Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему

Компьютерное моделирование структур активных центров моноаминоксидаз А и Б и поиск новых ингибиторов моноаминоксидазы А

ВАК РФ 03.00.04, Биохимия

Содержание диссертации, кандидата биологических наук, Тихонова, Ольга Валентиновна

Введение.

Обзор литературы:

2.1. Структуры и функции МАО АиБ.

2.2. Субстраты и ингибиторы МАО.

Субстраты.

Ингибиторы

2.3. Компьютерные методы моделирования.

Прямые методы конструирования лекарств.

Непрямые методы конструирования лекарств.

Применение компьютерных методов для моделирования лигандов

Объекты и методы.

Объекты.

Методы.

Результаты.

4.1. Построение 3D-QSAR и CoMFA моделей активных центров МАО АиБ.

4.2. Моделирование полости активного центра фермента.

4.3. Поиск потенциальных ингибиторов МАО А методом молекулярного докинга в базе данных низкомолекулярных веществ.

Обсуждение результатов.

Выводы.

Введение Диссертация по биологии, на тему "Компьютерное моделирование структур активных центров моноаминоксидаз А и Б и поиск новых ингибиторов моноаминоксидазы А"

В современном мире человек постоянно подвергается различным стрессовым воздействиям, что приводит к ухудшению настроения, снижению работоспособности и возрастанию количества психических заболеваний. Одной из причин этих расстройств нервной системы является нарушение гомеостатических механизмов регуляции уровня биогенных аминов, выполняющих в организме нейротрансмиттерные и нейромодуляторные функции. Важнейшим ферментом центральной нервной системы, участвующим в регуляции уровня этих соединений является моноаминоксидаза (МАО), осуществляющая окислительное дезаминирование катехоламинов, серотонина, дофамина и др. (Горкин, 1981). Ингибиторы этого фермента показали свою эффективность в клинике для лечения депрессивных состояний и таких нейродегенерагивных заболеваний, как болезни Паркинсона и Альцгеймера (Wouíers, 1998; Горкин, Медведев, 1995; Jegham, George, 1998), Кроме того, отмечают возможность применения ингибиторов МАО в лечении алкогольной и никотиновой зависимостей (Domino, 1996; Parren et a l , 1998). Особенный интерес для медицинской практики представляют обратимые селективные ингибиторы этих ферментов с хорошей переносимостью и отсутствием побочных эффектов.Отсутствие пространственной структуры сильно затрудняет исследование механизмов работы МАО к поиск их новых ингибиторов. Этим обусловлено активное применение методов компьютерного моделирования для выявления структурных особенностей МАО А и Б, Среди белков с известной пространственной структурой близких гомологов моноаминоксидаз нет, что затрудняет корректное моделирование трехмерной структуры этих ферментов. Тем не .менее, была предложена частичная мо.дель активного центра МАО А, основанная на слабой гомологии с флавинсвязывающей субъединицей флавоцитохрома. Но как отмечают сами авторы, эта модель, по-видимому, выявляет только общую укладку полипептидных цепей и не дает представления о строении активного центра (Wouters, Baudoux, 1998). Поэтому в настоятцее время для исследования структуры и свойств активных центров МАО широко используют методы анализа количественной взаимосвязи структура-активность (QSAR) и особенно их модификации, учитывающие пространственное распределение свойств лигандоБ (3D-QSAR). Применение подобных методов позволило выявить благоприятные и неблагоприятные области для стерического, электростатического и гидрофобного взаимодействия нескольких классов субстратов с активными центрами МАО А и Б (Altomare et al,, 1992; Kneubuhler et al., 1995; Thull et al., 1995; Medvedev et al., 1996; Moron et al., 2000). Однако отсутствие информации о расположении лигакдов в активных центрах ферментов и правил вьфавнивания ингибиторов, относящихся к различным химическим классам, не позволяют проводить корректное сопоставление распределения полей в разных 3D-QSAR с CoMFA моделях.Таким образом, в настоящее время существующие данные о строении МАО А и Б не позволяют полностью охарактеризовать пространственные структуры их активных центров, что значительно затрудняет поиск новых эффективных ингибиторов этих ферментов.Целью данной работы было моделирование структур активных центров моноаминоксидаз А. и Б и поиск новых ингибиторов МАО А в базе данных низко молекулярных веществ. - 6 Для достижения поставленной цели были сформулированы следующие задачи: 1. Охарактеризовать стрзтстуры активных центров МАО А и МАО Б методом ЗО08АК с СоМБА с использованием трех рядов ингибиторов, отличающихся механизмом действия и относящихся к разным химическим классам веществ.2. Разработать метод моделирования полости активного центра фермента с неизвестной трехмерной структурой и построить модели активных центров МАО А и Б.

