Семейный анализ генетической предрасположенности к рассеянному склерозу

Макарычева, Ольга Юрьевна

Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему
Семейный анализ генетической предрасположенности к рассеянному склерозу
ВАК РФ 03.01.03, Молекулярная биология

Автореферат диссертации по теме "Семейный анализ генетической предрасположенности к рассеянному склерозу"

МАКАРЫЧЕВА ОЛЬГА ЮРЬЕВНА

СЕМЕЙНЫЙ АНАЛИЗ ГЕНЕТИЧЕСКОЙ ПРЕДРАСПОЛОЖЕННОСТИ К РАССЕЯННОМУ СКЛЕРОЗУ

03.01.03 - молекулярная биология

1 2 ЯН В 2Ш

АВТОРЕФЕРАТ диссертации на соискание ученой степени кандидата биологических наук

Москва-2011

005006765

Работа выполнена в лаборатории генной инженерии Федерального государственного учреждения «Российский кардиологический научно-производственный комплекс» Министерства здравоохранения и социального развития Российской Федерации, г. Москва.

Марина Анатольевна Судомоина Ольга Олеговна Фаворова

Носиков Валерий Вячеславович

Белогуров Анатолий Александрович

Медико-генетический научный центр РАМН, г. Москва

Защита состоится « 31 » января 2012 г. в 14 часов на заседании Диссертационного совета Д.217.013.01 при Государственном научно-исследовательском институте генетики и селекции промышленных микроорганизмов по адресу: 117545, Москва, 1-й Дорожный проезд, 1.

С диссертацией можно ознакомиться в библиотеке ФГУП «ГосНИИ генетика».

Реферат разослан «U 2011 г.

Ученый секретарь

Диссертационного совета,

кандидат химических наук

Научный руководитель: кандидат биологических наук, доцент, Международный биотехнологический центр «Генериум»

Научный консультант: доктор биологических наук, профессор, ФГУ «Российский кардиологический научно-производственный комплекс» Минздравсоцразвития, г. Москва.

Официальные оппоненты: доктор биологических наук, профессор, ФГУП «ГосНИИ генетики и селекции промышленных микроорганизмов», г. Москва.

кандидат биологических наук, ФГУ «Российский кардиологический научно-производственный комплекс» Минздравсоцразвития, г. Москва.

Ведущая организация:

ОБЩАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА РАБОТЫ

Актуальность проблемы. Рассеянный склероз (PC) представляет собой тяжелое воспалительное заболевание центральной нервной системы (ЦНС), приводящее к инвалидизации. Поражая преимущественно молодых работоспособных людей, PC представляет собой серьезную медицинскую и социальную проблему. В России частота PC составляет от 30 до 70 человек на 100000 населения (Гусев и др., 2004).

Согласно современным представлениям, патогенез PC во многом определяется иммуно-опосредованными механизмами (Kaiman et al. 2002, Угрюмов, 2010). Хотя его этиология до настоящего времени остается неизвестной, PC относят к типичным комплексным заболеваниям, в развитие которых большой вклад вносит наследственная предрасположенность с неменделевским полигенным типом наследования, на основе которой действуют остальные факторы риска (Zhang et al., 1997; Dyraent et al., 2004). Сложность взаимодействий внешних и генетических факторов предрасположенности не позволяет однозначно предсказать возникновение PC исходя из отдельно взятого признака, однако выявление даже ограниченного эффекта того или иного гена на развитие или характер течения PC может способствовать пониманию биологической природы заболевания и открыть новые возможности для его профилактики и лечения. Несмотря на многочисленные усилия исследователей, вопрос о факторах генетической предрасположенности к PC далек от своего разрешения. Для идентификации генов, определяющих предрасположенность к PC, в настоящее время используют две основные стратегии: выяснение роли того или иного гена-кандидата, выбранного исходя из возможной роли его белкового продукта в этиологии и патогенезе заболевания (в первую очередь, в аутоиммунных процессах), и полный геномный скрининг с использованием больших панелей генетических маркеров, равномерно распределенных по геному. Часто в этих исследованиях наблюдается низкая воспроизводимость результатов, которую связывают, наряду с этническими различиями между рассматриваемыми в разных исследованиях группами индивидов, с искажением результатов вследствие этнической гетерогенности больных и здоровых в одном исследовании, а также с влиянием факторов окружающей среды (Hattersley et al., 2005).

группу составляют из тех аллелей здоровых родителей, которые не передаются больным потомкам (Beck et al., 1988; Thomson 1995). Кроме того, нами для анализа как ассоциации, так и сцепления использован метод неравновесной передачи аллелей (transmission disequilibrium test, TDT) (Terwilliger 1995; Spielman et al., 1996), в основе которого лежит анализ случаев передачи маркерного гаплотипа от гетерозиготных родителей больным детям. Этот метод позволяет исключить не только влияние этнической неоднородности сравниваемых групп больных и неродственных здоровых, но и, в определенной степени, влияние факторов окружающей среды, и является более чувствительным, чем полный геномный поиск на семейном материале (Spielman et al., 1993).

Цель и задачи работы. Целью настоящей работы является семейный анализ генетической предрасположенности к PC как к полигенному иммуно-опосредованному заболеванию. На материале ядерных семей русской этнической принадлежности проведен анализ вклада в предрасположенность к PC полиморфных участков следующих генов иммунной системы: HLA-DRBJ, CTLA4, IFNG, IL6, TNF, TGFB1, IL4, CCRS, RANTES, а также генов, кодирующих белки, участвующие в проникновении активированных лимфоцитов через ГЭБ, - матриксную металлопротеиназу 9 (ММР9) и тканевый ингибитор металлопротеиназ 1 (Т1МР1).

Для достижения поставленной цели были сформулированы следующие конкретные задачи:

- Провести геномное типирование функционально значимых полиморфных участков гена 1 бета-цепи человеческого лейкоцитарного антигена DR (HLA-DRB1), гена антигена 4 цитотоксических Т-лимфоцитов (CTLA4), генов интерферона-у (1FNG), интерлейкина-6 (IL6), фактора некроза опухоли (TNF), трансформирующего фактора роста-бета 1 (TGFB1), интерлейкина-4 (IL4), гена рецептора СС-хемокинов-5 (CCRS), гена хемокина, регулируемого при активации, экспрессируемого и секретируемого нормальными Т-клетками (RANTES, или CCL5), гена матриксной металлопротеиназы-9 (ММР9) и гена тканевого ингибитора матриксных металлопротеиназ (TIMP1) для неродственных больных PC и их здоровых родителей, русских по этнической принадлежности.

- Определить частоты аллелей, частоты встречаемости аллелей и частоты генотипов исследованных генов для русских больных PC и их здоровых родителей.

- Провести семейный анализ ассоциации аллелей и генотипов исследованных генов с развитием PC с помощью метода AFBAC (affected family-based control), в котором контрольная группа составлена из аллелей, не перенесенных от родителей больным детям.

- Провести семейный анализ сцепления и ассоциации аллелей и генотипов исследованных генов с развитием PC с помощью метода неравновесной передачи аллелей (ТОТ).

Необходимой предпосылкой подобной работы является правильная постановка диагноза неврологического заболевания при формировании группы больных PC. Отбор больных с диагнозом "PC" по принятым на настоящий момент для этого заболевания критериям Макдональда (McDonald et al., 2001) и последующие клинические наблюдения осуществлялись в Научном центре здоровья детей РАМН и в Московском городском центре РС(ГКБ№ 11).

Научная новизна и практическая ценность работы. В настоящем исследовании впервые исследовали гены IFNG, 1L6, 114, RANTES, ММР9 и ТШР1 как кандидаты на роль факторов риска PC у этнических русских. Впервые проведен анализ на семейном материале ассоциации и сцепления аллелей однонуклеотидных полиморфизмов этих генов и генов CTLA4, TNF, TGFB1 и CCR5, а также всех анализируемых аллелей мультиаплельного полиморфизма гена HLA-DRB1 с PC у русских. Настоящая работа представляет собой целостное систематическое исследование вклада функционально значимых полиморфных участков 11-ти генов воспалительного и иммунного ответа в развитие PC у русских.

Впервые на семейном материале методом TDT выявлены одновременно сцепление и ассоциация с PC аллеля 7№*(-308)А и аллеля ММР9*(-1562)С у этнических русских. С помощью этого метода наблюдали также сцепление и ассоциацию с PC группы аллелей HLA-DRBJ*15 у русских и тем самым валидировали (реидентифицировали) результаты, полученные ранее на независимой выборке меньшего размера (Boiko et al., 2002).

Полученные нами методом TDT результаты, свидетельствующие об ассоциации с PC аллеля TNF*(-308)А и группы аллелей HLA-DAS7*15, были подтверждены в независимом анализе методом AFBAC.

Выявление ассоциированных с PC полиморфных участков в будущем будет способствовать идентификации предрасположенных к этому заболеванию людей еще до заболевания и принятию адекватных мер профилактики.

Структура работы. Диссертация состоит из следующих разделов: Введение, Обзор литературы, Материалы и методы, Результаты, Обсуждение, Заключение, Выводы, Список литературы; она изложена на 131 странице, включает 10 рисунков и 26 таблиц. Список литературы содержит 316 источников.

Апробация работы. Материалы работы были представлены на научно-практической конференции "Медико-биологические науки для теоретической и практической медицины" (Москва, 2008), на международной конференции Proceedings of HGV-2009 (Таллин, 2009).

Работа была апробирована на межлабораторном семинаре Института экспериментальной кардиологии ФГУ РКНПК Минздравсоцразвития 3 ноября 2011 года и на заседании секции молекулярной биологии Ученого Совета ФГУП «ГосНИИ генетика» 15 ноября 2011 г.

Публикации. По материалам диссертации опубликованы 3 статьи и 3 материала конференций.

МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

Использованные реактивы. В работе использовали Taq-полимерэзу и дезоксирибонуклеозидтрифосфаты (ЗАО "Силекс", Россия); олигонуклеотиды и маркер молекулярной массы ДНК pUC19/Msp I (НПО "СибЭнзим", Россия); эндонуклеазы рестрикции, (НПО "СибЭнзим", Россия, если не указано иначе); протеиназу К, SDS (додецилсульфат натрия) ("AppliChem", Германия); моноклональные антитела к Taq-полимеразе, Taq-Start (АО "Мона", Россия); ЭДТА (этилендиаминтетраацетат) ("Merck", Германия); Tris, NP-40 ("Sigma", США); агарозу ("Рапсгеас", Испания); акриламид, бромид этидия; N, N'-метиленбисакриламид, TEMED (N, N, N', N'-тетраметилэтилендиамин), бромфеноловый синий, ксиленцианол, ß-меркаптоэтанол ("BioRad", США); персульфат аммония ("Promega", США), Tween 20, Triton Х-100 ("Ferak", Германия). Остальные реактивы категории о.с.ч. получали из отечественных фирм.

Объект исследования. Для ретроспективного исследования методами AFBAC и TDT использовали образцы крови и геномной ДНК членов 104 ядерных семей, русских по этнической принадлежности (больной PC и его здоровые родители). Диагноз PC был поставлен согласно критериям Макдональда (McDonald et al., 2001); среди больных было 46 мужчин и 58 женщин, все с дебютом PC до 35 лет. У 102 больных PC было ремитгирующее течение, у двоих - первично-прогрессирующее. Средний возраст к началу заболевания - 18 ± 8 лет. Все больные и здоровые проживали в Московском регионе, оба родителя каждого больного были русскими. Образцы крови собраны в Научном центре здоровья детей РАМН и в Московском городском центре PC (ГКБ № 11). Во всех случаях получено информированное согласие больных и/или их родителей на участие в исследовании.

Полиморфные участки генов, анализ которых проводили в работе Полиморфные участки, анализ которых проводили в работе, представлены в таблице 1.

Выделение геномной ДНК из периферической крови. Для получения ДНК необходимой чистоты и достаточной молекулярной массы применяли метод выделения ДНК из крови с использованием экстракции смесью фенол-хлороформ (J. Sambrook, 1989).

Геномное типирование. Генотипирование полиморфного участка CCR5{w->d) проводили методом анализа полиморфизма длин продуктов ПЦР. Генотипирование полиморфных участков HLA-DRB1, 874А>Т IFNG, -509С>Т TGFB1, -590С>Т 114, -308A>G

ГЛТ7, -4030>Л ИАЫТЕЗ, 372С>Т Т1МР1 проводили методом ПЦР с аллелеспецифическими праймерами (ПЦР с АСП). Для генотипирования полиморфных участков 49А>0 СТ1А4, -1740>С ¡16, -1562С>Т ММР9 использовали метод анализа полиморфизма длин рестрикционных фрагментов продукта ПЦР (ПЦР-ПДРФ). Генотипирование локуса НЬА-ОЯВ1 проводилось М.А. Судомойной и Е.Ю. Царевой. Использованные праймеры представлены в таблице 1. Во всех случаях ПЦР проводили в амплификаторе МС16 (АО "ДНК Технология"). Продукты ПЦР и рестрикции анализировали методом электрофореза в агарозном или полиакриламидном геле различной плотности в присутствии бромида этидия.

Таблица 1. Полиморфные участки анализируемых генов, методы генотипирования и

использованные праймеры.

Ген Полиморфизм* Метод анализа (ссылка) Праймеры для ПЦР [используемая рестриктаза!

