Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему

Определение и анализ пространственной структуры рибосомного белка L1 из бактерии Thermus thermophilus в комплексе с фрагментом матричной РНК при разрешении 2,6Å

ВАК РФ 03.00.02, Биофизика

Автореферат диссертации по теме "Определение и анализ пространственной структуры рибосомного белка L1 из бактерии Thermus thermophilus в комплексе с фрагментом матричной РНК при разрешении 2,6Å"

ГРИВКО АЛЕКСЕЙ ВИКТОРОВИЧ

ТРАНСФОРМАЦИЯ ЭКОНОМИЧЕСКИХ ФУНКЦИЙ ГОСУДАРСТВА

Специальность 08.00.01 - «Экономическая теория»

АВТОРЕФЕРАТ диссертации на соискание ученой степени кандидата экономических наук

Оренбург - 2006

Работа выполнена в Оренбургском государственном университете

Научный руководитель - доктор экономических наук, доцент

Булганина Светлана Николаевна

Официальные оппоненты: доктор экономический наук, профессор

Минин Алексей Иванович

кандидат экономических наук, доцент Безверхая Ольга Николаевна

Ведущая организация — Саратовский государственный

университет имени Н.Г.Чернышевского

Защита состоится 28 декабря 2006 года в _ часов на заседании

диссертационного совета Д 212.214.01 при Самарском государственном экономическом университете по адресу: ул.Советской Армии, д.141. ауд.325, г.Самара, 443090.

С диссертацией можно ознакомиться в библиотеке Самарского государственного экономического университета.

Автореферат разослан 27 ноября 2006 I

Ученый секретарь диссертационного совета Капитонов А.А.

I. ОБЩАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА РАБОТЫ.

Актуальность исследования. Роль государства в переходной экономике чрезвычайно велика. Только при помощи сильных государственных институтов власти можно осуществить стратегический поворот, провести кардинальные преобразования, не вызвав социальных потрясений. Нынешний этап социально-экономического развития отличается особой сложностью и неопределённостью. Идет крутая ломка общественных, экономических отношений. Демонтируется старый хозяйственный механизм и создаётся структура и инфраструктура рынка. Государство в этом случае выполняет целый ряд функций, необходимость которых определяется вектором самих радикальных 1рансформаций. Специфика функций государства переходного общества и экономики всецело предопределяется конечной целью трансформации - создать качественно иную модель социально-экономического устройства и ценностных ориентации.

В связи с этим актуальность исследования определяется тем, что в условиях трансформационных процессов и перехода от системы централизованного планирования и управления к рыночной экономике объективно требуются адекватные целенаправленные действия со стороны государства, выполняющего в этих условиях, помимо функций общего порядка, характерных для устоявшейся, стабильной государственно-политической системы и смешанной экономики, целый ряд специфических функций, призванных обеспечить, как можно менее болезненный переход к рыночной экономике.

В то же время, актуальность исследования данной проблемы обусловлена несовпадением интересов бизнеса с интересами граждан, общества и государства. Противоречивость интересов в экономике, где действуют огромное количество самостоятельных субъектов хозяйствования, свидетельствует о том. что рыночный механизм саморегулирования не срабатывает, дает сбой или функционирует

неэффективно, что, в свою очередь, обуславливает необходимость вмешательства государства в экономику.

Все это придает исследованию теоретических основ трансформации экономических функций государства в современных условиях особую актуальность.

Степень разработанности проблемы. В настоящее время в экономической литературе накоплен достаточный теоретический багаж для постановки и разработки данной проблемы. В процессе эволюции экономической мысли, менялись представления о роли государства в экономике, обосновывалась необходимость возрастания, либо сокращения экономических функций государства.

Первые систематические исследования влияния государства на экономику связаны с работами представителей меркаитилисткой школы - А.Монкретьеиа, В.Стаффорда, Т.Мана, А.Серра, А.Геневеза, Кольбера, ДжЛо. Несмотря на то, что меркантилизм не представлял собой целостной экономической теории, но его авторы уже рассматривали различные аспекты роли государства в экономике.

Физиократы - Ф.Кенэ, Ж.Тюрго, - выступая против вмешательства государства в процессы производства и торговли, видели за ним следующие функции: сохранение «естественного порядка»: создание предприятий общественного характера (дороги, каналы и т.д.); допущение ссуд только в сельское хозяйство, так как ссуды в индустрию или торговлю бесплодны; выполнение фискальной функции по отношению к классу земледельцев, создающему чистый продукт; способствование распространению всеобщего образования.

Основатели классической политической экономии - В.Петти. ДжЛокк, ДЛОм. А.Смит. Д.Рикардо, - признавали за государством функции: отправление правосудия и защита страны; создание и содержание полезных для общества малоприбыльных предприятий; ограничение свободы банков и установление размера процента; постепенное введение ограниченного количества пошлин для обеспечения равных условий конкуренции отечественных и иностранных

предпринимателей для того, чтобы не лишать при этом множество людей работы и средств к существованию; введение чисто фискальных пошлин на товары самого широкого потребления для компенсации потерь казны в связи с введением принципов свободной торговли; введение множественного налога на все источники дохода.

Последователи идей Смита и Рикардо,- Ж.Б.Сей, Дж.Милль, а также С.Оверстон, Р.Торренс, Т.Тук, У.Ньюмарч, Дж.Фуллартон,- требовали вмешательства государства в денежное обращение посредством точного установления предельного количества металлических денег в обращении.

Основоположник неомеркантилизма, предшественник исторической школы, ФЛист, критикуя Смита и Рикардо, утверждал, что для различных исторических периодов и для различных наций существуют специфические закономерности, определяющие полезность увеличения либо уменьшения экономических функций государства.

Ф.Гарвес, а также Б.Улмн и Э.Линдаль впервые заговорили о необходимости планирования государством общественных работ на протяжении длительного времени для возрастания покупательной способности общества и оживления деловой активности.

Представитель теории благосостояния А.Лигу теоретически обосновал необходимость государственного вмешательства в экономику «провалами рынка».

Обоснование системы прямого вмешательства государства во все сферы экономической деятельности было сделано Дж.М.Кейнсом. который выявил необходимость усиления регулирующих функций государства, вплоть до полного его диктата в экономике в период кризисных ситуаций.

Представители неокейнсианской школы — Д.Хикс. А.Хансен. П.Самуэльсон, Дж.Робинсон. А.Ларнер.- рассматривали активизацию функций государства в области финансовой политики.

Автор монетаристской концепции М.Фридмен, а также его последователи Л.Шварц, К.Бруннер, А.Мсльцер, ДЛейдлер, Р.Селден. Ф.Ксйган выступали за ограничение экономических функций государства, признавали за ним роль лишь субъекта регулирования денежной массы.

Совсем иной взгляд на проблему роли государства в экономике у представителей институционализма - Т.Веблена, У.Митчелла, Дж.Коммонса и их последователей Р.Коуза, Д.Норта, О.Уильямсона. Несмотря на то, что взгляды представителей институциональной школы не отличались однородностью, они сходились на необходимости анализа функций государства не только с чисто экономической, но и с социально-политической стороны.

Институциональный подход, в определенной степени применялся при рассмотрении проблем взаимодействия государства и рынка в трудах отечественных ученых И.Т.Посошкова, С.Н.Булгакова, П.В.Струве. М.Н.Туган-Барановского, А.Н.Чаянова и др.

