

249. Glaser L. The synthesis of teichoic acids. II Polyribitol phosphate. // J. Biol. Chem. 1964. V. 239. p. 3178-3186.

250. Glaser L. and Burger M.M. The synthesis of teichoic acids. III. Glucosylation of polyglycerophosphate. // J. Biol. Chem. 1964. V. 239. p. 3187-3191.

251. Goethals K., Vereecke D., Jaziri M., Van Montagu M. and Holsters M. Leafly gall formation by Rhodococcus fascians. II Annu. Rev. Phytopathol. 2001. V. 39. p. 27-52.

252. Goodfellow M. Suprageneric classification of Actinomycetales. II In: Bergey's Manual of Systematic Bacteriology (Williams S.T., Sharpe M.E. and Holt J.G., eds). Williams and Wilkins. Baltimore. 1989. V. 4. p. 2333-2339.

253. Goodfellow M. and Cross T. The biology of the actinomycetes. // In: The Biology of the Actinomyces. Edited by M. Goodfellow, M. Mordarski and S.T. Williams. London. Academic Press. 1984. p. 7-164.

254. Goodfellow M. and O'Donnel A.G. Chemical methods in prokaryotic systematics. // New York: Wiley. 1994. 520 P.

255. Goodfellow M., Williams S.T. and Mordarski M. Introduction to and importance of actinomycetes. // In: The biology of Actinomycetes. Edited by M. Goodfellow, M. Mordarski and S.T. Williams. London. Academic Press. 1984. p. 1-6.

256. Goodfellow M., Williams S.T. and Mordarski M. Actinomycetes in biotechnology. // London. Academic Press, 1988. 320 P.

257. Goodfellow M., Kumar Y., Labeda D.P. and Sembiring L. The Sytreptomyces violaceusniger clade: a home for Streptomycetes with rugose ornamented spores. // Antone Van Leeuwenhoek. 2007. V. 92. p. 173-199.

258. Gorin P.A.G. and Mazurek M. Further studies on the assignment of signals in 13C magnetic resonance spectra of aldoses and derived methyl glycosides. // Canad. J. Chem. 1975. V. 53. p. 1212-1223.

259. Goyer C., Faucher E and Beaulieu C. Streptomyces caviscabies sp. nov., from deep-pitted lesions in potatoes in Quebec, Canada. // Int. J. Syst. Bacteriol. 1996 a. V. 46. p. 635-639.

260. Goyer C., Otrysko B., and Beaulieu C. Taxonomic studies of Streptomyces causing potato common scab. // Can. J. Plant Pathol. 1996 b. V. 18. p. 107-113

261. Goyer C., Vachon J. and Beaulieu C. Pathogenicity of Sti'eptomyces scabiei mutants altered in thaxtomin A production. // Phytopathology. 1998. V. 88. p. 442-445.

262. Graham L.L. and Beveridge T.J. Structural differentiation of the Bacillus subtilis 168 cell wall. II J. Bacteriol. 1994. V. 176. p. 1413-1421.

263. Grant W.D. Cell wall teichoic acid as a reserve phosphate sourse in Bacillus subtilis. II J. Bacteriol. 1979. V. 137. p. 35-43.

264. Grimont P. A. D. Use of DNA reassociation in bacterial classification. // Can. J. Microbiol. 1988. V. 34. p. 541-546.

265. Groisman E.A. and Ochman H. Pathogenicity islands bacterial evolution in quantrum leaps. // Cell. 1996. V. 87. p. 791-794.

266. Gromska W. and Mayer H. The Linkage of lysine in the O-specific chains of Proteus mirabilis 1959. // Eur. J. Biochem. 1976. V. 62. p. 391-399.

267. Grund E. and Kroppenstedt R.M. Chemotaxonomy and numerical taxonomy of the genus Nocardiopsis Meyer 1976. // Int. J. Syst. Bacteriol. 1990. V. 40. p. 5-11.

268. Guilhaus M. Special feature: tutorial, principles and instrumentation in time-of-flight massspectrometry. Physical and instrumental concepts. //J. Mass Spectr. 1995. V. 30. p. 1510-1532.

269. Gürtler V., Smith R., Mayall B.C., Pötter-Reinemann G., Stackebrandt E. and Kroppenstedt RM. Nocardia veterana sp. nov., isolated from human bronchial lavage. // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2001. V. 51. p. 933-936.

270. Gyobu Y. and Miyadoh S. Proposal to transfer Actinomadura carminata to a new subspecies of the genus Nonomuraea as Nonomuraea roseoviolacea subsp. carminata comb. nov. // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2001. V. 51. p. 881-889.

271. Haegi A. and Del Gallo M. Azospirillum-plant interaction: a biochemical approach. // In: Nitrogen Fixation. Polsinelli M., Matterassi R. and Vicenzini M. (eds). Dordrecht: Kluwer Academic Publishers. 1991. p. 147-153.

272. Hanahan D.I. and OHey I.N. Chemical nature of monophosphoinositides. // J. Biol. Chem. 1958. V. 231. p. 813-828.

273. Hancock I. C. and Baddiley J. In vitro synthesis of the unit links teichoic acid to peptidoglycan. // J. Bacteriol. 1976. V. 125. p, 880-886.

274. Hancock I.C. and Poxton I. Teichoic acids and other accessory carbohydrates from grampositive bacteria. // In: Bacterial Cell Surface Techniques. Hancock I.C. and Poxton I. (eds). Chichester: John Wiley and sons. 1988. p. 79-88.

275. Hancock I. C., Wiseman G. and Baddiley J. Biosynthesis of the unit links teichoic acid to the bacterial wall: inhibition by tunicamycin. // FEBS Lrtt. 1976. V. 69. p. 75-80.

276. Harrison M. D. Potato russet scab, its cause and factors affecting its development. // Am. Potato J. 1962. V. 39. p. 368-387.

277. Harz H., Burgdorf K. and Höltije J.V. Isolation and separation of the glycan strands from murein of Escherichia coli by reversed-phase high-performance liquid chromatography. // Annal. Biochem. 1990. V. 190. p. 120-128.

278. Healy F. G. and Lambert D. H. Relationships among Streptomyces spp. causing potato scab. // Int. J. Syst. Bacteriol. 1991. V. 41, p. 479-482.

279. Healy F. G., Krasnoff S. B., Wach M., Gibson D. M. and Loria R. Involvement of a Cytochrome P450 monooxygenase in thaxtomin A biosynthesis by Streptomyces acidiscabiei. II J. Bacteriol. 2002. V. 184. p. 2019-2029.

280. Hase S. and Matsushima Y. Structural studies on a glucose-containing polysaccharide obtained from cell walls of Micrococcus lysodeikticus. 3. Determination of the structure. // J. Biochem. (Tokyo). 1972. V. 72. p. 1117-1128.

281. Heckeis J.E., Archibald A.R. and Baddiley J. Studies on the linkage between teichoic acid and peptidoglycan in a bacteriophage-resistant mutant of Staphylococcus aureus H // Biochem. J. 1975. V. 149. p. 637-47.

282. Heckeis J.E., Lambert P.A. and Baddiley J. Binding of magnesium ions to cell walls of Bacillus subtilis W23 containing teichoic acid or teichuronie acid 11 Biochem. J. 1977. V. 162. p. 359-365.

283. Henssen A. Beiträge zur Morphologie und Systematik der thermophilen Actinomyceten. // Arch. Microbiol. 1957. V. 26. p. 373-416.

284. Heptinstall J., Heptinstall S., Archibald A.R. and Baddiley J. Teichoic acids and membrane function in bacteria //Nature. 1970. V. 225. p. 519-521.

285. Heptinstall J, Coley J., Ward P.J., Archibald A.R. and Baddiley J. The linkage of sugar phosphate polymer to peptidoglycan in walls of Micrococcus sp. 2102. // Biochem J. 1978. V. 169. p. 329-336.

286. Herbold D.R. and Glaser L. Interaction of iV-acetylmuramic acid L-alanine amidase with cell wall polymers. //J. Biol. Chem. 1975. V. 250. p. 7231-7238.

287. Hess H.H. and Dcrr J.E. Assay of inorganic and organic phosphorus in the 0,1-5 nanomole range. // Anal. Biochem. 1975. V. 63. p. 607-613.

288. Hiorns W.D., Methe B.A. and Nierzwicki-Baner S.A. Bacterial diversity in Adirondack mountain lakes as revealed by 16S RNK gene sequences. // Appl. Environ. Microbiol. 1997. V. 63. p. 2957-2960.

289. Hodgson D.A. Primary metabolism and its control in streptomycetes: a most unusual group of bacteria//Adv. Microbiol.Physiol. 2000. V. 42. p. 47-238.

290. Holme T. Influence of environment on content and composition of bacterial envelopes // J. Appl. Chem. And Biotechnol. 1972. V. 22. p. 391-399.

291. Holt J.G., Krieg N.R., Sneath P.H.A., Stalcy J.T. and Williams S.T. Bergey's Manual of Determinative Bacteriology, 9th eds. Baltimore: Williams and Wilkins. 1997. p. 690-691.

292. Holtje J.V. and Tomasz A. Specific recognition of choline residues in the cell wall teichoic acid by the N-acetylmuramyl-L-alanine amidase of Pneumococcus. // J. Biol. Chem. 1975. V. 250. p. 6072-6076.

293. Honeyman A.L. and Stewart G.C. The nucleotide sequence of the rodC operon of Bacillus subtilis. //Mol. Microbiol. 1989. V, 3. p. 1257-1268.

294. Hooker W.J. Common scab. // In: Compendium of potato diseases. American Phytopathological Society, St. Paul, MN. 1981. p. 33-34.

295. Home D.S. and Tomasz A. Possible role of a choline-containing teichoic acid in the maintenance of normal cell shape and physiology in Streptococcus oralis. II J. Bacteriol. 1993. V. 175. p. 1717-1722.