HLA -DRB1 Группы аллелей *01-*18, соответствующие специфичностям DR1-DR18 ПЦР с АСП из набора для амплификации HLA-DRB1 (АО «ДНК Технология», Россия)

CTLA4 SNP 49A>G (17Thr-> Ala) ПЦР-ПДРФ (Marron et al., 1997)** 5'-AAGGCTCAGCTGAACCTGGT и 5'-CTGCTGAAACAAATGAAACCC [В<;/£11]

IFNG 874А>Т ПЦРсАСП (Pravica et al., 1999) 5-ТТСТТАСААСАСААААТСАААТСА-З' (АСП А), 5'-ТТСТТАС ААС АС ААААТСАААТСТ-3 ' (АСП Т), 5'-GTTGCTCACTGGGATTTTGG-3' (обратный) 5'-TCAACAAAGCTGATACTCCA-3' (прямой, внутренний положительный контроль)

IL6 -174G>C ПЦР-ПДРФ (DeMichele et al., 2003) S'-ATGCCAAGTGCTGAGTCACTA-З ' и 5 '-TCGAGGGCAGAATGAGCCTC-3 ' [Nia III]

TNF -308A>G ПЦР с АСП 5'-ATAGGTTTTGAGGGGCATGG-3' (АСП G), 5'-AATAGGTTTTGAGGGGCATGA-3' (АСП А), 5'-CATGAGCTCATCTGG AGGAA-3 ' (общий обратный) 5 '-AGTCTCCGGGTCAGAATG АА-3 ' (прямой, внутренний положительный контроль)

TGFB1 SNP -509C>T ПЦРсАСП 5'-GGGCAACAGGACACCTGAA-3' (АСП Т), 5'-GGGCAACAGGACACCTGAG-3' (АСП С) и 5'-AAGGCATGGCACCGCTTCTG-3' (общий прямой)

IL4 SNP-5900T ПЦР с АСП 5 '-CTAAACTTGGGAGAACATTGTC-3' (АСП С), 5 '-CTAAACTTGGGAGAACATTGTT-3' (АСП Т) и 5 '-AGTACAGGTGGCATCTTGGAAA-3' (общий обратный)

CCR5 (w —» d) («дикий тип» —> делеция 32 п.н.) ПЦР 5 '-AGGTCTTCATTACACCTGCAGC-3' и 5'-CTTCTCATTTCGACACCGAAGC-3'

RANTES SNP -403G>A ПЦР с АСП 5'-CCATGGATGAGGGAAAGGAGG-3' (АСП G), 5'-CCATGGATGAGGGAAAGGAGA-3' (АСП А) и 5VAGGGAAGGGGTCCTCCTCAG-3' (общий обратный)

ММР9 SNP-1562C>TC ПЦР-ПДРФ (Zhang al., 1999) 5'-GCCTGGCACATAGTAGGCCC-3' и 5'-CTTCCTAGCCAGCCGGCATC-3' [5рй1]

Т1МР1 SNP 372С>Т ПЦР с АСП 5'-CTGTTCCAGGGAGCCACG-3' (АСП С), 5'-CTGTTCCAGGGAGCCACA-3' (АСП Т) и 5-AGCGAGGAGTTTCTCATTGCT-3 (общий прямой)

*Все положения SNP указаны относительно участков старта транскрипции, за исключением CTLA4 49A>G, где 49 - положение относительно участка старта трансляции. **Ссылка приведена в случае, когда использовали описанную методику Примечание. АСП - аллелеспецифический праймер; ПДРФ - полиморфизм длины рестрикционных фрагментов.

Статистический анализ. Анализ сцепления и ассоциации аллелей рассматриваемых генов с PC методом TDT (Spielman et al., 1996) с помощью критерия х2 проводили с использованием свободно распространяемой программы Haploview 3.32 (Purcell et al., 2005) для биаллельных полиморфизмов и FBAT для мультиаллельного полиморфизма гена HLA-DRBI и полиморфизма гена TIMP1, находящегося на Х-хромосоме (Laird et al., 2000). Передачу больным PC детям от родителей аллелей гена анализировали в тех семьях, в которых, по крайней мере, один родитель был гетерозиготным по этому гену. Значимым считали различие частот перенесенных и неперенесенных аллелей при величине %2 > 3,8 (р < 0,05). В группах больных и их здоровых родителей отклонение наблюдаемых частот генотипов от равновесия Харди-Вайнберга анализировали с помощью алгоритма максимизации математического ожидания (expectation maximization - ЕМ) с использованием свободно распространяемой программы Haploview 3.32 (Purcell et al., 2005). Анализ гаплотипов проводили с помощью программы FBAT (Laird et al., 2000). Для анализа методом AFBAC ассоциации аллелей рассматриваемых генов с PC составляли контрольную группу из аллелей обоих родителей, не перенесенных больным детям; значение вероятности (р)

оценивали с помощью двухстороннего точного критерия Фишера с применением программы GraphPAD InStat 1.12а [http://www.graphpad.com/prism/Prism.htm].

РЕЗУЛЬТАТЫ

Выбор генов-кандидатов

Многочисленные данные указывают на участие выбранных нами генов в иммунопатогенезе PC (Фаворова, 2010). Цитокины обеспечивают множественные взаимодействия между клетками при развитии иммунного ответа. Исходя из этого, в настоящей работе исследованы гены трех провоспапительных цитокинов: IFNy, IL-6 и TNF. Показано, что IFNy (основной цитокин эффекторных клеток Thl) и TNF (продуцируемый в основном Thl клетками и моноцитами) стимулируют синтез других провоспалительных цитокинов, увеличивают экспрессию молекул адгезии (в первую очередь, на эндотелиальных клетках ЦНС) и главного комплекса гистосовместимости (Holmoy et al., 2008). Кроме того, TNF активирует микроглию и макрофаги, что в свою очередь приводит к усилению фагоцитирующих свойств этих клеток и к продукции цитотоксических веществ, таких как окислительные радикалы, NO, протеазы и др. (Kim, 2011). IL-6 является одним из основных факторов дифференцировки субпопуляции эффекторных клеток Thl7 (Acosta-Rodriguez et al., 2007), которые, как и клетки Thl, также вовлечены в развитие аутоиммунного процесса в ЦНС (El-Behi et al., 2007). Кроме того, в настоящей работе исследованы гены двух антивоспалительных цитокинов: TGFpi и 1L-4. Антивоспалительный цитокин TGFP секретируется регуляторными Т-лимфоцитами (Тг), a IL-4 продуцируют Т112-клетки. Эти цитокины выявляются в тканях головного мозга на стадии ремиссии, а при активном прогрессирующим PC их уровень снижен (Гусев Е.И., 2004). Также в настоящей работе рассмотрен ген, кодирующий CTLA4 - антиген 4 цитотоксических Т-лимфоцигов, или CD 152, который секретируется на Т-клетках после их активации и передает негативный сигнал, противодействующий сигналу активации (McAdam et al., 1998). Показано, что перекрестное связывание CTLA4 стимулирует секрецию TGFp (Chen et al., 1998). Кроме того, рассмотрены гены, кодирующие хемокин RANTES и его рецептор CCR5. RANTES является хемоаттрактантом для лимфоцитов и моноцитов. Его уровень, также как и уровень его рецептора CCR5, резко повышается при обострении PC (Simpson et al., 1998; Simpson et al., 2000).

Кроме того, в настоящей работе проанализированы полиморфные участки генов ММР9 и TIMP1. Проникновение клеток иммунной системы в ЦНС сопровождается разрушением коллагена типа IV, являющегося основой внеклеточного матрикса. В преодолении этого барьера ключевую роль играют матриксные метаплопротеиназы (ММР). ММР вовлечены в различные этапы патогенеза PC: они участвуют в локальном повреждении

гематоэнцефалического барьера и периваскулярной лимфоцитарной инфильтрации, в разрушении миелиновой оболочки, формировании очагов демиелинизации и в гибели аксонов (Веуег е1 а!., 1999; К^егёг е1 а1., 1999). Одна из основных металлопротеиназ ММР9 экспрессируется периваскулярными мононуклеарными клетками белого вещества, и, вместе с другими ММР, ассоциирована с моноцитами и астроцитами в очагах демиелинизации (Мае11а е! а1., 1996). Активность ММР контролируется тканевыми ингибиторами матриксных металлопротеиназ (Т1МР), а в спинномозговой жидкости больных РС выявлено увеличение содержания Т1МР1 (АуоПо е1 а!., 2003; Waubant е! а1., 2003).

Анализ частот аллелей и генотипов исследуемых полиморфных участков у больных РС и их здоровых родителей.

В данной работе проводился анализ частот аллелей, частот встречаемости аллелей и частот генотипов полиморфных участков генов \\Lk-DRBl, СТ1Л4, //Ж?, И6, ТИР, ТСРВ1, ¡14, ССЯ5, ЛЛЛТОХ ММР9 и Т1МР1. Была составлена коллекция ДНК членов 104 ядерных семей (больной РС и его здоровые родители, все русские по этнической принадлежности). Из дальнейшего анализа исключили 4 семьи, в которых по результатам генотипирования не было подтверждено отцовство. Соответственно, все данные геномного типирования были получены для 300 человек этой выборки. В таблице 2 приведены частоты аллелей полиморфного участка гена НЬА-ШВ/. Аллель ОШ31* 18 не встречался ни у больных, ни у их родителей и был исключен их дальнейшего рассмотрения. В таблице 3 приведены частоты аллелей и генотипов остальных полиморфных участков.

Таблица 2. Частоты аллелей гена НЬА-ДЙВ/ у больных РС и их здоровых родителей

Группы аллелей гена Больные РС, Родители

соответствующие серологическим N=100 больных, N=200

специфичностостям Число (%) Число(%)

НЬА-ОШ-НЬА-ШШ аллелей аллелей

ИШ* 01 25 (12) 41 (10)

£>АВ/*04 22(11) 47(12)

ОЯВ1* 07 22(11) 44(11)

£>ДВ/*08 5(3) 14(3)

ОЙВ1* 09 0(0) 2(1)

ИДЯ/* 10 2(1) 4(1)

йШ* И 25 (12) 55 (14)

ОКВ1* 12 1(1) 4(1)

йЯВ1* 13 21 (10) 43 (11)

£>КВ7* 14 2(1) 5(1)

ОЯВ1* 15 50 (25) 80 (20)

йШ* 16 3(2) 11(3)

£>ЛВ7*17 22(11) 50(12)

йЯВ1* 18 0(0) 0(0)

Примечание: В таблице не приведены данные для следующих групп аллелей гена HLA-DRBI: DRB1*02 (соответствует DRB1* 15 + DRBI* 16), DRB1*03 (соответствует DRB1*\1 + DRB1* 18), DRB1*05 (соответствует DRB1*И + DRB1*\1) и DRB1*06 (соответствует DRBI* 13 + DRBl*U).

Таблица 3. Частоты аллелей и генотипов генов CTLA4, 7FM3, IL6, TNF, TGFBI, IL4,

CCRS, RANTES, MMP9 и T1MP1 у больных PC и их здоровых родителей.

Полиморфный Аллели и Частоты (%) аллелей Частоты (%) аллелей и

участок генотипы и генотипов у генотипов у родителей

больных (N=100) (N=200)

49A>G А 113(57) 216(54)

CTLA4 G 87 (43) 184 (46)

AJA 31 (31) 56 (28)

AJG 51(51) 104 (52)

G/G 18(18) 40 (20)

874А>Т A 138 (69) 260 (65)

1FNG T 62(31) 140(35)

А/А 51 (51) 89 (45)

А/Т 36 (36) 82 (41)

Т/Т 13(13) 29(14)

-174G>C G 120(60) 225 (56)

IL6 С 80 (40) 175(44)

G/G 33 (33) 64 (32)

G/C 54 (54) 97 (49)

С/С 13 (13) 39(19)

-308A>G G 172 (86) 362 (91)

TNF А 28 (14) 38(9)

G/G 72 (72) 162 (81)

G/A 28 (28) 38(19)

А/А 0(0) 0(0)

-5090Т TGFBI С 132 (66) 269 (67)

Т 68 (34) 131 (33)

с/с 42 (42) 84 (42)

ся 48 (48) 101 (50)

тя 10(10) 15(8)

-5900T с 158(79) 323 (81)

114 т 42 (21) 77 (19)

с/с 51 (51) 127 (64)

ся 38 (38) 69 (34)

тя 2(2) 4(2)

CCR5{w-d) W 179 (90) 357 (89)

d 21 (10) 43(11)

w/w 82 (82) 159 (79)

w/d 15(15) 39 (20)

сЫ 3(3) 2(1)

-403в>Л ЯЛЫТЕЯ в 163 (82) 327 (82)

А 37(18) 73 (18)

С/О 67 (67) 132 (66)

в/А 29 (29) 63 (32)

А/А 4(4) 5(2)

-1562С>Т ММР9 С 179 (89) 348 (87)

Т 21(11) 52(13)

С/С 79 (79) 150(75)

сгт 21 (21) 48 (24)

ТЯ 0(0) 2(1)

3720Т Т1МР1* с 88 (56) 168 (56)

Т 68 (44) 133 (44)

* В связи с расположением гена Т1МР1 на Х-хромосоме, приведены только частоты аллелей этого гена.

Отклонений распределения аллелей и генотипов для этого полиморфного участка в анализируемой группе больных и их родителей от равновесия Харди-Вайнберга не наблюдали.

Анализ передачи аллелей исследуемых генов от родителей больным детям

В настоящей работе на семейном материале проведен анализ методами АР В АС и ТЭТ сцепления и ассоциации с РС исследуемых генов. В таблицах 4 и 5 приведены результаты анализа ассоциации и сцепления аллелей полиморфного участка гена \\Lk-DRBl с РС методами АРВАС и ТОТ, соответственно.

Таблица 4. Определение ассоциации с РС аллелей гена НЬА-ОЛА/ методом АРВАС

Группы Число (%) аллелей у Число (%) аллелей, не переданных Р

аллелей больных РС (N=100) больным детям от родителей

ОЯВ1* 01 25 (12,5) 16(8) н.з.

ЭШ* 04 22(11,0) 25 (12,5) н.з.

ШЙ/*07 22(11,0) 22(11,0) н.з.

йКВ1* 08 5 (2,5) 9(4,5) н.з.

£>Л07* 09 0(0) 2(1) н.з.

2(1) 2(1) н.з.

ШВУ* И 25 (12,5) 30(15) н.з.

ОКВ1* 12 1 (0,5) 3(1,5) н.з.

ОЙВ/* 13 21 (10,5) 22(11) н.з.

ОЯВ1* 14 2(1) 3 (1,5) н.з.

50 (25) 30 (15) 0,02

йЯВ1* 16 3(1,5) 8(4) н.з.

22(11) 28 (14) н.з.

н.з. - нет значимых отличий

Таблица 5. Определение сцепления ассоциации с РС аллелей гена НЬА-Д/Ш методом

TDT

Группы аллелей Гетерозиготные родители Передается, число случаев Не передается, число случаев х2 Р

DRB1* 01 35 22 13 2,3 н.з.

DRB1* 04 40 16 18 0,2 н.з.

DRBmi 36 18 18 0,0 н.з.

DRB1*0& 12 4 8 1,3 н.з.

DRB1* 09 2 0 2 2,0 н.з.

DRB1* 10 4 2 2 0,0 н.з.

DRBI* 11 53 24 29 0,5 н.з.

DRBl'U 4 1 3 1,0 н.з.

DRBI* 13 37 18 19 ОД н.з.

DRBI* 14 5 2 3 0,2 н.з.

DRBI* 15 70 45 25 5,7 0,02

DRBI* 16 11 3 8 2,3 н.з.

DRBI* 17 46 20 26 0,8 н.з.

н.з. - нет значимых отличий

Выявлено значимое повышение частоты передачи аллеля ШВ/ 45 больным РС от родителей в анализе как методом АРВАС, так и методом ТОТ. Значения р в этом случае не нуждаются в коррекции на число сравнений (Svejgaard е1 а!., 1994), поскольку сцепление и/или ассоциация РС с ОЛВ]*]5 была выявлена ранее у других европеоидов, в том числе и у русских (СошрБ^п е1 а1„ 1995; Бойко и др., 1995; Во1ко е1 а!., 2002).

