Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему

Свойства новых сайт-специфических эндонуклеаз Bme 2161 из Bacillus megaterium 216, BbvII из Bacillus brevis 80 и RshII из Rhodopseudomonas sphaeroides 2.4.1

ВАК РФ 03.00.04, Биохимия

Содержание диссертации, кандидата биологических наук, Пачкунов, Дмитрий Михайлович

1. ВВЕДЕНИЕ.

2. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

2.1. Введение.

2.2. Классификация ферментов рестрикции-модификации

2.3. Ферменты рестрикции-модификации I типа.

2.4. Ферменты рестрикции-модификации III типа.

2.5. Сайт-специфические эндонуклеазы II типа.

2.5.1. Свойства сайт-специфических эндонуклеаз

II типа.

2.5.2. Очистка сайт-специфических эндонуклеаз

II типа.

2.5.3. Тестирование сайт-специфических эндонуклеаз.

2.6. Сайт-специфические метилазы.

3. ЭКСПЕРШЖНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ

3.1. Материалы.

3.2. Методы.

3.2.1. Получение биомассы

3.2.2. Получение ДНК плазмиды pBR

3.2.2.1. Очистка ДНК на оксиапатите

3.2.2.2. Очистка ДНК в градиенте хлористого цезия.

3.2.2.3. Очистка ДНК от примесей РНК.

3.2.3. Электрофорез

3.2.4. Электрофорез при определении точек разрыва

ДНК сайт-специфическигж эндонуклеазами

3.2.5. Определение ферментативной активности выделенных сайт-специфических эндонуклеаз

3.2.6. Определение активности метилаз.

3.2.7. Очистка сайт-специфической эндонуклеазы

Вше 2161.

3.2.8. Очистка сайт-специфической метилазы

Вше 2161.

3.2.9. Определение основания ДНК, метилируемого метилазой Вше 2161.

3.2.10. Очистка сайт-специфической эндонуклеазы

Bbvll.

3.2.11. Очистка метилазы Bbvi

3.2.12. Очистка метилазы Bbvll

3.2.13. Определение оснований, метилируемых в ДНК метилазами Bbvi и Bbvll

3.2.14. Определение молекулярных масс эндонуклеаз Вше 216i и Bbvll при помощи гель-фильтрации

3.2.15. Определение молекулярных масс эндонуклеаз

Bme 2161 и Bbvll в денатурирующих условиях.

3.2.16. Определение точки разрыва ДНК сайт-специфической эндонуклеазой Bbvll

3.2.16.1. Получение линейной формы ДНК pBR-322.

3.2.16.2. Введение радиоактивной метки в

З'-ОН концы ДНК.

3.2.16.3. Введение радиоактивной метки в

5'-концы ДНК.

3.2.16.4. Препаративное выделение ^2р-меченных фрагментов ДНК.

3.2.16.5. Химическое расщепление фрагментов

3.2.16.6. Определение концевых нуклеотидов у фрагментов ДНК, полученных при гидролизе ДНК pBR-322 эндонуклеазой Bbvil

3.2.17. Определение точки разрыва ДНК эндонуклеазой вше 2161.

3.2.18. Определение концевого нуклеотида, полученного при гидролизе ДНК эндонуклеазой

Вше 2161.

3.2.19. Определение изменения специфичности расщепления ДНК эндонуклеазой Вше 2161.

3.2.20. Очистка эндонуклеазы Rshii.

4. РЕЗУЛЬТАТЫ ИССВДОВАНШ

4.1. Получение и свойства эндонуклеазы Вше 2161.

4.1.1. Получение гомогенного препарата эндонуклеазы Вше 2161.

4.1.2. Определение молекулярной массы эндонуклеазы

Вше 2161.

4.1.3. Условия эндонуклеазной реакции.

4.1.4. Определение последовательности нуклеотидов ДНК, узнаваемой эндонуклеазой Вше

4.1.5. Определение точки разрыва ДНК эндонуклеазой Вте 2161 в составе узнаваемой последовательности

4.1.6. Определение примесей неспецифических нуклеаз в препарате эндонуклеазы Вше 2161.

4.2. Получение и свойства метилазы Вше 2161.

4.2.1. Очистка метилазы Bme 2161.

4.2.2. Определение основания ДНК, метилируемого метилазой Вте 2161.

4.3. Получение и свойства сайт-специфической эндонуклеазы Bbvii.