Российские представители современной институциональной теории -А.А.Аузан, Р.М.Нуреев, А.Н.Олейник, В.М.Полтерович, ВЛ.Тамбовцев, А.Е.Шаститко и др. исследуют систему институтов, включая государство, соответствующих различным типам экономических систем.

Различные аспекты российской трансформации как самой экономики, так и функций государства в переходный период раскрываются в работах Л.И.Абалкина, А.В.Бузгалина, С.Н.Булганиной, Л.Евстигнеевой, Р.Епстигнеева. ВЛ.Иноземцева, А.И.Колганова, Я.Корнай, В.Мау. А.Местеренко, Ю.Ольсевича, Дж.Стиглица. Б.Шаванс, Л.Якобсона, Е.Ясина, и др.

Однако изменения, происходящие в системе экономических функций государства в современных условиях, теоретически недостаточно осмыслены. Требует более полного анализа система функций государства как экономического субъекта. Актуальность и недостаточная проработанность данного вопроса обусловили цель, основные задачи, а также структуру работы.

Цель диссертационного исследования состоит в анализе функций государства с точки зрения его природы как экономического субъекта, а также изменения этих функций в период радикальной трансформации российской хозяйственной системы.

Поставленная цель определила необходимость решения в работе следующих задач:

- раскрыть и разграничить содержание таких категорий как «роль государства в экономике», «функции государства в экономике», «экономические функции государства»;

- показать различия экономических функций государства как хозяйствующего субъекта и как субъекта регулирования;

- определить особенности экономических функций государства и способы их реализации в различных типах экономических систем;

- выявить характер функций государства и степень их выполнения в процессе социально-экономических трансформаций в системе хозяйствования;

- определить направления трансформации экономических функций в переходный период.

Область исследования: 1.1 Политическая экономия: роль и функции государства и гражданского общества в функционировании экономических систем. 1.4 Институциональная и эволюционная экономическая теория.

Объектом исследования является деятельность государства в экономике в разных типах хозяйственных систем.

Предметом исследования являются социально-экономические отношения между хозяйствующими субъектами, в процессе реализации государством его экономических функций.

Теоретической основой исследования послужили фундаментальные положения экономической теории, монографии и научные статьи современных российских и зарубежных анторов. представляющих разные школы и направления

экономической науки, раскрывающие роль государства в рыночной и трансформационной экономике.

Методологической основой исследования являются принципы системного подхода и диалектики (единства исторического и логического, восхождения от абстрактного к конкретному, развития через противоречия); использовались методы формальной логики (анализ и синтез, индукция и дедукция, абстракция, обобщение и т.д.), а также методы общеэкономического анализа (например, статистические методы). Результаты диссертационного исследования обоснованны и систематизированы на основе сочетания теоретических обобщений и эмпирического анализа экономических явлений.

Информационной базой исследования послужили монографии и научные статьи отечественных и зарубежных авторов, законодательные и нормативные акты РФ, данные Федеральной службы государственной статистики РФ, материалы периодической печати и сети Интернет, справочная литература.

Основные положения диссертационного исследовании, выносимые на защиту:

1. Природа функций государства как экономического субъекта носит двойственный характер. Государство в системе рыночно-капиталистических отношений, будучи экономическим субъектом, выступает одновременно как субъект регулирования и как субъект хозяйствования. При этом роль государства в экономике реализуется через функцию хозяйствования (государство как хозяйствующий субъект) и функцию регулирования (государство как субъект регулирования экономики). Будучи субъектом хозяйствования, государство выступает собственником ресурсов и осуществляет хозяйственную деятельность, а как субъект регулирования - непосредственно влияет на поведение других хозяйствующих субъектов.

2. Функции регулирования (государство как субъект регулирования экономики) в первую очередь характеризуется тем. что государство с помощью

законодательной, исполнительной и судебной ветвей власти (создавая соответствующие институты) структурирует и согласовывает взаимодействия всех членов общества и социальных групп. В том числе и в экономической сфере, поддерживая порядок внутри государства и в интересах всех своих граждан. Государство формирует правовые рамки функционирования экономики и гарантирует исполнение принятых законов и других правовых актов (обеспечение прав собственности, условий выполнения контрактов и т.д.). Таким образом, государство обеспечивает правовые рамки различных видов трансакций в экономике (сделок, управления, рационирования).

Функция хозяйствования (государство как хозяйствующий субъект) непосредственно отражает производственную деятельность государства, которая осуществляется на базе государственного сектора экономики. В отличие от частного предпринимателя государство ориентируется не только на получение прибыли, но и на эффективное функционирование экономики в целом и на развитие общества.

3. В соответствии с предложенным «нишевым»1 подходом к функциям государства как хозяйствующего субъекта, государство и рынок берут на себя выполнение лишь тех функций, которые они могут реализовать самым эффективным образом. Социально-экономическую основу деятельности государства как хозяйствующего субъекта составляет государственная форма собственности на средства и результаты производства, интеллектуальные объекты, финансовые инструменты. Государственная собственность, на наш взгляд, выражает объективные экономические отношения между государством (в лице его институтов), менеджерами и работниками по присвоению средств производства, интеллектуальных продуктов, финансовых инструментов, направленных на удовлетворение определенных потребностей общества в его

'Термин «ниши» ц «нишевой подход» впервые был использован в экологии работах таких авторов, как ОМебн\с. Ю.Медо\з, В.Гершензон и др.//Экономика природопользования' Под ред. Т.С.Хамат>рова. М.. 1491. С.~12

государственной форме. Государственная форма собственности на средства и результаты производства структурно формирует государственный сектор экономики. Государственный сектор представляет собой сферу экономической деятельности индивидов, где основным экономическим субъектом со всеми его атрибутами является государство и его представители. Только после этого можно рассматривать государственный сектор как совокупность отраслей, производств и сфер деятельности, обеспечивающих производство и поставку общественных благ. Данный подход позволяет различать функции государства как субъекта хозяйствования на макро и микро уровне.

4. Экономические функции государства, как и его природа, носят конкретно-исторический характер, имеют разную степень зрелости и разные формы реализации на разных ступенях развития рыночно-капиталистической и командно-административной экономики. Важнейшей функцией социалистического государства, вытекающей из природы данной системы, являлась реализация так называемой «высшей цели социализма», а, именно, обеспечение неуклонного повышения жизненного уровня трудящихся. Эволюция классических рыночных стран осуществлялась в направлении все большей социализации экономических функций государства посредством принятия им на себя все большего числа социальных обязанностей перед обществом. Иными словами, несмотря на различия, как самих функций государства, так и способов и механизмов их реализации в разных типах экономических систем, в определенный исторический период наблюдается одинаковая социальная направленность осуществляемых государством мероприятий.

5. Основные направления трансформации экономических функций государства заключаются в усилении активной роли государства как хозяйствующего субъекта, так и субъекта регулирования экономики. В условиях радикальных трансформаций российского общества именно ро.1ь государства как субъекта регулирования экономики выходит на первый клан. В этот период две

грани государства как экономического субъекта начинают все более взаимодополнять и взаимоисключать друг друга. В связи с чем проявляется новый статус государства, а именно: статус государства как единого экономического центра, как координатора развития экономики. Именно здесь государство располагает реальными возможностями существенным образом дополнять рынок и вместе с ним более эффективно влиять на динамику экономического развития.

Научная новизна диссертационной работы состоит в следующем:

1) Разграничено содержание и уточнено понимание таких категорий как «роль государства в экономике», «функции государства в экономике», «экономические функции государства», а также представлена систематизация функций государства как экономического субъекта.

