Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему

Сборка in vitro трех морфологических частей 30S рибосомной субчастицы Thermus thermophilus

ВАК РФ 03.00.03, Молекулярная биология

Содержание диссертации, кандидата биологических наук, Железнякова, Елена Николаевна

ВВЕДЕНИЕ 6 ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

Структурные особенности ЗОБ рибосомной субчастицы

1. Краткая характеристика рибосомы

2. Структурные особенности малой рибосомной субчастицы

2.1. Первичная последовательность 16Б РНК

2.2. Вторичная структура РНК малой рибосомной субчастицы 11 2.2.3. Упаковка спиралей РНК

2.3. Структура доменов 16Б РНК

2.3.1. 5'-домен

2.3.2. Центральный домен

2.3.3. З'-домен *"

2.4. Структурные особенности белков ЗОБ субчастицы Т. Ткегторкйт

3. Взаимодействие 168 РНК с рибосомными белками

4. Изучение рибонуклеопротеидных комплексов

4.1. Самосборка

4.2. Исследование морфологических частей 308 рибосомной субчастицы 33 4.2.1. Иерархия субдоменов РНК при сборке центрального домена 308 рибосомной субчастицы 36 ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ

Материалы *

1. Химические материалы

1.1. Реактивы и ферменты

1.2. Буферы

1.3. Среды

2. Биологические материалы

2.1. Бактериальные штаммы

2.2. Плазмиды и бактериофаги 42 Методы

1. Методы генной инженерии

1.1. Выращивание бактериальных клеток и выделение плазмидной ДНК

1.1.1. Выделение ДНК из небольшого объема бактериальной культуры

1.1.2. Выделение и очистка плазмидной ДНК из большого объема бактериальной культуры

1.2. Полимеразная цепная реакция

1.3. Расщепление ДНК эндонуклеазами рестрикции

1.4. Электрофорез в геле агарозы

1.5. Лигирование

1.6. Получение компетентных клеток

1.7. Трансформация компетентных клеток плазмидной ДНК

2. Экспериментальные процедуры при работе с фрагментами рРНК

2.1. Транскрипция in vitro

2.2. Денатурирующий гель-электрофорез

2.3. Очистка РНК-фрагментов

3. Экспериментальные процедуры при работе с рибосомными белками

3.1. Выращивание бактериальной культуры Thermus thermophilics

3.2. Выделение и очистка рибосом

3.3. Выделение рибосомных субчастиц

3.4. Двумерный гель-электрофорез рибосомных белков

3.5. Экстракция белков рибосомной 30S субчастицы

4. Исследование РНК-белковых комплексов

4.1. Реконструкция фрагментов 168 РНК с рибосомными белками

4.2. Центрифугирование в плотности линейного градиента сахарозы

4.3. Седиментационный анализ

РЕЗУЛЬТАТЫ

1. Клонирование фрагментов 16S РНК

1.1. Стратегия клонирования

1.1.1. Амплификация фрагментов 16S РНК

1.1.2. Рестрикиция векторной ДНК pGEM 9z(f-) и ДНК-вставок

1.1.3. Лигирование

1.2. Трансформация рекомбинантной ДНК

1.3. Скрининг трансформанотов

2. Характеристика фрагментов 16S РНК

2.1. Оптимизация условий транскрипции in vitro

2.2. Получение РНК-фрагментов

2.3. Изолированные фрагменты 16S РНК

3. Получение и исследование комплексов фрагментов 16S РНК с рибосомными белками

3.1. Характеристики З'-РНП-комплекса 77 3.1.1 .Минимизация 3 '-домена 16S РНК

3.2. Характеристики 5-РНП-комплекса 87 3.2.1. Устранение агрегации 5-доменаи его комплексов с белками

3.3. Характеристики центрально-доменного РНП-комплекса

4. Определение конформации РНП-комплексов

ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ

1. Введение

2. ЦД-РНП комплекс

3. 5'-РНП комплекс

4. З'-РНП комплекс

5. Конформация РНП комплексов, соответствующих трем доменам

3 OS рибосомной субчастицы Т. Thermophilus

ВЫВОДЫ

Введение Диссертация по биологии, на тему "Сборка in vitro трех морфологических частей 30S рибосомной субчастицы Thermus thermophilus"