296. Hozzein W.N., Li W.-J., Ali M.I.A., Hammouda O., Mousa A.S., Xu L.-H. and Jiang C.

297. Nocardiopsis alkaliphila sp. nov., a novel alkaliphilic actinomycete isolated from desert soil in Egypt. // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2004. V. 54. p. 247-252.

298. Hughes R.S., Pavlik J.G., Rogers H.J. and Tanner P.J. Organization of polymers in the cell walls of some bacilli. //Nature. 1968. V. 219. p. 642-644.

299. Hughes A.H., Hancock I. C. and Baddiley J. The function of teichoic acids in cation control in bacterial membranes // Biochem. J. 1973. V. 132. p. 83-93.

300. Hussain M., Heilmann C., Peters G. and Herrmann M. Teichoic acid enhances adhesion of Staphylococcus epidermidis to immobilized fibronectin. // Microb. Pathog. 2001. V. 31. p. 261270.

301. Hussey H., Sueda S., Cheah S.C. and Baddiley J. Control of teichoic acid synthesis in Bacillus licheniformis ATCC 9945. // Eur. J. Biochem. 1978. V. 82. p. 69-74.

302. Ivatt R.J., and Gilvarg C. The primary structure of the teichuronic acid of Bacillus megaterium. II J. Biol. Chem. 1979. V. 254. p. 2759-2765.

303. Janczura E., Perkins H.E., and Rogers, H.J. Teichuronic acid: a mucopolysaccharide present in wall preparations from vegetative cells of Bacillus subtilis. 11 Biochem. J. 1961. V. 80. p. 82-93.

304. Jansson P.-E., Kenne L., and Widmalm G. Computer-assisted structural analysis of polysaccharides with an extended version of CASPER using 1H- and 13C-n.m.r. data. // Carbohydr. Res. 1989. V. 188. p. 169-191.

305. Jansson, P.-E., Lindberg, J. and Widmalm G. Syntheses and NMR studies of pyruvic acid 4,6-acetals of some methyl hexopyranosides. // Acta Chem Scand. 1993. V. 47. p. 711-715.

306. Jennings H. J., Lugowski C. and Young N. M. Structure of the complex polysaccharide C-substance from Streptococcus pneumoniae type 1. // Biochemistry. 1980. V. 19, p. 4712-4719.

307. Jones D. and Collins M.D. Taxonomic studies on some human cutaneous coryneform bacteria: description of Dermabacter hominus gen. nov. sp. nov. // FEMS Microbiol Lett. 1988. V. 51. p. 51-56.

308. Jongrungruangchok S., Tanasupawat S. and Kudo T. Micromonospora chaiyaphumensis sp. nov., isolated from Thai soils. // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2008. V. 58. p. 924-928.

309. Kämpfer P. The family Streptomycetaceae, Part I: Taxonomy. // In: Dworkin et al., (Eds), The Prokaryotes, A Handbook on the Biology of Bacteria, 3rd Ed., New York. Springer-Verlag. 2006. V. 3.p. 538-604.

310. Kämpfer P., Kroppenstedt R.M. and Dott W. A numerical classification of the grnera Streptomyces and Streptoverticillium using miniaturized physiological tests. // J. Gen. Microbiol. 1991. V. 137. p. 1831-1891.

311. Kämpfer P., Busse H.J. and Rainey F.A Nocardiopsis composlus sp. nov., from the atmosphere of a composting facility. // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2002. V. 52. p. 621-627.

312. Karamata D., McConnel M. and. Rogers H.J. Mapping of rod mutants of Bacillus subtilis. //J. Bacteriol. 1972. V.l 11. p. 73-79.

313. Karamata D., Pooley H.M. and Monod M. Expression of heterologous genes for wall teichoic acid in Bacillus subtilis 168. // Mol. Gen. Genet. 1987. V. 207. p. 73-81.

314. Kaya S., Yokoyama K., Araki Y. and Ito E. Structural and biosynthetic studies on linkage region between poly(galactosylglycerol phosphate) in Bacillus coagulans. II Biochem. Biophys. Res. Commun. 1983. V. 111. p. 312-318.

315. Kaya S., Yokoyama K., Araki Y. and Ito E. N-acetylmannosaminyl(l—>4)N-acetylglucosamine, a linkage unit between glycerolteichoic acid and peptidoglycan in cell walls of several Bacillus strains II J. Bacteriol. 1984. V. 158. № 3. p. 990-996.

316. Kaya S., Araki Y. and Ito E. Structural studies on the linkage unit between poly(galactosylglycerol phosphate) and peptidoglycan in cell walls of Bacillus coagidans II Eur. J. Biochem. 1985. V. 147. p. 41-46.

317. Kelemen M.V. and Baddiley J. Structure of the intracellular glycerol teichoic acid from Lactobacillus casei ATCC 7469. II Biochem. J. 1961. V. 80. p. 246-254.

318. Kelemen M.V. and Rogers H.J. Three-dimentional molecular models of bacterial cell wall muropeptides (peptidoglycans). // Proc. Natl. Acad. Sei. USA. 1971. V. 68. p. 992-996.

319. Kers J.A., Cameron K.D., Joshi M.V., Bukhalid R.A., Morello J.E., Wach M.J.GibsonD.M. and Loria R. A large, mobile pathogenicity island confers plant pathogenicity on Streptomyces species. // Mol. Microbiol. 2005. V. 55. p. 1025-1033.

320. Kimura M, Ohta T. Eukaryotes-prokaryotes divergence estimated by 5S ribosomal RNA sequences. //Nat New Biol. 1973. V. 243. p. 199-200.

321. King R. R. and Lawrence C. H. Characterization and of new thaxtomin A analogues generated in vitro by Streptomyces scabiei. II J. Agric. Food Chem. 1996. V. 44. p. 1108-1110.

322. King R. R., Lawrence C. H., Clark M.C. and Calhoun L.A. Isolation and characterisition of phytotoxins associated with Streptomyces scabiei. II J. Chem. Soc. Chem. Commun. 1989. V. 13. p. 849-850.

323. King R. R., Lawrence C. H. and Calhoun L.A. Chemistry of phytotoxins associated with Streptomyces scabiei, the causal organism of potato common scab J. Agric. Food Chem. 1992. V. 40. p. 834-837.

324. King R.R., Lawrence C.H., Calhoun L.A.and Ristanio J.B. Isolation and characterization of thaxtomin-type phytotoxins associated with Streptomyces ipomoeae.il J. Agric. Food Chem. 1994. V. 42. p. 1791-1794.

325. King R. R., Lawrence C. H. and Calhoun L. A. Isolation and identification of pigments generated in vitro by Streptomyces acidiscabiei. II J. Agric. Food Chem. 1996. V. 44, p. 28492851

326. King R. R., Lawrence C. H. and Gray J.A. Herbicidal properties of the thaxtomin group of phytotoxins. //J. Agric. Food Chem. 2001.V. 49. p. 2298-2301.

327. Kizuka M., Enokita R., Tanahashi K. and Okazaki T. Studies on actinomycetes in plant leaves. // In: The 9-th Intern. Symp. Biology of Actinomycetes. Moscow. Theses. 1994. p. 232.

328. Klem P. and Schembri M.A. Bacterial adhesins: function and structure. // Int. J. Med. Microbiol. 2000. V. 299. p. 27-35.

329. Knirel Y.A., Paredess L., Jansson P.-E., Weintraub A., Widmalm G. and Albert M.J.

330. Structure of the capsular polysaccharide of Vibrio cholerae O 139 synonim Bengal D-galactose 4,6-cyclophosphate. // Eur. J. Biochem. 1995. V. 232. p. 391-396.

331. Knirel Yu.A., Shaskov A.S., Tsvetkov Yu.E., Jansson P-.E. and Ziihringer U. 5,7-diamino-3,5,7,9-tetradeoxynon-2-ulosonic acids in bacterial glycopolymers: chemistry and biochemistry. // Adv. Carbohydr. Chem. Biochem. 2003. V. 58. p. 371-417.

332. Koch A.L. Orientation of the peptidoglycan in the sacculus of Escherichia coli. II Res. Microbiol. 1998 a. V. 149. p. 689-701.

333. Koch A.L. The three-for-one model for gram-negative wall growth a problem and a possible solution. //FEMS Microbiol. Lett. 1998 b. V. 162. p. 127-134.

334. Koch A.L. How did bacteria come to be? // Adv. Microbial. Physiol. 1998 c. V. 40. p. 353399.

335. Kocharova N.A., Knirel Y.A., Shashkov A.S. Kochetkov N.K. and Pier G.B. Structure of an extracellular cross-reactive polysaccharide from Pseudomonas aeruginosa immunotype 4. // J. Biol. Chem. 1988. V. 263. p. 1291-1295.

336. Kogan G., Jann B. and Jann K. Structure of the Escherichia coli 0104 polysaccharide and its identity with the capsular K9 polysaccharide. // FEMS Microbiol Lett. 1992. V. 70. p. 135-140.

337. Kogan G., Shashkov A.S., Jann B. and Jann K. Structure of the 056 antigen of Escherichia coli, a polysaccharide containing 7-substituted alpha-N-acetylneuraminic acid. // Carbohydr Res. 1993 a. V. 238. p. 261-270.

338. Kogan G., Jann B. and Jann K. Structure of the 024 antigen of Escherichia coli, a neuraminic acid-containing polysaccharide. // Carbohydr Res. 1993 b. V. 238. p. 335-338.

339. Kojima N., Araki Y. and Ito. Structural studies on the acidic polysaccharide of Bacillus cereus AHU 1356 cell walls. // Eur J Biochem. 1985 a. V. 148. p. 479-484.

340. Kojima N., Iida J., Araki Y. and Ito E. Structural studies on the linkage unit between poly(N-acetylglucosaminel-phosphate) and peptidoglycan in cell walls of Bacillus pumilus AHU 1650. // Eur. J. Biochem. 1985 b. V. 149. p. 331-336.