2) Предложена классификация экономических функций государства с точки зрения его природы как хозяйствующего субъекта и как субъекта регулирования. Обосновано, что те и другие по-разному обнаруживают свою роль на стадии становления экономической системы и на стадии ее зрелости.

3) Выявлена двойственность экономических функций государства как хозяйствующего субъекта. Показана дифференциация функций государства на макро и микро уровне экономики и обоснованна необходимость их последовательного разграничения, и, в тоже время, согласования.

4) Выявлена природа и определены особенности реализации экономических функций государства в развитой рыночной и социалистической экономике.

5) Определен характер функций государства и степень их выполнения в процессе социально-экономических трансформаций в российской системе хозяйствования. Обосновано, что первопричиной изменения функций государства в переходный период является трансформация экономических субъектов.

6) Определены направления трансформации экономических функций в переходный период. Обоснована необходимость усиления в период социально-

экономической трансформации в первую очередь функции государства как субъекта регулирования.

Теоретическая и научмо-практическаи значимость работы. Основные теоретические положения и полученные результаты расширяют научные представления о экономических функциях государства как в классической рыночной, так и в условиях переходной экономики. Выводы и предложения автора могут быть использованы в деятельности органов государственной власти, при разработке программ социальной и экономической политики. Результаты исследования в настоящее время используются в Оренбургском государственном университете на кафедре экономической теории в процессе преподавания экономической теории, истории экономических учений, макро и микроэкономики, государственного регулирования экономики, институциональной экономики, а также управленческих дисциплин и ряда спецкурсов экономической теории.

Апробация результатов исследования. Основные положения и результаты диссертационного исследования доклады вались и обсуждались на следующих конференциях: Региональная научно-практическая конференция молодых ученых и специалистов Оренбургской области. Оренбург, РИК ГОУ ОГУ — 2004; Международная научная конференция «Гуманизм как теоретическая и практическая проблема XXI века: философские, социальные, экономические и политические аспекты». Москва, 2004; Региональная научно-практическая конференция молодых ученых и специалистов Оренбургской области. Оренбург, ИПК ГОУ ОГУ - 2005; Международная научная конференция «Государство и общество: философия, экономика, культура». Москва. 2005; Международная научная конференция «Казахстановедение: познавательные, оценочные и прикладные проблемы». Астана. 2006; а также на теоретических семинарах кафедры экономической теории Оренбургского государственного университета. Результаты исследования нашли отражение в 4 публикациях автора общим объемом 2.2 печ.л.

Структура и объем работы. Диссертационное исследование, изложенное на 174 страницах, состоит из введения, трех глав, заключения, библиографического списка, включающего 198 наименований, и приложений. Положения и выводы диссертации иллюстрируются схемами и таблицами.

2. ОСНОВНОЕ СОДЕРЖАНИЕ РАБОТЫ

Во введении обосновывается актуальность темы исследования, степень ее разработанности, формулируются цели и задачи исследования, излагаются основные положения, выносимые па защиту и элементы научной новизны.

В первой главе, «Теория и методология исследования экономических функций государства» рассматривается природа экономических функций государства в контексте эволюции его роли; показана двойственность функций государства как экономического субъекта; раскрыты сущность и структура экономических функций государства как субъекта регулирования и как хозяйствующего субъекта.

Исследование функциональной природы государства выявило его двойственность как субъекта экономики: государство одновременно выступает как регулирующий субъект и субъект хозяйствования.

При рассмотрении экономических функций государства как субъекта регулирования мы столкнулись с проблемой смешения и отождествления таких понятий как «государственное вмешательство в экономику», «государственное регулирование экономики», «экономическая политика государства». Проведенный анализ показал, что это отождествление понятий обусловлено проявлением в функциях государства сращенности его экономического и политического начала (см. рис. 1).

Под государственным регулированием мы понимаем систему мер законодательного. исполнительного и контролирующего характера.

Рис. 1 Разделение функций государства в экономике и государства как экономического >■ политического субъекта

осуществляемых государственными учреждениями и общественными организациями в целях стабилизации и приспособления существующей социально-экономической системы к изменяющимся условиям. При этом экономическая политика выступает как форма реализации функций государства и включает все мероприятия государства, направленные на обеспечение нормального функционирования экономической системы.

Дальнейший анализ позволил нам выделить основные экономические функции государства как регулирующего субъекта:

1) установление экономических «правил игры», что включает в себя такие факторы, как определение процедуры заключения трудовых договоров, установление продолжительности рабочего дня, конкретные акты — распоряжения, постановления, указы и т.д.;

2) косвенное воздействие на уровень экономической активности посредством налогообложения, государственных расходов, распределения кредитов;

3) координация капиталовложений;

4) прямой или косвенный контроль ценообразования и валютного курса;

5) обеспечение и контроль за перераспределением национального дохода;

6) поддержание естественного уровня занятости и экономического роста.

В соответствии с природой государства как хозяйствующего субъекта, социально-экономической основой его деятельности является государственная форма собственности. Па основе теоретико-методологического анализа нами уточнено понятие «государственная собственность», которая представляет собой объективные экономические отношения между государством (в лице его институтов), менеджерами и работниками по присвоению средств производства, интеллектуальных продуктов, финансовых инструмен гов. направленных на удовлетворение определенных потребностей общества.

Также обоснованно, что экономический смысл государственной собственности, заключается, во-первых, в том, что она связана с необходимостью удовлетворения определенных потребностей общества. Причем здесь идет речь о необходимости удовлетворения потребностей не только в чистых общественных благах (о чем чаще всего говорится во всей экономической и юридической литературе), но и всего спектра потребностей: от общественных до индивидуальных (личных). Во-вторых, государственная собственность, как нам представляется, носит ярко выраженный политико-юридический характер, т.е. напрямую зависит от воли и интересов государства, как субъекта политической власти. Но находясь в такой зависимости, государственная собственность, тем не менее, не может быть произвольной ни по масштабам, ни по сферам и отраслям производства, ни по организационно-правовым формам ее реализации. Иначе это приведет, на наш взгляд, к снижению степени эффективности удовлетворения потребностей общества, что, следовательно, нанесет вред интересам и самого государства как политического субъекта.

Государственная форма собственности на средства и результаты производства структурно формирует государственный сектор экономики, который в свою очередь представляет собой совокупность государственных предприятий. В качестве причин создания и существования государственных предприятий как объектов государственной собственности можно отнести такие факторы, как: 1) обобществление производства; 2) недостаток капитала, кадров, опыта, оборудования, технологий в частном секторе; 3) оппортунистическое поведение самих частных собственников; 4) неполнота рынков, ограничивающих свободу выбора экономических благ потребителями; 5) неблагоприятные внешнеполитические и внешнеэкономические обстоятельства; 6) стратегические интересы государства (например, связанные с ведением военных действий по тем

или иным причинам); 7) дефицит государственного бюджета; 8) фактор времени; 9) природные катаклизмы.

Исследование функциональной природы государства позволило нам обосновать «нишевой» подход к его экономическим функциям, когда государство и рынок берут на себя выполнение лишь тех из них, которые они могут реализовать самым наилучшим образом (из данного подхода, кстати, вытекает, что, хотя основной задачей государственных предприятий является производство и поставка общественных благ, в то же время при определенных условиях не исключается производство и поставка частных благ- собственно государственное предпринимательство).