3. Провести поиск новых ингибиторов МАО А в базе данных низкомолекулярных веществ методом геометрического докинга с использованием построенной модели активного центра этого фермента, и экспериментально проверить ингибиторную активность отобранных соединений. - 7 ОБЗОР Л И Т Е Р А Т У Р Ы Впервые фермент, осуществляющий дезаминирование субстратов, был выделен и охарактеризован Хэйр в 1928 году. Она обнаружила его в тканевом экстракте кролика и назвала этот фермент тираминоксидазой. Следующие аминоксидазы были описаны разными авторами в 1937 году, и названы алифатической аминоксидазой и адреналиноксидазой. В том же году Блашко с сотрудниками показали, что все эти три фермента являются одним и тем же белком и ввели для них название аминоксидаза.Позже это название было изменено на моноаминоксидазу (ЕС L4.3.4) для того, чтобы точнее отразить субстратную селективность и отличить этот фермент от описанной к тому времени медь-содержащей диаминоксидазы (ЕС 1.4.3.6) (Jegham, George, 1998).Аминоксидазы широко распространены в живых организмах. Они обнаружены у прокариот и эукариот. У бактерий (например Escherichia соИ) это периплазматический фермент, содержащий в качестве кофакторов хинон и двухвалентную медь (Roh et al., 1995). Из нитевидных грибов Aspergillus niger были выделены две различные аминоксидазьг Одна из них идентична медь-содержащей аминоксидазе с 6гидроксидофахиноном в качестве кофактора в активном центре. Другая является флавопротеином (55кДа), который по характерным свойствам близок к моноаминоксидазам млекопитающих. Предполагают, что этот фермент, названный МАО N , является прототипом двух ФАД-содержащих ферментов - МАО А и МАО Б (Schilling et ai., 1995; Сингер и др., 1997). Хотя существует мнение, что молекулярные свойства МАО N слишком сильно отличаются от МАО А и Б, чтобы рассматривать ее в качестве эволюционного предшественника МАО млекопитающих (Веселовский и др., 1998).Кроме того в печени форели была обнаружена моноаминоксидаза, в точности не отвечающая характеристикам ни одной из форм МАО. Экспрессированная в C0S7 клетках МАО форели одинаково эффективно окисляла диагностические субстраты для МАО А и Б и была менее чувствительна к характерным селективным ингибиторам этих ферментов. Такие свойства МАО форели могут указывать на то, что она является новым типом фермента (Wouters J., 1998).В настоящее время у млекопитающих обнаружено три типа аминоксидаз: моноаминоксидазы типа А и Б и семикарбазид-чувствительная аминоксидаза (SSAO) (Callingham et al., 1991; Lyles, 1996; Сквайерс, 1997). Уже точно установлено, что МАО А и Б млекопитающих являются разными ферментами, которые кодируются различными генами, находящимися в коротком плече Х-хромосомы. Гены МАО А и Б состоят из 15 экзонов и 14 интронов и имеют идентичную экзон-интронную организацию (Shih et al., -8 1993; Shih et al,, 1994). Транслированные с кДНК последовательности МАО А и МАО Б, оказались разных размеров. МАО А содержит 527 аминокислотных остатков (59,7 кДа), а МАО Б - 520 аминокислотных остатков (58,8 кДа) (Bach et al, 1988). Эти белки отличаются по субстратной специфичности и чувствительности к различным ингибиторам (Северина, 1979; Cesura, Pletscher, 1992). SSAO существует в организме млекопитающих в растворимом и мембраносвязанном виде (Lyles, 1996), Чувствительность этого фермента к ингибированию семикарбозидом, предполагает наличие в активном центре кофактора с реактивной карбонильной группой (пиридоксальфосфат, пироллохинолин хинон, 6гидроксидофа). Этот фермент является медь-зависимым ферментом (Lyles, 1996; Buffoni, 2000). Возможно, кроме дезаминирования эндогенных полиаминов, этот фермент выполняет функцию, сходную с микросомальными ферментами печени, метаболизирующими лекарства (Callingham et al., 1991).СТРУКТУРЫ И ФУНКЦИИ МАО А К Б Моноаминоксидазы типа А и Б млекопитающих являются интегральными белками внешней мембраны митохондрий. Встраивание МАО Б в мембрану происходит по АТФ-зависимому механизму (Cesura, Pletscher, 1992). Известно, что МАО связывается с мембраной С-концевым доменом, который содержит гидрофобную область, примыкающую к положительно заряженным аминокислотам. В мембране МАО существует в виде димера, но для проявления активности in vitro достаточно наличия одной субъединицы (Cesura, Pletscher, 1992).Моноаминоксидаза довольно широко представлена во многих тканях нервной системы и периферических органов. В одних тканях присутствуют обе формы МАО, а в других преимущественно или только одна форма. Например, человеческая плацента содержит в основном МАО А и незначительное количество МАО Б, лимфоциты и тромбоциты - только МАО Б (табл. 1). Содержание МАО А и Б может варьировать также в тканях одной системы. Так распределение МАО в тканях нервной системы показано в таблице 2. Иммуногистохимические исследования показали, что МАО А в основном локализуется в катехолэргических нейронах, тогда как МАО Б - в серотонинэргических (Kwanetal , 1992). - 9 Таблица 1. Распределение МАО в организме человека. (Berry, 1994).Ткани МАО А МАОБ Плацента ++(+) ± Фибробласты ++- + Тромбоциты - ++ Лимфоциты Эритроциты - Головной мозг Тонкая кишка ++ ++ Толстая кишка ++ ++ Легкие ++(+) + Печень ++-+ +++ Сердце ++(+) ++(+) Почки ++(+) ++(+) Поджелудочная ++(+) + железа Скелетная +/+++ мускулатура нет активности; ± очень низкая активность; + низкая активность; ++ средняя активность; +-++ высокая активность.