341. Kojima N., Uchikawa K, Araki Y. and Ito E. Structural studies on the minor teichoic acid of Bacillus coagulans AHU 1631. // Eur. J. Biochem. 1986. V. 155. p. 521-526.

342. Kojima N., Kaya S., Araki Y. and Ito E. Pyruvic-acid-containing polysaccharide in the cell wall of Bacillus polymyxa AHU1385. // Eur. J. Biochem. 1988. V. 174. p. 255-260.

343. Korn-Wendisch F. and Kutaner H.J. The family Streptomycetaceae. II In: The Procaryotes. Balows et al., (eds). New York: Springer. 1992. p. 921-995.

344. Krause R. M. Antigenic and biochemical composition on hemolytic streptococcal cell walls. // Bacteriol. Rev. 1963. V.149. p. 689-701.

345. Kritzman G., Shani-Cahani A., Kirshner B., Riven Y., Bar Z., Katan J. and Grinstein A. Pod wart disease of peanut. // Phytoparasitica. 1996. V. 24, p. 293-304.

346. Kroppenstedt R.M. Fatty acid and menaquinone analysis of actinomycetes and related organisms. // Soc. Appl. Bacteriol. Tech. Ser. 1985. V. 20; p. 173-197.

347. Kroppenstedt R.M. and Kutaner H.J. Biochemical markers in the taxonomy of the Actinomycetales. // Experientia. 1976. V. 32. p. 318-319.

348. Kroppenstedt R.M. and Evtushenko L.I. The Family Nocardiopsaceae. // In: Dworkin et al. (Eds), The Prokaryotes, A Handbook on the Biology of Bacteria, 3rd Ed., New York: SpringerVerlag. 2006. V. 3. p. 754-795.

349. Kunst F., Ogasawara N., Moszer I., Albertini A.M. and Alloni G. The complete genome sequence of the Gram positive bacterium Baciluus subtilis. II Nature. 1997. V. 390. p. 249-256.

350. Kusser W. and Fiedler F. Purification, Mr-value and subunit structure of a teichoic acid hydrolase from Baciluus subtilis. II FEBS Lett. 1982. V. 149. p. 67-70.

351. Kusser W. and Fiedler F. Teichoicase from Baciluus subtilis Marburg. // J. Bacteriol. 1983. V. 155. p 302-310.

352. Kwok A., Su S., Reynolds R., Bay S., Av-Gay Y., Dovichi N. and Chow A. Species identification and phylogenetic relationships based on partial HSP60 gene sequences within the genus Staphylococcus. II Int. J. Syst. Bacteriol. 1999. V. 49. p. 1181-1192.

353. Labeda D.P. DNA-DNA hybridization in the systematics of Streptomyces. II Gene. 1992. V. 115. p. 249-253.

354. Labeda D.P. DNA-relatedness among strains of the Streptomyces lavendulae phenotypic cluster group. // Int. J. Syst. Bacteriol. 1993. V. 43. p. 822-825.

355. Labeda D.P. DNA-relatedness among verticil-forming Sti-eptomyces species (formerly Streptoverticillium species). // Int. J. Syst. Bacteriol. 1996. V. 46. p. 699-703.

356. Labeda D.P. DNA relatedness among the Streptomyces fulvissimus and Streptomyces griseoviridis phenotypic claster groups. // Int. J. Syst. Bacteriol. 1998. V. 48. p. 829-832.

357. Labeda D.P. and Lyons A.J. Deoxyribonucleic-acid relatedness among species of the Streptomyces cyaneus cluster. // Syst. Appl. Microbiol. 1991 a. V. 14. p. 158-164.

358. Labeda D. P. and Lyons A. J. DNA relatedness among strains of the sweet potato pathogen Streptomyces ipomoeae. II Appl. Environ. Microbiol. 1992. V. 58. p. 532-535.

359. Labeda D.P. and Kroppenstedt R.M. Goodfellowia gen. nov., a new genus of the Pseudonocardineae related to Actinoalloteichus, containing Goodfellowia coendeoviolacea gen. nov., comb. nov. // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2006. V.56. p. 1203-1207.

360. Labeda D.P., Testa R.T., Lechevalier M.P. and Lechevalier H.A. Glycomyces, a new genus of the Actinomycetales. // Int. J. Syst. Bacteriol. 1985. V. 35. p. 417-421.

361. Lahooti M. and Harwood C.R. Transcriptional analysis of the Baciluus subtilis teichuronic acid operon. // Microbiology. 1999. V. 145. p. 3409-3417.

362. Lambert D.H. and Loria R. Streptomyces scabies sp. nov. nom. rev. // Int.J.Syst.Bacteriol. 1989a. V. 39. p. 387-392.

363. Lambert D.H. and Loria R. Streptomyces scabies sp. nov. nom. rev. // Int.J.Syst.Bacteriol. 1989b. V. 39. p. 393-396.

364. Lambert P.A., Hancock I.C. and Baddiley J. The interaction of magnesium ions with teichoic acid // Biochem. J. 1975 a. V. 149. p. 519-524.

365. Lambert P.A., Hancock I.C. and Baddiley J. Influence of alanyl ester residues on the binding of magnesium ions to teichoic acids // Biochem. J. 1975 b. V. 151. p. 671-676.

366. Lang W.K., Glassey K. and Archibald A.R. Influence of phosphate supply on teichoic acid and teichuronic acid content of Baciluus subtilis cell walls. // J. Bacteriol. 1982. V. 151. p. 367375.

367. Lawrence C. H., Clark M. C. and King R. R. Introduction of common scab symptoms in aseptically cultured potato tubers by the vivotoxin, thaxtomin. // Phytopathology. 1990. V. 80. p. 606-608.

368. Lazarevic V. and Karamata D. The tagGl I operon of Baciluus subtilis 168 encodes a two-component ABC transporter involved in the metabolism of two wall teichoic acids. // Mol. Microbiol. 1995. V. 16. p. 345-355.

369. Lazarevic V., Pooley H.M., Mauel C. and Karamata D. Teichoic and teichuronic acids from Gram-positive bacteria. // In: Biopolymers. A. Steinbüchel (ed), Weinheim. Willey-VCH Verlag. Vol. 5. Polysaccharides I. 2002 b. p. 465-492.

370. Lederer E. The mycobacterial cell wall. // Pure Appl. Chem. 1971. V. 25. p. 135-165.

371. Lederer E., Adam A., Ciorbaru R., Petit J.F. and Wietzerbin J. Cell walls of Mycobacteria and related organisms; chemistry and immunostimulant properties. // Mol. Cell Biochem. 1975. V. 7. p. 87-104.

372. Leiner R. H., Fry B. A., Carling D. E. and Loria R. Probable involvment of thaxtomin A in pathogenicity of Streptomyces scabiei on seedlings. // Phytopathology. 1996. V. 86. p. 709-713.

373. Lechevalier M.P. Lipids in bacterial taxonomy a taxonomist's view. // CRC Crit Rev Microbiol. 1977. V. 5. p. 109-210.

374. Leshevalier M.P. and Leshevalier H.A. Composition of whole-cell hydrolysates as a criterion in the classification of aerobic actinomycetes. // In: The Actinomycetales. H.Prauser (ed). Jena. VEB Gustav Fisher Verlag. 1970 a. p. 311-316.

375. Leshevalier H.A. and Leshevalier M.P. A critical evaluation of the genera of aerobic actinomycetes. // In: The Actinomycetales. H.Prauser (ed). Jena. VEB Gustav Fisher Verlag. 1970 b. p. 393-405.

376. Leshevalier M.P. and Leshevalier H.A. Chemical composition as a criterion in the classification aerobic actinomycetes. // Int. J. Syst. Bacteriol. 1970 c. V. 20. p. 435-443.

377. Lechevalier M.P., de Bievre C. and Lechevalier H. Chemotaxonomy of aerobic actinomycetes: phospholipid composition. // Biochem. System. Ecol. 1977. V. 5. p. 249-260.

378. Leps B., Labischinski H. and Bradaczek H. Conformational behavior of the polysaccharide backbone of murein. // Biopolymers. 1987. V. 26. p. 1391-1406.

379. Li M.-G., Li W.-J., Xu P., Cui X.-L., Xu L.-H. and Jiang C.-L. Nocardiopsis xinjiangensis sp. nov., a halophilic actinomycete isolated from a saline soil sample in China. // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2003. V. 53. p. 317-321

380. Liegard H. and Landrieu M. Un cas de mycose conjunctivaele. // Ann. Ocul. 1911. V. 146. p. 418-426.

381. Lifley M. R., Tarelli E. and Baddiley J. The teichuronic acid from the walls of Bacillus licheniformis ATCC 9945. II Biochem.J. 1980. V. 191. p. 305-318.

382. Lim S. and Salton M.R. Isolation and characterization of a succinylated polysaccharide from the cell wall of Micrococcus agilis. II Microbios. 1985. V. 44. p. 95-105.

383. Lindholm P., Kortemaa H., Kokkola M., Haahtela K., Salkinoja-Salonen M. and Valkonen J.P.T Streptomyces spp. isolated from potato scab lesions under Nordic conditions of Finland. II Plant Dis. 1997. V 81. p. 1317-1322.

384. Linos A., Steinbüchel A., Sprüer C. and Kroppenstedt R.M. Gordonia polyisoprenivorans sp. nov., a rubber-degrading actinomycete isolated from an automobile tyre. // Int. J. Syst. Bacteriol. 1999. V. 49. p. 1785-1791.

385. Lipkind G.M., Shashkov A.S., Knirel Y.A., Vinogradov, E.V. and Kochetkov N.K. // A computer-assisted structural analysis of regular polysaccharides on the basis of 13C-NMR. data. // Carbohydr. Res. 1988. V. 175. p. 59-75.

