Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему

Логическая структура гипертекстовой базы знаний по структуре и функциям белков

ВАК РФ 03.00.02, Биофизика

Автореферат диссертации по теме "Логическая структура гипертекстовой базы знаний по структуре и функциям белков"

МОСКОВСКИЙ ФИЗИКО-ТЕХНИЧЕСКИЙ ИНСТИТУТ

на правах рукописи

С" ^ ' .« о < Г;

КАЗАЧЕНКО КОНСТАНТИН ЮРЬЕВИЧ

ЛОГИЧЕСКАЯ СТРУКТУРА ГИПЕРТЕКСТОВОЙ БАЗЫ ЗНАНИЙ ПО СТРУКТУРЕ И ФУНКЦИЯМ БЕЛКОВ

03.00.02 - биофизика

АВТОРЕФЕРАТ

диссертации на соискание ученой степени кандидата физико-математических наук

МОСКВА - 1998

Работа выполнена в лаборатории Отдела Биоинформатики и Молекулярной Биофизики Института молекулярной генетики РАН

Научный руководитель:

доктор биологических наук Александров A.A.

Официальные оппоненты:

доктор физико-математических наук Туманян В.Г. кандидат биологических наук Соболев Б.Н.

Ведущая организация:

Институт Биоорганической химии

имени М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова РАН

. оо

Защита диссертации состоится " 2.Ч" у)ь<?тк 1998 г. в ' ~ часов на заседании Диссертационного совета К 063.91.10 при Московском физико-техническом институте по адресу: 141700, Московская область, г. Долгопрудный, Институтский пер. 9, МФТИ.

С диссертацией мохно ознакомиться в Диссертационном совете К 063.91.10 при Московском Физико-Техническоы институте. Автореферат разослан: "2.0" °Р t Мч ^ 1998 г.

Ученый секретарь

Диссертационного совета,

кандидат физико-математических наук

В.Б. Киреев

АКТУАЛЬНОСТЬ ТЕМЫ

Белки и их взаимодействия составляют основу жизнедеятельности организмов. В молекулярно-биологических исследованиях исключительно важную роль занимает сравнительный анализ белков близких в эволюционном отношении видов.

Большая часть информации о белках содержится в литературе. Она очень разнообразна и распределена в сотнях специализированных источников. Меньшая часть информации, которая может быть легко формализована, содержится в базах данных: это информация о первичных и пространственных структурах белков, о консервативных блоках, функциональных сайтах, подвижности в двумерном электрофорезе, т.д. Различные свойства белков отражены более чем в 20 международных базах данных.

Обычно базы данных по белкам характеризуют исключительно легкоформализуемые параметры. Так, одна из популярнейших баз данных БЗД185РКОТ (Швейцарский банк данных первичных структур) отражает, в сущности, лишь характеристики, непосредственно связанные с аминокислотной последовательностью - длину, аминокислотный состав [1]. В другой базе данных - РЯ051ТЕ [2] - приведены определенные специфические сайты белковых молекул, избранные на основе множественного выравнивания без всякого указания на связь с реальными природными характеристиками (структурой или функцией). Подобным же образом построены и другие обычно используемые базы данных [4-7]. Функциональная же информация о белках в связи с трудностями ее формализации освещена плохо.

Всестороннее исследование каждого белка требует глубокого изучения литературы и работы с десятками отдельных баз данных.

Существуют многочисленные проекты интеграции баз данных, не

исчерпывающих, однако, данной проблемы, несмотря на свои очевидные достоинства (в частности, значительное количество объединяемых баз). Большая часть создаваемых в рамках подобных проектов систем представляет собою либо простую совокупность различных баз данных, находящихся под управлением единой СУБД (таковы ЕВ1, ЫСВ1), либо базу данных определенного тематического характера, снабженную различного рода библиографическими ссылками (БОВ-П.

Таким образом, необходимость объединения легко и сложно формализуемых характеристик белков в системе, охватывающей сведения, относящиеся к максимально возможному числу биологических дисциплин, требует создания информационной базы знаний по белкам, интегрирующей разнообразную информацию о белках в единую систему.

