Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему

Роль рекомбинации в эволюции неполиомиелитных энтеровирусов

ВАК РФ 03.00.06, Вирусология

Содержание диссертации, доктора медицинских наук, Лукашев, Александр Николаевич

Список сокращений.

Введение.

Глава 1. Обзор литературы.

1.1 Общая характеристика энтеровирусов.

1.1.1. Классификация.

1.1.2. Физико-химические свойства и структура вириона.

1.1.3. Структура генома.

1.1.4. Репликация энтеровирусов.

1.1.5. Клинические проявления неполиомиелитной энтеровирусной инфекции.

1.1.6. Молекулярные основы вирулентности энтеровирусов.

1.2. Молекулярная эпидемиология энтеровирусов.

1.2.1. Филогенетические взаимоотношения прототипных энтеровирусов.

1.2.2. Вариабельность различных участков энтеровирусного генома.

1.2.3. Примеры изучения молекулярной эпидемиологии энтеровирусов.

1.2.4. Классическое и молекулярное типирование энтеровирусов.

1.3. Рекомбинация у энтеровирусов.

1.3.1. Рекомбинация у вируса полиомиелита.

1.3.2. Рекомбинация у вируса полиомиелита у реципиентов ОПВ

1.3.3. Рекомбинация у неполиомиелитных энтеровирусов.

1.3.4. Рекомбинация у циркулирующих неполиомиелитных энтеровирусов.

1.3.5. Рекомбинация и независимая эволюция фрагментов генома у других пикорнавирусов и вирусов пикорна-надгруппы.

1.4. Энтеровирусный увеит.

1.4.1. Эпидемиология энтеровирусного увеита, выделение и идентефикация вируса-возбудителя.

1.4.2. Клинические проявления энтеровирусной инфекции, осложненной увеитом.

1.4.3. Серологическое изучение эпидемиологии энтеровирусного увеита.

1.4.4. Молекулярная эпидемиология энтеровирусного увеита

1.4.5. Моделирование энтеровирусного увеита на приматах.

1.4.6. Вероятная внутриглазная персистенция энтеровирусов после острого энтеровирусного увеита.

1.4.7 Системная энтеровирусная инфекция, вызываемая «увеитными» штаммами энтеровирусов.

1.4.8. Резюме.

1.5. Предпосылки для данного исследования.

Глава 2. Материалы и методы.

2.1. Использованные штаммы.

2.2. Использованные олигонуклеотиды.

2.3. Определение нуклеотидной последовательности.

2.3.1. Выделение РНК и синтез кДНК.

2.3.2. Амплификация фрагментов ДНК в ПЦР.

2.3.3. Тактика определения нуклеотидной последовательности.

2.3.4. Клонирование фрагментов ДНК в плазмиды Е. Coli.

2.3.5. Определение нуклеотидной последовательности ДНК.

2.4. Анализ нуклеотидных последовательностей.

Глава 3. Результаты.

3.1. Филогенетический анализ частичных геномных последовательностей штаммов EV11 и EV19 — возбудителей ЭУ.

3.1.1. Филогенетический анализ штаммов — возбудителей ЭУ в области генома VP 1-2А.

3.1.2. Филогенетический анализ штаммов — возбудителей ЭУ в области генома 3D.

3.1.3. Филогенетический анализ штаммов — возбудителей ЭУ в 5' НТО.

3.2. Филогенетический анализ полных геномных последовательностей штаммов EV11 и EV19 - возбудителей ЭУ.

3.2.1. Анализ сходства полных нуклеотидных последовательностей штаммов — возбудителей ЭУ в различных участках генома с использованием программы Simplot.

3.2.2. Анализ полных нуклеотидных последовательностей штаммов — возбудителей ЭУ с использованием программы Geneconv.

3.3. Филогенетический анализ циркулирующих штаммов Enterovirus В разных серотипов в четырех участках генома

3.3.1. Филогенетический анализ в области генома VP1.

3.3.2. Филогенетический анализ в области генома 3D.

3.3.3. Филогенетический анализ в 5'НТО.

3.3.4. Филогенетический анализ в области генома 2А.

3.3.5. Примеры рекомбинации у циркулирующих штаммов Enterovirus В.

3.4. Анализ полных геномных последовательностей современных штаммов Enterovirus В разных серотипов.

3.4.1. Анализ в сравнении с прототипными штаммами Enterovirus В.

3.4.2. Сравнение изученных штаммов Enterovirus В с другими современными штаммами Enterovirus В.

3.4.3. Оценка возможности использования других методов для анализа рекомбинации у энтеровирусов.

3.5. Молекулярная эпидемиология EV30 на территории СНГ.

Глава 4. Обсуяедение.

4.1. Роль рекомбинации в возникновении штаммов -возбудителей ЭУ и СПЗ.

4.2. Широкое распространение рекомбинации у энтеровирусов.

4.3. Молекулярная эпидемиология EV30 на территории СНГ и в мире - «единое эпидемиологическое пространство» и последовательная смена вариантов.

4.4. Независимая эволюция фрагментов генома энтеровирусов.

4.5. Новая модель генетики энтеровирусов.

4.6. Влияние рекомбинации на классификацию энтеровирусов и подходы к полногеномному типированию энтеровирусов.

4.7. Параллели между микро- и макроэволюцией энтеровирусов.

4.8. Возможные механизмы возникновения новых форм энтеровирусной инфекции.

Введение Диссертация по биологии, на тему "Роль рекомбинации в эволюции неполиомиелитных энтеровирусов"

Энтеровирусы были выделены в отдельную группу в 1957 году на основании получения штаммов преимущественно из содержимого кишечника и сходных физико-химических характеристик. Вошедшие в эту группу вирусы полиомиелита, Коксаки А и В, и echo-вирусы в большинстве случаев вызывают бессимптомную или легкую кишечную или респираторную инфекцию и только в редких случаях (0,5-2%) -выраженные клинические заболевания, среди которых наиболее тяжелые связаны с поражением центральной нервной системы (менингит, энцефалит, параличи) или сердечно-сосудистой системы (миокардит). Первоначальное разделение энтеровирусов на четыре больших группы (вирусы полиомиелита, Коксаки А, Коксаки В, ECHO) было основано на их патогенности для лабораторных животных и способности вызывать цитопатогенный эффект в культуре клеток приматов. В настоящее время описано более 70 серотипов энтеровирусов человека; ряд вновь выделенных штаммов находится в стадии идентификации. Согласно последней классификации (2003 г.), основанной преимущественно на генетических характеристиках вирусов, энтеровирусы человека представлены 5 видами (Poliovirus, виды А, В, С, D), входящими в род Enterovirus, который относится к семейству P/cornaviridae. В настоящее время известно, что почти все энтеровирусы могут вызывать заболевания человека. Тот факт, что лишь у очень малой части людей, инфицированных энтеровирусами, заболевание протекает тяжело, убедительно говорит о важной роли соотношения свойств организма хозяина и генетических характеристик вируса в определении исхода инфекции. С другой стороны, развитие в последние годы новых методов изучения вирусов позволяет надеяться на выявление генетических структур вируса, ответственных как за динамику распространения вируса, так и определяющих вирулентность штаммов и тяжесть вызываемых ими заболеваний.