386. Liu T.Y. and Gotschlich E.C. The cemical composition of pneumococcal C-polysaccharide. //J. Biol. Chem. 1963. V. 238. p. 1928-1934.

387. Liu W. and Hulett F.M. Comparison of Pho binding to the tuaA promoter with PhoP binding to other Pho-regulon promoters establishes a Bacillus subtilis Pho core binding site. // Microbiology. 1998. V 144. p. 1443-1450.

388. Liu W., Eder S. and Hulett F.M. Analysis of Bacillus subtilis tagAB and tagDEF expression during phosphate starvation identifies a repressor role for PhoP-P. I I J. Bacteriol. 1998. V. 180. p. 753-758.

389. Liu Z., Shi Y., Zang Y., Zhou Z., Lu Z., Wei L., Huang Y., Rodrigues C. and Goodfellow

390. Loria R., Bukhalid R. A., Creath R. A., Leiner R. H., Olivier M. and Steffens J. C. Differential production of thaxtomins by pathogenic Streptomyces species in vitro. II Phytopathology. 1995. V. 85. p. 537-541

391. Loria R., Grace,E., Bukhalid R. A. and Fry B. A. Streptomyces acidiscabiei reduces growth and causes cell hypertrophy and necrosis on monocot and dicot seedlings. // Phytopathology. 1996. V. 86. p. 578-582

392. Loria R., Bukhalid R.A.and Fry B.A. Plant pathogenisyty in the genus Streptomyces. II Plant Disease. 1997. V. 81. № 8. p. 836-846.

393. Loria R., Kers J. and Joshi M. Evolution of plant pathogenicity in Streptomyces. II Ann. Rev. Phytopathol. 2006. V. 44. p. 469-487.

394. Mabeza G.F. and Macfarlane J. Pulmonary actinomycosis. // Eur. Respir. J. 2003. V. 21. p. 545-551.

395. Magee J.T., Philpot C., Yang J. and Hosein I.K. Pyrolysis typing of isolates from a recurrence of systemic cryptococcosis. // J. Med. Microbiol. 1994. V. 40. p. 165-169.

396. Markovitz A. and Dorfman A. Synthesis of capsular polysaccharide (hyaluronic acid) by protoplast membrane preparations of group A Streptococcus. II J. Biol. Chem. 1962. V. 237. p. 273-279.

397. Mauël C., Young M., Margot P. and Karamata D. The essential nature of teichoic acids in Baciluus subtilis as revealed by insertional mutagenesis. // Mol.Gen. Genet. 1989. V. 215. p. 388394.

398. Mauël C., Young M., Monsutti-Grecescu A., Marriott S.A. and Karamata D. Analysis of Bacillus subtilis tag gene expression using transcriptional fusions. // Microbiology. 1994. V. 140. 2279-2288.

399. McArthur H.A., Roberts F.M., Hancock I.C. and Baddiley J. Lipid intermediates in the biosynthesis of the linkage unit between teichoic acids and peptodoglycan. // FEBS Lett. 1978. V 86. p. 186-200.

400. Mc Carthy A.J. and Williams S.T. Actinomycetes as agents of biodégradation in the environment. // Gene. 1992. V. 115. p. 189-192.

401. McConnel M. and Rogers H.J. Mapping of rod mutants of Bacillus subtilis. II J. Bacteriol. 1972. V. 111. p. 73-79.

402. McQuenn D. A. R., and Schottel J. L. Purification and characterization of a novel extracellular esterase from pathogenic Streptomyces scabiei that is inducible by zinc. // J. Bacteriol. 1987. V. 169. p, 1967-1971.

403. Merchante R., Pooley H.M. and Karamata D. A periplasm in Bacillus subtilis. II J. Bacteriol. 1995. V. 177. p. 6176-6183.

404. Meroueh S.O., Bencze K.Z., Hcsek D., Lee M., Fisher J.F., Stcmmler T.L. and Mobashery S. Three-dimentional structure of the bacterial cell wall peptidoglycan. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2006. V. 103. p. 4404-4409.

405. Meyer J. Nocardiopsis, a new genus of the order actinomycetales. // Int. J. Syst. Bacteriol. 1976. V. 26. p. 487-493.

406. Michiels K.W., Croes C.L. and Vanderleyden J. Two different models of attachment of Azospirillum brasilense sp7 to weat roots. // J/Gen Microbiol. 1991. V. 137. p. 2241-2246.

407. Miller E.S., Woese C.R. and Brenner S. Description of the erythromycin-producing bacterium Arthrobacter sp. nov. // Int. J. Syst. Bacteriol. 1991. V. 41. p. 363-368.

408. Minke R. and Blackwell J. The structure of alpha-chitin. // J/ Mol/ Biol. 1978. V. 120. p. 167181.

409. Minnikin D.E., Alshamaony L. and Goodfellow M. Differentiation of Mycobacterium, Nocardia, and related taxa by thin-layer chromatographic analysis of whole-organism methanolysates. //J. Gen. Microbiol. 1975. V. 88. p. 200-204.

410. Minnikin D.E. and Goodfellow M. Lipid composition in the classification and identification of acid-fast bacteria. // Soc. Appl. Bacteriol. Symp. Ser. 1980. V. 8. p. 189-256.

411. Minnikin D. E., O'Donnell A. G., Goodfellow M., Alderson G., Athalye M., Schaal A.and Parlett J. H. An integrated procedure for the extraction of bacterial isoprenoid quinones and polar lipids. //J. Microbiol. Methods. 1984. V. 2. p. 233-293

412. Mirelman D., Back B.D. and Shaw D.R. The location of the D-alanyl ester in the ribitol teichoic acid of Staphylococcus aureus. II Biochem. Biophys. Res. Commun. 1970. V. 39. p. 712717.

413. Misaki A., Seto N. and Azuma I. Structure and immunological properties of D-arabino-D-galactans isolated from cell walls of Mycobacterium species. // J. Biochem. 1974. V. 76. p. 15-27.

414. Miyajima K., Tanaka F., Takeuchi T. and Kuninaga S. Streptomyces turgidiscabiei sp. nov. // Int. J. Syst. Bacteriol. 1998. V. 48. p. 495-502.

415. Mock K.K., Davey M. and Cottrell J.S. The analysis of underivatised oligosaccharides by matrix-assisted laser desorption mass spectrometry. // Biochem. Biophys. Res. Comm. 1991. V. 177. p. 597-895.

416. Med. 2005. V. 37. p. 234-249.

417. Muhlenhoff M., Eckhardt M. and Gerardy-Schahn R. Polysialic acid: three-dimensional structure, biosynthesis and function. // Curr. Opin. Struct. Biol. 1998. V. 8. p. 558-64.

418. Murakami T., AnzaiH., Imai S., Satoh A., Nagaoka K and Thompson C.J. The bialaphos biosynthetic genes of Streptomyces hygroscopicus: molecular cloning and characterization of the gene cluster. // Mol.Gen. Genet. 1986. V. 205. p. 42-50.

419. Murazumi N., Sasaki Y., Okada J., Araki Y. and Ito E. Biosynthesis of glycerol theichoic acid in Bacillus cereus: formation of linkage unit disaccharide on lipid intermediate. // Biochem. Biophys. Res. Commun. 1981. V. 99. p. 504-510.

420. Nagaoka M., Kamisango K., Fujii H., Uchikawa K., Sekikawa I. and Azuma I. Structure of acidic polysaccharide from cell wall of Propionibacterium acnes strain CI. II J. Biochem. (Tokyo) 1985. V. 97. p. 1669-1678.

421. Natsume M., Matsumoto M., Ohshiro A., Kozone I., Hashimoto M. and Abe H. Effect of antibiotics on formation of aerial mycelium and production of phytotoxins in Streptomyces spp. // J. Pestic. Sci. 2003. V. 28. p. 183-187

422. Naumova I.B. The teichoic acids of actinomycetes. // Microbiol. Sci. 1988. V. 5. p. 275-279.

423. Naumova I.B., Kuznetsov V.D., Kudrina K.S. and Bezzubenkova A.P. The occurence of teichoic acids in Streptomyces. II Arch. Microbiol. 1980. V. 126. p. 71-75.

424. Naumova I.B., Potekhina N.V., Duigimbaye C., Shashkov A.S., Terekhova L.P. and Preobrazhenskaya T.P. Cell wall polymers of Actinomadura carminata INA 4281. // Arch.Microbiol. 1986. V. 146. p. 256-262

425. Naumova I.B., Yanushkene N.A., Streshinskaya G.M. and Shashkov A.S. Cell wall anionic polymers and peptidoglycan of Actinoplanes philippinensis VKM Ac-647. // Arch. Microbiol. 1990. V. 154. p. 483-488.

426. Ndowora T. C. R., Kinkel L. L., Jones R. K., and Anderson, N. A. Fatty acid analysis of pathogenic and suppressive strains of Streptomyces species isolted in Minnesota. // 1996. Phytopathology. V. 86. p. 138-143.

427. Neuhaus F.C. and Baddiley J. A continuum of anionic charge: structures and functions of d-alanyl-teichoic acids in gram-positive bacteria. // Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2003. V. 67. p. 686723.

428. Nonomura H. and Ohara Y. Distribution of actinomycetes in soil. X. New genus and species of monosporic actinomycetes. //J. Ferment. Technol. 1971. V. 49. p. 895-903.

429. Oberreuter H., Seiler H. and Scherer S. Identification of coryneform bacteria and related taxa by Fourier-transform infrared (FT-IR) spectroscopy. // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2002. V. 52. p. 91-100.

430. Oniki M., Suzui T., Araki T., Sonoda R-i., Chiba T. and Takeda, T. Causal agent of russet scab of potato. // Bull. Natl. Inst. Agro-Eviron. Sci. 1986. V. 2. p. 56-59.