Изучение механизма биосинтеза белка - центральный вопрос молекулярной биологии. Понимание сложных процессов, вовлеченных в биосинтез белка, требует детального знания структуры рибосомы. К моменту начала нашей работы пространственная структура рибосом не была определена, несмотря на большие длительные усилия огромного числа исследователей. При исследовании такой многокомпонетной частицы, как рибосома, возможны несколько подходов: изучение рибосомы в целом, исследование индивидуальных компонентов (рибосомных РНК и белков) и изучение морфологических частей рибосомных субчастиц. Для очень больших рибонуклеопротеидных (РНП) структур по аналогии со структурами больших белков приемлемо полагать подобную структурную организацию, основанную на автономно самособирающихся структурных подразделениях или доменах. Нам представлялось перспективным решение этой задачи путем определения структуры отдельных фрагментов рибосомы. В качестве объекта мы избрали более простую 30S рибосомную субчастицу. Эта субчастица состоит из трех доменов: 5'-концевого, центрального (ЦД) и 3'-концевого, который в свою очередь подразделяется на два субдомена.

Первый вопрос, который надо было решить- это возможна ли независимая сборка in vitro этих доменов. Для 5' и 3' доменов 30S рибосомной субчастицы Esherihia coli уже имеется информация о возможности их независимой сборки. ЦД оставался неисследованным. Поэтому мы начали цикл исследований с самосборки ЦД. В качестве объекта мы избрали 30S рибосомную субчастицу Thermus thermophilics, поскольку в многочисленных исследованиях было показано, что белки из термофильных бактерий легче поддаются рентгеноструктурному анализу и образуют кристаллы лучшего качества, чем аналогичные макромолекулы из мезофильных организмов. Поэтому нам необходимо было не только показать возможность самосборки ЦД, но и подтвердить возможность самосборки 5' и 3' доменов на этом объекте.

Второй вопрос, который естественно возникает при таком подходе- это насколько структура полученных изолированных доменов будет соответствовать их структуре в составе 30S рибосомной субчастицы. Окончательно решить этот вопрос невозможно, однако на первом этапе важно было установить степень компактности полученных фрагментов.

Настоящее исследование демонстрирует, что каждая из частей 30S рибосомной субчастицы Т. Thermophilus, включающая определенный домен 16S РНК, способна самособираться in vitro со специфическим набором рибосомных белков независимо друг от друга, формируя РНП комплексы. ЦД и 3'-основной домены 30S субчастицы принимают глобулярную конформацию, подобную конформации нативной 30S субчастицы.

Разработанный подход по изучению РНП комплексов, соответствующих структурным доменам 30S субчастицы, является перспективным при изучении структуры и принципов самосборки сложных РНП комплексов.

Обзор литературы Структурные особенности малой 30S рибосомной субчастицы Thermus thermophilus.

Заключение Диссертация по теме "Молекулярная биология", Железнякова, Елена Николаевна

Выводы

1. Показана независимая сборка 5'-домена 16S РНК Thermus thermophilic, охватывающего с 1 по 539 нт, и 5 рибосомных белков: S4, S12, S16, S17 и S20.

2. Показана независимая сборка центрального домена 16S РНК Thermus thermophilus , охватывающего с 547 по 895 нт, и 5 рибосомных белков: S6, S8, SU, S15 и S18.

3. Показана независимая сборка З'-домена 16S РНК Thermus thermophilus, охватывающего с 890 по 1515 нт, и 7 рибосомных белков: S3, S7, S9, S10, S13, S14 и S19.

4. Показана способность З'-основного домена 16S РНК Thermus thermophilus, включающего с 890 по 1373 нт, к самосборке с семью рибосомными белками: S3, S7, S9, S10, S13, S14 и S19.

5. Степень компактизации ЦД-РНП и З'-РНП соответствуют компактизации 30S рибосомной субчастицы.

Библиография Диссертация по биологии, кандидата биологических наук, Железнякова, Елена Николаевна, Пущино

1. Спирин А.С., Гаврилова Л.П. Рибосома. М.: Наука, 1971.

2. Chao F.C. Dissociation of macromolecular ribonucleoprotein of yeast. Arch. Biochem. Biophys., 1975, v.70, p.426-431.

3. Tissieres A., Watson J.D. Ribonucleoprotein particles from E.coli. Nature, 1958, v. 182, p.778-780.

4. Monro R.E. Catalisis of peptide bond formation by 5OS nbdsomal subunits from Escherichia coll J. Mol. Biol., 1967, v.26, p.147-151.

5. Спирин A.C. Некоторые проблемы макромолекулярной структуры рибонуклеиновых кислот. М.: АН СССР, 1963.

6. Спирин А.С., Гаврилова Л.П. Рибосома.- М.: Наука, 1971.