В таблице 6 приведены результаты анализа сцепления и ассоциации аллелей полиморфного участка гена с РС методами АРВАС и ТОТ.

Таблица 6. Определение ассоциации/сцепления с РС аллелей гена TNF методами

AFBAC и TDT

AFBAC

Аллель Число (%) аллелей у больных РС Число (%) аллелей, не Р

(N=100) переданных больным детям от родителей

G 172(86) 190 (95) 0,003

А 28 (14) 10(5)

TDT

Аллель Гетерозиготные родители Передается, число случаев Не передается, число случаев Р

G 38 11 27 6,7 0,01

А 27 11

Из таблицы б видно, что обоими использованными методами выявлено значимое

отличие в частотах перенесенных и неперенесенных аллелей больным РС от их здоровых родителей 0=0,003 ир=0,01 для АРВАС и ТОТ, соответственно).

В таблице 7 приведены результаты анализа сцепления и ассоциации аллелей полиморфного участка гена ММР9 с РС методами АРВАС и ТОТ.

Таблица 7. Определение ассоциации/сцепления с РС аллелей гена ММР9 методами

AFBAC и ТОТ

AFBAC

Аллель Число (%) аллелей у больных РС Число (%) аллелей, не Р

(N=100) переданных больным детям

от родителей

С 120 (60) 105(53) н.з.

Т 80 (40) 95 (47)

TDT

Аллель Гетерозиготные Передается, Не передается, X Р

родители число случаев число случаев

С 48 31 17 4,1 р=0,04

т 17 31

н.з. - нет значимых отличий.

Из таблицы 7 видно, что при анализе методом АРВАС значимого отличия не наблюдали. Однако методом ТОТ выявлено значимое отличие в частотах перенесенных и неперенесенных аллелей больным РС от их здоровых родителей (р=0,04).

В таблицах 8 и 9 приведены результаты анализа сцепления и ассоциации методами АРВАС и ТОТ, соответственно, аллелей полиморфных участков генов СТ1.А4, ¡РЫй, 1Ь6, ТвГВ1,114, ССР5, МЫТЕБ и Т1МР1

Таблица 8. Определение ассоциации с РС полиморфных участков генов СТЬА4, /ЛУО,

IL6, TGFB1, IL4, CCR5, RÂNTES и Т1МР1 методом AFBAC

SNP Аллель Число (%) аллелей у больных PC (N=100) Число (%) аллелей, не переданных больным детям от родителей Р

49A>G CTLAA А 113(57) 103 (52) н.з.

G 87 (43) 97 (48)

874А>Т IFNG А 138 (69) 122 (61) н.з.

Т 62(31) 78 (39)

-174G>C 1L6 G 120 (60) 105 (53) н.з.

С 80 (40) 195 (47)

-509С>Т TGFB1 С 132 (66) 137(69) н.з.

Т 68 (34) 63(31)

-590С>Т С 158 (79) 165 (83) н.з.

IL4 T 42 (21) 35 (17)

CCR5(w w 179 (90) 178 (89) H.3.

d 21 (10) 22(11)

—403G>A RANTES G 163(82) 164 (82) H.3.

A 37(18) 36(18)

372С>Т TIMP1 С 88 (56) 80 (55) H.3.

T 68 (44) 65(45)

н.э. - нет значимых отличий.

Таблица 9. Определение ассоциации с PC полиморфных участков генов CTLA4, IFNG, IL6, TGFB1,1L4, CCR5, RANTES и TJMP1 методом TDT

SNP Аллель Гетерозиготные родители Передается, число случаев Не передается, число случаев Х2 Р

49A>G CTLA4 A 104 51 53 0,04 н.з.

G 53 51

¡S§ CO A 82 49 33 3,1 н.з.

T 33 49

-174G>C 116 G 97 55 42 1,7 н.з.

С 42 55

-509C>T TGFB1 С 101 48 53 0,3 н.з.

T 53 48

-590C>T 114 С 69 32 37 0,4 н.з.

т 37 32

CCR5 (w->d) w 39 20 19 0,03 н.з.

d 19 20

^103 G>A RANTES G 63 31 32 0,1 н.з.

А 32 31

372C>T TIMPI С 49 28 21 0,5 н.з.

Т 21 28

н.з. - нет значимых отличий.

Из таблиц 8 и 9 видно, что для других полиморфных участков не выявлено значимых отличий в передаче аллелей от здоровых родителей больным детям.

ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ

В ядерных семьях, состоящих из больного РС и двух его здоровых родителей, мы изучили распределение аллелей и генотипов следующих полиморфных вариантов генов:

1. групп аллелей *01-*18 высокополиморфного гена НЬА-ОЛВЛ соответствующих специфичностям ОЯ14Ж18

2. 5№ 49А>в гена СТ1А4 в кодирующей части гена, характеризующегося заменой триптофана в 17 положении белка аланином,

3. БОТ 874А>Т гена /ЯУО внутри предполагаемого сайта связывания фактора транскрипции №кВ,

4. 8ЫР -1740>С гена Я,6 в промоторной области гена,

5. БЫР -308А>0 гена ТЫР в промоторной области гена,

6. БЫР -509С>Т гена 7ОТВ/ в промоторной области гена,

7. 8ЫР -5900Т гена ¡14 в промоторной области гена,

8. дикий тип/делеция гена ССЯ5(ч/—>с!) в кодирующей части гена, приводящей к синтезу укороченного неактивого белка,

9. БОТ -4030>А гена ИАЫТЕЗ, приводящего к новому участку связывания для вАТА-транскрипционных факторов,

10. вИР -1562С>Т гена ММР9 в промоторной области гена, и

11. БЫР 372С>Т гена ТШР1 в кодирующей области гена, приводящего к синонимической замене кодона.

Большинство из перечисленных участков являются функционально значимыми, т.е. влияют на уровень экспрессии мРНК или продукции белка. Так, редкие аллели ^МЗ*874Т, /¿б*(-174)С, ГЛ'Р*(-308)А, ТОРВ1* (-509)1, И4*{-5Щ1, &4Лта£*М03)А и ММР9*(-1562)Т ассоциированы с повышенным образованием белкового продукта, а делеция в гене ССР5 приводит к сдвигу рамки считывания и преждевременной терминации трансляции.

Данные по частотам аллелей и генотипов исследуемых полиморфных участков, полученные нами при генотипировании здоровых членов семей русской этнической принадлежности (200 чел.), мы сравнили с результатами, описанными в литературе.

Распределение частот аллелей гена НЬА-ШВ/ у здоровых родителей больных РС сходно с распределением частот аллелей этого гена у здоровых в Европе (ОгипеттаМ е1 а1., год), в Бразилии (ёа БПуа е1 а1., 2009) и в России (Во1ко е1 а1„ 2002).

Определенные нами частоты аллелей и генотипов СТЬА4 у здоровых индивидов русской этнической принадлежности находятся в хорошем соответствии с данными других авторов для этой же этнической группы (СЫз1уакоу е1 а1., 2000). При сравнении выявленных нами частот аллелей и генотипов у русских с данными литературы для других этнических групп не обнаружено значимых отличий от европеоидов - этнических датчан (ЯазтиБзеп е1

al., 2001), норвежцев (Harbo et al., 1999), шведов (Ligers et al., 1999), чехов (Hradsky et al., 2010) и испанцев (Marron et al., 1997). В то же время, наблюдаются значимые отличия частот аллелей А и G (р<0,00005) у русских от этнических японцев (Fukazawa et al., 1999), китайцев (Rasmussen et al., 2001) и корейцев (Marron et al., 1997): y русских (как и y других европеоидов) чаще встречается аллель А, тогда как у монголоидов - G. Достоверно различаются также частоты гомозигот АА и GG между этими этническими группами. Таким образом, распределение аллелей А и G гена CTLA4 может являться характерным признаком индивидов, принадлежащих к разным расам.

Что касается гена IFNG, в литературе мы не обнаружили данных по анализу полиморфного участка 874А>Т гена IFNG в русской популяции. Полученные нами результаты соответствуют частотам встречаемости аллелей и генотипов SNP 874A>T IFNG для бразильской популяции (Matos et al., 2007) и для финской популяции (Pertovaara et al., 2006). Частоты встречаемости аллелей и генотипов для русской этнической группы несколько отличаются от частот встречаемости аллелей и генотипов для хорватской популяции (Etokebe et al., 2006) и еще более отличаются от результатов генотипирования для иранской популяции (Izad et al., 2004). Неоднородное распределение частот даже внутри европеоидной расы говорит о выраженной этнической гетерогенности данного полиморфного участка и необходимости максимального уменьшения возможного влияния этнической гетерогенности при анализе ассоциации данного полиморфного участка с различными заболеваниями.

Частоты аллелей и генотипов полиморфного участка -174G>C гена IL6 у здоровых индивидов совпадают с частотами, описанными ранее для русской популяции (Данилко и др., 2007). Кроме того, полученные частоты аллелей совпадают с частотами аллелей в словацкой (Shawkatova et al., 2010), чешской (Holla et al., 2004), польской (Kocierz et al., 2009) и бразильской популяции (Trevilatto et al., 2003), но отличаются от популяций финнов (Tervonen et al., 2007) и англичан (Brett et al., 2005; Nibali et al., 2009).

Полученные частоты аллелей и генотипов полиморфного участка -308A>G гена TNF у здоровых индивидов совпадают с частотами, ранее определенными для русской популяции (Favorova et al., 2006; Бурмистрова и др., 2007; Коненков и др., 2008). Также они сходны с частотами в различных популяциях европеоидов (Mycko et al., 1998; Drulovic et al., 2003; Ristic et al., 2006).

Полученные частоты аллелей и генотипов полиморфного участка -5090Т гена TGFB1 согласуются с частотами, определенными в работах, проведенных для других европейских популяций (Cambien et al., 1996). Кроме того, они полностью согласуются с данными для русской популяции (Судомоина и др., 2010).

Литературные данные о частотах аллелей и генотипов полиморфного участка -590С>Т гена IL4 отличаются в различных источниках. Полученные нами данные согласуются с данными, полученными для ганской (Gyan et al., 2004), немецкой (Klein et al., 2001), английской (Heward et al., 2001) и финской (Pertovaara et al., 2006) популяций, а также с данными, указанными для европеоидов в описании данного полиморфного участка в базе данных SNP PubMed [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/snp_ref.cgi?rs=2243250]. Однако полученные нами данные значительно отличаются от данных, полученных для иранской (Amirzargar et al., 2009) и тайской (Tangteerawatana et al., 2009) популяций. Данные, существующие для русской популяции, разнятся. Так, часть данных, полученных для русской популяции или популяции европеоидов России, отличаются от полученных нами данных (Gervaziev et al., 2006; Коненков и др., 2006). Однако данные другого источника совпадают с нашими данными (Маркова и др., 2009).

В связи с этим, для валидации наших результатов, мы сравнили данные, полученные для родителей больных PC в этом исследовании, с неопубликованными данными, полученными в нашей лаборатории для здоровых индивидов: (частота аллеля С - 65%, частота аллеля Т - 35%, генотипы: СС - 54%, СТ - 40%, ТТ - 6%). Эти результаты, в целом, сходны с полученными нами данными для семей, хотя очевидно, что частота генотипа СС у здоровых родителей (64%) выше, чем в группе здоровых. Можно предположить, что ген IL4 вносит небольшой вклад в развитие PC, но на уровне, не достаточном для выявления ассоциации в имеющейся выборке. Трудно объяснить, чем вызваны отличия частот аллелей и генотипов данного полиморфизма в разных исследованиях, проведенных для русской популяции либо популяции европеоидов России. Выполненные в разных регионах России, они, возможно, отражают энтическую неоднородность рассматриваемых популяций. Это лишний раз иллюстрирует преимущества генетических исследований, проведенных на семейном материале и необходимость валидации данных, полученных для каждой популяции.

Полученные нами частоты аллелей и генотипов полиморфного участка CCR5(w—>d) сходны с таковыми для австралийской, испанской (Bennetts et al., 1997; Veloso et al., 2010), a также русской (Судомоина и др., 2010) популяций.

Выявленные частоты аллелей и генотипов полиморфного участка -403G>A гена RANTES сходны с частотами аллелей и генотипов, найденными для испанцев (Saenz-Lopez et al., 2008), англичан (Ahad et al., 2007) и немцев (Ahlenstiel et al., 2005), но несколько отличаются частот, найденных для китайской (Yao et al., 2009) популяции. Для русской популяции данные о распределении частот аллелей и генотипов русской популяции отсутствуют.

Полученные в данной работе частоты аллелей и генотипов SNP -15620Т гена ММР9 совпадают с частотами, описанными для бельгийской и канадской (Ogata et al., 2005), а также финской (Hulkkonen et al., 2004) популяций. Данных для русской популяции нами найдено не было.

В литературе мало работ, посвященных полиморфному участку 372С>Т гена TIMP1. Наблюдаемые нами частоты аллелей полиморфного участка 372С>Т гена TIMP1 у здоровых русских несколько отличаются от частот, выявленных для китайской (Yi et al., 2009) и голландской (Meijer et al., 2007) популяций.

Таким образом, в настоящей работе впервые у этнических русских определены частоты аллелей и генотипов 874А>Т IFNG, -403G>A RANTES, -1562С>Т ММР9 и 372С>Т TIMP1, и результаты, полученные для здоровых, хорошо соответствуют данным, известным для других европеоидов. Определенные нами частоты аллелей и генотипов других исследованных полиморфных участков у здоровых русских хорошо соответствуют данным, опубликованным ранее.

Ранее в нашей лаборатории (Boiko et al., 2002) при анализе ДНК членов 39 ядерных семей с больными PC потомками моложе 15 лет было показано сцепление/ассоциация с PC аллеля *15 гена DRB1 HLA класса II - главного фактора риска PC у большинства европеоидов (Фаворова и др., 2010). Этот анализ проводили с помощью "дуального" подхода, методом TDT для биаллельных локусов, сравнивая аллель *15 с совокупностью всех других аллелей гена DRB1 HLA класса. В настоящей работе впервые в России проведен анализ сцепления и ассоциации с PC всех анализируемых аллелей мультиаллельного полиморфизма гена HLA-DRB1 и подтверждены ранее установленные сцепление и ассоциация с PC аллеля DRB1* 15, независимо от возраста дебюта. Значение р не достигает такого высокого уровня значимости, который наблюдался во многих работах, где показана ассоциация с PC аллеля DRB1*15; это может быть связано с небольшой величиной исследованной выборки, а также с тем, что метод TDT является менее мощным, чем обычные методы "случай - контроль" (Risch, 1998; Haldar et al., 2011).