Таблица 2. Концентрации МАО типа А и Б (пмоль/мг белка) в мембранном препарате из различных участков мозга, (Cesura, Pletscher, 1992) Ткани нервной системы МАО А МАО Б кора лобной доли 2,6 7,1 гипоталамус 5,2 17,8 черная субстанция 2,4 13,3 гипокампус 3,4 20,7 мозжечок 2,5 5,6 - 10Сравнение аминокислотных последовательностей обеих форм МАО у различных классов (человек, корова, крыса) показало, что существует более высокая степень гомологии мевду ферментами одного типа из различных классов млекопитающих, чем у двух форм МАО из одного вида. Например, МАО Б человека и крысы имеют приблизительно 90% идентичных аминокислот, в то время как МАО А и МАО Б человека - только 70% (Powell, 1991).При сопоставлении аминокислотных последовательностей МАО были обнаружены три высококонсервативные области, в которых идентичные для разных классов организмов аминокислоты, являются функционально важными (Powell, 1991): 1. Область нековалентного связывания ФАД: остатки 15-32 в МАО А и 6-23 в МАО Б у N-конца (так называемый Россмановский фолд) (Wouters, 1998). Эта консервативная область является общей для многих АДФ-, НАД- и ФАДсвязывающих доменов различных белков. Она состоит из ß-структуры, аспиральной последовательности, петли различной длины и второй ßскладчатой структуры. Предполагают, что эти ßaß-структуры функционируют как "центры образования" для фолдинта целого домена. Во время синтеза белка этот участок, по-видимому, формируется первым, и последующие полипептидные спирали образуют домен связывания вокруг этого центра (Wierengaet al., 1986).2. Функции второй консервативной области - остатки 187-228 в МАО А и 178219 в МАО Б - пока еще не выяснены. Возможно, она принимает участие в формировании активного центра.3. Область около С-конца: аминокислоты 389-458 в МАО А и 380-449 в МАО Б. Она включает в себя сайт ковалентного связывания кофактора флавина. Место прикрепления ФАД - остаток цистеина в позиции 406 для МАО А и 397 для МАО Б. Обе формы фермента имеют идентичные последовательности аминокислот, непосредственно примыкающих к ковалентно связанному флавину [Ser-Gly-G]y-Cys(FAD)-Tyr] (Powell, 1991).МАО Б содержит область нековалентного связывания ФАД (аминокислотные остатки 6-34), так называемый динуклеотид связывающий мотив. Особо важным является остаток глутамина (Glu34), расположенный на С-конце второй ß-складки. Этот остаток формирует водородные связи с гидроксигруппой рибозы ФАД (Zhou et al., 1995).Предполагают, что Glu34 необходим для первоначального нековалентного связывания ФАД и передачи его для ковалентного связывания с цистеином (Cys397) (Zhou et al. -11 1998), а также для поддержания необходимой в процессе окислительновосстановительного цикла ориентации ФАД (Kwan et a l , 1995). В последнее время, сравнивая последовательности с ферментами семейства оксид ope дуктаз, эта же группа авторов обнаружила в МАО Б дополнительный ФАД-связывающий регион (остатки 222227), который является высоко консервативным у различных видов (человек, бык и крыса). Предполагают, что ФАД связывается пошагово во время трансляции и фолдинга белка. На первом этапе G}u34 и тирозин (Туг44) посредством нековалентных связей обеспечивают топологическое размещение ФАДа. Далее ФАД передается в этот консервативный участок, где при помощи глицина (Gly 226) и аспартата (Asp227) обеспечивается последующее расположение ФАДа так, чтобы его 8-а-метильная группа находилась в непосредственной близости к Cys397 для обеспечения ковалентного связывания (Zhou et al, 1998).Существует еще один короткий участок (в МАО А он начинается с 438 аминокислотного остатка), который является общим и для других флавопротеинов, таких как НАДФН-цитохром Р-450 оксидоредуктаза и некоторых флаводоксинов, где он связывает фосфатный остаток ФМН. Этот участок консервативен в обеих формах МАО и, по-видимому, так же может взаимодействовать с фосфатной группой кофактора ФАД (Powell, 1991).Путем создания химерных молекул (одна часть аминокислотной последовательности от МАО А, другая - от МАО Б) были выявлены важные для катализа области, определяющие субстратную и ингибиторную специфичность этих ферментов.В последнее время были предприняты попытки обнаружить ключевые аминокислоты, ответственные за субстратную и ингибиторную специфичность. Путем точечного мутагенеза было обнаружено, что гистидин (His382) и треонин (Thrl58) могут являться остатками, важными в механизме катализа МАО Б (Cesura, 1998). Другими - 12авторами было заявлено, что они обнаружили аминокислоты, ответственные за субстратную специфичность МАО крыс - фенилаланин (Phe208) в МАО А и изолейцин (11е199) в МАО Б (Tsugeno, Ito, 1997). При замене этих аминокислот путем направленного мутагенеза в одной форме фермента на соответствующую аминокислоту из другой наблюдали изменение субстратной и ингибиторной специфичности мутантных молекул, которые приобретали некоторые свойства противоположного типа МАО (Tsugeno, Ito, 1997). Но позже, эти данные не были подтверждены группой Джин Ши, исследовавщей МАО А и Б человека (Geha et al., 2000а). Ими было показано, что мутация Phe208 на изолейцин в МАО А вызывала увеличение Кщ не только для предпочтительного субстрата МАО Б фенилэтиламина (ФЭА), но и для специфического субстрата МАО А - серотонина. Замена же Не 199 на фенилаланин в МАО Б не влияла на сродство фермента к этим субстратам. Эта же группа авторов обнаружила в качестве ответственных за сродство к селективных субстратам (серотонину и ФЭА) и чувствительность к характерным ингибиторам (хлоргилину и депренилу для МАО А и Б, соответственно) другие аминокислотьг' изолейцин (НеЗЗЗ) в МАО А, и тирозин (Туг326) с МАО Б (Geha et al., 2000b). При замене этих аминокислот в одной форме МАО на соответствующие им в другой форме фермента наблюдали реципрокное переключение чувствительности мутантных ферментов к субстратам и ингибиторам. Однако, тот факт, что кинетические константы мутантных форм не были идентичны таковым у диких форм ферментов, позволило им предположить, что в определение субстратной и ингибиторной специфичности вовлечены и другие аминокислоты (Geha et al., 2000b).