7. Hill W.E. et.al. The Ribosome: Structure, Function and Evolution ( ASM, Washington DC, 1990).

8. Garrett R.A.et. al. Ribosome, Function, Antibiotics and Cellular Interactions ( ASM, Washington DC, 1999).

9. Pettersson-Landen, Fredriksson M.G.,Ofverstedt L.G., Skoglund U.'& Isaksson L.A. -Exp.Cell Res., 1998, v.238, p.335-344.

10. Agrawal R.K., Heagle A.B., Penczek P., Grassucci R.A.& Frank J.- Nature StructBiol., 1999, v.6, p.643-647.

11. PflugH.D.Sust.- Appl.Microbiol., 1986, v.7, p.184-189.

12. Woese C.R.& Fox G.E. Philogenetic structure of the procaryotic domain: the primary kingdoms.- Proc.Nutl Acad.Sci. USA, 1977, v.74, p.5088-5090.

13. Спирин A.C. Некоторые проблемы макромолекулярной структуры рибонуклеиновых кислот.- М.:АН СССР, 1963.

14. Carbon P., Ehresmann C., Ehresmann B., Ebel J.P. The sequence of Escherihia coli ribosomal 16 S RNA determined by new rapid gel methods.- FEBS Lett., 1978, v.94, N1, p. 152-156.

15. Brosius J., Palmer M.L., Kennedy P.J., Noller H.F. Compete nucleotide sequnce of a 16 S ribosomal RNA gene from Escherichia coli.- Proc. Natl. Acad. Sei. USA, 1978, v. 75, N10, p.4801-4805.

16. Murzina N.V., Vorozheikina D.P. & Matvienko N.I. Nucleotide séquence of Thermus thermophilics HB8 gene coding 16S rRNA.- Nucl.Acids Res.,1988, v. 16, p. 8172.

17. Raue H.A., Klootwijk J., Musters W. Evolutionary conservation of structure and function of high molecular weight ribosomal RNA.- Prog. Biophys. Molec. Biol., 1988, v. 51, N 2, p.77-129.18.Namura 1968

18. Shine J., Dalgarno L. The 3'-terminal sequence of Escherichia coli 16 S ribosomal RNA: comlementary to nonsensetriplets and ribosome binding sites.-Proc. Natl. Acad. Sei. USA. 1974, v. 71, N 4, p.1342-1346.

19. Noller H.F. Structure of ribosomal RNA. In: Ann. Rev. Biochem. ( Richarson C.C., Boyer P.D., Meister A., aeds.)- Palo Alto, California, USA : Annual Reviùw Inc., 1984, v.53, p.l 19-162.

20. Tapprich E., Hill W.E. Involvment of bases 787-795 of Escherichia coli 16 S ribosomal RNA in ribosomal subunit association.- Proc. Natl. Sei. USA. 1986, v. 83, N3, p.556-560.

21. Brimacombe R., Atmadja J., Stiege W., Schuler D. A detailed model of three-dimensional structure of Escherichia coli 16 S ribosomal RNA in situ in the 30 S subunit.- J. Mol. Biol., 1988, v.l99,Nl,p.l 15-136.

22. Noller H.F., Woese C.R. Secondary structure of 16 S ribosomal RNA.- Science, 1981, v.212, N4493, p.403-411.

23. W. Stiegler P., Carbon P., Zuker M., Ebel J., EhresmannC. Structural organization of the 16 S ribosomal RNA from E.coli. Topography and secondary structure.- Nucl. Acids Res., 1981, v.9.,p.2153-2172.

24. Zwieb C., Glotz C., Brimacombe R. Secondary structure comparisons between small subunit ribosomal RNA molecules from six different species.- Nucl. Asids Res., 1981, v.9, N15, p.3621-3640.

25. Maly P. & Brimacombe R. Refined secondary structure models for; the 16S and 23S ribosomal RNA of Escherichia coli. Nucl. Acids Res., 1983, v. 11, p.7263-7286.

26. Glotz C. & Brimacombe R.- Nucl. Acids Res.,1980, v.8, p.2377-2395.

27. Moazed D., Stern S. & Noller H.F. Rapid chemical probing of conformation in 16S ribosomal RNA and 30S ribosomal subunits using primer extension.- J.Mol. Biol.,1986, v,187,p.399-416.

28. Stiegler P., Carbon P., Ebel J.-P., Ehresmann C. A general secondary structure model for procaryotic and eucaryotic RNAs of the small ribosomal subunits.- Eur. J. Biochem., 1981, v.120, p.487-495.

29. Zwieb C., Brimacombe R. Localisation of a series of intra-RNA cross-links in 16 S ribosomal RNA, induced by ultraviolet irradiation of Escherichia coli 30 S ribosomal subunits.-Nucl. Acids Res., 1980, v.8,N ll,p.2397-2411.