В настоящем исследовании, помимо ассоциации/сцепления PC с полиморфными аллелями гена DRB1, методом AFBAC показана ассоциация с PC аллеля TNF*(-30&)A и методом TDT показана неслучайная передача от родителей детям, больным PC, аллеля 77VF*(-308)A, т.е. сцепление/ассоциация этого аллеля с заболеванием. Эти результаты обладают большой доказательной силой, поскольку методы анализа на семейном материале снижают (a TDT полностью устраняет) эффекты стратификации популяции. Об этом же свидетельствует достаточно высокий уровень значимости результатов (р =0,003 и р = 0,01 для AFBAC и TDT, соответственно), полученный для относительно небольшой выборки.

Более высокий уровень значимости результатов для АБВАС согласуется с известным фактом более низкой мощности метода ТОТ по сравнению с анализом методом "случай - контроль" (Шзс1ша1.,1998).

Связь различных полиморфных участков гена Т1\V с РС широко исследована в мире (Фаворова и др., 2010). В исследованиях, проведенных в Иране, Китае и Болгарии, не выявили ассоциации аллелей полиморфного участка -308А>С гена ГЛТ^ с РС (КатаП-Загуе81аш е! а1., 2007; Оогщ е( а1., 2006; МШаПоуа е1 а1., 2005). В то же время, в другом исследовании иранского этноса, а также в работах, проведенных в ряде стран Балканского полуострова и в Польше, наблюдали значимую ассоциацию РС с аплелем А полиморфного участка гена-308А>С гена ТЫР (Муско е( а1„ 1998; ОгЫоую <Л а1„ 2003; Г^пс е( а1., 2007; 5аг1а1 е1 а1., 2008).

Для русской популяции ассоциацию носительства полиморфных вариантов 308А>0 гена ШИ с РС, исследовали ранее в нашей лаборатории, сравнивая частоты аллелей/генотипов у больных РС и неродственных индивидов контрольной группы, но не наблюдали значимых различий (Рауогоуа е1 а1., 2006). В то же время, в цитируемой работе с помощью алгоритма АР8ашр1ег было выявлено предрасполагающее к РС триаплельное сочетание, включающее тот же аллель ТЫР*(-308)А, сцепление/ассоциация с которым обнаружены нами методом ТОТ. Такое подтверждение ассоциации определенного аллеля с комплексным заболеванием независимыми методами на независимых выборках (валидация, или репликация) считается в настоящее время, из-за возможности ложно-положительных ассоциаций, необходимым условием для доказательства его роли как фактора риска.

В настоящей работе методом ТОТ (но не методом АРВАС) показана неслучайная передача от здоровых родителей больному потомку аллеля С БЫР -1562С>Т гена ММР9. В России исследования связи с РС данного полиморфного участка ранее не проводили. В одном из исследований, проведенных в Сербии, было выявлено, что носительство аллеля Т связано с меньшими предрасположенностью к РС и тяжестью этого заболевания, и у женщин с РС аллель Т значимо встречался реже, чем у мужчин (21укоу1с е! а!., 2007). Другое исследование, проведенное в Чешской республике, подтвердило эти данные, показав значимое снижение частоты аллеля Т у пациентов с РС по сравнению со здоровыми индивидами, особенно у женщин (Вепеэоуа е! а]., 2008). Эти данные, также полученные для популяций славян, согласуются с результатами нашей работы. Еще в одном исследовании, проведенном в Бразилии (Регпапёез е1 а1., 2009), не было выявлено ассоциации с РС аллелей этого гена, а в исследовании, проведенном в Польше (Мно\узка-Оиге1 е\ а1., 2009), аллель Т выступает в качестве аллеля предрасположенности к РС. Таким образом, имеющиеся на

сегодняшний день данные о предрасположенности аллелей полиморфного участка -15620Т гена ММР9 к PC являются противоречивыми и требуют дальнейшей валидадии.

Для остальных исследованных полиморфных участков (49A>G гена CTLA4, 874А>Т гена IFNG, -174G>C гена 116, -5090Т гена TGFB1, -5900Т гена IL4, (w-»d) гена CCR5, -403G>A гена RANTES и 372С>Т гена TIMP1), ассоциации с PC и неслучайной передачи аллелей от родителей больным PC детям мы не наблюдали. Ассоциации с PC полиморфного участка гена TIMPI впервые исследовали в настоящей работе. Что касается наших данных об отсутствии ассоциаций полиморфных участков 49A>G гена CTLA4, 874А>Т гена IFNG, -174G>C гена IL6, -5090Т гена TGFBI, -5900Т гена IL4, CC7?J(\v->d) и -403G>A гена RANTES для русской популяции, то они во многом согласуются с результатами, полученными по всему миру.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

В данной работе проанализирована роль ряда полиморфных участков генов иммунной системы, а также генов, кодирующих матриксную металлопротеиназу 9 и тканевый ингибитор металлопротеиназ 1, в развитии комплексного заболевания - рассеянного склероза. В целом, показана эффективность проведения семейного анализа генетической предрасположенности к PC как к полигенному заболеванию. На имеющемся у нас семейном материале 100 ядерных семей русской этнической принадлежности было показано, что три из выбранных нами для анализа в этой работе генов - HLA-DRB1, TNF и ММР9 - вовлечены в развитие PC. При сравнении результатов нашей работы с работами других авторов видна эффективность исследования PC в этнически однородных группах. Преимущество семейного анализа состоит в том, что он позволяет устранить проблемы, связанные с этнической гетерогенностью популяции, и есть все основания считать ассоциации, идентифицированные или реидентифицированные этим методом, окончательно установленными.

Выявление у индивидов ассоциированных с PC полиморфных участков в будущем может способствовать идентификации предрасположенных к этому заболеванию людей еще до заболевания и принятию адекватных мер профилактики.

Список использованных сокращений. ДНК - дезоксирибонуклеиновая кислота, е.а. - единицы активности, п.н. - пара нуклеотидов, ПДРФ - полиморфизм длины рестрикционных фрагментов, ПЦР - полимеразная цепная реакция, PC - рассеянный склероз, ЦНС - центральная нервная система, AFBAC (affected family-based control) - метод семейного анализа, в котором контрольная группа составлена из аллелей, не перенесенных от родителей больным детям, CCR5 - рецептор 5 СС-хемокинов (CC-chemokine receptor 5), CTLA4 - антиген 4 цитотоксических Т-лимфоцитов (cytotoxic Т lymphocyte antigen 4), HLA -лейкоцитарный антиген человека (human leukocyte antigen), IL-4 - интерлейкин-4, IL-6 -

интерлейкин-6, IFNy - интерферон-у, ММР9 - матриксная металлопротеиназа-9 (matrix metalloproteinase 9), RANTES - хемокин, регулируемый при активации, экспрессируемый и секретируемый нормальными Т-клетками (regulated upon activation, normal T cell expressed and secreted), SNP - однонуклеотидный полиморфизм (single nucleotide polymorphism), TDT -тест неравновесной передачи аллелей (transmission disequilibrium test), TGFpl -трансформирующий фактор роста pi (transforming growth factor pi), TIMP-1 - тканевый ингибитор матриксных металлопротеиназ-l (tissue inhibitor of matrix metalloproteinases-l), TNF - фактор некроза опухоли (tumor necrosis factor)

6. выводы

1. Впервые в русской популяции определены частоты аллелей и генотипов 874А>Т IFNG, -403G>A RANTES, -1562С>Т АШР9 и 372С>Т Т1МР1, и результаты, полученные для здоровых, хорошо соответствуют данным, известным для других европеоидов. Определенные нами частоты аллелей и генотипов полиморфного участка гена HLA-DRB1, полиморфных участков 49A>G CTLA4, 874А>Т IFNG, ~mG>CIL6, -308A>G TNF, -5090T TGFB1, -5900T IL4 и CCR5(w-»d) у здоровых русских хорошо соответствуют опубликованным ранее.

2. Методом неравновесной передачи аллелей (TDT) на репрезентативной выборке из 100 семей русской этнической принадлежности выявлено сцепление/ассоциация аплеля А полиморфного участка -308A>G гена TNF с PC. Ассоциация этого аплеля с PC подтверждена другим методом семейного анализа (AFBAC). Согласно современным критериям, участие гена TNF в формировании генетической предрасположенности к PC тем самым окончательно доказано.

3. Методом ТОТ на семейном материале выявлено сцепление/ассоциация аллеля С полиморфного участка-1562С>Т гена UMP9 с PC у русских. Ассоциация этого аллеля с PC не наблюдалась, однако, при анализе методом AFBAC.

4. Методами ТОТ и AFBAC на семейном материале подтверждены ранее установленные для русской популяции (на меньших выборках) сцепление/ассоциация с PC аллеля HLA-DRB1*15. Валидация полученных ранее результатов позволяет считать эти выводы окончательными.

5. При анализе методами ТОТ и AFBAC полиморфных участков других генов воспалительного и иммунного ответа (49A>G CTLA4, 874А>Т IFNG, -174G>C 1L6, -509С>Т TG FBI, -590С>Т IL4, CO?5(w-»d) и -403G>A RANTES и 372C>T TIMP1) не наблюдали сцепления/ассоциации с PC.

СПИСОК ПУБЛИКАЦИЙ ПО ТЕМЕ ДИССЕРТАЦИИ

1. О. Е. Мустафина, А. М. Михайлова, К. 3. Бахтиярова, О. Ю. Макарычева, М. А. Судомоина, А. Н. Бойко, С. А. Ворончихина, Л. И. Волкова, Р. В. Магжанов, О. О. Фаворова. Полиморфизм гена аполипопротеина Е и риск развития рассеянного склероза у этнических русских. Молекулярная биология. 200В; 42(6): 957-64.

2. О. Ю. Макарычева, Е. Ю. Царева, М. А. Судомоина, О. Г. Кулакова, О. В. Быкова, Н. В. Гольцова, J1. М. Кузенкова, А. Н. Бойко, О. О. Фаворова. Анализ сцепления и ассоциации аллелей генов провоспалительных цитокинов IL-6, IFNg и TNF с рассеянным склерозом с помощью теста неравновесной передачи аллелей (TDT). Молекулярная биология, 2010, том 44, № 5, с. 1-7.

3. О. Ю. Макарычева, Е. Ю. Царева, М. А. Судомоина, О. Г. Кулакова, Б. В. Титов, О. В. Быкова, Н. В. Гольцова, JI. М. Кузенкова, А. Н. Бойко, О. О. Фаворова Семейный анализ сцепления и ассоциации полиморфизма генов DRBI, CTLA4, TGFB1, IL4, CCR5, RANTES, ММР9 и TIMP1 с рассеянным склерозом. Acta Naturae, том 3 № 1 (8) 2011, 91-98.

4. О. Ю. Макарычева, С. Г. Щур, Е. Ю. Царева, О. А. Гуторова, Б. В. Титов, О. Г. Кулакова, А. Н. Бойко, М. А. Судомоина, О. О. Фаворова. Анализ ассоциации сочетаний нескольких генов с рассеянным склерозом, особенностями его течения и с возрастом его дебюта. Материалы научно-практической конференции "Медико-биологические науки для теоретической и практической медицины", Москва, 2008 г., стр. 67.

5. О. Г. Кулакова, И. Д., Константинова, И. С. Музыка, Е. Ю. Царева, О. Ю. Макарычева, С. Г. Щур, А. Н. Бойко, А. И. Мирошников, О. О. Фаворова. Влияние отечественного цитостатического препарата кладрибин на мононуклеарные клетки крови больных рассеянным склерозом. Материалы научно-практической конференции "Медико-биологические науки для теоретической и практической медицины", Москва, 2008 г., стр. 60.

6. Alexander Favorov, Olga Favorova, Marina Sudomoina, Olga Koulakova, Olga Makarycheva, Giovanni Parmigiani, Michael Ochs. Allelic Pattern Sampler: Genetic Combinations Underlying Complex Diseases. Proceedings of HGV-2009, Talinn, Estonia, 2009, p. 51.

Подписано в печать: 19.12.2011 Объем: 1,5 усл.пл. Тираж: 75 экз. Заказ № 1075 Отпечатано в типографии «Реглет» 119526, г. Москва, пр-т Вернадского,39 (495) 363-78-90; www.reglet.ru

Содержание диссертации, кандидата биологических наук, Макарычева, Ольга Юрьевна

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

ВВЕДЕНИЕ

1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Этиология и клинико-эпидемиологическая характеристика РС

1.1.1. Клинические признаки РС

1.1.2. Эпидемиология РС 11 1.1.3 Этиология и патогенез РС

1.2. Исследование наследственных факторов в этиологии РС: анализ ассоциации и сцепления

1.2.1 Подход "ген-кандидат"

1.2.2. Полногеномный поиск ассоциаций (О'ЭДАБ)

1.2.3. Анализ вклада генов-кандидатов в предрасположенность к

РС на семейном материале

1.2.3.1. Метод АБВАС

1.2.3.2. Тест неравновесной передачи аллелей (ТБТ)

2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2.1. Использованные реактивы

2.2. Объект исследования

2.3. Полиморфные участки генов, анализ которых проводился в работе

2.4. Выделение геномной ДНК из периферической крови

2.5. Геномное типирование 36 2.5.1. Геномное типирование локуса НЬА-ИЯВ!