4.3.1. Очистка эндонуклеазы Bbvii.

4.3.2. Определение субстратной специфичности эндо-нуклеазы Bbvii

4.3.3. Определение точек разрыва ДНК эндонуклеазой Bbvii.

4.3.4. Определение концевых нуклеотидов, образующихся в результате гидролиза ДНК pBR-322 эндо-нуклеазой Bbvii.

4.4. Получение и свойства метилазы Bbvii.

4.4.1. Очистка метилазы Bbvii.

4.4.2. Определение основания ДНК, метилируемого метилазой Bbvii.

4.5. Выделение и свойства метилазы Bbvi.

4.5.1. Очистка метилазы Bbvi.

4.5.2. Определение природы метилированного основания ДНК метилазой Bbvi.

4.6. Получение и свойства сайт-специфической эндонуклеазы Rsh.ii.

4.6.1. Получение препарата сайт-специфической эндонуклеазы Rshii.

4.6.2. Определение участка узнавания ДНК эндонуклеа-зой Rshli.

5. ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ

5.1. Выделение и свойства сайт-специфических эндонуклеазы и ДНК-метилазы Вше 2161.

5.2. Выделение, свойства и возможности использования эндонуклеазы Bbvii

5.3. Получение и свойства сайт-специфической эндонуглеазы

Rshll.

6. ВЫВОДЫ.III

Введение Диссертация по биологии, на тему "Свойства новых сайт-специфических эндонуклеаз Bme 2161 из Bacillus megaterium 216, BbvII из Bacillus brevis 80 и RshII из Rhodopseudomonas sphaeroides 2.4.1"

Сайт-специфические эндонуклеазы являются ферментами, "узнающими" на молекуле ДНК специфические последовательности нуклеоти-дов и расщепляющие ДНК на фрагменты, если узнаваемые последовательности нуклеотидов, за одним исключением, не несут метильной группы на определенном основании.

Первые сайт-специфические эндонуклеазы были выделены из штаммов , в которых наблюдали явление модификации и рестрикции бактериофагов /I/. Явление ограничения роста фагов различными штаммами бактерий было обнаружено в начале 50-х годов Луриа и его сотрудниками /2/. Отмечалось, что после посева фага на одном штамме бактерии-хозяина эффективность заражения другого штамма резко падала. Это явление получило название рестрикции бактериофага. С максимальной эффективностью фаг размножается на том штамме, на котором он был выращен в последний раз. Другими словами, фаговые частицы могут успешно заражать хозяйские клетки только того типа, в которых образовалась их ДНК, то есть цри росте на данном штамме фаг получил модификацию, которая определяет способность фага эффективно размножаться на данном штамме. Если ДНК фага "чужеродна" для клетки-хозяина, то продуктивная инфекция не возникает. Неспособность "чужеродного" фага продуктивно заражать клетку-хозяина обусловлена действием специфической эндонуклеазы, расщепляющей чужеродную ДНК. Таким образом, явление рестрикции и модификации определяется клеткой-хозяином фага /3/. Позднее Арбер и Дуссуа /4/ предположили, что в основе этого явления находится рестрикция и модификация двумя отдельными ферментами.

Исследования рестрикции и модификации фага несколькими штаммами E.coli показали, что за эти процессы ответственны два фермента - эндонуклеаза и метилаза /5/. Процесс модификации состоит в метилировании оснований в небольшом числе весьма специфичных участков ДНК, которые одновременно являются местами расщепления ферментом рестрикции. Метилаза тем самым делает ДНК устойчивой к действию данной эндонуклеазы. Изучение биохимии этих систем началось в 1968 году, когда были выделены первые эндонуклеазы рестрикции Мезельсоном и Жуаеном, а также Линном и Арбером из E.coli /1,6/. Пары эндонуклеаза-метилаза, узнающие одну и ту же последовательность нуклеотидов, были названы R-м-системами.

Благодаря своей способности узнавать строго определенные последовательности нуклеотидов, ферменты рестрикции-модификации нашли широкое применение при анализе первичной структуры ДНК, создании рекомбинантных молекул ДНК in vitro, картировании генов. Эти ферменты становятся объектом исследований в решении одной из фундаментальных проблем современной молекулярной биологии - механизмов белок-нуклеинового взаимодействия.