Результаты изучения стабильности штаммов живой вакцины против полиомиелита in vitro и in vivo показали, что, наряду с мутационными изменениями, значительную роль в изменчивости штаммов играет рекомбинация в организме реципиентов вакцины. Это сразу же указало на необходимость изучения как распространенности этого явления во всей группе энтеровирусов, так и выяснения возможной роли рекомбинации в приобретении энтеровирусами новых эпидемиологических и патогенетических характеристик (т.е., способности вызывать вспышки и тяжелые заболевания).

Первые указания на значительную роль рекомбинации у неполиомиелитных энтеровирусов были получены в 1999 году (Santti et al., 1999), когда были проанализированы известные в то время полные нуклеотидные последовательности 24 серотипов энтеровирусов и был сделан общий вывод о том, что рекомбинация имела место в эволюции всего рода энтеровирусов. Рекомбинация у полевых изолятов энтеровирусов была впервые убедительно показана в 2000 году при анализе 35 изолятов вируса Коксаки А9 (Santti et al., 2000).

Первоначальные исследования автора данной диссертации по изучению рекомбинации у энтеровирусов были связаны с выяснением предположения о возможности приобретения в результате рекомбинации особых свойств штаммами вирусов EV19 и EV11, вызвавшими несколько больших вспышек увеита в Сибири в 1980-1989 годах (Lukashev et al., 2002). Дальнейшие исследования по изучению рекомбинации у большого числа циркулирующих штаммов энтеровирусов показали, что рекомбинация является обычным и чрезвычайно широко распространенным явлением у энтеровирусов и что обмен фрагментами генома может рассматриваться в общем плане как способ существования генетической информации у всей этой группы вирусов.

Цель работы: Изучить естественную рекомбинацию у неполиомиелитных энтеровирусов на основании анализа нуклеотидной последовательности штаммов, циркулирующих в России и в СНГ. Изучить предполагаемую роль рекомбинации в возникновении новых форм энтеровирусной инфекции на примере штаммов, вызвавших вспышки энтеровирусного увеита в Сибири в 1980-1989 гг. На основании филогенетических взаимоотношений современных штаммов Enterovirus В сформулировать общие представления о закономерностях молекулярной эпидемиологии и эволюции неполиомиелитных энтеровирусов.

Задачи работы:

1. Определить нуклеотидные последовательности и изучить филогенетические взаимоотношения штаммов вирусов EV19 и EV11 -возбудителей энтеровирусного увеита в трех участках генома, 5'НТО, VP 1-2А и 3D. Оценить признаки рекомбинации в этих штаммах друг относительно друга и относительно прототипных штаммов энтеровирусов.

2. Определить полную нуклеотидную последовательность штаммов — представителей различных субтипов EV19 и EV11 (EV19/K, EV11/A, EV11/B), вызвавших вспышки ЭУ, для оценки роли рекомбинации в возникновении этих штаммов.

3. Определить нуклеотидную последовательность в четырех участках генома, VP1, 3D, 2А и 5'НТО у 33 штаммов 10 серотипов энтеровирусов вида Enterovirus В, выделенных на территории СНГ в 1980-2002 годах при различных формах энтеровирусной инфекции и изучить их филогенетические взаимоотношения для оценки распространенности рекомбинации у энтеровирусов.

4. Определить и изучить полную нуклеотидную последовательность 8 современных (1998-2002 гг.) изолятов вида Enterovirus В в сравнении с имеющимися в Genebank полными последовательностями энтеровирусов для изучения частоты и распространенности рекомбинации у энтеровирусов в разных областях генома.

5. Для оценки закономерностей эпидемиологии неполиомиелитных энтеровирусов на территории СНГ изучить филогенетические взаимоотношения в области генома VP1 изолятов EV30, выделенных на территории СНГ в 1998-2002 гг., и сравнить полученные результаты с опубликованными данными по молекулярной эпидемиологии EV30 в других странах мира.

Научная новизна.

1. Впервые показано, что все современные изоляты неполиомиелитных энтеровирусов, включая все штаммы - возбудители энтеровирусного увеита, являются рекомбинантными относительно своих прототипных штаммов, выделенных в 1950-е годы.

2. Впервые показаны достоверно разные филогенетические взаимоотношения современных и прототипных штаммов вида Enterovirus В в разных частях генома, а, следовательно, и независимая эволюционная история различных участков генома энтеровирусов за последние 50 лет.

3. Сформулирована новая концепция генетики неполиомиелитных энтеровирусов. На примере вида Enterovirus В показано, что вид энтеровирусов существует как обширный пул генетической информации, свободно перемещающейся между отдельными штаммами и серотипами путем рекомбинации.

4. Установлено, что рекомбинация у энтеровирусов имеет место строго в пределах вида, следовательно, наличие естественной рекомбинации является дополнительным критерием вида у энтеровирусов.

5. На примере энтеровирусов вида В произведена оценка относительной частоты рекомбинации в различных участках энтеровирусного генома.

6. Показано, что рекомбинация не играла роли в передаче детерминант офтальмовирулентности между тремя субтипами, EV19/K, EV11/A и EV11/В, вызвавшими вспышки энтеровирусного увеита.

7. Показана периодическая повсеместная смена циркулирующего генотипа EV30 на территории СНГ и связь эпидемиологии EV30 в СНГ и в других странах мира.

Практическая значимость работы.

1. Показано повсеместное распространение рекомбинации у всех современных изолятов неполиомиелитных энтеровирусов. Как следствие этих результатов: а) ставится вопрос о необходимости использования для идентификации энтеровирусов методов их полного секвенирования (или иных способов анализа всего генома), поскольку все методы, используемые в настоящее время, как классические (серологические), так и молекулярные, оценивают исключительно область генома, кодирующую белки капсида, т.е. оценивают только около трети генома; получаемые при этом данные не позволяют связать результаты серотипирования неполиомиелитных энтеровирусов и вид вызываемой патологии. б) дополнительно подтверждена необходимость классификации энтеровирусов в первую очередь по видам (Enterovirus А, В, С, D), а не по серотипам, поскольку рекомбинация между разными видами энтеровирусов отсутствует и, таким образом, вид является четко определяемой таксономической единицей

2. Изучена применимость и практическая ценность различных алгоритмов анализа рекомбинации у энтеровирусов.

3. Показано, что три субтипа вирусов - возбудителей ЭУ, EV19/K, EV11/А и EV11/B, возникли независимо друг от друга. Эти результаты подчеркивают потенциал энтеровирусов как источника новых форм патологии человека.

4. Новая концепция генетики энтеровирусов (глобальный и высокодинамичный пул генетической информации) с одной стороны позволяет ожидать возникновения новых форм энтеровирусной инфекции, а с другой стороны — ожидать также естественного исчезновения из циркуляции определенных вариантов энтеровирусов.

5. Изучена эпидемиология EV30 на территории стран СНГ. Полученные данные позволяют в будущем прогнозировать распространение и циркуляцию не только EV30, но и других энтеровирусов, в том числе, вероятно, и возбудителей новых клинических форм энтеровирусной инфекции.

Заключение Диссертация по теме "Вирусология", Лукашев, Александр Николаевич

выводы.

1. Установлена широкая распространенность естественной рекомбинации у энтеровирусов и показано, что фрагменты их генома эволюционируют независимо друг от друга.