ЦЕЛИ И ЗАДАЧИ ИССЛЕДОВАНИЯ

Целью настоящей работы являлось создание базы знаний, связывающей воедино все возможные характеристики белковой молекулы (в т.ч. описательного характера), позволяющей также свободное использование основных баз данных в связи с указанными характеристиками. Гипертекстовая технология представлялась наиболее оптимальной для достижения данной цели, поскольку гипертекст позволяет использовать в базе данных неформализованную информацию функционального характера, а также осуществлять связь последней со всеми международными базами данных, являясь интегрирующим элементом. Задачей работы представлялось, помимо этого, значительное облегчение работы пользователя с различной информацией о белках ввиду использования компьютерной системы, предусматривающей создание подобных баз знаний.

НАУЧНАЯ НОВИЗНА

В данной работе впервые применен подход, состоящий в приведении в соответствие с известными базами данных по белкам нефор-мализуемых параметров, в том числе описаний и классификационных характеристик.

Данная система впервые в области работы с базами знаний позволяет осуществлять широкий доступ пользователей к соответствующей информации по компьютерной сети.

При создании базы знаний были использованы некоторые новые методы определения белковых семейств, включенных в систему классификации .

ТЕОРЕТИЧЕСКАЯ И ПРАКТИЧЕСКАЯ ЦЕННОСТЬ РАБОТЫ

Созданная система является единственной в своем роде базой знаний в области белков, поскольку соединяет все основные известные в данной сфере базы данных как между собой, так и с гипертекстом (см. ниже).

Кроме того, база знаний БЕЛКИ позволяет осуществлять более рациональное и удобное использование существующих баз данных, в частности, производить быстрый поиск различных характеристик, переходить из одной базы данных в другие, а также в описания индивидуальных белков или белковых семейств.

СТРУКТУРА ДИССЕРТАЦИИ

Диссертация изложена на 116 страницах и включает в себя 27 рисунков и 3 таблицы. Список литературы содержит 118 наименова-

ний. Диссертация состоит из введения, шести глав, включая обзо] литературы и выводы, а также списка цитируемой литературы.

ПРОГРАММНАЯ СРЕДА ПОДДЕРЖАНИЯ БАЗЫ

Описываемая база знаний была создана на основе гипертекстовой системы Flexis (Flexis 11+ , версия 3.62, 1991 г.) Flexi; представляет собой систему для работы с гипертекстовыми базам) данных. С ее помощью можно создавать и просматривать справочники, компьютерные энциклопедии, каталоги, обучающие программы, электронные журналы, другие информационные системы.

Гипертекст можно охарактеризовать как множество информационных объектов (вершин), соединенных между собой направленными связями, причем каждой вершине соответствует некоторый экран, содержащий не только информацию о самой вершине, но и выделенные ссылки к другим вершинам. Поскольку одна вершина содержит обычно несколько ссылок на другие, пользователь может последовательно выбирать направления поиска, изучать или опускать дополнительную информацию и возвращаться к уже просмотренным вершинам.

При создании системы Flexis разработчики ставили своей целы подготовку программы, не требующей от пользователя специальной мг тематической подготовки. Основными концепциями программы являютсг многоформатность данных и опорная аналогия.

Многоформатность позволяет осуществлять использование н( только текстов, но и графики, мультфильмов, схем, внешних программ и прочих элементов, в частности, собственных форматов, придуманных создателями баз данных.

Принцип опорной аналогии предполагает работу пользователя < компьютером по аналогии с "бумажными"' информационными системами (

использованием навыков повседневной или професиональной деятельности. Поэтому при создании баз данных в системе Flexis отсутствует необходимость в программировании и количество правил сведено к минимуму.

Система Flexis особенно удобна для создания информационных систем в таких областях, где данные плохо формализованы (нет строгого описания формата будущей базы данных).

Гипертекстовый способ организации данных позволяет создавать очень гибкие информационные структуры, в которых объекты различных типов произвольным образом связаны между собой и образуют единую сеть. Контекстными ссылками могут быть связаны не только тексты, но также рисунки и внешние программы.