30. Van Charldorp R., Heus H.A., Van Knippenberg P.H. 16 S ribosomal RNA of Escherichia coli contains a N2-methylguanosine at 27 nucleotides from the 3-end.- Nucl. Acids Res., 1981, v.9, N12, p.2717-2725.

31. Bakin A., Kowalak J.A., McCloskey J.A. & Ofengand J. The single pseudouridine residue in Kcoli 16 S RNA is located at position 516. Nucl. Acids Res., 1994,v. 22, p.3681-3684.

32. Brimacombe R., Mitchell P., Osswald M., Stade K.& Bochkariov D. Clustering of modified nucleotides at the functional center of bacterial ribosomal RNA.- FASEB J, 1993, v.7, p.161-167.

33. Mueller F., Stark H., van Heel M., Rinke-Appel Ji & Brimacombe R. A new model for three-dimensional folding of Escherichia coli 16 S ribosomal RNA. III. The topography of the functional center. J. Mol. Biol., 1997, v.271, p.566-587.

34. Muller F., Brimacombe R. A New Model for the Three-dimensional Folding of Escherichia coli 16 S Ribosomal RNA. I. Fitting the RNA to a 3D Electron Microscopic Map at 20Ä.-J.Mol. Biol.,1997, v.271, p.524-544.

35. Malhorta A.& Harvey S.C. a quantitative model of the Escherichia coli 16 S RNA in the 30 S ribosomal subunit.- J.Mol.Biol., 1994, v.240, p.308-340.

36. Fink D.L.,Chen R.O., Noller H.F.& Altman R.B. Computational methods for defining the allowed conformational space of 16 S rRNA based on chemical foot-printing data.- RNA, 1996, v.2, p.851-866.

37. Lata K.R. Three-dimensional reconstruction of the Escherichia coli 30 S ribosomal subunit in ice.- J. Mol. Biol., 1996, v.262, p. 43-52.

38. Mc.Cutcheon. Location of translational factor IF3 on the small ribosomal subunit.- Proc. Natl. Acad. Sei. USA ,1999, v.96, p.4301-4306.

39. Stern S., Weiser B. & Noller H.F. Model for the three-dimensional folding of the 16S ribosomal RNA. -J.Mol.Biol.,1988, v.204, p.447-481.

40. Ramakrishnan V. Distribution of protein and RNA in the 30S ribosomal subunit. -Science., 1986, v.231, p.1562-1564.

41. Nikulin A. Cristal structure of the S15-rRNA complex.- Nature Stract.Biol.,2000,v.7, p.273-277.

42. Agalarov S.C., Prasad G.S., Funke P.M., Stout C.D., Williamson J.R. Structure of the SI5,. S6, S18-rRNA complex: Assembly of the 30S Ribosome Central domain.- Science, 2000, v. 288, p. 107-112.

43. Atmadja J. The tertiary folding of Escherichia coli 16S RNA, as studied by in situ intra-RNA cross-linking of 30S ribosomal subunits with bis-(2-chloroethyl)-methylamine. -Nucleic Acids Res.,1986, v.14, p.659-673.

44. Merryman C., Moazed D., McWhirter J. & Noller H.F. Nucleotides in 16S rRNA protected by the association of 30S and 50S ribosomal subunits. -J. Mol. Biol., 1999, v.285, p.97-105.

45. Allen P.N., Noller H.F. Mutations in ribosomal protein S5 and S12 influence the higher order structure of 16S ribosomal RNA.- J. Mol. Biol.,1989, v.208, p.457-568.

46. Lodmell J.S.& Dahlberg A.E. A conformational switch in Escherichia coli 16S ribosomal RNA during decoding of messenger RNA. Science, 1997, v.277, p.1262-1267.

47. Batey R. & Williamson J. Interaction of the Bacillus stearothermophilus ribosomal protein S15 with 16S rRNA: I. Defining the minimal RNA site.- J. Mol. Biol.,1996, v.261, p.536-549.

48. Serganov A.A. The 16S rRNA binding site of Thermus thermophilus ribosomal protein SI5 : comparison with Escherichia coli S15, minimum site and structure.- RNA, 1996,v.2, p.l 1241138.

49. Agrawal R.K., Heagle A.B., Penczek P., Grassucci R.A.& Frank J.- Nature Struct.Biol., 1999, v.6, p.643-647.

50. Gregory R.J. Protein and Mg2+ induced conformational changes in the S15 binding site of 16S ribosomal RNA.-J. Mol. Biol.,1984, v.178, p.287.