В настоящее время известно большое число таких ферментов и тем не менее интенсивный поиск новых ферментов этого класса продолжается, так как выделение фермента, узнающего новую последовательность нуклеотидов, расширяет возможность в работе по получению интересующих генов и изучении первичной структуры ДНК. Кроме того, среди новых штаммов бактерий обнаруживаются более активные продуценты эндонуклеаз рестрикции с уже известной специфичностью. Рост найденных новых сайт-специфических эндонуклеаз по годам отражен в таблице I.

Большое разнообразие ферментов рестрикции, а также наличие у одного продуцента нескольких эндонуклеаз, относящихся к различным системам рестрикции-модификации (R-м-системам), наряду с разнообразием организмов, из которых уже были выделены ферменты, привело к необходимости создания определенных общих правил для

Таблица I

Изучение открытия новых сайт-специфических эндонуклеаз

Год

1976 1978

1980

1981

1982

1983

Число штаммов, в которых найдены ССЭ»

66 135 159 192 264 291

Число найденных ССЭ

92 176 212 258 355 402

Количество изве- Литестных последова- ратура тельностей нук-леотидов, узнаваемых ССЭ

25 7

45 8

66 9

69 10

82 II

91 12

35 ССЭ - сайт-специфическая эндонуклеаза. наименования каждого нового фермента. Поэтому Смит и Натане /13/ предложили использовать трехбуквенное сокращенное обозначение рода и вида микроорганизма-продуцента в кратком обозначении r-m-cii-стем и соответствующих ферментов. При этом первая заглавная буква определяется родовым названием микроорганизма, а последующие две прописные буквы являются первыми двумя буквами видового названия. Например: E.coli - Есо или B.sphaericus - Bsp. В тех случаях, когда R-м-система генетически контролируется вирусом или плазмидой, после обозначения хозяина следует краткое обозначение внехромосом-ного элемента, например EcoPi, EcoRi.

При наличии нескольких систем у одного и того же продуцента последние обозначаются римскими цифрами. Так, R-м-система из н, influenzae штамма d обозначены Hindi, Hindu, Hindlll.

Все ферменты рестрикции должны иметь общее название эндонуклеазы r с последующим наименованием системы, например эндонуклеаза RBglll.

В литературе последнее время получило широкое распространение сокращенное обозначение эндонуклеаз и метилаз лишь по краткому обозначению, рекомендованному для их систем, то есть эндонуклеаза REcoRi часто обозначается просто как EcoRi. Такие краткие обозначения будут приведены в основном в дальнейшем изложении.

Заключение Диссертация по теме "Биохимия", Пачкунов, Дмитрий Михайлович

6. вывода.

1. В клетках в.megaterium 216 показано наличие сайт-специфических эндонуклеазы и метилазы вте 2161.

2. Разработан метод получения гомогенного препарата эндонуклеазы вте 2161.

3. Изучены некоторые сЕОйстЕа эндонуклеазы Вгае 2161: определена молекулярная масса, число субъединиц в иатиЕНОм состоянии, оптимальные условия эндонуклеазной реакции, условия, при которых фермент изменяет сеою специфичность. Определена последовательность узнавания вте 2161 и место разрыва ДНК в последовательности узнавания: 5 - gg/ачсс- з'

3' ( / R'

СС Т GG h

4. Сайт-спещфическая метилаза вте 2161 выделена в виде препарата, свободного от неспецифических нуклеаз. Показана устойчивость ДНК к эндонуклеазе Bme 2161 после обработки ДНК этой метилазой. Определено, что основанием ДНК, метилируемым метилазой вте 2161, является цитозин.

5. Из еновь Еыделенного микроорганизма в.brevis 80 получена новая сайт-специфическая эндонуклеаза Bbv II и сайт-специфические метилазы Bbv I и Bbv II.

6. Определена последовательность нуклеотидов, узнаваемая эндонуклеазой Bbv II. Показано, что фермент узнает несимметричный сайт я производит разрыв ДНК на расстоянии шести нуклеотидов в сторону 5-конца и дЕух нуклеотидов в сторону 3-конца ДНК от последовательности узнавания, т.е.:

5' - gaagac-no - 3' 3' - cttctg-ug - 5'

Изучены некоторые сЕойстЕа этого фермента: определена молекулярная масса, оптимальные-условия эндонуклеазной реакции. Проведены эксперименты, подтверждающие восстановление биологической активности молекул ДНК после гидролиза ее эндонуклеазой Bbv II и после,дующего сшивания фрагментов ДНК-лигазой.

