Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему

Свойства, клонирование и секвенирование новой сайт-специфической никазы BspD6I

ВАК РФ 03.00.03, Молекулярная биология

Содержание диссертации, кандидата биологических наук, Перевязова, Татьяна Анатольевна

Список сокращений.

Введение

1. Обзор литературы

1.1. Общее представление о системах рестрикции-модификации.

1.2. Системы Р-М типа1.

1.3. Системы Р-М типа III.

1.4. Системы Р-М типа II.

1.4.1. Ортодоксальный, НЕ и IIF подтипы.

1.4.2. Р-М системы подтипа IIS.

1.4.3. Р-М системы подтипа IIG.

1.4.4. Р-М системы подтипа ИТ.

1.4.5. Р-М системы подтипа IIB.

1.4.6. Р-М системы подтипа ИМ.

1.5. Пространственная структура эндонуклеаз рестрикции типа II.

1.6. Структурная, функциональная и эволюционная связь между эндонуклеазами рестрикции и другими белками.

1.7. Эндонуклеаза рестрикции Fokl.

1.8. Сайт-специфические никазы.

1.8.1. Общая характеристика сайт-специических никаз.

1.8.2. Расщепление одной цепи ДНК как следствие неспособности никаз к димеризации.

1.8.3. Конструирование сайт-специфических никаз.

1.8.4. Перспективы применения сайт-специфических никаз.

2. Экспериментальная часть.

2.1 Материалы и оборудование.

2.2. Методы.

2.2.1. Скрининг штаммов на наличие в них эндонуклеаз рестрикции.

2.2.2. Выделение эндонуклеаз из штамма Bacillus species D6.

2.2.3. Электрофорезы в агарозном геле.

2.2.4. Реакции гидролиза ДНК.

2.2.5. Определение отимальных условий для проявления эндонуклеазной активности.

2.2.6. Определение эндонуклеазной активности.

2.2.7. Проверка влияния SAM на активность эндонуклеазы BspD6II.

2.2.8. Фосфорилирование олигонуклеотидов.

2.2.9. Дефосфорилирование ДНК.

2.2.10. Получение ДНК-ДНК дуплексов.

2.2.11. Получение РНК - ДНК гибридов.

2.2.12. Метилирование олигонуклеотидного дуплекса.

2.2.13. Лигирование.

2.2.14. Очистка фрагментов ДНК.

2.2.15. Выделение геномной ДНК Bacillus species D6.

2.2.16. Получение компетентных клеток.

2.2.16. Трансформация компетентных клеток.

2.2.16.1. Трансформация клеток при получении рекомбинантной плазмиды pUC19.

2.2.16.2. Трансформация клеток при получении рекомбинантной плазмиды pKF4.

2.2.16.3. Трансформация клеток при получении рекомбинантных плазмид pi5MSsc и рЕТ28Ь.

2.2.17. Выделение плазмид из рекомбинантных клонов.

2.2.18. Полимеразные цепные реакции (ПЦР).

2.2.19. Получение делеционного варианта M13mpl9AAva.

2.2.20. Определение точек расщепления на ДНК эндонуклеазами.

2.2.21. Транскрипция in vitro.

2.2.22. Электрофорезы в полиакриламидных гелях (ПААГ).

2.2.23. Электроблотинг.

2.2.24. Анализ нуклеотидных последовательностей.

3. Результаты.

3.1. Выделение BspD6\ и ÄspD6II.

3.2. Характеристика BspDbll.

3.2.1. Определение сайта узнавания BspDbW.

3.2.2. Определение точек расщепления ДНК эндонуклеазой Äs/?D6II.

3.3. Характеристика эндонуклеазы BspD6l.

3.3.1. Идентификация BspD6l как сайт-специфической никазы.

3.3.2. Свойства никазы BspD6l.

3.3.3. Никаза BspD6I не расщепляет одноцепочечную ДНК.

3.3.4. Никаза BspD61 чувствительна к метилированию сайта.

3.3.5. Никаза BspD6l не гидролизует ДНК в составе гибридов РНК-ДНК.

3.4. Клонирование сайт-специфической никазы BspD6l.

3.4.1. Клонирование фрагментов хромосомной ДНК Bacillus species D6.

3.4.2. Клонирование и секвенирование гена никазы.

3.5. Новый метод гибридизационного анализа ДНК на основе сайт-специфических никаз.