51. Svensson P., Changchien L.M., Craven G.R., Noller H.F. Interaction of ribosomal proteins S6, S8 and S18 with the central domain of 16 S ribosomal RNA. -J. Mol. Biol.,1988, v.200, p.301-308.

52. Orr J.W., Hagerman P.J., Williamson J.R. -J. Mol. Biol.,1998, v.275, p.453.

53. Allain F.H. & Varani G. Structure of the PI helix from group I self-splicing introns. J. Mol. Biol., 1995, v. 250, p.333-353.

54. Kaltschmidt E., Wittmann H.G. Ribosomal proteins. VII. Two-dimensional Polyacrylamide gel electrophoresis for fingerprinting of ribosomal proteins. Anal. Biochem., 1970, v.36, p.401-412.

55. Waller J.P., Harris J.I. Studies on the composition of the protein from E.coli ribosomes.-Proc. Natl. Acad. Sei. USA, 1961, v. 47, p.8-23.

56. Waller J.P. Fractionation of the ribosomal protein from E. coli.- J. Mol. Biol., 1964, v. 10, p.319-336.

57. Wittmann H.G., Müssing J., Piefke J., Gewitz H.G.,Rheinberger H.S., Yonath A. Crystallization of Escherichia coli ribosomes.- FEBS Lett., 1982, v. 146, p.217-220.

58. Lambert J.M., Boileau G., Cover J.A. & Traut R.R. Cross-links between ribosomal proteins of 30S subunit in 70S tight couples and in 30S subunit. Biochemistry, (1983), 22, 39133920.

59. Lake J.A.- Progr. Nucl. Acid Res., 1983 v.30, p.163-194.

60. Moore P.B., Capel M., Kjeldgaard M. & Engelman D.M. In Structure, Function and Genetics of Ribosomes (Hardesty B:& Kramer G., eds), 1986, p. 87-100. New York and Heidelberg.

61. Powers T. & Noller H.F. Hydroxyl radical foot-printing of ribosomal proteins on 16 S rRNA.- RNA, 1995, v. 1, p. 194-209. '

62. Zimmermann R.A. Interection among protein and RNA components of the ribosome.- In: Ribosome. Structure. Function and Genetics. (G. Chambliss, G.R. Craven, J. Davis, K.Davis, L.Kahan, M.Nomura, eds.). Berlin: Springer Verlag, 1980, p.135-169.

63. Brimacombe R., Maly P., Zwieb C. The structure of ribosomal RNA and its organization relative to ribosomal protein.- In: Progress Nucl. Acid Res. And Mol. Biol. (Cohn W.,ed.). New York: Acad. Press, 1983, v. 28, p.1-48.

64. Powers T., Stern S., Changchien L.M., Noller H.F. Probing the assembly of the 3' major domain of 16 S ribosomal RNA: Interactions involving ribosomal proteins S2, S3, S10, S13 and S14. J. Mol. Biol. 201,1988,697-716.

65. Muller F. & Brimacombe R. A New Model for the Three-Dimensional Folding of Escherichia coli 16S Ribosomal RNA. II. The RNA-Protein Interaction Data.- J.Mol.Biol., 1997, v.271, p.545-565.

66. Söffler G. & Stöffler-Meilicke M. Immuno electron microscopy on E.coli ribosomes.- In: Structure, Function and Genetics of Ribosomes ( Hardesty B. & Kramer G., eds),c l986, pringer-Verlag, New York, p.28-46.

67. Capel M.S., Kjedgaard M., Engelman D.M. & Moore P.B. Positions of S2, S13, S16, S17, S19 and S21 in the 30 S ribosomal subunit of E.coli.- J.Mol. Biol., 1988, v.200, p.65-87.

68. Dragon F. & Brakier- Gingras L. Interaction of E.coli ribosomal protein S7 with 16 S rRNA.-Nucl. Acids Res., 1993, v.21, p.l 199-1203.

69. Ofengand J., Ciesiolka J., denman R. & Nurse K. Structural and functional interections of the tRNA-ribosome complex. In : Structure, Function and Genetics of Ribosomes ( Hardesty B. & Kramer G., eds), Springer-Verlag, New York, 1986, p.473-494.

70. Rinke-Appel J., Jünke N., Osswald M. & Brimakombe R. The ribosomal environment of tRNA; cross-links to rRNA from positions 8 to 20:1 in the central fold of tRNA located at the A, P or E site.- RNA, 1995,v.l, p.1018-1028.

71. Batey R.T. & Williamson J.R. Interaction of the B.stearothermophilus ribosomal protein SI 5 with 16 S rRNA. II. Specificity determinants of RNA-protein recognition.- J. Mol. Biol., 1996, v. 261,p.550-567.