2.5.2. Геномное типирование полиморфного участка в положении +49 первого экзона гена CTLA

2.5.3. Геномное типирование полиморфного участка в положении +874 гена IFNG

2.5.4. Геномное типирование полиморфного участка в положении -174 гена Л б

2.5.5. Геномное типирование полиморфного участка в положении -308 гена TNF

2.5.6. Геномное типирование полиморфного участка в положении -509 гена TGFB

2.5.7. Геномное типирование полиморфного участка в положении -590 гена IL

2.5.8. Геномное типирование полиморфного участка в гене CCR

2.5.9. Геномное типирование полиморфного участка в положении -403 гена RA NT ES

2.5.10. Геномное типирование полиморфного участка в положении -1562 гена ММР

2.5.11. Геномное типирование полиморфного участка в положении +372 гена TIMP

2.6. Статистический анализ

3. РЕЗУЛЬТАТЫ

3.1. Обоснование выбора генов-кандидатов для исследования предрасположенности к PC у русских

3.1.1. Ген HLA-DRB

3.1.2. Ген CTLA

3.1.3. Гены провоспалительных цитокинов

3.1.4. Гены антивоспалительных цитокинов

3.1.5. Гены RANTES и CCR

3.1.6. Гены ММР9 и TIMP

3.2. Анализ полиморфизма гена HLA-DRB

3.3. Анализ полиморфизма 49A>G гена CTLA

3.4. Анализ полиморфизма 874А>Т гена IFNG

3.5. Анализ полиморфизма -174G>C гена IL

3.6. Анализ полиморфизма -308A>G гена TNF

3.7. Анализ полиморфизма -5090Т гена TGFB

3.8. Анализ полиморфизма -5900Т гена IL

3.9. Анализ полиморфизма CCR5(w—>d) 71 ЗЛО. Анализ полиморфизма -403G>А гена RANTES

3.11. Анализ полиморфизма -1562С>Т гена ММР

3.12. Анализ полиморфизма 372С>Т гена TIMP

4. ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ

Введение Диссертация по биологии, на тему "Семейный анализ генетической предрасположенности к рассеянному склерозу"

Рассеянный склероз (РС) представляет собой тяжелое воспалительное заболевание центральной нервной системы (ЦНС), приводящее к инвалидизации. Поражая преимущественно молодых работоспособных людей, РС представляет собой серьезную медицинскую и социальную проблему. Он относится к заболеваниям со средним уровнем распространенности (до 200 человек на 100000 населения). В России частота РС составляет от 30 до 70 человек на 100000 населения, что соответствует среднему и высокому (выше 50) риску РС [1]. РС характеризуется множеством клинических форм и проявлений [2]. Этиология РС до настоящего времени является неизвестной, но показано, что РС является типичным комплексным заболеванием, в развитие которого большой вклад вносит наследственная предрасположенность с неменделевским полигенным типом наследования, на основе которой действуют остальные факторы риска [3, 4]. Сложность взаимодействий внешних и генетических факторов предрасположенности не позволяет однозначно предсказать возникновение РС исходя из отдельно взятого признака, однако выявление даже ограниченного эффекта того или иного гена на развитие или характер течения РС может способствовать пониманию биологической природы заболевания и открыть новые возможности для его профилактики и лечения. Несмотря на многочисленные усилия исследователей, вопрос о факторах генетической предрасположенности к РС далек от своего разрешения. Для идентификации генов, определяющих предрасположенность к РС, в настоящее время используют две основные стратегии: выяснение роли того или иного гена-кандидата, выбранного исходя из возможной роли его белкового продукта в этиологии и патогенезе заболевания, и полный геномный скрининг с использованием больших панелей генетических маркеров, равномерно распределенных по геному. Часто в этих исследованиях наблюдается низкая воспроизводимость результатов, которую связывают, наряду с этническими различиями между рассматриваемыми в разных исследованиях группами индивидов, с искажением результатов вследствие этнической гетерогенности больных и здоровых в одном исследовании, а также с влиянием факторов окружающей среды [5].

Чтобы исключить влияние этнической неоднородности сравниваемых групп больных и неродственных здоровых, разработаны различные подходы, основанные на анализе семейного материала. Один из них - полный геномный поиск областей генома, сцепленных с PC - оказался подходом недостаточно информативным, скорее всего, вследствие его низкой чувствительности [6]. В настоящей работе для анализа ассоциаций использован метод семейного анализа, AFBAC (affected family-based control), в котором контрольную группу составляют из тех аллелей здоровых родителей, которые не передаются больным потомкам [7, 8]. Кроме того, в настоящей работе для анализа как ассоциации, так и сцепления, использован метод неравновесной передачи аллелей (transmission disequilibrium test, TDT) [9, 10], в основе которого лежит анализ случаев передачи маркерного гаплотипа от гетерозиготных родителей больным детям. Этот метод позволяет исключить не только влияние этнической неоднородности сравниваемых групп больных и неродственных здоровых, но и, в определенной степени, влияние факторов' окружающей среды, и является более чувствительным, чем' полный геномный поиск на семейном материале [11].

Анализ предрасположенности к PC с помощью метода AFBAC уже проводили в Италии [12, 13], Великобритании [14], Бельгии [15] и Франции [16]. Метод TDT использовали для анализа сцепления и ассоциации аллелей ряда генов-кандидатов с PC в разных этносах [17-21], в том числе и у русских [22]. В последнее время этот метод стали применять не только для анализа вклада отдельных генов в развитие PC, но и в качестве инструмента при полногеномном поиске ассоциаций [20,23, 24].

Целью настоящей работы является семейный анализ генетической предрасположенности к PC у русских. Исходя из сложившихся представлений о полигенной природе PC, проведен анализ на семейном материале вклада в предрасположенность к PC полиморфных участков генов следующих генов иммунной системы: HLA-DRB1, CTLA4, IFNG, IL6, TNF, TGFB1, IL4, CCR5, RANTES, а также генов, кодирующих матриксную металлопротеиназу 9 (ММР9) и тканевый ингибитор металлопротеиназ 1 (TIMP1).

Для достижения поставленной цели были сформулированы следующие конкретные задачи:

- Провести геномное типирование функционально значимых полиморфных участков гена 1 бета-цепи человеческого лейкоцитарного антигена DR (HLA-DRB1), гена антигена 4 цитотоксических Т-лимфоцитов (CTLA4), генов интерферона-у (IFNG), интерлейкина-6 (ILб), фактора некроза опухоли (TNF), трансформирующего фактора роста-бета 1 (TGFB1), интерлейкина-4 (IL4), гена рецептора СС-хемокинов-5 (CCR5), гена хемокина, регулируемого при активации, экспрессируемого и секретируемого нормальными Т-клетками (RANTES, или CCL5), гена матриксной металлопротеиназы-9 (ММР9) и гена тканевого ингибитора матриксных (металлопротеиназ (TIMP1) для неродственных больных PC и их здоровых родителей, русских по этнической принадлежности.

- Провести семейный анализ сцепления и ассоциации аллелей и генотипов исследованных генов с развитием PC с помощью метода неравновесной передачи аллелей (TDT).

Научная новизна. В настоящем исследовании впервые исследовали гены IFNG IL6, IL4, RANTES, ММР9 и TIMP1 как кандидаты на роль факторов риска PC у этнических русских. Впервые проведен анализ на семейном материале ассоциации и сцепления аллелей однонуклеотидных полиморфизмов этих генов и генов CTLA4, TNF, TGFB1 и CCR5, а также всех анализируемых аллелей мультиаллельного полиморфизма гена HLA-DRB1 с PC у русских. Настоящая работа представляет собой целостное систематическое исследование вклада функционально значимых полиморфных участков 11-ти генов воспалительного и иммунного ответа в развитие PC у русских.

Впервые на семейном материале методом TDT выявлены одновременно сцепление и ассоциация с PC аллеля 77VF*(-308)A и аллеля ММР9*(-1562) у этнических русских. С помощью этого метода наблюдали также сцепление и ассоциацию с PC группы аллелей YILA-DRB1 *15 у русских и тем самым валидировали (реидентифицировали) результаты, полученные ранее на независимой выборке меньшего размера [22].

Полученные нами методом TDT результаты, свидетельствующие об ассоциации с PC аллеля TNF*(-308)А и группы аллелей HLA-DRBJ *15, были подтверждены в независимом анализе методом AFBAC.

Практическая значимость работы. Изучение PC на молекулярно-генетическом уровне может в будущем позволить индивидуально оценивать степень риска его развития у индивидов, разработать эффективные основы профилактики с учетом генетической конституции отдельного индивида.

Заключение Диссертация по теме "Молекулярная биология", Макарычева, Ольга Юрьевна

6. выводы

1. Впервые в русской популяции определены частоты аллелей и генотипов 874А>Т IFNG, -403G>А RANTES, -15620Т ММР9 и 372С>Т TIMP1, и результаты, полученные ' для здоровых, хорошо соответствуют данным, известным для других европеоидов. Определенные нами частоты аллелей и генотипов полиморфного участка гена I IL A-DRBI, полиморфных участков 49A>G CTLA4, 874А>Т IFNG, - 174G>C IL6, -308A>G TNF, -5090Т TGFB1, -590C>T IL4 и CCR5(w—>d) у здоровых русских хорошо соответствуют опубликованным ранее.

2. Методом неравновесной передачи аллелей (TDT) на репрезентативной выборке из 100 семей русской этнической принадлежности выявлено сцепление/ассоциация аллеля А полиморфного участка -308A>G гена: TNF с PC. Ассоциация этого аллеля с PC подтверждена другим методом семейного анализа (AFBAC). Согласно современным критериям, участие гена TNF в формировании генетической предрасположенности к PC тем самым окончательно доказано. . • ,

3. Методом TDT на семейном материале выявлено сцепление/ассоциация аллеля С полиморфного участка -1562ОТ гена ММР9 с PC у русских. Ассоциация этого аллеля с PC не наблюдалась, однако, при анализе методом AFBAC.

4. Методами TDT и AFBAC на семейном материале подтверждены ранее установленные для русской популяции (на меньших выборках) сцепление/ассоциация с PC аллеля HLA-DRB1*15. Валидация полученных ранее результатов позволяет считать эти выводы окончательными. • '.>';

5. При анализе методами TDT и AFBAC полиморфных участков других генов воспалительного и иммунного ответа (49A>G GTLA4, 874А>Т IFNG, -174G>C IL6, -509С>Т TGFB1, -5900Т IL4, CCR5{w->d) и -403G>A RANTES и 372C>T TIMP1) не наблюдали сцепления/ассоциации с PC.

5. заключение

В целом, наша работа показала эффективность проведения семейного анализа генетической предрасположенности к PC как к полигенному заболеванию. На имеющемся у нас семейном материале 100 ядерных семей русской этнической принадлежности было показано, что три из выбранных нами для анализа в этой работе генов - HLA-DRB1, TNF и ММР9 - вовлечены в развитие PC. При сравнении результатов нашей работы с работами других авторов видна эффективность исследования PC в этнически однородных группах. Преимущество семейного анализа состоит в том,, что он позволяет устранить проблемы, связанные с этнической гетерогенностью популяции, и есть все основания считать ассоциации, идентифицированные или реидентифицированные этим методом, окончательно установленными.

В данной работе впервые исследовали ассоциации с PC полиморфного участка гена TIMP1 и не наблюдали их. Кроме того, наши данные об отсутствии ассоциаций полиморфных участков 49A>G гена CTLA4, 874А>Т гена IFNG, -174G>C гена IL6, -5090Т гена TGFB1, -590С>Т гена IL4, CCR5(w->d) и -403G>A гена RANTES для русской популяции во многом согласуются с данными, полученными по всему миру.

Библиография Диссертация по биологии, кандидата биологических наук, Макарычева, Ольга Юрьевна, Москва

1. Гусев Е.И. Рассеянный склероз и другие демиелинизирующие заболевания. // Миклош. 2004.-540 с.

2. Richards R.G., Sampson F.C., Beard S.M., Tappenden P. A review of the natural history and epidemiology of multiple sclerosis: implications for resource allocation and health economic models. Health Technol Assess, 2002, Y.6 №10, P.1-73.

3. Dyment D.A., Ebers G.C., Sadovnick A.D. Genetics of multiple sclerosis. Lancet Neurol,2004, V.3 №2, P. 104-10.

4. Zhang H., Zhao H., Merikangas K. Strategies to identify genes for complex diseases. Ann Med, 1997, V.29 №6, P.493-8.

5. Hattersley А.T., McCarthy M.I. What makes a good genetic association study? Lancet,2005, V.366 №9493, P. 1315-23.

6. Risch N.J. Searching for genetic determinants in the new millennium. Nature, 2000, V.405 №6788, P.847-56.

7. Thomson G. Mapping disease genes: family-based association studies. Am J Hum Genet, 1995, V.57 №2, P.487-98.

8. Spielman R.S., Ewens W.J. The TDT and other family-based tests for linkage disequilibrium and association. Am J Hum Genet, 1996, V.59 №5, P.983-9.

9. Terwilliger J.D. A powerful likelihood method for the analysis of linkage disequilibrium between trait loci and one or more polymorphic marker loci. Am J Hum Genet, 1995, V.56 №3, P.777-87.

10. Spielman R.S., McGinnis R.E. Ewens W.J. Transmission test for linkage disequilibrium: the insulin gene region and insulin-dependent diabetes mellitus (IDDM). Am J Hum Genet, 1993, V.52 №3, P.506-16.

11. Alizadeh M., Genin E., Babron M.C., Birebent B., Cournu-Rebeix I., Yaouanq J., Dreano S., Sawcer S., Compston A., Clanet M., Edan G., Fontaine B., Clerget-Darpoux F.,

12. Semana G. Genetic analysis of multiple sclerosis in Europeans: French data. J Neuroimmunol, 2003, V.143№l-2, P.74-8.

13. Wilier C.J., Dyment D.A., Cherny S., Ramagopalan S.V., Herrera B.M., Morrison K.M., Sadovnick A.D., Risch N.J., Ebers G.C. A genome-wide scan in forty large pedigrees with multiple sclerosis. J Hum Genet, 2007, Y.52 №12, P.955-62.

14. Макдональд В.Я., Фазекас Ф., Томпсон А.Д. Диагностика рассеянного склероза. Журнал неврологии и психиатрии имени С.С.Корсакова, 2003, Том 2, стр.4-9.

15. Poser С.М., Brinar V.V. Diagnostic criteria for multiple sclerosis. Clin Neurol Neurosurg, 2001, V.103 №l, P.l-11.

16. McDonald W.I., Ron M.A. Multiple sclerosis: the disease and its manifestations. Philos Trans RSocLond В Biol Sci, 1999, V.354№1390, P.1615-22.

17. Schmidt H., Williamson D., Ashley-Koch A. HLA-DR15 Haplotype and Multiple Sclerosis: A HuGE Review. Am J Epidemiol, 2007, V.165 №10, P.1097-109.

18. Kurtzke J.F. Epidemiology of multiple sclerosis. Does this really point toward an etiology? Lectio Doctoralis. Neurol Sci, 2000, V.21 №6, P.383-403.

19. Гусев Е.И., Демина Т.Л., Бойко A.H. Рассеянный склероз. // М., 1997. 464с.

20. Dean G. Annual incidence, prevalence, and mortality of multiple sclerosis in white South-African-born and in white immigrants to South Africa. Br Med J, 1967, V.2 N'5554, P.724-30.

21. Farrall M. Mapping genetic susceptibility to multiple sclerosis. Lancet, 1996, V.348 №9043, P.l674-5.

22. Sadovnick A.D., Ebers G.C., Dyment D.A., Risch N.J. Evidence for genetic basis of multiple sclerosis. The Canadian Collaborative Study Group. Lancet, 1996, V.347 N•9017, P. 1728-30.

23. Robertson N.P., Fraser M., Deans J., Clayton D., Walker N., Compston D.A. Age-adjusted recurrence risks for relatives of patients with multiple sclerosis. Brain, 1996, V.119 ( Pt 2), P.449-55.

24. Hewagama A., Richardson B. The genetics and epigenetics of autoimmune diseases. J Autoimmun, 2009, V.33№l, P.3-11.

25. Ebers G.C., Sadovnick A.D., Risch N.J. A genetic basis for familial aggregation in multiple sclerosis. Canadian Collaborative Study Group. Nature, 1995, V.377 N"6545, P.150-1.

26. Sadovnick A.D., Dircks A., Ebers G.C. Genetic counselling in multiple sclerosis: risks to sibs and children of affected individuals. Clin Genet, 1999, V.56 №2, P. 118-22.