7. Определены основания ДНК, метилируемые метилазами Bbv I и Bbv II. Показана устойчивость ДНК к действию эндонуклеазы Bbv I после обработки ДНК метилазой Bbv I и к эндонуклеазе

Bbv II после обработки ДНК метилазой Bbv II. Показано, что продуктом метилирования после действия метилазы Bbv I на ДНК является 5-метилцитозин, а после действия метилазы Bbv II -IJ^ -аденин.

8. Из биомассы Rh.sphaeroides 2.4.1. выделена Еторая сайт-специфическая эндонуклеаза Rsh II. Определена последовательность нуклеотидов ДНК, узнаваемая эндонуклеазой Rsh II: 5'- cc(^)GG -3" где центральная пара может быть в любой ориентации.

Библиография Диссертация по биологии, кандидата биологических наук, Пачкунов, Дмитрий Михайлович, Оболенск

1. Meselson М., Yuan R. Restriction enzyme from E.coli. - Nature, 1968, v.217, p.1110-1114.

2. Luria S.E., Human M.L. A nonhereditary, host induced variation of bacterial viruses. J. Bacteriol., 1952, v.64, p.557-569»

3. Bertani G., Weigle J.J. Host controlled variation in bacterial viruses. J. Bacteriol., 1953, v.65, p.113-120.

4. Arber W., Dussoix D. Host specificity of DNA produced by Escherichia coli. J. Mol. Biol., 1962, v.5, p.18-24.

5. Dussoix D., Arber W. Host specificity of DNA produced by E.coli. II. Control over acceptance of DNA from infecting phage lambda. J. Mol. Biol., 1962, v.5, p.37-43.

6. Linn S., Arber W. Host specificity of DNA produced by E.coli X. In vitro restriction of phage fd replicative form. Proc. Nat. Acad. Sci. USA, 1968, v.59, p.1300-1306.

7. Roberts R.J. Restriction endonucleases. CRC. Crit. Rev. Bio-chem., 1976, v.4, p.123-164.

8. Roberts R.J. Restriction and modification enzymes and their recognition sequences. Gene, 1978, v.4, p.183-193.

9. Roberts R.J. Restriction and modification enzymes and their recognition sequences. Nucl. Acids Res., 1980, v.8, p.63-80.

10. Roberts R.J. Restriction and modification enzymes and their recognition sequences. Nucl. Acids Res., 1981, v.9, p.75-96.

11. Roberts R.J. Restriction and modification enzymes and their recognition sequences. Nucl. Acids Res., 1982, v.10, p.117-143.

12. Roberts R.J. Restriction and modification enzymes and their recognition sequences. Nucl. Acids Res., 1983, v.11, p.135-167.

13. Smith H.O., Nathans D. Suggested nomenclature for bacterial hosh modification and restriction systems and their enzymes. J. Mol. Biol., 1973, v.81, p.419-423.

14. Boyer H.W. DNA restriction and modification mechanisms in bacteria. Ann. Rev. Microbiol., 1971, v.25, p.153-176.

15. Boyer H.W. Restriction and modification of DNA: enzymes and substrates. Fed. Proc., 1974, v.33, p.1125-1127.

16. Roulland-Dussoix D., Boyer H.W. Escherichia coli В restriction endonuclease. Biochim. Biophys. Acta, 1969, v. 195, p.219-225.

17. Lautenberger J.A., Linn S. The deoxyribonucleic acid modification and restriction enzymes of Escherichia coli B. J. Biol. Chem., 1972, v.247, p.6176-6182.

18. Haberman A., Heywood J., Meselson M. DNA modification methylene activity of E.coli restriction endonucleases К and P. -Proc. Nat. Acad. Sci. USA, 1972, v.69, p.3138-3142.

19. Gromkova R., Goodgal S.H. Biological properties of H. influenzae restriction enzyme, Hindi. J. Bacterid., 1976, v.127, p.848-854.

20. Marinus M.G., Morris N.R. Isolation of deoxyribonucleic acid methylase mutants of Escherichia coli.K-12. J. Bacterid., 1973, v.114, p.1143-1150.

21. Eskin В., Linn S. The deoxyribonucleic acid modification and restriction enzymes of E.coli B. J. Biol. Chem., 1972, v.247, p.6183-6191.

22. Kan N.C., Lautenberger J.A., Edgell M.H., Hutchison C.A. The nucleotide sequence recognized by the Escgerichia coli K-12 restriction and modification enzymes. J. Mol. Biol., 1979, v.130, p.191-209.