«Нишевой» подход к деятельности государства как хозяйствующего субъекта позволил нам выявить его экономические функции, которые должны реализовываться государственными предприятиями, как составными частями государственного сектора. Следует подчеркнуть, что данные функции государство как хозяйствующий субъект реализует посредством деятельности государственных предприятий на макроуровне. Вместе с тем, многие авторы в своих работах выделяют и другие экономические функции государственных предприятий, а именно; воспроизводственную, стимулирующую, социальную, предпринимательскую (связанную с максимизацией прибыли, выбором производства тех или иных благ, услуг, работ) и т.д. На наш взгляд, это непосредственно внутренние функции государственных предприятий, являющихся в данном случае субъектами микроэкономики. Вот почему можно определить эти функции государства как хозяйствующего субъекта функциями микроуровня экономики. Таким образом происходит дифференциация функций государства на макро и микроуровне экономики (см. рис. 2). И задача государства заключается в том. чтобы не допустить как их рассогласования, а. тем более, их противопоставления, так и их отождествления.

Рис. 2 Экономические функции государства как хозяйствующего субъекта

Во второй главе «Природа и формы реализации функций государства в разных типах экономических систем» рассматриваются особенности функций

государства как экономического субъекта и этапов их эволюции в административно-командной и развитой рыночной экономике.

В командно-административной системе полностью огосударствленная экономика, по существу, не оставляла места для иных, помимо государства, субъектов в процессе функционирования и развития экономики. В такой системе государство — единственный фактический экономический субъект. Даже предприятия в этой системе выступали как государственные органы. В качестве таковых они рассматривались и официальной юридической наукой. Само понятие "предприятие как госорган" адекватно отражало существующую ситуацию. Наличие же колхозно-кооперативного сектора, по формальным признакам считавшегося особым, негосударственным сектором в экономике, на самом деле ситуацию не меняло. В действительности этот сектор был органическим элементом государственной экономики. Основополагающие вопросы любой экономической системы — что, сколько, как производить и распределять — решались, применительно и к этому сектору экономики, - государством.

Огосударствленной экономике соответствовали и господствовавшие теоретические взгляды на экономическую роль и функции государства, на масштабы и глубину его вмешательства в экономическую жизнь. Суть этих взглядов и подходов нашла наиболее концентрированное выражение в концепциях «погружения» государства в экономический базис общества, в рассмотрении государства как ведущего элемента базисной структуры.

Иная природа государства как экономического субъекта и его функции в рыночно-капиталистической системе хозяйствования. На примере анализа развития экономики ряда развитых стран, мы выявили особенности экономических функций государства в рыночно-капиталистической системе хозяйствования.

Не подавляя частную инициативу и здоровые рыночные стимулы, государство не только дополняет их. но и становится гарантом их сохранения. Это

еще раз убедительно подтвердило положение о том, что современное государство во многом продукт рыночных капиталистических отношений. Основные экономические функции такого государства заключаются в отработке законодательства, отвечающего рыночной системе, обеспечении условий для его неукоснительного соблюдения, содействии формированию рыночных институтов, разработке и проведении социально-экономической политики, создании и поддержании конкурентной среды.

В определенный исторический период, например в рамках реализации «Нового курса» в США, имеет значение быстрота, решительность, неординарность действий и наличие политической воли в принятии стратегических решений2. Несмотря на приверженность американского общества ценностям экономической и личной свободы, в процессе исторического развития государство все более и более обнаруживает социальную направленность своих экономических функций. Государство берет на себя ответственность за уменьшение масштабов бедности в стране, развитие образования и в значительной степени здравоохранения, предоставление многих других социальных услуг, проводит все более активную макроэкономическую политику, причем как косвенными мерами, так и нередко мерами административного характера.

С точки зрения характера становления рыночно-капиталистических отношений больший интерес представляет для нас эволюция природы экономических функций государства на примере Германии. Обобщая итоги формирования в Германии социального рыночного хозяйства, мы выделили следующие экономические функции государства в рамках немецкой модели «рынка с высокой степенью государственного участия», а именно: обеспечение

3 Среди комплекса мер в рамках реализации «Нового курса» первостепенное значение придавалось борьбе с безработицей. Государство для вывода страны из кризиса осуществляло сложнейшую комбинацию различных мер: экономических, финансовых, налоговых, правовых, административных н др. В зависимости от ситуации и сложности поставленных задач приоритет отдавался конкретным рычагам воздействия, которые могли дать быстрый успех, но если требовала обстановка, то государство прямо включалось в процесс воспроизводства и брало на себя функции непосредственного управления отдельными сферами экономической жизни.

индивидуальной свободы как условия функционирования рыночных механизмов и децентрализованного принятия решений; поддержание относительного социального равенства (его достижение требует энергичной социальной политики, которая опирается на прямое участие государства в предоставлении социальных благ (например, в жилищном строительстве); антициклическое регулирование; стимулирование технологических и организационных инноваций; проведение структурной политики; защита и поощрение конкуренции.

Если же попытаться проанализировать отличительные черты способов реализации данных функций через экономическую политику, то мы выделили здесь следующие моменты. На первые план здесь выходит проведение политики хозяйственного порядка посредством обеспечения свободы предпринимательства и свободы хозяйственных действий. Государство при этом не только борется со злоупотреблениями монополий, но и создает условия для поддержания постоянной конкурентной среды. Проведение «общественной» политики через поощрение малого и среднего предпринимательства, создание условий для развития многочисленного и устойчивого среднего класса, что не только способствует сохранению конкурентного порядка, но и придает стабильность демократическому общественному устройству. Проведение социальной политики как механизма влияния на процесс распределения доходов с целью устранения резких перекосов в уровне доход и благосостоянии разных социальных групп, которые могли бы препятствовать самостоятельной активности индивидов. Это способствовало обеспечению более высокого в данных условиях уровня жизни, а также усилению социальной защиты тех, кто по объективным причинам не может обеспечить себе достойное существование. Проведение стабилизационной политики реализовывалось через сглаживание конъюнктурных колебаний и обеспечение устойчивости основных макроэкономических параметров с ориентацией на такие цели, как стабильность денежной единицы, высокая занятость, равновесие платежного баланса.

Все это позволило нам сравнить основные экономические функции в социалистической и рыночно-капиталистической экономике (см. рис.3).

Рис.3 — Основные функции государства в разнь!.\ гннах экономических систем

Несмотря на различия, как самих функций государства, так и способов и механизмов их реализации в разных типах экономических систем, мы выявили одинаковую социальную направленность всех осуществляемых государством мероприятий.

В третьей главе «Экономические функции в период радикальных трансформаций российского общества» осуществлен анализ характера и степени выполнения функций государства, а также показана их трансформация в переходный период экономики.

Решающее различие между классическим капитализмом, формирующимся в России и Восточной Европе, и позднеиндустриальным капитализмом, в странах Восточной Азии, заключается в роли институтов, определяющих сущность, формы, направления и темпы развития. В восточноевропейском варианте эта роль минимальна, распределение ресурсов почти полностью отдано рыночным механизмам. В восточноазиатском же варианте роль институтов, включая активную роль государства и, как хозяйствующего субъекта, и, что главное, как субъекта регулирования экономики, чрезвычайно высока. Они выполняют важнейшую функцию при распределении инвестиционных ресурсов. Формирование же институтов означает не только четкое определение прав собственности и договорных обязательств, но и создание частных и государственных организаций, способных осуществлять макроэкономическую стратегию развития, а также инвестиционную, торговую, конкурентную и технологическую.