4. Выводы.

Список публикаций по теме диссертации.

Введение Диссертация по биологии, на тему "Свойства, клонирование и секвенирование новой сайт-специфической никазы BspD6I"

Сайт-специфические никазы - недавно открытый новый класс ферментов, которые узнают на двухцепочечной ДНК короткую специфическую последовательность (сайт) и вносят разрыв (ник - nick) только в одну, определенную, цепь ДНК на фиксированном расстоянии от сайта. Узнавание специфической последовательности, точное разрезание ДНК, а также чувствительность к метилированию сайта и обнаружение рядом с геном одной из никаз гена метилазы позволяют рассматривать никазы как новый компонент систем рестрикции-модификации (Р-М).

Системы Р-М (совокупность двух сайт-специфических активностей - ДНК-метилтрансферазной и эндонуклеазной) обнаружены почти во всех прокариотах и предназначены для защиты бактериальных клеток от проникновения в них чужеродной ДНК. В настоящее время известно более 3000 различных систем Р-М, в большинстве которых охарактеризованы только эндонуклеазы рестрикции. Эндонуклеазы рестрикции, по-видимому, одно из самых больших семейств ферментов с одной и той же функцией. Однако, несмотря на одинаковую функцию -разрезание ДНК по двум цепям - эндонуклеазы рестрикции из разных систем Р-М практически не обнаруживают гомологии.

Этот парадокс, долгое время интриговавший исследователей, стал находить объяснение только в последнее десятилетие, когда было секвенировано более 100 генов эндонуклеаз, определена пространственная структура более 10 из них и разработаны мощные программы поиска аминокислотной и структурной гомологии между белками. С одной стороны, были выявлены эндонуклеазы рестрикции с почти 100% гомологией и оказалось, что пространственные структуры даже негомологичных эндонуклеаз имеют очень сходное строение. С другой стороны, оказалось, что эндонуклеазы рестрикции - действительно очень неоднородное семейство, представители которого во многих случаях выработали в процессе эволюции удивительно независимые механизмы как связывания ДНК, так и ее расщепления.

Обнаружение сайт-специфических никаз еще более разнообразит это семейство, и их изучение, безусловно, внесет вклад в понимание как эволюционной связи между различными представителями семейства, так и механизмов распространения систем Р-М в царстве прокариот. Эти аспекты представляют не только научный интерес, но имеют практическое значение, т.к. накапливаются данные о связи между системами Р-М и патогенностью бактерий.

На сегодняшний день известны 4 сайт-специфические никазы, выделенные из природных штаммов. Одна из них, никаза BspDbl, которой посвящена настоящая работа, найдена нами в термофильном штамме Bacillus species D6. Никазы не только расширят возможности уже существующих методов молекулярной биологии и диагностики (один из таких методов - гибридизационный анализ ДНК - предложен в настоящей работе), но могут стать основой для создания новых методов.

1. ЛИТЕРАТУРНЫЙ ОБЗОР

Заключение Диссертация по теме "Молекулярная биология", Перевязова, Татьяна Анатольевна

ВЫВОДЫ:

1. Из термофильного штамма Bacillus species D6 выделены и охарактеризованы две эндонуклеазы, BspD6l и BspD6l\. Показано, что BspD6ll узнает тот же сайт, что эндонуклеаза ЕсоЬИ, и расщепляет ДНК также как Есо571, но в отличие от Есо51\, эндонуклеазную активность BspD6\\ не стимулирует S-аденизил-Ь-метионин. Таким образом, BspDßll является изомером эндонуклеазы-прототипа EcoSll.

2. Эндонуклеаза BspD6l идентифицированна как представитель недавно открытого нового класса ферментов - сайт-специфических никаз. Никаза BspD6l узнает на двухцепочечной ДНК последовательность 5; - GAGTC -Ъ1 ß'- CTCAG - 57 и вносит разрыв только в цепь, содержащую последовательность GAGTC, на расстоянии 4 нуклеотидов от сайта в сторону 37-конца.

3. Изучены свойства никазы BspD6l. Показано, что никаза BspD6\ не расщепляет одноцепочечную ДНК, чувствительна к метилированию сайта и не расщепляет ДНК в составе РНК-ДНК гибрида. Эти свойства на других известных никазах не изучались.