27. Бойко A.H., Фаворова O.O. Рассеянный склероз: молекулярные и клеточные ' механизмы. Молекулярная биология, 1995, Том 29 №4, стр.727-749.

28. Compston A., Coles A. Multiple sclerosis. Lancet, 2002, V.359 №9313, Р.1221-31.

29. Bruck W., Stadelmann С. The spectrum of multiple sclerosis: new lessons from pathology. Curr Opin Neurol, 2005, V.18№3, P.221-4.

30. Byrnes A.A., McArthur J.C., Karp C.L. Interferon-beta therapy for multiple sclerosis induces reciprocal changes in interleukin-12 and interleukin-10 production. Ann Neurol, 2002, V.51 №2, P.165-74.

31. Prat A., Antel J. Pathogenesis of multiple sclerosis. Curr Opin Neurol, 2005, V.18 N'3, P.225-30.

32. Bach J.F. Infections and autoimmune diseases. J Autoimmun, 2005, V.25 Suppl., P.74-80.

33. Bar-Or A., Oliveira E.M., Anderson D.E., Hafler D.A. Molecular pathogenesis of multiple sclerosis. J Neuroimmunol, 1999, V.100№l-2, P.252-9.

34. Hauser S.L., Oksenberg J.R. The neurobiology of multiple sclerosis: genes, inflammation, and neurodegeneration. Neuron, 2006, V.52 №l, P.61-76.

35. Kikly K., Liu L., Na S., Sedgwick J.D. The IL-23/Th(17) axis: therapeutic targets for autoimmune inflammation. Curr Opin Immunol, 2006, V.18 №б, P.670-5.

36. Romagnani S. Regulation of the T cell response. Clin Exp Allergy, 2006, V.36 №11, P.1357-66.

37. Заргарова T.A., Фаворова O.O. Исследование роли цитокинов при экспериментальном аутоиммунном энцефаломиелите и рассеянном склерозе. Иммунология, 1999, Том 5, стр.9-13.

38. Compston A., Sadovnick A.D. Epidemiology and genetics of multiple sclerosis. Curr Opin Neurol Neurosurg, 1992, V.5 №2, P.l75-81.

39. Bomprezzi R., Kovanen P.E., Martin R. New approaches to investigating heterogeneity in complex traits. J Med Genet, 2003, V.40 N'8, P.553-9.

40. Oksenberg J.R., Baranzini S.E., Sawcer S., Hauser S.L. The genetics of multiple sclerosis: SNPs to pathways to pathogenesis. Nat Rev Genet, 2008, V.9 №7, P.516-26.

41. Herrera B.M., Ebers G.C. Progress in deciphering the genetics of multiple sclerosis. Curr Opin Neurol, 2003, Y.16 №3, P.253-8.

42. Судомоина M.A., Фаворова O.O. Поиск генов предрасположенности к рассеянному склерозу. Молекулярная биология, 2000, Том 34 №4, стр.654-70.

43. Фаворова O.O., Кулакова О.Г., Бойко A.H. Рассеянный склероз как полигенное заболевание: современное состояние проблемы. Генетика, 2010, Том.46 №3, стр.302-313.

44. Abdeen H., Heggarty S., Hawkins S.A., Hutchinson M., McDonnell G.V., Graham C.A. Mapping candidate non-MHC susceptibility regions to multiple sclerosis. Genes Immun, 2006, V.7 №6, P.494-502.

45. Yousefipour G., Erfani N., Momtahan M., Moghaddasi H., Ghaderi A. CTLA4 exon 1 and promoter polymorphisms in patients with multiple sclerosis. Acta Neurol Scand, 2009, V.120 №6, P.424-9.

46. Ban M., Stewart G.J., Bennetts B.H., Heard R., Simmons R., Maranian M., Compston A., Sawcer S.J. A genome screen for linkage in Australian sibling-pairs with multiple sclerosis. Genes Immun, 2002, V.3№8, P.464-9.

47. Genome-wide association study identifies new multiple sclerosis susceptibility loci on chromosomes 12 and 20. Nat Genet, 2009, V.41 №7, P.824-8.

48. Nada M.A., Labib D.A. Tumor Necrosis Factor Alpha Gene -376 Polymorphism and Susceptibility to Multiple Sclerosis: An Egyptian Study. J Neuroimmune Pharmacol, 2011, V.6 №142-7.

49. Ronaghi M., Vallian S., Etemadifar M. CD24 gene polymorphism is associated with the disease progression and susceptibility to multiple sclerosis in the Iranian population. Psychiatry Res, 2009, V.170 №2-3, P.271-2.

50. Coraddu F., Sawcer S., D'Alfonso S., Lai M., Hensiek A., Solla E., Broadley S., Mancosu C., Pugliatti M., Marrosu M.G., Compston A. A genome screen for multiple sclerosis in Sardinian multiplex families. Eur J Hum Genet, 2001, Y.9 №8, P.621-6.

51. Mirowska-Guzel D., Gromadzka G., Czlonkowski A., Czlonkowska A. Association of

52. MMP1, MMP3, MMP9, and MMP12, polymorphisms with risk and clinical course ofimultiple sclerosis in a Polish population. J Neuroimmunol, 2009, V.214 №1-2, P.l 13-7.

53. Zivkovic M., Djuric T., Dincic E., Raicevic R., Alavantic D., Stankovic A. Matrix metalloproteinase-9 -1562 C/T gene polymorphism in Serbian patients with multiple sclerosis. J Neuroimmunol, 2007, V.189№l-2, P.147-50.

54. Benesova Y., Vasku A., Stourac P., Hladikova M., Beranek M., Kadanka Z., Novotna H., Bednarik J. Matrix metalloproteinase-9 and matrix metalloproteinase-2 gene polymorphisms in multiple sclerosis. J Neuroimmunol, 2008, V.205 №1-2, P.105-9.

55. Olsson T., Hillert J. The genetics of multiple sclerosis and its experimental models. Curr OpinNeurol,2008, V.2l№3, P.255-60.

56. Falk C.T., Rubinstein P. Haplotype relative risks: an easy reliable way to construct a proper control sample for risk calculations. Ann Hum Genet, 1987, V.51 №Pt 3, P.227-33.

57. Noble J.A., Valdes A.M., Bugawan T.L., Apple R.J., Thomson G., Erlich H.A. The HLA class IA locus affects susceptibility to type 1 diabetes. Hum Immunol, 2002, Y.63 №8, P.657-64.

58. Bilbao J.R., Martin-Pagola A., Calvo B., Perez de Nanclares G., Gepv N., Castano L. Contribution of MIC-A polymorphism to type 1 diabetes mellitus in Basques. Ann N Y Acad Sci, 2002, V.958, P.321-4.

59. Maalej A., Petit-Teixeira E., Michou L., Rebai A., Cornelis F., Ayadi H. Association study of VDR gene with rheumatoid arthritis in the French population. Genes Immun, 2005, V.6 №8, P.707-11.

60. Schulze T.G., McMahon F.J. Genetic association mapping at the crossroads: which test and why? Overview and practical guidelines. Am J Med Genet, 2002, V.114 №l, P.l-11.

61. Sebro R., Rogus J.J. The power of the Transmission Disequilibrium Test in the presence of population stratification. Eur J Hum Genet, V.18 №9, P.1032-8.

62. Галимова, В. Л. Ахметова, Э. К. Хуснутдинова. Молекулярпо-генетические основы предрасположенности к псориазу. Генетика., 2008, Том .44 N'5, стр.594-605.

63. Orton S.M., Ramagopalan S.V., Para А.Е., Lincoln M.R., Handunnetthi L., Chao M.J., Morahan J., Morrison K.M., Sadovnick A.D., Ebers G.C. Vitamin D metabolic pathway genes and risk of multiple sclerosis in Canadians. J Neurol Sci, V.305 №1-2, P. 116-20.

64. Cocco E., Murru M.R., Melis C., Schirru L., Solla E., Lai M., Rolesu M., Marrosu M.G.

65. PTPRC (CD45) C77G mutation does not contribute to multiple sclerosis susceptibility in

66. Sardinian patients. J Neurol, 2004, V.251 №9, P.1085-8.

67. Cocco E., Mancosu C., Fadda E., Murru M.R., Costa G., Murru R., Marrosu M.G. Lack of evidence for a role of the myelin basic protein gene in multiple sclerosis susceptibility in Sardinian patients. J Neurol, 2002, V.249 №l 1, P.l 552-5.

68. He В., Giedraitis V., Ligers A., Binzer M., Andersen P.M., Forsgren L., Sandkuijl L.A., Hillert J. Sharing of a conserved haplotype suggests a susceptibility gene for multiple sclerosis at chromosome 17pll. Eur J Hum Genet, 2002, V.10 №4, P.271-5.

69. Martinez Doncel A., Rubio A., Arroyo R., de las Heras V., Martin C., Fernandez-Arquero M., de la Concha E.G. Interleukin-10 polymorphisms in Spanish multiple sclerosis patients. J Neuroimmunol, 2002, Y.131 №1-2, P.168-72.

70. Dyment D.A., Steckley J.L., Wilier C.J., Armstrong H., Sadovnick A.D., Risch N., Ebers G.C. No evidence to support CTLA-4 as a susceptibility gene in MS families: the Canadian Collaborative Study. J Neuroimmunol, 2002, V.123N'l-2, P.193-8.

71. Curtis D., Sham P.C. A note on the application of the transmission disequilibrium test when a parent is missing. Am J Hum Genet, 1995, V.56 N'3, P. 811-2.

72. Bickeboller H., Margaritte-Jeannin P., Babron M.C., Clerget-Darpoux F. Systematic search of susceptibility loci with methods using gametic disequilibrium. Genet Epidemiol, 1995, V.12N-6, P.577-82.

73. Rice J.P., Neuman R.J., Hoshaw S.L., Daw E.W., Gu C. TDT with covariates and genomic screens with mod scores: their behavior on simulated data. Genet Epidemiol, 1995, V.12N-6, P.659-64.

74. Sham P.C., Curtis D. An extended transmission/disequilibrium test (TDT) for multi-allele marker loci. Ann Hum Genet, 1995, V.59 №Pt 3, P.323-36.

75. Cleves M.A., Olson J.M., Jacobs K.B. Exact transmission-disequilibrium tests with multiallelic markers. Genet Epidemiol, 1997, V.14 №4, P.337-47.

76. Wilson S.R. On extending the transmission/disequilibrium test (TDT). Ann Hum Genet, 1997, V.61 N'Pt 2, P.151-61.

77. Zhao H., Zhang S., Merikangas K.R., Trixler M., Wildenauer D.B., Sun F., Kidd K.K. Transmission/disequilibrium tests using multiple tightly linked markers. Am J Hum Genet, 2000, V.67N-4, P.936-46.

78. Lazzeroni L.C., Lange K. A conditional inference framework for extending the transmission/disequilibrium test Hum Hered, 1998, V.48N'2, P.67-81.

79. Curtis D. Use of siblings as controls in case-control association studies. Ann Hum Genet, 1997, V.61 №Pt4, P.319-33.

80. Spielman R.S., Ewens W.J. A sibship test for linkage in the presence of association: the sib transmission/disequilibrium test. Am J Hum Genet, 1998, V.62 №2, P.450-8.

81. Hassan A., Sham P.C., Markus H.S. Planning genetic studies in human stroke: sample size estimates based on family history data. Neurology, 2002, Y.58 №10, P. 1483-8.

82. He X., Zhu D.L., Chu S.L., Jin L., Xiong M.M., Wang G.L., Zhang W.Z., Zhou H.F., Mao S.Y., Zhan Y.M., Zhuang Q.N., Liu X.M., Zhao Y., Huang W. alpha-Adducin gene and essential hypertension in China. Clin Exp Hypertens, 2001, V.23 №7, P.579-89.

83. Chistiakov D.A., Savost'anov K.V., Nosikov V.V. CTLA4 gene polymorphisms are associated with, and linked to, insulin-dependent diabetes mellitus in a Russian population. BMC Genet, 2001, V.2, P.6.

84. Horvath S., Laird N.M. A discordant-sibship test for disequilibrium and linkage: no need for parental data. Am J Hum Genet, 1998, Y.63 №6, P.1886-97.

85. Whittaker J.C., Lewis C.M. Power comparisons of the transmission/disequilibrium test and sib-transmission/disequilibrium-test statistics. Am J Hum Genet, 1999, Y.65 №2, P.578-80.

86. Boehnke M., Langefeld C.D. Genetic association mapping based on discordant sib pairs: the discordant-alleles test. Am J Hum Genet, 1998, V.62 №4, P.950-61.

87. Sun F., Flanders W.D., Yang Q., Khoury M.J. Transmission disequilibrium test (TDT) when only one parent is available: the 1-TDT. Am J Epidemiol, 1999, V.150 №l, P.97-104.

88. Sun F., Cheng R., Flanders W.D., Yang Q., Khoury M.J. Whole genome association studies for genes affecting alcohol dependence. Genet Epidemiol, 1999, V.17 Suppl 1, P.S337-42.

89. De Marco P., Merello E., Calevo M.G., Mascelli S., Raso A., Cama A., Capra V. Evaluation of a methylenetetrahydrofolate-dehydrogenase 1958G>A polymorphism for neural tube defect risk J Hum Genet, 2006, V.51 №2, P.98-103.

90. Chen J.H., Cheng K.F. A robust TDT-type association test under informative parental missingness. Stat Med, 2011, V.30 N'3, P.291-7.

91. Belonogova N.M., Axenovich T.I.,Aulchenko Y.S., A powerful genome-wide feasible approach to detect parent-of origin effects in studies of quantitative traits. Eur J Hum Genet, 2010, V.18 N'3, P.379-84.

92. Knapp M. The transmission/disequilibrium test and parental-genotype reconstruction: the reconstruction-combined transmission/ disequilibrium test. Am J Hum Genet, 1999, Y.64 №3, P.861-70.

93. Knapp M. Using exact P values to compare the power between the reconstruction-combined transmission/disequilibrium test and the sib transmission/disequilibrium test. Am J Hum Genet, 1999, V.65N'4, P. 1208-10.

94. Spielman R.S., Ewens W.J. TDT clarification Am J Hum Genet, 1999, V.64 №2, P.668.

95. Ho G.Y., Bailey-Wilson J.E. The transmission/disequilibrium test for linkage on the X chromosome. Am J Hum Genet, 2000, V.66 №3, P. 1158-60.

96. Horvath S., Laird N.M., Knapp M. The transmission/disequilibrium test and parental-genotype reconstruction for X-chromosomal markers. Am J Hum Genet, 2000, V.66 N'3, P.l 161-7.

97. Martin E.R., Monks S.A., Warren L.L., Kaplan N.L. A test for linkage and association in general pedigrees: the pedigree disequilibrium test. Am J Hum Genet, 2000, V.67 №1, P.146-54.