Эти противоречия в определении "ключевых" аминокислот, а также подробный анализ данных Tsugeno и Ito (Tsugeno, Ito, 1997) позволили высказать сомнение, что одна аминокислота может определять чувствительность к характерным субстратам и ингибиторам таких ферментов с широкой специфичностью, как МАО А или Б (Веселовский и др., 1998; Медведев и др., 2001). Бьшо высказано предположение, что аминокислоты, установленные этими группами авторов, входят в состав субстратсвязывающей области активных центров МАО, а различия в данных определяются незначительными различиями в структурах активных центров МАО крысы и человека (Медведев и др., 2001).Несмотря на то, что близких гомологов МАО с известной пространственной структурой нет, была предпринята попытка смоделировать пространственную структуру МАО А на основе известной трехмерной структуры глутатионредуктазоподобной флавин-связывающей субъединицы сульфитдегидрогеназы флавоцитохрома с (Wouters, Baudoux, 1998). Частичная модель МАО А была построена с использованием методов - 13 предсказания вторичной структуры, распознавания фолда белков и моделирования по гомологии. В результате были описаны структуры основных а/р доменов и предсказан общий фолд МАО А. Однако, полученная модель не обладает достаточной точностью для предсказания структуры активного центра этого фермента и не пригодна для изучения взаимодействий с субстратами и ингибиторами (Wouters, Baudoux, 1998).Таким образом, на сегодняшний день все известные данные не позволяют однозначно представить трехмерные структуры МАО А и Б и строение их активных центров остается неизвестным.Основной функцией МАО является окислительное дезаминирование первичных, вторичных и третичных аминов. Таким образом, этот фермент регулирует цитоплазматический уровень нейротрансмиттеров (серотонин, адреналин, норадреналин, дофамин) и разрушает "следовые" амины (такие, как фенилэтиламин, тирамин, триптамин), которые обычно содержаться в тканях в низких концентрациях (Cesura, Pletscher, 1992).Реакция, катализируемая МАО, состоит из восстановительного этапа, в котором окисляется субстрат и восстанавливается ФАД, и окислительного этапа, включающего в себя реоксидацию ФАД молекулярным кислородом с образованием перекиси водорода (рис. 1). Конечным продуктом каталитического цикла является имин.Исследование кинетики реакции в равновесном состоянии с использованием различных субстратов показало, что реакция может протекать по двум механизмам (Ramsay, Singer, 1991), В первом случае продукт последовательно освобождается от восстановленного фермента перед процессом реоксидации фермента (верхняя часть схемы на рис, 1), то есть образуется двойной комплекс с субстратом и продуктом (пингпонговый механизм). В другом случае происходит образование тройного комплекса с ферментом и кислородом (нижняя часть схемы рис. 1) (Smger, 1985).Выбор пути, по которому будет протекать реакция, определяется соотношением констант диссоциаций (к4 и кз ), Если к^ для ЕгР комплекса больше, чем кз для свободного фермента, реоксидация идет по пинг-понговому механизму. Это характерно для МАО А и МАО Б с бензиламином, триптамином и тирамином в качестве субстрата.Если субстратом для МАО Б является ФЭА (кз больше к4), то комплекс ЕгР быстро диссоциирует и кислород взаимодействует с восстановленным свободным ферментом, Сильверман с соавторами (Silverman, 1991) предложили схему одноэлектронного механизма окисления субстрата (рис, 2). -14 Рисунок 1. Схема окислительного и восстановительного этапов реакции, катализируемой МАО (Singer, 1985).Последний неферментативным путем гидролизуется водой до аммиака и альдегида.В последнее время было предположено наличие редокс-активной дисульфидной группы в активном центре как МАО А, так и МАО Б. Вероятно, при окислении амина, электроны сначала передаются на дисульфиды, а затем уже на флавин. Образование в МАО карбоксил-имидазол-дисульфидной триады, подобно таковым в дисульфидоксидоредуктазах, приводит к увеличению положительного заряда на дисульфидной группировке, что облегчает передачу электронов с амина субстрата (Sablin, Ramsay, 1998).СУБСТРАТЫ И ИНГИБИТОРЫ МАО Субстраты Основные физиологические субстраты для МАО - ароматические моноамины (Cesura, Pletscher, 1992). Было обнаружено, что если в соединениях ароматический центр отделяется от окисляемого азота одним или двумя углеродами, то они предпочтительно окисляются МАО Б. Типичные примеры - бензиламин и ФЭА. Когда дистанция увеличивается до трех и более углеродов, субстрат или ингибитор преимущественно связываются с МАО А, хотя это правило не всегда выполняется (Singer, 1985). В таблице 3 приведены преимущественные субстраты для МАО А и Б. Ингибиторы В конце 50-х годов при изучении противотуберкулезного средства ипрониазида было обнаружено его эйфоризирующее действие. В клинической практике он оказался эффективен при лечении депрессий и стал родоначальником новой группы психотропных средств - антидепрессантов. При депрессивных состояниях наблюдается снижение активности норадренэргической и серотонинэргической синаптической передачи. Изучение механизма действия ипрониазида показало, что он тормозит инактивацию этих нейромедиаторов посредством ингибирования моноаминоксидазы -16 Таблица 3. Предпочтительные субстраты для МАО А (А) и МАО Б (Б) человека в условиях in vivo и т vitro (Cesura, Pletscher, 1992).Субстраты т VIVO Сере но пот т А А Норадрег галин он А(Б) А+Б Адренал! ГЦ он А А+Б Дофамин Ь(А) А+Б ФЭА í