72. Schwedler G., Albercht-Ehrlich R. & Rak K.H. Immunoelectron microscopic localization of proteins BS8, BS9, BL3 and BL21 on thr surface of 30 S and 50 S subunits from B. Stearothermophilus.- Eur. J. Biochem., 1993,v. 217, p.361-369.

73. Ramakrishnan V. & White S.W. The structure of ribosomal protein S5 reveals sites of interaction with 16 S rRNA.- Nature, 1992, v.358, p.768-771.

74. Kahan L., Winkelmann D.A. & Lake J.A. Ribosomal proteins S3, S6, S8 and S10 of Esherichia coli localized on the external surface of the smale subunit by immune electron microscopy. J. Mol. Biol., 1981, v.145, p.193-214.

75. Lake J.A. & Stryharz W.A. Ribosomal protein L2, LI 7 and L27 from Esherichia coli localized at single sites on the large subunit by immune electron microscopy.- J. Mol. Biol., 1981, v.153, p.979-992.

76. Baunert H.G., Skold S.E. & Kurland C.G. RNA- protein neighbourhoods of the ribosome obtained by crosslinking.- Eur. J. Biochem., 1978, v.89, p.353-359.

77. Lambert J.M. & Traut R.R. The subunit interface of the Esherichia coli ribosome. J. Mol. Biol., 1981, v.l49,p.451-476.

78. Cover J.A., Lambert J.M., Norman C.M. & Traut R.R. Identification of proteins at the subunit interface of the Esherichia coli ribosome by cross-linking with dimetyl 3,3'- dithiobis (propionimidate).- Biochemistry., 1981, v. 20, p.2843-2852.

79. Chiam C.L. & Wagner R. Composition of the Esherichia coli 70S ribosomal interface: A cross- linking study.- Biochemistry, 1983, v.22, p.l 193-1200.

80. Agafonov D.E, Kolb V.A. & Spirin A.S. Proteins on ribosome surface : Measurements of protein exposure by hot tritium bombardment technique. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1997, v. 94, p.12892-12897.

81. Chapman N.N. & Noller H.F. Protection of specific sites in 16S RNA from chemical modification by accociation of 30S and 50S ribosomes. J. Mol. Biol., 1977, v. 109, p. 131149.

82. Herr W. & Noller H.F.Protection of specific sites in 23S and 5S RNA from chemical modification by association of 30S and 50S ribosomes. J. Mol. Biol., 1979, v.130, p.421-432. fc

83. Brow D.A. & Noller H.F. Protection of ribosomal RNA from kethoxal in poliribosomes. J.э

84. Mol. Biol., 1983, v.163, p.27-46.

85. Capel M.S., Engelman D.M., Freeborn B.R., Kjelgaard M., Langer J. A., Ramakrishnan V., Schindler D.G., Schneider D.K., Shoenborn B.P., Sillers I.Y., Yabuki S. & Moore P.B.-Science., 1987, v.238, p.1403-1406.

86. Traub P., Nomura M. Structure and function of E.coli ribosomes. V. Reconstitution of functionally active 30 S ribosomal particles from RNA and proteins.- Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1968, v.59,p.777-784.

87. Traub P., Nomura M. Structure and function of Escherichia coli ribosomes. VI. Mechanizm of assembly of 30 S ribosomes studied in vitro. J. Mol. Biol., 1969, v.40, p.391-413.

88. Held W.A., Nomura M. Rate determining step in the reconstitution of E.coli 30 S ribosomal subunit. Biochemistry., 1973, v.12, p.3273-3281.

89. Mizushima S., Nomura M. Assembly mapping of 30 S ribosomal proteins from E.coli. Nature, 1970, v.226,1214-1218.

90. Копылов A.M. Изучение взаимодействия белков с РНК в процессе сборки малой субчастицы рибосом. -Автореф. дис. канд. Хим. Наук.- МГУ, 1975.

91. Kopylov A.M., Chichkova N.V., Bogdanov A.A., Vasilenko S.K. Complementary binding of oligonucleotides with 16 S RNA and ribosomal ribonucleoproteins.- Mol. Biol. Reports, 1975, v.2, p.95-100.

92. Богданов Биоорганическая химия

93. Serdyuk I.N., Grenader A.K., Koteliansky V.E. Study of 30 S ribosomal subparticle protein-deficient ribonucleoprotein derivatives by X-ray diffusion-scattering.s Eur. J. Biochem., 1977, v. 79, p.505-508.

94. Vasiliev V.D., Koteliansky V.E. The 30 S ribosomal subparticle retains its main morphological features after removal of half the proteins. FEBS Lett., 1977, v. 76, p.125-128.