2. Рекомбинация у энтеровирусов постоянно происходит в пределах таксономического вида, поэтому возможность естественной рекомбинации является дополнительным критерием вида у энтеровирусов

3. Рекомбинация у энтеровирусов происходит чаще всего в областях генома VP4 и 2А-2С, т.е. на границе структурной области генома, реже - в области генома 3C-3D. Рекомбинация в структурной области генома (VP2-VP1) между штаммами разных серотипов не наблюдалась. В то же время, вопреки предшествующим представлениям, межтиповая рекомбинация в области генома VP4 оказалась достаточно распространенной, что соответствует особой роли белка VP4 в построении капсида. Возможность естественной рекомбинации у энтеровирусов в разных частях генома в целом соответствует генетическим взаимоотношениям вирусов пикорна-надгруппы.

4. Рекомбинация не играла роли в передаче детерминант офтальмовирулентности между тремя субтипами EV19 и EV11 — возбудителями энтеровирусного увеита, что указывает на их независимое возникновение в Сибири в 1980-е гг. и значительный потенциал энтеровирусов как источников новых заболеваний

5. Изучение молекулярной эпидемиологии вирусов EV30 показало ее высокодинамичный характер. Новые субтипы энтеровирусов с новыми свойствами в течение нескольких лет и даже месяцев полностью сменяют друг друга на обширных территориях, что свидетельствует об отсутствии долговременных резервуаров сохранения циркулирующих генотипов энтеровирусов.

6. Предложена принципиально новая концепция генетики энтеровирусов, состоящая в том, что энтеровирусы существуют не как набор клонально эволюционирующих серотипов, а как глобальный пул генетической информации, в котором фрагменты генома энтеровирусов эволюционируют независимо друг от друга и из которого путем рекомбинации постоянно возникают новые варианты энтеровирусов.

Благодарности

Автор благодарит директора ИПВЭ им. М.П. Чумакова С.Г. Дроздова за предоставленную возможность выполнить данную работу. Автор также выражает глубокую признательность своему научному консультанту, В.А. Лашкевичу, за неоценимые научные рекомендации и помощь в стратегическом планировании; Г.А. Королевой (ИПВЭ им. М.П. Чумакова) за плодотворное научное сотрудничество и консультации; Ari Hinkkanen (Abo Akademi University, Turku, Finland) и Jorma Ilonen (Turku University, Turku, Finland) за научное сотрудничество; рецензентам Злобину В.И., Королеву М.Б. и Хапчаеву Ю.Х., за внимательные рецензии и полезные замечания; официальным оппонентам. Неоценимую консультативную помощь оказали А.П. Гмыль и Г.Г. Карганова. Я также благодарен участникам Программы ВОЗ по надзору за полиомиелитом и ОВП в Европейском регионе О.Е. Ивановой и Т.П. Еремеевой (ИПВЭ, Москва) за научное сотрудничество и титанический труд по поддержанию коллекции изолятов энтеровирусов и всем участникам Программы ВОЗ -за предоставленные штаммы.

Неоценимую техническую помощь при выполнении моей работы оказали В.Е. Родионова (культуральная работа) и Jussi Mantere (оператор автоматического секвенатора). Я благодарен Фонду поддержки отечественной науки за финансовую поддержку. Дополнительное финансирование работы осуществлялось фондом Sigrid Juselius (Финляндия).

4.9. Заключение

Социальное и экономическое значение энтеровирусов сложно переоценить. Эти вирусы не только являются одной из самых частых этиологических причин ОРВИ, но и имеют огромный потенциал для возникновения новых форм энтеровирусных заболеваний, таких как полиомиелит, серозный менингит и другие неврологические заболевания, геморрагический конъюнктивит, энтеровирусный увеит, эндокардит, экзантема, пузырчатка свиней, и т. д. Результаты этой работы позволяют и в дальнейшем ожидать возникновения новых форм энтеровирусной инфекции.

На основании полученных результатов была предложена новая модель генетики энтеровирусов. Как представляется, существует всемирный пул генетической информации (генов энтеровирусов, эволюционирующих независимо друг от друга), из которого путем рекомбинации постоянно возникают варианты энтеровирусов с новыми патогенетическими свойствами. Возможно, что генетика энтеровирусов и наблюдаемая независимая эволюция генов отражает значительно более масштабные процессы эволюции, характерные и для других форм жизни на земле.

Библиография Диссертация по биологии, доктора медицинских наук, Лукашев, Александр Николаевич, Москва

1. Денисова, Е.В. (1999). Осложнения энтеровирусных увеитов. Клиника и патогенез. Автореферат диссертации к.м.н., стр. 27. Москва: Московский НИИ глазных болезней им. Гельмгольца.

2. Катаргина, JI.A. (1992). Эндогенные увеиты у детей. Клинико-функциональные и иммунологические особенности, профилактика и лечение осложнений. Автореферат диссертации д.м.н., стр. 39: Московский НИИ глазных болезней им. Гельмгольца.

3. Катаргина, Л.А., Хватова, А.В. (2000). Эндогенные увеиты у детей и подростков. Москва: Медицина.

4. Катаргина, Л.А., Хватова, А.В., Денисова, Е.В., Королева, Г.А., Кричевская, Г.И., Анджелов, В.О. (1997). Клинические и экспериментальные параллели у детей с энтеровирусным увеитом. Вестник офтальмологии, 113(6), стр. 25-27.

5. Королева, Г.А., Гульман, Л.А., Лашкевич, В.А., Лукашенко, З.С., Шибанова, Л.К., Тевеленок, О.Г., Тимошенко, Г.П., Базыль, В.А.,

6. Миронова, JI.JI. (1989). Вирус есно 11 возбудитель третьей вспышки увеита у детей в Красноярске (1986 г.). Вопросы вирусологии, 1, стр. 55-65.

7. Королева, Г.А., Лашкевич, В.А., Савинов, А.П. (1984а). Поражение сосудистого тракта глаза (увеит), вызываемое энтеровирусами у человека и обезьян. Вопросы вирусологии, 4, стр. 447-454.

8. Лашкевич, В.А., Королева, Г.А., Катаргина, Л.А., Базыль, В.А., Уманская, С.В., Тевеленок, О.Г., Дулькейт, О.Ф. (1990а). Географическое распространение энтеровирусного увеита в СССР. Вопросы вирусологии, 4, стр. 315-322.

9. Уманская, С.В., Катаргина, JI.A., Мостинский, С.З., Королева, Г.А., Печерица, Г.Г., Новикова, И.П. (1991). Увеит, вызываемый вирусом есно-11. Вестник офтальмологии, 107, стр. 65-67.

10. Хватова, А.В., Катаргина, JI.A., Кричевская, Е.И., Анджелов, В.О., Виноградова, B.JI. (1986). Дифференциальная клинико-лабораторная диагностика энтеровирусного и других форм увеита у детей раннего возраста. Офтальмологический журнал 2, стр. 76-79.

11. Abzug, M., Levin, M., Rotbart, H.A. (1993). Profile of enterovirus disease in the first two weeks of life. Pediatric Infectious Disease Journal 12, pp. 820-824.