Поэтому успешный переход от плановой к рыночной экономике может происходить только при условии активной роли государства как субъекта регулирования экономики. При переходных процессах эта роль государства выходит на первый план. Можно принести два основных довода в пользу данного утверждения. Первое - это то, что действия частных лиц, преследующих собственную выгоду, сами по себе не могут трансформировать плановую систему в хорошо функционирующую рыночную экономику. Только государство на

основе активной политики может создать условия для успешного перехода. Второе - такой переход занимает значительный период времени. В переходный период население должно обеспечиваться товарами и услугами. Единственно возможный путь для достижения этой цели - это параллельное формирование новых рыночных отношений при одновременном сохранении старой системы.

Важность же активной роли государства как хозяйствующего субъекта на этапе перехода к рынку заключается в том, что для создания работающих рыночных институтов требуется длительный период времени. Если институты централизованного планирования просто ликвидируются, то не остается никаких эффективных средств для производства товаров и услуг, необходимых населению для поддержания жизнедеятельности в переходный период. Поэтому единственно возможный путь для поддержания жизненного уровня населения на этапе трансформации — это сохранение прежней системы централизованного планирования и государственных предприятий до тех пор, пока эту роль не начнут выполнять ориентированные в своей деятельности на рынок предприятия.

Государство является единственным институтом в обществе, которое имеет право осуществлять руководство процессом перехода от централизованно планируемой к рыночной экономике. В отлнчие от индивидов, государство может формулировать общенациональные цели трансформации экономической системы и предпринимать необходимые шаги для осуществления этой трансформации.

На данном этапе, в процессе реализации экономических фу нкций по нашему мнению, государство решает целый ряд задач. Во-первых, необходимо постоянно настраивать и совершенствовать рыночный механизм, обновлять его правовую базу, расширять сферу его действия и по мере готовности передавать рынку те функции, которые он может выполнять эффективнее государства. Во-вторых, придать рынку социальную направленность, уменьшить дифференциацию, разлом и чрезмерное неравенство между людьми по доходам и собственности, не на словах, а на деле реализовать закрепленный в Конституции принцип сопи-

алыюго государства. В-третьих, органично дополнять рынок и взаимодействовать с ним при реализации различного рода стратегических и тактических задач социально-экономического развития. Поэтому, когда говорят о сильном и авторитетном государстве, то имеется в виду не только умение государства собирать большие суммы налогов, а затем производить крупные расходы, а способность создавать и поддерживать такой хозяйственный порядок, при котором на государство возложен лишь необходимый минимум общественных з&зач. а прочее эффективно решается без его участия другими экономическими субъектами и рынком.

На наш взгляд, в переходный период экономики, статус государства в экономике должен постоянно меняться. Здесь уже нельзя четко разграничить его роль как хозяйствующего либо регулирующего субъекта. Эти две грани государства как экономического субъекта начинают взаимодополнять и взаимоисключать себя. На первый план в переходный период должен выходить статус государства как единого экономического центра, как координатора развития экономики. Именно здесь государство располагает реальными возможностями существенным образом дополнять рынок и вместе с ним более эффективно влиять на динамику экономического развития.

По нашему мнению, именно через роль государства как координатора развития экономики достигается эффективность его экономических функций.

Л так как в переходный период наиболее важной функцией государства становится его роль в выработке и обеспечении реализации национальных приоритетов, в том числе в социально-экономической сфсре. то к числу данных приоритетов в начале нового века можно отнести:

Во-первых, это дальнейшая стабилизация экономического роста, выработка сбалансированной макроэкономической политики с целью достижения устойчивого развития с учетом экологических и социальных требований.

Во-вторых, содействие росту производительности труда через осуществление инновационной политики, прежде всего по ускоренному формированию сектора информационной экономики и, в первую очередь, фундаментальной науки, поддержки информационных технологий.

В-третьих, всемерное содействие развитию образования и повышению квалификации рабочей силы, усилению его влияния на экономический рост и уровень жизни.

В-четвертых, обеспечение социальной функции государства через оптимизацию программ в сфере пенсионного и медицинского страхования, а также поддержка основ семейных ценностей на государственном уровне.

В-пятых, реализация позитивного эффекта от глобализации экономики.

В-шестых, улучшение окружающей природной среды, совершенствование экологических регуляторов, выработка соответствующей политики в связи с изменениями мирового климата.

В заключении сформулированы основные результаты и выводы диссертационного исследования.

Основные положения диссертации опубликованы в следующих работах:

1. Гривко, A.B. Роль государства переходного периода в гуманизации экономики [Текст] / A.B. Гривко // Сборник докладов и статей международной научной конференции. Гуманизм как теоретическая и практическая проблема XXI века: философские, социальные, экономические и политические аспекты — Москва: РОХОС, 2004,- С. 162-163.- 0,3 печ.л.

2. Гривко, A.B. Экономические функции государства в период социально-экономических трансформаций [Текст] / A.B. Гривко // Сборник докладов и статей международной научной конференции. Государство и общество: философия, экономика, культура - Москва: ЛЕНАНД, 2005. - С. 80-82.0,9 печ.л.

3. Гриüко. A.B. Сравнительный анализ роли государства в странах с переходной экономикой. [Текст] / А.В.Гривко // Материалы международной научной конференции. Казахстановедение: познавательные, оценочные и прикладные проблемы. Т.2. —Астана: КОПАП. 2006. - С.451-457.-0,5 печл.

4. Гривко, A.B. Трансформация роли государства в экономике в переходный период [Текст] / A.B. Гривко // Вестник ОГУ. - 2006. - №9. - С. 46-51.-0,5 печл.

Лицензия № ЛР020716 от 02.11.98.

Подписано в печать 27.11 .пл Формат 60x84 '/|6. Бумага писчая. Усл.печ. листов 1,0. Тираж 100. Заказ 785.

ИПКГОУОГУ 460352. г.Оренбург, ГСП. пр. Победы 13, Государственное образовательное учреждение «Оренбургский государственный университет»

Содержание диссертации, кандидата физико-математических наук, Волчков, Сергей Александрович

ОГЛАВЛЕНИЕ.-2

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ И ОБОЗНА ЧЕНИЙ.

Введение.

Глава 1. Обзор литературных данных.

1.1.Основные методы рентгеноструктурного анализа макромолекул.

1.2. Молекулярное замещение.

1.2.1. Метод максимального правдоподобия и его применение в задачах молекулярного замещения.

1.2.1.1. Правдоподобие функции вращения.

1.2.1.2. Функция правдоподобия для трансляции.

1.2.1.3. Усиленные функции правдоподобия.

1.2.1.4. Phaser - программа для решения задач молекулярного замещения методом максимизации правдоподобия.

1.3 Уточнение структуры макромолекул.

1.3.1. Проблема переопределенности задачи кристаллографического уточнения.

1.3.2. Уточнение с ограничениями ("constraints" и "restraints").

1.3.3. Достоверность кристаллографического уточнения.

1.3.4. Критерии оценки качества атомной модели.

1.3.4.1. Стандартный кристаллографический R-фактор.

1.3.4.2. Rfee как критерий оценки качества модели в процессе уточнения.

1.3.5. Улучшение фаз методом модификации плотности с использованием"сошрЫе cross-validation".

1.3.6 Уточнение максимизацией правдоподобия.

1.3.7. Схемы и программы уточнения. t 1.3.7.1. Программа CNS.