431. Osbourn A. Saponin and plant defense a soap story. // Trends Plant. 1996. V. 1. p. 4-9.

432. O'Donnei A.G., Minnikin D.E. and Goodfeiiow M. Integrated lipid and wall analysis of Actinomycetes. // In: Chemical Methods in Bacterial Systematics. Goodfeiiow M. and Minnikin D.E.(eds). Academic PressL London. 1985. p. 131-141.

433. Ohta T. and Kimura M. Functional organization of genetic material as a product of molecular evolution. //Nature. 1971. V. 233. p. 118-119.

434. Olive D.M. and Bean P. Principles and applications of methods for DNA-based typing of microbial organisms. // J. Clin. Microbiol. 1999. V. 37. p. 1661-1669.

435. Oxiey D., and Wilkinson S.G. Structural studies of acidic polymers produced by the O 23 reference strain of Serratia marcescens presence of amide-linked glutamic acid. // Carbohydr. Res. 1990. V. 204. p. 85-91.

436. Park Y.S., Sweitzer T.D., Dixon J.F and Kent C. Expression, purification, and characterization of CTP:glycerol-3-phosphate cytidyl-transferase from Bacillus subtilis. II J. Biol. Chem. 1993. V, 268. p. 16648-16654.

437. Park D.H., Kim J.S., Kwon S.W., Wilson C., Yu Y.M., Hur J.H. and Lim C.K.

438. Streptomyces luridiscabiei sp. nov., Streptomyces puniciscabiei sp. nov., and Streptomyces niveiscabiei. sp. nov., wich cause potato common scab disease in Korea. // 2003. Int. .J. Syst. Evol. Microbiol. V. 53. p. 2049-2054.

439. Partridge M.D., Davison A.L. and Baddiley J. A polymer of glucose and N-acetylgalactosamine 1-phosphate in the wall of Micrococcus sp. Al. // Biochem J. 1971. V. 121. p. 695-700.

440. Partridge M.D., Davison A.L. and Baddiley J. The distribution of teichoic acids and sugar 1-phosphate polymers in walls of micrococci. // J Gen Microbiol. 1973. V. 74. p. 169-173.

441. Patt S.L. and Shoolery, J.N. Attached proton test for carbon-13NMR. // J. Magn. Reson. 1982. V. 46. p. 535-539.

442. Pavlik J.C. and Rogers H.J. Selective extraction of polymers from cell walls of grampositive bacteria. //J. Gen. Microbiol. 1973. V 131. p. 619-621.

443. Pazur J.H. and Forsberg L.S. The sugar sequence of a streptococcal, immunogenic tetraheteroglycan: a revision. // Carbohydr Res. 1980. V. 83. p. 406-408.

444. Person L.H. and Martin W.J. Soil rot of sweet potatoes in Luisiana. // Phythopathology. 1940. V. 30. p.913-926.

445. Podvin L., Reysset G., Hubert J. and Sebald M. Presents of choline in teichoic acid of Clostridium acetobytylicum N1-4 and choline inhibition of autolytic functions. // J.Gen. Microbiol. 1988. V. 134. p. 1603-1609.

446. Pollack H.M. and Neuhaus F.C. Changes in wall teichoic acid during'the rod-sphere transition of Bacillus subtilis 168. //J. Bacteriol. 1994. V. 176. p. 7252-7259.

447. Pooley H.M. Turnover and spreading of old wall during surface growth of Bacillus subtilis. II J. Bacteriol. 1976 a. V. 125. p. 1127-1138.

448. Pooley H.M. Leyered distribution, according to age, within the cell wall of Bacillus subtilis. II J. Bacteriol. 1976 b. V. 125. p. 1139-1147.

449. Pooley H.M. and Karamata D. Teichoic acid synthesis in Bacillus subtilis: genetic organization and biological roles. //New Compr. Biochem. 1994. V. 27. p. 187-198

450. Potekhina N.V., Naumova I.B., Shashkov A.S. and Terekhova L.P. Structural features of cell wall teichoic acid and peptidoglycan of Actinomadura cremea INA 292. // Eur. J. Biochem. 1991. V. 199. p. 313-316.

451. Potekhina N.V., Tul'skaya E.M., Naumova I.B., Shashkov A.S. and Evtushenko L.I.

452. Erythritolteichoic acid in cell wall of Glycomyces tenuis VKM Ac-1250. // Eur. J. Biochem. 1993. V. 218. p. 371-375.

453. Potekhina N.V., Shashkov A.S., Evtushenko L.I., Senchenkova S.N. and Naumova I.B.

454. The mannitol teichoic acid from the cell wall of Brevibacterium permense BKM Ac-2280 // Carbohydr. Res. 2003 b. V. 338. p. 2745-2749.

455. Potekhina N.V., Shashkov A.S., Evtushenko L.I. and Naumova I.B. Two novel cell wall teichoic acids in two novel Brevibacterium species. // 1st FEMS Congress of European Microbiologists. Slovenia. Ljubljana. June 29 July 3, 2003 c. p. 346.

456. Powelson M.L., Johnson K.B. and Rowe R.C. Manegement of diseases caused by soilborne pathogens. // In: Potato health management. Rowe R.C. (eds). American Phytopathological Society, St. Paul, MN. 1993. p. 149-158.

457. Prauser H. Nocardioides, a new genus of the order Actinomycetales. II Int. J. Syst. Bacteriol. 1976. V. 26. p. 58-65.

458. Prauser H. Nocardioides luteus spec. nov. // Z. Allg. Microbiol. 1984. V. 24. p. 647-648.

459. Prauser H. Genus Nocardioides Prauser 1976, 61AL. // In: Bergey's Manual of Systematic Bacteriology. S.T.Williams, M.E.Sharpe and J.G.Holt (eds). Baltimore: Williams and Wilkins. 1989. V. 4. p. 2371-2375.

460. Pridham T. G., Hesseltine C. W and Benedict R. G. A guide for the classification of Streptomycetes according to selected groups, placement of strains in morphological sections 1. // Appl. Microbiol. 1958. V. 6. p. 52-79.

461. Quintela J.C., Caparros M. and de Pedro M.A. Variability of peptidoglycan structural parameters in gram-negative bacteria. // FEMS Microbiol. Lett. 1995.V. 125. p. 95-100.

462. Read R.C. Nocardiosis and actinomycosis. // Medicine. 2005. V. 33. p. 114-115.

463. Reddy G.P., Chang C.C. and Bush C.A. Determination by heteronuclear NMR spectroscopy of the complete structure of the cell wall polysaccharide of Streptococcus sanguis strain K103. // Anal. Chem. 1993. V. 65. p. 913-21.

464. Reuhs B.L., Kim J.S. and Matthysse A.G. Attachment of Agrobacterium tumefaciens to carrot cells and Arabidopsis wound sites is correlated with the presence of a cell-associated, acidic polysaccharide. //J. Bacteriol. 1997. V. 179. p. 5372-5379.

465. Reusch V.M. and Neuhaus F.C. D-Alanine: membrane acceptor ligase from Lactobacillus casei. II J. Biol. Chem. 1971. V. 246. p. 6136-6143.

466. Richert K., Brambilla E. and Stackebrandt E. Development of PCR primers specific for the amplification and direct sequencing of gyrB genes from microbacteria, order Actinomycetales. // J Microbiol. Methods. 2005. V. 60. p. 115-123.

467. Rijnaarts H.H.M., Norde W., Bouwer E.J., Lyklema J. and Zehnder A.J.B. Reversibility and mechanism of bacterial adhesion // Colloids Surf. B: Biointerface. 1995. V. 4. p. 5-22.

468. Robson R.L. and Baddiley J. Role of teichuronic acid in Baciluus licheniformis : defective autolysis due to deficiency of teichuronic acid in novobiocin-resistant mutant. // J. Bacteriol. 1977. V. 129. p. 1051-1058.

469. Rogers H.J. The function of bacterial autolysins. // In: Microbial Polysaccharases. London. Acad. Press. 1979. p. 235-268.

470. Rodgers H.J., McConnell M. and Burdett I,D. The isolation and characterization of mutants of Bacillus subtilis and Bacillus licheniformis with disturbed morphology and cell division. // J. Gen. Microbiol. 1970. V. 61. p. 155-171.

471. Rodgers H.J., Thurman P.F., Taylor C. and Reeve J.N. Mucoprptide synthesis by rod mutants of Bacillus subtilis. II J. Gen. Microbiol. 1974. V. 85. p. 335-350.

472. Rodgers H.J. and Taylor C. Autolysins and shape change in rodA mutants of Bacillus subtilis. II J. Bacteriol. 1978. V. 135. p. 1032-1042.

473. Rogers H.J., Perkins H.R. and Ward J.B. Structure of peptidoglycan. // In: Microbial cell walls. London: Chapman and Hall, Ltd. 1980. p. 190-204.

474. Rossello-Mora R. Opinion: the species problem, can we achieve a universal concept? // Syst. Appl. Microbiol. 2003. V. 26. p. 323-326.

475. Rossello-Mora R. and Amann R. The species concept for prokaryotes. // FEMS Microbiol. Rev. 2001. V. 25. p. 39-67.

476. Sabry S.A., Ghanem N.B., Abu-Ella G.A., Schumann P., Stackebrandt E., and Kroppenstedt R.M. Nocardiopsis aegyptia sp. nov., isolated from marine sediment. // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2004. V. 54. p. 453-456.

477. Sadovskaya I., Vinogradov E., Li J., and Jabbouri S. Structural elucidation of the extracellular and cell-wall teichoic acids of Staphylococcus epidermidis RP62A, a reference biofilm-positive strain // Carbohydr Res. 2004. V. 339. p. 1467-1473.

478. Salton M. R. J. Studies of the bacterial cell wall : V. The action of lysozyme on cell walls of some lysozyme-sensitive bacteria. // Biochim. Biophys. Acta. 1956. V. 22. p. 495-506.