95. Samaha R.R.,0' Brien В., O'Brien T.W. & Noller H.F. Independent in vitro assembly of a ribonucleoprotein particle containing the 3' domain of 16 S rRNA. Proc. Natl. Acad. Sci. USA., 1994, v.91, p.7884-7888.

96. Weitzmann C.J., Cunningham P.R., Nurse K. & Ofengand James. Chemical evidence for domain assembly of the Escherichia coli 30S ribosome. FASEB J., 1993, v.7, p.177-180.

97. Spitnik E.P., Elson D. The fragmentation of ribosomes. Methods Enzymol, 1979, IX, p.461-481.

98. Koth H., Nierhaus K. Isolation of four ribonucleoprotein fragment from the 30 S subunit of E.coli ribosomes. FEBA Lett., 1973, v. 31, p.35-38.

99. Afonina E., Chichkova N., Bogdanova S., Bogdanov A. 30 S ribosomal subunit with fragmented 16S RNA: a new approach for structure and function study of ribosomes.-Biochemie., 1991, v.73, p.777-787.

100. Brimacombe R. RNA-protein interactions in the Escherichia coli ribosome.- Biochimie., 1991, v. 73, p.927-936.

101. Nowotny V. & Nierhaus K.H. Assembly of the 30 S subunit from Escherichia coli ribosomes occurs via two assembly domains which are initiated by S4 and S7.-Biochemistry., 1988, v.27, p.7051-7055.

102. Mandiyan V., Tumminia S.J., Wall J.S., Hainfeld J.F. and Boublik M. Assembly of the Escherichia coli 30 S ribosomal subunit reveals protein-dependent folding of the 16 s rRNA domains.-Proc. Natl. Acad. Sei. USA., 1991, v.88, p.8174-8178.

103. Morgan J. & Brimacombe R.- Eur. J. Biochem., 1972, v.29, p.542-552.

104. Yuki A. & Brimacombe R. Nucleotide sequence of Esherichia coli 16S RNA associated with ribosomal proteins S7, S9, S10, S14 and S19.- Eur. J. Biochem., 1975, v.56, p.23-34.

105. Zimmermann R.A. In Ribosomes, eds. Nomura M., Tissieres A. & Lenyel P. ( Cold Spring Harbor Lab. Press, Plaiview, NY), p.225-269.

106. Moazed D. & Noller H.F.- J. Mol. Biol., 1990, v.211, p.135-145.

107. Ulitin A.B., Agalarov S. Ch., Serdyuk I.N. Preparation of a "beheaded" derivative of the 30 s ribosomal subunit. -Biochimie., 1997, v.79, p.523-526.

108. Sultan C. Agalarov, James R. Williamson. A hierarchy of RNA subdomains in assembly of the central domain of the 30S ribosomal subunit.- RNA, 2000, v.6, p.402-408.

109. Laggerbauer B., Murphy F., Cech T. Two major tertiary folding transitions of the Tetrahymena catalytic RNA.- EMBO J., 1999, v. 13, p.2669-2676.

110. Zarrinkar P.P., Williamson J.R. Kinetic intermediates in RNA folding.- Science, v. 265, p.918-924.

111. Doudna J. A., Cech T.R. Self-assembly of a group I intron active site from its component tertiary structural domains.- RNA., 1995. v.l, p.36-45.

112. Matvienko N.I., Pachkunov D.M. & Kramarov V.M. The recognition sequence of site-specific endonuclease BbvIIftom Bacillus brevis 80. FEBS Lett., 1984, v. 177, p.23-26.

113. Zheleznaya L.A., Matvienko N.N. & Matvienko N.I. Two site-specific endonucleases from the thermophilic strain Bacillus species LU11. Biokhimiya, 1993, v. 58, p.1315-1322.

114. Zheleznaya L.A., Savchenko R.S. & Matvienko N.I. Three component system consisting of host bacteria, phage and plasmid, for efficient gene expression controlled by the Sp6 promoter. Nucl. Acids Res., 1990, v.18, p.4295.

115. Bolivar F., Rodrigues R.L., Greene P.J., Betlach M C., Heynecker H.Di, Boyer H.W., Crosa J.H., Falkow S. Construction and characterization of new cloning vehicles. II. A multipurpose cloning system. Gene, 1977, v.2, p.95-113.

116. Sambrook J., Fritsch E.F. & Maniatis T. Molecular Cloning: a Laboratory Manual, 2nd edn.- Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York, 1989.

117. Milligan J.F., Groebe D.R., Witherell G.W. & Uhlenbeck O.C. Oligoribonucletide synthesis using T7 RNA polymerase and synthetic DNA templates.- Nucl. Acids Res., 1987, v.15, p.8783-8798.