Система Flexis позволяет создавать собственные коммерческие информационные продукты. Программа эффективно работает на любой ЭВМ, полностью совместимой с IBM PC, имеющей твердый диск и EGA-совместимый монитор.

СТРУКТУРА БАЗЫ ЗНАНИЙ

Предлагаемая база знаний состоит из двух основных разделов -гипертекстовой базы данных по структуре и функциям белков и системы международных баз данных по белкам как общего (SWISSPROT, PROSIТЕ, BLOCKS ), так и частного (ENZYME, TRANSFAC ) характера [1, 4-7]. Между двумя указанными разделами осуществляется связь, благодаря которой из любой гипертекстовой записи возможен непосредственный переход в записи любой из имеющихся в распоряжении баз данных. Базы данных, содержащие информацию о белках (PDB, SWISSPROT, т.д.) включены в систему непосредственно. Доступ к базам данных, содержащим информацию иного рода, например, сведения

о генах белков (GDB, HUGENE), можно осуществить с помощь» INTERNET. Отличительной особеностью настоящей системы являете! то, что функциональная информация в ней является интегрирующш элементом.

Общая логическая структура базы знаний БЕЛКИ представлена не Рисунке 1.

В системе Flexis схема базы знаний имеет вид, изображенный на Рисунке 2.

При входе в базу знаний БЕЛКИ на экране появляется ОГЛАВЛЕНИЕ, которое выглядит следующим образом:

БЕЛКИ

1. Общие свойства Функция Аминокислоты Первичная структура Пространственная структура Физико-химические свойства Литература

2. Классификация белков

3. Таксономическая классификация

Каждая из строк оглавления (кроме строк "Б Е Л К И" и "Общие свойства") представляет собою маркер, через посредство которого возможен выход в соответствующие разделы.

Помимо этого, существует возможность выбора любого из созданных в базе классов. Каждый класс обладает определенным именем

и представляет собою алфавитный список записей того или иного тематического характера. В описываемой системе представлены следующие классы.

КАТАЛОГ БЕЛКОВ

ОПИСАНИЯ БАЗ ДАННЫХ

Класс КАТАЛОГ БЕЛКОВ содержит список записей, каждая из которых представляет собою наименование.белка или группы белков. Указанные записи могут быть двух видов - пустые записи , не содержащие собственной текстовой информации, и текстовые записи. При проведении аналогии с книгой это означает следующее: пустые записи аналогичны строкам предметного указателя, через которые возможен выход в те записи, где упоминается данный белок; строки же оглавления книги подобны названиям текстовых записей. В описываемой системе возможны два различных варианта ссылок на записи -прямые и обратные. Посредством обратной ссылки осуществляется выход на записи, содержащие соответствующую строку каталога. При помощи прямой ссылки производится непосредственный вход в соответствующую текстовую запись.

Основной структурной единицей базы знаний является карта белка.

Карта белка представляет собою запись, содержащую сведения о присутствии данного белка в различных базах данных. Карта белка может содержать множество различных пунктов, но основными всегда являются ссылки на базы данных. Например:

Первичная структура

Специфический сайт

Консервативные блоки

Указанные строки (маркеры) отражают связь с имеющимися в распоряжении базами данных. Так, через посредство маркера "Первичная структура" осуществляется связь с базой данных первичных структур SWISSPROT, "Специфический сайт" и "Консервативные блоки" обеспечивают выход в базы данных PROSITE и BLOCKS соответственно. Кроме того, указанные базы данных также соединены между собою, поскольку в тексте каждой записи базы данных имеются связующие маркеры, выделяющие идентификаторы белков.

Кроме того, в карте белка в качестве маркеров присутствуют имена текстовых записей, содержащих описание тех или иных аспектов характеристик белка. Например, при вхождении в тело записи "Описание первичной структуры" пользователь сможет познакомиться с кратким описанием основных характеристик первичной структуры, а в записи "Заболевания" - обнаружить сведения о патологических изменениях в организме, вызываемых нарушениями в структуре белка. Справа от маркеров могут быть расположены примечания, представляющие собою пояснения к ссылкам на базы данных.