4. Клонирован и секвенирован фрагмент хромосомной ДНК Bacillus species D6 протяженностью 2500 нуклеотидов, содержащий ген никазы BspDbl (1812 п.о.) и прилегающие к его 5f- и З'-концам последовательности. Нуклеотидная последовательность гена никазы BspD6l за исключением нейтральной замены A915G полностью совпала с последовательностью гена никазы N.ÄsfNBI.

5. На основе свойств сайт-специфических никаз предложен новый метод гибридизационного анализа ДНК, чувствительность которого может оказаться в 10 — 100 раз выше чувствительности традиционных методов.

ПУБЛИКАЦИИ:

Железная Л.А., Перевязова Т.А., Альджанова Д.В., Матвиенко Н.И. Сайт-специфическая никаза из штамма Bacillus species D6. Биохимия, 2001, т. 66, вып. 9, с. 595-600.

Железная Л.А., Перевязова Т.А., Железнякова E.H., Матвиенко Н.И. Некоторые свойства сайт-специфической никазы BspDßl и возможность ее применения в гибридизационном анализе ДНК. Биохимия, 2002, т. 67, вып. 4, с. 1215-1220.

Перевязова Т.А., Железная Л.А. Изотермическая амплификация ДНК с использованием сайт-специфической никазы BspD6l. Тезисы стендовых сообщений школы конференции «Горизонты физико-химической биологии», Пущино, 2000. - С. 259.

Перевязова Т.А., Железная Л.А. Сайт-специфическая никаза ÄvpD6I и ее применение для изотермической амплификации. Тезисы докладов XIII зимней международной научной школы «Перспективные направления физико-химической биологии и биотехнологии», Москва, 2001. - С. 60. Перевязова Т.А., Железная Л.А., Железнякова E.H. Детектирование ДНК-мишени в смеси нуклеиновых кислот с использованием сайт-специфической никазы BspD6l. Тезисы докладов XIV зимней международной научной школы «Перспективные направления физико-химической биологии и биотехнологии», Москва, 2002. - С. 59. Рогулин Е.А., Перевязова Т.А. Железная Л.А., Матвиенко Н.И. Перспектива использования сайт-специфических никаз в новом методе генодиагностики. Сборник тезисов конференции «Генодиагностика инфекционных заболеваний», Москва, 2002 г. - С. 416-417.

7. Перевязова Т.А., Рогулин Е.А., Железная Л.А., Матвиенко Н.И. Клонирование и секвенирование сайт-специфической никазы ВярТ)61. Биохимия, принята в печать.

Библиография Диссертация по биологии, кандидата биологических наук, Перевязова, Татьяна Анатольевна, Пущино-на-Оке

1. Luria, S.E. and Human, M.L., A nonhereditary, host-induced variation of bacteria viruses. J. Bacterid., 1952. 64: p. 557.

2. Bertani, G. and Weigle, J.J., Host controlled variation in bacterial viruses. J. Bacterid., 1953. 65: p. 113.

3. Arber, W. and Dussoix, D., J. Mol. Biol., 1962. 5: p. 18.

4. Linn, S. and Arber, W., A restriction enzyme from Hemophilus influenzae. I. Purification and general properties. Proc Natl Acad Sci USA, 1968. 59(4): p. 1300-6.

5. Meselson, M. and Yuan, R., DNA restriction enzyme from E. coli. Nature, 1968. 217(134): p. 1110-4.

6. Kong H., Lin L-F., Porter N., Stikel., Byrd D., Posfai J., Roberts R. Functional analysis of putative restriction-modification system genes in the Helicobacter pylori

7. J99 genome. Nucleic Acids Research, 2000, vol. 28, 17, p. 3216-3223

8. Smith, H.O., Nathans, D. (1973) Asuggested nomenclature for bacterial host modification and restriction systems and thear enzymes. Mol.Biol., 81, p. 419-423

9. Tomb, J.F., White, Q., Kerlavage, A.R., et.al. (1997) The complete genome sequence of the gastric payhogene Helicobacter pylori. Nature, 388, 539-547.