23. Ravetch J.V., Horiuchi K., Zinder N.D. Nucleotide sequence of the recognition site for the restriction-modification enzymeof Escherichia coli B. Proc. Nat, Acad. Sci. USA, 1978, v.75, p. 2226-2270.

24. Lautenberger J.A., Kan N.C., Lackey D., Linn S., Edgell M.H., Hutchison C.A. Recognition site of Escherichia coli В restriction enzyme on XgB1 and simian virus 40 DNAg: an interrupted sequence. Proc. Nat. Acad. Sci. USA, 1978, v.75, p.2271-2275.

25. Endlich В., Linn S. Type I restriction enzymes. The Enzymes, 1981, v.14» p.137-156. Academic Press.

26. Rosamund J., Endlich В., Linn S. Electron microscopic studies of the mechanism of action of the restriction endonuclease of E.coii B. J. Mol. Biol., 1979, v.129, p.619-635.

27. Haberman A. The bacteriophage P1 restriction endonuclease. -J. Mol. Biol., 1974, v.89, p.545-563.

28. Reiser J., Yuan R. Purification and properties of P15 specific restriction endonuclease from E.coii. J. Biol. Chem., 1977, v.252, p.451-456.

29. Kauc L., Piekarowicz A. Purification and properties of a new restriction endonuclease from Haemophilus influenzae Rf. -Eur. J. Biochem., 1978, v.92, p.417-426.

30. Bachi В., Reiser J., Pirrota V. Methylation and cleavage sequences of the EcoPl restriction-modification enzyme. J. Mol. Biol., 1979, v.128, p.143-163.

31. Yuan R., Reiser J. Steps in the reaction mechanism of the Escherichia coli plasmid Pl5-specific restriction endonuclease. J. Mol. Biol., 1978, v.122, p.433-445.

32. Bickle T.A., Brack C., Yuan R. ATP-induced conformational changes in the restriction endonuclease from Escherichia coli K-12. Proc. Nat. Acad. Sci. USA, 1978, v.75, p.3099-3103.

33. Brack С., Eberle H., Bickle Т.Н., Yuan R. Mapping of recognition sites for the restriction endonuclease from E.coli K-12 on bacteriophage PM2 DNA. J. Mol. Biol., 1976, v.108, p. 583593.

34. Yuan R., Buhler R. Characterization of a restriction enzyme from E.coli К carrying a mutation in the modification subunit. J. Biol. Chem., 1978, v.253, p.6756-6760.

35. Risser R., Hopkins N., Davis R. Action of E.coli P1 restriction endonuclease on simian virus 40 DNA. J. Mol. Biol., 1974, v.89, p.517-544.

36. Hattman S., Brooks J., Masurekar M. Sequence specificity of the P1 modification methylase (M.EcoP-1) and DNA methylase (M.Ecodam) controlled by the Escherichia coli dam gene. J. Mol. Biol., 1978, v.126, p.367-380.

37. Hadi S.M., Bachi В., Shepherd J.C.W., Yuan R., Ineichen K., Bickle T.A. DNA recognition and cleavage by the EcoP15 restriction endonuclease. J. Mol. Biol., 1979, v.134, p.655-666.

38. Smith H.O., Wolcox K.W. A restriction enzyme from Haemophilus influenzae I. Purification and general properties. J. Mol. Biol., 1970, v.51, p.379-391.

39. Kelley T.J., Smith H.O. A restriction enzyme from Haemophilus influenzae II. Base sequence of the recognition site. J. Mol. Biol., 1970, v.51, P.393-409.

40. Clanton D.J., Riggsby W.S., Miller R.W. NgoII, a restriction endonuclease from Neisseria gonorrhoeae. J. Bacteriol., 1979, v.137, p.1299-1307.

41. Johansen W., Shiiffe H., Mayer Т., Mayer H. Quaternary structure of the isolated restriction endonuclease endo R.Bgll from B.globigii as revealed by electron microscopy. J. Mol. Biol., 1979, v.134, p.707-726.

42. Alves J.'et al. Two identical subunits of the EcoRI restriction endonuclease со operate in the binding and cleavage of the palindromic substrate. Eur. J. Biochem., 1982, v.124, p.139-142.