Глава 2.Эксперименталъная часть.

2.1. Общая характеристика комплекса рибосомного белка L1 с фрагментом мРНК.

2.2. Получение и кристаллизация комплекса TthLl-мРИК.

2.3. Сбор и анализ дифракционных данных.

2.4. Решение фазовой проблемы и построение модели.

2.4.1. Построение стартовой поисковой модели.

2.4.2. Позиционирование модели в независимой части элементарной ячейки и расчет фаз.

2.4.3. Построение и уточнение модели.

Глава 3. Результаты и обсуждение.-573.1. Общая характеристика кристаллической структуры комплекса TthLl-мРНК.-573.1.1. Структура рибосомного белка TthLl в комплексе TthLl-мРНК.

3.1.2. Структура 38-нуклеотидного фрагмента мРНК в комплексе TthLl-мРНК.

3.1.3. РНК-белковые взаимодействия в составе комплекса TthLl-мРНК.

3.2. Сравнительный анализ структуры комплекса TthLl-мРНК и известных структур белка L1 в РНК-связанном и свободном состояниях.

3.2.1. Сравнение структур белка TthLl в связанном с мРНК и свободном состоянии.

3.2.2. Сравнение структуры белка L1 из комплекса TthLl-мРНК с известными структурами белка L1 из различных организмов.

3.2.3. Две конформации белка TthLl. Белок TthLl должен принять открытую конформацию, чтобы связаться с РНК.

3.2.4. Сравнение регуляторных и рибосомного комплексов.

Введение Диссертация по биологии, на тему "Определение и анализ пространственной структуры рибосомного белка L1 из бактерии Thermus thermophilus в комплексе с фрагментом матричной РНК при разрешении 2,6Å"

Проблема регуляции экспрессии генов является одной из фундаментальных проблем молекулярной биологии. Экспрессия многих генов регулируется на уровне трансляции. Сбалансированный синтез рибосомных белков в бактериях и археях осуществляется именно этим способом [1, 2, 3, 4]. Гены рибосомных белков объединены в опероны и продукт одного из генов может репрессировать свой собственный синтез и синтез белков того же оперона. Белок-регулятор преимущественно встраивается в рибосомную РНК, но при избыточном синтезе он связывается со специфическим участком в молекуле своей мРНК и мешает ее трансляции в рибосоме. Полагают, что для ряда рибосомных белков этот регуляторный связывающий участок на мРНК структурно подобен соответствующему участку связывания белка-репрессора на рРНК. Сродство белка к рРНК больше, чем к мРНК, что позволяет использовать механизм конкурентного связывания для регуляции синтеза белков данного оперона.

Исследования, посвященные выявлению деталей механизмов регуляции синтеза на уровне трансляции, интенсивно ведутся в течение достаточно длительного времени. Несмотря на то, что накоплен большой объем информации, полученной, в основном, биохимическими и генетическими методами, структурные детали этого механизма пока изучены плохо. Ранее были получены только структуры некоторых рибосомных белков-регуляторов в комплексе с фрагментами рибосомной РНК [9, 10, 11, 16] и в составе структуры рибосомы. Но поскольку конкурентный механизм регуляции синтеза основан на различии в сродстве белка-репрессора к рРНК и мРНК, для выяснения структурных основ регуляции необходимо также получение структуры комплекса этих белков с фрагментами мРНК.

Целью данной работы было получение кристаллической структуры комплекса рибосомного белка L1 из экстремально-термофильной бактерии Thermus thermophilus со специфически связывающимся 38-нуклеотидным фрагментом мРНК из археи Methanococcus vannielii, анализ взаимодействия компонентов комплекса и выявление структурных основ механизма регуляции синтеза этого белка.

Диссертация состоит из введения, обзора литературы, экспериментальной части, обсуждения результатов, выводов и списка литературы. Обзор литературы посвящен современным методам кристаллографии макромолекул. Подробно описаны метод молекулярного замещения, который использовался для определения структуры данного комплекса, последние достижения в усовершенствовании этого метода, а также вычислительные методы, алгоритмы и программы, использующиеся для уточнения структуры макромолекул.

Заключение Диссертация по теме "Биофизика", Волчков, Сергей Александрович

Основные результаты и выводы.

1. Определена и уточнена с разрешением 2.6 А структура гибридного регуляторного комплекса рибосомного белка L1 из бактерии Thermus thermophilus с 38-нуклеотидным фрагментом мРНК из археи Methanococcus vannielii. Показано, что плотный контакт с мРНК образует только домен I белка L1, домен II в связывании мРНК практически не участвует.

2. Показано, что в комплексе взаимное положение доменов соответствует открытой конформации, найденной в архейных белках L1, тогда как в свободном белке домены находятся в закрытой конформации.

3. Проведен сравнительный анализ структуры белка L1 из комплекса TthLl-мРНК с известными структурами белков L1 из разных организмов, в связанном с РНК и свободном состоянии. Показано, что в области РНК-белкового контакта имеется структурно инвариантный участок, образованный строго консервативными остатками. Выдвинуто предположение, что этот участок может быть ответственным за узнавание РНК белком L1.

4. Показано, что более высокое сродство белка L1 к рРНК по сравнению с мРНК, необходимое для регуляции синтеза этого белка с использованием механизма конкуренции вызвано дополнительными связями домена II этого белка с петлей В 23 S рРНК, которая отсутствует в мРНК.

Библиография Диссертация по биологии, кандидата физико-математических наук, Волчков, Сергей Александрович, Пущино

1. Kraft A., Lutz С., Lingenhel A., Grobner P. and Piendl W. Control of ribosomal protein LI synthesis in mesophilic and thermophilic archaea. Genetics, 1999, 152, 1363-1372.

2. Gourse R., Sharrock R. & Nomura M. Regulation of the synthesis of ribosomal components. Springer, New York, 1986, 766-788.

3. Kohrer C., Mayer C., Neumayr 0., Grobner P., & Piendl W. Interaction of ribosomal LI proteins from mesophilic archaea and bacteria with specific LI-binding sites on 23S rRNA and тША.Еиг. J. Biochem, 1998, 256, 97-105.

4. Nomura M., Yates J.L., Dean D., Post L.E. Feedback regulation of ribosomal protein gene expression in Escherichia colt structural homology of ribosomal RNA and ribosomal protein mRNA. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1980, 77, 7084-7088.

5. Nevskaya N., Tishchenko S, Fedorov R., Al-Karadaghi S., Liljas A., Kraft A., Piendl W., Garber M., Nikonov S. Archael ribosomal protein LI: the structure provides new insights into RNA binding of the LI protein family. Structure, 2000, 8,363-371.

6. Unge J., Al-Karadaghi S., Liljas A., Jonsson B.-H., Eliseikina I., Ossina N., Nevskaya N., Fomenkova N., Garber M., Nikonov S. A mutant form of the ribosomal protein LI reveals conformation flexibility. FEBS Letters, 1997, 411, 53-59.

7. Nikulin A., Eliseikina I., Tishchenko S., Nevskaya N., Davydova N., Platonova 0., Piendl W., Selmer M., Liljas A., Drygin D., Zimmermann R., Garber M., Nikonov S. Structure of the LI protuberance in the ribosome. Nature Str. Biol., 2003, 10,104-108.