12. Agol, V.I. (1991). The 5' untranslated region of picornaviral genomes. Advances in Virus Research, 40, pp. 103-180.

13. Agol, V.I., Drosdov, S.G., Frolova, M.P., Grachev, V.P., Kolesnikova, M.S., Kozlov, V.G., Ralph, N.M., Romanova, L.I., Tolskaya, E.A., Viktorova,

14. Andersson, P., Edman, K., Lindberg, A.M. (2002). Molecular analysis of the echovirus 18 prototype: Evidence of interserotypic recombination with echovirus 9. Virus Research, 85, pp. 71-83.

15. Andino, R., Boddeker, N., Silvera, D., Gamarnik, A.V. (1999). Intracellular determinants of picornavirus replication. Trends in Microbiology, 7, pp. 76-82.

16. Andino, R., Rieckhof, G.E., Achacoso, P.L., Baltimore, D. (1993). Poliovirus RNA synthesis utilizes an rnp complex formed around the 5'-end of viral RNA. EMBO Journal, 12, pp. 3587-3598.

17. Arens, M. (2001). Clinically relevant sequence-based genotyping of hbv, hcv, cmv, and hiv. Journal of Clinical Virology, 22, pp. 11-29.

18. Arnold, J J., Cameron, C.E. (1999). Poliovirus RNA-dependent RNA polymerase (3dpol) is sufficient for template switching in vitro. Journal of Biological Chemistry, 274, pp. 2706-2716.

19. Arnon, R., Naor, N., Davidson, S., Katz, К., Мог, С. (1991). Fatal outcome of neonatal echo virus 19 infection. Pediatric Infectious Disease Journal, 10, pp. 788-789.

20. Babalola, O.E., Amoni, S.S., Samaila, E., Thaker, U., Darougar, S. (1990). An outbreak of acute haemorrhagic conjunctivitis in kaduna, nigeria. British Journal of Ophthalmology, 74, pp. 89-92.

21. Bailly, J.-L., Beguet, A., Chambon, M., Henquell, C., Peigue-Lafeuille, H. (2000). Nosocomial transmission of echo virus 30: Molecular evidence by phylogenetic analysis of the VP1 encoding sequence. Journal of Virology, 38, pp. 2889-2892.

22. Bell, Y.C., Semler, B.L., Ehrenfeld, E. (1999). Requirements for RNA replication of a poliovirus replicon by coxsackievirus B3 RNA polymerase. Journal of Virology, 73, pp. 9413-9421.

23. Blomquist, S., Bruu, A.L., Stenvik, M., Hovi, T. (2003). Characterization of a recombinant type 3/type 2 poliovirus isolated from a healthy vaccinee and containing a chimeric capsid protein VP1. Journal of General Virology, 84, pp. 573-580.

24. Boom, R., Sol, C., Salimans, M., Jansen, C., Wertheim-van Dillen, P., van der Noordaa, J. (1990). Rapid and simple method for purification of nucleic acids. Journal of Clinical Microbiology, 28, pp. 495-503.

25. Bouchard, M., Lam, D., Racaniello, V.R. (1995). Determinants of attenuation and temperature sensivity in the type 1 poliovirus vaccine strains. Journal of Virology, 69, pp. 4972-4978.

26. Bousalem, M., Dallot, S., Fuji, S., Natsuaki, K.T. (2003). Origin, worldwide dispersion, bio-geographical diversification, radiation and recombination: An evolutionary history of yam mild mosaic virus (ymmv). Infect Genet Evol, 3, pp. 189-206.

27. Branche, W.C., Jr., Young, V.M., Houston, F.M., Koontz, L.W. (1965). Characterization of prototype virus echo-32. Proc Soc Exp Biol Med, 118, pp. 186-190.

28. Brown, В., Oberste, M.S., Maher, K., Pallansch, M.A. (2003). Complete genomic sequencing shows that polioviruses and members of human enterovirus species С are closely related in the noncapsid coding region. Journal of Virology, 77, pp. 8973-8984.

29. Brown, B.A., Oberste, S., Alexander, J.P., Kennett, M.L., Pallansch, M.A. (1999). Molecular epidemiology and evolution of enterovirus 71 strains isolated from 1970 to 1998. Journal of Virology, 73, pp. 9969-9975.

30. Committee on ECHO Viruses. (1955). Enteric cytopathogenic human orphan (ECHO) viruses. Science, 122, pp. 1187-1188.

31. Caggana, M., Chan, P., Ramsingh, A. (1993). Identification of a single amino acid residue in the capsid protein VP1 of coxsackievirus B4 that determines the virulent phenotype. Journal of Virology, 67, pp. 4797-47803.

32. Cammack, N., Phillips, A., Dunn, G., Patel, V., Minor, P.D. (1988). Intertypic genomic rearrangements of poliovirus strains in vaccinees. Virology, 167, pp. 507-514.

33. Cann, A.J., Stanway, G., Hughes, P.J., Minor, P.D., Evans, D.M.A., Schild, G.C., Almond, J.W. (1984). Reversion to neurovirulence of the live-attenuated Sabin type 3 oral poliovirus vaccine. Nucleic Acids Research, 12, pp. 7787-7792.

34. Саго, V., Guillot, S., Delpeyroux, F., Crainic, R. (2001). Molecular strategy for 'serotyping' of human enteroviruses. Journal of General Virology, 82, pp. 79-91.

35. Chang, K.H., Auvinen, P., Hyypia, Т., Stanway, G. (1989). The nucleotide sequence of coxsackievirus A9; implications for receptor binding and enterovirus classification. Journal of General Virology, 70, pp. 3269-3280.

36. Chu, P.Y., Lin, K.H., Hwang, K.P., Chou, L.C., Wang, C.F., Shih, S.R., Wang, J.R., Shimada, Y., Ishiko, H. (2001). Molecular epidemiology of enterovirus 71 in Taiwan. Archives of Virology, 146, pp. 589-600.

37. Chumakov, K.M. (1997). Mutant analysis by PCR and restriction enzyme cleavage (MAPREC). Standard operating procedure for poliovirus type 3 (Sabin) vaccine. Prepared for the WHO collaborative study on MAPREC.

38. Chumakov, K.M., Norwood, L., Parker, M., Dragunsky, E., Taffs, R., Ran, Y., Ridge, J., Levenbook, I. (1993). Assessment of the viral RNA sequence heterogenecity for control of OPV neurovirulence. Dev Biol Stand, 78, pp. 7989.

39. Clements, G.B., Galbraith, D.N., Taylor, K.W. (1995). Coxsackie b virus infection and onset of childhood diadetes. Lancet, 346, pp. 221-223.

40. Cooper, P.D. (1968). A genetic map of poliovirus temperature-sensitive mutants. Virology, 35, pp. 584-596.

41. Cooper, P.D., Geissler, E., Tannock, G.A. (1975). Attempts to extend the genetic map of poliovirus temperature-sensitive mutants. Journal of General Virology, 29, pp. 109-120.

42. Costa-Mattioli, M., Di Napoli, A., Ferre, V., Billaudel, S., Perez-Bercoff, R., Cristina, J. (2003). Genetic variability of hepatitis A virus. Journal of General Virology, 84, pp. 3191-3201.

43. Dagan, R., Hall, C.B., Powell, K.R., Menegus, M.A. (1989). Epidemiology and laboratory diagnosis of infection with viral and bacterial pathogens in infants hospitalized for suspected sepsis. Journal of Pediatrics, 115, pp. 351-356.