10. BarcusV.A.,Murray N.E. Barriers to recombination: restriction. Population Genetics of Bacteria. Society for General Microbiology, Cambridge University Press, Cambridge, 1995, p. 31-58

11. Janscak P., Dryden, D.T.F. and Firman K. (1998), Analysis of the subunit assembly of the typeIC restriction-modification enzyme EcoR124I. Nucleic Acids Research, 26, p. 4439-4445

12. Fuller-Pace, F.V., Bullas, L.R., Delius, H., Murray, N.E. Genetic recombination can generate altered restriction specificity (1984) Proc Natl Acad Sci U S A, 81, 60956099

13. Fuller-Pace, F.V., and Murray, N.E. (1986) Two DNA recognition domains of the. specifity polypeptides of a family type I restriction enzymes. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 83, 9368-9372

14. Chandrasegaran, S., and Smith, J. (1999) Chimeric restriction enzymes: what is next? Biol.Chem., 380, 841-848.

15. Bird, S.E., Subramaniy, H.S., Wigley, D.B. (1998) Helicases: a unifying structural theme? Curr.Opin.Struct.Biol., 8, p. 14-18

16. Rao, D.N., Saha, S., and Krishnamurty, V. (2000) ATP-dependent restriction enzymes. Prog.Nucleic Acids Res.Mol.BioL, 64, 1-63

17. Studier, F.W., and Bandyopadhyay, P.K. (1988) Model for how type I restriction enzymes select cleavage sites in DNA. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 87, 8070-8074.

18. Rosamond, J., Edlich, B., and Linn, S. (1979) Elecrton microscopy studies of the mechanism of action of the restriction endonuclease of Escherichia coli B. J.Mol.Biol., 1239,619-635.

19. Yuan, R., Hamilton, D.L., and Burckhardt, J., (1980) DNA translocation by restriction enzyme from E.coli K. Cell, 20, 237-244.

20. Dryden, D.T., Murray, N.E., and Rao, D.N., Nucleoside triphosphate-dependent restriction enzymes. Nucleic Acids Res., 2001. 29: p. 3728-3741.

21. Ellis, D., Dryden, D.T.F., Berge, T., Edwardson, J.M., and HendersoT R.M. (1999) Direct observation of DNA translocation ana cleavage by atomic force microscopy. Nuture Struct.Biol., 6, 15-17.

22. Embleton, M.I., Syksnys, V., and Halford. (2001) DNA cleavage reactions by type II restriction enzymes that require two copies of their recognition sites. J.Mol.Biol., 311,503-514.

23. Mucke, M., et al., Imaging DNA loops induced by restriction endonuclease EcoRII. A single amino acid substitution uncouples target recognition from cooperative DNA interaction and cleavage. J. Biol. Chem., 2000. 275: p. 30631-30637.

24. Roberts, R.J., and Macelis, D. (2000) REBASE-restriction enzymes and methylase. Nucleic Acids Res., 28, 306-307.

25. Reuter, M., et al., Cooperative binding properties of restriction endonuclease EcoRII with DNA recognition sites. J. Biol. Chem., 1998. 273: p. 8294-8300

26. Kruger, D.H., Kupper, D., Meisel, A., Reuter, M, and Schroeder, C. (1995) The signficance of distance and orientation of restriction endonuclease recognition sites in viral DNA genome. FEMS Microbiol.Rev., 17, 177-184.

27. Milsom, S.E., et al., Analysis of DNA looping interactions by type II restriction enzymes that require two copies of their recognition sites. J. Mol. Biol., 2001. 311: p. 515-527.

28. Halford, S.E., Bicock, D.T., Stanford, N.P., et.al. (1999) Restriction endonuclease reactions requiring two recognition sites. Biochem.Soc.Trans., 27, 696-699.

29. Embleton, M.I., Syksnys, V., and Halford. (2001) DNA cleavage reactions by type II restriction enzymes that require two copies of their recognition sites. J.Mol.Biol., 311,503-514.

30. Grazulis, S., et al., Crystal structure of the Bse634I restriction endonuclease: comparison of two enzymes recognizing the same DNA sequence. Nucleic Acids Res, 2002.30(4): p. 876-85.

31. Bozic, D., et al., Crystal structure of Citrobacter freundii restriction endonuclease CfrlOI at 2.15 A resolution. J. Mol. Biol., 1996. 255: p. 176-186

32. Siksnys, V., Skirgaila, R., Sasnauskas, G,M Urbanke, C., Cherny, D., Grazulis, S., and Huber, R. (1999) The CfrlOI restriction enzyme is functional as te tramer. J.Mol.Biol., 291, 1105-1118.

33. Deibert, M., Grazulis, S., Sasnauskas, G., Siksnys, Y, and Huber, R. (2000) Structure of the tetrameric restriction endonuclease NgoMIV in complex with cleaved DNA. Nature StructBiol., 7, 792-799.