8. Perederina A., Nevskaya N., Nikonov 0., Nikulin A., Dumas P., Yao M., Tanaka I., Garber M., Gongadze G. and Nikonov S. Detailed analysis of RNA-protein interactions within the bacterial ribosomal protein L5/5S rRNA complex. RNA, 2002, 8, 1-10.

9. Невская H., Никонов О., Ревтович С., Гарбер М. и Никонов С. Идентификация РНК-узнающих модулей на поверхностях рибосомных белков. Мол. Биол., 2004, 38, 789-798.

10. Merianos H.J., Wang J. & Moore P.B. The structure of a ribosomal protein S%/spc operon mRNA complex. RNA, 2004,10, 954-964.

11. Tishchenko S.V., Nikulin A., Fomenkova N.P., Nevskaya N., Nikonov 0., Dumas P., Moine H., Ehresmann В., Ehresmann C., Piendl W., Lamzin V., Garber M., and

12. Nikonov S. Detailed analysis of RNA-protein interactions within the ribosomal protein S8-rRNA complex from the archaeon Methanococcus jannaschii. J. Mol. Biol., 2001, 311,311-324.

13. Green D., Ingram V. & Perutz M.F. The structure of haemoglobin. IV. Sign determination by the isomorphous replacement method. Proc. R. Soc., 1954, A225, 287-307.

14. Blow D.M. & Crick F.H.C. The Treatment of Errors in the Isomorphous Replacement Method. Acta Cryst., 1959,12, 1195-1202.

15. Hendrickson W.A. Determination of macromolecular structures from anomalous diffraction of synchrotron radiation. Science, 1991, 254, 51-58.

16. Perutz M.E. Isomorphous Replacement and Phase Determination in oncentrosymmetric Space Groups. Acta Cryst., 1956, 9, 867-873.

17. Rossmann, M.G. The Molecular Replacement Method. // Gordon &Breach, 1972, New York, London, Paris.

18. Patterson A.L. (1934), Phys. Rev., 46, 372.

19. Brunger A.T. Patterson Correlation Searches and Refinement. // Methods in Enzymology, Academic Press, 1997, 276, 558-580.

20. Navaza J. & Saludjian P. AMoRe: An Automated Molecular Replacement Program Package. // Methods in Enzymology, Academic Press, 1997, 276, 581-594.

21. Navaza J. Implementation of molecular replacement in AMoRe. Acta. Cryst., 2001, D57, 1367-1372.

22. Vagin A., Teplyakov. MOLREP: an automated program for molecular replacement. J. Appl. Cryst, 1997, 30, 1022-1025.

23. Pannu N.S. & Read R.J. Improved structure refinement through maximum likelihood. Acta Cryst., 1996, A52,659-668.

24. McCoy A.J., Storoni L.C. and Read R.J. Simple algorithm for a maximum-likelihood SAD function. Acta Cryst., 2004, D60, 1220-1228.

25. R.J. Read. Pushing the boundaries of molecular replacement with maximum likelihood. A eta Cryst., 2001, D57, 1373-1382.

26. L.C. Storoni, A.J. McCoy & R.J. Read. Likelihood-enhanced fast rotation functions. Acta Cryst., 2004, D60,432-438.

27. McCoy A.J., Grosse-Kunstleve R.W., Storoni L.C. & Read R.J. Likelihood-enhanced fast translation functions. Acta Cryst., 2004, D61,458-464.

28. McCoy A. J. Liking Likelihood. Acta Cryst., 2004, D60, 2169-2183.

29. Bricogne, G. (1992). Proceedings of the CCP4 Study Weekend. Molecular replacement, edited by W. Wolf, E.J. Dodson & S Gover, 62-75.

30. G. Bricogne. Bayesian Statistical Viewpoint on Structure Determination : Basic Concepts and Examples. Methods in Enzymology, 1997, 276, Chapter 23, pp. 361-423, Academic Press.

31. Rossmann M.G. & Blow D.M. The detection of sub-units within the crystallographic asymmetric unit. Acta Cryst., 1962,15,24-31

32. Drenth J. Principles of Protein X-ray Crystallography. Springer-Verlag New-York, 1994.

33. Matthews, B.W. Solvent content of protein crystals. J. Mol. Biol, 1968, 33, 491-497.

34. Kantardjieff K.A. and Rupp B. Matthews coefficient probabilities: Improved estimates for unit cell contents of proteins, DNA, and protein-nucleic acid complex crystals. Protein Science, 2003,12: 1865-1871.

35. Collaborative Computational Project, Number 4. The CCP4 Suite: Programs for Protein Crystallography. Acta Cryst., 1994, D50, 760-763.

36. Konnert J.H. A restrained-parameter structure-factor least-squares refinement procedure for large asymmetric units. Acta Cryst., 1976, A32,614-617.

37. Hendrickson W.A., Konnert J.H. Incorporation of stereochemical information into ciystallographic refinement. Intern.Winter School on Ciyst.Computing, Bangalore, India, 1980.

38. Sussman J.L., Holbrook S.R., Church G.M., Kim S.-H. A structure-factor least-square refinement procedure for macromolecular structures using constrained and restrained parameters. Acta Cryst., 1977, A33, 800-804.

39. Sussman J.L. Constrained-resntained least-squares (CORELS) refinement of proteins and nucleic acids. Methods in Enzymology, Academic Press, 1985,115,271-303.

40. G.Jack A., Levitt M. Refinement of large structures by simultaneous minimization of energy and R factor. Acta Cryst., 1978, A34,931-935.

41. Agarwal R.C. A new least-square refinement technique based on the fast Fourier transforn algorithm. Acta Cryst., 197?, A34,791-809.

42. Brunger A.T., Kuriyn J., Karplus M. Crystallographic R factor refinement by molecular dynamics. Science, 1987, 235,458-460.

43. Brunger A.T., Karplus M., Petsko G.A. Crystallographic refinement' by simulated annealing: application to crambin. Acta Cryst., 1989, A45,51-61.

44. Kuriyn J., Brunger A.T., Karplus M. X-ray refinement of protein structures by simulated annealing: test of method on myohemerythrin. Acta Cryst., 1989, A45, 396409.

45. Brunger A.T., Krukovski A., Erickson J.W. Slow-cooling protocol for crystallographic refinement by simulated annealing. Acta Cryst., 1990, A46,585-593.

46. Jones T.A., Zou J.Y., Cowan S.W., Kjeldgaard M. Improved methods for building protein models in electron density maps and the location of errors in these models. Acta Cryst., 1991, A47,110-119.

47. Dodson E. Report of workshop on validation of macromolecular structures solved by X-ray analysis. Joint CCP4 and ESF-EACBM newsletter on protein crystallography, 1995, 31,51-57.

48. Ramachandran G.N., Ramakrishnan C., Sasisekharan V. Stereochemistry of polypeptide chain configurations. J.Mol. Biol., 1963, 7, 95-99.

49. Briinden СЛ., Jones T.A. Between objectivity and subjectivity. Nature, 1990, 343, 687-689.

50. Kleywegt G.J., Jones T.A. Braille for pugilists. Proceedings of the CCP4 Study Weekend, 1995, 6-7 January, p. 11-23.

51. Laskowski R.A., MacArthur M.W., Moss D.S., Thornton, J.M. PROCHECK: a program to check the stereochemical quality of protein structures. J.Appl.Cryst., 1993, 26,283-291.

52. Watkin D. The control of difficult refinements. Acta Cryst, 1994, D50,411-437.

53. Brunger A.T. X-PLOR, Version 3.1. A system for X-ray Crystallography and NMR. New Haven, CT, Yale University Press, 1992.