98. Allison D.B. Transmission-disequilibrium tests for quantitative traits. Am J Hum Genet, 1997, V.60 N'3, P.676-90.

99. Rabinowitz D. A transmission disequilibrium test for quantitative trait loci. Hum Hered, 1997, V.47 N'6, P.342-50.

100. Xiong M.M., Krushkal J., Boerwinkle E. TDT statistics for mapping, quantitative trait loci. Ann Hum Genet, 1998, V.62 N'Pt 5, P.431-52.

101. George Y., Tiwari H.K., Zhu X., Elston R.C. A test of transmission/disequilibrium for quantitative traits in pedigree data, by multiple regression. Am J Hum Genet, 1999,s1. V.65N-1, P.236-45.

102. Waldman I.D., Robinson B.F., Rowe D.C. A logistic regression based extension of the TDT for continuous and categorical traits. Ann Hum Genet, 1999, V.63 N'Pt 4, P.329-40.

103. Lunetta K.L., Faraone S.V., Biederman J., Laird N.M. Family-based tests of association and linkage that use unaffected sibs, covariates, and interactions. Am J Hum Genet, 2000, V.66№2, P.605-14.

104. Sun F.Z., Flanders W.D., Yang Q.H., Zhao H.Y. Transmission/disequilibrium tests for quantitative traits. Ann Hum Genet, 2000, V.64 N'Pt 6, P.555-65.

105. Zhang L., Bonham A.J., Li J., Pei Y.F., Chen J., Papasian C.J., Deng H.W. Family-based bivariate association tests for quantitative traits. PLoS One, 2009, V.4 №12, P.e8133.

106. Laird N.M., Horvath S., Xu X. Implementing a unified approach to family-based tests of association. Genet Epidemiol, 2000, Y.19 Suppl 1, P.S36-42.

107. Rabinowitz D., Laird N. A unified approach to adjusting association tests for population admixture with arbitrary pedigree structure and arbitrary missing marker information. Hum Hered, 2000, V.50N-4, P.211-23.

108. J. Sambrook, E. F. Fritsch, T. Maniatis: Molecular Cloning, ed Nolan, C. Cold Spring Harbor Press, 1989, 9.17-9.19.

109. Pravica V., Asderakis A., Perrey C., Hajeer A., Sinnott P.J., Hutchinson I.V. In vitro production of IFN-gamma correlates with CA repeat polymorphism in the human IFN-gamma gene. Eur J Immunogenet, 1999, Y.26 №l, P. 1-3.

110. He B., Navikas V., Lundahl J,, Soderstrom M., Hillert J. Tumor necrosis factor alpha-308 alleles in multiple sclerosis and optic neuritis. J Neuroimmunol, 1995, V.63 №2, P.143-7.

111. Sandford A.J., Pare P.D. Direct PCR of small genomic DNA fragments from serum. Biotechniques, 1997, V.23№5, P.890-2.

112. Purcell S., Sham P., Daly M.J. Parental phenotypes in family-based association analysis. Am J Hum Genet, 2005, V.76N-2, P.249-59.

113. Kwon О.J., Kami A., Israel S., Brautbar С., Amar A., Meiner Z., Abramsky O., Karussis D. HLA class II susceptibility to multiple sclerosis among Ashkenazi and non-Ashkenazi Jews. Arch Neurol, 1999, V.56N-5, P.555-60.

114. Coraddu F., Reyes-Yanez M.P., Parra A., Gray J., Smith S.I., Taylor C.J., Compston D.A. HLA associations with multiple sclerosis in the Canary Islands. J Neuroimmunol, 1998, V.87 N"1-2, P. 130-5.

115. Ramagopalan S.V., Ebers G.C. Multiple sclerosis: major histocompatibility complexity and antigen presentation. Genome Med, 2009, V.l N'l 1, P.105.

116. Prud'homme G.J., Piccirillo C.A. The inhibitory effects of transforming growth factor-beta-1 (TGF-betal) in autoimmune diseases. J Autoimmun, 2000, V.14 N'l, P.23-42.

117. Chen W., Jin W., Wahl S.M. Engagement of cytotoxic T lymphocyte-associated antigen 4 (CTLA-4) induces transforming growth factor beta (TGF-beta) production by murine CD4(+) Tcells. J Exp Med, 1998, V.188N-10, P.1849-57.

118. Kreutzberg G.W. Microglia: a sensor for pathological events in the CNS. Trends Neurosci, 1996, V.19 N'8, P.312-8.

119. Dore-Duffy P., Washington R., Dragovic L. Expression of endothelial cell activation antigens in microvessels from patients with multiple sclerosis. Adv Exp Med Biol, 1993, V.331, P.243-8.

120. Frigerio S., Gelati M., Ciusani E., Corsini E., Dufour A., Massa G., Salmaggi A. Immunocompetence of human microvascular brain endothelial cells: cytokine regulation oflL-lbeta, MCP-1, IL-10, sICAM-1 andsVCAM-1. J Neurol, 1998, V.245 №11, P.727-30.

121. Li Q.Q., Bever C.T. Thl cytokines stimulate RANTES chemokine secretion by human astroglial cells depending on de novo transcription. Neuroehem Res, 2001, V.26 №2, P.125-33.

122. Subileau E.A., Rezaie P., Davies H.A., Colyer F.M., Greenwood J., Male D.K., Romero I.A. Expression of chemokines and their receptors by human brain endothelium: implications for multiple sclerosis. J Neuropathol Exp Neurol, 2009, V.68 №3, P.227-40.

123. Ruddle N.H., Bergman C.M., McGrath K.M., Lingenheld E.G., Grunnet M.L., Padula S.J., Clark R.B. An antibody to lymphotoxin and tumor necrosis factor prevents transfer of experimental allergic encephalomyelitis. J Exp Med, 1990, V.172 №4, P. 1193-200.

124. Seifart C., Plagens A., Dempfle A., Clostermann U., Vogelmeier C., von Wichert P., Seifart U. TNF-alpha, TNF-beta, IL-6, and IL-10 polymorphisms in patients with lung cancer. Dis Markers, 2005, V.2l№3, P. 157-65.

125. Romagnani S., The Thl/Th2 paradigm. Immunol Today, 1997, Том.18 N45, стр.263-6.

126. Гусев Е.И. Рассеянный склероз и другие демиелинизирующие заболевания. II Миклош. 2004.-540 с.

127. Zimonjic D.B., Rezanka L.J., Evans С.Н., Polymeropoulos M.H., Trent J.M., Popescu N.C. Mapping of the immune interferon gamma gene (IFNG) to chromosome band 12ql4 by fluorescence in situ hybridization. Cytogenet Cell Genet, 1995, V.7l№3, P.247-8.

128. Naylor S.L., Sakaguchi A.Y., Shows T.B., Law M.L., Goeddel D.V., Gray P.W. Human immune interferon gene is located on chromosome 12. J Exp Med, 1983, V.157 №3, P. 1020-7.

129. Gray P.W., Goeddel D.V. Structure of the human immune interferon gene. Nature, 1982, Y.298 №5877, P.859-63.

130. Awad M., Pravica V., Perrey C., El Gamel A., Yonan N., Sinnott P.J., Hutchinson I.V. CA repeat allele polymorphism in the first intron of the human interferon-gamma gene is associated with lung allograft fibrosis. Hum Immunol, 1999, V.60№4, P.343-6.

131. Bream J.H., Carrington M., O'Toole S., Dean M., Gerrard В., Shin H.D., Kosack D„ Modi W., Young H.A., Smith M.W. Polymorphisms of the human IFNG gene noncoding regions. Immunogenetics, 2000, V.5l№l, P.50-8.

132. Brennan F.M., Mclnnes I.B. Evidence that cytokines play a role in rheumatoid arthritis. J Clin Invest, 2008, V.118 №l 1, P.3537-45.

133. Steinman L. Nuanced roles of cytokines in three major human brain disorders. J Clin Invest, 2008, V.118 №11, P.3557-63.

134. Ishihara K., Hirano T. IL-6 in autoimmune disease and chronic inflammatory proliferative disease. Cytokine Growth Factor Rev, 2002, V.13 №4-5, P.357-68.

135. El-Behi M., Rostami A., Ciric B. Current Views on the Roles ofThl and Thl7 Cells in Experimental Autoimmune Encephalomyelitis. J Neuroimmune Pharmacol, 2010, V.5 №2, P. 189-97.

136. Eugster H.P., Frei K., Kopf M., Lassmann H., Fontana A. IL-6-deficient mice resist myelin oligodendrocyte glycoprotein-induced autoimmune encephalomyelitis. Eur J Immunol, 1998, V.28№7, P.2178-87.

137. Riikola A., Sipila K., Kahonen M., Jula A., Nieminen M.S., Moilanen L., Kesaniemi Y.A., Lehtimaki T., Hulkkonen J. Interleukin-6 promoter polymorphism and cardiovascular risk factors: The Health 2000 Survey. Atherosclerosis, 2009, V.207 №2, P.466-70.

138. Settin A., Zedan M., Farag M., Ezz El Regal M., Osman E. Gene polymorphisms of IL-6(-174) G/C and IL-IRa VNTR in asthmatic children. Indian J Pediatr, 2008, V.75 №10, P.1019-23.

139. Chatenoud L. Protection from autoimmunity: immunological indifference versus T-cell mediated suppression? Eur J Immunol, 2006, V.36 №9, P.2296-8.

140. Ring C.J., Cho K.W. Specificity in transforming growth factor-beta signaling pathways. Am J Hum Genet, 1999, Y.64 №3, P.691-7.

141. Chen D., Zhao M., Mundy G.R. Bone morphogenetic proteins. Growth Factors, 2004, V.22N-4, P.233-41.

142. Kingsley D.M. The TGF-beta superfamily: new members, new receptors, and new genetic tests of function in different organisms. Genes Dev, 1994, V.8 N'2, P. 133-46.

143. Letterio J.J., Roberts A.B. Regulation of immune responses by TGF-beta. Annu Rev Immunol, 1998, V.16, P. 137-61.

144. McCartney-Francis N.L., Frazier-Jessen M., Wahl S.M. TGF-beta: a balancing act. Int Rev Immunol, 1998, V.16 №5-6, P.553-80.

145. Engel M.E., Datta P.K., Moses H.L. Signal transduction by transforming growth factor-beta: a cooperative paradigm with extensive negative regulation. J Cell Biochem Suppl, 1998, V.30-31, P.l 11-22.

146. Fontana A., Constam D.B., Frei K., Malipiero U., Pfister H.W. Modulation of the immune response by transforming growth factor beta. Int Arch Allergy Immunol, 1992, V.99 N'l, P. 1-7.

147. Delvig A.A., Lee J.J., Chrzanowska-Lightowlers Z.M., Robinson J.H. TGF-betal and IFN-gamma cross-regulate antigen presentation to CD4 T cells by macrophages. J Leukoc Biol, 2002, V.72N-1, P.163-6.I

148. Solari V., Owen D., Puri P. Association of transforming growth factor-betal gene polymorphism with reflux nephropathy. J Urol, 2005, V.174 №4 Pt 2, P.1609-11; discussion 1611.

149. Yamada Y., Fujisawa M., Ando F., Niino N., Tanaka M., Shimokata H. Association of a polymorphism of the transforming growth factor-betal gene with blood pressure in Japanese individuals. J Hum Genet, 2002, V.47 №5, P.243-8.

150. Shapira L., van Dyke T.E., Hart T.C. A localized absence of interleukin-4 triggers periodontal disease activity: a novel hypothesis. Med Hypotheses, 1992, V.39 №4, P.319-22.

151. Mangan D.F., Robertson B., Wahl S.M. IL-4 enhances programmed cell death (apoptosis) in stimulated human monocytes. J Immunol, 1992, V.148 №6, P.1812-6.

152. Hunt P.J., Marshall S.E., Weetman A.P., Bell J.I., Wass J.A., Welsh K.I. Cytokine gene polymorphisms in autoimmune thyroid disease. J Clin Endocrinol Metab, 2000, Y.85 №5, P. 1984-8.

153. Rosenwasser L.J., Klemm DJ., Dresback J.K., Inamura H., Mascali J.J., Klinnert M., Borish L. Promoter polymorphisms in the chromosome 5 gene cluster in asthma and atopy. Clin Exp Allergy, 1995, V.25 Suppl 2, P.74-8; discussion 95-6.

154. Rosenwasser L.J., Borish L. Genetics of atopy and asthma: the rationale behind promoter-based candidate gene studies (IL-4 and IL-10). Am J Respir Crit Care Med, 1997, V.156№4Pt2, P.S152-5.

155. Luster A.D. Chemokines-chemotactic cytokines that mediate inflammation. N Engl J Med, 1998, V.338 №7, P.436-45.

156. Baggiolini M. Chemokines and leukocyte traffic. Nature, 1998, V.392 №6676, P.565-8.216. dos Santos A.C. Barsante M.M., Arantes R.M., Bernard C.C., Teixeira M.M.,Carvalhot

157. Tavares J., CCL2 and CCL5 mediate leukocyte adhesion in experimental autoimmune encephalomyelitis—an intravital microscopy study. J Neuroimmunol, 2005, V.162 №1-2, P. 122-9.

158. Simpson J.E., Newcombe J., Cuzner M.L., Woodroofe M.N. Expression of monocyte chemoattractant protein-1 and other beta-chemokines by resident glia and inflammatory cells in multiple sclerosis lesions. J Neuroimmunol, 1998, V.84№2, P.238-49.

159. Simpson J., Rezaie P., Newcombe J., Cuzner M.L., Male D., Woodroofe M.N. Expression of the beta-chemokine receptors CCR2, CCR3 and CCR5 in multiple sclerosis central nervous system tissue. J Neuroimmunol, 2000, V.108 №1-2, P.192-200.

160. Lee C., Liu Q.H., Tomkowicz B., Yi Y., Freedman B.D., Collman R.G. Macrophage activation through CCR5- and CXCR4-mediated gpl20-elicited signaling pathways. J Leukoc Biol, 2003, V.74№5, P.676-82.

161. Kabelitz D.,Wesch D., Features and functions of gamma delta T lymphocytes: focus on chemokines and their receptors. Crit Rev Immunol, 2003, V.23 №5-6, P.339-70.

162. Menten P., Wuyts A., Van Damme J. Macrophage inflammatory protein-1. Cytokine Growth Factor Rev, 2002, V.13 №6, P.455-81.

163. Raport C.J., Gosling J., Schweickart V.L., Gray P.W., Charo I.F. Molecular cloning and functional characterization of a novel human CC chemokine receptor (CCR5) for RANTES, MIP-lbeta, andMIP-1 alpha. J Biol Chem, 1996, V.271 №29, P.17161-6.