Заключение Диссертация по теме "Биохимия", Тихонова, Ольга Валентиновна

1. Построены 3D-QSAR и CoMFA модели активных центров МАО А и Б с использованием аналогов пиразидола, индола и изатина, КЭА, АА, КЭДА. Выявлены стерические и электростатические области, важные для проявления ингибиторной активности различных соединений. Отмечено, что для адекватного описания ингибиторных свойств соединений для МАО Б необходимо использовать данные об их гидрофобности.2. Разработан и проверен метод моделирования структуры активного центра фермента с неизвестной трехмерной структурой. С помощью этого метода построены модели активных центров МАО А и Б.

3. В результате поиска новых лигандов в базе данных ASINEX методом докинга низкомолекулярных веществ в модель полости активного центра МАО А и предсказания активности отобранных молекул по 3D-QSAR с СоМРА моделям найдены три селективных ингибитора МАО А. Лучшее соединение имело ингибиторную активность (IC50) порядка Ю'^ М.

4. Совместное использование модели полости активного центра фермента с неизвестной пространственной структурой и набора 3D-QSAR и CoMFA моделей позволяет эффективно проводить поиск новых лигандов.

Библиография Диссертация по биологии, кандидата биологических наук, Тихонова, Ольга Валентиновна, Москва

1. Веселовский А.В., Иванов А.С., Медведев А.Е. Компьютерное моделирование активного центра моноаминоксидаз.// Вопросы мед. химии. 1997. Т.43. № 6. С.527-536.

2. Веселовский А. В., Иванов А. С., Медведев А. Е. Может ли одна аминокислота определять различие каталитических и регуляторных свойств моноаминоксидаз А и Б?// Биохимия. 1998. Т.63. № 12. С.1695-1701.

3. Горкин В.З. Аминоксидазы и их значение в медицине. Москва: Медицина. 1981. 335с.

4. Горкин В.З., Медведев А.Е. (1995). В кн.: Белки и пептиды. Москва: Наука. Т.1. С.83-88.

5. Иванов А.С., Люлькин Ю.А., Скворцов B.C., Румянцев А.Б. Рациональное компьютерное конструирование новых лекарственных средств: обзор методов.// Вестник РАМН. 1995. № 12. С.51-56.

6. Кнолл Дж. История депренила первого селективного ингибитора моноаминоксидазы типа Б.//Вопросы мед. химии. 1997. Т.43. № 6. С.482-493.

7. Медведев А.Е., Иванов А. С., Веселовский А. В. Одна аминокислота не может определять различие каталитических и регуляторных свойств митохондриальных моноаминоксидаз А и Б.// Биохимия. 2001. Т.66. № 5. (в печати).

8. Позднее В.Ф., Аксенова Л.Н, Медведев А.Е. Ингибирование моноаминоксидаз N-алкилоксикарбонильными производными этилендиамина.// Биохимия. 2000. Т.65. № 9. С.1288-1294.

9. Поройков В.В. Компьютерное прогнозирование в разработке новых лекарственных препаратов.//Дисс. докт. биол. наук. Купавна. 1995. 348 с.

10. Северина И.С. Возможный механизм селективного ингибирования митохондриальной моноаминоксидазы печени крысы хлоргилином и депренилом.// Биохимия. 1979. Т.44. № 2. С. 195-207.

11. Сингер Т.П., Янковская В.Л., Бернард М., Кронин К., Саблин С.О. Выделение и характеризация эволюционного предшественника моноаминоксидаз А и Б человека.// Вопросы мед. химии. 1997. Т.43. № 6. С.440-456.

12. Сквайерс Р.Ф. Открытие форм моноаминоксидаз А и Б.// Вопросы мед. химии. 1997. Т.43. №6. С.433-439.

13. Скворцов B.C. Молекулярный докинг при исследовании белок-лигандных комплексов. // дисс. канд. биол. наук. 1998. 96 с.

14. Типтон К.Ф. Ингибиторы моноаминоксидазы и прессорный ответ на пищевые амины.// Вопросы мед. химии. 1997. Т.43. № 6. С.494-503.

15. Amzel L.M. Structure-based drugs design.// Current Opinion in Biotechnology. 1998. V.9. P.366-369.

16. Annan N., Silverman R.B. New analogues of N-(2-aminoethyl)-4-chlorobenzamide (RO 166491). Some of the most potent monoamine oxidase В inactivators.// J.Med.Chem. 1993. V.36. P.3968-3970.

17. Babine R.E., Bender S.L. Molecular recognition of protein-ligand complexes: applications to drug design.//Chem .Rev. 1997. V.97. P.1359-1472.

18. Berman H.M., Westbrook J., Feng Z., Gilliland G., Bliat T.N., Weissig H., Shindyalov I.N., Bourne P.E. The Protein Data Bank.// Nucleic Acids Research. 2000. V.28. P. 235-242

19. Bernard S., Paillat C., Oddos Т., Seman M., Milcent R. Selective and potent monoamine oxidase type В inhibitors: substituted semicarbazones and acylhydrazones of aromatic aldehydes and ketones.// Eur.J.Med.Chem. 1995. Y.30. P.471-482.

20. Berry M.D., Juorio A.Y., Paterson I.A. The functional role of monoamine oxidases A and В in the mammalian central nervous system.//Prog.Neurobiol. 1994. V.42(3). P.375-391.

21. Bohm H.J. The computer program LUD1: a new method for the de novo design of enzyme inhibitors. //J.Comput.Aided.Mol.Design. 1992. V.6. P.61-78.