54. Brunger A.T. Free R value: a novel statistical quantity for assessing the accuracy of crystal structures. Nature, 1992, 355,472-475.

55. Brunger A.T. Assessment of phase accuracy by cross validation: the free R value. Methods and applications. Acta Cryst., 1993, D49,24-36.

56. Rossmann M.G., Blow D.M. Determination of phases by the conditions of non-crystallographic symmetry. Acta Cryst., 1963,16,39-45.

57. Zhang K.Y.J., Main P. Histogram matching as a new density modification technique for phase refinement and extension of protein molecules. Acta Cryst., 1990, A46, 4146.

58. Lunin V.Yu., Urzhumtsev A.G., Skovoroda T.P. Direct low-resolution phasing from electron-density histograms in protein crystallography. Acta Cryst., 1990, A46, 540544.

59. Lunin V.Yu. Electron density histograms and the phase problem. Acta Cryst., 1993, D49, 90-99.

60. Lunin V.Yu., Skovoroda T.P. Frequencies-restrained structure factor refinement. I. Histogram simulation. Acta Cryst., 1991, A47,45-52.

61. Lunin V.Yu., Vernoslova E.A. Frequencies-restrained structure factor refinement. II. Comparison of methods. Acta Cryst., 1991, A47,238-243.

62. Cowtan K.D., Main P. Improvement of macromolecular electron-density maps by the simultaneous application of real and reciprocal space constraints. Acta Cryst., 1993, D49, 148-157.

63. Xiang S., Carter C.W.Jr, Bricogne G., Gilmore C.J. Entropy maximization constrained by solvent flatness: a new method for macromolecular phase extension and map improvement. Acta Cryst., 1993, D49, 193-212.

64. Schevitz R.W., Podjarny A.D., Zwick M., Hugkes J.J., Sigler P.B. Improving and extending the phases of medium- and low- resolution macromolecular structure factors by density modification. Acta Cryst., 1981, A37, 669-677.

65. Jiang J.-S., Brunger A.T. Protein hydration observed by X-ray diffraction. J. Mol. Biol., 1994, 243, 100-115.

66. Roberts A.L.U., Brunger A.T. Phase improvement by cross-validation density modification. Acta Cryst., 1995, D51,990-1002.

67. Brunger A.T. Free R Value: Cross-Validation in Crystallography. In Methods in Enzymology, 1997, 277,366-396, Academic Press.

68. Cowtan,K.D. DM: An automated procedure for phase improvement by density modification. Joint CCP4 and ESF-EACBM newsletter on protein crystallography, 1994, 31, 34-38.

69. Lunin V.Yu., Skovoroda T.P. R-free likelihood-based estimates of errors for phases calculated from atomic models. Acta Cryst., 1995, A51, 880-887.

70. Lunin V.Yu., Urzhumtsev A.G. Improvement of protein phases by coarse model modification. Acta Cryst., 1984, A40,269-277.

71. Box G.E.P. & Tiao G.C. Bayesian inference in statistical analisis. Addison-Wesley, 1973.

72. Waser, J. Least-squares refinement with subsidiary conditions. Acta Cryst., 1963, 16, 1091-1094.

73. Levitt M. Energy Refinement of Hen Egg-White Lysozyme. J. Mol. Biol., 1974, 82, 393-420.

74. Konnert J. H. A restrained-parameter structure-factor least-squares refinement procedure for large asymmetric units. Acta Cryst., 1976, A32, 614-617.

75. Lunin V. Yu. & Urzhumtsev A. G. Program construction for macromolecule atomic model refinement based on fast Fourier transform and fast differentiation algorithms. Acta Cryst., 1985, A41, 327-333.

76. Tronrud D. E., Ten Eyck L. F. & Matthews B. W. An efficient general-purpose least squares refinement program for macromolecular structures. Acta Cryst., 1987, A43, 489-501.4

77. Driessen H., Haneef M. I. J., Harris G. W., Howlin В., Khan G. & Moss D. S. J. Appl. Cryst., 1989,22,510-516.

78. Sheldrick G. M. SHELXL93, a Program for the Refinement of Crystal Structures from Diffraction Data. 1995, Institut for Anorganishe Chemie, G6ttingen, Germany.

79. Jack, A. & Levitt, M. Refinement of Large Structures by Simultaneous Minimization of Energy and R Factor. Acta Cryst., 1978, A34, 931-935.

80. Sim G. A. The distribution of phase angles for structures containing heavy atoms. Acta Cryst., 1959, 12, 813-815.

81. Read R.J. Structure factor probabilities for related structures. Acta Cryst., 1990, A46, 900-912.

82. Diamond R. A real-space refinement procedure for proteins. Acta Cryst., 1971, A27, 436-452.

83. Isaacs N.W., Agarwal R.C. Experience with fast Fourier least-squares in the refinement of the crystal structure of rhombohedral 2-zinc insulin at 1.5A resolution. Acta Cryst., 1978, A34,782-791.

84. Yusupov M. M., Yusupova G. Zh., Baucom A., Lieberman K., Earnest T. N., Cate J. H. D. & Noller H. F. Science, 2001,292, 883-896.

85. Harms J. et al. High resolution structure of the large ribosomal subunit from a mesophilic eubacterium. Cell, 2001,107, 679-688.

86. Wower J. et al. Transit of tRNA through the Escherichia coli ribosome. J. Biol. Chem., 2000, 275, 37887-37894.

87. Baier G. et al. Structural and functional equivalence between ribosomal proteins of E. coli LI and Methanococcus vannielii L6. Syst. Appl. Microbiol., 1989, 12, 119-126.

88. Hanner M. et al Autogenous translational regulation of the ribosomal MvaLl operon in the archaebacterium Methanococcus vannielii. J. Bacteriol., 1994,176,409-418.

89. Kabsch, W. Integration, scaling, space-group assignment and post refinement. XDS. International Tables for Crystallography, 2001, Vol. F., Dordrecht, Kluwer Academic Publishers.

90. Rao S., Rossman M. Comparison of super-secondary structures in proteins. J. Mol. Biol., 1973,76:241-256.

91. DeLano, W.L. The PyMOL Molecular Graphics System. DeLano Scientific, 2002, San Carlos, CA, USA. http://www.pymol.org.

92. N.B. Leontis, J. Stombaugh, E. Westhof. The non-Watson-Crick base pairs and their associated isostericity matrices. Nucleic Acids Research, 2002,30(16): 3497-3531.

93. E. Ennifar, A. Nikulin, S. Tishchenko, A. Serganov, N. Nevskaya, M. Garber, B. Ehresmann, C. Ehresmann, S. Nikonov and P. Dumas. The Crystal Structure of UUCG Tetraloop. Journal ofMol. Biol., 2000, 304,35-42.

94. Argos P. An investigation of protein subunit and domain interfaces. Prot. Engng, 1988, 2, 101-113.

95. Katsamba P.S., Park S. & Laird-Offiinga I. Kinetic studies of RNA-protein « interactions using surface plasmon resonance. Methods, 2002, 26,95-104.

96. Conn G., Gittis A., Lattman E., Misra V. & Draper D. A compact RNA tertiary structure contains a buried backbone-K+ complex. J. Mol. Biol, 2002, 318: 963-973.

97. Klein D., Moore P. & Steiz T. The contribution of metal ions to the structural stability of the large ribosomal subunit. RNA, 2004,10, 1366-1379.