Наиболее общий план карты белка может выглядеть нижеследующим образом:

Первичная структура База данных SWISSPROT

Описание первичной структуры Пространственная структура База данных PDB Описание пространственной структуры Специфический сайт База данных PROSITE

Консервативные блоки База данных BLOCKS

Изоформы Функция

Иммунные свойства

Регуляция

Применение

Заболевания

Ген

Локализация

В разделе оглавления "Классификация белков" содержатся следующие пункты:

Классификация пространственных структур Функциональная классификация Классификация первичных структур Компартментализционная класификация Физиологическая классификация

Каждая из указаных строк педставляет собою маркер, при установлении на который курсора и нажатии клавиши "Enter" осуществляется выход в подпункты соответствующего раздела.

Классификация пространственых структур

В данной системе принята достаточно распространенная классификация типов пространственных структур белков, выражающаяся в разделении последних на четыре класса [8]:

Класс альфа-спиральных белков Класс бета-структурных белков Класс альфа/бета - белков Класс альфа+бета - белков

Каждый из указанных классов подразделяется на семейства, в пределах каждого из которых принципиальная архитектура белковой молекулы одинакова.

В базе знаний БЕЛКИ для указанных классов выделены следующие семейства [9]:

Класс альфа-спиральных белков

Глобины Цитохромы С

Класс бета-структурных белков

Аспартатпротеиназы Бета-гиперболоид-б Иммуноглобулины Лектины

Супероксиддисмутазы

Класс альфа/бета - белков

Альфа/бета - гиперболоид-8

Класс альфа+бета - белков

Альфа+бета - гиперболоид-5

Лизоцимы

Рйбонуклеазы

Необходимо также отметить, что те или иные типы пространственных структур относятся, строго говоря, не к белковой молекуле в целом, но к домену белка. Это является одной из главных причин, затрудняющих детальную разработку классификации пространственных структур белков. Поэтому в данной системе выделены далеко не все семейства пространственых структур (точнее, пространственных архитектур) белков; имеющиеся же в наличии семейства представлены преимущественно монодоменными белками.

Функциональная классификация белков представлена нижеследующими разделами.

Ферменты Гормоны

Транспортные белки Структурные белки Сократительные белки Запасные белки Защитные белки Токсины

Указанные записи снабжены развернутыми сведениями о соответствующей функциональной группе белков. Так, запись "Ферменты" выглядит следующим образом:

Общая характеристика КФ-классификация

1. Оксидоредуктазы

2. Трансферазы

3. Гидролазы

4. Лиазы

5. Изомеразы

6. Лигазы

Ферменты, участвующие в биосинтезе:

липидов

нуклеотидов

Каждый из пунктов выделенных жирным (в системе - красным) шрифтом подклассификаций представляет собою имя записи, содержащей набор маркеров - идентификаторов ферментов в базе данных ENZYME (согласно КФ-номенклатуре). При вхождении в тело обозначенной подобным маркером записи на экране возникает маркер "Карта белка X", где X - название фермента. Карта белка содержит те же основные пункты, что указаны выше, при рассмотрении которых можно обнаружить сведения о тех или иных характеристиках ферментов. Так, карта белка GMP-редуктазы выглядит следующим образом:

Первичная структура Реакция

Описание фермента Описание реакции

База данных SWISSPROT База данных ENZYME

Таксономическая классификация

Данный пункт оглавления представляет собою достаточно развернутую систему классификации организмов, к которым принадлежат описанные в базе знаний белки. Как и полагается, схема ветвления раздела (см. выше) содержит два основных надцарства:

ПРОКАРИОТЫ ЭУКАРИОТЫ

Запись ЭУКАРИОТЫ содержит названия трех основных царств данной группы:

Животные Растения Грибы

Каждое из указанных царств содержит названия соотвествующих таксономических групп (вплоть до отрядов - у животных, до порядков - у растений и грибов), в каждой из которых, в свою очередь, содержатся выделенные в качестве маркеров названия белков.