22. Brown R.D., Martin Y.C. Use of structure-activity data to compare structure-based clustering methods and descriptors for use in compound selection.// J.Chem.Inf.Comp.Sci. 1996. V.36. P.572-584.

23. Bruhwyler J., Liegeois J.-F., Geczy J. Pirlindole: a selective reversible inhibitor of monoamine oxidase A. A review of its preclinical properties.// Pharmacological Research. 1997. V.36(l). P.23-33.

24. Buffoni, F. Biochemical aspects and functional role of the copper-containing oxidases. In: 9th International Amine Oxidase Workshop. The Millenium Meeting. Barcelona, 2000. P.32.

25. Callingham B.A., Holt A., Elliot J. Properties and functions of the semicarbazide-sensitive amine oxidases.//Biochemical Society Transactions. 1991.V.19. P.228-233.

26. Cesura A.M., Pletscher A. The new generation of monoamine oxidase inhibitors.// Progr. Drug. Res. 1992. V.38. P.171-297.

27. Cesura AM, Gottowik J, Lang G, Malherbe P, Da Prada M. Structure-function relationships of mitochondrial monoamine oxidase A andB: chimaeric enzymes and site-directed mutagenesis studies.//J.Neural.Transm.Suppl. 1998. V.52. P. 189-200.

28. Chen K., Wu H.F. Shin J.C. Influence of С terminus on monoamine oxidase A and В catalytic activity.// J.Neurochem. 1996 V.66.P.797-803.

29. Cohen N.C., Blaney J.M., Humblet C., Gund P., Barry D.C. Molecular modeling software and methods for medicinal chemistry.// J.Med.Chem. 1990. V.33(3). P.883-894.

30. Connolly M.L. Analytical Molecular Surface Calculation.// J.Appl.Cryst. 1983. V.16 P.548-558.

31. Damier P., Kastner A., Agid Y., Hirsch E.C. Does monoamine oxidase type В play a role in dopaminergic nerve cell death in Parkinson's disease?// Neurology. 1996. V.46. P. 1262-1269.

32. Domino E.F. Monoamine oxidase, tobacco smoking, and psychiatric disorders.// Biol Psychiatry. 1996. V40(5). P.433-434.

33. Dostert Ph., Benedetti M.S. Structure-modulated recognition of substrates and inhibitors by monoamine oxidases A andB.//Biochemical Society Transactions. 1991. V.19. P.207-211.

34. Ebadi M., Srinivasan S.K., Baxi M.D. Oxidative stress and antioxidant therapy in Parkinson's disease.//Prog.Neurobiol. 1996. V.48.P.1-19.

35. Farren C.K, Clare A.W., Tipton K.F., Dinan T.G. Platelet MAO activity in subtypes of alcoholics and controls in a homogenous population.//J.Psychiatr.Res. 1998. V.32(l). P.49-54.

36. Fernandes P.B. Technological advances in high-throughput screening.// Current Opinion in Chemical Biology. 1998. V.2. P.597-603.

37. Fujita T. Recent success stories leading to commercializable bioactive compound with the aid of traditional QSAR procedures.// Quant. Struct.-Act. Relat. 1997. V.16. P.107-112.

38. Geha R., Chen K., Sliih J. Phe-208 and Ile-199 in human monoamine oxidase A and В do not determine substrate and inhibitor specificities as in rat.// J. Neurochem. 2000a. V.75. P.1304-1309.

39. Geha R., Chen K., Shih, J. One corresponding amino acid pair is responsible for substrate and inhibitor preference in human monoamine oxidase A and B. In 9th International Amine Oxidase Workshop, The Millenium Meeting. 2000b. Barcelona, P.59.

40. Goodsell D.S., Morris G.M., Olson A.J. Automated docking of flexible ligands: applications of AutoDock.//J.Mol.Recognit. 1996. V.9. P. 1-5.

41. Grimsby J., Zentner M., Shih J.C. Identification of a region important for human monoamine oxidase В and inhibitor selectivity.// Life Sci. 1996. V.58(9). P.777-787.

42. Gurrath M., Muller G., Holtje H.-D. Pseudoreceptor modelling in drug design: application of Yak and PrGen. In "Perspectives in drug discovery and design."/ Ed. by Anderson P.S., Kenyon G.L., Marshall G.R. 1998. V.12/13/14. P.135-157.

43. Hansch C. Quantitative Structure-Activity Relationships and the Unnamed Science.// Account of Chemical Research. 1993. Y.26. P. 147-153.

44. Harfenist M., Joyner Ch.T., Mize P.D., White H.L. Selective Inhibitors of Monoamine Oxidase. Arylamide SAR.// J.Med.Chem. 1994. V.37. P.2085-2089.

45. Hoffmann D., Kramer В., Washio Т., Steinmetzer Т., Rarey M., Lengauer T. Two-stage method for protein-ligand docking.// J.Med.Chem. 1999. V.42. P.4422-4433.

46. Hossain C.F., Okuyama E., Yamazaki M. A new series of coumarin derivatives having monoamine oxidase inhibitory from Monascus anka.// Chem.Pharm.Bull., (Tokyo). 1996. V.44(8). P.1535-1539.

47. ISIS™/Base: MDL Drug Data Report, Molecular Design Limited Information Systems, Inc., 14600 Catalina Street, San Leandro, California, 94577, USA. 1997.

48. Jegham S., George P. Monoamine oxidase A and В inhibitors.// Exp.Opin.Ther.Patents. 1998. V.8(9).P.l 143-1 ISO.

49. Kearsley S.K., Underwood D.J., Sheridan R.P., Miller M.D. Flexibases: a way to enhance the use of molecular docking methods.// J.Comput.Aided.Mol.Des. 1994. V8(5). P.565-82.