479. Sanderson A.R., Strominger J.L. and Nathenson S.G. Chemical structure of teichoic acid from Staphylococcus aureus strain Copengagen. // J. Biol. Chem. 1962. V.237. p. 3603-3613.

480. Sasaki Y., Araki Y. and Ito E. Structure of the linkage region betweenglycerol teichoic acid and peptidoglycan in Bacillus cereus AHU cell walls. // Biochem. Biophys. Res. Commun. 1980. V. 96. p. 529-534.

481. Sasaki Y., Araki Y. and Ito E. Structure of teichoic-acid-glycopeptide complexes from cell walls of Bacillus cereus AHU 1030. // Eur. J. Biochem. 1983. V. 132. p. 207-213.

482. Savelkoul P.H., Aarts H.J., de Haas J., Dijkshoorn L., Duim B., Otsen M., Rademaker J.L., Schouls L. and Lenstra JA. Amplified-fragment length polymorphism analysis: the state of an art. // J. Clin. Microbiol. 1999. V. 37. p. 3083-3091.

483. Schiiffler M.J., and Stackebrandt E. Biochemical and nucleic acid hybridisation studies on Brevibacterium linens and related strains. // Arch. Microbiol. 1981. V. 129. p. 85-93.

484. Schaffer C. and Messner P. The structure of secondary wall polymers: how Gram-positive bacteria stick their cell walls together. // Microbiology. 2005. V. 151. p. 643-651.

485. Schertzer J.W. and Brown E.D. Purified, recombinant TagF protein from Bacillus subtilis 168 catalyzes the polymerization of glycerol phosphate onto a membrane acceptor in vitro. 11 J .Biol.Chem. 2003. V. 278. p. 18002-18007.

486. Schipper D. Structural studies of the teichoic acids from Bacillus lisheniformis. I I Carbohydr. Res. 1995. V. 279. p. 75-82.

487. Schleifcr K.H. and Kandler O. Peptidoglycan types of bacterial cell walls and their taxonomic implications. // Bacteriol. Rev. 1972. V. 36. p. 407-477.

488. Schleifer K.H. and Stackebrandt E. Molecular systematics of prokaryotes. // Ann. Rev. Microbiol. 1983. V. 37. p. 143-187.

489. Schleifer K.-H. and Ludwig W. Phylugenetic relationship among bacteria. // In: The hierarchy of life. Fernholm B., Bremer K., Jornwall H. (eds.). Amsterdam. Elsevier. 1989. p. 103117.

490. Schleifer K.H., Hammcs W.P. and Kandler O. Effect of endogenous and exogenous factors on the primary structures of bacterial peptidoglycan. // Adv. Microb. Physiol. 1976. V. 13. p. 245292.

491. Scholte K. and Labruyere R. E. Netted scab: a new name for an old disease in Europe. // Potato Res. 1985. V. 28. p. 443-448.

492. Schloter M., Lebuhn M., Heulin T. and Hartmann A. Ecology and evolution of bacterial microdiversity. II FEMS Microbiol. Rev. 2000. V. 24. p. 647-660.

493. Schubert K. and Fiedler F. Structural investigations on the cell surface of Eiysipelothrix rhusiopathiae. II System. Appl. Microbiol. 2001. V. 24. p. 26-30.

494. Schubert K., Ludwig W., Springer N., Kroppenstedt R.M., accolas J.P. and Fiedler F.

495. Two coryneform bacteria isolated from the surface of french Gruyere and Beaufort cheeses are new species of the genus Brachybacterium alimenlarium sp. nov. and Brachybacterium tyrofermentans sp. nov. // Int. J. Syst. Bacteriol. 1996. V. 46. p. 81-87.

496. Schumann P. and Prauser H. Minimal standarts for taxa related to Arthrobacter and Microb act erium. II In: Proceedind in the nineth International Symposium on the biology of the Actinomycetes. 1994. p. 237-241.

497. Schumann P., Kiimpfer P., Busse H.J., Evtushenko L.I. Proposed minimal standards for describing new genera and species of the suborder Micrococcineae. II Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2009. V. 59. p. 00-00.- in press.

498. Seidl P.H., Golecki J.R., Franken N. and Schleifer K.H. Immunoelectron microscopic studies on the localization of peptidoglycan peptide subunit pentapeptides in bacterial cell walls. // Arch. Microbiol. 1985. V. 142. p. 121-127.

499. Seltmann G. and Hoist O. The bacterial cell wall. II Berlin. Springer-Vcrlag. 2002. 280 P.

500. Severin A., Tabei K. and Tomasz A. The structure of cell wall peptidoglycan of Bacillus cereus RSVF1, a stain closely related to Bacillus anthracis. II Microb. Drug. Resist. 2004. V. 10. p. 77-82.

501. Shashkov A.S., Lipkind G.M., Knirel Y.A. and Kochetkov N.K. Stereochemical factors determining the effects of glycosylation on the 13C chemical shifts in carbohydrates. // Magn. Reson. Chem. 1988. V.26. p. 735-747.

502. Shashkov A.S., Kochanowski H., Kozlova Yu.I., Streshinskaya G.M., Terekhova L.P. and Galatenko O.A. Teichuronic acid of the cell wall of Actinoplanes brasiliensis II Biochim. Biophys. Acta 1994 a. V. 1201. p. 333-338.

503. Shashkov AS., Streshinskaya G.M., Gnilozub V.A., Evtushenko L.I., and Naumova I.B. Poly(arabitol phosphate) teichoic acid in the cell wall of Agromyces cerinus subsp.cer/>?zw VKM Ac-1340 // FEBS Lett. 1995. V. 371. p. 163-166.

504. Shashkov A.S., Potekhina N.V., Naumova I.B., Evtushcnko L.I., and Widmalm G. Cell wall teichoic acids of Actinomadura vir idis VKM Ac-1315T // Eur. J. Biochem. 1999. V. 262. № 3. p. 688-695.

505. Shashkov A.S., Streshinskaya G.M., Evtushenko L. and Naumova I.B. NMR-based identification of cell wall anionic polymers of Spirilliplanes yamanashiensis VKM Ac-1993T. // Carbohydr. Res. 2001. V. 336. p. 237-242.

506. Shashkov A. S., Streshinskaya G. M., Kosmachevskaya L.N., Senchenkova S. N., Evtushenko L. I. and Naumova, I.B. NMR-basedidentification of cell wall galactomaiman of Streptomycessp. VKM Ac-2125. // Carbohydr. Res. 2003. V. 338. p. 2021-2024.

507. Shibaev V.N Biosynthesis of bacterial polysaccharide chains composed of repeating units. // Adv. Carbohydr. Chem. Biochem. 1986. V. 44. p. 277-339.

508. Shibaev V.N., Duckworth M., Archibald A.R. and Baddiley J. The structure of a polymer containing galactosamine from walls of Bacillus subtilis 168. // Biochem. J. 1973. V. 135. p. 383384.

509. Shiflett M.A., Brooks D. and Yong F.E. Cell wall and morphological changes induced by temperature shift in Baciluus subtilis cell wall mutants. // J. Bacteriol. 1977. V. 132. p. 681-690.

510. Shirling E.B. and Gottlieb D. Methods for characterization of Streptomyces species. // Int. J. Syst. Bacteriol. 1966. V. 16. p. 313-340.

511. Shirling E.B. and Gottlieb D. Cooperative description of type cultures of Streptomyces. II. Species description s from first study. // Int. J. Syst. Bacteriol. 1968. V. 18. p. 69-189.

512. Shockman G.D. and Holtje J.V. Microbial peptidoglycan (murein) hydrolases // In: Bacterial Cell Wall. (J.-M. Ghuysen and R. Hakenbeck, Eds). Amsterdam: Elsevier. 1994. pp. 131-166.

513. Shungu D.L., Cornett J.B., and Shockmann G.D. Lipids and lipoteichoic acid of autolysis-defective Streptococcus faecium strains. // J. Bacteriol. 1980. V. 142. p. 349-354.

514. Slack S.A. A look at potato leafroll virus and potato virus Y: past, present and future. // Badger Common' Tater. V. 43. p. 16-21.

515. Sleytr U.B. and Beveridge T.J. Bacterial S-layers. // Trends Microbiol. 1999. V. 7. p. 253260.

516. Smith T.J., Blackman S.A. and Foster S.J. Autolysins of Bacillus subtilis: multiple enzymeswith multiple functions // Microbiology. 2000. V. 146. p. 249-62.

517. Soldo B., Lazarevic B., Pagni M. and Karamata D. Teichoic acid operon of Baciluus subtilis 168.1 I Mol. Microbiol. 1999. V. 31. p. 795-805.

518. Sonnenfeld E.M., Beveridge T.J., Koch A.L. and Doyle R.J. Asymmetric distribution of charge on the cell wall of Bacillus subtilis. II J. Bacteriol. 1985a. V. 163. p. 1167-1171.

519. Sonnenfeld E.M., Beveridge T.J. and Doyle R.J. Discontinuity of charge on cell wall poles of Bacillus subtilis. II Can. J. Microbiol. 1985b. V. 31. p. 875-877.

520. Stackebrandt E. Defining taxonomic ranks. // In: Prokaryotes. 2006. V. 1. p. 29-57.

521. Stackebrandt E. and Kandier O. Taxonomy of the genus Cellulomonas, based on phylogenetic characters and deoxyribonucleic acid-deoxyribonucleic acid homology, and proposal of seven neotype strains. // Int. J. Syst. Bacteriol. 1979. V. 29. p. 273-282.

522. Stackebrandt E. and Goebel B.M. A place for DNA-DNA reassotiation and 16S rRNA sequence analysis in the present species definition in bacteriology. // Int. J. Syst. Bacteriol. 1994. V. 44. p. 846-849.