34. Yuan, R., Heywood, J., and Meselson, M. (1972) ATP hydrolysis by restriction endonuclease from Escherichia coli K. Nature New Biol., 240, 42-43.

35. Ковалевская Н.П., Железная Jl.А., Зелинская H.B., Матвиенко Н.И. (1994) «Новый термофильный штамм Bacillus coagulans продуцент сайт-специфической эндонуклеазы Всо¥Л», Микробиология, 63,235-243.

36. Janulailis, A., Petrusyte, M., Maneliene, Z., Klimasauskas, S., and Burkus, V. (1992) Purification and properties of the Eco57I restriction endonuclease and methylase -prototypes of a new class (typelV). Nucleic Acids Res., 20, 6043-6049.

37. Janulailis, A., Vaisvila, R., Timinskas, A., Klimasauskas, S., and Burkus, V. (1992) Cloning and sequence analysis of genes coding for Eco57I type IV restriction-modification enzymes. Nucleic Acids Res., 20, 6051-6056.

38. Lepikhov K., Tchernov A., Zheleznaya L.A., Matvienko N.I., Walter J., Trautner T.A. (2001) Characterization of the type IV restriction-modification system BspLUllIIIfrom Bacillus sp. LUI I. Nucl. Acids Res., 29, 4691-4698.

39. Матвиенко H.H., Крамаров B.M., Железная Л.А., Матвиенко Н.И. (1993) "Выделение сайт-специфических эндонуклеазы и метилазы из Bacillus cereus 83". Биохимия, 58,1845-1860.

40. Stankevicius, К., Lubis, A., Timinskas, A., Vaitkevicius, D., and Janulaitis, A. (1998) Cloning and analysis of the four genes coding for Ври 101 restriction-modification enzymes. Nucleic Acids Res., 26, 1084-1091.

41. Hsieh, P.-C., Xiao, J.P., Loane, S.-Y., and Xu, S.-Y.(2000) Cloning, expression and purification of a thermostable nonhomodimeric restriction enzyme, Bsll. J.Bacteriol., 182, 949-955.

42. Molemans F, van Emmelo J, Fiers W. The sequence specificity of endonucleases Caul and CauII isolated from chloroflexus aurantiacus. Gene 1982 Apr;18(l):93-6

43. Klimashauskas, S.I., Butkis, W., Janulaitis, A.A. Specificity of action of DNA methylases Bcnl, Cfrl, Cfrl01. ( 1987), Mol.BioL,

44. Klimashauskas, S.I., Butkis, W., Janulaitis, A.A. Isolation and some properties of the restriction endonuclease Bcnl from Bacillus centrosporus. (1982), Biochemistry, 121(2):377-81

45. Povilenis, P.I., Lubus, A.A., Janulaitis, A.A. Cloning of the restriction-modificationn genes of Bacillus centrosporus. (1988), Genetica, Feb; 24(2):210-5.

46. Kong, H. (1998) Analyzing the functional organization of a novel restriction-modification enzyme. J.Mol.Biol., 279, 823-832.

47. Kong, H., et al., A unique restriction endonuclease, Bcgl, from Bacillus coagulans. Nucleic Acids Res., 1993. 21: p. 987-991.

48. Kong, H., et al., Characterization of Bcgl, a new kind of restriction-modification system. J. Biol. Chem., 1994. 269: p. 683-690.

49. Kong, H., Substrate DNA and cofactor regulate the activities of the multi-fiintional restriction-modification enzyme, Bcgl. Nucleic Acids Res., 1998. 25: p. 3687-3692.

50. Piekarowicz, A., Golaszewska, M., Sunday, A.O., Siwinska, M., and Stein, D.C. (1999) The Hae IV restriction modification system of Haemophilus aegyptius is encoded be a single polypeptide. J.Mol.Biol., 293, 1055-1065.

51. Lacks, S., and Greenberg, (1975) A deoxyribonuclease of Diplococcus pneumoniae specific for methylated DNA. J.Biol.Cmem., 250, 4060-4066.

52. Halford, S.E., Bicock, D.T., Stanford, N.P., et.al. (1999) Restriction endonuclease reactions requiring two recognition sites. Biochem.Soc.Trans., 27, 696-699.