44. Dahllund, L., Nissinen, L., Pulli, Т., Hyttinen, V., Stanway, G., Hyypia, T. (1995). The genome of echovirus 11. Virus Research, 35, pp. 215-222.

45. Dahourou, G., Guillot, S., Le Gall, O., Crainic, R. (2002). Genetic recombination on wild-type poliovirus. Journal of General Virology, 38, pp. 3103-3110.

46. Dalldorf, G. (1953). The Coxsackie virus group. Ann N Y Acad Sci, 56, pp. 583-586.

47. Davis, D.C., Melnick, J.L. (1956). Association of echo virus type 6 with aseptic meningitis. Proc Soc Exp Biol Med 92, pp. 839-843.

48. Denis-Lassale, J. (1970). Uveites virales. In book «L'uveite, phenomenes immunologiques et allergiques», pp. 615-682. Paris.

49. Dewalt, P.G., Lawson, M.A., Colonno, R.J., Semler, B.L. (1989). Chimeric picornavirus polyproteins demonstrate a common 3C proteinase substrate specificity. Journal of Virology, 63, pp. 3444-3452.

50. Drake, J.W. (1993). Rates of spontaneous mutation among RNA viruses. Proc Natl Acad Sci USA, 90, pp. 4171-4175.

51. Duggal, R., Cuconati, A., Gromeier, M., Wimmer, E. (1997). Genetic recombination of poliovirus in a cell-free system. Proc Natl Acad Sci USA, 94, pp. 13786-13791.

52. Duggal, R., Wimmer, E. (1999). Genetic recombination of poliovirus in vitro and in vivo: Temperature-dependent alteration of crossover sites. Virology, 258, pp. 30-41.

53. Egger, D., Bienz, K. (2002). Recombination of poliovirus RNA proceeds in mixed replication complexes originating from distinct replication start sites. Journal of Virology, 76, pp. 10960-10971.

54. Elahi, E., Pourmand, N., Chaung, R., Rofoogaran, A., Boisver, J., Samimi-Rad, K., Davis, R.W., Ronaghi, M. (2003). Determination of hepatitis с virus genotype by pyrosequencing. J Virol Methods, 109, pp. 171-176.

55. Felsenstein, J. (1989). Phylip phylogeny inference package (version 3.2). Cladistics, 5, pp. 164-166.

56. Furione, M., Guillot, S., Otelea, D., Balanant, J., Candrea, A., Crainic, R. (1993). Polioviruses with natural recombinant genomes isolated from vaccine-associated paralytic poliomyelitis. Virology, 196, pp. 199-208.

57. Garcia-Arriaza, J., Domingo, E., Escarmis, C. (2005). A segmented form of foot-and-mouth disease virus interferes with standard virus: A link between interference and competitive fitness. Virology, 335, pp. 155-164.

58. Gavrilin, G.V., Cherkasova, E.A., Lipskaya, G.Y., Kew, O.M., Agol, V.I.2000). Evolution of circulating wild poliovirus and of vaccine-derived poliovirus in an immunodeficient patient: A unifying model. Journal of Virology, 74, pp. 7381-7390.

59. Georgescu, M.-M., Delpeyroux, F., Crainic, R. (1995). Tripartite organization of a natural type 2 vaccine/nonvaccine recombinant poliovirus. Journal of General Virology, 76, pp. 2343-2348.

60. Georgopoulou, A., Markoulatos, P. (2001). Sabin type 2 polioviruses with intertypic vaccine/vaccine recombinant genomes. Eur J Clin Microbiol Infect, Dis 20, pp. 792-799.

61. Gharizadeh, В., Kalantari, M., Garcia, C.A., Johansson, В., Nyren, P.2001). Typing of human papillomavirus by pyrosequencing. Lab Invest, 81, pp. 673-679.

62. Giles, C.L. (1989). Uveitis in childhood part I anterior. Annals of Ophthalmology, 21, pp. 13-28.

63. Glais, L., Tribodet, M., Kerlan, C. (2002). Genomic variability in potato potyvirus у (pvy): Evidence that pvy(n)w and pvy(ntn) variants are single to multiple recombinants between pvy(o) and pvy(n) isolates. Archives of Virology, 147, pp. 363-378.

64. Gmyl, A.P., Belousov, E.V., Maslova, S.V., Khitrina, E.V., Chetverin, A.B., Agol, V.I. (1999). Nonreplicative RNA recombination in poliovirus. Journal of Virology, 73, pp. 8958-8965.

65. Gmyl, A.P., Korshenko, S.A., Belousov, E.V., Khitrina, E.V., Agol, V.I. (2003). Nonreplicative homologous RNA recombination: Promiscuous joining of RNA pieces? RNA, 9, pp. 1221-1231.

66. Gow, J.W., Behan, W.M., Clements, G.B., Woodall, C., Riding, M., Behan, P.O. (1991). Enteroviral RNA sequences detected by polymerase chain reaction in mussle of patients with postviral fatigue syndrome. British Medical Journal, 302, pp. 692-696.

67. Gromeier, M., Wimmer, E., Gorbalenya, A.E. (1999). Genetics, pathogenesis and evolution of picornaviruses. In book "Origin and evolution of viruses., pp. 287-343. Eds. Domingo, E., Webster, R., Holland, J., Academic Press.

68. Hammon, W.M., Ludwig, E.H., Pavia, R.A., McCloskey, L.W., Sather, G.E. (1957). Problems raised by certain echo viruses in the attempted laboratory detection of poliomyelitis virus infection. Ann NY Acad Sci, 67, pp. 304-310.

69. Hammon, W.M., Yolm, D.S., Pavia, R.A. (1959). Echo virus type 12, isolation and characteristics. Proc Soc Exp Biol Med, 100, pp. 743-745.

70. Hammon, W.M., Yohn, D.S., Pavia, R.A. (1960). Isolation and characterization of prototype viruses echo-26, echo-27, coxsackie B-6. Proc Soc Exp Biol Med, 103, pp. 164-168.

71. Hirst, G.K. (1962). Genetic recombination with newcastle disease virus, polioviruses and influenza. In: Cold Spring Harbor Symposia on Quantitative Biology, pp. 303-308.

72. Huang, C.C., Liu, C.C., Chang, Y.C., Chen, C.Y., Wang, S.T., Yeh, T.F. (1999). Neurologic complications in children with enterovirus 71 infection. New England Journal of Medicine, 341, pp. 936-942.

73. Hughes, M.S., Hoey, E.M., Coyle, P.V. (1993). A nucleotide sequence comparisson of coxsackievirus B4 isolates from aquatic samples and clinical specimen. Epidemiology and Infection, 110, pp. 389-398.

74. Hughes, P.J., North, C., Minor, P.D., Stanway, G. (1989). The complete nucleotide sequence of coxsackievirus A21. Journal of General Virology, 70, pp. 2943-2952.

75. Husmeier, D., Wright, F. (2001). Probabilistic divergence measures for detecting interspecies recombination. Bioinformatics, 17 Suppl 1, pp. S123-131.

76. Huttunen, P., Santti, J., Pulli, Т., Hyypia, T. (1996). The major echovirus group is genetically coherent and related to coxsackie В viruses. Journal of General Virology, 77, pp. 715-725.