523. Stackebrandt E. and Swings J. Bundling the forces in systematists. // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2005. V. 55. p. 993-994.

524. Stackebrandt E. and Ebers J. Taxonomic parameters revisited: tarnished gold standards. // Microbiology today. 2006. November, p. 152-155.

525. Stackebrandt E., Lewis B.J. and Woese C.R. The phylogenetic structure of the coryneform group of bacteria. // Zbl. Bakt. Abt. 1 Orig. C. 1980. V. 2. p. 137-149.

526. Stackebrandt E., Rainey F.A. and Ward-Raincy N.L. Proposal for a new hierarchic classification system, Actinibacteria classis nov. // Int. J. Syst. Bacteriol. 1997. 47. p. 479-491.

527. Stackebrandt E, Brambilla E, Richert K. Gene sequence phylogenies of the family microbacteriaceae. // Curr Microbiol. 2007. V. 55. p. 42-46

528. Steigcrwalt A.G., Fanning G.R., Fife-Ashbury M.A. and Brenner D.J. DNA relatedness among species of Enterobacter and Serratia. II Can. J. Microbiol. 1975. V. 22. p. 441-455.

529. Stoffyn J. and Jeanloz R.W. Identification of aminosugars by paper chromatography. // Arch. Biochem. Biophys. 1954. V. 52. p. 373-379.

530. Stortz C.A., Cherniak R., Jones R.G., Trebcr T.D. and Reinhardt D.J. Polysaccharides from Peptostreptococcus anaerobius and structure of the species-specific antigen. // Carbohydr Res. 1990. V. 207. p. 101-120.

531. Strominger J.L. & Ghuysen J.M. Mechanisms of enzymatic bacteriolysis. Cell walls of bacteria are solubilized by action of either specific carbohydrates or specific peptidases. // Science. 1967. V. 156. p. 213-236.

532. Suput J.M.P., Leshevalier M.P. and Leshevalier H.A. Chemical composition of variants of aerobic actinomycetes. // Appl. Microbiol. 1967. V. 15. p. 1356-1361.

533. Sutcliffe I.C. The lipoteichoic acids and lipoglycans of grampositive bacteria: a chemotaxonomic perspective. // Syst. Appl. Microbiol. 1994. V. 17. p.467-480.

534. Suzuki K., Goodfellow M. and O'Donnel A.G. Cell envelopes and classification. // In: Handbook of New Bacterial Systematics. (Goodfellow M. and O'Donnel A.G., eds.). Academic Press. London. 1994. p. 195-250.

535. Tabor C.W. and Tabor H. Polyamines in microorganisms. // Microbiol. Rev. 1985. V. 49. p. 81-99.

536. Takeuchi M. and Yokota A. Cell-wall polysaccharides in coryneform bacteria. // J. Gen. Appl. Microbiol. 1989. V. 35. p. 233-252.

537. Takeuchi T., Sawada H., Tanaka F. and Matsuda I. Phylogenetic analysis of Streptomyces spp. causing potao scab based on 16S rRNA sequences. // Int. J. Syst. Bacteriol. 1996. V. 46. № 2. p. 476-479.

538. Tamura T. and Yokota A. Transfer of Nocardioides fastidiosa Collins and Stackebrandt 1989 to the genus Aeromicrobium as Aeromicrobium fastidiosum comb. nov. // Int. J. Syst. Bacteriol. 1994. V. 44. p. 608-611.

539. Thiemann J.E., Pagani H. and Beretta G. A new genus of Actinomycetales Microlelraspora gen. nov. //J. Gen. Microbiol. 1968. V. 50. p. 295-303.

540. Thurow H., Choy Y.M., Frank N. and Niemann H. The structure of Klebsiella serotype 11 capsular polysaccharide. // Carbohydr. Res. 1975. V. 41. p. 241-255.

541. Tille D., Prauser H., Szyba K. and Mordarski. On the taxonomic position of the Nocardioides albus Prauser by DNA:DNA-hybridization. // Z. Allg. Microbiol. 1978. V. 18 p. 459-462

542. Tomasz A. The staphylococcal cell wall. // In: Fischetti V.A., Novick R.P., Ferretti J.J., Portnoy D.A., Rood J.J. (eds) Gram-positive pathogens. Washington, D.C. ASM Press. 2000. p. 351-360.

543. Tomasz A., Westphal M., Briles E.B. and Fletcher P. On the physiological functions of teichoic acids. // J. Supramol. Structure. 1975. V. 3. p. 1-16.

544. Troy F.A. Polysyalylation: from bacteria to brains. // Glycobiology. 1992. V. 2. p. 5-23.

545. Triiper H.G. and Schleifer K.-H. Procaryote characterization and classification. // In: Procaryotes. 2006. V. 1. p. 58-79.

546. Tul'skaya E.M., Shashkov A.S., Evtushenko L.I., Taran V.V. and Naumova I.B. Novel cellwall teichoic acid from Nocardiopsis albus subsp. albus as a species-specific marker // Microbiology (UK) 1995. V. 141. p. 1851-1856.

547. Tul'skaya E.M., Senchcnkova S. N., Evtushenko L. I., Shashkov A. S. and Naumova I. B.

548. A new neutral polymer from the cell wall of actinomycete Kineosporia aurantiaca VKM Ac-702T. // Carb. Res. 2005. V. 340. p. 1247-1251

549. Tul'skaya E.M., Streshinskaya G.M. Kozlova Yu.I., Shashkov, A.S. and Evtushenko L.I. Species and strain specific features of cell wall teichoic acids in Nocardiopsis. // XI Int. Congr. Cultur. Coll. Göslar. Germany. 2007. p. 272.

550. Uchida K. and Seino A. Intra- and intergeneric relationships of various actinomycete strains based on the acyl types of the muramyl residue in cell wall peptidoglyeans examined in a glycolate test. // Int. J. Syst. Bacteriol. 1997. V. 47. p. 182-190.

551. Uchida K., Kudo T., Suzuki K.I. and Nakase T. A new rapid method of glycolate test by diethyl ether extraction, which is applicable to a small amount of bacterial cells of less than one milligram. // J. Gen. Appl. Microbiol. 1999. V. 45. p. 49-56.

552. Uchikawa K., Sekikawa I. and Azuma I. Structural studies on teichoic acids cell walls of several serotypes oi Listeria monocytogenes, ii J. Biochem. (Tokyo) 1986. V. 99. p. 315-327.

553. Umeda A. The assignment of polymers in the staphylococci cell wall. // Fukuoka Acta Med. 1980. V. 71. p. 334-351.

554. Vandamme P., Pot B., Gillins M., De Vos P., Kersters K. and Swings J. Poliphasic taxonomy, a consensus approach to bacterial systematics. // Microbiol. Rev. 1996. V. 60. p. 407438.

555. Van de Peer Y. and De Wächter R. TREECON for Windows: a software package for the construction and drawing of evolutionary trees for the Microsoft Windows environment. // Comput. Appl. Biosci. 1994. V. 10. p. 569-570.

556. Vaneechoutte M. DNA fingerprinting techniques for microorganisms. A proposal for classification and nomenclature. // Mol. Biotechnol. 1996. V. 6. p. 115-142.

557. Vaneechoutte M., Boerlin P., Tichy H.V., Bannerman E., Jäger B. and Bille J.

558. Comparison of PCR-based DNA fingerprinting techniques for the identification of Listeria species and their use for atypical Listeria isolates. // Int. J. Syst. Bactcriol. 1998. V. 48. p. 127139.

559. Vaneechoutte M, Vauterin L, van Harsselaar B, Dijkshoorn L. and De Vos P.

560. Considerations in evaluation of the applicability of DNA fingerprinting techniques for species differentiation. 111. Clin. Microbiol. 1999. V. 37. p. 3428-3429.

561. Vann W.F., Liu T.Y. and Robbins J.B. Bacillus pumilus polysaccharide cross-reactive with meningococcal group A polysaccharide. // Infect. Immun. 1976. V. 13. p. 1654-62.

562. Varbanets L.D., Shashkov A.S. and Kocharova N.A. Phosphorus-containing glucopolymers of Clavibacter michiganense cell walls. // Carbohydr. Res. 1990. V. 204. p. 157-160.

563. Vargha M., Takats Z., Konopka A. and Nakatsu C. H. Optimization of MALDI-TOF MS for strain level differentiation of Arthrobacter isolates. // J. Microbiol. Methods. 2006. V. 66. p. 399-409.

564. Veerkamp J.H., Hoelen G.J.M. and Op Den Camp. The structure of a mannitol teichoic acid from Bifidobavterium bifidum spp. Pennsylvanicum. II Biochim. Biophys. Acta. 1983. V. 755. p. 439-451.

565. Ventura M., Canchaya C., Tauch A., Chandra G., Fitzgerald G.F., Chater K.F. and Van Sinderen D. Genomics of Actinobacteria: tracing the evolutionary history of an ancient phylum. // Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2007. V. 71. p. 495-548.

566. Vinogradov E.V., Holst O., Thomas-Oates J.E., Broady K.W. and Brade H. The structure of the O-antigenic polysaccharide from lipopolysaccharide of Vibrio cholerae strain Hll (non-Ol). // Eur J Biochem. 1992. V. 210. p. 491-498.

567. Vinogradov E.V., Paramonov N.A., Knirel Y.A., Shashkov A.S. and Kochetkov NK.

568. Structural study of a new sialic acid-containing O-specific polysaccharide of Salmonella arizonae 021; formation of anhydro derivatives of neuraminic acid upon treatment with anhydrous hydrogen fluoride. // Carbohydr Res. 1993. V. 242. p. CI 1-14.

569. Virudachalam R. and Rao V.S.R. Theoretical studies on peptidoglycans. II. Conformation of the disaccharide-peptide subunit and the three-dimentional structure of peptidoglycan. // Biopolymers. 1979. V. 18. p. 571-589.