43. Mayer H., Shutte H. Physical and catalytic properties of Sal Gl-endonuclease. Hoppe-Seylers Zeitschrift Physiol. Chem., 1978, v.359, p.1119

44. Modrich P., Zabel D. EcoRI endonuclease. Physical and catalytic properties of the homogenous enzyme. J. Biol. Chem., 1976, v.251, p.5866-5874.

45. Lee У.Н., Chirikjian J.G. Sequence-cpecific endonuclease Bgll. Modification of lysine and arginine residues of the homogeneous enzyme. J. Biol. Chem., 1979, v.254, p.6838-6841.

46. Baksi K., Rushizky G.W. Purification of the restriction endonuclease Pall. Anal. Biochem., 1979, v.99, p.207-212.

47. Konz C., Kiss A., Venetianer P. Biochemical characterization of the R-M system of Bacillus sphaericus. Eur. J. Biochem.,1978, v.89, p.523-529.

48. Smith L.A., Chirikjian J.G. Purification and characterization of the sequence-specific endonuclease BamHi. J. Biol. Chem.,1979, v.254, p.IOO3-IOO6.

49. Пятрушите М.П., Янулайтис А.А. Выделение гомогенной рестрик-тазы Bcni из Bacillus centrosporus и некоторые ее свойства. -Тезисы докл. 1У Всесоюз. конф. по методам получения и анализа биохимических препаратов, Рига, 1982, часть I, с.98-99.

50. Грачев С.А., Мамаев С.В., Гуревич А.И., Игошин А.В., Колосов М.Н., Слюсаренко А.Г. Рестрикционная эндонуклеаза Tagxi из Thermus aquaticus. Биоорган. ХИМИЯ, 1981, Т.7, с.628-630.

51. Shinomiya Т., Sato S. A site specific endonuclease from Thermus thermophilus 111, Tht111. Nucl. Acids Res., 1980, v.8,p.43-57.

52. Кузьмин Н.П., Л0сева С.П., Беляева Р.Х., Кравец А.Н., Солонин А.С., Таняшин В.И., Баев А.А. Рестриктаза EcoRV: физические и каталитические свойства гомогенного фермента. Мол. биол., 1984, т.18, с.197-204.

53. Woodbury C.D. et al. ША site recognition and reduced specifi-ty of EcoRi endonuclease. J. Biol. Chem., 1980, v.255,p.11534-11546.

54. Mayer H. Optimization of the EcoRI*-activity of EcoRi endonuclease. FEBS Lett., 1978, v.90, p.341-344.

55. Hsu M., Berg P. Altering the specificity of restriction endo2+ 2+nuclease. Effect of replacing Mg with Mn . Biochemistry, 1978, v.17, p.131-138.

56. Malyguine E., Vannier P., Yot P. Alteration of the specificity of restriction endonuclease in the presence of organic Solvents. Gene, 1980, v.8, p.163-177.

57. Clarke C.M., Hartley B.S. Purification properties and specificity of the restriction endonuclease from Bacillus stearo-thermophilus. Biochem. J., 1979, v.197, p.49-62.

58. Makula Ronald A., Meagher Richard B. A new restriction endonuclease from the anaerobic bacterium Desulfovibrio desulfu-ricans, Norway. NaR, 1980, v.8, N 14, p.3125-3131.

59. George J., Blakesley R.W., Chirikjian J.G. Sequence-specific endonuclease BamHI. Effect of hydrophobic reagents on sequence recognition and catalysis. J. Biol. Chem., 1980, v.255, p.6521-6524.

60. Halford S.E., Jonson N.P., Grinsted J. The reaction of the EcoRi ans other restriction endonucleases. Biochem. J., 1979, v.179, p.353-365.

61. Nathans D.S., Smith H.O. Restriction endonucleases in the analysis and restricturing of DNA molecules. Ann. Rev. Biochem^ 1975, v.42, p.273-292.

62. Крамаров B.M., Мазанов A.JI., Пачкунов Д.М., Смолянинов В.В., Матвиенко Н.И. Вторая сайт-специфическая эндонуклеаза из Rho-dopseudomonas sphaeroides. Биоорган. ХИМИЯ, 1984, Т. 10,1. С.46-49.

63. Pirrota V. Two restriction endonucleases from Bacillus globi-gii. Nucl. Acids Res., 1976, v.3, p.1747-1760.

64. Бунина З.Ф., Крамаров B.M., Мазанов А.Л., Пачкунов Д.М., Смолянинов В.В., Матвиенко Н.И. Bbvii новая сайт-специфическая эндонуклеаза из Bacillus brevis 80. - Биоорган, химия, 1983, т.9, с.1578-1580.