77. Jarvis, T.C., Kirkegaard, K. (1992). Poliovirus RNA recombination: Mechanistic studies in the absence of selection. EMBO Journal, 11, pp. 31353145.

78. Jenista, J.A., Powell, K.R., Menegus, M.A. (1984). Epidemiology of neonatal enterovirus infection. Journal of Pediatrics, 104, pp. 685-690.

79. Jenkins, O., Booth, J.D., Minor, P.D., Almond, J.W. (1987). The complete nucleotide sequence of coxsackievirus B4 and its comparison to other members of the picornaviridae. Journal of General Virology, 68, pp. 1835-1848.

80. Kanno, Т., Mackay, D., Wilsden, G., Kitching, P. (2001). Virulence of swine vesicular disease virus is determined at two amino acids in capsid protein VP1 and 2a protease. Virus Research, 80, pp. 101-107.

81. Kawamura, N., Kohara, M., Abe, S., Komatsu, Т., Tago, K., Arita, M., Nomoto, A. (1989). Determinants in the 5' noncoding region of poliovirus Sabin 1 RNA that influence the attenuation phenotype. Journal of Virology, 63, pp. 1302-1309.

82. Kew, O.M., Mulders, M.N., Lipskaya, G.Y., al., e. (1995). Molecular epidemiology of polioviruses. In book "Molecular epidemiology. Seminars invirology", pp. 401-414. Eds. Kew, O.M., Nathanson, N. New York, Academic Press.

83. Kibrick, S., Melendez, L., Enders, J.F. (1957). Clinical associations of enteric viruses with particular reference to agents exhibiting properties of the echo group. Ann N Y Acad Sci, 67, pp. 311-325.

84. King, A.M. (1988). Preferred sites of recombination in poliovirus RNA: An analysis of 40 intertypic cross-over sequences. Nucleic Acids Research, 16, pp. 11705-11723.

85. Kirkegaard, K., Baltimore, D. (1986). The mechanism of RNA recombination in poliovirus. Cell, 47, pp. 433-443.

86. Knowlton, K.U., Jeon, E.S., Berkley, N., Wessely, R., Huber, S. (1996). A mutation in the puff region of VP2 attenuates the myocarditic phenotype of an infectious cdna of the woodruff variant of coxsackievirus B3. Journal of Virology, 70, pp. 7811-7818.

87. Kopecka, H., Brown, В., Pallansch, M. (1995). Genotypic variation in coxsackievirus B5 isolates from three different outbreaks in the United States. Virus Research, 38, pp. 125-136.

88. Krajden, S., Middleton, P. (1983). Enterovirus infections in neonate. Clinical Pediatrics, 22, pp. 87-92.

89. Manzara, S., Muscillo, M., La Rosa, G., Marianelli, C., Cattani, P., Fadda, G. (2002). Molecular identification and typing of enteroviruses isolated from clinical specimens. Journal of Clinical Microbiology, 40, pp. 4554-4560.

90. Martino, T.A., Tellier, R., Petric, M., Irwin, D.M., Afshar, A., Liu, P.P. (1999). The complete consensus sequence of coxsackievirus B6 and generation of infectious clones by long rt-pcr. Virus Research, 64, pp. 77-86.

91. McGuire, G., Wright, F. (2000). Topal 2.0: Improved detection of mosaic sequences within multiple alignments. Bioinformatics, 16, pp. 130-134.

92. Melnick, J.L. (1954). Application of tissue culture methods to epidemiological studies of poliomyelitis. Am J Public Health, 44, pp. 571-580.

93. Melnick, J.L. (1955). Tissue culture techniques and their application to original isolation, growth, and assay of poliomyelitis and oiphan viruses. Ann NY Acad Sci, 61, pp. 754-772; discussion, 772-753.

94. Melnick, J.L. (1957). Problems associated with viral identification and classification in 1956. Ann NY Acad Sci, 67, pp. 363-382.

95. Melnick, J.L., Agren, K. (1952). Poliomyelitis and coxsackie viruses isolated from normal infants in Egypt. Proc Soc Exp Biol Med, 81, pp. 621-624.

96. Melnick, J.L., Ledinko, N., et al. (1950). Ohio strains of a virus pathogenic for infant mice, coxsackie group; simultaneous occurrence with poliomyelitis virus in patients with summer grippe. J Exp Med, 91, pp. 185-195.

97. Milne, I., Wright, F., Rowe, G., Marshall, D.F., Husmeier, D., McGuire, G. (2004). Topali: Software for automatic identification of recombinant sequences within DNA multiple alignments. Bioinformatics, 20, pp. 1806-1807.

98. Minor, P.D., John, A., Ferguson, M., Icenogle, J.P. (1986). Antigenic and molecular evolution of the vaccine strain of type 3 poliovirus during the period of excretion by primary vaccinee. Journal of General Virology, 67, pp. 693-706.

99. Mochizuki, M., Ono, A., Ikeda, E., Hikita, N., Watanabe, Т., Yamaguchi, K., Sagawa, K., Ito, K. (1996). HTLV-I uveitis. J Acquir Immune Defic Syndr Hum Retroviral, 13 Suppl.l,pp. S50-S56.

100. Modlin, J. (1986). Perinatal echovirus infection: Insights from a literature review of 61 cases of serious infection and 16 outbreaks in nurseries. Reviews of Infectious Diseases, 8, pp. 918-926.

101. Muller, H.J. (1964). The relation of recombination to mutational advance. Mutat Res, 106, pp. 2-9.

102. Nairn, C., Clements, G.B. (1999). A study of enterovirus isolations in Glasgow from 1977 to 1997. Journal of Medical Virology, 58, pp. 304-312.

103. Nathanson, N., Martin, J.R. (1979). The epidemiology of poliomyelitis: Enigmas surrounding its appearance, epidemicity, and disappearance. Am J Epidemiol 110, pp. 672-692.

104. Nelsen-Salz, В., Schildgen, O., Klein, M., Hadaschik, D., Eggers, H.J., Zimmermann, H. (1999). Determinants of pathogenicity of echovirus 9 in men: Significance of a functional rgd-motif. Zentralbl Bakteriol, 289, pp. 347-354.

105. Norder, H., Bjerregaard, L., Magnius, L.O. (2001). Homotypic enteroviruses share aminoterminal VP1 sequence homology applicable for typing. Journal of Medical Virology, 63, pp. 35-44.

106. Norder, H., Bjerregaard, L., Magnius, L.O. (2002). Open reading frame sequence of an asian enterovirus 73 strain reveals that the prototype from California is recombinant. Journal of General Virology, 83, pp. 1721-1728.

107. Oberste, M.S., Maher, K., Flemister, M.R., Marchetti, G., Kilpatrick, D.R., Pallansch, M.A. (2000). Comparison of clasic and molecular approaches for identification of untypeable enteroviruses. Journal of Clinical Microbiology, 38, pp. 1170-1174.

108. Oberste, M.S., Maher, K., Kilpatrick, D.R., Flemister, M.R., Brown, B.A., Pallansch, M.A. (1999b). Typing of human enteroviruses by partial sequencing of VP1. Journal of Clinical Microbiology, 37, pp. 1288-1293.

109. Oberste, M.S., Maher, K., Kilpatrick, D.R., Pallansch, M.A. (1999c). Molecular evolution of the human enteroviruses: Correlation of serotype with VP1 sequence and application to picornavirus classification. Journal of Virology, 73, pp. 1941-1948.