53. Venclovas, C., Timinskas, A., Siksnys, V., (1994) Five-stranded J3-sheet sandwiched with two a-helices: a structural link between restriction endonucleases EcoRIandEcoRV. (1999), Proteins, 20, p. 279-282

54. Pingoud, A., Jeltsch, A., Maxwell, A., Sherratt, D. (2001) Enzymes that keeps DNA under control. EMBO reports, 21,271-276.

55. Simoncsits, A., Tjornhammar, M.-L., Rasko, T., Kiss, A., and Pongor, S. (2001) Covalent joining of the submits of homodimeric type II restriction endonuclease: single-chain PvuII endonuclease. J.Mol.Biol., 309, 89-97.

56. Schildkraut, I., Banner, C.D.B., Rhodes, C.S., Pacerkh, S. The cleavage site for the restriction endonuclease EcoRV is GATATC. (1984), Gene, 27, p. 3448-3552

57. Newman, M., Strzelecka, T., Domer, L.F., Schilkraut, and Aggarwal, A.K. (1994) Structure of restriction endonuclease BamHI and its relationship to EcoRI. Nature, 368, 660-664.

58. Hegtpeth, J., Goodman, H.M., Boyer, H.W. DNA nucleotide sequence restricted by the RIendonuclease. (1972), Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 69, p. 3448-3452

59. Haq I, O'Brien R, Lagunavicius A, Siksnys V, Ladbury JE. Specific DNA recognition by the type II restriction endonuclease Muni: the effect of pH. Biochemistry 2001 Dec 11;40(49): 14960-7

60. Lukacs, C., and Aggarwal, A. (2001) Bglll and Muni: what a difference a base makes. Cur.Op.Struct.Biol., 11, 14-18.

61. Lukacs, C., Kucera, R., Schilkraut, I., and Aggarwal, A. (2000 Understanding the immutability of restriction enzymes: crystal structure ofBgllland its DNA substrate at 1.5 A resolution. Nature Sruct.Biol, 7,134-140.

62. Winkler, F.K., Banner, D.W., Oefner, C., et.al. (1993) The crystal structure of EcoRV endonuclease and of its complexes with cognate and non-cognate DNA fragments. EMBO J., 26 1781-1795.

63. Viadiu, H., Aggarwal, A.K. The role of metals in catalysis in type II restriction endonuclease BamHI. (1998), Nat Strucr Biol, 5:910-916

64. Kovall, R.A. and Matthews, B.W., Structural, functional, and evolutionary relationships between lambda-exonuclease and the type II restriction endonucleases. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 1998. 95: p. 7893-7897.

65. Bujnicki, J.A. A model of structure and action of Sau3AI restriction endonuclease that comprises two MutH like endonuclease domain within a single polipeptide. (2001), Acta Microbiol.Pol., 50(3-4):219-31

66. Wu, T.H., Loh, T., Marinus, M.G. The function ofAsplO, Glu77 and Lys 79 in the E.coli MutH protein, (2002),NAR, Feb.l, 30(3):818-22

67. Lieb M.,Rehmat, S., Bhagnat, A.S. Interaction of MutS and Vsr: some dominante negative mutS mutations that disable metildenine-directed mismatch repair are active in very-shot-patch repair. (2001), J. Bacteriol., Nov., 183(2):6487-90

68. Gonzales-Nicieza, R., Turner, D.R., Connolly, B.A. DNA binding and cleavage selectivity of the E.coli DNA GT-mismatch endonucleases (vsr protein) (2001), MoLBiol., Jul., 13, 310(3):501-8

69. Pingoud, V., Kubareva, E., Stengel, G„ Fridhoff, P., Bujniki, J., Urbanke, C., Studina, A., Pingoud, A. Evolutionary Relationship between Different Subgroups of Restriction Endonucleases. (2002), J. of Biol.Chem., 16, p. 14306-14314

70. Sapranauskas, R., Sasnauakas, G., Lagunavicus, A., Vilkaitis, G., Lubus, A., Sycsnis, V. (2000), Novel subtype of type lis restriction enzymes. Bfil endonuclease exhibits similarities to the EDTA-resistant nuclease Nuc of Salmonella typhimurium.