Так, запись Животные содержит названия типов данного царства:

Тип Простейшие Тип Губки

Тип Кишечнополостные Тип Плоские черви Тип Немательминтес Тип Немертины Тип Кольчатые черви Тип Моллюски Тип Иглокожие Тип Членистоногие Тип Позвоночные

Запись Тип Позвоночные выглядит следующим образом:

Класс Хрящевые рыбы Класс Костные рыбы Класс Земноводные Класс Пресмыкающиеся Класс Птицы Класс Млекопитающие

В классе же "Млекопитающие" находятся названия отрядов: ("Грызуны", "Приматы", т.д.), причем каждая из данных записей содержит маркеры-названия белков с указанием принадлежности последних к соответствующему виду животных (т.е. латинское название организма). Например, тело записи Грызуны представлено нижеследующим образом:

С/ЕВР (Rattus norvegicus) FosB (Mus musculus) Hox-2,4 (Mus musculus) IL-2 (Mus musculus) MyoD (Rattus norvegicus) NF-H (Rattus norvegicus) NF-L (Rattus norvegicus) NF-M (Rattus norvegicus)

Левая часть каждой строки в данном случае представляет собою маркер-название белка, т.е. имя записи, содержащей Карту белка, правая - латинское название соответствующего организма.

Особая группа представлена разделом "БЕЛКИ ЧЕЛОВЕКА" (в записи Приматы), содержащим список выделенных маркерами названий белков, принадлежащих к данному виду животных (Homo sapiens). Царство "Растения" представлено тремя разделами:

Водоросли Лишайники Высшие растения

В группу "Водоросли" включены 10 основных отделов:

Сине-зеленые водоросли Пирофитовые водоросли Золотистые водоросли Диатомовые водоросли Бурые водоросли Красные водоросли Желто-зеленые водоросли Эвгленовые водоросли Зеленые водоросли Харовые водоросли

В сборную группу "Лишайники" - 2 основных класса:

Класс Сумчатые лишайники Класс Базидиальные лишайники

Аналогичным образом структурировано и царство Высших растений. Тело данной записи представлено девятью отделами:

Отдел Риннофиты Отдел Зоостерофнллофиты Отдел Моховидные Отдел Плауновидные Отдел Псилотовидные Отдел Хвощевидные Отдел Папоротниковые Отдел Голосеыеные

Отдел Цветковые или Покрытосеменные

В записи "Отдел Голосеменные" содержится 6 классов:

Класс Семенные Папоротники Класс Саговниковые Класс Бенеттитовые Класс Гнетовые Класс Гинкговые Класс Хвойные

В записи "Отдел Цветковые или Покрытосеменные" - 2 класса:

Класс Двудольные Класс Однодольные

Запись "Класс Двудольные" содержит 71 порядок растений данного класса, а запись "Класс Однодольные" - 21 порядок.

Запись Грибы содержит маркеры-названия следующих классов данного царства:

Класс Хитрндиомицеты Класс Оомицеты Класс Зигомицеты Класс Трихомицеты Класс Аскомицеты Класс Базидионицеты

Класс Дейтеромицеты или Несовершенные грибы

Необходимо также отметить, что некоторые представленные группы являются сборными (например, "Водоросли"), что произведено в целях большего удобства обращения с системой.

Компартментализационная классификация белков представляет собою классификацию по локализации в клетке (клеточных компарт-тментах); указанная запись включает такие разделы, как "Белки Ци-тоскелета", "Ядерные белки" с выделенными маркерами названиями белков, локализованных в данных компартментах.

Что касается Физиологической класиФикации , необходимо отметить, что данный раздел представлен записями-названиями различных систем организма:

НЕРВНАЯ СИСТЕМА СЕНСОРНАЯ СИСТЕМА КРОВЕНОСНАЯ СИСТЕМА ЛИМФАТИЧЕСКАЯ СИСТЕМА МЕЖКЛЕТОЧНОЕ ПРОСТРАНСТВО СЕРДЕЧНО-СОСУДИСТАЯ СИСТЕМА ДЫХАТЕЛЬНАЯ СИСТЕМА ВЫДЕЛИТЕЛЬНАЯ СИСТЕМА

МОЧЕВЫДЕЛИТЕЛЬНАЯ СИСТЕМА

ПИЩЕВАРИТЕЛЬНАЯ СИСТЕМА

ЭНДОКРИННАЯ СИСТЕМА

Каждая из приведенных записей включает названия белков, принадлежащих преимущественно данной физиологической системе.