50. Kettmann V., Holtje H.-D. Mapping of the benzodiazepine binding site on the calcium channel.// Quant.Struct.-Act.Relat. 1998. V.17. P.91-101.

51. Kim H., Sablin S.O., Ramsay R.R. Inhibition of monoamine oxidase A by beta-carboline derivatives.//Arch.Biochem.Biophys. 1997. V.337(l). P.137-142.

52. Kim K.H. Comparative molecular field analysis (CoMFA). In "Molecular simulation and Drug Design". /Ed. Dean, P.M., Blackie academic & professional, London. 1995. P.291-331.

53. Klebe G. Comparative Molecular Similarity Indices: CoMSIA. In "3D QSAR in Drug Design". /Ed. by Kubinyi H. Kluwer Academic Publishers, Great Britain. 1998 V.3 P.87-104.

54. Krueger M.J., Mazouz F., Ramsay R.R., Milcent R., Singer T.P. Dramatic species differences in the susceptibility of monoamine oxidase В to a group of powerful inhibitors.// BBRC. 1995. V.206(2). P.556-562.

55. Kubinyi H. Variable Selection in QSAR Studies. I. An Evolutionary Algorithm.// Quant.Struct.-Act.Relat. 1994. V.13. P.285-294.

56. Kubinyi H. QSAR and Crystallography in Industrial Drug Design. In "Computer-Aided Drug Design Industrial Research"./ Ed. Heirmami E.C., Franke R. Springer Verlag, Berlin. 1995. P.99-109.

57. Kuntz I.D., Blaney J.M., Oatley S.J., Landridge R., Ferrin T.E A geometric approach to macromolecule-ligand interactions.//J.Mol.Biol. 1982. V.161. P.269-288.

58. Kwan S.W., Bergeron J.M., Abell C.W. Molecular properties of monoamine oxidase.// Psichofannacology. 1992. V.106. P.l-5.

59. Kwan S.W., Lewis D.A., Zhou В .P., Abell C.W. Characterization of the dinucleotide-binding site in monoamine oxidase В by site-directed mutagenesis.// Arch.Biochem.Biophys. 1995. V.316. P.385-391.

60. Lawrence M.C., David P.C. CLIX: a search algorithm for finding novel ligands capable of binding protein of known three-dimensional structure.// Proteins: Struct.Funct.Genet.1992. V.12. P.31-41.

61. Lebreton L., Curet O., Gueddari S., Mazouz F., Bernard S., Bur stein C., Milcent R. Selective and potent monoamine oxidase type В inhibitors: 2-substituted 5-aryltetrazole derivatives.// J.Med.Chem. 1995. V.38. P.4786-4792.

62. Li J., Murray C.W., Waszkowycz В., Young S.C. Targeted molecular diversity in drug discovery: integration of structure-based design and combinatorial chemistry.// DDT. 1998. V.3(3). P.105-112.

63. Lyles G.A. Mammalian plasma and tissue-bond semicarbazide-sensitive amine oxidases: Biochemical, pharmacological and toxicological aspects.//hit.J.Biochem.Cell.Biol. 1996. V.28. P.259-274.

64. Medvedev A.E., Ivanov A.S., Veselovsky A.V., Skvortsov Y.S., Archakov A.I. QSAR analysis of monoamine oxidase inhibitors.// J. Chem.Inf.Comput.Sci. 1996a. V.36. P.664-671.

65. Medvedev A.E., Kirkel A.A., Kamyshanskaya N.S., Moskvitina T.A., Axenova L.N., Gorkin Y.Z., Andreeva N.I., Golovina S.M., Mashkovsky M.D. Monoamine oxidase inhibition by novel antidepressant tetrindole.// Biochem.Pharmacol. 1994. V.47(2). P.303-308.

66. Meng E.C., Kuntz I.D., Abraham D.J., Kellog G.E. Evaluating docked complexes with the HINT exponential function and empirical atomic hydrophobicities.// J.Comput.Aided.Mol.Design. 1994. Y.8(3). P.299-306.

67. Meng E.C., Shoichet B.K., Kuntz I.D. Automated Docking with Grid-Based Energy Evaluation.//J.Comp.Chem. 1992. Y.13(4). P.505-524.

68. Moriguchi I., Hirono S., Nakagome I. Comparison of reliability of logP values for drugs calculated by several methods.//Chem.Pharm.Bull. 1994. V.42(4). P.976-978.

69. Myers P.L. Will combinatorial chemistry deliver real medicines?// Current Opinion in Biotechnology. 1997. V.8. P.701-707.

70. Ooms F. Molecular modeling and computer aided drug design. Examples of their application in medicinal chemistry.// Current medicinal chemistry. 2000. V.7. P.141-158.

71. Oprea T.I., Marshall G.R. Receptor-based prediction of binding affinities. In "Perspectives in drug discovery and design."/ Ed. Anderson P.S., Kenyon G.L., Marshall G.R. 1998. V.09/10/11. P.35-61. 1998

72. Palmer S.L., Mabic S., Castagnoli N. Probing the active sites of monoamine oxidase A and В with 1,4-disubstituted tetrahydropyridine substrates and inactivators.// J.Med.Chem. 1997. V.40. P.1982-1989.

73. Poroikov V.V., Filimonov D.A., Borodina Yu.V., Lagunin A.A., Kos A. Robustness of Biological Activity Predicting by Computer Program PASS for Noncongeneric Sets of Chemical Compounds.// J.Chem.lnf.Comput.Sci. 2000. V.40(6). P.I349-1355.