570. Volmer W. and Holtije J.V. The architecture of the murein (peptidoglycan) in gram-negative bacteria: vertical scaffold or horizontal layer(s)? // J. Bacterid. 2004. V. 186. p. 5978-5987.

571. Vos P., Hogers R., Bleeker M., Reijans M., Van de Lee T., Homes M., Frijters A., Pot J., Pelentan J. and Kuiper M. AFLP: a new technique for DNA fingerprinting. // Nucleic. Acids. Res. 1995. V.23. p. 4407-4414.

572. Wagner M., Wagner B. and Rye M. An electro microscopic study of the location of peptidoglycan in group A and C streptococcal cell walls. // J. Gen. Microbiol. 1978. V. 108. p. 283-294.

573. Waksman S.A. Strain specificity and production of antibiotic substances. X. Characterization and classification of species within the Streptomyces griseus group. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1959. V. 45. p. 1043-1047.

574. Waksman S.A. The Actinomycetes. Classification, identification and descriptions of genera and species. // Williams and Wilkins Co. 1961. V. 2. p. 58-60.

575. Waksman S.A. and Henrici A.T. The nomenclature and classification of the actinomycetes. // J. Bacteriol. 1943. V. 46. p. 337-341.

576. Wallis T.S. and Galyov E.E. Molecular basis of Salmonella-induced enteritis. // Mol. Microbiol. 2000. V. 36. p. 997-1005.

577. Ward J. B. Teichoic and teichuronic acids: biosynthesis, assembly, and location. // Microbiol. Rev. 1981. V. 45. p. 211-243.

578. Ward D.M., Weller D. and Bateson M.M. 16S rRNA sequences reveal uncultured inhabitants af a well-studied thermal community. // FEMS Microbiol. Rev. 1990. V. 75. p. 105116.

579. Ward D.M., Ferris M.J., Nold S.C. and Bateson M.M. A natural view of microbial biodiversity within hot spring cyanobacterial mat communities. // Microbiol. Mol. Biol. Rev. 1998. V. 62. p. 1353-1370.

580. Watve M.G., Tickoo R., Jog M.M. and Bhole B.D. How many antibiotics are produced by the genus Streptomyces? // Arch. Microbiol. 2001. V. 176. p. 386-390.

581. Weckesser J., Drews G. and Mayer H. Lipopolysaccharides of photosynthetic prokaryotes. // Ann. Rev. Microbiol. 1979. V. 33. p. 215-239.

582. Weidel W. and Plezer H. Bagshaped macromolecules a new outlook on bacterial cell walls. // Adv. Enzymol. Relat. Areas Mol. Biol. 1964. V. 26. p. 193-232.

583. Weidenmaier C. and Peschel A. Teichoic acids and related cell-wall glycopolymers in Grampositive physiology and host interactions. //Nat. Rev. Microbiol. 2008. V. 6. p. 276-287.

584. Weil-Malherbe H. and Green R.H. The catalytic effect of molibdate on the hydrolysis of organic phosphate. // Biochem. J. 1951. V. 49. p. 289-292.

585. Welsh J. and McClelland M. Fingerprinting genomes using PCR with arbitrary primers. // Nucleic Acids Res. 1990. V. 18. p. 7213-7218.

586. Wenner T., Virginie R., Decaris B. and Leblond P. Intragenomic and intraspecific polymorphism of the 16S-23S rDNA internally transcribed sequences of Streptomyces ambofaciens. II Microbiol. 2002. V. 148. p. 633-42.

587. Wicken A.J. and Knox K.W. Lipoteichoic acids: a new class of bacterial antigen. // Science. 1975. V. 187. p. 1161-1167.

588. Wicken A.J. and Knox K.W. Bacterial cell walls amphiphiles. // Biochim. Biophys. Acta. 1980. V. 604. p. 1-26.

589. Williams S.T., Goodfellow M., Alderson G., Wellington F.M.H., Sneath P.H.A. and Sackin M.J. Numerical classification of Streptomyces and related genera. // J Gen Microbiol. 1983. V. 129. p. 1743-1813.

590. Williams J.G., Kubelik A.R., Livak K.J., Rafalski J.A. and Tingey SV. DNApolymorphisms amplified by arbitrary primers are useful as genetic markers. // Nucleic Acids Res. 1990. V. 18. p. 6531-6535.

591. Williamson N., Brian P. and Wellington E.M. Molecular detection of bacterial and streptomycete chitinases in the environment // Antonie Van Leeuwehock. 2000. V. 78. p. 315321.

592. Woese C.R. Bacterial evolution. II Microbiol. Rev. 1987. V. 51. p. 221-271.

593. Woese C.R. Interpreting the universal phylogenetic tree. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2000. V. 97. p. 8392-8396.

594. Woese C.R. A new biology for a new century. // Microbial. Molecular. Biology Revs. 2004. V. 68. p. 173-186.

595. Work E. Biochemistry of the bacterial cell wall. //Nature. 1957. V. 179. p. 841-847.

596. Work E. The distribution of diamino acids in cell walls and its significance in bacterial taxonomy. // Int. J. Syst. Bacteriol. 1970. V. 20. p. 425-433.

597. Wright J. and Heckels J.E. The teichuronic acid of cell walls of Bacillus subtilis W23 grown in a chemostat under phosphate limitation. // Biochem. J. 1975. V. 147. p. 187-189.

598. Yadav J.S., Labischinski H., Barnikcl G. and Bradaczek H. Quantum chemical studies on the conformational structure of bacterial peptidoglycan. I. MNDO calculations on the glycan moiety. //J. Theor. Biol. 1981. V. 88. p. 441-457.

599. Yamada K. and Komagata K. Taxonomic studies on coryneform bacteria. IV. Morphological, cultural, biochemical and physiological characteristics. // J. Gen. Appl. Microbiol. 1972. V. 18. p. 399-416.

600. Yamada M., Hirose A. and Matsuhashi M. Association of lack of cell wall teichuronic acid with formation of cell packets of Micrococcus lysodeicticus (luteus) mutants. // J. Bacteriol. 1975. V. 123. p. 678-686.

601. Yamaguchi T. Comparison of the cell-wall composition of morphologically distinct actinomycetes. // J. Bacteriol. 1965. V. 89. p. 444-453.1

602. Yamaoka N., Usui T., Sugiyama H. and Sato S. C NMR spectra of some aminosugars and sugar-antibiotics, neomycin and kanamycin. // Chem. Pharm. Bull.(Tokyo) 1974. V. 22. p. 21962200.

603. Yao X., Jericho M., Pink D. and Beveridge T. Thickness and elasticity of gram-negative murein sacculi measured by atomic force microscopy. // J. Bacteriol. 1999. V.181. p. 6865-6875.

604. Yassin A.F., Galinski E.A, Wohlfarth A., Jahnke K.-D., Schaal K.P. and Truper H.G. Anew actinomycetes species, Nocardiopsis lucentensis sp. nov. // Int. J. Syst. Bacteriol. 1993. V. 43. p. 266-271.

605. Yokoyama K., La Mar G.N., Araki Y. and Ito E. Structure and functions of linlage unit intermediates in biosynthesis of ribitol teichoic acids in Staphylococcus aureus H and Bacillus subtilis W-23.// Eur. J. Biochem. 1986. V. 161. p. 479-489.

606. Yokoyama K., Araki Y. and Ito E. Biosynthesis of poly(galactosylglycerol phosphate) in Bacillus coagulans. II Eur. J. Biochem. 1987. V. 163. p. 47-53.

607. Yoneyama T., Koike Y., Arakawa H., Yokoyama K., Sasaki Y., Kawamura T., Araki Y.,ItoE. and Takao S. Distribution of mannosamine and mannosaminuronic acid among cell walls of Bacillus species. //J. Bactcriol. 1982. V. 149. p. 15-21.

608. Yoneyama T., Araki Y. and Ito E. The primary structure of teichuronic acid in Bacillus subtilis AHU 1031. // Eur. J. Biochem. 1984. V. 141. p. 83-89.

609. Yoon J.-H., Lee S. T. and Park Y.-H. Inter- and intra-specific phylogenetic analysis of genus Nocardioides and related taxa based on 16S rDNA sequences. // Int J Syst Bacteriol. 1998. V. 48. p. 187-194.

610. Yoshida M. and Kobayashi K. Taxonomic characterization of the actinomycete causing root tumor of melon. // Ann. Phytopathol. Soc. Jpn. 1991. V. 57. p. 540-548.

611. Yothcr J., Leopold R., White J. and Fischer W. Generation and properties of a Streptococcus pneumoniae mutant which does not require choline or analogs for growth // J. Bacteriol. 1998. V. 180. p. 2093-2101.

612. Young F.E. Requirement of glucosylated teichoic acid for adsorption of phage in Baciluus subtilis 168. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1967. V. 58. p. 2377-2384.

613. Young J.M., Saddler G.S., Takikawa Y., De Boer S.H., Vauterin L., Gardan L.,

614. Gvozdyak R.I., and Stead D.E. International society for plant pathology, names of plantpathogenic bacteria, 1864-1995. // http://www.isppweb.org/namesbacterial rath.asp 1995.

615. Zhang Z., Wang Y. and Ruan J. A proposal to revive the genus Kilasatospora. Int. J. Syst. Bacteriol. 1997. V.47. p. 1048-1054.

616. Zhang Z.S., Wang Y. and Ruan J.S. Reclassification of Thermomonospora and Microtetraspora. //Int. J. Syst. Baeteriol. 1998. V. 48. p. 411-422.

Информация о работе

Тульская, Елена Михайловна
доктора биологических наук
Москва, 2009
ВАК 03.00.07

Диссертация

Тейхоевые кислоты и гликополимеры актиномицетов: разнообразие структур, таксономические и экологические аспекты - тема диссертации по биологии, скачайте бесплатно

Автореферат

Похожие работы