71. J J. of BioLChem., 275, p. 30878-30885

72. Aravind, L., Makarova, K.S., Koonin, E.V. SURVEY AND SUMMARY: holliday junction resolvases and related nucleases: identification of new families, phyletic distribution and evolutionary trajectories (2000), NAR, 28, p. 3417-3432

73. Bjnicki, J.M., Radlinska, M., Rychlewsky, V. Polyphyletic evolution of type II restriction enzymes revisited: two independent sources of second-hand folds revealed. (2001), TRENDS in Biochemical Sciences, Vol.26., 1, p. 9-11

74. Jeltsch, A., Kruger, M., and Pigoud, A. (1995) Evidence for an evolutionary relationship among type-II restriction endonucleases. Gene, 160, 7-16.

75. Bjnicki, J.M. Philigeny of the restriction endonuclease-like superfamyly interfered from comparision of protein sricttures. (2000), J.Mol.Evol., 50, 39-44

76. Wah, D.A., Bitinaite, J., Schilkraut, I., and Aggarwal, A.K. (1998) Structure ofFokl has implication for DNA cleavage. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 95, 10564-10569.

77. Li, L., Wu, L.P., and Chandrasegaran, S., Functional domains in Fokl restriction endonuclease. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 1992. 89: p. 4275-4279.

78. Bitinaite, J., Aggarwal, A.K., and Schildkraut, I. (1998) Fokl dimerization is required for DNA cleavage. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 95, 10570-10575.

79. Kornberg, A., and Baker, T.A. (1992) DNA replication, 2th Edn.W.H.Freeman and Company, New York, NY.

80. Vinamee, E.S., Santagata, S., and Aggarwal, A.K. (2001) Fokl requires two specific DNA sites for cleavage. J.Mol.Biol., 309, 69-78.

81. Geider, K., Baumel, I., and Meyer, T.F. (1982) Intermediate stages in enzymatic replication of bacterophage fd duplex DNA. J.Biol.Chem., 257, 6488-6493.

82. Higashitani, A., Greenstein, D., Asano, S., and Horiuchi, K. (1994) Multiple DNA conformational changes induced by initiator protein precede the nicking reaction in rolling circle replication origin. J.Mol.Biol., 237, 388-400.

83. Modrich, P., Methyl-directed DNA mismatch correction (1989), J.Biol.Chem., 264, 6597-6600

84. Yao, M., and Kow, Y.W. (1997) Further characterization of Escherichia coli endonuclease V. Mechanism of recognition for deoxyinosine, deoxyuridine and base mismatches in DNA. J.Biol.Chem., 272, 30774-30779.

85. Абдурашитов, М.А., Беличенко, O.A., Шевченко, A.B., Дегтярев, С.Х. (1996) N.BstSE сайт-специфическая нуклеаза из Bacillus stearothermophilus SE-589. Мол.биология, 30,1261-1267.

86. Morgan, R.D., Calvet, С., Demeter, M., Agra, R., and Kong, H. (2000) Characterization of the specific DNA nicking activity of restriction endonuclease N.BstNBI. Biol.Chem., 381, 1123-1125.

87. Дедков, B.C., Абдурашитов, M.A., Янковский, H.K., Килева, E.B., Мякишева, Т.В., Попиченко, Д.В., Дегтярев, С.Х. (2001) Новая сайт-специфическая ДНК-никаза N.Bst9I Bacillus stearothermophilus 9. Биотехнология, 4, 3-8.

88. Железная, Л.А., Перевязова, Т.А., Альжанова, Д.В., Матвиенко, Н.И. (2001) Сайт-специфическая никаза из штамма Bacillus species D6. Биохимия, 66, 1215-1220.

89. Железная, JI.A., Перевязова, Т.А., Железнякова E.H., Матвиенко, Н.И. Некоторые свойства сайт-специфической никазы BspD6I и возможность ее применения для гибридизационного анализа ДНК. (2002), Биохимия, т. 67, вып. 4, с. 1215-1220

90. Higgins, L.S., Besnier, С., and Kong, Н. (2001) The nicking endonuclease N.ÄstfNBI is close related to type IIS restriction endonucleases Myl and Pie I. Nucleic Acids Res., 29, 2492-2501

91. Besnier, C.E., and Kong, H. (2001) Converting Mlyl endonuclease into a nicking enzyme by changing its oligomerization state. EMBO J., 21, 782-786.

92. Xu, Y., Lunnen, K.D., and Kong, H. (2001) Engineering a nicking endonuclease N.AlwI by domain swapping. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 98, 12990-12995.