74. Powell J.F. Molecular biological studies of monoamine oxidase: structure and function.// Biochemical Society Transactions. 1991. V.19. P.199-201.

75. Ramsay R.R., Singer T.P, The kinetic mechanisms of monoamine oxidases A and B.// Biochemical Society Transactions. 1991. V.19. P.219-223.

76. Rotstein S.H., Murcko M.A. GroupBuild: a fragment-based method for de novo drug design.// J.Med.Chem.1993. V.36. P.1700-1710.

77. Sablin S.O., Ramsay R.R. Monoamine oxidase contains a redox-active disulfide.// J.Biol.Chem. 1998. У.273. No23. P.14074-14076.

78. Schilling В., Lerch K. Amine oxidase from Aspergillus niger: Identification of the a novel flavin-dependent enzyme.//BBA. 1995. V.1243. P.529-537.- 113

79. Schleifer К.-J. Pseudoreceptor model for ryanodine derivatives at calcium release channels.// Journal of Computer-Aided Molecular Design. 2000. V.14. P.467-475.

80. Schoichet B.K., Kuntz 1".D. Matching chemistry and shape in molecular docking.// Prot.Eng. 1993. V.6(7). P.723-732.

81. Shih J.C., Grimsby J., Chen K., Zhu Q.S. Stmcture and promoter organization of the human monoamine oxidase A and В genes.// J.Psychiatry.Neurosci. 1993. V.18(l). P.25-32.

82. Shih J.C., Zhu Q.S., Grimsby J., Chen K. Identification of human monoamine oxidase (MAO) A and В gene promoters.// J.Neural.Transm.Suppl. 1994. V.41. P.27-33.

83. Shih J.C., Chen K., Geha R.M. Determination of regions important for monoamine oxidase (MAO) A and В substrate and inhibitor selectivities.// J.Neural.Transm. 1998. V.52. P. 1-8.

84. Shuker S.B., Hajduk P.J., Meadows R.P., Fesik S.VV. Discovering high-affinity ligands for proteins: SAR by NMR.// Science. 1996. V.274. P.1531-1534.

85. Silverman R.B. The use of mechanism-based inactivators to probe the mechanism of monoamine oxidase.//Biochemical Society Transactions. 1991. V.19. P.201-206.

86. Singer T.P. Inhibitors of FAD-Containing Monoamine Oxidases. In "Stmcture and functions of amine oxidase"./ Ed. Mondovi В., Boca Raton. Florida. 1985. P.219-228.

87. Sybyl 6.5, Tripos Inc., 1699 South Hanley Road, St Louis, Missouri, 63144, USA.

88. Thibaut, U. Application of CoMFA and related 3D QSAR approaches. In: 3D-QSAR in drug design: Theory, methods, and application./ Ed. Kubinyi,H. ESCOM, Leiden, The Netherland, 1993. P.661 -696.

89. Thull U., Kneubuhler S., Gaillard P., Carrapt P.-A., Testa В., Altomare C., Carotti A., Jenner P., McNaught K.,St.P. Inhibition of Monoamine Oxidase by Isoquinoline Derivatives.// Biochemical Pharmacology. 1995. V.50(6). P.869-877.

90. Tsugeno Y., Hirashiki I., Ogata F., Ito A. Regions of the molecule responsible for substrate specificity of monoamine oxidase A and B: A chimeric enzyme analysis.// J.Biochem.Tokyo. 1995. V.l 18. P.974-980.

91. Tsugeno Y., Ito A. A key amino acid responsible for Substrate selectivity of monoamine oxidase A and B.//J.Biol.Chem. 1997. V.272, P.14033-14036.

92. Weber H.P. Screening three-dimensional databases for lead finding. In "Computer-Aided Dmg Design Industrial Research."/ Ed. Herrmann E.C., Franke R. Springer Yerlag. Berlin. 1995. P.l 11-128.

93. Wermuth C.G. Strategies in the Search for New Lead Compounds or Original Working Hypotheses. In "The Practice of Medicinal Chemistry"./ Ed. Wermuth C.G. Academic Press. San Diego. 1996. P.81-100.

94. Wierenga R.K., Terpstra P., Wim G.J. Hoi. Prediction of the Occurrence of the ADF-binding (Зоф-fold in Proteins, Using an Aimino Acid Sequence Fingerprint.// J.Mol.Biol. 1986. V.187. P.101-107.

95. Wlodawer A., Vondrasek J. Inhibitors of HIV-1 protease: a major success of structure-assisted drug design.//Annu.Rev.Biopliys.Biomol.Struct. 1998. Y.27. P.249-284.

96. Wouters J. Structural aspects of monoamine oxidase and its reversible inhibition.// Current medicinal chemistiy. 1998. V.5. P.137-162.

97. Wouters J., Baudoux G. First partial three-dimensional model of human monoamine oxidase A.//Proteins: Structure, Function, and Genetics. 1998. V.32. P.97-110.

98. Yu P.H., Davis B.A. Inversion of selectivity of N-substituted propargylamine monoamine oxidase inhibitors following structural modification to quaternary salts.// Intemanional Journal of Biochemistry & Cell Biology. 1999. Y.31. P.1391-1397.

99. Zbinden P., Dobler M., Folkers G., Vedani A. PrGen: pseudoreceptor modeling using receptor-mediated ligand alignment and pharmacophore equilibration.// Quant.Stmct-Act.Relat. 1998. V.17. P.122-129.

100. Zhou B.P., Lewis D.A., ICwan S.W., Abell C.W. Flavinylation of monoamine oxidase B.// J.Biol.Chem. 1995. V.270. P.23653-23660.