110. Oberste, M.S., Maher, K., Pallansch, M.A. (1998). Molecular phylogeny of all human enterovirus serotypes based on comparison of sequences at the 5' end of the region encoding VP2. Virus Research, 58, pp. 35-43.

111. Oberste, M.S., Maher, K., Pallansch, M.A. (2002). Molecular phylogeny and proposed classification of the simian picornaviruses. Journal of Virology, 76, pp. 1244-1251.

112. Oberste, M.S., Maher, K., Pallansch, M.A. (2004a). Evidence for frequent recombination within species human enterovirus В based on complete genomic sequences of all thirty-seven serotypes. Journal of Virology, 78, pp. 855-867.

113. Oberste, M.S., Penaranda, S., Maher, K., Pallansch, M.A. (2004b). Complete genome sequences of all members of the species human enterovirus A. Journal of General Virology, 85, pp. 1597-1607.

114. Oberste, M.S., Penaranda, S., Pallansch, M.A. (2004c). Rna recombination plays a major role in genomic change during circulation of coxsackie В viruses. Journal of Virology, 78, pp. 2948-2955.

115. Omata, Т., Kohara, M., Kuge, S., Komatsu, Т., Abe, S., Semler, В., Kameda, A., Itoh, H., Arita, M., Wimmer, E., Nomoto, A. (1986). Genetic analysis of the attenuation phenotype of poliovirus type 1. Journal of Virology, 58, pp. 348-358.

116. Ophthalmology, A.A.o. (1988). Intraocular inflammation, uveitis and ocular tumors. In Basic and Clinical Science Course, pp. 188. San-Francisco, California: The Academy.

117. Oprisan, G., Combiescu, M., Guillot, S., Саго, V., Combiescu, A., Delpeyroux, F., Crainic, R. (2002). Natural genetic recombination between co-circulating heterotypic enteroviruses. Journal of General Virology, 83, pp. 21932200.

118. Ormsbee, R.A., Melnick, J.L. (1957). Biologic and serologic characteristics of echo viruses from West Virginia. J Immunol, 79, pp. 384-392.

119. Paalme, V., Gammelgard, E., Jarvekulg, L., Valkonen, J.P. (2004). In vitro recombinants of two nearly identical potyviral isolates express novel virulence and symptom phenotypes in plants. Journal of General Virology, 85, pp. 739-747.

120. Paananen, A., Ylipaasto, P., Rieder, E., Hovi, Т., Galama, J., Roivainen, M. (2003). Molecular and biological analysis of echovirus 9 strain isolated from a diabetic child. Journal of Medical Virology, 69, pp. 529-537.

121. Palacios, G., Casas, A., Tenorio, A., Freire, C. (2002a). Molecular identification of enteroviruses by analyzing a partial VP1 genomic region by different methods. Journal of Clinical Microbiology, 40, pp. 182-192.

122. Palacios, G., Casas, I., Cisterna, D., Trallero, G., Tenorio, A., Freire, C. (2002b). Molecular epidemiology of echovirus 30: Temporal circulation and prevalence of single lineages. Journal of Virology, 76, pp. 4940-4949.

123. Pallansch, M.A., Roos, R.P. (2001). Enteroviruses: Polioviruses, coxsackieviruses, echoviruses and newer enteroviruses. In book "Fields Virology, fourth edition, pp. 723-775. Eds. Howley, P.M., Lippincott-Raven, Philadelphia.

124. Pasic, S., Jancovic, В., Abinun, M., Kanjuh, B. (1997). Intravenous immunoglobulin prophylaxis in an echovirus 6 and echovirus 4 nursery outbreak. Pediatric Infectious Disease Journal, 16, pp. 718-719.

125. Pelletier, J., Sonenberg, N. (1988). Internal initiation of translation of eucariotic mrna directed by a sequence derived from poliovirus RNA. Nature, 334, pp. 320-325.

126. Pilipenko, E.V., Gmyl, A.P., Agol, V.I. (1995). A model for rearrangements in RNA genomes. Nucleic Acids Research, 23, pp. 1870-1875.

127. Pivetti-Pezzi, P. (1996). Uveitis in children. European Journal of Ophthalmology, 6, pp. 293-298.

128. Plager, H., Decher, W. (1963). A newly-recognized enterovirus isolated from cases of aseptic meningitis. Am J Hyg, 77, pp. 26-28.

129. Pollard, S.R., Dunn, D., Cammack, N., Minor, P.D., Almond, J.W. (1989). Nucleotide sequence of a neurovirulent variant of the type 2 oral poliovirus vaccine. Journal of Virology, 65, pp. 4949-4951.

130. Poyri, Т., Kinnunen, I., Kapsenberg, J., Kew, O., Hovi, T. (1990). Type 3 poliovirus /Finland/1984 is genetically related to to common Mediterranean strains. Journal of General Virology, 71, pp. 2535-2541.

131. Poyry, Т., Kinnunen, L., Hovi, Т., Hyypia, T. (1999). Relationships between simian and human enteroviruses. Journal of General Virology, 80 ( Pt 3), pp. 635-638.

132. Racaniello, V.R. (2001). Picornaviridae: The viruses and their replication. In book "Fields Virology, fourth edition, pp. 685-723. Eds. Knipe, D.M., Howley, P.M., Lippincott-Raven, Philadelphia.

133. Racaniello, V.R., Meriam, C. (1986). Poliovirus temperature-sensitive mutant containing a single nucleotide deletion in the 5'-noncoding region of the viral RNA. Virology, 155, pp. 498-507.

134. Ramos-Alvarez, M., Sabin, A.B. (1954). Characteristics of poliomyelitis and other enteric viruses recovered in tissue culture from healthy American children. Proc Soc Exp Biol Med, 87, pp. 655-661.

135. Ramos-Alvarez, M., Sabin, A.B. (1956). Intestinal viral flora of healthy children demonstrable by monkey kidney tissue culture. Am J Public Health, 46, pp. 295-299.

136. Reimann, B.Y., Zell, R., Kandolf, R. (1991). Mapping of a neutralizing antigenic site of coxsackievirus B4 by construction of an antigen chimera. Journal of Virology, 65, pp. 3475-3480.

137. Rico-Hesse, R., Pallansch, M.A., Nottay, B.K., Kew, O.M. (1987). Geographic distribution of wild poliovirus type 1 genotypes. Virology, 160, pp. 311-322.

138. Rinehart, J.E., Gomez, R.M., Roos, R.P. (1997). Molecular determinants for virulence in coxsackievirus B1 infection. Journal of Virology, 71, pp. 39863991.

139. Ritterband, D.C., Freidberg, D.N. (1998). Virus infections of the eye. Reviews in Medical Virology, 8, pp. 187-201.

140. Robertson, D.L., Halm, B.H., Sharp, P.M. (1995). Recombination in AIDS viruses. Journal of Molecular Evolution, 40, pp. 249-259.

141. Romanova, L.I., Tolskaya, E.A., Kolesnikova, M.S., Agol, V.I. (1980). Biochemical evidence for intertypic genetic recombination of polioviruses. FEBS Letters, 118, pp. 109-112.

142. Ronaghi, M., Elahi, E. (2002). Pyrosequencing for microbial typing. J Chromatogr В Analyt Technol Biomed Life Sci, 782, pp. 67-72.