164. Samson M., Labbe O., Mollereau C., Vassart G., Parmentier M. Molecular cloning and functional expression of a new human CC-chemokine receptor gene. Biochemistry, 1996, V.35 №11, P.3362-7.

165. Calabresi P.A., Martin R., Jacobson S. Chemokines in chronic progressive neurological diseases: HTLV-1 associated myelopathy and multiple sclerosis. J Neurovirol, 1999, V.5 №1, P. 102-8.

166. Garred P., Madsen H.O., Petersen J., Marquart H., Hansen T.M., Freiesleben Sorensen S., Volck B., Svejgaard A., Andersen V. CC chemokine receptor 5 polymorphism in rheumatoid arthritis. J Rheumatol, 1998, V.25№8, P.1462-5.

167. Ram M., Sherer Y., Shoenfeld Y. Matrix metalloproteinase-9 and autoimmune diseases. J Clin Immunol, 2006, V.26№4, P.299-307.

168. Proost P., Van Damme J., Opdenakker G. Leukocyte gelatinase B cleavage releases encephalitogens from human myelin basic protein. Biochem Biophys Res Commun, 1993, V.192 №3, P. 1175-81.

169. Leppert D., Waubant E., Galardy R., Bunnett N.W., Hauser S.L. T cell gelatinases mediate basement membrane transmigration in vitro. J Immunol, 1995, V.154 №9, P.4379-89.

170. Nelissen I., Vandenbroeck K., Fiten P., Hillert J., Olsson T., Marrosu M.G., Opdenakker G. Polymorphism analysis suggests that the gelatinase B gene is not a susceptibility factor for multiple sclerosis. J Neuroimmunol, 2000, V.105 №l, P.58-63.

171. Nelissen I., Dubois B., Goris A., Ronsse I., Carton H., Opdenakker G. Gelatinase B, PECAM-1 and MCP-3 gene polymorphisms in Belgian multiple sclerosis. J Neurol Sci,2002, V.200 N'1-2, P.43-8.

172. Sternlicht M.D., Werb Z. How matrix metalloproteinases regulate cell behavior. Annu Rev Cell Dev Biol, 2001, V.17, P.463-516.

173. Gomez D.E., Alonso D.F., Yoshiji H., Thorgeirsson U.P. Tissue inhibitors of metalloproteinases: structure, regulation and biological functions. Eur J Cell Biol, 1997, V.74 №2, P.l 11-22.

174. Lacraz S., Nicod L.P., Chicheportiche R., Welgus H.G., Dayer J.M. IL-10 inhibits metalloproteinase and stimulates TIMP-1 production in human mononuclear phagocytes. J Clin Invest, 1995, V.96 №5, P.2304-10.

175. Gardner J., Ghorpade A. Tissue inhibitor of metalloproteinase (TIMP)-l: the TIMPed balance of matrix metalloproteinases in the central nervous system. J Neurosci Res,2003, V.74 №6, P.801-6.

176. Avolio C., Ruggieri M., Giuliani F., Liuzzi G.M., Leante R., Riccio P., Livrea P., Trojano M. Serum MMP-2 and MMP-9 are elevated in different multiple sclerosis subtypes. J Neuroimmunol, 2003, V.136N-1-2, P.46-53.

177. Waubant E., Goodkin D., Bostrom A., Bacchetti P., Hietpas J., Lindberg R., Leppert D. IFNbeta lowers MMP-9/TIMP-1 ratio, which predicts new enhancing lesions in patients with SPMS. Neurology, 2003, V.60 №l, P.52-7.

178. Brown C.J., Flenniken A.M., Williams B.R., Willard H.F. X chromosome inactivation of the human TIMP gene. Nucleic Acids Res, 1990, V.18N-14, P.4191-5.

179. Wang X., Tromp G., Cole C.W., Verloes A., Sakalihasan N., Yoon S., Kuivaniemi H. Analysis of coding sequences for tissue inhibitor of metalloproteinases 1 (TIMP1) and 2 (TIMP2) in patients with aneurysms. Matrix Biol, 1999, V.18 №2, P. 121-4.

180. Svejgaard A., Ryder L.P. HLA and disease associations: detecting the strongest association. Tissue Antigens, 1994, V.43N'l, P. 18-27.

181. Compston D.A., Kellar Wood H., Robertson N., Sawcer S., Wood N.W. Genes and susceptibility to multiple sclerosis. Acta Neurol Scand Suppl, 1995, V.161, P.43-51.

182. Chistyakov D.A., Savost'anov K.V., Turakulov R.I., Petunina N.A., Trukhina L.V., Kudinova A.V., Balabolkin M.I., Nosikov V.V. Complex association analysis of graves disease using a set of polymorphic markers. Mol Genet Metab, 2000, V.70 №3, P.214-8.

183. Rasmussen H.B., Kelly M.A., Francis D.A., Clausen J. CTLA4 in multiple sclerosis. Lack of genetic association in a European Caucasian population but evidence of interaction with HLA-DR2 among Shanghai Chinese. J Neurol Sci, 2001, V.184 №2, P.143-7.

184. Harbo H.F., Celius E.G., Vartdal F., Spurkland A. CTLA4 promoter and exon 1 dimorphisms in multiple sclerosis. Tissue Antigens, 1999, V.53N'l, P.106-10.

185. Ligers A., Xu C., Saarinen S., Hillert J., Olerup O. The CTLA-4 gene is associated with multiple sclerosis. J Neuroimmunol, 1999, V.97 №1-2, P. 182-90.

186. Hradsky O., Dusatkova P., Lenicek M., Bronsky J., Nevoral J., Vitek L., Lukas M., Zeniskova I., Cinek O. The CTLA4 variants may interact with the IL23R- and NOD2-conferred risk in development of Crohn's disease. BMC Med Genet, 2010, V.ll, P.91.

187. Fukazawa T., Yanagawa T., Kikuchi S., Yabe I., Sasaki H., Hamada T., Miyasaka K., Gomi K., Tashiro K. CTLA-4 gene polymorphism may modulate disease in Japanese multiple sclerosis patients. J Neurol Sci, 1999, V.171 №l, P.49-55.

188. Pertovaara M., Antonen J., Hurme M. Th2 cytokine genotypes are associated with a milder form ofprimary Sjogren's syndrome. Ann Rheum Dis, 2006, V.65 N'5, P.666-70.

189. Izad M., Vodjgani M., Nicknam M.H., Lotfi J., Fathi D., Amirzargar A.A. Interferon-gamma gene polymorphism in Iranian patients with multiple sclerosis. Iran J Allergy Asthma Immunol, 2004, V.3 №3, P. 115-9.

190. Shawkatova I., Javor J., Parnicka Z., Vrazda L., Novak M., Buc M. No association between cytokine gene polymorphism and risk of Alzheimer's disease in Slovaks. Acta Neurobiol Exp (Wars), 2010, V.70№3, P.303-7.

191. Holla L.I., Fassmann A., Stejskalova A., Znojil V., Vanek J., Vacha J. Analysis of the interleukin-6 gene promoter polymorphisms in Czech patients with chronic,periodontitis. J Periodontal, 2004, V.75№l, P.30-6.

192. Tervonen Т., Raunio Т., Knuuttila M., Karttunen R. Polymorphisms in the CD14 and IL-6 genes associated with periodontal disease. J Clin Periodontol, 2007, V.34 №5, P.377-83.

193. Brett P.M., Zygogianni P., Griffiths G.S., Tomaz M., Parkar M., D'Aiuto F., Tonetti M. Functional gene polymorphisms in aggressive and chronic periodontitis. J Dent Res, 2005, V.84 №12, P.l 149-53.

194. Nibali L., D'Aiuto F., Donos N., Griffiths G.S., Parkar M., Tonetti M.S., Humphries S.E., Brett P.M. Association between periodontitis and common variants in the promoter of the interleukin-6gene. Cytokine, 2009, V.45№l, P.50-4.

195. Favorova O.O., Favorov A.V., Boiko A.N., Andreewski T.V., Sudomoina M.A., Alekseenkov A.D., Kulakova O.G., Gusev E.I., Parmigiani G., Ochs M.F. Three allele combinations associated with multiple sclerosis. BMC Med Genet, 2006, V.7, P.63.

196. Коненков B.H.j Голованова O.B., Дортман B.B., Шевченко A.B., Карпова А.В. Полиморфизм гена TNFA и неравновесное сцепление TNFA и HLA-генов II класса (DRB1, DQA1 DQB1) в популяции сибирских европеоидов Иммунология, 2008, Том 29 №1, стр.6-10.

197. Mycko M., Kowalski W., Kwinkowski M., Buenafe A.C., Szymanska В., Tronczynska E., Plucienniczak A., Selmaj K. Multiple sclerosis: the frequency of allelic forms of tumor necrosis factor and lymphotoxin-alpha. J Neuroimmunol, 1998, V.84 №2, P. 198206.

198. Klein W., Tromm A., Griga Т., Fricke H.', Folwaczny С., Носке M., Eitner K., Marx M., Duerig N., Epplen J.T. Interleukin-4 and interleukin-4 receptor gene polymorphisms in inflammatory bowel diseases. Genes Immun, 2001, V.2 №5, P.287-9.

199. Heward J.M., Nithiyananthan R., Allahabadia A., Gibson S., Franklyn J.A-, Gough S.C. No association of an interleukin 4 gene promoter polymorphism with Graves' disease in the United Kingdom. J Clin Endocrinol Metab, 2001, V.86 №8, P.3861-3.

200. Amirzargar A.A., Movahedi M., Rezaei N., Moradi В., Dorkhosh S., Mahloji M., Mahdaviani S.A. Polymorphisms in IL4 and iLARA confer susceptibility to asthma. J Investig Allergol Clin Immunol, 2009, V.19№6, P.433-8.

201. Gervaziev Y.V., Kaznacheev V.A., Gervazieva V.B. Allelic polymorphisms in the interleukin-4 promoter regions and their association with bronchial asthma among the Russian population. Int Arch Allergy Immunol, 2006, V.141 N'3, P.257-64.

202. Bennetts В.Н., Teutsch S.M., Buhler М.М., Heard R.N., Stewart G.J. The CCR5 deletion mutation fails to protect against multiple sclerosis. Hum Immunol, 1997, V.58 №l, P.52-9.

203. Saenz-Lopez P., Carretero R., Cozar J.M., Romero J.M., Canton J., Vilchez J.R., Tallada M., Garrido F., Ruiz-Cabello F. Genetic polymorphisms of RANTES, IL1-A, MCP-1 and TNF-A genes in patients with prostate cancer. BMC Cancer, 2008, V.8, P.382.

204. Ahad M.A., Missotten Т., Abdallah A., Lympany P.A., Lightman S. Polymorphisms of chemokine and chemokine receptor genes in idiopathic immune-mediated posterior segment uveitis. Mol Vis, 2007, V.13, P.388-96.

205. Yao T.C., Tsai Y.C., Huang J.L. Association of RANTES promoter polymorphism with juvenile rheumatoid arthritis. Arthritis Rheum, 2009, V.60 N'4, P.1173-8.

206. Hulkkonen J., Pertovaara M., Antonen J., Pasternack A., Hurme M., Pollanen P., Lehtimaki T. Matrix metalloproteinase 9 (MMP-9) gene polymorphism and MMP-9 plasma levels in primary Sjogren's syndrome. Rheumatology (Oxford), 2004, V.43 №12, P. 1476-9.

207. Yi Y.C., Chen M.K., Chen L.Y., Ho E.S., Ying JT.H., Wang P.H., Yang S.F. Genetic polymorphism of the tissue inhibitor of metalloproteinase-1 is associated with an increased risk of endometrial cancer. Clin Chim Acta, 2009, V.409 №l-2, P. 127-31.

208. Фаворова O.O., Кулакова О.Г., Бойко A.H., Рассеянный склероз как полигенное заболевание: современное состояние проблемы. Генетика, 2010, Том 46 №3, стр.302-313.

209. Risch N., Teng J. The relative power of family-based and case-control designs for linkage disequilibrium studies of complex human diseases I. DNA pooling. Genome Res, 1998, V.8 №12, P.1273-88.

210. Haldar Т., Ghosh S. Power comparison between population-based case-control studies and family-based transmission-disequilibrium tests: An empirical study. Indian J Hum Genet, 2011, V.17 Suppl 1, P.S27-31.

211. Kamali-Sarvestani Е., Nikseresht A., Aflaki Е., Sarvari J., Gharesi-Fard В. TNF-alpha, TNF-beta and IL-4 gene polymorphisms in Iranian patients with multiple sclerosis. Acta Neurol Scand, 2007, V.115N-3, P.161-6.

212. Dong Y.X., Xu Z.R., Lin P.Y. Association among serous and cerebrospinal fluid TNF-alpha level, gene polymorphisms of TNF-alpha and multiple sclerosis in Han nationality of southern China. Zhonghua Yi Xue Yi Chuan Xue Za Zhi, 2006, V.23 №6, P.677-9.

213. Mihailova S., Ivanova M., Mihaylova A., Quin L., Mikova O., Naumova E. Pro- and anti-inflammatory cytokine gene polymorphism profiles in Bulgarian multiple sclerosis patients. JNeuroimmunol, 2005, V.168№l-2, P.138-43.

214. Malferrari G., Stella A., Monferini E., Saltini G., Proverbio M.C., Grimaldi L.M., Rossi-Bernardi L., Biunno I. Ctla4 and multiple sclerosis in the Italian population. Exp Mol Pathol, 2005, V.78N-1, P.55-7.

215. Akkad D.A., Arning L., Ibrahim S.M., Epplen J.T. Sex specifically associated promoter polymorphism in multiple sclerosis affects interleukin 4 expression levels. Genes Immun, 2007, V.8 №8, P.703-6.

216. Urcelay E., Santiago J.L., Mas A., Martinez A., de Las Heras V., Arroyo R., de la Concha E.G. Role of interleukin 4 in Spanish multiple sclerosis patients. J Neuroimmunol, 2005, V.168N'l-2, P.164-7.

217. Silversides J.A., Heggarty S.V., McDonnell G.V., Hawkins S.A., Graham C.A. Influenceof CCR5 delta32 polymorphism on multiple sclerosis susceptibility and disease course.i

218. Mult Scler, 2004, V.10N-2, P.149-52.

219. Pulkkinen K., Luomala M., Kuusisto H., Lehtimaki T., Saarela M., Jalonen T.O., Elovaara I. Increase in CCR5 Delta32/Delta32 genotype in multiple sclerosis. Acta Neurol Scand, 2004, V.109N-5, P.342-7.

Информация о работе

Макарычева, Ольга Юрьевна
кандидата биологических наук
Москва, 2011
ВАК 03.01.03

Диссертация

Семейный анализ генетической предрасположенности к рассеянному склерозу - тема диссертации по биологии, скачайте бесплатно

Автореферат

Похожие работы