РЕЗУЛЬТАТЫ ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНОГО ПРИМЕНЕНИЯ ВАЗЫ ЗНАНИЙ

В результате экспериментального применения созданной базы знаний в ряде семейств структурно-функциональных семейств белков были обнаружены специфические участки аминокислотной последовательности, позволяющие производить достоверное определение принадлежности неизвестного белка к этим семействам. В данной диссертационной работе рассмотрены два таких семейства - растительные пероксидазы и инсулиноподобные белки.

В растительных и ряде грибных пероксидаз был обнаружен характерный участок аминокислотной последовательности, отличающий данные группы ферментов от прочих структурных и функциональных семейств белков, а также позволяющий однозначно идентифицировать исследуемый белок исключительно по аминокислотной последовательности при условии его принадлежности к упомянутым группам ферментов даже в случае отсутствия существенной гомологии с представителями последних. Определение принадлежности исследуемого белка производится с учетом двух параметров: длины аминокислотной последовательности субъединицы и нижеуказанного консенсуса. Упомянутый консенсус имеет следующий вид: Я X X Т/У Н, где X - любая аминокислота, а Р/Ш означает Г или IV в соответствующей позиции данного сайта. Для 79 проанализированных пероксидаз локализация

первой аминокислоты данного участка осуществляется с 254-й по 31б-ю позицию последовательности (считая с С - конца). Длина последовательности вышеуказанных ферментов - 292 - 382 аминокислотных остатков.

В инсулинах и инсулиноподобных белках также был обнаружен специфический консервативный участок аминокислотной последовательности.

Были исследованы первичные структуры 80 белков с незначительной степенью взаимной гомологии (в том числе 11 релаксинов, 33 инсулиноподобных факторов роста и 22 бомбиксинов) с наименьшей длиной в 21 аминокислотный остаток (А- цепь инсулина Zaocys dhumnades dhumnades) и наибольшей - 19S аминокислотных остатков (инсулиноподобный фактор роста Homo sapiens sapiens). Анализ показал, что всем указанным представителям присущ уникальный участок аминокислотной последовательности, отличающий данное семейство белков от прочих таковых. Данный участок имеет следующий вид: ССХХХСХХХХХХХХС, где X - любая аминокислота. Указанный критерий (в совокупности с длиной аминокислотной последовательности) может служить единственным и достаточным условием для идентификации исследуемого белка с неизвестными структурой и функцией как принадлежащего к вышеупомянутому семейству. Ответ на вопрос о принадлежности того или иного белка к данному семейству производится исключительно на основании аминокислотной последовательности. Учитываются два параметра - общая длина последовательности (от 20 до 200 аминокислотных остатков) и упомянутый специфический участок. Среди 32000 белков банка первичных структур и 400 белков Брукхэйвенского банка значения обоих параметров оказались свойс-твеными лишь инсулинам и инсулиноподобным белкам.

ВЫВОДЫ

1. Разработана логическая структура гипертекстовой базы знаний, объединяющей неструктурированные данные о белках (функциональную информацию, описания белков, классификационные характеристики) и формализованную информацию из международных баз данных .

2. Создана гипертекстовая база знаний по структуре и функциям белков объемом около 3 Мбайт (без записей международных баз данных), практически не имеющая аналогов.

3. Впервые в области создания баз данных гипертекстовая структура является всеобъемлющим интегрирующим элементом, в отличие от аналогичных интеграционных систем, где гипертекст объединяет лишь сравнительно незначительную часть иерархической информации .

4. С помощью созданной системы проведены компьютерные эксперименты, в результате которых предложены алгоритмы поиска некоторых структурно-функциональных семейств белков.