143. Rosen, L., Kern, J. (1965). Toluca-3, a newly recognized enterovirus. Proc Soc Exp Biol Med, 118, pp. 389-391.

144. Rosen, L., Kern, J., Bell, J. A. (1964a). Observations on a group of viruses (jv-5, jv-6 and jv-10) comprising a newly recognized enterovirus serotype. Am J Hyg, 79, pp. 7-15.

145. Rosen, L., Kern, J., Bell, J.A. (1964b). Observations on an outbreak of infection with a newly recognized enterovirus (jv-4). Am J Hyg, 79, pp. 1-6.

146. Rotbart, H.A., Brennan, P.J., Fife, K.H., Romero, J.R., Griffin, J.A., McKinlay, M.A., Hayden, F.G. (1998). Enterovirus meningitis in adults. Clinical Infectious Diseases, 27, pp. 896-898.

147. Rothova, A., Suttorp-van Schulten, M.S., Frits Treffers, W., Kijlstra, A. (1996). Causes and frequency of blindness in patients with intraocular inflammatory disease. British Journal of Ophthalmology, 80, pp. 332-336.

148. Salminen, M.O., Carr, J.K., Burke, D.S., McCutchan, F.E. (1995). Identification of breakpoints in intergenotypic recombinants of HIV type 1 by bootscanning. AIDS Res Hum Retroviruses, 11, pp. 1423-1425.

149. Santti, J., Harvala, H., Kinnunen, L., Hyypia, T. (2000). Molecular epidemiology and evolution of coxsackievirus A9. Journal of General Virology, 81, pp. 1-12.

150. Santti, J., Hyypia, Т., Kinnunen, L., Salminen, M. (1999). Evidence of recombination among enteroviruses. Journal of Virology, 73, pp. 8741-8749.

151. Savolainen, C., Hovi, Т., Mulders, M.N. (2001). Molecular epidemiology of echovirus 30 in Europe: Succession of dominant sublineages within a single major genotype. Archives of Virology, 146, pp. 521-537.

152. Sawyer, S.A. (1989). Statistical tests for detecting gene conversion. Molecular Biology and Evolution, 6, pp. 526-538.

153. Sergiescu, D., Horodniceanu, F., Klein, R., Crainic, R. (1966). Genetic transfer of guanidine resistance from type 2 to type 1 poliovirus. Arch Gesamte Virusforsch, 18, pp. 231-243.

154. Sickles, G.M., Feorino, P., Plager, H. (1955). Isolation and type determination of coxsackie virus, group B, in tissue culture. Proc Soc Exp Biol Med, 88, pp. 22-24.

155. Silbernagel, M.J., Mink, G.I., Zhao, R.L., Zheng, G.Y. (2001). Phenotypic recombination between bean common mosaic and bean common mosaic necrosis potyviruses in vivo. Archives of Virology, 146, pp. 1007-1020.

156. Siverio Jr, C.D., Imai, Y., Cunningham, E.T.J. (2002). Diagnosis and management of herpetic anterior uveitis. Int Ophthalmol Clin, 42, pp. 43-48.

157. Takeda, N., Tanimura, M., Miymura, K. (1994). Molecular evolution of the major capsid protein VP1 of enterovirus 70. Journal of Virology, 68, pp. 854-862.

158. Tang, R.S., Barton, D.J., Flanegan, J.B., Kirkegaard, K. (1997). Poliovirus RNA recombination in cell-free extracts. RNA, 3, pp. 624-633.

159. Thompson, J., Gibson, Т., Plewniak, F., Jeanmougin, F., Higgins, D. (1997). The ClustalX windows interface: Flexible strategies for multiple sequence alignment aided by quality analysis tools. Nucleic Acids Research, 24, pp. 4876-4882.

160. Todd, S., Towner, J.S., Brown, D.M., Semler, B.L. (1997). Replication-competent picornaviruses with complete genomic RNA 3' noncoding region deletions. Journal of Virology, 71, pp. 8868-8874.

161. Tolskaya, E.A., Romanova, L.A., Kolesnikova, M.S., Agol, V.I. (1983). Intertypic recombination in poliovirus: Genetic and biochemical studies. Virology, 124, pp. 121-132.

162. Tomimura, K., Gibbs, A .J., Jenner, C.E., Walsh, J.A., Ohshima, K.2003). The phylogeny of turnip mosaic virus; comparisons of 38 genomic sequences reveal a Eurasian origin and a recent 'emergence' in East Asia. Mol Ecol, 12, pp. 2099-2111.

163. Tosh, C., Hemadri, D., Sanyal, A. (2002). Evidence of recombination in the capsid-coding region of type a foot-and-mouth disease virus. Journal of General Virology, 83, pp. 2455-2460.

164. Tosh, C., Mittal, M., Sanyal, A., Hemadri, D., Bandyopadhyay, S.K.2004). Molecular phylogeny of leader proteinase gene of type a of foot-and-mouth disease virus from India. Archives of Virology, 149, pp. 523-536.

165. Vinje, J., Green, J., Lewis, D.C., Gallimore, C.I., Brown, D.W., Koopmans, M.P. (2000). Genetic polymorphism across regions of the three open reading frames of "norwalk-like viruses". Archives of Virology, 145, pp. 223241.

166. Ward, C.D., Flanegan, J.B. (1992). Determination of the poliovirus RNA polymerase error frequency at eight sites in the viral genome. Journal of Virology, 66, pp. 3784-3793.

167. WHO (1982). Acute hemorrhagic conjunctivitis. Weekly Epidemiological Record, 57, pp. 111-112.

168. WHO (1992). WHO manual for the virological investigation of polio. Geneva: WHO.

169. Wigand, R., Sabin, A.B. (1961). Properties of echo types 22, 23 and 24 viruses. Arch Gesamte Virusforsch, 11, pp. 224-247.

170. Wigand, R., Sabin, A.B. (1962). Properties of epidemic strains of echo type 9 virus and observations on the nature of human infection. Arch Gesamte Virusforsch, 11, pp. 683-707.

171. Wright, P.W., Strauss, G.H., Langford, M.P. (1992). Acute hemorrhagic conjunctivitis. Am Fam Physician, 45, pp. 173-178.

172. Yin-Murphy, M. (1984). Acute hemorrhagic conjunctivitis. Progress in Medical Virology, 29, pp. 23-44.

173. Zhang, G., Haydon, D.T., Knowles, N.J., McCauley, J.W. (1999). Molecular evolution of swine vesicular disease virus. Journal of General Virology, 80 (Pt 3), pp. 639-651.

174. Zhang, G., Wilsden, G., Knowles, N.J., McCauley, J.W. (1993). Complete nucleotide sequence of a coxsackie В 5 virus and its relationship to swine vesicular disease virus. Journal of General Virology, 74, pp. 845-853.

175. Zimmermann, H., Eggers, H.J., Nelsen-Salz, B. (1997). Cell attachment and mouse virulence of echovirus 9 correlate with an rgd motif in the capsid protein VP1. Virology, 233, pp. 149-156.

176. Zoll, J., Galama, J., Melchers, W. (1994). Intratypic genome variability of the coxsackievirus В1 2A protease region. Journal of General Virology, 75, pp. 687-692.