65. Орехов А.В., Ребентиш Б.А., Дебабов В.Г. Новая сайт-специфическая ЭНДОНуклеаза ИЗ Streptomyces Sgrll. - Докл. АН СССР, 1982, т.263, с.217-220.

66. Янулайтис А.А., Стакенас П.С., Пятрушите М.П., Битинайте Ю.Б., Климашаускас С.Й., Буткус В.В. Изучение специфичности новых рестриктаз и метилаз. Необычная модификация цитозина по 4-му положению. Мол. биол., 1984, т. 18, вып.1, с.115-129.

67. Lacks S., Greenberg В. Complementary specificity of restriction endonuclease of Diplococcus pneumoniae with respect to DNA methylation. J. Mol. Biol., 1977, v.114, p.153-168.

68. Кузьмин А.П., Таняшин В.И., Баев А.А. EcoRV-рестрикция глюко-зилированных ДНК Т-четных фагов и клонирование полученных фрагментов в pBR-322. Докл. АН СССР, 1982, т.265, с.737-739.

69. Greene P.J., Heyneker H.L. et al. A general method for the purification of restriction enzymes. Nucl. Acids Res., 1978, v.5, p.2373-2380.

70. Bingham A.H.A., Sharman A.P., Atkinson T. The purification of restriction endonuclease EcoRi by precipitation involving polyethylene imine. FEBS Lett., 1977, v.76, p.250-256.

71. Bickle T.A., Pirotta V., Imber R. Simple general procedure for purifying restriction endonucleases. Nucl. Acids Res., 1977, v.4, p.2561-2572.

72. Sumegi J., Breedveld D., Hossenlopp P., Chambon P. A rapid procedure for purification of EcoRi endonuclease. Biochem. Biophys. Res. Commun., 1977, v.76, p.78-85.

73. Wilchek M., Miron T. On the mode of absorption of protein to "hydrophobic columns". Biochem. Biophys. Res. Commun., 1976, v.72, p.108-113.

74. Arrand J.R., Myers P.A., Roberts R.J. A new restriction endonuclease from Streptomyces albus G. J. Mol. Biol., 1978, v.118, p.127-135.

75. Lindell T.D., Nicholds B.P., Donelson I.E., Stellwagen E. Interaction of Cibacron blue F3GA with E.coii ША polymerase I and T4 ша polymerase. Biochim. Biophys. Acta, 1979, v.562, p.231-239.

76. Ticha M., Herejsi V., Barthova I. Affinity electrophoresisof proteins interacting with blue dextran. Biochim. Biophys. Acta, 1978, v.534, p.58-63.

77. Baksi K., Rogerson D.L., Rushizky G.W. Rapid single-step purification of restriction endonucleases on Cibacron blue F3GAagarose. Biochemistry, 1978, v.17, p.4136-4139.

78. Соколов H.H., Вотрин Й.И., Фицнер А.В., Кирсанова И.Д., Дедов С.С. Новый способ выделения очищенных препаратов рестрикцион-ных эндонуклеаз с использованием органических растворителей. Вопросы медицинской химии, 1980, № 4, с.568-573.

79. Ерусланов Б.В., Крамаров В.М., Смолянинов В.В., Боровик Р.В. Выделение сайт-специфической эндонуклеазы EcoRi при помощи иммуносорбента. Биоорган, химия, 1980, т.6, с.1361-1369.

80. Крамаров В.М. Автореф. кандидатской диссертации. - Пущино, 1981, с.9-10.

81. Степанов В.М. Протеолиз как источник ошибок в исследовании белков. Биохимия, 1980, т.45, с.953-957.

82. Косых В.Г., Пунтежис С.А., Бурьянов Я.И., Баев А.А. Выделение, очистка и характеристика рестрикционной эндонуклеазы EcoRii. -Биохимия, 1982, т.47, с.619-624.

83. Sharp P.A., Sugden В., Sambrook J, Detection of two restriction endonuclease activities in H.parainfluenzae using analytical agarose-ethidium bromide electrophoresis. Biochemistry, 1973, v.12, p.3055-3063.

84. Berkner K.L., Folk W.R. Polynucleotide kinase exchange reaction. J. Biol. Chem., 1977, v.252, p.3176-3184.

85. Reiser I., Bentley C.M., Yuan R. A simplified assay for endonuclease and ligase activities. J. Biol. Chem., 1976, v.252, p.451-456.