93. Walker, G.T., Empirical aspects of strand displacement amplification. (1993), PCR Metods Appl., 3, 1-6.

94. Walker, G.T., Fraiser, M.S., Schräm, J.L., Little, M.C., Nadeau, J.G., Malinovski, D.R. Strand displacement amplification an isotermal, in vitro DNA amplification technique. (1992), NAR, 20, p. 1691-1696

95. Spears, P., Linn C., Woodard, D., Walker, G.T. Simultaneous strand displacement amplification and fluorescence polarization detection of Chlamidia tracomatis DNA. (1997), Anal.Biochem., 247, 130-137

96. Hashimoto-Gotoh T, Tsujimura A, Ogasahaia Y. Detection of exonuclease activities in restriction endonuclease preparations using an enforcement plasmid for kanamycin-resistance selection. Gene 1995 Oct 16;164(l):41-4

97. Васильева Л.Ю., Железная Л.А., Матвиенко Н.И. (1998) Сайт-специфическая эндонуклеаза SscLlI из штамма Staphylococcus sp.Ll Биохимия, 63,252-258.

98. Матвиенко Н.Н., Крамаров В.М., Железная Л.А., Матвиенко Н.И. (1993) Новые сайт-специфические эндонуклеаза и метилаза из Bacillus licheniformis 736. Биохимия, 58, 1137-1151.

99. Kovalevskaya N.P., Ivanov L.Yu., Zheleznaya L.A., Matvienko N.I. (1991) BstBSI, a restriction endonuclease from Bacillus stearothermophilus BS which recognizes 5'GTATAC3'. Nucl. Acids Res, 19, 1296-1296.

100. Ковалевская Н.П., Иванов Л.Ю., Железная Л.А., Матвиенко Н.И. (1993) Выделение и свойства эндонуклеазы рестрикции Bst BSI из термофильной почвенной бактерии Bacillus stearothermophilus BS". Молекулярная генетика, микробиология и вирусология, 3, 22-25.

101. Matvienko N.N., Zheleznaya L.A., Matvienko N.I. (1993) BspLUllI, a novel site-specific endonuclease which cleaves 5'-ACATGT-3' . Nucl. Acids Res., .21, 1495-1495.

102. Железная Л.А., Матвиенко H.H., Матвиенко Н.И. (1993) Две сайт-специфические эндонуклеазы из термофильного штамма Bacillus species LU11. Биохимия, 58, 1315-1322

103. Железнякова Е.Н., Железная Л.А., Свадьбина И.В., Матвиенко Н.И. (1998) Сайт-специфическая эндонуклеаза из термофильного штамма Bacillus species ZE-изошизомер Clal. Биохимия, 63, 1675-1681.

104. Кежнер М.А., Ширяев С.А., Железная Л.А., Матвиенко Н.И. (1997). Сайт- специфическая эндонуклеаза из термофильного штамма Bacillus Species МКявляется изошизомером Sail. Биохимия, 62, 1029-1036.

105. Васильева Л.Ю., Железная Л.А., Матвиенко Н.И. (2000) Клонирование и экспрессия новой сайт-специфической метилтрансферазы M.SscLlI из Staphylococcus species L1. Биохимия, 65, 665-671

106. Маниатис Т., Фрич Э., Сэмбрук Дж. Молекулярное клонирование. 1984, Москва, Мир

107. Dower, W.J., Miller, J.F., and Ragsdale, C.W. (1988) High efficiency transformation of E.coli by high voltage electroporation. Nucleic Acids Res., 16, 6127-6145.

108. Dagert, M., Ehrlich, S.D. Prolonged incubation in calcium cloride improves the competence of E.coli. (1979), Gene, 6, 23

109. Mandel M., Higa A. Calcium dependent bacteriophage DNA infection. J.MoLBiol., 53,154

110. Brown, N.L., and Smith, M. (1980) A general method for defining restriction enzyme cleavage and recognition sites. Method in Enzymol., 65, 391-404.

111. Altschul, S.F., et al., Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs. Nucleic Acids Res, 1997. 25(17): p. 3389-402

112. Altschul, S.F., et al., Basic local alignment search tool. 1990, National Center for Biotechnology Information

113. Kong, H., Morgan, R.D., Maunis, R.D., Schidkraut, I. A unique restriction endonuclease, Bcgl, from Bacillus coagulans. (1993), NAR, 21, 987-991