118. Pley H.W., Lindes D.S., DeLuca-Flaherty C.& McKay D.B. Crystals of a hamerhead ribosome.- J. Biol. Chem., 1993, v.268, p.19656-19658.

119. Gurevich V.V., Pokrovskaya I.D. In vitro transcription: preparative RNA yields in analytical scale reactions. Anal. Biochem., 1994, v. 220, p.420-423.

120. Sampson J.R. & Uhlenbeck O.C. Biochemical and physical characterization of an unmodified yeast phenylalanine transfer RNA transcribed in vitro.- Proc. Natl. Acad. Sei. USA., 1988, v.85, p.1033-1037.

121. Krzyzosiak W.J., Denman R., Cunningham P.R. & Offengand J. An efficiently mutagenizable recombinant plasmid for in vitro transcription of the Escherichia coli 16 S RNA gene.- Anal. Biochem., 1988, v. 175, p.373-385.

122. Melton D.A., Krieg P.A., Rebagliat M.R., Maniatis T., Zinn K. & Green M.R. in vitro synthesis of biologically active RNA and RNA hybridization probes from plasmids containing a bacteriophase SP6 promoter.- Nucleic Acids Res., 1984, v.12, p.7035-7056.

123. Serdyuk I.N., Shpungin J.L. & Zaccai G. J. Neutron scattering study of the 13S fragment of 16S RNA and its complex with ribosomal protein S4. Mol. Biol., 1980, v.137, p.109-121.

124. Crichton R.R., Engelmann H.B. Contrast variation study of specifically deuterated E.coli ribosomal subunit.- Proc. Natl. Acad. Sci. USA., 1977, v. 74, p.5547-5550.

125. Tam M.F., Dodd J.A., Hill W.E. Physical characteristics of 16S rRNA under reconstitution conditions.-J. Biol. Chem., 1981, v.256, p.6430-6434.л

126. Stark H., Orlova E.V., Rinke-Appel J., Jtinke N., Mueller F., Rodnina M., Wintermeyer W., Brimacombe R. & van Heel M. Arrangement of tRNAs in pre- and post-translocational ribosomes revealed by electron cryomicroscopy.- Cell., 1997, v.88, p.19-28.

127. Tsiboli P., Herfurth Е. & Choli Т. Purification and characterization of the 30S ribosomal proteins from the bacterium Thermusthermophilus . Eur. J. Biochem., 1994, v. 226, p. 169177.

128. Marcus M.A., Gerstner R.R., Draper D.E., Torchia D.A. The solution structure of ribosomal protein S4 delta 41 reveals two subdomains and a positively charged surface that may interect with RNA. EMBO J.,1998, v.17, p.4559-4571.

129. Nevskaya N. Crystal structure of ribosomal protein S8 from T.thermophilus reveals a high degree of structural conservation of a specific RNA binding site.- J. Mol. Biol., 1998, v.279, p.233-244.

130. Allard P. Another piece of the ribosome: Solution structure of S16 and its location in the 30S subunit.-Structure., 2000, v.8, p.875-882.

131. Golden B.L.* Hoffman D.W., Ramakrishnan V., White S.W. Ribosomal protein S17: characterization of the three-dimensional structure by H- and N-NMR. Biochemistry., 1993, v.32, p.12812-12820.

132. Lindahl M. Crystal structure of the ribosomal protein S6 from T. Thermophilus. EMBO J.,1994, v.13, p.1249-1254.

133. Clemon W.M., Davies C., White S.W., Ramakrishnan V. Conforational variability of the N-terminal helix in the structure of ribosomal protein SI 5. -Structure., 1998, v.6, p.429-438.

134. Nowothy V., Nierhaus K.H. Assembly of the 30S subunit from E.coli ribosomes occurs via two assembly domains which are initiated by S4 and S7.- Biochemistry.,1988, v.27, p.7051-7055.

135. Stern S., Powers T., Changchien L., Noller H.F. RNA-protein interections in 30S ribosomal subunits: folding and function of 16S rRNA.- Science., 1989, v.244, p.783-790.

136. Serdyuk I.N., Grenader A.K., Zaccai G. Study of the internal structure of Escherichia coli ribosomes by neutron and X-ray scattering.- J. Mol. Biol., 1979, v.135, p.691-707.

137. Pilz I., Kratky O.,Cramer F., Haar F., Schlimme E. Conformation of phenylalanine specific transfer RNA. Size and shape of the molecule by X-ray small angle scattering.- Eur. J. Biochem., 1970, v.15, p.401-409.