86. Janulaitis A., Klimasauskas S., Petrusyte M., Butkus V. -FEBS Lett., in press.

87. Geier G.E., Modrich P. Recognition sequence of the dam methy-lase of Escherichia coli K-12 and mode of cleavage of Dpni endonuclease. J. Biol. Chem., 1979, v.254, p.1408-1413.

88. May M.S., Hattman S. Deoxyribonucleic acid-cytosine methyla-tion by host- and plasmid-controlled enzymes. J. Bacterid., 1975, v.122, p.129-138. .

89. Бурьянов Я.И., Богдарина И.Г., Баев А.А. Выделение ДНК-цито-ЗИН-МеТИЛТраНСфераЗ ИЗ Е.coli В (ril), E.coli К-12 И E.coliK-12 (rii). Анализ модифицированных in vitro нуклеотидных последовательностей. -Докл. АН СССР, 1977, т.237, с.165-168.

90. Rubin A.R., Modrich P. EcoRl methylase. Physical and catalytic properties of the homogeneous enzyme. J. Biol. Chem., 1977, v.252, p.7265-7272.

91. Berkner K.L., Polk W.R# EcoRi cleavage and methylation of DNAg containing modified pyrimidines in the recognition sequence. J. Biol. Chem., 1977, v.252, p.3185-3193.

92. Modrich P., Rubin R.A. Role of the 2-amino group of deoxygua-nosine in sequence recognition by EcoRi restriction and modification enzymes. J. Biol. Chem., 1977, v.252, p.7273-7278.

93. Woodbury C.P., Downey R.L., von Hippel P.H. ША site recognition and overmetilation by the EcoRi methylase. J. Biol. Chem., 1980, v.255, p.11526-11533.

94. Краткий определитель бактерий Берги. / Ред. Хоулт Дж. М.: Мир, 1980.

95. Weaver„P.P., Wall J.D., Gest H. Characterization of Rhodo-pseudomonas capsulata. Arch. Microbiol., 1975, v.105,p. 207-216.

96. Maxam A.M., Gilbert W. In: Methods in Enzymology, 1980, v.65, p.499-560, Academic Press, New York.

97. Бурьянов Я.И., Веножинскис M.T. Простой избирательный метод ДНК-цитозинметилазной активности в клеточных гомогенатах. -Биохимия, 1982, т.47, с.1375-1377.

98. Wu R., Jay Е., Roychoudhury R. Nucleotide sequence analysis of DNA. Methods Cancer Res., 1976, v.12, p.87-176.

99. Krayev A.S. The use of diethylpyrоcarbonate for sequencing adenines and guanines in DNA. PEBS Lett., 1981, v.130, p.19-22.

100. Шаткин А. Определение нуклеотццного состава ДНК. В: "Методы вирусологии и молекулярной биологии", М.: Мир, 1972, с.405-409.

101. Ю9. Мазанов А.Л., Крамаров В.М., Брезгунов В.Н., Смолянинов В.В. ОНТИ ТЭИмикробиопром, 1982, дэпонир. рукопись }£ НО, ред. сб. "Микробиологич. промышленность", 1982, № 6.

102. Sutcliff J.С. Complete nucleotide sequence of the E.coli plasmid pBR-322. Cold Spring Harbour Symp. Quant. Biol., 1978, v.47, p.77-90.

103. Sanger P., Air G.M., Barrel B.G., Brown N.L., Coulson A.R., Piddes J.C., Hutchinson C.A., Slocombe P.M., Smith M. The nucleotide sequence of bacteriophafe $x174. J. Mol. Biol., 1978, v.125, p.225-246.

104. Lipker H.S.C., Dekker B.M.M. Purification of the sequence-specific endonuclease SinI from Salmonella infantis. Bio-chim. Biophys. Acts, 1981, v.654, p.297-299.

105. Крамаров В.М., Мазанов А.А., Брезгунов В.Н. Материалы 17 Всесоюз. конф. "Методы получения и анализа биохимических препаратов". Рига, 1982, ч.1, с.96-97.

106. Lynn S.P., Cohen L.K., Gardner J.P., Kaplan S. Characterisation of a site-specific restriction endonuclease from Rhodo-pseudomonas sphaeroides. J. Bacterid., 1979, v.138, p.505-509.