5. В результате проведенных компьютерных экспериментов обнаружена принадлежность некоторых белков к данным структурно-функциональным семействам.

СПИСОК ЦИТИРУЕМОЙ В АВТОРЕФЕРАТЕ ЛИТЕРАТУРЫ

1. Bernstein, F.C., Koetzle, T.F., Williams, G.J.В., Meyer, E.F., Brice, M.D., Rodgers, J.R., Kennard, O., Shiraanouchi, T. and Tasumi, M. (1997) J. Mol. Biol., 112, 535-542.

2. Bairoch, A. and Boeckrnan, B. (1994) Nucleic Acids Res., 22, 3578-3580.

3. Bairoch, A. and Bucher, P. (1994) Nucleic Acids Res., 22, 3583-3589. .

4. Wallace J.C. and Henikoff, S. (1992) CABIOS, 8, 249-254.

5. Bairoch A. (1994) Nucleic Acids Res., 22, 3626-3627.

6. Holm, L. and Sander, C. (1994) Proteins, 19, 256-268.

7. Wingender, E. (1988) Nucleic Acids Res., 16, 1879-1902.

8. Шульц Г., Ширмер P. Принципы структурной организации белков. М.: Мир, 1982. С. 108 - 111.

9. Vtyurin N. // Proteins. 1993. V.15. p.62-70. СПИСОК РАБОТ, ОПУБЛИКОВАННЫХ ПО ТЕМЕ ДИССЕРТАЦИИ

1. Vtyurin N.N., Boiko A.G., Retz P.I., Baturin V.A., Kazachenko K.Yu., Egorov A.M. Determination of protein domain structure type from its amino acid sequence. In abstracts of "International workshop on peroxidase biotechnology and application". June 26-30. 1995. Pushchino. Russia. P. 51.

2. Казаченко К.Ю. Специфический участок аминокислотной последовательности растительных пероксидаз. Биохимия. 1996. Т.61. N 1. С. 82 - 84.

3. Казаченко К.Ю. Уникальный консервативный участок аминокислот-

ной последовательности инсулиноподобных белков. Биохимия. 1996. Т.61. N.3. С. 567 - 568.

4. Казаченко К.Ю., Александров A.A. Компьютерная база знаний, описывающая структуру и функции белков. Молекулярная биология. 1997. Т.31. N 6. С. 1098 - ПОЗ.

БЛАГОДАРНОСТИ

Автор благодарит научного руководителя A.A. Александрова за поддержку на всех этапах проведения работы, а также H.H. Втюрина за любезно предоставленные материалы.

ДРУГИЕ БД

'ТЫ

КОВ

ФУНКЦИИ ФУНКЦИОНАЛЬНАЯ КЛАССИФИКАЦИЯ

ПРОСТРАНСТВЕННАЯ СТРУКТУРА

БД СУПЕРВТОРИЧНЫХ СТРУКТУР

БАЗА ДАННЫХ РОВ

ОПИСАНИЕ ПЕРВИЧНОЙ СТРУКТУРЫ

КЛАССИФИКАЦИЯ ПРОСТРАНСТВЕННЫХ СТРУКТУР

КОМ П АРТМ ЕНТАЛ ИЗ А ЦИОННА5 КЛАССИ ФИКАЦИ5

ФИЗИОЛОГИЧЕСКАЯ КЛАССИФИКАЦИЯ

ПРОЧИЕ СВОЙСТВА

ХИМИЧЕСКОЕ СТРОЕНИЕ

ФИЗИКО-ХИМИЧЕСКИЕ СВОЙСТВА

ТАКСОНОМИЧЕСКАЯ

КЛАССИФИКАЦИЯ

Рмсчиок

КАРТЫ БЕЛКОВ

Подписано к печати " /У" ¿ре$гОлЫ? 199 года Отпечатано на ротапринтере формат бумаги 30x42/4

в ЗАО "РИЯД" объем П.Л. У

зак._ тир..

125319 г.Москва улица Усиевича дом 8а

телефон 152-17-71